CN108467898B - 一种联合利用microRNA及其靶基因内SNP筛选杨树木材品质性状的方法 - Google Patents

Abstract

本发明提出了预测杨树木材品质性状的方法、杨树选育方法、用于预测杨树木材品质性状的试剂盒、用于预测杨树木材品质性状的设备、杨树选育系统以及预定位点的基因型在预测杨树的木材品质性状中的用途。所述方法包括：(1)确定所述杨树下列预定位点的基因型：Pto‑MIR475b基因的第1929位、Pto‑RPF3‑1基因的第1828位以及Pto‑EMP16基因的第365位；以及(2)基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的木材品质性状，其中，所述Pto‑MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto‑RPF3‑1基因的第1828位基因型为GG和Pto‑EMP16基因的第365位基因型为GG，是所述杨树的木材品质性状优的指示。利用本发明的方法能够预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

Description

一种联合利用microRNA及其靶基因内SNP筛选杨树木材品质 性状的方法

技术领域

本发明涉及生物领域。具体地，本发明涉及一种联合利用microRNA及其靶基因内SNP筛选杨树木材品质性状的方法。更具体地，本发明涉及预测杨树木材品质性状的方法、杨树选育方法、用于预测杨树木材品质性状的试剂盒、用于预测杨树木材品质性状的设备、杨树选育系统以及预定位点的基因型在预测杨树木材品质性状中的用途。

背景技术

杨树是世界上分布最广、适应性最强的树种，是北半球地区广泛栽培的重要用材树种，具有广泛的工业用途，已成为胶合板、纤维板、造纸、火柴以及包装业的重要加工原料，具有重要的经济价值。随着杨树工业用材林定向培育的发展，对杨树新品种也提出了相应要求，需具备优良的木材品质。在杨树优良品种的定向培育中，与造纸有关的材性性状，如木材密度、纤维素、木质素含量以及纤维长度和宽度、微纤丝角等，作为评价木材品质指标的主要参考因素。

分子标记辅助选择育种，是指利用分子标记对育种材料进行选择，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。由于林木生长周期长，然而分子标记辅助选择育种可以在早期进行准确稳定的选择，从而加速育种进程，提高育种效率。在分子育种应用之前，需要鉴定与目标性状关联的分子标记。单核苷酸多态性(SNP)具有数量多、分布广泛、遗传稳定性高、共显性等特点，是目前分子遗传学研究中重要的技术手段。目前，通过对表型和基因型进行联合遗传学研究，利用功能SNP位点对优良种质资源的选择育种，已成为人工林新品种选育的重要方法。

然而，目前利用功能SNP位点对杨树品质性状的选育方法仍有待开发。

发明内容

本发明旨在至少在一定程度上解决现有技术中存在的技术问题至少之一。

在本发明的一个方面，本发明提出了一种预测杨树木材品质性状的方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：(1)确定所述杨树下列预定位点的基因型：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位；以及(2)基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的木材品质性状，其中，所述Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，是所述杨树的木材品质性状优的指示。发明人发现，Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位是与杨树木材品质性状显著关联的SNP位点，通过确定其基因型，能够预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述预测杨树木材品质性状的方法还可以具有下列附加技术特征：

根据本发明的实施例，在步骤(1)中，确定所述预定位点的基因型是利用第一引物至第九引物进行的，其中，所述第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1～9所示的核苷酸序列。发明人发现，利用上述引物，能够确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位的基因型，从而预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述品质性状包括综纤维素含量。由此，根据本发明实施例的方法能够有效地预测出杨树的综纤维素含量，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述杨树为毛白杨。由此，根据本发明实施例的方法能够有效地预测出毛白杨的木材品质性状，选育出优质毛白杨，缩短育种周期。

在本发明的另一方面，本发明提出了一种杨树选育方法。根据本发明的实施例，所述方法包括：(a)提供多个杨树候选株；(b)根据前面所描述的预测杨树木材品质性状的方法，预测所述杨树候选株的木材品质性状；和(c)基于步骤(b)的预测结果，选择并培育木材品质性状优的候选株。由此，根据本发明实施例的杨树选育的方法能够有效地选育出优质杨树，缩短育种周期。

在本发明的又一方面，本发明提出了一种用于预测杨树木材品质性状的试剂盒。根据本发明的实施例，所述试剂盒包括：适于确定所述杨树下列预定位点的基因型的试剂：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位。由此，利用根据本发明实施例的用于预测杨树木材品质性状的试剂盒能够有效地预测杨树木材品质性状，从而实现选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述试剂包括：第一引物至第九引物，其中，所述第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1～9所示的核苷酸序列。根据本发明的具体实施例，所述品质性状包括综纤维素含量。根据本发明的另一具体实施例，所述杨树为毛白杨。由此，利用根据本发明实施例的用于预测杨树木材品质性状的试剂盒能够有效地预测杨树木材品质性状，从而实现选育出优质杨树，缩短育种周期。

在本发明的又一方面，本发明提出了一种用于预测杨树木材品质性状的设备。根据本发明的实施例，所述设备包括：基因型确定单元，所述基因型确定单元用于确定所述杨树下列预定位点的基因型：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位；以及计算单元，所述计算单元与所述基因型确定单元相连，用于基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的木材品质性状，其中，所述Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，是所述杨树的木材品质性状优的指示。由此，根据本发明实施例的设备能够有效地预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述基因型确定单元中设置有第一引物至第九引物，其中，所述第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1～9所示的核苷酸序列。由此，根据本发明实施例的设备能够有效地预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述品质性状包括综纤维素含量。由此，根据本发明实施例的设备能够有效地预测出杨树的综纤维素含量，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述杨树为毛白杨。由此，根据本发明实施例的设备能够有效地预测出毛白杨的木材品质性状，选育出优质毛白杨，缩短育种周期。

在本发明的又一方面，本发明提出了一种杨树选育系统。根据本发明的实施例，所述杨树选育系统包括：候选株获取设备，所述候选株获取设备用于提供多个杨树候选株；性状预测设备，所述性状预测设备与所述候选株获取设备相连，所述性状预测设备为前面所述的用于预测杨树木材品质性状的设备，并且用于预测所述杨树候选株的木材品质性状；和培育设备，所述培育设备与所述性状预测设备相连，所述培育设备用于基于所述性状预测设备的预测结果，选择并培育木材品质性状优的候选株。由此，根据本发明实施例的系统能够有效地预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述品质性状包括综纤维素含量。由此，根据本发明实施例的系统能够有效地预测出杨树的综纤维素含量，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，所述杨树为毛白杨。由此，根据本发明实施例的系统能够有效地预测出毛白杨的木材品质性状，选育出优质毛白杨，缩短育种周期。

在本发明的又一方面，本发明提出了预定位点的基因型在预测杨树木材品质性状中的用途。根据本发明的实施例，所述预定位点包括：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位。由此，通过确定上述预定位点的基因型，以便预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出，部分将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。

附图说明

本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施例的描述中将变得明显和容易理解，其中：

图1显示了根据本发明一个实施例的预测杨树木材品质性状的方法的流程示意图；

图2显示了根据本发明一个实施例的用于预测杨树木材品质性状的设备的结构示意图；

图3显示了根据本发明一个实施例的杨树选育系统的结构示意图；以及

图4显示了根据本发明一个实施例的基因型组合对综纤维素含量影响的分析示意图。

具体实施方式

下面详细描述本发明的实施例。下面描述的实施例是示例性的，仅用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。

需要说明的是，术语“第一”、“第二”仅用于描述目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性或者隐含指明所指示的技术特征的数量。由此，限定有“第一”、“第二”的特征可以明示或者隐含地包括一个或者更多个该特征。进一步地，在本发明的描述中，除非另有说明，“多个”的含义是两个或两个以上。

本发明提出了预测杨树木材品质性状的方法、杨树选育方法、用于预测杨树木材品质性状的试剂盒、用于预测杨树木材品质性状的设备、杨树选育系统以及预定位点的基因型在预测杨树木材品质性状中的用途。下面将分别对其进行详细描述。

预测杨树木材品质性状的方法

在本发明的一个方面，本发明提出了一种预测杨树木材品质性状的方法。根据本发明的实施例，参见图1，该方法包括：

S100确定基因型

在该步骤中，确定杨树下列预定位点的基因型：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位。

S200预测品质性状

在该步骤中，基于预定位点的基因型，预测杨树的木材品质性状。

microRNA是一类由内源基因编码的长度约为20-24个核苷酸的非编码单链RNA分子，具有非常重要的调控作用，在转录后水平调控基因表达。并且，microRNA的调控作用是通过靶基因来实现的，microRNA通过与靶基因的序列互补剪切过程来调控靶基因的表达水平，进而影响表型变异。

有鉴于此，发明人提出了下列构思：通过筛选microRNA及其靶基因内与杨树重要性状显著关联的SNP标记位点，并分析基因型效应，从而可以预测杨树木材品质性状。进而，发明人经过深入研究发现，miR475b是杨树特有的一种microRNA，在杨树次生木质部以及形成层中均有高表达，推测miR475b可能调控杨树木质部组织的发育过程，从而影响木材品质。并且，microRNA的功能是通过调控其靶基因的表达水平而实现的，因此，发明人经过大量实验，选取杨树microRNA基因Pto-MIR475b及其靶基因进行研究，从而寻找与木材品质性状有显著关联的功能位点。杨树microRNA基因Pto-MIR475b，及其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16的基因序列均已为本领域技术人员所知，杨树microRNA基因Pto-MIR475b的核苷酸序列为SEQ ID NO.10，其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16的核苷酸序列分别为SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12。

SEQ ID NO.10所示核苷酸序列如下：

TGGGTTTTTCATGTTTAGTGATTTGGTTAATTGGGTTTTAATTTGTTTCATGCTTTTATTAGTGACTAGTTTTGATTTTGAGTTTGATAAATTGCTGTGATTATTGCATGATCTGGGGATTAAAACAAAAACACACTTTCTTGATCTGGGGATTTTAGTTTAATTTGATTTATTGTTTTTTCTTATAATTAACTTTTAATTTGTTTCATGCTTTTATTAATAAGTAGTTTTGATTTTGGTTTGATGAATTGCTGGGATTATTTCCTGATCCGGGGGATTAAAAGAAAAGGACACCTGTTTGATCTTGGGGAGTAAAATAAAAAAGGCACCTGTTTGAATGGGAGGTAGTGAAGCACCATCACAAACCCCAGATCTTTTAGTAGAGAAGGTAATTGTCCAGTTTTTAGATTCTGGGACCTGCGTGAAATAACATATAGTTCTGGTATTGATCTGGGACGCTGGTGAGCTTGAGCGCCTTTTTGGGCCTTTTAGGGTTTTGTTTCGTCATGAACTCACGGGGCCCACGGGGAGGGCATCCTTTTCCTGTTTAAAAACAAGATACTCAAGATGAGCAGATTGCAGTGATCTGGAGAGAAACAATGAGAGCGACCTTTGTAGATGAGATGATTGGGCGAAAAGCCTTTTTAGGGCTTCTGCAGCCGCTTTCACCTTCAACAACAAATGGGTATTGCGAACTTTCCTGTTTGTATTTTTACTGTTCGATCTTCCAGTTCCAAATTCTCATACCCTAACTTGCACTGCTTCTGCATCTAGCATTAGATTAAAGTTTTTGTTTTTGCTATAAAAAAACGGTGTGTTTGGTGGTAATACCAATCACAACAGTTTTAGATGACTTTATATCATTCAGTCAGATGGTTGGCTTGAACCCTAGCTCATCCATGGTGAAATTTGGCTGGTTATTAGGGTGGATTGTGCGGAAGAAACAGTATATGTAGTTAAAATATAAAGGTCAACCAGAGTTGCGCTTCTGGCTTTCATAGTCATAACATCTTGATCAATGGCCATTGTAAGAGTAGAAGGATCCATGAAGCAATAACTCTCTTTGCTGAAATGTGCGACCAAATAGACTCTTGATATTTCATTCTTACAGTGCCCATTGATTAAGATGTTATAACATTGTTCTCAAAGGATTTCTTCTCAAAAACTGCACATCATGTGTTGTACAAGATCTCAACGAAATGGTTGATAGCAGATCGCTATGTATTCATCCACAGTAAGCATGCTAATGGATGTGGTATCAGATGGAAAAATTATACTGTGTTTCTGTGAGGAGTTTCTCAAAATGGGAATTTCAATAGAAATATCATTTTCAGCCCAGCAGTGTTGTGGTGGTCTTTCCTCAAAACAGTTAGGCTGCTATAACGCATGTAAGTTATTGTTACCCAATTTTCCATCGTAAGAACAGTACAATCTACTATTTCCTCTTCATATGGTGACATGTCTTGGCTCTAGGTCATGCTGTAGGTTCTGCTGTACATATAGTAAAAAGTGATCGGTTATTAGATTCTGTAATAAAAGTGGTAAAAGTTTATTGTTGTTGGTGGTTGTTTCTGATAAATTTTCATGTTTAAGTACTCTTTAAGGGTTTATTTTGGGGACTACTTTTGTCGAACTTGAAAGAAAACAACCTCTGCCAATTCTCTACACTTCTCCTTTGATCTTGATCTCTTGGTCTATAACTTGTTTAAGGTACGAAGATTGATGATTTAATGATGACATCTGATTCTGTTGATTGGGGGTTCCTATTCTATTTTATTTTAGCCTCTTGAATTCTTTTTGAAGTTTGATGATCGAGACCATGTTGCTTTACAGAATACAGATTCCCACTTCTGCATCTCAATTACTGTGTCCTGGTGAGATACTTCTCATGTGTGAAGAGATTAAGTCAAGTTCAAGAAGAACCCCTTACCCCTTGTGATTGTGTGGTTGTCATGTAAATTCTCTCAAGAATTCTTGTCAGTAATTTCATCTTGTCATGTGAATTCGCTTCTCAATAATTCTTCCCTAACTTATTTAATCTCTGATACTGTTCTAGTGCTCTTGATACAAAGAAGTGTTTGGGCTGTATTCAGCACCTGTGGTAATTCTATTACTTGGGTAAGGCTTGAACGACAA

SEQ ID NO.11所示核苷酸序列如下：

TTTTAGGTTTTGTTAGAAAATCTCAGCTATTTGACCTTAATTCCTATGCGATAGTTCTTCTAATAAATGTTCTTTTGATTGCTGATCCTTCTTTTCTTAATGATTTGTTGAAGAATTTGATGCCATGGAATATATTCCTTACATTTTTCTCTCTTCTAAATGGCTTCAATACAGGCAAGATAGGGAAGAAGACAATGCAACGTTCAATGCTGATAGCTCATCGGGAGATGATGCCTCATTCCAGACAAAGGAGGTGGCAGTGTTGGCCAGCTGGTTTGCTTAAAATGCCTAAATAGCTTTTCTTTTTCCTTTCCTTTTTTCCCTCTCTTGTGTGGATTGTTTTCCCTTGTTCTTCTGCATCTCTTTTTTTTTCCTATCAATCATTGACTATTTTTCCTTAGCCCGTAGTGGAGTGCAGGCATTAGACTAGTATATACTATGCTATCATGGAAAATGTTTTTGGGTTGTCCACTTGCTGTGACAAGACGAAATATGAAAGAAATTTGTGTTTCTAGTGCAGTGGGTATTAGATACCACGTGGTATTTTTGCTTAGCCATTCTCTTTTTGGCTTGTTGCAATTAACTTATTTTATCCTTAATGATCCCATTTATCAAAAAAGAAAAAAAAGCTAACTAAATATATATTATAGCCTATAGTGTAATTCTAATAGAAAAGGTGAAACCTTTGATATTGAAAATTGGCTTGCCTAAAAGATGATAATGATCTACTGTTAATAGCCATGCCGTGATGAAAATTATGAGTAACGATTCCTTTGAGAGTTCATGTTGTTGTAATGTATAATGTGATGCAAGCTTTGTATTTGTTTCTGGATGATTCTTTCATGTCTTGTATTCCAATATCTTGCAGATACCAAGAACAGTTACAAGTGACCATAAAGGGTCTCCAGCAACTCTTAGAAAAGGCAGGATGGTGTTGAGAGATGATGATTTTCCAATGGATTGCTCATGGCAAGCCACAAGAAGCATGTCTCTTTCTCGTAGCTGTAAATTTGGGGTAAGGTTACCAATTATATGCCGCAGGCAGTCTCAGTCACAGCCATGTACAGCGTTGTTCTTGAACTGAAAGAAAGCCAAGTACTGTTTTCTTCATGATGCTTTTCACAATAACGATCCCGAGGATGTATCAGACAAGACATTGGACAATAGCAGCAGTTCAAGCTCAGTCAAAGAGGAGACCCGTTCTCGAACCCAGAACATTTTTTTGTTTATCATGGCCATCTTTTCTTCATGATGATTTTCATTAAACCATTAAATAACAATTATTAAACAAGGCAAGGAAAATCTGCTATGCTATTTTATCAGTTTAATAAAATTAGCATAAGAATTAAGATACAAATCACGCCATGGATTCCTTGCATGTATACATACTTTTTGGATATACAAAGCATGAATTCTTCAATCGAGTTTTGCCTGATTTTCCTTGCGAAGCTGCTATTTGATCAGTTTTGCATGAATGCTTGATACCTTTACAAGGATACTAATGGCAAAGAGTCCATGAGCGGTACCAGAAGCTCAACAGAAACTGCATTTCTGGGCAAAGCTAACCGTGAAAATTTTCCTTCCTCATCATCAACAAGAAGCTTCCCTGTTCATAGAAAAATGTTCAGGCAGAATCCTGGTTAGCAGACACACTCTAAGCAAGTAGAGTGAGGAAACTCTCGCCGAAAATGTACACGATTGCTCGGAAGATGTTCCCTGAAGAAAATAAAAGCCAATATTGAGAATGGACGCAATTTAAAATTTGAAAGCAAATGTGGACTGGATTGTATTAGCTGTAAATTTTGTGTTTCCTCTTCTTCAAAACGCAAGCGTTTTAGAAGTGCCCATTCCAACCGTTCATTCCCACCCAATTTTCTTCCCGAAATTTCTTCATTCTCCTGCTTTCCCAAATCCCTTTCTTCAACCTCTGTCGTTTTGATAAAGTTTTCACCAAAAAAAAAAAAGACCACGAGGAGAAGAAAAAACACGGAGGAAGGTCGATGATGGCGGCGGCGGCTGCGGCAGTGAGGCTAGGAGGTTCAGAAACCTTTTTTATTGGCTCCCAAACTCAGCGATGTCAAATGAAAATGATGAGTACGCTTCTTCTATCTCCAACCACTTCATCACTGCTGTCTAGCAACCACTCCAGCTCCATTTCTTCTTCTAGCACTAGCACTAGCACTAGCACTAGCAGTAGCAGTAGAGATAAACACAACTATGATGGTGCTTCTTCTTTTAGAAACATTGATGATGCCCTTGCTTCTTTCAATCACATGCTTCATAGGGAACCCCTGCCCTGTATCATCGAATTCACTAAATTATTGTCTGCAATTGTCAAAATGGGACAGTATTATGGTGCTGTGATTTCTCTTTCCAAACAAATGGAATTAGCTGGGCTTTCTCCTGATATTTATACTCTTTCTATCTTGATTGATTGCTTCTCCCACTTGCAACGTGTCGATCTTGCCTTCTCTGTCTTCTCCAAAATGATTAAACTCGGTCTTCAACCCGATGCTGTCACATTTAACACCTTAATCAATGGGCTCTGTAAAGTTGGTAAATTTGCCCAAGCCGTGGAATTCTTTGATGATTTTGAGGCAAGCGGGTGTCAACCTACTGTCTACACTTATACTACGATTATCAATGGCTTATGTAAGATCGGGGAAACTACTGCGGCTGCTGGATTGTTTAAGAAAATGGAAGAGGCAGGCTGCCAGCCGAATGTGGTGACATACAATATACTCATTGACAGTCTTTGCAAAGATAAGCTGGTGAATGAGGCTTTAGATATTTTCTCTTATATGAAGGCTAAACGCATTTCCCCTGATATTTTCACTTACAACTCTTTAATCCAGGGCTTATGCAATTTCAGGCGATGGAAGGAGGCTTCGGCATTGCTAAATGAAATGACGAGGTTGAATATCATGCCAAATATTTTCACCTTCAACGTGCTAGTTGATGCAATTTGTAAAGAAGGCAAGGTTTCAGAGGCTCAAGGAGTGTTTAAAACAATGACTGAAATGGGTGTGGAGCCTGACGTTGTTACTTATAGTTCTTTGATGTATGGATATTCCTTGCGGATGGAAATTGTTGAAGCTAGAAAGCTGTTTGAAGCCATGATAACCAAGGGTTGTAAACCTGATGTTTTTAGTTATAACATCCTAATTAAAGGATACTGTAAGGCCAAAAGGATAGATGAGGCCAAGCAGCTTTTTAATGAAATGATTCATCAAGGTTTAACTCCGGACAATGTTAACTACAACACTCTTATTCATGGCTTGTGCCAGTTAGGCAGACTTCGGGAAGCACAAGATCTTTTCAAGACTATGCACTCTAATGGCAATCTCCCAGATTTATTTACTTACTCGATGTTGCTTGATGGCTTTTGCAAAGAAGGGTATCTTGGTAAGGCATTCAGACTGTTTCGAGTAATGCAAAGTACTTACTTGAAGCCTGATATAGCAATGTATAACATTCTGATTGATGCCATGTGCAAATTTGGTAATCTTAAAGATGCAAGGAAACTGTTTTCAGAACTCTTTGTCCAAGGATTGCTGCCTAATGTTCAGATATACACTACAATAATAAATAATCTTTGTAAAGAAGGGTTGTTAGATGAAGCATTGGAAGCTTTCCGAAATATGGAAGGGGATGGCTGCCCTCCGGATGAATTTTCTTATAATGTTATTATTCGAGGATTTCTCCAGCACAAGGATGAATCAAGGGCAGCACAGCTTATTGGAGAAATGAGAGACAGAGGTTTTGTTGCAGAAGCGGGGACCACAACTTGGTAGAAGATCTGTTTTCTAATGAAGACAATCTTGTTCTGAAGGAGTATCCAGGATTACGTGAAGTTCGTCATGGTGAAAAGGTGATGTAAATTTTTATTTCCCCATGCTGACAAATATTAAGTAATTTTTCGTCAACATGTAAGTTAATTTTTAGTTCAACCTTGTCAATATCTTAACAATGAAACTAGTTACTTGCCACCAAATCATTGCAATTGCTAAACTAATAGTTTGTGTCTGTGTGCCTGTTTGGGATTGCGGCCCAAACAGAGGTTGGTCAAAATTCATTTTTTTTTTGTTTAAAATTATTTTTTTATGTTTTCGGATTGTTTTGATGTGTTAATGTCAAAAATAAATTTTAAAAAATAACAAAATATATTATTTTGATGTATTTCTAATCGAAAAGTATTTTGAAAAACAACTGTTATCACACTCTCAAACATCTATGTCTTGATGAGTGGTTGTGGTGAGATTTCTATATTATGTTTTCAGTAGCCAGCAAAATGTTGCTGTTGTTCCAACACTATGTTTACTAAAAAGATCATTGCCTTTCAATCTTTTGTGCTGCTGAGCTTCACTGATTGTTTGAGTCTGTGAAGATCTATATTGTCCTCTTGGGCATTTTTTTGTTCTTGAGTCTGTGTGTGTGTGTGTGAATGATCAATTATGGGAATTTTCACATGCTTAGGAAAGGAAATTCCAGTAGATCTAAGTAGCTGATTTTTTTTAATCATAGACTTGGATGTACGAACTTGTGTGGAAAGTACTTGAGGATAGCATGCAGTTCAGGGAACTGTTATGCTCATATCTACATTACAAGAAAGATTTTGAGTTGGGAATTGAGAGGTCTATGTTGTTGTGCTGTAGTTTGTAAGAAACGTCTGAATTTTTGAGTGAGGATGGTAAATGTTTAATTTTTGGATGGTTTCTCTCTGATTTCATAATATATTAGGGAGATTATAATAATTTATAAAAAAAATGAAATATTTTTAAGTTAACACCCAAAAATCCAAAAAGAATCTAAAAAAATTAGGGTAGTTTACTCAGCAAAACCTCAAATAAAAGAAAAAAGAAAAAGGGTGTGCAAAGAATGAGAAAAGAGGTTCACGAGAAATCAGACATTTTATAGGGCTGTAGAAACTTGTTGATTGAGATGGCTGGGGGGATGTATGTTTCATGTCTCATTCATTGAAGAGGAAAAAATAAACAGAAGGTGAGTTCAATAGTGAGTGAAAACTCTCTCGGATTTCAATTACGTAGACCTTTTTATCTGGGCTTTTTGCAAGGATGAATTCAATAAGAAACTTGAAATGGCTTTATAGAAGTCTATTTGAACAAAAATTAGAATGATTTTTTTTATTATTACTGTAAAGAATAGTGCCTCGACTAATATCATACAGAACTCTCCTGGCTGCATTGACCATGCAGAAGTGCTTCGACTCATGCAGACTGTTATCAGTGGCAGGTGCAATGCTGGCAGAATATGCAATTAGAATTTTTGACAAGATATGTGAACATGGAATCACTCCTAATTTGAAGACTTCGGAGACCCTGATTTGGGATTTGCTGAAGCCAAGCAGCCATGGAAGGCAGAAGAAATTCTCCAGGTTATGACAGAATTTGAGGTTCCGCCTGAGGAATCAACCATGTTGCTTGTTACTGAAGCATGGCGTGCTGCTGGAATGACAGAAGAGGCAAGTAGAATTCTTGGTACAATAAACAAAAAAGAAATGATCAGTCAAAAAGAGACTGGAAAATCAAATAGCAGTAGGAAACATAGAGAAACTGTATCAAAAGCAAACAGCAGGTGTCCGTGTTCCAATATCTTGCAGAACCCAAGTACAGTTACAAGTGACCATAAAGGGTCTCCTGCAACTCATAGAAAAGGCAGGATGGTGTTGAGAGATGATGATTTTTCAGTGGAGTGCCCATGGCTTGCCACAAGAAACATGTCGCTTCCTCATAGCTGTAGATTTTGGGTAAGTTTACCAATTATTTGTCGCAA

SEQ ID NO.12所示核苷酸序列如下：

AAGGATAAAAAAAATAGCAATTAAGATAATGAAGATCAAAATGAAAATAAACAAATTTTGATTTTTGATGGAGGGGTGAAATTGAAAAGAAAAATCAAATTAACAAATGACCCAAAAGTAAAAAAAAATAAGAATCAAAATTGAAATAAAAAATAATAATAAATTTTTTATTAGAGGGTGAAATTCAAAAGAAAAGATCATGATAAATAATGATTGTGGCCAGATATGCTATTTAATATATCATTCTTATGAGTTATGGGTATAATGGTTTAAGTCATGAGTTGGGTGGGTGAGCTTATAAGTTAATGGATTAATCAGAATTTTAATTATTGATTTATTTTAGAAAAAAAATAAAAATATATTGGTAAGATAAACAAAAAATAATTTGACAAGAAAAATCAAGCTGACATGAGACTAGATTTTATTATTATGCTTATTAAAACGGTGTGTGGAATCTTCATATGTTCATAGGCCGAGCAAGTTTGACAGGCATGCCTCAGTAGATTTTAATGGATTGGTTTATACAAAATTTTCAAACCCATTAACCTAAATTCTAACTAGTTTCACAAAATTTTAATTTTTTTTAAAAAAACTAATTTTTCTGGCAAAACATTCGTGCCACATTGCACCGTGTATTGTACTCACAATTTACTATGAATTTCAATAGAAATTTCTTTTCTGTTTTGACCTTTTAATCTTTGCATGTGTTATTTATGGTGTATTGTGGGTTGAAGTTTTCATAAATTTTTATATTTTCTTATATTTGAAGGTTTTAAATAAATTTTAAAACTTGATTAAAGATCAATTTAATGATGGAATTTAAAAAAGGATCAACTTCAAAACAAGAAAAATTATGATCTATCTAGAATTCACGTCAAAAAATATAATTTTCTCCATATATTTTTTATTGATTAAAGGCTATTTTGAGATAATATATGAGCTTTTTAAGATTTATGAGATATTTTTCATATGTTTTCAAGTTAAAAAGAGTTAAAAATAGACTTTTTTTATCTAAAAGCTAAGTACCTAACTTGCGGCCTCCTAAGGTGGCTATAATTCTACTAGTAAATGACTTGTAGTAAACCACGTGTTGTTTGTTTAGGATATATTTGTTTCTCGAAAAGTAATTTTTGAAAAATTATTTTAAAATTTTTTTGTATTTGTTTATTTTTATAAAAGTTGGTTAATGAAAAATACTTTCTGGTTAACGGAAAATACTTTCCAGTCAATTTCAGTCAAAGAAAAATTTAACTTAGTTTTCAGAAAAGTGTTTTCCCTTTAATTGTATTTGTTTTCCGGAAAGTGGTTTCCGAAAAATAACTTTCCAAACTTTCTTGTTTTTATTTGCAATTAGAAAAGTTGGTCAATGGAAAACACTTTCCAATAAAAGAAAAATTTAGCTTGGTTTTCAGGAAAGTGTGAGAAAGGAAACGTTTTTGTGTAATTGGTAGGCTTTTCAACTCAGCTATACATATTTGAAAAACACAATACTAACGTAGAATGCCTTAGATTTCAATTCAAGGTTATTTTCAAATAGATTGAAATGTTCAATTTCAGTTTTATAGATAATTTTTATTTTTGTTTTAAATTTTTATTTTTAGTATTTTCAGATCATTTTGATGTATTAATATAGAATTAATTTTTAAAAACAAATTATTTTAATATATTTTTAAATAAAAACAAATATTTATTTCAATATATTTTTTAAAAATTATTATTATCACCCAATCAAAACTTTTCTTTTGTAAGAGTACATTTTTGTCTTCATTCTATAAAATTTTGTCCGTTAAAAAAAAATCTGCCAGAGTCCAAGAAGTGCCTAAAGCCCAAGTAGATATGGGCTATGAATGCATTGGGTTCAAATAGAACGCAGCCTAAAATTACCCATTAACTCAAATCAAAATTCACGCACAGACCAAAGAACCTCTCTTGCATTTCCCAAGCACAGAAACAGAATCATAAAATTGTTTTCCATTTCCCTCCTTCCAACCTTTCGTCTTAAGAGGCCATTTGCAGGTTTCTCTAAAAACCTGCTAAAAATACTTTTGTATTCCAAGAATTCACGCTATTTTCCAACACTTCTTATCTGCACACCACCTGTTTGATAAAACGCTAAAAAGAAAGTGAAAAGTGAACTAGCAGCGATGGGCGTGAAAACATTGCTTAAATGGTCAAAACAAATCACCCCTTCTAAAGTTGAGCAACTACTCAGAGCAGAAAGGGACTTACGCAAAGCTAAAATCATATTTGATTCCGCAAGCGCGGAATACAGCAATGGTTTTAGGCATGATCACACGACGTTTGGCGTCATGATCTCTAAATTAGTCTCCGCGAATGAGTTTAGACCCGCAGAGGAAATGCTTAATAGAATGAAGGAAGAGAAGTGCAGAATTACTGAGGAGATATTCCTTTCAATTTGCAGAGGCTATGGCCGGGTTCATTTGCCATTAGATGCCATCAGGGTTTTTCATAAAATGAATGACTTTGGGTGCAAACCCACTGACAAGTCTTACATCAGTGTATTTGCTATTCTTGTTGAAGAGAATCAATTAAAGGTTGCGATGAGTTTTTATAAGTATATGAGGGAAATGGGTGTTCGACAGAGTGTTGTTTCGCTTAATGTTTTGATTAAAGCCCTTTGTAAGAATAGTGGAACGATTGATGCTGCTTTTGAGATATTTCGTGAGATGCCAAAACGCGGGTGTGATCCGGATTCGTATACGTATGGTACACTAATTAATGGTTTGTGTAAGTTGGGTAAGACTTTTGAAGCCAAGGAGTTGTTTAAAGAGATGGAGACAAAGGGATGTTCACCGTCCGTTGTCACGTACTCTTGTTTGATACATGGCTTGTGCCAGGCTGGTAACGTGGATGAAGCTATGGGAATGTTTGATGAGATGAAGATAAAAGCCATTGAGCCAAATGTGTTTACCTATAGTTCTTTAATGGATGGTCTTTGCAAGGATGGGGGTTCTTTGGAAGCCATGGAGCTACTAGAGATGATGGTCAGGAAGCGCCACAAGCCTAATATGGTAACATATAGCACGTTAATTAATGGGCTCTGTAAAGAAGGAAAACTTGCTGAAGCTGTGGAGACTCTTGACATGATGAAGCTTCAGGGATTGAAACCAGATGCAGGGCTCTATGGAAAAATTATAAATGGGTTCTGCAATATTCGCAAGTTCCAGGAGGCTGCAACCTACCTTGATGAGATGGTTCTAGGGCAGATCTCACCAAACCGAGTAACATGGAGCCTTCATGTTAAGCTTAATAATATGGTAGTCCAAGGCCTTTGTACAAATGGCAACCTGGATAGAGCCTTTCAGTTGTACTTAGGTATGCGTACTAGGGGCATCTCAATTGATGCTGGGACCTTTGATTCTCTTGTGAAATGTTTCTGCAAGAAAGGGGACTTGCATAAAGCTGCTCGCATTTTTGATGAGATGGTGCTCGATGGATGTGTTCCTGACCATGGAATATGGAGTGCTGTGGTTGGTGGATTTTGGGATAGAAGGAAAGTCCGGGAAGCTTTTGAGTCGATAGTGGTTGAACTAATGAATGAATTTGTTGAGCATGTATAGAAAATCATAACGAAGATTTATGAATTAGTAAGCACACTTGGCCCTAGTCTTACTTGTTCCAATCACAGAAAACTCTCATGTTGTTGTTCATTCCTTCAAAAATAAAGTTTCCATATTTTCTCAGCTGGTTTAAACCATAGATTCCCTCACTCTATACATGGTGATGCCATTAACATAAGAAATACCAACTGTTAGTGGCATCATTCCCAACTGCAAGGTTTATCACACTTCAACTTGTTTATCCTCAATCATTATGCTTATTTGCTGGTTTTTCGTATTTACAGGGCATTGGGCATATTTTCTTTCTCTCTAATTGCTTTTCTATGTCCCGACATCTATAGACACGCAAGCCTTTCTTGCATTGTAGAACTCTTGTTAGCAGATAAGAAGATTAATAGTGATTACAGATGCATAGATGTAATTTTAAGACAAGAGCAAGCTTGAAAGGGACCTTCCACATGATTTCTACTATGTGCTGTAGAGTTATGAGCACTATTTTGTTACACAGCCGTAAAAATCACTGCTACGTGGTGTCTAGTAAAATTTCAAGAACAACAGGTTCATGGATGGGTATAAACCATGTTTTGTCCAAGTTAACTTAGAAAATGGATAGCTCAATCGGTTTCTGAACTTTAACTTTTTACTTCTTGTTTTATATTATAATAAAAGCTCACCATAACTTTTTTCATGAGCACATGTCTTGTAATTCGTTGTAATGTCAATGCTTGTTTGTTCTTTTCAAAGACCCCAAATAATTTCCTTTCTCATTGGACATGCATTATCTCATGGTTGATCACTTTCTTCTTGTCAGATGTACATATCCATTGTTTATATTCACTGCATTTTGTAATTATGATTGAGCAACAAACTTAATTCTATATCTGTTGTTGAACGAAAAGGATGCTTTGTAATTCGCCCATGTTCTTACCCATCCCCTTCCTCCTGCAATCCAGTATGTTTCGAATACTCAACATACTCTACGTGAAGAAAATTATGCGGCTGACTTTTTAGCTTAAGCTTGGTGCGTTGCAAACGCTTCATTGTGTGGATTGGGAATCTCATCCAGGTTTGAGAAGATTATTGGTTAATGATGGTGCTGGCATTGTGCACCTGAGGATTCATTGTTTTGTTTCTATTCTCTTTGTACCAAAATGAGAAAAGAAAAAACTTTCTGAATCTGATGTTCCACTGGATTTGCATTTTCTTTCCCAGTTGCAAACTTTTGCCAATCTGGCTTGGTTCTTAAGTGGCTTGCCTCTGAACCCTATATTACTGGTTACAATGTCTCTCGTTTTAGACTTTCTGTAGGTTGAAGACTTTTATGATATCCATACTGCATCCTGATCTCCTATTAAAATCAACAAATTCATGATCAAAACATTTAAGGTCATGAATTTGCTGCATCTGACCACATAATGGCTGAATTGCAGGGAACGACATGATATTTCCTAATTCAAAGTGAATAAAGTAGATAAATGATGAAGACGTTCAAATTGCCAATTGGTGCCACTTTGTGAAGCTGGCGGAGATTAATACCCTGTACAGACATAATGTGCTAGTTAGCTGAGTGGGAAAAGCCAATTCCACGACGCTTAGAGGGAAATGCTACAAACAACACACTGCAAACAACACCAACTCCAACGTGTCGCATGGTGCAACTGCTGCAAATGAAAGCACTGACATAAAGGCATGCAAAGATTCAACAAACTTTAGCTGATATTTTTTGCTGCAAATTCAGATGGAATGTTTTCTGATGCATCAATAATCCACAAACCGCGATATGAGGCAAACCCATGACAACCGTTTCCCTAAAGCTATCAGTGAAGCATGATAGAAAACATGACAATCCGCAGATGGCTAGAAGTGTGGCAATCAAGTACCGGCCTACTGAGCTGCAGTTACCTTGCTTTGTGAATAAGGGCGACAGCAGTTGAAAAGTAAGAACTGTTCCTGTAGGTAAATAATTGGCAATGGCCAGTGCTTTGAAATGTCTTGGTAAGAGGAGCTTTGTGTTTCTAGGTCTTTTGCTCTGTTTCAATAGCAGATATACCTCCAATTAGGGGGAGTTTTTGCTCATTATGATTCTGGGATTTCTCAGCCACTCCTCTAATCTCCATGACCTGGCAGCTATGGATTCTGGCTACACTGTTCTTCATTTCAGCTTCCGGCTCACGATACAGGTCTATTTTGAGGAACTGCATGAATTATATACAGAGGAAGAAGTTGAATTTCACTGTGGGTGAAAAAAGGAAAAGTTGATTTTGATGCCTTGTAAAAACAGAAACTGAAATTGGGAAAAGCTATTCTAACCGAAATTCTTGAAGGAGAGTTTCGATTAACAATTATTGCAGAAAGTTCTTGTCCATTATGAATTTAATCTTTAGAAGTTGTCCTCATATGCACACAGACAAGCAGGGGGAGAAAGTGGATCCCCCATTTTTCATGAGGTGCTGGTTGACGGATGTGCTCCTGACGAGGCAACACAGGGTGCTGTGGTTGGTGGATTTGGCCTTGGGATAGAAGAAAGGTACGGGAAGCTTTGGAGTTGGTAGTGGCTGAGATGATGATTCAAACCATCTTACAGTTCGGCAGATTTGGTTTATAATCGTGCGTCATGGAACAAAAGGATCCACATAGCCGACCTGACTAGTTTGGAACTAAGACTTTGGTGTAGTTGTTCTTGTGGTTGGGCTAATCAGTGAATCGGTTGAGCATCTCGTTGTAAATCTGGAGGAGGATTTAACCACTCGGTGCTAGTTTTCTTGTTCTAACCATGTAAAACTTTCTCATGTTGTAAATCCTTTCTTTGCTAGCACAGTTCCCACATCTTCCTGGTAGTTTAAAAATCACAGATCCACTTTCTGTATGCATGGTGATGTCTTAAGAGCATGAAATGCTAACTTTCAGCAGCATCATTCTCAAATGCGAGGTTTATTGATTCAGGTTAAAAAGGAAATTGAAGTGAAAAAGAAAGTAGCACAACATTAATAACATCATTAGAGGACGCTTCTGTGTCATGTTCTTTTGATTGAGATAAACTCGTTCTCAAGTTTAAATAATTGTGGATGTTCAATCAAAGCACTTTCATATTCCTTTATGCGAGCCTTGAACTGGAGTCCTTTTCACATTTTTTACATTATTTTTTTATGTCATGGGTGTTTGTTAAATTATTATGAAAGAACAACTCAATCATAGTTTTTAGATCCGGTCTGGTAGCTGGTTTAATTCAAGACCTGAATTTTAATCGGATCAATTTTTTTAAAAAATCAAAATGGTATTATTTCAGTAAAAAAATCAAAAATCAATGAGTTACAACCGAGTTTTGCTTGGTTAACCTGTTCGGTCAGCTAGGTTATATCGGAATTTTTTTTTCAACCCAACTCGATTCTAGCCCCGTACCAACCCGTTGCGACAGGTATAAATTCAACTCTCCTAACTTTATCAGCTTTACTATATTCTAAACTAATAAAATTATTTCTAGAACGTGGTCAAAAATATTGGCAGGTTCACTATTTTCTTGTACAGAACTTTGATCCTATTAATTTT

发明人通过对众多杨树样品microRNA基因Pto-MIR475b及其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16的基因序列进行克隆测序以及多重比对，确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位及Pto-EMP16基因的第365位为与样品品质性状显著关联的SNP标记位点。其中Pto-MIR475b基因的第1929位碱基位于pto-miR475b前体侧翼区，靶基因Pto-RPF3-1内的第1828位碱基和Pto-EMP16内的第365位碱基位于基因启动子区域。

另外，发明人通过对众多杨树样品的基因进行测序发现，杨树microRNA基因Pto-MIR475b内的第1929位碱基为A/G，其靶基因Pto-RPF3-1内的第1828位碱基为A/G以及靶基因Pto-EMP16内的第365位碱基为A/G。

进一步地，发明人对Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位及Pto-EMP16基因的第365位点的基因型进行检测。需要说明的是，对于基因型的检测方法不作严格限定，可以采用本领域常规方法进行检测。根据本发明的实施例，采用锁核苷酸技术进行基因型检测。具体地，通过对待测位点设计引物，引物的设计要求是正向引物或反向引物的3’末端对应SNP功能位点，并将对应SNP位点的3’末端上的核苷酸进行LNA修饰。进行扩增后，根据扩增产物中目的条带的有无确定SNP位点的基因型。

根据本发明的实施例，在步骤S100中，确定预定位点的基因型是利用第一引物至第九引物进行的，其中，第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1～9所示的核苷酸序列。具体参见表1。

需要说明的是，根据本发明的实施例，以Pto-MIR475b基因第1929位为例，采用SEQID.1与SEQ ID.2之中任一条引物与SEQ ID.3组成引物对分别进行扩增，假设只有SEQ ID.1与SEQ ID.3的扩增产物中目的条带出现，而SEQ ID.2与SEQ ID.3的扩增产物中目的条带未出现，则可确定为AA，反之为GG；若SEQ ID.1与SEQ ID.3的扩增产物与SEQ ID.2与SEQ ID.3的扩增产物中目的条带均出现，则可确定为AG。

表1

根据本发明的实施例，Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，是杨树的木材品质性状优的指示。

需要说明的是，本发明所使用的术语“品质性状优”主要是相对于整体平均水平而言的，即Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG的杨树品质性状显著高于整体平均水平，可以以该杨树作为选育林木，从而缩短了育种周期。

根据本发明的实施例，品质性状包括综纤维素含量。发明人发现，以综纤维素含量作为品控指标，当杨树的Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，可以预测到杨树的综纤维素含量较高。由此，根据本发明实施例的方法能够有效地预测出杨树的综纤维素含量，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，杨树为毛白杨。由此，根据本发明实施例的方法能够有效地预测出毛白杨的木材品质性状，选育出优质毛白杨，缩短育种周期。

杨树选育方法

在本发明的另一方面，本发明提出了一种杨树选育方法。根据本发明的实施例，方法包括：(a)提供多个杨树候选株；(b)根据前面所描述的预测杨树木材品质性状的方法，预测杨树候选株的木材品质性状；和(c)基于步骤(b)的预测结果，选择并培育木材品质性状优的候选株。

常规的杨树通常需要在其长至10年左右，观察外观或者检测特定指标，才能够筛选出品质较好的杨树，所以整体培育时间较长。发明人发现，利用根据本发明实施例的杨树选育方法，在杨树候选株的生长早期(例如幼苗期)即可采用前面所描述的预测杨树候选株木材品质性状的方法，预测其木材品质性状，对于品质性状优的杨树候选株即可作为培育对象，从而大大缩短了育种周期。

需要说明的是，本发明所使用的术语“候选株”应作广义理解，既可以指个体，例如幼苗；也可以指器官，例如叶子；还可以指细胞、组织等。

本领域技术人员能够理解的是，前面针对预测杨树木材品质性状的方法所描述的特征和优点，同样适用于该杨树选育方法，在此不再赘述。

用于预测杨树木材品质性状的试剂盒

在本发明的又一方面，本发明提出了一种用于预测杨树木材品质性状的试剂盒。根据本发明的实施例，该试剂盒包括：适于确定杨树下列预定位点的基因型的试剂：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位。

发明人通过对众多杨树样品microRNA基因Pto-MIR475b，及其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16的基因序列进行克隆测序以及多重比对，确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位及Pto-EMP16基因的第365位为与样品品质性状显著关联的SNP标记位点。进而，利用根据本发明试剂盒确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位的基因型，从而能够预测到杨树木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，试剂包括：第一引物至第九引物，其中，第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1～9所示的核苷酸序列。发明人发现，利用上述引物能够有效地确定Pto-MIR475b及其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16的基因序列进行克隆测序以及多重比对，确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位及Pto-EMP16基因的第365位的基因型，从而能够预测到杨树木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。根据本发明的具体实施例，采用锁核苷酸技术进行基因型检测。具体地，通过对待测位点设计引物，引物的设计要求是正向引物或反向引物的3’末端对应SNP功能位点，并将对应SNP位点的3’末端上的核苷酸进行LNA修饰。进行扩增后，根据扩增产物中目的条带的有无确定SNP位点的基因型。

根据本发明的实施例，品质性状包括综纤维素含量。发明人发现，以综纤维素含量作为品控指标，当杨树的Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，可以预测到杨树的综纤维素含量较高。由此，根据本发明实施例的试剂盒能够有效地预测出杨树的综纤维素含量，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，杨树为毛白杨。由此，根据本发明实施例的试剂盒能够有效地预测出毛白杨的木材品质性状，选育出优质毛白杨，缩短育种周期。

用于预测杨树木材品质性状的设备

在本发明的又一方面，本发明提出了一种用于预测杨树木材品质性状的设备。根据本发明的实施例，参见图2，该设备包括：基因型确定单元100以及计算单元200。下面将分别对其进行详细描述。

基因型确定单元100

根据本发明的实施例，基因型确定单元用于确定杨树下列预定位点的基因型：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位。发明人通过对众多杨树样品microRNA基因Pto-MIR475b，及其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16的基因序列进行克隆测序以及多重比对，确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位及Pto-EMP16基因的第365位为与样品品质性状显著关联的SNP标记位点。进而，通过基因型确定单元100确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位的基因型，从而能够预测到杨树木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

计算单元200

根据本发明的实施例，计算单元200与基因型确定单元100相连，用于基于预定位点的基因型，预测杨树的木材品质性状，其中，Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，是杨树的木材品质性状优的指示。

需要说明的是，本发明所使用的术语“品质性状优”主要是相对于整体平均水平而言的，即Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG的杨树品质性状显著高于整体平均水平，可以以该杨树作为选育林木，从而缩短了育种周期。

根据本发明的实施例，基因型确定单元中设置有第一引物至第九引物，其中，第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1～9所示的核苷酸序列。发明人发现，利用上述引物能够有效地确定Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位的基因型。根据本发明的具体实施例，采用锁核苷酸技术进行基因型检测。具体地，通过对待测位点设计引物，引物的设计要求是正向引物或反向引物的3’末端对应SNP功能位点，并将对应SNP位点的3’末端上的核苷酸进行LNA修饰。进行扩增后，根据扩增产物中目的条带的有无确定SNP位点的基因型。

根据本发明的实施例，品质性状包括综纤维素含量。发明人发现，以综纤维素含量作为品控指标，当杨树的Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，可以预测到杨树的综纤维素含量较高。由此，根据本发明实施例的设备能够有效地预测出杨树的综纤维素含量，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，杨树为毛白杨。由此，根据本发明实施例的设备能够有效地预测出毛白杨的木材品质性状，选育出优质毛白杨，缩短育种周期。

杨树选育系统

在本发明的又一方面，本发明提出了一种杨树选育系统。根据本发明的实施例，参见图3，该系统包括：候选株获取设备1000、性状预测设备2000以及培育设备3000。下面将分别对其进行详细描述。

候选株获取设备1000

根据本发明的实施例，候选株获取设备用于提供多个杨树候选株。

性状预测设备2000

根据本发明的实施例，性状预测设备与候选株获取设备相连，性状预测设备为前面所描述的用于预测杨树木材品质性状的设备，并且用于预测杨树候选株的木材品质性状。

培育设备3000

根据本发明的实施例，培育设备与性状预测设备相连，培育设备用于基于性状预测设备的预测结果，选择并培育木材品质性状优的候选株。

发明人发现，利用根据本发明实施例的杨树选育系统，在杨树候选株的生长早期即可通过前面所描述的预测杨树候选株木材品质性状的方法，预测其木材品质性状，对于品质性状优的杨树候选株即可作为培育对象，从而大大缩短了育种周期。

根据本发明的实施例，品质性状包括综纤维素含量。发明人发现，以综纤维素含量作为品控指标，当杨树的Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，可以预测到杨树的综纤维素含量较高。由此，根据本发明实施例的系统能够有效地预测出杨树的综纤维素含量，选育出优质杨树，缩短育种周期。

根据本发明的实施例，杨树为毛白杨。由此，根据本发明实施例的系统能够有效地预测出毛白杨的木材品质性状，选育出优质毛白杨，缩短育种周期。

预定位点的基因型在预测杨树的木材性状中的用途

在本发明的又一方面，本发明提出了预定位点的基因型在预测杨树的木材性状中的用途。根据本发明的实施例，预定位点包括：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位。由此，通过确定上述预定位点的基因型，从而预测出杨树的木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。

下面将结合实施例对本发明的方案进行解释。本领域技术人员将会理解，下面的实施例仅用于说明本发明，而不应视为限定本发明的范围。实施例中未注明具体技术或条件的，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品。

实施例1

发明人通过下列步骤获得与杨树木材品质性状(综纤维素含量)显著关联的3个功能性SNP标记位点(毛白杨microRNA基因Pto-MIR475b内的第1929位，及其靶基因Pto-RPF3-1内的第1828位和Pto-EMP16内的第365位的SNP位点)：

(1)DNA提取：从全国毛白杨种质资源库中选取435株个体作为关联群体，利用CTAB法提取每株个体的基因组DNA；

(2)SNP发现和基因分型：以最大程度地反映毛白杨自然分布区域的40个基因型个体的总DNA为模板，对毛白杨microRNA基因Pto-MIR475b及其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16进行克隆测序，利用MEGA 4.0对测序片段比对分析，发现基因内出现频率>10％的SNP位点。采用锁核苷酸(LNA)法(引物如表1所示的核苷酸序列)将这些位点在关联群体中进行基因分型，该方法包括：S1，针对SNP位点设计PCR扩增引物，PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应待测SNP位点，对对应待测SNP位点的3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；S2，采用PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定待测样本的SNP位点基因型；

(3)表型的测定

利用近红外光谱测定仪测定每个基因型个体的综纤维素含量指标；

(4)同时利用MDR3.0.2软件对毛白杨microRNA基因Pto-MIR475b及其靶基因Pto-RPF3-1和Pto-EMP16内具有遗传互作效应的位点进行检测，将检测出的位点组合与杨树品质性状(综纤维素含量)进行关联分析，并对结果进行FDR多重检验，最终检测到毛白杨microRNA基因Pto-MIR475b基因内的第1929位，及其靶基因Pto-RPF3-1基因内的第1828位和Pto-EMP16基因内的第365位的SNP位点之间存在的遗传互作对毛白杨木材品质性状(综纤维素含量)具有显著的关联。

(5)根据个体基因型数据对实验样品进行分类，结果发现，当microRNA基因Pto-MIR475b第1929位基因型为GG，Pto-RPF3-1第1828位基因型为GG和Pto-EMP16第365位基因型为GG时，毛白杨的品质性状好，体现在综纤维素含量平均值(具有上述基因型个体)与整体综纤维素含量平均值(40个基因型个体)相比高14.97％；当Pto-MIR475b第1929位基因型为AA，Pto-RPF3-1第1828位基因型为AA和Pto-EMP16第365位基因型为GG时，毛白杨的生长性状差，体现在综纤维素含量平均值(具有上述基因型个体)与整体综纤维素含量平均值(40个基因型个体)相比低34.22％(图4)。

在本说明书的描述中，参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中，对上述术语的示意性表述不必须针对的是相同的实施例或示例。而且，描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。此外，在不相互矛盾的情况下，本领域的技术人员可以将本说明书中描述的不同实施例或示例以及不同实施例或示例的特征进行结合和组合。

尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例，可以理解的是，上述实施例是示例性的，不能理解为对本发明的限制，本领域的普通技术人员在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。

SEQUENCE LISTING

<110> 北京林业大学

<120> 一种联合利用microRNA及其靶基因内SNP筛选杨树木材品质性状的方法

<130> PIDC3168756

<160> 12

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 1

caagttcaag aagaacccct ta 22

<210> 2

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 2

caagttcaag aagaacccct tg 22

<210> 3

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 3

gataatgaac ccattccgaa c 21

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 4

tttcctcttc ttcaaaacgc a 21

<210> 5

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 5

tttcctcttc ttcaaaacgc g 21

<210> 6

<211> 22

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 6

cttttttgtg cctccttcca gc 22

<210> 7

<211> 23

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 7

gaaaaaaaat aaaaatatat tgg 23

<210> 8

<211> 23

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 8

<400> 8

gaaaaaaaat aaaaatatat tga 23

<210> 9

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> 引物

<400> 9

gattgatcaa agtgttttaa 20

<210> 10

<211> 2136

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> DNA

<400> 10

tgggtttttc atgtttagtg atttggttaa ttgggtttta atttgtttca tgcttttatt 60

agtgactagt tttgattttg agtttgataa attgctgtga ttattgcatg atctggggat 120

taaaacaaaa acacactttc ttgatctggg gattttagtt taatttgatt tattgttttt 180

tcttataatt aacttttaat ttgtttcatg cttttattaa taagtagttt tgattttggt 240

ttgatgaatt gctgggatta tttcctgatc cgggggatta aaagaaaagg acacctgttt 300

gatcttgggg agtaaaataa aaaaggcacc tgtttgaatg ggaggtagtg aagcaccatc 360

acaaacccca gatcttttag tagagaaggt aattgtccag tttttagatt ctgggacctg 420

cgtgaaataa catatagttc tggtattgat ctgggacgct ggtgagcttg agcgcctttt 480

tgggcctttt agggttttgt ttcgtcatga actcacgggg cccacgggga gggcatcctt 540

ttcctgttta aaaacaagat actcaagatg agcagattgc agtgatctgg agagaaacaa 600

tgagagcgac ctttgtagat gagatgattg ggcgaaaagc ctttttaggg cttctgcagc 660

cgctttcacc ttcaacaaca aatgggtatt gcgaactttc ctgtttgtat ttttactgtt 720

cgatcttcca gttccaaatt ctcataccct aacttgcact gcttctgcat ctagcattag 780

attaaagttt ttgtttttgc tataaaaaaa cggtgtgttt ggtggtaata ccaatcacaa 840

cagttttaga tgactttata tcattcagtc agatggttgg cttgaaccct agctcatcca 900

tggtgaaatt tggctggtta ttagggtgga ttgtgcggaa gaaacagtat atgtagttaa 960

aatataaagg tcaaccagag ttgcgcttct ggctttcata gtcataacat cttgatcaat 1020

ggccattgta agagtagaag gatccatgaa gcaataactc tctttgctga aatgtgcgac 1080

caaatagact cttgatattt cattcttaca gtgcccattg attaagatgt tataacattg 1140

ttctcaaagg atttcttctc aaaaactgca catcatgtgt tgtacaagat ctcaacgaaa 1200

tggttgatag cagatcgcta tgtattcatc cacagtaagc atgctaatgg atgtggtatc 1260

agatggaaaa attatactgt gtttctgtga ggagtttctc aaaatgggaa tttcaataga 1320

aatatcattt tcagcccagc agtgttgtgg tggtctttcc tcaaaacagt taggctgcta 1380

taacgcatgt aagttattgt tacccaattt tccatcgtaa gaacagtaca atctactatt 1440

tcctcttcat atggtgacat gtcttggctc taggtcatgc tgtaggttct gctgtacata 1500

tagtaaaaag tgatcggtta ttagattctg taataaaagt ggtaaaagtt tattgttgtt 1560

ggtggttgtt tctgataaat tttcatgttt aagtactctt taagggttta ttttggggac 1620

tacttttgtc gaacttgaaa gaaaacaacc tctgccaatt ctctacactt ctcctttgat 1680

cttgatctct tggtctataa cttgtttaag gtacgaagat tgatgattta atgatgacat 1740

ctgattctgt tgattggggg ttcctattct attttatttt agcctcttga attctttttg 1800

aagtttgatg atcgagacca tgttgcttta cagaatacag attcccactt ctgcatctca 1860

attactgtgt cctggtgaga tacttctcat gtgtgaagag attaagtcaa gttcaagaag 1920

aaccccttac cccttgtgat tgtgtggttg tcatgtaaat tctctcaaga attcttgtca 1980

gtaatttcat cttgtcatgt gaattcgctt ctcaataatt cttccctaac ttatttaatc 2040

tctgatactg ttctagtgct cttgatacaa agaagtgttt gggctgtatt cagcacctgt 2100

ggtaattcta ttacttgggt aaggcttgaa cgacaa 2136

<210> 11

<211> 5793

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> DNA

<400> 11

ttttaggttt tgttagaaaa tctcagctat ttgaccttaa ttcctatgcg atagttcttc 60

taataaatgt tcttttgatt gctgatcctt cttttcttaa tgatttgttg aagaatttga 120

tgccatggaa tatattcctt acatttttct ctcttctaaa tggcttcaat acaggcaaga 180

tagggaagaa gacaatgcaa cgttcaatgc tgatagctca tcgggagatg atgcctcatt 240

ccagacaaag gaggtggcag tgttggccag ctggtttgct taaaatgcct aaatagcttt 300

tctttttcct ttcctttttt ccctctcttg tgtggattgt tttcccttgt tcttctgcat 360

ctcttttttt ttcctatcaa tcattgacta tttttcctta gcccgtagtg gagtgcaggc 420

attagactag tatatactat gctatcatgg aaaatgtttt tgggttgtcc acttgctgtg 480

acaagacgaa atatgaaaga aatttgtgtt tctagtgcag tgggtattag ataccacgtg 540

gtatttttgc ttagccattc tctttttggc ttgttgcaat taacttattt tatccttaat 600

gatcccattt atcaaaaaag aaaaaaaagc taactaaata tatattatag cctatagtgt 660

aattctaata gaaaaggtga aacctttgat attgaaaatt ggcttgccta aaagatgata 720

atgatctact gttaatagcc atgccgtgat gaaaattatg agtaacgatt cctttgagag 780

ttcatgttgt tgtaatgtat aatgtgatgc aagctttgta tttgtttctg gatgattctt 840

tcatgtcttg tattccaata tcttgcagat accaagaaca gttacaagtg accataaagg 900

gtctccagca actcttagaa aaggcaggat ggtgttgaga gatgatgatt ttccaatgga 960

ttgctcatgg caagccacaa gaagcatgtc tctttctcgt agctgtaaat ttggggtaag 1020

gttaccaatt atatgccgca ggcagtctca gtcacagcca tgtacagcgt tgttcttgaa 1080

ctgaaagaaa gccaagtact gttttcttca tgatgctttt cacaataacg atcccgagga 1140

tgtatcagac aagacattgg acaatagcag cagttcaagc tcagtcaaag aggagacccg 1200

ttctcgaacc cagaacattt ttttgtttat catggccatc ttttcttcat gatgattttc 1260

attaaaccat taaataacaa ttattaaaca aggcaaggaa aatctgctat gctattttat 1320

cagtttaata aaattagcat aagaattaag atacaaatca cgccatggat tccttgcatg 1380

tatacatact ttttggatat acaaagcatg aattcttcaa tcgagttttg cctgattttc 1440

cttgcgaagc tgctatttga tcagttttgc atgaatgctt gataccttta caaggatact 1500

aatggcaaag agtccatgag cggtaccaga agctcaacag aaactgcatt tctgggcaaa 1560

gctaaccgtg aaaattttcc ttcctcatca tcaacaagaa gcttccctgt tcatagaaaa 1620

atgttcaggc agaatcctgg ttagcagaca cactctaagc aagtagagtg aggaaactct 1680

cgccgaaaat gtacacgatt gctcggaaga tgttccctga agaaaataaa agccaatatt 1740

gagaatggac gcaatttaaa atttgaaagc aaatgtggac tggattgtat tagctgtaaa 1800

ttttgtgttt cctcttcttc aaaacgcaag cgttttagaa gtgcccattc caaccgttca 1860

ttcccaccca attttcttcc cgaaatttct tcattctcct gctttcccaa atccctttct 1920

tcaacctctg tcgttttgat aaagttttca ccaaaaaaaa aaaagaccac gaggagaaga 1980

aaaaacacgg aggaaggtcg atgatggcgg cggcggctgc ggcagtgagg ctaggaggtt 2040

cagaaacctt ttttattggc tcccaaactc agcgatgtca aatgaaaatg atgagtacgc 2100

ttcttctatc tccaaccact tcatcactgc tgtctagcaa ccactccagc tccatttctt 2160

cttctagcac tagcactagc actagcacta gcagtagcag tagagataaa cacaactatg 2220

atggtgcttc ttcttttaga aacattgatg atgcccttgc ttctttcaat cacatgcttc 2280

atagggaacc cctgccctgt atcatcgaat tcactaaatt attgtctgca attgtcaaaa 2340

tgggacagta ttatggtgct gtgatttctc tttccaaaca aatggaatta gctgggcttt 2400

ctcctgatat ttatactctt tctatcttga ttgattgctt ctcccacttg caacgtgtcg 2460

atcttgcctt ctctgtcttc tccaaaatga ttaaactcgg tcttcaaccc gatgctgtca 2520

catttaacac cttaatcaat gggctctgta aagttggtaa atttgcccaa gccgtggaat 2580

tctttgatga ttttgaggca agcgggtgtc aacctactgt ctacacttat actacgatta 2640

tcaatggctt atgtaagatc ggggaaacta ctgcggctgc tggattgttt aagaaaatgg 2700

aagaggcagg ctgccagccg aatgtggtga catacaatat actcattgac agtctttgca 2760

aagataagct ggtgaatgag gctttagata ttttctctta tatgaaggct aaacgcattt 2820

cccctgatat tttcacttac aactctttaa tccagggctt atgcaatttc aggcgatgga 2880

aggaggcttc ggcattgcta aatgaaatga cgaggttgaa tatcatgcca aatattttca 2940

ccttcaacgt gctagttgat gcaatttgta aagaaggcaa ggtttcagag gctcaaggag 3000

tgtttaaaac aatgactgaa atgggtgtgg agcctgacgt tgttacttat agttctttga 3060

tgtatggata ttccttgcgg atggaaattg ttgaagctag aaagctgttt gaagccatga 3120

taaccaaggg ttgtaaacct gatgttttta gttataacat cctaattaaa ggatactgta 3180

aggccaaaag gatagatgag gccaagcagc tttttaatga aatgattcat caaggtttaa 3240

ctccggacaa tgttaactac aacactctta ttcatggctt gtgccagtta ggcagacttc 3300

gggaagcaca agatcttttc aagactatgc actctaatgg caatctccca gatttattta 3360

cttactcgat gttgcttgat ggcttttgca aagaagggta tcttggtaag gcattcagac 3420

tgtttcgagt aatgcaaagt acttacttga agcctgatat agcaatgtat aacattctga 3480

ttgatgccat gtgcaaattt ggtaatctta aagatgcaag gaaactgttt tcagaactct 3540

ttgtccaagg attgctgcct aatgttcaga tatacactac aataataaat aatctttgta 3600

aagaagggtt gttagatgaa gcattggaag ctttccgaaa tatggaaggg gatggctgcc 3660

ctccggatga attttcttat aatgttatta ttcgaggatt tctccagcac aaggatgaat 3720

caagggcagc acagcttatt ggagaaatga gagacagagg ttttgttgca gaagcgggga 3780

ccacaacttg gtagaagatc tgttttctaa tgaagacaat cttgttctga aggagtatcc 3840

aggattacgt gaagttcgtc atggtgaaaa ggtgatgtaa atttttattt ccccatgctg 3900

acaaatatta agtaattttt cgtcaacatg taagttaatt tttagttcaa ccttgtcaat 3960

atcttaacaa tgaaactagt tacttgccac caaatcattg caattgctaa actaatagtt 4020

tgtgtctgtg tgcctgtttg ggattgcggc ccaaacagag gttggtcaaa attcattttt 4080

tttttgttta aaattatttt tttatgtttt cggattgttt tgatgtgtta atgtcaaaaa 4140

taaattttaa aaaataacaa aatatattat tttgatgtat ttctaatcga aaagtatttt 4200

gaaaaacaac tgttatcaca ctctcaaaca tctatgtctt gatgagtggt tgtggtgaga 4260

tttctatatt atgttttcag tagccagcaa aatgttgctg ttgttccaac actatgttta 4320

ctaaaaagat cattgccttt caatcttttg tgctgctgag cttcactgat tgtttgagtc 4380

tgtgaagatc tatattgtcc tcttgggcat ttttttgttc ttgagtctgt gtgtgtgtgt 4440

gtgaatgatc aattatggga attttcacat gcttaggaaa ggaaattcca gtagatctaa 4500

gtagctgatt ttttttaatc atagacttgg atgtacgaac ttgtgtggaa agtacttgag 4560

gatagcatgc agttcaggga actgttatgc tcatatctac attacaagaa agattttgag 4620

ttgggaattg agaggtctat gttgttgtgc tgtagtttgt aagaaacgtc tgaatttttg 4680

agtgaggatg gtaaatgttt aatttttgga tggtttctct ctgatttcat aatatattag 4740

ggagattata ataatttata aaaaaaatga aatattttta agttaacacc caaaaatcca 4800

aaaagaatct aaaaaaatta gggtagttta ctcagcaaaa cctcaaataa aagaaaaaag 4860

aaaaagggtg tgcaaagaat gagaaaagag gttcacgaga aatcagacat tttatagggc 4920

tgtagaaact tgttgattga gatggctggg gggatgtatg tttcatgtct cattcattga 4980

agaggaaaaa ataaacagaa ggtgagttca atagtgagtg aaaactctct cggatttcaa 5040

ttacgtagac ctttttatct gggctttttg caaggatgaa ttcaataaga aacttgaaat 5100

ggctttatag aagtctattt gaacaaaaat tagaatgatt ttttttatta ttactgtaaa 5160

gaatagtgcc tcgactaata tcatacagaa ctctcctggc tgcattgacc atgcagaagt 5220

gcttcgactc atgcagactg ttatcagtgg caggtgcaat gctggcagaa tatgcaatta 5280

gaatttttga caagatatgt gaacatggaa tcactcctaa tttgaagact tcggagaccc 5340

tgatttggga tttgctgaag ccaagcagcc atggaaggca gaagaaattc tccaggttat 5400

gacagaattt gaggttccgc ctgaggaatc aaccatgttg cttgttactg aagcatggcg 5460

tgctgctgga atgacagaag aggcaagtag aattcttggt acaataaaca aaaaagaaat 5520

gatcagtcaa aaagagactg gaaaatcaaa tagcagtagg aaacatagag aaactgtatc 5580

aaaagcaaac agcaggtgtc cgtgttccaa tatcttgcag aacccaagta cagttacaag 5640

tgaccataaa gggtctcctg caactcatag aaaaggcagg atggtgttga gagatgatga 5700

tttttcagtg gagtgcccat ggcttgccac aagaaacatg tcgcttcctc atagctgtag 5760

attttgggta agtttaccaa ttatttgtcg caa 5793

<210> 12

<211> 7127

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> DNA

<400> 12

aaggataaaa aaaatagcaa ttaagataat gaagatcaaa atgaaaataa acaaattttg 60

atttttgatg gaggggtgaa attgaaaaga aaaatcaaat taacaaatga cccaaaagta 120

aaaaaaaata agaatcaaaa ttgaaataaa aaataataat aaatttttta ttagagggtg 180

aaattcaaaa gaaaagatca tgataaataa tgattgtggc cagatatgct atttaatata 240

tcattcttat gagttatggg tataatggtt taagtcatga gttgggtggg tgagcttata 300

agttaatgga ttaatcagaa ttttaattat tgatttattt tagaaaaaaa ataaaaatat 360

attggtaaga taaacaaaaa ataatttgac aagaaaaatc aagctgacat gagactagat 420

tttattatta tgcttattaa aacggtgtgt ggaatcttca tatgttcata ggccgagcaa 480

gtttgacagg catgcctcag tagattttaa tggattggtt tatacaaaat tttcaaaccc 540

attaacctaa attctaacta gtttcacaaa attttaattt tttttaaaaa aactaatttt 600

tctggcaaaa cattcgtgcc acattgcacc gtgtattgta ctcacaattt actatgaatt 660

tcaatagaaa tttcttttct gttttgacct tttaatcttt gcatgtgtta tttatggtgt 720

attgtgggtt gaagttttca taaattttta tattttctta tatttgaagg ttttaaataa 780

attttaaaac ttgattaaag atcaatttaa tgatggaatt taaaaaagga tcaacttcaa 840

aacaagaaaa attatgatct atctagaatt cacgtcaaaa aatataattt tctccatata 900

ttttttattg attaaaggct attttgagat aatatatgag ctttttaaga tttatgagat 960

atttttcata tgttttcaag ttaaaaagag ttaaaaatag acttttttta tctaaaagct 1020

aagtacctaa cttgcggcct cctaaggtgg ctataattct actagtaaat gacttgtagt 1080

aaaccacgtg ttgtttgttt aggatatatt tgtttctcga aaagtaattt ttgaaaaatt 1140

attttaaaat ttttttgtat ttgtttattt ttataaaagt tggttaatga aaaatacttt 1200

ctggttaacg gaaaatactt tccagtcaat ttcagtcaaa gaaaaattta acttagtttt 1260

cagaaaagtg ttttcccttt aattgtattt gttttccgga aagtggtttc cgaaaaataa 1320

ctttccaaac tttcttgttt ttatttgcaa ttagaaaagt tggtcaatgg aaaacacttt 1380

ccaataaaag aaaaatttag cttggttttc aggaaagtgt gagaaaggaa acgtttttgt 1440

gtaattggta ggcttttcaa ctcagctata catatttgaa aaacacaata ctaacgtaga 1500

atgccttaga tttcaattca aggttatttt caaatagatt gaaatgttca atttcagttt 1560

tatagataat ttttattttt gttttaaatt tttattttta gtattttcag atcattttga 1620

tgtattaata tagaattaat ttttaaaaac aaattatttt aatatatttt taaataaaaa 1680

caaatattta tttcaatata ttttttaaaa attattatta tcacccaatc aaaacttttc 1740

ttttgtaaga gtacattttt gtcttcattc tataaaattt tgtccgttaa aaaaaaatct 1800

gccagagtcc aagaagtgcc taaagcccaa gtagatatgg gctatgaatg cattgggttc 1860

aaatagaacg cagcctaaaa ttacccatta actcaaatca aaattcacgc acagaccaaa 1920

gaacctctct tgcatttccc aagcacagaa acagaatcat aaaattgttt tccatttccc 1980

tccttccaac ctttcgtctt aagaggccat ttgcaggttt ctctaaaaac ctgctaaaaa 2040

tacttttgta ttccaagaat tcacgctatt ttccaacact tcttatctgc acaccacctg 2100

tttgataaaa cgctaaaaag aaagtgaaaa gtgaactagc agcgatgggc gtgaaaacat 2160

tgcttaaatg gtcaaaacaa atcacccctt ctaaagttga gcaactactc agagcagaaa 2220

gggacttacg caaagctaaa atcatatttg attccgcaag cgcggaatac agcaatggtt 2280

ttaggcatga tcacacgacg tttggcgtca tgatctctaa attagtctcc gcgaatgagt 2340

ttagacccgc agaggaaatg cttaatagaa tgaaggaaga gaagtgcaga attactgagg 2400

agatattcct ttcaatttgc agaggctatg gccgggttca tttgccatta gatgccatca 2460

gggtttttca taaaatgaat gactttgggt gcaaacccac tgacaagtct tacatcagtg 2520

tatttgctat tcttgttgaa gagaatcaat taaaggttgc gatgagtttt tataagtata 2580

tgagggaaat gggtgttcga cagagtgttg tttcgcttaa tgttttgatt aaagcccttt 2640

gtaagaatag tggaacgatt gatgctgctt ttgagatatt tcgtgagatg ccaaaacgcg 2700

ggtgtgatcc ggattcgtat acgtatggta cactaattaa tggtttgtgt aagttgggta 2760

agacttttga agccaaggag ttgtttaaag agatggagac aaagggatgt tcaccgtccg 2820

ttgtcacgta ctcttgtttg atacatggct tgtgccaggc tggtaacgtg gatgaagcta 2880

tgggaatgtt tgatgagatg aagataaaag ccattgagcc aaatgtgttt acctatagtt 2940

ctttaatgga tggtctttgc aaggatgggg gttctttgga agccatggag ctactagaga 3000

tgatggtcag gaagcgccac aagcctaata tggtaacata tagcacgtta attaatgggc 3060

tctgtaaaga aggaaaactt gctgaagctg tggagactct tgacatgatg aagcttcagg 3120

gattgaaacc agatgcaggg ctctatggaa aaattataaa tgggttctgc aatattcgca 3180

agttccagga ggctgcaacc taccttgatg agatggttct agggcagatc tcaccaaacc 3240

gagtaacatg gagccttcat gttaagctta ataatatggt agtccaaggc ctttgtacaa 3300

atggcaacct ggatagagcc tttcagttgt acttaggtat gcgtactagg ggcatctcaa 3360

ttgatgctgg gacctttgat tctcttgtga aatgtttctg caagaaaggg gacttgcata 3420

aagctgctcg catttttgat gagatggtgc tcgatggatg tgttcctgac catggaatat 3480

ggagtgctgt ggttggtgga ttttgggata gaaggaaagt ccgggaagct tttgagtcga 3540

tagtggttga actaatgaat gaatttgttg agcatgtata gaaaatcata acgaagattt 3600

atgaattagt aagcacactt ggccctagtc ttacttgttc caatcacaga aaactctcat 3660

gttgttgttc attccttcaa aaataaagtt tccatatttt ctcagctggt ttaaaccata 3720

gattccctca ctctatacat ggtgatgcca ttaacataag aaataccaac tgttagtggc 3780

atcattccca actgcaaggt ttatcacact tcaacttgtt tatcctcaat cattatgctt 3840

atttgctggt ttttcgtatt tacagggcat tgggcatatt ttctttctct ctaattgctt 3900

ttctatgtcc cgacatctat agacacgcaa gcctttcttg cattgtagaa ctcttgttag 3960

cagataagaa gattaatagt gattacagat gcatagatgt aattttaaga caagagcaag 4020

cttgaaaggg accttccaca tgatttctac tatgtgctgt agagttatga gcactatttt 4080

gttacacagc cgtaaaaatc actgctacgt ggtgtctagt aaaatttcaa gaacaacagg 4140

ttcatggatg ggtataaacc atgttttgtc caagttaact tagaaaatgg atagctcaat 4200

cggtttctga actttaactt tttacttctt gttttatatt ataataaaag ctcaccataa 4260

cttttttcat gagcacatgt cttgtaattc gttgtaatgt caatgcttgt ttgttctttt 4320

caaagacccc aaataatttc ctttctcatt ggacatgcat tatctcatgg ttgatcactt 4380

tcttcttgtc agatgtacat atccattgtt tatattcact gcattttgta attatgattg 4440

agcaacaaac ttaattctat atctgttgtt gaacgaaaag gatgctttgt aattcgccca 4500

tgttcttacc catccccttc ctcctgcaat ccagtatgtt tcgaatactc aacatactct 4560

acgtgaagaa aattatgcgg ctgacttttt agcttaagct tggtgcgttg caaacgcttc 4620

attgtgtgga ttgggaatct catccaggtt tgagaagatt attggttaat gatggtgctg 4680

gcattgtgca cctgaggatt cattgttttg tttctattct ctttgtacca aaatgagaaa 4740

agaaaaaact ttctgaatct gatgttccac tggatttgca ttttctttcc cagttgcaaa 4800

cttttgccaa tctggcttgg ttcttaagtg gcttgcctct gaaccctata ttactggtta 4860

caatgtctct cgttttagac tttctgtagg ttgaagactt ttatgatatc catactgcat 4920

cctgatctcc tattaaaatc aacaaattca tgatcaaaac atttaaggtc atgaatttgc 4980

tgcatctgac cacataatgg ctgaattgca gggaacgaca tgatatttcc taattcaaag 5040

tgaataaagt agataaatga tgaagacgtt caaattgcca attggtgcca ctttgtgaag 5100

ctggcggaga ttaataccct gtacagacat aatgtgctag ttagctgagt gggaaaagcc 5160

aattccacga cgcttagagg gaaatgctac aaacaacaca ctgcaaacaa caccaactcc 5220

aacgtgtcgc atggtgcaac tgctgcaaat gaaagcactg acataaaggc atgcaaagat 5280

tcaacaaact ttagctgata ttttttgctg caaattcaga tggaatgttt tctgatgcat 5340

caataatcca caaaccgcga tatgaggcaa acccatgaca accgtttccc taaagctatc 5400

agtgaagcat gatagaaaac atgacaatcc gcagatggct agaagtgtgg caatcaagta 5460

ccggcctact gagctgcagt taccttgctt tgtgaataag ggcgacagca gttgaaaagt 5520

aagaactgtt cctgtaggta aataattggc aatggccagt gctttgaaat gtcttggtaa 5580

gaggagcttt gtgtttctag gtcttttgct ctgtttcaat agcagatata cctccaatta 5640

gggggagttt ttgctcatta tgattctggg atttctcagc cactcctcta atctccatga 5700

cctggcagct atggattctg gctacactgt tcttcatttc agcttccggc tcacgataca 5760

ggtctatttt gaggaactgc atgaattata tacagaggaa gaagttgaat ttcactgtgg 5820

gtgaaaaaag gaaaagttga ttttgatgcc ttgtaaaaac agaaactgaa attgggaaaa 5880

gctattctaa ccgaaattct tgaaggagag tttcgattaa caattattgc agaaagttct 5940

tgtccattat gaatttaatc tttagaagtt gtcctcatat gcacacagac aagcaggggg 6000

agaaagtgga tcccccattt ttcatgaggt gctggttgac ggatgtgctc ctgacgaggc 6060

aacacagggt gctgtggttg gtggatttgg ccttgggata gaagaaaggt acgggaagct 6120

ttggagttgg tagtggctga gatgatgatt caaaccatct tacagttcgg cagatttggt 6180

ttataatcgt gcgtcatgga acaaaaggat ccacatagcc gacctgacta gtttggaact 6240

aagactttgg tgtagttgtt cttgtggttg ggctaatcag tgaatcggtt gagcatctcg 6300

ttgtaaatct ggaggaggat ttaaccactc ggtgctagtt ttcttgttct aaccatgtaa 6360

aactttctca tgttgtaaat cctttctttg ctagcacagt tcccacatct tcctggtagt 6420

ttaaaaatca cagatccact ttctgtatgc atggtgatgt cttaagagca tgaaatgcta 6480

actttcagca gcatcattct caaatgcgag gtttattgat tcaggttaaa aaggaaattg 6540

aagtgaaaaa gaaagtagca caacattaat aacatcatta gaggacgctt ctgtgtcatg 6600

ttcttttgat tgagataaac tcgttctcaa gtttaaataa ttgtggatgt tcaatcaaag 6660

cactttcata ttcctttatg cgagccttga actggagtcc ttttcacatt ttttacatta 6720

tttttttatg tcatgggtgt ttgttaaatt attatgaaag aacaactcaa tcatagtttt 6780

tagatccggt ctggtagctg gtttaattca agacctgaat tttaatcgga tcaatttttt 6840

taaaaaatca aaatggtatt atttcagtaa aaaaatcaaa aatcaatgag ttacaaccga 6900

gttttgcttg gttaacctgt tcggtcagct aggttatatc ggaatttttt tttcaaccca 6960

actcgattct agccccgtac caacccgttg cgacaggtat aaattcaact ctcctaactt 7020

tatcagcttt actatattct aaactaataa aattatttct agaacgtggt caaaaatatt 7080

ggcaggttca ctattttctt gtacagaact ttgatcctat taatttt 7127

Claims (9)

1.一种预测杨树木材品质性状的方法，其特征在于，包括：

（1）确定所述杨树下列预定位点的基因型：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位；以及

（2）基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的木材品质性状，

其中，所述Pto-MIR475b基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 10，Pto-RPF3-1基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 11，Pto-EMP16基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 12；

所述Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，是所述杨树的木材品质性状优的指示；

所述品质性状为综纤维素含量，所述杨树为毛白杨。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤（1）中，确定所述预定位点的基因型是利用第一引物至第九引物进行的，其中，所述第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1~9所示的核苷酸序列。

3.一种杨树选育方法，其特征在于，包括：

（a）提供多个杨树候选株；

（b）根据权利要求1或2所述的方法，预测所述杨树候选株的木材品质性状；和

（c）基于步骤（b）的预测结果，选择并培育木材品质性状优的候选株。

4.一种用于预测杨树木材品质性状的试剂盒，包括：

适于确定所述杨树下列预定位点的基因型的试剂：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto- RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位；

所述Pto-MIR475b基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 10，Pto-RPF3-1基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 11，Pto-EMP16基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 12；

所述品质性状为综纤维素含量，所述杨树为毛白杨。

5.根据权利要求4所述试剂盒，其特征在于，所述试剂包括：

第一引物至第九引物，其中，所述第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1~9所示的核苷酸序列。

6.一种用于预测杨树木材品质性状的设备，包括：

基因型确定单元，所述基因型确定单元用于确定所述杨树下列预定位点的基因型：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位；以及

计算单元，所述计算单元与所述基因型确定单元相连，用于基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的木材品质性状，

其中，所述Pto-MIR475b基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 10，Pto-RPF3-1基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 11，Pto-EMP16基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 12；

所述品质性状为综纤维素含量，所述杨树为毛白杨；

所述Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG，是所述杨树的木材品质性状优的指示。

7.根据权利要求6所述的设备，其特征在于，所述基因型确定单元中设置有第一引物至第九引物，其中，所述第一引物至第九引物分别具有SEQ ID NO：1~9所示的核苷酸序列。

8.一种杨树选育系统，其特征在于，包括：

候选株获取设备，所述候选株获取设备用于提供多个杨树候选株；

性状预测设备，所述性状预测设备与所述候选株获取设备相连，所述性状预测设备为权利要求6或7所述的用于预测杨树木材品质性状的设备，并且用于预测所述杨树候选株的木材品质性状；和

培育设备，所述培育设备与所述性状预测设备相连，所述培育设备用于基于所述性状预测设备的预测结果，选择并培育木材品质性状优的候选株。

9.预定位点的基因型在预测杨树木材品质性状中的用途，其特征在于，所述预定位点包括：Pto-MIR475b基因的第1929位、Pto-RPF3-1基因的第1828位以及Pto-EMP16基因的第365位；

所述Pto-MIR475b基因的第1929位基因型为GG、Pto-RPF3-1基因的第1828位基因型为GG和Pto-EMP16基因的第365位基因型为GG；

所述Pto-MIR475b基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 10，Pto-RPF3-1基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 11，Pto-EMP16基因的核苷酸序列为SEQ ID NO. 12；

所述品质性状为综纤维素含量，所述杨树为毛白杨。

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