CN102766633A - 可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体及其筛选方法和应用 - Google Patents

可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体及其筛选方法和应用 Download PDF

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CN102766633A CN2012102591717A CN201210259171A CN102766633A CN 102766633 A CN102766633 A CN 102766633A CN 2012102591717 A CN2012102591717 A CN 2012102591717A CN 201210259171 A CN201210259171 A CN 201210259171A CN 102766633 A CN102766633 A CN 102766633A
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Abstract

本发明公开了一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,包括序列1~序列4中所示的DNA片段,还包括该核酸序列的一系列衍生物。本发明核酸适体的筛选方法包括以下步骤:首先合成随机单链DNA文库和引物,然后Cell-SELEX获得人肝癌细胞株Bel-7404特异核酸适体,PCR扩增文库,制备DNA单链文库,然后经过重复筛选、阴性筛选、多轮筛选等步骤后,得到可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体。本发明的核酸适体可在识别人肝癌细胞株Bel-7404或者制备检测人肝癌细胞株Bel-7404的试剂盒中应用,具有特异性强、无免疫原性、分子量小、稳定、易于保存和标记等优点。

Description

可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体及其筛选方法和应用
技术领域
本发明涉及一种核酸适配体及其筛选和应用,尤其涉及一种可用于检测人肝癌细胞的核酸适体及其筛选方法和应用。
背景技术
核酸适体(aptamer)是通过指数富集配基的系统进化技术(SELEX)筛选得到的,能特异结合靶物质的单链寡聚核苷酸(ssDNA或ssRNA)。核酸适体与抗体功能类似,但是与抗体相比具有更多的优势,具有更高的亲和力与特异性;无免疫原性;能够化学合成,成本低;可进行标记;稳定性好,易于保存等优点。核酸适体的靶分子更为广泛,包括金属离子、氨基酸、核酸、多肽、蛋白质,并从单一靶标扩展至完整的病毒颗粒及细胞等复合物靶标。因此,核酸适体具有广泛的应用前景。
肝癌是发生于肝脏的恶性肿瘤,包括原发性肝癌和转移性肝癌,原发性肝癌是临床上最常见的恶性肿瘤之一。全世界每年新发肝癌患者约60万,居恶性肿瘤的第五位。对于恶性肿瘤而言,如果能及早发现、尽早治疗,则癌症的病情往往容易得到控制,降低肝癌发病引起的死亡风险。因此,开发一种更加灵敏、简便、高效和具有特异性的肝癌检测手段,对于肝癌的临床治疗将具有十分重要的意义。
发明内容
本发明要解决的技术问题是克服现有技术的不足,提供一种具有比蛋白抗体更高的亲和力与特异性、无免疫原性、能够化学合成、分子量小、稳定、易于保存和标记的可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体及其衍生物,还提供前述核酸适体的筛选方法和应用。
为解决上述技术问题,本发明提出的技术方案为一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,所述核酸适体的核苷酸序列包括以下序列1~序列4中的任意一条序列所示的DNA片段:
序列1:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTATAAACGGTCACCCGAGTAGAGGGTATGGACTTCGA
CGTATGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’;
序列2:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAATGGAATGTGGGAGGGGGACTCAGGACAGTCACG
GGACATGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’;
序列3:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAGAGGACCCCAGGGTATGGACTTCGACGTCTGAGGT
CATCTGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’;
序列4:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAAAGTTCAACAAGTGGGAGGGGGACTTAGGACAGT
CATCTTGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’。
上述的可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,所述核酸适体的核苷酸序列上的某一位置可优选被磷酸化、甲基化、氨基化、巯基化或同位素化。
上述的可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,所述核酸适体的核苷酸序列上优选结合有生物素、地高辛、荧光物质、纳米发光材料或酶标记。
以上不论是经部分取代或者经过修饰后的核苷酸序列,都具有原核酸适体基本相同的性质和功能,即都可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404。
作为一个总的技术构思,本发明还提供一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,所述核酸适体的核苷酸序列包括以下三种序列中的任意一种:
(1)与上述所列核酸适体的核苷酸序列的同源性在60%以上;
(2)与上述所列核酸适体的核苷酸序列进行杂交的序列;或者
(3)上述所列核酸适体的核苷酸序列转录的RNA序列。
作为一个总的技术构思,本发明还提供一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体衍生物,所述衍生物是上述所列核酸适体的核苷酸序列的骨架衍生出的硫代磷酸酯骨架。
以上不论是衍生出的核酸适体还是衍生出的其他衍生物,都具有原核酸适体基本相同的性质和功能,即都可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404。
作为一个总的技术构思,本发明还提供一种上述的核酸适体的筛选方法,包括以下步骤:
(1)合成以下序列所示的随机单链DNA文库和引物:
随机文库RS40:5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTA(40N)TGTAGGAGGGTGCGGAAGTA
5’引物:5’-FAM-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTA-3’
3’引物:5’-Biotin-TACTTCCGCACCCTCCTACA-3’;
(2)Cell-SELEX获得人肝癌细胞株Bel-7404特异核酸适体:培养Bel-7404细胞至基本铺满瓶底,去除培养基后用缓冲液洗涤,然后与随机序列在冰上孵育后,弃溶液;再将上述随机文库溶解、恒温振荡后与经前述处理后的Bel-7404细胞在冰上孵育;孵育完成后弃掉孵育瓶内的液体,并用缓冲液冲洗孵育瓶,然后用无菌水刮取孵育瓶内的Bel-7404细胞并置于沸水浴中加热,加热完成后再离心取上清,即为筛选所得的Bel-7404特异核酸适体文库;
(3)PCR扩增文库:将步骤(2)中筛选所得的Bel-7404特异核酸适体文库进行常规PCR扩增,得到扩增产物;
(4)制备DNA单链文库:将链霉亲和素修饰的琼脂糖微球离心去上清,再将步骤(3)中PCR扩增所得的双链DNA与琼脂糖微球在常温下孵育,通过双链DNA上的生物素与琼脂糖微球上的链霉亲和素的亲和作用将双链DNA充分捕获到琼脂糖微球表面,洗涤后加入碱液至琼脂糖微球中,常温下反应、离心、收集上清;将上清液过除盐柱后收集滴下的溶液,此即为DNA单链文库;
(5)重复筛选:将步骤(4)得到的DNA单链文库重复上述步骤(2)~(4)的过程一次;
(6)阴性筛选:以人胆管癌QBC-939为对照,将步骤(5)后筛选得到的DNA单链文库进行阴性筛选,阴性筛选的具体操作为:培养人胆管癌QBC-939细胞至基本铺满瓶底,去除培基后用缓冲液洗涤,然后与无关序列在冰上孵育后,弃溶液;再将筛选得到的DNA单链文库溶解、恒温振荡后与经前述处理后的人胆管癌QBC-939细胞在冰上孵育,孵育完成后收集细胞孵育后的溶液;
(7)多轮筛选:将步骤(6)所收集的溶液继续进行上述步骤(2)~(4)的操作过程,然后再依次重复步骤(6)、步骤(2)、步骤(3)、步骤(4)的过程;重复筛选过程中用流式细胞术监测文库对Bel-7404细胞识别能力的增强情况,直至文库对Bel-7404细胞的识别能力满足要求后,将所得产物经克隆测序分析,最终得到可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体。
上述的核酸适体的筛选方法,所述PCR扩增时的工艺条件优选为:94℃ 3min,94℃30sec,63℃ 30sec,72℃ 30sec,经合适循环轮数(本领域人员经过不同循环轮数的产物进行琼脂糖电泳和凝胶成像,选择电泳条带清楚且没有非特异性扩增的产物的循环轮数,即为合适的循环轮数),72℃ 3min。
上述的核酸适体的筛选方法,所述步骤(2)中,与无关序列在冰上孵育的时间优选控制在15 min~30min,与所述Bel-7404细胞在冰上孵育的时间优选控制在30 min~60min,所述沸水浴中的加热时间优选控制在10 min~15min;所述步骤(4)中,与琼脂糖微球在常温下孵育的时间优选控制在30 min~45min,加入碱液后的反应时间优选控制在15 min~20min。
作为一个总的技术构思,本发明还提供一种上述的各核酸适体或者上述的核酸适体衍生物在识别人肝癌细胞株Bel-7404或者制备检测人肝癌细胞株Bel-7404的试剂盒中的应用。
与现有技术相比,本发明的优点在于:本发明通过SELEX筛选得到的核酸适配体具有比蛋白抗体更高的亲和力与特异性;无免疫原性;能够化学合成,分子量小;可以对不同部位进行修饰和取代,且序列稳定,易于保存,便于标记等。采用本发明的核酸适体进行肝癌细胞的检测时,操作更为简单、迅速,由于核酸适体的合成成本较抗体制备成本低,且周期短,重现性好。本发明的可识别人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体均能特异性且高亲和力的识别人肝癌细胞株Bel-7404,利用本发明的核酸适体对其结合的靶分子进行研究,可以得到其肿瘤标志物,这对于肝癌的早期检测具有重要意义,在肝癌的诊断方面有良好的应用前景。
附图说明
图1为本发明实施例中四条核酸适体识别人肝癌细胞Bel-7404的激光共聚焦图,其中,上两排为明场与荧光的叠加图,下排是荧光图(同一张照片在不同条件下拍摄的)。
图2为本发明实施例中四条核酸适体对人肝癌细胞鉴定的流式结果对比图,其中,左图为四条核酸适体与对照细胞的流式结果,右图为与靶细胞的流式结果。
图3为本发明实施例中流式细胞仪测定ls1序列核酸适体结合Bel-7404的解离常数绘制曲线。
图4为本发明实施例中流式细胞仪测定ls2序列核酸适体结合Bel-7404的解离常数绘制曲线。
图5为本发明实施例中流式细胞仪测定ls3序列核酸适体结合Bel-7404的解离常数绘制曲线。
图6为本发明实施例中流式细胞仪测定ls5序列核酸适体结合Bel-7404的解离常数绘制曲线。
具体实施方式
以下结合说明书附图和具体实施例对本发明作进一步描述。
实施例
一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,该核酸适体的核苷酸序列包括以下序列1~序列4中的任意一条序列所示的DNA片段:
FAM-ls1:
5’-FAM-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTATAAACGGTCACCCGAGTAGAGGGTATGGACTTC
GACGTATGTAGGAGGGTGCGGAAGTA -3’;
FAM-ls 2:
5’-FAM-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAATGGAATGTGGGAGGGGGACTCAGGACAGTCA
CGGGACATGTAGGAGGGTGCGGAAGTA -3’;
FAM-ls 3:
5’-FAM-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAGAGGACCCCAGGGTATGGACTTCGACGTCTGA
GGTCATCTGTAGGAGGGTGCGGAAGTA -3’;
FAM-ls5:
5’-FAM-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAAAGTTCAACAAGTGGGAGGGGGACTTAGGACA
GTCATCTTGTAGGAGGGTGCGGAAGTA -3’。
上述的各核酸适体的核苷酸序列上的某一位置可被磷酸化、甲基化、氨基化、巯基化或同位素化。上述各核酸适体的核苷酸序列上可结合生物素、地高辛、荧光物质、纳米发光材料或酶标记。
上述核酸适体的核苷酸序列的骨架还可衍生出可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的硫代磷酸酯骨架,还可衍生出其他的核酸适体,衍生出的核酸适体的核苷酸序列可以为以下三种序列中的任意一种:
(1)与上述所列核酸适体的核苷酸序列的同源性在60%以上;
(2)与上述所列核酸适体的核苷酸序列进行杂交的序列;或者
(3)上述所列核酸适体的核苷酸序列转录的RNA序列。
本实施例的上述四条可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体主要采用以下筛选方法筛选得到:
1. 合成以下序列所示的随机单链DNA文库和引物:
随机文库RS40:5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTA(40N)TGTAGGAGGGTGCGGA
AGTA
5’引物:5’-FAM-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTA-3’
3’引物:5’-FAM-TACTTCCGCACCCTCCTACA-3’。
2. Cell-SELEX获得人肝癌细胞株Bel-7404特异核酸适体。
2.1 1640培养基加12%小牛血清培养Bel-7404细胞至铺满瓶底95%,去除培养基后用10mL washing buffer洗涤,与1mL含1nM无关序列的binding buffer在冰上孵育15min,弃溶液。
2.2用300μl binding buffer溶解10nmol上述的随机单链DNA文库,95℃恒温振荡5min,迅速放入冰中;在随机文库中补充binding buffer至终体积为1mL,与步骤2.1中已经处理好的Bel-7404细胞在冰上孵育1h。
2.3孵育完成后倒出孵育培养瓶内的液体,用10mL washing buffer洗涤孵育培养瓶中的细胞;用1mL无菌水刮取孵育培养瓶内细胞,置于EP管中沸水浴加热10min,12000 rmp离心取上清,即为筛选所得的Bel-7404特异核酸适体文库。
3. 进行PCR扩增文库:取100μl筛选所得的Bel-7404特异核酸适体文库进行常规PCR扩增,扩增条件为:94℃ 3min,94℃ 30sec,63℃ 30sec,72℃ 30sec,经合适循环轮数,72℃ 3min。第一轮筛选后需将全部所得的Bel-7404特异核酸适体文库预扩增10个循环,再进行本步骤的扩增,得到扩增产物。
4. 制备DNA单链文库:将100μl链霉亲和素修饰的琼脂糖微球5000rmp离心去上清,再用500μl PBS洗涤,离心去上清;重复洗涤一次。将步骤3中PCR扩增所得的双链DNA与琼脂糖微球在常温下孵育半小时,通过双链(PCR扩增后得到的为双链DNA)DNA上的生物素与琼脂糖微球上的链霉亲和素的亲和作用将双链DNA充分捕获到琼脂糖微球表面;5000rmp离心去上清,用PBS离心洗涤两次。然后加入200mM NaOH溶液500μl至琼脂糖微球中,常温反应15min,5000rmp离心5min,收集上清。除盐柱用10mL无菌水洗涤后,加入收集得到的上清液,自然滴完。加入1mL无菌水,收集滴下的溶液,此即为DNA单链文库。
5. 重复筛选:将步骤(4)得到的DNA单链文库重复上述步骤2~4所示的阳性筛选(即步骤2)、PCR扩增及制取单链DNA文库过程。
6. 阴性筛选:在第三轮筛选及以后,以人胆管癌QBC-939为对照,将步骤(5)后筛选得到的DNA单链文库进行阴性筛选,阴性筛选的具体操作为:培养人胆管癌QBC-939细胞至铺满瓶底,去除培基后用缓冲液洗涤,然后与无关序列在冰上孵育后,弃溶液;再将筛选得到的DNA单链文库溶解、恒温振荡后与经前述处理后的人胆管癌QBC-939细胞在冰上孵育,孵育完成后收集细胞孵育后的溶液。
7. 多轮筛选:将步骤6所收集的溶液继续进行上述步骤2~4的操作过程,然后再依次重复步骤6、步骤2、步骤3、步骤4的过程;重复筛选过程中用流式细胞术监测所得文库对Bel-7404细胞识别能力的增强情况,直至15轮筛选后文库对Bel-7404细胞的识别能力满足要求,将所得产物经克隆测序分析,最终得到本实施例的四条可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体。
考察1:激光共聚焦检测四条核酸适体识别人肝癌细胞Bel-7404及其特异性。
在激光共聚焦小皿中分别培养人肝癌细胞Bel-7404和人胆管癌细胞QBC-939,倒出培养基,用PBS将细胞洗涤三次。细胞与含250nM 上述本实施例四条核酸适体的binding buffer冰上孵育半小时,倒出反应液,用binding buffer洗涤两次,最后加入200μl binding buffer用于检测,结果如图1所示。检测结果表明:本实施例的四条核酸适体均能很好地识别人肝癌细胞Bel-7404,对人胆管癌细胞QBC-939不识别。
考察2:流式细胞仪验证四条核酸适体检测人肝癌细胞Bel-7404。
将处于对数期生长的人肝癌细胞Bel-7404用胰酶消化打散,在培养基中悬浮培养4h,2000rpm离心去上清,用5ml PBS离心洗涤两次。细胞与含250nM上述本实施例四条核酸适体的binding buffer冰上孵育半小时,2000rmp去上清,用1mL binding buffer洗涤两次;最后加入400ul binding buffer,用于流式细胞仪检测,检测结果如图2所示。图2的检测结果表明:四条核酸适体均能很好地检测人肝癌细胞Bel-7404。
考察3:流式细胞仪测定四条核酸适体对Bel-7404的解离常数。
解离常数测定的操作与考察2的操作基本一致,平行配制不同浓度的含本实施例核酸适体的反应液,以流式细胞仪的荧光值为纵坐标,以核酸适体的浓度为横坐标,由Y=Bmax*X/(Kd+X)方程模拟曲线,得到本实施例四条核酸适体的解离常数绘制曲线如图3~图6,由此可得到解离常数Kd如下表1所示。图3~图6及表1的检测结果表明:ls1、ls2、ls3、ls5与靶细胞Bel-7404细胞的结合能力很强,解离常数均在纳摩尔级别。
表1:四条核酸适体的解离常数
序列 Kd(nM)
ls1 138.1±11.44
ls2 80.57±4.75
ls3 254.7±22.79
ls5 136.4±9.00
<110>  湖南大学
 
<120>  可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体及其筛选方法和应用
 
<160>  6
 
<210>  1
<211>  79bp
<212>  DNA
<213>  人工序列
<400>
atgagagcgt cggtgtggta taaacggtca cccgagtaga gggtatggac ttcgacgtat       60
gtagg agggt gcgga agta                                                           79
 
<210>  2
<211>  79bp
<212>  DNA
<213>  人工序列
<400>
atgagagcgt cggtgtggta atggaatgtg ggagggggac tcaggacagt cacgggacat     60
gtaggagggt gcggaagta                                                             79
 
<210>  3
<211>  79bp
<212>  DNA
<213>  人工序列
<400>
atgagagcgt cggtgtggta gaggacccca gggtatggac ttcgacgtct gaggtcatct      60
gtaggagggt gcggaagta                                                            79
 
<210>  4
<211>  79bp
<212>  DNA
<213>  人工序列
<400>
atgagagcgt cggtgtggta aagttcaaca agtgggaggg ggacttagga cagtcatctt      60
gtaggagggt gcggaagta                                                            79
 
<210>  5
<211>  20bp
<212>  DNA
<213>  人工序列
<400>
atgagagcgt cggtgtggta                                                            20
 
<210>  6
<211>  20bp
<212>  DNA
<213>  人工序列
<400>
tacttccgca ccctcctaca                                                             20
 

Claims (9)

1.一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,所述核酸适体的核苷酸序列包括以下序列1~序列4中的任意一条序列所示的DNA片段:
序列1:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTATAAACGGTCACCCGAGTAGAGGGTATGGACTTCGA
CGTATGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’;
序列2:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAATGGAATGTGGGAGGGGGACTCAGGACAGTCACG
GGACATGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’;
序列3:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAGAGGACCCCAGGGTATGGACTTCGACGTCTGAGGT
CATCTGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’;
序列4:
5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTAAAGTTCAACAAGTGGGAGGGGGACTTAGGACAGT
CATCTTGTAGGAGGGTGCGGAAGTA-3’。
2.根据权利要求1所述的可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,其特征在于:所述核酸适体的核苷酸序列上的某一位置被磷酸化、甲基化、氨基化、巯基化或同位素化。
3.根据权利要求1或2所述的可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,其特征在于:所述核酸适体的核苷酸序列上结合有生物素、地高辛、荧光物质、纳米发光材料或酶标记。
4.一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体,其特征在于:所述核酸适体的核苷酸序列包括以下三种序列中的任意一种:
(1)与权利要求1或2或3中所述核酸适体的核苷酸序列的同源性在60%以上;
(2)与权利要求1或2或3中所述核酸适体的核苷酸序列进行杂交的序列;或者
(3)权利要求1或2或3中所述核酸适体的核苷酸序列转录的RNA序列。
5.一种可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体衍生物,其特征在于:所述衍生物是权利要求1或2或3中所述核酸适体的核苷酸序列的骨架衍生出的硫代磷酸酯骨架。
6.一种如权利要求1所述的核酸适体的筛选方法,包括以下步骤:
(1)合成以下序列所示的随机单链DNA文库和引物:
随机文库RS40:5’-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTA(40N)TGTAGGAGGGTGCGGAAGTA
5’引物:5’-FAM-ATGAGAGCGTCGGTGTGGTA-3’
3’引物:5’-Biotin-TACTTCCGCACCCTCCTACA-3’;
(2)Cell-SELEX获得人肝癌细胞株Bel-7404特异核酸适体:培养Bel-7404细胞至基本铺满瓶底,去除培养基后用缓冲液洗涤,然后与随机序列在冰上孵育后,弃溶液;再将上述随机文库溶解、恒温振荡后与经前述处理后的Bel-7404细胞在冰上孵育;孵育完成后弃掉孵育瓶内的液体,并用缓冲液冲洗孵育瓶,然后用无菌水刮取孵育瓶内的Bel-7404细胞并置于沸水浴中加热,加热完成后再离心取上清,即为筛选所得的Bel-7404特异核酸适体文库;
(3)PCR扩增文库:将步骤(2)中筛选所得的Bel-7404特异核酸适体文库进行常规PCR扩增,得到扩增产物;
(4)制备DNA单链文库:将链霉亲和素修饰的琼脂糖微球离心去上清,再将步骤(3)中PCR扩增所得的双链DNA与琼脂糖微球在常温下孵育,通过双链DNA上的生物素与琼脂糖微球上的链霉亲和素的亲和作用将双链DNA充分捕获到琼脂糖微球表面,洗涤后加入碱液至琼脂糖微球中,常温下反应、离心、收集上清;将上清液过除盐柱后收集滴下的溶液,此即为DNA单链文库;
(5)重复筛选:将步骤(4)得到的DNA单链文库重复上述步骤(2)~(4)的过程一次;
(6)阴性筛选:以人胆管癌QBC-939为对照,将步骤(5)后筛选得到的DNA单链文库进行阴性筛选,阴性筛选的具体操作为:培养人胆管癌QBC-939细胞至基本铺满瓶底,去除培基后用缓冲液洗涤,然后与无关序列在冰上孵育后,弃溶液;再将筛选得到的DNA单链文库溶解、恒温振荡后与经前述处理后的人胆管癌QBC-939细胞在冰上孵育,孵育完成后收集细胞孵育后的溶液;
(7)多轮筛选:将步骤(6)所收集的溶液继续进行上述步骤(2)~(4)的操作过程,然后再依次重复步骤(6)、步骤(2)、步骤(3)、步骤(4)的过程;重复筛选过程中用流式细胞术监测文库对Bel-7404细胞识别能力的增强情况,直至文库对Bel-7404细胞的识别能力满足要求后,将所得产物经克隆测序分析,最终得到可用于检测人肝癌细胞株Bel-7404的核酸适体。
7.根据权利要求6所述的筛选方法,其特征在于,所述PCR扩增时的工艺条件为:94℃ 3min,94℃ 30sec,63℃ 30sec,72℃ 30sec,经合适循环轮数,72℃ 3min。
8.根据权利要求6或7所述的筛选方法,其特征在于:所述步骤(2)中,与随机序列在冰上孵育的时间控制在15min~30min,与所述Bel-7404细胞在冰上孵育的时间控制在30min~60min,所述沸水浴中的加热时间控制在10min~15min;所述步骤(4)中,与琼脂糖微球在常温下孵育的时间控制在30min~45min,加入碱液后的反应时间控制在15min~20min。
9.一种如权利要求1~4中任一项所述的核酸适体或者如权利要求5所述的核酸适体衍生物在识别人肝癌细胞株Bel-7404或者制备检测人肝癌细胞株Bel-7404的试剂盒中的应用。
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Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103205431A (zh) * 2013-03-26 2013-07-17 湖南大学 一种核酸适配体及其衍生物、核酸适配体的筛选方法及在检测人胆管癌细胞株中的应用
CN103320445A (zh) * 2013-07-11 2013-09-25 重庆市肿瘤研究所 特异性识别胃癌细胞的dna适配子gca-5及其应用
CN103911379A (zh) * 2014-03-24 2014-07-09 湖南大学 核酸适配体及其衍生物、筛选方法和应用
CN104862317A (zh) * 2015-05-18 2015-08-26 江汉大学 一种肝癌细胞特异性的适配子及其制备方法
CN108866062A (zh) * 2018-06-21 2018-11-23 中山大学附属第五医院 一种特异性识别肝癌干细胞的dna适配体及其筛选方法与应用

Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2001502909A (ja) * 1996-10-31 2001-03-06 ゼネカ・リミテッド 一本鎖dnaアレイの調製方法
RU2280079C2 (ru) * 2004-03-05 2006-07-20 Александр Александрович Серёгин Способ определения предрасположенности к онкологическим заболеваниям мочеполовой системы
KR100723574B1 (ko) * 2005-03-29 2007-05-31 주식회사 제노바이오텍 신규 프로브를 이용하여 돼지콜레라 바이러스 유전자를정량분석하는 방법 및 이의 시약
CN101024650A (zh) * 2007-03-13 2007-08-29 温州医学院 具抑制肿瘤细胞生长活性的艾里莫芬双内酯二聚体及用途
CN101643511A (zh) * 2008-08-04 2010-02-10 中国科学院上海生命科学研究院 抑制端粒酶活性的融合蛋白、其制备及应用
CN101684467A (zh) * 2006-09-29 2010-03-31 武汉大学 Peg10基因的双链小干扰rna在制备治疗或预防肝癌药物中的应用
CN101892328A (zh) * 2010-08-02 2010-11-24 北京地坛医院 一种乙肝病毒耐药性检测方法

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2001502909A (ja) * 1996-10-31 2001-03-06 ゼネカ・リミテッド 一本鎖dnaアレイの調製方法
RU2280079C2 (ru) * 2004-03-05 2006-07-20 Александр Александрович Серёгин Способ определения предрасположенности к онкологическим заболеваниям мочеполовой системы
KR100723574B1 (ko) * 2005-03-29 2007-05-31 주식회사 제노바이오텍 신규 프로브를 이용하여 돼지콜레라 바이러스 유전자를정량분석하는 방법 및 이의 시약
CN101684467A (zh) * 2006-09-29 2010-03-31 武汉大学 Peg10基因的双链小干扰rna在制备治疗或预防肝癌药物中的应用
CN101024650A (zh) * 2007-03-13 2007-08-29 温州医学院 具抑制肿瘤细胞生长活性的艾里莫芬双内酯二聚体及用途
CN101643511A (zh) * 2008-08-04 2010-02-10 中国科学院上海生命科学研究院 抑制端粒酶活性的融合蛋白、其制备及应用
CN101892328A (zh) * 2010-08-02 2010-11-24 北京地坛医院 一种乙肝病毒耐药性检测方法

Cited By (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103205431A (zh) * 2013-03-26 2013-07-17 湖南大学 一种核酸适配体及其衍生物、核酸适配体的筛选方法及在检测人胆管癌细胞株中的应用
CN103205431B (zh) * 2013-03-26 2015-04-29 湖南大学 一种核酸适配体及其衍生物、核酸适配体的筛选方法及在检测人胆管癌细胞株中的应用
CN103320445A (zh) * 2013-07-11 2013-09-25 重庆市肿瘤研究所 特异性识别胃癌细胞的dna适配子gca-5及其应用
CN103911379A (zh) * 2014-03-24 2014-07-09 湖南大学 核酸适配体及其衍生物、筛选方法和应用
CN103911379B (zh) * 2014-03-24 2017-01-11 湖南大学 核酸适配体及其衍生物、筛选方法和应用
CN104862317A (zh) * 2015-05-18 2015-08-26 江汉大学 一种肝癌细胞特异性的适配子及其制备方法
CN108866062A (zh) * 2018-06-21 2018-11-23 中山大学附属第五医院 一种特异性识别肝癌干细胞的dna适配体及其筛选方法与应用

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