CN109415771A - 大肠癌发病可能性的判定方法 - Google Patents

Abstract

本发明提供判定人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性的方法等，该方法具有下述步骤：测定步骤，测定从采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样回收的DNA中的特定的甲基化可变区中存在的1个以上的CpG位点的甲基化率；和判定步骤，基于根据所测定的甲基化率算出的甲基化可变区的平均甲基化率、以及预设的基准值或预设的多变量判别式，对前述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定；前述基准值是针对各甲基化可变区的甲基化率分别设定的、用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的值，前述多变量判别式含有特定的甲基化可变区之中1处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

Description

大肠癌发病可能性的判定方法

技术领域

本发明涉及判定人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性的方法和用于采集供该方法的直肠粘膜样本的试剂盒。

本申请主张基于2016年7月8日提出申请的PCT/JP2016/70330和2017年1月19日在日本提出申请的特愿2017-007725号的优先权，并将其内容援用于本文。

背景技术

溃疡性大肠炎是主要在大肠粘膜发生溃疡、糜烂的原因不明的炎症性肠疾病。完全治愈非常困难，反复缓解・再发。作为症状，存在腹泻、腹痛、粘液血便等大肠的局部症状、以及发热、呕吐、心动过速、贫血等全身症状。溃疡性大肠炎患者容易发生大肠癌。因此，对溃疡性大肠炎患者而言，大肠癌的早期发现和治疗是重要的。

一般而言，用于大肠癌的早期发现的检查通常是利用内窥镜检查来进行。然而，通过肉眼观察来检测早期的大肠癌多依赖于操作者的技能，通常是困难的。特别是对于溃疡性大肠炎患者而言，原本肠粘膜的炎症就严重，因此早期大肠癌的检测非常困难。另外，内窥镜检查的侵袭性高，还存在患者的负担也大的问题。

另一方面，专利文献1报道了，在溃疡性大肠炎患者中，肿瘤组织中的miR-1、miR-9、miR-124、miR-137和miR-34b/c的5种miRNA基因的甲基化率显著高于非肿瘤性溃疡性大肠炎组织，因此采集自作为非癌部位的结肠粘膜的生物体试样中的前述5种miRNA基因的甲基化率可以作为溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的标记物。

现有技术文献

专利文献

专利文献1：国际公开第2014/151551号。

发明内容

发明要解决的课题

本发明的目的在于提供以侵袭性较内窥镜检查低、患者的负担更小的方法对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定的方法和用于采集供该方法的直肠粘膜样本的试剂盒。

用于解决课题的方法

本发明人为了解决上述课题进行了深入研究，结果在综合性调查溃疡性大肠炎患者的基因组DNA中的CpG位点（胞嘧啶-磷酸二酯键-鸟嘌呤）的甲基化率时，发现了在患有大肠癌的患者与未患大肠癌的患者中甲基化率有显著差异的80种CpG位点，另外还发现了112个甲基化可变区（差异甲基化区（differentially methylated region），有时称为“DMR”），从而完成了本发明。

即，本发明提供以下的［1］～［34］的大肠癌发病可能性的判定方法、DNA甲基化率分析用标记物和大肠粘膜采集用试剂盒。

［1］大肠癌发病可能性的判定方法，其是对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定的方法，该方法具有下述步骤：

测定步骤，对从采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样回收的DNA中的、表1～4中记载的甲基化可变区编号1～112所示的各甲基化可变区中存在的1个以上的CpG位点的甲基化率进行测定，和

判定步骤，基于甲基化可变区的平均甲基化率与预设的基准值或预设的多变量判别式，对前述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定，所述甲基化可变区的平均甲基化率基于前述测定步骤中所测定的甲基化率算出；

前述甲基化可变区的平均甲基化率是在该甲基化可变区中的CpG位点之中，在前述测定步骤中测定了甲基化率的全部CpG位点的甲基化率的平均值，

前述基准值是针对各甲基化可变区的平均甲基化率分别设定的、用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的值，

前述多变量判别式含有前述甲基化可变区编号1～112所示的甲基化可变区之中1处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

[表1]

。

[表2]

。

[表3]

。

[表4]

。

［2］ 前述［1］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述判定步骤中，在甲基化可变区编号1、3～20、23～28、31～46、49～60、62、65～69、71、73、74、79、81、82、84、86、87、90～92、95、101、103、109、110和112所示的甲基化可变区之中1处以上是平均甲基化率为预设的基准值以下、或者甲基化可变区编号2、21、22、29、30、47、48、61,63、64、70、72、75～78、80、83、85、88、89、93、94、96～100、102、104～108和111所示的甲基化可变区之中1处以上是平均甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［3］ 前述［1］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述测定步骤中，对前述多变量判别式含有其平均甲基化率作为变量的甲基化可变区中存在的1个以上的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，基于甲基化可变区的平均甲基化率与前述多变量判别式算出该多变量判别式的值即判别值，所述甲基化可变区的平均甲基化率基于前述测定步骤中所测定的甲基化率算出，在该判别值为预设的基准判别值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［4］ 前述［2］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～112所示的甲基化可变区中的2处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

［5］ 前述［3］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～112所示的甲基化可变区中的3处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

［6］ 前述［3］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～58所示的甲基化可变区中的1处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

［7］ 前述［3］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～11所示的甲基化可变区中的1处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

［8］ 大肠癌发病可能性的判定方法，其是对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定的方法，该方法具有下述步骤：

测定步骤，对从采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样回收的DNA中的、选自SEQ IDNO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率进行测定；和

判定步骤，基于前述测定步骤中所测定的甲基化率与预设的基准值或预设的多变量判别式，对前述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定；

前述基准值是针对各CpG位点的甲基化率分别设定的、用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的值，

前述多变量判别式含有前述SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点之中至少1处的CpG位点的甲基化率作为变量。

［9］ 前述［8］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述测定步骤中，对2～10个CpG位点的甲基化率进行测定。

［10］ 前述［8］或［9］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29、31、45、64、65、67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30、32～44、46～63、66、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［11］ 前述［8］～［10］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述测定步骤中，对SEQ ID NO：1～32所示的碱基序列中的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29和31所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30和32所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［12］ 前述［8］～［11］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29和31所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30和32所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为3以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［13］ 前述［8］～［10］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述测定步骤中，对SEQ ID NO：1～16所示的碱基序列中的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～16所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［14］ 前述［8］～［10］和［13］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～16所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～10、13所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为3以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［15］ 前述［8］～［10］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述测定步骤中，对SEQ ID NO：1～9所示的碱基序列中的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1和2所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～9所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［16］ 前述［8］～［10］和［15］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1和2所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～9所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为3以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［17］ 前述［8］～［10］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述测定步骤中，对选自SEQ ID NO：33～66所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：45、64和65所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：33～44、46～63和66所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［18］ 前述［8］～［10］和［17］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：45、64和65所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：33～44、46～63和66所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为2以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［19］ 前述［8］～［10］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述测定步骤中，对选自SEQ ID NO：33、35、36、43、67～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：33、35、36、43、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［20］ 前述［8］～［10］和［19］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：33、35、36、43、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为2以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［21］ 前述［12］、［14］、［16］、［18］或［20］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述和为5以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［22］ 前述［8］或［9］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述多变量判别式含有选自SEQ ID NO：33～66所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量，在前述测定步骤中，对前述多变量判别式含有其甲基化率作为变量的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，基于前述测定步骤中所测定的甲基化率与前述多变量判别式算出该多变量判别式的值即判别值，在该判别值为预设的基准判别值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［23］ 前述［8］或［9］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述多变量判别式含有选自SEQ ID NO：33、35、36、43、67～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量，

其中，在前述测定步骤中，对前述多变量判别式含有其甲基化率作为变量的CpG位点的甲基化率进行测定，

在前述判定步骤中，基于前述测定步骤中所测定的甲基化率与前述多变量判别式算出该多变量判别式的值即判别值，在该判别值为预设的基准判别值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

［24］ 前述［1］～［23］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述多变量判别式是逻辑回归式、线性判别式、由朴素贝叶斯分类器创建的式子、或由支持向量机创建的式子。

［25］ 前述［1］～［24］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述生物体试样是肠道组织。

［26］ 前述［1］～［25］中任一项的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述生物体试样是直肠粘膜组织。

［27］ 前述［26］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述直肠粘膜组织是通过大肠粘膜采集用试剂盒采集得到的直肠粘膜组织，所述大肠粘膜采集用试剂盒包含采集工具和采集辅助工具，

前述采集工具具有：

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第1夹持面的板状的第1夹持片，

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第2夹持面的板状的第2夹持片，

将前述第1夹持片与前述第2夹持片以相互对置的状态在未形成有前述第1夹持面和前述第2夹持面的端部处连接的连接部；

前述第1夹持面和前述第2夹持面的至少一者是杯形；

前述采集辅助工具具有：

侧壁具有狭缝的截锥形的采集工具导入部，和

棒状的把持部；

前述把持部的一端与前述采集工具导入部的外径大的边缘部附近连接，

前述狭缝从前述采集工具导入部的外径小的边缘部朝向外径大的边缘部设置，

前述狭缝的宽度比前述第1夹持片的一端部与前述第2夹持片的一端部的宽度宽，

前述采集工具导入部的大的外径为30～70mm，旋转轴方向的长度为50～150mm。

［28］ 前述［27］的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，前述采集工具在

前述第1夹持片的中心部更靠形成有前述第1夹持面的端部侧具有第1弯曲部，

前述第2夹持片的中心部更靠形成有前述第2夹持面的端部侧具有第2弯曲部。

［29］ 大肠粘膜采集用试剂盒，其是包含采集工具和采集辅助工具的大肠粘膜采集用试剂盒，

前述采集工具具有：

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第1夹持面的板状的第1夹持片，

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第2夹持面的板状的第2夹持片，

将前述第1夹持片与前述第2夹持片以相互对置的状态在未形成有前述第1夹持面和前述第2夹持面的端部处连接的连接部；

前述第1夹持面和前述第2夹持面的至少一者是杯形；

前述采集辅助工具具有：

侧壁具有狭缝的截锥形的采集工具导入部，和

棒状的把持部；

前述把持部的一端与前述采集工具导入部的外径大的边缘部附近连接，

前述狭缝从前述采集工具导入部的外径小的边缘部朝向外径大的边缘部设置，

前述狭缝的宽度比前述第1夹持片的一端部与前述第2夹持片的一端部的宽度宽，

前述采集工具导入部的大的外径为30～70mm，旋转轴方向的长度为50～150mm。

［30］ 前述［29］的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，前述采集工具在前述第1夹持片的中心部更靠形成有前述第1夹持面的端部侧具有第1弯曲部，

在前述第2夹持片的中心部更靠形成有前述第2夹持面的端部侧具有第2弯曲部。

［31］ 前述［29］或［30］的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，前述第1夹持面与前述第2夹持面两者为杯形。

［32］ 前述［29］～［31］中任一项的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，前述采集辅助工具在旋转轴方向具有通孔，前述采集工具导入部的大的外径为30～70mm，旋转轴方向的长度为50～150mm，

前述杯形的边缘部的内径为2～3mm。

［33］ 前述［29］～［32］中任一项的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，前述第1夹持面与前述第2夹持面的边缘部为锯齿状。

［34］ DNA甲基化率分析用标记物，其由具有部分碱基序列的DNA片段组成，并用于判定溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性，所述部分碱基序列含有选自SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点。

发明效果

根据本发明的大肠癌发病可能性的判定方法，对于采集自溃疡性大肠炎患者的生物体试样，通过调查基因组DNA中的特定的CpG位点的甲基化率或特定的DMR的平均甲基化率，可以判定大肠癌发病的可能性。 此外，通过本发明的直肠粘膜采集用试剂盒，可以较为安全且简便地从患者的肛门采集直肠粘膜。

附图说明

[图1] 图1是作为采集工具的一个实施方式的采集工具2A以及作为其变形例的采集工具2B的说明图。

[图2] 图2是作为采集工具2A的变形例的采集工具2C的说明图。

[图3] 图3是作为采集辅助工具11的一个实施方式的采集辅助工具11A的说明图。

[图4] 图4是作为采集辅助工具11A的变形例的采集辅助工具11B的说明图。

[图5] 图5是直肠粘膜采集用试剂盒的使用方式的说明图。

[图6A] 图6A是基于实施例1中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的32CpG组的CpG位点的甲基化水平的聚类分析结果。

[图6B] 图6B是基于实施例1中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的32CpG组的CpG位点的甲基化水平的主成分分析结果。

[图6C] 图6C是基于实施例1中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的16CpG组的CpG位点的甲基化水平的聚类分析结果。

[图6D] 图6D是基于实施例1中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的16CpG组的CpG位点的甲基化水平的主成分分析结果。

[图6E] 图6E是基于实施例1中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的9CpG组的CpG位点的甲基化水平的聚类分析结果。

[图6F] 图6F是基于实施例1中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的9CpG组的CpG位点的甲基化水平的主成分分析结果。

[图7A] 图7A是基于实施例1中miR-1、miR-9、miR-124、miR-137和miR-34b/c的5种miRNA基因中存在的CpG位点之中DiffScore的绝对值超过30的27个CpG位点的甲基化水平的聚类分析结果。

[图7B] 图7B是基于实施例1中miR-1、miR-9、miR-124、miR-137和miR-34b/c的5种miRNA基因中存在的CpG位点之中DiffScore的绝对值超过30的27个CpG位点的甲基化水平的主成分分析结果。

[图8A] 图8A是基于实施例2中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的34CpG组的CpG位点的甲基化水平的聚类分析结果。

[图8B] 图8B是基于实施例2中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的34CpG组的CpG位点的甲基化水平的主成分分析结果。

[图9] 图9是实施例2中以SEQ ID NO：34所示的碱基序列中的CpG位点（cg10931190）、SEQ ID NO：37所示的碱基序列中的CpG位点（cg13677149）和SEQ ID NO：56所示的碱基序列中的CpG位点（cg14516100）的3个的CpG位点的甲基化率作为标记物时的、溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病有无的检査的ROC曲线。

[图10A] 图10A是基于实施例3中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的18CpG组的CpG位点的甲基化水平的聚类分析结果。

[图10B] 图10B是基于实施例3中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的18CpG组的CpG位点的甲基化水平的主成分分析结果。

[图11] 图11是基于实施例4中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的DMR112处（112DMR组）的甲基化率的聚类分析结果。

[图12] 图12是基于实施例4中综合性DNA甲基化分析结果筛选出的112DMR组的甲基化率的主成分分析结果。

[图13] 图13是实施例4中以DMR编号2所示的DMR、DMR编号10所示的DMR和DMR编号55所示的DMR的3个DMR的平均甲基化率为标记物时的、溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病有无的检查的ROC曲线。

具体实施方式

＜大肠癌发病可能性的判定方法＞

基因组DNA中的CpG位点的胞嘧啶碱基的5位碳可受到甲基化修饰。本发明和本申请说明书中，CpG位点的甲基化率意指对采集自一生物个体的生物体试样中的CpG位点之中被甲基化的胞嘧啶碱基（甲基化胞嘧啶）量与未甲基化的胞嘧啶碱基（非甲基化胞嘧啶）量进行测定，相对于两者之和的甲基化胞嘧啶量的比例（%）。此外，本发明和本申请说明书中，DMR的平均甲基化率意指DMR中存在的多个CpG位点的甲基化率的相加平均值（算术平均值）或相乘平均值（几何平均值），但也可以是这以外的平均值。

本发明的大肠癌发病可能性的判定方法（以下，有时称为“本发明的判定方法”）是对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定的方法，其特征在于，将基因组DNA中的CpG位点或DMR之中甲基化率在未发生大肠癌的溃疡性大肠炎患者（非癌溃疡性大肠炎患者）组与发生了大肠癌的溃疡性大肠炎患者（致癌溃疡性大肠炎患者）组中存在差异的那些作为标记物。将这些作为标记物的CpG位点的甲基化率或DMR的平均甲基化率作为指标，对人溃疡性大肠炎患者发生大肠癌的可能性的高低进行判定。通过将特定的CpG位点的甲基化率或特定的DMR的平均甲基化率作为用于判定溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性的标记物，由此可以更加客观且灵敏度良好地检测肉眼判别非常困难的溃疡性大肠炎患者中的早期大肠癌，可以期待早期发现。

基于作为标记物的CpG位点的甲基化率的人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性的判定可以基于所测定的CpG位点的甲基化率的值本身来进行，也可以使用含有作为标记物的CpG位点的甲基化率作为变量的多变量判别式，基于由该多变量判别式求出的判别值来进行。

基于作为标记物的DMR的平均甲基化率的人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性的判定可以基于由DMR中的2处以上的CpG位点的甲基化率算出的DMR的平均甲基化率的值本身来进行，也可以使用含有作为标记物的DMR的平均甲基化率作为变量的多变量判别式，基于由该多变量判别式求出的判别值来进行。

本发明中，作为被当作标记物的CpG位点和DMR，优选甲基化率在非癌溃疡性大肠炎患者组与致癌溃疡性大肠炎患者组中显著不同的那些。两组的差异越大，越能更确切地检测大肠癌发病的有无。本发明中，被当作标记物的CpG位点和DMR可以是致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著高于非癌溃疡性大肠炎患者的那些，即，甲基化率因大肠癌的发病而变高的那些，也可以是致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著低于非癌溃疡性大肠炎患者的那些，即，甲基化率因大肠癌的发病而变低的那些。

本发明中，作为被当作标记物的CpG位点和DMR，更优选在同一致癌溃疡性大肠炎患者中大肠的非癌部位与癌部位的甲基化率的差异小的那些。通过以这样的CpG位点的甲基化率或DMR的平均甲基化率作为指标，即使是使用采集自致癌溃疡性大肠炎患者的非癌部位的生物体试样的情形，也可以和使用采集自癌部位的生物体试样的情形同样地以高灵敏度判定大肠癌的发病的有无。例如，大肠深部的粘膜需要使用内窥镜等来采集，患者的负担大，但是肛门附近的直肠粘膜可以较为容易地进行采集。通过将大肠的非癌部位与癌部位的甲基化率的差异小的CpG位点或DMR作为标记物，无论形成癌部位的位置如何，以肛门附近的直肠粘膜作为生物体试样均可以进行检测而不会漏过患有大肠癌的患者。

本发明的判定方法之中，基于所测定的CpG位点的甲基化率的值本身进行判定的方法具体是对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定的方法，该方法具有下述步骤：测定步骤，对从采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样回收的DNA中的、本发明中作为标记物的特定的多个CpG位点的甲基化率进行测定；和判定步骤，基于前述测定步骤中所测定的甲基化率与针对各CpG位点分别预设的基准值对前述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定。

本发明中被当作标记物的CpG位点具体是选自SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点。将各碱基序列示于表5～12。表的碱基序列中，括号内的CG是实施例1～3中示出的综合性DNA甲基化分析中所检测的CpG位点。具有包含这些CpG位点的碱基序列的DNA片段可以作为用于判定溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性的DNA甲基化率分析用标记物来使用。

[表5]

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[表6]

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[表7]

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SEQ ID NO：1～32所示的碱基序列中的括号内的32个CpG位点（以下，有时统称为“32CpG组”）是在后述实施例1中的综合性DNA甲基化分析中，甲基化率在非癌溃疡性大肠炎患者组与致癌溃疡性大肠炎患者组中差异显著的那些。其中，致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著低于非癌溃疡性大肠炎患者的那些是SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29和31所示的碱基序列中的CpG位点（表中，“-”），致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著高于非癌溃疡性大肠炎患者的那些是SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30和32所示的碱基序列中的CpG位点（表中，“＋”）。被当作标记物的CpG位点并不限于这些32个CpG位点，还包括SEQ ID NO：1～32所示的碱基序列中的其它CpG位点。

[表8]

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[表9]

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[表10]

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SEQ ID NO：33～66所示的碱基序列中的括号内的34个CpG位点（以下，有时统称为“34CpG组”）是在后述实施例2中的综合性DNA甲基化分析中，甲基化率在非癌溃疡性大肠炎患者组与致癌溃疡性大肠炎患者组中差异显著的那些。其中，致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著低于非癌溃疡性大肠炎患者的那些是SEQ ID NO：45、64和65所示的碱基序列中的CpG位点（表中，“-”），致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著高于非癌溃疡性大肠炎患者的那些是SEQ ID NO：33～44、46～63和66所示的碱基序列中的CpG位点（表中，“＋”）。被当作标记物的CpG位点并不限于这些34个CpG位点，还包括SEQ ID NO：33～66所示的碱基序列中的其它CpG位点。

[表11]

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[表12]

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SEQ ID NO：33、35、36、43、67～80所示的碱基序列中的括号内的18个CpG位点（以下，有时统称为“18CpG组”）是在后述实施例3中的综合性DNA甲基化分析中，甲基化率在非癌溃疡性大肠炎患者组与致癌溃疡性大肠炎患者组中差异显著的那些。其中，致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著低于非癌溃疡性大肠炎患者的那些是SEQ ID NO：67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点（表中，“-”），致癌溃疡性大肠炎患者的甲基化率显著高于非癌溃疡性大肠炎患者的那些是SEQ ID NO：33、35、36、43、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点（表中，“＋”）。被当作标记物的CpG位点并不限于这些18个CpG位点，还包括SEQID NO：33、35、36、43、67～80所示的碱基序列中的其它CpG位点。

对于各CpG位点，预先设定用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的基准值。32CpG组之中表5～7中记为“＋”的CpG位点与34CpG组和18CpG组之中表8～12中记为“＋”的CpG位点的情形中，所测定的甲基化率为预设的基准值以上时，判定人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。32CpG组之中表5～7中记为“-”的CpG位点与34CpG组和18CpG组之中表8～12中记为“-”的CpG位点的情形中，所测定的甲基化率为预设的基准值以下时，判定人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

各CpG位点的基准值可以对致癌溃疡性大肠炎患者组与非癌溃疡性大肠炎患者组的该CpG位点的甲基化率进行测定，并以能够区别两组的阈值的形式实验性地求出。具体地，任意的CpG位点的甲基化的基准值可通过常规的统计学方法求出。以下示出其实例，但本发明中的基准值的确定方法并不受其限定。

作为基准值的求出方法的一例，例如，首先，对于任意的CpG位点，对溃疡性大肠炎患者之中通过内窥镜检查中基于活检组织的病理检查没有诊断为大肠癌的患者（非癌溃疡性大肠炎患者）的直肠粘膜的DNA甲基化进行测定。对多个患者进行测定之后，通过其平均值或中值等算出代表这些患者组的甲基化的数值，可将其作为基准值。

另外，还可以对多个非癌溃疡性大肠炎患者与多个致癌溃疡性大肠炎患者分别测定直肠粘膜的DNA甲基化，通过平均值或中值等分别算出代表致癌溃疡性大肠炎患者组与非癌溃疡性大肠炎患者组的甲基化的数值与偏差之后，考虑偏差而求出使两数值得以区别的阈值，并将其作为基准值。

本发明中，作为被当作标记物的CpG位点，可以仅使用SEQ ID NO：1～16所示的碱基序列中的CpG位点。这些16个CpG位点（以下，有时统称为“16CpG组”）是32CpG组之中致癌溃疡性大肠炎患者的大肠的非癌部位与癌部位的甲基化率的差异小的那些。本发明中，作为被当作标记物的CpG位点，还优选仅使用SEQ ID NO：1～9所示的碱基序列中的CpG位点。这些9个CpG位点（以下，有时统称为“9CpG组”）是16CpG组之中致癌溃疡性大肠炎患者的大肠的非癌部位与癌部位的甲基化率的差异更小的那些。

在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29、31、45、64、65、67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30、32～44、46～63、66、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。在本发明的判定方法中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29、31、45、64、65、67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30、32～44、46～63、66、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为2以上、优选为3以上、更优选为5以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高，由此可以精度更好地进行判定。

在本发明中，将前述32CpG组作为标记物时，即，在前述测定步骤中对前述32CpG组的甲基化率进行测定时，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29和31所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30和32所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。在本发明的判定方法中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29和31所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30和32所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为3以上、优选为5以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高，由此可以精度更好地进行判定。

在本发明中，将前述34CpG组作为标记物时，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：45、64和65所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：33～44、46～63和66所示的碱基序列中的CpG位点之中至少1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。本发明的判定方法中，在SEQ ID NO：45、64和65所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：33～44、46～63和66所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为2以上、优选为3以上、更优选为5以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高，由此可以精度更好地进行判定。

在本发明中，将前述18CpG组作为标记物时，在前述判定步骤中，在SEQ ID NO：67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：33、35、36、43、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。本发明的判定方法中，在SEQ ID NO：67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：33、35、36、43、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为2以上、优选为3以上、更优选为5以上时，判定前述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高，由此可以精度更好地进行判定。

本发明中，可以使用选自SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点作为标记物。本发明中，作为当作标记物的CpG位点，可以是SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的括号内的全部80个CpG位点（以下，有时统称为“80CpG组”），也可以是前述32CpG组，也可以是前述16CpG组，也可以是前述9CpG组，也可以是前述34CpG组，还可以是前述18CpG组。前述32CpG组的CpG位点、前述16CpG组的CpG位点以及前述9CpG组的CpG位点均在非癌溃疡性大肠炎患者组与致癌溃疡性大肠炎患者组的甲基化率的离散小、非癌溃疡性大肠炎患者组与致癌溃疡性大肠炎患者组的识别能力高的观点方面优异。另一方面，前述34CpG组和前述18CpG组与前述32CpG组、前述16CpG组的CpG位点和前述9CpG组的CpG位点相比特异性稍低，但灵敏度非常高，例如，非常适于致癌溃疡性大肠炎的初筛检查。

本发明的判定方法之中，基于特定的DMR的平均甲基化率的值本身进行判定的方法具体是对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定的方法，该方法具有下述步骤：测定步骤，对从采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样回收的DNA中的、本发明中作为标记物的特定的DMR中存在的1个以上的CpG位点的甲基化率进行测定；和判定步骤，根据基于前述测定步骤中所测定的甲基化率算出的DMR的平均甲基化率、与针对各DMR的平均甲基化率分别预先设定的基准值，对前述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定。应予说明，各DMR的平均甲基化率以在该DMR中的CpG位点之中，在前述测定步骤中测定了甲基化率的全部CpG位点的甲基化率的平均值的形式算出。

本发明中，被当作标记物的DMR具体地是选自DMR编号1～112所示的DMR中的1处以上的DMR。各DMR的染色体上的位置和对应的基因示于表13～16。表中的DMR的起点和终点的碱基位置基于人类基因组序列的数据集“GRCh37/hg19”。具有包含这些DMR中存在的CpG位点的碱基序列的DNA片段可以作为用于判定溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性的DNA甲基化率分析用标记物来使用。

[表13]

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[表14]

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[表15]

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[表16]

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DMR编号1～112所示的DMR（以下，有时统称为“112DMR组”）是各区中所含的多个CpG位点的甲基化率在非癌溃疡性大肠炎患者组与致癌溃疡性大肠炎患者组中显著不同的那些。其中，致癌溃疡性大肠炎患者的DMR的平均甲基化率（DMR中存在的多个CpG位点的甲基化率的平均值）显著低于非癌溃疡性大肠炎患者的是DMR编号1、3～20、23～28、31～46、49～60、62、65～69、71、73、74、79、81、82、84、86、87、90～92、95、101、103、109、110和112所示的DMR（表中，“-”），致癌溃疡性大肠炎患者的DMR的平均甲基化率显著高于非癌溃疡性大肠炎患者的是DMR编号2、21、22、29、30、47、48、61,63、64、70、72、75～78、80、83、85、88、89、93、94、96～100、102、104～108和111所示的DMR（表中，“＋”）。

本发明中，将DMR的平均甲基化率作为标记物时，可以将DMR编号1～112所示的DMR之中的1处作为标记物，也可以将选自DMR编号1～112所示的DMR中的任意2处以上作为标记物，还可以将DMR编号1～112所示的全部DMR作为标记物。本发明中，由于可进一步提高判定精度，因此由DMR编号1～112所示的DMR构成的组之中，用作标记物的DMR优选为2处以上、更优选为3处以上、进一步优选为4处以上、还进一步优选为5处以上。

由于可得到更高的判定精度，本发明中其甲基化率可被用作标记物的DMR优选为选自DMR编号1～58所示的DMR（以下，有时统称为“58DMR组”）中的1处以上，更优选为选自58DMR组的2处以上，进一步优选为选自58DMR组的3处以上，还进一步优选为选自58DMR组的4处以上，特别优选为选自58DMR组的5处以上。其中，优选为选自DMR编号1～11所示的DMR（以下，有时统称为“11DMR组”）中的1处以上，更优选为选自11DMR组的2处以上，进一步优选为选自11DMR组的3处以上，还进一步优选为选自11DMR组的4处以上，特别优选为选自11DMR组的5处以上。

各DMR的平均甲基化率可以设为各DMR中所含的全部CpG位点的甲基化率的平均值，也可以从各DMR中所含的全部CpG位点任意选出至少1个CpG位点、并设为该选出的CpG位点的甲基化率的平均值。各CpG位点的甲基化率可以与SEQ ID NO：1等所示的碱基序列中的CpG位点的甲基化率的测定相同地进行测定。

对于各DMR的平均甲基化率，预先设定用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的基准值。前述112DMR组之中表13～16中记为“＋”的DMR的情形中，所测定的DMR的平均甲基化率为预设的基准值以上时，判定人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。112DMR组之中表13～16中记为“-”的DMR的情形中，所测定的DMR的平均甲基化率为预设的基准值以下时，判定人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

各DMR的平均甲基化率的基准值可以对致癌溃疡性大肠炎患者组与非癌溃疡性大肠炎患者组的该DMR的平均甲基化率进行测定，并以能够区别两组的阈值的形式实验性地求出。具体地，DMR的平均甲基化率的基准值可通过常规统计学方法求出。

将前述80CpG组等的CpG位点的甲基化率作为标记物的情形中，本发明的判定方法可以将前述判定步骤基于前述测定步骤中所测定的甲基化率、与预设的多变量判别式，对前述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定。该多变量判别式含有前述SEQID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量。

将选自前述112DMR组中的1处以上的DMR的平均甲基化率作为标记物的情形中，本发明的判定方法可以将前述判定步骤基于根据前述测定步骤中所测定的甲基化率算出的DMR的平均甲基化率、与预设的多变量判别式，对前述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定。该多变量判别式含有前述112DMR组中的CpG位点之中1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量。

本发明中使用的多变量判别式可以通过用于判别2组的常规方法求出。作为该多变量判别式，可举出例如：逻辑回归式、线性判别式、由朴素贝叶斯分类器创建的式子、或由支持向量机创建的式子，但并不限定于此。这些多变量判别式，例如，对于致癌溃疡性大肠炎患者组与非癌溃疡性大肠炎患者组，可以对前述SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处或2处以上的CpG位点的甲基化率进行测定，并将所得的甲基化率作为变量，通过常法制作。此外，对于致癌溃疡性大肠炎患者组与非癌溃疡性大肠炎患者组，可以对前述112DMR组中的DMR之中1处或2处以上的DMR的平均甲基化率进行测定，并将所得甲基化率作为变量，通过常法制作。

本发明中使用的多变量判别式中，预先设定用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的基准判别值。基准判别值可以如下求出：对于致癌溃疡性大肠炎患者组与非癌溃疡性大肠炎患者组，求出使用的多变量判别式的值即判别值，对致癌溃疡性大肠炎患者组的判别值与非癌溃疡性大肠炎患者组的判别值进行比较，从而以能够区别两组的阈值的形式而实验性地求出。

使用多变量判别式进行判定时，具体地，在前述测定步骤中，对使用的多变量判别式含有其甲基化率作为变量的CpG位点的甲基化率或DMR的平均甲基化率进行测定，在前述判定步骤中，基于前述测定步骤中所测定的甲基化率与前述多变量判别式算出该多变量判别式的值即判别值，基于该判别值与预先设定的基准判别值，对测定了CpG位点的甲基化率或DMR的平均甲基化率的人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性的高低进行判定。在该判别值为预设的基准判别值以上时，判定该人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

作为本发明中使用的多变量判别式，优选含有选自前述34CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量的式子，更优选仅含有选自前述34CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量的式子，进一步优选仅含有任选自前述34CpG位点中的2～10处的CpG位点的甲基化率作为变量的式子，还进一步优选仅含有任选自前述34CpG位点中的2～5处的CpG位点的甲基化率作为变量的式子。

作为本发明中使用的多变量判别式，优选含有选自前述18CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量的式子，更优选仅含有选自前述18CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量的式子，进一步优选仅含有任选自前述18CpG位点中的2～10处的CpG位点的甲基化率作为变量的式子，还进一步优选仅含有任选自前述18CpG位点中的2～5处的CpG位点的甲基化率作为变量的式子。

对于构成前述34CpG组和前述18CpG组的CpG位点，当从这些组中任选2～10个、优选2～5个CpG位点，并仅使用该选择的CpG位点时，也能够以充分的灵敏度和特异性对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定。例如，如后述实施例2所示，前述34CpG组之中，使用SEQ ID NO：34所示的碱基序列中的CpG位点、SEQ ID NO：37所示的碱基序列中的CpG位点和SEQ ID NO：56所示的碱基序列中的CpG位点的3个CpG位点作为标记物，将这3个CpG位点的甲基化率作为变量，使用通过逻辑回归制作的多变量判别式时，对于人溃疡性大肠炎患者，可以以约96%的灵敏度、约92%的特异性对大肠癌的发病可能性进行判定。在临床检查等中，测定甲基化率的CpG位点的数量若多，则劳动力和成本有可能变得过大。通过从构成前述34CpG组和前述18CpG组的CpG位点中筛选作为标记物的CpG位点，可以以2～10个这样在临床检查中能够测定的合适数量的CpG位点精度良好地对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定。

作为本发明中使用的多变量判别式，优选含有选自前述112DMR组中的1处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，更优选仅含有选自前述112DMR组中的2处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，进一步优选仅含有任选自前述112DMR组中的3处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，还进一步优选仅含有任选自前述112DMR组中的4处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，特别优选仅含有任选自前述112DMR组中的5处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子。其中，优选含有选自前述58DMR组中的1处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，更优选仅含有选自前述58DMR组中的2处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，进一步优选仅含有任选自前述58DMR组中的2～10处的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，还进一步优选仅含有任选自前述58DMR组中的3～10处的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，特别优选仅含有任选自前述58DMR组中的5～10处的DMR的平均甲基化率作为变量的式子。更优选的是，优选含有选自前述11DMR组中的1处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，更优选仅含有选自前述11DMR组中的2处以上的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，进一步优选仅含有任选自前述11DMR组中的2～10处的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，还进一步优选仅含有任选自前述11DMR组中的3～10处的DMR的平均甲基化率作为变量的式子，特别优选仅含有任选自前述11DMR组中的5～10处的DMR的平均甲基化率作为变量的式子。

供本发明的判定方法的生物体试样是采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样，只要是包含该患者的基因组DNA则并无特别限定，可以是血液、血浆、血清、泪液、唾液等，也可以是从消化道粘膜、肝脏等其它组织采集的组织片。作为供本发明的判定方法的生物体试样，由于更充分地反映了大肠的状态，因此优选为大肠粘膜，由于能够较低侵袭地进行采集，因此更优选为直肠粘膜。大肠的直肠粘膜可以使用例如后述的大肠粘膜采集用试剂盒而简便地进行采集。

此外，该生物体试样只要是能够提取DNA的状态即可，也可以实施各种前处理。例如，可以是福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织。从生物体试样提取DNA可以通过常法进行，也可以使用各种市售的DNA提取・纯化试剂盒。

作为测定CpG位点的甲基化率的方法，只要是对于特定的CpG位点能够区别甲基化胞嘧啶碱基和未被甲基化的胞嘧啶碱基并定量的方法，则没有特别限定。可以通过直接使用或根据需要适宜改变该技术领域中公知的方法来对CpG位点的甲基化率进行测定。作为CpG位点的甲基化率的测定方法，可举出例如：亚硫酸氢盐测序法、COBRA（CombinedBisulfite Restriction Analysis，亚硫酸氢盐联合限制性内切酶分析）法、qAMP（quantitative analysis of DNA methylation using real-time PCR，使用实时PCR的DNA甲基化的定量分析）法等。另外，还可以使用MIAM（Microarray-based IntegratedAnalysis of Methylation by Isoschizomers，利用同裂酶的基于微阵列的甲基化综合分析）法来进行。

＜大肠粘膜采集用试剂盒＞

本发明的大肠粘膜采集用试剂盒具备：采集工具，用于夹住从而采集直肠粘膜；与采集辅助工具，用于扩张肛门并使该采集工具从肛门到达大肠粘膜表面。以下，参照图1～5的同时对本发明的大肠粘膜采集用试剂盒进行说明。

图1（A）～图1（C）是大肠粘膜采集用试剂盒1的采集工具2的一个实施方式即采集工具2A的说明图。图1（A）是采集工具2A的第1夹持片3a与第2夹持片3b未被加力的状态的斜视图，图1（B）是被加力的状态的斜视图。此外，图1（C）是采集工具2A的具有夹持面的前端部的局部放大图。如图1（A）所示，采集工具2A具有第1夹持片3a、第2夹持片3b、连接部4、第1夹持面5a、以及第2夹持面5b。

第1夹持片3a是在一端部形成有夹持大肠粘膜的第1夹持面5a的板状的构件，第2夹持片3b是在一端部形成有夹持大肠粘膜的第2夹持面5b的板状的构件。第1夹持片3a与第2夹持片3b在连接部4处，以相互对置的状态，在未形成有第1夹持面5a和第2夹持面5b的端部处连接。第1夹持片3a和第2夹持片3b的形状除了板状之外，还可以是棒状，只要形成为具有用于夹住从而采集直肠粘膜的一定长度，则不拘于形状。

通过对第1夹持片3a与第2夹持片3b的加力，两者相互接近。因此，通过在使采集工具2A的第1夹持面5a和第2夹持面5b与大肠粘膜接触的状态下对第1夹持片3a和第2夹持片3b加力，可以通过第1夹持面5a和第2夹持面5b夹持大肠粘膜。更详细地，第1夹持面5a的边缘部6a和第2夹持面5b的边缘部6b以夹住大肠粘膜的状态相接。通过在该状态下使采集工具2A离开大肠粘膜，被第1夹持面5a和第2夹持面5b所夹持的大肠粘膜被剥离从而被采集。

第1夹持片3a与第2夹持片3b的长度优选为50～250mm，更优选为100～200mm，进一步优选为70～200mm，还进一步优选为70～150mm。通过第1夹持片3a与第2夹持片3b为前述范围的长度，容易从肛门直接夹持从而采集大肠粘膜。

为了在组织的破损较少的状态下采集大肠粘膜，优选第1夹持面5a与第2夹持面5b的至少一者为杯形。由于是两者的至少一者为杯形的情形，因此在第1夹持面5a的边缘部6a与第2夹持面5b的边缘部6b相接时，内部会形成空间。被第1夹持面5a和第2夹持面5b所夹持的大肠粘膜之中，容纳于该空间内的部分在剥离大肠粘膜之际不太会受到负荷，因此可以抑制组织的破坏。如图1所示，通过两者均为杯形，大肠粘膜的采集更加容易，并且可以抑制组织的破坏。

第1夹持面5a与第2夹持面5b为杯形时，边缘部6a与边缘部6b的内径设定为能够采集所需量的大肠粘膜的大小即可。在供本发明的判定方法的大肠粘膜的情形中，只要能够采集少量的粘膜就足够。例如，通过使边缘部6a与边缘部6b的内径为1～5mm、优选为2～3mm，可以采集足够量的大肠粘膜而不会过度损伤大肠粘膜。

边缘部6a与边缘部6b只要能够相互密合即可，可以是平坦的，也可以如图1（C）所示那样优选为锯齿状。在锯齿状的情形中，通过利用边缘部6a’与边缘部6b’来夹持，可以以较小的力切断并采集大肠粘膜。

可以以相互对置的方式在第1夹持片3a与第2夹持片3b的任一者的内侧形成突起部8a，并在另一者的内侧形成筒部9a。对第1夹持片3a和第2夹持片3b加力，在边缘部6a与边缘部6b相互接触的状态下，突起部8a的前端嵌入筒部9a。由于突起部8a的前端嵌入筒部9a，在使采集工具2离开大肠粘膜之际，可以在边缘部6a与边缘部6b不发生错位的情况下稳定地采集大肠粘膜。

图1（D）是采集工具2A的变形例即采集工具2B的说明图，更详细地，是采集工具2B的第1夹持片3a与第2夹持片3b未被加力的状态的斜视图。第1夹持片3a在中心部更靠形成有第1夹持面5a的端部侧可以具有第1弯曲部7a。第2夹持片3b在中心部更靠形成有第2夹持面5b的端部侧可以具有第2弯曲部7b。第1夹持片3a与第2夹持片3b在中心部更靠形成有夹持面的前端侧处在维持相互对置的状态下倾斜，由此容易穿过采集辅助工具11的狭缝13而与大肠粘膜接触。具体如图1（D）所示，以与载置第1夹持片3a的中心部至连接部4侧和第2夹持片3b的中心部至连接部4侧的假想平面P交差的方式弯曲。弯曲的角度θ₁优选为10～50°，更优选为20～40°，进一步优选为25～35°。此外，从第1弯曲部7a至第1夹持面5a的前端部的长度和从第2弯曲部7b至第2夹持面5b的前端部的长度优选为20～60mm，更优选为30～50mm。由于从弯曲部至夹持面的前端部的长度为前述范围内，因此在穿过采集辅助工具11的狭缝13的状态下的粘膜采集变得更加容易。

图2（A）～图2（E）是采集工具2A的另外的变形例即采集工具2C的说明图。图2（A）是采集工具2的第1夹持片3a与第2夹持片3b未被加力的状态的正视图，图2（B）是采集工具2C的平面图。图2（C）是采集工具2C的突起部8b的放大图，图2（D）是采集工具2C的前端部分的、突起部8b的锁定爪被锁定于筒部9b的开口边缘部的突出部的状态的平面图，图2（E）是采集工具2C的前端部分的、第1夹持面5a与第2夹持面5b接合的状态的平面图。

从受试者的直肠采集粘膜组织之际，采集工具2在第1夹持片3a与第2夹持片3b的距离为闭合的状态而非打开的状态更容易穿过采集辅助工具11的狭缝13。因此，如图2的突起部8b所示，采集工具2的突起部可以是锁定爪。突起部8b的锁定爪可以为1个或2个以上，只要能够锁定于筒部9b的开口边缘部的突出部，则还可以是数个。此时，使嵌合突起部8b的筒部9b在开口边缘部于径向内侧设置突出部，突起部8b的锁定爪可以锁定于筒部9b的开口边缘部的突出部（图2（D））。优选对突起部8b的锁定爪的高度进行调整，以使在锁定于筒部9b的突出部的状态时，第1夹持面5a与第2夹持面5b的前端部接近，但第1夹持面5a与第2夹持面5b成为未接合的状态，并且通过对第1夹持片3a与第2夹持片3b进一步加力，可以在突起部8b的前端部不穿透筒部9b的底部的情形下使第1夹持面5a与第2夹持面5b接合。籍此，可以在不对采集工具2的第1夹持片3a和第2夹持片3b加力的情况下使第1夹持面5a与第2夹持面5b的前端部在接近的状态下稳定。采集工具2在图2（D）的状态下穿过采集辅助工具11的狭缝13，前端部一旦与直肠粘膜组织接触，则对第1夹持片3a和第2夹持片3b加力，使得夹入粘膜组织的一部分，成为图2（E）的状态，从而采集粘膜组织。

采集工具2可以在第1夹持片3a与第2夹持片3b上分别于连接部和弯曲部之间设置对应的缓冲部10a。缓冲部10a在其前端具有弹性部10b，在突起部8b的锁定爪锁定于筒部9b的开口边缘部的突出部的状态下，彼此以弹性部10b接合（图2（D））。通过该缓冲部，采集工具2可以更稳定地维持突起部8b的锁定爪锁定于筒部9b的开口边缘部的突出部的状态。即使在对第1夹持片3a和第2夹持片3b进一步加力时，前端的弹性部10b由于按压而变形，因此可以使第1夹持面5a与第2夹持面5b接合（图2（E））。

图3（A）和图3（B）是采集辅助工具11的一个实施方式即采集辅助工具11A的说明图。图3（A）是从采集辅助工具11A的下方观看的斜视图，图3（B）是从采集辅助工具11A的狭缝侧观看的底面图。如图3（A）所示，采集辅助工具11A具有：采集工具导入部12、狭缝13、和把持部14。

采集工具导入部12是在侧壁具有狭缝13的截锥形的构件。采集工具导入部12是从外径小的前端边缘部15插入肛门，从外径大的把手边缘部16插入采集工具2。采集工具导入部12可以在旋转轴方向具有通孔。从容易插入肛门的观点出发，把手边缘部16的外径优选为30～70mm，更优选为40～50mm。此外，从采集工具2容易导入至大肠粘膜表面的观点出发，前端边缘部15的外径优选为10～30mm，更优选为15～25mm。同样地，采集工具导入部12的旋转轴方向的长度优选为50～150mm，更优选为70～130mm，进一步优选为80～120mm。

狭缝13是从采集工具导入部12的前端边缘部15朝向把手边缘部16而设置。通过在采集工具导入部12的侧壁的一部分具有到达前端边缘部15的狭缝13，肠道内的采集工具2的前端部的活动自由度提高，可以在内部结构复杂的直肠内更容易地采集大肠粘膜。狭缝13可以设定于采集工具导入部12的任意位置。例如，如图3（A）所示，狭缝13优选位于靠近把持部14的一侧。此外，设置于采集工具导入部12的狭缝13的数量可以是1条，也可以是2条以上。

由于采集工具2穿过狭缝13而到达大肠粘膜表面，因此狭缝13的宽度设置为宽于边缘部6a与边缘部6b接触状态下的、采集工具2的第1夹持面5a与第2夹持面5b的宽度。此外，狭缝13的宽度可以为恒定，但优选如图3（B）所示那样，随着从前端边缘部15移向把手边缘部16侧而逐渐变宽。例如，边缘部6a与边缘部6b接触的状态下的、采集工具2的第1夹持面5a与第2夹持面5b的宽度L ₁（参照图1（B））为3～8mm时，狭缝13的前端边缘部15侧的宽度L ₂（参照图3（B））优选为7～15mm，狭缝13的把手边缘部16侧的宽度L ₃（参照图3（B））优选为10～20mm。应予说明，狭缝13可以在采集工具导入部12的壁面形成2处以上。

把持部14的一端在远离采集工具导入部12的方向上连接于采集工具导入部12的把手边缘部16附近。从容易用手握持等方面出发，把持部14的长度优选为50～150mm，更优选为70～130mm。把持部14的形状只要是容易握持的形状，则可以是任何形状，例如，可以是板状，可以是棒状，还可以是其它形状。

图4是采集辅助工具11A的变形例即采集辅助工具11B的说明图。图4（A）是从采集辅助工具11B的上方观看的斜视图，图4（B）是从下方观看的斜视图。此外，图4（C）～图4（G）分别是采集辅助工具11B的正视图、平面图、底面图、左侧面图和右侧面图。采集辅助工具的把持部如把持部14所示，可以是下方开口的中空的棒状并且以肋拱进行补强的把持部。

图5是示出本发明的大肠粘膜采集用试剂盒1的使用方式的说明图。首先，将采集辅助工具11从前端边缘部15插入要采集大肠粘膜的受试者的肛门。在以单手握住把持部14并使之稳定的状态下，从把手边缘部16侧的开口部导入采集工具2。导入的采集工具2从前端部穿过狭缝13而到达大肠粘膜表面。在以采集工具2的夹持面5a和夹持面5b夹持大肠粘膜的状态（夹持面5）下，将采集工具2从狭缝13抽出，由此可以采集大肠粘膜。

实施例

接着示出实施例等进一步详细说明本发明，但本发明并不受其限定。

［实施例1］

针对采集自溃疡性大肠炎患者之中通过内窥镜检查中基于活检组织的病理诊断而被诊断为大肠癌并施行了外科手术的患者（UC癌患者）8名（男性7名、女性1名）、以及作为医学上难治的溃疡性大肠炎患者且在癌以外施行了外科手术的患者（非癌UC患者）8名（男性7名、女性1名）的大肠粘膜中的DNA，综合分析CpG位点的甲基化率。应予说明，UC癌患者8名的平均年龄为47.1±12.4岁，患病期间的平均是11.4±7.3年。非癌UC患者8名的平均年龄为44.3±16.4岁，患病期间的平均是6.5±5.2年。

＜CpG位点的甲基化水平的综合性分析＞

（1）活检和DNA提取

从同一患者的大肠3处采集粘膜组织，依照常法制作福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样品。采集部位设为UC癌患者的盲肠、直肠和癌部，非癌UC患者的盲肠、横结肠、直肠。从FFPE样品切出切片，使用QIAmp DNA FFPE tissue kit（Qiagen公司制）提取DNA。

（2）DNA样品的品质评价

所得DNA的浓度如下求出。即，使用Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit（LifeTechnologies公司制）测定各样品的荧光强度，使用试剂盒附带的λ-DNA的校准曲线算出浓度。

接着，将各样品以TE（pH8.0）稀释为1ng/μL，使用Illumina FFPE QC Kit（Illumina公司制）和Fast SYBR Green Master Mix（Life Technologies公司制）进行实时PCR，求出Ct值。针对每个样品算出样品与阳性对照的Ct值之差（以下，ΔCt值），评价品质。ΔCt值小于5的样品判断为品质良好，继续进行后续的步骤。

（3）亚硫酸氢盐处理

使用EZ DNA Methylation Kit（ZYMO RESEARCH公司制），对DNA样品实施亚硫酸氢盐处理。

（4）分解DNA的修复和全基因组扩增

对亚硫酸氢盐处理后的DNA使用Infinium HD FFPE Restore Kit（Illumina公司制），修复分解DNA。将经修复的DNA碱变性后，中和，添加HumanMethylation450 DNA AnalysisKit（Illumina公司制）的用于全基因组扩增的酶和引物，在37℃的孵育烘箱（Illumina公司制）中等温反应20小时以上，由此扩增全基因组。

（5）全基因组扩增的DNA的片段化和纯化

向全基因组扩增的DNA添加HumanMethylation450 DNA Analysis Kit（Illumina公司制）的片段化用的酶，在Microsample Incubator（SciGene）中于37℃反应1小时。向片段化的DNA加入共沉淀剂和2-丙醇并进行离心分离处理，使DNA沉淀。

（6）杂交

向沉淀的DNA加入杂交缓冲液，在48℃的杂交烘箱（Illumina公司制）中反应1小时，使DNA溶解。将溶解的DNA在95℃的Microsample Incubator（SciGene公司制）中孵育20分钟，使之变性为单链后，分配至HumanMethylation450 DNA Analysis Kit（Illumina公司制）的BeadChip上。在48℃的杂交烘箱中反应16小时以上，使BeadChip上的探针与单链DNA杂交。

（7）标记反应和扫描

使杂交后的BeadChip上的探针进行延伸反应，与荧光色素结合。接着，将该BeadChip用iSCAN系统（Illumina公司制）扫描，测定甲基化荧光强度和非甲基化荧光强度。实验结束时，确认了扫描数据全部齐备和扫描得到正常进行。

（8）DNA甲基化水平的定量和比较分析

使用DNA甲基化分析软件GenomeStudio（Version：V2011.1）对扫描数据进行分析。DNA甲基化水平（β值）根据下式算出。

［β值］＝

［甲基化荧光强度］÷ (［甲基化荧光强度］＋［非甲基化荧光强度］＋100)

甲基化水平高时，β值接近于1，甲基化水平低时，β值接近于0。相对于非癌UC患者直肠样品组（n＝8）的UC癌患者直肠样品组（n＝8）的DNA甲基化水平的比较分析中使用了通过GenomeStudio算出的DiffScore。两者的DNA甲基化水平接近时，DiffScore接近于0，UC癌患者中的水平高时则显示正值，低时则显示负值。两组的甲基化水平的差异越大则DiffScore的绝对值越大。此外，从UC癌患者直肠样品组（n＝8）的平均β值中减去非癌UC患者直肠样品组（n＝8）的平均β值而得的值（Δβ值）也用于比较分析。

应予说明，DNA甲基化定量与DNA甲基化水平比较分析中使用了GenomeStudio和软件Methylation Module（Version:1.9.0）。GenomeStudio的设定条件如下所述。

DNA甲基化定量；

Normalization： 有（对照）

Subtract Background： 有

Content Descriptor： HumanMethylation450_15017482_v.1.2.bpm

DNA甲基化水平比较分析；

Normalization： 有(对照)

Subtract Background： 有

Content Descriptor： HumanMethylation450_15017482_v.1.2.bpm

Ref Group： 比较分析4. Group-3

Error Model： Illumina custom

Compute False Discovery Rate： 无。

（9）多变量分析

使用DNA甲基化水平的定量和比较分析结果，使用统计分析软件R（Version: 3.0.1、64bit、Windows（注册商标）），实施DiffScore的算出、聚类分析和主成分分析。

聚类分析的R脚本：

> data.dist<-as.dist(1-cor(data.frame,use="pairwise.complete.obs",method="p"))>hclust(data.dist, method="complete")

# data.frame: 由CpG（行）x 样品（列）构成的数据框

# 1-皮尔逊相关系数定义为距离，通过最长距离（complete linkage）法实施

主成分分析的R脚本：

> prcomp(t(data.frame),scale=T)

# data.frame: 由CpG（行）x 样品（列）构成的数据框

＜CpG生物标记物的选择＞

（1）CpG生物标记物候选的提取

作为由综合性DNA甲基化分析数据选定GpG生物标记物候选的方法，报道有基于DiffScore和Δβ值的检索（BMC Med genomics vol.4, p.50, 2011; Sex Dev vol.5,p.70, 2011）。前者设定为DiffScore的绝对值超过30和Δβ值的绝对值超过0.2，后者设定为DiffScore的绝对值超过30和Δβ值的绝对值超过0.3，从而提取生物标记物候选。依照这些方法，从搭载于BeadChip的485,577个CpG位点中提取出生物标记物候选。

具体地，首先从485,577个CpG位点中选择出DiffScore的绝对值超过30的72,905个CpG位点。BeadChip中也搭载了位于专利文献1中记载的miR-1、miR-9、miR-124、miR-137、miR-34b/c的各基因区的86个CpG位点，其中DiffScore的绝对值超过30的有27个。

接着，从该72,905个CpG位点之中提取出Δβ值的绝对值超过0.3的32个CpG位点。以下，将该32个CpG位点统称为“32CpG组”。此时，位于专利文献1中记载的各基因区的CpG位点被全部排除在外。

进而，为了没有遗漏地判别癌患者，在癌患者样品内对DNA甲基化水平的变动少的进行了检索。即，求出UC癌患者24个样品（3个部位×各部位8个样品）的β值的无偏方差var，筛选出无偏方差var的值小于0.05的16个CpG位点。以下，将该16个CpG位点统称为“16CpG组”。从16CpG组中进一步检索出无偏方差var的值小于0.03的9个CpG位点。以下，将该9个CpG位点统称为“9CpG组”。

32CpG组的各CpG位点的结果示于表17。表中，“16CpG”栏中有＃的CpG位点表示包含于16CpG组，“9CpG”栏中有＃的CpG位点表示包含于9CpG组。

[表17]

。

（2）使用CpG生物标记物候选的临床样品的多变量分析

使用前述32CpG组、16CpG组、9CpG组，进行全部48个样品的聚类分析和主成分分析，结果如图6A、6C和6E所示，各CpG组在聚类分析中均是全部UC癌患者样品集结于同一聚类（图中，框内）中。此外，如图6B、6D和6F所示，在主成分分析（纵轴为第2主成分）中，UC癌患者样品（●）与非癌UC患者样品（▲）在第1主成分（横轴）方向上分别形成独立的聚类。即，各CpG组均可以明确区别UC癌患者24个样品和非癌UC患者24个样品。另一方面，使用从位于专利文献1中记载的各基因区的CpG位点筛选出的27个CpG位点，同样地进行聚类分析和主成分分析，结果如图7A和7B所示，未能明确区别UC癌患者样品和非癌UC患者样品。由这些结果表明，表17中记载的32CpG作为溃疡性大肠炎患者中大肠癌的发病的生物标记物极其有用，通过使用它们，可以以高灵敏度和特异性判定溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的有无。

［实施例2］

与实施例1的溃疡性大肠炎患者分别地，针对采集自通过内窥镜检查中基于活检组织的病理诊断而被诊断为大肠癌并施行了外科手术的患者（UC癌患者）24名、以及作为医学上难治的溃疡性大肠炎患者且在癌以外施行了外科手术的患者（非癌UC患者）24名的大肠粘膜中的DNA，综合分析CpG位点的甲基化率。

供CpG位点的甲基化率的分析的DNA是从采集自溃疡性大肠炎患者的直肠的粘膜组织的FFPE样品，与实施例1相同地提取DNA，全基因组扩增，进行CpG位点的DNA甲基化水平的定量和比较分析，使用其结果实施DiffScore的算出、聚类分析和主成分分析。

（1）CpG生物标记物候选的提取

接着，从综合性DNA甲基化分析数据提取CpG生物标记物候选。 具体地，首先从485,577个CpG位点中提取出Δβ值的绝对值超过0.2的324个CpG位点。

接着，制作下述2种逻辑回归模型。

（1）从324个CpG位点中通过2组t-test检验选择前100个CpG位点，基于选自100个CpG的3个CpG全部的组合的161,700个逻辑回归模型。（2）基于选自324个CpG位点的2个CpG的全部组合的52,326个逻辑回归模型。

对于两逻辑回归模型的判别式，选定充分满足下述4个基准的CpG位点，算出出现的CpG位点的频率。

［基准1］灵敏度超过90%、特异性超过90%、并且判别式的系数p值小于0.05。［基准2］灵敏度超过90%、特异性超过90%、判别式的系数p值小于0.05、并且AIC（赤池的信息量基准）小于30。

［基准3］灵敏度超过95%、特异性超过85%、并且判别式的系数p值小于0.05。［基准4］灵敏度超过95%、特异性超过85%、判别式的系数p值小于0.05、并且AIC小于30。

对于4个基准的每一个选择出前10CpG位点，结果筛选出表8～10中记载的34个CpG位点（34CpG组）。各CpG位点的结果示于表18。

[表18]

。

（2）使用CpG生物标记物候选的临床样品的多变量分析

基于前述34CpG组的甲基化水平，进行全部48个样品的聚类分析和主成分分析。其结果，聚类分析（图8A）中，大多数的UC癌患者样品集结于同一聚类（图中，框内）中。此外，主成分分析（图8B，纵轴为第2主成分）中，UC癌患者样品（●）和非癌UC患者样品（▲）在第1主成分（横轴）方向上分别形成独立的聚类。即，各CpG组均可以明确区别UC癌患者24个样品和非癌UC患者24个样品。

（3）使用CpG生物标记物候选的临床样品的大肠癌发病可能性的评价

对以前述34CpG组之中，SEQ ID NO：34所示的碱基序列中的CpG位点（cg10931190）、SEQID NO：37所示的碱基序列中的CpG位点（cg13677149）和SEQ ID NO：56所示的碱基序列中的CpG位点（cg14516100）的3个CpG位点的甲基化率作为标记物时的溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的有无的判定精度进行了考察。

具体地，使用采集自24名UC癌患者和24名非癌UC患者的直肠的样本的前述3个CpG位点的甲基化水平的数值（β值），制作基于逻辑回归模型的判别式，进行UC癌患者和非癌UC患者的判别。其结果，灵敏度（UC癌患者之中被评价为阳性的患者的比例）为95.8%，特异性（非癌UC患者之中被评价为阴性的患者的比例）为91.7%，阳性预测值（被评价为阳性的患者之中UC癌患者的比例）为92%，阴性预测值（被评价为阴性的患者之中非癌UC患者的比例）为95.6%，均高达90%以上。此外，图9示出了ROC（Receiver Operating Characteristic，接收者操作特征）曲线。AUC（ROC曲线下面积）为0.98。由这些结果确认，基于选自前述34CpG组的数个CpG位点的甲基化率，能够以高灵敏度且高特异性评价溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性。

［实施例3］

从实施例1中求出的采集自溃疡性大肠炎患者的直肠的样本的各CpG位点的DNA甲基化水平（β值）、以及实施例2中求出的溃疡性大肠炎患者的各CpG位点的DNA甲基化水平（β值），提取CpG生物标记物候选。

（1）CpG生物标记物候选的提取

具体地，首先从485,577个CpG位点中提取出Δβ值的绝对值超过0.2的172个CpG位点。接着，从该172个CpG位点中，与实施例2相同地进行制作2种逻辑回归模型并对于前述4个基准的每一个选择出前10CpG位点。其结果，筛选出表11和表12中记载的18个CpG位点（18CpG组）。各CpG位点的结果示于表19。

[表19]

。

（2）使用CpG生物标记物候选的临床样品的多变量分析

基于前述18CpG组的甲基化水平，进行全部64个样品的聚类分析和主成分分析。其结果，聚类分析（图10A）中，大多数的UC癌患者样品集结于同一聚类（图中，框内）中。此外，主成分分析（图10B，纵轴为第2主成分）中，UC癌患者样品（●）和非癌UC患者样品（▲）在第1主成分（横轴）方向上分别形成独立的聚类。即，各CpG组均可以明确区别UC癌患者32个样品和非癌UC患者32个样品。

［实施例4］

从实施例2中获得的采集自UC癌患者24名和非癌UC患者24名的直肠的样本的各DMR的平均甲基化率（平均β值；各DMR中存在的CpG位点的甲基化水平（β值）的相加平均值）提取DMR生物标记物候选。

（1）DMR生物标记物候选的提取

具体地，首先将485,577个CpG位点的甲基化数据（IDAT形式）输入ChAMP管线（Bioinformatics、30、428、2014；http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChAMP.html），提取了在UC癌患者和非癌UC患者的2组间判定为显著的DMR2,549处。其中，设定Δβ值（［平均β值（UC癌）］-［平均β值（非癌UC）］）的绝对值超过0.15时，检索到39处。进一步追加Δβ值的绝对值超过0.1的484处之中的实施例1中获得的UC癌患者和非癌UC患者的Δβ值超过0.15的80处，将总数112处（DMR编号1～112）作为DMR生物标记物候选。该112处DMR（112DMR组）的结果示于表20～22。

[表20]

。

[表21]

。

[表22]

。

接着，制作基于选自前述112DMR组的3处DMR全部的组合的227,920个逻辑回归模型。对于所得判别式，选择灵敏度为95%的判别式79个，结果其中出现的DMR为58处（表中，58DMR）。进一步，求出判别式79个中出现的DMR的频率，结果出现4次以上的有11处（表中，11DMR）。

（2）使用DMR生物标记物候选的临床样品的多变量分析

基于前述112DMR组的甲基化率，进行实施例2的全部48个样品的聚类分析和主成分分析。其结果，聚类分析中，大多数的UC癌患者样品集结于同一聚类（图11中，框内）中。此外，主成分分析（图12）中，UC癌患者样品（●）和非癌UC患者样品（▲）在第1主成分方向上分别形成独立的聚类。

（3）使用DMR生物标记物候选评价临床样品的大肠癌发病可能性

对以前述112DMR组之中，DMR编号2（SIX10）、10（CEP112）、55（HNF4A）的区域的甲基化率作为标记物时的溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的有无的判定精度进行了考察。

具体地，使用采集自24名UC癌患者和24名非癌UC患者的直肠的样本的前述3处DMR的甲基化水平的数值（β值），制作基于逻辑回归模型的判别式，进行UC癌患者与非癌UC患者的判别。其结果，灵敏度（UC癌患者之中被评价为阳性的患者的比例）为95.8%，特异性（非癌UC患者之中被评价为阴性的患者的比例）为95.8%，阳性预测值（被评价为阳性的患者之中UC癌患者的比例）为95.8%，阴性预测值（被评价为阴性的患者之中非癌UC患者的比例）为95.8%，均高达95%以上。此外，图13示出ROC曲线。其结果，AUC（ROC曲线下面积）为0.974。由这些结果确认，基于选自前述112DMR组的数处DMR的平均甲基化率，能够以高灵敏度且高特异性评价溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性。

符号说明

1…大肠粘膜采集用试剂盒、2、2A、2B、2C…采集工具、3a…第1夹持片、3b…第2夹持片、4…连接部、5…夹持面、5a…第1夹持面、5b…第2夹持面、6a、6a’…第1夹持面5a的边缘部、6b、6b’…第2夹持面5b的边缘部、7a…第1弯曲部、7b…第2弯曲部、8a、8b…突起部、9a、9b…筒部、10a…缓冲部、10b…弹性部、11、11A、11B…采集辅助工具、12…采集工具导入部、13…狭缝、14…把持部、15…前端边缘部、16…把手边缘部。

序列表

<110> EA Pharma Co., Ltd.

<110> Hanumat Co., Ltd.

<120> 大肠癌发病可能性的判定方法

<130> J07153B1

<160> 80

<210> 1

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg05795005

<400> 1

ccatcagggt aagggtacct ggacttgcgg ctttttaggt cggcctggct ccgctccttc 60

cgcggtgacg aggtcccccg gcctcctagg gttgggaaga gctgctttcc tgactctcgt 120

tc 122

<210> 2

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg05208607

<400> 2

ggcttgactt ctcccacgcc ccatagaccc ggcaccgtgt aataactggg cccgtgtcct 60

cgcctgaaaa ctgggggtca cacggcctgt cctgaagaac tctgatgtga taaacaccat 120

ag 122

<210> 3

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg20795417

<400> 3

gaggccaaga cgggaggatc acttgaactc aggagttcga gaccagcctg ggtaacacag 60

cgagacactg tgtgaaaaaa atgtaaaaat taactgggtg tggtggtgtg cgcctgtagt 120

cc 122

<210> 4

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg10528424

<400> 4

gggcagcccc tgcagcactg ggcagacatg ctggcccacg cccggcggcc cattgcccag 60

cggcaccccc tgcggccagc cagggaggtg gaccgcatgc tggccctgca gccccgcctt 120

cg 122

<210> 5

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg05876883

<400> 5

caagctggaa aagggtggaa ctcatggctg ggcagacagg acagttctcc agggatctgg 60

cggtagatct gtgtctggaa cccaggttcc ctgatgtctg tgtcagggtg ccaccccaga 120

cc 122

<210> 6

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg03978067

<400> 6

gcgccggcag gagggccctg agcagacccg gcccgggggc ccggccaagg ccgcctgccc 60

cgagacccca ctcccagcac ccacagcaga gccactgggc cagggtgcct ctgccttcct 120

gg 122

<210> 7

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg10772532

<400> 7

cacatatgtc tgcctcctat catttcttca tgaggttcag ggcaaagggc ctagtcaagc 60

cgatgatctt tggttgcccc tacactttcc ccaaaccacc tacaaataaa caaaacaagg 120

gg 122

<210> 8

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg25287257

<400> 8

ctgggccgcg gggctcctac tggggcgcgg gctggtggct gggccgcggg ggcggcgagt 60

cgtcctccga ggagcagtcg gaggaggcgg cgtggacgct ggcgccgttg ctgtagggga 120

aa 122

<210> 9

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg19848924

<400> 9

ttgcgggcca gcgcgagttc cgggtgggtg ggggatgggc ggaccccgca ctcggagctg 60

cgagcaggcc ccaccggccc caggcagtga agggcttagc acctgggcca gcagctgctg 120

tg 122

<210> 10

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg05161773

<400> 10

ggctcaggag aaggggtaga acgggagggc ttcctggagg aaggcttcct aaccagagac 60

cggggtagga gtttgccagg caggtgatgc tggccagctt ctcttgccat tttccttttc 120

tt 122

<210> 11

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg07216619

<400> 11

acctttgcag cgagcgttac agctcttaaa ggtagcgtat cccgagtttt tcgttcctcc 60

cggtgggttc gtgggctggt tactctagcc gacttcagaa gtaaacccac agacctctgc 120

ag 122

<210> 12

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg11476907

<400> 12

ctggacacag ccagcttgac tctggaagaa ccgcctggca caaagcaatc aggcagtggg 60

cgttcccttt gacaggctgg ctgtctttac atagaaccta ctggaaacat cacatctgcc 120

tg 122

<210> 13

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg09084244

<400> 13

gcattttaat tcagactagc cacgtttcag cgctcagtag ccaccatagc taggggtcac 60

cgtattgaac agtgcagggc tgcagctact agcggagggc tcctgcgacg gacacaccgg 120

gt 122

<210> 14

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg00921266

<400> 14

accgacttgg gtatgtttct tatgaatatt acacgcggag cagcgtctgg tccgggggtg 60

cggtgggggg tgttggggcg ggcgggaggg gagaccaagg cggctgggga agcgcgggct 120

gg 122

<210> 15

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg01493009

<400> 15

agaaaacaga agagacttgt gtgtgtgtta cacatatgta cgtatacaca cacgtgcgtt 60

cgcaagcatg cctaaggaga tttctttcaa aaagaaggct ggcccaacaa tttcagtggc 120

ca 122

<210> 16

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg08101036

<400> 16

ctagtggcac cgacttgggt atgtttctta tgaatattac acgcggagca gcgtctggtc 60

cgggggtgcg gtggggggtg ttggggcggg cgggagggga gaccaaggcg gctggggaag 120

cg 122

<210> 17

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg20106077

<400> 17

gaatcccatg agtgatggcc aattcaggag gcgaagcacc cagcaagttc cccaccacag 60

cggacatgga acacgcacga gaggcagaga catgaaggac agaaggatgg aaggaagtac 120

gg 122

<210> 18

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg12908908

<400> 18

gggttgagaa ccactgattt agacattgct gtcccaatta atatttaaat agtcacagcc 60

cgttagctcc actaatccag ttgcattacc accggcatac aaaagattat tttttaaata 120

cc 122

<210> 19

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg04515524

<400> 19

cacttagatg ctcagtaaat gctccaggaa actgcagcac aaggaataat gaacttggag 60

cggggaagag ctggctttgt cccgggagag ctcgggcaag aggcctcgca tgtctgtgcc 120

tc 122

<210> 20

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg05380919

<400> 20

aatgcagtga ttaaaggaca caaggcctca gtgtgcatca ttctcattgt ggctttcagg 60

cggctgtgga agacagggtg gggatggtgg cttcgggagg tgaggtgctc tgggacttgg 120

gc 122

<210> 21

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg15360451

<400> 21

agggaccttc cttggacact cggctccctg ggcctgacgg tggactcatc ctttacaagg 60

cggctggaga cgacctgatt cttccatccc tttcccctgt gtgcaggttt tactgggctg 120

cg 122

<210> 22

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg19775763

<400> 22

gtcagtgggc tggggtgtga tctgtgggcg ggctggggtg cctgtgcagt gatctgtcgg 60

cgggccgggg tgtgatctgt gggcgggctg gggtgcctgt gcagtgatct gtccgcaggc 120

tg 122

<210> 23

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg01871025

<400> 23

ccaggatgcg ttgtcaccat aagttacagt acaagttggt tccctctctt ctctctcccc 60

cgcacctcga ccttctgccc tgtctcagac acacacacac acacacacac acacacacac 120

ac 122

<210> 24

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg05008296

<400> 24

attgggtttt ataactttat aaaagccttt catttgtttt gttccttatt cagtcattca 60

cgcatttgac aaacatttat ggcattccta tagtgtacta ggcactgtgc tgatgtccag 120

ca 122

<210> 25

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg08708231

<400> 25

gcttagattt ctcacattcc agcacatgca catggtctga cagtggttct tcatgaggag 60

cggaggtggg gagcatggag agtgtgtgag agccacctgg gcaccttttt gtcaaaatat 120

ac 122

<210> 26

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg27024127

<400> 26

tcactcattc attcatccag agacaggcac agacaggctg tgacacagga gctggcaatg 60

cggtctccac gtggccggaa ctgagcggct atctggaata aagggaggga ttgcagcggc 120

tg 122

<210> 27

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg22274196

<400> 27

gcaatataca aattaaagga tgggggtttt ttcccattca ttcaataaat cgttagtgaa 60

cgccttctgg atacatgaca gctaggccag ggaatgagcc tgcaaagacg aggaagatgt 120

ct 122

<210> 28

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg11844537

<400> 28

gagacgagct agtaatggag ggtgggccgt ggggtgagga aggtgcccaa atttgccgag 60

cggtaacctt accaaggact gggaagcagg gttttcacct actgaccccc gtccctcctc 120

gg 122

<210> 29

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg09908042

<400> 29

gggagagttc ttccaggata tgtctggctg tggactagca agtccagcct caccgtgtat 60

cgccaaattg ctctccaaac gataccaatc tccaccagca gcatctgaaa gttcccattg 120

ct 122

<210> 30

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg15828613

<400> 30

accaaagaaa atagttgcag cttaatgcct cacttgggag tttgcaaagt ctctgctctc 60

cgaaggcctt ggtgggtgaa aagcctaaat cgtccttatt tcccaccttg cttctctcct 120

tc 122

<210> 31

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg06461588

<400> 31

tggtggttga tagtgttgtt cagaacatcg atgtttttcc tgatttttgg tctgttctgt 60

cgatttctga gaaagtatta aaattaaagt tgggtcttgc atttttatcc attctgtcag 120

tc 122

<210> 32

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg08299859

<400> 32

agggactacc tttctgcgta ttcctttctg ttctttaaaa atgttaaacc atggggtgct 60

cgcttcggca gcacatatac taaaattgga acgatacaga gaagattagc atggcccctg 120

cg 122

<210> 33

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg24887265

<400> 33

cccagggggc ggcgggctga ggagcagtgc ggggctggat gatgagtggt ctggcgtccc 60

cgatggagtc ttctcatcct ccgagctgcc taacaccgac ttgccgctgc cattcagcgg 120

gt 122

<210> 34

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg10931190

<400> 34

gggctgaggc cccaggtgac agacgttttc cagtctacgc tgcgcggggc taagcctctg 60

cgaggcagag cgcactaaag cgtgcgccgc ctccgggaga gctgagctca ggacagcatc 120

gt 122

<210> 35

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg22797031

<400> 35

taacacgaat gacaagtggg tgattttcaa gaagcgcccg gtccctctag agaatgcgtc 60

cgaatatcag cggagccgac tgcgtatgcc tccggatgcc catctataaa ctctcttgct 120

tg 122

<210> 36

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg22158650

<400> 36

cgaggaacag cgagcccccg gacgctgact gcaggacgtc ccagtttgtg cccgggtctc 60

cgtccctccc cgtacggggc tcgtaccccc gggcctgggt ctgacccaca gggcgctgag 120

gc 122

<210> 37

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg13677149

<400> 37

ggcggcagtg gtgggggcgg ctcgcaaggc accctggcgt gcagcgccag tgaccagatg 60

cgtcgttacc gcaccgcctt cacccgagag cagattgcgc ggctggagaa ggaattctac 120

cg 122

<210> 38

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg22795586

<400> 38

gccttagcgc tctggtgacc tccgcgggat tctgagaaaa gcactgcgga acggcgggag 60

cgggccctgc tgcttgcttc gcgcccccca cccgcccggg gaccgcgact aagtccccga 120

cg 122

<210> 39

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg04389897

<400> 39

agcagtagca gcagcaggaa gggttgctga tcccggagct gtcacccgcc ggagggtggg 60

cgcgcggggg gctggtgagg cgtgggaggg gcggggcggg aggagagcct cactttctgt 120

gc 122

<210> 40

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg27651243

<400> 40

ctcagaccgc ccgtgggtca caagtgcaaa ggtaacagtg tcccctggga ggccgggatg 60

cgtcgggggc ggggagggcg cgcacctggg tctcggtgag catgagcgag gtggccacct 120

cg 122

<210> 41

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg09765089

<400> 41

ctcgcgcagg cagcgggcgc gtgtggcccg ggctgggcaa gccgaggaac agcgagcccc 60

cggacgctga ctgcaggacg tcccagtttg tgcccgggtc tccgtccctc cccgtacggg 120

gc 122

<210> 42

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg17542408

<400> 42

gcccgcggag ccacgtcagg cccccagctc ccccggatcc caccacgcac caggcccctc 60

cgcccggcaa gtggcccaag caggcatccg caacggaagg acaattttaa aaacaaaccc 120

tc 122

<210> 43

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg21229570

<400> 43

cctctcccac accaacctcc agcgcgcgaa gcagagaacg agaggaaagt ttgcggggtt 60

cgaatcgaaa atgtcgacat cttgctaatg gtctgcaaac ttccgccaat tatgactgac 120

ct 122

<210> 44

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg14394550

<400> 44

gagcggtgtc ttgctaggcc ggttggggta cttgcggggc cggatgggct tgagggtgag 60

cggcggctgg ggcaggctgc caaagcccgg gtggatctgc ttgtctttga atgccttgat 120

gg 122

<210> 45

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg20326647

<400> 45

agggagttta tagggactcc acggcgcggt ggctcgcctg ggctgagagg ctgactaacg 60

cgctgacacg gcggcacggg gctttacagg ccacgggccc tgccggcgag actgggaggg 120

ag 122

<210> 46

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg20373036

<400> 46

caccgcacac taaccacccc aacgcctggg gggccagccc ggcaccgaac ccgtctatca 60

cgtcaagcgg ccaacccctc aacgtgtact cgcagcctgg cttcaccgtg agcggcatgc 120

tg 122

<210> 47

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg19968840

<400> 47

ctcacagcgg gtccccccac tccccggcag ggtggcgttc tgcttctggc tcctctccaa 60

cgtgctgctc tccacgccgg ccccgctcta cggaggcctg gcactgctga ccaccggagc 120

ct 122

<210> 48

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg12162138

<400> 48

ccgcggggca agagcggggc tgcctgagcc cgcggagcca cgtcaggccc ccagctcccc 60

cggatcccac cacgcaccag gcccctccgc ccggcaagtg gcccaagcag gcatccgcaa 120

cg 122

<210> 49

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg01307130

<400> 49

gagggtcttt cctgcccggg tttcggacac tgttggagtt tcagggagct tgggcgcagg 60

cggcgatctc aaagcgcagc aggctccgca gaagaggcgg gctccgggca gagaccgcta 120

gc 122

<210> 50

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg24960947

<400> 50

cccgcccgcc tctcggcccc catcccggtc tggtccactc ccacccctcc aaccccatgc 60

cggccactgc agtactcaca ccgcacgcct gggctctgcc tctggcccgg gttgggggcg 120

gc 122

<210> 51

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg26074603

<400> 51

gtggttctgc tttggtttcc gagtggacga ggttctctgg gcagcgggac tgagtcttgg 60

cgcccaggtg agccgccctt ctccgacgag aaactacttg ttggcgtttt ccggattcag 120

gt 122

<210> 52

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg05575614

<400> 52

gacgaattcc ctttttccct ctacagcaat ccctcagatt tctgggggaa aatggggccc 60

cgttttccag tacacaggcc accccaggaa gaccgcgtcg ggcgctgtgt gatctggaga 120

gt 122

<210> 53

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg08309529

<400> 53

cagaatggcg gctccagagg cggtttcaag tttcataagt caggtaacac tgtgggtttc 60

cgccttctcg gacgcgggga aaggggagac aggaggcttc cccttgcgcg gggtgggtcg 120

gt 122

<210> 54

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg24879782

<400> 54

cagcctagaa gaagggtccc ctcagtagag accaggcctc cagctctccg tccggcgctc 60

cgctccacaa cccgccagtc gatgtgaggt ccgtcaaggg agcgatccct ccgtctgccc 120

gg 122

<210> 55

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg17538572

<400> 55

gggctgcgaa ccccaactgg cgggcgacgg ggactccgag cagcagcttg tggaggcctt 60

cgaggaaatg acccgcaatc tcttctcgct gcccatcgac gtgcccttca gcgggctgta 120

cc 122

<210> 56

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg14516100

<400> 56

gagctcaccc gggtgggaga cagagccggg gcgcgcgagc ttggtgtggg ggcgccactc 60

cggggcggag gggaggggct accagtgact tctccgagtc gggagctaga aagaggcttc 120

cg 122

<210> 57

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg25740565

<400> 57

tctttacccc cgactccctg gagcttggtc tcgggatgcc aacttggggc acggaggcga 60

cgggctgctc cgaagctgga gggtttctgc ttgggtcaga gggatcacga cctcagcaga 120

gc 122

<210> 58

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg21045464

<400> 58

gctgatcgat gaaggagaca agctggccca cggggaggtc aatacaatcg atgcggacct 60

cgacgaaacg gaagaatctc gcaggttcct gcgtgctggg ttccactcaa aatgtttcag 120

ga 122

<210> 59

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg23955842

<400> 59

gtggcagcga cggcggcggc agcggagatc ccaaggtccg taagcgggga actggggggt 60

cgcagggcgg gccggccaag aggcttggga gctgggcgtt gctgggggtg gagggataga 120

ag 122

<210> 60

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg22964918

<400> 60

cagagggagg aggtgcccct cactagataa ggggccgccg gctggctgcc ggctccatga 60

cgcccgtggg gtcacccccc ggccccggga ctcagccagc ctcgctcctc gctcctcgct 120

cc 122

<210> 61

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg00061551

<400> 61

aaacctcttt cttatgtaaa gtgctcagtc tcgggtatgt ctttatcagc agcatgaaaa 60

cggactaata caggccatcg cagagacaca cattaaactc tcactatggc tactttggga 120

gg 122

<210> 62

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg04610028

<400> 62

cttgccccag ctgggacagc cctgctctga ggaccagaca caggcaggtg ttgtgctatc 60

cgcagtggct gtttctggaa ggcaggagcc tgccttcact tctgcaccac ttagcacagt 120

gc 122

<210> 63

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg20139683

<400> 63

cagcaggggg agccgggatg tggctcacat gcctggggct gctccgtggc catctggatg 60

cgtgcacacg gcagcagggg cagccgggat gtggcttacg tgcctggggc tgctccgtgg 120

cc 122

<210> 64

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg09549987

<400> 64

gtgagcatgg gtgattgggt gggggagttg ggaggggtgc tagtgttccg tgtgtgtgca 60

cgtttgtgca catgcgttgt atgcacctat gtgtagagag agaaggtgaa tgaagtgtaa 120

ga 122

<210> 65

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg02299007

<400> 65

acccgtcccg ttcgacgcct ctggccgccc cgtccttgct tctcatctca cagggcactg 60

cgagccgcct gtcgcaatca gcattgagag ccaaaacagc tgtttggtga ctgtgcgagg 120

tt 122

<210> 66

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg17917970

<400> 66

accctgcacc cccaaagtcc tgacaacgca caccccacga agccggcgca cgcgccccta 60

cgacacccat tcggtgctgc tccgcacacc cccgcacgcc gcccgtgcac ctcccgtgtc 120

tc 122

<210> 67

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg10339295

<400> 67

ccccaagcct tgccagatta cattgtcaag gccagcactt tggagatatt tccttggttt 60

cgcaattcac acagtgacta acacatgtta cattttgaaa acttctctgg gtaaaaattt 120

aa 122

<210> 68

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg01736784

<400> 68

taaagcgcgg cggggagtcc ggggggctcc cgcctggagg gctgtgtgag cggcgggccg 60

cggggcggcg cggggggcgc tctccactct gcggaagctg ccccctctgc cctccggtcc 120

gc 122

<210> 69

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg00723994

<400> 69

gcctctgccc gagcgcgccc ttcggcccct gcaattagcg ccgggaggtc agcaggaacc 60

cggacgcctt cacccgcggc tcaaagcaca gcaaaaggcg accccatccc ctcccctccg 120

cg 122

<210> 70

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg26315862

<400> 70

gaaatccccc gcagttagcg gtcaacagaa agggcgacac ggaacggggt tcctggcacc 60

cgagctcgcc gcaccgaagt ctcctggtaa cagcgacacg ggaccgggct atgtgaccac 120

ac 122

<210> 71

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg19937061

<400> 71

cgcgcccgca gggcccgccc accgctttgc ttacgccgct gcccgtgggc caccccggcg 60

cgcagggtcc ccagcccgcg cctccgccac agccggcttt cccgcgcagc cacggactgc 120

ac 122

<210> 72

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg04004787

<400> 72

aaaaggacca gcgggatccg gccgcaagaa ttggaaagcc taggaagtgg cggtggctgg 60

cgcgtttggg gagcaggagt ggggataggg aagcagagct tgagagacct tcctccgggg 120

ca 122

<210> 73

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg03409187

<400> 73

gcgacggaga cactaccgag aaccagatgt tcgccgcccg cgtggtcatc ctgctgctgc 60

cgtttgccgt catcctggcc tcctacggtg ccgtggcccg agctgtctgt tgcatgcggt 120

tc 122

<210> 74

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg00282249

<400> 74

ttccaggagc cccccgtata aggaccccag ggactcctct ccccacgcgg ccgggccgcc 60

cgcccggccc ccagcccgga gagctgccac cgaccccctc aacgtcccaa gccccagctc 120

tg 122

<210> 75

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg20148575

<400> 75

ggggccacca ggtgggccgg gggcgcggtg gaagcggatg gtctgggtcg acgggagaag 60

cgaagcgggc gcgggaggcg ggcgcgggag gcgggcgcgg gaggcgggcg cgggaggcgg 120

gc 122

<210> 76

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg14416371

<400> 76

gagacacgag tccaggggcg cggaggggcg ggcagcgcgc ggagtggtga gactgagccg 60

cgatggaacg cgctggggag acccagcctg ttcggctcca gggttcggag acatcctggg 120

ct 122

<210> 77

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg26081900

<400> 77

gcacacacac acacacgtga atatatatat atatatatat atatatatat atatgaaatc 60

cggatggatc aagatgttta tagaaatgca aagctttaaa tctgtggaag aaatgagaga 120

aa 122

<210> 78

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg10168149

<400> 78

cggagtgcgc attgcgctaa cacgcgcacg ggaattgcac ccttgccgga gcctccgcac 60

cgtgcgccct tcaaagagct ggcgaccccg ctcacgtgta agcaacctcc cactttgaaa 120

ct 122

<210> 79

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg25366315

<400> 79

ctggttctgg gccttcccag acaaaagcca gagacccgga gcctctttct gagaaggaac 60

cgggcgtccc caagatttcc tctagccgag tcccctgggt cccccgagga ccgggacagc 120

tc 122

<210> 80

<211> 122

<212> DNA

<213> 智人

<220>

<222> (61)..(62)

<223> CpG ID_cg19850149

<400> 80

cggcgcgctc tgccagggac cccccccccc caccgccggt gcccgagtgg gccgcgtagg 60

cggggcccag cccataggcc gccagctcca gccgctgcag cgttctacgc ggtccgggac 120

gc 122

Claims (34)

1.大肠癌发病可能性的判定方法，其是对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定的方法，该方法具有下述步骤：

测定步骤，对从采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样回收的DNA中的、表1～4中记载的甲基化可变区编号1～112所示的各甲基化可变区中存在的1个以上的CpG位点的甲基化率进行测定，和

判定步骤，基于甲基化可变区的平均甲基化率与预设的基准值或预设的多变量判别式，对所述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定，所述甲基化可变区的平均甲基化率基于所述测定步骤中所测定的甲基化率算出；

所述甲基化可变区的平均甲基化率是在该甲基化可变区中的CpG位点之中，在所述测定步骤中测定了甲基化率的全部CpG位点的甲基化率的平均值，

所述基准值是针对各甲基化可变区的平均甲基化率分别设定的、用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的值，

所述多变量判别式含有所述甲基化可变区编号1～112所示的甲基化可变区之中1处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量，

[表1]

[表2]

[表3]

[表4]

。

2.权利要求1所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述判定步骤中，在甲基化可变区编号1、3～20、23～28、31～46、49～60、62、65～69、71、73、74、79、81、82、84、86、87、90～92、95、101、103、109、110和112所示的甲基化可变区之中1处以上是平均甲基化率为预设的基准值以下、或者甲基化可变区编号2、21、22、29、30、47、48、61,63、64、70、72、75～78、80、83、85、88、89、93、94、96～100、102、104～108和111所示的甲基化可变区之中1处以上是平均甲基化率为预设的基准值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

3.权利要求1所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述测定步骤中，对所述多变量判别式含有其平均甲基化率作为变量的甲基化可变区中存在的1个以上的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，基于甲基化可变区的平均甲基化率与所述多变量判别式算出该多变量判别式的值即判别值，所述甲基化可变区的平均甲基化率基于所述测定步骤中所测定的甲基化率算出，在该判别值为预设的基准判别值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

4.权利要求3所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～112所示的甲基化可变区中的2处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

5.权利要求3所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～112所示的甲基化可变区中的3处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

6.权利要求3所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～58所示的甲基化可变区中的1处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

7.权利要求3所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述多变量判别式含有选自甲基化可变区编号1～11所示的甲基化可变区中的1处以上的甲基化可变区的平均甲基化率作为变量。

8.大肠癌发病可能性的判定方法，其是对人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性进行判定的方法，该方法具有下述步骤：

测定步骤，对从采集自人溃疡性大肠炎患者的生物体试样回收的DNA中的、选自SEQ IDNO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率进行测定；和

判定步骤，基于所述测定步骤中所测定的甲基化率与预设的基准值或预设的多变量判别式，对所述人溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病的可能性进行判定；

所述基准值是针对各CpG位点的甲基化率分别设定的、用于识别致癌溃疡性大肠炎患者与非癌溃疡性大肠炎患者的值，

所述多变量判别式含有所述SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量。

9.权利要求8所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述测定步骤中，对2～10个CpG位点的甲基化率进行测定。

10.权利要求8或9所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29、31、45、64、65、67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30、32～44、46～63、66、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

11.权利要求8～10中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述测定步骤中，对SEQ ID NO：1～32所示的碱基序列中的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29和31所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30和32所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

12.权利要求8～11中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～18、21～24、26、27、29和31所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～10、13、19、20、25、28、30和32所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为3以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

13.权利要求8～10中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述测定步骤中，对SEQ ID NO：1～16所示的碱基序列中的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～16所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～10、13所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

14.权利要求8～10和13中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：1、2、11、12、14～16所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～10、13所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为3以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

15.权利要求8～10中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述测定步骤中，对SEQ ID NO：1～9所示的碱基序列中的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：1和2所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：3～9所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

16.权利要求8～10和15中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：1和2所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：3～9所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为3以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

17.权利要求8～10中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述测定步骤中，对选自SEQ ID NO：33～66所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：45、64和65所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：32～44、46～63和66所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

18.权利要求8～10和17中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：45、64和65所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：32～44、46～63和66所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为2以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

19.权利要求8～10中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述测定步骤中，对选自SEQ ID NO：33、35、36、43、67～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以下、或者SEQ ID NO：33、35、36、43、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中1处以上是甲基化率为预设的基准值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

20.权利要求8～10和19中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述判定步骤中，在SEQ ID NO：67、77、79和80所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以下的CpG位点的数量、与SEQ ID NO：33、35、36、43、68～76和78所示的碱基序列中的CpG位点之中甲基化率为预设的基准值以上的CpG位点的数量之和为2以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

21.权利要求12、14、16、18、或20所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，在所述和为5以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

22.权利要求8或9所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述多变量判别式含有选自SEQ ID NO：33～66所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量，

在所述测定步骤中，对所述多变量判别式含有其甲基化率作为变量的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，基于所述测定步骤中所测定的甲基化率与所述多变量判别式算出该多变量判别式的值即判别值，在该判别值为预设的基准判别值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

23.权利要求8或9所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述多变量判别式含有选自SEQ ID NO：33、35、36、43、67～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点的甲基化率作为变量，

在所述测定步骤中，对所述多变量判别式含有其甲基化率作为变量的CpG位点的甲基化率进行测定，

在所述判定步骤中，基于所述测定步骤中所测定的甲基化率与所述多变量判别式算出该多变量判别式的值即判别值，在该判别值为预设的基准判别值以上时，判定所述人溃疡性大肠炎患者患有大肠癌的可能性高。

24.权利要求1～23中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述多变量判别式是逻辑回归式、线性判别式、由朴素贝叶斯分类器创建的式子、或由支持向量机创建的式子。

25.权利要求1～24中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述生物体试样是肠道组织。

26.权利要求1～25中任一项所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述生物体试样是直肠粘膜组织。

27.权利要求26所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述直肠粘膜组织是通过大肠粘膜采集用试剂盒采集得到的直肠粘膜组织，所述大肠粘膜采集用试剂盒包含采集工具和采集辅助工具，

所述采集工具具有：

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第1夹持面的板状的第1夹持片，

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第2夹持面的板状的第2夹持片，和

将所述第1夹持片与所述第2夹持片以相互对置的状态在未形成有所述第1夹持面和所述第2夹持面的端部处连接的连接部；

所述第1夹持面和所述第2夹持面的至少一者是杯形；

所述采集辅助工具具有：

侧壁具有狭缝的截锥形的采集工具导入部，和

棒状的把持部；

所述把持部的一端与所述采集工具导入部的外径大的边缘部附近连接，

所述狭缝从所述采集工具导入部的外径小的边缘部朝向外径大的边缘部设置，

所述狭缝的宽度比所述第1夹持片的一端部与所述第2夹持片的一端部的宽度宽，

所述采集工具导入部的大的外径为30～70mm，旋转轴方向的长度为50～150mm。

28.权利要求27所述的大肠癌发病可能性的判定方法，其中，所述采集工具在所述第1夹持片的中心部更靠形成有所述第1夹持面的端部侧具有第1弯曲部，

在所述第2夹持片的中心部更靠形成有所述第2夹持面的端部侧具有第2弯曲部。

29.大肠粘膜采集用试剂盒，其是包含采集工具与采集辅助工具的大肠粘膜采集用试剂盒，

所述采集工具具有：

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第1夹持面的板状的第1夹持片，

在一端部形成有夹持大肠粘膜的第2夹持面的板状的第2夹持片，和

将所述第1夹持片与所述第2夹持片以相互对置的状态在未形成有所述第1夹持面和所述第2夹持面的端部处连接的连接部；

所述第1夹持面和所述第2夹持面的至少一者是杯形；

所述采集辅助工具具有：

侧壁具有狭缝的截锥形的采集工具导入部，和

棒状的把持部；

所述把持部的一端与所述采集工具导入部的外径大的边缘部附近连接，

所述狭缝从所述采集工具导入部的外径小的边缘部朝向外径大的边缘部设置，

所述狭缝的宽度比所述第1夹持片的一端部与所述第2夹持片的一端部的宽度宽，

所述采集工具导入部的大的外径为30～70mm，旋转轴方向的长度为50～150mm。

30.权利要求29所述的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，所述采集工具在所述第1夹持片的中心部更靠形成有所述第1夹持面的端部侧具有第1弯曲部，

在所述第2夹持片的中心部更靠形成有所述第2夹持面的端部侧具有第2弯曲部。

31.权利要求29或30所述的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，所述第1夹持面与所述第2夹持面两者为杯形。

32.权利要求29～31中任一项所述的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，所述采集辅助工具在旋转轴方向具有通孔，所述采集工具导入部的大的外径为30～70mm，旋转轴方向的长度为50～150mm，所述杯形的边缘部的内径为2～3mm。

33.权利要求29～32中任一项所述的大肠粘膜采集用试剂盒，其中，所述第1夹持面与所述第2夹持面的边缘部为锯齿状。

34.DNA甲基化率分析用标记物，其由具有部分碱基序列的DNA片段组成，并用于判定溃疡性大肠炎患者的大肠癌发病可能性，所述部分碱基序列含有选自SEQ ID NO：1～80所示的碱基序列中的CpG位点中的1处以上的CpG位点。