CN107220885A - 一种基因检测产品报告系统及方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种基因检测产品报告系统，包括：移动端销售服务系统，用于用户选择基因检测产品并下单支付并采集受检者的基本信息和样本绑定信息；临床样本管理系统，用于接收来自移动端销售服务系统的受检者的基本信息和样本绑定信息；实验室数据管理系统，用于存储样本从下订单开始到测序数据从测序仪转到指定存储位置为止；报告生成系统生成报告后存储到实验室数据管理系统中，并推送到移动端销售服务系统发送给指定的报告接收人；报告生成系统，用于接收来自临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息及来自实验室数据管理系统的检测结果，生成报告。本发明实现数据自动交换，报告集中管理，自动按需生成报告，保证了报告数据准确性。
Description
技术领域
本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种基因检测信息技术系统，尤其涉及一种基因检测产品报告系统；此外本发明还涉及该系统的实现方法。
背景技术
随着基因检测技术在医疗健康领域中的普及推广，对于基因变异审阅后的自动化报告生成系统的要求也在不断提高。现有基因检测领域的各个数据生成，分析结果，人工审阅模块相对独立，需要通过手工整合来实现最终报告的生成。这种报告生成方式需要人工查阅各独立系统的数据，标准难于统一，规则繁琐，整合难度较大，容易出错，缺乏有效的管理，无法支撑大批量基因检测报告生成的需求。
在已有医学检测相关报告系统中，报告生成主要是实验仪器检测结果的简单聚合，并没有进行相关人工注释，无法给最终消费者提供简单明了的建议。相关注释数据可以用于后续聚合数据的分析中，是大数据时代精准医疗领域中不可或缺的一环。在现有条件下，人工注释审阅与计算机自动数据聚合分类的结合，可以在提高效率的同时提供可靠的结果。
鉴于已有的医学检测相关报告系统存在人工操作较多，不适用于大批量基因检测报告自动化生成的需求，亟需研发一种适用于大批量的基因检测产品报告系统，降低人工操作失误及成本。
发明内容
本发明要解决的技术问题之一是提供一种基因检测产品报告系统，连接报告生成需要的数据源，从而实现数据在系统中自动交换，实现报告的集中管理，自动按需生成报告草案和最终发布版本，保证了报告数据的准确性。
本发明要解决的技术问题之二是提供基于基因检测产品报告系统的实现方法。
为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：
在本发明的一方面，提供一种基因检测产品报告系统，包括：报告生成系统，临床样本管理系统，实验室数据管理系统和移动端销售服务系统；
所述移动端销售服务系统包括销售前端管理模块和后台订单管理模块；所述移动端销售服务系统用于用户选择基因检测产品并下单支付，并采集受检者的基本信息和样本绑定信息；
所述临床样本管理系统用于接收来自所述移动端销售服务系统的受检者的基本信息和样本绑定信息，并管理受检者样本及临床表型信息数据；
所述实验室数据管理系统用于存储样本从下订单开始到测序数据从测序仪器转移到指定存储位置为止；当报告生成系统生成报告后，报告存储到所述实验室数据管理系统中，并推送到移动端销售服务系统发送给订单指定的报告接收人；
所述报告生成系统用于接收来自所述临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自实验室数据管理系统的检测结果，生成报告。
作为本发明优选的技术方案，受检者通过所述移动端销售系统直接下订单，或者由渠道商批量录入订单信息；所述受检者直接下订单采用如下方法：客服将样本采集盒寄给客户，客户自行绑定采集盒中样本编号和受检者本人；所述由渠道商批量录入订单信息，订单信息包括受检者基本信息与样本绑定信息；所述订单管理模块能追踪样本采集状态，包括采集中，回寄中，质控中，检测中，检测完成，和质控失败；整个订单状态则是以下状态之一：已取消，未付款，付款成功，已发货，已收货，退款审核，退款中，退款成功，退款审核不通过。
作为本发明优选的技术方案，所述临床样本管理系统中的样本数据依据特定项目代码将样本推送到不同的产品报告系统；该临床样本管理系统定期从所述移动端销售服务系统获取相关客户信息和样本编号，同时也提供网页界面供销售人员录入有关样本信息，或使用特定文件格式批量导入；为保证样本数据及时出现在报告生成系统中，该临床样本管理系统会将新样本数据推送到报告生成系统；该临床样本管理系统中任何样本记录的修改历史都会保存在系统中供后续检查；该临床样本管理系统权限有严格控制；该临床样本管理系统设有一系列标准服务接口供第三方系统整合，以便与其他系统进行数据交换；所述样本绑定信息包括样本ID、家庭ID和实验室ID。
作为本发明优选的技术方案，所述实验室数据管理系统存储包括样本测序流程的每一个环节以及样本的每一步处理状态，同时存储必要的订单信息，以便随时可以将样本处理的状态和最终的解读报告推送到订单中指定的接受方；所述实验室数据管理系统会对样本质量进行控制，以确保测序准确。
作为本发明优选的技术方案，该基因检测产品报告系统还包括基因变异分析系统；所述基因变异分析系统用于将来自所述实验室数据管理系统的样本测序结果经过数据分析比对，进行变异检测得到变异数据，将相关变异依实际检测目标制定的过滤条件进行筛选，并接收来自临床样本管理系统的受检者临床表型信息，最终将基因变异数据列表发送给所述报告生成系统；
所述报告生成系统用于接收来自所述临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自基因变异分析系统的基因变异数据列表，专家结合在线遗传病性状及基因数据库做出分析解读并录入审阅注释，生成报告。
作为本发明优选的技术方案，所述基因变异分析系统包括基因数据查询工具，能支持实时在大量的基因变异数据中迅速搜索到需要的结果，这种快速查询功能允许医学遗传学专家不断调整参数，筛选基因变异数据，筛选后得到的数据会被报告生成系统集成到生成的报告中。
作为本发明优选的技术方案，所述报告生成系统中专家结合在线遗传病性状及基因数据库做出分析解读并录入审阅注释，该注释会由另一位专家进行二次审阅，以减少错误判读；如果需要修正，则由最初审阅专家进行修改，并重复二次审阅流程；审阅专家指定报告生成状态为批准或者暂停状态，样本数据及相关变异信息注释无误时，状态为批准；若有关变异信息不确定时，报告生成状态为暂停。
作为本发明优选的技术方案，所述报告生成系统会根据报告类型，选择相应的报告模板，该模板定义了报告的排版样式，并制定了内容输出格式，包括受检者的临床表型信息，基因变异位点，和医学遗传学专家的人工解读；在报告模板的最后，包括了有关的备注信息，包括方法学，检测局限性，检测范围；报告生成根据样本的状况进行定制，以适配不同的检测需求；报告生成系统中每一次数据录入、审阅和结果解读的变更都会被记录下来；整个审阅流程的操作历史可查询；样本状态切换，数据上传，报告生成均有权限控制。
在本发明的另一方面，还提供一种上述基因检测产品报告系统的实现方法，包括如下步骤：
步骤1，通过移动端销售服务系统采集受检者基本信息及样本绑定信息；
步骤2，临床样本管理系统接收来自移动端销售服务系统的受检者基本信息及样本绑定信息，并管理受检者样本及临床表型信息数据；
步骤3，样本进实验室进行检测，检测结果通过实验室数据管理系统传送给报告生成系统；
步骤4，报告生成系统接收来自临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自实验室数据管理系统的检测结果，生成报告。
作为本发明优选的技术方案，步骤3具体为：样本进实验室进行测序实验，完成测序的数据会推送给生信分析团队进行基因数据一级分析和二级分析，一级分析指将测序仪产生的BCL格式的图像文件转化为具有可读性的常用的FASTQ格式文件，并将来自不同样本的测序数据进行拆分，最终产生以样本为单位的FASTQ文件；二级分析指将样本的FASTQ文件和参考基因组比对,根据比对结果检测单核苷酸变异（SNV，Single NucleotideVariant）和插入缺失（InDel，Insertion-Deletion）。生信分析团队分析完成之后，会把变异位点信息推送给临床医学团队通过基因变异分析系统进行分析，医学团队根据已有的资料和文献，判断每个变异位点的影响，将基因变异列表发送给报告生成系统；步骤4具体为：报告生成系统接收来自临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自基因变异分析系统的基因变异数据列表，专家结合在线遗传病性状及基因数据库做出分析解读并录入审阅注释，生成报告。
与现有技术相比，本发明的有益效果在于：
1、本发明连接报告生成需要的数据源，从而实现数据在系统中自动交换，实现报告的集中管理，自动按需生成报告草案和最终发布版本，保证了报告数据的准确性。
2、报告生成系统通过与多个信息系统的连接，解决了手工数据交换中容易产生错误的情况。结合两级专家的人工注释和审阅，在满足效率要求的同时给出有实际意义的结果解读。
3、克服了已有的医学检测相关报告系统存在人工操作较多，不适用于大批量基因检测报告自动化生成的需求，本发明适用于大批量的基因检测产品报告系统，且降低人工操作失误及成本。
附图说明
图1为本发明的基因检测产品报告系统的框架图；
图2为本发明实施例1的福码基因检测报告系统的框架图；
图3为本发明实施例1的福码基因检测报告系统的实现方法流程图。
具体实施方式
下面结合附图进一步阐明本发明。
如图1所示，本发明基因检测产品报告系统包括：报告生成系统，临床样本管理系统，实验室数据管理系统，基因变异分析系统，和移动端销售服务系统。下面对各分系统做具体说明：
1、报告生成系统
不同于其他数据聚合报告系统，本发明允许医学遗传学专家在查阅在线数据库的同时，录入相关审阅注释。并且，该注释会再次进行二次审阅，以减少可能的错误判读。
本发明涉及的报告生成系统主要功能是汇集受检者临床表型信息和基因测序数据分析后得到的相关变异信息，医学遗传学专家对两者进行审阅并做出解读，生成最终报告。解决其技术问题所采用的技术方案是：
受检者临床表型信息主要来源于临床样本管理系统，同时也可以接收指定特定格式文件的上传。
基因变异信息是在基因测序数据通过分析后得到的变异位点列表。基因变异信息主要来源于基因变异分析系统。
样本基因变异信息的审阅状态由医学遗传专家按照审阅流程进行审阅并做出解读。解读完成后设置相应的状态。最初的解读结果由另一名医学遗传学专家二次审阅无误后得到最终报告。如果需要修正，则由最初审阅专家进行修改，并重复二次审阅流程。
所有样本数据和实验数据都确认无误，属于批准状态后，项目管理人员可以通过报告系统生成最终交付给客户的报告文件。系统会根据报告类型，选择相应的报告模板。该模板定义了报告的排版样式，并制定的内容输出格式，包括受检者的临床表型信息，基因变异位点，和医学遗传学专家的人工解读。在报告模板的最后，包括了有关的备注信息，包括方法学，检测局限性，检测范围等。
样本状态切换，数据上传，报告生成均有权限控制。
关于样本相关的数据录入，解读，审阅步骤都有历史记录可以检索。
报告生成可以根据样本的状况进行定制，以适配不同的检测需求，如无创孕前检测，可以实现单人阳性或者阴性报告，也可以实现双人（比如夫妻）不同检测结果的合并报告。
在图1中，报告生成系统主要是收集受检者基本信息以及样本绑定信息，临床表型信息，和样本测序分析结果后得到的基因变异列表。受检者基本信息和样本绑定信息来源于移动销售管理及订单管理系统。临床表型信息来源于临床样本管理系统。测序数据通过相关实验室数据管理系统获得。在进行基因测序数据分析后，通过基因变异分析系统得到基因变异列表。当医学遗传团队结合受检者临床表型数据和基因变异列表，查阅相关文献后，对分析结果做出医学遗传学解读（即分析结果注释）。该解读被录入报告生成系统。审阅者可以指定报告生成状态为批准或者暂停状态。样本数据及相关变异信息注释无误时，状态为批准。若有关变异信息不确定时，报告生成状态为暂停。相应样本可以进行进一步实验帮助变异信息注释，直至状态变更为批准为止。在二次审阅时，所有数据和相应的结果解读被仔细检查。如果二次审阅者对数据和结果解读没有异议，则生成最终报告。报告随后发送给受检者或其代理。
特定检测的数据也可以略过基因变异分析系统，直接进入报告系统。例如MLPA（多重连接探针扩增技术）可以直接定性检测某个基因或者位点是否存在突变。此类检测不再需要进行人工解读，可以通过实验室数据管理系统将检测结果发送给报告生成系统，直接由报告生成系统按事先准备好的模板生成报告。
报告生成系统中每一次数据录入、审阅和结果解读的变更都会被记录下来。整个审阅流程的操作历史可以查询，供审计使用。
2、临床样本管理系统
本发明涉及到的临床样本管理系统管理多个产品的样本和表型数据。样本数据依据特定项目代码将样本推送到不同的产品报告系统。该系统定期从移动销售服务端获取相关客户信息和样本编号。同时也提供网页界面供销售人员录入有关样本信息，或使用特定文件格式批量导入。为保证样本数据及时出现在报告系统中，临床样本管理系统会将新样本数据推送到报告生成系统。考虑到审计要求，临床样本管理系统中任何样本记录的修改历史都会保存在系统中供后续检查。考虑到临床样本管理系统涉及到的数据隐私，系统权限有严格控制。为方便和其他系统进行数据交换，临床样本管理系统提供了一系列标准服务接口供第三方系统整合。
3、实验室数据管理系统
实验室数据管理系统主要存储样本从下订单开始到测序数据从测序仪器转移到指定存储位置为止。在实验室数据管理系统中包括样本测序流程的每一步状态，如测序文库的构建等。此外，当报告生成系统生成报告后，报告存储到实验室数据管理系统中，并发送给订单指定的报告接收人。如受检者直接从移动销售端下的订单，则报告从实验室数据管理系统直接推送到移动端。
4、基因变异分析系统
基因测序得到的数据进行比对，进行变异检测得到变异数据（样本测序结果进行基因数据一级分析和二级分析）。一级分析指将测序仪产生的BCL格式的图像文件转化为具有可读性的常用的FASTQ格式文件，并将来自不同样本的测序数据进行拆分，最终产生以样本为单位的FASTQ文件。二级分析指将样本的FASTQ文件和参考基因组比对,根据比对结果检测单核苷酸变异（SNV，Single Nucleotide Variant）和插入缺失（InDel，Insertion-Deletion）。基因变异分析系统主要是将相关变异依实际检测目标制定的过滤条件进行筛选。筛选后的变异会由医学遗传学专家结合在线数据库进行人工结果解读。筛选条件会存储在该系统中以备将来审计使用。
5、移动端销售服务系统
本发明涉及到的移动端销售服务系统包括销售前端管理模块和后台订单管理模块。整个系统是集宣传，购买，样本追踪，后续指导等功能于一体的互联网工具，让有需求的客户找到产品，从而实现精准营销。
受检者可以通过移动端销售服务系统直接下订单，也可以由渠道商批量录入订单信息。
受检者直接购买：客服将样本采集盒寄给客户，客户自行绑定采集盒中样本编号和受检者本人。
渠道商采购：渠道商批量录入受检者与样本绑定信息。
当样本检测分析完成后，相关的检测报告会推送到销售平台后端系统。当受检者收到通知，就可以直接在移动端直接阅读检测报告。
订单管理模块可以追踪样本采集状态，诸如采集中，回寄中，质控中，检测中，检测完成，和质控失败。整个订单状态则可以是以下状态之一：已取消，未付款，付款成功，已发货，已收货，退款审核，退款中，退款成功，退款审核不通过。
下面结合具体实施例进一步阐明本发明，但这些实施例只是用于说明本发明，而不是来限制本发明的范围。
实施例1
如图2所示，福码产品的报告生成系统，及其临床样本管理系统，实验室数据管理系统（LIMS），临床基因序列分析系统(CSA)，微信端销售管理及订单管理系统构成了本发明的一个实施案例。以下就福码相关信息系统对本发明专利做进一步说明。应当理解，此处所描述的实施案例仅仅用于解释本发明专利，并非限定本发明。
福码是一款无创孕前基因筛查产品。可以一次性检测135种亚洲人群中高发的严重隐形遗传病，能帮助育龄人群了解自身遗传病基因突变的携带情况。结合遗传咨询和产前诊断，帮助育龄人群科学备孕。
在福码基因检测报告系统中，受检者在微信端销售管理及订单管理系统选择基因检测产品并下单支付。基于微信平台进行开发可以借助已有平台的宣传和技术优势，实现快速开发和运维。受检者下单后，微信后台存储了有关受检者的基本信息。客服代表在确认支付后，寄送样本采集盒给受检者。采集盒上有唯一标识的条形码。受检者在微信服务号中使用手机摄像头扫描条形码绑定受检者和样本采集盒编号。寄送给采集盒上的地址。
实验室在收到样本后，进行测序。实验室会对样本质量进行控制，以确保测序准确。测序的每一个环节以及样本的处理状态都记录在实验室数据管理系统（LIMS）中。同时LIMS也存储必要的订单信息，以便随时可以将样本处理的状态和最终的解读报告推送到订单中指定的接受方。
测序数据经过比对分析和变异检测后得到基因变异数据。基因变异数据导入临床基因序列分析系统(CSA)后，医学遗传学专家会根据实际检测项目确定变异数据过滤条件。CSA系统基于独有的基因数据查询工具，可以支持实时在大量的基因变异数据中迅速搜索到需要的结果。这种快速查询功能允许医学遗传学专家不断调整参数，筛选基因变异数据。过滤后得到的数据会被福码报告系统集成到生成的报告中。
临床样本管理系统会自动从微信端销售管理及订单管理系统的后台订单管理模块获取有关受检者基本信息及其绑定的样本信息。系统会对这些信息进行检查，确保受检者的关键信息没有缺失。所有这些数据都会自动推送到报告生成系统中，集成在最终生成的报告中。
在报告生成系统中，医学遗传学专家根据所有汇总的信息，包括基因变异数据，受检者基本信息，临床表型数据，结合在线遗传病性状及基因数据库做出解读。有关解读结果会由另外一名资深专家进行审阅以确保结果解读的准确率。报告生成系统可以根据不同的检测项目设置不同的报告模板以调整版式。而检测报告的内容也可以在最终报告生成之前进行修改。修改历史也会保存以供审计时使用。
福码报告系统生成报告后，可以将报告传到微信端销售管理及订单管理系统。受检者得到通知后，即可在微信中阅读基因检测报告。受检者除了可以在微信阅读最终检测报告外，还可以了解整个样本从采集，寄送，质量控制，到最后完成检测的状态变化。
在图2中，微信端销售管理及订单管理系统会把受检者和样本信息传送到临床样本管理系统中。临床样本管理系统会推送这些信息及受检者临床表型信息给报告生成系统和临床基因序列分析系统(CSA)。样本经过测序和变异检测后，数据传入临床基因序列分析系统(CSA)。医学遗传学专家在筛选过滤这些变异后，相关数据也会传送到报告生成系统中。医学遗传学专家会在报告生成系统中添加结果解读和评论，经过审阅后生成最后的报告。报告文件会传送到微信端给受检者阅读。相关样本处理的状态也会在微信端销售管理及订单管理系统更新。
报告生成系统也可以直接导入特定检测的数据。例如MLPA（多重连接探针扩增技术）可以直接定性检测某个基因或者位点是否存在突变。此类检测不再需要进行人工解读，可以通过实验室数据管理系统将MLPA变异检测结果发送给报告生成系统，直接由报告生成系统按事先准备好的模板生成报告。
如图3所示，实施例1的福码基因检测报告系统的实现方法包括如下具体流程步骤：
1、通过微信端销售管理及订单管理系统采集受检者数据信息，受检者下单后，微信后台存储了有关受检者的基本信息。客服代表在确认支付后，寄送样本采集盒给受检者。采集盒上有唯一标识的条形码。受检者在微信服务号中使用手机摄像头扫描条形码绑定受检者和样本采集盒编号。寄送给采集盒上的地址。数据来源：销售人员提供给用户的产品会采集用户的血液（唾液）和用户的基本信息。报告用户的姓名、性别、年龄、家庭住址、电话等基本信息。用户的样本（血液或者唾液）和基本信息会当作一个sample（样本）记录在项目经理的记录里，项目经理会给每一个sample加上唯一的sampleid（样本ID），familyid（家庭ID），labid（实验室ID）。
2、样本（血液或者唾液）会被送进基因测序实验室，在实验室会将用户的样本进行测序实验。完成测序的数据会推送给生信分析团队进行基因数据一级分析和二级分析，一级分析指将测序仪产生的BCL格式的图像文件转化为具有可读性的常用的FASTQ格式文件，并将来自不同样本的测序数据进行拆分，最终产生以样本为单位的FASTQ文件；二级分析指将样本的FASTQ文件和参考基因组比对,根据比对结果检测单核苷酸变异（SNV，SingleNucleotide Variant）和插入缺失（InDel，Insertion-Deletion）。生信分析团队分析完成之后，会把变异位点信息推送给临床医学团队通过临床基因序列分析系统（CSA）进行分析，医学团队根据已有的资料和文献，判断每个变异位点的影响。
3、用户的基本信息和项目经理的三个ID都会记录在临床样本管理系统中，临床样本管理系统会将需要给出报告的数据推送到报告生成系统中。
4、医学团队分析完变异位点信息之后，报告生成系统会根据样本的3个ID拿到分析的结果。
5、报告生成系统还存储了疾病和基因突变等医学相关的静态数据。
6、报告生成系统预先完成了单人阴性报告、单人阳性报告、双人阴性报告、双人单阳性报告、双人不同阳性报告、双人双阳性报告等不同的报告模版。
7、根据样本的基本信息，和医学团队分析的结果，采用不同的模版，将分析结果、基本信息和结果相关的医学研究结果填入模版，生成报告。
Claims (10)
1.一种基因检测产品报告系统，其特征在于，包括：报告生成系统，临床样本管理系统，实验室数据管理系统和移动端销售服务系统；
所述移动端销售服务系统包括销售前端管理模块和后台订单管理模块；所述移动端销售服务系统用于用户选择基因检测产品并下单支付，并采集受检者的基本信息和样本绑定信息；
所述临床样本管理系统用于接收来自所述移动端销售服务系统的受检者的基本信息和样本绑定信息，并管理受检者样本及临床表型信息数据；
所述实验室数据管理系统用于存储样本从下订单开始到测序数据从测序仪器转移到指定存储位置为止；当报告生成系统生成报告后，报告存储到所述实验室数据管理系统中，并推送到移动端销售服务系统发送给订单指定的报告接收人；
所述报告生成系统用于接收来自所述临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自实验室数据管理系统的检测结果，生成报告。
2.如权利要求1所述的基因检测产品报告系统，其特征在于，受检者通过所述移动端销售系统直接下订单，或者由渠道商批量录入订单信息；所述受检者直接下订单采用如下方法：客服将样本采集盒寄给客户，客户自行绑定采集盒中样本编号和受检者本人；所述由渠道商批量录入订单信息，订单信息包括受检者基本信息与样本绑定信息；所述订单管理模块能追踪样本采集状态，包括采集中，回寄中，质控中，检测中，检测完成，和质控失败；整个订单状态则是以下状态之一：已取消，未付款，付款成功，已发货，已收货，退款审核，退款中，退款成功，退款审核不通过。
3.如权利要求1所述的基因检测产品报告系统，其特征在于，所述临床样本管理系统中的样本数据依据特定项目代码将样本推送到不同的产品报告系统；该临床样本管理系统定期从所述移动端销售服务系统获取相关客户信息和样本编号，同时也提供网页界面供销售人员录入有关样本信息，或使用特定文件格式批量导入；为保证样本数据及时出现在报告生成系统中，该临床样本管理系统会将新样本数据推送到报告生成系统；该临床样本管理系统中任何样本记录的修改历史都会保存在系统中供后续检查；该临床样本管理系统权限有严格控制；该临床样本管理系统设有一系列标准服务接口供第三方系统整合，以便与其他系统进行数据交换；所述样本绑定信息包括样本ID、家庭ID和实验室ID。
4.如权利要求1所述的基因检测产品报告系统，其特征在于，所述实验室数据管理系统存储包括样本测序流程的每一个环节以及样本的每一步处理状态，同时存储必要的订单信息，以便随时可以将样本处理的状态和最终的解读报告推送到订单中指定的接受方；所述实验室数据管理系统会对样本质量进行控制，以确保测序准确。
5.如权利要求1所述的基因检测产品报告系统，其特征在于，该基因检测产品报告系统还包括基因变异分析系统；所述基因变异分析系统用于将来自所述实验室数据管理系统的样本测序结果经过数据分析比对，进行变异检测得到变异数据，将相关变异依实际检测目标制定的过滤条件进行筛选，并接收来自临床样本管理系统的受检者临床表型信息，最终将基因变异数据列表发送给所述报告生成系统；
所述报告生成系统用于接收来自所述临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自基因变异分析系统的基因变异数据列表，专家结合在线遗传病性状及基因数据库做出分析解读并录入审阅注释，生成报告。
6.如权利要求5所述的基因检测产品报告系统，其特征在于，所述基因变异分析系统包括基因数据查询工具，能支持实时在大量的基因变异数据中迅速搜索到需要的结果，这种快速查询功能允许医学遗传学专家不断调整参数，筛选基因变异数据，筛选后得到的数据会被报告生成系统集成到生成的报告中。
7.如权利要求5所述的基因检测产品报告系统，其特征在于，所述报告生成系统中专家结合在线遗传病性状及基因数据库做出分析解读并录入审阅注释，该注释会由另一位专家进行二次审阅，以减少错误判读；如果需要修正，则由最初审阅专家进行修改，并重复二次审阅流程；审阅专家指定报告生成状态为批准或者暂停状态，样本数据及相关变异信息注释无误时，状态为批准；若有关变异信息不确定时，报告生成状态为暂停。
8.如权利要求5所述的基因检测产品报告系统，其特征在于，所述报告生成系统会根据报告类型，选择相应的报告模板，该模板定义了报告的排版样式，并制定了内容输出格式，包括受检者的临床表型信息，基因变异位点，和医学遗传学专家的人工解读；在报告模板的最后，包括了有关的备注信息，包括方法学，检测局限性，检测范围；报告生成根据样本的状况进行定制，以适配不同的检测需求；报告生成系统中每一次数据录入、审阅和结果解读的变更都会被记录下来；整个审阅流程的操作历史可查询；样本状态切换，数据上传，报告生成均有权限控制。
9.一种如权利要求1所述的基因检测产品报告系统的实现方法，其特征在于，包括如下步骤：
步骤1，通过移动端销售服务系统采集受检者基本信息及样本绑定信息；
步骤2，临床样本管理系统接收来自移动端销售服务系统的受检者基本信息及样本绑定信息，并管理受检者样本及临床表型信息数据；
步骤3，样本进实验室进行检测，检测结果通过实验室数据管理系统传送给报告生成系统；
步骤4，报告生成系统接收来自临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自实验室数据管理系统的检测结果，生成报告。
10.如权利要求9所述的方法，其特征在于，步骤3具体为：样本进实验室进行测序实验，完成测序的数据会推送给生信分析团队进行基因数据一级分析和二级分析，一级分析指将测序仪产生的BCL格式的图像文件转化为具有可读性的常用的FASTQ格式文件，并将来自不同样本的测序数据进行拆分，最终产生以样本为单位的FASTQ文件；二级分析指将样本的FASTQ文件和参考基因组比对,根据比对结果检测单核苷酸变异和插入缺失；生信分析团队分析完成之后，会把变异位点信息推送给临床医学团队通过基因变异分析系统进行分析，医学团队根据已有的资料和文献，判断每个变异位点的影响，将基因变异列表发送给报告生成系统；步骤4具体为：报告生成系统接收来自临床样本管理系统的受检者基本信息和样本绑定信息，接收来自基因变异分析系统的基因变异数据列表，专家结合在线遗传病性状及基因数据库做出分析解读并录入审阅注释，生成报告。
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Legal Events
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| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication | ||
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Application publication date: 20170929 |