CN105648063B - 一种基于快速突变y-str基因座的复合扩增体系、方法及应用 - Google Patents
一种基于快速突变y-str基因座的复合扩增体系、方法及应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了一种基于快速突变Y‑STR基因座的复合扩增体系、方法及应用,所述复合扩增体系包含13个基因座,具体如下:DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a/b、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526b、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626、DYS627;其中扩增引物对序列如SEQ ID NO.1‑26所示,且所述13个基因座引物分别用6‑FAM、VIC、NED或PET四种荧光素标记;本发明针对所述13个快速突变Y‑STR基因座,在群体频率调查的基础上设计引物,并按照特定的组合和引物浓度将这13个基因座融合在一个复合反应体系中,使13个基因座同时扩增和检验,扩增效果较好,应用于检验过程时更方便快捷,分型结果清晰,并能保证所有基因座检验的正确性、灵敏性以及稳定性,且具有极高的个体识别率。
Description
技术领域
本发明涉及检测人体基因组中具有多态性的遗传标记,特别是涉及基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系及其应用。
背景技术
Y-STR基因座是男性特有的Y染色体上的一类短串联重复序列,遗传方式为父系遗传,在法医学中常用于父系亲缘关系的鉴定、性犯罪案件调查以及现场生物检材群体来源推断等方面。
现在国际上广泛应用于法医学案件鉴定的Y-STR基因座约20个左右,以复合扩增的商业试剂盒形式投入使用,如ThermoFisher公司的17位点Yfiler试剂盒。为了保证亲权鉴定的可行性,这些基因座的突变率很低,以保证进行亲缘关系的鉴定时不会因为存在过多突变而做出错误的排除结论。在大多数人群中,Yfiler体系的多态性良好,可以满足个人识别和亲权鉴定的标准。但对于一些地理区域较隔断的种族,或经历了瓶颈效应的群体来说,Y染色体基因多态性较差,Y-STR检验的利用效率往往很低下。在这些人群中,Yfiler试剂盒很难达到足够的个人分辨力。
此外,目前使用的Y-STR在法医案件中一个很大缺陷是无法区分近亲或直系亲属。来自同一家系的男性个体除非发生基因突变,否则他们拥有同样的Y-STR分型。当男性嫌疑人的近亲或直系亲属也参与案件当中时,常规的Y-STR检验往往无法确定这些亲属的参与与否。
为此,国外学者Kayser等重新对Y染色体进行扫描,发现新的Y-STR基因座,并进行多态性调查。此外,他们还对新发现的Y-STR基因座进行父-子间突变率的调查。调查共涉及186个Y-STR基因座,突变率变化范围由(10-4~10-2)不等。他们从中挑选出了13个突变率最高的基因座(DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a/b、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526b、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626、DYS627),称之为快速突变Y-STR基因座(RapidlyMutating Y-STR,RM Y-STR),提出这些突变率很高的基因座虽不能用来进行亲缘关系的鉴定,但是在个人识别方面会大大提高人群的多态性,尤其对于来自同一家系的男性个体可以更大程度地区分开来。
但是这13个新发现的高突变率Y-STR基因座由于缺乏各个人群的基因频率和突变率等数据,还未投入实际应用。并且单基因座的扩增、检测会大大提高检验所需的成本和时间。
发明内容
针对现有技术中的上述问题,本发明的主要目的在于提供一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系、方法及应用,针对这13个快速突变Y-STR基因座,在群体频率调查的基础上分别设计引物,并按照特定的组合和引物浓度将这13个基因座融合在一个复合反应体系中,使13个基因座同时扩增和检验,应用于检验过程时更方便快捷,分型结果清晰,并能保证所有基因座检验的正确性、灵敏性及稳定性,且具有极高的个体识别率。
为了达到上述目的,本发明采用如下技术方案:一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系,包含13个基因座,具体如下:DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a/b、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526b、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626、DYS627;其中扩增引物对分别为:
DYF387S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.1所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.2所示;
DYF399S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.3所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.4所示;
DYF403S1a/b引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.5所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.6所示;
DYF404S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.7所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.8所示;
DYS449引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.9所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.10所示;
DYS518引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.11所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.12所示;
DYS526b引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.13所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.14所示;
DYS547引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.15所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.16所示;
DYS570引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.17所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.18所示;
DYS576引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.19所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.20所示;
DYS612引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.21所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.22所示;
DYS626引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.23所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.24所示;
DYS627引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.25所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.26所示。
作为进一步的优选,所述13个基因座引物分别用6-FAM、VIC、NED或PET四种荧光素标记。
作为进一步的优选,所述6-FAM荧光素标记DYS612、DYF387S1和DYF403S1a/b,VIC荧光素标记DYS576、DYF399S1、DYS627和DYS526b,NED荧光素标记DYF404S1、DYS626和DYS547,PET荧光素标记DYS570、DYS518和DYS449。
作为进一步的优选,扩增引物对分别为:
DYF387S1引物对:
F:5′-FAM-tccattttacccctaacaagaaa-3′,
R:5′-gccacagtgtgagaagtgtga-3′;
DYF399S1引物对:
F:5′-gaaccaagggaaatgtggaa-3′,
R:5′-VIC-ttaggattggacccaggaga-3′;
DYF403S1a/b引物对:
F:5′-FAM-caaaattcatgtggataatgag-3′,
R:5′-gacagagcaggattccatcta-3′;
DYF404S1引物对:
F:5′-NED-tcaaagggcttaagaaatttcaac-3′,
R:5′-gtggaacaattgcagtccatc-3′;
DYS449引物对:
F:5′-gtctctcaagcctgttctatgaat-3′,
R:5′-PET-cctggaagtggagtttgctg-3′;
DYS518引物对:
F:5′-ggcaacacaagtgaaactgc-3′,
R:5′-PET-tcttaccatgggtgatttctttc-3′;
DYS526b引物对:
F:5′-VIC-cattatgtattctgtttgttttcagc-3′,
R:5′-gtttgggttacttcgccaga-3′;
DYS547引物对:
F:5′-NED-tttccttcatcccttccttctt-3′,
R:5′-gagtgacagagcataaacgtgtc-3′;
DYS570引物对:
F:5′-gaaatcctggctgtgtcctc-3′,
R:5′-PET-caactggtggcaacctaagc-3′;
DYS576引物对:
F:5′-VIC-ctcagccaagcaacatagca-3′,
R:5′-gttcctggagatgaaggagga-3′;
DYS612引物对:
F:5′-FAM-cagcatgaagtttcacacagg-3′,
R:5′-gtgagggaaggcaaaagaaaa-3′;
DYS626引物对:
F:5′-gcaagaccccatagcaaaag-3′,
R:5′-NED-tcctgagatgtcattatttatgtcg-3′;
DYS627引物对:
F:5′-VIC-ctaggtgacagcgcaggatt-3′,
R:5′-ggataatgagcaaatggcaag-3′。
作为进一步的优选,荧光复合扩增体系中各基因座的长度范围分别是:DYS612:158-194bp,DYF387S1:228-268bp,DYF403S1a:305-357bp,DYF403S1b:422-482bp,DYS576:154-182bp,DYF399S1:233-286bp,DYS627:321-353bp,DYS526b:415-455bp,DYF404S1:178-202bp,DYS626:267-303bp,DYS547:336-388bp,DYS570:131-171bp,DYS518:250-294bp,DYS449:331-383bp。
作为进一步的优选,所述各引物对在扩增体系中的终浓度分别是:DYF387S1引物对:0.04μM;DYF399S1引物对:0.04μM;DYF403S1a/b引物对:0.10μM;DYF404S1引物对:0.04μM;DYS449引物对:0.15μM;DYS518引物对:0.08μM;DYS526b引物对:0.30μM;DYS547引物对:0.30μM;DYS570引物对:0.04μM;DYS576引物对:0.02μM;DYS612引物对:0.03μM;DYS626引物对:0.04μM;DYS627引物对:0.20μM。
上述基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的使用方法,包括如下步骤:
1)按照SEQ ID NO.1-26所示引物序列合成引物,并在上游引物或下游引物上分别标记6-FAM、VIC、NED或PET荧光染料。将荧光标记后的引物粉末用去离子水溶解,并将上、下游引物配成5μM的工作液;
2)将每对引物按照各自浓度的比例混合,配成引物混合物;
3)用Chelex-100法提取基因组DNA;
4)在ABI 2720扩增仪上进行DNA扩增;
5)对扩增产物进行毛细管电泳分离。
作为进一步的优选,步骤2)中,所述各引物对在引物混合物中的终浓度分别是DYF387S1引物对:0.04μM;DYF399S1引物对:0.04μM;DYF403S1a/b引物对:0.10μM;DYF404S1引物对:0.04μM;DYS449引物对:0.15μM;DYS518引物对:0.08μM;DYS526b引物对:0.30μM;DYS547引物对:0.30μM;DYS570引物对:0.04μM;DYS576引物对:0.02μM;DYS612引物对:0.03μM;DYS626引物对:0.04μM;DYS627引物对:0.20μM。
作为进一步的优选,步骤4)中,DNA扩增时反应条件如下:步骤1、95℃预变性2min,步骤2、95℃变性30s,步骤3、60℃复性90s,步骤4、72℃延伸60s,重复2至4步骤30次,然后60℃延伸30min,4℃保存。
作为进一步的优选。步骤4)中,所述DNA扩增体系包括PCR缓冲液、引物混合物、模板DNA及双蒸水,例如,以总体积20μl计,所述DNA扩增体系包括2×MultiplexPCR Master Mix 10μl、引物混合物5.52μl、模板DNA1μl,余量为双蒸水。
作为进一步的优选,步骤5)中,使用ABI 3130型遗传分析仪对扩增产物进行毛细管电泳分离,由Data Collection Software 3.1收集数据,并用GeneMapper ID v3.2软件进行片段长度分析。
上述基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系在男性个体识别中的应用,尤其是来自同一家系的男性个体识别中的应用。
一种试剂盒,包括上述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系中的扩增引物对的混合物。
本发明的有益效果是:(1)本申请荧光复合扩增体系将13个新的快速突变Y-STR基因座复合在一个反应体系中,使13个基因座同时扩增和检验,引物设计和浓度的扩增效果较好,稳定性强,灵敏度高,实验过程简便,分型结果清晰,可应用于法医学实际案例中,尤其是可应用于来自同一家系的男性个体识别。(2)根据前期的人群频率调查,发明人得出了各个基因座的等位基因大致范围,即确定了各基因座核心重复区的变化范围。在此基础上设计引物,适当调整各基因座的侧翼序列长度,使相邻基因座之间留有不少于20bp的间隔,以保证未被发现的等位基因不会跨越到相邻基因座的范围导致分型困难。(3)本发明根据各基因座片段长度的差异,重新设计引物,使13个基因座能够通过分组、排序融合在一个复合体系中,既保证每个基因座能够有良好的扩增效果,又避免不同基因座之间的相互影响。
附图说明
图1为本发明实施例所构建的荧光复合扩增体系组合图。
图2a、b为一例父-子样本使用本发明实施例复合扩增体系检测的结果图。
其中:
图2a为该父亲样本经本发明实施例复合扩增体系检测后的电泳图谱。
图2b为该儿子样本经本发明实施例复合扩增体系检测后的电泳图谱。
具体实施方式
本发明通过提供一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系、方法及应用,针对这13个快速突变Y-STR基因座,在群体频率调查的基础上重新设计引物,并按照特定的组合和引物浓度将这13个基因座融合在一个复合反应体系中,使13个基因座同时扩增和检验,使检验过程更方便快捷,并能保证所有基因座检验的正确性和稳定性。
为了更好的理解上述技术方案,下面将结合说明书附图以及具体的实施方式对上述技术方案做详细的说明。
一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系,包含13个基因座,具体如下:DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a/b、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526b、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626、DYS627;其中扩增引物对分别为:
DYF387S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.1所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.2所示;
DYF399S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.3所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.4所示;
DYF403S1a/b引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.5所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.6所示;
DYF404S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.7所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.8所示;
DYS449引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.9所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.10所示;
DYS518引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.11所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.12所示;
DYS526b引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.13所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.14所示;
DYS547引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.15所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.16所示;
DYS570引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.17所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.18所示;
DYS576引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.19所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.20所示;
DYS612引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.21所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.22所示;
DYS626引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.23所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.24所示;
DYS627引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.25所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.26所示。
所述13个基因座引物分别用6-FAM、VIC、NED或PET四种荧光素标记;采用蓝色6-FAM荧光素标记DYS612、DYF387S1和DYF403S1a/b,绿色VIC荧光素标记DYS576、DYF399S1、DYS627和DYS526b,黄色NED荧光素标记DYF404S1、DYS626和DYS547,红色PET荧光素标记DYS570、DYS518和DYS449。
如图1所示,所述荧光复合扩增体系中各基因座的长度范围分别是:DYS612:158-194bp,DYF387S1:228-268bp,DYF403S1a:305-357bp,DYF403S1b:422-482bp,DYS576:154-182bp,DYF399S1:233-286bp,DYS627:321-353bp,DYS526b:415-455bp,DYF404S1:178-202bp,DYS626:267-303bp,DYS547:336-388bp,DYS570:131-171bp,DYS518:250-294bp,DYS449:331-383bp。
各基因座扩增产物的片段长度由核心重复区的长度和侧翼序列的长度决定。由于核心重复区需保证完整扩增,故可以通过设计上下游引物的位置调整扩增产物的长度,从而能使各基因座的扩增产物长度区分开来。
本申请实施例设计好的引物通过Primer 3软件测定,使各个基因座的退火温度尽可能接近,从而在同样条件下扩增时都达到良好效果。为避免引物与引物之间可能出现的相互作用,使用AutoDimer v1.0软件进行引物二聚体的检测,检测无二聚体产生则为可用。此外,为检测扩增产物的特异性,用BLAST软件查询是否存在目的序列之外的可被扩增的序列。
本申请实施例基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的使用方法,包括如下步骤:
1.按照上述SEQ ID NO.1-26所示的引物序列合成引物,并在一条引物上分别标记6-FAM、VIC、NED或PET四种荧光染料,将引物粉末溶解,并将上、下游引物配成工作液;
2.将每对引物按照一定浓度的比例混合,配成引物混合物;
3.提取基因组DNA;
4.DNA扩增;
5.对扩增产物进行毛细管电泳分离。
实施例1:本申请实施例1荧光复合扩增体系使用的引物序列和浓度具体见下表1:
表1
本申请实施例1基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的使用方法,包括如下步骤:
1.按照上述表1中引物序列合成引物,并在一条引物上分别标记6-FAM、VIC、NED或PET荧光染料。将引物粉末用1ml去离子水溶解,并将上、下游引物配成5μM的工作液;
2.将每对引物按照表1中所述浓度的比例混合,配成引物混合物;
3.用Chelex-100法提取基因组DNA;
4.在ABI 2720扩增仪上进行DNA扩增;
5.使用ABI 3130型遗传分析仪对扩增产物进行毛细管电泳分离。由DataCollection Software 3.1收集数据,并用GeneMapper ID v3.2软件进行片段长度分析。
所述DNA扩增体系包括PCR缓冲液、引物混合物、模板DNA及双蒸水,具体见下表2:
表2:扩增反应体系
本申请实施例1列出的13个基因座引物经检验,满足复合扩增的条件,扩增效果良好。本申请实施例基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系可应用于同一家族中的个体识别,例如图2a和图2b所示的本发明实施例复合扩增体系在一例父-子样本中使用的识别结果图。图2a为父亲的分型,图2b为儿子的分型。图中可见在DYF403S1a和DYF399S1两个基因座上发生了突变,导致父子分型不一致。这种不一致有助于区分两个来自同一家系的个体。
上述本申请实施例中的技术方案,至少具有如下的技术效果或优点:(1)本申请实施例荧光复合扩增体系将13个新的快速突变Y-STR基因座复合在一个反应体系中,使13个基因座同时扩增和检验,引物设计和浓度的扩增效果较好,稳定性强,灵敏度高,实验过程简便,分型结果清晰,可用于法医学实际案例应用,尤其是可应用于男性个体识别,尤其是来自同一家系的男性个体识别。(2)根据前期的人群频率调查,发明人得出了各个基因座的等位基因大致范围,即确定了各基因座核心重复区的变化范围。在此基础上设计引物,适当调整各基因座的侧翼序列长度,使相邻基因座之间留有不少于20bp的间隔,以保证未被发现的等位基因不会跨越到相邻基因座的范围导致分型困难。(3)本发明根据各基因座片段长度的差异,重新设计引物,使13个基因座能够通过分组、排序融合在一个复合体系中,既保证每个基因座能够有良好的扩增效果,又避免了不同基因座之间的相互影响。
尽管已描述了本发明的优选实施例,但本领域内的技术人员一旦得知了基本创造性概念,则可对这些实施例作出另外的变更和修改。所以,所附权利要求意欲解释为包括优选实施例以及落入本发明范围的所有变更和修改。显然,本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样,倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内,则本发明也意图包含这些改动和变型在内。
SEQUENCE LISTING
<110> 华中科技大学
<120> 一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系、方法及应用
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<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 23
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 1
tccattttac ccctaacaag aaa 23
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
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<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 4
ttaggattgg acccaggaga 20
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 5
caaaattcat gtggataatg ag 22
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 6
gacagagcag gattccatct a 21
<210> 7
<211> 24
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 7
tcaaagggct taagaaattt caac 24
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 8
gtggaacaat tgcagtccat c 21
<210> 9
<211> 24
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 9
gtctctcaag cctgttctat gaat 24
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 10
cctggaagtg gagtttgctg 20
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 11
ggcaacacaa gtgaaactgc 20
<210> 12
<211> 23
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 12
tcttaccatg ggtgatttct ttc 23
<210> 13
<211> 26
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 13
cattatgtat tctgtttgtt ttcagc 26
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 14
gtttgggtta cttcgccaga 20
<210> 15
<211> 22
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 15
tttccttcat cccttccttc tt 22
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<211> 23
<212> DNA
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<400> 16
gagtgacaga gcataaacgt gtc 23
<210> 17
<211> 20
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<400> 17
gaaatcctgg ctgtgtcctc 20
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<211> 20
<212> DNA
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caactggtgg caacctaagc 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 19
ctcagccaag caacatagca 20
<210> 20
<211> 21
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<213> artifical sequence
<400> 20
gttcctggag atgaaggagg a 21
<210> 21
<211> 21
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 21
cagcatgaag tttcacacag g 21
<210> 22
<211> 21
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 22
gtgagggaag gcaaaagaaa a 21
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 23
gcaagacccc atagcaaaag 20
<210> 24
<211> 25
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 24
tcctgagatg tcattattta tgtcg 25
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 25
ctaggtgaca gcgcaggatt 20
<210> 26
<211> 21
<212> DNA
<213> artifical sequence
<400> 26
ggataatgag caaatggcaa g 21
Claims (7)
1.一种基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系,其特征在于:包含13个基因座,具体如下:DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a/b、DYF404S1、DYS449、DYS518、DYS526b、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626和DYS627;其中扩增引物对分别为:
DYF387S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.1所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.2所示;
DYF399S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.3所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.4所示;
DYF403S1a/b引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.5所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.6所示;
DYF404S1引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.7所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.8所示;
DYS449引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.9所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.10所示;
DYS518引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.11所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.12所示;
DYS526b引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.13所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.14所示;
DYS547引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.15所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.16所示;
DYS570引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.17所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.18所示;
DYS576引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.19所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.20所示;
DYS612引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.21所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.22所示;
DYS626引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.23所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.24所示;
DYS627引物对:
上游引物F的序列如SEQ ID NO.25所示,
下游引物R的序列如SEQ ID NO.26所示;
所述13个基因座引物分别用6-FAM、VIC、NED或PET荧光素标记;所述6-FAM荧光素标记DYS612、DYF387S1和DYF403S1a/b,VIC荧光素标记DYS576、DYF399S1、DYS627和DYS526b,NED荧光素标记DYF404S1、DYS626和DYS547,PET荧光素标记DYS570、DYS518和DYS449;
荧光复合扩增体系中各基因座的长度范围分别是:
DYS612:158-194bp,DYF387S1:228-268bp,DYF403S1a:305-357bp,DYF403S1b:422-482bp,DYS576:154-182bp,DYF399S1:233-286bp,DYS627:321-353bp,DYS526b:415-455bp,DYF404S1:178-202bp,DYS626:267-303bp,DYS547:336-388bp,DYS570:131-171bp,DYS518:250-294bp,DYS449:331-383bp。
2.根据权利要求1所述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系,其特征在于:扩增引物对分别为:
DYF387S1引物对:
F:5′-FAM-tccattttacccctaacaagaaa-3′,
R:5′-gccacagtgtgagaagtgtga-3′;
DYF399S1引物对:
F:5′-gaaccaagggaaatgtggaa-3′,
R:5′-VIC-ttaggattggacccaggaga-3′;
DYF403S1a/b引物对:
F:5′-FAM-caaaattcatgtggataatgag-3′,
R:5′-gacagagcaggattccatcta-3′;
DYF404S1引物对:
F:5′-NED-tcaaagggcttaagaaatttcaac-3′,
R:5′-gtggaacaattgcagtccatc-3′;
DYS449引物对:
F:5′-gtctctcaagcctgttctatgaat-3′,
R:5′-PET-cctggaagtggagtttgctg-3′;
DYS518引物对:
F:5′-ggcaacacaagtgaaactgc-3′,
R:5′-PET-tcttaccatgggtgatttctttc-3′;
DYS526b引物对:
F:5′-VIC-cattatgtattctgtttgttttcagc-3′,
R:5′-gtttgggttacttcgccaga-3′;
DYS547引物对:
F:5′-NED-tttccttcatcccttccttctt-3′,
R:5′-gagtgacagagcataaacgtgtc-3′;
DYS570引物对:
F:5′-gaaatcctggctgtgtcctc-3′,
R:5′-PET-caactggtggcaacctaagc-3′;
DYS576引物对:
F:5′-VIC-ctcagccaagcaacatagca-3′,
R:5′-gttcctggagatgaaggagga-3′;
DYS612引物对:
F:5′-FAM-cagcatgaagtttcacacagg-3′,
R:5′-gtgagggaaggcaaaagaaaa-3′;
DYS626引物对:
F:5′-gcaagaccccatagcaaaag-3′,
R:5′-NED-tcctgagatgtcattatttatgtcg-3′;
DYS627引物对:
F:5′-VIC-ctaggtgacagcgcaggatt-3′,
R:5′-ggataatgagcaaatggcaag-3′。
3.根据权利要求1所述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系,其特征在于:所述各引物对在扩增体系中的终浓度分别是:
DYF387S1引物对:0.04μM;DYF399S1引物对:0.04μM;DYF403S1a/b引物对:0.10μM;DYF404S1引物对:0.04μM;DYS449引物对:0.15μM;DYS518引物对:0.08μM;DYS526b引物对:0.30μM;DYS547引物对:0.30μM;DYS570引物对:0.04μM;DYS576引物对:0.02μM;DYS612引物对:0.03μM;DYS626引物对:0.04μM;DYS627引物对:0.20μM。
4.如权利要求1-3任一项所述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的使用方法,其特征在于:包括如下步骤:
按照SEQ ID NO.1-26所示引物序列合成引物,并在上游引物或下游引物上标记6-FAM、VIC、NED或PET荧光染料;
将荧光标记后的引物粉末溶解,并将上、下游引物配成工作液;将每对引物按照浓度比例混合,配成引物混合物;
提取基因组DNA;
进行DNA扩增;
对扩增产物进行毛细管电泳分离。
5.根据权利要求4所述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的使用方法,其特征在于:DNA扩增时反应条件如下:步骤1、95℃预变性2min,步骤2、95℃变性30s,步骤3、60℃复性90s,步骤4、72℃延伸60s,重复2至4步骤30次,然后60℃延伸30min,4℃保存。
6.如权利要求1-3任一项所述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的应用,其特征在于:应用于男性个体识别,是来自同一家系的男性个体识别。
7.如权利要求1-3任一项所述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系的应用,其特征在于:应用于制作试剂盒,所述试剂盒包括权利要求1-3任一项所述的基于快速突变Y-STR基因座的复合扩增体系中的扩增引物对的混合物。
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Mutability of Y-Chromosomal Microsatellites: Rates, Characteristics, Molecular Bases, and Forensic Implications;Kaye N. Ballantyne;《The American Journal of Human Genetics》;20100930;第87卷(第10期);补充数据第6页 |
Toward Male Individualization with Rapidly Mutating Y-Chromosomal Short Tandem Repeats;Kaye N. Ballantyne;《HUMAN MUTATION》;20141231;第35卷(第8期);1021-1032 |
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