CN108611419B - 一种用于肝癌患者预后风险评估的基因检测试剂盒及应用 - Google Patents

一种用于肝癌患者预后风险评估的基因检测试剂盒及应用 Download PDF

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Abstract

本发明涉及一种用于肝癌分群和预后风险评估的基因检测试剂盒、数学模型，及其在肝癌分群和预后风险评估中的应用。本发明基于二代测序技术与TCGA(The Cancer Genome Atlas,肿瘤基因组图谱)数据库建立用于肝癌分群及肝癌预后风险评估模型，发现肝癌具有两个明显差异的预后亚群及用于肝癌预后评估的基因群。本发明发现由CA9,CXCL5,G6PD,MMP12,MYBL2和SLC1A5组成的6基因的模型，定义为预后指数PI＝exp(p')/exp(1+p')，其中p'＝zCA9*1.64+zCXCL5*1.22+zMMP12*1.52+1.93*zMYBL2+0.76*zSLC1A5+2.43*zG6PD‑3.86，该模型可以区分判断不同肝癌预后亚群，反映肝癌患者预后风险。

Description

一种用于肝癌患者预后风险评估的基因检测试剂盒及应用
(一)技术领域
本发明涉及一种用于肝癌患者预后风险评估的基因检测试剂盒、数学模型，及其应用。
(二)背景技术
原发性肝癌(简称肝癌)，绝大多数(70％-90％)是肝细胞性肝癌。肝癌是全球恶性肿瘤导致死亡最常见原因之一，肝细胞性肝癌(Hepatocellular carcinoma，HCC)发病率居全球恶性肿瘤的第6位，肿瘤相关死亡原因的第2位。据2012年全球癌症统计，每年因肝细胞性肝癌死亡人数662000，仅中国肝癌患者人数和死亡人数约占全球肝癌发病和死亡人数的50％。尽管局部治疗如手术、经导管动脉化学栓塞(TACE)能够治疗肝癌，一定程度提高了患者的生存时间及生存率，但是这些方式对患者生存时间和生存率的改善十分有限。复发转移是影响患者肝癌肝切除术后生存的主要因素，在不断提高治疗方式和技术的基础上，若能早期的评估患者的预后不良风险，根据预后不良风险灵活地调整随访时间，加强风险较高患者的监测，一定程度上能改善肝癌患者的整体预后。肝癌患者肝切除术后，不同的肝癌患者之间预后存在差异，很好的预测肝癌患者的预后对患者采取正确的临床措施至关重要。目前，临床上用于评估肝癌患者预后主要通过肝癌患者的分期(包括BCLC,TNM分期等)及术后复发、转移等特征。有研究者报道，一些血清肿瘤标志物如甲胎蛋白(AFP)和γ-羧基凝血酶原(DCP)，临床病理特征如微血管侵犯、肝内转移和肿瘤细胞分化程度与肝细胞癌患者预后密切相关。但是这些肿瘤标志物用于肝癌的诊断和预后评估仍存在严峻的挑战，不同指标结果不一致，预测效果存在一定的局限性等。
为了给予患者更好的治疗和及时的预后评估，需要对肿瘤分子层面的分类做出更多的尝试。分子分类对于肝癌患者预后的评估和治疗策略的决定方面具有明确的价值。肝细胞腺癌的分子分型在区分良恶性肿瘤方面已经证明了其确切的价值。目前，对于肝细胞癌的分子分型，也有一些研究者利用转录组数据对HCC患者分子分群做出了尝试，解释了肝癌不同的致病机制。但是，肝癌患者中是否确实存在稳定的不同预后亚群还未知。
(三)发明内容
本发明涉及一种用于肝癌患者预后风险评估的基因检测试剂盒、数学模型，及其在肝癌患者预后风险评估中的应用。
本发明采用的技术方案是：
一种用于肝癌患者预后风险评估的基因检测试剂盒，主要包括特异性PCR扩增引物和PCR反应试剂；
所述特异性PCR扩增引物序列如下：
CA9引物：
上游引物：5'-GCACAGAAGGGGAACCAA-3'；
下游引物：5'-CTCTGGCTGGCTTCTCACAT-3'；
CXCL5引物：
上游引物：5'-AGACCACGCAAGGAGTTCATC-3'；
下游引物：5'-TCCTTGTTTCCACCGTCCAAAA-3'；
G6PD引物：
上游引物：5'-TGCCCCCGACCGTCTAC-3'；
下游引物：ATGCGGTTCCAGCCTATCTG-3'；
MMP12引物：
上游引物：5'-GATGTGGAGTCCCCGATGTC-3'；
下游引物：5'-CACGGGCAAAAACCACCAAA-3'；
MYBL2引物：
上游引物：5'-TGCCAGGGAGGACAGACAAT-3'；
下游引物：5'-CTGTACCGATGGGCTCCTGTT-3'；
SLC1A5引物：
上游引物：5'-TCATGTGGTACGCCCCTGT-3'；
下游引物：5'-GCGGGCAAAGAGTAAACCCA。
本发明试剂盒的关键在于引物的设计，PCR反应试剂为本领域常规试剂，可采用Master Mix成品。
所述试剂盒还可包括基因检测标准品和18S内参，所述标准品和18S内参序列如下：
CA9标准品：
cagcacagaaggggaaccaaagggggtgtgagctaccgcccagcagaggtagccgagactggagcctagaggctggatcttggagaatgtgagaagccagccagag
CXCL5标准品：
agaccacgcaaggagttcatcccaaaatgatcagtaatctgcaagtgttcgccataggcccacagtgctccaaggtggaagtggtagcctccctgaagaacgggaaggaaatttgtcttgatccagaagccccttttctaaagaaagtcatccagaaaattttggacggtggaaacaagga
G6PD标准品：
tgcccccgaccgtctacgaggccgtcaccaagaacattcacgagtcctgcatgagccagataggctggaaccgcat
MMP12标准品：
gatgtggagtccccgatgtccatcatttcagggaaatgccaggggggcccgtatggaggaaacattatatcacctacagaatcaataattacacacctgacatgaaccgtgaggatgttgactacgcaatccggaa
MYBL2标准品：
tgccagggaggacagacaatgctgtgaagaatcactggaactctaccatcaaaaggaaggtggacacaggaggcttcttgagcgagtccaaagactgcaagcccccagtgtacttgctgctggagctcgaggacaaggacggcctccagagtgcccagcccacggaaggccagggaagtcttctgaccaactggccctccgtccctcctaccataaaggaggaggaaaacagtgaggaggaacttgcagcagccaccacatcgaaggaacaggagcccatcggtacag
SLC1A5标准品：
Tcatgtggtacgcccctgtgggcatcatgttcctggtggctggcaagatcgtggagatggaggatgtgggtttactctttgcccgc
18S内参：
Agaaacggctaccacatccaaggaaggcagcaggcgcgtaaattacccaatcctgacacagggaggtagtgacaataaataacaatgccgggcttttcaagtctggcaattggaatgagaacaatttaaatccccttaacgaggatcaattggagggcaagtctggtg。
本发明通过TCGA数据库基因表达谱聚类分析发现在肝癌中存在两个稳定的预后相关亚群，通过代表性的6基因群建立了亚群分类和预后风险评估的模型。6基因预后模型中，碳酸酐酶9(CA9)在调控肿瘤细胞增殖和肿瘤形成方面具有重要作用；趋化因子配体5(CXCL5)是一种促进炎症的小分子趋化因子，具有调控肿瘤细胞生长，侵袭和转移的作用；葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)参与肿瘤细胞糖代谢，具有调节肿瘤细胞生长和肿瘤形成作用；基质金属蛋白酶12(MMP12)是常见的基质酶，调节肿瘤细胞的侵袭和转移；转录因子相关蛋白2(MYBL2)参与维持细胞周期进程，多途径抑制细胞凋亡；溶质载体家族1成员5(SLC1A5)属于氨基酸转运系统重要的成员，负责谷氨酰胺的跨膜转运，对肿瘤细胞增殖和侵袭具有促进作用。模型中的基因，在不同的肿瘤中参与肿瘤细胞生长，调节肿瘤细胞的侵袭和转移能力。
所述试剂盒的使用方法如下：
(a)患者组织样品来源于肝癌患者术前活检、术中或术后取材。
(b)取黄豆粒大小的新鲜组织块或液氮冻存的组织块，避免取到血凝块。
(c)加入2-3粒DEPC水浸泡风干的磁珠及1ml的TRIZOL试剂，置于预冷的组织匀浆机中，60HZ，1-3min匀浆研磨。匀浆不充分时可重复上述步骤，注意低温。
(d)加入0.2倍体积的氯仿，振荡30s，室温静置3min
(e)预冷离心机，4度，10,000g离心15min,样品被分成了3层。RNA溶解在上层无色的水相中。
(f)转移无色水相，加入等体积无水乙醇，颠倒混匀。
(g)7500g，4度离心5min。尽量去除乙醇，室温晾干沉淀大约10min左右。
(h)加入无RNA酶的水20-50ul溶解沉淀,采用NanoDrop 2000进行RNA浓度测定。
(i)取1ug RNA进行反转录，采用罗氏逆转录试剂盒步骤进行。
(j)10倍稀释反转录的cDNA,采用DBI公司荧光定量PCR试剂检测模型中6基因在肝癌组织中的相对表达水平，18S作为内参。
(k)Real-time PCR扩增反应参数如下：95℃预变性5min；95℃变性10s，60℃退火20s，72℃延伸20s，40个循环。
(l)采用2-ΔΔCt方法来计算基因的相对表达水平。检测结果标准化后代入方程，与卡值0.38比较判断患者的预后风险高低。
本发明还涉及一种利用所述检测试剂盒构建的用于肝癌患者预后风险评估的数学模型，通过检测相关基因表达量，获得预后指数(prognostic index，PI)，PI＝exp(p')/exp(1+p')，其中p'＝zCA9*1.64+zCXCL5*1.22+zMMP12*1.52+1.93*zMYBL2+0.76*zSLC1A5+2.43*zG6PD-3.86，以预后指数评估肝癌患者预后风险及预后监测。基因群由6个基因组成，包括碳酸酐酶9(CA9)、趋化因子配体5(CXCL5)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、基质金属蛋白酶12(MMP12)、转录因子相关蛋白2(MYBL2)和溶质载体家族1成员5(SLC1A5)。通过受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve，简称ROC曲线)，确定区分和评价肝癌患者预后好坏的cut-off值为0.38。PI≥0.38为预后不良的高风险人群，PI<0.38为预后不良的低风险人群。这组基因群组成的预后模型，即预后指数可用来评估肝癌患者的预后风险及疗效监测等。
本发明还涉及所述的基因检测试剂盒在肝癌分群中的应用。
本发明发现上述6基因组成的预后模型能较好的将肝癌患者分成预后明显差异的两个亚群，两个亚群的代表基因分析证实：第一亚群代表性基因跟代谢关系密切，定义为肝癌高代谢亚群；第二亚群代表性基因和癌细胞侵袭、转移相关，定义为肝癌高转移亚群。经113例临床肝癌组织样品分析，统计发现这两个亚群在肿瘤大小、肿瘤是否具有包膜、肿瘤细胞分化程度和大血管侵犯等临床特征具有显著的统计学差异。Cox多因素回归分析证实6基因预后模型能够很好的反映患者的预后情况，是独立的预后风险因素，可用于肝癌的预后评估及疗效监测等。
本发明还涉及所述的基因检测试剂盒在肝癌预后风险评估中的应用。
本发明采用实时荧光定量PCR方法检测模型中6基因群在不同肝癌组织中的相对表达水平，将检测结果标准化代入方程，用确定的卡值0.38进行比较来判断患者的预后风险。基于文献报道，模型中的基因在不同的肿瘤中参与肿瘤细胞生长，其表达与肿瘤细胞的侵袭和转移能力相关。联合6基因的模型，检测其表达水平可以用于肝癌的预后风险判断。
本发明设计引物偏向性扩增的程度低，各引物之间相互干扰性小，特异性强，扩增效果好。PCR扩增反应参数如下：95℃预变性5min；95℃变性10～20s，50～65℃退火10～20s，70～75℃延伸10～20s，35～45个循环。
通过real-time定量PCR检测113例原发性肝细胞癌临床样本上述6基因的相对表达水平，将其标准化后代入公式，和0.38的cut-off值比较，小于该值定义为肝癌患者预后不良的低风险亚群，大于该值定义为肝癌患者预后不良高的风险亚群。
本发明的有益效果主要体现在：
(1)本发明通过聚类分析发现并确定在肝癌中存在两种不同预后的亚群。
(2)本发明发现由CA9,CXCL5,G6PD,MMP12,MYBL2和SLC1A5组成的6基因的模型，定义为预后指数PI＝exp(p')/exp(1+p')，其中p'＝zCA9*1.64+zCXCL5*1.22+zMMP12*1.52+1.93*zMYBL2+0.76*zSLC1A5+2.43*zG6PD-3.86，该模型可以区分判断不同肝癌预后亚群，反映肝癌患者预后风险。
(3)本发明提供了预测肝癌预后的模型及诊断和评估肝癌预后模型的建立方法和步骤。
(四)附图说明
图1为基于TCGA数据库，肝癌患者聚类结果。
图2为根据NMF聚类效果，肝癌患者分为两个预后亚群，两个亚群具有明显的预后差异。
图3为113例肝癌患者根据预后指数PI＝0.38分为两个亚群，6基因的表达水平在两组中具有明显的差异。
(五)具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明进行进一步描述，但本发明的保护范围并不仅限于此：
实施例1：
方法步骤：
随机挑选113例肝癌患者，根据上述试剂盒步骤方法，先按Tranzol up Plus RNAKit实验标准步骤提取肝癌组织中的RNA，测量所提取的RNA浓度。然后取1ug的RNA逆转录成cDNA，反转录完成后加入180ul的无RNA酶的水稀释10倍。最后，使用实时荧光定量PCR检测模型中各基因在患者组织中的表达情况。
具体方法如下：
(a)患者组织样品来源于肝癌患者术前活检、术中或术后取材。
(b)取黄豆粒大小的新鲜组织块或液氮冻存的组织块，避免取到血凝块。
(c)加入2-3粒DEPC水浸泡风干的磁珠及1ml的TRIZOL试剂，置于预冷的组织匀浆机中，60HZ，1-3min匀浆研磨。匀浆不充分时可重复上述步骤，注意低温。
(d)加入0.2倍体积的氯仿，振荡30s，室温静置3min
(e)预冷离心机，4度，10,000g离心15min,样品被分成了3层。RNA溶解在上层无色的水相中。
(f)转移无色水相，加入等体积无水乙醇，颠倒混匀。
(g)7500g，4度离心5min。尽量去除乙醇，室温晾干沉淀大约10min左右。
(h)加入无RNA酶的水20-50ul溶解沉淀,采用NanoDrop 2000进行RNA浓度测定。
(i)取1ug RNA进行反转录，采用罗氏逆转录试剂盒步骤进行。
(j)10倍稀释反转录的cDNA,采用DBI公司荧光定量PCR试剂检测模型中6基因在肝癌组织中的相对表达水平，18S作为内参。
(k)Real-time PCR扩增反应参数如下：95℃预变性5min；95℃变性10s，60℃退火20s，72℃延伸20s，40个循环。
(l)采用2-ΔΔCt方法来计算基因的相对表达水平。检测结果标准化后代入方程，与卡值0.38比较判断患者的预后风险高低。
PCR反应体系组成：
Master Mix(DBI，BestarTM qPCR MasterMix(SYBR Green)，或其他公司相应产品也可以)10μL、模型中各基因正反引物的0.5μL、待测样品cDNA1.0μL、ddH2O补齐至20ul；
PCR扩增反应参数如下：95℃预变性5min；95℃变性10s，60℃退火20s，72℃延伸20s，40个循环。
采用2-ΔΔCt方法来计算基因的相对表达水平，以其中一个患者为例，按模型中基因顺序6基因相对表达水平依次为：7.89E-07，1.20E-07，7.47E-07，2.97E-08，7.68E-06，1.03E-06；标化值依次为：-0.46615，-0.90524，-0.77036，-1.12792，0.59788，-0.45422。代入方程p'＝zCA9*1.64+zCXCL5*1.22+zMMP12*1.52+1.93*zMYBL2+0.76*zSLC1A5+2.43*zG6PD-3.86得到p’＝-8.50659。最后通过PI＝exp(p')/exp(1+p')算得预后指数为0.000202。预后指数的卡值0.38，患者预后不良的风险较低，预后相对较好。
该名患者的临床特征和随访资料显示：男性患者，69岁。既往有乙肝病毒感染史，长期服用抗病毒治疗。入院检查HBV-DNA病毒滴度770IU/ML,AFP 2000ng/ml。术后病理检查报告示，单个肿瘤，最大直径4.5cm，肿瘤分化程度III级，未见肉眼和镜下癌栓侵犯。中度肝硬化，混合型。随访资料显示患者术后1月余肝癌复发。经TACE等治疗，未见进展。最后随访时间截止至2017年9月，患者生存时间达36个月，一般情况良好。
通过模型计算的患者风险指数<0.38，提示预后不良的风险较低，预后情况相对较好。患者的临床特征显示患者为单发肿瘤，无大血管、微血管的侵犯，无转移等影响患者预后不良的特征。随访证实，患者虽然出现了较早的复发，但是患者总的生存时间达3年以上，具有相对较好的预后表现。
根据113例肝癌患者中上述6基因的相对表达水平采用SPSS19.0进行统计分析。比较预后指数PI与临床预后的关系采用Kaplan-Meier生存分析，用对数秩和检验log-ranktest比较生存曲线的统计学差异。采用COX回归分析判断方程的PI是否为评估患者预后的独立风险因素。
按照PI＝0.38的卡值，113例患者中84例患者PI>0.38，属于预后不良高风险组；29例患者PI<0.38，属于预后不良的低风险组。PI>0.38组(预后不良的高风险组)患者的总体生存期较PI<0.38组(预后不良的低风险组)更短，P<0.0001具有明显的统计学差异。单因素和多因素COX回归分析证实PI是影响患者预后的独立危险因素。
综上所述，根据本发明的设计，制备模型相应基因的PCR引物，检测模型中关键基因在不同患者中的表达水平，通过与模型的cut-off值比较，判断肝癌患者预后不良风险。依据患者预后不良的风险大小，改变患者随访时间和采取必要的临床措施，最终提高肝癌患者的生存时间和改善患者的预后。
以上实施例的说明只是用于帮助理解本发明方法及其核心思想。应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以对本发明进行若干改进和修饰，这些改进和修饰也落入本发明权利要求保护范围内。
序列表
<110> 福建医科大学孟超肝胆医院
<120> 用于肝癌分群和预后风险评估的基因检测试剂盒及应用
<160> 19
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 1
gcacagaagg ggaaccaa 18
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<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
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ctctggctgg cttctcacat 20
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<211> 21
<212> DNA
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agaccacgca aggagttcat c 21
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<212> DNA
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ggagcctaga ggctggatct tggagaatgt gagaagccag ccagag 106
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tgcccccgac cgtctacgag gccgtcacca agaacattca cgagtcctgc atgagccaga 60
taggctggaa ccgcat 76
<210> 16
<211> 136
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 16
gatgtggagt ccccgatgtc catcatttca gggaaatgcc aggggggccc gtatggagga 60
aacattatat cacctacaga atcaataatt acacacctga catgaaccgt gaggatgttg 120
actacgcaat ccggaa 136
<210> 17
<211> 288
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 17
tgccagggag gacagacaat gctgtgaaga atcactggaa ctctaccatc aaaaggaagg 60
tggacacagg aggcttcttg agcgagtcca aagactgcaa gcccccagtg tacttgctgc 120
tggagctcga ggacaaggac ggcctccaga gtgcccagcc cacggaaggc cagggaagtc 180
ttctgaccaa ctggccctcc gtccctccta ccataaagga ggaggaaaac agtgaggagg 240
aacttgcagc agccaccaca tcgaaggaac aggagcccat cggtacag 288
<210> 18
<211> 86
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 18
tcatgtggta cgcccctgtg ggcatcatgt tcctggtggc tggcaagatc gtggagatgg 60
aggatgtggg tttactcttt gcccgc 86
<210> 19
<211> 168
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 19
agaaacggct accacatcca aggaaggcag caggcgcgta aattacccaa tcctgacaca 60
gggaggtagt gacaataaat aacaatgccg ggcttttcaa gtctggcaat tggaatgaga 120
acaatttaaa tccccttaac gaggatcaat tggagggcaa gtctggtg 168

Claims (2)

1.一种用于肝癌患者预后风险评估的基因检测试剂盒，主要包括特异性PCR扩增引物和PCR反应试剂，其特征在于：
所述特异性PCR扩增引物序列如下：
CA9引物：
上游引物：5 ' -GCACAGAAGGGGAACCAA-3 '；
下游引物：5 ' -CTCTGGCTGGCTTCTCACAT-3 '；
CXCL5引物：
上游引物：5 ' -AGACCACGCAAGGAGTTCATC-3 '；
下游引物：5 ' -TCCTTGTTTCCACCGTCCAAAA-3 '；
G6PD引物：
上游引物：5 ' -TGCCCCCGACCGTCTAC-3 '；
下游引物：5 ' -ATGCGGTTCCAGCCTATCTG-3 '；
MMP12引物：
上游引物：5 ' -GATGTGGAGTCCCCGATGTC-3 '；
下游引物：5 ' -CACGGGCAAAAACCACCAAA-3 '；
MYBL2引物：
上游引物：5 ' -TGCCAGGGAGGACAGACAAT-3 '；
下游引物：5 ' -CTGTACCGATGGGCTCCTGTT-3 '；
SLC1A5引物：
上游引物：5 ' -TCATGTGGTACGCCCCTGT-3 '；
下游引物：5 ' -GCGGGCAAAGAGTAAACCCA-3 '。
2.如权利要求1所述的基因检测试剂盒，其特征在于所述试剂盒还包括基因检测标准品和18S内参，所述标准品序列如下：
CA9标准品：
cagcacagaaggggaaccaaagggggtgtgagctaccgcccagcagaggtagccgagactggagcctagaggctggatcttggagaatgtgagaagccagccagag
CXCL5标准品：
agaccacgcaaggagttcatcccaaaatgatcagtaatctgcaagtgttcgccataggcccacagtgctccaaggtggaagtggtagcctccctgaagaacgggaaggaaatttgtcttgatccagaagccccttttctaaagaaagtcatccagaaaattttggacggtggaaacaagga
G6PD标准品：
tgcccccgaccgtctacgaggccgtcaccaagaacattcacgagtcctgcatgagccagataggctggaaccgcat
MMP12标准品：
gatgtggagtccccgatgtccatcatttcagggaaatgccaggggggcccgtatggaggaaacattatatcacctacagaatcaataattacacacctgacatgaaccgtgaggatgttgactacgcaatccggaa
MYBL2标准品：
tgccagggaggacagacaatgctgtgaagaatcactggaactctaccatcaaaaggaaggtggacacaggaggcttcttgagcgagtccaaagactgcaagcccccagtgtacttgctgctggagctcgaggacaaggacggcctccagagtgcccagcccacggaaggccagggaagtcttctgaccaactggccctccgtccctcctaccataaaggaggaggaaaacagtgaggaggaacttgcagcagccaccacatcgaaggaacaggagcccatcggtacag
SLC1A5标准品：
tcatgtggtacgcccctgtgggcatcatgttcctggtggctggcaagatcgtggagatggaggatgtgggtttactctttgcccgc
18S内参：
agaaacggctaccacatccaaggaaggcagcaggcgcgtaaattacccaatcctgacacagggaggtagtgacaataaataacaatgccgggcttttcaagtctggcaattggaatgagaacaatttaaatccccttaacgaggatcaattggagggcaagtctggtg。
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CN105950750A (zh) * 2016-06-08 2016-09-21 福州市传染病医院 用于肝癌诊断及预后评估的基因群及试剂盒
CN106893784A (zh) * 2017-05-02 2017-06-27 北京泱深生物信息技术有限公司 用于预测肝癌预后的lncRNA标志物
CN108728534B (zh) * 2018-05-23 2021-10-15 中山大学肿瘤防治中心（中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所） 4-LncRNA分子标签用于肝癌预后评估的试剂盒

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