WO2024004523A1 - 大腸がんバイオマーカーおよびその用途 - Google Patents

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WO2024004523A1
WO2024004523A1 PCT/JP2023/020674 JP2023020674W WO2024004523A1 WO 2024004523 A1 WO2024004523 A1 WO 2024004523A1 JP 2023020674 W JP2023020674 W JP 2023020674W WO 2024004523 A1 WO2024004523 A1 WO 2024004523A1
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WO
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colorectal cancer
dpep1
tff1
lgals3
anpep
Prior art date
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PCT/JP2023/020674
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貴也 志村
悠介 奥田
洋望 片岡
歩 田口
雄一 阿部
Original Assignee
公立大学法人名古屋市立大学
愛知県
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    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
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    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids

Definitions

  • the present invention relates to a colorectal cancer biomarker and its uses.
  • This application claims priority based on Japanese Patent Application No. 2022-106363 filed with the Japan Patent Office on June 30, 2022, and the entire contents of the same Japanese application are incorporated by reference.
  • Lower gastrointestinal endoscopy and associated tissue diagnosis are sometimes performed as the gold standard for colorectal cancer diagnosis.
  • lower gastrointestinal endoscopy takes a long time, is a highly invasive test that causes pain to the subject during insertion and observation of the endoscope, and is expensive.
  • complications associated with the test such as bleeding or perforation during the test, or intestinal obstruction due to pretreatment laxatives. Therefore, lower gastrointestinal endoscopy is not recommended for screening tests such as medical examinations for healthy individuals.
  • fecal occult blood testing is widely performed as a test for colon cancer (for example, Non-Patent Documents 1 and 2). It is generally believed that a fecal occult blood test can determine the presence or absence of colorectal cancer and can reduce the mortality rate from colorectal cancer. However, the fecal occult blood reaction has low sensitivity for detecting early colorectal cancer. In the fecal occult blood test, the sensitivity for advanced colorectal cancer is relatively high at about 80%, but there are reports that the sensitivity for early colorectal cancer is about 28.1%.
  • the probability of erroneously identifying a healthy subject as suffering from colon cancer is extremely high.
  • the specificity of the fecal occult blood test is insufficient. This is because a positive result in a fecal occult blood test may be due to a wound in the anus or mucous membrane. Therefore, highly invasive and costly endoscopy may be additionally performed.
  • Another problem with fecal occult blood testing is that sample handling is complicated.
  • biomarkers that enable minimally invasive testing.
  • biomarkers for example, CEA (carcinoembryonicantigen) and CA19-9 (carbohydrate antigen 19-9) have been proposed.
  • CEA and CA19-9 have low sensitivity for detecting colorectal cancer, so their use in diagnosis of colorectal cancer is not recommended.
  • the present invention provides a colon cancer biomarker that can easily and non-invasively determine the presence or absence of colon cancer with excellent sensitivity and specificity.
  • a urinary protein colorectal cancer biomarker is provided.
  • a colon cancer biomarker is provided that can easily and non-invasively determine the presence or absence of colon cancer with excellent sensitivity and specificity.
  • FIG. 2 is an explanatory diagram showing an overview of comprehensive relative quantitative mass spectrometry (iTRAQ (registered trademark)) using a discovery cohort.
  • Figure 2 shows the results of the comprehensive relative quantitative mass spectrometry analysis outlined in Figure 2.
  • Figure 3 is a heat map showing proteins that are abnormally expressed in colorectal cancer patients.
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of DPEP1 in urine between healthy subjects and colon cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of TFF1 in urine between healthy subjects and colorectal cancer patients.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of ANPEP in urine between healthy subjects and colon cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of urinary LGALS3 between healthy subjects and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of ANPEP in urine between healthy subjects and colon cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of urinary LGALS3 between healthy subjects and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of DPEP1 in urine between healthy subjects and colon cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of TFF1 in urine between healthy subjects and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of ANPEP in urine between healthy subjects and colon cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 1 is a diagram comparing the expression level of TFF1 in urine between healthy subjects and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 2 is a diagram
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of urinary LGALS3 between healthy subjects and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of DPEP1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of TFF1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of urinary LGALS3 between healthy subjects and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 3 is a diagram comparing
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of DPEP1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients.
  • the expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of TFF1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients.
  • the expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of DPEP1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 1 is standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of TFF1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are standardized values divided by the urinary creatinine concentration.
  • FIG. 3 is a diagram comparing the expression level of DPEP1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients. For colorectal cancer patients, the expression levels are shown in order of progression stage. The expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • FIG. 2 is a diagram comparing the expression level of TFF1 in urine between healthy subjects, adenoma patients, and colorectal cancer patients.
  • the expression levels are shown in order of progression stage.
  • the expression levels in the figure are absolute values before standardization.
  • An ROC curve created to determine the presence or absence of early-stage colon cancer (adenoma) is shown.
  • the expression level is a standardized value divided by the urinary creatinine concentration.
  • An ROC curve created to determine the presence or absence of early-stage colon cancer (adenoma) is shown.
  • Expression levels are absolute values before standardization. 2 shows an ROC curve created based on the measured value of protein concentration in a serum sample in order to determine the presence or absence of colon cancer.
  • Expression levels are absolute values before standardization.
  • variant refers to a natural variant resulting from polymorphism, mutation, etc., or a variant containing deletion, substitution, addition, or insertion of one or more bases.
  • Stress or “Sensitivity” means (number of true positives)/(number of true positives + number of false negatives). The higher the sensitivity, the easier it is to detect colorectal cancer at an early stage, contributing to complete resection of the cancerous area and lower recurrence rates. As a result, it may also contribute to lowering the mortality rate from colorectal cancer.
  • “Specificity” or “Specificity” means (number of true negatives)/(number of true negatives + number of false positives). The higher the specificity, the easier it is to prevent healthy subjects from being mistakenly identified as colorectal cancer patients, which prevents unnecessary additional tests and contributes to reducing the burden on patients and medical costs. "Accuracy” means (number of true positives + number of true negatives)/(total number of specimens). In Japan and other countries and regions where medical procedures are excluded from the scope of patents, the acts specified by the terms “examination,””discrimination,” and “test” are defined as medical procedures performed by physicians (e.g., human This does not include the act of diagnosing a disease, the act of treating a human disease, etc.). " ⁇ " indicating a numerical range means that the numerical values written before and after it are included as lower and upper limits.
  • the colorectal cancer biomarker of the present invention is at least one selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, MME, and ACP2. urinary protein (hereinafter sometimes simply referred to as "urinary protein").
  • the present inventor came up with the idea of establishing a protein that is abnormally expressed in the urine of colorectal cancer patients as a biomarker in order to easily and non-invasively test for the presence or absence of colorectal cancer.
  • Urine samples can be collected non-invasively.
  • the acquisition and handling of test samples is simpler compared to fecal occult blood testing.
  • urine as a specimen material has the following characteristics: anyone can easily collect the specimen, no special equipment or reagents are required for collection or storage, a sufficient amount of specimen can be collected at one time, and there are no pain or risks associated with collection. It has a number of advantages in testing, such as not being associated with hemodynamics and reflecting the hemodynamics in the body. Therefore, urine samples can be said to be the most suitable specimen for medical examinations and home screening.
  • a urine sample of a subject having the above-mentioned advantages is utilized, and urinary proteins contained in trace amounts in urine and/or a combination thereof are used as a colorectal cancer biomarker.
  • urinary proteins contained in trace amounts in urine and/or a combination thereof are used as a colorectal cancer biomarker.
  • various screening kits using urine specimens such as test tapes for diabetes and pregnancy reactions, are widely used in general clinical practice and daily life.
  • no colorectal cancer biomarkers that can be detected in urine samples have been established, so no colorectal cancer screening kit that uses urine samples has yet been put to practical use.
  • the colorectal cancer biomarker of the present invention allows colorectal cancer to be tested non-invasively and easily, and even at home. Therefore, the colorectal cancer biomarker of the present invention is extremely useful, particularly in the field of medical examinations and primary screening.
  • the present inventor comprehensively analyzed the protein concentration of urine samples collected from colorectal cancer patients.
  • the present inventors found that 16 specific types of urinary proteins are abnormally expressed in colorectal cancer patients.
  • these urinary proteins By using these urinary proteins as colorectal cancer biomarkers, it is possible to non-invasively test for the presence or absence of colorectal cancer.
  • the present inventor identified 16 types of colorectal cancer biomarkers in urine: DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, MME, and ACP2. did. According to these colorectal cancer biomarkers, the presence or absence of colorectal cancer can be determined with excellent sensitivity and specificity. As shown in the Examples below, according to the colorectal cancer biomarker of the present invention, not only early colorectal cancer but also colorectal adenoma can be detected with excellent sensitivity.
  • the concentration of a protein in urine is substantially synonymous with the terms "content,” “abundance,” “expression amount,” and “level” of the protein in urine. It can be.
  • DPEP1 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1.
  • DPEP1 is an abbreviation for dipeptidase 1.
  • the sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P16444.
  • DPEP1 may be a mutant thereof.
  • the present inventor found that DPEP1 was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of DPEP1 in urine shows a positive correlation with the incidence of colorectal cancer. Therefore, if the DPEP1 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the DPEP1 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • TFF1 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO:2.
  • TFF1 is an abbreviation for trefoil factor 1.
  • the sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P04155.
  • TFF1 may be a mutant thereof.
  • TFF1 is significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to the data obtained by the inventors, the concentration of TFF1 in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the TFF1 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the TFF1 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • ANPEP is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 3.
  • ANPEP is an abbreviation for alanyl aminopeptidase. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P15144. ANPEP may also be a variant thereof.
  • the present inventors have found that ANPEP is significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of ANPEP in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the ANPEP concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the ANPEP concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • LGALS3 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 4.
  • LGALS3 is an abbreviation for galectin-3. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P17931.
  • LGALS3 may be a mutant thereof.
  • the present inventor found that LGALS3 was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of LGALS3 in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the LGALS3 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the LGALS3 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • PRG4 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 5.
  • PRG4 is an abbreviation for proteoglycan 4. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-Q92954. PRG4 may be a variant thereof.
  • the present inventor found that PRG4 was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of PRG4 in urine shows a positive correlation with the incidence of colorectal cancer. Therefore, if the PRG4 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the PRG4 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • CDH17 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6.
  • CDH17 is an abbreviation for cadherin-17.
  • the sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-Q12864.
  • CDH17 may be a variant thereof.
  • the present inventor found that CDH17 was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of CDH17 in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the CDH17 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the CDH17 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • PIGR is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 7.
  • PIGR is an abbreviation for polymeric immunoglobulin receptor. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P01833. PIGR may also be a variant thereof.
  • the present inventor found that PIGR was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to the data obtained by the inventors, the urinary PIGR concentration shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the PIGR concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the PIGR concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • TNFRSF10C is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 8.
  • TNFRSF10C is an abbreviation for tumor necrosis factor receptor superfamily member 10c. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-O14798.
  • TNFRSF10C may be a mutant thereof.
  • TNFRSF10C was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the urinary TNFRSF10C concentration shows a positive correlation with the incidence of colorectal cancer. Therefore, if the TNFRSF10C concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the TNFRSF10C concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • MEP1A is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 9.
  • MEP1A is an abbreviation for Meprin A subunit alpha. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-Q16819. MEP1A may be a mutant thereof.
  • MEP1A is significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of MEP1A in urine shows a positive correlation with the incidence of colorectal cancer. Therefore, if the MEP1A concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the MEP1A concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • LGALS3BP is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 10.
  • LGALS3BP is an abbreviation for galectin-3 binding protein. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-Q08380.
  • LGALS3BP may be a mutant thereof.
  • the present inventor found that LGALS3BP was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to the data obtained by the inventors, the concentration of LGALS3BP in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the LGALS3BP concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the LGALS3BP concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • APOA1 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 11.
  • APOA1 is an abbreviation for apolipoprotein A-1.
  • the sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P02647.
  • APOA1 may be a mutant thereof.
  • the present inventors have found that APOA1 is significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of APOA1 in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the APOA1 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the APOA1 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • LRG1 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 12.
  • LRG1 is an abbreviation for leucine rich alpha-2-glycoprotein 1. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P02750. LRG1 may be a mutant thereof.
  • the present inventor found that LRG1 was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of LRG1 in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the LRG1 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the LRG1 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • ENPEP is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 13.
  • ENPEP is an abbreviation for glutamyl aminopeptidase. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-Q07075. ENPEP may also be a variant thereof.
  • the present inventor found that ENPEP was significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of ENPEP in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the ENPEP concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the ENPEP concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • S100A11 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 14.
  • S100A11 is an abbreviation for Protein S100-A11. The sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P31949. S100A11 may be a variant thereof.
  • the present inventors have found that S100A11 is significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of S100A11 in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the S100A11 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the S100A11 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • MME is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 15.
  • MME is an abbreviation for membrane metalloendopeptidase.
  • MME is sometimes called Neprilysin.
  • the sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P08473.
  • MME may be a variant thereof.
  • the present inventors have found that MME is significantly highly expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, the concentration of MME in urine shows a positive correlation with the incidence of colon cancer. Therefore, if the MME concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the MME concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • ACP2 is a polypeptide having the amino acid sequence of SEQ ID NO: 16.
  • ACP2 is an abbreviation for acid phosphotase 2.
  • ACP2 is sometimes called lysosomal acid phosphotase.
  • the sequence of this protein is well known in the art and can be obtained, for example, from UniProtKB-P11117.
  • ACP2 may be a variant thereof.
  • the present inventor found that ACP2 was significantly less expressed in the urine of colorectal cancer patients. According to data obtained by the inventors, urinary ACP2 concentration shows a negative correlation with colon cancer incidence. Therefore, if the ACP2 concentration in the urine sample is lower than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer. On the other hand, if the ACP2 concentration in the urine sample is higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is not suffering from colon cancer.
  • a colon cancer biomarker As a colon cancer biomarker, one of the 16 types of urinary proteins mentioned above may be used alone, or two or more types may be used in combination. Among these, when urinary DPEP1 is used alone, the sensitivity and specificity are extremely high, and the reproducibility is also high.
  • colorectal cancer biomarkers are not limited to DPEP1.
  • at least one urinary protein selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, PIGR, and TNFRSF10C is also relatively useful as a colorectal cancer biomarker in terms of reproducibility.
  • Preferred combinations of colorectal cancer biomarkers include, for example, the following (1) and (2).
  • -(1) A combination of DPEP1 and at least one member selected from the group consisting of TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, PIGR and TNFRSF10C.
  • - (2) A combination of TFF1 and at least one member selected from the group consisting of DPEP1, ANPEP, LGALS3, PRG4, PIGR and TNFRSF10C.
  • colorectal cancer biomarkers is not limited to the above (1) and (2).
  • various combinations of urinary proteins may be useful.
  • colorectal cancer biomarkers Some examples of uses of colorectal cancer biomarkers will be explained below. However, the following description is given as a representative example of the embodiment of the colorectal cancer biomarker of the present invention. The scope of application of the colorectal cancer biomarker of the present invention is not limited to the following description.
  • the method for testing for colorectal cancer of the present invention includes DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP. , S100A11, MME, and ACP2.
  • Urine protein can be detected by, for example, ELISA, immunochromatography, quantitative mass spectrometry, Western blotting, immunoassay, radioimmunoassay, protein quantification using a spectrophotometer such as the BCA method or Bradford method, or detection using an aptamer. This can be carried out by a method commonly selected by a person skilled in the art, such as. Additionally, a method of visually notifying that protein in urine has been detected, such as with pregnancy tests that are already in practical use, may also be adopted.
  • standardization When detecting urinary protein, standardization may be performed by dividing the urinary protein concentration by the expression level of a protein that is considered to be constantly expressed in urine. Alternatively, the absolute value (raw data) of the urinary protein concentration may be used. In either method, colorectal cancer can be detected based on the measured protein concentration. Examples of proteins that are constitutively expressed in urine for use in standardization include urinary creatinine. However, from the viewpoint of simplicity, it is preferable to use the amount of the colorectal cancer biomarker as an absolute value (raw data) without standardizing it with the expression level of the protein.
  • the urinary protein further includes at least one protein selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, and MME.
  • the concentration of detected urinary protein is equal to or higher than the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colorectal cancer.
  • the urinary protein is ACP2
  • the concentration of the detected urinary protein is below the cutoff value, it can be determined that the subject is suffering from colon cancer.
  • the cutoff value can be appropriately set by a person skilled in the art in consideration of sensitivity, specificity, accurate diagnosis rate, positive predictive value, negative predictive value, etc.
  • the cutoff value may be a value determined each time based on the concentration of urinary protein in a urine sample collected from a subject not suffering from colorectal cancer; You can also use it as
  • the cutoff value is a value that can vary depending on the measurement method and determination method. Furthermore, the cutoff value is a value that can vary depending on whether emphasis is placed on improving sensitivity or specificity. Cutoff values may be set taking into account the balance between sensitivity and specificity. Also, depending on the purpose of the test, for example, if the main purpose is to detect early colorectal cancer, the cutoff value may be set with priority given to improving sensitivity over specificity.
  • the cutoff value when using DPEP1 alone is 1 to 1000 ng/g in terms of relative urinary creatinine (Cr). Cr is preferred, with a content of 20 to 190 ng/g. Cr is more preferred, with a content of 35 to 128 ng/g. Cr is considered to be more preferable.
  • the absolute value in urine is preferably 1 to 1000 pg/ml, more preferably 35 to 130 pg/ml, and even more preferably 50 to 105 pg/ml.
  • the cutoff value when using DPEP1 alone is 1 to 1000 ng/g in terms of urinary Cr relative value. Cr is preferred, with a content of 20 to 190 ng/g. Cr is more preferred, with a content of 35 to 130 ng/g. Cr is considered to be more preferable.
  • the absolute value in urine is preferably 1 to 1000 pg/ml, more preferably 35 to 130 pg/ml, and even more preferably 50 to 105 pg/ml.
  • a method using a discriminant may also be used to determine whether or not a person has colon cancer. According to the discriminant, it is possible to distinguish between colon cancer and healthy individuals.
  • the discriminant can be obtained by any discriminant analysis method. Discriminant analysis methods include, for example, Fisher's discriminant analysis, nonlinear discriminant analysis using Mahalanobis distance, neural networks, and Support Vector Machine (SVM), but are not limited to these examples.
  • the determination may be made using, for example, the k-nearest neighbor method, decision tree, or logistic regression analysis.
  • the expression level of a colon cancer biomarker may be compared with a reference value for testing and/or diagnosis.
  • the reference value may be a reference value above or below which a person is suspected of developing colon cancer.
  • the expression level of the colon cancer biomarker in healthy subjects may be referred to.
  • the reference value is the expression level of a colorectal cancer biomarker in a healthy subject.
  • the reference value may be set each time, or a predetermined value may be used as the reference value.
  • the reference value used in the determination can be appropriately set according to conditions such as the age and sex of the subject, the type of colon cancer biomarker used, the collection method, and the type of specimen.
  • the biological species of the subject is mainly humans (Homo Sapience)
  • the scope of application of the colorectal cancer biomarker of the present invention is not necessarily limited to humans.
  • the biological species of the subject is mainly humans (Homo Sapience)
  • the scope of application of the colorectal cancer biomarker of the present invention is not necessarily limited to humans.
  • each of the above-mentioned colorectal cancer biomarker proteins has orthologs in various mammals such as monkeys, mice, rats, dogs, cats, and rabbits
  • the urinary proteins of the orthologs will be found in humans as well. It may be useful as a colorectal cancer biomarker as well.
  • the condition of the subject is also not particularly limited.
  • specimens for which it is unknown whether or not they have colorectal cancer specimens that have already been determined to have colorectal cancer by another method, and specimens that have already been determined to not have colorectal cancer by another method.
  • examples include specimens currently undergoing treatment for colorectal cancer and specimens undergoing treatment for colorectal cancer.
  • the methods for colorectal cancer testing described above are different from the diagnostic methods for colorectal cancer, which involve physician judgment, in order to make the distinction clearer.
  • Methods, methods for collecting data for the diagnosis of colorectal cancer, methods for the diagnosis of colorectal cancer, in vitro methods to aid in the diagnosis of colorectal cancer, test methods for the diagnosis of colorectal cancer It can also be said that it is synonymous with .
  • information useful for diagnosing colorectal cancer can be provided by using objective indicators, regardless of the doctor's judgment.
  • the presence or absence of colon cancer can be automatically or mechanically determined without the judgment of a person with specialized knowledge such as a doctor or a laboratory technician.
  • a colon cancer test kit is a kit used for testing for colon cancer.
  • the colorectal cancer test kit includes a container for collecting urine of a subject; DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, MME and ACP2. and a reagent for detecting at least one urinary protein selected from the group consisting of;
  • the container is not particularly limited. Various urine collection containers, droppers, cups, centrifuge tubes, etc. can be used. Further, the details and preferred embodiments of the colorectal cancer biomarker, ie, the specific urinary protein, are as described above.
  • Reagents for detecting proteins in urine include, for example, ELISA method, immunochromatography method, quantitative mass spectrometry method, Western blotting, immunoassay, radioimmunoassay, protein quantitative method using a spectrophotometer such as BCA method and Bradford method, and aptamer method.
  • a reagent that uses a method to visually notify that a protein in urine has been detected, such as a pregnancy test that has already been put into practical use, may also be adopted. It would be extremely useful to make a simple kit such as a urine pregnancy test and make it possible to perform a medical examination at home.
  • the reagent for detecting urinary protein may be either or both of reagent ⁇ and reagent ⁇ described below.
  • Reagent ⁇ Detection when the urinary protein is at least one selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, and MME.
  • Reagent ⁇ A reagent that, when the urinary protein is ACP2, provides a qualitative method to notify that the subject is suffering from colon cancer if the detected concentration of the urinary protein is below a threshold.
  • a threshold value for a positive test can be set.
  • This threshold value can be appropriately set by a person skilled in the art in consideration of sensitivity, specificity, accuracy rate, positive predictive value, negative predictive value, etc.
  • the threshold value can be a predetermined value based on the concentration of urinary protein in a urine sample collected from a subject not suffering from colon cancer.
  • the threshold value is a value that can vary depending on whether emphasis is placed on improving sensitivity or specificity.
  • the threshold value may be set in consideration of the balance between sensitivity and specificity.
  • the threshold value of the detection reagent may be set using a qualitative method such as immunochromatography, giving priority to sensitivity over specificity. There is also.
  • the colorectal cancer biomarker in the present invention targets urinary proteins. Considering this together with the fact that existing test tapes using immunochromatography and the like are commercially available, it is thought that the barrier to producing a simple kit is low for those skilled in the art. Therefore, production of a simple kit is fully possible by those skilled in the art.
  • the colon cancer test kit may be used at a facility or at home. If the kit is used at a facility, subjects will be tested at the facility and collect urine into a container, such as a urine sample collection cup. The urinary protein concentration will be measured at the facility. To measure the concentration, a method commonly selected by a person skilled in the art, such as ELISA method, can be applied. Furthermore, even when used in a facility, a simple kit such as Test Tape can be used to quickly and easily perform the test.
  • colorectal cancer test kits may include a urine sample container for mailing, dry ice, packaging materials, instructions for use, etc. If it is a simple kit, it may be possible to purchase it at a drugstore or the like and use the kit at home.
  • the method of treating colorectal cancer of the present invention includes diagnosing a subject using the colorectal cancer biomarker described above.
  • a therapeutic agent for colon cancer is administered to the subject.
  • surgery is performed on the subject.
  • Therapeutic drugs for colorectal cancer are not particularly limited.
  • a therapeutic drug for colorectal cancer it is preferable to use a drug whose efficacy and medicinal efficacy have been medically confirmed.
  • the therapeutic drug may be an anticancer drug, a molecular target therapeutic drug, or an immune checkpoint inhibitor.
  • anticancer drugs include fluorouracil, tegafur/uracil combination, tegafur/gimeracil/otersium potassium combination, capecitabine, irinotecan, oxaliplatin, and trifluridine/tipiracil hydrochloride.
  • molecular target therapeutic drugs examples include cetuximab, panitumumab, bevacizumab, ramucirumab, aflibercept, regorafenib, encorafenib, binimetinib, trastuzumab, and pertuzumab.
  • immune checkpoint inhibitors examples include nivolumab, ipilimumab, and pembrolizumab.
  • therapeutic agents are not limited to these examples. In countries or regions other than Japan, various colorectal cancer therapeutics approved in those countries or regions can be used.
  • the method of administering the drug is not particularly limited. Usually, oral administration, intravenous drip, etc. are selected. However, the method of administering the drug is not limited to these examples.
  • the surgery performed on the subject is not particularly limited. Usually, endoscopic surgery, surgical resection, radiation therapy, etc. are selected. However, the surgery performed on the subject is not limited to these examples.
  • the above-mentioned colorectal cancer biomarker is used, so the subject can be treated based on diagnostic results with excellent sensitivity and specificity. It also has good sensitivity for detecting early colorectal cancer. Therefore, colorectal cancer can be treated at an appropriate time, which can contribute to lowering the colorectal cancer mortality rate.
  • the colorectal cancer biomarker of the present invention uses the concentration of the above-mentioned urinary proteins and/or their combination as an indicator of the presence or absence of colorectal cancer or early stage colorectal cancer. . Therefore, the presence or absence of colorectal cancer can be determined with excellent sensitivity and specificity. As shown in the Examples below, according to the colorectal cancer biomarker of the present invention, not only early colorectal cancer but also colorectal adenoma can be detected with excellent sensitivity. In addition, since the detection of urinary proteins is performed using the urine of the subject, a non-invasive testing method can be provided.
  • Embodiments of the present invention include the following [1] to [14]. However, the embodiments of the present invention are not limited to the following. [1] A method for testing colorectal cancer; a group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, MME and ACP2.
  • a method comprising detecting at least one urinary protein selected from: [2] When the urinary protein is at least one selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11 and MME, If the concentration of the detected urinary protein is equal to or higher than the cutoff value, it is determined that the subject is suffering from colon cancer; if the urinary protein is ACP2, the detected urinary protein The method according to [1], further comprising determining that the subject is suffering from colorectal cancer if the concentration of is below the cutoff value.
  • a kit used for colon cancer testing a container for collecting urine from a subject; DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP,
  • a colon cancer test kit comprising: a reagent for detecting at least one urinary protein selected from the group consisting of APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, MME and ACP2.
  • the reagent is either or both of the following reagent ⁇ and reagent ⁇ .
  • Reagent ⁇ When the urinary protein is at least one selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11 and MME, A reagent that notifies, by a qualitative method, that a subject is suffering from colorectal cancer if the detected concentration of the urinary protein is equal to or higher than a threshold value.
  • Reagent ⁇ When the urinary protein is ACP2, a reagent that notifies by a qualitative method that the subject is suffering from colon cancer if the detected concentration of the urinary protein is below a threshold value.
  • FIG. 15 A method for diagnosing colorectal cancer; selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, MME and ACP2.
  • a method comprising detecting at least one protein in urine.
  • the urinary protein is at least one selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11 and MME, If the concentration of the detected urinary protein is equal to or higher than the cutoff value, it is determined that the subject is suffering from colorectal cancer; if the urinary protein is ACP2, the detected urinary protein The method according to [15], further comprising determining that the subject is suffering from colorectal cancer if the concentration of is below a cutoff value.
  • a method for treating colorectal cancer comprising: performing surgery on the subject when diagnosed as having cancer.
  • a colorectal cancer biomarker at least one selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, TNFRSF10C, MEP1A, LGALS3BP, APOA1, LRG1, ENPEP, S100A11, MME, and ACP2.
  • a colorectal cancer biomarker that is a type of urinary protein.
  • FIG. 30 Use of urinary proteins for the examination and/or diagnosis of colorectal cancer; , LRG1, ENPEP, S100A11, MME and ACP2.
  • the urinary protein is at least one selected from the group consisting of DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, PIGR, and TNFRSF10C.
  • ⁇ Building a cohort> The following three urine samples were randomly matched for age and gender from 175 clinical stage 0, stage I, stage II, and stage III colorectal cancer patients and 299 healthy subjects. We constructed different cohorts. - Discovery cohort: 32 cases consisting of 16 colorectal cancer patients and 16 healthy controls. - Training cohort: 220 cases consisting of 110 patients with colorectal cancer and 110 healthy subjects. - Validation cohort: 111 cases consisting of 62 colorectal cancer patients and 49 healthy subjects.
  • the Discovery Cohort was used to discover biomarker candidates.
  • Comprehensive analysis using relative quantitative mass spectrometry (iTRAQ (registered trademark) was performed on 32 cases of the discovery cohort (exhaustive analysis cohort).
  • Concentration of urine samples, protein reduction reactions, alkylation reactions, and digestion reactions were performed according to general methods.
  • FIG. 2 High pH RP-HPLC Separation and Low pH nano LC-MS/MS were performed in this order, and data analysis was performed.
  • FIG. 2 High pH RP-HPLC Separation and Low pH nano LC-MS/MS were performed in this order, and data analysis was performed.
  • FIG. 3 High pH RP-HPLC Separation and Low pH nano LC-MS/MS were performed in this order, and data analysis was performed.
  • Figure 3 we identified 78 types of urinary proteins that were significantly abnormally expressed in the urine of colon cancer cases. From these, 23 types of proteins that satisfy gastrointestinal specificity and tumor specificity were narrowed down by database search as biomarker candidates.
  • the training cohort was used to establish colorectal cancer biomarkers.
  • the urinary protein concentrations of 23 biomarker candidates narrowed down through the analysis of the discovery cohort were measured using ELISA on 220 urine samples from the training cohort.
  • a relative value of urinary Cr which was standardized by dividing by the urinary creatinine concentration, was obtained.
  • Urinary creatinine is a protein that is commonly expressed in the urine of a specimen.
  • the candidate protein concentration was standardized by normalizing the protein concentration of the biomarker candidate with the urinary creatinine concentration.
  • Tables 1 to 4 In the data analysis results shown below, AUC is a statistical index and takes a value from 0 to 1. The closer the AUC value is to 1, the higher the ability to determine the presence or absence of colon cancer, that is, the higher the diagnostic ability.
  • these identified colon cancer biomarkers have lower p values than other biomarker candidate proteins. This indicates that colorectal cancer biomarkers are significantly abnormally expressed in the urine of colorectal cancer patients.
  • 10 types DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, CDH17, PIGR, LRG1, S100A11, and MME, have low p values regardless of the presence or absence of standardization using urinary Cr, so reproducibility is high.
  • the relative values of urinary Cr for five types of urinary proteins were higher in the urine of colorectal cancer patients than in healthy subjects in the validation cohort. showed high expression.
  • 7 types of urinary proteins other than CDH17 namely DPEP1, TFF1, ANPEP, LGALS3, PRG4, PIGR, and TNFRSF10C, were found to be more susceptible to colorectal cancer in the validation cohort than in healthy subjects. It showed high expression in the urine of patients.
  • urinary DPEP1 had the highest reproducibility as a biomarker, and colon cancer could be diagnosed with extremely high accuracy.
  • Table 7 shows examples of cutoff values and diagnostic accuracy of various colorectal cancer biomarkers for stage 0-III colorectal cancer obtained from the analysis results of relative urinary Cr values.
  • Table 8 shows an example of the cutoff values of various colorectal cancer biomarkers for stage 0-III colorectal cancer obtained from the analysis results in absolute values and their diagnostic accuracy.
  • cut-off values shown in the table are merely exemplary values applied in this analysis.
  • the cutoff values used in actual testing sites are not necessarily the values exemplified in the table below. The same applies to Tables 9 and 10 described later.
  • the cutoff value was calculated as follows. First, the values of (sensitivity, specificity, 1-specificity) were calculated for each factor value, and an ROC curve was drawn. The Youden Index of the ROC curve was used as the cutoff value. Youden Index is the point where the value of (sensitivity + specificity - 1) is maximum. Logistic regression analysis was used to calculate cutoff values based on combinations of two or more factors. Using the combined factors as explanatory variables, a formula for predicting colorectal cancer was created and the predictive value was calculated. Similarly, sensitivity, specificity, and 1-specificity were calculated for each predicted value, an ROC curve was drawn, and Youden Index was used as the cutoff value. However, the cutoff value used at the actual inspection site is not necessarily limited to the Youden Index. Cutoff values can be set taking into account the purpose of colorectal cancer screening. For example, it may be preferable to set the cutoff value with priority given to improving sensitivity.
  • urinary DPEP1 As shown in Tables 7 and 8, for urinary DPEP1 alone, the relative value of urinary Cr has a sensitivity of 80.4% and a specificity of 64.5%, and the absolute value has a sensitivity of 85.4% and a specificity of 64. It was .5%. According to urinary DPEP1, it is considered that colorectal cancer can be determined with excellent sensitivity and specificity.
  • two or more of the 16 types of urinary proteins can be used for diagnosis in combination.
  • various combination patterns centered around DPEP1 or TFF1 can be considered.
  • An example of the combination pattern and its sensitivity and specificity are also shown in Tables 7 and 8.
  • the AUC showed a high value of 0.846 in relative value of urinary Cr and 0.870 in absolute value.
  • the relative value of urinary Cr showed a sensitivity of 91.1% and specificity of 62.8%
  • the absolute value showed high diagnostic accuracy with a sensitivity of 94.3% and a specificity of 63.4%.
  • Table 9 shows examples of cutoff values and diagnostic accuracy of various colorectal cancer biomarkers in stage 0/I colorectal cancer obtained from the analysis results of relative urinary Cr values.
  • Table 10 shows examples of cutoff values and diagnostic accuracy of various colorectal cancer biomarkers in stage 0/I colorectal cancer obtained from the analysis results using absolute values.
  • the methods for calculating the cutoff values shown in Tables 9 and 10 are the same as the methods for calculating the cutoff values shown in Tables 7 and 8, respectively. In other words, Youden Index of the ROC curve was used as the cutoff value. In addition, logistic regression analysis was used to calculate cutoff values based on combinations of two or more factors. However, the cutoff values used at actual inspection sites are not necessarily limited to the values shown in Tables 9 and 10. Cutoff values can be set taking into account the purpose of colorectal cancer screening. For example, it may be preferable to set the cutoff value with priority given to improving sensitivity.
  • stage 0/I early stage colorectal cancer which can be resected by endoscopic therapy, can be diagnosed with high accuracy.
  • stage 4 to 11 the expression levels of four urinary proteins (DPEP1, TFF1, ANPEP, and LGALS3), which show excellent sensitivity and specificity when used alone, by stage were significantly lower than those in healthy subjects. It showed high values starting from stage 0 compared to the previous stage.
  • the expression levels of all proteins remained high in stages I-III compared to healthy subjects.
  • all proteins show graph trends suitable for diagnosis of early colorectal cancer.
  • FIG. 20 shows an ROC curve based on the urinary Cr relative value standardized by dividing each urinary protein concentration by the urinary creatinine concentration
  • FIG. 21 shows an ROC curve based on the absolute value of each urinary protein concentration.
  • the AUC of DPEP1 was 0.618
  • the AUC of TFF1 was 0.684.
  • the AUC of DPEP1 was 0.641 and the AUC of TFF1 was 0.668.
  • a colon cancer biomarker is provided that can easily and non-invasively determine the presence or absence of colon cancer with excellent sensitivity and specificity.

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Abstract

本発明は、大腸がんの罹患の有無を優れた感度および特異度で簡便かつ無侵襲に判別できる大腸がんバイオマーカーを提供する。 本発明の大腸がんバイオマーカーは、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質である。

Description

大腸がんバイオマーカーおよびその用途
 本発明は、大腸がんバイオマーカーおよびその用途に関する。
 本願は2022年6月30日に日本国特許庁に出願された日本国特許出願2022-106363号に基づく優先権を主張し、同日本国出願の全内容を参照により援用する。
 大腸がん診断のゴールドスタンダードとして、下部消化管内視鏡検査およびこれに伴う組織診断が行われることがある。しかし、下部消化管内視鏡検査は長時間を要し、また、内視鏡の挿入や観察時に被験者の苦痛を伴う高侵襲な検査であり、その検査費用も高額である。加えて、検査時の出血や穿孔、前処置の下剤による腸閉塞のように、検査に伴う合併症のリスクもある。
 よって、健常者を対象とした検診等のスクリーニング検査では、下部消化管内視鏡検査は推奨されない。
 そこで大腸がんの検査として、便潜血検査が広く行われている(例えば、非特許文献1、2)。便潜血検査によれば、大腸がんの罹患の有無を知ることができ、大腸がん死亡率を低下させることができると一般的に考えられている。しかし、便潜血反応では、早期大腸がんの検出感度が低い。便潜血検査による検査において、進行度の高い大腸がんの感度は約80%と相対的に高いが、早期大腸がんの感度は28.1%程度であるとする報告もある。
 加えて、便潜血検査においては、健常な被検者を大腸がんに罹患していると誤って判別してしまう確率、すなわち擬陽性の確率が極めて高い。つまり、便潜血検査においては特異度が不充分である。便潜血検査における陽性判定は、肛門や粘膜の傷に起因することがあるためである。そのため、高侵襲であり高コストな内視鏡検査が追加して行われることもある。そして、検体の取り扱いが複雑であることも、便潜血検査の課題の一つである。
 以上のことから、低侵襲な検査を可能とするバイオマーカーの開発が望まれている。かかるバイオマーカーとして、例えば、CEA(carcinoembryonicantigen)、CA19-9(carbohydrate antigen 19-9)が提案されている。しかし、これらCEA、CA19-9においても、大腸がんの検出感度が低いため、大腸がんの診断においてその使用が推奨されていない。
国立がん研究センター「がん情報サービス」(URL:https://ganjoho.jp/med_pro/pre_scr/screening/screening_colon.html、アクセス日:2022年06月13日) 医学書院「週刊医学界新聞、第2940号、2011年08月08日」(URL:http://www.igaku-shoin.co.jp/paperDetail.do?id=PA02940_05、アクセス日:2022年06月13日)
 本発明は、大腸がんの罹患の有無を優れた感度および特異度で簡便かつ無侵襲に判別できる大腸がんバイオマーカーを提供する。
 本発明の一態様によれば、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質である大腸がんバイオマーカーが提供される。
 本発明によれば、大腸がんの罹患の有無を優れた感度および特異度で簡便かつ無侵襲に判別できる大腸がんバイオマーカーが提供される。
実施例の概要を示す説明図である。 ディスカバリーコホートを用いた網羅的相対的定量質量分析(iTRAQ(登録商標))の概要を示す説明図である。 図2に概要を示した網羅的相対的定量質量分析の結果を示す。図3は、大腸がん患者で異常発現しているタンパク質を示すヒートマップである。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のDPEP1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のTFF1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のANPEPの発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のLGALS3の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のDPEP1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のTFF1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のANPEPの発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 健常者と大腸がん患者の間で尿中のLGALS3の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のDPEP1の発現量を比較した図である。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のTFF1の発現量を比較した図である。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のDPEP1の発現量を比較した図である。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のTFF1の発現量を比較した図である。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のDPEP1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のTFF1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のDPEP1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 健常者と腺腫患者と大腸がん患者の間で尿中のTFF1の発現量を比較した図である。大腸がん患者については該発現量を進行ステージ順に示した。図中の発現量は、標準化前の絶対値である。 早期大腸がん(腺腫)の罹患の有無を判定するために作成したROC曲線を示す。発現量は、尿中のクレアチニン濃度で除して標準化した値である。 早期大腸がん(腺腫)の罹患の有無を判定するために作成したROC曲線を示す。発現量は、標準化前の絶対値である。 大腸がんの罹患の有無を判定するために、血清検体中のタンパク質濃度の測定値に基づいて作成したROC曲線を示す。発現量は、標準化前の絶対値である。
 本明細書における以下の用語の意味は以下の通りである。
 「変異体」とは、多型性、突然変異等に起因した天然の変異体、1または2以上の塩基の欠失、置換、付加または挿入を含む変異体を意味する。
 「感度」または「Sensitivity」は、(真陽性の数)/(真陽性の数+偽陰性の数)を意味する。感度が高いほど大腸がんを早期に発見しやすくなり、がん罹患部の完全切除、再発率の低下に寄与する。結果、大腸がん死亡率の低下にも寄与し得る。
 「特異度」または「Specificity」は、(真陰性の数)/(真陰性の数+偽陽性の数)を意味する。特異度が高いほど健常体を大腸がん患者として誤って判別することを防ぎやすくなり、無駄な追加検査の実施を防ぎ、患者の負担の軽減、医療費の削減に寄与する。
 「精度」は(真陽性の数+真陰性の数)/(全検体数)を意味する。
 「検査」、「判別」および「試験」の各用語で特定される行為は、日本国および医療行為が特許の対象から除外されている国および地域においては、医師による医療行為(例えば、ヒトの病気を診断する行為、ヒトの病気を治療する行為等)を含まない。
 数値範囲を示す「~」は、その前後に記載された数値を下限値および上限値として含むことを意味する。
<大腸がんバイオマーカー>
 本発明の大腸がんバイオマーカーは、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質(以下、単に「尿中タンパク質」と記すことがある。)である。
 本発明者は、大腸がんの罹患の有無を簡便かつ無侵襲に検査するために、大腸がん患者の尿中で異常発現を示すタンパク質をバイオマーカーとして樹立することに想到した。
 尿サンプルは無侵襲に採取できる。加えて、検査用サンプルの取得および取り扱いが便潜血検査と比較して簡便である。このように検体材料としての尿には、誰でも簡単に検体を採取できること、採取や保存に特別な器具や試薬を必要としないこと、一度に充分量の検体を採取できること、採取に苦痛やリスクを伴わないこと、および、体内の循環動態を反映すること等のように数多くの検査上の利点がある。
 そのため、尿サンプルは健康診断や自宅でのスクリーニングに最も適した試料であると言える。
 本発明においては、以上の利点を備えた被検体の尿サンプルを利用し、尿中に微量に含まれる尿中タンパク質および/またはその組み合わせを大腸がんバイオマーカーとして使用する。これにより大腸がんの罹患の有無を無侵襲に検査できる。
 ところで、例えば、糖尿病や妊娠反応のテステープのように、尿検体を使用した種々のスクリーニングキットが一般臨床および日常生活において広く一般的に使用されている。一方で、尿サンプルで検出可能な大腸がんバイオマーカーは確立されていないため、尿サンプルを利用した大腸がんのスクリーニングキットとして実用化されたものが未だにない。
 このように尿サンプルはスクリーニング用試料として優れた利点を備える一方で、大腸がん検査の分野においてその利点が充分に活用されているとは言い難い。
 このことを背景として鑑みると、本発明の大腸がんバイオマーカーによれば、大腸がんを無侵襲かつ簡便に、また自宅でも検査できるようになる。そのため、本発明の大腸がんバイオマーカーは、特に検診や一次スクリーニングの現場において非常に有用である。
 後述の実施例に示すように、本発明者は大腸がん患者から採取した尿サンプルについてそのタンパク質濃度を網羅的に解析した。
 統計学的手法を用いたコホート研究の結果、本発明者は特定の16種類の尿中タンパク質が大腸がん患者において異常発現していることを見出した。これらの尿中タンパク質を大腸がんバイオマーカーとして利用することで、大腸がんの罹患の有無を無侵襲に検査できる。
 本発明者は尿中の大腸がんバイオマーカーとして、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2の16種類を同定した。これらの大腸がんバイオマーカーによれば、大腸がんの罹患の有無を優れた感度および特異度で判別できる。後述の実施例に示すように本発明の大腸がんバイオマーカーによれば、早期大腸がんに加えて大腸の腺腫も優れた感度で検出できる。
 以下、各タンパク質について順に説明する。以下の説明において、尿中のタンパク質の「濃度」は、該タンパク質の尿中における、「含有量」、「存在量」、「発現量」、「レベル(水準)」といった用語と実質的に同義であり得る。
 DPEP1は、配列番号1のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。DPEP1は、dipeptidase 1の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P16444から取得できる。DPEP1は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、DPEP1が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のDPEP1濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のDPEP1濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のDPEP1濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 TFF1は、配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。TFF1は、trefoil factor 1の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P04155から取得できる。TFF1は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、TFF1が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のTFF1濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のTFF1濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のTFF1濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 ANPEPは、配列番号3のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。ANPEPは、alanyl aminopeptidaseの略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P15144から取得できる。ANPEPは、その変異体であってもよい。
 本発明者は、ANPEPが大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のANPEP濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のANPEP濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のANPEP濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 LGALS3は、配列番号4のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。LGALS3は、galectin-3の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P17931から取得できる。LGALS3は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、LGALS3が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のLGALS3濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のLGALS3濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のLGALS3濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 PRG4は、配列番号5のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。PRG4は、proteoglycan 4の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-Q92954から取得できる。PRG4は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、PRG4が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のPRG4濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のPRG4濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のPRG4濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 CDH17は、配列番号6のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。CDH17は、cadherin-17の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-Q12864から取得できる。CDH17は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、CDH17が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のCDH17濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のCDH17濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のCDH17濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 PIGRは、配列番号7のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。PIGRは、polymeric immunoglobulin receptorの略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P01833から取得できる。PIGRは、その変異体であってもよい。
 本発明者は、PIGRが大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のPIGR濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のPIGR濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のPIGR濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 TNFRSF10Cは、配列番号8のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。TNFRSF10Cは、Tumor necrosis factor receptor superfamily member 10cの略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-O14798から取得できる。TNFRSF10Cは、その変異体であってもよい。
 本発明者は、TNFRSF10Cが大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のTNFRSF10C濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のTNFRSF10C濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のTNFRSF10C濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 MEP1Aは、配列番号9のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。MEP1Aは、Meprin A subunit alphaの略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-Q16819から取得できる。MEP1Aは、その変異体であってもよい。
 本発明者は、MEP1Aが大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のMEP1A濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のMEP1A濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のMEP1A濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 LGALS3BPは、配列番号10のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。LGALS3BPは、galectin-3 binding proteinの略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-Q08380から取得できる。LGALS3BPは、その変異体であってもよい。
 本発明者は、LGALS3BPが大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のLGALS3BP濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のLGALS3BP濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のLGALS3BP濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 APOA1は、配列番号11のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。APOA1は、apolipoprotein A-1の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P02647から取得できる。APOA1は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、APOA1が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のAPOA1濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のAPOA1濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のAPOA1濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 LRG1は、配列番号12のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。LRG1は、leucine rich alpha-2-glycoprotein 1の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P02750から取得できる。LRG1は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、LRG1が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のLRG1濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のLRG1濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のLRG1濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 ENPEPは、配列番号13のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。ENPEPは、Glutamyl aminopeptidaseの略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-Q07075から取得できる。ENPEPは、その変異体であってもよい。
 本発明者は、ENPEPが大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のENPEP濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のENPEP濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のENPEP濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 S100A11は、配列番号14のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。S100A11は、Protein S100-A11の略である。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P31949から取得できる。S100A11は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、S100A11が大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のS100A11濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のS100A11濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のS100A11濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 MMEは、配列番号15のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。MMEは、membrane metalloendopeptidaseの略である。MMEは、Neprilysinと呼ばれることもある。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P08473から取得できる。MMEは、その変異体であってもよい。
 本発明者は、MMEが大腸がん患者の尿中で有意に高発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のMME濃度は大腸がんの罹患と正の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のMME濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のMME濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 ACP2は、配列番号16のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。ACP2は、acid phosphatase 2の略である。ACP2は、Lysosomal acid phosphataseと呼ばれることもある。このタンパク質の配列は当技術分野で周知であり、例えば、UniProtKB-P11117から取得できる。ACP2は、その変異体であってもよい。
 本発明者は、ACP2が大腸がん患者の尿中で有意に低発現していることを知見した。発明者が取得したデータによれば、尿中のACP2濃度は大腸がんの罹患と負の相関を示す。
 よって、尿サンプル中のACP2濃度がカットオフ値より低い場合、被検体は大腸がんに罹患していると判別できる。一方、尿サンプル中のACP2濃度がカットオフ値より高い場合、被検体は大腸がんに罹患していないと判別できる。
 大腸がんバイオマーカーとしては、上述した16種類の尿中タンパク質を1種単独で用いてもよく、2種以上を併用してもよい。なかでも、尿中DPEP1を単独で使用したときの感度および特異度が極めて高く、再現性も高い。ただし、大腸がんバイオマーカーはDPEP1に限定されない。例えば、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質も、再現性の点で大腸がんバイオマーカーとして比較的有用である。
 好ましい大腸がんバイオマーカーの組み合わせとして、例えば、下記の(1)、(2)が挙げられる。
・(1):DPEP1と;TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせ。
・(2):TFF1と;DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせ。
 ただし、大腸がんバイオマーカーの組み合わせは、前記(1)および前記(2)に限定されない。これらの他にも種々の尿中タンパク質の組み合わせが有用であり得る。
 以下、大腸がんバイオマーカーのいくつかの用途例について説明する。ただし、以下の説明は本発明の大腸がんバイオマーカーの実施形態の代表例として例示したものである。本発明の大腸がんバイオマーカーの適用範囲は、以下の記載に限定されるものではない。
<大腸がんの検査のための方法>
 本発明の大腸がんの検査のための方法(以下、「本方法」と記す。)は、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出することを含む。
 (尿中タンパク質の検出)
 尿中タンパク質の検出は、例えば、ELISA法、イムノクロマト法、定量的質量分析法、ウエスタンブロッティング、イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、BCA法やBradford法等の分光光度計を使用したタンパク質定量法、アプタマーによる検出法のように当業者に通常選択され得る手法によって行われ得る。また、すでに実用化されている妊娠検査薬等のように、尿中タンパク質が検出されたことを視覚的に通知する手法も採用され得る。
 尿中タンパク質の検出に際し、尿中タンパク質濃度を尿中で恒常的に発現していると考えられるタンパク質の発現量で除することで標準化してもよい。また、尿中タンパク質濃度の絶対値(raw data)を用いてもよい。いずれの方法においても、タンパク質濃度の測定値の大小で大腸がんを検査できる。
 標準化に使用するための尿中で恒常的に発現するタンパク質としては、例えば、尿中クレアチニンが挙げられる。ただし、簡便性の観点からは、大腸がんバイオマーカーの量は、かかるタンパク質の発現量で標準化せずに絶対値(raw data)で使用することが好ましい。
 (カットオフ値)
 本方法の一例においては、さらに、尿中タンパク質がDPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11およびMMEからなる群から選ばれる少なくとも1種である場合、検出された尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以上であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別できる。また、尿中タンパク質がACP2である場合、検出された尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以下であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別できる。
 カットオフ値は、感度、特異度、正診率、陽性的中率、陰性的中率等を考慮して当業者によって適宜設定され得る。例えば、大腸がんに罹患していない被検体から採取された尿サンプルにおける尿中タンパク質の濃度に基づいてその都度定められた値をカットオフ値としてもよく、予め定められた値をカットオフ値としてもよい。
 カットオフ値は測定法、決定法によって変わり得る値である。また、カットオフ値は感度の向上を重視するか、特異度を重視するかによっても変動し得る値である。感度および特異度のバランスを考慮してカットオフ値が設定されることもあり得る。また、検査の目的にもよるが、例えば、早期大腸がんの検出が主たる目的の場合、特異度よりも感度の向上を優先してカットオフ値が設定されることもある。
 例えば、DPEP1を単独で使用する場合のカットオフ値としては、尿中クレアチニン(Cr)相対値では1~1000ng/g.Crが好ましく、20~190ng/g.Crがより好ましく、35~128ng/g.Crがさらに好ましいと考えられる。尿中絶対値では1~1000pg/mlが好ましく、35~130pg/mlがより好ましく、50~105pg/mlがさらに好ましいと考えられる。DPEP1におけるカットオフ値が前記数値範囲内であると、さらに優れた感度および特異度で大腸がんの罹患の有無を判別できる。
 ステージ0またはステージIの早期大腸がんを検出することを目的とする場合、DPEP1単独使用におけるカットオフ値としては、尿中Cr相対値では1~1000ng/g.Crが好ましく、20~190ng/g.Crがより好ましく、35~130ng/g.Crがさらに好ましいと考えられる。尿中絶対値では1~1000pg/mlが好ましく、35~130pg/mlがより好ましく、50~105pg/mlがさらに好ましいと考えられる。
 大腸がんの罹患の有無の判別においては、判別式を用いた方法も使用され得る。判別式によれば、大腸がんと健常者とを区別的に判別できる。判別式は、任意の判別分析法により取得できる。判別分析法としては、例えば、フィッシャーの判別分析、マハラノビス距離による非線形判別分析、ニューラルネットワーク、Support Vector Machine(SVM)が挙げられるが、これらの例示に限定されるものではない。
 他にも、例えば、k-近傍法、決定木、ロジスティック回帰分析等を利用して判別することもあり得る。
 本方法の一例においては、検査および/または診断のために大腸がんバイオマーカーの発現量を基準値と比較してもよい。大腸がんバイオマーカーの発現量を基準値と比較することで、被検体が大腸がんに罹患しているか否かを判別できる。
 前記基準値としては、該値以上であるとまたは該値以下であると大腸がんへの罹患が疑われる基準値が考えられる。基準値を定めるに際しては、健常体における大腸がんバイオマーカーの発現量を参考にしてもよい。通常、基準値は健常体における大腸がんバイオマーカーの発現量である。基準値はその都度設定してもよく、予め定められた値を基準値としてもよい。
 判別に際して使用する基準値は、被検体の年齢、性別、使用する大腸がんバイオマーカーの種類、採取方法、検体の種類等の条件に応じて適宜設定できる。
 被検体の生物種としては、主にヒト(Homo Sapience)が想定されるが、本発明の大腸がんバイオマーカーの適用範囲は必ずしもヒトに限定されない。例えば上述した大腸がんバイオマーカーの各タンパク質について、サル、マウス、ラット、イヌ、ネコ、ウサギ等の種々の哺乳類動物におけるオルソログがあれば、そのオルソログの尿中タンパク質は、該動物においてもヒトの場合と同様に大腸がんバイオマーカーとして有用である可能性がある。
 被検体の状態も特に制限されない。例えば、大腸がんに罹患しているかどうか不明な検体、大腸がんに罹患していると既に別の方法により判別されている検体、大腸がんに罹患していないと既に別の方法により判別されている検体、大腸がんの治療中の検体が挙げられる。
 以上説明した大腸がんの検査のための方法は、医師の判断を含む、大腸がんの診断方法との区別をより明確にするために、以下に示す各方法、すなわち、大腸がんの検査方法、大腸がんの診断のためにデータを収集する方法、大腸がんの診断のための方法、大腸がんの診断を補助するためのインビトロの方法、大腸がんの診断のための試験方法と同義であるとも言える。
 本発明によれば、医師の判断によらず、客観的指標を利用することで、大腸がんの診断に有益な情報を提供できる。加えて、医師や検査技師のような専門知識を有する者の判断によらずとも自動的ないし機械的に大腸がんの罹患の有無を判定できる。
<大腸がん検査キット>
 大腸がん検査キットは、大腸がんの検査のために使用するキットである。大腸がん検査キットは、被検体の尿を採取するための容器と;DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出する試薬と;を備える。
 容器は特に限定されない。種々の採尿用容器、スポイト、コップ、遠心用チューブ等が使用され得る。また、大腸がんバイオマーカー、すなわち、特定の尿中タンパク質の詳細および好ましい態様は、上述の通りである。
 尿中タンパク質を検出する試薬としては、例えば、ELISA法、イムノクロマト法、定量的質量分析法、ウエスタンブロッティング、イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、BCA法やBradford法等の分光光度計を使用したタンパク質定量法、アプタマーによる検出法のように当業者に通常選択され得る手法において、実験的にまたは実用的に使用される試薬が好ましい。すでに実用化されている妊娠検査薬等のように、尿中タンパク質が検出されたことを視覚的に通知する手法を利用した試薬も採用され得る。尿中妊娠検査薬等のように簡易キット化し、自宅での検診を可能とすることは、極めて有用である。
 一例において尿中タンパク質を検出する試薬は、下記の試薬αおよび試薬βのいずれか一方または両方であり得る。
 試薬α:尿中タンパク質がDPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11およびMMEからなる群から選ばれる少なくとも1種である場合、検出された該尿中タンパク質の濃度が閾値以上であれば、被検体が大腸がんに罹患していることを定性的手法により通知する試薬。
 試薬β:尿中タンパク質がACP2である場合、検出された該尿中タンパク質の濃度が閾値以下であれば、被検体が大腸がんに罹患していることを定性的手法により通知する試薬。
 イムノクロマト法等の定性的手法による検出試薬の場合、検査陽性の閾値が設定され得る。この閾値は感度、特異度、正診率、陽性的中率、陰性的中率等を考慮して当業者によって適宜設定され得る。例えば、大腸がんに罹患していない被検体から採取された尿サンプルにおける尿中タンパク質の濃度に基づいて予め定められた値を該閾値とすることができる。
 ただし、閾値は感度の向上を重視するか、特異度を重視するかによって変動し得る値である。感度および特異度のバランスを考慮して該閾値が設定されることもあり得る。また、検査の目的にもよるが、例えば、早期大腸がんの検出が主たる目的の場合、特異度よりも感度を優先してイムノクロマト法等の定性的手法による検出試薬の閾値が設定されることもある。
 本発明における大腸がんバイオマーカーは、尿中タンパク質を対象としている。イムノクロマト法等を用いた既存のテステープが市販されている事実と併せて鑑みれば、簡易キット作製の障壁は当業者にとって低いと考えられる。よって、簡易キットの作製は当業者によって充分に実現可能である。
 大腸がん検査キットは施設で使用されるものであってもよく、自宅で使用されるものであってもよい。施設でキットを使用する場合、被験者は施設で検査を受診し、尿サンプル採取カップのような容器に尿を採取する。その尿中タンパク質の濃度を該施設にて測定する。濃度測定には、例えば、ELISA法等の当業者に通常選択され得る手法が適用され得る。また、施設で使用する場合であっても、テステープのような簡易キットで迅速かつ簡便に検査を行うことができる。
 自宅で使用されるキットの場合、大腸がん検査キットは郵送用の尿サンプル容器、ドライアイス、梱包材、取扱説明書等を備え得る。簡易キットであれば、ドラッグストア等で購入し、自宅でキットを使用することも考えられる。
<大腸がんの治療方法>
 本発明の大腸がんの治療方法は、上述の大腸がんバイオマーカーの使用により被検体を診断することを含む。一態様においては、被検体が大腸がんに罹患していると診断した場合、大腸がんの治療薬を被検体に投与する。また、さらなる一態様においては、被検体が大腸がんに罹患していると診断した場合、被検体に対して手術を行う。
 大腸がんの治療薬は特に限定されない。大腸がんの治療薬としては、効能、薬効が医学的に確認されている薬が好ましい。治療薬は、抗がん剤でもよく、分子標的治療薬でもよく、免疫チェックポイント阻害剤でもよい。
 抗がん剤としては、例えば、フルオロウラシル、テガフール・ウラシル配合剤、テガフール・ギメラシル・オテラシウムカリウム配合剤、カペシタビン、イリノテカン、オキサリプラチン、トリフルリジン・チピラシル塩酸塩が挙げられる。
 分子標的治療薬としては、例えば、セツキシマブ、パニツムマブ、ベバシズマブ、ラムシルマブ、アフリベルセプト、レゴラフェニブ、エンコラフェニブ、ビニメチニブ、トラスツズマブ、ペルツズマブが挙げられる。
 免疫チェックポイント阻害剤としては、例えば、ニボルマブ、イピリムマブ、ペンブロリズマブが挙げられる。
 ただし、治療薬はこれらの例示に限定されない。日本国以外の国または地域においては、その国または地域において認可された種々の大腸がん治療薬が使用され得る。
 薬剤の投与方法は、特に限定されない。通常は、内服、点滴等が選択される。ただし、薬剤の投与方法はこれらの例示に限定されない。
 被検体に対して行う手術は、特に限定されない。通常は、内視鏡手術、外科的切除、放射線療法等が選択される。ただし、被検体に対して行う手術はこれらの例示に限定されない。
 本発明の大腸がんの治療方法においては、上述の大腸がんバイオマーカーを使用するため、感度および特異度に優れる診断結果に基づいて被検体を治療できる。また、早期大腸がんの検出感度も良好である。よって、大腸がんを適切な時期に治療できるため、大腸がん死亡率の低下に寄与し得る。
<作用機序>
 以上いくつかの用途例を用いて説明した本発明の大腸がんバイオマーカーは、上述の尿中タンパク質および/またはその組み合わせの濃度を大腸がんや早期大腸がんの罹患の有無の指標とする。そのため、大腸がんの罹患の有無を優れた感度および特異度で判別できる。後述の実施例に示すように本発明の大腸がんバイオマーカーによれば、早期大腸がんに加えて大腸の腺腫も優れた感度で検出できる。
 加えて、尿中タンパク質の検出は被検体の尿を用いて行われるため、無侵襲の検査法を提供できる。そのため、高侵襲な検査にともなう合併症のようなリスクを排除しやすい。また、検査に伴う患者の負担も軽減できる。そして、尿検体の取り扱いにおいては、便潜血検査の検体と比較して煩雑さが軽減されるという利点もある。
 よって、本発明の大腸がんバイオマーカーによれば、大腸がんの罹患の有無を優れた感度および特異度で簡便かつ無侵襲に判別できる。
<実施形態のまとめ>
 本発明の実施形態は、下記の[1]~[14]を包含する。ただし、本発明の実施形態は以下に限定されるものではない。
[1]大腸がんの検査のための方法であって;DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出することを含む、方法。
[2]前記尿中タンパク質がDPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11およびMMEからなる群から選ばれる少なくとも1種である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以上であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別し;前記尿中タンパク質がACP2である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以下であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別することをさらに含む、[1]に記載の方法。
[3]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、[1]または[2]に記載の方法。
[4]前記尿中タンパク質が、DPEP1と;TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[1]~[3]のいずれかに記載の方法。
[5]前記尿中タンパク質が、TFF1と;DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[1]~[4]のいずれかに記載の方法。
[6]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、[1]~[5]のいずれかに記載の方法。
[7]前記大腸がんが、早期大腸がんである、[1]~[6]のいずれかに記載の方法。
[8]大腸がんの検査のために使用するキットであって;被検体の尿を採取するための容器と;DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出する試薬と;を備える、大腸がん検査キット。
[9]前記試薬が、下記の試薬αおよび試薬βのいずれか一方または両方である、[8]に記載の大腸がん検査キット。
 試薬α:前記尿中タンパク質がDPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11およびMMEからなる群から選ばれる少なくとも1種である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度が閾値以上であれば、被検体が大腸がんに罹患していることを定性的手法により通知する試薬。
 試薬β:前記尿中タンパク質がACP2である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度が閾値以下であれば、被検体が大腸がんに罹患していることを定性的手法により通知する試薬。
[10]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、[8]または[9]に記載の大腸がん検査キット。
[11]前記尿中タンパク質が、DPEP1と;TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[8]~[10]のいずれかに記載の大腸がん検査キット。
[12]前記尿中タンパク質が、TFF1と;DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[8]~[11]のいずれかに記載の大腸がん検査キット。
[13]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、[8]~[12]のいずれかに記載の大腸がん検査キット。
[14]前記大腸がんが、早期大腸がんである、[8]~[13]のいずれかに記載の大腸がん検査キット。
 本発明のさらなる実施形態は、下記の[15]~[23]を包含する。ただし、本発明の実施形態は以下に限定されるものではない。
[15]大腸がんの診断方法であって;DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出することを含む、方法。
[16]前記尿中タンパク質がDPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11およびMMEからなる群から選ばれる少なくとも1種である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以上であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別し;前記尿中タンパク質がACP2である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以下であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別することをさらに含む、[15]に記載の方法。
[17]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、[15]または[16]に記載の方法。
[18]前記尿中タンパク質が、DPEP1と;TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[15]~[17]のいずれかに記載の方法。
[19]前記尿中タンパク質が、TFF1と;DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[15]~[18]のいずれかに記載の方法。
[20]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、[15]~[19]のいずれかに記載の方法。
[21]前記大腸がんが、早期大腸がんである、[15]~[20]のいずれかに記載の方法。
[22]大腸がんの治療方法であって;[15]~[21]のいずれかに記載の方法を使用して被検体を診断すること;および、前記被検体が大腸がんに罹患していると診断した場合、大腸がんの治療薬を前記被検体に投与すること;を含む、大腸がんの治療方法。
[23]大腸がんの治療方法であって;[15]~[22]のいずれかに記載の方法を使用して被検体を診断すること;および、前記被検体が大腸がんに罹患していると診断した場合、前記被検体に対して手術を行うこと;を含む、大腸がんの治療方法。
 本発明のさらなる実施形態は、下記の[24]~[29]を包含する。ただし、本発明の実施形態は以下に限定されるものではない。
[24]大腸がんバイオマーカーであって;DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質である、大腸がんバイオマーカー。
[25]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、[24]に記載の大腸がんバイオマーカー。
[26]前記尿中タンパク質が、DPEP1と;TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[24]または[25]に記載の大腸がんバイオマーカー。
[27]前記尿中タンパク質が、TFF1と;DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[24]~[26]のいずれかに記載の大腸がんバイオマーカー。
[28]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、[24]~[27]のいずれかに記載の大腸がんバイオマーカー。
[29]前記大腸がんが、早期大腸がんである、[24]~[28]のいずれかに記載の大腸がんバイオマーカー。
 本発明のさらなる実施形態は、下記の[30]~[35]を包含する。ただし、本発明の実施形態は以下に限定されるものではない。
[30]大腸がんの検査および/または診断のための尿中タンパク質の使用であり;前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種である、使用。
[31]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、[30]に記載の使用。
[32]前記尿中タンパク質が、DPEP1と;TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[31]または[32]に記載の使用。
[33]前記尿中タンパク質が、TFF1と;DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と;の組み合わせである、[30]~[32]のいずれかに記載の使用。
[34]前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、[30]~[33]のいずれかに記載の使用。
[35]前記大腸がんが、早期大腸がんである、[30]~[34]のいずれかに記載の使用。
 以上いくつかの実施形態について説明したが、本発明は本明細書に開示の実施形態に限定されず、その要旨を変更しない範囲で適宜変更して実施できる。本明細書に開示の実施形態は、その他の様々な形態で実施可能であり、発明の要旨を逸脱しない範囲で、種々の省略、置換、変更が可能である。
 以下、実施例を挙げて本発明をより詳細に説明するが、本発明は以下の記載に限定されない。
<用語の説明>
 n:症例数
 median:中央値
 IQR:四分位範囲(interquartile range)
 P value:p値
 AUC:Area Under the ROC Curve
 95%CI:95%信頼区間
 HC:健常者(Health Control)
 CRC:大腸がん患者
 Univariate analysis:単変量解析
 Multivariate analysis:多変量解析
 以下に示す表および図面において、各タンパク質の接頭語の「u」は、尿中のタンパク質であることを意味する。
<コホートの構築>
 年齢、性別を適合させた臨床ステージ0、ステージI、ステージIIおよびステージIIIの大腸がん患者175例と健常者299例から採取した尿検体から、ランダムに年齢および性別を一致させた以下の3種類のコホートを構築した。
・ディスカバリーコホート(Discovery cohort):大腸がん患者16例および健常者16例からなる32例。
・トレーニングコホート(Training cohort):大腸がん患者110例および健常者110例からなる220例。
・バリデーションコホート(Validation cohort):大腸がん患者62例および健常者49例からなる111例。
<バイオマーカー候補の絞り込み>
 本発明においてはバイオマーカーの絞り込みの際には、相対的定量質量分析法を用いた。また、バイオマーカーの樹立および検証の際には、抗原抗体反応を利用したELISA法を用いて個々の尿中タンパク質濃度を測定した。
 ディスカバリーコホートは、バイオマーカー候補の発見に用いた。ディスカバリーコホート(網羅的解析コホート)の32例に対し、相対的定量質量分析(iTRAQ(登録商標))を用いた網羅的解析を行った。尿サンプルの濃縮、タンパク質の還元反応、アルキル化、消化反応は一般的な手法に準じて行った。続いて図2に示すように、High pH RP-HPLC Separation、Low pH nano LC-MS/MSをこの順に実行し、データ解析を行った。
 その結果、大腸がん症例の尿中で有意に異常発現している78種類の尿中タンパク質を同定した(図3)。これらのなかから、消化管特異性や腫瘍特異性を満たす23種類のタンパク質をバイオマーカー候補としてデータベースサーチにより絞り込んだ。
<大腸がんバイオマーカーの樹立>
 トレーニングコホートは、大腸がんバイオマーカーの樹立に用いた。ディスカバリーコホートの解析で絞り込んだ23種類のバイオマーカー候補の尿中タンパク質の濃度を、トレーニングコホートの220例の尿検体についてELISAで測定した。
 解析の便宜上、尿中タンパク質濃度はその測定値そのものである絶対値に加えて、尿中クレアチニン濃度で除して標準化した尿中Cr相対値を取得した。尿中クレアチニンは、通常、検体の尿中に広く発現しているタンパク質である。バイオマーカー候補のタンパク質濃度を尿中クレアチニン濃度で標準化することで、候補タンパク質濃度を標準化した。結果を表1―表4に示す。
 以下に示すデータ解析結果において、AUCは統計学的指標であり、0から1までの値をとる。AUCの値が1に近いほど大腸がんの罹患の有無の判別能、すなわち、診断能が高いことを示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
 トレーニングコホートの解析結果から、23種類のバイオマーカー候補から15種類の大腸がんバイオマーカー、すなわち、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEを尿中Cr相対値での解析結果に基づいて樹立した(表1、表2)。
 加えて、絶対値での解析結果では、11種類の大腸がんバイオマーカー、すなわち、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、LRG1、ACP2、S100A11、MMEを樹立した(表3、表4)。
 表1-表4に示すように、これら同定された大腸がんバイオマーカーは、p値がその他のバイオマーカー候補のタンパク質より低い。このことから、大腸がんバイオマーカーが大腸がん患者の尿中で有意に異常発現していることが分かる。
 なかでも、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、LRG1、S100A11、MMEの10種類については、尿中Crによる標準化の有無にかかわらずp値が低いため、再現性は高い。
<大腸がんバイオマーカーの検証>
 次に、ディスカバリーコホートおよびトレーニングコホートとはいずれも独立したバリデーションコホートの111例を用いた。バリデーションコホートは、ディスカバリーコホートおよびトレーニングコホートを通して樹立した大腸がんバイオマーカーの検証に用いた。
 この検証においては、尿中Cr相対値での解析結果で高いAUCを示した8種類の尿中タンパク質、すなわち、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10Cについて大腸がん診断精度を検証した。結果を表5、表6に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
 表5に示すように、尿中Cr相対値では5種類の尿中タンパク質、すなわち、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、TNFRSF10Cは、バリデーションコホートにおいても健常者と比較して大腸がん患者の尿中において高発現を示した。
 表6に示すように、絶対値ではCDH17以外の7種類の尿中タンパク質、すなわち、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGR、TNFRSF10Cは、バリデーションコホートにおいても健常者と比較して大腸がん患者の尿中において高発現を示した。
 これらの結果は、ディスカバリーコホートおよびトレーニングコホートと一致している。また、バリデーションコホートにおいてもトレーニングコホートでの解析と同様に尿中DPEP1のAUCは最も高く、尿中Cr相対値では0.809(表5)、絶対値では0.930(表6)であった。このように尿中DPEP1のバイオマーカーとしての再現性は最も高く、極めて高精度に大腸がんを診断可能であった。
 尿中DPEP1の診断精度は、AUC=0.802(表1)、AUC=0.809(表5)といずれのコホートにおいても極めて高い数値を示した。次に優れた候補として、尿中TFF1の診断精度もAUC=0.751(表1)、AUC=0.731(表5)といずれのコホートにおいても高値を示した。
<大腸がんバイオマーカーの診断能>
 表7は、尿中Cr相対値での解析結果から得られたステージ0―IIIの大腸がんにおける各種の大腸がんバイオマーカーのカットオフ値の一例と診断精度を示す。
 表8は、絶対値での解析結果から得られたステージ0―IIIの大腸がんにおける各種の大腸がんバイオマーカーのカットオフ値の一例とその診断精度を示す。
 表中に示すカットオフ値(Cut-off value)は、あくまでも今回の解析で適用した一例としての値である。実際の検査現場において使用されるカットオフ値は、必ずしも以下の表中で例示した数値になるとは限らない。後述の表9-表10においても同様である。
 今回の解析において、カットオフ値は以下の通り算出した。まず、各因子の値ごとに(感度・特異度・1-特異度)の値を算出し、ROC曲線を描いた。そのROC曲線のYouden Indexをカットオフ値とした。Youden Indexは、(感度+特異度-1)の値が最大となるポイントである。2因子以上の組み合わせによるカットオフ値の算出には、ロジスティック回帰分析を用いた。組み合わせる因子を説明変数とし、大腸がんを予測する式を作成し、予測値を算出した。あとは同様に、予測値ごとに、感度・特異度・1-特異度を算出し、ROC曲線を描き、Youden Indexをカットオフ値とした。
 ただし、実際の検査現場において使用するカットオフ値は、Youden Indexに必ずしも限定されない。大腸がん検診の目的を考慮してカットオフ値を設定することができる。例えば、感度の向上を優先してカットオフ値を設定することが好ましい場合もある。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000008
 表7、表8に示すように、尿中DPEP1単独においては、尿中Cr相対値では感度80.4%、特異度64.5%であり、絶対値で感度85.4%、特異度64.5%であった。尿中DPEP1によれば、優れた感度および特異度で大腸がんを判定できると考えられる。
 また、16種類の尿中タンパク質は、2種以上を組み合わせても診断に利用できる。例えば、DPEP1またはTFF1を中心とした様々な組み合わせパターンが考慮され得る。その組み合わせパターンの一例とその感度および特異度を表7、表8に併せて示した。
 すべての条件にて再現性がある尿中DPEP1およびTFF1の2種類のタンパク質を中心とした組み合わせによれば、AUCは尿中Cr相対値で0.846、絶対値で0.870と高値を示した。加えて、尿中Cr相対値で感度91.1%、特異度62.8%、絶対値では感度94.3%、特異度63.4%と高い診断精度を示した。
<早期大腸がんにおける診断能>
 表9は、尿中Cr相対値での解析結果から得られたステージ0/I大腸がんにおける各種の大腸がんバイオマーカーのカットオフ値の一例と診断精度を示す。
 表10は、絶対値での解析結果から得られたステージ0/I大腸がんにおける各種の大腸がんバイオマーカーのカットオフ値の一例と診断精度を示す。
 表9、表10に示すカットオフ値の算出法は、表7、表8にそれぞれ示すカットオフ値の算出法と同じである。つまり、ROC曲線のYouden Indexをカットオフ値とした。また、2因子以上の組み合わせによるカットオフ値の算出には、ロジスティック回帰分析を用いた。
 ただし、実際の検査現場において使用するカットオフ値は、表9、表10に示す値に必ずしも限定されない。大腸がん検診の目的を考慮してカットオフ値を設定することができる。例えば、感度の向上を優先してカットオフ値を設定することが好ましい場合もある。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000010
 樹立した大腸がんバイオマーカーによれば、内視鏡治療で切除可能なステージ0/Iの早期大腸がんも高精度に診断できる。この点は、非常に注目すべきことである。
 図4-図11に示すように、単独使用で優れた感度および特異度を示す4つの尿中タンパク質(DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3)のステージ別の発現量は、いずれのタンパク質についても健常者と比較してステージ0の段階から高値を示した。加えて、いずれのタンパク質の発現量も健常者と比較してステージI-IIIでは高値を維持した。しかも、いずれのタンパク質についても早期大腸がんの診断に適したグラフ傾向を示している。
 早期大腸がんの診断のためのAUCは、DPEP1単独の場合、尿中Cr相対値ではAUC=0.780であり、絶対値ではAUC=0.842であった。DPEP1+TFF1の組み合わせの場合、尿中Cr相対値ではAUC=0.792、絶対値ではAUC=0.852であった(表9、表10)。
<腺腫の診断能>
 健常者172例、大腸がん患者159例および腺腫患者31例からそれぞれ採取した尿検体中のDPEP1、TFF1の各濃度を測定した。結果を図12-図19、表11、表12に示す。表11は、各尿中タンパク質濃度を尿中クレアチニン濃度で除して標準化した尿中Cr相対値を示す。表12は、各尿中タンパク質濃度の絶対値を示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000011
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000012
 尿検体中のDPEP1、TFF1は、腺腫患者において健常者より有意に高発現していることが判明した。この結果から、早期大腸がんに加えて腺腫の検出への有用性が示唆された。
 次に、各尿中タンパク質濃度の測定結果から腺腫の罹患の有無を判定するためのROC曲線を作成した(図20、図21)。図20は、各尿中タンパク質濃度を尿中クレアチニン濃度で除して標準化した尿中Cr相対値に基づくROC曲線を示し、図21は、各尿中タンパク質濃度の絶対値に基づくROC曲線を示す。
 図20の尿中Cr相対値のROC曲線の場合、DPEP1のAUCは0.618であり、TFF1のAUCは0.684であった。図21の絶対値のROC曲線の場合、DPEP1のAUCは0.641であり、TFF1のAUCは0.668であった。
<血清検体の検討>
 健常者68例、大腸がん患者68例からそれぞれ採取した血清検体中のDPEP1、TFF1の各濃度を測定した。結果を表13に示す。表13は、各尿中タンパク質濃度の絶対値を示す。図22は、各タンパク質濃度の測定値に基づいて描いたROC曲線を示す。このROC曲線からAUC値を取得した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000013
 以上の結果から、早期大腸がんをも高精度かつ無侵襲に診断できる新規かつ画期的な大腸がんバイオマーカーを提供できると考えられる。早期大腸がんを高精度かつ無侵襲に診断することは、既存の便潜血や血清腫瘍マーカーでは実現困難である。本発明の大腸がんバイオマーカーの使用により、施設で使用される検査キットのみならず、自宅でも検査可能な簡易キットも提供できると期待される。
 本発明によれば、大腸がんの罹患の有無を優れた感度および特異度で簡便かつ無侵襲に判別できる大腸がんバイオマーカーが提供される。

Claims (23)

  1.  大腸がんの検査のための方法であって、
     DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出することを含む、方法。
  2.  大腸がんの診断方法であって、
     DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出することを含む、方法。
  3.  前記尿中タンパク質がDPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11およびMMEからなる群から選ばれる少なくとも1種である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以上であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別し、
     前記尿中タンパク質がACP2である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度がカットオフ値以下であれば、被検体が大腸がんに罹患していると判別することをさらに含む、請求項1または2に記載の方法。
  4.  前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、請求項1~3のいずれか一項に記載の方法。
  5.  前記尿中タンパク質が、DPEP1と、
     TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と、
     の組み合わせである、請求項1~4のいずれか一項に記載の方法。
  6.  前記尿中タンパク質が、TFF1と、
     DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と、
     の組み合わせである、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。
  7.  前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。
  8.  前記大腸がんが、早期大腸がんである、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。
  9.  大腸がんの治療方法であって、
     請求項1~8のいずれか一項に記載の方法を使用して被検体を診断すること、および、
     前記被検体が大腸がんに罹患していると診断した場合、大腸がんの治療薬を前記被検体に投与すること、
     を含む、大腸がんの治療方法。
  10.  大腸がんの治療方法であって、
     請求項1~8のいずれか一項に記載の方法を使用して被検体を診断すること、および、
     前記被検体が大腸がんに罹患していると診断した場合、前記被検体に対して手術を行うこと、
     を含む、大腸がんの治療方法。
  11.  大腸がんの検査のために使用するキットであって、
     被検体の尿を採取するための容器と、
     DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種の尿中タンパク質を検出する試薬と、
     を備える、大腸がん検査キット。
  12.  前記試薬が、下記の試薬αおよび試薬βのいずれか一方または両方である、請求項11に記載の大腸がん検査キット。
     試薬α:前記尿中タンパク質がDPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11およびMMEからなる群から選ばれる少なくとも1種である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度が閾値以上であれば、被検体が大腸がんに罹患していることを定性的手法により通知する試薬。
     試薬β:前記尿中タンパク質がACP2である場合、検出された前記尿中タンパク質の濃度が閾値以下であれば、被検体が大腸がんに罹患していることを定性的手法により通知する試薬。
  13.  前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、請求項11または12に記載の大腸がん検査キット。
  14.  前記尿中タンパク質が、DPEP1と、
     TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と、
     の組み合わせである、請求項11~13のいずれか一項に記載の大腸がん検査キット。
  15.  前記尿中タンパク質が、TFF1と、
     DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と、
     の組み合わせである、請求項11~14のいずれか一項に記載の大腸がん検査キット。
  16.  前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、請求項11~15のいずれか一項に記載の大腸がん検査キット。
  17.  前記大腸がんが、早期大腸がんである、請求項11~16のいずれか一項に記載の大腸がん検査キット。
  18.  大腸がんの検査および/または診断のための尿中タンパク質の使用であり、
     前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、CDH17、PIGR、TNFRSF10C、MEP1A、LGALS3BP、APOA1、LRG1、ENPEP、S100A11、MMEおよびACP2からなる群から選ばれる少なくとも1種である、使用。
  19.  前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種である、請求項18に記載の使用。
  20.  前記尿中タンパク質が、DPEP1と、
     TFF1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と、
     の組み合わせである、請求項18または19に記載の使用。
  21.  前記尿中タンパク質が、TFF1と、
     DPEP1、ANPEP、LGALS3、PRG4、PIGRおよびTNFRSF10Cからなる群から選ばれる少なくとも1種と、
     の組み合わせである、請求項18~20のいずれか一項に記載の使用。
  22.  前記尿中タンパク質が、DPEP1、TFF1、ANPEPおよびLGALS3からなる群から選ばれる少なくとも1種である、請求項18~21のいずれか一項に記載の使用。
  23.  前記大腸がんが、早期大腸がんである、請求項18~22のいずれか一項に記載の使用。
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