具体实施方式
一种可口革囊星虫纤溶酶基因,所述可口革囊星虫纤溶酶基因序列如SEQ ID NO:1所示,编码区为720bp,编码多肽长度为240个氨基酸。可口革囊星虫纤溶酶基因的获取,是从福建沿海的海洋生物可口革囊星虫的肠组织中寻找和分离到的天然纤溶蛋白质进行N端7个氨基酸测序,序列为NH4-IVGGRDV-OH,根据序列比对丝氨酸超家族酶的保守序列设计引物对,初步克隆基因,3’RACE和5’RACE技术和生物信息学分析得到其基因序列。具体的实施方法如下:
1实验耗材:
1.1实验材料:可口革囊星虫(Phasolosma esculenta),雄性昆明种小鼠,大肠埃希氏菌DH5α、BL21(DE3),pET-22b质粒,毕赤酵母GS115,Ppic9质粒。
1.2、仪器
高速冷冻离心机;台式离心机;磁力搅拌器;精密pH计;电泳仪;凝胶成像仪;微波炉;电子天平;微量移液器;恒温摇床;脱色摇床;冻干机;制冰机;恒温水浴锅DK-S24;恒温干燥箱;酶标仪;核酸蛋白检测系统;N 3000色谱工作站;恒流泵;数码照相机;分光光度计;超纯水仪;组织匀浆器;洁净工作台;立式自动压力蒸汽灭菌器;架盘药物天平;涡旋振荡器;超低温冰箱;普通冰箱;PCR仪;数显电热培养箱;超声波细胞破碎仪;基因导入仪。
1.3药物与试剂
凝血酶;牛纤维蛋白原;戊巴比妥钠,角叉菜胶,注射用尿激酶;考马斯亮蓝R-250;低分子量标准蛋白(2KDa-220KDa);三羟基氨基甲烷;美国陶氏分装丙烯酰胺;甲叉双丙烯酰胺;甘氨酸;过硫酸铵;十二烷基磺酸钠(SDS);β-巯基乙醇;TEMED;甲醇;氯化钠;磷酸氢二钾;磷酸二氢钾;氢氧化钠;氯化钙;氯化钾;二乙基焦碳酸酯;三氯甲烷;乙酸;无水乙醇;琼脂糖;溴化乙锭;N,N,N,N,-四甲基乙二胺;蛋白胨;酵母浸出物;甘油;氨苄青霉素;异丙醇;溴酚蓝;二甲苯青;醋酸钠;琼脂粉;限制性内切酶BgLII,XhoI,BamHI,Nco I;dNTP Mix(10mM);10×Reaction Buffer;Taq DNA聚合酶;Platinum pfx DNA聚合酶;MgSO4;10×pfxBuffer;10×Loading Buffer;乳糖;Precision Plus ProteinTMStandards Dual Color;;Tween-20;脱脂奶粉;苯甲基磺酰氟;PVDF膜0.22μ;mHis-tag(27E8)Mouse mAb;StabilizedPeroxidase Conjugated Goat Anti-mouse(H+L);尿素;硫酸镍;咪唑;YNB;生物素;D-葡萄糖;山梨醇;TritonX-100;Ni SepharoseTM 6 Fast Flow;BCA蛋白浓度测定试剂盒;UNIQ-10柱式Trizol总RNA抽提试剂盒(生工生物工程(上海)有限公司);RevertAidTMFirstStrand cDNASynthesisKit(美国Fermentas);PCR Purification Kit(德国QIAGEN);新型pUM-T快速克隆试剂盒(北京百泰克生物技术有限公司);TIANprep MiniPlasmid Kit(天根生化科技(北京)有限公司);3’-Full RACE Core Set Ver.2.0(日本Takara);5′RACE System for Rapid Amplification of cDNAEnds,Version 2.0(美国Invitrogen);重组克隆试剂盒(南京金斯瑞生物科技有限公司);TIANprepMini Plasmid Kit(天根生化科技(北京)有限公司);SanPrep柱式DNA胶回收试剂盒(生工生物工程(上海)有限公司);SanPrep柱式PCR产物纯化试剂盒(生工生物工程(上海)有限公司);eBlotTM蛋白转印系统试剂盒(南京金斯瑞生物科技有限公司);SuperWestPico Trial Kit(美国Thermo scientific)
1.4试剂配制
(1)6×Loading Buffer(100mL):
用移液器吸取6mL EDTA(500mM,pH8.0),5mL 1%的溴酚蓝,36mL甘油至装有50mLddH2O的烧杯中,调pH至7.0,定容至100mL,4℃分装保存。
(2)1%琼脂糖凝胶(100mL)
称取1.0g琼脂糖粉,微波炉内加热2min直至完全融化,溶液清澈透明,补齐液体体积为100mL,将锥形瓶静置直到手可以直接触摸,加入5μL EB,使得EB终浓度为0.5μg/mL,混匀后备用。
(3)TB(固/液)培养基(500mL):
称取6g蛋白胨,12g酵母浸出物,2mL甘油至烧杯中,加ddH2O至450mL,121℃高压灭菌20min,待冷却至60℃后加入50mL磷酸缓冲液,轻轻摇动,充分混匀。固体培养基需加入7.5g琼脂。
(4)FML培养基(3L):
分别称取21.0g K2HPO4·3H2O,9.0g NaH2PO4·2H2O,7.5g NaCl,36.0g蛋白胨,45.0g酵母浸出物,0.8g MgSO4,2.2g乳糖,6.0g葡萄糖置于干净的3L烧杯中,加ddH2O充分搅拌,使其完全溶解,定容至3L,116℃高压灭菌30min,冷却后置于4℃备用。
(5)2×PCR Master Mix(10×100μL)
将下列试剂依次加入到干净的1.5mL离心管中混匀,-20℃保存备用。
(6)Pfx Mix(10×45.5μL)
将下列试剂依次加入到干净的1.5mL离心管中混匀,-20℃保存备用。
(7)30%(w/v)丙烯酰胺(100mL)
在通风橱中分别称取29.0g丙烯酰胺,1.0g甲叉双丙烯酰胺于干净的100mL烧杯中,加ddH2O充分搅拌,使其完全溶解,定容至100mL,用0.45μm滤器滤去杂志,于试剂瓶中,4℃避光保存备用。
(8)5×Tris-Glycine SDS-PAGE电泳缓冲液(1L):
分别称取15.1g Tris,94.0g甘氨酸,5.0g SDS溶于烧杯中,加入ddH2O充分搅拌溶解,定容至1L,室温保存。
(9)5×SDS-PAGE Loading Buffer(5mL):
分别称取0.5g SDS,0.025g溴酚蓝(BPB)置于10mL离心管中,分别吸取1.25mL1.0M Tris-HCl(pH=6.8),2.5mL甘油置于离心管中,加ddH2O定容至5mL,分装成10份,每份500μL,并在使用前向每份中加入25μL β-巯基乙醇,室温下保存。
(10)10×PBS缓冲液(200mL):
分别称取16.0g NaCl,0.4g KCl,0.58g Na2HPO4·12H2O,0.4g KH2PO4置于烧杯中,加ddH2O充分搅拌使其溶解,定容至200mL后室温保存备用。
(11)5%浓缩胶配制(4mL,使用前配):
(12)12%分离胶配制(10mL,使用前配):
(13)TBST缓冲液(1L):
称取8.766g NaCL,吸取20mL 1M Tris-HCl(pH=7.4),500μL Tween-20置于烧杯中,加ddH2O充分搅拌溶解,定容至1L,装入蓝盖瓶中保存备用。
(14)封闭液(5%脱脂奶粉10mL,使用前配制):
称取0.5g脱脂奶粉置于烧杯中,加入ddH2O充分搅拌溶解,定容至10mL。
(15)重悬缓冲液(20mM Tris-HCl,pH=8.0)(500mL):
称取1.21g Tris置于烧杯中,加入ddH2O充分搅拌溶解,用浓HCl调pH=8.0,定容至500mL,保存备用。
(16)包涵体洗涤缓冲液(200mL):
20mM Tris-HCl,pH=8.0;0.5M NaCl;2M尿素;1%Triton X-100。
(17)包涵体溶解缓冲液(200mL):
20mM Tris-HCl,pH=8.0;0.5M NaCl;8M尿素;1%Triton X-100。
(18)Binding Buffer(200mL):
20mM Tris-HCl,pH=8.0;0.5M NaCl;5mM咪唑。
(19)Wash Buffer(200mL):
20mM Tris-HCl,pH=8.0;0.5M NaCl;50mM EDTA(pH=7.4)。
(20)Elution Buffer(各200mL):
20mM Tris-HCl,pH=8.0;0.5M NaCl;(100、200、300、400、500)mM咪唑。
(21)透析液(3L):
20mM Tris-HCl,pH=8.0;0.5M NaCl;50mM咪唑;4M尿素。
(22)10xD溶解200gD-葡萄糖于100mL去离子水中,过滤除菌,存放于4℃冰箱。
(23)10xYNB溶解13.4gYNB于100mL去离子水中,过滤除菌,存于4℃保藏
(24)500x生物素溶解20mg生物素于100mL去离子水中,过滤除菌,放于4℃冰箱备用。
(25)1M磷酸钾缓冲液32mL 1M K2HPO4,868ml 1M KH2PO4,调整PH值为6,高压灭菌,室温放置。
(26)10xGY混合10mL甘油与90mL去离子水,过滤除菌,室温放置备用。
(27)10xM混合5mL甲醇与95mL去离子水,过滤除菌,4℃冰箱备用。
(28)1M山梨醇溶解18.2g山梨醇于100mL去离子水中,高温高压灭菌,存放于4℃备用。
(29)YPD培养基溶解2.5g酵母浸出粉,5g胰蛋白胨于225mL去离子水中,高温高压灭菌20min;加入25mL10xD,混匀,存于4℃冰箱。
(30)MM培养基80mL无菌去离子水,于60℃下加入10mL 10xYNB,0.2mL 500xB,10mL10xM
(31)BMG培养基(1L)在700mL无菌去离子水中加入100mL 1M磷酸钾缓冲液PH=6.0,100mL10xYNB,2mL 500XB,100mL 10xGY,4℃保存,可放两个月。
(32)BMMY(1L)溶解10g酵母浸出粉,20g胰蛋白胨于700mL去离子水中,高温高压灭菌20min;冷却至室温,加入100mL 1M磷酸钾缓冲液PH6.0,100mL 10xYNB,2mL 500xB,100mL10xD。
(33)1%角叉菜胶溶液的配制:称取0.5g角叉菜胶溶于50mL的生理盐水中,沸水浴至完全溶解,37℃恒温水浴备用。
(34)PFE溶液配制:取5mg PFE蛋白冻干粉溶于10mL生理盐水中,配制成0.5mg/mL的PFE溶液。另取25mg PFE蛋白冻干粉溶于10mL生理盐水中,配制成2.5mg/mL的PFE溶液。
(35)尿激酶的配制:将一瓶10万单位的注射用尿激酶溶于200mL的生理盐水中,则得到500U/mL的尿激酶。
2可口革囊星虫纤溶酶基因获得
2.1可口革囊星虫纤溶酶基因引物设计
根据先前获得的可口革囊星虫天然纤溶酶N端7个氨基酸序列NH4-IVGGRDV-OH,以及通过序列比对丝氨酸超家族酶的保守序列得到两个保守序列LTAAH和GDSGG,并设计引物,初步克隆基因。经过分析,可口革囊星虫天然纤溶酶序列模拟图如图1所示。
根据可口革囊星虫天然纤溶酶序列模式图可设计引物:方案:根据保守序列LTAAH和保守序列GDSGG设计简并引物
上游引物IVG:5’-ATHGTNGGNGGNAGRGAYGT-3’(简并度为768)(如SEQ ID NO:3所示)
下游引物GDS:5’-GGVCCVCCSGARTC-3’(简并度为36)(如SEQ ID NO:4所示)
2.2可口革囊星虫肠道总RNA的提取
2.2.1仪器处理:
所有玻璃器皿均应在使用前于180℃的高温下干烤8h;塑料器皿用0.1%DEPC水浸泡,80℃烘干;有机玻璃的电泳槽等,先用去污剂洗涤,双蒸水冲洗,乙醇干燥,再浸泡在3%H2O2室温10min,然后用0.1%DEPC水冲洗,晾干。
2.2.2试剂处理:
配制的溶液用0.1%DEPC,在37℃处理12h以上;在RPE Solution试剂瓶中加入4倍体积的无水乙醇。
2.2.3实验材料处理:
用海水洗去新鲜可口革囊星虫表面的泥沙杂质,放入海水中暂养,排尽体内杂质;解剖可口革囊星虫,将黄色肠道组织取出置于装有1mL Trizol的5mL离心管中,用匀浆器匀浆匀浆。
2.2.4RNA抽提步骤
处理后的样品室温放置10min后,加入0.2mL氯仿,剧烈振荡30s,室温放置3min。4℃,12000rpm离心10min,将上层水相转移至干净的1.5mL离心管中,加入1/2倍体积的无水乙醇,混匀,转移至吸附柱中,室温静置2min,12000rpm离心3min,弃废液;向吸附柱中加入500μL RPE Solution,室温静置2min,10000rpm离心30s,弃废液;10000rpm离心2min,将吸附柱放入干净的1.5mL离心管中,加入30μL DEPC-treated ddH2O,室温静置5min,12000rpm离心2min;取4.5μL RNA与0.5μL的10×Loading Buffer混匀后进行凝胶电泳检测,剩余RNA于-80℃保存。
2.3可口革囊星虫纤溶酶基因特异性片段的扩增
2.3.1反转录PCR:利用RevertAidTM First Strand cDNA Synthesis Kit(Fermentas)进行反转录实验。
2.3.2纤溶酶基因特异性片段PCR扩增
冰浴中加入下列试剂;25μL 2×PCR Master Mix,4μL上游引物,4μL下游引物,1μL反转录PCR产物,用ddH2O补至50ul,混匀,短暂离心后将PCR管置于PCR仪中,按以下程序进行反应:
反应完成后,吸取5μL PCR反应液与1μL的6×Loading Buffer混匀,1%琼脂糖凝胶上电泳,其余样品-20℃保存并用于后续实验。
2.3.3PCR扩增产物回收
本发明采用PCR Purification Kit(QIAGEN)进行PCR产物回收。
2.3.4构建重组克隆载体
采用北京百泰克生物技术有限公司的新型pUM-T快速克隆试剂盒构建纤溶酶基因特异性片段重组克隆载体。
2.3.5重组克隆载体转化
2.3.5.1TB(Amp+)固体琼脂培养基平板的制备:
称取2.4g蛋白胨,4.8g酵母浸出物,0.8mL甘油,3.0g琼脂至烧杯中,加ddH2O至180mL,121℃高压灭菌20min,待冷却至60℃后加入20mL磷酸缓冲液,轻轻摇动,充分混匀。待冷却至60℃后加入200μL Ampcilin(100mg/mL),使得终浓度为100μg/mL,温和混匀后到平板。
2.3.5.2转化
取感受态细胞DH5α置于冰浴融化;分别向感受态细胞悬液中加入10μL pUM-T重组克隆载体和目的基因PCR产物,混匀,冰浴中静置30min;42℃热激60~90s,迅速转移至冰浴中静置2~3min;加入900μL TB液体培养基中,混匀后37℃,180rpm振荡培养45min;吸取100μL菌液加到TB(Amp+)固体培养基平板上,均匀涂开,倒置37℃培养12~16h。
2.3.5.3重组子检测
在长满菌落的平板上随机挑取10个单克隆,分别溶解到10μL ddH2O中,涡旋混匀后短暂离心,使PCR管壁上的液体沉到管底;分别吸取2μL稀释菌液至干净的200μL PCR管中,99℃热处理5min;冰浴中加入5μL2×PCR Master Mix,1μL上游引物,1μL下游引物,1μL热处理后的菌液,用ddH2O补至10ul,混匀,短暂离心后将PCR管置于PCR仪中,按以下程序进行反应,
待反应完成后,吸取5μL PCR反应液与1μL的6×Loading Buffer混匀,1%琼脂糖凝胶上电泳;将阳性克隆对应的单菌落加入到3mL TB(Amp+)液体培养基中,37℃,200rpm振荡培养过夜,用于小量质粒提取。
2.3.6同源性比对
将成功测序的核苷酸序列录入到NCBI数据库中进行同源性比对,根据同源性结果,可以判断序列是否为新基因以及可能具有的功能。
2.4可口革囊星虫纤溶酶全长基因的克隆
2.4.1可口革囊星虫纤溶酶cDNA序列3’末端扩增
请参见图2,采用3’-Full RACE Core Set Ver.2.0试剂盒(Takara)。
2.4.1.1根据测序成功的纤溶酶特异性片段序列设计引物,如下:
2.4.1.2反转录
冰浴中加入5.5μL Total RNA,1μL3’RACE Adapter(5μM),2μL5×M-MLV Buffer,1μL dNTP Mixture(10mM),0.25μL RNase Inhibitor(40u/μL),0.25μL ReverseTranscriptase M-MLV(200u/μL),用ddH2O补至10ul,混匀,短暂离心后将PCR管置于PCR仪中,按以下程序进行反应,42℃温浴60min,70℃终止反应,-20℃保存备用;
2.4.1.3套式PCR
(1)Outer PCR反应
冰浴中加入4μL cDNA,6μL 1×cDNADilution Buffer II,2μL A-GSP1,2μL 3’RACE Outer Primer,25μL 2×PCR Master Mix,用ddH2O补至50ul;混匀,短暂离心后将PCR管置于PCR仪中,按以下程序进行反应;
反应结束后,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用;
(2)Inner PCR反应
冰浴中加入1μL Outer PCR反应产物,2μL A-GSP2(10μM),2μL3’RACE InnerPrimer(10μM),25μL 2×PCR Master Mix,用ddH2O补至50ul;混匀,短暂离心后将PCR管置于PCR仪中,按以下程序进行反应;
反应结束后,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用。
2.4.1.43’RACE产物纯化后克隆测序
2.4.2可口革囊星虫纤溶酶cDNA序列5’端扩增
本发明采用5’RACE System for Rapid Amplification of cDNA Ends Version2.0(Invitrogen)。
2.4.2.1根据测序成功的纤溶酶特异性片段序列设计引物,如下:
2.4.2.2 5’RACE前准备
用0.1%DEPC水浸泡200μL PCR管,80℃烘烤30min后备用;用0.22μm微孔滤膜过滤TE溶液;1×Wash Buffer:吸取1mL Wash Buffer至50mL蓝盖瓶中,加入18mL ddH2O,21mL无水乙醇,彻底混匀;
2.4.2.3第一条链cDNA合成
冰浴中加入1μL 5R-A-GSP1(10μM),12.5μL Total RNA,用DEPC treated ddH2O补至15.5uL,混匀;70℃温浴10min使RNA变性,冰浴1min,加入2.5μL 10×PCR Buffer,2.5μLMgCl2(25mM),1μL dNTP Mixture(10mM),2.5μL 0.1M DTT,1μL RNA Inhibitor;混匀,短暂离心后42℃温浴1min;加入1μL SuperScriptTMII RT,轻轻混匀,42℃温浴40min;70℃温浴15min终止反应,离心20s并置于37℃;加入1μL RNase mix,混匀,37℃温浴30min;短暂离心后至于冰上备用;
2.4.2.4cDNA纯化
室温平衡结合液;室温下分别向cDNA中加入120μL结合液(6M NaI);将混合液转移至S.N.A.P.纯化柱中,13000g离心20s;将滤芯放回一干净的1.5mL离心管中;向滤芯中加入0.4mL遇冷的1×Wash Buffer,13000g离心20s,弃去废液,此步骤重复三次;用400μL遇冷的70%乙醇漂洗滤芯两次,13000g离心1min,弃去废液,将滤芯放回一干净的1.5mL离心管中;加入50μL 65℃预热的DEPC treated ddH2O,13000g离心1min,洗脱cDNA;
2.4.2.5制备dC-cDNA
(1)冰浴中加入6.5μL DEPC treated ddH2O,5μL5×Tailing Buffer,2.5μL dCTP(2mM),10μL S.N.A.P.纯化的cDNA;94℃温浴2min,冰浴1min,短暂离心后置于冰上;加入1μL TdT末端转移酶,轻轻混匀37℃温浴10min;65℃温浴10min终止反应,短暂离心后置于冰上备用;
(2)dC-tailed cDNAPCR
冰浴中加入5μL 10×PCR Buffer,3μL MgCl2(25mM),1μL dNTP Mixture(10mM),2μL 5R-A-GSP2,2μL Abridged Anchor Primer(10μM),5μL dC-tailed cDNA,用DEPCtreated ddH2O补至49.5μL,混匀前立即加入0.5μL Taq DNA聚合酶(5u/μL);混匀,短暂离心后按以下程序进行PCR反应;
反应结束后,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用。
2.4.2.6套式PCR
将上述PCR产物用TE缓冲液稀释100倍;然后冰浴中加入5μL 10×PCR Buffer,3μLMgCl2(25mM),1μL dNTP Mixture(10mM),1μL5R-A-GSP3,1μL AUAP(10μM),5μL dC-tailedcDNAPCR产物,用DEPC treated ddH2O补至49.5μL,立即加入0.5μL Taq DNA聚合酶(5u/μL);混匀,短暂离心后按以下程序进行PCR反应;
反应结束后,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用。
2.4.2.75’RACE产物纯化后克隆测序
2.4.3可口革囊星虫纤溶酶cDNA序列拼接及全长基因克隆
分别将可口革囊星虫纤溶酶基因特异性片段、3’RACE产物、5’RACE产物测序结果拼接得到纤溶酶全长基因(如SEQ ID NO:1所示),并克隆测序验证结果。
通过蛋白表达系统对所述可口革囊星虫纤溶酶基因进行重组蛋白诱导表达即利用基因工程表达,得到所述可口革囊星虫重组纤溶酶,所述可口革囊星虫重组纤溶酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示。在本发明中所述可口革囊星虫重组纤溶酶是采用大肠杆菌-乳糖诱导表达系统和毕赤酵母-甲醇诱导表达系统表达出来的。
3可口革囊星虫纤溶酶基因表达
3.1可口革囊星虫纤溶酶基因原核表达
大肠杆菌表达系统具有蛋白表达快,产率高,操作简单,价廉等优点,有利于经济、大量地获得PFE,为后续研究提供大量原料,但对于真核生物蛋白修饰程度低,活性很低,需要摸索复性条件。
3.1.1PFE原核表达载体构建
利用重组克隆试剂盒(南京金斯瑞)对可口革囊星虫纤溶酶基因进行pET-22b(+)原核表达载体构建:
3.1.1.1表达载体引物设计
重组表达载体引物如下:
pET-22b-PFE2-F:5’-GCCCAGCCGGCGATGGCCATTGTAGGGGGTCGC-3’(如SEQ ID NO:14所示)
pET-22b-PFE2-R1:5’-GTGGTGGTGGTGGTGGTGCTGTTGATCTATCCACC-3’(如SEQ IDNO:15所示)
pET-22b-PFE2-R2:
5’-GACGGAGCTCGAATTTTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGCTGTTGATC-3’(如SEQ ID NO:16所示)
3.1.1.2PFE-pET-22b(+)表达载体构建
(1)可口革囊星虫纤溶酶目的片段扩增;
冰浴中加入45.5μL pfx Mix,2μL pET-22b-PFE1-F,2μL pET-22b-PFE1-R1,0.5μLPfx DNA聚合酶,用ddH2O补至50ul,混匀,短暂离心后,按以下程序进行PCR反应;
待程序运行完成后,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用;以上述PCR产物为模板,冰浴中加入45.5μL pfx Mix,2μL pET-22b-PFE1-F,2μL pET-22b-PFE1-R2,0.5μL Pfx DNA聚合酶,用ddH2O补至50ul,混匀,短暂离心后,按以下程序进行PCR反应;
反应结束后,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用。
(2)用SanPrep柱式DNA胶回收试剂盒(上海生工)凝胶回收PCR产物;
(3)pET-22b(+)载体线性化;
冰浴中加入5μL 10×Fast Digest Buffer,30μL pET-22b(+),1.5μL FastDigest Nco I,1.5μL Fast Digest BamH I质粒,ddH2O补至50μL建立双酶切体系;37℃温浴30min进行酶切反应;切胶纯化上述反应液保存备用。
(4)可口革囊星虫纤溶酶DNA与pET-22b(+)载体的重组
将10μL线性化载体,6μL纯化的PCR产物,2μL 10×CloneEZ Buffer,2μL CloneEZEnzyme,ddH2O 20μL混合物加到0.5ml PCR管的管底;22℃孵育,30min,在冰上保持5min,并立即进行转化BL21(DE3)感受态细胞;挑取阳性克隆测序,并保存工程菌PFE1。
3.1.2活化工程菌PFE-1与蛋白检测;
3.1.2.1活化工程菌PFE-1
按1:1000的接种量将活化好的工程菌PFE-1接种于装有600mL FML培养基(含100μg/mL)的三角瓶中,每种菌种接种3瓶;室温下180rpm振荡培养16h,待OD600达到0.4~0.6时,停止培养。分别取1mL培养后的菌液置于干净的1.5mL离心管中,离心弃去上清液,加入150μL 1×PBS缓冲液,轻轻吹打混匀,其余菌液4℃保存备用;向上述混合液中加入PMSF,使终浓度达到1mg/mL,反复冻融5次;将反复冻融的菌液离心,分别收集上清和沉淀,并向沉淀中加入150μL 1×PBS缓冲液,轻轻吹打混匀;
3.1.2.2SDS-PAGE电泳检测;
配制5%浓缩胶和12%分离胶;将立即混匀的12%分离胶用移液器加入到凝胶模具中,用ddH2O覆盖胶面;待分离胶聚合凝固后,倒出覆盖在胶面上的ddH2O,并用滤纸吸取残留液体,将刚配制好的5%浓缩胶用移液器加入到凝胶模具中,插入样品梳,待分离胶聚合凝固后,在电泳槽中加入电泳缓冲液,拔出样品梳。分别取细菌裂解液上清和沉淀各20μL,加入5μL5×SDS-PAGE Loading Buffer,99℃温浴3min,迅速转入至冰浴2min。短暂离心后吸取处理好的样品缓慢加入到上样孔中;连接正负极并接通电源,电压80V约20min,使样品进入浓缩胶并到达浓缩胶与分离胶的界面。将电压升高至120V,继续电泳,待溴酚蓝到达分离胶底部,关闭电源,从电泳装置上卸下玻璃板,取出凝胶,在凝胶下缘切角标记位置。将上述凝胶转移至装有考马斯亮蓝R-250染色液的培养皿中,使染色液刚好没过凝胶表面,用保鲜膜封口,微波炉中加热2min,在脱色摇床上染色30min;将染好色的凝胶转移至装有考马斯亮蓝脱色液的烧杯中用保鲜膜封口,微波炉中加热2min,在脱色摇床上脱色色30min,取出后检测拍照。所述可口革囊星虫重组纤溶酶经SDS-PAGE电泳图谱呈单一蛋白条带,SDS-PAGE法测其相对分子质量为27kDa左右。
3.1.2.3Western-Blot检测重组蛋白
将PFE-1细菌裂解液沉淀进行SDS-PAGE;打开eBlotTM蛋白转印系统,将黄色的eBlotTM阳极垫放在阳极板上;将凝胶取下,切下需转印的部分并浸在ddH2O中,用eBlotTMEquilibration Buffer处理已裁好的与凝胶同样大小的PVDF膜1min;将处理好的PVDF膜放到阳极垫上;将凝胶置于PVDF膜上,用设备提供的小铲子轻轻移去气泡;将白色的eBlotTM阴极垫放到凝胶上,盖好盖子,设置程序时间为7min,执行程序。
转印结束后,将PVDF膜从eBlotTM蛋白转印系统中取出,TBST缓冲液稍加漂洗,浸没在封闭液(5%脱脂奶粉)中,室温下置于脱色摇床上缓慢振荡1h进行封闭;用封闭液稀释一抗(Stabilized Peroxidase Conjugated Goat Anti-mouse),稀释比例为1:1000,将一抗稀释液和处理好的PVDF膜转移至平皿中,用保鲜膜封口,4℃摇动过夜;用TBST缓冲液漂洗3次,每次10min;结合二抗:根据一抗来源选择二抗(His-tag(27E8)Mouse mAb),用TBST缓冲液按1:5000的比例稀释,将PVDF膜浸没在二抗溶液中,室温下缓慢摇动(70rpm)1~2h;用TBST缓冲液漂洗3次,每次10min,最后用PBS缓冲液洗膜1~3次;吸取SuperWestPico Trial Kit中的A、B液各200μL,充分混匀;将漂洗过的PVDF膜正面朝上放在保鲜膜上,并将混合后的A/B液均匀的涂在PVDF膜表面;用化学发光成像系统进行成像拍照,实验结果见图3。
3.3.3可口革囊星虫重组纤溶酶纯化及活性初步鉴定
3.3.3.1菌体破碎
本发明采用超声裂解法破碎细胞。将工程菌菌液分装在50mL离心管中,4℃,8000rpm离心15min,收集菌体沉淀,留上清备用;用4倍体积的20mM Tris-HCl重悬菌体沉淀,4℃,8000rpm离心15min,弃去上清;用2倍体积的超声破菌缓冲液重悬菌体沉淀并置于冰浴中进行超声破碎,其条件为:功率300W,破碎时间5s,间隔5s超声120次,总用时约20min;4℃,12000rpm离心15min,弃去上清,收集沉淀;用包涵体洗涤缓冲液重悬沉淀,搅拌洗涤30min,4℃,12000rpm离心15min,重复洗涤一次,用50mM Tris-HCl漂洗一次,4℃,12000rpm离心15min,弃去上清,收集沉淀;用包涵体溶解缓冲液重悬沉淀,室温搅拌6h,4℃,12000rpm离心15min,收集上清,SDS-PAGE检测。
3.3.3.2可口革囊星虫重组纤溶酶纯化
采用Ni SepharoseTM 6Fast Flow进行重组纤溶酶的纯化。
3.3.3.3可口革囊星虫纤溶酶复性
将透析袋剪成10cm左右的小段,用含1mM EDTA的2%(w/v)NaHCO3溶液煮沸10min,用ddH2O冲洗并浸泡在ddH2O中,4℃保存备用;将纯化得到的蛋白转入透析袋中,夹好,转移至装有透析液的1L烧杯中,4℃搅拌,透析8h;倒出一半体积的透析液,加ddH2O至原体积继续透析;待尿素浓度达到1M时,换用1×PBS透析,每4h换液一次,共透析20h:将透析袋中液体转移至10kDa超滤管中,4℃,5000rpm离心1h,收集超滤管中的液体,SDS-PAGE检测。
3.3.3.3可口革囊星虫纤溶酶活性初步鉴定
称取1.0g琼脂糖于200mL蓝盖瓶中,加入10mM的Tris-HCl(pH=7.8)缓冲液,配成2%琼脂糖溶液,微波加热至融化,待溶液冷却至50℃左右时,置于55℃温水浴中备用;加入2.5mL的含有50mg纤维蛋白原的10mM Tris-HCl缓冲液(pH=7.8),边加边缓慢摇动,以防白色絮状沉淀产生;同时1mL凝血酶(100u/mL)稀释到1.5mL的生理盐水中,将凝血酶稀释液转移至已灭菌的培养皿中备用;将55℃温水浴中的琼脂糖加入到培养皿中,边加入边缓慢摇动,室温冷却形成凝胶,用0.5cm打孔器打孔;将蛋白样品和阳性对照(尿激酶)加入孔中,37℃温浴18h后观察透明圈。
3.4可口革囊星虫纤溶酶基因真核表达
毕赤酵母表达系统具有表达蛋白活性高、纯化复性简单等优点。
3.4.1真核表达载体引物设计
根据载体Ppic9图谱,在目的基因C端和N端加上相应的限制酶位点,利用限制性内切酶进行酶切、T4DNA连接酶连接的方法将目的基因克隆入载体,在目的基因上加上蛋白标签His-Tag。据此设计引物,设计结果如下:
B-Ppic9-PT-F:5’-ccCTCGAGaaaagaATTGTAGGGGGTCGCGA-3’[XhoI](如SEQ ID NO:17所示)
B-Ppic9-PT-R:5'-GTGGTGGTGCTGTTGATCTATCCACC-3'(如SEQ ID NO:18所示)
B-Ppic9-PT-R1:5'-ggAATTCGTGGTGGTGGTGGTGGTGCTGTTGATC-3'[EcoRI](如SEQID NO:19所示)
3.4.3PFE-Ppic9表达载体构建
3.4.3.1PFE目的片段扩增
冰浴上依次加A-Ppic9-PT-F 1.5μL,A-Ppic9-PT-R 1.5μL,目的基因片段1μL,Pfumix 45μL,Pfu DNA聚合酶1μL于200μL ep管中;混匀,低速离心,进行PCR反应;
反应完毕,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用;将上述PCR产物作为模板,依次加入下列试剂于200PE管中:A-Ppic9-PT-F 1.5μL,A-Ppic9-PT-R11.5μL,PCR产物1μL,Pfu mix 45μL,Pfu DNA聚合酶1μL;混匀,低速离心;
PCR反应程序进行反应
反应完毕,吸取5μL PCR反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测,剩余反应液-20℃保存备用。
3.4.3.2Ppic9载体线性化和基因片段双酶切
冰上依次将5μL 10xFast Digest Buffer,35μL Plasmid(Ppic9),1.5μL EcoR I,1.5μL XhoI,去离子水7μL加至200μL PCR管中;冰上依次将3μL10xFast Digest Buffer,15μL目的基因纯化片段,1μL EcoR I,1μL XhoI,10μL去离子水加至200μL PCR管中;37℃水浴1.5h。分别吸取3μL酶切反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测酶切是否完全;利用SanPrep柱式PCR产物纯化试剂盒(上海生工)对酶切产物进行纯化。
3.4.3.2PFE基因片段与Ppic9载体的基因重组
将10xRapid Ligation Buffer 2μL,线性化载体(Ppic9)2μL,双酶切目的基因片段7μL,T4Ligase 1μL,去离子水8μL,于200μL PCR管;混匀25℃孵育2h,并立即进行转化Dh5α感受态细胞;测序并保存菌种,命名为菌PFE-Ppic9。
3.4.4毕赤酵母表达重组蛋白与重组蛋白的检测
3.4.4.1制备毕赤酵母感受态
在YPD平板上划线培养GS115,28℃培养两天;挑单菌落至含5mL YPD培养基的玻璃试管中,250rpm,28℃过夜培养;取50μL过夜菌液接种至含50mL YPD培养基的三角瓶中,30℃,250rpm,培养至菌液OD=1.0~2.0;菌液转入50mL离心管中,1500g,4℃离心5min,弃上清;50mL冷无菌水重悬,1500g,4℃离心5min,弃上清;25mL冷无菌水重悬,1500g,4℃离心5min,弃上清;5mL冷1M山梨醇重悬,1500g,4℃离心5min,弃上清;400μL 1M冰山梨醇重悬,分装,每管80μL,保存在-80℃。
3.4.4.2重组质粒线性化
将10xFast Digest Buffer 3μL,Plasimid(PFE-Ppic9-1,Ppic9)15μL,BgLII2μL,去离子水10μL加到200μL PCR管的管底,37℃孵育1.5h;分别吸取3μL酶切反应液进行琼脂糖凝胶电泳检测酶切是否完全。
3.4.4.3电转
将制备好的溶解在水中的10μL线性化质粒与80μL酵母感受态细胞混匀,转至0.2cm的预冷的电转化杯中,电转化杯冰浴5min;电压1.5KV,电容25μF,电阻200Ω,电击时间4-10mse;加入1mL冰预冷的1M山梨醇溶液,转至1.5mL离心管中;30℃,250rpm培养约1h;待菌体液完全吸收后,将平板在28℃培养箱倒置2-3d,直到有单菌落出现。
3.4.4.4筛选重组子和分泌表达
挑取单菌落,同时划于MD板、MM板上,30℃放置24h;挑取MM平板中生长较好,对应MD板上的菌落,进行菌落PCR鉴定;挑取阳性克隆置于装有5mL YPD培养基的50mL摇瓶中,30℃,280rpm培养至OD=2-6;部分保留菌种,取1mL于装有40mL BMG培养基的250mL摇瓶中,280rpm培养至OD=2-6;1500g离心5min,用15mL BMMY重悬菌体,所得菌液置于250mL摇瓶中,30℃,280rpm的摇床上继续生长;每24h向培养瓶基中添加100%甲醇,至终浓度为0.5%;按时间点取样菌液样品,取样量为1mL,置于1.5mL离心管中,最大转速离心3min分别收集上清和菌体沉淀,分析目的蛋白的表达量和菌液收获时间,取样时间点为:0h,6h,12h,24h,36,48h,60h,72h,96h。
3.4.4.5SDS-PAGE,Western-Blot蛋白检测及纤维平板活性实验检测
同3.1.2.1—3.1.2.3,3.3.3.3。
4可口革囊星虫纤溶酶溶栓动物实验
为考察可口革囊星虫纤溶酶基因对血栓性疾病的溶栓作用,将由毕赤酵母表达系统表达的可口革囊星虫重组纤溶酶进行纤维平板法检测纤溶活性,体外对小鼠全血凝块溶解率实验即体外溶栓实验,以及角叉菜胶致小鼠尾部血栓模型实验。
可口革囊星虫重组纤溶酶体外对小鼠全血凝块溶解率实验结果
注:
PFE表示血块未经处理的可口革囊星虫重组纤溶酶组;
PFE(加热)表示血块经80℃加热30min处理,灭活了血液中内源性溶栓因子后的可口革囊星虫重组纤溶酶组;
尿激酶表示血块未经处理的尿激酶组;
尿激酶(加热)表示血块经80℃加热30min处理,灭活了血液中内源性溶栓因子后的尿激酶组
由上表的体外溶栓实验结果可知,1mL的可口革囊星虫重组纤溶酶(PFE)(20000U/mL)作用在小鼠全血凝血块(100mg)4h后血块完全溶解;加热灭活血块中的凝血因子,20000U的可口革囊星虫重组纤溶酶作用血块4h后,其溶解率达91%。可口革囊星虫重组纤溶酶溶解血块的效果优于同样效价的阳性对照尿激酶,由实验结果可知,可口革囊星虫重组纤溶酶具有直接溶解血块中纤维蛋白的能力。
由体外溶栓实验结果表明,所述可口革囊星虫纤溶酶基因和可口革囊星虫重组纤溶酶可用于制备溶栓药物,以及可用于治疗血栓性疾病。所述可口革囊星虫重组纤溶酶具有直接溶解血块中纤维蛋白的能力,降解纤维蛋白时,首先降解α链,然后降解β链,最后降解γ链,为α-纤溶酶,并且对肿瘤细胞有一定的抑制作用。
4.1、角叉菜胶致小鼠尾部血栓的实验
4.1.1、实验材料两种方法
4.1.1.1、仪器
高速冷冻离心机;磁力搅拌器;精密pH计;电泳仪;电子天平;微量移液,取样器;蛋白电泳仪;恒温摇床;冻干机FDU-1200;制冰机IMS-40;恒温水浴锅DK-S24;恒温干燥箱;酶标仪;核酸蛋白检测系统;N 3000色谱工作站;恒流泵;蛋白质电泳仪;数码照相机;分光光度计;磁力搅拌器;
4.1.1.2、药物与试剂
凝血酶;牛纤维蛋白原;注射用尿激酶(10万单位);BCA蛋白浓度测定试剂盒;溴酚兰(BPB);考马斯亮蓝R-250;低分子量标准蛋白(2KDa-220KDa);Blue Protein Marker;三羟基氨基甲烷(Tris)美国陶氏分装丙烯酰胺;甲叉双丙烯酰胺;甘氨酸(氨基乙酸);过硫酸铵;十二烷基磺酸钠(SDS);β-巯基乙醇;TEMED;甲醇;氯化钠。
4.1.1.3、实验动物与溶液配制
雄性昆明种小鼠40只,体重25±2g,购自福州大学吴氏动物中心,饲养温度25℃,实验前适应环境一周,饲料为鼠繁殖料。麻醉剂:2%戊巴比妥钠(注射用生理盐水溶解),按8mL/kg腹腔注射麻醉小鼠。
1%角叉菜胶溶液的配制:称取0.5g角叉菜胶溶于50mL的生理盐水中,沸水浴至完全溶解,37℃恒温水浴备用。
可口革囊星虫重组纤溶酶溶液配制:实验用可口革囊星虫重组纤溶酶的比活力为1368.38U/mg,取5mg可口革囊星虫重组纤溶酶冻干粉溶于10mL生理盐水中,配制成0.5mg/mL的可口革囊星虫重组纤溶酶溶液。另取25mg可口革囊星虫重组纤溶酶冻干粉溶于10mL生理盐水中,配制成2.5mg/mL的可口革囊星虫重组纤溶酶溶液。
尿激酶的配制:将一瓶10万单位的注射用尿激酶溶于200mL的生理盐水中,则得到500U/mL的尿激酶。
4.1.2、实验方法
4.1.2.1、动物模型的制备
40只小鼠,随机分为5组,即正常对照组(6只)、高剂量可口革囊星虫重组纤溶酶给药组(8只)、低剂量可口革囊星虫重组纤溶酶给药组(8只)、尿激酶阳性对照组(8只)和血栓模型组(10只)。除了正常对照组以外,其他各组均在小鼠背部皮下注射1%角叉菜胶溶液,注射剂量为200μL/10g。正常对照组的小鼠在其背部皮下注射生理盐水,注射剂量为200μL/10g。注射生理盐水或角叉菜胶后,小鼠饲养于20±2℃条件下。48h后,观察小鼠尾部出现淤血、变黑,造模完成。
4.1.2.2、分组给药
角叉菜胶注射48h后,低剂量可口革囊星虫重组纤溶酶给药组,注射可口革囊星虫重组纤溶酶剂量为4mg/kg;高剂量可口革囊星虫重组纤溶酶给药组,注射可口革囊星虫重组纤溶酶剂量为20mg/kg;尿激酶阳性对照组,注射尿激酶的剂量为100U/25g;血栓模型组,注射生理盐水的量为8mL/kg。除正常组外,其余各组每日给药,腹腔注射一次,连续注射三天。
4.1.2.3、小鼠凝血时间测定
给药后72h后,各组注射2%戊巴比妥钠,注射剂量为8mL/kg,待小鼠麻醉后,用毛细玻璃管法测定各组小鼠的凝血时间。具体的实验步骤为:剪断小鼠尾部滴2滴血在玻璃片上,立即将血吸入毛细玻璃管(内径0.03mm,长10cm)内,平放于桌面后开始计时,2min后每隔30s折断一端毛细管约0.5cm,并缓慢向左右拉开,观察折断处是否有血凝丝,至血凝丝出现为止,所历时间即为凝血时间。
数据的统计分析
实验数据用均数±标准差表示,统计方法为单因素方差分析,用SPSS16.0统计软件处理。
实验结果表明:在各组小鼠给药72h后,用毛细玻璃管法测定凝血时间。其他各组与正常组相比,注射了1%角叉菜胶后使得小鼠的凝血时间明显缩短(*P<0.01)。高剂量可口革囊星虫重组纤溶酶给药组、低剂量可口革囊星虫重组纤溶酶给药组和尿激酶阳性对照组与模型组比较凝血时间差异不显著(*△P>0.05)。
可口革囊星虫重组纤溶酶对角叉菜胶引起的小鼠黑尾发生率的影响
在角叉菜胶致小鼠尾部血栓的实验中,观察各组在给药72h的变化:血栓模型组,注射生理盐水8mL/kg,黑尾发生率为100%;可口革囊星虫重组纤溶酶低剂量给药组,给药剂量为可口革囊星虫重组纤溶酶4mg/kg,黑尾发生率为71.4%;可口革囊星虫重组纤溶酶高剂量给药组,给药剂量为可口革囊星虫重组纤溶酶20mg/kg,黑尾发生率为40%;尿激酶阳性对照组,给药剂量为尿激酶100U/25g,黑尾发生率为28.6%。
由上述实验结果可知,可口革囊星虫重组纤溶酶具有直接溶栓的作用,且具有体内外溶栓作用,因此具有重要的临床开发价值。
4.2、可口革囊星虫重组纤溶酶利用纤维平板法进行纤溶活性实验
图4为可口革囊星虫重组纤溶酶利用纤维平板法进行纤溶活性的检测结果示意图,其中,0:尿激酶;1:PFE1(毕赤酵母表达);2:PFE2(毕赤酵母表达);3:大肠杆菌裂解液(空质粒);4:毕赤酵母菌液上清;5PFE1(大肠杆菌表达);6:PFE2(大肠杆菌表达)。