CN105986042A - H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法 - Google Patents
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Abstract
本发明属于生物技术领域,它确立了H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法,含有三个技术要点: 确立了核酸检测所需要的引物序列;确立了检测反应种类;确立了检测反应体系和反应条件。该核酸检测方法可以用于H9亚型禽流感病毒的科学研究,也可以用于动物或人的临床诊断检测。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域;具体说来,本发明确立了H9亚型禽流感病毒的快速检测方法,用于H9亚型禽流感病毒的快速检测,在体外诊断、兽医、食品安全、生物安全等领域有较大的使用价值。
背景技术
禽流感根据致病性的不同,可以分为高致病性禽流感、低致病性禽流感和无致病性禽流感。其中,高致病性禽流感是由H5和H7亚型的某些毒株引起的疾病,H9亚型禽流感属于低致病性禽流感。
病毒核酸检测是病毒检测重要方法之一。目前,国内外对H9亚型禽流感病毒的各种核酸检测方法,包括农业行业标准或国家标准,耗费时间都比较长,如农业行业标准(禽流感病毒RT-PCR检测方法,NY/T 772–2013)至少需要2 h,国家标准(H9 亚型禽流感病毒荧光RT-PCR 检测方法,GB/T 19438.4–2004)至少需要1.2 h,目前没有比这些方法效率更高的检测方法。
发明内容
本发明针对上述现有H9亚型禽流感病毒检测技术的不足,开展了深入研究和测试,建立了基于重组酶聚合酶扩增技术的H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法,仅需20 min即可完成检测。该方法包括以下三个方面内容:
(一)确立了核酸检测所需要的引物序列,针对H9亚型禽流感病毒HA基因中保守区域,设计引物序列,其中上游引物序列含有30个碱基,序列为ctacaacaggaggaagtatcaagaagaatc(即序列表中SEQ ID NO.1),下游上游引物序列含有30个碱基,序列为tatcgtctcgtattagtagaaacaagggtg(即序列表中SEQ ID NO.2);
(二)确立了基于重组酶聚合酶扩增技术的快速检测方法;
(三)确立了检测反应体系和反应条件,在聚合酶链式反应管中依次加入纯水9.2 μl、反应缓冲液29.5 μl(含有dATP、dGTP、dTTP、dCTP等四种核苷酸)、第一步所合成的上游引物2.4 μl(浓度为10 μmol/L)、第一步所合成的下游引物2.4 μl(浓度为10 μmol/L)、酶混合物[逆转录酶、能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶、单链DNA结合蛋白(SSB)和链置换DNA聚合酶]1.0 μl、RNA酶抑制剂1.0 μl、需要检测的流感病毒核酸2.0 μl(从临床样品或其他样品中用核酸提取试剂盒提取的)、醋酸镁(280 mmol/L)2.5 μl;然后将反应体系密闭,置于恒温仪(或水浴锅)上进行反应,反应条件为40℃ 20 min;反应结束后,在反应产物中加入含有颜色的核酸电泳缓冲液,进行琼脂糖核酸凝胶电泳,如果出现大小约为242 bp的核酸电泳条带,则判断为阳性,否则判断为阴性。
具体实施方式
下面通过实施例,说明本发明的技术方案,但本发明的保护范围不限于这个实施例。
本实施例用重组酶聚合酶扩增技术,对H9亚型禽流感病毒进行核酸快速检测,包括如下步骤:
第一步(合成引物):按照本发明指定的核酸序列(即序列表中SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2),人工合成重组酶聚合酶扩增反应所需要的上游引物和下游引物;
第二步(配置反应体系):在聚合酶链式反应管中依次加入纯水9.2 μl、反应缓冲液29.5 μl(含有dATP、dGTP、dTTP、dCTP等四种核苷酸)、第一步所合成的上游引物2.4 μl(浓度为10 μmol/L)、第一步所合成的下游引物2.4 μl(浓度为10 μmol/L)、酶混合物[逆转录酶、能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶、单链DNA结合蛋白(SSB)和链置换DNA聚合酶]1.0 μl、RNA酶抑制剂1.0 μl、需要检测的流感病毒核酸2.0 μl(从临床样品或其他样品中用核酸提取试剂盒提取的)、醋酸镁(280 mmol/L)2.5 μl;
第三步(反应):将第二步配置好的反应体系密闭后,置于恒温仪(或水浴锅)上进行反应,反应条件为40℃ 20 min;
第四步(结果检测):在第三步的反应产物中加入含有颜色的核酸电泳缓冲液,进行琼脂糖核酸凝胶电泳,如果出现大小约为242 bp的核酸电泳条带,则判断为阳性,否则判断为阴性。
实际应用结果:对96份H9亚型禽流感病毒标准阳性临床样品进行检测,以及300份标准阴性样品,用上述H9亚型禽流感病毒快速核酸检测技术进行检测,结果显示该技术的灵敏度为100.0%,特异性为100.0%。
<110> 中国动物卫生与流行病学中心
<120> H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法
<160>
2
<210>
1
<211> 30
<212>
DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 根据H9亚型禽流感病毒的基因组中保守的核酸序列而设计,作为H9亚型禽流感病毒核酸检测所需要的上游引物
<400>
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ctacaacaggaggaagtatcaagaagaatc 30
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DNA
<213> 人工序列
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<223>根据H9亚型禽流感病毒的基因组中保守的核酸序列而设计,作为H9亚型禽流感病毒核酸检测所需要的下游引物
<400>
2
tatcgtctcgtattagtagaaacaagggtg 30
Claims (5)
1.H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法,采用重组酶聚合酶扩增反应,其特征是可以检出所有H9亚型禽流感病毒。
2.H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法,其特征有两个:一是可以检出所有H9亚型禽流感病毒;二是采用重组酶聚合酶扩增反应。
3.H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法,其特征有三个:一是可以检出所有H9亚型禽流感病毒;二是采用针对H9亚型禽流感病毒HA基因保守的区域而设计的一对引物;三是采用重组酶聚合酶扩增反应。
4.H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法,可采用重组酶聚合酶扩增反应,其特征有两个:一是可以检出所有H9亚型禽流感病毒;二是检测反应采用的一条引物的序列为ctacaacaggaggaagtatcaagaagaatc,或与tatcgtctcgtattagtagaaacaagggtg序列有10个或10个以上的碱基序列相同的序列(本段文字中,引物序列均为5撇端至3撇端,a、t、g、c表示相应的碱基)。
5.H9亚型禽流感病毒核酸快速检测方法,其特征有两个:一是采用重组酶聚合酶扩增反应;二是检测反应采用的两条引物,其序列分别为ctacaacaggaggaagtatcaagaagaatc和tatcgtctcgtattagtagaaacaagggtg,或与这两个序列有10个或10个以上的碱基序列相同的序列(本段文字中,引物序列均为5撇端至3 撇端,a、t、g、c表示相应的碱基)。
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