CN111471777B - 一种包含13个快速突变y-str基因座的复合扩增检测体系、方法及应用 - Google Patents

一种包含13个快速突变y-str基因座的复合扩增检测体系、方法及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开一种包含13个快速突变Y‑STR基因座的复合扩增检测体系、方法及应用,包括13个基因座、以及对应13个基因座引物的荧光标记染料。本发明研制一套包含13个快速突变Y‑STR基因座的复合扩增检测体系,选用五色荧光技术(蓝色FAM、绿色HEX、黄色TAMRA、红色ROX、橙色),进行复合扩增,可实现对DNA样本的良好扩增:峰型尖锐、无杂带、平衡性好。该体系将可应用于男性家系排查中的精细化识别,为侦查办案提供技术支撑。

Description

一种包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系、方 法及应用
技术领域
本发明涉及遗传标记技术领域。具体地说是一种包含13个快速突变 Y-STR基因座的复合扩增检测体系、方法及应用。
背景技术
Y-STR遗传标记是目前法庭科学领域检验鉴定的有效手段,是常染色体 STR及线粒体遗传标记等的重要补充。由于Y染色体为男性个体所特有,其上 绝大部分(95%以上)为非重组区,Y-STR呈现父系遗传特点,在父系遗传关 系鉴定和混合斑男性个体检验等方面发挥着重要作用。同时,利用Y-STR在 一个家系中相对保守的特点,可对重点地区的家系进行Y-STR分型检验,开 展家系排查,从而辅助侦查人员快速锁定嫌疑人所在家系,加快案件的进程。 近年来,Y-STR技术已帮助破获了大量命案积案。
随着Y-STR技术的发展,国内外Y-STR相关的扩增检验体系不断完善, 试剂产品也不断丰富。最初,Y-STR扩增检测体系仅可检验几个Y-STR基因座。 随后,试剂体系中基因座数量不断增加,检验效能不断增强。如国外知名公 司Promega和ABI分别推出的PowerPlexY System和Yfiler试剂盒分别包 含12、17个Y-STR基因座,而后,两家公司各研制了新型产品PowerPlex Y23 System和Yfiler Plus,可分别检验23、27个Y-STR基因座。在国内,公安部物证鉴定中心自主研发了DNATyperY系列试剂,无锡中德美联生物技术有 限公司、苏州阅微基因技术有限公司等也不断推出Y-STR检验试剂,目前已 有包含30个Y-STR基因座的六色荧光扩增检测产品。它们不仅在男女成分混 合或者多个男性成分混合的检材中发挥了重要的鉴定作用,而且可以协助寻 找犯罪嫌疑人所在家系,大大地缩小侦查范围。
然而,长期的工作发现,对男性近亲的检验时常需要更多的基因座分型 数据,在进行家系排查时,也常遇到不同家系Y-STR分型近乎一致的情况。 这反映出现有的单一Y-STR检验试剂在特定情况下不能满足检验需求。联用 多个试剂盒可在一定程度上解决上述问题,但由于现有Y-STR试剂中包含的 基因座绝大多数突变率在1×10-3-1×10-4之间,相对保守,因而针对父子对、 兄弟对等父系亲缘关系极为接近的个体,它们的分辨能力仍显不足。那么, 选择突变率更高的基因座,作为对现有试剂盒的一个补充,将可能极大地增强系统分辨力,以达到更佳的检验效能。
Ballantyne等(2010)针对186个Y-STR基因座开展突变调查,发现 了13个突变率高于1×10-2的基因座(包含5个多拷贝基因座和8个单拷贝 基因座),并首次将其命名为快速突变Y-STR(rapidly-mutating Y-STRs, RM Y-STRs)。他们指出,这些Y-STR突变率远远高于之前发现的Y-STR基因 座(突变率在1×10-3-1×10-4),因而在区分近缘个体方面拥有绝对优势。
随后,大量研究探讨了快速突变Y-STR的应用效能。研究表明,快速突变 Y-STR基因座在区分无关男性个体或者男性近亲属方面均具有重要价值,且 快速突变Y-STR体系较其他试剂盒(如PowerPlexY23,Yfiler等)具有更 高的分辨力。
实际上,近年来国内外针对快速突变Y-STR也开展了复合扩增体系的研究, 但所建立的体系并不完善:
一是,不少研究将13个快速突变Y-STR分作2-3个体系进行扩增,影响 检验效率。例如,Ballantyne等(2012)利用3个独立的扩增体系进行了快 速突变Y-STR的扩增。Lee等(2017)则设计了2个扩增体系,实现对13个 快速突变Y-STR的复合扩增。
二是,体系中个别基因座含有多个拷贝,相关引物设计有一定缺陷。例如,Alghafri等(2013,2015)建立了一个包含有全部13个快速突变Y-STR的复 合扩增体系,并对体系进行了特异性、灵敏度和混合样本区分度等方面的验 证。国内,黄代新等(2019)建立了一个快速突变Y-STR基因座的复合扩增 体系,并申请了发明专利。但上述体系中DYF403S1基因座的扩增均仅选用了 单一引物。DYF403S1基因座有四个拷贝,其中两个拷贝的核心序列为 (TTCT)nATC(TTCT)m,一个拷贝的核心序列为(TTCT)nTT(TTCT)3,另一个拷贝的 核心序列为(TTCT)nN2(TTCT)m(TTCC)p(TTCT)qN2(TTCT)3。根据作者的实验研究发 现,如使用单一引物进行扩增,前三个拷贝虽然具有两种不同的核心序列, 其扩增产物却在同一长度区间,等位基因分型标准物难以制备,同时,各拷 贝之间不易分辨。有研究针对DYF403S1基因座重新设计了引物,将其中a1-a3 的3个拷贝进一步细分,也正是基于有效区分不同等位基因的目的。
国内陈玉玲等(2017)的研究中使用了自主建立的快速突变Y-STR体系, 但并未提供体系的细节。
基于上述研究现状,建立一个包含全部13个快速突变Y-STR的复合扩 增体系将有助于提升Y-STR系统检验效能,为办案实战提供技术保障。
发明内容
为此,本发明所要解决的技术问题在于提供一种检验效率高、体系构建 完善的、可应用于男性家系排查中的精细化识别的包含13个快速突变Y-STR 基因座的复合扩增检测体系、方法及应用。
为解决上述技术问题,本发明提供如下技术方案:
一种包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系,包括13个 基因座、以及对应13个基因座引物的荧光标记染料。
上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系,所述13个 基因座分别为DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS526a/b、DYS449、 DYS518、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626和DYS627,其中DYF403S1 可以细分为DYF403S1a、DYF403S1b1和DYF403S1b2;
DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a、DYF403S1b1/b2、DYF404S1、DYS526a/b、DYS449、DYS518、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626和 DYS627的扩增引物对序列分别为序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.28的核 苷酸序列。
上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系,对应13个 基因座引物的荧光标记染料分别为:蓝色荧光染料FAM、绿色荧光染料HEX、 黄色荧光染料TAMRA、红色荧光染料ROX和橙色荧光染料;
所述蓝色荧光染料FAM的结构如下所示:
Figure BDA0002462934490000041
所述绿色荧光染料HEX的结构如下所示:
Figure BDA0002462934490000051
所述黄色荧光染料TAMRA的结构如下所示:
Figure BDA0002462934490000052
所述红色荧光染料ROX的结构如下所示:
Figure BDA0002462934490000053
所述橙色荧光染料作为内标染料使用。
上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系,
蓝色荧光染料FAM标记:DYS526a/b、DYF404S1和DYF399S1基因座;
绿色荧光染料HEX标记:DYS570、DYS612、DYF387S1和DYS449基因 座;
黄色荧光染料TAMRA标记:DYF403S1a、DYS627、DYS518、DYS576 基因座;
红色荧光染料ROX标记:DYF403S1b1、DYF403S1b2、DYS626和DYS547 基因座。
利用上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测方法,包括 如下步骤:
(1)荧光体系的构建:采用上述的5种不同的荧光染料标记13个 快速突变Y-STR基因座的扩增引物,13个快速突变Y-STR基因座的扩增引物 如序列表中SEQ ID No.1至SEQID No.28的核苷酸序列;
(2)复合扩增体系的构建:使用步骤(1)得到的荧光染料标记的 扩增引物对待检测DNA进行扩增,获得扩增产物;
(3)对扩增产物进行毛细管电泳分离。
上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测方法,复合扩增体 系包括:反应混合物、荧光扩增引物混合物和待检测DNA,所述反应混合物的 体积为5μL,荧光扩增引物混合物的体积为5μL,待检测DNA模板为1μL 提取DNA或者直径1.0mm的血卡1片;反应混合物的组成为含PCR缓冲液、 MgCl2、dNTPs和热启动Taq酶,MgCl2的浓度为1.5mM,dNTPs的浓度为200μ M;
荧光扩增引物的浓度分别为:
DYF387S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.04μM、
DYF399S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYF403S1a:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYF403S1b1/b2:上游引物、下游引物浓度分别为0.09μM、
DYF404S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYS526a/b:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYS449:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM、
DYS518:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM、
DYS547:上游引物、下游引物浓度分别为0.3μM、
DYS570:上游引物、下游引物浓度分别为0.03μM、
DYS576:上游引物、下游引物浓度分别为0.1μM、
DYS612:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM、
DYS626:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYS627:上游引物、下游引物浓度分别为0.2μM。
上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测方法,在步骤(2) 中,扩增的程序为:初始变性:95℃11min,循环1次;扩增热循环:94℃30s, 59℃2min,72℃1min,28个循环;终延伸:60℃60min,循环1次;保温: 4℃保温维持。
上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测方法,在步骤(3) 中,13个快速突变Y-STR基因座的长度范围分别是:
蓝色荧光:DYS526a:125-170bp、DYF404S1:172-211bp、DYF399S1: 250-322bp、DYS526b:334-400bp;
绿色荧光:DYS570:88-163bp、DYS612:170-240bp、DYF387S1: 264-318bp、DYS449:324-392bp;
黄色荧光:DYF403S1a:160-230bp、DYS627:240-295bp、DYS518: 303-376bp、DYS576:386-436bp;
红色荧光:DYF403S1b1:178-221bp、DYF403S1b2:288-360bp、DYS626: 230-275bp、DYS547:390-455bp。
上述包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系的应用,用 于男性家系排查中的精细化识别。
本发明的技术方案取得了如下有益的技术效果:
本发明研制一套包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系, 选用五色荧光技术(蓝色FAM、绿色HEX、黄色TAMRA、红色ROX、橙色)进 行复合扩增,认真解决上述问题,完善体系构建。可实现对DNA样本的良好 扩增:峰型尖锐、无杂带、平衡性好。该体系将可应用于男性家系排查中的 精细化识别,为侦查办案提供技术支撑。
本专利中,用1个体系即可实现上述基因座的全部扩增,相比背景技术 中的研究,将13个快速突变基因座分为2-3个体系进行扩增,本申请将13 个快速突变Y-STR在一个体系进行扩增,检验效率高。
在本申请中:黄色荧光DYF403S1a对应一个引物对;红色荧光 DYF403S1b1和DYF403S1b2对应另一个引物对。本申请中,将DYF403S1进 一步细分,分为a和b1、b2,可以有效区分不同的等位基因。DYF403S1基 因座包含4个拷贝,其中2个拷贝的核心序列为(TTCT)nATC(TTCT)m(本申请 中的DYF403S1a),1个拷贝的核心序列为(TTCT)nTT(TTCT)3(本申请中的 DYF403S1b1),1个拷贝的核心序列为(TTCT)nN2(TTCT)m(TTCC)p(TTCT)q N2(TTCT)3(本申请中的DYF403S1b2)。据申请人的实验研究发现,如使用单 一引物进行扩增,DYF403S1a和DYF403S1b1虽然具有两种不同的核心序列, 其扩增产物却在同一长度区间,且二者的个别等位基因间距较小。例如, DYF403S1a的等位基因27比DYF403S1b1的等位基因14刚好少1个碱基, DYF403S1a的等位基因28比DYF403S1b1的等位基因15刚好少1个碱基, 以此类推。在毛细管电泳中,相差1个碱基且分别来自DYF403S1a和 DYF403S1b1的两个等位基因其检测峰极易重合,或形成宽肩峰,因此,针 对DYF403S1基因座,包含DYF403S1a和DYF403S1b1的等位基因分型标准物 难以制备。即便在等位基因分型标准物中仅显示DYF403S1a的检测峰,而将 DYF403S1b1的检测峰值标注为bins,常规的样本检测结果中也常常难以判 断某一检测峰应属于DYF403S1a拷贝还是DYF403S1b1拷贝。如之前的材料 中所述,Lee et al.,2017文献中也提到了该基因座的特殊性,提出可用 两对引物扩增获得全部的4个拷贝,以实现等位基因的有效区分。
DYS526只有一对引物,可以同时扩增得到DYS526a和DYS526b。其中, DYS526b与DYS526a的核心重复序列存在包含关系,即大片段包含小片段。 一次扩增同时获得DYS526a和DYS526b的优势在于增加该基因座的遗传多样 性。例如,有4个无关男性个体的DYS526b分型均为36,但其DYS526a的 分型分别为11、12、13、14。那么,如果体系中仅扩增DYS526b,DYS526a 的多样性信息将无法体现,单凭该基因座也无法区分上述个体。但如果体系 中同时扩增二者,得到的DYS526分型即为11-36、12-36、13-36、14-36, 可以获得完整的多样性信息,并能够准确区分上述个体。
附图说明
图1本发明包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系的结 构示意图;
图2本发明包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系的 DNA样本检测结果图。
具体实施方式
实施例1
包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系:包括13个基因 座、以及对应13个基因座引物的荧光标记染料。
5种荧光染料的结构如表1所示:
表1
Figure BDA0002462934490000101
橙色荧光染料作为内标染料使用。
不同荧光染料标记的基因座如表2所示:
表2
Figure BDA0002462934490000102
Figure BDA0002462934490000111
13个基因座所对应的特异性扩增引物,如表3所示,其中PCRU代表上 游引物,PCRL代理下游引物。
表3
Figure BDA0002462934490000112
由表3可知:黄色荧光DYF403S1a对应一个引物对;红色荧光DYF403S1b1 和DYF403S1b2对应另一个引物对。
DYS526只有一对引物,可以同时扩增得到DYS526a和DYS526b。
本申请中,将DYF403S1进一步细分,分为a和b1、b2,可以有效区分 不同的等位基因。DYF403S1基因座包含4个拷贝,其中2个拷贝的核心序 列为(TTCT)nATC(TTCT)m(本申请中的DYF403S1a),1个拷贝的核心序列为 (TTCT)nTT(TTCT)3(本申请中的DYF403S1b1),1个拷贝的核心序列为 (TTCT)nN2(TTCT)m(TTCC)p(TTCT)q N2(TTCT)3(本申请中的DYF403S1b2)。据 申请人的实验研究发现,如使用单一引物进行扩增,DYF403S1a和DYF403S1b1虽然具有两种不同的核心序列,其扩增产物却在同一长度区间, 且二者的个别等位基因间距较小。例如,DYF403S1a的等位基因27比 DYF403S1b1的等位基因14刚好少1个碱基,DYF403S1a的等位基因28比 DYF403S1b1的等位基因15刚好少1个碱基,以此类推。在毛细管电泳中, 相差1个碱基且分别来自DYF403S1a和DYF403S1b1的两个等位基因其检测峰极易重合,或形成宽肩峰,因此,针对DYF403S1基因座,包含DYF403S1a 和DYF403S1b1的等位基因分型标准物难以制备。即便在等位基因分型标准 物中仅显示DYF403S1a的检测峰,而将DYF403S1b1的检测峰值标注为bins, 常规的样本检测结果中也常常难以判断某一检测峰应属于DYF403S1a拷贝 还是DYF403S1b1拷贝。如之前的材料中所述,Lee et al.,2017文献中也 提到了该基因座的特殊性,提出可用两对引物扩增获得全部的4个拷贝,以实现等位基因的有效区分。
DYS526一对引物,可以同时扩增得到DYS526a和DYS526b。可以增加该 基因座的遗传多样性。其中,DYS526b与DYS526a的核心重复序列存在包含 关系,即大片段包含小片段。一次扩增同时获得DYS526a和DYS526b的优势 在于增加该基因座的遗传多样性。例如,有4个无关男性个体的DYS526b分 型均为36,但其DYS526a的分型分别为11、12、13、14。那么,如果体系 中仅扩增DYS526b,DYS526a的多样性信息将无法体现,单凭该基因座也无 法区分上述个体。但如果体系中同时扩增二者,得到的DYS526分型即为 11-36、12-36、13-36、14-36,可以获得完整的多样性信息,并能够准确区 分上述个体。
实施例2
包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测方法。
(1)荧光体系的构建:采用表4中所示的5种不同的荧光染料标记13 个快速突变Y-STR基因座的扩增引物,13个快速突变Y-STR基因座的扩增 引物如序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.28的核苷酸序列(表3所示);
(2)复合扩增体系的构建:使用步骤(1)得到的荧光染料标记的扩增引 物对待检测DNA进行扩增,获得扩增产物;
2.1、配制PCR反应混合物,如表4所示:
表4
Figure BDA0002462934490000131
荧光扩增引物的浓度分别为:
DYF387S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.04μM、
DYF399S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM;
DYF403S1a:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYF403S1b1/b2:上游引物、下游引物浓度分别为0.09μM、
DYF404S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYS526a/b:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYS449:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM;
DYS518:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM、
DYS547:上游引物、下游引物浓度分别为0.3μM、
DYS570:上游引物、下游引物浓度分别为0.03μM、
DYS576:上游引物、下游引物浓度分别为0.1μM;
DYS612:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM、
DYS626:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM、
DYS627:上游引物、下游引物浓度分别为0.2μM。
2.2、扩增程序
将PCR反应物置于PCR仪上,调整循环程序如表5所示进行扩增,得到 扩增产物。
表5
Figure BDA0002462934490000141
(3)对扩增产物进行毛细管电泳分离。
3.1、电泳上样混合物的准备,按下面比例准备由内标和去离子甲酰胺组 成上样混合物:10μL的Typer500内标+1000μL的去离子甲酰胺,混合均 匀。
3.2、每管加入10μL电泳上样混合物和1μL扩增产物,混匀。
3.3、95℃变性3分钟,立即放在冰上冷却3分钟,之后电泳。
利用ABI 3500XL型遗传分析仪进行检测。应用GeneMapper ID-X软件 对电泳结果进行分析,获得所述13个快速突变Y-STR基因座的等位基因分 型。
选用五色荧光技术(蓝色FAM、绿色HEX、黄色TAMRA、红色ROX、橙色) 进行复合扩增。构建的体系如图1所示。DNA样本检测结果如图2所示。
13个快速突变Y-STR基因座的长度范围分别是:
蓝色荧光:DYS526a:125-170bp、DYF404S1:172-211bp、DYF399S1: 250-322bp、DYS526b:334-400bp;
绿色荧光:DYS570:88-163bp、DYS612:170-240bp、DYF387S1:264-318bp、 DYS449:324-392bp;
黄色荧光:DYF403S1a:160-230bp、DYS627:240-295bp、DYS518:303-376bp、DYS576:386-436bp;
红色荧光:DYF403S1b1:178-221bp、DYF403S1b2:288-360bp、DYS626: 230-275bp、DYS547:390-455bp。
由如图2可知,选用五色荧光技术(蓝色FAM、绿色HEX、黄色TAMRA、 红色ROX、橙色)进行复合扩增。可实现对DNA样本的良好扩增:峰型尖锐、 无杂带、平衡性好。该体系将可应用于男性家系排查中的精细化识别,为侦 查办案提供技术支撑。
显然,上述实施例仅仅是为清楚地说明所作的举例,而并非对实施方式 的限定。对于所属领域的普通技术人员来说,在上述说明的基础上还可以做 出其它不同形式的变化或变动。这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。 而由此所引伸出的显而易见的变化或变动仍处于本专利申请权利要求的保 护范围之中。
序列表
<110> 公安部物证鉴定中心
<120> 一种包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测体系、方法及应用
<141> 2020-04-23
<160> 28
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cagggtgaca gagctagatt cc 22
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
aagcagaaca tctgtgtatc agtg 24
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ccagtttgca taggtagagg 20
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
aatcacatct ccatgttttg g 21
<210> 5
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tattaaacag agatacagag atag 24
<210> 6
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
cctccctccc ttctccctgt ct 22
<210> 7
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
tattaaacag agatacagag ttag 24
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
cctccctccc ttcttccttc t 21
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
cagggcttaa gaaatttcaa cg 22
<210> 10
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gatggaacaa ttgcagtcca t 21
<210> 11
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
gctgatccaa acctttactt a 21
<210> 12
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
agtaaacgtt tgggttactt cg 22
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
tcgagtctct caagcctgtt c 21
<210> 14
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
gtggagtttg ctgtaagcta ag 22
<210> 15
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
ctgggcaaca caagtgaaac tgc 23
<210> 16
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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acatgtagca ctctgggctc c 21
<210> 17
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
gtaactgcaa aatacacaat c 21
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
ctgagtgaca gagcataaac 20
<210> 19
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
atcctggctg tgtcctccaa g 21
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
aaatgcagat attccctatc 20
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
tggctgagga gttcaatctc ag 22
<210> 22
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
cgtcttacat gctggcaggc aag 23
<210> 23
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
cacacaggtt cagaggtttg c 21
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
cttgacactt gccatgggta tc 22
<210> 25
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
ctagacccca tagcaaaag 19
<210> 26
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
taagaagaat tttgggacat gt 22
<210> 27
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
gacagcgcag gattccatct aa 22
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
cattctctcc ttcgttcctt 20

Claims (5)

1.一种用于包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测的组合物,其特征在于,包括13个基因座的扩增引物、以及对应13个基因座引物的荧光标记染料;
所述13个基因座分别为DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1、DYF404S1、DYS526a/b、DYS449、DYS518、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626和DYS627,其中DYF403S1可以细分为DYF403S1a、DYF403S1b1和DYF403S1b2;
DYF387S1、DYF399S1、DYF403S1a、DYF403S1b1/b2、DYF404S1、DYS526a/b、DYS449、DYS518、DYS547、DYS570、DYS576、DYS612、DYS626和DYS627的扩增引物对序列分别为序列表中SEQ ID No.1至SEQ ID No.28的核苷酸序列;
对应13个基因座引物的荧光标记染料分别为:蓝色荧光染料FAM、绿色荧光染料HEX、黄色荧光染料TAMRA、红色荧光染料ROX和橙色荧光染料;
所述蓝色荧光染料FAM的结构如下所示:
Figure DEST_PATH_IMAGE001
所述绿色荧光染料HEX的结构如下所示:
Figure 98736DEST_PATH_IMAGE003
所述黄色荧光染料TAMRA的结构如下所示:
Figure DEST_PATH_IMAGE005
所述红色荧光染料ROX的结构如下所示:
Figure DEST_PATH_IMAGE007
所述橙色荧光染料作为内标染料使用;
蓝色荧光染料FAM标记:DYS526a/b、DYF404S1和DYF399S1基因座的引物;
绿色荧光染料HEX标记:DYS570、DYS612、DYF387S1和DYS449基因座的引物;
黄色荧光染料TAMRA标记:DYF403S1a、DYS627、DYS518、DYS576基因座的引物;
红色荧光染料ROX标记:DYF403S1b1、DYF403S1b2、DYS626和DYS547基因座的引物。
2.利用权利要求1所述的组合物的复合扩增检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)荧光体系的构建:采用权利要求1中所述荧光染料标记13个快速突变Y-STR基因座的扩增引物,13个快速突变Y-STR基因座的扩增引物如序列表中SEQ ID No.1至SEQ IDNo.28的核苷酸序列;
(2)复合扩增体系的构建:使用步骤(1)得到的荧光染料标记的扩增引物对待检测DNA进行扩增,获得扩增产物;
(3)对扩增产物进行毛细管电泳分离;
在步骤(3)中,13个快速突变Y-STR基因座的长度范围分别是:
蓝色荧光:DYS526a:125-170bp、DYF404S1:172-211bp、DYF399S1:250-322bp、DYS526b:334-400bp;
绿色荧光:DYS570:88-163bp、DYS612:170-240bp、DYF387S1:264-318bp、DYS449:324-392bp;
黄色荧光:DYF403S1a:160-230bp、DYS627:240-295bp、DYS518:303-376bp、DYS576:386-436bp;
红色荧光:DYF403S1b1:178-221bp、DYF403S1b2:288-360bp、DYS626:230-275bp、DYS547:390-455bp。
3.根据权利要求2所述的组合物的复合扩增检测方法,其特征在于,复合扩增体系包括:反应混合物、荧光扩增引物混合物和待检测DNA,所述反应混合物的体积为5μL,荧光扩增引物混合物的体积为5μL,待检测DNA模板为1μL提取DNA或者直径1.0mm的血卡1片;反应混合物的组成为含PCR缓冲液、MgCl2、dNTPs和热启动Taq酶,MgCl2的浓度为1.5mM,dNTPs的浓度为200μM;
荧光扩增引物的浓度分别为:
DYF387S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.04μM,
DYF399S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM,
DYF403S1a:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM,
DYF403S1b1/b2:上游引物、下游引物浓度分别为0.09μM,
DYF404S1:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM,
DYS526a/b:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM,
DYS449:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM,
DYS518:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM,
DYS547:上游引物、下游引物浓度分别为0.3μM,
DYS570:上游引物、下游引物浓度分别为0.03μM,
DYS576:上游引物、下游引物浓度分别为0.1μM,
DYS612:上游引物、下游引物浓度分别为0.05μM,
DYS626:上游引物、下游引物浓度分别为0.08μM,
DYS627:上游引物、下游引物浓度分别为0.2μM。
4.根据权利要求2所述的组合物的复合扩增检测方法,其特征在于,在步骤(2)中,扩增的程序为:初始变性:95℃ 11min,循环1次;扩增热循环:94℃ 30s,59℃ 2min,72℃ 1min,28个循环;终延伸:60℃ 60min,循环1次;保温:4℃保温维持。
5.如权利要求1所述的用于包含13个快速突变Y-STR基因座的复合扩增检测的组合物的应用,其特征在于,用于男性家系排查中的精细化识别。
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