CN104513858A - 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用 - Google Patents

一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用 Download PDF

Info

Publication number
CN104513858A
CN104513858A CN201410834956.1A CN201410834956A CN104513858A CN 104513858 A CN104513858 A CN 104513858A CN 201410834956 A CN201410834956 A CN 201410834956A CN 104513858 A CN104513858 A CN 104513858A
Authority
CN
China
Prior art keywords
chicken
gene
digestion products
genotype
method described
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201410834956.1A
Other languages
English (en)
Other versions
CN104513858B (zh
Inventor
李辉
张珂
张慧
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Northeast Agricultural University
Original Assignee
Northeast Agricultural University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Northeast Agricultural University filed Critical Northeast Agricultural University
Priority to CN201410834956.1A priority Critical patent/CN104513858B/zh
Publication of CN104513858A publication Critical patent/CN104513858A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN104513858B publication Critical patent/CN104513858B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用，属于动物分子遗传学技术领域。本发明所提供的方法是根据鸡蛋白前体加工酶1基因SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T上下游250bp序列设计引物，再根据所得引物进行鸡基因组DNA的PCR扩增，之后利用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，再对酶切产物进行电泳分离，最后利用PCR-RFLP技术分析基因多态性，获得鸡腹脂标记基因型。本发明所提供的方法具有操作简单、费用低、精确度高的特点，可进行自动化检测，是一种有效的分子标记育种手段，可大幅加快鸡的育种进程。

Description

一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
技术领域
本发明涉及一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用，属于动物分子遗传学技术领域。
背景技术
家禽育种工作在过去的几十年中依赖于表型的选择已经取得了令人瞩目的成绩，肉鸡的生长速度和肉产量得以明显提高。肉鸡业在世界范围内，尤其在中国等发展中国家具有良好的发展前景。然而长期以来，肉鸡体脂(尤其是腹脂)蓄积过多一直是困扰着世界范围内肉鸡育种工作者的重大问题，肉仔鸡体内沉积过多的脂肪有诸多不利：(1)明显降低饲料转化效率，因为沉积单位重量的脂肪比沉积单位重量的瘦肉多消耗三倍的能量；(2)降低了胴体瘦肉对脂肪组织的比例，因而降低了分割肉产量；(3)加工者和消费者将肉仔鸡体内沉积的很大一部分脂肪(腹脂垫、肌胃周围脂肪、嗉囔脂肪及肠系膜脂肪等)丢弃，这不仅增加了加工者和消费者的负担，而且增加了废物及处理水中的脂肪含量，从而污染了环境。由此看来，肉仔鸡体内沉积过多的脂肪将会给生产者、加工者和消费者造成显而易见的经济损失。肉种鸡过肥会严重影响产蛋率、受精率和孵化率，并且会诱导脂肪肝综合症(FLHS)的发生，从而加大了产蛋期的死淘率。因此，控制脂肪在鸡体内的过多蓄积，进一步提高肉鸡的饲料转化效率和胴体质量是我国急需研究解决的重大问题。选育低脂节粮型肉鸡配套系是世界范围内肉鸡育种的重要奋斗目标之一。
鸡蛋白前体加工酶1基因(proprotein convertase 1，PC1，也称为PC3或PCSK1)基因是蛋白前体加工酶(proprotein convertase，PC)家族成员。蛋白前体加工酶是一类Ca2+依赖性的丝氨酸蛋白酶家族，其主要功能是剪切无生物活性的蛋白或肽链的前体，使之变成有活性的功能分子。哺乳动物中已经发现的PCs家族成员主要有九种：包括PC1,PC2,Furin,PC4,PC5,PACE4,PC7,SKI-1/S1P/PC8和PCSK9/NARC-1/PC9。许多重要的生物学事件如酶原激活、肽类激素合成、病毒蛋白加工和生长因子及受体成熟均须PCs的剪切处理，包括神经肽类物质、多肽类激素、生长因子及其受体和基质金属蛋白酶家族(MMPs)等蛋白水解酶类的活性都受PCs调控。
哺乳动物上的研究结果表明，PC1基因主要在神经以及内分泌组织中表达，并且对能量代谢有重要的调节作用，包括胰岛素前体、POMC前体以及胰高血糖素前体的代谢。在人上，PC1缺乏症是一种罕见的单基因肥胖病，患者患有儿童肥胖、小肠吸收功能障碍以及各种内分泌紊乱。对影响人类肥胖的QTL定位结果表明，影响人类肥胖的基因位于染色体5q上，该染色体区域包含PC1在内的多个基因，而PC1基因多态性分析结果表明，在该基因上的两个位点的多态性与肥胖显著相关。另外，也有研究发现PC1基因发生变异后，会增加肥胖风险，这是由于PC1所编码的蛋白可以激活人体内控制食欲的胰岛素、胰高血糖素以及令人产生饱胀感的阿黑皮素原等。此外，近年来，针对人类肥胖症开展了全基因组关联分析，发现了一些肥胖相关的风险位点，其中包括PC1基因。PC1基因的表达产物为蛋白前体加工酶，因此它对许多影响食物消化吸收的重要激素都有调控作用。在小鼠垂体瘤细胞系中的研究结果发现，在细胞内干扰PC1基因后，与食物消吸收相关的重要基因的表达也会随之发生改变，进而影响动物体的进食以及对食物的吸收。
鸡的PC1基因CDS区全长2246bp，与鸡的基因组比对结果显示该基因位于鸡的Z染色体上。目前为止，尚未发现有关于鸡PC1基因功能研究的相关报道，同时，也没有通过PC1基因分子标记对鸡腹部脂肪含量进行选择的方法。
发明内容
为解决上述技术问题，本发明提供了一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法，所采取的的技术方案如下：
本发明的目的在于提供一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法，其特征在于，根据鸡PC1基因SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T上下游250bp序列设计引物，再根据所得引物进行鸡基因组DNA的PCR扩增，之后利用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，再对酶切产物进行电泳分离，最后利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术(PCR-RFLP)分析基因多态性，获得鸡腹脂标记基因型；
所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.4所示。
所述鸡腹部脂肪量，是指鸡的腹脂重和腹脂率。
所述方法的步骤如下：
1)根据鸡PC1基因SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T上下游250bp序列设计引物，获得扩增引物；
2)利用步骤1)所得的扩增引物进行鸡基因组DNA的PCR扩增，获得扩增产物；
3)利用限制性内切酶对步骤2)所得的扩增产物进行酶切，获得酶切产物；
4)利用琼脂糖凝胶对步骤3)所得的酶切产物进行电泳分离，获得分离产物；
5)利用PCR-RFLP技术对步骤4)所得的分离产物进行基因型分析，获得鸡腹脂标记基因型。
步骤1)所述引物，核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.4所示。
步骤3)所述限制性内切酶，是限制性内切酶HPY188I和HinfI；
步骤4)所述琼脂糖凝胶，琼脂糖凝胶的浓度为1.5％。
步骤5)所述基因型分析，分析的部位是鸡PC1基因的3’UTR区。
优选地，所述分析的部位，分析的位点是SEQ ID NO.5所示鸡PC1基因序列的第57位和第321位的碱基的替换突变。
步骤5)所述鸡腹脂标记基因型，当鸡PC1基因位点g.28897G>A为G碱基时，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为282bp，将其命名为GG基因型；当鸡PC1基因位点g.28897G>A为A碱基时，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为565bp，将其命名为AA基因型；该位点杂合的个体酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带为两条，大小分别为282bp和565bp，将其命名为AG基因型；当鸡PC1基因位点g.29161C>T为C碱基时，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为253bp，将其命名为CC基因型；当鸡PC1基因位点g.29161C>T为T碱基时，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为506bp，将其命名为TT基因型；该位点杂合的个体酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带为两条，大小分别为203bp和506bp，将其命名为CT基因型。
所述方法用于鸡的遗传育种。
本发明有益效果：
本发明证明两个突变位点的两种基因型在高低脂双向选择系两系间的等位基因分布频率存在极显著差异(P<0.01)，且这两个位点高度连锁；在AA肉鸡随机群体中，位点g.28897G>A和g.29161C>T对肉鸡腹部脂肪量性状的影响达极显著水平(P<0.01)。
本发明操作简单、费用低、精确度高，可进行自动化检测。利用本发明的分子标记方法对鸡腹部脂肪量进行选择，不仅为鸡育种工作中标记辅助选择提供了一个更为有效、简便易行的分子标记方法，同时为鸡的腹部脂肪性状改良提供了一种有效的分子标记育种手段，可以加速鸡的育种进程。
附图说明
图1为PC1基因SNP位点g.28897G>A分析图谱。
图2为PC1基因SNP位点g.29161C>T分析图谱。
图3为g.28897G>A和g.29161C>T两个SNP位点的连锁不平衡分析结果。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明做进一步说明，但本发明不受实施例的限制。
实施例1缓冲溶液配制及引物设计
1.实验动物和性状测定
东北农业大学选育的肉鸡高、低脂双向选择系第十五世代535只公鸡；AA肉鸡随机群体384只鸡。对高、低脂系肉鸡及AA肉鸡分别于7周龄时翅静脉采血，EDTA-Na2抗凝。7周龄屠宰前测定活重，屠宰后测定腹脂重，并除以7周龄活重计算出腹脂率。
2.药品和酶
三羟甲基氨基甲烷(Tris)，Sigma Chemicals Co；Tris饱和酚，北京鼎国生物技术发展中心；蛋白酶K(Proteinase K)，MMERCK Co；DL 2000，大连宝生物公司；dNTP(dATP；dTTP；dCTP；dGTP)、Taq酶、DNAMarker，北京全式金生物技术有限公司；限制性内切酶HPY188I和HinfI，北京NEB公司；琼脂糖(Agarose)，原平皓公司。
3.主要仪器
PTC-200PCR仪(PERKIN ELMER)、Biometra梯度PCR仪、UVP多功能成像系统、Ultrospec 1000紫外分光光度计、BECKMAN冷冻离心机、Milli-Q超纯水仪、电泳槽、电泳仪。
4.缓冲液与常用试剂的配制
1M Tris·Cl：121.14g Tris碱溶于800ml双蒸水中，用盐酸调pH值至8.0，定容至1000ml，高压灭菌。
TE缓冲液：10mM Tris·Cl,1mM EDTA,pH8.0,高压灭菌。
20×SET缓冲液：3MNaCl,1M Tris·Cl(pH 8.0),20mM EDTA(pH 8.0),高压灭菌。
50×TAE缓冲液：242g Tris碱，57.1ml冰乙酸,100ml 0.5MEDTA(pH8.0),加水至1L。
1M Tris·Cl：121.14g Tris碱溶于800ml双蒸水中，用盐酸调pH值至8.0，定容至1000ml，高压灭菌。
0.5M EDTA：186.1g EDTA溶于800ml双蒸水中，用NaOH调pH值至8.0，定容至1000ml，高压灭菌。
禽血裂解液：10mM Tris·Cl(pH8.0)，0.1M EDTA(pH8.0),0.5％SDS。
5.引物的设计与合成
根据鸡蛋白前体加工酶1基因SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T上下游250bp序列设计引物，由英潍捷基(上海)贸易有限公司合成：
PC1-P1-F:5’-GGTTTAGACTAGTGACAGTCATATTC-3’
PC1-P1-R:5’-CCTTCCCTCTATTTATGACTCTC-3’；
PC1-P2-F:5’-GTTAAGTAATATAAATGCCTCCTGAG-3’
PC1-P2-R:5’-CCACTTTGGATAGGGTGATAGAT-3’
实施例2DNA的提取、产物扩增及电泳分离
1.鸡DNA的提取
鸡DNA的小样提取可采用以下两种方法：
方法一：
(1)取20μl抗凝血液，加入500μl禽裂解液，加入蛋白酶K至终浓度为100-200μg/ml，混匀55℃消化12hr，直至溶液中不再有粘稠的团块。
(2)将溶液冷却至室温，加入5M NaCl至终浓度1.5M，混匀10min。加入等体积酚/氯仿，反复颠倒离心管混匀10min。
(3)12,000rpm，室温离心10min。取上清，加等体积氯仿混匀10min。
(4)12,000rpm，室温离心10min。取上清2倍体积无水乙醇沉淀DNA。
(5)将DNA挑出放到1.5ml离心管中，用70％乙醇洗1次。
(6)7,500rpm，室温离心5min，弃上清。
(7)将DNA干燥后(注意不能太干)溶于200μl TE中。
方法二：
(1)将20μl全血加入装有700μl 1×SET的1.5ml离心管中，轻轻混匀。
(2)加入蛋白酶K(10mg/ml)至终浓度100-200μg/μl和10％的SDS至终浓度0.5％，55℃消化12h。
(3)待消化完全后，加入等体积的Tris饱和酚，来回颠倒，使其混匀
(4)12,000rpm离心10min，用剪去尖端的吸头将上层水相小心移入另一个离心管中，弃去有机相。重复第三和第四步骤一次。
(5)向水相中加入等体积的酚、氯仿、异戊醇混合液(体积比为24：23：1)，混合10min。12,000rpm.，离心10min，移出水相到另一个离心管。
(6)向水相中加入等体积的氯仿、异戊醇混合液(23：1)，来回颠倒混合10min，12,000rpm，离心10min，移出水相到另一个离心管。
(7)向水相中加入1/10体积NaAc(3M，pH5.2)和2倍体积的无水乙醇，来回颠倒，沉淀DNA。
(8)将DNA挑出放到1.5ml离心管中，用70％乙醇洗1次。
(9)7,500rpm离心5min。小心倒掉管中乙醇，将倒置在滤纸上，让乙醇流尽，置于空气中干燥。
(10)加入200μl的TE，置50℃水浴中过夜溶解DNA。溶解后贮存于-20℃备用。
2.鸡DNA的扩增；
PCR反应
(1)以鸡DNA为模板进行PCR扩增，25ul反应体系中包含以下溶液或试剂：
(2)将上述溶液混合并按以下条件进行PCR反应。
94℃变性5min；94℃30sec，55℃30sec，72℃30sec，32个循环；72℃延伸10min。
(3)反应结束后，取PCR反应液(5～10μl)进行琼脂糖凝胶电泳，检测PCR产物。
3.PCR-RFLP酶切反应及电泳
在0.2ml EP管中配制以下反应液并混合均匀
37℃反应3小时，1.5％琼脂糖凝胶检测酶切结果并进行基因分型。
实施例3统计模型建立
根据AA肉鸡随机群体的特点，构建如下线性模型：
Y＝μ+G+S+G*S+F+D(F)+BW7+e
Y为性状观察值，μ为群体均值，G为基因型固定效应，S为性别固定效应，F为家系的随机效应，D(F)为家系内母鸡的随机效应，BW7作为协方差变量，e为剩余值。使用统计软件JMP 4.0(SAS Institute，2000)检验AA肉鸡随机群体基因型与性状间的相关程度，并估计性状的最小二乘均值。
实施例4鸡PC1基因的多态性与肉鸡腹脂双向选择系以及AA肉鸡随机群体腹部脂肪量的相关性分析
利用本发明的引物(PC1-P1-F、PC1-P1-R和PC1-P2-F、PC1-P2-R)对东北农业大学选育的肉鸡高、低脂双向选择系第十五世代535只公鸡、AA肉鸡随机群体384只鸡的基因组DNA进行PCR扩增，然后分别针对位点g.28897G>A和g.29161C>T进行PCR-RFLP分析。在两个群体中每个SNP位点共检测到3种基因型。对于位点g.28897G>A，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为282bp时，将其命名为GG基因型；酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为565bp时，将其命名为AA基因型；该位点杂合的个体酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带为两条，大小分别为282bp和565bp，将其命名为AG基因型。对于位点g.29161C>T，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为253bp时，将其命名为CC基因型；酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为506bp时，将其命名为TT基因型；该位点杂合的个体酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带为两条，大小分别为203bp和506bp，将其命名为CT基因型(如图1和2所示)。
以东北农业大学选育的肉鸡高、低脂双向选择系第十五世代鸡只为材料，分析两个SNP位点在两系间的等位基因分布情况。结果显示，这两个位点的等位基因在两系间的分布情况都存在极显著差异(P<0.01)(表1)。
表1 SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T在第十五世代群体中等位基因频率
以AA肉鸡随机群体为材料，计算两个位点对AA群体肉鸡腹部脂肪量性状的影响，结果显示，这两个位点对腹脂率、腹脂重两种性状的影响达极显著水平(p<0.01)(表2)
表2 位点g.28897G>A和g.29161C>T对AA群体肉鸡腹部脂肪量性状的影响(P值)
注：**p<0.01
实施例5连锁不平衡分析
在东北农业大学选育的肉鸡高、低脂系第十五世代群体中，使用Haploview software(version 4.2)软件对g.28897G>A和g.29161C>T两个SNP位点进行连锁不平衡程度分析。结果显示SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T的|D’|值和r2值分别为0.996和0.989。当|D’|>0.8,r2>0.33时，两个基因座处于强连锁状态。因此，g.28897G>A和g.29161C>T两个SNP位点在东北农业大学选育的肉鸡高、低脂系第十五世代群体中处于强连锁状态(图3)。
虽然本发明已以较佳的实施例公开如上，但其并非用以限定本发明，任何熟悉此技术的人，在不脱离本发明的精神和范围内，都可以做各种改动和修饰，因此本发明的保护范围应该以权利要求书所界定的为准。

Claims (10)

1.一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法，其特征在于，根据鸡蛋白前体加工酶1基因SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T上下游250bp序列设计引物，再根据所得引物进行鸡基因组DNA的PCR扩增，之后利用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，再对酶切产物进行电泳分离，最后利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术分析基因多态性，获得鸡腹脂标记基因型；
所述引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.4所示。
2.权利要求1所述方法，其特征在于，所述鸡腹部脂肪量，是指鸡的腹脂重和腹脂率。
3.权利要求1所述方法，其特征在于，步骤如下：
1)根据鸡蛋白前体加工酶1基因SNP位点g.28897G>A和g.29161C>T上下游250bp序列设计引物，获得扩增引物；
2)利用步骤1)所得的扩增引物进行鸡基因组DNA的PCR扩增，获得扩增产物；
3)利用限制性内切酶对步骤2)所得的扩增产物进行酶切，获得酶切产物；
4)利用琼脂糖凝胶对步骤3)所得的酶切产物进行电泳分离，获得分离产物；
5)利用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术对步骤4)所得的分离产物进行基因型分析，获得鸡腹脂标记基因型。
4.权利要求3所述方法，其特征在于，步骤1)所述扩增引物，核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.4所示。
5.权利要求3所述方法，其特征在于，步骤3)所述限制性内切酶，是限制性内切酶HPY188I和HinfI。
6.权利要求3所述方法，其特征在于，步骤4)所述琼脂糖凝胶，琼脂糖凝胶的浓度为1.5％。
7.权利要求3所述方法，其特征在于，步骤5)所述基因型分析，分析的部位是鸡蛋白前体加工酶1基因的3’UTR区。
8.权利要求7所述方法，其特征在于，所述分析的部位，分析的位点是SEQ ID NO.5所示鸡蛋白前体加工酶1基因序列的第57位和第321位的碱基的替换突变。
9.权利要求3所述方法，其特征在于，步骤5)所述鸡腹脂标记基因型，当鸡蛋白前体加工酶1基因位点g.28897G>A为G碱基时，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为282bp，将其命名为GG基因型；当鸡蛋白前体加工酶1基因位点g.28897G>A为A碱基时，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为565bp，将其命名为AA基因型；该位点杂合的个体酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带为两条，大小分别为282bp和565bp，将其命名为AG基因型；当鸡蛋白前体加工酶1基因位点g.29161C>T为C碱基时，酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带大小为253bp，将其命名为CC基因型；当鸡蛋白前体加工酶1基因位点g.29161C>T为T碱基时，酶切产物琼脂糖 凝胶电泳条带大小为506bp，将其命名为TT基因型；该位点杂合的个体酶切产物琼脂糖凝胶电泳条带为两条，大小分别为203bp和506bp，将其命名为CT基因型。
10.权利要求1-9所述方法，其特征在于，用于鸡的遗传育种。
CN201410834956.1A 2014-12-29 2014-12-29 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用 Active CN104513858B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410834956.1A CN104513858B (zh) 2014-12-29 2014-12-29 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201410834956.1A CN104513858B (zh) 2014-12-29 2014-12-29 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN104513858A true CN104513858A (zh) 2015-04-15
CN104513858B CN104513858B (zh) 2017-04-05

Family

ID=52789730

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201410834956.1A Active CN104513858B (zh) 2014-12-29 2014-12-29 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN104513858B (zh)

Cited By (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104946776A (zh) * 2015-07-09 2015-09-30 马韫韬 一种与鸡优良屠宰性状相关的鸡fabp4基因分子遗传标记及其应用
CN108841932A (zh) * 2018-07-13 2018-11-20 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
CN110578008A (zh) * 2019-10-28 2019-12-17 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹脂重的分子标记方法
CN110904243A (zh) * 2019-12-12 2020-03-24 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
CN111304344A (zh) * 2020-02-20 2020-06-19 佛山科学技术学院 一种活体脂肪量沉积的无损检测方法
CN112375811A (zh) * 2020-11-12 2021-02-19 东北农业大学 一种利用鸡CEBPζ基因鉴定鸡腹部脂肪量的方法及其应用
CN112725468A (zh) * 2021-03-04 2021-04-30 华南农业大学 肉鸡腹脂率分子标记APOB c.246及检测方法
CN113373238A (zh) * 2021-06-02 2021-09-10 华南农业大学 鸡RIN2基因的61-bp indel多态性在预示和鉴定鸡腹脂肪性状方面的应用
CN114790477A (zh) * 2022-05-06 2022-07-26 华南农业大学 一种与黄羽肉鸡腹脂性状相关的分子标记及其应用
CN115323062A (zh) * 2022-08-19 2022-11-11 沈阳大学 一种预示和鉴定大骨鸡股骨长性状的分子标记方法

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103103253A (zh) * 2012-09-13 2013-05-15 江苏京海禽业集团有限公司 鸡mdh基因5′侧翼区单核苷酸多态性的检测方法

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103103253A (zh) * 2012-09-13 2013-05-15 江苏京海禽业集团有限公司 鸡mdh基因5′侧翼区单核苷酸多态性的检测方法

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BENZINOU M: "Common nonsynonymous variants in PCSK1 confer risk of obesity", 《NAT GENET》 *
CHOQUET H: "Genetic and functional characterization of PCSK1", 《METHODS MOL BIOL》 *
HUI ZHANG: "Selection Signature Analysis Implicates the PC1/PCSK1 Region for Chicken Abdominal Fat Content", 《PLOS ONE》 *

Cited By (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104946776A (zh) * 2015-07-09 2015-09-30 马韫韬 一种与鸡优良屠宰性状相关的鸡fabp4基因分子遗传标记及其应用
CN108841932A (zh) * 2018-07-13 2018-11-20 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
CN108841932B (zh) * 2018-07-13 2021-03-12 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
CN110578008B (zh) * 2019-10-28 2023-03-31 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹脂重的分子标记方法
CN110578008A (zh) * 2019-10-28 2019-12-17 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹脂重的分子标记方法
CN110904243A (zh) * 2019-12-12 2020-03-24 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
CN110904243B (zh) * 2019-12-12 2020-11-10 东北农业大学 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
CN111304344A (zh) * 2020-02-20 2020-06-19 佛山科学技术学院 一种活体脂肪量沉积的无损检测方法
CN112375811A (zh) * 2020-11-12 2021-02-19 东北农业大学 一种利用鸡CEBPζ基因鉴定鸡腹部脂肪量的方法及其应用
CN112725468B (zh) * 2021-03-04 2022-06-07 华南农业大学 肉鸡腹脂率分子标记APOB c.246及检测方法
CN112725468A (zh) * 2021-03-04 2021-04-30 华南农业大学 肉鸡腹脂率分子标记APOB c.246及检测方法
CN113373238A (zh) * 2021-06-02 2021-09-10 华南农业大学 鸡RIN2基因的61-bp indel多态性在预示和鉴定鸡腹脂肪性状方面的应用
CN114790477A (zh) * 2022-05-06 2022-07-26 华南农业大学 一种与黄羽肉鸡腹脂性状相关的分子标记及其应用
CN115323062A (zh) * 2022-08-19 2022-11-11 沈阳大学 一种预示和鉴定大骨鸡股骨长性状的分子标记方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN104513858B (zh) 2017-04-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN104513858B (zh) 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
CN108841932A (zh) 一种预示和鉴定鸡腹部脂肪量的分子标记方法及应用
Sayers et al. Major histocompatibility complex DRB1 gene: its role in nematode resistance in Suffolk and Texel sheep breeds
Horodyska et al. Genome-wide association analysis and functional annotation of positional candidate genes for feed conversion efficiency and growth rate in pigs
CN101307358A (zh) 一种预示和鉴定鸡体重和跖骨性状的单倍体型标记方法
De Matteis et al. Association analyses of single nucleotide polymorphisms in the leptin and leptin receptor genes on milk and morphological traits in Holstein cows
Nazari et al. Association between myostatin gene (MSTN-1) polymorphism and growth traits in domesticated rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
Faria et al. Association between G316A growth hormone polymorphism and economic traits in pigs
Li et al. Effective CRISPR/Cas9-based genome editing in large yellow croaker (Larimichthys crocea)
CN102325899A (zh) 为所需的奶和/或组织特征选择动物
CN108588193B (zh) 猪plin1基因的克隆引物、单核苷酸多态性位点检测方法及应用
CN105969887B (zh) 一种与番鸭产蛋相关的snp位点及其应用
Zhang et al. A high-density genetic linkage map and fine mapping of QTL for feed conversion efficiency in Common carp (Cyprinus carpio)
CN105063037A (zh) 湖羊催乳素基因snp位点及其应用
CN101078030A (zh) 一种预示和鉴定鸡腹脂量的微卫星分子标记方法
CN106521000B (zh) 与仔猪断奶重和抗腹泻病相关的分子标记及其在猪育种中的应用
CN108715828A (zh) 呕吐毒素诱导猪小肠上皮细胞程序性坏死模型的建立方法
CN101603086A (zh) 一种用ACCα基因预示和鉴定鸡腹脂量的分子标记方法
CN111454992B (zh) 一种促进鱼类生长性状改良的方法
CN101285065A (zh) 一种猪免疫性状相关基因tap1及其制备方法和应用
CN111621561B (zh) Olfm4在非酒精性脂肪肝（nafld）中的应用
CN108165640B (zh) 一种与哺乳仔猪腹泻抗性或易感性相关的snp位点及分子标记检测和应用
Usman et al. Association study of single nucleotide polymorphisms in STAT5A/B with mastitis susceptibility in Chinese Holstein cattle
CN1293205C (zh) 用a－fabp基因预示和鉴定鸡腹脂量的分子标记方法
Ardicli et al. Analysis of bovine beta-casein A1 and A2 allele frequency in Holstein-Friesian cows by Real-time PCR with fluorescent hybridization probes

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant