CN102011196A - 柑橘品种标准dna指纹图谱库及其构建方法 - Google Patents

柑橘品种标准dna指纹图谱库及其构建方法 Download PDF

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Abstract

柑橘品种标准DNA指纹图谱库,按照柑橘各品种总DNA提取、SSR特征引物对序列的筛选、柑橘DNA特征指纹图谱的获得和柑橘标准DNA指纹图谱库的构建步骤得到;应用本发明柑橘标准DNA指纹图谱库鉴别柑橘品种具有重复性好、稳定可靠、检测快速的优点,为利用SSR分子标记技术鉴别柑橘品种提供了依据。本发明柑橘标准DNA指纹图谱库可直接应用于柑橘品种的真伪鉴定,解决了长期以来柑橘苗木早期鉴别的难题,使柑橘品种鉴别不再受时空条件的限制。

Description

柑橘品种标准DNA指纹图谱库及其构建方法
技术领域
本发明涉及指纹图谱库及其构建方法,具体涉及一种柑橘品种DNA指纹图谱库及其构建方法。
背景技术
柑橘是世界第一大水果,全球种植面积670万公顷,年产量超过1亿吨,年贸易额234亿美元,是仅次于小麦、玉米和大豆的第四大国际贸易农产品。我国是世界上柑橘栽培面积最大的国家,柑橘总产量达2300万吨,居世界第一位。近30年来,国外培育出上百个柑橘新品种,而我国选育出了数十个柑橘优良新品种。可是,目前我国柑橘种苗行业管理制度还不够完善,以劣充优,以假种苗坑农事件时有发生,不仅损害了种植者的利益,也对柑橘产业的健康发展构成了极大的威胁。
国际植物新品种保护联盟(UPOV)把特异性(distinctness)、一致性( uniformity)和稳定性(stability)作为新品种登记和保护的必备特征。这些特征作同样可以作为品种鉴定的依据。长期以来,品种特性鉴定一直采用以形态性状为主要依据。这种经典的鉴定一般要在植株特定生长发育时期(果实、种子)才能进行,因而鉴定周期较长;而且农艺性状易受栽培管理和环境条件的影响。柑橘是多年生木本植物,易发生芽变,很多亲缘关系相近的品种间农艺性状差异较小,甚至只有单一性状的不明显变异,而且目前柑橘生产上一般要在种苗定植后2-4年的才能开花结果,若此时才利用依靠形态学标记来鉴定品种真伪已无实际意义。
随着分子生物学的发展,各种DNA分子标记技术不断涌现,检测技术渐趋完善,为实现柑橘种苗质量的早期、快速和准确鉴定提供了新途径。柑橘中也有利用分子标记技术开展研究(Barkley et al. 2006; Pang et al. 2003;刘勇等2005; Corzza-Nunes et al. 2002),但他们都侧重于对某类柑橘资源材料的亲缘关系进行研究;目前还没有建立柑橘品种DNA指纹图谱库从而鉴别品种的报道。
发明内容
本发明的目的在于提供柑橘品种标准DNA指纹图谱库,为从DNA水平鉴定柑橘品种提供依据,本发明建立的柑橘品种标准DNA指纹图谱库可直接用于柑橘品种的鉴定。
本发明的另一目的在于提供上述柑橘品种标准DNA指纹图谱库的构建方法。
本发明的目的是这样实现的:
柑橘品种标准DNA指纹图谱库,它是包括柑橘品种DNA和SSR特征引物对序列为材料,通过柑橘标准DNA指纹图谱库构建得到;其特征在于:所述柑橘品种DNA来自下表所述的柑橘品种
Figure 184234DEST_PATH_IMAGE001
Figure 586438DEST_PATH_IMAGE002
Figure 24373DEST_PATH_IMAGE003
Figure 382673DEST_PATH_IMAGE004
Figure 792926DEST_PATH_IMAGE005
Figure 503710DEST_PATH_IMAGE007
  ;所述SSR特征引物为SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:40所示的序列。
上述柑橘品种标准DNA指纹图谱库的构建方法,按如下步骤进行:
a. 柑橘各品种总DNA提取
提取上述各柑橘品种叶片的总DNA,利用琼脂糖凝胶电泳和总分光光度计检测总DNA的质量,使提取的总DNA完整性好,且 A260/A280比值在1.6-2.0之间;
b. SSR特征引物对序列的筛选
SSR引物来源:其中引物对序列来自江东等(2006)的方法设计和前人的报道(Kijas et al. 1995, 1997; Chen et al. 2006; Ahmad et al. 2003; Valdenice et al. 2006; 江东等2006),其是分布于不同的连锁群上的,将所述引物对序列进行合成, PAGE纯化;
SSR特征引物对序列的筛选:以上述96个柑橘品种为材料,利用上述合成的SSR引物对各柑橘品种的DNA进行PCR扩增;
引物的筛选首先是根据上述合成的SSR引物在96个品种中PCR扩增谱带的特异性、多态性以及带型的易区分程度进行初筛,筛选出一批在不同柑橘品种间多态性丰富、带型清晰而且特征谱带能够稳定重复的SSR引物;然后,找出一对在上述柑橘品种间多态性信息含量PIC最高,等位位点数最多的SSR引物作为柑橘品种指纹图谱库构建的核心引物,根据所述核心引物的特征指纹将上述96个柑橘品种划分为9个类群即为9个等位位点;进一步,以所述核心引物的区分结果为基准,在这9个类群中检测,每次检测到一个具有多态性的SSR引物进一步筛选,以此类推,这样96个品种将会被划分为更多的类群,直到把各类群分到只有一个品种为止;最终从上述合成的柑橘SSR引物对序列中筛选得到来自多个连锁群的SSR特征引物对序列;
c. 柑橘DNA特征指纹图谱的获得
利用上述筛选得到来自多个连锁群的SSR特征引物对序列,分别对上述各柑橘品种DNA进行PCR扩增,得到上述96个柑橘品种的DNA特征指纹图谱;
d. 柑橘标准DNA指纹图谱库的构建
应用指纹图谱自动识别系统对上述96个柑橘品种的DNA特征指纹图谱进行识别和处理,然后将各柑橘品种的DNA特征指纹图谱转换成柑橘品种标准DNA指纹图谱库。
具体地说,柑橘品种标准DNA指纹图谱库的构建方法,按以下步骤:
a.柑橘各品种总DNA提取
提取各柑橘叶片的总DNA,利用琼脂糖凝胶电泳和总分光光度计检测总DNA的质量,使提取的总DNA完整性好,且 A260/A280比值在1.6-2.0之间,然后将总DNA稀释成100ng/μL, 储存于-20℃备用;
b. SSR特征引物对序列的筛选
引物来源:其中引物对序列来自江东等(2006)的方法设计和前人的报道(Kijas et al. 1995, 1997; Chen et al. 2006; Ahmad et al. 2003;Valdenice et al. 2006; 江东等2006),其是分布于不同的连锁群上的,将所述引物对序列进行合成,均由上海生工(Sangon)合成,要求PAGE纯化;
SSR特征引物对序列的筛选:以上述96个柑橘品种为材料,利用上述合成的SSR引物对各柑橘品种的DNA进行PCR扩增,PCR扩增产物利用非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后银染显色,照相记录;
引物的筛选首先是根据上述合成的SSR引物在96个柑橘品种中PCR扩增谱带的特异性、多态性以及带型的易区分程度进行初筛,筛选出一批在不同柑橘品种间多态性丰富、带型清晰而且特征谱带能够稳定重复的SSR引物,然后,找到一对在96个柑橘品种间多态性信息含量即PIC最高,等位位点数最多的SSR引物作为柑橘品种指纹图谱库构建的核心引物,根据所述核心引物的特征指纹将这96个柑橘品种划分为9个类群即9个等位位点;进一步,以所述核心引物的区分结果为基准,在这9个类群中检测,每次检测到一个具有多态性的SSR引物进一步筛选,以此类推,这样96个品种将会被划分为更多的类群,直到把各类群分到只有一个品种为止,经过这样的逐步分析,最终筛选到SSR特征引物对序列,作为构建柑橘品种DNA指纹图谱库的特征引物;
c. 柑橘DNA特征指纹图谱的获得
利用上述b步骤中筛选获得的SSR特征引物对序列,分别对上述96个主栽柑橘品种进行PCR扩增,电泳及显色,并照相记录结果,获得96柑橘品种的DNA特征指纹图谱;为了便于分析比较不同凝胶间上各品种的DNA指纹,在所述电泳时对每块凝胶上设置相同的DNA Marker和PCR产物作参照;
d.柑橘标准DNA指纹图谱库的构建
应用指纹图谱自动识别系统Gel 2.0、gelquest、Cross checker、Total Lab或IMAGE package对上述96个柑橘品种的DNA特征指纹图谱进行识别和处理,以DL2000 DNA Marker作参照,识别系统将根据DNA Marker中谱带的迁移位置自动计算出上述指纹图谱中各品种每条SSR特征谱带的相对迁移率,然后根据相对迁移率大小将各品种的SSR特征指纹转换成可比对的柑橘品种标准DNA指纹图谱库。
利用上述构建的柑橘标准DNA指纹图谱库对待测柑橘品种的进行鉴别方法,是将上述SSR特征引物对序列对待测样品的总DNA进行PCR扩增,再将获得的指纹图谱与库中的特征指纹进行自动比对,从而实现对柑橘品种苗木纯度及真实性的快速检测。
本发明具有如下的有益效果:
1、应用本发明柑橘标准DNA指纹图谱库鉴别柑橘品种具有重复性好、稳定可靠、检测快速的优点,为利用SSR分子标记技术鉴别柑橘品种提供了依据。本发明柑橘标准DNA指纹图谱库可直接应用于柑橘品种的真伪鉴定,解决了长期以来柑橘苗木早期鉴别的难题,使柑橘品种鉴别不再受时空条件的限制。
2、本发明柑橘标准DNA指纹图谱库的构建方法,利用了每对SSR引物对一个特定品种的DNA进行扩增后均会产生一个特定的指纹,而同一对SSR引物在不同品种间可能会扩增出不同的DNA特征指纹(互称为等位位点)的原理,而多对SSR引物进行扩增,每个品种将可能会得到一组特有的DNA指纹,于是本发明方法采用引物组合鉴别的方法对引物进行再次分析和筛选,使每一个品种都找到了它特有的DNA指纹。本发明方法最终获得了一个包含96个柑橘品种的标准DNA指纹模式图谱库,其中有70个柑橘品种具有唯一的DNA特征指纹。
附图说明
图1:为部分柑橘品种的DNA指纹图谱。注: M  DNA Marker DL2000 ,分别以表1中的SSR01-SSR10作为引物,均以如下作物的DNA为模板的PCR扩增结果:1.天草;2.早香;3.不知火; 4.宫内尹予柑;5.清见; 6. .爱媛22;7.爱媛21;8.阳香; 9.早津; 10.少核默科特;11.日辉;12.春见;13.奥兰多; 14.明尼奥拉;15.清峰;16.津之香;17.诺瓦;18.胜山尹予柑;19.濑户佳;20.南香;21.克里曼丁Fina;22.新克里迈丁;23.克Tardia Bovo;4.克里迈丁Hernandina;25.东风早;26.粱平柚;27.通贤柚;28.强德勒;29.楚门文旦;30.沙田柚;31.琯溪蜜柚;32.邓肯; 33.勐龙早;34.曼赛龙;35.晚白柚;36.马叙葡萄柚;37.五布红心柚;38.瑞红葡萄柚;39.福本;40.宫川, 41 .新生系3号。
  图2:为部分柑橘品种的DNA指纹图谱。注: M, DNA Marker DL2000; 1清家; 2 福本; 3北碚447; 4丰脐; 5 塔罗科血橙; 6江津78-1; 7梨橙2号; 8纽荷尔; 9蜜奈; 10铜水72-1; 11红肉脐橙; 12奥林达; 13晚棱脐橙; 14德尔塔; 15朋娜; 16 摩洛哥血橙; 17无核雪柑; 18冰糖橙; 19沙田柚; 20琯溪蜜柚。
  图3:为部分柑橘品种的DNA指纹图谱。注:M, DNA marker DL2000; 1默西哥柠檬; 2龙凤柠檬;3马柑柠檬;4 Fem(无刺乔化); 5河口柠檬; 6巴无; 7尼8001; 8维尔拉; 9尼8004; 10 Fino; 11 Monechello; 12江津粗柠檬; 13摩84-12; 14北京柠檬; 15金龙大柠檬; 16变型柠檬; 17里斯本; 18南川柠檬柚; 19维拉弗兰卡; 20白花柠檬; 21 Ponderosa; 22Fem(无核); 23黄花尤力克; 24尤力克。
图4(a、b、c):为柑橘品种标准DNA指纹图谱库。注:引物为SSR01;M: DNA marker; 1: 天草; 2: 早香; 3: 不知火; 4.: 宫内尹予柑; 5: 清见; 6: 爱媛22; 7: 爱媛21; 8: 阳香; 9: 早津; 10: 少核默科特; 11: 日辉; 12: 春见; 13: 奥兰多; 14: 明尼奥拉; 15: 清峰; 16: 津之香; 17: 诺瓦; 18: 胜山尹予柑; 19: 濑户佳; 20: 南香; 21: 克里曼丁Fina; 22: 新克里迈丁; 23: Tardia Bovo; 24: 克里迈丁Hernandina; 25: 东风早; 26: 粱平柚; 27: 通贤柚; 28: 强德勒; 29: 楚门文旦; 30: 沙田柚; 31: 琯溪蜜柚; 32: 邓肯; 33: 勐龙早; 34: 曼赛龙; 35: 晚白柚; 36: 马叙葡萄柚; 37: 五布红心柚; 38: 瑞红葡萄柚; 39: 福本; 40: 宫川; 41: 新生系3号; 42. 清家; 43. 北碚447; 44丰脐; 45. 塔罗科血橙; 46. 蜜奈; 47. 红肉脐橙; 48. 奥林达; 49: 晚棱脐橙50. 无核学柑; 51. 鹏娜; 52: 摩洛哥血橙; 53: 冰糖橙; 54: 默西哥柠檬; 55: 龙凤柠檬; 56: 马柑柠檬; 57: Fem(无刺乔化);  58: 河口柠檬; 59: 巴无; 60: 维尔拉; 61: 尼8004; 62: Fino; 63:  Monechello; 64: 尤力克; 65: 江津粗柠檬; 66: 摩84-12; 67: 北京柠檬; 68: 金龙大柠檬; 69: 变型柠檬; 70: 里斯本; 71: 南川柠檬柚; 72: 维拉弗兰卡; 73: 白花柠檬; 74: Ponderosa; 75: Fem(无核); 76: 黄花尤力克; 77: 台湾椪柑; 78: 太田椪柑; 79: 硬芦; 80: 黄岩椪柑; 81: 日南1号; 82: 大浦; 83: 宫本; 84: 山下红; 85: 福本; 86: 纽荷尔; 87: 丰脐; 88: 德尔塔; 89: 江津78-1; 90: 梨橙2号; 91: Moroco 血橙; 92: 铜水72-1; 93: 南丰蜜橘; 94: 本地早橘; 95: 兴义大红袍; 96: 桂平朱砂橘。
具体实施方式
下面通过实施例对本发明进行具体的描述,有必要在此指出的是以下实施例只用于对本发明进行进一步说明,不能理解为对本发明保护范围的限制,该领域的技术人员可以根据上述本发明内容对本发明作出一些非本质的改进和调整。
柑橘品种标准DNA指纹图谱库的构建,按如下步骤进行:
1、SSR特征引物对序列的获得
SSR引物来源:引物来自江东等(2006)的方法设计和前人的报道(Kijas et al. 1995, 1997; Chen et al. 2006; Ahmad et al. 2003; Valdenice et al. 2006; 江东等2006),其是分布于不同的连锁群上的,将引物交由上海生工(Sangon)合成,引物合成的纯度要求为PAGE纯化,并分装成1 OD /管,把上下游引物的浓度均溶解成20μM;
SSR特征引物对序列的筛选:以上述96个柑橘品种为材料,利用上述合成的SSR引物对各柑橘品种的DNA进行PCR扩增,PCR扩增产物利用非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后银染显色,照相记录;
引物的筛选首先是根据上述合成的SSR引物在96个柑橘品种中PCR扩增谱带的特异性、多态性以及带型的易区分程度进行初筛,筛选出一批在不同柑橘品种间多态性丰富、带型清晰而且特征谱带能够稳定重复的SSR引物,然后,找到一对在96个柑橘品种间多态性信息含量即PIC最高,等位位点数最多的SSR引物作为柑橘品种指纹图谱库构建的核心引物,为SSR 01引物,根据SSR 01引物的特征指纹将这96个柑橘品种划分为9个类群即9个等位位点;进一步,以SSR 01引物的区分结果为基准,在这9个类群中检测,每次检测到一个具有多态性的SSR引物进一步筛选,以此类推,这样96个品种将会被划分为更多的类群,直到把各类群分到只有一个品种为止,经过这样的逐步分析,最终筛选到SSR特征引物对序列(SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:40所示的序列),作为构建柑橘品种DNA指纹图谱库的特征引物;
2、柑橘各品种总DNA的提取:
各柑橘品种见表1。
i.   取各品种柑橘幼嫩的叶片0.2g于1.5mL离心管中,加入液氮研磨成粉末;
ii.  加入600μL CTAB buffer(2%CTAB,1.4M NaCl,0.02M EDTA,0.1M Tris-HCl,3%PVP,2%β-巯基乙醇)充分混匀,65℃水浴35 min,其间轻轻振荡2~3次;
iii.水浴后取出样品置于冰上10min,然后加入等体积酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)抽提15 min,室温下11000r·min-1离心10min;
iv.取上清加入等体积氯仿/异戊醇(24:1)抽提15 min,再次以11000r·min-1离心10min;
v.  取上清加入2/3体积的异丙醇,混匀后于-20℃下静置20min;
vi.6000r·min-1离心5min,倒弃水溶液,75%的酒精洗涤沉淀2~3次;
vii.  风干加入300μL含2μg RNAase的 TE(PH8.0)溶解;
viii.琼脂糖电泳及分光光度计检测后把浓度调为100ng/μL,-20℃保存备用。
 表1  用于本发明DNA指纹图谱库构建的柑橘品种
Figure 101919DEST_PATH_IMAGE008
Figure 428995DEST_PATH_IMAGE009
Figure 651029DEST_PATH_IMAGE010
Figure 1239DEST_PATH_IMAGE011
Figure 199877DEST_PATH_IMAGE012
Figure 381460DEST_PATH_IMAGE013
Figure 774395DEST_PATH_IMAGE014
 3、柑橘DNA特征指纹图谱的获得
   扩增反应是按TaKaRa 公司提供的Taq TM试剂和推荐条件进行的。按25μl反应体积进行,PCR 反应液按下列组份配制。
Figure 611901DEST_PATH_IMAGE015
 PCR程序:94℃ 5 min;94℃ 30 s,56~60℃ 45 s,72℃ 60s,30个循环;72℃ 10 min。
4、凝胶电泳及银染显色
首先把电泳槽、电泳玻璃板洗干净晾干,将玻璃板安放在制胶器上,做好制胶准备。配制50 ml(按需配制) 8%凝胶液,按下列组份配制。
 聚丙烯酰胺凝胶的配制
Figure 178011DEST_PATH_IMAGE016
 灌胶:将混匀的丙烯酰胺缓慢倒入垂直电泳槽的电泳玻璃板夹缝中,插上梳子,静止40~60分钟。
电泳:待聚丙烯酰胺胶凝固后,向电泳槽内倒入1×TBE Buffer,取下梳子,预电泳10分钟,将适量的PCR产物与6×Buffer混合并加入梳孔,以不高于200伏的电压电泳1.5个小时(北京六一恒功率电泳仪),电泳完毕取下凝胶。
染色:利用固定液(含10%乙醇和0.5%的醋酸的蒸馏水)放于脱色摇床上摇12分钟;倒掉固定液加入染色液(0.2%的硝酸银)再摇12分钟;倒掉染色液加入蒸馏水漂洗2次,每次1分钟;加入显色液(1.5%NaOH和0.4%甲醛),至谱带清晰为止。照相记录。如图1、2、3。
5、柑橘标准DNA指纹图谱库的构建
首先利用Photoshop将照相记录的指图谱照片(JPEG格式)转换成转化为256色的BMP文件。然后利用Gel 2.0((可购于中国农科院作物研究所)、gelquest、Cross checker、Total Lab或IMAGE package自动识别系统识别检测样品的DNA指纹图谱,并以标准分子DL2000作参照,参见相应指纹图谱自动识别系统的帮助说明,将其转换成标准的DNA指纹模式图谱,得到柑橘品种标准DNA指纹图谱库,结果如图4。 

Claims (4)

1.柑橘品种标准DNA指纹图谱库,它是包括柑橘品种DNA和SSR特征引物对序列为材料,通过柑橘标准DNA指纹图谱库构建得到;其特征在于:所述SSR特征引物为SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:40所示的序列。
2.如权利要求1所述的柑橘品种标准DNA指纹图谱库,其特征在于:所述柑橘品种DNA来自下表所述的柑橘品种
Figure 183516DEST_PATH_IMAGE002
Figure 508318DEST_PATH_IMAGE003
Figure 48758DEST_PATH_IMAGE004
Figure 142616DEST_PATH_IMAGE005
Figure 877354DEST_PATH_IMAGE006
Figure 423873DEST_PATH_IMAGE007
 。
3.如权利要求1或2所述的柑橘品种标准DNA指纹图谱库的构建方法,按如下步骤进行:
a. 柑橘各品种总DNA提取
提取所述各柑橘品种的总DNA,利用琼脂糖凝胶电泳和总分光光度计检测总DNA的质量,使提取的总DNA完整性好,且 A260/A280比值在1.6-2.0之间;
b. SSR特征引物对序列的筛选
SSR引物来源:选择分布于不同的连锁群上的引物对序列,合成, PAGE纯化;
SSR特征引物对序列的筛选:以所述柑橘品种为材料,利用所述合成的SSR引物对各柑橘品种的DNA进行PCR扩增;
引物的筛选首先是根据所述合成的SSR引物在各个柑橘品种中PCR扩增出的谱带的特异性、多态性以及带型的易区分程度进行初筛,筛选出一批在不同柑橘品种间多态性丰富、带型清晰而且特征谱带能够稳定重复的SSR引物;然后,找出一对在所述柑橘品种间多态性信息含量PIC最高,等位位点数最多的SSR引物作为柑橘品种指纹图谱库构建的核心引物,根据所述核心引物的特征指纹将所述柑橘品种划分为9个类群即为9个等位位点;进一步,以所述核心引物的区分结果为基准,在这9个类群中检测,每次检测到一个具有多态性的SSR引物进一步筛选,以此类推,这样将其划分为更多的类群,直到把各类群分到只有一个品种为止;最终从所述合成的柑橘SSR引物对序列中筛选得到来自多个连锁群的SSR特征引物对序列;
c. 柑橘DNA特征指纹图谱的获得
利用所述筛选得到来自多个连锁群的SSR特征引物对序列,分别对所述各柑橘品种DNA进行PCR扩增,得到所述各柑橘品种的DNA特征指纹图谱;
d. 柑橘标准DNA指纹图谱库的构建
应用指纹图谱自动识别系统对所述各柑橘品种的DNA特征指纹图谱进行识别和处理,然后将各柑橘品种的DNA特征指纹图谱转换成柑橘品种标准DNA指纹图谱库。
4.如权利要求3所述的方法,按以下步骤:
a.柑橘各品种总DNA提取
提取各柑橘叶片的总DNA,利用琼脂糖凝胶电泳和总分光光度计检测总DNA的质量,使提取的总DNA完整性好,且 A260/A280比值在1.6-2.0之间,然后将总DNA稀释成100ng/μL, 储存于-20℃备用;
b. SSR特征引物对序列的筛选
引物来源:选择分布于不同的连锁群上的引物对序列,合成,均由上海生工Sangon合成,要求PAGE纯化;
SSR特征引物对序列的筛选:以所述各个柑橘品种为材料,利用所述合成的SSR引物对各柑橘品种的DNA进行PCR扩增,PCR扩增产物利用非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后银染显色,照相记录;
引物的筛选首先是根据所述合成的SSR引物在各个柑橘品种中PCR扩增出的谱带的特异性、多态性以及带型的易区分程度进行初筛,筛选出一批在不同柑橘品种间多态性丰富、带型清晰而且特征谱带能够稳定重复的SSR引物,然后,找到一对在各个柑橘品种间多态性信息含量即PIC最高,等位位点数最多的SSR引物作为柑橘品种指纹图谱库构建的核心引物,根据所述核心引物的特征指纹将各柑橘品种划分为9个类群即9个等位位点;进一步,以所述核心引物的区分结果为基准,在这9个类群中检测,每次检测到一个具有多态性的SSR引物进一步筛选,以此类推,这样将其划分为更多的类群,直到把各类群分到只有一个品种为止,经过这样的逐步分析,最终筛选到SSR特征引物对序列,作为构建柑橘品种DNA指纹图谱库的特征引物;
c. 柑橘DNA特征指纹图谱的获得
利用所述b步骤中筛选获得的SSR特征引物对序列,分别对所述各个柑橘品种进行PCR扩增,电泳及显色,并照相记录结果,获得各柑橘品种的DNA特征指纹图谱;在所述电泳时对每块凝胶上设置相同的DNA Marker和PCR产物作参照;
d.柑橘标准DNA指纹图谱库的构建
应用指纹图谱自动识别系统Gel 2.0、gelquest、Cross checker、Total Lab或IMAGE package对所述各柑橘品种的DNA特征指纹图谱进行识别和处理,以DL2000 DNA Marker作参照,识别系统将根据DNA Marker中谱带的迁移位置自动计算出所述指纹图谱中各品种每条SSR特征谱带的相对迁移率,然后根据相对迁移率大小将各品种的SSR特征指纹转换成可比对的柑橘品种标准DNA指纹图谱库。
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