CN108048544A - 一种用于鉴定中药麝香的pcr方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种用于鉴定中药麝香的PCR方法。该方法包括:从待测中药样品中提取基因组DNA作为模板,采用引物对(SEQ ID No.1和SEQ ID No.2)进行PCR扩增;对所得PCR产物进行测序;将测序序列与标准序列进行比较,如果测序序列与所述标准序列完全一致或者仅有1个核苷酸的差异,则待测中药样品为麝香;或者以测序序列和标准序列构建NJ树,如果测序序列与标准序列在NJ树的同一个分枝上,则待测中药样品为麝香。本发明所建立的用于鉴定中药麝香的PCR方法快速、准确、科学性强且使用方便,对于确保药材市场中麝香的质量及其临床疗效具有重要意义。
Description
技术领域
本发明属于中药鉴定领域,涉及一种用于鉴定中药麝香的PCR方法。
背景技术
麝香是麝科动物林麝Moschus berezovskii Flerov.,马麝M.sifanicusPrzewalski或原麝M.moschiferus L.成熟雄性香囊的干燥分泌物。收载于2015年及即将实施的2020年版《中国药典》。麝香具有开窍,通经络,消肿止痛的功效,临床用于邪蒙心窍、神志昏迷,功效卓著。
由于麝香来源极其有限,市场销售价格昂贵,所以市场上出现较多的伪品和掺杂品,常见的有鼠科动物麝鼠Ondatra zibethicus Linnaeus的麝鼠香,也有掺入鸡Gallusgallus Linnaeus的血块,羊Ovis aries Linnaeus的粪便,牛内脏等动物的组织和分泌物的掺伪品。为保证用药安全有效,需对其进行真伪鉴别。且不同种来源的麝香价格具有差异,应用也有不同。目前虽然有很多生药学的方法对麝香进行鉴定,但均难以准确鉴别麝香来源于哪种麝的基原物种。此外,也有研究表明可采用DNA条形码技术对麝香的原动物进行鉴别,但只能鉴定麝的肌肉、组织或毛发,均无法从麝香(即麝的分泌物)中获得DNA片段或对其进行PCR扩增,无法对中药麝香进行鉴别。
为确保药材市场中麝香的质量及其临床疗效,需要建立快速、准确、科学性强、使用方便的方法进行鉴定。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于鉴定中药麝香的PCR方法。
第一,本发明要求保护一种用于鉴定中药麝香的PCR方法。
本发明所提供的用于鉴定中药麝香的PCR方法,可包括如下步骤:
(a)从待测中药样品中提取基因组DNA作为模板,采用引物对进行PCR扩增,得到PCR产物;
所述引物对为如下(a1)或(a2)所示的引物对:
(a1)由SEQ ID No.1所示的上游引物和SEQ ID No.2所示的下游引物组成的引物对;
(a2)由(a1)中的上游引物和/或下游引物经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列组成的,且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对;
(b)对步骤(a)所得PCR产物进行测序,获得测序序列;
(c)按照如下(c1)或(c2)确定所述待测中药样品是否为麝香:
(c1)将所述测序序列与标准序列进行比较,如果所述测序序列与所述标准序列完全一致或者仅有1个核苷酸的差异,则所述待测中药样品为或候选为麝香;反之,则所述待测中药样品不为或候选不为麝香;
(c2)以所述测序序列和所述标准序列为数据源,构建NJ树,如果所述测序序列与所述标准序列在NJ树的同一个分枝上,则所述待测中药样品为或候选为麝香;反之,则所述待测中药样品不为或候选不为麝香;
所述标准序列选自如下任一:SEQ ID No.3所示核苷酸序列(对应马麝)、SEQ IDNo.4所示核苷酸序列(对应林麝)、SEQ ID No.5所示核苷酸序列(对应原麝)。
进一步地,在步骤(a)中,从所述待测中药样品中提取基因组DNA可按照包括如下步骤的方法进行:采用60-70%(如60%)(体积百分含量)乙醇对所述待测中药样品中的组织碎片和DNA进行沉淀,然后采用CTAB法提取基因组DNA。
更进一步地,在步骤(a)中,从所述待测中药样品中提取基因组DNA可按照包括如下步骤的方法进行:
(a1)将所述待测中药样品置于60~70%(如60%)(体积百分含量)乙醇中旋涡振荡10~20min(如10min),65℃孵育(如水浴)20~60min(如20min),离心(如6000rpm离心30min)得沉淀,记为沉淀1;
(a2)将所述沉淀1置于CTAB提取液中,65℃孵育(如水浴)20~60min(如30min);取出后冷却至室温,然后加入由氯仿和异戊醇按照体积比24:1的比例混合而成的混合液,振荡,离心(如12000rpm离心10~20min,如10min)得上清,记为上清1;
其中,所述CTAB提取液的溶剂为水,溶质及浓度如下:2%(2g/100ml)十六烷基三甲基溴化铵,100mmol/L三羟甲基氨基甲烷-盐酸pH=8.0,20mmol/L乙二胺四乙酸二钠,2.5mol/L氯化钠。
(a3)向所述上清1中加入由氯仿和异戊醇按照体积比24:1的比例混合而成的混合液,振荡,离心(如12000rpm离心10~20min,如10min)得上清,记为上清2;
(a4)向所述上清2中加入异丙醇,-15~-25℃放置1~3h(如-20℃放置1h);然后离心得沉淀,记为沉淀2;
(a5)将所述沉淀2用乙醇漂洗后,得所述基因组DNA。
更加具体地,步骤(a5)中,所述用乙醇漂洗为用70%(体积百分含量)乙醇漂洗两遍,再用雾水乙醇漂洗一遍。每两次漂洗之间还包括离心(如12000rpm离心5min)弃上清的步骤。根据需要,在将所述沉淀2用乙醇漂洗后,还可包括用水将其溶解的步骤。
进一步地,在步骤(a)中,采用所述引物对进行PCR扩增时的退火温度可为56℃。
更进一步地,采用所述引物对进行PCR扩增时的反应程序具体如下:95℃预变性1min,循环反应45次(95℃30s,56℃30s,72℃30s),72℃预变性5min;反应结束后4℃保存。
进一步地,在步骤(b)中,对所述PCR产物进行测序后,还可包括如下步骤:对测序所得原始序列进行预处理,去除两端的低质量区域和引物区,获得132bp的测序序列。
更进一步地,所述去除两端的低质量区域可采用应用软件CodonCodeAligner2.06(CodonCode Co.,Germany)来完成,具体如下:以20bp的窗口分别从序列5’端和3’端进行滑动,如果窗口内有多于2个碱基的Q值小于20,则删除一个碱基,窗口继续滑动,如果窗口内碱基Q值小于20的数目小于或等于2个,窗口停止滑动,即去除了低质量的区域。
进一步地,步骤(c2)中,可基于K2P距离模型对所述测序序列和所述标准序列构建所述NJ树。
在本发明中,所述待测中药样品可为麝香正品或麝香伪品;所述麝香正品为来自于马麝、林麝或原麝的麝香;所述麝香伪品为麝鼠香、鸡血块、羊粪便或者黄牛内脏。
第二,本发明要求保护一种用于鉴定中药麝香的引物对。
本发明所提供的用于鉴定中药麝香的引物对,具体可为如下(a1)或(a2)所示的引物对:
(a1)由SEQ ID No.1所示的上游引物和SEQ ID No.2所示的下游引物组成的引物对;
(a2)由(a1)中的上游引物和/或下游引物经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列组成的,且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对。
第三,本发明要求保护一种用于鉴定中药麝香的试剂盒。
本发明所提供的用于鉴定中药麝香的试剂盒,含有前文所述的引物对、dNTP和DNA聚合酶。
第四,本发明要求保护一种中药麝香的分子身份证。
本发明所提供的中药麝香的分子身份证,选自如下任一:SEQ ID No.3所示核苷酸序列(对应马麝)、SEQ ID No.4所示核苷酸序列(对应林麝)、SEQ ID No.5所示核苷酸序列(对应原麝)。
第五,本发明要求保护前文所述的引物对或所述的试剂盒或所述的分子身份证在鉴定中药麝香中的应用。
第六,本发明还要求保护一种鉴定待测中药麝香的基源动物的方法。
本发明所提供的鉴定待测中药麝香的基源动物的方法,具体可包括如下步骤:
(A)从待测中药麝香中提取基因组DNA作为模板,采用引物对进行PCR扩增,得到PCR产物;所述待测中药麝香为来自于马麝、林麝或原麝的麝香。
所述引物对为如下(a1)或(a2)所示的引物对:
(a1)由SEQ ID No.1所示的上游引物和SEQ ID No.2所示的下游引物组成的引物对;
(a2)由(a1)中的上游引物和/或下游引物经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列组成的,且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对;
(B)对步骤(A)所得PCR产物进行测序,获得测序序列;
(C)按照如下(C1)或(C2)确定所述待测中药麝香的基源动物:
(C1)将所述测序序列与三个标准序列进行比较,所述测序序列与所述三个标准序列中的哪一个相比完全一致或者仅有1个核苷酸的差异,则所述待测中药麝香的基源动物为或候选为该标准序列所对应的物种;
(C2)以所述测序序列和所述三个标准序列为数据源,构建NJ树,所述测序序列与所述三个标准序列中的哪一个在NJ树的同一个分枝上,则所述待测中药麝香的基源动物为或候选为该标准序列所对应的物种;
所述三个标准序列为:对应马麝的SEQ ID No.3所示核苷酸序列;对应林麝的SEQID No.4所示核苷酸序列;对应原麝的SEQ ID No.5所示核苷酸序列。
进一步地,在步骤(a)中,从所述待测中药样品中提取基因组DNA可按照包括如下步骤的方法进行:采用60-70%(如60%)(体积百分含量)乙醇对所述待测中药样品中的组织碎片和DNA进行沉淀,然后采用CTAB法提取基因组DNA。
更进一步地,在步骤(a)中,从所述待测中药样品中提取基因组DNA可按照包括如下步骤的方法进行:
(a1)将所述待测中药样品置于60~70%(如60%)(体积百分含量)乙醇中旋涡振荡10~20min(如10min),65℃孵育(如水浴)20~60min(如20min),离心(如6000rpm离心30min)得沉淀,记为沉淀1;
(a2)将所述沉淀1置于CTAB提取液中,65℃孵育(如水浴)20~60min(如30min);取出后冷却至室温,然后加入由氯仿和异戊醇按照体积比24:1的比例混合而成的混合液,振荡,离心(如12000rpm离心10~20min,如10min)得上清,记为上清1;
其中,所述CTAB提取液的溶剂为水,溶质及浓度如下:2%(2g/100ml)十六烷基三甲基溴化铵,100mmol/L三羟甲基氨基甲烷-盐酸pH=8.0,20mmol/L乙二胺四乙酸二钠,2.5mol/L氯化钠。
(a3)向所述上清1中加入由氯仿和异戊醇按照体积比24:1的比例混合而成的混合液,振荡,离心(如12000rpm离心10~20min,如10min)得上清,记为上清2;
(a4)向所述上清2中加入异丙醇,-15~-25℃放置1~3h(如-20℃放置1h);然后离心得沉淀,记为沉淀2;
(a5)将所述沉淀2用乙醇漂洗后,得所述基因组DNA。
更加具体地,步骤(a5)中,所述用乙醇漂洗为用70%(体积百分含量)乙醇漂洗两遍,再用无水乙醇漂洗一遍。每两次漂洗之间还包括离心(如12000rpm离心5min)弃上清的步骤。根据需要,在将所述沉淀2用乙醇漂洗后,还可包括用水将其溶解的步骤。
进一步地,在步骤(A)中,采用所述引物对进行PCR扩增时的退火温度可为56℃。
更进一步地,采用所述引物对进行PCR扩增时的反应程序具体如下:95℃预变性1min,循环反应45次(95℃30s,56℃30s,72℃30s),72℃预变性5min;反应结束后4℃保存。
进一步地,在步骤(B)中,对所述PCR产物进行测序后,还可包括如下步骤:对测序所得原始序列进行预处理,去除两端的低质量区域和引物区,获得132bp的测序序列。
更进一步地,所述去除两端的低质量区域可采用应用软件CodonCode Aligner2.06(CodonCode Co.,Germany)来完成,具体如下:以20bp的窗口分别从序列5’端和3’端进行滑动,如果窗口内有多于2个碱基的Q值小于20,则删除一个碱基,窗口继续滑动,如果窗口内碱基Q值小于20的数目小于或等于2个,窗口停止滑动,即去除了低质量的区域。
进一步地,步骤(C2)中,可基于K2P距离模型对所述测序序列和所述标准序列构建所述NJ树。
另外,本发明还要求保护如下两种方法:
(A)一种用于鉴定中药麝香的PCR方法,是检测待测中药样品的基因组DNA中是否含有标准序列,然后按照如下确定所述待测中药样品是否为麝香:如果所述待测中药样品的基因组DNA中含有所述标准序列或者含有与所述标准序列仅有1个核苷酸差异的序列,则所述待测中药样品为或候选为麝香;反之,则所述待测中药样品不为或候选不为麝香;
所述标准序列选自如下任一:SEQ ID No.3所示核苷酸序列、SEQ ID No.4所示核苷酸序列、SEQ ID No.5所示核苷酸序列;
(B)一种鉴定待测中药麝香的基源动物的方法,是检测待测中药麝香的基因组DNA中含有三个标准序列中的哪一个,然后按照如下确定所述待测中药麝香的基源动物:所述待测中药麝香的基因组DNA中含有所述三个标准序列中的哪一个或者含有与所述三个标准序列中的哪一个仅有1个核苷酸差异的序列,则所述待测中药麝香的基源动物为或候选为该标准序列所对应的物种;
所述三个标准序列为:对应马麝的SEQ ID No.3所示核苷酸序列;对应林麝的SEQID No.4所示核苷酸序列;对应原麝的SEQ ID No.5所示核苷酸序列。
实验证明:本发明所建立的用于鉴定中药麝香的PCR方法快速、准确、科学性强且使用方便,对于确保药材市场中麝香的质量及其临床疗效具有重要意义。
附图说明
图1为利用K2P距离模型对获得的麝香药材及混伪品的测序序列构建的NJ树。
图2为本发明方法与对照方法的PCR扩增结果。M:100bp DNA ladder;1:林麝毛发(表1中的LS001);2:马麝毛发(表1中的MS001);3:原麝肌肉(表1中的20161019001);4-8:原麝香仁(表1中的20161019002,20161019003);9-10:林麝香仁(表1中的LS002~LS003);11:马麝香仁(表1中的MS002);12:麝鼠(表1中的SS001);13-15:麝鼠香(表1中的SS002~4);N:空白对照(dd H2O为模板)。图中,+表示扩增出目的条带;—表示未扩增出目的条带;±表示能隐约看到目的条带。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
实施例1、PCR法鉴定中药麝香
本实施例中所涉及的待测中药样品有麝香正品和麝香伪品。所述麝香正品有来自于马麝、林麝或原麝的麝香;所述麝香伪品有为麝鼠香、鸡血块、羊粪便和黄牛内脏(详见表1)。
表1样品表来源
注:表中各麝香样品均符合中国药典(2015年版)一部正文各药材项下的有关规定。通过鉴定,药材实物与名称相符,质量符合标准。
一、基因组DNA的提取以及PCR扩增
1、麝香基因组DNA的提取
从待测中药样品中提取基因组DNA作为模板,DNA提取方法为:取待测的麝香仁0.2g置15mL离心管中,加入60%(体积百分含量)乙醇10mL,充分旋涡振荡混匀10min,65℃水浴保温20min,离心(转速为每分钟6000转)30min,弃尽上层清液;沉淀加入已灭菌的CTAB提取液(配方:溶剂为水,溶质及浓度如下:2%(2g/100ml)十六烷基三甲基溴化铵,100mmol/L三羟甲基氨基甲烷-盐酸pH=8.0,20mmol/L乙二胺四乙酸二钠,2.5mol/L氯化钠)1000μL,65℃水浴保温30min,结束后取出冷却至室温;加入900μL氯仿-异戊醇(体积比24:1),充分振荡混匀,离心(转速为每分钟12000转)10min;转移750μL上层清液至另一新的2.0ml的微量离心管中,加入750μL氯仿-异戊醇(体积比24:1),充分振荡混匀,离心(转速为每分钟12000转)10min;转移500μL上层清液至另一新的2.0mL的微量离心管中,加入330μL异丙醇溶液,置-20℃放置1h;取出,离心(转速为每分钟12000转)10min,弃上层清液,加入70%(体积分数)乙醇500μL漂洗1min,离心(转速为每分钟12000转)离心5min,弃上清;重复此步骤一次;加入无水乙醇500μL漂洗1min,离心(转速为每分钟12000转)5min,弃尽上清;将具有DNA沉淀的微量离心管水平放置于37℃孵箱30min挥干乙醇,加入30μL灭菌水溶解沉淀,-20℃保存。
2、PCR扩增
用于PCR扩增的引物序列如下:
sx-178.F:5′-TTCTGATTYTTTGGHCACCCRGAA-3′(SEQ ID No.1);
sx-178.R:5′-TAAAYATATGGTGGGCTCATAC-3′(SEQ ID No.2)。
其中,Y为T或C;H为A或C或T;R为G或A。
采用引物sx-178.F及sx-178.R按照如下进行PCR扩增:
在200μL离心管中进行PCR反应。反应总体积为25μL,具体如下:10×PCR缓冲液2.5μL、dNTP(2.5mmol·L-1)1μL、Taq DNA聚合酶(5U·L-1)0.2μL和模板DNA 3μL(30ng),上下游鉴别引物(10μmol·L-1)各0.5μL,灭菌蒸馏水补足至25μL。其中,10×PCR缓冲液和Taq DNA聚合酶均为Takara公司产品,其产品目录号为RR070A。
在ABI公司的9700型基因扩增仪上进行扩增,循环参数为:95℃预变性1min,循环反应45次(95℃30s,56℃30s,72℃30s),72℃预变性5min;反应结束后4℃保存。
二、PCR产物测序
扩增液进行2%琼脂糖电泳检测,并凝胶成像,100-250bp附近有亮带者,用测序仪进行测序。原始图谱应为清晰的单峰图谱,干扰信息应低于正常信号的10%。测序结果利用CodonCode Aligner 2.06、Chromas、或Clustal X校对拼接测序峰图,去除低质量的区域和引物区,获得长度为132bp的样品序列。本实施例采用应用软件CodonCode Aligner 2.06(CodonCode Co.,Germany)进行序列拼接及校对。首先,利用该软件去除序列两端的引物区,然后进行测序质量评估及预处理,即去除测序结果两端的低质量部分,并对剩余部分进行质量评估。以20bp的窗口分别从序列5’端和3’端进行滑动,如果窗口内有多于2个碱基的Q值小于20,则删除一个碱基,窗口继续滑动,如果窗口内碱基Q值小于20的数目小于或等于2个,窗口停止滑动,即去除了低质量的区域。
三、鉴定方法
将步骤二获得的长度为132bp的样品序列与标准序列进行比对,如果两者完全一致或者仅有1个碱基的差异,则判定所述待测样品为相应物种。
马麝的标准序列为SEQ ID No.3所示的核苷酸序列;
林麝的标准序列为SEQ ID No.4所示的核苷酸序列;
原麝的标准序列为SEQ ID No.5所示的核苷酸序列;
麝鼠的标准序列为SEQ ID No.6所示的核苷酸序列;
鸡的标准序列为SEQ ID No.7所示的核苷酸序列;
羊的标准序列为SEQ ID No.8所示的核苷酸序列;
黄牛的标准序列为SEQ ID No.9所示的核苷酸序列。
用MEGA5.0软件对测序并拼接后的各个样品的测序序列进行比对,发现麝香的三种基源动物的序列之间存在变异,但各自的序列也没有变异。
具体对比结果如下:表1中所有来源于马麝的麝香样品的132bp测序序列均与SEQID No.3完全一致;表1中所有来源于林麝的麝香样品的132bp测序序列均与SEQ ID No.4完全一致;表1中所有来源于原麝的麝香样品的132bp测序序列均与SEQ ID No.5完全一致。表1中所有的麝鼠香样品的132bp测序序列均与SEQ ID No.6完全一致;表1中所有的鸡血块样品的132bp测序序列均与SEQ ID No.7完全一致;表1中所有的羊粪便样品的132bp测序序列均与SEQ ID No.8完全一致;表1中所有的黄牛内脏样品的132bp测序序列均与SEQ ID No.9完全一致。
另外,利用K2P距离模型对获得的麝香药材及混伪品的测序序列构建NJ树。结果如图1所示。由图可见,不同样品在NJ树上处于不同分枝。
以上结果表明:采用本发明所提供的方法能快速准确的鉴定出中药麝香正品与伪品。
对比例1
使用本发明实施例1中的方法进行PCR扩增,表1中的所有样品均能扩增获得PCR产物(图2,mini COI)可以进一步测序获得DNA序列,从而达到鉴别目的。
而用常用的动物来源通用引物COI(5’-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3’)和HCO2198(5’-TAAACTTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3’)进行PCR扩增,使用标准反应体系和反应程序(中国药典四部通则9107):
反应体系(25μL):1×PCR缓冲液(不含MgCl2)、2.0mmol/L MgCl2、0.2mmol/L dNTP、0.1μmol·L-1上下游鉴别引物、模板DNA、1.0U Taq DNA聚合酶,加灭菌蒸馏水补足至25μL。
反应程序:94℃1min;94℃1min,45℃1.5min,72℃1.5min,5个循环;94℃1min,50℃1.5min,72℃1min,35个循环;72℃5min。
结果显示:仅使用毛发、肌肉来源的样品可以扩增出条带,中药麝香样品无法扩增或者仅能能隐约看到条带(图2,Full-length COI),无法进行下游测序,故而无法鉴定中药麝香的动物来源。
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<221> misc_feature
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<223> h为a或c或t
<220>
<221> misc_feature
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<223> r为g或a
<400> 1
ttctgattyt ttgghcaccc rgaa 24
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (5)..(5)
<223> y为t或c
<400> 2
taaayatatg gtgggctcat ac 22
<210> 3
<211> 132
<212> DNA
<213> 马麝(M. sifanicus Przewalski)
<400> 3
gtgtacattc ttattctacc tggctttgga ataatctccc atattgtaac ttattactca 60
ggaaaaaaag aaccatttgg atacataggc atagtctgag ctataatgtc aattggattc 120
ttaggattta tc 132
<210> 4
<211> 132
<212> DNA
<213> 林麝(schus berezovskii Flerov. )
<400> 4
gtatatattc ttattttacc tggctttgga ataatctctc atattgtaac ttactactca 60
ggaaaaaaag aaccatttgg gtacatgggt atagtctggg ctataatgtc aattggattc 120
ttaggattca tc 132
<210> 5
<211> 132
<212> DNA
<213> 原麝(moschiferus L. )
<400> 5
gtatatattc ttattctacc tggctttgga ataatctctc atattgtaac ttattactca 60
ggaaaaaaag aaccatttgg gtatataggt atagtatggg ctataatgtc aattggattc 120
ttaggattca tc 132
<210> 6
<211> 132
<212> DNA
<213> 麝鼠(Ondatra zibethicus Linnaeus)
<400> 6
gtgtatattc tcatcctccc tggctttggc attatctcgc acatcgtgac atactactca 60
ggaaaaaaag aaccattcgg atacatagga atagtctgag ctataatatc tattggtttc 120
ctaggattca tt 132
<210> 7
<211> 132
<212> DNA
<213> 鸡(Gallus gallus Linnaeus)
<400> 7
gtttacatcc tcatcctccc aggtttcgga ataatttccc acgtagtagc atactatgca 60
ggaaaaaaag aaccattcgg atacatagga atagtctgag ccatactgtc aatcggattc 120
ctaggattca tt 132
<210> 8
<211> 132
<212> DNA
<213> 羊(Ovis aries Linnaeus)
<400> 8
gtatatattc ttattttacc tgggtttggg ataatctccc atattgtgac ctactattca 60
ggaaaaaaag aaccattcgg atatatagga atagtatgag ccataatatc aattgggttc 120
ctaggattca tt 132
<210> 9
<211> 132
<212> DNA
<213> 黄牛(Bos taurus)
<400> 9
gtctatattt taatcttacc tgggtttgga ataatctctc atatcgtgac ctactactca 60
ggaaaaaaag aaccattcgg atatatggga atagtttggg ctataatgtc aatcggattt 120
ctaggtttca tc 132
Claims (10)
1.一种用于鉴定中药麝香的PCR方法,包括如下步骤:
(a)从待测中药样品中提取基因组DNA作为模板,采用引物对进行PCR扩增,得到PCR产物;
所述引物对为如下(a1)或(a2)所示的引物对:
(a1)由SEQ ID No.1所示的上游引物和SEQ ID No.2所示的下游引物组成的引物对;
(a2)由(a1)中的上游引物和/或下游引物经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列组成的,且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对;
(b)对步骤(a)所得PCR产物进行测序,获得测序序列;
(c)按照如下(c1)或(c2)确定所述待测中药样品是否为麝香:
(c1)将所述测序序列与标准序列进行比较,如果所述测序序列与所述标准序列完全一致或者仅有1个核苷酸的差异,则所述待测中药样品为或候选为麝香;反之,则所述待测中药样品不为或候选不为麝香;
(c2)以所述测序序列和所述标准序列为数据源,构建NJ树,如果所述测序序列与所述标准序列在NJ树的同一个分枝上,则所述待测中药样品为或候选为麝香;反之,则所述待测中药样品不为或候选不为麝香;
所述标准序列选自如下任一:SEQ ID No.3所示核苷酸序列、SEQ ID No.4所示核苷酸序列、SEQ ID No.5所示核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于:步骤(a)中,从所述待测中药样品中提取基因组DNA是按照包括如下步骤的方法进行的:采用60-70%乙醇对所述待测中药样品中的组织碎片和DNA进行沉淀,然后采用CTAB法提取基因组DNA;
进一步地,从所述待测中药样品中提取基因组DNA是按照包括如下步骤的方法进行的:
(a1)将所述待测中药样品置于60-70%乙醇中旋涡振荡10-20min,65℃孵育20-60min,离心得沉淀,记为沉淀1;
(a2)将所述沉淀1置于CTAB提取液中,65℃孵育20-60min;然后加入由氯仿和异戊醇按照体积比24:1的比例混合而成的混合液,振荡,离心得上清,记为上清1;
(a3)向所述上清1中加入由氯仿和异戊醇按照体积比24:1的比例混合而成的混合液,振荡,离心得上清,记为上清2;
(a4)向所述上清2中加入异丙醇,-15至-25℃放置1-3h;然后离心得沉淀,记为沉淀2;
(a5)将所述沉淀2用乙醇漂洗后,得所述基因组DNA。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其特征在于:步骤(a)中,采用所述引物对进行PCR扩增时的退火温度为56℃。
4.根据权利要求1-3中任一所述的方法,其特征在于:步骤(b)中,对所述PCR产物进行测序后,还包括如下步骤:对测序所得原始序列进行预处理,去除两端的低质量区域和引物区,获得132bp的测序序列。
5.根据权利要求1-4中任一所述的方法,其特征在于:步骤(c2)中,是基于K2P距离模型对所述测序序列和所述标准序列构建所述NJ树的。
6.用于鉴定中药麝香的引物对或试剂盒,其特征在于:所述引物对为如下(a1)或(a2)所示的引物对:
(a1)由SEQ ID No.1所示的上游引物和SEQ ID No.2所示的下游引物组成的引物对;
(a2)由(a1)中的上游引物和/或下游引物经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列组成的,且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对;
所述试剂盒中含有所述引物对、dNTP和DNA聚合酶。
7.中药麝香的分子身份证,其特征在于:所述分子身份证选自如下任一:SEQ ID No.3所示核苷酸序列、SEQ ID No.4所示核苷酸序列、SEQ ID No.5所示核苷酸序列。
8.权利要求6所述的引物对或试剂盒或权利要求7所述的分子身份证在鉴定中药麝香中的应用。
9.一种鉴定待测中药麝香的基源动物的方法,包括如下步骤:
(A)从待测中药麝香中提取基因组DNA作为模板,采用引物对进行PCR扩增,得到PCR产物;
所述引物对为如下(a1)或(a2)所示的引物对:
(a1)由SEQ ID No.1所示的上游引物和SEQ ID No.2所示的下游引物组成的引物对;
(a2)由(a1)中的上游引物和/或下游引物经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加后所得序列组成的,且与(a1)中所述引物对功能相同的引物对;
(B)对步骤(A)所得PCR产物进行测序,获得测序序列;
(C)按照如下(C1)或(C2)确定所述待测中药麝香的基源动物:
(C1)将所述测序序列与三个标准序列进行比较,所述测序序列与所述三个标准序列中的哪一个相比完全一致或者仅有1个核苷酸的差异,则所述待测中药麝香的基源动物为或候选为该标准序列所对应的物种;
(C2)以所述测序序列和所述三个标准序列为数据源,构建NJ树,所述测序序列与所述三个标准序列中的哪一个在NJ树的同一个分枝上,则所述待测中药麝香的基源动物为或候选为该标准序列所对应的物种;
所述三个标准序列为:对应马麝的SEQ ID No.3所示核苷酸序列;对应林麝的SEQ IDNo.4所示核苷酸序列;对应原麝的SEQ ID No.5所示核苷酸序列。
10.方法为如下(A)或(B):
(A)一种用于鉴定中药麝香的PCR方法,是检测待测中药样品的基因组DNA中是否含有标准序列,然后按照如下确定所述待测中药样品是否为麝香:如果所述待测中药样品的基因组DNA中含有所述标准序列或者含有与所述标准序列仅有1个核苷酸差异的序列,则所述待测中药样品为或候选为麝香;反之,则所述待测中药样品不为或候选不为麝香;
所述标准序列选自如下任一:SEQ ID No.3所示核苷酸序列、SEQ ID No.4所示核苷酸序列、SEQ ID No.5所示核苷酸序列;
(B)一种鉴定待测中药麝香的基源动物的方法,是检测待测中药麝香的基因组DNA中含有三个标准序列中的哪一个,然后按照如下确定所述待测中药麝香的基源动物:所述待测中药麝香的基因组DNA中含有所述三个标准序列中的哪一个或者含有与所述三个标准序列中的哪一个仅有1个核苷酸差异的序列,则所述待测中药麝香的基源动物为或候选为该标准序列所对应的物种;
所述三个标准序列为:对应马麝的SEQ ID No.3所示核苷酸序列;对应林麝的SEQ IDNo.4所示核苷酸序列;对应原麝的SEQ ID No.5所示核苷酸序列。
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CN105525013A (zh) * | 2016-01-28 | 2016-04-27 | 珠海出入境检验检疫局检验检疫技术中心 | 一种麝源性成分的pcr检测引物及检测方法 |
CN107354211A (zh) * | 2017-07-20 | 2017-11-17 | 四川好医生攀西药业有限责任公司 | 林麝四碱基微卫星遗传标记位点及其筛选方法 |
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