CN107034316B - 同时检测6种猪病毒的系统及其专用lamp引物 - Google Patents

同时检测6种猪病毒的系统及其专用lamp引物 Download PDF

Info

Publication number
CN107034316B
CN107034316B CN201710467125.9A CN201710467125A CN107034316B CN 107034316 B CN107034316 B CN 107034316B CN 201710467125 A CN201710467125 A CN 201710467125A CN 107034316 B CN107034316 B CN 107034316B
Authority
CN
China
Prior art keywords
primer
porcine
virus
sequence
type
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201710467125.9A
Other languages
English (en)
Other versions
CN107034316A (zh
Inventor
许俊泉
胥慧
袁向芬
范晓攀
吴绍强
徐洪涛
孙晶华
邓企飞
王彩霞
欧阳兆槐
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
China inspection and Quarantine Research Institute
CapitalBio Technology Co Ltd
Original Assignee
China inspection and Quarantine Research Institute
CapitalBio Technology Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by China inspection and Quarantine Research Institute, CapitalBio Technology Co Ltd filed Critical China inspection and Quarantine Research Institute
Priority to CN201710467125.9A priority Critical patent/CN107034316B/zh
Publication of CN107034316A publication Critical patent/CN107034316A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN107034316B publication Critical patent/CN107034316B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16Primer sets for multiplex assays

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种用于同时检测6种猪病毒的系统及其专用LAMP引物。该系统包括检测6种猪病毒的LAMP成套引物和/或LAMP所需的试剂和/或仪器和/或扩增产物数据处理器;所述扩增产物数据处理器用于区分检测6种猪病毒的LAMP成套引物对待测样本进行环介导等温扩增得到的待测样本扩增产物中是否含有特异性扩增产物。本发明提供的6种猪病毒的检测系统及其专用LAMP引物可满足对猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型、猪圆环病毒Ⅱ型、猪细小病毒和猪伪狂犬病病毒的同时快速检测,检测系统操作简单、结果便于观察,对于猪养殖场的疫病监测将提供强大的技术支持。

Description

同时检测6种猪病毒的系统及其专用LAMP引物
技术领域
本发明属于核酸扩增技术领域,涉及一种用于同时检测6种猪病毒的系统及其专用LAMP引物。
背景技术
猪口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)、猪瘟病毒(Classicalswine fever virus,CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive andrespiratory syndrome virus,PRRSV)、猪圆环病毒Ⅱ型(Porcine circovirus Ⅱ,PCV-2)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)、猪伪狂犬病病毒(Porcine pseudorabiesvirus,PRV),这几种病毒引起的疾病在临床上常呈现出相似的呼吸和繁殖障碍症状,并且常常呈混合感染,给养猪业造成重大损失。然而,常规病原学检测及临床病理变化很难作出准确的判断,尤其是多种病原混合感染时,难以进行早期快速检测,容易产生误判错判。
环介导等温扩增法(Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP)利用BstDNA聚合酶,在等温条件下进行核酸扩增,具有灵敏度高、特异性强、高效快速的优势,可实现样本的快速准确检测。LAMP技术的核心之一在于引物的设计,针对靶序列的6个区域设计4条特异引物,同时可设计2条环引物用于提高反应效率。适合的LAMP引物可保证扩增反应的灵敏度和特异性。
发明内容
本发明要解决的技术问题是如何同时检测6种常见猪病毒。
本发明提供了6种猪病毒检测的检测系统及其专用LAMP引物。
本发明所提供的检测6种猪病毒的环介导等温扩增的成套引物,为下述六个引物组中的六组、任五组、任四组、任三组、任两组或任一组:用于检测猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型的引物组、用于检测猪瘟病毒的引物组、用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组、用于检测猪圆环病毒Ⅱ型的引物组、用于检测猪细小病毒的引物组、用于检测猪伪狂犬病病毒的引物组。
本发明提供的成套引物中,所述用于检测猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型的引物组为猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型正义6引物组、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型反义6引物组、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型正义4引物组或猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型反义4引物组。所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型正义6引物组由猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-Z、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-Z、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-Z、猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物BIP-Z、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-Z和猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-Z这6条引物组成。所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型反义6引物组由猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-F和猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-F这6条引物组成。所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型正义4引物组由所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-Z、所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-Z、所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-Z和所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-Z这4条引物组成。所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型反义4引物组由所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-F、所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-F、所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-F和所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中,所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-Z的反义DNA。
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-Z为如下a1)至a4)中的任意一种单链DNA分子:
a1)序列表的序列1第1-18位核苷酸所示;
a2)序列表的序列7所示;
a3)与a1)或a2)具有85%以上的同一性;
a4)在严格条件下与a1)或a2)杂交;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-Z为如下a5)至a8)中的任意一种单链DNA分子:
a5)与序列表的序列1第180-198位核苷酸反向互补;
a6)序列表的序列8所示;
a7)与a5)或a6)具有85%以上的同一性;
a8)在严格条件下与a5)或a6)杂交;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-Z为如下a9)至a12)中的任意一种单链DNA分子:
a9)A1-L1-B1;A1与序列表的序列1第87-104位核苷酸反向互补,B1如序列表的序列1第28-46位核苷酸所示,L1为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
a10)序列表的序列9所示;
a11)与a9)或a10)具有85%以上的同一性;
a12)在严格条件下与a9)或a10)杂交;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-Z为如下a13)至a16)中的任意一种单链DNA分子:
a13)A2-L2-B2;A2如序列表的序列1第107-125位核苷酸所示,B2与序列表的序列1第149-166位核苷酸反向互补,L2为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
a14)序列表的序列10所示;
a15)与a13)或a14)具有85%以上的同一性;
a16)在严格条件下与a13)或a14)杂交;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-Z为如下a17)至a20)中的任意一种单链DNA分子:
a17)与序列表的序列1第47-64位核苷酸反向互补;
a18)序列表的序列11所示;
a19)与a17)或a18)具有85%以上的同一性;
a20)在严格条件下与a17)或a18)杂交;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-Z为如下a21)至a24)中的任意一种单链DNA分子:
a21)序列表的序列1第127-148位核苷酸所示;
a22)序列表的序列12所示;
a23)与a21)或a22)具有85%以上的同一性;
a24)在严格条件下与a21)或a22)杂交。
本发明提供的成套引物中,所述用于检测猪瘟病毒的引物组为猪瘟病毒正义6引物组、猪瘟病毒反义6引物组、猪瘟病毒正义4引物组或猪瘟病毒反义4引物组。所述猪瘟病毒正义6引物组由猪瘟病毒引物F3-Z、猪瘟病毒引物B3-Z、猪瘟病毒引物FIP-Z、猪瘟病毒引物BIP-Z、猪瘟病毒引物LF-Z和猪瘟病毒引物LB-Z这6条引物组成。所述猪瘟病毒反义6引物组由猪瘟病毒引物F3-F、猪瘟病毒引物B3-F、猪瘟病毒引物FIP-F、猪瘟病毒引物BIP-F、猪瘟病毒引物LF-F和猪瘟病毒引物LB-F这6条引物组成。所述猪瘟病毒正义4引物组由所述猪瘟病毒引物F3-Z、所述猪瘟病毒引物B3-Z、所述猪瘟病毒引物FIP-Z和所述猪瘟病毒引物BIP-Z这4条引物组成。所述猪瘟病毒反义4引物组由所述猪瘟病毒引物F3-F、所述猪瘟病毒引物B3-F、所述猪瘟病毒引物FIP-F和所述猪瘟病毒引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中,所述猪瘟病毒引物F3-F是所述猪瘟病毒引物F3-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物B3-F是所述猪瘟病毒引物B3-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物FIP-F是所述猪瘟病毒引物FIP-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物BIP-F是所述猪瘟病毒引物BIP-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物LF-F是所述猪瘟病毒引物LF-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物LB-F是所述猪瘟病毒引物LB-Z的反义DNA。
所述猪瘟病毒引物F3-Z为如下b1)至b4)中的任意一种单链DNA分子:
b1)序列表的序列2第2-19位核苷酸所示;
b2)序列表的序列13所示;
b3)与b1)或b2)具有85%以上的同一性;
b4)在严格条件下与b1)或b2)杂交;
所述猪瘟病毒引物B3-Z为如下b5)至b8)中的任意一种单链DNA分子:
b5)与序列表的序列2第232-249位核苷酸反向互补;
b6)序列表的序列14所示;
b7)与b5)或b6)具有85%以上的同一性;
b8)在严格条件下与b5)或b6)杂交;
所述猪瘟病毒引物FIP-Z为如下b9)至b12)中的任意一种单链DNA分子:
b9)A3-L3-B3;A3与序列表的序列2第61-81位核苷酸反向互补,B3如序列表的序列2第21-38位核苷酸所示,L3为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
b10)序列表的序列15所示;
b11)与b9)或b10)具有85%以上的同一性;
b12)在严格条件下与b9)或b10)杂交;
所述猪瘟病毒引物BIP-Z为如下b13)至b16)中的任意一种单链DNA分子:
b13)A4-L4-B4;A4如序列表的序列2第84-102位核苷酸所示,B4与序列表的序列2第148-166位核苷酸反向互补,L4为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
b14)序列表的序列16所示;
b15)与b13)或b14)具有85%以上的同一性;
b16)在严格条件下与b13)或b14)杂交;
所述猪瘟病毒引物LF-Z为如下b17)至b20)中的任意一种单链DNA分子:
b17)与序列表的序列2第39-60位核苷酸反向互补;
b18)序列表的序列17所示;
b19)与b17)或b18)具有85%以上的同一性;
b20)在严格条件下与b17)或b18)杂交;
所述猪瘟病毒引物LB-Z为如下b21)至b24)中的任意一种单链DNA分子:
b21)序列表的序列2第119-139位核苷酸所示;
b22)序列表的序列18所示;
b23)与b21)或b22)具有85%以上的同一性;
b24)在严格条件下与b21)或b22)杂交。
本发明提供的成套引物中,所述用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组为猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义6引物组、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义6引物组、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义4引物组或猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义4引物组。所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义6引物组由猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-Z和猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-Z这6条引物组成。所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义6引物组由猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-F和猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-F这6条引物组成。所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义4引物组由所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-Z、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-Z、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-Z和所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-Z这4条引物组成。所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义4引物组由所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-F、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-F、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-F和所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中,所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-Z的反义DNA。
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒引物F3-Z为如下c1)至c4)中的任意一种单链DNA分子:
c1)序列表的序列3第1-20位核苷酸所示;
c2)序列表的序列19所示;
c3)与c1)或c2)具有85%以上的同一性;
c4)在严格条件下与c1)或c2)杂交;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒引物B3-Z为如下c5)至c8)中的任意一种单链DNA分子:
c5)与序列表的序列3第250-267位核苷酸反向互补;
c6)序列表的序列20所示;
c7)与c5)或c6)具有85%以上的同一性;
c8)在严格条件下与c5)或c6)杂交;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒引物FIP-Z为如下c9)至c12)中的任意一种单链DNA分子:
c9)A5-L5-B5;A5与序列表的序列3第124-143位核苷酸反向互补,B5如序列表的序列3第78-95位核苷酸所示,L5为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
c10)序列表的序列21所示;
c11)与c9)或c10)具有85%以上的同一性;
c12)在严格条件下与c9)或c10)杂交;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒引物BIP-Z为如下c13)至c16)中的任意一种单链DNA分子:
c13)A6-L6-B6;A6如序列表的序列3第180-201位核苷酸所示,B6与序列表的序列3第232-249位核苷酸反向互补,L6为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
c14)序列表的序列22所示;
c15)与c13)或c14)具有85%以上的同一性;
c16)在严格条件下与c13)或c14)杂交;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒引物LF-Z为如下c17)至c20)中的任意一种单链DNA分子:
c17)与序列表的序列3第99-117位核苷酸反向互补;
c18)序列表的序列23所示;
c19)与c17)或c18)具有85%以上的同一性;
c20)在严格条件下与c17)或c18)杂交;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒引物LB-Z为如下c21)至c24)中的任意一种单链DNA分子:
c21)序列表的序列3第206-225位核苷酸所示;
c22)序列表的序列24所示;
c23)与c21)或c22)具有85%以上的同一性;
c24)在严格条件下与c21)或c22)杂交。
本发明提供的成套引物中,所述用于检测猪圆环病毒Ⅱ型的引物组为猪圆环病毒Ⅱ型正义6引物组、猪圆环病毒Ⅱ型反义6引物组、猪圆环病毒Ⅱ型正义4引物组或猪圆环病毒Ⅱ型反义4引物组。所述猪圆环病毒Ⅱ型正义6引物组由猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-Z和猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-Z这6条引物组成。所述猪圆环病毒Ⅱ型反义6引物组由猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-F和猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-F这6条引物组成。所述猪圆环病毒Ⅱ型正义4引物组由所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z和所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z这4条引物组成。所述猪圆环病毒Ⅱ型反义4引物组由所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-F、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-F、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-F和所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中,所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-Z的反义DNA。
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z为如下d1)至d4)中的任意一种单链DNA分子:
d1)序列表的序列4第2-21位核苷酸所示;
d2)序列表的序列25所示;
d3)与d1)或d2)具有85%以上的同一性;
d4)在严格条件下与d1)或d2)杂交;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z为如下d5)至d8)中的任意一种单链DNA分子:
d5)与序列表的序列4第178-196位核苷酸反向互补;
d6)序列表的序列26所示;
d7)与d5)或d6)具有85%以上的同一性;
d8)在严格条件下与d5)或d6)杂交;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z为如下d9)至d12)中的任意一种单链DNA分子:
d9)A7-L7-B7;A7与序列表的序列4第63-84位核苷酸反向互补,B7如序列表的序列4第23-42位核苷酸所示,L7为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
d10)序列表的序列27所示;
d11)与d9)或d10)具有85%以上的同一性;
d12)在严格条件下与d9)或d10)杂交;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z为如下d13)至d16)中的任意一种单链DNA分子:
d13)A8-L8-B8;A8如序列表的序列4第101-122位核苷酸所示,B8与序列表的序列4第157-176位核苷酸反向互补,L8为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
d14)序列表的序列28所示;
d15)与d13)或d14)具有85%以上的同一性;
d16)在严格条件下与d13)或d14)杂交;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-Z为如下d17)至d20)中的任意一种单链DNA分子:
d17)与序列表的序列4第43-62位核苷酸反向互补;
d18)序列表的序列29所示;
d19)与d17)或d18)具有85%以上的同一性;
d20)在严格条件下与d17)或d18)杂交;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-Z为如下d21)至d24)中的任意一种单链DNA分子:
d21)序列表的序列4第123-144位核苷酸所示;
d22)序列表的序列30所示;
d23)与d21)或d22)具有85%以上的同一性;
d24)在严格条件下与d21)或d22)杂交。
本发明提供的成套引物中,所述用于检测猪细小病毒的引物组为猪细小病毒正义6引物组、猪细小病毒反义6引物组、猪细小病毒正义4引物组或猪细小病毒反义4引物组。所述猪细小病毒正义6引物组由猪细小病毒引物F3-Z、猪细小病毒引物B3-Z、猪细小病毒引物FIP-Z、猪细小病毒引物BIP-Z、猪细小病毒引物LF-Z和猪细小病毒引物LB-Z这6条引物组成。所述猪细小病毒反义6引物组由猪细小病毒引物F3-F、猪细小病毒引物B3-F、猪细小病毒引物FIP-F、猪细小病毒引物BIP-F、猪细小病毒引物LF-F和猪细小病毒引物LB-F这6条引物组成。所述猪细小病毒正义4引物组由所述猪细小病毒引物F3-Z、所述猪细小病毒引物B3-Z、所述猪细小病毒引物FIP-Z和所述猪细小病毒引物BIP-Z这4条引物组成。所述猪细小病毒反义4引物组由所述猪细小病毒引物F3-F、所述猪细小病毒引物B3-F、所述猪细小病毒引物FIP-F和所述猪细小病毒引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中,所述猪细小病毒引物F3-F是所述猪细小病毒引物F3-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物B3-F是所述猪细小病毒引物B3-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物FIP-F是所述猪细小病毒引物FIP-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物BIP-F是所述猪细小病毒引物BIP-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物LF-F是所述猪细小病毒引物LF-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物LB-F是所述猪细小病毒引物LB-Z的反义DNA。
所述猪细小病毒引物F3-Z为如下e1)至e4)中的任意一种单链DNA分子:
e1)序列表的序列5第1-21位核苷酸所示;
e2)序列表的序列31所示;
e3)与e1)或e2)具有85%以上的同一性;
e4)在严格条件下与e1)或e2)杂交;
所述猪细小病毒引物B3-Z为如下e5)至e8)中的任意一种单链DNA分子:
e5)与序列表的序列5第187-206位核苷酸反向互补;
e6)序列表的序列32所示;
e7)与e5)或e6)具有85%以上的同一性;
e8)在严格条件下与e5)或e6)杂交;
所述猪细小病毒引物FIP-Z为如下e9)至e12)中的任意一种单链DNA分子:
e9)A9-L9-B9;A9与序列表的序列5第68-87位核苷酸反向互补,B9如序列表的序列5第22-41位核苷酸所示,L9为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
e10)序列表的序列33所示;
e11)与e9)或e10)具有85%以上的同一性;
e12)在严格条件下与e9)或e10)杂交;
所述猪细小病毒引物BIP-Z为如下e13)至e16)中的任意一种单链DNA分子:
e13)A10-L10-B10;A10如序列表的序列5第123-143位核苷酸所示,B10与序列表的序列5第168-189位核苷酸反向互补,L10为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
e14)序列表的序列34所示;
e15)与e13)或e14)具有85%以上的同一性;
e16)在严格条件下与e13)或e14)杂交;
所述猪细小病毒引物LF-Z为如下e17)至e20)中的任意一种单链DNA分子:
e17)与序列表的序列5第42-65位核苷酸反向互补;
e18)序列表的序列35所示;
e19)与e17)或e18)具有85%以上的同一性;
e20)在严格条件下与e17)或e18)杂交;
所述猪细小病毒引物LB-Z为如下e21)至e24)中的任意一种单链DNA分子:
e21)序列表的序列5第147-162位核苷酸所示;
e22)序列表的序列36所示;
e23)与e21)或e22)具有85%以上的同一性;
e24)在严格条件下与e21)或e22)杂交。
本发明提供的成套引物中,所述用于检测猪伪狂犬病病毒的引物组为猪伪狂犬病病毒正义6引物组、猪伪狂犬病病毒反义6引物组、猪伪狂犬病病毒正义4引物组或猪伪狂犬病病毒反义4引物组。所述猪伪狂犬病病毒正义6引物组由猪伪狂犬病病毒引物F3-Z、猪伪狂犬病病毒引物B3-Z、猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z、猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z、猪伪狂犬病病毒引物LF-Z和猪伪狂犬病病毒引物LB-Z这6条引物组成。所述猪伪狂犬病病毒反义6引物组由猪伪狂犬病病毒引物F3-F、猪伪狂犬病病毒引物B3-F、猪伪狂犬病病毒引物FIP-F、猪伪狂犬病病毒引物BIP-F、猪伪狂犬病病毒引物LF-F和猪伪狂犬病病毒引物LB-F这6条引物组成。所述猪伪狂犬病病毒正义4引物组由所述猪伪狂犬病病毒引物F3-Z、所述猪伪狂犬病病毒引物B3-Z、所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z和所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z这4条引物组成。所述猪伪狂犬病病毒反义4引物组由所述猪伪狂犬病病毒引物F3-F、所述猪伪狂犬病病毒引物B3-F、所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-F和所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-F这4条引物组成。
本发明提供的成套引物中,所述猪伪狂犬病病毒引物F3-F是所述猪伪狂犬病病毒引物F3-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物B3-F是所述猪伪狂犬病病毒引物B3-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-F是所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-F是所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物LF-F是所述猪伪狂犬病病毒引物LF-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物LB-F是所述猪伪狂犬病病毒引物LB-Z的反义DNA。
所述猪伪狂犬病病毒引物F3-Z为如下f1)至f4)中的任意一种单链DNA分子:
f1)序列表的序列6第1-16位核苷酸所示;
f2)序列表的序列37所示;
f3)与f1)或f2)具有85%以上的同一性;
f4)在严格条件下与f1)或f2)杂交;
所述猪伪狂犬病病毒引物B3-Z为如下f5)至f8)中的任意一种单链DNA分子:
f5)与序列表的序列6第159-177位核苷酸反向互补;
f6)序列表的序列38所示;
f7)与f5)或f6)具有85%以上的同一性;
f8)在严格条件下与f5)或f6)杂交;
所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z为如下f9)至f12)中的任意一种单链DNA分子:
f9)A11-L11-B11;A11与序列表的序列6第57-75位核苷酸反向互补,B11如序列表的序列6第17-33位核苷酸所示,L11为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
f10)序列表的序列39所示;
f11)与f9)或f10)具有85%以上的同一性;
f12)在严格条件下与f9)或f10)杂交;
所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z为如下f13)至f16)中的任意一种单链DNA分子:
f13)A12-L12-B12;A12如序列表的序列6第96-114位核苷酸所示,B12与序列表的序列6第141-156位核苷酸反向互补,L12为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
f14)序列表的序列40所示;
f15)与f13)或f14)具有85%以上的同一性;
f16)在严格条件下与f13)或f14)杂交;
所述猪伪狂犬病病毒引物LF-Z为如下f17)至f20)中的任意一种单链DNA分子:
f17)与序列表的序列6第37-52位核苷酸反向互补;
f18)序列表的序列41所示;
f19)与f17)或f18)具有85%以上的同一性;
f20)在严格条件下与f17)或f18)杂交;
所述猪伪狂犬病病毒引物LB-Z为如下f21)至f24)中的任意一种单链DNA分子:
f21)序列表的序列6第118-135位核苷酸所示;
f22)序列表的序列42所示;
f23)与f21)或f22)具有85%以上的同一性;
f24)在严格条件下与f21)或f22)杂交。
上文中,名称中带“Z”的引物均作为正义DNA,名称中带“F”的引物均作为反义DNA;反义DNA与对应的正义DNA反向互补。
本发明中的退火温度可为引物和模板结合时的温度。
上文中,所述六种引物组中的各个引物组均可独立包装,每个引物组中各引物也可独立包装。
所述成套引物中,各正义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-Z”的引物;
所述成套引物中,各正义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物;
所述成套引物中,各反义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-F”的引物;
所述成套引物中,各反义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物。
本发明所要解决的另一个技术问题是提供检测6种猪病毒的LAMP成套引物的制备方法。
本发明所提供的检测6种猪病毒的LAMP成套引物的制备方法也属于本发明的保护范围。该制备方法具体可包括将检测6种猪病毒的LAMP成套引物中各个引物组分别单独包装的步骤。
本发明所要解决的另一个技术问题是提供一种检测6种猪病毒的芯片,所述芯片固定有所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的六个引物组中的六组、任五组、任四组、任三组、任两组或任一组。所述芯片可为恒温扩增微流控芯片。
本发明还提供一种检测6种猪病毒的系统,所述系统包括所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”,所述系统还可包括所述芯片。
所述系统还可包括进行环介导等温扩增所需的试剂和/或仪器和/或扩增产物数据处理器,所述扩增产物数据处理器可用于区分所述检测6种猪病毒的LAMP成套引物对待测样本进行环介导等温扩增得到的产物中是否含有特异性扩增产物。
所述试剂可包括2×反应液(RM)、酶混合物(EM)。进一步,所述2×反应液(RM)、酶混合物(EM)可为Loopmap RNA扩增反应试剂盒组成成分。所述试剂还可包括荧光显色剂。进一步,所述荧光显色剂可为钙黄绿素和氯化锰。所述仪器可为恒温扩增微流控芯片核酸分析仪,所述扩增产物数据处理器内设所述恒温扩增微流控芯片核酸分析仪配套软件。
制备下述1)-3)中任一产品的方法也属于本发明的保护范围,所述方法包括制备所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的各条引物的步骤:
1)所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的六个引物组;
2)所述芯片;
3)所述系统。
所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”的下述任一种应用也属于本发明的保护范围:
1)在制备所述芯片中的应用;
2)在制备所述系统中的应用;
3)在制备检测6种猪病毒的试剂或试剂盒的应用。
本发明还保护一种检测待测样本是否含有猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型和/或猪瘟病毒和/或猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型和/或猪圆环病毒Ⅱ型和/或猪细小病毒和/或猪伪狂犬病病毒的方法,包括如下步骤:提取待测样本的核酸,用所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”进行环介导等温扩增,检测扩增产物,确定待测样本是否含有所述成套引物中相应引物组对应的猪病毒。
本发明中所述待测样本具体可来自于猪血清和猪鼻咽拭子。
本发明对于猪病毒检测以及猪病防控具有重大价值。
附图说明
图1为实施例3中待测病毒为猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型时的结果(荧光归一化曲线)。
图2为实施例3中待测病毒为猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型时的结果(荧光归一化曲线)。
图3为实施例3中待测病毒为猪瘟病毒时的结果(荧光归一化曲线)。
图4为实施例3中待测病毒为猪圆环病毒Ⅱ型时的结果(荧光归一化曲线)。
图5为实施例3中待测病毒为猪细小病毒时的结果(荧光归一化曲线)。
图6为实施例3中待测病毒为猪伪狂犬病病毒时的结果(荧光归一化曲线)。
图7为实施例4的结果(荧光归一化曲线)。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所使用的实验材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。下述实施例便于更好地理解本发明,但并不限定本发明。2×反应液(RM)及酶混合物(EM)均为北京蓝谱生物科技有限公司产品,钙黄绿素和氯化锰为Sigma公司产品。猪圆环病毒Ⅱ型又称猪圆环病毒2型。核酸为DNA或RNA,对于DNA病毒来说核酸即为DNA,对于RNA病毒来说核酸即为RNA。
实施例中所用毒株如表1所示。
表1
实施例1、成套引物
检测6种猪病毒的LAMP成套引物,由独立包装的6个引物组组成。6个引物组中的各条引物的序列见表2。
表2
Y代表T或C。
实施例2、制备检测装置
取24反应池的微流控芯片,采用琼脂糖水溶液作为包埋剂,将引物包埋并干燥。
微流控芯片的24个反应池包埋的引物如下:
(1)空白;
(2)阴性对照;
(3)阴性对照;
(4)用于检测猪圆环病毒Ⅱ型的引物组;
(5)用于检测猪圆环病毒Ⅱ型的引物组;
(6)阴性对照;
(7)用于检测猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型的引物组;
(8)用于检测猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型的引物组;
(9)阴性对照;
(10)用于检测猪细小病毒的引物组;
(11)用于检测猪细小病毒的引物组;
(12)阴性对照;
(13)用于检测猪伪狂犬病病毒的引物组;
(14)用于检测猪伪狂犬病病毒的引物组;
(15)阴性对照;
(16)用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组;
(17)用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组;
(18)阴性对照;
(19)用于检测猪瘟病毒的引物组;
(20)用于检测猪瘟病毒的引物组;
(21)阴性对照;
(22)阴性对照;
(23)阳性对照;
(24)空白。
各引物组的各条引物在反应池中的包埋量如下:0.25μmol F3-Z:0.25μmol B3-Z:2.0μmol FIP-Z:2.0μmol BIP-Z:1.0μmol LF-Z:1.0μmol LB-Z。
实施例3、利用恒温扩增微流控芯片检测核酸样品
待测病毒分别为:猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型、猪圆环病毒Ⅱ型、猪细小病毒或猪伪狂犬病病毒,具体信息见表1。
1、提取待测病毒的核酸,得到核酸浓度为5×103拷贝/μl的模板溶液。
2、将9微升模板溶液与16微升预扩增体系混合,得到进样液。
预扩增体系(16μl):含有12.5μl的2×反应液(RM)、1.5μl的酶混合物(EM)、19μM钙黄绿素和0.8μM氯化锰。
上述预扩增体系为环介导等温扩增的预扩增体系。
3、将步骤2得到的进样液加入实施例2制备的检测装置的进样孔,进行恒温扩增(63℃、60分钟)。
待测病毒为猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型时的结果见图1。固定有用于检测猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型的引物组的反应池7和8所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果。阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。
待测病毒为猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型时的结果见图2。固定有用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组的反应池16和17所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果。阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。
待测病毒为猪瘟病毒时的结果见图3。固定有用于检测猪瘟病毒的引物组的反应池19和20所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果。阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。
待测病毒为猪圆环病毒Ⅱ型时的结果见图4。固定有用于检测猪圆环病毒Ⅱ型的引物组的反应池4和5所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果。阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。
待测病毒为猪细小病毒时的结果见图5。固定有用于检测猪细小病毒的引物组的反应池10和11所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果。阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。
待测病毒为猪伪狂犬病病毒时的结果见图6。固定有用于检测猪伪狂犬病病毒的引物组的反应池13和14所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果。阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。
结果表明,本发明提供的6种猪病毒的LAMP成套引物以及相应检测装置可以实现对6种病毒中每种病毒的特异性检测,相互之间均不存在交叉反应,无假阳性。
实施例4、利用恒温扩增微流控芯片检测猪的血清样本
1、取病猪的鼻咽拭子,采用CWBIO组织/细胞DNA/RNA共提取试剂盒80204(康为世纪公司产品)提取,得到核酸样本。
2、将9微升核酸样本与16微升预扩增体系混合,得到进样液。
预扩增体系(16μl):含有12.5μl的2×反应液(RM)、1.5μl的酶混合物(EM)、19μM钙黄绿素和0.8μM氯化锰。
3、将步骤2得到的进样液加入实施例2制备的检测装置的进样孔,进行恒温扩增(63℃、60分钟)。
结果见图7。固定有用于检测猪细小病毒的引物组的反应池10和11所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果;固定有用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组的反应池16和17所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线,为阳性结果。阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。结果表明,该病猪感染了猪细小病毒和猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型,没有感染猪圆环病毒Ⅱ型、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型、猪伪狂犬病病毒和猪瘟病毒。
取病猪的鼻咽拭子,进行经典的病毒分离培养鉴定,与上述结果一致。
实施例5、检测恒温扩增微流控芯片的特异性
待测病毒分别为:小反刍兽疫病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒欧洲型、猪流感病毒。
1、取待测病毒,用CWBIO组织/细胞DNA/RNA共提取试剂盒80204(康为世纪公司产品)提取,得到核酸样本。
2、将9微升核酸样本与16微升预扩增体系混合,得到进样液。
预扩增体系(16μl):含有12.5μl的2×反应液(RM)、1.5μl的酶混合物(EM)、19μM钙黄绿素和0.8μM氯化锰。
3、将步骤2得到的进样液加入实施例2制备的检测装置的进样孔,进行恒温扩增(63℃、60分钟)。
阳性对照的反应池所对应的扩增曲线为典型的“S型”扩增曲线。其他各个反应池对应的扩增曲线均为水平的直线,为阴性结果。
本发明提供的6种猪病毒的LAMP成套引物以及相应检测装置与小反刍兽疫病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒欧洲型、猪流感病毒均不存在交叉反应,无假阳性。
实施例6、检测恒温扩增微流控芯片的重复性
1、分别提取猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型、猪圆环病毒Ⅱ型、猪细小病毒和猪伪狂犬病病毒(具体信息见表1)的核酸,然后将六种核酸混合,得到混合样本,混合样本中各种病毒的核酸浓度均为5×103拷贝/μl。进行三次制备,得到混合样本1、混合样本2和混合样本3。
2、将9微升混合样本(混合样本1、混合样本2或混合样本3)与16微升预扩增体系混合,得到进样液。
预扩增体系(16μl):含有12.5μl的2×反应液(RM)、1.5μl的酶混合物(EM)、19μM钙黄绿素和0.8μM氯化锰。
3、将步骤2得到的进样液加入实施例2制备的检测装置的进样孔,进行恒温扩增(63℃、60分钟)。
混合样本1、混合样本2和混合样本3的结果一致,均可以在固定引物组相应的反应池检测到阳性结果,说明应用本发明提供的6种猪病毒的LAMP成套引物以及相应检测装置进行六种病毒的检测,重复性良好。
SEQUENCE LISTING
<110> 北京博奥晶典生物技术有限公司
中国检验检疫科学研究院
<120> 同时检测6种猪病毒的系统及其专用LAMP引物
<130> GNCYX171236
<160> 42
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 198
<212> DNA
<213> 猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型
<400> 1
cgaggctatc ctctcctttg cacgccgtgg gaccatacag gagaagttga tctccgtggc 60
aggactcgcc gtccactccg gacctgacga gtaccggcgt ctctttgagc ccttccaggg 120
cctctttgag attccaagct acagatcact ttacctgcgt tgggtgaacg ccgtgtgcgg 180
tgacgcataa tccctcag 198
<210> 2
<211> 250
<212> DNA
<213> 猪瘟病毒
<400> 2
gagggactag ccgtagtggc gagctccctg ggtggtctaa gtcctgagta caggacagtc 60
gtcagtagtt cgacgtgagc agaagcccac ctcgagatgc tatgtggacg agggcatgcc 120
caagacacac cttaacccta gcgggggtcg ctagggtgaa atcacaccac gtgatgggag 180
tacgacctga tagggtgctg cagaggctca ctattaggct agtataaaaa tctctgctgt 240
acatggcaca 250
<210> 3
<211> 267
<212> DNA
<213> 猪繁殖与呼吸综合征病毒
<400> 3
cagggagtgg taaaccttgt taaatatgcc aaataacaac ggcaagcagc aaaagaaaaa 60
gaaggggaat ggccagccag tcaatcagct gtgccaaatg ctgggtaaga tcatcgccca 120
acaaaaccag tccagaggca agggaccggg gaagaaaaat aggaagaaaa acccggagaa 180
gccccatttt cctctagcga ctgaagatga cgtcaggcat cactttaccc ctagtgagcg 240
gcaattgtgt ctgtcgtcga tccagac 267
<210> 4
<211> 197
<212> DNA
<213> 猪圆环病毒Ⅱ型
<400> 4
cctagatctc aaggacaacg gagtgacctg tctactgctg tgagtacctt gttggagagc 60
gggagtctgg tgaccgttgc agagcagcac cctgtaacgt ttgtcagaaa tttccgcggg 120
ctggctgaac ttttgaaagt gagcgggaaa atgcagaagc gtgattggaa gaccaatgta 180
cacgtcattg tggggcc 197
<210> 5
<211> 206
<212> DNA
<213> 猪细小病毒
<400> 5
ccaggataca aataccttgg tccaggaaac tcactagacc aaggagaacc aactaatcca 60
tcagacgccg cagcaaaaga acacgacgaa gcctacgaca aatacataaa atctggaaaa 120
aatccatact tctacttctc agcagctgat gagaaattca taaaagaaac tgaacacgca 180
aaagactacg gaggtaaaat tggaca 206
<210> 6
<211> 177
<212> DNA
<213> 猪伪狂犬病病毒
<400> 6
cggaccccgt caacgtgacc gtcgcctggt tctttgacgg cggccactgc aaggtgcccc 60
tcgtccaccg cgagtactac ggctgccccg gggacgccat gccctccgtc gagacgtgca 120
ccggcgggta ctcgtacacc cgcacgcgca tcgacaccct gatggagtac gccctcg 177
<210> 7
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
cgaggctatc ctctcctt 18
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 8
ctgagggatt atgcgtcac 19
<210> 9
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 9
agagacgccg gtactcgttt tttgggacca tacaggagaa g 41
<210> 10
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (15)
<223> y =t or c
<400> 10
gagcccttcc agggyctctt tttcacccaa cgcaggtaaa g 41
<210> 11
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
tcctgccacg gagatcaa 18
<210> 12
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 12
tgagattcca agctacagat ca 22
<210> 13
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 13
agggactagc cgtagtgg 18
<210> 14
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 14
gtgccatgta cagcagag 18
<210> 15
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 15
tgctcacgtc gaactactga cttttgagct ccctgggtgg tct 43
<210> 16
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 16
agcccacctc gagatgctat ttttgtgatt tcaccctagc ga 42
<210> 17
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 17
gactgtcctg tactcaggac tt 22
<210> 18
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 18
cccaagacac accttaaccc t 21
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 19
cagggagtgg taaaccttgt 20
<210> 20
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 20
gtctggatcg acgacaga 18
<210> 21
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 21
ccttgcctct ggactggttt ttttcagtca atcagctgtg cc 42
<210> 22
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<221> misc_feature
<222> (11)
<223> y =t or c
<400> 22
agccccattt ycctctagcg acttttcaca attgccgctc acta 44
<210> 23
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 23
gcgatgatct tacccagca 19
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 24
gatgacgtca ggcatcactt 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 25
ctagatctca aggacaacgg 20
<210> 26
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 26
gccccacaat gacgtgtac 19
<210> 27
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 27
ctctgcaacg gtcaccagac tcttttgtga cctgtctact gctgtg 46
<210> 28
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 28
ttgtcagaaa tttccgcggg ctttttttgg tcttccaatc acgctt 46
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 29
ccgctctcca acaaggtact 20
<210> 30
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 30
ggctgaactt ttgaaagtga gc 22
<210> 31
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 31
ccaggataca aataccttgg t 21
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 32
tgtccaattt tacctccgta 20
<210> 33
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 33
gtcgtgttct tttgctgcgg ttttccagga aactcactag acca 44
<210> 34
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 34
tccatacttc tacttctcag cttttgtagt cttttgcgtg ttcagtt 47
<210> 35
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 35
tctgatggat tagttggttc tcct 24
<210> 36
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 36
tgatgagaaa ttcata 16
<210> 37
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 37
cggaccccgt caacgt 16
<210> 38
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 38
cgagggcgta ctccatcag 19
<210> 39
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 39
actcgcggtg gacgaggggt tttgaccgtc gcctggttct 40
<210> 40
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 40
gccatgccct ccgtcgagat ttttgtcgat gcgcgtgcg 39
<210> 41
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 41
ttgcagtggc cgccgt 16
<210> 42
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 42
gcaccggcgg gtactcgt 18

Claims (10)

1.检测6种猪病毒的LAMP成套引物,由如下六个引物组组成:用于检测猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型的引物组、用于检测猪瘟病毒的引物组、用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组、用于检测猪圆环病毒Ⅱ型的引物组、用于检测猪细小病毒的引物组、用于检测猪伪狂犬病病毒的引物组;
所述用于检测猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型的引物组为猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型正义6引物组、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型反义6引物组、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型正义4引物组或猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型反义4引物组;
所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型正义6引物组由猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物F3-Z、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-Z、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-Z、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-Z、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-Z和猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-Z这6条引物组成;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-Z为如下a1)或a2)的单链DNA分子:
a1)序列表的序列1第1-18位核苷酸所示;
a2)序列表的序列7所示;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-Z为如下a5)或a6)的单链DNA分子:
a5)与序列表的序列1第180-198位核苷酸反向互补;
a6)序列表的序列8所示;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-Z为如下a9)或a10)的单链DNA分子:
a9)A1-L1-B1;A1与序列表的序列1第87-104位核苷酸反向互补,B1如序列表的序列1第28-46位核苷酸所示,L1为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
a10)序列表的序列9所示;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-Z为如下a13)或a14)的单链DNA分子:
a13)A2-L2-B2;A2如序列表的序列1第107-125位核苷酸所示,B2与序列表的序列1第149-166位核苷酸反向互补,L2为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
a14)序列表的序列10所示;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-Z为如下a17)或a18)的单链DNA分子:
a17)与序列表的序列1第47-64位核苷酸反向互补;
a18)序列表的序列11所示;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-Z为如下a21)或a22)的单链DNA分子:
a21)序列表的序列1第127-148位核苷酸所示;
a22)序列表的序列12所示;
所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型反义6引物组由猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物F3-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-F、猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-F和猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-F这6条引物组成;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型正义4引物组由所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-Z、所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物B3-Z、所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物FIP-Z和所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-Z这4条引物组成;
所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型反义4引物组由所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物F3-F、所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物B3-F、所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物FIP-F和所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-F这4条引物组成;
所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物F3-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物F3-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物B3-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物FIP-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物BIP-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物BIP-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/AsiaI型引物LF-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LF-Z的反义DNA;所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-F是所述猪口蹄疫病毒O/A/Asia I型引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测猪瘟病毒的引物组为猪瘟病毒正义6引物组、猪瘟病毒反义6引物组、猪瘟病毒正义4引物组或猪瘟病毒反义4引物组;
所述猪瘟病毒正义6引物组由猪瘟病毒引物F3-Z、猪瘟病毒引物B3-Z、猪瘟病毒引物FIP-Z、猪瘟病毒引物BIP-Z、猪瘟病毒引物LF-Z和猪瘟病毒引物LB-Z这6条引物组成;
所述猪瘟病毒引物F3-Z为如下b1)或b2)的单链DNA分子:
b1)序列表的序列2第2-19位核苷酸所示;
b2)序列表的序列13所示;
所述猪瘟病毒引物B3-Z为如下b5)或b6)的单链DNA分子:
b5)与序列表的序列2第232-249位核苷酸反向互补;
b6)序列表的序列14所示;
所述猪瘟病毒引物FIP-Z为如下b9)或b10)的单链DNA分子:
b9)A3-L3-B3;A3与序列表的序列2第61-81位核苷酸反向互补,B3如序列表的序列2第21-38位核苷酸所示,L3为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
b10)序列表的序列15所示;
所述猪瘟病毒引物BIP-Z为如下b13)或b14)的单链DNA分子:
b13)A4-L4-B4;A4如序列表的序列2第84-102位核苷酸所示,B4与序列表的序列2第148-166位核苷酸反向互补,L4为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
b14)序列表的序列16所示;
所述猪瘟病毒引物LF-Z为如下b17)或b18)的单链DNA分子:
b17)与序列表的序列2第39-60位核苷酸反向互补;
b18)序列表的序列17所示;
所述猪瘟病毒引物LB-Z为如下b21)或b22)的单链DNA分子:
b21)序列表的序列2第119-139位核苷酸所示;
b22)序列表的序列18所示;
所述猪瘟病毒反义6引物组由猪瘟病毒引物F3-F、猪瘟病毒引物B3-F、猪瘟病毒引物FIP-F、猪瘟病毒引物BIP-F、猪瘟病毒引物LF-F和猪瘟病毒引物LB-F这6条引物组成;
所述猪瘟病毒正义4引物组由所述猪瘟病毒引物F3-Z、所述猪瘟病毒引物B3-Z、所述猪瘟病毒引物FIP-Z和所述猪瘟病毒引物BIP-Z这4条引物组成;
所述猪瘟病毒反义4引物组由所述猪瘟病毒引物F3-F、所述猪瘟病毒引物B3-F、所述猪瘟病毒引物FIP-F和所述猪瘟病毒引物BIP-F这4条引物组成;
所述猪瘟病毒引物F3-F是所述猪瘟病毒引物F3-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物B3-F是所述猪瘟病毒引物B3-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物FIP-F是所述猪瘟病毒引物FIP-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物BIP-F是所述猪瘟病毒引物BIP-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物LF-F是所述猪瘟病毒引物LF-Z的反义DNA;所述猪瘟病毒引物LB-F是所述猪瘟病毒引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型的引物组为猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义6引物组、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义6引物组、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义4引物组或猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义4引物组;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义6引物组由猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-Z、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-Z和猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-Z这6条引物组成;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-Z为如下c1)或c2)的单链DNA分子:
c1)序列表的序列3第1-20位核苷酸所示;
c2)序列表的序列19所示;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-Z为如下c5)或c6)的单链DNA分子:
c5)与序列表的序列3第250-267位核苷酸反向互补;
c6)序列表的序列20所示;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-Z为如下c9)或c10)的单链DNA分子:
c9)A5-L5-B5;A5与序列表的序列3第124-143位核苷酸反向互补,B5如序列表的序列3第78-95位核苷酸所示,L5为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
c10)序列表的序列21所示;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-Z为如下c13)或c14)的单链DNA分子:
c13)A6-L6-B6;A6如序列表的序列3第180-201位核苷酸所示,B6与序列表的序列3第232-249位核苷酸反向互补,L6为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
c14)序列表的序列22所示;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-Z为如下c17)或c18)的单链DNA分子:
c17)与序列表的序列3第99-117位核苷酸反向互补;
c18)序列表的序列23所示;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-Z为如下c21)或c22)的单链DNA分子:
c21)序列表的序列3第206-225位核苷酸所示;
c22)序列表的序列24所示;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义6引物组由猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-F、猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-F和猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-F这6条引物组成;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型正义4引物组由所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-Z、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-Z、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-Z和所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-Z这4条引物组成;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型反义4引物组由所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-F、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-F、所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-F和所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-F这4条引物组成;
所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物F3-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物B3-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物FIP-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物BIP-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LF-Z的反义DNA;所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-F是所述猪繁殖与呼吸综合征病毒美洲型引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测猪圆环病毒Ⅱ型的引物组为猪圆环病毒Ⅱ型正义6引物组、猪圆环病毒Ⅱ型反义6引物组、猪圆环病毒Ⅱ型正义4引物组或猪圆环病毒Ⅱ型反义4引物组;
所述猪圆环病毒Ⅱ型正义6引物组由猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z、猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-Z和猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-Z这6条引物组成;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z为如下d1)或d2)的单链DNA分子:
d1)序列表的序列4第2-21位核苷酸所示;
d2)序列表的序列25所示;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z为如下d5)或d6)的单链DNA分子:
d5)与序列表的序列4第178-196位核苷酸反向互补;
d6)序列表的序列26所示;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z为如下d9)或d10)的单链DNA分子:
d9)A7-L7-B7;A7与序列表的序列4第63-84位核苷酸反向互补,B7如序列表的序列4第23-42位核苷酸所示,L7为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
d10)序列表的序列27所示;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z为如下d13)或d14)的单链DNA分子:
d13)A8-L8-B8;A8如序列表的序列4第101-122位核苷酸所示,B8与序列表的序列4第157-176位核苷酸反向互补,L8为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
d14)序列表的序列28所示;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-Z为如下d17)或d18)的单链DNA分子:
d17)与序列表的序列4第43-62位核苷酸反向互补;
d18)序列表的序列29所示;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-Z为如下d21)或d22)的单链DNA分子:
d21)序列表的序列4第123-144位核苷酸所示;
d22)序列表的序列30所示;
所述猪圆环病毒Ⅱ型反义6引物组由猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-F、猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-F和猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-F这6条引物组成;
所述猪圆环病毒Ⅱ型正义4引物组由所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z和所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z这4条引物组成;
所述猪圆环病毒Ⅱ型反义4引物组由所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-F、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-F、所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-F和所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-F这4条引物组成;
所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物F3-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物B3-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物FIP-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物BIP-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LF-Z的反义DNA;所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-F是所述猪圆环病毒Ⅱ型引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测猪细小病毒的引物组为猪细小病毒正义6引物组、猪细小病毒反义6引物组、猪细小病毒正义4引物组或猪细小病毒反义4引物组;
所述猪细小病毒正义6引物组由猪细小病毒引物F3-Z、猪细小病毒引物B3-Z、猪细小病毒引物FIP-Z、猪细小病毒引物BIP-Z、猪细小病毒引物LF-Z和猪细小病毒引物LB-Z这6条引物组成;
所述猪细小病毒引物F3-Z为如下e1)或e2)的单链DNA分子:
e1)序列表的序列5第1-21位核苷酸所示;
e2)序列表的序列31所示;
所述猪细小病毒引物B3-Z为如下e5)或e6)的单链DNA分子:
e5)与序列表的序列5第187-206位核苷酸反向互补;
e6)序列表的序列32所示;
所述猪细小病毒引物FIP-Z为如下e9)或e10)的单链DNA分子:
e9)A9-L9-B9;A9与序列表的序列5第68-87位核苷酸反向互补,B9如序列表的序列5第22-41位核苷酸所示,L9为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
e10)序列表的序列33所示;
所述猪细小病毒引物BIP-Z为如下e13)或e14)的单链DNA分子:
e13)A10-L10-B10;A10如序列表的序列5第123-143位核苷酸所示,B10与序列表的序列5第168-189位核苷酸反向互补,L10为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
e14)序列表的序列34所示;
所述猪细小病毒引物LF-Z为如下e17)或e18)的单链DNA分子:
e17)与序列表的序列5第42-65位核苷酸反向互补;
e18)序列表的序列35所示;
所述猪细小病毒引物LB-Z为如下e21)或e22)的单链DNA分子:
e21)序列表的序列5第147-162位核苷酸所示;
e22)序列表的序列36所示;
所述猪细小病毒反义6引物组由猪细小病毒引物F3-F、猪细小病毒引物B3-F、猪细小病毒引物FIP-F、猪细小病毒引物BIP-F、猪细小病毒引物LF-F和猪细小病毒引物LB-F这6条引物组成;
所述猪细小病毒正义4引物组由所述猪细小病毒引物F3-Z、所述猪细小病毒引物B3-Z、所述猪细小病毒引物FIP-Z和所述猪细小病毒引物BIP-Z这4条引物组成;
所述猪细小病毒反义4引物组由所述猪细小病毒引物F3-F、所述猪细小病毒引物B3-F、所述猪细小病毒引物FIP-F和所述猪细小病毒引物BIP-F这4条引物组成;
所述猪细小病毒引物F3-F是所述猪细小病毒引物F3-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物B3-F是所述猪细小病毒引物B3-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物FIP-F是所述猪细小病毒引物FIP-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物BIP-F是所述猪细小病毒引物BIP-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物LF-F是所述猪细小病毒引物LF-Z的反义DNA;所述猪细小病毒引物LB-F是所述猪细小病毒引物LB-Z的反义DNA;
所述用于检测猪伪狂犬病病毒的引物组为猪伪狂犬病病毒正义6引物组、猪伪狂犬病病毒反义6引物组、猪伪狂犬病病毒正义4引物组或猪伪狂犬病病毒反义4引物组;
所述猪伪狂犬病病毒正义6引物组由猪伪狂犬病病毒引物F3-Z、猪伪狂犬病病毒引物B3-Z、猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z、猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z、猪伪狂犬病病毒引物LF-Z和猪伪狂犬病病毒引物LB-Z这6条引物组成;
所述猪伪狂犬病病毒引物F3-Z为如下f1)或f2)的单链DNA分子:
f1)序列表的序列6第1-16位核苷酸所示;
f2)序列表的序列37所示;
所述猪伪狂犬病病毒引物B3-Z为如下f5)或f6)的单链DNA分子:
f5)与序列表的序列6第159-177位核苷酸反向互补;
f6)序列表的序列38所示;
所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z为如下f9)或f10)的单链DNA分子:
f9)A11-L11-B11;A11与序列表的序列6第57-75位核苷酸反向互补,B11如序列表的序列6第17-33位核苷酸所示,L11为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
f10)序列表的序列39所示;
所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z为如下f13)或f14)的单链DNA分子:
f13)A12-L12-B12;A12如序列表的序列6第96-114位核苷酸所示,B12与序列表的序列6第141-156位核苷酸反向互补,L12为由0-10个核苷酸组成的间隔区段;
f14)序列表的序列40所示;
所述猪伪狂犬病病毒引物LF-Z为如下f17)或f18)的单链DNA分子:
f17)与序列表的序列6第37-52位核苷酸反向互补;
f18)序列表的序列41所示;
所述猪伪狂犬病病毒引物LB-Z为如下f21)或f22)的单链DNA分子:
f21)序列表的序列6第118-135位核苷酸所示;
f22)序列表的序列42所示;
所述猪伪狂犬病病毒反义6引物组由猪伪狂犬病病毒引物F3-F、猪伪狂犬病病毒引物B3-F、猪伪狂犬病病毒引物FIP-F、猪伪狂犬病病毒引物BIP-F、猪伪狂犬病病毒引物LF-F和猪伪狂犬病病毒引物LB-F这6条引物组成;
所述猪伪狂犬病病毒正义4引物组由所述猪伪狂犬病病毒引物F3-Z、所述猪伪狂犬病病毒引物B3-Z、所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z和所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z这4条引物组成;
所述猪伪狂犬病病毒反义4引物组由所述猪伪狂犬病病毒引物F3-F、所述猪伪狂犬病病毒引物B3-F、所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-F和所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-F这4条引物组成;
所述猪伪狂犬病病毒引物F3-F是所述猪伪狂犬病病毒引物F3-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物B3-F是所述猪伪狂犬病病毒引物B3-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-F是所述猪伪狂犬病病毒引物FIP-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-F是所述猪伪狂犬病病毒引物BIP-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物LF-F是所述猪伪狂犬病病毒引物LF-Z的反义DNA;所述猪伪狂犬病病毒引物LB-F是所述猪伪狂犬病病毒引物LB-Z的反义DNA。
2.根据权利要求1所述的成套引物,其特征在于:
所述成套引物中,各正义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-Z”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-Z”的引物;
所述成套引物中,各正义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-Z”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-Z”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-Z”的引物;
所述成套引物中,各反义6引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LF-F”的引物:0.4~1.0μmol名称中带“LB-F”的引物;
所述成套引物中,各反义4引物组中各条引物的摩尔比如下:0.2~0.3μmol名称中带“F3-F”的引物:0.2~0.3μmol名称中带“B3-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“FIP-F”的引物:0.8~2.4μmol名称中带“BIP-F”的引物。
3.检测6种猪病毒的芯片,所述芯片固定有权利要求1或2所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的六个引物组。
4.根据权利要求3所述的芯片,其特征在于:所述芯片为恒温扩增微流控芯片。
5.检测6种猪病毒的试剂盒,包括权利要求1或2所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括进行环介导等温扩增所需的试剂和/或仪器和/或扩增产物数据处理器;所述扩增产物数据处理器用于区分利用权利要求1或2所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的各个引物组对待测样本进行环介导等温扩增得到的待测样本扩增产物中是否含有特异性扩增产物。
7.检测6种猪病毒的试剂盒,包括权利要求3或4所述芯片。
8.根据权利要求7所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒包括进行环介导等温扩增所需的试剂和/或仪器和/或扩增产物数据处理器;所述扩增产物数据处理器用于区分利用权利要求1或2所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的各个引物组对待测样本进行环介导等温扩增得到的待测样本扩增产物中是否含有特异性扩增产物。
9.制备下述1)-3)中任一产品的方法,包括制备权利要求1或2所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的各条引物的步骤:
1)权利要求1或2所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”中的六个引物组;
2)权利要求3或4所述芯片;
3)权利要求5-8中任一所述试剂盒。
10.权利要求1或2所述“检测6种猪病毒的LAMP成套引物”的下述任一种应用:
1)在制备权利要求3或4所述芯片中的应用;
2)在制备权利要求5-8中任一所述试剂盒中的应用;
3)在制备检测6种猪病毒的试剂或试剂盒的应用。
CN201710467125.9A 2017-06-19 2017-06-19 同时检测6种猪病毒的系统及其专用lamp引物 Active CN107034316B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710467125.9A CN107034316B (zh) 2017-06-19 2017-06-19 同时检测6种猪病毒的系统及其专用lamp引物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201710467125.9A CN107034316B (zh) 2017-06-19 2017-06-19 同时检测6种猪病毒的系统及其专用lamp引物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN107034316A CN107034316A (zh) 2017-08-11
CN107034316B true CN107034316B (zh) 2019-12-24

Family

ID=59542513

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201710467125.9A Active CN107034316B (zh) 2017-06-19 2017-06-19 同时检测6种猪病毒的系统及其专用lamp引物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN107034316B (zh)

Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110106284B (zh) * 2019-01-30 2023-03-10 浙江正合谷生物科技有限公司 一种用于检测动物疫病的高通量定量检测试剂盒
CN111270007A (zh) * 2019-12-09 2020-06-12 宁波爱基因科技有限公司 猪瘟病毒检测用引物、微流控芯片、系统及其应用
CN113025747A (zh) * 2019-12-25 2021-06-25 北京森康生物技术开发有限公司 猪伪狂犬病毒核酸免提取荧光等温扩增检测试剂盒
CN112176101A (zh) * 2020-09-08 2021-01-05 华南农业大学 一种离心式微流控芯片结合环介导等温扩增技术用于猪细小病毒检测的试剂盒
CN112176102A (zh) * 2020-09-08 2021-01-05 华南农业大学 一种离心式微流控芯片结合环介导等温扩增技术用于猪伪狂犬病毒检测的试剂盒

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101586169B (zh) * 2009-06-30 2012-02-08 中国兽医药品监察所 猪圆环病毒2型lamp检测试剂盒及其检测方法
CN102943129B (zh) * 2012-11-30 2014-03-12 中华人民共和国北京出入境检验检疫局 一种用于同时检测5种猪病病毒的多重连接探针扩增检测试剂盒及引物和探针
CN104328218B (zh) * 2014-10-30 2016-08-24 广东出入境检验检疫局检验检疫技术中心 同步检测五种猪病毒的液相基因芯片的核酸及其检测方法
CN104450976B (zh) * 2015-01-06 2016-08-24 福建农林大学 检测猪细小病毒5型的环介导等温扩增反应引物
CN105112565A (zh) * 2015-09-07 2015-12-02 山东省农业科学院畜牧兽医研究所 一种检测伪狂犬病毒ge基因的lamp检测方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN107034316A (zh) 2017-08-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107034316B (zh) 同时检测6种猪病毒的系统及其专用lamp引物
CN106947838B (zh) 非洲猪瘟病毒非结构基因实时荧光lamp检测引物组、试剂盒及检测方法
CN113502352B (zh) 检测具有感染性ASFV的EMA-ddPCR引物、探针及应用
Katz et al. Sensitive identification of bluetongue virus serogroup by a colorimetric dual oligonucleotide sorbent assay of amplified viral nucleic acid
CN110669870A (zh) 一种帕利亚姆血清群病毒血清型的实时荧光定量rt-pcr检测引物、探针及检测试剂盒
CN110724769A (zh) 检测非洲猪瘟病毒mgf360-505r基因的pcr引物组、试剂盒及检测方法
CN103210093B (zh) 一种检测消化道病原体的方法
KR20110017706A (ko) 우역 바이러스, 가성우역 바이러스, 블루텅 바이러스, 리프트 계곡열 바이러스의 동시 검출을 위한 다중 프라이머 세트 및 그를 이용한 검출 방법
CN110878381A (zh) 一种检测牛支原体和牛传染性鼻气管炎病毒的引物组合物、试剂盒及方法
CN111961745B (zh) 用于一次性检测多种皮肤真菌的方法和试剂盒
CN103540687A (zh) 对虾白斑综合症病毒(wssv)的lamp检测引物组及试剂盒
CN110804677B (zh) 一种区分非洲猪瘟病毒野毒株与基因缺失株的巢式二重pcr检测引物及试剂盒
CN106191310A (zh) 一种同时鉴别3种牛腹泻病病原体的引物组合及GeXP检测方法
CN116622909A (zh) 一种猫疱疹病毒i型的恒温扩增检测试剂及检测方法
CN110592269A (zh) 草鱼出血病2型病毒(gcrv-2)的raa恒温荧光检测方法及试剂
CN114634996A (zh) 用于检测牛呼吸道疾病的引物探针组合、试剂盒及其应用
CN107227380A (zh) 一种同步检测pcv2和prv感染的引物序列及方法
CN113817870A (zh) 同时检测七种呼吸道相关病毒的引物组合物及其应用
Grant et al. Application of the Ibis-T5000 pan-orthopoxvirus assay to quantitatively detect monkeypox viral loads in clinical specimens from macaques experimentally infected with aerosolized monkeypox virus
CN113512611A (zh) 一种基于基因膜芯片的多种呼吸道病毒检测方法
CN102586489B (zh) Pcr结合核酸探针斑点杂交技术检测病料中禽贫血病病毒感染
Liu et al. Real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification for the diagnosis of hemorrhagic enteritis virus
CN110592270A (zh) 锦鲤疱疹病毒(khv)的raa恒温荧光检测方法及试剂
Öz et al. A new molecular approach to the diagnosis of small ruminant morbillivirus withEvaGreen based assay
CN110894551A (zh) 草鱼出血病i型病毒(gcrv-i)的raa恒温荧光检测方法及试剂

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant