CN108034734A - 一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法及其专用试剂盒 - Google Patents

一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法及其专用试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法及其专用试剂盒。该方法包括如下步骤：检测待测奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型，AA纯合型的奶牛的乳蛋白率高于GG纯合型或GA杂合型的奶牛的乳蛋白率；所述“G146A SNP位点”为奶牛基因组中序列表中的序列1自5′末端起第146位核苷酸。本发明提供的方法具有较高的准确率且不受奶牛年龄的限制，可用于奶牛的早期选育，甚至在奶牛刚出生时就可准确地进行筛选，可大大加快中国荷斯坦奶牛的育种进程。本发明具有重大的应用价值。

Description

一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法及其专用试剂盒
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法及其专用试剂盒。
背景技术
奶业是畜牧业的重要组成部分，在我国国民经济中占有重要地位。牛奶已成为膳食结构中动物性来源蛋白质、氨基酸、钙和多种维生素的最主要食品之一。奶业的发展在增强国民体质、改善人们的膳食结构、促进国民经济发展等方面具有重要作用。从20世纪90年代开始国家就将奶牛业列为重点支持产业。然而由于我国奶牛的育种工作起步较晚，目前奶牛的生产水平与奶业发达国家相比仍然存在较大差距，尤其是乳成分方面。生产优质奶是我国奶业战略性调整的重要内容。因此，培育高产优质的奶牛群体已成为我国奶牛产业发展的关键。只有不断提高奶牛群体的遗传水平，加快我国奶牛群体的遗传进展，才能从根本上提高奶牛的生产性能，生产出更多的高品质牛奶，满足人们的物质生活需求。
分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择的育种方法。分子育种将现代分子生物学技术和传统育种方法有机结合，为畜禽重要经济性状的选育提高开辟了一条新途径。随着分子数量遗传学和分子生物技术的迅猛发展，关于分子遗传标记和标记辅助选择的研究被广泛开展，并在畜禽育种中应用。目前世界范围内许多国家已经将全基因组选择(Genomic Selection，GS)分子育种技术成功应用于奶牛育种中，大大缩短了世代间隔，提高了育种效率(该技术由本发明的发明人所在的研究团队于2012年开始在我国奶牛育种中正式应用，并收获显著成效，2016年获得国家科技进步奖二等奖)。如果将经过功能验证的分子遗传标记加入到基因组选择中，将会进一步提高选择的准确性，取得更大的遗传进展。利用奶牛乳蛋白性状分子标记进行个体选育，可以快速提升牛奶中一些重要乳蛋白成分的含量，提升牛奶中天然的营养成分，具有较大的社会经济价值。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性的一类遗传标记，表现的多态性仅涉及到单个碱基的变异，主要表现形式有转换、颠换、插入和缺失。随着功能基因组研究的不断深入，许多SNP被证明在人类疾病和动植物重要经济性状方面发挥了重要作用。
糖基磷脂酰肌醇锚定高密度脂蛋白结合蛋白1(glycosylphosphatidylinositol-anchored high density lipoprotein-binding protein 1，GPIHBP1)是一种可以绑定高密度脂蛋白的细胞表面蛋白。典型的GPIHBP1蛋白有4个主要结构域：信号肽、氨基末端的酸性域、富含半胱氨酸的淋巴细胞抗原6(lymphocyteantigen，Ly6)结构域和糖基化磷脂酰肌醇锚定结构域。GPIHBP1蛋白可以同时结合脂蛋白脂肪酶和乳糜微粒，为脂解过程提供重要平台。
发明内容
本发明所要解决的技术问题为如何筛选不同乳蛋白率奶牛。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了筛选不同乳蛋白率奶牛的方法。
本发明所提供的筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，具体可为方法一，可包括如下步骤：检测待测奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型，AA纯合型的奶牛的乳蛋白率高于GG纯合型或GA杂合型的奶牛的乳蛋白率；所述“G146ASNP位点”为奶牛基因组中序列表中的序列1自5′末端起第146位核苷酸。
上述方法一中，所述G146A SNP位点位于第14号染色体。所述G146A SNP位点位于第14号染色体的第2553998位。
本发明所提供的筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，具体可为方法二，可包括如下步骤：以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，然后进行如下判断：
如果所述PCR扩增产物中含有DNA区段甲且不含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为AA纯合型；所述DNA区段甲的核苷酸序列如序列表中的序列4所示；所述DNA区段乙的核苷酸序列如序列表中的序列5所示；
如果所述PCR扩增产物中含有DNA区段乙且不含有DNA区段甲，则待测奶牛的基因型为GG纯合型；
如果所述PCR扩增产物中含有DNA区段甲且含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为GA杂合型；
AA纯合型的奶牛的乳蛋白率高于GG纯合型或GA杂合型的奶牛的乳蛋白率；
所述引物F可为如下a1)或a2)：
a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R可为如下a3)或a4)：
a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。
本发明所提供的筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，具体可为方法三，可包括如下步骤：
(1)检测待测奶牛的基因组DNA中是否含有DNA区段甲和/或DNA区段乙；所述DNA区段甲的核苷酸序列如序列表中的序列4所示；所述DNA区段乙的核苷酸序列如序列表中的序列5所示；
(2)完成步骤(1)后，进行如下判断：
如果待测奶牛的基因组DNA中含有DNA区段甲且不含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为AA纯合型；
如果待测奶牛的基因组DNA中含有DNA区段乙且不含有DNA区段甲，则待测奶牛的基因型为GG纯合型；
如果待测奶牛的基因组DNA中含有DNA区段甲且含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为GA杂合型；
AA纯合型的奶牛的乳蛋白率高于GG纯合型或GA杂合型的奶牛的乳蛋白率。
为解决上述技术问题，本发明还提供了一种试剂盒。
本发明所提供的试剂盒，可包括检测待测奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型的物质；所述“G146A SNP位点”为奶牛基因组中序列表中的序列1自5′末端起第146位核苷酸。
上述试剂盒的功能可为b1)或b2)或b3)：
b1)鉴定奶牛的乳蛋白率；
b2)鉴定与奶牛的乳蛋白率相关的单核苷酸多态性；
b3)筛选不同乳蛋白率的奶牛。
上述试剂盒中，所述“检测待测奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型的物质”可为引物F和引物R组成的引物对；
所述引物F为如下a1)或a2)：
a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R为如下a3)或a4)：
a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。
本发明还保护如序列表的序列1所示的分子标记。
本发明还保护(z1)或(z2)或(z3)或(z4)或(z5)或(z6)或(z7)：
(z1)上述任一所述试剂盒、或、上述分子标记在筛选不同乳蛋白率的奶牛中的应用；
(z2)上述任一所述试剂盒、或、上述分子标记在制备筛选不同乳蛋白率的奶牛的产品中的应用；
(z3)上述任一所述试剂盒、或、上述分子标记在鉴定奶牛的乳蛋白率中的应用；
(z4)上述任一所述试剂盒、或、上述分子标记在制备鉴定奶牛的乳蛋白率的产品中的应用；
(z5)上述任一所述试剂盒、或、上述分子标记在鉴定奶牛基因组中基于G146ASNP位点的基因型中的应用；
(z6)上述任一所述试剂盒、或、上述分子标记在制备鉴定奶牛基因组中基于G146ASNP位点的基因型的产品中的应用；
(z7)上述任一所述试剂盒、或、上述分子标记在奶牛育种中的应用。
本发明所提供的筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，具体可为方法四，可包括如下步骤：检测待测奶牛的乳腺组织中GPIHBP1基因的表达量，GPIHBP1基因的表达量越低，待测奶牛的乳蛋白率越高。
上述方法四中，所述“待测奶牛的乳腺组织”具体可为处于泌乳期的待测奶牛的乳腺组织。
本发明还保护用于鉴定奶牛的乳蛋白率的SNP位点。用于鉴定奶牛的乳蛋白率的SNP位点为序列表中的序列1自5′末端起第146位核苷酸。
上述任一所述奶牛具体可为中国荷斯坦奶牛。
实验证明，采用本发明提供的方法可以筛选不同乳蛋白率奶牛。本发明有如下优点：一是本发明提供的分子标记不受奶牛的年龄、性别等限制，可用于奶牛的早期选育，甚至在奶牛刚出生时就可准确地进行筛选，可大大加快中国荷斯坦奶牛的育种进程；二是本发明提供的方法具有较高的准确率。本发明具有重大的应用价值。
附图说明
图1为实施例1的部分测序结果；
A为基因型为GG纯合型的测序结果；B为基因型为GA杂合型的测序结果；C为基因型为AA纯合型的测序结果。
图2为实施例3中步骤二的实验结果。
具体实施方式
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。
以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
血液DNA提取试剂盒为天根生化科技(北京)有限公司的产品。reagent kit with gDNA eraser反转录试剂盒为TaKaRa公司的产品。SYBR Green I Master定量PCR试剂盒为Roche公司的产品。
下述实施例中，引物F的核苷酸序列为5′-ACAATCAGAGACCAGAGGCC-3′(序列表中序列2)，引物R的核苷酸序列为5′-GAACTTGCCCAGCCTGAATC-3′(序列表中序列3)。
实施例1、G146A SNP位点的发现
1、分别取30头中国荷斯坦奶牛的血液样本，-20℃保存。
2、参考血液DNA提取试剂盒的操作步骤，提取步骤1保存的血液样本的基因组DNA。
3、分别以步骤2得到的基因组DNA为模板，采用引物对(由引物F和引物R组成)进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。该引物对可扩增GPIHBP1基因(Gene ID：512826)的启动子的部分序列。
4、完成步骤3后，将各个样本的PCR扩增产物进行测序。
部分测序结果见图1。
5、完成步骤4后，将各个样本的PCR扩增产物的测序结果进行比对。
比对结果显示，在中国荷斯坦奶牛的GPIHBP1基因的启动子区发现1个SNP位点，命名为G146A SNP位点。G146A SNP位点位于序列表中序列1自5′末端起的第146位。G146A SNP位点的基本信息见表1(由于基因组DNA为由反向互补的两条单链DNA分子组成双链DNA分子，因此一般将编码蛋白质的DNA分子，也就是具有起始密码子至终止密码子的DNA分子，命名为DNA分子的正义链；将与正义DNA分子反向互补的DNA分子命名为DNA分子的反义链。G146A SNP位点的等位基因的基因型均为反义链DNA的基因型)。
表1
SNP位点名称 染色体 SNP位点在染色体上的位置 等位基因的基因型
G146ASNP位点 14号 2553998 GG纯合型、AA纯合型、GA杂合型
实施例2、奶牛基于G146A SNP位点的基因型与乳蛋白率的关联分析
待测奶牛为6597头中国荷斯坦奶牛，其来自北京和上海地区不同奶牛养殖场的126个公牛家系。
一、检测待测奶牛基于G146A SNP位点的基因型
1、分别取待测奶牛的血液样本，-20℃保存。
2、参考血液DNA提取试剂盒的操作步骤，提取步骤1保存的血液样本的基因组DNA。
3、分别以步骤2得到的基因组DNA为模板，采用引物对(由引物F和引物R组成)进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。
4、完成步骤3后，将各个PCR扩增产物进行测序。根据测序结果，确定各个待测奶牛基于G146A SNP位点的基因型为GG纯合型、AA纯合型还是GA杂合型。
统计各个基因型的中国荷斯坦奶牛数量、待测奶牛群体(即6597头中国荷斯坦奶牛组成的群体)中各个基因型频率和等位基因频率。
统计结果见表2。根据表2进行卡方适合性检验，可知G146A SNP位点在待测奶牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。
表2
二、检测待测奶牛的乳蛋白率
分别取待测奶牛的牛乳，每头产奶牛泌乳期每月取样一次，并记录胎次、产犊日期、采样日期、泌乳天数等信息。然后利用乳制品分析仪测定牛乳中的奶成分(包括乳蛋白率、乳脂率、非脂固形物等)，并做相应记录。
三、关联分析
由中国奶业协会采用测定日模型将步骤二中所有乳蛋白率记录值最终转化成乳蛋白率育种值(EBV)。本发明的发明人从中国奶业协会获取待测奶牛群体的乳蛋白率育种值用于关联分析。
运用SAS9.0软件GLM程序线性模拟分析G146A SNP位点的基因型与乳蛋白率的关联关系，分析时以个体育种值(EBV)代表表型值，采用的模型为：Yijk＝μ+Gi+Sj+eijk；
其中Yijk为个体育种值，μ为育种值群体均值，Gi为基因型效应，Sj为公牛效应，eijk为随机误差效应。
关联分析结果见表3。结果表明，G146A SNP位点的基因型对乳蛋白率的影响达到了显著水平(P<0.01)。基因型为AA纯合型的奶牛的乳蛋白率显著高于基因型为GA杂合型或GG纯合型的奶牛的乳蛋白率，基因型为GA杂合型或GG纯合型的奶牛的乳蛋白率无显著差异。
表3
注：最小二乘法均值±标准误差；表中相同的英文字母上角标表示差异不显著，不同的字母表示差异显著，*表示显著相关(P<0.05)。
实施例3、奶牛基于G146A SNP位点的基因型对GPIHBP1基因的表达量的影响
待测奶牛为18头处于泌乳期的中国荷斯坦奶牛。
一、检测待测奶牛基于G146A SNP位点的基因型
1、分别取18头待测奶牛的血液样本，-20℃保存。
2、参考血液DNA提取试剂盒的操作步骤，提取步骤1保存的血液样本的基因组DNA。
3、分别以步骤2得到的基因组DNA为模板，采用引物对(由引物F和引物R组成)进行PCR扩增，得到PCR扩增产物。
4、完成步骤3后，将各个PCR扩增产物进行测序。根据测序结果，确定各个待测奶牛基于G146A SNP位点的基因型为GG纯合型、AA纯合型还是GA杂合型。
结果表明，基因型为GG纯合型的奶牛共3头，基因型为AA纯合型的奶牛共5头，基因型为GA杂合型的奶牛共10头。
二、检测待测奶牛乳腺组织中GPIHBP1基因的表达量
1、采用TRIzol试剂分别提取待测奶牛乳腺组织的RNA，获得待测奶牛的RNA。
2、完成步骤1后，分别取待测奶牛的RNA，采用reagent kit withgDNA eraser反转录试剂盒进行反转录，得到待测奶牛乳腺组织的cDNA。
3、完成步骤2后，采用SYBR Green I Master定量PCR试剂盒对待测奶牛乳腺组织的cDNA中的GPIHBP1基因进行实时定量PCR分析。检测GPIHBP1基因表达量的引物为5′-CAAAGCCATCGTCTCCTCC-3′和5′-TCAGAGATCCGTCCACCGT-3′。内参为GAPDH基因(Gene ID：281181)，检测GAPDH基因表达量的引物为5′-GGTGCTGAGTATGTGGTGGA-3′和5′-GGCATTGCTGACAATCTTGA-3′。
4、完成步骤3后，采用ΔΔCt方法计算各个待测奶牛乳腺组织cDNA中GPIHBP1基因的表达量。
根据待测奶牛基于G146A SNP位点的基因型进行分组，计算各组GPIHBP1基因的平均表达量。
实验结果见图2(AA(N＝5)表示5头基因型为AA纯合型的奶牛，AG(N＝10)表示10头基因型为GA杂合型的奶牛，GG(N＝3)表示3头基因型为GG纯合型的奶牛)。结果表明，与基因型为GG纯合型的奶牛或基因型为GA杂合型的奶牛相比，基因型为AA纯合型的奶牛GPIHBP1基因在乳腺组织中的表达量显著降低。
上述结果表明，与基因型为GG纯合型的奶牛或基因型为GA杂合型的奶牛相比，基因型为AA纯合型的奶牛的乳蛋白率显著增加且GPIHBP1基因在乳腺组织中的表达量显著降低。
<110> 中国农业大学
<120> 一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法及其专用试剂盒
<160> 5
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 371
<212> DNA
<213> 人工序列
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<221> misc_feature
<222> （146）
<223> n is a or g
<400> 1
acaatcagag accagaggcc aggcagctcc ccgcagaagc caaggctgtt caagcagccc 60
agtgaccacg gggagaggac gtgcactggt tcagaggagc gggtgggagg atgatgcttg 120
gtggctgaga ctgcagagga atgccntccc agccggccct gggggcactc tgccgggcac 180
tgtcctacat gccagcaggc actggctctt gatggccatg accgctttga gagcgcggaa 240
gcccacagag tcagaggaaa gaggcctggg ctcaggctca ggtggtttcg cccaagagcc 300
agctctcaat ctctgctcca agtgctcctg aggatgtccc acccacaggg agattcaggc 360
tgggcaagtt c 371
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agctctcaat ctctgctcca agtgctcctg aggatgtccc acccacaggg agattcaggc 360
tgggcaagtt c 371

Claims (10)

1.一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，包括如下步骤：检测待测奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型，AA纯合型的奶牛的乳蛋白率高于GG纯合型或GA杂合型的奶牛的乳蛋白率；
所述“G146A SNP位点”为奶牛基因组中序列表中的序列1自5′末端起第146位核苷酸。
2.一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，包括如下步骤：以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，然后进行如下判断：
如果所述PCR扩增产物中含有DNA区段甲且不含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为AA纯合型；所述DNA区段甲的核苷酸序列如序列表中的序列4所示；所述DNA区段乙的核苷酸序列如序列表中的序列5所示；
如果所述PCR扩增产物中含有DNA区段乙且不含有DNA区段甲，则待测奶牛的基因型为GG纯合型；
如果所述PCR扩增产物中含有DNA区段甲且含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为GA杂合型；
AA纯合型的奶牛的乳蛋白率高于GG纯合型或GA杂合型的奶牛的乳蛋白率；
所述引物F为如下a1)或a2)：
a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R为如下a3)或a4)：
a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。
3.一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，包括如下步骤：
(1)检测待测奶牛的基因组DNA中是否含有DNA区段甲和/或DNA区段乙；所述DNA区段甲的核苷酸序列如序列表中的序列4所示；所述DNA区段乙的核苷酸序列如序列表中的序列5所示；
(2)完成步骤(1)后，进行如下判断：
如果待测奶牛的基因组DNA中含有DNA区段甲且不含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为AA纯合型；
如果待测奶牛的基因组DNA中含有DNA区段乙且不含有DNA区段甲，则待测奶牛的基因型为GG纯合型；
如果待测奶牛的基因组DNA中含有DNA区段甲且含有DNA区段乙，则待测奶牛的基因型为GA杂合型；
AA纯合型的奶牛的乳蛋白率高于GG纯合型或GA杂合型的奶牛的乳蛋白率。
4.一种试剂盒，包括检测待测奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型的物质；所述“G146A SNP位点”为奶牛基因组中序列表中的序列1自5′末端起第146位核苷酸。
5.如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：所述“检测待测奶牛基因组中基于G146ASNP位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型的物质”为引物F和引物R组成的引物对；
所述引物F为如下a1)或a2)：
a1)序列表的序列2所示的单链DNA分子；
a2)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子；
所述引物R为如下a3)或a4)：
a3)序列表的序列3所示的单链DNA分子；
a4)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子。
6.分子标记，如序列表的序列1所示。
7.(z1)或(z2)或(z3)或(z4)或(z5)或(z6)或(z7)：
(z1)权利要求4或5所述试剂盒、或、权利要求6所述分子标记在筛选不同乳蛋白率的奶牛中的应用；
(z2)权利要求4或5所述试剂盒、或、权利要求6所述分子标记在制备筛选不同乳蛋白率的奶牛的产品中的应用；
(z3)权利要求4或5所述试剂盒、或、权利要求6所述分子标记在鉴定奶牛的乳蛋白率中的应用；
(z4)权利要求4或5所述试剂盒、或、权利要求6所述分子标记在制备鉴定奶牛的乳蛋白率的产品中的应用；
(z5)权利要求4或5所述试剂盒、或、权利要求6所述分子标记在鉴定奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型中的应用；
(z6)权利要求4或5所述试剂盒、或、权利要求6所述分子标记在制备鉴定奶牛基因组中基于G146A SNP位点的基因型的产品中的应用；
(z7)权利要求4或5所述试剂盒、或、权利要求6所述分子标记在奶牛育种中的应用。
8.一种筛选不同乳蛋白率奶牛的方法，包括如下步骤：检测待测奶牛的乳腺组织中GPIHBP1基因的表达量，GPIHBP1基因的表达量越低，待测奶牛的乳蛋白率越高。
所述“待测奶牛的乳腺组织”具体可为处于泌乳期的待测奶牛的乳腺组织。
9.一种用于鉴定奶牛的乳蛋白率的SNP位点，为序列表中的序列1自5′末端起第146位核苷酸。
10.如权利要求1、2、3、8或9所述的方法，或，权利要求4或5所述试剂盒，或，权利要求6所述分子标记，或，权利要求7所述的应用，其特征在于：所述奶牛为中国荷斯坦奶牛。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111518918A (zh) * 2020-05-12 2020-08-11 中国农业大学 一种筛选不同乳铁蛋白含量奶牛的方法及其使用的试剂盒
CN113151497A (zh) * 2021-04-25 2021-07-23 北京市畜牧总站 一种用于检测奶牛产奶性状的COL6A1基因SNPs标记及其应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102604944A (zh) * 2012-04-06 2012-07-25 山东省农业科学院奶牛研究中心 筛选乳腺炎抗性奶牛的hstn基因snp位点、方法及试剂盒
CN102899395A (zh) * 2012-06-20 2013-01-30 山东省农业科学院奶牛研究中心 一种改善奶牛的抗乳腺炎能力的实现方法及其应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102604944A (zh) * 2012-04-06 2012-07-25 山东省农业科学院奶牛研究中心 筛选乳腺炎抗性奶牛的hstn基因snp位点、方法及试剂盒
CN102899395A (zh) * 2012-06-20 2013-01-30 山东省农业科学院奶牛研究中心 一种改善奶牛的抗乳腺炎能力的实现方法及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
杨洁: "奶牛产奶性状候选基因GPIHBP1功能验证及基于RNA-seq候选基因挖掘", 《中国博士学位论文全文数据库农业科技辑》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111518918A (zh) * 2020-05-12 2020-08-11 中国农业大学 一种筛选不同乳铁蛋白含量奶牛的方法及其使用的试剂盒
CN113151497A (zh) * 2021-04-25 2021-07-23 北京市畜牧总站 一种用于检测奶牛产奶性状的COL6A1基因SNPs标记及其应用
CN113151497B (zh) * 2021-04-25 2022-08-02 北京市畜牧总站 一种用于检测奶牛产奶性状的COL6A1基因SNPs标记及其应用

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