CN104099327B - 新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用，短串联重复序列基因座G5S0001，序列如SEQ ID NO.:1所示，用于制备(a)用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；(b)用于个体识别的试剂或试剂盒；(c)用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；(d)用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或(e)用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。短串联重复序列基因座G5S0001区分度高，能够有效地分析遗传关系。

Description

新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用

技术领域

本发明涉及一种短核苷酸串联重复序列位点及其应用。

背景技术

短串联重复序列(Short Tandem Repeat. STR)，又称微卫星DNA(microsatellite DNA)，是一类重复单位2-6bp，重复次数10-60，片段长度在400bp以下的DNA串联重复序列；其产生原因是DNA复制过程中滑动，或在复制和修复时滑动链与互补链碱基错配，导致一个或几个重复单位的缺失或插入。STR具有在基因组中分布广泛、等位基因多、杂合度高、分型结果稳定，STR遗传符合孟得尔遗传定律(Koreth, J.,et al. 1996.Microsatellites and PCR ge-nomic analysis.J. Pathol.178: 239-248.)等特点，并且多个STR基因座联合检测时，个体识别力和非父排除率高。因而STR以其遗传多态性等特征，已被作为第二代遗传标记广泛应用于医学个体识别、人类遗传图谱绘制、亲子鉴定、法医物证检验等领域,有效地推动了法医鉴定学从以往物证样本的个体排除向个体识别全面转换。

目前，个体识别的技术主要采用STR-PCR检测,对多个STR基因座联合分型，以确定亲权关系或个体识别等，在实验方法都相对成熟，但在STR基因座的选择上，没有统一标准。国内外生产商提供的检测试剂盒中所用的位点不尽相同。早期欧美选用10个STR基因座加1个性别决定基因(E.A. Cotton, R.F. Allsop, J.F. Guest, R.R.E. Frazier, P.Koumi, I.P. Callow, A.Seager, R.L. Sparkes, Validation of the AmpFlSTR^®SGMPlus™ system for use in forensic casework, Forensic Sci. Int. 112 (2000)151–161.)。后来随着技术发展、数据库增多，比对信息难度加大，STR基因座的选择也在不断改进。现在比较有影响力的数据库CODIS(Combined DNA Index System)是由美国FBI 基于13个STR基因座(D3S1358，vWA，D16S539，D5S818，D7S820，CSF1PO，D13S317，TPOX，D8S1179，D21S11，D18S51，TH01，FGA.)构建,因而现在大多数STR检测试剂盒生产商也在这13个核心基因座的基础上增加或删减一些位点以提高检测效率及准确率(D.J.French,R.L.Howard, N.Gale, T.Brown, D.G.McDowell, P.G.Debenhan, Interrogation ofshort tandem repeats using fluorescent probes and melting curve analysis:Astep towards rapid DNA identity screening.Forensic Science.(2008)333-339)。例如Promega公司的PowerPlex^®16 System试剂盒包括了13个核心基因座，并增加了PentaD、PentaE和AMELO三个基因座；美国ABI公司的AmpF/STR^® Identifiler^® PCR AmplificationKit则是13个核心基因座加上D2S1338、D19S433和AMELO；其公司的另外两款试剂盒AmpFlSTR^®SGM Plus™ PCR Amplification Kit和AmpFlSTR^® Sinofiler^® PCRAmplification Kit也做了相应基因座位点的增减。国内生产类似检测试剂盒的单位也有很多，例如公安部二所推广的DNA Typer ^TM 15，中德美联生物技术有限公司的AGCU EX22STR荧光检测试剂盒,所检测基因座增至22个。

以上试剂盒选择的STR基因座的优点在于,以13个得到公认的核心基因座为基础，附加一些其它位点以丰富所检测得到的信息量，能较全面的反应出个体间的差异性，进而完成个体识别、父权判定等工作。但是所用的这些基因座中并非都是最优选择，例如FGA基因座存在序列长度过长、重复单元多但跨度不连续，从而影响了与其它位点的兼容性，不利于与多个基因座联合检测的多重体系运用；D19S433基因座则位于基因组中高度重复序列区，扩增引物设计存在较大麻烦，并且该位点的稳定性不高，应用于个体识别时所提供的可用信息质量和区分度都不高；再如D21S11基因座除了存在位于基因组中高度重复序列区域的问题之外，还发现在该基因座所在区域中可能存在CNV(基因拷贝数变异的情况；在遇到基因拷贝数非正常的样本检测时，会降低该位点STR分型的准确度，在个人识别中采用该基因座的效果也会大打折扣。随着人类基因组图谱的建立及测序技术的发展，以较低的成本，在较快的时间内对个人全基因组重测序成为可能，进而能在较大的信息量下筛选出区分度更高的STR基因座，推动了应用于个体识别等研究中的STR基因座的选择与更新。

因此，为克服兼容性差、存在CNV或位于高度重复序列区域等缺陷，本领域尚需一种新型的具有高区分度的短串联重复序列。

发明内容

本发明的目的在于提供一种新型的短串联重复序列基因座，不存在CNV，且不位于高度重复序列区域，具有高区分度。

本发明的第一方面，提供一种分离的短串联重复序列基因座G5S0001，序列如SEQID NO.:1所示。

本发明的第二方面，提供一种分离的核苷酸序列，所述核苷酸序列的结构如下：

X1-X2-X3

式中，X1为SEQ ID NO.:2中第1-800位；

X2为含有≥2个重复单元aaat的遗传多态区；

X3为SEQ ID NO.:2中第841-1640位。

本发明的第三方面，提供第一方面所述的短串联重复序列基因座G5S0001的用途，用于制备：

(a) 用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；

(b) 用于个体识别的试剂或试剂盒；

(c) 用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；

(d) 用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或

(e) 用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。

在另一优选例中，所述的试剂包括(i)引物或引物对；(ii) 探针；(iii) 核酸芯片。

在另一优选例中，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示。

本发明的第四方面，提供一种特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示。

在另一优选例中，所述短串联重复序列基因座G5S0001如第一方面所述。

本发明的第五方面，提供一种试剂盒，包括：

(a) 用于特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对；

(b) 使用说明书。

在另一优选例中，所述短串联重复序列基因座G5S0001如第一方面所述。

在另一优选例中，所述试剂盒还包括(c)特异性扩增选自下组的一种或多种基因座的引物对：

D3S1358、vWA、D16S539、D5S818、D7S820、CSF1PO、D13S317、TPOX、D8S1179、D21S11、D18S51、TH01、FGA、D2S1338、D19S433、AMELO。

本发明的第六方面，提供一种扩增体系，包括：

(a) 用于特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对；和

(b) 任选的、特异性扩增选自下组的一种或多种基因座的引物对：

D3S1358、vWA、D16S539、D5S818、D7S820、CSF1PO、D13S317、TPOX、D8S1179、D21S11、D18S51、TH01、FGA、D2S1338、D19S433、AMELO；

并且所述引物对(a)和任选的引物对(b)位于同一扩增体系。

在另一优选例中，所述短串联重复序列基因座G5S0001如第一方面所述。

在另一优选例中，所述的扩增体系为复合扩增体系，其中，所述的引物对(b)包括1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，或16对特异性引物对；和/或

所述复合扩增体系为荧光标记的复合扩增体系，其中，所述荧光标记是指选用下组的一种或多种荧光标记试剂标记所述基因座的引物：FAM、HEX、VIC、NED、PET、TAMRA、ROX、荧光素、FITC、IRD-700/800、CY3、CY5、CY3.5、CY5.5、TET、TAMRA、JOE、BODIPY TMR、俄勒冈绿、罗丹明绿、罗丹明红、德克萨斯红或雅基马黄。

本发明的第七方面，提供一种扩增方法，包括步骤：

在第六方面所述的扩增体系中，以待检测样本为模板，利用聚合酶链式反应进行基因座的扩增，从而获得基因座扩增产物。

在另一优选例中，所述方法还包括：对所述基因座扩增产物进行检测的步骤。

在另一优选例中，所述的检测选自下组：毛细管电泳、测序、杂交。

在另一优选例中，所述待测样品选自下组：血液、唾液、精液、汗液、羊水、骨骼、或毛发。

本发明的第八方面，提供一种遗传关系分析方法，包括步骤：

在第六方面所述的扩增体系中，以待检测样本为模板，利用聚合酶链式反应进行基因座的扩增，从而获得基因座扩增产物；和

其中，所述待检测样本包括分别来自不同个体的核酸样本S1,S2,……,Si，式中i为≥2的正整数；

(2)对来自不同核酸样本S1,S2,……,Si的基因座扩增产物进行检测，从而获得对应于不同核酸样本的检测结果；

(3) 对步骤(2)获得的检测结果进行比较，从而确定不同个体之间的遗传关系。

在另一优选例中，所述遗传关系分析包括个体识别分析、亲子鉴定分析、血缘关系分析。

本发明提供了一种新型的STR基因座，不存在CNV，且不位于高度重复序列区域、杂合度高，分辨率高、兼容性高，能与已有的大多数位点在同一体系内使用，能够有效区分随机人群的遗传关系。

应理解，在本发明范围内中，本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合，从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅，在此不再一一累述。

附图说明

图1为父本多个STR位点的检测峰图。

图2为母本多个STR位点的检测峰图。

图3为子代多个STR位点的检测峰图。

图4为无亲缘关系样本多个STR位点的检测峰图。

具体实施方式

本发明人经过广泛而深入的研究，通过大量筛选，首次筛选出一种新型的短串联重复序列基因座G5S0001，含有≥2个重复单元aaat的遗传多态区。该短串联重复序列基因座区分度达到0.7358以上，与少量常规的STR基因座联用，可有效区分遗传关系，区分度高达0.99以上。在此基础上，完成了本发明。

短串联重复序列基因座

本发明通过大量筛选，分离出一种新的短串联重复序列基因座，STR位点信息如表1所示。

表1 STR的基本信息

位点名称

重复数

重复单元

等位基因数

染色体位置

起始

结束

G5S0001

10

aaat

6

5

2492137

2492176

本发明提供的一种分离的短串联重复序列基因座，命名为G5S0001，序列如SEQ IDNO.:1所示。

重复数10，即10个重复单元aaat 。

等位基因数，即为实验结果统计所得的等位基因数。

本发明提供的分离的核苷酸序列，结构如下：

X1-X2-X3

式中，X1为SEQ ID NO.:2中第1-800位；

X2为含有≥2个重复单元aaat的遗传多态区；

X3为SEQ ID NO.:2中第841-1640位。

在另一优选例中，所述的X2的长度为30-150bp，较佳地60-130bp或70-120bp，更佳地80-110bp。

在另一优选例中，所述的X2为含有≥2个重复单元aaat的遗传多态区。

在另一优选例中，所述的X2为含有≥10个重复单元aaat的遗传多态区。

在另一优选例中，X2为SEQ ID NO.: 1所示的多核苷酸或其片段(包括在5'端、3'端和/或中间区域因缺失一个或多个碱基所形成的片段)。

本发明的短串联重复序列基因座G5S0001，能够用于：

(a) 制备用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；

(b) 制备用于个体识别的试剂或试剂盒；

(c) 制备用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；

(d) 制备用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或

(e) 制备用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。

所述的试剂还包括(i)引物或引物对；(ii) 探针；(iii) 核酸芯片。较佳地，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示。

本发明还提供一种特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对，序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示。

所述的引物对中的一个或两个引物带有可检测标记物。

所述的可检测标记物包括：荧光标记物或量子点标记物。

所述荧光标记包括但不限于：FAM、HEX、VIC、NED、PET、TAMRA、ROX、荧光素、FITC、IRD-700/800、CY3、CY5、CY3.5、CY5.5、TET、TAMRA、JOE、BODIPY TMR、俄勒冈绿、罗丹明绿、罗丹明红、德克萨斯红或雅基马黄。上述荧光标记物为本领域已知的标记物，均有市售商品，可通过购买获得。

试剂盒

本发明提供的试剂盒，包括：

(a) 用于特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对；

(b) 使用说明书。

较佳地，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示。

所述试剂盒还包括(c)特异性扩增选自下组的一种或多种基因座的引物对：

D3S1358、vWA、D16S539、D5S818、D7S820、CSF1PO、D13S317、TPOX、D8S1179、D21S11、D18S51、TH01、FGA、D2S1338、D19S433、AMELO。

在所述试剂盒中，所述的各特异性引物对位于同一或不同的容器中。

在另一优选例中，所述的试剂盒还包括一种或多种以下试剂：

(d) 用于PCR扩增的试剂；

(e) 用于电泳的试剂；

(f) 用于抽提DNA的试剂；

(g) 标准品。

扩增体系及扩增方法

本发明提供的扩增体系，包括：

(a) 用于特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对；和

(b) 任选的、特异性扩增选自下组的一种或多种基因座的引物对：

D3S1358、vWA、D16S539、D5S818、D7S820、CSF1PO、D13S317、TPOX、D8S1179、D21S11、D18S51、TH01、FGA、D2S1338、D19S433、AMELO；

并且所述引物对(a)和任选的引物对(b)位于同一扩增体系。

较佳地，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示。

在另一优选例中，所述的扩增体系是聚合酶链式反应PCR扩增体系。

在另一优选例中，所述的扩增体系为液相。

在另一优选例中，所述的扩增体系含有聚合酶、dNTP等用于PCR聚合的试剂。

优选地，所述的扩增体系为复合扩增体系，其中，所述的引物对(b)包括1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，或16对特异性引物对。

较佳地，所述复合扩增体系为荧光标记的复合扩增体系，其中，所述荧光标记是指选用下组的一种或多种荧光标记试剂标记所述基因座的引物：FAM、HEX、VIC、NED、PET、TAMRA、ROX、荧光素、FITC、IRD-700/800、CY3、CY5、CY3.5、CY5.5、TET、TAMRA、JOE、BODIPYTMR、俄勒冈绿、罗丹明绿、罗丹明红、德克萨斯红或雅基马黄。

在另一优选例中，所述各对引物中的一个引物的5’端带有荧光标记。

本发明的扩增方法，包括步骤：

在上述扩增体系中，以待检测样本为模板，利用聚合酶链式反应进行基因座的扩增，从而获得基因座扩增产物。

所述方法还包括：对所述基因座扩增产物进行检测的步骤。较佳地，所述的检测采用选自下组的方法：毛细管电泳、测序、杂交。

所述待测样品选自下组：血液、唾液、精液、汗液、羊水、骨骼、或毛发。

在另一优选例中，所述样品来自于人。

遗传关系分析方法

本发明提供一种遗传关系分析方法，包括步骤：

(1)在上述扩增体系中，以待检测样本为模板，利用聚合酶链式反应进行基因座的扩增，从而获得基因座扩增产物；和

其中，所述待检测样本包括分别来自不同个体的核酸样本S1,S2,……,Si，式中i为≥2的正整数；

(2)对来自不同核酸样本S1,S2,……,Si的基因座扩增产物进行检测，从而获得对应于不同核酸样本的检测结果；

(3) 对步骤(2)获得的检测结果进行比较，从而确定不同个体之间的遗传关系。

在另一优选例中，所述遗传关系分析包括个体识别分析、亲子鉴定分析、血缘关系分析。

在另一优选例中，所述的不同个体来自同一家族。

本发明提到的上述特征，或实施例提到的特征可以任意组合。本案说明书所揭示的所有特征可与任何组合物形式并用，说明书中所揭示的各个特征，可以任何提供相同、均等或相似目的的替代性特征取代。因此除有特别说明，所揭示的特征仅为均等或相似特征的一般性例子。

本发明的有益之处在于：

(1) 提供了一种新型的STR基因座，不存在CNV，且不位于高度重复序列区域。

(2) 新STR基因座的杂合度高，分辨率高。

(3) 新STR基因座兼容性高，能与已有的大多数位点在同一体系内使用。

(4) 新STR基因座或与已知STR基因座结合，能够有效区分随机人群的遗传关系。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York: Cold Spring HarborLaboratory Press, 1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明，否则百分比和份数是重量百分比和重量份数。

除非另行定义，文中所使用的所有专业与科学用语与本领域熟练人员所熟悉的意义相同。此外，任何与所记载内容相似或均等的方法及材料皆可应用于本发明方法中。文中所述的较佳实施方法与材料仅作示范之用。

实施例1

将本发明新的STR基因座G5S0001与10个常用基因座位点(VWA，D16S539，D5S818，D7S820，D13S317，D8S1179，D18S51，TH01，D2S1338，AMELO)组合，采用多重荧光PCR技术检查样本，所用4个样本分别为有亲缘关系的一家三口样本，和1个无亲缘关系的对照样本。G5S0001和10个常用基因座引物序列如表2所示。

表2 引物序列

注：PET、VIC、NED、FAM四种荧光染料((Applied Biosystems, USA公司)。

具体实验操作步骤如下：

1) DNA样本准备

对4个选取的样本个体采集血液；通过DNA提取试剂盒抽提得到DNA样本并各取1μl，1% agarose电泳对其样本进行质量检查以及浓度估计，然后根据估计的浓度将样本稀释到工作浓度5-10 ng/μl。

2) PCR反应

各取1ul样本，进行PCR反应。

PCR反应体系总体积为10微升(1μL 10× PCR缓冲液(Qiagen公司)、0.2μL 25mmol氯化镁、1μL检测多个STR基因座的混合引物、0.8μL 2.5mmol dNTP、0.04μL HotStarplusTaq酶(Qiagen公司)、5.96μL ddH2O)。

PCR反应条件设置如下：95℃10分钟；7个循环的Touchdown程序(94℃ 20秒，65℃-1℃/循环 40秒和72℃ 2min)，28个循环扩增(94℃ 20秒，63℃ 30秒和72℃ 2min)，在72℃延伸2分钟，在60℃延伸60分钟，4℃保存；

PCR反应完成后，将 PCR扩增产物稀释20倍，取出1ul加入8.9ul Hi-Di（高度去离子甲酰胺）和0.1ul LIZ（ABI公司专利染料，被用来标记分子量内标），混匀后95℃ 5min，毛细管电泳上样；因所用STR位点检测引物带有荧光，通过毛细管电泳检测不同颜色荧光及不同大小的扩增片断，以荧光检测系统分析结果得出STR分型信息，结果如图1-4和表3所示。

11个基因座的基因分型结果如表3所示；样本1表示父本，样本2表示母本，样本3表示子代，样本4表示对照样本。

表3 基因分型结果

注：表格中X与Y表示性染色体，数字则表示样本等位基因中重复单元的相对重复数值。

结果表明，采用新筛选得到的G5S0001位点明显可以验证出样本1与样本2、样本3之间存在亲缘关系，与样本4排除亲缘关系，新筛选得到的G5S0001位点在结果上表现出了较高的区分度，应用到STR分型、亲权鉴定、个体识别等生物医学检测中，能有效提高分型识别效率和准确性，并且G5S0001基因座位点具有很好的兼容性，能和绝大部分已有的STR基因座位点组合使用，有很强的实用性。

实施例2

随机选取20组具有亲缘关系和无亲缘关系的样本，采用实施例1的方法进行检测，不同之处在于，仅采用本发明新的STR基因座G5S0001。

经检测，在确定父本样本后，再确定剩下19组样本中与父本有亲缘关系的子代样本，本发明新的STR基因座G5S0001可以准确排除其中9组无亲缘关系的样本，表现出了较高的区分度。

采用实施例1的方法，将本发明新的STR基因座G5S0001与6个常用基因座位点(VWA，D16S539，D13S317，TH01，D2S1338，AMELO)组合，对剩余的10组样本进行检测，准确鉴定了其亲缘关系。

表4 随机20个无亲缘关系和有亲缘关系的样本的基因分型结果

注：①样本1表示父本，样本2表示母本，样本3表示子代，其它样本无亲缘关系；②为确定性别加入AMELO；③表格中X与Y表示性染色体，数字则表示样本等位基因中重复单元的相对重复数值。

结果表明，仅通过本发明STR基因座G5S0001，就可提供极有价值的分型信息。当然，G5S0001与其他已知的位点结合可以提供更准确的分型信息，例如，G5S0001外加三个位点D16S539、D2S1338和D13S317，就可以准确排除剩余10组中无亲缘关系的样本，外加更多的位点，准确度更高。可见在现有常用的位点组合中，加入了G5S0001，可以大大提高个体识别的准确度。

在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

<110> 天昊生物医药科技（苏州）有限公司

<120> 新的短核苷酸串联重复序列位点及其应用

<130> CN130209

<160> 24

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 40

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 1

aaataaataa ataaataaat aaataaataa ataaataaat 40

<210> 2

<211> 1640

<212> DNA

<213> 智人(Homo sapiens)

<400> 2

tagacgaggt ctcagaatgc caggctcact caccgtggac tttaccttta ggatggtaga 60

cgaggtctca gaatgccagg ctcactcacc gtggacttta tctttaggat ggtagacgag 120

gtctcggaat gccaggctca ctcaccgtgg actttatctt taggatggta gacgaggtct 180

cagaatgcca ggagcactca ccgtggactg tatctttagg atggtagacg aggtctcaga 240

atgccaggag cactcacccg tgaatggcca ccacatgttc ttctgttgaa ttttgcttct 300

gtgcccttag gaatgagggg catgaagtct tgcagagttt gcaggaaagg tcgtcacgaa 360

gagggtagca atttaccatc tgctgtcttt atctgtatgt tccatacctt ctccatctaa 420

cacaaatcgg cagattccaa tgataagaag gcaagaaaag tgtatgtcat tatttcagat 480

agtatgcaac ttgattttaa aaaaagtgaa ttgaggctgg gcaaagtggc tcacctgagg 540

tcaagagttc aagattagcc tggccaacgt gatgaaaccc tgtctgtact aaaaatacaa 600

aaaaaaagag aaaccaccac caccaccacc aacaacaaaa aaaacacaaa agtagcctgt 660

tgtggtggca tatgcctgta atctcaacta cttgggaggc tgaggcggga gaatcatttg 720

aacccaggag gaggaggttg cagtgaaatg agactgcacc actgcactcc agcctagatg 780

acagagtgag atgccatctc aaataaataa ataaataaat aaataaataa ataaataaat 840

aaaataagtg gattgagctg caacagaatt caaaaataag tgcactgata aatatgtaca 900

atttttaaag atgaatttat attaatattt aatatcttca ctcaagttga aaaaatagca 960

aaacttcttt atgaagctaa ttcattttgt ttaattaaaa acaaaaaggt caaaaatgtt1020

aagctcatca ttgaattgtt tgtatatatt ttcgagatga ccacaccata gttgagaccc1080

acctccagcc tgtctctcac ctgataaaaa ttcccagtct atctaatcaa tcgtaaactg1140

gttattggct ggtttgcata tagaaatggc tagttagtca agaagatgat agtaacaaaa1200

acaggaggga tgatcacctc tgtgggtccc acacctgaga cagggccaag gagacactcg1260

tctgtgcaat cacccacctg caaactcacc caaataagtt gaacgaagag acatgtccac1320

aaagccggct tattctgctg gttgtgcaga actaggggca ccagcctctg ggagaggcag1380

acgcttcaaa ccacagaatt tatcagaagc caatgccaag ataagcatgc aatgtctaga1440

ccacaaggag agctgtgggg ctttgtgggg ccgagtgggg ccgagtggca tgacctggtg1500

tggtggaggc cagagtcaag atccaggcca gaaggaagag gctgcaggga ccacgctgct1560

gctggacaca gggagatcag gcaggaggag gtttgaggcc atccctgcaa agacagagcc1620

tttctcttca tcagggtcct 1640

<210> 3

<211> 28

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 3

gtttcttagg cgggagaatc atttgaac 28

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 4

tgagagacag gctggaggtg 20

<210> 5

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 5

gccctgggct ctgtaaagaa tagtg 25

<210> 6

<211> 28

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 6

gtttcttgag gccaaccatc agagctta 28

<210> 7

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 7

aaacaaaggc agatcccaag ctc 23

<210> 8

<211> 32

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 8

gtttctttta gcgtttgtgt gtgcatctgt aa 32

<210> 9

<211> 36

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 9

gtttcttgga cagatgataa atacatagga tggatg 36

<210> 10

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 10

ccgggcactt tgcccttatt attt 24

<210> 11

<211> 32

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 11

gtttcttcaa gtgattccaa tcatagccac ag 32

<210> 12

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 12

tacacaacac gcctttcctc tgaa 24

<210> 13

<211> 27

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 13

acgattccac atttatcctc attgaca 27

<210> 14

<211> 33

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 14

gtttctttgg tcaggctgac tatggagtta ttt 33

<210> 15

<211> 33

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 15

gtttcttgac tctctggact ctgacccatc taa 33

<210> 16

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 16

tccttcaact tgggttgagc cata 24

<210> 17

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 17

tgtgaccaca cggccaagta gaag 24

<210> 18

<211> 33

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 18

gtttcttcct gtagattatt ttcactgtgg gga 33

<210> 19

<211> 29

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 19

aaaatactaa caataggcca agcgtgatg 29

<210> 20

<211> 31

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 20

gtttcttttc tctggtgtgt ggagatgtct t 31

<210> 21

<211> 30

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 21

gtttcttgca ggtcacaggg aacacagact 30

<210> 22

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 22

ggcaaatagg gggcaaaatt caaa 24

<210> 23

<211> 29

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 23

gtttcttgcc tcctctgatc accccatta 29

<210> 24

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 24

ggagccagtg gatttggaaa caga 24

Claims (12)

1.一种分离的短串联重复序列基因座G5S0001，其特征在于，所述基因座的序列如SEQID NO.:1所示。

2. 一种分离的核苷酸序列，其特征在于，所述核苷酸序列的结构如下：

X1-X2-X3

式中，X1 为 SEQ ID NO.:2 中第 1-800 位；

X2 为含有≥7 个重复单元 aaat 的遗传多态区，并且所述的遗传多态区是 SEQ IDNO.: 1 所示的多核苷酸，所述的遗传多态区是在 SEQ ID NO.: 1 基础上缺失或插入一个或几个重复单元而形成的多核苷酸，并且所述重复单元为 aaat；

X3 为 SEQ ID NO.:2 中第 841-1640 位。

3.如权利要求1所述的短串联重复序列基因座G5S0001的用途，其特征在于，用于制备：

(a) 用于遗传关系分析的试剂或试剂盒；

(b) 用于个体识别的试剂或试剂盒；

(c) 用于亲子鉴定或血缘分析的试剂或试剂盒；

(d) 用于检测抽提羊水中是否存在母血污染的试剂或试剂盒；和/或

(e) 用于检测骨髓移植后受体中的白细胞是否被供体细胞取代的试剂盒。

4.如权利要求3所述的用途，其特征在于，所述的试剂包括(i)引物或引物对；(ii) 探针；(iii) 核酸芯片。

5.如权利要求4所述的用途，其特征在于，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQID NO.:4所示。

6. 一种特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对，其特征在于，所述的引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示。

7. 一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括：

(a) 用于特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对，所述引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示；和

(b) 使用说明书。

8.如权利要求7所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括(c)特异性扩增选自下组的一种或多种基因座的引物对：

D3S1358、vWA、D16S539、D5S818、D7S820、CSF1PO、D13S317、TPOX、D8S1179、D21S11、D18S51、TH01、FGA、D2S1338、D19S433、AMELO。

9. 一种扩增体系，其特征在于，所述扩增体系包括：

(a) 用于特异性扩增短串联重复序列基因座G5S0001的引物对，所述引物对的序列如SEQ ID NO.: 3和SEQ ID NO.:4所示；和

(b) 任选的、特异性扩增选自下组的一种或多种基因座的引物对：

D3S1358、vWA、D16S539、D5S818、D7S820、CSF1PO、D13S317、TPOX、D8S1179、D21S11、D18S51、TH01、FGA、D2S1338、D19S433、AMELO；

并且所述引物对(a)和任选的引物对(b)位于同一扩增体系。

10.如权利要求9所述的扩增体系，其特征在于，所述的扩增体系为复合扩增体系，其中，所述的引物对(b)包括1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，或16对特异性引物对；和/或

所述复合扩增体系为荧光标记的复合扩增体系，其中，所述荧光标记是指选用下组的一种或多种荧光标记试剂标记所述基因座的引物：FAM、HEX、VIC、NED、PET、TAMRA、ROX、荧光素、FITC、IRD-700/800、CY3、CY5、CY3.5、CY5.5、TET、TAMRA、JOE、BODIPY TMR、俄勒冈绿、罗丹明绿、罗丹明红、德克萨斯红或雅基马黄。

11.一种扩增方法，其特征在于，包括步骤：

在权利要求9-10中任一所述的扩增体系中，以待检测样本为模板，利用聚合酶链式反应进行基因座的扩增，从而获得基因座扩增产物。

12.一种遗传关系分析方法，其特征在于，包括步骤：

(1)在权利要求9-10中任一所述的扩增体系中，以待检测样本为模板，利用聚合酶链式反应进行基因座的扩增，从而获得基因座扩增产物；和

其中，所述待检测样本包括分别来自不同个体的核酸样本S1,S2,……,Si，式中i为≥2的正整数；

(2)对来自不同核酸样本S1,S2,……,Si的基因座扩增产物进行检测，从而获得对应于不同核酸样本的检测结果；

(3) 对步骤(2)获得的检测结果进行比较，从而确定不同个体之间的遗传关系。