CN108588176A - 一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法 - Google Patents
一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108588176A CN108588176A CN201810423697.1A CN201810423697A CN108588176A CN 108588176 A CN108588176 A CN 108588176A CN 201810423697 A CN201810423697 A CN 201810423697A CN 108588176 A CN108588176 A CN 108588176A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- primer
- modification
- sequence
- single stranded
- stranded dna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1093—General methods of preparing gene libraries, not provided for in other subgroups
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
- C40B50/06—Biochemical methods, e.g. using enzymes or whole viable microorganisms
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于生物技术领域,具体涉及一种基于单链DNA构建R‑loop高通量测序文库的方法。本发明通过利用抗体特异性的对DNA/RNA杂合链进行捕获,随即进行单链DNA建库,目的是解决R‑loop测序建库过程中插入片段长度、R‑loop捕获、加接头等问题,具有精准、高效、高通量、灵敏、可重复、操作简单等优点。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体涉及一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法。
背景技术
RNA可与其基因组模板共转录,或转录后产生RNA-DNA杂合体和置换的单链DNA形成三链结构,这些不寻常的核酸结构被称为R-loop。研究表明,R-loop被认为在几种人类疾病如癌症和神经退行性综合征中起作用。文献报道,肿瘤抑制因子BRCA2经常在癌症,特别是乳腺癌中突变和失活,而BRCA2表达量下调被证明会导致R-loop积累,说明R-loop与癌症发生与转移有密不可分的关系;R-loop被证实与人类智力迟钝-脆弱X综合征相关。总之,随着越来越多的研究表明R-loop表达量与各癌症等人类疾病密切相关,借助测序技术破译R-loop与疾病机理之间的相互联系已成为研究热点。
目前,全基因组中R-Loop检测方法存在严重的技术缺陷,测序数据质量不佳,易出现假阳性。
发明内容
针对现有技术存在的问题,本发明提供一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,通过利用抗体特异性的对DNA/RNA杂合链进行捕获,随即进行单链DNA建库,目的是解决R-loop测序建库过程中插入片段长度、R-loop捕获、加接头等问题,具有精准、高效、高通量、灵敏、可重复、操作简单等优点。
本发明的基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,按照以下步骤进行:
(1)进行基因组DNA片段化处理及纯化;
(2)在步骤(1)后直接加入复合物[S9.6]/Protein A,实现DNA/RNA杂合链的捕获;
(3)在步骤(2)后直接加入酶和缓冲液组分,实现末端修饰;
(4)在步骤(3)后直接进行变性,变性条件为95℃下10min,变性后立即置冰上;
(5)在步骤(4)后直接加入3'接头、酶和缓冲液,实现3'接头连接;
(6)在步骤(5)后直接加入5'接头、酶和缓冲液,实现5'接头连接;
(7)在步骤(6)后直接加入扩增体系,进行文库的放大;
(8)在步骤(7)后直接加入磁珠对扩增后的文库进行纯化,纯化后的产物即为上机文库。
其中,所述的片段化方式包括物理法,如超声和酶法,基因组DNA片段化成200-500bp,片段化的DNA加入磁珠进行纯化。
所述的DNA来源包括人类的全血、新鲜组织、石蜡包埋组织(FFPE)、口腔脱落细胞、细胞系、粪便、尿液、外泌体以及其它体液,同时可用于其它动物物种、植物、细菌以及病毒。
所述的缓冲液包括:5~500mM Tris-HCl(pH7.0~9.0)、5~500mM NaCl、1~100mMEDTA。
所述的步骤(5)中的3'接头包含连接引物和固定引物,连接引物为测序引物,连接引物碱基需修饰,所述的碱基修饰包括甲基化修饰、氨基化修饰、磷酸化修饰、硫代修饰、C3Spacer修饰;固定引物5'端为测序引物序列,3'端为序列特异性引物序列,固定引物序列碱基需修饰,修饰包括甲基化修饰、氨基化修饰、磷酸化修饰、硫代修饰、C3 Spacer修饰,所述的序列特异性引物序列包括基因特异性引物、随机引物,如NNNNNN,N=A或C或G或T,多聚物寡核酸,如oligo dT,其中基因特异性引物长度为15-60bp,随机引物长度为3-20bp,多聚物寡核酸长度为10-60bp。
所述的步骤(6)中的5'接头包含连接引物和固定引物,连接引物为测序引物,固定引物5'端为测序引物序列,3'端为序列特异性引物序列,序列特异性引物序列包括基因特异性引物、随机引物,如NNNNNN,N=A或C或G或T,多聚物寡核酸,如oligo d,基因特异性引物长度为15-60bp,随机引物长度为3-20bp,多聚物寡核酸长度为10-60bp,固定引物序列碱基需修饰,修饰包括甲基化修饰、氨基化修饰、磷酸化修饰、硫代修饰、C3 Spacer修饰。
所述的上机文库适用于Roche、Illumina、ThermoFisher、Pacific Biosciences、华大基因、Oxford Nanopore Technologies、华因康、瀚海基因高通量测序平台。
与现有技术相比,本发明的特点和有益效果是:本发明是一种基于单链DNA建库的DNA/RNA杂合链抗体的免疫共沉淀及高通量测序技术,通过巧妙设计接头和试剂,利用抗体特异性的对DNA/RNA杂合链进行捕获,随即进行单链DNA建库,产生基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库,整个流程构建R-loop测序文库需八步,即片段化、捕获、末端修饰、变性、3'加接头、5'加接头、PCR富集和文库纯化。本发明方法具有精准、高效、高通量、灵敏、可重复、操作简单等优点。
附图说明
图1是本发明的基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法流程图;
图2是2%琼脂糖凝胶电泳检测文库图;
其中:M:100bp DNA ladder(宝生物工程(大连)有限公司);1:R-loop文库。
具体实施方式
现以Illumina平台为例,结合实施例对本发明进一步说明。
本实施例中涉及的核苷酸序列如基因序列表所示。
实施例1:
本实施例的基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,按照以下步骤进行:
初始序列设计如下:
3'连接引物:AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC(见序列表序列1)
3'固定引物:GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCTNNNNNN(见序列表序列2)
5'连接引物:AGATGTGTATAAGAGACAG(见序列表序列3)
5'固定引物:NNNNNNCTGTCTCTTATACACATCT(见序列表序列4)
TS-Index核酸序列:
CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATAGGCCAGGTGACTGGAGTTC(见序列表序列5)
TN5UNI BLK核酸序列:
AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG(见序列表序列6)
(1)进行基因组DNA片段化处理及纯化;
取1mL全血按照Blood&Cell Culture DNA Mini Kit(13323,QIAGEN)说明书进行gDNA提取,片段化结束后,加入1.8X AMPure XP beads,混匀并室温静置5min。反应管置于磁力架上,静置3-5min。弃上清;加200μL 80%乙醇进行洗脱,重复2~3次,用90μL无核酶水进行洗脱;
(2)在步骤(1)后直接加入复合物[S9.6]/Protein A,实现DNA/RNA杂合链的捕获;
取一新1.5mL无核酶管,加入10μL Protein A磁珠、3μL抗体S9.6和11μL 1X Bing/Wash Buffer,室温下低速涡旋15min,瞬时离心;加入1mL 1X Bing/Wash Buffer,室温下混匀3min,瞬时离心,置磁力架上静置3-5min,弃上清,重复1~2次;用11μL 1X Bing/WashBuffer洗脱磁珠,洗脱后的磁珠液即是[S9.6]/Protein A磁珠;
(3)在步骤(2)后直接加入酶和缓冲液组分,实现末端修饰;
配制表1 DNA/RNA杂合链捕获体系,室温下混匀20min;
表1 DNA/RNA杂合链捕获体系
组分 | 体积(μL) |
5X Bing/Wash Buffer | 20 |
DNA样本 | 50 |
[S9.6]/Protein A磁珠 | 10 |
无核酶水 | 20 |
总体积 | 100 |
上述混匀结束后,瞬时离心,置磁力架上静置3-5min,弃上清;加入1mL 1X Bing/Wash Buffer,室温下混匀3min,瞬时离心,置磁力架上静置3-5min,弃上清,重复洗涤2次;加入50μL无核酶水吹打混匀磁珠,65℃孵育15min;瞬时离心,置磁力架上静置3-5min,将上清移至新无核酶离心管中,即为富集的DNA/RNA杂合链;
反应结束后,加入90μL AMPure XP beads,混匀并室温静置5min。反应管置于磁力架上,静置3-5min。弃上清;加200μL 80%乙醇进行洗脱,重复2~3次,用50μL无核酶水进行洗脱;
纯化结束后,配制表2末端修饰体系。热循环仪中37℃孵育15min;
表2末端修饰体系
组分 | 体积(μL) |
上步产物 | 25 |
T4PNK | 1 |
10X T4 DNA Ligase Buffer | 3 |
无核酶水 | 1 |
总体积 | 30 |
(4)在步骤(3)后直接进行变性,变性条件为95℃下5min,变性后立即置冰上;
(5)在步骤(4)后直接加入3'接头、酶和缓冲液,实现3'接头连接;
具体是按表3配制反应体系,按下面程序进行3'接头退火;
表3 3'接头退火体系
组分 | 体积(μL) |
3'连接引物(100μM) | 10 |
3'固定引物(100μM) | 10 |
5X Annealing Buffer | 10 |
无核酶水 | 20 |
总体积 | 50 |
3'接头退火程序:
配制表4接头连接体系。热循环仪中20℃孵育1h;
表4接头连接体系
组分 | 体积(μL) |
产物 | 30 |
3'接头 | 2 |
T4 DNA Ligase | 1 |
10X T4 DNA Ligase Buffer | 5 |
25%PEG4000 | 10 |
无核酶水 | 2 |
总体积 | 50 |
反应结束后,加入90μL AMPure XP beads,混匀并室温静置5min。反应管置于磁力架上,静置3-5min。弃上清;加200μL 80%乙醇进行洗脱,重复2~3次,用30μL无核酶水进行洗脱;
(6)在步骤(5)后直接进行变性,变性条件为95℃下5min,变性后立即置冰上;
(7)在步骤(6)后直接加入5'接头、酶和缓冲液,实现5'接头连接;
具体是按表5配制反应体系,按下面程序进行5'接头退火;
表5 5'接头退火体系
组分 | 体积(μL) |
5'连接引物(100μM) | 10 |
5'固定引物(100μM) | 10 |
5X Annealing Buffer | 10 |
无核酶水 | 20 |
总体积 | 50 |
5'接头退火程序
配制表6接头连接体系。热循环仪中20℃孵育1h;
表6 5'接头连接体系
组分 | 体积(μL) |
产物 | 30 |
5'接头 | 2 |
T4 DNA Ligase | 1 |
10X T4 DNA Ligase Buffer | 5 |
25%PEG4000 | 10 |
无核酶水 | 2 |
总体积 | 50 |
反应结束后,加入90μL AMPure XP beads,混匀并室温静置5min。反应管置于磁力架上,静置3-5min。弃上清;加200μL 80%乙醇进行洗脱,重复2~3次,用30μL无核酶水进行洗脱;
(8)在步骤(7)后直接加入扩增体系,进行文库的放大;
按表7配制反应体系,按下面程序进行文库扩增;
表7 PCR进行文库放大反应体系
文库扩增程序
(9)在步骤(8)后直接加入磁珠对扩增后的文库进行纯化,纯化后的产物即为上机文库;
反应结束后,加入50μL AMPure XP beads,混匀并室温静置5min。反应管置于磁力架上,静置3-5min。弃上清;加200μL 80%乙醇进行洗脱,重复2~3次,用20μL 10mM Tris-HCl进行洗脱。纯化完成后,取5μL纯化产物进行2%琼脂糖凝胶电泳,140V,30min,得到上机文库。
对上机文库进行检测:
(1)qPCR质检
按照KAPA Library Quantifcation Kit(Kapabiosystems,Cat No.KK4854)说明书进行操作,使用Roche Light Cycler 480实时荧光定量PCR仪检测,参照试剂盒里的标准品进行文库浓度的绝对定量。
PCR定量分析结果如表8所示:
表8 qPCR检测结果
样品 | RNA文库 |
qPCR浓度(nM) | 86 |
建库文库达到上机要求浓度,可用于上机测试。
(2)上机测序
按照NextSeq测序仪操作流程进行文库变性、稀释以及测序。
上机质控数据如表9所示:
表9测序数据质控
文库名称 | 总序列数 | 比对到基因组序列数 | 比对到基因组序列比例 | 冗余度 |
R-loop文库 | 9652137 | 9454322 | 97.95% | 2.05% |
(3)文库电泳检测分析
电泳分析结果如图2所示,文库主带清楚且主要分布在500bp左右,条带亮度明亮,与预期结果一致。
实施例2:
本实施例对R-loop文库测序真实性进行验证:
(1)两例R-loop文库测序结果
核酸序列1:
CACCAACCCTCTGCAGTGCGCATGTGCCCCGCCCCCAGGCCTGGCAAGCAGGTGCCGGGTTCTGAGAACCTGCAGGAACCACCACCATTCTCTGGGCGTTGGTTCCCCATCAGCATTTCCGAAAGCCAGGTCTGGGGCAGTGTGGACGGAA(见序列表序列7)
核酸序列2:
GGTCCCGGAGGCGGGGCGGTCTCGGAGGTAGGGGCCGTCCTGGAGGCGGGGCCGTCTCGGAGGCGGGACTGTCCTGGGGACTGAGCTGTCTCGGAGGTGGAGTCCTGCGGTCCCGGAGGCGGGTTGTACCGTAGGCGGGGCTCT(见序列表序列8)
(2)序列设计
F1核酸序列:CAGGTGCCGGGTTCTGAG(见序列表序列9)
R1核酸序列:CGTCCACACTGCCCCAG(见序列表序列10)
F2核酸序列:CGGTCTCGGAGGTAGGGG(见序列表序列11)
R2核酸序列:CTACGGTACAACCCGCCTC(见序列表序列12)
(3)实验步骤
①对实例1中步骤(2)的[S9.6]/Protien A磁珠捕获纯化产物进行DNaseⅠ消化处理;
②RT
步骤①反应结束后,分别采用RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit(ThermoFisher,货号:K1622)和AmpliTaq Gold 360 DNA Polymerase(AppliedBiosystems,货号:4398892)进行cDNA合成和PCR反应。
③对扩增结果进行一代测序分析。
实验结果如表10所示:
表10核酸序列比对结果
名称 | 核酸序列1 | 核酸序列2 |
比对数 | 100% | 100% |
通过序列比对,发现一代测序结果与实例1中测序结果完全一致,说明利用本发明的方法构建的R-loop文库具备真实性,测序结果为R-loop结构区域。
Claims (7)
1.一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,其特征在于按照以下步骤进行:
(1)进行基因组DNA片段化处理及纯化;
(2)在步骤(1)后直接加入复合物[S9.6]/Protein A,实现DNA/RNA杂合链的捕获;
(3)在步骤(2)后直接加入酶和缓冲液组分,实现末端修饰;
(4)在步骤(3)后直接进行变性,变性条件为95℃下10min,变性后立即置冰上;
(5)在步骤(4)后直接加入3'接头、酶和缓冲液,实现3'接头连接;
(6)在步骤(5)后直接加入5'接头、酶和缓冲液,实现5'接头连接;
(7)在步骤(6)后直接加入扩增体系,进行文库的放大;
(8)在步骤(7)后直接加入磁珠对扩增后的文库进行纯化,纯化后的产物即为上机文库。
2.根据权利要求1所述的一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,其特征在于所述的片段化方式包括物理法,如超声和酶法,基因组DNA片段化成200-500bp,片段化的DNA加入磁珠进行纯化。
3.根据权利要求1所述的一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,其特征在于所述的DNA来源包括人类的全血、新鲜组织、石蜡包埋组织(FFPE)、口腔脱落细胞、细胞系、粪便、尿液、外泌体以及其它体液,同时可用于其它动物物种、植物、细菌以及病毒。
4.根据权利要求1所述的一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,其特征在于所述的缓冲液包括:5~500mM Tris-HCl(pH7.0~9.0)、5~500mM NaCl、1~100mMEDTA。
5.根据权利要求1所述的一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,其特征在于所述的步骤(5)中的3'接头包含连接引物和固定引物,连接引物为测序引物,连接引物碱基需修饰,所述的碱基修饰包括甲基化修饰、氨基化修饰、磷酸化修饰、硫代修饰、C3Spacer修饰;固定引物5'端为测序引物序列,3'端为序列特异性引物序列,固定引物序列碱基需修饰,修饰包括甲基化修饰、氨基化修饰、磷酸化修饰、硫代修饰、C3 Spacer修饰,所述的序列特异性引物序列包括基因特异性引物、随机引物,如NNNNNN,N=A或C或G或T,多聚物寡核酸,如oligo dT,其中基因特异性引物长度为15-60bp,随机引物长度为3-20bp,多聚物寡核酸长度为10-60bp。
6.根据权利要求1所述的一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,其特征在于所述的步骤(6)中的5'接头包含连接引物和固定引物,连接引物为测序引物,固定引物5'端为测序引物序列,3'端为序列特异性引物序列,序列特异性引物序列包括基因特异性引物、随机引物,如NNNNNN,N=A或C或G或T,多聚物寡核酸,如oligod,基因特异性引物长度为15-60bp,随机引物长度为3-20bp,多聚物寡核酸长度为10-60bp,固定引物序列碱基需修饰,修饰包括甲基化修饰、氨基化修饰、磷酸化修饰、硫代修饰、C3 Spacer修饰。
7.根据权利要求1所述的一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法,其特征在于所述的上机文库适用于Roche、Illumina、ThermoFisher、Pacific Biosciences、华大基因、Oxford Nanopore Technologies、华因康、瀚海基因高通量测序平台。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201810423697.1A CN108588176A (zh) | 2018-05-06 | 2018-05-06 | 一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201810423697.1A CN108588176A (zh) | 2018-05-06 | 2018-05-06 | 一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN108588176A true CN108588176A (zh) | 2018-09-28 |
Family
ID=63620986
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201810423697.1A Pending CN108588176A (zh) | 2018-05-06 | 2018-05-06 | 一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN108588176A (zh) |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110452958A (zh) * | 2019-08-12 | 2019-11-15 | 湖南大地同年生物科技有限公司 | 一种微量碎片化核酸甲基化检测的接头、引物、试剂盒及其应用 |
WO2020191521A1 (zh) * | 2019-03-22 | 2020-10-01 | 深圳华大智造科技有限公司 | 核酸序列、rna目标区域测序文库的构建方法及应用 |
CN111979583A (zh) * | 2020-09-10 | 2020-11-24 | 杭州求臻医学检验实验室有限公司 | 一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法及其应用 |
CN112176420A (zh) * | 2020-09-15 | 2021-01-05 | 上海英基生物科技有限公司 | 一种dna和rna共建库的方法及试剂盒 |
CN116287124A (zh) * | 2023-05-24 | 2023-06-23 | 中国农业科学院农业基因组研究所 | 单链接头预连接方法、高通量测序文库的建库方法及试剂盒 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104894233A (zh) * | 2015-04-22 | 2015-09-09 | 上海昂朴生物科技有限公司 | 一种多样本多片段dna甲基化高通量测序方法 |
-
2018
- 2018-05-06 CN CN201810423697.1A patent/CN108588176A/zh active Pending
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104894233A (zh) * | 2015-04-22 | 2015-09-09 | 上海昂朴生物科技有限公司 | 一种多样本多片段dna甲基化高通量测序方法 |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
LIONEL A. SANZ ET AL.: "Prevalent, Dynamic, and Conserved R-Loop Structures Associate with Specific Epigenomic Signatures in Mammals", 《MOLECULAR CELL》 * |
PAUL A. GINNO ET AL.: "R-loop formation is a distinctive characteristic of unmethylated human CpG island promoters", 《MOLECULAR CELL》 * |
THOMAS J JACKSON ET AL.: "Evaluating bias-reducing protocols for RNA sequencing library preparation", 《BMC GENOMICS》 * |
万谅等: "高通量测序技术在可选择性多聚腺苷酸化研究中的应用", 《生命科学》 * |
Cited By (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2020191521A1 (zh) * | 2019-03-22 | 2020-10-01 | 深圳华大智造科技有限公司 | 核酸序列、rna目标区域测序文库的构建方法及应用 |
CN110452958A (zh) * | 2019-08-12 | 2019-11-15 | 湖南大地同年生物科技有限公司 | 一种微量碎片化核酸甲基化检测的接头、引物、试剂盒及其应用 |
CN110452958B (zh) * | 2019-08-12 | 2023-08-25 | 湖南大地同年生物科技有限公司 | 一种微量碎片化核酸甲基化检测的接头、引物、试剂盒及其应用 |
CN111979583A (zh) * | 2020-09-10 | 2020-11-24 | 杭州求臻医学检验实验室有限公司 | 一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法及其应用 |
CN111979583B (zh) * | 2020-09-10 | 2023-09-12 | 杭州求臻医学检验实验室有限公司 | 一种单链核酸分子高通量测序文库的构建方法及其应用 |
CN112176420A (zh) * | 2020-09-15 | 2021-01-05 | 上海英基生物科技有限公司 | 一种dna和rna共建库的方法及试剂盒 |
CN116287124A (zh) * | 2023-05-24 | 2023-06-23 | 中国农业科学院农业基因组研究所 | 单链接头预连接方法、高通量测序文库的建库方法及试剂盒 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN108588176A (zh) | 一种基于单链DNA构建R-loop高通量测序文库的方法 | |
KR102531677B1 (ko) | 개별 세포 또는 세포 개체군으로부터 핵산을 분석하는 방법 | |
CN102796808B (zh) | 甲基化高通量检测方法 | |
CN106754904B (zh) | 一种cDNA的特异性分子标签及其应用 | |
Wilhelm et al. | Defining transcribed regions using RNA-seq | |
Mata | Genome-wide mapping of polyadenylation sites in fission yeast reveals widespread alternative polyadenylation | |
CN107557450A (zh) | 一种快速构建高通量测序文库的试剂及方法及其应用 | |
US10738352B2 (en) | Method for analyzing nucleic acid derived from single cell | |
CN107075513A (zh) | 分离的寡核苷酸及其在核酸测序中的用途 | |
CN103938277A (zh) | 以痕量dna为基础的二代测序文库构建方法 | |
CN104250663A (zh) | 甲基化CpG岛的高通量测序检测方法 | |
CN106192019A (zh) | 用于制备测序文库的组合物和方法 | |
CN113463202B (zh) | 一种新的rna高通量测序的方法、引物组和试剂盒及其应用 | |
US11820980B2 (en) | Methods and compositions for preparing nucleic acid sequencing libraries | |
JP4050870B2 (ja) | Dnaの合成方法 | |
CN103571822B (zh) | 一种用于新一代测序分析的多重目的dna片段富集方法 | |
CN108531475A (zh) | 一种高通量转录组文库构建方法 | |
CN108251503A (zh) | 一种快速构建链特异性rna高通量测序文库的方法 | |
WO2022199242A1 (zh) | 一组条码接头以及中通量多重单细胞代表性dna甲基化建库和测序方法 | |
CN102691111B (zh) | 高通量全基因组水平捕获染色质核小体空缺区的方法 | |
CN109971843B (zh) | 一种单细胞转录组的测序方法 | |
Karagianni et al. | Recommendations for detection, validation, and evaluation of RNA editing events in cardiovascular and neurological/neurodegenerative diseases | |
CN108588200A (zh) | 一种R-Loop高通量测序文库构建方法 | |
CN102559856B (zh) | 去除测序文库中的载体片段的方法 | |
CN113227393A (zh) | 用于校准表观遗传分区测定的方法、组合物和系统 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20180928 |