CN108823200A - 一种病原体dna核酸释放剂 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种病原体DNA核酸释放剂,本发明通过使用多果定代替传统的胍盐和一部分去污剂的使用,有效地对含有病原体的血清样本进行裂解,释放其中的核酸,并降低对下游实验的抑制,从而显著的提高了病原体的裂解效率,并大大缩短了检测时间,同时病原体DNA充分释放且本身不干扰后续PCR的扩增。本发明不需要像传统的核酸提取试剂盒一样进行裂解、洗涤、洗脱等繁琐的提取步骤,极大提高实验室工作效率,并有效避免了实验操作过程中可能发生污染的环节,同时还减少医疗废弃物的产生。
Description
技术领域
本发明属于分子生物技术领域,具体涉及一种病原体DNA核酸释放剂。
背景技术
现阶段血浆中游离的病毒颗粒可通过PCR方法进行定量,由每毫升血浆的病毒DNA拷贝数表示,实时荧光定量PCR是现在临床最先进的检测方法,该方法目前已相当成熟,然而用于检测前的提取步骤却十分繁琐,裂解、多次洗涤、洗脱等,不仅耗时,且极易污染,同时会产生较多的废弃物,不利于绿色环保。
核酸提取是下游核酸检测、研究或者产品研发的起点,所分离的核酸的质量、纯度和完整性直接影响研究或诊断结果,因此在病毒检测领域,核酸释放剂起着非常重要的作用。理想的核酸释放剂获得的核酸没有蛋白、脂或其他核酸的污染,目前已经有很多专业化的核酸释放剂可以从生物样品得到目的核酸。
如中国专利201510446386.3公开了一种利用微量核酸释放剂提取生物样本中病毒DNA的方法,微量核酸释放剂裂解生物样本(血清或血浆)中病毒DNA同时,佐以促释放剂能更有效地保证裂解、释放效率,微量核酸释放剂在完全释放核酸的同时,还具有封闭样本中对PCR扩增具有干扰作用的蛋白质、药物及溶血等各种因素物质的功能,避免检测过程的假阴性,使得样本提取简便、灵敏、快速,但本发明要经过洗涤的步骤,在洗涤的过程中容易造成核酸丢失,降低了检测的准确性。
目前如广泛存在的HBV病毒(乙型肝炎病毒),全球乙型肝炎病毒感染者已超过二十亿,无论对于患者还是医生,都需要及时知道有无感染或是治疗效果评估,以不错过最佳治疗或用药时间。因此需要一种能满足乙肝快速筛查和临床诊疗检测等需求的、又快又准的临床诊断产品。
虽然HBV DNA的荧光定量检测方法,已经是一种相对成熟的临床检测方法,但是该方法具有一些缺点,如操作步骤较多,不仅耗时较长,而且易污染,同时会产生较多的废弃物,不利于环境的保护。另外,提取试剂引入的抑制剂,以及洗涤步骤中HBV DNA的损失,都会降低试剂的检出性能。
申请人多年一直致力于HBV检测试剂盒的研究,已有HBV检测类的发明专利201410223058.2,其公开了检测乙型肝炎病毒的PCR引物、引物组、探针以及试剂盒和检测方法,该发明可检测出世界范围内各种不同亚型的乙型肝炎病原体,在血清标本中定量检测限可达2IU/mL。但该发明采用的DNA裂解液为常规裂解液,操作相对不够简单,耗时相对较长。
市面上也有如湖南圣湘生物的一步法的HBV荧光定量方法,如中国专利200910309980.2公开了一种一步法病原体核酸荧光定量PCR检测方法,针对待测病原体核酸选取保守基因序列,设计特异性引物探针,采用一种核酸快速释放试剂提取病原体核酸,直接加入相应的PCR反应液,实现PCR荧光定量检测,该发明操作简单快速,抗污染抗干扰能力强,提取的核酸无损失,所用试剂制造成本低,但无法对血清中低至20IU/mL的HBV DNA进行准确定量。
同样,在近些年PCR(RT-qPCR)已经应用于细胞相关HIV病毒的定量,这种方法具有很高的特异性,但在抗逆转录病毒治疗后,为了能够检测到微量的核算病毒,检测手段的敏感性还需要加强,目前同样需要一种可以精确检测微量病毒拷贝的方法。
多果定(十二烷基胍醋酸盐,Dodine),是一种含胍基的特殊表面活性剂,主要作为日化用品类表面活性剂,防治果树、蔬菜病害,多果定可用来防治果树、蔬菜、坚果、观赏植物和成荫树上的多种主要霉菌病害。此外,用于工业水处理剂,洗涤剂,种子处理剂和妇女儿童用品等。
本发明公开了一种病原体DNA核酸释放剂,通过使用多果定代替传统的胍盐(异硫氰酸胍或盐酸胍)和一部分去污剂(常用的有Tween-20、Triton X-100、SDS等)的使用,有效地对含有病毒颗粒的血清样本进行裂解,释放其中的核苷酸,并降低对下游实验的抑制,从而显著的提高了病毒的裂解效率,并大大缩短了检测时间。
发明内容
为解决上述问题,本发明通过使用多果定代替传统的胍盐和一部分去污剂的使用,有效地对含有病原体的血清样本进行裂解,释放其中的核酸,并降低对下游实验的抑制,从而显著的提高了病原体的裂解效率,并大大缩短了检测时间。
本发明的目的在于提供一种病原体DNA核酸释放剂。
一种病原体DNA核酸释放剂包括0.1%-30%(V/V)的多果定、1-10%(V/V)TritonX-100、1-10%(V/V)NP-40、10-100mM硫酸铵和10-100mM NaCl;
优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括1%-29%(V/V)的多果定、1-9.5%(V/V)Triton X-100、1-9%(V/V)NP-40、15-100mM硫酸铵和15-100mM NaCl;
更优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括2%-28%(V/V)的多果定、1-9%(V/V)Triton X-100、1.5-9%(V/V)NP-40、20-100mM硫酸铵和20-100mM NaCl;
再优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括3%-27%(V/V)的多果定、1-8.5%(V/V)Triton X-100、2-9%(V/V)NP-40、20-90mM硫酸铵和25-95mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括4%-26%(V/V)的多果定、1.5-8.5%(V/V)Triton X-100、3-9%(V/V)NP-40、20-85mM硫酸铵和25-90mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括5%-25%(V/V)的多果定、2-8.5%(V/V)Triton X-100、3.5-9%(V/V)NP-40、20-80mM硫酸铵和30-90mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括6%-24%(V/V)的多果定、2.5-8.5%(V/V)Triton X-100、4-9%(V/V)NP-40、25-80mM硫酸铵和30-85mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括7%-21%(V/V)的多果定、2.5-8%(V/V)Triton X-100、4.5-9%(V/V)NP-40、20-80mM硫酸铵和35-85mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括8%-20%(V/V)的多果定、3-8%(V/V)Triton X-100、5-9%(V/V)NP-40、20-75mM硫酸铵和35-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括7%-19%(V/V)的多果定、3.5-8%(V/V)Triton X-100、5.5-9%(V/V)NP-40、25-75mM硫酸铵和40-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括8%-18%(V/V)的多果定、4-8%(V/V)Triton X-100、6-9%(V/V)NP-40、30-75mM硫酸铵和45-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括9%-17%(V/V)的多果定、4-7.5%(V/V)Triton X-100、6.5-9%(V/V)NP-40、35-75mM硫酸铵和40-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括10%-16%(V/V)的多果定、4-7%(V/V)Triton X-100、6-9%(V/V)NP-40、35-70mM硫酸铵和45-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括11%-15%(V/V)的多果定、4-6.5%(V/V)Triton X-100、6.5-9%(V/V)NP-40、40-70mM硫酸铵和50-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括12%-14%(V/V)的多果定、4.5-6.5%(V/V)Triton X-100、7-9%(V/V)NP-40、45-70mM硫酸铵和55-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括13%-14%(V/V)的多果定、5-6.5%(V/V)Triton X-100、8-9%(V/V)NP-40、50-70mM硫酸铵和60-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括13.5%-14%(V/V)的多果定、5-6%(V/V)Triton X-100、8.5-9%(V/V)NP-40、60-70mM硫酸铵和70-80mM NaCl;
一种病原体DNA核酸释放剂中,所述的病原体指血清、脑脊液、生殖道分泌物、尿液中的病原体,如血清中的乙型肝炎病毒(HBV)、生殖道分泌物中的人类乳头瘤病毒(HPV)、生殖道分泌物中的沙眼衣原体(CT),、生殖道分泌物中的解脲脲原体(UU)、生殖道分泌物中的淋球菌(NG)、生殖道分泌物中的人类疱疹病毒I(HSV-1)等。
本发明的另一个目的在于提供一种改进的病原体DNA的提取方法:
所述病原体DNA提取方法的操作步骤如下:
1)取样本至PCR八连管中;
2)加入病原体DNA核酸释放剂,涡旋混匀,室温孵育;
3)加入PCR反应液,进行扩增;
步骤2)中所用的病原体DNA核酸释放剂具体为:
一种病原体DNA核酸释放剂包括0.1%-30%(V/V)的多果定、1-10%(V/V)TritonX-100、1-10%(V/V)NP-40、10-100mM硫酸铵和10-100mM NaCl;
优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括1%-29%(V/V)的多果定、1-9.5%(V/V)Triton X-100、1-9%(V/V)NP-40、15-100mM硫酸铵和15-100mM NaCl;
更优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括2%-28%(V/V)的多果定、1-9%(V/V)Triton X-100、1.5-9%(V/V)NP-40、20-100mM硫酸铵和20-100mM NaCl;
再优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括3%-27%(V/V)的多果定、1-8.5%(V/V)Triton X-100、2-9%(V/V)NP-40、20-90mM硫酸铵和25-95mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括4%-26%(V/V)的多果定、1.5-8.5%(V/V)Triton X-100、3-9%(V/V)NP-40、20-85mM硫酸铵和25-90mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括5%-25%(V/V)的多果定、2-8.5%(V/V)Triton X-100、3.5-9%(V/V)NP-40、20-80mM硫酸铵和30-90mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括6%-24%(V/V)的多果定、2.5-8.5%(V/V)Triton X-100、4-9%(V/V)NP-40、25-80mM硫酸铵和30-85mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括7%-21%(V/V)的多果定、2.5-8%(V/V)Triton X-100、4.5-9%(V/V)NP-40、20-80mM硫酸铵和35-85mM NaCl;
再又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括8%-20%(V/V)的多果定、3-8%(V/V)Triton X-100、5-9%(V/V)NP-40、20-75mM硫酸铵和35-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括7%-19%(V/V)的多果定、3.5-8%(V/V)Triton X-100、5.5-9%(V/V)NP-40、25-75mM硫酸铵和40-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括8%-18%(V/V)的多果定、4-8%(V/V)Triton X-100、6-9%(V/V)NP-40、30-75mM硫酸铵和45-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括9%-17%(V/V)的多果定、4-7.5%(V/V)Triton X-100、6.5-9%(V/V)NP-40、35-75mM硫酸铵和40-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括10%-16%(V/V)的多果定、4-7%(V/V)Triton X-100、6-9%(V/V)NP-40、35-70mM硫酸铵和45-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括11%-15%(V/V)的多果定、4-6.5%(V/V)Triton X-100、6.5-9%(V/V)NP-40、40-70mM硫酸铵和50-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括12%-14%(V/V)的多果定、4.5-6.5%(V/V)Triton X-100、7-9%(V/V)NP-40、45-70mM硫酸铵和55-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括13%-14%(V/V)的多果定、5-6.5%(V/V)Triton X-100、8-9%(V/V)NP-40、50-70mM硫酸铵和60-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括13.5%-14%(V/V)的多果定、5-6%(V/V)Triton X-100、8.5-9%(V/V)NP-40、60-70mM硫酸铵和70-80mM NaCl;
本发明的再一目的在于提供一种检测病原体DNA的PCR检测方法;
所述的病原体指血清、脑脊液、生殖道分泌物、尿液中的病原体,如血清中的乙型肝炎病毒(HBV)、生殖道分泌物中的人类乳头瘤病毒(HPV)、生殖道分泌物中的沙眼衣原体(CT),、生殖道分泌物中的解脲脲原体(UU)、生殖道分泌物中的淋球菌(NG)、生殖道分泌物中的人类疱疹病毒I(HSV-1)等;
所述检测方法的具体步骤为:
(1)提取病原体DNA
1)取样本5-15μL至0.2mLPCR八连管中;
2)加入所述的核酸释放剂,涡旋混匀,室温孵育;
3)加入PCR反应液,进行扩增;
(2)结果检测:
采用荧光定量PCR进行检测,对结果进行分析。
步骤(1)中所述的一种病原体DNA核酸释包括0.1%-30%(V/V)的多果定、1-10%(V/V)Triton X-100、1-10%(V/V)NP-40、10-100mM硫酸铵和10-100mM NaCl;
优选地,所述一种病原体DNA包括1%-29%(V/V)的多果定、1-9.5%(V/V)TritonX-100、1-9%(V/V)NP-40、15-100mM硫酸铵和15-100mM NaCl;
更优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括2%-28%(V/V)的多果定、1-9%(V/V)Triton X-100、1.5-9%(V/V)NP-40、20-100mM硫酸铵和20-100mM NaCl;
再优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括3%-27%(V/V)的多果定、1-8.5%(V/V)Triton X-100、2-9%(V/V)NP-40、20-90mM硫酸铵和25-95mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括4%-26%(V/V)的多果定、1.5-8.5%(V/V)Triton X-100、3-9%(V/V)NP-40、20-85mM硫酸铵和25-90mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括5%-25%(V/V)的多果定、2-8.5%(V/V)Triton X-100、3.5-9%(V/V)NP-40、20-80mM硫酸铵和30-90mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括6%-24%(V/V)的多果定、2.5-8.5%(V/V)Triton X-100、4-9%(V/V)NP-40、25-80mM硫酸铵和30-85mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括7%-21%(V/V)的多果定、2.5-8%(V/V)Triton X-100、4.5-9%(V/V)NP-40、20-80mM硫酸铵和35-85mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括8%-20%(V/V)的多果定、3-8%(V/V)Triton X-100、5-9%(V/V)NP-40、20-75mM硫酸铵和35-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括7%-19%(V/V)的多果定、3.5-8%(V/V)Triton X-100、5.5-9%(V/V)NP-40、25-75mM硫酸铵和40-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括8%-18%(V/V)的多果定、4-8%(V/V)Triton X-100、6-9%(V/V)NP-40、30-75mM硫酸铵和45-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括9%-17%(V/V)的多果定、4-7.5%(V/V)Triton X-100、6.5-9%(V/V)NP-40、35-75mM硫酸铵和40-80mM NaCl;
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又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括11%-15%(V/V)的多果定、4-6.5%(V/V)Triton X-100、6.5-9%(V/V)NP-40、40-70mM硫酸铵和50-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括12%-14%(V/V)的多果定、4.5-6.5%(V/V)Triton X-100、7-9%(V/V)NP-40、45-70mM硫酸铵和55-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括13%-14%(V/V)的多果定、5-6.5%(V/V)Triton X-100、8-9%(V/V)NP-40、50-70mM硫酸铵和60-80mM NaCl;
又优选地,所述一种病原体DNA核酸释放剂包括13.5%-14%(V/V)的多果定、5-6%(V/V)Triton X-100、8.5-9%(V/V)NP-40、60-70mM硫酸铵和70-80mM NaCl;
其中,PCR反应体系具体为:
其中,PCR反应程序具体为:
第一步:37℃,5分钟;第二步:95℃,10分钟;第三步,95℃,15秒,62-68℃,15秒,72℃,20秒,5-15个循环;第四步:95℃,15秒,60℃,1分钟,40个循环;60℃时采集荧光。
本发明提供一种病原体DNA核酸释放剂,所述的病原体指血清、脑脊液、生殖道分泌物、尿液中的病原体,如血清中的乙型肝炎病毒(HBV)、生殖道分泌物中的人类乳头瘤病毒(HPV)、生殖道分泌物中的沙眼衣原体(CT)、生殖道分泌物中的解脲脲原体(UU)、生殖道分泌物中的淋球菌(NG)、生殖道分泌物中的人类疱疹病毒I(HSV-1)等。
本发明的有益效果为:
本发明提供一种病原体DNA核酸释放剂,使病原体DNA充分释放且本身不干扰后续PCR的扩增。该方法不需要像传统的核酸提取试剂盒一样进行裂解、洗涤、洗脱等繁琐的提取步骤,极大提高实验室工作效率,并有效避免了实验操作过程中可能发生污染的环节,同时还减少医疗废弃物的产生。该方法减少了提取过程中病原体DNA的损失,定量限为50IU/mL,检出限为25IU/mL,达到HBV超敏检测的性能水平。
且本发明提供的核酸释放剂组成成分,使得核酸释放剂的稳定性更好,可在低温如5℃、常温如20℃和高温如40℃的环境下,6个月内依然保持非常好的稳定性。
本领域常规提取需要45分钟,而采用本发明的病原体DNA核酸释放剂进行裂解,可将提取时间缩短至10-15分钟。
对于HIV有DNA(前病毒)也有RNA,对于全血中分离的PBMC样本,直接用全血不行,抑制剂太多的问题,可以使用本发明进行检测。
对血清、脑脊液、生殖道分泌物、尿液中的病原体,如血清中的乙型肝炎病毒(HBV)、生殖道分泌物中的人类乳头瘤病毒(HPV)、生殖道分泌物中的沙眼衣原体(CT),、生殖道分泌物中的解脲脲原体(UU)、生殖道分泌物中的淋球菌(NG)、生殖道分泌物中的人类疱疹病毒I(HSV-1)等均可以应用本发明的病原体DNA核酸释放剂进行检测。
基于上述优点,本发明在病原体DNA检测领域具有广泛的应用前景。
附图说明
图1为实施例3中对HBV DNA滴度为25IU/mL的血清标准品的检测效果。
图2为实施例4中对HBV DNA滴度为50IU/mL的血清标准品的检测效果。
图3为实施例5中对HBV DNA滴度为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的梯度稀释血清标准品的效果。
图4为实施例6中检测HCV RNA、HIV RNA、TB DNA的特异性实验的结果。
图5为实施例9中对HIV DNA滴度为25IU/mL的血清标准品的检测效果。
图6为实施例10中对HIV DNA滴度为50IU/mL的血清标准品的检测效果。
图7为实施例11中对HIV DNA滴度为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的梯度稀释血清标准品的效果。
图8为实施例12中检测HBV DNA、HIV RNA、CT DNA的特异性实验的结果。
图9为实施例15中对CT DNA滴度为25IU/mL的血清标准品的检测效果。
图10为实施例16中对CT DNA滴度为50IU/mL的血清标准品的检测效果。
图11为实施例17中对CT DNA滴度为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的梯度稀释血清标准品的效果。
图12为实施例18中检测HBV DNA、HIV RNA、HIV DNA的特异性实验的结果。
具体实施方式
以下实施例仅处于说明性目的,而不是想要限制本发明的范围。
实施例1含本发明病原体DNA核酸释放剂的一种血清中HBV DNA的实时荧光定量检测试剂盒
该试剂盒包括:
乙型肝炎病毒HBV的检测引物组;
乙型肝炎病毒HBV的检测探针;
和本发明的病原体DNA核酸释放剂;
所述的病原体DNA核酸释放剂包括14%(V/V)的多果定、6%(V/V)Triton X-100、9%(V/V)NP-40、60mM硫酸铵和80mM NaCl;
所述的乙型肝炎病毒HBV的检测引物组由以下引物序列组成:
引物序列1:GGCAACGGCCTGGTCTGTGCCAAGTGT,
引物序列2:GGCAACGGTCAGGTCTCTGCCAAGTGT,
引物序列3:TGACGCAACCCCCACTG,
引物序列4:GCTGCGAGCAAAACAAG,
引物序列5:GCGCAGGATCCAGTTGGCAGCACA,
引物序列6:GTCCCGCGCAGGATCCAGTTGGCAGC;
所述的乙型肝炎病毒HBV的检测探针序列为:CCGATCCATACTGCGGAACT;
所述的乙型肝炎病毒HBV的检测探针序列5’端标记的荧光基团为FAM,探针序列3’端标记的淬灭基团为TAMRA。
所述的实时荧光定量检测试剂盒还包括内控探针和内控引物组;
所述的内控探针的核苷酸序列为:ATGCCCTCCCCCATGCCATCCT;
内控探针序列所标记的荧光基团为HEX;
所述的内控引物组的核苷酸序列为:
内控引物序列7:CGGGGTCACCCACACTGTGCCCATCTACG,
内控引物序列8:GGTCACCCACACTGTGCCCATCTACG,
内控引物序列9:CCACACTGTGCCCATCTACGA,
内控引物序列10:GCGCTCGGTGAGGATCTTC;
所述的实时荧光定量检测试剂盒还包括PCR反应液,所述的PCR反应液包括:15-25mM Tris-HCl pH8.0,15-25mM KCl,2.5-5mM(NH4)SO4,2-5mM MgCl2,0.5-2mM dNTP/UTPMix。
所述的实时荧光定量检测试剂盒还包括强阳性对照品、临界阳性对照品、阴性对照品和阳性定量参考品。
实施例2一种血清中HBV DNA的实时荧光定量检测方法
该实施例采用实施例1中的实时荧光定量检测试剂盒对血清中HBV DNA进行实时荧光定量检测;
所述实时荧光定量检测方法包括以下步骤:
(1)、血清HBV DNA样本的获取:
a.将血清送检管震荡10秒,彻底混匀后立即取200μL至1.5mL灭菌离心管中,随后加入20μL磁珠、20μL carrier RNA、300μL裂解液,颠倒混匀,50℃振荡温育6分钟;
b.把离心管转移至磁力架上放置6分钟收集磁珠,吸弃上清液;
c.短暂离心收集管壁的液滴,把离心管转移至磁力架上放置1分钟,小心吸弃所有的残液,打开管盖干燥6分钟;
d.加入50μL洗脱液涡旋混匀20秒,静置3分钟,转移离心管至磁力架上放置3分钟收集磁珠;
e.把样品转移至新的离心管中,并保存于-20℃,作为实时荧光定量PCR反应的DNA模板;
(2)、结果检测:采用实时荧光定量PCR进行检测,对结果进行分析,所述实时荧光定量PCR程序为:
第一步:37℃,5分钟;第二步:95℃,10分钟;第三步:95℃,15秒,62℃,15秒,72℃,20秒,5个循环;第四步:95℃,15秒,60℃,1分钟,40个循环;60℃时采集荧光。
所述的实时荧光定量PCR反应体系为:
PCR反应液,43.2μl;5U/μl Taq酶,0.8μl;1U/μlUNG酶,0.06μl;步骤(1)得到的DNA模板,6μl;
其中,步骤(1)a中所述的裂解液包括5%(V/V)的多果定、6%(V/V)Tween-20、20mM柠檬酸钠和20mM NaCl;
其中,步骤(2)中所述的PCR反应液包括:15-25mM Tris-HCl pH8.0,15-25mM KCl,2.5-5mM(NH4)SO4,2-5mM MgCl2,0.5-2mM dNTP/UTP Mix,200-600nM引物组,100-300nM探针,200-600nM内控引物,100-300nM内控探针。
实施例3
本实施例采用实施例1的实时荧光定量检测试剂盒和实施例2的实时荧光定量检测方法对HBV DNA滴度为25IU/mL的血清标准品进行检测,检测效果如图1所示。
实施例4
本实施例采用实施例1的实时荧光定量检测试剂盒和实施例2的实时荧光定量检测方法对HBV DNA滴度为50IU/mL的血清标准品进行检测,检测效果如图2所示。
实施例5
本实施例采用实施例1的实时荧光定量检测试剂盒和实施例2的实时荧光定量检测方法对HBV DNA滴度依次为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的梯度稀释血清标准品进行检测,检测效果如图3所示,从左到右依次为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的检测线。
实施例6
本实施例采用实施例1的实时荧光定量检测试剂盒和实施例2的实时荧光定量检测方法
检测HCV RNA、HIV RNA、TB DNA的特异性,检测结果如图4所示,可见应用本发明病原体DNA核酸释放剂的实时荧光定量检测试剂盒具有明显的特异性。
实施例7含本发明病原体DNA核酸释放剂的一种血清中HIV DNA的实时荧光定量检测试剂盒
该试剂盒包括:
HIV病毒的检测引物组;
HIV病毒的检测探针;
和本发明的病原体DNA核酸释放剂;
所述的病原体DNA核酸释放剂包括14%(V/V)的多果定、6%(V/V)Triton X-100、9%(V/V)NP-40、60mM硫酸铵和80mM NaCl;
所述的HIV病毒的检测引物组由以下引物序列组成:
引物序列11:TCTGGCTAACTAGGGAACCCACTGCT;
引物序列12:TGCGCGCTTCAAGCCGAGTCCTGCGT;
引物序列13:AGGGAACCCACTGCTTAAGCCTCAATAAAGCT;
引物序列15:AGCAAGCCGAGTCCTGCGTCGAGA;
引物序列16:AGCCTCAATAAAGCTTGCCT;
引物序列17:CCGCCACTGCTAGAGATTTTCCA;
对应的检测探针序列为:TCTGGTAACTAGAGATCCCT;
所述的HIV病毒的检测探针序列5’端标记的荧光基团为FAM,探针序列3’端标记的淬灭基团为TAMRA;
所述的实时荧光定量检测试剂盒还包括PCR反应液,所述的PCR反应液包括:15-25mM Tris-HCl pH8.0,15-25mM KCl,2.5-5mM(NH4)SO4,2-5mM MgCl2,0.5-2mM dNTP/UTPMix。
所述的实时荧光定量检测试剂盒还包括强阳性对照品、临界阳性对照品、阴性对照品和阳性定量参考品。
实施例8一种血清中HIV DNA的实时荧光定量检测方法
该实施例采用实施例7中的实时荧光定量检测试剂盒对血清中HIV DNA进行实时荧光定量检测;
所述实时荧光定量检测方法同实施例2相同。
实施例9
本实施例采用实施例7的实时荧光定量检测试剂盒和实施例8的实时荧光定量检测方法对HIV DNA滴度为25IU/mL的血清标准品进行检测,检测效果如图5所示。
实施例10
本实施例采用实施例7的实时荧光定量检测试剂盒和实施例8的实时荧光定量检测方法对HIV DNA滴度为50IU/mL的血清标准品进行检测,检测效果如图6所示。
实施例11
本实施例采用实施例7的实时荧光定量检测试剂盒和实施例8的实时荧光定量检测方法对HBV DNA滴度依次为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的梯度稀释血清标准品进行检测,检测效果如图7所示,从左到右依次为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的检测线。
实施例12
本实施例采用实施例7的实时荧光定量检测试剂盒和实施例8的实时荧光定量检测方法
检测HBV DNA、HIV RNA、CT DNA的特异性,检测结果如图8所示,可见应用本发明病原体DNA核酸释放剂的实时荧光定量检测试剂盒具有明显的特异性。
实施例13
含本发明病原体DNA核酸释放剂的一种血清中CT DNA的实时荧光定量检测试剂盒
该试剂盒包括:
沙眼衣原体CT的检测引物组;
沙眼衣原体CT的检测探针;
和本发明的病原体DNA核酸释放剂;
所述的病原体DNA核酸释放剂包括14%(V/V)的多果定、6%(V/V)Triton X-100、9%(V/V)NP-40、60mM硫酸铵和80mM NaCl;
所述的CT DNA的检测引物组由以下引物序列组成:
引物序列18:GCTAAGGCGCGAAAGCAA,
引物序列19:GGTTGAGACCATCCACATCAAGT,
对应的检测探针序列为:ATACCCTGGTAGTCCTTGCCGTAAACGATG;
所述的CT DNA的检测探针序列5’端标记的荧光基团为FAM,探针序列3’端标记的淬灭基团为TAMRA;
所述的实时荧光定量检测试剂盒还包括PCR反应液,所述的PCR反应液包括:15-25mM Tris-HCl pH8.0,15-25mM KCl,2.5-5mM(NH4)SO4,2-5mM MgCl2,0.5-2mM dNTP/UTPMix;
所述的实时荧光定量检测试剂盒还包括强阳性对照品、临界阳性对照品、阴性对照品和阳性定量参考品。
实施例14一种血清中HIV DNA的实时荧光定量检测方法
该实施例采用实施例13中的实时荧光定量检测试剂盒对血清中CT DNA进行实时荧光定量检测;
所述实时荧光定量检测方法同实施例2相同。
实施例15
本实施例采用实施例13的实时荧光定量检测试剂盒和实施例14的实时荧光定量检测方法对CT DNA滴度为25IU/mL的血清标准品进行检测,检测效果如图9所示。
实施例16
本实施例采用实施例13的实时荧光定量检测试剂盒和实施例14的实时荧光定量检测方法对CT DNA滴度为50IU/mL的血清标准品进行检测,检测效果如图10所示。
实施例17
本实施例采用实施例13的实时荧光定量检测试剂盒和实施例14的实时荧光定量检测方法对CT DNA滴度依次为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的梯度稀释血清标准品进行检测,检测效果如图11所示,从左到右依次为50000000、5000000、500000、50000、5000、500、50IU/mL的检测线。
实施例18
本实施例采用实施例13的实时荧光定量检测试剂盒和实施例14的实时荧光定量检测方法检测HBV DNA、HIV RNA、CT DNA的特异性,检测结果如图12所示,可见应用本发明病原体DNA核酸释放剂的实时荧光定量检测试剂盒具有明显的特异性。
Claims (10)
1.一种病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:包括多果定、Triton X-100、NP-40、硫酸铵和NaCl。
2.一种如权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:包括0.1%-30%(V/V)的多果定、1-10%(V/V)Triton X-100、1-10%(V/V)NP-40、10-100mM硫酸铵和10-100mMNaCl。
3.一种如权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:包括7%-19%(V/V)的多果定、3.5-8%(V/V)Triton X-100、5.5-9%(V/V)NP-40、25-75mM硫酸铵和40-80mMNaCl。
4.一种如权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:包括11%-15%(V/V)的多果定、4-6.5%(V/V)Triton X-100、6.5-9%(V/V)NP-40、40-70mM硫酸铵和50-80mMNaCl。
5.一种如权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:包括12%-14%(V/V)的多果定、4.5-6.5%(V/V)Triton X-100、7-9%(V/V)NP-40、45-70mM硫酸铵和55-80mMNaCl。
6.一种如权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:包括13%-14%(V/V)的多果定、5-6.5%(V/V)Triton X-100、8-9%(V/V)NP-40、50-70mM硫酸铵和60-80mMNaCl。
7.一种如权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:包括13.5%-14%(V/V)的多果定、5-6%(V/V)Triton X-100、8.5-9%(V/V)NP-40、60-70mM硫酸铵和70-80mMNaCl。
8.一种应用权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂提取病原体DNA的方法:
其特征在于:所述的病原体的DNA提取方法具体包括以下步骤:
1)取样本至PCR八连管中;
2)加入病原体DNA核酸释放剂,涡旋混匀,室温孵育;
3)加入PCR反应液,进行PCR扩增;
所述的步骤2)中所用的病原体DNA核酸释放剂,其特征在于:
包括0.1%-30%(V/V)的多果定、1-10%(V/V)Triton X-100、1-10%(V/V)NP-40、10-100mM硫酸铵和10-100mM NaCl。
9.一种应用权利要求1所述的病原体DNA核酸释放剂的检测病原体DNA的PCR检测方法;
所述的PCR反应体系具体为:
PCR反应液,43.2μl;5U/ul Taq酶,0.8μl;1U/ul UNG酶,0.06μl;DNA模板,6μl;
其中,PCR反应程序具体为:
第一步:37℃,5分钟;第二步:95℃,10分钟;第三步,95℃,15秒,62-68℃,15秒,72℃,20秒,5-15个循环;第四步:95℃,15秒,60℃,1分钟,40个循环;60℃时采集荧光。
10.如权利要求1所述的一种病原体DNA核酸释放剂,所述的病原体指血清、脑脊液、生殖道分泌物、尿液中的病原体,如血清中的乙型肝炎病毒(HBV)、生殖道分泌物中的人类乳头瘤病毒(HPV)、生殖道分泌物中的沙眼衣原体(CT),、生殖道分泌物中的解脲脲原体(UU)、生殖道分泌物中的淋球菌(NG)、生殖道分泌物中的人类疱疹病毒I(HSV-1)等。
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Legal Events
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PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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GR01 | Patent grant | ||
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