CN107066789B - 针对滞留时间确定或确认的视窗化质谱分析数据的使用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及针对滞留时间确定或确认的视窗化质谱分析数据的使用。对分离样本的扫描在多个间隔中的每个间隔处由质谱仪接收。所述质谱仪在每个间隔处执行一或多次质谱扫描。所述扫描具有一或多个序列质量窗口宽度以在每个间隔处横跨整个质量范围并且在所述多个间隔内产生所述整个质量范围的光谱集合。为离子碎片识别所述光谱集合中的一或多个不同间隔处的一或多个峰。在每个峰的每个间隔内检索所述整个质量范围的质谱。将所述质谱中与每个峰对应的质荷比峰的一或多个离子特征值与所述碎片离子的一或多个已知值相比较。基于比较对每个峰进行评分。

Description

针对滞留时间确定或确认的视窗化质谱分析数据的使用

分案申请的相关信息

本案是分案申请。该分案的母案是申请日为2012年12月15日、申请号为201280064280.1、发明名称为“针对滞留时间确定或确认的视窗化质谱分析数据的使用”的发明专利申请案。

相关申请案的交叉参考

本申请案主张2011年12月29日申请的第61/581,423号美国临时专利申请案的权益，所述申请案内容的全文以引用方式并入本文中。

技术领域

本申请大体上涉及质谱分析领域，且更具体地涉及对质量光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分。

背景技术

质谱仪通常与色谱分析系统或其它的分离系统耦合，以便识别和表征来自样本的所关注的洗脱化合物。在这样一个耦合系统中，洗脱剂是离子化的，并且一系列质谱在特定的时间间隔从洗脱剂中获取。这些时间间隔从(例如)1秒到100分钟(或更长)变化。这系列质谱形成色谱图。

在色谱图中出现的峰用于识别或表征样本中所关注的化合物。然而在复杂的混合物中，对具有相同质荷比的其它峰的干涉可能难以确定代表所关注的化合物的峰。在一些情况中，考虑到所关注的化合物的预期滞留时间，没有有价值的信息。在其它情况中，可得知所关注的化合物的近似滞留时间。然而，即使在后一情况中，在样本复杂或样本间的滞留时间变化超过较小量的情况下，所关注的化合物的准确峰可能是模糊不清的。结果是，经常难以识别或表征这些情况中所关注的化合物。

发明内容

本发明描述了一种用于对质量光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的系统，所述系统包括：从样本混合物中分离一或多种化合物的分离装置；质谱仪，所述质谱仪通过使用一或多个序列质量窗口宽度在多个时间间隔的每个时间间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描以横跨整个质量范围，从而产生在所述多个时间间隔内的质量光谱集合；以及处理器，所述处理器(a)选择已知化合物的碎片离子，(b)计算从所述质量光谱集合中提取的所述碎片离子的离子色谱图XIC，其中所述XIC包含在所述多个时间间隔的每一时间间隔的所述碎片离子的强度，以及(c)如果在所述XIC中在两个或更多个不同的时间间隔处发现对应所述碎片离子的两个或更多个XIC峰，为了确定所述已知化合物的真实滞留时间，通过以下操作计算每一个XIC峰的得分：从每一时间间隔的所述质量光谱集合中获取整个质量范围的质量光谱，以及将每一整个质量范围的质量光谱中的所述碎片离子的质荷比(m/z)峰的一或多个离子特征值与所述碎片离子的一或多个已知值相比较。

本发明描述了一种用于对质量光谱集合中的所关注的已知化合物的峰进行评分的方法，所述方法包括：获取多个时间间隔的质量光谱集合，其中使用分离装置将一或多个化合物从样本混合物中分离，并且其中通过使用一个或多个序列质量窗口宽度在所述多个时间间隔的每个时间间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描以横跨所述整个质谱质量范围，从而使用质谱仪产生在所述多个时间间隔内的质量光谱集合；选择已知化合物的碎片离子；计算从所述质量光谱集合中提取的所述碎片离子的离子色谱图XIC，其中所述XIC包含在所述多个时间间隔的每一时间间隔内的所述碎片离子的强度；以及如果在所述XIC中在两个或更多个不同的时间间隔处发现对应所述碎片离子的两个或更多个XIC峰，为了确定所述已知化合物的真实滞留时间，通过以下操作计算每一个XIC峰的得分：从所述质量光谱集合中获取所述两个或者更多个不同的时间间隔的每一者的整个质量范围的质量光谱，以及将每一整个质量范围的质量光谱中的所述碎片离子的质荷比(m/z)峰的一或多个离子特征值与所述碎片离子的一或多个已知值相比较。

本申请还描述了一种计算机程序产品，所述计算机程序产品包括非暂时性的和有形的计算机可读存储媒体，所述计算机可读存储媒体的内容包含具有在处理器上执行的指令的程序，以便执行用于对光谱集合中的所关注的已知化合物的峰进行评分的方法，所述方法包括：提供一种系统，其中所述系统包括一或多个不同软件模块，并且其中所述不同软件模块包括测量模块和分析模块；使用所述测量模块获取多个时间间隔的质量光谱集合，其中一或多种化合物使用分离装置从样本混合物中分离，并且其中通过使用一或多个序列质量窗口宽度在所述多个时间间隔的每个时间间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描，以横跨所述整个质量范围，从而使用质谱仪产生在所述多个间隔内的质量光谱集合；使用所述分析模块选择已知化合物的碎片离子；使用所述分析模块计算从所述质量光谱集合中提取的所述碎片离子的离子色谱图XIC，其中所述XIC包含在所述多个时间间隔的每一时间间隔的所述碎片离子的强度；以及如果在所述XIC中在两个或更多个不同的时间间隔处发现对应所述碎片离子的两个或更多个XIC峰，为了确定所述已知化合物的真实滞留时间，通过以下操作计算每一个XIC峰的得分：从所述质量光谱集合中获取所述两个或者更多个不同的时间间隔的每一者的整个质量范围的质量光谱，以及将每一整个质量范围的质量光谱中的所述碎片离子的质荷比(m/z)峰的一或多个离子特征值与所述碎片离子的一或多个已知值相比较。

附图说明

所属领域的技术人员将明白下列的图式只是出于说明目的。所述图式并不旨在以任何方式限制本教示的范围。

图1是根据各种实施例的说明计算机系统的框图。

图2是根据各种实施例的展示用于对光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的系统的示意图。

图3是根据各种实施例的展示用于对光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的方法的示例性流程图。

图4是根据各种实施例的包含一或多个不同软件模块的系统的示意图，所述软件模块执行一种用于对光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的方法。

在本教示的一或多个实施例详细描述之前，所属领域的技术人员将认识到本教示不局限于构造细节的实施、在以下图中详细的描述或说明中展示的组件的安排和步骤的安排。同样，本文使用的词组和术语将被理解为描述性的目的，而非视作限制性的。

具体实施方式

计算机植入系统

图1是说明计算机系统100的框图，根据所述框图本教示的实施例可被实施。计算机系统100包含总线102或用于传送信息的其它通信机制，和与总线102耦合以处理信息的处理器104。计算机系统100还包含存储器106，其可为随机存取存储器(RAM)或其它动态存储装置，所述存储器耦合到总线102以存储由处理器104执行的指令。在将由处理器104执行的指令的执行过程中，存储器106还可用于存储临时变量或其它中间信息。计算机系统100进一步包含只读存储器(ROM)108或耦合到总线102以存储处理器104的静态信息和指令的其它静态存储装置。存储装置110，例如磁盘或光盘，被提供且耦合到总线102以存储信息和指令。

计算机系统100可通过总线102耦合到显示器112(例如阴极射线管(CRT)或液晶显示器(LCD))，以向计算机用户显示信息。输入装置114(包含字母数字键和其它键)耦合到总线102以向处理器104传送信息和命令选择。另一类型的用户输入装置是光标控制器116(例如鼠标、跟踪球或光标方向键)，用来向处理器104传送方向信息和命令选择，并控制显示器112上的光标移动。此种输入装置通常具有在两个轴上的两个自由度，即第一轴(即，x)和第二轴(即y)，其使得装置能够在平面上指定位置。

计算机系统100可执行本教示。与本教示的某些实施方式一致，响应于处理器104执行存储器106中包含的一或多个指令的一或多个序列，结果由计算机系统100提供。这些指令可从另一计算机可读媒体读取到存储器106中，例如存储装置110。包含在存储器106中的指令序列的执行使处理器104能够执行本文中描述的过程。或者，硬连线的电路可代替软件指令使用或与软件指令组合使用来实施本教示。因此本教示的实施方式不限于硬件电路和软件的任何特定组合。

本文中使用的术语“计算机可读媒体”指代参与向处理器104提供指令以供执行的任何媒体。此种媒体可采用多种形式，包含但不限于非易失性媒体、易失性媒体和传输媒体。非易失性媒体包含(例如)光盘或磁盘，例如存储装置110。易失性媒体包含动态存储器，例如存储器106。传输媒体包含同轴电缆、铜线和光纤，所述光纤包含包括总线102的电线。

计算机可读媒体的普通形式包含(例如)软盘、软磁盘、硬盘、磁带或任何其它磁性媒体、CD-ROM、数字化视频光盘(DVD)、蓝光光碟、任何其它光学媒体、拇指驱动器、存储卡、RAM、PROM和EPROM、FLASH-EPROM、任何其它存储芯片或磁带盒、或计算机可读取的任何其它有形媒体。

计算机可读媒体的各种形式可涉及将一或多个指令的一或多个序列传递到处理器104以供执行。举例来说，指令可最初在远程计算机的磁盘上传递。远程计算机可将指令加载到其动态存储器中并用调制解调器在电话线上发送指令。计算机系统100本地的调制解调器可接收电话线接收上的数据并使用红外发射器将数据转换成红外信号。耦合到总线102上的红外检测器可接收红外信号中携载的数据并将数据放到总线102上。总线102将数据传递到存储器106，处理器104可从所述存储器中检索和执行指令。由存储器106接收的指令可在由处理器104执行之前或之后可选地存储在存储装置110上。

根据各个实施例，经配置以由处理器执行来执行方法的指令存储在计算机可读媒体上。计算机可读媒体可以是存储数字信息的装置。举例来说，计算机可读媒体包含压缩光盘只读存储器(CD-ROM)，如用于存储软件的领域中所熟知。计算机可读媒体由适合于执行经配置以执行的指令的处理器存取。

以下对本教示的各实施方案的描述以说明和描述的目的呈现。其并非详尽的并且不将本教示限于所揭示的精确形式。可根据上述教示进行修改和变化或者修改和变化可从本教示的实践中获得。另外，所述实施方案包含软件，但本教示可以硬件和软件的组合或单独以硬件来实施。本教示可以面向对象的和非面向对象的程序系统来实施。

对光谱集合的峰进行评分

如上所述，与分离系统耦合的质谱仪用于识别和表征从样本分离的所关注的化合物。分离的样本经离子化并且在特定的间隔获取样本的一系列质谱。举例来说，在色谱系统中，随着时间收集到的光谱系列被称为色谱图。对于任何分离装置或系统，在分离系统的大量间隔内收集到的光谱系列在本文中被称为光谱集合。

在光谱集合中发现的峰用来识别或表征样本中的所关注的化合物。然而，在复杂样本中，干扰峰和有关所关注的化合物的滞留时间的近似信息或无信息将难以识别或表征所关注的化合物。

在传统的分离耦合质谱分析系统中，选择所关注的已知化合物的碎片离子用于分析。质谱扫描接着在包含碎片离子的质量范围的每个分离间隔执行质谱扫描。举例来说，随着时间收集在每次光谱分析扫描中发现的碎片离子的强度并且作为光谱集合或离子色谱图(XIC)进行分析。

举例来说，对于简单样本混合物，代表碎片离子的单个峰通常在已知化合物的预期滞留时间处在XIC中被发现。然而对于更复杂的混合物，代表碎片离子的两个或更多个峰位于除了所关注化合物的预期滞留时间以外光谱集合中的一或多个额外时间间隔处。换句话说，用于碎片离子的XIC可具有两个或更多个峰。

在更复杂混合物中识别所关注的化合物的一种传统方法是将时间间隔定位在已知化合物的两个或更多个碎片离子具有峰的位置处。举例来说，当已知序列的缩氨酸被定量时，这种方法用于蛋白质组学中。

在典型的多反应监测(MRM)方法中，监测两个或更多个MRM转变，每个转变对应于缩氨酸的不同碎片。假如可得到以上发现数据，则这些转变基于数据中观察到的最大碎片。否则这些转变基于预测的(例如)y-离子。XIC分析用于所述两个或更多个MRM转变。所有转变均具有峰的时间用于表征所关注的化合物。

对于复杂样本，尤其在未精确了解预期滞留时间的情况下，光谱集合可能是模糊的。举例来说，可能具有一个以上滞留时间或时间间隔，其中两个或更多个MRM转变的每一者均具有峰。

几乎没有额外信息来解决由复杂样本引起的模糊性。在传统的分离耦合质谱分析系统中，在每个时间间隔处每个碎片离子的每次质谱扫描通常用狭窄的质量窗口宽度来执行。结果是在数据获取之后在每个碎片离子的在特定时间间隔处可用的质谱无法提供额外理解。

在各个实施例中，使用分离耦合质谱分析系统以使用一或多个序列质量窗口宽度在每个时间间隔处执行质谱扫描，以横跨整个质量范围。换句话说，整个质量范围的光谱信息可在分离时在每个时间间隔处获取。最近开发的高分辨率和高生产量仪器使质量范围能够通过使用具有相邻或重叠质量窗口宽度的多次扫描而在时间间隔内进行精确扫描。多次扫描产生的结果可汇集到一起以在每个时间间隔处产生整个质量范围的光谱。在分离的每个时间间隔处每个光谱的集合是整个质量范围的光谱集合。用于使用视窗化质谱扫描以扫描整个质量范围的一种示例性方法称为通过库的序列视窗化获取(SWATH)。

在各个实施例中，使用视窗化获取方法收集的用于整个质量范围的光谱信息用于在复杂混合物中解决滞留时间模糊的问题。换句话说，当分离时在两个或更多个不同时间间隔处，碎片离子被发现在光谱集合中具有两个或更多个峰时，可以对每个不同时间间隔处的整个质量范围的质谱进行分析以确定真实滞留时间。各种标准可用于分析整个质量范围的质谱。基于这些标准，对每个峰和/或间隔进行评分。已知化合物的滞留时间根据具有最高得分或组合得分的一或多个峰进行识别。

回到蛋白质组学实例，复杂样本可具有两个或更多个时间间隔，其中针对两个或更多个提取的母/子离子组合中的每一者具有峰。换句话说，代表缩氨酸的峰群可在两个或更多个时间间隔处被发现。在各个实施例中，对针对两个或更多个时间间隔中的每一者收集的每个整个质量范围的质量光谱进行检验。

举例来说，假如一或多个预期质量的质量精确度低，则指示出光谱集合中的峰并不对应于所关注的预期碎片并且此候补者可被排除或实际上可减少其得分。此评分不仅可基于两个或更多个初始预期质量，而且可基于缩氨酸的其它预期序列离子。在许多情况中，光谱集合的峰对应于其它化合物的同位素峰，或对应于具有不正确电荷状态(并且同样因此与所关注的化合物不相关)的峰。对于传统的MRM方法，无法检测这种情况，但当使用视窗化数据获取方法时，可检测这种情况试并且其结果是对应候补者可排名更靠后。

所述技术对于缩氨酸是有力的，因为相似的序列离子可被预测，但在可得到初始碎片光谱的情况下其同样非常适用于小分子。在这种情况下可能识别最大观测到的碎片光谱集合，但用任何其它重要的观测到的碎片执行评分。这种峰群评分的一种额外用途可以是确定一或多个最特定的碎片质量，不仅仅用于在光谱集合中识别的初始质量，而且同样考虑额外预期的或预测的碎片。当“发现”数据无效因此使用理论的缩氨酸y-离子时或者当获取任何此类发现数据时，这种用途是最有用的。假如这是为了已知(或怀疑)包含所关注的缩氨酸的样本而实施的，则所得的最优碎片质量可用于其它样本的随后处理(例如，XIC计算)。

数据处理的系统和方法

分离耦合质谱分析系统

图2是根据各个实施例展示用于对光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的系统200的示意图。系统200包含分离装置210，质谱仪220和处理器230。分离装置210从样本混合物中分离一或多种化合物。分离装置210可包含(但不限于)电泳装置，色谱分析装置或移动性装置。

举例来说，质谱仪220是串联质谱仪。质谱仪220可包含执行两种或更多种质量分析的一或多个物理质量分析仪。串联质谱仪的质量分析仪可包含(但不限于)飞行时间(TOF)、四极、离子阱、线性离子阱、轨道阱、磁性四区质量分析仪；混合四极飞行时间(Q-TOF)质量分析仪；或傅立叶变换质量分析仪。质谱仪220分别可包括空间或时间中的分开的质谱分析阶段或步骤。

质谱仪220在多个间隔中的每个间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描。间隔可包含(但不限于)时间间隔或离子迁移率间隔。一或多次质谱扫描具有一或多个序列质量窗口宽度以在间隔处横跨整个质量范围。结果是，质谱仪220在多个间隔内产生整个质量范围的光谱集合。举例来说，此种光谱集合存储于存储器中。

处理器230与串联质谱仪220通信。处理器230还可与分离装置210通信。处理器230可以是(但不限于)计算机、微处理器或能够向串联质谱仪220发送控制信号和数据和从串联质谱仪220接收控制信号和数据及处理数据的任何装置。

举例来说，处理器230从质谱仪220接收光谱集合。在各个实施例中，处理器230可从存储在存储器中的文件接收光谱集合。处理器230执行如下步骤。在步骤1中，处理器选择已知化合物的碎片离子。在步骤2中，处理器230在光谱集合中的一或多个不同间隔处识别碎片离子的一或多个峰。

在步骤3中，处理器230对一或多个峰的每个峰进行评分。处理器230在每个峰的每个间隔内从光谱集合中检索整个质量范围的质谱。处理器230将质谱中与每个峰对应的质荷比峰的一或多个离子特征值与碎片离子的一或多个已知值相比较。最后，处理器230使每个峰的得分基于比较的结果。

在各个实施例中，一或多个离子特征包含(但不限于)电荷状态、同位素状态、质量精确度或与已知化合物的已知碎片轮廓相关联的一或多个质量差。

在各个实施例中，处理器230基于一或多个峰的得分进一步识别已知化合物的分离间隔。举例来说，处理器230将已知化合物的分离间隔识别为具有最高得分的一或多个峰中的一个峰的间隔。分离间隔可包含(但不限于)在色谱分析系统中的滞留时间或所关注化合物穿过离子迁移率系统的离子迁移率。

在各个实施例中，处理器230对于已知化合物的一或多个额外碎片离子进一步执行步骤1-3。结果是，处理器230产生已知化合物的两个或更多个碎片离子中的每个峰的得分。处理器230识别两个或更多个不同间隔，其中两个或更多个碎片离子中的每个碎片离子在光谱集合中具有一个峰。处理器230将在两个或更多个不同间隔中每一者处来自两个或更多个碎片离子的峰的得分组合，从而产生两个或更多个间隔中每一者的组合得分。最后，处理器230将具有最高得分的两个或更多个不同间隔中的一个间隔识别为已知化合物的分离间隔。

在各个实施例中，在分离间隔处来自光谱集合的整个质量范围的质谱用于已知化合物的定量。举例来说，可替代地，在分离间隔处来自光谱集合的整个质量范围的质谱用于定位已知化合物的修改形式。

质谱分析方法

图3是根据各个实施例的展示用于对光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的方法300的示例性流程图。

在方法300的步骤310中，获取整个质量范围的光谱集合。一或多种化合物通过使用分离装置从样本混合物中分离。通过使用一或多个序列质量窗口宽度在多个间隔的每个间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描，以横跨整个质量范围。在多个间隔内整个质量范围的光谱集合通过使用质谱仪而产生。光谱集合直接从质谱仪获取，或间接从存储由质谱仪产生的结果的文件中获取。

在步骤320中，选择已知化合物的碎片离子。

在步骤330中，对于碎片离子，在光谱集合中识别多个间隔中的一或多个不同间隔处的一或多个峰。

在步骤340中，通过以下方式对一或多个峰的每个峰进行评分：从光谱集合中获取每个峰的每个间隔内的整个质量范围的质谱，将质谱中与每个峰对应的质荷比峰的一或多个离子特征值与碎片离子的一或多个已知值相比较，以及使每个峰的得分基于比较的结果。

质谱分析计算机程序产品

在各个实施例中，计算机程序产品包含非暂时性的和有形的计算机可读存储媒体，所述计算机可读存储媒体的内容包含具有在处理器上执行的指令的程序，以便执行用于对光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的方法。所述方法由包含一或多个不同软件模块的系统执行。

图4是根据各个实施例的系统400的示意图，所述系统包含执行用于对光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的方法的一或多个不同软件模块。系统400包含测量模块410和分析模块420。

测量模块410获取整个质量范围的光谱集合。使用分离装置将一或多种化合物从样本混合物中分离。通过使用一或多个序列质量窗口宽度在多个间隔中的每个间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描以横跨整个质量范围。通过使用质谱仪在多个间隔内产生整个质量范围的光谱集合。

分析模块420选择已知化合物的碎片离子。分析模块420在光谱集合中的多个间隔中的一或多个不同间隔处识别碎片离子的一或多个峰。最后，分析模块420对一或多个峰中的每个峰进行评分。每个峰的每个间隔的整个质量范围的质谱从光谱集合中获取。将质谱中与每个峰对应的质荷比峰的一或多个离子特征值与碎片离子的一或多个已知值相比较。使每个峰的得分基于比较的结果。

尽管本教示结合各个实施例进行描述，但并不表示本教示限制于此类实施例。相反，如所属领域的一般技术人员将了解，本教示包含各种选择、修改和等效物。

此外，在描述的各个实施例中，说明书已经将一种方法和/或程序呈现为特定的步骤序列。然而，在方法或程序不依赖于本文陈述的特定步骤顺序的程度上，所述方法或程序不应该限制于所述特定的步骤序列。如所属领域的一般技术人员将了解，其它步骤序列也是可能的。因此，说明书中陈述的特定步骤顺序不该被解释对权利要求的限制。此外，针对方法和/或程序的权利要求不应以所写顺序限制它们的步骤执行，并且所属领域的技术人员可易于理解所述序列可改变并且仍然保持在各个实施例的精神和范围之内。

Claims (20)

1.一种用于对质量光谱集合中所关注的已知化合物峰进行评分的系统，所述系统包括：

从样本混合物中分离一或多种化合物的分离装置；

质谱仪，所述质谱仪通过使用一或多个序列质量窗口宽度在多个时间间隔的每个时间间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描以横跨整个质量范围，从而产生在所述多个时间间隔内的质量光谱集合；以及

处理器，所述处理器

(a)选择已知化合物的碎片离子，(b)计算从所述质量光谱集合中提取的所述碎片离子的离子色谱图XIC，其中所述XIC包含在所述多个时间间隔的每一时间间隔的所述碎片离子的强度，以及

(c)如果在所述XIC中在两个或更多个不同的时间间隔处发现对应所述碎片离子的两个或更多个XIC峰，为了确定所述已知化合物的真实滞留时间，通过以下操作计算每一个XIC峰的得分：从每一时间间隔的所述质量光谱集合中获取整个质量范围的质量光谱，以及将每一整个质量范围的质量光谱中的所述碎片离子的质荷比(m/z)峰的一或多个离子特征值与所述碎片离子的一或多个已知值相比较。

2.根据权利要求1所述的系统，其中所述一或多个离子特征包括电荷状态。

3.根据权利要求1所述的系统，其中所述一或多个离子特征包括同位素状态。

4.根据权利要求1所述的系统，其中所述一或多个离子特征包括质量精确度。

5.根据权利要求1所述的系统，其中所述一或多个离子特征包括与所述已知化合物的已知碎片轮廓相关联的一或多个质量差。

6.根据权利要求1所述的系统，其中所述处理器基于所述两个或更多个XIC峰的得分进一步识别所述已知化合物的分离时间间隔。

7.根据权利要求1所述的系统，其中所述质谱仪通过将相邻或重叠连续质量窗口宽度的扫描结果拼凑在一起来执行一次或多次质量光谱扫描。

8.根据权利要求6所述的系统，其中所述处理器将所述已知化合物的分离时间间隔识别为具有最高得分的所述两个或更多个XIC峰中的一个XIC峰的时间间隔。

9.根据权利要求1所述的系统，其中所述处理器进一步

针对所述已知化合物的一或多个额外碎片离子执行步骤(a)到(c)，从而产生所述已知化合物的两个或更多个碎片离子的XIC峰的得分，

识别所述多个时间间隔的两个或更多个不同的时间间隔，其中所述两个或更多个碎片离子中的每个碎片离子具有XIC峰，

将在所述两个或更多个不同的时间间隔中每一者处来自所述两个或更多个碎片离子的XIC峰的得分组合，从而产生所述两个或更多个间隔中每一者的组合得分，以及

将具有最高得分的所述两个或更多个不同的时间间隔中的一个间隔识别为所述已知化合物的分离时间间隔。

10.根据权利要求9所述的系统，其中在所述分离时间间隔处来自所述质量光谱集合的所述整个质量范围的质谱用于所述已知化合物的定量。

11.根据权利要求9所述的系统，其中在所述分离时间间隔处来自所述质量光谱集合的所述整个质量范围的质谱用于定位所述已知化合物的修改形式。

12.一种用于对质量光谱集合中的所关注的已知化合物的峰进行评分的方法，所述方法包括：

获取多个时间间隔的质量光谱集合，其中使用分离装置将一或多个化合物从样本混合物中分离，并且其中通过使用一个或多个序列质量窗口宽度在所述多个时间间隔的每个时间间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描以横跨整个质量范围，从而使用质谱仪产生在所述多个时间间隔内的质量光谱集合；

选择已知化合物的碎片离子；

计算从所述质量光谱集合中提取的所述碎片离子的离子色谱图XIC，其中所述XIC包含在所述多个时间间隔的每一时间间隔内的所述碎片离子的强度；以及

如果在所述XIC中在两个或更多个不同的时间间隔处发现对应所述碎片离子的两个或更多个XIC峰，为了确定所述已知化合物的真实滞留时间，通过以下操作计算每一个XIC峰的得分：从所述质量光谱集合中获取所述两个或者更多个不同的时间间隔的每一者的整个质量范围的质量光谱，以及将每一整个质量范围的质量光谱中的所述碎片离子的质荷比(m/z)峰的一或多个离子特征值与所述碎片离子的一或多个已知值相比较。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述一或多个离子特征包括电荷状态。

14.根据权利要求12所述的方法，其中所述一或多个离子特征包括同位素状态。

15.根据权利要求12所述的方法，其中所述一或多个离子特征包括质量精确度。

16.根据权利要求12所述的方法，其中所述一或多个离子特征包括与所述已知化合物的已知碎片轮廓相关联的一或多个质量差。

17.根据权利要求12所述的方法，其进一步包括基于所述两个或更多个XIC峰的得分识别所述已知化合物的分离时间间隔。

18.根据权利要求12所述的方法，其中通过将相邻或重叠的连续质量窗口宽度的扫描结果拼凑在一起而在分离的样本混合物上执行一或多次质量光谱扫描。

19.根据权利要求17所述的方法，其中将所述已知化合物的分离时间间隔识别为具有最高得分的所述两个或更多个XIC峰中的一个XIC峰的时间间隔。

20.一种非暂时性计算机可读存储介质，所述计算机可读存储介质包含在处理器上执行的指令，以便执行用于对光谱集合中的所关注的已知化合物的峰进行评分的方法，所述方法包括：

提供一种系统，其中所述系统包括一或多个不同软件模块，并且其中所述不同软件模块包括测量模块和分析模块；

使用所述测量模块获取多个时间间隔的质量光谱集合，其中一或多种化合物使用分离装置从样本混合物中分离，并且其中通过使用一或多个序列质量窗口宽度在所述多个时间间隔的每个时间间隔处在分离的样本混合物上执行一或多次质谱扫描，以横跨整个质量范围，从而使用质谱仪产生在所述多个时间间隔内的质量光谱集合；

使用所述分析模块选择已知化合物的碎片离子；

使用所述分析模块计算从所述质量光谱集合中提取的所述碎片离子的离子色谱图XIC，其中所述XIC包含在所述多个时间间隔的每一时间间隔的所述碎片离子的强度；以及

如果在所述XIC中在两个或更多个不同的时间间隔处发现对应所述碎片离子的两个或更多个XIC峰，为了确定所述已知化合物的真实滞留时间，通过以下操作计算每一个XIC峰的得分：从所述质量光谱集合中获取所述两个或者更多个不同的时间间隔的每一者的整个质量范围的质量光谱，以及将每一整个质量范围的质量光谱中的所述碎片离子的质荷比(m/z)峰的一或多个离子特征值与所述碎片离子的一或多个已知值相比较。

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