CN105969887B - 一种与番鸭产蛋相关的snp位点及其应用 - Google Patents

一种与番鸭产蛋相关的snp位点及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明涉及生物育种技术领域，具体公开了一种与番鸭产蛋相关的SNP位点及其应用。所述SNP位点为SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变。本发明首次发现与番鸭产蛋性质相关的SNP位点，并以该位点发现了SEQ ID NO：1所述序列中的第231位TT基因型的番鸭产蛋量较高，为本领域技术人员提供了一种高效筛选高产蛋番鸭的方法。检测方法周期短，速度快。从拿到待检个体血样到决定被检个体的选淘只需要2天时间，每人每天至少可以完成144个体的检测。另外，检测方法准确率100%。由于该方法是检测与产蛋紧密连锁的突变的基因型，因此该方法可以做到100%的准确。

Description

一种与番鸭产蛋相关的SNP位点及其应用
技术领域
本发明涉及生物育种技术领域，具体地，涉及一种与番鸭产蛋相关的SNP位点及其应用。
背景技术
番鸭（Cairina moschata）是家禽的一种，又叫瘤头鸭、洋鸭、麝鸭、腾鸭，与家鸭同属不同种。番鸭蛋的营养价值较高，含有人体所必需的蛋白质、脂肪、类脂质、矿物质及维生素等营养物质，而且消化吸收率极高，受到市民的强烈追捧。但是番鸭的年产蛋量少、育成期长，并且番鸭的产蛋性状是一个复杂的数量性状，且呈现较低的遗传力。因此，造成了番鸭蛋严重市场供需不足。
为了提高番鸭的产蛋率，一般使用选育方法来筛选产蛋量高的番鸭，但是传统的选育方法是通过家系选择的方法，进展缓慢；严重限制了番鸭的产蛋效率。
发明内容
本发明为了克服现有技术的上述不足，提供一种与番鸭产蛋相关的SNP位点。
本发明的另一个目的是提供上述SNP位点在选育高产蛋番鸭中的应用。
本发明的在一个目的是提供一种选育高产蛋番鸭的方法。
为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：
一种与番鸭产蛋相关的SNP位点，为SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变。
如上所述的SNP位点在选育高产蛋番鸭中的应用。
一种选育高产蛋番鸭的方法，使用SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变位点，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。
本发明的关键点在于鉴定到了与番鸭产蛋性状相关的优势等位基因，通过检测个体相关等位基因的基因型，我们就可以知道该个体是否为携带优势等位基因的个体。利用该发明可以快速的将该优势等位基因纯合。
作为优选实施方式，一种选育高产蛋番鸭的方法，以SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变位点为SNP位点，设计SEQ ID NO：2～3所示的引物对，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。
一种选育高产蛋番鸭的引物，引物序列如SEQ ID NO：2～3所示。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
本发明首次发现与番鸭产蛋性质相关的SNP位点，并以该位点发现了SEQ ID NO：1所述序列中的第231位TT基因型的番鸭产蛋量较高，为本领域技术人员提供了一种高效筛选高产蛋番鸭的方法。检测方法周期短，速度快。从拿到待检个体血样到决定被检个体的选淘只需要2天时间，每人每天至少可以完成144个体的检测。另外，检测方法准确率100%。由于该方法是检测与产蛋紧密连锁的突变的基因型，因此该方法可以做到100%的准确。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
实施例1
1、引物设计：参考绿头鸭的FSHR基因（XM_005012095.1）设计下列引物
2、PCR扩增：以番鸭DNA为模板，以上面的P10引物进行PCR扩增。扩增程序：94℃,3min，38个循环（94℃,30s，53.3℃,30s，72℃,30s），72℃,10min，4℃保存。扩增体系：20ul2×Easy Taq SuperMix，上下游引物各0.4ul，1.2 µL DNA模板，最后补充ddH2O至40ul。
3、测序筛选多态位点：将PCR产物送美吉生物科技有限公司进行测序，序列如SEQID NO：1所示。利用DNAstart 软件的SeqMan模块读取测序结果，并统计多态位点，发现在SEQ ID NO：1所述序列中的第231处存在T/C突变。
实施例2
试验动物：来源于广东某大型食品集团的223只白羽番鸭，均有详细的产蛋记录。
一、DNA 抽提：采用一次性注射器从鸭翅下静脉中抽取约1mL血液，注入经高压灭菌并装有约200μL的2%无菌EDTA抗凝剂的1.5mL离心管中，轻轻摇匀，记录翅号，-20℃保存备用。
二、基因组DNA的抽提采用苯酚-氯仿抽提法（奥斯泊F等，1998）。
1. 取全血30μL置于1.5mL离心管，分别加入470μL1×SET缓冲液、12.5μL20%SDS和6μL10mg/mL蛋白酶K，混合均匀后放于55℃水浴过夜；
2. 取出样本于1.5mL离心管，加入500μL饱和苯酚，轻摇20min，10,000rpm离心10min；
3. 取上清，再次加入500μL饱和苯酚，轻摇20min，10,000rpm离心10min
4. 取上清，加入500μL氯仿-异戊醇（23：1）轻摇20min，10,000rpm离心10min；
5. 取上清，加入1mL冰无水乙醇（-20℃），来回摇摆以沉淀DNA，10,000rpm离心10min后倒出乙醇；
6. 用1mL75%乙醇清洗DNA一次，倒掉乙醇，置于50℃干燥箱内烘干；
7. 待DNA完全干燥后加入300μL灭菌后的双蒸水溶解，50℃水浴锅中过夜以溶解DNA；
8. 存放于-20℃冰箱中保存备用。
三、PCR扩增。
以实施例1的P10引物进行PCR扩增，扩增体系30微升，具体为：全式金PCR MIX：15微升，双蒸水：11.4微升，DNA模板：3微升，上游引物：0.3微升，下游引物：0.3微升。
PCR扩增程序： 94℃变性3min，32次循环（94℃30s，58℃30s，72℃1min）72℃延伸10min，得到PCR扩增产物。
四、测序分型以及表型统计结果：根据测序结果得到个各个体的基因型，利用一般线性模型Y = µ+ G + Bj + е. 利用SAS9.0进行基因型与59周龄产蛋量性状的关联分析（见表1）。表1结果显示TT基因型个体59周龄产蛋量显著高于杂合子和CC型纯合子。
。
SEQUENCE LISTING
<110> 华南农业大学
<120> 一种与番鸭产蛋相关的SNP位点及其应用
<130>
<160> 3
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 352
<212> DNA
<213> DNA片段
<400> 1
ggggatgtga agaacaagaa tatagaaatg ctttgccttt acctttttct gtcagaaaga 60
tttgctctct taaaaactca agtcatcagc ctttgcataa aacagttcct cagactgaat 120
ataagaaaaa aacaccatgt ttgaaatatc tttgaatatt gagaggctta cagacatgca 180
aaaaggtgta gtttatattg tattttattt ttcagagata ttcaagacaa yatcaatata 240
cgtacaattg aaagaaattc attcatgggc ctgagttctg aaagtgtgat tctgtgagta 300
agacataaca aacccattct tcttctatct agcttgtcct ttccttcaga ag 352
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 上游引物
<400> 2
ggggatgtga agaacaagaa 20
<210> 3
<211> 22
<212> DNA
<213> 下游引物
<400> 3
cttctgaagg aaaggacaag ct 22

Claims (3)

1.SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变的SNP位点在选育高产蛋番鸭中的应用，所述应用的方式为以SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变位点为SNP位点，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。
2.一种选育高产蛋番鸭的方法，其特征在于，以SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变位点为SNP位点，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，以SEQ ID NO：1所述序列中的第231处的T/C突变位点为SNP位点，设计SEQ ID NO：2～3所示的引物对，扩增鉴定番鸭的基因型，筛选基因型为TT的番鸭即为高产蛋番鸭。
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NCBI Reference Sequence: XM_005012095.2;GenBank;《GenBank》;20150709;全文 *
黑番鸭VIPR-1基因第12内含子SNP与就巢性状关联分析;辛清武等;《家畜生态学报》;20131015(第10期);全文 *

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