CN110885889B - 一种基于rs81469622位点的基因型鉴定猪背膘厚的方法及应用 - Google Patents

一种基于rs81469622位点的基因型鉴定猪背膘厚的方法及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种基于rs81469622位点的基因型鉴定猪背膘厚的方法。本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定猪背膘厚性状的方法，是检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，TT基因型的猪的背膘厚＞CT基因型的猪的背膘厚＞CC基因型的猪的背膘厚。rs81469622位点为如下(Ⅰ)或(Ⅱ)：(Ⅰ)猪基因组第18号染色体第11121298位核苷酸；(Ⅱ)猪基因组中序列表的序列1所示DNA区段的第26位核苷酸。rs81469622位点对猪活体背膘厚有显著影响，可作为分子遗传标记，寻找与其相关或紧密连锁的影响背膘厚数量性状基因座，以对猪直接进行基因型选择或标记辅助选择，从而加快猪优势品种的选育。

Description

一种基于rs81469622位点的基因型鉴定猪背膘厚的方法及 应用
技术领域
本发明属于基因工程领域，具体涉及一种基于rs81469622位点的基因型鉴定猪背膘厚的方法。
背景技术
我国是生猪养殖大国，也是猪肉消费大国。猪肉在诸多肉类产品中的比重一直保持在三分之一左右，是人们比较喜爱的副食之一。随着人们生活水平不断提高，人们的饮食习惯也有所改变，对蛋白含量高的瘦猪肉需求越来越大。因此，培育出优质的瘦肉型猪，成为了研究的热点。
背膘厚属于猪的胴体性状，容易测量和计算。背膘厚数值反映了猪肉脂肪含量的多少，背膘厚数值低表示猪肉的脂肪含量少，瘦肉率高；反之，背膘厚数值高表示瘦肉率低。因此，在生产和育种过程中十分重视对膘薄性状的选择。
随着分子生物学的发展，分子标记辅助选择在猪育种中发挥越来越重要的作用，大大加快了育种进程。单核苷酸多态性(SNP)是育种中运用较多的分子标记方法，主要思路是通过候选基因确定研究基因SNP位点，在确定基因的SNP位点后通过测序或酶切等方法进行SNP分型，获得不同个体在DNA水平的差异，然后通过关联分析，从而得到具有指导育种实践的基因型个体。
发明内容
本发明的目的是提供一种基于rs81469622位点的基因型鉴定猪背膘厚的方法。
本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定猪背膘厚性状的方法，是检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，TT基因型的猪的背膘厚＞CT基因型的猪的背膘厚＞CC基因型的猪的背膘厚。
检测待测猪基于rs81469622位点的基因型的方法为如下(a1)或(a2)：
(a1)直接测序；
(a2)以待测猪的基因组DNA为模板，采用特异引物对进行PCR扩增，然后对扩增产物进行测序；所述特异引物对的靶序列中具有rs81469622位点。
所述特异引物对由引物F和引物R组成；
所述引物F为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R为如下(b1)或(b2)：
(b1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(b2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。
本发明还保护一种特异引物对，由引物F和引物R组成；
所述引物F为如下(a1)或(a2)：
(a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
(a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R为如下(b1)或(b2)：
(b1)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
(b2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。
本发明还保护所述特异引物对的应用，为如下(c1)至(c8)中的任意一种：
(c1)鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚；
(c2)制备用于鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚的产品；
(c3)选育背膘厚薄的种猪；
(c4)制备用于选育背膘厚薄的种猪的产品；
(c5)选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪；
(c6)制备用于选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪的产品；
(c7)猪育种；
(c8)制备用于猪育种的产品。
本发明还保护用于检测rs81469622位点的物质的应用，为如下(c1)至(c8)中的任意一种：
(c1)鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚；
(c2)制备用于鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚的产品；
(c3)选育背膘厚薄的种猪；
(c4)制备用于选育背膘厚薄的种猪的产品；
(c5)选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪；
(c6)制备用于选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪的产品；
(c7)猪育种；
(c8)制备用于猪育种的产品。
本发明还保护一种选育背膘厚薄的种猪的方法，包括如下步骤：检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，选择CC基因型的猪作为种猪。
本发明还保护一种选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪的方法，包括如下步骤：检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，选择CC基因型的猪作为种猪。
以上任一所述rs81469622位点为如下(Ⅰ)或(Ⅱ)：
(Ⅰ)猪基因组第18号染色体第11121298位核苷酸；
(Ⅱ)猪基因组中序列表的序列1所示DNA区段的第26位核苷酸。
以上任一所述背膘厚为活体背膘厚。
以上任一所述背膘厚为100Kg体重活体校正背膘厚。
以上任一所述猪为大白猪。
rs81469622位点对猪活体背膘厚有显著影响，可作为分子遗传标记，寻找与其相关或紧密连锁的影响背膘厚数量性状基因座，以对猪直接进行基因型选择或标记辅助选择，从而加快猪优势品种的选育。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径获得。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
大白猪：四川天兆猪业股份有限公司和赤峰家育种猪生态科技集团有限公司。
猪只在85-130Kg范围称重，同时用B超测定倒数第3-4肋间、距背中线5cm处的背膘厚(以毫米为单位)，然后按照公式计算100Kg体重活体校正背膘厚(不同品种的B值不同)。目标体重背膘厚＝实际背膘厚+(目标体重-实际体重)×实际背膘厚/(实际体重-B)。目标体重为100kg。大白猪B值为-9.440。
实施例1、一种基于rs81469622位点鉴定猪活体背膘厚的方法
样本分别为1758头大白猪(均为母猪)。
一、rs81469622位点的发现
1、提取大白猪的耳组织样品的基因组DNA。
2、以步骤1获得的基因组DNA为模板，采用F1和R1组成的引物对进行PCR扩增。
F1(序列表的序列2)：5’-TCTGGTCAACACTGAGTTGGT-3’；
R1(序列表的序列3)：5’-TGCATGACAGTGTTACTTTGCTG-3’。
3、回收步骤2得到的PCR扩增产物，进行测序。
将各个测序结果进行比对，发现了rs81469622位点。
rs81469622位点为猪基因组(版本号为Sscrofa10.2)第18号染色体第11121298位。rs81469622位点及其在猪基因组(版本号为Sscrofa10.2)中的周边序列如序列表的序列1所示，rs81469622位点位于序列1的第26位核苷酸，为C/T多态。
基于rs81469622位点，待测猪的基因型为TT纯合型、CC纯合型或CT杂合型。
二、获得大白猪的100Kg体重活体校正背膘厚。
三、基因型与猪活体背膘厚的相关性分析
步骤一和步骤二的结果见表1(个别样本未检测到基因型数据)。在步骤一和步骤二的结果基础上，利用SPSS 20.0软件对基因型和100Kg体重活体校正背膘厚进行统计分析。
表1
基因型 样本数(个) 100kg校正背膘厚(mm) 标准差
CC 286 13.16 3.50
CT 865 16.45 3.91
TT 600 16.73 3.58
1758头大白猪中：CC基因型的猪个体共有286头，其100Kg体重活体校正背膘厚的平均值为13.16mm；CT基因型的猪个体共有865头，其100Kg体重活体校正背膘厚的平均值为16.45mm；TT基因型的猪个体共有600头，其100Kg体重活体校正背膘厚的平均值为16.73mm。对于100Kg体重活体校正背膘厚性状，TT基因型的猪大于CT基因型的猪，CT基因型的猪大于CC基因型的猪。
基于上述结果，建立方法如下：
检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，TT基因型的猪的背膘厚＞CT基因型的猪的背膘厚＞CC基因型的猪的背膘厚。
SEQUENCE LISTING
<110> 北京康普森生物技术有限公司
<120> 一种基于rs81469622位点的基因型鉴定猪背膘厚的方法及应用
<130> GNCYX181586
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 51
<212> DNA
<213> Sus scrofa domesticus
<220>
<221> misc_feature
<222> (26)
<223> y =t or c
<400> 1
actcagctcc aagccrgtct ctttcygcac ctcacccctt cctacttccc a 51
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 2
tctggtcaac actgagttgg t 21
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 3
tgcatgacag tgttactttg ctg 23

Claims (18)

1.一种鉴定或辅助鉴定猪背膘厚性状的方法，是检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，TT基因型的猪的背膘厚＞CT基因型的猪的背膘厚＞CC基因型的猪的背膘厚；
rs81469622位点为如下（Ⅰ）或（Ⅱ）：
（Ⅰ）猪基因组第18号染色体第11121298位核苷酸；
（Ⅱ）猪基因组中序列表的序列1所示DNA区段的第26位核苷酸。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：
检测待测猪基于rs81469622位点的基因型的方法为如下（a1）或（a2）：
（a1）直接测序；
（a2）以待测猪的基因组DNA为模板，采用特异引物对进行PCR扩增，然后对扩增产物进行测序；所述特异引物对的靶序列中具有rs81469622位点。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于：所述特异引物对由引物F和引物R组成；所述引物F为序列表的序列2所示的单链DNA分子；所述引物R为序列表的序列3所示的单链DNA分子。
4.根据权利要求1-3中任一所述的方法，其特征在于：所述背膘厚为100Kg体重活体校正背膘厚。
5.根据权利要求1-3中任一所述的方法，其特征在于：所述猪为大白猪。
6.特异引物对，由引物F和引物R组成；所述引物F为序列表的序列2所示的单链DNA分子；所述引物R为序列表的序列3所示的单链DNA分子。
7.权利要求6所述特异引物对的应用，为如下（c1）至（c8）中的任意一种：
（c1）鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚；
（c2）制备用于鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚的产品；
（c3）选育背膘厚薄的种猪；
（c4）制备用于选育背膘厚薄的种猪的产品；
（c5）选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪；
（c6）制备用于选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪的产品；
（c7）猪育种；
（c8）制备用于猪育种的产品。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：所述背膘厚为100Kg体重活体校正背膘厚。
9.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：所述猪为大白猪。
10.用于检测rs81469622位点的引物对的应用，为如下（c1）至（c8）中的任意一种：
（c1）鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚；
（c2）制备用于鉴定或辅助鉴定猪的背膘厚的产品；
（c3）选育背膘厚薄的种猪；
（c4）制备用于选育背膘厚薄的种猪的产品；
（c5）选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪；
（c6）制备用于选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪的产品；
（c7）猪育种；
（c8）制备用于猪育种的产品；
rs81469622位点为如下（Ⅰ）或（Ⅱ）：
（Ⅰ）猪基因组第18号染色体第11121298位核苷酸；
（Ⅱ）猪基因组中序列表的序列1所示DNA区段的第26位核苷酸；
所述检测rs81469622位点指的是检测待测猪基于rs81469622位点的基因型；TT基因型的猪的背膘厚＞CT基因型的猪的背膘厚＞CC基因型的猪的背膘厚。
11.根据权利要求10所述的应用，其特征在于：所述背膘厚为100Kg体重活体校正背膘厚。
12.根据权利要求10所述的应用，其特征在于：所述猪为大白猪。
13.一种选育背膘厚薄的种猪的方法，包括如下步骤：检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，选择CC基因型的猪作为种猪；
rs81469622位点为如下（Ⅰ）或（Ⅱ）：
（Ⅰ）猪基因组第18号染色体第11121298位核苷酸；
（Ⅱ）猪基因组中序列表的序列1所示DNA区段的第26位核苷酸。
14.根据权利要求13所述的方法，其特征在于：所述背膘厚为100Kg体重活体校正背膘厚。
15.根据权利要求13所述的方法，其特征在于：所述猪为大白猪。
16.一种选育瘦肉率高和/或脂肪含量低的种猪的方法，包括如下步骤：检测待测猪基于rs81469622位点的基因型，选择CC基因型的猪作为种猪；
rs81469622位点为如下（Ⅰ）或（Ⅱ）：
（Ⅰ）猪基因组第18号染色体第11121298位核苷酸；
（Ⅱ）猪基因组中序列表的序列1所示DNA区段的第26位核苷酸。
17.根据权利要求16所述的的方法，其特征在于：所述背膘厚为100Kg体重活体校正背膘厚。
18.根据权利要求16所述的的方法，其特征在于：所述猪为大白猪。
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