CN106573065A - 用于治疗炎症性肠病的方法 - Google Patents

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Abstract

公开了使用诸如SMAD7反义寡核苷酸的抗SMAD7疗法降低CRP水平，治疗患有IBD的受试者的方法。公开了基于CRP的水平，使用诸如SMAD7反义寡核苷酸的抗SMAD7疗法，治疗和控制受试者的IBD的方法。还公开了确定患有IBD的受试者是否响应于或可能响应于抗SMAD7疗法的治疗的方法。CRP水平的降低可能与IBD缓解或CDAI分值降低相关。本发明还涉及使用抗SMAD7疗法(例如，反义寡核苷酸)与附加试剂组合治疗IBD。本发明也展示了相关的药物组合物和试剂盒。

Description

用于治疗炎症性肠病的方法
背景技术
炎症性肠病(IBD)是胃肠道的慢性炎症性病变，在美国有大约一百万人患有此病。IBD的两种最常见形式是克罗恩病(CD)和溃疡性结肠炎(UC)。尽管CD能够影响整个胃肠道，但它主要影响回肠(小肠的远端或下部)和大肠。UC主要影响结肠和直肠。当前用于CD和UC两者的治疗包括氨基水杨酸(例如，5-氨基水杨酸、柳氮磺吡啶和美沙拉嗪)、抗生素(例如，环丙沙星和甲硝唑)、皮质类固醇(例如，布地奈德或强的松)、免疫抑制剂(例如，硫唑嘌呤或甲氨蝶呤)和肿瘤坏死因子(TNF)拮抗剂(例如英夫利昔单抗)。患者对这些疗法的响应随疾病严重性而变化，并且可以随活跃性炎症和缓解期的循环而变化。此外，目前用于IBD的许多疗法伴有不良的副作用。
尽管CD和UC的病因未知，但两者都被认为是肠粘膜的炎性疾病。最近的研究证实，TGF-β1起到能够控制肠粘膜炎症的强力免疫调节剂的作用。TGF-β1结合含有两个亚基(TGF-β1R1和TGF-β1R2)的异源二聚的跨膜丝氨酸/苏氨酸激酶受体。在配体结合后，TGF-β1R1受体被组成性活化的TGF-β1R2受体磷酸化，并通过属于SMAD家族的蛋白将信号传导到细胞核。激活的TGF-β1R1直接磷酸化SMAD2和SMAD3蛋白，然后它们与SMAD4相互作用。SMAD2/SMAD3/SMAD4的复合体易位到细胞核，并调节某些基因的转录。
其他研究证实，另一种SMAD蛋白SMAD7也在炎症中发挥作用。细胞内蛋白SMAD7已被证明干扰SMAD2/SMAD3与TGF-β1R1的结合，阻止这些蛋白的磷酸化和活化。此外，SMAD7蛋白的表达增加与TGF-β1介导的信号传导的抑制相关。来自于IBD患者的粘膜样本的特征在于高水平的SMAD7和低水平的磷酸化SMAD3，表明在这些患者中TGF-β1介导的信号传导受损。
最近的研究聚焦于将SMAD7作为治疗患有IBD的患者的靶点。这样的疗法包括抗SMAD7反义疗法。就此而言，需求一种基于预测性生物标志物的能用于鉴定患者可能(或不可能)对使用抗SMAD7疗法产生响应(respond)的方法以及评价治疗成功的方法。
发明内容
本发明部分地基于这样的发现，即患有IBD的患者的CRP水平与IBD疾病状态相关，并且能够用作用于监测疾病状态和控制使用抗SMAD7疗法的IBD治疗的响应性的手段。本发明也部分地基于这样的发现，即患有IBD的受试者中循环的CRP浓度的调节与使用抗SMAD7疗法的治疗敏感度相关。因此，本发明还基于这样的发现，即可以使用对患有IBD的患者的CRP水平的监测和分析来确定SMAD7反义寡核苷酸施用的适当水平并调节和调整SMAD7反义寡核苷酸治疗。另外，本发明部分地基于这样的发现，即施用抗SMAD7疗法对治疗具有高的循环CRP浓度的受试者是有效的，并且施用抗SMAD7疗法对降低患有IBD的受试者的CRP水平是有效的。
应当理解，能够预先、在开始治疗后不久、在停止治疗之前不久或在停止治疗后不久预测IBD患者对抗SMAD7疗法、特别是SMAD7反义寡核苷酸是否有响应或可能有响应是有利的。如本文所述，CRP浓度的调节预示使用抗SMAD7疗法对患有IBD的受试者的治疗的效果。此外，CRP浓度能够用于确定受试者是否可能响应于抗SMAD7疗法。有利地，本发明的方法将最终帮助医师选择有效的疗法，并带来患者的疾病状态的改善、更好的医疗护理和总体患者成本的降低。
此外，如本文所述，在患有IBD的患者中CRP水平的调节可用于评价患有IBD的受试者中使用抗SMAD7疗法治疗的效果和响应性。此外，应当理解，基于与疾病状态相关的生物标志物(例如CRP)的水平或水平的变化来评价和调节患有IBD的患者中抗SMAD7疗法的施用，这是有利的。因此，本发明提供了用于分析正在施用或者已经施用抗SMAD7疗法(例如SMAD7反义寡核苷酸)的患者的CRP水平，并且在抗SMAD7疗法的剂量之后，基于由分析步骤确定的CRP水平或CRP水平的变化调整剂量水平的方法。有利地，本发明的方法将最终帮助医师监测和调整靶向SMAD7活性的疗法的治疗。此外，本发明的方法将产生对患者的IBD治疗效果的改善。
第一方面，本发明提供了一种治疗受试者的IBD的方法，所述受试者具有增加的循环CRP浓度，例如循环CRP浓度大于约3.0mg/升、约3.5mg/升、约4.0mg/升、或更高。在一个优选的实施例中，本发明提供了治疗具有大于约3.0mg/升的循环CRP浓度的受试者的IBD的方法。在一些实施例中，本发明提供了治疗具有大于约3.0mg/升的循环CRP浓度的受试者的IBD的方法，其中所述方法包括向受试者施用至少一种抗SMAD7疗法的步骤(a)。
在另一方面，本发明提供了降低患有IBD的受试者的CRP水平的方法，其中所述方法包括向受试者施用至少一种抗SMAD7疗法的步骤(a)。在一些实施例中，治疗前的CRP水平大于约3.0mg/升、约3.5mg/升、约4.0mg/升、或更高。在一些实施例中，治疗后的CRP水平小于约0.1mg/升、约0.5mg/升、约1.0mg/升、约1.5mg/升、约2.0mg/升、约2.5mg/升或约3.0mg/升。在优选的实施例中，治疗前的CRP水平大于约3.0mg/升，并且治疗后的CRP水平小于3.0mg/升。
在另一方面，本发明提供了用于治疗或控制患有IBD的患者的IBD的方法，其中所述方法包括步骤(a)为患者建立CRP的对照水平；(b)向所述患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸；(c)分析患者的CRP水平；和(d)如果CRP水平低于对照水平，则向患者施用与初始剂量相同或小于初始剂量的后续剂量，或者如果与对照水平相比，CRP水平不变或增加，则向患者施用与初始剂量相同或大于初始剂量的后续剂量或终止治疗。
在本发明的一些实施例中，治疗方法将包括在施用至少一种抗SMAD7疗法的步骤(a)之前测量受试者的循环CRP浓度的步骤。而在本发明的其它实施例中，治疗方法将包括在步骤(a)之后进一步测量受试者的循环CRP浓度以确定是否发生循环CRP浓度的任何变化的步骤。因此，在治疗循环CRP浓度大于3.0mg/升的受试者的IBD的方法或降低患有IBD的受试者的CRP水平的方法中，所述方法可以包括一个步骤，即在测量所述受试者的循环CRP浓度的步骤(a)之前，向所述患者施用至少一种抗SMAD7疗法的步骤(a)，以及可选择地测量所述受试者的循环CRP浓度的另一步骤，以确定是否已经发生CRP浓度的任何变化。应当理解，可以通过比较在步骤(a)之前和之后发生的每个步骤期间获得的测量的循环CRP浓度来确定是否发生了CRP浓度的任何变化。
在一些实施例中，可以通过从受试者采取样品，例如血液样品，来测量循环CRP浓度。在一些实施例中，在如本文所述的任何治疗方法的步骤(a)之后，取自受试者的样品中的CRP浓度小于3.0mg/升，例如小于约3.0mg/升、小于约2.0mg/升、小于约1.0mg/升、小于约0.5mg/升或小于约0.1mg/升。
在又另一方面，本发明提供了用于监测患有IBD的受试者对用至少一种抗SMAD7疗法的治疗的响应性的方法，其中所述方法包括以下步骤：(a)测定从受试者获得的至少一个样品中的CRP浓度；和(b)将样品中的CRP浓度与CRP的对照水平进行比较。
此外，在预期的方法中，样品中CRP浓度的降低表明受试者可能响应于抗SMAD7疗法、或对抗SMAD7疗法有响应。从受试者获得的样品可以是血液样品。在某些实施例中，当获得样品时，受试者正在接受至少一种抗SMAD7疗法。可以通过测量施用抗SMAD7疗法之前或刚好之后的CRP水平来确定CRP的对照水平。在某些实施例中，该方法可以包括在步骤(a)之前对受试者施用至少一种抗SMAD7疗法的附加步骤。在这样的实施例中，抗SMAD7疗法可以在步骤(a)之前立刻或之前约1天、约1周、约2周、约1个月、约6个月、约1年、或更长时间内施用给受试者。另外，在一些实施例中，预期的方法可以包括在步骤(b)之后对受试者施用至少一种抗SMAD7疗法的任选步骤。在这样的实施例中，抗SMAD7疗法可以在步骤(b)之后约1天、约1周、约2周、约1个月、约6个月、约1年、或更长时间内、或之后立刻施用给受试者。
使用来自受试者的样品中的CRP浓度来确定受试者是否可能响应于抗SMAD7疗法、或对抗SMAD7治疗有响应。在本发明的一些实施例中，样品中CRP的浓度小于约3.0mg/升、约2.0mg/升、约1.0mg/升或约0.1mg/升，表明受试者响应于或可能响应于抗SMAD7疗法。在一个优选的实施例中，样品中CRP的浓度小于约3.0mg/升，表明受试者响应于或可能响应于抗SMAD7疗法。
类似地，CRP的对照水平的值用于通过将其与取自受试者的样品中的CRP浓度进行比较来确定受试者是否可能响应于抗SMAD7疗法、或对抗SMAD7疗法有响应。在本发明的一些实施例中，CRP的对照水平大于或等于约2.5mg/升、约3.0mg/升、约3.5mg/升、约4.0mg/升、约5.0mg/升或更高。在优选的实施例中，CRP的对照水平大于约3.0mg/升。此外，在本发明的一些实施例中，CRP的对照水平是在施用至少一种抗SMAD7疗法之前从患者获得的或在施用至少一种抗SMAD7疗法之后立即获得的CRP的基线水平。在一些实施例中，可以在施用至少一种抗SMAD7疗法之前立刻、约1小时前、约1天前、约1周前、约2周前、约3周前、约1个月前、约1年前、或更长时间前从患者获得CRP的对照水平。
用于监测患有IBD的受试者对抗SMAD7疗法的治疗的响应性的预期方法使技术人员能够基于发现：本文描述的患有IBD的受试者的对抗SMAD7疗法的治疗的响应性与循环CRP水平之间的关系确定受试者是否进入缓解期或可能进入缓解期——在一些实施例中，被定义为维持低于150的CDAI分值两周。类似地，预期的治疗方法和降低患有IBD的受试者的CRP水平的方法的一些实施例允许技术人员基于该发现确定受试者是否进入缓解期或可能进入缓解期。在本发明的一些实施例中，从受试者获得的样品中CRP的量的减少表明受试者可能进入缓解期或已经进入缓解期。可以通过将取自受试者的样品中的CRP浓度与CRP的对照水平和/或在向所述受试者施用至少一种抗SMAD7疗法的步骤(a)之后测量的受试者的CRP循环浓度相比较来确定从受试者获得的样品中CRP的量的降低。例如，样品中CRP浓度降低至3mg/升的对照水平以下表明受试者可能进入缓解期或已经进入缓解期。
本发明还建立了取自受试者的样品中循环CRP水平的变化与CDAI分值之间的相关性，使得循环CRP水平的降低与CDAI分值相符合，例如小于约150的CDAI分值。可以通过将取自受试者的样品中的CRP浓度与CRP的对照水平和/或在向所述受试者施用至少一种抗SMAD7疗法的步骤(a)之后测量的受试者的CRP循环浓度相比较来确定从受试者获得的样品中CRP的量的降低。在一些实施例中，样品中CRP的量的减少与受试者的小于170、小于160、小于150、小于140、小于130、小于120、小于110、小于100、或更低的CDAI分值相符合。在优选的实施例中，样品中CRP的量的减少与受试者的小于150的CDAI分值相符合。在优选的实施例中，小于150的CDAI分值与CRP水平的降低相符合，其中基线CRP水平大于3.0mg/升并且降低的CRP水平低于3.0mg/升。
本发明还在建立了取自受试者的样品中的循环CRP水平的变化与患者报告结果2(PRO-2)测试之间的相关性，使得循环CRP水平的降低与PRO-2分值相符合，例如，PRO-2分值≤8或者PRO-2分值从基线降低≥50％。可以通过将取自受试者的样品中的CRP的浓度与CRP的对照水平和/或在向所述受试者施用至少一种抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的步骤(a)之后测量的受试者的CRP循环浓度相比较来确定从受试者获得的样品中CRP的量的降低。在一些实施例中，样品中CRP的量的减少与受试者的<14、<12、<10、<8、<6、<4或<2分的PRO-2分值一致。在一个优选的实施例中，样品中CRP的量的减少与受试者的<8的PRO-2分值相符合。在优选的实施例中，≤8的PRO-2分值与CRP水平的降低相符合，其中基线CRP水平大于3.0mg/升并且降低的CRP水平低于3.0mg/升。
本发明还建立了取自受试者的样品中的循环CRP水平的变化与克罗恩病的简易内镜评分(SES-CD)之间的相关性，使得循环CRP水平的降低与SES-CD相符合，例如，≤2的SES-CD(例如，SES-CD＝0)或相对于基线降低≥50％的SES-CD。可以通过将取自受试者的样品中的CRP浓度与CRP的对照水平和/或在向所述受试者施用至少一种抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的步骤(a)之后测量的受试者的CRP的循环浓度来确定从受试者获得的样品中CRP的量的降低。在一些实施例中，样品中CRP的量的减少与受试者的≤5、≤4、≤3、≤2、≤1或0的SES-CD相符合。在优选的实施例中，样品中CRP的量的减少与受试者的≤2的SES-CD或0的SES-CD相符合。在优选的实施例中，≤2的SES-CD或0的SES-CD与CRP水平的降低相符合，其中基线CRP水平大于3.0mg/升并且降低的CRP水平低于3.0mg/升。
要求保护的本发明还提供了时间(temporal)参数，用于定义何时已经用抗SMAD7疗法进行治疗、正在治疗或对进一步治疗进行评价的受试者的观察到的CDAI分值有助于确定受试者是否对抗SMAD7疗法有响应。例如，在一些实施例中，与样品中CRP的量的减少(例如小于150的CDAI分值)相符合的CDAI分值在受试者中被保持至少1天、1周、2周或更长的时间。
另外，在本发明的一些实施例中，能够观察到与来自受试者的样品中的CRP的量的减少相符合的受试者的CDAI分值(例如，小于150的CDAI分值)与抗SMAD7疗法治疗的结束相关。例如，在本发明的一些实施例中，在治疗时、在停止抗SMAD7疗法治疗后立即或约1天、约1周、约2周、约1个月、约10周、约1年或更长时间后，可以观察到与来自受试者的样品中的CRP的量的降低相符合的受试者的小于150的CDAI分值。在具体实施例中，在停止抗SMAD7疗法后约1天和约2周，均可以观察到与来自受试者的样品中的CRP的量的降低相符合的受试者的小于150的CDAI分值。在本发明的一些实施例中，高的基线CRP水平(即大于3.0mg/升的CRP水平)表明受试者可能受益于或响应于抗SMAD7疗法的治疗，使得治疗将导致患者的CDAI分值小于150。
请求保护的本发明还建立了取自受试者的样品中的循环CRP水平的变化与CDAI分值的变化之间的相关性，使得循环CRP水平的降低与CDAI分值的降低相符合。可以通过将取自受试者的样品中的CRP浓度与CRP的对照水平和/或在向所述受试者施用至少一种抗SMAD7疗法的步骤(a)之后测量的受试者的CRP循环浓度相比较来确定从受试者获得的样品中CRP的量的降低。CDAI分值的降低可以通过将正在接受抗SMAD7疗法治疗或已经接受抗SMAD7疗法治疗的受试者的CDAI分值与已经接受治疗、目前正在接受治疗或正在对抗SMAD7疗法的治疗进行评估的受试者的CDAI分值的比较来确定。在一些实施例中，取自受试者的样品中CRP的量的降低与受试者的CDAI分值降低约40、约50、约60、约70、约80、约90、约100、约110、约120或约130相符合。在一些实施例中，取自受试者的样品中CRP的量的减少与受试者的CDAI分值降低约40至约130、约50至约120、约60至约110、约70至约120、或约60至约100相符合。在一个优选的实施例中，取自受试者的样品中CRP的量的减少与受试者的CDAI分值降低约70至约100相符合。
另外，在本发明的一些实施例中，能够观察到与来自受试者的样品中的CRP的量的降低相一致的受试者的CDAI分值的降低(例如，CDAI分值降低约70至约100)与抗SMAD7疗法治疗的结束相关。例如，在本发明的一些实施例中，当受试者正在用抗SMAD7疗法治疗时、在停止抗SMAD7疗法治疗后立即、或停止抗SMAD7疗法治疗后约1天、约1周、约2周、约4周、约8周或更长时间后，可以观察到与来自受试者的样品中的CRP的量的降低相符合的受试者的小于150的CDAI分值。在优选的实施例中，在停止抗SMAD7疗法的治疗后至少约1天或约2周，可观察到与来自受试者的样品中的CRP的量的降低相符合的受试者的CDAI分值的降低。
用于确定患有IBD的受试者对抗SMAD7疗法的治疗的响应性或确定受试者是否进入缓解期或可能进入缓解期的可选参数包括以下参数：诸如CDAI组分(例如腹部疼痛，大便频率)、患者报告结果测试分值(例如PRO-2测试分值)和粘膜愈合(例如使用克罗恩病的简易内镜评分(SES-CD))。
请求保护的本发明还提供了确定CRP浓度的方法，以确定抗SMAD7疗法的治疗在受试者中是否有效，或者确定受试者是否对抗SMAD7疗法的治疗有响应或可能响应于抗SMAD7疗法的治疗。可以通过免疫化学和/或通过核苷酸分析来确定CRP的浓度。通过免疫化学确定CRP浓度的方法包括但不限于，Western印迹、ELISA和免疫染色法。在一些实施例中，使用抗CRP抗体进行通过免疫化学测定CRP浓度的方法。通过免疫化学确定CRP浓度的方法还以可包括使用缓冲液、封闭试剂、未偶联的一抗、以及与允许抗体检测的标签(诸如荧光探针或底物特异性酶)偶联的一抗和/或二抗。
通过核苷酸分析确定CRP浓度的方法包括但不限于分析CRP mRNA转录物水平的方法，诸如Northern印迹和聚合酶链反应法，例如定量聚合酶链反应法。可以使用结合CRP核苷酸序列的寡核苷酸探针或能够通过聚合酶链反应(例如通过定量聚合酶链反应)扩增CRP序列的寡核苷酸引物对来进行核苷酸分析。寡核苷酸探针和寡核苷酸引物可以连接到可检测标签，例如荧光标签。在通过核苷酸分析确定CRP浓度时，医师可以评价样品中的CRPmRNA转录物浓度。或者，在通过核苷酸分析确定CRP浓度时，医师可以建立CRP mRNA转录物丰度和CRP蛋白丰度之间的相关性，以便基于CRP mRNA转录物丰度的测量来外推CRP蛋白浓度。
请求保护的本发明的方法包括可以在体外进行的步骤。例如，在本发明的各种实施例中，可以在体外进行测量受试者的循环CRP浓度、确定样品中的CRP浓度、确定CRP的对照水平、和/或确定CDAI分值或采取必要的测量确定CDAI分值的步骤。例如，样品中的CRP浓度可以通过在体外对样品进行免疫化学或核苷酸分析来确定。或者，在本发明的一些实施例中，可以在体内进行测量受试者的循环CRP浓度、确定样品中的CRP浓度、确定CRP的对照水平、和/或确定CDAI分值或采取必要的测量确定CDAI分值的步骤。
本发明提供涉及向受试者施用抗SMAD7疗法的方法。在一个实施例中，抗SMAD7疗法可以通过一种或几种途径施用，包括口服、局部、非肠道(例如通过皮下注射)、通过吸入喷雾、或直肠施用。本文所用的术语“非肠道”包括皮下注射、胰内施用、静脉内、肌内、腹膜内、胸骨内注射或输液技术。在优选的实施例中，抗SMAD7疗法可以口服施用于受试者。
在一些实施例中，抗SMAD7疗法是抗SMAD7反义疗法。在具体实施例中，反义疗法包括由SEQ ID NO:1表示的抗SMAD7反义寡核苷酸。
在一些实施例中，抗SMAD7疗法可以是用于口服施用包含晶内相(intra-granularphase)的反义寡核苷酸的药物片剂制剂的形式，其中晶内相包括诸如SEQ ID NO:NO:1表示的反义寡核苷酸，或其药学上可接受的盐(例如钠盐)，和药学上可接受的填充剂，并且用于口服给药的药物片剂的形式还可以包括晶外相(extra-granular phase)，其可以包括药学上可接受的赋形剂诸如崩解剂。预期的寡核苷酸包括由SEQ ID NO:1表示的寡核苷酸，其中至少一个、或在某些实施例中所有核苷酸间键合是O,O-连接的硫代磷酸酯。药物片剂形式的抗SMAD7疗法可以进一步包含肠溶衣，例如包含丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物的肠溶衣。这样的片剂可以例如包括填充剂、崩解剂和/或润滑剂。例如，口服剂型，诸如片剂，可以包含约35mg至约500mg的反义寡核苷酸，例如40mg SEQ ID NO:1表示的寡核苷酸或其药学上可接受的盐。预期药物片剂制剂可以通过将其施用于有需要的患者而在治疗CD、UC和IBD的方法中使用。当向患者口服施用药物制剂或片剂或口服剂型时，药物制剂、片剂或口服剂型可以大致递送到患者的末端回肠和/或右结肠。
预期本文所述的任何方法可以用于治疗患有IBD的受试者或评估患有IBD的受试者对抗SMAD7疗法的响应性或响应性的可能性。此外，在某些实施例中，IBD是CD或UC。此外，本文公开的任何方法中提及的受试者可以是人类受试者。
在本发明的一些实施例中，抗SMAD7治疗可以在其它治疗之后或同时施用，例如但不限于免疫调节剂和/或美沙拉嗪。在一些实施例中，抗SMAD7疗法可以在类固醇以及免疫调节剂和/或美沙拉嗪之后或同时施用。抗SMAD7疗法可以在这些治疗的任何组合之后或同时施用。例如，抗SMAD7治疗可以在仅类固醇、仅免疫调节剂、仅美沙拉嗪、类固醇和免疫调节剂、类固醇和美沙拉嗪、或免疫调节剂和美沙拉嗪之后或与其同时施用。
本发明还提供了治疗IBD的方法，包括在免疫调节剂和/或美沙拉嗪之后或同时向患者施用抗SMAD7疗法。在本发明的一些实施例中，类固醇可以在抗SMAD7疗法和免疫调节剂和/或美沙拉嗪之后或同时施用。在治疗IBD的方法的一些实施例中，包括在类固醇、免疫调节剂和/或美沙拉嗪之后或同时向患者施用抗SMAD7疗法，所述抗SMAD7疗法为口服施用。在治疗IBD的方法的一些实施例中，包括在类固醇、免疫调节剂和/或美沙拉嗪之后或同时向患者施用抗SMAD7疗法，所有治疗组分(即类固醇、免疫调节剂和/美沙拉嗪)为口服施用。在其他实施例中，抗SMAD7疗法为口服施用，并且免疫调节剂和/或美沙拉嗪经由不同的途径施用。在一些实施例中，例如，免疫调节剂和/或美沙拉嗪的使用途径为局部、非肠道、通过吸入喷雾或直肠。
在提供治疗IBD的方法的本发明的一些实施例中，施用任何上述预期的组合疗法对患者产生益处。例如，在本发明的各种实施例中，该方法导致患者进入缓解期，该方法导致受试者的CDAI分值小于150，该方法导致受试者的CDAI分值降低约70至约100，和/或该方法导致循环CRP水平小于约3mg/升。
本发明还建立了涉及在其它组分(例如，免疫调节剂、美沙拉嗪和/或类固醇)之后或同时施用抗SMAD7疗法的IBD治疗与CDAI分值之间的相关性，使得施用与CDAI分值相符合，例如，受试者的小于约150的CDAI分值。在一些实施例中，所述方法导致受试者的CDAI分值小于170、小于160、小于150、小于140、小于130、小于120、小于110、小于100或更低。在优选的实施例中，所述方法导致受试者中CDAI分值小于150。
请求保护的本发明还揭示了观察到的CDAI分值中的时间参数与在其它组分(例如免疫调节剂、美沙拉嗪和/或类固醇)之后或同时使用抗SMAD7疗法的治疗之间的相关性。例如，在一些实施例中，所述方法产生特定的CDAI分值，例如小于150的CDAI分值，其在所述受试者中维持至少1天、至少1周、至少2周或更长时间。
另外，在本发明的一些实施例中，能够观察到受试者的CDAI分值(例如，小于150的CDAI分值)与在其他组分(例如，免疫调节剂、美沙拉嗪和/或类固醇)之后或同时使用抗SMAD7疗法的治疗的结束有关。例如，在本发明的一些实施例中，在被治疗时、在停止治疗后立即、在停止抗SMAD7疗法与其它组分的组合治疗后或约1天、约1周、约2周、约1月、约10周、约1年或更长时间后可以观察到受试者的小于150的CDAI分值。在一个具体实施例中，在其它组分之后或与同时使用抗SMAD7疗法的治疗停止后，在约1天和约2周均可以观察到在受试者的小于150的CDAI分值。
请求保护的本发明还建立了在其它组分(例如免疫调节剂、美沙拉嗪和/或类固醇)之后或同时使用抗SMAD7疗法的治疗和CDAI分值变化之间的相关性，使得治疗与CDAI的分值减少相符合。CDAI分值的降低可以通过将正在接受或已经接受在其他组分之后或同时使用抗SMAD7疗法治疗的受试者的CDAI分值与已经接受治疗、正在接受治疗或对抗SMAD7疗法的治疗进行评估的受试者的CDAI分值的比较来确定。在一些实施例中，所述方法导致受试者的CDAI分值降低约40、约50、约60、约70、约80、约90、约100、约110、约120或约130。在一些实施例中，所述方法导致受试者的CDAI分值降低约40至约130、约50至约120、约60至约110、约70至约120或约60至约100。在优选的实施例中，所述方法导致受试者的CDAI分值降低约70至约100。
另外，在本发明的一些实施例中，可以观察到由在用其它组分(例如免疫调节剂、美沙拉嗪和/或类固醇)之后或同时使用抗SMAD7疗法的治疗导致的受试者的CDAI分值降低(例如，CDAI分值降低约70至约100)与该治疗的结束相关。例如，在本发明的一些实施例中，在受试者正在治疗时，在停止治疗之后立即，或在停止治疗约1天、约1周、约2周、约4周、约8周或更长时间后可以观察到由治疗方法引起的受试者的CDAI分值的降低。在优选的实施例中，在停止治疗后至少约1天或约2周可以观察到由治疗方法引起的受试者的CDAI分值的降低。
本发明还提供了包括用于测量CRP水平的试剂的试剂盒和用于测量CDAI分值的详细说明书。在本发明的某些实施例中，用于测量CRP水平的试剂选自由抗CRP抗体、结合CRP核苷酸序列的寡核苷酸探针、以及通过聚合酶链反应能够结合和扩增CRP核苷酸序列的寡核苷酸引物所组成的组。在一些实施例中，试剂盒可以包括用于测量CRP水平的缓冲液、试剂和详细说明书中的至少一种。此外，在一些实施例中，试剂盒的抗CRP抗体可以是针对CRP蛋白的一抗，并且试剂盒还可以可选择地包括用于使用免疫化学和/或聚合酶链反应的样品中测量CRP水平的报告酶偶联的二抗、缓冲液、试剂和详细说明书。
在另一方面，本发明提供了用于治疗或控制患有IBD的患者的炎症性肠病的方法。在一个实施例中，所述方法包括以下步骤：(a)向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸；(b)分析患者的CRP水平；和(c)如果CRP水平高于CRP的正常水平，则向患者施用大于或等于初始剂量的后续剂量。或者，如果在步骤(c)中，CRP水平低于步骤(b)中确定的CRP的正常水平，则步骤(c)包括向患者施用等于或小于初始剂量的后续剂量。
在本发明的另一方面，本发明提供了相对于施用的SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量，治疗或控制患有IBD的患者的IBD的方法。在一个实施例中，本发明提供了用于治疗或控制患有IBD的患者的IBD的方法，其中所述方法包括以下步骤：(a)分析患者的CRP水平；和(b)如果CRP水平高于CRP的阈值水平，则向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸。另外，所述方法还可以包括以下步骤：(c)在所述施用步骤，即步骤(b)之后分析患者的CRP水平；和(d)如果CRP水平高于CRP的正常水平，则向患者施用大于或等于初始剂量的后续剂量。或者，如果在步骤(d)中CRP水平低于步骤(c)中确定的CRP的正常水平，则步骤(d)包括向患者施用等于或小于初始剂量的后续剂量。在一些实施例中，如果CRP水平高于CRP的正常水平，则该方法包括向患者施用大于初始剂量的后续剂量的步骤。在一些实施例中，如果CRP水平低于CRP的正常水平，则该方法包括向患者施用小于初始剂量的后续剂量的步骤。在一些情况下，如果在步骤(d)中施用的后续剂量等于或大于最大耐受剂量(MTD)，则该方法包括终止治疗的步骤。
可以在施用步骤(b)后在不同的时间点分析CRP的水平。例如，在一些实施例中，在施用步骤(b)后，在所述施用步骤之后至少1天、至少3天、至少5天、至少1周、至少2周、至少3周、至少1个月、至少2个月、至少4个月或至少6个月分析CRP的水平。在一些实施例中，在所述施用步骤后立即分析CRP的水平。在其它实施例中，在所述施用步骤后约7天、约10天、约15天、约20天、约25天或约28天分析CRP水平。
可以基于数值参考值或相对于健康对照组中的CRP水平确定CRP的正常水平。例如，在一些实施例中，CRP的正常水平为约0.01mg/L、约0.05mg/L、约0.1mg/L、约0.2mg/L、约0.3mg/L、约0.4mg/L、约0.5mg/L、约0.6mg/L、约0.7mg/L、约0.8mg/L、约0.9mg/L、约1.0mg/L、约1.5mg/L、约2.0mg/L、约2.5mg/L、或约3.0mg/L。在本发明的其他实施例中，CRP的正常水平定义为健康对照组中CRP的中位水平。可以基于与患者的遗传背景、习惯和身体属性相关的各种标准相匹配的同一组标准来定义健康对照组。例如，在一些实施例中，健康对照组和患有IBD的患者在年龄、性别、种族起源、吸烟习惯、饮食习惯、体重指数(BMI)、消遣性毒品的吸食、医疗药物使用、与IBD相关的药物使用、和/或运动习惯相匹配。可以在患者和对照组之间匹配的其他因素包括但不限于临床标准(例如，CDAI分值、Mayo分值、IBD相关症状的严重性)、代谢、IBD患者的个人疾病史、遗传因子、IBD患者家族疾病史、暴露于环境因素(例如污染物、毒素、过敏原)、和生活方式(例如，城市、郊区、或农村的工作场所和/或住所)。
患者的CRP水平和CRP阈值水平的差异表明患者对抗SMAD7疗法的潜在响应性。例如，相对于正常CRP水平升高的CRP阈值水平表明患者可能对抗SMAD7疗法有响应。可以使用不同的标准来建立CRP的阈值水平。在一些实施例中，相对于对照组中的正常CRP水平(例如中位CRP水平)确定CRP的阈值水平。对照组可以由健康/正常受试者(例如，健康对照组)或IBD患者组组成。例如，在一些实施例中，CRP阈值水平比正常水平高至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少8倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少50倍、至少80倍或至少100倍。在其它实施例中，CRP阈值水平相对于一组IBD患者的CRP水平(例如中位CRP水平)在第50百分位数、第60百分位数、第70百分位数、第80百分位数或第90百分位数。在一些实施例中，CRP的水平低于3mg/L。另外，在一些实施例中，CRP的阈值水平大于0.5mg/L、大于1.0mg/L、大于1.5mg/L、大于2.0mg/L、大于2.5mg/L、大于3.0mg/L、大于3.5mg/L、大于4.0mg/L、大于4.5mg/L、大于5.0mg/L、大于7.5mg/L或大于10mg/L。在一些实施例中，CRP的阈值水平为约0.5mg/L、约1.0mg/L、约1.5mg/L、约2.0mg/L、约2.5mg/L、约3.0mg/L、约3.5mg/L、约4.0mg/L、约4.5mg/L、约5.0mg/L、约7.5mg/L或约10mg/L。在一些实施例中，CRP的水平在0.5mg/L和3mg/L之间、1mg/L和3mg/L之间、1.5mg/L和3mg/L之间、2mg/L和3mg/L之间、或2.5mg/L和3mg/L之间。
在本发明的各种实施例中，施用于患有IBD的患者的SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量可以变化。例如，在一些实施例中，施用于患有IBD的患者的SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量小于500mg/天、小于400mg/天、小于300mg/天、小于200mg/天、小于100mg/天、小于90mg/天、小于80mg/天、小于70mg/天、小于60mg/天、小于50mg/天、小于40mg/天、小于30mg/天、小于20mg/天或小于10mg/天。或者，在其它实施例中，初始剂量为至少1mg/天、至少5mg/天、至少10mg/天、至少20mg/天、至少30mg/天、至少40mg/天、至少50mg/天、至少60mg/天、至少70mg/天、至少80mg/天，至少90mg/天、至少100mg/天、至少200mg/天、至少300mg/天、至少400mg/天或至少500mg/天。在其它实施例中，初始剂量为约1mg/天、约5mg/天、约10mg/天、约20mg/天、约30mg/天、约40mg/天、约50mg/天、约60mg/天、约70mg/天、约80mg/天、约90mg/天、约100mg/天、约200mg/天、约300mg/天、约400mg/天或约500mg/天。在一些实施例中，初始剂量为5mg/天、10mg/天、20mg/天、30mg/天、40mg/天、50mg/天、60mg/天、70mg/天、80mg/天、90mg/天、100mg/天、110mg/天、120mg/天、130mg/天、140mg/天、150mg/天、160mg/天、170mg/天、180mg/天、190mg/天或200mg/天。
在本发明的一些实施例中，在步骤(b)或(c)中分析患者的CRP水平后，如果CRP水平高于CRP的正常水平，则所述方法可以包括向患者施用大于初始剂量的后续剂量。在一些实施例中，在步骤(b)或(c)中分析患者的CRP水平后，如果CRP水平低于CRP的正常水平，则所述方法可以包括向患者施用小于初始剂量的后续剂量。
本发明还提供了基于患有IBD的患者的CRP水平，相对于SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量确定SMAD7反义寡核苷酸的后续剂量的水平的方法。例如，在本文所述的本发明的实施例中，如果患有IBD的患者的CRP水平在初始给药步骤(a)或(b)之后高于正常水平，则在步骤(c)或(d)施用的后续剂量是比初始剂量大至少约5mg/天、约10mg/天、至少约20mg/天、至少约30mg/天、至少约40mg/天、至少约50mg/天，至少约60mg/天、至少约70mg/天、至少约80mg/天、至少约90mg/天、至少约100mg/天、至少约110mg/天、至少约120mg/天、至少约130mg/天、至少约140mg/天、至少约150mg/天、至少约160mg/天、至少约170mg/天、至少约180mg/天、至少约190g/天或至少约200mg/天。
或者，在一些实施例中，如果初始给药步骤(a)或(b)后患有IBD的患者的CRP水平低于正常水平，则在步骤(c)或(d)中施用的后续剂量是比初始剂量少至少约5mg/天、至少约10mg/天、至少约20mg/天、至少约30mg/天、至少约40mg/天、至少约50mg/天、至少约60mg/天、至少约70mg/天、至少约80mg/天、至少约90mg/天或至少约100mg/天。此外，在一些实施例中，在初始施用步骤(a)或(b)中施用的初始剂量为约10mg/天至100mg/天之间、约5mg/天至200mg/天之间、约10mg/天至50mg/天之间、约50mg/天和100mg/天之间、和约100mg/天至约200mg/天之间，并且在步骤(c)或(d)中施用的后续剂量为约30mg/天至200mg/天之间、约5mg/天至30mg/天之间、约20mg/天至50mg/天之间、约50mg/天至100mg/天之间、和约100mg/天至200mg/天之间。
本发明还提供了基于在初始施用步骤之前和之后患者CRP的相对水平的比较来调节患有IBD的患者的用SMAD7反义寡核苷酸的治疗的方法。该方法包括以下步骤：(a)分析患者的CRP水平；和(b)如果CRP的水平高于上述CRP的正常水平，则向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸；(c)在所述施用步骤之后分析患者的CRP水平；和(d)如果在所述施用步骤后CRP水平低于在所述施用步骤之前的CRP水平，则向患者施用与初始剂量相同或小于初始剂量的后续剂量。或者，在步骤(d)中，如果在所述施用步骤(即步骤(b))之后CRP水平与所述施用步骤之前的CRP水平相比不变或增加，则步骤(d)包括向患者施用大于初始剂量的后续剂量或终止治疗。或者，在步骤(d)中，如果患者处于临床缓解期并且在所述施用步骤(即步骤(b))之后CRP水平与所述施用步骤之前的CRP水平相比不变或增加，则步骤(d)包括终止治疗。
根据本发明的方法，可以将初始(SMAD7反义寡核苷酸的)施用步骤之后观察到的CRP水平与施用步骤之前的CRP水平相比较的变化，例如作为CRP水平的百分比变化，确定待施用于IBD患者的SMAD7反义寡核苷酸的后续剂量的量。例如，在一些实施例中，与所述施用步骤之前的CRP水平相比，在所述施用步骤(例如，施用步骤(b))后，如果CRP水平减少至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，则所述方法包括向患者施用与初始剂量相同或小于初始剂量的后续剂量的步骤(例如，施用步骤(d))。
本发明还提供了基于CRP水平的比较，例如基于SMAD7反义寡核苷酸治疗前和治疗后CRP水平变化百分比的比较，确定患有IBD的患者在用SMAD7反义寡核苷酸治疗后将经历临床缓解期的概率的方法。例如，在一些实施例中，如果在施用步骤(例如，施用步骤(b))后的CRP水平与施用步骤前的CRP水平相比降低至少5％、至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或至少95％，本文所述的方法还包括确定患有IBD的患者具有大于10％、大于20％、大于30％、大于40％、大于50％、大于60％、大于70％、大于80％、大于90％或大于100％的机会在持续至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少6周或至少8周的时间段内经历IBD的临床缓解期的步骤。
如本文所述的临床缓解可以通过与参考值(例如克罗恩病活动指数(CDAI))比较来确定。在本发明的一些实施例中，患有IBD的患者的临床缓解由小于150的CDAI分值(CDAI<150)表示。
在本发明的一些实施例中，在施用SMAD7反义寡核苷酸的给定时间点或给定时间范围内可以观察到临床缓解或患者CDAI分值。例如，在一些实施例中，在施用步骤(例如，施用步骤(b))后约1天、约3天、约1周、约2周、约3周、约4周、约6周、约8周或约10周观察到临床缓解，并维持至少3天、至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少6周、至少8周、或至少10周。类似地，本发明的一些实施例包括确定患有IBD的患者有机会经历IBD的临床缓解期的方法，其中在施用步骤(例如，给药步骤(b))之前一周，患有IBD的患者的CDAI为约220至约400、约150至约200、约200至约250、约250至约300、约300至约350、约350至约400、约400至约450、或大于约450。
在一些实施例中，本发明提供治疗或控制具有高于CRP的正常水平的患者的IBD的方法，其中所述方法包括向所述患者施用一剂量的SMAD7反义寡核苷酸。此外，在一些实施例中，本发明提供了用于治疗或控制在施用一剂量的SMAD7反义寡核苷酸后具有高于正常CRP水平的患者的IBD的方法，其中向患者施用大于或等于在先剂量的另一剂量的SMAD7反义寡核苷酸。类似地，在一些实施例中，本发明提供了用于治疗或控制在施用一剂量的SMAD7反义寡核苷酸后具有低于正常CRP水平的IBD患者的IBD的方法。在后一种情况下，该方法将包括向患者施用小于或等于在先剂量的另一剂量的SMAD7反义寡核苷酸。在一些实施例中，重复向患者施用SMAD7反义寡核苷酸，直到生物标志物，例如IL8、CRP或TNFα，的水平达到正常水平；患者达到小于150的CDAI分值；或患者实现临床缓解。
本发明还提供治疗或控制具有高于CRP的正常水平的患者的IBD的方法，其中向患者施用的SMAD7反义寡核苷酸的量增加，直到患者的CRP水平降低。在这样的实施例中，施用于患者的SMAD7反义寡核苷酸的水平可以被增加，直到患者的CRP水平降低至大约CRP的正常水平或低于CRP的正常水平。
在一些实施例中，本发明提供了监测治疗或控制IBD患者的IBD的方法，其包括在每次SMAD7反义寡核苷酸施用后分析患者的CRP水平。利用这些方法，CRP水平没有降低表明治疗或控制是无效的。在这样的实施例中，CRP水平可以在每次施用SMAD7反义寡核苷酸之后分析一次或多次，例如两次、三次、四次、约五次、约10次、约15次、约20次或约30次。此外，测量CRP水平的时间可以相对于SMAD7寡核苷酸施用的时间而变化，使得可以在SMAD7反义寡核苷酸施用后立即、约1小时后、约3小时后、约6小时后、约12小时后、约1天后、约3天后、约1周后、约2周后和/或约1个月后分析CRP水平。
为了使用本文所述的方法确测定患有IBD的患者的生物标志物或分析物(例如CRP)的水平，可以从患者获得样品。因此，在本发明的一些实施例中，在从患有IBD的患者获得的样品中测定患有IBD的患者的CRP水平。除了CRP之外或除了CRP之外的分析物，例如但不限于肿瘤坏死因子α(TNFα)和白细胞介素8(IL8)，也可以在本发明的方法中确定。因此，在本发明的一些实施例中，该方法包括确定患有IBD的患者的一种以上另外的分析物的一个水平或多个水平。CRP的分析物包括由NCBI参考序列：NG 013007.1描述的CRP基因的或CRP基因衍生的RNA、DNA和蛋白质产物。TNFα的分析物包括由NCBI参考序列：NG_007462.1描述的TNFa基因的或TNFa基因衍生的RNA、DNA和蛋白质产物。IL8的分析物包括由NCBI参考序列：NG 029889.1描述的IL8基因的或IL8基因衍生的RNA、DNA和蛋白质产物。
包含从患有IBD的患者获得的目标分析物(例如，TNFα、CRP和/或IL8)的样品可以包括血液、血清或血浆样品。样品还可以包括组织样品，诸如但不限于组织、胃肠、粘膜、粘膜下、肠、食道、回肠、直肠或淋巴样品。可以使用各种测定来确定来自患有IBD的患者的样品中目标分析物的水平。例如，在本发明的方法中，可以通过免疫化学，例如通过酶联免疫吸附测定(ELISA)或通过核苷酸分析来确定CRP和/或一种以上另外的分析物的水平。
本发明的方法包括治疗和控制各种形式的IBD的方法。例如，本发明包括用于治疗和控制IBD的方法，其中IBD是克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC)。本发明还提供了用于治疗不同类型的IBD患者的方法，包括例如但不限于作为具有活性CD的类固醇依赖性患者和具有活性CD的类固醇抵抗性患者的IBD患者。
应当理解，在本文所述的本发明方法中向患有IBD的患者施用的SMAD7反义寡核苷酸可以通过各种施用途径施用。在各种实施例中，SMAD7反义寡核苷酸可以通过一种以上途径施用，包括口服、局部、非肠道(例如通过皮下注射)、通过吸入喷雾、或直肠施用。本文所用的术语“非肠道”包括皮下注射、胰内施用、静脉内、肌内、腹膜内、胸骨内注射或输液技术。在优选的实施例中，SMAD7反义寡核苷酸可以口服施用于患有IBD的患者。
预期的发明提供了包括施用能够靶向SMAD7的RNA以降解、干扰RNA剪接或阻止SMAD7基因表达或蛋白质翻译的SMAD7反义寡核苷酸的方法。本发明预期的SMAD7反义寡核苷酸可以靶向人SMAD7 mRNA的各个区域进行结合。例如，SMAD7反义寡核苷酸可以靶向人SMAD7 mRNA(SEQ ID NO:2)的核苷酸108-128。在一些实施例中，SMAD7反义寡核苷酸可以靶向人SMAD7序列(SEQ ID NO:2)的核苷酸403、核苷酸233、核苷酸294、核苷酸295、核苷酸296、核苷酸298、核苷酸299或核苷酸533。人SMAD7 mRNA序列是NCBI参考序列：NM_005904.3(SEQ ID NO:2)的序列。
预期的SMAD7反义寡核苷酸的序列可以选自能够靶向SMAD7 RNA的多个序列。例如，在本发明的一些实施例中，SMAD7反义寡核苷酸包含SEQ ID NO:3(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')的核苷酸序列。在本发明的一些实施例中，反义寡核苷酸是适合递送至患者的细胞的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，即其中至少一些核苷间键是硫代磷酸酯键的寡核苷酸。另外，本发明的反义寡核苷酸可以包括修饰的核苷酸，例如，含有修饰的碱基的核苷酸，例如，如5-甲基-2'-脱氧胞苷。例如，在一些实施例中，反义寡核苷酸是包含以下序列的针对SMAD7的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ IDNO:4)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键。在一些实施例中，反义寡核苷酸是包含以下序列的针对SMAD7的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是包含5-甲基-2'-脱氧胞苷的核苷酸，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键。在一些实施例中，SMAD7反义寡核苷酸可以是由化学文摘社(CAS)条目定义的反义寡核苷酸，例如但不限于CAS登记号(RN)1443994-98-6或CAS RN1443994-46-4。在一个具体的实施例中，预期的反义寡核苷酸是包含SEQ ID NO:1的反义寡核苷酸，其中20个核苷间键合中的每一个是O,O连接的硫代磷酸酯键，在本文中称为“Mongersen”。
本发明还基于使用针对SMAD7的反义疗法和一种以上进一步的疗法的组合治疗患有IBD的患者的方法开发。在具体的实例中，进一步的疗法可以是氨基水杨酸、抗生素、皮质类固醇、免疫调节剂或炎性细胞因子拮抗剂。组合疗法的施用可以导致协同的益处，其可以导致改善的患者结果、减少副作用、允许更低的剂量、或允许被施用的一种以上治疗试剂的较低的施用频率或较短的施用持续时间。这些方法还可降低对独立治疗的抗性(例如类固醇抗性)。
因此，一方面，本发明的特征在于用于治疗或控制患有IBD的患者的IBD(例如，克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC))的方法。所述方法包括向患者施用包含SMAD7反义寡核苷酸和一种以上附加的治疗试剂的试剂组合，其中所述试剂以治疗有效量一起施用。在某些实施例中，所述组合不是由(a)Mongersen和美沙拉嗪、(b)Mongersen和布地奈德、(c)Mongersen、美沙拉嗪和布地奈德、或(d)Mongersen和全身施用的皮质类固醇组成。所述一种以上附加的治疗试剂可以选自由氨基水杨酸、抗生素、类固醇、抗炎细胞因子试剂和免疫调节剂组成的组。氨基水杨酸可以是美沙拉嗪或可以选自5-氨基水杨酸、柳氮磺吡啶、巴柳氮、奥沙拉嗪和美沙拉嗪。
抗生素可以选自由青霉素、头孢菌素、多粘菌素、利福平、喹诺酮、磺胺、大环内酯、林可酰胺、四环素、氨基糖苷、环脂肽、甘氨酰环素、恶唑烷酮、和lipiarmycin所组成的组。在其它实施例中，抗生素是环丙沙星或甲硝唑，或选自由红霉素、克林霉素、庆大霉素、麦克替林、磺胺醋酰、过氧化苯甲酰、环丙沙星、利福昔明、利福布汀、氯法齐明、克拉霉素、阿奇霉素、异烟肼、妥布霉素、阿莫西林、四环素、替硝唑、万古霉素、达托霉素、替加环素(tigecycline)、利奈唑胺、非达霉素和甲硝唑所组成的组。
类固醇可以是皮质类固醇，例如选自由布地奈德、地塞米松、倍他米松、巯氢可的松特戊酸酯(tixocortol pivalate)、曲安奈德、莫米松、安西缩松、地奈德、氟轻松醋酸酯、哈西奈德、氟可龙、氢化可的松、丙酸氟替卡松、糠酸莫米松、强的松、泼尼松龙、二丙酸倍氯米松、氟尼缩松、和甲基泼尼松龙所组成的组。在具体的实施例中，皮质类固醇包括布地奈德、地塞米松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、泼尼松龙、或强的松。患者可以施用口服剂量小于40mg/天或40mg/天的泼尼松龙或小于9mg/天或9mg/天的布地奈德。
免疫调节剂可以是免疫抑制剂，例如硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤、环孢菌素A、更生霉素、蒽环霉素、丝裂霉素C、博来霉素、光辉霉素、他克莫司、米托蒽醌、环磷酰胺、麦考酚酸酯、雷帕霉素、米诺环素、或甲氨蝶呤。炎性细胞因子拮抗剂可以选自由肿瘤坏死因子(TNF)拮抗剂(例如英夫利昔单抗、阿达木单抗、塞妥珠单抗、戈利木单抗、依那西普、己酮可可碱和安非他酮)和白细胞介素10(IL10)拮抗剂所组成的组。
患者可能对IBD治疗有抗性或可能是类固醇抗性的。SMAD7反义寡核苷酸和/或一种以上附加治疗试剂可以口服施用。施用的SMAD7反义寡核苷酸的量可以低于当作为独立疗法施用时SMAD7反义寡核苷酸的治疗有效量。在其它实施例中，所施用的一种以上附加的试剂的量可以低于当作为独立疗法施用时一种以上附加的试剂的治疗有效量。该方法还可以包括在向患者施用组合物之前，向患者施用单独的治疗有效剂量的SMAD7反义寡核苷酸或单独的治疗有效剂量的一种以上附加的治疗试剂一段时间(例如，其中所述一段时间足以使患有IBD的患者经历IBD症状的减轻或经历缓解期)。
SMAD7反义寡核苷酸和一种以上附加的治疗试剂可以同时施用(例如，以单位剂型组合施用或可以以单独的单位剂型施用)。在其他实施例中，顺序施用SMAD7反义寡核苷酸和一种以上附加的治疗试剂。在其它实施例中，患有IBD的患者正在进行IBD治疗，包括在接受SMAD7反义寡核苷酸的第一次施用之前施用一种以上附加的治疗试剂。在其它实施例中，患有IBD的患者正经历IBD治疗，包括在接受一种以上附加的治疗试剂的第一次施用之前施用SMAD7反义寡核苷酸。
患有IBD的患者可以是具有活性CD的类固醇依赖性患者或具有活性CD的类固醇抗性患者。
在某些实施例中，如果患有IBD的患者在接受SMAD7反义寡核苷酸一段时间后经历疾病恶化，则向患者施用利用生物制剂和/或免疫抑制药物(例如本文所述的任何治疗)的挽救治疗(例如，其中所述一段时间为约1周、约2周、约3周或约4周，并且疾病恶化包括克罗恩病活动指数(CDAI)的分值增加≥70分)。
在某些实施例中，如果患有IBD的患者在接受一剂量的SMAD7反义寡核苷酸和一剂量的一种以上附加的治疗活性剂一段时间之后经历缓解期，则SMAD7的剂量或附加的反义寡核苷酸的剂量在后续施用时减少(例如减少本文所述的量)(例如，其中一段时间为约14天或约28天且缓解其包括<150的CDAI)。
可以以10mg/天至约300mg/天(例如，约10mg/天、约20mg/天、约30mg/天、约40mg/天、约50mg/天、约60mg/天、约70mg/天、约80mg/天、约90mg/天、约100mg/天、约110mg/天、约120mg/天、约130mg/天、约140mg/天、约150mg/天、约160mg/天、约170mg/天、约180mg/天、约190mg/天、约200mg/天、约210mg/天、约220mg/天、约230mg/天、约240mg/天、约250mg/天、约260mg/天、约270mg/天、约280mg/天、约290mg/天、或约300mg/天)向患有IBD的患者施用SMAD7反义寡核苷酸。在具体实施例中，剂量为约40mg/天、约80mg/天或约160mg/天。
SMAD7反义寡核苷酸可以是多种SMAD7反义寡核苷酸。SMAD7反义寡核苷酸可以口服施用于患者。所述一种以上附加的治疗试剂可以口服、非肠道、直肠、静脉内、局部或通过吸入喷雾施用。SMAD7反义寡核苷酸可靶向人SMAD7的区域108-128(GCTGCGGGGAGAAGGGGCGAC SEQ ID NO:7)。SMAD7反义寡核苷酸可以靶向人SMAD7(SEQ IDNO:2；其代表NM_005904.3的编码序列CDS(288-1568)、智人SMAD家族成员7(SMAD7)、转录物变体1、mRNA；本文提供的SMAD7反义寡核苷酸可以靶向具有SEQ ID NO:2的核苷酸序列的DNA和其中T被U替换的SEQ ID NO:2的相应RNA)的核苷酸403、233、294、295、296、298、299或533。SMAD7反义寡核苷酸可以包括SEQ ID NO:3(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')的核苷酸序列。SMAD7反义寡核苷酸可以是针对SMAD7的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，包括以下序列：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ ID NO:4)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键。
SMAD7反义寡核苷酸可以是针对SMAD7的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，包括以下序列：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键(例如，根据化学文摘社登记号(CAS RN)1443994-98-6或CASRN 1443994-46-4的反义寡核苷酸)。
在其它方面，本发明的特征在于用于治疗IBD的系统或试剂盒，其包括治疗有效量的SMAD7反义寡核苷酸(例如，上文或本文所述的那些中的任一种)和治疗有效量的一种以上附加的治疗试剂(例如，上文或本文所述的那些中的任一种)。
在另一方面，本发明的特征在于用于治疗IBD的药物组合物，其包括治疗有效量的SMAD7反义寡核苷酸(例如，任何上述或本文所述的那些)、治疗有效量的一种以上附加的治疗试剂(例如，任何上述或本文所述)、和药学上可接受的佐剂和/或赋形剂。药物组合物可以是单位剂型(例如，具有甲基丙烯酸-丙烯酸乙酯共聚物包衣的片剂)。药物组合物可以用于口服给药。药物可以包括：靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的区域108-128的SMAD7反义寡核苷酸；靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的核苷酸403、233、294、295、296、298、299或533的SMAD7反义寡核苷酸；包含核苷酸序列SEQ ID NO:3(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')的SMAD7反义寡核苷酸；包括以下序列的SMAD7反义寡核苷酸：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ IDNO:4)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键；或SMAD7反义寡核苷酸是针对SMAD7的反义寡核苷酸硫代磷酸酯，包括以下序列：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键(例如，根据化学文摘社登记号(CAS RN)1443994-98-6或CAS RN1443994-46-4的反义寡核苷酸)。一种以上附加的治疗试剂可以包括氨基水杨酸、抗生素、类固醇、肿瘤坏死因子(TNF)拮抗剂或免疫调节剂。
在任何上述方面的某些实施例中，药剂的组合不是(即，不仅由其组成)或不包括：(a)Mongersen和美沙拉嗪、(b)Mongersen和布地奈德、(c)Mongersen、美沙拉嗪和布地奈德、和(d)Mongersen和全身施用的皮质类固醇。在其它实施例中，试剂的组合不包括全身施用的皮质类固醇、布地奈德或美沙拉嗪。
在任何上述方面的某些实施例中，其它疗法不是或不包括一种以上类固醇、一种以上免疫调节剂、和/或美沙拉嗪。在一些实施例中，抗SMAD7疗法(例如，Mongersen)不与下列一起施用：仅一种以上类固醇；仅一种以上免疫调节剂；仅美沙拉嗪；仅一种以上类固醇和一种以上免疫调节剂；仅一种以上类固醇和美沙拉嗪；或仅一种以上免疫调节剂和美沙拉嗪。在某些实施例中，免疫调节剂不是或不包括硫唑嘌呤、巯嘌呤、甲氨蝶呤、环孢菌素A、和他克莫司。在其它实施例中，类固醇不是或不包括皮质类固醇，例如，不是或不包括强的松、地塞米松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、强的松和布地奈德。在一些实施例中，附加的疗法不是或不包括水杨酸盐或柳氮磺吡啶。
在本发明的一个方面，提供了用于治疗或控制患有IBD的患者的炎症性肠病(IBD)的SMAD7反义寡核苷酸。优选地，治疗或管理的方法包括向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸；分析所述患者的CRP水平，并且如果CRP水平高于CRP的正常水平，则向患者施用大于或等于SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸，或如果CRP水平低于CRP的正常水平，则向患者施用等于或小于SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸。或者，治疗或管理的方法包括在施用SMAD7反义寡核苷酸之前分析患者的CRP水平，并且如果CRP水平高于CRP的阈值水平，则施用SMAD7反义寡核苷酸。优选地，如果CRP的水平高于CRP的正常水平，则治疗或管理的方法包括向患者施用大于或等于SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量的后续剂量，或者如果CRP的水平低于CRP的正常水平，所述方法包括向患者施用等于或小于SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸。CRP的正常和阈值水平如所述。初始剂量和后续剂量如所述。还优选地，治疗或管理的方法还包括在SMAD7反义寡核苷酸的施用步骤之后分析患者的CRP水平；并且如果在所述SMAD7反义寡核苷酸的施用步骤之后CRP的水平低于所述施用步骤之前的CRP水平，则向患者施用与SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量相同的或小于该初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸的后续剂量，或者如果在所述施用步骤之后CRP的水平与所述施用步骤之前的CRP水平相比不变或增加，则向患者施用与初始剂量相同或大于SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸，或终止治疗。SMAD7反义寡核苷酸如所述。
在本发明的另一方面，提供了用于治疗或控制患有IBD的患者的IBD的SMAD7反义寡核苷酸，其中治疗或管理包括同时或相继施用所述SMAD7反义寡核苷酸与治疗有效量的一种以上的附加的治疗试剂，其中所述试剂选自由氨基水杨酸、抗生素、类固醇、抗炎细胞因子试剂和免疫调节剂所组成的组。
在本发明的另一方面，提供了包含SMAD7反义和治疗有效量的一种以上的附加的治疗试剂的组合，用于治疗或控制患有IBD的患者的IBD，其中所述组合不包含：(a)Mongersen和美沙拉嗪、(b)Mongersen和布地奈德、(c)Mongersen、美沙拉嗪和布地奈德、或者(d)Mongersen和全身施用的皮质类固醇。优选地，一种以上的附加的治疗试剂选自由氨基水杨酸、抗生素、类固醇、抗炎细胞因子试剂和免疫调节剂所组成的组。
说明性实施例
1.一种治疗循环CRP浓度大于3mg/升的受试者的IBD的方法，所述方法包括：
a.向受试者施用至少一种抗SMAD7疗法。
2.如实施例1的方法，包括：在步骤(a)之前，测量受试者的循环CRP浓度。
3.如实施例2的方法，包括在步骤(a)之后，测量受试者的循环CRP浓度，以确定循环CRP浓度是否发生任何变化。
4.一种用于降低患有IBD的受试者的CRP水平的方法，所述方法包括：
a.向受试者施用至少一种抗SMAD7疗法。
5.如实施例4的方法，包括：在步骤(a)之前，测量受试者的循环CRP浓度。
6.如实施例5的方法，包括：在步骤(a)之后，测量受试者的循环CRP浓度，从而确定循环CRP浓度是否发生了任何变化。
7.如实施例2-3或5-6中任一项所述的方法，其中通过从受试者采集样品来测量循环CRP浓度。
8.一种监测患有IBD的受试者对用至少一种抗SMAD7疗法的治疗的响应性的方法，所述方法包括：
a.确定从所述受试者获得的至少一个样品中的CRP的浓度；和
b.将样品中的CRP浓度与CRP的对照水平进行比较；
c.其中所述样品中的CRP浓度的降低表明所述受试者可能响应于所述抗SMAD7疗法或对所述抗SMAD7疗法有响应。
9.如实施例8的方法，包括，在步骤(a)之前，包括对受试者施用至少一种抗SMAD7疗法。
10.如实施例8或9的方法，包括：在步骤(b)之后，对受试者施用至少一种抗SMAD7疗法。
11.如实施例8所述的方法，其中当获得样品时，所述受试者正在接受至少一种抗SMAD7疗法。
12.如实施例7-11中任一项所述的方法，其中所述样品中CRP的量的减少表明所述受试者可能进入缓解期。
13.如实施例7-11中任一项所述的方法，其中所述样品中CRP的量的减少表明所述受试者已经进入缓解期。
14.如实施例7-11中任一项所述的方法，其中样品中CRP的量的减少与受试者的小于约150的CDAI分值相符合。
15.如实施例14所述的方法，其中所述CDAI分值在受试者中维持至少1天。
16.如实施例14所述的方法，其中所述CDAI分值在受试者中维持至少1周。
17.如实施例14所述的方法，其中所述CDAI分值在受试者中维持至少2周。
18.如实施例15-17中任一项所述的方法，其中在停止用抗SMAD7疗法的治疗后约1天可观察到所述CDAI分值。
19.如实施例15-17中任一项所述的方法，其中在停止用抗SMAD7疗法的治疗后约2周可观察到所述CDAI分值。
20.如实施例15-17中任一项所述的方法，其中在停止用抗SMAD7疗法的治疗后约10周可观察到所述CDAI分值。
21.如实施例15-17中任一项所述的方法，其中在停止用抗SMAD7疗法的治疗后约1天和约2周可观察到所述CDAI分值。
22.如实施例7-21中任一项所述的方法，其中所述样品中CRP的量的降低与所述受试者中约70至约100的CDAI分值的降低相符合。
23.如实施例22所述的方法，其中在停止用抗SMAD7疗法的治疗后约1天可观察到所述CDAI分值的降低。
24.如实施例22所述的方法，其中在停止用抗SMAD7疗法的治疗后约2周可观察到所述CDAI分值的降低。
25.如实施例7-24中任一项所述的方法，其中所述样品是血液样品。
26.如实施例8-11中任一项所述的方法，其中CRP的对照水平大于或等于约3mg/升。
27.如实施例8-11中任一项所述的方法，其中样品中CRP的浓度小于约3mg/升。
28.如实施例8-11中任一项所述的方法，其中CRP的对照水平是在施用至少一种抗SMAD7疗法之前从患者获得的或在施用至少一种抗SMAD7疗法之后立即获得的CRP的基线水平。
29.如实施例7所述的方法，其中在步骤(a)后取自受试者的样品中的CRP浓度小于约3.0mg/升。
30.如实施例2-3或5-29中任一项所述的方法，其中通过免疫化学和/或通过核苷酸分析确定CRP的浓度。
31.如实施例30所述的方法，其中使用抗CRP抗体进行所述免疫化学。
32.如实施例30所述的方法，其中使用结合CRP核苷酸序列的寡核苷酸探针或能够通过聚合酶链反应扩增CRP序列的一对寡核苷酸引物进行核苷酸分析。
33.如实施例2-3或5-32中任一项所述的方法，在体外进行。
34.如实施例1-7或9-10中任一项所述的方法，其中所述抗SMAD7疗法是口服施用的。
35.前述实施例中任一项所述的方法，其中所述抗SMAD7疗法是抗SMAD7反义疗法。
36.如实施例35所述的方法，其中所述抗SMAD7反义疗法包含由SEQ ID NO:1表示的抗SMAD7反义寡核苷酸。
37.前述实施例中任一项所述的方法，其中所述抗SMAD7疗法是用于口服给药的药物片剂的形式，其包含：
a.晶内相，其包含由SEQ ID NO:1表示的反义寡核苷酸或其药学上可接受的盐和药学上可接受的填充剂；
b.包含崩解剂的晶外相；和
c.包含丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物的肠溶衣。
38.前述实施例中任一项所述的方法，其中所述IBD是CD和/或UC。
39.前述实施例中任一项所述的方法，其中所述IBD是CD。
40.实施例1-38中任一项所述的方法，其中所述IBD是UC。
41.前述实施例中任一项所述的方法，其中所述受试者是人类受试者。
42.前述实施例中任一项所述的方法，其中所述抗SMAD7疗法在免疫调节剂和/或美沙拉嗪之后或与其同时施用。
43.如实施例42所述的方法，进一步包括：施用类固醇。
44.一种包括用于测量CRP水平的试剂和用于测量CDAI分值的详细说明书的试剂盒。
45.如实施例44所述的试剂盒，其中用于测量CRP水平的试剂选自由抗CRP抗体、结合CRP核苷酸序列的寡核苷酸探针、和能够通过聚合酶链反应结合至CRP核苷酸序列并扩增CRP核苷酸序列的寡核苷酸引物组成的组。
46.如实施例44或45的试剂盒，其进一步包括缓冲液、试剂和用于测量CRP水平的详细说明书中的至少一种。
47.如实施例45所述的试剂盒，其中所述抗CRP抗体是针对CRP蛋白的一抗，并且所述试剂盒任选地进一步包括使用免疫化学和/或聚合酶链反应测量样品中的CRP水平的偶联报告酶的二抗、缓冲液、试剂和详细说明书。
48.一种治疗IBD的方法，包括在用免疫调节剂和/或美沙拉嗪治疗之后或同时向患者施用抗SMAD7疗法。
49.如实施例48所述的方法，进一步包括：施用类固醇。
50.如实施例48或49的方法，其中所述方法致使患者进入缓解期。
51.如实施例48或49的方法，其中所述方法致使受试者的CDAI分值小于150。
52.如实施例51所述的方法，其中所述CDAI分值在受试者中维持至少1天。
53.如实施例51所述的方法，其中所述CDAI分值在受试者中维持至少1周。
54.如实施例51所述的方法，其中所述CDAI分值在受试者中维持至少2周。
55.如实施例52-54中任一项所述的方法，其中在停止治疗后约1天可观察到所述CDAI分值。
56.如实施例52-54中任一项所述的方法，其中在停止治疗后约2周可观察到所述CDAI分值。
57.如实施例52-54中任一项所述的方法，其中在停止治疗后约10周可观察到所述CDAI分值。
58.如实施例52-54中任一项所述的方法，其中在停止治疗后约1天和约2周可观察到所述CDAI分值。
59.如实施例48-58中任一项所述的方法，其中所述方法致使受试者的CDAI分值值降低约70至约100。
60.如实施例59所述的方法，其中在停止治疗后约1天可观察到CDAI分值的降低。
61.如实施例59所述的方法，其中在停止治疗后约2周可观察到CDAI分值的降低。
62.如实施例48-61中任一项所述的方法，其中所述方法致使循环CRP水平小于约3mg/升。
63.如实施例48-62中任一项所述的方法，其中所述抗SMAD7疗法是口服施用的。
64.如实施例48-62中任一项所述的方法，其中所述抗SMAD7疗法是口服施用的，并且通过不同的途径施用所述免疫调节剂和/或美沙拉嗪。
65.如实施例64所述的方法，其中不同的途径是局部的、非肠道的、通过吸入喷雾的或直肠的。
66.如实施例48-65中任一项所述的方法，其中抗SMAD7疗法是抗SMAD7反义疗法。
67.如实施例66所述的方法，其中所述抗SMAD7反义疗法包含由SEQ ID NO:1表示的抗SMAD7反义寡核苷酸。
68.如实施例48-67中任一项所述的方法，其中所述抗SMAD7疗法是用于口服施用的药物片剂形式，其包含：
a.晶内相，其包含由SEQ ID NO:1表示的反义寡核苷酸或其药学上可接受的盐和药学上可接受的填充剂；
b.包含崩解剂的晶外相；和
c.包含丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物的肠溶衣。
69.如实施例48-68中任一项所述的方法，其中所述IBD是CD和/或UC。
70.如实施例69所述的方法，其中IBD是CD。
71.如实施例69所述的方法，其中IBD是UC。
72.如实施例48-71中任一项所述的方法，其中所述患者是人类患者。
73.一种用于治疗或控制患有IBD的患者的炎症性肠病(IBD)的方法，其中所述方法包括
a.向所述患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸；
b.分析患者中C反应蛋白(CRP)的水平；和
c.如果CRP水平高于CRP的正常水平，则向患者施用大于或等于初始剂量的后续剂量，或者如果CRP水平低于CRP的正常水平，则向患者施用等于或小于初始剂量的后续剂量。
74.一种用于治疗或控制患有IBD的患者的炎症性肠病(IBD)的方法，其中所述方法包括
a.分析患者的CRP水平；和
b.如果CRP的水平高于CRP的阈值水平，则向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸。
75.如实施例74所述的方法，其中CRP的阈值水平为正常水平的至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少8倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少50倍、至少80倍或至少100倍。
76.如实施例74所述的方法，其中CRP的阈值水平为在IBD患者组中的CRP水平的第50百分位数、第60百分位数、第70百分位数、第80百分位数或第90百分位数。
77.如实施例74-76中任一项所述的方法，其中CRP的水平低于3mg/L。
78.如实施例74所述的方法，其中CRP的阈值水平大于0.5mg/L、大于1.0mg/L、大于1.5mg/L、大于2.0mg/L、大于2.5mg/L、大于3.0mg/L、大于3.5mg/L、大于4.0mg/L、大于4.5mg/L或大于5.0mg/L。
79.如实施例74或78的方法，其中CRP的水平在0.5mg/L和3mg/L之间、1mg/L和3mg/L之间、1.5mg/L和3mg/L之间、2mg/L和3mg/L之间，或2.5mg/L和3mg/L之间。
80.如实施例74所述的方法，其中所述方法进一步包括：
a.(c)在所述施用步骤之后分析患者的CRP水平；和
b.(d)如CRP水平高于CRP的正常水平，则向患者施用大于或等于初始剂量的后续剂量，或者如CRP水平低于CRP的正常水平，则向所述患者施用具有等于或小于所述初始剂量的后续剂量。
81.如实施例74或实施例80所述的方法，其中如果CRP水平高于CRP的正常水平，则向患者施用大于初始剂量的后续剂量，如果CRP水平低于CRP的正常水平，则向患者施用或小于初始剂量的后续剂量。
82.如实施例80所述的方法，其中如后续剂量等于或大于最大耐受剂量(MTD)，则终止治疗。
83.如实施例80所述的方法，其中在所述施用步骤后至少1天、至少3天、至少5天、至少1周、至少2周、至少3周、至少1个月、至少2个月、至少4个月或至少6个月分析CRP水平。
84.如实施例80所述的方法，其中所述施用步骤之后立即分析CRP的水平。
85.如实施例80所述的方法，其中所述施用步骤后约15天或约28天分析CRP水平。
86.如实施例73或实施例74所述的方法，其中CRP的正常水平是健康对照组中CRP的中位水平。
87.如实施例86所述的方法，其中所述的健康对照组和患有IBD的患者在年龄、性别、种族起源、吸烟习惯、饮食习惯、体重指数(BMI)和/或运动习惯方面是匹配的。
88.如实施例73或实施例74所述的方法，其中CRP的正常水平为约0.1mg/L、0.2mg/L、0.3mg/L、0.4mg/L、0.5mg/L、0.6m/L、0.7mg/L、0.8mg/L、0.9mg/L或1.0mg/L。
89.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述初始剂量小于100mg/天、小于90mg/天、小于80mg/天、小于70mg/天、小于60mg/天、小于50mg/天、小于40mg/天或小于30mg/天。
90.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述初始剂量为至少10mg/天、至少20mg/天、至少30mg/天、至少40mg/天、至少50mg/天、至少60mg/天、至少70mg/天、至少80mg/天或至少90mg/天。
91.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述初始剂量为约10mg/天、约20mg/天、约30mg/天、约40mg/天、约50mg/天、约60mg/天、约70mg/天、约80mg/天、约90mg/天或约100mg/天。
92.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述初始剂量为10mg/天、40mg/天、80mg/天或160mg/天。
93.如实施例73或实施例80的方法，其中如果CRP水平高于正常水平，则后续剂量为大于初始剂量至少约10mg/天、至少约20mg/天、至少约30mg/天、至少约40mg/天、至少约50mg/天、至少约60mg/天、至少约70mg/天、至少约80mg/天、至少约90mg/天、至少约100mg/天、至少约110mg/天、至少约120mg/天、至少约130mg/天、至少约140mg/天、至少约150mg/天或至少约160mg/天。
94.如实施例73或实施例80的方法，其中如果CRP水平低于正常水平，则后续剂量小于初始剂量至少约10mg/天、至少约20mg/天、至少约30mg/天、至少约40mg/天、至少约50mg/天、至少约60mg/天、至少约70mg/天或至少约80mg/天。
95.如实施例73或实施例80所述的方法，其中所述初始剂量为约10mg/天至100mg/天之间，并且所述后续剂量为约30mg/天至200mg/天之间。
96.如实施例74所述的方法，其中所述方法进一步包括：
a.(c)在所述施用步骤之后分析患者的CRP水平；和
b.(d)如果在所述施用步骤之后的CRP水平低于在所述施用步骤之前的CRP水平，则向患者施用与初始剂量相同或小于初始剂量的后续剂量，或者如果与所述施用步骤之前的CRP水平相比，在所述施用步骤后CRP水平不变或增加，则向患者施用与初始剂量相同或大于初始剂量的后续剂量或终止治疗。
97.如实施例96所述的方法，其中如果患者处于临床缓解期，并且在所述施用步骤之后CRP水平与所述施用步骤之前的CRP水平相比不变或增加，则终止治疗。
98.如实施例96的方法，其中如果在所述施用步骤后CRP水平相比于所述施用步骤之前的CRP水平降低至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或至少70％，则向患者施用与初始剂量相同或小于初始剂量的后续剂量。
99.如实施例96所述的方法，进一步包括：如果所述施用步骤后的CRP水平与所述施用步骤之前的CRP水平相比降低至少10％、至少20％、至少30％、至少40％，至少50％、至少60％或至少70％，则确定患有IBD的患者具有大于20％、大于30％、大于40％、大于50％、大于60％、大于70％、大于80％、大于90％或大于100％的机会经历IBD的临床缓解期并持续至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少6周或至少8周的时间段。
100.如实施例99所述的方法，其中患有IBD的患者的临床缓解由克罗恩病活动指数(CDAI)<150表示。
101.如实施例99所述的方法，其中所述施用步骤后约1周、约2周或约3周观察到临床缓解，并维持至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少6周或至少8周的期间。
102.如实施例99所述的方法，其中所述患有IBD的患者在所述施用步骤之前一周的CDAI为约220至约400之间。
103.如实施例73或实施例74所述的方法，其中在从患有IBD的患者获得的样品中确定患有IBD的患者的CRP水平。
104.如实施例103所述的方法，其中所述样品是血液、血清或血浆样品。
105.如实施例73或实施例74所述的方法，其中通过免疫化学或通过核苷酸分析确定CRP的水平。
106.如实施例105所述的方法，其中通过酶联免疫吸附测定(ELISA)确定CRP的水平。
107.如实施例73或实施例74所述的方法，进一步包括确定患有IBD的患者中一种以上另外的分析物的水平。
108.如实施例107所述的方法，其中所述一种以上另外的分析物包括白细胞介素8(IL8)或肿瘤坏死因子α(TNFa)。
109.如实施例73或实施例74所述的方法，其中IBD是克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC)。
110.如实施例109所述的方法，其中所述患有IBD的患者是具有活动性CD的类固醇依赖性患者。
111.如实施例109所述的方法，其中所述患有IBD的患者是具有活动性CD的类固醇抗性患者。
112.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸口服施用于患有IBD的患者。
113.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的区域108-128。
114.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的核苷酸403、233、294、295、296、298、299或533。
115.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸包含SEQID NO:3(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')的核苷酸序列。
116.如实施例73或实施例74所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ ID NO:4)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中所述核苷间键是硫代磷酸酯键。
117.如实施例116所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中所述核苷间键是硫代磷酸酯键。
118.如实施例117所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是根据化学文摘社登记号(CAS RN)1443994-98-6或CAS RN1443994-46-4的反义寡核苷酸。
119.一种用于在施用一剂量的SMAD7反义寡核苷酸后治疗或控制具有高于正常CRP水平的IBD患者的IBD的方法，所述方法包括向所述患者施用另一剂量的所述寡核苷酸，其大于或等于在先剂量。
120.一种用于在施用一剂量的SMAD7反义寡核苷酸之后治疗或管理具有低于正常CRP水平的IBD的患者的IBD的方法，所述方法包括对所述患者施用小于或等于在先剂量的另一剂量的所述寡核苷酸。
121.一种治疗或控制具有高于正常CRP水平的IBD患者的IBD的方法，所述方法包括对所述患者施用一剂量的SMAD7反义寡核苷酸。
122.如实施例121所述的方法，其中重复施用直到IL8水平、CRP水平或TNFα水平达到正常水平。
123.如实施例121所述的方法，其中重复施用直到患者达到小于150的CDAI分值。
124.如实施例121所述的方法，其中重复施用直到患者实现临床缓解。
125.一种监测IBD患者的IBD的治疗或控制的方法，所述方法包括在每次SMAD7反义寡核苷酸施用后分析患者的CRP水平，其中不存在CRP水平降低表示治疗或控制是无效的。
126.如实施例125所述的方法，其中在每次施用SMAD7反义寡核苷酸后分析CRP水平一次、两次、三次、四次、约五次、约10次、约15次、约20次或约30次。
127.如实施例125所述的方法，其中在施用SMAD7反义寡核苷酸之后立即、约1小时后、约3小时后、约6小时后、约12小时后、约1天后、约3天后、约1周后、约2周后、和/或约1个月后分析所述CRP水平。
128.一种治疗或控制具有高于正常CRP水平的IBD患者的IBD的方法，包括增加对患者施用的SMAD7反义寡核苷酸的量，直到患者的CRP水平降低。
129.如实施例128所述的方法，其中CRP降低至约CRP的正常水平或低于CRP的正常水平。
130.一种用于治疗或控制患有IBD的患者的炎症性肠病(IBD)的方法，包括向所述患者施用包含SMAD7反义寡核苷酸和一种以上附加的治疗试剂的试剂组合，其中所述试剂以治疗有效量施用，其中所述组合不由(a)Mongersen和美沙拉嗪；(b)Mongersen和布地奈德；(c)Mongersen、美沙拉嗪和布地奈德或；(d)Mongersen和全身施用的皮质类固醇组成。
131.如实施例130所述的方法，其中所述一种以上附加的治疗试剂选自由氨基水杨酸、抗生素、类固醇、抗炎细胞因子试剂和免疫调节剂组成的组。
132.如实施例131所述的方法，其中所述一种以上附加的治疗试剂包括氨基水杨酸，其选自由5-氨基水杨酸、柳氮磺吡啶、巴柳氮、奥沙拉嗪和美沙拉嗪组成的组。
133.如实施例132所述的方法，其中所述氨基水杨酸包括美沙拉嗪
134.如实施例131所述的方法，其中所述一种以上附加的治疗试剂包括抗生素选自由青霉素、头孢菌素、多粘菌素、利福平、lipiarmycin、喹诺酮、磺酰胺、大环内酯物、林可霉素、四环素、氨基糖苷、环脂肽、甘氨酰环素、恶唑烷酮和lipiarmycin所组成的组。
135.如实施例131所述的方法，其中所述一种以上附加的治疗试剂包括选自由红霉素、克林霉素、庆大霉素、甲氯环素、磺胺醋酰、过氧苯甲酰、环丙沙星、利福昔明、利福布丁、氯苯吩嗪、克拉霉素、阿奇霉素、异烟肼、妥布霉素、利福昔明、阿莫西林、四环素、替硝唑、万古霉素、达托霉素、替加环素、利奈唑胺、非达霉素和甲硝唑所组成的组。
136.如实施例135所述的方法，其中所述抗生素包括环丙沙星或甲硝唑。
137.如实施例131的方法，其中所述类固醇是皮质类固醇。
138.如实施例137所述的方法，其中所述皮质类固醇选自由布地奈德、地塞米松、倍他米松、巯氢可的松特戊酸酯、曲安奈德、莫米松、安西缩松、地奈德、氟轻松醋酸酯、哈西奈德、氟可龙、氢化可的松、丙酸氟替卡松、糠酸莫米松、强的松、泼尼松龙、二丙酸倍氯米松、氟尼缩松和甲基泼尼松龙所组成的组。
139.如实施例137所述的方法，其中所述皮质类固醇包括布地奈德、地塞米松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、泼尼松龙或强的松。
140.如实施例139所述的方法，其中向患有IBD的患者施用小于或等于40mg/天的泼尼松龙或小于或等于9mg/天的布地奈德的口服剂量。
141.如实施例131的方法，其中所述免疫调节剂是免疫抑制剂。
142.如实施例141所述的方法，其中所述免疫抑制剂包括硫唑嘌呤、6-巯基嘌呤、环孢菌素A、更生霉素、蒽环霉素、丝裂霉素C、博来霉素、光辉霉素、他克莫司、米托蒽醌、环磷酰胺、麦考酚酸酯、雷帕霉素、米诺环素、或甲氨蝶呤。
143.如实施例131所述的方法，其中所述一种以上附加的治疗试剂包括选自由肿瘤坏死因子(TNF)拮抗剂和白细胞介素10(IL10)拮抗剂所组成的组中的炎性细胞因子拮抗剂。
144.如实施例143所述的方法，其中所述TNF拮抗剂选自由英夫利昔单抗、阿达木单抗、塞妥珠单抗、戈利木单抗、依那西普、己酮可可碱和安非他酮所组成的组。
145.如实施例130-144中任一项所述的方法，其中所述患者对IBD疗法有抗性。
146.如实施例130-145中任一项所述的方法，其中所述患者是类固醇抗性的。
147.如实施例130-146中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸和所述一种以上附加的治疗试剂是口服施用的。
148.如实施例130-147中任一项所述的方法，其中(a)施用的SMAD7反义寡核苷酸的量低于当作为独立疗法施用时SMAD7反义寡核苷酸的治疗有效量，或(b)施用的一种以上附加的试剂的量低于作为独立疗法施用时的一种以上附加的试剂的治疗有效量。
149.如实施例130-148中任一项所述的方法，其中在施用另一种SMAD7反义寡核苷酸或另一种一种以上附加的治疗试剂之前的第一时间段，将一种治疗有效剂量的SMAD7反义寡核苷酸单独施用于患者或将治疗有效剂量的一种以上附加治疗试剂中的一种单独施用于患者。
150.如实施例149所述的方法，其中所述时间段足以使患有IBD的患者经历IBD症状的减轻或经历缓解期。
151.如实施例130-150中任一项所述的方法，其中同时施用所述SMAD7反义寡核苷酸和所述一种以上附加的治疗试剂。
152.如实施例151所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸和所述一种以上附加的治疗试剂以单位剂型组合施用。
153.如实施例151所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸和所述一种以上附加的治疗试剂以分开的单位剂型施用。
154.如实施例130-150中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸在其他实施例中，顺序施用SMAD7反义寡核苷酸和一种以上附加的治疗试剂。
155.如实施例130-154中任一项所述的方法，其中患有IBD的患者经历IBD治疗，该IBD治疗包括在接受SMAD7反义寡核苷酸的第一次施用之前施用一种以上附加的治疗试剂。
156.如实施例130-154中任一项所述的方法，其中其中所述患有IBD的患者正经历IBD治疗，该IBD治疗包括在接受所述一种以上附加的治疗试剂的第一次施用之前施用所述SMAD7反义寡核苷酸。
157.如实施例130-156中任一项所述的方法，其中IBD是克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC)。
158.如实施例157所述的方法，其中所述患有IBD的患者是具有活性CD的类固醇依赖性患者。
159.如实施例157所述的方法，其中所述患有IBD的患者是具有活性CD的类固醇抗性患者。
160.如实施例130-159中任一项所述的方法，其中如果患有IBD的患者在接受第二时间段的SMAD7反义寡核苷酸之后经历疾病恶化，则将具有生物制剂和/或免疫抑制药物的挽救治疗施用于患者。
161.如实施例160所述的方法，其中所述时间段为约2周，并且所述疾病恶化包括≥70分的克罗恩氏病活性指数(CDAI)中的增加分值。
162.如实施例130-159中任一项所述的方法，其中如果患有IBD的患者在接受一剂量的SMAD7反义寡核苷酸和一剂量的一种以上附加的治疗活性剂后经历第三时间段的缓解期，则在后续施用中SMAD7的剂量或附加的反义寡核苷酸的剂量会减少。
163.如实施例162所述的方法，其中所述时间段为约14天或约28天，并且缓解期包括<150的CDAI。
164.如实施例130-163中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸以10mg/天至约300mg/天之间的剂量施用于患有IBD的患者。
165.如实施例164所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸以约10mg/天、约20mg/天、约30mg/天、约40mg/天、约50mg/天、约60mg/天、约70mg/天、约80mg/天、约90mg/天、约100mg/天、约110mg/天、约120mg/天、约130mg/天、约140mg/天、约150mg/天、约160mg/天、约170mg/天、约180mg/天、约190mg/天、约200mg/天、约210mg/天、约220mg/天、约230mg/天、约240mg/天、约250mg/天、约260mg/天、约270mg/天、约280mg/天、约290mg/天或约300mg/天的剂量施用。
166.如实施例165所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸以约40mg/天、约80mg/天或约160mg/天的剂量施用。
167.如实施例130-166中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是多种SMAD7反义寡核苷酸。
168.如实施例130-167中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸对患者口服施用。
169.如实施例130-167中任一项所述的方法，其中所述一种以上附加的治疗试剂为口服、非肠道、直肠、静脉内、局部或通过吸入喷雾施用。
170.如实施例130-169中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7的区域108-128(GCTGCGGGGAGAAGGGGCGAC；SEQ ID NO:7)。
171.如实施例130-169中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7 mRNA(SEQ ID NO:2)的核苷酸403、233、294、295、296、298、299或533。
172.如实施例130-169中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')。
173.如实施例130-169中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ ID NO:4)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键。
174.如实施例173所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键。
175.如实施例174所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是根据化学文摘社登记号(CAS RN)1443994-98-6或CAS RN 1443994-46-4的反义寡核苷酸。
176.如实施例130-175中任一项所述的方法，其中所述附加的治疗试剂不包含全身施用的皮质类固醇、布地奈德或美沙拉嗪。
177.一种用于治疗IBD的系统，其包含治疗有效量的SMAD7反义寡核苷酸和治疗有效量的一种以上附加的治疗试剂。
178.一种用于治疗IBD的试剂盒，其包含治疗有效量的SMAD7反义寡核苷酸和治疗有效量的一种以上附加的治疗试剂。
179.一种用于治疗IBD的药物组合物，其包含治疗有效量的SMAD7反义寡核苷酸、治疗有效量的一种以上附加的治疗试剂、和药学上可接受的佐剂和/或赋形剂。
180.如实施例179的药物组合物，其中所述药物组合物为单位剂型。
181.如实施例180的药物组合物，其中所述单位剂型是具有甲基丙烯酸-丙烯酸乙酯共聚物包衣的片剂。
182.如实施例179-181中任一项所述的药物组合物，其中所述药物组合物用于口服给药。
183.如实施例179-182中任一项所述的药物组合物，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的区域108-128。
184.如实施例179-182中任一项所述的药物组合物，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的核苷酸403、233、294、295、296、298、299或533。
185.如实施例179-182中任一项所述的药物组合物，其中所述SMAD7反义寡核苷酸包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')。
186.如实施例179-182中任一项所述的药物组合物，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ ID NO:4)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中所述核苷间键是硫代磷酸酯键。
187.如实施例179-182中任一项所述的药物组合物，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中核苷间键是硫代磷酸酯键。
188.如实施例179-182中任一项所述的药物组合物，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是根据化学文摘社登记号(CAS RN)1443994-98-6或CAS RN 1443994-46-4的反义寡核苷酸。
189如实施例179-182中任一项所述的药物组合物，其中所述一种以上附加的治疗试剂包含氨基水杨酸、抗生素、类固醇、肿瘤坏死因子(TNF)拮抗剂或免疫调节剂。
190.一种用于预测炎症性肠病患者对抗SMAD疗法的响应性的体外方法，其中所述方法包括将所述患者的C-反应蛋白(CRP)水平与CRP的阈值水平进行比较；并且其中所述患者中比CRP的阈值水平更高的CRP水平表示所述患者可能响应于所述抗SMAD疗法或对所述抗SMAD疗法有响应。
191.一种在患有IBD的患者中治疗或控制炎症性肠病(IBD)的方法中使用的SMAD7反义寡核苷酸，其中所述方法包括：(a)分析患者的C反应蛋白(CRP)的水平；和(b)如果CRP的水平高于CRP的阈值水平，则向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸。
192.如实施例191使用的SMAD7反义寡核苷酸，其中CRP的阈值水平为约0.5mg/L以上、约1.0mg/L以上、约1.5mg/L以上、约2.0mg/L以上、约2.5mg/L以上、约3.0mg/L以上、约3.5mg/L以上、约4.0mg/L以上、约4.5mg/L以上、或约5.0mg/L以上。
193.如实施例191使用的SMAD7反义寡核苷酸，其中CRP的阈值水平为约3.0mg/L。
194.如实施例191使用的SMAD7反义寡核苷酸，其中CRP的阈值水平是在IBD症状发作之前或在患者的IBD诊断之前患有IBD的患者的CRP水平。
195.如实施例191至194中任一项所述使用的SMAD7反义寡核苷酸，其中所述方法进一步包括：
(c)在所述施用步骤后分析患者的CRP水平；和
(d)如果CRP水平高于CRP的基线水平，则向患者施用大于或等于初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸，或者如果CRP水平低于基线水平的CRP，则向患者施用等于或小于初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸；并且其中所述CRP的基线水平是在施用所述SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量之前患有IBD的患者的CRP水平。
196.一种用于治疗或管理患有IBD的患者的炎症性肠病(IBD)的方法，其中所述方法包括：(a)分析患者的C反应蛋白(CRP)的水平；和(b)如果CRP的水平高于CRP的阈值水平，则向患者施用初始剂量的CRP拮抗剂。
197.如实施例196所述的方法，其中所述方法进一步包括：(c)在所述施用步骤后分析患者的CRP水平；和(d)如果CRP水平高于CRP的正常水平或者在CRP的基线水平或高于CRP的基线水平，则向患者施用大于或等于初始剂量的后续剂量的CRP拮抗剂，或者如果CRP的水平低于CRP的正常水平或低于CRP的基线水平，然后向患者施用等于或低于初始剂量的后续剂量的CRP拮抗剂。
198.如实施例196或实施例197所述的方法，其中CRP的阈值水平为约0.5mg/L以上、约1.0mg/L以上、约1.5mg/L以上、约2.0mg/L以上、约2.5mg/L以上、约3.0mg/L以上、约3.5mg/L以上、约4.0mg/L以上、约4.5mg/L以上、或约5.0mg/L以上。
199.如实施例196或实施例197所述的方法，其中CRP的阈值水平为约0.5mg/L至约3mg/L之间、约1mg/L至约3mg/L之间、约1.5mg/L和约3mg/L之间、约2mg/L和约3mg/L之间或约2.5mg/L和约3mg/L之间。
200.如实施例196或实施例197所述的方法，其中CRP的阈值水平为约3.0mg/L.
201.如实施例196或实施例197所述的方法，其中CRP的阈值水平是在IBD症状发作之前或在患者IBD诊断之前患有IBD的患者的CRP水平。
202.如实施例196至实施例201中任一项所述的方法，其中CRP的正常水平为约0.1mg/L以下、约0.2mg/L以下、约0.3mg/L以下、约0.4mg/L以下、约0.5mg/L以下、约0.5mg/L以下、约0.6mg/L以下、约0.7mg/L以下、约0.8mg/L以下、约0.9mg/L以下、或约1.0mg/L以下。
203.如实施例196至实施例201中任一项所述的方法，其中CRP的正常水平为约1.0mg/L以下。
204.如实施例196至实施例203中任一项所述的方法，其中所述CRP的基线水平是在施用所述CRP拮抗剂的初始剂量之前患有IBD的患者的CRP水平。
205.如实施例196至实施例204中任一项所述的方法，其中所述患有IBD的患者是患有克罗恩病(CD)的患者。
206.如实施例196至实施例204中任一项所述的方法，其中所述患有IBD的患者是具有UC的患者。
207.一种用于治疗或控制患有胃十二指肠克罗恩病的患者的胃十二指肠克罗恩病的方法，包括对所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
208.一种用于治疗或控制患有克罗恩(肉芽肿性)结肠炎的患者的克罗恩(肉芽肿性)结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
209.一种用于治疗或管理患有胶原性结肠炎的患者的胶原性结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
210.一种用于治疗或控制患有淋巴细胞性结肠炎的患者的淋巴细胞性结肠炎的方法，包括对所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
211.一种用于治疗或控制患有缺血性结肠炎的患者中的缺血性结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
212.一种用于治疗或控制患有转移性结肠炎的患者中的转移性结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
213.一种用于治疗或控制患有贝赫切特氏病的患者的贝赫切特氏病的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
214.一种用于治疗或控制患有显微镜性结肠炎的患者中的显微镜性结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
215.一种用于治疗或控制患有直肠乙状结肠炎的患者的直肠乙状结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
216.一种用于治疗或控制患有空肠弯曲的患者的空肠弯曲的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
217.一种用于治疗或控制患有左侧结肠炎的患者的左侧结肠炎的方法，包括对所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
218.一种用于治疗或控制患有全结肠炎的患者中的全结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
219.一种用于治疗或控制患有回肠结肠炎的患者的回肠结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
220.一种用于治疗或控制患有回肠炎的患者的回肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
221.一种用于治疗或控制患有未定型结肠炎的患者中的未定型结肠炎的方法，包括向所述患者施用治疗有效剂量的CRP拮抗剂。
222.如权利要求190至221中任一项所述的方法，其中所述CRP拮抗剂是CRP反义寡核苷酸(CRP AON)。
223.一种用于在治疗或控制患有IBD的患者的炎症性肠病(IBD)的方法中使用的CRP拮抗剂，其中所述方法包括：(a)分析患者C反应蛋白(CRP)的水平；和(b)如果CRP的水平高于CRP的阈值水平，则向患者施用初始剂量的CRP拮抗剂。
224.一种治疗炎症性肠病的方法，所述方法包括施用相对于对照水平有效地降低受试者中CRP水平的量的寡核苷酸。
225.一种治疗炎症性肠病的方法，所述方法包括向具有升高水平的CRP的受试者施用寡核苷酸，从而对所述受试者诱导缓解。
226.一种治疗循环CRP浓度大于3mg/升的患者的炎症性肠病的方法，所述方法包括向所述受试者施用寡核苷酸。
227.一种用于降低患有炎症性肠病的受试者的CRP水平的方法，所述方法包括向所述受试者施用寡核苷酸。
228.一种用于预测患有IBD的患者对抗SMAD7或抗CRP治疗的响应性的方法，包括测量患有IBD的患者的CRP水平，其中CRP水平高于3mg/L表示所述患者对所述抗SMAD7或抗CRP疗法有响应。
229.如实施例196至实施例228中任一项所述的方法，其中所述抗CRP试剂(CRP拮抗剂或抗CRP疗法)或所述寡核苷酸是选自以下的抗CRP反义寡核苷酸：
i.以下专利中公开的CRP AON
1.WO 2005/005599(例如，表2的AON)，
2.WO 2003/010284 A2(例如，表1的AON)
3.WO 2007/143317 A2(例如，表9的AON)
a.US 8,859,514 B2(例如，表13的AON)
4.U.S.7,425,545 B2；U.S.7,863,252 B2，
U.S.6,964,950 B2，U.S.7,491,815 B2，
U.S.7,915,231 B2，U.S.8,093,224 B2和
U.S.7,326,693 B2；
ii.ISIS 329993(ISIS-CRPRx(硫代磷酸酯))，
ISIS 353491，ISIS 353512
iii.与段落[00114]的CRP mRNA(Entrez基因ID No.1401；SEQ ID NO:8)的8个以上核苷酸的序列及其等位变体互补的CRP AON。
230.如实施例223或实施例228所述的方法，其中所述抗CRP试剂(CRP拮抗剂或抗CRP疗法)是中和性CRP抗体。
231.一种用于在前述实施例中任一个的方法中使用的SMAD7反义寡核苷酸。
附图说明
图1示出评估试验中的合格的患者和允许进入试验的患者的进程(从顶部到底部显示试验进程)的流程图。如图所示，在开始试验之前，评估了188名患者的合格性。22名患者在筛选过程失败，166名患者被允许在第0天进入试验。如图所示，42名患者被分配接受安慰剂、41名患者被分配接受10mg/天的Mongersen、40名患者被分配接受40mg/天的Mongersen、并且43名患者被分配接受160mg/天的Mongersen。41名患者在安慰剂组中完成治疗、38名患者在10mg/天的Mongersen组中完成治疗、39名患者在40mg/天的Mongersen组中完成治疗、并且42名患者以160mg/天Mongersen组中完成治疗。在正确完成指定治疗的患者中，安慰剂组中的30名患者、10mg/天的Mongersen组中的32名患者、40mg/天的Mongersen组中的37名患者和160mg/天的Mongersen组中的39名患者完成了随访程序。
图2示出两周临床试验药物治疗期后患者的临床缓解百分比的柱状图。如图所示，安慰剂组中9.5％的患者、10mg/天Mongersen组中12.2％的患者、40mg/天Mongersen组中55％的患者和160mg/天Mongersen组中的65.1％的患者在治疗结束后进入缓解期。在图表下方示出的数字示出在评估时每个组中具有大于150的CDAI分值的实际患者数量和每组中具有小于150的CDAI分值的患者数量。40mg/天和160mg/天的Mongersen组中的缓解率显著大于安慰剂组和10mg/天的Mongersen组中的缓解率(对于40mg/天和160mg/天的Mongersen两组与10mg/天组或安慰剂组之一对比，P<0.0001)。
图3A示出试验的第15天每组中具有小于150的CDAI分值的患者百分比的柱状图。在160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组和安慰剂组中，CDAI分值小于150的患者的百分比分别为67.4％、57.5％、14.6％和21.4％。在第15天，160mg/天和40mg/天的Mongersen组与10mg/天的Mongersen组(两组的P<0.0001)和安慰剂组(分别为P<0.0001和P＝0.0008)相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中CDAI分值低于150的患者的百分比明显更高。
图3B示出在试验的第28天的每组中具有小于150的CDAI分值的患者百分比的柱状图。在第28天，160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组和安慰剂组中具有小于150的CDAI分值的患者的百分比分别为72.1％、70％、29.3％和14.3％。在第28天，160mg/天和40mg/天的Mongersen组与10mg/天的Mongersen组(分别为P<0.0001和P＝0.0002)和安慰剂组(两组均P<0.0001)相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中CDAI分值低于150的患者的百分比明显更高。
图3C示出在试验的第84天每个组中具有小于150的CDAI分值的患者百分比的柱状图。在第84天，160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组和安慰剂组中具有小于150的CDAI分值的患者的百分比分别为67.4％、62.5％、29.3％和21.4％。在第84天，160mg/天和40mg/天的Mongersen组与10mg/天的Mongersen组(分别为P＝0.0005和P＝0.003)和安慰剂组(两组均P<0.0001)相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中CDAI分值低于150的患者的百分比明显更高。
图4A示出与基线相比，在临床试验的第15天，每个治疗组中CDAI分值降低100分的患者百分比的柱状图。该图显示，160mg/天的Mongersen组中的65.1％的患者、40mg/天的Mongersen组中的45％的患者、10mg/天的Mongersen组中的22％的患者和安慰剂组26.2％的患者与基线相比在第15天经历CDAI降低100分。与10mg/天的Mongersen组相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中经历100分临床响应的患者的百分比明显更高(分别为P<0.0001和P＝0.027)。与安慰剂组相比，160mg/天的Mongersen组中经历100分临床响应的患者的百分比也明显更高(P＝0.0003)。
图4B示出与基线相比，在临床试验的第28天，每个治疗组中CDAI分值降低100分的患者百分比的柱状图。该图表示出，在160mg/天Mongersen组的72.1％的患者、在40mg/天Mongersen组的57.5％的患者、在10mg/天Mongersen组的36.6％患者和安慰剂组中16.7％的患者中观察到根据该标准的临床响应。与安慰剂组相比，在第28天，在160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组中经历CDAI降低100分的患者的百分比明显更高(图4B；各组分别与安慰剂组相比，160mg/天组P<0.0001，40mg/天组P＝0.0001，10mg/天组P＝0.039)。
图4C示出来自图4A和4B以及CDAI分值降低100分的12周(第84天)数据的柱状图。每个时间点的第一个柱表示安慰剂患者组；每个时间点的第二个柱表示10mg/天患者组；每个时间点的第三个条表示40mg/天的患者组；并且每个时间点的第四个柱表示160mg/天的患者组。
图5A示出与基线相比，在临床试验的第15天，每个治疗组中CDAI分值降低70分的患者百分比的柱状图。该图示出，在160mg/天Mongersen组的81.4％的患者、40mg/天Mongersen组的72.5％患者、10mg/天Mongersen组的34.1％患者和安慰剂组31％的患者中记录到CDAI降低70分。160mg/天和40mg/天的Mongersen组与10mg/天的Mongersen组(分别为P<0.0001和P＝0.0005)和安慰剂组(分别为P<0.0001和P＝0.0002)相比，在160mg/天和40mg/天的Mongersen组中，在第15天经历CDAI分值降低70分的患者的百分比明显更高。
图5B示出与基线相比，在临床试验的第28天，每个治疗组中CDAI分值降低70分的患者百分比的柱状图。该图示出，在160mg/天Mongersen组的76.7％的患者、40mg/天Mongersen组的80％患者、10mg/天Mongersen组的48.8％患者和安慰剂组26.2％的患者中记录到CDAI降低70分。与安慰剂组相比，160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组中在第28天经历CDAI分值降低70分的患者的百分比明显更高(分别是P<0.0001，P<0.0001，P＝0.033)。
图6A示出每个组中在基线时具有升高的CRP水平的患者的百分比的柱状图。在安慰剂组中59.5％的患者、在10mg/天的Mongersen组中65.9％的患者、在40mg/天的Mongersen组中55％的患者、在160mg/天Mongersen组中65.1％的患者中观察到CRP水平升高。图6B示出在临床试验的第15天，每组中具有正常化CRP水平的患者的百分比的柱状图。在安慰剂组的4％的患者、在10mg/天Mongersen组的22％的患者、40mg/天Mongersen组的18.18％的患者和160mg/天Mongersen组的17.9％的患者中观察到正常化的CRP水平。
图7示出每个治疗组中进入缓解期的、在基线时具有升高的基线CRP水平的患者百分比的柱状图。在基线时CRP水平升高的患者中，在160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组和安慰剂组中，进入缓解的患者的百分比分别为67.9％、45.5％、11.1％和12％。与安慰剂组相比，160mg/天和40mg/天Mongersen组中进入缓解的基线CRP水平上升的患者的百分比明显更高(分别为P<0.0001和P＝0.01)。在160mg/天和40mg/天Mongersen组之间或10mg/天Mongersen组和安慰剂组之间没有观察到显著差异。
图8示出在试验的第15天和第4周，对于具有小于3mg/L的CRP水平或具有3mg/L以上的CRP水平的患者，具有临床缓解的患者的百分比的柱状图。
具体实施方式
本发明提供了通常用于治疗和控制患有IBD的患者的IBD的方法。患有IBD的患者包括但不限于具有UC和CD的患者，包括后者的类固醇依赖性和类固醇抗性形式。该方法在控制用抗SMAD7疗法(例如SMAD7反义寡核苷酸疗法)治疗的患者中是特别有用的。不受任何理论的束缚，SMAD7反义寡核苷酸疗法可以是任何疗法，其包括能够结合SMAD7 mRNA转录物并通过RNA酶H诱导SMAD7 mRNA转录物降解、防止SMAD7 mRNA转录物剪接、或防止SMAD7mRNA转录物的蛋白质翻译的寡核苷酸。
本发明的方法可用于预测和确定患有IBD的患者对用SMAD7反义寡核苷酸的治疗的响应性。因此，本发明的方法可用于鉴定可能响应于SMAD7反义寡核苷酸治疗的患者以及不太可能响应于SMAD7反义寡核苷酸治疗的患者。本文所述的方法还可用于确定患者是否对IBD治疗有响应。通常，本发明的方法也可用于确定用SMAD7反义寡核苷酸治疗的患有IBD的患者的响应性水平或可能水平。基于响应性水平或可能的响应性水平的确定，可以启动、重复、维持、增加、减少或终止SMAD7反义寡核苷酸的施用。可以使用多种因素确定响应性，所述因素包括但不限于：生物标志物和/或其他分析物(例如IL8、CRP、TNFα)的水平或水平变化的分析，CDAI分值或CDAI分值的变化，或IBD症状的评估(例如，体重减轻、组织炎症、血便)。
类似地，所述方法可用于评价患有IBD的患者用SMAD7反义寡核苷酸治疗的效果和安全性。例如，本发明的方法可以包括确定生物标志物或其它指示物表达水平的变化或疾病状态表现，其可以指示用SMAD7反义寡核苷酸的治疗对引起IBD的部分或完全缓解或改善有效或无效。生物标志物表达水平或水平变化、疾病症状、组织、血液或SMAD7反义寡核苷酸的系统水平、或一般健康指标的确定也可以指示疾病状态恶化或不安全的药物水平。在治疗之前、期间、之间和/或之后的多个指标的评估可以用于监测疾病阶段、进展和严重性。
本发明部分地基于IBD疾病状态和CRP水平之间的关系的发现。具体地，发明人已经发现，CRP水平是有用生物标志物，其用于确定患者对使用SMAD7反义寡核苷酸的IBD治疗是否有响应、可能有响应、没有响应、或可能没有响应。
此外，CRP水平可以用于使用SMAD7反义寡核苷酸来控制疾病治疗，特别是关于SMAD7反义寡核苷酸的剂量。例如，CRP水平可以用于确定患有IBD的患者是否应该例如在后续剂量中相对于例如先前施用的剂量，例如SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量，施用特定剂量，例如较高剂量或较低剂量的，SMAD7反义寡核苷酸。因此，相对于患有IBD的患者的CRP的绝对水平或CRP的相对水平，可以根据例如剂量或频率来调整SMAD7反义寡核苷酸的施用。例如，可通过将来自患有IBD的患者的样品中测量的CRP的绝对水平与CRP的正常水平进行比较，基于CRP的绝对水平来调整SMAD7反义寡核苷酸的施用，其中CRP的正常水平是，例如，其是与患有IBD的患者匹配的健康对照组中的CRP的基准值或中位水平。在本发明的一些实施例中，可以基于CRP的相对水平，例如基于SMAD7反义寡核苷酸施用之前和之后的CRP水平的比较，在SMAD7反义寡核苷酸施用之后立即和之后稍后，或在SMAD7反义寡核苷酸给药期间和之后，调整SMAD7反义寡核苷酸的施用。在一些实施例中，SMAD7反义寡核苷酸可以在CRP水平的初始检测和用于产生患者样品中CRP水平的比较的CRP水平的后续检测之间施用多次。
在本发明的一些实施例中，被治疗的IBD患者是具有高于正常CRP水平的患者。在一些实施例中，已知患者在治疗之前具有高CRP水平。在一些实施例中，在治疗之前、治疗之后、在施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸之前、在施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸之后、在施用后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸之前、和/或在施用后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸之后，确定IBD患者的CPR水平。
本发明人还开发了使用针对SMAD7的反义寡核苷酸和一种以上附加的治疗试剂的组合治疗患者的IBD(例如，克罗恩病和溃疡性结肠炎)的方法。组合疗法的使用可以导致协同的益处，其可以导致改善的患者结果、减少的副作用、允许较低的剂量、或允许较低频率地施用一种以上所施用的疗法。该方法还可降低对独立疗法的抗性(例如类固醇抗性)。
炎症性肠病
本发明提供了治疗IBD的方法。本文所用的“炎症性肠病”(或“IBD”)是指多种慢性炎性疾病，包括克罗恩病(CD)、胃十二指肠性克罗恩病、克罗恩(肉芽肿性)结肠炎、溃疡性结肠炎(UC)、胶原性结肠炎、淋巴细胞性结肠炎、缺血性结肠炎、转流性结肠炎、贝赫切特氏病、镜下结肠炎、溃疡性直肠炎、直肠乙状结肠炎、空肠回肠炎、左半结肠炎、全结肠炎、回肠结肠炎、回肠炎和未定型性结肠炎。CD和UC是IBD的两种最常见形式。IBD是消化系统的自身免疫性疾病。CD可定位于胃肠道的任何部分，包括末端回肠，并且可影响胃肠道的所有细胞类型。UC局限于结肠和直肠，并且仅影响粘膜细胞。
据信环境因素和遗传因素两者在IBD中起作用，尽管对这些因素的身份没有明确定义。环境成分可能包括受暴露于摄入食物和药物影响的肠道菌群的改变。
IBD与包括腹痛、呕吐、腹泻、直肠出血、严重痉挛、肌肉痉挛、体重减轻、营养不良、发烧、贫血、皮肤损伤、关节疼痛、眼炎、肝脏疾病、关节炎、坏疽性脓皮、原发性硬化胆管炎和非甲状腺疾病综合征的综合征相关。患有UC的儿童可能遭受生长缺陷。
CD的形式包括类固醇依赖性和类固醇抗性形式的CD，包括活性CD。患有类固醇依赖性形式的CD的IBD患者对类固醇疗法的治疗有响应，但是不能终止或削减类固醇疗法而不遭受与CD相关的症状的发生增加。患有类固醇抗性形式的CD的IBD患者对类固醇治疗的治疗没有响应。类固醇治疗，包括通常处方和/或施用于IBD患者的类固醇治疗，包括：皮质类固醇，例如强的松、地塞米松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、强的松、和布地奈德。患有活性CD的人类患者是活性地患有CD症状的患者，例如但不限于血便、体重减轻和/或腹部痉挛。
治疗、控制和评估
如本文所述的“受试者”或“患者”是指处于罹患或诊断为IBD的风险中的任何动物，包括但不限于哺乳动物、灵长类动物和人。在某些实施例中，受试者可以是非人哺乳动物，例如猫、狗或马。在优选的实施例中，受试者是人类受试者。受试者可以是诊断为患有IBD的高风险的个体、已经诊断为患有IBD的个体、先前患有IBD的个体、或评估IBD的症状或适应症，例如高CRP表达水平或高CDAI指数分值，的个体。
本文所用的“患有IBD的患者”是指患有IBD的任何症状或表现的患者、可能患有IBD的任何症状或表现的患者、或可能受益于用于治疗或评价IBD的本发明的治疗方法的任何患者。有需要的患者可以包括被诊断为具有发展IBD的风险的患者、过去患有IBD的患者或之前已经接受过IBD治疗的患者。特别相关的是患有与增加的CRP、TNFα和/或IL8表达水平相关的IBD的个体。在一些实施例中，IBD患者是克罗恩病(CD)患者。在一些实施例中，IBD患者是溃疡性结肠炎(UC)患者。
术语“治疗(treat)”，“治疗(treatment)”，“治疗(treating)”等在本文中通常用于意指获得期望的药理学和/或生理学效果。就完全或部分预防疾病或其症状而言，效果可以是预防性的，和/或在部分或完全治愈疾病和/或归因于疾病的不良作用方面可以是治疗性的。本文所用的术语“治疗”涵盖哺乳动物，特别是人的疾病的任何治疗，并且包括：(a)预防疾病在可能易患疾病的受试者中发生但尚未诊断为患病；(b)抑制疾病，即防止疾病的严重性或范围的增加；(c)缓解疾病，即使疾病部分或完全改善；或(d)预防疾病的复发，即防止在先前的成功治疗疾病症状或疾病之后疾病恢复到活性状态。术语“治疗”还可以意指减少与治疗的疾病或病症相关的至少一种症状。
在一些实施例中，本文提供的治疗方法是指(a)使用CRP作为生物标志物的抗SMAD7单一疗法；(b)抗SMAD7组合疗法；(c)使用CRP作为生物标志物的抗SMAD7组合疗法；(d)抗CRP单一疗法；(e)使用CRP作为生物标志物的抗CRP单一疗法；(f)抗CRP组合疗法；和(g)使用CRP作为生物标志物的抗CRP组合疗法。
本文使用的术语“控制(manage)”，“控制(management)”，“控制(managing)”等通常是指控制疾病的症状的严重性或表现，或治疗疾病的方式。通常，控制用于获得期望的药理学和/或生理学效应。就部分或完全治愈疾病和/或归因于疾病的不良作用或确保疾病的特定症状或表现不会在患者中发生或重现，或不会在患者中发展成不希望的或不能耐受的水平，该效果是治疗性的。本文所用的术语“控制”涵盖哺乳动物，特别是人的疾病的任何控制，并且包括：(a)抑制疾病，例如防止疾病的严重性或范围增加；(b)缓解疾病，例如使疾病部分或完全改善；或(c)预防疾病的复发，即防止在先前的成功治疗疾病症状或疾病之后疾病恢复到活性状态。本文所用的“控制”还可以用于针对疾病的具体治疗的施用，例如SMAD7反义寡核苷酸。
在本发明的一些实施例中，对患有IBD的患者施用初始剂量的抗SMAD7疗法，例如SMAD7反义寡核苷酸。如本文所用，“初始剂量”是指以一系列剂量中施用于患有IBD的患者的抗SMAD7治疗的一剂量。一系列剂量可以包括一个以上剂量。例如，一系列剂量可以包括单剂量的抗SMAD7疗法或多于单剂量的抗SMAD7疗法。初始剂量可以是在对患者施用任何后期剂量之前对患者施用的抗SMAD7疗法的一剂量。例如，初始剂量可以是但不限于在患者的整个治疗历史期间对患者施用的抗SMAD7疗法的第一剂量。初始剂量还可以是在先前施用抗SMAD7疗法，例如在上一轮治疗期间之后，施用于患者的治疗方案中的第一剂量。此外，初始剂量可以是一轮治疗中的一系列剂量中的第一剂量，使得初始剂量可以在同一轮治疗中在先前剂量之后施用。或者，“初始剂量”可以是在分析患者的CRP和/或另一种生物标志物或其他生物标志物的水平之后对患者施用的第一剂量，或可以是在确定患者中的CRP和/或另一种生物标志物或其他生物标志物水平之前的最近施用的剂量。
在本发明的一些实施例中，对患有IBD的患者施用后续剂量的抗SMAD7疗法，例如SMAD7反义寡核苷酸。如本文所用，“后续剂量”是指在施用先前剂量，例如初始剂量，后施用于患有IBD的患者的抗SMAD7疗法的剂量。因此，后续剂量可以以包含两个以上剂量的一系列剂量对患有IBD的患者施用。此外，在一些情况下，可以相对于初始剂量或先前剂量校正后续剂量的量，使得后续剂量大于、等于或小于先前剂量。后续剂量的量的校准可以基于患有IBD的患者中CRP和/或另一种生物标志物或其他生物标志物的水平或水平变化，例如：在先前剂量(例如初始剂量)之前或之后分析IBD的患者的CRP水平剂量；或在先前剂量(例如初始剂量)之前和之后的患有IBD的患者的CRP水平的变化。后续剂量可以是在对患有IBD的患者施用的抗SMAD7治疗的第一剂量(例如，初始剂量)后对患有IBD的患者施用的剂量。后续剂量还可以是在对患有IBD的患者施用的抗SMAD7疗法的在先剂量之后施用的剂量，例如在同一轮治疗或不同轮治疗(例如，上一轮治疗)中的先前剂量之后施用的剂量。后续剂量可以是相对于任何在先剂量(例如，紧接在后续剂量之前的在先剂量或在施用后续剂量之前施用的一个以上剂量之前的在先剂量)的后续剂量。
本文所用的“克罗恩病活性指数”或“CDAI”是指如Best等人，在GASTROENTEROLOGY，70：439-44(1976)描述的用于评估患有CD的患者的进展的测量或指数。150以下的CDAI分值通常与非活动性疾病相关，并且表示比较高得分更好的预后。高于150的值通常与活动性疾病相关，高于450的值与极端严重的疾病相关。CDAI分值可以用于确定患者对治疗响应的良好程度，并且可以用于识别缓解中的患者。在某些实施例中，基准临床响应是指受试者展现CDAI分值降低至少100分。在临床试验中，150以下的CDAI分值通常与缓解相关。
如本文所使用的，“溃疡性结肠炎疾病活动指数”或“UCDAI”是指用于评估患有UC的患者的进展的测量或指数，如Sutherland等人，Gastroenterology，92：1894-98(1987)所述。UCDAI是关于UC症状的一系列限定词，包括大便频率、直肠出血、结肠粘膜的出现和医生对疾病活动的评级。这些限定词中的每一个给出从0到3的数字，其中3是最高的疾病活性。在临床试验中，缓解通常定义为1以下的UCDAI分值，并且改善是从试验开始时的分值减少3分以上。UCDAI可用于临床试验以确定患者对治疗响应的程度，并可用于鉴定缓解的患者。用于测量UC患者的疾病严重性的其它常用指数包括Truelove-Witts指数、St.Mark指数、简易临床结肠炎疾病活动指数(SCCAI)、Lichtiger指数、溃疡性结肠炎的症状评分(UCSS)和Mayo临床评分。
如本文所用，“缓解”或“临床缓解”是指IBD的临床表现或表现或症状的部分或完全减少。例如，临床缓解可以包括与IBD相关的症状，例如血便、体重减轻或组织炎症，的严重性减轻，或IBD症状从患者中完全消失。在本发明的实施例中，临床缓解可以由CDAI分值的变化或测量来指示。例如，小于约150、小于约155、小于约160、小于约165、小于约170或小于约175的CDAI分值可以指示临床缓解。在对患有IBD的患者施用SMAD7反义寡核苷酸后可观察到临床缓解。可以通过测量有助于疾病活动指数分值(例如CDAI分值)的因素或通过测量客观因素(例如但不限于来自患者的样品中的分析物水平)来观察临床缓解。此外，在本发明的一些实施例中，在施用步骤后观察到临床缓解，并且在初始观察后保持一段时间。例如，在一些实施例中，在施用SMAD7反义寡核苷酸后约一周、约两周或约三周观察到临床缓解，并在临床缓解的初始观察后维持至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少6周或至少8周。在具体实施例中，缓解定义为维持CDAI分值小于150至少两周。
如本文所用，对治疗的“响应”或“响应于”治疗是指患有CD的受试者表现出：(a)CDAI分值降低，例如CDAI分值降低20分、30分、40分、50分、60分、70分、80分、90分、100分以上；(b)CDAI分值小于150；和/或(c)缓解的诱导。
对于具有UC的受试者，对治疗的“响应”或“响应于”治疗是指受试者表现出：(a)UCDAI分值的降低，例如UCDAI分值降低1分、2分或更多；(b)UCDAI分值为1以下；和/或(c)缓解的诱导。
在一些实施例中，分析基线(例如，基线分值、水平或值)。在一些实施例中，在涉及以用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法进行治疗的患有IBD的患者选择的方法中分析基线。在一些实施例中，在涉及在用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的治疗期间监测患有IBD的患者的方法的方法中分析基线。在一些实施例中，患者中CRP的基线水平处于或高于阈值水平(例如，高于3mg/L)，其可在用于施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的患者的选择中产生。在一些实施例中，患者中CRP的基线水平低于阈值水平(例如，低于3.0mg/L)，其可以在用于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的患者的选择中产生。在一些实施例中，在向患有IBD的患者施用初始剂量的抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之前分析基线。例如，可以在向患者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的初始剂量之前至少1天、至少1周、至少2周、至少4周、至少6周、至少6周、至少2个月、至少3个月、至少6个月、至少9个月、至少1年、至少3年或至少5年分析基线。在一些实施例中，在向患者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的初始剂量的同时或之前或之后立即分析基线。例如，可以在向患者施用初始剂量的抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之前或之后小于6小时、小于4小时、小于2小时、小于1小时、小于30分钟、小于15分钟、小于10分钟或小于5分钟分析基线。在一些实施例中，在患有IBD的患者中在IBD的慢性期(爆发)期间，例如在对患者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的初始剂量之前分析基线。在一些实施例中，当患者处于缓解时(例如，在接受可以是抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之外的IBD治疗的先前的IBD治疗时)分析基线。在一些实施例中，基线是来自施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法的初始剂量之前的几个时间点的平均分值。
在一些实施例中，如果受试者在内窥镜结果(例如粘膜愈合)、临床参数(例如CDAI)、或组织学评分中表现出改善，那受试者(例如，患有IBD，例如CD或UC，的患者)响应于治疗。
在一些实施例中，如果受试者(例如，患有IBD，例如CD或UC，的患者)表现出粘膜愈合，则受试者治疗于响应。在一些实施例中，使用克罗恩病的简易内镜评分(SES-CD)分析粘膜愈合。在一些实施例中，分析SES-CD包括分析溃疡的存在和大小、溃疡表面的程度、受影响表面的程度或回肠、右结肠、横结肠、左结肠、直肠或在所列出的结肠区域的组合或全部中狭窄的存在和类型。在一些实施例中，通过分析受试者中溃疡的存在或不存在来分析粘膜愈合。在一些实施例中，显示粘膜愈合的受试者具有SES-CD＝0或SES-CD≤2。在一些实施例中，在显示粘膜愈合的受试者中不存在溃疡。
在一些实施例中，分析SES-CD包括分析绝对SES-CD。在一些实施例中，分析SES-CD包括分析SES-CD从基线的变化(例如，SES-CD增加或减少)。
在一些实施例中，使用根据表1的变量分析SES-CD：
表1
在一些实施例中，在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之前，受试者具有≥7的SES-CD。在一些实施例中，在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之前，受试者的CDAI分值是≥220且≤450且SES-CD≥7。
在一些实施例中，如果在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法后，受试者的SES-CD是≤5、≤4、≤3、≤2、≤1或0，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。在一些实施例中，如果在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之后受试者的SES-CD≤2，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。在一些实施例中，如果在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之后受试者的SES-CD是0，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之后受试者的SES-CD是受试者的基线SES-CD的<80％、<75％、<70％、<65％、<60％、<55％、<50％、<45％、<40％、<35％、<30％、<25％、或<20％，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。在一些实施例中，如果向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之后受试者的SES-CD是受试者的基线SES-CD的<50％，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之后受试者的SES-CD从基线降低≥50％，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。在一些实施例中，如果在向受试者施用抗SMAD7或抗CRP疗法之后受试者的SES-CD与基线相比减少4分，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法之后受试者中不存在肠粘膜溃疡，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果受试者显示组织学评分的改善，那么受试者(例如，患有IBD，例如CD或UC，的患者)响应于治疗。组织学评分可以作为来自受试者肠粘膜的绝对组织学评分分析。在一些实施例中，将组织学评分分析为来自受试者的肠粘膜的组织学评分相对于基线的变化。
在一些实施例中，分析CDAI包括分析CDAI组分，例如腹痛、大便频率或复合评分(如PRO-2或PRO-3)。患者报告结果(PRO)分析涉及患者量化其自身症状，这可用于评估IBD严重性。CD的两项患者结果报告(PRO-2)考虑两个CDAI变量，例如液状便或软便频率和腹痛。用于测定PRO-2评分的方法是本领域熟知的。例如，可以基于在患者问卷或日记中提供的信息来计算总PRO-2评分。可以在7天内平均液状便或软便频率和腹部疼痛的每日评分并，例如使用在CDAI测定期间也应用的乘法因子加权。在一些实施例中，8分、14分和34分的PRO-2值可以对应于150分、220分和450分的CDAI分值，并且从基线2分、5分和8分的PRO-2分值改变可以对应于50分、70分和100分的CDAI分值改变。
在一些实施例中，如果受试者在两项患者结果报告(PRO-2)测试中显示改善，那受试者(例如，患有IBD，例如CD或UC，的患者)响应于治疗。在一些实施例中，PRO-2测试中的改善包括绝对PRO-2评分的改善。在一些实施例中，PRO-2测试中的改善包括PRO-2评分相对于基线的改善(例如PRO-2评分增加或降低)。
在一些实施例中，如果向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法后，受试者的PRO-2评分相比于基线低≥2分、≥3分、≥4分、≥5分、≥6分、≥7分、≥8分、≥9分、≥10分、≥12分、或≥14分，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果在向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法后，受试者的PRO-2评分<14、<12、<10、<8、<6、<4或<2，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法后，受试者的平均每日液体状或软便频率评分相比于基线降低≥20％、≥30％、≥40％、≥50％、≥60％、≥70％、≥80％、或≥90％，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果向受试者施用抗SMAD7疗法或抗CRP疗法后，受试者的平均每日腹部疼痛评分相比于基线降低≥20％、≥30％、≥40％、≥50％、≥60％、≥70％、≥80％、或≥90％，则受试者响应于抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果受试者表现出从基线SES-CD分值降低≥50％，从基线CDAI分值降低≥100分；和/或PRO-2评分从基线下降≥8分，则受试者响应抗SMAD7疗法或抗CRP疗法。
在一些实施例中，如果受试者显示克罗恩病内窥镜严重程度指数(CDEIS)的改善，那受试者(例如，患有IBD，例如CD或UC，的患者)响应于治疗。
在一些实施例中，“临床缓解”可以通过PRO-2评分或SES-CD的变化或测量来表示。在一些实施例中，如果PRO-2评分≤8，则受试者(例如，患有IBD，例如CD或UC，的患者)经历缓解。在一些实施例中，如果SES-CD评分≤2，CDAI分值<150和/或PRO-2分值≤8，则受试者经历缓解。在一些实施例中，如果SES-CD分值为0，则受试者经历缓解。
如本文所用，“SMAD7”(也称为CRCS3、FLJ16482、MADH7、MADH8、MAD(母亲成形素(mothers against decapentaplegic)，果蝇)同源物7，MAD同源物8、SMAD、母亲(mothersagainst)DPP同源物7、母亲DPP同源物8)是人蛋白或由Entrez GenelD No.4092指定的基因编码的任何mRNA转录物及其等位基因变体。
如本文所用，“CRP”(也称为C反应蛋白，凝集素相关的；凝集素；和PTX1)是指由Entrez Gene ID No.1401指定的基因编码的人蛋白质或任何mRNA转录物，和其等位基因变体(SEQ ID NO:8)。
本文所用的“IL8”(也称为白介素-8(IL-8)；肿瘤坏死因子诱导的基因1；NAF；粒细胞趋化蛋白1(GCP1)；LECT；LUCT；蛋白质3-l0C；β-血小板球状蛋白；中性粒细胞活化肽1；中性粒细胞活化蛋白1(NAP1；NAP-1)；依莫白介素；GCP-1；LYNAP；淋巴细胞衍生的中性粒细胞活化肽；肺巨细胞癌衍生的趋化蛋白；小诱导细胞因子亚家族B，成员8；β内皮细胞衍生的中性粒细胞活化肽；单核细胞衍生的中性粒细胞趋化因子(MDNCF)；单核细胞衍生的中性粒细胞活化肽(MONAP)；肺泡巨噬细胞趋化因子I；CXC基序趋化因子8；和趋化因子(CXC基序)配体8(CXCL8))是指由Entrez GenelD No.3576指定的基因编码的人蛋白或任何mRNA转录物及其等位基因变体。
如本文所用，“TNFα”(也称为肿瘤坏死因子，DIF，肿瘤坏死因子配体超家族成员2(TNFSF2)，APC1蛋白，恶病质素，肿瘤坏死因子A(TNFA)，肿瘤坏死因子-a(TNF-a)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α))是指由Entrez GenelD No.7124所指定的基因编码的人蛋白质或任何mRNA转录物及其等位基因变体。
对照水平和对照样品
CRP、TNFα和/或IL8的对照水平可以通过确定在用抗SMAD7疗法治疗之前从受试者获得的样品(例如，血液样品)中的CRP、TNFα和/或IL8蛋白或mRNA转录物的水平来确定。CRP、TNFα和/或IL8的对照水平可以提供用于监测受试者对治疗的响应的基线。可以在首次施用抗SMAD7疗法当天(例如治疗方案的第1天)，例如在施用至少一种抗SMAD7疗法之后立即从受试者获得对照样品。在其它实施例中，可以在抗SMAD7疗法开始前一天(例如治疗方案的第0天)从受试者获得对照样品。或者，可以在抗SMAD7疗法开始前2、3、4、5、6、7或更多天从受试者获得对照样品。例如，可以在治疗前(例如，在对照样品中)、治疗期间和/或治疗后测量CRP、TNFα或IL8浓度的增加或减少，以监测受试者对疗法，例如，抗SMAD7疗法的响应。在本发明的一个示例性实施例中，CRP的对照水平等于或大于约3mg/升。
在一些实施例中，可基于对受试者中循环CRP、TNFα和/或IL8浓度的长期监测来对受试者建立对照水平。在这种情况下，预期受试者可以用抗SMAD7疗法进行多轮治疗。在多轮治疗后检测的循环CRP、TNFα和/或IL8浓度可以与受试者的CRP、TNFα和/或IL8的先前对照水平进行比较，以确定受试者是否响应于治疗和/或可能对用抗SMAD7治疗的进一步治疗有响应。在其它实施例中，可以基于循环CRP、TNFα和/或IL8浓度的平均测量值建立受试者的对照或基线水平，所述循环CRP、TNFα和/或IL8浓度是从随时间获得的(例如，以天、周、月或年为期获得的)多个基线样品确定的。因此，可以将如本文所公开的任何测试或测定与先前的或建立的对照水平进行比较，并且可能不需要从受试者获得新的对照样品用于比较，例如，如果受试者接受超过一轮的用抗SMAD7疗法的治疗。
CRP、TNFα和/或IL8的正常水平可以基于数值参考值或相对于健康对照组中的CRP、TNFα和/或IL8水平来确定。
例如，在一些实施例中，CRP的正常水平为约0.01mg/L、约0.05mg/L、约0.1mg/L、约0.2mg/L、约0.3mg/L、约0.4mg/L、约0.5mg/L、约0.6mg/L、约0.7mg/L、约0.8mg/L、约0.9mg/L、约1.0mg/L、约1.5mg/L、约2.0mg/L、2.5mg/L或约3.0mg/L。
在本发明的其它实施例中，CRP、TNFα和/或IL8的正常水平定义为健康对照组中CRP、TNFα和/或IL8的中位水平。
健康对照组可以基于与与患者中的相同标准组相匹配的遗传背景、习惯和物理属性相关的各种标准来定义。例如，在一些实施例中，健康对照组和患有IBD的患者在年龄、性别、种族起源、吸烟习惯、饮食习惯、体重指数(BMI)、消遣性毒品的吸食、医疗药物使用、与IBD相关的药物使用、和/或运动习惯相匹配。可以在患者和对照组之间匹配的其他因素包括但不限于临床标准(例如，CDAI分值、Mayo分值、IBD相关症状的严重性)、代谢、IBD患者的个人疾病史、遗传因素、IBD患者家族疾病史、暴露于环境因素(例如污染物、毒素、过敏原)和生活方式(例如，城市、郊区或农村工作场所和/或住所)。
在一些实施例中，对照组是在接受初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸之前接受利用SMAD7反义寡核苷酸的治疗的患者。在一些实施例中，患者是未治疗的患者。
数据解读
在一些实施例中，在初始施用抗SMAD7疗法之前，分析患有IBD的患者的CRP水平，并与阈值水平进行比较。如本文所述，可以基于健康对照组或IBD患者组中的CRP水平建立阈值水平。通常，相对于健康对照组中的正常CRP水平，例如中位CRP水平，阈值水平将升高，或者其可以落入对照组，例如由IBD患者组成的对照组中的CRP水平的谱中。
受试者对抗SMAD7疗法的治疗的响应性可以相对于治疗前从受试者获得的样品中的CRP的对照水平来解释。如果与对照样品相比，从受试者获得的样品中的CRP浓度降低，则受试者可以鉴定为对用抗SMAD7疗法的治疗敏感(例如，有响应或可能响应于)。在一些实施例中，可以在受试者接受抗SMAD7疗法治疗时获得样品。在其它实施例中，样品可以在受试者停止接受治疗后获得，例如停止接受治疗后约1天、约7天(即约1周)、约14天(即约2周)、约28天、约56天、约70天和/或更长时间。在优选的实施例中，样品可以在停止抗SMAD7疗法治疗后约一天获得。在一些实施例中，CRP浓度的降低，例如，从大于3.0mg/升或约3.0mg/升的CRP对照水平浓度降低至样品中小于3.0mg/升的CRP浓度，表明受试者可能进入缓解或已进入缓解。
在本发明的预期实施例中，样品中CRP的量的减少与表明受试者对疗法有响应和/或已经进入缓解或可能进入缓解的CDAI分值相符合。例如，在一些实施例中，与对照水平相比，样品中CRP的量的减少与受试者小于约200、小于约190、小于约180、小于约170、小于约160、或小于约150的CDAI分值相符合。在具体实施例中，与对照水平相比，样品中CRP的量的减少与受试者中小于约150的CDAI分值相符合。在一些实施例中，与CRP浓度降低相符合的CDAI分值在受试者中保持至少一天、至少一周、至少两周或至少10周。在一些实施例中，在停止用抗SMAD7疗法的治疗后可观察到与CRP浓度的降低相符合的CDAI分值。例如，在停止用抗SMAD7疗法治疗后约1天、约1周、约2周、约10周、约1天和约2周或更长时间内可观察到与CRP浓度降低相符合的CDAI分值。
在一些实施例中，样品中CRP的量的减少与表明受试者对治疗有响应和/或已经进入缓解或可能进入缓解的CDAI分值的降低相符合。例如，在本发明的一些实施例中，与对照水平相比，样品中CRP的量的减少与受试者的约50、约60、约70、约80、约90、约100、约110、约120、约130、约140或约150的CDAI分值的降低相符合。在具体实施例中，与对照水平相比，样品中CRP的量的降低与受试者中约70至约100的CDAI分值的降低相符合。在一些实施例中，在停止用抗SMAD7疗法的治疗后，观察到与CRP的量的减少相符合的CDAI分值的降低。例如，在停止抗SMAD7疗法治疗后约1天、约1周、约2周、约3周、约4周、约10周或更长时间，可以观察到与CRP量减少相符合的CDAI分值的降低。在一些实施例中，在停止用抗SMAD7疗法的治疗后约1天或约2周内可观察到与CRP量的减少相符合的CDAI分值的降低。
在一些实施例中，接受抗SMAD7疗法，例如SMAD7反义寡核苷酸的患者也接受一种以上附加的IBD治疗，例如类固醇。在一些实施例中，如果接受抗SMAD7疗法和一种以上附加的IBD治疗的患者响应于抗SMAD7疗法和/或经历临床缓解，例如，如减少CDAI分值和/或CRP水平降低所表示的，则可以削减一种以上附加的IBD治疗。在一些实施例中，在施用抗SMAD7疗法后经历临床缓解的(例如，在完成2周的用SMAD7反义寡核苷酸的治疗方案后的第14天和第28天的CDAI<150)患者可以削减类固醇使用。
或者，如果与对照水平相比在从受试者获得的样品中循环CRP浓度没有改变或增加，则受试者可以被鉴定为对抗SMAD7疗法的治疗有抗性(例如，无响应或不可能响应)。在一个实施例中，可在受试者接受抗SMAD7疗法治疗时获得样品。在其它实施例中，可以在受试者停止接受治疗后，例如在停止接受治疗后约1天、约7天(即约1周)、约14天(即约2周)、约28天、约56天、约70天，和/或停止治疗后更长时间后获得样品。在优选的实施例中，样品可以在停止抗SMAD7疗法治疗后约一天获得。
在一些实施例中，在用抗SMAD7疗法的过程期间经历疾病恶化，例如，如增加CDAI分值(例如>70CDAI分值增加)和/或增加CRP水平(例如，CRP水平>50％的增加)所示，的患者被施用挽救治疗(例如，诸如TNFα抑制剂的生物制剂)和/或免疫抑制药物。
患者CRP水平和CRP阈值水平的差异表明患者对抗SMAD7疗法的潜在响应性。例如，相对于阈值CRP水平升高的患者CRP水平表明患者可能对抗SMAD7疗法有响应。可以使用不同的标准来建立CRP的阈值水平。在一些实施例中，相对于对照组中的正常CRP水平(例如中位CRP水平)确定CRP的阈值水平。对照组可以由健康/正常受试者(例如，健康对照组)或IBD患者组组成。
例如，在一些实施例中，CRP阈值水平比正常水平高至少2倍、至少3倍、至少5倍、至少8倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少50倍、至少80倍或至少100倍。在其它实施例中，CRP阈值水平相对于一组IBD患者的CRP水平(例如中位CRP水平)处于第50百分位数、第60百分位数、第70百分位数、第80百分位数或第90百分位数。另外，在一些实施例中，CRP的阈值水平大于0.5mg/L、大于1.0mg/L、大于1.5mg/L、大于2.0mg/L、大于2.5mg/L、大于3.0mg/L、大于3.5mg/L、大于4.0mg/L、大于4.5mg/L、大于5.0mg/L、大于7.5mg/L或大于10mg/L。在一些实施例中，CRP的阈值水平为约0.5mg/L、约1.0mg/L、约1.5mg/L、约2.0mg/L、约2.5mg/L、约3.0mg/L、约3.5mg/L、约4.0mg/L、约4.5mg/L、约5.0mg/L、约7.5mg/L或约10mg/L。
在一些实施例中，对照组可以由接受初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸的患者组成。在一些实施例中，正常CRP水平或CRP阈值水平可以是在施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸之前在患者中观察到的CRP基线水平。随后可以在对患者施用初始剂量或后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸后随时间监测患者的CRP水平。在一次以上SMAD7反义寡核苷酸的施用后患者的CRP水平可以与患者的CRP基线水平进行比较。可以取决于患者的CRP水平是否相对于患者的CRP基线水平增加、降低或保持恒定而调整SMAD7反义寡核苷酸的给药方案。
在一些实施例中，对照组可以由接受初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸的患者组成。在一些实施例中，正常CRP水平或CRP阈值水平可以是在施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸之前在患者中观察到的CRP基线水平。随后可以在对患者施用初始剂量或后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸后随时间监测患者的CRP水平。在一次以上SMAD7反义寡核苷酸的施用后患者的CRP水平可以与患者的CRP基线水平进行比较。可以取决于患者的CRP水平是否相对于患者的CRP基线水平增加、降低或保持恒定而调整SMAD7反义寡核苷酸的给药方案。
药物组合物
含有针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合的药物组合物可以以剂量单位形式存在，并且可以通过任何合适的方法制备。药物组合物应当配制成与其预期的给药途径兼容。可以通过制药领域熟知的方法制备有用的制剂。例如，参见雷明顿(Remington)的The Science and Practice of Pharmacy，第22版。(PharmaceuticalPress and Philadelphia College of Pharmacy at University of the Sciences，2012)。
药物制剂优选是无菌的。可以例如通过经由无菌过滤膜过滤来实现灭菌。当组合物被冻干时，过滤灭菌可以在冻干和还原之前或之后进行。
抗SMAD7疗法
本公开部分地涉及用抗SMAD7疗法治疗受试者的IBD的方法，包括包含反义寡核苷酸的药物组合物。本公开还涉及用包括抗SMAD7治疗剂的治疗剂组合治疗患者中IBD的方法，包括含有反义寡核苷酸的药物组合物。抗SMAD7疗法包括针对SMAD7的靶向治疗(例如，抗SMAD7反义疗法，例如由SEQ ID NO:1表示的SMAD7反义寡核苷酸和针对SMAD7的抗体)。
反义寡核苷酸是与编码靶蛋白(例如SMAD7)的信使RNA(mRNA)互补的短合成寡核苷酸序列。反义寡核苷酸序列与mRNA杂交产生双链杂交体，其可以导致普遍的催化酶，诸如RNase H的活化，其降解DNA/RNA杂交链，从而防止蛋白质翻译。不受理论的束缚，本文提供的反义寡核苷酸可以作为RNA或DNA与其靶序列杂交。因此，即使提供DNA序列作为靶标，也包括相应的RNA序列(包括取代的胸腺嘧啶的尿嘧啶)。
预期的SMAD7反义寡核苷酸可以靶向SMAD7 mRNA或DNA的任何区域。在某些实施例中，抗SMAD7反义寡核苷酸可以靶向人SMAD7 mRNA(例如SEQ ID NO:2的序列；其代表NM_005904.3的编码序列CDS(288-1568)，智人SMAD家族成员7(SMAD7)，转录变体1，mRNA；本文提供的SMAD7反义寡核苷酸可以靶向具有SEQ ID NO:2的核苷酸序列的DNA和其中T被U替换的SEQ ID NO:2的相应RNA)的位点403、233、294、295、296、298、299和/或533(即，分别为核苷酸403、233、294、295、296、298、299和533)。在某些实施例中，抗SMAD7反义寡核苷酸靶向SMAD7编码序列的核苷酸108-128(GCTGCGGGGAGAAGGGGCGAC；SEQ ID NO:7)或用U替换T的相应RNA序列。SMAD7编码序列的核苷酸108-128对应于NCBI参考序列NM_005904.3的核苷酸395-416。
在某些实施例中，反义寡核苷酸可以衍生自以下抗SMAD7反义寡核苷酸5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3'(SEQ ID NO:3)。
本文预期靶向SMAD7的反义寡核苷酸可以包含混合骨架，其中CpG对中的胞嘧啶残基被5'-甲基胞嘧啶(缩写为Me-dC)替代。甲基膦酸酯键(缩写为MeP)也可以位于反义寡核苷酸的5'和/或3'末端。
靶向SMAD7的示例性反义寡核苷酸疗法包括但不限于：5'-GTXYCCCCTTCTCCCXYCAG-3'(SEQ ID NO:5)，其中X是包含或包括含氮碱基的核苷，所述含氮碱基选自由胞嘧啶和5-甲基胞嘧啶或包含胞嘧啶核碱基的2'-O-甲基核苷所组成的组，并且其中Y是包括或包含选自由鸟嘌呤和5-甲基鸟嘌呤所组成的组的含氮碱基或包含鸟嘌呤核碱基的2'-O-甲基核苷的核苷，任选地提供至少一个包含或包括甲基化含氮碱基的核苷X或Y。在一些具体实施例中，所有核苷间键是硫代磷酸酯键；
5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ ID NO:4)，其中X是5-甲基2'-脱氧胞苷(参见例如美国专利号7，807，818和6，159，697，其各自通过引用并入本文。)；
5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是5-甲基2'-脱氧胞苷；
ZTXGCCCCTTCTCCCXGCAZ-3'(SEQ ID NO:6)，其中X是5-甲基2'-脱氧胞苷，Z是2'-脱氧鸟苷甲基膦酸酯；和
在美国专利号8，648，186和国际专利申请公开WO 2010/054826中描述的反义寡核苷酸，其各自通过引用并入本文。
预期的反义寡核苷酸包括包含SEQ ID NO:1：5'-GTC*GCC CCT TCT CCC C*GCAGC-3'的那些，其中C*表示5-甲基-2'-脱氧胞苷。在一些实施例中，预期的反义寡核苷酸的核苷间键中的至少一个是O,O连接的硫代磷酸酯，例如SEQ ID NO:1的20个核苷间键合中的每一个可以是O,O连接的硫代磷酸酯。在一些实施例中，预期的反义寡核苷酸是包括SEQ IDNO:1的核酸序列的反义寡核苷酸，其中20个核苷间键合中的每一个是O,O连接的硫代磷酸酯键，在本文中称为“Mongersen”。在一些实施例中，本文公开的预期的组合物可以包括药学上可接受的盐，例如SEQ ID NO:1的反义寡核苷酸的钠盐，其任选地可以包括1-20个O,O连接的硫代磷酸酯核苷间连接。预期的寡核苷酸的盐包括被完全中和的那些，例如，每个硫代磷酸酯键与诸如Na+的离子缔合。寡核苷酸可以包括天然存在的核碱基、糖和共价核苷酸间(主链)键以及非天然存在的部分。在各种实施例中，本文所述的反义寡核苷酸，例如SEQID NO:1、SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:6的反义寡核苷酸可以包括包含脱氧胞苷和/或5-甲基2'-脱氧胞苷的核苷，包括但不限于5-甲基-2'-脱氧胞苷5'-单磷酸酯和5-甲基-2'-脱氧胞苷5'-单硫代磷酸酯。
预期的抗SMAD7治疗包括针对SMAD7起作用并且可以口服施用的寡核苷酸。当向患有IBD的受试者口服给药时，公开的治疗可以向患者的肠系统递送有效量的反义寡核苷酸，例如将有效量的反义寡核苷酸递送至患者的末端回肠和/或右结肠。
在本发明的一些实施例中，抗SMAD7疗法、针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合可适合于口服递送包括例如抗胃包衣的肠溶衣的反义寡核苷酸(例如片剂)，使得组合物可将反义化合物递送至例如患者的末端回肠和右结肠。例如，这种施用可以导致局部效应，基本上将反义化合物直接局部应用于受试者的肠的受影响部分。在一些实施例中，这种施用可以基本上避免反义化合物的不希望的全身吸收。
例如，用于口服给药的片剂可以包含颗粒(例如，至少部分地由颗粒形成)，该颗粒包含公开的反义化合物或针对SMAD7的反义寡核苷酸(例如Mongersen)，并且在一些实施例中，包括附加的治疗剂，或它们的组合；和药学上可接受的赋形剂。这种片剂可以用肠溶衣包衣。预期的片剂可以包括药学上可接受的赋形剂，例如填充剂、粘合剂、崩解剂和/或润滑剂、以及着色剂、脱模剂、包衣剂、甜味剂、调味剂(诸如鹿蹄草、橙、木糖醇、山梨醇、果糖和麦芽糖糊精)、和芳香剂、防腐剂和/或抗氧化剂。
在一些实施例中，预期的药物制剂包括晶内相，其包括预期的反义化合物或药学上可接受的盐，例如Mongersen，并且在一些实施例中，附加的治疗剂和药学上可接受的填充剂。例如，Mongersen和填充剂可以与任选的其它赋形剂混合在一起，并形成颗粒。在一些实施例中，可以使用湿法制粒形成晶内相，例如将液体(例如水)加入到混合的反义化合物和填充剂中，然后将组合物干燥、研磨和/或筛分以产生颗粒。本领域技术人员将理解，可以使用其他方法来实现晶内相。
在一些实施例中，预期的制剂包括晶外相，其可以包括一种以上药学上可接受的赋形剂，并且其可以与晶内相混合以形成公开的制剂。
抗SMAD7治疗制剂、或在一些实施例中针对SMAD7的反义寡核苷酸的制剂、附加的治疗剂或其组合，可包括包含填充剂的晶内相。示例性的填充剂包括但不限于纤维素、明胶、磷酸钙、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露醇、山梨醇、微晶纤维素、果胶、聚丙烯酸酯、葡萄糖、乙酸纤维素、羟丙基甲基纤维素、部分预胶化淀粉、碳酸钙、包括其组合的其它。
在一些实施例中，抗SMAD7疗法的制剂、或在其它实施例中针对SMAD7的反义寡核苷酸的制剂、附加的治疗剂或其组合，可以包括晶内相和/或晶外相，其包括通常可用于将药物制剂的成分保持在一起的粘合剂。示例性粘合剂包括但不限于下列：淀粉、糖、纤维素或改性纤维素诸如羟基丙基纤维素、乳糖、预胶化玉米淀粉、聚乙烯吡咯烷酮、羟基丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、低取代羟丙基纤维素、羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、乙基纤维素、糖醇、以及包括其组合的其它。
预期的抗SMAD7疗法的制剂或针对SMAD7的反义寡核苷酸的制剂、附加的治疗剂或其组合(例如包括晶内相和/或晶外相)，可以包括崩解剂，例如但不限于淀粉、纤维素、交联的聚乙烯吡咯烷酮、羧甲基淀粉钠、羧甲基纤维素钠、海藻酸盐、玉米淀粉、交联甲基纤维素钠(Crosmellose sodium)、交联羧甲基纤维素、低取代羟丙基纤维素、阿拉伯树胶、和包括其组合的其它。例如，晶内相和/或晶外相可以包括崩解剂。
在一些实施例中，预期的抗SMAD7疗法的制剂或针对SMAD7的反义寡核苷酸的制剂、附加的治疗剂或其组合，包括：晶内相，其包含公开的反义化合物和选自以下的赋形剂：甘露醇、微晶纤维素、羟丙基甲基纤维素、和羧甲基淀粉钠或其组合；以及包含以下一种以上的晶外相：微晶纤维素、羧甲基淀粉钠和硬脂酸镁或其混合物。
在一些实施例中，预期的抗SMAD7疗法的制剂或针对SMAD7的反义寡核苷酸制剂、附加的治疗剂或其组合，可以包括润滑剂，例如晶外相可以含有润滑剂。润滑剂包括但不限于滑石、二氧化硅(silica)、脂肪、硬脂酸、硬脂酸镁、磷酸钙、二氧化硅(siliconedioxide)、硅酸钙、磷酸钙、二氧化硅胶体、金属硬脂酸盐、氢化植物油、玉米淀粉、苯甲酸钠、聚乙二醇、乙酸钠、硬脂酸钙、十二烷基硫酸钠、氯化钠、十二烷基硫酸镁、滑石和硬脂酸。
在一些实施例中，药物制剂包含肠溶衣。通常，肠溶衣产生用于口服药物的屏障，其控制药物沿消化道吸收的位置。肠溶衣可以包括根据pH崩解不同速率的聚合物。肠溶衣可包括例如醋酸邻苯二甲酸纤维素、丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、醋酸琥珀酸纤维素(cellulose acetate succinate)、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、甲基丙烯酸甲酯-甲基丙烯酸共聚物、丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物、C型甲基丙烯酸共聚物、聚醋酸乙烯-邻苯二甲酸酯、和醋酸邻苯二甲酸纤维素。
在一些实施例中，肠溶衣包括基于甲基丙烯酸、甲基丙烯酸/丙烯酸酯或其衍生物的阴离子、阳离子或中性共聚物。在一些实施例中，肠溶衣包括丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物。市售和示例性肠溶包衣包括：AMB、Acryl-等级。在一些实施例中，肠溶衣组成或可以包含占预期片剂重量的约5％至约10％、约5％至约20％、约8至约15％、约8％至约18％、约10％至约12％、或约12％至约16％。例如，肠溶衣可以包括丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物。
在一个实施例中，针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合，可以是用于口服使用的片剂，其包含：约0.5％至约10％重量的活性成分(例如，Mongersen)或其药学上可接受的盐；约30％至约50％重量的甘露醇；和约10％至约30％重量的微晶纤维素。
例如，提供片剂形式的抗SMAD7疗法或针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加治疗剂或其组合，其包含或基本上由约0.5％至约70％重量，例如约0.5％至约10％重量，或约1％至约20％重量，的活性成分(例如，反义寡核苷酸或其药学上可接受的盐(例如，Mongersen))。这种片剂可包括例如约0.5％至约60％重量的甘露醇，例如约30％至约50％重量的甘露醇，例如约40％重量的甘露醇；和/或约20％至约40％重量的微晶纤维素，或约10％至约30％重量的微晶纤维素。例如，预期的片剂可以包含晶内相，其包括：按重量计约30％至约60％，例如约45％至约65％，或可选地，按重量计约5％至约10％的Mongersen；按重量计约30％至50％或约5％至约15％的甘露醇；约5％至约15％的微晶纤维素；约0％至约4％或约1％至约7％的羟丙基甲基纤维素；和按重量计约0％至约4％，例如约2％至约4％的羧甲基淀粉钠。
所预期的示例性抗SMAD7疗法的制剂包括包含或基本上包含约10mg至约500mg的Mongersen的剂型，例如包含约10mg、约15mg、约20mg、约25mg、约30mg、约35mg、约40mg、约50mg、约60mg、约70mg、约80mg、约90mg、约100mg、约150mg、约160mg、约200mg或约250mg的Mongersen的片剂。在一个实施例中，抗SMAD7疗法可以是用于口服使用的片剂，其包含：约0.5％至约10％重量的由SEQ ID NO:1表示的反义寡核苷酸或其药学上可接受的盐；约30％至约50％重量的甘露醇；和约10％至约30％重量的微晶纤维素。
在本发明的一个示例性实施例中，提供了用于口服给药的药学上可接受的片剂，其包括：晶内相，其可以包含约50％重量的Mongersen(或其盐)、约11.5％重量的甘露醇、约10％重量的微晶纤维素、约3％重量的羟丙基甲基纤维素、和约2.5％重量的羧甲基淀粉钠；和晶外相，其可包含约20％重量的微晶纤维素、约2.5％的重量羧甲基淀粉钠、和约0.5％重量的硬脂酸镁。片剂还可以包括肠溶衣。
在另一个示例性实施例中，提供了用于口服给药的药学上可接受的片剂，其包括或基本上由以下组成：晶内相，其可以包含或基本上由以下组成：约5％至约10％(例如约8％)重量的Mongersen(例如其中核苷间键是各个O,O-连接的硫代磷酸酯、和/或其盐，例如钠盐)、约40％重量的甘露醇、约8％重量的微晶纤维素、约5％重量的羟丙基甲基纤维素、和约2％重量的羧甲基淀粉钠；和晶外相，其可包含约17％重量的微晶纤维素、约2％重量的羧甲基淀粉钠、和约0.4％重量的硬脂酸镁。
预期的片剂还可以包括肠溶包衣，例如，公开的片剂可以包括约13％、约14％、约15％、约16％、约17％重量的肠溶衣，例如丙烯酸乙酯-甲基丙烯酸共聚物(例如)。
例如，抗SMAD7疗法可以是包含晶内相和晶外相的用于口服的药学上可接受的片剂的形式，其中例如，晶内相包含约5％至约10％重量(例如约8％重量)的由SEQ ID NO:1表示的反义寡核苷酸或其药学上可接受的盐(例如，Mongersen)、约40％重量的甘露醇、约8％重量的微晶纤维素、约5％重量的羟丙基甲基纤维素、和约2％重量的羧甲基淀粉钠，并且例如，晶外相包含约17％重量的微晶纤维素、约2％重量的羧甲基淀粉钠、和约0.4％重量的硬脂酸镁，其中所述片剂还可包含肠溶衣。
在一些实施例中，当向患者口服给药时，预期的制剂(例如片剂)可产生患者中寡核苷酸的最小血浆浓度。在另一个实施例中，当患者口服给药时，所预期的制剂将局部递送至患者的末端回肠和/或右结肠，例如患者的受影响或患病的肠部位。
非肠道给药
本发明的药物组合物可以配制成用于非肠道的给药，例如配制成用于通过静脉内、肌内、皮下、病灶内或腹膜内途径注射。根据本公开内容，水性组合物，例如含有针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合的水性药物组合物的制备将为本领域技术人员所了解。通常，这样的组合物可以制备为作为液体溶液或悬浮液的注射剂；也可以制备适于在注射前加入液体时制备溶液或悬浮液的固体形式；并且制剂也可以乳化。
适于注射使用的药物形式包括无菌水溶液或分散体；制剂包括芝麻油、花生油或丙二醇水溶液；和用于临时制备无菌可注射溶液或分散体的无菌粉末。在所有情况下，剂型必须是无菌的，并且必须是存在容易注射性的程度的流体。其在制造和储存条件下必须是稳定的，并且必须防止微生物诸如细菌和真菌的污染作用。
作为游离碱或药理学上可接受的盐的活性化合物的溶液可以在适当地与表面活性剂诸如羟丙基纤维素混合的水中制备。分散体也可以在甘油、液体聚乙二醇及其混合物中和在油中制备。此外，无菌的不挥发油可以用作溶剂或悬浮介质。为此目的，可以使用任何温和的不挥发油，包括合成的甘油单酯或甘油二酯。此外，脂肪酸诸如油酸可用于制备注射剂。无菌注射制剂还可以是在无毒的非肠道的可接受的稀释剂或溶剂中的无菌注射溶液、悬浮液或乳液，例如作为在1，3-丁二醇中的溶液。可以采用的可接受的载体和溶剂是水、林格氏溶液、U.S.P.、和等渗氯化钠溶液。在一个实施例中，可以将针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合悬浮在包含1％(w/v)羧甲基纤维素钠和0.1％(v/v)TWEENTM80的载液中。在通常的储存和使用条件下，这些制剂含有防腐剂以防止微生物的生长。
可根据已知技术使用合适的分散剂或润湿剂和悬浮剂配制注射制剂，例如无菌注射水性或油性悬浮液。通常，通过将各种灭菌的活性成分掺入无菌载体中制备分散体，所述无菌载体含有基本分散介质和来自上面列举的那些的需要的其它成分。本发明的无菌注射溶液可以通过将针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合掺入所需量的根据需要具有多种上述其它成分的适当溶剂中，然后过滤灭菌来制备。在用于制备无菌注射溶液的无菌粉末的情况下，优选的制备方法是真空干燥和冷冻干燥技术，其从其先前无菌过滤的溶液产生活性成分和任何额外的所需成分的粉末。可注射制剂可以例如通过细菌截留过滤器过滤而灭菌。
也考虑制备用于肌内注射的更多或高度浓缩的溶液。在这方面，优选使用DMSO作为溶剂，因为这将导致极其快速的渗透，将高浓度的针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合递送至小区域。
用于这种溶液的合适的防腐剂包括苯扎氯铵、苄索氯铵、氯丁醇、硫柳汞等。合适的缓冲剂包括硼酸、碳酸氢钠和碳酸氢钾、硼酸钠和硼酸钾、碳酸钠和碳酸钾10、乙酸钠、磷酸二氢钠等，其用量足以将pH保持在约pH 6和pH 8之间，优选在约pH 7和pH 7.5之间。合适的张度剂是葡聚糖40、葡聚糖70、葡萄糖、甘油、氯化钾、丙二醇、氯化钠等，使得眼用溶液的氯化钠当量在0.9±0.2％的范围内。合适的抗氧化剂和稳定剂包括亚硫酸氢钠、焦亚硫酸钠、硫代硫酸钠、硫脲等。合适的润湿剂和澄清剂包括聚山梨酯80、聚山梨酯20、泊洛沙姆282和泰洛沙泊。合适的增粘剂包括右旋糖苷40、右旋糖苷70、明胶、甘油、羟乙基纤维素、羟甲基丙基纤维素、羊毛脂、甲基纤维素、凡士林、聚乙二醇、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、羧甲基纤维素等。
在一个示例性实施例中，用于皮下施用针对SMAD7的反义寡核苷酸的药物组合物包含：反义寡核苷酸(诸如SEQ ID NO:1所示的寡核苷酸)或其药学上可接受的盐(例如钠盐，例如Mongersen)、和药学上可接受的载体。
剂量
示例性制剂包括包含任选地与一种以上附加的治疗剂组合的约10mg至约500mg的针对SMAD7的反义寡核苷酸的剂型。例如，本文所预期的是包括约10mg至约500mg的Mongersen的制剂和包含约10mg、约15mg、约20mg、约25mg、约30mg、约35mg、约40mg、约50mg、约60mg、约70mg、约80mg、约90mg、约100mg、约150mg、约160mg、约200mg或约250mg的针对SMAD7的反义寡核苷酸的片剂。在一个实施例中，制剂可包含约40mg、80mg或160mg针对SMAD7的反义寡核苷酸。在一些实施例中，制剂可包含至少100μg针对SMAD7的反义寡核苷酸。例如，制剂可以包括约0.1mg、0.2mg、0.3mg、0.4mg、0.5mg、1mg、5mg、10mg、15mg、20mg或25mg的抗SMAD7反义寡核苷酸。施用的量将取决于变量，诸如待治疗的疾病或适应症的类型和程度、患者的总体健康和大小、反义寡核苷酸的体内效力、药物制剂和给药途径。可以将初始剂量增加到超过较高水平(upper level)以便快速达到期望的血液水平或组织水平。或者，初始剂量可以小于最佳剂量，并且剂量可以在治疗过程中逐渐增加。可以例如在设计为从40mg至160mg进行的常规I期剂量递增试验中优化人用剂量。给药频率可以根据诸如给药途径、剂量和所治疗的疾病的因素而变化。示例性给药频率为每天一次、每周一次和每两周一次。在一些实施例中，给药是每天一次，持续7天。
附加的试剂或组合的适当剂量将取决于附加的试剂的特性并且可由技术人员确定。
可以根据受试者的临床响应根据需要改变剂量。例如，与缓解之前的剂量相比，已经经历缓解的受试者可以具有减少的一种以上个体治疗剂的剂量(例如减少至少2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％、或99％，或减少约2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％、或99％)。
施用(给药)
反义寡核苷酸和附加的治疗可以在相同或分开的剂量制剂中大约同时施用。如果反义寡核苷酸和附加的疗法以分开的剂量制剂施用，则反义寡核苷酸和附加的疗法可以短间隔连续(short succession)施用，例如在两者相隔1分钟内、3分钟内、5分钟内、10分钟内、15分钟内、20分钟内、30分钟内、45分钟内或1小时内。反义寡核苷酸和附加的疗法可以以任何顺序施用，例如，可以首先施用反义寡核苷酸或可以首先施用附加的疗法。
反义寡核苷酸和附加疗法的给药途径可以是相同的(例如口服)或可以是不同的(例如口服和非肠道的)。在某些实施例中，抗SMAD7治疗是口服给药的。
在其他实施例中，单一治疗剂作为独立疗法而开始，再添加第二治疗剂(即，用单一试剂预治疗)。例如，组合疗法方法可以包括单独的抗SMAD7疗法或使用一种以上附加的治疗有效试剂的独立疗法的一个以上初始施用。在一些实施例中，在独立疗法的初始施用之后使用抗SMAD7疗法和一种以上附加治疗有效试剂的组合治疗。
预治疗的长度可以是预定的。例如，预治疗可以在组合中的附加治疗剂之前约12小时、1天、2天、3天、4天、7天、10天、14天、21天、28天、1个月、1.5个月、2个月、2.5个月、3个月、4个月、5个月、6个月、8个月、10个月、12个月、15个月、18个月或24个月开始。
在其它情况下，预治疗期基于患者对预治疗的临床响应。例如，在开始第二治疗剂之前达到预定的生物标志物水平或CDAI或UCAI分值(例如，本文所述的任何水平或分值)。
在具体实施例中，预治疗包括施用治疗剂的“亚阈值”水平，即，比将治疗剂用作单一疗法时通常给予的剂量低的剂量。例如，剂量可以是比作为单一疗法的试剂通常给予的剂量低至少2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％0或降低约2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％。
使用独立疗法的预治疗可使患者对组合疗法敏感。例如，相比于使用两种疗法同时开始或在两者间隔短时间(例如，1天、2天、3天、4天或7天)开始治疗，使用所述组合预治疗可以导致更大临床效力。在具体实施例中，预治疗可使患者对在其他情况下响应有限或无响应的组合疗法敏感
在组合疗法导致更差的患者结果的情况下，可以对患者进行“挽救”治疗，其可以包括(例如本文所述的那些中的任一种)免疫抑制剂或生物制剂。
协同
与预期的两种单独治疗剂的加和效果相比，组合疗法可以展现效果的协同改善。可以使用本文所述的任何给药方案实现协同，例如，其中组合疗法同时(例如，在相同或不同组合物中)开始，或其中采用使用独立疗法(例如抗SMAD7治疗剂或附加的试剂)的预治疗。
与效果的协同改善相关的优点是可以使用一种以上个体治疗剂的较低剂量、较低频率的给药或较短的施用持续时间来治疗IBD。与作为单一疗法给予所述治疗时所使用的剂量相比，个体治疗剂的给药可以减少至少2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％或减少约2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％。在其他情况下，给药频率可以降低到比例如单次疗法使用的频率少95％、90％、80％、75％、60％、50％、40％、35％、30％、25％、20％、15％或10％的频率或约为95％、90％、80％、75％、60％、50％、40％、35％、30％、25％、20％、15％或10％的频率。
此外，疗法的持续时间可以减少(例如，减少至少2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％或减少约2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％)。在其中以治疗周期给予给药的情况下，例如在不连续给予治疗的情况下，“开”周期可以缩短或“关闭周期”可以延长，例如至少2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％或约2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％。
在一些情况下，可以在开始治疗的同时开始观察到的协同作用所允许的较低剂量的施用。在其他情况下，最初可以使用更高剂量的治疗剂，例如没有协同作用的那些。在这些情况下，较高剂量可以随时间逐渐或逐步降低。例如，剂量可以在预定时间段内减少，或者当患者实现临床响应的某些测量时(例如，本文所述的那些中的任一种)。
除了允许较低剂量，组合疗法还可以导致改善的临床效果。这可以在个体患者中观察到。例如，与接受单一疗法的相同的患者相比，接受组合疗法的患者将显示减轻的疾病症状。或者，可以在患者群体中观察到效果改善，例如，其中患者群体的平均临床得分相对于单一疗法得到改善，或者其中更大比例的患者达到期望的临床阈值(例如疾病缓解)。例如，组合疗法可以导致比各单一疗法的响应或缓解率大至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％或至少40％的响应或缓解率。
在一些情况下，对抗SMAD7疗法或对附加的疗法有抗性的患者在向患者施用本发明的组合时表现出敏感。在特定情况下，抗SMAD7疗法有抗性的患者对包括抗SMAD7疗法和一种以上附加治疗有效试剂的组合疗法比对涉及施用一种以上的附加治疗有效试剂的独立疗法响应更好。在其它情况下，相比单独的抗SMAD7疗法，对一种以上附加治疗有效试剂有抗性的患者能够对抗SMAD7疗法和一种以上附加治疗有效试剂的组合更好地响应。
可以通过本领域已知的任何方法，例如使用本文所述的任何生物标志物或指数来确定对治疗剂的响应。与协同作用相关的另一个优点是减少副作用。因为剂量可以减少，任何药物相关的毒性同样可以减少。副作用的发生率或严重程度也可以降低。抗SMAD7疗法或附加治疗剂的潜在副作用包括呕吐、恶心、贫血、咳嗽、消化不良、肌酸磷酸激酶增加、支气管炎、食欲减退、嗜睡、口疮性口炎、瘘管、白细胞减少、腹部脓肿、脓肿、痤疮、肛门脱垂、焦虑、血钙降低、血钾降低、血尿素升高、胆汁淤积、牙科问题、抑郁症、口干、耳痛、牙髓手术、癫痫、眼睑刺激、胃肠动力障碍、便血、痔疮、多汗、肠梗阻、黄疸、关节僵硬、肌痛、颈部疼痛、口腔疱疹、心悸、瘙痒、心动过速、热灼伤、舌病、牙痛、上呼吸道充血、胃肠炎、巨大红细胞性贫血、肛裂、背痛、胸部不适、挫伤、皮肤囊肿、头晕、感染性红斑、平均细胞体积增加、血小板计数增加和闭塞症状。药物毒性或副作用的发生或严重程度的降低可以是至少2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％或约2％、5％、8％、10％、12％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、50％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、88％、90％、92％、95％、98％或99％。
附加疗法(治疗剂)
在本发明的一些实施例中，抗SMAD7疗法可以在其它治疗之后或同时施用，其它治疗例如但不限于一种以上的类固醇、一种以上的免疫调节剂和/或美沙拉嗪。抗SMAD7疗法可以在这些治疗的任何组合之后或同时施用。例如，在一些实施例中，抗SMAD7疗法可以仅与一种以上的类固醇、仅与一种以上的免疫调节剂、仅与美沙拉嗪、与一种以上的类固醇和一种以上的免疫调节剂、与一种以上的类固醇和美沙拉嗪、或与一种以上的免疫调节剂和美沙拉嗪一起施用。
免疫调节剂的实例包括硫唑嘌呤、巯嘌呤、甲氨蝶呤、环孢霉素A和他克莫司。类固醇的实例包括皮质类固醇，例如强的松、地塞米松、氢化可的松、甲基泼尼松龙、强的松和布地奈德。在一些实施例中，代替美沙拉嗪，可以施用不同的水杨酸，例如柳氮磺吡啶。在本发明的一些实施例中，类固醇、免疫调节剂或美沙拉嗪可以通过与抗SMAD7疗法(即，口服)相同的途径施用。在本发明的一些实施例中，类固醇、免疫调节剂或美沙拉嗪可以通过与抗SMAD7疗法不同的途径施用。例如，类固醇、免疫调节剂或美沙拉嗪可以非肠道、直肠、静脉内、局部或通过吸入喷雾施用。
除了抗SMAD7治疗剂之外，本发明的方法、试剂盒和组合物可以包括治疗剂。此类附加的试剂可以包括氨基水杨酸、抗生素、类固醇、炎性细胞因子拮抗剂和免疫调节剂，或其组合。示例性试剂在下文中更详细地描述。
在一些实施例中，抗SMAD7治疗剂可以与任何其它治疗剂联用。在一些实施例中，抗SMAD7治疗剂可以与适于治疗IBD(例如CD或UC)的任何附加的治疗剂联用。在一些实施例中，附加的治疗剂可以包括氨基水杨酸、抗生素、类固醇、炎性细胞因子拮抗剂和/或免疫调节剂中的一种以上。在一些实施例中，附加的治疗剂不包括氨基水杨酸。在一些实施例中，附加的治疗剂不包括抗生素。在一些实施例中，附加的治疗剂不包括类固醇。在一些实施例中，附加的治疗剂不包括炎性细胞因子拮抗剂。在一些实施例中，附加的治疗剂不包括美沙拉嗪、布地奈德和/或全身施用的皮质类固醇中的一种以上。
在一些实施例中，附加的治疗剂与抗SMAD7治疗剂分开施用。在一些实施例中，首先施用附加的治疗剂，并然后施用抗SMAD7治疗剂。例如，附加的治疗剂施用比抗SMAD7治疗剂晚超过1分钟、超过3分钟、超过5分钟、超过10分钟、超过15分钟、超过20分钟、超过30分钟、超过45分钟、超过1小时、超过2小时、超过3小时、超过6小时、超过9小时、超过12小时、超过18小时后或超过24小时。在一些实施例中，首先施用抗SMAD7治疗剂，并然后施用附加的治疗剂。例如，抗SMAD7治疗剂施用比附加的治疗剂晚超过1分钟、超过3分钟、超过5分钟、超过10分钟、超过15分钟、超过20分钟、超过30分钟、超过45分钟、超过1小时、超过2小时、超过3小时、超过6小时、超过9小时、超过12小时、超过18小时后或超过24小时。
氨基水杨酸
在某些实施例中，附加的试剂是氨基水杨酸。氨基水杨酸的具体实例包括5-氨基水杨酸(5-ASA或美沙拉嗪)、柳氮磺吡啶、巴柳氮和奥沙拉秦。通常，这些化合物具有抗炎症效果。
在一些实施例中，氨基水杨酸包括：2-羟基-4-(4-(5-(2-甲基-3-苯基丙-2-烯亚基)-4-氧代-2-硫亚基-1,3-噻唑烷-3基)-丁酰氨基)苯甲酸、2-甲氧基-5-氨基-N-羟基苯甲酰胺、3-甲氧基水杨胺、4-(N-(4-环己基苄基)-2-(N,2,4,6-四甲基苯基磺酰氨基)乙酰氨基)-2-羟基苯甲酸、5-(7-羟基-3-O-膦酰基胆酰基)氨基水杨酸、5-氨基甲基水杨酸、5-氨基水杨基甘氨酸、5-氨基水杨基牛磺酸、乙酰基4-氨基水杨酸、乙酰基-4-二甲基氨基水杨酸、乙酰基-5-氨基水杨酸、氨基水杨酸、达沙拉嗪、葡聚糖-5-氨基水杨酸、Dolo-Menthoneurin、伊普柳氮、2-羟基-5-(N-((2,5-二羟基苯基)甲基)氨基)苯甲酸3-苯丙基酯、5-氨基水杨酸甲酯、N-乙酰基-5-氨基水杨酸、N-吡喃葡萄糖基-5-氨基水杨酸、N-甲基丙烯酰基-5-氨基水杨酸、N,N'-双(5-氨基水杨基)半胱氨酸、NO-美沙拉嗪、NSC 74859、奥沙拉嗪-O-硫酸酯、帕司烟肼、4-氨基水杨酸苯酯、水杨酸二乙胺或UR 12746。
在一些实施例中，与柳氮磺吡啶相关的化合物包括同型柳氮磺吡啶(homosulfasalazine)、甲基柳氮磺吡啶、赛甲氧星(salazodimethoxine)、柳氮定、水杨酰偶氮亚氨基吡啶(salicylazoiminopyridine)、舒沙利莫德或TL-118。
抗生素
在某些实施例中，附加的治疗剂是抗生素。在一些实施例中，抗生素包括青霉素、头孢菌素、多粘菌素、利福平、lipiarmycin(非达霉素)、喹诺酮、磺酰胺、大环内酯、林可酰胺、四环素、氨基糖苷、环脂肽、甘氨酰环素、氧化吲哚。
青霉素是一组含有具有连接到6-氨基的侧链的6-氨基青霉烷酸的抗生素。在一些实施例中，青霉素包括苄青霉素、苯氧甲基青霉素、苄星青霉素、苄星苯氧甲基青霉素、青霉素G、普鲁卡因青霉素G、青霉素V、卡非西林、氨苄青霉素、匹氨苄青霉素、羧苄青霉素、阿莫西林、卡印西林、巴氨西林、匹美西林、阿洛西林、美洛西林、哌拉西林、替卡西林、酞氨青霉素、磺苄西林、海他西林、苯丙西林、非奈西林、双氯青霉素、邻氯青霉素、甲氧西林、苯唑西林、氟氯西林、比阿培南、阿帕西林、阿扑西林、环己西林、咪唑青霉素、亚胺培南、仑氨西林、萘夫西林、或帕尼培南。
头孢菌素是最初衍生自顶孢霉属(Acremonium)真菌的一类β-内酰胺抗生素。在一些实施例中，头孢菌素包括头孢曲嗪、头孢孟多、头孢唑喃、头孢咪唑、头孢匹林、头孢噻啶、头孢磺啶、头孢替安、头孢雷特、ceftexzole、头孢西丁、拉氧头孢、氟氧头孢、头孢美唑、头孢替坦、头孢匹胺、头孢来星、头孢氨苄、头孢羟氨苄、头孢沙定、头孢拉定、头孢克洛或头孢哌酮。
多粘菌素是抗生素，其通常具有由具有长疏水尾部的环肽组成的结构。它们通过与其磷脂相互作用而破坏细菌细胞膜的结构，并对革兰氏阴性菌具有选择性毒性。在一些实施例中，多粘菌素包括polysporin、新孢霉素、多粘菌素B、多粘菌素E、多粘菌素S或多粘菌素T。
利福平是源于地中海链丝菌(Streptomyces mediterranei)产生的广谱抗生素，其抑制DNA依赖性RNA聚合酶活性。在一些实施例中，利福平包括18,19-二氢利福平、21-(O-磷酰基)利福平、23-(O-(β-吡喃葡萄糖基))利福平、23-(O-呋喃核糖基)利福平、25-脱乙酰利福平、25-脱乙酰利福喷丁、3-甲酰基-21-(O-磷酰基)利福霉素SV、3-甲酰基-23-(β-吡喃葡萄糖基)利福霉素SV、3-甲酰基-23-(O-呋喃核糖基)利福霉素SV、CGP 43371、CGS 24565、cotrifazid、脱氢利福平、DMB-利福平、Myrin P、rifamazid、利福霉素N-氧化物、利福喷丁、利伐普仑、rivicycline或Sinerdol EH。
喹诺酮类是抑制细菌DNA展开和复制的一类合成抗生素。在一些实施例中，喹诺酮包括西诺沙星、萘啶酸、恶喹酸、吡咯米酸、吡哌酸、罗索沙星、环丙沙星、氟啶酸、氟罗沙星、洛美沙星、那氟沙星、诺氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、芦氟沙星、巴洛沙星、格雷沙星、左氧氟沙星、帕珠沙星、司氟沙星、替马沙星、妥舒沙星、克林沙星、加替沙星、吉米沙星、莫西沙星、西他沙星、曲伐沙星、普卢利沙星、德拉沙星JNJ-Q2或者奈诺沙星。
抗菌磺胺化物是一组含有磺酰胺基团的合成抗微生物剂。在一些实施例中，磺酰胺包括磺胺醋酰、磺胺嘧啶、磺胺二甲嘧啶、磺胺异恶唑、磺胺二甲基异嘧啶、磺胺素嘧啶(磺胺二甲基异嘧啶)、磺胺多辛、磺胺甲恶唑、磺胺二甲基恶唑、磺胺地索辛、磺胺甲氧哒嗪、磺胺对甲氧嘧啶、磺胺多辛或磺胺甲氧吡嗪。
大环内酯是包含大环内酯环的一组化合物。在一些实施例中，大环内酯包括阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、泰利霉素、卡波霉素A、交沙霉素、吉他霉素、麦迪霉素/醋酸麦迪霉素、竹桃霉素、索利霉素、螺旋霉素、醋竹桃霉素(troleandomycin)或泰乐菌素(tylosin/tylocine)。
林可酰胺是一类含有通过酰胺键连接到吡喃糖部分的吡咯烷环的化合物。在一些实施例中，林可酰胺包括7-叠氮基-7-脱氧林可霉素、7-脱氧林可霉素、抗生素Bu 2545、chloramlincomycin、克林霉素、Linco-HAP、林可霉素砜、林可霉素亚砜、利高霉素(lincospectin)、sparsolincomycin、Stomapin、d1-N-乙基克林霉素、米林霉素、吡利霉素、或吡利霉素腺苷酸。
四环素抗生素具有并四苯结构并且在蛋白质合成期间抑制氨基酰基tRNA结合。在一些实施例中，四环素抗生素包括四环素、氯四环素、氧四环素、地美环素、半合成品、赖甲四环素、甲氯环素、美他环素、米诺环素和氢吡四环素。
氨基糖苷抗生素是一组抑制蛋白质合成的革兰氏阴性抗菌治疗试剂。在一些实施例中，氨基糖苷类抗生素包括庆大霉素、卡那霉素A、阿米卡星、妥布霉素、地贝卡星、庆大霉素、西索米星、奈替米星、新霉素B和C、新霉素E(巴龙霉素)或链霉素。
环状脂肽抗生素包括与肽部分连接的脂质部分。在一些实施例中，环状脂肽抗生素包括达托霉素或battacin。
甘氨酰环素是与四环素相关的一类抗生素，并且具有相似的作用机制。在一些实施例中，甘氨酰环素包括替加环素。
恶唑烷酮是通常包括2-恶唑烷酮结构的抗生素类。它们通过抑制tRNA与核糖体的结合而起作用。在一些实施例中，恶唑烷酮包括利奈唑胺、泼斯唑来、泰地唑胺(torezolid)、泰地唑利(tedizolid)、雷得唑来、或环丝氨酸。
在一些实施例中，抗生素包括过氧化苯甲酰、利福昔明、氯苯吩嗪、异烟肼、替硝唑、万古霉素或甲硝唑。
类固醇
在某些实施例中，附加的治疗剂是类固醇，例如皮质类固醇。皮质类固醇可以是天然存在的或合成的，并且通常由氢化环戊烷多氢菲环系统表征。在一些实施例中，皮质类固醇包括布地奈德、地塞米松(例如21-醋酸盐)、倍他米松(例如17-戊酸盐)、巯氢可的松特戊酸酯、去炎松、去炎松(例如缩丙酮、缩丙酮21-棕榈酸盐、双乙酸盐、hexacetonide)、莫米松、安西缩松、地奈德、氟轻松醋酸酯、哈西奈德、氟可龙、氢化可的松、丙酸氟替卡松、糠酸莫米松、强的松、泼尼松龙、倍氯米松(例如二丙酸盐(例如一水合物))、氟尼缩松或甲基泼尼松龙(例如醋酸盐或琥珀酸钠)。
在一些实施例中，皮质类固醇包括6-羟基地塞米松、9-氟可的松、氯倍他索(例如丙酸盐)、氯倍他松、氯可托龙(例如特戊酸盐)、可的松(例如醋酸盐)、双氯松、双氟拉松(例如，双乙酸盐)、二氟可龙、多倍他索、flucmolone、氟米松(例如特戊酸盐)、氟轻松(例如缩丙酮)、氟羟基雄烯二酮、氟米龙(例如醋酸盐)、氟羚甲基睾丸素、flupredidene、氟强的松龙、卤米松、卤泼尼松、氢化可的松、异氟泼尼松(例如醋酸盐)、甲氯松或帕拉米松(例如醋酸盐)。
免疫调节剂
在某些实施例中，附加的治疗剂是免疫调节剂，例如免疫抑制剂。在一些实施例中，免疫抑制剂包括嘌呤类似物(例如硫唑嘌呤和6-巯基嘌呤)、叶酸类似物(例如甲氨蝶呤)、嘧啶类似物(例如氟尿嘧啶)、或细胞毒性抗生素(例如更生霉素、丝裂霉素C、博来霉素、光辉霉素、蒽环霉素和米诺环素)。在一些实施例中，免疫抑制剂包括他克莫司、米托蒽醌、环磷酰胺、麦考酚酸酯或雷帕霉素。
炎症细胞因子拮抗剂
在某些实施例中，附加的治疗剂是免疫因子拮抗剂，例如肿瘤坏死因子(TNF)拮抗剂或IL-10拮抗剂。在一些实施例中，TNF拮抗剂包括英夫利昔单抗、阿达木单抗、塞妥珠单抗、戈利木单抗、依那西普、己酮可可碱或者安非他酮。
监测治疗的方法
在一些实施例中，本文所述的方法需要监测治疗、疾病状态或与患有IBD的患者的疾病状态相关的生物标志物。监测治疗在评估治疗效果和安全性以及评估调节治疗的需要方面可能是有用的。监测治疗也可用于评估施用于患者或将施用于患者的SMAD7反义寡核苷酸的量是否应增加或减少。此外，监测治疗在确定应调节(即增加或减少)的SMAD7反义寡核苷酸的剂量的量或相对量方面可能是有用的。
可以使用任何适当的方法来监测组合治疗在治疗炎症性肠病中的有效性。例如，可使用已知与炎症性肠病或过量的SMAD7活性相关的任何生物标志物来监测患者的治疗的有效性，如任何主观或客观临床量表。监测治疗在评估治疗效果和安全性以及评估调节治疗的需要方面可能是有用的。监测治疗还可用于评估施用于患者或将施用于患者的针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加治疗剂或其组合的量是否应当增加或减少或治疗是否有效。此外，监测治疗在确定针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合的剂量应该被调节(例如增加或减少)的量或相对量方面可能是有用的。
监测，例如监测患有IBD的患者的CRP水平，可以在SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量之前、期间或之后开始。此外，监测可在初始剂量后继续。例如，可以在施用初始剂量后进行监测。监测也可以在SMAD7反义寡核苷酸的后续剂量之前、期间或之后进行。监测可以是连续或不连续的，使得可以以规律的间隔(例如，在向患者施用每个剂量SMAD7反义寡核苷酸之后、在对患者施用每个剂量SMAD7反义寡核苷酸之前，或者在向患者施用每个剂量量的SMAD7反义寡核苷酸之前和之后)进行监测。
监测例如患有IBD的患者的生物标志物或生物标志物的组合(例如，CRP、TNFα和IL8)的水平可以在针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合的初始剂量之前、期间或之后开始。此外，监测可在初始剂量后继续。例如，可以在施用初始剂量后进行监测。监测也可以在针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗剂或其组合的后续剂量之前、期间或之后进行。监测可以是连续的或不连续的，使得可以以有规律的间隔(例如，在向患者施用每个剂量的针对SMAD7的反义寡核苷酸、附加的治疗试剂或其组合之后、在每个剂量施用于患者之前、或在每个剂量施用于患者之前和之后)进行监测。
监测可以在单日中进行多次(例如，在单日中2次、3次、4次、约5次或约10次)、一天一次、单周多次(例如，在单周中2次、3次、4次、约5次或约10次)、每周一次、单月多次(例如，在单月内2次、3次、4次、约5次、或约10次)、或每月一次。在本发明的方法中，可以在相对于施用步骤的多个时间进行监测。例如，在一些实施例中，监测可以在施用步骤之后立即、或施用步骤之后至少1天、至少3天、至少5天、至少1周、至少2周、至少3周、至少1个月、至少2个月、至少4个月、或至少6个月进行。在一些实施例中，在施用步骤后约15天或约28天进行监测。
如上所述，本发明部分基于如下发现：CRP和其它生物标志物的水平可用于评价和改变在患有IBD的患者中用SMAD7反义寡核苷酸的管理和治疗。因此，在本发明的实施例中，知道、确定、分析或比较患者或来自患有IBD的患者的样品中的CRP和/或另一生物标志物的水平是有用的。例如，在一些情况下，知道CRP和/或另一生物标志物的正常或异常水平的阈值将是有用的，以便确定SMAD7反义寡核苷酸、抗SMAD7疗法、附加的治疗剂或其组合的水平是否应当增加、减少或保持不变。在本文所述的方法中，CRP的正常水平可以与特定值有关，例如，约0.01mg/L、约0.05mg/L、约0.1mg/L、约0.2mg/L、约0.3mg/L、约0.4mg/L、约0.5mg/L、约0.6mg/L、约0.7mg/L、约0.8mg/L、约0.9mg/L、约1.0mg/L、约1.5mg/L、约2.0mg/L、约2.5mg/L或约3.0mg/L的值。取决于血清中的对照受试者，TNFα的正常水平可以是约11μg/L(例如，11.2μg/L)，或可以是另一个值(例如5μg/L、6μg/L、7μg/L、8μg/L、9μg/L、10μg/L、12μg/L、13μg/L、14μg/L或15μg/L)。取决于对照受试者，血清中IL8的正常水平可以是约13μg/L(例如，12.9μg/L)，或可以是另一个值(例如6μg/L、7μg/L、8μg/L、9μg/L、10μg/L、11μg/L、12μg/L、14μg/L、15μg/L、16μg/L或17μg/L)。参见，例如，Arican等人，Mediators Inflamm.，2005：273，2005。在一些实施例中，可以通过与健康对照组中的CRP和/或另一生物标志物的中位水平进行比较来确定CRP和/或另一生物标志物的正常水平，所述健康对照组与患者相对于各种因素，例如年龄、性别、种族起源、吸烟习惯、饮食习惯、体重指数(BMI)和/或运动习惯进行匹配。
CRP和/或其他分析物的水平可以通过从患者获得样品来确定。生物标志物或生物标志物组合(例如，CRP、TNFα和IL8)的水平可以通过从患者获得样品来确定。根据本文所述的方法，样品可以是组织样品(例如胃肠组织样品)或体液样品(例如唾液样品、粪便、尿样品或任何液体活检)。样品可以包括含有CRP表达细胞或其他生物标志物表达细胞(例如结肠上皮组织细胞)的固体组织活检。样品可以是从患者组织活检(例如粘膜组织活检(例如肠粘膜组织活检))获得的样品。此外，样品可以是血液、血清或血浆样品。可以使用本领域熟知的技术获得来自受试者的血液样品。血液样品可以包括外周血单核细胞(PMBC)、RBC缺失的全血或血清。可以使用不同密度梯度(例如，Ficoll密度梯度)离心程序从全血样品中分离PBMC。例如，将全血(例如抗凝全血)在分离介质上分层并离心。在离心步骤结束时，从顶部到底部目视观察到以下层：血浆/血小板、PBMC、分离介质和红细胞/粒细胞。
还可以基于时间参数从患者获得或提取样本。例如，可以在给定时间段内，例如约1小时、约6小时、约12小时、约1天、约3天、约1周或约1个月，在不同的时间点，例如约每30分钟、约每小时、约每3小时、约每6小时或约每12小时，从同一患者获取样品。也可以在个体餐后，例如，餐后立即、约30分钟后、约1小时后、约2小时后、约3小时后、约4小时后、约5小时后、或约6小时后，获得样品。
监测治疗的方法还可包括监测其它因素的方法，其它因素包括但不限于其它生物标志物或分析物(例如CRP、TNFα，IL8)的水平、CDAI分值、临床缓解以及IBD症状的存在或严重程度。
在测量分析物、生物标志物或生物标志物的组合(例如，CRP、TNFα和IL8)的水平的本发明的实施例中，可以使用各种方法来测量生物标志物或分析物。可以使用本领域已知的任何方法，包括但不限于免疫化学和/或通过核苷酸分析来确定分析物或生物标志物例如IL8、TNFα或CRP的水平。
例如，可以通过免疫化学确定血液或组织样品或已知体积的血液或组织样品的一部分中的CRP和/或另一生物标志物的量。通过免疫化学确定生物标志物或分析物浓度的方法包括但不限于Western印迹、ELISA和免疫染色方法。在一些实施例中，使用可以结合目标的生物标志物或分析物的抗体，例如抗CRP抗体或针对生物标志物的抗体进行通过免疫化学确定生物标志物或分析物浓度的方法。通过免疫化学测定生物标志物或CRP浓度需要例如至少一种针对生物标志物或CRP蛋白的抗体，例如至少一种抗CRP抗体。一抗可以用可检测标记(例如荧光标记物)标记。或者，可以使用由可检测标记(例如荧光标记物)标记的、与一抗的物种同种型特异性结合的二抗进行免疫化学。通过免疫化学确定生物标志物或分析物浓度的方法还可包括使用缓冲液、封闭试剂、未偶联的一抗、以及与可以进行抗体检测的标记(诸如荧光探针或底物特异性酶)偶联的一抗和/或二抗。
通过核苷酸分析确定生物标志物或分析物浓度的方法包括但不限于分析生物标志物或分析物mRNA转录物水平的方法，例如Northern印迹和聚合酶链反应法，例如定量聚合酶链反应法。可以使用结合生物标志物或分析物核苷酸序列(例如，CRP、TNFα或IL8核苷酸序列)的寡核苷酸探针或能够通过聚合酶链反应(例如，通过定量聚合酶链反应)扩增分析物或生物标志物核苷酸序列的寡核苷酸引物对来进行核苷酸分析。寡核苷酸探针和寡核苷酸引物可以连接到可检测标签，诸如荧光标签。在通过核苷酸分析确定分析物或生物标志物浓度时，医师可以评估样品中的特定分析物或生物标志物的mRNA转录物浓度。或者，在通过核苷酸分析确定分析物或生物标志物浓度时，医师可以建立特定分析物或生物标志物mRNA转录物丰度与特定分析物或生物标志物蛋白质丰度之间的相关性，以便基于分析物或生物标志物mRNA转录物丰度外推分析物或生物标志物蛋白质浓度。
请求保护的发明的方法包括可以在体外进行的步骤。例如，预期测量受试者的CRP和/或其他生物标志物水平、确定样品中CRP和/或其他生物标志物的水平、和/或确定CDAI分值或进行确定CDAI分值所必需的测量的步骤可以在体外进行。例如，可以通过在体外对样品进行免疫化学或核苷酸分析来确定样品中CRP和/或另一生物标志物的水平。预期的体外测定的实例包括但不限于：时间分辨荧光共振能量转移测定(TR-FRET；例如Cisbio)、表面等离子体共振测定(例如，表面等离子体共振阵列系统)、实时聚合酶链反应(RT-PCR)、和基于细胞的测定(例如，基于报道细胞的测定)。或者，在本发明的一些实施例中，可以在体内进行确定和分析患有IBD的患者的CRP和/或其他生物标志物水平、确定和分析样品中的CRP和/或其他生物标志物水平、和/或确定CDAI分值或进行确定CDAI分值所必需的测量。
主要临床终点可以包括例如实现临床缓解或维持临床缓解的一段时间(例如，1周、2周、1个月、2个月、3个月、6个月或1年)，如由医生例如基于克罗恩病活动指数(CDAI)或溃疡性结肠炎活动指数(UCAI)确定的。例如，临床终点可以是实现患者的CDAI分值<150、<125、<100或<75；不超过某一最大CDAI分值例如至少1周、2周、1个月、2个月、3个月、6个月或1年。
次级临床终点可包括例如由医生确定的临床响应的观察，例如基于观察到的至少50分、75分、100分、125分、或150分的CDAI分值或UCAI的改善。在某些实施例中，在从第一次施用组合治疗起的一段时间内，例如1周、2周、3周、1个月或2个月内观察临床响应。
适合于免疫化学的抗IL8抗体是可商购的，包括但不限于来自Abeam的山羊抗人IL8(目录号ab10769)、来自Santa Cruz的小鼠抗人IL8(目录号sc-73321、sc-52870和sc-7302)、来自Pierce的小鼠抗人IL8(3IL8-H10)(目录号M801)、和来自Sigma-Aldrich的小鼠抗人IL8(目录号WH0003576M5)抗体。
适合于免疫化学的抗TNFα抗体是可商购的，包括但不限于来自Abcam的兔抗人TNFα(目录号ab9635)、来自Cell Signaling Technology的兔抗人TNFα(目录号3707)、来自affymetrix eBioscience的小鼠抗人TNFα(目录号14-7348-81)、和来自RocklandAntibodies&Assays的抗体的兔抗人TNFα(目录号209-401-306S)的抗体。
适合于免疫化学的抗CRP抗体是可商购的，诸如例如，来自Santa CruzBiotechnology的山羊抗人CRP多克隆抗体(目录号sc-18304和sc-18306)、来自Santa CruzBiotechnology的兔抗人CRP多克隆抗体(目录号sc-30047)、来自Santa CruzBiotechnology的小鼠抗人CRP单克隆抗体(目录号sc-70883)、来自Sigma-Aldrich的小鼠抗人CRP单克隆抗体(目录号C1688-.2ML)、来自abeam的兔抗人单克隆抗体(目录号ab32412)、来自abeam的小鼠抗人CRP单克隆抗体(目录号ab13426)、和来自ThermoScientific的山羊抗人CRP多克隆抗体(目录号G0301-1B)。
酶联免疫吸附测定
在一些实施例中，可以通过酶联免疫吸附测定(ELISA)确定CRP浓度。具体地，可以通过ELISA确定样品，特别是血液样品，例如血清样品中的CRP水平。通过ELISA确定CRP浓度需要至少一种针对CRP蛋白的抗体，例如至少一种抗CRP抗体，和/或至少一种二抗，例如至少一种标记的二抗。在一些实施例中，抗CRP抗体用例如荧光标记物标记。在某些实施例中，抗CRP抗体未被标记，并且能够结合一抗的物种同种型的二抗被标记，例如用能够与特异性底物反应的荧光探针或酶标记，从而提供可检测的信号。
进行ELISA需要至少一种捕获抗体、至少一种检测抗体和/或至少一种酶联或荧光标记的二抗。例如，通过ELISA测定CRP水平可能需要抗CRP抗体作为捕获抗体。将抗CRP抗体固定在诸如聚苯乙烯微量滴定板的固体支持物上。然后加入例如血清样品的样品，并使其与结合的抗体复合。利用洗涤去除未结合的血清成分。加入检测抗体，例如，不同的抗CRP抗体，例如结合CRP蛋白的不同于捕获抗体的部分的抗CRP抗体，并使其结合捕获的CRP。检测抗体直接或间接地(例如通过特异性识别检测抗体的二抗)与可检测标记(例如酶)连接。通常在每个步骤之间，用洗涤缓冲液例如温和的洗涤剂溶液洗涤具有结合的蛋白质的板。典型的ELISA方案还包括一个以上封闭步骤，其涉及使用非特异性结合蛋白如牛血清白蛋白以阻止蛋白质试剂与平板的不期望的非特异性结合。在最后的洗涤步骤后，通过加入适当的酶底物而显色板，以产生可见信号，其指示样品中CRP蛋白的量。底物可以是例如显色底物或荧光底物。ELISA方法、试剂和设备是本领域公知的并且可商购。
许多适用于ELISA的抗CRP抗体是可商购的，例如来自abeam的小鼠抗人CRP单克隆抗体(目录号abl3426)、来自Sigma-Aldrich的小鼠抗人CRP单克隆抗体(目录号C1688-.2ML)、来自Santa Cruz Biotechnology的兔抗人CRP多克隆抗体(目录号sc-30047)、来自Thermo Scientific的山羊抗人CRP多克隆抗体(目录号G0301-1B)、和来自Santa CruzBiotechnology的山羊抗人CRP多克隆抗体(目录号sc-18306)。
核苷酸分析
在一些实施例中，CRP浓度可以通过进行“核苷酸分析”而确定。核苷酸分析可以包括分析样品(例如，血液样品)中的CRP核苷酸转录物水平(例如，CRP mRNA转录物水平)。CRP转录物水平可以通过Northern印迹(例如，定量Northern印迹)或聚合酶链反应(例如定量聚合酶链反应)而确定。进行Northern印迹所需的试剂包括寡核苷酸探针，例如，与可检测标记连接的寡核苷酸探针。可检测标记可以包括能够与特定底物反应的荧光标记或酶。进行聚合酶链反应所需的试剂包括能够特异性结合CRP mRNA转录物并通过聚合酶链反应扩增CRP mRNA转录物数目的寡核苷酸引物。寡核苷酸引物可以连接到可检测标记，以能够进行例如定量聚合酶链反应。进行定量聚合酶链反应所必需的其它试剂包括但不限于能够扩增对照转录信号(例如β-微管蛋白转录信号)的引物。进行Northern印迹和聚合酶链反应所需的缓冲液、试剂(包括寡核苷酸引物和探针)、技术和设备是容易获得的并且是本领域公知的。
测试试剂盒
本发明包括包含用于进行本文公开的方法的某些组分的测试试剂盒。测试试剂盒可以提高进行公开方法的方便性、速度和再现性。示例性试剂盒可以包括用于测量受试者的CDAI指数分值的详细说明书。
示例性的基于免疫化学的测试试剂盒可以包含用于通过免疫化学，例如通过ELISA或通过Western印迹确定CRP蛋白水平的材料。免疫化学试剂盒例如可以包括针对CRP的一抗和与报道酶(例如辣根过氧化物酶)或荧光探针耦合的二抗。在其它实施例中，测试试剂盒包括用于测定样品中的CRP浓度的抗体、缓冲液、试剂和详细说明书。这样的试剂盒可以包括用于测量受试者的CDAI指数分值的详细说明书。
在另一个实施例中，测试试剂盒可以包括用于通过聚合酶链反应(例如通过定量聚合酶链反应)或通过Northern印迹(例如通过定量Northern印迹)来确定CRP mRNA转录物水平的材料。用于通过Northern印迹确定CRP mRNA转录物水平的试剂盒可以包括寡核苷酸探针，例如与可检测标记连接的寡核苷酸探针。可检测标记可以包括能够与特定底物反应的荧光标记或酶。通过聚合酶链反应确定CRP mRNA转录物水平的试剂盒可以包括能够特异性结合CRP mRNA转录物并通过聚合酶链反应扩增CRP mRNA转录物数目的寡核苷酸引物。寡核苷酸引物可以连接到可检测标记，以能够进行例如定量聚合酶链反应。在试剂盒中可以包括进行定量聚合酶链反应所需的其它试剂，包括但不限于能够扩增对照转录信号(例如β微管蛋白转录信号)的引物。在其它实施例中，用于确定CRP mRNA转录物水平的试剂盒包括寡核苷酸引物和/或寡核苷酸探针、缓冲液、试剂和用于确定样品中的CRP mRNA转录物水平的详细说明书。这样的试剂盒可以包括用于测量受试者的CDAI指数分值的详细说明书。
选择和治疗患者的方法
本发明的治疗组合可以施用于需要治疗IBD或处于发展IBD的风险增加的任何患者。因为已知SMAD7与炎症性肠病诸如溃疡性结肠炎和克罗恩病中的炎症相关，所以其对降低这样的患者的SMAD7活性能够是有益的。
本发明的组合物和方法可用于治疗对一种以上本文所述的单独治疗剂具有抗性的患者，并且在一些情况下，组合治疗可用于克服患者对单一治疗剂的抗性。在一个具体实例中，患者可以是类固醇抗性的，并且施用组合抗SMAD7治疗剂与类固醇(例如皮质类固醇)的组合可用于克服类固醇抗性。在其它情况下，患者对用于治疗IBD的另一种治疗剂，例如抗SMAD7疗法耐受。
在具体的实施例中，患者是被鉴定为具有与IBD或炎症相关的生物标志物的水平改变的受试者。例如，相对于正常对照或正常对照值，患者可具有升高的白细胞介素-8(IL-8)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)或C反应蛋白(CRP)水平。
本文描述的本发明提供通过选择表现出对SMAD7反义疗法的响应性的一些可能性的患者来部分地选择和治疗患者的方法。在具体实施例中，如果患者显示对抗SMAD7疗法的响应性的一些可能性，则选择患者。对抗SMAD7治疗的响应性的可能性部分地基于IBD患者中CRP、TNFα和/或IL8的水平的确定而提出，例如，预先存在的CRP、TNFα和/或IL8水平(即在施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸之前患者的CRP水平、TNFα和/或IL8)或在初始剂量或一个以上后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸后确定的CRP、TNFα和/或IL8水平。例如，在本发明的一些实施例中，在检测或分析绝对或相对CRP、TNFα和/或IL8水平或CRP、TNFα和/或IL8水平的变化后，选择用SMAD7反义寡核苷酸治疗或进一步治疗的患者。可以将IBD患者的CRP、TNFα和/或IL8水平与CRP、TNFα和/或IL8的正常水平比较，例如用所匹配的对照组中的CRP、TNFα和/或IL8中位水平定义的CRP、TNFα和/或IL8的正常水平，或CRP、TNFα和/或IL8的绝对水平。IBD患者的CRP、TNFα和/或IL8水平也可以与CRP、TNFα和/或IL8阈值水平，例如相对于正常CRP、TNFα和/或IL8水平升高的CRP、TNFα和/或IL8阈值水平比较。在某些实施例中，如果血液中的CRP水平大于3.0mg/ml、大于3.5mg/ml或大于4.0mg/ml，则选择患者进行用抗SMAD7疗法的治疗。
在一些实施例中，如果相对于匹配的对照组中的CRP、TNFα和/或IL8的平均、中位或均值水平，患者的CRP、TNFα和/或IL8水平提高至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％，则选择该患者进行用SMAD7反义寡核苷酸治疗或进一步治疗。
在一些实施例中，如果相对于匹配对照组中的CRP、TNFα和/或IL8水平，患者的CRP、TNFα和/或IL8的水平升高超过2倍、超过3倍、超过4倍、超过5倍、超过6倍、超过7倍、超过8倍、超过9倍或超过10倍，则选择该患者进行用SMAD7反义寡核苷酸的治疗或进一步治疗。
通常，将按浓度测量CRP、TNFα和/或IL8水平，浓度是例如每体积样品(例如血液或组织体积)中CRP、TNFα和/或IL8蛋白、肽或RNA的质量。因此，对于初始或持续治疗的患者的选择与患者的CRP、TNFα和/或IL8水平相关，使得例如CRP、TNFα和/或IL8的高初始水平可以指示对SMAD7反义寡核苷酸治疗的响应性的可能性。此外，高水平的CRP、TNFα和/或IL8(即，高于CRP、TNFα和/或IL8的正常水平)可以指示SMAD7反义寡核苷酸需要增加剂量，而正常或低于CRP、TNFα和/或IL8的正常水平可以指示需要减少或不改变SMAD7反义寡核苷酸的剂量，特别是在一个以上剂量之后。或者，重复剂量后CRP、TNFα和/或IL8的高于正常水平的持续水平可以指示患者对治疗不响应。
因此，如果CRP的水平高于CRP的正常水平，可以向患者施用初始和/或后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸。在一些实施例中，已知在施用初始剂量之前CRP水平高于正常CRP水平。在一些实施例中，患有IBD的患者的CRP水平将在施用初始剂量之前确定。在一些实施例中，在SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量后，如果分析并确定CRP水平高于CRP的正常水平，则对患者施用例如比初始剂量更大的剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸。或者，如果分析并确定CRP水平低于CRP的正常水平，则可对患者施用例如等于或小于初始剂量的剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸。
在其他实施例中，可以分析并确定患有IBD的患者的CRP水平，然后如果CRP水平高于CRP的正常水平，则可以向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸。此外，在一些实施例中，在SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量后，可以确定CRP的水平，并且如果CRP的水平高于CRP的正常水平，则可以向患者施用大于或等于初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸。或者，在SMAD7反义寡核苷酸的初始剂量后，可以确定CRP的水平，并且如果CRP的水平低于CRP的正常水平，则可以是向患者施用小于或等于初始剂量的后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸。
在其他实施例中，本发明提供了方法，其中可以分析和测定IBD患者的CRP水平；如果CRP水平高于CRP的正常水平，可以向患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸；在初始施用后分析CRP的水平；并且如果施用初始剂量后的CRP水平低于施用初始剂量之前的CRP水平，则向患者施用与初始剂量相同或小于初始剂量的后续剂量。或者，如果与施用初始剂量之前的CRP水平相比，在施用初始剂量后CRP水平不变或增加，则向患者施用大于初始剂量的后续剂量或终止治疗。
因此，预期的发明提供了通过考虑基于CRP水平和患者对SMAD7反义寡核苷酸施用的响应性的分析和确定的多种治疗情形，来治疗和管理患者的IBD的不同方法。
例如，如果在施用SMAD7反义寡核苷酸后患者的CRP水平高于正常CRP水平，则可以以相同剂量或以增加剂量的SMAD7反义寡核苷酸继续治疗。
如果在施用SMAD7反义寡核苷酸后患者的CRP水平低于正常CRP水平，则可以以相同剂量或以减少剂量的SMAD7反义寡核苷酸继续治疗。
如果在初始剂量和一个以上后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸之后，CRP水平继续高于或低于正常CRP水平，治疗可以终止。例如，治疗可以因为患者处于缓解而终止、因为患者对治疗不响应、或者患者已经被施用最大耐受剂量而终止。
在一些情况下，如果在一个以上剂量的SMAD7反义寡核苷酸后患者的CRP水平降低，这可以指示患者对治疗有响应。在这些患者中，可以施用后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸，但是与之前的剂量相比，剂量相同或剂量更小。
在一些情况下，如果在SMAD7反义寡核苷酸的初始或一次以上后续剂量后CRP水平是稳定的或增加，这可以指示患者对治疗没有响应。在这些患者中，可以施用后续剂量的SMAD7反义寡核苷酸，但是与之前的剂量相比，以更大的剂量施用。或者，可以中止治疗，例如，如果剂量接近最大耐受剂量。
在一些情况下，如果患者达到临床缓解，如通过CRP水平之外的临床因素确定的，但是在施用SMAD7反义寡核苷酸之后，CRP水平保持基本上不变或高于正常水平，则可以终止SMAD7反义寡核苷酸治疗。在这种情况下，CRP水平可能不是IBD进展的指示，但是可能由于其他因素例如另一种炎性疾病而升高。
实施例
通过以下实施例进一步说明本发明。提供实施例仅用于说明目的，并且不应被解释为以任何方式限制本发明的范围或内容。
实施例1：评估CD患者的抗SMAD7反义疗法的安全性和效果的2期临床试验设计
进行2期临床试验以评价抗SMAD7反义疗法地患有CD的患者的安全性和效果。符合试验条件的男性或女性CD患者为18-75岁，并且在参加前至少一周内CDAI分值范围为220至400。参加试验的患者在末端回肠和/或右结肠中具有炎性损伤，并且是类固醇依赖性和/或类固醇抗性的。在临床试验期间，在已经接受这些药物的患者中以稳定剂量维持伴随的美沙拉嗪和类固醇疗法。如果这样的疗法在研究开始的治疗阶段之前至少6个月开始，并且在参加试验前90天期间内患者没有接受利用抗TNF-α抗体或其他生物制品的治疗，则合格患者可以选择继续服用免疫调节剂(例如硫唑嘌呤，巯基嘌呤，甲氨蝶呤)。
在该试验中评价的抗SMAD7疗法是包括肠溶衣的口服剂型，其允许抗SMAD7反义寡核苷酸Mongersen靶向局部递送至末端回肠和右结肠。因为Mongersen的口服剂型的活性化合物在末端回肠和右结肠中释放，所以在试验中排除了在胃和/或近端小肠和/或横向和/或左结肠中具有病变的患者。如果患者有狭窄、瘘或肛周疾病或如果患者有肠外表现，也排除了该患者。如果患者具有活动的或近期的感染或恶性肿瘤的历史，则也被排除。如果患者经历了结直肠切除术或肠切除术导致短肠综合征，或者经历了心电图的临床上显著的异常或临床上显著的实验室异常，则他们也被排除在试验之外。怀孕或哺乳的女性也被排除在外。参加试验的女性患者在整个研究期间需要使用两种形式的避孕方法。
该研究作为多中心、随机、安慰剂对照、双盲的2期临床试验进行。在提供书面知情同意书后，患者进入9天筛选阶段以确定合格性和治疗前的测量。当地机构审查委员会和伦理委员会批准了临床试验方案后，在意大利和德国17个中心筛选了患者的资格。确定符合试验条件的患者被随机分为活动治疗组和安慰剂组。该试验包括1个安慰剂组和3个接受不同剂量的Mongersen(10mg/天，40mg/天和160mg/天)的实验组。使用独立的、计算机不经分层或块分配生成的随机化进度表，以1：1：1：1的比例将患者分配给这些组。基于通过临床前、毒理学和1期研究产生的数据选择三种剂量的活性药物。四组患者接受安慰剂或三个剂量的Mongersen中的一个的治疗两周(即，第1-14天)。在两周治疗后，在第15、28和84天(即停止治疗后1天、停止治疗后2周或停止治疗后10周)评价患者。
该研究使用不同的测量来确定参加试验的IBD患者用Mongersen治疗的效果。在患者中评估缓解率，该缓解率定义为在第15天小于150并维持至少2周的CDAI分值。还评估临床响应率——其定义为在第15天或第28天(即，在停止药物治疗后分别为1天或2周)评估的患者CDAI分值降低至少100分或70分。还评估了在每个时间点(即，第15、28和84天)CDAI分值小于150的患者的数量。在治疗之前和在第15、28和第84天之前的一周期间测量患者CDAI分值。也确定在治疗结束时实现CRP水平正常化(即，CRP浓度小于3.0mg/升)的患者的百分比。最后，评价在治疗之前具有升高的CRP水平(即，大于3.0mg/升)并且还达到临床缓解的患者的百分比。
在2周治疗期后，经历疾病恶化(≥70的CDAI分值增加)的患者可以接受利用生物制品和/或免疫抑制药物的挽救治疗。六名患者(安慰剂组中的两名、10mg/天的Mongersen组中的一名患者、和160mg/天的Mongersen组中的三名患者)由于28天后疾病的恶化而接受生物制剂和/或免疫抑制药物的救援治疗，并且在次要终点的分析中被认为是无响应者(CDAI>150)。在2周治疗期后的临床缓解(在第14天和第28天都CDAI<150)的患者可以逐渐减少类固醇。
也评估了Mongersen治疗的安全性。在第1、7、15、28和84天评估临床、生物化学和血液学变量的变化。使用ELISA监测患者中的补体激活。评价试验期间发生的不良事件(AE)的实例的严重性，并且确定每个AE的原因(即研究药物或程序)。AE的分析包括所有166名接受随机化的患者。
当建立临床试验参数并对从临床试验获得的数据进行统计分析时，考虑以下考虑因素。使用单向测试框架确定样本大小，其α误差为0.1，β误差为0.1，由于预期的主要假设是用最高剂量的Mongersen进行14天治疗相比14天的安慰剂治疗将导致更高比例的患者临床缓解。假设接受最高剂量的Mongersen的组的缓解率将为50％，安慰剂组的缓解率将为20％。据估计，在每组中需要40名患者，以便以90％的权重(power)检测每组之间的缓解率的显著差异。根据意向性治疗原则对接受至少一个剂量的指定治疗的所有随机化患者进行所有效果分析。在第15天和/或第28天缺失主要终点数据的患者被分类为失败。使用皮尔逊(Pearson)卡方检验或费希尔(Fisher)精确检验比较缓解率和响应率。还描述了在三个Mongersen组和安慰剂组之间的基线CRP水平变化的患者的比例。
筛选188名患者参与临床试验，166名被认为有资格参加(图1)。合格患者被随机分配以10mg/天(N＝41)，40mg/天(N＝40)或160mg/天(N＝43)的剂量接受Mongersen或安慰剂(N＝42)。评价每个治疗组中的患者的人口统计学和临床特征并注意到相似(表1)。
表1.基线人口统计学和临床特征
在这组166名患者中，160mg/天Mongersen组中的1名患者、40mg/天Mongersen组中的1名患者、10mg/天Mongersen组中的3名患者和安慰剂组中的1名患者不遵守药物施用方案(图1)。在进入试验的166名患者中，160名患者(96.38％)正确完成了2周治疗，138名患者(83.1％；160mg/天的Mongersen组中的39名患者，40mg/天的Mongersen组中的37名患者，10mg/天的Mongersen组中的32名患者和安慰剂组中的30名患者)完成了整个方案，包括84天的随访期(图1)。由于AE、疾病恶化、患者退出请求、患者消失或基于研究者的决定，一些患者在随访期间退出试验。
在基线时各组之间没有检测到中位类固醇消耗值的统计学显著差异(表1)。1名接受安慰剂的患者和1名接受10毫克/天Mongersen的患者服用25毫克/天的强的松，并且1名接受40毫克/天的Mongersen的患者服用5毫克/天的强的松。布地奈德由接受安慰剂的8名患者(中位剂量6mg/天)，6名接受10mg/天Mongersen(中位剂量6mg/天)，12名接受40mg/天Mongersen(中位剂量6mg/天)，并且9名患者接受160mg/天的Mongersen(中位剂量7.5mg/天)。在第84天，160mg/天的Mongersen(6/9，67％)中达到无类固醇缓解的患者的百分比显著大于安慰剂(1/9，11％，P＝0.04)，在10mg/天(3/7，43％)或40mg/天(6/13，46％)和安慰剂之间没有差异。
实施例2：用抗SMAD7疗法治疗诱导IBD患者缓解
为了确定用Mongersen治疗是否导致CD患者缓解，在两周治疗期结束后评价CDAI分值。在第15天(停止药物治疗后1天)和第28天(停止药物治疗后2周)的CDAI分值小于150的患者被认为已经进入缓解。在安慰剂组中，42名患者中的4名(9.5％)进入缓解。相比之下，在40mg/天和160mg/天的Mongersen组中，40名患者中的22名(55％)和43名患者中的28名(65.1％)分别进入缓解。10mg/天的Mongersen组中41名患者中的5名(12.2％)进入缓解(图2)。160mg/天和40mg/天的Mongersen组中的缓解率显著高于10mg/天的Mongersen(两组的P<0.0001)和安慰剂组(两组的P<0.0001)的缓解率。在160mg/天和40mg/天的Mongersen组之间或10mg/天的Mongersen组和安慰剂组之间的缓解率没有显著差异。这些结果证明施用抗SMAD7反义疗法对诱导IBD患者的临床缓解是有效的。
还在每组中在试验的第15天，第28天和第84天分析CDAI分值，以确定用抗SMAD7治疗的治疗是否导致在较长时间段内维持CDAI分值小于150。在第15天，在160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组和安慰剂组中具有小于150的CDAI分值的患者的百分比分别为67.4％、57.5％、14.6％和21.4％(图3A)。在第15天，160mg/天和40mg/天的Mongersen组与10mg/天的Mongersen组(两组的P<0.0001)和安慰剂组(分别为P<0.0001和P＝0.0008)相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中CDAI分值低于150的患者的百分比明显更高。
在第28天，160mg/天、40mg/天和10mg/天Mongersen组和安慰剂组中具有小于150的CDAI分值的患者的百分比分别为72.1％、70％、29.3％和14.3％(图3B)。在第28天，160mg/天和40mg/天的Mongersen组与10mg/天的Mongersen组(分别为P<0.0001和P＝0.0002)和安慰剂组(两组均P<0.0001)相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中CDAI分值低于150的患者的百分比明显更高。
在第84天，160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组和安慰剂组中具有小于150的CDAI分值的患者的百分比分别为67.4％、62.5％、29.3％和21.4％(图3C)。在第84天，160mg/天和40mg/天的Mongersen组与10mg/天的Mongersen组(分别为P＝0.0005和P＝0.003)和安慰剂组(两组均P<0.0001)相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中CDAI分值低于150的患者的百分比明显更高。这些结果表明，在药物治疗结束后至少70天，用抗SMAD7疗法对IBD患者的治疗有效地诱导患者中CDAI分值小于150。
接受160mg/天Mongersen的患者58.1％在第15天达到缓解，在第4周(28天)和第12周(84天)维持，而安慰剂患者为9.5％(p<0001)。
表2提供了每个治疗组在基线时、试验的第15天、第28天和第84天的患者的CDAI分值的中位值和值范围。如表2所示，在每个时间点，40mg/天和160mg/天Mongersen治疗组中的CDAI分值的中位变化显著大于安慰剂组中的那些。在任何时间点，在10mg/天Mongersen和安慰剂组之间没有观察到统计学差异。
表2在基线和第15、28和84天的克罗恩病活动指数(CDAI)分值。
数据表示中位值(范围)。
所有P值是与安慰剂组相比的每个Mongersen组中相对于基线的变化。P<0.01
实施例3：使用抗SMAD7疗法的治疗在IBD患者中诱导无类固醇的缓解
分析在试验结束时达到无类固醇的临床缓解的患者数目，以确定用SMAD7反义寡核苷酸疗法的治疗是否能够促进无类固醇的缓解。在试验开始时，安慰剂组中42名个体中有9名(21.4％)、10mg/天的Mongersen组中41名个体中有7名(17.1％)、在40mg/天的Mongersen组中的40名个体中有13名(32.5％)和在160mg/天的Mongersen组中的43名个体中的9名(20.9％)正积极地服用类固醇。在试验开始时，各组之间存在的中位类固醇消耗值没有显著差异。在试验的第84天，与安慰剂组中的相同组的个体相比，在试验开始时接受类固醇的160mg/天组中的那些个体的显著的较大部分已实现无类固醇缓解(P＝0.04；160mg/天，6/9个体(67％)相对于安慰剂实现无类固醇缓解，1/9个体实现无类固醇缓解)。无类固醇缓解定义为相当于0mg强的松摄入的临床缓解(上文定义)。在安慰剂组和其他Mongersen组之间没有观察到显著性差异。这些结果表明，用SMAD7反义寡核苷酸疗法导致在SMAD7反义寡核苷酸疗法之前摄入类固醇的患有IBD个体队列中的无类固醇缓解。
实施例4：用抗SMAD7疗法的治疗诱导IBD患者的临床响应
为了确定用抗SMAD7疗法的治疗是否有效地在CD患者中引起临床响应，在两周治疗期结束后(即在第15天)评价患者CDAI分值。临床响应定义为与基线(即，在药物治疗之前)相比在第15天CDAI分值的100分降低。在160mg/天的Mongersen组的65.1％的患者、40mg/天的Mongersen组中的45％的患者、10mg/天的Mongersen组中的22％的患者、安慰剂组中26.2％的患者中记录到根据该标准的临床响应(图4A)。与10mg/天的Mongersen组相比，160mg/天和40mg/天的Mongersen组中经历100分CDAI降低的患者的百分比明显更高(分别为P<0.0001和P＝0.027)。与安慰剂组相比，160mg/天的Mongersen组中经历100分临床响应的患者的百分比也明显更多(P＝0.0003)。
另外，在临床试验的第28天(治疗结束后2周)评价患者CDAI分值。在这种情况下将临床响应定义为与基线(即，在药物治疗之前)相比在第28天CDAI分值降低100分。在160mg/天的Mongersen组的72.1％的患者、40mg/天的Mongersen组中的57.5％的患者、10mg/天的Mongersen组中的36.6％的患者、以及安慰剂组中16.7％的患者中记录了根据该标准的临床响应(图4B)。与安慰剂组相比，160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组中经历100分CDAI降低的患者的百分比明显更多(图4B；分别相对于各组的安慰剂组，对于160mg/天组P<0.0001，对于40mg/天组，P＝0.0001，对于10mg/天组，P＝0.039)。这些结果表明，在停止药物治疗后立即(即，第15天)和两周(即，第28天)后，用抗SMAD7疗法的治疗诱导显著的定义为在IBD患者中相比基线CDAI降低至少100分的临床缓解率。
类似地，在临床试验的第84天(治疗结束后10周)评估患者CDAI分值。在这种情况下，临床响应定义为相比基线(即，在药物治疗之前)在第84天CDAI分值降低100分。在160mg/天的Mongersen组中的72.1％的患者、40mg/天的Mongersen组中的70.0％的患者、10mg/天的Mongersen组中的36.6％的患者、安慰剂组中26.2％的患者中记录了根据该标准的临床响应(图4C)。与安慰剂组相比，在160mg/天和40mg/天的Mongersen组中经历100分CDAI减少的患者的百分比明显更多。这些结果表明，在停止药物治疗之后立即(例如，第15天)和两周后(例如，第28天)，用抗SMAD7疗法的治疗诱导显著的临床缓解率，该临床缓解率定义为在IBD患者中相比基线CDAI降低至少100分。这些结果表明，在停止药物治疗后立即(例如，第15天)以及两周和十周后(例如，第28天和第84天)，用抗SMAD7治疗的治疗诱导显著的定义为在IBD患者中与基线相比CDAI降低至少100分的临床缓解率。
在临床试验的第15天和第28天还评价了定义为与基线相比患者中CDAI分值70分的降低的临床响应。在第15天，在160mg/天Mongersen组的81.4％的患者、40mg/天Mongersen组的72.5％患者、10mg/天Mongersen组的34.1％患者和安慰剂组的31％的患者中记录到CDAI降低70分(图5A)。与10mg/天的Mongersen组(分别为P<0.0001和P＝0.0005)和安慰剂组(分别为P<0.0001和P＝0.0002)相比，在160mg/天和40mg/天的Mongersen组中，在第15天经历CDAI分值降低70分的患者的百分比明显更高。在第28天，在160mg/天Mongersen组的76.7％的患者、40mg/天Mongersen组的80％患者、10mg/天Mongersen组的48.8％患者和安慰剂组的26.2％的患者中记录到CDAI降低70分(图5B)。与安慰剂组相比，160mg/天、40mg/天和10mg/天的Mongersen组中在第28天经历CDAI分值降低70分的患者的百分比明显更高(P<0.0001，P<0.0001，P＝0.033)。这些结果表明，在停止药物治疗后立即(即，第15天)和两周(即，第28天)后，用抗SMAD7疗法诱导显著的定义为在IBD患者中相比基线CDAI降低至少70分的临床缓解率。
实施例5：用抗SMAD7疗法的治疗导致IBD患者中CRP水平降低
在开始抗SMAD7疗法治疗之前和治疗后(即，第15天)，对试验中参加的患者评价CRP水平，以确定抗SMAD7疗法是否能够诱导循环CRP水平的变化。在开始Mongersen治疗之前筛查患者，证明166名患者中有102名(61.4％)具有升高的CRP水平(即大于3.0mg/升)。具体地，在安慰剂组中的42名患者中的25名(59.5％)、在10mg/天的Mongersen组中的41名患者中有27名(65.9％)、在40mg/天的Mongersen组的40名患者中有22名(55％)、以及160mg/天的Mongersen组中43名患者中的28名(65.1％)中观察到CRP水平升高(图6A)。在第15天对患者的评价表明，在安慰剂组中具有正常化CRP水平(即<3mg/升)的患者的百分比为4％，而在第10mg/天、40mg/天和160mg/天的Mongersen组中患者的百分比分别为22％、18.18％和17.9％(图6B)。表3显示了在每个治疗组中在基线时具有升高的CRP水平(>3mg/L)的患者的中位CRP水平和CRP水平的范围。在基线时具有升高的CRP水平的患者中，相比于基线，在第15天、第28天、第84天安慰剂组和Mongersen治疗组都不明显降低CRP的中位值。
表3在基线时具有升高的CRP水平的安慰剂组和Mongersen治疗组的患者在基线时和第15天、第28天、第84天的CPR水平
数据表示中位值(范围)。
这些结果表明，与安慰剂治疗相比，甚至在低浓度下用抗SMAD7疗法治疗IBD患者导致具有正常化CRP水平的患者的百分比增加。
另外，分析来自个体患者的升高的基线CRP水平和缓解数据以确定用抗SMAD7疗法的治疗是否导致具有初始升高的CRP水平(即大于3.0mg/升)的患者的缓解。在第15天，在安慰剂组、10mg/天、40mg/天和160mg/天的Mongersen组中，具有升高的基线CRP的患者中缓解者的比例(由CDAI分值<150和正常化CRP定义)分别为1/6(16.7％)、0/4(0％)、2/11(18.2％)和5/20(25％)。分析还示出，在基线时CRP水平升高的患者中，160mg/天和40mg/天Mongersen组在第15天和28天的缓解率(分别为67.9％和45.5％)显著高于安慰剂组中相同类别患者的缓解率(12％；分别为P<0.0001和P＝0.01；图6)。在160mg/天和40mg/天Mongersen组之间或10mg/天Mongersen组(11.1％)和安慰剂组之间没有观察到显著差异。该结果表明，与安慰剂治疗相比，CRP水平升高的IBD患者的抗SMAD7疗法导致缓解的显著增加。这个结果进一步表明升高的CRP水平是用于确定患者是否将响应于抗SMAD7疗法的治疗或可能对抗SMAD7疗法的治疗有响应的有用标准。
实施例6：用抗SMAD7疗法的治疗减少IL8和TNFα血浆生物标志物的表达
为了确定SMAD7反义寡核苷酸疗法是否导致与IBD相关的其他生物标志物的变化，通过ELISA在试验的基线、第15天和第28天评估患者中IL8和TNFα的水平。如表4所示，与40mg/天和160mg/天的Mongersen组中的基线相比，IL8和TNFα的血浆浓度在第15天和第28天明显降低(在第15天和第28天相比于40mg/天和160mg/天Mongersen组的基线P<0.05)。在安慰剂组或10mg/天的Mongersen组中没有观察到显著差异。这些结果表明，用SMAD7反义寡核苷酸治疗IBD患者两周以下导致IL8和TNFa水平的明显降低。
表4在用10mg/天、40mg/天和160mg/天的Mongersen治疗之前和之后的患有克罗恩病的患者的血浆样品中的细胞因子水平。
数据用平均值表示(SD)。
P<0.05(相比基线)。
实施例7：抗SMAD7疗法治疗被IBD患者所耐受
为了确定用Mongersen的治疗是否与安全问题或AE有关，在整个试验中跟踪了这些问题和事件的实例。在6名患者中记录了9个严重不良事件(SAE)。在安慰剂组的1名患者中记录了2个SAE，在10mg/天的Mongersen组的3名患者中记录了4个SAE，在40mg/天Mongersen组的1名患者中记录了2个SAE，在160mg/天的Mongersen组中1名患者中记录了1个SAE(表5)。两个SAE不被医生认为与治疗相关。大多数SAE包括与CD相关的并发症或症状的住院治疗。在给药160mg的Mongersen组中的一名患者在烹饪时经历了他的腿的热灼伤。在临床试验期间没有患者死亡。
表5研究期间记录的严重不良事件
数据表示具有至少一种严重不良事件(SAE)和SAE总数的患者的数量(％)。
组间差异无统计学显著性。
在治疗期间或之后经历AE的患者在安慰剂组中是28名患者，在10mg/天、40mg/天和160mg/天的Mongersen组中分别为20、25和21名患者(表6)。总的来说，在临床试验期间记录了200个AE。这些包括安慰剂组中的64个AE，10mg/天的Mongersen组中的39个AE，40mg/天的Mongersen组中的50个和160mg/天的Mongersen组中的47个。大多数AE是轻度的，并且被认为与研究者的治疗无关。在研究期间，在没有注意到任何患者的生命体征的变化。在试验期间在患者中未观察到血清补体因子的增加。这些结果表明，总体而言，用抗SMAD7疗法治疗IBD的治疗与AE不相关，并且患者良好耐受。
表6单臂中>5％的患者报告的不良事件
数据表示具有至少一种不良事件(AE)的患者的数量(％)和AE的总数。
实施例8：临床缓解与基线CRP水平相关
研究基线CRP水平与在第15天和第4周时临床缓解之间的关系，如图8所示。与接受安慰剂或10mg/天的Mongersen的缓解率(分别为17.6％和14.3％)相比，CRP水平低于3mg/L的患者在接受40mg/天或160mg/天的Mongersen15天后显示了增加的缓解率(分别为66.7％和60.0％)。接受40mg/天或160mg/天Mongersen的、CRP水平为3mg/L以上的患者的缓解率(分别为50.0％和71.4％)大于接受安慰剂或10mg/天Mongersen的缓解率(分别为24.0％和14.8％)。
在四周后，CRP水平低于3mg/L且接受安慰剂或10mg/天、40mg/天或160mg/天Mongersen的患者分别显示17.6％、35.7％、72.2％和66.7％的缓解率。CRP水平为3mg/L以上并且接受安慰剂或10mg/天、40mg/天或160mg/天Mongersen的患者分别显示12.0％、25.9％、68.2％和75.0％的缓解率。
等同物
本发明可以在不脱离其基本特征的情况下以其他具体形式实施。因此，前述实施例被认为是说明性的，而不是对本文所述的本发明的限制。本发明的范围由所附权利要求书而不是由前述说明书表示，并且意在将落入权利要求书的等同物的含义和范围内的所有改变包括在其中。
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除非另有说明，在说明书和权利要求书中使用的表示成分的量，反应条件等的所有数字应理解为在所有情况下由术语“约”修饰。因此，除非有相反的表示，否则本说明书和所附权利要求中阐述的数值参数是近似值，其可以根据旨在通过本发明获得的期望性质而变化。
序列
SEQ ID NO:2(NM_005904.3的编码序列CDS(288-1568)；智人SMAD家族成员7(SMAD7)、转录变体1、mRNA)
SEQ ID NO:8(CRP C反应蛋白，穿透素相关的[智人(人)]
SEQ ID NO:9(ISIS 329993(ISIS-CRPRx(硫代磷酸酯)：AGCATAGTTAACGAGCTCCC
SEQ ID NO:10(ISIS 353491)：GCACTCTGGACCCAAACCAG
SEQ ID NO:11(ISIS 353512)：TCCCATTTCAGGAGACCTGG
SEQ ID NO:12(人C反应蛋白基因的cDNA)
SEQ ID NO:13(人C反应蛋白基因的氨基酸)
MEKLLCFLVLTSLSHAFGQTDMSRKAFVFPKESDTSYVSLKAPL
TKPLKAFTVCLHFYTELSSTRGYSIFSYATKRQDNEILIFWSKDIGYSFTVGGSEILF
EVPEVTVAPVHICTSWESASGIVEFWVDGKPRVRKSLKKGYTVGAEASIILGQEQDSF
GGNFEGSQSLVGDIGNVNMWDFVLSPDEINTIYLGGPFSPNVLNWRALKYEVQGEVFTKPQLWP
通过引用并入
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Claims (32)

1.一种用于治疗或控制患有炎症性肠病(IBD)的患者的IBD的方法，其中所述方法包括
(a)向所述患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸；
(b)分析所述患者的C反应蛋白(CRP)的水平；和
(c)如果所述CRP的水平高于CRP的正常水平，则向所述患者施用大于或等于所述初始剂量的后续剂量，或者如果所述CRP的水平低于CRP的正常水平，则向所述患者施用等于或小于所述初始剂量的后续剂量。
2.一种用于治疗或控制患有炎症性肠病(IBD)的患者的IBD的方法，其中所述方法包括
(a)分析患者的CRP的水平；和
(b)如果所述CRP的水平高于CRP的阈值水平，则向所述患者施用初始剂量的SMAD7反义寡核苷酸。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述CRP的正常水平为约0.1mg/L、0.2mg/L、0.3mg/L、0.4mg/L、0.5mg/L、0.6m/L、0.7mg/L、0.8mg/L、0.9mg/L或1.0mg/L。
4.如权利要求2所述的方法，其中所述CRP的阈值水平为大于0.5mg/L、大于1.0mg/L、大于1.5mg/L、大于2.0mg/L、大于2.5mg/L、大于3.0mg/L、大于3.5mg/L、大于4.0mg/L、大于4.5mg/L、或大于5.0mg/L。
5.如权利要求2和4所述的方法，其中所述CRP的阈值水平为3.0mg/L。
6.如权利要求2所述的方法，其中所述方法还包括：
(c)在所述施用步骤后分析所述患者的CRP的水平；和
(d)如果所述CRP的水平高于CRP的正常水平，则向所述患者施用大于或等于所述初始剂量的后续剂量，或者如果所述CRP的水平低于CRP的正常水平，则向所述患者施用等于或小于所述初始剂量的后续剂量。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述初始剂量为至少10mg/天、至少20mg/天、至少30mg/天、至少40mg/天、至少50mg/天、至少60mg/天、至少70mg/天、至少80mg/天或至少90mg/天。
8.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述初始剂量为10mg/天、40mg/天、80mg/天或160mg/天。
9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中如果CRP水平高于正常水平，则所述后续剂量为大于所述初始剂量至少约10mg/天、至少约20mg/天、至少约30mg/天、至少约40mg/天、至少约50mg/天、至少约60mg/天、至少约70mg/天、至少约80mg/天、至少约90mg/天、至少约100mg/天、至少约110mg/天、至少约120mg/天、至少约130mg/天、至少约140mg/天、至少约150mg/天或至少约160mg/天。
10.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中如果CRP水平低于正常水平，则所述后续剂量为小于所述初始剂量至少约10mg/天、至少约20mg/天、至少约30mg/天、至少约40mg/天、至少约50mg/天、至少约60mg/天、至少约70mg/天或至少约80mg/天。
11.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中所述初始剂量为约10mg/天至100mg/天之间，并且所述后续剂量为约30mg/天至200mg/天之间。
12.如权利要求2-11中任一项所述的方法，其中所述方法还包括：
(c)在所述施用步骤后分析所述患者的CRP的水平；和
(d)如果在所述施用步骤之后CRP的水平低于在所述施用步骤之前CRP的水平，则向所述患者施用与所述初始剂量相同或小于所述初始剂量的后续剂量，或者如果与在所述施用步骤之前CRP的水平相比，在所述施用步骤之后CRP的水平不变或增加，则向所述患者施用与所述初始剂量相同或大于所述初始剂量的后续剂量或终止治疗。
13.如权利要求12所述的方法，其中如果所述患者处于临床缓解期，并且与在所述施用步骤之前CRP的水平相比，在所述施用步骤之后CRP的水平不变或增加，则终止治疗。
14.如权利要求12所述的方法，其中如果与在所述施用步骤之前CRP的水平相比，在所述施用步骤之后CRP的水平降低至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％或至少70％，则向所述患者施用与所述初始剂量相同或小于所述初始剂量的后续剂量。
15.如权利要求12所述的方法，其中CRP的水平降低表明所述患者响应于所述治疗。
16.如权利要求15所述的方法，其中CDAI从基线下降至少70分、SES-CD从基线下降至少4分、PRO-2从基线下降至少4分表明患者对治疗有响应。
17.如权利要求12所述的方法，其中CRP的水平降低表明患者处于缓解期。
18.如权利要求17所述的方法，其中缓解期由<150的CDAI、≤2的SES-CD分值、或≤8的PRO-2分值表明。
19.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中IBD是克罗恩病(CD)或溃疡性结肠炎(UC)。
20.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸口服施用于患有IBD的患者。
21.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的区域108-128。
22.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸靶向人SMAD7(SEQ ID NO:2)的核苷酸403、233、294、295、296、298、299或533。
23.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸包含SEQ IDNO:3的核苷酸序列(5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')。
24.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的针对SMAD7的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAG-3'(SEQ ID NO:4)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，并且其中所述核苷间键是硫代磷酸酯键。
25.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是包含以下序列的针对SMAD7的反义寡核苷酸硫代磷酸酯：5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3'(SEQ ID NO:1)，其中X是5-甲基-2'-脱氧胞苷，其中所述核苷间键是硫代磷酸酯键。
26.如权利要求1-18中任一项所述的方法，其中所述SMAD7反义寡核苷酸是根据化学文摘社登记号(CAS RN)1443994-98-6或CAS RN 1443994-46-4的反义寡核苷酸。
27.一种用于治疗或控制患有炎症性肠病(IBD)的患者的IBD的方法，包括向所述患者施用包含SMAD7反义寡核苷酸和一种以上附加的治疗试剂的试剂组合，其中所述试剂以治疗有效量施用，并且其中所述组合不由(a)Mongersen和美沙拉嗪；(b)Mongersen和布地奈德；(c)Mongersen、美沙拉嗪和布地奈德；或(d)Mongersen和全身施用的皮质类固醇组成。
28.如权利要求27所述的方法，其中所述一种以上附加的治疗试剂选自由氨基水杨酸、抗生素、类固醇、抗炎细胞因子试剂和免疫调节剂所组成的组。
29.如权利要求27或28所述的方法，其中所述患者对IBD疗法有抗性。
30.如权利要求27或28所述的方法，其中所述患者是类固醇抗性的。
31.如权利要求27-30中任一项所述的方法，其中(a)施用的SMAD7反义寡核苷酸的量低于当作为独立疗法施用时SMAD7反义寡核苷酸的治疗有效量；或(b)施用的一种以上附加的试剂的量低于作为独立疗法施用时的一种以上附加的试剂的治疗有效量。
32.如权利要求27-30中任一项所述的方法，其中单独的治疗有效剂量的所述SMAD7反义寡核苷酸或单独的治疗有效剂量的所述一种以上附加的治疗试剂中的一个，在施用所述SMAD7反义寡核苷酸或所述一种以上附加的治疗试剂中的另一个之前，在第一时间段向患者施用。
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