CN104862389A - 用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒 - Google Patents
用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供一种用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒，该试剂盒包括针对DNAH11基因上单核苷酸多态性位点rs2285947(G→A)的引物，以及针对LRFN2基因上单核苷酸多态性位点rs2494938(G→A)的引物。本发明所选取的单核苷酸多态性位点在亚洲人群中具有显著相关性，并且彼此独立、不存在连锁不平衡，因此本发明的位点选择具有代表性、独立性和风险值可积累性。本发明同时提供了上述试剂盒检测结果的评估方法。
Description
技术领域
本发明涉及一种用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒。
背景技术
肺癌是发病率和死亡率增长最快，对人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。近50年来许多国家都报道肺癌的发病率和死亡率均明显增高，男性肺癌发病率和死亡率均占所有恶性肿瘤的第一位，女性发病率占第二位，死亡率占第二位。
基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，从而实现提前预防和治疗。
中国专利申请201210021993.1提供了一种检测小细胞肺癌易感基因无创检测试剂盒。该试剂盒包括检测VEGF基因上T-460C，CYP1A1基因上Ile462Val，MTHFR基因上C677T的3个单核苷酸多态性位点基因型的特异性引物与DNA测序引物、PCR反应组件、PCR产物纯化组件、DNA测序反应组件等。
上述技术方案的缺陷在于，相关基因的独立性差，存在连锁不平衡。
发明内容
为了克服现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒，以及其检测结果的评估方法。
为实现上述目的，一方面，本发明提供一种用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒，该试剂盒包括：
针对DNAH11基因上单核苷酸多态性位点rs2285947(G→A)的引物，以及
针对LRFN2基因上单核苷酸多态性位点rs2494938(G→A)的引物。
本发明的试剂盒通过检测与肺癌发生密切相关的单核苷酸多态性位点，来评估受试者肺癌患病风险级别，并最终根据每个受试者的基因检测结果，从基因层面指导受试者有针对性地预防和早期诊断肺癌，降低肺癌的发病率，进行早期治疗，提高生存率。
本发明所选取的单核苷酸多态性位点在亚洲人群中具有显著相关性，并且彼此独立，不存在连锁不平衡，因此本发明的位点选择具有代表性、独立性和风险值可积累性。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对TP63基因上单核苷酸多态性位点rs4488809(T→C)的引物。
根据本发明另一具体实施方式，针对单核苷酸多态性位点rs2285947的引物包括：
rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA(SEQ ID NO:1)；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA(SEQ ID NO:2)。
根据本发明另一具体实施方式，针对单核苷酸多态性位点rs2494938的引物包括：
rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG(SEQ ID NO:3)；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG(SEQ ID NO:4)。
根据本发明另一具体实施方式，针对单核苷酸多态性位点rs4488809的引物包括：
rs4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT(SEQ ID NO:5)；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG(SEQ ID NO:6)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对DCBLD1基因上单核苷酸多态性位点rs9387478(C→A)的引物。该针对单核苷酸多态性位点rs9387478的引物包括，例如，rs9387478上游引物：GGCAGAAAGGAAACAGTTGT(SEQ ID NO:7)；rs9387478下游引物：ATGTTGGGAATTGTTGAGAC(SEQ ID NO:8)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对MIPEP基因上单核苷酸多态性位点rs753955(A→G)的引物。该针对单核苷酸多态性位点rs753955的引物包括，例如，rs753955上游引物：GCACCACACATTCTTAGGAC(SEQ IDNO:9)；rs753955下游引物：TTATGGAGGCTGGCAAGTC(SEQ ID NO:10)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对MTMR3基因上单核苷酸多态性位点rs36600(T→C)的引物。该针对单核苷酸多态性位点rs36600的引物包括，例如，rs36600上游引物：GTAGAATTGTTGGATCATAGG(SEQ IDNO:11)；rs36600下游引物：GAGATGCCACTGAATTGTA(SEQ ID NO:12)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对VTI1A基因上单核苷酸多态性位点rs7086803(G→A)的引物。该针对单核苷酸多态性位点rs7086803的引物包括，例如，rs7086803上游引物：GTGGGTGGAGAGAAATCAAG(SEQ ID NO:13)；rs7086803下游引物：GATCATGCGGCTAGGTCACT(SEQ ID NO:14)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对TERT基因上单核苷酸多态性位点rs2736100(C→A)的引物。该针对单核苷酸多态性位点rs2736100的引物包括，例如，rs2736100上游引物：GTCTGAAACATTGCTACCCT(SEQ ID NO:15)；rs2736100下游引物：TCGTGAGTCTCCACATCTTC(SEQ ID NO:16)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对HLA基因上单核苷酸多态性位点rs2395185(G→T)的引物。该针对单核苷酸多态性位点rs2395185的引物包括，例如，rs2395185上游引物：CACTTCAAATCATTTCCTCC(SEQ IDNO:17)；rs2395185下游引物：TCTGTCCCTTTATTTCTCAA(SEQ ID NO:18)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒进一步包括针对单核苷酸多态性位点rs28366298的引物。该针对单核苷酸多态性位点rs28366298的引物包括，例如，rs28366298上游引物：AGTCCAAGATTAAGGCAC(SEQ ID NO:19)；rs28366298下游引物：TACATTGTTTAGCCTGAACT(SEQ ID NO:20)。
根据本发明另一具体实施方式，试剂盒的组分和含量包括：PCR反应体系、PCR产物纯化体系、测序反应体系。其中，前述引物属于PCR反应体系；PCR产物纯化体系用于PCR扩增产物纯化；测序反应体系用于DNA测序，进而确定单核苷酸多态性位点的基因型。例如，PCR反应体系包括10×PCR反应缓冲液2.5ul；25mM dNTP混合液0.2ul；5U/ul Taq DNA聚合酶0.125ul；20uM引物对，每条引物0.25ul；ddH2O 19.175ul。例如，PCR产物纯化体系包括：1U/ul SAP酶0.75ul；10U/ul ExoI酶0.375ul；ddH2O 3.875ul。例如，测序反应体系包括：25％BigDye mix lul；3.2uM DNA测序引物1ul；125mM EDTA溶液1ul；100％乙醇溶液15ul；70％乙醇溶液30ul；HIDI溶液8ul；ddH202ul。值得注意的是，这里的DNA测序引物可为现有技术已公开或披露的多种引物，在此不再赘述。
另一方面，本发明提供了上述试剂盒的检测结果的评估方法，其包括如下步骤：
A、将单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的不同基因型进行风险度赋值；
B、提取受检者的DNA；
C、使用以下引物对进行PCR扩增反应：
(1)rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA；
(2)rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG；
(3)rs4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG；
D、PCR扩增产物纯化；
E、DNA测序，确定单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的基因型；
F、根据步骤A，确定步骤E所测得的单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的基因型的风险值Risk(rs2285947)、Risk(rs2494938)、Risk(rs4488809)；
G、根据步骤F得到的三个风险值Risk(rs2285947)、Risk(rs2494938)、Risk(rs4488809)判断受检者的风险级别。
进一步地，步骤G具体包括如下步骤：
G1、计算三个单核苷酸多态性位点的总风险值R，计算公式为
总风险值R＝Risk(rs2285947)×Risk(rs2494938)×Risk(rs4488809)；
G2、根据如下标准判断风险级别：
总风险值R<0.91 风险较低
0.91≤总风险值R≤1.08 风险一般
总风险值R>1.08 风险较高。
本发明所采用的方法是口腔粘膜细胞采样，无痛、无创、避免交叉感染。检测方法简单，检测结果准确、可靠，方法易普及、推广。
与现有技术相比，本发明具备如下有益效果：
本发明所选取的单核苷酸多态性位点在亚洲人群中具有显著相关性，并且彼此独立、不存在连锁不平衡，因此本发明的位点选择具有代表性、独立性和风险值可积累性。
具体实施方式
实施例1
本实施例提供了一种用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒，该试剂盒包括：PCR反应体系、PCR产物纯化体系、测序反应体系。
其中，PCR反应体系包括如下引物：
(1)针对DNAH11基因上单核苷酸多态性位点rs2285947(G→A)的引物：
rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA(SEQ ID NO:1)；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA(SEQ ID NO:2)；
(2)针对LRFN2基因上单核苷酸多态性位点rs2494938(G→A)的引物。
rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG(SEQ ID NO:3)；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG(SEQ ID NO:4)；
(3)针对TP63基因上单核苷酸多态性位点rs4488809(T→C)的引物：
s4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT(SEQ ID NO:5)；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG(SEQ ID NO:6)。
PCR反应体系进一步包括10×PCR反应缓冲液2.5ul；25mM dNTP混合液0.2ul；5U/ul Taq DNA聚合酶0.125ul；20uM引物对，每条引物0.25ul；ddH2O19.175ul。
PCR产物纯化体系用于PCR扩增产物纯化，其包括：1U/ul SAP酶0.75ul；10U/ul ExoI酶0.375ul；ddH2O 3.875ul。
测序反应体系用于DNA测序，进而确定单核苷酸多态性位点的基因型，其包括：25％BigDye mix lul；3.2uM DNA测序引物1ul；125mM EDTA溶液1ul；100％乙醇溶液15ul；70％乙醇溶液30ul；HIDI溶液8ul；ddH202ul。
本实施例试剂盒的检测结果的评估方法包括如下步骤：
A、将单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的不同基因型进行风险度赋值，具体风险值如表1所示，
表1
B、提取受检者的DNA；
C、使用以下引物对进行PCR扩增反应：
(1)rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA；
(2)rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG；
(3)rs4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG；
D、PCR扩增产物纯化；
E、DNA测序，确定单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的基因型；
F、根据步骤A，确定步骤E所测得的单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的基因型的风险值Risk(rs2285947)、Risk(rs2494938)、Risk(rs4488809)；
G、根据步骤F得到的三个风险值Risk(rs2285947)、Risk(rs2494938)、Risk(rs4488809)判断受检者的风险级别，其具体包括如下步骤：
G1、计算三个单核苷酸多态性位点的总风险值R，计算公式为
总风险值R＝Risk(rs2285947)×Risk(rs2494938)×Risk(rs4488809)；
G2、根据如下标准判断风险级别：
总风险值R<0.91 风险较低
0.91≤总风险值R≤1.08 风险一般
总风险值R>1.08 风险较高。
按照上述方法采集五个样本，每个样本各个位点的基因型及风险值、总风险值、风险级别如表2所示，
表2
实施例2
本实施例与实施例1的区别在于，PCR反应体系包括如下引物，
(1)针对DNAH11基因上单核苷酸多态性位点rs2285947(G→A)的引物：
rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA(SEQ ID NO:1)；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA(SEQ ID NO:2)；
(2)针对LRFN2基因上单核苷酸多态性位点rs2494938(G→A)的引物。
rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG(SEQ ID NO:3)；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG(SEQ ID NO:4)；
(3)针对TP63基因上单核苷酸多态性位点rs4488809(T→C)的引物：
s4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT(SEQ ID NO:5)；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG(SEQ ID NO:6)；
(4)针对DCBLD1基因上单核苷酸多态性位点rs9387478(C→A)的引物：
rs9387478上游引物：GGCAGAAAGGAAACAGTTGT(SEQ ID NO:7)；
rs9387478下游引物：ATGTTGGGAATTGTTGAGAC(SEQ ID NO:8)；
(5)针对MIPEP基因上单核苷酸多态性位点rs753955(A→G)的引物：
rs753955上游引物：GCACCACACATTCTTAGGAC(SEQ ID NO:9)；
rs753955下游引物：TTATGGAGGCTGGCAAGTC(SEQ ID NO:10)；
(6)针对MTMR3基因上单核苷酸多态性位点rs36600(T→C)的引物：
rs36600上游引物：GTAGAATTGTTGGATCATAGG(SEQ ID NO:11)；
rs36600下游引物：GAGATGCCACTGAATTGTA(SEQ ID NO:12)；
(7)针对VTI1A基因上单核苷酸多态性位点rs7086803(G→A)的引物：
rs7086803上游引物：GTGGGTGGAGAGA AATCAAG(SEQ ID NO:13)；
rs7086803下游引物：GATCATGCGGCTAGG TCACT(SEQ ID NO:14)；
(8)针对TERT基因上单核苷酸多态性位点rs2736100(C→A)的引物：
rs2736100上游引物：GTCTGAAACATT GCTACCCT(SEQ ID NO:15)；
rs2736100下游引物：TCGTGAGTCTCC ACATCTTC(SEQ ID NO:16)；
(9)针对HLA基因上单核苷酸多态性位点rs2395185(G→T)的引物：
rs2395185上游引物：CACTTCAAATCATTTCCTCC(SEQ ID NO:17)；
rs2395185下游引物：TCTGTCCCTTTATTTCTCAA(SEQ ID NO:18)。
本实施例试剂盒的检测结果的评估方法包括如下步骤：
A、将每个单核苷酸多态性位点的不同基因型进行风险度赋值，具体风险值如表3所示；
表3
B、提取受检者的DNA；
C、使用以下引物对进行PCR扩增反应：
(1)rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA；
(2)rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG；
(3)rs4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG；
(4)rs9387478上游引物：GGCAGAAAGGAAACAGTTGT(SEQ ID NO:7)；
rs9387478下游引物：ATGTTGGGAATTGTTGAGAC(SEQ ID NO:8)；
(5)rs753955上游引物：GCACCACACATTCTTAGGAC(SEQ ID NO:9)；
rs753955下游引物：TTATGGAGGCTGGCAAGTC(SEQ ID NO:10)；
(6)rs36600上游引物：GTAGAATTGTTGGATCATAGG(SEQ ID NO:11)；
rs36600下游引物：GAGATGCCACTGAATTGTA(SEQ ID NO:12)；
(7)rs7086803上游引物：GTGGGTGGAGAGA AATCAAG(SEQ IDNO:13)；
rs7086803下游引物：GATCATGCGGCTAGG TCACT(SEQ ID NO:14)；
(8)rs2736100上游引物：GTCTGAAACATT GCTACCCT(SEQ ID NO:15)；
rs2736100下游引物：TCGTGAGTCTCC ACATCTTC(SEQ ID NO:16)；
(9)rs2395185上游引物：CACTTCAAATCATTTCCTCC(SEQ ID NO:17)；
rs2395185下游引物：TCTGTCCCTTTATTTCTCAA(SEQ ID NO:18)。
D、PCR扩增产物纯化；
E、DNA测序，确定九个单核苷酸多态性位点的基因型；
F、根据步骤A，确定步骤E所测得的九个单核苷酸多态性位点的基因型的风险值Risk(rs2285947)、Risk(rs2494938)、Risk(rs4488809)、Risk(rs9387478)、Risk(rs753955)、Risk(rs36600)、Risk(rs7086803)、Risk(rs2736100)、Risk(2395185)；
G、根据步骤F得到的九个风险值判断受检者的风险级别，其具体包括如下步骤：
G1、计算九个单核苷酸多态性位点的总风险值R，计算公式为
总风险值R＝Risk(rs2285947)×Risk(rs2494938)×Risk(rs4488809)×Risk(rs9387478)×Risk(rs753955)×Risk(rs36600)×Risk(rs7086803)×Risk(rs2736100)×Risk(2395185)；
G2、根据如下标准判断风险级别：
总风险值R<0.83 风险较低
0.83≤总风险值R≤1.21 风险一般
总风险值R>1.21 风险较高。
按照上述方法采集五个样本，每个样本各个位点的基因型及风险值、总风险值、风险级别如表4所示，
表4
虽然本发明以较佳实施例揭露如上，但并非用以限定本发明实施的范围。任何本领域的普通技术人员，在不脱离本发明的发明范围内，当可作些许的改进，即凡是依照本发明所做的同等改进，应为本发明的范围所涵盖。
Claims (7)
1.一种用于辅助评价待测者肺癌遗传风险性的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：
针对单核苷酸多态性位点rs2285947的引物，以及
针对单核苷酸多态性位点rs2494938的引物。
2.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒进一步包括针对单核苷酸多态性位点rs4488809的引物。
3.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述针对单核苷酸多态性位点rs2285947的引物包括：
rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA。
4.如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述针对单核苷酸多态性位点rs2494938的引物包括：
rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG。
5.如权利要求2所述的试剂盒，其特征在于，所述针对单核苷酸多态性位点rs4488809的引物包括：
rs4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG。
6.权利要求1-5之一所述试剂盒的检测结果的评估方法，其包括如下步骤：
A、将单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的不同基因型进行风险度赋值；
B、提取受检者的DNA；
C、使用以下引物对进行PCR扩增反应：
(1)rs2285947上游引物：AGTATGATGAGTTTGGAGCA；
rs2285947下游引物：GGAAATAAGCCAAACTGAGA；
(2)rs2494938上游引物：ACTAAGCCTCAGTCAAGGTTTG；
rs2494938下游引物：TAGCGAGGCATTTGGAACAG；
(3)rs4488809上游引物：GGGAAGGTAGAATATATGAGT；
rs4488809下游引物：AAGCCCTCTCAATATCTG；
D、PCR扩增产物纯化；
E、DNA测序，确定单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的基因型；
F、根据步骤A，确定步骤E所测得的单核苷酸多态性位点rs2285947、rs2494938、rs4488809的基因型的风险值Risk(rs2285947)、Risk(rs2494938)、Risk(rs4488809)；
G、根据步骤F得到的三个风险值Risk(rs2285947)、Risk(rs2494938)、Risk(rs4488809)判断受检者的风险级别。
7.如权利要求6所述的评估方法，其特征在于，所述步骤G具体包括如下步骤：
G1、计算三个单核苷酸多态性位点的总风险值R，计算公式为
总风险值R＝Risk(rs2285947)×Risk(rs2494938)×Risk(rs4488809)；
G2、根据如下标准判断风险级别：
总风险值R<0.91 风险较低
0.91≤总风险值R≤1.08 风险一般
总风险值R>1.08 风险较高。
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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| CN105567822A (zh) * | 2016-01-13 | 2016-05-11 | 深圳瑞奥康晨生物科技有限公司 | 一种用于肺癌风险预测的基因检测引物组和试剂盒 |
| CN106086220A (zh) * | 2016-08-19 | 2016-11-09 | 浙江省中医院 | 一种非小细胞肺癌单核苷酸多态性检测试剂盒及其应用 |
| CN107513578A (zh) * | 2017-10-20 | 2017-12-26 | 武汉赛云博生物科技有限公司 | 一种用于肺癌驱动基因及易感基因早筛的核酸质谱检测方法 |
| CN109971856A (zh) * | 2019-04-15 | 2019-07-05 | 无锡芯超生物科技有限公司 | 用于评估人类受检者罹患肺癌的试剂盒或系统及应用 |
-
2015
- 2015-05-04 CN CN201510224185.9A patent/CN104862389A/zh active Pending
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