CN107338305A - 一种用于pd‑1表达水平检测的试剂盒 - Google Patents
一种用于pd‑1表达水平检测的试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN107338305A CN107338305A CN201710603549.3A CN201710603549A CN107338305A CN 107338305 A CN107338305 A CN 107338305A CN 201710603549 A CN201710603549 A CN 201710603549A CN 107338305 A CN107338305 A CN 107338305A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- detection
- kit
- expression
- rna
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6848—Nucleic acid amplification reactions characterised by the means for preventing contamination or increasing the specificity or sensitivity of an amplification reaction
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/166—Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Pathology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及一种用于PD‑1表达检测的试剂盒,试剂盒包括特异性反转录引物、Q‑PCR特异性引物和探针。能检测肿瘤细胞内PD‑1表达水平的高低,此方法相对IHC,具有操作简单,灵敏度高、特异性好,只需2个小时就能完成检测的优点,可满足临床快速检测、指导用药的需求。
Description
技术领域
本发明涉及一种生物技术领域,尤其涉及一种用于PD-1表达水平检测的试剂盒。
背景技术
PD-1(programmed death 1)程序性死亡受体1,最初在凋亡的小鼠T细胞杂交瘤中发现,属于CD28超家族成员,是一种由定位于染色体2q37.3的PD-1基因编码的Ⅰ型跨膜糖蛋白。PD-1主要表达于活化的T细胞、B细胞及活化抗原提呈细胞(包括单核细胞及树突状细胞)。PD-1配体主要有PD-L1和PD-L2,两者在相关研究中都可以发现在一些肿瘤细胞中有高表达。
研究表明,PD-1的表达与许多肿瘤的发生、发展及预后有关。肿瘤细胞可通过PD-1/PD-L1信号途径逃过免疫系统的监测和杀伤,参与肿瘤的免疫逃逸机制。当T细胞表面的受体PD-1与其配体PD-L1相互作用时,细胞内的ITSM发生磷酸化,招募SHP2磷酸酶类分子,从而激活RAS和PI3K/AKT信号通路,使下游的T细胞的活化被抑制,包括抑制细胞因子的产生和T细胞增殖并诱导T细胞凋亡等,转导负性信号,从而发挥负性调节作用。
PD-1在许多肿瘤组织中的表达发生明显上调。Zhang等研究证实,PD-1过表达与NSCLC密切相关。从21NSCLC患者中证实在肿瘤组织中CD8+T细胞PD-1的表达要远远高于外周血单核淋巴细胞(PBMC)中CD8+T细胞PD-1的表达。同时发现对于同一个患者,在其肿瘤组织中CD8+T细胞PD-1的表达也要远远高于PBMC中CD8+T细胞的表达。
肿瘤免疫治疗是通过调动机体的免疫系统,增强抗肿瘤免疫力,从而抑制和杀伤肿瘤细胞。肿瘤免疫治疗是当前肿瘤治疗领域中最具前景的研究方向之一。以PD-1及PD-L1为靶点的免疫抑制剂,可以阻断PD-1与PD-L1的结合,阻断负向调控信号,使T细胞恢复活性,增强T细胞免疫应答,对抗肿瘤的生长、转移有重要的临床意义。目前已上市的PD-1拮抗剂包括Opdivo,Keytruda和Tecentriq。FDA已批准上述三个PD-1抑制剂用于多种癌症的治疗,包括转移性非小细胞肺癌、黑色素瘤、头颈鳞癌、尿路上皮癌等。
发明内容
本发明的目的:提供一种用于PD-1表达检测的试剂盒,能检测肿瘤细胞内PD-1表达水平的高低,此方法相对IHC,具有操作简单,灵敏度高、特异性好,只需2个小时就能完成检测的优点,可满足临床快速检测、指导用药的需求。
为了实现上述目的,本发明的技术方案是:
一种用于PD-1表达检测的试剂盒,包括特异性反转录引物、Q-PCR特异性引物和探针;
所述特异性反转录引物包括如下核苷酸序列:
PD-1反转录1:5’AGACTAGCAGCACCAGGCTG3’
GAPDH反转录2:5’ATACGACCAAATCCGTTGACT3’
所述Q-PCR特异性引物包括如下核苷酸序列:
PD-1F:GAGCTCAGGGTGACAGAGAGAAG3’
PD-1R:5’CAACCACCAGGGTTTGGAAC3’
GAPDHF:5’CTCTGCTCCTCCTGTTCGAC3’
GAPDHR:5’ATGGTGTCTGAGCGATGTGG3’
所述探针包括如下核苷酸序列:
PD-1taqman:5’-FAM-CAGAAGTGCCCACAGC-MGB-3’
GAPDHTaqman:5’CGTCGCCAGCCGA3’
一种用于PD-1表达检测的试剂盒,通过所述试剂盒提取RNA样本,逆转录体系中将RNA逆转录成cDNA,并在PCR扩增体系中进行PCR扩增反应。
所述逆转录体系包括如下组份:
5×RT buffer 4µL
引物终浓度 200nM
dNTP 1mM
super RT 200U
RNA 6µL
补DEPC水至 20µL。
所述PCR扩增体系包括如下组份:
10XPCR Buffer 稀释为1X
dNTP 0.2mM
模板 2uL
各引物 200-400 nM
各探针 100-400 nM
热启动Taq酶 1U
MgCL2 2-5mM
总体积 20uL。
所述PCR扩增反应的条件如下:
一种用于PD-1表达检测的检测试剂盒的检测方法,所述检测方法至少包括如下步骤:
步骤1:针对PD-1表达设计合成引物和检测探针。
步骤2:样本处理与RNA的提取。
步骤3:RNA逆转录成cDNA
步骤4:建立PCR扩增反应体系。
步骤5:分析图像后调节Baseline的Start值、End值和阈值线,判定结果。
上述的用于PD-1表达检测的检测试剂盒的检测方法,其中,所述的RNA样本包括新鲜肿瘤组织或新鲜病理组织或石蜡包埋组织或新鲜血液。
上述的用于PD-1表达检测的检测试剂盒的检测方法,其中,取样的所述的RNA样本为1克。
本发明采用了PD-1特异探针和引物,可以检测肿瘤组织中RNA中PD-1的表达;创新性的利用RT-PCR的方法,提高了其灵敏度,大于传统的IHC方法;可以在外泌体和血小板RNA中检测PD-L1的表达;操作简单,检测廉价,可以大规模推广;检测速度快,检测过程大约需要2小时就可完成。
具体实施方式
以下进一步说明本发明的实施例。
一种用于PD-1表达检测的引物、探针,包括PD-1和GAPDH反转录引物,PD-1检测引物与探针,所述的PD-1和GAPDH引物与探针具体为:
所述反转录引物包括如下核苷酸序列:
PD-1反转录引物(PD-1):5’AGACTAGCAGCACCAGGCTG3’
GAPDH反转录引物(GAPDH-2):5’ATACGACCAAATCCGTTGACT3’
所述Q-PCR特异性引物包括如下核苷酸序列:
PD-1反转录引物(PD-1F):GAGCTCAGGGTGACAGAGAGAAG3’
PD-1反转录引物(PD-1R):5’CAACCACCAGGGTTTGGAAC3’
GAPDH检测引物(GAPDHF):5’CTCTGCTCCTCCTGTTCGAC3’
GAPDH检测引物(GAPDHR):5’ATGGTGTCTGAGCGATGTGG3’
所述探针包括如下核苷酸序列:
PD-1taqman:5’-FAM-CAGAAGTGCCCACAGC-MGB-3’
GAPDHTaqman:5’CGTCGCCAGCCGA3’
一种用于PD-1表达检测的检测试剂盒的检测方法,该方法至少包括如下步骤:
步骤1:根据COSMIC数据公布的人类PD-1和GAPDH基因的基因序列,针对PD-1和GAPDH基因来设计引物和探针。通过PD-1和GAPDH特异性引物和探针体系优化,实现高灵敏和特异检测。
针对选定的PD-1和GAPDH序列,应用Premier 6.0引物设计软件设计多对特异引物和探针。
步骤2:提取检测样本的RNA,所述的检测样本包括新鲜病理组织、石蜡包埋组织和胸腔液。
步骤3:配制实时荧光PCR扩增反应体系。
步骤4:根据荧光PCR扩增仪显示的Ct值判断检测结果:荧光信号的收集定为FAM,数据的采集定在60℃。
步骤5:实验结束后进行分析和判定。
在所述的步骤2中,还包括如下分步骤:
步骤2.1:取约1×1 cm2的各肺癌样本切片(共约4-5片切片)置于离心管(自备)中,加入1ml二甲苯,盖紧管盖,涡旋震荡10秒。
步骤2.2:12,000 rpm(~13,400×g)离心2分钟,小心吸弃上清,注意不要吸弃沉。
步骤2.3:加入1ml无水乙醇,涡旋震荡混匀;12,000 rpm离心2分钟,弃上清,注意不要吸弃沉淀。
步骤2.4:打开管盖,室温或最高至37°C孵育10分钟,直至无乙醇残留。
步骤2.5:加入150μl Buffer PKD,重悬沉淀;加入10 μl Proteinase K,涡旋震荡混匀。
步骤2.6:56℃孵育15分钟,直至样品完全溶解;80℃孵育15分钟;短暂离心,使管壁上的溶液收集到管底。
步骤2.7:加入320μl Buffer RBC,涡旋震荡彻底混匀。
步骤2.8:将步骤2.7中所得到的溶液全部加入到已装入收集管(Collection Tube2 ml)的过滤柱(DNA Remover Column)中;10,000 rpm离心1分钟,收集滤液。
步骤2.9:在步骤2.8得到的滤液中,加入720μl无水乙醇,涡旋震荡彻底混匀。
步骤2.10:将步骤2.9中所得的溶液全部加入到已装入收集管(Collection Tube2 ml)的吸附柱(Spin Column RS)中;10,000 rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
步骤2.11:向吸附柱中加入500μl Buffer RW2,10,000rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
步骤2.12:12,000 rpm离心2分钟,倒掉收集管中废液;将吸附柱置于室温数分钟以彻底晾干。
步骤2.13:将吸附柱置于一个新的无RNase离心管(Collection Tube 1.5 ml)中,向吸附柱的中间部位悬空加入20-50 μl RNase-Free Water,室温放置2-5分钟,10,000rpm离心1分钟,收集RNA溶液,准备后续实验。
在所述的步骤2.13中,所述的逆转录PCR反应体系如下:
5×Transcription Buffer 5uL
dNTP(10mM) 1.25uL
引物终浓度 200nM
Ribonuclease Inhibitor (40 U/μl) 0.7uL
MLV-Transcriptase 1uL
RNA 15uL
DEPC H2O 补足至25uL
在所述的步骤3中,所述的PCR扩增反应体系如下:
PCR扩增反应体系如下:
10XPCR Buffer 稀释为1X
dNTP 0.2mM
模板 2uL
各引物 200-400 nM
热启动Taq酶 1U
MgCL2 2-5mM
总体积 20uL。
所述的PCR反应的条件如下:
荧光信号的收集定为FAM,数据的采集定在60℃。
步骤4:分析图像后调节Baseline的Start值、End值和阈值线,判定结果。
反应结束后,仪器自动保存结果,分析图像后调节Baseline的Start值、End值(可自行调节,Start值可以在3-10之间,End值位于15-20之间,调整阴性质控品的扩增曲线使其平直或低于阈值线)和阈值线(Threshold值,可手动调整至baseline之上)。
Ct值及△Ct值的确定:用户根据实际情况确定各反应管扩展曲线升起的拐点处,得到其Ct值。△Ct=PD-1孔FAM荧光Ct值与参照孔Ct值的差值。检测孔Ct值是指样本检测孔对应的Ct值;参照孔Ct值是指样本GAPDH对应的Ct值。
结果判读如下:样本PD-1有S型曲线且△ct值>15时,PD-1弱表达;10≤△ct≤15时,PD-1中表达;△ct值≤10时,PD-1强表达。
所述的RNA样本包括新鲜肿瘤组织或新鲜病理组织或石蜡包埋组织或新鲜血浆。
取样的所述的PD-1样本为1克左右。
在所述的步骤5中,还包括如下分步骤:
步骤5.1:运行无模板对照(NTC)时,FAM信号无曲线升起,说明实验无污染存在,可以继续分析实验情况。
步骤5.2:运行阳性质控品分析,所有阳性质控的Ct值≤30.0,说明实验体系正常,可以继续分析实验结果;其Ct值也可能会由于不同仪器的不同阈值设置而发生波动。
步骤5.3:运行MIX5(ref)的Ct值计算,在FAM通道,如果Ct值≤42.0,可以继续分析;如果Ct值>42.0,则说明样本RNA降解严重,不适合实验需要。
步骤5.4:有效扩增曲线的定义及要求:典型扩增曲线具有三种典型时期,早期背景扩增期、中期指数扩增期(升高)和晚起的平台期,曲线整体形状呈S型。有效扩增曲线至少需要早期背景扩增期和中期指数扩增,曲线呈正常S型扩增趋势,方可计算曲线Ct值;其余曲线视为无效曲线,不予计算。
步骤5.5:在FAM通道中运行Ct的计算,根据每个位点的Ct值及有无扩增曲线,判定对应位点情况,具体结果判定结果为:
结果判读如下:样本PD-1有S型曲线且△ct值>15时,PD-1弱表达;10≤△ct≤15时,PD-1中表达;△ct值≤10时,PD-1强表达。
所述的mRNA反转录cDNA的操作方法,包括如下步骤:
步骤1:取逆转录反应混合液13µL,super RT逆转录酶1µl,加入无菌离心管中,混匀。
步骤2:加入待测样品RNA 6µL,RNA总量在0.1~5µg范围内至20µl。
步骤3:42°保温1个小时,85°C孵育5分钟;反应结束后,短暂离心,置于冰上冷却。
步骤4:逆转录产物可直接用于后续PCR反应和荧光定量PCR反应。
实施例1:
利用本发明体系检测质粒,实验用质粒模板(含PD-1基因),利用上述荧光PCR检测PD-1基因表达的方法如下:
(1)质粒处理与提取
质粒的提取采用TIANGEN(HighPure Plasmid kid,DP116)的质粒提取试剂盒进行提取,具体提取操作步骤按试剂盒说明操作。所提DNA溶于Tris-HCl (10mM,pH 8.0), 经紫外分光光度计检测提取质量,确定其浓度,然后用Tris-HCl (10mM,pH 8.0)溶液调整DNA浓度到20ng/ul作为稀释母液。
根据公式C拷贝浓度=(C质量浓度X6.02X1023)/MWDNA稀释野生型质粒为106个拷贝数/微升。
(2)建立PCR扩增反应体系:
将上述所得cDNA模板,用作实时荧光PCR扩增的模板,按照如下扩增体系进行PCR扩增
10XPCR Buffer 稀释为1X
dNTP 0.2mM
模板 2uL
各引物 200-400 nM
各探针 100-400 nM
热启动Taq酶 1U
MgCL2 2-5mM
总体积 20uL。
实时PCR反应条件如下:
荧光信号的收集定为FAM,数据的采集定在60℃。
实验结束以后,按以下步骤进行分析、判定:
1、运行无模板对照(NTC)时,FAM信号无曲线升起,说明实验无污染存在,可以继续分析实验情况。
2、运行阳性质控品分析,所有阳性质控的Ct值≤30.0,说明实验体系正常,可以继续分析实验结果;其Ct值也可能会由于不同仪器的不同阈值设置而发生波动。
3、运行GAPDH的Ct值计算,在FAM通道,如果Ct值≤42.0,可以继续分析;如果Ct值>42.0,则说明样本RNA降解严重,不适合实验需要。
4、有效扩增曲线的定义及要求:典型扩增曲线具有三种典型时期,早期背景扩增期、中期指数扩增期(升高)和晚起的平台期,曲线整体形状呈S型。有效扩增曲线至少需要早期背景扩增期和中期指数扩增,曲线呈正常S型扩增趋势,方可计算曲线Ct值;其余曲线视为无效曲线,不予计算。
5、在FAM通道中运行Ct的计算,根据每个位点的Ct值及有无扩增曲线,判定对应位点情况,具体结果判定如下:样本PD-1有S型曲线且△ct值>15时,PD-1弱表达;10≤△ct≤15时,PD-1中表达;△ct值≤10时,PD-1强表达。
灵敏度分析:取PD-1基因质粒经定量后浓度为1000个拷贝的样品DNA,进行10倍稀释,然后分别对3个浓度进行检测,每次反应加入5µL DNA.结果表明本发明的荧光PCR方法的灵敏度高,10拷贝DNA基因即可检出。
重复性试验:每个反应分别加入质粒DNA 1000拷贝、100拷贝,重复10次进行荧光PCR扩增,10次Ct值相差不到0.5个循环。
检测结果表明,本发明的检测体系可以准确检测质粒PD-1基因表达,检测的灵敏度可达到5-10拷贝。
实施例2:
运用本发明检测临床样本,取送我公司待检测的临床肺癌石蜡包埋组织样本120例,男性60例,女性60例,平均年龄为58岁,中位年龄52岁。利用本发明特异引物和探针荧光PCR体系检测120例临床样本的PD-1的基因表达如下:
(1)样本处理与RNA的提取
a.取约1×1 cm2的各肺癌样本切片(共约4-5片切片)置于离心管(自备)中,加入1 ml二甲苯,盖紧管盖,涡旋震荡10秒。
b.12,000 rpm(~13,400×g)离心2分钟,小心吸弃上清,注意不要吸弃沉。
c.加入1ml无水乙醇,涡旋震荡混匀。12,000 rpm离心2分钟,弃上清,注意不要吸弃沉淀。
d.打开管盖,室温或最高至37°C孵育10分钟,直至无乙醇残留。
e.加入150μl Buffer PKD,重悬沉淀;加入10μl Proteinase K,涡旋震荡混匀。
f.56℃孵育15分钟,直至样品完全溶解。80℃孵育15分钟。短暂离心,使管壁上的溶液收集到管底。
g.加入320μl Buffer RBC,涡旋震荡彻底混匀。
h.将步骤g中所得到的溶液全部加入到已装入收集管(Collection Tube 2 ml)的过滤柱(DNA Remover Column)中。10,000 rpm离心1分钟,收集滤液。
i.在步骤h得到的滤液中,加入720μl无水乙醇,涡旋震荡彻底混匀。
j.将步骤i中所得的溶液全部加入到已装入收集管(Collection Tube 2 ml)的吸附柱(Spin Column RS)中。10,000 rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
k.向吸附柱中加入500μl Buffer RW2,10,000rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
l.12,000 rpm离心2分钟,倒掉收集管中废液。将吸附柱置于室温数分钟以彻底晾干。
m.将吸附柱置于一个新的无RNase离心管(Collection Tube 1.5 ml)中,向吸附柱的中间部位悬空加入20-50 μl RNase-Free Water,室温放置2-5分钟,10,000 rpm离心1分钟,收集RNA溶液,准备后续实验。
(2)建立PCR扩增反应体系
将所提上述RNA溶于0.1%DEPC水中,经紫外分光光度计检测提取质量,确定其浓度OD260/OD280为1.9-2.1,并读其含量。取0.1~5µg的RNA A作为其c DNA合成的模板,采用康为世纪的RNA逆转录试剂盒合成cDNA,cDNA合成体系如下:
5×RT buffer 4µL
引物终浓度 200nM
dNTP 1mM
super RT 200U
RNA 6µL
补DEPC水至 20µL。
应用上述反转录体系按如下步骤进行逆转录。
(a)取逆转录反应混合液13µL, super RT逆转录酶1µL,加入无菌离心管中,混匀。
(b)加入待测样品RNA 6µL,RNA总量在 0.1~5µg范围内至20µL.
(c)42°C保温1个小时
(d)85°C保温5分钟后冰上冷却,得到cDNA 模板
将上述所得cDNA模板,用作实时荧光PCR扩增的模板,按照如下扩增体系进行PCR扩增:
10XPCR Buffer 稀释为1X
dNTP 0.2mM
模板 2uL
各引物 200-400 nM
各探针 100-400 nM
热启动Taq酶 1U
MgCL2 2-5mM
总体积 20uL。
实时PCR反应条件如下:
荧光信号的收集定为FAM,数据的采集定在60℃。
实验结束以后,按以下步骤进行分析、判定:
1、运行无模板对照(NTC)时,FAM信号无曲线升起,说明实验无污染存在,可以继续分析实验情况。
2、运行阳性质控品分析,所有阳性质控的Ct值≤30.0,说明实验体系正常,可以继续分析实验结果;其Ct值也可能会由于不同仪器的不同阈值设置而发生波动。
3、运行GAPDH的Ct值计算,在FAM通道,如果Ct值≤42.0,可以继续分析;如果Ct值>42.0,则说明样本RNA降解严重,不适合实验需要。
4、有效扩增曲线的定义及要求:典型扩增曲线具有三种典型时期,早期背景扩增期、中期指数扩增期(升高)和晚起的平台期,曲线整体形状呈S型。有效扩增曲线至少需要早期背景扩增期和中期指数扩增,曲线呈正常S型扩增趋势,方可计算曲线Ct值;其余曲线视为无效曲线,不予计算。
5、在FAM通道中运行Ct的计算,根据每个位点的Ct值及有无扩增曲线,判定对应位点情况,具体结果判定结果为:
结果判读如下:样本PD-L1有S型曲线且△ct值>15时,PD-1弱表达;10≤△ct≤15时,PD-1中表达;△ct值≤10时,PD-1强表达。
检测结果表明所检测120例肺癌样本中有12例PD-1高表达,高表达率为10%,同时对上述所有样本进行免疫组化检测对比,免疫组化检测结果表明>50%癌细胞表达的比例为11例患者,表明此方法检测与免疫组化有非常的一致性。
附表1:临床样本检测结果比较:
综上所述,本发明采用了PD-1特异性探针和引物,可以检测肿瘤组织中PD-1的mRNA表达水平;创新性的利用RT-PCR的方法,跟管家基因GAPDH比较,通过 2-△△CT算法,得到PD-L1的相对表达水平,提高了其灵敏度,大于传统的IHC方法;可以在血液中检测PD-1的表达;操作简单,检测廉价,可以大规模推广;检测速度快,检测过程大约需要2小时就可完成。
以上所述仅为本发明的优选实施例,并非因此限制本发明的专利范围,凡是利用本发明说明书内容所作的等效结构变换,或直接或间接运用附属在其他相关产品的技术领域,均同理包括在本发明的专利保护范围内。
Claims (6)
1.一种用于PD-1表达检测的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括特异性反转录引物、Q-PCR特异性引物和探针;
所述特异性反转录引物包括如下核苷酸序列:
PD-1反转录1:5’AGACTAGCAGCACCAGGCTG3’
GAPDH反转录2:5’ATACGACCAAATCCGTTGACT3’
所述Q-PCR特异性引物包括如下核苷酸序列:
PD-1F:GAGCTCAGGGTGACAGAGAGAAG3’
PD-1R:5’CAACCACCAGGGTTTGGAAC3’
GAPDHF:5’CTCTGCTCCTCCTGTTCGAC3’
GAPDHR:5’ATGGTGTCTGAGCGATGTGG3’
所述探针包括如下核苷酸序列:
PD-1taqman:5’-FAM-CAGAAGTGCCCACAGC-MGB-3’
GAPDHTaqman:5’CGTCGCCAGCCGA3’。
2.根据权利要求1所述的一种用于PD-1表达检测的试剂盒,其特征在于,通过所述试剂盒提取RNA样本,逆转录体系中将RNA逆转录成cDNA,并在PCR扩增体系中进行PCR扩增反应。
所述逆转录体系包括如下组份:
5×RT buffer 4µL
引物终浓度 200nM
dNTP 1mM
super RT 200U
RNA 6µL
补DEPC水至 20µL。
3.根据权利要求2所述的一种用于PD-1表达检测的试剂盒,其特征在于,所述PCR扩增体系包括如下组份:
10XPCR Buffer 稀释为1X
dNTP 0.2mM
模板 2uL
各引物 200-400 nM
各探针 100-400 nM
热启动Taq酶 1U
MgCL2 2-5mM
总体积 20uL。
4.一种用于PD-1表达检测的检测试剂盒的检测方法,其特征在于,所述检测方法至少包括如下步骤:
步骤1:针对PD-1表达设计合成引物和检测探针;
步骤2:样本处理与RNA的提取;
步骤3:RNA逆转录成cDNA;
步骤4:建立PCR扩增反应体系;
步骤5:分析图像后调节Baseline的Start值、End值和阈值线,判定结果。
5.根据权利要求4所述的一种用于PD-1表达检测的检测试剂盒的检测方法,其特征在于,所述的RNA样本包括新鲜肿瘤组织或新鲜病理组织或石蜡包埋组织或新鲜血液。
6.根据权利要求4所述的一种用于PD-1表达检测的检测试剂盒的检测方法,其特征在于,所述的RNA样本为1克。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710603549.3A CN107338305A (zh) | 2017-07-23 | 2017-07-23 | 一种用于pd‑1表达水平检测的试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201710603549.3A CN107338305A (zh) | 2017-07-23 | 2017-07-23 | 一种用于pd‑1表达水平检测的试剂盒 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN107338305A true CN107338305A (zh) | 2017-11-10 |
Family
ID=60217481
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201710603549.3A Pending CN107338305A (zh) | 2017-07-23 | 2017-07-23 | 一种用于pd‑1表达水平检测的试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN107338305A (zh) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110195106A (zh) * | 2019-05-10 | 2019-09-03 | 广州安必平医药科技股份有限公司 | 用于检测pd-l1基因异常的探针组、试剂盒及其应用 |
CN111020029A (zh) * | 2018-10-10 | 2020-04-17 | 上海康派尼恩医疗科技有限公司 | 实时荧光定量pcr检测pd-l1基因表达量的方法、引物及试剂盒 |
WO2020215313A1 (zh) * | 2019-04-26 | 2020-10-29 | 嘉兴允英医学检验有限公司 | 一种pd-l1表达水平检测的方法和试剂盒 |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103789432A (zh) * | 2014-01-26 | 2014-05-14 | 新乡学院 | 鸡外周血单核淋巴细胞pd-1重组质粒的构建、基因丰度实时检测方法及其应用 |
CN103820454A (zh) * | 2014-03-04 | 2014-05-28 | 黄行许 | CRISPR-Cas9特异性敲除人PD1基因的方法以及用于特异性靶向PD1基因的sgRNA |
CN105950715A (zh) * | 2016-04-27 | 2016-09-21 | 深圳市第三人民医院 | 检测δ42pd1的方法、引物及试剂盒 |
CN106399527A (zh) * | 2016-10-14 | 2017-02-15 | 浙江大学 | 一种用于检测肾癌的引物组及检测方法 |
CN106636392A (zh) * | 2016-12-16 | 2017-05-10 | 广州泰诺迪生物科技有限公司 | 一种检测肿瘤微环境相关抗原表达的方法 |
-
2017
- 2017-07-23 CN CN201710603549.3A patent/CN107338305A/zh active Pending
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103789432A (zh) * | 2014-01-26 | 2014-05-14 | 新乡学院 | 鸡外周血单核淋巴细胞pd-1重组质粒的构建、基因丰度实时检测方法及其应用 |
CN103820454A (zh) * | 2014-03-04 | 2014-05-28 | 黄行许 | CRISPR-Cas9特异性敲除人PD1基因的方法以及用于特异性靶向PD1基因的sgRNA |
CN105950715A (zh) * | 2016-04-27 | 2016-09-21 | 深圳市第三人民医院 | 检测δ42pd1的方法、引物及试剂盒 |
CN106399527A (zh) * | 2016-10-14 | 2017-02-15 | 浙江大学 | 一种用于检测肾癌的引物组及检测方法 |
CN106636392A (zh) * | 2016-12-16 | 2017-05-10 | 广州泰诺迪生物科技有限公司 | 一种检测肿瘤微环境相关抗原表达的方法 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
杨硕: "PS-1、PD-L1在肝癌组织中表达及意义研究", 《中国优秀硕士论文全文数据库(电子期刊)医药卫生科技辑》 * |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111020029A (zh) * | 2018-10-10 | 2020-04-17 | 上海康派尼恩医疗科技有限公司 | 实时荧光定量pcr检测pd-l1基因表达量的方法、引物及试剂盒 |
CN111020029B (zh) * | 2018-10-10 | 2023-09-29 | 江苏普瑞悉恩生物科技有限公司 | 实时荧光定量pcr检测pd-l1基因表达量的方法、引物及试剂盒 |
WO2020215313A1 (zh) * | 2019-04-26 | 2020-10-29 | 嘉兴允英医学检验有限公司 | 一种pd-l1表达水平检测的方法和试剂盒 |
CN110195106A (zh) * | 2019-05-10 | 2019-09-03 | 广州安必平医药科技股份有限公司 | 用于检测pd-l1基因异常的探针组、试剂盒及其应用 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7426046B2 (ja) | 胃がんの検出キット又はデバイス及び検出方法 | |
CN107460239A (zh) | 一种用于pd‑l1表达水平检测的试剂盒 | |
CN107400710A (zh) | 一种用于met基因14外显子跳跃缺失突变的试剂盒 | |
CN106978497A (zh) | Eml4‑alk融合基因突变的检测引物、探针及检测试剂盒 | |
CN104164516B (zh) | 一种基于人结直肠癌特异性甲基化检测的引物及试剂盒 | |
US20180142303A1 (en) | Methods and compositions for diagnosing or detecting lung cancers | |
CN107663533A (zh) | 一种肺癌EGFR L858R和19Del的ddPCR检测方法及应用 | |
EP3524690B1 (en) | Method for predicting effectiveness of chemotherapy in breast cancer patients | |
CN104152452B (zh) | 一种与肝癌相关的血液miRNA标志物及其应用 | |
CN105886648A (zh) | 用于检测egfr基因t790m突变的试剂盒 | |
CN107338305A (zh) | 一种用于pd‑1表达水平检测的试剂盒 | |
WO2011121610A1 (en) | Micrornas (mirna) as biomarkers for detecting different grades of gliomas and pathways of glioma progression | |
CN104762410A (zh) | 用于全ras突变检测的引物、探针及检测试剂盒 | |
CN112662776B (zh) | 检测环状rna和/或所述环状rna表达量的制剂在制备结直肠癌辅助诊断试剂中的应用 | |
CN104830989A (zh) | 一种用于ros1与多种基因发生融合突变的检测试剂盒 | |
CN108588226A (zh) | 检测乳腺癌脑转移的miRNA组合及含有该组合的试剂盒 | |
CN106191055A (zh) | 一种非小细胞肺癌标志物、检测试剂及试剂盒 | |
CN111621566B (zh) | 用于诊断肝癌和预测肝癌转移的血清miRNA标志物及其检测试剂盒 | |
CN102676663A (zh) | 用于检测BRCA1mRNA的核酸检测试剂盒 | |
CN107513578A (zh) | 一种用于肺癌驱动基因及易感基因早筛的核酸质谱检测方法 | |
CN107557460A (zh) | 基于核酸质谱技术检测结直肠癌驱动基因及易感snp的方法 | |
CN109022573A (zh) | 乳腺癌pik3ca热点突变检测探针引物序列组合和试剂盒 | |
CN106834447A (zh) | 一种用于检测神经母细胞瘤的引物组及检测方法 | |
CN104830856A (zh) | 单一核甘酸突变型的引物组与检测方法 | |
CN108753981A (zh) | Hoxb8基因的定量检测在结直肠癌预后判断中的应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20171110 |