CN101760515A - 基因检测试剂组 - Google Patents

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CN101760515A
CN101760515A CN200810185265A CN200810185265A CN101760515A CN 101760515 A CN101760515 A CN 101760515A CN 200810185265 A CN200810185265 A CN 200810185265A CN 200810185265 A CN200810185265 A CN 200810185265A CN 101760515 A CN101760515 A CN 101760515A
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CN
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nucleic acid
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CN200810185265A
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陈维萱
林心郁
许仁祺
李怡侬
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Pharmigene Inc
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Abstract

一种基因检测试剂组,决定人体某些特定HLA对偶基因的存在或缺失。本发明所述的基因检测试剂组含有:(1)一引子混合液,包含有一第一正向引子与一第一反向引子,该第一正向引子与第一反向引子侦测一HLA对偶基因核酸片段,(2)一阳性控制组核酸分子混合液,包含有HLA对偶基因核酸片段与一内部控制基因片段,该HLA对偶基因核酸片段系为该第一正向引子与该第一反向引子所侦测的片段;(3)一内部控制基因核酸分子侦测混合液,包含有一第二正向引子与一第二反向引子,该第二正向引子与第二反向引子系侦测该内部控制基因片段;(4)一聚合酶连锁反应主要混合液,以及(5)一去离子水。

Description

基因检测试剂组
技术领域
本发明是有关一种基因检测试剂组,是用于评估个体发展药物不良反应的风险。
背景技术
药物不良反应(Adverse Drug Reaction,简称ADR)为一种非预设且不希望发生的药物反应。特别是指药物在剂量上为预防用剂量、诊断用剂量,或是治疗用剂量所造成的非预期与非预定的反应。依据广泛撷用的统合分析,药物不良反应位在最常见死因的第四位与第六位之间(Lazarou et al.,1998)。2-3%住院患者是因皮肤出现药物不良反应而住院治疗(Bigby etal.,1986),其病征的严重性从轻微斑状丘疹(MPE),随着严重性的增加,到甚至有致命危险的病征,例如:过度敏感症候群(Hypersensitivity,HSS)、史狄芬-琼森征候群(Stevens-Johnson syndrome,SJS)及毒性表皮坏死溶解(Toxic Epidermal Necrolysis,TEN;李耶氏征候群Lyell’ssyndrome),而后者的致死率可高达40%。
过度敏感症候群除皮肤发疹外,其特征在于另伴随有全身性表征(如:发烧、嗜酸性白血球增多症,以及淋巴腺肿)的多重器官涉入(如:肝炎或肾脏炎)。史狄芬-琼森征候群及毒性表皮坏死溶解属于免疫复体导致的过度敏感病变,特征在于迅速发展出水疱斑疹、涉及黏膜的特定部位损伤以及脱皮(Roujeau et al.,1994)。大多数的史狄芬-琼森征候群及毒性表皮坏死溶解病例是由药物引起,例如磺酰胺类、抗痉挛药、别嘌醇(allopurinol)、非类固醇消炎药(NSAID),及抗疟疾药(Roujeau et al.,1995)。抗痉挛药如卡马西平(carbamazepine)、奥卡西平(Oxcarbazepine)、利卡西平(Licarbazepine)、苯妥英(phenytoin)、磷苯妥英(Fosphenytoin)、乐命达(Lamotrigine)与苯巴比妥,及抗痛风药如别嘌醇(Allopurinol)与奥昔嘌醇(Oxyprim)等,为最常引起史狄芬-琼森征候群及毒性表皮坏死溶解的药物。
近来药物遗传学的发展已倾向将药物不良反应的罹患机率与特定遗传基因有关。例如,硫嘌呤甲基转化酶(TPMT)的基因多样性,被发现与硫唑嘌呤(azathioprine,系一种类风湿或癌症药物)所导致的药物不良反应有绝大关系(Yates et al.,1997)。此外,研究结果也显示罹患由特定药物引发过度敏感症候群、史狄芬-琼森征候群及毒性表皮坏死溶解的机率是由遗传决定(Gennis MA,1991;Edwards SG,1999),但其负责的遗传因子仍有待判别。
这些药物遗传学的研究显示,侦测患者体内不良药物相关的对偶基因有益于评估患者是否有发展药物不良反应的风险。这种由临床实验改良修正(Clinical Laboratory Improvement Amendments)的分子诊断法现已在美国及欧洲的认证实验室(reference laboratories)获得认可。
为了决定一特定对偶基因的存在,需侦测一个或多个特定的核苷酸。在许多例子中,需针对对偶基因内的多重区域为目标以达到精确的判定。例如:目前已知用来判定一HLA-B对偶基因(如:HLA-B*1502或HLA-B*5801)的方法,需侦测该对偶基因内至少六个区域。
发明内容
为解决上述问题,本发明的目的是提供一种基因检测试剂组。本发明开发出适用于个体化用药基因型检测的试剂组,可检测特定的人体HLA对偶基因,由检测结果以评估患者是否具有发展因某个基因标记的存在或缺失(例如HLA-B*1502、HLA-B*5801)而导致的药物不良反应。
为实现上述目的,本发明提供的基因检测试剂组,用于侦测检体中药物不良反应相关基因的存在,主要包括:引子混合液,包含有第一正向引子与第一反向引子,侦测特定HLA-B*5801基因核酸片段,第一正向引子选自含有下列核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成群组的其中之一:
5’-CGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-ACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-GACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-CGACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-GACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-GGACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-GGGACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-TGGGACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-CGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’、
’-ACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’、
5’-CACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’,以及
5’-ACACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’;
而第二反向引子则选自含有下列所示的核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成的群组其中之一:
5’-AGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-CAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-GCAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-CGCAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-TGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-TTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-CTTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-CCTTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-GAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’、
5’-GGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’、
5’-AGGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’,以及
5’-GAGGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’;
阳性控制组核酸分子混合液,包含有HLA-B*5801基因核酸片段与内部控制基因片段,其中,HLA-B*5801基因核酸片段为第一正向引子与第一反向引子所侦测的片段;内部控制基因核酸分子侦测混合液,包含有第二正向引子与第二反向引子,其中,第二正向引子与第二反向引子侦测内部控制基因片段;聚合酶连锁反应主要混合液,包含标记用荧光染剂以及聚合酶等;以及去离子水。
本发明又提供一种基因检测试剂组,用于侦测检体中药物不良反应相关基因的存在,主要包括:引子混合液,包含有第一正向引子与第一反向引子,第一正向引子与第一反向引子系侦测特定HLA-B*1502基因核酸片段,第一正向引子系选自含有下列核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成的群组其中之一:
5’-CGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-CCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-GCCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-GGCCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-GACCGGAACACACAGATCTCCAAG-3’、
5’-ACCGGAACACACAGATCTCCAAGA-3’、
5’-CCGGAACACACAGATCTCCAAGAC-3’、
5’-CGGAACACACAGATCTCCAAGACC-3’、
5’-CGCGAGTCCGAGGATGGC-3’、
5’-CCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’、
5’-GCCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’,以及
5’-CGCCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’;
而第一反向引子系选自含有下列核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成的群组其中之一:
5’-CCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-GCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-AGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-CAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-GTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-CGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-CCGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-GCCGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCATAACC-3’、
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCATAGCC-3’、
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCATACCC-3’,以及
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCAGACCC-3’;
阳性控制组核酸分子混合液,包含有HLA-B*1502基因核酸片段与一内部控制基因片段,其中,该HLA-B*1502基因核酸片段为该第一正向引子与该第一反向引子所侦测的片段;内部控制基因核酸分子侦测混合液,包含有第二正向引子与第二反向引子,其中,第二正向引子与第二反向引子系侦测内部控制基因片段;聚合酶连锁反应主要混合液,包含标记用荧光染剂以及聚合酶;以及去离子水。
本发明的基因检测试剂组,用于侦测检体中药物不良反应相关基因的存在,尤其是HLA-B*1502基因。
本发明的基因检测试剂组,用于评估患者发展出药物不良反应的危险性的试剂组,尤其是史狄芬-琼森征候群、毒性表皮坏死溶解,或过度敏感症候群(Hypersensitivity,HSS)。
本发明的基因检测试剂组,适用于个体化用药基因型检测,特别是测定患者是否带有HLA-B*1502,以评估患者使用某些药物如:卡马西平(carbamazepine,CBZ)、奥卡西平(Oxcarbazepine)、利卡西平(Licarbazepine)、苯妥英(phenytoin)、磷苯妥英(Fosphenytoin)、柳氮磺胺嘧啶(Sulfasalazine)、安默西林(Amoxicillin)、异丁苯丙酸(Ibuprofen)、乐命达(Lamotrigine)、苯巴比妥(Phenobarbital)、苯酮苯丙酸(Ketoprofen)、别嘌醇(Allopurinol)或是奥昔嘌醇(Oxyprim)等而发展出药物不良反应的风险性。
附图说明
图1为判定是否带有HLA-B*5801基因的区域1至6核酸序列图;以及
图2为判定是否带有HLA-B*1502基因的区域1至6核酸序列图。
具体实施方式
以下就本发明的数种实施例加以详细说明,其余本发明的特征、对象与优点可由以下叙述、附图与权利要求部明显推知。
由于本发明是有关基因检测试剂组,其中所利用的生物学原理及相关生物检测技术,已为相关技术领域具有通常知识者所能明了,故以下文中的说明,不再作完整描述。同时,以下文中所对照的附图,是表达与本发明特征有关的示意,并未亦不需要依据实际情形完整绘制,事先叙明。
实施例1:HLA-B*5801实时定量基因检测试剂组
本发明提出的第一较佳实施例,为一种基因检测试剂组,用以侦测检体中药物不良反应相关基因HLA-B*5801对偶基因的存在,包含有:(1)引子混合液、(2)阳性控制组核酸分子混合液、(3)内部控制基因核酸分子侦测混合液、(4)聚合酶连锁反应主要混合液、以及(5)去离子水。其中去离子水以不含限制酶的去离子水为佳。本基因检测试剂组是用于以实时定量聚合酶连锁反应(Real-time Polymerase chain reaction,简称Real-time PCR)的技术,以分析生物检体中是否具有HLA-B*5801基因,以下将进一步说明基因检测试剂组的组成成分与功能。
引子混合液包含有第一正向引子与第一反向引子,用以侦测HLA-B*5801基因中的特定核酸片断,决定聚合酶连锁反应中所要复制的核酸区域,于此实施例中,引子混合液为十倍浓缩液,且第一正向引子与第一反向引子的浓度为约0.1微摩尔浓度(μM)至约10微摩尔浓度(μM)。
上述特定的HLA-B*5801核酸片断,为HLA-B*5801的区域1至区域6其中之一。请参考图1,侦测HLA-B*5801的存在的基本原理是由侦测图1所示的区域1至6中至少2个区域来判定,而这些区域的存在,可由侦测区域内某些位置的核苷酸来判定,如图1中该区域内以放大字体表示,例如:区域1中的位置1、2、5;区域2中的位置1、4、6、7、8、15、16及20;区域3中的2、4、5、8及9;区域4中的位置3与5;区域5中的位置1与9;以及区域6中的位置3与10。区域1至6中只要任2个区域存在,即代表该患者带有HLA-B*5801。故上述用以侦测HLA-B*5801基因的第一正向引子(HLA-B*5801-F)是选自由如SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 12所示的核苷酸分子其中之一,或与SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 12所示的核苷酸分子的互补序列其中之一,或与SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 12所示的核苷酸分子至少具有80%相似序列其中之一,或与SEQ ID NO 1至SEQID NO 12所示的核苷酸分子序列的互补序列至少80%相似序列其中之一。而用以侦测HLA-B*5801基因的第一反向引子(HLA-B*5801-R)则选自由如SEQ ID NO 13至SEQ ID NO 24所示的核苷酸分子其中之一,或与SEQ IDNO 13至SEQ ID NO 24所示的核苷酸分子的互补序列其中之一,或与SEQID NO 13至SEQ ID NO 24所示的核苷酸分子至少具有80%相似序列其中之一,或与SEQ ID NO 13至SEQ ID NO 24所示的核苷酸分子序列的互补序列至少80%相似序列其中之一。SEQ ID NO 1至SEQ ID NO 24详细核苷酸序列如表1所示。
表1:判定是否带有HLA-B*5801基因的正向与反向引子序列
  SEQ ID   Sequences
  SEQ ID NO 1   5’-CGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’
  SEQ ID NO 2   5’-ACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’
  SEQ ID NO 3   5’-GACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’
  SEQ ID NO 4   5’-CGACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’
  SEQ ID NO 5   5’-GACGGGGAGACACGGAACATG-3’
  SEQ ID NO 6   5’-GGACGGGGAGACACGGAACATG-3’
  SEQ ID NO 7   5’-GGGACGGGGAGACACGGAACATG-3’
  SEQ ID NO 8   5’-TGGGACGGGGAGACACGGAACATG-3’
  SEQ ID NO 9   5’-CGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’
  SEQ ID NO 10   5’-ACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’
  SEQ ID NO 11   5’-CACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’
  SEQ ID NO 12   5’-ACACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’
  SEQ ID   Sequences
  SEQ ID NO 13   5’-AGCCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 14   5’-CAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 15   5’-GCAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 16   5’-CGCAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 17   5’-TGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’
  SEQ ID NO 18   5’-TTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’
  SEQ ID NO 19   5’-CTTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’
  SEQ ID NO 20   5’-CCTTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’
  SEQ ID NO 21   5’-GAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’
  SEQ ID NO 22   5’-GGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’
  SEQ ID NO 23   5’-AGGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’
  SEQ ID NO 24   5’-GAGGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’
阳性控制组核酸分子混合液包含有HLA-B*5801核酸片断,以及内部控制基因片段。内部控制基因核酸分子侦测混合液则包含了第二正向引子(IC-F,序列为5’-AACACGGAACTTCCAAATGCTGAGC-3’),与第二反向引子(IC-R,序列为5’-GCAGGCAGTGGGGACCTTAGACA-3’),用以侦测上述的内部控制基因片段。于本实施例中,内部控制基因核酸分子侦测混合液为十倍浓缩液,且第二正向引子与第二反向引子的浓度以约0.1微摩尔浓度(μM)至约10微摩尔浓度(μM)为较佳。
为使上述的HLA-B*5801核酸片断与内部控制基因片段呈现较稳定的型态,HLA-B*5801核酸片断与内部控制基因片段可各自构筑于不同质体(plasmid)内或共同构筑于单一质体内。此外,为使HLA-B*5801核酸片断与内部控制基因片段的浓度不会因为太低而无法反应,亦不会因为浓度太高而呈现伪阳性的反应,上述浓度以每微升104至约106复制倍体(copies)为较佳。
聚合酶连锁反应主要混合液包含有Tris-HCl、氯化钾、氯化镁、赛巴格林荧光染剂(SYBR Green I)、ROX荧光染剂(5-carboxy-X-rhodamine)、核苷酸,及聚合酶,其中,赛巴格林荧光染剂系用以标示出HLA-B*5801核酸片断,而ROX荧光染剂是作为内部控制基因片断的染色材料,用以标示出内部控制基因片断;聚合酶则用以扩增该聚合酶连锁反应中所选取侦测的核酸片断。于此实施例中,聚合酶连锁反应主要混合液为两倍浓缩液。
使用上述基因检测试剂组以检测生物检体中是否具有HLA-B*5801基因,于进行实验时须将以上述基因检测试剂组的各成份分别混合成:
(1)实验组:加入样本DNA、引子混合液、聚合酶连锁反应主要混合液,以进行聚合酶连锁反应。
(2)空白控制组:设置空白控制组的目的,在于确认实验环境是否有受到污染,而产生伪反应。为了准备空白控制组,利用基因检测试剂组中的去离子水取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。
(3)阳性控制组:设置阳性控制组的目的,在于确认实验的反应条件是否充足。为了准备阳性控制组,利用阳性控制组核酸分子混合液取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。因阳性控制组核酸分子混合液中包含有HLA-B*5801基因核酸片段,若反应条件正确,此阳性控制组一定会产生阳性反应;若无产生阳性反应,则代表该实验的反应条件有误。
(4)内部控制组:设置内部控制组的目的,是为了分辨是否发生了聚合酶连锁反应抑制而造成了伪阴性结果。为确认是否有此一情形的发生,须测试另一组独立的聚合酶连锁反应。因此,内部控制组包括:阳性控制组核酸分子混合液,其中包含了内部控制基因片段;内部控制基因核酸分子侦测混合液,其包含了侦测该内部控制基因片段的第二正向引子与第二反向引子;聚合酶连锁反应主要混合液,其中包含了聚合酶连锁反应所需的聚合酶,以及标记内部控制基因片段的ROX荧光染剂。
利用实时定量聚合酶连锁反应的技术来测定患者体内的HLA-B*5801存在与否,取决于HLA-B*5801基因与内部控制基因两者间阀循环数(Ct)的差(ΔCt值),该阀循环数是由该回报染料发光强度高于背景噪声的循环数来决定,该阀循环数是由该反应的最大指数期来决定,且比传统PCR方法测量终点的累积PCR产物来得更加可靠。该阀循环数与其模版基因的复制数量有倒数比例关系,模版复制数量越大,测量到的阀循环数则越低。
当内部控制组讯号低于指定的临界值(Ct数值<25)时,ΔCt数值<7应被判定为HLA-B*-5801阳性;ΔCt数值>7应被判定为HLA-B*-5801阴性。当内部控制组讯号Ct数值>25时,样本应被怀疑有PCR抑制反应。
设若内部控制组讯号Ct数值<25,且阳性控制组与内部控制组的阀循环数差ΔCt数值<7,又,空白对照组结果为无法测定(undetermined)或Ct数值>38,则可进一步判断样品的检测结果。设若上述各项条件符合,且实验组与内部控制组的阀循环数差ΔCt数值<7,则样品被判定为HLA-B*-5801阳性;若ΔCt数值>7,则样品应被判定为HLA-B*-5801阴性。
实施例2:HLA-B*5801核酸分子电泳检测试剂组
本发明除提出上述第一较佳实施例的基因检测试剂组,适用于实时定量聚合酶连锁反应,亦提出第二较佳实施例,为另一种基因检测试剂组,适用于核酸分子快速胶体检测,用以侦测检体中HLA-B*5801对偶基因的存在,其主要组成成份及各成份的适当浓度均与第一实施例大致相同,以下仅就本实施例的特征处进一步加以说明。
本实施例所提供的基因检测试剂组包含有:
(1)包含有第一正向引子(HLA-B*5801-F)与第一反向引子(HLA-B*5801-R)的引子混合液。
(2)包含有HLA-B*5801核酸片断以及内部控制基因片段的阳性控制组核酸分子混合液。
(3)包含有第二正向引子(IC-F,序列为5’-AACACGGAACTTCCAAATGCTGAGC-3’),与第二反向引子(IC-R,序列为5’-GCAGGCAGTGGGGACCTTAGACA-3’)的内部控制基因核酸分子侦测混合液。
(4)聚合酶连锁反应主要混合液。
(5)去离子水。
本实施例与第一较佳实施例不同的处在于,本实施例中的聚合酶连锁反应主要混合液,其成份有Tris-HCl、氯化钾、氯化镁、核苷酸,及聚合酶。其中并不含有赛巴格林荧光染剂。
使用上述基因检测试剂组以检测生物检体中是否具有HLA-B*5801基因,于进行实验时须将以上述基因检测试剂组的各成份分别混合成:
(1)实验组:加入样本DNA、引子混合液、聚合酶连锁反应主要混合液,以进行聚合酶连锁反应。
(2)空白控制组:设置空白控制组的目的,在于确认实验环境是否有受到污染,而产生伪反应。为了准备空白控制组,利用基因检测试剂组中的去离子水取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。
(3)阳性控制组:设置阳性控制组的目的,在于确认实验的反应条件是否充足。为了准备阳性控制组,利用阳性控制组核酸分子混合液取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。因阳性控制组核酸分子混合液中包含有HLA-B*5801基因核酸片段,若反应条件正确,此阳性控制组一定会产生阳性反应;若无产生阳性反应,则代表该实验的反应条件有误。
利用聚合酶连锁反应测定患者体内的HLA-B*5801存在与否,是于进行聚合酶连锁反应后,利用2~4%琼脂糖凝胶电泳系统并以溴化乙锭(Ethidium bromide)或其它DNA染剂进行染色来鉴定。鉴定后,若为HLA-B*5801阳性的测试检体于胶体上会显现出两个大小不同的聚合酶连锁反应产物,其中一个为HLA-B*5801片段,另一个为内部控制基因片段,且HLA-B*5801片段的讯号强度会大于内部控制基因片段;反之,若为HLA-B*5801阴性的测试检体仅会在胶体上出现内部控制基因片段的讯号,若为HLA-B*5801伪阳性的测试检体,则在胶体上分子量大小相同于HLA-B*5801片段处,会出现一个讯号远弱于内部控制基因片段的讯号。
此外,除上述以凝胶电泳系统进行鉴定外,本实施例所提供的试剂组亦可利用光谱仪鉴定其讯号结果。
实施例3:HLA-B*1502实时定量基因检测试剂组
此外,本发明亦提出第三较佳实施例,为一种基因检测试剂组,用以侦测检体中药物不良反应相关基因HLA-B*1502对偶基因的存在,包含有:(1)引子混合液、(2)阳性控制组核酸分子混合液、(3)内部控制基因核酸分子侦测混合液、(4)聚合酶连锁反应主要混合液、以及(5)去离子水。其中去离子水以不含限制酶的去离子水为佳。本基因检测试剂组是用于以实时定量聚合酶连锁反应分析生物检体中是否具有HLA-B*1502基因的技术中,以下将进一步说明基因检测试剂组的组成成分与功能。
引子混合液包含有第一正向引子(HLA-B*1502-F)与第一反向引子(HLA-B*1502-R),用以侦测HLA-B*1502基因中的特定核酸片断,决定聚合酶连锁反应中所要复制的核酸区域,于此实施例中,引子混合液为十倍浓缩液,且第一正向引子与第一反向引子的浓度为约0.1微摩尔浓度至约10微摩尔浓度。
上述用以侦测HLA-B*1502基因的第一正向引子(HLA-B*1502-F)是选自由如SEQ ID NO 25至SEQ ID NO 36所示的核苷酸分子其中之一,或与SEQ ID NO 25至SEQ ID NO 36所示的核苷酸分子的互补序列其中之一,或与SEQ ID NO 25至SEQ ID NO 36所示的核苷酸分子至少具有80%相似序列其中之一,或与SEQ ID NO 25至SEQ ID NO 36所示的核苷酸分子序列的互补序列至少80%相似序列其中之一。而第一反向引子(HLA-B*1502-R)是选自由如SEQ ID NO 37至SEQ ID NO 48所示的核苷酸分子其中之一,或与SEQ ID NO 37至SEQ ID NO 48所示的核苷酸分子的互补序列其中之一,或与SEQ ID NO 37至SEQ ID NO 48所示的核苷酸分子至少具有80%相似序列其中之一,或与SEQ ID NO 37至SEQ ID NO 48所示的核苷酸分子序列的互补序列至少80%相似序列其中之一。SEQ ID NO37至SEQ ID NO 48详细核苷酸序列如表2所示
表2:判定是否带有HLA-B*1502基因的正向与反向引子序列
  SEQ ID   uence
  SEQ ID NO 25   -CGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’
  SEQ ID NO 26   -CCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’
  SEQ ID NO 27   -GCCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’
  SEQ ID NO 28   -GGCCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’
  SEQ ID NO 29   -GACCGGAACACACAGATCTCCAAG-3’
  SEQ ID NO 30   -ACCGGAACACACAGATCTCCAAGA-3’
  SEQ ID NO 31   -CCGGAACACACAGATCTCCAAGAC-3’
  SEQ ID NO 32   -CGGAACACACAGATCTCCAAGACC-3’
  SEQ ID NO 33   -CGCGAGTCCGAGGATGGC-3’
  SEQ ID NO 34   -CCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’
  SEQ ID NO 35   -GCCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’
  SEQ ID   uence
  SEQ ID NO 36   -CGCCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’
  SEQ ID NO 37   -CCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 38   -GCCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 39   -AGCCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 40   -CAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’
  SEQ ID NO 41   -GTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’
  SEQ ID NO 42   -CGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’
  SEQ ID NO 43   -CCGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’
  SEQ ID NO 44   -GCCGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’
  SEQ ID NO 45   -TCGTAGGCGGACTGGTCATAACC-3’
  SEQ ID NO 46   -TCGTAGGCGGACTGGTCATAGCC-3’
  SEQ ID NO 47   -TCGTAGGCGGACTGGTCATACCC-3’
SEQ ID NO 48 -TCGTAGGCGGACTGGTCAGACCC-3’
阳性控制组核酸分子混合液包含有HLA-B*1502核酸片断,以及内部控制基因片段。内部控制基因核酸分子侦测混合液则包含了第二正向引子(IC-F,序列为5’-AACACGGAACTTCCAAATGCTGAGC-3’),与第二反向引子(IC-R,序列为5’-GCAGGCAGTGGGGACCTTAGACA-3’),用以侦测上述的内部控制基因片段。于本实施例中,内部控制基因核酸分子侦测混合液为十倍浓缩液,且第二正向引子与第二反向引子的浓度以约0.1微摩尔浓度至约10微摩尔浓度为较佳。
为使上述的HLA-B*1502核酸片断与内部控制基因片段呈现较稳定的型态,HLA-B*1502核酸片断与内部控制基因片段可各自构筑于不同质体或是共同构筑于同一质体内。此外,为使HLA-B*1502核酸片断与内部控制基因片段的浓度不会因为太低而无法反应,亦不会因为浓度太高而呈现伪阳性的反应,上述浓度以每微升104至约106复制倍体(copies)为较佳。
聚合酶连锁反应主要混合液包含有Tris-HCl、氯化钾、氯化镁、赛巴格林荧光染剂、ROX荧光染剂(5-carboxy-X-rhodamine)、核苷酸,及聚合酶,其中,赛巴格林荧光染剂是用以标示出HLA-B*1502核酸片断,而ROX荧光染剂是作为内部控制基因片断的染色材料,用以标示出内部控制基因片断;聚合酶则用以扩增该聚合酶连锁反应中所选取侦测的核酸片断。于此实施例中,聚合酶连锁反应主要混合液为两倍浓缩液。
使用上述基因检测试剂组以检测生物检体中是否具有HLA-B*1502基因,于进行实验时须将以上述基因检测试剂组的各成份分别混合成:
(1)实验组:加入样本DNA、引子混合液、聚合酶连锁反应主要混合液,以进行聚合酶连锁反应。
(2)空白控制组:设置空白控制组的目的,在于确认实验环境是否有受到污染,而产生伪反应。为了准备空白控制组,利用基因检测试剂组中的去离子水取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。
(3)阳性控制组:设置阳性控制组的目的,在于确认实验的反应条件是否充足。为了准备阳性控制组,利用阳性控制组核酸分子混合液取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。因阳性控制组核酸分子混合液中包含有HLA-B*1502基因核酸片段,若反应条件正确,此阳性控制组一定会产生阳性反应;若无产生阳性反应,则代表该实验的反应条件有误。
(4)内部控制组:设置内部控制组的目的,是为了分辨是否发生了聚合酶连锁反应抑制而造成了伪阴性结果。为确认是否有此一情形的发生,须测试另一组独立的聚合酶连锁反应。因此,内部控制组包括:阳性控制组核酸分子混合液,其中包含了内部控制基因片段;内部控制基因核酸分子侦测混合液,其包含了侦测该内部控制基因片段的第二正向引子与第二反向引子;聚合酶连锁反应主要混合液,其中包含了聚合酶连锁反应所需的聚合酶,以及标记内部控制基因片段的荧光染剂。
利用实时定量聚合酶连锁反应测定患者体内的HLA-B*1502存在与否,系取决于HLA-B*1502基因与内部控制基因两者间阀循环数(Ct)的差(ΔCt值),该阀循环数是由该回报染料发光强度高于背景噪声的循环数来决定,该阀循环数是由该反应的最大指数期来决定,且比传统PCR方法测量终点的累积PCR产物来得更加可靠。该阀循环数与其模版基因的复制数量有倒数比例关系,模版复制数量越大,测量到的阀循环数则越低。
当内部控制组讯号低于指定的临界值(Ct数值<25)时,ΔCt数值<7应被判定为HLA-B*1502阳性;ΔCt数值>7应被判定为HLA-B*1502阴性。当内部控制组讯号Ct数值>25时,样本应被怀疑有PCR抑制反应。
设若内部控制组讯号Ct数值<25,且阳性控制组与内部控制组的阀循环数差ΔCt数值<7,又,空白对照组结果为无法测定(undetermined)或Ct数值>38,则可进一步判断样品的检测结果。设若上述各项条件符合,且实验组与内部控制组的阀循环数差ΔCt数值<7,则样品被判定为HLA-B*1502阳性;若ΔCt数值>7,则样品应被判定为HLA-B*1502阴性。
实施例4:HLA-B*1502核酸分子电泳检测试剂组
本发明除提出上述的第三较佳实施例的基因检测试剂组,适用于实时定量聚合酶连锁反应,亦提出第四较佳实施例,为另一种基因检测试剂组,适用于核酸分子快速胶体检测,用以侦测检体中HLA-B*1502基因的存在,其主要组成成份及各成份的适当浓度均与第三实施例大致相同,以下仅就本实施例的特征处进一步加以说明。
本实施例所提供的基因检测试剂组包含有:
(1)包含有第一正向引子(HLA-B*1502-F)与第一反向引子(HLA-B*1502-R)的引子混合液。
(2)包含有HLA-B*5801核酸片断以及内部控制基因片段的阳性控制组核酸分子混合液。
(3)包含有第二正向引子(IC-F,序列为5’-AACACGGAACTTCCAAATGCTGAGC-3’),与第二反向引子(IC-R,序列为5’-GCAGGCAGTGGGGACCTTAGACA-3’)的内部控制基因核酸分子侦测混合液。
(4)聚合酶连锁反应主要混合液。
(5)去离子水。
其中去离子水则以不含限制酶的去离子水为佳。
本实施例与第三较佳实施例不同的处在于,本实施例中的聚合酶连锁反应主要混合液,其成份有Tris-HCl、氯化钾、氯化镁、核苷酸,及聚合酶。其中并不含有赛巴格林荧光染剂。
使用上述基因检测试剂组以检测生物检体中是否具有HLA-B*1502基因,于进行实验时须将以上述基因检测试剂组的各成份分别混合成:
(1)实验组:加入样本DNA、引子混合液、聚合酶连锁反应主要混合液,以进行聚合酶连锁反应。
(2)空白控制组:设置空白控制组的目的,在于确认实验环境是否有受到污染,而产生伪反应。为了准备空白控制组,系利用基因检测试剂组中的去离子水取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。
(3)阳性控制组:设置阳性控制组的目的,在于确认实验的反应条件是否充足。为了准备阳性控制组,利用阳性控制组核酸分子混合液取代上述实验组中的样本DNA,其它成分与上述实验组相同。因阳性控制组核酸分子混合液中包含有HLA-B*1502基因核酸片段,若反应条件正确,此阳性控制组一定会产生阳性反应;若无产生阳性反应,则代表该实验的反应条件有误。
利用聚合酶连锁反应测定患者体内的HLA-B*1502存在与否,是于进行聚合酶连锁反应后,利用2~4%琼脂糖凝胶电泳系统并以溴化乙锭或其它DNA染剂进行染色来鉴定。鉴定后,若为HLA-B*1502阳性的测试检体于胶体上会显现出两个大小不同的聚合酶连锁反应产物,其中一个为HLA-B*1502片段,另一个为内部控制基因片段,且HLA-B*1502片段的讯号强度会大于内部控制基因片段;反之,若为HLA-B*1502阴性的测试检体仅会在胶体上出现内部控制基因片段的讯号,若为HLA-B*1502伪阳性的测试检体,则在胶体上分子量大小相同于HLA-B*1502片段处,会出现一个讯号远弱于内部控制基因片段的讯号。
此外,除上述以凝胶电泳系统进行鉴定外,本实施例所提供的试剂组亦可利用光谱仪鉴定其讯号结果。
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已,并非用以限定本发明申请的权利要求;同时以上的描述,对于本领域技术人员应可明了及实施,因此其它未脱离本发明所揭示的精神下所完成的等效改变或修饰,均应包含在申请的权利要求范围中。

Claims (10)

1.一种基因检测试剂组,用于侦测检体中药物不良反应相关基因的存在,其特征在于该基因检测试剂组含有:
(1)一引子混合液,包含有一第一正向引子与一第一反向引子,该第一正向引子与第一反向引子侦测一HLA-B*5801基因核酸片段,该第一正向引子选自含有以下列核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成群组的其中之一:
5’-CGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-ACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-GACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-CGACGCCGCGAGTCCGAGGACGGA-3’、
5’-GACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-GGACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-GGGACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-TGGGACGGGGAGACACGGAACATG-3’、
5’-CGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’、
5’-ACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’、
5’-CACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’,以及
5’-ACACGGAACATGAAGGCCTCCGCG-3’;
而该第一反向引子则选自含有以下列所示的核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成的群组其中之一:
5’-AGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-CAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-GCAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-CGCAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-TGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-TTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-CTTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-CCTTGCCGTCGTAGGCGGACTGGTC-3’、
5’-GAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’、
5’-GGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’、
5’-AGGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’,以及
5’-GAGGAGGCGCCCGTCGGGCCCCAG-3’;
(2)一阳性控制组核酸分子混合液,包含有该HLA-B*5801基因核酸片段与一内部控制基因片段,该HLA-B*5801基因核酸片段为该第一正向引子与该第一反向引子所侦测的片段;
(3)一内部控制基因核酸分子侦测混合液,包含有一第二正向引子与一第二反向引子,该第二正向引子与第二反向引子侦测该内部控制基因片段;
(4)一聚合酶连锁反应主要混合液,以及
(5)一去离子水。
2.依据权利要求1所述的基因检测试剂组,其特征在于,该阳性控制组核酸分子混合液包含有第一质体及第二质体,且该HLA-B*5801基因片段与该内部控制基因片段各自构筑于该第一质体及该第二质体内。
3.依据权利要求1所述的基因检测试剂组,其特征在于,该阳性控制组核酸分子混合液包含有一质体,且该HLA-B*5801基因片段与该内部控制基因片段共同构筑于该质体内。
4.依据权利要求1所述的基因检测试剂组,其特征在于,该聚合酶连锁反应混合液包含有Tris-HCl、氯化钾、氯化镁、ROX荧光染剂、核苷酸及聚合酶,以于聚合酶连锁反应后,利用琼脂糖凝胶电泳系统并以溴化乙锭或其它DNA染剂进行染色来鉴定,或以光谱仪鉴定荧光强弱。
5.依据权利要求1所述的基因检测试剂组,其特征在于,该聚合酶连锁反应混合液包含有赛巴格林荧光染剂或其它DNA荧光染剂,以进行实时定量聚合酶连锁反应。
6.一种基因检测试剂组,用于侦测检体中药物不良反应相关基因的存在,其特征在于,该基因检测试剂组含有:
(1)一引子混合液,包含有一第一正向引子与一第一反向引子,该第一正向引子与第一反向引子侦测一HLA-B*1502基因核酸片段,该第一正向引子选自含有以下列核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成的群组其中之一:
5’-CGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-CCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-GCCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-GGCCGGAGTATTGGGACCGGAAC-3’、
5’-GACCGGAACACACAGATCTCCAAG-3’、
5’-ACCGGAACACACAGATCTCCAAGA-3’、
5’-CCGGAACACACAGATCTCCAAGAC-3’、
5’-CGGAACACACAGATCTCCAAGACC-3’、
5’-CGCGAGTCCGAGGATGGC-3’、
5’-CCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’、
5’-GCCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’,以及
5’-CGCCGCGAGTCCGAGGATGGC-3’;
而该第一反向引子系选自含有以下列核苷酸分子及其互补序列及其至少80%相似序列及其互补序列至少80%相似序列所组成的群组其中之一:
5’-CCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-GCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-AGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-CAGCCATACATCCTCTGGATGA-3’、
5’-GTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-CGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-CCGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-GCCGTCGTAGGCGGACTGGTCATA-3’、
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCATAACC-3’、
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCATAGCC-3’、
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCATACCC-3’,以及
5’-TCGTAGGCGGACTGGTCAGACCC-3’;
(2)一阳性控制组核酸分子混合液,包含有该HLA-B*1502基因核酸片段与一内部控制基因片段,该HLA-B*1502基因核酸片段为该第一正向引子与该第一反向引子所侦测的片段;
(3)一内部控制基因核酸分子侦测混合液,包含有一第二正向引子与一第二反向引子,该第二正向引子与该第二反向引子侦测该内部控制基因片段;
(4)一聚合酶连锁反应主要混合液,以及
(5)一去离子水。
7.依据权利要求6所述的基因检测试剂组,其特征在于,该阳性控制组核酸分子混合液包含有第一质体及第二质体,且该HLA-B*1502基因核酸片段与该内部控制基因片段各自构筑于该第一质体及该第二质体内。
8.依据权利要求6所述的基因检测试剂组,其特征在于,该阳性控制组核酸分子混合液包含有一质体,且该HLA-B*1502基因核酸片段与该内部控制基因片段共同构筑于该质体内。
9.依据权利要求6所述的基因检测试剂组,其特征在于,该聚合酶连锁反应混合液包含有Tris-HCl、氯化钾、氯化镁、ROX荧光染剂、核苷酸及聚合酶,以于聚合酶连锁反应后,利用琼脂糖凝胶电泳系统并以溴化乙锭或其它DNA染剂进行染色来鉴定,或以光谱仪鉴定荧光强弱。
10.依据权利要求6所述的基因检测试剂组,其特征在于,该聚合酶连锁反应混合液包含有赛巴格林荧光染剂或其它DNA荧光染剂,以进行实时定量聚合酶连锁反应。
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C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Open date: 20100630