CN108660220A - 一组鲟鱼snp分子标记、鲟鱼制种评估方法及遗传评估方法 - Google Patents

一组鲟鱼snp分子标记、鲟鱼制种评估方法及遗传评估方法 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一组鲟鱼SNP分子标记。本发明还提供了一种鲟鱼候选亲本遗传评估的方法。本发明还提供了一种鲟鱼候选亲本中制种亲本的评估方法，以便在鲟鱼群体遗传多样性丰富的前提下，选择优良的制种亲本；或者，在鲟鱼群体遗传多样性较低的情况下，引进外来亲本。本发明还提供了一种鲟鱼个体系谱的评估方法，根据鉴定结果可确定一对鲟鱼亲本与其鲟鱼幼鱼的亲缘关系。本发明还提供了一种鲟鱼群体遗传评估的方法，根据评估结果确定鲟鱼群体内的鲟鱼亲本与鲟鱼幼鱼的亲缘关系。本发明提供的96个SNP分子标记组合既能反映不同染色体间的遗传组合信息，也能反映相同染色体上的遗传连锁信息，可以充分满足制种过程中遗传检测的需求。

Description

一组鲟鱼SNP分子标记、鲟鱼制种评估方法及遗传评估方法
技术领域
本发明涉及水产生物技术领域，特别涉及一组鲟鱼SNP分子标记、鲟鱼制种评估方法及遗传评估方法。
背景技术
鲟鱼是鲟形目(Acipenseriformes)鱼类的统称，隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、辐鳍亚纲(Actinopterygii)、软骨硬鳞总目(Chondrostei)。鲟鱼人工养殖始于上世纪八十年代，但产业规模一度较小。进入二十一世纪以来，我国鲟鱼养殖业进入了快速发展时期，年产量从2003年的0.94万吨增长至2016年的8.98万吨，养殖地域遍及北京、黑龙江、广东、山东、云南等20多个省份，其产品形式也从过去以鱼子酱为主的单一模式向鱼子酱、鱼肉、鱼皮及各种加工产品的多元化方向发展，成为我国现代农业中重要的名优特色品类之一。
我国鲟鱼养殖以北方育苗，南方养殖为主，北京地区的苗种产量占到全国的70％以上。这种相对集中的苗种生产模式对制种机构的种质资源和技术水平提出了较高的要求，一旦制种机构的亲本群体遗传多样性显著降低，或亲本配组不合理导致近交衰退，将大范围影响各地养殖机构购进的苗种质量，造成大规模经济损失。
针对传统的大宗养殖鱼类，例如鲤(Cyprinus carpio)、大西洋鲑(Salmo salar)、虹鳟(Oncorhynchus mykiss)等，科研工作者已经完成了全基因组测序，开发了SNP分型芯片等遗传分析工具，建立了基于基因组信息的科学育种、育苗体系，而鲟鱼苗种产业中此类基因组资源和遗传工具极度短缺，仅有一些微卫星分子标记被用于中华鲟(Acipensersinensis)、达氏鲟(Acipenser dabryanus)、施氏鲟(Acipenser schrencki)和西伯利亚鲟(Acipenser baeri)的遗传评估。
SNP为第三代分子标记，是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，广泛存在于各类物种基因组内，为二态性标记，具有分型结果易自动化识别、易批量处理的优势，在高通量检测和分析中应用价值巨大，能够提供全面覆盖完整基因组的多态性评估和群体遗传结构信息，因而SNP分析正在逐渐成为农业物种遗传分析的主流技术手段。但是，由于鲟鱼染色体组的多倍性和不同种间的倍性差异，都给核基因分析研究带来困难，在鲟形目鱼种中开发的微卫星标记数量也相对其他模式水生生物稀少，给大力开发鲟鱼分子标记，鲟鱼遗传多样性分析、良种选育等造成很大困扰。
因此，亟待开发鲟鱼SNP分子标记及其检测方法，用于制种过程中选择亲缘关系较远的雌雄个体进行配组，并评估群体遗传多样性。
发明内容
本发明的一个目的是解决至少上述问题，并提供至少后面将说明的优点。
本发明还有一个目的是提供一组鲟鱼SNP分子标记。
本发明还有一个目的是提供一种鲟鱼候选亲本遗传评估的方法。
本发明还有一个目的是提供一种鲟鱼候选亲本中制种亲本的评估方法，以便在鲟鱼群体遗传多样性丰富的前提下，选择优良的制种亲本；或者，在鲟鱼群体遗传多样性较低的情况下，引进外来亲本。
本发明还有一个目的是提供一种鲟鱼个体系谱的评估方法，根据鉴定结果可确定一对鲟鱼亲本与其鲟鱼幼鱼的亲缘关系。
本发明还有一个目的是提供一种鲟鱼群体遗传评估的方法，根据评估结果确定鲟鱼群体内的鲟鱼亲本与鲟鱼幼鱼的亲缘关系。
为了实现根据本发明的这些目的和其它优点，提供了一组鲟鱼SNP分子标记，包括包含在如SEQ ID NO:1-96所示的多核苷酸序列中的96个SNP分子标记，其中，96个SNP分子标记的碱基为T或C。
一种鲟鱼候选亲本遗传评估的方法，所述方法包括分析每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据，获得分型结果，并根据分型结果进行鲟鱼候选亲本遗传评估，其中，多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
优选的是，还包括以下步骤：
选择性腺发育成熟的鲟鱼雌雄个体作为鲟鱼候选亲本，分别采集每尾鲟鱼候选亲本的组织样本提取基因组DNA；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
分析所述基因型数据获得分型结果。
优选的是，组织样本为鳍条或血液。
一种鲟鱼候选亲本中制种亲本的评估方法，所述评估方法包括根据每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据制作系统发育树，并根据系统发育树中遗传距离评估其中两尾雌雄鲟鱼个体是否可以作为制种亲本，其中，多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
优选的是，还包括以下步骤：
选择性腺发育成熟的鲟鱼雌雄个体作为鲟鱼候选亲本，分别采集每尾鲟鱼候选亲本的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
根据所述基因型数据制作系统发育树。
一种鲟鱼个体系谱的评估方法，所述评估方法包括应用一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记的基因型数据构建系统发育树，根据系统发育树中一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的遗传距离判断所述一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的亲缘关系，以获得鲟鱼个体系谱的鉴定结果，其中，多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
优选的是，还包括以下步骤：
选择鲟鱼群体中的一对鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼；
分别采集一对鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
根据所述基因型数据制作系统发育树。
一种鲟鱼群体遗传评估的方法，所述方法包括应用多尾鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记的基因型数据构建系统发育树，并根据系统发育树中多尾鲟鱼亲本与多尾子代幼鱼的遗传距离评估群体内遗传关系，其中，
多尾鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼之间对应的鲟鱼个体系谱构成群体内遗传关系；
多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
优选的是，选择鲟鱼群体中的多尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼；
分别采集多尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
根据所述基因型数据制作系统发育树。
本发明至少包括以下有益效果：
本发明提供了一套通用型SNP分子标记，原始序列来自于小体鲟(Acipenserruthenus)基因组测序结果，并在中华鲟和施氏鲟高通量测序结果中比对确认为共享SNP，可用于鲟形目各类常见养殖物种的制种评估，适用范围较为广泛，避免了针对不同物种开发不同分子标记及建立相应检测体系的繁琐性，有利于降低遗传检测成本，简化技术人员培训流程，提升科学制种管理效率。
本发明中96个SNP分子标记包括8小组，每小组12个标记来自小体鲟同一连锁群，因此96个SNP分子标记既能反映不同染色体间的遗传组合信息，也能反映相同染色体上的遗传连锁信息，可以充分满足制种过程中遗传检测的需求。
本发明基于DNA分析开展制种评估，采集少量鳍条或血液即可完成检测，不损害亲鱼健康，操作安全便捷。
本发明的其它优点、目标和特征将部分通过下面的说明体现，部分还将通过对本发明的研究和实践而为本领域的技术人员所理解。
附图说明
图1为本发明实施例1中18尾中华鲟样本SNP分型结果的数据构建的系统发育树，比例尺表示遗传距离；
图2为本发明实施例2中78尾西伯利亚鲟样本SNP分型结果的数据构建的系统发育树，比例尺表示遗传距离。
具体实施方式
下面结合附图对本发明做进一步的详细说明，以令本领域技术人员参照说明书文字能够据以实施。
应当理解，本文所使用的诸如“具有”、“包含”以及“包括”术语并不排除一个或多个其它元件或其组合的存在或添加。
本发明提供一组鲟鱼SNP分子标记，包括在如SEQ ID NO:1-96所示的多核苷酸序列中的96个SNP分子标记，其中，96个SNP分子标记的碱基为T或C。
一种鲟鱼候选亲本遗传评估的方法，所述方法包括分析每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据，获得分型结果，并根据分型结果进行鲟鱼候选亲本遗传评估，其中，多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
一个优选方案中，还包括以下步骤：
选择性腺发育成熟的鲟鱼雌雄个体作为鲟鱼候选亲本，分别采集每尾鲟鱼候选亲本的组织样本提取基因组DNA；以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及分析所述基因型数据获得分型结果。
一个优选方案中，组织样本为鳍条或血液。
一种鲟鱼候选亲本中制种亲本的评估方法，所述评估方法包括根据每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据制作系统发育树，并根据系统发育树中遗传距离评估其中两尾雌雄鲟鱼个体是否可以作为制种亲本，其中，多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
一个优选方案中，还包括以下步骤：
选择性腺发育成熟的鲟鱼雌雄个体作为鲟鱼候选亲本，分别采集每尾鲟鱼候选亲本的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及根据所述基因型数据制作系统发育树。
一种鲟鱼个体系谱的评估方法，所述评估方法包括应用一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记的基因型数据构建系统发育树，根据系统发育树中一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的遗传距离判断所述一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的亲缘关系，以获得鲟鱼个体系谱的鉴定结果，其中，多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
一个优选方案中，还包括以下步骤：选择鲟鱼群体中的一对鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼；分别采集一对鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
根据所述基因型数据制作系统发育树。
一种鲟鱼群体遗传评估的方法，所述方法包括应用多尾鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记的基因型数据构建系统发育树，并根据系统发育树中多尾鲟鱼亲本与多尾子代幼鱼的遗传距离评估群体内遗传关系，其中，多尾鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼之间对应的鲟鱼个体系谱构成群体内遗传关系；多个SNP分子标记包含在所述96个SNP分子标记中。
一个优选方案中，选择鲟鱼群体中的多尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼；分别采集多尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及根据所述基因型数据制作系统发育树。
实施例1
对18尾中华鲟候选亲鱼进行遗传评估
1.基因组DNA提取
分别采集18尾中华鲟候选亲鱼血液，其中雌鱼12尾(A01-A12)，雄鱼6尾(B01-B06)。血液用EDTA抗凝，4℃下保存。取20μL血液，使用海洋动物基因组DNA提取试剂盒(天根DP324-03)，按照说明书步骤提取基因组DNA，溶于100μL灭菌去离子水，紫外分光光度计测定浓度。
2.SNP分型
应用Fluidigm EP1平台及96.96动态芯片对96个SNP位点进行分型检测，使用Fluidigm SNP genotyping analysis software 4.1软件读取分型结果，置信阈值设为85。
3.分型结果统计
使用CERVUS 3.0.7进行位点遗传多态性统计，结果如表1所示。96个位点分型成功率为100％，平均期望杂合度(expected heterozygosity)为0.2842，平均多态信息含量(polymorphic information content，PIC)为0.2227，多态位点比例为78.125％。
表1 96个SNP位点在18尾中华鲟候选亲鱼中的遗传多态性统计
a number of alleles(等位基因数)，b Number of genotypes(分型个体数)，cobserved heterozygosity(观测杂合度)，d expected heterozygosity(期望杂合度)，epolymorphic information content(多态信息含量)，f non-exclusion probability(first parent)(第一亲本非排除率)，g non-exclusion probability(second parent)(第二亲本非排除率)，h non-exclusion probability(parent pair)(双亲非排除率)，inon-exclusion probability(identity)(一致性性非排除概率)，j non-exclusionprobability(sib identity)(同胞一致性非排除概率)。
4.系统发育分析
使用CLC Genomics Workbench 9.5.4生物信息学平台，应用最大似然法(MaximumLikelihood，ML)构建系统发育树，bootstrap重复次数设为1000。结果如图1所示。
5.亲本配组设计
根据系统发育树所显示的遗传距离和聚类关系，可以发现雌性候选亲本间(A01-A12)遗传多样性相对较为丰富，而雄性候选亲本B01-B05间遗传距离很近，只有B06与其它雄性候选亲本遗传距离较远。为保持子代群体内的遗传多样性，应充分利用B06父本，而避免使用与B01-B05亲缘关系较近的A05母本。在父母本配组时，应尽量选择亲缘关系较远的雌雄个体，例如A07X B06，A11X B05都是较好的亲本组合。
实施例2对78尾西伯利亚鲟进行遗传评估
1.基因组DNA提取
分别采集78尾西伯利亚鲟鳍条，其中亲本6尾(B07-B12)，子代幼鱼72尾(C01-H12)。取鳍条组织约100mg，使用海洋动物基因组DNA提取试剂盒(天根DP324-03)，按照说明书步骤提取基因组DNA，溶于100μL灭菌去离子水，紫外分光光度计测定浓度。
2.SNP分型
应用Fluidigm EP1平台及96.96动态芯片对96个SNP位点进行分型检测，使用Fluidigm SNP genotyping analysis software 4.1软件读取分型结果，置信阈值设为85。
3.分型结果统计
使用CERVUS 3.0.7进行位点遗传多态性统计，结果如表1所示。96个位点分型成功率为100％，平均期望杂合度(expected heterozygosity)为0.3623，平均多态信息含量(polymorphic information content，PIC)为0.2816，多态位点比例为87.5％。
表2 96个SNP位点在78尾西伯利亚鲟中的遗传多态性统计
a number of alleles(等位基因数)，b Number of genotypes(分型个体数)，cobserved heterozygosity(观测杂合度)，d expected heterozygosity(期望杂合度)，epolymorphic information content(多态信息含量)，f non-exclusion probability(first parent)(第一亲本非排除率)，g non-exclusion probability(second parent)(第二亲本非排除率)，h non-exclusion probability(parent pair)(双亲非排除率)，inon-exclusion probability(identity)(一致性性非排除概率)，j non-exclusionprobability(sib identity)(同胞一致性非排除概率)。
4.系统发育分析
使用CLC Genomics Workbench 9.5.4生物信息学平台，应用最大似然法(MaximumLikelihood，ML)构建系统发育树，bootstrap重复次数设为1000。结果如图2所示。
5.个体系谱鉴定
使用CERVUS 3.0.7进行子代个体亲本鉴定，结果显示：C01-C12，D01-D12共24尾个体为全同胞个体，其亲本为B07和B08；E01-E12，F01-F12共24尾个体为全同胞个体，其亲本为B09和B10；G01-G12，H01-H12共24尾个体为全同胞个体，其亲本为B11和B12。该结果与系统发育树所显示的聚类关系一致，也与亲本配组的真实记录相符，能够准确反映群体内遗传关系，并鉴定个体系谱。
尽管本发明的实施方案已公开如上，但其并不仅仅限于说明书和实施方式中所列运用，它完全可以被适用于各种适合本发明的领域，对于熟悉本领域的人员而言，可容易地实现另外的修改，因此在不背离权利要求及等同范围所限定的一般概念下，本发明并不限于特定的细节和这里示出与描述的图例。
<110> 中国水产科学研究院
<120> 一组鲟鱼SNP分子标记、鲟鱼制种评估方法及遗传评估方法
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tgtgttgggt gtgtttggtg tgttgtgtct tacatttagg tatcgctttt caccatataa 60
gtgtcactcg ctgcaaatag gcaatgagac actgaagagg [C/T]agggacta ttgcaaggaa 120
gtgcaatact aaggcatgca gacaaagcta tctttaactt acaatggcat caaatatatt 180
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<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 12
gcaagtactg tgatcgcaat tgttgcatac accattgatt tgtaaccgaa caacgtttta 60
cgagagaacg ttgaaacaac ttcagagtaa ataccaaatg [C/T]tggtaata ctaagatgta 120
aacttctggg tgaccccatg tccaaatcaa gtttacatac aacattgggc taccacccat 180
gtcatttgta aagaagtggt ga 202
<210> 13
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 13
gttacagtgt gaatatttcg ctctgcttac gtacaggaga tgactttggt cgcagtgttt 60
tcggtttcag tattcatttt gtgtcctgcc catgtatctt [C/T]atgacttc attgcatggg 120
attgttcgta ttcatgcttg tctgtataat gaagatgaat tcgtgtcatc ccagctcatg 180
tggaccaggg agaggactgc tc 202
<210> 14
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 14
ttcctgattt ctctgtttct tccctctctg gtccttcaca ctggagccag cataagagtc 60
ctctaaaggc agtaggatcc gaacctgtct gcttaaaaca [C/T]tccactgc ctacccttcc 120
catatcactc agaggaaaag ccgctgtgtc tcaccagggc ttacacaaac ctctgtcttc 180
taccaccctc ctttgtgccc tc 202
<210> 15
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 15
cttcgcaggg attacctgaa gtggcttgat gaccggtaat taacgccatg ctaccaatat 60
attcttcttc tgtaatagct gaactatggt cgcgtggaat [C/T]cagggcgc aactatttta 120
ccggtataat gcaccgcaat aatcgtaaac agtaaactga caggaaccac gaacaggttc 180
gacagtggtg gttgccagac ca 202
<210> 16
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 16
ggctggagtg cagtgacaca gtcatggctc atggatctgc agatgcaaga agcgtggtac 60
tggcatctgc ttctggtgag ggcctcagta agcttacaat [C/T]atggtgga gggtgaaggg 120
gaagcaggtg tctcacgtgg gagagtggaa acaggacaaa gagatggaga gatgccacac 180
acttttaaag caccagatct ca 202
<210> 17
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 17
tttccacaag cccgcgagca aacttacccg gtcggaagct tcattactgg cagctgtatt 60
acctaatcca cttcgtttca aagtctcctc gccatcgggc [C/T]acgtgcgt agccgtcagg 120
cgtggctttt acggcagatg tatcagttag gcggtgagcc gtttatgcaa gaacaccagc 180
tggcttaagc ttcgcgcgaa gt 202
<210> 18
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 18
ctccatcaca gtaggaagag ataacctcaa aaatcaagtt ctttttgaaa tgtgatcttt 60
cttcatagtt gtttatttca ggaatattta atttctcact [C/T]ccctctac tgttaattag 120
tgcagtgaaa gcatttccca catttcttca aaatagtcat atatctttcc ccagtttacc 180
tcttccccac aattcctatt tt 202
<210> 19
<211> 69
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 19
caatgtctaa aactgacatc tagtttgcct aacaaatact tgttctccct catccaaaag 60
aatagcaagt ctattcttcg agttactttg gctacaaaac [C/T]tggtgtca atcttattcc 120
tctcttgtgc attatttgat tcattatgaa atccaatcag tttaaagtac atccaggatt 180
ttaaccattc tcatcactcc ct 202
<210> 20
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 20
gattcgattc aaacaagggt aacaagggtc tctcaaggtc cttgtttact gtatttctaa 60
tgaggagttt atatcaggca gaacatgtgc ctttgaaaga [C/T]tagtccac atgcctactg 120
tgtattgatt gttataatca gcagactgtg ctctctgcat tatgtgtgta cagtgagatg 180
aggaaaagca tcttcaagta tt 202
<210> 21
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 21
ttgcacccgc aaaacataca cctcttcagc ccctgatggg ggcagtacct ctaaactagc 60
tccccccatt cagatacgag acgggcaggg tctcggaggc [C/T]agttgcac cctggggaag 120
ggatgaaatg agatcatttg gaaaacgagg gcccaccgct caaacgaata tgcaaaagga 180
ttattttgaa agggtgaaag gc 202
<210> 22
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 22
gttcatgtcg ccactgtatt gctgtgtttt gggaagtctg tatcctacct ttcttccagc 60
agggccaggc ctgccacggt ctccagccag tcccacaggt [C/T]ctcctggt cccagatgaa 120
caaaacagaa acaaaacaag ttagaagaag ttaaaatagt gactttcagt gagcaataaa 180
gtcatcagca accatttgct ac 202
<210> 23
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 23
gcctttggca gcctcttatg gtgtagcggt ttaagtaagc aaacaagctt gggaaaaata 60
gtgtttaggc actatttttc ttcacttgaa gaaataatga [C/T]aaaatagg ctattaaaag 120
aaatgttgaa tttaattcgt ggacaaaaaa taaaattaaa tgatgtttta caggggcaaa 180
acgcttttta tatccagatt ca 202
<210> 24
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 24
tgttgggtgt gtttgggtgt ggggggcagt ttaccttcat caaatttgcc cattaactca 60
gtttcaatac ggtgcagagc cagacaggaa ggaataatgt [C/T]aagccccg accagcaggt 120
gggctttatt gcataagtga catcgtcctt ttccccaaga tagaaaggca ggagagtgtc 180
ttctgcatga atatgaagat ct 202
<210> 25
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 25
gctgcgccag tgggccagtt gtgtttgtcc tatggcccat gtttattggc tctaaagtat 60
gtgacttttc tgtgtggttg gccagtttgc ggagcgcttg [C/T]tgtgtcac gcataagccc 120
agggactttg cacctcactg cctgggttgg ttggggagct ccagctgtta tgcttgtcac 180
ttttctgcca tggccctggg gc 202
<210> 26
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 26
gaaggaaata aagggtattc aattaggaga agaggaagtc aaattgtccc tgtttgcaga 60
cgacatgatt gtttatctag aaaaccccat cgtctcagcc [C/T]aaaatctc cttaagctga 120
taagcaactt cagcaaagtc tcaggataca aaatcaatgt acagaaatca caagcattct 180
tatacaccaa taacagacag ag 202
<210> 27
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 27
acattgatcc ggctgatatg actgacaatt ttcaatctga aaagacgggt tcgactcccg 60
tagggaccgc caacgtcgct cgcgtccgag gtcaaatcga [C/T]gaaccgcg ttgtgcgctg 120
gatcaaaggc ataggctggc tgcagtggac caggaatttg gatacgccga tccccggcga 180
gcccatcatg aacaccatac tg 202
<210> 28
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 28
ccattgaccc agtagatcgg cagggttacc ttcacaaatc aggtcgatat tcacatagcg 60
cttgatacca catacttcaa cctgcgaaag ctggtgaata [C/T]cttcaccg acagcccgca 120
actcgcctgg aacgccaaca cacattatca actccggtta ttcaacttca atactttgac 180
gatcagcgaa tcgccgctat cg 202
<210> 29
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 29
atgtttggct attcccaata ctctcctatg aaatacgcta tccgaggtct agcagaatgc 60
cttcgctctg aactgcaaat gtatggaatc caagtacata [C/T]gtatttcc ctgctacaat 120
cctttcacca ggcctggagg aagaaaacaa cgaaacctgc tcttacactg gaaattgaag 180
gtcaagacga tggcctcagc cc 202
<210> 30
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 30
cggtcatcga ctcatgtctt ttcgctgcct ggtcacagga gagtacgcag aactgaaacg 60
acaagacgga ttgagtgacg agccagaaat ctgttcactt [C/T]gcatttaa gataaaacgg 120
gaagcgttgg aaattacaag attcaaactt gataaggtat gtttaatacg atgtcaacac 180
taagttagca tgactcacgc cg 202
<210> 31
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 31
atttgcaata cttttccctt cttattcaca ccagctccaa gaaaccttca gtcatcagtg 60
tgaatcatca ccccttctct gagtttgaaa cagctcctaa [C/T]agaaggat caagtcacaa 120
ctgatcccaa gacaattcaa ggtaattttc acttccgaga aatgccttca aatggtagat 180
gttcattcac cacttttgtc tt 202
<210> 32
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 32
agttctctgg ggacaactta ccccaggctg cagagcctgc tgttgcagca ggaggatcag 60
tgtgtagtag gacagcaaca gaatcagggg gtttacaatt [C/T]ctggccag cttagaccgg 120
gatggaggtg gagcttccag aaccctgtga ggttggtcct gatgagggcg gtcatcccca 180
gcagcctgca tgcacagagc ca 202
<210> 33
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 33
caggactgta aaatcgtgca gcccattgga aaacgcttgg cagttcctcc caacgtccaa 60
gttacatatg attcagcaat cccatcccta agtgtatata [C/T]ctgaaaga attgagaaca 120
tggctacagg acaacttaca catatacgaa tgttccttag cagcattatt cgcagtggcc 180
aaaaaatgga aacaacccaa ca 202
<210> 34
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 34
agtgaaccaa gggcaccagc tagaatcaaa ccagttttat ttttcatcag tttatagact 60
agatacggag ttaaaccaat caaaatacgt gggacgatag [C/T]tatgatag ctgagtagat 120
gtttccgttt ggtacaaaag gtgagaagag gtagcttgtc ggcagaatcg taattgtatt 180
aaccgtcaaa ctaagtagca cc 202
<210> 35
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 35
gaagcccttg gggcagaggt ctgggtcagt ggtagactga atgatggcac tgtttactta 60
gcccggcttt caggtgtttt aaggataatg gccactcaag [C/T]tctgtgcc agtgacttcc 120
agcaactgtc ttgctgtaaa attactttct cggcggctag agactaacag tctaggcctg 180
cctggccccg tggctcacgc ct 202
<210> 36
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 36
ggtcggtggc cgataacgtt cgctttggcg gcgcgctgat ggcagtaaaa atcgccgaga 60
aactggtgca ggagtatctg tactaatgtc cgaccagcaa [C/T]aaccgcca gtttataaaa 120
ttgcgctggg cattgagtac gacggcagta agtattacgg ctggcaacgg cagaacgcag 180
tccgccgtgt gccggagaag ct 202
<210> 37
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 37
atgacaatct ctcactgtcc aagcacttag aagtcagcac aggacacaag gacatttgtt 60
ctaattcatc actgtccaaa aatctcaagc aaacacactt [C/T]tctatcac tttccttcca 120
aactttcata tttcattttt gaatgattac aaattcagat ccactttttt tattcatcca 180
cagaactcta taaaccataa tt 202
<210> 38
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 38
gctactgcac agcaaaggaa acaatcagca aagtgaagag acaacccaca gaatgggaga 60
acatatttgt aaactaccca tctgacaagg gattaataac [C/T]aggagctc aaacaccttt 120
ataggaaaaa catccaataa tccgatttaa aaatgggcaa aagatttgaa tagacatttc 180
tcagaagaca tacaaatggc aa 202
<210> 39
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 39
cgatagcggt tgagggttat cattccggtt tcggacccgg aaaaataggc tgaaatgacc 60
accatgatga tcagaataat gatcaacgta gtagtagaaa [C/T]gtgttcca ggggaaactc 120
cttttctggg tttagctgat taactgctgg acaattcggc tgccgaagta ggccagtgtc 180
agaattaccg cgcccgcaac gt 202
<210> 40
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 40
cggcgcaacc cgatcaatta atgtcggatt attttttccg tgtgtcgctg gcgatgcaaa 60
acaaaactct gcttttctcc ctcgatgaca cgctggttaa [C/T]aacgcgct gcaaacactg 120
aataaaaccc gcccgccaat ggtggatgta atacccactg atggcatcgt tcgcctctat 180
atcaatccac aaggaagaac ga 202
<210> 41
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 41
cattggcgtt aaacacaatg cgtgtgcgat cgggttgcac cgcagcattg caacccaagc 60
tgatggttaa caacattaag ggtaatcctt taataaatgt [C/T]attctctt ttccttaatt 120
aatgacaagg taaaatcagg cgtttggtcg tgtcttccag acgttctggc agatgaataa 180
tgcagctttg ctcaccccag ac 202
<210> 42
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 42
ggaattcctc atctatatag ccacaccact gcctacctag agtcccctgg cgaggtgctg 60
aacctgtttg tctctcttgt ccattcatct ctcccacctg [C/T]aaagtgaa ctaatgatag 120
ccacctgcca tagcatgact ctagaaaatg atgtagaaca aaggctctcc tgggccctaa 180
ttgtatggtg gaggcacttc tt 202
<210> 43
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 43
gactatggct ttaccgttct caatctctat aatccgtatc tgatcgttga taaagagaat 60
gaaaaagcgc ttcacattta cctcaagctt ggcttttcgg [C/T]tgtaggtg aattgatgca 120
cgagttcttt attaatggtc aatatcgtaa tgccattcgc atgtgtatat ttcagcctca 180
gtatctgcaa accaaaccca aa 202
<210> 44
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 44
agctatccct tacagaggct gaccagcgat gtggtactgc aacagggtta gctatccctt 60
acagaggctg accagcgatg tggtacagca acagggttag [C/T]tatccctt acagagtgac 120
cagcaatgtg gtactacaaa agggttagct gtcccctaca gaggggacag ggatgaggta 180
tagaaatagg gttagctata ac 202
<210> 45
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 45
tttggatgag gcactttcta gcggtggtag atctttcgaa caggccgtac gcagttgtcg 60
aacttggttt gcaaagggag aaagtaggag atctctcttg [C/T]gagatgat cccgcatttt 120
cttgaaagct ttgcagaggc tagcagaatt accctccacg ttgattgtct gcgaggcaag 180
aatgatcatc accgtagtga ga 202
<210> 46
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 46
tcagcaggac aatgatccca agcacaaggc caaagcaaca ttggagtggc tcaagaacaa 60
aaaggtgaat gtcctacagt ggcccagtca aagtcctgat [C/T]tcaatccc attgagaatc 120
tgtggcacta tttgaaaatt gcggtccaca agcatcgtcc aaccaacctg aacaacctgg 180
atcaaatctg ccaagaagaa tg 202
<210> 47
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 47
agccttgaag caagctgctt ctttctgctg ttttagttcc tcgtccagct gtaagaaaga 60
aaatctgtca gccaagcaac caccaactct ccataactac [C/T]acctcaat tgctcaagtt 120
cgaatgtttc tgaactgttt catctacaaa gacagcagac gattattaat caataccaac 180
accacaccaa acacacccaa ca 202
<210> 48
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 48
tgatgcagtg caggaataac acagagattg taatccggta tggaaaagag gtattttatt 60
tttatactcc aggtctggag accaaaacaa tgatccacag [C/T]aatacaca gcaatgtgta 120
atgcacgggg ttaaataata acgggttgca gtcccaaaca ataaacacag gtatccgtcc 180
cacaatatac gaacatggtc ac 202
<210> 49
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 49
ggtggatatt cggatagctt tgaaggtttc gttggaaacg ggaatatctt catataaaat 60
ctagacggaa gcattctcag aaactgcttt gtgatgtctt [C/T]attcaagt cacagagtag 120
aatgttccct gttatatacc aggtttgaga cactctttct gcactacctg gaagtggacg 180
tttggagcgc tttgaggcct at 202
<210> 50
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 50
cttgtactaa cttgtaacgt gtctgaaccg gacctaattt gaggcactaa gaaggattag 60
acatcagttt aaaaggggac cctatcacag caacatgaat [C/T]ctgctaaa attgtgacaa 120
gaacaaacac caaatttatg gtataggtag aagaatggtg aaatcgtgat gctttacaca 180
aagttggtag ggacaatgcc ct 202
<210> 51
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 51
gagttgggca tgggccccgt caaagaggtc aaagaggtgg gcatgggccc catcaaagag 60
gtggacatca gagagaggga ggcagacagc agggaactgt [C/T]gtgtctaa tgaagtccgg 120
gccatcgtcg ttgaccatgt ggtaaacaga ggccttacca tggcagcggc tgccagatta 180
gttcacccca atctgaaaag at 202
<210> 52
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 52
ccttgacacc tttggctttt aattgtatca ctccagtgtc tgcctgtctt cacatggctt 60
tctccctgtg ggtctgtgtc tcttcttata agggtaccag [C/T]tatgggac tggggtccac 120
tctaatccga taatcccaca gcaacttgaa tacattacaa agatcctagt tccaaataaa 180
gtcacatcca caggtaccag ca 202
<210> 53
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 53
tttaccgctg gcactgcgtc gtatgctgcc gccgctgggt aaccagtgga tcatcagcat 60
taaagacacc tcgctgttta ttgtgatcgg cgtggcggaa [C/T]tgacccgt caggggcaag 120
aaattattgc cggtaacttc cgcgcccttg agatctggag cgccgtggcg gtgttctatc 180
tgattattac cctggtgctg ag 202
<210> 54
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 54
gagatactcc agcagagggt gtcttctttg ttcttacctg tgttgcagag atactccagc 60
agagggtgtc ttctttgttc ttacctgtgt tgcagagata [C/T]tccagcag agggtgtctt 120
cttttttctt acctgtgttg cagagatact ccagcagagg gcgtctgctt tgttcttacc 180
tgtgttgcag agatactcca cc 202
<210> 55
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 55
agacagcctc agatctactc attctgcaag ttgtcttcaa ataggccctt cggtccaagg 60
agagcctcac actcttctcc tctgattcag tggcctcaga [C/T]attccccc acacaaacct 120
gagaccacag aattcttttt ttttcacaca atgacttctc cagacatccc aggcttaaag 180
actccaagtc catgtgtagg aa 202
<210> 56
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 56
gatcaggctt tgggttcgat ggttgagcca agtgtcttga atgttgcgat tcaacaaaaa 60
atgctgcaac aactcaaaga ctatcgcact caagtcaaag [C/T]gattcgga ttgagcagat 120
tccacaaggt tggtcaattc aattggcgga tggcacagta ctaaaaacca agttgctgat 180
tggtgcggat ggtgcgaact ct 202
<210> 57
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 57
cgctccgctc cgtattcagc ggcccggtga gggcgggtag ctcagtggta gagcacgtga 60
cttttaatca tgtggtcgtg ggttcgatcc ccaccccgct [C/T]accatata agaagctgat 120
tttgctgata taatttcaaa tcaagctgag cgaggggtct cgatttttcc cgtcgcacgt 180
cgcacgtcgt acgtcgcatg at 202
<210> 58
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 58
atgtggcatt ctgtgaacaa tatgtatcct cagaaactct ctgaatgtgt cgtactgaag 60
attactgtaa ggtaaaatgt attaaaaaac aacaatgaag [C/T]cacttaca tgtacttgac 120
ttgtgttcca gaaacagact aaagcatttt ctgttttgag gggcttccaa tgattagtca 180
tgttaataca actaccacca cc 202
<210> 59
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 59
tgtggatccc acgtggctgc tttcttgaga tgcttgttgc tgtgggctct gcctccactg 60
tggatcccac gtggctgctt tcttgagagg cttgttgctg [C/T]gggctctg ccacacactt 120
gtcaacatgg aatcagacga gggggatagg gcagcaaaac caaacacagc accagccaag 180
gtacgcacac agtggctgag tc 202
<210> 60
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 60
cgctaaatat taatttgagt gaacgttcgt gttaatcctt tgcttaattg agtacgtttt 60
gtttggttat ttaaaaaatg gacggaacta cacgacacag [C/T]caccgtca cagacaacgt 120
attttgttct tctattaggt gctgaattta cacggagacg tctgatagtt taaagagaca 180
gagctacttt ttaggcaaaa ag 202
<210> 61
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 61
tgaaattgtc atctggatct acaacgtctt cctcgctttc tgacttgctg ctctcttcta 60
aagacggctg ctctctctcc ggaggagtgg gtacggggag [C/T]tcatggca gtgtggcacc 120
ggggcgatgg atgaaggaag gtccgggtat gtgatagcag gtgcattttt gccagtccaa 180
cgtttggaag ggtccacaat gc 202
<210> 62
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 62
cacaactgag tgactgaact gactgaaaat cactgtggat gctgattgca gccatgaaat 60
cagaagacac ttgctccttg gaaggaaagc tatggccaac [C/T]cagaaaga ctctcaaaat 120
gcagagacat cacttggctg acaaaggtcc atacagtcaa agctatagtt tttccagtag 180
ttatgtacag atgtgagagg tg 202
<210> 63
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 63
tcaggtggcc cttcaatcaa aatacaatca ggttgaatcg aagccaaagc attacagaca 60
ctacgcgccg aaccaggccc atgatgacga ataccgagaa [C/T]atgcagca ttttttatcc 120
tttattccga tcacagcttc tccctttcaa ggagaagatt gggatgaggt ttttattatt 180
tggttttatt ctaatcacga ca 202
<210> 64
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 64
cgactcgacg gcccaatgtg ggaagggaga gaccgaggca tatcaggata ttccacattg 60
gacactgagg ggcaagactg agaaaggtat tctttttgtg [C/T]taaactag atggcttagg 120
ggctcctcga gacaccatca ggttcttata tttagaatct ggattcttct ccaataagtc 180
ctccatcagc agagaatgca gg 202
<210> 65
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 65
gcctcgatac ctttggcaga gtccaccacc atgacagccg catccaccgc catcaaagta 60
cgataagtat cttctgagaa gtcttcgtga cctggtgtat [C/T]caagatat tgacacgctt 120
acctgcatag tcaaactgca taacagagga ggtaacagag ataccacgtt gtttctcaat 180
atccatccag tcagacttag ca 202
<210> 66
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 66
tgttgggtgt gtttggttgt gttgggtgtg tttgggggtt ggttgatgag tttttagaat 60
ggtttgtaaa gaatccaagt tgtgagagag ttagagttgg [C/T]aaatttgt atctggaaag 120
tacttttgta aacgaactag aagaagacag cgaatacaaa gtaacttcca cccgcaagaa 180
acttgttgaa cgccaccacg at 202
<210> 67
<211> 65
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 67
accagtgccc cgccccctac acagtgcacg cctttattgc gtcatcactc tgtaaacttc 60
aaatgttatg taaactttgt aaactgcatt tacaaaggaa [C/T]ctgatagt acatatcagt 120
atttacaaca cgttatgccc tatttgtgta aatatccaca tgtattagaa catttataaa 180
taactgttga tgaaaacgtt at 202
<210> 68
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 68
atttcgtcat catcggaaac gatgatgact acaacggata cgtaaatgta tttctgtaca 60
atcccgcaga ttccacattc tcacttgcgg aaaataccaa [C/T]ctttacgg tcttggaagt 120
ggtggaactg tcaaactttt cgactacaac aacgatcatc accttgatgt gctgatgaac 180
ggcttcgact ggaatgatcc gg 202
<210> 69
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 69
atataaatta cagagcagct tttattgaag tgagacagtc atcttcgggg ttgtcatatt 60
ccgtttttgc tttggtgcaa agtattcttt gttgtgcatc [C/T]ggtttaac tgtaatattt 120
tacatttttt ctagtttaat gtagatcaca tctgatccgc attgctgctt tcctgctgtg 180
agaataaaga gtacaatgtt aa 202
<210> 70
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 70
gagactatat gcagcgggct aaagcgtttg tatttgccgc tgaggaggat ttcggtatta 60
cacctgttga ggcgcaagct tgtggtacac cggttattgc [C/T]tacgcggg tatcaggtga 120
aatggataaa ctgacctgtg cgagcagctt ctgacagcgt agcgtcatca ggtcataatc 180
cataatgcca ttgtgggtta tt 202
<210> 71
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 202
aatgtcaacg gctacgtgca ctccaagtac ggtcgaaatg agccttcgga tcgtctgagt 60
gtcggtaact ggtctgacct catcaagagg agaggtggcg [C/T]catgatgc tcgagcatgg 120
caagctctgc tgatcgcgtc gggtaaccca tagtgatacg agccataaat cggtcacgtt 180
gggcctctgg taggcggtac gt 202
<210> 72
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 72
attaacggag caaggtcgag atttggctta tgcatggggt caatatctta ttaaaaatac 60
ggatcgagca attcaacatt gtatctctag tccgattcag [C/T]gttgtgtg gatacggctg 120
cggtaatgat tcaaggtgca gatgggattc atgagggaat aaatactcat acgatcgaaa 180
ttgttgagca gcgattgtta gt 202
<210> 73
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 73
ctgtggcgcc agacataaga catgcataac attacatcta acagatccac aatgtttatt 60
acaatatacg tctgaagaca accatgtttg aagataagtt [C/T]gaaacaaa ttaaggatgc 120
aaacgatgtc tggagtgtgt ctgaaatatt ctaccaatcc aacaccttgt gtaggccggg 180
ttcagagtag cagtacatat tc 202
<210> 74
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 74
ccgtcgcctt cccaaactca cactttgcga gattaacagt caggttggcc ttggcgaggc 60
gcttaaacaa ctctgatttg aatcagatgt tctggccagg [C/T]ggaactaa acactaccac 120
atcatcgaga tatgcgtcac acccagtcaa tcctgatagg acatggttga tgaggtgctg 180
gaaggtggca ggcgcattcc gt 202
<210> 75
<211> 197
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 75
cattggctgt cagtgtgaag ttgaacgata aggaggaggg gctggaatga aatgagcctg 60
tgcagctcct gattggctgg gacctgagca ttccacagtg [C/T]tggtatgt acgagcactg 120
gccgagtcta tttgtgaaaa ctgatgggaa taatttgtca gtttaaccaa ggaagtgtca 180
aacaaaaacc caacaca 197
<210> 76
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 76
gtgtttggtt gtgttgggtg tgtttggttg tgttgggtgt gtttggttgt gttgggtgtg 60
tttggttgtt gttgtaatac ctaccaatat ctgatgtagt [C/T]aatgattt tatacgtaaa 120
ttacatcttg tagttccctg ttcacagccc tcactgattc tgtccctgta gtctgggtcg 180
tcacgaagag gaggaggatc ct 202
<210> 77
<211> 67
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 77
cgtctgctaa atgactaaat gtaaatgtaa atgagtacag gtgtgagaaa cagacagctt 60
ggaatgctgg gatatccttc catttgcaga gcagatttgt [C/T]acatcaga gcccggacct 120
gcaccagcca cgcccccgtt ggttttctac tccctcactc tcaccggagt actgatcact 180
tacacctgtg tcctcactca cc 202
<210> 78
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 78
tacccaagac tggtaattta taaagaaaag atgtttaatt gactcacagt tctgtgtggc 60
tggggaggcc tcaggaaact tacaattatg gcagaatgct [C/T]ctcttcac agaggagcag 120
agataaatga gagccaagca aaggggaaag ctccttataa aaccatcaga tctaatgaga 180
actcactatc accagaacag ca 202
<210> 79
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 79
ttgactcagg cttacgccgg tttcattgag aggtgcctgg aggacagccg tgatccactc 60
ggtcaatacc ggttcccact gcgattcaaa gccccgggtt [C/T]cagttttt cccgcaccca 120
gttcgggtca accggctggg taaaatccag gtcttcaaac aaactgtgca agaacgtccc 180
cggtgacgca ccgcgcggaa ac 202
<210> 80
<211> 200
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 80
tgtgttgggt gtgtttggtc ccttaacaca gtggtgtgat atgtgtgtgt gttacaaaca 60
tgaaaaagaa gggtacggga ctgtaaactg ttttgggaaa [C/T]actggcac atcggtgggc 120
cgcggattac tttctggtca gaatggtggt ccctgggaca aaactagttc aaaacccctg 180
atctaatcta tagaagtgat 200
<210> 81
<211> 200
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 81
ttactaacaa caaacgagca aaataagatg agcgaaggtc tacacacata cctacgaaca 60
acctctaaag atacagcctg caaaactcac accttcataa [C/T]tctaaaca cacaaactgt 120
actaccatct gcacagaaac catagactgc aggagtcata actctaacat aaaaataaag 180
atgtacaata ctaaaacaat 200
<210> 82
<211> 200
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 82
ttaacctgtc aacattagca ctgtttcggc tcataataga atgctccatc tgccctatgc 60
caatcaaacc gtcagttgat taattatgaa tcccatgaga [C/T]aatgtgtc gtccgctacc 120
caccacccca ctcatccaac aatatagaat aagcacacgc cgtaaacatc accacataac 180
tcttcatctc atacctactt 200
<210> 83
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 83
cacattaaca cttgaggtca actcaacgcc acgacattca tatccacgtc ctcttactac 60
tctcctcttg aacacagcag aagcattagt ttcacgtaaa [C/T]gccaccca gacaccgcca 120
ctcttctcga ccgcttcagt tagcatccca acactccact gacccacaca acttacacac 180
accaaacacc ccaccaccaa ca 202
<210> 84
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 84
aagacgagct gcttctgtga tagctaaatt cagcttgaca aatgctacat acaactttag 60
ttttgtcgat tgttccgtca ttttggctct taaacagata [C/T]tttccgcc caacaagccc 120
tcagctctct ccatcttcga ctaccacagt gattctcaaa cttttcctgt ctttccccac 180
tttgaacaag gggggctatt ca 202
<210> 85
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 85
tcccgtctga ttcaggattt cgacggtatt ttcaatcaaa ccatgcgtaa caccagaaat 60
ttgaataaca gaagtctgcg ggtgaaattt ttattacaga [C/T]aagaaata ccgtatcgca 120
aattattacc ttgctgcgtg aattgtttga agaagtatcg cgccacgaag tcggtatgga 180
tgtactgacg aaattactta ac 202
<210> 86
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 86
gtcctctcct tctgggaaca ggttggatgg caggtaatag ggtggccctt tcatgagccc 60
tctctaagtc aggtgtggcc atgtgatttg cttgcgtcag [C/T]gggaagaa gtttgaagca 120
cctgctgcag ttttctgcat tctctctttc ttctcccacc atgaccacta acgttccaag 180
cagtggctgc tgcttccggc tg 202
<210> 87
<211> 70
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 87
tgcgtggcga tacattgtca ttggtaatta tcgaccaatt gccgtttacc tcgccggatg 60
atccactgtt aaaagcgcgc atggaagatt gtcgtttgcg [C/T]ggtggcga cccgttagat 120
gaagtgcaac taccagatgc cgtcattact ctcaaacagg gggtagggcg actgattcgc 180
gacgccgacg atcgtggtgt gg 202
<210> 88
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 88
ccgacgcagt atttatcgag aaaaggttga tcaacgagat tttcgttaat caatacccag 60
gcaatacccg caaccagcgc ggcatcggtg cccgggcgaa [C/T]agggagcc attcgtcttc 120
acgaccggca gccgtatcgg tatatcgcgg atcgataaca atcatcttgg cgttcggttt 180
ctcacgcgct tttttaagga ga 202
<210> 89
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 89
ctagatttaa agcagtatcg ttggagtcaa gacagttggg aattattcag tagttgagaa 60
ccacaggttt tagaaccaca tagcacacgg tgctaaggaa [C/T]atttatac acactgatac 120
tgtcccacac atgaggtcca tgtctgtact tccacctttt ccacctttga tgatggcatg 180
caagacataa aagtttatca gc 202
<210> 90
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 90
ctcttgatta gccacatgag gtgtgtttac ccgctcaggt gagatacagt gtagagctct 60
tgattagcca catgaggtgt gtttacctgc tcaggtgaga [C/T]acagtgta gagctcttga 120
ttagccacat gaggtgtgtt tacctgctca ggtgagatac agtgtagagc tcttgattag 180
ccacaagagg tgtgtttacc tg 202
<210> 91
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 91
cagtaggaaa taccgacgtg tgaaagccta cattaacata gttctaaata gacgaacaca 60
tttgcattta aatactgtac agagttctgt aatacagcag [C/T]tactggtt ctgctacagt 120
tctgacgcgc tcgttgccat gccggtaaat cccttagtga aggtagcctg ttcctgagga 180
gcactgcatt catttgcaaa aa 202
<210> 92
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 92
ggaatgcatt tggctgagct atttgaacag aaatacacag catttcggag aagaatgggt 60
ccaccgtttc atcacacacc aatcaacgta cgacagggaa [C/T]atctggca catagaaaat 120
atttctccca cgctcacctc tcaaactcaa gagccttcct tataactctt ccctcagaag 180
aataccgcag acaagcactt tc 202
<210> 93
<211> 49
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 93
tagttcgcca gttaatagtt tgcgcaacgt tgttgccatt gctacaggca tcgtggtgtc 60
acgctcgtcg tttggtatgg cttcattcag ctccggttcc [C/T]aacgatca aggcgagtta 120
catgatcccc catgtcgtgc aaaaaagcgg tcagctcctt cggtcctccg atcgttgtca 180
gaagtaagtt ggccgcagtg tt 202
<210> 94
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 94
tgtctagttt gtatgtcgat gtcttttagt ccatgtcgta ggaggccaga catcgagtga 60
agggagtgag gggtatatgt gcaggagtga caggtgctgg [C/T]cgtcagta ttccggtgat 120
ggagacgggt gcaggtgagc aaatcgagat tcaaaagtgg ggggtggcag gtgcaggttc 180
acgctctggc gtgacagttt tc 202
<210> 95
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 95
gtgcaaattt gatagtgggt gcagaacacc aggtgaacat cattctttac atatgccata 60
tttttattgg ctggtaaaat cagactttac ggctgctaaa [C/T]accattta cagcagcatt 120
atgggggttt tgcacccgca agtcactttg cgcgtatcct tacatcaccc tctcattgtt 180
tttcataatg tccccagatg at 202
<210> 96
<211> 202
<212> DNA
<213> 小体鲟（Acipenser ruthenus）
<400> 96
gtctgggtgg gccagtggga tccgcaccag acgcaaggcc acctggccga tcttatacca 60
catgttgaca tcagtggagt ccagcatcac agcctgagag [C/T]aaagagta ggcttggtca 120
attaaagaag ctagtgtttc agcaggggac agagtagata tggggtatgt ccattccatt 180
aaattgccta ttacattaca tc 202

Claims (10)

1.一组鲟鱼SNP分子标记，其特征在于，包括包含在如SEQ ID NO:1-96所示的多核苷酸序列中的96个SNP分子标记，其中，96个SNP分子标记的碱基为T或C。
2.一种鲟鱼候选亲本遗传评估的方法，所述方法包括分析每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据，获得分型结果，并根据分型结果进行鲟鱼候选亲本遗传评估，其中，多个SNP分子标记包含在如权利要求1所述96个SNP分子标记中。
3.如权利要求2所述的鲟鱼候选亲本遗传评估的方法，其特征在于，还包括以下步骤：
选择性腺发育成熟的鲟鱼雌雄个体作为鲟鱼候选亲本，分别采集每尾鲟鱼候选亲本的组织样本提取基因组DNA；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
分析所述基因型数据获得分型结果。
4.如权利要求2所述的鲟鱼候选亲本遗传评估的方法，其特征在于，组织样本为鳍条或血液。
5.一种鲟鱼候选亲本中制种亲本的评估方法，所述评估方法包括根据每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据制作系统发育树，并根据系统发育树中遗传距离评估其中两尾雌雄鲟鱼个体是否可以作为制种亲本，其中，多个SNP分子标记包含在如权利要求1所述96个SNP分子标记中。
6.如权利要求5所述鲟鱼候选亲本中制种亲本的评估方法，其特征在于，还包括以下步骤：
选择性腺发育成熟的鲟鱼雌雄个体作为鲟鱼候选亲本，分别采集每尾鲟鱼候选亲本的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
根据每尾鲟鱼候选亲本的多个SNP分子标记位点的基因型数据制作系统发育树。
7.一种鲟鱼个体系谱的评估方法，所述评估方法包括应用一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记的基因型数据构建系统发育树，根据系统发育树中一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的遗传距离判断所述一对鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的亲缘关系，以获得鲟鱼个体系谱的鉴定结果，其中，多个SNP分子标记包含在如权利要求1所述96个SNP分子标记中。
8.如权利要求7所述的鲟鱼个体系谱的评估方法，其特征在于，还包括以下步骤：
选择鲟鱼群体中的一对鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼；
分别采集一对鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
根据所述基因型数据制作系统发育树。
9.一种鲟鱼群体遗传评估的方法，所述方法包括应用多尾鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记的基因型数据构建系统发育树，并根据系统发育树中多尾鲟鱼亲本与多尾子代幼鱼的遗传距离评估群体内遗传关系，其中，
多尾鲟鱼亲本及多尾子代幼鱼之间对应的鲟鱼个体系谱构成群体内遗传关系；
多个SNP分子标记包含在如权利要求1所述96个SNP分子标记中。
10.如权利要求9所述的鲟鱼群体遗传评估的方法，其特征在于，选择鲟鱼群体中的多尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼；
分别采集多尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的组织样本提取基因组DNA，其中，所述组织样本为鳍条或血液；
以所述基因组DNA为模板，确定每尾鲟鱼亲本和多尾子代幼鱼的多个SNP分子标记位点的基因型数据；以及
根据所述基因型数据制作系统发育树。
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