CN108795951A - 一种玉米耐盐基因及其分子标记与应用 - Google Patents

一种玉米耐盐基因及其分子标记与应用 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一种玉米耐盐基因及其分子标记与应用。本发明选择具有耐盐表型的F2材料和盐敏感表型的F2材料，利用BSR‑seq技术将玉米耐盐基因初定位在基因组1号染色体167Mb‑183Mb的物理区间。再利用京724×D9H的3635个F2材料和图位克隆技术将耐盐基因精细定位到129kb(Chr1:180862086‑180991157，B73 RefGen_v3)的区间内。对此区间内的基因进行序列分析、功能注释分析和突变体等位测验验证鉴定到GRMZM2G098494为耐盐基因，命名为ZmST1，并开发该基因的分子标记，可用于玉米耐盐性状的早期预测、筛选，以及筛选耐盐种质资源。

Description

一种玉米耐盐基因及其分子标记与应用
技术领域
本发明涉及作物分子标记辅助育种技术领域，特别是涉及一种玉米耐盐基因及其InDel分子标记及其应用。
背景技术
玉米是重要的粮食、饲料和经济农作物。然而，其为盐敏感农作物。全球有20％以上的耕地为盐害地，严重制约着玉米的生长、发育及产量(Munns等,2008,Annual Reviewof Plant Biology 59：51-681)。随着可耕地面积的逐渐减少，耐盐玉米种质资源的开发及利用愈加迫切及必要。因此，如何提高玉米耐盐性，培育耐盐玉米新品种是全球亟待解决的问题，对玉米产业的长期发展具有重要意义。
遗传因素是造成不同玉米材料耐盐性差异的根本原因。大量的育种及生产实践都证明不同玉米材料的耐盐性存在着广泛的遗传变异，故而，利用现有种质资源挖掘耐盐基因，开发耐盐功能标记，进而通过分子标记辅助选择的手段选育耐盐优良自交系和杂交种，对玉米育种具有重要意义。
目前，植物耐盐基因研究已取得大量进展。拟南芥模式作物中，其耐盐性主要由三条信号通路介导：SOS信号通路维持离子平衡，丝裂原活化蛋白激酶信号通路介导渗透平衡，和抗氧化系统调节氧化还原平衡。其中，SOS信号通路由SOS1,SOS2和SOS3三个成员构成，Ca2+与SOS3蛋白结合后，与SOS2相互作用形成SOS2-SOS3激酶复合物，通过磷酸化激活Na+/H+逆向转运蛋白SOS1，使SOS1发挥将Na+离子转运出细胞膜外的作用，从而减少Na+毒性(Zhu,2001,Trends in Plant Science 6:66-71；Zhu,2016,Cell 167:313-324)。在水稻和小麦中，分别克隆到编码Na+离子特异性转运子的基因OsSKC1(Ren等，2005，NatureGenetics 37:1141-1146)和TmHKT1；5-A(Munns等,2012,Nature Biotechnology 30:360-364)，并已应用于育种实践中。
作物在长期进化过程中，形成了复杂的耐盐机制，涉及的基因较多。为了能够有效地、针对性地改变农作物的耐盐性，迫切需要挖掘新的耐盐基因，开发功能标记，为分子标记辅助育种提供技术支撑。
发明内容
本发明的第一个目的在于提供一种玉米耐盐基因及其应用。
本发明的第二个目的在于提供与玉米耐盐性状相关的InDel分子标记，及扩增该分子标记的特异性引物对。
本发明的第三个目的是提供上述分子标记的应用。
本发明的目的是通过以下技术方案实现的：
以北京市农林科学院玉米研究中心选育的玉米自交系京724(耐盐性)和D9H(盐敏感性)为基础材料。京724为我国生产上大面积推广的玉米品种京科968的母本，其具有耐盐性；D9H与京724互为姐妹系，且具有盐敏感性。280个京724×D9H的F2中，有215个F2材料表现盐耐受，65个F2材料表现盐敏感，符合3:1(χ2 1:3＝0.48,P＝0.49),表明其耐盐性由显性单基因控制。在京724×D9H的F2中，选择30个具有耐盐表型的F2材料和30个具有盐敏感表型的F2材料，利用BSR-seq技术将玉米耐盐基因初定位在基因组1号染色体167Mb-183Mb的物理区间。在此基础上，利用京724×D9H的3635个F2材料和图位克隆技术将耐盐基因精细定位到129kb(Chr1:180862086-180991157，B73RefGen_v3)的区间内。对此区间内的基因进行序列分析、功能注释分析和突变体等位测验验证鉴定到GRMZM2G098494为耐盐基因，命名为ZmST1。
本发明提供的玉米耐盐基因ZmST1位于玉米基因组第1染色体，其具有SEQ IDNO.1所示的核苷酸序列，或其截短序列，或与其有95％以上同源性的编码相同功能蛋白的特异性序列。
上述玉米耐盐基因ZmST1编码的蛋白属于本发明的保护范围。
本发明提供了上述玉米耐盐基因ZmST1或其编码的蛋白在作物分子辅助育种中的应用。
本发明提供了上述玉米耐盐基因ZmST1或其编码的蛋白在选育耐盐能力高的作物中的应用。
上述应用中，所述作物包括但不限于玉米、小麦、水稻、高粱、大豆。
本发明提供了上述玉米耐盐基因ZmST1或其编码的蛋白在制备耐盐能力高的玉米品种中的应用。
本发明提供了上述玉米耐盐基因ZmST1或其编码的蛋白在预测玉米耐盐能力中的应用。
本发明提供了与玉米耐盐性状相关的分子标记，其为序列如SEQ ID NO.1所示的第17604-17607bp的AAGA/-。具有耐盐性状的玉米，在SEQ ID NO.1所示的第17604-17607bp的碱基排列顺序为AAGA；当基因组第1染色体上如SEQ ID NO.1所示的第17604-17607bp的碱基发生缺失，则该玉米为感盐。
本领域技术人员能够理解，本发明提供的与玉米耐盐性状相关的分子标记，也可由SEQ ID NO.1所示核苷酸的互补配对序列的第343-346bp的TCTT/-来表征。
所述的分子标记，由核苷酸序列如SEQ ID NO.2-4所示的引物扩增获得。该引物适用于KASP平台检测玉米耐盐性状相关的分子标记。
进一步地，本发明提供了上述分子标记在作物分子辅助育种、选育耐盐能力高的作物、筛选耐盐玉米品种、预测玉米耐盐能力中的应用。
本发明还提供了用于检测与玉米耐盐性相关的分子标记的特异性引物对，由三条引物组成，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2-4所示。
本发明的有益效果在于：本发明利用京724×D9H的3635个F2材料和图位克隆技术将耐盐基因精细定位到129kb(Chr1:180862086-180991157，B73RefGen_v3)的区间内，对此区间内的基因进行序列分析、功能注释分析和突变体等位测验验证鉴定到GRMZM2G098494为耐盐基因，命名为ZmST1，进一步通过设计11对引物，进行多次PCR扩增，获得有重叠的DNA片段后拼接得到ZmST1基因的如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，并验证了ZmST1基因的耐盐功能。基于玉米耐盐功能基因而开发的玉米耐盐KASP功能分子标记，可用于高通量、快速、准确鉴定及筛选耐盐玉米种质资源，可通过分子标记辅助育种手段加速玉米品种的遗传改良。
附图说明
图1为BSR-seq对本发明的玉米耐盐基因初步定位结果。
图2分子标记对50份玉米DH材料的分型结果。根据Laboratory of theGovernment Chemist(LGC)公司的标准实验步骤进行KASP法检测InDel位点，数据用Kraken软件分析并导出。左上角：InDel位点的碱基为缺失，右下角：InDel位点的碱基为TCTT，左下角：阴性对照。
具体实施方式
以下实施例进一步说明本发明的内容，但不应理解为对本发明的限制。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。
本发明实施例中所用的玉米种质资源均来自北京市农林科学院玉米研究中心玉米种质资源库。
若未特别指明，实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
实施例1玉米耐盐性的遗传分析和耐盐基因的定位与克隆
280个京724×D9H的F2材料，其种子用1％NaClO消毒10min后，用灭菌水洗三次，然后在玉米幼苗鉴定装置(已在中国专利ZL200920177285.0中公开)中水培种植。培养条件控制在26±1℃，12h光照/12h黑暗，光照强度为150-180μmol m-2s-1，湿度为70％。含有100mMNaCl的水溶液中培养10天后，以根长作为耐盐表型，发现280个材料中，有215个材料表现出耐盐性(根长≥5cm)，65个材料表现出盐敏感(根长<5cm)，符合3：1(χ21:3＝0.48,P＝0.49)，可见玉米根长耐盐性受显性单基因控制。
利用BSR-seq技术进行耐盐基因的初定位：京724×D9H的F2玉米种子在含有100mMNaCl的水溶液中培养10天后，分别取30株耐盐和盐敏感的F2的叶片，构建抗、感池进行BSR-seq分析。BSR-seq根据Data2Bio公司的标准实验步骤进行，其主要实验步骤如下：每个材料取等量混匀提取RNA，构建耐盐和盐敏感两个RNA池。RNA样品反转录成cDNA后用HiSeq X高通量测序仪进行测序。对原始测序数据进行质控处理后，与参考基因组(https://www.maizegdb.org/；B73RefGen_v3)进行序列比对分析，对比对到参考序列唯一位置的测序序列进行SNP检测。然后用经典贝叶斯算法分析SNP位点，预测耐盐基因所在的染色体区域。将耐盐基因初定位在第1号染色体167Mb-183Mb的物理区间内(图1)。
利用图位克隆技术进行耐盐基因的精细定位：3635个京724×D9H的F2玉米种子在含有100mM NaCl的水溶液中培养10天，测定其根长后，用TianGen公司的植物DNA提取试剂盒提取其叶片DNA。在1号染色体167Mb-183Mb的物理区间内开发SNP分子标记，对3635个材料的基因型进行检测，根据检测到的交换单株数量来寻找与目标基因紧密连锁的SNP标记。最终将耐盐基因定位到SNP27和SNP29之间，间距为129kb(Chr1:180862086-180991157，B73RefGen_v3)。SNP27和SNP29的引物信息如表1所示。
表1引物信息
根据Laboratory of the Government Chemist(LGC)公司的标准实验步骤进行KASP高通量SNP基因分型，其主要实验步骤为：用TianGen公司的植物DNA提取试剂盒提取DNA后，用Replikator孔板复制机将DNA稀释到40ng/μl，每个样品的1.5μl DNA转移到1536黑色板材里，55℃烘干。按照LGC公司的KASP基因分型标准反应体系配制反应液，每个反应总体积为1μl，包含KASP Assay mix(72×)0.014μl、KASP Master Mix(2×)0.5μl、DNase/RNase-Free Deionized Water 0.486μl，配制好后用LGC公司的Merdian微量分液器打入1536孔黑色板材内，孔板离心后用LGC公司的Fusion激光封膜仪封膜。在Hydrocycle水浴锅进行目标DNA片段扩增，扩增体系为:94℃15min；94℃20s 61-55℃1min(每个循环下降0.6℃),共10循环；94℃20s 55℃1min，26个循环。扩增好的1536孔板用PHERA starplus SNP荧光检测仪读取荧光信号值，用Kraken软件导出基因分型结果。
耐盐基因克隆：检索MaizeGDB数据库(https://www.maizegdb.org/；B73RefGen_v3)，发现该区段有4个基因，对耐盐玉米自交系京724和盐敏感自交系D9H中的这4个基因进行测序分析，Blastn序列比对发现GRMZM2G098494的CDS 3′-末端在盐敏感玉米自交系D9H中存在4bp的缺失，命名该基因为ZmST1。
从EMS突变体库MEMD(http://www.elabcaas.cn/memd/)中索取到两个GRMZM2G098494突变体，分别为密码子终止突变体EMS3-00b974和错误剪接突变体EMS3-00b98f，两个突变体的突变位点不同，但都是GRMZM2G098494基因内发生突变，导致基因功能丧失。
田间种植自交系D9H和突变体EMS3-00b974、EMS3-00b98f玉米材料，开花授粉时，分别对D9H和EMS3-00b974、D9H和EMS3-00b98f做杂交授粉。玉米收获期，收集F1玉米种子。随机取15粒F1玉米种子分别在不含有(对照)和含有100mM NaCl(盐胁迫)的水溶液中培养，10天后测量其根长。测量结果表明两个突变体与D9H的杂交F1玉米种子在盐胁迫下培养10天后，与对照组相比根长都受到显著性抑制(<5cm)(表2)。因此，等位测验实验表明ZmST1的突变导致盐敏感，ZmST1为耐盐基因。
表2 D9H和EMS3-00b974、EMS3-00b98f杂交F1表型
ZmST1基因序列较长，本实施例进行多次PCR扩增获得有重叠的DNA片段后拼接得到SEQ ID NO.1所示的序列。其扩增采用了11对引物。引物按顺序编号为：ZmST1-1，ZmST1-2等。PCR扩增引物见表3，PCR扩增体系为：总反应液体系为50μl，其中DNA模板3μl，正向引物(5μmol/L)2.5μl，反向引物(5μmol/L)2.5μl，dNTP(2mmol/L)5μl，10×Buffer(含有Mg2+)5μl，Pfu DNA聚合酶(2.5U/μl)1μl，ddH2O31μl。扩增程序为：94℃预变性4min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸2-3min(据扩增产物大小确定延伸时间)，35个循环；72℃延伸7min。
表3 ZmST1基因扩增引物
实施例2与玉米耐盐性状相关的INDEL分子标记的开发与应用
ZmST1在耐盐玉米自交系京724和盐敏感自交系D9H中序列存在4bp的碱基插入/缺失差异，根据该序列差异开发功能分子标记，所开发的功能分子标记ST35功能位点为TCTT/-，其KASP引物信息见表1。将50份玉米DH系材料在含有100mM NaCl的水溶液中培养10天后，用直尺测定其根长，同时用TianGen公司的植物DNA提取试剂盒提取叶片DNA。利用该功能分子标记，根据Laboratory of the Government Chemist(LGC)公司的标准实验步骤进行KASP法检测InDel位点，发现应用本申请的功能分子标记对玉米DH系材料基因型分型得出的耐盐性结果(图2)与其耐盐表型(表4)一致，证实此功能分子标记能够准确鉴定玉米材料的耐盐性。
表4 50份玉米DH系材料表型和耐盐位点基因型
虽然，上文已经用一般性说明、具体实施方式及试验，对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之做出一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 北京市农林科学院
<120> 一种玉米耐盐基因及其分子标记与应用
<130> KHP181113962.2
<160> 32
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 17949
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tggtctccgg ccaaggggtc gtcacataca aggaccagcg agatgggcgg cgaggctgag 60
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aagctactat aatattgaac tatagaagag ggtatctaga tgagccctat aggttggact 2880
ttctgttcta gtcaccgcta cattaataaa taaaccatgc ttcatgctaa aattaaattt 2940
ggaagtattt aaattaccat gctaataaca gaagttgtca agcttttata ttcaatagca 3000
tattgggaat gtaaatttta ttactctctt tatgtaagtt aaaatctgaa attcaagatt 3060
ttgtaaactc tgcaatgacc ttgatgtgaa agggccccta gctgagttgg ttaacgcgta 3120
ggagaagtgc gcatcattat attaagaaga agagaaaaaa ggtccaaaat ggaccattac 3180
agagggaagg cacctcacgg tggccaaaaa tgaagacgca aaaaacagtc cataactaaa 3240
agacagaact tctaactaca gccctggaat agggcacgtt aagagggcca gattcctggc 3300
tccagcaagc tcccaaagat ccttctcttc ctcaaatttt ctaagagctg ctcctaaatt 3360
aggagggttt ttgtcaaaga cacactcatt cctgtggttc catagagccc ataacccaag 3420
ggtaatcaaa gaattaaaac ctttcttagc aataccctgc tgctgatcgc tactcctttg 3480
ccatcactgc atggtgcagc cttctccaag ctggggagca agaacctaaa gtatgatctg 3540
tgcaagcaat gataccaaaa ggttctagca aacacacagc ccacaagaag gtgatcaatc 3600
gtttcaggtt cttgatcaca tagtggacat tgagcagggt gactgagccc tcttttctgc 3660
agctgatcca ctgtccaaca tcttcctata gcagccagcc ataagaaaaa tttgcatttc 3720
gtgggagacc aagacttcca tattctttca cagtgctcaa atttggttga tccaataaag 3780
agaccttcat atgctgcttt ggctgaatat tttccattag ccgccaatct gaagatatgc 3840
ttatcttctt ggtctggatg taaagaaact gcctccagaa catcccagag gtccaggaag 3900
tcagcaagaa cccccactgt caaggcgccc ctaatatcca tcgaccattt tctgtctgtt 3960
agagcctatt ggactgtttt gcaactcttg attcgcttag ggactgctgc aaatagtctt 4020
gggtcgaggt cttctatttt ctttccatgt aaccaccaat cttgccagaa taaagttgag 4080
gaaccattac cagtatcagt gatcatagct gtggagaaga aggatcttac tttgtcaggg 4140
aactgcatat gcagaaaatt ccaaggtttc tcagaggagg ttttggccag ccacaaccat 4200
ctcatcctca aagcccaacc aagttctttg aggctagcaa tacctgtctc aatccccttc 4260
taatttgtat ccttcctcct ggaattccat ttagaagaat ctgtgtggat gaggttgcca 4320
atagtccact caaaatgtcc ttccaaatct gtccaaaacc caatttctga aggacctcca 4380
gtagaaaaga ccaagagaca gaatcaaagg ccttaataat atcaagtttg aggagaatcc 4440
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ttgtaagagc tccactcatg ctaaatgatt aggcagaact ccgacctgtc atttaagctc 4680
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tggtgcttgg aagaaccttt gatgctggct caataataaa gttcttgtct gaagtttcac 4860
ttggagcgta tgtggaattt ctttgttaca ttcaaaatga actatatgga tgtgtgtata 4920
acgctaatca gtaccttctt tgaccagtgt tgctctgggc cttgcatttg gaatcatgtc 4980
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aaaaactgct tttaagggtg aaagtcagca aagcttacac catttctggt atgtatctta 5340
tagaaacaag tcagcctccc aataaaggtc atgctgtcgt gctatgccac tatcactggc 5400
gaaaaggtct ctcacttagt tggttaggtg gtctgagtag tactcattcc agtgggagca 5460
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gtccagaccc agtcatggtt tctcacattg gctgcagtac gccagtacca ctgtgtaaag 5580
gtgagacagg atttcaaggg ctttctcgac ctatttgcac ctggggacta tcttaccccc 5640
ataggccaat ttttctgtat gctgctatca atgtgtttgc atgactgggg aaactaaaca 5700
aggttgagag gttgagtcag ccagggtggt ggcgttggaa ttgctggtaa actacttatt 5760
gcactatggg aactaatttg agggtctgcc atagctaatc actagccatg ttaatttggg 5820
atctgtagcc aacaaaaaga ttcattatga aaacttataa aaccctaaaa acataaatac 5880
acaagcatta attaatagca ttttttggca tggaattgtt ctggtactct atccctgtga 5940
tccctatcct aattttgttg atgaataatt ttccagtgtt ggttaccaaa agtaccatga 6000
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gtattcatct gatctgagtt tcatgtttgc tttgctctta ttcatgtact cagggaaatg 6180
gttgcttaca ttgcaaatac acttattttt atactgaggt attgacagct cttctgtaca 6240
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tactagttgc tttgatctta tacttcataa tgacagttgt aaagtttctc atatgtgaat 6360
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gcacggtatg catcatgtac atcctgaaat tcacttctct ctgtccttta ggtcgaggtc 6480
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gtgtcgtaag ggttcctttg aacccctttt ctcttaaata atataatgat acacaactat 6600
cttcggccca ggtatcgctt ctccctcact aaccattgtc gccccacacg tcttggatgt 6660
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cttctcgtct tcgcaacatt cttgttgctc ctgatattat tcagaaatca tattcttttg 6960
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atgtccaagt tatctagtag ttctgtcatc tcttgtactc aaggccccca tgagtctcta 7260
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gtgcaccatt ttgatttcat tcactgtgat ttgtggacct ctcttgtttt gaatgttttg 7380
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gaatgacaat gctgagtgca tgatttgcac taccaacgac gtcatatgcc cctgcttttc 7680
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ttcctaccta tgagcatctt catgtcattg gttgtgcttg ctaccccaac tttccgccac 7860
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tcacaagggg taccggtgtc tcgatctttc tacccaccgc cttttgatct tatgccatgt 7980
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attggcaagt gggtgctcac tcacaagagg cacattgacg actcctttga ccgatacaag 8460
gcttagtggg tccttcgggg gttcactcag tgttcgggcg ttggctatga tgagatcgac 8520
cactgtctgc atggttttgt ctcgcggtct tggcctgtcc actagctgga catcaagaac 8580
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cttgcagcgg gagtttgcta tgaaggatct gggactacat tacttcttgg acattgtcgt 8940
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aggctggcat ggtagattgc gagccttgct ctacattgat cccactatgt atcagagcct 9060
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ggtgtaccta catatgcatg atccctggga gccacacctc accactgtga agtggattcg 9180
tccatgagcg tgttgccatt ggtgatgttc gtgtccttca tgttccgacg acttcttagt 9240
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tcaacatttg tcgtcactag agttttgact gcgggggtgt tagagtgtat tgtttcgtat 9360
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ggtaatatgt attattattc ttctccaata cttcaagatc tgtgaaaaaa ccttggtggt 9480
ttaaagaaaa tattttaatt ttgacatgag gtgtcccatg ttcatcatag tggaatgcat 9540
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gtatcagatc cctctgtcct gattctgaat tttagtgctg caggtgtagg gttatatttc 9660
tgattctact tcagttagcc tatacttcaa acacttggca tttgattact aaaaatatat 9720
gcttgaacgt ttcttgggtt agatatcatt gtgcaacaaa atcatgtttt ctgtatgatt 9780
tcagatttaa aatctgataa cattaagttt tggtatgagc tttcttttct gagcttaatc 9840
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ggcttccttc ttctgctcta tgtctttgta caaatatctc gagttatagt tgttggtgtt 9960
ttgtacccga tgttgcgtca ctttgggtat gggttggact tgaaagaggc catgattctt 10020
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gcacttcttt tgacaactga tccccaaata ttatctcaag taatctgcca gaagtagctg 11460
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agattagcat cagaccttgt tgtgaaaaat ggattaataa tttcacaagt tgtgttcagg 11640
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tgtgtactct gctgatttat tacttccata agcactctta tatggttttt tgcagcttcg 11760
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gcataaagta ttaaataata tattaccata ttcaattggc atagattttt ttctcttttg 12240
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gttgagaagt gttttagcag tttgatatgc tggggttgtg actgatgtcc gtttgtcttt 13620
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ccacatttac tgagagagct ccttggatgt ctagcaccca aagcttctct tcttacagcc 15060
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aggaaaccct gcgagggcag ggcacaacgc tgtatagaga aggatccagg ccaaccggta 16380
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attctgttgg ggaagaattg ttcgttctaa tgagcatttt attcccccac tttttttaaa 16500
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atgagatgag ggttctggtt gctgaaaggt cgacgatgaa catatacatc aagggagaag 16920
acttggaagt ggagcagaat tgcattggca ttttgctgga agggttcttg aagatcgaga 16980
acctgactct catcacgccc ccagcgttgc ttctgccatg gaatgctgac ttgagcttat 17040
tcggtctcga gtcctcaggt ctctttatta tttattaatt actacatacg tatgtttttt 17100
tgcctaaaca aatgaagaga cgaagaaagg ctctgagctc tgtctgtctg tggggtatag 17160
actactgcca tactgcacgc aggtatcagg tggaagccag agcgcggatc atcttcttcg 17220
acgaggcaga ggccgcccat cttcatgttc agacaagtgc gtcgctgccc caaggtgagc 17280
cagcacggag catgagcaag gagcacagcg gcttgctcag ctggcccgag agcttccgga 17340
ggtctcgtgg cagcctaggc ttagcagctg agatgctgcc gggcggcttg tcttccaggg 17400
ccctgcaact gagcatgtac gggggcagcg tggtgagcct ctcctccggc cagcagggtc 17460
accggcggca gaggccacgt catcgcgtgc aggcggccac gacgatgaca aaccagaaga 17520
agcacagctc ttcctacccc aggatgccat ccatatccaa ggagcggcat ctgctctccg 17580
tgcagtcgga gggctccaac atgaagagag tggcagctct acctgaggtt gctgccaccg 17640
ctcctgctcc ggcaggggca gcacaggggc agcggagggc tatgaacttg caggaggaat 17700
acaactcgag cgaagactcc gccggcgaag aagtcatcgt cagagttgac tcgcccagca 17760
tgctctcttt ccgtgagtcc accgccgtgc ctccgcccca ggagcagtag ctggatgcct 17820
ggatgtggtc ttctcttctc gtgtattgta ttgtactgta tgtattgtat cagggaagct 17880
ttggcgcagt ggtgtggtgt ggtgtggtgt ggtaaacaaa ataaataaaa cacatttccg 17940
cgttccata 17949
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
caggtagagc tgccactct 19
<210> 3
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ctcaggtaga gctgccactc c 21
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tgcagtcgga gggctccaac at 22
<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gcatctgttc tgtctccatg cca 23
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
catctgttct gtctccatgc cg 22
<210> 7
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
gtcccggtcc cttcgcttac ta 22
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gtattcctac ttgcgcaggg tca 23
<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
attcctactt gcgcagggtc c 21
<210> 10
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
ctatggaccc aaatgggttc aactctt 27
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
gcaacctgtt acccgctaga 20
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
tccgtggcat ctacttcaac c 21
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
gtgctcttcg ttggggtgtc 20
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
tggggtttag atggctggct 20
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
tgcttgccat taccagccag 20
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
tttgcagcag tccctaagcg 20
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tgcctccaga acatcccaga 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
ccctggctga ctcaacctct 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
cgacctattt gcacctgggg 20
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
acgacataga gggtgcgaca 20
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
tgtcgcaccc tctatgtcgt 20
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tgaaactccg aggacaccga 20
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
tcggtgtcct cggagtttca 20
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
ctgctgtcac gtgcaaagga 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
tcctttgcac gtgacagcag 20
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
tctggggttt ggggtgaagt 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
acttcacccc aaaccccaga 20
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
gttggtctgc tctgcccatc 20
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
ggaacagatg gggagccaga 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
ccccgtacat gctcagttgc 20
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
cagagcgcgg atcatcttct 20
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
tgggtcaaaa cactaggggc 20

Claims (10)

1.一种玉米耐盐基因ZmST1，其特征在于，其具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，或其截短序列，或与其有95％以上同源性的编码相同功能蛋白的特异性序列。
2.权利要求1所述玉米耐盐基因ZmST1编码的蛋白。
3.权利要求1所述玉米耐盐基因ZmST1或权利要求2所述的蛋白在作物分子辅助育种中的应用。
4.权利要求1所述的分子标记在选育耐盐能力高的作物中的应用。
5.权利要求1所述的分子标记在制备耐盐能力高的玉米品种中的应用。
6.权利要求1所述的分子标记在预测玉米耐盐能力中的应用。
7.与玉米耐盐性状相关的分子标记，其特征在于，其为序列如SEQ ID NO.1所示的第17604-17607bp的AAGA/-。
8.权利要求7所述的分子标记，其特征在于，由核苷酸序列如SEQ ID NO.2-4所示的引物扩增获得。
9.权利要求7或8所述的分子标记在作物分子辅助育种、选育耐盐能力高的作物、筛选耐盐玉米品种、预测玉米耐盐能力中的应用。
10.用于检测与玉米耐盐性相关的分子标记的特异性引物对，其特征在于，由三条引物组成，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2-4所示。
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