CN101230390A - 一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法 - Google Patents

一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法 Download PDF

Info

Publication number
CN101230390A
CN101230390A CNA2007101686526A CN200710168652A CN101230390A CN 101230390 A CN101230390 A CN 101230390A CN A2007101686526 A CNA2007101686526 A CN A2007101686526A CN 200710168652 A CN200710168652 A CN 200710168652A CN 101230390 A CN101230390 A CN 101230390A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene
malignant tumor
oligonucleotide
cancer
chip
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CNA2007101686526A
Other languages
English (en)
Inventor
陈勇
谭秋萍
朱文婷
张晓雷
王恒松
韩凤梅
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Hubei University
Original Assignee
Hubei University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hubei University filed Critical Hubei University
Priority to CNA2007101686526A priority Critical patent/CN101230390A/zh
Publication of CN101230390A publication Critical patent/CN101230390A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提出了一种常见妇科恶性肿瘤早期筛查与诊断的寡核苷酸基基因芯片制备及其检测方法。它是以常见妇科恶性肿瘤(乳腺癌、卵巢癌、子宫癌)的相关基因为验证，通过寡核苷酸基因芯片的制备以及芯片杂交及检测，最后确定患者是否患有该恶性肿瘤的一种方法。本发明提供了一种基于基因芯片的常见妇科恶性肿瘤早期筛查诊断的检测方法，将常见妇科恶性肿瘤的特征基因制成寡核苷酸基因芯片，能够使临床检测条件保持一致性。能够尽早、尽快筛选、确诊常见恶性肿瘤。该技术方法采样简便，一致性好，易于全民普筛；应用得当，可使癌症死亡率降低约1/3。

Description

一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法
技术领域
本发明涉及常见妇科恶性肿瘤(乳腺癌、卵巢癌、子宫癌)的早期筛查方法，具体地说是常见妇科恶性肿瘤早期筛查与诊断的基因芯片及其检测方法。
背景技术
恶性肿瘤(包括肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌和宫颈癌等)是严重危害人类生命和健康的常见疾病。世界卫生组织统计，全世界每年有490万新癌症患者，死亡者可达430万，每死亡10个人中就有一个死于癌症。恶性肿瘤是人类三大死因之一，仅次于心、脑血管疾病。
对癌症的防治除了在病因学上积极做好工作外，主要是“三早”措施，即早期发现、早期诊断、早期治疗。目前，对早期恶性肿瘤的治疗往往可以取得较好临床效果，治愈率高，患者的生活质量也因为其手术范围较小和化、放疗时间较短而大为提高。同时，也有利于节省卫生资源，减少医疗支出。因此，癌症的早期发现、早期诊断及早期治疗是降低死亡率及提高生存率的主要策略之一。
癌症诊断主要是检测肿瘤标志物，既恶性肿瘤发生发展的新陈代谢产物。肿瘤标志物种类很多，目前发现的已有100多种。临床上对于肿瘤的早期诊断主要采用肿瘤标志物的检测，但由于其特异性较差，存在不易对肿瘤患者进行早期诊断，不能在全民中进行普查等缺陷。开发高特异性及高通量恶性肿瘤的基因芯片及其检测方法将有利于早期诊断、早期治疗及全民普查，具有重大的社会效益。
发明内容
本发明的目的是提供一种用于常见妇科恶性肿瘤早期筛查诊断的特征基因芯片的制备及其检测方法，使常见妇科恶性肿瘤能够尽早尽快筛选、确诊和治疗。
本发明是这样实现的。用于常见妇科恶性肿瘤早期筛查诊断的寡核苷酸基因芯片制备的主要步骤是：
(1)经大量研究得出：在常见妇科恶性肿瘤患者的血液中癌症基因表达功能明确且可检测出的特征基因为：
乳腺癌：LTA(NM_000595)；VEGFA(M27281)；ICAM1(NM_000201)；PRL(NM_000948)；IGF1(NM_000618)；BCL2(NM_000657)；ERBB2(NM_004448)；CXCL12(NM_000609)；HMGA2(NM_003483)；FAS(NM_000043)；TNF(NM_000594)；SYK(NM_003177)；ACP5(NM_001611)；KLK2(NM_005551)；EGFR(NM_005228)；IGFBP3(NM_000598)；
卵巢癌：RASSF1(NM_007182)；CD44(X55150)；
子宫癌：TNF(NM_000594)；PRL(NM_000948)；MDM2(NM_002392)；MMP9(NM_004994)；IL-10(NM_000572)；
(2)根据基因序列号，利用数据库NCBI，确定上述特征基因的完整序列；
(3)找出与上述常见妇科恶性肿瘤特征基因互补的基因，制备出长约20-50个碱基序列的核酸分子的寡核苷酸片段；
(4)然后进行DNA链的化学交联，通常是官能团修饰的寡核苷酸样品转移到经化学处理的活化载体上，使寡核苷酸末端与载体发生专一性共价偶联。
其中寡核苷酸的末端修饰及载体的表面处理为：载玻片先用3-巯丙基硅烷衍生化、与5’端二硫键化合物修饰的寡核苷酸发生巯基置换反应进而交联。(交联密度为3×105寡核苷酸/μm2，芯片密度可达20000点/cm2)；
(5)然后冲洗未反应的寡核苷酸探针后，制备出表达有常见妇科恶性肿瘤特征基因的寡核苷酸基因芯片。
常见妇科恶性肿瘤早期筛查诊断的检测方法，其主要步骤是：
(1)提取出待测病人血液中的样品基因；
(2)将样品基因与表达有常见妇科恶性肿瘤特征基因的寡核苷酸基因芯片上的寡核苷酸基因序列进行杂交；
(3)将芯片杂交结果进行信号检测，将芯片置入芯片扫描仪中，通过扫描可得到显色结果，分别为：表达量增加为红色，表达量降低为绿色，表达量不变为黄色；根据检测杂交信号的显色情况，可判断特征基因表达的上下调(即数量的增减)情况；
(4)判读结果，通常患有常见妇科恶性肿瘤的相关特征基因表达的上下调情况如下：
乳腺癌：表达上调的特征基因：LTA(NM_000595)；VEGFA(M27281)；
        PRL(NM_000948)；IGF1(NM_000618)；BCL2(NM_000657)；
        CXCL12(NM_000609)；ERBB2(NM_004448)；HMGA2(NM_003483)；
        TNF(NM_000594)；SYK(NM_003177)；ACP5(NM_001611)；
    KLK2(NM_005551)；EGFR(NM_005228)；IGFBP3(NM_000598)；
    表达下调的特征基因：ICAM1(NM_000201)；FAS(NM_000043)；
卵巢癌：表达上调的特征基因：CD44(X55150)；
        表达下调的特征基因：RASSF1(NM_007182)；
子宫癌：表达上调的特征基因：TNF(NM_000594)；PRL(NM_000948)；MDM2(NM_002392)；MMP9(NM_004994)；IL-10(NM_000572)；
将实际测得值与上列对照值比较，若出现表达上调的特征基因上调了，或表达下调的特征基因下调了，则可判断出该病人患有乳腺癌，或卵巢癌，或子宫癌.反之，如果特征基因都未上调或下调，则不患有癌症。
本发明从基因水平对常见妇科恶性肿瘤进行筛查及诊断，为恶性肿瘤的早期发现和早期诊断开辟了新的方法，其创新特征为：(1)该基因芯片功能明确，可以表明样本基因是否正常表达；(2)基因存在于血液中，采样简便，易于普筛；(3)将常见妇科恶性肿瘤的特征基因制成寡核苷酸基因芯片，能够使临床检测条件保持一致性。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明进一步说明。
实施例一
采集若干癌症患者的血液样本，按照前述要求，通过基因公司制备成寡核苷酸基因芯片。
实施例二
取病人甲的血液5ml并提取血液基因样本，将样本基因与该寡核苷酸基因芯片杂交，检测所得杂交结果显示：甲血液中VEGFA(M27281)、IGF1(NM_000618)、LTA(NM_000595)表达上调，即说明病人甲很可能患有乳腺癌。
实施例三
取病人乙的血液5ml并提取血液基因样本，将样本基因与该寡核苷酸基因芯片杂交，检测所得杂交结果显示：乙血液中RASSF1(NM_007182)表达下调、CD44(X55150)表达上调，即说明病人乙很可能患有卵巢癌。
实施例四
取病人丙的血液5ml并提取血液基因样本，将样本基因与该寡核苷酸基因芯片杂交，检测所得杂交结果显示：丙血液中TNF(NM_000594)、MDM2(NM_002392)、
 MMP9(NM_004994)表达上调，即说明病人丙很可能患有子宫癌。

Claims (2)

1.一种用于妇科恶性肿瘤早期筛查的寡核苷酸基因芯片的制备，其特征在于制备步骤为：
1)列出在常见妇科恶性肿瘤患者的血液中癌症基因表达功能明确且可检测出的特征基因为：
乳腺癌：LTA(NM_000595)；VEGFA(M27281)；ICAM1(NM_000201)；
        PRL(NM_000948)；IGF1(NM_000618)；BCL2(NM_000657)；
        ERBB2(NM_004448)；CXCL12(NM_000609)；
        HMGA2(NM_003483)；FAS(NM_000043)；TNF(NM_000594)；
        SYK(NM_003177)；ACP5(NM_001611)；KLK2(NM_005551)；
        EGFR(NM_005228)；IGFBP3(NM_000598)；
卵巢癌：RASSF1(NM_007182)；CD44(X55150)；
子宫癌：TNF(NM_000594)；PRL(NM_000948)；MDM2(NM_002392)；
        MMP9(NM_004994)；IL-10(NM_000572)；
(2)根据基因序列号，利用数据库NCBI，确定上述特征基因的完整序列；
(3)找出与上述常见妇科恶性肿瘤特征基因互补的基因，制备出长约20-50个碱基序列的核酸分子的寡核苷酸片段；
(4)然后进行DNA链的化学交联，通常是官能团修饰的寡核苷酸样品转移到经化学处理的活化载体上，使寡核苷酸末端与载体发生专一性共价偶联；
(5)然后冲洗未反应的寡核苷酸探针后，制备出表达有常见妇科恶性肿瘤特征基因的寡核苷酸基因芯片。
2.一种用于妇科恶性肿瘤早期筛查的检测方法，其特征在于其主要步骤是：
(1)提取出待测病人血液中的样品基因；
(2)将样品基因与表达有常见妇科恶性肿瘤特征基因的寡核苷酸基因芯片上的寡核苷酸基因序列进行杂交；
(3)将芯片杂交结果进行信号检测，将芯片置入芯片扫描仪中，通过扫描可得到显色结果，分别为：表达量增加为红色，表达量降低为绿色，表达量不变为黄色；根据检测杂交信号的显色情况，可判断特征基因表达的上下调(即数量的增减)情况；
(4)判读结果，通常患有常见妇科恶性肿瘤的相关特征基因表达的上下调情况如下：
乳腺癌：表达上调的特征基因：LTA(NM_000595)；VEGFA(M27281)；
        PRL(NM_000948)；IGF1(NM_000618)；BCL2(NM_000657)；
        CXCL12(NM_000609)；ERBB2(NM_004448)；HMGA2(NM_003483)；
        TNF(NM_000594)；SYK(NM_003177)；ACP5(NM_001611)；
        KLK2(NM_005551)；EGFR(NM_005228)；IGFBP3(NM_000598)；
        表达下调的特征基因：ICAM1(NM_000201)；FAS(NM_000043)；
卵巢癌：表达上调的特征基因：CD44(X55150)；
        表达下调的特征基因：RASSF1(NM_007182)；
子宫癌：表达上调的特征基因：TNF(NM_000594)；PRL(NM_000948)；MDM2(NM_002392)；MMP9(NM_004994)；IL-10(NM_000572)；
将实际测得值与上列对照值比较，若出现表达上调的特征基因上调了，或表达下调的特征基因下调了，则可判断出该病人患有乳腺癌，或卵巢癌，或子宫癌.反之，如果特征基因都未上调或下调，则不患有癌症。
CNA2007101686526A 2007-12-07 2007-12-07 一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法 Pending CN101230390A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CNA2007101686526A CN101230390A (zh) 2007-12-07 2007-12-07 一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CNA2007101686526A CN101230390A (zh) 2007-12-07 2007-12-07 一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN101230390A true CN101230390A (zh) 2008-07-30

Family

ID=39897201

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CNA2007101686526A Pending CN101230390A (zh) 2007-12-07 2007-12-07 一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN101230390A (zh)

Cited By (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2010127502A1 (zh) * 2009-05-08 2010-11-11 Cai Zhiming 利用 dna 突变和多态信息检测男性不育症的装置及方法
WO2010127500A1 (zh) * 2009-05-08 2010-11-11 Tang Aifa 利用遗传信息检测泌尿生殖系统肿瘤的装置及方法
WO2010127501A1 (zh) * 2009-05-08 2010-11-11 Tang Aifa 采用 dna 探针检测泌尿生殖系统畸形的装置及方法
CN102439452A (zh) * 2009-01-15 2012-05-02 美国控股实验室公司 通过测量her-2表达确定患者应答的方法
CN104067126A (zh) * 2011-11-15 2014-09-24 迈阿密大学 用于检测人乳头瘤病毒并提供头颈部鳞状细胞癌预后的方法
US9081019B2 (en) 2008-12-01 2015-07-14 Laboratory Corporation Of America Holdings Methods and assays for measuring p95 and/or p95 complexes in a sample and antibodies specific for p95
US9110066B2 (en) 2009-01-15 2015-08-18 Laboratory Corporation Of America Holdings HER-3 antibodies and methods of use
CN108624589A (zh) * 2018-04-17 2018-10-09 广州永诺生物科技有限公司 环状RNA circ-ERBB2及其检测试剂与应用
CN109321654A (zh) * 2017-07-27 2019-02-12 张巍 用于多基因联合检测妇科肿瘤的引物组、试剂盒、文库及应用
US10416162B2 (en) 2007-12-20 2019-09-17 Monogram Biosciences, Inc. Her2 diagnostic methods
CN112618699A (zh) * 2020-12-31 2021-04-09 深圳先进技术研究院 一种能够提供治疗有效量的白介素10的试剂及其抗肿瘤应用

Cited By (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10416162B2 (en) 2007-12-20 2019-09-17 Monogram Biosciences, Inc. Her2 diagnostic methods
US10273308B2 (en) 2008-12-01 2019-04-30 Laboratory Corporation Of America Holdings Methods of producing antibodies specific for p95
US9081019B2 (en) 2008-12-01 2015-07-14 Laboratory Corporation Of America Holdings Methods and assays for measuring p95 and/or p95 complexes in a sample and antibodies specific for p95
CN102439452A (zh) * 2009-01-15 2012-05-02 美国控股实验室公司 通过测量her-2表达确定患者应答的方法
CN102439452B (zh) * 2009-01-15 2015-04-15 美国控股实验室公司 通过测量her-2表达确定患者应答的方法
US9110066B2 (en) 2009-01-15 2015-08-18 Laboratory Corporation Of America Holdings HER-3 antibodies and methods of use
US9766242B2 (en) 2009-01-15 2017-09-19 Laboratory Corporation Of America Holdings Methods of determining patient response by measurement of HER-3 and P95
US10775382B2 (en) 2009-01-15 2020-09-15 Laboratory Corporation Of America Holdings Methods of determining patient response by measurement of HER-3
WO2010127500A1 (zh) * 2009-05-08 2010-11-11 Tang Aifa 利用遗传信息检测泌尿生殖系统肿瘤的装置及方法
WO2010127501A1 (zh) * 2009-05-08 2010-11-11 Tang Aifa 采用 dna 探针检测泌尿生殖系统畸形的装置及方法
WO2010127502A1 (zh) * 2009-05-08 2010-11-11 Cai Zhiming 利用 dna 突变和多态信息检测男性不育症的装置及方法
CN104067126A (zh) * 2011-11-15 2014-09-24 迈阿密大学 用于检测人乳头瘤病毒并提供头颈部鳞状细胞癌预后的方法
US10180430B2 (en) 2011-11-15 2019-01-15 University Of Miami Methods for detecting human papillomavirus and providing prognosis for head and neck squamous cell carcinoma
US10180431B2 (en) 2011-11-15 2019-01-15 University Of Miami Methods for detecting human papillomavirus and providing prognosis for head and neck squamous cell carcinoma
CN109321654A (zh) * 2017-07-27 2019-02-12 张巍 用于多基因联合检测妇科肿瘤的引物组、试剂盒、文库及应用
CN108624589A (zh) * 2018-04-17 2018-10-09 广州永诺生物科技有限公司 环状RNA circ-ERBB2及其检测试剂与应用
CN112618699A (zh) * 2020-12-31 2021-04-09 深圳先进技术研究院 一种能够提供治疗有效量的白介素10的试剂及其抗肿瘤应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN101230390A (zh) 一种用于妇科恶性肿瘤早期筛选的基因芯片及其检测方法
Rutman et al. Radiogenomics: creating a link between molecular diagnostics and diagnostic imaging
CN110904228B (zh) 一种用于粪便核酸检测的结直肠癌辅助诊断试剂盒及其使用方法
JP2006519620A (ja) 乳がんにおけるｅｒ状態の弁別特性
CN108085395A (zh) 基于高通量测序的宫颈癌多基因甲基化检测的引物组、试剂盒及方法
CN105683396B (zh) 用于预测大肠癌发病危险度的基因标志物及其应用
Shields et al. Small choroidal melanoma with chromosome 3 monosomy on fine-needle aspiration biopsy
CN101985651A (zh) 胃肠肿瘤诊断和预示的新分子标记
CN109913547A (zh) 一种血浆外泌体miRNA分子标志物及其在制备试剂盒中的应用
CN101314793A (zh) 卵巢癌的检测方法及抑制方法
CN107435062B (zh) 甄别肺部微小结节良恶性的外周血基因标志物及其用途
CN110117652A (zh) 肝癌早期诊断方法
CN106755513A (zh) 一种胃癌的lncRNA标志物
CN108531586A (zh) 一种与乳腺癌辅助诊断相关的位于X染色体上的循环miRNA标志物及其应用
CN108504658A (zh) Linc01836在制备胃癌诊断产品、治疗药物中的用途
EP4047101A1 (en) Primer set for methylation of a specific region of a human colorectal cancer-related gene, test, test kit and application thereof
JP2006526390A (ja) 正常細胞およびがん細胞における遺伝子発現を検出する方法
CN114807377A (zh) 膀胱癌预后生存期标志物的应用、评估装置以及计算机可读取介质
CN109609634A (zh) 一种与子宫内膜癌辅助诊断相关的循环miRNA标志物及其应用
CN101921864A (zh) 一种肝癌外周血基因诊断模型及诊断试剂盒
CN112553337A (zh) 一种基于数字pcr技术检测erbb2基因扩增的方法及其检测试剂盒
CN103865981B (zh) Mlh1基因的应用及检测胃肠道间质瘤的试剂盒
CN112852934B (zh) 检测基因甲基化的引物、试剂和试剂盒
CN110331204B (zh) 一种用于乳腺癌风险评估的试剂盒及其应用
CN110714079A (zh) 一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C12 Rejection of a patent application after its publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Open date: 20080730