CN102747077A - 鉴定鸡性连锁矮小基因的一种方法及其专用引物 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了鉴定鸡的性连锁矮小基因的一种方法及其专用引物。本发明所提供的用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的成套引物对,由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。本发明通过在GHR基因缺失片段内部设计引物,利用多重PCR反应体系,将缺失区段内部的引物和缺失区段两端的引物进行同时扩增。这一方法检测手段操作简单,检测结果准确可信,适合在性连锁矮小型鸡育种工作中进行应用。
Description
技术领域
本发明涉及鉴定鸡性连锁矮小基因的一种方法及其专用引物。
背景技术
自然界中,哺乳动物的性别属于XY型,而鸟类属于ZW型。造成鸡矮小性状的原因较多,而鸡性连锁矮小基因(sex-linked dwarf gene,简称dw基因)是目前已知的鸡8种矮小基因中唯一对鸡本身健康无害的突变。dw基因是鸡性染色体上的生长激素受体(GHR)基因(Dw基因)3’-非翻译区(3’-UTR)存在1.7kb的缺失突变形成的等位基因。自1935年苏联学者BCHTAMKF发现该基因后,很多学者都对该基因的作用机理和遗传特性进行了探讨,并逐步应用于鸡的育种实践。dw基因位于Z染色体上,定位于肝坏死基因ln和无翅基因wl之间,表现为隐性伴性遗传,对正常基因Dw为隐性,只有矮小型基因纯合子的公鸡和携带矮小基因的母鸡才表现为矮小,明显的外部特征是胫骨缩短20%左右,而ZDwZdw杂合子的公鸡表型正常,不能与纯合非矮小公鸡(ZDwZDw)从表型上区分。人们希望从分子水平准确区分ZDwZdw与ZDwZDw基因型,但是,目前检测dw基因的方法是在缺失片段两端设计引物,通过检测矮小和非矮小鸡基因组片段的大小来进行判断,在扩增过程中,由于该基因缺失片段较长,会导致模板对引物的竞争,从而导致在杂合子中只能检测到缺失后的片段,而非缺失的完整片段难以检测到,因而对于杂合子与纯合非矮小公鸡无法进行准确判断,限制了这一技术在育种工作中的应用。
发明内容
本发明的目的是提供鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的成套引物对或引物对及其应用。
本发明所提供的成套引物对或引物对,具体为下述1)-3)中的任一种:
1)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的成套引物对,由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成;
2)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因的引物对,为检测鸡dw基因的引物对1;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;
3)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有Dw基因的引物对,为检测鸡Dw基因的引物对2;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
上述成套引物对或引物对在制备产品中的应用也属于本发明的保护范围,具体可 为如下Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ中的任一种:
Ⅰ、由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成的成套引物对在制备鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因产品中的应用;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成;
Ⅱ、检测鸡dw基因的引物对1在制备鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因产品中的应用;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;
Ⅲ、检测鸡Dw基因的引物对2在制备鉴定或辅助鉴定鸡是否含有Dw基因的产品中的应用;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
上述成套引物对或引物对的制备方法也属于本发明的保护范围,该方法具体可包括如下1)-3)中的任一步骤:
1)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1、序列2、序列3和序列4所示的4种单链DNA,得到所述引物对1和所述引物对2;
2)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1和序列2所示的2种单链DNA,得到所述引物对1;
3)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列3和序列4所示的2种单链DNA,得到所述引物对2。
含有上述成套引物对或引物对的试剂盒也属于本发明的保护范围,该试剂盒具体可为下述1)-3)中的任一种:
1)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的试剂盒,所述试剂盒含有由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成的成套引物对;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成;
2)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因的试剂盒,所述试剂盒含有检测鸡dw基因的引物对1;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;
3)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有Dw基因的试剂盒,所述试剂盒含有检测鸡Dw基因的引物对2;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
上述试剂盒的制备方法也属于本发明的保护范围,该方法具体可包括如下1)-3)中的任一步骤:
1)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1、序列2、序列3和序列4所示的4种单链DNA,得到所述引物对1和所述引物对2;
2)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1和序列2所示的2种单链DNA,得到所述引物对1;
3)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列3和序列4所示的2种单链DNA,得到所述引物对2。
本发明还提供了鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的方法,该方法包括如下步骤M)、N)或P):
M)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2进行多重PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因,或是否候选含有dw基因和/或Dw基因:
若所述PCR扩增产物满足如下m1)或m2)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有dw基因或候选含有dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下m1)或m2)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有dw基因或候选不含有dw基因;
若所述PCR扩增产物满足如下m3)或m4)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有Dw基因或候选含有Dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下m3)或m4)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有Dw基因或候选不含有Dw基因;
若所述PCR扩增产物满足如下m5)或m6)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有dw基因和Dw基因或候选含有dw基因和Dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下m5)或m6)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有dw基因和Dw基因或候选不含有dw基因和Dw基因:
m1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示含有200bp-300bp的一个条带;
m2)所述PCR扩增产物含有247bp的片段;
m3)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示含有500bp-600bp的一个条带;
m4)所述PCR扩增产物含有522bp的片段;
m5)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带和500bp-600bp的一个条带;
m6)所述PCR扩增产物为247bp的片段和522bp的片段;
N)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡dw基因的引物对1进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡是否含有dw基因,若所述PCR扩增产物满足如下n1)或n2)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有dw基因或候选含有dw基因,若所述PCR扩增产物不满足 如下n1)或n2)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有dw基因或候选不含有dw基因;
n1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带;
n2)所述PCR扩增产物为247bp的片段;
P)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡Dw基因的引物对2进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡是否含有Dw基因,若所述PCR扩增产物满足如下p1)或p2)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有Dw基因或候选含有Dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下p1)或p2)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有Dw基因或候选不含有Dw基因;
p1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为500bp-600bp的一个条带;
p2)所述PCR扩增产物为522bp的片段;
所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
本发明还提供了鉴定或辅助鉴定鸡基因型的方法,该方法包括如下b)-d)中的任一步骤:
b)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2进行多重PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡的基因型是ZdwZdw、ZdwW、ZDwZDw、ZDwW和ZdwZDw这五种基因型中的哪一种、或候选为ZdwZdw、ZdwW、ZDwZDw、ZDwW和ZdwZDw这五种基因型中的哪一种:
若所述PCR扩增产物满足如下b1)或b2)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZdwZdw或ZdwW,或候选为ZdwZdw或ZdwW;若所述PCR扩增产物满足如下b3)或b4)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZDwZDw或ZDwW,或候选为ZDwZDw或ZDwW;若所述PCR扩增产物满足如下b5)或b6)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZdwZDw或候选为ZdwZDw:
b1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带;
b2)所述PCR扩增产物为247bp的片段;
b3)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为500bp-600bp的一个条带;
b4)所述PCR扩增产物为522bp的片段;
b5)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带和500bp-600bp的一个条带;
b6)所述PCR扩增产物为247bp的片段和522bp的片段;
c)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用所述引物对1进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定所述待鉴 定鸡的基因型为ZdwZdw或ZdwW,或候选为ZdwZdw或ZdwW;或确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZdwZdw或非ZdwW,或候选为非ZdwZdw或非ZdwW:
若所述PCR扩增产物满足所述b1)或b2)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZdwZdw或ZdwW,或候选为ZdwZdw或ZdwW;
若所述PCR扩增产物不满足所述b1)或b2)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZdwZdw或非ZdwW,或候选为非ZdwZdw或非ZdwW;
d)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用所述引物对2进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定所述待鉴定鸡的基因型为ZDwZDw或ZDwW,或候选为ZDwZDw或ZDwW;或确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZDwZDw或非ZDwW,或候选为非ZDwZDw或非ZDwW:
若所述PCR扩增产物满足所述b3)或b4)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZDwZDw或ZDwW,或候选为ZDwZDw或ZDwW;
若所述PCR扩增产物不满足所述b3)或b4)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZDwZDw或非ZDwW或候选为非ZDwZDw或非ZDwW;
所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
上述方法中,所有所述多重PCR扩增和所有所述PCR扩增的退火条件具体可为57℃30秒。
上述方法中,所有所述多重PCR扩增和所有所述PCR扩增的条件可为:95℃预变性5分钟;然后按照下列参数进行循环反应:95℃预变性5分钟;94℃变性30秒,57℃复性30秒,72℃延伸35秒,循环35次;循环反应结束后在72℃保持7分钟。
上述成套引物对或引物对、试剂盒、或方法在鸡的育种中的应用也属于本发明的保护范围。
其中,上述成套引物对中引物对1和引物对2均单独包装。上述方法中,247bp和522bp PCR产物的大小可采用测序、聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测。
本发明在GHR基因缺失段内部设计检测鸡Dw基因引物对2,在GHR基因缺失段的上、下游设计检测鸡dw基因引物对1,这样,利用多重PCR反应体系,利用缺失区段内部的引物和缺失区段两端的引物进行同时扩增,这样ZdwZdw或ZdwW基因型个体只能检测到缺失后的片段,ZDwZDw或ZDwW基因型个体只能检测到未缺失区段的扩增产物,而杂合子ZdwZDw个体则能同时检测到这两个片段。这一方法检测手段操作简单,检测结果准确可信,适合在性连锁矮小型鸡育种工作中进行应用。
附图说明
图1为基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡的凝胶电泳图。
图2为基因型为ZdwZdw的明星C系公鸡的凝胶电泳图。
图3为由基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡与基因型为ZdwW的明星C系母鸡杂交后回交一代公鸡性连锁矮小型杂合子ZdwZDw的凝胶电泳图。
图4为公鸡性连锁矮小型纯合子ZdwZdw和公鸡性连锁矮小型杂合子ZdwZDw的制备流程图。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明,均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
实施例1、用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的试剂盒
该试剂盒中的试剂由成套引物对和PCRmix组成。成套引物对由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成。引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。该试剂盒中引物对1和引物对2分别单独包装。PCRmix(北京汇天东方科技有限公司)
其中,检测鸡dw基因引物对1根据伴性矮小型鸡GHR基因3’端缺失段的上游和下游设计;引物对1的正向引物在GHR基因3’端缺失段的上游90bp处设计,反向引物根据GHR基因的缺失段的下游157bp处设计。引物对1用于检测鸡性连锁矮小突变等位基因dw基因。检测鸡Dw基因的引物对2在GHR基因的缺失段内部设计,引物对2的正向引物根据GHR基因缺失段内部的上游设计,反向引物根据GHR基因缺失段内部的下游设计。引物对2用于检测鸡非矮小等位基因Dw基因。
引物对1和引物对2的具体序列及扩增产物大小如表1。
表1本发明设计的PCR扩增引物
实施例2、鉴定或辅助鉴定鸡基因型
本实施例利用实施例1的试剂盒鉴定鸡的基因型。
1、待鉴定鸡
1)30只基因型为ZdwZdw的明星C系公鸡,购自法国明星肉鸡公司,其均为性连锁矮小基因纯合子,其表现型均为胫部矮小,20周龄的胫长为80mm-97mm。
2)30只基因型为ZdwW的明星C系母鸡,购自法国明星肉鸡公司,其均为性连锁矮小基因纯合子,其表现型均为胫部矮小,20周龄的胫长为65mm-86mm。
3)47只基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡购自山东省寿光市慈伦种鸡场,其均为非 矮小型纯合子,其表现型均为胫部非矮小,20周龄的胫长为103mm-129mm。
4)50只基因型为ZDwW的寿光鸡母鸡购自山东省寿光市慈伦种鸡场,其均为非矮小型纯合子,其表现型均为胫部非矮小,20周龄的胫长为90mm-107mm。
5)50只由基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡与基因型为ZdwW的明星C系母鸡杂交后回交一代公鸡性连锁矮小型纯合子ZdwZdw,其表现型均为胫部矮小,20周龄的胫长为84mm-98mm。
6)50只由基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡与基因型为ZdwW的明星C系母鸡杂交后回交一代公鸡性连锁矮小型杂合子ZdwZDw,其表现型均为胫部非矮小,20周龄的胫长为105mm-127mm。
其中,50只由基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡与基因型为ZdwW的明星C系母鸡杂交后回交一代公鸡性连锁矮小型纯合子ZdwZdw,50只由基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡与基因型为ZdwW的明星C系母鸡杂交后回交一代公鸡性连锁矮小型杂合子ZdwZDw按照图4的方法制备。
其中,基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡购自山东省寿光市慈伦种鸡场。基因型为ZdwW的明星C系母鸡购自法国明星肉鸡公司。
2、鉴定基因型
1)试样的制备和保存
每只待鉴定鸡各取10ul含抗凝剂的鸡血,用北京天根生物科技有限公司提供的禽血基因组提取试剂盒提取基因组DNA,将DNA样品保存于4℃冰箱中备用。
2)PCR扩增
每只待鉴定鸡均采用如下PCR体系和如下PCR条件,以基因组DNA为模板,利用实施例1的试剂盒进行PCR扩增。15ul体系:2×PCRmix,7.5umol/L的模板,引物对1的正向引物和反向引物各10umol/L,引物对2的正向引物和反向引物各10umol/L,加适量双蒸水至15ul。反应程序为:95℃预变性5分钟;然后按照下列参数进行循环反应:94℃变性30秒,57℃复性30秒,72℃延伸35秒,循环35次;循环反应结束后在72℃保持7分钟。PCR扩增产物于4℃下保存备用。
3)PCR扩增产物的检测及结果判定
琼脂糖凝胶电泳检测:取5ul PCR扩增产物,2%的琼脂糖凝胶电泳(3V/cm~5V/cm,电泳30min),溴化乙锭染色,用上述扩增产物点样,凝胶成像系统检测。检测结果表明47只基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡和50只基因型为ZDwW的寿光鸡母鸡的PCR扩增产物均显示为500bp-600bp之间的一条带(图1)。图1中,除左数第一泳道为Marker外,其它泳道为待鉴定鸡。对每一只待鉴定鸡的PCR产物进行测序,结果表明47只基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡和50只基因型为ZDwW的寿光鸡母鸡的PCR扩增产物的序列均为序列表中的序列5,大小均为522bp。
50只由基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡与基因型为ZdwW的明星C系母鸡杂交后回交一代公鸡性连锁矮小型纯合子ZdwZdw、30只基因型为ZdwZdw的明星C系公鸡和30只基因型为ZdwW的明星C系母鸡的PCR扩增产物均显示为200bp-300bp之间的一条带(图2)。图2中,除左数第一泳道和右数第一泳道为Marker外,其它泳道为待鉴定鸡。对每一只待鉴定鸡的PCR产物进行测序,结果表明该50只基因型为ZdwZdw的公鸡、30只基因型为ZdwZdw的明星C系公鸡和30只基因型为ZdwW的明星C系母鸡的PCR扩增产物的序列均为序列表中的序列6,大小均为247bp。
50只由基因型为ZDwZDw的寿光鸡公鸡与基因型为ZdwW的明星C系母鸡杂交后回交一代公鸡性连锁矮小型杂合子ZdwZDw的PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带和500bp-600bp的一个条带(图3中4-6泳道)。图3中,1为Marker,4-6为待鉴定鸡。对每一只待鉴定鸡的PCR产物进行测序,结果表明该50只基因型为ZdwZDw的公鸡200bp-300bp条带的序列均为序列表中的序列6,大小均为247bp;该50只基因型为ZdwZDw的公鸡500bp-600bp条带的序列均为序列表中的序列5,大小均为522bp。
序列表
Claims (10)
1.成套引物对或引物对,为下述1)-3)中的任一种:
1)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的成套引物对,由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成;
2)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因的引物对,为检测鸡dw基因的引物对1;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;
3)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有Dw基因的引物对,为检测鸡Dw基因的引物对2;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
2.权利要求1所述的成套引物对或引物对在制备产品中的应用,其特征在于:所述应用为如下Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ中的任一种:
Ⅰ、由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成的成套引物对在制备鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因产品中的应用;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成;
Ⅱ、检测鸡dw基因的引物对1在制备鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因产品中的应用;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;
Ⅲ、检测鸡Dw基因的引物对2在制备鉴定或辅助鉴定鸡是否含有Dw基因的产品中的应用;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
3.权利要求1所述的成套引物对或引物对的制备方法,包括如下1)-3)中的任一步骤:
1)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1、序列2、序列3和序列4所示的4种单链DNA,得到所述引物对1和所述引物对2;
2)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1和序列2所示的2种单链DNA,得到所述引物对1;
3)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列3和序列4所示的2种单链DNA,得到所述引物对2。
4.试剂盒,其特征在于:所述试剂盒为下述1)-3)中的任一种:
1)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的试剂盒,所述试剂盒含有由检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2组成的成套引物对;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成;
2)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因的试剂盒,所述试剂盒含有检测鸡dw基因的引物对1;所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;
3)用于鉴定或辅助鉴定鸡是否含有Dw基因的试剂盒,所述试剂盒含有检测鸡Dw基因的引物对2;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
5.权利要求4所述的试剂盒的制备方法,包括如下1)-3)中的任一步骤:
1)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1、序列2、序列3和序列4所示的4种单链DNA,得到所述引物对1和所述引物对2;
2)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列1和序列2所示的2种单链DNA,得到所述引物对1;
3)以dATP,dTTP,dCTP和dGTP为原料制备序列表中序列3和序列4所示的2种单链DNA,得到所述引物对2。
6.鉴定或辅助鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因的方法,包括如下步骤M)、N)或P):
M)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2进行多重PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡是否含有dw基因和/或Dw基因,或是否候选含有dw基因和/或Dw基因:
若所述PCR扩增产物满足如下m1)或m2)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有dw基因或候选含有dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下m1)或m2)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有dw基因或候选不含有dw基因;
若所述PCR扩增产物满足如下m3)或m4)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有Dw基因或候选含有Dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下m3)或m4)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有Dw基因或候选不含有Dw基因;
若所述PCR扩增产物满足如下m5)或m6)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有dw基因和Dw基因或候选含有dw基因和Dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下m5)或m6)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有dw基因和Dw基因或候选不含有dw基因和Dw基因:
m1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示含有200bp-300bp的一个条带;
m2)所述PCR扩增产物含有247bp的片段;
m3)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示含有500bp-600bp的一个条带;
m4)所述PCR扩增产物含有522bp的片段;
m5)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带和500bp-600bp的一个条带;
m6)所述PCR扩增产物为247bp的片段和522bp的片段;
N)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡dw基因的引物对1进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡是否含有dw基因,若所述PCR扩增产物满足如下n1)或n2)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有dw基因或候选含有dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下n1)或n2)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有dw基因或候选不含有dw基因;
n1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带;
n2)所述PCR扩增产物为247bp的片段;
P)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡Dw基因的引物对2进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡是否含有Dw基因,若所述PCR扩增产物满足如下p1)或p2)的条件,则确定所述待鉴定鸡含有Dw基因或候选含有Dw基因,若所述PCR扩增产物不满足如下p1)或p2)的条件,则确定所述待鉴定鸡不含有Dw基因或候选不含有Dw基因;
p1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为500bp-600bp的一个条带;
p2)所述PCR扩增产物为522bp的片段;
所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
7.鉴定或辅助鉴定鸡基因型的方法,包括如下b)-d)中的任一步骤:
b)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用检测鸡dw基因的引物对1和检测鸡Dw基因的引物对2进行多重PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定待鉴定鸡的基因型是ZdwZdw、ZdwW、ZDwZDw、ZDwW和ZdwZDw这五种基因型中的哪一种、或候选为ZdwZdw、ZdwW、ZDwZDw、ZDwW和ZdwZDw这五种基因型中的哪一种:
若所述PCR扩增产物满足如下b1)或b2)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZdwZdw或ZdwW,或候选为ZdwZdw或ZdwW;若所述PCR扩增产物满足如下b3)或b4)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZDwZDw或ZDwW,或候选为ZDwZDw或ZDwW;若所述PCR扩增产物满足如下b5)或b6)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZdwZDw或候选为ZdwZDw:
b1)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带;
b2)所述PCR扩增产物为247bp的片段;
b3)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为500bp-600bp的一个条带;
b4)所述PCR扩增产物为522bp的片段;
b5)所述PCR扩增产物在琼脂糖凝胶电泳显示为200bp-300bp的一个条带和500bp-600bp的一个条带;
b6)所述PCR扩增产物为247bp的片段和522bp的片段;
c)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用所述引物对1进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定所述待鉴定鸡的基因型为ZdwZdw或ZdwW,或候选为ZdwZdw或ZdwW;或确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZdwZdw或非ZdwW,或候选为非ZdwZdw或非ZdwW:
若所述PCR扩增产物满足所述b1)或b2)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZdwZdw或ZdwW,或候选为ZdwZdw或ZdwW;
若所述PCR扩增产物不满足所述b1)或b2)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZdwZdw或非ZdwW,或候选为非ZdwZdw或非ZdwW;
d)以待鉴定鸡的基因组DNA或总RNA反转录得到的cDNA为模板,用所述引物对2进行PCR扩增,检测得到的PCR扩增产物,根据PCR扩增产物确定所述待鉴定鸡的基因型为ZDwZDw或ZDwW,或候选为ZDwZDw或ZDwW;或确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZDwZDw或非ZDwW,或候选为非ZDwZDw或非ZDwW:
若所述PCR扩增产物满足所述b3)或b4)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为ZDwZDw或ZDwW,或候选为ZDwZDw或ZDwW;
若所述PCR扩增产物不满足所述b3)或b4)的条件,则确定所述待鉴定鸡的基因型为非ZDwZDw或非ZDwW或候选为非ZDwZDw或非ZDwW;
所述引物对1由序列表中序列1所示的引物和序列表中序列2所示的引物组成;所述引物对2由序列表中序列3所示的引物和序列表中序列4所示的引物组成。
8.根据权利要求6或7所述的方法,其特征在于:所有所述多重PCR扩增和所有所述PCR扩增的退火条件为57℃30秒。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于:所有所述多重PCR扩增和所有所述PCR扩增的条件为:95℃预变性5分钟;然后按照下列参数进行循环反应:95℃预变性5分钟;94℃变性30秒,57℃复性30秒,72℃延伸35秒,循环35次;循环反应结束后在72℃保持7分钟。
10.权利要求1所述的成套引物对或引物对、权利要求4所述的试剂盒、或权利要求6-9中任一所述的方法在鸡的育种中的应用。
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