CN108472365A - 用于肿瘤转导的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及癌症治疗剂,具体地,通过将细胞疗法靶引入到癌细胞中来使得这些癌细胞更易于受效应细胞影响的系统。

Description

用于肿瘤转导的组合物和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2015年10月30日提交的美国临时专利申请号62/249,183的优先权,该专利的全部内容通过引用结合在此。
背景技术
针对实体瘤的嵌合抗原受体(CAR)T细胞的最近的实例已成为临床(或甚至临床前)失败。在此所述的本发明呈现用于实体瘤和其他肿瘤学适应症的方案。
引入到癌症患者中的细胞治疗剂和到肿瘤微环境中的运输遇到限制其疗效的多重障碍。这些障碍包括但不限于:细胞无反应性、内在细胞死亡、亚最佳细胞运输、受限增殖、受限效应子功能、较差“摄入”(存活、持久性和分化)、主动从肿瘤排除、肿瘤微环境中的持久性肿瘤抑制、以及肿瘤诱导的细胞死亡。目前克服这些限制的几乎所有尝试均需要细胞治疗剂在体外和体内两者的非生理操纵。细胞治疗剂的疗效因此被内在和外在因素两者广泛地阻碍。
靶向实体瘤呈现有待克服的另一组挑战,例如实体瘤对于T细胞介导的细胞毒性的总体较少的敏感性、在肿瘤类型之间具有不同的免疫抑制机制的微环境、以及缺少具有有利的表达谱的靶抗原。另外,实体瘤针对细胞治疗剂攻击被严重强化,因为它们部署不可穿透的胞外基质、低氧、和酸性pH。虽然已研究了大量的靶,但是仅小数量是肿瘤特异性的(例如,表达限于肿瘤细胞),并且该发现由此示出发现用于消除或减少肿瘤的有效方案的困难和需要。用于靶向肿瘤的又一问题是表达不同抗原和不同水平抗原的肿瘤细胞的异质性。在此所述的本发明解决这些问题并且还提供另外的益处。
发明内容
本发明至少部分基于将细胞疗法靶引入到癌细胞(例如,肿瘤细胞,诸如实体瘤细胞)中,这样使得这些癌细胞更易受可以消除和/或减少癌细胞的效应细胞的影响。如进一步在此详述的,癌细胞(例如,肿瘤)可以转导有融合蛋白。这类融合蛋白由融合到靶部件的结合部件组成。例如,融合蛋白可以是融合到细胞疗法的靶例如CD19的结合到一种或多种肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)的抗体或抗体片段;细胞因子-靶融合物;双特异性T细胞接合剂(BiTE)。这些癌细胞还可以转导有CD19变体(或突变体)。这些融合蛋白或变体(或突变体)可以由肿瘤细胞分泌和/或穿透肿瘤微环境。
因此,在一个方面中,本发明提供编码作为融合蛋白的对肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)的抗体或抗体片段和治疗剂的重组载体。在其他实施例中,该治疗剂选自下组,该组由以下组成:细胞因子、肽、蛋白质、抗体、抗体片段、T细胞接合剂和NK细胞接合剂。在其他实施例中,该治疗剂选自下组,该组由以下组成:神经胶质瘤相关抗原、癌胚抗原(CEA)、β-人类绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素-反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CA IX、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、小肠羧基酯酶、突变hsp70-2、M-CSF、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、prostein、PSMA、Her2/neu、存活素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、CD22、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素、EphA2、HER2、GD2、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、5T4、8H9、ανβ6整联蛋白、BCMA、B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ轻链、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎儿AchR、叶酸受体a、GD2、GD3、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2、ILl lRa、IL13Ra2、KDR、λ、Lewis-Y、MCSP、间皮素、Mucl、Mucl6、NCAM、NKG2D配体、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、存活素、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、癌胚抗原、HMW-MAA、以及VEGF受体。
在其他实施例中,该细胞因子能够由包含所述载体的肿瘤细胞分泌。在其他实施例中,该载体是病毒载体。在其他实施例中,该载体整合到癌细胞的基因组中。在其他实施例中,该治疗剂是嵌合抗原受体(CAR)的抗原。在其他实施例中,该治疗剂是T细胞受体(TCR)的抗原。在其他实施例中,该治疗剂是ADC抗体、ADCC抗体、和/或放射治疗抗体的抗原。在其他实施例中,该治疗剂是选自TLR激动剂、PAMP、DAMP和其他刺激物组成的组的免疫刺激性细胞因子或分子。在其他实施例中,该治疗剂是具有免疫调节特性或抗肿瘤特性的肽。在其他实施例中,该TAA或TSA和该治疗剂表达为融合蛋白。在其他实施例中,该TAA或TSA选自下组,该组由以下组成:神经胶质瘤相关抗原、癌胚抗原(CEA)、β-人类绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素-反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CAIX、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、小肠羧基酯酶、突变hsp70-2、M-CSF、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、prostein、PSMA、Her2/neu、存活素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、CD22、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素、EphA2、HER2、GD2、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、5T4、8H9、ανβ6整联蛋白、BCMA、B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ轻链、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎儿AchR、叶酸受体a、GD2、GD3、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2、ILl lRa、IL13Ra2、KDR、λ、Lewis-Y、MCSP、间皮素、Mucl、Mucl6、NCAM、NKG2D配体、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、存活素、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、癌胚抗原、HMW-MAA、以及VEGF受体。
在其他方面中,本发明提供编码作为融合蛋白的对肿瘤表达的细胞因子受体的细胞因子和治疗剂的重组载体。在一些实施例中,该细胞因子受体是I型受体或II型受体。
在其他方面中,本发明提供包含如上文和在此所述的载体的重组肿瘤细胞。在一些实施例中,该肿瘤细胞表达一种或多种融合蛋白。
在其他方面中,本发明提供产生重组肿瘤细胞的方法,该重组肿瘤细胞能够表达包含对肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)的抗体或抗体片段和治疗剂的融合蛋白,所述方法包括(a)将如上文和在此所述的载体引入到肿瘤细胞中;以及(b)培养该肿瘤细胞,这样使得该载体转导到该肿瘤细胞中。在一些实施例中,该载体和/或其部件整合在肿瘤细胞的基因组中。在一些实施例中,该TAA或TSA选自下组,该组由以下组成:神经胶质瘤相关抗原、癌胚抗原(CEA)、β-人类绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素-反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CA IX、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、小肠羧基酯酶、突变hsp70-2、M-CSF、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、prostein、PSMA、Her2/neu、存活素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、CD22、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素、EphA2、HER2、GD2、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、5T4、8H9、ανβ6整联蛋白、BCMA、B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ轻链、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎儿AchR、叶酸受体a、GD2、GD3、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2、ILl lRa、IL13Ra2、KDR、λ、Lewis-Y、MCSP、间皮素、Mucl、Mucl6、NCAM、NKG2D配体、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、存活素、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、癌胚抗原、HMW-MAA、以及VEGF受体。在一些实施例中,该TAA或TSA是嵌合抗原受体(CAR)的抗原。在一些实施例中,该TAA或TSA是T细胞受体(TCR)的抗原。在一些实施例中,该治疗剂是ADC抗体、ADCC抗体、和/或放射治疗抗体的抗原。在一些实施例中,该治疗剂是选自TLR激动剂、PAMP、DAMP和其他刺激物组成的组的免疫刺激性细胞因子或分子。在一些实施例中,该治疗剂是具有免疫调节特性或抗肿瘤特性的肽。
在其他方面中,本发明提供治疗对其有需要的个体中的癌症的方法,包括给予包含如上文和在此所述的载体的组合物。在一些实施例中,融合蛋白被表达。在其他实施例中,癌细胞表达增加针对癌细胞的免疫应答的治疗剂。在一些实施例中,癌细胞表达能够被CAR识别的一种或多种蛋白质或肽抗原。在一些实施例中,癌细胞表达能够被TCR识别的一种或多种蛋白质或肽抗原。在一些实施例中,癌细胞表达包含能够被该个体中的免疫细胞识别的治疗剂的一种或多种融合蛋白。在一些实施例中,该方法进一步包括向该个体给予CAR T细胞。
附图说明
图1是示出了将细胞疗法靶引入到实体瘤细胞中的方法的非限制性实例的示意图。步骤一对应于转导构建体(例如,经由例如病毒转导、RNA转导和基因插入进行的肿瘤选择性转导)、和/或体内转导和整合。步骤二对应于融合蛋白(例如,融合到CAR抗原的对肿瘤抗原的抗体片段,例如融合到CD19的scFv抗肿瘤相关抗原(TAA)或其片段)的表达。步骤三对应于融合到抗原例如CD19的抗体片段,该抗体片段结合到肿瘤细胞并且呈递抗原,并且所有的附近肿瘤细胞用融合到蛋白质、肽、或其他药剂例如CD19的抗体片段包被,该CD19是被CAR T细胞识别的抗原。步骤四对应于识别CAR抗原的CAR T细胞(例如,抗CD19CAR T细胞)的体内输注。该应答变得对于CD19包被的肿瘤细胞是细胞毒性的。
图2A至2C证明了融合蛋白从AAV转导的细胞的表达。
图3A和3B示出了测量通过表达的融合蛋白进行的CAR19 T细胞中的IFNγ的诱导的IFNγELISA的总结性结果。
图4A至4C示出了在将CAR19 T细胞与AAV-1表达的上清液和BT474细胞一起孵育后细胞毒性的诱导。
具体实施方式
本发明至少部分基于将细胞疗法靶引入到实体瘤细胞中。肿瘤细胞可以转导有融合蛋白,这样使得融合蛋白被肿瘤细胞分泌并且释放到肿瘤微环境以便与肿瘤对抗。
I.定义
如在此使用的,术语“抗体”是指包含足以赋予与特定靶抗原的特异性结合的规范免疫球蛋白序列元件的多肽。如本领域中已知的,天然产生的完整抗体是由两个相同的重链多肽(各自约50kD)和两个相同的轻链多肽(各自约25kD)组成的大约150kD的四聚体药剂,这些多肽彼此缔合成通常被称为“Y形”的结构。每条重链由以下组成:至少四个结构域(每个长约110个氨基酸)-氨基末端可变(VH)结构域(位于Y结构的尖端处),接着是三个恒定结构域:CH1、CH2和羧基末端CH3(位于Y的茎的基部处)。称为“开关”的短区域连接重链可变区和恒定区。“铰链”将CH2和CH3结构域连接到抗体的其余部分。在该铰链区中的两个二硫键将两个重链多肽在完整抗体中彼此连接。每条轻链由两个结构域组成,即一个氨基末端可变(VL)结构域,接着是一个羧基末端恒定(CL)结构域,由另一个“开关”彼此分开。完整的抗体四聚体由两个重链-轻链二聚体组成,在这些二聚体中重链和轻链通过单个二硫键彼此连接;另外两个二硫键将重链铰链区彼此连接,这样使得二聚体彼此连接并形成四聚体。天然产生的抗体也典型地在CH2结构域上被糖基化。天然抗体中的每个结构域具有特征在于“免疫球蛋白折叠”的结构,该免疫球蛋白折叠由在压缩的反平行β桶中彼此封装的两个β折叠片(例如,3股、4股或5股折叠片)形成。每个可变结构域含有称为“互补决定区”的三个高变环(CDR1、CDR2和CDR3)和四个稍微不变的“框架”区(FR1、FR2、FR3和FR4)。当天然抗体折叠时,FR区形成为结构域提供结构框架的β折叠片,并且来自重链和轻链两者的CDR环区在三维空间中聚集在一起,这样使得它们产生位于Y结构的尖端处的单个高变抗原结合位点。天然存在的抗体的Fc区结合到补体系统的元件,并且还结合到效应细胞(包括例如介导细胞毒性的效应细胞)上的受体。如本领域中已知的,Fc区对Fc受体的亲和力和/或其他结合属性可以通过糖基化或其他修饰来调控。在一些实施例中,根据本披露产生和/或利用的抗体包含糖基化Fc结构域,包括具有修饰或工程化的这种糖基化的Fc结构域。出于本披露的目的,在某些实施例中,包含如存在于天然抗体中的足够免疫球蛋白结构域序列的任何多肽或多肽复合物可以被称为和/或用作“抗体”,无论这种多肽是天然产生的(例如,由对抗原反应的生物体生成的)还是通过重组工程、化学合成或其他人工系统或方法学产生的。在一些实施例中,抗体是多克隆的;在一些实施例中,抗体是单克隆的。在一些实施例中,抗体具有是小鼠、兔、灵长类动物或人类抗体的特征的恒定区序列。在一些实施例中,如本领域中已知的,抗体序列元件是完全人的或人源化的、灵长化的、嵌合的等。此外,如在此使用的,术语“抗体”可以在适当的实施例中(除非另有说明或从上下文清楚看出)指本领域已知的或开发的构建体或者用于在替代性呈现中利用抗体结构和功能特征的形式中的任一种。例如,在一些实施例中,根据本披露利用的抗体呈选自但不限于以下的形式:完整IgG、IgE和IgM,双特异性或多特异性抗体(例如,等),单链Fv,多肽-Fc融合物,Fab,骆驼科动物抗体,掩蔽抗体(例如,),小模块免疫药物(“SMIPsTM”),单链或串联双抗体VHH, 迷你抗体,锚蛋白重复序列蛋白或DART,TCR样抗体,微量蛋白,在一些实施例中,抗体可能缺乏如果天然产生将会具有的共价修饰(例如,聚糖的附接)。在一些实施例中,抗体可以含有共价修饰(例如,聚糖、有效载荷(例如,可检测部分、治疗性部分、催化部分等)或其他侧基(例如,聚乙二醇等)的附接)。
如在此使用的,“抗体片段”包括完整抗体的一部分,例如像抗体的抗原结合区或可变区。抗体片段的实例包括Fab、Fab’、F(ab’)2、和Fv片段;三抗体;四抗体;线性抗体;单链抗体分子;以及从抗体片段形成的多特异性抗体。例如,抗体片段包括分离的片段,“Fv”片段(由重链和轻链的可变区组成),其中轻链和重链可变区通过肽接头连接的重组单链多肽分子(“scFv蛋白”),以及由氨基酸残基组成的模拟高变区的最小识别单元。在许多实施例中,抗体片段含有足够的其亲本抗体的序列,该序列是与亲本抗体结合相同抗原的片段;在一些实施例中,片段以与亲本抗体的相当的亲和力结合到抗原和/或与亲本抗体竞争结合到抗原。抗体的抗原结合片段的实例包括但不限于Fab片段、Fab'片段、F(ab’)2片段、scFv片段、Fv片段、dsFv双抗体、dAb片段、Fd'片段、Fd片段、以及分离的互补决定区(CDR)区。抗体的抗原结合片段可以通过任何手段产生。例如,抗体的抗原结合片段可以通过完整抗体的片段化来酶促地或化学地产生并且/或者抗体的抗原结合片段可以由编码部分抗体序列的基因重组产生。可替代地或另外,抗体的抗原结合片段可以全部或部分合成产生。抗体的抗原结合片段可以可选地包含单链抗体片段。可替代地或另外,抗体的抗原结合片段可以包含例如通过二硫键连接在一起的多条链。抗体的抗原结合片段可以可选地包含多分子复合物。功能性抗体片段典型地包含至少约50个氨基酸,并且更典型地包含至少约200个氨基酸。
“抗原”定义为引起免疫应答的分子。该免疫应答可以涉及抗体产生或特定免疫活性细胞的活化或两者。本领域技术人员将理解实际上包括所有蛋白质或肽的任何大分子可以充当抗原。此外,抗原可以衍生自重组或基因组DNA。本领域技术人员将理解包含编码引发免疫应答的蛋白质的核苷酸序列或部分核苷酸序列的任何DNA编码如在此使用的术语的“抗原”。此外,本领域的技术人员将理解抗原不需要仅由基因的全长核苷酸序列编码。另外,本领域技术人员将理解抗原根本不需要由“基因”编码。抗原可以合成生成或可以衍生自生物样品。这种生物样品可以包括但不限于组织样品、肿瘤样品、细胞或生物流体。
术语“自体的”是指衍生自同一个体且后来再引入到该个体中的任何材料。
如在此使用的,术语“细胞疗法抗原”意指可以被效应细胞(例如,基因工程化的CAR T细胞或基因工程化或天然产生的TCR)识别的一种或多种抗原(基因工程化的或天然产生的)。在肿瘤上表达的抗原(即,“肿瘤相关抗原”或TAA)是细胞疗法抗原的一种类型。选择性地在肿瘤上表达的抗原(即,“肿瘤选择性抗原”或TSA)也是细胞疗法抗原的一种类型。抗原也可以通过治疗干预在肿瘤细胞上表达,例如通过使肿瘤细胞体内转导有本发明的基因物质,如在此所述的。
如在此使用的,术语“融合蛋白”通常是指包含至少两个区段的多肽,每个区段与(1)天然存在的和/或(2)代表多肽的功能结构域的肽部分示出高度氨基酸同一性。典型地,如果两个区段是(1)在自然界中不包含在同一肽中,和/或(2)先前在单个多肽中未彼此连接,和/或(3)通过人手的动作已经彼此连接的部分,则认为含有至少两个这类区段的多肽是融合蛋白。
术语“启动子”是指指导基因表达的DNA序列的区域。启动子典型地在转录起始位点开始的上游并且参与RNA聚合酶和其他转录机器(例如,其他蛋白质)的识别和结合以便启动多核苷酸序列的转录。
术语“实体瘤”意指为通常不包含囊肿或液体区域的异常肿块。实体瘤可以是良性的或恶性的。不同类型的实体瘤以形成其的细胞的类型来命名(诸如肉瘤、癌和淋巴瘤)。实体瘤诸如肉瘤和癌的实例包括纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨肉瘤、以及其他肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤因氏瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、结肠癌、淋巴恶性肿瘤、胰腺癌、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、肝细胞癌、鳞状细胞癌、基底细胞腺癌、腺癌、汗腺癌、髓样甲状腺癌、乳头状甲状腺癌、嗜铬细胞瘤、皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝癌、胆管癌、绒毛膜癌、韦尔姆斯氏瘤、宫颈癌、睾丸肿瘤、精原细胞瘤、膀胱癌、黑素瘤、以及CNS肿瘤(诸如神经胶质瘤(诸如脑干神经胶质瘤和混合型胶质瘤)、成胶质细胞瘤(还称为多形性成胶质细胞瘤))星形细胞瘤、CNS淋巴瘤、生殖细胞瘤、髓母细胞瘤、神经鞘瘤颅咽管瘤、室管膜瘤、松果体瘤、成血管细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、成神经细胞瘤、视网膜母细胞瘤和脑转移癌。
“个体”或“受试者”可以是脊椎动物、哺乳动物或人类。哺乳动物包括但不限于农场动物、运动动物、宠物、灵长类动物、小鼠和大鼠。在一个方面中,受试者是人类。“个体”或“受试者”可以是“患者”(例如,处于主治医师的护理下),但是在一些情况下,个体或受试者不是患者。
“假病毒”或“乳头瘤假病毒”或“乳头瘤病毒基因转移载体”是指将异源核酸(例如,DNA)与或不与病毒核酸(例如,DNA)装配并封装到感染颗粒中的一种或多种乳头瘤病毒壳体蛋白。用于产生乳头瘤假病毒的方法在本领域中是已知的并且描述于例如美国专利号6,599,739、7,205,126和6,416,945;以及Buck和Thomspon,Production ofPapillomavirus-Based Gene Transfer Vectors.[基于乳头瘤病毒的基因转移载体的产生]Current Protocols in Cell Biology[分子生物学当前方案]26.1.1-26.1.19,2007年12月,所有这些通过引用结合。
术语“T细胞受体”或“TCR”是指存在于T淋巴细胞的表面上的异二聚体受体。TCR是负责识别抗原呈递细胞(APC)或其他有核细胞的表面上的主要组织相容性复合物(MHC)的抗原性肽的抗原特异性分子。它们是免疫球蛋白超家族的成员,并且典型地由两条链组成;alpha(α)和beta(β),而TCR的小的亚群由可变的gamma(γ)链和delta(δ)链形成。这些链在T细胞的表面上配对以形成异二聚体受体。
术语“转染的”或“转化的”或“转导的”定义为将外源核酸转移或引入到宿主细胞中的方法。“转染的”或“转化的”或“转导的”细胞是使用外源核酸转染、转化或转导的细胞。该细胞包括原代目标细胞及其子代。在一些实施例中,宿主细胞是癌细胞,例如肿瘤细胞,诸如实体瘤细胞。
术语“向性”是指病毒载体朝向受体的移动或靶向。
“载体”是包含分离的核酸并且可用于向细胞的内部递送分离的核酸的组合物。多种载体在本领域中是已知的,包括但不限于线性多核苷酸、与离子化合物或两亲性化合物缔合的多核苷酸、质粒、以及病毒。因此,术语“载体”包括自主复制的质粒或病毒。该术语还应当解释为包括促进将核酸转移到细胞中的非质粒和非病毒化合物,例如像聚赖氨酸化合物、脂质体等等。病毒载体的实例包括但不限于腺病毒载体、腺相关病毒和噬菌体载体(AAVP)、逆转录病毒载体、人类乳头瘤病毒(HPV)假病毒载体等等。
II.组合物
本发明提供可以用于将使得癌细胞更易受通过个体的免疫系统和/或另外的治疗剂进行的破坏的影响的融合蛋白引入到癌细胞(例如,肿瘤细胞)中的组合物。组合物可以包括但不限于在此所述的载体和各种构建体、含有这类载体和/或构建体的宿主细胞(包括肿瘤细胞)、表达或能够表达这些载体和/或构建体的宿主细胞、含有载体、构建体、说明书和/或试剂的试剂盒等等。
癌细胞(例如,肿瘤)可以转导有融合蛋白。随着融合蛋白被表达(和/或分泌),蛋白质还可以穿透肿瘤微环境。本发明设想的融合蛋白的非限制性实例包括:使得抗体或抗体片段结合到一种或多种肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)的抗体融合物、细胞因子靶融合物、双特异性T细胞接合剂(BITE)或CD19变体。
载体设计
编码所感兴趣的所希望的基因的核酸可以克隆到多种类型的载体中。例如,核酸可以克隆到质粒、噬菌粒、噬菌体衍生物、动物病毒和粘粒中。其他载体可以包括表达载体、复制载体、探针生成载体、测序载体、以及病毒载体。在其他实例中,载体可以是泡沫病毒(FV)载体,这是由泡沫病毒(spumavirus)制成的一种类型的逆转录病毒载体。病毒载体设计和技术在本领域中是众所周知的,如在以下中描述的:Sambrook等人,(MolecularCloning:A Laboratory Manual[分子克隆:实验室手册],2001)和其他病毒学和分子生物学手册。
转导方法
将核酸转移到细胞用于细胞的基因修饰以便细胞表达所感兴趣的基因经由转导(例如,病毒转导)广泛进行。编码所感兴趣的所希望的基因或其部分(例如,肿瘤相关抗原)的核酸序列可以使用本领域已知的重组方法获得。示例性方法包括筛选来自表达该基因的细胞的文库、从载体衍生该基因、或直接从细胞和组织分离。这些方法使用标准技术进行。在其他实施例中,所感兴趣的基因可以合成产生而并非克隆。基因递送方法在本领域中是众所周知的,例如美国专利号5,399,346。
病毒转导
病毒在向特定细胞类型的核酸递送方面是高度有效的,同时经常避免通过感染的宿主免疫系统进行的检测。这些特征使得某些病毒成为作为将细胞疗法靶引入到癌细胞例如实体瘤细胞中的媒介物的吸引人的候选物。多种基于病毒的系统已经被开发用于将基因转移到哺乳动物细胞中。病毒载体的实例包括但不限于逆转录病毒、腺病毒、腺相关病毒、疱疹病毒、慢病毒、痘病毒、1型单纯疱疹病毒、疱疹病毒、肿瘤病毒(例如,鼠白血病病毒)等等。一般来讲,适合的载体包含在至少一种生物体中发挥功能的复制起点、启动子序列、便利的限制核酸内切酶位点、以及一个或多个选择性标记物(例如,WO 01/96584;WO 01/29058;以及美国专利号6,326,193)。
慢病毒和逆转录病毒转导可以通过加入聚凝胺(圣克鲁斯公司(SantaCruz)sc-134220;密理博公司(Millipore)TR-1003-G;西格玛公司(Sigma)107689)(一种用于增加逆转录病毒转导的效率的阳离子聚合物(还称为海地美溴铵))来增强。
例如,逆转录病毒为基因递送系统提供平台。逆转录病毒是属于逆转录病毒病毒科的包膜病毒。一旦处于宿主细胞中,病毒就通过使用病毒逆转录酶进行复制以便将其RNA转录为DNA。逆转录病毒DNA复制为宿主基因组的一部分,并且称为前病毒。所选基因可以使用本领域中已知的技术插入到载体中并且封装在逆转录病毒颗粒中。重组病毒然后可以被分离并且在体内或活体外递送到受试者的细胞。多种逆转录系统在本领域中是已知的,例如参见美国专利号5,994,136、6,165,782和6,428,953。
逆转录病毒包括α逆转录病毒属(例如,家禽白血病病毒)、β逆转录病毒属;(例如,小鼠乳腺肿瘤病毒)δ逆转录病毒属(例如,牛白血病病毒和人类T淋巴细胞病毒)、ε逆转录病毒属(例如,大眼鲈皮肤肉瘤病毒)、以及慢病毒属。
在其他实施例中,逆转录病毒是慢病毒,这是逆转录病毒科的病毒属,其特征在于长潜伏期。慢病毒在逆转录病毒中在能够感染非分裂细胞方面是独特的;慢病毒可以将显著量的遗传信息递送到宿主细胞的DNA中,所以它们是基因递送载体的最有效方法中的一种。慢病毒载体具有对于其他病毒载体的优点,因为它们可以转导非增殖细胞并且显示低免疫原性。在一些实例中,慢病毒包括但不限于人类免疫缺陷病毒(HIV-1和HIV-2)、猿免疫缺陷病毒(SIV)、猫免疫缺陷病毒(FIV)、马传染性贫血(EIA)、以及绵羊髓鞘脱落病毒。衍生自慢病毒的载体提供实现显著水平体内基因转移的方式。
在实施例中,该载体是腺病毒载体。腺病毒是含有双链DNA的大家族病毒。它们复制宿主细胞的DNA,同时使用宿主的细胞机器来合成病毒RNA DNA和蛋白质。在本领域中已知腺病毒影响复制和非复制细胞两者,以便适应大转基因并且编码蛋白质而不整合到宿主细胞基因组中。
在一些实施例中,使用AAVP载体。AAVP载体是原核-真核载体的杂交物,它们是重组腺相关病毒和噬菌体的遗传顺式元件的嵌合体。AAVP组合噬菌体和AAV载体系统两者的所选元件,从而提供在细菌中简单地产生而没有封装限制的载体,同时允许感染哺乳动物细胞,与整合到宿主染色体中组合。含有许多适当的元件的载体可商购获得,并且可以通过标准方法来进一步修饰以便包含必需序列。除其他事项之外,AAVP不需要辅助病毒或反式作用因子。另外,哺乳动物细胞的AAV的天然向性被消除,因为不存在AAV壳体形成。其他方法和细节在美国专利8,470,528和Hajitou
A.等人,Cell[细胞],125:358-398中,两者均通过引用结合在此。
在其他方面中,使用人类乳头瘤(HPV)假病毒。最近的研究显示DNA质粒可以封装到乳头瘤病毒L1和L2壳体蛋白中,以便生成可以有效递送DNA的假病毒体。包封保护DNA免受核酸酶的影响,并且提供具有较大稳定性的靶向递送。与病毒载体的使用相关联的许多安全性考虑在HPV假病毒的情况下被缓解,因为这些假病毒的构建体与天然HPV病毒基因组不同。其他方法和实例在Hung,C.等人,Plos One[公共科学图书馆期刊],7:7(e40983);2012,美国专利8,394,411,和Kines,R.等人Int J of Cancer[癌症国际杂志],2015中,所有这些通过引用结合在此。
在一些方面中,使用溶瘤病毒。溶瘤病毒疗法选择性地复制癌细胞中的病毒,并且随后在肿瘤内扩散而不影响正常组织。可替代地,溶瘤病毒优先感染并杀死细胞而不对正常组织造成损害。溶瘤病毒在诱导对于其本身以及对于感染的肿瘤细胞的免疫应答方面也是有效的。典型地,溶瘤病毒落入两种类别中:(I)优先在癌细胞中天然复制并且在人类中是非致病性的病毒。示例性类别(I)溶瘤病毒包括自主细小病毒、粘液瘤病毒(痘病毒)、纽卡斯尔病病毒(NDV;副粘病毒)、呼肠孤病毒、以及西尼卡谷病毒(小核糖核酸病毒)。第二种类别(II)包括在基因上操纵以用作疫苗载体的病毒,包括麻疹病毒(副粘病毒)、脊髓灰质炎病毒(小核糖核酸病毒)、以及痘苗病毒(痘病毒)。另外,溶瘤病毒可以包括使用对于在正常细胞但是不在癌细胞中复制所需要的基因中的突变/缺失在基因上工程化的那些病毒,包括腺病毒、单纯疱疹病毒、和水疱性口炎病毒。溶瘤病毒由于其遗传抗性的低可能性而可以用作病毒转导方法,因为它们可以靶向多种途径并且在肿瘤选择性方法中进行复制。肿瘤内的病毒剂量由于原位病毒扩增而可以随时间增加(与随时间降低的小分子疗法相比较),并且安全性特征可以在内部建立(即,药物和免疫敏感性)。
整合
在本发明的一些方面中,编码细胞疗法靶或肿瘤相关抗原的核酸整合为肿瘤细胞的基因组成的一部分。不受理论的束缚,编码细胞疗法靶的核酸的整合可以是有用的,因为随着肿瘤细胞复制,子代肿瘤细胞将表达细胞疗法靶并且由此易受效应细胞和其他治疗剂(包括组合疗法剂)的影响。这遵循在一些适应症诸如转移性疾病中,快速肿瘤细胞增殖的状态变得有用于传播本发明的治疗剂。
在一个实施例中,整合可以通过使用天然整合到宿主细胞中的病毒来实现。整合在逆转录病毒的复制中是关键步骤,因为逆转录病毒是已整合到宿主细胞的DNA中的病毒基因组。整合不是病毒复制循环的一部分,但是它可以偶尔发生。病毒在整合到宿主基因组中时不直接制成其本身的新DNA拷贝;可替代地,病毒被动地与宿主基因组一起复制并且传到原始细胞的后代。病毒DNA的整合引起病毒基因组永久性地插入到宿主染色体DNA中,在逆转录病毒的情况下称为前病毒。
在其他实施例中,整合可以通过可商购获得的试剂盒来实现,包括靶向整合试剂盒,该试剂盒被设计来将所感兴趣的基因整合到人类染色体19上的腺相关病毒整合位点1(AAVS1)中。
除TAA的表达之外,癌细胞(例如,实体瘤细胞)可以被工程化,这样使得它们也表达偶联到效应细胞将识别的抗原的抗体或抗体片段(例如,scFv)的一种或多种融合蛋白。该抗体或抗体片段识别肿瘤细胞并且结合并呈递用于效应细胞识别的抗原。在一个非限制性实例中,实体瘤细胞可以转导有融合蛋白,该融合蛋白包含结合到肿瘤细胞的抗肿瘤TAAscFv,并且还包含人类CD19蛋白的一部分或全部。scFv部分结合到肿瘤细胞并且CD19被呈递到效应细胞,以用于效应细胞靶向肿瘤细胞并且破坏肿瘤细胞。效应细胞可以是天然存在的或基因工程化的。
用于实体瘤靶向的表达的基因方法
生产性地引入到肿瘤细胞中的基因将通过解决或避开疗效的关键障碍来提供改善的细胞治疗活性。这些基因将通过“传播”抗肿瘤应答来改善治疗疗效、优化局部环境中的细胞因子支持、逆转局部免疫抑制、改善细胞效应子功能、以及促进细胞进入肿瘤。任何基因均可以包含在如在此所述的表达构建体中,并且本披露不限于任何特定基因。可以作为细胞疗法靶包含的基因的示例性非限制性类型包括例如另外的细胞治疗剂、多肽抗原、抗体、细胞因子、靶向肿瘤微环境的药剂、以及支持免疫细胞生长/增殖的药剂的靶。
表达的基因包含具有其相关联的元件的启动子和基因序列。表达的基因包含三种必要的特征:1)用于在肿瘤细胞中表达的最佳启动子,2)最佳的表达基因序列,和3)具有限定动力学的优化的表达模式。
开发一组启动子来驱动多样化的表达模式。实例包括;以天测量的快速且持续的表达、或快速但可逆的表达、或延迟的表达。另外,表达水平可以通过选择性使用调节元件和启动子元件来修改。这类方法是被充分理解的,例如E.D.Papadakis等人,Current GeneTherapy[当前基因疗法],4:89-113(通过引用结合在此)。
III.用于治疗癌症的方法
本发明提供用于通过对癌细胞(例如,肿瘤细胞或实体瘤细胞)分泌包含TAA或TSA和治疗剂的融合蛋白的系统进行工程化来治疗癌症的组合物和方法。患有癌症或疑似患有癌症的个体可以被给予允许体内转导其癌细胞的组合物。给予可以通过任何手段进行,包括但不限于静脉内、全身、肌内、腹膜内或肿瘤内注射。
另外的细胞治疗剂的靶
在一些实施例中,在转导并分泌融合蛋白之后在局部肿瘤细胞上表达的细胞疗法抗原被效应细胞识别,并且可以包括肿瘤相关抗原(TAA)。在一个实施例中,TAA表达可以局限于仅肿瘤细胞群体,由所有肿瘤细胞表达并且在肿瘤细胞表面上表达。其他抗原在肿瘤细胞上过表达,但是可以在较低的表达水平下存在于正常细胞上并且因此是肿瘤选择性抗原(TSA)。另外,一些肿瘤抗原作为“乘客突变”出现,即,是由对于DNA修复具有缺陷控制的肿瘤细胞表达的非必要抗原,因此在多种蛋白质中积累突变。一些肿瘤抗原是由引发免疫应答的肿瘤细胞产生的蛋白质;该免疫应答尤其是T细胞介导的免疫应答。可以通过细胞疗法靶进行靶向的肿瘤特异性分子可以包括本领域中众所周知的肿瘤相关抗原,并且可以包括例如神经胶质瘤相关抗原、癌胚抗原(CEA)、β-人类绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素-反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CA IX、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、小肠羧基酯酶、突变hsp70-2、M-CSF、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、prostein、PSMA、Her2/neu、存活素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、CD22、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素。技术(包括肿瘤基因组和外显子组的下一代测序(NGS)和肿瘤蛋白质组的高灵敏度质谱(蛋白质测序)分析)的应用继续识别用于本发明的新型TAA和TSA抗原。
NGS是进行大规模平行测序的高通量测序的方法,在该方法过程中,来自单个样品的数百万个DNA片段同步进行测序。NGS促进高通量测序,这允许在小于一天内对整个基因组进行测序。创建NGS平台已使得测序对于更多实验室是可获得的,从而快速增加使用核酸测序进行的研究和临床诊断的量,并且因此已变革了基因组和分子生物学。一些NGS技术包括Illumina(Solexa公司)测序、Roche 454测序、离子激流:质子/PGM测序、以及SOLiD测序。
一种用于识别肿瘤特异性抗原的替代性方法是直接蛋白质测序。使用多维MS技术(MSn)(包括串联质谱(MS/MS))的酶消化物的蛋白质测序也可以用于识别抗原。这类蛋白质组学方法允许快速、高度自动化的分析(参见例如,K.Gevaert和J.Vandekerckhove,Electrophoresis[电泳]21:1145-1154(2000,通过引用结合在此))。此外,用于对未知蛋白质从新测序的高通量方法可以用于分析患者的肿瘤的蛋白质组,以便识别表达的抗原。例如,宏鸟枪蛋白质测序可以用于识别表达的抗原(参见例如,Guthals等人(2012),Molecular and Cellular Proteomics[分子和细胞蛋白质组学]11(10):1084-96,通过引用结合在此)。
可以使用的肿瘤抗原的非限制性实例包括EphA2、HER2、GD2、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、5T4、8H9、ανβ6整联蛋白、BCMA、B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ轻链、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎儿AchR、叶酸受体a、GD2、GD3、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2、ILl lRa、IL13Ra2、KDR、λ、Lewis-Y、MCSP、间皮素、Mucl、Mucl6、NCAM、NKG2D配体、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、存活素、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、癌胚抗原、HMW-MAA、以及VEGF受体。可以使用的其他示例性抗原是存在于肿瘤的胞外基质内的抗原,诸如纤连蛋白的癌胚变体、腱生蛋白、或肿瘤的坏死区。
可以使用的另外的肿瘤选择性分子包括在肿瘤中表达或过表达的任何膜蛋白或生物标记物,包括但不限于整联蛋白(例如,整联蛋白ανβ3、α5β1)、EGF受体家族(例如,EGFR2、Erbb2/HER2/neu、Erbb3、Erbb4)、蛋白聚糖(例如,硫酸乙酰肝素蛋白聚糖)、二唾液酸神经节苷脂(例如,GD2、GD3)、B7-H3(又称CD276)、癌症抗原125(CA-125)、上皮细胞粘附分子(EpCAM)、血管内皮生长因子受体1和2(VEGFR-1、VEGFR-2)、CD52、癌胚抗原(CEA)、肿瘤相关糖蛋白(例如,TAG-72)、分化簇19(CD19)、CD20、CD22、CD30、CD33、CD40、CD44、CD74、CD152、粘蛋白1(MUC1)、肿瘤坏死因子受体(例如,TRAIL-R2)、胰岛素样生长因子受体、叶酸受体a、跨膜糖蛋白NMB(GPNMB)、C-C趋化因子受体(例如,CCR4)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、酪氨酸激酶(RON)受体、细胞毒性T淋巴细胞抗原4(CTLA4)、以及其他肿瘤特异性受体或抗原。
如通过在此引用的TAA和TSA靶的非限制性实例举例说明的,存在对于本领域的技术人员可以将在此所述的转导的且表达的治疗剂导向于的抗原的大的且多样化的选择。例如,治疗剂可以包含分泌的融合蛋白,该融合蛋白含有融合到可以被CAR T细胞识别的靶抗原(例如,CD19)的scFv抗原结合结构域(例如,抗MUC16、抗CEA、抗PSMA)。在该实施例中,分泌的融合蛋白具有两个功能性结构域,结合到靶肿瘤细胞表面的scFv和作为CAR T细胞的靶呈现的CD19蛋白结构域(图1)。立即明显的是,scFv可以被选择来靶向许多多样化的抗原中的一种,并且有待被细胞治疗剂(也是本发明的“效应细胞”)识别的蛋白结构域也可以是多样化的,例如被特异性CAR T细胞、TCR T细胞、或表征的TIL或NK细胞识别。应当进一步认识到,现代抗体工程化允许使用有待建立到治疗剂的scFv部分中的双特异性识别,这样使得对肿瘤细胞的有效结合仅当双特异性scFV的两个臂均可以结合时才实现。可用的双特异性技术的范围是广泛的并且有效的双特异性抗体工程化所需要的分子生物学和蛋白质化学工具和原理是被充分理解的,参见例如Kontermann,R.MAbs[单克隆抗体]2012;4(2)182-97(通过引用结合在此)。
进一步,多种基因可以通过使用例如个体元件的框内或独立的IRES启动位点在单个CAR表达构建体中编码。可替代地,已描述了诱导型方法,由此小分子的应用可以诱导或封闭一种或多种CAR元件的表达。公开了多种多样的这类方法,诸如抑制性CAR、共刺激性CAR、“cideCAR”、打开开关或其他,使用这些可以进一步修改或改变CAR T细胞的活性(参见Baas,T.SciBX 7(25);doi:10.1038/scibx.2014.725)。
抗体-药物缀合物靶
在其他实施例中,转导的肿瘤细胞分泌由抗体-药物缀合物靶向的融合蛋白,这些抗体-药物缀合物是已知的并且包括例如本妥西单抗(ADCETRIS,西雅图基因技术公司(Seattle Genetics));曲妥珠单抗美坦新(罗氏公司(Roche));吉妥珠单抗奥佐米星(辉瑞公司(Pfizer));CMC-544;SAR3419;CDX-011;PSMA-ADC;BT-062;CD30、HER2、、以及IMGN901(参见例如Sassoon等人,Methods Mol.Biol.[分子生物学方法]1045:1-27(2013);Bouchard等人,Bioorganic Med.Chem.Lett.[生物有机医药化学快报]24:5357-5363(2014))。在其他实施例中,转导的肿瘤细胞分泌可以由具有抗体依赖性细胞毒性功能的抗体靶向的融合蛋白,诸如被利妥昔单抗、奥瑞珠单抗、伊匹木单抗、西妥昔单抗、爱必妥以及许多其他抗体识别的那些融合蛋白。因此,在一些实施例中,编码结合到这类已知的抗体-药物缀合物中的一种或多种的作为融合蛋白的一部分的多肽抗原的核酸可以包含在在此所述的细胞疗法靶中。
细胞因子融合蛋白
在一些实施例中,肿瘤和肿瘤微环境转导有细胞因子融合蛋白,例如细胞因子(例如,抗肿瘤细胞因子)和在此所述的一种或多种另外的细胞治疗剂的靶(例如,CAR-T靶)的融合蛋白。示例性细胞因子可以结合到肿瘤,并且为肿瘤呈递细胞因子。例如,一些设想的靶包括CD19、CD20、CD21、CD22、CD24、以及BCMA。这种细胞疗法可以为一种或多种另外的细胞治疗剂提供靶(例如,CAR-T靶)并且在肿瘤表面处提供刺激性细胞因子两者。例如,表达的和/或分泌的构建体可以编码细胞因子-CD19融合蛋白,或细胞因子和CD19片段(例如,与CD19-CAR-T细胞结合的CD19片段)的融合物。在一些实施例中,CD19片段是CD19IgC结构域。不希望受理论的束缚,编码这种融合蛋白的单一表达的构建体有利地允许使用最小(例如,单个)转基因对细胞治疗剂进行遗传工程化。除细胞因子功能性作用之外,使用细胞因子融合蛋白的另一个益处是利用细胞因子融合蛋白与其受体的紧密结合。
在一些实施例中,作为细胞因子融合蛋白的一部分分泌的一种或多种细胞因子在高亲和力(例如,约10-7、10-8、10-9、10-10、10-11或更小的KD)下结合到细胞并且/或者具有低内化速率(例如,每天每细胞少于约10、102、103、104或105个细胞因子分子)。各种细胞因子的结合亲和力和内化速率在本领域中是已知的和/或可以使用已知的方法测量。
促免疫应答剂
在一些实施例中,在此所述的重组肿瘤编码作为如在此所述的融合蛋白的一种或多种促免疫应答剂,例如在癌症疗法中使用的一种或多种细胞因子。可以包含的非限制性示例性细胞因子包括例如IFNα、IFNβ、IFNγ、IL-1、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、IL-21、IL-36、TNF、LTα、GM-CSF、G-CSF、TLR激动剂、以及免疫检查点抗体片段。
与细胞因子疗法相关联的已知问题包括例如高剂量需求、毒性和受限疗效。因此,在一些实施例中,表达的构建体用于在特定位点处和/或在特定剂量下递送一种或多种细胞因子(例如,以减少或消除与细胞因子疗法相关联的一种或多种风险)。
在一些实施例中,肿瘤表面处或肿瘤表面附近的细胞因子(例如,免疫刺激性细胞因子)的表达诱导对肿瘤的免疫应答。在一些实施例中,表达的细胞因子融合蛋白可以是一种或多种另外的细胞治疗剂(例如,一种或多种另外的CAR-T细胞)的靶。在一些实施例中,肿瘤表面附近的细胞因子融合蛋白的分泌诱导对肿瘤的免疫应答,并且还用作一种或多种另外的细胞治疗剂(例如,一种或多种另外的CAR-T细胞)的靶。一个实例是融合到被具有CD19反应性的CAR T细胞识别的CD19蛋白质结构域的干扰素α细胞因子。IFNα分子以高亲和力结合到肿瘤细胞上或附近的干扰素受体,从而支持针对CD19的细胞治疗活性。在另一个实例中,干扰素α细胞因子融合到识别相同肿瘤细胞类型上的TAA或TSA的scFV,从而结合回到细胞和周围细胞上,并且诱导或支持IFNα驱动的免疫应答。
例如,IL-21的释放可以用于诱导CD8+T细胞的扩增和/或效应子分化和/或支持NK细胞活化和细胞毒性活性。在一个示例性方法中,表达的构建体编码IL-21。在针对肿瘤细胞上的抗原的scFv的结合后,在此所述的细胞治疗剂表现出IL-21的延长释放。示例性细胞治疗剂包括例如CAR-T细胞、CAR-NK细胞、TCR-T细胞、TIL细胞、同种异体NK细胞和自体NK细胞。
在另一种示例性方法中,IL-15融合蛋白的诱导释放可以用于支持NK细胞扩增和/或募集NK细胞以传播抗肿瘤应答并且支持细胞治疗剂的存活和扩增。示例性细胞治疗剂包括例如CAR-T细胞、CAR-NK细胞、TCR-T细胞、TIL细胞、同种异体NK细胞和自体NK细胞。在该实例中,识别靶肿瘤细胞类型上的TAA或TSA的scFv在局部环境中结合并呈递IL-15。在另一个实例中,与全部所提出的细胞因子实例相关,分泌的融合蛋白是三功能性的,具有识别靶肿瘤细胞类型上的TAA或TSA的scFV、编码到不参与抗原结合的重链或轻链可变区内的β环或β链中的细胞因子、以及表达用于细胞治疗剂的结合的靶抗原。scFv的重链和轻链可变结构域内的CDR的利用易于根据CDR的序列以及通过指示哪些残基参与抗原接合并且哪些不参与但是溶剂暴露的(即,可用于表达编码的序列诸如细胞因子)的数据库的使用来确定。
细胞募集部分
在一些实例中,重组肿瘤细胞可以表达作为融合蛋白的一部分的可以融合到细胞募集部分的scFv或TCR(例如,抗CD3或抗CD16)。在其他实施例中,利用T细胞接合剂技术来帮助接合身体的内源性T细胞并且靶向已工程化以便表达一种或多种TAA的靶癌细胞。技术的抗体构建体通过在基因上将针对TAA或肿瘤相关表面抗原和针对T细胞受体相关分子的单克隆抗体的最小结合结构域连接到单个多肽链上来构建。一种抗体对于靶向肿瘤细胞上的所选表面抗原是特异性的,并且另一种抗体对于连接到T细胞的表面上的T细胞受体复合物的部分(例如,CD3)是特异性的。技术结合多克隆细胞毒性T细胞和靶向的恶性细胞。
多肽抗原
在一些实施例中,一种或多种另外的细胞治疗剂的靶是或包含多肽抗原。有待由表达的构建体表达的多肽抗原不限于任何特定的多肽或其部分,条件是另一种细胞治疗剂(例如,CAR-T细胞)可以被工程化以识别并结合到这种多肽靶。在一些实施例中,多肽靶为不是肿瘤相关抗原的多肽。在一些实施例中,该靶是肿瘤抗原,例如BCMA、CD19、CD20、CD22、ROR1、间皮素、CD33/IL3Ra、c-Met、PSMA、糖脂F77、EGFRvIII、GD-2、NY-ESO-1TCR或MAGE A3TCR。
抗体融合蛋白
在一些实施例中,肿瘤和肿瘤微环境转导有融合蛋白,该融合蛋白包含抗体(或其抗原结合片段,例如分泌的scFv或其他抗体结合形式)和一种或多种另外的细胞治疗剂的靶(例如,CAR-T靶)。可以选择抗体(或片段)以结合到例如肿瘤抗原(例如,在此所述的肿瘤抗原),并且该抗体的融合配偶体可以包括一种或多种另外的细胞治疗剂的靶。这类抗体(或抗原结合片段)包括,例如单克隆抗体(mAb),包括例如scFv和全程mAb、VHH结构域、双抗体、纳米抗体等。在一个实中,构建体编码由mAb(例如,抗肿瘤相关抗原mAb或抗原结合片段)和CD19或其片段(例如,CD19Ig结构域)组成的融合蛋白。
在一些实施例中,抗体(或片段)结合到在若干种类型的细胞上表达的抗原。在一些实施例中,抗体(或片段)结合到肿瘤选择性抗原。在一些实施例中,抗体(或片段)结合到肿瘤选择性但非特异性抗原。在一些实施例中,抗体(或片段)结合到与血液恶性肿瘤相关联的肿瘤抗原。在一些实施例中,抗体(或片段)结合到与实体瘤相关联的肿瘤抗原。在一些实施例中,抗体(或片段)结合到BCMA、CD19、CD20、CD22、ROR1、间皮素、CD33/IL3Ra、c-Met、PSMA、糖脂F77、EGFRvIII、GD-2、NY-ESO-1TCR和MAGE A3TCR中的一种或多种。
置于肿瘤细胞上的该靶可以是CD19。可以使用其他B细胞靶,包括但不限于CD20、CD21、CD22、CD23、CD24、CD72、CD79a、CD79b、以及BCMA。这些B细胞靶与其他靶的列表作为CAR T细胞靶具有特定优点。另外,该靶可以包括CD30、Her 2,一种用于ADC或放射免疫疗法(例如,携带放射性同位素的单克隆抗体)的靶。
抑制局部(例如,肿瘤微环境)因子的肽
在一些实施例中,抑制局部因子的肽(例如,多肽和其片段)可以作为融合蛋白由肿瘤细胞表达。编码这些肽的核酸可以如在此所述和/或通过本领域技术人员已知的任何方法进行工程化,这样使得表达该或这些肽。非限制性实例包括TGFβ、腺苷受体2、血管内皮生长因子(VEGF)、血小板衍生的生长因子(PDGF)、吲哚胺2,3-双加氧酶1(IDO1)、以及基质金属蛋白酶(MMP)。
作为诱导型CD19变体蛋白和CD19变体融合蛋白的支架的CD19
CD19是属于Ig超家族的95kd跨膜糖蛋白,并且包含两个胞外C2型Ig结构域(参见例如Tedder Nature Rev.Rheum.5:572-577(2009);Wang等人,Exp.Hematol.Oncol.[实验血液学和肿瘤学]2012年11月29日;1(1):36.doi:10.1186/2162-3619-1-36.))。在一些实施例中,C2型Ig结构域中的一个或两个被用作诱变的支架,并且CD19变体(例如,包括一个或两个C2型Ig结构域内的一个或多个突变的CD19或其部分)可以被筛选并被选择用于结合到在此所述的靶抗原。
人类CD19的核苷酸序列是已知的(参见Genbank登录号M84371.1)。为了提供编码结合特定抗原的CD19变体的变体核酸序列,可以利用本领域已知的多种方法。在一些实施例中,使用能够识别和/或分离编码结合特定抗原的CD19变体的核酸的筛选程序。示例性方法包括由以下技术已知的所谓生物淘选步骤:诸如噬菌体展示(Kang,A.S.等人1991.ProcNatl Acad Sci USA[美国科学院院报]88,4363-4366),核糖体展示(Schaffitzel,C.等人1999.J.Immunol.Methods[免疫学方法杂志]231,119-135),DNA展示(Cull,M.G.等人1992.Proc Natl Acad Sci USA[美国科学院院报]89,1865-1869),RNA-肽展示(Roberts,R.W.,Szostak,J.W.,1997.Proc Natl Acad Sci USA[美国科学院院报]94,12297-12302),共价展示(WO 98/37186),细菌表面展示(Fuchs,P.等人1991.Biotechnology[生物技术]9,1369-1372),酵母表面展示(Boder,E.T.,Wittrup,K.D.,1997.Nat Biotechnol[自然生物技术]15,553-557)以及真核病毒展示(Grabherr,R.,Ernst,W.,2001.Comb.Chem.HighThroughput.Screen.[组合化学和高通量筛选]4,185-192)。FACS和磁珠分选也适用于使用标记抗原的富集(淘选)目的。诸如ELISA(Dreher,M.L.等人1991.J.Immunol.Methods[免疫学方法杂志]139,197-205)和ELISPOT(Czerkinsky,C.C.等人1983.J Immunol Methods.[免疫学方法杂志]65,109-21)等的免疫检测测定也可以在生物淘选步骤之后使用或单独使用。
因此,在一些实施例中,在此所述的诱导型构建体编码单独的或作为在此所述的融合蛋白的一部分的CD19变体(或片段)。例如,在此所述的诱导型构建体可以编码CD19变体(或片段),该CD19变体(或片段)被选择来结合到肿瘤剂并且在表达后可以结合到肿瘤抗原,并且该CD19变体(或片段)本身可以是另一种细胞治疗剂(例如,结合CD19的CAR-T细胞)的靶。在一些实施例中,在此所述的诱导型构建体编码CD19变体,该CD19变体包含被选择来结合肿瘤抗原的C2型Ig结构域变体。在CD19变体表达后,C2型Ig结构域结合到肿瘤细胞上的肿瘤抗原。随后,使用识别CD19的CAR-T细胞的治疗(例如,向受试者给予)杀死CD19变体结合的肿瘤细胞。在一些实施例中,在此所述的诱导型构建体编码CD19变体,该CD19变体包含两个C2型Ig结构域的变体,每个变体被选择来结合肿瘤抗原(例如,肿瘤抗原的不同表位)。在CD19变体表达后,C2型Ig结构域结合到肿瘤细胞上的肿瘤抗原。随后,使用识别CD19的CAR-T细胞的治疗(例如,向受试者给予)杀死CD19变体结合的肿瘤细胞。
在一些实施例中,选择用于结合到靶抗原的CD19变体包含在融合蛋白中。例如,包含选择用于结合肿瘤抗原的C2型Ig结构域变体的CD19变体可以融合到也结合到肿瘤抗原(例如,肿瘤抗原上的不同表位)的抗体或其片段。示例性融合蛋白包括,例如CD19变体/scFv融合蛋白和CD19变体/VHH融合蛋白。在此所述的诱导型构建体可以编码这种CD19变体/抗体融合蛋白,并且在表达后,该融合蛋白的CD19变体和抗体结合到肿瘤细胞上的肿瘤抗原。随后,使用识别CD19的CAR-T细胞的治疗(例如,向受试者给予)杀死CD19变体/抗体融合蛋白结合的肿瘤细胞。在一些实施例中,如在此所述,当进行修饰以用于体外产生可溶性的纯化融合蛋白时,可用于诱导型表达的环境中的CD19支架基因也是可用的。包含CD19变体(或片段)作为支架的融合蛋白的另外的非限制性实例包括例如CD19变体/细胞因子融合蛋白和CD19变体/TLR激动剂融合蛋白。
包含CD19(或片段)作为支架的融合蛋白的另外的非限制性实例包括例如CD19-细胞因子融合蛋白、CD19-TLR激动剂融合蛋白。包含免疫球蛋白样结构域的其他B细胞局限细胞表面标记物包括CD22、CD79a和CD79b。这些Ig结构也可以进行诱变处理以生成结合TAA和TSA的变体。
多肽抗原和抗体
下文表1呈现了由已知的可用抗体药剂靶向的某些人类多肽抗原的非综合性列表,并且说明了已提出这些抗体药剂对其有用的某些癌症适应症:
表1:
因此,靶向编码多肽抗原的表达的构建体的细胞治疗剂可以与这些(或其他)已知抗体中的一种或多种组合使用。
以下实例是仅出于说明性目的而提供,并且并非旨在以任何方式限制本发明。
实例
实例1:抗原活化控制启动子在细胞治疗剂细胞遇到抗原(例如,肿瘤细胞或其局 部环境)之后促进细胞因子释放
癌症治疗剂的细胞因子支持具有长历史(例如,TNF、LTa、IFNa和IL-2的全身使用)。使用全身细胞因子疗法的固有问题包括高剂量需求、最小疗效和毒性(在TNF和LTa的情况下是致命的)。这种毒性限制IL-12和IL-15的使用。
例如,全身重组IL-12诱导多种严重的不良影响,包括肾和全身毒性。高剂量水平与暂时免疫抑制相关,这对于有效的免疫疗法是不利的。(参见Leonard等人,Blood[血液学]1997;90:2541-8,和Colombo,MP等人,CytokineGrowth Factor Rev[细胞因子生长因子综述]2002;13:155-68,通过引用结合在此。大部分全身IL-12试验与毒性不良事件相关联并且限制疗效,因为细胞因子在足够浓度下没有到达该或这些肿瘤位点(S Tugues等人,2015Cell Death Differ[细胞死亡和分化]22:237-246,通过引用结合在此。
重组IL-15诱导NK和CD8细胞介导的毒性。在接受rIL-15的患者中观察到的剂量限制性毒性包括3级低血压、血小板减少、和ALT和AST的升高,从而引起亚最佳最大耐受剂量,具有最小的临床疗效。(参见Conlon,K.等人,J.of Clinical Oncology[临床肿瘤学杂志]2015年1月1日:74-82,通过引用结合在此)。
这些和类似的研究展示了与细胞因子的非受控给予和全身分配相关联的剂量限制性毒性和最小疗效。因此,患有癌症或疑似患者癌症(例如,肿瘤)的个体被给予允许肿瘤细胞的直接转导、这样使得产生细胞因子和靶的融合蛋白的组合物。给予可以在静脉内或肿瘤内进行。
实例2细胞因子从转导的肿瘤细胞的释放
CAR T细胞、CAR NK细胞、TCR T细胞、TIL、同种异体NK细胞和自体NK细胞进行工程化以用于作为与TAA的细胞因子融合蛋白的IL-21的延长释放。扩增和效应子分化在CD8+T细胞中被诱导,并且支持NK细胞活化和细胞毒性活性。
活化信号的接合在TNF启动子的控制下快速分泌IL-15,IL-15支持NK细胞扩增(例如,CAR NK、同种异体NK细胞和自体NK细胞)或在抗肿瘤应答中募集NK细胞传播(例如,CART、TCR、TIL)。可替代地,使用表达的细胞因子和启动子的各种组合,并且以适合的方式(IL-2、IL-12、IL-36g、IFNg)表达为融合蛋白。
融合到IL-12的抗TAA scFv抗体的持续局部产生募集免疫细胞以支持并扩增通过与CAR T细胞或其他细胞治疗剂的接合触发的抗肿瘤免疫应答。
实例3:靶向方法利用单链可变片段(scFv)抗体(或其片段),或者分泌的异二聚体 TCR α/β或γ/δ链融合到抗体-药物缀合物靶
该靶是被ADC识别的多肽序列、一个或多个蛋白质结构域,ADC是偶联到毒素的抗体。除许多其他事项之外,ADC靶是HER2受体、CD30细胞表面蛋白、叶酸受体α以及CD19。
靶向方法利用scFv抗体或其片段,并且融合到抗体-药物缀合物靶。可替代地,使用分泌的异二聚体TCRα/β或γ/δ链靶向方法。示例性抗体-药物缀合物靶包括CD30、HER2或ADCC抗体靶。
实例4:靶向方法利用单链可变片段(scFv)抗体(或其片段),或者分泌的异二聚体 TCRα/β或γ/δ链融合到促免疫应答剂。
“促免疫应答剂”是能够通过包含免疫应答细胞群体的刺激细胞来刺激免疫应答的任何药剂。直接刺激免疫应答的药剂包括细胞因子、“危险信号”(DAMP、PAMP、TLR激动剂等)、激动剂抗体或配体(例如,抗4-1BB、CD40L、B7-1和许多其他抗体或配体)、免疫抑制信号的抑制剂(PD-1、PD-L1、CTLA4、Lag-3、TIM-3、IDO1、腺苷受体、TGFβ以及许多其他的拮抗剂)。
靶向方法利用scFv抗体(或其片段),可替代地,靶向方法是分泌的异二聚体TCRα/β或γ/δ链。在两种靶向方法中,促免疫应答剂包括IL-2、IFNα、IL-12、IL-15、IL-21、任何TLR激动剂以及任何免疫检查点抗体(或其片段)。
实例5:靶向方法利用单链可变片段(scFv)抗体(或其片段),或者分泌的异二聚体 TCRα/β或γ/δ链融合到细胞募集部分。
用于募集免疫效应细胞的另一种方法是开发由通过接头连接的两个scFv组成的双特异性T细胞接合剂(例如BiTE)。一个臂是抗TAA scFv,并且第二个scFv结合到TCR复合物的亚单元并且因此触发T细胞活化。重要的是,BiTE和相关分子(DART、双抗体、fCab等)在非常低的效应/靶(E/T)细胞比率下引发通过T细胞进行的重复轮的肿瘤细胞裂解。细胞毒性通过膜穿孔以及颗粒酶和细胞凋亡(正好是希望在抗肿瘤环境中引发的杀死类型)的随后诱导介导。通常,抗TAA scFv肿瘤相关抗原的亲和力远高于针对CD3的亲和力-这迫使针对靶向肿瘤的特异性。已生成许多BiTE,包括靶向CD19、EpCAM、HER2、癌胚抗原(CEA)、肝配蛋白B2(EphA2)、CD33、以及黑色素瘤相关硫酸软骨素蛋白聚糖(MCSP)的BiTE。处于临床研究中的其他BiTE由EpCAM、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、或与CD3结合分子组合的CEA结合分子构成。
在一些实例中,靶向方法利用scFv抗体(或其片段),可替代地,靶向方法包括分泌的异二聚体TCRα/β或γ/δ链。在两种靶向方法中,细胞募集部分融合到抗CD16。在替代性实例中,细胞募集部分融合到抗CD3部分,并且利用在此所述的技术。
实例6使用具有ScFv-CD19融合蛋白的HPV假病毒进行的体内肿瘤转染,其中ScFv 结合TAA Her2,并且肿瘤被针对CD19的CAR T细胞杀死
IV注射包含ScFv-CD19融合蛋白的HPV假病毒来在表达Her2的乳腺癌的异种移植物小鼠模型中转导肿瘤细胞。转导的肿瘤分泌ScFv-CD19融合蛋白,从而使得经由ScFv结合到Her2来用ScFv-Cd19融合蛋白包被肿瘤细胞。加入针对CD19的CAR T细胞杀死用CD19包被的肿瘤细胞。针对CD19的CAR T细胞通过标准技术制备。
实例7:使用具有ScFv-CD19融合蛋白的AAV-噬菌体嵌合病毒进行的体内肿瘤转 染,其中ScFv结合TAA Her2,并且肿瘤被针对CD19的CAR T细胞杀死。
IV注射嵌合AAV/噬菌体病毒来在表达Her2的乳腺癌的异种移植物小鼠模型中转导肿瘤细胞。转导的肿瘤分泌ScFv-CD19融合蛋白,从而使得经由ScFv结合到Her2来用ScFv-CD19融合蛋白包被肿瘤细胞。加入针对CD19的CAR T细胞杀死用CD19包被的肿瘤细胞。针对CD19的CAR T细胞的生成被良好地建立。
实例8:使用具有ScFv-CD30融合蛋白的HPV假病毒进行的体内肿瘤转染,其中ScFv 结合TAA Her2,并且肿瘤被靶向CD30的ADC杀死
IV注射包含ScFv-CD30融合蛋白的HPV假病毒来在表达Her2的乳腺癌的异种移植物小鼠模型中转导肿瘤细胞。转导的肿瘤分泌ScFv-CD30融合蛋白,从而使得经由ScFv结合到Her2来用ScFv-CD30融合蛋白包被肿瘤细胞。加入针对CD30的抗体-药物缀合物(ADC)杀死用CD30包被的肿瘤细胞。Adcetris是从西雅图基因技术公司(Seattle Genetics)可商购获得的ADC。
实例9:用编码融合蛋白的AAV病毒颗粒转导细胞引起能够指导CAR19 T细胞靶向 和活化的分泌的功能性融合蛋白。
本实例证明了融合蛋白从转导有编码融合蛋白的AAV病毒颗粒的细胞的表达。进一步,本实例证明了表达的融合蛋白能够被抗CD19抗体FMC63结合并且通过结合到C末端His标签的抗His抗体进行检测。一旦表达,融合蛋白就能够在是CD19阴性的细胞的存在下活化CAR19 T细胞。
下表列出在该实例中测试的各种构建体:
方法
将12孔板以大约4x10e5个细胞/孔在DMEM+10%FBS培养基中接种有A431或293T细胞。在第二天,对一个孔进行计数以得到病毒感染的准确计数。在1x106或5x106的感染复数(MOI)的情况下感染细胞。AAV2病毒颗粒由Vigene公司(罗克维尔,马里兰州(Rockville,MD))制备。病毒颗粒由质粒生成,其中包含CD19 D1+D2-scFv-His序列的插入物克隆到pAV-FH中。病毒颗粒AAV-1(CD19-D1+2-曲妥珠单抗scFv(VH/VL),SEQ ID NO:1)、AAV-3(CD19 D1+D2-MOC31 scFv(VH/VL),SEQ ID NO:3)、AAV-5(CD19 D1+D2-LY2875358scFv(VH/VL),SEQID NO:5)以及AAV-7(CD19 D1+D2-帕木单抗scFv(VH/VL),SEQ ID NO:7)分别具有8.39×1013、1.51×1014、3.03×1014以及2.13×1014GC/ml的效价。在0.6ml/孔DMEM+2%FBS中进行感染,其中病毒直接加入到培养基中。使用从104(又称"104"或"10e4")至5×106(又称"5x106"或"5×10e6")的不同病毒浓度。在第二天,将培养基改变为DMEM+10%FBS并且孵育继续3或6天。
ELISA
表达分析使用ELISA在上清液中进行检查,其中抗CD19FMC63用于捕获并且抗His用于检测。简而言之,将96孔板(皮尔斯公司(Pierce),目录号15041)用在0.1M碳酸盐(对于O/N pH 9.5)中的1.0μg/ml试剂在4℃包被。然后将板用TBS(200μl/孔)中的0.3%脱脂奶粉(NFD)在RT封闭1小时。然后将板用洗涤缓冲液(1×TBST:0.1M Tris,0.5M NaCl,0.05%Tween 20)洗涤3次。由未稀释的细胞培养物上清液或纯化的蛋白质进行滴定,在1.0μg/ml下连续稀释3次,每孔100μl,并在RT孵育1小时。稀释缓冲液是1×TBS(0.1M Tris,0.5MNaCl)中的1%BSA,然后用洗涤缓冲液洗涤3次。加入第二试剂(若需要),诸如在1μg/ml浓度下的生物素酰化的试剂,在RT持续1小时。将HRP缀合的试剂在1:2000下加入,每孔施加100μl,在RT在黑暗中孵育1小时。每孔加入100μl的1步超级TMB-ELISA((赛默飞世尔公司(Thermo Fisher),产品号34028)。当颜色已经显色时,在405nm处读板。
XTT细胞增殖测定(ATCC,目录号30-1011K)
在使用之前,将XTT试剂的等分试样和活化试剂在37℃快速解冻。然后将0.1ml活化试剂加入到5.0ml的XTT试剂。然后将50μl的活化的XTT溶液加入到每个孔。将板置于细胞培养箱中2-4小时并监测显色。在波长450nm处读取板的吸光度。%细胞死亡(又称细胞毒性)计算如下:
%杀死=[1-OD(实验孔-相应的T细胞数量)/OD(没有T细胞培养基的肿瘤细胞)]×100
通过ELISA的干扰素γ浓度测定
将96孔板(皮尔斯公司(Pierce),产品号15041)用在0.1M碳酸盐缓冲液(pH9.5)中的1.0μg/ml小鼠抗人类IFNγ(BD Pharmingen公司(BD Pharmingen),目录号551221)在4℃包被过夜。将板使用200μl/孔用在Tris缓冲盐水(TBS)中的0.3%脱脂奶粉溶液在室温封闭1小时。将板用洗涤缓冲液(1×TBS/Tween:0.1M Tris,0.5M NaCl,0.05%Tween 20)洗涤3次。将来自24小时或48小时培养板(见上文)的100μl培养物上清液加入到ELISA板。重组人类IFNγ(赛默飞世尔公司(Thermo Fisher),目录号RIFNG100)的滴定也在相同板中进行,从300ng/ml连续稀释3次至2pg/ml以生成标准曲线。然后将板在室温孵育1小时。稀释缓冲液是1×TBS(0.1M Tris,0.5M NaCl)加1%BSA。将板用洗涤缓冲液洗涤3次。在1μg/ml浓度下加入生物素酰化的小鼠抗人类IFNγ(BD Pharmingen公司(BD Pharmingen),目录号554550),并将板在室温孵育1小时。将板用洗涤缓冲液再次洗涤3次。在1:2000稀释度下从储备液中加入HRP缀合的链霉抗生物素蛋白(赛默飞世尔公司(Thermo Fisher),目录号21130),每孔加入100μl。然后将板在室温在黑暗中孵育1小时。将板用洗涤缓冲液再次洗涤3次。每孔加入100μl/孔的1步超级TMB-ELISA显色溶液((赛默飞世尔公司(ThermoFisher),目录号34028)。当颜色充分显色时,在波长405nm处读板。
结果
图2A至2C证明了融合蛋白从转导的细胞的表达。图2A示出了在用编码融合蛋白的AAV病毒颗粒转导A431或293T细胞之后检测到融合蛋白(CD19-D1+2-曲妥珠单抗scFv(VH/VL)(AAV#1)被表达。表达的融合蛋白能够被抗CD19抗体FMC63结合并且通过结合到C末端His标签的抗His抗体进行检测。图2B证明了检测到由编码指示的融合蛋白的AAV颗粒转导293T细胞引起的融合蛋白AAV-3(CD19D1+D2-MOC31 scFv(VH/VL),SEQ ID NO:3)、AAV-5(CD19 D1+D2-LY2875358scFv(VH/VL),SEQ ID NO:5)以及AAV-7(CD19 D1+D2-帕木单抗scFv(VH/VL),SEQ ID NO:7)的表达。图2C证明了检测到由用编码融合蛋白的AAC颗粒转导A431细胞引起的融合蛋白AAV-3(CD19 D1+D2-MOC31 scFv(VH/VL))的表达。
图3A和3B示出了在CAR19 T细胞(Promab公司(Promab))与表达AAV-1的上清液和BT474细胞一起孵育后测量IFNγ的诱导的IFNγELISA的结果的汇总。图3A示出了在10:1效应物:靶比率下在24小时处的IFNγELISA的结果。图3B示出了在10:1效应物:靶比率下在48小时处的IFNγELISA的结果。
图4A至4C示出了在将CAR19 T细胞(Promab公司(Promab))与AAV-1表达的上清液和BT474细胞一起孵育后细胞毒性的诱导。图4A示出了在24小时之后2:1效应物:靶比率的总结性XTT细胞毒性结果。图4B示出了在48小时之后2:1效应物:靶比率的总结性XTT细胞毒性结果。图4A示出了在48小时之后10:1效应物:靶比率的总结性XTT细胞毒性结果。这些结果证明了细胞(例如,肿瘤细胞)的AAV转导可以引起可以指导CAR19 T细胞活化和细胞毒性的功能性融合蛋白的表达。
等同方案
本领域的技术人员仅使用常规实验就将认识到或能够确定在此描述的本发明这些具体实施例的许多相等形式。本发明的范围不旨在限于以上说明书,而是如在以下权利要求书中所陈述的:
序列表

Claims (32)

1.一种重组载体,其编码作为融合蛋白的对肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)的抗体或抗体片段和治疗剂。
2.如权利要求1所述的载体,其中该治疗剂选自下组,该组由以下组成:细胞因子、肽、蛋白质、抗体、抗体片段、T细胞接合剂和NK细胞接合剂。
3.如权利要求1所述的载体,其中该治疗剂选自下组,该组由以下组成:神经胶质瘤相关抗原、癌胚抗原(CEA)、β-人类绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素-反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CA IX、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、小肠羧基酯酶、突变hsp70-2、M-CSF、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、prostein、PSMA、Her2/neu、存活素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、CD22、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素、EphA2、HER2、GD2、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、5T4、8H9、ανβ6整联蛋白、BCMA、B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ轻链、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎儿AchR、叶酸受体a、GD2、GD3、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2、ILl lRa、IL13Ra2、KDR、λ、Lewis-Y、MCSP、间皮素、Mucl、Mucl6、NCAM、NKG2D配体、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、存活素、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、癌胚抗原、HMW-MAA、以及VEGF受体。
4.如权利要求2所述的载体,其中该细胞因子能够由包含所述载体的肿瘤细胞分泌。
5.如权利要求1-3中任一项所述的载体,其中该载体是病毒载体。
6.如权利要求1-4中任一项所述的载体,其中该载体整合到癌细胞的基因组中。
7.如权利要求1-6中任一项所述的载体,其中该治疗剂是嵌合抗原受体(CAR)的抗原。
8.如权利要求1-6中任一项所述的载体,其中该治疗剂是T细胞受体(TCR)的抗原。
9.如权利要求1-6中任一项所述的载体,其中该治疗剂是ADC抗体、ADCC抗体、和/或放射治疗抗体的抗原。
10.如权利要求1-6中任一项所述的载体,其中该治疗剂是选自TLR激动剂、PAMP、DAMP和其他刺激物组成的组的免疫刺激性细胞因子或分子。
11.如权利要求1-6中任一项所述的载体,其中该治疗剂是具有免疫调节特性或抗肿瘤特性的肽。
12.如权利要求1-11中任一项所述的载体,其中该TAA或TSA和该治疗剂表达为融合蛋白。
13.如权利要求1-12中任一项所述的载体,其中该TAA或TSA选自下组,该组由以下组成:神经胶质瘤相关抗原、癌胚抗原(CEA)、β-人类绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素-反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CA IX、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、小肠羧基酯酶、突变hsp70-2、M-CSF、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、prostein、PSMA、Her2/neu、存活素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、CD22、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素、EphA2、HER2、GD2、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、5T4、8H9、ανβ6整联蛋白、BCMA、B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ轻链、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎儿AchR、叶酸受体a、GD2、GD3、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2、ILl lRa、IL13Ra2、KDR、λ、Lewis-Y、MCSP、间皮素、Mucl、Mucl6、NCAM、NKG2D配体、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、存活素、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、癌胚抗原、HMW-MAA、以及VEGF受体。
14.一种重组载体,其编码作为融合蛋白的对肿瘤表达的细胞因子受体的细胞因子和治疗剂。
15.如权利要求14所述的载体,其中该细胞因子受体是I型受体或II型受体。
16.一种重组肿瘤细胞,其包含如权利要求1-15中任一项所述的载体。
17.如权利要求16所述的肿瘤细胞,其中该肿瘤细胞表达一种或多种融合蛋白。
18.一种产生重组肿瘤细胞的方法,该重组肿瘤细胞能够表达包含对肿瘤相关抗原(TAA)或肿瘤特异性抗原(TSA)的抗体或抗体片段和治疗剂的融合蛋白,所述方法包括(a)将如权利要求1-15中任一项所述的载体引入到肿瘤细胞中;以及(b)培养该肿瘤细胞,这样使得该载体转导到该肿瘤细胞中。
19.如权利要求18所述的方法,其中该载体和/或其部件整合在该肿瘤细胞的基因组中。
20.如权利要求18或19中任一项所述的方法,其中该TAA或TSA选自下组,该组由以下组成:神经胶质瘤相关抗原、癌胚抗原(CEA)、β-人类绒毛膜促性腺激素、甲胎蛋白(AFP)、凝集素-反应性AFP、甲状腺球蛋白、RAGE-1、MN-CA IX、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2(AS)、小肠羧基酯酶、突变hsp70-2、M-CSF、前列腺酶、前列腺特异性抗原(PSA)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-la、p53、prostein、PSMA、Her2/neu、存活素和端粒酶、前列腺癌肿瘤抗原-1(PCTA-1)、MAGE、ELF2M、嗜中性粒细胞弹性蛋白酶、肝配蛋白B2、CD22、胰岛素生长因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受体和间皮素、EphA2、HER2、GD2、磷脂酰肌醇蛋白聚糖-3、5T4、8H9、ανβ6整联蛋白、BCMA、B7-H3、B7-H6、CAIX、CA9、CD19、CD20、CD22、κ轻链、CD30、CD33、CD38、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、EGFRvIII、EGP2、EGP40、EPCAM、ERBB3、ERBB4、ErbB3/4、FAP、FAR、FBP、胎儿AchR、叶酸受体a、GD2、GD3、HLA-AI MAGE Al、HLA-A2、ILl lRa、IL13Ra2、KDR、λ、Lewis-Y、MCSP、间皮素、Mucl、Mucl6、NCAM、NKG2D配体、NY-ESO-1、PRAME、PSCA、PSC1、PSMA、ROR1、存活素、TAG72、TEM1、TEM8、VEGRR2、癌胚抗原、HMW-MAA、以及VEGF受体。
21.如权利要求18-20中任一项所述的方法,其中该TAA或TSA是嵌合抗原受体(CAR)的抗原。
22.如权利要求18-20中任一项所述的方法,其中该TAA或TSA是T细胞受体(TCR)的抗原。
23.如权利要求18-20中任一项所述的方法,其中该治疗剂是ADC抗体、ADCC抗体、和/或放射治疗抗体的抗原。
24.如权利要求18-20中任一项所述的方法,其中该治疗剂是选自TLR激动剂、PAMP、DAMP和其他刺激物组成的组的免疫刺激性细胞因子或分子。
25.如权利要求18-20中任一项所述的方法,其中该治疗剂是具有免疫调节特性或抗肿瘤特性的肽。
26.一种治疗对其有需要的个体中的癌症的方法,其包括给予包含来自权利要求1-15中任一项所述的载体的组合物。
27.如权利要求26所述的方法,其中融合蛋白被表达。
28.如权利要求26或27中任一项所述的方法,其中该癌细胞表达增加针对该癌细胞的免疫应答的治疗剂。
29.如权利要求17或18中任一项所述的方法,其中该癌细胞表达能够被CAR识别的一种或多种蛋白质或肽抗原。
30.如权利要求17或18中任一项所述的方法,其中该癌细胞表达能够被TCR识别的一种或多种蛋白质或肽抗原。
31.如权利要求17或18中任一项所述的方法,其中该癌细胞表达包含能够被该个体中的免疫细胞识别的治疗剂的一种或多种融合蛋白。
32.如权利要求17或18中任一项所述的方法,其中进一步包括向该个体给予CAR T细胞。
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