CN105803054A - 试剂盒及其在检测唇腭裂相关基因中的用途 - Google Patents

Abstract

本发明提供了一种试剂盒，其包含探针，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少一个表所示的区域。本发明还公开该试剂盒在检测唇腭裂相关基因中的用途、检测唇腭裂相关基因的方法和装置。利用本发明的试剂盒能够高效、快捷、经济的同时检测多个唇腭裂相关基因的变异情况。

Description

试剂盒及其在检测唇腭裂相关基因中的用途

技术领域

本发明涉及生物检测领域，具体的，本发明涉及一种试剂盒、试剂盒在检测唇腭裂相关基因中的用途以及一种检测唇腭裂相关基因的方法和装置。

背景技术

唇腭裂(OFC)是人类最常见的先天性颅面缺陷[Marazita,M.L.Theevolutionofhumangeneticstudiesofcleftlipandcleftpalate.Annu.Rev.Genomics.Hum.Genet.2012(13),263–283.]，包括唇裂(CL)、唇裂合并腭裂(CLP)以及单纯腭裂(CP)。在全世界活产婴儿中，唇腭裂的总体发病率估计为1/700，不同群体或民族的唇腭裂发病率差异很大。根据中国出生缺陷防治报告，我国2011年先天性唇裂发生率为11.43/万，位居出生缺陷第3位[《中国出生缺陷防治报告(2012)》.北京：中国卫生部.2012.]。

可根据是否合并其它结构发育异常，唇腭裂又分为综合征性唇腭裂(SCLP)和非综合征性唇腭裂(NSCLP)。欧洲先天异常监测系统公布数据显示，1980年-2000年欧洲部分地区的唇腭裂发生率为0.9‰，其中70.8％为单纯型；国际围产期典型口面畸形数据库统计，2000-2005年间30个国家和地区的唇腭裂发生率为0.99‰，其中76.8％为单纯型[IPDTOCWorkingGroup.Prevalenceatbirthofcleftlipwithorwithoutcleftpalate:datafromtheInternationalPerinatalDatabaseofTypicalOralClefts(IPDTOC).CleftPalateCranio.J.2011(48),66–81.]。根据这些文献，综合征性唇腭裂占唇腭裂的25-30％左右，非综合征性唇腭裂占唇腭裂的70-75％左右[Tanaka,S.A.,Mahabir,R.C.,Jupiter,D.C.,Menezes,J.M.Updatingtheepidemiologyofisolatedcleftpalate.Plast.Reconstr.2013(131):650e–652e.]，目前综合征型的唇腭裂分子和遗传基础研究的较综合征型唇腭裂清楚[Maarse,W.,Rozendaal,A.M.,Pajkrt,E.,Vermeij-Keers,C.,MinkvanderMolen,A.B.,vandenBoogaard,M.J.Asystematicreviewofassociatedstructuralandchromosomaldefectsinoralclefts:whenisprenatalgeneticanalysisindicatedJ.Med.Genet.2012(49):490–498.]。由于唇腭裂是多种综合征的共同的表型之一，目前没有一套可用于唇腭裂基因检测的有效手段。

发明内容

本发明旨在解决上述问题至少之一或者至少提供一种商业选择。

依据本发明的一方面，本发明提供一种试剂盒，其包含多条探针，所述探针固定于固相基质上或者游离于溶液中，固定于固相基质即形成常说的固相芯片，游离于溶液中形成常说的液相芯片，所述探针能够特异性识别表1～23中的一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个、十五个、十六个、十七个、十八个、十九个、二十个、二十一个、二十二个或者全部二十三个表所示的区域。任选的，该试剂盒还包括能够特异性识别chrY：2654999～2655674所示的区域的探针。上述各个表中的区域包括该表中的每个起始位置到终止位置形成的子区域的总和。chrY上的编号2654999到编号2655674，以及各表中的起始位置和终止位置都按照人参考基因组HG19上的位置编号来显示，为清楚界定各个目标区域或者子区域的大小及序列，以其它参考序列上位置编号为准或者以其它方式来界定出相同的区域也是可以的，本发明对区域的表示方式不作限定。表1～23分别包括chr1～23(第1至22号常染色体以及X染色体)上的唇腭裂相关基因的外显子区域，表1～23还分别包括chr1～23上与唇腭裂相关基因外显子区域上下游相邻的30bp的内含子区域。所说的唇腭裂相关基因包括表24中所列的286个基因的全部或者至少一部分。

探针的设计获取可以采用各种方法，本发明对此不作限定。例如，要设计获取能够特异性识别表1所示区域的探针，可以先获取该区域的参考序列，表中的每个子区域在参考序列上都有对应的参考子序列，从一个参考子序列的一端的首个碱基开始，沿另一端方向拷贝该参考子序列的K个碱基，获得一条探针，接着从所述一端的第M个碱基开始，沿所述另一端方向拷贝该参考子序列的K个碱基，再获得一条探针，依此获得多条探针直至获得的总的探针能够完全覆盖所述参考子序列至少一次，其中，K为探针长度，200≥K≥50，M为自然数，K≥M≥1。合成设计得的探针，获得探针序列，这些探针序列可以在同一反应体系下特异性捕获表中的区域。

在本发明的一些实施例中，所述探针能够特异性识别表24所列的286个基因中的至少20个、50个、70个、100个、120个、150个、170个、200个、220个、250个或者全部286个基因的外显子区域。

在本发明的一些实施例中，所述探针还能够特异性识别其能特异性识别的各个基因的外显子区域的上下游各30bp的内含子区域。这样有利于提高探针识别目标区域的特异性或探针捕获时的特异性和效率。

这些基因或区域是发明人经过收集、多次筛选和组合试验获得的，能够全面展现或代表唇腭裂相关基因。本发明的试剂盒基于其包含的能够特异性识别以上部分或全部唇腭裂相关基因区域的探针，能够用以一次性获得多个唇腭裂相关基因区域甚至是全部286个唇腭裂相关基因的外显子区域及相关的内含子区域，这286个基因的突变包括涉及309种唇腭裂单基因病，利用本发明的这一方面的试剂盒，能够一次性准确获得多个唇腭裂相关基因区域，进而能够同时检测多个区域的变异，还能进一步根据已报道的信息检测出可能致唇腭裂的变异，用以辅助临床诊断筛查。而且，随着新的唇腭裂相关基因的发现，此探针/芯片可以不断地升级，设计整合进新的基因，从而不断提升检测探针/芯片对唇腭裂相关区域的检出率。

依据本发明的另一方面，本发明提供上述任一试剂盒在检测唇腭裂相关基因中的用途。上述试剂盒可用于多个唇腭裂相关基因序列的的一次性获取，基于获得的基因序列信息能够同时检测多个唇腭裂相关基因区域中的一种或多种变异，还能够再进一步的提取、注释分析变异结果，以辅助临床唇腭裂诊断筛查。

表1

表2

表3

表4

表5

表6

表7

表8

表9

表10

表11

表12

表13

表14

表15

表16

表17

表18

表19

表20

表21

表22

表23

表24

依据本发明的再一方面，本发明提供了一种检测唇腭裂相关基因的方法，所述方法包括：(1)获取受检者的核酸，所述核酸为断裂的基因组核酸和/或游离核酸片段；(2)利用上述本发明或者任一具体实施方式的试剂盒捕获所述核酸，获得唇腭裂相关基因区域；(3)对所述唇腭裂相关基因区域进行序列测定，获得测序数据，所述测序数据包括多个读段；(4)基于所述测序数据检测所述唇腭裂相关基因。前述关于本发明一方面的试剂盒的优点及技术特征的描述，同样适用于本发明这一方面的方法。在本发明的一个实施例中，步骤(4)包括基于所述测序数据检测所述唇腭裂相关基因中的SNP，检测所述SNP包括：将所述测序数据与参考序列进行比对，获得比对结果，所述比对结果包括比对上所述参考序列的读段(reads)；识别所述比对结果中的单核苷酸变异位点；对获得的单核苷酸变异位点进行过滤，以获得所述SNP，其中包括，过滤掉覆盖深度低于二十分之一平均覆盖深度的单核苷酸变异位点。所说的比对为常规全局比对，比对可利用但不限于SOAP或BWA等软件依照其默认设置进行，获得比对结果，比对结果包括读段在参考序列上的匹配位置及匹配情况信息，在本发明的一个实施例中，所述参考序列为hg19。识别比对结果中的单核苷酸变异位点包括，将符合以下描述的单核苷酸位点确定为单核苷酸变异位点：匹配上该单核苷酸位点的读段中包含相应位置与参考序列不同的读段，即比对上该位点的读段中包含与参考序列上的该单核苷酸位点碱基不同的读段，例如参考序列上某位点碱基为A，比对上该位置的读段中包含对应碱基位置为非A的读段。覆盖深度即为测序深度，一个单核苷酸位点的覆盖深度为比对上该单核苷酸位点的读段的数目，平均覆盖深度＝比对上参考序列的读段的数目/比对上的参考序列区域的大小。较严格的，也可以过滤掉覆盖深度低于十分之一平均覆盖深度的单核苷酸变异位点来获得SNP，以使所得SNP的准确性提高。在本发明的一个实施例中，在获得下机测序数据之后，先将测序数据中的被接头污染(包含文库接头序列)的读段和低质量读段过滤掉，低质量碱基在reads中比例达30％或以上的reads为低质量reads，低质量碱基为碱基质量低于20的碱基，这样获得高质量的数据有利于后续准确检测。

传统的基因检测方法依赖临床医生的精确诊断，通过对候选基因的Sanger验证来探寻患者的致病原因。若候选基因的Sanger验证为阴性，需要重新对临床表征进行评估来寻找新的候选基因，浪费大量的时间和成本。本发明的这一方面的方法是基于目标区域捕获结合超高通量测序技术平台开发的，是一种高效、快捷、经济的唇腭裂相关基因检测方法，该方法能够一次性对286个已经明确的遗传性唇腭裂相关基因的外显子区及其侧翼±30bp内含子区域进行捕获测序，获得这些区域的序列信息，然后基于这些序列信息对基因区域中的变异进行检测和分析解读，能一次性的明确受检者的所有相关突变，可检测的突变范围包括点突变和小片段插入缺失，不包括基因组结构变异(例如大片段杂合缺失、复制与倒位重排)、大片段杂合插入突变(如ALU介导的插入)及位于基因调节区或深度内含子区的突变，相对于传统方法性价比更高、针对性更强，适合辅助用于大规模的临床基因检测服务。利用本发明这一方面的方法或者任一上述具体实施方式的方法，能够实现唇腭裂相关基因的准确检测，能够辅助临床针对性治疗、家族人员患病几率预估和防止该类疾病在家族中的复发。本发明的方法提供了一种高通量、覆盖全面、高准确度的唇腭裂基因检测方法。

依据本发明的又一方面，提供一种检测唇腭裂相关基因的装置，利用该装置能够完成前述的本发明的方法的全部或部分步骤，所述装置包括：A.核酸获取单元100，用于获取受检者的核酸，所述核酸为断裂的基因组核酸和/或游离核酸片段；B.捕获单元200，与A单元100相连，用于利用本发明一方面或者任一具体实施方式中的试剂盒捕获来自A单元100中的核酸，以获得唇腭裂相关基因区域；C.序列测定单元300，与B单元200相连，用于对来自B单元200的唇腭裂相关基因区域进行序列测定，以获得测序数据；D.检测单元300，与C单元300相连，用于基于来自C单元300的测序数据检测所述唇腭裂相关基因。图1是本发明的一个实施例中的装置结构示意图，D单元400包括：比对子单元41，与C单元300连接，用以将来自C单元300的测序数据与参考序列进行比对，获得比对结果，所述比对结果包括比对上所述参考序列的读段；突变识别子单元43，与所述比对子单元41连接，用以识别所述比对结果中的单核苷酸变异位点；过滤子单元45，与所述比对子单元41和所述突变识别子单元43相连，用于对来自突变识别子单元43的单核苷酸变异位点进行过滤，其中包括，过滤掉覆盖深度低于二十分之一平均覆盖深度的单核苷酸变异位点，以获得SNP，SNP即为过滤后剩下的单核苷酸变异位点。较严格的，也可以过滤掉覆盖深度低于十分之一平均覆盖深度的单核苷酸变异位点来获得SNP，以使所得SNP准确性提高。对本发明的方法的优点及技术特征的描述，同样适用本发明的装置，而且，本领域人员可以理解，本发明的装置中的全部或部分单元，可选择的、可拆卸的包含一个或多个子单元以执行或实现前述本发明方法的各个具体实施方式。

附图说明

本发明的上述和/或附加的方面和优点从结合下面附图对实施方式的描述中将变得明显和容易理解，其中：

图1是本发明的一个实施例中的检测唇腭裂相关基因的装置的结构示意图；

图2是本发明的一个实施例中的检测唇腭裂相关基因的流程图；

图3是本发明的一个实施例中的信息分析流程图。

具体实施方式

本申请描述中的基因名称均采用NCBI-Gene里的官方命名(OfficialSymbol)。另外，为助理解，对一些科技术语进行解释说明。

同义突变：指由于某个碱基的改变使代表某种氨基酸的密码子突变为其他密码子，但是仍然编码同一个氨基酸。

错义突变：编码某种氨基酸的密码子经碱基替换以后，变成编码另一种氨基酸的密码子，从而使多肽链的氨基酸种类和序列发生改变。某些错义突变能使多肽链丧失原有功能，许多蛋白质的异常就是由错义突变引起的。

终止密码子获得突变：也被称为无义突变，指由于某个碱基的改变使代表某种氨基酸的密码子突变为终止密码子，从而使肽链合成提前终止。

终止密码子丧失突变：指由于某个碱基的改变使终止密码子突变为其他密码子，从而使肽链合成无法正常终止。

依据一般方法，实现本发明一方面的方法主要包括唇腭裂基因检测芯片/探针的设计，目标区域捕获测序技术以及分析流程的开发。

1)唇腭裂基因检测芯片设计

特定基因区域的染色体变异与单核苷酸突变都可能导致唇腭裂，染色体变异又包括染色体数目、结构的改变，单亲二倍体与嵌合现象也可能导致唇腭裂。该示例只示意检测单核苷酸突变。

通过对OMIM数据库以及相关文献的查找，收集进目前有的与309种唇腭裂表型有关的282个基因。

根据人类基因组HG19，选取上述282个基因的外显子序列以及侧翼±30bp区域进行探针设计，探针设计可以，从一个区域的参考序列的一端的首个碱基开始，沿另一端方向拷贝该参考子序列的K个碱基，获得一条长度为K的DNA序列，接着从所述一端的第二个碱基开始，沿所述另一端方向拷贝该参考子序列的K个碱基，再获得一条探针，依此获得多条探针直至获得的总的探针能够完全覆盖所述参考序列至少一次，其中，K为探针长度，200≥K≥50，这里K为93。委托NimbleGen公司合成设计的探针以及制备芯片，最终获得芯片大小约为3.6M。该芯片上覆盖了丰富的捕获探针，探针覆盖区域达总预计覆盖区域的

99.0％，可以从复杂的基因组中富集目标DNA片段，在同一张芯片上以高特异性和高覆盖率捕获约为1.06M的基因组区域。芯片具体信息请见表25。

表25

2)具体操作步骤

从受检者全血中提取基因组DNA，并将检测合格的DNA同时进行SNP质谱检测和文库制备。文库制备是将1μg基因组DNA打断成主带为200-300bp小片段DNA，然后将打断后DNA片段进行末端补平，在3'端加碱基“A”，使得DNA片段能与3'端带有“T”碱基的特殊接头连接，经Non-CapturedPCR构建完成的文库，通过上述唇腭裂基因检测芯片将选取的特定基因的Exon及及侧翼±30bp区域进行富集，再通过PCR扩增富集后产物，最后通过杂交前后PCR产物QPCR检测获得序列捕获杂交效率。QPCR检测合格后，将一定数量的文库进行Hiseq上机测序，对下机数据进行质控，然后对数据进行分析和解读，整体流程如图2所示。其中，文库制备一个样品周期为5-7天。

以下结合对具体样本依据本发明的方法进行目标区域捕获、突变检测的过程的描述及结果展示。下面示例，仅用于解释本发明，而不能理解为对本发明的限制。本发明的描述中，除非另有说明，“多个”的含义是两个或两个以上。

除另有交待，以下实施例中涉及的未特别交待的试剂、序列(接头、标签和引物)、软件及仪器，都是常规市售产品或者公开的，比如购自Illumina公司的hiseq2000测序平台建库相关试剂盒来进行测序文库构建等。

实施例

对1例综合征型唇腭裂患者进行检测。该患者具有唇腭裂的表型，但在临床上无法确诊为哪种疾病，该示例对该患者进行基因检测，在唇腭裂综合征相关基因IRF6上发现了一个已知致病突变突变c.1400G>A(p.Trp379Ter)，最终确认患者患有唇腭裂综合征。

具体操作流程如下：

用盐析法提取标本DNA,大片段DNA进行超声打断，目前使用样品打断方法为Covaris打断法，将样品DNA打碎至100-700bp范围的片段。(注：打断效果一般以所要求制备文库Insert片段主带位置在200-250bp位置较为理想，若打断效果不理想则需要进行重新打断。)

1.文库制备

1.1末端修复和纯化

将配置好的mix震荡混匀后，每个反应加入25μL酶反应混合液。

反应条件：20℃，30min

使用180μLAmpureBeads进行产物纯化，回收的DNA溶于30μL(其中1.9μL为损耗)的水中。

1.2末端加“A”(A-Tailing)

将配置好的mix震荡混匀后，每管加入6.9μL酶反应混合液。

反应条件：20℃，30min

注：末端加“A”后不纯化

1.3Adapter的连接和纯化

将配置好的mix震荡混匀，每个反应加入15μL酶反应混合液。

反应条件：16℃，12-16h(过夜)

使用75μLAmpureBeads进行产物纯化，回收的DNA溶于35μL(其中2μL为损耗)的水中。

1.4Non-Captured样品Pre-LM-PCR

PCR程序：

94℃2min；

94℃15s,62℃30s，72℃30s，4cycles；

72℃5min；

4℃forever

2.芯片杂交，目标区域捕获富集

本实验中参照NimbleGen的使用说明书进行杂交洗脱，获取目的基因并PCR富集。

3.上机测序：

本实验采用hiseq2000或hiseq2500PE101+8+101程序进行上机测序。

4.信息分析

分析流程如图3所示，包括：

测序仪获取原始短序列(读段，reads)；

去除测序数据中的被接头污染的和低质量的reads；

将短序列定位到人类参考基因组相应的位置上；

统计测序结果信息，短序列数量、目标区域覆盖大小、平均测序深度等；

过滤掉常规认为的低质量的和/或覆盖深度小于平均覆盖深度1/20的单核苷酸变异位点；

注释，确定突变位点发生的基因、坐标、氨基酸改变等；

生成与唇腭裂致病基因相关的突变数据列表。

5.结果分析

表26显示测序数据统计结果，表27显示目标区域覆盖情况，表28显示检测结果。

表26

表27

表28

本次基因检测在与唇腭裂综合征(VanderWoudesyndrome，VWS1；119300)相关的IRF6基因编码区检测到一个杂合已知致病突变c.1400G>A(p.Trp379Ter)。

IRF6基因编码区的杂合无义突变c.1400G>A(p.Trp379Ter)为导致唇腭裂综合征的已知致病突变，VanderWoudesyndrome(范德伍综合征)是唇腭裂综合征的最主要形式。Wang等2003年对4个有唇腭裂患者的家系研究发现1例患者是由突变c.1400G>A导致，其他患者均是由该基因的其他突变导致[WangX,LiuJ,ZhangH,etal.NovelmutationsintheIRF6geneforVanderWoudesyndrome.HumGenet.2003,113(5):p.382-386.]。唇腭裂综合征为常染色体显性遗传病，杂合突变即可致病。因此，c.1400G>A(p.Trp379Ter)应是受检者唇腭裂综合征相关病症的原因。受检者及其家族成员可针对该位点进行遗传咨询。

Claims (10)

1.一种试剂盒，其包含多条探针，所述探针固定于固相基质上或者游离于溶液中，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少一个表所示的区域；

任选的，所述探针能够特异性识别chrY：2654999～2655674所示的区域；

任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少5个表所示的区域；

任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少10个表所示的区域；

任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少15个表所示的区域；

任选的，所述探针能够特异性识别表1～23中的至少20个表所示的区域；

任选的，所述探针能够特异性识别表1～23所示的区域。

2.权利要求1的试剂盒，其特征在于，所述探针能够特异性识别以下286个基因中的至少50个基因的外显子区域：ABCA4,ACTB,AKT3,ALPL,ALX1,ALX3,AMER1,ARHGAP31,ARID1B,ARNT,ARX,ASXL1,ATR,ATRX,B3GALT6,B3GALTL,B3GAT3,BCOR,BMP2,BMP4,BMPER,BRAF,BRIP1,BUB1B,CANT1,CASK,CC2D2A,CDC6,CDH1,CDKN1C,CDON,CHD7,CHRNA1,CHRND,CHRNG,CHST14,CHSY1,COL11A1,COL11A2,COL2A1,COLEC11,CRLF1,CTCF,CUL4B,CYP26C1,DDX59,DHCR24,DHCR7,DHODH,DIS3L2,DISP1,DNMT3B,DOK7,DUSP6,DYNC2H1,EARS2,EDN1,EFNB1,EFTUD2,EIF4A3,EMX2,EPG5,ERCC5,ESCO2,EVC,EVC2,EYA1,FAF1,FAM111A,FAM20C,FGD1,FGF17,FGF8,FGFR1,FGFR2,FGFR3,FLNA,FLNB,FLRT3,FLVCR2,FOXC2,FOXE1,FOXP2,FRAS1,FREM2,FTO,G6PC3,GABRB3,GAD1,GAS1,GATA3,GDF6,GJA1,GJB2,GLI2,GLI3,GMPPB,GNAI3,GNRH1,GNRHR,GPC3,GRHL3,GRIP1,GUSB,H19,HDAC8,HOXA2,HPGD,HRAS,HS6ST1,HYAL1,HYLS1,ICK,IFT140,IFT172,IFT80,IL17RD,IL1B,IL1RN,IMPAD1,IRF6,KAL1,KANSL1,KAT6B,KCNJ13,KCNJ2,KCNQ1OT1,KIAA0196,KIAA1279,KIF22,KIF7,KISS1,KISS1R,KLHL41,KMT2D,KRAS,L1CAM,LHX8,LMNA,LMX1B,LRP4,MASP1,MBTPS2,MED12,MEGF10,MEOX1,MID1,MKS1,MSX1,MSX2,MTHFR,MTR,NBN,NEB,NEBL,NEK1,NIPBL,NSD1,NSDHL,NSMF,OFCC1,OFD1,ORC1,OSR2,OTX2,PAX3,PAX8,PDGFC,PDGFRA,PEX5,PEX7,PGAP2,PGAP3,PGM1,PHF8,PIGL,PIGV,PIK3CA,PIK3R2,PITX1,PLCB4,POLR1C,POLR1D,POMT1,POMT2,PORCN,PQBP1,PROK2,PROKR2,PRRX1,PTCH1,PTDSS1,PTEN,PTPN11,PVRL1,RAD21,RAI1,RAPSN,RARB,RB1,RBM10,RBM8A,RECQL4,RIPK4,ROR2,RPGRIP1L,RPL11,RPL26,RPL5,RPS17,RPS19,RPS26,RPS7,RUNX2,SATB2,SCARF2,SCD5,SEC23A,SEMA3A,SEMA3E,SEPT9,SF3B4,SHH,SIX3,SKI,SLC26A2,SLC35D1,SMAD3,SMAD4,SMC1A,SMOC1,SMS,SOX2,SOX9,SPECC1L,SPINT2,SPRY4,SRY,ST5,STAC3,STAMBP,STRA6,SUMO1,TAC3,TACR3,TBX1,TBX15,TBX22,TBX4,TCOF1,TCTN2,TCTN3,TFAP2A,TGFA,TGFBR1,TGFBR2,TGIF1,TMCO1,TMEM216,TMEM67,TP63,TRAPPC9,TTC21B,TWIST1,UBB,VAX1,WDR11,WDR19,WDR34,WDR35,WDR60,WNT10B,WNT3,WNT5A,WNT7A,WT1,YAP1,ZBTB24,ZEB2,ZIC2,ZIC3,ZMPSTE24；

任选的，所述探针能够特异性识别所述286个基因中的至少100个基因的外显子区域；

任选的，所述探针能够特异性识别所述286个基因中的至少150个基因的外显子区域；

任选的，所述探针能够特异性识别所述286个基因中的至少200个基因的外显子区域；

任选的，所述探针能够特异性识别所述286个基因中的至少250个基因的外显子区域；

任选的，所述探针能够特异性识别所述286个基因的外显子区域。

3.权利要求2的试剂盒，其特征在于，所述探针还能够特异性识别其能特异性识别的各个基因的外显子区域的上下游各30bp的内含子区域。

4.权利要求1-3任一试剂盒在检测唇腭裂相关基因中的用途。

5.一种检测唇腭裂相关基因的方法，其特征在于，包括：

(1)获取受检者的核酸，所述核酸为断裂的基因组核酸和/或游离核酸片段；

(2)利用权利1-3任一试剂盒捕获所述核酸，获得唇腭裂相关基因区域；

(3)对所述唇腭裂相关基因区域进行序列测定，获得测序数据，所述测序数据包括多个读段；

(4)基于所述测序数据检测所述唇腭裂相关基因。

6.权利要求5的方法，其特征在于，(4)包括基于所述测序数据检测所述唇腭裂相关基因中的SNP。

7.权利要求6的方法，其特征在于，检测所述SNP包括，

将所述测序数据与参考序列进行比对，获得比对结果，所述比对结果包括比对上所述参考序列的读段；

识别出所述比对结果中的单核苷酸变异位点；

对所述单核苷酸变异位点进行过滤，以获得所述SNP，其中包括，过滤掉覆盖深度低于二十分之一平均覆盖深度的单核苷酸变异位点。

8.权利要求7的方法，其特征在于，所述参考序列为hg19。

9.一种检测唇腭裂相关基因的装置，其特征在于，包括：

A.核酸获取单元，用于获取受检者的核酸，所述核酸为断裂的基因组核酸和/或游离核酸片段；

B.捕获单元，与A单元相连，用于利用权利要求1-3任一试剂盒捕获来自A单元中的核酸，以获得唇腭裂相关基因区域；

C.序列测定单元，与B单元相连，用于对来自B单元的唇腭裂相关基因区域进行序列测定，以获得测序数据；

D.检测单元，与C单元相连，用于基于来自C单元的测序数据检测所述唇腭裂相关基因。

10.权利要求9的装置，其特征在于，D单元包括，

比对子单元，与C单元连接，用以将来自C单元的测序数据与参考序列进行比对，获得比对结果，所述比对结果包括比对上所述参考序列的读段；

突变识别子单元，与所述比对子单元连接，用以识别所述比对结果中的单核苷酸变异位点；

过滤子单元，与所述比对子单元和所述突变识别子单元相连，用于对来自突变识别子单元的单核苷酸变异位点进行过滤，其中包括，过滤掉覆盖深度低于二十分之一平均覆盖深度的单核苷酸变异位点，以获得SNP。