KR20170069262A

KR20170069262A - Smad7 안티센스 올리고뉴클레오티드로 대상체를 치료하기 위한 방법 및 조성물

Info

Publication number: KR20170069262A
Application number: KR1020177012839A
Authority: KR
Inventors: 지오반니 몬텔레온
Original assignee: 노그라 파마 리미티드
Priority date: 2014-10-17
Filing date: 2015-10-16
Publication date: 2017-06-20
Also published as: US10337004B2; CA2964667A1; JP2017532961A; WO2016059239A1; MX2017004973A; US20170240893A1; US20190338283A1; EA201790867A1; AU2015332624A1; EP3207136A1; CN107406851A; IL251717A0; MA43331A

Abstract

본 발명은 SMAD7 mRNA의 다형체 형태 (예를 들어, 단일 뉴클레오티드 다형성을 함유하는 것)에 대해 지시된 안티센스 뉴클레오티드를 사용하는 염증성 장 질환 (예를 들어, 크론병 및 궤양성 대장염)의 치료에 관한 것이다. 따라서 본 발명은 SMAD7의 다형체 형태가 있는 대상체의 치료 방법, 및 다형성을 함유하는 SMAD7 mRNA 전사체를 특이적으로 표적화하는 안티센스 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.

Description

SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드로 대상체를 치료하기 위한 방법 및 조성물{METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATING A SUBJECT WITH A SMAD7 ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE}

본 출원은 2014년 10월 17일에 출원된 미국 가출원 번호 62/065,598을 우선권 주장하고, 이의 전체 내용은 본원에 참고로 포함된다.

배경

염증성 장 질환 (IBD)은 미국 내에서 약 백만 명의 환자가 앓고 있는 위장관의 만성 염증성 장애이다. IBD의 2개의 가장 통상적인 형태는 크론병 (CD) 및 궤양성 대장염 (UC)이다. CD는 전체 위장관에 영향을 미칠 수 있지만, 이는 주로 회장 (소장의 말단 또는 하부 부분) 및 대장에 영향을 미친다. UC는 주로 결장 및 직장에 영향을 미친다. CD 및 UC 양쪽 모두에 대한 현재의 치료는 아미노살리실레이트 (예를 들어, 5-아미노살리실산, 술파살라진, 및 메살라민), 항생제 (예를 들어, 시프로플록사신 및 메트로니다졸), 코르티코스테로이드 (예를 들어, 부데소니드 또는 프레드니손), 면역억제제 (예를 들어, 아자티오프린 또는 메토트렉세이트), 및 종양 괴사 인자 (TNF) 길항제 (예를 들어, 인플릭시맙 (레미케이드(Remicade)?))를 포함한다. 이러한 요법들에 대한 환자 반응은 질환 중증도에 따라 다르고, 활성 염증 및 완화의 사이클에 걸쳐 다를 수 있다. 또한, IBD에 대한 다수의 현재의 요법은 바람직하지 않은 부작용과 연관된다.

CD 및 UC의 병인은 알려져 있지 않지만, 양쪽 모두 장 점막의 염증성 질환으로 간주된다. 최근의 연구에서, TGF-β1이 장의 점막 염증을 제어할 수 있는 강력한 면역조절제로서 작용한다는 것이 실연되었다. TGF-β1은 TGF-β1 R1 및 TGF-β1 R2인 2개의 서브유닛을 함유하는 이종이량체성 막횡단 세린/트레오닌 키나제 수용체에 결합한다. 리간드 결합 시, TGF-β1 R1 수용체가 구성적으로 활성인 TGF-β1 R2 수용체에 의해 인산화되고, SMAD 패밀리에 속하는 단백질에 의해 신호가 세포핵으로 전달된다. 활성화된 TGF-β1 R1이 직접적으로 SMAD2 및 SMAD3 단백질을 인산화시키고, 그 후 이들이 SMAD4와 상호작용한다. SMAD2/SMAD3/SMAD4 복합체가 세포핵으로 전위되고, 특정 유전자의 전사를 조정한다.

추가적인 연구에서, 또 다른 SMAD 단백질인 SMAD7이 염증에서 또한 역할을 한다는 것이 실연되었다. 세포내 단백질인 SMAD7은 SMAD2/SMAD3이 TGF-β1 R1에 결합하는 것을 방해하여 이러한 단백질들의 인산화 및 활성화를 방지하는 것으로 나타났다. 추가로, SMAD7 단백질의 발현 증가가 TGF-β1이 매개하는 신호전달의 억제와 연관된다. IBD 환자로부터의 점막 샘플은 높은 수준의 SMAD7 및 감소된 수준의 인산화된 SMAD3을 특징으로 하고, 이는 이러한 환자에서 TGF-β1이 매개하는 신호전달이 손상된다는 것을 가리킨다.

최근의 연구에서, IBD를 앓고 있는 환자를 치료하기 위한 표적으로서 SMAD7에 초점이 맞춰졌다. 이같은 요법은 항-SMAD7 안티센스 요법을 포함한다.

개요

본 발명은 환자에 존재하는 SMAD7의 특정 다형체 형태(들)에 맞춰진 SMAD7에 대해 지시된 안티센스 치료제를 사용하여 염증성 장 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법의 개발을 기초로 한다. 특정 예에서, SMAD7의 코딩 서열의 뉴클레오티드 108-128 (안티센스 치료제인 몽게르센(Mongersen)이 표적화하는 SMAD7 mRNA의 영역에 상응함) 내에 존재하는 단일 뉴클레오티드 다형성 (기준 SNP rs144204026)의 존재는 이러한 다형성을 포함하는 변형된 형태의 몽게르센을 사용하여 이러한 영역을 표적화하는 것을 바람직하게 만들 수 있다. 따라서, 본 발명은 SMAD7 mRNA 서열에서의 다형성(들)이 있는 대상체를 이러한 다형성 유전자 서열에 대해 특이적인 (예를 들어, 이에 정확하게 매칭되는) 서열을 갖는 안티센스 치료제를 사용하여 치료하는 방법을 특색으로 한다. 본 발명은 다형성 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 또한 특색으로 한다.

따라서, 제1 측면에서, 본 발명은 컨센서스 SMAD7 뉴클레오티드 서열과 상이한 SMAD7의 제1 다형체 형태의 적어도 하나의 카피를 보유하는 염증성 장 질환 (IBD)에 걸린 환자에서 IBD (예를 들어, 크론병 (CD) 또는 궤양성 대장염 (UC))를 치료 또는 관리하는 방법을 특색으로 한다. 이러한 방법은 상기 환자에게 SMAD7의 상기 제1 다형체 형태를 특이적으로 표적화하는 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 유효량으로 투여하는 것을 포함한다. SMAD7의 다형체 형태는 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)을 포함할 수 있고/있거나, 표 1 또는 표 2에 열거된 다형성을 포함할 수 있다. 제1 다형체 형태는 서열식별번호(SEQ ID NO): 1의 핵산 위치 108-128에 상응하는 영역에서 다형성을 포함할 수 있다 (예를 들어, 서열식별번호: 1의 위치 114의 아데노신 ("A") 또는 구아닌 ("G")); 예를 들어, 여기서 다형체 형태는 서열식별번호: 9 (5'-GCTGCGG A GAGAAGGGGCGAC-3')의 핵산 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 제1 다형체 형태는 서열식별번호: 3 (5'-GCTGCGG G GAGAAGGGGCGAC-3')의 핵산 서열을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 11 (5'-GTCGCCCCTTCTC T CCGCAGC-3')의 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 예를 들어, 여기서 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 하기 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 포스포로티오에이트이다: 5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAGC-3' (서열식별번호: 13) [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다]. 다른 특정 실시양태에서, 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 5 (5'-GTCGCCCCTTCTC C CCGCAGC-3')의 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 예를 들어, 여기서 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 하기 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 포스포로티오에이트이다: 5'-GTXGCCCCTTCTC C CXGCAGC-3' (서열식별번호: 7) [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다].

또 다른 측면에서, 본 발명은 IBD에 걸린 환자에서 IBD (예를 들어, CD 또는 UC)를 치료 또는 관리하는 방법을 특색으로 한다. 이러한 방법은 (a) 환자 내의 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재를 분석하는 단계; 및 (b) 상기 다형체 형태의 존재 또는 부재를 기초로, (i) 제1 SMAD7 다형체 형태 (예를 들어, 야생형 형태)가 환자에 존재하면, 제1 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하거나; 또는 (ii) 제2 SMAD7 다형체 형태가 환자에 존재하면, 제2 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하거나; 또는 (iii) 제1 및 제2 SMAD7 다형체 형태가 환자에 존재하면, 제1 및 제2 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제1 및 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 중 하나 또는 양쪽 모두를 환자에게 투여하는, 하나 이상의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하는 단계를 포함한다. 다형성은 SNP를 포함할 수 있고/있거나, 표 1 또는 표 2에 열거된 다형성을 포함할 수 있다. 제1 다형성은 서열식별번호: 1의 핵산 위치 108-128에 상응하는 영역에서 발생할 수 있다 (예를 들어, 여기서 제1 SMAD7 다형체 변이체는 서열식별번호: 1의 위치 114에 구아닌 ("G")을 포함한다). 제2 SMAD7 다형체 형태는 서열식별번호: 1의 위치 114에 아데닌 ("A")을 포함할 수 있다. 특정 실시양태에서, 제1 SMAD7 다형체 형태는 서열식별번호: 3 (5'-GCTGCGG G GAGAAGGGGCGAC-3')의 핵산 서열을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 5 (5'-GTCGCCCCTTCTC C CCGCAGC-3')의 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 예를 들어, 여기서 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 하기 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 포스포로티오에이트이다: 5'-GTXGCCCCTTCTC C CXGCAGC-3' (서열식별번호: 7) [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다]. 특정 실시양태에서, 제2 SMAD7 다형체 형태는 서열식별번호: 9 (5'-GCTGCGG A GAGAAGGGGCGAC-3')의 핵산 서열을 포함한다. 특정 실시양태에서, 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 11 (5'-GTCGCCCCTTCTC T CCGCAGC-3')의 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 예를 들어, 여기서 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열 5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAGC-3' (서열식별번호: 13) [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다]을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 포스포로티오에이트이다. 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재를 DNA 시퀀싱에 의해, 유전자-발현 프로파일링에 의해, 차세대 시퀀싱을 사용하여, 또는 유전자 발현 마이크로어레이 분석을 사용하여 분석할 수 있다. 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재를 환자로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 액체, 생검 샘플, 또는 조직 샘플)에서 분석할 수 있다.

상기 측면 중 임의의 것에서, 제1 및/또는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 IBD에 걸린 환자에게 10 mg/일 내지 약 300 mg/일의 용량, 예를 들어, 약 10 mg/일, 20 mg/일, 약 30 mg/일, 약 40 mg/일, 약 50 mg/일, 약 60 mg/일, 약 70 mg/일, 약 80 mg/일, 약 90 mg/일, 약 100 mg/일, 약 110 mg/일, 약 120 mg/일, 약 130 mg/일, 약 140 mg/일, 약 150 mg/일, 약 160 mg/일, 약 170 mg/일, 약 180 mg/일, 약 190 mg/일, 약 200 mg/일, 약 210 mg/일, 약 220 mg/일, 약 230 mg/일, 약 240 mg/일, 약 250 mg/일, 약 260 mg/일, 약 270 mg/일, 약 280 mg/일, 약 290 mg/일, 또는 약 300 mg/일의 용량으로 투여될 수 있다. 특정 실시양태에서, 제1 및/또는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 약 40 mg/일, 약 80 mg/일, 또는 약 160 mg/일의 용량으로 투여된다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 (a) 서열식별번호: 11의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, (b) 서열식별번호: 13 [식 중 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 포함하는 뉴클레오티드이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다]의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드; 또는 (c) 서열식별번호: 13 [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이다]의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 상보체를 특색으로 한다. SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 연결인 뉴클레오티드간 연결을 적어도 하나 포함할 수 있고, 예를 들어, 여기서 모든 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 연결이다. 올리고뉴클레오티드에서 2'-데옥시리보뉴클레오티드가 상응하는 리보뉴클레오티드로 교체될 수 있다. 본 발명은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용되는 아주반트 및/또는 부형제를 포함하는 제약 조성물 (예를 들어, 경구 투여에 적절한 조성물)을 또한 특색으로 한다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 IBD 치료를 필요로 하는 환자에게 유효량의 이전 측면의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 (예를 들어, 경구로) 투여하는 것을 포함하고, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 IBD를 치료하는데 효과적인, IBD (예를 들어, CD 또는 UC)를 치료하는 방법을 특색으로 한다.

안티센스 올리고뉴클레오티드는 표적 유전자 (다형체 형태의 SMAD7)로부터 전사된 메신저 RNA (mRNA)에 대해 상보적인 짧은 합성 올리고뉴클레오티드 서열이다. 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열은 mRNA에 혼성화하고, 이중-가닥 하이브리드를 생산하며, 이러한 하이브리드는 DNA/RNA 하이브리드 가닥을 분해하는 편재성 촉매 효소, 예컨대 RNase H의 활성화에 이를 수 있어, 단백질 번역을 방지한다. 이론에 제한되지 않으면서, 본원에서 제공되는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 RNA 또는 DNA로서의 이의 표적 서열에 혼성화할 수 있다. 따라서, DNA 서열이 표적으로서 제공되더라도, 상응하는 RNA 서열 (티민 대신 우라실을 포함함)이 포함된다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 의약으로서 사용하기 위한 상기 기술된 바와 같은 SMAD7에 대해 지시된 안티센스 치료제를 제공한다. 본 발명은 염증성 장 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법에서 사용하기 위한, 환자에 존재하는 SMAD7의 특정 다형체 형태(들)에 대해 맞춰진 SMAD7에 대해 지시된 안티센스 치료제를 제공한다. 특정 예에서, SMAD7의 코딩 서열의 뉴클레오티드 108-128 (안티센스 치료제인 몽게르센이 표적화하는 SMAD7 mRNA의 영역에 상응함) 내에 존재하는 단일 뉴클레오티드 다형성 (기준 SNP rs144204026)의 존재는 이러한 다형성을 포함하는 변형된 형태의 몽게르센을 사용하여 이러한 영역을 표적화하는 것을 바람직하게 만들 수 있다. 본 발명은 SMAD7 mRNA 서열에서의 다형성(들)이 있는 대상체를 치료하는 방법에서 사용하기 위한 안티센스 치료제로, 이러한 다형성 유전자 서열에 대해 특이적인 (예를 들어, 이에 정확하게 매칭되는) 서열을 갖는 안티센스 치료제를 또한 제공한다.

본 발명은 컨센서스 SMAD7 뉴클레오티드 서열과 상이한 SMAD7의 제1 다형체 형태의 적어도 하나의 카피를 보유하는 염증성 장 질환 (IBD)에 걸린 환자에서 IBD (예를 들어, 크론병 (CD) 또는 궤양성 대장염 (UC))를 치료 또는 관리하는 방법에서 사용하기 위한 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 또한 제공한다. 바람직하게는, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 SMAD7의 상기 제1 다형체 형태를 특이적으로 표적화한다. SMAD7의 다형체 형태는 단일 뉴클레오티드 다형성 (SNP)을 포함할 수 있고/있거나, 표 1 또는 표 2에 열거된 또는 영문 [0007] 단락에 열거된 바와 같은 다형성을 포함할 수 있다.

본 발명은 염증성 장 질환 (IBD)에 걸린 환자에서 IBD (예를 들어, 크론병 (CD) 또는 궤양성 대장염 (UC))를 치료 또는 관리하는 방법에서 사용하기 위한 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 또한 제공한다. 바람직하게는, 이러한 방법은 (a) 환자 내의 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재를 분석하는 단계; 및 (b) 상기 다형체 형태의 존재 또는 부재를 기초로, (i) 제1 SMAD7 다형체 형태 (예를 들어, 야생형 형태)가 환자에 존재하면, 제1 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하거나; 또는 (ii) 제2 SMAD7 다형체 형태가 환자에 존재하면, 제2 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하거나; 또는 (iii) 제1 및 제2 SMAD7 다형체 형태가 환자에 존재하면, 제1 및 제2 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제1 및 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 중 하나 또는 양쪽 모두를 환자에게 투여하는, 하나 이상의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하는 단계를 포함한다. 다형성은 SNP를 포함할 수 있고/있거나, 표 1 또는 표 2에 열거된 또는 영문 [0008] 단락에 열거된 바와 같은 다형성을 포함할 수 있다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 IBD (예를 들어, CD 또는 UC)를 치료하는 방법에서 사용하기 위한 유효량의 상기 기술된 바와 같은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 제공하고, 여기서 상기 방법은 IBD 치료를 필요로 하는 환자에게 유효량의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 (예를 들어, 경구로) 투여하는 것을 포함하고, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 IBD를 치료하는데 효과적이다.

컨센서스 서열과 상이한 유전자의 다형체 형태를 "특이적으로 표적화하는" 안티센스 올리고뉴클레오티드는 유전자 또는 전사체 컨센서스 서열에 관련된 치환이 있는 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 이러한 치환은 컨센서스 서열에 비교하여 다형체 형태에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드의 혼성화를 증가시킨다. 예를 들어, 표적 서열 내에 구아노신 → 아데닌 (G→A) 변화를 포함하는 다형체 형태는 올리고뉴클레오티드 내의 상응하는 위치에 시토신 → 티민 (C→T) 치환을 함유하는 안티센스 올리고뉴클레오티드에 의해 특이적으로 표적화될 것이다.

"컨센서스" SMAD7 뉴클레오티드 서열은 참조 데이터베이스에 기술된 유전자의 "야생형" 서열과 연관된 RNA 서열 또는 DNA 서열을 의미한다. 예를 들어, 미국 국립 생물공학 정보 센터 (NCBI) 데이터베이스의 인간 SMAD7에 대한 기준 전사체인 등록 번호 NM_005904.3, NM_001190821.1, NM_001190822.1, 및 NM_001190823.1에서 SMAD7에 대한 컨센서스 서열을 확인할 수 있다.

"치료하는"은 치료되는 질환 또는 병태와 연관된 적어도 하나의 증상을 감소시키는 것을 의미한다.

용어 "관리하다", "관리", "관리하는" 등은 일반적으로 질환 증상의 중증도 또는 양상, 또는 질환 치료 수단을 제어하는 것을 의미하도록 본원에서 사용된다. 일반적으로, 관리는 원하는 약리학적 및/또는 생리학적 효과를 수득하기 위해 사용된다. 이러한 효과는 질환 및/또는 질환에 기인하는 유해 효과를 부분적으로 또는 완전히 치유하는 측면에서, 또는 질환의 특정 증상 또는 양상이 환자에서 발생 또는 재발하지 않거나 또는 환자에서 바람직하지 않거나 허용가능하지 않은 수준으로 상승하지 않는 것을 확실하게 하는 측면에서 치료적일 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같은 용어 "관리"는 포유동물, 특히 인간에서의 질환의 임의의 관리를 포괄하고, (a) 질환을 억제하는 것, 즉, 질환의 중증도 또는 범위가 증가하는 것을 방지하는 것; (b) 질환을 경감시키는 것, 즉, 질환의 부분적 또는 완전한 호전을 야기하는 것; 또는 (c) 질환 재발을 방지하는 것, 예를 들어, 질환 증상의 이전의 성공적인 치료 또는 질환 치료 이후에 질환이 활성 상태로 되돌아가는 것을 방지하는 것을 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같은 "관리"는 질환에 대한 특정 치료, 예를 들어, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련하여 또한 사용될 수 있다.

본원에서 정의된 바와 같은 "대상체" 또는 "환자"는 포유동물, 영장류 및 인간을 포함하지만 이에 제한되지 않는, IBD의 위험이 있거나, IBD를 앓고 있거나 또는 IBD로 진단된 임의의 동물을 지칭한다. 특정 실시양태에서, 대상체는 비-인간 포유동물, 예를 들어, 고양이, 개, 또는 말일 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 대상체는 인간 대상체이다. 대상체는 IBD가 발달될 위험이 높은 것으로 진단된 개체, IBD로 진단된 사람, 이전에 IBD를 앓은 사람, 또는 IBD의 증상 또는 징후, 예를 들어, 높은 CDAI 지수 점수의 평가를 받은 개체일 수 있다.

본원에서 사용된 바와 같은 "IBD 환자"는 IBD의 증상 또는 양상 중 임의의 것을 앓고 있는 환자, IBD의 증상 또는 양상 중 임의의 것을 앓을 수 있는 환자, 또는 IBD를 치료하거나 IBD 치료를 평가하는 본 발명의 방법이 이로울 수 있는 임의의 환자를 지칭한다. 필요로 하는 환자는 IBD가 발달될 위험이 있는 것으로 진단되는 환자, 과거에 IBD를 앓았던 환자, 또는 이전에 IBD에 대해 치료되었던 환자를 포함할 수 있다. 상승된 수준의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 발현과 연관되는 IBD를 앓는 개체가 특히 관련된다. 일부 실시양태에서, IBD 환자는 크론병 (CD) 환자이다. 일부 실시양태에서, IBD 환자는 궤양성 대장염 (UC) 환자이다.

본원에서 사용된 바와 같이, "크론병 활성 지수(Crohn's Disease Activity Index)" 또는 "CDAI"는 문헌 [Best et al., Gastroenterology, 70:439-44 (1976)]에 기술된 바와 같은, CD를 앓고 있는 환자의 경과를 평가하는데 사용되는 치수 또는 지수를 지칭한다. 150 이하의 CDAI 점수는 일반적으로 비활성 질환과 연관되고, 더 높은 점수보다 더 양호한 예후를 지시한다. 150을 초과하는 점수는 일반적으로 활성 질환과 연관되고, 450을 초과하는 점수는 극도로 중증인 질환과 연관된다. CDAI 점수를 환자가 요법에 얼마나 잘 반응하는지를 결정하는데 사용할 수 있고, 완화된 환자를 확인하는데 사용할 수 있다. 특정 실시양태에서, 기준점 임상 반응은 대상체가 적어도 100점만큼 CDAI 점수 감소를 나타내는 것을 의미한다. 임상 시험에서, 150 이하의 CDAI 점수는 일반적으로 완화와 연관된다.

본원에서 사용된 바와 같이, "궤양성 대장염 질환 활성 지수(Ulcerative Colitis Disease Activity Index)" 또는 "UCDAI"는 문헌 [Sutherland et al., Gastroenterology, 92:1894-98 (1987)]에 기술된 바와 같은, UC를 앓고 있는 환자의 경과를 평가하는데 사용되는 치수 또는 지수를 지칭한다. UCDAI는 대변 빈도, 직장 출혈, 결장 내막의 외관, 및 의사의 질환 활성 평가를 포함하는 UC 증상에 관한 일련의 검증물이다. 각각의 이러한 검증물에 0에서 3까지의 숫자가 제공되고, 3이 가장 높은 질환 활성이다. 임상 시험에서, 완화는 종종 1 이하의 UCDAI 점수로 정의되고, 개선은 시험을 시작할 때의 점수에서 3점 이상 감소되는 것이다. UCDAI는 임상 시험에서 환자가 요법에 얼마나 잘 반응하는지를 결정하는데 사용될 수 있고, 완화된 환자를 확인하는데 사용될 수 있다. UC 환자에서 질환 중증도를 측정하기 위한 기타 통상적으로 사용되는 지수는 트루러브 & 위츠 지수(Truelove and Witts Index), 세인트 마크 지수(St. Mark's Index), 단순 임상 대장염 활성 지수(Simple Clinical Colitis Activity Index) (SCCAI), 리치타이거 지수(Lichtiger Index), 궤양성 대장염 증상 점수(Ulcerative Colitis Symptom Score) (UCSS), 및 메이요 클리닉 점수(Mayo Clinic Score)를 포함한다.

본원에서 사용된 바와 같이, "SMAD7" (CRCS3, FLJ16482, MADH7, MADH8, MAD (초파리의 데카펜타플레직에 대한 모체 대항물(mothers against decapentaplegic, Drosophila)) 상동체 7, MAD 상동체 8, SMAD, DPP에 대한 모체 대항물 상동체 7, DPP에 대한 모체 대항물 상동체 8로도 알려짐)은 엔트레즈(Entrez) 유전자ID 번호 4092에 의해 확인되는 유전자 또는 이의 대립유전자 변이체에 의해 코딩되는 인간 단백질 또는 임의의 mRNA 전사체를 의미한다.

본원에서 사용된 바와 같이, "CRP" (펜트락신-관련 C-반응성 단백질; 펜트락신(Pentraxin); 및 PTX1로도 알려짐)는 엔트레즈 유전자ID 번호 1401에 의해 확인되는 유전자 또는 이의 대립유전자 변이체에 의해 코딩되는 인간 단백질 또는 임의의 mRNA 전사체를 의미한다.

본원에서 사용된 바와 같이, "IL8" (인터루킨-8 (IL-8); 종양 괴사 인자-유도 유전자 1; NAF; 과립구 화학주성 단백질 1 (GCP1); LECT; LUCT; 단백질 3-10C; 베타-트롬보글로불린-유사 단백질; 호중구-활성화 펩티드 1; 호중구-활성화 단백질 1 (NAP1; NAP-1); 에목타킨(Emoctakin); GCP-1; LYNAP; 림프구 유래 호중구 활성화 펩티드; 폐 거대 세포 암종-유래 화학주성 단백질; 소형 유도성 시토카인 서브패밀리 B, 구성원 8; 베타 내피 세포-유래 호중구 활성화 펩티드; 단핵구-유래 호중구 화학주성 인자 (MDNCF); 단핵구-유래 호중구 활성화 펩티드 (MONAP); 폐포 대식세포 화학주성 인자 I; C-X-C 모티프 케모카인 8; 및 케모카인 (C-X-C Motif) 리간드 8 (CXCL8)로도 알려짐)은 엔트레즈 유전자ID 번호 3576에 의해 확인되는 유전자 또는 이의 대립유전자 변이체에 의해 코딩되는 인간 단백질 또는 임의의 mRNA 전사체를 의미한다.

본원에서 사용된 바와 같이, "TNFα" (종양 괴사 인자, DIF, 종양 괴사 인자 리간드 수퍼패밀리 구성원 2 (TNFSF2), APC1 단백질, 카켁틴, 종양 괴사 인자 A (TNFA), 종양 괴사 인자-a (TNF-a), 및 종양 괴사 인자-알파 (TNF-알파)로도 알려짐)는 엔트레즈 유전자ID 번호 7124에 의해 확인되는 유전자 또는 이의 대립유전자 변이체에 의해 코딩되는 인간 단백질 또는 임의의 mRNA 전사체를 의미한다.

상세한 설명

본 발명은 SMAD7 유전자의 다형체 형태가 있는 환자에서 염증성 장 질환 (IBD; 예를 들어, 크론병 및 궤양성 대장염)을 치료하는 방법에 관한 것이다. 이러한 접근법은 다형성을 함유하는 SMAD7 전사체를 표적화하도록 특이적으로 디자인된 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용하여, 이러한 환자를 더욱 큰 효능으로 표적화하는 것을 허용한다. 이러한 접근법이 하기에서 더욱 상세하게 설명된다.

SMAD7 다형체 변이체

본 발명의 방법 및 안티센스 올리고뉴클레오티드는 임의의 SMAD7 다형성을 표적화할 수 있다. 일반적으로, 표적화된 다형성은 mRNA 서열 내에 존재한다. SMAD7 mRNA에서 발견되는 SNP는 표 1에서 열거된 것들을 포함한다. 표 1의 SMAD7 SNP의 서열이 DNA 서열로서 제시되지만, 관련 기술 분야의 통상의 기술자는 티민 (T) 대신 우라실 (U)을 함유하는 RNA로 세포에서의 혼성화가 발생할 수 있다는 것을 이해할 것이다. SMAD7 코딩 서열 내의 SNP가 표 2에서 열거된다.

<표 1>

<표 2>

대상체 내의 SMAD7 다형체 변이체의 존재의 결정

SMAD7 다형체 변이체의 존재를 관련 기술 분야에 공지된 임의의 방법을 사용하여 달성할 수 있다. 일반적으로, 환자로부터 취한 샘플에서 존재를 검출한다. 혼성화-기반 기술, 시퀀싱 기술 및 어레이-기반 기술을 포함하는 표준 기술을 사용하여 환자 내의 SMAD7 다형성의 존재의 확인을 달성할 수 있다.

SMAD7 다형체 변이체의 존재의 결정을 임의의 생물학적 샘플에서 검출할 수 있고, SMAD7을 코딩하는 핵산 (예를 들어, 게놈 DNA 또는 RNA)을 함유하는 환자 또는 테스트 대상체로부터 수득된 임의의 생검체에서 검출할 수 있다. 예시적인 샘플은 조직 생검체, 세포, 체액 (예를 들어, 혈액, 혈청, 혈장, 정액, 소변, 타액, 양수, 또는 뇌척수액)을 포함한다.

수득한 후, SMAD7 다형체 변이체의 존재를 임의의 적합한 방법을 사용하여 검출할 수 있다. 일부 실시양태에서, 혼성화 접근법이 사용된다. 혼성화 접근법은 동적 대립유전자-특이적 혼성화 (Howell et al., Nat. Biotechnol. 17:87, 1999)를 포함한다. 이러한 접근법은 다형성이 없는 서열에 비교하여 다형성을 함유하는 서열의 차별적인 용융 온도에 의존한다. 간략하게, 관심 DNA 영역을 비오틴화 프라이머를 사용하여 PCR로 증폭시킨다. 초래된 PCR 생성물을 스트렙타비딘 지지체에 부착시키고, DNA 듀플렉스에 결합하는 형광 분자의 존재 하에 대립유전자-특이적 프로브에 혼성화시킨다. 듀플렉스를 가열하고, 형광 상실을 기초로 듀플렉스가 변성되는 온도를 결정한다. 변성 온도가 다형성의 존재 또는 부재에 대해 결정적이다.

SNP를 검출하는 다른 접근법은, 문헌 [Mhlanga et al., Methods 25:463, 2001]에 기술된 바와 같이, 분자 비콘(beacon)의 사용을 포함한다. 이러한 접근법은 줄기-루프 구조를 함유하는 단일-가닥 프로브의 사용을 수반한다. 줄기-루프 구조의 루프 부분은 서열이 정확하게 매칭될 때 당해 게놈 DNA에 혼성화할 수 있는 서열을 함유하고, 줄기의 끝부분은 형광단 및 켄처(quencher)를 각각 함유한다. 비콘이 이의 표적 서열에 결합하면, 형광단 및 켄처가 분리되고, 따라서 형광을 허용하며, 이는 SNP의 존재를 지시한다.

SNP 존재를 확인하는 또 다른 혼성화 접근법은 이러한 목적으로 디자인된 핵산 어레이를 사용하는 것이다. 예를 들어, 게놈-와이드 휴먼 SNP 어레이(Genome-Wide Human SNP Array) 6.0 (어피메트릭스(Affymetrix), 파트 # 901182)을 사용하여 환자로부터 취한 샘플 내의 특정 SNP의 존재를 검출할 수 있다.

SNP 확인을 위한 또 다른 접근법은 서열 접근법을 포함한다. 고-처리량(high throughput) 게놈 스크리닝 (예를 들어, 소위 "차세대" 시퀀싱)이 기술적으로 실행가능해짐에 따라, 이같은 접근법을 환자 내의 SNP의 존재를 확인하는데 또한 사용할 수 있다. 이러한 접근법은 단일-분자 실시간 시퀀싱 (퍼시픽 바이오사이언시즈(Pacific Biosciences)), 이온 반도체 (이온 토렌트 시퀀싱(Ion Torrent Sequencing); 라이프 테크놀러지즈(Life Technologies)), 파이로시퀀싱(pyrosequencing) (454 라이프 사이언시즈(454 Life Sciences)), 합성에 의한 시퀀싱 (일루미나 인크(Illumina Inc.)), 및 라이게이션에 의한 시퀀싱 (솔리드 시퀀싱(SOLiD Sequencing); 어플라이드 바이오시스템즈(Applied Biosystems))을 포함한다.

환자 집단

SMAD7 활성의 감소가 바람직한 임의의 환자에게 안티센스 올리고뉴클레오티드를 투여할 수 있다. SMAD7은 염증성 장 장애 예컨대 궤양성 대장염 및 크론병에서 염증과 연관되는 것으로 공지되어 있기 때문에, 이같은 환자에서 SMAD7 활성을 감소시키는 것이 이로울 수 있다.

본 발명의 조성물 및 방법은 스테로이드-저항성인 환자, 스테로이드-의존성인 환자, 또는 또 다른 항-SMAD7 요법에 저항성인 (예를 들어, 환자 게놈 내에 존재하는 상응하는 뉴클레오티드 중 적어도 하나와 관련하여 뉴클레오티드 미스매치가 있는 올리고뉴클레오티드로의 치료에 대해 저항성인) 환자를 치료하는데 사용될 수 있다.

특정 실시양태에서, 환자는 IBD 또는 염증과 연관된 바이오마커의 수준이 변경된 것으로 확인된 대상체이다. 예를 들어, 환자는 정상 대조군 또는 정상 대조군 값에 비해 인터루킨-8 (IL-8), 종양 괴사 인자-α (TNF-α), 또는 C-반응성 단백질 (CRP) 수준이 상승되었을 수 있다.

특정 실시양태에서, 환자가 항-SMAD7 요법에 대한 반응성의 가능성을 어느 정도 나타내면 환자가 선택된다. 항-SMAD7 요법에 대한 반응성의 가능성은 IBD 환자 내의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준, 예를 들어, CRP, TNFα 및/또는 IL8의 선재 수준 (즉, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 최초 용량을 투여하기 전의 환자 내의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준) 또는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 최초 용량 또는 1회 이상의 후속 용량 이후에 결정된 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 수준을 결정하는 것을 부분적으로 전제로 한다. 예를 들어, 본 발명의 일부 실시양태에서, 절대적 또는 상대적 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준, 또는 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준의 변화를 검출 또는 분석한 후에 환자가 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드로의 치료 또는 추가 치료를 위해 선택될 것이다. IBD 환자 내의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준을 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 정상 수준, 예를 들어, 매칭되는 대조군에서의 중앙값 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준에 의해 정의되는 바와 같은 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 정상 수준, 또는 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 절대 수준과 비교할 수 있다. 특정 실시양태에서, 혈액 내의 CRP 수준이 3.0 mg/ml 초과, 3.5 mg/ml 초과, 또는 4.0 mg/ml 초과이면, 환자가 항-SMAD-7 요법으로의 치료를 위해 선택된다.

일부 실시양태에서, 매칭되는 대조군에서의 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 평균, 중앙값 또는 평균값 수준에 비해 환자 내의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준이 10％, 20％, 30％, 40％, 50％, 60％, 70％, 80％, 90％, 또는 100％ 초과로 상승되면, 환자가 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드로의 치료 또는 추가 치료를 위해 선택될 것이다.

일부 실시양태에서, 매칭되는 대조군에서의 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 평균, 중앙값 또는 평균값 수준에 비해 환자 내의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준이 2배 초과, 3배 초과, 4배 초과, 5배 초과, 6배 초과, 7배 초과, 8배 초과, 9배 초과 또는 10배 초과로 상승되면, 환자가 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드로의 치료 또는 추가 치료를 위해 선택될 것이다.

전형적으로, CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준은 농도, 예를 들어, 샘플의 부피, 예를 들어, 혈액 또는 조직의 부피 당 CRP, TNFα 및/또는 IL8 단백질, 펩티드, 또는 RNA의 질량으로 환산하여 측정될 것이다. 따라서, 최초 또는 연속 치료를 위한 환자 선택이 환자 내의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 수준에 연관될 수 있어, 예를 들어, 높은 초기 수준의 CRP, TNFα 및/또는 IL8이 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 치료에 대한 반응성에 대한 잠재성을 지시할 수 있다. 추가로, 특히 1회 이상의 용량 후에, 높은 수준의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 (즉, 정상 초과 수준의 IL8)은 증가된 용량의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 필요하다는 것을 지시할 수 있는 한편, 정상 또는 정상 미만의 수준의 CRP, TNFα 및/또는 IL8은 감소된 또는 변화되지 않은 용량의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 필요하다는 것을 지시할 수 있다. 대안적으로, 반복 용량 후에 계속적인 정상 수준을 초과하는 수준의 CRP, TNFα 및/또는 IL8은 환자가 치료에 반응성이지 않다는 것을 지시할 수 있다.

CRP, TNFα 및/또는 IL8의 대조군 수준은 항-SMAD7 요법으로 치료하기 전에 대상체로부터 수득된 샘플 (예를 들어, 혈액 샘플) 내의 CRP, TNFα 및/또는 IL8 단백질 또는 mRNA 전사체의 수준을 결정함으로써 결정할 수 있다. CRP, TNFα 및/또는 IL8의 대조군 수준은 치료에 대한 대상체의 반응을 모니터링하기 위한 기준선을 제공할 수 있다. 항-SMAD7 요법이 처음 투여되는 날 (예를 들어, 치료 처방계획의 제1일)에, 예를 들어, 적어도 1회의 항-SMAD7 요법의 투여 직후에 대상체로부터 대조군 샘플을 수득할 수 있다. 다른 실시양태에서, 항-SMAD7 요법을 시작하기 1일 전 (예를 들어, 치료 처방계획의 제0일)에 대상체로부터 대조군 샘플을 수득할 수 있다. 대안적으로, 항-SMAD7 요법을 시작하기 2, 3, 4, 5, 6, 7일 이상 전에 대상체로부터 대조군 샘플을 수득할 수 있다. 예를 들어, IL8 농도의 증가 또는 감소를 치료 전에 (예를 들어, 대조군 샘플에서), 치료 동안에, 및/또는 치료 후에 측정하여, 요법, 예를 들어, 항-SMAD7 요법에 대한 대상체의 반응을 모니터링할 수 있다.

일부 실시양태에서, 대상체 내의 순환 CRP, TNFα 및/또는 IL8 농도의 장기 모니터링을 기초로 대상체에 대해 대조군 수준이 확립될 수 있다. 이같은 경우, 대상체가 항-SMAD7 요법으로의 치료를 여러 라운드로 받을 수 있는 것이 구상된다. 여러 라운드의 치료 후에 검출된 순환 CRP, TNFα 및/또는 IL8 농도를 대상체에 대한 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 이전 대조군 수준과 비교하여, 대상체가 요법에 반응하였는지 및/또는 항-SMAD7 요법으로의 추가 치료에 반응할 것인지 여부를 결정할 수 있다. 다른 실시양태에서, 경시적으로 수득된 (예를 들어, 며칠, 몇 주, 몇 개월 또는 몇 년에 걸쳐 수득된) 다중 기준선 샘플로부터 결정된 순환 CRP, TNFα 및/또는 IL8 농도의 평균 측정치를 기초로 대상체에 대한 대조군 또는 기준선 수준이 확립될 수 있다. 따라서, 예를 들어, 대상체가 항-SMAD7 요법으로의 치료를 1회를 초과하는 라운드로 받고 있다면, 본원에 개시된 바와 같이 수행된 임의의 테스트 또는 검정법을 기존의 대조군 수준 또는 확립된 대조군 수준과 비교할 수 있고, 비교를 위해 대상체로부터 새로운 대조군 샘플을 수득하는 것이 필요하지 않을 수 있다.

CRP, TNFα 및/또는 IL8의 정상 수준은 수치 기준 값을 기초로 또는 건강한 대조군에서의 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 수준과 관련하여 결정될 수 있다.

본 발명의 다른 실시양태에서, CRP, TNFα 및/또는 IL8의 정상 수준은 건강한 대조군에서의 CRP, TNFα 및/또는 IL8의 중앙값 수준으로서 정의된다.

건강한 대조군은 환자에서의 동일한 기준 세트에 매칭되는 유전적 배경, 습관, 및 신체 특성에 관련되는 다양한 기준을 기초로 정의될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 건강한 대조군 및 IBD에 걸린 환자는 연령, 성별, 출신 민족, 흡연 습관, 식습관, 체중-질량 지수 (BMI), 향락성 약물 사용, 의료 약물 사용, IBD에 관련된 약물 사용, 및/또는 운동 습관에 관하여 매칭된다. 환자와 대조군 사이에 매칭될 수 있는 기타 인자는 임상 기준 (예를 들어, CDAI 점수, 메이요 점수, IBD-관련 증상의 중증도), 신진대사, IBD 환자의 개인 병력, 유전 인자, IBD 환자의 가족 병력, 환경 요인 (예를 들어, 오염물, 독소, 알레르겐)에 대한 노출, 및 생활 양식 (예를 들어, 도시, 교외, 또는 전원의 직장 및/또는 거주지)을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.

일부 실시양태에서, 대조군은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 최초 용량을 받기 전에 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드로의 치료를 받고 있는 환자이다. 일부 실시양태에서, 환자는 치료 경험이 없는 환자이다.

SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드

본원에 기술된 방법 및 조성물에서 사용된 항-SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 환자의 특이적인 SMAD7 서열 (예를 들어, 하나 이상의 다형성을 함유함)을 특이적으로 표적화한다. SMAD7 내의 임의의 다형성, 예를 들어, 환자에서 검출되는 다형성의 존재에 상응하는 서열이 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드에 혼입될 수 있다. 다형성은 SMAD7 전사체 (예를 들어, 표 1 참조) 또는 SMAD7 코딩 영역 (예를 들어, 표 2 참조)에서 기술되는 것 중 임의의 것을 포함할 수 있다.

한 예에서, SMAD7 올리고뉴클레오티드 서열은 몽게르센의 것 (서열식별번호: 7)이다. 이러한 서열은 SMAD7 코딩 서열 (서열식별번호: 1)의 핵산 108-128 (등록 번호 NM_005904.3의 mRNA 전사체의 뉴클레오티드 396-416에 상응함)을 표적화한다. 이러한 영역은 SNP rs144204026을 함유하고, 이는 G→A 치환을 수반한다. 이러한 다형성의 1개 또는 2개의 카피가 있는 환자에 대해, 상응하는 다형성을 이의 서열 내에 함유하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 사용할 수 있다 (예를 들어, 서열식별번호: 10-13). 본원에서 제공되는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 정확한 상응하는 서열이 결여된 올리고뉴클레오티드에 비해 SMAD7 발현을 감소시키는 효능을 증가시킬 수 있다.

환자가 안티센스 서열 내의 다형성에 대해 이형접합성인 경우 (즉, 다형성 예컨대 SNP rs144204026을 함유하는 SMAD7 유전자의 카피 1개 및 컨센서스 서열을 함유하는 SMAD7의 카피 1개를 갖는 경우), 하나는 컨센서스 서열 (예를 들어, 서열식별번호: 1 및 NM_005904.3)에 상응하고 하나는 다형성을 함유하는 서열 (예를 들어, 서열식별번호 9 및 10)에 상응하는 안티센스 올리고뉴클레오티드들의 조합물을 혼합물로서 또는 2개의 별개의 조성물로 투여하는 것이 바람직할 수 있다. 임의의 특정 환자에 대한 적합한 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조합물은 당해 환자가 다형성 보유자인지 여부를 기초로 결정될 수 있다. 임의의 다형성의 존재 (또는 부재)의 확인은, 예를 들어, 본원에 기술된 방법 중 임의의 것을 사용하여 달성될 수 있다.

통상의 기술자는 컨센서스 서열을 표적화하는 일부 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 서열식별번호: 7의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 안티센스 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 서열식별번호: 7의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 정확한 상응하는 표적 서열이 결여된 SMAD7 다형성에 대해 동형접합성 또는 이형접합성인 환자에게 투여될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 이같은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 서열식별번호: 7의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 정확한 상응하는 표적 서열이 결여된 SMAD7 다형체 형태의 발현을 감소시킬 수 있다.

특정 실시양태에서, 항-SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드는 인간 SMAD7 mRNA (예를 들어, NCBI 기준 NM_005904.3)의 부위 403, 233, 294, 295, 296, 298, 299, 및/또는 533 (즉, 각각 뉴클레오티드 403, 233, 294, 295, 296, 298, 299, 및 533)을 표적화할 수 있다. 상기 기술된 rs144204026 다형성은 인간 SMAD7 서열의 위치 402에 있다. 따라서, rs144204026 다형성이 혼입되도록 뉴클레오티드 403을 표적화하는 올리고뉴클레오티드를 디자인할 수 있다. 다른 예에서, 부위 294, 295, 296, 298, 또는 299 (예를 들어, 294, 295, 또는 296)를 표적화하는 올리고뉴클레오티드가 전사체의 위치 277에서의 rs374325868 다형성을 함유하는 SMAD7 mRNA를 표적화할 수 있다.

SMAD7을 표적화하는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 CpG 쌍 내의 시토신 잔기가 5'-메틸시토신 (Me-dC로 약기됨)으로 교체된 혼합형 백본을 포함할 수 있다. 또한 메틸포스포네이트 연결이 안티센스 올리고뉴클레오티드의 5' 및/또는 3' 끝부분에 놓일 수 있다 (MeP로 약기됨).

SMAD7의 다형체 형태를 표적화하는 예시적인 안티센스 올리고뉴클레오티드 요법은 하기를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다:

5'-GTXYCCCCTTCTC T CXYCAGC-3' (서열식별번호: 21) [식 중, X는 시토신 및 5-메틸시토신 또는 2'-O-메틸시토신 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 질소성 염기를 포함하는 뉴클레오티드이고, Y는 구아닌 및 5-메틸구아닌 또는 2'-O-메틸구아닌 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 질소성 염기를 포함하는 뉴클레오티드이며, 단, 임의적으로, 뉴클레오티드 X 또는 Y 중 적어도 하나는 메틸화된 질소성 염기를 포함한다];

5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAG-3' (서열식별번호: 12) [식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다];

5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAGC-3' (서열식별번호: 13) [식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다];

5'-ZTXGCCCCTTCTC T CXGCAZ-3' (서열식별번호: 18) [식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이고, Z는 2'-데옥시구아노신 메틸포스포네이트이다];

5'-ZTXGCCCCTTCTC T CXGCAZC-3' (서열식별번호: 19) [식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이고, Z는 2'-데옥시구아노신 메틸포스포네이트이다];

5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAGC-3' (서열식별번호: 20) [식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이다].

개시된 요법은, IBD를 앓고 있는 대상체에게 경구로 투여될 때, 유효량의 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자의 장 시스템에 전달하고, 예를 들어, 유효량의 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자의 말단 회장 및/또는 오른쪽 결장에 전달한다.

구상되는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열식별번호: 5 또는 서열식별번호: 11: 5'-GTC* GCC CCT TCT C(C/T)C C*GC AGC-3' [식 중, C*는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 나타낸다]을 포함하는 것들을 포함한다. 일부 실시양태에서, 구상되는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결 중 적어도 하나가 O,O-연결 포스포로티오에이트이고, 예를 들어, 서열식별번호: 5의 20개의 뉴클레오티드간 연결 각각이 O,O-연결 포스포로티오에이트일 수 있다. 일부 실시양태에서, 구상되는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 20개의 뉴클레오티드간 연결 각각이 O,O-연결 포스포로티오에이트 연결인 서열식별번호: 7 또는 13을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드이다. 특정 실시양태에서, 구상되는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 본원에서 "몽게르센"으로 지칭되는, 20개의 뉴클레오티드간 연결 각각이 O,O-연결 포스포로티오에이트 연결인 서열식별번호: 7을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 구상되는 조성물은 임의적으로 1 내지 20개의 O,O-연결 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함할 수 있는, 서열식별번호: 5, 7, 11 또는 13의 안티센스 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용되는 염, 예를 들어, 나트륨 염을 포함할 수 있다. 올리고뉴클레오티드의 구상되는 염은 완전히 중화된 것을 포함하고, 예를 들어, 각각의 포스포로티오에이트 연결이 이온 예컨대 Na⁺와 회합된다. 올리고뉴클레오티드는 천연 발생 핵염기, 당, 및 공유결합성 뉴클레오티드간 (백본) 연결, 뿐만 아니라 비-천연발생 부분을 포함할 수 있다.

표 3은 예시적인 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 표적 서열, 및 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 표적화하는 서열식별번호: 1의 SMAD7 코딩 서열 내의 영역을 열거한다. 표적 서열은 DNA 표적 서열로 제시된다. 그러나, 상응하는 RNA 표적 서열 또한 표 3의 열거된 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드로 표적화될 수 있다.

<표 3>

제약 조성물

SMAD7에 대해 지시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 예컨대 본원에 개시된 것을 함유하는 제약 조성물이 투약 단위 형태로 제시될 수 있고, 임의의 적절한 방법으로 제조될 수 있다. 제약 조성물은 의도되는 투여 경로와 상용성이도록 제형되어야 한다. 제약 분야에 널리 공지된 방법에 의해 유용한 제형을 제조할 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Remington's Pharmaceutical Sciences, 22nd ed., Pharmaceutical Press and Philadelphia College of Pharmacy at University of the Sciences, 2012]을 참조한다.

제약 제형은 바람직하게는 멸균성이다. 예를 들어, 멸균 여과 막을 통한 여과에 의해, 멸균을 달성할 수 있다. 조성물이 동결건조되는 경우, 동결건조 및 재구성 전 또는 후에 필터 멸균이 수행될 수 있다.

경구 투여

본 발명의 일부 실시양태에서, 항-SMAD7 요법은 경구 전달, 예를 들어, 정제에 적절하고, 이는 조성물이 안티센스 화합물을 예를 들어 환자의 말단 회장 및 오른쪽 결장에 전달할 수 있도록 장용 코팅, 예를 들어, 위-저항성 코팅을 포함한다. 예를 들어, 이같은 투여는 실질적으로 국소적으로 안티센스 화합물을 대상체의 장의 이환부에 직접 적용하는 국소 효과를 초래할 수 있다. 이같은 투여는, 일부 실시양태에서, 안티센스 화합물의 원치 않는 전신 흡수를 실질적으로 피할 수 있다.

예를 들어, 경구 투여용 정제는 개시된 안티센스 화합물, 예를 들어, 본원에서 제공되는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 및 제약상 허용되는 부형제를 포함하는 과립을 포함할 수 있다 (예를 들어, 적어도 부분적으로 과립으로부터 형성된다). 이같은 정제는 장용 코팅으로 코팅될 수 있다. 구상되는 정제는 제약상 허용되는 부형제 예컨대 충전제, 결합제, 붕해제, 및/또는 윤활제, 뿐만 아니라 착색제, 방출제, 코팅제, 감미제, 풍미제 예컨대 윈터그린(wintergreen), 오렌지, 크실리톨, 소르비톨, 프룩토스, 및 말토덱스트린, 및 방향제, 보존제 및/또는 항산화제를 포함할 수 있다.

일부 실시양태에서, 구상되는 제약 제형은 구상되는 안티센스 화합물 또는 제약상 허용되는 염, 예를 들어, 본원에서 제공되는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 및 제약상 허용되는 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함한다. 예를 들어, 임의적으로는 다른 부형제와 함께, 본원에서 제공되는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 및 충전제가 함께 블렌딩되어 과립으로 형성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 습식 과립화를 사용하여 과립내 상이 형성될 수 있고, 예를 들어, 액체 (예를 들어, 물)을 블렌딩된 안티센스 화합물 및 충전제에 첨가한 후, 조합물을 건조하고/하거나, 제분하고/하거나 체질하여, 과립을 생산한다. 관련 기술 분야의 통상의 기술자는 다른 공정이 과립내 상을 달성하는데 사용될 수 있다는 것을 이해할 것이다.

일부 실시양태에서, 구상되는 제형은 과립외 상을 포함하고, 이는 하나 이상의 제약상 허용되는 부형제를 포함할 수 있고, 과립내 상과 블렌딩되어 개시된 제형을 형성할 수 있다.

항-SMAD7 요법 제형은 충전제를 포함하는 과립내 상을 포함할 수 있다. 예시적인 충전제는 셀룰로스, 젤라틴, 인산칼슘, 락토스, 수크로스, 글루코스, 만니톨, 소르비톨, 미세결정질 셀룰로스, 펙틴, 폴리아크릴레이트, 덱스트로스, 셀룰로스 아세테이트, 히드록시프로필메틸 셀룰로스, 부분적으로 예비-젤라틴화된 전분, 탄산칼슘, 및 이들의 조합물을 포함하는 기타 물질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.

일부 실시양태에서, 항-SMAD7 요법 제형은 일반적으로 제약 제형의 성분들을 함께 유지시키는 기능을 할 수 있는 결합제를 포함할 수 있는 과립내 상 및/또는 과립외 상을 포함할 수 있다. 본 발명에 포함되는 예시적인 결합제는 하기일 수 있지만, 이에 제한되지 않는다: 전분, 당, 셀룰로스 또는 변형 셀룰로스 예컨대 히드록시프로필 셀룰로스, 락토스, 예비-젤라틴화 옥수수 전분, 폴리비닐 피롤리돈, 히드록시프로필 셀룰로스, 히드록시프로필메틸 셀룰로스, 저-치환 히드록시프로필 셀룰로스, 소듐 카르복시메틸 셀룰로스, 메틸 셀룰로스, 에틸 셀룰로스, 당 알콜 및 이들의 조합물을 포함하는 기타 물질.

과립내 상 및/또는 과립외 상을 예를 들어 포함하는 구상되는 항-SMAD7 요법 제형은 전분, 셀룰로스, 가교 폴리비닐 피롤리돈, 소듐 스타치 글리콜레이트, 소듐 카르복시메틸 셀룰로스, 알기네이트, 옥수수 전분, 크로스멜로스 소듐, 가교 카르복시메틸 셀룰로스, 저-치환 히드록시프로필 셀룰로스, 아카시아, 및 이들의 조합물을 포함하는 기타 물질과 같은, 그러나 이에 제한되지 않는 붕해제를 포함할 수 있다. 예를 들어, 과립내 상 및/또는 과립외 상이 붕해제를 포함할 수 있다.

일부 실시양태에서, 구상되는 항-SMAD7 요법 제형은 개시된 안티센스 화합물 및 만니톨, 미세결정질 셀룰로스, 히드록시프로필메틸 셀룰로스 및 소듐 스타치 글리콜레이트 또는 이들의 조합물로부터 선택된 부형제를 포함하는 과립내 상, 및 미세결정질 셀룰로스, 소듐 스타치 글리콜레이트 및 스테아르산마그네슘 또는 이들의 혼합물 중 하나 이상을 포함하는 과립외 상을 포함한다.

일부 실시양태에서, 구상되는 항-SMAD7 요법 제형은 윤활제를 포함할 수 있고, 예를 들어, 과립외 상이 윤활제를 함유할 수 있다. 윤활제는 활석, 실리카, 지방, 스테아린, 스테아르산마그네슘, 인산칼슘, 이산화규소, 규산칼슘, 인산칼슘, 콜로이드성 이산화규소, 금속성 스테아레이트, 수소첨가 식물성 오일, 옥수수 전분, 벤조산나트륨, 폴리에틸렌 글리콜, 아세트산나트륨, 스테아르산칼슘, 소듐 라우릴 술페이트, 염화나트륨, 마그네슘 라우릴 술페이트, 활석, 및 스테아르산을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다

일부 실시양태에서, 제약 제형은 장용 코팅을 포함한다. 일반적으로, 장용 코팅은 소화관을 따라서 약물이 흡수되는 장소를 제어하는, 경구 약제에 대한 장벽을 생성한다. 장용 코팅은 pH에 따라 상이한 속도로 붕해되는 중합체를 포함할 수 있다. 장용 코팅은, 예를 들어, 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트, 메틸 아크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 셀룰로스 아세테이트 숙시네이트, 히드록시프로필메틸 셀룰로스 프탈레이트, 메틸 메타크릴레이트-메타크릴산 공중합체, 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체, C형 메타크릴산 공중합체, 폴리비닐 아세테이트-프탈레이트, 및 셀룰로스 아세테이트 프탈레이트를 포함할 수 있다.

예시적인 장용 코팅은 오파드릴(Opadry)? AMB, 아크릴-EZE(Acryl-EZE)?, 유드라짓(Eudragit)? 등급을 포함한다. 일부 실시양태에서, 장용 코팅은 중량 기준으로 구상되는 정제의 약 5％ 내지 약 10％, 약 5％ 내지 약 20％, 8 내지 약 15％, 약 8％ 내지 약 18％, 약 10％ 내지 약 12％, 또는 약 12 내지 약 16％를 이룰 수 있다. 예를 들어, 장용 코팅은 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체를 포함할 수 있다.

한 실시양태에서, 항-SMAD7 요법은 약 0.5 중량％ 내지 약 10 중량％의 본원에 기술된 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용되는 염; 약 30 중량％ 내지 약 50 중량％의 만니톨; 및 약 10 중량％ 내지 약 30 중량％의 미세결정질 셀룰로스를 포함하는 경구로 사용하기 위한 정제일 수 있다.

예를 들어, 약 0.5 중량％ 내지 약 70 중량％, 예를 들어, 약 0.5 중량％ 내지 약 10 중량％, 또는 약 1 중량％ 내지 약 20 중량％의 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용되는 염 (예를 들어, 본원에서 제공되는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드)를 포함하거나 본질적으로 이로 이루어지는 정제 형태의 항-SMAD7 요법이 제공된다. 이같은 정제는, 예를 들어, 약 0.5 중량％ 내지 약 60 중량％의 만니톨, 예를 들어, 약 30 중량％ 내지 약 50 중량％의 만니톨, 예를 들어, 약 40 중량％의 만니톨; 및/또는 약 20 중량％ 내지 약 40 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 또는 약 10 중량％ 내지 약 30 중량％의 미세결정질 셀룰로스를 포함할 수 있다. 예를 들어, 구상되는 정제는 약 30 중량％ 내지 약 60 중량％, 예를 들어, 약 45 중량％ 내지 약 65 중량％, 또는 대안적으로 약 5 중량％ 내지 약 10 중량％의 본원에서 제공되는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 약 30 중량％ 내지 약 50 중량％, 또는 대안적으로 약 5 중량％ 내지 약 15 중량％의 만니톨, 약 5 중량％ 내지 약 15 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 약 0 중량％ 내지 약 4 중량％, 또는 약 1 중량％ 내지 약 7 중량％의 히드록시프로필메틸셀룰로스, 및 약 0 중량％ 내지 약 4 중량％, 예를 들어, 약 2 중량％ 내지 약 4 중량％의 소듐 스타치 글리콜레이트를 포함하는 과립내 상을 포함할 수 있다.

본 발명의 예시적 실시양태에서, 약 50 중량％의 본원에서 제공되는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (또는 이의 염), 약 11.5 중량％의 만니톨, 약 10 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 약 3 중량％의 히드록시프로필메틸셀룰로스, 및 약 2.5 중량％의 소듐 스타치 글리콜레이트를 포함할 수 있는 과립내 상; 및 약 20 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 약 2.5 중량％의 소듐 스타치 글리콜레이트, 및 약 0.5％ 중량％의 스테아르산마그네슘을 포함할 수 있는 과립외 상을 포함하는, 경구 투여를 위한 제약상 허용되는 정제가 제공된다. 정제는 장용 코팅을 또한 포함할 수 있다.

또 다른 예시적 실시양태에서, 약 5 중량％ 내지 약 10 중량％, 예를 들어, 약 8 중량％의 본원에서 제공되는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 (예를 들어, 뉴클레오티드간 연결이 각각 O,O-연결 포스포로티오에이트인 경우, 및/또는 이의 염, 예를 들어, 나트륨 염), 약 40 중량％의 만니톨, 약 8 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 약 5 중량％의 히드록시프로필메틸셀룰로스, 및 약 2 중량％의 소듐 스타치 글리콜레이트를 포함할 수 있거나 또는 본질적으로 이로 이루어질 수 있는 과립내 상; 및 약 17 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 약 2 중량％의 소듐 스타치 글리콜레이트, 및 약 0.4 중량％의 스테아르산마그네슘을 포함할 수 있는 과립외 상을 포함하거나 또는 본질적으로 이로 이루어지는, 경구 투여를 위한 제약상 허용되는 정제가 제공된다.

비경구 투여

본 발명의 제약 조성물은 비경구 투여용으로 제형될 수 있고, 예를 들어, 정맥내, 근육내, 피하, 병변내 또는 복막내 경로를 통한 주사용으로 제형될 수 있다. SMAD7 억제제를 함유하는 수성 조성물, 예컨대 수성 제약 조성물의 제조가 본 개시내용의 견지에서 관련 기술 분야의 통상의 기술자에게 알려질 것이다. 전형적으로, 이같은 조성물은 액체 조성물 또는 현탁액으로서의 주사가능물질로서 제조될 수 있고, 주사 전에 액체를 첨가하여 용액 또는 현탁액을 제조하는데 사용하기에 적절한 고체 형태 또한 제조될 수 있으며, 제제는 또한 에멀션화될 수 있다.

주사가능한 용도에 적절한 제약 제형은 멸균성 수성 용액 또는 분산액; 참깨 오일, 땅콩 오일 또는 수성 프로필렌 글리콜을 포함하는 제형; 및 멸균성 주사가능 용액 또는 분산액의 즉석 제조를 위한 멸균 분말을 포함한다. 모든 경우에, 이러한 제형들은 멸균성이어야 하고, 용이한 주사능이 존재하는 정도로 유체이어야 한다. 이는 제작 및 보관 조건 하에 안정적이어야 하고, 미생물, 예컨대 박테리아 및 진균의 오염 작용에 대해 보존되어야 한다.

계면활성제, 예컨대 히드록시프로필셀룰로스와 적절하게 혼합된 물로 유리 염기 또는 약리학상 허용되는 염으로서의 활성 화합물의 용액을 제조할 수 있다. 또한 글리세롤, 액체 폴리에틸렌 글리콜 및 이의 혼합물, 및 오일에서 분산액을 제조할 수 있다. 추가적으로, 멸균성 고정 오일을 용매 또는 현탁 매질로서 사용할 수 있다. 이러한 목적을 위해, 합성 모노- 또는 디글리세리드를 포함하는 임의의 무자극 고정 오일을 사용할 수 있다. 추가적으로, 지방산 예컨대 올레산을 주사가능물질의 제조에서 사용할 수 있다. 멸균성 주사가능 제제는 또한 비독성의 비경구적으로 허용되는 희석제 또는 용매 내의 멸균성 주사가능 용액, 현탁액, 또는 에멀션, 예를 들어, 1,3-부탄디올 내의 용액일 수 있다. 사용할 수 있는 허용되는 비히클 및 용매에는 물, 링거액, U.S.P. 및 등장성 염화나트륨 용액이 있다. 한 실시양태에서, SMAD7 억제제가 1％ (w/v) 소듐 카르복시메틸셀룰로스 및 0.1％ (v/v) 트윈(TWEEN)™ 80을 포함하는 담체 유체에 현탁될 수 있다. 통상적인 보관 및 사용 조건 하에, 이러한 제제들은 미생물 성장을 방지하도록 보존제를 함유한다.

적절한 분산 또는 습윤 작용제 및 현탁제를 사용하여 공지된 기술에 따라 주사가능 제제, 예를 들어, 멸균성 주사가능 수성 또는 유성 현탁액을 제형할 수 있다. 일반적으로, 다양한 멸균된 활성 성분을 기본 분산 매질 및 상기 열거된 것들로부터의 필요한 다른 성분을 함유하는 멸균성 비히클 내로 혼입함으로써 분산액이 제조된다. 필요한 양의 적합한 용매 내에 SMAD7 억제제를 필요한 바와 같은 다양한 상기 열거된 다른 성분과 함께 혼입한 후 여과 멸균함으로써 본 발명의 멸균성 주사가능 용액을 제조할 수 있다. 멸균성 주사가능 용액의 제조를 위한 멸균 분말의 경우, 바람직한 제조 방법은 활성 성분 + 임의의 추가적인 원하는 성분의 분말이 이의 사전에 멸균-여과된 용액으로부터 산출되는 진공-건조 및 냉동-건조 기술이다. 예를 들어, 박테리아-유지 필터를 통한 여과에 의해, 주사가능 제형을 멸균할 수 있다.

근육내 주사를 위한 더욱 또는 고도로 농축된 용액의 제조가 또한 구상된다. 이와 관련하여, DMSO를 용매로 사용하는 것이 바람직한데, 이는 매우 신속한 침투를 초래하여 고농도의 SMAD7 억제제를 작은 면적으로 전달하는 것을 초래할 것이기 때문이다.

이같은 용액에서 사용하기 위한 적절한 보존제는 벤즈알코늄 클로라이드, 벤즈에토늄 클로라이드, 클로로부탄올, 티메로살 등을 포함한다. 적절한 완충제는 pH를 대략적으로 pH 6 내지 pH 8, 바람직하게는 대략적으로 pH 7 내지 pH 7.5로 유지하는데 충분한 양의 붕산, 중탄산나트륨, 중탄산칼륨, 붕산나트륨, 붕산칼륨, 탄산나트륨, 탄산칼륨, 아세트산나트륨, 이인산나트륨 등을 포함한다. 적절한 장성 작용제는 안과용 용액의 염화나트륨 당량이 0.9 +/- 0.2％ 범위 내이도록 하는 덱스트란 40, 덱스트란 70, 덱스트로스, 글리세린, 염화칼륨, 프로필렌 글리콜, 염화나트륨 등이다. 적절한 항산화제 및 안정화제는 중아황산나트륨, 메타중아황산나트륨, 티오아황산나트륨, 티오우레아 등을 포함한다. 적절한 습윤 및 정화 작용제는 폴리소르베이트 80, 폴리소르베이트 20, 폴록사머 282 및 틸록사폴을 포함한다. 적절한 점도-증가제는 덱스트란 40, 덱스트란 70, 젤라틴, 글리세린, 히드록시에틸셀룰로스, 히드록시메틸프로필셀룰로스, 라놀린, 메틸셀룰로스, 페트로라툼, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리비닐 알콜, 폴리비닐피롤리돈, 카르복시메틸셀룰로스 등을 포함한다.

예시적인 실시양태에서, SMAD7에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드의 피하 투여를 위한 제약 조성물은 안티센스 올리고뉴클레오티드 예컨대 서열식별번호: 7로 표시되는 것, 또는 이의 제약상 허용되는 염 (예컨대 나트륨 염), 및 제약상 허용되는 담체를 포함한다.

구상되는 정제는 장용 코팅을 또한 포함할 수 있고, 예를 들어, 개시된 정제는 약 13 중량％, 약 14 중량％, 약 15 중량％, 약 16 중량％, 약 17 중량％의 장용 코팅, 예를 들어, 에틸아크릴레이트-메타크릴산 공중합체 (예를 들어, 아크릴EZE?)를 포함할 수 있다.

예를 들어, 항-SMAD7 요법은 과립내 상 및 과립외 상을 포함하고, 과립내 상은 예를 들어 약 5 중량％ 내지 약 10 중량％ (예를 들어 약 8 중량％)의 서열식별번호: 7로 표시되는 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용되는 염, 약 40 중량％의 만니톨, 약 8 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 약 5 중량％의 히드록시프로필메틸 셀룰로스, 및 약 2 중량％의 소듐 스타치 글리콜레이트를 포함하고, 과립외 상은 예를 들어 약 17 중량％의 미세결정질 셀룰로스, 약 2 중량％의 소듐 스타치 글리콜레이트, 및 약 0.4 중량％의 스테아르산마그네슘을 포함하는, 경구로 사용하기 위한 제약상 허용되는 정제의 형태일 수 있고, 정제가 장용 코팅을 추가로 포함할 수 있다.

일부 실시양태에서, 구상되는 제형, 예를 들어, 정제는 환자에게 경구 투여될 때 환자에서 올리고뉴클레오티드의 최소 혈장 농도를 초래할 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 구상되는 제형은 환자에게 경구 투여될 때 국소적으로 환자의 말단 회장 및/또는 오른쪽 결장으로, 예를 들어, 환자의 장의 이환 또는 질환 부위로 전달된다.

투여 및 투약

예시적인 제형은 약 10 mg 내지 약 500 mg의 SMAD7에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하거나 또는 본질적으로 이로 이루어지는 투약 형태를 포함한다. 예를 들어, 약 10 mg, 약 15 mg, 약 20 mg, 약 25 mg, 약 30 mg, 약 35 mg, 약 40 mg, 약 50 mg, 약 60 mg, 약 70 mg, 약 80 mg, 약 90 mg, 약 100 mg, 약 110 mg, 약 120 mg, 약 130 mg, 약 140 mg, 약 150 mg, 약 160 mg, 약 200 mg, 또는 약 250 mg의 SMAD7에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 제형이 본원에서 구상된다. 한 실시양태에서, 제형은 약 40 mg, 80 mg, 또는 160 mg의 SMAD7에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제형은 적어도 100 ㎍의 SMAD7에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들어, 제형은 약 0.1 mg, 0.2 mg, 0.3 mg, 0.4 mg, 0.5 mg, 1 mg, 5 mg, 10 mg, 15 mg, 20 mg, 또는 25 mg의 SMAD7에 대한 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 투여되는 양은 치료되는 질환 또는 적응증의 유형 및 정도, 환자의 전반적인 건강 및 체격, 안티센스 올리고뉴클레오티드의 생체내 효능, 제약 제형, 및 투여 경로와 같은 변수에 좌우될 것이다. 원하는 혈액 수준 또는 조직 수준을 신속하게 달성하기 위해 초기 투여량이 상한 수준 초과로 증가될 수 있다. 대안적으로, 초기 투여량이 최적값보다 작을 수 있고, 치료 과정 동안 투여량이 점진적으로 증가될 수 있다. 예를 들어, 40 mg 내지 160 mg으로 실행하도록 디자인된 통상적인 I상 용량 상승 연구에서, 인간 투여량이 최적화될 수 있다. 투약 빈도는 투여 경로, 투여량 및 치료되는 질환과 같은 요인에 따라 다를 수 있다. 예시적인 투약 빈도는 하루에 1번, 1주에 1번, 및 2주에 1번이다. 일부 실시양태에서, 투약은 7일 동안 하루에 1번이다.

동반 치료

본 발명의 일부 실시양태에서, 항-SMAD7 요법이 예를 들어 스테로이드 또는 스테로이드들, 면역조정제 또는 면역조정제들, 및/또는 메살라민이지만 이에 제한되지 않는 다른 치료 후에 또는 이와 동반적으로 투여될 수 있다. 항-SMAD7 요법은 이러한 치료의 임의의 조합 후에 또는 이와 동반적으로 투여될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 항-SMAD7 요법이 스테로이드 또는 스테로이드들과만 함께, 면역조정제 또는 면역조정제들과만 함께, 메살라민과만 함께, 스테로이드 또는 스테로이드들 및 면역조정제 또는 면역조정제들과 함께, 스테로이드 또는 스테로이드들 및 메살라민과 함께, 또는 면역조정제 또는 면역조정제들 및 메살라민과 함께 투여될 수 있다.

면역조정제의 예는 아자티오프린, 메르캅토퓨린, 메토트렉세이트, 시클로스포린 A, 및 타크롤리무스를 포함한다. 스테로이드의 예는 코르티코스테로이드, 예를 들어, 프레드니손, 덱사메타손, 히드로코르티손, 메틸프레드니솔론, 프레드니손, 및 부데소니드를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상이한 살리실레이트, 예를 들어, 술파살라진이 메살라민 대신 투여될 수 있다. 본 발명의 일부 실시양태에서, 스테로이드(들), 면역조정제(들) 또는 메살라민이 항-SMAD7 요법과 동일한 경로로 (즉, 경구로) 투여될 수 있다. 본 발명의 일부 실시양태에서, 스테로이드(들), 면역조정제(들) 또는 메살라민이 항-SMAD7 요법과 상이한 경로로 투여될 수 있다. 예를 들어, 스테로이드(들), 면역조정제(들) 또는 메살라민이 비경구로, 직장으로, 정맥 내로, 국소적으로, 또는 흡입 스프레이에 의해 투여될 수 있다.

요법 모니터링

염증성 장 질환의 치료에서의 안티센스 요법의 유효성을 임의의 적합한 접근법을 사용하여 모니터링할 수 있다. 예를 들어, 염증성 장 질환 또는 과도한 SMAD7 활성과 연관된 것으로 공지된 바이오마커 중 임의의 것을 사용하여 환자에서 요법의 유효성을 모니터링할 수 있고, 임의의 주관적 또는 객관적 임상 척도를 사용할 수도 있다. 치료 모니터링은 치료 효능 및 안전성을 평가하는 면에서, 뿐만 아니라 치료를 조정할 필요성을 평가하는 면에서 유용할 수 있다. 치료 모니터링은 환자에게 투여되고 있거나 환자에게 투여될 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 양이 증가 또는 감소되어야 하는지 여부 또는 안티센스가 효과적인지 여부를 평가하는데 또한 유용할 수 있다. 추가로, 치료 모니터링은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 용량이 조정, 즉 증가 또는 감소되어야 하는 양 또는 상대적인 양을 결정하는 면에서 유용할 수 있다.

모니터링, 예를 들어, IBD에 걸린 환자 내의 바이오마커 또는 바이오마커 조합물 (예를 들어, CRP, TNFα, 및 IL8)의 수준의 모니터링은 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 최초 용량 전에, 최초 용량 동안, 또는 최초 용량 후에 시작될 수 있다. 추가로, 모니터링이 최초 용량 후에 계속될 수 있다. 예를 들어, 최초 용량 투여 후에 모니터링이 수행될 수 있다. 또한 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 후속 용량 전에, 후속 용량 동안 또는 후속 용량 후에 모니터링이 수행될 수 있다. 모니터링은 연속적 또는 불연속적일 수 있어서, 모니터링이 규칙적인 간격으로, 예를 들어, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 용량이 환자에게 투여된 후, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 용량이 환자에게 투여되기 전, 또는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 각각의 용량이 환자에게 투여되기 전 및 후에 수행될 수 있다. 모니터링은 하루에 여러 번 (예를 들어, 하루에 2번, 3번, 4번, 약 5번, 또는 약 10번), 하루에 1번, 1주에 여러 번 (예를 들어, 1주에 2번, 3번, 4번, 약 5번, 또는 약 10번), 1주에 1번, 1개월에 여러 번 (예를 들어, 1개월에 2번, 3번, 4번, 약 5번, 또는 약 10번), 또는 1개월에 1번 수행될 수 있다. 본 발명의 방법에서, 투여 단계와 관련된 여러 시점에 모니터링이 수행될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 투여 단계 직후에, 또는 투여 단계로부터 적어도 1일, 적어도 3일, 적어도 5일, 적어도 1주, 적어도 2주, 적어도 3주, 적어도 1개월, 적어도 2개월, 적어도 4개월, 또는 적어도 6개월 후에 모니터링이 수행될 수 있다. 일부 실시양태에서, 투여 단계로부터 약 15일 또는 약 28일 후에 모니터링이 수행된다.

일부 경우에, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드의 수준을 증가시켜야 하는지, 감소시켜야 하는지, 또는 그대로 두어야 하는지 여부를 결정하기 위해 바이오마커의 정상 또는 비정상 수준에 대한 역치 값을 아는 것이 유용할 것이다. CRP의 정상 수준은 특정 값, 예를 들어, 약 0.01 mg/L, 약 0.05 mg/L, 약 0.1 mg/L, 약 0.2 mg/L, 약 0.3 mg/L, 약 0.4 mg/L, 약 0.5 mg/L, 약 0.6 mg/L, 약 0.7 mg/L, 약 0.8 mg/L, 약 0.9 mg/L, 약 1.0 mg/L, 약 1.5 mg/L, 약 2.0 mg/L, 약 2.5 mg/L, 또는 약 3.0 mg/L의 값으로 정해질 수 있다. TNFα의 정상 수준은 약 11 ㎍/L (예를 들어, 11.2 ㎍/L)일 수 있거나, 또는 대조군 대상체에 따라 또 다른 값 (예를 들어, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 또는 15 ㎍/L)일 수 있다. 혈청 내의 IL8의 정상 수준은 약 13 ㎍/L (예를 들어, 12.9 ㎍/L)일 수 있거나, 또는 대조군 대상체에 따라 또 다른 값 (예를 들어, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 14, 15, 16, 또는 17 ㎍/L)일 수 있다. 예를 들어, 문헌 [Arican et al., Mediators Inflamm. 2005:273, 2005]을 참조한다. 일부 실시양태에서, 다양한 인자, 예를 들어, 연령, 성별, 출신 민족, 흡연 습관, 식습관, 체중-질량 지수 (BMI), 및/또는 운동 습관과 관련하여 환자에 매칭되는 건강한 대조군에서의 바이오마커의 중앙값 수준과 비교함으로서 바이오마커의 정상 수준이 결정될 수 있다.

환자로부터 샘플을 수득함으로써 바이오마커 또는 바이오마커 조합물 (예를 들어, CRP, TNFα, 및 IL8)의 수준을 결정할 수 있다. 본원에 기술된 방법에 따르면, 샘플은 조직 샘플 (예를 들어, 위장 조직 샘플) 또는 체액 샘플 (예를 들어, 타액 샘플, 대변, 소변 샘플, 또는 임의의 액체 생검체)일 수 있다. 샘플은 바이오마커를 발현하는 세포, 예를 들어, 상피 결장 조직 세포를 함유하는 고형 조직 생검체를 포함할 수 있다. 샘플은 환자 조직 생검체, 예를 들어, 점막 조직 생검체, 예를 들어, 장 점막 조직 생검체로부터 수득된 샘플일 수 있다. 추가로, 샘플은 혈액, 혈청, 또는 혈장 샘플일 수 있다. 관련 기술 분야에 널리 공지된 기술을 사용하여 대상체로부터의 혈액 샘플을 수득할 수 있다. 혈액 샘플은 말초혈 단핵 세포 (PMBC), RBC-제거 전혈, 또는 혈액 혈청을 포함할 수 있다. 분별 밀도 구배 (예를 들어, 피콜(Ficoll) 밀도 구배) 원심분리 절차를 사용하여 전혈 샘플로부터 PBMC를 분리할 수 있다. 예를 들어, 전혈 (예를 들어, 항응고처리된 전혈)을 분리 매질 상에서 층상화하고 원심분리한다. 원심분리 단계가 끝나면, 하기의 층들이 위에서부터 아래로 시각적으로 관찰된다: 혈장/혈소판, PBMC, 분리 매질, 및 적혈구/과립구.

또한 시간 파라미터를 기초로 환자로부터 샘플을 수득 또는 추출할 수 있다. 예를 들어, 소정의 기간, 예를 들어, 약 1시간, 약 6시간, 약 12시간, 약 1일, 약 3일, 약 1주, 또는 약 1개월 동안, 상이한 시점에, 예를 들어, 약 30분 마다, 약 1시간 마다, 약 3시간 마다, 약 6시간 마다, 또는 약 12시간 마다 동일한 환자로부터 샘플을 취할 수 있다. 또한 개별적인 식사 후에, 예를 들어, 식사 직후, 식후 약 30분, 식후 약 1시간, 식후 약 2시간, 식후 약 3시간, 식후 약 4시간, 식후 약 5시간, 또는 식후 약 6시간에 샘플을 취할 수 있다.

치료를 모니터링하는 방법은 바이오마커 (예를 들어, CRP, TNFα, 및 IL8)의 수준, CDAI 점수, 임상적 완화, 및 IBD 증상의 존재 또는 중증도를 포함하지만 이에 제한되지 않는 다른 인자를 모니터링하는 방법을 또한 포함할 수 있다.

바이오마커 또는 바이오마커 조합물 (예를 들어, CRP, TNFα, 및 IL8)의 수준을 측정하는 본 발명의 실시양태에서, 다양한 방법을 사용하여 바이오마커를 측정할 수 있다. 예를 들어, 바이오마커, 예를 들어, IL8, TNFα 또는 CRP의 수준을 면역화학 및/또는 뉴클레오티드 분석에 의해 결정할 수 있다. 예를 들어, 공지된 부피의 혈액 또는 조직 샘플 또는 혈액 또는 조직 샘플의 분획 내의 바이오마커의 양을 면역화학에 의해 결정할 수 있다. 면역화학에 의해 바이오마커 농도를 결정하는 방법은 웨스턴 블롯팅, ELISA, 및 면역염색 방법을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 면역화학에 의해 바이오마커 농도를 결정하는 방법은 관심 바이오마커에 결합할 수 있는 항체, 예를 들어, 바이오마커에 대해 지시된 항체를 사용하여 수행된다. 면역화학에 의해 바이오마커 농도를 검정하는 것은, 예를 들어, 바이오마커에 대한 적어도 하나의 항체를 필요로 한다. 1차 항체에 검출가능한 표지, 예를 들어, 형광 마커가 태그로 부착될 수 있다. 대안적으로, 1차 항체의 종 아이소형에 특이적으로 결합하는, 검출가능한 표지, 예를 들어, 형광 마커가 태그로 부착된 2차 항체가 면역화학을 수행하는데 사용될 수 있다. 면역화학에 의해 바이오마커 농도를 결정하는 방법은 완충제, 차단 시약, 접합되지 않은 1차 항체, 및 항체 검출을 허용하는 태그, 예컨대 형광 프로브 또는 기질-특이적 효소에 접합된 1차 및/또는 2차 항체를 사용하는 것을 또한 수반할 수 있다.

뉴클레오티드 분석에 의해 바이오마커 농도를 결정하는 방법은 바이오마커 mRNA 전사체 수준을 분석하는 방법 예컨대 노던 블롯팅 및 폴리머라제 연쇄 반응 방법, 예를 들어, 정량적 폴리머라제 연쇄 반응 방법을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 뉴클레오티드 분석은 바이오마커 뉴클레오티드 서열 (예를 들어, CRP 뉴클레오티드 서열)에 결합하는 올리고뉴클레오티드 프로브, 또는 폴리머라제 연쇄 반응, 예를 들어, 정량적 폴리머라제 연쇄 반응에 의해 바이오마커 뉴클레오티드 서열을 증폭시킬 수 있는 한 쌍의 올리고뉴클레오티드 프라이머를 사용하여 수행될 수 있다. 올리고뉴클레오티드 프로브 및 올리고뉴클레오티드 프라이머가 검출가능한 태그, 예를 들어, 형광 태그에 연결될 수 있다. 뉴클레오티드 분석에 의해 바이오마커 농도를 결정하는 것에서, 실행자는 샘플 내의 특정 바이오마커의 mRNA 전사체 농도를 평가할 수 있다. 대안적으로, 뉴클레오티드 분석에 의해 바이오마커 농도를 결정하는 것에서, 실행자는 바이오마커 mRNA 전사체 존재도(abundance)의 측정치를 기초로 바이오마커 단백질 농도를 추정하기 위해 특정 바이오마커의 mRNA 전사체 존재도와 특정 바이오마커의 단백질 존재도 사이의 상관관계를 규명할 수 있다.

청구된 발명의 방법은 시험관 내에서 수행될 수 있는 단계를 포함한다. 예를 들어, 대상체 내의 바이오마커 수준을 측정하는 단계, 샘플 내의 바이오마커의 수준을 결정하는 단계, 및/또는 CDAI 점수를 결정하거나 또는 CDAI 점수를 결정하는데 필요한 측정을 하는 단계가 시험관 내에서 수행될 수 있는 것이 구상된다. 예를 들어, 샘플 내의 바이오마커의 수준을 시험관 내에서 샘플에 대해 면역화학 또는 뉴클레오티드 분석을 수행함으로써 결정할 수 있다. 대안적으로, 본 발명의 일부 실시양태에서, IBD에 걸린 환자 내의 바이오마커 수준을 결정 및 분석하는 단계, 샘플 내의 바이오마커 수준을 결정 및 분석하는 단계, 및/또는 CDAI 점수를 결정하거나 또는 CDAI 점수를 결정하는데 필요한 측정을 하는 단계가 생체 내에서 수행될 수 있다.

에이비캠(Abcam)의 염소 항-인간 IL8 (카탈로그 번호 ab10769), 산타 크루즈(Santa Cruz)의 마우스 항-인간 IL8 (카탈로그 번호 sc-73321, sc-52870, 및 sc-7302), 피어스(Pierce)의 마우스 항-인간 IL8 (3IL8-H10) (카탈로그 번호 M801), 및 시그마-알드리치(Sigma-Aldrich)의 마우스 항-인간 IL8 (카탈로그 번호 WH0003576M5) 항체를 포함하지만 이에 제한되지 않는, 면역화학에 적절한 항-IL8 항체가 시판된다.

에이비캠의 토끼 항-인간 TNFα (카탈로그 번호 ab9635), 셀 시그널링 테크놀러지(Cell Signaling Technology)의 토끼 항-인간 TNFα (카탈로그 번호 3707), 어피메트릭스 이바이오사이언스(affymetrix eBioscience)의 마우스 항-인간 TNFα (카탈로그 번호 14-7348-81), 및 록랜드 안티바디즈 & 어세이즈(Rockland Antibodies & Assays)의 토끼 항-인간 TNFα (카탈로그 번호 209-401-306S) 항체를 포함하지만 이에 제한되지 않는, 면역화학에 적절한 항-TNFα 항체가 시판된다.

면역화학에 적절한 항-CRP 항체, 예를 들어, 산타 크루즈 바이오테크놀러지(Santa Cruz Biotechnology)의 염소 항-인간 CRP 폴리클로날 항체 (카탈로그 번호 sc-18304 및 sc-18306), 산타 크루즈 바이오테크놀러지의 토끼 항-인간 CRP 폴리클로날 항체 (카탈로그 번호 sc-30047), 산타 크루즈 바이오테크놀러지의 마우스 항-인간 CRP 모노클로날 항체 (카탈로그 번호 sc-70883), 시그마-알드리치의 마우스 항-인간 CRP 모노클로날 항체 (카탈로그 번호 C1688-.2ML), 에이비캠의 토끼 항-인간 모노클로날 항체 (카탈로그 번호 ab32412), 에이비캠의 마우스 항-인간 CRP 모노클로날 항체 (카탈로그 번호 ab13426), 및 써모 사이언티픽(Thermo Scientific)의 염소 항-인간 CRP 폴리클로날 항체 (카탈로그 번호 G0301-1B)가 시판된다.

일반적으로 기술되고 있는 본 발명이 단지 본 발명의 특정 측면 및 실시양태의 예시의 목적으로 포함되고 어떠한 방식으로도 본 발명을 제한하는 것으로 의도되지 않는 하기의 실시예를 참조로 더욱 쉽게 이해될 것이다.

실시예

실시예 1 - rs144204026 SNP에 대해 이형접합성인 환자

환자가 크론병으로 진단되었다. 요법을 시작하기 전에, rs144204026 SNP의 존재 또는 부재를 결정하기 위해 표준 시퀀싱 기술을 사용하여 환자에서 환자의 SMAD7 유전자 서열을 분석하였다.

시퀀싱 결과, 환자가 SMAD7 유전자 rs144204026 다형성 (즉, 이러한 위치에서의 "A")의 카피 1개 및 컨센서스 서열 (즉, 이러한 위치에서의 "G")의 카피 1개를 갖는 것으로 결정되었다. 이러한 결정을 기초로, 환자에게 하나는 몽게르센의 서열 (즉, 서열식별번호: 5)을 갖고, 하나는 rs144204026 다형성에 상응하는 뉴클레오티드가 치환된 몽게르센의 서열 (즉, 서열식별번호: 11)을 갖는 2개의 상이한 안티센스 치료제를 투여하였다.

안티센스 치료제의 조합물을 사용한 치료 후에, 환자가 크론병과 연관된 증상의 감소를 경험하였다.

실시예 2 - rs144204026 SNP에 대해 동형접합성인 환자

시퀀싱 결과, 환자가 SMAD7 유전자 rs144204026 다형성 (즉, 이러한 위치에서의 "A")의 카피 2개를 갖는 것으로 결정되었다. 이러한 결정을 기초로, 환자에게 rs144204026 다형성에 상응하는 뉴클레오티드가 치환된 몽게르센의 서열 (예를 들어, 서열식별번호: 11)을 갖는 단일한 안티센스 치료제를 투여하였다.

안티센스 치료제를 사용한 치료 후에, 환자가 크론병과 연관된 증상의 감소를 경험하였다.

서열

서열식별번호: 1 (NM_005904.3의 코딩 서열 CDS (288-1568); 호모 사피엔스 SMAD 패밀리 구성원 7 (SMAD7), 전사체 변이체 1, mRNA) - 몽게르센 표적 및 이의 유도체의 표적 서열에 밑줄이 그어지고 (108-128); SNP (g/a)에 이중으로 밑줄이 그어진다;

서열식별번호: 2 (말단-절단된 몽게르센 표적-서열; SNP rs144204026 장소가 강조된다)

5'-CTGCGG G GAGAAGGGGCGAC-3'

서열식별번호: 3 (몽게르센 표적-서열; SNP rs144204026 장소가 강조된다)

5'-GCTGCGG G GAGAAGGGGCGAC-3'

서열식별번호: 4 (말단-절단된 몽게르센 서열; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-GTCGCCCCTTCTC C CCGCAG-3'

서열식별번호: 5 (몽게르센 서열; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-GTCGCCCCTTCTC C CCGCAGC-3'

서열식별번호: 6 (말단-절단된 몽게르센; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-GTXGCCCCTTCTC C CXGCAG-3'

[식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다]

서열식별번호: 7 (몽게르센; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-GTXGCCCCTTCTC C CXGCAGC-3'

[식중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다]

서열식별번호: 8 (말단-절단된 몽게르센 표적-서열의 다형체 변이체; SNP rs144204026 위치가 강조된다)

5'-CTGCGG A GAGAAGGGGCGAC-3'

서열식별번호: 9 (몽게르센 표적-서열의 다형체 변이체; SNP rs144204026 위치가 강조된다)

5'-GCTGCGG A GAGAAGGGGCGAC-3'

서열식별번호: 10 (말단-절단된 몽게르센 서열의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-GTCGCCCCTTCTC T CCGCAG-3'

서열식별번호: 11 (몽게르센 서열의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-GTCGCCCCTTCTC T CCGCAGC-3'

서열식별번호: 12 (말단-절단된 몽게르센의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAG-3'

서열식별번호: 13 (몽게르센의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAGC-3'

서열식별번호: 14 (몽게르센의 변이체; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-ZTXGCCCCTTCTC C CXGCAZC-3'

[식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이고, Z는 2'-데옥시구아노신 메틸포스포네이트이다]

서열식별번호: 15 (말단-절단된 몽게르센의 변이체; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-ZTXGCCCCTTCTC C CXGCAZ-3'

서열식별번호: 16 (몽게르센의 변이체; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-GTXGCCCCTTCTC C CXGCAGC-3'

[식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이다]

서열식별번호: 17 (몽게르센의 변이체; 강조된 위치는 SNP rs144204026의 장소에 상응한다)

5'-GTXYCCCCTTCTC C CXYCAGC-3'

[식 중, X는 시토신 및 5-메틸시토신 또는 2'-O-메틸시토신 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 질소성 염기를 포함하는 뉴클레오티드이고, Y는 구아닌 및 5-메틸구아닌 또는 2'-O-메틸구아닌 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 질소성 염기를 포함하는 뉴클레오티드이며, 단, 뉴클레오티드 X 또는 Y 중 적어도 하나는 메틸화된 질소성 염기를 포함한다]

서열식별번호: 18 (말단-절단된 몽게르센 변이체의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-ZTXGCCCCTTCTC T CXGCAZ-3',

서열식별번호: 19 (몽게르센 변이체의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-ZTXGCCCCTTCTC T CXGCAZC-3'

서열식별번호: 20 (몽게르센 변이체의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-GTXGCCCCTTCTC T CXGCAGC-3'

[식 중, X는 5-메틸 2'-데옥시시티딘이다]

서열식별번호: 21 (몽게르센 변이체의 다형체 변이체; SNP rs144204026을 표적화하는 위치가 강조된다)

5'-GTXYCCCCTTCTCTCXYCAGC-3'

등가물

본 발명의 구체적인 실시양태가 논의되었지만, 상기 명세서는 예시적이고, 제한적이지 않다. 본 발명의 다수의 변형이 본 명세서의 검토 시 관련 기술 분야의 통상의 기술자에게 명백해질 것이다. 본 발명의 전체 범주는 특허청구범위와 이의 전체 범주의 등가물, 및 명세서와 이같은 변형을 참조로 결정되어야 한다.

달리 지시되지 않는 한, 명세서 및 특허청구범위에서 사용된 성분의 양, 반응 조건 등을 표현하는 모든 숫자는 모든 경우에 용어 "약"으로 수식된 것으로 이해되어야 한다. 따라서, 반대로 지시되지 않는 한, 본 명세서 및 첨부된 특허청구범위에 기재된 수치 파라미터는 본 발명이 수득하고자 하는 원하는 성질에 따라 다를 수 있는 근사값이다.

참고로 포함됨

본원에서 언급된 모든 특허, 공개 특허 출원, 웹사이트, 및 기타 참고문헌의 전체 내용은 이에 의해 전문이 명시적으로 본원에 참조로 포함된다.

SEQUENCE LISTING <110> NOGRA PHARMA LIMITED <120> METHODS AND COMPOSITIONS FOR TREATING A SUBJECT WITH A SMAD7 ANTISENSE OLIGONUCLEOTIDE <130> GIU-043 <140> <141> <150> PCT/EP2015/074066 <151> 2015-10-16 <150> 62/065,598 <151> 2014-10-17 <160> 21 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1281 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 atgttcagga ccaaacgatc tgcgctcgtc cggcgtctct ggaggagccg tgcgcccggc 60 ggcgaggacg aggaggaggg cgcaggggga ggtggaggag gaggcgagct gcggggagaa 120 ggggcgacgg acagccgagc gcatggggcc ggtggcggcg gcccgggcag ggctggatgc 180 tgcctgggca aggcggtgcg aggtgccaaa ggtcaccacc atccccaccc gccagccgcg 240 ggcgccggcg cggccggggg cgccgaggcg gatctgaagg cgctcacgca ctcggtgctc 300 aagaaactga aggagcggca gctggagctg ctgctccagg ccgtggagtc ccgcggcggg 360 acgcgcaccg cgtgcctcct gctgcccggc cgcctggact gcaggctggg cccgggggcg 420 cccgccggcg cgcagcctgc gcagccgccc tcgtcctact cgctccccct cctgctgtgc 480 aaagtgttca ggtggccgga tctcaggcat tcctcggaag tcaagaggct gtgttgctgt 540 gaatcttacg ggaagatcaa ccccgagctg gtgtgctgca acccccatca ccttagccga 600 ctctgcgaac tagagtctcc cccccctcct tactccagat acccgatgga ttttctcaaa 660 ccaactgcag actgtccaga tgctgtgcct tcctccgctg aaacaggggg aacgaattat 720 ctggcccctg gggggctttc agattcccaa cttcttctgg agcctgggga tcggtcacac 780 tggtgcgtgg tggcatactg ggaggagaag acgagagtgg ggaggctcta ctgtgtccag 840 gagccctctc tggatatctt ctatgatcta cctcagggga atggcttttg cctcggacag 900 ctcaattcgg acaacaagag tcagctggtg cagaaggtgc ggagcaaaat cggctgcggc 960 atccagctga cgcgggaggt ggatggtgtg tgggtgtaca accgcagcag ttaccccatc 1020 ttcatcaagt ccgccacact ggacaacccg gactccagga cgctgttggt acacaaggtg 1080 ttccccggtt tctccatcaa ggctttcgac tacgagaagg cgtacagcct gcagcggccc 1140 aatgaccacg agtttatgca gcagccgtgg acgggcttta ccgtgcagat cagctttgtg 1200 aagggctggg gccagtgcta cacccgccag ttcatcagca gctgcccgtg ctggctagag 1260 gtcatcttca acagccggta g 1281 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 ctgcggggag aaggggcgac 20 <210> 3 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 gctgcgggga gaaggggcga c 21 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 4 gtcgcccctt ctccccgcag 20 <210> 5 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 5 gtcgcccctt ctccccgcag c 21 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <400> 6 gtcgcccctt ctccccgcag 20 <210> 7 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <400> 7 gtcgcccctt ctccccgcag c 21 <210> 8 <211> 20 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 8 ctgcggagag aaggggcgac 20 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 9 gctgcggaga gaaggggcga c 21 <210> 10 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 10 gtcgcccctt ctctccgcag 20 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 11 gtcgcccctt ctctccgcag c 21 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <400> 12 gtcgcccctt ctctccgcag 20 <210> 13 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <400> 13 gtcgcccctt ctctccgcag c 21 <210> 14 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(1) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (20)..(20) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <400> 14 gtcgcccctt ctccccgcag c 21 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(1) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (20)..(20) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <400> 15 gtcgcccctt ctccccgcag 20 <210> 16 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <400> 16 gtcgcccctt ctccccgcag c 21 <210> 17 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> Cytosine, 5-methylcytosine or a 2'-O-methylcytosine nucleotide <220> <221> modified_base <222> (4)..(4) <223> Guanine, 5-methylguanine or a 2'-O-methylguanine nucleotide <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> Cytosine, 5-methylcytosine or a 2'-O-methylcytosine nucleotide <220> <221> modified_base <222> (17)..(17) <223> Guanine, 5-methylguanine or a 2'-O-methylguanine nucleotide <220> <223> See specification as filed for detailed description of substitutions and preferred embodiments <400> 17 gtcgcccctt ctccccgcag c 21 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(1) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (20)..(20) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <400> 18 gtcgcccctt ctctccgcag 20 <210> 19 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (1)..(1) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (20)..(20) <223> 2'-deoxyguanosine methylphosphonate <400> 19 gtcgcccctt ctctccgcag c 21 <210> 20 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> 5-methyl-2'-deoxycytidine <400> 20 gtcgcccctt ctctccgcag c 21 <210> 21 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> modified_base <222> (3)..(3) <223> Cytosine, 5-methylcytosine or a 2'-O-methylcytosine nucleotide <220> <221> modified_base <222> (4)..(4) <223> Guanine, 5-methylguanine or a 2'-O-methylguanine nucleotide <220> <221> modified_base <222> (16)..(16) <223> Cytosine, 5-methylcytosine or a 2'-O-methylcytosine nucleotide <220> <221> modified_base <222> (17)..(17) <223> Guanine, 5-methylguanine or a 2'-O-methylguanine nucleotide <220> <223> See specification as filed for detailed description of substitutions and preferred embodiments <400> 21 gtcgcccctt ctctccgcag c 21

Claims

서열식별번호(SEQ ID NO): 11의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드.
서열식별번호: 13 [식 중 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 포함하는 뉴클레오티드이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다]의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드.
서열식별번호: 13 [식 중 X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 포함하는 뉴클레오티드이다]의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 상보체.
제3항에 있어서, 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드.
제4항에 있어서, 모든 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드.
제3항에 있어서, 2'-데옥시리보뉴클레오티드가 상응하는 리보뉴클레오티드로 교체된 것인 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드.
제1항 내지 제6항 중 어느 한 항의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드, 및 제약상 허용되는 아주반트 및/또는 부형제를 포함하는 제약 조성물.
제7항에 있어서, 경구 제약 조성물인 제약 조성물.
유효량의 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 IBD 치료를 필요로 하는 환자에게 투여하는 것을 포함하고, SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 IBD를 치료하는데 효과적인, IBD를 치료하는 방법.
제9항에 있어서, IBD가 크론병인 방법.
제9항에 있어서, IBD가 궤양성 대장염인 방법.
제9항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 안티센스 올리고뉴클레오티드가 경구로 투여되는 방법.
컨센서스 SMAD7 뉴클레오티드 서열과 상이한 SMAD7의 제1 다형체 형태의 적어도 하나의 카피를 보유하는 염증성 장 질환 (IBD)에 걸린 환자에게 SMAD7의 상기 제1 다형체 형태를 특이적으로 표적화하는 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 유효량으로 투여하는 것을 포함하는 상기 환자에서 IBD를 치료 또는 관리하는 방법.
제13항에 있어서, 다형체 형태가 단일 뉴클레오티드 다형성을 포함하는 것인 방법.
제13항 또는 제14항에 있어서, 다형체 형태가 표 1 또는 표 2에 열거된 다형성을 포함하는 것인 방법.
제13항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 다형체 형태가 서열식별번호: 1의 핵산 위치 108-128에 상응하는 영역에서 다형성을 포함하는 것인 방법.
제15항에 있어서, 제1 SMAD7 다형체 형태가 서열식별번호: 1의 위치 114에 아데닌 ("A")을 포함하는 것인 방법.
제16항에 있어서, 제1 SMAD7 다형체 형태가 서열식별번호: 9 (5'-GCTGCGGAGAGAAGGGGCGAC-3')의 핵산 서열을 포함하는 것인 방법.
제18항에 있어서, 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 11 (5'-GTCGCCCCTTCTCTCCGCAGC-3')의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 방법.
제19항에 있어서, 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 하기 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 포스포로티오에이트인 방법: 5'-GTXGCCCCTTCTCTCXGCAGC-3' (서열식별번호: 13) [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 포함하는 뉴클레오티드이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다].
(a) 환자 내의 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재를 분석하는 단계; 및
(b) 상기 다형체 형태의 존재 또는 부재를 기초로,
(i) 제1 SMAD7 다형체 형태가 환자에 존재하면, 제1 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하거나; 또는
(ii) 제2 SMAD7 다형체 형태가 환자에 존재하면, 제2 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하거나; 또는
(iii) 제1 및 제2 SMAD7 다형체 형태가 환자에 존재하면, 제1 및 제2 SMAD7 다형체 형태를 표적화하는 제1 및 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드 중 하나 또는 양쪽 모두를 환자에게 투여하는,
하나 이상의 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드를 환자에게 투여하는 단계
를 포함하는, IBD에 걸린 환자에서 IBD를 치료 또는 관리하는 방법,
제21항에 있어서, 다형체 형태가 단일 뉴클레오티드 다형성을 포함하는 것인 방법.
제21항 또는 제22항에 있어서, 다형체 형태가 표 1 또는 표 2에 열거된 다형성을 포함하는 것인 방법.
제21항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 다형성이 서열식별번호: 1의 핵산 위치 108-128에 상응하는 영역에서 발생하는 것인 방법.
제22항에 있어서, 제1 SMAD7 다형체 변이체가 서열식별번호: 1의 위치 114에 구아닌 ("G")을 포함하는 것인 방법.
제22항 또는 제25항에 있어서, 제2 SMAD7 다형체 형태가 서열식별번호: 1의 위치 114에 아데닌 ("A")을 포함하는 것인 방법.
제21항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 SMAD7 다형체 형태가 서열식별번호: 3 (5'-GCTGCGGGGAGAAGGGGCGAC-3')의 핵산 서열을 포함하는 것인 방법.
제27항에 있어서, 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 5 (5'-GTCGCCCCTTCTCCCCGCAGC-3')의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 방법.
제27항에 있어서, 제1 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 하기 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 포스포로티오에이트인 방법: 5'-GTXGCCCCTTCTCCCXGCAGC-3' (서열식별번호: 7) [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다].
제21항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 제2 SMAD7 다형체 형태가 서열식별번호: 9 (5'-GCTGCGGAGAGAAGGGGCGAC-3')의 핵산 서열을 포함하는 것인 방법.
제30항에 있어서, 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 서열식별번호: 11 (5'-GTCGCCCCTTCTCTCCGCAGC-3')의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인 방법.
제30항에 있어서, 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 하기 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 포스포로티오에이트인 방법: 5'-GTXGCCCCTTCTCTCXGCAGC-3' (서열식별번호: 13) [식 중, X는 5-메틸-2'-데옥시시티딘을 포함하는 뉴클레오티드이고, 모든 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다].
제21항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재가 DNA 시퀀싱에 의해 또는 유전자-발현 프로파일링에 의해 분석되는 것인 방법.
제21항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재가 차세대 시퀀싱 또는 유전자 발현 마이크로어레이 분석을 사용하여 분석되는 것인 방법.
제21항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 SMAD7 다형체 형태의 존재 또는 부재가 환자로부터 수득된 샘플에서 분석되는 것인 방법.
제35항에 있어서, 샘플이 액체, 생검 샘플, 또는 조직 샘플인 방법.
제13항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, IBD가 크론병 (CD) 또는 궤양성 대장염 (UC)인 방법.
제13항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및/또는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 IBD에 걸린 환자에게 10 mg/일 내지 약 300 mg/일의 용량으로 투여되는 것인 방법.
제38항에 있어서, 제1 및/또는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 약 10 mg/일, 20 mg/일, 약 30 mg/일, 약 40 mg/일, 약 50 mg/일, 약 60 mg/일, 약 70 mg/일, 약 80 mg/일, 약 90 mg/일, 약 100 mg/일, 약 110 mg/일, 약 120 mg/일, 약 130 mg/일, 약 140 mg/일, 약 150 mg/일, 약 160 mg/일, 약 170 mg/일, 약 180 mg/일, 약 190 mg/일, 약 200 mg/일, 약 210 mg/일, 약 220 mg/일, 약 230 mg/일, 약 240 mg/일, 약 250 mg/일, 약 260 mg/일, 약 270 mg/일, 약 280 mg/일, 약 290 mg/일, 또는 약 300 mg/일의 용량으로 투여되는 것인 방법.
제39항에 있어서, 제1 및/또는 제2 SMAD7 안티센스 올리고뉴클레오티드가 약 40 mg/일, 약 80 mg/일, 또는 약 160 mg/일의 용량으로 투여되는 것인 방법.