CN107326077A - 一种鉴别黄姑鱼遗传性别的分子标记及其应用 - Google Patents

一种鉴别黄姑鱼遗传性别的分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种鉴别黄姑鱼遗传性别的分子标记及其应用。所述分子标记表现为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性;具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的个体,表现为雌性黄姑鱼;缺失SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的个体,表现为雄性黄姑鱼。本发明还公开了检测所述分子标记的引物对、试剂盒、及方法。本发明的分子标记可以简便、快速、稳定地鉴别出黄姑鱼各个群体中不同个体的遗传性别,利于开发黄姑鱼的单性育种技术,发展黄姑鱼单性养殖,进一步提高养殖效益,增加黄姑鱼养殖的经济收益。同时也将有益于黄姑鱼性别决定机制等相关的科学研究的开展。

Description

一种鉴别黄姑鱼遗传性别的分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及水产生物技术领域中的鱼类遗传性别鉴定和性别控制技术,具体涉及一种鉴别黄姑鱼遗传性别的分子标记及其应用。
背景技术
在生命科学研究领域,性别研究一直是一个热点命题,吸引着众多研究者的关注。鱼类在动物进化中处于承前启后的地位,且物种数量丰富。同大多数脊椎动物类似,不少鱼类也是雌雄异体,具有性别二态性,在形态和生理上表现出显著的雌雄两性差异。而且,一些鱼类物种的个体生长等重要经济性状及经济价值与性别密切相关;因而开发这些鱼类的单性育种与养殖技术在鱼类养殖产业上具有很大的意义。许多鱼类尽管存在这种生长的性别二态性,但雌雄鱼在外部形态上却没有显著差异,尤其是在性腺尚未发育成熟时,其性别往往难以区分;还有一些鱼类存在天然的性反转现象,或者可以通过人工转性改变其生理性别,但性别反转或改变前后没有形态上的差异,无法通过外部形态识别其遗传性别。这些问题的存在给单性育种、养殖及相关的遗传学基础研究带来很大的困扰,尤其性别决定分子机制研究。因此,针对这些鱼类物种开发可以准确鉴定其遗传性别的分子标记,对于进行这些鱼类的单性育种与遗传学研究,提高鱼产量、增加水产养殖收益以及促进相关的研究有着重要的意义。
黄姑鱼(Nibea albiflora)隶属脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲、鲈形目、石首鱼科、黄姑鱼属,分布于我国和日本沿海,兼具食用和药用价值。黄姑鱼具有显著的雌雄生长二态性,雌鱼生长速度显著快于雄鱼,开发其单性育种与单性养殖技术具有重要的产业意义。但在性腺发育成熟之前,黄姑鱼的雌鱼和雄鱼却很难从外部形态上加以区分,胚胎和幼体阶段雌雄鱼形态上完全没有区别;不存在异形性染色体,也无法从细胞学角度鉴定其遗传性别;这给其单性育种技术的开发带来了很大困难。因此,开发一种可以鉴别其遗传性别的分子标记用于黄姑鱼性别控制育种具有极大的生产应用价值。
随着分子生物学技术的发展,目前已有多种类型的DNA分子标记被开发出来,其中主要包括:(1)限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP);(2)随机扩增多态性DNA(Random Amplification Polymorphism DNA,RAPD);(3)扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length polymorphism,AFLP);(4)微卫星标记(microsatellite),又称为短串联重复序列(Short Tandem Repeats,STRs)或简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR);(5)单核苷酸多态性(Single NucleotidePolymorphism,SNP)。利用上述DNA分子标记技术,已经有许多物种的性别特异的分子标记被开发出来,但不同物种其基因组DNA序列结构不同,没有一个物种的性别特异分子标记可以被用于对其他物种的遗传性别进行鉴定,只能针对不同物种分别进行开发。
迄今为止,可以识别与鉴定(鉴别)黄姑鱼遗传性别的分子标记国内外都还没有见到报道。
发明内容
成年黄姑鱼的雌性个体显著大于雄性个体,这使得雌性黄姑鱼在消费市场中更具有竞争优势。为使该经济性状在人工培育中达到最大化,提高该物种的水产养殖收益,本发明提供了一种识别与鉴定黄姑鱼遗传性别的分子标记方法,有助于快速、简便、准确鉴别黄姑鱼遗传性别,为顺利开展黄姑鱼的性别控制育种工作、发展单性养殖建立基础。
为实现上述目的,本发明提供一种黄姑鱼遗传性别相关的分子标记,其特征在于,所述分子标记表现为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性。
进一步,具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的个体,表现为雌性黄姑鱼;缺失SEQID NO:1所示核苷酸序列的个体,表现为雄性黄姑鱼。
本发明还提供一种用于检测所述分子标记的引物对,其特征在于,所述引物对具有SEQ ID NO:2-3或SEQ ID NO:4-5所示的核苷酸序列。
进一步,利用所述引物对SEQ ID NO:2-3对待检测黄姑鱼基因组DNA进行PCR扩增,当所述扩增片段存在且大小为258bp时,所述待测黄姑鱼具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的缺失,为遗传性别是雄性的黄姑鱼;当没有出现所述扩增片段时,所述待测个体具有SEQID NO:1所示核苷酸序列的插入,表现为遗传性别是雌性的黄姑鱼;或
利用所述引物对SEQ ID NO:4-5对待检测黄姑鱼基因组DNA进行PCR扩增,并检测扩增片段的长度,当所述扩增片段有两条带,分别为385bp和340bp,则所述待测个体黄姑鱼具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的缺失,为遗传性别是雄性的黄姑鱼;当所述扩增片段只有一条385bp带时,所述待测具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的插入,个体为遗传性别是雌性的黄姑鱼。
本发明还提供一种用于检测所述分子标记的试剂盒,其特征在于,包括所述引物对。
所述分子标记,所述引物对,或所述试剂盒,在黄姑鱼育种中的用途。
本发明还提供一种鉴别黄姑鱼性别的方法,其特征在于,对待测黄姑鱼进行所述分子标记的检测,以便确定所述待测黄姑鱼的遗传性别。
进一步,所述方法包括:
利用所述引物对,所述试剂盒,对待测黄姑鱼基因组DNA进行PCR扩增;
检测扩增片段的长度,以及
基于所述扩展片段的长度,确定所述待测黄姑鱼的性别,
其中,当利用所述引物对SEQ ID NO:2-3扩增时,扩增结果为一条258bp的条带时,所述待测个体为遗传性别是雄性的黄姑鱼;而没有扩增条带时,所述待测个体为遗传性别是雌性的黄姑鱼。当利用所述引物对SEQ ID NO:4-5扩增时,扩增结果为385bp和340bp两条带时,所述待测个体为遗传性别是雄性的黄姑鱼;而扩增结果为385bp一条带时,所述待测个体为遗传性别是雌性的黄姑鱼。
进一步,利用凝胶电泳优选琼脂糖凝胶电泳,检测所述扩增片段的长度。
本发明还提供一种黄姑鱼辅助育种方法,其特征在于,所述方法包括:
通过所述方法,检测所述分子标记,以便确定待测黄姑鱼的性别。
本发明的申请人比较了一处黄姑鱼雌雄鱼基因组差异的序列(见图7),经过分析发现:SEQ ID NO:1为与黄姑鱼性别相关的分子标记。所述分子标记核苷酸序列为:
5'GGTTGGAGTGAAAATACAATATTTGATATGAATCAGAGCAGCTTC3'(45bp) SEQ ID NO:1
遗传性别为雌性的个体中,这45bp存在于XX两条染色体上,而遗传性别为雄性的个体中只有X染色体上有着45bp片段,Y染色体上缺失这45bp。
本发明所述引物对序列如下所示:
a.M-specific(雄性特异)引物
MS-F:5'GCAAGGACAAGCCGAACAAG3' SEQ ID NO:2;
MS-R:5'TCGTCACAAATATGGAARWATKGAT3' SEQ ID NO:3;
其中R代表A或G,W代表A或T,K代表G或T。
b.MF-share(雌雄共享)引物
MFS-F:5'ACTGATAACTGAGAGGCAGAGAG3' SEQ ID NO:4;
MFS-R:5'TGGGTTTTGGACAATATAAGC3' SEQ ID NO:5。
本发明通过对雌性和雄性黄姑鱼基因组DNA的序列结构进行比较分析,找到雌鱼与雄鱼之间存在稳定差异的DNA区段,利用该区段的雌雄差异设计特异引物进行PCR扩增,用琼脂糖凝胶电泳等方法检测扩增结果,从而开发出一个可以准确识别与鉴定黄姑鱼遗传性别的分子标记。通过在不同的群体进行应用验证,证明所开发的分子标记稳定性好,鉴别准确性高,可以方便且准确地鉴别出黄姑鱼胚胎、幼体及成鱼的遗传性别,在黄姑鱼相关的基础理论研究和育种生产实践上都有重要的应用价值。
本发明的有益效果是:可以简便、快速、稳定地鉴别出黄姑鱼各个群体中不同个体的遗传性别,包括黄姑鱼的胚胎、幼体和成体。将该DNA分子标记应用于生产实践可以有效地识别与鉴定各种发育阶段黄姑鱼的遗传性别,有助于黄姑鱼正常雄鱼、正常雌鱼、伪雄鱼(生理性雄鱼)和伪雌鱼(生理性雌鱼)的识别,从而顺利开发出黄姑鱼的单性育种技术,包括单性育种中所需要的伪雄鱼、伪雌鱼或超雄鱼、超雌鱼等的培育技术以及个体选别,发展黄姑鱼单性养殖,进一步提高养殖效益,增加黄姑鱼养殖的经济收益。
本发明开发的分子标记也将有益于黄姑鱼性别决定机制等相关的科学研究的开展。
附图说明
图1A为应用M-specific引物对黄姑鱼养殖群体中的10尾雄鱼和10尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图1B为应用M-specific引物对黄姑鱼养殖群体中的10尾雄鱼和10尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图1C为应用M-specific引物对黄姑鱼养殖群体中的10尾雄鱼和10尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图2为应用M-specific引物对黄姑鱼东海海区野生群体中的7尾雄鱼和7尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图3为应用M-specific引物对黄姑鱼南海海区野生群体中的10尾雄鱼和4尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图4为应用MF-share引物对黄姑鱼养殖群体中的7尾雄鱼和7尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图5为应用MF-share引物对黄姑鱼东海海区野生群体中的7尾雄鱼和7尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图6为应用MF-share引物对黄姑鱼南海海区野生群体中的10尾雄鱼和4尾雌鱼进行遗传性别鉴定电泳图,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
图7A为雌雄黄姑鱼性别特异分子标记开发的思路图解;
图7B为雌雄黄姑鱼的部分序列比对图。
图7C为雌雄黄姑鱼中45bp插入缺失片段在基因结构中存在的稳定差异区域序列比对分析图,其中方框内为设计的特异引物位点,其中实线方框内为M-specific引物(MS-F/R),虚线方框内为MF-share引物(MFS-F/R)。
具体实施方式
下面详细描述本发明的实施例,所述实施例的示例在附图中示出,其中自始至终相同或类似的标号表示相同或类似的元件或具有相同或类似功能的元件。下面通过参考附图描述的实施例是示例性的,旨在用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。实施例中未注明具体技术或条件者,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例:
一、黄姑鱼性别特异分子标记
黄姑鱼转录组测序分析结果显示dmrt1基因在雄性个体中高表达,而雌性个体几乎不表达。从无脊椎动物到脊椎动物,dmrt1基因都在性别决定过程中扮演着至关重要的角色。基于该基因功能的保守性,发明人考虑以黄姑鱼中dmrt1基因为切入点开展黄姑鱼性别特异分子的挖掘。为此,发明人在黄姑鱼dmrt1基因的外显子上设计引物,以其基因组DNA为模板进行PCR扩增获得其内含子序列,思路图见图7A。通过对雌雄黄姑鱼内含子序列的比对分析发现有45bp的插入缺失片段存在于黄姑鱼dmrt1基因的一号内含子中,见图7B和7C。图7B为雌雄黄姑鱼的部分序列比对图。因为黄姑鱼是二倍体生物,雌性为XX,雄性为XY,所以图7B中呈现了雌性的两条X染色体序列和雄性的一条X染色体序列及一条Y染色体序列(三条X和一条Y染色体)。图7C为雌雄黄姑鱼中45bp插入缺失片段在基因结构中存在的稳定差异区域序列比对分析图,其中方框内为设计的特异引物位点,其中实线方框内为M-specific引物(MS-F/R),虚线方框内为MF-share引物(MFS-F/R)。从图中可以看出,这45bp片段只存在于黄姑鱼X染色体中,而在Y染色体中缺失由此说明该45bp插入缺失片段是黄姑鱼遗传性别的分子标记。
二、黄姑鱼遗传性别的识别与鉴定
剪取待测黄姑鱼的部分鳍条,放入95%的酒精溶液中,-20℃保存用于基因组DNA的提取。实验中所使用阳性对照样品的性别是已通过解剖及组织学观察确认其性别的黄姑鱼个体。性别鉴定结果由扩增条带大小、有无及参考阳性对照来判定,判定结果的准确性通过后期解剖后进行组织学观察确认。
利用市售的DNA提取试剂盒提取基因组DNA,所得的基因组DNA统一稀释到30ng/μl作为模板备用;
申请人设计如下两对引物:
a.M-specific(雄性特异)引物
MS-F:5'GCAAGGACAAGCCGAACAAG3' SEQ ID NO:2
MS-R:5'TCGTCACAAATATGGAARWATKGAT3' SEQ ID NO:3
其中兼并碱基R代表A或G,W代表A或T,K代表G或T。
b.MF-share(雌雄共享)引物
MFS-F:5'ACTGATAACTGAGAGGCAGAGAG3' SEQ ID NO:4
MFS-R:5'TGGGTTTTGGACAATATAAGC3' SEQ ID NO:5。
使用上述引物MS-F/R即SEQ ID NO:2-3和MFS-F/R即SEQ ID NO:4-5进行PCR扩增:
PCR反应体系:反应总体积为10μl,具体反应体系为:1μl 10×PCR buffer(含Mg2 ),0.8μl 2.5mM dNTPs,1μl 30ng/μl DNA,0.2~0.4μl 10μM正负引物,0.1μl 5u/μlTaqDNA聚合酶,最后加ddH2O补齐。
PCR扩增条件(引物MS-F/R的退火温度为55℃和引物MFS-F/R的退火温度为59℃):94℃预变性5min,94℃变性30s,55℃或59℃退火30s,72℃延伸30s,30~35个循环后接着72℃延伸10min。
琼脂糖凝胶电泳检测及结果分析,结果见图1A,图1B,图1C,图2-6。
(1)选用M-specific引物(MS-F/R即SEQ ID NO:2-3)进行扩增的PCR产物,电泳检测可采用1%的琼脂糖凝胶,电压120V,电流120A,跑胶时间30min。该引物组合能够在所有雄性个体的基因组DNA中扩增出一个长约258bp的特异片段,而在所有雌性个体的基因组DNA中没有扩增片段。
(2)选用MF-share引物(MFS-F/R即SEQ ID NO:4-5)进行扩增的PCR产物,电泳检测可采用2%的琼脂糖凝胶,电压90V,电流90A,跑胶时间90min。该引物组合能够在所有雄性个体的基因组DNA中扩增出两个特异条带,一个约385bp,一个约340bp,而在所有雌性个体的基因组DNA中只可以扩增出一个约385bp的特异条带。
图1A、图1B和图1C均示出了应用M-specific引物(MS-F/R)对黄姑鱼养殖群体中的30尾雄鱼和30尾雌鱼进行遗传性别鉴定的结果。其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。
由图1A、图1B和图1C可知,在所有待检测的黄姑鱼雄性个体中都扩增出一条与阳性对照相同的条带,大小为258bp,而待测的雌性个体和阳性对照个体均没有扩增出条带。
图2示出了应用M-specific引物(MS-F/R)对黄姑鱼东海海区野生群体中的7尾雄鱼和7尾雌鱼进行遗传性别鉴定的结果,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。由图2可知,在所有待检测的黄姑鱼雄性个体中都扩增出一条与阳性对照相同的带,大小为258bp,而待测的雌性个体和阳性对照个体均没有扩增出条带。
图3示出了应用M-specific引物(MS-F/R)对黄姑鱼南海海区野生群体中的10尾雄鱼和4尾雌鱼进行遗传性别鉴定的结果,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。由图可知,在所有待检测的黄姑鱼雄性个体中都扩增出一条与阳性对照相同的带,大小为258bp,而待测的雌性个体和阳性对照个体均没有扩增出条带。
图4示出了应用MF-share引物(MFS-F/R)对黄姑鱼养殖群体中的7尾雄鱼和7尾雌鱼进行遗传性别鉴定的结果,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。由图4可知,在所有待检测的黄姑鱼雄性个体中都扩增出两条大小不同的特异条带,大小分别为385bp和340bp,与阳性对照结果一致,而待测的雌性个体和对照组雌性个体均只扩增出一条特异条带,大小为385bp。
图5示出了应用MF-share引物(MFS-F/R)对黄姑鱼东海海区野生群体中的7尾雄鱼和7尾雌鱼进行遗传性别鉴定的结果,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。由图可知,在所有待检测的黄姑鱼雄性个体中都扩增出两条大小不同的特异条带,大小分别为385bp和340bp,与阳性对照结果一致,而待测的雌性个体和对照组雌性个体均只扩增出一条特异条带,大小为385bp。
图6示出了应用MF-share引物(MFS-F/R)对黄姑鱼南海海区野生群体中的10尾雄鱼和4尾雌鱼进行遗传性别鉴定的结果,其中♀和♂作为阳性对照(阳性对照扩增使用的模板为已通过解剖及组织学确定雌雄性别的个体),N作为阴性对照(阴性对照扩增使用ddH2O为模板),M表示DNA分子量标准DL2000。由图可知,在所有待检测的黄姑鱼雄性个体中都扩增出两条大小不同的特异条带,大小分别为385bp和340bp,与阳性对照结果一致,而待测的雌性个体和对照组雌性个体均只扩增出一条特异条带,大小为385bp。
可以看出,应用两对引物鉴别出的黄姑鱼的性别与实际黄姑鱼的性别情况完全一致。也就是说,采用本发明的引物均能准确的鉴别出黄姑鱼的性别,同时证明该45bp插入缺失片段是黄姑鱼遗传性别的分子标记。
尽管上面已经示出和描述了本发明的实施例,可以理解的是,上述实施例是示例性的,不能理解为对本发明的限制,本领域的普通技术人员在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下在本发明的范围内可以对上述实施例进行变化、修改、替换和变型。
SEQUENCE LISTING
<110> 集美大学
<120> 一种鉴别黄姑鱼遗传性别的分子标记及其应用
<130> JMDX-17012-CNI
<160> 5
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 45
<212> DNA
<213> 黄姑鱼
<400> 1
ggttggagtg aaaatacaat atttgatatg aatcagagca gcttc 45
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 2
gcaaggacaa gccgaacaag 20
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工合成
<220>
<221> 兼并碱基
<222> (18)..(22)
<223> R代表A或G,W代表A或T,K代表G或T
<400> 3
tcgtcacaaa tatggaarwa tkgat 25
<210> 4
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 4
actgataact gagaggcaga gag 23
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 5
tgggttttgg acaatataag c 21

Claims (10)

1.一种黄姑鱼遗传性别相关的分子标记,其特征在于,所述分子标记表现为SEQ IDNO:1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性。
2.权利要求1所述分子标记,其特征在于,具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的个体,表现为雌性黄姑鱼;缺失SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的个体,表现为雄性黄姑鱼。
3.一种用于检测权利要求1或2所述分子标记的引物对,其特征在于,所述引物对具有SEQ ID NO:2-3或SEQ ID NO:4-5所示的核苷酸序列。
4.权利要求3所述引物对,其特征在于,利用所述引物对SEQ ID NO:2-3对待检测黄姑鱼基因组DNA进行PCR扩增,当所述扩增片段存在且大小为258bp时,所述待测黄姑鱼具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的缺失,为遗传性别是雄性的黄姑鱼;当没有出现所述扩增片段时,所述待测个体具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的插入,表现为遗传性别是雌性的黄姑鱼;或
利用所述引物对SEQ ID NO:4-5对待检测黄姑鱼基因组DNA进行PCR扩增,并检测扩增片段的长度,当所述扩增片段有两条带,分别为385bp和340bp,则所述待测个体黄姑鱼具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的缺失,为遗传性别是雄性的黄姑鱼;当所述扩增片段只有一条385bp带时,所述待测具有SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的插入,个体为遗传性别是雌性的黄姑鱼。
5.一种用于检测权利要求1或2所述分子标记的试剂盒,其特征在于,包括权利要求3或4的引物对。
6.权利要求1或2所述分子标记,权利要求3或4所述引物对,或权利要求5所述试剂盒,在黄姑鱼育种中的用途。
7.一种鉴别黄姑鱼性别的方法,其特征在于,对待测黄姑鱼进行权利要求1或2所述分子标记的检测,以便确定所述待测黄姑鱼的遗传性别。
8.权利要求7所述的方法,其特征在于,所述方法包括:
利用权利要求3或4所述引物对,权利要求5所述试剂盒,对待测黄姑鱼基因组DNA进行PCR扩增;
检测扩增片段的长度,以及
基于所述扩展片段的长度,确定所述待测黄姑鱼的性别,
其中,当利用权利要求3所述引物对扩增时,扩增结果为一条258bp的条带时,所述待测个体为遗传性别是雄性的黄姑鱼;而没有扩增条带时,所述待测个体为遗传性别是雌性的黄姑鱼。当利用权利要求4所述引物对扩增时,扩增结果为385bp和340bp两条带时,所述待测个体为遗传性别是雄性的黄姑鱼;而扩增结果为385bp一条带时,所述待测个体为遗传性别是雌性的黄姑鱼。
9.权利要求8所述的方法,其特征在于,利用凝胶电泳优选琼脂糖凝胶电泳,检测所述扩增片段的长度。
10.一种黄姑鱼辅助育种方法,其特征在于,所述方法包括:
通过权利要求7-9任一项所述方法,检测权利要求1或2所述分子标记,以便确定待测黄姑鱼的性别。
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Cited By (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110669836A (zh) * 2019-11-15 2020-01-10 集美大学 一种鉴别棘头梅童鱼遗传性别的分子标记及其应用
CN110964798A (zh) * 2020-03-05 2020-04-07 东北农业大学 一种利用trap分子标记技术鉴定东北林蛙遗传性别的方法
CN111748639A (zh) * 2020-08-07 2020-10-09 集美大学 一种鉴别皱纹盘鲍性别的分子标记及其应用
CN111763744A (zh) * 2020-06-24 2020-10-13 广东省实验动物监测所 一种鉴别虾虎鱼性别的方法
CN112029843A (zh) * 2020-09-18 2020-12-04 广东海洋大学 一种鉴定金钱鱼遗传性别的特异性分子标记及其引物和应用
CN112159852A (zh) * 2020-10-28 2021-01-01 集美大学 一种黄姑鱼性染色体特异分子标记、检测引物和试剂盒,及其用途
CN113186302A (zh) * 2021-06-04 2021-07-30 华中农业大学 鲌鲂杂交种先锋2号的性别特异分子标记及应用
CN113215280A (zh) * 2021-06-08 2021-08-06 集美大学 一种鉴别棘头梅童鱼南北群体通用的遗传性别分子标记、引物及其应用
CN113718042A (zh) * 2021-08-30 2021-11-30 青岛农业大学 一种红白锦鲤性别特异dna标记及其应用
CN113774122A (zh) * 2021-03-15 2021-12-10 中国科学院水生生物研究所 鉴别黄河鲤遗传性别的分子标记、引物、试剂盒及应用
CN114231608A (zh) * 2022-01-05 2022-03-25 集美大学 一种鉴别杂色鲍遗传性别的分子标记及其应用
CN116042857A (zh) * 2023-01-04 2023-05-02 厦门大学 一组鉴定黄河鲤遗传雄性的联合分子标记、引物及其应用
CN117947183A (zh) * 2024-03-27 2024-04-30 中国科学院海洋研究所 检测条石鲷基因内含子区缺失变异的特异性标记、引物、鉴定方法、试剂盒及应用

Non-Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BODO BRUNNER,ET AL: "Genomic Organization and Expression of the Doublesex-Related Gene Cluster in Vertebrates and Detection of Putative Regulatory Regions for DMRT1", 《GENOMICS》 *
KAITLYN A. WEBSTERA,ET AL: "Dmrt1 is necessary for male sexual development in zebrafish", 《DEVELOPMENTAL BIOLOGY》 *
SHA SUN,ET AL: "Genetic sex identification and the potential sex determination system in the yellow drum (Nibea albiflora)", 《AQUACULTURE》 *
曹谨玲等: "鱼类DMRT基因的研究进展", 《广东海洋大学学报》 *
李法君等: "Dmrt基因在水生生物中的研究进展", 《水生生物学报》 *
雷蕾等: "Dmrt基因在脊椎动物性别决定与分化中的研究进展", 《中国组织化学与细胞化学杂志》 *

Cited By (20)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110669836A (zh) * 2019-11-15 2020-01-10 集美大学 一种鉴别棘头梅童鱼遗传性别的分子标记及其应用
CN110964798A (zh) * 2020-03-05 2020-04-07 东北农业大学 一种利用trap分子标记技术鉴定东北林蛙遗传性别的方法
CN110964798B (zh) * 2020-03-05 2023-07-07 东北农业大学 一种利用trap分子标记技术鉴定东北林蛙遗传性别的方法
CN111763744A (zh) * 2020-06-24 2020-10-13 广东省实验动物监测所 一种鉴别虾虎鱼性别的方法
CN111748639A (zh) * 2020-08-07 2020-10-09 集美大学 一种鉴别皱纹盘鲍性别的分子标记及其应用
CN112029843A (zh) * 2020-09-18 2020-12-04 广东海洋大学 一种鉴定金钱鱼遗传性别的特异性分子标记及其引物和应用
CN112029843B (zh) * 2020-09-18 2023-07-21 广东海洋大学 一种鉴定金钱鱼遗传性别的特异性分子标记及其引物和应用
CN112159852A (zh) * 2020-10-28 2021-01-01 集美大学 一种黄姑鱼性染色体特异分子标记、检测引物和试剂盒,及其用途
CN113774122B (zh) * 2021-03-15 2023-04-28 中国科学院水生生物研究所 鉴别黄河鲤遗传性别的分子标记、引物、试剂盒及应用
CN113774122A (zh) * 2021-03-15 2021-12-10 中国科学院水生生物研究所 鉴别黄河鲤遗传性别的分子标记、引物、试剂盒及应用
CN113186302B (zh) * 2021-06-04 2022-02-01 华中农业大学 鲌鲂杂交种先锋2号的性别特异分子标记及应用
CN113186302A (zh) * 2021-06-04 2021-07-30 华中农业大学 鲌鲂杂交种先锋2号的性别特异分子标记及应用
CN113215280A (zh) * 2021-06-08 2021-08-06 集美大学 一种鉴别棘头梅童鱼南北群体通用的遗传性别分子标记、引物及其应用
CN113718042A (zh) * 2021-08-30 2021-11-30 青岛农业大学 一种红白锦鲤性别特异dna标记及其应用
CN113718042B (zh) * 2021-08-30 2023-06-02 青岛农业大学 一种红白锦鲤性别特异dna标记及其应用
CN114231608A (zh) * 2022-01-05 2022-03-25 集美大学 一种鉴别杂色鲍遗传性别的分子标记及其应用
CN114231608B (zh) * 2022-01-05 2023-06-20 集美大学 一种鉴别杂色鲍遗传性别的分子标记及其应用
CN116042857A (zh) * 2023-01-04 2023-05-02 厦门大学 一组鉴定黄河鲤遗传雄性的联合分子标记、引物及其应用
CN117947183A (zh) * 2024-03-27 2024-04-30 中国科学院海洋研究所 检测条石鲷基因内含子区缺失变异的特异性标记、引物、鉴定方法、试剂盒及应用
CN117947183B (zh) * 2024-03-27 2024-06-11 中国科学院海洋研究所 检测条石鲷基因内含子区缺失变异的特异性标记、引物、鉴定方法、试剂盒及应用

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