CN106544439A - 大白菜杂交种豫新55种子纯度的ssr鉴定方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了蔬菜育种技术领域的大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,包括材料准备、DNA提取、基因组模板原液制备、引物筛选和结果分析的步骤,所述大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,具体步骤如下:S1:材料准备:S2:DNA提取:S3:基因组模板原液制备:S4:引物筛选:S5:结果分析:本方法能够有效的鉴别不同甚至亲缘关系很近的基因型,在杂交种纯度鉴定方面为比较理想的方法,该方法具有准确、快速和共显性,易于分析,分析结果可靠的优点,在进行杂交种纯度鉴定时只需一次PCR扩增即可将PCR扩增后的产物分开,便于实现规模化的检测,同时不受天气因素的影响,具有很强的实用性。
Description
技术领域
本发明涉及蔬菜育种技术领域,具体为大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法。
背景技术
大白菜是一种原产于中国的蔬菜,又称“结球白菜”、“包心白菜”、“黄芽白”、“胶菜”等,在粤语里叫“绍菜”。大白菜与小白菜是近亲,同属芸薹一种,和原产地中海沿岸的圆白菜也较近,同属十字花科芸薹属。白菜原产于我国北方,是十字花科芸薹属叶用蔬菜,通常指大白菜。引种南方,南北各地均有栽培。十九世纪传入日本、欧美各国。大白菜种类很多,北方的大白菜有山东胶州大白菜、北京青白、天津青麻叶大白菜、东北大矮白菜、山西阳城的大毛边等,豫新55为河南省农业科学院园艺研究所利用游离小孢子培养技术育成的耐热、早熟大白菜一代杂交种。
大白菜的品种较多,不同品种的营养和经济价值以及适宜的栽培方式也不尽相同,同时每种品种的种子质量直接影响农户的产量和经济效益,而种子的纯度又是种子质量的重要影响因素和评价指标,因此保证种子的纯度对农户尤为重要。鉴定种子的方法多为传统的田间形态学观察,需要一个较长的育种过程,而且受各种环境的影响也较大,往往时间较长且结果也可能存在偏差,可能因此而错过最佳的播种时间,直接影响经济效益。为此,我们发明了大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法投入使用,以解决上述问题。
发明内容
本发明的目的在于提供大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,以解决上述背景技术中提出的传统的田间形态学观察,需要一个较长的育种过程,而且受各种环境的影响也较大,往往时间较长且结果也可能存在偏差的问题。
为实现上述目的,本发明提供如下技术方案:大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,包括材料准备、DNA提取、基因组模板原液制备、引物筛选和结果分析的步骤,所述大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,具体步骤如下:
S1:材料准备:对10-20份的豫新55大白菜杂交种进行田间随机取样,并通过公布的大白菜EST序列信息,利用人工合成制得SSR引物;
S2:DNA提取:利用单株大白菜上的嫩叶进行大白菜基因组DNA提取;
S3:基因组模板原液制备:将步骤S2中的溶液以13000r/min的速率离心5-15min,吸取200-400μL的上清液,加入预先加好的200-400μL异丙醇的离心管中,进行上下颠倒混匀,再加入200-400μL,浓度为65-85%的酒精,9000-11000r/min离心2-4min,弃上清液,隔夜晾干DNA后,加入40-60μL双蒸水溶解DNA,制备出基因组模板原液;
S4:引物筛选:以豫新55大白菜杂交种及其母本和父本的基因组DNA为模板,对SSR引物进行PCR扩增,扩增后的产物采用9%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离、染色,筛选杂交种带型为母本和父本互补的引物,其中PCR反映体系的体积为100-120μL;
S5:结果分析:采用凝胶成像系统对基因组模板原液进行拍照,并分析DNA的完整性,测定DNA浓度,通过银染程序显色后,利用数码相机进行拍照,统计分析检测结果。
优选的,所述步骤S2中,在提取基因组DNA时,使用离心管扣取4个离心管盖大小的嫩叶圆片,向每个离心管中放入1粒直径为5mm钢珠,并加入2%的CTAB提取缓冲液500-700μL,盖上离心管盖后在组织破碎机上以30-50次/S的转速破碎60-120s。
优选的,所述提取缓冲液为氯仿和异戊醇的混合物,其中氯仿:异戊醇=24:1。
优选的,所述步骤S4中,在进行扩增时,首先将基因组模板原液用超纯水稀释成40-60ng/μL的工作液,采用分离群体混合分析法建池,分别吸取5-15μL的工作液到离心管中建立母本池和父本池,上游和下游引物10μmol/L各吸取0.15-0.35μL,混入5-15μL,浓度为50ng/μL的基因组模板原液中,在80-100℃预变4-6min,扩增循环25-45次,同时72℃延伸4-6min。
优选的,所述在PCR扩增时,在母本池和父本池各加入3-5μL的DNA聚合酶、4-6μdNTPS脱氧核糖核苷三磷酸生物制剂和10-14μL的超纯水参加反应。
与现有技术相比,本发明的有益效果是:本方法能够有效的鉴别不同甚至亲缘关系很近的基因型,在杂交种纯度鉴定方面为比较理想的方法,该方法具有准确、快速和共显性,易于分析,分析结果可靠的优点,在进行杂交种纯度鉴定时只需一次PCR扩增即可将PCR扩增后的产物分开,便于实现规模化的检测,同时不受天气因素的影响,具有很强的实用性。
附图说明
图1为本发明工作流程图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图,对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例一
大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,包括材料准备、DNA提取、基因组模板原液制备、引物筛选和结果分析的步骤,所述大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,具体步骤如下:
S1:材料准备:对10份的豫新55大白菜杂交种进行田间随机取样,并通过公布的大白菜EST序列信息,利用人工合成制得SSR引物;
S2:DNA提取:利用单株大白菜上的嫩叶进行大白菜基因组DNA提取,在提取基因组DNA时,使用离心管扣取4个离心管盖大小的嫩叶圆片,向每个离心管中放入1粒直径为5mm钢珠,并加入2%的CTAB提取缓冲液500μL,盖上离心管盖后在组织破碎机上以30次/S的转速破碎60s,所述提取缓冲液为氯仿和异戊醇的混合物,其中氯仿:异戊醇=24:1;
S3:基因组模板原液制备:将步骤S2中的溶液以13000r/min的速率离心5min,吸取200μL的上清液,加入预先加好的200μL异丙醇的离心管中,进行上下颠倒混匀,再加入200μL,浓度为65%的酒精,9000r/min离心2min,弃上清液,隔夜晾干DNA后,加入40μL双蒸水溶解DNA,制备出基因组模板原液;
S4:引物筛选:以豫新55大白菜杂交种及其母本和父本的基因组DNA为模板,对SSR引物进行PCR扩增,扩增后的产物采用9%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离、染色,筛选杂交种带型为母本和父本互补的引物,其中PCR反映体系的体积为100μL,在进行扩增时,首先将基因组模板原液用超纯水稀释成40ng/μL的工作液,采用分离群体混合分析法建池,分别吸取5μL的工作液到离心管中建立母本池和父本池,上游和下游引物10μmol/L各吸取0.15μL,混入5μL,浓度为50ng/μL的基因组模板原液中,在80℃预变4min,扩增循环25次,同时72℃延伸4min,在PCR扩增时,在母本池和父本池各加入3μL的DNA聚合酶、4μL dNTPS脱氧核糖核苷三磷酸生物制剂和10μL的超纯水参加反应;
S5:结果分析:采用凝胶成像系统对基因组模板原液进行拍照,并分析DNA的完整性,测定DNA浓度,通过银染程序显色后,利用数码相机进行拍照,统计分析检测结果。
实施例二
大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,包括材料准备、DNA提取、基因组模板原液制备、引物筛选和结果分析的步骤,所述大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,具体步骤如下:
S1:材料准备:对20份的豫新55大白菜杂交种进行田间随机取样,并通过公布的大白菜EST序列信息,利用人工合成制得SSR引物;
S2:DNA提取:利用单株大白菜上的嫩叶进行大白菜基因组DNA提取,在提取基因组DNA时,使用离心管扣取4个离心管盖大小的嫩叶圆片,向每个离心管中放入1粒直径为5mm钢珠,并加入2%的CTAB提取缓冲液700μL,盖上离心管盖后在组织破碎机上以50次/S的转速破碎120s,所述提取缓冲液为氯仿和异戊醇的混合物,其中氯仿:异戊醇=24:1;
S3:基因组模板原液制备:将步骤S2中的溶液以13000r/min的速率离心15min,吸取400μL的上清液,加入预先加好的400μL异丙醇的离心管中,进行上下颠倒混匀,在加入400μL,浓度为85%的酒精,11000r/min离心4min,弃上清液,隔夜晾干DNA后,加入60μL双蒸水溶解DNA,制备出基因组模板原液;
S4:引物筛选:以豫新55大白菜杂交种及其母本和父本的基因组DNA为模板,对SSR引物进行PCR扩增,扩增后的产物采用9%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离、染色,筛选杂交种带型为母本和父本互补的引物,其中PCR反映体系的体积为120μL,在进行扩增时,首先将基因组模板原液用超纯水稀释成60ng/μL的工作液,采用分离群体混合分析法建池,分别吸取15μL的工作液到离心管中建立母本池和父本池,上游和下游引物10μmol/L各吸取0.35μL,混入15μL,浓度为50ng/μL的基因组模板原液中,在100℃预变6min,扩增循环45次,同时72℃延伸6min,在PCR扩增时,在母本池和父本池各加入5μL的DNA聚合酶、6μL dNTPS脱氧核糖核苷三磷酸生物制剂和14μL的超纯水参加反应;
S5:结果分析:采用凝胶成像系统对基因组模板原液进行拍照,并分析DNA的完整性,测定DNA浓度,通过银染程序显色后,利用数码相机进行拍照,统计分析检测结果。
实施例三
大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,包括材料准备、DNA提取、基因组模板原液制备、引物筛选和结果分析的步骤,所述大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,具体步骤如下:
S1:材料准备:对15份的豫新55大白菜杂交种进行田间随机取样,并通过公布的大白菜EST序列信息,利用人工合成制得SSR引物;
S2:DNA提取:利用单株大白菜上的嫩叶进行大白菜基因组DNA提取,在提取基因组DNA时,使用离心管扣取4个离心管盖大小的嫩叶圆片,向每个离心管中放入1粒直径为5mm钢珠,并加入2%的CTAB提取缓冲液600μL,盖上离心管盖后在组织破碎机上以40次/S的转速破碎90s,所述提取缓冲液为氯仿和异戊醇的混合物,其中氯仿:异戊醇=24:1;
S3:基因组模板原液制备:将步骤S2中的溶液以13000r/min的速率离心10min,吸取300μL的上清液,加入预先加好的300μL异丙醇的离心管中,进行上下颠倒混匀,在加入300μL,浓度为75%的酒精,10000r/min离心3min,弃上清液,隔夜晾干DNA后,加入50μL双蒸水溶解DNA,制备出基因组模板原液;
S4:引物筛选:以豫新55大白菜杂交种及其母本和父本的基因组DNA为模板,对SSR引物进行PCR扩增,扩增后的产物采用9%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离、染色,筛选杂交种带型为母本和父本互补的引物,其中PCR反映体系的体积为110μL,在进行扩增时,首先将基因组模板原液用超纯水稀释成50ng/μL的工作液,采用分离群体混合分析法建池,分别吸取10μL的工作液到离心管中建立母本池和父本池,上游和下游引物10μmol/L各吸取0.25μL,混入10μL,浓度为50ng/μL的基因组模板原液中,在90℃预变5min,扩增循环35次,同时72℃延伸5min,在PCR扩增时,在母本池和父本池各加入4μL的DNA聚合酶、5μL dNTPS脱氧核糖核苷三磷酸生物制剂和12μL的超纯水参加反应;
S5:结果分析:采用凝胶成像系统对基因组模板原液进行拍照,并分析DNA的完整性,测定DNA浓度,通过银染程序显色后,利用数码相机进行拍照,统计分析检测结果。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例,对于本领域的普通技术人员而言,可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。
Claims (5)
1.大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,包括材料准备、DNA提取、基因组模板原液制备、引物筛选和结果分析的步骤,其特征在于:所述大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,具体步骤如下:
S1:材料准备:对10-20份的豫新55大白菜杂交种进行田间随机取样,并通过公布的大白菜EST序列信息,利用人工合成制得SSR引物;
S2:DNA提取:利用单株大白菜上的嫩叶进行大白菜基因组DNA提取;
S3:基因组模板原液制备:将步骤S2中的溶液以13000r/min的速率离心5-15min,吸取200-400μL的上清液,加入预先加好的200-400μL异丙醇的离心管中,进行上下颠倒混匀,再加入200-400μL,浓度为65-85%的酒精,9000-11000r/min离心2-4min,弃上清液,隔夜晾干DNA后,加入40-60μL双蒸水溶解DNA,制备出基因组模板原液;
S4:引物筛选:以豫新55大白菜杂交种及其母本和父本的基因组DNA为模板,对SSR引物进行PCR扩增,扩增后的产物采用9%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离、染色,筛选杂交种带型为母本和父本互补的引物,其中PCR反映体系的体积为100-120μL;
S5:结果分析:采用凝胶成像系统对基因组模板原液进行拍照,并分析DNA的完整性,测定DNA浓度,通过银染程序显色后,利用数码相机进行拍照,统计分析检测结果。
2.根据权利要求1所述的大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,其特征在于:所述步骤S2中,在提取基因组DNA时,使用离心管扣取4个离心管盖大小的嫩叶圆片,向每个离心管中放入1粒直径为5mm钢珠,并加入2%的CTAB提取缓冲液500-700μL,盖上离心管盖后在组织破碎机上以30-50次/s的转速破碎60-120s。
3.根据权利要求2所述的大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,其特征在于:所述提取缓冲液为氯仿和异戊醇的混合物,其中氯仿:异戊醇=24:1。
4.根据权利要求1所述的大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,其特征在于:所述步骤S4中,在进行扩增时,首先将基因组模板原液用超纯水稀释成40-60ng/μL的工作液,采用分离群体混合分析法建池,分别吸取5-15μL的工作液到离心管中建立母本池和父本池,上游和下游引物10μmol/L各吸取0.15-0.35μL,混入5-15μL,浓度为50ng/μL的基因组模板原液中,在80-100℃预变4-6min,扩增循环25-45次,同时72℃延伸4-6min。
5.根据权利要求4所述的大白菜杂交种豫新55种子纯度的SSR鉴定方法,其特征在于:所述在PCR扩增时,在母本池和父本池各加入3-5μL的DNA聚合酶、4-6μL dNTPS脱氧核糖核苷三磷酸生物制剂和10-14μL的超纯水参加反应。
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