CN109055400A - 一种乌苏拟鲿dna条形码序列及其应用 - Google Patents

一种乌苏拟鲿dna条形码序列及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN109055400A
CN109055400A CN201810827995.7A CN201810827995A CN109055400A CN 109055400 A CN109055400 A CN 109055400A CN 201810827995 A CN201810827995 A CN 201810827995A CN 109055400 A CN109055400 A CN 109055400A
Authority
CN
China
Prior art keywords
chang
usu
bar code
dna
species
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201810827995.7A
Other languages
English (en)
Inventor
刘红艳
熊飞
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Jianghan University
Original Assignee
Jianghan University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Jianghan University filed Critical Jianghan University
Priority to CN201810827995.7A priority Critical patent/CN109055400A/zh
Publication of CN109055400A publication Critical patent/CN109055400A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/0004—Oxidoreductases (1.)
    • C12N9/0053—Oxidoreductases (1.) acting on a heme group of donors (1.9)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y109/00—Oxidoreductases acting on a heme group of donors (1.9)
    • C12Y109/03—Oxidoreductases acting on a heme group of donors (1.9) with oxygen as acceptor (1.9.3)
    • C12Y109/03001—Cytochrome-c oxidase (1.9.3.1)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种乌苏拟鲿DNA条形码序列及其应用，属于物种鉴定技术领域。所述乌苏拟鲿DNA条形码序列为SEQ ID NO:1。所述乌苏拟鲿DNA条形码序列为乌苏拟鲿COI(cytochrome c oxidase subunit I，细胞色素c氧化酶亚基I)基因。该DNA条形码序列可以作为乌苏拟鲿DNA的标准检测序列，有效的对乌苏拟鲿物种进行鉴定。

Description

一种乌苏拟鲿DNA条形码序列及其应用
技术领域
本发明属于物种鉴定技术领域，具体涉及一种乌苏拟鲿DNA条形码序列及其应用。
背景技术
乌苏拟鲿(Pseudobagrus ussuriensis)，隶属鲿科(Bagridae)，拟鲿属(Pseudobagrus)，主要分布于长江水系的嘉陵江、乌江和雅砻江，黑龙江水系也有分布。乌苏拟鲿多栖于缓流中，原产量在鲿科鱼中仅次于黄颡鱼的产量，有较好的市场前景。目前，拟鲿属的分类存在较大的问题，属的界定和属下分类较为混乱，因此，有必要对拟鲿属鱼类物种进行有效的鉴定。
DNA条形码是指生物体内能够代表该物种的、有足够变异的、标准的、易扩增并且相对较短的DNA片段，可以快速、准确的进行物种鉴定。线粒体DNA的COI基因具有长度适中、进化速率适中和富含系统进行发育信息等特点。在研究中，能够较好地对物种的COI基因片段进行有效扩增。因此，在动物物种分类和鉴定中，COI基因作为条形码应用有很大的潜力。
物种鉴定一直是分类学乃至几乎所有生物领域上的研究至关重要的基础步骤。因此，准确的对物种鉴定和分类就显得尤其重要。目前，各国研究者已经开展了从湖泊到海洋不同地理区域的鱼类DNA条形码研究计划，研究表明DNA条形码在物种鉴定方面具有高效可行性。大量的研究结果显示以COI基因为标记的DNA条形码能够准确的对各类动物进行物种鉴定，可以选用COI基因作为各种动物条形码数据库的标准条形码。
在实际操作中，往往会遇到标本量较少以及样本保存不完整等问题，这样给传统的物种分类和鉴定研究带来了很大的困难。在现有的技术中心，均没有乌苏拟鲿DNA条形码序列以及乌苏拟鲿COI基因作为乌苏拟鲿 DNA条形码标准检测序列的记载和报道。
采用DNA条形码结合传统的分类学方法，对物种高效准确的鉴定和分类起着重要的作用。
发明内容
本发明目的是提供一种可以作为乌苏拟鲿DNA的标准检测序列，能够有效的对乌苏拟鲿物种进行鉴定。
本发明所采用的技术方案是：
一种乌苏拟鲿DNA条形码序列，所述序列为SEQ ID NO:1。
优选地，所述乌苏拟鲿DNA条形码序列为乌苏拟鲿COI(cytochrome c oxidasesubunit I，细胞色素c氧化酶亚基I)基因。
一种乌苏拟鲿DNA条形码标准检测序列的应用，该DNA条形码序列可以作为乌苏拟鲿DNA的标准检测序列，有效的对乌苏拟鲿物种进行鉴定。
本发明具有以下优点：
本发明所得到的乌苏拟鲿DNA条形码序列可以作为乌苏拟鲿DNA的标准检测序列，对乌苏拟鲿物种高效和准确的进行鉴定和分类。在实际工作中，有时要进行鱼卵和鱼苗的物种鉴定，鱼卵很难通过传统的形态学方法进行鉴定，另外处于生长发育期的鱼苗形态特征也还不是很显著，无法通过传统的形态学进行鉴定的时候，这时借助于物种的DNA标准条形码，就很容易对该物种的鱼卵和鱼苗进行鉴定。有时在物种鉴定的时候，会遇到样本不完整或残缺不全，也给传统的物种分类和鉴定带来困难，这时借助于物种的DNA标准条形码，可以很快的进行准确的鉴定。有时同一属內甚至亚科内的不同物种形态相似，有时会出现同一物种，会错误的把它界定为不同的物种，或者不同的物种，错误的把它界定为同一物种，分类关系混乱，利用该物种的标准条形码可以方便快捷的对其物种进行准确的鉴定。
具体实施方式
下面利用实施例对本发明做进一步说明:
取金沙江水系冯家坪江段的5个乌苏拟鲿样本进行验证。
1.DNA的提取
剪取5mg左右的鱼类肌肉组织，尽可能剪碎，置于1.5ml的离心管中，室温下放置，待乙醇完全挥发干净后采用GENEray公司的细胞/组织基因组试剂盒进行基因组DNA的抽提。
2.PCR扩增
PCR引物采用COI基因在鲇形目鱼类的通用引物，上、下游引物序列分别为：CatF1：TCTCAACCAACCATAAAGACATTGG，CatR1： TATACTTCTGGGTGCCCAAAGAATCA。PCR反应体系总体积为50μl，采用PCR 试剂盒进行PCR扩增，具体成分见表1，PCR反应程序见表2。
表1 PCR反应体系
反应成分 体积(μl)
灭菌双蒸水 22
P1 1
P2 1
基因组DNA模板 1
2ⅹPCR mix 25
表2 PCR反应程序
3.琼脂糖凝胶电泳检测
以恒压5V/cm的标准进行对PCR产物进行电泳，当溴酚蓝移到距琼脂糖凝胶前沿约5cm时，停止电泳。取出凝胶，置于EB染色液中浸泡15min，然后用紫外透射仪进行观察。
4.序列测定
经琼脂糖电泳检测目的条带清晰的PCR产物，用离心柱式PCR产物纯化试剂盒进行目的片段的回收纯化后，送至武汉天一辉远生物科技有限公司进行双向测序。
5个金沙江水系冯家坪江段乌苏拟鲿样本验证的结果：
测得的5个乌苏拟鲿样本的COI基因片段与乌苏拟鲿DNA条形码标准检测序列相似性均为100％。
CCTCTACTTAGTATTTGGTGCTTGAGCCGGAATAGTTGGTACAGCCCTTAGCCTGCTAATTCGGGCTGAGCTAGCCCAACCCGGAGCCCTTCTAGGGGATGACCAGATTTACAACGTTATTGTTACTGCTCATGCCTTCATCATAATTTTCTTTATAGTAATACCAATCATAATCGGAGGCTTTGGTAACTGACTTGTGCCACTAATAATTGGGGCACCAGATATAGCATTCCCACGAATAAATAATATAAGCTTCTGACTACTTCCCCCTTCTTTCCTACTGCTATTGGCTTCTTCCGGAGTTGAAGCCGGAGCAGGCACAGGATGAACTGTTTATCCTCCTCTTGCCGGAAATCTCGCACACGCCGGGGCTTCTGTAGACTTAACCATCTTTTCTCTCCACCTCGCAGGTGTATCCTCTATTCTAGGAGCCATTAATTTCATTACAACCATTATTAATATGAAACCCCCTGCTATCTCCCAATACCAAACCCCTCTATTCGTTTGAGCCGTTCTAATTACAGCCGTACTTCTACTATTATCCCTGCCCGTTCTGGCTGCTGGTATTACAATACTCCTAACAGACCGTAACCTTAATACAACATTCTTTGATCCCGCCGGAGGGGGAGATCCTATCCTTTATCAACATTTA
根据测序结果，以上5个样本与乌苏拟鲿DNA条形码标准检测序列的核苷酸序列的同源性在98％以上，即可判断这些物种为乌苏拟鲿。
本发明所得到的乌苏拟鲿DNA条形码序列可以作为乌苏拟鲿DNA的标准检测序列，对乌苏拟鲿物种高效和准确的进行鉴定和分类。在实际工作中，有时要进行鱼卵和鱼苗的物种鉴定，鱼卵很难通过传统的形态学方法进行鉴定，另外处于生长发育期的鱼苗形态特征也还不是很显著，无法通过传统的形态学进行鉴定的时候，这时借助于物种的DNA标准条形码，就很容易对该物种的鱼卵和鱼苗进行鉴定。有时在物种鉴定的时候，会遇到样本不完整或残缺不全，也给传统的物种分类和鉴定带来困难，这时借助于物种的DNA标准条形码，可以很快的进行准确的鉴定。有时同一属內甚至亚科内的不同物种形态相似，有时会出现同一物种，会错误的把它界定为不同的物种，或者不同的物种，错误的把它界定为同一物种，分类关系混乱，利用该物种的标准条形码可以方便快捷的对其物种进行准确的鉴定。
最后所应说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非限制，尽管参照较佳实施例对本发明进行了详细说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换，而不脱离本发明技术方案的精神和范围，其均应涵盖在本发明的权利要求范围当中。
序列表
<110> 江汉大学
<120> 一种乌苏拟鲿DNA条形码序列及其应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 652
<212> DNA
<213> 乌苏拟鲿DNA条形码序列(Pseudobagrus ussuriensis)
<400> 1
cctctactta gtatttggtg cttgagccgg aatagttggt acagccctta gcctgctaat 60
tcgggctgag ctagcccaac ccggagccct tctaggggat gaccagattt acaacgttat 120
tgttactgct catgccttca tcataatttt ctttatagta ataccaatca taatcggagg 180
ctttggtaac tgacttgtgc cactaataat tggggcacca gatatagcat tcccacgaat 240
aaataatata agcttctgac tacttccccc ttctttccta ctgctattgg cttcttccgg 300
agttgaagcc ggagcaggca caggatgaac tgtttatcct cctcttgccg gaaatctcgc 360
acacgccggg gcttctgtag acttaaccat cttttctctc cacctcgcag gtgtatcctc 420
tattctagga gccattaatt tcattacaac cattattaat atgaaacccc ctgctatctc 480
ccaataccaa acccctctat tcgtttgagc cgttctaatt acagccgtac ttctactatt 540
atccctgccc gttctggctg ctggtattac aatactccta acagaccgta accttaatac 600
aacattcttt gatcccgccg gagggggaga tcctatcctt tatcaacatt ta 652
<210> 2
<211> 652
<212> DNA
<213> 乌苏拟鲿DNA序列(Pseudobagrus ussuriensis)
<400> 2
cctctactta gtatttggtg cttgagccgg aatagttggt acagccctta gcctgctaat 60
tcgggctgag ctagcccaac ccggagccct tctaggggat gaccagattt acaacgttat 120
tgttactgct catgccttca tcataatttt ctttatagta ataccaatca taatcggagg 180
ctttggtaac tgacttgtgc cactaataat tggggcacca gatatagcat tcccacgaat 240
aaataatata agcttctgac tacttccccc ttctttccta ctgctattgg cttcttccgg 300
agttgaagcc ggagcaggca caggatgaac tgtttatcct cctcttgccg gaaatctcgc 360
acacgccggg gcttctgtag acttaaccat cttttctctc cacctcgcag gtgtatcctc 420
tattctagga gccattaatt tcattacaac cattattaat atgaaacccc ctgctatctc 480
ccaataccaa acccctctat tcgtttgagc cgttctaatt acagccgtac ttctactatt 540
atccctgccc gttctggctg ctggtattac aatactccta acagaccgta accttaatac 600
aacattcttt gatcccgccg gagggggaga tcctatcctt tatcaacatt ta 652

Claims (3)

1.一种乌苏拟鲿DNA条形码序列，其特征在于，所述序列为SEQ ID NO:1。
2.根据权利要求1所述的乌苏拟鲿DNA条形码序列，其特征在于，所述乌苏拟鲿DNA条形码序列为乌苏拟鲿COI(cytochrome c oxidase subunit I，细胞色素c氧化酶亚基I)基因。
3.一种乌苏拟鲿DNA条形码标准检测序列的应用，其特征在于，该DNA条形码序列可以作为乌苏拟鲿DNA的标准检测序列，有效的对乌苏拟鲿物种进行鉴定。
CN201810827995.7A 2018-07-25 2018-07-25 一种乌苏拟鲿dna条形码序列及其应用 Pending CN109055400A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810827995.7A CN109055400A (zh) 2018-07-25 2018-07-25 一种乌苏拟鲿dna条形码序列及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810827995.7A CN109055400A (zh) 2018-07-25 2018-07-25 一种乌苏拟鲿dna条形码序列及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN109055400A true CN109055400A (zh) 2018-12-21

Family

ID=64836026

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201810827995.7A Pending CN109055400A (zh) 2018-07-25 2018-07-25 一种乌苏拟鲿dna条形码序列及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109055400A (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114058713A (zh) * 2021-11-30 2022-02-18 淮阴师范学院 乌苏里拟鲿y染色体序列的获取方法

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106011300A (zh) * 2016-08-04 2016-10-12 淮阴师范学院 乌苏里拟鲿遗传性别鉴定用pcr引物对及快速鉴定方法
CN107119143A (zh) * 2017-06-27 2017-09-01 镇江华大检测有限公司 一种鲶鱼dna条形码标准检测序列及其应用
CN107354226A (zh) * 2017-09-04 2017-11-17 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 一种瓦氏雅罗鱼dna条形码标准检测序列及其应用

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106011300A (zh) * 2016-08-04 2016-10-12 淮阴师范学院 乌苏里拟鲿遗传性别鉴定用pcr引物对及快速鉴定方法
CN107119143A (zh) * 2017-06-27 2017-09-01 镇江华大检测有限公司 一种鲶鱼dna条形码标准检测序列及其应用
CN107354226A (zh) * 2017-09-04 2017-11-17 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所 一种瓦氏雅罗鱼dna条形码标准检测序列及其应用

Non-Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
WAN,Q等: "Accession No. KC188782.1，Pseudobagrus ussuriensis mitochondrion, complete genome", 《GENBANK》 *
刘青等: "山西沁河乌苏里拟鲿形态、分子鉴定及与黑龙江群体比较", 《水生态学杂志》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114058713A (zh) * 2021-11-30 2022-02-18 淮阴师范学院 乌苏里拟鲿y染色体序列的获取方法
CN114058713B (zh) * 2021-11-30 2023-09-01 淮阴师范学院 乌苏里拟鲿y染色体序列的获取方法

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108624670B (zh) 一种快速鉴定三疣梭子蟹遗传性别的分子标记Marker Sex 1及鉴定方法
CN109022457A (zh) 一种*dna条形码序列及其应用
CN109055401A (zh) 一种寡鳞飘鱼dna条形码序列及其应用
CN105483227A (zh) 一种华鲮dna条形码标准检测基因及其应用
CN114657264A (zh) 一种胡子鲇性别特异性分子标记引物及其应用
CN109055400A (zh) 一种乌苏拟鲿dna条形码序列及其应用
CN113637765A (zh) 鉴定大口黑鲈遗传性别的分子标记及应用
CN109055404A (zh) 一种横纹南鳅dna条形码序列及其应用
CN110541035A (zh) 一种中华倒刺鲃dna条形码序列及其应用
CN102321750A (zh) 一种用分子标记快速筛选边鸡体重增长程度的方法
CN109055569A (zh) 一种黄颡鱼dna条形码序列及其应用
CN109055403A (zh) 一种瓦氏黄颡鱼dna条形码序列及其应用
CN109055407A (zh) 一种翘嘴红鲌dna条形码序列及其应用
CN108531636B (zh) 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM01及其应用
CN108486121B (zh) 一种刺螫库蠓的特异dna序列及其分子鉴定方法
CN108588241A (zh) 鉴别棕点石斑鱼的分子特异性标记引物及方法
CN108441564A (zh) 一种中华沙鳅dna条形码序列及其应用
CN110438241A (zh) 一种马口鱼dna条形码序列及其应用
CN110423823A (zh) 一种圆口铜鱼dna条形码序列及其应用
CN102134600B (zh) 一种朱鹮性别鉴定的pcr方法
CN104988240A (zh) 利用SNP标记rs16287910鉴别蜂群王浆高产性状的方法
CN104293907A (zh) 用于团头鲂家系鉴定的srap分子标记引物及其方法和应用
CN109055568A (zh) 一种凹尾拟鲿dna条形码序列及其应用
CN104099423A (zh) 用于刀鲚不同生态型种群识别的分子标记
CN109055405A (zh) 一种红鳍鲌dna条形码序列及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20181221