CN110129416A - DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法 - Google Patents
DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN110129416A CN110129416A CN201910475955.5A CN201910475955A CN110129416A CN 110129416 A CN110129416 A CN 110129416A CN 201910475955 A CN201910475955 A CN 201910475955A CN 110129416 A CN110129416 A CN 110129416A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- ucnps
- mno
- dna
- sequence
- dna walker
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/48—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving transferase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/682—Signal amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开一种DNA walker信号放大构建MnO2‑UCNPs荧光共振能量转移分析方法。该方法利用核酸链置换反应和Mn2+介导DNAzyme剪切,实现3D DNA walker在特定轨道上的自发行走过程,借助其优越的信号放大能力,同时结合MnO2‑UCNPs荧光共振能量转移的信号读出装置,实现荧光信号放大。该方法能够实现对Hela细胞在50~2000个数范围内的端粒酶活性高灵敏检测,其检测限低至23个Hela细胞,并有望用于人体复杂尿样的检测。
Description
技术领域
本发明涉及了一种DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,属于纳米材料和生物传感分析技术领域。
背景技术
上转换纳米材料(UCNPs)能够将低能量的近红外光子转换成高能量的可见光,使其广泛应用于生物分析和生物医学领域。相对于传统的荧光染料,UCNPs不仅具有良好的发光效率和生物相容性,而且具有高效的光稳定性、低自体荧光、大的反Stokes位移,高信噪比等优异性能。二氧化锰(MnO2)作为二维过渡金属氧化物,由于其具有宽的吸收光谱和大表面积,而被用作高效的荧光猝灭剂。目前,以MnO2为荧光受体,UCNPs为荧光供体构建的荧光共振能量转移(FRET)传感方法已经引起科研工作者的不少关注。因此,本发明基于具有良好发展前景的MnO2-UCNPs的FRET传感体系进行生物领域的研究。
DNA walker是一种新兴的DNA分子机器,能够在预设的DNA轨道上精确移动,并作为优异的信号放大技术应用于生物传感分析方法。DNA walker信号放大机制利用目标分子触发反应和特异的作用方式(如:支点调制的链置换、核酸调制的水解、DNAzyme介导的链剪切等)在DNA轨道上实现放大过程。比较一维和二维DNA分子轨道,三维轨道具有更高的迁移能力和富集效率。
端粒酶作为一种核糖核酸蛋白复合物,以其特定的RNA为模板,通过逆转录作用催化端粒重复序列(TTAGGG)n到人类染色体的3'末端。大量研究表明,端粒酶能够用于癌症早期诊断、预后监控和癌症发病机理的了解。本发明以三维DNA walker信号放大策略结合MnO2-UCNPs荧光共振能量转移(FRET)过程作为荧光信号传感平台,用于端粒酶活性的灵敏、特异性检测。利用端粒酶催化延伸反应启动DNA walker在磁珠的3D轨道表面的行走过程。随着DNA自发行走过程中Mn2+依赖型的DNAzyme被不断识别剪切,触发链trigger DNA被不断释放生成。Trigger DNA利用其与UCNPs表面修饰的DNA链进行双链杂交互补作用,破坏MnO2-UCNPs的FRET过程,从而增强UCNPs的上转换荧光信号。因此,利用DNA walker优异的信号放大能力,实现对端粒酶活性的高灵敏检测。
发明内容
基于以上背景,本发明的目的在于提供一种分析方法用于端粒酶活性的高灵敏检测。该方法利用核酸链置换反应和Mn2+介导DNAzyme剪切,实现三维DNA walker信号放大过程,同时结合MnO2-UCNPs荧光共振能量转移的信号读出装置,显著放大荧光信号,从而实现对端粒酶活性的高灵敏检测。
为实现上述目的,本发明采用的技术方案如下:
包括如下步骤:
(1)制备NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)和MnO2纳米片;
(2)将双链DNA walker支架序列(scaffold strand)和基底序列(substrate strand)分别锚定于亲和素修饰的磁珠(MBs)上形成DNA walker-MBs复合结构;
(3)将特定DNA序列(CP)连接于UCNPs获得CP-UCNPs,利用CP序列与MnO2的吸附作用,构建MnO2-UCNPs复合结构;
(4)利用端粒酶催化获得含(TTAGGG)n的延伸序列,该序列通过链置换作用于双链DNAwalker支架序列,驱动步骤(2)制得的DNA walker-MBs复合结构;在磁珠三维轨道上,双链DNA walker支架序列中Mn2+依赖型DNAzyme序列部分能够自由地与基底序列结合形成DNAzyme复合结构,Mn2+金属离子识别该结构的特定位点,并剪切释放Trigger DNA;生成的大量Trigger DNA与步骤(3)制得的MnO2-UCNPs复合结构进行孵育,由于CP序列与TriggerDNA杂交互补,MnO2-UCNPs结构破坏,UCNPs荧光信号恢复;在三维DNA walker信号放大作用下,实现端粒酶活性的荧光定量检测。
上述步骤(1)的具体制备方法为:
NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)的制备:将 0.78 mmol YCl3·6H2O,0.20 mmolYbCl3·6H2O和0.02 mmol TmCl3·6H2O的镧系金属盐加入含有7 mL油酸和15 mL的1-十八烯的100 mL圆底烧瓶中,加热至150 ℃并在氮气环境中保持40 min,溶液逐渐变成澄清透明;冷却至50 ℃,逐滴加入10 mL含有4.0 mmol NH4F和2.5 mmol NaOH的甲醇溶液,搅拌40分钟;随后,在100 ℃蒸发去除甲醇溶液,将混合液进一步加热至290 ℃并保持1.5 h;反应结束,冷却至室温;合成的油酸包裹NaYF4:Yb,Tm上转换材料用乙醇清洗并分散于环己烷中;
MnO2纳米片的制备:将含有0.6 M 四甲基氢氧化铵(TMA•OH)和浓度为3.0 wt %的H2O2的20 mL水溶液快速加入10 mL 0.3 M MnCl2•4H2O,在15 s内黑棕色溶液快速生成,并在室温下剧烈搅拌过夜,确保空气充分氧化;在2000 rpm转速下离心15 min,并用超纯水和甲醇多次清洗获得大量的MnO2纳米片;随后,25 mg MnO2被重新分散在20 mL水溶液,超声10 h;再次在2000 rpm下离心30 min,去除残留的未剥落的MnO2,收集含有MnO2纳米片的上清液;利用ICP-OES法测得MnO2纳米片浓度为5 mg L-1。
上述步骤(2)的具体制备方法为:
将含有1 μM walking链(walking strand)和1 μM locking链(locking strand)的5mM pH 7.4 Tris-HCl缓冲溶液中混合95 °C退火3分钟,随后冷却至室温,形成双链DNAwalker支架序列;将亲和素修饰的磁珠(MBs)用5 mM Tris-HCl缓冲溶液洗涤,并重新分散于500 μL 5 mM Tris-HCl缓冲液,并加入500 μL 5 nM双链 DNA walker支架序列和基底序列,混合孵育15 min;利用磁性分离法将未连接作用于磁珠表面的序列去除;再者,将修饰成功的DNA walker-MBs复合结构用缓冲溶液清洗3次,最后,DNA walker-MBs复合结构重新分散于500 μL 5 mM缓冲液,并在4 °C保存。
上述步骤(2)中所用的Tris-HCl缓冲液均为:含有0.5 mM EDTA和1 M NaCl的5 mMpH 7.4的Tris-HCl缓冲溶液。
上述步骤(3)中CP的特定序列为:5'-TTTTTTTTATCGATTGGCCAGGTTAGCT-3'。
上述步骤(3)中CP@UCNPs的制备和MnO2-UCNPs复合结构制备:
将1.0 mg OA-UCNPs重新分散于1.0 mL 0.1 mM HCl超声1 h,移除油酸(OA)配体;通过12000 rpm离心0.5 h,并用去离子水洗涤三次获得油酸配体去除的UCNPs,最后,配体去除的UCNPs重新分散于1.0 mL去离子水;
由100 µL 5.0 µM CP序列和0.5 mL油酸配体去除的UCNPs溶液混合搅拌24 h;随后,甘油磷酸二钠盐水合物(GDSH)作为阻断剂加入上述溶液,最终浓度为100 µM;在搅拌24 h后获得CP@UCNPs,CP@UCNPs通过离心收集并用去离子水清洗三次;最后重新分散于含有50 mMNaCl的10 mM pH 7.4的Tris-HCl缓冲溶液;将上述制得的CP@UCNPs与5mg L-1 MnO2纳米片搅拌混合作用,利用CP序列与MnO2的吸附作用,获得MnO2-UCNPs的复合结构。
上述步骤(4)中端粒酶来自端粒酶提取液,该提取液的制备方法为:用含10wt%胎牛血清的DMEM培养基在37 °C的潮湿环境中进行HeLa细胞培养,在指数生长阶段收集细胞,并用血细胞计计数,有1 × 106个细胞被收集在EP管中;将细胞用冰冷却的浓度为0.1 M、pH 7.4的PBS洗涤2次,并重新分散于200 μL冰冷却的CHAPS裂解缓冲液,CHAPS裂解缓冲液为10mM Tris-HCl,pH 7.5,1mM MgCl2,1mM EGTA,0.1mM PMSF,0.5wt% CHAPS,10wt%甘油;将该裂解液在冰中孵育30 min,并在16000 rpm转速下离心30 min,收集上层清液并转移至1.5 mL EP管,置于-80 °C下保存。
具体地说,本发明一种DNA Walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,包括如下步骤:
(1)制备NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)和MnO2纳米片;
(2)将双链DNA walker支架序列(scaffold strand)和基底序列(substrate strand)分别锚定于亲和素修饰的磁珠(MBs)上形成DNA walker-MBs复合结构;
(3)将特定DNA序列(CP)连接于UCNPs获得CP-UCNPs,利用CP序列与MnO2的吸附作用,构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移传感平台;
(4)利用端粒酶催化获得含(TTAGGG)n的延伸序列,该序列通过链置换作用于DNAwalker支架序列,驱动步骤(2)制得的DNA walker-MBs复合结构;在磁珠三维轨道上,该Mn2+依赖型的DNAzyme序列能够与基底序列结合形成DNAzyme复合结构,Mn2+金属离子识别该结构的特定位点,并剪切释放Trigger DNA;将生成的大量Trigger DNA与步骤(3)制得的MnO2-UCNPs复合结构进行孵育,由于CP序列与Trigger DNA杂交互补,MnO2-UCNPs结构破坏,UCNPs荧光信号恢复。在三维DNA walker信号放大作用下,实现端粒酶活性的荧光定量检测。
步骤(1)具体方法为:
NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)的制备:将 0.78 mmol YCl3·6H2O,0.20 mmolYbCl3·6H2O和0.02 mmol TmCl3·6H2O的镧系金属盐 加入含有7 mL油酸和15 mL的1-十八烯的100 mL圆底烧瓶中,加热至150 ℃ 并在氮气环境中保持40 min,溶液逐渐变成澄清透明。冷却至50 ℃,逐滴加入10 mL含有4.0 mmol NH4F和2.5 mmol NaOH的甲醇溶液,搅拌40分钟。随后,在100 ℃下蒸发去除甲醇溶液,将混合液进一步加热至290 ℃并保持1.5 h。反应结束,冷却至室温。合成的油酸包裹的NaYF4:Yb,Tm上转换材料用乙醇清洗并分散于环己烷中。
MnO2纳米片的制备:将含有0.6 M TMA•OH和浓度为3.0 wt % H2O2的20 mL水溶液快速加入10 mL 0.3 M MnCl2•4H2O,在15 s内黑棕色溶液快速生成,并在室温下剧烈搅拌过夜,确保空气充分氧化。在2000 rpm转速下离心15 min,并用超纯水和甲醇多次清洗获得大量的MnO2纳米片。随后,25 mg MnO2被重新分散在20 mL水溶液,超声10 h。再次在2000 rpm下离心30 min,去除残留的未剥落的MnO2,收集含有MnO2纳米片的上清液。利用ICP-OES法测定的的MnO2纳米片浓度为5 mg L-1。
步骤(2)具体方法为:将含有1 μM walking链和1 μM locking链的5 mM Tris-HCl缓冲溶液(pH 7.4)中混合95 °C退火3分钟,随后冷却至室温,形成双链DNA walker支架序列。将亲和素修饰的磁珠(MBs)用5 mM Tris-HCl缓冲溶液洗涤,并重新分散于500 μL上述缓冲液,并加入500 μL 5 nM DNA walker模板链和基底链,混合孵育15 min。利用磁性分离法将未连接作用于磁珠表面的walker模板链和基底链去除。再者,将修饰成功的DNAwalker-MBs用缓冲溶液清洗3次,最后,DNA walker-MBs重新分散于500 μL上述缓冲液,并在4 °C保存。
步骤(2)中亲和素修饰的磁珠(MBs)所用缓冲液为:含有0.5 mM EDTA和1 M NaCl的5 mM Tris-HCl缓冲溶液(pH 7.4)。
步骤(3)中CP的特定序列为:5'-TTTTTTTTATCGATTGGCCAGGTTAGCT-3'。
步骤(3)中CP@UCNPs的制备和MnO2-UCNPs制备:
将1.0 mg OA-UCNPs重新分散于1.0 mL 0.1 mM HCl超声1 h,移除油酸(OA)配体;通过12000 rpm离心0.5 h,并用去离子水洗涤三次获得油酸配体去除的UCNPs。最后,配体去除的UCNPs重新分散于1.0 mL去离子水。
由100 µL 5.0 µM CP序列和0.5 mL油酸配体去除的UCNPs溶液混合搅拌24 h。随后,磷酸甘油二钠水合物(GDSH)作为阻断剂加入上述溶液,最终浓度为100 µM。在搅拌24 h后,CP@UCNPs通过离心收集并用去离子水清洗三次。最后重新分散于含有50 mM NaCl的10mM Tris-HCl缓冲溶液(pH 7.4)。将上述制得的CP@UCNPs与5mg L-1 MnO2纳米片搅拌混合作用,利用CP序列与MnO2的吸附作用,获得MnO2-UCNPs的复合结构。
本发明的优点如下:
1.本发明提供一种三维(3D)DNA walker信号放大分析方法用于端粒酶活性的高灵敏检测。
2.本发明所提供的分析方法在端粒酶催化扩增反应下启动,并由DNAzyme催化下驱动剪切,从而实现3D DNA walker的快速信号放大过程。
3.本发明以MnO2-UCNPs荧光共振能量转移(FRET)作为荧光信号读出装置。
4.本发明将3D DNA walker放大技术和MnO2-UCNPs的FRET分析方法相结合,提高了传感器的检测灵敏度,并为荧光生物传感的开发提供了一种新的研究思路。
附图说明
图1为DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法示意图。
图2为透镜表征对照图,图中的(A)为NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)的透镜表征图,图中的(B)为MnO2纳米片的透镜表征图,图中的(C)为MnO2-UCNPs的透镜表征图。
图3为本发明分析方法的荧光响应图。
图4为本发明分析方法的标准工作曲线图。
图5为本发明分析方法的选择性。
具体实施方式
下面通过具体实施示例对本发明的技术方案做进一步说明,但是不能以此限制本发明的范围。
实施例1
1. 制备NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)和MnO2纳米片:
1)油酸(OA)包裹的NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)的制备方法:将 0.78 mmolYCl3·6H2O,0.20 mmol YbCl3·6H2O和0.02 mmol TmCl3·6H2O的镧系金属盐加入含有7 mL油酸和15 mL的1-十八烯的100 mL圆底烧瓶中,加热至150 ℃ 并在氮气环境中保持40min,溶液逐渐变成澄清透明。冷却至50 ℃,逐滴加入10 mL含有4.0 mmol NH4F和2.5 mmolNaOH的甲醇溶液,搅拌40分钟。随后,在100 ℃下蒸发去除甲醇溶液,将混合液进一步加热至290 ℃并保持1.5 h。反应结束,冷却至室温。合成的OA包裹的NaYF4:Yb,Tm上转换材料(OA-UCNPs)用乙醇清洗并分散于环己烷中。所得UCNPs进行透射电镜(TEM)表征,如图2中的A所示。该材料具有均一球型结构,平均粒径为32 ± 2.3 nm。
2)MnO2纳米片的制备方法:将含有0.6 M TMA•OH 和浓度为3.0 wt %H2O2的20 mL水溶液快速加入10 mL 0.3 M MnCl2·4H2O,在15 s内黑棕色溶液快速生成,并在室温下剧烈搅拌过夜,确保空气充分氧化。在2000 rpm转速下离心15 min,并用超纯水和甲醇多次清洗获得大量的MnO2纳米片。随后,25 mg MnO2被重新分散在20 mL水溶液,超声10 h。再次在2000 rpm下离心30min,去除残留的未剥落的MnO2,收集含有MnO2纳米片的上清液。利用ICP-OES法测定的的MnO2纳米片浓度为5mg L-1。所得MnO2透射电镜表征如图2中的B所示。该材料具有平面片状结构。
3)CP@UCNPs和MnO2-UCNPs的制备方法:
将步骤1)制得的1.0 mg OA-UCNPs重新分散于1.0 mL 0.1 mM HCl超声1 h,移除油酸(OA)配体;通过12000 rpm离心0.5 h,并用去离子水洗涤三次获得油酸配体去除的UCNPs。最后,配体去除的UCNPs重新分散于1.0 mL去离子水。
由100 µL 5.0 µM CP序列(TTTTTTTTATCGATTGGCCAGGTTAGCT)和0.5 mL油酸配体去除的UCNPs溶液混合搅拌24 h。随后,甘油磷酸二钠盐水合物(GDSH)作为阻断剂加入上述溶液,最终浓度为100 µM。在搅拌24 h后,CP@UCNPs通过离心收集并用去离子水清洗三次。最后重新分散于含有50 mM NaCl的10 mM Tris-HCl缓冲溶液(pH 7.4)。将上述制得的CP@UCNPs与步骤2)制得的5mg L-1 MnO2纳米片搅拌混合作用,利用CP序列与MnO2的吸附作用,获得MnO2-UCNPs的复合结构,透射电镜表征如图2中的C所示。
2. 端粒酶催化扩增反应驱动3D DNA walker的信号放大过程:
1)将含有1 μM walking链(5'- Biotin-(T)45AGGGTTAGGGTTATCTCTTCTCCGAGCCGGTCGAAATAGT-3')和1 μM locking链(5'- AAGAGATAACCCTAACCCTAACCCTAAAACTC-3')的5 mMTris-HCl缓冲溶液(pH 7.4)中混合95 °C退火3分钟,随后冷却至室温,形成双链DNAwalker支架序列。将亲和素修饰的磁珠(MBs)(购买自美国Dynal生物技术公司)用5 mMTris-HCl缓冲溶液洗涤,并重新分散于500 μL Tris-HCl缓冲液,并加入500 μL的5 nM双链DNA walker支架序列和基底序列(Biotin-(T)14ACTATrAGGAAGAGATAGCTAACCTGGCCAATCGAT),混合孵育15 min。利用磁性分离法将未连接作用于磁珠表面的双链walker支架序列和基底序列去除。再者,将修饰成功的DNA walker-MBs复合结构用5 mM Tris-HCl缓冲溶液清洗3次,最后,DNA walker-MBs复合结构重新分散于500 μL 5 mM Tris-HCl缓冲液,并在4 °C下保存。
2)取20 μL端粒酶提取液加入30 μL延伸反应液(含20 mM Tris-HCl缓冲液pH8.3,4 mM MgCl2,1 mM EGTA,63 mM KCl,0.05% Tween 20和2.5 mM dNTPs)(其中dNTPs为三磷酸碱基脱氧核苷酸)和20 nm TS引物链(5'- AATCCGTCGAGCAGAGTT-3'),在37 °C下孵育1 h,TS引物链延伸获得富含(TTAGGG)n的序列(Extension strand),随后在95 °C下保持15 min发生热变性终止延伸反应。接着,将上述反应液与50 μL 步骤1)制得的DNA walker-MBs复合结构和50 μL 1.2 mM MnCl2在37 °C下混合30 min。在该过程中,形成的Mn2+依赖型的DNAzyme结构被特异性剪切并释放Trigger链,恢复自由的walking链在三维轨道上不断重新作用于DNA walker基底链,释放大量的Trigger链,从而实现3D DNA walker的信号放大过程。利用磁性分离去除MBs纳米粒子,将3D DNA walker信号放大所获得的含有大量Trigger链的上清液(溶液1)转移至含有50 μL MnO2-UCNPs复合悬浮液(溶液2)中,37 °C孵育25 min。Trigger链与UCNPs表面修饰CP链杂交,从而UCNPs的荧光信号恢复,并显著增强。
上述的端粒酶来自端粒酶提取液,该提取液的制备方法为:用含10wt%胎牛血清的DMEM(含各种氨基酸和葡萄糖)培养基(购自美国Gibco公司)在37 °C的潮湿环境中进行HeLa细胞培养,在指数生长阶段收集细胞,并用血细胞计计数,有1 × 106个细胞被收集在EP管中;将细胞用浓度为0.1 M、pH 7.4的冰冷却PBS洗涤2次,并重新分散于200 μL冰冷却的CHAPS裂解缓冲液,CHAPS裂解缓冲液为10mM Tris-HCl,pH 7.5,1mM MgCl2,1mM EGTA,0.1mM PMSF,0.5wt% CHAPS,10wt%甘油;将该裂解液在冰中孵育30 min,并在16000 rpm转速下离心30 min,收集上层清液并转移至1.5 mL EP管,置于-80 °C下保存。
3. 端粒酶活性检测
将上述步骤2中所获得的溶液1和溶液2充分混合,并进行荧光光谱检测。在980 nm激发光作用下,采用F-4600荧光分光光度计测得该反应系统的荧光信号。如图3所示,随着细胞个数的增多,端粒酶活性增强,荧光强度亦逐渐增强,当Hela细胞在50~2000个数响应范围内,标准工作曲线如图4所示,检测限为23个细胞。该方法的选择性如图5所示,phi29 DNA聚合酶(20 U),溶菌酶(20 U),抗外血酸(0.2 mM),加热过的Hela细胞(350 个)和HL-7702细胞提取液对荧光信号均没有明显响应。
以上所述仅为本发明的较佳实施例,凡依本发明申请专利范围所做的均等变化与修饰,皆应属本发明的涵盖范围。
Claims (7)
1.一种DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)制备NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)和MnO2纳米片;
(2)将双链DNA walker支架序列(scaffold strand)和基底序列(substrate strand)分别锚定于亲和素修饰的磁珠(MBs)上形成DNA walker-MBs复合结构;
(3)将特定DNA序列(CP)连接于UCNPs获得CP-UCNPs,利用CP序列与MnO2的吸附作用,构建MnO2-UCNPs复合结构;
(4)利用端粒酶催化获得含(TTAGGG)n的延伸序列,该序列通过链置换作用于双链DNAwalker支架序列,驱动步骤(2)制得的DNA walker-MBs复合结构;在磁珠三维轨道上,双链DNA walker支架序列中Mn2+依赖型DNAzyme序列部分能够自由地与基底序列结合形成DNAzyme复合结构,Mn2+金属离子识别该结构的特定位点,并剪切释放Trigger DNA;生成的大量Trigger DNA与步骤(3)制得的MnO2-UCNPs复合结构进行孵育,由于CP序列与TriggerDNA杂交互补,MnO2-UCNPs结构破坏,UCNPs荧光信号恢复;在三维DNA walker信号放大作用下,实现端粒酶活性的荧光定量检测。
2.根据权利要求1所述的DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,其特征在于,步骤(1)具体制备方法为:
NaYF4:Yb,Tm上转换纳米材料(UCNPs)的制备:将 0.78 mmol YCl3·6H2O,0.20 mmolYbCl3·6H2O和0.02 mmol TmCl3·6H2O的镧系金属盐加入含有7 mL油酸和15 mL的1-十八烯的100 mL圆底烧瓶中,加热至150 ℃并在氮气环境中保持40 min,溶液逐渐变成澄清透明;冷却至50 ℃,逐滴加入10 mL含有4.0 mmol NH4F和2.5 mmol NaOH的甲醇溶液,搅拌40分钟;随后,在100 ℃蒸发去除甲醇溶液,将混合液进一步加热至290 ℃并保持1.5 h;反应结束,冷却至室温;合成的油酸包裹NaYF4:Yb,Tm上转换材料用乙醇清洗并分散于环己烷中;
MnO2纳米片的制备:将含有0.6 M 四甲基氢氧化铵(TMA•OH)和浓度为3.0 wt %的H2O2的20 mL水溶液快速加入10 mL 0.3 M MnCl2•4H2O,在15 s内黑棕色溶液快速生成,并在室温下剧烈搅拌过夜,确保空气充分氧化;在2000 rpm转速下离心15 min,并用超纯水和甲醇多次清洗获得大量的MnO2纳米片;随后,25 mg MnO2被重新分散在20 mL水溶液,超声10 h;再次在2000 rpm下离心30 min,去除残留的未剥落的MnO2,收集含有MnO2纳米片的上清液;利用ICP-OES法测得MnO2纳米片浓度为5 mg L-1。
3.根据权利要求1所述的DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,其特征在于,步骤(2)具体制备方法为:
将含有1 μM walking链(walking strand)和1 μM locking链(locking strand)的5mM pH 7.4 Tris-HCl缓冲溶液中混合95 °C退火3分钟,随后冷却至室温,形成双链DNAwalker支架序列;将亲和素修饰的磁珠(MBs)用5 mM Tris-HCl缓冲溶液洗涤,并重新分散于500 μL 5 mM Tris-HCl缓冲液,并加入500 μL 5 nM双链 DNA walker支架序列和基底序列,混合孵育15 min;利用磁性分离法将未连接作用于磁珠表面的序列去除;再者,将修饰成功的DNA walker-MBs复合结构用缓冲溶液清洗3次,最后,DNA walker-MBs复合结构重新分散于500 μL 5 mM缓冲液,并在4 °C保存。
4.根据权利要求3所述的DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,其特征在于,步骤(2)中所用的Tris-HCl缓冲液均为:含有0.5 mM EDTA和1 M NaCl的5 mM pH 7.4的Tris-HCl缓冲溶液。
5.根据权利要求1所述的DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,其特征在于,步骤(3)中CP的特定序列为:
5'-TTTTTTTTATCGATTGGCCAGGTTAGCT-3'。
6.根据权利要求1所述的DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,其特征在于,步骤(3)中CP@UCNPs的制备和MnO2-UCNPs复合结构制备:
将1.0 mg OA-UCNPs重新分散于1.0 mL 0.1 mM HCl超声1 h,移除油酸(OA)配体;通过12000 rpm离心0.5 h,并用去离子水洗涤三次获得油酸配体去除的UCNPs,最后,配体去除的UCNPs重新分散于1.0 mL去离子水;
由100 µL 5.0 µM CP序列和0.5 mL油酸配体去除的UCNPs溶液混合搅拌24 h;随后,甘油磷酸二钠盐水合物(GDSH)作为阻断剂加入上述溶液,最终浓度为100 µM;在搅拌24 h后获得CP@UCNPs,CP@UCNPs通过离心收集并用去离子水清洗三次;最后重新分散于含有50 mMNaCl的10 mM pH 7.4的Tris-HCl缓冲溶液;将上述制得的CP@UCNPs与 5
mg L-1 MnO2纳米片搅拌混合作用,利用CP序列与MnO2的吸附作用,获得MnO2-UCNPs的复合结构。
7.根据权利要求1所述的DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法,其特征在于,步骤(4)中端粒酶来自端粒酶提取液,该提取液的制备方法为:用含10wt%胎牛血清的DMEM培养基在37 °C的潮湿环境中进行HeLa细胞培养,在指数生长阶段收集细胞,并用血细胞计计数,有1 × 106个细胞被收集在EP管中;将细胞用冰冷却的浓度为0.1 M、pH 7.4的PBS洗涤2次,并重新分散于200 μL冰冷却的CHAPS裂解缓冲液,CHAPS裂解缓冲液为10mM Tris-HCl,pH 7.5,1mM MgCl2,1mM EGTA,0.1mM PMSF,0.5wt% CHAPS,10wt%甘油;将该裂解液在冰中孵育30 min,并在16000 rpm转速下离心30 min,收集上层清液并转移至1.5 mL EP管,置于-80 °C下保存。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910475955.5A CN110129416B (zh) | 2019-06-03 | 2019-06-03 | DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201910475955.5A CN110129416B (zh) | 2019-06-03 | 2019-06-03 | DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN110129416A true CN110129416A (zh) | 2019-08-16 |
CN110129416B CN110129416B (zh) | 2022-05-24 |
Family
ID=67579726
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201910475955.5A Active CN110129416B (zh) | 2019-06-03 | 2019-06-03 | DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN110129416B (zh) |
Cited By (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110904100A (zh) * | 2019-12-05 | 2020-03-24 | 山东大学 | 一种轨道再生型dna步行器及应用 |
CN111118117A (zh) * | 2019-12-19 | 2020-05-08 | 山东大学 | 一种颗粒间相对运动的dna步行器及其生物传感的应用 |
CN112626242A (zh) * | 2020-12-11 | 2021-04-09 | 宁波大学 | 基于核酸构象引发链取代驱动DNA Walker的双信号检测食源性致病菌的方法 |
CN113092766A (zh) * | 2021-03-30 | 2021-07-09 | 军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所 | 多种真菌毒素的检测试剂盒,其制备方法及检测方法和应用 |
CN113637673A (zh) * | 2021-08-12 | 2021-11-12 | 华中科技大学 | 用于裂解DNA/RNA嵌合体的DNAzyme组合、长链DNAzyme及应用 |
CN116135986A (zh) * | 2021-11-18 | 2023-05-19 | 四川大学 | 一种基于DNA步行机器的多组分miRNA检测方法 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014040141A1 (en) * | 2012-09-17 | 2014-03-20 | Macquarie University | Enhancing upconversion luminescence in rare-earth doped particles |
CN106987245A (zh) * | 2017-03-23 | 2017-07-28 | 安徽师范大学 | 二氧化锰纳米片修饰的上转换发光纳米材料及制备方法、过氧化氢或胆碱的检测方法及应用 |
WO2018029228A1 (en) * | 2016-08-10 | 2018-02-15 | Technische Universität Braunschweig | Method for amplifying signals from single molecules and system or kit therefore |
CN108414596A (zh) * | 2018-01-16 | 2018-08-17 | 长沙理工大学 | 微电极生物传感器及其在检测端粒酶中的应用 |
-
2019
- 2019-06-03 CN CN201910475955.5A patent/CN110129416B/zh active Active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2014040141A1 (en) * | 2012-09-17 | 2014-03-20 | Macquarie University | Enhancing upconversion luminescence in rare-earth doped particles |
WO2018029228A1 (en) * | 2016-08-10 | 2018-02-15 | Technische Universität Braunschweig | Method for amplifying signals from single molecules and system or kit therefore |
CN106987245A (zh) * | 2017-03-23 | 2017-07-28 | 安徽师范大学 | 二氧化锰纳米片修饰的上转换发光纳米材料及制备方法、过氧化氢或胆碱的检测方法及应用 |
CN108414596A (zh) * | 2018-01-16 | 2018-08-17 | 长沙理工大学 | 微电极生物传感器及其在检测端粒酶中的应用 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
JING HUANG等: "Telomerase Triggered DNA Walker with a Superhairpin Structure for Human Telomerase Activity Sensing", 《ANALYTICAL CHEMISTRY》 * |
YUNXIA YUAN等: "An MnO2 nanosheet as a label-free nanoplatform for homogeneous biosensing", 《CHEMICAL COMMUNICATIONS》 * |
汪晶等: "DNA步行者分子机器研究新进展", 《中国科学》 * |
覃馨园等: "基于上转换纳米颗粒的生物诊疗应用", 《药学进展》 * |
Cited By (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110904100A (zh) * | 2019-12-05 | 2020-03-24 | 山东大学 | 一种轨道再生型dna步行器及应用 |
CN111118117A (zh) * | 2019-12-19 | 2020-05-08 | 山东大学 | 一种颗粒间相对运动的dna步行器及其生物传感的应用 |
CN111118117B (zh) * | 2019-12-19 | 2021-11-02 | 山东大学 | 一种颗粒间相对运动的dna步行器及其生物传感的应用 |
CN112626242A (zh) * | 2020-12-11 | 2021-04-09 | 宁波大学 | 基于核酸构象引发链取代驱动DNA Walker的双信号检测食源性致病菌的方法 |
CN112626242B (zh) * | 2020-12-11 | 2022-05-24 | 宁波大学 | 基于核酸构象引发链取代驱动DNA Walker的双信号检测食源性致病菌的方法 |
CN113092766A (zh) * | 2021-03-30 | 2021-07-09 | 军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所 | 多种真菌毒素的检测试剂盒,其制备方法及检测方法和应用 |
CN113637673A (zh) * | 2021-08-12 | 2021-11-12 | 华中科技大学 | 用于裂解DNA/RNA嵌合体的DNAzyme组合、长链DNAzyme及应用 |
CN113637673B (zh) * | 2021-08-12 | 2023-10-13 | 华中科技大学 | 用于裂解DNA/RNA嵌合体的DNAzyme组合、长链DNAzyme及应用 |
CN116135986A (zh) * | 2021-11-18 | 2023-05-19 | 四川大学 | 一种基于DNA步行机器的多组分miRNA检测方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN110129416B (zh) | 2022-05-24 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN110129416A (zh) | DNA walker信号放大构建MnO2-UCNPs荧光共振能量转移分析方法 | |
Cheng et al. | Recent advances in microRNA detection | |
Peng et al. | Ultrathin Ti3C2 nanosheets based “off-on” fluorescent nanoprobe for rapid and sensitive detection of HPV infection | |
Xu et al. | A three-dimensional DNA walker amplified FRET sensor for detection of telomerase activity based on the MnO2 nanosheet-upconversion nanoparticle sensing platform | |
Duan et al. | The development of nanostructure assisted isothermal amplification in biosensors | |
Hu et al. | Advances in single quantum dot-based nanosensors | |
JP4504821B2 (ja) | 集光性多発色団を用いてポリヌクレオチドを検出及び分析するための方法並びに組成物 | |
Luo et al. | Catalytic hairpin assembly as cascade nucleic acid circuits for fluorescent biosensor: Design, evolution and application | |
US10266403B2 (en) | Heterogeneous microarray based hybrid upconversion nanoprobe/nanoporous membrane system | |
WO2007103558A2 (en) | Hybrid energy transfer for nucleic acid detection | |
Wu et al. | A novel recyclable surface-enhanced Raman spectroscopy platform with duplex-specific nuclease signal amplification for ultrasensitive analysis of microRNA 155 | |
JP2007506404A (ja) | 核酸分子を検出するための迅速な方法 | |
Xu et al. | A three-dimensional DNAzyme motor for sensitive imaging of telomerase activity in living cells | |
CN108088826A (zh) | 一种检测尿嘧啶-dna糖基化酶(udg)的荧光生物传感器 | |
KR20210130612A (ko) | 핵산을 단순하게 추출하고 분석하여 표적핵산 검사 방법 및 장치 | |
Qing et al. | Beyond native deoxyribonucleic acid, templating fluorescent nanomaterials for bioanalytical applications: A review | |
Luo et al. | Fluorescence sensing telomerase activity: from extracellular detection to in situ imaging | |
CN106770163B (zh) | 一种凝血酶的检测方法 | |
Piao et al. | Enzyme-free colorimetric detection of MicroRNA-21 using metal chelator as label for signal generation and amplification | |
Zhang et al. | Fluorescence turn-on detection of target sequence DNA based on silicon nanodot-mediated quenching | |
KR102005366B1 (ko) | 다공성 복합 나노구조체를 이용한 바이오물질의 포집 및 진단 시스템 및 방법 | |
Tatulli et al. | An amplification-free colorimetric test for sensitive DNA detection based on the capturing of gold nanoparticle clusters | |
CN108982628A (zh) | 基于dna两面性的电化学传感器构建方法及其端粒酶活性检测应用 | |
Esmaeilzadeh et al. | Recent advances on the electrochemical and optical biosensing strategies for monitoring microRNA-21: a review | |
CN111808925B (zh) | 基于发卡结构变换的双重信号放大AuNPs-DNA步行器及制备方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |