CN107847763A - 靶向选择适合于用皮质抑素衍生物治疗的患者 - Google Patents

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Abstract

一种用于靶向选择和治疗肿瘤或癌症患者的方法，包括(i)确定患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)任选地以药学上可接受的组合物施用有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物。

Description

靶向选择适合于用皮质抑素衍生物治疗的患者
相关申请
本申请涉及并要求2015年5月8日提交的临时美国申请第62/158,936号、2015年7月1日提交的临时美国申请第62/187,656号以及2016年2月22日提交的临时美国申请第62/298,352号的权益。为了所有目的，这些临时申请的全部内容通过引用结合于此。
背景技术
由Flyer等人提交并转让给哈佛大学院长和研究员的名称为“皮质抑素类似物和其合成”的美国专利9,127,019，描述了具有通式I的皮质抑素A、J、K和L的类似物或其盐以及它们的合成，其中R1、R2、R3、R4、n和m如其中所述。
‘019专利公开了这样的化合物抗血管生成并且可以用于治疗增殖性疾病。
由Shair等人提交并且也转让给哈佛大学院长和研究员的名称为“皮质抑素类似物和其合成与用途”的WO2015/100420描述了皮质抑素的其他类似物和方法以及包括所述的用于治疗增殖性疾病的皮质抑素类似物的组合物，增殖性疾病如癌症，特别是造血细胞癌，如鼻血病、多发性骨髓瘤(MM)、急性髓细胞白血病(AML)、髓增殖性赘生物、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性髓细胞白血病(CML)和原发性骨髓纤维化(PMF)。更普遍地，'420申请描述了治疗与CDK8和/或CDK19激酶活性有关的病症的方法，其包括施用有效量的公开的化合物或其药学上可接受的盐、季胺或N-氧化物。CDK8及其调控亚基细胞周期蛋白C是RNA聚合酶II卤代酶复合物的组分，其使RNA聚合酶II的最大亚基的羧基末端磷酸化。CDK8通过靶向通用转录因子TFIIH的CDK7/细胞周期蛋白H亚基来调节转录。
皮质抑素A和皮质抑素A类似物的其他合成和生物学描述已经在Chiu etal.Chemistry(2015)，21：14287-14291，标题为“Formal Total Synthesis of(+)-Cortistatin A and J”；Valente et al.Current HIV Research(2015)，13：64-79，标题为“Didehydro-Cortistatin A Inhibits HIV-1Tat Mediated Neuroinflammation andPrevents Potentiation of Cocaine Reward in Tat TransgeniCMice”；Motomasa etal.,Chemical&Pharma.Bulletin(2013),61：1024-1029,标题为“Synthetic Studies ofCortistatin A Analog from the CD-ringFragment of Vitamin D2”；Valente et al.,Cell Host&Microbe(2012),12：97-108标题为“An Analog of the Natural SteroidalAlkaloid Cortistatin A Potently Suppress Tat-dependent HIV Transcription”；Motomasa et al.,ACS Med.Chem.Lett.(2012),3：673-677标题为“Creation of ReadilyAccessible and Orally Active Analog of Cortistatin A”；Danishefsky et al.,Tetrahedron(2011)67：10249-10260标题为“Synthetic Studies Toward(+)-CortistatinA”；Motomasa et al.,Heterocycles(2011),83：1535-1552,标题为“Synthetic Study ofCarbocyclic Core of Cortistatin A,an Anti-angiogenic Steroidal Alkaloid fromMarine Sponge”；Motomasa et al.,Org.Lett.(2011),13：3514-3517,标题为“Stereoselective Synthesis of Core Structure of Cortistatin A”；Baran et al.,JACS(2011),133：8014-8027,标题为“Scalable Synthesis of Cortistatin A andRelated Structures”；Hirama et al.,JOC(2011),76：2408-2425,标题为“TotalSynthesis of Cortistatins A and J”；Zhai et al.,Org.Lett.(2010),22：5135-5137,标题为“Concise Synthesis of the Oxapentacyclic Core of Cortistatin A”；Stoltzet al.,Org.Biomol.Chem.(2010),13：2915-2917,标题为“Efforts Toward RapidConstruction of the Cortistatin A Carbocyclic Core via Enyne-ene Metathesis”；Sarpong et al.,Tetrahedron(2010),66：4696-4700,标题为“Formal Total Synthesisof(±)-Cortistatin A”；Nicolaou et al.,Angewandte Chemie(2009),48：8952-8957,标题为“Cortistatin A is a High-Affinity Ligand of Protein Kinases ROCK,CDK8,andCDK11”中描述。
由Firestein等人提交并转让给Genentech的名称为“使用CDK8拮抗剂的方法”的美国专利申请公开US2013/0217014和PCT申请WO2013/122609描述了CDK8拮抗剂对抗各种癌症的用途。如其中所述，作为介体复合物的一部分，CDK8在转录中具有保守功能，如Taatjes,D.J.,Trends Biochem Sci 35,315-322(2010)；和Conaway,R.C.和Conaway,J.W.,CurROpin Genet Dev 21,225-230(2011)所述。CDK8也已被报道为结肠癌(FiresteinR.等，Nature 455：547-51(2008)；Morris E.J.等，Nature 455：552-6(2008)；Starr T.K.等,Science 323：1747-50(2009))和黑素瘤(Kapoor A.等，Nature 468：1105-9(2010))中的癌基因。CDK8在一部分人结肠肿瘤中被上调和扩增，并已知能够转化永生化细胞，并且是体外结肠癌增殖所必需的。同样，CDK8也被发现在黑色素瘤中过度表达并且对于增殖是必不可少的。Kapoor,A.等，Nature 468,1105-1109(2010)。已显示CDK8调节作为ES多能性和癌症的关键调节子的几种信号传导途径。CDK8通过促进β-联蛋白靶基因的表达(Firestein,R.等，Nature 455,547-551(2008))或通过抑制E2F1(一种β-联蛋白转录活性的有效抑制剂)来激活Wnt途径。Morris,E.J.等，Nature 455,552-556(2008)。CDK8通过磷酸化Notch胞内结构域来促进Notch靶基因表达，在靶基因处激活Notch增强子复合物。FryeRC.J.等，Mol Cell 16：509-20(2004)。
众所周知，即使在狭窄的范畴内，肿瘤和癌症也可能是异质的。参见例如，Meacham等，TumoRheterogeneity and canceRcell plasticity，Nature Vol.501，328-337(2013年9月19日)。由于特定的肿瘤类型可以由一系列遗传异常引起，结果可以表达或抑制关键蛋白，导致一系列表型，所以不是狭窄范围内的所有的肿瘤或癌症都会对相同的药物治疗产生响应。即使是最活跃的肿瘤药物，预计也会有响应者和无响应者。
因此，提供一种确定哪种肿瘤和癌细胞对皮质抑素治疗响应最佳的方法将是有利的。
能够实现对皮质抑素治疗具有最佳响应的肿瘤或癌症的患者的靶向选择也是有利的。
能够实现对皮质抑素治疗具有最佳响应的肿瘤或癌症的患者的靶向选择将是进一步有利的，其中肿瘤或癌症具有造血谱系(hematopoietiClineage)。
发明内容
在本发明的第一个实施方案中，已经发现，皮质抑素对于治疗具有Runt相关转录因子1(RUNX1)转录程序受损的肿瘤和癌症是特别有用的。基于这一发现，提出了用于靶向选择和治疗更倾向于响应皮质抑素治疗的患者的方法，其包括(i)确定患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)施用有效量的皮质抑素衍生物，包括例如本文所述的皮质抑素衍生物或其药学上可接受的盐和/或组合物。例如，RUNX1受损可能是RUNX1点突变、涉及RUNX1基因的染色体易位或导致RUNX1蛋白不稳定或降解增加的突变导致的。
一方面，提供了一种用于治疗RUNX1受损的肿瘤或癌症的方法，其通过以产生通常由RUNX1转录的蛋白的充分上调的方式和剂量施用有效量的皮质抑素，以使细胞更正常、毒力更弱、更成熟或阻止生长或凋亡的方式引起所述肿瘤或癌症的分化。
例如，预测患有肿瘤或癌症的患者对用皮质抑素治疗的响应的方法，其包括以下步骤：从患者获得肿瘤或癌症的样品，检测来自患者的生物样品中一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；然后确定所评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或者高于或低于与患者的临床获益增加或降低有关的一定量；然后任选地用有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在其药学上可接受的组合物中治疗患者。在一个替代实施方案中，所述方法包括将选定的基因的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，所述对照组样品包括代表性数量的对皮质抑素有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对皮质抑素没有或有较差响应的患者，以确定患者是否倾向于对皮质抑素治疗有响应。
还提供了用于确定患者是否将成功响应皮质抑素治疗的试剂盒，其可以包括与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸在严格条件下退火的探针或与生物标志物蛋白结合的抗体。试剂盒可以包括用于扩增与基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物，以及任选的热稳定性DNA聚合酶。在一个实施方案中，引物在标准严格条件下与选定基因编码的RNA或其互补序列杂交。
选定的生物标志物在一个方面可以是GATA1、GATA2、C/EBPα、FLI1、FOG1、ETS1、PU.1、RUNX1和CBFα的一种或它们的组合。或者，选定的生物标志物是BCL2、CCNA1、CD44、C/EBPα、CBFβ、CSF1、CXCL10、CXCR4、ETS1、ETS2、FLI1、FOG1、FCER1A、GATA1、GATA2、GFI1B、HEB、IRF1、IRF8、JAG1、LMO2、LTB、NFE2、NOTCH2、PU.1、SLA、SOCS1、TAL1和TNF的一种或它们的组合。在不同的实施方案中，选定的生物标志物是组成型STAT1-pS727、WT1突变、TET2突变、IDH1突变、IDH2突变、MLL重排、C/EBPα突变、CBFβ重排、PU.1突变、GATA1或2突变、ERG易位、TLX1过表达和TLX3激活中的一种或它们的组合。
还提供了一种方法，用于靶向选择和治疗可能响应皮质抑素治疗的患者，该方法包括(i)确定患者是否具有选自ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变，神经母细胞瘤的生物标志物、EIVS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1、或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2的失活突变的生物标志物中的一种或组合，并且如果具有，(ii)施用有效量的皮质抑素衍生物(包括例如本文所述的那种)其药学上可接受的盐、氧化物和/或组合物。
另一方面，本文所述的任何生物标志物中的至少两种、三种、四种、五种或更多种用于靶向选择用有效量的皮质抑素或其盐、N-氧化物和/或其药学上可接受的组合物治疗肿瘤或癌症的方法。
可治疗的非限制性造血谱系肿瘤或癌症例如可选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、B细胞急性淋巴母细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、慢性髓性白血病、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病和多发性骨髓瘤(MM)。
本发明包括治疗作为造血肿瘤或癌症的前体细胞的细胞，例如在骨髓增生异常综合征(MDS)中发现的细胞。
肿瘤或癌症还可以是非造血谱系肿瘤或癌症，如乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、鳞状细胞癌、血管肉瘤、结肠癌、胃肠肿瘤、转移倾向性实体瘤、透明细胞癌、肾细胞癌或食管癌。
因此，本公开提供了用于克服使RUNX1失活突变的方法，其基于令人惊讶的发现，即用皮质抑素(包括但不限于本文公开的那些皮质抑素)抑制CDK8和CDK19，通过引起RUNX1靶基因的上调来逆转使RUNX1失活突变的影响。由于这种令人惊讶的作用，皮质抑素可用于治疗与失活性RUNX1突变相关的恶性肿瘤，例如通过将CDK8/19抑制剂和/或皮质抑素或其皮质抑素类似物施用于患有与使RUNX1失活突变相关的癌症的个体。
例如，已经发现，皮质抑素以小于10nM的50％最大生长抑制浓度(GI50)有效地抑制了许多AML细胞系的增殖。细胞系敏感性与RUNX1转录程序依赖性一致。敏感的细胞系包括含有直接抑制RUNX1或其靶基因(SKNO-1、ME-1、MOLM-14、MV4；11)的转录及具有截短的GATA-1蛋白GATA-1s(CMK-86和MEG-01)的巨核细胞白血病细胞系的融合体的那些。与巨核细胞不同，RUNX1表达在红细胞终末分化期间迅速下降，这与红白血病细胞系对皮质抑素的不敏感性一致。
皮质抑素上调RUNX1靶基因，包括CEBPA、IRF8和NFE2。通过基因组富集分析(GSEA)，确定(i)皮质抑素上调SET-2、MOLM-14和MV4；11细胞系中的基因，其被造血干细胞中RUNX1-RUNX1T1的表达抑制；(ii)皮质抑素上调MOLM-14和MV4；11细胞系中的基因，其在siRNA介导的RUNX1敲低后在Kasumi-1AML细胞系中的表达降低；和(iii)皮质抑素上调MOLM-14细胞中的基因，其在siRNA介导的RUNX1敲低后在Kasumi-1细胞中的表达增加。RUNX1被募集到通过皮质抑素治疗上调的基因座。
本公开的一些方面提供了诊断个体中对用CDK8/19抑制剂和/或皮质抑素或皮质抑素类似物治疗敏感的癌症的方法，所述方法包括(a)确定个体是否患有表现出RUNX1活性受损的癌症；和(b)如果确定所述个体携带表现出RUNX1活性受损的癌症，则将所述个体鉴定为患有对所述化合物治疗敏感的癌症的个体。在一些实施方案中，所述方法还包括以有效治疗癌症的量向个体施用CDK8/19抑制剂和/或皮质抑素或皮质抑素类似物。
在本文提供的诊断和治疗方法的一些实施方案中，癌症是与使RUNX1失活突变相关的血液学癌症。在一些实施方案中，癌症是白血病，例如急性骨髓性白血病(AML)、骨髓增生异常综合征(MDS)、急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性骨髓性白血病(CML)和慢性骨髓单核细胞性白血病(CMML)。在一些实施方案中，急性成淋巴细胞性白血病是T细胞急性成淋巴细胞性白血病、儿童前体B-ALL或B细胞急性成淋巴细胞性白血病。在一些实施方案中，癌症是乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌或鳞状细胞癌。
本公开的一些方面提供了药物组合物和试剂盒，其包含皮质抑素或其药学上可接受的盐、季胺盐或其N-氧化物，例如用作治疗表现出RUNX1活性受损的癌症的药物，其中皮质抑素具有式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)或(G1″)或是其药学上可接受的盐。
以上概述旨在以非限制的方式说明本文公开的技术的一些实施方案、优点、特征和用途。本文公开的技术的其他实施方案、优点、特征和用途将从具体实施方式、附图、实施方案和权利要求中显而易见。
附图说明
图1显示了介体复合物与各种转录调节子之间的关系。CDK8和CDK19与介体相关并调节转录。RUNX1与增强子元件(包括超增强子)结合，并与包括但不限于TAL1、C/EBPα、CBFβ、FLI1、ETS1、FOG1、GATA1和PU.1的转录因子一起起作用。许多这些转录因子已被发现在某些AML患者中发生突变，包括RUNX1、C/EBPα和GATA1。用CDK8/19抑制剂皮质抑素A治疗增加了RUNX1靶基因和超增强子相关基因的表达。许多在皮质抑素A治疗后表达增加的RUNX1靶基因也是超增强子相关基因。
图2是AML中RUNX1靶基因的基因富集分析，针对它们与皮质抑素A的相互作用作图。皮质抑素A上调AML中的RUNX1靶基因，基因组富集分析(GSEA)峰形图显示3h 25nM皮质抑素A治疗上调MOLM-14细胞中的基因，其在RUNX1-RUNX1T1(也称为AML1-ETO)敲低后在Kasumi-1细胞中被上调。
图3是在媒介、50nM皮质抑素A或50ng/mL PMA存在下具有巨核细胞标志物CD41和CD61的细胞百分比的条形图。用CDK8/19抑制剂皮质抑素A治疗诱导SET-2细胞的分化，如通过巨核细胞标志物CD41和CD61的增加所测量的。所示治疗3天后，SET-2细胞上的CD41和CD61(媒介对CA，分别为p＝0.04和0.005，双尾t检验)(平均值±标准误差，n＝3)。
图4是理论细胞数对皮质抑素A治疗的天数的图。用CDK8/19抑制剂皮质抑素A治疗抑制SET-2细胞的增殖。CA的细胞数随时间的图(平均值±标准误差，n＝3)显示剂量依赖性效应。
图5是抑制MPN/AML细胞系SET-2和UKE-1增殖的协同作用图，其中绘制组合指数对CDK8/19抑制剂皮质抑素A(CA)的组合与JAK1/2抑制剂鲁索替尼(ruxolitinib)的比例的图。该图显示CDK8/19抑制与JAK1/2抑制协同作用。使用Chou-Talalay(CalcuSyn)的方法测定协同作用。
图6是在不同剂量的皮质抑素A下的患AML的小鼠的脾脏重量图。皮质抑素A治疗防止了具有已经用皮质激素A每天一次通过IP施用15天治疗的播散性MV4；11-mCLP白血病的雌性NOD-SCID-IL2Rcγnull(NSG)小鼠的脾重量增加。点代表在停止皮质抑素A治疗另外15天后和在尾静脉注射200万个MV4；11-mCLP细胞37天后的个体小鼠的值。虚线表示相关健康的8周龄雌性NOD-SCID小鼠的平均值的1个标准偏差内的范围，并且从小鼠表型数据库22903(The Jackson Laboratory)获得。
图7A是在600nM皮质抑素A下激酶活性残留百分比相对于294种重组激酶的曲线图。皮质抑素A选择性抑制CDK8/19，如通过激酶测定分析(野生型分析仪，ProQinase)测量的。这些全基因组分析研究显示CDK8/19抑制剂皮质抑素A对CDK8/19具有高度选择性。
图7B是在1,000nM皮质抑素A下天然激酶活性的抑制％的图。如通过天然激酶分析测定(KiNativ，ActivX Biosciences)测量的，皮质抑素A选择性抑制CDK8/19。这些全基因组分析研究显示CDK8/19抑制剂皮质抑素A对CDK8/19具有高度选择性。
图8是激酶活性百分比对皮质抑素A在对数标度上的浓度的图。该图显示皮质抑素A在体外有效地抑制CDK8/细胞周期蛋白C。
图9是WT和CDK8与CDK19突变的的％生长相对于皮质抑素A浓度(nM，对数标度)的图。耐药性等位基因证实AML细胞生长需要CDK8/19激酶活性。这表明CDK8/19抑制剂皮质抑素A通过抑制CDK8/19来抑制MOLM-14细胞的增殖。CDK8和CDK19中色氨酸105(W105)的突变赋予皮质抑素A对CDK8和CDK19的抗性。因此，在CDK8W105M或CDK19W105M表达时，在皮质抑素A存在下，MOLM-14细胞能够增殖。
图10：在第30天的MV4；11AML小鼠分析显示用CDK8/19抑制剂皮质抑素A的治疗在肺中具有较少的白血病细胞，如用苏木精和曙红染色测量的。
图11是RUNX1密度增加的基因的基因富集分析，针对它们与皮质抑素A的相互作用作图。皮质抑素A上调SET-2、MOLM-14和MV4；11细胞系中的基因，其通过在造血干细胞(HSC)中RUNX1-RUNX1T1的表达被抑制。
图12是Western印迹，显示Cas9也可用于敲除内源基因BCL2L11。与非靶向对照相比，仅靶向EL和L同种型的sgRNA#1和#5强烈地降低了靶向所有三种同种型的基因产物Bim。尽管效率较低，sgRNA#4靶向所有三种同种型。sgRNAs#2和#3靶向内含子并且不减少Bim。
图13显示在表达针对ZsGREEN的Cas9和sgRNA#1或#3的细胞中，绿色荧光降低至与对照非荧光细胞类似的水平。在表达sgRNA#1的细胞中ZsGREEN基因座的测序显示在预期的切割位点上的插入缺失。
图14是筛选工作流程，其中(A)使用杀稻瘟菌素选择在感兴趣的细胞系中稳定表达Cas9，然后(B)将编码针对约18,000个人类基因的sgRNA的慢病毒质粒和嘌呤霉素导入文库7天，之后(C)筛选开始的第0天，细胞用媒介或CA治疗14天。(D)确定在第0天参照、第14天媒介物治疗和第14天CA治疗群体中每种sgRNA的分布。在CA治疗组中显著富集或消耗的sgRNA是CDK8/19抑制的代表性生物标志物。
图15A、图15B和图15C是在100nM皮质抑素A存在下各种细胞系以％测量的生长水平的图。
具体实施方式
本发明至少包括以下特征：
A)靶向选择和治疗倾向于对皮质抑素治疗有响应的肿瘤或癌症的患者的方法，其包括(i)确定患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)施用有效量的皮质抑素衍生物，包括例如本文所述的皮质抑素衍生物、或其药学上可接受的盐、氧化物和/或组合物。
B)一种治疗RUNX1受损的肿瘤或癌症的方法，通过以产生由RUNX1正常转录的蛋白充分上调的方式和剂量施用有效量的皮质抑素以使细胞更正常、毒力更弱、更成熟并且阻止生长或凋亡的方式引起肿瘤或癌症的分化。
C)A)或B)的方法，其包括使用试剂盒来确定患者是否将成功地响应皮质抑素治疗，所述试剂盒包括在严格条件下与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
D)预测患有肿瘤或癌症的患者对用皮质抑素治疗的响应的方法，其包括以下步骤：
a.从患者获得肿瘤或癌症样品；
b.测定来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
c.确定在b中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的增加或降低的临床益处相关的一定量；和
d.任选地用有效量的皮质抑素、或其药学上可接受的盐或氧化物、任选地在其药学上可接受的组合物中治疗患者。
E)选择适合于用皮质抑素治疗的肿瘤或癌症患者的方法，所述方法包括：
a.获得患者肿瘤或癌症样品；
b.检测来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
c.将步骤b中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定患者是否可能对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对皮质抑素有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对皮质抑素没有或有较差响应的患者；和
d.如果确定患者倾向于对治疗有响应，则施用有效量的皮质抑素、或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在其药学上可接受的组合物中。
F)A)至E)的方法，其包括用于评估诊断RUNX1途径受损的所选基因的表达水平的试剂盒，用于扩增与基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物、和任选的热稳定的DNA聚合酶。
G)F)的方法，其中每种引物在标准严格条件下与选定基因编码的RNA或其互补序列杂交。
H)A)至G)的方法，其中所选的生物标志物是GATA1、GATA2、C/EBPα、FLI1、FOG1、ETS1、PU.1、RUNX1和CBFα的一种或它们的组合。
I)A)至G)的方法，其中所选的生物标志物是BCL2、CCNA1、CD44、C/EBPα、CBFβ、CSF1、CXCL10、CXCR4、ETS1、ETS2、FLI1、FOG1、FCER1A、GATA1、GATA2、GFI1B、HEB、IRF1、IRF8、JAG1、LMO2、LTB、NFE2、NOTCH2、PU.1、SLA、SOCS1、TAL1和TNF的一种或它们的组合。
J)A)至G)的方法，其中所选的生物标志物是组成型STAT1-pS727、WT1突变、TET2突变、IDH1突变、IDH2突变、MLL重排、C/EBPα突变、CBFβ重排、PU.1突变、GATA1或2突变、ERG易位、TLX1过表达和TLX3激活中的一种或它们的组合。
K)A)至J)的方法，包括使用独立地选自D)、H)、I)和J)中的列表的至少两种生物标志物。
L)A)至J)的方法，包括使用独立地选自D)、H)、I)和J)中的列表的至少三种生物标志物。
M)A)至J)的方法，包括使用独立地选自D)、H)、I)和J)中的列表的至少四种生物标志物。
N)A)至M)的方法，其中肿瘤或癌症是造血谱系肿瘤或癌症。
O)N)的方法，其中造血谱系肿瘤或癌症选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、B细胞急性成淋巴细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、慢性髓性白血病、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病和多发性骨髓瘤(MM)，或者其中所述细胞是造血肿瘤或癌症如骨髓增生异常综合征(MDS)的前体细胞。
P)A)至M)的方法，其中肿瘤或癌症是非造血谱系肿瘤或癌症。
Q)P)的方法，其中肿瘤或癌症是乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、鳞状细胞癌、血管肉瘤、结肠癌、胃肠肿瘤、转移倾向性实体瘤、透明细胞癌、肾细胞癌或食道癌。
R)A)至Q)的方法，其中施用于患者的皮质抑素是选自式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)或(G1″)的化合物。
S)A)至Q)的方法，其中施用于患者的皮质抑素是：
T)A)至Q)的方法，其中施用于患者的皮质抑素是天然皮质抑素。
U)A)至Q)的方法，其中施用于患者的皮质抑素选自已知的皮质抑素衍生物。
V)A)至V)的方法，其中RUNX1受损是RUNX1点突变、涉及RUNX1基因的染色体易位或导致RUNX1蛋白的去稳定化或降解增加的突变的结果。
W)A)至V)的方法，其中RUNX1转录因子受损导致RUNX1控制下的基因表达降低。
X)用于靶向选择和治疗倾向于对皮质抑素治疗有响应的患者的方法，其包括(i)确定患者是否具有选自ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变的一种或它们的组合；如果具有，(ii)施用有效量的皮质抑素衍生物，包括例如本文所述的皮质抑素衍生物，或其药学上可接受的盐、氧化物和/或组合物。
Y)X)、Z)或AA)的方法，其包括使用试剂盒确定患者是否将成功地响应皮质抑素治疗，所述试剂盒包括在严格条件下与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
Z)预测患有肿瘤或癌症的患者对用皮质抑素治疗的响应的方法，其包括以下步骤：
a.从患者获得肿瘤或癌症样品；
b.测定来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
c.确定在b中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
d.任选地用有效量的皮质抑素，或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在药学上可接受的组合物中治疗患者。
AA)选择将对皮质抑素治疗有响应的患者的方法，其包括：
a.获得患者的肿瘤或癌症样品；
b.检测来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；STAT1-pS727、STAT1、EWS-FLI1、或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
c.将步骤b中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定患者是否可能对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对皮质抑素有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对皮质抑素没有或有较差响应的患者；和
d.如果确定患者可能对治疗有响应，则施用有效量的皮质抑素、或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在其药学上可接受的组合物中。
BB)X)至AA)的方法，其包括诊断所选基因的试剂盒，所述试剂盒包含用于扩增与基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物和任选的热稳定的DNA聚合酶。
CC)X)至AA)的方法，其包括其中每种引物在标准严格条件下与基因编码的RNA或其互补序列杂交的试剂盒。
DD)X)至AA)的方法，其中肿瘤或癌症是造血谱系的。
EE)DD)的方法，其中造血谱系肿瘤或癌症选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、B细胞急性成淋巴细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、B细胞急性淋巴母细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、慢性髓性白血病、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病和多发性骨髓瘤(MM)，或者其中所述细胞是造血肿瘤或癌症例如骨髓增生异常综合征(MDS)的前体细胞。
FF)V)至AA)的方法，其中肿瘤或癌症是非造血谱系肿瘤或癌症。
GG)FF)的方法，其中肿瘤或癌症是乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、鳞状细胞癌、血管肉瘤、结肠癌、胃肠肿瘤、转移倾向性实体瘤、透明细胞癌、肾细胞癌或食管癌。
HH)靶向选择和治疗患有可能对抗CDK8/19治疗有响应的肿瘤或癌症的患者的方法，其包括(i)确定患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)施用有效量的CDK8/19抑制剂，包括例如本文所述的CDK8/19抑制剂、或其药学上可接受的盐、氧化物和/或组合物。
II)治疗RUNX1受损的肿瘤或癌症的方法，通过以产生由RUNX1转录的蛋白的充分上调的方式和剂量施用有效量的CDK8/19抑制剂，以使得细胞更正常、毒力更弱、诱导成熟、阻止细胞生长或凋亡的方式引起肿瘤或癌症的分化。
JJ)HH)、II)、KK)或LL)的方法，其包括使用试剂盒来确定患者是否将成功地响应抗CDK8/19治疗，所述试剂盒包括在严格条件下与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
KK)预测肿瘤或癌症患者对用CDK8/19抑制剂治疗的响应的方法，其包括：
a.从患者获得肿瘤或癌症样品；
b.测定来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
c.确定在b中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
d.任选地用有效量的CDK8/19抑制剂、或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在其药学上可接受的组合物中，治疗患者。
LL)选择用CDK8/19抑制剂治疗的肿瘤或癌症患者的方法，其包括：
a.获得患者的肿瘤或癌症样品；
b.检测来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
c.将步骤b中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定患者是否可能对抗CDK8/19治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对CDK8/19抑制剂有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对CDK8/19抑制剂没有或有较差响应的患者；和
d.如果确定患者可能对治疗有响应，则施用有效量的CDK8/19抑制剂、或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在其药学上可接受的组合物中。
MM)HH)至LL)的方法，其包括试剂盒，所述试剂盒包含诊断RUNX1途径受损的一组所选基因、用于扩增与基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物以及任选的热稳定的DNA聚合酶。
NN)HH)至LL)的方法，其包括试剂盒，所述试剂盒包含一组引物，其对于诊断RUNX1途径受损的所选基因组的每个基因，由用于扩增与基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物组成，其中每种引物在标准严格条件下与基因编码的RNA或其互补序列杂交。
OH)HH)至NN)的方法，其中所选的生物标志物是GATA1、GATA2、C/EBPα、FLI1、FOG1、ETS1、PU.1和CBFα的一种或它们的组合。
PP)HH)至NN)的方法，其中所选的生物标志物是BCL2、CCNA1、CD44、C/EBPα、CBFβ、CSF1、CXCL10、CXCR4、ETS1、ETS2、FLI1、FOG1、FCER1A、GATA1、GATA2、GFI1B、HEB、IRF1、IRF8、JAG1、LMO2、LTB、NFE2、NOTCH2、PU.1、SLA、SOCS1、TAL1和TNF的一种或它们的组合。
QQ)HH)至NN)的方法，其中所选的生物标志物是组成型STAT1-pS727、WT1突变、TET2突变、IDH1突变、IDH2突变、MLL重排、C/EBPα突变、CBFβ重排、PU.1突变、GATA1或2突变、ERG易位、TLX1过表达和TLX3激活中的一种或它们的组合。
RR)HH)至NN)的方法，包括使用独立地选自KK)、OO)和PP)中的列表的至少两种生物标志物。
SS)HH)至QQ)的方法，包括使用至少三种独立地选自KK)、OO)和PP)中的列表的至少三种生物标志物。
TT)HH)至QQ)的方法，包括使用独立地选自KK)、OO)和PP)中的列表的至少四种生物标志物。
UU)HH)至TT)的方法，包括使用试剂盒来确定患者是否将成功地响应CDK8/19治疗，所述试剂盒包含在严格条件下与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
VV)预测患有肿瘤或癌症的患者对用CDK8/19抑制剂治疗的响应的方法，其包括以下步骤：
a.从患者获得肿瘤或癌症样品；
b.测定来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
c.确定在b中评估的表达水平或表达量是否高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，例如，高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
d.任选地用有效量的CDK8/19抑制剂、或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在其药学上可接受的组合物中治疗患者。
WW)用于选择将对用CDK8/19抑制剂治疗有响应的肿瘤或癌症患者的方法，所述方法包括：
a.获得患者的肿瘤或癌症样品；
b.检测来自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
c.将步骤b中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较以确定患者是否可能对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对CDK8/19抑制剂有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对CDK8/19抑制剂没有或有较差响应的患者；和
d.如果确定患者可能对治疗有响应，则施用有效量的CDK8/19抑制剂、或其药学上可接受的盐或氧化物，任选地在其药学上可接受的组合物中。
XX)VV至WW)的方法，其包括诊断所选基因的试剂盒，所述试剂盒包含用于扩增与基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物和任选的热稳定的DNA聚合酶。
YY)VV至WW)的方法，其包括试剂盒，所述试剂盒包含一组引物，其对于所选基因组的每个基因，由用于扩增与该基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物组成，其中每种引物在标准严格条件下与基因编码的RNA或其互补序列杂交。
ZZ)VV至YY)的方法，其中肿瘤或癌症是造血谱系肿瘤或癌症。
AAA)ZZ)的方法，其中造血谱系肿瘤或癌症选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、B细胞急性淋巴母细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、慢性髓性白血病、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病和多发性骨髓瘤(MM)，或者其中所述细胞是造血肿瘤或癌症例如骨髓增生异常综合征(MDS)的前体细胞。
BBB)VV)至YY的方法)，其中肿瘤或癌症是非造血谱系肿瘤或癌症。
CCC)BBB)的方法，其中肿瘤或癌症是乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、鳞状细胞癌、血管肉瘤、结肠癌、胃肠肿瘤、转移倾向性实体瘤、透明细胞癌、肾细胞癌或食管癌。A)至CCC)的方法，还包括用第二活性剂治疗患者。
DDD)A)至CCC)的方法，还包括用第二活性剂治疗患者，其中第二活性剂选自BET抑制剂、PI3K抑制剂、Raf抑制剂、BTK抑制剂、Bcl-2抑制剂、CDK7抑制剂、MEK抑制剂或Syk抑制剂。
EEE)A)至CCC)的方法，还包括用第二活性剂治疗患者，其中第二活性剂是选自nivolumab(BMS)、pembrolizumab(Merck)、pidilizumab(CureTech/Teva)、AMP-244(Amplimmune/GSK)、BMS-936559(BMS)和MEDI4736(Roche/Genentech)的PD-1抑制剂。
FFF)A)至CCC)的方法，还包括用至少一种其他活性剂治疗患者，其中第二活性剂是选自JQ1、I-BET151(又名GSK1210151A)、I-BET762(又名GSK525762)、OTX-015(又名MK-8268，IUPAC 6H-噻吩并[3,2-f][1,2,4]三唑并[4,3-a][1,4]二氮杂-6-乙酰胺、4-(4-氯苯基)-N-(4-羟基苯基)-2,3,9-三甲基-)、TEN-010、CPI-203、CPI-0610、RVX-208和LY294002的BET抑制剂。
GGG)A)至CCC)的方法，还包括用第二活性剂治疗患者，其中其他的活性剂是免疫调节剂。
HHH)A)至CCC)的方法，其中另外的活性剂是抗PD1抗体。
III)A)至CCC)的方法，其中其他的活性剂是抗CTLA-4化合物，如ipilimumab(Yervoy)或tremelimumab。
JJJ)如上任何实施方案中所述的试剂盒。
KKK)皮质抑素和至少一种其他活性剂的组合剂型，其与用于患者选择的诊断剂结合使用。
本发明在以下部分中进一步描述：皮质抑素(第I部分)、CDK8/18抑制剂(第II部分)、基于样品生物标志物分析选择患者(第III部分)、诊断和试剂盒(第IV部分)、方法和药物组合物(第V部分)、组合(第VI部分)和实例(第VI部分)。
I.皮质抑素
如本文所用的术语“皮质抑素”或“皮质抑素衍生物”或“皮质抑素类似物”是指为CDK8/19的抑制剂且具有已知天然存在的皮质抑素(皮质抑素A、B、C、D、E、F、G、H、I、J、K或L)之一的母核通式环状结构或在下列式的一种中描述，或者是在本领域中被认为是皮质抑素衍生物的化合物，包括在背景中描述的任何参考文献。如果需要，可以使用药学上可接受的盐形式的皮质抑素，包括季铵盐、N-氧化物和/或药学上可接受的组合物。
A.皮质抑素类似物
在某些实施方案中，皮质抑素或其类似物是式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)或(G1″)的化合物，或其药学上可接受的盐、季胺盐或其N-氧化物；
其中：
W是-N(R1)(R2)、-ORO、＝O或＝N(R1)；
R1是氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-ORA、-SRA、-N(RA)2、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2、-S(＝O)2RA或氮保护基；
R2是氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2、-S(＝O)2RA或氮保护基；
或R1和R2连接形成任选取代的杂环基或任选取代的杂芳基；
RO是氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2或氧保护基；
RN是氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-ORA、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2、-S(＝O)2RA或氮保护基；
R3是氢或任选取代的烷基；
R4是氢、卤素、任选取代的烷基或-Si(RA)3；
R5A是氢，卤素，任选取代的烷基，-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2、-OS(＝O)2RA、–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2、-NRAS(＝O)2RA或–C(RA)3；
R5B是氢、卤素、任选取代的烷基或-ORA；
每个代表单键或双键，如价数许可，以下为条件：
a.当表示为(b)时代表双键，表示为(a2)时代表单键，
b.当表示为(c)时代表双键，则RB1和RB2中的一个不存在，Y1和Y2中的一个不存在，
c.当表示为(c)时代表单键，则RB1和RB2都存在，且Y1和Y2都存在，
d.当表示为(a1)时代表双键，则表示为(d2)和(a2)时各自代表单键，
e.即当表示为(a2)时代表双键，则表示为(a1)和(b)时各自代表单键，
f.当表示为(d1)时代表双键，则表示为(d2)时代表单键；
g.当表示为(d2)时代表双键，则表示为(a1)和(d1)时各自代表单键，
RB1和RB2的每一个独立地为氢、-L1-RB3或-XARA，其中XA是-O-、-S-或-N(RA)-；或RB1和RB2连接形成氧代基，条件是RB1和RB2中的至少一个不为氢；
L1是键、–CH(CH3)(CH2)2–、–CH(CH3)-CH＝CH–、–C(＝O)–、–C(＝O)O–、–C(＝O)S–、–C(＝O)N(RL)–或-N(RL)-(C(RLL)2)p-，其中RL为氢、任选取代的烷基或氮保护基，每个RLL独立地为氢、卤素或任选取代的烷基，且p为0、1或2；
RB3是氢，任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基，任选取代的芳基，任选取代的杂芳基；条件是当L1为键时，则RB3不为氢；
每个RA独立地为氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、羰基、甲硅烷基，当与氧连接时为氧保护基，当与硫连接时为硫保护基，或当与氮连接时为氮保护基；任选地当与N连接时，两个RA基团可以连接形成任选取代的杂环基或任选取代的杂芳基环；并且任选地当RB1和RB2各自为-XARA时，则两个RA基团可以连接形成任选取代的杂环基环；
Y1和Y2各自为氢，或Y1为氢且Y2为-OH，或者Y1和Y2连接形成氧代(＝O)基团；
在一个实施方案中，本发明包括式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)或(G1″)的化合物以及本文所述的另外的活性化合物，以及具有以同位素天然丰度以上的量(即富集)的至少一个所需的原子的同位素取代的这些化合物的用途。同位素是具有相同原子序数但不同质量数的原子，即具有相同质子数但具有不同中子数。
可掺入至本发明化合物的同位素的实例包括氢、碳、氮、氧、磷、氟和氯的同位素，如2H、3H、11C、13C、14C、15N、18F 31P、32P、35S、36CI、125I。本发明包括如本文所定义的各种同位素标记的化合物，例如其中存在放射性同位素如3H、13C和14C的化合物。这些同位素标记的化合物可用于代谢研究(用14C)、反应动力学研究(如2H或3H)，检测或成像技术如正电子发射断层摄影术(PET)或单光子发射计算机断层摄影术(SPECT)，包括药物或基质组织分布测定，或患者的放射治疗。特别地，18F标记的化合物对于PET或SPECT研究可能是特别理想的。本发明的同位素标记化合物及其前药通常可以通过进行下述方案或实施例和制备中公开的方法，通过用容易获得的同位素标记的试剂取代非同位素标记的试剂来制备。
作为一般实例而非限制性的，氢的同位素(例如氘(2H)和氚(3H))可用于所述结构中的任何地方。可选地或另外地，可以使用碳的同位素，例如13C和14C。典型的同位素取代是分子上一个或多个位置处的氢被氘取代，以改善药物的性能，例如药效学、药代动力学、生物分布、半衰期、稳定性、AUC、Tmax、Cmax等。例如氘可以在代谢期间在键断裂的位置(α氘动力学同位素效应)或接近或紧挨键断裂位点(β氘动力学同位素效应)与碳键合。
同位素取代，例如氘取代，可以是部分的或全部的。部分氘取代是指至少一个氢被氘取代。在某些实施方案中，同位素在任何感兴趣的位置富含90％、95％或99％或更多的同位素。在一个实施方案中，氘的90％、95％或99％富集在期望的位置。除非另有说明，否则任何一点的富集都高于天然丰度，足以改变人体内药物的可检测性质。
在一个实施方案中，当R基团中的至少一个变量是氢(例如2H或D)或烷基(例如CHD，CD2，CD3)时，在R基团内发生氘原子取代氢原子。例如，当任何R基团是或包含例如经取代的甲基、乙基或另一个烷基时，烷基残基可以是氘代的，例如CD3、CH2CD3或CD2CD3。在某些其他实施方案中，当任何上述R基团是氢时，氢可以同位素富集为氘(即2H)。
在一些实施方案中，RB1是氘。在一些实施方案中，RB1包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，RB2是氘。在一些实施方案中，RB2包含同位素富集的原子(例如，2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，Y1是氘。在一些实施方案中，Y1包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，Y2是氘。在一些实施方案中，Y2包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，R3是氘。在一些实施方案中，R3包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，R4是氘。在一些实施方案中，R4包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，R5A是氘。在一些实施方案中，R5A包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，R5B是氘。在一些实施方案中，R5B包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，RN是氘。在一些实施方案中，RN包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，W包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，RO是氘。在一些实施方案中，RO包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，R1或R2是氘。在一些实施方案中，R1或R2包含同位素富集的原子(例如2H，3H，13C，14C，18F)。在一些实施方案中，环A上的氢(见下文)被氘取代。在一些实施方案中，环B上的氢被氘取代。在一些实施方案中，环C上的氢被氘取代。在一些实施方案中，环D上的氢被氘取代。
皮质抑素环标记
在一些实施方案中，通过用氘源如D2O或氘代酸捕获烯醇化物，将R5或环A的另一个位置氘代。在一些实施方案中，环B、C或D的位置通过用氘源(例如D2、HD、氘代硼氢化物)分别还原双键(a)、(b)或(c)来氘代。在一些实施方案中，环D的位置通过用氘源(例如D2O或氘代酸)捕获烯醇化物(例如，对于式(XXI)的化合物)来氘代。
季胺盐和N-氧化物
如本文所用的“季胺盐”是指其中氮原子包含四个价键(例如，被四个可以是氢和/或非氢基团的基团取代)，使得氮原子带正电荷并且电荷与抗衡离子(例如本文定义的XC)平衡(中和)的氨基。
如本文所用的“N-氧化物”是指其中氮原子包含四个价键(例如被四个可以是氢和/或非氢基团的基团取代，其中直接连接到氮原子的一个基团是氧化基团)，使得氮原子带正电荷，并且其中氧化基团平衡(中和)氮原子的正电荷的氨基。
应该理解，式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)或(A-3″)的任何一个可以在氨基可能位于的任何位置包含季胺盐和/或N-氧化物基团。
特别地，其中W为-N(R1)(R2)的式(A-1')或(A-2″)化合物可以包含C3位上的季胺盐或N-氧化物基团(也称为“季C3胺盐”和“C3N-氧化物”)，其包含连接到环A的氨基-NR1R2。
在某些实施方案中，在C3位的氨基可以是季胺盐式例如以提供式(A-QA')或(A-QA″)的化合物：
其中R1、R2、R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义；和
其中：
Y是任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基；和
XC是抗衡离子。
通过游离C3-胺与基团Y-XC的反应可以形成季C3-胺盐，其中Y如上定义(例如，任选取代的烷基，任选取代的烯基，任选取代的炔基，任选取代的碳环基或任选取代的杂环基)，并且XC是如本文所定义的离去基团。由此产生的抗衡离子XC可以通过离子交换法如离子交换色谱与另一抗衡离子XC交换。示例性的XC抗衡离子包括但不限于卤化物离子(例如F-、Cl-、Br-、I-)、NO3 -、ClO4 -、OH-、H2PO4 -、HSO4 -、磺酸根离子(例如甲磺酸根、三氟甲磺酸根、对甲苯磺酸根、苯磺酸根、10-樟脑磺酸根、萘-2-磺酸根、萘-1-磺酸-5-磺酸根、乙烷-1-磺酸-2-磺酸根等)和羧酸根离子(例如、乙酸根、醋酸根、丙酸根、苯甲酸根、甘油酸根、乳酸根、酒石酸根、乙醇酸根等)。在某些实施方案中，Y是任选取代的烷基(例如甲基)。在某些实施方案中，XC是卤离子。
在某些实施方案中，式(A-QA′)或(A-QA″)的季胺盐是下式的β(A-1-QA′)或(A-1-QA″)或a(A-2-QA′)或(A-2-QA″)异构体：
其中R1、R2、R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义。
或者，在某些实施方案中，在C3位的氨基可以是式的N-氧化物，例如以提供式(A-NO′)或(A-NO″)的化合物：
其中R1、R2、R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义。
在某些实施方案中，式(A-NO′)或(A-NO″)的N-氧化物是下式的β(A-1-NO′)或(A-1-NO″)或者a(A-2-NO′)或(A-2-NO″)异构体：
其中R1、R2、R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义。
式(A-1')或(A-1″)的化合物
如本文一般定义的，在某些实施方案中，皮质抑素或其皮质抑素类似物是式(A-1')或(A-1″)的化合物：
或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物；其中W是-N(R1)(R2)、-ORO、＝O或＝N(R1)。
在某些实施方案中，W是-N(R1)(R2)以提供下式的化合物
或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物。
在某些实施方案中，式(A-1-A')或(A-1-A″)的化合物具有式：
或为其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物。
式(A-1-A')或(A-1-A″)的化合物包括皮质抑素(即天然存在的皮质抑素)，例如皮质抑素A、B、C、D、E、F、G、H、J、K和L，其中R5A和R5B各自独立地为-ORA，或者其中表示为(d1)或(d2)的至少一个代表双键。
例如，在其中R5A和R5B各自独立地为-ORA的某些实施方案中，式(A-1-A')或(A-1-A″)的皮质抑素选自下组：
及其药学上可接受的盐、季胺盐及N-氧化物。
在其中表示为(d1)或(d2)的至少一个代表双键的某些实施方案中，式(A-1-A')或(A-1-A″)的皮质抑素选自下组：
及其药学上可接受的盐、季胺盐及N-氧化物。
在其中R5A和R5B各自独立地为-ORA或者表示为(d1)或(d2)的至少一个代表双键的某些实施方案中，式(A-1-A')或(A-1-A″)的皮质抑素选自下组：
及其药学上可接受的盐、季胺盐及N-氧化物。
如上所述，天然皮质抑素和式(A-1-A')或(A-1-A″)的各种皮质抑素类似物(其中R5A和R5B各自独立地为-ORA，或者其中表示为(d1)或(d2)的至少一个代表双键)的合成描述于WO/2010/024930中，在此通过引用并入本文。
可以在合成天然皮质抑素或皮质抑素类似物的过程中通过酮的烯醇化物捕获反应完成R5A在环酮的任一个α碳位置的安装。酮可被捕获为烯醇化物，接着随后进行双键的氧化或胺化，或双键与亲电子碳C(RA)3-LG(其中LG为离去基团)的反应，以提供取代的酮产物，其中R5是-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2、-OS(＝O)2RA、–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2、-NRAS(＝O)2RA或–C(RA)3。考虑用于烯醇化物捕获的示例性条件包括碱(例如，二异丙基氨化锂(LDA))和其中P1是甲硅烷基且LG是离去基团(例如三甲基甲硅烷基氯化物)的捕获试剂P1-LG的组合。
示例性的氧化条件，例如将-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2或-OS(＝O)2RA基团安装在R5位包括用氧化剂如间氯过氧苯甲酸(MCPBA)、MoOOPh或DMSO处理被捕获的烯醇化物以提供其中R5是-OH的取代酮，接着任选地保护，例如通过用RA-LG、LG-C(＝O)RA、LG-C(＝O)ORA、LG-C(＝O)N(RA)2或LG-S(＝O)2RA的化合物(其中LG为离去基团)处理其中R5为–OH的化合物，以提供其中R5为-ORA(其中RA为非氢基团)、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2或-OS(＝O)2RA的化合物。
示例性的胺化条件，例如将–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2或-NRAS(＝O)2RA基团安装在R5位包括用其中LG为离去基团的化合物N3-LG(例如三叠氮化物)处理被捕获的烯醇化物以提供其中R5是-N3的取代酮。其中R5为-N3的取代酮可以用还原剂(例如PPh3)处理以提供其中R5为-NH2的化合物，接着任选地保护，例如通过将其中R5为-NH2的化合物用式RA-LG、LG-C(＝O)RA、LG-C(＝O)ORA、LG-C(＝O)N(RA)2或LG-S(＝O)2RA的化合物处理，其中LG为离去基团，以提供其中R5为-N(RA)2(其中至少一个RA为非氢基团)、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2或-NRAS(＝O)2RA的化合物。
在某些实施方案中，为(d1)和(d2)的每个代表单键。在某些实施方案中，R5B是氢并且为(d1)和(d2)的每个代表单键。其中R5B是氢并且为(d1)和(d2)的每一代表单键的皮质抑素类似物的合成在PCT/US2014/072365中描述，其通过引用并入本文。
在其中W是-N(R1)(R2)、R5B是氢且为(d1)和(d2)的各自代表单键的某些实施方案中，所提供的是下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物
在某些实施方案中，式(A-1-B')或(A-1-B″)的化合物具有式：
或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物。
在其中W是＝O，R5B是氢并且为(d1)和(d2)的每个代表单键的某些实施方案中，提供下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
在其中W是-ORO、R5B是氢并且为(d1)和(d2)的每个代表单键的某些实施方案中，提供了下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
在某些实施方案中，式(A-1-D')或(A-1-D″)的化合物具有下式：
或为其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物。
在其中W是-ORO、R5B是氢并且为(d1)和(d2)的每个代表单键的某些实施方案中，提供了下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
在某些实施方案中，式(A-1-E')或(A-1-E″)的化合物具有下式：
或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物。
基团R1和R2
如本文一般定义的，在式(A-1-A′)、(A-1-B′)、(A-1-E′)、(A-1-A″)、(A-1-B″)或(A-1-E″)的某些实施方案中，R1为氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-ORA、-SRA、-N(RA)2、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2、-S(＝O)2RA或氮保护基。
此外，在式(A-1-A′)、(A-1-A″)、(A-1-B′)和(A-1-B″)的某些实施方案中，R2为氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2、-S(＝O)2RA或氮保护基。
在某些实施方案中，R1和R2中的至少一个是氢。在某些实施方案中，R1和R2都是氢。在某些实施方案中，R1和R2的一个是氢并且另一个是非氢基团，例如任选取代的烷基。在某些实施方案中，R1是氢。
在某些实施方案中，R1和R2中的至少一个是任选取代的烷基，例如任选取代的C1-6烷基。在某些实施方案中，R1和R2各自独立地为任选取代的烷基。在某些实施方案中，R1是任选取代的烷基，例如任选取代的C1-6烷基。在某些实施方案中，R1和/或R2是任选取代的C1烷基、任选取代的C2烷基、任选取代的C3烷基、任选取代的C4烷基、任选取代的C5烷基或任选取代的C6烷基。在一些实施方案中，R1和/或R2是任选取代的甲基(C1)、任选取代的乙基(C2)、任选取代的正丙基(C3)、任选取代的异丙基(C3)、任选取代的正丁基(C4)或任选取代的叔丁基(C4)。在某些实施方案中，R1和/或R2是被一个或多个卤素取代基(例如氟)取代的烷基。在某些实施方案中，R1和/或R2是-CH3或-CF3。在某些实施方案中，R1和R2的每个实例独立地为-CH3或-CF3。在某些实施方案中，R1和/或R2是被一个或多个卤素(例如氟)、氨基(-NH2)、取代的氨基、羟基(-OH)、取代的羟基、巯基(-SH)、取代的巯基或磺酰基取代基取代的烷基。在某些实施方案中，R1和/或R2是被任选取代的碳环基(例如环丙基)或任选取代的杂环基(例如氧杂环丁烷基)环取代的烷基。
例如，在某些实施方案中，R1和R2中的至少一个是式的基团，例如以提供下式的化合物或其药学上可接受的盐，季胺盐或N-氧化物：
其中R1、R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义；和
其中：
p是1、2、3、4、5或6；和
Z是-CH2XZ、-CH(XZ)2、-C(XZ)3、–ORZ、–SRZ、–N(RZ)2、-S(O)2N(RZ)2、
其中每个RZ独立地为氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(＝O)RZ、-C(＝O)ORZ、-C(＝O)N(RZ)2，当与氧连接时为氧保护基，当与硫连接时为硫保护基，或当与氮连接时为氮保护基，任选当连接至N时两个RZ基团可以连接形成任选取代的杂环基或任选取代的杂芳基环；
XZ的每个实例独立地为氟、氯、溴或碘；和
w是1和10之间的整数，包括1和10。
在某些实施方案中，R1和R2独立地为式的基团。
在某些实施方案中，p为1。在某些实施方案中，p为2。在某些实施方案中，p为3。在某些实施方案中，w为1、2、3或4。在某些实施方案中，RZ为氢或任选取代的烷基(例如，-CH3)。在某些实施方案中，Z是-ORZ，例如-OH或-ORZ，其中RZ是非氢基团，例如，其中RZ是任选取代的烷基如-CH3。在某些实施方案中，Z为-N(RZ)2，例如-NH2，-NHRZ或-N(RZ)2，其中RZ为非氢基团，例如其中RZ为任选取代的烷基如-CH3。在某些实施方案中，Z是-CH2XZ，-CH(XZ)2，-C(XZ)3，例如其中XZ是氟。在某些实施方案中，Z是-S(O)2N(RZ)2，例如-S(O)2NH2或-S(O)2NHCH3。
在某些实施方案中，R1和R2连接形成任选取代的杂环基，例如任选取代的3-6元杂环基。在某些实施方案中，R1和R2连接形成任选取代的3元杂环基、任选取代的4元杂环基、任选取代的5元杂环基或任选取代的6元杂环基。在某些实施方案中，R1和R2连接形成任选取代的3元杂环基，即任选取代的氮丙啶基。在某些实施方案中，R1和R2连接形成任选取代的4元杂环基，例如任选取代的氮杂环丁烷基。在某些实施方案中，R1和R2连接形成任选取代的5元杂环基，例如任选取代的吡咯烷基或任选取代的咪唑烷-2,4-二酮。在某些实施方案中，R1和R2连接形成任选取代的6元杂环基，例如任选取代的哌啶基、任选取代的四氢吡喃基、任选取代的二氢吡啶基、任选取代的噻烷基、任选取代的哌嗪基、任选取代的吗啉基、任选取代的二噻烷基、任选取代的二噁烷基或任选取代的三嗪烷基。
例如，在某些实施方案中，R1和R2连接形成式的基团，例如以提供下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
其中R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义；和
其中：
G是-O-、-S-、-NH-、-NR7-、-CH2-、-CH(R7)-或-C(R7)2-；
每个R7独立地为卤素、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、氨基、取代的氨基、羟基、取代的羟基、巯基、取代的巯基、羰基、磺酰基、亚磺酰基或当连接至氮原子时为氮保护基；
任选地，其中两个R7基团连接形成任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基环或氧代(＝O)基团；和
n是0、1、2、3或4。
在某些实施方案中，R1和R2连接形成式的基团,例如以提供下式的化合物或其药学上可接受的盐，季胺盐或N-氧化物：
其中R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义；和
其中：
G是-O-、-S-、-NH-、-NR7-、-CH2-、-CH(R7)-或-C(R7)2-
每个R7独立地为卤素、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、氨基、取代的氨基、羟基、取代的羟基、巯基、取代的巯基、羰基、磺酰基、亚磺酰基或当连接至氮原子时为氮保护基；
任选地，其中两个R7基团连接形成任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基环或氧代(＝O)基团；和
n是0、1、2、3或4。
在某些实施方案中，R1和R2连接形成式的基团，例如以提供下式的化合物或其药学上可接受的盐，季胺盐或N-氧化物：
其中R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义；和
其中：
G是-O-、-S-、-NH-、-NR7-、-CH2-、-CH(R7)-或-C(R7)2-
每个R7独立地为卤素、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、氨基、取代的氨基、羟基、取代的羟基、巯基、取代的巯基、羰基、磺酰基、亚磺酰基或当连接至氮原子时为氮保护基；
任选地，其中两个R7基团连接形成任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基环或氧代(＝O)基团；和
n是0、1、2、3或4。
在某些实施方案中，n是0，并且通过R1和R2连接形成的环系不被本文所定义的R7基团取代。在某些实施方案中，n是1、2、3或4，并且环系被1、2、3或4个本文定义的R7基团取代。在某些实施方案中，n是1。在某些实施方案中，n是2。在某些实施方案中，n是3。在某些实施方案中，n是4。
在其中n不为0(即，n为1、2、3或4)并且至少一个R7连接至碳原子的某些实施方案中，R7为卤素(例如氟)、羟基、取代的羟基、或羰基(例如-CO2H)。在其中n不为0(即，n为1、2、3或4)且两个R7基团连接至相同碳原子的某些实施方案中，两个R7基团各自为卤素，例如氟。在其中n不为0(即，n为1、2、3或4)并且两个R7基团连接至相同碳原子的某些实施方案中，两个R7基团连接形成任选取代的碳环基环或任选取代的杂环基环(例如，任选取代的氧杂环丁烷基环)。在其中n不为0(即，n为1、2、3或4)并且两个R7基团连接至不同碳原子的某些实施方案中，两个R7基团连接形成任选取代的碳环基环或任选地取代的杂环基环。
在某些实施方案中，G是-O-。在某些实施方案中，G是-NR7-，例如，其中R7是任选取代的烷基(例如，-CH3)。在某些实施方案中，G是-CH(R7)-或-C(R7)2-，其中至少一个R7是羟基、取代的羟基或羰基(例如-CO2H)。
在某些实施方案中，基团是
在某些实施方案中，基团是
在某些实施方案中，基团是
在某些实施方案中，R1是-S(＝O)2RA且R2是任选取代的烷基。
基团RO
如本文通常定义的，RO为氢或任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2或氧保护基团。
在某些实施方案中，RO是氢。
在某些实施方案中，RO为任选取代的烷基，例如任选取代的C1-6烷基，例如任选取代的C1烷基，任选取代的C2烷基，任选取代的C3烷基，任选取代的C4烷基，任选取代的C5烷基，或任选取代的C6烷基。在某些实施方案中，RO为任选取代的甲基(C1)，任选取代的乙基(C2)，任选取代的正丙基(C3)，任选取代的异丙基(C3)，任选取代的正丁基(C4)或任选取代的叔丁基(C4)。在某些实施方案中，RO是被一个或多个卤素取代基(例如氟)取代的烷基。在某些实施方案中，RO是-CH3或-CF3。在某些实施方案中，RO是被一个或多个卤素(例如氟)、氨基(-NH2)、取代的氨基、羟基(-OH)、取代的羟基、巯基(-SH)、取代的巯基或磺酰基取代基取代的烷基。在某些实施方案中，RO是被任选取代的碳环基(例如环丙基)或任选取代的杂环基(例如氧杂环丁烷基)取代的烷基。
例如，在某些实施方案中，RO是式的基团：例如以提供下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
其中R3、R4、R5A、RB1和RB2如本文所定义；和
其中：
p是1、2、3、4、5或6；和
Z是-CH2XZ、-CH(XZ)2、-C(XZ)3、–ORZ、–SRZ、–N(RZ)2、-S(O)2N(RZ)2、
其中每个RZ独立地为氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-C(＝O)RZ,-C(＝O)ORZ,-C(＝O)N(RZ)2、当与氧连接时为氧保护基、当与硫连接时为硫保护基、或当与氮连接时为氮保护基，任选地当连接至N时两个RZ基团可以连接形成任选取代的杂环基或任选取代的杂芳基环；
XZ的每一个独立地为氟、氯、溴或碘；和
w是1和10之间的整数，包括1和10。
在某些实施方案中，p为1。在某些实施方案中，p为2。在某些实施方案中，p为3。在某些实施方案中，w为1、2、3或4。在某些实施方案中，RZ为氢或任选取代的烷基(例如，-CH3)。在某些实施方案中，Z是-ORZ，例如-OH或-ORZ，其中RZ是非氢基团，例如，其中RZ是任选取代的烷基如-CH3。在某些实施方案中，Z为-N(RZ)2，例如-NH2、-NHRZ或-N(RZ)2，其中RZ为非氢基团，例如其中RZ为任选取代的烷基如-CH3。在某些实施方案中，Z是-CH2XZ，-CH(XZ)2、-C(XZ)3，例如其中XZ是氟。在某些实施方案中，Z是-S(O)2N(RZ)2，例如-S(O)2NH2或-S(O)2NHCH3。
在式(A-1-D')或(A-1-D″)的某些实施方案中，RO为-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA或-C(＝O)N(RA)2。在某些实施方案中，RA为氢或任选取代的烷基(例如-CH3)。例如，在某些实施方案中，RO为-C(＝O)CH3、-C(＝O)OCH3、-C(＝O)N(CH3)2或-C(＝O)NHCH3。
在某些实施方案中，RO是氧保护基。
基团R3、R4、R5A、R5B和式的键
如本文通常所定义的，R3是氢或任选取代的烷基。
在某些实施方案中，R3是氢。在某些实施方案中，R3是任选取代的烷基，例如甲基(-CH3)。
如本文通常所定义的，R4是氢、卤素、任选取代的烷基或-Si(RA)3。在某些实施方案中，R4是氢。在某些实施方案中，R4是任选取代的烷基，例如甲基。在某些实施方案中，R4是-Si(RA)3，例如，其中RA的每个独立地为任选取代的烷基或任选取代的苯基。
如本文通常所定义，R5A为氢，卤素，任选取代的烷基，-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2、-OS(＝O)2RA、–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2、-NRAS(＝O)2RA或–C(RA)3。在某些实施方案中，R5A是氢。在某些实施方案中，R5A是非氢基团。在某些实施方案中，R5A是卤素(例如溴、碘、氯)。在某些实施方案中，R5A是任选取代的烷基(例如，-CH3)。在某些实施方案中，R5A是-ORA(例如-OH、-OCH3)。
在某些实施方案中，R5A是氢、卤素、任选取代的烷基或-ORA。
在某些实施方案中，R5A是-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2、-OS(＝O)2RA。
在某些实施方案中，R5A是–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2或-NRAS(＝O)2RA。
在某些实施方案中，R5A是-C(RA)3。
在某些实施方案中，基团R5A处于α(向下)构型。在某些实施方案中，基团R5A处于β(向上)构型。
如本文通常所定义的，R5B是氢、卤素、任选取代的烷基或-ORA。在某些实施方案中，R5B是氢。在某些实施方案中，R5B是非氢基团。在某些实施方案中，R5B是卤素(例如溴、碘、氯)。在某些实施方案中，R5B是任选取代的烷基，例如甲基。在某些实施方案中，R5B是-ORA，例如-OH。在某些实施方案中，R5B不是-ORA。
在某些实施方案中，R5A和R5B的至少一个是氢。在某些实施方案中，R5A是氢且R5B是非氢。在某些实施方案中，R5A是非氢且R5B是氢。在某些实施方案中，R5A和R5B各自是氢。
在某些实施方案中，R5A和R5B的至少一个是卤素(例如溴、碘、氯)。在某些实施方案中，R5A和R5B的至少一个是任选取代的烷基，例如甲基。
在某些实施方案中，R5A和R5B的至少一个是-ORA，例如-OH。在某些实施方案中，R5A是-ORA，例如-OH，且R5B是氢。在某些实施方案中，R5A是氢且R5B是-ORA，例如-OH。在某些实施方案中，R5A和R5B各自是-ORA，例如-OH。在某些实施方案中，R5A和R5B都不是-ORA。
表示为(a1)、(a2)、(b)、(c)、(d1)和(d2)中的每个通常代表单键或双键，当价位允许，则
当表示为(c)的代表双键时，则RB1和RB2中的一个不存在，Y1和Y2中的一个不存在，
当表示为(c)的代表单键时，则RB1和RB2都存在，且Y1和Y2都存在，
当表示为(a1)的代表双键时，则表示为(d2)和(a2)的各自代表单键，
当表示为(a2)的代表双键时，则表示为(a1)和(b)的各自代表单键，
当表示为(d2)的代表双键时，则表示为(a1)和(d1)的各自代表单键。
在某些实施方案中，表示为(a2)的键是单键。在某些实施方案中，表示为(a1)的键是双键。在某些实施方案中，表示为(b)的键是双键。在某些实施方案中，表示为(a1)和(b)的每个是双键。在某些实施方案中，表示为(c)的键是单键。在某些实施方案中，表示为(d2)的键是单键。在某些实施方案中，表示为(d1)的键是单键。
在某些实施方案中，R3是甲基，R4是氢，R5A是氢，并且表示为(c)的键是单键。
在其他实施方案中，R3是甲基，R4是氢，表示为(c)的键是双键，并且RB2不存在。
基团RB1和RB2
如本文通常定义的，RB1和RB2的每个独立地为氢，-L1-RB3或-XARA，其中XA为-O-，-S-或-N(RA)-；或RB1和RB2连接形成氧代基，条件是RB1和RB2中的至少一个不是氢；
L1是键、–CH(CH3)(CH2)2–、–CH(CH3)-CH＝CH–、–C(＝O)–、–C(＝O)O–、–C(＝O)S–、–C(＝O)N(RL)–或-N(RL)-(C(RLL)2)p-，其中RL为氢、任选取代的烷基或氮保护基，每个RLL独立地为氢、卤素或任选取代的烷基，且p为0、1或2；和
RB3是氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基，条件是当L1是键时，则RB3不是氢。
在某些实施方案中，RB1和RB2的至少一个是-L1-RB3。在某些实施方案中，当表示为(c)的代表单键时，则RB1为-L1-RB3且RB2为氢或-XARA(例如-ORA)。
在某些实施方案中，L1是键，并且RB3是任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基。
在某些实施方案中，RB3是环状基团，例如RB3是任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基。在某些实施方案中，RB3是非芳族环状基团，例如在某些实施方案中，RB3是任选取代的碳环基或任选取代的杂环基。在某些实施方案中，RB3是芳族环状基团，例如在某些实施方案中，RB3是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基。
在某些实施方案中，RB3是任选取代的芳基，例如任选取代的C6-14芳基。在某些实施方案中，RB3是任选取代的苯基。在某些实施方案中，RB3是任选取代的萘基。在某些实施方案中，RB3是与任选取代的杂环基环稠合的任选取代的苯基；如任选取代的苯基四氢异喹啉基。关于包含稠合杂环基环的任选取代的芳基环系统，可以理解，与母分子的连接点位于芳基(例如苯基)环上。
在某些实施方案中，RB3是任选取代的杂芳基，例如任选取代的5-14元杂芳基。在某些实施方案中，RB3是任选取代的5元杂芳基或任选取代的6元杂芳基。在某些实施方案中，RB3是任选取代的二环杂芳基，例如任选取代的5,6-二环杂芳基或任选取代的6,6-二环杂芳基。在某些实施方案中，RB3是任选取代的5,6-二环杂芳基或任选取代的6,6-二环杂芳基环系统，其选自任选取代的萘啶基、任选取代的蝶啶基、任选取代的喹啉基、任选取代的异喹啉基、任选取代的噌啉基、任选取代的喹喔啉基、任选取代的酞嗪基和任选取代的喹唑啉基。在某些实施方案中，RB3的连接点是通过氮原子。
在某些实施方案中，其中RB3是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基，-L1-OR3选自由以下组成的组：
其中：
每个R6A独立地为卤素、-NO2、-CN、-OR6C、-SR6C、-N(R6C)2、-C(＝O)R6C、-C(＝O)OR6C、-C(＝O)N(R6C)2,、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基或任选取代的杂芳基；
每个R6B独立地为氢，任选取代的烷基或当与氮连接时为氮保护基；
其中每个R6C独立地为氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、当连接到氧时为氧保护基、当连接到硫时为硫保护基或当连接到氮时为氮保护基，任选地当连接到N时，两个R6C基团可以连接形成任选取代的杂环基或任选取代的杂芳基环；和
m是0或1-4之间的整数，包括1和4。
在某些实施方案中，m是0。在某些实施方案中，m是1、2、3或4。在某些实施方案中，其中m是1、2、3或4，至少一个R6A是卤素(例如氟)、-OR6C、-SR6C或-N(R6C)2。
在某些实施方案中，如本文所述，L1是键或-C(＝O)N(RL)-，其中RL是氢或任选取代的烷基(例如甲基)，并且RB3是任选取代的芳基或任选取代的杂芳基。
式(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)和(G1″)的化合物
如本文通常定义的，在某些实施方案中，皮质抑素或其皮质抑素类似物是下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
如本文通常所定义，RN为氢、任选取代的烷基、任选取代的烯基、任选取代的炔基、任选取代的碳环基、任选取代的杂环基、任选取代的芳基、任选取代的杂芳基、-ORA、-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA、-C(＝O)N(RA)2、-S(＝O)2RA或氮保护基。
在某些实施方案中，RN是任选取代的烷基，例如任选取代的C1-6烷基，例如，任选取代的C1烷基、任选取代的C2烷基、任选取代的C3烷基、任选取代的C4烷基、任选取代的C5烷基或任选取代的C6烷基。在某些实施方案中，RO为任选取代的甲基(C1)、任选取代的乙基(C2)、任选取代的正丙基(C3)、任选取代的异丙基(C3)、任选取代的正丁基(C4)或任选取代的叔丁基(C4)。
在某些实施方案中，RN是-C(＝O)RA、-C(＝O)ORA或-C(＝O)N(RA)2。在某些实施方案中，RA是氢或任选取代的烷基(例如，-CH3)。例如，在某些实施方案中，RN是-C(＝O)CH3、-C(＝O)OCH3、-C(＝O)N(CH3)2或-C(＝O)NHCH3。
在某些实施方案中，RN是氮保护基团。
在某些实施方案中，RN是氢。
在某些实施方案中，式(A-2')或(A-2″)的化合物是下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
在某些实施方案中，式(A-3')或(A-3″)的化合物是下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
在某些实施方案中，所述化合物具有式(G1')或(G1″)。式(G1')或(G1″)的化合物可以如下面方案中所描述的还原式(A-1')或(A-1″)的化合物的酮来制备。
例如，原料酮可以任选地被捕获为烯醇化物(例如，通过用碱和P1-LG基团处理，其中P1是甲硅烷基并且LG是离去基团)，接着进行随后的双键的氧化或胺化，或双键与其中LG为离去基团的亲电子碳C(RA)3-LG反应以提供取代的酮产物，其中R5为非氢基团，例如卤素、-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2、-OS(＝O)2RA、–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2、-NRAS(＝O)2RA或–C(RA)3。
酮可以在Wolff-Kishner还原条件下还原以提供式(G1')和(G1″)的化合物。示例性的Wolff-Kishner条件描述在Furrow,M.E.；Myers,A.G.(2004)，"Practical Proceduresfor the Preparation of N-tert-Butyldimethylsilylhydrazones and Their Use inModified Wolff-Kishner Reductions and in the Synthesis of Vinyl Halidesandgem-Dihalides"Journal of the American Chemical Society 126(17)：5436–5445，其通过引用并入本文。
示例性化合物
本文进一步预期到某些实施方案的各种组合。
例如，在其中基团-L1-RB3是式的基团并且其中L1是键的某些实施方案中，提供了下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
其中RN、R1、R2、R3、R4、R5A、R6A和m如本文所定义。
在其中R1和R2连接形成任选取代的杂环基的某些实施方案中，提供了下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
其中R7、R6A、n和m如本文所定义。在某些实施方案中，G是O。在某些实施方案中，G是N-CH3。在某些实施方案中，m是0。在某些实施方案中，m是1。在某些实施方案中，n是0。在某些实施方案中，n是1。
在其中R1和R2连接形成任选取代的杂环基的某些实施方案中，提供了下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
其中R7、R6A、n和m如本文所定义。在某些实施方案中，G是-CH2-。在某些实施方案中，m是0。在某些实施方案中，m是1。在某些实施方案中，n是0。在某些实施方案中，n是1。
在其中R1和R2各自是-CH3的某些实施方案中，提供了下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
其中R6A和m如本文所定义。在某些实施方案中，m是0。在某些实施方案中，m是1。
在其中R1和R2中的一个是氢，并且R1和R2中的另一个是-CH3的某些实施方案中，提供了下式的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物：
其中R6A和m如本文所定义。在某些实施方案中，m是0。在某些实施方案中，m是1。
式(A-1-B')或(A-1-B″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐、季胺盐及N-氧化物，例如下式的N-氧化物：
式(A-1-C')或(A-1-C″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物。
式(A-1-D')或(A-1-D″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐。
式(A-1-E')或(A-1-E″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐。
式(A-2')或(A-2″)和(A-3')或(A-3″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐。
式(D1')或(D1″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐。
式(D2')或(D2″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐。
式(E1')或(E1″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐。
式(E2')或(E2″)的示例性化合物包括但不限于：
及其药学上可接受的盐。
B.化学定义
以下更详细地描述具体官能团和化学术语的定义。化学元素按照元素周期表(CAS版本，化学和物理手册，第75版，在封面内)进行识别，具体的官能团通常如其中所述定义。此外，有机化学的一般原理以及具体的官能部分和反应性描述在Organic Chemistry,Thomas Sorrell,University Science Books,Sausalito,1999；Smith and March March’s Advanced Organic Chemistry,第5版,John Wiley&Sons,Inc.,New York,2001；Larock,Comprehensive Organic Transformations,VCH Publishers,Inc.,New York,1989；和Carruthers,Some Modern Methods of Organic Synthesis,第3版,CambridgeUniversity Press,Cambridge,1987。
本文所述的化合物可以包含一个或多个不对称中心，因此可以以各种立体异构形式存在，例如对映异构体和/或非对映异构体。还考虑了具有Z或E构型的双键的立体异构体或其混合物。例如，本文所述的化合物可以是单独的对映异构体、非对映异构体或几何异构体的形式，或者可以是立体异构体混合物的形式，包括外消旋混合物和富含一种或多种立体异构体的混合物。可以通过本领域技术人员已知的方法从混合物中分离异构体，包括手性高压液相色谱(HPLC)和手性盐的形成和结晶；或者优选的异构体可以通过不对称合成来制备。参见，例如Jacques et al.,Enantiomers,Racemates and Resolutions(WileyInterscience,New York,1981)；Wilen et al.,Tetrahedron 33：2725(1977)；Eliel,E.L.Stereochemistry of Carbon Compounds(McGraw–Hill,NY,1962)；和Wilen,S.H.Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions p.268(E.L.Eliel,Ed.,Univ.of Notre Dame Press,Notre Dame,IN 1972)。本发明还包括基本上不含其他异构体的单独异构体的化合物，或者作为各种异构体的混合物。
根据本发明，可以使用含有多种异构体比例的异构体混合物。例如，在只有两种异构体混合的情况下，含有50：50、60：40、70：30、80：20、90：10、95：5、96：4、97：3、98：2、99：1或100：0异构体比例的混合物都是本发明所预期的。本领域的普通技术人员将容易理解，对于更复杂的异构体混合物，可以预期到类似的比例。该混合物可以含有两种对映异构体、两种非对映异构体或非对映异构体和对映异构体的混合物。
例如，如果需要本文所述的化合物的特定对映异构体，则其可以通过不对称合成或通过用手性助剂衍生而制备，其中分离所得非对映异构体混合物并且将辅助基团裂解以提供纯的所需对映异构体。在一些实施方案中，本文所述的化合物通过用酶不对称合成来制备。对映异构体和非对映异构体可通过分级结晶或色谱法(例如，用手性柱的HPLC)分离。可选地，在分子含有碱性官能团如氨基或酸性官能团如羧基的情况下，用合适的光学活性酸或碱形成非对映异构体盐，然后析分通过本领域熟知的分级结晶或色谱手段形成的非对映异构体，随后回收纯对映体。
在一些实施方案中，RB1或RB2所连接的碳为(S)构型。在一些实施方案中，RB1或RB2所连接的碳为(R)构型。在一些实施方案中，RB1或RB2所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相同的构型。在一些实施方案中，RB1或RB2所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相反的构型。在一些实施方案中，Y1或Y2所连接的碳为(S)构型。在一些实施方案中，Y1或Y2所连接的碳为(R)构型。在一些实施方案中，Y1或Y2所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相同的构型。在一些实施方案中，Y1或Y2所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相反的构型。在一些实施方案中，R3所连接的碳为(S)构型。在一些实施方案中，R3所连接的碳为(R)构型。在一些实施方案中，R3所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相同的构型。在一些实施方案中，R3所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相反的构型。在一些实施方案中，R5B所连接的碳为(S)构型。在一些实施方案中，R5B所连接的碳为(R)构型。在一些实施方案中，R5B所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相同的构型。在一些实施方案中，R5B所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相反的构型。在一些实施方案中，R5A所连接的碳为(S)构型。在一些实施方案中，R5A所连接的碳为(R)构型。在一些实施方案中，R5A所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相同的构型。在一些实施方案中，R5A所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相反的构型。在一些实施方案中，W所连接的碳为(S)构型。在一些实施方案中，W所连接的碳为(R)构型。在一些实施方案中，W所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相同的构型。在一些实施方案中，W所连接的碳与天然存在的皮质抑素(例如皮质抑素A，皮质抑素B)具有相反的构型。
在一些实施方案中，RB1所连接的碳为(R)构型。在一些实施方案中，RB1包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，RB2是氘。在一些实施方案中，RB2包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，Y1是氘。在一些实施方案中，Y1包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，Y2是氘。在一些实施方案中，Y2包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，R3是氘。在一些实施方案中，R3包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，R4是氘。在一些实施方案中，R4包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，R5A是氘。在一些实施方案中，R5A包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，R5B是氘。在一些实施方案中，R5B包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，RN是氘。在一些实施方案中，RN包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，W包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，RO是氘。在一些实施方案中，RO包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，R1或R2是氘。在一些实施方案中，R1或R2包含同位素富集的原子(例如2H、3H、13C、14C、18F)。在一些实施方案中，环A上的氢(见下文)被氘取代。在一些实施方案中，环B上的氢被氘取代。在一些实施方案中，环C上的氢被氘取代。在一些实施方案中，环D上的氢被氘取代。
除非另有说明，否则本文所述的结构还旨在包括仅在一个或多个同位素富集的原子存在时不同的化合物。例如，除了用氘或氚取代氢，用18F取代19F，或用富含13C或14C的碳取代碳之外，具有本发明结构的化合物都在本公开的范围内。这样的化合物例如可用作生物测定中的分析工具或探针。
当列出一个值的范围时，其意图涵盖范围内的每个值和子范围。例如，“C1-6烷基”旨在涵盖C1烷基、C2烷基、C3烷基、C4烷基、C5烷基、C6烷基、C1–6烷基、C1–5烷基、C1–4烷基、C1–3烷基、C1–2烷基、C2–6烷基、C2–5烷基、C2–4烷基、C2–3烷基、C3–6烷基、C3–5烷基、C3–4烷基、C4–6烷基、C4–5烷基和C5-6烷基。
如本文所用，术语“脂族”是指烷基、烯基、炔基和碳环基。同样，本文所用的术语“杂脂族”是指杂烷基、杂烯基、杂炔基和杂环基。
如本文所用，“烷基”是指具有1至10个碳原子的直链或支链饱和烃基(“C1-10烷基”)的基团。在一些实施方案中，烷基具有1至9个碳原子(“C1-9烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1至8个碳原子(“C1-8烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1至7个碳原子(“C1-7烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1至6个碳原子(“C1-6烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1至5个碳原子(“C1-5烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1至4个碳原子(“C1-4烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1至3个碳原子(“C1-3烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1至2个碳原子(“C1-2烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有1个碳原子(“C1烷基”)。在一些实施方案中，烷基具有2至6个碳原子(“C2-6烷基”)。C1-6烷基的实例包括甲基(C1)、乙基(C2)、正丙基(C3)、异丙基(C3)、正丁基(C4)、叔丁基(C4)、仲丁基(C4)、异丁基(C4)、正戊基(C5)、3-戊基(C5)、戊基(C5)、新戊基(C5)、3-甲基-2-丁基(C5)、叔戊基(C5)和正己基(C6)。烷基的其他实例包括正庚基(C7)、正辛基(C8)等。除非另外指明，否则每个烷基独立地为未取代的(“未取代的烷基”)或被一个或多个取代基的取代的(“取代的烷基”)。在某些实施方案中，烷基是未取代的C1-10烷基(例如，-CH3)。在某些实施方案中，烷基是取代的C1-10烷基。
如本文所用，“卤代烷基”是如本文所定义的取代的烷基，其中一个或多个氢原子独立地被卤素例如氟、溴、氯或碘代替。“全卤代烷基”是卤代烷基的子集，并且是指其中所有氢原子独立地被卤素例如氟、溴、氯或碘代替的烷基。在一些实施方案中，卤代烷基部分具有1至8个碳原子(“C1-8卤代烷基”)。在一些实施方案中，卤代烷基部分具有1至6个碳原子(“C1-6卤代烷基”)。在一些实施方案中，卤代烷基部分具有1至4个碳原子(“C1-4卤代烷基”)。在一些实施方案中，卤代烷基部分具有1至3个碳原子(“C1-3卤代烷基”)。在一些实施方案中，卤代烷基部分具有1至2个碳原子(“C1-2卤代烷基”)。在一些实施方案中，全部卤代烷基氢原子被氟代替以提供全氟代烷基。在一些实施方案中，所有的卤代烷基氢原子被氯代替以提供“全氯代烷基”基团。卤代烷基的实例包括–CF3、–CF2CF3、–CF2CF2CF3、–CCl3、–CFCl2、–CF2Cl等。
如本文所用，“杂烷基”是指如本文所定义的烷基，其进一步包括在母链内(即在相邻碳原子之间插入的)和/或在母链的一个或多个末端位置上放置的至少一个选自氧、氮或硫中的杂原子(例如，1、2、3或4个杂原子)。在某些实施方案中，杂烷基是指在母链内具有1至10个碳原子和1个或多个杂原子的饱和基团(“杂C1-10烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至9个碳原子和1个或多个杂原子的饱和基团(“杂C1-9烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至8个碳原子和1个或多个杂原子的饱和基团(“杂C1-8烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至7个碳原子和1个或多个杂原子的饱和基团(“杂C1-7烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至6个碳原子和1个或多个杂原子的饱和基团(“杂C1-6烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至5个碳原子和1或2个杂原子的饱和基团(“杂C1-5烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至4个碳原子和1或2个杂原子的饱和基团(“杂C1-4烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至3个碳原子和1个杂原子的饱和基团(“杂C1-3烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有1至2个碳原子和1个杂原子的饱和基团(“杂C1-2烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是具有1个碳原子和1个杂原子的饱和基团(“杂C1烷基”)。在一些实施方案中，杂烷基是在母链内具有2至6个碳原子和1或2个杂原子的饱和基团(“杂C2-6烷基”)。除非另有说明，每个杂烷基独立地为未取代的(“未取代的杂烷基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的杂烷基”)。在某些实施方案中，杂烷基是未取代的杂C1-10烷基。在某些实施方案中，杂烷基是取代的杂C1-10烷基。
如本文所用，“烯基”是指具有2至10个碳原子和一个或多个碳-碳双键(例如1、2、3或4个双键)的直链或支链烃基的基团。在一些实施方案中，烯基具有2至9个碳原子(“C2-9烯基”)。在一些实施方案中，烯基具有2至8个碳原子(“C2-8烯基”)。在一些实施方案中，烯基具有2至7个碳原子(“C2-7烯基”)。在一些实施方案中，烯基具有2至6个碳原子(“C2-6烯基”)。在一些实施方案中，烯基具有2至5个碳原子(“C2-5烯基”)。在一些实施方案中，烯基具有2至4个碳原子(“C2-4烯基”)。在一些实施方案中，烯基具有2至3个碳原子(“C2-3烯基”)。在一些实施方案中，烯基具有2个碳原子(“C2烯基”)。一个或多个碳-碳双键可以是内部的(例如在2-丁烯基中)或末端的(例如在1-丁烯基中)。C2-4烯基的实例包括乙烯基(C2)、1-丙烯基(C3)、2-丙烯基(C3)、1-丁烯基(C4)、2-丁烯基(C4)、丁二烯基(C4)等。C2-6烯基的实例包括上述C2-4烯基以及戊烯基(C5)、戊二烯基(C5)、己烯基(C6)等。烯基的其他实例包括庚烯基(C7)、辛烯基(C8)、八三烯基(C8)等。除非另有说明，每个烯基独立地为未取代的(“未被取代的烯基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的烯基”)。在某些实施方案中，烯基是未取代的C2-10烯基。在某些实施方案中，烯基是取代的C2-10烯基。
如本文所用，“杂烯基”是指如本文所定义的烯基，其进一步包括在母链内(即在相邻碳原子之间插入的)和/或在母链的一个或多个末端位置上放置的选自氧、氮或硫中的至少一个杂原子(例如，1、2、3或4个杂原子)。在某些实施方案中，杂烯基是指在母链内具有2至10个碳原子、至少一个双键以及1个或多个杂原子的基团(“杂C2-10烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至9个碳原子、至少一个双键以及一个或多个杂原子(“杂C2-9链烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至8个碳原子、至少一个双键和1个或多个杂原子(“杂C2-8烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至7个碳原子、至少一个双键和1个或多个杂原子(“杂C2-7烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至6个碳原子、至少一个双键和1个或多个杂原子(“杂C2-6烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至5个碳原子、至少一个双键和1或2个杂原子(“杂C2-5烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至4个碳原子、至少一个双键和1或2个杂原子(“杂C2-4烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至3个碳原子、至少一个双键和1个杂原子(“杂C2-3烯基”)。在一些实施方案中，杂烯基在母链内具有2至6个碳原子、至少一个双键和1或2个杂原子(“杂C2-6烯基”)。除非另外指明，否则每个杂烯基独立地为未取代的(“未取代的杂烯基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的杂烯基”)。在某些实施方案中，杂烯基是未取代的杂C2-10烯基。在某些实施方案中，杂烯基是取代的杂C2-10烯基。
如本文所用，“炔基”是指具有2至10个碳原子和一个或多个碳-碳三键(例如1、2、3或4个三键)的直链或支链烃基的基团，(“C2-10炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2至9个碳原子(“C2-9炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2至8个碳原子(“C2-8炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2至7个碳原子(“C2-7炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2至6个碳原子(“C2-6炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2至5个碳原子(“C2-5炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2至4个碳原子(“C2-4炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2至3个碳原子(“C2-3炔基”)。在一些实施方案中，炔基具有2个碳原子(“C2炔基”)。一个或多个碳-碳三键可以是内部的(例如在2-丁炔基中)或末端的(例如在1-丁炔基中)。C2-4炔基的实例包括但不限于乙炔基(C2)、1-丙炔基(C3)、2-丙炔基(C3)、1-丁炔基(C4)、2-丁炔基(C4)等。C2-6烯基的实例包括上述C2-4炔基以及戊炔基(C5)、己炔基(C6)等。炔基的另外的实例包括庚炔基(C7)、辛炔基(C8)等。除非另外指明，否则每个炔基独立地为未取代的(“未取代的炔基”)或取代的(“取代的炔基”)。在某些实施方案中，炔基是未取代的C2-10炔基。在某些实施方案中，炔基是取代的C2-10炔基。
如本文所用的，“杂炔基”是指如本文所定义的炔基，其进一步包含在母链内的(即在相邻碳原子之间插入的)和/或在母链的一个或多个末端位置上放置的选自氧、氮或硫中的至少一个杂原子(例如，1、2、3或4个杂原子)。在某些实施方案中，杂炔基是指在母链内具有2-10个碳原子、至少一个三键和一个或多个杂原子的基团(“杂C2-10炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至9个碳原子、至少一个三键和1个或多个杂原子(“杂C2-9炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至8个碳原子、至少一个三键和1个或多个杂原子(“杂C2-8炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至7个碳原子、至少一个三键和1个或多个杂原子(“杂C2-7炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至6个碳原子、至少一个三键和1个或多个杂原子(“杂C2-6炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至5个碳原子、至少一个三键和1或2个杂原子(“杂C2-5炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至4个碳原子、至少一个三键和1或2个杂原子(“杂C2-4炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至3个碳原子、至少一个三键和1个杂原子(“杂C2-3炔基”)。在一些实施方案中，杂炔基在母链内具有2至6个碳原子、至少一个三键和1或2个杂原子(“杂C2-6炔基”)。除非另有说明，否则每个杂炔基独立地为未取代的(“未取代的杂炔基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的杂炔基”)。在某些实施方案中，杂炔基是未取代的杂C2-10炔基。在某些实施方案中，杂炔基是取代的杂C2-10炔基。
如本文所用，“碳环基”或“碳环的”是指在非芳族环系中具有3至14个环碳原子(“C3-14碳环基”)和零个杂原子的非芳族环烃基的基团。在一些实施方案中，碳环基具有3至10个环碳原子(“C3-10碳环基”)。在一些实施方案中，碳环基具有3至9个环碳原子(“C3-9碳环基”)。在一些实施方案中，碳环基具有3至8个环碳原子(“C3-8碳环基”)。在一些实施方案中，碳环基具有3至7个环碳原子(“C3-7碳环基”)。在一些实施方案中，碳环基具有3至6个环碳原子(“C3-6碳环基”)。在一些实施方案中，碳环基具有4至6个环碳原子(“C4-6碳环基”)。在一些实施方案中，碳环基具有5至6个环碳原子(“C5-6碳环基”)。在一些实施方案中，碳环基具有5至10个环碳原子(“C5-10碳环基”)。示例性的C3-6碳环基包括但不限于环丙基(C3)、环丙烯基(C3)、环丁基(C4)、环丁烯基(C4)、环戊基(C5)、环戊烯基(C5)、环己基(C6)、环己烯基(C6)、环己二烯基(C6)等。示例性的C3-8碳环基包括但不限于上述C3-6碳环基以及环庚基(C7)、环庚烯基(C7)、环庚二烯基(C7)、环庚三烯基(C7)、环辛基(C8)、环辛烯基(C8)、双环[2.2.1]庚烷基(C7)、双环[2.2.2]辛基(C8)等。示例性的C3-10碳环基包括但不限于上述C3-8碳环基以及环壬基(C9)，环壬烯基(C9)，环癸基(C10)，环癸烯基(C10)，八氢-1H-茚基(C9)、十氢萘基(C10)、螺[4.5]癸基(C10)等。如前述实施方案所示，在某些实施方案中，碳环基为单环的(“单环碳环基”)或多环的(例如含有稠合、桥连或螺环系统如双环系统(“双环碳环基”)或三环系统(“三环碳环基”))并且可以是饱和的或可以含有一个或多个碳-碳双键或三键。“碳环基”还包括其中如上定义的碳环与一个或多个芳基或杂芳基基团稠合的环系统，其中连接点在碳环上，并且在这种情况下，碳的数目继续表示碳环系统中的碳数。除非另有说明，每个碳环基基团独立地为未取代的(“未取代的碳环基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的碳环基”)。在某些实施方案中，碳环基是未取代的C3-14碳环基。在某些实施方案中，碳环基是取代的C3-14碳环基。
在一些实施方案中，“碳环基”是具有3至10个环碳原子的单环饱和碳环基(“C3-10环烷基”)。在一些实施方案中，环烷基具有3至9个环碳原子(“C3-9环烷基”)。在一些实施方案中，环烷基具有3至8个环碳原子(“C3-8环烷基”)。在一些实施方案中，环烷基具有3至6个环碳原子(“C3-6环烷基”)。在一些实施方案中，环烷基具有4至6个环碳原子(“C4-6环烷基”)。在一些实施方案中，环烷基具有5至6个环碳原子(“C5-6环烷基”)。在一些实施方案中，环烷基具有5至10个环碳原子(“C5-10环烷基”)。C5-6环烷基的实例包括环戊基(C5)和环己基(C6)。C3-6环烷基的实例包括上述C5-6环烷基以及环丙基(C3)和环丁基(C4)。C3-8环烷基的实例包括上述C3-6环烷基以及环庚基(C7)和环辛基(C8)。除非另有说明，否则每个环烷基独立地为未取代的(“未取代的环烷基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的环烷基”)。在某些实施方案中，环烷基是未取代的C3-10环烷基。在某些实施方案中，环烷基是取代的C3-10环烷基。
如本文所用，“杂环基”或“杂环的”是指具有环碳原子和1至4个环杂原子的3至14元非芳族环系统的基团，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“3-14元杂环基”)。在含有一个或多个氮原子的杂环基中，当化合价允许时，连接点可以是碳或氮原子，。杂环基可以是单环的(“单环杂环基”)或多环的(例如稠合、桥接或螺环系统，例如双环系统(“双环杂环基”)或三环系统(“三环杂环基”))，可以是饱和的或可以含有一个或多个碳-碳双键或三键。杂环多环系统可以在一个或两个环中包含一个或多个杂原子。“杂环基”还包括其中如上定义的杂环基环与一个或多个碳环基基团稠合的环系统，其中连接点在碳环基或杂环基环上，或其中如上所定义的杂环基环与一个或多个芳基或杂芳基基团稠合的环系统，其中连接点位于杂环基环上，并且在这种情况下，环成员的数目继续表示杂环基环系统中的环成员的数目。除非另外指明，否则每个杂环基独立地为未取代的(“未取代的杂环基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的杂环基”)。在某些实施方案中，杂环基是未取代的3-14元杂环基。在某些实施方案中，杂环基是取代的3-14元杂环基。
在一些实施方案中，杂环基是具有环碳原子和1-4个环杂原子的5-10元非芳族环系统，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“5-10元杂环基”)。在一些实施方案中，杂环基是具有环碳原子和1-4个环杂原子的5-8元非芳族环系统，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“5-8元杂环基”)。在一些实施方案中，杂环基是具有环碳原子和1-4个环杂原子的5-6元非芳族环系统，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“5-6元杂环基”)。在一些实施方案中，5-6元杂环基具有1-3个选自氮、氧和硫的环杂原子。在一些实施方案中，5-6元杂环基具有1-2个选自氮、氧和硫的环杂原子。在一些实施方案中，5-6元杂环基具有1个选自氮、氧和硫的环杂原子。
含有1个杂原子的示例性3元杂环基包括但不限于氮丙啶基、环氧乙烷基和硫杂环丙烷基。含有1个杂原子的示例性4元杂环基包括但不限于氮杂环丁烷基、氧杂环丁烷基和硫杂环丁烷基。含有1个杂原子的示例性的5元杂环基包括但不限于四氢呋喃基、二氢呋喃基、四氢噻吩基、二氢噻吩基、吡咯烷基、二氢吡咯基和吡咯基-2,5-二酮。含有2个杂原子的示例性5元杂环基包括但不限于二氧戊环基、氧硫杂环戊烷基和二硫杂环戊烷基。含有3个杂原子的示例性5元杂环基包括但不限于三唑啉基、噁二唑啉基和噻二唑啉基。含有1个杂原子的示例性6元杂环基包括但不限于哌啶基、四氢吡喃基、二氢吡啶基和噻烷基。含有2个杂原子的示例性6元杂环基包括但不限于哌嗪基、吗啉基、二噻烷基、二噁烷基。含有3个杂原子的示例性6元杂环基包括但不限于三嗪烷基。含有1个杂原子的示例性7元杂环基包括但不限于氮杂环庚烷基、氧杂环庚烷基和硫杂环丁烷基。含有1个杂原子的示例性8元杂环基包括但不限于氮杂环辛烷基、氧杂环辛烷基和硫杂环辛烷基。示例性的双环杂环基包括但不限于二氢吲哚基、异吲哚啉基、二氢苯并呋喃基、二氢苯并噻吩基、四氢苯并噻吩基、四氢苯并呋喃基、四氢吲哚基、四氢喹啉基、四氢异喹啉基、十氢喹啉基、十氢异喹啉基、八氢苯并吡喃基、八氢异苯并吡喃基、十氢萘啶基、十氢-1,8-萘啶基、八氢吡咯并[3,2-b]吡咯、二氢吲哚基、邻苯二甲酰亚胺基、萘二甲酰亚胺基、苯并二氢吡喃基、苯并吡喃基、1H-苯并[e][1,4]二氮杂基、1,4,5,7–四氢吡喃并[3,4–b]吡咯基、5,6-二氢-4H-呋喃并[3,2-b]吡咯基、6,7-二氢-5H-呋喃并[3,2-b]吡喃基、5,7-二氢-4H噻吩并[2,3-c]吡喃基、2,3-二氢-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶基、2,3-二氢呋喃并[2,3-b]吡啶基、4,5,6,7-四氢-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶基、4,5,6,7-四氢呋喃并[3,2-c]吡啶基、4,5,6,7-四氢噻吩并[3,2-b]吡啶基、1,2,3,4-四氢-1,6-萘啶基等。
如本文所用，“芳基”是指在芳族环系中提供具有6-14个环碳原子和零个杂原子的单环的或多环的(例如双环的或三环的)4n+2芳族环系统(例如，具有环状阵列中共享的6、10或14个电子)的基团(“C6-14芳基”)。在一些实施方案中，芳基具有6个环碳原子(“C6芳基”，例如苯基)。在一些实施方案中，芳基具有10个环碳原子(“C10芳基”；例如萘基，如1-萘基和2-萘基)。在一些实施方案中，芳基具有14个环碳原子(“C14芳基”；例如蒽基)。“芳基”还包括其中如上定义的芳基环与一个或多个碳环基或杂环基稠合的环系统，其中连接基团或连接点在芳基环上，并且在这种情况下，碳原子的数目继续表示芳环系统中的碳原子数目。除非另有说明，否则每个芳基独立地为未取代的(“未取代的芳基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的芳基”)。在某些实施方案中，芳基是未取代的C6-14芳基。在某些实施方案中，芳基是取代的C6-14芳基。
“芳烷基”是“烷基”的子集并且是指如本文所定义的被本文所定义的芳基取代的烷基，其中连接点位于烷基部分上。
如本文所用，“杂芳基”是指具有在芳族环系统中提供的环碳原子和1-4个环杂原子的5-14元单环的或多环的(例如双环、三环)4n+2芳族环系统的基团(例如，具有在环状阵列中共享的6、10或14个π电子)，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“5-14元杂芳基”)。在含有一个或多个氮原子的杂芳基中，当化合价允许时，连接点可以是碳原子或氮原子，。杂芳基多环系统可以在一个或两个环中包含一个或多个杂原子。“杂芳基”包括其中如上所定义的杂芳基环与一个或多个碳环基或杂环基稠合的环系统，其中连接点在杂芳基环上，并且在这种情况下，环成员的数目继续表示杂芳基环系统中的环成员数目。“杂芳基”还包括其中如上定义的杂芳基环与一个或多个芳基稠合的环系统，其中连接点在芳基或杂芳基环上，并且在这种情况下，环成员的数目表示在稠合多环(芳基/杂芳基)环系统中的环成员数目。其中一个环不含有杂原子的多环杂芳基(例如吲哚基、喹啉基、咔唑基等)的连接点可以位于任一环上，即带有杂原子的环(例如2-吲哚基)或不含杂原子的环(例如5-吲哚基)。
在一些实施方案中，杂芳基是具有在芳族环系统中提供的环碳原子和1-4个环杂原子的5-10元芳族环系统，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“5-10元杂芳基”)。在一些实施方案中，杂芳基是具有在芳族环系统中提供的环碳原子和1-4个环杂原子的5-8元芳族环系统，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“5-8元杂芳基”)。在一些实施方案中，杂芳基是具有在芳族环系统中提供的环碳原子和1-4个环杂原子的5-6元芳族环系统，其中每个杂原子独立地选自氮、氧和硫(“5-6元杂芳基”)。在一些实施方案中，5-6元杂芳基具有1-3个选自氮、氧和硫的环杂原子。在一些实施方案中，5-6元杂芳基具有1-2个选自氮、氧和硫的环杂原子。在一些实施方案中，5-6元杂芳基具有1个选自氮、氧和硫的环杂原子。除非另外指明，否则每个杂芳基独立地为未取代的(“未取代的杂芳基”)或被一个或多个取代基取代的(“取代的杂芳基”)。在某些实施方案中，杂芳基是未取代的5-14元杂芳基。在某些实施方案中，杂芳基是取代的5-14元杂芳基。
含有1个杂原子的示例性5元杂芳基包括但不限于吡咯基、呋喃基和噻吩基。含有2个杂原子的示例性5元杂芳基包括但不限于咪唑基、吡唑基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基和异噻唑基。含有3个杂原子的示例性5元杂芳基包括但不限于三唑基、噁二唑基和噻二唑基。含有4个杂原子的示例性5元杂芳基包括但不限于四唑基。含有1个杂原子的示例性6元杂芳基包括但不限于吡啶基。含有2个杂原子的示例性6元杂芳基包括但不限于哒嗪基、嘧啶基和吡嗪基。含有3或4个杂原子的示例性6元杂芳基分别包括但不限于三嗪基和四嗪基。含有1个杂原子的示例性7元杂芳基包括但不限于氮杂卓基、氧杂基和硫杂基。示例性的5,6-二环杂芳基基团包括但不限于吲哚基、异吲哚基、吲唑基、苯并三唑基、苯并噻吩基、异苯并噻吩基、苯并呋喃基、苯并异呋喃基、苯并咪唑基、苯并噁唑基、苯并异噁唑基、苯并噁二唑基、苯并噻唑基、苯并异噻唑基、苯并噻二唑基、吲嗪基和嘌呤基。示例性的6,6-二环杂芳基基团包括但不限于萘啶基、蝶啶基、喹啉基、异喹啉基、噌啉基、喹喔啉基、酞嗪基和喹唑啉基。示例性的三环杂芳基包括但不限于菲啶基、二苯并呋喃基、咔唑基、吖啶基、吩噻嗪基、吩噁嗪基和吩嗪基。
“杂芳烷基”是“烷基”的子集并且是指如本文所定义的被本文所定义的杂芳基取代的烷基，其中连接点在烷基部分上。
如本文所用，术语“部分不饱和的”是指包含至少一个双键或三键的环部分。术语“部分不饱和”旨在涵盖具有多个不饱和位点的环，但不意在包括本文所定义的芳族基团(例如，芳基或杂芳基部分)。
如本文所用，术语“饱和的”是指不含双键或三键的环部分，即环含有全部单键。
将后缀“-ene”连接到基团表明该基团是二价部分，例如，亚烷基是烷基的二价部分，亚烯基是烯基的二价部分，亚炔基是炔基的二价部分，杂亚烷基是杂烷基的二价部分，杂亚烯基是杂烯基的二价部分，杂亚炔基是杂炔基的二价部分，碳亚环基是碳环基的二价部分，杂亚环基是杂环基的二价部分，亚芳基是芳基的二价部分，杂亚芳基是杂芳基的二价部分。
由上理解，本文定义的烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基在某些实施方案中任选被取代。任选被取代是指其可以是取代的或未取代的基团(例如“取代的”或“未取代的”烷基，“取代的”或“未取代的”烯基，“取代的”或“未取代的”炔基，“取代的”或“未取代的”杂烷基，“取代的”或“未取代的”杂烯基，“取代的”或“未取代的”杂炔基，“取代的”或“未取代的”碳环基，“取代的”或“未取代的”杂环基，“取代的”或“未取代的”芳基或“取代的”或“未取代的”杂芳基)。通常，术语“取代的”是指存在于基团上的至少一个氢被允许的取代基代替，例如取代后的取代基产生稳定的化合物，例如不自发进行转化如通过重排、环化、消除或其他反应的化合物。除非另有说明，否则“取代的”基团在该基团的一个或多个可取代的位置上具有取代基，并且当任何给定结构中的多于一个位置被取代时，在每个位置处取代基相同或不同。本发明考虑到任何和所有这些组合以获得稳定的化合物。为了本发明的目的，杂原子如氮可以具有氢取代基和/或如本文所述的任何合适的取代基，其满足杂原子的化合价并导致形成稳定的部分。
示例性的取代基包括但不限于卤素、–CN、–NO2、–N3、–SO2H、–SO3H、–OH、–ORaa、–ON(Rbb)2、–N(Rbb)2、–N(Rbb)3 +X–、–N(ORcc)Rbb、–SH、–SRaa、–SSRcc、–C(＝O)Raa、–CO2H、–CHO、–C(ORcc)2、–CO2Raa、–OC(＝O)Raa、–OCO2Raa、–C(＝O)N(Rbb)2、–OC(＝O)N(Rbb)2、–NRbbC(＝O)Raa、–NRbbCO2Raa、–NRbbC(＝O)N(Rbb)2、–C(＝NRbb)Raa、–C(＝NRbb)ORaa、–OC(＝NRbb)Raa、–OC(＝NRbb)ORaa、–C(＝NRbb)N(Rbb)2、–OC(＝NRbb)N(Rbb)2、–NRbbC(＝NRbb)N(Rbb)2、–C(＝O)NRbbSO2Raa、–NRbbSO2Raa、–SO2N(Rbb)2、–SO2Raa、–SO2ORaa、–OSO2Raa、–S(＝O)Raa、–OS(＝O)Raa、–Si(Raa)3、–OSi(Raa)3–C(＝S)N(Rbb)2、–C(＝O)SRaa、–C(＝S)SRaa、–SC(＝S)SRaa、–SC(＝O)SRaa、–OC(＝O)SRaa、–SC(＝O)ORaa、–SC(＝O)Raa、–P(＝O)(Raa)2、–OP(＝O)(Raa)2、–OP(＝O)(ORcc)2、–NRbbP(＝O)(ORcc)2、–P(Rcc)2、–OP(Rcc)2、–B(Raa)2、–B(ORcc)2、–BRaa(ORcc)、C1-10烷基、C1-10全卤代烷基、C2-10烯基、C2-10炔基、杂C1-10烷基、杂C2-10烯基、杂C2-10炔基、C3-10碳环基、3-14元杂环基、C6-14芳基和5-14元杂芳基，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代；
或碳原子上的两个偕的氢被以下基团代替：＝O、＝S、＝NN(Rbb)2、＝NNRbbC(＝O)Raa、＝NNRbbC(＝O)ORaa、＝NNRbbS(＝O)2Raa、＝NRbb或＝NORcc；
每个Raa独立地选自C1-10烷基、C1-10全卤代烷基、C2-10烯基、C2-10炔基、杂C1-10烷基、杂C2-10烯基、杂C2-10炔基、C3-10碳环基、3-14元杂环基、C6-14芳基和5-14元杂芳基，或两个Raa基团连接形成3-14元杂环基或5-14元杂芳基环，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代；
每个Rbb独立地选自氢、–OH、–ORaa、–N(Rcc)2、–CN、–C(＝O)Raa、–C(＝O)N(Rcc)2、–CO2Raa、–SO2Raa、–C(＝NRcc)ORaa、–C(＝NRcc)N(Rcc)2、–SO2N(Rcc)2、–SO2Rcc、–SO2ORcc、–SORaa、–C(＝S)N(Rcc)2、–C(＝O)SRcc、–C(＝S)SRcc–P(＝O)(Raa)2、C1-10烷基、C1-10全卤代烷基、C2-10烯基、C2-10炔基、杂C1-10烷基、杂C2-10烯基、杂C2-10炔基、C3-10碳环基、3-14元杂环基、C6-14芳基和5-14元杂芳基，或两个Rbb基团连接形成3-14元杂环基或5-14元杂芳基环，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代；
每个Rcc独立地选自氢、C1-10烷基、C1-10全卤代烷基、C2-10烯基、C2-10炔基、杂C1-10烷基、杂C2-10烯基、杂C2-10炔基、C3-10碳环基、3-14元杂环基、C6-14芳基和5-14元杂芳基，或两个Rcc基团连接形成3-14元杂环基或5-14元杂芳基环，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代；
每个Rdd独立地选自卤素，–CN、–NO2、–N3、–SO2H、–SO3H、–OH、–ORee、–ON(Rff)2、–N(Rff)2、–N(Rff)3 +X–、–N(ORee)Rff、–SH、–SRee、–SSRee、–C(＝O)Ree、–CO2H、–CO2Ree、–OC(＝O)Ree、–OCO2Ree、–C(＝O)N(Rff)2、–OC(＝O)N(Rff)2、–NRffC(＝O)Ree、–NRffCO2Ree、–NRffC(＝O)N(Rff)2、–C(＝NRff)ORee、–OC(＝NRff)Ree、–OC(＝NRff)ORee、–C(＝NRff)N(Rff)2、–OC(＝NRff)N(Rff)2、–NRffC(＝NRff)N(Rff)2,–NRffSO2Ree、–SO2N(Rff)2、–SO2Ree、–SO2ORee、–OSO2Ree、–S(＝O)Ree、–Si(Ree)3、–OSi(Ree)3、–C(＝S)N(Rff)2、–C(＝O)SRee、–C(＝S)SRee、–SC(＝S)SRee、–P(＝O)(Ree)2、–OP(＝O)(Ree)2、–OP(＝O)(ORee)2、C1-6烷基、C1-6全卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、杂C1-6烷基、杂C2-6烯基、杂C2-6炔基、C3-10碳环基、3-10元杂环基、C6-10芳基、5-10元杂芳基、其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代；或者两个偕的Rdd取代基可以连接形成＝O或＝S；
每个Ree独立地选自C1-6烷基、C1-6全卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、杂C1-6烷基、杂C2-6烯基、杂C2-6炔基、C3-10碳环基、C6-10芳基、3-10元杂环基和3-10元杂芳基，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rgg基团取代；
每个Rff独立地选自氢、C1-6烷基、C1-6全卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、杂C1-6烷基、杂C2-6烯基、杂C2-6炔基、C3-10碳环基、3-10元杂环基、C6-10芳基和5-10元杂芳基、或两个Rff基团连接形成3-14元杂环基或5-14元杂芳基环，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rgg基团取代；和
每个Rgg独立地为卤素、–CN、–NO2、–N3、–SO2H、–SO3H、–OH、–OC1–6烷基、–ON(C1–6烷基)2、–N(C1–6烷基)2、–N(C1–6烷基)3 +X–、–NH(C1–6烷基)2 +X–、–NH2(C1–6烷基)+X–、–NH3 +X–、–N(OC1–6烷基)(C1–6烷基)、–N(OH)(C1–6烷基)、–NH(OH)、–SH、–SC1–6烷基、–SS(C1–6烷基)、–C(＝O)(C1–6烷基)、–CO2H、–CO2(C1–6烷基)、–OC(＝O)(C1–6烷基)、–OCO2(C1–6烷基)、–C(＝O)NH2、–C(＝O)N(C1–6烷基)2、–OC(＝O)NH(C1–6烷基)、–NHC(＝O)(C1–6烷基)、–N(C1–6烷基)C(＝O)(C1–6烷基)、–NHCO2(C1–6烷基)、–NHC(＝O)N(C1–6烷基)2、–NHC(＝O)NH(C1–6烷基)、–NHC(＝O)NH2、–C(＝NH)O(C1–6烷基),–OC(＝NH)(C1–6烷基)、–OC(＝NH)OC1–6烷基、–C(＝NH)N(C1–6烷基)2、–C(＝NH)NH(C1–6烷基)、–C(＝NH)NH2、–OC(＝NH)N(C1–6烷基)2、–OC(NH)NH(C1–6烷基)、–OC(NH)NH2、–NHC(NH)N(C1–6烷基)2、–NHC(＝NH)NH2、–NHSO2(C1–6烷基)、–SO2N(C1–6烷基)2、–SO2NH(C1–6烷基)、–SO2NH2,–SO2C1–6烷基、–SO2OC1–6烷基、–OSO2C1–6烷基、–SOC1–6烷基、–Si(C1–6烷基)3、–OSi(C1–6烷基)3–C(＝S)N(C1–6烷基)2、C(＝S)NH(C1–6烷基)、C(＝S)NH2、–C(＝O)S(C1–6烷基)、–C(＝S)SC1–6烷基、–SC(＝S)SC1–6烷基、–P(＝O)(C1–6烷基)2、–OP(＝O)(C1–6烷基)2、–OP(＝O)(OC1–6烷基)2、C1-6烷基、C1-6全卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、杂C1-6烷基、杂C2-6烯基、杂C2-6炔基、C3-10碳环基、C6-10芳基、3-10元杂环基、5-10元杂芳基；或者两个偕的Rgg取代基可以连接形成＝O或＝S；其中X-是抗衡离子。
在某些实施方案中，示例性的取代基选自卤素、–CN、–NO2、–N3、–SO2H、–SO3H、–OH、–ORaa、–N(Rbb)2、–SH、–SRaa、–SSRcc、–C(＝O)Raa、–CO2H、–CHO、–CO2Raa、–OC(＝O)Raa、–OCO2Raa、–C(＝O)N(Rbb)2、–OC(＝O)N(Rbb)2、–NRbbC(＝O)Raa、–NRbbCO2Raa、–NRbbC(＝O)N(Rbb)2,–C(＝O)NRbbSO2Raa、–NRbbSO2Raa、–SO2N(Rbb)2、–SO2Raa、–S(＝O)Raa、C1-10烷基、C1-10全卤代烷基、C2-10烯基、C2-10炔基、杂C1-10烷基、杂C2-10烯基、杂C2-10炔基、C3-10碳环基、3-14元杂环基、C6-14芳基和5-14元杂芳基，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代。
如本文所用，术语“卤代”或“卤素”是指氟(氟代，-F)、氯(氯代，-Cl)、溴(溴代，-Br)或碘(碘代，-I)。
如本文所用，“抗衡离子”是与带正电的季胺结合的带负电基团，以保持电子中性。示例性的抗衡离子包括卤离子(例如F–、Cl–、Br–、I–)、NO3 –、ClO4 –、OH–、H2PO4 –、HSO4 –、磺酸根离子(例如甲磺酸根、三氟甲磺酸根、对甲苯磺酸根、苯磺酸根、10-樟脑磺酸根、萘-2-磺酸根、萘-1-磺酸-5-磺酸根、乙烷-1-磺酸-2-磺酸根等)和羧酸根离子(例如醋酸根、乙酸根、丙酸根、苯甲酸根、甘油酸根、乳酸根、酒石酸根、乙醇酸根等)。
如本文所用，“离去基团”是本领域理解的术语，指的是带着异质键裂解中的一对电子离开的分子片段，其中分子片段是阴离子或中性分子。参见例如Smith,MarchAdvanced Organic Chemistry第6版(501–502)。示例性离去基团包括但不限于卤素(例如氯、溴、碘)和-OSO2Raa，其中Raa如本文所定义。基团-OSO2Raa包括离去基团如甲苯磺酰基、甲磺酰基和苯磺酰基，其中Raa是任选取代的烷基(例如，-CH3)或任选取代的芳基(例如苯基、甲苯基)。
如本文所用，术语“氢氧基”或“羟基”是指基团-OH。相关地，术语“取代的氢氧基”或“取代的羟基”是指其中直接连接于母体分子的氧原子被除氢以外的基团取代的羟基，这类基团包括选自–ORaa、–ON(Rbb)2、–OC(＝O)SRaa、–OC(＝O)Raa、–OCO2Raa、–OC(＝O)N(Rbb)2、–OC(＝NRbb)Raa、–OC(＝NRbb)ORaa、–OC(＝NRbb)N(Rbb)2、–OS(＝O)Raa、–OSO2Raa、–OSi(Raa)3、–OP(Rcc)2、–OP(＝O)(Raa)2和–OP(＝O)(ORcc)2的基团，其中Raa、Rbb和Rcc如本文所定义。
如本文所用，术语“巯基”或“硫代”是指基团-SH。相关地，术语“取代的巯基”或“取代的硫代”是指硫醇基，其中直接连接到母体分子上的硫原子被除氢以外的基团取代，这类基团包括选自–SRaa、–S＝SRcc、–SC(＝S)SRaa、–SC(＝O)SRaa、–SC(＝O)ORaa和–SC(＝O)Raa的基团，其中Raa和Rcc如本文所定义。
如本文所用，术语“氨基”是指基团-NH2。相关地，术语“取代的氨基”是指本文所定义的单取代的氨基或二取代的氨基。在某些实施方案中，“取代的氨基”是单取代的氨基或二取代的氨基。
如本文所用，术语“单取代的氨基”是指其中直接连接于母体分子的氮原子被一个氢和一个除氢以外的基团取代的氨基，这类基团包括选自–NH(Rbb)、–NHC(＝O)Raa、–NHCO2Raa、–NHC(＝O)N(Rbb)2、–NHC(＝NRbb)N(Rbb)2、–NHSO2Raa和–NHP(＝O)(ORcc)2的基团，其中Raa、Rbb和Rcc如本文所定义，且其中基团-NH(Rbb)的Rbb不是氢。
如本文所用，术语“二取代的氨基”是指其中直接连接于母体分子的氮原子被除氢以外的两个基团取代的氨基，这类基团包括选自–N(Rbb)2、–NRbb C(＝O)Raa、–NRbbCO2Raa、–NRbbC(＝O)N(Rbb)2、–NRbbC(＝NRbb)N(Rbb)2、–NRbbSO2Raa和–NRbbP(＝O)(ORcc)2的基团，其中Raa、Rbb和Rcc如本文所定义，条件是直接连接到母体分子的氮原子不被氢取代。
如本文所用，术语“磺酰基”是指选自–SO2N(Rbb)2、–SO2Raa和–SO2ORaa的基团，其中Raa和Rbb如本文所定义。
如本文所用，术语“亚磺酰基”是指基团-S(＝O)Raa，其中Raa如本文所定义。
如本文所用，术语“羰基”是指其中直接连接到母体分子上的碳为sp2杂化并被氧、氮或硫原子取代的基团，这类基团例如选自酮(-C(＝O)Raa)、羧酸(-CO2H)、醛(-CHO)、酯(–CO2Raa、–C(＝O)SRaa、–C(＝S)SRaa)、酰胺(–C(＝O)N(Rbb)2、–C(＝O)NRbbSO2Raa、–C(＝S)N(Rbb)2)和亚胺(–C(＝NRbb)Raa、–C(＝NRbb)ORaa)、–C(＝NRbb)N(Rbb)2)，其中Raa和Rbb如本文所定义。
如本文所用，术语“甲硅烷基”是指基团-Si(Raa)3，其中Raa如本文所定义。
如本文所用，术语“氧代”是指基团＝O，并且术语“硫代(thiooxo)”是指基团＝S。
当价态允许时，氮原子可以是取代或未被取代，并且包括伯、仲、叔和季氮原子。示例性的氮原子取代基包括但不限于氢、–OH、–ORaa、–N(Rcc)2、–CN、–C(＝O)Raa、–C(＝O)N(Rcc)2、–CO2Raa、–SO2Raa、–C(＝NRbb)Raa、–C(＝NRcc)ORaa、–C(＝NRcc)N(Rcc)2、–SO2N(Rcc)2、–SO2Rcc、–SO2ORcc、–SORaa、–C(＝S)N(Rcc)2、–C(＝O)SRcc、–C(＝S)SRcc、–P(＝O)(Raa)2、C1-10烷基、C1-10全卤代烷基、C2-10烯基、C2-10炔基、杂C1-10烷基、杂C2-10烯基、杂C2-10炔基、C3-10碳环基、3-14元杂环基、C6-14芳基和5-14元杂芳基，或者连接N原子的两个Rcc基团连接形成3-14元杂环基或5-14元杂芳基环，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代，并且其中Raa、Rbb、Rcc和Rdd如上所定义。
在某些实施方案中，存在于氮原子上的取代基是氮保护基(在本文中也称为“氨基保护基”)。氮保护基包括但不限于–OH、–ORaa、–N(Rcc)2、–C(＝O)Raa、–C(＝O)N(Rcc)2、–CO2Raa、–SO2Raa、–C(＝NRcc)Raa、–C(＝NRcc)ORaa、–C(＝NRcc)N(Rcc)2、–SO2N(Rcc)2、–SO2Rcc、–SO2ORcc、–SORaa、–C(＝S)N(Rcc)2、–C(＝O)SRcc、–C(＝S)SRcc、C1-10烷基(例如芳烷基、杂芳烷基)、C2-10烯基、C2-10炔基、杂C1-10烷基、杂C2-10烯基、杂C2-10炔基、C3-10碳环基、3-14元杂环基、C6-14芳基和5-14元杂芳基，其中每个烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基、杂环基、芳基和杂芳基独立地被0、1、2、3、4或5个Rdd基团取代，并且其中Raa、Rbb、Rcc和Rdd如本文所定义。氮保护基在本领域中是公知的，并且包括在Protecting Groups in OrganicSynthesis,T.W.Greene and P.G.M.Wuts,第3版,John Wiley&Sons,1999中详细描述的那些，在此通过引用并入本文。
例如，氮保护基例如酰胺基(例如-C(＝O)Raa)包括但不限于甲酰胺、乙酰胺、氯乙酰胺、三氯乙酰胺、三氟乙酰胺、苯基乙酰胺、3-苯基丙酰胺、吡啶酰胺、3-吡啶基甲酰胺、N-苯甲酰基苯丙氨酰基衍生物、苯甲酰胺、对苯基苯甲酰胺、邻硝基苯乙酰胺、邻硝基苯氧基乙酰胺、乙酰乙酰胺、(N'-二硫代苄基氧基酰氨基)乙酰胺、3-(对羟基苯基)丙酰胺、3-(邻硝基苯基)丙酰胺、2-甲基-2-(邻硝基苯氧基)丙酰胺、2-甲基-2-(邻苯基偶氮苯氧基)丙酰胺、4-氯丁酰胺、3-甲基-3-硝基丁酰胺、邻硝基肉桂酰胺、N-乙酰甲硫氨酸衍生物、邻硝基苯甲酰胺和邻-(苯甲酰氧基甲基)苯甲酰胺。
诸如氨基甲酸酯基团(例如-C(＝O)ORaa)的氮保护基团包括但不限于氨基甲酸甲酯、氨基甲酸乙酯、氨基甲酸9-芴基甲酯(Fmoc)、氨基甲酸9-(2-磺基)芴基甲酯、9-(2,7-二溴)芴基甲基氨基甲酸酯、2,7-二叔丁基-[9-(10,10-二氧代-10,10,10,10-四氢噻吨基)]甲基氨基甲酸酯(DBD-Tmoc)、4-甲氧基苯甲酰甲基氨基甲酸酯(Phenoc)、2,2,2-三氯乙基氨基甲酸酯(Troc)、2-三甲基甲硅烷基乙基氨基甲酸酯(Teoc)、2-苯乙基氨基甲酸酯(hZ)、1-(1-金刚烷基)-1-甲基乙基氨基甲酸酯(Adpoc)、1,1-二甲基-2-卤代乙基氨基甲酸酯、1,1-二甲基-2,2-二溴乙基氨基甲酸酯(DB-t-BOC)、1,1-二甲基-2,2,2-三氯乙基氨基甲酸酯(TCBOC)、1-甲基-1-(4-联苯基)乙基氨基甲酸酯(Bpoc)、1-(3,5-二叔丁基苯基)-1-甲基乙基氨基甲酸酯(t-Bumeoc)、2–(2’–和4’–吡啶基)乙基氨基甲酸酯(Pyoc)、2-(N,N-二环己基甲酰氨基)乙基氨基甲酸酯、氨基甲酸叔丁酯(BOC)、1-金刚烷基氨基甲酸酯(Adoc)、氨基甲酸乙烯酯(Voc)、氨基甲酸烯丙酯(Alloc)、1-异丙基烯丙基氨基甲酸酯(Ipaoc)、肉桂基氨基甲酸酯(Coc)、4-硝基肉桂基氨基甲酸酯(Noc)、8-喹啉基氨基甲酸酯、N-羟基哌啶基氨基甲酸酯、烷基二硫氨基甲酸酯、氨基甲酸苄基酯(Cbz)、对甲氧基苄基氨基甲酸酯(Moz)、对硝基苄基氨基甲酸酯、对溴苄基氨基甲酸酯、对氯苄基氨基甲酸酯、2,4-二氯苄基氨基甲酸酯、4-甲基亚磺酰基苄基氨基甲酸酯(Msz)、9-蒽基甲基氨基甲酸酯、二苯基甲基氨基甲酸酯、2-甲基硫代乙基氨基甲酸酯、2-甲基磺酰基乙基氨基甲酸酯、2-(对甲苯磺酰基)乙基氨基甲酸酯、[2-(1,3-二硫戊环)]甲基氨基甲酸酯(Dmoc)、4-甲基硫代苯基氨基甲酸酯(Mtpc)、2,4-二甲基硫代苯基氨基甲酸酯(Bmpc)、2-膦酰基乙基氨基甲酸酯(Peoc)、2-三苯基膦酰基异丙基氨基甲酸酯(Ppoc)、1,1-二甲基-2-氰基乙基氨基甲酸酯、间氯代-对酰氧基苄基氨基甲酸酯、对-(二羟基硼基)苄基氨基甲酸酯、5-苯异噁唑基甲基氨基甲酸酯、2-(三氟甲基)-6-色满基甲基氨基甲酸酯(Tcroc)、间硝基苯基氨基甲酸酯、3,5-二甲氧基苄基氨基甲酸酯、邻硝基苄基氨基甲酸酯、3,4-二甲氧基-6-硝基苄基氨基甲酸酯、苯基(邻硝基苯基)甲基氨基甲酸酯、叔戊基氨基甲酸酯、硫代氨基甲酸S-苄基酯、氨基甲酸对氰基苄基酯、氨基甲酸环丁基酯、氨基甲酸环己基酯、氨基甲酸环戊基酯、氨基甲酸环丙基甲基酯、氨基甲酸对癸氧基苄基酯、氨基甲酸2,2-二甲氧基酰基乙烯基酯、邻-(N,N-二甲基甲酰氨基)苄基氨基甲酸酯、1,1-二甲基-3-(N,N-二甲基甲酰氨基)丙基氨基甲酸酯、1,1-二甲基丙炔基氨基甲酸酯、二(2-吡啶基)甲基氨基甲酸酯、2-呋喃基甲基氨基甲酸酯、2-碘乙基氨基甲酸酯、异冰片基氨基甲酸酯、氨基甲酸异丁酯、异烟基氨基甲酸酯、对–(对–甲氧基苯偶氮)苄基氨基甲酸酯、1-甲基环丁基氨基甲酸酯、1-甲基环己基氨基甲酸酯、1-甲基-1-环丙基氨基甲酸酯、1-甲基-1-(3,5-二甲氧基苯基)乙基氨基甲酸酯、1-甲基-1-(对-苯基偶氮苯基)乙基氨基甲酸酯、1-甲基-1-苯基乙基氨基甲酸酯、1-甲基-1-(4-吡啶基)乙基氨基甲酸酯、氨基甲酸苯酯、对(苯偶氮基)苄基氨基甲酸酯、2-4,6-三叔丁基苯基氨基甲酸酯、4-(三甲基铵)苄基氨基甲酸酯和2,4,6-三甲基苄基氨基甲酸酯。
氮保护基例如磺酰胺基团(例如-S(＝O)2Raa)包括但不限于对甲苯磺酰胺(Ts)、苯磺酰胺、2,3,6-三甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Mtr)、2,4,6-三甲氧基苯磺酰胺(Mtb)、2,6-二甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Pme)、2,3,5,6-四甲基-4-甲氧基苯磺酰胺(Mte)、4-甲氧基苯磺酰胺(Mbs)、2,4,6-三甲基苯磺酰胺(Mts)、2,6-二甲氧基-4-甲基苯磺酰胺(iMds)、2,2,5,7,8-五甲基苯并二氢吡喃-6-磺酰胺(Pmc)、甲磺酰胺(Ms)、β-三甲基甲硅烷基乙磺酰胺(SES)、9-蒽磺酰胺、4-(4',8'-二甲氧基萘基甲基)苯磺酰胺(DNMBS)、苄基磺酰胺、三氟甲基磺酰胺和苯甲酰甲基磺酰胺。
其他氮保护基包括但不限于吩噻嗪基-(10)-酰基衍生物、N'-对甲苯磺酰氨基酰基衍生物、N'-苯基氨基硫代酰基衍生物、N-苯甲酰苯丙氨酰基衍生物、N-乙酰甲硫氨酸衍生物、4,5-二苯基-3-唑林-2-酮、N-邻苯二甲酰亚胺、N-二硫代琥珀酰亚胺(Dts)、N-2,3-二苯基马来酰亚胺、N-2,5-二甲基吡咯、N-1,1,4,4-四甲基二甲硅烷基氮杂环戊烷加合物(STABASE)、5-取代的1,3-二甲基-1,3,5-三氮杂环己烷-2-酮、5-取代的1,3-二苄基-1,3,5-三氮杂环己烷-2-酮、1-取代的3,5-二硝基-4-吡啶酮、N-甲胺、N-烯丙胺、N-[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲胺(SEM)、N-3-乙酰氧基丙胺、N-(1-异丙基-4-硝基-2-氧代-3-吡咯啉-3-基)胺、季铵盐、N-苄胺、N-二(4-甲氧基苯基)甲胺、N-5-二苯并环庚胺、N-三苯基甲胺(Tr)、N-[(4-甲氧基苯基)二苯基甲基]胺(MMTr)、N-9-苯基芴基胺(PhF)、N-2,7-二氯-9-芴基亚甲基胺、N-二茂铁基甲基氨基(Fcm)、N-2-甲基吡啶基氨基N'-氧化物、N-1,1-二甲基硫代亚甲基胺、N-亚苄胺、N-对甲氧基亚苄胺、N-二苯基亚甲基胺、N-[(2-吡啶基)三甲苯基]亚甲基胺、N-(N'、N'-二甲基氨基亚甲基)胺、N,N'-异亚丙基二胺、N-对硝基亚苄胺、N-亚水杨基胺、N-5-氯亚水杨基胺、N-(5-氯-2-羟基苯基)苯基亚甲基胺、N-亚环己基亚胺、N-(5,5-二甲基-3-氧代-1-环己烯基)胺、N-硼烷衍生物、N-二苯基硼酸衍生物、N-[苯基(五酰基铬或钨)酰基]胺、N-铜螯合物、N-锌螯合物、N-硝基胺、N-亚硝基胺、胺N-氧化物、二苯基膦酰胺(Dpp)、二甲基硫代膦酰胺(Mpt)、二苯基硫代膦酰胺(Ppt)、二烷基氨基磷酸酯、二苄基氨基磷酸酯、二苯基氨基磷酸酯、苯亚磺酰胺、邻硝基苯亚磺酰胺(Nps)、2,4-二硝基苯亚磺酰胺、五氯苯亚磺酰胺、2-硝基-4-甲氧基苯亚磺酰胺、三苯基甲基亚磺酰胺和3-硝基吡啶亚磺酰胺(Npys)。
在某些实施方案中，存在于氧原子上的取代基是氧保护基(在本文中也称为“羟基保护基”)。氧保护基包括但不限于–Raa、–N(Rbb)2、–C(＝O)SRaa、–C(＝O)Raa、–CO2Raa、–C(＝O)N(Rbb)2、–C(＝NRbb)Raa、–C(＝NRbb)ORaa、–C(＝NRbb)N(Rbb)2、–S(＝O)Raa、–SO2Raa、–Si(Raa)3、–P(Rcc)2、–P(＝O)(Raa)2和–P(＝O)(ORcc)2，其中Raa、Rbb和Rcc如本文所定义。氧保护基在本领域是公知的，并且包括在Protecting Groups in OrganiCSynthesis，T.W.Greene和P.G.M.Wuts，第3版，John Wiley&Sons，1999中详细描述的那些，在此通过引用并入本文。
示例性的氧保护基包括但不限于甲基、甲氧基甲基(MOM)、甲硫基甲基(MTM)、叔丁基硫代甲基、(苯基二甲基甲硅烷基)甲氧基甲基(SMOM)、苄氧基甲基(BOM)、对甲氧基苄氧基甲基(PMBM)、(4-甲氧基苯氧基)甲基(p-AOM)、愈创木酚甲基(GUM)、叔丁氧基甲基、4-戊烯氧基甲基(POM)、甲硅烷氧基甲基、2-甲氧基乙氧基甲基(MEM)、2,2,2-三氯乙氧基甲基、双(2-氯乙氧基)甲基、2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基(SEMOR)、四氢吡喃基(THP)、3-溴四氢吡喃基、四氢硫代吡喃基、1-甲氧基环己基、4-甲氧基四氢吡喃基(MTHP)、4-甲氧基四氢硫代吡喃基、4-甲氧基四氢硫代吡喃基S,S-二氧化物、1-[(2-氯-4-甲基)苯基]-4-甲氧基哌啶-4-基(CTMP)、1,4-二噁烷-2-基、四氢呋喃基、四氢硫代呋喃基、2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢-7,8,8-三甲基-4,7-桥亚甲基苯并呋喃-2-基、1-乙氧基乙基、1-(2-氯乙氧基)乙基、1-甲基-1-甲氧基乙基、1-甲基-1-苄氧基乙基、1-甲基-1-苄氧基-2-氟乙基、2,2,2-三氯乙基、2-三甲基甲硅烷基乙基、2-(苯基硒基)乙基、叔丁基、烯丙基、对氯苯基、对甲氧基苯基、2,4-二硝基苯基、苄基(Bn)、对甲氧基苄基、3,4-二甲氧基苄基、邻硝基苄基、对硝基苄基、对卤代苄基、2,6-二氯苄基、对氰基苄基、对苯基苄基、2-吡啶甲基、4-吡啶甲基、3-甲基-2-吡啶甲基N-氧化物、二苯基甲基、p,p'-二硝基二苯甲基、5-二苯并环庚基、三苯基甲基、α-萘基二苯基甲基、对甲氧基苯基二苯基甲基、二(对甲氧基苯基)苯甲基、三(对甲氧基苯基)甲基、4-(4'-溴苯甲酰甲基氧基苯基)二苯基甲基、4,4',4″-三(4,5-二氯邻苯二甲酰亚胺苯基)甲基、4,4',4″三(乙酰丙酰基苯基)甲基、4,4',4″-三(苯甲酰氧基苯基)甲基、3-(咪唑-1-基)双(4',4″-二甲氧基苯基)甲基、1,1-双(4-甲氧基苯基)-1'-芘基甲基、9-蒽基、9-(9-苯基)吨基、9-(9-苯基-10-氧代)蒽基、1,3-苯并二硫戊环-2-基、苯并异噻唑基S,S-二氧基、三甲基甲硅烷基(TMS)、三乙基甲硅烷基(TES)、三异丙基甲硅烷基(TIPS)、二甲基异丙基甲硅烷基(IPDMS)、二乙基异丙基甲硅烷基(DEIPS)、二甲基叔己基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基(TBDMS)、叔丁基二苯基甲硅烷基(TBDPS)、三苄基甲硅烷基、三-对二甲苯基甲硅烷基、三苯基甲硅烷基、三苯基甲基甲硅烷基(DPMS)、叔丁基甲氧基苯基甲硅烷基(TBMPS)、甲酸酯、苯甲酰甲酸酯、乙酸酯、氯乙酸酯、二氯乙酸酯、三氯乙酸酯、三氟乙酸酯、甲氧基乙酸酯、三苯基甲氧基乙酸酯、苯氧基乙酸酯、对氯苯氧基乙酸酯、3-苯基丙酸酯、4-氧代戊酸酯(乙酰丙酸酯)、4,4-(亚乙基二硫代)戊酸酯(乙酰丙酰基二硫代缩醛)、新戊酸酯、金刚烷酸酯、巴豆酸酯、4-甲氧基巴豆酸酯、苯甲酸酯、对苯基苯甲酸酯、2,4,6-三甲基苯甲酸酯(mesitoate)、碳酸甲酯、9-芴基甲基碳酸酯(Fmoc)、碳酸乙酯、2,2,2-三氯乙基碳酸酯(Troc)、2-(三甲基甲硅烷基)乙基碳酸酯(TMSEC)、2-(苯基磺酰基)乙基碳酸酯(Psec)、2-(三苯基膦酰基)乙基碳酸酯(Peoc)、碳酸异丁基酯、碳酸乙烯酯、碳酸烯丙酯、碳酸叔丁酯(BOC)、碳酸对硝基苯酯、碳酸苄酯、对甲氧基苄基碳酸酯、3,4-二甲氧基苄基碳酸酯、邻硝基苄基碳酸酯、对硝基苄基碳酸酯、硫代碳酸S-苄基酯、4-乙氧基-1-萘基碳酸酯、二硫代碳酸甲酯、2-碘代苯甲酸酯、4-叠氮丁酸酯、4-硝基-4-甲基戊酸酯、邻(二溴甲基)苯甲酸酯、2-甲酰基苯磺酸酯、2-(甲硫基甲氧基)乙基、4-(甲硫基甲氧基)丁酸酯、2-(甲硫基甲氧基甲基)苯甲酸酯、2,6-二氯-4-甲基苯氧基乙酸酯、2,6-二氯-4-(1,1,3,3-四甲基丁基)苯氧基乙酸酯、2,4-双(1,1-二甲基丙基)苯氧基乙酸酯、氯代二苯基乙酸酯、异丁酸酯、单琥珀酸酯、(E)-2-甲基-2-丁烯酸酯、邻(甲氧基酰基)苯甲酸酯、α-萘甲酸酯、硝酸酯、烷基N,N,N',N'-四甲基磷酰二胺、烷基N-苯基氨基甲酸酯、硼酸酯、二甲基硫膦基、烷基2,4-二硝基苯基亚磺酸酯、硫酸酯、甲烷磺酸酯(甲磺酸酯)、苄基磺酸酯和甲苯磺酸酯(Ts)。
在某些实施方案中，存在于硫原子上的取代基是硫保护基(也称为“巯基保护基”)。硫保护基包括但不限于–Raa、–N(Rbb)2、–C(＝O)SRaa、–C(＝O)Raa、–CO2Raa、–C(＝O)N(Rbb)2、–C(＝NRbb)Raa、–C(＝NRbb)ORaa、–C(＝NRbb)N(Rbb)2、–S(＝O)Raa、–SO2Raa、–Si(Raa)3、–P(Rcc)2、–P(＝O)(Raa)2和–P(＝O)(ORcc)2，其中Raa、Rbb和Rcc如本文所定义。硫保护基在本领域中是公知的，并且包括在ProtectingGroups in OrganiCSynthesis，T.W.Greene和P.G.M.Wuts，第3版，JohnWiley&Sons，1999中详细描述的那些，在此通过引用并入本文。
这些和其他示例性的取代基在具体实施方式、实施方案和权利要求中更详细地描述。上述示例性的取代基列表并不意在以任何方式限制本发明。
C.皮质抑素类似物的示例性合成
首先考虑使用式(I)化合物作为起始原料进行合成。雌酮(其中R3是-CH3)或去甲雌酮(其中R3是H)(I)的氧化(例如DDQ，MnO2)提供了式(III)的化合物。参见，例如Stephan etal.,Steroid,1995,60,809-811。式(III)化合物被保护为缩醛或缩酮(例如，通过与HXARA或HXARA-RAXAH反应，其中两个RA基团连接，其中RB1和RB2各自独立地为-XARA)，得到(IV)-A和(IV)-B的混合物(例如1：1混合物)。预期用于保护的示例性条件包括PTSA和乙二醇，PTSA和CH(OMe)3，PTSA和CH(OEt)3以及PTSA和2,2-二甲基-1,3-丙二醇。然后使用烷基化剂(例如Me2SO4和K2CO3，EtN(i-Pr)2和TMS-重氮甲烷)将被保护的化合物烷基化(例如甲基化)，得到(V)-A和(V)-B，其中E是任选取代的烷基。见方案5。
方案5
方案6提供了其他示例性路线以提供式(IV-B)的化合物，例如，其中R3是-CH3。例如，如方案6(A)中所述，由6-甲氧基-1-四氢萘酮以四个步骤获得外消旋混合物的式(V)-B的化合物。对于格式反应，参见例如Saraber et al.,Tetrahedron,2006,62,1726-1742。对于氢化，参见例如Sugahara et al.,Tetrahedron Lett,1996,37,7403-7406。方案6(B)显示通过手性拆分获得对映异构体纯的Torgov中间体的方法。参见例如Bucourt et al.,J.Bull.Soc.Chim.Fr.(1967)561–563。方案6(C)提供了另一种通过酶促还原辅助制备对映异构体纯的Torgov中间体的方法。参见例如Gibian et al.,Tetrahedron Lett.(1966)7：2321–2330。
方案6
式(IV-A)和(IV-B)的化合物在手，在一锅法中进行环氧化/环氧化物开环/环氧化反应(例如MMPP、mCPBA)以提供式(IX-A)和(IX-B)的化合物，其在平衡下，(IX-A)为主要化合物。参见方案7A和7B。
方案7
使式(IX-A)和(IX-B)的化合物暴露于Birch还原条件(例如Li/NH3和t-BuOH，Na/NH3和t-BuOH)，得到脱芳构化化合物(X)。然后保护A环的C3为缩醛或缩酮(例如，通过与HXARA或HXARA-RAXAH的反应，其中两个RA基团连接，并且其中RB1和RB2各自独立地为-XARA)，得到化合物(XI)。示例性的保护条件包括PTSA和乙二醇，PTSA和CH(OMe)3，PTSA和CH(OEt)3以及PTSA和2,2-二甲基-1,3-丙二醇。参见方案8。
方案8
通过醚化(例如NBS、NIS，例如其中X是Br或I)将化合物(XI)转化为式(XIII)的化合物。然后将该化合物氧化(例如SO 3.Py/DMSO和三乙胺，IBX，(COCl)2/DMSO和三乙胺)，得到式(XIV)的化合物。然后用碱(例如DBU，三乙胺)处理该化合物以提供式(XV)的化合物。然后还原该化合物(例如，NaBH4和CeCl3，L-selectride)以提供式(XVI)的化合物。参见方案9。
方案9
然后用环丙烷化试剂(例如，ZnEt2和ClCH2I，ZnEt2和CH2I2，Zn-Cu和CH2I2)处理式(XVI)的化合物以提供式(XVII)的化合物。环丙烷化产物的醇被活化，其中LG1是磺酰基(例如，用Tf2O，MsCl处理醇以提供活化的醇，其中LG1是Tf或Ms)，并用碱处理(例如2,6-二叔丁基-4-甲基吡啶，2,6-二甲基吡啶，三乙胺)反应，得到式(XX)的化合物。参见例如Magnus etal.,Org.Lett.2009,11,3938–3941。参见方案10。
方案10
然后在酸性条件(例如PTSA和丙酮/水，TFA/水)下使式(XX)化合物的D环上的保护基去保护，以提供式(XXI)的酮中间体。该产物用由RB1-X(例如RB1-Br，RB1-I)制备的式RB1-M(例如RB1-CeCl2，RB1-Mg)的化合物处理，得到式(XXII)的化合物，其中RB1是如本文所定义的非氢基团。式(XXII)化合物被活化(例如TFAA和吡啶，PhNCS和KH)，得到式(XXIII)化合物。还原式(XXIII)的化合物(例如AIBN和Bu3SnH)提供了式(XXIV)的化合物。对于步骤S14、S15和S16，参见例如Flyer et al.,Nature.Chem.2010,2,886–892.,and Yamashita et al.,J.Org.Chem.2011,76,2408–2425。参见方案11A。
化合物(XXIV)还可以由(XX)通过转化成活化醇来制备，其中LG2是磺酰基(例如，用Tf2O、MsCl处理醇以提供活化醇，其中LG2是Tf或Ms；通过三氟甲磺酸酯化，例如KHMDS和PhNTf2，LiHMDS和PhNTf2，Tf2O和2,6-二叔丁基-4-甲基吡啶)，接着与RB1-M进行钯催化的交叉偶联，其中M是取代的硼(例如-B(R')2，其中每个R'是-OR″或烷基，其中烷基和R″是烷基或可以连接形成环)，以提供式(XXVI)化合物。示例性的钯催化的交叉偶联条件包括但不限于RB1-B(pin)、RB1-(9-BBN-H)、RB1-OBBD、或RB1-B(cat)、以及Pd(PPh3)4和Na2CO3或Pd(dppf)Cl2和K3PO4)(pin＝频哪醇；cat＝邻苯二酚；OBBD＝9-氧杂-10-溴杂双环[3.3.2]癸烷；9-BBN-H＝9-溴杂双环[3.3.1]壬烷)。参见例如Nicolaou et al.,J.Am.Chem.Soc.2009,131,10587-10597。C16-C17双键的氢化(例如Pd/C和H2，雷尼镍和H2)产生式(XXIV)的化合物。参见方案11B。
方案11。
然后可将式(XXVI)或(XXIV)的任何一种化合物脱保护(例如，PTSA和丙酮/水，TFA/水，HCl)，所得酮可捕获为烯醇化物，随后进行双键的氧化或胺化，或双键与亲电子碳C(RA)3-LG(其中LG为离去基团)反应以提供取代的酮产物，其中R5是-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2、-OS(＝O)2RA、–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2、-NRAS(＝O)2RA或–C(RA)3。参见方案12A和12B。考虑用于烯醇化物捕获的示例性条件包括碱(例如，二异丙基氨化锂(LDA))和其中P1是甲硅烷基且LG是离去基团(例如三甲基甲硅烷基氯化物)的捕获试剂P1-LG的组合。
示例性的氧化条件，例如将-ORA、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2或-OS(＝O)2RA基团安装在R5位包括用氧化剂如间氯过氧苯甲酸(MCPBA)、MoOOPh或DMSO处理捕获的烯醇化物以提供其中R5为-OH的取代酮，接着任选保护，例如通过用其中LG为离去基团的式RA-LG、LG-C(＝O)RA、LG-C(＝O)ORA、LG-C(＝O)N(RA)2或LG-S(＝O)2RA的化合物处理其中R5为-OH的化合物，以提供其中R5为-ORA(其中RA为非氢基团)、-OC(＝O)RA、-OC(＝O)ORA、-OC(＝O)N(RA)2或-OS(＝O)2RA的化合物。
示例性胺化条件，例如将–N3、-N(RA)2、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2或-NRAS(＝O)2RA基团安装在R5位，包括用其中LG为离去基团(例如三叠氮化物)的化合物N3-LG处理被捕获的烯醇化物以提供其中R5是-N3的取代酮。其中R5为-N3的取代酮可以用还原剂(例如PPH3)处理以提供其中R5为-NH2的化合物，接着任选保护，例如通过用其中LG为离去基团的式RA-LG、LG-C(＝O)RA、LG-C(＝O)ORA、LG-C(＝O)N(RA)2或LG-S(＝O)2RA的化合物处理其中R5为-NH2的化合物，以提供其中R5为-N(RA)2(其中至少一个RA为非氢基团)、-NRAC(＝O)RA、-NRAC(＝O)ORA、-NRAC(＝O)N(RA)2或-NRAS(＝O)2RA的化合物。
方案12
然后如方案12(A)和12(B)中提供的酮化合物可以用式H2NR1的胺处理以形成缩合产物亚胺，如步骤S22中所述。酮化合物还可以在还原胺化条件下用式HNR1R2的胺或其盐处理，以提供胺化产物，如步骤S23中所述。示例性的还原胺化条件包括但不限于在酸性pH(例如，pH 3)下的NaCNBH3、NaCN(9BBN)H或NaBH(OAc)3。如步骤S25所示，胺化产物可进一步氧化成相应的N-氧化物。示例性的氧化条件包括但不限于H2O2、mCPBA或DMDO。参见方案13A至13D。
方案13
酮化合物还可以通过用CO和HN(RL)RB3的钯催化的羰基化胺化(例如Pd(PPH3)4和三乙胺、Pd(dppf)Cl2和三乙胺)转化为式(XXV-i)的化合物。得到式(XXV-i)、(XXV-iv)和(XXV-v)化合物的以下步骤的条件与前述相同。参见方案14。
方案14
如前所述，然后可以将方案14中提供的酮化合物转化为相应的亚胺、胺和N-氧化物。参见方案15A和15B。
方案15
在先前描述的条件下，可以用HNRB4RB5(例如1,2,3,4-四氢-[2,7]萘啶)将一元酮化合物(XXI)还原胺化，得到式(XXVII)化合物。如前所述，化合物(XXVII)可以转化为相应的亚胺、胺和N-氧化物。参见方案16(A)和16(B)。
方案16
酮可以进一步合成操作以提供其他目的化合物。例如，酮可以在还原剂存在下被还原(如步骤S26所示)以提供C-3羟基化的化合物。参见方案17(A)和(B)。示例性还原剂包括L-selectride、K-selectride、二异丁基氢化铝(DIBALH)和氢化铝锂(LAH)。此外，各种还原剂将优先产生一种相对于另一种C-3羟基化合物作为主要异构体的C-3羟基化化合物，例如，使用L-selectrideβ异构体优选作为主要异构体产生，而使用氢化铝锂(LAH)α异构体优选作为主要异构体产生。
方案17
然后可以将C-3羟基化的化合物活化(例如通过在开始反应之前或原位(在反应过程中)通过在Mitsunobu反应条件下(例如与HOC(＝O)RA、偶氮二甲酸二乙酯(DEAD)或偶氮二甲酸二异丙酯(DIAD)和PPH3)用式-C(＝O)RA的基团取代与基团LG-C(＝O)RA(其中LG为离去基团)反应)，然后用式NHR1R2的胺处理以提供具有翻转的C3立体化学的式(XXIV)化合物作为主要异构体(如步骤S28中所述)。参见方案17(A)和(B)。或者，式(XXX1)的C-3羟基化的化合物可以用碱和其中LG为离去基团的式RO-LG的化合物处理以提供被保护的C3-羟基化合物，主要异构体的C3立体化学保留(如步骤S27中所述)。
环A的酮可进一步合成操作以提供如本文所述的化合物。以式(XXIV-i)的酮为例，可以将酮转化为游离肟(参见例如方案18)或取代的肟，其中RO是非氢基团(参见例如方案19)，然后通过贝克曼重排转化以提供所需的内酰胺产物。例如，游离肟可以在用羟胺NH2OH处理时由酮生成，并且可以在合适的重排条件(例如酸性条件，例如H2SO4、HCl、AcOH)下直接提供内酰胺产物。参见例如方案18。
方案18。
或者，其中RO为非氢基团的取代肟可以一步法(S26)由酮生成，例如用取代的羟胺NH2ORO处理，其中RO是非氢基团，或者可以经由两步法(S23)和(S27)生成，例如首先通过用羟胺NH2OH处理，然后用式RO-LG的化合物处理，其中RO是非氢基团且LG是离去基团。参见例如方案18。示例性的离去基团(LG)包括卤素(例如氯、溴、碘)和-OSO2Raa，其中Raa如本文所定义。基团-OSO2Raa包括离去基团如甲苯磺酰基、甲磺酰基和苯磺酰基，其中Raa是任选取代的烷基(例如，-CH3)或任选取代的芳基(例如苯基、甲苯基)。示例性的式RO-LG化合物包括LG-C(＝O)RA、LG-C(＝O)ORA、LG-C(＝O)N(RA)2、LG-S(＝O)2RA、LG–Si(RA)3、LG–P(＝O)(RA)2、LG–P(＝O)(ORA)2、LG–P(＝O)(NRA)2、LG–P(＝O)2RA、LG–P(＝O)2(ORA或LG–P(＝O)2N(RA)2，其中LG如本文所定义。具体考虑的式LG-S(＝O)2RA的化合物包括Cl-S(＝O)2CH3(MsCl)、Cl-S(＝O)2C6H4-(pCH3)(TsCl)和Cl-S(＝O)2C6H5(BsCl)。取代的肟可以在合适的重排条件下(例如酸性条件如H2SO4、HCl、AcOH)直接提供内酰胺产物。
方案19
或者，可以在Wolff-Kishner还原条件下将酮还原(如步骤S30所述)以提供式(G1')和(G1″)的化合物。参见方案20。示例性的Wolff-Kishner条件描述于Furrow,M.E.；Myers,A.G.(2004)。"Practical Procedures for the Preparation of N-tert-Butyldimethylsilylhydrazones and Their Use in Modified Wolff-KishnerReductions and in the Synthesis of Vinyl Halides andgem-Dihalides".Journal ofthe American Chemical Society 126(17)：5436–5445，通过引用并入本文。
方案20
如本文所理解的，通过上述反应产生的肟可包含单一肟C3异构体产物或两种肟C3异构体产物的混合物。通常也可以理解，贝克曼重排是通过反式[1,2]-迁移来进行的。因此，在任何给定的反应中，预期产生内酰胺产物的混合物，并且其中一种内酰胺是主要产物。
然后可以使用各种条件将内酰胺产物还原成吖庚因产物，例如使用氢化物(例如氢化铝锂)、克莱门森(Clemmenson)还原(例如Zn(Hg)/HCl)和Wolff Kishner还原(例如肼和碱(例如KOH))。参见例如方案21。
方案21
式(E1')或(E1″)的化合物可以通过将内酰胺水解为羧酸然后脱羧卤化随后环化而合成，其中X是氯、溴或碘。参见例如方案22A和22B。
方案22A
方案22B
式(E2')或(E2″)的化合物可以通过烯醇捕获式(B*')或(B*″)的酮(其中RO是如本文所定义的非氢基团)、烯基部分的氧化裂解、形成酰基叠氮化物、然后进行Curtius重排以提供氨基部分来合成，其随后环化以提供内酰胺，还原成其中RN为氢的哌嗪基产物，其可任选地被非-氢基团RN保护。参见例如方案23A或23B。
方案23A
方案23B
如本文所用，“主要异构体”是指以过量于另一种异构体产生的异构体，即大于由反应产生的两种异构体的总和的50％，例如大于由反应产生的两种异构体的总和的60％、70％、80％、90％或95％。
D.皮质抑素类似物的代表性合成
材料和仪器：
除非另有说明，所有反应均在氩气正压下在火焰干燥的玻璃器皿中进行。快速柱色谱法如Still et al.,J.Org.Chem.1978,43,2923–2925所述采用硅胶60(40-63μm，Whatman)。
使用收到的市售的试剂和溶剂，下面例外：将四氢呋喃(THF)、二氯甲烷(CH2Cl2)用氩气脱气，并使其通过使用如Pangborn et al.,Organometallics 1996,15,1518–1520所述的氧化铝柱的溶剂纯化系统(由Glass Contour的J.C.Meyer设计)。吡啶和三乙胺在使用前用氢化钙蒸馏。使用的硅藻土是购自J.T.Baker的545。用1,10-菲咯啉作为指示剂通过滴定(三次测定的平均值)测定正丁基锂溶液的摩尔浓度。
1H NMR光谱用Varian INOVA-600或Varian INOVA-500光谱仪记录。质子化学位移以百万分率(δ刻度)报告，并使用残留的未氘代的溶剂作为内部参照(CDCl3：δ7.26(CHCl3)，C6D6：δ7.15(C6D5H))进行校准。1H NMR光谱的数据报告如下：化学位移(δppm)(多重性，偶合常数(Hz)，积分)。多重性报告如下：s＝单峰，d＝双峰，t＝三重峰，q＝四重峰，m＝多重峰，br＝宽峰，app＝明显的，或其组合。13C NMR光谱用Varian INOVA-500光谱仪记录。高分辨质谱(HRMS)从哈佛大学质谱实验室获得，其中在Agilent 6210TOF LC/MS仪器上进行电喷雾电离(ESI)质谱(MS)实验。
实施例S1.酮类起始材料的合成
方案1-1
方案1-2.
路线1：由6-甲氧基-1-四氢萘酮合成8,9-不饱和甲氧基乙烯酮(化合物1)
Grignard反应用20.0g(113mmol，1.00当量)的6-甲氧基-1-四氢萘酮完成，产物不经快速色谱纯化即可使用。参见例如Saraber et al.,Tetrahedron 2006,62,1726–1742。向Grignard反应产物和2-甲基-1,3-戊二烯酮(12.8g，114mmol，1.01当量)的二甲苯(140mL)溶液中加入AcOH(64.6mL，1.13mol，10.0当量)，并将反应混合物加热回流。2小时后，使反应冷却至室温，减压浓缩。加入1：1甲苯和乙醚的混合物以溶解固体残余物并过滤混合物。滤液依次用饱和NaHCO3溶液(200mL)和盐水洗涤，用MgSO4干燥，并减压浓缩。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：20：1：1的己烷：EtOAc：DCM)纯化残余物，得到Torgov二烯。光谱数据与先前报道的一致。参见，例如Soorukram,D.；Knochel,P.Org.Lett.2007,9,1021–1023。基于文献已知的方法，Torgov二烯转化为8,9-不饱和甲氧基乙烯酮化合物1(15.0g，3步47％)。参见例如Sugahara et al.,Tetrahedron Lett.1996,37,7403-7406。
路线1：8,9-不饱和甲氧基乙烯缩酮(化合物2)的合成
向化合物1(15.0g，53.1mmol，1.0当量)在苯(215mL)和乙二醇(72mL)的溶液中加入草酸(2.30g，12.1mmol，0.22当量)。使反应混合物升温至回流，并通过Dean-Stark装置捕获水。16小时后，将反应冷却至室温，并加入饱和的NaHCO3溶液(150mL)。分离有机层和水层，水相用乙酸乙酯(2×200mL)萃取。将合并的有机相用盐水(150mL)洗涤并经Na2SO4干燥。减压蒸发溶剂，通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：15：1的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到8,9-不饱和甲氧基乙烯缩酮化合物2(15.5g，89％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝7.13(d,J＝8.3Hz,1H),6.73-6.67(m,2H),4.05-3.85(m,4H),3.79(s,3H),2.82-2.65(m,2H),2.52-2.45(m,2H),2.23-2.17(m,2H),2.14(ddd,J＝2.2,11.6,14.0Hz,1H),1.99-1.82(m,4H),1.64(td,J＝4.2,12.2Hz,1H),1.49(dq,J＝6.8,11.6Hz,1H),0.86(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C21H27O3[M+H]+：计算值327.1955,实测值327.1947.
路线1：环氧醇3和3a的合成
将8,9-不饱和乙烯缩酮2(1.63g，5.00mmol，1.0当量)在CHCl3(50mL)中的溶液冷却至0℃，加入mCPBA(最大77％，2.46g，11.0mmol，2.2当量)。将反应混合物在0℃下搅拌10分钟并温热至室温。再过50分钟后，依次加入10％Na2S2O3溶液(40mL)和饱和NaHCO3溶液(40mL)。分离有机层和水层，并将水相用二氯甲烷(3×50mL)萃取。将合并的有机相用盐水(50mL)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：3：1→1：1的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到环氧醇3和3a(1.40g，75％)。3和3a在任何溶剂中处于平衡状态，主要为3。分析环氧醇3的H NMR。在续时，将皮质抑素类似物(12、13、14A、14B、15B、16B和17B)作为由6-甲氧基-1-四氢萘酮构建的外消旋混合物应用于生物学实验。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝7.77(d,J＝8.3Hz,1H),6.76(dd,J＝2.0,8.3Hz,1H),6.63(d,J＝2.0Hz,1H),4.78(dd,J＝7.8,9.8Hz,1H),3.95-3.87(m,4H),3.78(s,3H),2.84(dt,J＝5.9,14.4Hz,1H),2.49(dd,J＝4.4,15.1Hz,1H),2.36-2.29(m,1H),2.26(dd,J＝5.9,14.2Hz,2H),2.06(t,J＝11.7Hz,1H),1.97(dd,J＝7.3,12.2Hz,1H),1.94-1.88(m,2H),1.75(dt,J＝5.4,14.2Hz,1H),1.63-1.53(m,1H),1.46(t,J＝11.0Hz,1H),0.75(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C21H27O5[M+H]+：计算值359.1853,实测值359.1852.
路线2：8,9和9,11-不饱和甲氧基乙烯缩酮化合物2和4的合成
用22.0g(81.4mmol，1.0当量)雌酮完成DDQ氧化，产物不经快速色谱纯化即可使用。参见例如Stephan et al.,Steroid.1995,60,809–811。向9,11-不饱和雌酮的苯(375mL)溶液中加入乙二醇(110mL，1.99mol，24.4当量)和PTSA(3.00g，16.3mmol，0.20当量)。将反应混合物升温至回流，并用Dean-Stark装置捕获水。18小时后，使反应物冷却至室温，并且施加饱和的NaHCO3溶液(300mL)。水相用乙酸乙酯(2×300mL)萃取，合并的有机相用盐水(200mL)洗涤。将有机相干燥(Na2SO4)，并减压蒸发溶剂。该产物不经进一步纯化即用于下一步。
将乙烯缩酮(8,9和9,11-不饱和区域异构体的混合物)溶解于丙酮(420mL)中，加入K2CO3(22.5g，163mmol，2.00当量)。随后加入Me2SO4(9.30mL，97.6mmol，1.20当量)并将反应混合物升温至回流。18小时后，使反应物冷却至室温，蒸发丙酮。加入2M NaOH溶液(300mL)，并将水相用乙酸乙酯(2×300mL)萃取。将合并的有机相干燥(Na2SO4)，减压蒸发溶剂。通过快速色谱(硅胶，洗脱剂：15：1的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到8,9和9,11-不饱和甲氧基乙烯缩酮化合物2和4(16.3g，三步61％，8,9-不饱和区域异构体：9,11-不饱和区域异构体的～4：5混合物)。
对于9,11-不饱和异构体，只能指定可区分的峰：1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝7.53(d,J＝8.8Hz,1H),6.60(d,J＝2.0Hz,1H),6.13(td,J＝2.6,5.0Hz,1H),3.79(s,3H),2.59(td,J＝3.2,17.6Hz,1H),2.09-2.00(m,3H),1.45-1.33(m,2H),0.90(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C21H27O3[M+H]+：计算值327.1955,实测值327.1951。
路线2：环氧醇化合物3和3a
向8,9和9,11-不饱和乙烯缩酮化合物2和4(15.7g，48.1mmol，1.00当量)的混合物的二氯甲烷(700mL)溶液中加入单过氧邻苯二甲酸六水合物镁(68.4g，111mmol，2.30当量)和水(4.8mL)。将反应混合物在室温下搅拌20小时，然后用10％Na2S2O3水溶液(300mL)和饱和NaHCO3溶液(300mL)的混合物淬灭。分离有机层和水层，水相用二氯甲烷(2×500mL)萃取。将合并的有机相用盐水(300mL)洗涤并干燥(Na2SO4)。减压蒸发溶剂，通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：3：1→2：1己烷：EtOAc)纯化残余物以提供环氧醇3和3a(8.60g，50％)。光谱数据与由8,9-不饱和甲氧基乙烯缩酮2构建的环氧醇3和3a一致。
二醇化合物5的合成
将氨气冷凝(240mL)，并在-78℃向液氨中加入Li(3.90g，565mmol，25.0当量)。在搅拌30分钟之后，在该温度下插管导入THF(110mL)中的环氧醇3和3a(8.10g，22.6mmol，1.0当量)并且再搅拌1.5小时。在-78℃向反应混合物中加入t-BuOH(32mL)和THF(16mL)的混合物，并在该温度下再搅拌20分钟。在-78℃下加入t-BuOH(92mL)和THF(38mL)的混合物，然后加入苯(50mL)和水(50mL)，打开烧瓶以通过除去冷却浴温和地蒸发液氨。加入水(200mL)并将水相用乙酸乙酯(2×250mL)萃取。将合并的有机相用盐水(150mL)洗涤，干燥(Na2SO4)，并减压浓缩。该产物不经进一步纯化即用于下一步。
向Birch还原产物的THF(300mL)和乙二醇(75mL)溶液中加入PTSA(430mg，2.26mmol，0.10当量)。将反应混合物在室温下搅拌30分钟，并加入饱和的NaHCO3溶液(200mL)。分离有机层和水层，水相用乙酸乙酯(4×250mL)萃取。将合并的有机相用盐水(200mL)洗涤并干燥(Na2SO4)。减压蒸发溶剂，通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：4：1的己烷：EtOAc→100％EtOAc→10：1的EtOAc：MeOH)纯化残余物以提供二醇5(4.60g，52％)。
1H NMR(500MHz,C6D6)位移＝3.67-3.42(m,9H),3.25-3.14(m,1H),2.40(dd,J＝5.9,13.2Hz,1H),2.31(br.s,2H),2.23-2.09(m,2H),2.03(t,J＝10.7Hz,1H),1.97-1.90(m,2H),1.89(dd,J＝8.3,14.2Hz,1H),1.85-1.75(m,4H),1.66-1.50(m,4H),1.00(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C22H32NaO6[M+Na]+：计算值415.2091,实测值415.2076.
方案1-3.优化的路线2
酮化合物3b
向雌酮(195g，721mmol，1.00当量)的DMSO(2.8L)溶液加入KOH颗粒(85％工业级，162g，2.45mol，3.40当量)和CH3I(89.8mL，1.44mol，2.00当量)。将反应混合物在室温下搅拌3.5小时，在0℃缓慢加入蒸馏水(2L)。将水层用二氯甲烷(3×1.5L)萃取并将合并的有机层用盐水(1.5L)洗涤。将有机层在氮气流下浓缩，得到白色结晶，用冷甲醇洗涤。将180g粗混合物不经进一步纯化用于下一步。
向粗混合物(100g，352mmol，1.00当量)在甲醇(750mL)和二氯甲烷(750mL)的溶液中加入NaHCO3(93.8g，1.05mmol，3.00当量)。以5分钟的时间间隔分四次加入DDQ(120g，527mmol，1.50当量)，将反应混合物搅拌2小时，然后用10％Na2S2O3水溶液(500mL)淬灭。将反应烧瓶再搅拌30分钟，通过硅藻土过滤，用氯仿洗涤。加入2MNaOH溶液(500mL)，分离有机层和水层，水相用氯仿(3×700mL)萃取。将合并的有机相用盐水(700mL)洗涤并干燥(Na2SO4)。减压蒸发溶剂，将89g粗混合物不经进一步纯化用于下一步。DDQ氧化步骤分两批进行。
向粗混合物(151g，480mmol，1.00当量)的苯(2L)溶液中加入乙二醇(268mL，4.80mol，10当量)和PTSA(27.4g，144mmol，0.30当量)。将反应混合物升温至回流，并用Dean-Stark装置捕获水。36小时后，使反应冷却至室温，并且施加饱和的NaHCO3溶液(1L)。水相用乙酸乙酯(3×500mL)萃取，合并的有机相用盐水(1L)洗涤。将有机相干燥(Na2SO4)，减压蒸发溶剂。将170g粗产物不经进一步纯化用于下一步。
向粗混合物(480mmol，1.00当量)的二氯甲烷(2.5L)溶液中加入单过氧邻苯二甲酸镁六水合物(～80％工业级，683g，1.10mol，2.30当量)和水(50mL)。将反应混合物在室温下搅拌16小时，然后通过硅藻土垫过滤。向滤液中加入饱和的NaHCO3溶液(1.5L)，分离有机层和水层，水相用二氯甲烷(3×1.4L)萃取。将合并的有机相用盐水(1.4L)洗涤并干燥(Na2SO4)。减压蒸发溶剂，将粗混合物不经进一步纯化用于下一步。
在室温下向粗混合物(480mmol，1.00当量)在1,2-二氯乙烷(2L)的溶液中依次加入NaBH3CN(60.3g，960mmol，2.00当量)和AcOH(55mL，960mmol，2.00当量)。2.5小时后，加入饱和的NaHCO3溶液(1.4L)，分离有机层和水层。水相用二氯甲烷(3×1.4L)萃取。将合并的有机相用盐水(1.5L)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：2：1的己烷：EtOAc→1：1→1：2→1：3→100％EtOAc)纯化残余物以提供化合物3b(75g，5步29％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝7.21(d,J＝8.8Hz,1H),6.75(dd,J＝2.4,8.3Hz,1H),6.72(d,J＝2.4Hz,1H),3.98-3.82(m,4H),3.79(s,3H),3.80-3.76(m,1H),3.54(dt,J＝4.4,10.5Hz,1H),3.03-2.91(m,1H),2.81(td,J＝4.4,18.1Hz,1H),2.33(d,J＝9.8Hz,1H),2.23(dd,J＝6.8,13.2Hz,1H),2.09-1.98(m,1H),1.90(ddd,J＝5.9,9.8,14.6Hz,1H),1.85(dd,J＝4.6,9.5Hz,2H),1.82-1.77(m,1H),1.77-1.70(m,1H),1.65(dq,J＝6.3,12.7Hz,1H),1.02(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C21H28O5[M+H]+：计算值361.2010,实测值361.2022.
二醇化合物5
在～60℃向Na2K-SG(I)(200g)在THF和t-BuOH(各溶剂500mL和200mL，在～60℃依次加入)的浆液中插管导入化合物3b(40g，111mmol，1.00当量)的THF(500mL)溶液，并使其温热至0℃。该反应之后进行MS。在0℃搅拌7小时后，通过缓慢加入MeOH(150mL)和H2O(250mL)使反应淬灭，并使其温热至室温。倾析溶液以分离出硅胶后，加入EtOAc(1L)，分离有机层和水层。水相用EtOAc(3×500ml)萃取。将合并的有机相用盐水(2×1L)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。该产物不经进一步纯化即可使用。缩酮化条件与化合物3b所述相同，得到化合物5(32g，两步74％)。
烯丙醇7
在10℃向二醇7的二氯甲烷(230毫升)溶液(7.1g，18.1毫摩尔，1.00当量)中一次性加入NBS(3.54克，19.9mmol，1.10当量)，将反应混合物温热至室温。通过TLC监测反应(约2小时完成)。一旦反应完成，将反应混合物冷却至-40℃，加入三乙胺(30.3mL，217mmol，12.0当量)。在室温下将在DMSO(200mL)中预搅拌20分钟的SO3·Py(28.8g，181mmol，10.0当量)在-40℃下加入反应混合物，随后将其缓慢地温热至室温。3小时后，加入饱和的NH4Cl溶液(200mL)，使反应温热至室温。将有机层和水层分离，并将水相用二氯甲烷(2×350mL)萃取。将合并的有机相用盐水(350mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。粗混合物不经进一步纯化即可使用。
将粗混合物溶解于二氯甲烷(600毫升)，将反应混合物冷却至-40℃，随后缓慢加入DBU(6.76毫升，45.3毫摩尔，2.50当量)。15分钟后，加入饱和NH4Cl溶液(200mL)，使反应温热至室温。分离有机层和水层，并将水相用二氯甲烷(2×200mL)萃取。将合并的有机相用盐水(150mL)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。
在室温下向粗混合物(6.50克，16.7毫摩尔，1.00当量)在MeOH(250毫升)和THF(30毫升)的溶液中加入CeCl3·7H2O(18.7g,50.2mmol,3.00当量)(18.7克，50.2毫摩尔，3.00当量)。搅拌5分钟后，将反应冷却至-20℃，然后加入NaBH4(1.26g，33.4mmol，2.00当量)。30分钟后，加入饱和的NH4Cl溶液(100mL)和水(100mL)，将其升温至室温。将水相用乙酸乙酯(3×250毫升)萃取，合并的有机相用盐水(200mL)洗涤，经硫酸钠干燥，并在减压下浓缩。将残余物通过快速色谱法纯化(硅胶，洗脱剂：20：1的DCM：MeOH)，得到烯丙醇7(4.20克，3步60％)。
1H NMR(500MHz,C6D6)位移＝4.39-4.30(m,1H),3.58-3.36(m,8H),3.22(dd,J＝3.7,16.4Hz,1H),2.94(dd,J＝7.1,12.5Hz,1H),2.66(d,J＝13.2Hz,1H),2.49-2.41(m,1H),2.39(dd,J＝2.2,12.9Hz,1H),2.07-1.99(m,1H),1.96-1.79(m,6H),1.73(br.s,3H),1.66-1.57(m,1H),1.15-1.07(m,1H),0.86(s,3H)；13C NMR(500MHz,C6D6)位移＝140.6,139.1,118.7,109.5,88.3,86.2,67.1,65.4,64.6,64.2,47.9,46.5,41.3,40.9,34.7,34.2,33.9,30.0,20.4,19.8,15.6；HRMS(ESI)(m/z)C22H30NaO6[M+Na]+：计算值413.1935,实测值413.1942.
环丙烷8
在-10℃下向ClCH2I(5.74mL，78.9mmol，4.00当量)的1,2-二氯乙烷(400mL)溶液中加入Et2Zn在乙醚(1M，39.4mL，39.4mmol，2.00当量)中的溶液。搅拌5分钟后，在-10℃下将1,2-二氯乙烷(200mL)中的烯丙醇7(7.70g，19.7mmol，1.00当量)加入到反应烧瓶中。30分钟后，通过饱和NH4Cl溶液(300mL)淬灭反应并使其温热至室温。将有机层和水层分离，并将水相用二氯甲烷(2×350mL)萃取。将合并的有机相用盐水(300mL)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：2：1→1：1的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到环丙烷8(6.93g，87％)。
1H NMR(500MHz,C6D6)位移＝3.92(dd,J＝3.7,11.0Hz,1H),3.51-3.40(m,8H),2.72(dd,J＝7.1,12.9Hz,1H),2.39(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),2.38(d,J＝12.2Hz,1H),2.15(d,J＝12.2Hz,1H),2.12(dt,J＝4.9,12.2Hz,1H),2.02(ddd,J＝2.9,11.2,14.6Hz,1H),1.92-1.82(m,3H),1.82-1.73(m,2H),1.69-1.54(m,5H),1.52(dd,J＝6.1,12.0Hz,1H),1.49-1.44(m,1H),0.98(s,3H),0.86(d,J＝2.4Hz,1H),0.15(d,J＝2.9Hz,1H)；13C NMR(500MHz,C6D6)位移＝118.5,110.4,85.4,84.0,65.3,64.9,64.7,64.6,64.1,48.1,45.4,41.5,40.0,39.9,35.4,34.8,33.7,32.7,29.1,22.1,19.3,16.5,4.0；HRMS(ESI)(m/z)C23H32NaO6[M+Na]+：计算值427.2091,实测值427.2088.
氧杂双环[3.2.1]辛烯骨架9
将环丙烷8(6.90g，17.1mmol，1.00当量)和2,6-二叔丁基-4-甲基吡啶(12.3g，59.7mmol，3.50当量)与苯共沸干燥并溶于二氯甲烷(330mL)中。加入分子筛(8.6g)，将反应烧瓶冷却至0℃。逐滴加入三氟甲磺酸酐的二氯甲烷(1M，34.1mL，34.1mmol，2.00当量)溶液，除去冰浴，将反应烧瓶温热至室温。2小时后，反应用三乙胺(55mL)淬灭并通过硅藻土垫过滤。加入饱和的NaHCO3溶液(300mL)并将水相用二氯甲烷(2×350mL)萃取。将合并的有机相用盐水(300mL)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：9：1→4：1苯：乙醚)纯化残余物，得到氧杂双环[3.2.1]辛烯核心骨架9(3.76g，57％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝5.73(s,1H),5.29-5.26(m,1H),4.04-3.76(m,8H),2.58-2.50(m,1H),2.46(t,J＝15.1Hz,1H),2.31-2.24(m,2H),2.19(t,J＝11.2Hz,1H),2.09(d,J＝13.2Hz,1H),1.99(dt,J＝4.4,13.2Hz,1H),1.94(dd,J＝2.4,13.2Hz,1H),1.91-1.84(m,1H),1.83-1.71(m,3H),1.71-1.53(m,5H),0.88(s,3H)；13C NMR(500MHz,CDCl3)位移＝140.6,139.9,119.9,119.8,118.5,108.9,81.5,80.0,65.2,64.6,64.5,64.2,46.2,45.9,42.4,39.8,34.0,33.2,32.4,31.1,28.0,18.5,17.0；HRMS(ESI)(m/z)C23H31O5[M+H]+：计算值387.2166,实测值387.2180.
一元酮10
向氧杂双环[3.2.1]辛烯核心骨架9(3.24g，8.38mmol，1.00当量)在丙酮(400mL)和水(100mL)的溶液中加入PTSA(797mg，4.19mmol，0.50当量)，将反应混合物搅拌3天。将饱和NaHCO3溶液(210mL)和乙酸乙酯(300mL)依次加入到反应中。分离各层，水层用乙酸乙酯(2×200mL)萃取。将有机层合并，用盐水(150mL)洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。然后通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：4：1的己烷：EtOAc)纯化所得残余物，得到一元酮10(2.50g，87％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝5.73(s,1H),5.29-5.25(m,1H),3.98-3.90(m,4H),2.48(dd,J＝8.8,19.5Hz,1H),2.46-2.40(m,1H),2.36(dd,J＝5.9,12.7Hz,1H),2.34-2.25(m,2H),2.24-2.08(m,5H),2.09(d,J＝13.2Hz,1H),1.95(dd,J＝2.4,13.2Hz,1H),1.90-1.81(m,1H),1.79-1.70(m,2H),1.70-1.61(m,2H),0.89(s,3H)；13C NMR(500MHz,CDCl3)位移＝220.9,141.5,140.6,119.7,118.6,108.8,81.1,80.5,64.7,64.3,47.9,47.3,42.5,39.9,36.0,34.0,33.9,31.7,28.1,18.9,17.0；HRMS(ESI)(m/z)C21H27O4[M+H]+：计算值343.1909,实测值343.1919.
1-氯异喹啉加合物11
将在反应烧瓶中的CeCl3(565mg，2.30mmol，10.0当量)在140℃下在真空下加热2小时。向烧瓶中充入Ar并冷却至0℃。30分钟后，加入THF(2.8mL)并在0℃下搅拌2小时。然后使烧瓶温热至室温并再搅拌16小时。
向CeCl3/THF络合物溶液中加入在THF(1.4mL)中的1-氯-7-碘代异喹啉(396mg，1.40mmol，6.00当量)，随后在室温下搅拌10min，然后冷却至-78℃。然后滴加正丁基锂的己烷溶液(1.6M，716μL，1.10mmol，5.00当量)。将反应混合物在相同温度下再搅拌30分钟，并将一元酮10(78.5mg，229μmol)插管导入THF(1.4mL)中。再过30分钟后，将饱和NH4Cl溶液(5mL)加入到搅拌的反应混合物中，然后使其温热至室温。用EtOAc(5mL)稀释混合物，分离各层。将水层用EtOAc(3×5mL)萃取，合并有机层，用盐水(5mL)洗涤，Na2SO4干燥并减压浓缩。然后通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：2：1的己烷：EtOAc)纯化所得残余物，得到1-氯异喹啉加合物11(115mg，97％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.34(br.s,1H),8.24(d,J＝5.9Hz,1H),7.89-7.83(m,1H),7.76(d,J＝8.3Hz,1H),7.56(d,J＝5.9Hz,1H),5.63(s,1H),5.16-4.99(m,1H),4.02-3.87(m,4H),2.62(ddd,J＝4.4,9.8,14.2Hz,1H),2.48-2.38(m,2H),2.36-2.26(m,3H),2.26-2.19(m,1H),2.18-2.08(m,2H),1.96(dd,J＝2.4,13.7Hz,1H),1.88(dd,J＝5.1,17.8Hz,1H),1.82-1.70(m,2H),1.67-1.57(m,3H),1.49(d,J＝17.6Hz,1H),1.20-1.08(m,3H)；HRMS(ESI)(m/z)C22H26NaO5[M+Na]+：计算值393.1673,实测值393.1657.
异喹啉12
将1-氯异喹啉加合物11(115mg，227μmol)在二氯甲烷(20mL)中的溶液冷却至0℃。然后向该溶液中依次加入吡啶(183μL，2.30mmol，10.0当量)和DMAP(13.9mg，114μmol，0.50当量)。5分钟后，滴加三氟乙酸酐(158μL，1.14mmol，5.00当量)并再搅拌30分钟，此时加入pH 7的磷酸盐缓冲液(15mL)，然后将反应烧瓶温热至室温。将有机层和水层分离，将水层用二氯甲烷(2×15mL)萃取。将有机层合并，用盐水(25mL)洗涤，经Na2SO4干燥，并减压浓缩。然后通过短快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：2：1的己烷：EtOAc)纯化所得残余物，得到三氟乙酰化产物，其快速用于下一步骤。
将三氟乙酰化产物(130mg，216mmol)与苯共沸干燥并溶于苯(4.3mL)中。加入AIBN(106mg，647μmol，3.00当量)，并通过冷冻泵解冻过程(3个循环)使反应烧瓶脱气。加入Bu3SnH(1.16mL，4.31mmol，20.0当量)，使反应混合物升温至回流。3小时后，将反应混合物冷却至室温，减压浓缩。然后通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：4：1至3：1至1：1己烷：EtOAc)纯化所得残余物，得到异喹啉12(67.0mg，两步65％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.21(s,1H),8.46(d,J＝5.9Hz,1H),7.77(s,1H),7.73(d,J＝8.3Hz,1H),7.61(d,J＝5.9Hz,1H),7.57(d,J＝8.3Hz,1H),5.74(s,1H),5.29-5.23(m,1H),4.00-3.90(m,4H),3.11(t,J＝10.0Hz,1H),2.49(dd,J＝8.3,11.2Hz,1H),2.47-2.41(m,1H),2.38-2.24(m,4H),2.24-2.14(m,2H),2.12(d,J＝13.2Hz,1H),2.06-1.95(m,2H),1.91(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.83(dq,J＝4.9,11.7Hz,1H),1.77(td,J＝2.3,12.9Hz,1H),1.72-1.59(m,3H),0.52(s,3H)；13C NMR(500MHz,CDCl3)位移＝152.4,142.6,141.2,140.6,140.2,134.7,132.1,128.7,126.4,125.8,120.2,119.9,119.3,108.9,81.4,80.3,64.7,64.3,57.1,51.8,44.9,42.6,40.1,39.8,34.2,30.9,28.2,26.5,20.7,15.3；HRMS(ESI)(m/z)C30H33NaNO3[M+Na]+：计算值478.2353,实测值478.2347.
酮13
向异喹啉12(365mg，0.801mmol，1.00当量)在丙酮和水(4：1,0.025M)的溶液中加入PTSA(412mg，2.16mmol，2.70当量)并将反应混合物加热至55℃。14.5小时后，将反应冷却至室温，并将饱和的NaHCO3溶液和乙酸乙酯顺序加入到反应中。分离各层，水层用乙酸乙酯萃取。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。然后通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：3：2→1：2己烷：EtOAc)纯化所得残余物，得到酮13(289mg，87％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.23(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.80(s,1H),7.78(d,J＝8.3Hz,1H),7.65(d,J＝5.9Hz,1H),7.61(d,J＝8.3Hz,1H),5.91(s,1H),5.40-5.35(m,1H),3.15(t,J＝10.0Hz,1H),2.94(d,J＝15.1Hz,1H),2.68(d,J＝15.1Hz,1H),2.67-2.59(m,1H),2.58-2.41(m,4H),2.41-2.24(m,3H),2.24-2.10(m,2H),2.04(tt,J＝4.6,13.2Hz,1H),1.96(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.86(dq,J＝5.1,12.1Hz,1H),1.80-1.67(m,2H),0.55(s,3H)；13CNMR(500MHz,CDCl3)位移＝208.9,152.2,142.2,140.3,140.2,139.4,134.9,132.3,128.7,126.5,126.0,121.5,120.9,120.4,82.8,80.4,57.1,51.7,49.2,44.8,40.1,40.0,39.8,30.8,29.8,28.1,26.5,20.7,15.4；HRMS(ESI)(m/z)C28H30NO2[M+H]+：计算值412.2271,实测值412.2288.
方案1-4.优化路线3
三氟甲磺酸酯
在-78℃向一元酮10(2.50g，7.30mmol，1.00当量)在THF(45mL)的溶液中滴加NaHMDS(1M，8.76mL，8.76mmol，1.20当量)。在搅拌1.5小时之后，将在THF(20mL)中的PhNTf2(3.91g，11.0mmol，1.50当量)插管导入，并将反应混合物温热至0℃。再过30分钟后，将饱和NH4Cl溶液(50mL)加入到搅拌的反应混合物中并用EtOAc(70mL)稀释。分离各层，水层用EtOAc(2×45mL)萃取，合并有机层，用盐水(80mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。然后通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：8：1→5：1己烷：EtOAc)纯化所得残余物，得到三氟甲磺酸酯(3.33g，由于不可分离的少量杂质在交叉偶联之后计算产率)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝5.76(s,1H),5.67(br.s.,1H),5.32(dd,J＝2.0,4.9Hz,1H),4.02-3.94(m,4H),2.67(dd,J＝6.8,10.7Hz,1H),2.49(t,J＝14.6Hz,1H),2.45(ddd,J＝3.7,6.5,15.2Hz,1H),2.38-2.28(m,4H),2.17(ddd,J＝1.5,10.7,12.7Hz,1H),2.12(d,J＝13.2Hz,1H),2.10(dd,J＝5.9,17.6Hz,1H),1.98(dd,J＝2.7,13.4Hz,1H),1.88(ddd,J＝7.6,8.9,12.8Hz,1H),1.80(tdd,J＝2.4,4.8,12.7Hz,1H),1.74-1.63(m,2H),1.03(s,3H)；HRMS(ESI)(m/z)C22H26O6F3S[M+H]+：计算值475.1397,实测值475.1411.
C16-C17不饱和异喹啉
向三氟甲磺酸酯(3.33mg，7.02mmol，1.00当量)和异喹啉-7-硼酸(3.64g，21.1mmol，3.00当量)在1,4-二噁烷(300mL)和H2O(30mL)中的溶液中加入K2CO3(2.91g，21.1mmol，3.00当量)，并将溶液通过惰性Ar鼓泡5分钟。加入Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(286mg，350μmol，0.05当量)，将反应混合物在80℃下搅拌1小时。使混合物冷却至室温，并施加饱和的NaHCO3溶液(200mL)。用EtOAc(350mL)稀释混合物，分离各层。将水层用EtOAc(2×300mL)萃取，将合并的有机层用盐水(500mL)洗涤，经Na2SO4干燥，并减压浓缩。通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：2：1→1：1→1：2己烷：EtOAc)纯化粗混合物以提供C16-C17不饱和异喹啉(2.67mg，2步84％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.23(s,1H),8.49(d,J＝5.4Hz,1H),7.94(s,1H),7.85-7.81(m,1H),7.80-7.75(m,1H),7.63(d,J＝5.4Hz,1H),6.26(br.s.,1H),5.82(s,1H),5.40(d,J＝3.4Hz,1H),4.08-3.90(m,4H),2.76(dd,J＝7.1,11.0Hz,1H),2.58(dt,J＝5.4,17.6Hz,1H),2.56-2.40(m,3H),2.40-2.28(m,4H),2.16(d,J＝13.2Hz,1H),2.02(dd,J＝2.0,13.2Hz,1H),1.94(td,J＝8.8,13.2Hz,1H),1.81(td,J＝2.0,12.7Hz,1H),1.76-1.67(m,2H),1.18(s,3H；HRMS(ESI)(m/z)计算值C30H32NO3[M+H]+：454.2377,实测值454.2366.
异喹啉12
向17,18-不饱和异喹啉(534mg，1.17mmol，1.00当量)的THF(48mL)溶液中加入10wt％Pd/C(374mg，351μmol，0.30当量)，安装H2气球。3小时后，反应混合物通过硅藻土垫过滤，并用0.2MNH3的MeOH溶液(50mL)洗涤，减压浓缩。通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：40：1→30：1的DCM：MeOH)纯化残余物以提供异喹啉12(452mg，84％)。
实施例S2.式(A-1)、(A-1')或(A-1″)和(A-2')或(A-2″)的内酰胺的合成
内酰胺15B
向酮13(5.5mg，13.6μmol，1.00当量)的MeOH(350μL)溶液中加入H2NOH·HCl(2.5mg，27.2μmol，2.00当量)和NaOAc(4.9mg，27.2μmol，2.00当量)。在70℃下搅拌1.5小时后，将反应混合物冷却至室温并大致浓缩。加入H2O(300μL)，用乙酸乙酯(3×300μL)萃取，将合并的有机相用盐水(300μL)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。粗混合物不经进一步纯化即用于下一步。
向粗混合物(13.6μmol，1.00当量)的DCM(350μL)溶液中加入三甲胺(11.4μL，81.6μmol，6.00当量)。在0℃下，加入甲磺酸酐(4.7mg，27.2μmol，2.00当量)。将反应混合物在0℃下搅拌15分钟，升温至室温再搅拌15分钟。将反应混合物用NaHCO3(300μL)淬灭并用DCM(3×300μL)萃取，将合并的有机相用盐水(300μL)洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。粗混合物不经进一步纯化即可用于下一步。
将粗混合物溶于AcOH(300μL)中并在50℃搅拌16小时。将反应混合物大致浓缩并施加NaHCO3(300μL)。用乙酸乙酯(3×300μL)萃取，将合并的有机相用盐水(300μL)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：5：5：1的EtOAc：DCM：TEA)纯化粗混合物，得到内酰胺15B(1.5mg，三步26％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.49(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.76(d,J＝8.2Hz,1H),7.63(d,J＝5.3Hz,1H),7.58(dd,J＝1.5,8.5Hz,1H),5.87(s,1H),5.78(t,J＝6.5Hz,1H),5.34(dd,J＝2.6,5.0Hz,1H),3.57(dd,J＝5.6,15.0Hz,1H),3.33(dd,J＝7.6,15.3Hz,1H),3.15(dd,J＝9.1,10.9Hz,1H),2.66(ddd,J＝4.7,10.0,14.7Hz,1H),2.62-2.53(m,2H),2.52-2.46(m,2H),2.35(br.s.,1H),2.38-2.30(m,1H),2.28-2.22(m,1H),2.22-2.12(m,2H),2.01(qt,J＝4.1,9.4Hz,1H),1.96(dd,J＝5.3,17.6Hz,1H),1.90-1.79(m,J＝5.3,12.3,12.3Hz,1H),1.75(td,J＝8.2,12.3Hz,1H),1.68(dt,J＝7.3,10.7Hz,1H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H31N2O2[M+H]+：计算值427.2380,实测值427.2395.
实施例S3.还原胺化
方法A
在室温下，向酮13(1.00当量)在1,2-二氯乙烷(0.02M)的溶液中依次加入胺(4.00当量)、AcOH(1.50当量)和NaBH3CN(3.50当量)。如果反应胺是HCl盐的形式，则加入三乙胺(4当量)(方法AA)。一旦反应完成，加入饱和NaHCO3溶液并分离各层。用二氯甲烷萃取水层。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。(α-NR2：β-NR2＝～1：1.2至～1：5)。
方法B
在室温下向酮13(1.00当量)的1,2-二氯乙烷(0.02M)溶液中依次加入胺(2.00当量)、AcOH(2.00当量)和NaBH(OAc)3(2.00当量)。如果反应胺是HCl盐的形式，则加入三乙胺(2.00当量)(方法BB)。一旦反应完成，加入饱和NaHCO3溶液并分离各层。用二氯甲烷萃取水层。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。(α-NR2：β-NR2＝～1：1.2至～1：5)。
方法C
向仲胺(1.00当量)的二氯甲烷(0.02M)溶液中加入甲醛或乙醛(5.00当量)并在室温下搅拌1小时，然后加入NaBH(OAc)3(2.00当量)。一旦反应完成，加入饱和NaHCO3溶液并分离各层。用二氯甲烷萃取水层。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。
方法D：有利于α-胺的一般方法
向酮13(1.00当量)在THF和t-BuOH(4：1,0.02M)的溶液中依次加入胺(5.00当量)和Ti(Oi-Pr)4(3.00当量)，并在室温下搅拌15小时(Me2NH、MeNH2和NH3为4小时)。将反应混合物冷却至-20℃并加入NaBH4(1.50当量)。一旦反应完成，加入饱和NaHCO3溶液并分离各层。将水层用EtOAc萃取。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。(α-NR2：β-NR2＝～1.1：1至～3.7：1)。
方法E：甲磺酰胺形成的一般方法
向胺(1.00当量)的二氯甲烷(0.013M)溶液中加入三甲胺(4.00当量)，将反应混合物冷却至-20℃。将甲磺酸酐(2.50当量)作为二氯甲烷溶液加入，并在相同温度下搅拌30分钟。加入2N NaOH溶液并分离各层。用二氯甲烷萃取水层。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。
β-二甲胺14B和α-二甲胺14A
通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：20：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)顺序纯化粗混合物，得到β-二甲胺14B(21.5mg，65％)。通过HPLC(Eclipse XDB-C8柱，9.4mm×25cm；梯度＝0％→35％MeCN(0.1％甲酸)：H2O(0.1％甲酸)在30分钟内)由3mg 13制备ca.0.6mgα-二甲胺14A。
β-二甲胺14B：1H NMR(500MHz,C6D6)位移＝9.31(s,1H),8.61(d,J＝5.4Hz,1H),7.43(s,1H),7.39(d,J＝8.8Hz,1H),7.25(d,J＝5.4Hz,1H),7.23(d,J＝8.8Hz,1H),5.73(br.s,1H),5.18(s,1H),2.74(t,J＝10.0Hz,1H),2.63(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.48-2.28(m,2H),2.27-2.20(m,1H),2.19-2.03(m,6H),2.00(br.s,6H),1.95-1.84(m,2H),1.83-1.66(m,5H),1.41(tt,J＝5.4,13.2Hz,1H),0.45(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H37N2O[M+H]+：计算值441.2900,实测值441.2910.
α-二甲胺14A：1H NMR(600MHz,C6D6)位移＝9.26(s,1H),8.56(d,J＝5.9Hz,1H),7.44-7.39(m,1H),7.36(d,J＝8.2Hz,1H),7.21-7.20(m,1H),7.20(d,J＝5.9Hz,1H),5.68-5.65(m,1H),5.15-5.11(m,1H),2.72-2.66(m,J＝10.0Hz,1H),2.59(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.34(tt,J＝2.9,12.1Hz,1H),2.16(td,J＝3.2,16.0Hz,1H),2.09(s,6H),2.13-1.92(m,8H),1.85(ddd,J＝5.0,9.0,13.6Hz,1H),1.73(dt,J＝5.3,12.3Hz,1H),1.72-1.66(m,2H),1.60-1.57(m,1H),1.57-1.49(m,1H),1.20(dq,J＝4.1,12.3Hz,1H),0.40(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H37N2O[M+H]+：计算值441.2900,实测值441.2909.
β-吗啉15B和α-吗啉15A
β-吗啉15B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：100％EtOAc→35：1→20：1→10：1的EtOAc：MeOH)纯化粗混合物，得到β-吗啉15B(21mg，66％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.3Hz,1H),7.62(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(dd,J＝1.0,8.8Hz,1H),5.71(s,1H),5.24(d,J＝2.9Hz,1H),3.73(br.s,4H),3.13(t,J＝10.0Hz,1H),2.65-2.28(m,11H),2.23-2.11(m,3H),2.06(d,J＝13.2Hz,1H),2.01(dt,J＝4.4,9.0Hz,1H),1.93(dd,J＝4.9,17.1Hz,1H),1.89-1.79(m,1H),1.75-1.53(m,4H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O2[M+H]+：计算值483.3006,实测值483.3012.
β-N-甲基哌嗪16B和α-N-甲基哌嗪16A
β-N-甲基哌嗪16B：通过快速色谱法(硅胶，第一柱：洗脱剂：100％MeOH→10：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液/第二柱：洗脱剂：20：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液))顺序纯化粗混合物，得到β-N-甲基哌嗪16B(20mg，55％)。1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(d,J＝8.2Hz,1H),5.70(s,1H),5.25-5.22(m,1H),3.13(t,J＝9.7Hz,1H),2.53(br.s.,1H),2.50(dd,J＝8.8,11.7Hz,1H),2.41(t,J＝12.9Hz,1H),2.38-2.33(m,3H),2.32(br.s,3H),2.22-2.11(m,3H),2.10-1.95(m,3H),1.95-1.89(m,2H),1.84(dq,J＝5.3,11.7Hz,1H),1.79-1.50(m,11H),0.62-0.43(m,3H).HRMS(ESI)(m/z)C33H42N3O[M+H]+：计算值496.3322,实测值496.3337.
β-氮杂环丁烷18B和α-氮杂环丁烷18A
β-氮杂环丁烷18B：通过制备型TLC(洗脱剂：1：1的EtOAc：MeOH)纯化粗混合物，得到β-氮杂环丁烷18B(2.7mg，50％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.4Hz,1H),7.59(d,J＝8.3Hz,1H),5.69(s,1H),5.22(d,J＝2.4Hz,1H),3.20-3.05(m,5H),2.59-2.43(m,4H),2.39-2.28(m,2H),2.23-2.12(m,2H),2.07-1.96(m,4H),1.92(dd,J＝5.1,17.3Hz,1H),1.89-1.79(m,3H),1.75-1.55(m,3H),1.40(t,J＝13.2Hz,1H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C31H37N2O[M+H]+：4计算值53.2906,实测值453.2916.
β-吡咯烷19B和α-吡咯烷19A
β-吡咯烷19B：通过制备型TLC(洗脱剂：20：10：3的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-吡咯烷19B(2.0mg，40％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.4Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.3Hz,1H),7.62(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(d,J＝8.3Hz,1H),5.70(br.s.,1H),5.22(br.s.,1H),3.13(t,J＝9.8Hz,1H),2.59-2.46(m,6H),2.44(br.s.,1H),2.41-2.28(m,3H),2.23-2.12(m,2H),2.11-2.00(m,2H),2.00-1.82(m,4H),1.79-1.65(m,6H),1.64-1.51(m,2H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O[M+H]+：计算值467.3057,实测值467.3053.
β-二甲胺17,18-不饱和异喹啉23B和α-二甲胺17,18-不饱和异喹啉23A
β-二甲胺17,18-不饱和异喹啉23B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：20：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)顺序纯化粗混合物，得到β-二甲胺17,18-不饱和异喹啉23B(6.5毫克，74％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(br.s.,1H),8.51(d,J＝5.4Hz,1H),7.94(s,1H),7.84-7.76(m,2H),7.63(d,J＝5.4Hz,1H),6.27(br.s.,1H),5.97(s,1H),5.50(dd,J＝2.4,4.9Hz,1H),2.98(d,J＝14.6Hz,1H),2.78(dd,J＝6.8,11.2Hz,1H),2.71(d,J＝14.6Hz,1H),2.72-2.63(m,1H),2.61(d,J＝5.4Hz,1H),2.59-2.54(m,2H),2.54-2.50(m,2H),2.50-2.42(m,2H),2.39(ddd,J＝1.5,11.0,12.9Hz,1H),2.20(ddd,J＝1.5,9.5,11.5Hz,1H),2.01(ddd,J＝7.3,8.8,12.7Hz,1H),1.79(dt,J＝7.3,11.2Hz,1H),1.18(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H35N2O[M+H]+：计算值439.2744,实测值439.2753.
β-一甲胺24B和α-一甲胺24A
β-一甲胺24B：通过制备型TLC(洗脱剂：10：1的EtOAc：2M NH3在MeOH中的溶液)纯化粗混合物，得到β-一甲胺24B(ca.1.5mg，58％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.4Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(dd,J＝1.0,8.3Hz,1H),5.72(d,J＝1.0Hz,1H),5.24(dd,J＝2.2,5.1Hz,1H),3.13(t,J＝10.0Hz,1H),3.03-2.98(m,1H),2.57-2.50(m,1H),2.51(dd,J＝8.3,11.7Hz,1H),2.44(s,3H),2.36(d,J＝15.2Hz,1H),2.36-2.28(m,2H),2.26-2.13(m,2H),2.09(dd,J＝3.7,16.4Hz,1H),2.07-1.99(m,2H),1.98-1.92(m,1H),1.93(dd,J＝5.9,17.6Hz,1H),1.85(dq,J＝4.9,11.7Hz,1H),1.82-1.76(m,1H),1.76-1.58(m,3H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C29H35N2O[M+H]+：计算值427.2744,实测值427.2740.
β-氘代二甲胺26B和α-氘代二甲胺26A
β-氘代二甲胺26B：加入三乙胺。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：20：1的EtOAc：2MNH3的MeOH溶液)依次纯化粗混合物，得到β-氘代二甲胺26B(4mg，62％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.80(s,1H),7.77(d,J＝8.3Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(d,J＝8.3Hz,1H),5.74(br.s.,1H),5.26(br.s.,1H),3.15(t,J＝10.0Hz,1H),2.51(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.50-2.42(m,1H),2.37(d,J＝17.1Hz,1H),2.38-2.26(m,2H),2.26-2.09(m,4H),2.08-1.98(m,2H),1.95(dd,J＝5.1,17.3Hz,1H),1.87(dq,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.80-1.68(m,3H),1.62(br.s.,2H),0.63-0.50(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H31D6N2O[M+H]+：计算值447.3277,实测值447.3281.
β-2-甲氧基乙基甲胺27B和α-2-甲氧基乙基甲基胺27A
β-2-甲氧基乙基甲胺27B：通过制备型TLC(洗脱剂：10：10：1的己烷：EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-2-甲氧基乙基甲胺27B(ca.1.2mg，20％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21(s,1H),8.40(d,J＝5.4Hz,1H),7.99(s,1H),7.90(d,J＝8.8Hz,1H),7.81(d,J＝5.9Hz,1H),7.77(s,1H),5.80(s,1H),5.35-5.27(m,1H),3.60(t,J＝5.4Hz,2H),3.39(s,2H),3.24(t,J＝10.0Hz,1H),3.15-2.88(m,2H),2.56(br.s.,3H),2.51(dd,J＝9.3,10.7Hz,1H),2.48-2.39(m,3H),2.35-2.28(m,1H),2.25-2.09(m,4H),2.02-1.84(m,7H),1.76(s,2H),0.59(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H41N2O2[M+H]+：计算值485.3163,实测值485.3170.
β-双-2-甲氧基乙胺28B和α-双-2-甲氧基乙胺28A
β-双-2-甲氧基乙胺28B：通过制备型TLC(洗脱剂：10：1的二氯甲烷：MeOH)纯化粗混合物，得到β-双-2-甲氧基乙胺28B(ca.1.1mg，19％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21(s,1H),8.39(d,J＝5.9Hz,1H),7.99(s,1H),7.90(d,J＝8.8Hz,1H),7.81(d,J＝5.9Hz,1H),7.77(s,1H),5.74(s,1H),5.29-5.24(m,1H),3.47(t,J＝6.1Hz,4H),3.36(s,6H),3.24(t,J＝10.5Hz,1H),3.06-2.93(m,1H),2.78(d,J＝5.9Hz,4H),2.52(dd,J＝9.0,11.5Hz,1H),2.49-2.43(m,1H),2.44(d,J＝17.6Hz,1H),2.40-2.35(m,1H),2.35-2.26(m,1H),2.24-2.10(m,3H),2.07-1.94(m,3H),1.91(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.85(d,J＝14.6Hz,1H),1.82-1.67(m,3H),0.59(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C34H45N2O3[M+H]+：计算值529.3425,实测值529.3434.
β-2-氟乙基甲胺29B和α-2-氟乙基甲胺29A
β-2-氟乙基甲胺29B：通过制备型TLC(洗脱剂：20：1的二氯甲烷：MeOH)纯化粗混合物，得到β-2-氟乙基甲胺29B(2.7mg，51％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.80(s,1H),7.77(d,J＝8.8Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(dd,J＝1.0,8.3Hz,1H),5.74(br.s.,1H),5.26(br.s.,1H),4.68-4.46(m,2H),3.15(t,J＝9.8Hz,1H),2.99-2.69(m,3H),2.52(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.47-2.30(m,6H),2.29-2.16(m,4H),2.16-2.00(m,3H),2.01-1.92(m,1H),1.94(dd,J＝5.1,17.3Hz,1H),1.86(dq,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.79-1.64(m,3H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C31H38N2OF[M+H]+：计算值473.2963,实测值473.2971.
β-2,2-二氟乙基甲胺30B和α-2,2-二氟乙基甲胺30A
β-2,2-二氟乙基甲胺30B：通过制备型TLC(洗脱剂：1：1的己烷：EtOAc)纯化粗混合物，得到β-2,2-二氟乙基甲胺30B(ca.1.1mg，19％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.28(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.86(s,1H),7.83(d,J＝8.3Hz,1H),7.75(d,J＝5.4Hz,1H),7.69(d,J＝8.3Hz,1H),6.15-5.83(m,1H),5.75(s,1H),5.27(dd,J＝2.4,5.4Hz,1H),3.17(t,J＝10.0Hz,1H),2.91(br.s.,2H),2.52(dd,J＝8.8,11.7Hz,1H),2.47(br.s,3H),2.45-2.30(m,4H),2.27-2.11(m,6H),2.11-1.99(m,2H),1.95(dd,J＝5.1,17.3Hz,1H),1.88(dq,J＝6.3,12.7Hz,1H),1.77-1.68(m,3H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C31H37N2OF2[M+H]+:计算值491.2868,实测值491.2879.
β-7-氮杂双环[2.2.1]庚烷31B和α-7-氮杂双环[2.2.1]庚烷31A
β-7-氮杂双环[2.2.1]庚烷31B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：10：10：1→10：10：2的己烷：EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物得到β-7-氮杂双环[2.2.1]庚烷31B(3mg，50％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.81(s,1H),7.77(d,J＝8.3Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.61(d,J＝8.3Hz,1H),5.71(br.s.,1H),5.24(br.s.,1H),3.43(br.s.,2H),3.15(t,J＝9.8Hz,1H),2.69(br.s.,2H),2.52(t,J＝9.8Hz,1H),2.46(br.s.,1H),2.37(d,J＝17.6Hz,1H),2.38-2.29(m,1H),2.27-2.13(m,3H),2.11-1.92(m,6H),1.87(dq,J＝5.9,12.7Hz,1H),1.86-1.79(m,1H),1.78-1.60(m,8H),1.55(t,J＝13.2Hz,1H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C34H41N2O[M+H]+:计算值493.3213,实测值493.3224.
β-异丙胺32B和α-异丙胺32A
β-异丙胺32B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：10：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-异丙胺32B(5mg，70％)。1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(d,J＝8.2Hz,1H),5.71(s,1H),5.24(d,J＝2.9Hz,1H),3.24(br.s.,1H),3.13(t,J＝9.7Hz,1H),2.90(br.s.,1H),2.50(dd,J＝8.5,11.4Hz,2H),2.41-2.26(m,3H),2.24-2.13(m,3H),2.09(dd,J＝2.9,15.3Hz,1H),2.06-1.98(m,2H),1.93(dd,J＝5.3,17.6Hz,1H),1.85(dq,J＝5.3,12.3Hz,1H),1.75-1.62(m,4H),1.07(br.s.,6H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C31H39N2O[M+H]+:计算值455.3057,实测值493.3049.
β-异丙基甲基胺33B
通过制备型TLC(洗脱剂：20：10：3的己烷：EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-异丙基甲基胺33B(4mg，78％)。1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.22(br.s.,1H),8.49(d,J＝4.7Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.3Hz,1H),7.59(d,J＝8.2Hz,1H),5.70(br.s.,1H),5.22(br.s.,1H),3.22(br.s.,1H),3.13(t,J＝10.0Hz,1H),2.77(br.s.,1H),2.50(t,J＝8.2Hz,1H),2.43(t,J＝12.9Hz,1H),2.36(d,J＝17.6Hz,1H),2.35-2.28(m,2H),2.22-2.14(m,2H),2.17(dt,J＝4.4,9.0Hz,1H),2.11(br.s.,3H),2.08-1.99(m,2H),1.98-1.91(m,1H),1.93(dd,J＝4.1,17.0Hz,1H),1.85(dq,J＝5.3,12.3Hz,1H),1.69(br.s.,2H),1.59(br.s.,1H),1.56(br.s.,1H),0.96(br.s.,6H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H41N2O[M+H]+:计算值455.3057,实测值493.3049.
β-异丙基乙基胺34B
通过制备型TLC(洗脱剂：100％MeOH)纯化粗混合物，得到β-异丙基乙基胺34B(ca.1.5mg，20％)。1H NMR(600MHz,CD3OD)位移＝9.19(s,1H),8.38(d,J＝5.9Hz,1H),7.97(s,1H),7.88(d,J＝8.8Hz,1H),7.79(d,J＝5.9Hz,1H),7.74(d,J＝8.2Hz,1H),5.76(br.s.,1H),5.27(br.s.,1H),3.26-3.19(m,1H),2.91-2.66(m,3H),2.50(dd,J＝9.4,11.2Hz,1H),2.48-2.36(m,3H),2.29(t,J＝10.6Hz,1H),2.23-2.06(m,4H),2.00-1.86(m,5H),1.86-1.79(m,1H),1.79-1.66(m,2H),1.21-1.08(m,9H),0.57(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C33H43N2O[M+H]+:计算值483.3370,实测值483.3382.
β-(R)-3-氟吡咯烷35B和α-(R)-3-氟吡咯烷35A
β-(R)-3-氟吡咯烷35B：通过制备型TLC(洗脱剂：47.5：47.5：5的EtOAc：己烷：2MNH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-(R)-3-氟吡咯烷35B(2.2mg，38％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝δ9.22(s,1H),8.49(d,J＝5.4Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.4Hz,1H),7.59(d,J＝8.8Hz,1H),5.71(d,J＝2.0Hz,1H),5.23(m,1H),5.11(m,1H),3.40(m,1H),3.13(dd,J＝9.3,9.3Hz,1H),2.88-2.96(m,2H),2.66-2.77(m,1H),2.48-2.58(m,3H),2.29-2.45(m,3H),2.12-2.23(m,3H),1.99-2.09(m,5H),1.83-1.97(m,2H),1.67-1.74(m,2H),1.59(m,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H38FN2O[M+H]+:计算值485.2968,实测值485.2915.
β-(S)-3-氟吡咯烷36B和α-(S)-3-氟吡咯烷36A
β-(S)-3-氟吡咯烷36B：通过制备型TLC(洗脱剂：47.5：47.5：5的EtOAc：己烷：2MNH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-(S)-3-氟吡咯烷36B(2.7mg，46％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21-9.18(m,1H),8.37(d,J＝5.87Hz,1H),7.98-7.96(m,1H),7.88(d,J＝8.80Hz,1H),7.80-7.77(m,1H),7.74(dd,J＝8.56,1.71Hz,1H),5.71(d,J＝1.47Hz,1H),5.23(m,1H),5.22-5.07(m,2H),3.22(t,J＝9.8Hz,1H),3.08-2.97(m,1H),2.90(td,J＝8.19,5.62Hz,1H),2.70-2.64(m,1H),2.62-2.58(m,1H),2.52-2.34(m,6H),2.33-2.24(m,1H),2.23-2.03(m,3H),2.03-1.85(m,6H),1.77-1.67(m,2H),1.67-1.56(m,1H),0.57(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H38FN2O[M+H]+:计算值485.6553,实测值485.6551.
β-3,3-二氟吡咯烷37B和α-3,3-二氟吡咯烷37A
β-3,3-二氟吡咯烷37B：通过制备型TLC(洗脱剂：80：15：5的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-3,3-二氟吡咯烷37B(2.9mg，40％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝δ9.22(s,1H),8.49(d,J＝5.4Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.3Hz,1H),7.62(d,J＝5.4Hz,1H),7.59(d,J＝8.8Hz,1H),5.72(d,J＝2.0Hz,1H),5.25(dd,J＝5.4Hz,2.0Hz,1H),3.13(dd,J＝9.3Hz,9.3Hz,1H),2.86-3.03(m,2H),2.14(dd,J＝6.9,6.9Hz,2H),2.58(m,1H),2.50(dd,J＝11.7,8.3Hz,2H),2.13-2.44(m,6H),1.98-2.10(m,2H),1.90-1.96(m,1H),1.83-1.89(m,2H),1.66-1.74(m,2H),1.53-1.61(m,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H37F2N2O[M+H]+:计算值503.2874实测值503.2814.
α-3,3-二氟吡咯烷37A：通过制备型TLC(洗脱剂：80：15：5的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到α-3,3-二氟吡咯烷37A(2.9mg，来自6.0mg，40％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝δ9.22(s,1H),8.49(d,J＝5.4Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.4Hz,1H),7.59(d,J＝8.8Hz,1H),5.74(s,1H),5.28(d,J＝2.4Hz,1H),3.15(dd,J＝9.3Hz,9.3Hz,1H),3.01(dt,J＝13.7,2.4Hz,2H),2.83(dd,J＝6.8,6.8Hz,2H),2.52(dd,J＝11.2,8.3Hz,2H),2.15-2.40(m,6H),2.02-2.07(m,3H),1.79-1.97(m,3H),1.72(m,3H),1.61(m,3H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H37F2N2O[M+H]+:计算值503.2874实测值503.2807.
β-2-氧杂-6-氮杂螺[3.4]辛烷38B和α-2-氧杂-6-氮杂螺[3.4]辛烷38A
β-2-氧杂-6-氮杂螺[3.4]辛烷38B：通过制备型TLC(洗脱剂：47.5：47.5：5的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-2-氧杂-6-氮杂螺[3.4]辛烷38B(3.4mg，55％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21(s,1H),8.39(d,J＝5.4Hz,1H),7.99(s,1H),7.90(d,J＝8.8Hz,1H),7.81(d,J＝5.9Hz,1H),7.76(dd,J＝1.7,8.5Hz,1H),5.73-5.70(m,1H),5.28-5.23(m,1H),4.63(d,J＝2.4Hz,4H),3.28-3.21(m,1H),2.90(dd,J＝9.3,49.8Hz,2H),2.62(t,J＝7.3Hz,2H),2.54-2.40(m,5H),2.36-2.27(m,2H),2.23-2.16(m,1H),2.13(s,2H),2.10-2.05(m,1H),2.02-1.88(m,6H),1.81-1.66(m,2H),1.66-1.57(m,1H),0.58(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C34H41N2O2[M+H]+:计算值509.7015,实测值509.7013.
β-环丙胺39B和α-环丙胺39A
β-环丙胺39B：通过制备型TLC(洗脱剂：47.5：47.5：5的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-环丙胺39B(3.7mg，55％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21(s,1H),8.39(d,J＝5.9Hz,1H),7.99(s,1H),7.90(d,J＝8.8Hz,1H),7.81(d,J＝5.4Hz,1H),7.76(dd,J＝1.7,8.5Hz,1H),5.73(d,J＝2.0Hz,1H),5.28-5.24(m,1H),3.24(t,J＝20.0Hz,1H),3.18-3.12(m,1H),2.54-2.40(m,4H),2.36-2.27(m,2H),2.18(s,3H),2.05-2.00(m,2H),2.00-1.95(m,2H),1.94-1.91(m,1H),1.91-1.84(m,2H),1.77-1.66(m,3H),0.58(s,3H),0.51(d,J＝4.4Hz,2H),0.39(dd,J＝2.2,3.7Hz,2H).HRMS(ESI)(m/z)C31H37N2O[M+H]+:计算值453.6383,实测值453.6381.
β-环丙基甲基胺40B
通过制备型TLC(洗脱剂：47.5：47.5：5的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-甲基环丙胺40B(1.1mg，85％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21(s,1H),8.39(d,J＝5.4Hz,1H),8.00-7.98(m,1H),7.90(d,J＝7.8Hz,1H),7.81(d,J＝5.9Hz,1H),7.76(dd,J＝1.5,9.3Hz,1H),5.78-5.74(m,1H),5.29-5.25(m,1H),3.26-3.24(m,1H),3.23(t,J＝9.8Hz,1H),3.27-3.21(m,1H),2.88(t,J＝1.0Hz,1H),2.56-2.49(m,1H),2.48-2.41(m,2H),2.37(s,3H),2.33-2.26(m,1H),2.23-2.10(m,3H),2.03(d,J＝7.3Hz,2H),2.01-1.96(m,1H),1.96-1.88(m,2H),1.88-1.82(m,1H),1.79-1.68(m,2H),0.59(m,5H),0.50-0.46(m,2H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O[M+H]+:计算值467.6649,实测值467.6645.
β-3-甲基-3-氧杂环丁胺41B和α-3-甲基-3-氧杂环丁胺41A
β-3-甲基-3-氧杂环丁胺41B：通过制备型TLC(洗脱剂：47.5：47.5：5的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-3-甲基-3-氧杂环丁胺41B(4.7mg，81％)。1HNMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21(s,1H),8.39(d,J＝5.4Hz,1H),7.99(s,1H),7.90(d,J＝8.8Hz,1H),7.81(d,J＝5.9Hz,1H),7.78-7.74(m,1H),5.75(d,J＝1.5Hz,1H),5.29-5.26(m,1H),4.61(dd,J＝3.4,5.9Hz,2H),4.36(dd,J＝5.9,8.3Hz,2H),3.27-3.21(m,1H),3.19-3.11(m,1H),2.50(d,J＝8.3Hz,4H),2.29(s,2H),2.23-2.13(m,2H),2.02-1.95(m,2H),1.94-1.87(m,3H),1.80-1.67(m,4H),1.55(br.s.,4H),0.59(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O2[M+H]+:计算值483.6643,实测值483.6640.
β-N-甲基-1-(3-甲基-3-氧杂环丁烷基)甲胺42B和α-N-甲基-1-(3-甲基-3-氧杂环丁烷基)甲胺42A
β-N-甲基-1-(3-甲基-3-氧杂环丁烷基)甲胺42B：通过制备型TLC(洗脱剂：47.5：47.5：5的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-N-甲基-1-(3-甲基-3-氧杂环丁烷基)甲胺42B(1.5mg，24％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.22(s,1H),8.39(d,J＝5.9Hz,1H),7.99(s,1H),7.90(d,J＝8.3Hz,1H),7.81(d,J＝5.9Hz,1H),7.76(dd,J＝1.7,8.5Hz,1H),5.75-5.72(m,1H),5.31-5.27(m,1H),4.57-4.51(m,2H),4.32(dd,J＝1.5,5.9Hz,2H),3.28-3.22(m,1H),2.69(s,2H),2.57-2.31(m,5H),2.30-2.15(m,4H),2.04-1.86(m,5H),1.82(t,J＝24.9Hz,1H),1.77-1.69(m,1H),1.68-1.57(m,2H),1.39(d,J＝2.9Hz,6H),0.58(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C34H43N2O2[M+H]+:计算值511.7174,实测值511.7173.
β-叔丁胺43B和α-叔丁胺43A
β-叔丁胺43B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：50：1的EtOAc：三乙胺)纯化粗混合物，得到β-叔丁胺43B(3.4mg，60％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.49(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.3Hz,1H),7.62(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(d,J＝8.3Hz,1H),5.75(d,J＝2.0Hz,1H),5.29(m,1H),3.14(dd,J＝10.8,10.8Hz,1H),2.52(dd,J＝11.7,8.8Hz,1H),2.32–2.38(m,2H),2.13-2.26(m,5H),2.01-2.08(m,2H),1.94(dd,J＝17.6,5.4Hz,1H),1.84-1.87(m,3H),1.62-1.74(m,3H),1.25(br s,9H).HRMS(ESI)(m/z)C32H41N2O[M+H]+:计算值469.3219,实测值469.3265.
β-氮丙啶78B和α-氮丙啶78A
向酮13(6mg，0.0146mmol)的甲醇(0.5mL)溶液中加入2-氯乙胺盐酸盐(5.1mg，0.0437mmol)，然后加入三乙胺(0.006mL，0.0437mmol)。将该混合物在室温下搅拌15分钟。加入冰乙酸(0.0025mL，0.0437mmol)，将该混合物在室温下搅拌20分钟。将该混合物冷却至0℃，加入氰基硼氢化钠(3.2mg，0.0510mml)。使反应升温至室温，历时超过16小时，然后用饱和氯化铵溶液(5mL)淬灭。将该混合物用乙酸乙酯(3×8mL)萃取。将合并的有机级分用无水硫酸镁干燥，过滤并浓缩。通过硅胶色谱法(乙酸乙酯，2％三乙胺作为洗脱剂)纯化粗品，得到所需的β-氮丙啶78B(4.5mg，72％的收率)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.87Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.80Hz,1H),7.63(d,J＝5.38Hz,1H),7.59(d,J＝8.80Hz,1H),5.74(d,J＝1.96Hz,1H),5.25(m,1H),3.34(m,2H),3.14(dd,J＝10.27,10.27Hz,1H),2.75(m,3H),2.51(dd,J＝11.25,8.31,1H),2.44(m,1H),2.29-2.37(m,3H),2.12-2.27(m,3H),1.81-2.08(m,3H),1.54-1.74(m,4H),1.15(m,1H),1.05(m,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H35N2O[M+H]+:计算值439.2749实测值439.2721.
β-羟基脯氨酸65B和α-羟基脯氨酸65A
在方法B的条件下，酮13与羟基脯氨酸甲酯反应。将粗混合物溶于THF：MeOH：1MLiOH的H2O溶液＝3：3：1中，并在55℃下搅拌1.5小时。将粗混合物大致浓缩并施加pH 3.7的乙酸钠缓冲液，然后用氯仿萃取三次。通过制备型TLC(洗脱剂：5：1的CHCl3：MeOH)纯化粗混合物，得到β-羟基脯氨酸65B(3.7mg，两步58％)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(br.s.,1H),8.47(br.s.,1H),7.77(br.s.,1H),7.75(d,J＝8.2Hz,1H),7.63(br.s.,1H),7.57(d,J＝8.2Hz,1H),5.77(s,1H),5.30(br.s.,1H),4.47(br.s.,1H),4.21-4.08(m,1H),4.01-3.90(m,0H),3.55(br.s.,1H),3.19-3.11(m,1H),3.12(t,J＝8.8Hz,1H),2.51-2.44(m,J＝10.6,10.6Hz,1H),2.44-2.37(m,2H),2.35(d,J＝17.6Hz,2H),2.31-2.14(m,6H),2.11(dd,J＝6.2,13.2Hz,1H),2.06-1.96(m,2H),1.92(dd,J＝4.7,17.6Hz,1H),1.87-1.68(m,3H),0.53(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C33H39N2O4[M+H]+:计算值527.2904,实测值527.2921.
α-二甲胺14A和β-二甲胺14B
通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：20：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)依次纯化粗混合物，得到α-二甲胺14A(2.2mg，68％)。1H NMR(600MHz,C6D6)位移＝9.26(s,1H),8.56(d,J＝5.9Hz,1H),7.44-7.39(m,1H),7.36(d,J＝8.2Hz,1H),7.21-7.20(m,1H),7.20(d,J＝5.9Hz,1H),5.68-5.65(m,1H),5.15-5.11(m,1H),2.72-2.66(m,J＝10.0Hz,1H),2.59(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.34(tt,J＝2.9,12.1Hz,1H),2.16(td,J＝3.2,16.0Hz,1H),2.09(s,6H),2.13-1.92(m,8H),1.85(ddd,J＝5.0,9.0,13.6Hz,1H),1.73(dt,J＝5.3,12.3Hz,1H),1.72-1.66(m,2H),1.60-1.57(m,1H),1.57-1.49(m,1H),1.20(dq,J＝4.1,12.3Hz,1H),0.40(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H37N2O[M+H]+:计算值441.2900,实测值441.2909.
α-一甲胺24A和β-一甲胺24B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：10：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到α-一甲胺24A(ca.1.2mg，37％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.81(s,1H),7.77(d,J＝8.8Hz,1H),7.64(d,J＝5.4Hz,1H),7.61(dd,J＝1.0,8.8Hz,1H),5.76(s,1H),5.29(d,J＝2.4Hz,1H),3.16(t,J＝10.0Hz,1H),2.61-2.50(m,3H),2.49(s,3H),2.43-2.30(m,3H),2.30-2.15(m,4H),2.13-1.99(m,2H),1.95(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.88(dq,J＝4.9,11.7Hz,1H),1.79-1.60(m,3H),1.19(dq,J＝4.4,12.7Hz,1H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C29H35N2O[M+H]+:计算值427.2744,实测值427.2759.
α-伯胺62A和β-伯胺62B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：25：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到α-伯胺62A(3.7mg，38％)和β-伯胺62B(2.5mg，26％)。
α-伯胺62A：1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.3Hz,1H),7.59(dd,J＝1.2,8.2Hz,1H),5.74(s,1H),5.27(d,J＝2.9Hz,1H),3.14(t,J＝10.0Hz,1H),2.85(tt,J＝3.2,11.7Hz,1H),2.51(dd,J＝8.5,11.4Hz,1H),2.40-2.28(m,3H),2.27-2.12(m,4H),2.10-1.96(m,3H),1.93(dd,J＝5.3,17.6Hz,1H),1.92-1.81(m,2H),1.76-1.62(m,2H),1.22(dtd,J＝4.1,11.7,13.5Hz,1H),0.53(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H33N2O[M+H]+:计算值413.2587,实测值413.2590.
β-伯胺62B：1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.2Hz,1H),7.62(d,J＝5.3Hz,1H),7.59(dd,J＝1.5,8.5Hz,1H),5.73(d,J＝1.2Hz,1H),5.25(d,J＝2.9Hz,1H),3.47(td,J＝3.7,7.9Hz,1H),3.13(t,J＝10.0Hz,1H),2.58(dt,J＝5.3,14.1Hz,1H),2.51(dd,J＝8.5,11.4Hz,1H),2.39-2.21(m,5H),2.17(dq,J＝5.3,9.4Hz,1H),2.13(ddd,J＝2.3,4.7,15.8Hz,1H),2.10-1.99(m,2H),1.93(dd,J＝5.3,17.0Hz,1H),1.86(dq,J＝5.3,12.3Hz,1H),1.82(ddd,J＝1.8,4.1,13.5Hz,1H),1.78-1.66(m,3H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H33N2O[M+H]+:计算值413.2587,实测值413.2599.
吗啉15A和吗啉15B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：40：1的EtOAc：MeOH)纯化粗混合物，得到α-吗啉15A(ca.1.5mg，38％)。1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.23(s,1H),8.49(d,J＝5.4Hz,1H),7.80(s,1H),7.76(d,J＝8.3Hz,1H),7.63(d,J＝5.4Hz,1H),7.60(d,J＝8.3Hz,1H),5.74(s,1H),5.29(d,J＝2.9Hz,1H),3.73(br.s.,4H),3.15(t,J＝10.0Hz,1H),2.60(br.s.,4H),2.52(dd,J＝8.5,11.5Hz,2H),2.46-2.29(m,3H),2.29-2.13(m,4H),2.12-1.99(m,2H),1.94(dd,J＝5.1,17.3Hz,1H),1.94-1.81(m,3H),1.73(td,J＝8.2,12.3Hz,1H),1.70-1.63(m,1H),1.38(dq,J＝4.4,12.2Hz,1H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O2[M+H]+:计算值483.3006,实测值483.3000.
α-吡咯烷19A和β-吡咯烷19B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：20：10：3的EtOAc：己烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到α-吡咯烷19A(2.5mg，55％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.2Hz,1H),7.62(d,J＝5.3Hz,1H),7.59(d,J＝8.8Hz,1H),5.72(s,1H),5.27(d,J＝2.9Hz,1H),3.14(t,J＝10.0Hz,1H),2.63(br.s.,4H),2.52(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.42-2.29(m,3H),2.28-2.15(m,5H),2.12(d,J＝12.3Hz,1H),2.10-2.00(m,2H),1.93(dd,J＝5.3,17.0Hz,1H),1.90-1.83(m,2H),1.80(br.s.,4H),1.72(td,J＝8.8,12.9Hz,1H),1.63(br.s.,1H),1.37(dq,J＝3.5,11.7Hz,1H),0.53(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O[M+H]+:计算值467.3057,实测值467.3064.
α-氮杂环丁烷18A和β-氮杂环丁烷18B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：1：1的EtOAc：MeOH)纯化粗混合物，得到α-氮杂环丁烷18A(ca.1.5mg，38％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.4Hz,1H),7.80(s,1H),7.77(d,J＝8.8Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(d,J＝8.8Hz,1H),5.74(s,1H),5.28(br.s.,1H),3.24(br.s.,4H),3.16(t,J＝9.8Hz,1H),2.54(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.42-2.30(m,3H),2.30-2.13(m,5H),2.12-2.00(m,2H),1.95(dd,J＝5.4,18.1Hz,1H),1.93-1.78(m,3H),1.74(td,J＝8.3,12.2Hz,1H),1.67-1.54(m,3H),1.11(q,J＝12.2Hz,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C31H37N2O[M+H]+:计算值453.2906,实测值453.2900.
α-叔丁胺43A和β-叔丁胺43B
通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：10：1的CHCl3：i-PrOH)纯化粗混合物，得到α-叔丁胺43A(2.4mg，42％)和β-叔丁胺43B(1.6mg，28％)。
α-叔丁胺43A：1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(br.s.,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.78(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.3Hz,1H),7.58(dd,J＝1.2,8.2Hz,1H),5.73(s,1H),5.28(d,J＝2.3Hz,1H),3.14(t,J＝9.7Hz,1H),2.49(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.46-2.40(m,1H),2.39-2.29(m,3H),2.28-2.12(m,5H),2.08-1.99(m,1H),1.93(dd,J＝5.3,17.0Hz,1H),1.83(dq,J＝5.0,12.2Hz,2H),1.76-1.60(m,3H),1.55(br.s.,9H),1.26-1.18(m,1H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H41N2O[M+H]+:计算值469.3213,实测值469.3223.
β-叔丁胺43B：1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.3Hz,1H),7.78(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.62(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(d,J＝9.4Hz,1H),5.73(br.s.,1H),5.25(br.s.,1H),3.38-3.23(m,1H),3.13(t,J＝10.0Hz,1H),2.57-2.48(m,1H),2.49(dd,J＝8.5,10.9Hz,1H),2.40-2.27(m,2H),2.25-2.08(m,4H),2.07-1.98(m,2H),1.93(dd,J＝5.3,17.6Hz,2H),1.84(dq,J＝5.3,12.3Hz,1H),1.76-1.66(m,2H),1.65-1.47(m,3H),1.42-0.94(br.s.,9H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H41N2O[M+H]+:计算值469.3213,实测值469.3225.
α-羟基氮杂环丁烷70A和β-羟基氮杂环丁烷70B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：2：3的EtOAc：MeOH)纯化粗混合物，得到α-羟基氮杂环丁烷70A(1.2mg，30％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.4Hz,1H),7.80(s,1H),7.77(d,J＝8.3Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(d,J＝8.3Hz,1H),5.77(s,1H),5.32(d,J＝2.4Hz,1H),4.66-4.55(m,1H),3.94(br.s.,2H),3.34(br.s.,2H),3.16(t,J＝9.8Hz,1H),2.53(dd,J＝8.5,11.5Hz,1H),2.41(dd,J＝15.6,28.3Hz,2H),2.34(dt,J＝4.9,11.2Hz,1H),2.28(t,J＝11.2Hz,1H),2.25-2.14(m,3H),2.10-1.98(m,2H),1.95(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.96-1.89(m,1H),1.86(dd,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.84-1.76(m,2H),1.74(td,J＝8.4,12.4Hz,1H),1.65(dt,J＝7.8,10.5Hz,1H),1.40-1.27(m,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C31H37N2O2[M+H]+:计算值469.2850,实测值469.2872.
α-羟基甲基氮杂环丁烷69A和β-羟基甲基氮杂环丁烷69B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：1：1的EtOAc：MeOH)纯化粗混合物，得到α-羟甲基氮杂环丁烷69A(2.3mg，53％)。1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.23(s,1H),8.49(d,J＝5.9Hz,1H),7.80(s,1H),7.76(d,J＝8.2Hz,1H),7.63(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(d,J＝8.8Hz,1H),5.76(s,1H),5.30(d,J＝2.9Hz,1H),3.65-3.35(m,4H),3.15(t,J＝10.0Hz,1H),2.52(dd,J＝8.5,11.4Hz,1H),2.40(dd,J＝16.4,25.8Hz,2H),2.33(dt,J＝4.1,11.7Hz,1H),2.26(t,J＝11.4Hz,1H),2.24(m,3H),2.09-2.00(m,1H),1.98(br.s.,1H),1.94(dd,J＝5.0,17.3Hz,1H),1.92-1.77(m,4H),1.73(td,J＝8.2,12.9Hz,1H),1.67-1.59(m,1H),1.58-1.50(br.s.,3H),1.39-1.28(m,1H),0.58-0.51(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O2[M+H]+:计算值483.3006,实测值483.3000.
α-氨基乙基磺酰胺71A和β-氨基乙基磺酰胺71B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：100％EtOAc)纯化粗混合物，得到β-氨基乙基磺酰胺71B(0.7mg，15％)和α-氨基乙基磺酰胺71A(1.1mg，24％)。
β-氨基乙基磺酰胺71B：1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.21-9.17(m,1H),8.37(d,J＝5.9Hz,1H),7.97(s,1H),7.88(d,J＝8.3Hz,1H),7.79(d,J＝5.4Hz,1H),7.74(dd,J＝1.5,8.8Hz,1H),5.74-5.69(m,1H),5.28-5.22(m,1H),3.26-3.18(m,J＝9.8Hz,1H),3.14-3.00(m,4H),2.59-2.38(m,4H),2.37-2.26(m,2H),2.23-2.06(m,3H),2.03-1.86(m,5H),1.85-1.76(m,1H),1.76-1.59(m,3H),0.57(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H38N3O3S[M+H]+:计算值520.2628,实测值520.2640.
α-氨基乙基磺酰胺71A：1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.19(s,1H),8.37(d,J＝5.9Hz,1H),7.97(s,1H),7.88(d,J＝8.8Hz,1H),7.79(d,J＝5.9Hz,1H),7.74(dd,J＝1.7,8.6Hz,1H),5.77-5.71(m,1H),5.30-5.24(m,1H),3.29-3.24(m,2H),3.23(dd,J＝9.0,11.0Hz,1H),3.13(dt,J＝2.7,6.7Hz,2H),2.73(tt,J＝3.1,12.0Hz,1H),2.50(dd,J＝8.6,11.5Hz,1H),2.47-2.38(m,2H),2.39-2.34(m,1H),2.32(d,J＝11.2Hz,1H),2.30-2.22(m,2H),2.17(dtd,J＝5.9,9.3,14.7Hz,2H),2.10-2.03(m,1H),2.01(s,1H),2.00-1.92(m,1H),1.90(dd,J＝6.4,17.1Hz,1H),1.72(td,J＝8.3,12.3Hz,1H),1.68-1.60(m,2H),1.18(dq,J＝4.4,12.2Hz,1H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H38N3O3S[M+H]+:计算值520.2628,实测值520.2643.
α-羟基氨基甲基氧杂环丁烷72A和β-羟基氨基甲基氧杂环丁烷72B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：100％EtOAc)纯化粗混合物，得到α-羟基氨基甲基氧杂环丁烷72A(1.5mg，34％)。1H NMR(500MHz,CD3OD)位移＝9.19(s,1H),8.38(d,J＝5.4Hz,1H),7.97(s,1H),7.88(d,J＝8.3Hz,1H),7.79(d,J＝5.9Hz,1H),7.74(dd,J＝1.5,8.8Hz,1H),5.84-5.78(m,1H),5.35-5.30(m,1H),4.64(d,J＝7.3Hz,2H),4.57(dd,J＝3.7,7.1Hz,2H),3.48-3.40(m,2H),3.24(dd,J＝9.0,11.0Hz,2H),2.54-2.48(m,J＝8.8Hz,1H),2.48-2.40(m,3H),2.40-2.24(m,4H),2.24-2.13(m,3H),2.01-1.85(m,4H),1.80-1.64(m,2H),1.46(dq,J＝4.9,12.2Hz,1H),0.57(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C32H39N2O3[M+H]+:计算值499.2955,实测值499.2933.
β-PEG胺75B和α-PEG胺75A
β-PEG胺75B：通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：5：5：1的EtOAc：二氯甲烷：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到α-PEG胺75B(1.0mg，18％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.81(s,1H),7.77(d,J＝8.3Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.61(dd,J＝1.7,8.5Hz,1H),5.72(d,J＝1.5Hz,2H),5.25(dd,J＝2.2,5.1Hz,1H),3.71-3.64(m,6H),3.62(t,J＝5.4Hz,2H),3.58(dd,J＝3.7,5.6Hz,2H),3.41(s,3H),3.19-3.12(m,J＝10.7Hz,1H),3.11(t,J＝3.9Hz,1H),2.79(t,J＝5.4Hz,2H),2.56(t,J＝16.1Hz,1H),2.52(dd,J＝8.3,11.2Hz,1H),2.42-2.29(m,3H),2.27-2.13(m,2H),2.12-2.01(m,2H),2.02(dd,J＝3.7,13.9Hz,1H),1.95(br.s.,2H),1.86(dq,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.80-1.73(m,1H),1.71(dd,J＝3.2,11.5Hz,1H),1.68-1.58(m,2H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C35H47N2O4[M+H]+:计算值559.3530,实测值559.3545.
α-PEG胺75A：通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：100：5：1的EtOAc：MeOH：三乙胺)纯化粗混合物，得到α-PEG胺75A(1.1mg，20％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.81(s,1H),7.77(d,J＝8.8Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.61(dd,J＝1.5,8.8Hz,1H),5.75(d,J＝2.0Hz,1H),5.28(dd,J＝2.2,5.1Hz,1H),3.70-3.65(m,7H),3.64(t,J＝5.4Hz,2H),3.61-3.55(m,2H),3.41(s,3H),3.16(dd,J＝9.0,10.5Hz,1H),2.87(t,J＝5.1Hz,2H),2.67(t,J＝11.5Hz,1H),2.54(dd,J＝8.3,11.7Hz,1H),2.38(d,J＝16.1Hz,3H),2.24(d,J＝12.2Hz,2H),2.22-2.14(m,2H),2.11-2.02(m,2H),1.95(dd,J＝5.4,16.6Hz,1H),1.88(dq,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.78-1.69(m,2H),1.68-1.62(m,1H),1.27-1.19(m,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C35H47N2O4[M+H]+:计算值559.3530,实测值559.3542.
α-甲基磺酰胺73A
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：40：1的MeOH：二氯甲烷)纯化粗混合物，得到α-甲基磺酰胺73A(2.0mg，82％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(br.s.,1H),8.51(d,J＝4.9Hz,1H),7.80(s,1H),7.77(d,J＝8.3Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(dd,J＝1.5,8.3Hz,1H),5.78(d,J＝1.5Hz,1H),5.36-5.29(m,1H),4.24(d,J＝7.8Hz,1H),3.53(tdt,J＝3.9,7.7,11.7Hz,1H),3.20-3.11(m,J＝10.7Hz,1H),3.04(s,3H),2.51(dd,J＝8.3,11.7Hz,1H),2.37(d,J＝16.6Hz,3H),2.28(br.s.,2H),2.25-2.10(m,4H),2.10-2.00(m,1H),1.96(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.88(dt,J＝5.4,11.7Hz,1H),1.85(t,J＝12.2Hz,1H),1.80-1.66(m,2H),1.47-1.35(m,J＝4.4Hz,1H),0.55(s,3H)；HRMS(ESI)(m/z)C29H35N2O3S[M+H]+:计算值491.2363,实测值491.2387.
β-甲基磺酰胺73B
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：40：1的MeOH：二氯甲烷)纯化粗混合物，得到β-甲基磺酰胺73B(1.7mg，90％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.80(s,1H),7.78(d,J＝8.8Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(dd,J＝1.5,8.3Hz,1H),5.79(d,J＝1.5Hz,1H),5.35-5.30(m,1H),4.31(d,J＝6.3Hz,1H),4.00(quind,J＝3.6,6.7Hz,1H),3.16(dd,J＝9.0,10.5Hz,1H),3.03(s,3H),2.52(dd,J＝8.5,11.5Hz,1H),2.41(t,J＝16.1Hz,1H),2.39(br.s.,2H),2.32-2.26(m,2H),2.26-2.14(m,3H),2.12-1.99(m,2H),1.96(dd,J＝5.1,17.3Hz,2H),1.86(dq,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.83-1.72(m,3H),0.56(s,3H)；HRMS(ESI)(m/z)C29H35N2O3S[M+H]+:计算值491.2363,实测值491.2376.
α-甲基-甲基磺酰胺76A
通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：40：1的MeOH：二氯甲烷)纯化粗混合物，得到α-甲基-甲基磺酰胺76A(0.7mg，57％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.51(d,J＝5.9Hz,1H),7.81(s,1H),7.78(d,J＝8.3Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(dd,J＝1.5,8.3Hz,1H),5.79(s,1H),5.33(dd,J＝2.2,5.6Hz,1H),3.98(tt,J＝3.4,12.4Hz,1H),3.16(dd,J＝9.0,10.5Hz,1H),2.89(s,3H),2.80(s,3H),2.52(dd,J＝8.5,11.5Hz,1H),2.44(ddd,J＝2.7,4.1,16.6Hz,1H),2.36(br.s.,3H),2.28(d,J＝10.7Hz,2H),2.21(dq,J＝4.9,9.1Hz,1H),2.14(t,J＝12.7Hz,1H),2.10-2.00(m,0H),1.97(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.93(dd,J＝2.9,12.2Hz,1H),1.88(dd,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.87-1.81(m,1H),1.80-1.60(m,3H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H37N2O3S[M+H]+:计算值505.2519,实测值505.2537.
实施例S4.来自异喹啉化合物10-12的另一可能的路线
设计了异喹啉12的新路线。见下面的方案2-1。在图中所示的指定试剂的类似底物上实现三氟甲磺酰化/Suzuki交叉偶联反应。参见例如Nicolaou et al.,J.Am.Chem.Soc.2009,131,10587-10597。
方案4-1.
三氟甲磺酸酯20的合成
在-78℃下，向一元酮10(200mg，584μmol，1.00当量)的THF(4mL)溶液中逐滴加入NaHMDS(1M，701μL，701μmol，1.20当量)。搅拌1.5小时后，将THF(2.5mL)中的PhNTf2(313mg，876μmol，1.50当量)插管导入，并将反应混合物升温至0℃。再过30分钟后，将饱和NH4Cl溶液(8mL)加入到搅拌的反应混合物中并用EtOAc(10mL)稀释。分离各层，水层用EtOAc(2×6mL)萃取，合并有机层，用盐水(15mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。然后通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：8：1→5：1的己烷：EtOAc)纯化所得残余物，得到三氟甲磺酸酯20(237mg，86％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝5.76(s,1H),5.67(br.s.,1H),5.32(dd,J＝2.0,4.9Hz,1H),4.02-3.94(m,4H),2.67(dd,J＝6.8,10.7Hz,1H),2.49(t,J＝14.6Hz,1H),2.45(ddd,J＝3.7,6.5,15.2Hz,1H),2.38-2.28(m,4H),2.17(ddd,J＝1.5,10.7,12.7Hz,1H),2.12(d,J＝13.2Hz,1H),2.10(dd,J＝5.9,17.6Hz,1H),1.98(dd,J＝2.7,13.4Hz,1H),1.88(ddd,J＝7.6,8.9,12.8Hz,1H),1.80(tdd,J＝2.4,4.8,12.7Hz,1H),1.74-1.63(m,2H),1.03(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C22H26O6F3S[M+H]+:计算值475.1397,实测值475.1411.
由三氟甲磺酸酯20Suzuki交叉偶联合成17,18-不饱和异喹啉21
向三氟甲磺酸酯20(1.00当量)和异喹啉-7-硼酸(3.00当量)的1,4-二噁烷和H2O(10：1,0.02M)溶液中加入K2CO3(3.00当量)，并将溶液通入惰性Ar鼓泡5分钟。加入Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(0.05当量)，将反应混合物在80℃下搅拌1小时。使混合物冷却至室温，并施加饱和的NaHCO3溶液。用EtOAc稀释混合物，分离各层。水层用EtOAc萃取，合并的有机层用盐水洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：2：1→1：1→1：2的己烷：EtOAc)纯化粗混合物，得到17,18-不饱和异喹啉21(490mg，84％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.23(s,1H),8.49(d,J＝5.4Hz,1H),7.94(s,1H),7.85-7.81(m,1H),7.80-7.75(m,1H),7.63(d,J＝5.4Hz,1H),6.26(br.s.,1H),5.82(s,1H),5.40(d,J＝3.4Hz,1H),4.08-3.90(m,4H),2.76(dd,J＝7.1,11.0Hz,1H),2.58(dt,J＝5.4,17.6Hz,1H),2.56-2.40(m,3H),2.40-2.28(m,4H),2.16(d,J＝13.2Hz,1H),2.02(dd,J＝2.0,13.2Hz,1H),1.94(td,J＝8.8,13.2Hz,1H),1.81(td,J＝2.0,12.7Hz,1H),1.76-1.67(m,2H),1.18(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H32NO3[M+H]+:计算值454.2377,实测值454.2366.
由17,18-不饱和异喹啉21合成异喹啉12
向17,18-不饱和异喹啉21(400mg，877μmol，1.0当量)的THF(36mL)溶液中加入10wt％Pd/C(280mg，263μmol，0.30当量)并安装H2气球。3小时后，将反应混合物通过硅藻土垫过滤并用0.2MNH3的MeOH溶液(40mL)洗涤，减压浓缩。通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：1：1→1：2的己烷：EtOAc)纯化残余物以提供异喹啉12(325mg，80％)。光谱数据与由1-氯异喹啉加合物11构建的异喹啉12一致。
实施例S5.异喹啉类似物的合成
方案5-1.
方案5-2.
方案5-3.
方案5-4.
三氟甲磺酸酯20Suzuki交叉偶联合成17,18-不饱和5-吲唑56
向三氟甲磺酸酯20(1.00当量)和吲唑-5-硼酸酯(3.00当量)的1,4-二噁烷和H2O(10：1,0.02M)的溶液中加入K2CO3(3.00当量)并向溶液鼓泡通入惰性Ar5分钟。加入Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(0.05当量)，将反应混合物在80℃下搅拌1小时。使混合物冷却至室温，并施加饱和的NaHCO3溶液。用EtOAc稀释混合物，分离各层。水层用EtOAc萃取，合并的有机层用盐水洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：1：3→1：1的EtOAc：己烷)纯化粗混合物，得到17,18-不饱和6-吲唑56(13mg，70％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.04(s,1H),7.67(d,J＝10.0Hz,1H),7.49(s,1H),7.27(d,J＝10.0Hz,1H),6.12(br.s.,1H),5.78(br.s.,1H),5.36(t,J＝5.0Hz,1H),3.99(m,4H),2.72(m,1H),2.53-2.44(m,3H),2.40(br.d.,J＝10.0Hz,1H),2.36-2.25(m,4H),2.14(d,J＝10.0Hz,1H),2.00(dd,J＝10.0,5.0Hz,1H),1.93-1.87(m,1H),1.79(m,1H),1.72-1.66(m,2H),1.10(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H31N2O3[M+H]+:计算值443.5573,实测值443.5571.
由三氟甲磺酸酯20Suzuki交叉偶联合成17,18-不饱和6-吲唑59
向三氟甲磺酸酯20(1.00当量)和吲唑-6-硼酸酯(3.00当量)的1,4-二噁烷和H2O(10：1,0.02M)的溶液中加入K2CO3(3.00当量)，并向溶液鼓泡通入惰性Ar5分钟。加入Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(0.05当量)，将反应混合物在80℃下搅拌1小时。使混合物冷却至室温，并施加饱和的NaHCO3溶液。用EtOAc稀释混合物，分离各层。水层用EtOAc萃取，合并的有机层用盐水洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：1：4→3：1的EtOAc：己烷)纯化粗混合物，得到17,18-不饱和5-吲唑59(5.9mg，65％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝10.04(br s,1H),8.05(s,1H),7.75(s,1H),7.46(ABq,JAB＝8.8Hz,Δν＝33.5Hz,2H),6.02(s,1H),5.79(s,1H),5.38(dd,J＝3.4,3.4Hz,1H),3.94-4.01(m,4H),2.73(dd,J＝10.7,6.8Hz,1H),2.44-2.53(m,3H),2.40(d,12.2Hz,1H),2.28-2.36(m,3H),2.15(d,J＝13.2Hz,1H),2.03(par obs d,J＝11.2Hz,1H),2.01(parobs dd,J＝13.2,2.4Hz,1H),1.91(dt,J＝12.21,9.3Hz,1H),1.77-1.82(m,1H),1.66-1.73(m,2H),1.10(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H31N2O3[M+H]+:计算值443.2335,实测值443.4956.
β-二甲胺氨甲基吡啶46B和α-二甲胺氨甲基吡啶46A
β-二甲胺氨甲基吡啶46B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：10：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-二甲胺氨甲基吡啶46B(5mg，55％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.58(s,1H),8.51(dd,J＝1.5,4.9Hz,1H),7.71(td,J＝2.0,7.8Hz,1H),7.26(dd,J＝4.9,7.8Hz,1H),5.71(s,1H),5.24(dd,J＝2.4,4.4Hz,1H),3.88-3.80(m,2H),2.81(t,J＝9.0Hz,1H),2.45(dt,J＝6.3,13.7Hz,1H),2.46-2.37(m,1H),2.30(br.s.,6H),2.26-2.19(m,3H),2.17-2.07(m,5H),1.92(dd,J＝2.9,13.7Hz,2H),1.79(dddd,J＝4.9,8.3,10.3,13.2Hz,1H),1.74-1.59(m,4H),1.39(ddt,J＝4.4,9.8,12.7Hz,1H),0.80(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C27H38N3O[M+H]+:计算值420.3009,实测值420.2999.
β-二甲胺17,18-不饱和酰胺吡啶49B和α-二甲胺17,18-不饱和酰胺吡啶49A
β-二甲胺17,18-不饱和酰胺吡啶49B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：8：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-二甲胺17,18-不饱和酰胺吡啶49B(2.1mg，44％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.58(d,J＝2.4Hz,1H),8.36(dd,J＝1.0,4.9Hz,1H),8.23(td,J＝2.0,8.3Hz,1H),7.49(s,1H),7.29(dd,J＝4.9,8.8Hz,1H),6.57(br.s.,1H),5.73(s,1H),5.33(dd,J＝2.0,5.4Hz,1H),2.66-2.56(m,2H),2.54(dd,J＝3.2,6.6Hz,1H),2.51-2.32(m,5H),2.28(br.s.,6H),2.20(ddd,J＝1.2,11.0,12.7Hz,1H),2.10(td,J＝6.4,13.1Hz,2H),1.97-1.89(m,3H),1.76(dt,J＝7.8,11.2Hz,1H),1.66-1.55(m,1H),1.14(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C27H34N3O2[M+H]+:计算值432.2646,实测值432.2649.
β-二甲胺17,18-不饱和酞嗪55B和α-二甲胺17,18-不饱和酞嗪55A
β-二甲胺17,18-不饱和酞嗪55B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：9：1的EtOAc：2MNH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-二甲胺17,18-不饱和酞嗪55B(5.5mg，73％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.50(s,2H),7.97-8.03(m,1H),7.89(d,J＝4.39Hz,2H),6.34-6.39(m,1H),5.77-5.83(m,1H),5.32-5.43(m,1H),2.72(dd,J＝11.23,6.84Hz,1H),2.38-2.50(m,4H),2.47(br.m.,6H),2.24-2.30(m,3H),2.09-2.20(m,2H),2.03(d,J＝10.25Hz,2H),1.88-1.99(m,2H),1.75-1.86(m,2H),1.17(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H33N3O[M+H]+:计算值440.5998,实测值440.5995.
β-二甲胺17,18-不饱和6-吲唑58B和α-二甲胺17,18-不饱和6-吲唑58A
β-二甲胺17,18-不饱和6-吲唑58B：通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：9：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-二甲胺17,18-不饱和6-吲唑58B(3.9mg，73％)。1HNMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.03(s,1H),7.67(d,J＝8.30Hz,1H),7.49(s,1H),7.25-7.28(m,1H),6.12(t,J＝2.44Hz,1H),5.75(s,1H),5.33(t,J＝3.42Hz,1H),3.22-3.38(m,1H),2.71(dd,J＝11.23,6.84Hz,1H),2.44-2.50(m,4H),2.41(br.m.,6H),2.22-2.31(m,3H),2.09-2.20(m,2H),2.04(d,J＝2.93Hz,2H),1.78(td,J＝11.35,7.08Hz,2H),1.52-1.64(m,1H),1.07-1.15(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H33N3O[M+H]+:计算值428.5891,实测值428.5889.
β-二甲胺17,18-不饱和5-吲唑61B和α-二甲胺17,18-不饱和5-吲唑61A
β-二甲胺17,18-不饱和5-吲唑61B：通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：9：1的EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化粗混合物，得到β-二甲胺17,18-不饱和5吲唑61B(2.5mg，70％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.05(s,1H),7.75(s,1H),7.47(ABq,JAB＝8.8Hz,Δν＝33.5Hz,2H),6.02(dd,J＝2.0,2.0Hz,1H),5.74(s,1H),5.33(dd,J＝3.4,3.4Hz,1H),2.72(dd,J＝11.2,6.8Hz,1H),2.43-2.48(m,5H),2.37-2.41(m,2H),2.26-2.35(m,8H),2.11(m,2H),2.04(d,J＝6.8Hz,1H),1.88–1.98(m,3H),1.77(m,1H),1.10(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H34N3O[M+H]+:计算值428.2702,实测值428.2653.
β-二甲胺酰胺吡啶50B的合成
向β-二甲基胺17,18-不饱和酰胺吡啶49B(ca.1.2mg)在MeOH(300μL)的溶液中加入Mg(ca.1mg)并在室温下搅拌48h。向反应混合物中加入H2O(700μL)并用EtOAc(700μL)稀释。用EtOAc(2×0.5mL)萃取水相，合并的有机相用盐水(0.5mL)洗涤，用Na2SO4干燥，并减压浓缩。通过HPLC(Eclipse XDB-C8柱，9.4mm×25cm；梯度＝0％→35％MeCN(0.1％甲酸)：H2O(0.1％甲酸)经30分钟)纯化残余物以提供β-二甲胺酰胺吡啶50B(ca.0.3mg，25％)。由于量少，只有诊断峰被分配。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.56(br.s,1H),8.37(d,J＝3.4Hz,1H),8.21(d,J＝8.3Hz,1H),7.09(br.s.,1H),5.81(s,1H),5.39-5.33(m,1H),2.78(br.s.,6H),0.83(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C27H35N3O2[M+H]+:计算值434.2802,实测值434.2815.
酞嗪6-三氟甲磺酸酯51的合成
将N-苯基-双(三氟甲烷磺酰亚胺)(1.73g，4.83mmol，1.2当量)、Et3N(0.9mL，6.04mmol，1.5当量)和DMAP(cat.)加入到6-酞嗪醇(588.4mg，4.26mmol，1.0当量)的CHCl3溶液。将混合物温热至60℃并搅拌3小时。将反应冷却至室温，用饱和NaHCO3和CH2Cl2淬灭，分离各层。水层用CH2Cl2萃取。将有机层合并，用Na2SO4干燥，减压浓缩。通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：9：1的二氯甲烷：MeOH)纯化粗混合物，得到酞嗪6-三氟甲磺酸酯51(995mg，90％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.68(d,J＝3.91Hz,2H)8.19(d,J＝8.79Hz,1H)7.96(br.s.,1H)7.84-7.89(m,1H).HRMS(ESI)(m/z)C9H6F3N2O3S[M+H]+:计算值279.2157,实测值279.2152.
酞嗪6-三甲基锡52的合成
向酞嗪6-三氟甲磺酸酯52(992毫克，3.57毫摩尔，1.0当量)的C6H6溶液中加入LiCl(907毫克，21.59毫摩尔，6.0当量)、Pd(PPh3)4(412毫克，0.3565毫摩尔，0.1当量)和(Me3Sn)2(0.78mL，3.743mmol，1.05当量)。在超声波仪中用氩气鼓泡溶液10分钟，将混合物温热至105℃并搅拌1小时。将反应冷却至室温，用乙酸乙酯稀释并用硅藻土过滤。将有机部分用饱和NaHCO3洗涤，用Na2SO4干燥，然后减压浓缩。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：1：1的EtOAc：己烷)纯化粗混合物，得到酞嗪6-三甲基锡52(656mg，63％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.54(d,J＝4.39Hz,2H)8.12(br.s.,1H)8.08(d,J＝7.81Hz,1H)7.92(d,J＝7.81Hz,1H)0.43(s,9H).HRMS(ESI)(m/z)C11H15N2Sn[M+H]+:计算值293.9602,实测值293.9601.
17,18-不饱和酞嗪53的合成
向三氟甲磺酸酯20(20mg，42.15μmol，1.0当量)的DMSO溶液中加入(三甲基甲锡烷基)酞嗪52(31mg，105.40μmol，2.0当量)、CuCl(42mg，421.50μmol，10.0当量)和LiCl(18mg，421.50mmol，10.0当量)。通过冻融方法使混合物脱氧四次，并加入Pd(PPh3)(5mg，4.22μmol，0.1当量)。将混合物加热至60℃并搅拌1小时。反应用5％NH4OH和乙酸乙酯淬灭，分离各层。水层用乙酸乙酯萃取。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：1：4→1：1→3：1的EtOAc：己烷)纯化粗混合物，得到17,18-不饱和酞嗪53(16.3mg，85％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.51(d,J＝5.0Hz,2H)8.02(d,J＝5.0Hz,1H),7.91(s,1H),7.90(d,J＝5.0Hz,1H),6.37(br.s.,1H),5.80(br.s.,1H),5.37(br.m.,1H),3.98(m,4H),2.75(m,1H),2.59-2.52(m,2H),2.50-2.42(m,3H),2.37-2.26(m,3H),2.14(d,J＝15.0Hz,1H),2.00(dd,J＝15.0,2.5Hz,1H),1.93(m,1H),1.79(m,1H),1.72-1.66(m,2H),1.16(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C29H31N2O3[M+H]+:计算值455.5680,实测值455.5679.
17,18-不饱和酰胺吡啶47的合成
向三氟甲磺酸酯20(20mg，42.1μmol，1.0当量)和3-氨基吡啶(19.8mg，210μmol，5.0当量)在DMF(1mL)中的溶液中加入三乙胺(12μL，84.3mmol，2.0当量)和Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(1.72mg，2.10mmol，0.05当量)。反应烧瓶装有CO气球，在室温下吹扫溶液5分钟。然后，将反应混合物加热至85℃并搅拌4小时。使混合物冷却至室温，加入EtOAc(3mL)和H2O。分离各层，水层用EtOAc(3×2mL)萃取，合并的有机层用盐水(3mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：10：10：1→10：10：2的己烷：EtOAc：MeOH)纯化粗混合物，得到17,18-不饱和酰胺吡啶47(17mg，89％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.57(d,J＝2.4Hz,1H),8.33(dd,J＝1.2,4.6Hz,1H),8.20(d,J＝8.3Hz,1H),7.70(s,1H),7.26(dd,J＝4.9,7.8Hz,1H),6.55(br.s.,1H),5.77(s,1H),5.36(d,J＝2.9Hz,1H),4.03-3.89(m,4H),2.63-2.56(m,2H),2.52(ddd,J＝2.9,7.3,17.1Hz,1H),2.52-2.37(m,3H),2.36-2.27(m,2H),2.20(t,J＝12.2Hz,1H),2.12(d,J＝13.2Hz,1H),1.97(dd,J＝2.2,12.9Hz,1H),1.89(td,J＝8.8,13.2Hz,1H),1.78(tdd,J＝2.4,4.8,12.8Hz,1H),1.71-1.62(m,2H),1.11(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C27H31N2O4[M+H]+:计算值447.2278,实测值447.2289.
实施例S6.合成酮的一般方法
在0℃向缩酮在THF的溶液中加入6N HCl(THF：6N HCl＝1：1,0.05M)。将混合物温热至室温并搅拌1小时。将反应用6N NaOH和乙酸乙酯淬灭，分离各层。水层用乙酸乙酯萃取。将有机层合并，用Na2SO4干燥，减压浓缩。
酮45的合成
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：15：1的二氯甲烷：MeOH)纯化粗混合物，得到酮45(8.5mg，95％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.60(s,1H),8.52(d,J＝3.9Hz,1H),7.74(br.s.,1H),7.28(dd,J＝4.4,8.3Hz,1H),5.91(s,1H),5.37(dd,J＝2.7,4.6Hz,1H),3.88(d,J＝13.7Hz,1H),3.84(d,J＝13.7Hz,1H),2.91(d,J＝14.6Hz,1H),2.82(t,J＝9.0Hz,1H),2.65(d,J＝15.1Hz,1H),2.64(dd,J＝10.3,14.6Hz,1H),2.59-2.41(m,3H),2.32-2.20(m,3H),2.19-2.07(m,3H),1.85-1.72(m,2H),1.72-1.61(m,2H),1.44(br.s.,1H),0.82(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C25H31N2O2[M+H]+:计算值391.2380,实测值391.2366.
酮54的合成
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：1：1的EtOAc：己烷)纯化粗混合物，得到酮54(8.7mg，80％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.54(d,J＝10.0Hz,2H)8.04(d,J＝10.0Hz,1H),7.93(br.s.,2H),6.40(br.s.,1H),5.95(br.s.,1H),5.47(br.m.,1H),2.95(d,J＝10.0Hz,1H),2.77(m,1H),2.71-2.62(m,2H),2.59-2.44(m,7H),2.34(t,J＝10.0Hz,1H),2.19(t,J＝10.0Hz,1H),2.00(m,1H),1.78(m,1H),1.18(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C27H27N2O2[M+H]+:计算值411.5155,实测值411.5152.
酮57的合成
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：1：1的EtOAc：己烷)纯化粗混合物，得到酮57(13.7mg，72％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.04(br.s.,1H),7.68(d,J＝10.0Hz,1H),7.48(br.s.,1H),7.27(d,J＝10.0Hz,1H),6.13(br.s.,1H),5.93(br.s.,1H),5.45(br.t.,J＝5Hz,1H),2.97(d,J＝15.0Hz,1H),2.76-2.64(m,3H),2.53-2.43(m,6H),2.40-2.34(m,2H),2.17(t,J＝10.0Hz,1H),1.98(m,1H),1.77(m,1H),1.11(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C26H27N2O2[M+H]+:计算值399.5048,实测值399.5047.
酮60的合成
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：1：1→3：1的EtOAc：己烷，用2％三乙胺缓冲)纯化粗混合物，得到酮60(3.3mg，68％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.93-10.27(br s,1H),8.06(s,1H),7.75(s,1H),7.47(ABq,JAB＝8.8Hz,Δν＝29.5Hz,2H),6.03(dd,J＝2.0,2.0Hz,1H),5.94(s,1H),5.47(dd,J＝3.9,3.9Hz,1H),2.97(d,J＝15.1Hz,1H),2.63-2.76(m,3H),2.53-2.59(m,1H),2.44-2.50(m,5H),2.35-2.42(m,2H),2.17(dd,J＝9.3,9.3Hz,1H),1.95-2.01(m,1H),1.74-1.80(m,1H),1.11(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C26H27N2O2[M+H]+:计算值399.2073,实测值399.2043.
酮22的合成
该方法参见“酮13的合成”。然后将得到的残余物通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：3：2→1：2的己烷：EtOAc)纯化，得到酮22(8.2mg，61％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(br.s.,1H),8.51(d,J＝5.4Hz,1H),7.94(s,1H),7.84-7.76(m,2H),7.63(d,J＝5.4Hz,1H),6.27(br.s.,1H),5.97(s,1H),5.50(dd,J＝2.4,4.9Hz,1H),2.98(d,J＝14.6Hz,1H),2.78(dd,J＝6.8,11.2Hz,1H),2.71(d,J＝14.6Hz,1H),2.72-2.63(m,1H),2.61(d,J＝5.4Hz,1H),2.59-2.54(m,2H),2.54-2.50(m,2H),2.50-2.42(m,2H),2.39(ddd,J＝1.5,11.0,12.9Hz,1H),2.20(ddd,J＝1.5,9.5,11.5Hz,1H),2.01(ddd,J＝7.3,8.8,12.7Hz,1H),1.79(dt,J＝7.3,11.2Hz,1H),1.18(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H28NO2[M+H]+:计算值410.2115,实测值410.2111.
酮48的合成
该方法参见“酮13的合成”。然后通过快速色谱法(硅胶，洗脱剂：20：10：3的己烷：EtOAc：2M NH3的MeOH溶液)纯化所得残余物，得到酮48(5.0mg，74％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝8.60(d,J＝2.0Hz,1H),8.37(dd,J＝1.0,4.9Hz,1H),8.24-8.20(m,1H),7.55(s,1H),7.30(dd,J＝4.9,8.3Hz,1H),6.57(br.s.,1H),5.94(s,1H),5.48(dd,J＝2.2,5.1Hz,1H),2.95(d,J＝15.1Hz,1H),2.69(d,J＝14.6Hz,1H),2.68(d,J＝12.7Hz,1H),2.66-2.61(m,2H),2.61-2.53(m,2H),2.52-2.44(m,3H),2.41(d,J＝18.1Hz,1H),2.29(ddd,J＝1.5,11.1,12.8Hz,1H),2.22-2.15(m,J＝1.5,9.4,11.1Hz,1H),1.98(ddd,J＝7.6,9.0,12.7Hz,1H),1.76(dt,J＝7.3,11.2Hz,1H),1.14(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C25H27N2O3[M+H]+:计算值403.2016,实测值403.2023.
实施例S7.合成N-氧化物的一般方法
在室温下，向胺(1.00当量)在甲醇(0.028M)的溶液中加入H2O2(32.0当量)。25小时后，加入饱和NaHCO3溶液，用二氯甲烷稀释，分离各层。用二氯甲烷萃取水层。将有机层合并，用盐水洗涤，用Na2SO4干燥并减压浓缩。
14B-N-氧化物(14BNO)的合成
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：90：9：1→80：18：2的氯仿：甲醇：5N NH4OH的水溶液)纯化粗混合物，得到N-氧化物14BNO(23.5mg，95％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.21(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.77(s,1H),7.75(d,J＝8.3Hz,1H),7.61(d,J＝5.9Hz,1H),7.57(dd,J＝1.0,8.8Hz,1H),5.76(s,1H),5.28(d,J＝2.9Hz,1H),3.44-3.36(m,1H),3.22(s,3H),3.12(t,J＝10.8Hz,1H),3.10(d,J＝1.0Hz,3H),2.47(dd,J＝8.8,11.2Hz,1H),2.44-2.29(m,5H),2.28-2.13(m,4H),2.09(ddd,J＝1.5,9.3,11.2Hz,1H),2.06-1.97(m,2H),1.94(dd,J＝5.1,17.4Hz,1H),1.85(dq,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.83-1.76(m,1H),1.72(td,J＝9.3,12.2Hz,1H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H37N2O2[M+H]+:计算值457.2850,实测值457.2842.
14A-N-氧化物(14ANO)的合成
通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：90：9：1→80：18：2的氯仿：甲醇：5N NH4OH的H2O溶液)纯化粗混合物，得到N-氧化物14ANO(3.6mg，77％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.80(s,1H),7.77(d,J＝8.8Hz,1H),7.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(d,J＝8.8Hz,1H),5.81(s,1H),5.36(d,J＝2.9Hz,1H),3.46(t,J＝12.4Hz,1H),3.24(s,3H),3.18(s,3H),3.16(t,J＝9.8Hz,1H),2.64(dd,J＝3.2,7.1Hz,1H),2.59-2.47(m,3H),2.43-2.28(m,4H),2.28-2.15(m,2H),2.09-1.99(m,2H),1.97(dd,J＝5.1,12.4Hz,1H),1.88(dq,J＝5.4,12.2Hz,1H),1.81-1.71(m,2H),1.51(dq,J＝4.1,12.3Hz,1H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H37N2O2[M+H]+:计算值457.2850,实测值457.2846.
皮质抑素A的N-氧化物的形成
皮质抑素A N-氧化物：向皮质抑素A(2mg)的乙酸乙酯(1mL)溶液中加入Aldrich硅胶DavisilTM(200目)(200mg)，将该溶液暴露于空气中搅拌1小时。过滤硅胶，浓缩滤液，得到粗皮质抑素A N-氧化物，将其进一步通过SiO2色谱法(洗脱剂：50％甲醇/乙酸乙酯)纯化，得到皮质抑素A N-氧化物(1.8mg，90％收率)。1H NMR(500MHz,CDCl3)δ9.22(s,1H),8.50(d,J＝5.8Hz,1H),7.78(s,1H),7.76(d,J＝8.8Hz,1H),7.63(d,J＝5.9Hz,1H),7.58(d,J＝8.8Hz,1H),6.28(s,1H),5.49(m,1H),4.15(d,J＝9.3Hz,1H),3.83(t,J＝9.8,9.8Hz,1H),3.31-3.36(m,1H),3.26(s,3H),3.19(s,3H),3.16(dd,J＝9.3,9.3Hz,1H),2.50(dd,J＝11.7,8.8Hz,1H),2.14-2.40(m,5H),1.97-2.07(m,3H),1.81-1.90(m,2H),1.68-1.75(m,1H),1.49-1.65(m,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H37N2O4[M+H]+:计算值489.2753,实测值489.5928.
实施例S8.C3-醇和取代的类似物的合成
β-醇17B的合成
β-醇17B：将酮13(2.00mg，4.85μmol，1.0当量)在THF(350mL)中的溶液冷却至-78℃，并加入L-selectride的THF溶液(1M，9.71μL，9.71mmol，2.0当量)。1小时后，加入饱和的NH4Cl溶液(400μL)和乙酸乙酯(300μL)，使其温热至室温。水相用乙酸乙酯(3×1mL)萃取，合并的有机相用盐水(1mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。通过制备型TLC(洗脱剂：1：1的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到β-醇17B(ca.1.2mg，60％)。
1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.26(br.s,1H),8.49(br.s,1H),7.82(s,1H),7.78(d,J＝8.2Hz,1H),7.69(br.s,1H),7.63(d,J＝7.6Hz,1H),5.75(s,1H),5.26(br.s,1H),4.36(br.s,1H),3.15(t,J＝9.7Hz,1H),2.63(t,J＝13.5Hz,1H),2.51(dd,J＝9.1,10.9Hz,1H),2.42-2.28(m,2H),2.24(t,J＝10.6Hz,1H),2.21-2.12(m,2H),2.12-1.97(m,3H),1.93(dd,J＝5.0,17.3Hz,2H),1.90-1.80(m,2H),1.79-1.58(m,3H),0.54(s,2H).HRMS(ESI)(m/z)C28H32NO2[M+H]+:计算值414.2428,实测值414.2436.
α-醇17A
将酮13(9.6mg，23.3μmol，1.00当量)在THF(750mL)中的溶液冷却至-78℃，并加入LAH在乙醚(1.0M，35.0L，35.0μmol，1.50当量)中的溶液。10分钟后，加入饱和的NH4Cl溶液(500μL)和乙酸乙酯(500μL)，使其升温至室温。水相用乙酸乙酯(3×1mL)萃取，合并的有机相用盐水(1mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。通过快速柱色谱法(硅胶，洗脱剂：1：1→1：5的己烷：EtOAc→100％EtOAc)纯化残余物，得到α-醇17A(8.5mg，88％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.47(d,J＝5.3Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.2Hz,1H),7.63(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(dd,J＝1.2,8.8Hz,1H),5.75(s,1H),5.28(d,J＝2.3Hz,1H),3.78(tt,J＝4.0,11.3Hz,1H),3.14(t,J＝10.0Hz,1H),2.51(dd,J＝8.5,11.4Hz,1H),2.40-2.33(m,2H),2.32(dt,J＝4.7,12.3Hz,1H),2.28-1.98(m,7H),1.93(dd,J＝5.0,17.3Hz,1H),1.90-1.81(m,2H),1.74-1.62(m,2H),1.40(dtd,J＝5.9,11.6,13.8Hz,1H),0.53(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H32NO2[M+H]+:计算值414.2428,实测值414.2437.
α-甲基醚64A
在室温下向α-醇17A(2.0mg，4.83mmol，1.00当量)的DMF(300mL)溶液中加入60wt％NaH(1.0mg，24.1mmol，5.00当量)并预先搅拌30分钟。使温度降至-10℃，加入MeI(2.0μL，29.0mmol，6.00当量)。2.5小时后，加入2M NaOH溶液(200μL)和乙酸乙酯(500μL)，将其升温至室温。水相用乙酸乙酯(3×1mL)萃取，合并的有机相用盐水(1mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。通过制备型TLC(洗脱剂：1：2的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到α-甲基醚64A(ca.1.2mg，58％)。1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.75(d,J＝8.8Hz,1H),7.63(d,J＝5.9Hz,1H),7.59(dd,J＝1.5,8.5Hz,1H),5.74(s,1H),5.28(d,J＝2.9Hz,1H),3.39(s,3H),3.29(tt,J＝3.5,11.4Hz,1H),3.14(t,J＝10.0Hz,1H),2.52(dd,J＝8.5,11.4Hz,1H),2.42-2.29(m,3H),2.25(t,J＝11.7Hz,1H),2.24-2.08(m,5H),2.06(td,J＝4.1,12.9Hz,1H),1.93(dd,J＝5.3,17.0Hz,1H),1.86(dq,J＝5.3,12.3Hz,1H),1.79(t,J＝12.0Hz,1H),1.75-1.61(m,2H),1.32(dtd,J＝4.7,11.5,14.0Hz,1H),0.53(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H32NO2[M+H]+:计算值428.2584,实测值428.2573.
β-甲基醚64B
反应条件与α-甲基醚64A的合成相同。通过制备型TLC(洗脱剂：1：2的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到C3β-甲基醚64B(1.2mg，58％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.22(s,1H),8.48(d,J＝5.9Hz,1H),7.79(s,1H),7.76(d,J＝8.8Hz,1H),7.63(d,J＝5.9Hz,1H),7.60(dd,J＝1.5,8.3Hz,1H),5.74-5.70(m,1H),5.25(dd,J＝2.2,5.1Hz,1H),3.75-3.69(m,1H),3.35(s,3H),3.18-3.10(m,J＝9.3Hz,1H),2.51(dd,J＝8.5,11.5Hz,1H),2.52-2.44(m,1H),2.40-2.26(m,4H),2.17(s,3H),2.14-2.08(m,1H),2.07-1.96(m,2H),1.96-1.90(m,2H),1.86(dq,J＝4.9,12.0Hz,1H),1.76-1.61(m,1H),1.55-1.45(m,1H),0.54(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H32NO2[M+H]+:计算值428.2584,实测值428.2599.
α-单甲基氨基甲酸酯68A
向α-醇17A(3.5mg，8.5μmol，1.00当量)的CH3CN(350μL)溶液中加入CDI(2.1mg，12.7μmol，1.50当量)，将反应混合物回流4小时。粗混合物在减压下浓缩，不经进一步纯化即用于下一步反应。
在室温下向粗混合物的DCM(300mL)溶液中加入MeNH2的THF(2M，50μL)溶液并搅拌14小时。粗混合物在减压下浓缩并通过制备型TLC(洗脱剂：1：1的己烷：EtOAc)纯化，得到C3α-单甲基氨基甲酸酯68A(2.4mg，2步60％)。1H NMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.28(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.87(s,1H),7.83(d,J＝8.8Hz,1H),7.75(d,J＝5.9Hz,1H),7.69(d,J＝8.8Hz,1H),5.77(s,1H),5.30(dd,J＝2.2,4.6Hz,1H),4.76(t,J＝11.7Hz,1H),4.61(br.s.,1H),3.17(t,J＝10.0Hz,1H),2.82(d,J＝4.4Hz,3H),2.53(dd,J＝8.5,11.5Hz,1H),2.38(d,J＝17.1Hz,2H),2.32(dd,J＝3.7,11.5Hz,1H),2.30-2.14(m,5H),2.13-2.01(m,2H),1.95(dd,J＝5.1,17.3Hz,1H),1.94-1.82(m,2H),1.78-1.67(m,2H),1.43(dq,J＝4.9,12.7Hz,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C30H35N2O3[M+H]+:计算值471.2642,实测值471.2631.
α-甲氧基乙基醚63A
在室温下，向α-醇17A(2.0mg，4.83μmol，1.00当量)的DMF(300mL)溶液中加入60wt％NaH(1.0mg，24.1μmol，5.00当量)并预先搅拌30分钟，然后加入MeO(CH2)2Br(1.6μL，16.6μmol，3.00当量)。36小时后，加入2M NaOH溶液(200μL)和乙酸乙酯(500μL)。水相用乙酸乙酯(3×1mL)萃取，合并的有机相用盐水(1mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。通过制备型TLC(洗脱剂：2：5的己烷：EtOAc)纯化残余物，得到C3α-甲氧基乙基醚63A(ca.0.7mg，27％)。1H NMR(600MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.9Hz,1H),7.81(s,1H),7.77(d,J＝8.3Hz,1H),7.65(d,J＝5.9Hz,1H),7.61(d,J＝8.8Hz,1H),5.75(s,1H),5.29(d,J＝2.4Hz,1H),3.74-3.63(m,2H),3.61-3.51(m,2H),3.44(tt,J＝3.9,11.7Hz,1H),3.44-3.39(s,3H),3.16(t,J＝9.8Hz,1H),2.54(dd,J＝8.5,11.5Hz,1H),2.43-2.30(m,3H),2.30-2.17(m,4H),2.17-2.02(m,3H),1.95(dd,J＝5.1,17.3Hz,1H),1.92-1.82(m,2H),1.78-1.62(m,J＝8.3Hz,2H),1.41(dtd,J＝4.1,11.9,13.5Hz,1H),0.55(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C28H32NO2[M+H]+:计算值472.2846,实测值472.2850.
实施例S9.由醇合成胺
α-二甲基乙内酰脲74A
向β-醇17B(5.0mg，12.3μmol，1.0当量)的THF(400μL)溶液中加入二甲基乙内酰脲(7.8mg，61.6μmol，5.0当量)和PPh3(9.7mg，36.9μmol，3.0当量)。将反应混合物冷却至0℃，加入DEAD(16.1μL40wt％甲苯溶液，36.9mol，3.0当量)。将反应温热至50℃并搅拌17小时。将反应混合物冷却至室温后，加入1N NaOH溶液(300μL)并将水相用乙酸乙酯(3×0.5mL)萃取，将合并的有机相用盐水(1mL)洗涤，用Na2SO4干燥，减压浓缩。通过制备型TLC(硅胶，洗脱剂：40：1的MeOH：二氯甲烷)纯化粗混合物，得到α-二甲基乙内酰脲74A(0.9mg，14％)。1HNMR(500MHz,CDCl3)位移＝9.24(s,1H),8.50(d,J＝5.4Hz,1H),7.81(s,1H),7.77(d,J＝8.8Hz,1H),7.64(d,J＝5.4Hz,1H),7.61(dd,J＝1.5,8.8Hz,1H),5.79(d,J＝1.5Hz,1H),5.32(dd,J＝2.7,5.1Hz,1H),5.18(s,1H),4.10(tdd,J＝3.2,11.3,13.1Hz,1H),3.16(dd,J＝9.3,10.7Hz,1H),2.86(t,J＝12.7Hz,1H),2.54(dd,J＝8.3,11.7Hz,1H),2.45(dd,J＝2.9,14.6Hz,1H),2.30(br.s.,6H),2.19(tq,J＝4.4,9.0Hz,1H),2.09-2.00(m,1H),1.96(dd,J＝5.4,17.6Hz,1H),1.92-1.80(m,2H),1.80-1.64(m,3H),1.42(d,J＝4.9Hz,6H),0.56(s,3H).HRMS(ESI)(m/z)C33H38N3O3[M+H]+:计算值524.2908,实测值524.2892.
II.CDK8/19抑制剂
在本文所述的任何实施方案中，除了皮质抑素之外的CDK8/19抑制剂可以与靶向选择使用本文鉴定的生物标志物治疗的患者的方法组合使用。本领域已知一系列CDK8/19抑制剂，包括但不限于以下出版物中描述的那些：Schiemann,K.et al.Discovery ofpotent and selective CDK8inhibitors from anHSP90pharmacophore.Bioorg.Med.Chem.Lett.26,1443–1451(2016)；Mallinger,A.etal.Discovery of Potent,Selective,and Orally Bioavailable Small-MoleculeModulators of the Mediator Complex-Associated Kinases CDK8andCDK19.J.Med.Chem.59,1078–1101(2016)；Koehler,M.,Bergeron,P.&Blackwood,E.M.Potent,Specific CDK8Kinase Inhibitors Lack CDK8-dependentAntiproliferative Activity in HCT-116Colon Cancer CellLine.ACSMed.Chem.Lett.(2016).doi:10.1021/acsmedchemlett.5b00278；Dale,T.etal.A selective chemical probe for exploring the role of CDK8and CDK19in humandisease.Nat.Chem.Biol.11,973–980(2015)。
以下美国专利申请提供了本领域已知的CDK8/19抑制剂的另外的非限制性实例：US2013/0217014；US2015/027953；US2004/0180848；US2004/018844；US2014/0038958；US2012/0071477；US2011/0229484；US2005/0009846；US2008/0287439；US2010/0093769；US2005/0256142；US2003/0018058；US2001/0047019；US2002/002178；US2009/0318441；US2005/0192300；US2009/0325983；US2006/0235034；US2010/0215644；US2010/00120781；US2006/0183760；US2009/0270427；US20020165259；US2006/0241297；US2004/0186288；US2006/0241112；US2006/0270687；US2006/0270687；US2004/0254094；US2003/0176699；US2006/0148824；US2003/0114672；US2009/0215805；US2009/0137572和US2007/0161635。
在一个实施方案中，CDK8/19抑制剂是Senexin的类似物。在另一个实施方案中，CDK8/19抑制剂是Selvita的类似物。
III.靶向选择适合于CDK8/19抑制剂治疗的患者
已经发现某些患有肿瘤或癌症的患者比其他患者更倾向于对皮质抑素治疗有响应，并且可以通过分析患者肿瘤或癌症中的特定生物标志物来鉴定这些患者，这将在下面详细描述。使用本领域已知的结合本文公开的方法，医疗保健提供者可以确定患者是否将成功地响应皮质抑素治疗。本发明允许将受益于皮质抑素治疗的患者确定为治疗的候选者，并且是排除不太可能响应的患者的基础。
本文所用的术语“生物标志物”是指可以在样品中检测的指示物，例如预测的、诊断的和/或预后的。生物标志物可以作为以某些分子、病理、组织学和/或临床特征为特征的疾病或病症(例如癌症)的特定亚型的指示物。在一些实施方案中，生物标志物是基因或基因的组合。在一些实施方案中，生物标志物是蛋白或蛋白组合。在其他实施方案中，生物标志物是基因和蛋白的组合。在一些实施方案中，生物标志物是由该基因表达的蛋白。生物标志物包括但不限于多核苷酸(例如DNA和/或RNA)、多肽、多肽和多核苷酸修饰(例如翻译后修饰)、碳水化合物和/或基于糖脂的分子标志物。在又一个实施方案中，生物标志物是蛋白定位，例如在某些基因座处丰富的RUNX1以确定患者响应的可能性。
A.基于受损的RUNX1途径选择患者
(RUNX1)是调控造血干细胞分化为成熟血细胞的主要造血转录因子(TF)。它有时也被称为急性髓样白血病1蛋白(AML1)或核心结合因子亚基α-2(CBFA2)。据报告，RUNX1调控造血干细胞向成熟血细胞的分化，超过35种导致RUNX1失活的突变已被确定与各种恶性肿瘤有牵连。这样的失活突变包括但不限于RUNX1点突变、涉及RUNX1基因的染色体易位和导致RUNX1蛋白的去稳定化或降解增加的突变。关于已知与癌症相关的示例性RUNX1失活突变的概述，参见例如Ito et al.,The RUNX family:developmental regulators incancer,Nature Reviews Cancer 15,81–95(2015)，例如第83页最后一段到第84页最后一段，表1和表2；和Ley et al.,Genomic and Epigenomic Landscapes of Adult De NovoAcute Myeloid Leukemia,NEJM 368:22,2059-74(2013)；其全部内容通过引用并入本文。尽管关于在癌症中RUNX1突变的知识已使得对各种恶性肿瘤的分子病理学有了深入了解，但转录因子如RUNX1的失活一直很难通过临床干预治疗或纠正。
在非造血恶性肿瘤例如乳腺癌中，也已经观察到失活RUNX1突变并且可以促成实体瘤形成(Ito et al.,The RUNX family:developmental regulators in cancer,NatureReviews Cancer 15,81–95(2015)；Ellis,M.J.et al.Whole-genome analysis informsbreast cancer response to aromatase inhibition.Nature 486,353–360(2012)；Banerji,S.et al.Sequence analysis of mutations and translocations acrossbreastcancer subtypes.Nature 486,405–409(2012))。此外，与原发性肿瘤相比，RUNX1下调在实体瘤转移中是明显的，并且其减少的表达是与转移相关的17-基因信号的一部分(Ramaswamy,S.,Ross,K.N.,Lander,E.S.&Golub,T.R.A molecular signature ofmetastasis in primary solid tumors.Nature Genet.33,49–54(2003))。
CDK8/19的抑制激活RUNX1程序的证明包括：1)皮质抑素A显著增加许多RUNX1靶基因(包括CEBPA、IRF8和NFE2)在AML细胞系中的表达，所述AML细胞系包括来自诊断为骨髓发育不良综合征(其转换成AML)的患者的MOLM-14；2)皮质抑素A诱导RUNX1募集到被皮质抑素上调的基因座，表明CDK8/19激酶活性阻断RUNX1在靶基因座的积累；和3)皮质抑素的抗增殖活性与具有受损的RUNX1靶基因表达的细胞系(包括携带RUNX1突变的那些)正相关。
通常，相比野生型(非突变)RUNX1序列，RUNX1基因中导致RUNX1活性受损的突变与RUNX1蛋白的氨基酸序列的变化相关。导致异常RUNX1蛋白的这种突变包括，例如RUNX1的蛋白编码序列中的氨基酸或氨基酸序列、移码或提前终止密码子的取代、缺失或重复，或RUNX1蛋白序列或其片段与异源蛋白或其片段的融合。这种融合通常是染色体易位的结果，导致编码RUNX1蛋白或其片段的基因组序列与编码不同蛋白或其片段的基因组序列融合。
这些和其他RUNX1-结合伴侣或RUNX1靶基因的基因、转录物和蛋白序列是本领域技术人员所熟知的。下表1中鉴定了代表性的人RUNX1结合伴侣和RUNX1靶基因。
本领域普通技术人员将能够基于上面提供的标识来鉴定RUNX1结合伴侣和RUNX1靶基因的野生型序列。
在一些实施方案中，癌症包含RUNX1-RUNX1T1易位。RUNX1-RUNX1T1易位在本领域是众所周知的。参见例如Kim et al.,Acute myeloid leukemia with a RUNX1-RUNX1T1t(1；21；8)(q21；q22；q22)novel variant:a case report and review of theliterature.Acta Haematol.125(4):237-41(2011)，其全部内容通过引用并入本文。与癌症相关的另外的RUNX1易位也是本领域技术人员已知的，例如RUNX1-ETO ETV6-RUNX1和RUNX1-EVI1易位。
在一些实施方案中，癌症在由癌症基因组编码的RUNX1蛋白中包含A142_A149dup、A142fsX170、A149fsX、A251fsX、A338fsX482、A63fsX、D160Y、D326fsX481、E223fsX、E422fsX、F411fsX482、G165R、G170fsX201、G394_L406dup、G394fsX482、G409fsX482、G439fsX482、H105_F116dup、H105fsX541、H427fsX、I114fsX117、I342fsX、K215fsX269、L112fsX117、L144fsX170、L210fsX269、L313fsX323、L382fsX482、L98fsX、N448_V452dup、P113A、P345R、P464P、P95fsX117、Q335_L339dup、Q438fsX482、R107C、R107S、R166Q、R201G、R201Q、R201X、R232W、R320X、R346fsX、R346fsX482、S141fsX、S226fsX269、S256fsX269、S322fsX323、S331fsX、S388fsX481、T148fsX170、Y355fsX或Y380fsX482突变，或它们的任何组合。根据NCBI汇编GRC37.p13(GCF_000001405.25)、注释版本105(可在国家生物技术信息中心(NCBI)网站ncbi.org访问)的登录号NC_000021.8(36160098..36421595，互补序列)，定义了人RUNX1的以上列出的突变位置和本文其他地方列出的突变位置。本领域技术人员将能够鉴定非人类个体中的同源性突变，例如通过比对人类和非人类RUNX1序列并鉴定相应的残基，如本领域常规进行的那样。此外，基于序列比对和同源残基的鉴定，本领域技术人员将能够在NCBI数据库的任何新的注释版本(例如NCBI汇编GRCh38.p2(GCF_000001405.28)、注释版本107的登录号NC_000021.9(34787801..35049310，互补))中鉴定以上列出的突变的位置。
已经发现可以使用作为CDK8/19抑制剂的皮质抑素或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物来抵抗RUNX1受损并治疗RUNX1突变的癌症和其中结合伴侣或RUNX1靶基因发生突变的癌症。CDK8和CDK19有时被称为“介体激酶”，因为它们装配在以可逆方式结合介体复合物的多蛋白复合物中。介体复合物将增强子结合的转录因子与启动子结合的RNA聚合酶II全酶连接，并且通过还不清楚的机制影响染色质结构以调节转录和基因表达。最近对来自200位AML患者的样品进行全面的全基因组测序，结果显示几乎所有推测为癌症驱动蛋白的突变都与调节基因表达有关。参见例如，Aerts,et al.,Nature(2013)499:35–36；TheCancer Genome Atlas ResearchNetwork,2013.Genomic and Epigenomic Landscapes ofAdult De NovoAcute Myeloid Leukemia.N.Engl.J.Med.368,2059–2074。因此，本公开的一些方面基于这样的认识，即介体激酶的特异性抑制，特别是CDK8和CDK19的抑制构成了破坏各种癌症中RUNX1活性受损的下游效应的新手段，特别是在血液学癌症例如AML中。
在一个实施例中，在AML中，RUNX1与其他转录因子和可能具有突变(包括CBFb，GATA1/2，PU.1和ERG)的结合伴侣一起调节转录。RUNX1受损影响这种途径。此外，AML中的其他突变可能通过RUNX1蛋白降解(MLL融合)或通过DNA甲基化(IDH2突变)的基因抑制来抑制RUNX1转录程序。因此，使用皮质抑素治疗对RUNX1受损患者的靶向选择代表了一种新的广泛有用的机制，其激活RUNX1转录程序并由此恢复更正常的造血作用，或使细胞更正常、毒性更弱或诱导成熟，并具有潜在的生长阻滞和/或凋亡。
在第二实施方案的一个方面，生物标志物与RUNX1途径直接或间接相关。例如，提供一种方法来确定患有肿瘤或癌症的患者是否可成功地用皮质抑素治疗，首先评估患者是否携带RUNX1基因的失活突变或参与RUNX1介导的转录的基因(例如但不限于GATA1、GATA2、C/EBPα、FLI1、FOG1、ETS1、PU.1、ERG和CBFα)的失活突变。RUNX1抑制(部分或完全)可以通过单等位基因失活突变或转位至RUNX1-RUNX1T1(也称为AML1-ETO)来表现，其阻断野生型RUNX1DNA缔合和转录。
在一些实施方案中，本文提供的诊断或治疗方法包括检测RUNX1、RUNX1结合伴侣和/或RUNX1靶基因的RUNX1的表达水平，并将其与参照水平比较，以确定癌症是否表现出受损的RUNX1活性，其中RUNX1靶基因是ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5的一种或它们的组合。在一些实施方案中，RUNX1靶基因是BCL2、CCNA1、CD44、C/EBPα、CBFβ、CSF1、CXCL10、CXCR4、ETS1、ETS2、FLI1、FOG1、FCER1A、GATA1、GATA2、GFI1B、HEB、IRF1、IRF8、JAG1、LMO2、LTB、NFE2、NOTCH2、PU.1、SLA、SOCS1、TAL1和TNF的一种或它们的组合。
在某些实施方案中，RUNX1受损的肿瘤或癌症是急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性髓性白血病、B细胞急性淋巴母细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病或多发性骨髓瘤(MM)。
在另一个实施方案中，可以使用本发明治疗诊断为骨髓增生异常综合征(MDS)的患者。驱动MDS表型的许多复发性体细胞突变存在于调节转录的转录因子和表观遗传靶标中。RUNX1是10-20％MDS患者中突变的造血细胞的转录因子和主要调节因子，使其成为MDS中最常见的突变基因。RUNX1中的突变减弱了驱动分化的靶基因的表达，并且这种效应预示了继发性AML(sAML)转换的较高风险和较短时间。已经发现抑制CDK8/19增加了RUNX1-靶基因的表达，因此本发明可以是治疗具有RUNX1突变和抑制该关键分化程序的其他突变的MDS患者的有效治疗方法。
已知例如由于RUNX1基因的功能丧失突变而导致的RUNX1活性受损与各种形式的癌症有关，例如包括各种类型的白血病。由于RUNX1是一种激活转录因子，并且没有补偿由RUNX1介导的转录活化丧失的策略可用，所以不存在抵消RUNX1活性受损的临床干预。本公开的一些方面基于一组RUNX1结合伴侣和靶基因的鉴定。本公开的一些方面基于这样的认识，即通过施用某些化合物(例如CDK8/19抑制剂和/或皮质抑素或其皮质抑素类似物)来调节RUNX1结合伴侣和靶基因的表达或活性，这些化合物单独或与本文提供的其他化合物组合构成抵消RUNX1活性受损的有效策略，例如用于治疗携带表现出RUNX1活性受损的癌症的个体。
因此，本公开提供了用于治疗表现出RUNX1活性受损的癌症的方法、组合物和试剂盒。此外，本公开还提供了用于确定个体中的癌症是否对用本文提供的化合物和组合物治疗敏感的方法，以及用于基于这样的确定根据本文提供的任何治疗方法和策略选择用于治疗的患者的方法。
本领域技术人员将理解，本公开不限于导致RUNX1活性受损的RUNX1突变。关于导致RUNX1活性受损的RUNX1突变的综述，参见例如Ito et al.,The RUNX family:developmental regulators in cancer,Nature Reviews Cancer 15,81–95(2015)，例如第83页最后一段到第84页最后一段及表1和2；Ley et al.,Genomic and EpigenomicLandscapes of Adult De Novo Acute Myeloid Leukemia,NEJM 368:22,2059-74(2013)；Gelsi-Boyer et al.,Genome profiling of chronicmyelomonocytic leukemia:frequent alterations of RAS and RUNX1genes.BMC Cancer 8,299(2008)；和Kuo etal.,RUNX1mutations are frequent in chronic myelomonocytic leukemia andmutations at the C-terminal region can predict acute myeloid leukemiatransformation.Leukemia 23,1426-1431(2009)；其每一个的全部内容通过引用并入本文。
B.基于除RUNX以外的生物标志物选择患者
在本发明的另一个实施方案中，用于预测患有肿瘤或癌症的患者对皮质抑素治疗的响应的方法包括以下步骤：从患者获得肿瘤或癌症样品；检测来自患者的生物样品中一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性，VHL的功能丧失突变(VHL阴性)，HER2过表达，EGFR突变，MET突变，神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1，STAT1-pS727，STAT1或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；确定表达水平或表达量是否高于或低于在对应的正常细胞中发现的表达水平或表达量，例如高于或低于与患者的临床获益的增加或降低相关的特定量；然后任选地用有效量的CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐、氧化物或其药学上可接受的盐治疗患者。在另一个实施方案中，将观察到的基因表达与对照组样品中的相同基因的表达比较，所述对照组样品包括代表性数量的对CDK8/19抑制剂有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对CDK8/19抑制剂没有或有较差响应的患者，以确定患者是否倾向于对皮质抑素治疗有响应。如果患者的生物标志物表明了，然后医疗保健提供者可以假设患者更倾向于对治疗响应。
在一个实施方案中，神经母细胞瘤由于RUNX1转录程序的激活还对CDK8/19抑制剂敏感。参见Inoue,K.-I.&Ito,Y.Neuroblastoma cell proliferation is sensitive tochanges in levels of RUNX1 and RUNX3 protein.Gene 487,151–155(2011)。
具有异常的STAT1或STAT1-pS727水平的肿瘤和癌症的实例包括在Timofeeva,O.A.et al.Serine-phosphorylated STAT1is aprosurvival factor in Wilms'tumorpathogenesis.Oncogene 25,7555–7564(2006)；Liu,W.,Zhang,L.&Wu,R.Differentialexpression of STAT1and IFN-γin primary and invasive or metastatic wilmstumors.J.Surg.Oncol.108,152–156(2013)；Arzt,L.,Kothmaier,H.,Halbwedl,I.,Quehenberger,F.&Popper,H.H.Signal transducer and activator of transcription 1(STAT1)acts like an oncogene in malignant pleural mesothelioma.Virchows Arch465,79–88(2014)中描述的那些。在一个实施方案中，与STAT1或STAT1-pS727生物标志物相关的肿瘤或癌症是间皮瘤和转移性维尔姆斯瘤。
IV.诊断和试剂盒
从包含癌症或肿瘤细胞的个体获得细胞或组织样品的方法是本领域技术人员熟知的。这样的方法通常包括从个体获得肿瘤活组织检查，例如包含来自实体瘤的癌细胞的组织活检或包含来自液体肿瘤的肿瘤细胞的体液活组织检查。本领域技术人员将根据个体所携带的癌症类型知晓个体中癌细胞的合适来源。例如，在一些实施方案中，癌症是白血病，癌细胞是骨髓细胞、外周血细胞或造血干细胞。在一些这样的实施方案中，该方法包括从包含白血病细胞的个体获得血液或骨髓样品。
在一个实施方案中，本文提供的诊断方法确定个体中的癌症是否与RUNX1活性受损相关或表现出受损的RUNX1活性。这种受损的RUNX1活性可以通过不同的方式检测到。例如，在一些实施方案中，通过检测RUNX1基因中已经报告与RUNX1活性受损相关的突变，检测RUNX1活性受损。在一些实施方案中，通过测量从个体获得的癌细胞中的RUNX1基因产物的表达水平，例如RUNX1转录物、mRNA或蛋白水平，并将测量的水平与在相同或相似细胞类型的健康细胞中测量或预期的参照水平进行比较来检测受损的RUNX1活性。在一些实施方案中，如果癌细胞中测量的RUNX1表达水平与健康细胞中的RUNX1表达水平相比降低超过25％、超过30％、超过40％、超过50％、超过60％、超过70％、超过80％、超过90％、超过95％或超过98％，则检测到RUNX1活性受损。在没有相反说明的情况下，如果在癌细胞中测量的RUNX1表达水平与在健康细胞中RUNX1表达水平相比降低超过25％，则检测到RUNX1活性受损。
在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括通过检测导致RUNX1活性受损的癌症基因组中的突变来确定个体中的癌症是否与RUNX1活性受损相关或表现出受损的RUNX1活性。之前已经报告了许多导致RUNX1活性受损的突变。此类突变包括但不限于Gaidzik etal.,RUNX1mutations in acute myeloid leukemia:results from a comprehensivegenetic and clinical analysis from the AML study group.J Clin Oncol.29(10):1364-72(2011)的附录表A2中公开的那些突变；其全部内容通过引用并入本文。在一些实施方案中，所述方法包括检测编码RUNX1蛋白的基因中的突变，例如RUNX1基因中的突变。在一些实施方案中，所述方法包括检测与野生型RUNX1序列相比导致RUNX1蛋白的氨基酸序列改变的突变。在一些实施方案中，所述方法包括检测导致RUNX1的蛋白编码序列中的氨基酸或氨基酸序列、移码片段或提前终止密码子的取代、缺失或重复的突变。在一些实施方案中，突变是导致异常RUNX1蛋白的易位。在一些实施方案中，突变导致RUNX1蛋白片段的缺失。在一些实施方案中，突变导致编码RUNX1蛋白或其片段的基因组序列与编码不同蛋白或其片段的基因组序列的融合。在一些实施方案中，突变导致编码RUNX1靶蛋白或其片段的基因组序列与编码不同蛋白或其片段的基因组序列的融合。在一些实施方案中，突变是RUNX1-RUNX1T1易位。在一些实施方案中，突变是A142_A149dup、A142fsX170、A149fsX、A251fsX、A338fsX482、A63fsX、D160Y、D326fsX481、E223fsX、E422fsX、F411fsX482、G165R、G170fsX201、G394_L406dup、G394fsX482、G409fsX482、G439fsX482、H105_F116dup、H105fsX541、H427fsX、I114fsX117、I342fsX、K215fsX269、L112fsX117、L144fsX170、L210fsX269、L313fsX323、L382fsX482、L98fsX、N448_V452dup、P113A、P345R、P464P、P95fsX117、Q335_L339dup、Q438fsX482、R107C、R107S、R166Q、R201G、R201Q、R201X、R232W、R320X、R346fsX、R346fsX482、S141fsX、S226fsX269、S256fsX269、S322fsX323、S331fsX、S388fsX481、T148fsX170、Y355fsX或Y380fsX482突变，或它们的任何组合。根据登录号cDNANC_000021.8(可在国家生物技术信息中心(NCBI)网站ncbi.org访问)定义突变的位置。基于本公开和本领域的知识，导致RUNX1活性受损的另外的突变对于本领域技术人员将是显而易见的。本公开在这方面不受限制。
在一些实施方案中，本文提供的诊断方法包括通过检测编码RUNX1结合伴侣的基因或RUNX1靶基因中的突变来确定个体中的癌症是否与RUNX1活性受损相关或表现出受损的RUNX1活性。例如，在一些实施方案中，编码RUNX1结合伴侣的基因或RUNX1靶基因是C/EBPα、CBFβ、ETS1、FLI1、FOG1、GATA1、GATA2、PU.1、TAL1、LMO2或HEB。在一些实施方案中，所述方法包括通过检测癌症中的MLL-AF9易位、MLL-AF4易位、Bcr-Abl融合或JAK2V617F突变来确定个体中的癌症是否与RUNX1活性受损或表现出受损的RUNX1活性。
在一些实施方案中，所述方法包括检测RUNX1、RUNX1结合伴侣和/或RUNX1靶基因的表达水平，并将其与参照水平进行比较，以确定癌症是否表现出RUNX1活性受损。在一些实施方案中，RUNX1靶基因选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5。在一些实施方案中，RUNX1靶基因选自由以下组成的组：BCL2、CCNA1、CD44、C/EBPα、CBFβ、CSF1、CXCL10、CXCR4、ETS1、ETS2、FLI1、FOG1、FCER1A、GATA1、GATA2、GFI1B、HEB、IRF1、IRF8、JAG1、LMO2、LTB、NFE2、NOTCH2、PU.1、SLA、SOCS1、TAL1和TNF。
在一些实施方案中，癌症包含MLL-AF9易位、MLL-AF4易位、Bcr-Abl融合或JAK2V617F突变。关于这些易位的综述，参见例如Horton et al.,MLL–AF9-mediatedimmortalization of human hematopoietic cells along different lineages changesduring ontogeny.Leukemia 27(5):1116-26(2013)；Bueno et al.,Insights into thecellular origin and etiology of the infant pro-B acute lymphoblastic leukemiawith MLL-AF4rearrangement.Leukemia.25(3):400-10(2011)；Press et al.,BCR-ABL1RT-qPCR for monitoring the molecular response to tyrosine kinaseinhibitors in chronic myeloid leukemia.J Mol Diagn.15(5):565-76(2013)；和Mataet al.,JAK2as a molecular marker in myeloproliferative diseases.CardiovascHematol Agents Med Chem.5(3):198-203(2007)，其全部内容通过引用并入本文。
在一些实施方案中，检测RUNX1活性受损或RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的活性受损包括获得关于RUNX1基因、编码RUNX1结合伴侣的基因或靶基因中是否存在或缺乏一个或多个突变和/或由这种基因编码的基因产物的表达水平的增加或降低的信息。在一些实施方案中，此类方法可以包括从个体获得癌细胞，以评估RUNX1、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的基因组或表达状态。在一些实施方案中，这样的方法包括获得来自包含癌细胞的个体的组织或体液的活组织检查，例如肿瘤活组织检查或血液或骨髓活组织检查。在一些实施方案中，包含在活检样品中的癌细胞然后经受适于检测RUNX1、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的突变或基因表达水平的测定。在一些实施方案中，活组织检查可以包括正常细胞或不希望的组织类型的细胞。例如，外周血或骨髓样品可以包括通常不参与血液学癌症例如白血病的病理学的细胞。在一些实施方案中，处理活检样品以富集癌细胞或经常与癌症病理学相关的细胞(例如造血干细胞)，或者耗尽通常不参与癌发生的细胞，如分化的细胞。从个体获得的样品中富集和消耗细胞的方法是本领域技术人员熟知的。
在其他实施方案中，将活检样品进行检测测定而不富集或消耗特定细胞或细胞类型。
本领域的普通技术人员将能够通过对这些样品进行本领域公知的合适测定来检测来自个体的活检样品中的RUNX1或RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的突变和/或表达水平。为了检测编码基因中的突变，这种测定通常包括从癌细胞获得基因组序列信息。在一些实施方案中，检测方法包括测定，所述测定包括扩增靶序列，例如编码RUNX1或RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的基因组序列，对扩增的靶序列测序，并将获得的序列信息与野生型序列比较以确定是否存在一个或多个突变。
本文使用的术语“表达水平”是指关于细胞或组织中一种或多种基因产物(例如，mRNA、蛋白或其组合)的水平的信息。在一些实施方案中，如本文所述的一种或多种基因突变的检测和/或表达水平的降低可以基于一种或多种测量或测定，例如单一基因表达的定量或半定量值，例如，反映从检测基因产物(例如由RUNX1基因、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因编码的蛋白或核酸转录物)丰度的定量或半定量测定获得的信号。用于检测基因表达产物的合适测定法是本领域技术人员熟知的，包括例如western印迹、ELISA、RT-PCR(例如，终点RT-PCR、实时PCR或qPCR)、蛋白或核酸微阵列以及大规模平行测序分析。然而，基于杂交、特异性结合(例如抗体结合)或任何其他技术，可以使用任何合适的测定法，因为本发明的方面在此不受限制。
在一些实施方案中，如本文所述的一个或多个基因突变的存在和/或表达水平的降低可涉及多个数据点，例如表达的定量或半定量值和/或序列或突变数据点。在一些实施方案中，可以在活组织检查样品中评估一个或多个基因突变的存在和/或本文所述的表达水平的增加或降低。本文所述用于检测或产生一个或多个基因突变的数据和/或表达水平增加或降低的方法是本领域技术人员熟知的，并且包括例如Southern印迹、western印迹、ELISA、Northern印迹、反向Northern印迹、RT-PCR(例如终点RT-PCR、实时PCR或qPCR)、PCR、ddPCR(例如液滴数字PCR)、微阵列(用于蛋白或转录物检测)、SNP分析、PCR、杂交分析、序列分析等或它们的任何组合(对于示例性的检测方法，参见Sambrook et al.,MolecularCloning:A Laboratory Manual,Third Edition(3Volume Set),Cold Spring HarborLaboratory Press；3rd edition(January 15,2001),ISBN-10:0879695773；Robert Grützmann(Editor),Christian Pilarsky(Editor),Cancer Gene Profiling:Methods andProtocols(Methods in Molecular Biology),Humana Press；1st edition(November 6,2009),ISBN-10:1934115762，两者都通过引用并入本文用于公开确定基因产物检测和表达分析方法)。
在一些实施方案中，定量表达值是反映起始样品(例如肿瘤细胞或组织样品)中的基因转录物丰度的值。在一些实施方案中，半定量表达值是反映起始样品中的基因转录物丰度相对于对照或参照量的值，对照或参照量例如在健康细胞中或从健康个体获得同样类型的细胞中测量或预期的量。计算半定量表达值的方法是本领域技术人员所熟知的。用于产生半定量表达值的合适对照或参照量是本领域技术人员熟知的，并且包括例如持家基因(例如β-肌动蛋白或GAPDH)的表达值、外部对照(例如掺入通常在待分析的细胞中不表达的RNA或DNA对照)、总体表达值(例如从细胞加在一起获得的所有表达值)或历史或经验值。
在一些实施方案中，对样品确定的RUNX1、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因(例如，RNA和/或蛋白)的表达水平与参考表达水平进行比较。在一些实施方案中，参照是指示正常表达水平的标准。在一些实施方案中，参照是指示缺陷表达水平的标准(处于或低于参照的任何测试水平将指示RUNX1、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的活性受损)。在一些实施方案中，参照水平通过确定正常或健康组织中的RUNX1、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的表达水平来获得。在一些实施方案中，参照水平是通过测定从获得测试样品的相同个体获得的参照样品中RUNX1、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因(例如，不包含恶性细胞的样品)来确定。参照样品可以作为测试样品从相同组织的不同区域或从个体身体的不同区域获得。
在一些实施方案中，对个体或从个体获得的活检组织或其他生物样品进行评估以确定是否是存在RUNX1的活性或RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的活性的受损，例如，检测为编码RUNX1基因、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的突变(例如，缺失，功能损失，移码，倒位，易位，或其他突变)或为RUNX1、RUNX1结合伴侣或RUNX1靶基因的表达水平降低。应当理解，任何本文中描述的遗传和/或表达的信息可以单独使用或组合使用，具有或不具有额外的患者信息以辅助预后、治疗建议或健康的其他诊断或预测评价、结果和/或对患者的治疗。
V.方法和药物组合物
本发明包括首先通过确定患者是否具有本文指定的生物标志物异常水平来评估需要肿瘤或癌症治疗的患者，然后如果结果有保证，则用皮质抑素或CDK8/19抑制剂疗法治疗患者。
皮质抑素或其他CDK8/19抑制剂可以作为纯净化学品给药，但是更典型地以药物组合物给药，其包括对于需要这种治疗的宿主(通常为人)有效量的选定的皮质抑素或CDK8/19抑制剂，如本文所述。因此，本公开提供了用于本文所述的所有用途的药物组合物，其包含有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐以及至少一种药学上可接受的载体。药物组合物可以含有皮质抑素作为唯一的活性剂，或者在一个替代实施方案中，药物组合物可以含有该化合物和至少一种其他活性剂。在某些实施方案中，药物组合物为含有约0.1mg至约2000mg，约10mg至约1000mg，约5mg至约200mg或约5mg至约100mg的活性化合物和任选地合适剂量的其他活性剂的剂型。实例是具有至少5、10、15、25、50、75、100、200、250、300、400、500、600、700或750mg活性化合物的剂型。皮质抑素或CDK8/19抑制剂可以含有常规药学上可接受的载体的剂量单位制剂口服、局部、肠胃外、通过吸入或喷雾、舌下、经由植入物包括眼植入物、透皮、经颊施用、直肠、作为眼用溶液、注射、静脉内、主动脉内、颅内、皮下、腹膜内、皮下、经鼻、舌下或直肠或通过其他方式施用。
在一些实施方案中，本公开提供了包含皮质抑素或CDK8/19抑制剂例如式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)或(G1″)的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物的组合物，用于施用于患有表现出RUNX1活性受损的癌症或肿瘤的个体。在一些实施方案中，组合物包含CDK8/19抑制剂。在一些实施方案中，组合物还包含Jak1/2抑制剂。
虽然本文提供的药物组合物的描述主要涉及适合于对人施用的药物组合物，但是本领域技术人员将理解，这样的组合物通常也适合施用于动物。如果需要的话，为了使组合物适于施用于各种动物，对适于施用于人的药物组合物进行改变是很好理解的，并且本领域普通技术人员如果需要仅使用普通的实验即能够设计和执行这样的改变。预期施用药物组合物的个体包括但不限于人类和/或其他灵长类；哺乳动物，例如牛、猪、马、绵羊、猫、狗、啮齿动物、小鼠、仓鼠和/或大鼠；鸟类、例如鸡、鸭、鹅和火鸡。
本文所述的药物组合物的制剂可以通过药理学领域已知的或今后开发的任何方法来制备。通常，这样的制备方法包括使活性成分与赋形剂和/或一种或多种其他辅助成分缔合的步骤，然后如果需要和/或期望，将产品成形和/或包装成期望的单剂量或多剂量单位。
根据本发明的药物组合物可以作为单个单一单位剂量和/或作为多个单一单位剂量制备、包装和/或散装销售。如本文所用，“单位剂量”是包含预定量的活性成分的药物组合物的离散量。活性成分的量通常等于将会被施用于个体的活性成分的剂量和/或该剂量的便利部分，例如该剂量的一半或三分。
盐可以由无机酸硫酸盐、焦硫酸盐、硫酸氢盐、亚硫酸盐、亚硫酸氢盐、硝酸盐、磷酸盐、磷酸一氢盐、磷酸二氢盐、偏磷酸盐、焦磷酸盐、氯化物、溴化物、碘化物如盐酸、硝酸、磷酸、硫酸、氢溴酸、氢碘酸、磷酸等制备。代表性的盐包括氢溴酸盐、盐酸盐、硫酸盐、硫酸氢盐、硝酸盐、乙酸盐、草酸盐、戊酸盐、油酸盐、棕榈酸盐、硬脂酸盐、月桂酸盐、硼酸盐、苯甲酸盐、乳酸盐、磷酸盐、甲苯磺酸盐、柠檬酸盐、马来酸盐、富马酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、萘甲磺酸盐、葡庚糖酸盐、乳糖酸盐、月桂基磺酸盐和羟乙基磺酸盐等。盐也可以由有机酸如脂族单羧酸和脂族二羧酸、苯基取代的链烷酸、羟基链烷酸、链烷二酸、芳族酸、脂族和芳族磺酸等制备。代表性的盐包括乙酸盐，丙酸盐，辛酸盐，异丁酸盐，草酸盐，丙二酸盐，琥珀酸盐、辛二酸盐、癸二酸盐、富马酸盐、马来酸盐、扁桃酸盐、苯甲酸盐、氯苯甲酸盐、甲基苯甲酸盐、二硝基苯甲酸盐、邻苯二甲酸盐、苯磺酸盐、甲苯磺酸盐、苯乙酸盐、柠檬酸盐、乳酸盐、马来酸盐、酒石酸盐、甲磺酸盐等。药学上可接受的盐可以包括基于碱金属和碱土金属如钠、锂、钾、钙、镁等的阳离子以及无毒的铵、季铵和胺阳离子，包括但不限于铵、四甲基铵、四乙基铵、甲胺、二甲胺、三甲胺、三乙胺、乙胺等。还考虑了氨基酸的盐，例如精氨酸盐、葡糖酸盐、半乳糖醛酸盐等。参见，例如Berge et al.,J.Pharm.Sci.,1977,66,1-19，其通过引用并入本文。
根据本发明的药物组合物中活性成分、药学上可接受的赋形剂和/或任何其它成分的相对量将根据所治疗的个体的身份、大小和/或病症而变化，并且进一步取决于组合物将要施用的途径。举例来说，组合物可以包含0.1％至100％(w/w)的活性成分，例如CDK8/19抑制剂或皮质抑素或其皮质抑素类似物，如式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)或(G1″)的化合物或其药学上可接受的盐、季胺盐或N-氧化物，以及任选地任何其他活性成分例如JAK1/2抑制剂。在一些实施方案中，组合物包含0.1％至1％、1％至10％、10％至20％、20％至30％、30％至40％、40％至50％、50％至60％、60％至70％、70％至80％、80％至90％或90％至100％(w/w)之间的活性成分，更一般地为0.1％至100％(w/w)的活性成分。
本文所提供的药物制剂可另外包含药学上可接受的赋形剂，如本文所用，适合于所需的特定剂型，其包括任何和所有溶剂、分散介质、稀释剂或其他液体介质、分散或悬浮助剂、表面活性剂、等渗剂、增稠或乳化剂、防腐剂、固体粘合剂、润滑剂等。Remington'sThe Science and Practice of Pharmacy，第21版，A.R.Gennaro(Lippincott，Williams&Wilkins,Baltimore,MD,2006；通过引用并入本文)公开了用于配制药物组合物的各种赋形剂以及制备其的已知技术。除了任何常规的赋形剂介质与物质或其衍生物不相容，例如通过产生任何不希望的生物效应或以有害的方式与药物组合物的任何其他组分相互作用之外，其应用被认为是在本发明的范围。
在一些实施方案中，赋形剂是已经例如由美国食品和药物管理局批准用于人类和兽医用途的赋形剂。在一些实施方案中，赋形剂符合美国药典(USP)、欧洲药典(EP)、英国药典和/或国际药典的标准。
用于制备药物组合物的药学上可接受的赋形剂包括但不限于惰性稀释剂、分散剂和/或制粒剂、表面活性剂和/或乳化剂、崩解剂、粘合剂、防腐剂、缓冲剂、润滑剂和/或油。这样的赋形剂可以任选地包含在药物制剂中。根据配制者的判断，赋形剂如可可脂和栓剂蜡、着色剂、包衣剂、甜味剂、调味剂和/或芳香剂可以存在于组合物中。
示例性的稀释剂包括但不限于碳酸钙、碳酸钠、磷酸钙、磷酸二钙、硫酸钙、磷酸氢钙、磷酸钠、乳糖、蔗糖、纤维素、微晶纤维素、高岭土、甘露醇、山梨糖醇、肌醇、氯化钠、干淀粉、玉米淀粉、糖粉等，和/或它们的组合。
示例性的制粒剂和/或分散剂包括但不限于马铃薯淀粉、玉米淀粉、木薯淀粉、羟基乙酸淀粉钠、粘土、海藻酸、瓜尔胶、柑橘果肉、琼脂、膨润土、纤维素和木制品、天然海绵、阳离子交换树脂、碳酸钙、硅酸盐、碳酸钠、交联聚乙烯吡咯烷酮(交聚维酮)、羧甲基淀粉钠(羟乙酸淀粉钠)、羧甲基纤维素、交联羧甲基纤维素钠(交联羧甲基纤维素)、甲基纤维素、预胶化淀粉(淀粉1500)、微晶淀粉、水不溶性淀粉、羧甲基纤维素钙、硅酸镁铝(Veegum)、十二烷基硫酸钠、季铵化合物等，和/或它们的组合。
示例性的表面活性剂和/或乳化剂包括但不限于天然乳化剂(例如阿拉伯胶、琼脂、海藻酸、海藻酸钠、黄蓍胶、软骨藻(chondrux)、胆固醇、黄原胶、果胶、明胶、蛋黄、酪蛋白、羊毛脂、胆固醇、蜡和卵磷脂)、胶体粘土(例如膨润土[硅酸铝]和[硅酸镁铝])、长链氨基酸衍生物、高分子量醇(例如硬脂醇、鲸蜡醇、油醇、单硬脂酸甘油三酯、乙二醇二硬脂酸酯、单硬脂酸甘油酯、丙二醇单硬脂酸酯、聚乙烯醇)、卡波姆(例如羧基聚甲烯、聚丙烯酸、丙烯酸聚合物和羧基乙烯基聚合物)、角叉菜胶、纤维素衍生物(例如羧甲基纤维素钠、粉状纤维素、羟甲基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、甲基纤维素)、山梨糖醇脂肪酸酯(例如聚氧乙烯山梨聚糖单月桂酸酯聚氧乙烯山梨聚糖聚氧乙烯山梨聚糖单油酸酯山梨聚糖单棕榈酸酯山梨聚糖单硬脂酸酯山梨聚糖三硬脂酸酯单油酸甘油酯、山梨聚糖单油酸酯聚氧乙烯酯(例如、聚氧乙烯单硬脂酸酯聚氧乙烯氢化蓖麻油、聚乙氧基化蓖麻油、聚氧亚甲基硬脂酸酯和)、蔗糖脂肪酸酯、聚乙二醇脂肪酸酯(例如)、聚氧乙烯醚(例如聚氧乙烯月桂基醚聚乙烯基吡咯烷酮、二乙二醇单月桂酸酯、三乙醇胺油酸酯、油酸钠、油酸钾、油酸乙酯、油酸、月桂酸乙酯、月桂基硫酸钠、68、西曲溴铵、西吡氯铵、苯扎氯铵、多库酯钠等，和/或它们的组合。
示例性的粘合剂包括但不限于淀粉(例如玉米淀粉和淀粉糊)；明胶；糖类(例如蔗糖、葡萄糖、右旋糖、糊精、糖蜜、乳糖、乳糖醇、甘露糖醇)；天然和合成树胶(例如阿拉伯胶、海藻酸钠、爱尔兰苔藓的提取物、panwar胶、印度树胶、isapol皮的粘液、羧甲基纤维素、甲基纤维素、乙基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、微晶纤维素、乙酸纤维素、聚(乙烯基吡咯烷酮)、硅酸镁铝和落叶松阿拉伯半乳聚糖)；藻酸盐；聚环氧乙烷；聚乙二醇；无机钙盐；硅酸；聚甲基丙烯酸酯；蜡；水；醇等；及它们的组合。
示例性的防腐剂可以包括但不限于抗氧化剂、螯合剂、抗微生物防腐剂、抗真菌防腐剂、醇防腐剂、酸性防腐剂和/或其他防腐剂。示例性的抗氧化剂包括但不限于α-生育酚、抗坏血酸、抗坏血酸棕榈酸酯、丁基化羟基茴香醚、丁基化羟基甲苯、单硫代甘油、偏亚硫酸氢钾、丙酸、没食子酸丙酯、抗坏血酸钠、亚硫酸氢钠、焦亚硫酸钠和/亚硫酸钠。示例性的螯合剂包括乙二胺四乙酸(EDTA)、柠檬酸一水合物、依地酸二钠、依地酸二钾、依地酸、富马酸、苹果酸、磷酸、依地酸钠、酒石酸和/或依地酸三钠。示例性的抗微生物防腐剂包括但不限于苯扎氯铵、苄索氯铵、苯甲醇、溴硝丙二醇、溴化十六烷基甲胺、氯化十六烷基吡啶、氯己定、氯丁醇、氯甲酚、氯二甲苯酚、甲酚、乙醇、甘油、海克替啶、咪脲、苯酚、苯氧乙醇、苯乙醇、硝酸苯汞、丙二醇和/或硫柳汞。示例性的抗真菌防腐剂包括但不限于对羟基苯甲酸丁酯、对羟基苯甲酸甲酯、对羟基苯甲酸乙酯、对羟基苯甲酸丙酯、苯甲酸、羟基苯甲酸、苯甲酸钾、山梨酸钾、苯甲酸钠、丙酸钠和/或山梨酸。示例性的醇防腐剂包括但不限于乙醇、聚乙二醇、苯酚、酚类化合物、双酚、氯丁醇、羟基苯甲酸酯和/或苯乙醇。示例性的酸性防腐剂包括但不限于维生素A、维生素C、维生素E、β-胡萝卜素、柠檬酸、乙酸、脱氢乙酸、抗坏血酸、山梨酸和/或植酸。其他防腐剂包括但不限于生育酚、生育酚乙酸酯、甲磺酸去甲肟、溴棕三甲铵、丁基化羟基茴香醚(BHA)、丁羟甲苯(BHT)、乙二胺、十二烷基硫酸钠(SLS)、十二烷基醚硫酸钠(SLES)、亚硫酸氢钠、焦亚硫酸钠、亚硫酸钾、焦亚硫酸钾、Glydant对羟基苯甲酸甲酯、NeoloneTM、KathonTM和/或
示例性的缓冲剂包括但不限于柠檬酸盐缓冲溶液、乙酸盐缓冲溶液、磷酸盐缓冲溶液、氯化铵、碳酸钙、氯化钙、柠檬酸钙、葡乳醛酸钙、葡庚糖酸钙、葡萄糖酸钙、d-葡萄糖酸、甘油磷酸钙、乳酸钙、丙酸、乙酰丙酸钙、戊酸、磷酸氢钙、磷酸、磷酸三钙、羟基磷酸钙、醋酸钾、氯化钾、葡萄糖酸钾、钾混合物、磷酸氢钾、磷酸二氢钾、磷酸钾混合物、乙酸钠、碳酸氢钠、氯化钠、柠檬酸钠、乳酸钠、磷酸氢钠、磷酸二氢钠、磷酸钠混合物、氨丁三醇、氢氧化镁、氢氧化铝、海藻酸、无热原水、等渗盐水、林格氏液、乙醇等、和/或它们的组合。
示例性的润滑剂包括但不限于硬脂酸镁、硬脂酸钙、硬脂酸、二氧化硅、滑石、麦芽、山嵛酸甘油酯、氢化植物油、聚乙二醇、苯甲酸钠、乙酸钠、氯化钠、亮氨酸、月桂基硫酸镁、十二烷基硫酸钠等、以及它们的组合。
示例性的油包括但不限于扁桃仁、杏仁、鳄梨、巴巴苏、佛手柑、黑潮籽、琉璃苣、杜松、甘菊、卡诺拉油菜、香菜、巴西棕榈、蓖麻、肉桂、可可脂、椰子、鱼肝、咖啡、玉米、棉籽、鸸鹋、桉树、月见草、鱼、亚麻籽、香叶醇、葫芦、葡萄籽、榛子、海索草、肉豆蔻酸异丙酯、荷荷巴油、夏威夷核果、醒目薰衣草、薰衣草、柠檬、山苍子、澳大利亚坚果、锦葵、芒果籽、白芒花籽、水貂、肉豆蔻、橄榄、橙、橘棘鲷、棕榈、棕榈仁、桃仁、花生、罂粟籽、南瓜籽、油菜籽、米糠、迷迭香、红花、檀香、sasquana、香薄荷、沙棘、芝麻、牛油树脂、硅树脂、大豆、向日葵、茶树、蓟、椿树、香根草、胡桃和小麦胚芽油。示例性的油包括但不限于硬脂酸丁酯、辛酸甘油三酯、癸酸甘油三酯、环聚二甲基硅氧烷、癸二酸二乙酯、聚二甲基硅氧烷360、肉豆蔻酸异丙酯、矿物油、辛基十二烷醇、油醇、硅油和/或它们的组合。
用于口服和肠胃外给药的液体剂型包括但不限于药学上可接受的乳剂、微乳剂、溶液剂、混悬剂、糖浆剂和/或酏剂。除活性成分外、液体剂型还可包含本领域常用的惰性稀释剂、例如水或其他溶剂、增溶剂和乳化剂如乙醇、异丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苯甲醇、苯甲酸苄酯、丙二醇、1,3-丁二醇、二甲基甲酰胺、油(特别是棉籽油、花生油、玉米油、胚芽油、橄榄油、蓖麻油和芝麻油)、甘油、四氢糠醇、聚乙二醇和山梨聚糖的脂肪酸酯以及它们的混合物。除了惰性稀释剂之外，口服组合物还可以包括佐剂，如润湿剂、乳化剂和悬浮剂、甜味剂、调味剂和/或芳香剂。在用于胃肠外施用的某些实施方案中，将组合物与增溶剂例如醇、油、改性油、乙二醇、聚山梨酯、环糊精、聚合物和/或它们的组合相混合。
可注射制剂，例如无菌可注射水性或油性混悬剂可根据已知技术使用合适的分散剂、润湿剂和/或悬浮剂来配制。无菌注射制剂可以是在无毒肠胃外可接受的稀释剂和/或溶剂中的无菌可注射溶液剂、混悬剂和/或乳化剂，例如在1,3-丁二醇中的溶液剂。在可接受的载体和溶剂中，可以使用水、林格氏溶液，U.S.P.和等渗氯化钠溶液。通常将无菌的固定油用作溶剂或悬浮介质。为此目的，可以使用任何温和的固定油，包括合成的甘油一酯或甘油二酯。脂肪酸如油酸可用于制备注射剂。
可注射的制剂可以通过例如通过保留细菌的过滤器过滤和/或通过掺入无菌固体组合物形式的灭菌剂进行灭菌，所述无菌固体组合物在使用前可以溶解或分散在无菌水或其他无菌可注射介质中。
为了延长活性成分的效果，通常希望减缓活性成分从皮下或肌内注射的吸收。这可以通过使用水溶性差的晶体或无定形材料的液体悬浮液来完成。药物的吸收速率取决于其溶解速率，而溶解速率又取决于晶体大小和结晶形式。或者，肠胃外给药的药物形式的延迟吸收通过将药物溶解或悬浮于油性载体中来完成。通过在可生物降解的聚合物如聚丙交酯-聚乙交酯中形成药物的微胶囊基质来制备可注射的药性持久的形式。根据药物与聚合物的比例和所用特定聚合物的性质，可以控制药物释放速率。其他生物可降解聚合物的实例包括聚(原酸酯)和聚(酸酐)。通过将药物包裹在与身体组织相容的脂质体或微乳液中制备药性持久的注射制剂。
用于直肠或阴道给药的组合物通常是栓剂，其可以通过将组合物与适宜的无刺激性赋形剂如可可脂、聚乙二醇或栓剂蜡混合来制备，所述赋形剂在环境温度下为固体，但在体温下为液体，因此在直肠或阴道腔中熔化并释放活性成分。
口服给药的固体剂型包括胶囊剂、片剂、丸剂、粉剂和颗粒剂。在这样的固体剂型中，将活性成分与至少一种惰性的、药学上可接受的赋形剂例如柠檬酸钠或磷酸二钙和/或填料或填充剂(例如淀粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露糖醇和硅酸)、粘合剂(例如羧甲基纤维素、藻酸盐、明胶、聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖和阿拉伯胶)、润湿剂(例如甘油)、崩解剂(例如琼脂、碳酸钙、马铃薯或木薯淀粉、藻酸、某些硅酸盐和碳酸钠)、溶液阻滞剂(例如石蜡)、吸收促进剂(例如季铵化合物)、润湿剂(例如鲸蜡醇和甘油单硬脂酸酯)、吸收剂(例如高岭土和膨润土)和润滑剂(例如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二醇，月桂基硫酸钠)以及它们的混合物混合。在胶囊、片剂和丸剂的情况下，剂型可以包含缓冲剂。
类似类型的固体组合物可用作使用诸如乳糖或奶糖以及高分子量聚乙二醇等赋形剂的软和硬填充明胶胶囊中的填充剂。片剂、锭剂、胶囊剂、丸剂和颗粒剂的固体剂型可以用包衣和外壳制备，例如药物制剂领域公知的肠溶衣和其他包衣。它们可以任选地包含不透明剂，并且可以具有这样的组合物，其仅仅或优先在肠道的某个部分释放活性成分，任选地以延迟的方式。可以使用的嵌入组合物的实例包括聚合物质和蜡。类似类型的固体组合物可用作使用诸如乳糖或奶糖以及高分子量聚乙二醇等赋形剂的软和硬填充明胶胶囊中的填充剂。
用于组合物的局部和/或经皮施用的剂型可以包括软膏剂、糊剂、乳膏剂、洗剂、凝胶剂、粉剂、溶液剂、喷雾剂、吸入剂和/或贴剂。通常，活性成分在无菌条件下与可能需要的药学上可接受的赋形剂和/或任何需要的防腐剂和/或缓冲剂混合。此外，本发明考虑使用透皮贴剂，其经常具有提供化合物向身体的受控递送的附加优点。这样的剂型可以例如通过将化合物溶解和/或分配在适当的介质中来制备。可选地或另外地，可以通过提供速率控制膜和/或通过将化合物分散在聚合物基质和/或凝胶中来控制速率。
用于递送本文所述的皮内药物组合物的合适装置包括短针装置，例如美国专利4,886,499、5,190,521、5,328,483、5,527,288、4,270,537、5,015,235、5,141,496和5,417,662。皮内组合物可以通过限制针进入皮肤的有效穿透长度的装置来施用，例如PCT公开WO99/34850中描述的那些及其功能等同物。通过液体喷射注射器和/或通过穿透角质层并产生到达真皮的射流的针将液体组合物递送至真皮的喷射注射装置是合适的。射流喷射装置例如描述在美国专利5,480,381、5,599,302、5,334,144、5,993,412、5,649,912、5,569,189、5,704,911、5,383,851、5,893,397、5,466,220、5,339,163、5,312,335、5,503,627、5,064,413、5,520,639、4,596,556、4,790,824、4,941,880、4,940,460和PCT公开WO 97/37705及WO 97/13537。使用压缩气体将粉末形式的疫苗通过皮肤外层加速到真皮的弹道粉末/颗粒输送装置是合适的。可选地或另外地，常规注射器可以用于皮内给药的经典曼陀罗方法。
适用于局部给药的制剂包括但不限于液体和/或半液体制剂，如搽剂、洗剂、水包油和/或油包水乳剂如乳膏剂，软膏剂和/或糊剂和/或溶液剂和/或混悬剂。尽管活性成分的浓度可以与活性成分在溶剂中的溶解度极限一样高，但局部给药的制剂可以例如包含约1％至约10％(w/w)的活性成分。用于局部给药的制剂可以进一步包含一种或多种本文所述的其他成分。
药物组合物可以适于通过口腔进行肺部给药的制剂制备、包装和/或销售。这种制剂可以包含干颗粒，其包含活性成分并且具有约0.5nm至约7nm或约1nm至约6nm范围内的直径。这样的组合物便利地呈干粉形式，用于使用包含干粉储存器的装置施用，推进剂流可以被引导至干粉储存器以分散粉末和/或使用自推进溶剂/粉末分配容器，例如装置包含溶解于和/或悬浮于密封容器中的低沸点推进剂中的活性成分。这样的粉末包含颗粒，其中至少98重量％的颗粒具有大于0.5nm的直径，并且至少95％的颗粒具有小于7nm的直径。或者，至少95重量％的颗粒具有大于1nm的直径，并且数量至少90％的颗粒具有小于6nm的直径。干粉组合物可以包含固体细粉末稀释剂如糖，并且方便地以单位剂量形式提供。
低沸点推进剂通常包括在大气压下沸点低于65°F的液体推进剂。通常，推进剂可占组合物的50％至99.9％(w/w)，活性成分可占组合物的0.1％至20％(w/w)。推进剂可以进一步包含其他成分，例如液体非离子和/或固体阴离子表面活性剂和/或固体稀释剂(其可以具有与包含活性成分的颗粒相同的粒径)。
配制用于肺部递送的药物组合物可以溶液和/或悬浮液的液滴形式提供活性成分。这样的制剂可以包含活性成分的水性和/或稀释性醇溶液和/或悬浮液，任选地是无菌的，制备、包装和/或销售并且可以使用任何雾化和/或雾化装置方便地施用。这样的制剂可以进一步包含一种或多种附加成分，包括但不限于调味剂例如糖精钠、挥发油、缓冲剂、表面活性剂和/或防腐剂例如羟基苯甲酸甲酯。通过该给药途径提供的小液滴可以具有约0.1nm至约200nm的平均直径。
本文所述的可用于肺部递送的制剂可用于鼻内递送药物组合物。适于鼻内给药的另一种制剂是包含活性成分并具有约0.2μm至500μm的平均颗粒的粗粉。这样的制剂以采取鼻烟的方式进行给药，即通过从粉末靠近鼻子的容器通过鼻腔快速吸入。
适于鼻内给药的制剂可以例如包含少至约0.1％(w/w)和多达100％(w/w)的活性成分，并且可以包含一种或多种本文所述的附加成分。在一些实施方案中，适于鼻内给药的制剂包含0.1％至1％，1％至10％，10％至20％，20％至30％，30％至40％，40％至50％，50％至60％，60％至70％，70％至80％，80％至90％或90％至100％(w/w)之间的活性成分。在没有相反说明的情况下，适于鼻内给药的制剂包含0.1-100％(w/w)的活性成分。药物组合物可以适于口腔给药的制剂制备、包装和/或销售。这样的制剂可以例如为使用常规方法制备的片剂和/或锭剂的形式，并且可以例如为0.1％至20％(w/w)的活性成分，余量包括可口服溶解的和/或可降解的组合物和任选的一种或多种本文所述的附加成分。或者，适于口腔给药的制剂可以包含含有活性成分的粉末和/或雾状的和/或雾化的溶液和/或悬浮液。当分散时，这样的粉末状、雾状和/或雾化制剂可以具有约0.1nm至约200nm范围内的平均粒度和/或液滴尺寸，并且可以进一步包含一种或多种本文所述的任何附加成分。
药物组合物可以适于眼部给药的制剂制备、包装和/或销售。例如，这样的制剂可以是滴眼剂形式，包括例如活性成分在水性或油性液体赋形剂中的0.1/1.0％(w/w)的溶液和/或悬浮液。这样的滴剂可以进一步包含本文所述的缓冲剂、盐和/或一种或多种其他任何附加成分。可用的其他眼部给药制剂包括含有微晶形式和/或在脂质体制剂中的活性成分的那些。预期滴耳剂和/或滴眼剂在本发明的范围内。
例如，在Remington：The Science and Practice of Pharmacy，第21版，Lippincott Williams&Wilkins，2005(通过引用并入本文)中可以找到药物配制和/或制造中的一般考虑事项。
本发明还包括药物包装和/或试剂盒。提供的药物包装和/试剂盒可以包含提供的组合物和容器(例如小瓶、安瓿、瓶、注射器和/或分配器包装或其他合适的容器)。在一些实施方案中，所提供的试剂盒可以任选地进一步包括第二容器，其包含合适的含水载体，用于稀释或悬浮为制备提供的施用于个体的组合物。在一些实施方案中，所提供的制剂容器和溶剂容器的内容物结合形成至少一个单位剂型。
任选地，单个容器可以包含用于容纳所提供的组合物的一个或多个隔室和/或用于悬浮或稀释的合适的含水载体。在一些实施方案中，单个容器可以适于修改，使得容器可以接受物理修改以允许隔室和/或各个隔室的组件的组合。例如，箔片或塑料袋可以包括两个或多个由穿孔密封件隔开的隔室，一旦产生破坏密封的信号，则穿孔密封件可以被破坏以允许两个单独隔室的内容物的组合。因此药物包装或试剂盒可以包括这样的多隔室容器，其包括提供的组合物和合适的溶剂和/或用于悬浮的合适的含水载体。任选地，在本发明的这种试剂盒中另外提供使用说明书。这样的说明书通常可以提供例如用于剂量和给药的说明书。在其他实施方案中，说明书可进一步提供与用于给药的特定容器和/或系统的专门说明有关的附加细节。更进一步地，说明书可以提供与附加疗法联合使用和/或与其组合使用的专门说明。
VI.组合
在一个方面，如果本文所述的生物标志物诊断剂预测皮质抑素或CDK8/19抑制剂将成功地治疗患者，则可能期望将活性化合物与第二活性剂组合施用。
在一个实施方案中，首先使用皮质抑素或CDK8/19抑制剂评估从患者采集的样品所预测的成功治疗，然后在第二测定中评估样品以确定患者是否也将受益于第二活性剂的施用。在另一个实施方案中，如本文详细描述的，来自第一生物标志物测定的结果也预测患者可对组合疗法有响应。
因此，使用本文所述的选择方法，提供治疗方案，其包括将本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物(例如氘代衍生物)或其前药与至少一种另外的治疗剂组合或交替施用。本文公开的组合和/或交替可以施用用于在治疗异常细胞增殖性病症中有益的、相加的或协同的作用。
在具体的实施方案中，治疗方案包括将本发明化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药与至少一种另外的激酶抑制剂组合或交替施用。在一个实施方案中，所述至少一种另外的激酶抑制剂选自磷酸肌醇3-激酶(PI3K)抑制剂、布鲁顿氏酪氨酸激酶(BTK)抑制剂、另一种细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂或脾酪氨酸激酶(Syk)抑制剂或它们的组合。
在一个实施方案中，本发明化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药以剂量形式与PIk3抑制剂组合。
可用于本发明的PI3k抑制剂是众所周知的。PI3激酶抑制剂的实例包括但不限于：渥曼青霉素，去甲氧基维生素C，哌立福辛，依拉利司，皮替尼，帕洛米德529，ZSTK474，PWT33597，CUDC-907和AEZS-136，duvelisib，GS-9820，GDC-0032(2-[4-[2-(2-异丙基-5-甲基-1,2,4-三唑-3-基)-5,6-二氢咪唑并[1,2-d][1,4]苯并氧氮杂环庚烷-9-基]吡唑-1基]-2-甲基丙酰胺)、MLN-1117((2R)-1-苯氧基-2-丁基)氢(S)-甲基膦酸；或甲基(氧代){[(2R)-1-苯氧基-2-丁基]氧}))、BYL-719((2S)-N1-[4-甲基-5-[2-(2,2,2-三氟-1,1-二甲基乙基)-4-吡啶基]-2-噻唑基]-1,2-吡咯烷二甲酰胺)，GSK2126458(2,4-二氟-N-{2-(甲氧基)-5-[4-(4-哒嗪基)-6-喹啉基]-3-吡啶基}苯磺酰胺)，TGX-221((±)-7-甲基-2-(吗啉-4-基)-9-(1-苯基氨基乙基)-吡啶并[1,2-a]-嘧啶-4-酮)，GSK2636771(2-甲基-1-(2-甲基-3-(三氟甲基)苄基)-6-吗啉代-1H-苯并[d]咪唑-4-羧酸二盐酸盐)，KIN-193((R)-2-((1-(7-甲基-2-吗啉代-4-氧代-4H-吡啶并[1,2a]嘧啶-9-基)乙基)氨基)苯甲酸)，TGR-1202/RP5264,GS-9820((S)-1-(4-((2-(2-氨基嘧啶-5-基)-7-甲基-4-羟基丙-1-酮)，GS-1101(5-氟-3-苯基-2-([S)]-1-[9H-嘌呤-6-基氨基]-丙基)-3H-喹唑啉-4-酮)，AMG-319，GSK-2269557，SAR245409(N-(4-(N-(3-((3,5-二甲氧基苯基)氨基)喹喔啉-2-基)氨磺酰基)苯基)-3-甲氧基-4-甲基苯甲酰胺)，BAY80-6946(2-氨基-(7-甲氧基-8-(3-吗啉代丙氧基)-2,3-二氢咪唑并[1,2-c]喹唑)，AS252424(5-[1-[5-(4-氟-2-羟基-苯基)-呋喃-2-基]-甲-(Z)-亚基]-噻唑烷-2,4-二酮)，CZ24832(5-(2-氨基-8-氟-[1,2,4]三唑并[1,5-a]吡啶-6-基)-N-叔丁基吡啶-3-磺酰胺)，Buparlisib(5-[2,6-二(4-吗啉基)-4-嘧啶基]-4-(三氟甲基)-2-氨基吡啶)，GDC-0941(2-(1H-吲唑-4-基)-6-[[4-(甲基磺酰基)-1-哌嗪基]甲基]-4-(4-吗啉基)噻吩并[3,2-d]嘧啶)，GDC-0980((S)-1-(4-((2-(2-氨基嘧啶-5-基)-7-甲基-4-吗啉噻吩[[3,2-d]嘧啶-6-基)甲基)哌嗪-1-基)-2-羟基丙-1-酮(也称为RG7422))，SF1126((8S,14S,17S)-14-(羧甲基)-8-(3-胍基丙基)-17-(羟甲基)-3,6,9,12,15-五氧代-1-(4-(4-氧代-8-苯基-4H-色烯-2-基)吗啉代-4-
)-2-氧杂-7,10,13,16-四氮杂十八烷-18-酸酯)，PF-05212384(N-[4-[[4-(二甲基氨基)-1-哌啶基]羰基]苯基]-N'-[4-(4,6-二-4-吗啉基-1,3,5-三嗪-2-基)苯基]脲)，LY3023414，BEZ235(2-甲基-2-{4-[3-甲基-2-氧代-8-(喹啉-3-基)-2,3-二氢-1H-咪唑并[4,5-c]喹啉-1-基]苯基}丙腈)，XL-765(N-(3-(3-((3,5-二甲氧基苯基氨基)喹喔啉-2-基)氨磺酰基)苯基)-3-甲氧基-4-甲基苯甲酰胺)，和GSK1059615(5-[[4-(4-吡啶基)-6-喹啉基]亚甲基]-2,4-噻唑烷二酮)，PX886([(3aR,6E,9S,9aR,10R,11aS)-6-[[双(丙-2-烯基)氨基]亚甲基]-5-羟基-9-(甲氧基甲基)-9a,11a-二甲基-1,4,7-三氧代-2,3,3a,9,10,11-六氢茚并[4,5h]异色烯-10-基]乙酸酯(也称sonolisib))。
用于本发明的BTK抑制剂是众所周知的。BTK抑制剂的实例包括：依罗替尼(也称为PCI-32765)(ImbruvicaTM)(1-[(3R)-3-[4-氨基-3-(4-苯氧基-苯基)吡唑并[3,4-d]嘧啶-1-基]哌啶-1-基]丙-2-烯-1-酮)，基于二苯胺基嘧啶的抑制剂如AVL-101和AVL-291/292(N-(3-((5-氟-2-((4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)氨基)苯基)丙烯酰胺)(Avila Therapeutics)(参见美国专利公开号2011/0117073，其全部内容并入本文)，达沙替尼(Dasatinib)[N-(2-氯-6-甲基苯基)-2-(6-(4-(2-羟基乙基)哌嗪-1-基)-2-甲基嘧啶-4-基氨基)噻唑-5-甲酰胺]，LFM-A13(α-氰基-β-羟基-β-甲基-N-(2,5-溴苯基)丙烯酰胺)，GDC-0834([R-N-(3-(6-(4-(1,4-二甲基-3-氧代哌嗪-2-基)苯基氨基)-4-甲基-5-氧代-4,5-二氢吡嗪-2-基)-2-甲基苯基)-4,5,6,7-四氢苯并[b]噻吩-2-甲酰胺]，CGI-560(4-(叔丁基)-N-(3-(8-(苯基氨基)咪唑并[1,2-a]吡嗪-6-基)苯基)苯甲酰胺，CGI-1746(4-(叔丁基)-N-(2-甲基-3-(4-甲基-6-((4-(吗啉-4-羰基)苯基)氨基)-5-氧代-4,5-二氢吡嗪-2-基)苯基)苯甲酰胺)，CNX-774(4-(4-((4-((3-丙烯酰氨基苯基)氨基)-5-氟嘧啶-2-基)氨基)苯氧基)-N-甲基吡啶甲酰胺)，CTA056(7-苄基-1-(3-(哌啶-1-基)丙基)-2-(4-(吡啶-4-基)苯基)-1H-咪唑并[4,5-g]喹喔啉-6(5H)-酮)，GDC-0834((R)-N-(3-(6-((4-(1,4-二甲基-3-氧代哌嗪-2-基)苯基)氨基)-4-甲基-5-氧代-4,5-二氢吡嗪-2-基)-2-甲基苯基)-4,5,6,7-四氢苯并[b]噻吩-2-甲酰胺)，GDC-0837((R)-N-(3-(6-((4-(1,4-二甲基-3-氧代哌嗪-2-基)苯基)氨基)-4-甲基-5-氧代-4,5-二氢吡嗪-2-基)-2-甲基苯基)-4,5,6,7-四氢苯并[b]噻吩-2-甲酰胺)，HM-71224，ACP-196，ONO-4059(OnoPharmaceuticals),PRT062607(4-((3-(2H-1,2,3-三唑-2-基)苯基)氨基)-2-(((1R,2S)-2-氨基环己基)氨基))嘧啶-5-甲酰胺盐酸盐)，QL-47(1-(1-丙烯酰基二氢吲哚-6-基)-9-(1-甲基-1H-吡唑-4-基)苯并[h][1,6]萘啶-2(1H)-酮)，和RN486(6-环丙基-8-氟-2-(2-羟甲基-3-{1-甲基-5-[5-(4-甲基-哌嗪-1-基)-吡啶-2-基氨基]-6-氧代-1,6-二氢-吡啶-3-基}-苯基)-2H-异喹啉-1-酮)，以及其他能够抑制BTK活性的分子，例如在Akinleye et ah,Journal of Hematology&Oncology,2013,6:59中公开的那些BTK抑制剂，其全部内容在此通过引用并入本文。在一个实施方案中，本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药以剂量形式与BTK抑制剂组合。
在一个实施方案中，另外的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂是CDK7抑制剂，例如THZ1(N-[3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基]-4-[[(E)-4-(二甲基氨基)丁-2-烯酰基]氨基]苯甲酰胺)。在另一个实施方案中，另外的细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂是CDK9抑制剂，如夫拉平度(alvocidib)。
因此，在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与有效量的Syk抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的如本文提供的化合物A的类似物或其药学上可接受的盐与有效量的Syk抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与伊马替尼(Gleevec)组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，所述方法包括将有效量的本文提供的化合物A的类似物或其药学上可接受的盐与伊马替尼(Gleevec)组合或交替施用于有需要的宿主。
用于本发明的Syk抑制剂是众所周知的，包括例如：Cerdulatinib(4-(环丙基氨基)-2-((4-(4-(乙基磺酰基)哌嗪-1-基)苯基)氨基)嘧啶-5-甲酰胺)，entospletinib(6-(1H-吲唑-6-基)-N-(4-吗啉代苯基)咪唑并[1,2-a]吡嗪-8-胺)，fostamatinib([6-({5-氟-2-[(3,4,5-三甲氧基苯基)氨基]-4-嘧啶基}氨基)-2,2-二甲基-3-氧代-2,3-二氢-4H-吡啶并[3,2-b][1,4]噁嗪-4基]甲基二氢磷酸盐)，fostamatinib二钠盐(6-((5-氟-2-((3,4,5-三甲氧基苯基)氨基)嘧啶-4-基)氨基)-2,2-二甲基-3-氧代-2H-吡啶并[3,2-b][1,4]噁嗪-4(3H)-基)甲基磷酸钠)，BAY61-3606(2-(7-(3,4-二甲氧基苯基)-咪唑并[1,2-c]嘧啶-5-基氨基)-烟酰胺HCl)，RO9021(6-[(1R,2S)-2-氨基环己基氨基]-4-(5,6-二甲基-吡啶-2-基氨基)-哒嗪-3-甲酸胺),伊马替尼(Gleevec；4-[(4-甲基哌嗪-1-基)甲基]-N-(4-甲基-3-{[4-(吡啶-3-基)嘧啶-2-基]氨基}苯基)苯甲酰胺)，星形孢菌素，GSK143(2-(((3R，4R)-3-氨基四氢-2H-吡喃-4-基)氨基)-4-(对甲苯基氨基)嘧啶-5-甲酰胺)，PP2(1-(叔丁基)-3-(4-氯苯基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-胺)，PRT-060318(2-(((1R,2S)-2-氨基环己基)氨基)-4-(间甲苯基氨基)嘧啶-5-甲酰胺)，PRT-062607(4-((3-(2H-1,2,3-三唑-2-基)苯基)氨基)-2-(((1R,2S)-2-氨基环己基)氨基)嘧啶-5-甲酰胺盐酸盐)，R112(3,3'-((5-氟嘧啶-2,4-二基)双(氮烷二基))二苯酚)，R348(3-乙基-4-甲基吡啶)，R406(6-((5-氟-2-((3,4,5-三甲氧基苯基)氨基)嘧啶-4-基)氨基)-2,2-二甲基-2H-吡啶并[3,2-b][1,4]噁嗪-3(4H)-酮)，YM193306(Singh et al.Discovery and Development ofSpleen Tyrosine Kinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643)，7-氮杂吲哚，白皮杉醇，ER-27319(参见Singh et al.Discovery and Development of SpleenTyrosine Kinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)，PRT060318(参见Singh et al.Discovery and Development of Spleen TyrosineKinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)，木犀草素(参见Singh et al.Discovery and Development of Spleen Tyrosine Kinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)，芹黄素(参见Singhet al.Discovery and Development of Spleen Tyrosine Kinase (SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)，槲皮素(参见(参见Singh etal.Discovery and Development of Spleen Tyrosine Kinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)，非瑟酮(参见Singh etal.Discovery and Development of Spleen Tyrosine Kinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)，杨梅素(参见Singh etal.Discovery and Development of Spleen Tyrosine Kinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)，桑巴素(参见Singh etal.Discovery and Development of Spleen Tyrosine Kinase(SYK)Inhibitors,J.Med.Chem.2012,55,3614-3643，其全部内容并入本文)。在一个实施方案中，本发明地化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药以剂量形式与Syk抑制剂组合。
在具体的实施方案中，所提供的治疗方法包括将本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药与至少一种另外的化学治疗剂组合或交替施用。
在一个实施方案中，与本发明的化合物组合或交替的至少一种另外的化学治疗剂是蛋白细胞死亡-1(PD-1)抑制剂。本领域已知PD-1抑制剂，包括例如nivolumab(BMS)、派姆单抗(Merck)、pidilizumab(CureTech/Teva)、AMP-244(Amplimmune/GSK)、BMS-936559(BMS)和MEDI4736(Roche/Genentech)。在一个实施方案中，本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药以剂量形式与PD-1抑制剂组合。在一个实施方案中，PD-1抑制剂是派姆单抗(pembrolizumab)。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与有效量的PD-1抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的本文提供的化合物A的类似物或其药学上可接受的盐与有效量的PD-1抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与派姆单抗(Keytruda)组合或交替施用。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，所述方法包括将有效量的本文提供的化合物A的类似物或其药学上可接受的盐与派姆单抗(Keytruda)组合或交替施用。
在一个实施方案中，与本发明的化合物组合或交替的至少一种另外的化学治疗剂是CTLA-4抑制剂。本领域已知CTLA-4抑制剂，包括例如由Bristol-Myers Squibb销售的易普利姆玛(Yervoy)和由辉瑞公司销售的tremelimumab。
在一个实施方案中，与本发明的化合物组合或交替的至少一种另外的化学治疗剂是BET抑制剂。BET抑制剂是本领域已知的，并且包括例如JQ1、I-BET151(又名GSK1210151A)、I-BET762(又名GSK525762)、OTX-015(又名MK-8268、IUPAC 4-(4-氯苯基)-N-(4-羟基苯基)-2,3,9-三甲基-6H-噻吩并[3,2-f][1,2,4]三唑并[4,3-a][1,4]二氮杂-6-乙酰胺)、TEN-010、CPI-203、CPI-0610、RVX-208和LY294002。在一个实施方案中，与本发明的化合物组合或交替使用的用于治疗肿瘤或癌症的BET抑制剂是JQ1((S)叔丁基2-(4-(4-氯苯基)-2,3,9-三甲基-6H-噻吩并[3,2-f][1,2,4]三唑并[4,3-a][1,4]二氮杂-6-基)乙酸酯)。在另一个实施方案中，与本发明化合物组合或交替使用的用于治疗肿瘤或癌症的BET抑制剂是I-BET 151(7-(3,5-二甲基-4-异噁唑基)-1,3-二氢-8-甲氧基-1-[(1R)-1-(2-吡啶基)乙基]-2H-咪唑并[4,5-c]喹啉-2-酮)。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与有效量的BET抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的如本文提供的化合物A的类似物或其药学上可接受的盐与有效量的BET抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与JQ1组合或交替施用。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的本文提供的化合物A的类似物或其药学上可接受的盐与JQ1组合或交替施用。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与I-BET 151组合或交替施用。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的如本文提供的化合物A或其药学上可接受的盐的类似物与I-BET 151组合或交替施用。
在一个实施方案中，与本发明的化合物组合或交替的至少一种另外的化学治疗剂是MEK抑制剂。用于本发明的MEK抑制剂是众所周知的，包括例如：tametinib/GSK1120212(N-(3-{3-环丙基-5-[(2-氟-4-碘苯基)氨基]-6,8-二甲基-2,4,7-三氧代-3,4,6,7-四氢吡啶并[4,3-d]嘧啶-l(2H-基}苯基)乙酰胺)，selumetinob(6-(4-溴-2-氯苯胺基)-7-氟-N-(2-羟乙氧基)-3-甲基苯并咪唑-5-甲酰胺)，pimasertib/AS703026/MSC 1935369((S)-N-(2,3-二羟基丙基)-3-((2-氟-4-碘苯基)氨基)异烟酰胺)，XL-518/GDC-0973(l-({3,4-二氟-2-[(2-氟-4-碘苯基)氨基]苯基}羰基)-3-[(2S)-哌啶-2-基]氮杂环丁-3-醇)，refametinib/BAY869766/RDEA1 19(N-(3,4-二氟-2-(2-氟-4-碘苯基氨基)-6-甲氧基苯基)-1-(2,3-二羟基丙基)环丙烷-1-磺酰胺)，PD-0325901(N-[(2R)-2,3-二羟基丙氧基]-3,4-二氟-2-[(2-氟-4-碘苯基)氨基]-苯甲酰胺)，TAK733((R)-3-(2,3-二羟基丙基)-6-氟-5-(2-氟-4-碘苯基氨基)-8-甲基吡啶并[2,3-d]嘧啶-4,7(3H,8H)-二酮)，MEK162/ARRY438162(5-[(4-溴-2-氟苯基)氨基]-4-氟-N-(2-羟基乙氧基)-1-甲基-1H-苯并咪唑-6-甲酰胺)，R05126766(3-[[3-氟-2-(甲基氨磺酰氨基)-4-吡啶基]甲基]-4-甲基-7-嘧啶-2-基氧基色烯-2-酮)，WX-554，R04987655/CH4987655(3,4-二氟-2-((2-氟-4-碘苯基)氨基)-N-(2-羟基乙氧基)-5-((3-氧代-1,2-噁嗪烷-2-基)甲基)苯甲酰胺)或AZD8330(2-((2-氟-4-碘苯基)氨基)-N-(2-羟基乙氧基)-1,5-二甲基-6-氧代-1,6-二氢吡啶-3-甲酰胺)。在一个实施方案中，本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药以剂量形式与MEK抑制剂组合。
在一个实施方案中，与本发明的化合物组合或交替的至少一种另外的化学治疗剂是Raf抑制剂。用于本发明的Raf抑制剂是众所周知的，包括例如：Vemurafinib(N-[3-[[5-(4-氯苯基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]羰基]-2,4-二氟苯基]-1-丙基磺酰胺)，索拉非尼甲苯磺酸盐(4-[4-[[4-氯-3-(三氟甲基)苯基]氨基甲酰基氨基]苯氧基]-N-甲基吡啶-2-甲酰胺；4-甲基苯磺酸盐),AZ628(3-(2-氰基丙-2-基)-N-(4-甲基-3-(3-甲基-4-氧代-3,4-二氢喹唑啉-6-基氨基)苯基)苯甲酰胺)，NVP-BHG712(4-甲基-3-(1-甲基-6-(吡啶-3-基)-1H-吡唑并[3,4-d]嘧啶-4-基氨基)-N-(3-(三氟甲基)苯基)苯甲酰胺)，RAF-265(1-甲基-5-[2-[5-(三氟甲基)-1H-咪唑-2-基]吡啶-4-基]氧基-N-[4-(三氟甲基)苯基]苯并咪唑-2-胺)，2-溴醛亚胺(2-溴-6,7-二氢-1H,5H-吡咯并[2,3-c]吖庚因-4,8-二酮)，Raf激酶抑制剂IV(2-氯-5-(2-苯基-5-(吡啶-4-基)-1H-咪唑-4-基)苯酚)和索拉非尼N-氧化物(4-[4-[[[[4-氯-3(三氟甲基)苯基]氨基]羰基]氨基]苯氧基]-N-甲基-2-吡啶甲酰胺1-氧化物)。在一个实施方案中，将本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药以剂量形式与Raf抑制剂组合。
在一个实施方案中，与本发明的化合物组合或交替的至少一种另外的化学治疗剂是B细胞淋巴瘤2(Bcl-2)蛋白抑制剂。BCL-2抑制剂是本领域已知的，包括例如：ABT-199(4-[4-[[2-(4-氯苯基)-4,4-二甲基环己-1-烯-1-基]甲基]哌嗪-1-基]-N-[[3-硝基-4-[[(四氢-2H-吡喃-4-基)甲基]氨基]苯基]磺酰基]-2-[(1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-基)氧基]苯甲酰胺)，ABT-737(4-[4-[[2-(4-氯苯基)苯基]甲基]哌嗪-1-基]-N-[4-[[(2R)-4-(二甲基氨基)-1-苯基磺酰基丁-2-基]氨基]-3-硝基苯基]磺酰基苯甲酰胺)，ABT-263((R)-4-(4-((4'-氯-4,4-二甲基-3,4,5,6-四氢-[1,1'-联苯]-2-基)甲基)哌嗪-1-基)-N-((4-((4-吗啉代-1-(苯硫基)丁-2-基)氨基)-3((三氟甲基)磺酰基)苯基)磺酰基)苯甲酰胺)，GX15-070(奥巴克拉甲磺酸盐,(2Z)-2-[(5Z)-5-[(3,5-二甲基-1H-吡咯-2-基)亚甲基]-4-甲氧基吡咯-2-亚基]吲哚；甲磺酸)))，2-甲氧基-抗霉素A3，YC137(4-(4,9-二氧代-4,9-二氢萘并[2,3-d]噻唑-2-基氨基)-苯基酯)，白果香豆素(pogosin)，2-氨基-6-溴-4-(1-氰基-2-乙氧基-2-氧代乙基)-4H-苯并吡喃-3-羧酸乙酯，尼洛替尼-d3，TW-37(N-[4-[[2-(1,1-二甲基乙基)苯基]磺酰基]苯基]-2,3,4-三羟基-5-[[2-(1-甲基乙基)苯基]甲基]苯甲酰胺)，阿朴棉子醇(Apogossypolone,ApoG2)或G3139(Oblimersen)。在一个实施方案中，将本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药以剂量形式与至少一种BCL-2抑制剂组合。在一个实施方案中，至少一种BCL-2抑制剂是ABT-199(Venetoclax)。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与有效量的BCL-2抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的本文提供的化合物A或其药学上可接受的盐的类似物与有效量的BCL-2抑制剂组合或交替施用于有需要的宿主。
在一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的化合物A或其药学上可接受的盐与ABT-199组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗肿瘤或癌症的方法，其包括将有效量的本文提供的化合物A或其药学上可接受的盐的类似物与ABT-199组合或交替施用于有需要的宿主。
在一个实施方案中，治疗方案包括将本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药与至少一种另外的化学治疗剂组合或交替施用，所述另外的化学治疗剂选自但不限于：甲磺酸伊马替尼(Gleevac)、达沙替尼(Sprycel)、尼罗替尼(Tasigna)、Bosutinib(Bosulif)、曲妥珠单抗(Herceptin)、帕妥珠单抗(PerjetaTM)、拉帕替尼(Tykerb)、吉非替尼(Iressa)、厄洛替尼(Tarceva)、西妥昔单抗(Erbitux)、帕尼单抗(Vectibix)、凡德他尼(Caprelsa)、威罗菲尼(Zelboraf)、伏立诺他(Zolinza)、罗米地辛(Istodax)、贝沙罗丁(Tagretin)、阿利维A酸(Panretin)、维甲酸(Vesanoid)、Carfilizomib(KyprolisTM)、普拉曲沙(Folotyn)、贝伐单抗(Avastin)、阿柏西普(Zaltrap)、索拉非尼(Nexavar)、舒尼替尼(Sutent)、帕唑帕尼(Votrient)、雷格拉非尼(Stivarga)和卡沃唑替尼(CometriqTM)。
在一些实施方案中，本文所述的药物组合或组合物可以组合或与其他化疗剂组合施用于个体以治疗肿瘤或癌症。如果方便的话，本文所述的药物组合或组合物可以与另一种化学治疗剂同时施用，以简化治疗方案。在一些实施方案中，药物组合或组合物和其他化学治疗剂可以以单一制剂提供。在一个实施方案中，本文所述的药物组合或组合物与其他药剂在治疗方案中组合使用。这样的药剂可以包括但不限于：他莫昔芬，咪达唑仑，来曲唑，硼替佐米，阿那曲唑，戈舍瑞林，mTOR抑制剂，如上所述的PI3激酶抑制剂，双重mTOR-PI3K抑制剂，如上所述的MEK抑制剂，RAS抑制剂，ALK抑制剂，HSP抑制剂(例如HSP70和HSP90抑制剂或其组合)，如上所述的BCL-2抑制剂，诱导凋亡的化合物；AKT抑制剂，包括但不限于MK-2206(8-[4-(1-氨基环丁基)苯基]-9-苯基-1,2,4-三唑并[3,4-f][1,6]萘啶-3(2H)-酮)，GSK690693，哌立福新，(KRX-0401)，GDC-0068，曲西立滨，AZD5363，厚朴酚，PF-04691502和米替福新；如上所述的PD-1抑制剂，包括但不限于Nivolumab，CT-011，MK-3475，BMS936558和AMP-514；或FLT-3抑制剂(包括但不限于P406，多韦替尼，奎扎替尼(AC220)，Amuvatinib(MP-470)，坦度替尼(MLN518)，ENMD-2076和KW-2449)，或它们的组合。
mTOR抑制剂的实例包括但不限于雷帕霉素及其类似物、依维莫司(Afinitor)、替西罗莫司、地磷莫司、西罗莫司和雷帕霉素。RAS抑制剂的实例包括但不限于再溶素(Reolysin)和siG12D LODER。ALK抑制剂的Reolysin包括但不限于克唑替尼、AP26113和LDK378。HSP抑制剂包括但不限于格尔德霉素或17-N-烯丙基氨基-17-去甲氧基格尔德霉素(17AAG)和根赤壳菌素。在一个具体的实施方案中，本文所述的化合物与来曲唑和/或他莫昔芬联合给药。可以与本文描述的化合物组合使用的其他化学治疗剂包括但不限于因其抗肿瘤作用而不需要细胞周期活性的化学治疗剂。
在一个实施方案中，治疗方案包括将本发明的化合物或其药学上可接受的组合物、盐、同位素类似物或前药与至少一种另外的疗法组合或交替施用，其中第二疗法是免疫疗法。
组合药物可以缀合到抗体、放射性药剂或其他靶向药剂，其将本文所述的活性化合物引导至患病或异常增殖的细胞。在另一个实施方案中，药物组合或组合物与另一种药物或生物制剂(例如抗体)组合使用以增加联合或协同方法治疗的功效。在一个实施方案中，药物组合或组合物可以与T细胞接种一起使用，其通常涉及用灭活的自体反应性T细胞免疫以消除如本文所述的癌细胞群。在另一个实施方案中，药物组合或组合物与连接两种类型细胞的双特异性T细胞衔接子(BiTE)联合使用，双特异性T细胞衔接子(BiTE)是设计成同时结合如本文所述的内源T细胞和癌细胞上的特异性抗原的抗体的细胞。
在一个实施方案中，另外的疗法是单克隆抗体(MAb)。一些MAb刺激破坏癌细胞的免疫响应。与B细胞自然产生的抗体类似，这些MAb“覆盖”癌细胞表面，通过免疫系统引起对其的破坏。例如，贝伐单抗靶向血管内皮生长因子(VEGF)(由肿瘤细胞和肿瘤微环境中的其他细胞分泌的促进肿瘤血管发育的蛋白)。当与贝伐单抗结合时，VEGF不能与其细胞受体相互作用，阻止导致新血管生长的信号传导。类似地，西妥昔单抗和帕尼单抗靶向表皮生长因子受体(EGFR)，曲妥珠单抗靶向人表皮生长因子受体2(HER-2)。与细胞表面生长因子受体结合的单克隆抗体阻止靶向受体发送其正常的生长促进信号。它们也可引发细胞凋亡并激活免疫系统来破坏肿瘤细胞。
另一组癌症治疗性MAb是免疫缀合物。这些MAb有时被称为免疫毒素或抗体-药物缀合物，由与细胞杀伤物质如植物或细菌毒素、化疗药物或放射性分子连接的抗体组成。抗体锁定在癌细胞表面的特定抗原上，细胞杀伤物质被细胞摄取。以此方式工作的FDA批准的缀合MAb包括靶向HER-2分子以将抑制细胞增殖的药物DM1递送至表达HER-2的转移性乳腺癌细胞的ado-曲妥珠单抗。
通过双特异性抗体(bsAb)或嵌合抗原受体(CAR)工程化T细胞以识别癌细胞的免疫疗法是具有消融癌细胞的分化和非/慢分化亚群的潜力的方法。
通过同时识别免疫效应器细胞表面上的靶抗原和活化受体，双特异性抗体提供重定向免疫效应器细胞以杀死癌细胞的机会。另一种方法是通过将细胞外抗体与细胞内信号传导结构域融合来产生嵌合抗原受体。嵌合抗原受体工程化的T细胞能够以不依赖MHC的方式特异性杀死肿瘤细胞。
在某些方面，另外的疗法是另一种治疗剂，例如抗炎剂、化学治疗剂、放射治疗剂或免疫抑制剂。
合适的化学治疗剂包括但不限于放射性分子，也被称为细胞毒素或细胞毒性剂的毒素，其包括对细胞活力有害的任何药剂，以及含有化学治疗化合物的脂质体或其他囊泡。
作为附加药剂施用的一般抗癌药物包括：长春新碱(Oncovin)或脂质体长春新碱(Marqibo)，柔红霉素(道诺霉素或格鲁替丁)或多柔比星(阿霉素)，阿糖胞苷(胞嘧啶阿拉伯糖苷，ara-C或Cytosar)，L-天冬酰胺酶(Elspar)或PEG-L-天冬酰胺酶(培门冬酶或培加帕酶)，依托泊苷(VP-16)，替尼泊苷(Vumon)，6-巯基嘌呤(6-MP或巯基嘌呤)，甲氨蝶呤，环磷酰胺(Cytoxan)，泼尼松，地塞米松(Decadron)，伊马替尼(由诺华销售的Gleevec)，达沙替尼(Sprycel)，尼罗替尼(Tasigna)，波舒替尼(Bosulif)和普纳替尼(Iclusig TM)。其他合适的化学治疗剂的实例包括但不限于：1-脱氢睾酮、5-氟尿嘧啶达卡巴嗪、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、放线菌素D、阿霉素、阿地白介素、烷化剂、别嘌呤醇钠、六甲蜜胺、氨磷汀、阿那曲唑、安曲霉素(AMC))、抗有丝分裂剂、顺-二氯二胺铂(II)(DDP、顺铂)、二氨基二氯铂、蒽环霉素、抗生素、抗代谢物、天冬酰胺酶、活卡介苗(膀胱内)、倍他米松磷酸钠和醋酸倍他米松、比卡鲁胺、硫酸博莱霉素、白消安、leucouorin钙、卡里奇霉素、卡培他滨、卡铂、洛莫司汀(CCNU)、卡莫司汀(BSNU)、苯丁酸氮芥、顺铂、克拉屈滨、秋水仙碱、结合雌激素、环磷酰胺、环硫酰胺(Cyclothosphamide)、阿糖胞苷、阿糖胞苷、细胞松弛素B、癌得星、达卡巴嗪、放线菌素D、更生霉素(以前为放线菌素)、盐酸柔红霉素、柠檬酸柔胡星霉素、地尼白介素(denileukin diftitox)、右雷佐生、二溴甘露醇、二羟基炭疽菌素二酮、多西紫杉醇、甲磺酸多拉司琼、盐酸多柔比星、屈大麻酚、大肠杆菌L-天冬酰胺酶、依米丁、依泊汀-α、欧文氏菌L-天冬酰胺酶、酯化雌激素、雌二醇、雌莫司汀磷酸钠、溴乙锭、乙炔雌二醇、依替膦酸钠、依托泊苷磷霉素(etoposide citrororum factor)、磷酸依托泊苷、非格司亭、氟尿苷、氟康唑、磷酸氟达拉滨、氟尿嘧啶、氟他胺、亚叶酸、盐酸吉西他滨、糖皮质激素、醋酸戈舍瑞林、短杆菌肽D、盐酸格拉司琼、羟基脲、盐酸伊达比星、异环磷酰胺、干扰素α-2b、盐酸伊立替康、来曲唑、甲酰四氢叶酸钙、醋酸亮丙瑞林、盐酸左旋咪唑、利多卡因、洛莫司汀、美登木素生物碱(maytansinoid)、盐酸二甲双胍(mechlorethamine HCL)、醋酸甲羟孕酮、醋酸甲地孕酮、盐酸美法仑、巯基嘌呤、美司那、甲氨喋呤、甲基睾丸素、光神霉素、丝裂霉素C、米托坦、米托蒽醌、尼鲁米特、醋酸奥曲肽、盐酸昂丹司琼、紫杉醇、帕米膦酸二钠、喷司他丁、盐酸毛果芸香碱、多粘菌素(plimycin)、具有卡莫司汀植入物的聚苯丙生20、卟菲尔钠、普鲁卡因、盐酸丙卡巴肼、普萘洛尔、利妥昔单抗、沙格司亭、链脲佐菌素、他莫昔芬、紫杉酚、替尼泊苷、tenoposide、睾丸酮、丁卡因、苯丁酸氮芥、硫鸟嘌呤、噻替派、盐酸托泊替康、柠檬酸托瑞米芬、曲妥珠单抗、维甲酸、戊柔比星、硫酸长春碱、硫酸长春新碱和酒石酸长春瑞滨。
合适的免疫抑制剂包括但不限于：钙神经蛋白抑制剂，如环孢菌素或子囊霉素，例如环孢菌素A(NEORAL)，FK506(他克莫司)，吡美莫司，mTOR抑制剂，例如雷帕霉素或其衍生物，例如西罗莫司(RAPAMUNE)，依维莫司(Certican)，替西罗莫司，佐他莫司，biolimus-7，biolimus-9，雷帕霉素(rapalog)，例如地磷莫司，硫唑嘌呤，阿仑单抗1H，S1P受体调节剂，例如，芬戈莫德或其类似物，抗IL-8抗体，麦考酚酸或其盐，例如钠盐或其前药，例如麦考酚酸酯(CELLCEPT)，OKT3(ORTHOCLONE OKT3)，泼尼松，ATGAM，THYMOGLOBULIN，布喹那钠，OKT4，T10B9.A-3A，33B3.1，15-脱氧精胍菌素，曲培莫司，来氟米特ARAVA，CTLAI-Ig，抗CD25，抗-IL2R，巴利昔单抗(SIMULECT)，达克珠单抗(ZENAPAX)，咪唑立滨，甲氨蝶呤，地塞米松，ISAtx-247，SDZ ASM981(吡美莫司，Elidel)，CTLA4lg(Abatacept)，贝拉西普，LFA3Ig，依那西普(由Immunex作为Enbrel销售)，阿达木单抗(Humira)，英夫利昔单抗(Remicade)，抗LFA-1抗体，那他珠单抗(Antegren)，恩莫单抗，gavilimomab，抗胸腺细胞免疫球蛋白，siplizumab，阿法西普依法丽珠单抗，颇得斯安，美沙拉嗪，亚沙可，磷酸可待因，贝诺酯，芬布芬，萘普生，双氯芬酸，依托度酸和吲哚美辛，阿司匹林和布洛芬。
在某些实施方案中，本文所述的药物组合或组合物在用另一种化疗剂治疗之前、在用另一种化疗剂治疗期间、在另一种化学治疗剂施用之后施用于个体，或它们的组合。
在一些实施方案中，可以将选择的药物组合或组合物施用给个体，使得可以以更高剂量(增加化疗剂量强度)或更频繁(增加化疗剂量密度)施用其他化学治疗剂。剂量密集型化疗是一种化疗方案，与标准的化疗方案相比，治疗间隔时间更短。化疗剂量强度代表单位时间内施用的化疗的单位剂量。剂量强度可以通过改变给药剂量、给药时间间隔或两者来增加或减少。
在本发明的一个实施方案中，本文所述的药物组合或组合物可以与另一种药剂(例如非DNA受损性的、靶向的抗肿瘤剂或造血生长因子药剂)以协调的方式施用。最近有报告说，造血生长因子的不合时宜的施用会产生严重的副作用。例如，使用EPO家族的生长因子与动脉高血压、脑惊厥、高血压脑病、血栓栓塞、缺铁、流感样综合征和静脉血栓形成有关。G-CSF家族的生长因子与脾肿大和破裂、呼吸窘迫综合征、过敏反应和镰状细胞并发症有关。通过将本文所述的药物组合或组合物的施用与造血生长因子的及时施用组合，例如，在受影响的细胞不再处于生长停滞的时间点，保健医生可能减少生长因子的量以使不想要的副作用最小化，同时达到期望的治疗效果。因此，在一个实施方案中，本文所述的药物组合、组合物或方法的使用与造血生长因子的使用相组合，所述造血生长因子包括但不限于粒细胞集落刺激因子(G-CSF，例如以非格司亭(filgrastin)、培非格司亭(peg-filgrastin)或来格司亭)，粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF，例如以莫拉司亭和沙格司亭(Leukine)出售)，M-CSF(巨噬细胞集落刺激因子)，血小板生成素(巨核细胞生长发育因子(MGDF)，例如以罗米司亭和艾曲波帕出售)，白介素(IL)-12，白介素-3，白介素-11(脂肪生成抑制因子或奥普瑞白介素)，SCF(干细胞因子，钢因子，kit-配体或KL)和促红细胞生成素(EPO)和它们的衍生物(例如以Darbopoetin、Epocept、Nanokine、Epofit、Epogin、Eprex和Procrit出售的依波亭-α；以例如NeoRecormon、Recormon和Micera出售的依波亭-β)，依波亭-Δ(以例如Dynepo出售)，依波亭-ω(以例如Epomax出售)，依波亭-ξ(以例如Silapo和Reacrit出售)以及例如Epocept、EPOTrust、Erypro Safe、Repoeitin、Vintor、Epofit、Erykine、Wepox、Espogen、Relipoeitin、Shanpoietin、Zyrop和EPIAO)。在一个实施方案中，药物组合或组合物在施用造血生长因子之前施用。在一个实施方案中，造血生长因子施用是定时的，使得药物组合或组合物对HSPC的作用已经消散。在一个实施方案中，生长因子在施用本文所述的药物组合或组合物后至少20小时施用。
如果需要，可以将多个剂量的本文所述的药物组合或组合物施用于个体。或者，个体可以施用单一剂量的本文所述的药物组合或组合物。
在一个实施方案中，用于本文所述目的活性化合物的活性可通过与靶向患病或异常增殖细胞或以其他方式增强活性、递送、药代动力学或其他有益性质的试剂缀合而增强。
本文所述的选定化合物可以与Fv片段缀合或组合施用。Fv片段是由IgG和IgM类抗体的酶促切割产生的最小片段。Fv片段具有由VH和VC区组成的抗原结合位点，但是缺少CH1和CL区。VH和VL链通过非共价相互作用在Fv片段中保持在一起。
在一个实施方案中，本文所述的选定化合物可以与选自ScFv、结构域抗体、双抗体、三联体、四联体、双-scFv、微抗体、Fab2或Fab3抗体片段的抗体片段联合施用。在一个实施方案中，抗体片段是ScFv。基因工程方法允许产生单链可变片段(ScFv)，其是包括与柔性肽连接的VH和VL结构域的Fv型片段。当接头长至少12个残基时，ScFv片段主要是单体的。操纵V-结构域的方向和接头长度产生长度为3-11个残基的不同形式的Fv分子接头，产生不能折叠成功能性Fv结构域的scFv分子。这些分子可以与第二个scFv分子缔合，形成二价双链抗体。在一个实施方案中，与本文所述的选定化合物组合施用的抗体片段是二价双链抗体。如果接头长度少于三个残基，则scFv分子结合成三联体或四联体。在一个实施方案中，抗体片段是三联体。在一个实施方案中，抗体片段是四联体。多价scFv与其单价对应物相比，通过与两个以上的靶抗原结合而具有对其靶抗原更大的功能结合亲和力，这降低了抗体片段的解离速率。在一个实施方案中，抗体片段是微抗体。微抗体是组装成二价二聚体的scFv-CH3融合蛋白。在一个实施方案中，抗体片段是双-scFv片段。双scFv片段是双特异性的。可以产生具有两个不同可变结构域的小型ScFv片段，使得这些双-scFv分子能够同时结合两个不同的表位。
在一个实施方案中，本文所述的选定化合物与双特异性二聚体(Fab2)或三特异性二聚体(Fab3)缀合或组合施用。遗传方法也被用于产生双特异性Fab二聚体(Fab2)和三特异性Fab三聚体(Fab3)。这些抗体片段能够一次结合2(Fab2)或3(Fab3)种不同的抗原。
在一个实施方案中，本文所述的选定化合物与rIgG抗体片段缀合或组合施用。rIgG抗体片段是指还原的IgG(75,000道尔顿)或半-IgG。它是仅选择性还原铰链区二硫键的产物。尽管在IgG中存在多个二硫键，但是在铰链区中的那些是最容易获得并且最容易还原的，尤其是使用温和的还原剂如2-巯基乙胺(2-MEA)。通常为了靶向可以靶向缀合(抗体固定或酶标记)的暴露铰链区巯基的目的而制备半IgG。
在其他实施方案中，可以使用本领域众所周知的方法将本文所述的选定的活性化合物连接至放射性同位素以提高功效。可以将任何对癌细胞有用的放射性同位素掺入缀合物中，例如但不限于131I、123I、192Ir、32P、90Sr、198Au、226Ra、90Y、241Am、252Cf、60Co或137Cs。
值得注意的是，接头化学对于药物缀合物的功效和耐受性可能是重要的。硫醚连接的T-DM1相对于二硫键接头形式增加了血清稳定性，似乎经历了内体降解，导致细胞毒素剂的细胞内释放，从而改善了功效和耐受性，参见Barginear,M.F.和Budman,D.R.,Trastuzumab-DM1:A review of the novel immune-conjugate for HER2-overexpressing breast cancer,The Open Breast Cancer Journal,1:25-30,(2009)。
早期和最近的抗体-药物缀合物的例子，其对可用于本发明的药物、接头化学物质和用于产品开发的靶类别的讨论可以在以下综述中找到：Casi,G.Neri,D.,Antibody-drugconjugates:basic concepts,examples and future perspectives,J.Control Release161(2):422-428,2012,Chari,R.V.,Targeted cancer therapy:conferring specificitytocytotoxic drugs,Acc.Chem.Rev.,41(1):98-107,2008,Sapra,P.和Shor,B.,Monoclonal antibody-based therapies in cancer:advances and challenges,Pharmacol.Ther.,138(3):452-69,2013,Schliemann,C.和Neri,D.,Antibody-basedtargeting of the tumor vasculature,Biochim.Biophys.Acta.,1776(2):175-92,2007,Sun,Y.,Yu,F.,和Sun,B.W.,Antibody-drug conjugates as targeted cancertherapeutics,Yao Xue Xue Bao,44(9):943-52,2009,Teicher,B.A.,和Chari,R.V.,Antibody conjugate therapeutics:challenges and potential,Clin.Cancer Res.,17(20):6389-97,2011,Firer,M.A.,和Gellerman,G.J.,Targeted drug delivery forcancer therapy:the other side of antibodies,J.Hematol.Oncol.,5:70,2012,Vlachakis,D.和Kossida,S.,Antibody DrugConjugate bioinformatics:drug deliverythrough the letterbox,Comput.Math.Methods Med.,2013；2013:282398,Epub 2013Jun19,Lambert,J.M.,Drug-conjugated antibodies for the treatment of cancer,Br.J.Clin.Pharmacol.,76(2):248-62,2013,Concalves,A.,Tredan,O.,Villanueva,C.和Dumontet,C.,Antibody-drug conjugates in oncology:from the concept totrastuzumab emtansine(T-DM1),Bull.Cancer,99(12):1183-1191,2012,Newland,A.M.,Brentuximab vedotin:a CD-30-directed antibody-cytotoxic drug conjugate,Pharmacotherapy,33(1):93-104,2013,Lopus,M.,Antibody-DM1conjugates as cancertherapeutics,Cancer Lett.,307(2):113-118,2011,Chu,Y.W.和Poison,A.,Antibody-drug conjugates for the treatment of B-cell non-Hodgkin’s lymphoma andleukemia,Future Oncol.,9(3):355-368,2013,Bertholjotti,I.,Antibody-drugconjugate a new age for personalized cancer treatment,Chimia,65(9):746-748,2011,Vincent,K.J.,和Zurini,M.,Current strategies in antibody engineering:Fcengineering and pH–dependent antigen binding,bispecific antibodies andantibody drug conjugates,Biotechnol.J.,7(12):1444-1450,2012,Haeuw,J.F.,Caussanel,V.,和Beck,A.,Immunoconjugates,drug-armed antibodies to fightagainst cancer,Med.Sci.,25(12):1046-1052,2009；以及Govindan,S.V.,和Goldenberg,D.M.,Designing immunoconjugates for cancer therapy,Expert Opin.Biol.Ther.,12(7):873-890,2012。
在一个实施方案中，本文所述的药物组合物或组合可用于治疗本文所述的任何病症。
在一个方面，本发明的化合物以组合或组合物与有效量的核苷或核苷类似物一起施用。核苷的非限制性实例包括：阿扎胞苷、地西他滨、去羟肌苷、阿糖腺苷、BCX4430、阿糖胞苷、恩曲他滨、拉米夫定、扎西他滨、阿巴卡韦、阿昔洛韦、恩替卡韦、司他夫定、替比夫定、齐多夫定、碘伏沙替啶、三氟尿嘧啶、阿普瑞西他滨、elvucitabine、氨多索韦和racivir。在一个实施方案中，本发明的化合物与有效量的核苷或核苷类似物以组合或组合物的形式用于治疗病毒感染。在一个替代的实施方案中，本发明的化合物与有效量的核苷或核苷类似物以组合或组合物的形式用于治疗肿瘤或癌症。在一个实施方案中，核苷类似物是阿扎胞苷，并且病症是肿瘤或癌症。
在一个实施方案中，提供了治疗个体的肿瘤或癌症的方法，其包括将化合物A或其药学上可接受的盐与有效量的核苷类似物组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗个体的肿瘤或癌症的方法，其包括将本文提供的化合物A或其药学上可接受的盐的类似物与有效量的核苷类似物组合或交替施用于有需要的宿主。
在一个实施方案中，提供了治疗个体的肿瘤或癌症的方法，其包括将化合物A或其药学上可接受的盐与阿扎胞苷组合或交替施用于有需要的宿主。在另一个实施方案中，提供了治疗个体的肿瘤或癌症的方法，其包括将本文提供的化合物A或其药学上可接受的盐的类似物与阿扎胞苷组合或交替施用于有需要的宿主。
VII.实施例
实施例1：确定Kasumi-1细胞中与RUNX1-RUNX1T1相关的基因
Kasumi-1AML细胞含有RUNX1-RUNX1T1融合蛋白。获得测定在RUNX1-RUNX1T1敲低时表达增加的Kasumi-1细胞中的基因的基因组(Ben-Ami,O.et al.Cell Reports 4,1131–1143(2013))。使用基因组富集分析(Subramanian,A.et.al.Proc.Natl Acad.Sci.USA102,15545–15550(2005))，将该基因组与广泛分子标记数据库(C2)一起与在用25nM皮质抑素A治疗3小时后在MOLM-14细胞中差异表达的基因进行比较(图2)。
实施例2：基因表达水平的确定
将白血病细胞以每毫升500,000-800,000个细胞一式三份铺板(12孔)，并在媒介(0.1％DMSO)或CA(对于K562、MOLM-14和MV4；11，25nM，3小时；对于MOLM-14为10nM 24小时；对于SET-2为25nM 4小时，对于每个细胞系n＝3)存在下孵育。然后用冷PBS洗涤细胞两次，并快速冷冻。分离RNA(RNeasy Plus Microkit,Qiagen or TRIzol,Life Technologies)，处理，并且对于K562、MOLM-14和MV4；11，与人类U133Plus 2.0微阵列(Affymetrix)杂交。使用Bioconductorpackages affyQCReport处理微阵列进行质量控制，并使用affy进行背景校正、汇总和使用rma的归一化。探针组存在于至少1个样品(基于affymas5call)并且其四分位间距>log2(1.2)的探针组被保留用于进一步分析。使用limma Bioconductor软件包进行CA治疗与DMSO对照样品的差异表达分析(Benjamini-Hochberg校正P<0.05)。通过RNA-seq测量SET-2和HCT116基因表达。使用Ion Torrent工作流程制备并处理SET-2RNA-seq文库。两次对齐读数，首先用rnaStar(v.2.3.0e)，然后剩余的未映射读数用BWA(v.0.7.5a)，两者都使用默认参数。使用HTSeq(v.0.5.3p3)和-s yes-m intersection-strict合并映射读数并计数。使用Bioconductor软件包DESeq进行DE分析(FDR<0.05，双倍变化)和归一化。HCT116细胞生长至约80％汇合，并用100nM CA或DMSO处理3小时(n＝3)。然后用冷PBS洗涤细胞两次并刮入TRIzol试剂(Life Technologies)。收集RNA后，使用RNeasy迷你试剂盒(Qiagen)和柱上DNase I消化进一步纯化。用于Illumina测序的文库通过Illumina TruSEQ链式mRNA制备试剂盒产生。使用1个50-bp读数和6个循环索引读数在具有单个读取流动池的Illumina HiSEQ 2000测序仪的单泳道上运行样品。使用Tophat2v.2.0.6将读数映射到hg19参照基因组，并使用自定义设置(包括设置-library-type fr-firstrand)来适当考虑方案的滞留性质。使用HTSeq v.0.6.1获得注释基因的读取计数，差异表达的基因通过DESeq v.1.10.1调用，padj值小于0.01。使用limma voom函数对计数进行归一化以用于GSEA。I-BET151比较的表达数据从ArrayExpress(https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress，登录号E-MTAB-774)下载并按原样使用处理的文件。将基因列表提交给DAVID Web服务器(http://david.abcc.ncifcrf.gov)进行功能注释。GSEA版本2.09是以自然值的信噪比作为衡量标准进行的。签名包括从Broad的MSigDB下载的策划基因集(C2，v.3)以及从内部和公布的数据集策划的签名。α
基因表达筛选的结果总结在下表2中。
*MOLM-14细胞，3hCA治疗；**SET-2细胞，4hCA治疗
表2：皮质抑素A上调RUNX1靶基因。GSEA表示在MOLM-14细胞中3小时25nM皮质抑素A治疗或SET-2细胞中4小时25nM皮质抑素A治疗的RUNX1靶基因标签的上调。
使用基因组富集分析，发现MOLM-14细胞或SET-2细胞的治疗增加了这些RUNX1靶基因的表达。对策划的基因组与包括广泛分子标签数据库(C2)在内的4,000多个标签一起进行分析。
实施例3：确定所研究的细胞分化的方法
对于SET-2分化测定，用50nM CA、50ng ml-1PMA(阳性对照)或媒介将细胞以150,000个细胞/ml一式三份(6孔)铺板3天。在4℃收集细胞团块，用冷PBS洗涤三次，并用抗CD61-PE(ab91128)或抗CD41-PerCP(ab134373)染色并通过流式细胞术分析。对于每个实验，n＝3个具有两个独立实验的生物学重复，显示一个(图3)。
实施例4：细胞增殖测定
所有悬浮细胞以每孔5000-30000个细胞一式三份铺板(96孔)用于测试(n＝3)。通过对来自一个媒介孔的活细胞计数，在3天、7天和10天后估计活细胞数，产生细胞稀释系列，每孔一式两份转移20ml至384孔板，并且对CellTiter-Glo(Promega)反应(SPECTRAmaxM3，MoleculaRDevices)进行线性回归。来自所有孔的细胞也在培养基中稀释四倍，并一式两份地转移用于CellTiter-Glo测量。在第3天和第7天，将所有孔的等体积用新鲜培养基和化合物分开，使得媒介的所得细胞密度与初始接种密度相匹配。对于第7天和第10天，估计的细胞数表示分裂调整后的理论细胞数。以每孔250个细胞一式三份铺板HCT116(96孔)。细胞在媒介、1μM紫杉醇或化合物存在下进行温育。在第7天，测量CellTiter-Blue(Promega)反应，并且将数值归一化为媒介(100％生长)和紫杉醇(0％生长)。对于具有抑制剂的生长测定，每个浓度n＝3，具有两个独立实验。
结果总结于下表3中，随着时间显示增殖的一幅图(图4)。
表3：选定的皮质抑素A细胞系敏感性。
表3显示许多血癌细胞系被CDK8/19抑制剂皮质抑素A抑制生长。高度敏感的细胞系中有两种在RUNX1本身(SKNO-1和REH)以及可能具有降低水平的RUNX1的其他(RS4；11，MV4；11和MOLM-14)中具有突变；基于发现MLL融合物降低RUNX1的蛋白水平(Zhao,X.etal.Downregulation of RUNX1/CBFβby MLL fusion proteins enhances hematopoieticstem cell self-renewal.Blood 123,1729–1738(2014)))。预计其他细胞系对皮质抑素A敏感，因为皮质抑素A增加了RUNX1转录程序。这些包括巨核细胞系MOLM-16、SET-2、MEG-01和CMK-86，因为RUNX1是巨核细胞(de Bruijn,M.F.&Speck,N.A.Core-binding factors inhematopoiesis and immune function.Oncogene 23,4238–4248(2004))和具有过表达TLX1的ALL细胞系ALL-SIL分化所必需的。显示TLX1过表达控制RUNX1转录程序(Gatta,Della,G.et al.Reverse engineering of TLX oncogenic transcriptional networksidentifies.Nat.Med.18,436–440(2012))。
皮质抑素有效地抑制许多AML细胞系的增殖，其中50％最大生长抑制浓度(GI50)小于10nM。细胞系敏感性与RUNX1转录程序依赖性一致。敏感细胞系包括含有直接抑制RUNX1或其靶基因的融合物的那些(SKNO-1、ME-1、MOLM-14)以及具有截短的GATA-1蛋白GATA-1s的巨核细胞白血病细胞系(CMK-86和MEG-01)。与巨核细胞生成不同，在红细胞终末分化期间，RUNX1表达迅速下降，这与红白血病细胞系对CA的不敏感性一致。例如，确定了皮质酮增加了RUNX1转录程序AML细胞系SET-2、MOLM-14和MV4；11。皮质抑素上调RUNX1靶基因，包括CEBPA、IRF8和NFE2，并通过基因组富集分析(GSEA)确定(i)皮质抑素上调SET-2、MOLM-14和MV4；11细胞系中的基因，其被造血干细胞中RUNX1-RUNX1T1的表达抑制；(ii)皮脂抑素上调MOLM-14和MV4；11细胞中的基因，其在siRNA介导的RUNX1敲低时在Kasumi-1AML细胞系中的表达降低；和(iii)皮脂抑素上调MOLM-14细胞中的基因，其在siRNA介导的RUNX1-RUNX1T1敲低时在Kasumi-1细胞中的表达增加。RUNX1被募集到通过皮质抑素治疗上调的位点。
实施例5：SET-2/UKE-1协同试验
在一定范围的2倍剂量稀释的化合物的96孔生长测定形式中，用恒定比例的鲁索替尼与CA，1:1或10:1共同治疗SET-2和UKE-1细胞。SET-2和UKE-1细胞还用单独的鲁索替尼或单独的CA以2倍稀释系列治疗。使用CalcuSyn软件(参见Chou,T.C.Cancer Res.2010Jan15；70(2):440-6)(图5)确定在50％生长抑制(Fa＝0.5)下的Chou-Talalay组合指数值。
实施例6：体内异种移植研究
如先前所述进行MV4；11异种移植物模型(Etchin,J.et al.Antileukemicactivity of nuclear export inhibitors that spare normalhematopoieticcells.Leukemia 27,66–74(2013))。向7周龄雌性非肥胖糖尿病重度联合免疫缺陷(NOD-SCID)Il2rg-/-(NSG)小鼠(Jackson实验室)的尾静脉注射200万MV4；11-mCLP细胞，并使用IVIS光谱系统(Caliper Life Sciences)通过生物发光成像(BLI)评估肿瘤负荷。注射后七天，通过BLI记录白血病的建立，并将小鼠分组以达到相似的平均BLI，并用媒介(20％羟丙基-β-环糊精)或CA每天一次腹膜内治疗15天。30天后，获得血细胞计数(Hemavet 950F，Drew Scientific)，并且从每组三只小鼠收集脾脏、股骨和外周血细胞并通过流式细胞术(LSRFortessa，BD Biosciences)分析，具有最高、最低和中位BLI值。称重脾脏(图6)，打开体腔并暴露内脏器官后，将小鼠和一部分脾脏保存在固定液中。然后将来自所有器官的样品解剖并放入每只小鼠的九个盒中。将组织石蜡包埋，切成6μm，用苏木精和伊红染色。从开始治疗直到濒死状态测量生存期。使用GraphPad Prism 6.0进行统计分析。对于P值测定，一起使用双向或单向ANOVA与Dunnett的多重比较测试和P值调整。
实施例7：天然和重组激酶分析
根据ActivX Biosciences的KiNativ方法用MOLM-14细胞裂解物进行天然激酶分析。对于每个定量的肽，治疗的样品的质谱信号相对于对照样品的信号的变化表示为百分比抑制。结果对应于每个皮质抑素A(CA)浓度的一式两份的一个实验。报告的质谱信号百分比变化具有统计学显著性(学生t检验分数<0.04)(图7A和图7B)。
重组全激酶组选择性分析。如(Hutterer,C.et al.Antimicrob.AgentsChemother.59,2062–2071(2015))所述，使用放射性蛋白激酶测定(PanQinase活性测定；由ProQinase GmbH进行)。
实施例8.体外放射性蛋白激酶测定
如Hutterer,C.et al.Antimicrob.Agents Chemother.59,2062–2071(2015)所述，使用放射性蛋白激酶测定(PanQinase活性测定；由ProQinase GmbH进行)。进行CDK8-CCNC(8.3nM，1.0μM ATP和1.0μg/50ml底物RBER-IRStide)的IC50测定作为重复测量，使用具有S形响应的Prism 5.04计算IC50，顶部固定为100％，底部在最小二乘拟合的0％处(图8)。
实施例9：筛选耐药性等位基因
5'-Flag标记的CDK8和CDK19从pBabe.puro.CDK8.flag(Addgene19758)和F-CDK8L(Addgene24762)克隆到pLVX-EF1α-IRES-mCherry和pLVX-EF1α-IRES-ZsGreen(Clontech)并转化到大肠杆菌(One Shot Stb13，Invitrogen)中。通过全质粒PCR(QuikChange II XLSite-Directed Mutagenesis Kit，Agilent)引入点突变。将pLVX慢病毒载体与psPASx和pMD2.G(Addgene)在293T细胞中共转染。48小时后，收集病毒上清液并通过0.45μm过滤器(Millipore)。为了转导，将24孔板用500μl 20μg/ml RetroNectin(Clontech)在4℃包被过夜，用2％BSA封闭30分钟，用PBS洗涤，并加入300-500μl病毒上清液。将平板离心(2,000g，1.5h)，然后置于培养箱中。2小时后，除去病毒上清液，加入每孔500μl每毫升200,000个细胞。1-3天后，细胞通过FACS扩增和分离。
耐药性等位基因证实AML细胞生长需要CDK8/19激酶活性。这表明CDK8/19抑制剂皮质抑素A通过抑制CDK8/19来抑制MOLM-14细胞的增殖。CDK8和CDK19中色氨酸105(W105)的突变赋予皮质抑素A对CDK8和CDK19的抗性。因此，在CDK8W105M或CDK19W105M表达时，在皮质抑素A存在下，MOLM-14细胞能够增殖。
实施例10：CDK8/19抑制阻止体内白血病细胞生长。
如先前所述进行MV4；11异种移植物模型(Etchin,J.et al.Antileukemicactivity of nuclear export inhibitors that spare normalhematopoieticcells.Leukemia 27,66–74(2013))。向7周龄雌性非肥胖糖尿病重度联合免疫缺陷(NOD-SCID)Il2rg-/-(NSG)小鼠(Jackson实验室)的尾静脉注射200万MV4；11-mCLP细胞，并使用IVIS光谱系统(Caliper Life Sciences)通过生物发光成像(BLI)评估肿瘤负荷。注射后七天，通过BLI记录白血病的建立，并将小鼠分组以达到相似的平均BLI，并用媒介(20％羟丙基-β-环糊精)或CA每天一次腹膜内治疗15天。30天后，获得血细胞计数(Hemavet 950F，Drew Scientific)，并且从每组三只小鼠收集脾脏、股骨和外周血细胞并通过流式细胞术(LSRFortessa，BD Biosciences)分析，具有最高、最低和中位BLI值。称重脾脏(图6)，打开体腔并暴露内脏器官后，将小鼠和一部分脾脏保存在固定液中。然后将来自所有器官的样品解剖并放入每只小鼠的九个盒中。将组织石蜡包埋，切成6μm，用苏木精和伊红染色。从开始治疗直到濒死状态测量生存期。使用GraphPad Prism 6.0进行统计分析。对于P值测定，双向或单向ANOVA与Dunnett的多重比较测试和P值调整一起使用。
对MV4；11AML小鼠第30天的分析表明，如用苏木精和伊红染色测量，CDK8/19抑制剂皮质抑素A的治疗使肺中具有较少的白血病细胞(图10)。
实施例11：在AML/巨核细胞系中CDK8/19抑制增加RUNX1靶基因的表达并募集RUNX1至特定基因组位点。
确定CA在CA敏感的细胞系SET-2、MOLM-14和MV4；11中增加了RUNX1转录程序。CA上调RUNX1靶基因，包括CEBPA、IRF8和NFE2，并通过基因组富集分析(GSEA)确定：
1.CA上调SET-2、MOLM-14和MV4；11细胞系中的基因，其被造血干细胞(HSC)中RUNX1-RUNX1T1的表达抑制(图2)。RUNX1-RUNX1T1融合在很大程度上起到抑制RUNX1靶基因的转录的作用。
2.CA上调MOLM-14和MV4；11细胞中的基因，其在siRNA介导的RUNX1敲低时在Kasumi-1AML细胞系中的表达降低。
3.CA上调MOLM-14细胞中的基因，其在siRNA介导的RUNX1-RUNX1T1敲低时在Kasumi-1细胞中的表达增加。
观察到在机制上，RUNX1被招募到通过CA治疗上调的位点(图11)，表明CDK8/19激酶活性限制了来自靶基因座的RUNX1，防止了RUNX1靶基因的表达增加。
实施例12：RUNX1改变和相关突变作为CDK8/19抑制剂治疗的预测性生物标志物。
可以测量皮质抑素A(CA)或其类似物的原代患者样品中的抗增殖活性和对分化的作用。获得已被表征为在RUNX1中含有突变或易位的患者样品(20-40)，包括RUNX1-RUNX1T1和单等位基因的、功能丧失的RUNX1点突变体。还获得10-30个额外的患者样品。其在与RUNX1一起调节RUNX1靶基因的转录调节因子中具有突变，包括在GATA1外显子2、CBFb-MYH11易位、FUS-ERG易位和功能丧失的CEBPA indel突变体中的突变。为了评估对CA或其类似物的敏感性，对来自患者的未分级的和CD34+白血病细胞进行3天液体培养和克隆形成测定。对于克隆形成测定，在媒介、CA或CA类似物(100nM，20nM和4nM)存在下，将每孔1,000-2,000个细胞一式两份铺板在补充有人细胞因子(rhSCF，rhG-CSF，rhGM-CSF，rhIL-3，rhIL-6，rhEpo)的Methocult(Stem Cell Tech,H4435)中。在37℃温育14天后，计数每个平板上的总菌落。平行地，CD34+细胞在细胞因子存在下用媒介、CA或CA类似物处理5天，然后用髓样标记物标记以通过流式细胞术进行分化分析。考虑到每个患者样品代表有限的限定资源，在最初的测试中，已经经历了CDK8/19抑制剂和媒介处理的细胞被收集用于随后的基因组分析，例如基因表达研究。这些样本将有助于验证来自CRISPR-Cas9筛选的命中。
使用上述方法，评估代表AML7中大部分常见遗传改变(包括DNMT3A、NPM1、WT1、内聚复合物组分和FLT3中的突变)的大量原发性AML患者样品。
实施例13：CRISPR-Cas9.MOLM-14细胞中的Cas9验证和初始筛选
人源化化脓性链球菌(S.pyogenes)Cas9在CA敏感的AML细胞系MOLM-14中表达并且证实了其敲除两种基因的能力：ZsGREEN(编码绿色荧光蛋白的慢病毒整合基因)和BCL2L11(编码促凋亡的内源性蛋白Bim的基因)(图12和图13)。
进行MOLM-14细胞中的CRISPR-Cas9修饰物筛选以鉴定赋予对CDK8/19抑制抗性的敲除基因。用编码80,000个sgRNA的广慢病毒文库一式三份转导MOLM-14细胞，所述文库针对人类基因组中的18,000个基因(4个sgRNAs/基因加上对照sgRNA)，并与嘌呤霉素抗性标记物共表达。选择在杀稻瘟菌素和嘌呤霉素上表达Cas9和sgRNA两者七天的细胞，然后开始筛选。工作流程在图14中描述。比较媒介和CA治疗组之间从第0天到第14天的sgRNA分布的变化。CA组而不是媒介组中富集有参考线(guides)，代表CA敏感性的正调节物。根据RIGER评分对基因进行排序，不仅考虑两个治疗组之间的倍数变化差异，而且还考虑重复之间的再现性和冗余sgRNA之间的作用相似性。通过分别使用CRISPR-Cas9敲除基因、使用western印迹或qPCR验证该敲除以及测量对CA的抗性来验证最高命中。
实施例14：确定原代小儿患者AMKL细胞在体外和小鼠异种移植模型中对CDK8/19抑制的敏感性
可以确定原代患者AMKL样品中的皮质抑素A(CA)或其类似物的抗增殖活性和对分化的作用。首先收集10到30名患者样品，包括已经表征了遗传病变如GATA1状态和在非DS-AMKL中存在常见易位的儿科DS-AMKL和儿科非DS-AMKL，共同易位如MLL重排、RBM15-MKL1、CBFA2T3-GLIS2和NUP98-KDM5A。然后对在亚致死剂量照射的NOD.Cg-Prkdc Il2rgl/SzJ(NSG)小鼠中首先扩增的样品进行优先排序，以便如果体外敏感，则可以在小鼠异种移植模型中进行随后的测试。对于尚未在体内扩增的患者样品，首先尝试在NSG小鼠中移植并扩增。
对于体外测试，将AMKL细胞与CA、其类似物或媒介一起培养3-5天。然后随时间测量细胞数目，并且使用流式细胞术来表征细胞效应(1)巨核细胞特异性标志物CD41和CD42的变化，(2)倍性变化，和(3)细胞凋亡的诱导。先前针对Aurora激酶A抑制剂MLN8237描述了这些体外实验。随后在体内异种移植模型中测试多达5个体外对CDK8/19抑制敏感并且已经在NSG小鼠中移植和扩增的患者样品，遵循用于测试MLN8237的程序。具体而言，将来自原发性、继发性或第三代(tertiary)的接受体小鼠的患者白血病母细胞经股内注射到亚致死剂量照射的NSG小鼠(每个治疗组7只)中。在约10天的植入期之后，用CA、其类似物或媒介在15天内对小鼠进行治疗，随后通过对骨髓(第27天和第70天)和外周血(第55天)采样来监测疾病负荷和分化。通过流式细胞术在所有时间点通过人CD45表达来测量疾病负荷以测定人细胞的存在，并且在治疗后3天通过人CD42表达来测量分化。除采样外，还对小鼠进行后腿麻痹和存活监测。
实施例15：确定CDK8/19抑制是否恢复AMKL中的RUNX1转录程序。
对于实施例14中所述的3-5个CA敏感的患者白血病母细胞，测量CA、其类似物或媒介治疗后的基因表达和RUNX1占用率。RUNX1占用率通过染色质免疫沉淀测量，然后测序(ChIP-seq)。这些实验与用SET-2巨核细胞系进行的实验相平行，并且能够证实(1)CA或其类似物在这些患者白血病细胞中刺激RUNX1转录程序，和(2)通过救援RUNX1募集中的空心块到特定基因组基因座(其也是转录上调的)而其作用。此外，测量多达三个CA抗性AMKL患者样品中的基因表达以确定是否在敏感细胞中选择性观察到对RUNX1转录程序的调节。比较敏感性和不敏感性AMKL患者的基础基因表达模式允许确定某些基因表达程序是否与敏感性相关。
实施例16：全基因组CRISPR-Cas9修饰物筛选以鉴定CDK8/19抑制剂治疗的预测性生物标志物
进行全基因组CRISPR-Cas9修饰物筛选以鉴定可能预测敏感性的AML中的基因改变。筛选出现在皮质抑素A(CA)敏感的AML细胞系(在100nM CA时>50％的生长抑制)和CA不敏感的AML细胞系(在100nM CA时<50％的生长抑制)。对于CA敏感的细胞系，基因被鉴定，当敲除时赋予CA抗性，同样在CA不敏感的细胞系中，基因被鉴定，当敲除时，赋予CA敏感性。通过测试多个细胞系，可以排除细胞系特异性遗传改变，并且通过测试CA敏感性和CA不敏感性细胞系，确定可以预测对CA或CA类似物的敏感性的遗传改变模式。该筛选的结果可以用于评估已经评估了CDK8/19抑制剂敏感性的AML患者样品中基因的表达水平。
实施例17：用各种生物标志物筛选62种细胞以检测皮质抑素A的敏感性
对于62种细胞系，制备96孔悬浮细胞培养板。将100μL软琼脂底层(完全培养基中的0.6％终浓度)倾倒并固化。然后将50μL含有相应细胞和细胞数量的软琼脂上层(0.4％终浓度)加到上面，固化并在37℃、10％CO2下温育。软琼脂固化后，将测试物质以指定的终浓度加入到平板的内孔中。随后，将测定物在细胞培养温育器中温育8-14天。最后，使用Alamar Blue显影测定物，并且在37℃温育1-5小时后测定荧光强度(激发：560nm；发射：590nm)。作为低对照，细胞用1E-05M星形孢菌素(6倍数值)处理。作为高对照，细胞用0.1％DMSO(溶剂对照，6倍数值)处理。
相对于高对照(溶剂0.1％DMSO)和低对照(1E-05M星形孢菌素)，将原始数据转换成软琼脂生长百分比，其分别设定为100％和0％。结果列于下面的图15A\15B和15C以及表4中。
表4：测试的15种最受抑制的细胞系的生长％，以及存在的相应的生物标志物。
实施例18：用于治疗骨髓增生异常综合征(MDS)的皮质抑素
皮质抑素A显著增加许多RUNX1-靶基因(包括CEBPA，IRF8和NFE2)在AML细胞系(包括源自MDS患者的MOLM-14细胞系)中的表达(图2，实施例1)。已知RUNX1在10-20％的MDS患者中发生突变，并且是MDS中最常突变的基因。因此，皮质抑素和其类似物可以通过增加RUNX1基因的表达来有效治疗MDS。进一步的证实由以下实验结果提供：1)CA治疗上调了CA诱导的RUNX1募集到基因座，表明CDK8/19激酶活性阻断RUNX1在靶基因座处的积累(实施例11)，和2)CA的抗增殖活性与RUNX1靶基因表达受损的细胞系(包括具有RUNX1突变的那些)正相关。
实施例19：巨核细胞系对CDK8/19抑制剂皮质抑素A(CA)高度敏感，CA抗增殖活性与RUNX1转录程序的刺激一致。
发现皮质抑素A(CA)有效地抑制5种测试的5种巨核细胞系的增殖，其中50％最大生长抑制浓度(GI50)小于10nM(表5)。在测试的细胞系中有CMK-86，其含有GATA1s截短的蛋白，并且来源于小儿DS-AMKL患者。
表5.白血病细胞系对CA的敏感性与RUNX1依赖性一致，治疗10天后显示的GI50。注意许多巨核细胞系显著的敏感性。
CA在白血病细胞系中的抗增殖活性与其对RUNX1转录程序失调的预期依赖性匹配。除了巨核细胞系之外，CA有效地抑制含有直接抑制RUNX1或其靶基因(表5)转录的嵌合蛋白(融合体)的细胞系的增殖，所述细胞系包括含有RUNX1-RUNX1T1融合体的细胞系和含有MLL融合体的细胞系。此外，红白血病细胞系对CA不敏感，与红细胞分化中RUNX1表达的下降(在红细胞末端分化中缺乏RUNX1依赖性)一致。细胞系对CA的强烈谱系依赖性敏感性在以下结果中尤其明显，即含有相同突变(BCR-Abl或JAK2V617F)的巨核细胞和红白血病细胞系的敏感性相差超过100倍(比较K562和HEL与MEG-01和SET-2)。
已经参照本发明的实施方案描述了本说明书。然而，本领域普通技术人员应理解，在不脱离如权利要求所阐述的本发明的范围的情况下，可以进行各种修改和改变。因此，说明书应被认为是说明性的而不是限制性的，并且所有这样的修改意图被包括在本发明的范围内。

Claims (79)

1.用于靶向选择和治疗肿瘤或癌症患者的方法，其包括(i)确定所述患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)任选地以药学上可接受的组合物施用有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物。
2.用于治疗患者中RUNX1受损的肿瘤或癌症的方法，其包括以产生通常由RUNX1转录的蛋白的充分上调的方式和剂量施用有效量的皮质抑素，以使细胞更正常、毒力更弱、更成熟或阻止生长或凋亡的方式引起所述肿瘤或癌症的分化。
3.根据权利要求1或2所述的方法，还包括使用用于确定所述患者是否将成功地响应皮质抑素治疗的试剂盒，其中所述试剂盒包含与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸在严格条件下退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
4.用于预测患有肿瘤或癌症的患者对用皮质抑素治疗的响应的方法，其包括：
i.从所述患者获得肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的的范围，或高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物治疗所述患者。
5.用于选择适合于用皮质抑素治疗的患有肿瘤或癌症的患者的方法，所述方法包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定所述患者是否对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对皮质抑素有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对皮质抑素没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则任选地以其药学上可接受的组合物施用有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，还包括用于评估诊断RUNX1途径受损的所选基因的表达水平的试剂盒，其中所述试剂盒包含用于扩增与所述基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物和任选的热稳定的DNA聚合酶。
7.根据权利要求6所述的方法，其中每种所述引物在标准严格条件下与所述选定基因编码的RNA或其互补序列杂交。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所选的生物标志物是GATA1、GATA2、C/EBPα、FLI1、FOG1、ETS1、PU.1、RUNX1和CBFα的一种或它们的组合。
9.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所选的生物标志物是BCL2、CCNA1、CD44、C/EBPα、CBFβ、CSF1、CXCL10、CXCR4、ETS1、ETS2、FLI1、FOG1、FCER1A、GATA1、GATA2、GFI1B、HEB、IRF1、IRF8、JAG1、LMO2、LTB、NFE2、NOTCH2、PU.1、SLA、SOCS1、TAL1和TNF的一种或它们的组合。
10.根据权利要求1-7中任一项的方法，其中所选的生物标志物是组成型STAT1-pS727、WT1突变、TET2突变、IDH1突变、IDH2突变、MLL重排、C/EBPα突变、CBFβ重排、PU.1突变、GATA1或2突变、ERG易位、TLX1过表达和TLX3激活中的一种或它们的组合。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，还包括使用独立地选自权利要求4、8、9和10中任一项所列的至少两种生物标志物。
12.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，还包括使用独立地选自权利要求4、8、9和10中任一项所列的至少三种生物标志物。
13.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，还包括使用独立地选自权利要求4、8、9和10中任一项所列的至少四种生物标志物。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是造血谱系肿瘤或癌症。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述造血谱系肿瘤或癌症选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、B细胞急性成淋巴细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、慢性髓性白血病、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病和多发性骨髓瘤(MM)，或者其中所述细胞是造血肿瘤或癌症的前体细胞，例如骨髓增生异常综合征(MDS)。
16.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是非造血谱系肿瘤或癌症。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、鳞状细胞癌、血管肉瘤、结肠癌、胃肠肿瘤、转移倾向性实体瘤、透明细胞癌、肾细胞癌或食道癌。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述施用于患者的皮质抑素选自式(A-1)、(A-1′)、(A-1″)、(A-2′)、(A-2″)、(A-3′)、(A-3″)、(D1′)、(D1″)、(D2′)、(D2″)、(E1′)、(E1″)、(E2′)、(E2″)、(G1′)或(G1″)的化合物。
19.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中施用于所述患者的所述皮质抑素是：
20.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中施用于所述患者的所述皮质抑素是天然皮质抑素。
21.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中，施用于所述患者的所述皮质抑素选自药学上可接受的已知皮质抑素衍生物。
22.根据权利要求1-21中任一项所述的方法，其中所述RUNX1受损是RUNX1点突变、涉及RUNX1基因的染色体易位或导致RUNX1蛋白的去稳定化或降解增加的突变导致的。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述RUNX1转录因子受损导致RUNX1控制下的基因表达降低。
24.用于靶向选择和治疗响应皮质抑素治疗的患者的方法，其包括(i)确定所述患者是否具有选自ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变的一种或它们的组合；并且如果具有，(ii)施用有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐、氧化物或任选地以药学上可接受的组合物。
25.用于预测患有肿瘤或癌症的患者对用皮质抑素治疗的响应的方法，其包括：
i.从所述患者获得肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的所述皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物治疗患者。
26.用于选择将对皮质抑素治疗有响应的患者的方法，其包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定所述患者是否对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对皮质抑素有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对皮质抑素没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则任选地以其药学上可接受的组合物施用有效量的所述皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物。
27.根据权利要求24-26中任一项所述的方法，还包括使用用于确定患者是否将成功地响应皮质抑素治疗的试剂盒，其中所述试剂盒包含与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸在严格条件下退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
28.根据权利要求24-27中任一项所述的方法，还包括诊断所选基因的试剂盒，所述诊断试剂盒包含用于扩增与所述基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物和任选的热稳定的DNA聚合酶。
29.根据权利要求24-27中任一项所述的方法，还包括其中每种所述引物在标准严格条件下与所述基因编码的RNA或其互补序列杂交的试剂盒。
30.根据权利要求24-27中任一项所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是造血谱系肿瘤或癌症。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述造血谱系肿瘤或癌症选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、B细胞急性成淋巴细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、B细胞急性淋巴母细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、慢性髓性白血病、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病和多发性骨髓瘤(MM)，或者其中所述细胞是造血肿瘤或癌症的前体细胞，例如骨髓增生异常综合征(MDS)。
32.根据权利要求22-27中任一项所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是非造血谱系肿瘤或癌症。
33.根据权利要求32所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、鳞状细胞癌、结肠癌、胃肠肿瘤、转移倾向性实体瘤、透明细胞癌、肾细胞癌或食管癌。
34.用于靶向选择和治疗患有对抗CDK8/19治疗有响应的肿瘤或癌症的患者的方法，其包括(i)确定所述患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)施用有效量的CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐、氧化物或任选地以药学上可接受的组合物。
35.用于治疗患者中RUNX1受损的肿瘤或癌症的方法，其包括通过以产生由RUNX1转录的蛋白的充分上调的方式和剂量施用有效量的CDK8/19抑制剂，以使细胞更正常、毒力更弱、更成熟、阻止细胞生长或凋亡的方式引起所述肿瘤或癌症的分化。
36.用于预测肿瘤或癌症患者对用CDK8/19抑制剂治疗的响应的方法，其包括：
i.从所述患者获得肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的临床益处增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物治疗所述患者。
37.用于选择适合于用CDK8/19抑制剂治疗的肿瘤或癌症患者的方法，其包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定所述患者是否对抗CDK8/19治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对CDK8/19抑制剂有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对CDK8/19抑制剂没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则任选地以其药学上可接受的组合物施用有效量的CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物。
38.根据权利要求34-37中任一项所述的方法，还包括使用用于确定患者是否将成功地响应抗CDK8/19治疗的试剂盒，其中所述试剂盒包含与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸在严格条件下退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
39.根据权利要求34-38中任一项所述的方法，还包括试剂盒，所述试剂盒包含诊断RUNX1途径受损的一组所选基因、用于扩增与所述基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物和任选的热稳定的DNA聚合酶。
40.根据权利要求34-38中任一项所述的方法，其还包括试剂盒，所述试剂盒包含一组引物，其由对于诊断RUNX1途径受损的所选基因组的每个基因用于扩增与所述基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物组成，其中每种引物在标准严格条件下与所述基因编码的RNA或其互补序列杂交。
41.根据权利要求34-40中任一项所述的方法，其中所选的生物标志物是GATA1、GATA2、C/EBPα、FLI1、FOG1、ETS1、PU.1和CBFα的一种或它们的组合。
42.根据权利要求34-40中任一项的方法，其中所选的生物标志物是BCL2、CCNA1、CD44、C/EBPα、CBFβ、CSF1、CXCL10、CXCR4、ETS1、ETS2、FLI1、FOG1、FCER1A、GATA1、GATA2、GFI1B、HEB、IRF1、IRF8、JAG1、LMO2、LTB、NFE2、NOTCH2、PU.1、SLA、SOCS1、TAL1和TNF的一种或它们的组合。
43.根据权利要求34-40中任一项的方法，其中所选的生物标志物是组成型STAT1-pS727、WT1突变、TET2突变、IDH1突变、IDH2突变、MLL重排、C/EBPα突变、CBFβ重排、PU.1突变、GATA1或2突变、ERG易位、TLX1过表达和TLX3激活中的一种或它们的组合。
44.根据权利要求34-40中任一项所述的方法，还包括使用独立地选自权利要求37、41和42任一项中所列的至少两种生物标志物。
45.根据权利要求34-43中任一项所述的方法，还包括使用独立地选自权利要求37、41和42中任一项中所列的至少三种生物标志物。
46.根据权利要求34-43中任一项所述的方法，还包括使用独立地选自权利要求37、41和42中任一项中所列的至少四种生物标志物。
47.根据权利要求34-46中任一项所述的方法，还包括使用用于确定患者是否将成功地响应CDK8/19治疗的试剂盒，其中所述试剂盒包含与生物标志物或生物标志物组合的多核苷酸在严格条件下退火的探针或结合生物标志物蛋白的抗体。
48.用于预测患有肿瘤或癌症的患者对用CDK8/19抑制剂治疗的响应的方法，其包括：
i.从所述患者获得所述肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否高于或低于在相应正常细胞中发现的范围，例如，高于或低于与患者的临床益处增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物治疗所述患者。
49.用于选择将对用CDK8/19抑制剂治疗有响应的肿瘤或癌症患者的方法，其包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定所述患者是否对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对CDK8/19抑制剂有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对CDK8/19抑制剂没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则任选地以其药学上可接受的组合物施用有效量的CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物。
50.根据权利要求48-49中任一项所述的方法，还包括诊断所选基因的试剂盒，所述试剂盒包含用于扩增与所述基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物和任选的热稳定的DNA聚合酶。
51.根据权利要求48-49中任一项所述的方法，还包括试剂盒，所述试剂盒包含一组引物，其由对于所选基因组的每个基因用于扩增与该基因特异性编码的RNA互补的DNA的引物组成，其中每种引物在标准严格条件下与所述基因编码的RNA或其互补序列杂交。
52.根据权利要求48-51中任一项所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是造血谱系肿瘤或癌症。
53.根据权利要求52所述的方法，其中所述造血谱系肿瘤或癌症选自：急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、B细胞急性淋巴母细胞性白血病(B-ALL)、儿童B-ALL、慢性髓性白血病、急性单核细胞性白血病、急性巨核细胞性白血病、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、伯基特淋巴瘤、艾滋病相关淋巴瘤、慢性骨髓增殖性疾病、原发性中枢神经系统淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、毛发细胞白血病和多发性骨髓瘤(MM)，或者其中所述细胞是造血肿瘤或癌症的前体细胞例如骨髓增生异常综合征(MDS)。
54.根据权利要求48-51中任一项所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是非造血谱系肿瘤或癌症。
55.根据权利要求54所述的方法，其中所述肿瘤或癌症是乳腺癌、卵巢癌、子宫内膜癌、鳞状细胞癌、血管肉瘤、结肠癌、胃肠肿瘤、转移倾向性实体瘤、透明细胞癌、肾细胞癌或食管癌。
56.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，还包括用第二活性剂治疗所述患者。
57.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，还包括用第二活性剂治疗所述患者，其中所述第二活性剂选自BET抑制剂、PI3K抑制剂、Raf抑制剂、BTK抑制剂、Bcl-2抑制剂、CDK7抑制剂、MEK抑制剂或Syk抑制剂。
58.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，还包括用第二活性剂治疗所述患者，其中所述第二活性剂是选自nivolumab(BMS)、pembrolizumab(Merck)、pidilizumab(CureTech/Teva)、AMP-244(Amplimmune/GSK)、BMS-936559(BMS)和MEDI4736(Roche/Genentech)的PD-1抑制剂。
59.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，还包括用至少一种其他活性剂治疗所述患者，其中所述第二活性剂是选自JQ1、I-BET151(又名GSK1210151A)、I-BET762(又名GSK525762)、OTX-015(又名MK-8268，IUPAC 4-(4-氯苯基)-N-(4-羟基苯基)-2,3,9-三甲基-)6H-噻吩并[3,2-f][1,2,4]三唑并[4,3-a][1,4]二氮杂-6-乙酰胺、TEN-010、CPI-203、CPI-0610、RVX-208和LY294002的BET抑制剂。
60.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，还包括用第二活性剂治疗所述患者，其中所述其他活性剂是免疫调节剂。
61.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，其中所述其他活性剂是抗PD1抗体。
62.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，其中所述其他活性剂是抗CTLA-4化合物，如ipilimumab(Yervoy)或tremelimumab。
63.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，其中所述患者患有肿瘤。
64.根据权利要求1-55中任一项所述的方法，其中所述患者患有癌症。
65.如上任何实施方案中所述的试剂盒。
66.皮质抑素和至少一种其他活性剂的组合剂型，其与采用权利要求1-10的方法进行患者选择的诊断剂联合使用。
67.皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于靶向选择和治疗对皮质抑素治疗有响应的肿瘤或癌症患者的方法，其中所述方法包括(i)确定所述患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)施用有效量的所述化合物。
68.皮质抑素用于治疗患者中RUNX1受损的肿瘤或癌症的方法，其中所述方法包括以产生通常由RUNX1转录的蛋白的充分上调的方式和剂量施用有效量的化合物，以使细胞更正常、毒力更弱、更成熟或阻止生长或凋亡的方式引起所述肿瘤或癌症的分化。
69.皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于预测肿瘤或癌症患者对用所述化合物治疗的响应的方法，其中所述方法包括：
i.从所述患者获得所述肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的所述化合物治疗所述患者。
70.皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于选择适合于用皮质抑素治疗的肿瘤或癌症患者的方法，其中所述方法包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定患者是否对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对皮质抑素有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对皮质抑素没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则施用有效量的所述化合物。
71.皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于靶向选择和治疗对皮质抑素治疗有响应的患者的方法，其中所述方法包括(i)确定患者是否具有选自ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变的一种或它们的组合；并且如果具有，(ii)施用有效量的所述化合物。
72.皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于预测患有肿瘤或癌症的患者对用皮质抑素治疗的响应的方法，其中所述方法包括：
i.从所述患者获得所述肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的所述化合物治疗所述患者。
73.皮质抑素或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于选择将对用皮质抑素治疗有响应的患者的方法，其中所述方法包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定患者是否对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对皮质抑素有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对皮质抑素没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则施用有效量的所述化合物。
74.CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于靶向选择和治疗对抗CDK8/19治疗有响应的肿瘤或癌症患者的方法，其中所述方法包括(i)确定患者是否具有RUNX1途径受损；如果具有，(ii)施用有效量的所述化合物。
75.CDK8/19抑制剂用于治疗患者中RUNX1受损的肿瘤或癌症的方法，其中所述方法包括以产生由RUNX1转录的蛋白的充分上调的方式和剂量施用有效量的所述化合物，以使细胞更正常、毒力更弱、更成熟、阻止细胞生长或凋亡的方式引起所述肿瘤或癌症的分化。
76.CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于预测患有肿瘤或癌症的患者对用CDK8/19抑制剂治疗的响应的方法，其中所述方法包括：
i.从所述患者获得肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否在相应正常细胞的范围之外，例如，高于或低于在相应的正常细胞中发现的范围，或高于或低于与患者的临床获益增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的所述化合物治疗所述患者。
77.CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于选择适合于用CDK8/19抑制剂治疗的肿瘤或癌症患者的方法，其中所述方法包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ACSL1、ADORA2B、ADRB1、AMPD3、ARRDC4、BCL2、BCL2A1、CBFβ、CCNA1、CD244、CD44、CDC42EP3、C/EBPα、CECR6、CFLAR、CISH、CSF1、CXCL10、CXCR4、CYTIP、DUSP10、E2F8、EMB、EMR2、ETS1、ETS2、FAM107B、FAM46A、FCER1A、FCGR1B、FLI1、FOG1、FOSL2、GAB2、GAS7、GATA1、GATA2、GFI1B、GMPR、GPR18、GPR183、HBBP1、HEB、HLX、HMGCS1、IGFBP4、IGFBP5、IL17RA、IL1RAP、IPCEF1、IRF1、IRF8、ITGA6、JAG1、LCP2、LDLR、LIMA1、LMO2、LRRC33、LTB、MBP、MICAL2、MYCN、MYO1G、NFE2、NOTCH2、NRP1、P2RY2、PAG1、PLAC8、PLEK、PLXNC1、PMP22、PTPRE、PU.1、PXK、RAB27A、RASA3、RGS16、RHOH、RNF24、RXRA、SELPLG、SLA、SLC7A11、SLC7A5、SOCS1、ST3GAL4、STK17B、TAL1、TIMP3、TMEM104、TNF、TSC22D1、TSC22D3、ZBTB16和ZCCHC5；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定患者是否对抗CDK8/19治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对CDK8/19抑制剂有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对CDK8/19抑制剂没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则施用有效量的所述化合物。
78.CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于预测患有肿瘤或癌症的患者对用CDK8/19抑制剂治疗的响应的方法，其中所述方法包括：
i.从所述患者获得所述肿瘤或癌症样品；
ii.测定来自患者的所述生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.确定在步骤(ii)中评估的表达水平或表达量是否高于或低于在相应正常细胞中发现的范围，例如，高于或低于与患者的临床获益的增加或降低相关的一定量；和
iv.任选地用有效量的所述化合物治疗所述患者。
79.CDK8/19抑制剂或其药学上可接受的盐或氧化物任选地以其药学上可接受的组合物用于选择将对用CDK8/19抑制剂治疗有响应的肿瘤或癌症患者的方法，其中所述方法包括：
i.获得所述患者的肿瘤或癌症样品；
ii.检测来自所述患者的生物样品中的一种或多种生物标志物的表达水平或表达量，其中所述生物标志物选自由以下组成的组：ER阳性、VHL功能丧失突变(VHL-阴性)、HER2过表达、EGFR突变、MET突变、神经母细胞瘤的生物标志物；EWS-FLI1、STAT1-pS727、STAT1，或ETV1、FLI1、SMC3、SMC1A、RAD21或STAG2中的失活突变；
iii.将步骤(ii)中确定的表达与对照组样品中的相同基因的表达相比较，以确定所述患者是否对皮质抑素治疗有响应，所述对照组样品包括代表性数量的对CDK8/19抑制剂有响应的患者或预测性动物模型和代表性数量的对CDK8/19抑制剂没有或有较差响应的患者；和
iv.如果确定所述患者对该治疗有响应，则施用有效量的所述化合物。
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Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
PT2118074E (pt) 2007-02-01 2014-03-20 Resverlogix Corp Compostos para a prevenção e tratamento de doenças cardiovasculares
CA3146333A1 (en) 2009-03-18 2010-09-23 Resverlogix Corp. Phenyl-quinazolin-4(3h)-one and phenyl-pyrido[2,3-d]pyrimidin-4(3h)-one derivatives and compositions thereof useful as anti-inflammatory agents
WO2016147053A1 (en) 2015-03-13 2016-09-22 Resverlogix Corp. Compositions and therapeutic methods for the treatment of complement-associated diseases
EP3394038A4 (en) * 2015-12-23 2019-08-21 President and Fellows of Harvard College TARGETED PATIENT SELECTION FOR TREATMENT WITH SPECIFIC CORTISTANTIDE DERIVATIVES
EP3541408A4 (en) 2016-11-15 2020-06-24 The Schepens Eye Research Institute, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR THE TREATMENT OF ABERRANT ANGIOGENESIS
US20200224195A1 (en) * 2016-12-01 2020-07-16 Nestec S.A. Methods of modulating fam46a
CN106636408A (zh) * 2016-12-27 2017-05-10 北京泱深生物信息技术有限公司 一种布加综合征诊断工具
WO2018159805A1 (ja) 2017-03-03 2018-09-07 国立大学法人京都大学 膵前駆細胞の製造方法
CN108653291A (zh) * 2017-04-01 2018-10-16 上海市肿瘤研究所 Thz1在治疗卵巢癌中的用途
WO2018231827A1 (en) 2017-06-12 2018-12-20 Bluefin Biomedicine, Inc. Anti-il1rap antibodies and antibody drug conjugates
JP7416700B2 (ja) 2017-11-14 2024-01-17 ザ スキーペンズ アイ リサーチ インスティチュート インコーポレイテッド 増殖性硝子体網膜症および上皮間葉転換と関連付けられる状態の治療のためのｒｕｎｘ１阻害の方法
WO2019232467A1 (en) * 2018-06-01 2019-12-05 President And Fellows Of Harvard College Pharmacodynamic biomarkers for the treatment of cancer with a cdk8/19 inhibitor
WO2021021713A1 (en) * 2019-07-26 2021-02-04 Mina Therapeutics Limited Compositions and methods of using c/ebp alpha sarna
WO2021102420A1 (en) * 2019-11-22 2021-05-27 The Regents Of The University Of California Interferon signaling as a cancer biomarker
CN116391028A (zh) 2020-11-20 2023-07-04 千纸鹤治疗公司 促熟剂
CN116829697A (zh) 2021-02-09 2023-09-29 千纸鹤治疗公司 促熟剂
JPWO2023022200A1 (zh) * 2021-08-18 2023-02-23

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013122609A1 (en) * 2012-02-17 2013-08-22 Genentech, Inc. Methods of using cdk8 antagonists
CN106103452A (zh) * 2013-12-24 2016-11-09 哈佛学院院长等 皮质抑素类似物及其合成和用途

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
UA117342C2 (uk) * 2012-02-02 2018-07-25 Сенекс Біотекнолоджи Інк. Селективні інгібітори cdk8/cdk19 та їх застосування як протиметастатичних та хіміопрофілактичних засобів у способах лікування раку
US20160000787A1 (en) * 2013-02-26 2016-01-07 Senex Biotechnology, Inc. Inhibitors of cdk8/19 for use in treating estrogen receptor positive breast cancer
EP3007686A4 (en) * 2013-06-10 2017-03-15 Yeda Research and Development Co., Ltd. Compositions and methods for treating a hematological malignancy associated with an altered runx1 activity or expression
EP3394038A4 (en) * 2015-12-23 2019-08-21 President and Fellows of Harvard College TARGETED PATIENT SELECTION FOR TREATMENT WITH SPECIFIC CORTISTANTIDE DERIVATIVES

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013122609A1 (en) * 2012-02-17 2013-08-22 Genentech, Inc. Methods of using cdk8 antagonists
CN106103452A (zh) * 2013-12-24 2016-11-09 哈佛学院院长等 皮质抑素类似物及其合成和用途

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