JP6362611B2 - 前駆体イオン情報を使用することなくms/msデータから化合物を同定するシステムおよび方法 - Google Patents
前駆体イオン情報を使用することなくms/msデータから化合物を同定するシステムおよび方法 Download PDFInfo
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Description
本願は、米国仮特許出願第61/726,617号(2012年11月15日出願)の利益を主張する。該出願の内容は、その全体が参照により引用される。
例えば、本願は以下の項目を提供する。
(項目1)
いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから化合物を同定するためのシステムであって、
試料を分析して、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成するタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
(a)前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信し、
(b)前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択し、
(c)前記測定された生成イオンのサブセットを使用して、潜在的化合物の各々について、1つ以上の予測された生成イオンを含む潜在的化合物のディクショナリを検索することによって、候補化合物の各々に対するスコアを含む前記候補化合物のリストを作成し、
(d)同定された化合物として、前記リストから候補化合物を選択する、
システム。
(項目2)
前記測定された生成イオンスペクトルは、ペプチド断片を含み、潜在的化合物の前記ディクショナリは、タンパク質に対する予測されたペプチドを含み、前記潜在的化合物の各々に対する前記1つ以上の予測された生成イオンは、ペプチドの1つ以上の断片を含み、前記候補化合物のリストは、候補ペプチドを含み、前記同定された化合物は、同定されたペプチドを含む、項目1に記載のシステム。
(項目3)
前記潜在的化合物は、生成イオンを予測することができる、糖、脂質、DNA、RNA、または任意の化合物を含む、項目1または2に記載のシステム。
(項目4)
前記プロセッサは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記測定された生成イオンのサブセットを選択する、項目1〜3のいずれか一項に記載のシステム。
(項目5)
前記プロセッサは、最小数の潜在的化合物において発生すると予測される測定された生成イオンを選択することによって、前記測定された生成イオンのサブセットを選択する、項目1〜4のいずれか一項に記載のシステム。
(項目6)
前記プロセッサは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、閾値より大きい質量対電荷比(m/z)を伴ういくつかの測定された生成イオンを選択することによって、前記測定された生成イオンのサブセットを選択する、項目1〜5のいずれか一項に記載のシステム。
(項目7)
前記プロセッサは、
測定された生成イオンのサブセットから第1の生成イオンを選択することと、
前記第1の生成イオンに合致する予測された生成イオンを含む潜在的化合物について、潜在的化合物の前記ディクショナリを検索し、複数の合致する潜在的化合物を生成することと、
前記合致する潜在的化合物を前記候補化合物のリストに追加し、前記リスト上の各候補化合物に初期スコアを提供することと、
前記測定された生成イオンのサブセットからの各残りの測定された生成イオンについて、前記各残りの測定された生成イオンを、前記リスト上の各候補化合物の予測された生成イオンと比較し、含まれている予測された生成イオンが前記各残りの測定された生成イオンに合致する場合、前記各候補化合物の前記スコアを増加させることと
によって、前記候補化合物のリストを作成する、項目1〜6のいずれか一項に記載のシステム。
(項目8)
前記プロセッサは、
前記測定された生成イオンのサブセットからの各測定された生成イオンについて、前記各測定された生成イオンに合致する予測された生成イオンを含む潜在的化合物について、潜在的化合物の前記ディクショナリを検索することと、
潜在的化合物が、前記各測定された生成イオンに合致する予測された生成イオンを含む場合、前記合致する潜在的化合物が前記リスト上になければ、初期スコアとともに前記合致する潜在的化合物を前記候補化合物のリストに追加し、前記合致する潜在的化合物がすでに前記リスト上にあれば、前記合致する潜在的化合物の前記スコアを増加させることと、
によって、前記候補化合物のリストを作成する、項目1〜7のいずれか一項に記載のシステム
(項目9)
前記タンデム質量分析計は、
質量範囲を2つ以上の前駆体質量窓に分割することと、
前記2つ以上の質量窓の各前駆体質量窓を断片化し、各前駆体質量窓に対する測定された生成イオンスペクトルを生成することと
によって、試料を分析する、項目1〜8のいずれか一項に記載のシステム
(項目10)
前記プロセッサはさらに、
前記同定された化合物を前記範囲と比較し、
前記同定された化合物質量対電荷比(m/z)が前記前駆体質量対電荷比範囲内で見出されない場合、前記同定された化合物が修飾形態であると決定する、項目1〜9のいずれか一項に記載のシステム。
(項目11)
前記プロセッサはさらに、修飾のリストを分析し、前記修飾型の同定された化合物の前記質量対電荷比を前記範囲内に入れる修飾を決定する、項目1〜10のいずれか一項に記載のシステム。
(項目12)
前記プロセッサはさらに、
前記測定された生成イオンスペクトルから前記同定された化合物の潜在的化合物を差し引き、
現在前記リスト上にある全ての候補化合物を除去し、
前記試料中の別の化合物を同定するために、ステップ(b)−(d)を再度実行する、項目1に記載のシステム。
(項目13)
いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから化合物を同定する方法であって、
タンデム質量分析計を使用して試料を分析し、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成することと、
プロセッサを使用して、前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信することと、
前記プロセッサを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記測定された生成イオンのサブセットを使用して潜在的化合物の各々について1つ以上の予測された生成イオンを含む前記潜在的化合物のディクショナリを検索することによって、候補化合物の各々に対するスコアを含む前記候補化合物のリストを作成することと、
前記プロセッサを使用して、前記同定された化合物として、前記リスト上の候補化合物を選択することと
を含む、方法。
(項目14)
前記選択するステップは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することを含む、項目13に記載の方法。
(項目15)
前記選択するステップは、最小数の潜在的化合物において発生すると予測される選択された生成イオンを選択することを含む、項目13または14に記載の方法。
(項目16)
前記選択するステップは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、閾値より大きい質量対電荷比(m/z)を伴ういくつかの測定された生成イオンを選択することプを含む、項目13〜15のいずれか一項に記載の方法。
(項目17)
非一過性の有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記記憶媒体のコンテンツは、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記プロセッサは、いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから前駆体イオンを同定する方法を行い、
前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、同定モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して試料を分析することによって生成される前駆体質量対電荷比範囲からの少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルをタンデム質量分析計から受信することと、
前記同定モジュールを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記測定された生成イオンのサブセットを使用して、潜在的化合物の各々について、1つ以上の予測された生成イオンを含む前記潜在的化合物のディクショナリを検索することによって、前記同定モジュールを使用して、候補化合物の各々に対するスコアを含む前記候補化合物のリストを作成することと、
前記同定モジュールを使用して、前記同定された化合物として、前記リスト上の候補化合物を選択することと
を含む、コンピュータプログラム製品。
(項目18)
いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、ペプチドの短縮形態に対応すると仮定されるタンデム質量分析生成イオンからのペプチドを同定するためのシステムであって、
試料を分析して、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成するタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
(a)前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信し、
(b)前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴い、かつ前記前駆体質量対電荷比範囲より大きい質量対電荷比を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択し、
(c)前記測定された生成イオンのサブセットを検索のための前記前駆体イオンとして指定する非トリプシンまたは半トリプシンモードで、タンパク質データベースを検索し、
(d)検索結果から、前記前駆体質量対電荷比範囲内の質量対電荷比と、前記測定された生成イオンのサブセットのうちの1つに合致する質量対電荷比を伴う非トリプシンまたは半トリプシン形態とを有する全長トリプシンペプチドを前記同定されたペプチドとして、選択する、システム。
(項目19)
いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、ペプチドの短縮形態に対応すると仮定されるタンデム質量分析生成イオンからのペプチドを同定する方法であって、
タンデム質量分析計を使用して試料を分析し、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成することと、
プロセッサを使用して、前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信することと、
前記プロセッサを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴い、かつ前記前駆体質量対電荷比範囲より大きい質量対電荷比を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記測定された生成イオンのサブセットを検索のための前記前駆体イオンとして指定する非トリプシンまたは半トリプシンモードで、タンパク質データベースを検索することと、
前記プロセッサを使用して、検索結果から、前記前駆体質量対電荷比範囲内の質量対電荷比と、前記測定された生成イオンのサブセットのうちの1つに合致する質量対電荷比を伴う非トリプシンまたは半トリプシン形態とを有する全長トリプシンペプチドを前記同定されたペプチドとして選択することと
を含む、方法。
(項目20)
非一過性の有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を備えているコンピュータプログラム製品であって、前記記憶媒体のコンテンツは、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含み、前記プロセッサは、いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、ペプチドの短縮形態に対応すると仮定されるタンデム質量分析生成イオンからのペプチドを同定する方法を行い、
前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、同定モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して試料を分析することによって生成される前駆体質量対電荷比範囲からの少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルをタンデム質量分析計から受信することと、
前記同定モジュールを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴い、かつ前記前駆体質量対電荷比範囲より大きい質量対電荷比を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記同定モジュールを使用して、前記測定された生成イオンのサブセットを検索のための前記前駆体イオンとして指定する非トリプシンまたは半トリプシンモードで、タンパク質データベースを検索することと、
前記同定モジュールを使用して、検索結果から、前記前駆体質量対電荷比範囲内の質量対電荷比と、前記測定された生成イオンのサブセットのうちの1つに合致する質量対電荷比を伴う非トリプシンまたは半トリプシン形態とを有する全長トリプシンペプチドを前記同定されたペプチドとして選択することと
を含む、コンピュータプログラム製品。
図1は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステム100を図示するブロック図である。コンピュータシステム100は、バス102または情報を通信するための他の通信機構と、情報を処理するためにバス102と結合されたプロセッサ104とを含む。コンピュータシステム100は、プロセッサ104によって実行される命令を記憶するために、バス102に結合されるランダムアクセスメモリ(RAM)または他の動的記憶デバイスであり得るメモリ106も含む。メモリ106は、プロセッサ104によって実行される命令の実行の間、一時的変数または他の中間情報を記憶するためにも使用され得る。コンピュータシステム100は、プロセッサ104のための静的情報および命令を記憶するために、バス102に結合された読み取り専用メモリ(ROM)108または他の静的記憶デバイスをさらに含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス110は、情報および命令を記憶するために提供され、バス102に結合される。
前述のように、タンデム質量分析または質量分析/質量分析(MSMS)による化合物の同定は、概して、既知の、または実験的に導出された前駆体イオンの質量を必要とする。しかしながら、逐次窓取得(SWATH)等のタンデム質量分析のいくつかの方法では、前駆体イオンの質量が既知ではない場合がある。加えて、既知の、または実験的に導出された前駆体イオンの質量は、分析される試料の中の目的とする化合物の修飾により、目的とする化合物を同定しない場合がある。
以下の議論はタンパク質およびペプチドを伴うが、本明細書で説明されるシステムおよび方法は、他の化合物に使用されることができる(これらの化合物の断片を予測することができる場合)。試料中の推定タンパク質のリストを考慮すると、例えば、タンパク質のペプチド、そして、ペプチドの断片イオンが予測されることができる。
A.生成イオンスペクトルから生成イオンを選択し、ディクショナリから、その生成イオンを生成することができる、可能性があるペプチドのリストを読み出すこと。
B.生成イオンスペクトルから別の生成イオンを選択し、ディクショナリから、その生成イオンを生成することができる、可能性があるペプチドの別のリストを読み出すこと。
C.読み出されたリストを調査し、読み出された全てのリストに共通するペプチドを同定すること。
D.1つだけのペプチドが、読み出されるリストから同定されるまで、ステップB−Cを繰り返すこと。
A.生成イオンスペクトルから生成イオンを選択し、ディクショナリから、その生成イオンを生成することができる、可能性があるペプチドのリストを読み出すこと。
B.リスト上の各ペプチドについて、ペプチドのデータベースを検索することによって、ペプチドが生成するであろう他の生成イオンを予測すること。
C.リスト上の各ペプチドについて、予測された生成イオンを生成イオンスペクトルと比較し、最良合致ペプチドを決定すること。
A.最小数のペプチドを有する生成イオンを生成イオンスペクトルから選択し、その生成イオンを生成することができる、可能性があるペプチドのリストを読み出すこと。
種々の実施形態では、導出された生成イオンスペクトルを使用し、および生成イオンスペクトル内の質量を前駆体イオンとして使用して、検索を行うことも可能である。このアプローチは、前駆体イオンの上方のイオンがyイオンである可能性が高いという観察に依存し、yイオンは、(N末端残基が欠落している)ペプチドの短縮版から観察されるであろう分子イオンに化学的に対応する。したがって、非トリプシンまたは半トリプシンペプチドが検索において許容される場合、これらのスペクトルは、正しいペプチドの非トリプシンまたは半トリプシンペプチド形態として返されるであろう。
ここで、ドットは、酵素切断部位を表し、最終的な完全トリプシンペプチドは、ACDEFGHRである。
A.多価イオンの生成イオンスペクトルを考慮して、スペクトル内の最高モノアイソトピックイオン−mmaxを選択する。
B.前駆体イオン質量として、mmaxを承認する検索エンジンに生成イオンスペクトルを送信し、かつ、半トリプシンモードを選択する。
タンデム質量分析を使用して試料中のタンパク質を同定するための別の従来の方法は、測定された生成イオンスペクトル全体を、予測された生成イオンスペクトルのデータベースと比較することを伴う。既知の、または標的タンパク質の部分配列(またはペプチド)が、配列ライブラリから決定され、予測された生成イオンスペクトルが、コンピュータを使用してペプチドから作成される。次いで、測定された生成イオンスペクトル全体を予測された生成イオンスペクトルと比較することによって、タンデム質量分析を使用して、未知のペプチドが同定される。測定された生成イオンスペクトル全体は、例えば、適合近接性アルゴリズムを使用して、予測された生成イオンと比較される。
種々の実施形態では、生成イオンスペクトル全体を予測し、それを測定された生成イオンスペクトルと比較する代わりに、1度に1つの生成イオンが予測され、測定された生成イオンスペクトルと比較される。次いで、測定された生成イオンスペクトルに合致した、予測された生成イオンの数に基づいて、未知のペプチドまたは前駆体イオンが同定される。
種々の実施形態では、同定される化合物は、ペプチドであり、測定された生成イオンは、ペプチドの修飾であると仮定される。修飾は、例えば、同一のC末端を伴う短縮ペプチドを生成する、N末端の切断であり得る。
(生成イオンに基づく検索のための方法)
図3は、種々の実施形態による、いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから化合物を同定する方法300を示す、例示的流れ図である。
図4は、種々の実施形態による、いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、ペプチドの短縮形態に対応すると仮定されるタンデム質量分析生成イオンからのペプチドを同定する方法400を示す、例示的流れ図である。
(生成イオンに基づく検索のためのコンピュータプログラム製品)
種々の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、有形コンピュータ読み取り可能な記憶媒体を含み、前記記憶媒体のコンテンツは、いかなる先験的前駆体イオン情報も使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから化合物を同定する方法を行うよう、プロセッサ上で実行される命令を伴うプログラムを含む。本方法は、1つ以上の個別のソフトウェアモジュールを含むシステムによって行われる。
図5に示されるシステム500の一実施形態では、測定モジュール510は、試料を分析することによって生成される前駆体質量対電荷比範囲からの少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを、タンデム質量分析計から受信する。同定モジュール520は、少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択する。同定モジュール520は、候補化合物の各々に対するスコアを含む、候補化合物のリストを作成する。同定モジュール520は、測定された生成イオンのサブセットを使用して、潜在的化合物の各々について、1つ以上の予測された生成イオンを含む潜在的化合物のディクショナリを検索することによって、リストを作成する。同定モジュール520は、同定された化合物として、リストから候補化合物を選択する。
図5に示されるシステム500の別の実施形態では、測定モジュール510は、試料を分析することによって生成される前駆体質量対電荷比範囲からの少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを、タンデム質量分析計から受信する。同定モジュール520は、少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴い、かつ前駆体質量対電荷比範囲より大きい質量対電荷比を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択する。同定モジュール520は、測定された生成イオンのサブセットを検索のための前駆体イオンとして指定する、非トリプシンまたは半トリプシンモードで、タンパク質データベースを検索する。同定モジュール520は、検索結果から、前駆体質量対電荷比範囲内の質量対電荷比と、測定された生成イオンのサブセットのうちの1つに合致する質量対電荷比を伴う非トリプシンまたは半トリプシン形態とを有する全長トリプシンペプチドを同定されたペプチドとして選択する。
Claims (20)
- 前駆体イオンの質量に対応する情報を使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから化合物を同定するためのシステムであって、
試料を分析して、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成するタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
(a)前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信し、
(b)前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択し、
(c)前記測定された生成イオンのサブセットを使用して、潜在的化合物の各々について、1つ以上の予測された生成イオンを含む潜在的化合物のディクショナリを検索することによって、候補化合物の各々に対するスコアを含む前記候補化合物のリストを作成し、
(d)同定された化合物として、前記リストから候補化合物を選択する、システム。 - 前記測定された生成イオンスペクトルは、ペプチド断片を含み、潜在的化合物の前記ディクショナリは、タンパク質に対する予測されたペプチドを含み、前記潜在的化合物の各々に対する前記1つ以上の予測された生成イオンは、ペプチドの1つ以上の断片を含み、前記候補化合物のリストは、候補ペプチドを含み、前記同定された化合物は、同定されたペプチドを含む、請求項1に記載のシステム。
- 前記潜在的化合物は、生成イオンを予測することができる、糖、脂質、DNA、RNA、または任意の化合物を含む、請求項1または2に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記測定された生成イオンのサブセットを選択する、請求項1〜3のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、最小数の潜在的化合物において発生すると予測される測定された生成イオンを選択することによって、前記測定された生成イオンのサブセットを選択する、請求項1〜4のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、閾値より大きい質量対電荷比(m/z)を伴ういくつかの測定された生成イオンを選択することによって、前記測定された生成イオンのサブセットを選択する、請求項1〜5のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサは、
測定された生成イオンのサブセットから第1の生成イオンを選択することと、
前記第1の生成イオンに合致する予測された生成イオンを含む潜在的化合物について、潜在的化合物の前記ディクショナリを検索し、複数の合致する潜在的化合物を生成することと、
前記合致する潜在的化合物を前記候補化合物のリストに追加し、前記リスト上の各候補化合物に初期スコアを提供することと、
前記測定された生成イオンのサブセットからの各残りの測定された生成イオンについて、前記各残りの測定された生成イオンを、前記リスト上の各候補化合物の予測された生成イオンと比較し、含まれている予測された生成イオンが前記各残りの測定された生成イオンに合致する場合、前記各候補化合物の前記スコアを増加させることと
によって、前記候補化合物のリストを作成する、請求項1〜6のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサは、
前記測定された生成イオンのサブセットからの各測定された生成イオンについて、前記各測定された生成イオンに合致する予測された生成イオンを含む潜在的化合物について、潜在的化合物の前記ディクショナリを検索することと、
潜在的化合物が、前記各測定された生成イオンに合致する予測された生成イオンを含む場合、前記合致する潜在的化合物が前記リスト上になければ、初期スコアとともに前記合致する潜在的化合物を前記候補化合物のリストに追加し、前記合致する潜在的化合物がすでに前記リスト上にあれば、前記合致する潜在的化合物の前記スコアを増加させることと
によって、前記候補化合物のリストを作成する、請求項1〜7のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記タンデム質量分析計は、
質量範囲を2つ以上の前駆体質量窓に分割することと、
前記2つ以上の質量窓の各前駆体質量窓を断片化し、各前駆体質量窓に対する測定された生成イオンスペクトルを生成することと
によって、試料を分析する、請求項1〜8のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサはさらに、
前記同定された化合物を前記範囲と比較し、
前記同定された化合物質量対電荷比(m/z)が前記前駆体質量対電荷比範囲内で見出されない場合、前記同定された化合物が修飾形態であると決定する、請求項1〜9のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサはさらに、修飾のリストを分析し、前記修飾型の同定された化合物の前記質量対電荷比を前記範囲内に入れる修飾を決定する、請求項1〜10のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサはさらに、
前記測定された生成イオンスペクトルから前記同定された化合物の潜在的化合物を差し引き、
現在前記リスト上にある全ての候補化合物を除去し、
前記試料中の別の化合物を同定するために、ステップ(b)〜(d)を再度実行する、請求項1に記載のシステム。 - 前駆体イオンの質量に対応する情報を使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから化合物を同定するための方法であって、
タンデム質量分析計を使用して試料を分析し、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成することと、
プロセッサを使用して、前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信することと、
前記プロセッサを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記測定された生成イオンのサブセットを使用して潜在的化合物の各々について1つ以上の予測された生成イオンを含む前記潜在的化合物のディクショナリを検索することによって、候補化合物の各々に対するスコアを含む前記候補化合物のリストを作成することと、
前記プロセッサを使用して、前記同定された化合物として、前記リスト上の候補化合物を選択することと
を含む、方法。 - 前記選択するステップは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記選択するステップは、最小数の潜在的化合物において発生すると予測される選択された生成イオンを選択することを含む、請求項13または14に記載の方法。
- 前記選択するステップは、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、閾値より大きい質量対電荷比(m/z)を伴ういくつかの測定された生成イオンを選択することを含む、請求項13〜15のいずれか一項に記載の方法。
- プログラムが記憶されたコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、前記プログラムは、命令を含み、前記命令は、プロセッサ上で実行されると、前駆体イオンの質量に対応する情報を使用することなく、タンデム質量分析生成イオンから化合物を同定するための方法を実行し、
前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと同定モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して試料を分析することによって生成される前駆体質量対電荷比範囲からの少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルをタンデム質量分析計から受信することと、
前記同定モジュールを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記測定された生成イオンのサブセットを使用して、潜在的化合物の各々について、1つ以上の予測された生成イオンを含む前記潜在的化合物のディクショナリを検索することによって、前記同定モジュールを使用して、候補化合物の各々に対するスコアを含む前記候補化合物のリストを作成することと、
前記同定モジュールを使用して、前記同定された化合物として、前記リスト上の候補化合物を選択することと
を含む、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体。 - 前駆体イオンの質量に対応する情報を使用することなく、ペプチドの短縮形態に対応すると仮定されるタンデム質量分析生成イオンからのペプチドを同定するためのシステムであって、
試料を分析して、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成するタンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサと
を備え、
前記プロセッサは、
(a)前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信し、
(b)前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴い、かつ前記前駆体質量対電荷比範囲より大きい質量対電荷比を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択し、
(c)前記測定された生成イオンのサブセットを検索のための前記前駆体イオンとして指定する非トリプシンまたは半トリプシンモードで、タンパク質データベースを検索し、
(d)検索結果から、前記前駆体質量対電荷比範囲内の質量対電荷比と、前記測定された生成イオンのサブセットのうちの1つに合致する質量対電荷比を伴う非トリプシンまたは半トリプシン形態とを有する完全トリプシンペプチドを前記同定されたペプチドとして、選択する、システム。 - 前駆体イオンの質量に対応する情報を使用することなく、ペプチドの短縮形態に対応すると仮定されるタンデム質量分析生成イオンからのペプチドを同定するための方法であって、
タンデム質量分析計を使用して試料を分析し、前駆体質量対電荷比範囲から少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを生成することと、
プロセッサを使用して、前記タンデム質量分析計から前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルを受信することと、
前記プロセッサを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴い、かつ前記前駆体質量対電荷比範囲より大きい質量対電荷比を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記プロセッサを使用して、前記測定された生成イオンのサブセットを検索のための前記前駆体イオンとして指定する非トリプシンまたは半トリプシンモードで、タンパク質データベースを検索することと、
前記プロセッサを使用して、検索結果から、前記前駆体質量対電荷比範囲内の質量対電荷比と、前記測定された生成イオンのサブセットのうちの1つに合致する質量対電荷比を伴う非トリプシンまたは半トリプシン形態とを有する完全トリプシンペプチドを前記同定されたペプチドとして選択することと
を含む、方法。 - プログラムが記憶されたコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、前記プログラムは、命令を含み、前記命令は、プロセッサ上で実行されると、前駆体イオンの質量に対応する情報を使用することなく、ペプチドの短縮形態に対応すると仮定されるタンデム質量分析生成イオンからのペプチドを同定するための方法を実行し、
前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、1つ以上の個別のソフトウェアモジュールを備え、前記個別のソフトウェアモジュールは、測定モジュールと同定モジュールとを備えている、ことと、
前記測定モジュールを使用して試料を分析することによって生成される前駆体質量対電荷比範囲からの少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルをタンデム質量分析計から受信することと、
前記同定モジュールを使用して、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから、最高強度を伴い、かつ前記前駆体質量対電荷比範囲より大きい質量対電荷比を伴ういくつかの測定されたモノアイソトピック生成イオンを選択することによって、前記少なくとも1つの測定された生成イオンスペクトルから測定された生成イオンのサブセットを選択することと、
前記同定モジュールを使用して、前記測定された生成イオンのサブセットを検索のための前記前駆体イオンとして指定する非トリプシンまたは半トリプシンモードで、タンパク質データベースを検索することと、
前記同定モジュールを使用して、検索結果から、前記前駆体質量対電荷比範囲内の質量対電荷比と、前記測定された生成イオンのサブセットのうちの1つに合致する質量対電荷比を伴う非トリプシンまたは半トリプシン形態とを有する完全トリプシンペプチドを前記同定されたペプチドとして選択することと
を含む、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体。
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