CN109637584A - 肿瘤基因诊断辅助决策系统 - Google Patents

Abstract

本发明提供了一种肿瘤基因诊断辅助决策系统和方法，接收样本数据，对样本数据进行预处理，得到预处理数据，将预处理数据存储在数据库中；可视化显示预处理数据，形成显示列表，针对显示列表提供筛选处理，得到筛选后数据，对筛选后数据进行查看、导出、下发中的任一种或任多种；接收并显示经过下发的筛选后数据，根据筛选后数据的设定位点，通过对设定位点的状态更新、图片上传，得到一代测序数据，自动生成报告，对报告提供预览和审核操作。本发明提供基于Web页面的全程可视化操作，支持将提交的测序数据自动生成报告的一站式分析服务，支持多个样本的同时添加和全自动分析，能够解决复杂的数据分析、注释以及数据挖掘之类的生物信息难题。

Description

肿瘤基因诊断辅助决策系统

技术领域

本发明涉及精准医疗和基因检测技术领域，具体地，涉及一种肿瘤基因诊断辅助决策系统和方法。

背景技术

在基因测序技术蓬勃发展的当下，基因测序市场日益繁荣，基因诊断改变了传统的医疗观念，也为遗传病的检测提供了更加简便而有效的手段。随着精准医学的脚步，二代测序(next generation sequencing，NGS)的技术不断革新和成本的降低，传统的临床检测技术已经无法完全满足临床需求，从2009年开始，以全外显子组测序、全基因组测序和疾病相关的基因panel测序为代表的NGS应用，迅速将遗传病基因诊断领域带入了一个全新的历史阶段。随后，随着遗传疾病的NGS逐渐成熟，且自2012年肿瘤个人基因组检测的概念兴起以来，基于二代测序(NGS)的肿瘤基因检测公司雨后春笋般涌现。然而，由于市场准入门槛低，且缺乏业界公认的规范和标准，导致检测结果准确性差、数据分析和解读不专业等现象。我们时常会听到有医生说，“同时采集的同一个患者的血样，送到两个不同的基因检测公司，它们给出来的结果却是不一样的。”这种现象，让医生为难，让患者受害，严重阻碍了产业的发展。

目前，针对这些问题，国内外也有一些产品来协助缓解这一现状，但或多或少存在一些不足，不能极大的方便行业从业者。例如，(1)海云基因智能化临床基因诊疗决策支持平台，它是一款遗传病分析系统，在遗传病分析中该系统具有强大的分析功能，可对例如用药数据库和肿瘤疾病数据库。另外在分析流程方面，肿瘤与遗传病的确存在着差异，该系统不能完全满足肿瘤数据的分析和管理。(2)ANNOVAR，可以高效的对基因组进行注释，包含位点信息，疾病信息和生物信息学预测数据。另外，该软件可自定义注释数据库，可根据用户偏好选择合适的注释数据库。但该软件对操作人员要求较高，要求生物信息学人员熟练使用Linux和Perl语言，输出结果以文本格式存储，不利于样本管理，无法进行可视化样本分析及展示。(3)wANNOVAR，是ANNOVAR的网页版。该产品目的是为了解决ANNOVAR软件中的部分不足，的确是极大的降低了对使用者门槛，即用鼠标点击即可完成所有的操作，最终结果以e-mail的方式发送到提交者的邮箱。但是该产品无法提供个性化的配置，且结果通过邮件形式发送严重影响时效性，不能实时化的进行分析和展现。另外，该系统存在在肿瘤数据库方面不够全面，不能对肿瘤样本进行CNV分析等问题。

与本申请相关的现有技术是专利文献CN106971071A，公开了一种临床决策支持系统及方法，包括：数据分析管理平台、结构化循证知识库和智能推理机；数据分析管理平台储存处理病人数据，根据生物标记物检测数据，生成病人的组学变异数据；结构化循证知识库存储临床表型数据、生物标记物检测数据、组学变异数据、药物诊疗研究信息、循证临床注释，构建这些数据之间的关联规则；智能推理机根据病人的临床表型数据及组学变异数据，调用结构化循证知识库生成临床决策参考信息。

发明内容

针对现有技术中的缺陷，本发明的目的是提供一种肿瘤基因诊断辅助决策系统和方法。

根据本发明提供的一种肿瘤基因诊断辅助决策系统，包括：

样本录入模块：接收样本数据，对样本数据进行预处理，得到预处理数据，将预处理数据存储在数据库中；

分析筛选模块：可视化显示预处理数据，形成显示列表，针对显示列表提供筛选处理，得到筛选后数据，对筛选后数据进行查看、导出、下发中的任一种或任多种；

一代测序模块：接收并显示经过下发的筛选后数据，根据筛选后数据的设定位点，通过对设定位点的状态更新、图片上传，得到一代测序数据；

生成报告模块：根据一代测序数据，自动生成报告，对报告提供预览和审核操作。

优选地，所述样本录入模块包括：

接收模块：通过接收文件的方式接收样本数据，所述文件的格式包括vcf、vcf.gz、fastq中的任一种或任多种；

预处理模块：识别样本数据中的变异位点，利用现存的医学数据库对变异位点进行位点注释，对位点注释进行ACMG打分预测；

数据存储模块：对预处理数据进行云盘存储。

优选地，所述筛选处理包括以下中的任一项或任多项：

分析状态标签切换：根据状态筛选显示列表，所述状态包括已完成分析、正在分析、等待分析、未开始分析、失败分析中的任一种或任多种；

分析条目搜索：通过输入关键词对显示列表进行筛选，所述关键词组成筛选条件，所述筛选条件能够保存、重置。

优选地，所述筛选后数据包括以下中的任一项或任多项：

隐性纯合数据：对显示列表中存在隐性纯合突变的预处理数据单独分页显示；

复合杂合数据：对显示列表中存在复合杂合突变的预处理数据单独分页显示；

隐性杂合数据：对显示列表中存在隐性杂合突变的预处理数据单独分页显示；

显性纯合数据：对显示列表中存在显性纯合突变的预处理数据单独分页显示。

优选地，所述一代测序模块包括：

状态修改模块：对设定位点进行状态更新，记录设定位点的状态和进度；

信息查找模块：通过输入关键词进行信息查询，获取查询结果；

时间筛选模块：通过下发的时间进行数据筛选；

图片上传模块：对设定位点进行图片上传；

信息导出模块：选择一代测序数据，进行导出，所述一代测序数据包括多条具有序列的设定位点。

优选地，所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，还包括样本信息模块：对样本数据进行样本详情查看、样本搜索、样本数据修改；

所述样本详情查看能够查看样本数据中的患者的详细信息，所述详细信息包括样本质量值和样本关联分析。

优选地，所述自动生成报告是通过自动提取一代测序数据中的设定位点的位点变异信息，形成报告预览；

所述报告预览能够进行人工修正后，一键生成临床报告，提交报告审核。

优选地，所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，还包括信息检索模块、私有数据库模块、流程配置模块；

信息检索模块：提供对基因、疾病、基因与疾病对应性状的搜索；

私有数据库模块：提供使用者指定的特定数据收藏，支持使用者从外部录入数据；

数据配置模块：对患者信息、基因panel、使用者权限、使用者云盘空间限制、使用者登录信息、数据过滤规则、分析流程中的任一种或任多种进行配置。

优选地，所述ACMG打分预测是针对变异位点在ACMG标准中进行自动化评级，基于自动化评级进行打分预测，所述打分预测得到的结论能够手动变更，并对变异位点指定变异等级，所述变异等级显示在所述报告中。

根据本发明提供的一种肿瘤基因诊断辅助决策方法，包括：

样本录入步骤：接收样本数据，对样本数据进行预处理，得到预处理数据，将预处理数据存储在数据库中；

分析筛选步骤：可视化显示预处理数据，形成显示列表，针对显示列表提供筛选处理，得到筛选后数据，对筛选后数据进行查看、导出、下发中的任一种或任多种；

一代测序步骤：接收并显示经过下发的筛选后数据，根据筛选后数据的设定位点，通过对设定位点的状态更新、图片上传，得到一代测序数据；

生成报告步骤：根据一代测序数据，自动生成报告，对报告提供预览和审核操作。

与现有技术相比，本发明具有如下的有益效果：

1、能够为医生或从医人员提供疾病的基础搜索，获得与输入词条相关的现有数据库中的所有内容；

2、本发明采用后台程序采用调用阿里云的批量计算平台，能够在无人值守的情况下并发分析多个样本数据，采用云计算，能够实现自动化完成多个数据库注释；

3、本发明整合国内外多个权威医学数据库，能够精准全面的对测序数据注释，数据库包括频率数据库，突变变异数据库，肿瘤数据库及用药数据库；

4、本发明提供基于Web页面的全程可视化操作，支持将提交的二代测序数据自动生成报告的一站式分析服务，支持多个样本的同时添加和全自动分析，能够解决复杂的数据分析、注释以及数据挖掘之类的生物信息难题；

5、本发明通过内置ACMG打分预测，提供自动对位点评分，大大降低胚系突变分析工作者的工作量，对于样本数据、患者数据和分析数据分别管理，保证了数据的安全性，并能在后期复用。

附图说明

通过阅读参照以下附图对非限制性实施例所作的详细描述，本发明的其它特征、目的和优点将会变得更明显：

图1为本发明的系统主界面示意图；

图2为本发明的分析筛选页面示意图；

图3为本发明的一代验证页面示意图；

图4为本发明的报告管理页面示意图。

具体实施方式

下面结合具体实施例对本发明进行详细说明。以下实施例将有助于本领域的技术人员进一步理解本发明，但不以任何形式限制本发明。应当指出的是，对本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变化和改进。这些都属于本发明的保护范围。

根据本发明提供的一种肿瘤基因诊断辅助决策系统，包括：

样本录入模块：接收样本数据，对样本数据进行预处理，得到预处理数据，将预处理数据存储在数据库中；

分析筛选模块：可视化显示预处理数据，形成显示列表，针对显示列表提供筛选处理，得到筛选后数据，对筛选后数据进行查看、导出、下发中的任一种或任多种；

一代测序模块：接收并显示经过下发的筛选后数据，根据筛选后数据的设定位点，通过对设定位点的状态更新、图片上传，得到一代测序数据；

生成报告模块：根据一代测序数据，自动生成报告，对报告提供预览和审核操作。

具体地，所述样本录入模块包括：

接收模块：通过接收文件的方式接收样本数据，所述文件的格式包括vcf、vcf.gz、fastq中的任一种或任多种；

预处理模块：识别样本数据中的变异位点，利用现存的医学数据库对变异位点进行位点注释，对位点注释进行ACMG打分预测；

数据存储模块：对预处理数据进行云盘存储。

具体地，所述筛选处理包括以下中的任一项或任多项：

分析状态标签切换：根据状态筛选显示列表，所述状态包括已完成分析、正在分析、等待分析、未开始分析、失败分析中的任一种或任多种；

分析条目搜索：通过输入关键词对显示列表进行筛选，所述关键词组成筛选条件，所述筛选条件能够保存、重置。

具体地，所述筛选后数据包括以下中的任一项或任多项：

隐性纯合数据：对显示列表中存在隐性纯合突变的预处理数据单独分页显示；

复合杂合数据：对显示列表中存在复合杂合突变的预处理数据单独分页显示；

隐性杂合数据：对显示列表中存在隐性杂合突变的预处理数据单独分页显示；

显性纯合数据：对显示列表中存在显性纯合突变的预处理数据单独分页显示。

具体地，所述一代测序模块包括：

状态修改模块：对设定位点进行状态更新，记录设定位点的状态和进度；

信息查找模块：通过输入关键词进行信息查询，获取查询结果；

时间筛选模块：通过下发的时间进行数据筛选；

图片上传模块：对设定位点进行图片上传；

信息导出模块：选择一代测序数据，进行导出，所述一代测序数据包括多条具有序列的设定位点。

具体地，所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，还包括样本信息模块：对样本数据进行样本详情查看、样本搜索、样本数据修改；

所述样本详情查看能够查看样本数据中的患者的详细信息，所述详细信息包括样本质量值和样本关联分析。

具体地，所述自动生成报告是通过自动提取一代测序数据中的设定位点的位点变异信息，形成报告预览；

所述报告预览能够进行人工修正后，一键生成临床报告，提交报告审核。

具体地，所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，还包括信息检索模块、私有数据库模块、流程配置模块；

信息检索模块：提供对基因、疾病、基因与疾病对应性状的搜索；

私有数据库模块：提供使用者指定的特定数据收藏，支持使用者从外部录入数据；

数据配置模块：对患者信息、基因panel、使用者权限、使用者云盘空间限制、使用者登录信息、数据过滤规则、分析流程中的任一种或任多种进行配置。

具体地，所述ACMG打分预测是针对变异位点在ACMG标准中进行自动化评级，基于自动化评级进行打分预测，所述打分预测得到的结论能够手动变更，并对变异位点指定变异等级，所述变异等级显示在所述报告中。

根据本发明提供的一种肿瘤基因诊断辅助决策方法，包括：

样本录入步骤：接收样本数据，对样本数据进行预处理，得到预处理数据，将预处理数据存储在数据库中；

分析筛选步骤：可视化显示预处理数据，形成显示列表，针对显示列表提供筛选处理，得到筛选后数据，对筛选后数据进行查看、导出、下发中的任一种或任多种；

一代测序步骤：接收并显示经过下发的筛选后数据，根据筛选后数据的设定位点，通过对设定位点的状态更新、图片上传，得到一代测序数据；

生成报告步骤：根据一代测序数据，自动生成报告，对报告提供预览和审核操作。

本发明提供的肿瘤基因诊断辅助决策系统，可以通过肿瘤基因诊断辅助决策方法的步骤流程实现。本领域技术人员可以将肿瘤基因诊断辅助决策方法理解为所述肿瘤基因诊断辅助决策系统的优选例。

本发明的系统需要通过用户登录，通过个人中心对用户头像修改、昵称修改、电话修改、邮箱修改、密码修改、注销的操作对个人信息进行维护，其中头像修改是用户可个性化修改头像，昵称修改是用户可个性化修改昵称，电话修改是用于输入用户电话，分析完成可短信通知，邮箱修改是用于输入用户邮箱，分析完成可邮件通知，密码更改是用于更改用户密码，注销是用于用户注销系统，保护数据安全。

用户登录之后进入系统首页，在系统首页中体现云盘空间显示、统计信息、分组切换，其中云盘空间显示可方便查看当前用户的使用量和总空间，统计信息是针对患者、样本、分析、报告等多个维度来统计数目，分组切换用于个人团队切换，单个用户可随时切换团队，在不同的团队下可管理不同的分析。

如图1所示，在我的分析页面中，用户在前端web页面提交数据，后台程序在动画处理和分析数据，数据处理完成之后，将数据存储在数据库中，以供分析筛选模块进行调用。其中，分析状态标签切换用于根据状态快速筛选分析(状态包含全部、已完成、正在分析、等待分析、未开始和失败)；分析条目搜索是用户可直接输入关键词检索得到需要的分析；删除分析是用户可删除分析；查看分析详情是点开可查看分析的详细信息，比如分析的筛选条件，该分析下的患者信息和样本信息等；分析创建时间排序是可点击创建时间字段名，完成按照创建时间进行排序(例如：顺序和逆序)；新建单样本分析是支持单个样本的分析；新建肿瘤对照样本分析是支持添加肿瘤对照分析。家系分析可根据提交的家系样本信息对先证者的位点进行辅助分析；vcf分析是支持vcf分析，支持用户上传.vcf或.vcf.gz文件类型；fastq分析是支持fastq分析，在分析之后可查看该样本的质量值信息，在jbrowse中可预览bam图；CNV分析是当用户上传fastq文件时，系统可自动完成该样本的CNV分析，找出可能的CNV变异信息。

如图2所示，在分析筛选中，主要用于“我的分析”模块完成之后的数据展现，用户可在此界面完成数据的进一步的人工分析和解读，解读的数据可下发“一代测序”模块和“报告生成”模块。其中，显示纯合位点是用户可点击“纯合”标签，系统可快速筛选出纯合的变异位点；显示复合杂合位点是用户可点击“复合杂合”标签，系统可快速筛选出复合杂合的变异位点；显示杂合位点是用户可点击“杂合”标签，系统可快速筛选出杂合的变异位点；显示全部位点是用户可点击“全部”标签，系统可快速筛选出所有的变异位点；选择显示字段是用户可根据此功能选择性的显示感兴趣的字段信息；字段下拉筛选提供一种类似Excel筛选的功能，用户可筛选大于、小于、等于和包含等；字段排序是点击字段，可完成该字段的顺序和逆序的排序；字段复合下拉筛选保存是用户可对某些常用的筛选条件进行保存，可多次使用；保存的个性化筛选可删除是对保存的个性化筛选条件可进行删除等管理操作；筛选重置是对已经筛选过的位点，可使用“筛选重置“按钮，一键还原到初始状态；cnv查看是如果用户上传的是fastq文件，系统可自动进行CNV分析；位点导出Excel是点击导出，可将当前筛选条件下的所有位点一键导出为Excel文件；恶性突变突出显示是针对stopgain、stoploss等恶性变异位点可显示为红色，提示分析时需特别警惕；位点优选排序是系统自动分析完成之后，会对变异位点进行优选排序，将有害位点可能性较高的靠前显示；位点收藏是对感兴趣的位点可收藏，下次分析遇到此收藏的位点可有特别注释；位点外部数据库跳转是可点击位点相关的链接直接跳转到对应的外部数据库，例如UCSC连接跳转；ACMG自动化评级是系统可在自动分析完成之后，对每一个位点进行自动化评级，并严格按照ACMG标准进行打分和给定结果；ACMG证据修改是每条ACMG证据可手动更改，并能实时计算生成最终结论；ACMG结论更改是用户可手动更改变异结论；位点相关度选择是可对变异位点指定变异等级，用于报告显示；位点备注添加是可对感兴趣的变异位点输入位点备注，可方便后期的位点重分析；一代测序图片添加是在当前分析位点上可添加一代测序图片，该图片可进入后续的报告自动化生成；jbrowse预览是指使用系统自带jbrowse基因组浏览器，可在该浏览器上浏览参考基因组信息和样本的碱基信息；位点下发一代测序是用户可选择指定位点下发一代测序，下发之后，可在一代测序页面查看到这些位点；CNV变异信息查看是系统自动分析的CNV变异信息的列表展示；CNV图片查看是根据CNV变异信息，系统自动绘制的CNV变异图；融合基因预测是系统内置融合基因算法，可根据样本数据预测融合基因；融合基因预测是系统内置融合基因算法，可根据样本数据预测融合基因；等位基因频率过滤是输入频率值，系统可自动筛选小于该频率值的位点；测序深度过滤是输入深度值，系统可自动筛选大于该深度值的位点；HGMD过滤是给用户提供是否查看HGMD收录的DM或DM的位点；clinvar过滤是给用户提供是否查看clinvar收录的特定分类的位点；基因panel过滤是输入基因panel，系统可自动筛选该基因panel内的基因对应位点。

本发明在患者信息中对用户录入系统的患者信息。其中患者信息详情查看是可查看到患者的详细信息包括人种、家族病史等；患者信息更改是对录入的患者信息可更改；患者信息搜索是可输入关键词对患者信息查询，获取查询结果；创建日期排序是可点击创建日期字段名，完成按照创建时间进行排序(顺序和逆序)；修改日期排序是可点击修改日期字段名，完成按照修改时间进行排序(顺序和逆序)；新建患者是在患者信息页面可新增患者。在样本信息中对用户展现录入系统的样本信息。其中样本信息详情查看是可查看到患者的详细信息。包括质量值及该样本关联的分析等；样本搜索是可输入关键词对样本信息查询，获取查询结果；样本信息更改是对录入的样本信息可更改。

本发明中的一代测序，用于接收和展示由“分析筛选”模块选取特定的位点，在该模块完成之后合并到最终的报告中。其中，一代测序状态修改是一代测序操作人员可对每个位点进行状态更新，记录每个位点的状态和进度；一代测序信息查找是可输入关键词对一代测序信息查询，获取查询结果；一代测序可按照下发时间筛选是用户可指定下发时间来筛选一代测序位点；可上传一代测序图片是在一代测序界面可上传一代测序图片，最后可进入报告中；一代测序信息导出是选择一代测序位点，点击“导出”可导出为Excel表。

本发明中的报告管理，主要接收“分析筛选”模块中用户选择的特定位点和“一代测序”模块中的数据，对后台模板进行数据填充，程序后台自动生成报告并提供用户预览和审核操作。其中，报告基本信息展示是包括报告审核状态、关联的分析ID、患者编号、创建时间和修改时间等；报告在线查看是可直接在线查看报告；报告下载是可对报告下载保存到本地计算机；报告审核是可对报告进行审核，审核未不通过或通过；报告删除是可删除报告，到分析页面重新生成报告；报告审核状态分类查看是可按照分类查看对应的报告，包括全部、未生成、待审核、已通过和未通过。

本发明中的信息检索，主要包括以下几种：基因、疾病和表型混合搜索是可支持基因、疾病和表型的混合输入和搜索，且有联想提示；基因搜索是可只选择搜索基因；基因基本信息展示是包含基因全名、别名、染色体位置和基因家族等信息；基因对应疾病查询是包含疾病ID、中文名和英文名等；基因临床数据库是包含OMIM和orphanet等；基因动物模型数据库是包含Mouse Genome Database等；疾病搜索是可只选择搜索疾病；疾病基本信息展示是包含中文名、英文名、遗传模式、发病年龄和死亡年龄等；疾病相关基因展示是包含基因名简称、全称和别名；疾病相关表型展示是包含表型ID、表型英文和表型中文；表型搜索是可只选择搜索表型；表型基本信息展示是包含疾病ID、中文名和英文名等；表型相关基因展示是包含基因名简称、全称和别名；表型的节点结构是阐述表型所在的分类位置和节点结构。

有关本发明的数据存储包括数据云盘、私有数据库。数据云盘是可提供用户上传数据、保存数据和下载数据；可为“我的分析”模块提供数据来源。其中，支持文件上传下载是可在数据云盘上传文件和下载文件；支持用户新建文件夹是用户可在数据云盘的任意位置新建文件夹；支持复制、移动和删除文件和文件夹是复制、移动和删除文件和文件夹；支持文件预览是可支持常规文本文件预览；支持批量下载是可同时选择多个文件进行下载；文件搜索是支持在云盘的搜索框中根据关键词搜索指定文件。私有数据库是用于接收“分析筛选”模块中用户指定的特定数据收藏，同时支持用户从外部录入数据。其中，支持位点的录入是可在私有数据库中手动添加位点数据；支持分析时收藏的位点自动录入是可在分析筛选界面，手动收藏位点，位点会自动进入私有数据库中；支持位点的审核和删除是可对私有数据库中的位点进行审核管理；支持位点的检索是可在搜索框中指定关键词搜索指定的位点信息。

本发明的流程配置是为“我的分析”模块提供可配置的分析流程，其中，可新建流程是用户可自定义不同的分析流程，对每个流程定制不同的过滤参数；可删除流程是可删除自定义流程；流程可搜索是可检索和查询流程。基因panel配置中的基因panel新增是可对基因panel新增，方便分析时panel筛选；基因panel更改是可对panel维护更新；基因panel删除是可删除基因panel；基因panel查找是可对panel进行检索和查询。团队管理配置中的显示“创建的团队”是可显示当前用户所有创建的团队；显示“参与的团队”是可显示当前用户参与的其他用户创建的团队；可新增团队是当前用户可新增团队；可向团队中增加人员是可添加系统中的其他成员加入自己的团队；团队成员查看是可查看指定团队的所有参与成员；团队成员的权限限制是用户可对团队中的其他成员配置权限；可删除团队是可解散创建的团队和退出参与的团队；团队名称可更改是可修改团队的名称。

本发明的系统管理中是对用户权限、登录进行配置，其中，过滤规则维护是可增加或减少过滤规则，如等位基因频率、深度、clinvar和HGMD等；基础流程可删除可新增是可对基础流程进行删除操作；流程参数可设置是可配置基础流程的参数；角色管理是可配置多个系统角色，为每个角色赋予不同的权限，方便权限控制；用户可删除是可删除系统中的用户，对用户进行管理；用户可新增是可新增系统用户；用户角色分配是可对用户赋予多个角色，使不同用户具有不同的角色权限；用户云盘空间限制是可设置用户的总磁盘空间大小，对用户使用数据云盘进行控制；用户密码重置是可重置系统中的用户密码，可解决用户忘记密码的需求；用户禁止登陆是可禁止指定用户使用该系统；访问日志查看是可查看当前系统的所有登入记录；访问日志筛选查看是可对访问日志进行筛选查询。

本发明的报告是通过自动生成，系统可根据用户选择的变异位点，一键自动生成报告，报告预览中支持手动调整，用户可根据自动生成的报告内容，手动调整，保证报告无误。

在具体实施中，用户登录系统后，在“我的分析”中添加分析，其输入文件格式支持vcf、vcf.gz和fastq。添加完成之后，系统会自动完成寻找变异位点，注释多个数据库，并对每个位点注释ACMG智能预测结果。待分析完成时，所有的变异位点及变异位点在数据库中的特有信息会被保存到位点数据库中，待用户从前端WEB页面输入筛选条件时，后台会根据用户传递的筛选条件自动返回满足条件的数据。用户可在前端页面对数据操作和标注。

在用户提交分析之后，在“分析筛选”模块界面，用户可进行频率筛选、深度筛选等。用户可查看某位点是否存在对应的药物以及在数据库中的分级。点击位点可跳转到UCSC网站或直接jbrowse查看位点信息。

分析完成后，系统会根据用户的输入创建分析对应的患者信息和样本信息。用户可在患者信息页面对患者的信息进行维护和更新；同样的，在样本管理页面可查看样本的信息；在分析页面可实时查看样本分析的状态及分析完成之后样本的质量信息和位点数据等。

本发明整合了国内外多个权威医学数据库，内含频率数据库，突变变异数据库，肿瘤数据库及用药数据库，能精准全面的对测序数据注释。全程可视化操作，系统操作一切基于web页面，不用分析这输入繁琐的系统命令。支持提交二代测序数据到自动化报告生成的一站式分析服务，支持多个样本的同时添加和全自动分析，解决复杂的数据分析、注释以及数据挖掘等生物信息难题；内置打分系统，系统除了内置注释数据库外，针对所有位点还具备ACMG打分预测模块。对于某些胚系突变的分析，该模块能自动对位点按照ACMG指南评分，极大地降低了分析者的工作量。系统对ACMG完成了可视化展示，使用户直接在页面上勾选打分，且能修改每条证据结果，既发挥了ACMG的权威性，又降低了ACMG的复杂性，增强了ACMG在临床诊断中的应用；支持单个肿瘤样本分析和对照样本分析，可适应不同的肿瘤样本分析，比如单个肿瘤样本或者具有对照组织的肿瘤样本。系统能根据对照样本标明出位点变异的类型(肿瘤特有突变或胚系突变)；报告自动生成，系统可自动提取位点变异信息，形成报告预览，分析者可根据预览信息实时更改并一键生成临床报告，并提交报告审核；DNA变异信息可视化展示，系统整合jbrowse基因组浏览器，可直接点击查看变异位点信息；系统支持肿瘤样本的CNV分析，系统采用业界认可的exomedepth软件来计算CNV，系统会自动采集exomedepth软件所需的对照样本，计算背景参数，将计算出的结果在页面上可视化展示；系统可支持融合基因分析。系统内置genefuse分析软件，可利用该分析软件对融合基因进行预测，有效分析出可能融合基因；系统可统计TMB，TMB是肿瘤患者免疫治疗较好的预测因子，系统可计算肿瘤样本TMB，并提供图表可视化。系统可提供基因、疾病和表型的基础检索服务，同时具有二代测序下机数据(FASTQ文件)或者经过生信流程处理之后的中间文件(vcf文件或vcf.gz文件)进行全自动分析、注释及可视化的软件解决方案。精准的ACMG智能化打分系统能满足智能辅助诊断分析，可实现自动化报告生成。该系统可完成SNP、INDEL和CNV分析、注释和数据展现，能同时支持。强大的数据云盘功能可提供临时数据存储服务，此外，该产品还具有分析管理、患者信息管理、样本信息管理、一代验证数据管理及报告管理等功能模块，解决复杂的数据分析、注释以及数据挖掘等生物信息难题。

本领域技术人员知道，除了以纯计算机可读程序代码方式实现本发明提供的系统、装置及其各个模块以外，完全可以通过将方法步骤进行逻辑编程来使得本发明提供的系统、装置及其各个模块以逻辑门、开关、专用集成电路、可编程逻辑控制器以及嵌入式微控制器等的形式来实现相同程序。所以，本发明提供的系统、装置及其各个模块可以被认为是一种硬件部件，而对其内包括的用于实现各种程序的模块也可以视为硬件部件内的结构；也可以将用于实现各种功能的模块视为既可以是实现方法的软件程序又可以是硬件部件内的结构。

以上对本发明的具体实施例进行了描述。需要理解的是，本发明并不局限于上述特定实施方式，本领域技术人员可以在权利要求的范围内做出各种变化或修改，这并不影响本发明的实质内容。在不冲突的情况下，本申请的实施例和实施例中的特征可以任意相互组合。

Claims (10)

1.一种肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，包括：

样本录入模块：接收样本数据，对样本数据进行预处理，得到预处理数据，将预处理数据存储在数据库中；

分析筛选模块：可视化显示预处理数据，形成显示列表，针对显示列表提供筛选处理，得到筛选后数据，对筛选后数据进行查看、导出、下发中的任一种或任多种；

一代测序模块：接收并显示经过下发的筛选后数据，根据筛选后数据的设定位点，通过对设定位点的状态更新、图片上传，得到一代测序数据；

生成报告模块：根据一代测序数据，自动生成报告，对报告提供预览和审核操作。

2.根据权利要求1所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，所述样本录入模块包括：

接收模块：通过接收文件的方式接收样本数据，所述文件的格式包括vcf、vcf.gz、fastq中的任一种或任多种；

预处理模块：识别样本数据中的变异位点，利用现存的医学数据库对变异位点进行位点注释，对位点注释进行ACMG打分预测；

数据存储模块：对预处理数据进行云盘存储。

3.根据权利要求1所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，所述筛选处理包括以下中的任一项或任多项：

分析状态标签切换：根据状态筛选显示列表，所述状态包括已完成分析、正在分析、等待分析、未开始分析、失败分析中的任一种或任多种；

分析条目搜索：通过输入关键词对显示列表进行筛选，所述关键词组成筛选条件，所述筛选条件能够保存、重置。

4.根据权利要求1所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，所述筛选后数据包括以下中的任一项或任多项：

隐性纯合数据：对显示列表中存在隐性纯合突变的预处理数据单独分页显示；

复合杂合数据：对显示列表中存在复合杂合突变的预处理数据单独分页显示；

隐性杂合数据：对显示列表中存在隐性杂合突变的预处理数据单独分页显示；

显性纯合数据：对显示列表中存在显性纯合突变的预处理数据单独分页显示。

5.根据权利要求1所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，所述一代测序模块包括：

状态修改模块：对设定位点进行状态更新，记录设定位点的状态和进度；

信息查找模块：通过输入关键词进行信息查询，获取查询结果；

时间筛选模块：通过下发的时间进行数据筛选；

图片上传模块：对设定位点进行图片上传；

信息导出模块：选择一代测序数据，进行导出，所述一代测序数据包括多条具有序列的设定位点。

6.根据权利要求1所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，还包括样本信息模块：对样本数据进行样本详情查看、样本搜索、样本数据修改；

所述样本详情查看能够查看样本数据中的患者的详细信息，所述详细信息包括样本质量值和样本关联分析。

7.根据权利要求1所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，所述自动生成报告是通过自动提取一代测序数据中的设定位点的位点变异信息，形成报告预览；

所述报告预览能够进行人工修正后，一键生成临床报告，提交报告审核。

8.根据权利要求1所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，还包括信息检索模块、私有数据库模块、流程配置模块；

信息检索模块：提供对基因、疾病、基因与疾病对应性状的搜索；

私有数据库模块：提供使用者指定的特定数据收藏，支持使用者从外部录入数据；

数据配置模块：对患者信息、基因panel、使用者权限、使用者云盘空间限制、使用者登录信息、数据过滤规则、分析流程中的任一种或任多种进行配置。

9.根据权利要求2所述的肿瘤基因诊断辅助决策系统，其特征在于，所述ACMG打分预测是针对变异位点在ACMG标准中进行自动化评级，基于自动化评级进行打分预测，所述打分预测得到的结论能够手动变更，并对变异位点指定变异等级，所述变异等级显示在所述报告中。

10.一种肿瘤基因诊断辅助决策方法，其特征在于，包括：

样本录入步骤：接收样本数据，对样本数据进行预处理，得到预处理数据，将预处理数据存储在数据库中；

分析筛选步骤：可视化显示预处理数据，形成显示列表，针对显示列表提供筛选处理，得到筛选后数据，对筛选后数据进行查看、导出、下发中的任一种或任多种；

一代测序步骤：接收并显示经过下发的筛选后数据，根据筛选后数据的设定位点，通过对设定位点的状态更新、图片上传，得到一代测序数据；

生成报告步骤：根据一代测序数据，自动生成报告，对报告提供预览和审核操作。