CN103635193A - 小分子rna酶抑制剂和使用方法 - Google Patents

小分子rna酶抑制剂和使用方法 Download PDF

Info

Publication number
CN103635193A
CN103635193A CN201280015124.6A CN201280015124A CN103635193A CN 103635193 A CN103635193 A CN 103635193A CN 201280015124 A CN201280015124 A CN 201280015124A CN 103635193 A CN103635193 A CN 103635193A
Authority
CN
China
Prior art keywords
unsubstituted
replace
replacement
alkyl
thiazolinyl
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201280015124.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN103635193B (zh
Inventor
P.M.邓曼
P.D.奥尔森
W.奇尔德斯
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
University of Nebraska
University of Rochester
Temple University of Commonwealth System of Higher Education
Original Assignee
University of Nebraska
University of Rochester
Temple University of Commonwealth System of Higher Education
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by University of Nebraska, University of Rochester, Temple University of Commonwealth System of Higher Education filed Critical University of Nebraska
Publication of CN103635193A publication Critical patent/CN103635193A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN103635193B publication Critical patent/CN103635193B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/41—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having five-membered rings with two or more ring hetero atoms, at least one of which being nitrogen, e.g. tetrazole
    • A61K31/425—Thiazoles
    • A61K31/427—Thiazoles not condensed and containing further heterocyclic rings
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04—Antibacterial agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/335—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin
    • A61K31/34—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having five-membered rings with one oxygen as the only ring hetero atom, e.g. isosorbide
    • A61K31/341—Heterocyclic compounds having oxygen as the only ring hetero atom, e.g. fungichromin having five-membered rings with one oxygen as the only ring hetero atom, e.g. isosorbide not condensed with another ring, e.g. ranitidine, furosemide, bufetolol, muscarine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/40—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having five-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom, e.g. sulpiride, succinimide, tolmetin, buflomedil
    • A61K31/402—1-aryl substituted, e.g. piretanide
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D207/00—Heterocyclic compounds containing five-membered rings not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom
    • C07D207/02—Heterocyclic compounds containing five-membered rings not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom with only hydrogen or carbon atoms directly attached to the ring nitrogen atom
    • C07D207/30—Heterocyclic compounds containing five-membered rings not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom with only hydrogen or carbon atoms directly attached to the ring nitrogen atom having two double bonds between ring members or between ring members and non-ring members
    • C07D207/32—Heterocyclic compounds containing five-membered rings not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom with only hydrogen or carbon atoms directly attached to the ring nitrogen atom having two double bonds between ring members or between ring members and non-ring members with only hydrogen atoms, hydrocarbon or substituted hydrocarbon radicals, directly attached to ring carbon atoms
    • C07D207/33—Heterocyclic compounds containing five-membered rings not condensed with other rings, with one nitrogen atom as the only ring hetero atom with only hydrogen or carbon atoms directly attached to the ring nitrogen atom having two double bonds between ring members or between ring members and non-ring members with only hydrogen atoms, hydrocarbon or substituted hydrocarbon radicals, directly attached to ring carbon atoms with substituted hydrocarbon radicals, directly attached to ring carbon atoms
    • C07D207/337—Radicals substituted by carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D307/00—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom
    • C07D307/02—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings
    • C07D307/34—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings having two or three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members
    • C07D307/56—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings having two or three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members with hetero atoms or with carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals, directly attached to ring carbon atoms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D307/00—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom
    • C07D307/02—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings
    • C07D307/34—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings having two or three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members
    • C07D307/56—Heterocyclic compounds containing five-membered rings having one oxygen atom as the only ring hetero atom not condensed with other rings having two or three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members with hetero atoms or with carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen, e.g. ester or nitrile radicals, directly attached to ring carbon atoms
    • C07D307/68—Carbon atoms having three bonds to hetero atoms with at the most one bond to halogen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D405/00—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom
    • C07D405/02—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings
    • C07D405/06—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings linked by a carbon chain containing only aliphatic carbon atoms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
    • C07D417/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00
    • C07D417/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00 containing two hetero rings
    • C07D417/06—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00 containing two hetero rings linked by a carbon chain containing only aliphatic carbon atoms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/34—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase
    • C12Q1/44—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving hydrolase involving esterase
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/914—Hydrolases (3)
    • G01N2333/916—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1), e.g. phosphatases (3.1.3), phospholipases C or phospholipases D (3.1.4)
    • G01N2333/922—Ribonucleases (RNAses); Deoxyribonucleases (DNAses)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/04—Screening involving studying the effect of compounds C directly on molecule A (e.g. C are potential ligands for a receptor A, or potential substrates for an enzyme A)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2500/00—Screening for compounds of potential therapeutic value
    • G01N2500/10—Screening for compounds of potential therapeutic value involving cells
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pyrrole Compounds (AREA)

Abstract

本文描述了细菌核糖核酸酶(例如RnpA)的小分子抑制剂以及它们的合成和使用方法。使用所述化合物的方法包括治疗和预防微生物感染以及抑制细菌核糖核酸酶。

Description

小分子RNA酶抑制剂和使用方法
优先权申请的交叉引用
本申请要求2011年1月26日提交的美国临时申请号61／436,342的优先权，所述申请以引用的方式整体并入本文。
领域
本文中公开的主题大体涉及细菌核糖核酸酶(RNA酶)的小分子抑制剂以及它们的制备方法。此外，本文中描述的主题大体涉及使用本文中描述的小分子抑制剂来治疗和预防微生物感染的方法。
背景
金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureus)感染往往会牵涉高的发病率和死亡率(参见Shorr等，Crit Care Med，34：2588-2595(2006))。实际上，有报道估计在2005年所述生物体导致美国人的死亡数比HIV／AIDS更多(参见Bancroft，E.A.，Jama，298：1803-1804(2007)；Klevens等，Jama，298：1763-1771(2007))。耐万古霉素(vancomycin-resistant)、耐甲氧西林(methicillin-resistant)、耐多种药物和超毒力菌株的出现进一步增强了对新型抗生素的需要(参见Appelbaum，P.C.，Int JAntimicrob Agents，30：398-408(2007)；Zetola等，Lancet Infect Dis，5：275-286(2005))。细菌RNA加工和降解是需要的细胞过程，它们可用于抗微生物药物的发现。
对细菌RNA降解的许多了解是来自大肠杆菌(Escherichia coli)的研究，其中大量mRNA衰变(bulk mRNA decay)被认为是由全酶复合物(RNA降解体)催化的，所述全酶复合物由至少四个亚单元组成：RNA酶E(rne)、RNA解旋酶(rhlB)、烯醇酶(eno)和PNPase(pnpA)(参见Carpousis，A.J.，Annu Rev Microbiol，61：71-87(2007))。RNA酶E是必需的核糖核酸酶并且是降解体复合物的关键组分。它充当RNA降解体的其它成员组装的支架并且在底物降解期间催化初始的内核糖核酸分解事件(endoribonucleolytic event)(参见Mackie，G.A.，Nature，395：720-723(1998)；Vanzo等，Genes Dev，12：2770-2781(1998))。从它的本质上讲，可以认为RNA酶E是抗生素药物发现的一个适当的靶标。然而，许多革兰氏阳性细菌(Gram-positive bacteria)(包括金黄色葡萄球菌(S.aureus))缺少RNA酶E氨基酸直系同源基因(参见Condon，C.，Microbiol Mol BiolRev，67：157-174(2003))。因此，它门的降解组分和mRNA衰变机制较少被了解。
最近的研究表明，至少两种核糖核酸酶(RNA酶J1和RNA酶Y)促进枯草杆菌(Bacillus subtilis)以及推测的其它革兰氏阳性细菌内的大量mRNA降解。枯草杆菌核糖核酸酶J1是一种双功能的核糖核酸酶，它具有5′核酸外切酶和核酸内切酶活性，在体外介导mRNA降解(参见Even等，Nuc，eic Acids Res，33：2141-2152(2005)；Mathy等，Cell，129：681-692(2007))。还发现所述酶与烯醇酶(大肠杆菌RNA降解体的一种组分)相互作用，并且RNA酶J1耗尽的枯草杆菌菌株显示mRNA衰变适度减少，表明它可能是大肠杆菌RNA酶E的功能等效物(参见Even等，Nucleic Acids Res，33：2141-2152(2005)；Commichau等，Mol Cell Proteomics，8：1350-1360(2009)；Mader等，Mol Microbiol，70：183-196(2008))。然而，mRNA转换仍然在RNA酶J1减少的细胞中发生，并且含有5′强发夹结构的RNA物质不可被所述酶有效降解，表明其它因素可能促进枯草杆菌细胞RNA降解(参见Yao等，Rna，15：2331-2339(2009))。核糖核酸酶Y是最近鉴别出的核酸内切酶，它可能在表面上与RNA酶J1协同起作用来介导大量RNA衰变。RNA酶Y可以裂解含有高阶二级结构的mRNA分子并且全面影响细胞信使RNA转换(参见Shahbabian等，Embo J，28：3523-3533(2009))。RNA酶J1和RNA酶Y都是必需的酶，并且在那一方面，可被认为是抗微生物药物发现的靶标(参见Kobayashi等，Proc Nad Acad Sci USA，100：4678-4683(2003))。然而，有待观察RNA酶J1、RNA酶Y和／或先前未表征的核糖核酸酶是否调控金黄色葡萄球菌内的mRNA衰变。
概述
正如本文中体现和广泛描述的，根据所公开的物质、化合物、组合物、套件和方法的目的，所公开的主题涉及组合物、制备所述组合物的方法和使用所述组合物的方法。更具体来说，本文中提供适用作细菌核糖核酸酶(RNA酶)抑制剂的化合物和组合物。一类RNA酶抑制剂包括具有下式的化合物：
Figure BDA0000387159530000031
和其药学上可接受的盐和前药。在这些化合物中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；L是
或
Figure BDA0000387159530000033
其中X1和X2各自独立地是O或S，并且其中X3是CH2或NH；并且R1、R2、R3、R4、R5和R6各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在这类化合物中，如果R1和R2是甲基，R3、R4、R5和R6是氢，并且Ar是未取代的呋喃，那么L不是
Figure BDA0000387159530000034
一类RNA酶抑制剂包括具有以下结构的化合物：具有以下结构的化合物：
Figure BDA0000387159530000041
和其药学上可接受的盐和前药。在这些化合物中，A1、A2、A3、A4和A5各自独立地选自N和CR1；R1、R2和R3各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；R4和R5各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；并且Y是O、S或NR5。在这类化合物中，如果A1、A2、A4和A5是CH，R2和R3是氢，A3是CCl，并且Y是S，那么R4不是-CH2CH2CO2H。
本文还提供包括一种或多种如上所述的化合物和药学上可接受的载体的组合物。
本文进一步提供治疗或预防受试者的微生物感染的方法。在一些实施方案中，所述方法包括向受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：
Figure BDA0000387159530000042
或其药学上可接受的盐或前药。在这些化合物中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；L是
或
Figure BDA0000387159530000052
其中X1和X2各自独立地是O或S，并且其中X3是CH2或NH；并且R1、R2、R3、R4、R5和R6各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。任选地，Ar可以选自由以下组成的组：取代的或未取代的呋喃、取代的或未取代的噻吩或取代的或未取代的苯基。在一些实例中，RNA酶抑制剂是
Figure BDA0000387159530000053
在其它实施方案中，治疗或预防受试者的微生物感染的方法包括向所述受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：
或其药学上可接受的盐或前药。在这些化合物中，A1、A2、A3、A4和A5各自独立地选自N和CR1；R1、R2和R3各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；R4和R5各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；并且Y是O、S或NR5。在一些实例中，RNA酶抑制剂是
Figure BDA0000387159530000061
在一些实施方案中，微生物感染是细菌感染。细菌感染可以是例如革兰氏阳性细菌感染。任选地，细菌感染是葡萄球菌(Staphylococcus)感染，例如像金黄色葡萄球菌感染。金黄色葡萄球菌感染可以是耐药性金黄色葡萄球菌感染或生物膜相关的金黄色葡萄球菌感染。在一些实例中，RNA酶抑制剂是RnpA抑制剂。任选地，所述方法可以进一步包括向受试者施用第二化合物，其中所述第二化合物是抗菌化合物。
本文中还提供抑制细菌核糖核酸酶的方法，所述方法包括使所述细菌核糖核酸酶与有效量的RNA酶抑制剂接触。在一些实施方案中，所述RNA酶抑制剂是具有以下结构的化合物：
Figure BDA0000387159530000062
或其药学上可接受的盐或前药。在这些化合物中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；L是
Figure BDA0000387159530000063
或
Figure BDA0000387159530000064
其中X1和X2各自独立地是O或S，并且其中X3是CH2或NH；并且R1、R2、R3、R4、R5和R6各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。
在其它实施方案中，RNA酶抑制剂是具有以下结构的化合物：
Figure BDA0000387159530000071
或其药学上可接受的盐或前药。在这些化合物中，A1、A2、A3、A4和A5各自独立地选自N和CR1；R1、R2和R3各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；R4和R5各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；并且Y是O、S或NR5。
任选地，细菌核糖核酸酶是金黄色葡萄球菌RNA酶P的蛋白质组分(例如，RnpA)。所述接触可以发生在例如体内或体外。
其它优点将部分在随后的描述中阐述，并且部分根据所述描述将是显而易见的，或可以通过实践下面描述的方面知悉。借助于随附的权利要求书中特别指出的要素和组合，将认识和实现下面描述的优点。应理解，上述一般描述和以下详细描述都只是示例和说明，而不作限制。
附图简述
图1是示出以下的图：在指数期生长和／或静止期生长期间(X轴)具有≤2.5分钟、5分钟、15分钟、30分钟或>30分钟的半衰期的可检测mRNA物质的百分比(Y轴)。
图2显示金黄色葡萄球菌RnpA催化rRNA和mRNA消化。图A是纯化的重组型金黄色葡萄球菌RnpA的SDS-PAGE；示出分子标记(色带M)、2.5μg洗脱产物和25μg洗脱产物(分别是色带1和色带2)。图B描绘在不存在(-)或存在(+)50pmol的各种假定的核糖核酸酶(指定的)的1X反应缓冲液(2mM NaCl、2mM MgCl2、50mM Tris-HCl，pH6.0)中孵育60分钟之后，1μg总金黄色葡萄球菌RNA的凝胶迁移率。图C展示在不存在(0pmol)或存在指定量的RnpA蛋白的1X反应缓冲液中孵育60分钟之后，0.5pmol体外转录的spa mRNA的迁移率。示出了分子量标记(M)。图D示出在不存在(-)或存在(+)50pmol RnpA或RNA酶J1以及不存在(只有血清)或存在1μg、2.5μg、5μg、10μg或20μg RnpA多克隆抗体下，2μg体外转录的spa mRNA的逆转录介导的PCR产物。图E示出在转录中止后0分钟(X轴)和10分钟(Y轴)在GeneChip上测量的所有mRNA物质的经过绘图的测量结果。灰色虚线指示各个样品的灵敏度下限。
图3，图A描绘含有载体(pCN51；菱形)、rnpA正义RNA(pRNPA-S；三角形)和rnpA反义RNA(pRNPA-A.S.；正方形)的金黄色葡萄球菌菌株RN4220当在10μM CdCl2存在下生长时的生长特征图(光学密度；Y轴)。图B示出在2.5μM CdCl2存在下生长的金黄色葡萄球菌菌株RN4220pCN51(载体)、RN4220pRNPA(过表达者)和RN4220pRNPA-A.S.(耗尽RnpA的)细胞的蛋白质印迹(Westernblotting)结果。
图4示出针对所有美国耐甲氧西林金黄色葡萄球菌系和其它生物体进行RnpA抑制、表观IC50测量值和中值最小抑制浓度(MIC)测试的化合物的结构。
图5示出用1倍、2倍或4倍指定化合物的MIC值激发的HepG2细胞的细胞毒性测定结果。用DMSA处理的HepG2细胞充当阴性对照(HepG2)并且用丝裂霉素C(5μg/m1或10μg/m1)处理的细胞充当阳性对照。
详细描述
本文中提供细菌RnpA相关的核糖核酸酶(RNA酶)活性的小分子抑制剂、它们的制备方法以及它们在治疗和预防微生物感染中的使用方法。所述小分子抑制剂利用新型的治疗微生物感染(如金黄色葡萄球菌)的机制，其涉及必需的金黄色葡萄球菌蛋白、RnpA、催化rRNA和mRNA消化。这种机制在过去没有被知晓或开发。利用这种活性，采用高通量和次级筛选测定来鉴别RnpA介导的RNA降解的小分子抑制剂。这些药剂限制细胞mRNA降解并且针对一些微生物显示抗微生物活性，这些微生物包括遍及美国传播的优势的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)系、万古霉素中敏金黄色葡萄球菌(vancomycinintermediate susceptible S.aureus；VISA)、耐万古霉素金黄色葡萄球菌(VRSA)和RnpA氨基酸高度保守的其它革兰氏阳性细菌病原体(参见McDougal等，J Clin Microbiol，41：5113-5120(2003))。如本文中提供的，RnpA抑制剂在全身性小鼠感染模型中限制疾病并且针对生物膜相关的金黄色葡萄球菌具有抗微生物活性。总而言之，这些发现表明RnpA在金黄色葡萄球菌RNA降解中发挥作用，证明高通量筛选可以用于鉴别mRNA转换抑制剂，并且为基于RNA分解代谢的抗微生物疗法提供原理证据。
通过参考公开主题的特定方面的以下详细描述和其中包括的实施例，可以更容易地理解本文中描述的物质、化合物、组合物、物品和方法。
在公开和描述本发明的物质、化合物、组合物、套件和方法之前，应理解下面描述的方面不限于特定的合成方法或特定的试剂，因此当然可以变化。还应理解，本文中使用的术语仅仅是为了描述具体的方面而不希望进行限制。
此外，贯穿本说明书参考了多种出版物。为了更充分地描述所公开之物的所属领域的现状，将这些出版物的公开内容以引用的方式整体并入本申请。由于在参考文献所依赖的句子中讨论的包含于这些参考文献中的物质，公开的参考文献也单独地并且特定地以引用的方式并入本文。
一般定义
在本说明书和随后的权利要求书中，将会提及若干术语，这些术语应被定义为具有以下含义：
贯穿本说明书的描述和权利要求书，词语“包含(comprise)”和所述词语的其它形式，如“包含(comprising)”和“包含(comprises)”表示包括但不限于并且不希望排除例如其它添加剂、组分、整数或步骤。
除非上下文另外明确规定，否则在描述和随附的权利要求书中使用的单数形式“一个／种(a／an)”和“所述(the)”包括多个指示物。因此，例如，提及“一种组合物”包括两种或更多种这些组合物的混合物，提及“所述化合物”包括两种或更多种这些化合物的混合物，等。
“任选的”或“任选地”表示随后描述的事件或情形可以发生或可以不发生，并且所述描述包括所述事件或情形发生的情况和不发生的情况。
在本文中，范围可以表示为从“约”一个具体值和／或至“约”另一个具体值。当表示这样一个范围时，另一个方面包括从一个具体值和／或至其它具体值。类似地，当值通过使用先行词“约”被表示为近似值时，应理解所述具体值形成另一方面。应进一步理解，每个范围的端点相对于其它端点都是有意义的，并且独立于其它端点。还应理解，本文中公开了若干值，并且除了所述值本身之外，每个值还在本文中公开为“约”那个具体值。例如，如果公开值“10”，那么还公开“约10”。还应理解，当一个值被公开时，那么还公开了“小于或等于”所述值、“大于或等于所述值”和介于值之间的可能范围，本领域技术人员可恰当地理解这一点。例如，如果公开了值“10”，那么还公开了“小于或等于10”以及“大于或等于10”。还应理解，贯穿本申请，数据是以若干不同形式提供的，并且这数据表示端点和起点以及所述数据点的任何组合的范围。例如，如果公开具体数据点“10”和具体数据点“15”，应理解认为公开了大于、大于或等于、小于、小于或等于以及等于10和15，以及公开了10和15之间。还应理解，还公开了介于两个具体单元之间的每个单元。例如，如果公开了10和15，那么还公开了11、12、13和14。
本文中使用的“受试者”表示个体。因此，“受试者”可以包括驯化动物(例如，猫、狗等)、家畜(例如，牛、马、猪、绵羊、山羊等)、实验室动物(例如，小鼠、兔、大鼠、豚鼠等)和禽类。“受试者”还可以包括哺乳动物，如灵长类动物或人。
“减少(reduce)”或所述词语的其它形式，如“减少(reducing)”或“减少(reduction)”表示事件或特征(例如，细菌感染)的降低。应理解，这通常是相对于一些标准或预期值，换句话说，它是相对的，但是它对于待提及的标准或相对值来说并不总是必需的。例如，“减少细菌感染”表示相对于标准或对照减少细菌感染的传播。
“预防(prevent)”或所述词语的其它形式，如“预防(preventing)”或“预防(prevention)”表示终止具体的事件或特征，稳定或延迟具体事件或特征的发展或进展，或使具体事件或特征发生的机会最小化。预防不需要与对照比较，因为它通常比例如减少更绝对。如本文中使用的，某事可以被减少但不可预防，但是被减少的某事也可以得到预防。同样地，某事可以被预防但是不可减少，但是被预防的某事也可以得到减少。应理解，使用减少或预防时，除非特别指出，否则也明确地公开其它词语的使用。
“治疗(treat)”或所述词语的其它形式，如“经过治疗的(treated)”或“治疗(treatment)”表示为了减少、预防、抑制或消除具体的特征或事件(例如，肿瘤生长或存活)而施用某组合物或执行方法。术语“控制”可与术语“治疗”同义使用。
“抗微生物”表示以任何浓度治疗或控制(例如，减少、预防、抑制或消除)微生物生长的能力。类似地，术语“抗菌”是指以任何浓度治疗或控制细胞细菌生长的能力。
应理解，贯穿本说明书，使用标识符“第一”和“第二”仅仅是为了帮助区分公开的主题的各种组分和步骤。标识符“第一”和“第二”不希望暗含由这些术语修饰的组分或步骤的任何具体的顺序、量、优先性或重要性。
化学定义
本文中使用的术语“取代的”预期包括有机化合物的所有可允许的取代基。在一个广泛的方面，可允许的取代基包括有机化合物的非环状和环状、支链和非支链、碳环和杂环以及芳族和非芳族取代基。说明性的取代基包括例如下面描述的取代基。对于适当的有机化合物，可允许的取代基可以是一个或多个以及相同或不同的。为了本公开的目的，杂原子，如氮，可以具有氢取代基和／或满足杂原子化合价的本文中描述的有机化合物的任何可允许的取代基。本公开不希望以任何方式受有机化合物的可允许的取代基的限制。此外，术语“取代”或“被...取代”包括隐含条件，即这种取代符合被取代原子和取代基的允许化合价，并且取代产生稳定化合物，例如不会自发地如通过重排、环化、消除等进行转化的化合物。
“Z1”、“Z2”、“Z3”和“Z4”在本文中用作表示多种特定取代基的通用符号。这些符号可以是任何取代基，不局限于本文中公开的那些，并且当它们在一种情况下被定义为某些取代基时，在另一种情况下，它们可以被定义为一些其它取代基。
本文中使用的术语“脂肪基”是指非芳族烃基并且包括支链和非支链的烷基、烯基或炔基。
本文中使用的术语“烷基”是具有1至24个碳原子的支链或非支链饱和烃基，如甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、戊基、己基、庚基、辛基、壬基、癸基、十二烷基、十四烷基、十六烷基、二十烷基、二十四烷基等。烷基也可以是取代的或未取代的。烷基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代(sulfo-oxo)、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。
贯穿本说明书，“烷基”通常用于指未取代的烷基和取代的烷基；然而，在本文中取代的烷基也通过鉴别在所述烷基上的特定取代基来特定地提及。例如，术语“卤代烷基”特定地指被一个或多个卤素(例如氟、氯、溴或碘)取代的烷基。术语“烷氧基烷基”特定地指被一个或多个如下所述的烷氧基取代的烷基。术语“烷氨基”特定地指被一个或多个如下所述的氨基取代的烷基，等。当在一种情况下使用“烷基”并且在另一种情况下使用如“烷基醇”的特定术语时，它不意味着暗示术语“烷基”不也是指如“烷基醇”等的特定术语。
这一惯例也适用于本文中描述的其它基团。也就是说，虽然如“环烷基”的术语同时指未取代的和取代的环烷基部分，但是取代的部分可以此外在本文中被特定地鉴别；例如，具体的取代的环烷基可被称为例如“烷基环烷基”。类似地，取代的烷氧基可被特定地称为例如“卤代烷氧基”，具体的取代的烯基可被称为例如“烯基醇”等。此外，使用一般术语(如“环烷基”)和特定术语(如“烷基环烷基”)这一惯例不意味着暗示一般术语不会也包括特定术语。
本文中使用的术语“烷氧基”是通过单个末端醚键结合的烷基；也就是说，“烷氧基”可被定义为-OZ1，其中Z1是如上定义的烷基。
本文中使用的术语“烯基”是具有2至24个碳原子的结构式含有至少一个碳碳双键的烃基。如(Z1Z2)C＝C(Z3Z4)的不对称结构意图同时包括E异构体和Z异构体。这可以在存在不对称烯烃的本文结构式中推测出，或它可以通过键符号C=C明确指示。烯基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。
本文中使用的术语“炔基”是具有2至24个碳原子的结构式含有至少一个碳碳三键的烃基。炔基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。
本文中使用的术语“芳基(aryl、)”是含有任何基于碳的芳基(aromatic group)的基团，包括但不限于苯、萘、苯基、联苯基、苯氧基苯等。术语“杂芳基”定义为含有具有至少一个并入芳基环内的杂原子的芳基的基团。杂原子的实例包括但不限于氮、氧、硫和磷。术语“非杂芳基”包括在术语“芳基”中，它定义含有不含杂原子的芳基的基团。芳基或杂芳基可以是取代的或未取代的。芳基或杂芳基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。术语“联芳基”是一种特定类型的芳基，并且包括在芳基的定义中。联芳基是指通过稠环结构(如在萘中)结合在一起或通过一个或多个碳碳键连接(如在联苯基中、)的两个芳基。
本文中使用的术语“环烷基”是由至少三个碳原子组成的基于非芳族碳的环。环烷基的实例包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基等。术语“杂环烷基”是如上定义的环烷基，其中环的至少一个碳原子被杂原子(如但不限于氮、氧、硫或磷)取代。环烷基和杂环烷基可以是取代的或未取代的。环烷基和杂环烷基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。
本文中使用的术语“环烯基”是由至少三个碳原子组成并且含有至少一个双键(即，C=C)的基于非芳族碳的环。环烯基的实例包括但不限于环丙烯基、环丁烯基、环戊烯基、环戊二烯基、环己烯基、环己二烯基等。术语“杂环烯基”是一类如上定义的环烯基，并且包括在术语“环烯基”的含义内，其中所述环的至少一个碳原子被杂原子(如但不限于氮、氧、硫或磷)取代。环烯基和杂环烯基可以是取代的或未取代的。环烯基和杂环烯基可以被一个或多个基团取代，这些基团包括但不限于烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、醛、氨基、羧酸、酯、醚、卤化物、羟基、酮、硝基、硅烷基、磺基-氧代、磺酰基、砜、亚砜或巯基，如下所述。
本文中使用的术语“环基”是指芳基、非芳基(即，环烷基、杂环烷基、环烯基和杂环烯基)或两者。环基具有一个或多个可以被取代的或未取代的环系统。环基可以含有一个或多个芳基、一个或多个非芳基，或一个或多个芳基和一个或多个非芳基。
本文中使用的术语“醛”由式-C(O)H表示。贯穿本说明书“C(O)”或“CO”是C=O的速记符号。
本文中使用的术语“胺”或“氨基”由式-NZ1Z2表示，其中Z1和Z2可以各自是本文中描述的取代基团，如上述的氢、烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中使用的术语“羧酸”由式-C(O)OH表示。本文中使用的“羧酸根”或“羧基”由式-C(O)O-表示。
本文中使用的术语“酯”由式-OC(O)Z1或-C(O)OZ1表示，其中Z1可以是上述的烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中使用的术语“醚”由式Z1OZ2表示，其中Z1和Z2可以独立地是上述的烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中使用的术语“酮”由式Z1C(O)Z2表示，其中Z1和Z2可以独立地是上述的烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中使用的术语“卤化物”或“卤素”是指氟、氯、溴和碘。
本文中使用的术语“羟基”由式-OH表示。
本文中使用的术语“硝基”由式-NO2表示。
本文中使用的术语“硅烷基”由式-SiZ1Z2Z3表示，其中Z1、Z2和Z3可以独立地是上述的氢、烷基、卤代烷基、烷氧基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中使用的术语“磺酰基”是指由式-S(O)2Z1表示的磺基-氧代基团，其中Z1可以是上述的氢、烷基、卤代烷基、烯基、炔基、芳基、杂芳基、环烷基、环烯基、杂环烷基或杂环烯基。
本文中使用的术语“磺酰氨基”或“磺酰胺”由式-S(O)2NH-表示。
本文中使用的术语“巯基”由式-SH表示。
本文中使用的术语“硫基”由式-S-表示。
本文中使用的“R1”、“R2”、“R3”、“Rn”等，其中n是某个整数，可以独立地具有一个或多个上文列出的基团。例如，如果R1是直链烷基，那么所述烷基的氢原子之一可以任选被羟基、烷氧基、胺基、烷基、卤化物等取代。取决于所选择的基团，可以将第一基团并入第二基团，或者第一基团可以悬挂(即，连接)在第二基团上。例如，对于短语“包含氨基的烷基”，所述氨基可以被并入烷基骨架内。或者，可以将氨基连接至烷基的骨架。所选择的基团的性质将决定第一基团是否被嵌入或连接至第二基团。
除非相反规定，否则化学键只以实线示出而不是以楔形或虚线示出的化学式涵盖各种可能的异构体，例如各对映异构体、非对映异构体和内消旋化合物，以及异构体的混合物，如外消旋或部分消旋(scalemic)的混合物。
现将详细参考公开的物质、化合物、组合物、物品和方法的特定方面，其实例在随附的实施例中说明。
化合物
本文中描述了细菌核糖核酸酶(RNA酶)的小分子抑制剂。第一组抑制剂包括由式I表示的化合物：
Figure BDA0000387159530000171
和其药学上可接受的盐和前药。
在式I中，Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基。在一些实例中，Ar是取代的或未取代的呋喃、取代的或未取代的噻吩或取代的或未取代的苯基。
同样在式I中，L是
Figure BDA0000387159530000181
或
X1和X2可以各自独立地是O或S。在一些实例中，X1是O并且X2是S。X3可以是CH2或NH。在L中，
Figure BDA0000387159530000183
表示在式I中碳原子连接到Ar或-CH2O-。例如，根据式I的化合物可以由以下基于L的结构表示：
Figure BDA0000387159530000184
在结构I-A的一些实例中，X1和X2可以是O并且X3可以是NH。
此外在式I中，R1、R2、R3、R4、R5和R6各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在一些实例中，R1和R2是甲基。在一些实例中，R3、R4、R5和R6是氢。
在式I中，相邻的R基团(例如R1和R2；R3和R4；以及R5和R6)可以组合形成取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的环烷基、取代的或未取代的环烯基、取代的或未取代的环炔基、取代的或未取代的杂环烷基、取代的或未取代的杂环烯基或取代的或未取代的杂环炔基。例如，R5可以是取代的或未取代的亚乙基并且R6可以是取代的或未取代的亚丙基，它们组合形成取代的或未取代的苯基。其它相邻的R基团包括R1和R2与R3和R4的组合。
如上所述，式I中的Ar可以是呋喃。式I的这些实施方案可以包括以下结构I-D：
在式I的一些实例中，如果R1和R2是甲基，R3、R4、R5和R6是氢，并且Ar是未取代的呋喃，那么L不是
Figure BDA0000387159530000192
式I的一个具体实例是化合物RNPA-2000：
Figure BDA0000387159530000193
第二组抑制剂包括由式II表示的化合物：
Figure BDA0000387159530000194
                                                  (II)
和其药学上可接受的盐和前药。
在式II中，A1、A2、A3、A4和A5各自独立地选自N和CRl。R1选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在一些实例中，A1、A2、A3、A4和A5各自是CRl。在一些实例中，A3是-CCl。
同样在式II中，R2和R3各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。在一些实例中，R2和R3都是氢。
此外在式II中，R4选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基。在一些实例中，R4含有羧酸。例如，R4可以是-CH2CH2CO2H。在一些实例中，R4可以是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基。这些实例可以由结构II-A表示：
Figure BDA0000387159530000201
结构II-A
在结构II-A中，A6、A7、A8、A9和A10各自独立地选自N和CR6。R6选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。
此外在式II中，Y是O、S或NR5。R5选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基。在一些实例中，Y是S。这些实例可以由结构II-B表示：
Figure BDA0000387159530000211
任选地，Y可以是NR5。这些实例可以由结构II-C表示：
Figure BDA0000387159530000212
在式II中，相邻的R基团(例如两个相邻的R1基团或R2和R3)可以组合形成取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的环烷基、取代的或未取代的环烯基、取代的或未取代的环炔基、取代的或未取代的杂环烷基、取代的或未取代的杂环烯基或取代的或未取代的杂环炔基。例如，R2可以是取代的或未取代的亚乙基并且R3可以是取代的或未取代的亚丙基，它们组合形成取代的或未取代的苯基。
在式II的一些实例中，如果A1、A2、A4和A5是CH，R2和R3是氢，A3是CCl，并且Y是S，那么R4不是-CH2CH2CO2H。
式II的一个具体实例是化合物RNPA-3000：
Figure BDA0000387159530000221
药物组合物
可以在药物组合物中提供本文中描述的化合物或其衍生物。取决于预定的施用模式，药物组合物可以是固体、半固体或液体剂型的形式，例如像片剂、栓剂、丸剂、胶囊、散剂、液体或混悬液，优选是适于单次施用精确剂量的单位剂型。所述组合物将包括治疗有效量的本文中描述的化合物或其衍生物，联合药学上可接受的载体，并且此外可以包括其它药用剂、医药剂、载体或稀释剂。药学上可接受的表示不是生物学上或在其它方面不希望的物质，它可以连同选择的化合物一起向个体施用而不会以有害的方式与含有它的药物组合物的其它组分引起不可接受的生物作用或相互作用。
本文中使用的术语载体涵盖任何赋形剂、稀释剂、填料、盐、缓冲剂、稳定剂、增溶剂、脂质、稳定剂或本领域熟知的用于药物配制的其它物质。用于组合物的载体的选择取决于组合物的预定施用途径。含有这些物质的药学上可接受的载体和制剂的制备在例如University of the Sciences，Philadelphia，Lippincott，Williams&Wilkins，Philadelphia Pa.，2005编著的Remington′s Pharmaceutical Sciences，第21版中有描述。生理学上可接受的载体的实例包括缓冲液，如磷酸盐缓冲液、柠檬酸盐缓冲液和具有其它有机酸的缓冲液；抗氧化剂，包括抗坏血酸；低分子量(小于约10个残基)多肽；蛋白质，如血清白蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，如甘氨酸、谷氨酰胺、天门酰胺、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，如EDTA；糖醇，如甘露醇或山梨糖醇；成盐反离子，如钠；和／或非离子型表面活性剂，如TWEENTM(ICI，Inc.；Bridgewater，New Jersey)、聚乙二醇(PEG)和PLURONICSTM(BASF；Florham Park，NJ)。
适于肠外注射的含有本文中描述的化合物或其衍生物的组合物可以包含生理学上可接受的无菌水性或非水性溶液、分散液、混悬液或乳液，以及用于复原成无菌可注射溶液或分散液的无菌散剂。合适的水性和非水性载体、稀释剂、溶剂或煤介物的实例包括水、乙醇、多元醇(丙二醇、聚乙二醇、甘油等)、其合适的混合物、植物油(如橄榄油)和可注射的有机酯(如油酸乙酯)。可以如下维持适当的流动性：例如通过使用如卵磷脂的包衣、在分散液的情况下通过维持所需粒度，以及通过使用表面活性剂。
这些组合物还可以含有佐剂，如防腐剂、润湿剂、乳化剂和分散剂。防止微生物作用可以通过各种抗菌和抗真菌剂来促进，例如对羟基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、山梨酸等。还可以包括等渗剂，例如糖、氯化钠等。可注射药物形式的长久吸收可以通过使用延迟吸收剂(例如，单硬脂酸铝和明胶)来实现。
用于口服施用本文中描述的化合物或其衍生物的固体剂型包括胶囊、片剂、丸剂、散剂和颗粒。在这些固体剂型中，本文中描述的化合物或其衍生物与以下混合：至少一种惰性的常用赋形剂(或载体)，如柠檬酸钠或磷酸二钙，或(a)填料或增量剂，例如淀粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露醇和硅酸，(b)粘合剂，例如羧甲基纤维素、海藻酸盐(alignate)、明胶、聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖和阿拉伯胶，(c)保湿剂，例如甘油，(d)崩解剂，例如琼脂、碳酸钙、马铃薯或木薯淀粉、海藻酸、某些复合硅酸盐，和碳酸钠，(e)溶液缓凝剂，例如石蜡，(f)吸收加速剂，例如季铵化合物，(g)润湿剂，例如十六醇和单硬脂酸甘油酯，(h)吸附剂，例如高岭土和膨润土，以及(i)润滑剂，例如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二醇、十二烷基硫酸钠或其混合物。在胶囊、片剂和丸剂的情况下，剂型还可以包含缓冲剂。
相似类型的固体组合物还可以在使用如乳糖(lactose)或乳糖(milksugar)以及高分子量聚乙二醇等的软填充和硬填充明胶胶囊中用作填料。
如片剂、糖衣丸、胶囊、丸剂和颗粒的固体剂型可以制备成具有包衣和壳，如肠溶衣和本领域熟知的其它物质。它们可以含有遮光剂并且也可以是在肠道某个部分以延迟的方式释放一种或多种活性化合物的那些组合物。可以使用的包埋组合物的实例是聚合物质和蜡。活性化合物也可以是微囊封形式，如果合适，可具有一种或多种上述赋形剂。
用于口服施用本文中描述的化合物或其衍生物的液体剂型包括药学上可接受的乳液、溶液、混悬液、糖浆和酏剂。除了活性化合物之外，液体剂型还可以含有本领域常用的惰性稀释剂，如水或其它溶剂、增溶剂和乳化剂，例如乙醇、异丙醇、碳酸乙酯、醋酸乙酯、苄醇、苯甲酸苄酯、丙二醇、1，3-丁二醇、二甲基甲酰胺，油类，具体来讲是棉籽油、花生油、玉米胚芽油、橄榄油、蓖麻油、芝麻油、甘油、四氢糠醇、聚乙二醇和失水山梨醇的脂肪酸酯，或这些物质的混合物等。
除了这些惰性稀释剂之外，所述组合物还可以包括其它试剂，如润湿剂、乳化剂、悬浮剂、甜味剂、调味剂或芳香剂。
除了活性化合物之外，混悬液还可以含有其它试剂，例如乙氧基化异十八醇、聚氧乙烯山梨糖醇和失水山梨醇酯、微晶纤维素、偏氢氧化铝、膨润土、琼脂和黄芪胶，或这些物质的混合物等。
用于直肠施用的本文中描述的化合物或其衍生物的组合物任选是栓剂，它可以通过使所述化合物与适合的无刺激性赋形剂或载体(如可可脂、聚乙二醇或栓剂蜡)混合来制备，它们在常温下是固体但是在体温是液体，因此在直肠或阴道腔中熔融并且释放活性组分。
用于表面施用本文中描述的化合物或其衍生物的剂型包括软膏、散剂、喷雾剂和吸入剂。本文中描述的化合物或其衍生物是在无菌条件下与生理学上可接受的载体和可能需要的任何防腐剂、缓冲剂或推进剂混合的。眼用制剂、软膏、散剂和溶液也涵盖在所述组合物的范畴之内。
所述组合物可以包括一种或多种本文中描述的化合物和药学上可接受的载体。本文中使用的术语药学上可接受的盐是指在合理的医学判断的范畴内的本文中描述的化合物或其衍生物的那些盐，它们适用于与受试者的组织接触而没有不当的毒性、刺激、过敏反应等，与合理的益处／风险比率相称，并且对于它们的预定用途来说有效，以及可能时是指本文中描述的化合物的两性离子形式。术语盐是指本文中描述的化合物的相对无毒的无机酸和有机酸加成盐。这些盐可以在分离和纯化所述化合物期间原位制备或通过单独使游离碱形式的纯化化合物与适合的有机酸或无机酸反应并分离因此形成的盐来制备。代表性的盐包括氢溴酸盐、盐酸盐、硫酸盐、硫酸氢盐、硝酸盐、醋酸盐、草酸盐、戊酸盐、油酸盐，棕榈酸盐、硬脂酸盐、月桂酸盐、硼酸盐、苯甲酸盐、乳酸盐、磷酸盐、甲苯磺酸盐、柠檬酸盐、马来酸盐、富马酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、萘酸盐、甲磺酸盐、葡萄糖酸盐、乳糖酸盐、甲烷磺酸盐和十二烷基磺酸盐等。它们可以包括基于碱金属和碱土金属(如钠、锂、钾、钙、镁等)的阳离子，以及无毒的铵、季铵和胺阳离子，包括但不限于铵、四甲胺、四乙胺、甲胺、二甲胺、三甲胺、三乙胺、乙胺等(参见S.M.Barge等，J.Pharm.Sci.(1977)66,1，至少关于本文中教导的组合物，将所述参考文献以引用的方式整体并入本文)。
向受试者施用本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐可以使用治疗有效量的本文中描述的化合物和组合物或本文描述的其药学上可接受的盐持续有效治疗病症的时间段来进行。
本文中描述的化合物和组合物或本文中描述的其药学上可接受的盐的有效量可以由一般技艺人士确定，并且对于哺乳动物来说包括每天每千克体重约0.5mg至约200mg活性化合物的示例性剂量，这可以用单次剂量或用单独的分次剂量的形式施用，如每天1至4次。或者，剂量可以是每天每千克体重约0.5mg至约150mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至100mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至约75mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至约50mg活性化合物、每天每千克体重约0.5mg至约25mg活性化合物、每天每千克体重约1mg至约20mg活性化合物、每天每千克体重约1mg至约10mg活性化合物、每天每千克体重约20mg活性化合物、每天每千克体重约10mg活性化合物，或每天每千克体重约5mg活性化合物。当用于描述方法中化合物的量时，措辞有效量是指实现希望的药理学作用或其它作用的化合物的量，例如引起细菌酶抑制的量。
本领域技术人员将理解，对于任何具体的受试者来说，特定的剂量水平和给药频率可以改变，并且将取决于多种因素，包括所用的特定化合物的活性、那种化合物的代谢稳定性和作用时长、受试者的物种、年龄、体重、总的健康状况、性别和饮食、施用模式和时间、排泄率、药物组合和具体病状的严重度。
制备化合物的方法
如本领域技术人员所了解，本文中描述的化合物可以用有机合成领域技术人员已知的各种方式或其变化形式来制备。本文中描述的化合物可以从易得的起始物质制备。最优的反应条件可以随使用的具体反应物或溶剂而变，但是这些条件可以由本领域技术人员确定。
式I和式II的变化包括添加、去除或移动针对各化合物描述的各种组元(constituent)。类似地，当分子中存在一个或多个手性中心时，分子的手性可以变化。此外，化合物合成可能涉及各种化学基团的保护和脱保护。保护和脱保护的使用以及适当的保护基的选择可以由本领域技术人员确定。保护基化学可以见于例如Wuts和Greene，Protective Groups in Organic Synthesis，第4版，wiley&Sons，2006中，所述文献以引用的方式整体并入本文。
制备公开的化合物和组合物中使用的起始物质和试剂是从如以下的商业供应商购得：Aldrich Chemical Co.，(Milwaukee，WI)、AcrosOrganics(Morris Plains，NJ)、Fisher Scientific(Pittsburgh，PA)、Sigma(St.Louis，MO)、Pfizer(New York，NY)、GlaxoSmithKline(Raleigh，NC)、Merck(Whitehouse Station，NJ)、Johnson&Johnson(NewBrunswick，NJ)、Aventis(Bridgewater，NJ)、AstraZeneca(Wilmington，DE)、Novartis(Basel，Switzerland)、Wyeth(Madison，NJ)、Bristol-Myers-Squibb(New York，NY)、Roche(Basel，Switzerland)、Lilly(Indianapolis，IN)、Abbott(Abbott Park，IL)、Schering Plough(KenilWorth，NJ)或Boehringer Ingelheim(Ingelheim，Germany)，或者是按照如以下的参考文献中阐述的程序，通过本领域技术人员已知的方法制备：Fieser and Fieser′s Reagents for Organic Synthesis，第1-17卷(John Wiley and Sons，1991)；Rodd′s Chemistry of Carbon Compounds，第1-5卷和增刊(Elsevier Science Publishers，1989)；Organic Reactions，第1-40卷(John wiley and Sons，1991)；March′s Advanced OrganicChemistry，(John Wiley and Sons，第4版)；和Larock′s ComprehensiveOrganic Transformations(VCH Publishers Inc.，1989)。其它物质，如本文中公开的药物载体可以从商业来源获得。
制备本文中描述的化合物的反应可以在溶剂中进行，溶剂可以由有机合成领域的技术人员选择。溶剂在反应进行的条件下(即，温度和压力)大致上不与起始物质(反应物)、中间体或产物起反应。反应可以在一种溶剂或一种以上溶剂的混合物中进行。产物或中间体形成可以根据本领域已知的任何适合的方法来监测。例如，产物形成可以通过光谱方法来监测，如核磁共振光谱法(例如1H或13C)红外光谱法、分光光度法(例如UV-可见光)或质谱，或通过色谱法(如高效液相色谱法(HPLC)或薄层色谱法)来监测。
式I化合物可以从BOC保护的六氢哒嗪或吡唑啶起始物质(Zhang等，2003)，使用方案1中概述的易于平行合成的方法来制备。可以在顺序的第一步骤或第四步骤中引入多样性。
方案1：
Figure BDA0000387159530000281
式I的羟基酰亚胺化合物可以使用方案2中所示的方法制备。诺文格尔缩合(Knovenagal condensation)将提供所需的二酯中间体(Chikauchi等，2008)，它可以经由中间体马来酸酐转化为所需的N-羟基-马来酰亚胺(Sankawa和Shibata，1969)。额外的多样性可以通过采用铃木(Suzuki)化学(Selles，2004)的替代性合成方法来实现。
Figure BDA0000387159530000282
式I的其它实例可以根据方案3中所示的方法制备。依次用硫氰酸铵和适当的酰肼处理酰氯得到希望的靶标分子。平行合成技术可以用来通过逆转试剂的添加顺序来快速扩大这种支架的多样性(参见方案3)。用碘酸钾进行后续处理提供类似的二乙酰基酰肼。将检查增强效力的任何结构修饰，以及有前途的替代性螯合基。
方案3：
Figure BDA0000387159530000291
式II化合物可以使用在文献中可得的易于平行合成的通用程序来制备(参见方案4)。糠醛可以是购买的或在铃木条件下使用可商购的试剂糠醛-5-硼酸来制备。使所生成的中间体与受保护的绕丹宁(rhodanine)衍生物缩合，接着进行脱保护来提供倒数第二个中间体，所述中间体可以用各种亲电子剂处理得到RNPA3000类似物。
方案4：
Figure BDA0000387159530000292
可以采用类似策略来产生拥有呋喃部分的杂环生物电子等排体以及硫酮基噻唑烷环(thioxothiazolidine ring)的生物电子等排体的式II化合物(例如恶唑烷二酮经历类似的缩合(Simehen和Seigl，1992))。Cherbuliez等(1964)的通用合成程序可用来制备这些化合物(参见方案5)。N-芳基绕丹宁(N-Arylrhodanine)中间体可以通过苯异硫氰酸(phenylthioisocyanate)与巯基醋酸缩合来制备。如上在方案4中所描绘，用取代的糠醛处理得到希望的靶标分子。
方案5：
Figure BDA0000387159530000293
如方案6中所示，类似的顺序(Sahu等，1985)提供式II化合物。胺与异硫氰酸酯和氯代醋酸的缩合提供所需的倒数第二个中间体，所述中间体可以通过用取代的糠醛处理来转化为希望的最终靶标化合物。
方案6：
Figure BDA0000387159530000301
活性测定
本文中提供鉴别用于治疗或预防微生物感染的化合物的方法。所述方法可以包括制备本文中描述的化合物或组合物以及测定所述化合物或组合物针对细菌核糖核酸酶(如RNA酶P)的抑制活性。RNA酶P是一种普遍存在的酶，它催化前体tRNA的5′端的成熟(参见Frank等，Annu Rev Biochem，67：153-180(1998)；Kazantsev等，Nat RevMicrobiol，4：729-740(2006)；Walker等，Crit Rev Biochem Mol Biol，41：77-102(2006))。所述酶由于是一种核糖核蛋白复合物(它包括单个核糖酶RNA分子和至少一种蛋白质组分)的这一事实，所以是独特的。在细菌内，核糖酶(rnpB)和蛋白质(RnpA)组分都是细胞活力所需要的；rnpB在体外介导tRNA加工，而RnpA还没有稳固确立功能(参见Gossringer等，J Bacteriol，188：6816-6823(2006)；Schedl等，ProcNatl Acad Sci USA，70：2091-2095(1973)；Waugh等，JBacteriol，172：6316-6322(1990))。域检索(参见Letunic等，Nucleic Acids Res，34：D257-260(2006)；Schultz等，Proc Natl Acad SciUSA，95：5857-5864(1998))揭示金黄色葡萄球菌RnpA残基40-111与核糖核酸酶样基序最一致。此外，一些RNA结合位点包埋在这个区域内(参见Spitzfaden等，J Mol Biol，295：105-115(2000))。已经发现大肠杆菌和枯草杆菌RNA酶P消化某些双股RNA模板，如向导RNA和4.5s RNA(参见Lundblad等，Proc Natl Acad Sci U S A，105：2354-2357(2008))。那些模板的裂解严格地需要RnpA(参见Liu等，Cell，77：1093-1100(1994)；Marvin等，J Cell Blochem，108：1244-1251(2009))。如本文中提供的，RNA酶P介导的RNA消化可能取决于rnpB、RnpA或两者。因此，RnpA调控金黄色葡萄球菌RNA降解。
RNA降解可用于鉴别适合抑制细菌核糖核酸酶，因此适用于治疗或预防微生物感染的化合物。在一些实施方案中，可以使用基于荧光的测定来鉴别所述化合物。所述方法可以包括以下步骤：组合RNA、RnpA和荧光染料来形成混合物，使所述混合物与所述化合物接触，以及使用荧光监测细胞中RnpA介导的总细菌RNA降解。与对照相比，荧光降低指示RNA降解。本文中使用的减少的荧光是指与对照相比荧光降低至少约1％。例如，荧光减少可以是与对照相比，荧光减少至少约5％、至少约10％、至少约15％、至少约20％、至少约25％、至少约30％、至少约35％、至少约40％、至少约45％、至少约50％、至少约55％、至少约60％、至少约65％、至少约70％、至少约75％、至少约80％、至少约85％、至少约90％、至少约95％或至少约99％。与对照相比，减少RnpA介导的总细菌RNA降解的化合物可被鉴定为用于治疗或预防微生物感染的化合物。适用于本文中描述的方法的荧光染料包括Quant-iT
Figure BDA0000387159530000311
(Invitrogen；Carlsbad，CA)。
在一些实例中，化合物可以使用如临床和实验室标准协会(Clinical and Laboratory Standards Institute)MIC肉汤微量稀释方案(参见Methods for Dilution Antimicrobial Susceptibility Tests for BacteriaThat Grow Aerobically；核准标准，临床和实验室标准协会(CLSI，过去是NCCLS)，第7版，2006年1月，26(2)，M7-A7；另参见PerformanceStandards for Antimicrobial Susceptibility Testing；第18期信息增刊，临床和实验室标准协会(CLSI，过去是NCCLS)，2008年1月，28(1)，M100-S18)中详细说明的米勒欣顿(Mueller Hinton；MH)肉汤抗菌测定来进一步测定。
本文中提供的化合物和组合物作为细菌RNA酶的抑制剂的活性可以用标准测定(例如HPLC测定)来测量。所述化合物可以在细菌RNA酶酶测定中作为细菌RNA酶的抑制剂来测试。鉴定为细菌RNA酶抑制剂的化合物适用于治疗或预防微生物感染。使用所述测定所测定的化合物和组合物的活性可以用术语IC50报道。本文中使用的IC50是指在测量这种响应的测定中实现最大响应的50％抑制的具体测试化合物的量、浓度或剂量。
在某些方面，公开的化合物和组合物实际上不需合成，但是反而可以用作任何分子建模技术的靶标来预测和表征与细菌RNA酶的相互作用。这是通过结构信息和计算机建模实现的。计算机建模技术允许可视化所选择的分子的三维原子结构以及合理设计将与所述酶相互作用的新化合物。所述酶的三维构建通常取决于来自所选择的分子的x射线结晶学分析或NMR成像的数据。这种数据对于细菌RNA酶来说是可获得的。分子动力学需要力场数据(例如Merck分子力场(Molecular Force Field))。计算机图形系统能够预测新化合物如何与酶连接，并且允许所述化合物的结构的实验操作达到完美的结合特异性。当在一或两个中做出小的变化时，预测相互作用是什么相互作用需要分子力学软件和计算增强的计算机，其通常与在分子设计程序和用户之间的用户友好的、菜单驱动的接口耦接。
分子建模系统的实例是CHARMm和QUANTA程序(PolygenCorporation，Waltham，MA)。CHARMm执行能量最小化和分子动力学功能。QUANTA执行分子结构的构建、图形建模和分析。QUANTA允许分子行为彼此之间交互式构建、改进、可视化和分析。一旦在硅(silico)中鉴定出以希望的方式与细菌RNA酶相互作用的化合物，就可以如本文中所公开来合成和测定实际的化合物。
使用方法
本文中提供治疗、预防或限制受试者的微生物感染的方法。所述方法包括向受试者施用有效量的一种或多种本文中描述的化合物或组合物或其药学上可接受的盐。本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐适用于治疗人(例如，小儿和老人群体)和动物(例如，兽医应用)的微生物感染和癌症。微生物感染包括例如细菌和真菌感染。细菌感染包括由杆菌、球菌、螺旋菌和弧菌引起的感染。在一些实例中，微生物感染是细菌感染(例如，革兰氏阳性细菌感染)。在一些实例中，细菌感染是葡萄球菌感染，如金黄色葡萄球菌。本文中描述的化合物和组合物适用于治疗各种金黄色葡萄球菌感染，包括耐药性金黄色葡萄球菌感染和生物膜相关的金黄色葡萄球菌感染。在一些实施方案中，所述金黄色葡萄球菌感染是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(金黄色葡萄球菌MRSA)。在其它实施方案中，所述金黄色葡萄球菌感染是耐万古霉素金黄色葡萄球菌。任选地，所述金黄色葡萄球菌感染具有多耐药性。在一些实例中，本文中描述的化合物和组合物可用于治疗杆菌感染(例如，炭疽杆菌(Bacillus anthracis)和蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus))、链球菌感染(例如，肺炎链球菌(Streptococcuspneumoniae)和化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes))和肠球菌感染(例如，粪肠球菌(Enterococcus faecalis)和耐万古霉素肠球菌)。
本文中描述的治疗或预防方法还可以包括用一种或多种其它药剂(例如抗菌剂)治疗。所述一种或多种其它药剂和本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐可以以任何顺序施用，包括同时施用，以及以最多相隔几天的时间上隔开的顺序来施用。所述方法还可以包括多于单次施用所述一种或多种其它药剂和／或本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐。所述一种或多种其它药剂和本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐的施用可以通过相同或不同的途径来实现。当用一种或多种其它药剂治疗时，本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐可被组合成包括一种或多种其它药剂的药物组合物。例如，本文中描述的化合物或组合物或其药学上可接受的盐可以与如以下的其它抗菌剂组合成药物组合物：醋氨苯砜(acedapsone)；磺胺苯砜钠(acetosulfone sodium)；阿来霉素(alamecin)；阿立西定(alexidine)；阿姆地诺西林(amdinocillin)；阿姆地诺西林双酯；阿米环素(amicycline)；氨氟沙星(amifloxacin)；甲磺酸氨氟沙星；阿米卡星(amikacin)；硫酸阿米卡星；氨基水杨酸；氨基水杨酸钠；阿莫西林(amoxicillin)；安福霉素(amphomycin)；氨苄西林(ampicillin)；氨苄西林钠；阿帕西林钠(apalcillin sodium)；安普霉素(apramycin)；天冬菌素(aspartocin)；硫酸阿司米星(astromicinsulfate)；阿维霉素(avilamycin)；阿伏帕星(avoparcin)；阿奇毒素(azithromycin)；阿洛西林(azlocillin)；阿洛西林钠；盐酸巴氨西林(bacampicillin hydrochloride)；杆菌肽(bacitracin)；亚甲基双水杨酸杆菌肽；杆菌肽锌；斑伯霉素(bambermycins)；苯沙酸钙；红霉素B(berythromycin)；硫酸倍他霉毒(betamicin sulfate)；比阿培南(biapenem)；比尼霉素(biniramycin)；盐酸珍尼柳酯(biphenaminehydrochloride)；硫酸镁双巯氧吡啶(bispyrithione magsulfex)；布替卡星(butikacin)；硫酸丁酰苷菌素(butirosin sulfate)；硫酸卷曲霉素(capreomycin sulfate)；卡巴氧(carbadox)；羧苄青霉素二钠(carbenicillindisodium)；羧苄青霉素茚满基钠；羧苄青霉素苯基钠；羧苄青霉素钾；卡芦莫南钠(carumonam sodium)；头孢克洛(cefaclor)；头孢羟氨苄(cefadroxil)；头孢孟多(cefamandole)；头孢孟多酯钠(cefamandolenafate)；头孢孟多钠；头孢帕罗(cefaparole)；头孢三嗪(cefatrizine)；头孢氮氟钠(cefazaflur sodium)；头孢唑啉(cefazolin)；头孢唑啉钠；头孢拉宗(cefbuperazone)；头孢地尼(cefdinir)；头孢吡肟(cefepime)；盐酸头孢吡肟；头孢替考(cefetecol)；头孢克肟(cefixime)；盐酸头孢甲肟(cefmenoxime hydrochloride)；头孢美唑(cefmetazole)；头孢美唑钠；头孢尼西单钠(cefonicid monosodium)；头孢尼西钠；头孢哌酮钠(cefoperazone sodium)；头孢雷特(ceforanide)；头孢噻肟钠(cefotaximesodium)；头孢替坦(cefotetan)；头孢替坦二钠；盐酸头孢替安(cefotiamhydroehloride)；头孢西丁(cefoxitin)；头孢西丁钠；头孢咪唑(cefpimizole)；头孢咪唑钠；头孢匹胺(cefpiramide)；头孢匹胺钠；硫酸头孢匹罗(ce中irome sulfate)；头孢泊肟普昔酯(cefpodoximeproxetil)；头孢丙烯(ce中rozil)；头孢沙定(cefroxadine)；头孢磺啶钠(cefsulodin sodium)；头孢他啶(ceftazidime)；头孢布烯(ceftibuten)；头孢唑肟钠(ceftizoXime sodium)；头孢曲松钠(ceftriaxone sodium)；头孢呋辛(cefuroxime)；头孢呋辛酯(cefuroxime axetil)；头孢呋辛匹伏替(cefuroxime pivoxetil)；头孢呋辛钠；头孢赛曲钠(cephacetrile sodium)；头孢氨苄(cephalexin)；盐酸头孢氨苄；氨基苯乙酰头孢菌素(cephaloglycin)；头孢噻啶(cephaloridine)；噻吩头孢菌素钠(cephalothinsodium)；头孢匹林钠(cephapirin sodium)；头孢拉定(cephradine)；盐酸西托环素(cetocycline hydrochloride)；乙酰氯霉素(cetophenicol)；氯霉素；棕榈酸氯霉素；氯霉素泛酸复合物；氯霉素琥珀酸钠；氨基苯磷酸氯己定(chlorhexidine phosphanilate)；氯二甲酚；硫酸氢氯四环素；盐酸氯四环素；西诺沙星(cinoxacin)；环丙沙星(ciprofloxacin)；盐酸环丙沙星；西罗霉素(cirolemycin)；克拉霉素(clarithromycin)；盐酸克林沙星(clinafloxacin hydrochloride)；克林霉素(clindamycin)；盐酸克林霉素；盐酸克林霉素棕榈酸酯；磷酸克林霉素；氯法齐明(clofazimine)；苄星邻氯青霉素(cloxacillin benzathine)；邻氯青霉素钠(cloxacillin sodium)；氯羟喹(cloxyquin)；多粘菌素E甲磺酸钠(colistimethate sodium)；硫酸粘杆菌素(colistin sulfate)；香豆霉素(coumermycin)；香豆霉素钠；环青霉素(cyclacillin)；环丝氨酸；达福普汀(dalfopristin)；氨苯砜(dapsone)；达托霉素(daptomycin)；地美环素(demeclocycline)；盐酸地美环素；去甲四环素(demecycline)；地奴真菌素(denofungin)；二氨藜芦啶(diaveridine)；双氯青霉素(dicloxacillin)；双氯青霉素钠；硫酸双氢链霉素；双硫氧吡啶(dipyrithione)；地红霉素(dirithromycin)；强力霉素(doxycycline)；强力霉素钙；强力霉素磷酸复合物(doxycycline fosfatex)；海克酸强力霉素(doxycycline hyclate)；屈克沙星钠(droxacin sodium)；依诺沙星(enoxacin)；依匹西林(epicillin)；盐酸差向四环素(epitetracyclinehydrochloride)；红霉素(erythromycin)；醋硬脂酸红霉素(erythromycinacistrate)；依托红霉素(erythromycin estolate)；琥乙红霉素(erythromycin ethylsuccinate)；葡庚糖酸红霉素；乳糖酸红霉素；丙酸红霉素；硬脂酸红霉素；盐酸乙胺丁醇；乙硫异烟胺；氟罗沙星(fleroxacin)；氟氯青霉素(floxacillin)；氟氘丙氨酸(fludalanine)；氟甲喹(flumequine)；磷霉素(fosfomycin)；磷霉素氨丁三醇；呋莫西林(fumoxicillin)；呋唑氯铵；酒石酸呋噻咪唑(furazolium tartrate；夫西地酸钠(fusidate sodium)；夫西地酸；硫酸庆大霉素(gentamicin sulfate)；格洛莫南(gloximonam)；短杆菌肽(gramicidin)；卤普罗近(haloprogin)；海他西林(hetacillin)；海他西林钾；海克西定(hexedine)；依巴沙星(ibafloxacin)；亚胺培南(imipenem)；异康唑(isoconazole)；异帕米星(isepamicin)；异烟肼；交沙霉素(josamycin)；硫酸卡那霉素(kanamycinsulfate)；吉他霉素(kitasamycin)；左呋喃他酮(levofuraltadone)；左普匹西林钾(levopropylcillin potassium)；来红霉素(lexithromycin)；林可霉素(lincomycin)；盐酸林可霉素；洛美沙星(lomefloxacin)；盐酸洛美沙星；甲磺酸洛美沙星；氯碳头孢(loracarbef)；磺胺米隆(mafenide)；甲氯环素(meclocycline)；磺基水杨酸甲氯环素；磷酸巨霉素钾(megalomicin potassium)；美喹多司(mequidox)；美罗培南(meropenem)；甲烯土霉素(methacycline)；盐酸甲烯土霉素；乌洛托品(methenamine)；马尿酸乌洛托品；杏仁酸乌洛托品；甲氧西林钠；美替普林(metioprim)；盐酸甲硝哒唑(metronidazole hydrochloride)；磷酸甲硝哒唑；美洛西林(mezlocillin)；美洛西林钠；米诺环素(minocycline)；盐酸米诺环素；盐酸米林霉素(mirincamycinhydrochloride)；莫能菌素(monensin)；莫能菌素钠；萘夫西林钠(nafcillinsodium)；萘啶酮酸钠(nalidixate sodium)；萘啶酮酸；纳他霉素(natainycin)；尼拉霉素(nebramycin)；棕榈酸新霉素；硫酸新霉素；十一烯酸新霉素；硫酸奈替米星(netilmicin sulfate)；中性霉素(neutramycin)；硝呋唑烯(nifuiradene)；硝呋地腙(nifuraldezone)；硝呋太尔(nifuratel)；硝呋隆(nifuratrone)；硝呋达齐(nifurdazil)；硝呋米特(nifurimide)；硝呋吡醇(nifiupirinol)；硝呋奎唑(nifurquinazol)；硝呋噻唑(nifurthiazole)；硝环素(nitrocycline)；呋喃妥因(nitrofurantoin)；硝米特(nitromide)；诺氟沙星(norfloxacin)；新生霉素钠(novobiocinsodium)；氧氟沙星(ofloxacin)；昂纳妥普瑞(onnetoprim)；苯唑西林(oxacillin)；苯唑西林钠；肟莫南(oximonam)；肟莫南钠；恶喹酸(oxolinic acid)；土霉素(oxytetracycline)；土霉素钙；盐酸土霉素；帕地霉素(paldimycin)；对氯苯酚；保洛霉素(paulomycin)；培氟沙星(pefloxacin)；甲磺酸培氟沙星；培那西林(penamecillin)；苄星青霉素G(penicillin G benzathine)；青霉素G钾；青霉素G普鲁卡因(penicillinG procaine)；青霉素G钠；青霉素V；苄星青霉素V；海巴明青霉素V(penicillin V hydrabamine)；青霉素V钾；戊胺唑酮钠(pentizidonesodium)；氨基水杨酸苯酯；哌拉西林钠(piperacillin sodium)；吡苄西林钠(pirbenicillin sodium)；吡地西林钠(piridicillin sodium)；盐酸盐酸吡利霉素(pirlimycin hydrochloride)；盐酸匹氨青霉素(pivampicillinhydrochloride)；双羟萘酸匹氨青霉素(pivampicillin pamoate)；丙苯酸匹氨青霉素(pivampicillin probenate)；硫酸多粘菌素B；泊非霉素(porfiromycin)；普匹卡星(propikacin)；吡嗪酰胺(pyrazinamide)；吡啶硫酮锌(pyrithione zinc；醋酸喹地卡明(quindecamine acetate)；奎奴普丁(quinupristin)；消旋甲砜霉素(racephenicol)；雷莫拉宁(ramoplanin)；雷尼霉素(ranimycin)；雷洛霉素(relomycin)；瑞普米星(repromicin)；利福布汀(rifabutin)；利福美坦(rifametane)；利福克昔(rifamexil)；利福酰胺(rifamide)；利福平(rifampin)；利福喷丁(rifapentine)；利福昔明(rifaximin)；罗利环素(rolitetracycline)；硝酸罗利环素；蔷薇霉素(rosaramicin)；丁酸蔷薇霉素；丙酸蔷薇霉素；磷酸蔷薇霉素钠；硬脂酸蔷薇霉素；罗索沙星(rosoxacin)；洛克沙砷(roxarsone)；罗红霉素(roxithromycin)；山环素(sancycline)；山费培南钠(sanfetrinem sodium)；沙莫西林(sarmoxicillin)；沙匹西林(sarpicillin)；吸水真菌素(scopafungin)；西索米星(sisomicin)；硫酸西索米星；司帕沙星(sparfloxacin)；盐酸大观霉素(spectinomycin hydrochloride)；螺旋霉素；盐酸司他霉素(stallimycin hydrochloride)；司替霉素(steffimycin)；硫酸链霉素；链霉素异烟胼；磺胺苯(sulfabenz)；磺胺苯酰(sulfabenzamide)；磺胺醋酰(sulfacetamide)；磺胺醋酰钠；磺胺西汀(sulfacytine)；磺胺嘧啶(sulfadiazine)；磺胺嘧啶钠；磺胺多辛(sulfadoxine)；磺胺林(sulfalene)；磺胺甲嘧啶(sulfamerazine)；磺胺对甲氧嘧啶(sulfameter)；磺胺二甲嘧啶(sulfamethazine)；磺胺甲噻二唑(sulfamethizole)；磺胺甲恶唑(sulfamethoxazole)；磺胺间甲氧嘧啶(sulfamonomethoxine)；磺胺恶唑(sulfamoxole)；磺胺酸锌(sulfanilatezinc)；磺胺硝苯(sulfanitran)；柳氮磺吡啶(sulfasalazine)；磺胺噻唑(sulfathiazole)；磺胺甲苯吡唑(sulfazamet)；磺胺异恶唑(sulfisoxazole)；磺胺醋酰异恶唑(sulfisoxazole acetyl)；磺胺异恶唑二乙醇胺(sulfisboxazole diolamine)；磺粘菌素(sulfomyxin)；硫培南(sulopenem)；舒他西林(sultamricillin)；磺氨苄青霉素钠(suncillin sodium)；盐酸酞氨西林(talampicillin hydrochloride)；替考拉宁(teicoplanin)；盐酸替马沙星(temafloxacin hydrochloride)；替莫西林(temocillin)；四环素；盐酸四环素；四环素磷酸复合物；四氧普林(tetroxoprim)；甲砜霉素(thiamphenicol)；苯硫甲青霉素钾(thiphencillin potassium)；替卡西林甲酚钠(ticarcillin cresyl sodium)；替卡西林二钠；替卡西林单钠；替克拉酮(ticlatone)；氯化氯苯噻碘(tiodonium chloride)；妥布霉素(tobramycin)；硫酸妥布霉素；托氟沙星(tosufloxacin)；甲氧苄啶(trimethoprim)；硫酸甲氧苄啶；三重磺胺嘧啶(trisulfapyrimidine)；醋竹桃霉素(troleandomycin)；硫酸丙大观霉素(trospectomycin sulfate)；短杆菌素(tyrothricin)；万古霉素；盐酸万古霉素；维及尼霉素(virginiamycin)或佐博霉素(zorbamycin)。
本文中进一步提供抑制细菌核糖核酸酶(如金黄色葡萄球菌RNA酶P的蛋白质组分)的方法。在一些实施方案中，细菌核糖核酸酶是RnpA。所述方法包括使细菌核糖核酸酶与有效量的一种或多种本文中描述的化合物或组合物接触。这些量足以在体内或体外获得所述组合物的化合物或活性组分的治疗有效浓度。
本文中描述的方法和化合物适用于预防性治疗和治疗性治疗。本文中使用的术语治疗(treating)或治疗(treatment)包括预防；延迟发作；发作之后的体征或症状恶化的减弱、根除或延迟；以及预防复发。对于预防性使用来说，在发作之前(例如，在细菌感染的明显体征之前)、早期发作期间(例如，初始出现细菌感染体征和症状)或确立发炎反应或出现细菌感染之后向受试者施用治疗有效量的本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐。预防性施用可以在显现感染症状之前的几天至几年发生。例如，预防性施用可以在暴露于金黄色葡萄球菌的受试者的预防性治疗中使用。治疗性治疗涉及在确诊细菌感染之后向受试者施用治疗有效量的本文中描述的化合物和组合物或其药学上可接受的盐。
套件
本文中还提供用于治疗或预防受试者的炎症或癌症的套件。套件可以包括本文中描述的任何化合物或组合物。例如，套件可以包括式I化合物或式II化合物。套件可以进一步包括一种或多种抗菌剂(例如，苯唑西林)。套件可以包括本文中描述的任何化合物或组合物的口服制剂。套件可以额外包括套件的使用说明(例如，治疗受试者的说明书)。
以下实施例意图进一步说明本文中描述的方法和化合物的某些方面，而不希望限制权利要求书的范畴。
实施例
金黄色葡萄球菌RNA降解因子是凭经验鉴别的，并且如下文显示的，它们被证明代表了有前途的抗微生物药物开发靶标。为此，利用了金黄色葡萄球菌引起感染的能力部分是因为毒力因子的广泛谱系的时序表达这一事实，这些毒力因子中有许多在实验室培养条件期间是以细胞密度依赖性方式调控的(参见Novick，R.P.，Mol Microbiol，48：1429-1449(2003))。随后进行研究来确定金黄色葡萄球菌毒力因子表达中的生长期调控的变化是否在mRNA降解的水平发生以及这个过程中涉及的蛋白质是否可以包括生物体的RNA降解机制的成员。因此，使用Affymetrix GeneChips来比较在指数期和静止期生长期间的充分表征的金黄色葡萄球菌毒力因子的mRNA衰变率。
结果显示在两种生长期之间，许多金黄色葡萄球菌毒力因子转录物的mRNA转换性质是不同的。此外，发现指数期和静止期细胞的总mRNA衰变性质显著不同；884种金黄色葡萄球菌mRNA物质在静止期生长期间是稳定的。在表达与mRNA衰变相关的基因中有核糖核酸酶P(RnpA)的蛋白质组分，表明它可以在大量mRNA转换中发挥作用。与那种可能性一致的是，证明重组型金黄色葡萄球菌RnpA在体外显示核糖核酸酶活性以及RnpA耗尽的细胞显示降低的mRNA降解。因为RnpA是一种必需的金黄色葡萄球菌酶，它的哺乳动物蛋白具有低的氨基酸保守性，所以它是抗微生物药物发现的适当的靶标。因此，使用高通量和次级筛选测定来鉴别RnpA介导的RNA降解的小分子抑制剂。这些试剂之一显示抑制金黄色葡萄球菌mRNA转换，显示针对MRSA、VISA和VRSA以及具有高RnpA保守性的其它革兰氏阳性病原体的抗微生物活性，并且在鼠类急性致死感染模型中限制发病。总体来说，这些结果显示RnpA是一种金黄色葡萄球菌RNA降解机制的先前未被表征的成员并且验证了它作为抗微生物药物发现靶标的效用。
实施例1：金黄色葡萄球菌转换中的生长期依赖性改变
对于半衰期测定，使金黄色葡萄球菌菌株UAMS-1、RN4220(pCN51；含有CdCl2诱导型启动子的质粒)、RN4220(pRNPA；能够产生全长rnpA mRNA的pCN51)或RN4220(pRNPA-A.S.；能够产生rnpA反义RNA的pCN51)生长至指数期中期或静止期，添加利福平(rifampin)(200μg／ml)来中止转录，并且在转录中止后0分钟、2.5分钟、5分钟、15分钟和30分钟取菌株UAMS-1的等分试样。为保存试剂，在转录中止后0分钟和10分钟取RN4220衍生物的等分试样。接种确保培养物没有出现利福平抗性。除了RN4220pRNPA-A.S.细胞评估四次之外，每个菌株和／或生长期评估两次。从每个等分试样中分离RNA，标记，杂交到金黄色葡萄球菌GeneChip(Affymetrix；Santa Clara，CA)中，平均复本，并且如先前描述(参见Anderson等，JBacteriol，188：6739-6756(2006)；Roberts等，J Bacteriol，188：2593-2603(2006))测定所有mRNA物质的mRNA半衰期。为测量抑制剂激发细胞的mRNA转换特征，用0.5X MIC的RnpA抑制剂或等体积化合物溶剂(DMSO)处理指数期金黄色葡萄球菌30分钟。随后中止转录物合成并且在转录中止后0分钟和5分钟测量mRNA物质的转录物滴度(参见Anderson等，J Bacteriol，188：6739-6756(2006)；Roberts等，J Bacteriol，188：2593-2603(2006))。
结果显示在两种生长期之间，许多(41％)毒力因子转录物的mRNA转换性质不同，表明mRNA转换中的调控的变化可能影响它们的表达。此外，观察到生物体产生至少五种静止期特异性的小的稳定RNA(SSR)，即一类假设的调控性非编码RNA分子(参见Anderson等，J Bacteriol，188：6739-6756(2006)；Roberts等，J Bacteriol，188：2593-2603(2006))。此外，指数期和静止期细胞的总mRNA转换性质显著不同。与先前的测量结果一致，发现大部分(90％)指数期转录物迅速降解(半衰期≤5分钟)，9％显示中等稳定性(半衰期>5分钟但≤30分钟)，以及1％是稳定的(半衰期≥30分钟)(参见Anderson等，JBacteriol，188：6739-6756(2006)；Roberts等，J Bacteriol，188：2593-2603(2006))。然而，在静止期生长期间，76％、21％和3％的mRNA物质分别显示短的、中等的以及稳定的半衰期(图1)。RNA酶J1和RNA酶Y都没有发现以生长期依赖性的方式有差别地表达。在静止期生长期间受抑制的367个基因中有rnpA，它编码核糖核酸酶P(RNA酶P)的蛋白质组分。
实施例2：金黄色葡萄球菌RnpA显示核糖核酸酶活性并且影响细胞mRNA降解
蛋白质纯化
对每个假定的金黄色葡萄球菌核糖核酸酶预测的开放阅读框架进行PCR扩增并且插入质粒pET-30Ek／LIC(Novagen；Madison WI)的不依赖连接的克隆位点(ligation-independent cloning site)。测序证实这在质粒的异丙基β-D-1-硫代半乳糖哌喃糖苷(isopropylβ-D-1-thiogalactopyranoside；IPTG)诱导型启动子的控制下将六聚组氨酸标签融合到每种蛋白质的N端。转型之后，通过Ni+2亲和力色谱法从在IPTG存在下生长(4小时)的大肠杆菌BL21(DE3)细胞中纯化每种蛋白质。更具体来说，将10g细胞团悬在含有complete mini无EDTA蛋白酶抑制剂片剂(Roche；Branford，CT)和20mM咪唑的50ml缓冲液A(300mM NaCl、50mM Na2HPO4，pH7.4)中。细胞通过在15,000psi下七次穿过Emulsifex-C3微射流机(Avestin Inc.；Ottawa，Canada)来破裂。通过在12,000×g离心30分钟除去细胞碎片并且将上清液加入具有AKTA-FPLC高效液相色谱系统(GE HealthcareBio-Sciences；Pittsburgh，PA)的5mL Ni-NTA FF-crude亲和柱(GEHealthcare Bio-Sciences；Piscataway，NJ)上。用在缓冲液A中的线性咪唑梯度(80mM至500mM)洗脱单个峰中的蛋白质。通过考马斯(Coomasie)染色的SDS-PAGE和基质辅助激光脱附／离子化(MALDI)分析光谱法(Wistar Institute；Philadelphia，PA)来评估每种蛋白质的存在。
质粒
分别在金黄色葡萄球菌穿梭载体pCN51的诱导型CdCl2的控制下，质粒pRNPA-S和pRNPA-A.S.含有包括预测的正义和反义取向的夏因-达尔加诺序列(Shine-Delgarno sequence)的假定的rnpA转录单元(参见Charpentier等，Appl Environ Microbiol，70：6076-6085(2004))。简要地说，使用分别含有5′端EcoRI和KpnI限制酶位点(下划线)的引物5′GAATTCTCAAATAAAAACGATAAATAAGCGAGTGATGTTA(正向)(SEQ ID NO.1)和5′GGTACCTTACTTAATCTTTTTATTAAAAACTTTGGCAA(反向)(SEQ ID NO.2)，或限制酶序列已被逆转的引物将rnpA开放阅读框架和34nt上游序列从金黄色葡萄球菌菌株UAMS-1中进行PCR扩增。将所生成的PCR产物连接到pCRII-TOPO载体中并且转型到大肠杆菌INVαF′细胞中用于增殖(Invitrogen，Carlsbad，CA)。随后使用QIAprep Spin Miniprep Kits(Qiagen，Valencia，CA)纯化质粒DNA，随后用EcoRI和KpnI消化以释放质粒插入物，使用QIAquick GelExtraction Kit(Qiagen)对其进行凝胶纯化并且连接到EcoRI和KpnI消化的pCN51。DNA测序证实质粒pRNPA-S和pRNPA-A.S的完整性。
蛋白质印迹
通过Invitrogen(Carlsbad，CA)产生亲和力纯化的PolyQuik兔金黄色葡萄球菌RnpA多克隆抗体。在补充有诱导RNA表达的2.5μMCdCl2和用于质粒维持的10μg／ml红霉素的TSB介质中生长30分钟之后，从含有质粒载体(pCN51)、RnpA过表达质粒(pRNPA-S)或RnpA反义RNA质粒(pRNPA-A.S.)的RN4220细胞分离总细菌蛋白。通过常规Bradford测定来测定所得的蛋白质浓度并且在10％SDS聚丙烯酰胺凝胶中使2.0μg每种蛋白质样品或纯化的金黄色葡萄球菌RnpA进行电泳并且转移至聚偏氟乙烯膜(Millipore，Billerica，MA)中。用10％牛奶封闭膜，洗涤，用兔RnpA抗体(1：1000稀释物)孵育，洗涤，用辣根过氧化酶缀合的抗兔抗体(1：1000稀释物；GE Healthcare)孵育并且按照制造商建议(GE Healthcare)使用Amersham ECL蛋白质印迹系统处理。
结果
发现重组型金黄色葡萄球菌RnpA催化rRNA和葡萄球菌蛋白A(spa)mRNA(图2B和图2C)以及三种其它测试的mRNA物质的消化。在这些测定条件期间，其它假定的金黄色葡萄球菌核糖核酸酶(包括RNA酶III、RNA酶HII、RNA酶HIII、RNA酶Y、RNA酶J1和BN)没有显示等效的RNA降解活性(图2B)。SDS-PAGE和基质辅助激光脱附／离子化(MALDI)分析证实观察到的核糖核酸酶活性与金黄色葡萄球菌RnpA的存在相关(图2A)。在图2A中，通过串联质谱(Wistar Institute；Philadelphia，PA)证实在约17.2kDa处的带(实线箭头；带2)是金黄色葡萄球菌RnpA，而确定顶部的少量污染物(虚线箭头)是大肠杆菌50S核糖体蛋白L3(带1)或金黄色葡萄球菌RnpA多肽片段，其对应于氨基酸11-107(带3和带4)或12-107(带5)。尽管如此，大约1000倍过量的(25μg)在上述核糖核酸酶测定中使用的RnpA纯化产物的SDS-PAGE评估显示在蛋白质制剂内有痕量的四种其它多肽，从而提高了污染性大肠杆菌核糖核酸酶可能与RnpA产物一起存在的可能性。MALDI分析显示这些蛋白质是以下的身份：大肠杆菌核糖体蛋白L3，和三种金黄色葡萄球菌RnpA片段，其与成的熟替代性转译产物相比，大概反映蛋白质制备期间的全长RnpA的蛋白水解性降解。没有检测到大肠杆菌核糖核酸酶，表明蛋白质制剂的核糖核酸分解活性可能是归因于金黄色葡萄球菌RnpA。此外，逆转录酶介导的PCR显示在制剂中不可检测到大肠杆菌rnpB，从而确定RnpA核糖核酸酶活性不是由于由金黄色葡萄球菌RnpA和大肠杆菌rnpB RNA组成的嵌合RNA酶P分子的形成。实际上，在标准的和提高的Mg+2反应条件期间，体外合成的大肠杆菌rnpB既不催化金黄色葡萄球菌RNA降解(单独的)，又不影响RnpA介导的RNA消化的活性。
虽然金黄色葡萄球菌RNA酶J1在本文中使用的反应条件中显示低的核糖核酸分解活性，但是随后的研究显示它在不同的缓冲条件中是一种强力的核糖核酸酶(参见Even等，Nucleic AcidsRes，33：2141-2152(2005))，并且能够用作进一步评价金黄色葡萄球菌RnpA的假定的体外核糖核酸酶活性的对照。更具体来说，评估了它的RnpA介导的spa mRNA降解是否能够通过添加亲和力纯化的兔多克隆金黄色葡萄球菌RnpA抗体来抑制。初步研究没有显示抗体限制RnpA或RNA酶J1核糖核酸分解活性。然而，预期免疫球蛋白混合物内抗体的唯一子集可以识别影响酶活性的RnpA抗原表位，spa消化产物的逆转录PCR扩增被用作监测所述抗体对RnpA介导的转录物降解有(如果有)什么作用的更敏感的方法。结果显示抗体添加的确实际上微弱地抑制全长spa mRNA的RnpA介导的降解，但是对RNA酶J1活性没有影响(图2D)。等量的预免疫血清对RnpA活性没有影响。总之，这些数据表明金黄色葡萄球菌RnpA的先前没有被识别的功能是RNA消化功能。
预期必需的细菌RNA转换蛋白的小分子抑制剂干扰细菌生长并且代表新一类的抗微生物剂。在那个方面，金黄色葡萄球菌RnpA是一种报道的必需酶(参见Chaudhuri等，BMC Genomics，10：291(2009)；Ji等，Science，293：2266-2269(2001))，因此可能被认为是化学治疗剂开发的靶标。实际上，预测与-34至+353rnpA mRNA转译起始位点(在质粒pCN51的氯化镉诱导型启动子的控制下(参见Charpentier等，Appl Environ Microbiol，70：6076-6085(2004)))互补的反义RNA分子的诱导限制在10μM诱导剂存在下的金黄色葡萄球菌增殖。相反，在不存在诱导剂的情况下，没有观察到表达对应正义股RNA分子或反义质粒菌株的细胞的生长缺陷(图3)。这些结果表明金黄色葡萄球菌RnpA是一种必需的蛋白质。此外，使用这种rnpA反义RNA系统，评估了RnpA是否影响金黄色葡萄球菌细胞mRNA转换。因此，测量了只含有质粒载体的细胞或含有带有质粒的rnpA mRNA或rnpA反义RNA的复本的细胞在2.5μM CdCl2存在下的生长期间的RNA降解性质。如图3所示，凭经验确定2.5μM氯化镉是允许分别在rnpAmRNA或rnpA反义表达菌株内的RnpA产量提高或降低，但是不限制产生反义RNA的菌株的细菌生长的最优浓度。因此，RNA转换分析显示降低的RnpA水平与许多mRNA物质的稳定相关，表明所述酶促进大量细胞RNA降解。更具体来说，发现在过表达RnpA并含有载体的细胞中产生的全部指数期转录物的88％和87％分别显示小于10分钟的半衰期。RnpA过表达不加速细胞RNA降解这一发现可能表明蛋白质的RNA降解活性取决于保持在野生型水平的辅因子，或所述蛋白质没有达到有效增加RNA转换的浓度。
实施例3：RnpA介导的RNA降解的小分子抑制剂的鉴别
以上结果表明金黄色葡萄球菌RnpA是一种必需的酶，它显示体外核糖核酸酶活性并且参与细胞RNA降解。此外，所述蛋白质遍及革兰氏阳性菌是相当保守的，但是对于哺乳动物蛋白质缺少氨基酸保守，使它成为新型抗生素药物开发的有吸引力的靶标。因此，使用基于荧光的高通量测定来筛选RnpA介导的RNA降解的小分子抑制剂的29,066种商业化合物(ActiProbe-25K和Natural product文库；Timtec；Newark，DE)。
具体来说，在ActiProbe-25K和Natural Product文库的成员(总计29,940种化合物；TimTec Inc.；Newark，DE)中筛选金黄色葡萄球菌RnpA介导的总细菌RNA降解的小分子抑制剂。所有反应(50μl)都在96孔格式中进行，并且在1X反应缓冲液(2mM NaCl、2mM MgCl2、50mM Tris-HCl，pH6.0)中含有20pmol RnpA、200ng金黄色葡萄球菌总RNA和约5μM的每种化合物。将混合物在37℃孵育20分钟，期间添加Quant-iT
Figure BDA0000387159530000461
(100μl；Invitrogen)来定量剩余RNA底物的量。按照剩余底物／起始底物*100计算酶抑制百分比。对于抑制滴定测定，将1pmol的spa mRNA与单独的20pmol RnpA(阳性对照)或在一种或四种化合物存在下在37℃孵育一小时。化合物包括递增量(0μM、2.5μM、5μM、10μM、12.5μM、15μM、17.5μM和20μM)的RNPA-2000(在图4中标记为ST003531)；递增量(0μM、2.5μM、5μM、10μM、12.5μM、15μM、20μM和25μM)的RNPA-3000(在图4中标记为ST0006630)；递增量(0μM、25μM、50μM、100μM、200μM、400μM、800μM和1000μM)的ST040225；以及ST025201(0μM、1μM、2.5、5μM、10μM、25μM和50μM)。此后，将20μl每种反应混合物在含有1.2％甲醛的琼脂糖凝胶中进行电泳并且观察溴化乙锭染色。
化合物RNPA-2000、RNPA-3000和ST025201显示针对10种优势的美国MRSA系抑制RnpA介导的RNA降解(参见图4)。RNPA-2000、RNPA-3000和ST025201的表观IC50值分别是15μM至20μM、12.5μM至20μM和5μM至10μM。
实施例4：抗微生物敏感度测试
使用阳离子调节的米勒-欣顿肉汤或补充有5％溶解马血的MH肉汤(用于测试链球菌属(Streptotococcus spp.))，按照临床和实验室标准协会(CLSI)准则，通过肉汤微量稀释法测定了RNPA-2000(在图4中标记为ST003531)、RNPA-3000(在图4中标记为ST0006630)、ST040225和ST025201针对细菌的体外活性。用105个菌落形成单位(CFU)／ml接种含有化合物1000的连续稀释物(0μg/ml、4μg/ml、8μg／ml、16μg/ml、32μg／ml、64μg/ml和128μg／ml)的微量滴定板并且在37℃下孵育18小时。每种分离物的MIC定义为通过肉眼检测完全抑制生物体生长的每种化合物的最低浓度。如图4中所示，RNPA-2000、RNPA-3000和ST040225针对MRSA显示适度的抗微生物活性。
实施例5：细胞毒性测定
随后评估了对应于有效细菌MIC值(10-50μg/ml)的RnpA抑制剂浓度是否引起人细胞的细胞毒性。将HepG2人肝细胞(105个细胞)接种在微量滴定板的单个孔中并且在补充有10％胎牛血清的杜贝可氏改良的伊格尔培养基(Dulbecco′s Modified Eagle Media)中在5％二氧化碳、37℃下孵育16小时。随后用丝裂霉素C(5μg／ml或10μg/ml；阳性对照)或1倍、2倍或4倍(1X、2X、4X)指定RnpA抑制化合物的MIC值激发细胞48小时。在代谢活性的细胞内添加并随后还原四氮唑盐(tetrazolium salt)(MTT)之后，按照制造商建议(美国典型微生物菌种保藏中心；Manassas，VA)，通过分光光度法(570nm)测量细胞活力。
MTT细胞增殖测定的测量结果显示ST025201引起人毒性作用(参见图5)。因此，虽然所述药剂抑制RnpA并且显示抗微生物作用，但是它不是一种适用于进一步开发的引导分子。相反地，ST040225、ST006630(即RNPA-3000)和ST003531(即RNPA-2000)不会影响人细胞存活率(参见图5)。总之，RNPA-2000和RNPA-3000显示优良的RnpA抑制活性、良好的抗葡萄球菌活性，并且不会引起人细胞毒性。
随附的权利要求书的化合物和方法的范畴不受限于本文中描述的特定化合物和方法，本文中描述的化合物和方法意图作为权利要求书的几个方面的说明，并且功能等效的任何化合物和方法都在本公开的范畴内。除了本文中示出和描述的化合物和方法之外，希望所述化合物和方法的各种修改属于随附的权利要求书的范畴。此外，虽然仅特定描述了某些代表性化合物、方法以及这些化合物和方法的方面，但是希望其它化合物和方法以及所述化合物和方法的各种特征的组合也属于随附的权利要求书的范畴，即使不特定地叙述也是如此。因此，本文中可以明确地提到步骤、要素、组分或组元的组合；然而，即使不明确说明，也包括步骤、要素、组分和组元的所有其它组合。
Figure IDA0000387159580000011

Claims (22)

1.一种治疗或预防受试者的微生物感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：
Figure FDA0000387159520000011
或其药学上可接受的盐或前药，其中：
Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；
L是
Figure FDA0000387159520000012
或其中X1和X2各自独立地是O或S，并且其中X3是CH2或NH；且
R1、R2、R3、R4、R5和R6各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。
2.如权利要求1所述的方法，其中Ar选自由以下组成的组：取代的或未取代的呋喃、取代的或未取代的噻吩或取代的或未取代的苯基。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述RNA酶抑制剂是
Figure FDA0000387159520000021
4.一种治疗或预防受试者的微生物感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂：
Figure FDA0000387159520000022
或其药学上可接受的盐或前药，其中：
A1、A2、A3、A4和A5各自独立地选自N和CR1；
R1、R2和R3各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；
R4和R5各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；且
Y是O、S或NR5。
5.如权利要求4所述的方法，其中所述RNA酶抑制剂是
Figure FDA0000387159520000023
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述微生物感染是细菌感染。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌感染是革兰氏阳性细菌感染。
8.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌感染是葡萄球菌感染。
9.如权利要求6所述的方法，其中所述细菌感染是金黄色葡萄球菌感染。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是耐药性金黄色葡萄球菌感染。
11.如权利要求9所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌感染是生物膜相关的金黄色葡萄球菌感染。
12.如权利要求1至11中任一项所述的方法，其中所述RNA酶抑制剂是RnpA抑制剂。
13.如权利要求1至11中任一项所述的方法，所述方法进一步包括施用第二化合物，其中所述第二化合物是抗菌化合物。
14.一种抑制细菌核糖核酸酶的方法，所述方法包括使所述细菌核糖核酸酶与有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂或其药学上可接受的盐或前药接触：
Figure FDA0000387159520000031
其中：
Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；
L是
或
Figure FDA0000387159520000042
其中X1和X2各自独立地是O或S，并且其中X3是CH2或NH；且
R1、R2、R3、R4、R5和R6各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基。
15.一种抑制细菌核糖核酸酶的方法，所述方法包括使所述细菌核糖核酸酶与有效量的具有以下结构的RNA酶抑制剂或其药学上可接受的盐或前药接触：
Figure FDA0000387159520000043
其中：
A1、A2、A3、A4和A5各自独立地选自N和CR1；
R1、R2和R3各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；
R4和R5各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；且
Y是O、S或NR5。
16.如权利要求14或15所述的方法，其中所述细菌核糖核酸酶是金黄色葡萄球菌RNA酶P。
17.如权利要求14或15所述的方法，其中所述细菌核糖核酸酶是RnpA。
18.如权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述接触发生在体内。
19.如权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述接触发生在体外。
20.一种化合物，其具有以下结构：
Figure FDA0000387159520000051
或其药学上可接受的盐或前药，其中：
Ar是取代的或未取代的芳基或取代的或未取代的杂芳基；
L是
Figure FDA0000387159520000061
或
Figure FDA0000387159520000062
其中X1和X2各自独立地是O或S，并且其中X3是CH2或NH；且
R1、R2、R3、R4、R5和R6各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基，
其中如果R1和R2是甲基，R3、R4、R5和R6是氢，并且Ar是未取代的呋喃，那么L不是
Figure FDA0000387159520000063
21.一种化合物，其具有以下结构：
Figure FDA0000387159520000064
或其药学上可接受的盐或前药，其中：
A1、A2、A3、A4和A5各自独立地选自N和CR1；
R1、R2和R3各自独立地选自氢、卤素、羟基、氰基、硝基、取代的或未取代的氨基、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基、取代的或未取代的杂炔基、取代的或未取代的芳基、取代的或未取代的杂芳基、取代的或未取代的烷氧基、取代的或未取代的芳氧基或取代的或未取代的羧基；
R4和R5各自独立地选自氢、取代的或未取代的烷基、取代的或未取代的杂烷基、取代的或未取代的烯基、取代的或未取代的杂烯基、取代的或未取代的炔基或取代的或未取代的杂烷基；且
Y是O、S或NR5，
其中如果A1、A2、A4和A5是CH，R2和R3是氢，A3是CCl，并且Y是S，那么R4不是-CH2CH2CO2H。
22.一种组合物，其包含一种或多种如权利要求20或21所述的化合物和药学上可接受的载体。
CN201280015124.6A 2011-01-26 2012-01-26 小分子rna酶抑制剂和使用方法 Active CN103635193B (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201161436342P 2011-01-26 2011-01-26
US61/436342 2011-01-26
PCT/US2012/022724 WO2012103336A1 (en) 2011-01-26 2012-01-26 Small molecule rnase inhibitors and methods of use

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN103635193A true CN103635193A (zh) 2014-03-12
CN103635193B CN103635193B (zh) 2017-02-08

Family

ID=46581163

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201280015222.XA Pending CN103635191A (zh) 2011-01-26 2012-01-26 小分子rna酶抑制剂和使用方法
CN201280015124.6A Active CN103635193B (zh) 2011-01-26 2012-01-26 小分子rna酶抑制剂和使用方法

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201280015222.XA Pending CN103635191A (zh) 2011-01-26 2012-01-26 小分子rna酶抑制剂和使用方法

Country Status (7)

Country Link
US (4) US9089545B2 (zh)
EP (3) EP3243513B1 (zh)
JP (3) JP6010548B2 (zh)
CN (2) CN103635191A (zh)
AU (2) AU2012211253B2 (zh)
CA (2) CA2825907C (zh)
WO (2) WO2012103295A2 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107106533A (zh) * 2014-10-31 2017-08-29 罗切斯特大学 用于治疗微生物感染的增效组合物

Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2012103295A2 (en) 2011-01-26 2012-08-02 University Of Rochester Small molecule rnase inhibitors and methods of use
HRP20220522T1 (hr) 2014-08-04 2022-06-10 Nuevolution A/S Proizvoljno kondenzirani heterociklil-supstituirani derivati pirimidina koji su korisni za liječenje upalnih, metaboličkih, onkoloških i autoimunih bolesti
CN107208106A (zh) * 2014-12-09 2017-09-26 韩国科学技术院 通过降低rnpA基因表达制备重组蛋白的方法
WO2016093606A1 (ko) * 2014-12-09 2016-06-16 한국과학기술원 rnpA 유전자 발현감소를 통한 재조합단백질의 제조방법
AU2018352695A1 (en) 2017-10-19 2020-05-28 Effector Therapeutics, Inc. Benzimidazole-indole inhibitors of Mnk1 and Mnk2
MX2022007265A (es) 2019-12-20 2022-09-09 Nuevolution As Compuestos activos frente a receptores nucleares.
MX2022012260A (es) 2020-03-31 2022-11-30 Nuevolution As Compuestos activos frente a receptores nucleares.
US11613532B2 (en) 2020-03-31 2023-03-28 Nuevolution A/S Compounds active towards nuclear receptors

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030134904A1 (en) * 2001-09-21 2003-07-17 Tony Giordano Inhibitors of RNase P proteins as antibacterial compounds
US6936432B2 (en) * 2000-03-01 2005-08-30 Message Pharmaceuticals Bacterial RNase P proteins and their use in identifying antibacterial compounds

Family Cites Families (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DD264918A1 (de) * 1987-11-26 1989-02-15 Paedagogische Hochschule Lisel Verfahren zur herstellung von 1,4-diacyl-thiosemicarbaziden
JPH03182742A (ja) * 1989-12-12 1991-08-08 Fuji Photo Film Co Ltd ハロゲン化銀写真感光材料
US20020123077A1 (en) 2000-09-29 2002-09-05 O'toole George A. Novel compounds capable of modulating biofilms
US20020052396A1 (en) * 2001-04-23 2002-05-02 Bailey Thomas R. Compounds, compositions and methods for treating or preventing viral infections and associated diseases
US20050042674A9 (en) 2002-02-21 2005-02-24 Lin Yu Common ligand mimics: thiazolidinediones and rhodanines
WO2003073999A2 (en) * 2002-03-01 2003-09-12 Pintex Pharmaceuticals, Inc. Pini-modulating compounds and methods of use thereof
GB2386892A (en) * 2002-03-28 2003-10-01 Pantherix Ltd Carboxy containing (phenyl-/heterocyclyl-)methylene substituted azole & azine derivatives and their therapeutic use as antibacterials
US20040176277A1 (en) 2003-03-03 2004-09-09 Pintex Pharmaceuticals, Inc. Methods of treating Pin1 associated disorders
FR2858324A1 (fr) * 2003-07-30 2005-02-04 Centre Nat Rech Scient Nouveaux composes antibiotiques, compositions pharmaceutiques les contenant et leurs utilisations
US20050187409A1 (en) 2003-10-21 2005-08-25 Powers Gordon D. Inhibitors of RNase P proteins as antibacterial compounds
US7718680B2 (en) * 2004-09-23 2010-05-18 Burnham Institute For Medical Research Inhibition of lethal factor protease activity from anthrax toxin
JP4122049B2 (ja) 2005-09-22 2008-07-23 明治製菓株式会社 メタロ−β−ラクタマーゼ阻害剤
EP2219646A4 (en) * 2007-12-21 2010-12-22 Univ Rochester METHOD FOR MODIFYING THE LIFETIME OF EUKARYOTIC ORGANISMS
CN103983627A (zh) 2008-06-17 2014-08-13 韩国巴斯德研究所 作为抗结核病药的吡啶并嘧啶化合物
WO2012103295A2 (en) 2011-01-26 2012-08-02 University Of Rochester Small molecule rnase inhibitors and methods of use

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6936432B2 (en) * 2000-03-01 2005-08-30 Message Pharmaceuticals Bacterial RNase P proteins and their use in identifying antibacterial compounds
US20030134904A1 (en) * 2001-09-21 2003-07-17 Tony Giordano Inhibitors of RNase P proteins as antibacterial compounds

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107106533A (zh) * 2014-10-31 2017-08-29 罗切斯特大学 用于治疗微生物感染的增效组合物
CN107106533B (zh) * 2014-10-31 2020-11-06 罗切斯特大学 用于治疗微生物感染的增效组合物

Also Published As

Publication number Publication date
US9517230B2 (en) 2016-12-13
EP3243513B1 (en) 2019-06-05
EP2667873A4 (en) 2014-07-30
WO2012103336A1 (en) 2012-08-02
AU2012211253B2 (en) 2016-11-10
US20130296386A1 (en) 2013-11-07
AU2012211299A2 (en) 2013-11-14
AU2012211299B2 (en) 2017-02-02
US9089545B2 (en) 2015-07-28
US20150283118A1 (en) 2015-10-08
CA2825905C (en) 2019-06-04
CA2825907C (en) 2019-07-30
JP2014510717A (ja) 2014-05-01
CN103635191A (zh) 2014-03-12
WO2012103295A2 (en) 2012-08-02
JP6010548B2 (ja) 2016-10-19
US20130303585A1 (en) 2013-11-14
CA2825907A1 (en) 2012-08-02
US20160115124A1 (en) 2016-04-28
EP3243513A1 (en) 2017-11-15
CN103635193B (zh) 2017-02-08
JP2017014246A (ja) 2017-01-19
EP2667873B1 (en) 2017-05-31
JP6248151B2 (ja) 2017-12-13
JP2014511366A (ja) 2014-05-15
EP2667872A4 (en) 2014-08-13
CA2825905A1 (en) 2012-08-02
EP2667872A2 (en) 2013-12-04
EP2667873A1 (en) 2013-12-04
EP2667872B1 (en) 2019-01-02
US9693999B2 (en) 2017-07-04
US9233095B2 (en) 2016-01-12
WO2012103295A3 (en) 2012-10-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN103635193A (zh) 小分子rna酶抑制剂和使用方法
AU2012211253A1 (en) Small molecule RNase inhibitors and methods of use
AU2012211299A1 (en) Small molecule RNase inhibitors and methods of use
IL170894A (en) Phosphonate analogues with antiviral activity
BRPI0516583A (pt) composição farmacêutica e método de tratamento de uma infecção bacteriana
CA2950385A1 (en) Gold (i)-phosphine compounds as anti-bacterial agents
BRPI0506493A (pt) combinações terapêuticas
CA2950384A1 (en) Gold (i)-phosphine compounds as anti-bacterial agents
WO2014116634A1 (en) Symmetrical marinopyrrole derivatives as potential antibiotic agents
CA3060545A1 (en) Type ii topoisomerase inhibitors and methods of making and using thereof
AU2016225942B2 (en) Small molecule RNase inhibitors and methods of use
UA123705C2 (uk) Лікарський засіб для лікування інфекцій на фоні діабетичної стопи
WO2007062334A8 (en) New pleuromutilin derivative and its use
HUP0302882A2 (hu) Javított specificitás betegségek kezelésében
WO2023239801A1 (en) Multi-component pharmaceutical compositions and kits containing nitric oxide releasing compounds and methods of using same

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C14 Grant of patent or utility model
GR01 Patent grant