CN101175860B - 纤维素酶、编码它们的核酸及其制备和应用的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及分子和细胞生物学和生物化学。一方面，本发明提供具有纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，编码这些多肽的多核苷酸，以及制备和使用这些多核苷酸和多肽的方法。一方面，本发明涉及多肽纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，包括热稳定和耐热的活性，以及编码这些酶的多核苷酸，以及制备和使用这些多核苷酸和多肽的方法。本发明的多肽可以被用于各种药物、农业、食物和饲料加工和工业环境中。

Description

纤维素酶、编码它们的核酸及其制备和应用的方法
政府资助
根据由能源部(the Department of Energy)授权的第DE-FG03-02ER83395和DE-FG02-03ER83865号协议，本发明是在美国政府的支持下进行的。政府拥有本发明的一些权利。
技术领域
本发明涉及分子和细胞生物学和生物化学。一方面，本发明提供具有纤维素酶活性——例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽、编码这些多肽的多核苷酸，以及制备和使用这些多核苷酸和多肽的方法。一方面，本发明涉及具有纤维素酶活性例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——包括热稳定的和耐热的活性——的多肽，和编码这些酶的多核苷酸，以及制备和使用这些多核苷酸和多肽。本发明的多肽可用于各种制药、农业和工业环境中。
背景技术
纤维素是地球上最丰富的可再生资源。它由重复单元是纤维二糖的β-1，4葡萄糖单元的线性链组成，纤维二糖是具有如图5所示结构的葡萄糖二聚体。该高分子通过一组酶进行降解，包括随机水解纤维素高分子的内切葡聚糖酶(EG)以及从纤维素除去末端纤维二糖残基的纤维二糖水解酶(CBH)。纤维二糖和纤维寡糖被β-葡糖苷酶(BG)水解成葡萄糖。所有这三种酶对于纤维素完全分解成葡萄糖是必需的。对于这三种酶的每一种，存在行使相同功能的不同结构的变体。此外，除了不同结构变体外，已知真菌和细菌还产生多种形式的相同结构变体。
已知一些厌氧细菌和真菌以多酶复合物的形式产生这些酶，这一事实进一步使该系统复杂化，所述多酶复合物含有都附着于酶支架上的多种酶，分子量在2百万道尔顿以上。为什么这样的酶复合系统对于这样的简单分子是必需的？一些研究者认为该复杂性原因在于底物的顽拗性质。纤维素链形成微纤维，其通过相邻链的氢键键合堆积成晶体基质。该结构对于化学降解或酶促降解是高度耐受的。
由于它们对纤维素的酶促攻击性质，CBH被认为是该晶体纤维素降解中的关键酶。与CBH不同，EG具有开放的裂缝，其以垂直角度攻击纤维素链。CBH通过含有活性位点的坑道直接攻击所述链。目前认为，纤维素链进入所述坑道，同时，相邻的氢键键合被破坏。一旦纤维二糖水解酶在该底物上建立起“立足点”，然后，EG可以进来，并更容易攻击底物。
已知的CBH的一个主要缺陷是其低的催化活性。一些观点认为，低活性是源于如下事实：来自水解的能量被转化成动能，以破坏氢键并使酶能够沿着底物移动。CBH是外切作用酶并在90个糖基水解酶家族中的6个家族中发现。它们包括家族5、6、7、9、10和48。家族5含有许多不同类型的糖基水解酶，包括纤维素酶、甘露聚糖酶和木聚糖酶。尽管在该家族中大部分纤维素酶是内切葡聚糖酶，仍存在纤维二糖水解酶的例子，最为人知的是来自热纤梭菌(Clostridiumthermocellum)的CelO。家族6仅含有内切葡聚糖酶或纤维二糖水解酶，其中纤维二糖水解酶成员比内切葡聚糖酶更多。该酶具有反向机制(inverting mechanism)，并且晶体学研究表明，所述酶具有扭曲的α/β桶结构，其含有七个而非八个平行的β链。家族7酶也由内切葡聚糖酶和纤维二糖水解酶组成，其中纤维二糖水解酶更多，并且已知的成员仅来自真菌。该酶具有保持机构(retaining mechanism)，并且晶体结构示出了β-胶冻卷结构。家族9含有内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和β-葡糖苷酶，其中内切葡聚糖酶占优势。然而，嗜热放线菌(Thermobifida fusca)产生内切/外切-1，4-葡聚糖酶，其晶体结构显示出(α/α)6桶状折叠。该酶具有内切和外切葡聚糖酶CBH的特征。家族10仅含有2个成员，被描述为纤维二糖水解酶，其余主要被描述为木聚糖酶。家族10的纤维二糖水解酶和木聚糖酶具有对甲基-伞形基纤维二糖苷的活性。家族48主要含有细菌和厌氧真菌纤维二糖水解酶和内切葡聚糖酶。结构是类似于家族9的(α/α)6桶状折叠。
存在对用于公路车辆的较不昂贵和可再生的燃料来源的需求。如果新的燃料来源在燃烧之后产生无害的终产物，则它们将更加有吸引力。乙醇提供了石油基燃料的有吸引力的可替代选择，并且可以通过衍生自淀粉或木质纤维素的单体糖发酵获得。然而，目前的经济学不支持乙醇的广泛使用，原因在于生产乙醇的高成本。一个目标在于降低成本的研究领域是增加用于从木质纤维素产生可发酵糖类的酶的技术效率。更有效地消化原料的酶的开发将转变成降低的乙醇生产成本。更有效的工艺将降低美国对进口油的依赖以及与该依赖性相关的价格波动。使用更清洁的运输燃料例如生物乙醇还可以降低净CO2排放，其被认为是造成全球变暖的部分原因。
发明概述
本发明提供了纤维素酶，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶(多种β-葡糖苷酶)，以及制备和使用它们的方法。一方面，本发明的酶具有增加的催化速率，以改善底物水解过程。在催化速率上这种增加的效率导致在生产糖类上增加的效率，这可用于工业应用中，例如，如此产生的糖可被微生物用于乙醇生产。一方面，本发明提供了高活性(例如，具有增加的催化速率)的纤维二糖水解酶、内切葡聚糖酶和β-葡糖苷酶。本发明提供了工业应用(例如，生物物质(biomass)转化为乙醇)，其利用了本发明的具有降低的酶成本的酶，例如，在生物物质转化为乙醇的过程中降低的成本。因此，本发明提供了由任何生物质生产生物乙醇和含生物乙醇的组合物的有效率的工艺，所述含生物乙醇的组合物包括含有生物乙醇的燃料。
一方面，本发明的酶具有葡聚糖酶例如内切葡聚糖酶活性，例如催化内部内-β-1，4-和/或β-1，3-葡聚糖键的水解。一方面，内切葡聚糖酶活性(例如，内切1，4-β-D-葡聚糖4-葡聚糖水解酶活性)包括水解纤维素、纤维素衍生物(例如羧甲基纤维素和羟乙基纤维素)地衣聚糖(lichenin)中的1，4-和/或β-1，3-β-D-糖苷键、混合的β-1，3葡聚糖中的β-1，4键，例如谷类β-D-葡聚糖或木葡聚糖以及含有纤维质部分的其它植物材料。
一方面，本发明的酶具有内切葡聚糖酶(例如，内切-β-1，4-葡聚糖酶，EC3.2.1.4；内切-β-1，3(1)-葡聚糖酶，EC 3.2.1.6；内切-β-1，3-葡聚糖酶，EC 3.2.1.39)活性并且可以水解纤维素和葡聚糖中的内部β-1，4-和/或β-1，3-糖苷键，以产生较小分子量的葡萄糖和葡萄糖寡聚体。本发明提供了使用本发明的这些酶产生更小分子量的葡萄糖和葡萄糖寡聚体的方法。
一方面，本发明的酶用于产生葡聚糖，例如，由1，4-β-和/或1，3-糖苷键接的D-吡喃葡糖形成的多糖。一方面，本发明的内切葡聚糖酶被用在食品工业中如烘焙及水果和蔬菜加工、农业废物的分解、动物饲料的生产、纸浆和纸的生产、纺织物生产以及家用和工业清洁剂。一方面，通过微生物如真菌和/或细菌，生产本发明的酶，例如内切葡聚糖酶。
一方面，本发明的酶如内切葡聚糖酶被用于水解β-葡聚糖，β-葡聚糖是谷物主要的非淀粉多糖。根据品种和生长条件，多糖的葡聚糖含量可显著变化。该多糖的物理化学性质是在氧化条件下产生粘性溶液或者甚至是凝胶。此外，葡聚糖具有高的水结合能力。所有这些特征给几个行业带来了问题，包括酿造、烘焙、动物营养。在酿造应用中，葡聚糖的存在导致麦芽汁过滤性和形成浑浊的问题。在烘焙应用中(尤其对于曲奇和脆饼)，葡聚糖可产生发粘面团，其难以进行机械加工和减小饼干尺寸。因此，本发明的酶如内切葡聚糖酶被用于降低含β-葡聚糖的组合物中β-葡聚糖的量，例如，本发明的酶被用在降低溶液或凝胶的粘度的工艺中；用于降低组合物例如含β-葡聚糖的组合物的水结合能力；在酿造工艺中(例如，用于增加麦芽汁过滤性和降低混浊)，用于降低面团的粘性，例如，用于制作曲奇、面包、饼干等等的面团。
此外，碳水化合物(例如，β-葡聚糖)参与烘焙产品的快速再水化，导致松脆性损失和缩短的货架期。因此，本发明的酶，例如内切葡聚糖酶，被用于保持松脆性、增加松脆性或降低松脆性的损失速率，以及增加任何含碳水化合物食品、饲料或饮料的货架期，例如含β-葡聚糖的食品、饲料或饮料。
本发明的酶，例如内切葡聚糖酶，被用于降低消化道内容物(例如，在动物中，如反刍动物或人中)的粘性，例如，含有谷物膳食的那些。因此，在可选的方面，本发明的酶，例如内切葡聚糖酶，被用于正面影响食品或饲料的可消化性以及动物(例如，人或家畜)生长速率，以及在一方面，被用于产生更高的饲料转化效率。对于谷物食物的单胃动物饲料应用，β-葡聚糖是消化道内容物的粘性的促成因素，并且从而负面影响饲料的可消化性和动物生长速率。对于反刍动物，这些β-葡聚糖代表纤维摄入的基本成分，而葡聚糖的更完全的消化将促进更高的饲料转化效率。因此，本发明提供了含有本发明的内切葡聚糖酶的动物饲料和食品，并且在一方面，这些酶在动物消化道中是有活性的，例如在胃和/或肠中是有活性的。
本发明的酶，例如内切葡聚糖酶，被用于消化纤维素或任何含β-1，4-连接葡聚糖的合成或天然的材料，包括在任何植物材料中发现的那些。本发明的酶，例如内切葡聚糖酶，被用作例如在木材加工、纸浆和/或纸工业中、在纺织品制造中以及在家用和工业清洁剂中和/或在生物物质废物处理中消化纤维素的商业酶。
一方面，本发明提供了含有本发明的酶、多肽或多核苷酸的组合物(例如，药物组合物、食物、饲料、药物、饮食补充物)。这些组合物可以以各种形式加以配制，例如片剂、凝胶、丸剂、植入物、液体、喷剂、粉末、食物、饲料小丸或任何类型的胶囊化形式。
本发明提供了分离的或重组的核酸，包括在至少大约10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200、1250、1300、1350、1400、1450、1500、1550、1600、1650、1700、1750、1800、1850、1900、1950、2000、2050、2100、2200、2250、2300、2350、2400、2450、2500或更多残基的区域内，与本发明的示例性核酸具有至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性的核酸序列，本发明的示例性核酸包括：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ IDNO：5，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：11，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：29，SEQ ID NO：31，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：35，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：39，SEQ ID NO：41，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：45，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：49，SEQ ID NO：51，SEQ ID NO：53，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：59，SEQ ID NO：61，SEQ ID NO：63，SEQ ID NO：65，SEQ ID NO：67，SEQ ID NO：69，SEQ ID NO：71，SEQ ID NO：73，SEQ ID NO：75，SEQ ID NO：77，SEQ ID NO：79，SEQ ID NO：81，SEQ ID NO：83，SEQ ID NO：85，SEQ ID NO：87，SEQ ID NO：89，SEQ ID NO：91，SEQ ID NO：93，SEQ ID NO：95，SEQ ID NO：97，SEQ ID NO：99，SEQ ID NO：101，SEQ ID NO：103，SEQ ID NO：105，SEQ ID NO：107，SEQ ID NO：109，SEQ ID NO：111，SEQ ID NO：113，SEQ IDNO：115，SEQ ID NO：117，SEQ ID NO：119，SEQ ID NO：121，SEQ ID NO：123，SEQID NO：125，SEQ ID NO：127，SEQ ID NO：129，SEQ ID NO：131，SEQ ID NO：133，SEQ ID NO：135，SEQ ID NO：137，SEQ ID NO：139，SEQ ID NO：141，SEQ IDNO：143，SEQ ID NO：145，SEQ ID NO：147，SEQ ID NO：149，SEQ ID NO：151，SEQ ID NO：153，SEQ ID NO：155，SEQ ID NO：157，SEQ ID NO：159，SEQ IDNO：161，SEQ ID NO：163和SEQ ID NO：165；也参见下面的表1、2和3、实施例1和4，以及序列表；以及在可选的方面，这些核酸编码至少一个具有纤维素酶活性例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，或者编码能够产生可特异性结合本发明多肽的抗体的多肽，或者，这些核酸可用作鉴别或分离编码纤维素酶的核酸的探针，或用于抑制表达纤维素酶的核酸的表达(所有这些方面都称为“本发明的核酸”)。一方面，所述序列同一性通过运用了序列比较算法的分析或通过视觉观察来确定。
本发明的核酸也包括，编码本发明的示例性酶的分离的或重组的核酸，本发明的示例性酶包括具有如下所示序列的多肽：SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：14，SEQ IDNO：16，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ IDNO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：34，SEQ IDNO：36，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：44，SEQ IDNO：46，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：52，SEQ ID NO：54，SEQ IDNO：56，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：60，SEQ ID NO：62，SEQ ID NO：64，SEQ IDNO：66，SEQ ID NO：68，SEQ ID NO：70，SEQ ID NO：72，SEQ ID NO：74，SEQ IDNO：76，SEQ ID NO：78，SEQ ID NO：80，SEQ ID NO：82，SEQ ID NO：84，SEQ IDNO：86，SEQ ID NO：88，SEQ ID NO：90，SEQ ID NO：92，SEQ ID NO：94，SEQ IDNO：96，SEQ ID NO：98，SEQ ID NO：100，SEQ ID NO：102，SEQ ID NO：104，SEQID NO：106，SEQ ID NO：108，SEQ ID NO：110，SEQ ID NO：112，SEQ ID NO：114，SEQ ID NO：116，SEQ ID NO：118，SEQ ID NO：120，SEQ ID NO：122，SEQ IDNO：124，SEQ ID NO：126，SEQ ID NO：128，SEQ ID NO：130，SEQ ID NO：132，SEQ ID NO：134，SEQ ID NO：136，SEQ ID NO：138，SEQ ID NO：140，SEQ IDNO：142，SEQ ID NO：144，SEQ ID NO：146，SEQ ID NO：148，SEQ ID NO：150，SEQ ID NO：152，SEQ ID NO：154，SEQ ID NO：156，SEQ ID NO：158，SEQ IDNO：160，SEQ ID NO：162，SEQ ID NO：164和SEQ ID NO：166，也参见下面的表1、2和3、实施例1和4，和序列表，及其子序列和其变体。一方面，该多肽具有纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。
一方面，本发明提供了编码纤维素酶的核酸，例如编码内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，其共同的新颖性在于它们来源于混合培养物。本发明提供了从混合培养物分离的编码纤维素降解酶的核酸，其包括本发明的多核苷酸，例如在至少大约50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150或更多残基的区域内，与本发明的示例性核酸具有至少大约10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、5 1％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性的序列，本发明的示例性核酸例如：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：11，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：29，SEQ ID NO：31，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：35，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：39，SEQ ID NO：41，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：45，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：49，SEQ ID NO：51，SEQ ID NO：53，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：59，SEQ ID NO：61，SEQ ID NO：63，SEQ ID NO：65，SEQ ID NO：67，SEQ ID NO：69，SEQ ID NO：71，SEQ ID NO：73，SEQ ID NO：75，SEQ ID NO：77，SEQ ID NO：79，SEQ ID NO：81，SEQ ID NO：83，SEQ ID NO：85，SEQ ID NO：87，SEQ ID NO：89，SEQ ID NO：91，SEQ ID NO：93，SEQ ID NO：95，SEQ ID NO：97，SEQ ID NO：99，SEQ ID NO：101，SEQ ID NO：103，SEQ ID NO：105，SEQ ID NO：107，SEQ IDNO：109，SEQ ID NO：111，SEQ ID NO：113，SEQ ID NO：115，SEQ ID NO：117，SEQID NO：119，SEQ ID NO：121，SEQ ID NO：123，SEQ ID NO：125，SEQ ID NO：127，SEQ ID NO：129，SEQ ID NO：131，SEQ ID NO：133，SEQ ID NO：135，SEQ IDNO：137，SEQ ID NO：139，SEQ ID NO：141，SEQ ID NO：143，SEQ ID NO：145，SEQ ID NO：147，SEQ ID NO：149，SEQ ID NO：151，SEQ ID NO：153，SEQ IDNO：155，SEQ ID NO：157，SEQ ID NO：159，SEQ ID NO：161，SEQ ID NO：163和SEQ ID NO：165；也参见下面的表1、2和3、实施例1和4，以及序列表。
一方面，本发明提供了编码纤维素酶的核酸，例如编码内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，包括本发明的示例性多核苷酸序列，也参见下面的表1、2和3、实施例1和4，和序列表，以及由它们编码的多肽，包括本发明的酶，诸如本发明的示例性多肽，如SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ IDNO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：14，SEQ IDNO：16，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ IDNO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：34，SEQ IDNO：36，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：44，SEQ IDNO：46，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：52，SEQ ID NO：54，SEQ IDNO：56，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：60，SEQ ID NO：62，SEQ ID NO：64，SEQ IDNO：66，SEQ ID NO：68，SEQ ID NO：70，SEQ ID NO：72，SEQ ID NO：74，SEQ IDNO：76，SEQ ID NO：78，SEQ ID NO：80，SEQ ID NO：82，SEQ ID NO：84，SEQ IDNO：86，SEQ ID NO：88，SEQ ID NO：90，SEQ ID NO：92，SEQ ID NO：94，SEQ IDNO：96，SEQ ID NO：98，SEQ ID NO：100，SEQ ID NO：102，SEQ ID NO：104，SEQID NO：106，SEQ ID NO：108，SEQ ID NO：110，SEQ ID NO：112，SEQ ID NO：114，SEQ ID NO：116，SEQ ID NO：118，SEQ ID NO：120，SEQ ID NO：122，SEQ IDNO：124，SEQ ID NO：126，SEQ ID NO：128，SEQ ID NO：130，SEQ ID NO：132，SEQ ID NO：134，SEQ ID NO：136，SEQ ID NO：138，SEQ ID NO：140，SEQ IDNO：142，SEQ ID NO：144，SEQ ID NO：146，SEQ ID NO：148，SEQ ID NO：150，SEQ ID NO：152，SEQ ID NO：154，SEQ ID NO：156，SEQ ID NO：158，SEQ IDNO：160，SEQ ID NO：162，SEQ ID NO：164和SEQ ID NO：166，也参见表1和序列表，其共同的新颖性在于它们来源于共同的来源，例如环境来源。一方面，本发明也提供了编码纤维素酶的核酸，例如编码内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，其共同的新颖性在于它们来源于环境来源，例如混合的环境来源。
一方面，序列比较算法是BLAST 2.2.2版本算法，其中过滤设置(filteringsetting)被设置为blastall-p blastp-d“nr pataa”-F F，所有其它选项被设置为缺省。
本发明的另一方面是分离的或重组的核酸，包括本发明的核酸序列的至少10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200、1250、1300、1350、1400、1450、1500、1550、1600、1650、1700、1750、1800、1850、1900、1950、2000、2050、2100、2200、2250、2300、2350、2400、2450、2500或更多个连续碱基、与其基本相同的序列、以及与其互补的序列。
一方面，所述分离的或重组的核酸编码具有纤维素酶活性的多肽，例如，具有内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，其是热稳定的。该多肽在包括如下温度范围的条件下可以保持纤维素酶活性：大约37℃到大约95℃之间；大约55℃到大约85℃之间；大约70℃到大约95℃之间；或大约90℃到大约95℃之间。该多肽在如下范围内的温度下可以保持纤维素酶活性：在大约1℃到大约5℃之间，大约5℃到大约15℃之间，大约15℃到大约25℃之间，大约25℃到大约37℃之间，大约37℃到大约95℃、96℃、97℃、98℃或99℃之间，大约55℃到大约85℃之间，大约70℃到大约75℃之间，或大约90℃到大约99℃，或95℃、96℃、97℃、98℃或99℃，或更高温度。
另一方面，所述分离的或重组的核酸编码具有纤维素酶活性的多肽，例如，具有内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，其是耐热的。该多肽在暴露于如下范围内的温度后可以保持纤维素酶活性：37℃以上到大约95℃，或55℃以上到大约85℃的范围之内的任何温度。该多肽在暴露于如下范围内的温度后可以保持纤维素酶活性：在大约1℃到大约5℃之间，大约5℃到大约15℃之间，大约15℃到大约25℃之间，大约25℃到大约37℃之间，大约37℃到大约95℃、96℃、97℃、98℃或99℃之间，大约55℃到大约85℃之间，大约70℃到大约75℃之间，或大约90℃到大约95℃之间，或更高温度。一方面，该多肽在暴露于如下范围内的温度后保持纤维素酶活性：90℃以上到大约99℃，或95℃、96℃、97℃、98℃或99℃，在大约pH4.5，或更高。
本发明提供了分离的或重组的核酸，包括在严紧条件下与本发明的核酸杂交的序列，所述本发明的核酸包括本发明的示例性序列，例如如下所示的序列：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：9，SEQ IDNO：11，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：19，SEQ IDNO：21，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：29，SEQ IDNO：31，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：35，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：39，SEQ IDNO：41，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：45，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：49，SEQ IDNO：51，SEQ ID NO：53，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：59，SEQ IDNO：61，SEQ ID NO：63，SEQ ID NO：65，SEQ ID NO：67，SEQ ID NO：69，SEQ IDNO：71，SEQ ID NO：73，SEQ ID NO：75，SEQ ID NO：77，SEQ ID NO：79，SEQ IDNO：81，SEQ ID NO：83，SEQ ID NO：85，SEQ ID NO：87，SEQ ID NO：89，SEQ IDNO：91，SEQ ID NO：93，SEQ ID NO：95，SEQ ID NO：97，SEQ ID NO：99，SEQ IDNO：101，SEQ ID NO：103，SEQ ID NO：105，SEQ ID NO：107，SEQ ID NO：109，SEQ ID NO：111，SEQ ID NO：113，SEQ ID NO：115，SEQ ID NO：117，SEQ IDNO：119，SEQ ID NO：121，SEQ ID NO：123，SEQ ID NO：125，SEQ ID NO：127，SEQID NO：129，SEQ ID NO：131，SEQ ID NO：133，SEQ ID NO：135，SEQ ID NO：137，SEQ ID NO：139，SEQ ID NO：141，SEQ ID NO：143，SEQ ID NO：145，SEQ IDNO：147，SEQ ID NO：149，SEQ ID NO：151，SEQ ID NO：153，SEQ ID NO：155，SEQ ID NO：157，SEQ ID NO：159，SEQ ID NO：161，SEQ ID NO：163或SEQ IDNO：165(也参见下面的表1、2和3、实施例1和4)，或其片段或其子序列。一方面，该核酸编码具有纤维素酶活性的多肽，例如，具有内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。该核酸的长度可以是至少大约10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200或更多残基，或基因的全长或转录物的全长。一方面，严紧条件包括洗涤步骤，包括在0.2X SSC中在大约65℃的温度洗涤大约15分钟。
本发明提供了核酸探针，其用于鉴定或分离编码具有纤维素酶活性——例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的核酸，其中所述探针含有核酸序列的至少大约10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000或更多个连续碱基，所述核酸序列包括本发明的序列或其片段或其子序列，其中所述探针通过结合或杂交来鉴定核酸。该探针可以包括寡核苷酸，该寡核苷酸含有核酸序列的至少大约10到50、大约20到60、大约30到70、大约40到80或大约60到100个连续碱基，所述核酸序列包括本发明的序列或其片段或其子序列。
本发明提供了核酸探针，其用于鉴定或分离编码具有纤维素酶活性——例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的核酸，其中所述探针包括含有本发明核酸的至少大约10、15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000或更多残基所示的序列的核酸，所述本发明核酸例如与本发明的示例性核酸具有至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性的多核苷酸。一方面，序列同一性通过运用序列比较算法的分析或通过视觉观察来确定。在可选的方面中，该探针可以包括寡核苷酸，该寡核苷酸含有本发明的核酸序列或其子序列的至少大约10到50、大约20到60、大约30到70、大约40到80或大约60到100个连续碱基。
本发明提供了扩增引物序列对，其用于扩增(例如，通过PCR)编码具有纤维素酶活性——例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的核酸，其中该引物对能够扩增含有本发明的序列或其片段或子序列的核酸。扩增引物序列对的一个或每一个成员可以包括寡核苷酸，该寡核苷酸包括该序列的至少大约10到50个或更多个连续碱基，或者包括该序列的大约10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或更多个连续碱基。本发明提供了扩增引物对，其中所述引物对包括第一成员和第二成员，第一成员具有本发明核酸的大约前(5’)12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或更多个残基所示的序列，第二成员含有第一成员的互补链的大约前(5’)12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36或更多个残基所示的序列。
本发明提供了通过扩增产生的编码纤维素酶的核酸，例如编码内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，所述扩增例如聚合酶链反应(PCR)，其中使用本发明的扩增引物对。本发明提供了通过扩增产生的编码纤维素酶的核酸，例如编码内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，所述扩增例如聚合酶链反应(PCR)，其中使用本发明的扩增引物对。本发明提供了通过扩增制备纤维素酶——例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶——的方法，所述扩增例如聚合酶链反应(PCR)，其中使用本发明的扩增引物对。一方面，所述扩增引物对从文库例如基因文库诸如环境文库扩增核酸。
本发明提供了扩增核酸的方法，所述核酸编码具有纤维素酶活性的多肽，例如具有内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，所述方法包括用能扩增本发明的核酸序列或其片段或子序列的扩增引物序列对扩增模板核酸。
本发明提供了包含本发明的核酸或其子序列的表达序列盒。一方面，表达序列盒可以包含可操作地连接到启动子上的核酸。启动子可以是病毒、细菌、哺乳动物或植物启动子。一方面，植物启动子可以是马铃薯、稻、玉米、小麦、烟草或大麦启动子。启动子可以是组成型启动子。组成型启动子可以包括CaMV35S。另一方面，启动子可以是诱导型启动子。一方面，启动子可以是组织特异性启动子或环境调节型或发育调节型启动子。因此，启动子可以是，例如种子特异性、叶特异性、根特异性、茎特异性或脱落诱导启动子。一方面，表达序列盒可以进一步包括植物或植物病毒表达载体。
本发明提供了克隆载体，包括本发明的表达序列盒(例如载体)或本发明的核酸。克隆载体可以是病毒载体、质粒、噬菌体(phage)、噬粒、粘粒(cosmid)、fos-质粒(fosmid)、细菌噬菌体(bacteriophage)或人工染色体。病毒载体可以包括腺病毒载体、逆转录病毒载体或腺相关病毒载体。克隆载体可以包括细菌人工染色体(BAC)、质粒、细菌噬菌体P1衍生载体(PAC)、酵母人工染色体(YAC)或哺乳动物人工染色体(MAC)。
本发明提供了包含本发明的核酸或本发明的表达序列盒(例如载体)或本发明的克隆载体的转化细胞。一方面，转化细胞可以是细菌细胞、哺乳动物细胞、真菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或植物细胞。一方面，植物细胞可以是大豆、油菜籽、含油种子、番茄、甘蔗、谷类、马铃薯、小麦、稻、玉米、烟草或大麦细胞。
本发明提供了包含本发明核酸或本发明表达序列盒(例如载体)的转基因非人动物。一方面，该动物是小鼠、大鼠、猪、山羊或绵羊。
本发明提供了包含本发明核酸或本发明表达序列盒(例如载体)的转基因植物。转基因植物可以是谷类植物、玉米植物、马铃薯植物、番茄植物、小麦植物、含油种子植物、油菜籽植物、大豆植物、水稻植物、大麦植物或烟草植物。
本发明提供了包含本发明核酸或本发明表达序列盒(例如载体)的转基因种子。转基因种子可以是谷类种子、玉米种子、小麦粒、含油种子、油菜籽、大豆种子、棕榈核、向日葵种子、芝麻种子、花生或烟草植物种子。
本发明提供了包含与本发明的核酸互补的核酸序列或能与本发明的核酸在严紧条件下杂交的核酸序列的反义寡核苷酸。本发明提供了抑制纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信息在细胞中翻译的方法，该方法包括给细胞施用反义寡核苷酸或在细胞中表达反义寡核苷酸，所述反义寡核苷酸包括与本发明的核酸互补的核酸序列或能与本发明的核酸在严紧条件下杂交的核酸序列。一方面，所述反义寡核苷酸的长度在大约10到50、大约20到60、大约30到70、大约40到80或大约60到100个碱基之间，例如长度为10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多个碱基。本发明提供了抑制纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信息在细胞中翻译的方法，该方法包括给细胞施用反义寡核苷酸或在细胞中表达反义寡核苷酸，所述反义寡核苷酸包括与本发明的核酸互补的核酸序列或能与本发明的核酸在严紧条件下杂交的核酸序列。
本发明提供了含有本发明的序列的子序列的双链抑制RNA(RNAi或RNA干扰)分子(包括小干扰性RNA，或siRNA，用于抑制转录，以及微RNA或miRNA，用于抑制翻译)。在一个方面，siRNA的长度为大约21至24个残基之间，或大约至少15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100或更多个双链核苷酸。本发明提供了抑制纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶在细胞中的表达，所述方法包括向所述细胞施用双链抑制RNA(siRNA或miRNA)或在所述细胞中表达双链抑制RNA(siRNA或miRNA)，其中所述RNA含有本发明的序列的子序列。
本发明提供了分离的或重组的多肽，包括在至少大约10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350或更多个残基的区域内或者在多肽的全长区域内，与本发明的示例性多肽或肽具有至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性的氨基酸序列。一方面，序列同一性通过运用序列比较算法的分析或通过视觉观察来确定。本发明的示例性多肽或肽序列包括SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：34，SEQ ID NO：36，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：44，SEQ ID NO：46，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：52，SEQ ID NO：54，SEQ ID NO：56，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：60，SEQ ID NO：62，SEQ ID NO：64，SEQ ID NO：66，SEQ ID NO：68，SEQ ID NO：70，SEQ ID NO：72，SEQ ID NO：74，SEQ ID NO：76，SEQ ID NO：78，SEQ ID NO：80，SEQ ID NO：82，SEQ ID NO：84，SEQ ID NO：86，SEQ ID NO：88，SEQ ID NO：90，SEQ ID NO：92，SEQ ID NO：94，SEQ ID NO：96，SEQ ID NO：98，SEQ ID NO：100，SEQ ID NO：102，SEQ ID NO：104，SEQ ID NO：106，SEQ ID NO：108，SEQ ID NO：110，SEQ ID NO：112，SEQ ID NO：114，SEQ IDNO：116，SEQ ID NO：118，SEQ ID NO：120，SEQ ID NO：122，SEQ ID NO：124，SEQID NO：126，SEQ ID NO：128，SEQ ID NO：130，SEQ ID NO：132，SEQ ID NO：134，SEQ ID NO：136，SEQ ID NO：138，SEQ ID NO：140，SEQ ID NO：142，SEQ IDNO：144，SEQ ID NO：146，SEQ ID NO：148，SEQ ID NO：150，SEQ ID NO：152，SEQ ID NO：154，SEQ ID NO：156，SEQ ID NO：158，SEQ ID NO：160，SEQ IDNO：162，SEQ ID NO：164和SEQ ID NO：166(也参见下面的表1、2和3、实施例1和4，和序列表)及其子序列和其变体。示例性多肽还包括长度为至少大约10、15、20、25、30、35、40、45、50、75、80、85、90、95、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600或更多个残基的片段，或者为酶的全长区域内的片段。本发明的多肽或肽序列包括由本发明的核酸编码的序列。本发明的多肽或肽序列包括由本发明的抗体特异性结合的多肽或肽(例如，表位)，或可产生本发明的抗体的多肽或肽(例如，免疫原)。
一方面，本发明的多肽具有至少一种纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。在可选的方面，本发明的多核苷酸编码具有至少一种纤维素酶活性的多肽，例如具有内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽。
一方面，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，是热稳定的。多肽在包括如下温度范围的条件下可以保持纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性：大约1℃到大约5℃之间，大约5℃到大约15℃之间，大约15℃到大约25℃之间，大约25℃到大约37℃之间，大约37℃到大约95℃之间，大约55℃到大约85℃之间，大约70℃到大约75℃之间，或大约90℃到大约95℃之间，或更高温度。在另一方面，纤维素酶活性，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，可以是耐热的。该多肽在暴露于如下范围内的温度后可以保持纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性：37℃以上到大约95℃，或55℃以上到大约85℃的范围内。一方面，该多肽在pH4.5时暴露于90℃以上到大约95℃的温度后可以保持纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。
本发明的另一方面提供了分离的或重组的多肽或肽，包括本发明的多肽或肽序列、与其基本上相同的序列、与其互补的序列的至少10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150或更多个连续碱基。该肽可以是例如免疫原性片段、基序(例如结合位点)、信号序列、前原序列(prepro sequence)或活性位点。
本发明提供了分离的或重组的核酸，包括编码具有纤维素酶活性例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽和信号序列的序列，其中所述核酸包括本发明的序列。信号序列可以来源于另一种纤维素酶，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，或者非纤维素酶，例如非内切葡聚糖酶、非纤维二糖水解酶和/或非β-葡糖苷酶(异源)。本发明提供了分离的或重组的核酸，包括编码具有纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的序列，其中所述序列不含有信号序列，所述核酸包括本发明的序列。一方面，本发明提供了分离的或重组的多肽，包括本发明的多肽，其缺少信号序列的全部或部分。一方面，所述分离的或重组的多肽可以包括本发明的多肽，其含有异源信号序列，例如异源纤维素酶信号序列如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信号序列，或非纤维素酶信号序列如非内切葡聚糖酶、非纤维二糖水解酶和/或非β-葡糖苷酶信号序列。
一方面，本发明提供了嵌合蛋白，其包括含有本发明的信号序列的第一结构域和至少第二结构域。该蛋白可以是融合蛋白。第二结构域可以包括酶。该酶可以是非酶(non-enzyme)。
本发明提供了嵌合多肽，包括含有本发明的信号肽(SP)、前原序列和/或催化结构域(CD)的至少第一结构域以及含有异源多肽或肽的第二结构域，其中所述异源多肽或肽不与所述信号肽(SP)、前原序列和/或催化结构域(CD)天然相关。一方面，所述异源多肽或肽不是纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。所述异源多肽或肽可以在所述信号肽(SP)、前原序列和/或催化结构域(CD)的氨基端、羧基端或两端。
本发明提供了编码嵌合多肽的分离的或重组的核酸，其中所述嵌合多肽包括含有本发明的信号肽(SP)、前原结构域和/或催化结构域(CD)的至少第一结构域以及含有异源多肽或肽的第二结构域，其中所述异源多肽或肽不与所述信号肽(SP)、前原结构域和/或催化结构域(CD)天然相关。
本发明提供了分离的或重组的信号序列(例如，信号肽)，其包括本发明的多肽的残基1至14、1至15、1至16、1至17、1至18、1至19、1至20、1至21、1至22、1至23、1至24、1至25、1至26、1至27、1至28、1至28、1至30、1至31、1至32、1至33、1至34、1至35、1至36、1至37、1至38、1至40、1至41、1至42、1至43、1至44、1至45、1至46或1至47所示的序列或由本发明的多肽的残基1至14、1至15、1至16、1至17、1至18、1至19、1至20、1至21、1至22、1至23、1至24、1至25、1至26、1至27、1至28、1至28、1至30、1至31、1至32、1至33、1至34、1至35、1至36、1至37、1至38、1至40、1至41、1至42、1至43、1至44、1至45、1至46或1至47所示的序列组成，本发明的多肽例如示例性的SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：14，SEQ IDNO：16，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ IDNO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：34，SEQ IDNO：36，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：44，SEQ IDNO：46，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：52，SEQ ID NO：54，SEQ IDNO：56，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：60，SEQ ID NO：62，SEQ ID NO：64，SEQ IDNO：66，SEQ ID NO：68，SEQ ID NO：70，SEQ ID NO：72，SEQ ID NO：74，SEQ IDNO：76，SEQ ID NO：78，SEQ ID NO：80，SEQ ID NO：82，SEQ ID NO：84，SEQ IDNO：86，SEQ ID NO：88，SEQ ID NO：90，SEQ ID NO：92，SEQ ID NO：94，SEQ IDNO：96，SEQ ID NO：98，SEQ ID NO：100，SEQ ID NO：102，SEQ ID NO：104，SEQID NO：106，SEQ ID NO：108，SEQ ID NO：110，SEQ ID NO：112，SEQ ID NO：114，SEQ ID NO：116，SEQ ID NO：118，SEQ ID NO：120，SEQ ID NO：122，SEQ IDNO：124，SEQ ID NO：126，SEQ ID NO：128，SEQ ID NO：130，SEQ ID NO：132，SEQ ID NO：134，SEQ ID NO：136，SEQ ID NO：138，SEQ ID NO：140，SEQ IDNO：142，SEQ ID NO：144，SEQ ID NO：146，SEQ ID NO：148，SEQ ID NO：150，SEQ ID NO：152，SEQ ID NO：154，SEQ ID NO：156，SEQ ID NO：158，SEQ IDNO：160，SEQ ID NO：162，SEQ ID NO：164或SEQ ID NO：166(也参见下面的表1、2和3、实施例1和4，以及序列表)。一方面，本发明提供了信号序列，其包括本发明的多肽的前14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70或更多个氨基端残基。
一方面，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，包括在大约37℃每毫克蛋白大约1到大约1200单位，或每毫克蛋白大约100到大约1000单位的范围内的比活性。另一方面，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，包括每毫克蛋白从大约100到大约1000单位，或从大约500到大约750单位的比活性。可以选择地，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，包括在37℃每毫克蛋白从大约1到大约750单位，或每毫克蛋白大约500到大约1200单位的范围内的比活性。一方面，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，包括在37℃每毫克蛋白从大约1到大约500单位，或每毫克蛋白大约750到大约1000单位的范围内的比活性。另一方面，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，包括在37℃每毫克蛋白从大约1到大约250单位的范围内的比活性。可选地，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，包括在37℃每毫克蛋白从大约1到大约100单位的范围内的比活性。
另一方面，耐热性包括在被加热到高温后，保持在37℃时纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的比活性的至少一半。可以选择地，耐热性可以包括在被加热到高温后，保持在37℃每毫克蛋白从大约1到大约1200单位，或每毫克蛋白大约500到大约1000单位的范围内的比活性。另一方面，耐热性可以包括在被加热到高温后，保持在37℃每毫克蛋白从大约1到大约500单位的范围内的比活性。
本发明提供了本发明的分离的或重组的多肽，其中所述多肽包括至少一个糖基化位点。一方面，糖基化可以是N-连接糖基化。一方面，多肽可以在毕赤酵母(P.pastoris)或裂变酵母(S.pombe)中被表达后被糖基化。
一方面，多肽可以在包括大约pH6.5、pH6、pH5.5、pH5、pH4.5或pH4的更酸性的条件下保持纤维素酶活性，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。另一方面，多肽可以在包括大约pH7、pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10、pH10.5或pH11或更碱性的条件下保持纤维素酶活性，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。一方面，多肽可以在暴露于包括大约pH6.5、pH6、pH5.5、pH5、pH4.5或pH4的更酸性pH的条件下保持纤维素酶活性，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。另一方面，多肽可以在暴露于包括大约pH7、pH7.5、pH8.0、pH8.5、pH9、pH9.5、pH10、pH10.5或pH11或更碱性pH的条件下保持纤维素酶活性，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。
一方面，本发明的纤维素酶，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，在碱性条件下，例如在肠道如小肠的碱性条件下，具有活性。一方面，多肽在暴露于胃的酸性pH后保持活性。
本发明提供了含有本发明的多肽(包括肽)的蛋白制剂，其中该蛋白制剂包括液体、固体或凝胶。本发明提供了包含本发明的多肽和第二蛋白或结构域的异二聚体。该异二聚体的第二成员可以是不同的纤为素酶，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，不同的酶或另一种蛋白。一方面，第二域结构可以是多肽，异源二聚体可以是融合蛋白。一方面，第二结构域可以是表位(epitope)或标记物(tag)。一方面，本发明提供了包含本发明的多肽的同型二聚体。
本发明提供了具有纤维素酶活性例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的固定化多肽(包括肽)，其中所述固定化多肽包括本发明的多肽、由本发明的核酸编码的多肽、或含有本发明的多肽和第二结构域的多肽。一方面，多肽可以被固定在细胞、金属、树脂、聚合物、陶瓷、玻璃、微电极、石墨颗粒、珠子、凝胶、平板、阵列或毛细管上。
本发明还提供了包含本发明的固定化核酸的阵列，包括，例如本发明的探针。本发明还提供了包含本发明的抗体的阵列。
本发明提供了分离的或重组的抗体，其与本发明的多肽或与由本发明的核酸编码的多肽特异性结合。本发明的这些抗体可以是单克隆或多克隆抗体。本发明提供了包含本发明的抗体的杂交瘤，所述抗体例如，与本发明的多肽或与由本发明的核酸编码的多肽特异性结合的抗体。本发明提供了编码这些抗体的核酸。
本发明提供了分离或鉴定具有纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的方法，该方法包括如下步骤：(a)提供本发明的抗体；(b)提供包含多肽的样品；和(c)将步骤(b)的样品与步骤(a)的抗体在所述抗体能与所述多肽特异性结合的条件下接触，从而分离或鉴定具有纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽。
本发明提供了制备抗纤维素酶抗体——例如抗内切葡聚糖酶抗体、抗纤维二糖水解酶抗体和/或抗β-葡糖苷酶抗体——的方法，该方法包括以足够的量向非人动物施用本发明的核酸或本发明的多肽或其子序列，所述的量足以产生体液免疫应答，由此制备抗纤维素酶抗体，例如，抗内切葡聚糖酶抗体、抗纤维二糖水解酶抗体和/或抗β-葡糖苷酶抗体。本发明提供了产生抗纤维素酶免疫应答(细胞应答或体液应答)——例如抗内切葡聚糖酶免疫应答、抗纤维二糖水解酶免疫应答和/或抗β-葡糖苷酶免疫应答——的方法，该方法包括以足以产生免疫应答(细胞应答或体液应答)的量向非人动物施用本发明的核酸或本发明的多肽或其子序列。
本发明提供了产生重组多肽的方法，包括如下步骤：(a)提供与启动子可操作地连接的本发明的核酸；和(b)在允许多肽表达的条件下表达步骤(a)的核酸，从而产生重组多肽。一方面，该方法可进一步包括用步骤(a)的核酸转化宿主细胞，随后表达步骤(a)的核酸，从而在转化细胞中产生重组多肽。
本发明提供了用于鉴定具有纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的方法，该方法包括如下步骤：(a)提供本发明的多肽；或由本发明的核酸编码的多肽；(b)提供纤维素酶底物，例如内切葡聚糖酶底物、纤维二糖水解酶底物、甘露聚糖酶底物和/或β-葡糖苷酶底物；和(c)用步骤(b)的底物接触步骤(a)的多肽或其片段或其变体，并且检测底物量的降低或反应产物量的增加，其中底物量的降低或反应产物量的增加检测出具有纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽。一方面，底物可以是含纤维素的化合物。
本发明提供了用于鉴定纤维素酶底物的方法，如内切葡聚糖酶底物、纤维二糖水解酶底物、甘露聚糖酶底物和/或β-葡糖苷酶底物，包括如下步骤：(a)提供本发明的多肽；或由本发明的核酸编码的多肽；(b)提供测试底物；和(c)用步骤(b)的测试底物接触步骤(a)的多肽，并且检测底物量的降低或反应产物量的增加，其中底物量的降低或反应产物量的增加检测出作为纤维素酶底物如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的测试底物。
本发明提供了确定测试化合物是否与多肽特异性结合的方法，包括如下步骤：(a)在允许核酸翻译为多肽的条件下表达核酸或包含核酸的载体，其中所述核酸包括本发明的核酸，或提供本发明的多肽；(b)提供测试化合物；(c)用测试化合物接触多肽；和(d)确定步骤(b)的测试化合物是否与多肽特异性结合。
本发明提供了用于鉴定纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的调节剂的方法，包括如下步骤：(a)提供本发明的多肽，或由本发明的核酸编码的多肽；(b)提供测试化合物；和(c)用步骤(b)的测试化合物接触步骤(a)的多肽，并测定纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性，其中在存在测试化合物的情况下测定的纤维素酶活性——如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——与不存在测试化合物的情况下测定的活性相比的变化，确定了该测试化合物调节纤维素酶活性，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。一方面，纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，可以通过提供纤维素酶底物，例如内切葡聚糖酶底物、纤维二糖水解酶底物、甘露聚糖酶底物和/或β-葡糖苷酶底物，并检测底物量的降低或反应产物量的增加，或底物量的增加或反应产物量的降低来测量。与没有测试化合物时底物或反应产物的量相比，有测试化合物时底物量的降低或反应产物量的增加鉴定出作为纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的激活剂的测试化合物。与没有测试化合物时底物或反应产物量相比，有测试化合物时底物量的增加或反应产物量的降低鉴定出作为纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的活性的抑制剂的测试化合物。
本发明提供了计算机系统，该系统包括处理器和数据存储设备，其中所述数据存储设备上已经存储了本发明的多肽序列或核酸序列(例如由本发明的核酸编码的多肽或肽)。一方面，计算机系统可以进一步包括序列比较算法和数据存储设备，其中数据存储设备上已经存储了至少一个参考序列。另一方面，序列比较算法包括可指出多态现象(多态性)的计算机程序。一方面，计算机系统可以进一步包括在所述序列中鉴定一个或多个特征的鉴定器(标识符，identififer)。本发明提供了计算机可读介质，其上已经存储了本发明的多肽序列或核酸序列。本发明提供了用于鉴定序列中的特征的方法，包括如下步骤：(a)使用可鉴定序列中的一个或多个特征的计算机程序读取序列，其中所述序列包括本发明的多肽序列或核酸序列；和(b)用所述计算机程序鉴定序列中的一个或多个特征。本发明提供了将第一序列与第二序列进行比较的方法，包括如下步骤：(a)通过使用可比较序列的计算机程序读取第一序列和第二序列，其中第一序列包括本发明的多肽序列或核酸序列；和(b)用所述计算机程序确定第一序列和第二序列之间的差异。确定第一序列和第二序列之间差异的步骤可以进一步包括鉴定多态性的步骤。一方面，该方法可以进一步包括可鉴定序列中的一个或多个特征的鉴定器。另一方面，该方法可以包括使用计算机程序读取第一序列，并鉴定该序列中的一个或多个特征。
本发明提供了从环境样品中分离或回收核酸的方法，所述核酸编码具有纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，该方法包括如下步骤：(a)提供用于扩增编码具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的核酸的扩增引物序列对，其中所述引物对能扩增本发明的核酸；(b)从环境样品中分离核酸，或处理环境样品，以便样品中的核酸可实现与扩增引物对杂交；和(c)将步骤(a)的扩增引物对与步骤(b)的核酸结合，并从环境样品中扩增核酸，从而从环境样品中分离或回收编码具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的核酸。扩增引物序列对的一个或每一成员可以包括寡核苷酸，该寡核苷酸包括本发明的扩增引物序列对，例如，具有本发明的序列的至少大约10到50个连续碱基。
本发明提供了从环境样品中分离或回收核酸的方法，所述核酸编码具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，该方法包括如下步骤：(a)提供包含本发明的核酸或其子序列的多核苷酸探针；(b)从环境样品分离核酸，或处理环境样品，以便样品中的核酸可实现与步骤(a)的多核苷酸探针杂交；(c)将步骤(a)的多核苷酸探针与步骤(b)的分离的核酸或处理的环境样品结合；和(d)分离与步骤(a)的多核苷酸探针特异性杂交的核酸，从而从环境样品中分离或回收编码具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的核酸。环境样品可以包括水样品、液体样品、土壤样品、空气样品或生物样品。一方面，生物样品可以来源于细菌细胞、原生动物细胞、昆虫细胞、酵母细胞、植物细胞、真菌细胞或哺乳动物细胞。
本发明提供了产生编码具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的核酸变体的方法，该方法包括如下步骤：(a)提供包括本发明的核酸的模板核酸；和(b)在模板序列中修饰、删除或添加一个或多个核苷酸，或进行修饰、删除和添加的组合，以产生模板核酸的变体。一方面，该方法可以进一步包括表达变体核酸，以产生变体纤维素酶多肽，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽。修饰、添加或删除通过包括如下方法中的方法来引入，包括：易错PCR、改组(重排，shuffling)、寡核苷酸诱导的定向突变、装配PCR、有性PCR诱变、体内诱变、盒式诱变、递归整体诱变(recursive ensemble mutagenesis)、指数整体诱变、位点特异性诱变、基因再装配、基因位点饱和诱变(GSSM)、合成连接重装配(SLR)、染色体饱和诱变(CSM)或其组合。另一方面，修饰、添加或删除通过如下方法的方法引入：包括重组、递归序列重组、硫代磷酸酯修饰的DNA诱变、含尿嘧啶模板诱变、缺口双重诱变(gapped duplex mutagenesis)、点错配修复诱变、修复缺陷型宿主株诱变、化学诱变、放射诱变、缺失诱变、限制选择诱变、限制纯化诱变、人工基因合成、整体诱变、嵌合核酸多聚体生成及其组合。
一方面，该方法可以被反复重复，直到产生与模板核酸编码的多肽相比具有改变的或不同的活性或者改变的或不同的稳定性的纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。一方面，变体纤维素酶多肽，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽，是耐热的，在暴露于升高的温度之后可以保持一些活性。另一方面，与模板核酸编码的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶相比，变体纤维素酶多肽，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽，具有增加的糖基化。可以选择地，变体纤维素酶多肽，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽，在高温下具有纤维素酶活性，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，其中由模板核酸编码的纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，在高温下没有活性。一方面，该方法可以被反复重复，直到产生具有与模板核酸的密码子使用有所不同的密码子使用的纤维素酶编码序列，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶编码序列。另一方面，该方法可以被反复重复，直到产生具有比模板核酸的信息表达或稳定性更高或更低水平的信息表达或稳定性的纤维素酶基因，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶基因。
本发明提供了在编码具有纤维素酶活性——如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的核酸中修饰密码子以增加其在宿主细胞中的表达的方法，该方法包括如下步骤：(a)提供编码具有纤维素酶活性——如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的本发明的核酸；和(b)鉴定步骤(a)的核酸中非优选或较不优选的密码子，用优选的或中度使用(neutrally used)的密码子来代替，所述优选或中度使用的密码子编码与被取代的密码子相同的氨基酸，其中优选密码子是在宿主细胞的基因的编码序列中过度表现的密码子，非优选或较不优选密码子是在宿主细胞的基因的编码序列中表现不足的密码子，从而修饰核酸以增加其在宿主细胞中的表达。
本发明提供了在编码具有纤维素酶活性——如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的核酸中修饰密码子的方法，该方法包括如下步骤：(a)提供本发明的核酸；和(b)鉴定步骤(a)的核酸中的密码子，并用不同的密码子来代替，所述不同的密码子编码与被取代的密码子相同的氨基酸，从而修饰在编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸中的密码子。
本发明提供了在编码具有纤维素酶活性——如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的核酸中修饰密码子以增加其在宿主细胞中的表达的方法，该方法包括如下步骤：(a)提供编码纤维素酶多肽如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽的本发明核酸；和(b)鉴定步骤(a)的核酸中的非优选或较不优选密码子，并用优选的或中度使用的密码子来代替，所述优选或中度使用的密码子编码与被取代的密码子相同的氨基酸，其中优选密码子是在宿主细胞的基因的编码序列中过度表现的密码子，非优选或较不优选密码子是在宿主细胞的基因的编码序列中表现不足的密码子，从而修饰核酸以增加其在宿主细胞中的表达。
本发明提供了在编码具有纤维素酶活性——如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性——的多肽的核酸中修饰密码子以降低其在宿主细胞中的表达的方法，该方法包括如下步骤：(a)提供本发明的核酸；和(b)鉴定步骤(a)的核酸中的至少一个优选密码子，并用非优选的或较不优选的密码子来代替，所述非优选或较不优选的密码子编码与被取代的密码子相同的氨基酸，其中优选密码子是在宿主细胞的基因的编码序列中过度表现的密码子，非优选或较不优选的密码子是在宿主细胞的基因的编码序列中表现不足的密码子，从而修饰核酸以降低其在宿主细胞中的表达。一方面，宿主细胞可以是细菌细胞、真菌细胞、昆虫细胞、酵母细胞、植物细胞或哺乳动物细胞。
本发明提供了用于产生核酸文库的方法，所述核酸编码一系列的被修饰的纤维素酶——例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶——活性位点或底物结合位点，其中被修饰的活性位点或底物结合位点来源于第一核酸，所述第一核酸包含编码第一活性位点或第一底物结合位点的序列，该方法包括如下步骤：(a)提供第一核酸，其编码第一活性位点或第一底物结合位点，其中所述第一核酸序列包括在严紧条件下与本发明的核酸杂交的序列，所述核酸编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性位点或纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶底物结合位点；(b)提供一组诱变寡核苷酸，其在第一核酸的多个目标密码子处编码天然发生的氨基酸变体；和(c)使用该组诱变寡核苷酸，产生一组编码活性位点或编码底物结合位点的变体核酸，其在被诱变的每一氨基酸密码子处编码一定范围的氨基酸变化，从而产生编码多个被修饰的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性位点或底物结合位点的核酸文库。一方面，该方法包括通过包括如下方法中的方法诱变步骤(a)的第一核酸：优化的定向进化系统、基因位点饱和诱变(GSSM)、合成连接重装配(SLR)、易错PCR、改组、寡核苷酸诱导的定向突变、装配PCR、有性PCR诱变、体内诱变、盒式诱变、递归整体诱变、指数整体诱变、位点特异性诱变、基因再装配及其组合。另一方面，该方法包括通过包括如下方法中的方法诱变步骤(a)的第一核酸或变体：重组、递归序列重组、硫代磷酸酯修饰的DNA诱变、含尿嘧啶模板诱变、缺口双重诱变、点错配修复诱变、修复缺陷型宿主株诱变、化学诱变、放射诱变、缺失诱变、限制选择诱变、限制纯化诱变、人工基因合成、整体诱变、嵌合核酸多聚体生成及其组合。
本发明提供了产生小分子的方法，包括如下步骤：(a)提供多个能合成或修饰小分子的生物合成酶，其中这些酶中的一种酶包括由本发明的核酸编码的纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶；(b)为步骤(a)的至少一种酶提供底物；和(c)将步骤(b)的底物与这些酶在能促进多个生物催化反应的条件下通过一系列生物催化反应进行反应，以产生小分子。本发明提供了修饰小分子的方法，包括如下步骤：(a)提供纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，其中该酶包括本发明的多肽，或由本发明的核酸编码的多肽，或其子序列；(b)提供小分子；和(c)将步骤(b)的小分子与步骤(a)的酶在能促进由纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶催化的酶促反应的条件下进行反应，从而通过纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶酶促反应修饰小分子。一方面，该方法可以包括为步骤(a)的酶提供多个小分子底物，从而产生通过由纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶催化的至少一种酶促反应产生的被修饰小分子的文库。一方面，该方法可以包括多个其它的酶，在有助于这些酶介导的多个生物催化反应的条件下使用这些酶，以形成由多个酶促反应产生的被修饰小分子的文库。另一方面，该方法可以进一步包括测试该文库以确定该文库中是否存在表现出期望活性的特定被修饰小分子的步骤。测试该文库的步骤可以进一步包括系统地去除所有但保留一个用于产生文库中多个被修饰小分子中的一部分的生物催化反应，方法是通过测试被修饰小分子的所述部分中存在或不存在具有期望活性的特定被修饰小分子，鉴定出产生具有期望活性的特定修饰小分子的至少一个特定生物催化反应。
本发明提供了确定纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的功能片段的方法，包括如下步骤：(a)提供纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，其中该酶包括本发明的多肽或由本发明的核酸编码的多肽、或其子序列；和(b)从步骤(a)的序列删除多个氨基酸残基，并测试剩余的子序列的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，从而确定纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的功能片段。一方面，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性通过提供纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶底物并检测底物量的减少或反应产物量的增加来测量。
本发明提供了通过使用实时代谢流(real-time metabolic flux)分析进行新的或修饰的表型的全细胞工程改造的方法，该方法包括如下步骤：(a)通过修饰细胞的遗传组成产生修饰的细胞，其中所述遗传组成通过将本发明的核酸加入到细胞来修饰；(b)培养修饰的细胞以产生多个修饰的细胞；(c)通过实时监控步骤(b)的细胞培养物来测量该细胞的至少一个代谢参数；和(d)分析步骤(c)的数据，以确定被测量的参数是否与在类似条件下未修饰细胞中的参照测量值不同，从而使用实时代谢流量分析鉴定细胞中的工程表型。一方面，细胞的遗传组成可以通过包括在细胞中序列的删除或序列的修饰，或敲除基因的表达的方法来修饰。一方面，该方法可以进一步包括选择含有新的工程表现型的细胞。另一方面，该方法可以包括培养被选择的细胞，从而产生包含新的工程表型的新细胞株。
本发明提供了增加纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的多肽的耐热性或热稳定性的方法，该方法包括糖基化纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的多肽，其中该多肽包括本发明的多肽或由本发明的核酸序列编码的多肽的至少三十个连续氨基酸，从而增加纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的多肽的耐热性或热稳定性。一方面，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的比活性可以在大于大约37℃到大约95℃的温度范围内是热稳定的或耐热的。
本发明提供了在细胞中过量表达重组纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的多肽的方法，该方法包括表达含有核酸的载体，该核酸包括本发明的核酸或本发明的核酸序列，其中序列同一性通过使用序列比较算法的分析或通过视觉观察来确定，其中过量表达通过使用高活性启动子、双顺反子(dicistronic)载体或通过该载体的基因扩增来实现。
本发明提供了产生转基因植物的方法，该方法包括如下步骤：(a)将异源核酸序列引入细胞中，其中异源核酸序列包括本发明的核酸序列，从而产生转化的植物细胞；和(b)从转化的细胞产生转基因植物。一方面，步骤(a)可以进一步包括通过植物细胞原生质体的电穿孔或显微注射引入异源核酸序列。另一方面，步骤(a)可以进一步包括通过DNA微粒轰击(DNA particle bombardment)将异源核酸序列直接引入植物组织中。可以选择地，步骤(a)可以进一步包括使用根瘤农杆菌(Agrobacterium tumefaciens)宿主将异源核酸序列引入植物细胞DNA中。一方面，植物细胞可以是甘蔗、甜菜、大豆、番茄、马铃薯、玉米、稻、小麦、烟草或大麦细胞。
本发明提供了在植物细胞中表达异源核酸序列的方法，该方法包括如下步骤：(a)用与启动子可操作地连接的的异源核酸序列转化植物细胞，其中异源核酸序列包括本发明的核酸；(b)在异源核酸序列可在植物细胞中表达的条件下培养所述植物。本发明提供了在植物细胞中表达异源核酸序列的方法，该方法包括如下步骤：(a)用与启动子可操作地连接的的异源核酸序列转化植物细胞，其中异源核酸序列包括本发明的序列；(b)在异源核酸序列可在植物细胞中表达的条件下培养所述植物。
本发明提供了饲料或食物，其含有本发明的多肽或本发明的核酸编码的多肽。一方面，本发明提供了食品、饲料、液体如饮料(如果汁或啤酒)、面包或面团或面包产品、或饮料前体(例如，麦芽汁)，其含有本发明的多肽。本发明提供了动物的食物或营养补充剂，其含有本发明的多肽，例如，由本发明的核酸编码的多肽。
一方面，食物或营养补充剂中的多肽可以被糖基化。本发明提供了可食用的酶输送基质，其含有本发明的多肽，例如，由本发明的核酸编码的多肽。一方面，该输送基质包括丸剂。一方面，多肽可被糖基化。一方面，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性是耐热的。另一方面，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性是热稳定的。
本发明提供了含有本发明的多肽的食物、饲料或营养补充剂。本发明提供了将纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶用作动物饮食中的营养补充剂的方法，所述方法包括：制备含有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的营养添加物，所述纤维素酶包含本发明的多肽的至少三十个连续氨基酸；以及向动物施用所述营养添加物。动物可以是人、反刍动物或单胃动物。通过在选自细菌、酵母、植物、昆虫、真菌和动物的生物体中表达编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的多核苷酸，可以制备纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。所述生物体可选自裂变酵母(S.pombe)、酿酒酵母(S.cerevisiae)、毕赤酵母(Pichia.pastoris)、大肠杆菌(E.coli.)、链霉菌属某种(Streptomyces sp.)、杆菌属某种(Bacillus sp.)和乳酸杆菌属某种(Lactobacillus sp.)。
本发明提供了可食用的酶输送基质，其含有热稳定的重组纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，如本发明的多肽。本发明提供了向动物输送纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶补充剂的方法，所述方法包括制备丸剂形式的可食用的酶输送基质，其含有粒状可食用载体以及热稳定的重组纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，其中所述丸剂容易将包含在其中的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶分散入含水介质中，以及向所述动物施用该可食用酶输送基质。重组纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，可以包括本发明的多肽。纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，可被糖基化，以在压丸条件下提供热稳定性。该输送基质可以通过对含有谷物胚芽和纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的混合物进行压丸而形成。压丸条件可包括蒸汽的应用。压丸条件可包括应用超过约80℃的温度约5分钟，而该酶保持每毫克蛋白至少大约350到大约900单位的比活性。
一方面，本发明提供了药物组合物，其含有本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，或者本发明的核酸编码的多肽。一方面，药物组合物作为助消化剂。
在某些方面，含纤维素化合物与具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的本发明多肽在约pH3.0至9.0、10.0、11.0或更高的范围的pH下接触。在其它方面，含纤维素化合物与纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶在约55℃、60℃、65℃、70℃、75℃、80℃、85℃、90℃或更高的温度下接触。
本发明的一个或多个方面的细节如附图和下面的描述所示。本发明的其它特征、目标和优点将通过说明书和附图以及权利要求而更加清楚。
此处引述的所有出版物、专利、专利申请、GenBank序列和ATCC保藏物均被特意地引入，以作为参考，用于所有目的。
附图说明
下面的附图是本发明的方面的例证性说明，而不意图限制权利要求书所包括的本发明的范围。
图1是一个计算机系统的框图。
图2是一个流程图，该图示意性说明了用于将新核苷酸或蛋白序列与序列数据库进行比较以确定该新序列与数据库中序列之间的同源性水平的过程的一个方面。
图3是一个流程图，该图示意性说明了在计算机中确定两个序列是否同源的过程的一个方面。
图4是一个流程图，该图示意性说明了检测序列中特征的存在的鉴定过程300的一个方面。
图5是纤维二糖结构的示意图。
图6和7示意性说明了来自纤维己糖的反应产物的TLC分析结果，如在下面的实施例1中所详细讨论的。
图8以图形数据进行例证性说明，显示了通过本发明的示例性酶22/22a(CBH)从PASC释放纤维二糖，如在下面的实施例2所详细讨论的。
图9以图形数据进行例证性说明，显示了通过本发明的示例性酶22/22a(CBH)从AVICEL
Figure 2006800161755_0
MCC释放纤维二糖，如在下面的实施例2所详细讨论的。
图10以图表数据进行了例证性说明，显示了典型的GIGAMATRIXTMbreakout，其中表达能够水解甲基伞形基纤维二糖苷的活性克隆被鉴定，如下面的实施例4所详细讨论的。
图11以图表数据进行了例证性说明，通过毛细管电泳(CE)分析显示了所选择的酶对磷酸溶胀纤维素(phosphoric acid-swollen cellulose，PASC)的活性，如下面的实施例4所详细讨论的。
图12以图表数据进行了例证性说明，数据来自本发明的示例性酶和亚克隆变体在AVICEL
Figure 2006800161755_1
Microcrystalline Cellulose(MCC)中的分析，其中通过BCA还原糖测定来分析反应产物，如下面的实施例4所详细讨论的。
图13以图表数据进行了例证性说明，数据来自一级GSSM筛选分析，如下面的实施例4所详细讨论的。
图14以图表数据进行了例证性说明，数据来自二级GSSM筛选分析，如下面的实施例4所详细讨论的。
图15以图表数据进行了例证性说明，数据来自混合的或“掺合的”GSSM筛选分析，如下面的实施例4所详细讨论的。
在不同的附图中同样的标记符号表示同样的要素。
发明详述
本发明提供了具有纤维素酶活性例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽、编码它们的多核苷酸、以及制备和使用这些多核苷酸和多肽的方法。本发明还提供了纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，编码这些酶的多核苷酸、这类多核苷酸和多肽的应用。
一方面，本发明提供了纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，其具有增强的催化速率，改善了底物水解过程。在催化速率上的这种增加的效率导致在生产糖类上增加的效率，所述糖类随后可被微生物用于乙醇生产。一方面，产生本发明的酶的微生物与产乙醇微生物一起使用。因此，本发明提供了生产乙醇和制备基于乙醇的“清洁燃料”的方法，例如，用于利用生物乙醇进行的运输。
一方面，本发明提供了组合物(例如，酶制剂、饲料、药物、饮食补充物)，其包括本发明的酶、多肽或多核苷酸。这些组合物可以以各种形式加以配制，例如液体、凝胶、丸剂、片剂、喷剂、粉末、食物、饲料小丸或包括纳米胶囊剂型在内的胶囊剂型。
测量纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的分析试验，例如用于确定多肽是否具有纤维素酶活性，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的分析试验，在本领域中是熟知的，并且在本发明的范围内；参见，例如Baker WL，Panow A，Estimationof cellulase activity using a glucose-oxidase-Cu(II)reducing assay for glucose，JBiochem Biophys Methods.1991 Dec，23(4)：265-73；Sharrock KR，Cellulase assaymethods：a review，J Biochem Biophys Methods.1988 Oct，17(2)：81-105；Carder JH，Detection and quantitation of cellulase by Congo red staining of substrates in acup-plate diffusion assay，Anal Biochem.1986 Feb 15，153(1)：75-9；Canevascini G.，Acellulase assay coupled to cellobiose dehydrogenase，Anal Biochem.1985 Jun，147(2)：419-27；Huang JS，Tang J，Sensitive assay for cellulase and dextranase.AnalBiochem.1976 Jun，73(2)：369-77。
本发明使用的反应条件的pH是本发明提供的另一个可变参数。在某些方面，反应的pH在约3.0至约9.0的范围内。在其它方面，pH为约4.5，或pH为约7.5或pH为约9。在碱性条件下进行的反应条件也可能是有利的，例如，在本发明的酶的一些工业应用或制药应用中。
本发明提供了各种形式和配方的本发明的纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽。在本发明的方法中，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽以各种形式和配方使用。例如，纯化的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽可以用在酶制剂中，该酶制剂在生物乙醇的生产中或制药或饮食助剂应用中使用。可选地，本发明的酶可直接用在生产生物乙醇、制备清洁燃料、处理生物废物、加工食物、液体或饲料等等的各种工艺中。
可选地，本发明的纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽，可使用本领域已知的方法在微生物中表达。在其它方面，本发明的纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽，可在用于本发明的方法之前固定在固体支持物上。将酶固定在固体支持物上的方法在本领域中广为人知，例如J.Mol.Cat.B：Enzymatic 6(1999)29-39；Chivata et al.Biocatalysis：Immobilized cells and enzymes，J Mol.Cat.37(1986)1-24：Sharma et al.，Immobilized Biomaterials Techniques and Applications，Angew.Chem.Int.Ed.Engl.21(1982)837-54：Laskin(Ed.)，Enzymes and Immobilized Cellsin Biotechnolog。
核酸、探针和抑制分子(Inhibitory Molecules)
本发明提供了分离的和重组的核酸，例如参见下面的表1、2和3，实施例1和4，以及序列表；编码多肽的核酸，包括本发明的示例性多核苷酸序列，例如，参见表1和序列表；包括表达序列盒，例如含有本发明的核酸的表达载体和各种克隆载体。本发明还包括使用本发明的核酸发现、鉴定或分离新的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽序列的方法。本发明还包括使用本发明的核酸抑制编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的基因和转录物的表达的方法。
还提供了修饰本发明的核酸的方法，包括通过例如合成连接重装配、优化的定向进化系统和/或饱和诱变例如基因位点饱和诱变(GSSM)产生本发明的核酸变体的方法。术语“饱和诱变”、基因位点饱和诱变或“GSSM”包括使用简并寡核苷酸引物将点突变引入多核苷酸的方法，如在下面所详细描述的。术语“优化的定向进化系统”或“优化的定向进化”包括用于重新装配相关的核酸序列的片段的方法，所述的相关核酸序列例如相关的基因，下面对其进行了详细解释。术语“合成连接重装配”或“SLR”包括以非随机方式连接寡核苷酸片段的方法，下面进行了详细解释。术语“变体”是指在一个或多个碱基对、密码子、内含子、外显子或氨基酸残基处被(分别地)修饰的本发明的多核苷酸或多肽，然而它们仍然保持本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶生物学活性。变体可以通过许多种方法产生，包括的方法诸如，例如易错PCR、改组、寡核苷酸诱导的定向突变、装配PCR、有性PCR诱变、体内诱变、盒式诱变、递归整体诱变、指数整体诱变、位点特异性诱变、基因再装配、GSSM及其任意组合。
本发明的核酸可以通过，例如cDNA文库的克隆和表达、通过PCR进行的信息或基因组DNA扩增以及类似的技术来制造、分离和/或操纵。例如，本发明的示例性核酸最初来源于环境来源。因此，一方面，本发明提供了编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，以及由它们编码的多肽，其共同的新颖性在于它们来源于共同的来源，例如环境来源、混合的培养物或细菌来源。
在本发明方法的实践中，同源基因可以通过操纵模板核酸加以修饰，如同在文中所描述的。本发明可以与本技术领域已知的任何方法或程序或设备一起实践，这些方法、程序或设备在科学和专利文献中有很好的描述。
如本文所使用，短语“核酸”或“核酸序列”是指寡核苷酸、核苷酸、多核苷酸，或者寡核苷酸、核苷酸、多核苷酸中任意一种的片段，或者基因组的或合成来源的DNA或RNA，它们可以是单链或双链，并且可以代表正义链或反义(互补)链，或者是指肽核酸(PNA)或者天然或合成来源的任何DNA样或RNA样的物质。短语“核酸”或“核酸序列”包括寡核苷酸、核苷酸、多核苷酸，或者寡核苷酸、核苷酸、多核苷酸中任意一种的片段，或者基因组的或合成来源的DNA或RNA(例如mRNA、rRNA、tRNA、iRNA)，它们可以是单链或双链，并且可以代表正义链或反义链，还包括肽核酸(PNA)或者天然或合成来源的任何DNA样或RNA样的物质，例如包括iRNA、核糖核蛋白(例如双链iRNA，例如iRNPs)。该术语包括含有天然核苷酸的已知类似物的核酸，例如寡核苷酸。该术语也包括具有合成骨架的核酸样结构，例如参见Mata(1997)Toxicol.Appl.Pharmacol.144：189-197；Strauss-Soukup(1997)Biochemistry 36：8692-8698；Samstag(1996)Antisense Nucleic Acid Drug Dev 6：153-156。“寡核苷酸”或者包括单链的多脱氧核苷酸，或者包括两个互补的多脱氧核苷酸链，它们可以是化学合成的。这样的合成的寡核苷酸没有5’磷酸，因此如果不在存在激酶的情况下采用ATP添加磷酸，该合成寡核苷酸便不会连接到另一个寡核苷酸上。合成的寡核苷酸可以连接到没有被去磷酸化的片段上。
特定多肽或蛋白的“编码序列”或编码特定多肽或蛋白的“核苷酸序列”是这样的核酸序列，其当置于合适的调节序列的调控下时被转录和翻译成多肽或蛋白质。术语“基因”意指在产生多肽链中所涉及的DNA片段；其包括编码区之前的区域和之后的区域(前导区(leader)和尾区(trailer))，以及在适用的情况下，可以包括各个编码片段(外显子)之间的间插序列(内含子)。启动子序列“可操作地连接到”编码序列上，此时RNA聚合酶可以在启动子处起始转录，将编码序列转录成mRNA。正如此处所用，“可操作地连接(operably linked)”是指两个或更多个核酸(例如DNA)片段之间的功能关系。“可操作地连接”可以指转录调控序列与被转录序列的功能关系。例如，如果启动子刺激或调节编码序列例如本发明的核酸在适当的宿主细胞或其它表达系统中的转录，那么该启动子便是可操作地连接到编码序列。通常，可操作地连接到被转录序列的启动子转录调控序列与被转录序列是物理上相邻的，即它们是顺式作用。然而，一些转录调控序列，如增强子，不需要与编码序列物理相邻或者位于与编码序列接近的位置，但这些转录调控序列仍能增强编码序列的转录。
正如本文所用，术语“表达序列盒(expression cassette)”指能影响结构基因(即蛋白编码序列，例如，编码本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的序列)在与这样的序列相容的宿主中的表达的核苷酸序列。表达序列盒包括至少一个与多肽编码序列可操作地连接的启动子；并且任选地，可以与其它序列例如转录终止信号序列可操作地连接。也可以使用其它的在实现表达的方面必需的或有用的因子，例如增强子、α-因子。因此，表达序列盒也包括质粒、表达载体、重组病毒、任何形式的重组“裸DNA”载体，以及类似物。“载体”包括可以感染、转染、短暂或永久地转导细胞的核酸。应该认识到，载体可以是裸核酸、或与蛋白或脂质复合的核酸。该载体任选地包含病毒或细菌核酸和/或蛋白，和/或膜(例如细胞膜、病毒脂质包被等等)。载体包括但不限于复制子(例如RNA复制子、细菌噬菌体)，DNA片段可以连接到这些复制子上从而可被复制。因此，载体包括但不限于RNA、自主复制环状或线状DNA或RNA(例如质粒、病毒以及类似物，例如参见美国专利5,217,879)，并且包括表达质粒和非表达质粒。在重组微生物或细胞培养物被描述为“表达载体”的宿主的情况下，该载体包括染色体外环状和线状DNA，它们可以已经被整合到宿主染色体中。在载体通过宿主细胞来维持的情况下，该载体或者可以作为自主结构在有丝分裂过程中被细胞稳定地复制，或者被整合进宿主的基因组中。
正如此处所用，术语“重组的”包括与“骨架”核酸相邻的核酸，这些核酸在其天然环境中与该“骨架”核酸是不相邻的。一方面，为了被富集，核酸表现为在核酸骨架分子群体中有大约5％或更多数量的核酸插入物。本发明的“骨架分子”包括核酸，如表达载体、自主复制核酸、病毒、整合核酸，以及用于维持或操纵感兴趣的核酸插入物的其它载体或核酸。一方面，富集的核酸表现为在重组的骨架分子群体中有大约15％或更多数量的核酸插入物。一方面，富集的核酸表现为在重组的骨架分子群体中有大约50％或更多数量的核酸插入物。一方面，富集的核酸表现为在重组的骨架分子群体中有大约90％或更多数量的核酸插入物。
本发明的一方面是分离的或重组的核酸，包括本发明的序列之一，或者含有本发明的核酸的至少10、15、20、25、30、35、40、50、75、100、150、200、300、400或500或更多个连续碱基的片段。该分离的或重组的核酸可以包含DNA，包括cDNA、基因组DNA和合成DNA。DNA可以是双链或单链，并且如果是单链，可以是编码链或非编码(反义)链。可选地，该分离的或重组的核酸包含RNA。
本发明的分离的或重组的核酸可用于制备本发明的多肽之一，或者含有本发明的多肽之一的至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150或更多个连续氨基酸的片段。因此，本发明的另一方面是分离的或重组的核酸，其编码本发明的多肽的一种，或者含有本发明的多肽之一的至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150或更多个连续氨基酸的片段。这些核酸的编码序列可以与本发明的核酸之一的编码序列之一相同或者可以是不同的编码本发明的多肽之一的编码序列，所述的多肽具有本发明的多肽之一的至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150或更多个连续氨基酸，这是遗传密码子的冗余性或简并性的结果。遗传密码子对于本领域技术人员是熟知的，并可以例如在B.Lewin，Genes VI，Oxford University Press，1997的第214页上得到。
编码本发明的多肽的核酸包括但不限于：本发明的核酸的编码序列和另外的编码序列，例如前导序列或蛋白原序列(proprotein sequences)，以及非编码序列，例如内含子，或编码序列的5′和/或3′非编码序列。因此，如在本发明中所使用，术语“编码多肽的多核苷酸”包括多核苷酸，其包括多肽的编码序列以及包含另外的编码和/或非编码序列的多核苷酸。
一方面，使用常规技术，例如定点诱变或本领域技术人员熟悉的其它技术，本发明的核酸序列被诱变，以将沉默改变引入本发明的多核苷酸。如本文所使用，“沉默改变(silent changes)”包括，例如不改变由所述多核苷酸编码的氨基酸序列的改变。这样的改变可能是期望的，以通过引入在宿主微生物中频繁发生的密码子或密码子对而增加由宿主产生多肽的水平，该宿主含有编码所述多肽的载体。
本发明还涉及具有核苷酸改变的多核苷酸，所述核苷酸改变在本发明的多肽中导致氨基酸取代、添加、缺失、融合和截短。使用技术例如定点诱变、随机化学诱变、外切核酸酶III删除和其它重组DNA技术，可以导入这样的核苷酸改变。可选地，这样的核苷酸改变可以是天然存在的等位基因变体，其通过鉴定在本文所提供的高严紧条件、中度严紧条件或低严紧条件下特异性杂交到探针的核酸而分离出，所述探针含有本发明的序列(或其互补序列)之一的至少10、15、20、25、30、35、40、50、75、100、150、200、300、400或500或更多个连续碱基。
一般技术
用于实践本发明的核酸，不管是RNA、siRNA、miRNA、反义核酸、cDNA、基因组DNA、载体、病毒或其杂合体，都可以从多种来源分离、进行遗传工程改造、扩增和/或表达/重组产生。从这些核酸产生的重组多肽(例如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)可以被单独地分离或克隆，并且可测试其期望活性。可以使用任何重组表达系统，包括细菌、哺乳动物、酵母、昆虫或植物细胞表达系统。
可以选择地，这些核酸可以通过熟知的化学合成技术体外合成，正如例如Adams (1983)J.Am.Chem.Soc.105：661；Belousov(1997)Nucleic Acids Res.25：3440-3444；Frenkel(1995)Free Radic.Biol.Med.19：373-380；Blommers(1994)Biochemistry 33：7886-7896；Narang(1979)Meth.Enzymol.68：90；Brown(1979)Meth.Enzymol.68：109；Beaucage(1981)Tetra.Lett.22：1859；美国专利4,458,066中所描述的。
用于操纵核酸的技术，例如亚克隆、标记探针(例如使用Klenow聚合酶的随机引物标记、切口平移、扩增)、测序、杂交以及类似的技术在科学和专利文献中有很好的描述，例如参见Sambrook编著，MOLECULAR CLONING：ALABORATORY MANUAL(2ND ED.)，1-3卷，Cold Spring Harbor Laboratory，(1989)；CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY，Ausubel，ed.John Wiley &Sons，Inc.，New York(1997)；LABORATORY TECHNIQUES IN BIOCHEMISTRYAND MOLECULAR BIOLOGY：HYBRIDIZATION WITH NUCLEIC ACIDPROBES，Part I.Theory and Nucleic Acid Preparation，Tijssen，ed.Elsevier，N.Y.(1993)。
获得和操纵用于实践本发明的方法的核酸的另一个有用方法是从基因组样品中克隆，并且如果期望的话，筛选和再克隆插入物，插入物可以分离或扩增自例如基因组克隆或cDNA克隆。用于本发明的方法中的核酸的来源包括基因组或cDNA文库，所述文库可以包含在例如哺乳动物人工染色体(MACs)，例如参见美国专利5,721,118；6,025,155；人类人工染色体，例如参见Rosenfeld(1997)Nat.Genet.15：333-335；酵母人工染色体(YAC)；细菌人工染色体(BAC)；P1人工染色体，例如参见Woon(1998)Genomics 50：306-316；P1来源的载体(PACs)，例如参见Kern(1997)Biotechniques 23：120-124；粘粒、重组病毒、噬菌体或质粒中。
一方面，编码本发明的多肽的核酸与能指导翻译出的多肽或其片段的分泌的前导序列以适当的位置关系进行装配。
本发明提供了融合蛋白和编码这些融合蛋白的核酸。本发明的多肽可以被融合到异源肽或多肽上，如N-末端鉴定肽，其给予了期望的特性，如增加的稳定性或简化的纯化特性。本发明的肽和多肽也可以作为融合蛋白被合成和表达，其中所述融合蛋白中连接有一个或多个额外的结构域，例如用于产生免疫原性更强的肽、以便更易于分离重组合成的肽、以便鉴定和分离抗体和表达抗体的B细胞，等等。有利于检测和纯化的结构域包括，例如金属螯合肽，如多组氨酸标记和组氨酸-色氨酸模块，其允许在固定的金属上纯化，还包括蛋白A结构域，其允许在固定的免疫球蛋白上纯化，还包括在FLAGS延伸/亲和纯化系统中所使用的结构域(Immunex Corp，Seattle WA)。在纯化结构域和含有基序的肽或多肽之间包含可切裂的连接子序列有助于纯化，这样的连接子序列例如Xa因子或肠激酶(Invitrogen，San Diego CA)。例如，表达载体可以包括编码表位的核酸序列，其连接到六组氨酸残基上，还连接有硫氧还蛋白和肠激酶切割位点(例如参见Williams(1995)Biochemistry 34：1787-1797；Dobeli(1998)Protein Expr.Purif.12：404-414)。组氨酸残基有助于检测和纯化，而肠激酶切割位点提供了将表位与融合蛋白的剩余部分纯化分离开的手段。关于编码融合蛋白的载体的技术以及融合蛋白的应用在科学和专利文献中进行了很好的描述，例如参见Kroll(1993)DNA Cell.Biol.，12：441-53。
转录和翻译控制序列
本发明提供了可操作地连接到一个或多个表达(例如转录或翻译)控制序列上的本发明的核酸(例如DNA)序列，所述控制序列例如启动子或增强子，它们可以指导或调节RNA合成/表达。表达控制序列可以在表达载体中。示例性的细菌启动子包括lacI、lacZ、T3、T7、gpt、λPR、PL和trp。示例性的真核启动子包括CMV即时早期启动子、HSV胸苷激酶启动子、早期和晚期SV40启动子、来自逆转录病毒的LTR启动子以及鼠金属硫蛋白I启动子。
如本文所使用，术语“启动子”包括能够驱动编码序列在细胞中如植物或动物细胞中转录的所有序列。因此，在本发明的构建物中所用的启动子包括顺式作用转录控制元件和调节序列，它们涉及调节或调控基因转录的时间和/或速率。例如，启动子可以是顺式作用转录控制元件，包括增强子、启动子、转录终止子、复制起点、染色体整合序列、5’和3’非翻译区或内含子序列，它们均涉及转录的调节。这些顺式作用序列通常与蛋白或其它生物分子互相作用来执行(打开/关闭、调节、调控等等)转录。“组成型”启动子是那些在大部分环境条件和发育状态或细胞分化状态下持续地驱动表达的启动子。“诱导型”或“可调控型”启动子在环境条件或发育条件的影响下指导本发明的核酸的表达。可以通过诱导型启动子影响转录的环境条件的实例包括无氧条件、增高的温度、干旱或光的存在。
“组织特异性”启动子是仅仅在特定细胞或组织或器官中有活性的转录控制元件，例如在植物或动物的特定细胞或组织或器官中有活性。组织特异性调节可以通过某些内在因子来实现，这些内在因子确保对给定组织特异的蛋白编码基因被表达。这样的因子已知存在于哺乳动物和植物中，以便允许特异性组织的发育。
适合于在细菌中表达多肽的启动子包括大肠杆菌lac或trp启动子、lacI启动子、lacZ启动子、T3启动子、T7启动子、gpt启动子、λPR启动子和λPL启动子、来自编码糖酵解酶如3-磷酸甘油酯激酶(PGK)的操纵子的启动子、以及酸性磷酸酶启动子。真核启动子包括CMV即时早期启动子、HSV胸苷激酶启动子、热激启动子、早期和晚期SV40启动子、来自逆转录病毒的LTRs、以及小鼠金属硫蛋白-I启动子。也可以使用已知在原核或真核细胞或它们的病毒中控制基因表达的其它启动子。适合于在细菌中表达多肽或其片段的启动子包括大肠杆菌lac或trp启动子、lacI启动子、lacZ启动子、T3启动子、T7启动子、gpt启动子、λPR启动子和λPL启动子、来自编码糖酵解酶如3-磷酸甘油酯激酶(PGK)的操纵子的启动子、以及酸性磷酸酶启动子。真菌启动子包括α-因子启动子。真核启动子包括CMV即时早期启动子、HSV胸苷激酶启动子、热激启动子、早期和晚期SV40启动子、来自逆转录病毒的LTRs以及小鼠金属硫蛋白-I启动子。也可以使用已知在原核或真核细胞或它们的病毒中控制基因表达的其它启动子。
组织特异性植物启动子
本发明提供了可以以组织特异性方式表达的表达序列盒，例如可以以组织特异性方式表达本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的表达序列盒。本发明也提供了以组织特异性方式表达本发明纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的植物或种子。组织特异性可以是种子特异性、茎特异性、叶特异性、根特异性、果实特异性以及类似的方式。
术语“植物”包括全植物、植物部分(例如叶、茎、花、根等等)、植物原生质体、种子和植物细胞以及它们的后代。可以用于本发明的方法中的植物的种类很广泛，广泛至能用转化技术进行处理的高等植物，包括被子植物(单子叶植物和双子叶植物)，以及裸子植物。它们包括各种倍数性水平的植物，包括多倍体、二倍体、单倍体和半合子植物。正如此处所用，术语“转基因植物”包括异源核酸序列已经被插入到其中的植物或植物细胞，所述异源核酸序列例如本发明的核酸和各种重组构建物(例如表达序列盒)。
一方面，组成型启动子如CaMV 35S启动子可以被用于在植物或种子的特定部分或在整个植物中的表达。例如，为了过度表达，可以使用植物启动子片段，其将指导核酸在植物例如再生植物的一些或所有组织中表达。此处，这样的启动子被称作“组成型”启动子，它们在大部分环境条件和发育或细胞分化状态下是有活性的。组成型启动子的实例包括花椰菜花叶病毒(CaMV)35S转录起始区、来自根瘤农杆菌的T-DNA的1’或2’启动子、以及来自本技术领域已知的多种植物基因的其它转录起始区。这样的基因包括，例如来自拟南芥(Arabidopsis)的ACT11(Huang(1996)Plant Mol.Biol.33：125-139)；来自拟南芥的Cat3(Genbank No.U43147，Zhong (1996)Mol.Gen.Genet.251：196-203)；来自甘蓝型油菜(Brassicanapus)的编码硬酯酰基-酰基载体蛋白去饱和酶的基因(Genbank No.X74782，Solocombe(1994)Plant Physiol.104：1167-1176)；来自玉米的GPc1(Genbank No.X15596；Martinez(1989)J.Mol.Biol.208：551-565)；来自玉米的Gpc2(Genbank No.U45855；Manjunath(1997)Plant.Mol.Biol.33：97-112)；在美国专利4,962,028；5,633,440中描述的植物启动子。
本发明使用来自病毒的组织特异性或组成型启动子，这些启动子可以包括，例如烟草花叶病毒亚基因组启动子(Kumagai(1995)Proc.Natl.Acad.Sci.USA92：1679-1683；稻米东格鲁杆状病毒(RTBV)，该病毒仅在受感染稻米植物中的韧皮细胞中复制，它的启动子驱动强的韧皮特异性报道基因的表达；木薯脉带花叶病毒(CVMV)启动子，其在导管、叶中轴细胞、根尖中具有最高活性(Verdaguer(1996)Plant Mol.Biol.31：1129-1139)。
一方面，植物启动子指导表达纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸表达于特定组织、器官或细胞类型中(即，组织特异启动子)，或者可以在更加精确的环境或发育控制下或在诱导型启动子的控制下指导表达纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸的表达。可以影响转录的环境条件的例子包括厌氧条件、提高温度、有光或喷撒化学品/激素。例如，本发明包括玉米的干旱诱导型启动子(Busk(1997)如上)，马铃薯的寒冷、干旱、高盐诱导型启动子(Kirch(1997)Plant Mol.Biol.33：897909)。
一方面，组织特异性启动子只在该组织的发育阶段的某个时间段内促进转录。参见，例如描述拟南芥LEAFY基因启动子的Blazquez(1998)Plant Cell10：791-800。也见，描述转录因子SPL3的Cardon(1997)Plant J 12：367-77，SPL3识别拟南芥(A.thaliana)的调节植物分生组织形成的基因(meristem identity gene)AP1的启动子区域的保守序列基序；和描述分生组织启动子eIF4的Mandel(1995)Plant Molecular Biology，29卷，995-1004页。可以使用在特定组织的整个生命周期都具有活性的组织特异性启动子。一方面，本发明的核酸与主要在棉花纤维细胞中有活性的启动子可操作地连接。一方面，本发明的核酸与主要在棉花纤维细胞伸长的阶段具有活性的启动子可操作地连接，例如，Rinehart(1996)supra所描述的。核酸可以与Fbl2A基因启动子可操作地连接，这样它将偏好在棉花纤维细胞(Ibid)中表达。也见John(1997)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：5769-5773；John等，美国专利5,608,148和5,602,321，描述了用于构建转基因棉花植物的棉花纤维特异性启动子和方法。也可以使用根特异性启动子来表达本发明的核酸。根特异性启动子的例子包括乙醇脱氢酶基因中的启动子(DeLisle(1990)Int.Rey.Cytol.123：39-60)。也可以使用别的启动子来表达本发明的核酸，包括，例如，胚珠特异的、胚芽特异的、胚乳特异的、珠柄特异的、种皮特异的启动子或它们的组合；叶特异的启动子(见，例如，Busk(1997)Plant J.11：1285 1295，描述玉米的叶特异的启动子)；发根农杆菌(Agrobacterium rhizogenes)的ORF13启动子(ORF13启动子在根部表现出高活性，见，例如Hansen(1997)如上)；玉米花粉特异性启动子(见，例如Guerrero(1990)Mol.Gen.Genet.224：161168)；番茄启动子，其在果实成熟、变老、从叶上脱落的过程中有活性，在花中具有低一些的活性(见，例如，Blume(1997)Plant J.12：731 746)；马铃薯SK2基因的雌蕊特异性启动子(见，例如Ficker(1997)Plant Mol.Biol.35：425 431)；豌豆的Blec4基因，Blec4基因在蔬菜的表皮组织和转基因苜蓿的花梗顶中具有活性，这使它成为使外源基因靶向表达于活跃地生长的芽或纤维的表皮层的有用工具；胚珠特异的BEL1基因(见，例如，Reiser(1995)Cell 83：735-742，GenBank号：U39944)；和/或Klee，美国专利5,589,583中的启动子，描述了一种植物启动子区域，其可导致在分生组织和/或快速分裂细胞中的高水平转录。
一方面，经由对植物激素例如植物生长素的暴露便能被诱导的植物启动子可用于表达本发明的核酸。例如，本发明可以使用大豆(Glycine max L.)的植物生长素响应元件E1启动子片段(AuxREs)(Liu(1997)Plant Physiol.115：397-407)；植物生长素响应的拟南芥GST6启动子(也对水杨酸和过氧化氢产生响应)(Chen(1996)Plant J.10：955-966)；烟草的植物生长素诱导的parC启动子(Sakai(1996)37：906-913)；植物生物素响应元件(Streit(1997)Mol.Plant Microbe Interact.10：933-937)；和对应激激素脱落酸产生响应的启动子(Sheen(1996)Science 274：1900-1902)。
本发明的核酸也可以与植物启动子可操作地连接，所述植物启动子暴露于施用于植物的化学试剂例如除草剂或抗生素，便能够被诱导。例如，可以使用由苯磺酰胺除草剂安全剂活化的玉米In2-2启动子(De Veylder(1997)Plant CellPhysiol.38：568-577)；不同的除草剂安全剂的应用诱导不同的基因表达模式，包括在根中、排水器中和芽尖分生组织中的表达。编码序列可以处于例如四环素诱导的启动子的控制下，例如，针对含有燕麦(Avena sativa L.)(oat)精氨酸脱羧酶基因的转基因烟草植物所描述的(Masgrau(1997)Plant J.11：465-473)；或者处于水杨酸响应元件的控制之下(Stange(1997)Plant J.11：1315-1324)。使用化学(例如，激素或杀虫剂)诱导的启动子，即，对施用于田间的转基因植物的化学剂发生响应的启动子，本发明的多肽的表达可以在植物发育的特定阶段被诱导。所以，本发明也提供含有可诱导基因的转基因植物，所述可诱导基因编码本发明的多肽，其宿主范围局限于靶向植物种类，例如玉米、稻、大麦、大豆、番茄、小麦、马铃薯或别的作物，并且所述可诱导基因在作物发育的任何阶段都可被诱导。
本领域技术人员会认识到，组织特异性的植物启动子可能驱动可操作地连接的序列在不是靶组织的组织中表达。因此，一方面，组织特异性启动子是驱动在靶组织或细胞类型中产生优势表达的启动子，但是也可以导致在别的组织中的一些表达。
本发明的核酸也可以与在暴露于化学试剂时被诱导的植物启动子可操作地连接。这些试剂包括例如，除草剂、合成的植物生长激素或抗生素，它们可以通过例如喷雾施用于转基因植物。本发明的产生纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸的诱导型表达将允许栽培者对具有最佳的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶表达和/或活性的植物进行选择。植物部分的发育也可以因此被控制。这样，本发明提供了促进植物和植物部分的收获的方法。例如，在许多实施方式中，玉米的由苯磺酰胺除草剂安全剂活化的玉米In2-2启动子被使用(De Veylder(1997)Plant Cell Physiol.38：568-577)；应用不同的除草剂安全剂诱导出不同的基因表达模式，包括在根中、排水器中、芽尖分生组织中的表达。本发明的编码序列也可以处于四环素诱导的启动子的控制之下，例如，对含有燕麦(Avena sativa L.)(oat)精氨酸脱羧酶基因的转基因烟草植物的描述(Masgrau(1997)Plant J.11：465-473)；或者，可以由水杨酸响应元件控制(Stange(1997)Plant J.11：1315-1324)。
在一些方面，适当的多肽表达可能要求在该编码区域的3’端具有多聚腺苷酸化区域。多聚腺苷酸化区域可以源自天然基因、各种类别的其它植物(或者动物或其它)基因或者农杆菌T-DNA中的基因。
表达载体和克隆载体
本发明提供包括本发明的核酸例如编码本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的序列的表达载体和克隆载体。本发明的表达载体和克隆载体可以包括病毒颗粒、杆状病毒、噬菌体、质粒、噬菌粒(phagemids)、粘粒、fos-质粒(fosmids)、细菌人工染色体、病毒DNA(例如疫苗、腺病毒、禽痘病毒、伪狂犬病病毒和SV40的衍生物)、P1衍生的人工染色体、酵母质粒、酵母人工染色体和任何别的对感兴趣的特定宿主(例如，杆状菌、曲霉和酵母)有特异性的载体。本发明的载体可以包括染色体、非染色体和合成的DNA序列。大量的合适的载体对于本领域技术人员都是已知的，并且可以商业获得。典型的载体包括：细菌：pQE载体(Qiagen)、pBLUESCRIPTTM质粒、pNH载体、λ-ZAP载体(Stratagene)；ptrc99a、PKK223-3、pDR540、pRIT2T(Pharmacia)；真核细胞的：PXT1、pSG5(Stratagene)、pSVK3、pBPV、pMSG、pSVLSV40(Pharmacia)。然而，也可以使用任何别的质粒或别的载体，只要它们可以在宿主中复制和维持下去。可以在本发明中使用低拷贝数或高拷贝数的载体。“质粒”可以商购得到，在不受限制的基础上可以公开获得，或可以根据已公开的程序用可获得的质粒来构建。与本文描述的那些质粒等价的质粒在本技术领域是已知的，并且对于普通技术人员是显而易见的。
表达载体可以包括启动子、用于起始翻译的核糖体结合位点和转录终止子。载体也可以包括用于扩增表达的合适序列。哺乳动物表达载体可以包括复制原点、任何必需的核糖体结合位点、聚腺苷酸化位点、剪接供体和受体位点、转录终止序列、5’侧翼非转录序列。在一些方面，衍生于SV40剪接子和聚腺苷酸化位点的DNA序列可以用于提供所需要的非转录基因元件。
在一个方面，表达载体含有一个或多个选择性标记基因，使得可以对含有该载体的宿主细胞进行选择。这样的选择性标记包括编码二氢叶酸还原酶的基因和使得真核细胞培养物具有新霉素抗性的基因、使得大肠杆菌(E.coli)具有四环素或氨苄青霉素抗性的基因和酿酒酵母(S.cerevisiae)TRP1基因。启动子区域可以从任何期望的基因中选择出来，使用氯霉素转移酶(CAT)载体或具有选择标记的别的载体。
在一个发明，用于在真核细胞中表达多肽或其片段的载体含有增强子，以增加表达水平。增强子是DNA的顺式作用元件，一般长度为大约10到大约300bp。它们作用于启动子，增强其转录。示例性增强子包括在复制原点下游侧100bp到270bp的SV40增强子、巨细胞病毒早期启动子增强子、在复制原点下游侧的多瘤增强子，和腺病毒增强子。
核酸序列可以通过各种程序插入载体中。一般而言，将插入物和载体用合适的限制性内切酶消化后，序列可以连接到载体中的所希望的位置。可选择地，插入物和载体的平末端可以被连接。在本领域已知多种克隆技术，例如在Ausubel和Sambrook中描述的。这样的程序和别的程序被认为在本领域技术人员的范围内。
载体可以是质粒、病毒颗粒或噬菌体的形式。别的载体包括染色体的、非染色体的和合成的DNA序列，SV40的衍生物；细菌质粒、噬菌体DNA、杆状病毒、酵母质粒、衍生于质粒和噬菌体DNA的组合的载体、病毒DNA例如牛痘、腺病毒、禽痘病毒和伪狂犬病病毒DNA。在原核和真核宿主中使用的各种克隆和表达载体被例如Sambrook描述。
可以使用的特定的细菌载体包括商业上可获得的质粒，其包括以下已知的克隆载体的遗传元件：pBR322(ATCC 37017)、pKK223-3(Pharmacia Fine Chemicals，Uppsala，Sweden)、GEM1(Promega Biotec，Madison，WI，USA)、pQE70、pQE60、pQE-9(Qiagen)、pD10、psiX174 pBluescript II KS、pNH8A、pNH16a、pNH18A、pNH46A(Stratagene)、ptrc99a、pKK223-3、pKK233-3、DR540、pRIT5(Pharmacia)、pKK232-8和pCM7。特定的真核载体包括pSV2CAT、pOG44、pXT1、pSG(Stratagene)pSVK3、pBPV、pMSG和pSVL(Pharmacia)。然而，可以使用任何别的载体，只要它可以在宿主细胞中复制和维持。
本发明的核酸可以在表达序列盒、载体或病毒中表达，在植物细胞和种子中短暂地或稳定地表达。一个示例性的短暂表达系统应用了附加体(episomal)表达系统，例如，通过含有超螺旋DNA的附加小染色体的转录而在核中产生的花椰菜花叶病毒(CaMV)病毒RNA，见，例如，Covey(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA87：1633-1637。作为选择，编码序列，即本发明的序列的全部或子片段，可以插入到植物宿主细胞基因组中，而成为该宿主染色体DNA的整合部分。正义和反义转录子可以以这种方式被表达。包含本发明的核酸的序列(例如，启动子或编码区域)的载体可以包含赋予植物细胞或种子选择性表型的标记基因。例如，所述标记可以编码生物杀灭剂抗性，特别是抗生素抗性，例如对卡那霉素、G418、博来霉素、潮霉素或除草剂的抗性，例如对氯磺隆或Basta的抗性。
可以在植物中表达核酸和蛋白的表达载体在本领域中是熟知的，可以包括，例如，根瘤农杆菌的载体、马铃薯病毒X(见，例如，Angell(1997)EMBOJ.16：3675-3684)、烟草花叶病病毒(见，例如，Casper(1996)Gene 173：69-73)、番茄丛矮病毒(见，例如，Hillman(1989)Virology 169：42-50)、烟草蚀纹病毒(见，例如，Dolja(1997)Virology 234：243-252)、菜豆金色花叶病毒(见，例如，Morinaga(1993)Microbiol inimunol.37：471-476)、花椰菜花叶病毒(见，例如，Cecchini(1997)Mol.Plant Microbe Interact.10：1094-1101)、玉米Ac/Ds转座元件(见，例如，Rubin(1997)Mol.Cell.Biol.17：6294-6302；Kunze(1996)Curr.Top.Microbiol.Inimunol.204：161-194)，和玉米抑制基因-突变基因(Spm)转座元件(见，例如Schlappi(1996)Plant Mol.Biol.32：717-725)；和它们的衍生物。
在一个方面，表达载体可以有两套复制系统，使其可以在两种生物中保持，例如在哺乳动物或昆虫细胞中表达，在原核宿主中克隆和扩增。进一步，对于整合表达载体，该表达载体可以包括至少一个与宿主细胞基因组同源的序列。它可以在该表达构建物的两侧包含两个同源序列。通过选择包含入载体的合适的同源序列，可以将该整合载体定位到宿主细胞的特定位置。整合载体的构建在本领域是已知的。
本发明的表达载体也可以包括选择性的标记基因，以便对已经转化的细菌株进行选择，例如，使细菌对药物，例如氨苄青霉素、氯霉素、红霉素、卡那霉素、新霉素和四环素产生抗性的基因。选择性的标记也可以包括生物合成基因，例如在组氨酸、色氨酸和亮氨酸生物合成途径中的基因。
表达载体中的DNA序列被可操纵连接到合适的表达控制序列(一种或多种)(启动子)，以指导RNA合成。具体命名的细菌启动子包括lacI、lacZ、T3、T7、gpt、λPR、λPL和trp。真核启动子包括CMV即时早期启动子、HSV胸苷激酶启动子、早期和晚期SV40启动子、来自逆转录病毒的LTRs以及小鼠金属硫蛋白-I启动子。选择合适的载体和启动子在本领域技术人员的水平之内。表达载体还可以包括用于起始翻译的核糖体结合位点和转录终止子。载体也可以包括用于扩增表达的合适序列。启动子区域可以从任何期望的基因中选择出来，使用氯霉素转移酶(CAT)载体或具有选择标记的别的载体。此外，在一个方面，表达载体含有一个或多个选择性标记基因，以提供用于选择被转化的宿主细胞的表型特征，例如用于真核细胞培养的二氢叶酸还原酶或新霉素抗性，或例如大肠杆菌中的四环素或氨苄青霉素抗性。
哺乳动物表达载体还可以包括复制原点、任何必需的核糖体结合位点、聚腺苷酸化位点、剪接供体和受体位点、转录终止序列和5’侧翼非转录序列。在一些方面，衍生于SV40剪接子的DNA序列和聚腺苷酸化位点可以用于提供所需要的非转录基因元件。
用于在真核细胞中表达多肽或其片段的载体也可以含有增强子，以增加表达水平。增强子是DNA的顺式作用元件，一般长度为大约10到大约300bp，其作用于启动子，增强其转录。示例性增强子包括在复制起点下游侧100bp到270bp的SV40增强子、巨细胞病毒早期启动子增强子、在复制起点下游侧的多瘤增强子，和腺病毒增强子。
此外，表达载体含有一个或多个选择性标记基因，使得可以对含有该载体的宿主细胞进行选择。这样的选择性标记包括编码二氢叶酸还原酶的基因和使得真核细胞培养物具有新霉素抗性的基因、使得大肠杆菌(E.coli)具有四环素或氨苄青霉素抗性的基因和酿酒酵母(S.cerevisiae)TRP1基因。
在一些方面中，编码本发明的多肽之一或含有其至少大约5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150或更多个连续氨基酸的片段的核酸与能指导翻译出的多肽或其片段的分泌的前导序列以适当的位置关系进行装配。一方面，该核酸可以编码融合蛋白，其中本发明的多肽之一或含有其至少大约5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150或更多个连续氨基酸的片段被融合到异源肽或多肽，例如N-末端鉴定肽，其给予了期望的特性，如增加的稳定性或简化的纯化特性。
合适的DNA序列可以通过各种程序插入载体中。一般而言，将插入物和载体用合适的限制性内切酶消化后，DNA序列可以连接到载体中的所希望的位置。可选择地，插入物和载体的平末端可以被连接。多种克隆技术被公开于Ausubel etal.Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley 503 Sons，Inc.1997和Sambrook et al，Molecular Cloning：A Laboratory Manual 2nd Ed.，Cold Spring HarborLaboratory Press(1989)。这样的程序和别的程序被认为在本领域技术人员的范围内。
载体可以是例如质粒、病毒颗粒或噬菌体的形式。别的载体包括染色体的、非染色体的和合成的DNA序列，SV40的衍生物；细菌质粒、噬菌体DNA、杆状病毒、酵母质粒、衍生于质粒和噬菌体DNA的组合的载体、病毒DNA例如牛痘、腺病毒、禽痘病毒和伪狂犬病病毒DNA。在原核和真核宿主中使用的各种克隆和表达载体在Sambrook，et al，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，2nd Ed.，ColdSpring Harbor，N.Y.，(1989)中描述。
宿主细胞和转化细胞
本发明也提供了包含本发明的核酸序列的转化细胞，所述核酸序列例如编码本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的序列，或本发明的载体。宿主细胞可以是本领域技术人员熟悉的任何宿主细胞，包括原核细胞，真核细胞，例如，细菌细胞、真菌细胞、酵母细胞、哺乳动物细胞、昆虫细胞或植物细胞。示例性的细菌细胞包括链霉菌属、葡萄球菌属或杆菌属的任何种，或者示例性种大肠杆菌、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)。示例性的昆虫细胞包括草地夜蛾属(Spodoptera)或果蝇属(Drosophila)的任何种，包括果蝇S2和草地夜蛾(Spodoptera)Sf9。示例性的动物细胞包括CHO、COS或黑色素瘤细胞或任何鼠或人的细胞系。合适的宿主的选择在本领域技术人员的能力范围内。转化各种高等植物种类的技术是已知的，在技术和科学文献中有描述，见，例如，Weising(1988)Ann.Rey.Genet.22：421-477；美国专利5,750,870。
载体可以使用各种技术导入宿主细胞中，包括转化、转染、转导、病毒感染、基因枪或者Ti介导的基因转移。具体的方法包括磷酸钙转染、DEAE-Dextran介导的转染、脂转染法(lipofection)或电穿孔(Davis，L.，Dibner，M.，Battey，I.，BasicMethods in Molecular Biology，(1986))。
一方面，本发明的核酸或载体导入细胞是为了筛选，所以，所述核酸是以合适于该核酸的后续表达的方式进入细胞。导入的方法大体上由靶细胞类型决定。示例性的方法包括CaPO4沉淀法、脂质体融合、脂转染法(例如，LIPOFECTINTM)、电穿孔法、病毒感染法，等等。候选的核酸可以稳定地整合到宿主细胞基因组中(例如，用反转录病毒导入)或者可以短暂的或稳定的存在于细胞质中(即，通过使用传统的质粒，利用标准的调控序列、选择标记，等等)。因为许多药学上重要的筛选要求人或模型哺乳动物靶细胞，所以可以使用能够转染这些靶的反转录病毒载体。
在适当的情况下，工程宿主细胞可以在传统的营养培养基中培养，所述营养培养基经改良而适于激活启动子、选择转化子或扩增本发明的基因。在合适的宿主株被转化和宿主株生长到合适的细胞密度之后，用合适的方法(例如，温度变化或化学诱导)诱导被选择的启动子，细胞再培养一段时期，使得它们产生所需的多肽或其片段。
细胞可以通过离心收获，通过物理或化学方法破碎，保留得到的粗提物以用于进一步的纯化。被用来表达蛋白质的微生物细胞可以用任何常规方法破碎，包括冷冻-融解循环、超声波裂解法、机械破碎法或使用细胞裂解试剂。这些方法为本领域技术人员所熟知。表达的多肽或其片段可以从重组细胞培养物中通过包括硫酸铵或乙醇沉淀、酸提取、阴离子或阳离子交换色谱、磷酸纤维素色谱、疏水作用色谱、亲和色谱、羟基磷灰石色谱和凝集素色谱在内的方法回收和纯化。假如必要的话，可以应用蛋白质重折叠来完成多肽的构象。假如需要的话，在最终的纯化步骤中可以采用高效液相色谱(HPLC)。
宿主细胞中的构建物可以以传统方式用于产生由重组序列编码的基因产物。取决于重组生产方法中所用的宿主，由含有载体的宿主细胞产生的多肽可以糖基化或者非糖基化。本发明的多肽也可以包括或不包括起始甲硫氨酸残基。
也可以采用无细胞的翻译系统来产生本发明的多肽。无细胞翻译系统可以应用由DNA构建物转录得到的mRNA，所述DNA构建物包括与编码所述多肽或其片段的核酸可操作地连接的启动子。在一些方面，该DNA构建物在进行体外转录反应之前可以被线性化。转录得到的mRNA然后与合适的无细胞翻译提取物例如兔网状细胞提取物温育，产生所需的多肽或其片段。
表达载体可以含有一个或多个选择性标记基因，为选择转化宿主细胞提供表型特征，例如真核细胞培养物的二氢叶酸还原酶或新霉素抗性，或者例如大肠杆菌的四环素或氨苄青霉素抗性。
含有感兴趣多核苷酸如本发明的核酸的宿主细胞可以在传统的营养培养基中培养，所述营养培养基经改良而适于激活启动子、选择转化子或扩增基因。培养条件例如温度、pH和类似条件是先前选择宿主细胞用于表达所使用的培养条件，对于普通技术人员是明显的。然后，被鉴定为具有指定的酶活性的克隆被测序，以鉴定编码具有增强活性的酶的多核苷酸序列。
本发明提供了在细胞中过度表达重组纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的方法，该方法包括表达含有本发明的核酸的载体，本发明的核酸例如包含在至少约100个残基的区域内与本发明的示例性序列具有至少约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性的核酸序列的核酸，其中序列同一性通过使用序列比较算法的分析或通过视觉观察来确定；或者在严紧条件下与本发明的核酸序列杂交的核酸。过度表达通过任何方式例如使用高活性启动子、双顺反子(dicistronic)载体或通过该载体的基因扩增来实现。
本发明的核酸可以在任何体外或体内表达系统中被表达或过度表达。任何细胞培养系统可被用于表达或过度表达重组蛋白，包括细菌、昆虫、酵母、真菌或哺乳动物培养物。通过启动子、增强子、载体(例如，复制子载体、双顺反子载体的使用(见，例如Gurtu(1996)Biochem.Biophys.Res.Commun.229：295-8))、培养基、培养系统等等的合适选择，可以实现过度表达。一方面，使用选择标记如谷氨酰胺合酶(见，例如Sanders(1987)Dev.Biol.Stand.66：55-63)在细胞系统中进行的基因扩增被用于过度表达本发明的多肽。宿主细胞可以是本领域技术人员熟悉的任何宿主细胞，包括原核细胞，真核细胞，例如，细菌细胞、真菌细胞、酵母细胞、哺乳动物细胞、昆虫细胞或植物细胞。合适的宿主的选择在本领域技术人员的能力范围内。
载体可以使用各种技术导入宿主细胞中，包括转化、转染、转导、病毒感染、基因枪或者Ti介导的基因转移。具体的方法包括磷酸钙转染、DEAE-Dextran介导的转染、脂转染法(lipofection)或电穿孔(Davis，L.，Dibner，M.，Battey，I.，BasicMethods in Molecular Biology，(1986))。
在适当的情况下，工程宿主细胞可以在传统的营养培养基中培养，所述营养培养基经改良而适于激活启动子、选择转化子或扩增本发明的基因。在合适的宿主株被转化和宿主株生长到合适的细胞密度之后，用合适的方法(例如，温度变化或化学诱导)诱导被选择的启动子，细胞再培养一段时期，使得它们产生所需的多肽或其片段。
细胞可以通过离心收获，通过物理或化学方法破碎，保留得到的粗提物以用于进一步的纯化。被用来表达蛋白质的微生物细胞可以用任何常规方法破碎，包括冷冻-融解循环、超声波裂解法、机械破碎法或使用细胞裂解试剂。这些方法为本领域技术人员所熟知。表达的多肽或其片段可以从重组细胞培养物中通过包括硫酸铵或乙醇沉淀、酸提取、阴离子或阳离子交换色谱、磷酸纤维素色谱、疏水作用色谱、亲和色谱、羟基磷灰石色谱和凝集素色谱在内的方法回收和纯化。假如必要的话，可以应用蛋白质重折叠来完成多肽的构象。假如需要的话，在最终的纯化步骤中可以采用高效液相色谱(HPLC)。
各种哺乳动物细胞培养系统也可以被用于表达重组蛋白。哺乳动物表达系统的实例包括猴肾成纤维细胞的COS-7系(由Gluzman，Cell，23：175，1981描述)，以及能从相容载体表达蛋白的其它细胞系，如C127、3T3、CHO、HeLa和BHK细胞系。
宿主细胞中的构建物可以以传统方式用于产生由重组序列编码的基因产物。根据重组产生方法中所用的宿主，由含有载体的宿主细胞产生的多肽可以糖基化或者非糖基化。本发明的多肽也可以包括或不包括起始甲硫氨酸残基。
可选地，本发明的多肽，或者含有其至少大约5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150或更多个连续氨基酸的片段，可以通过常规肽合成仪合成产生，例如，如下面所讨论。在其它方面，通过肽合成，所述多肽的片段或部分可以被用于产生相应的全长多肽；因此，所述片段可用作产生全长多肽的中间物。
也可以采用无细胞的翻译系统来产生本发明的多肽之一或含有其至少大约5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150或更多个连续氨基酸的片段，其应用由DNA构建物转录得到的mRNA，所述DNA构建物包括与编码所述多肽或其片段的核酸可操作地连接的启动子。在一些方面，该DNA构建物在进行体外转录反应之前可以被线性化。转录得到的mRNA然后与合适的无细胞翻译提取物例如兔网状细胞提取物温育，产生所需的多肽或其片段。
核酸的扩增
在本发明的实践中，本发明的核酸和编码本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，或本发明的修饰的核酸，可以通过扩增来增殖，例如，通过PCR。扩增也可以被用于克隆或修饰本发明的核酸。因此，本发明提供了用于扩增本发明核酸的扩增引物序列对。本技术领域技术人员能设计用于这些序列的任何部分或全长的扩增引物序列对。
一方面，本发明提供了通过本发明的扩增引物对扩增的核酸，所述扩增引物对例如本发明的核酸的大约前(5′)12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25或更多个残基以及互补链的大约前(5′)15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25或更多个残基所示的引物对。本发明提供了用于扩增核酸的扩增引物序列对，所述核酸编码具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的多肽，其中所述引物对能够扩增含有本发明的序列或其片段或子序列的核酸。扩增引物序列对的一个成员或每一成员可以包含寡核苷酸，该寡核苷酸包含所述序列的至少约10至50个或更多个连续碱基，或所述序列的约12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25或更多个连续残基。本发明提供了扩增引物对，其中所述引物对包括第一成员和第二成员，第一成员具有本发明核酸的大约前(5’)12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25或更多个碱基所示的序列，第二成员具有第一成员的互补链的大约前(5’)12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25或更多个碱基所示的序列。
本发明提供了通过扩增产生的纤维素酶，例如编码内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，所述扩增例如聚合酶链反应(PCR)，使用本发明的扩增引物对。本发明提供了通过扩增制备纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的方法，所述扩增例如PCR，使用本发明的扩增引物对。一方面，所述扩增引物对从文库例如基因文库诸如环境文库扩增核酸。
扩增反应也可以被用于量化样品中核酸的量(如细胞样品中信息的量)、标记核酸(例如将其应用于阵列或印迹)、检测核酸，或量化样品中特异性核酸的量。在本发明的一个方面，扩增从细胞或cDNA文库分离出的信息。
技术人员可以选择和设计合适的寡核苷酸扩增引物。扩增方法在本技术领域也是已知的，包括，例如聚合酶链式反应PCR(例如参见PCR PROTOCOLS，AGUIDE TO METHODS AND APPLICATIONS，ed.Innis，Academic Press，N.Y.(1990)和PCR STRATEGIES (1995)，ed.Innis，Academic Press，Inc.N.Y.，连接酶链式反应(LCR)(例如参见Wu(1989)Genomics 4：560；Landegren(1988)Science 241：1077；Barringer(1990)Gene 89：117)；转录扩增(例如参见Kwoh(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：1173)；和自主维持序列复制(例如参见Guatelli(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87：1874)；Qβ复制酶扩增(例如参见Smith(1997)J.Clin.Microbiol.35：1477-1491)，自动Q-β复制酶扩增测定法(例如参见Burg(1996)Mol.Cell.Probes 10：257-271)和其它的RNA聚合酶介导技术(例如NASBA，Cangene，Mississauga，Ontario)；也参见Berger(1987)Methods Enzymol.152：307-316；Sambrook；Ausubel；美国专利4,683,195和4,683,202；Sooknanan(1995)Biotechnology 13：563-564。
确定核酸和多肽的序列同一性
本发明提供了核酸，所述核酸包括与本发明的示例性核酸(参见表1、2和3，下面的实施例1和4，以及序列表)在至少大约50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150、1200、1250、1300、1350、1400、1450、1500、1550或更多残基的区域内具有至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性(同源性)的序列。
本发明提供了多肽，该多肽包括与本发明的示例性多肽(参见表1、2和3，下面的实施例1和4，以及序列表)具有至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性的序列。序列同一性(同源性)的程度可以使用任何计算机程序和相关参数来确定，包括本文描述的那些，如BLAST 2.2.2或FASTA 3.0t78版本，参数为默认值。
本发明的核酸序列可以包括本发明的示例性序列和与其基本上相同的序列的至少10、15、20、25、30、35、40、50、75、100、150、200、300、400或500或更多个连续核苷酸。本发明的核酸序列的同源序列和片段可以指与这些序列具有至少约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的序列同一性(同源性)的序列。同源性(序列同一性)可以使用本文所描述的任何计算机程序和参数来确定，包括FASTA 3.0t78版本，参数为默认值。同源序列还包括RNA序列，其中尿嘧啶取代本发明核酸序列中的胸腺嘧啶。同源序列可以使用本文描述的任意一种方法获得，或者从对测序错误的纠正中产生。应该意识到，本发明的核酸序列可以以传统的单字母格式表示(例如参见Stryer，Lubert.Biochemistry，3rd Ed.，W.H Freeman & Co.，New York)，或以在序列中记录核苷酸的身份的任何其它格式表示。
在各个方面，本文描述的序列比较程序被用于本发明的该方面，即，确定核酸或多肽序列是否在本发明的范围之内。然而，蛋白和/或核酸序列同一性(同源性)可以使用本技术领域已知的任何序列比较算法或程序来评价。这样的算法和程序包括，但不限于，TBLASTN、BLASTP、FASTA、TFASTA和CLUSTALW(参见，例如Pearson and Lipman，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85(8)：2444-2448，1988；Altschul等人，J.Mol.Biol.215(3)：403-410，1990；Thompson等人，Nucleic Acids Res.22(2)：4673-4680，1994；Higgins等人，Methods Enzymol.266：383-402，1996；Altschul等人，J.Mol.Biol.215(3)：403-410，1990；Altschul等人，Nature Genetics 3：266-272，1993)。
一方面，同源性或同一性可以使用序列分析软件来测量(例如，地址为1710UniversityAvenue，Madison，WI 53705的威斯康星大学生物技术中心遗传学计算机组(Genetics Computer Group)的序列分析软件包)。这样的软件通过对各种缺失、取代和其它的修饰赋予同源性度数来匹配相似的序列。一方面，用于表示两个或者更多个核酸或者多肽序列之间的关系的术语“同源性”和“同一性”，是指当两个或更多个序列或子序列在某一比较窗口(comparison window)或者指定区域内被比较和联配以确定最大一致性时，这些序列是相同的，或者具有特定百分比例的相同氨基酸残基或核苷酸，其可以应用各种序列比较算法或者通过人工联配和视觉观察来确定。一方面，对于序列比较，将一个序列作为参考序列，而将测试序列与之进行比较。当使用序列比较算法时，将测试序列和参考序列输入到计算机中，指定子序列坐标，如果必要，也指定序列算法程序参数。可以使用默认的程序参数，或者可以指定别的参数。然后基于程序参数，序列比较算法计算出测试序列相对于参考序列的序列同一性百分比。
正如本文所用，“比较窗口”包括参考具有任意数目的连续位置的片段，所述数目选自从20到600、通常大约50到大约200，更经常大约100到大约150，其中在序列和参考序列进行最优化联配后，序列可与具有相同数目的连续位置的参考序列作比较。用于比较的联配方法在本技术领域是熟知的。可以通过如下方法进行用于比较的序列的最优化联配：例如Smith和Waterman，Adv.Appl.Math.2：482，1981的局部同源性算法，Needleman和Wunsch，J.Mol.Biol.48：443，1970的同源性联配算法，person和Lipman，Proc.Nat′l.Acad.Sci.USA 85：2444，1988的查找相似性的方法，这些算法的计算机化实施(Wisconsin Genetics Software Package中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA，Genetics Computer Group，575 Science Dr.，Madison，WI)，手工联配和观察检验。除了BLAST程序(生物信息国家中心的基本局域联配搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool))外，用于确定同源性或者同一性的其它的算法包括，例如，ALIGN、AMAS(多重联配序列分析(Analysisof Multiply Aligned Sequences))、AMPS(蛋白多重序列联配(Protein MultipleSequence Alignment))、ASSET(联配片段统计评估工具(Aligned Segment StatisticalEvaluation Tool))、BANDS、BESTSCOR、BIOSCAN(生物学序列比较分析节点(Biological Sequence Comparative Analysis Node))、BLIMPS(BLocks IMProvedSearcher)、FASTA、Intervals & Points、BMB、CLUSTAL V、CLUSTAL W、CONSENSUS、LCONSENSUS、WCONSENSUS、Smith-Waterman算法、DARWIN、Las Vegas算法、FNAT(强迫核苷酸联配工具(ForcedNucleotide Alignment Tool))、Framealign、Framesearch、DYNAMIC、FILTER、FASP(Fristensky序列分析软件包)、GAP(全局联配程序(Global Alignment Program))、GENAL、GIBBS、GenQuest、ISSC(灵敏性序列比较(Sensitive Sequence Comparison))、LALIGN(局部序列联配(Local Sequence Alignment))、LCP(局部内容程序(Local Content Program))、MACAW(多重联配构建和分析工作台(Multiple Alignment Construction & AnalysisWorkbench))、MAP(多重联配程序(Multiple Alignment Program))、MBLKP、MBLKN、PIMA(模式诱导的多重序列联配(Pattern-Induced Multi-sequenceAlignment))、SAGA(通过遗传算法的序列联配(Sequence Alignment by GeneticAlgorithm))和WHAT-IF。这样的联配程序也可以用于筛查基因组数据库，以鉴定具有大体上相同的序列的多核苷酸序列。大量的基因组数据库是可利用的，例如，作为人类基因组测序工程的构成部分的人类基因组的实质部分可以被利用(Gibbs，1995)。至少二十一个其它基因组已经测定，如，生殖器支原体(M.genitalium)(Fraser等，1995)、甲烷球菌(M.jannaschii)(Bult等，1996)、流行性感冒杆菌(H.influenzae)(Fleischmann等，1995)、大肠杆菌(E.coli)(Blattner等，1997)和酵母(酿酒酵母(S.cerevisiae))(Mewes等，1997)和黑腹果蝇(D.melanogaster)(Adams等，2000)。在模式生物的基因组序列的测序上已经取得了很大的进展，如小鼠，线虫(C.elegans)和拟南芥(Arabadopsis sp.)。含有基因组信息并且注释有一些功能性信息的一些数据库由不同组织维护，可以通过互联网登录。
一方面，BLAST和BLAST 2.0算法被使用，其分别被描述于Altschul(1997)Nuc.Acids Res.25：3389-3402，1997和Altschul(1990)J.Mol.Biol.215：403-410，1990。用于实施BLAST分析的软件可以通过美国国家生物技术信息中心公开获得。这一算法涉及首先通过鉴别待询序列(query sequence)中长度为W的短的字串来确定高分序列对(high scoring sequence pairs，HSPs)，所述高分序列对在与数据库序列中同样长度的字串联配时，匹配或者满足某个正值的阈值T。T是指邻近字串(neighborhood word)的分数阈值(Altschul等，如上)。这些初始的邻近字串被用来启动搜索以发现包含有它们的更长的HSPs。所述字串沿着每一个序列向两个方向延伸，只要累积的联配分数在增加。对于核苷酸序列，使用参数M(一对匹配的残基的奖励分数；总是大于0)来计算累积分数。对于氨基酸序列，使用记分矩阵来计算累计分数。出现下面情况时，字串在各个方向上的延伸便停止：累积的联配分数由达到的最大值下降了数量X；由于一个或者多个记分为负的残基联配的累积，累积分数达到0或者0以下；或者延伸到了任一序列的末端。BLAST算法的参数W、T和X决定了联配的灵敏度和速率。BLASTN程序(对于核苷酸序列)默认的是：字串长度(W)为11，期望值(E)为10，M＝5，N＝-4，对两条链进行比较。对于氨基酸序列，BLASTP程序默认：字串长度为3，期望值(E)为10，BLOSUM62记分矩阵(参见Henikoff和Henikoff(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：10915)联配(B)为50，期望值(E)为10，M＝5，N＝-4，对两条链进行比较。
BLAST算法也进行两个序列之间的相似性的统计学分析(参见，例如，Karlin和Altschul(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90：5873)。由BLAST算法提供的一种相似性量度是最小合计概率(smallest sum probability，P(N))，其表示两个核苷酸或者氨基酸序列间的匹配将偶然发生的概率。例如，在测试核酸和参考核酸的比较中，如果最小合计概率小于大约0.2，更优选的是在一方面中小于0.01，最优选的是在一方面中小于大约0.001，就认为该核酸与参考序列相似。
一方面，应用基本局域联配搜索工具(“BLAST”)来评价蛋白和核酸序列同源性。具体而言，五个特定的BLAST程序可以用来进行以下的任务：
(1)BLASTP和BLAST3把氨基酸待询序列与蛋白质序列数据库进行比较；
(2)BLASTN把核苷酸待询序列与核苷酸序列数据库进行比较；
(3)BLASTX把待询核苷酸序列(两条链)的六个阅读框架的概念上的翻译产物与蛋白序列数据库进行比较；
(4)TBLASTN把待询蛋白序列与核苷酸序列数据库的所有六个阅读框架(两条链)的翻译结果进行比较；和
(5)TBLASTX把核苷酸待询序列的六个框架的翻译结果与核苷酸序列数据库的六个框架的翻译结果进行比较。
BLAST程序通过确定相似片段来确定同源序列，所述相似片段在此是指在待查询的氨基酸或核酸序列与受测序列之间的“高分片段对(high-scoringsegmentpairs)”，该受测序列一方面从蛋白或者核酸序列数据库得到。高分片段对一方面利用记分矩阵来鉴定(即，联配)，很多的记分矩阵在本领域是已知的。一方面，应用的记分矩阵为BLOSUM62矩阵(Gonnet(1992)，Science 256：1443-1445；Henikoff和Henikoff(1993)，Proteins 17：49-61)。较不优选地，在一方面，也可以应用PAM或者PAM250矩阵(参见如，Schwartz和Dayhoff，eds.，1978，Matricesfor Detecting Distance Relationships：Atlas of protein Sequence and Structure，Washingion：National Biomedical Research Foundation)。BLAST程序通过美国国家医学图书馆(U.S.National Library of Medicine)可以获得。
根据所研究的序列长度和同源性程度，上述算法使用的参数可以被调整。在一些方面，在无用户的指示的情况下，所述参数使用算法所采用的默认参数。
计算机系统和计算机程序产品
本发明提供了计算机、计算机系统、计算机可读取的介质、计算机程序产品以及其上记录或存储了本发明的核酸和多肽序列的类似设备。此外，在实践本发明的方法中，例如，为了确定和鉴定序列同一性(为了确定核酸是否在本发明的范围之内)、结构同源性、基序等等，本发明的核酸或多肽序列可以在可通过计算机读取和访问的任何介质上存储、记录和操作。
正如此处所用，词语“记录”和“存储”指在计算机介质上存储信息的过程。熟练技术人员能容易地采用任何已知方法，在计算机可读取的介质上存储信息，以产生包括本发明的一个或多个核酸和/或多肽序列的产品。正如本文所用，术语“计算机”、“计算机程序”和“处理器”以它们在最广的普通语境中的含义被使用，包括了所有这样的设备，例如下面所详细描述的。特定多肽或蛋白的“编码序列”或“编码特定多肽或蛋白的序列”是指当被置于适当的调控序列的控制下时可被转录和翻译成多肽或蛋白的核酸序列。
本发明的多肽包括本发明的示例性序列和与其基本上相同的序列以及前述序列的任一个的子序列(片段)。一方面，基本上相同的、或同源的多肽序列是指与本发明的示例性序列具有至少50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性(同源性)的多肽序列。
同源性(序列同一性)可以使用本文所描述的计算机程序和参数的任一种进行确定。本发明的核酸或多肽序列可以在可通过计算机读取和访问的任何介质上存储、记录和操作。正如此处所用，词语“记录”和“存储”指在计算机介质上存储信息的过程。熟练技术人员能容易地采用任何目前已知的方法，在计算机可读取的介质上存储信息，以产生包括本发明的一个或多个核酸序列、本发明的一个或多个多肽序列的产品。本发明的另一方面是其上记录有至少2、5、10、15或20或更多个本发明的核酸或多肽序列的计算机可读取介质。
本发明的另一方面是其上记录有本发明的一个或多个核酸序列的计算机可读取介质。本发明的另一方面是其上记录有本发明的一个或多个多肽序列的计算机可读取介质。本发明的另一方面是其上记录有至少2、5、10、15或20或更多个如上面所述的核酸或多肽序列的计算机可读取介质。
计算机可读取介质包括磁性可读取介质、光学可读取介质、电子可读取介质和磁/光学介质。例如，计算机可读取的介质可以是硬盘、软盘、磁带、CD-ROM、数字化视频光盘(DVD)、随机存取存储器(RAM)或只读存储器(ROM)以及
本领域的技术人员已知的其它类型的其它介质。
本发明的方面包括系统(例如基于因特网的系统)，例如计算机系统，它们存储和操纵本文描述的序列信息。计算机系统100的一个实例以框图形式示意性地描述在图1中。正如此处所用，“计算机系统”指硬件部分、软件部分以及数据存储部分，它们用于分析本发明的核酸序列的核苷酸序列或本发明的多肽序列。一方面，计算机系统100包括用于处理、访问和操纵序列数据的处理器。处理器105可以是任何熟知类型的中央处理单元，如来自英特尔公司的奔腾III，或来自Sun、Motorola、Compag、AMD或IBM公司的类似处理器。
一方面，计算机系统100是一个通用的系统，该系统包括处理器105和用于存储数据的一个或多个内部数据存储部件110，以及用于检索数据存储部件上存储的数据的一个或多个数据检索设备。技术人员能容易地意识到，任何一种当前可获得的计算机系统都是合适的。
在一个特定的方面，计算机系统100包括连接到总线上的处理器105，总线连接到主存储器115(在一方面，以RAM来实现)和一个或多个内部数据存储设备110，例如其上已经存储了数据的硬盘驱动器和/或其它计算机可读介质。在一些方面，计算机系统100进一步包括一个或多个数据检索设备118，用于读取在内部数据存储设备110上存储的数据。
数据检索设备118可以是，例如软盘驱动器、压缩磁盘驱动器、磁带驱动器或能连接到远程数据存储系统的调制解调器(例如通过因特网)等等。在一些方面中，内部数据存储设备110是可移动的计算机可读介质，例如含有控制逻辑和/或其上记录的数据的软盘、压缩磁盘、磁带等等。计算机系统100可以有利地包括适当的软件或用适当的软件编程，用于当数据存储部件被插入到数据检索设备中时从数据存储部件读取控制逻辑和/或数据。
计算机系统100包括显示器120，用于给计算机用户显示输出。也应用注意到，计算机系统100可以被连接到网络或广域网中的其它计算机系统125a-c，以便给计算机100提供集中访问。
用于访问和处理本发明的核酸序列的核苷酸或本发明的多肽序列的软件(例如，检索工具、比较工具和建模工具等等)在执行过程中可驻留于主存储器115中。
在一些方面，计算机系统100可以进一步包括序列比较算法，其用于比较存储于计算机可读介质上的本发明核酸序列或本发明多肽序列与存储于计算机可读介质上的参考核苷酸或多肽序列。“序列比较算法”指在计算机系统100上执行(本地或远程)的一种或多种程序，以比较核苷酸序列和数据存储设备中存储的其它核苷酸序列和/或化合物。例如，序列比较算法可以将计算机可读介质上存储的本发明的核酸序列的核苷酸序列或本发明的多肽序列与计算机可读介质上存储的参考序列进行比较，以鉴定同源性或结构基序。
图2是示意性说明过程200的一个方面的流程图，该过程用于将新的核苷酸或蛋白序列与序列数据库进行比较，以便确定新序列和数据库中的序列之间的同源性水平。序列数据库可以是存储于计算机系统100上的个人数据库，或可以通过因特网获得的公共数据库如GENBANK。
过程200在起始状态201开始，然后转到状态202，其中要被比较的新序列被存储于计算机系统100的存储器上。正如上面所讨论的，该存储器可以是任何类型的存储器，包括RAM或内部存储设备。
然后过程200转到状态204，其中打开序列数据库以进行分析和比较。然后过程200转到状态206，其中数据库中存储的第一个序列被读取到计算机的存储器中。然后在状态210进行比较，以确定第一个序列是否与第二个序列相同。重要的是应该注意到，该步骤不限于进行新序列和数据库中第一个序列之间的精确比较。用于比较两个核苷酸或蛋白序列的熟知的方法对于本技术领域的普通技术人员是已知的，即使所述两个核苷酸或蛋白序列不完全相同。例如，可以在一个序列中引入空位，以提高两个测试序列之间的同源性水平。控制空位或其它特征在比较过程中是否被引入到序列中的参数通常由计算机系统的用户输入。
一旦已经在状态210进行两个序列的比较，在决策状态210就要作出两个序列是否相同的判断。当然，术语“相同的”不限于绝对相同的序列。在过程200中，在由用户输入的同源性参数范围内的序列都将被标记为“相同的”。
如果作出两个序列相同的判断，过程200转到状态214，其中来自数据库的序列的名称被显示给用户。该状态通知用户，具有显示的名称的序列满足所输入的同源性限制。一旦所存储序列的名称被显示给用户，过程200转到决策状态218，其中作出数据库中是否存在更多序列的判断。如果数据库中不存在更多的序列，那么过程200在结束状态220终止。然而，如果数据库中确实存在更多的序列，那么过程200转到状态224，其中指针被指向数据库中的下一个序列，以便与新序列进行比较。以这种方式，将新序列与数据库中的每一序列联配并进行比较。
应该注意到，如果已经在决策状态212已经作出了序列不同源的判断，那么过程200将立即转到决策状态218，以便确定用于比较的数据库中的任何其它序列是否可利用。
因此，本发明的一个方面是计算机系统，该系统包括处理器、其上已经存储了本发明核酸序列或本发明的多肽序列的数据存储设备、其上以可检索方式存储了待与本发明的核酸序列或本发明的多肽序列比较的参考核苷酸序列或多肽序列的数据存储设备、以及用于进行比较的序列比较器。该序列比较器可以指出被比较的序列之间的同源性水平，或鉴定上述的本发明的核酸序列的核酸密码或者本发明的多肽序列中的结构基序，或者该比较器可以鉴定与这些核酸密码和多肽密码进行比较的序列中的结构基序。在一些方面中，数据存储设备可以在其上已经存储了至少2、5、10、15、20、25、30或40个或更多个本发明的核酸序列或本发明的多肽序列的序列。
本发明的另一方面是确定本发明的核酸序列或本发明的多肽序列和参考核苷酸序列之间的同源性水平的方法。所述方法包括通过使用确定同源性水平的计算机程序读取核酸密码或多肽密码以及参考核苷酸或多肽序列，以及用该计算机程序确定核酸密码或多肽密码与参考核苷酸或多肽序列之间的同源性水平。所述计算机程序可以是确定同源性水平的许多计算机程序的任何一种，包括本文中具体罗列的那些程序(例如，BLAST2N，具有默认参数或任何调整的参数)。所述方法可以使用上述的计算机系统执行。所述方法还可以如下进行：通过使用所述计算机程序读取至少2、5、10、15、20、25、30或40个或更多个上述的本发明的核酸序列或本发明的多肽序列，以及确定核酸密码或多肽密码与参考核苷酸或多肽序列之间的同源性水平。
图3是示意性说明计算机中实施的过程250的一个方面的流程图，该过程用于确定两个序列是否同源。过程250在起始状态252开始，然后转到状态254，其中要被比较的第一个序列被存储到存储器上。然后要被比较的第二个序列在状态256被存储到存储器上。然后过程250转到状态260，其中读取第一个序列中的第一个字符，然后转到状态262，其中读取第二个序列的第一个字符。应该理解到，如果序列是核苷酸序列，那么字符将通常是A、T、C、G或U。如果序列是蛋白序列，那么字符一方面可以是单字母氨基酸密码，以便第一个序列和第二个序列可以被容易地比较。
然后在决策状态264作出两个字符是否相同的判断。如果它们相同，那么过程250转到状态268，其中第一个和第二个序列中的下一个字符被读取。然后作出该下一个字符是否相同的判断。如果它们相同，那么过程250继续循环，直到两个字符不相同。如果作出的判断是这两个字母不相符，那么过程250转到决策状态274，以确定是否有更多的字符或者序列可以读取。
如果没有可读取的任何更多的字符，那么过程250转到状态276，其中第一个和第二个序列之间的同源性水平被显示给用户。同源性水平通过计算序列之间相同的字符在第一个序列的序列总数中的比例来确定。因此，如果第一个100个核苷酸序列中的每一个字符都与第二个序列中的每一个字符联配，那么同源性水平将是100％。
可以选择地，计算机程序可以是这样的计算机程序，其将本发明所示的核酸序列的核苷酸序列与一个或多个参考核苷酸序列进行比较，以确定本发明的核酸密码是否在一个或多个位置上与参考核酸序列不同。任选地，这样的程序记录，相对于参考多核苷酸序列或者本发明的核酸序列，被插入、删除或取代的核苷酸的长度和身份。一方面，计算机程序可以是确定本发明的核酸序列是否相对于参考核苷酸序列含有单核苷酸多态性(SNP)的程序。
因此，本发明的另一方面是确定本发明的核酸序列是否在一个或多个核苷酸处与参考核苷酸序列不同的方法，所述方法包括通过使用鉴定核酸序列之间的差异的计算机程序读取核酸密码和参考核苷酸序列，并用该计算机程序鉴定核酸密码和参考核苷酸序列之间的差异。在一些方面，计算机程序是鉴定单核苷酸多态性的程序。该方法可以通过上面描述的计算机程序和图3所示意性说明的方法执行。所述方法还可以如下进行：通过使用所述计算机程序读取至少2、5、10、15、20、25、30或40个或更多个本发明核酸序列和参考核苷酸序列，以及用该计算机程序鉴定核酸密码与参考核苷酸序列之间的差异。
在其它方面，基于计算机的系统可以进一步包括鉴定器，其用于鉴定本发明的核酸序列或本发明的多肽序列中的特征。“鉴定器”指在本发明的核酸序列或本发明的多肽序列中鉴定某些特征的一个或多个程序。一方面，鉴定器可以包括在本发明的核酸序列中鉴定开放阅读框(ORF)的程序。
图4是示意性说明鉴定器过程300的一个方面的流程图，即用于检测序列中特征的存在。过程300在起始状态302开始，然后转到状态304，其中将被检查特征的第一个序列存储在计算机系统100的存储器115上。然后过程300转到状态306，其中打开序列特征数据库。这样的数据库包括每一特征的属性以及该特征的名称的列表。例如，特征名称是“起始密码子”，属性是“ATG”。另一个实例是特征名称“TAATAA序列盒”，特征属性是“TAATAA”。这样的数据库的实例由威斯康星大学遗传学计算机组(University of Wisconsin Genetics Computer Group)开发。可以选择地，这些特征可以是结构多肽基序如α螺旋、β折叠，或功能多肽基序如酶活性位点、螺旋-转角-螺旋基序或本技术领域技术人员已知的其它基序。
一旦在状态306打开特征数据库，过程300就转到状态308，其中从数据库读取第一个特征。然后在状态310将第一个特征的属性与第一个序列进行比较。接着在决策状态316作出在第一个序列中是否发现该特征的属性的判断。如果发现了属性，那么过程300转到状态318，其中所发现的特征的名称被显示给用户。
然后，过程300转到决策状态320，其中作出数据库中是否存在更多特征的判断。如果不存在更多特征，那么过程300在结束状态324终止。然而，如果数据库中确实存在更多的特征，那么过程300在状态326读取下一个序列特征，循环回到状态310，其中将下一个特征的属性与第一个序列进行比较。应当注意，如果在决策状态316在第一个序列中没有发现特征属性，那么过程300直接转到决策状态320，以便确定数据库中是否存在更多特征。
因此，本发明的另一方面是鉴定本发明的核酸序列或本发明的多肽序列中的特征的方法，所述方法包括通过使用鉴定其中特征的计算机程序读取核酸密码或多肽密码，并用该计算机程序鉴定核酸密码中的特征。一方面，计算机程序包括鉴定开放阅读框(ORF)的计算机程序。所述方法可以如下进行：通过使用所述计算机程序读取本发明的核酸序列或本发明的多肽序列中的一个序列或至少2、5、10、15、20、25、30或40个或更多个序列，以及用该计算机程序鉴定核酸密码或多肽密码中的特征。
本发明的核酸序列或本发明的多肽序列可以以多种格式在各种数据处理器程序中存储和操作。例如，本发明的核酸序列或本发明的多肽序列可以以文本文件存储在字处理文件中，如Microsoft WORDTM或WORDPERFECTTM，或以ASCII文件存储在本领域技术人员熟悉的各种数据库程序中，例如DB2TM、SYBASETM或ORACLETM。此外，许多计算机程序和数据库可以被用作序列比较算法、鉴定器或与本发明的核酸序列或本发明的多肽序列进行比较的参考核苷酸序列或多肽序列的来源。下面的罗列不意图限制本发明，而是提供对本发明的核酸序列或本发明的多肽序列有用的程序和数据库的指导。
可以使用的程序和数据库，包括但不限于：MACPATTERNTM(EMBL)、DISCOVERYBASETM(Molecular Application Group)、GENEMINETM(MolecularApplication Group)、LOOKTM(Molecular Application Group)、MACLOOKTM(Molecular Application Group)、BLAST和BLAST2(NCBI)、BLASTN和BLASTX(Altschul等人，J.Mol.Biol.215：403，1990)、FASTA(Pearson and Lipman，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，85：2444，1988)、FASTDB(Brutlag等人，Comp.App.Biosci.6：237-245，1990)、CATALYSTTM(Molecular Simulations Inc.)、Catalyst/SHAPETM(Molecular Simulations Inc.)、Cerius2.DBAccessTM(Molecular Simulations Inc.)、HypoGenTM(Molecular Simulations Inc.)、INSIGHT IITM(Molecular SimulationsInc.)、DISCOVERTM(Molecular Simulations Inc.)、CHARMmTM(MolecularSimulations Inc.)、FELIXTM(Molecular Simulations Inc.)、DELPHITM(MolecularSimulations Inc.)、QuanteMMTM(Molecular Simulations Inc.)、Homology(MolecularSimulations Inc.)、MODELERTM(Molecular Simulations Inc.)、ISISTM(MolecularSimulations Inc.)、Quanta/Protein Design(Molecular Simulations Inc.)、WebLab(Molecular Simulations Inc.)、WebLab Diversity Explorer(Molecular SimulationsInc.)、Gene Explorer(Molecular Simulations Inc.)、SeqFold(Molecular SimulationsInc.)、MDL Available Chemicals Directory数据库、MDL Drug Data Report数据库、Comprehensive Medicinal Chemistry数据库、Derwent’s World Drug Index数据库、BioByteMasterFile数据库、Genbank数据库和Genseqn数据库。基于本发明的公开内容，许多其它程序和数据库对于本技术领域的技术人员是显而易见的。
可以用上述程序检测的基序包括：编码亮氨酸拉链的序列、螺旋-转角-螺旋基序、糖基化位点、泛素化位点、α螺旋和β折叠、编码指导被编码的蛋白分泌的信号肽的信号序列、在转录调节中涉及的序列如同源框、酸性伸展物(acidicstretches)、酶活性位点、底物结合位点和酶切割位点。
核酸的杂交
本发明提供了分离的或重组的核酸，这些核酸与本发明的示例性序列(例如SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：9，SEQID NO：11，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：19，SEQID NO：21，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：29，SEQID NO：31，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：35，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：39，SEQID NO：41，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：45，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：49，SEQID NO：51，SEQ ID NO：53，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：59，SEQID NO：61，SEQ ID NO：63，SEQ ID NO：65，SEQ ID NO：67，SEQ ID NO：69，SEQID NO：71，SEQ ID NO：73，SEQ ID NO：75，SEQ ID NO：77，SEQ ID NO：79，SEQID NO：81，SEQ ID NO：83，SEQ ID NO：85，SEQ ID NO：87，SEQ ID NO：89，SEQID NO：91，SEQ ID NO：93，SEQ ID NO：95，SEQ ID NO：97，SEQ ID NO：99，SEQID NO：101，SEQ ID NO：103，SEQ ID NO：105，SEQ ID NO：107，SEQ IDNO：109，SEQ ID NO：111，SEQ ID NO：113，SEQ ID NO：115，SEQ ID NO：117，SEQ IDNO：119，SEQ ID NO：121，SEQ ID NO：123，SEQ ID NO：125，SEQ ID NO：127，SEQID NO：129，SEQ ID NO：131，SEQ ID NO：133，SEQ ID NO：135，SEQ ID NO：137，SEQ ID NO：139，SEQ ID NO：141，SEQ ID NO：143，SEQ ID NO：145，SEQ IDNO：147，SEQ ID NO：149，SEQ ID NO：151，SEQ ID NO：153，SEQ ID NO：155，SEQ ID NO：157，SEQ ID NO：159，SEQ ID NO：161，SEQ ID NO：163或SEQ IDNO：165(也参见表1、2和3、下面的实施例1和4，以及序列表))在严紧条件下杂交。严紧条件可以是高度严紧性条件、中度严紧性条件和/或低度严紧性条件，包括本文描述的高的和降低的严紧性的条件。一方面，正如下面所讨论的，洗涤条件的严紧性提供了决定核酸是否在本发明范围内的条件。
“杂交”指这样一个过程，即，通过该过程核酸链与互补链通过碱基配对而结合。杂交反应可以是灵敏的并且是选择性的，以便感兴趣的特定序列可以被鉴定，甚至在其以低浓度存在的样品中也可以被鉴定。适度的严紧条件(stringentconditions)可以通过，例如预杂交和杂交溶液中盐或甲酰胺的浓度来定义，或者通过杂交温度来定义，这些严紧条件在本技术领域是已知的。在可选的方面，严紧性可以通过降低盐的浓度、增加甲酰胺的浓度或升高杂交温度来增加。在可选择的方面，本发明的核酸通过它们在各种严紧条件(例如强、中等和低严紧条件)下杂交的能力来定义，正如本文所示。
一方面，高度严紧性下的杂交包括在大约37℃到42℃的温度下大约50％的甲酰胺。一方面，杂交条件包括在大约30℃到35℃下在大约35％至25％的甲酰胺中降低的严紧性条件。一方面，杂交条件包括高度严紧性条件，例如，在42℃、在50％甲酰胺、5X SSPE、0.3％SDS中，和200n/ml的剪切和变性鲑精DNA。一方面，杂交条件包括这些降低的严紧性条件，但在降低的温度35℃在35％甲酰胺中。相应于特定的严紧性水平的温度范围可以通过计算目标核酸中的嘌呤嘧啶比并相应调节温度而进一步缩小。上述范围和条件的变化在本领域中是熟知的。
在可以选择的方面中，本发明的核酸，正如通过它们在严紧条件下杂交的能力所定义的，可以在本发明的核酸的大约五个残基到全长之间；例如它们的长度可以是至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、55、60、65、70、75、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000或更多残基。也包括小于全长的核酸。这些核酸可以用作，例如杂交探针、标记探针、PCR寡核苷酸探针、siRNA或miRNA(单链或双链)、反义或编码抗体结合肽(表位)、基序、活性位点的序列以及类似序列。
一方面，本发明的核酸通过它们在高度严紧性下杂交的能力定义，高度严紧性包括在大约37℃到42℃的温度下大约50％的甲酰胺的条件。一方面，本发明的核酸通过它们在降低的严紧性下杂交的能力定义，降低的严紧性包括在大约30℃到35℃在大约35％至25％的甲酰胺中的条件。
可以选择地，本发明的核酸通过它们在高度严紧性下杂交的能力定义，高度严紧性包括的条件为：在42℃、在50％甲酰胺、5X SSPE、0.3％SDS中，和封闭核酸的重复序列，如cot-1或鲑精DNA(例如200n/ml的剪切和变性鲑精DNA)。一方面，本发明的核酸通过它们在降低的严紧性条件下杂交的能力定义，降低的严紧性条件包括在35℃或42℃的降低温度下的35％或40％甲酰胺中。
在核酸杂交反应中，用于得到特定严紧性水平的条件将根据杂交中的核酸的性质变化。例如，所述核酸的杂交区域的长度、互补程度、核苷酸序列组成(例如GC和AT含量)和核酸类型(例如RNA和DNA)可以在选择杂交条件时加以考虑。另外的考虑因素是核酸之一是否被固定，例如固定在滤膜上。
杂交可以在低度严紧性、中度严紧性或高度严紧性的条件下进行。作为核酸杂交的一个实例，含有固定化的变性核酸的聚合物膜首先在45℃在含有如下成分的溶液中预杂交30分钟：0.9M NaCl、50mM NaH2PO4，pH7.0、5.0mM Na2EDTA、0.5％SDS、10X Denhardt’s和0.5mg/ml多核糖腺苷酸。然后在该溶液中加入大约2×107cpm(比活性为4-9×108cpm/ug)的32P末端标记的寡核苷酸探针。在温育12-16小时后，在室温下在含有0.5％SDS的1X SET(150mM NaCl、20mM Tris盐酸，pH7.8、1mM Na2EDTA)中将膜洗涤30分钟，随后，在该寡核苷酸探针的Tm-10℃的温度，在新鲜的1X SET中洗涤30分钟。然后将膜暴露于放射自显影胶片，以检测杂交信号。所有的前述杂交将被认为在高严紧性条件下。
杂交后，洗涤滤膜以除去任何非特异性结合的可检测探针。用于洗涤滤膜的严紧性也可以根据如下方面进行变化：被杂交的核酸的性质、被杂交的核酸的长度、互补程度、核苷酸序列组成(例如GC和AT含量)和核酸类型(例如RNA和DNA)。逐步增高的严紧性条件洗涤的实例如下：2X SSC，0.1％SDS，室温下洗涤15分钟(低度严紧性)；0.1X SSC，0.5％SDS，室温下洗涤30分钟到1小时(中度严紧性)；0.1X SSC，0.5％SDS，杂交温度和68℃之间洗涤15到30分钟(高度严紧性)；和0.15M NaCl，72℃洗涤15分钟(极高严紧性)。最终的低严紧性洗涤可以在0.1X SSC在室温下进行。上述的实例仅仅是可用于洗涤滤膜的一组条件的示例性说明。本领域技术人员将知道，对于不同严紧性的洗涤，可以有多种方案。下面给出了一些其它实例。
一方面，杂交条件包括洗涤步骤，其包括在室温下在含有1X 150mM NaCl、20mM Tris盐酸，pH7.8、1mM Na2EDTA、0.5％SDS的溶液中洗涤30分钟，然后在新鲜溶液中洗涤30分钟。
通过放射自显影或其它常规技术，鉴定已杂交至探针的核酸。
可以对上述方法进行修饰，以鉴定与探针序列具有降低水平的序列同一性(同源性)的核酸。例如，为了获得与可检测的探针具有降低的序列同一性(同源性)的核酸，可以使用较低严紧性的条件。例如，杂交温度可以以5℃的梯度变化从68℃降低到42℃，杂交缓冲液的Na+浓度为大约1M。在杂交后，用2X SSC、0.5％SDS在杂交温度下洗涤滤膜。这些条件在高于50℃被认为是“中度”条件，在低于50℃被认为是“低度”条件。特定实例的“中度”杂交条件是当上述杂交在55℃进行。特定实例的“低度严格性”杂交条件是当上述杂交在45℃进行。
可以选择地，杂交可以在含有甲酰胺的缓冲液如6X SSC中在42℃的温度下进行。在这种情况下，杂交缓冲液中甲酰胺的浓度可以以5％的梯度变化从50％降低到0％，以鉴定与探针具有降低水平的同源性的克隆。在杂交后，用6X SSC、0.5％SDS在50℃洗涤滤膜。这些条件在高于25％的甲酰胺被认为是“中度”条件，在低于25％甲酰胺被认为是“低度”条件。特定实例的“中度”杂交条件是当上述杂交在30％甲酰胺中进行。特定实例的“低度严格性”杂交条件是当上述杂交在10％甲酰胺中进行。
然而，杂交形式的选择不是关键性的——洗涤条件的严紧性是决定核酸是否在本发明范围内的条件。用于鉴定本发明范围内的核酸的洗涤条件包括，例如：在pH7大约0.02M的盐浓度，至少大约50℃或大约55℃到大约60℃的温度；或者在72℃大约0.15M NaCl的盐浓度下大约15分钟；或者在至少大约50℃或大约55℃到大约60℃的温度下大约0.2X SSC的盐浓度下大约15到大约20分钟；或者用溶液将杂交复合物洗涤两次，所述溶液的盐浓度为含有0.1％SDS的大约2XSSC，在室温下洗涤15分钟，然后用含有0.1％SDS的0.1X SSC在68℃洗涤15分钟，洗涤两次；或者等同的条件。参见Sambrook，Tijssen和Ausubel对于SSC缓冲液和等同条件的描述。
这些方法可以被用于分离或鉴定本发明的核酸。例如，前述方法可用于分离或鉴定核酸，所述核酸具有与选自本发明的序列或含有其至少大约10、15、20、25、30、35、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400或500个连续碱基的片段以及其互补序列之一的核酸序列具有至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％或更高的序列同一性(同源性)的序列。序列同一性(同源性)可以使用联配算法来测量。例如，同源多核苷酸可以具有编码序列，该编码序列是本文描述的编码序列之一的天然发生的等位基因变体。当与本发明的核酸比较时，这样的等位基因变体可以具有一个或多个核苷酸的取代、删除或添加。另外，上述的方法可用于分离编码多肽的核酸，所述多肽与本发明的多肽或者包含其至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150个连续氨基酸的片段具有至少大约99％、至少大约95％、至少大约90％、至少大约85％、至少大约80％、至少大约75％、至少大约70％、至少大约65％、至少大约60％、至少大约55％或至少大约50％的序列同一性(同源性)，正如使用序列联配算法(例如FASTA 3.0t78版本算法，参数为默认值)所确定的。
寡核苷酸探针及使用这些寡核苷酸探针的方法
本发明也提供了核酸探针，例如可以用于鉴定、扩增或分离编码具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽的核酸或其片段，或用于鉴定纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的基因。一方面，该探针包括本发明核酸中的至少大约10个连续碱基。可以选择地，本发明的探针可以是如本发明核酸中所示序列的至少大约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、110、120、130、150或大约10到50、大约20到60或大约30到70个连续碱基。这些探针通过结合和/或杂交来鉴定核酸。这些探针可以在本发明的阵列中使用，参见下面的讨论，包括例如毛细管阵列。本发明的探针也可以用于分离其它核酸或多肽。
本发明的分离或重组的核酸、与其互补的序列、或含有本发明的序列之一的至少约10、15、20、25、30、35、40、50、75、100、150、200、300、400或500个连续碱基的片段、或与其互补的序列，也可用作探针，以确定生物样品如土壤样品是否含有具有本发明的核酸序列的生物体或从中可得到所述核酸的生物体。在这样的方法中，获得潜在地具有从中可分离出所述核酸的生物体的生物样品，并从样品中获得核酸。将这些核酸在允许探针与样品中存在的任何互补序列特异性杂交的条件下与探针接触。
在必要的时候，允许探针与互补序列特异性杂交的条件，可以通过将探针与来自样品的互补序列以及对照序列进行接触来确定，所述样品已知含有互补序列，所述对照序列不含有互补序列。杂交条件，如杂交缓冲液的盐浓度、杂交缓冲液的甲酰胺浓度或杂交温度，可以被改变以确定允许探针与互补核酸特异性杂交的条件。
如果该样品含有从中可分离出核酸的生物体，那么探针的特异性杂交被检测到。杂交可以通过用可检测的试剂标记探针来检测，所述可检测的试剂如放射性同位素、荧光染料或能催化可检测产物形成的酶。
使用标记探针来检测样品中互补核酸的存在的许多方法对于本领域技术人员是熟知的。这些方法包括Southern印迹、Northern印迹、集落杂交方法和斑点印迹。这些方法中的每一种方法的方案在Ausubel et al.Current Protocols inMolecular Biology，John Wiley 503 Sons，Inc.(1997)和Sambrook et al，MolecularCloning：A Laboratory Manual 2nd Ed.，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989)中提供。
可以选择地，多于一种的探针(其中至少一种探针能与核酸样品中存在的任何互补序列特异性杂交)可以在扩增反应中使用，以确定样品是否包含含有本发明的核酸的生物体(例如从中可分离出所述核酸的生物体)。一方面，这些探针包括寡核苷酸。一方面，扩增反应可以包括PCR反应。PCR实验方案在在Ausubel和Sambrook，supra中有所描述。可选地，扩增可以包括连接酶链式反应、3SR或链置换反应(见Barany，F.，″The Ligase Chain Reaction in a PCR World″，PCRMethods and Applications 1：5-16，1991；E.Fahy et ah，″Self-sustained SequenceReplication(3SR)：An Isothermal Transcription-based Amplification System Alternativeto PCR″，PCR Methods and Applications 1：25-33，1991；以及Walker G.T.et ah，″Strand Displacement Amplification-an Isothermal in vitro DNA AmplificationTechnique″，Nucleic Acid Research 20：1691-1696，1992)。在这样的方法中，将样品中的核酸与探针接触，进行扩增反应，检测所得到的扩增产物。扩增产物可以通过在反应产物上进行凝胶电泳并用嵌入剂如溴化乙啶染色凝胶来检测。可以选择地，可以用放射性同位素标记一种或多种探针，放射性扩增产物的存在在凝胶电泳后通过放射自显影术来检测。
衍生自本发明核酸的末端附近的序列的探针也可以在染色体步移(chromosome walking)方法中使用，以鉴定含有临近本发明的序列的基因组序列的克隆。这样的方法允许从宿主生物中分离编码额外蛋白的基因。
一方面，本发明的分离或重组的核酸、与其互补的序列、或含有本发明的序列之一的至少10、15、20、25、30、35、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400或500个连续碱基的片段、或与其互补的序列，被用作探针，以鉴定和分离相关的核酸。在一些方面，该相关的核酸可以是来自生物体的cDNA或基因组DNA，这些生物体并不是最初从中分离出所述核酸的生物体。例如，其它生物体可以是相关生物体。在这样的方法中，核酸样品在允许探针与相关序列特异性杂交的条件下与探针接触。然后用上面描述的任意一种方法检测探针与来自相关生物体的核酸的杂交。
通过改变用于鉴定与可检测探针杂交的核酸例如cDNA或基因组DNA的杂交条件的严紧性，可以鉴定并分离与探针具有不同同源性水平的核酸。严紧性通过在低于探针的解链温度的变化温度下进行杂交来改变。解链温度Tm是50％的靶序列与完全互补的探针杂交时的温度(在确定的离子强度和pH下)。选择非常严紧的条件，使其与特定探针的Tm相等，或比Tm低大约5℃。可以使用下述公式计算探针的解链温度：
对于长度在14到70个核苷酸的探针，使用如下公式计算解链温度(Tm)：Tm＝81.5+16.6(log[Na+])+0.41(G+C的比例分数)-(600/N)，其中N是探针的长度。
如果杂交在含有甲酰胺的溶液中进行，解链温度使用如下等式计算：Tm＝81.5+16.6(log[Na+])+0.41(G+C的比例分数)-(0.63％甲酰胺)-(600/N)，其中N是探针的长度。
预杂交在6X SSC、5X Denhardt’s试剂、0.5％SDS、100μg变性的片段化鲑精DNA或6X SSC、5X Denhardt’s试剂、0.5％SDS、100μg变性的片段化鲑精DNA、50％甲酰胺中进行。SSC和Denhardt’s溶液的配方已在Sambrook等，supra中列出。
一方面，杂交通过将可检测探针加入到上面所列出的预杂交溶液中来进行。在探针包括双链DNA的情况下，在加入到杂交溶液之前对探针变性。一方面，将滤膜与杂交溶液接触充足的时间，以允许探针与含有与其互补的序列或与其同源的序列的cDNA或基因组DNA杂交。对于长度超过200个核苷酸的探针，杂交可以在比Tm低15-25℃的温度进行。对于更短的探针，如寡核苷酸探针，杂交在比Tm低5-10℃的温度进行。一方面，6X SSC中的杂交在大约68℃进行。通常，在含有50％甲酰胺的溶液中的杂交是在大约42℃进行的。
抑制纤维素酶的表达
本发明提供了与本发明的核酸例如编码纤维素酶的核酸互补的核酸(例如本发明的核酸的反义序列)，例如包括反义序列、siRNA、miRNA、核酶的核酸。含有反义序列的本分明核酸能抑制编码纤维素酶的基因的转运、剪接或转录。抑制可通过将基因组DNA或信使RNA作为靶标来实现。作为靶标的核酸的转录或功能可以被抑制，例如通过杂交和/或切割。本发明提供的一组示例性的抑制剂包括寡核苷酸，这些寡核苷酸能结合纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶基因或信息，在两种情况下都阻止或抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的产生或功能。结合可通过序列特异性杂交来完成。另一类有用的抑制剂包括引起纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的信息失活或切割的寡核苷酸。该寡核苷酸可具有引起此类切割的酶活性，如核酶。可以对寡核苷酸进行化学修饰，或与能切割互补核酸的酶或组分偶联。可以对许多不同的这样的寡核苷酸的库进行筛选来寻找那些具有期望活性的寡核苷酸。因此，本发明提供了在核酸和/或蛋白水平抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶表达的各种组合物，例如，含有本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶序列的反义序列、siRNA、miRNA和核酶，以及抗纤维素酶抗体，如本发明的抗内切葡聚糖酶抗体、抗纤维二糖水解酶抗体、抗甘露聚糖酶抗体和/或抗β-葡糖苷酶抗体。
纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶表达的抑制可以具有各种工业应用。例如，抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的表达可以减慢或防止变坏。一方面，本发明的抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的表达和/或活性的组合物的使用，例如抗体、反义寡核苷酸、核酶、siRNA和miRNA的使用，被用于减慢或防止变坏。因此，一方面，本发明提供了方法和组合物，包括将本发明的抗体、反义寡核苷酸、核酶、siRNA和miRNA应用于植物或者植物产品(如，谷物、谷粒、果实、种籽、根、叶等)，以阻止或者延缓变坏。这些组分也可以由植物(如，转基因植物)或者其它生物(如，用本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的基因转化的细菌或者其它微生物)表达。
用于抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶表达的本发明的组分(例如，反义序列、iRNA、核酶、抗体)可用作药物组合物，例如，抗病原剂，或用在其它治疗中，例如用作抗微生物剂，如用于沙门氏菌属。
反义寡核苷酸
本发明提供了能结合纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信息的反义寡核苷酸，一方面，其能通过以mRNA作为靶标来抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。设计反义寡核苷酸的策略在科学和专利文献中有很好的描述，技术人员能使用本发明的新试剂设计这样的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶寡核苷酸。例如，筛选有效的反义寡核苷酸的基因步移/RNA作图方法在本技术领域是熟知的，例如参见Ho(2000)Methods Enzymol.314：168-183，该文献描述了RNA作图分析法，该分析法是基于标准的分子技术，以提供用于有效的反义序列选择的一种简单且可靠的方法。也参见Smith(2000)Eur.J.Pharm.Sci.11：191-198。
自然发生的核酸被用作反义寡核苷酸。该反义寡核苷酸可以是任意长度；例如，在可选择的方面，该反义寡核苷酸在大约5到100之间，大约10到80之间，大约15到60之间，大约18到40之间。最适长度可以通过常规筛选来决定。这些反义寡核苷酸可以以任意浓度存在。最适浓度可通过常规筛选来决定。广泛种类的合成的、非天然发生的核苷酸和核酸类似物是已知的，它们可以解决这一潜在的问题。例如，可以使用含有非离子骨架的肽核酸(PNAs)，如含有N-(2-氨基乙基)甘氨酸单元。也可以使用具有硫代磷酸酯键的反义寡核苷酸，正如在如下文献中所描述的：WO 97/03211；WO 96/39154；Mata(1997)Toxicol Appl Pharmacol144：189-197；Antisense Therapeutics，ed.Agrawal(Humana Press，Totowa，N.J.，1996)。正如上面所描述的，本发明提供的具有合成DNA骨架类似物的反义寡核苷酸也可以包括二硫代磷酸酯、甲基膦酸、氨基磷酸酯、烷基磷酸三酯、氨基磺酸酯、3′-硫代乙缩醛、亚甲基(甲基亚氨)、3′-N-氨基甲酸酯和吗啉代氨基甲酸酯核酸。
组合化学方法学可用于产生大量能被快速筛选特异性寡核苷酸的寡核苷酸，所述特异性寡核苷酸对任何靶标具有适当的结合亲和性和特异性，例如本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶正义和反义序列(例如参见Gold(1995)J.，Biol.Chem.270：13581-13584)。
抑制性核酶
本发明提供了能结合纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的信息的核酶。这些核酶能抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性，例如通过以mRNA作为靶标。设计核酶和选择用于靶向的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶特异性反义序列的策略在科学和专利文献中有很好的描述，熟练技术人员能使用本发明的新试剂来设计这样的核酶。核酶通过核酶的靶RNA结合部分来与靶RNA结合，从而发挥作用，核酶的靶RNA结合部分与该RNA上切割靶RNA的酶促部分非常接近。这样，通过互补的碱基配对，核酶识别和结合靶RNA，而且一旦结合于正确的位置，便以酶促活性作用来切割靶RNA和使其失活。如果切割发生在编码序列中，以这样的方式切割靶RNA将会破坏其引导合成编码的蛋白的能力。核酶结合和切割其RNA靶之后，它可以从结合的RNA上释放出来并且重复切割新的靶。
在一些情况下，核酶的酶促性质会优于其它的技术，如反义技术(其中核酸分子仅结合于核酸靶来阻止其转录、翻译或者与其它分子的联系)，因为实现治疗效果所必要的核酶有效浓度可能低于反义寡聚核苷酸的浓度。这一潜在的优点反映出核酶可以以酶促方式进行作用的能力。因此，单个核酶分子可以切割靶RNA的多个分子。一方面，核酶是高度特异性的抑制物，其抑制作用的特异性不仅依赖于碱基配对的结合机制，也依赖于该分子抑制与其结合的RNA的表达的机制。即，所述抑制是由切割靶RNA引起的，因此特异性定义为靶RNA的切割率与非靶RNA的切割率的比值。除了涉及碱基配对的那些因素，这种切割机制还依赖于另外的因素。这样，核酶作用的特异性比结合于同样的RNA位点的反义寡聚核苷酸强。
本发明的核酶，例如，具有酶活的核酶RNA分子，可以形成锤头状基序、发夹基序，如肝炎δ病毒基序、I类内含子基序和/或与RNA引导序列(guidesequence)相联系的RNaseP样RNA。锤头状基序的例子在如Rossi(1992)AidsResearch and Human Retroviruses 8：183中有说明；发夹基序在Hampel(1989)Biochemistry 28：4929和Hampel(1990)Nuc.Acids Res.18：299中有说明；肝炎δ病毒基序在Perrotta(1992)Biochemistry 31：16中有说明；RNaseP基序在Guetrier-Takada(1983)Cell 35：849中有说明；I类内含子在Cech美国专利4,987,071中有说明。这些特定基序的引述并不是限制性的。本领域技术人员将认识到本发明的核酶，如，本发明的有酶活的RNA分子，可以有与一个或者多个靶基因的RNA区域互补的特异性底物结合位点。本发明的核酶可以在底物结合位点内或者其周围具有赋予了该分子RNA切割活性的核苷酸序列。
RNA干扰(RNAi)
在一个方面，本发明提供了被称为“RNAi”分子的RNA抑制性分子，其含有本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶序列。RNAi分子可以包括双链RNA(dsRNA)分子，例如siRNA和/或miRNA。RNAi分子，例如siRNA和/或miRNA，可抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶基因的表达。在一个方面，RNAi分子如siRNA和/或miRNA的长度大约为15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25或更多个核苷酸的双链。本发明不限于任何特殊的作用机制，RNAi可进入细胞中，引起相似或相同序列的单链RNA(ssRNA)的降解，包括内源性mRNA。当细胞暴露于双链RNA(dsRNA)时，来自同源基因的mRNA被称为RNA干扰(RNAi)的过程选择性地降解。RNAi的一个可能的基本机制是将与特定的基因序列匹配的双链RNA(dsRNA)打断成为称为短的干扰RNA的短的碎片，它可触发与其序列匹配的mRNA的降解。在一个方面，本发明的RNAi可用于基因沉默(gene-silencing)疗法中，见，例如Shuey(2002)Drug Discov.Today 7：1040-1046。在一个方面，本发明提供了使用本发明的RNAi如siRNA和/或miRNA选择性降解RNA的方法。该过程可在体外、离体或体内实施。在一个方面，本发明的RNAi分子可用来在细胞、器官或动物中产生丧失功能的突变。制备和应用可选择性降解RNA的RNAi分子如siRNA和/或miRNA的方法在本领域中是为人所熟知的，见，例如美国专利6,506,559；6,511,824；6,515,109；6,489,127。
核酸的修饰——制备本发明的酶变体
本发明提供了产生本发明的核酸的变体的方法，所述本发明的核酸例如那些编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸。这些方法可以被重复或者以多种组合使用，以产生具有与模板核酸编码的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶有所改变的或不同的活性或有所改变的或不同的稳定性的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。这些方法也可以被重复或以多种组合使用，从而例如在基因/信息表达、信息翻译或信息稳定性方面产生变化。另一方面，细胞的遗传组成可以被改变，例如通过同源基因的离体修饰，随后再将其插入到细胞中。
例如，一方面，本发明提供了分离的或重组的核酸，其具有包含SEQ IDNO：163的至少一个核苷酸碱基残基修饰的序列，其中所述修饰包括下列改变的一个或多个：位置265至267的任何一处的核苷酸被修饰为CGT、CGC、CGA、CGG、AGA或AGG；位置307至309的任何一处的核苷酸被修饰为GGT、GGC、GGA或GGG；位置328至330的任何一处的核苷酸被修饰为GGT、GGC、GGA或GGG；位置340至342的任何一处的核苷酸被修饰为TTA、TTG、CTT、CTC、CTA或CTG；位置469至471的任何一处的核苷酸被修饰为TCT、TCC、TCA、TCG、AGT或AGC；位置1441至1443的任何一处的核苷酸被修饰为TTT或TTC；位置1648至1650的任何一处的核苷酸被修饰为AAT或AAC；或者，位置1768至1770的任何一处的核苷酸被修饰为CGT、CGC、CGA、CGG、AGA或AGG。另一方面，本发明提供了分离的或重组的多肽，其具有包含SEQ ID NO：164的至少一个氨基酸残基修饰的序列，其中所述修饰包括下列改变的一个或多个：氨基酸位置89的甲硫氨酸被修饰为精氨酸；氨基酸位置103的苯丙氨酸被修饰为甘氨酸；氨基酸位置110的脯氨酸被修饰为甘氨酸；氨基酸位置114的酪氨酸被修饰为亮氨酸；氨基酸位置157的丙氨酸被修饰为丝氨酸；氨基酸位置481的色氨酸被修饰为苯丙氨酸；氨基酸位置550的脯氨酸被修饰为天冬酰胺；或者，氨基酸位置590的甘氨酸被修饰为精氨酸。
另一方面，本发明提供了分离的或重组的核酸，其具有包含本发明的示例性序列(例如，SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7、SEQID NO：9、SEQ ID NO：11等等)的核苷酸残基序列修饰的序列，其中所述修饰包括下列改变的一个或多个：SEQ ID NO：163的位置265至267的任何一处的相当位置的核苷酸变为CGT、CGC、CGA、CGG、AGA或AGG；SEQ ID NO：163的位置307至309的任何一处的相当位置的核苷酸变为GGT、GGC、GGA或GGG；SEQ ID NO：163的位置328至330的任何一处的相当位置的核苷酸变为GGT、GGC、GGA或GGG；SEQ ID NO：163的位置340至342的任何一处的相当位置的核苷酸变为TTA、TTG、CTT、CTC、CTA或CTG；SEQ ID NO：163的位置469至471的任何一处的相当位置的核苷酸变为TCT、TCC、TCA、TCG、AGT或AGC；SEQ IDNO：163的位置1441至1443的相当位置的核苷酸变为TTT或TTC；SEQ IDNO：163的位置1648至1650的任何一处的相当位置的核苷酸变为AAT或AAC；或者，SEQ ID NO：163的位置1768至1770的任何一处的相当位置的核苷酸变为CGT、CGC、CGA、CGG、AGA或AGG。另一方面，本发明提供了分离的或重组的核酸，其具有包含本发明的任何核酸的核苷酸残基序列修饰的序列，其中所述修饰包括下列改变的一个或多个：SEQ ID NO：163的位置265至267的任何一处的相当位置的核苷酸变为CGT、CGC、CGA、CGG、AGA或AGG；SEQ ID NO：163的位置307至309的任何一处的相当位置的核苷酸变为GGT、GGC、GGA或GGG；SEQ ID NO：163的位置328至330的任何一处的相当位置的核苷酸变为GGT、GGC、GGA或GGG；SEQ ID NO：163的位置340至342的任何一处的相当位置的核苷酸变为TTA、TTG、CTT、CTC、CTA或CTG；SEQ ID NO：163的位置469至471的任何一处的相当位置的核苷酸变为TCT、TCC、TCA、TCG、AGT或AGC；SEQ ID NO：163的位置1441至1443的相当位置的核苷酸变为TTT或TTC；SEQ IDNO：163的位置1648至1650的任何一处的相当位置的核苷酸变为AAT或AAC；或者，SEQ ID NO：163的位置1768至1770的任何一处的相当位置的核苷酸变为CGT、CGC、CGA、CGG、AGA或AGG。
另一方面，本发明提供了分离的或重组的多肽，其具有包含本发明的示例性序列(例如，SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8、SEQID NO：10等等)的氨基酸残基修饰的序列，其中所述修饰包括下列改变的一个或多个：SEQ ID NO：164的氨基酸位置89的甲硫氨酸相当的氨基酸变为精氨酸；SEQID NO：164的氨基酸位置103的苯丙氨酸相当的氨基酸变为甘氨酸；SEQ IDNO：164的氨基酸位置110的脯氨酸相当的氨基酸变为甘氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置114的酪氨酸相当的氨基酸变为亮氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置157的丙氨酸相当的氨基酸变为丝氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置481的色氨酸相当的氨基酸变为苯丙氨酸；SEQ IDNO：164的氨基酸位置550的脯氨酸相当的氨基酸变为天冬酰胺；或者，SEQ ID NO：164的氨基酸位置590的甘氨酸相当的氨基酸变为精氨酸。
另一方面，本发明提供了分离的或重组的多肽，其具有包含本发明的任何多肽的氨基酸残基修饰的序列，其中所述修饰包括下列改变的一个或多个：SEQ IDNO：164的氨基酸位置89的甲硫氨酸相当的氨基酸变为精氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置103的苯丙氨酸相当的氨基酸变为甘氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置110的脯氨酸相当的氨基酸变为甘氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置114的酪氨酸相当的氨基酸变为亮氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置157的丙氨酸相当的氨基酸变为丝氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置481的色氨酸相当的氨基酸变为苯丙氨酸；SEQ ID NO：164的氨基酸位置550的脯氨酸相当的氨基酸变为天冬酰胺；或者，SEQ ID NO：164的氨基酸位置590的甘氨酸相当的氨基酸变为精氨酸。
本发明的核酸可以通过任何方法来改变。例如，随机(random或stochastic)方法、或者非随机、或者“定向进化”的方法，参见如，美国专利6,361,974。基因的随机突变方法在本领域是已知的，参见如，美国专利5,830,696。例如，可以应用突变剂来对基因进行随机突变。突变剂包括，如，紫外线或者γ辐射，或者化学诱变剂，如，丝裂霉素，亚硝酸，光活化的补骨脂内酯，它们单独使用或者组合使用来诱导DNA的断裂，其可以通过重组被修复。另外的化学诱变剂包括，如，亚硫酸氢钠、亚硝酸、羟胺、肼或者甲酸。其它的诱变剂是核苷酸前体的类似物，如，亚硝基胍、5-溴尿嘧啶、2-氨基嘌呤或者吖啶。这些试剂可以加入到PCR反应中替换核苷酸前体，从而突变该序列。也可以应用嵌入试剂如普罗黄素、吖啶黄、奎纳克林和类似物。
可以应用分子生物学上的任何技术，如随机PCR诱变，参见，如，Rice(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：5467-5471；或者组合式多重盒式诱变，参见如，Crameri(1995)Biotechinques 18：194-196。可选择地，核酸，如基因，可以在随机片段化后重新装配，参见，如，美国专利6,291,242；6,287,862；6,287,861；5,955,358；5,830,721；5,824,514，5,811,238；5,605,793.。在可选择的方面，修饰、增加或者删除可以通过易错PCR、改组、寡核苷酸诱导的定点突变、装配PCR、有性PCR诱变、体内诱变、盒式诱变、递归整体诱变、指数整体突变、位点专一性诱变、基因再装配、基因位点饱和诱变(GSSM)、合成连接重装配(SLR)、重组、递归序列重组(recursive sequence recombination)、硫代磷酸酯修饰的DNA诱变、含有尿嘧啶模板的诱变、缺口双重诱变(gapped duplex mutagenesis)、点错配修复诱变(point mismatch repair mutagenesis)、修复缺陷型宿主株诱变、化学诱变、放射诱变、缺失诱变、限制选择诱变(restriction-selection mutagenesis)、限制纯化诱变(restriction-purification mutagenesis)、人工基因合成、整体诱变、嵌合核酸多聚体生成、染色体饱和诱变(CSM)和/或者这些方法和其它方法的组合产生。
以下的出版物描述了可以整入到本发明的方法中的各种递归重组程序和/或方法：Stemmer(1999)“Molecular breeding of viruses for targeting and other clinicalproperties”Tumor Targeting 4：1-4；Ness(1999)Nature Biotechnology 17：893-896；Chang(1999)“Evolution of a cytokine using DNA family shuffling”NatureBiotechnology 17：793-797；Minshull(1999)“Protein evolution by molecular breeding”Current Opinion in Chemical Biology 3：284-290；Christians(1999)“Directed evolutionof thymidine kinase for AZT phosphorylation using DNA family shuffling”NatureBiotechnology 17：259-264；Crameri(1998)“DNA shuffling of a family ofgenes fromdiverse species accelerates directed evolution”Nature 391：288-291；Crameri(1997)“Molecular evolution of an arsenate detoxification pathway by DNA shuffling”NatureBiotechnology 15：436-438；Zhang(1997)“Directed-evolution of an effectivefucosidase from a galactosidase by DNA shuffling and screening”Proc.Natl.Acad.Sci.USA 94：4504-4509；Patten等(1997)“Applications of DNA Shuffling toPharmaceuticals and Vaccines”Current Opinion in Biotechnology 8：724-733；Crameri等(1996)“Construction and evolution of antibody-phage libraries by DNA shuffling”Nature Medicine 2：100-103；Gates等(1996)“Affinity selective isolation of ligandsfrom peptide libraries through display on a lac repressor′headpiece dimer′”Journal ofMolecular Biology 255：373-386；Stemmer(1996)“Sexual PCR andAssembly PCR”In：The Encyclopedia of Molecular Biology.VCH Publishers，New York.447-457页；Crameri和Stemmer(1995)“Combinatorial multiple cassette mutagenesis creates allthe permutations of mutant and wildtype cassettes”BioTechniques 18：194-195；Stemmer等(1995)“Single-step assembly of a gene and entire plasmid form large numbers ofoligodeoxyribonucleotides”Gene，164：49-53；Stemmer(1995)“The Evolution ofMolecular Computation”Science 270：1510；Stemmer(1995)“Searching SequenceSpace”Bio/Technology 13：549-553；Stemmer(1994)“Rapid evolution of a proteinin vitro by DNA shuffling”Nature 370：389-391；和Stemmer(1994)“DNA shufflingby random  fragmentation and reassembly：In vitro recombination for molecularevolution”Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91：10747-10751。
产生多样性的突变方法包括，例如，定点诱变(Ling等.(1997)“Approachesto DNA mutagenesis：an overview”Anal Biochem.254(2)：157-178；Dale等(1996)“Oligonucleotide-directed random mutagenesis using the phosphorothioate method”Methods Mol.Biol.57：369-374；Smith(1 985)“In vitro mutagenesis”Ann.Rev.Genet.19：423-462；Botstein & Shortle(1985)“Strategies and applications of in vitromutagenesis”Science 229：1193-1201；Carter(1986)“Site-directed mutagenesis”Biochem.J.237：1-7；和Kunkel(1 987)“The efficiency of oligonucleotide directedmutagenesis”在Nucleic Acids & Molecular Biology(Eckstein，F.和Lilley，D.M.J.eds.，Springer Verlag，Berlin))；使用含有尿嘧啶的模板的诱变(Kunkel(1985)“Rapidand efficient site-specific mutagenesis without phenotypic selection”Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82：488-492；Kunkel等(1987)“Rapid and efficient site-specific mutagenesiswithout phenotypic selection”Methods in Enzymol.154，367-382；和Bass等(1988)“Mutant Trp repressors with new DNA-binding specificities”Science 242：240-245)；寡核苷酸诱导的定点诱变(Methods in Enzymol.100：468-500(1983)；Methods inEnzymol.154：329-350(1987)；Zoller(1982)“Oligonucleotide-directed mutagenesisusing M13-derived vectors：an efficient and general procedure for the production ofpoint mutations in any DNA fragment”Nucleic Acids Res.10：6487-6500；Zoller &Smith(1983)“Oligonucleotide-directed mutagenesis of DNA fragments cloned intoM13 vectors”Methods in Enzymol.100：468-500和Zoller(1987)Oligonucleotide-directed mutagenesis：a simple method using two oligonucleotideprimers and a single-stranded DNA template”Methods in Enzymol.154：329-350)；硫代磷酸酯修饰的DNA诱变(Taylor(1985)“The use of phosphorothioate-modifiedDNA in restriction enzyme reactions to prepare nicked DNA”Nucl.Acids Res.13：8749-8764；Taylor(1985)“The rapid generation of oligonucleotide-directed mutationsat high frequency using phosphorothioate-modified DNA”Nucl.Acids Res.13：8765-8787(1985)；Nakamaye(1986)“Inhibition of restriction endonuclease NciI cleavage by phosphorothioate groups and its application to oligonucleotide-directedmutagenesis”Nucl.Acids Res.14：9679-9698；Sayers(1988)“Y-T Exonucleases inphosphorothioate-based oligonucleotide-directed mutagenesis”Nucl.Asids Res.16：791-802；和Sayers等(1988)“Strand specific cleavage ofphosphorothioate-containing DNA by reaction with restriction endonucleases in thepresence of ethidium bromide”Nucl.Acids Res.16：803-814)；使用缺口双链体DNA的诱变(Kramer等(1984)“The gapped duplex DNA approach tooligonucleotide-directed mutation construction”Nucl.Acids Res.12：9441-9456；Kramer & Fritz(1987)Methods in Enzymol.“Oligonucleotide-directed construction ofmutations via gapped duplex DNA”154：350-367；Kramer(1988)“Improved enzymaticin vitro reactions in the gapped duplex DNA approach to oligonucleotide-directedconstruction of mutations”Nucl.Acids Res.16：7207；和Fritz(1988)“Oligonucleotide-directed construction of mutations：a gapped duplex DNA procedurewithout enzymatic reactions in vitro”Nucl.Acids Res.16：6987-6999)。
可以用于实践本发明的另外的实验方案包括点错配修复(Kramer(1984)“Point Mismatch Repair”Cell 38：879-887)，应用修复缺陷型宿主株的诱变(Carter等(1985)“Improved oligonucleotide site-directed mutagenesis using M13 vectors”Nucl.Acids Res.13：4431-4443和Carter(1987)“Improved oligonucleotide-directedmutagenesis using M13 vectors”Methods in Enzymol.154：382-403)，缺失诱变(Eghtedarzadeh(1986)“Use of oligonucleotides to generate large deletions”Nucl.Acids Res.14：5115)，限制-选择和限制-纯化(Wells等(1986)“Importance ofhydrogen-bond formation in stabilizing the transition state of subtilisin”Phil.Trans.R.Soc.Lond.A 317：415-423)，通过全基因合成的诱变(Nambiar等(1984)“Totalsynthesis and cloning of a gene coding for the ribonuclease S protein”Science 223：1299-1301；Sakamar和Khorana(1988)“Total synthesis and expression of a gene forthe a-subunit of bovine rod outer segment guanine nucleotide-binding protein(transducin)”Nucl.Acids Res.14：6361-6372；Wells等(1985)“Cassette mutagenesis：an efficient method for generation of multiple mutations at defined sites”Gene34：315-323和Grundstrom等(1985)“Oligonucleotide-directed mutagenesis bymicroscale‘shot-gun’gene synthesis”Nucl.Acids Res.13：3305-3316)，双链断裂修复(Mandecki(1986)，Arnold(1993)“Protein engineering for unusual environments”Current Opinion in Biotechnology 4：450-455.“Oligonucleotide-directed double-strandbreak repair in plasmids of Escherichia coli：a method for site-speciflc mutagenesis”Proc.Natl.Acad.Sci.USA，83：7177-7181)。很多以上的方法的另外的细节在Methods in Enzymology的154卷中有说明，其中也描述了用于解决各种诱变方法中所会遇到的问题的有用策略。
在例如下列的文件中描述了可以用于实践本发明的实验方案，如Stemmer的美国专利5,605,793(1997.2.25)，“Methods for In Vitro Recombination”；Stemmer等的美国专利5,811,238(1998.9.22)“Methods for Generating Polynucleotides havingDesired Characteristics by Iterative Selection and Recombination”；Stemmer等的美国专利5,830,721(1998.11.3)，“DNA Mutagenesis by Random Fragmentation andReassembly”；Stemmer等的美国专利5,834,252(1998.11.10)，“End-ComplementaryPolymerase Reaction”；Minshull等的美国专利5,837,458(1998.11.17)“Methods andCompositions for Cellular and Metabolic Engineering”；WO 95/22625，Stemmer和Crameri，“Mutagenesis by Random Fragmentation and Reassembly”；WO 96/33207，Stemmer和Lipschutz，“End Complementary Polymerase Chain Reaction”；WO97/20078，Stemmer和Crameri的“Methods for Generating Polynucleotides havingDesired Characteristics by Iterative Selection and Recombination”；WO 97/35966，Minshull和Stemmer，“Methods and Compositions for Cellular and MetabolicEngineerin”；WO 99/41402，Punnonen等，“Targeting of Genetic Vaccine Vectors”；WO 99/41383，Punnonen等，“Antigen Library Immunization”；WO 99/41369，Punnonen等，“Genetic Vaccine Vector Engineering”；WO 99/41368，Punnonen等，“Optimization of Immunomodulatory Properties of Genetic Vaccines”；EP 752008，Stemmer和Crameri，“DNA Mutagenesis by Random Fragmentation and Reassembly”；EP 0932670，Stemmer，“Evolving Cellular DNA Uptake by Recursive SequenceRecombination”；WO 99/23107，Stemmer等，“Modification of Virus Tropism andHost Range by Viral Genome Shuffling”；WO 99/21979，Apt等，“HumanPapillomavirus Vectors”；WO 98/31837，del Cardayre等，“Evolution of Whole Cellsand Organisms by Recursive Sequence Recombination”；WO 98/27230，Patten和Stemmer，“Methods and Compositions for Polypeptide Engineering”；WO 98/27230，Stemmer等，“Methods for Optimization of Gene Therapy by Recursive SequenceShuffling and Selection；WO 00/00632，“Methods for Generating Highly DiverseLibraries”；WO 00/09679，“Methods for Obtaining in Vitro Recombined PolynucleotideSequence Banks and Resulting Sequences”；WO 98/42832，Arnold等，“Polynucleotide Sequences Using Random or Defined Primers”；WO 99/29902，Arnold等，“Method for Creating Polynucleotide and Polypeptide Sequences”；WO98/41653，Vind，“An in Vitro Method for Construction of a DNA Library”；WO98/41622，Borchert等，“Method for Constructing a Library Using DNA Shuffling”；以及WO 98/42727，Pati和Zarling，“Sequence Alterations using HomologousRecombination”。
在例如下列的文件中描述了可以用于实践本发明的方案(提供了关于产生不同多样性的方法的细节)，如美国专利申请系列号(USSN)09/407,800，Patten等的“SHUFFLING OF CODONALTERED GENES”，于1999年9月28日提交；del Cardayre等的“EVOLUTION OF WHOLE CELLS AND ORGANISMS BYRECURSIVE SEQUENCE RECOMBINATION”，美国专利6,379,964；Crameri等的“OLIGONUCLEOTIDE MEDIATED NUCLEIC ACID RECOMBINATION”，美国专利6,319,714；6,368,861；6,376,246；6,423,542；6,426,224和PCT/US00/01203；Welch等的“USE OF CODON-VARIED OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS FORSYNTHETIC SHUFFLING”，美国专利6,436,675；Selifonov等的“METHODS FORMAKING CHARACTER STRINGS，POLYNUCLEOTIDES & POLYPEPTIDESHAVING DESIRED CHARACTERISTICS”，2000年1月18日提交，(PCT/US00/01202)和，如Selifonov等的“METHODS FOR MAKINGCHARACTER STRINGS，POLYNUCLEOTIDES & POLYPEPTIDES HAVINGDESIRED CHARACTERISTICS”，2000年7月18日提交，(美国系列号09/618,579)；Selifonov和Stemmer的“METHODS OF POPULATING DATASTRUCTURES FOR USE IN EVOLUTIONARY SIMULATIONS”，2000年1月18日提交(PCT/US00/01138)，和Affholter的“SINGLE-STRANDED NUCLEIC ACIDTEMPLATE-MEDIATED RECOMBINATION AND NUCLEIC ACID FRAGMENTISOLATION”，2000年9月6日提交(美国系列号09/656,549)，和美国专利6,177,263；6,153,410。
非随机或“定向进化”方法包括，例如饱和诱变如基因位点饱和诱变(GSSMTM)、合成连接重装配(SLR)或其组合，它们被用于修饰本发明的核酸，以产生具有新的或改变的特性(例如在高度酸性或碱性条件下的活性，在高温或低温的活性，等等)的纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。由修饰的核酸编码的多肽可以在测试葡聚糖水解或其它活性之前被筛选活性。可以使用任何形式或实验方案，例如使用毛细管阵列平台。例如参见美国专利6,361,974；6,280,926；5,939,250。
基因位点饱和诱变或GSSM
本发明提供了使用基因位点饱和诱变或GSSM制备酶的方法，如在本文中以及美国专利6,171,820和6,579,258所述的。一方面，含有简并N，N，G/T序列的密码子引物被用于将点突变引入多核苷酸中，例如纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶或本发明的抗体，以便产生一组子代多肽，其中在每一氨基酸位置上可表现出全范围的单氨基酸取代，取代发生的位置例如酶活性位点中的氨基酸残基，或将要被修饰的配体结合位点。这些寡核苷酸可以包括相邻的第一同源序列，简并N，N，G/T序列，和任选地第二同源序列。由使用这些寡核苷酸而得到的下游子代翻译产物包含沿着多肽的每一氨基酸位点上的所有可能的氨基酸变化，这是由于N，N，G/T序列的简并性包括了所有20个氨基酸的密码子。一方面，一个这样的简并寡核苷酸(例如包括一个简并N，N，G/T序列盒)被用于使亲本多核苷酸模板中的每一原始密码子进行完全范围的密码子取代。另一方面，使用至少两个简并序列盒，或在相同的寡核苷酸中或不同的寡核苷酸中，用于使亲本多核苷酸模板中的至少两个原始密码子进行完全范围的密码子取代。例如，一个寡核苷酸中可以包含一个以上N，N，G/T序列，以便在多于一个的位点上引入氨基酸突变。这些多个N，N，G/T序列可以直接相邻，或由一个或多个额外的核苷酸序列分隔开。另一方面，用于引入插入和删除的寡核苷酸可以单独使用，或者与含有N，N，G/T序列的密码子组合使用，以便引入氨基酸插入、删除和/或取代的任何排列组合。
一方面，两个或更多个连续氨基酸位置的同时诱变是使用含有相邻N，N，G/T三联体的寡核苷酸进行的，即简并(N，N，G/T)n序列。另一方面，使用与N，N，G/T序列相比具有较低简并性的简并序列盒。例如，在一些情况下，可能期望(例如，在寡核苷酸中)使用仅包括一个N的简并三联体序列，其中所述的N可以在三联体的第一、第二或第三位置上。在该三联体的剩余两个位置上，可以使用包括任意排列组合的任何其它碱基。可以选择地，在一些情况下可能期望使用(例如在寡聚体中)简并N，N，N三联体序列。
一方面，使用简并三联体(例如N，N，G/T三联体)允许在多肽中的每一和每个氨基酸位置上系统且容易地产生完全范围的可能的天然氨基酸(总共20种氨基酸)(在可以选择的方面，这些方法也包括在每一氨基酸残基或密码子、位置产生低于所有可能种类的取代)。例如，对于100个氨基酸的多肽，可以产生2000个不同种类(即每个位置上的20种可能氨基酸×100个氨基酸位置)。通过使用含有简并N，N，G/T三联体的寡核苷酸或一组寡核苷酸，32种不同序列可编码所有20种可能的天然氨基酸。因此，在其中使用至少一种这样的寡核苷酸对亲本多核苷酸序列进行饱和诱变的反应容器中，产生了编码20种不同多肽的32种不同的子代多核苷酸。相反，在定点诱变中使用非简并寡核苷酸在每个反应容器中仅仅导致一种子代多肽。非简并寡核苷酸可以任选地与所公开的简并引物组合使用；例如，非简并寡核苷酸可以被用于在工作多核苷酸中产生特异性点突变。这提供了产生特异性沉默点突变、导致相应的氨基酸变化的点突变、以及导致产生终止密码子和多肽片段的相应表达的手段。
一方面，每一饱和诱变反应容器含有编码至少20种子代多肽(例如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)分子的多核苷酸，以便所有的20种天然氨基酸都会出现在对应于亲本多核苷酸中被诱变的密码子位置的特定氨基酸位置(其它方面使用了少于20个天然的组合)。从每一饱和诱变反应容器产生的32倍简并的子代多肽可以被克隆扩增(例如使用表达载体克隆到合适的宿主中，例如大肠杆菌宿主中)，并进行表达筛选。当单个子代多肽通过筛选鉴定，显示出有利的特性变化时(当与亲本多肽相比时，如在碱性或酸性条件下增高的葡聚糖水解活性)，可以对其测序以鉴定其中所含的相应的有利氨基酸取代。
一方面，如本文所公开的，应用饱和诱变对亲本多肽的各个和所有的氨基酸位置进行诱变后，可以在超过一个的氨基酸位置确定出的有利的氨基酸变化。可以产生一个或多个新的子代分子，其含有所有或部分这些有利的氨基酸取代的组合。例如，如果在多肽的3个氨基酸位置的每一个氨基酸位置处鉴定出2个特异的有利的氨基酸变化，那么出现的排列就包括每一位置上的3种可能性(与原始氨基酸没有变化的可能性，以及两个有利变化中的每一个的可能性)和3个位置。因此，总共有3×3×3或27种可能性，其中包括了先前被检验的7种可能性，即6个单点突变(即三个位置的每一个位置有2个)和在任何位置上没有变化的点突变。
另一方面，位点饱和诱变可以与改组、嵌合、重组和其它诱变方法以及筛选一起使用。本发明提供了以反复的方式使用任何诱变方法，包括饱和诱变。在一个实例中，任何诱变方法的反复使用结合筛选使用。
本发明还提供了使用专有密码子引物(含有简并N，N，N序列)将点突变引入多核苷酸中，以便产生一组子代多肽，其中在每一氨基酸位置上可表现出全范围的单氨基酸取代(基因位点饱和诱变(GSSM))。这些寡聚体包括相邻的第一同源序列，简并N，N，N序列，以及一方面不必须包括第二同源序列。由使用这些寡聚体而得到的下游子代翻译产物包含沿着多肽的每一氨基酸位点上的所有可能的氨基酸变化，这是由于N，N，N序列的简并性包括了所有20个氨基酸的密码子。
一方面，一个这样的简并寡聚体(包括一个简并N，N，N序列盒)被用于使亲本多核苷酸模板中的每一原始密码子进行完全范围的密码子取代。另一方面，使用至少两个简并N，N，N序列盒，或在相同的寡聚体中或不同的寡聚体中，用于使亲本多核苷酸模板中的至少两个原始密码子进行完全范围的密码子取代。因此，一个寡聚体中可以包含一个以上N，N，N序列，以便在多于一个的位点上引入氨基酸突变。这些多个N，N，N序列可以直接相邻，或由一个或多个额外的核苷酸序列分隔开。另一方面，用于引入插入和删除的寡聚体可以单独使用，或者与含有N，N，N序列的密码子组合使用，以便引入氨基酸插入、删除和/或取代的任何排列组合。
一方面，使用含有相邻N，N，N三联体的寡聚体，即简并(N，N，N)n序列，进行两个或更多个连续氨基酸位置的同时诱变是可能的。另一方面，本发明提供了使用与N，N，N序列相比具有较低简并性的简并序列盒。例如，在一些情况下可能期望使用(例如在寡聚体中)仅包括一个N的简并三联体序列，其中所述的N可以在三联体的第一、第二或第三位置上。在三联体的剩余两个位置上，可以使用包括任意排列组合的任何其它碱基。可以选择地，在一些情况下可能期望使用(例如在寡聚体中)简并N，N，N三联体序列、N，N，G/T或N，N，G/C三联体序列。
一方面，由于若干个原因，使用简并三联体(例如N，N，G/T或N，N，G/C三联体序列)是有利的。一方面，本发明提供了在多肽中的每一和每个氨基酸位置上系统且相对容易地产生完全范围的可能的天然氨基酸(总共20种氨基酸)的取代的方法。因此，对于100个氨基酸的多肽，本发明提供了系统且相对容易地产生产生2000个不同种类(即每个位置上的20种可能氨基酸×100个氨基酸位置)的方法。可以理解，通过使用含有简并N，N，G/T或N，N，G/C三联体序列的寡聚体，32种不同序列可编码所有20种可能的天然氨基酸。因此，在其中使用至少一种这样的寡聚体对亲本多核苷酸序列进行饱和诱变的反应容器中，产生了编码20种不同多肽的32种不同的子代多核苷酸。相反，在定点诱变中使用非简并寡聚体在每个反应容器中仅仅导致一种子代多肽。
本发明还提供了非简并寡聚体的使用，其可以任选地与所公开的简并引物组合使用。可以理解，在一些情况中，使用非简并寡聚体在工作多核苷酸中产生特异性点突变是有利的。本发明提供了产生特异性沉默点突变、导致相应的氨基酸变化的点突变、以及导致产生终止密码子和多肽片段的相应表达的手段。
因此，在本发明的一方面，每一饱和诱变反应容器含有编码至少20种子代多肽分子的多核苷酸，以便所有的20种天然氨基酸都会出现在对应于亲本多核苷酸中被诱变的密码子位置的特定氨基酸位置。从每一饱和诱变反应容器产生的32倍简并的子代多肽可以被克隆扩增(例如使用表达载体克隆到合适的大肠杆菌宿主中)，并进行表达筛选。当单个子代多肽通过筛选鉴定，显示出有利的特性变化时(当与亲本多肽相比时)，可以对其测序以鉴定其中所含的相应的有利氨基酸取代。
一方面，如本文所公开的，应用饱和诱变对亲本多肽的各个和所有的氨基酸位置进行诱变后，可以在超过一个的氨基酸位置确定出的有利的氨基酸变化。可以产生一个或多个新的子代分子，其含有所有或部分这些有利的氨基酸取代的组合。例如，如果在多肽的3个氨基酸位置的每一个氨基酸位置处鉴定出2个特异的有利的氨基酸变化，那么出现的排列就包括每一位置上的3种可能性(与原始氨基酸没有变化的可能性，以及两个有利变化中的每一个的可能性)和3个位置。因此，总共有3×3×3或27种可能性，其中包括了先前被检验的7种可能性，即6个单点突变(即三个位置的每一个位置有2个)和在任何位置上没有变化的点突变。
本发明提供了结合另外的诱变方法使用饱和诱变，例如其中两个或更多个相关多核苷酸被引入合适的宿主细胞的方法，以便通过重组和还原性重配产生杂合多核苷酸。
除了沿着基因的全序列进行诱变之外，本发明提供了：诱变可用于取代多核苷酸序列中任意数量的碱基的每一个，其中待被诱变的碱基的数量在一个方面为从15至100,000中的每一个整数。因此，并不是沿着分子诱变每一个位置，可以对每一个或独立数目的碱基(在一个方面为总共15至100,000的亚组)进行诱变。一方面，单独的核苷酸被用于沿着多核苷酸序列诱变每一个位置或一组位置。待被诱变的3个位置可以是密码子。使用诱变引物可以引入突变，该诱变引物含有异源序列盒，也称为诱变序列盒。示例性的序列盒可以具有1至500个碱基。在这样的异源序列盒中每一个核苷酸位置可以是N、A、C、G、T、A/C、A/G、A/T、C/G、C/T、G/T、C/G/T、A/G/T、A/C/T、A/C/G或E，其中E是非A、C、G或T的任何碱基(E可以被称为设计寡聚体(designer oligo))。
一方面，饱和诱变包括诱变有待诱变的限定多核苷酸序列(其中待诱变的序列长度一方面为约15至100,000个碱基)中的一整组诱变序列盒(其中每一个序列盒的长度一方面为约1-500个碱基)。因此，一组突变(从1至100个突变)被引入每一个待诱变的序列盒。在应用一轮饱和诱变的过程中，一组待被引入到一个序列盒的突变可以与第二组待被引入到第二个序列盒的突变不同或相同。这样的分组通过缺失、插入、特定密码子的分组以及特定核苷酸序列盒的分组加以例示。
一方面，待被诱变的限定序列包括全基因、通路、cDNA、整个开放阅读框(ORF)以及整个启动子、增强子、阻抑物/反式激活蛋白、复制原点、内含子、操纵子或任何多核苷酸功能组。通常，为了此目的，“限定序列(defined sequence)”可以是15碱基多核苷酸序列的任何多核苷酸以及长度在15个碱基和15,000个碱基的多核苷酸序列(本发明特别指出中间的每一个整数)。选择密码子分组时的考虑因素包括由简并诱变序列盒编码的氨基酸类型。
一方面，可被引入到诱变序列盒中的突变分组，本发明特别提供了在每一个位置编码2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19和20种氨基酸的简并密码子取代(使用简并寡聚体)以及由此编码的多肽文库。
合成连接重装配(SLR)
本发明提供了非随机的基因修饰系统，命名为“合成连接重装配”或简单地称作“SLR”，这是一种“定向进化方法”，可以产生具有新的或改变的特性的多肽，例如本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶或本发明的抗体。
SLR是将寡核苷酸片段非随机地连接在一起的一种方法。该方法与随机寡核苷酸改组不同的地方在于，核酸构件(building blocks)没有被随意地改组、连接或嵌合，而是被非随机地装配。例如参见美国专利6,773,900；6,740,506；6,713,282；6,635,449；6,605,449；6,537,776。一方面，SLR包括下述步骤：(a)提供模板多核苷酸，其中模板多核苷酸包含编码同源基因的序列；(b)提供多个构件多核苷酸，其中这些构件多核苷酸被设计成可在预定的序列处与模板多核苷酸交换重装配(cross-over reassemble)，所述构件多核苷酸包含作为同源基因变体的序列和与变体序列两侧的模板多核苷酸同源的序列；(c)将构件多核苷酸与模板多核苷酸组合在一起，以便构件多核苷酸与模板多核苷酸交换重装配，以产生包含同源基因序列变异体的多核苷酸。
SLR不依赖于将被重新排列的多核苷酸之间存在高度同源性。因此，该方法可以被用于非随机地产生包括超过10100个不同嵌合体的子代分子的文库(或集合)。SLR可以被用于产生包括超过101000个不同子代嵌合体的文库。因此，本发明的一些方面包括产生一组最终嵌合的核酸分子的非随机方法，所述最终嵌合的核酸分子具有按设计所选择的整个装配次序。该方法包括按设计产生多个特异性核酸构件的步骤，以及装配这些核酸构件的步骤，这样可获得依设计而定的整个装配次序，所述的多个特异性核酸构件具有可被应用的互相相容的可连接末端。
将被装配的核酸构件的互相相容的可连接末端被认为对于这种类型的有序装配是“有用的”，如果它们能使这些构件以预定次序结合。因此，核酸构件可以被偶联的整个装配次序是由可连接末端的设计来确定。如果使用多于一个的装配步骤，那么核酸构件可被偶联的总装配次序也由装配步骤的连续次序来确定。一方面，用酶例如连接酶(例如T4 DNA连接酶)处理退火的结构片段，以实现结构片段的共价结合。
一方面，寡核苷酸构件的设计通过分析一组祖先核酸序列模板来获得，所述祖先核酸模板作为产生最终嵌合的多核苷酸的子代集合的基础。这些亲本寡核苷酸模板因此作为序列信息的来源，它们在将被诱变例如被嵌合或改组的核酸构件的设计中有用。在该方法的一个方面，多个亲本核酸模板的序列被联配，以便选择一个或多个分界点。这些分界点可以位于同源区域，由一个或多个核苷酸构成。这些分界点优选地由至少两个祖先模板共享。从而这些分界点可以被用于描绘将要产生的寡核苷酸构件的边界，以便重排列亲本多核苷酸。在祖先分子中鉴定和选择的分界点作为最终嵌合的子代分子的装配中的潜在嵌合点。分界点可以是由至少两个亲本多核苷酸序列分享的同源区域(包括至少一个同源性核苷酸碱基)。可以选择地，分界点可以是由至少一半的亲本多核苷酸序列分享的同源区域，或者可以是由至少三分之二的亲本多核苷酸序列分享的同源区域。甚至更优选地，有用的分界点是由至少四分之三的亲本多核苷酸序列分享的同源区域，或者可以是由几乎所有的亲本多核苷酸序列分享的同源区域。一方面，分界点是由所有亲本多核苷酸序列分享的同源区域。
一方面，连接再装配过程被彻底地进行，以便产生含有尽量可能多的子代嵌合多核苷酸的文库。换句话说，核酸构件的所有可能的有序组合都呈现在最终嵌合的核酸分子集合中。同时，另一方面，在每一组合中的装配次序(即各个最终嵌合核酸的5’到3序列中每一构件的装配次序)是如上所述地遵循预先的设计(或非随机地)。由于本发明的非随机特性，大大地降低了不需要的副产品的可能性。
另一方面，连接再装配方法被系统地进行。例如，实施该方法，以便产生子代分子的系统区分化的文库，该文库分成能被系统地筛选的数个部分，例如可以逐个地筛选。换句话说，通过选择性的和审慎的应用特定的核酸构件，再加上选择性的和审慎的应用连续的分步骤的装配反应，本发明使得这样一种设计可以实现，即可以在各个反应容器中制备出各自特定的一系列子代产物。这样的设计允许进行系统的检查和筛选步骤。因此，这些方法允许很可能非常大量的子代分子以更小的组被系统地检查。由于其具有以高度变通而又彻底和系统的方式进行嵌合化反应的能力，尤其是当祖先分子之间具有低水平的同源性时，这些方法可以产生包含大量子代分子的文库(或集合)。由于本发明的连接再装配的非随机特性，所产生的子代分子一方面包含有最终嵌合核酸分子的文库，这些核酸分子具有按设计而选择的总装配次序。饱和诱变和优化的定向进化方法也可以被用于产生不同的子代分子种类。应该意识到，本发明在分界点的选择、核酸构件的大小和数量以及偶联的大小和设计方面提供了选择的自由度和可控制性。进一步，应该意识到，就本发明的可操作性而言，对分子间同源性的要求大大地放宽了。事实上，甚至可以在有很少的分子间同源性或没有分子间同源性的区域内选择分界点。例如，由于密码子的摆动，即密码子的简并性，可以将核苷酸取代引入核酸构件，同时又不会改变在相应的祖先模板中最初编码的氨基酸。可以选择地，可以改变密码子，从而改变对原始氨基酸的编码。在本发明中，这样的取代可以被引入到核酸构件中，以便增加分子间同源分界点的发生率，从而使得在构件之间可获得的偶联的数量增加，而这又允许产生更多数量的子代嵌合分子。
合成基因再装配
一方面，本发明提供了非随机的方法，命名为合成基因重装配，其在一定程度上与随机改组相关，只是核酸构件不随机改组、连接或嵌合，而是被非随机地装配。例如参见美国专利6,537,776。
合成基因重装配法不依赖于将被改组的多核苷酸之间存在高度同源性。本发明可以被用于非随机地产生包括超过10100个不同嵌合体的子代分子的文库(或集合)。可以想象地，合成基因重装配可以被用于产生包括超过101000个不同子代嵌合体的文库。
因此，一方面，本发明提供了产生一组最终嵌合的核酸分子的非随机方法，所述最终嵌合的核酸分子具有按设计所选择的整个装配次序，该方法包括按设计产生多个特异性核酸构件的步骤，以及装配这些核酸构件的步骤，这样可获得依设计而定的整个装配次序，所述的多个特异性核酸构件具有可被应用的互相相容的可连接末端。
将被装配的核酸构件的互相相容的可连接末端被认为对于这种类型的有序装配是“有用的”，如果它们能使这些构件以预定次序结合。因此，一方面，核酸构件可以被偶联的整个装配次序是由可连接末端的设计来确定，并且如果使用多于一个的装配步骤，那么核酸构件可被偶联的总装配次序也由装配步骤的连续次序来确定。在本发明的一方面，用酶例如连接酶(例如T4 DNA连接酶)处理退火的结构片段，以实现结构片段的共价结合。
另一方面，核酸构件的设计通过分析一组祖先核酸模板的序列来获得，所述祖先核酸模板作为产生最终嵌合的多核苷酸的子代集合的基础。这些祖先核酸模板因此作为序列信息的来源，它们在将被诱变例如被嵌合或改组的核酸构件的设计中有用。
在一个示例中，本发明提供了相关基因的家族和它们编码的相关产物的家族之间的嵌合。在具体的示例中，编码的产物是酶。根据本文描述的方法，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可以被诱变。
因此，根据本发明的一个方面，多个祖先核酸模板序列(例如本发明的多核苷酸)被联配，以便选择一个或多个分界点，这些分界点可以位于同源区域。这些分界点可以被用于描绘将要产生的寡核苷酸构件的边界。因此，在祖先分子中鉴定和选择的分界点作为子代分子的装配中的潜在嵌合点。
一方面，有用的分界点是由至少两个祖先模板分享的同源区域(包括至少一个同源核苷酸碱基)，但分界点可以是由至少一半的祖先模板、至少三分之二的祖先模板、至少四分之三的祖先模板以及一方面可以是由几乎所有的祖先模板分享的同源区域。甚至仍在一方面，有用的分界点是由所有祖先模板分享的同源区域。
一方面，基因再装配过程被彻底地进行，以便产生含有尽量可能多的文库。换句话说，核酸构件的所有可能的有序组合都呈现在最终嵌合的核酸分子集合中。同时，另一方面，在每一组合中的装配次序(即各个最终嵌合核酸的5’到3序列中每一构件的装配次序)是设计的(或非随机地)。由于本发明的非随机特性，大大地降低了不需要的副产品的可能性。
另一方面，基因再装配过程在所述方法中被系统地进行，以便例如产生子代分子的系统区分化的文库，该文库分成能被系统地筛选的数个部分，例如可以逐个地筛选。换句话说，通过选择性的和审慎的应用特定的核酸构件，再加上选择性的和审慎的应用连续的分步骤的装配反应，本发明使得这样一种设计可以实现，即可以在各个反应容器中制备出各自特定的一系列子代产物。这样的设计允许进行系统的检查和筛选步骤。因此，这些方法允许很可能非常大量的子代分子以更小的组被系统地检查。
由于其具有以高度变通而又彻底和系统的方式进行嵌合化反应的能力，尤其是当祖先分子之间具有低水平的同源性时，本发明可以产生包含大量子代分子的文库(或集合)。由于本发明的基因再装配的非随机特性，所产生的子代分子一方面包含有最终嵌合核酸分子的文库，这些核酸分子具有按设计而选择的总装配次序。在特别的方面，这样的所产生的文库包括大于103至101000种不同的子代分子种类。
一方面，如所述产生的一组最终嵌合的核酸分子包括编码多肽的多核苷酸。根据一方面，该多核苷酸是基因，其可以是人造基因。根据另一方面，该多核苷酸可以是基因通路，其可以是人造基因通路。本发明产生的一种或更多种人造基因在本发明中可以掺入人造基因途径，例如在真核生物体(包括植物)中可操纵的途径。
在另一个示例中，产生构件的步骤的合成属性允许设计和引入核苷酸(例如一个或多个核苷酸，例如可以是密码子或内含子或调控序列)，这些核苷酸随后可以在体外过程中(例如通过诱变)或者在体内过程中(例如通过利用宿主生物体的基因剪接能力)被任选地去除。应该意识到，在许多情况下，除了产生有用的分界点的好处之外，还有许多其它原因也使得可能期望引入这些核苷酸。
因此，根据另一方面，核酸构件在本发明中被用于引入内含子。这样，功能性内含子在本发明中被引入到本发明的人造基因中。功能性内含子在本发明中还可以被引入本发明的人造基因通路中。因此，本发明提供了嵌合多核苷酸的产生，该嵌合多核苷酸是含有一个(或多个)人工引入的内含子的人造基因。
本发明还提供了嵌合多核苷酸的产生，该嵌合多核苷酸是含有一个(或多个)人工引入的内含子的人造基因通路。一方面，人工引入的内含子在一种或多种宿主细胞的基因剪接中发挥作用，其发挥作用的方式与天然发生的内含子在基因剪接中发挥作用的方式在很大程度上是相同的。本发明提供了产生含人造内含子的多核苷酸的方法，该多核苷酸将被引入宿主生物体中，用于重组和/或剪接。
使用本发明产生的人造基因也可作为底物发挥作用，用于与另一核酸重组。同样，使用本发明产生的人造基因途径也可作为底物发挥作用，用于与另一核酸重组。一方面，重组由人造的含内含子基因和作为重组伙伴的核酸之间的同源区域促进，或发生在人造的含内含子基因和作为重组伙伴的核酸之间的同源区域。一方面，重组伙伴也可以是本发明产生的核酸，包括人造基因或人造基因途径。重组可以由人造基中一个(或多个)人工引入的内含子上存在的同源区域促进，或发生在由人造基中一个(或多个)人工引入的内含子上存在的同源区域。
一方面，本发明的合成基因再装配方法使用多种核酸构件，其每一种一方面具有两个可连接末端。在每一个核酸构件上的两个可连接末端可以是两个平端(即，每一个末端具有零个核苷酸的突出)，或者一方面可以是一个平端和一个突出端，或者一方面可以是两个突出端。一方面，用于该目的的一个有用的突出端可以是3′突出端或5′突出端。因此，核酸构件可以具有一个3′突出端或可选地具有一个5′突出端或可选地具有两个3′突出端或可选地具有两个5′突出端。核酸构件被装配来形成最终嵌合的核酸分子的整个装配次序通过有目的试验设计确定并且是非随机的。
一方面，通过化学合成两个单链核酸(也称为单链寡聚体)并使它们接触促以便允许它们退火形成双链核酸构件来生成核酸构件。双链核酸构件可以具有不同的大小。这些构建的大小可以是小的或大的。构件的示例性大小在1碱基对(不包括任何突出端)至100,000碱基对(不包括任何突出端)之间。还提供了其它示例性大小，其具有1bp至10,000bp(包括中间的每一个整数)的下限和1bp至100,000bp(包括中间的每一个整数)的上限。
存在许多方法，通过这些方法，可以产生可用于本发明的双链核酸构件；并且这些方法在本领域中是已知的，且普通技术人员容易进行。根据一个方面，通过首先产生两个单链核酸并使它们退火形成双链核酸构件，从而产生双链核酸构件。双链核酸构件的两条链可以在每个核苷酸处互补，除了形成突出端的任何一个核苷酸；从而除了任何突出端外不含有错配。根据另一方面，双链核酸构件的两条链可以在比除了形成突出端外的每个核苷酸更少的核苷酸处互补。因此，根据一方面，双链核酸构件可用于引入密码子简并性。一方面，使用本文描述的位点饱和诱变，使用一个或多个N，N，G/T序列盒，或者可选地，使用一个或多个N，N，N序列盒，引入密码子简并性。
本发明的体内重组方法可以在未知杂合体或具体多核苷酸或序列的等位物的库上进行盲试。然而，不必须知道所述具体多核苷酸的精确DNA或RNA序列。采用混合基因群内的重组的方法可用于产生任何有用的蛋白质，例如，本发明的纤维素酶或其变体。该方法可用于产生具有改变的特异性或活性的蛋白质。该方法还可以用于产生杂合核酸序列，例如，基因的启动子区、内含子、外显子、增强子序列、3’未翻译区或5’未翻译区。因此，该方法在研究重复DNA序列中也是有用的。最终，该方法可用于制备本发明的核酶或适体。
一方面，本文中描述的发明涉及还原性重配、重组和选择的重复循环应用，其使得可以通过重组实现高度复杂的线性序列例如DNA、RNA或蛋白质的定向分子进化。
优化的定向进化系统
本发明提供了一种非随机的基因修饰系统，命名为“优化的定向进化系统”，其可以用来生产具有新的或者改变的性质的多肽，如本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶或者抗体。一方面，优化的定向进化涉及还原性重配(reductive reassortment)、重组和选择的重复循环应用，其使得可以通过重组实现核酸的定向分子进化。
优化的定向进化允许产生大量的进化出的嵌合序列，其中产生的群体显著地富集了具有预定数目遗传交换事件(crossover events)的序列。遗传交换事件是在嵌合序列中的一个点，在这里，从一个亲本变异体到另一个亲本变异体的序列转换发生。这样的点一般在来自两个亲本的寡聚核苷酸连接在一起形成单个序列的连接处。这一方法允许计算寡聚核苷酸序列的正确浓度，这样，序列的最终嵌合群体富集了选定数目的遗传交换事件。这也提供了对选择具有预定数目的遗传交换事件的嵌合突变体的更多控制。
此外，这一方法与其他系统相比，提供了一种用于探究大数量的可能蛋白变异体的方便手段。以前，例如，如果在反应中产生了1013个嵌合分子，测试这样大数目的嵌合突变体的特定活性将会非常困难。此外，子代群体的相当部分将具有很高数目的遗传交换事件，其中得到的蛋白较不可能具有增高水平的特定活性。通过应用这些方法，嵌合分子的群体可以富集那些含有特定数目的遗传交换事件的变异体。因此，尽管在反应中可以仍然产生1013嵌合分子，但是所选择的用于进一步分析的每一个分子很可能具有，例如，仅仅三个遗传学交换事件。因为得到的子代群体可以偏向于具有预定数目的遗传交换事件，所以嵌合分子之间的功能多样性的范围缩少了。当要计算在最初的亲本多核苷酸中的哪一个寡核苷酸可能影响到特定的性质时，这便提供了更加可控数目的变量。
产生嵌合子代多核苷酸序列的一个方法是产生对应于每一个亲本序列的片段或者部分的寡核苷酸。每一个寡核苷酸一方面包括重叠的独特区域，这样把所述寡核苷酸混合，得到具有以正确顺序装配的每个寡核苷酸片段的新的变异体。可选地，实践本发明的方法的方案可以在美国专利6,773,900；6,740,506；6,713,282；6,635,449；6,605,449；6,537,776；6,361,974中找到。
对应于每一个亲本变异体产生的寡核苷酸数目与在最终产生的嵌合分子中得到的交换的总的数目具有一定的关系。例如，为了发现具有如在高温下的更高活性的嵌合变异体，可以提供三个亲本核苷酸序列变异体来进行连接反应。作为一个例子，对应于每一个亲本变异体的每一部分可以产生总共50个寡核苷酸序列。相应地，在连接再装配过程中，在每一个嵌合序列中就有可能有多达50个交换事件。产生的每一个嵌合多核苷酸都以交替的顺序含有来自各个亲本变异体的寡核苷酸的可能性很低。如果每一个寡核苷酸片段以同样的摩尔量存在于连接反应中，有可能在一些位置上来自同一亲本多核苷酸的寡核苷酸将与相邻的彼此连接，而不导致遗传交换事件。如果在这一例子的任何连接步骤中，来自每一个亲本的每一种寡核苷酸的浓度都保持不变，那么将会有三分之一的机会(假定3个亲本)来自同一个亲本变异体的寡核苷酸连接于嵌合序列内而不产生交换。
因此，可以确定概率密度函数(PDF)，预测在一个连接反应的每一步中可能发生的遗传交换事件的总数，其中给定了一套具有确定数目的亲本变异体、对应于每种变体的寡核苷酸、以及在连接反应的每个步骤中的每种变异体的浓度。在确定PDF中应用到的统计学和数学在下面被描述。通过应用这些方法，可以计算这样的概率密度函数，而且这样就富集了来源于特定连接反应的具有预定数目的遗传交换事件的嵌合子代群体。此外，可以预先确定遗传交换事件的目标数目，然后对该系统进行程序化，以计算在该连接反应的每一个步骤中，每种亲本寡聚核苷酸的起始量，从而得到以遗传交换事件的预先确定的数目为中心的概率密度函数。这些方法涉及还原性重配、重组和选择的重复循环应用，通过重组实现编码多肽的核酸的定向分子进化。该系统允许产生大量的进化出的嵌合序列，其中产生的群体显著地富集了具有预定数目遗传交换事件的序列。遗传交换事件是在嵌合序列中的一个点，在这里，从一个亲本变异体到另一个亲本变异体的序列转换发生。这样的点一般是在两个亲本的寡聚核苷酸连接在一起形成单个序列的连接处。这一方法允许计算寡聚核苷酸序列的正确浓度，这样，序列的最终嵌合群体富集了选定数目的遗传交换事件。这也提供了对选择具有预定数目的遗传交换事件的嵌合突变体的更多控制。
此外，这些方法与其他系统相比，提供了一种用于探究大数量的可能蛋白变异体的方便手段。通过应用在这里描述的方法，嵌合分子的群体可以富集那些含有特定数目的遗传交换事件的变异体。因此，尽管在反应中可以仍然产生1013个嵌合分子，但是所选择的用于进一步分析的每一个分子很可能具有，例如，仅仅三个遗传学交换事件。因为得到的子代群体可以倾向于具有预定数目的遗传交换事件，所以造成嵌合分子之间的功能多样性的界线减少。当计算出在最初的亲本多聚核苷酸中的哪一个可能影响到特定的性质时，便提供了更加可控制的变量。
一方面，该方法通过产生对应于每一个亲本序列的片段或者部分的寡聚核苷酸，产生嵌合子代多核苷酸序列。每一个寡核苷酸优选地包括重叠的独特区域，这样把所述寡聚核苷酸混合，得到具有以正确顺序装配的寡核苷酸片段的新的变异体。也可参见美国专利6,773,900；6,740,506；6,713,282；6,635,449；6,605,449；6,537,776；6,361,974。
确定交换事件
本发明的多个方面包括系统和软件，它们以所需的遗传交换的概率密度函数(PDF)、待再装配的亲本基因的数目以及在再装配中的片段数目作为输入量。该程序输出“片段PDF”，它可以用于确定用于获得重新装配的基因和那些基因的估计的遗传交换PDF的具体方法。在此描述的过程一方面在MATLABTM中进行(The Mathworks，Natick，Massachusetts)，MATLABTM是一种用于技术计算的程序语言和开发环境。
迭代处理
本发明的任何过程可以被迭代重复，例如，可以鉴定出编码本发明的改变的或者新的纤维素酶表型如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，再分离，再修饰，再测试活性。这一过程可以重复直到工程化得到所需的表型。例如，完整的生物化学合成代谢或分解代谢途径可以被工程化到细胞中，例如包括纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的细胞。
类似地，如果确定了某特定寡核苷酸对于所期望的特性(例如新的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶表型)不会造成任何影响，则可以合成包括这段待除去的序列在内的更大的亲本寡核苷酸，从而将这段序列从变量中除去。由于将这段序列合并到更大的序列中，可以避免任何遗传交换事件，所以在子代多核苷酸中，这一序列不再有任何变异。确定哪些寡核苷酸与所需的性质最有关系，以及哪些与所需的性质无关的重复实践可以更有效地探寻所有可能的具有特定性质或者活性的蛋白变异体。
体内改组
在各个方面，分子的体内改组在本发明的方法中使用，提供本发明的多肽的变体，例如本发明的抗体、本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶以及类似物。体内改组可以利用细胞重组多聚体的天然特性进行。尽管体内重组是提供分子多样性的主要天然途径，但遗传重组仍然是一种相对复杂的过程，该过程涉及1)同源性识别；2)链切割，链侵入，和导致产生重组交叉(recombination chiasma)的代谢步骤；和最后3)交叉消除，得到分离的重组分子。交叉的形成需要同源序列的识别。
另一方面，本发明包括一种方法，用于由至少第一多核苷酸和第二多核苷酸获得杂合多核苷酸。本发明也用于产生杂合多核苷酸，通过将共享至少一个部分序列同源的区域的至少第一多核苷酸和第二多核苷酸(例如，一个或两者都是示例性的纤维素酶，例如本发明的内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)引入到合适的宿主细胞中实现。部分序列同源的区域促进了导致产生杂合多核苷酸的序列再组织过程。正如此处所用，术语“杂合多核苷酸”是从本发明的方法产生的任何核苷酸序列，其含有来自至少两个原始多核苷酸序列的序列。这样的杂合多核苷酸可以来自可促进DNA分子间序列整合的分子间重组事件。此外，这样的杂合多核苷酸可以来自于分子内还原重配过程，该过程利用重复序列来改变DNA分子内的核苷酸序列。
一方面，体内重装配集中在“分子间”的过程上，统称为“重组”；在细菌中，它一般被视为是“RecA-依赖”的现象。本发明可以依赖于宿主细胞的重组过程来重组和重装配序列，或者依赖于细胞介导还原过程的能力，通过缺失来减少细胞中的准-重复序列的复杂性。该“还原性重配”过程通过“分子内的”、RecA-依赖过程而发生。
在本发明的另一方面，通过还原性重装配过程，产生新型的多核苷酸。该方法包括产生含有连续序列(起始的编码序列)的构建物，它们插入到合适的载体中，并且然后将它们引入到合适的宿主细胞。单个分子同一性的重装配通过在构建物中具有同源性区域的连续序列间的组合过程，或者准-重复单位间的组合过程而发生。重装配过程重组和/或降低重复序列的复杂性和程度，并且导致产生新型的分子种类。可以应用各种处理来提高重装配效率。这些处理包括用紫外光，或者损坏DNA的化学试剂处理，和/或使用表现增高水平的“遗传不稳定性”的宿主细胞系。因此，这样的重装配过程可以涉及同源重组或者准-重复序列指导它们自身进化的天然特性。
重复或者“准重复(quasi-repeated)”序列在遗传不稳定性中起作用。一方面，“准重复”是并不限于它们起初的单元结构的重复。准重复单元可以在构建物中以序列的排列出现；以相似序列的连续单元出现。一旦连接，在连续序列之间的连接处变得基本上无形，并且得到的构建物的准重复性质在分子水平现在是连续的。细胞在准重复序列之间进行的缺失过程降低了得到的构建物的复杂性。准重复单位提供了一个实际上没有限制的模板内容，在模板上可以发生滑移事件。一方面，含有准重复的构建物有效地提供了足够的分子弹性，缺失(和潜在的插入)事件实际上可以在准重复单元内的任何地方发生。
当准重复序列全部以相同方向连接，例如，头对尾或者反之亦然，细胞就不能区别各个单元。因此，还原过程可以在整个序列中发生。相反地，例如，当所述单元以头对头存在，而不是头对尾，相邻单元的头尾倒置，这样缺失的形成将有利于不连续单元的失去。因此，优选地，待重装配序列是处于相同的方向。准重复序列的随机定向将会导致重装配效率的损失，而序列的一致定向将会为序列的定向提供最高的效率。然而，虽然具有较少的相同方向的连续序列会降低效率，但是仍然可以为新型分子的有效回收提供足够的弹性。用定向相同以允许更高效率的准重复序列制备构建物。
应用各种方法中的任何一种，可以将序列装配成头对尾的定向，包括以下方法：
a)可以使用包括poly-A头和poly-T尾的引物，当制成单链时，包括poly-A头和poly-T尾的引物将提供定向。这通过具有由RNA制备引物的头几个碱基来完成，而且随后用RNaseH可以很容易去除RNA。
b)可以应用包括独特的限制酶切割位点的引物。这需要多个位点、一组独特的序列、和重复的合成和连接步骤。
c)引物的内部几个碱基可以被硫醇化，并且用外切酶来产生合适的具有尾巴的分子。
一方面，重装配序列的回收依赖于具有下降的重复指数(RI)的克隆载体的确定。被重装配的编码序列可以随后通过扩增回收。产物被再克隆和表达。具有降低的RI的克隆载体的回收可以这样被完成，即：
1)应用仅仅当构建物的复杂性下降时才能稳定地维持的载体。
2)通过物理程序对缩短的载体进行物理回收。在这一情况下，克隆载体将应用标准的质粒分离程序进行回收，或者在具有低分子量截留的琼脂糖凝胶或者柱子上利用标准程序进行大小分离。
3)插入物的大小下降时，对含有可以选择的断裂基因的载体进行回收。
4)应用表达载体以及适当的选择，使用定向选择技术。
相关的生物体的编码序列(例如，基因)可以表现出高度的同源性，并且编码相当多样化的蛋白产物。这些类型的序列特别可作为准重复序列用在本发明中。然而，尽管下面所描述的例子证明了几乎相同的起始编码序列(准-重复)的再装配，这一过程并不限于这种几乎相同的重复。
下面的例子展示了本发明的示例性方法。描述了来自三个(3)独特种的编码性核酸序列(准-重复)。每一序列编码具有一套不同特征的蛋白质。每一个序列在序列的唯一位置只有一个或者几个碱基对的不同。准-重复序列分别地或者共同被扩增并且被连接到随机的装配体中，以便所有可能的排列和组合可以在连接的分子群体中获得。准-重复单位的数目可以通过装配条件来控制。在构建物中，准-重复单位的平均数目通过重复指数(RI)来定义。
一旦形成，构建物可以，或不必按照出版的方法通过琼脂糖凝胶来按大小分离，插入到克隆载体，并且转染到合适的宿主细胞中。然后细胞进行繁殖，并且进行“还原性重装配”。如果需要，还原性重装配过程的速率可以通过引入DNA损伤来刺激。RI的降低是通过一种“分子内”的机制在重复序列间形成缺失来介导，还是通过“分子间”的机制由类似重组的事件来介导是不重要的。最终的结果是分子被重装配，得到所有可能的组合。
任选地，本方法包括一个额外的步骤，即对改组的文库成员进行筛选，以确定个别的改组文库成员，其具有与一种预定的大分子如蛋白质受体、寡糖、病毒颗粒或者其它的预定的化合物或者结构结合或者不同方式地相互作用，或者催化特定的反应(如，酶的催化结构域)的能力。
从这样的文库所鉴定得到的多肽可以用于治疗、诊断、研究和相关目的(例如，催化剂，用于增加水溶液的渗透性的溶质等等)和/或可以进行改组和/或选择的一个或者多个另外的循环。
在另一方面，可以预见，在重组或重装配之前，或者在重组或重装配的过程中，通过本发明的方法产生的多核苷酸可以用试剂处理或进行加工，这些处理或加工促进突变引入到原始的多核苷酸中。引入这样的突变将会增加得到的杂合多核苷酸及由其编码的多肽的多样性。促进诱变的试剂和过程可以包括，但不限于：(+)-CC-1065，或者合成的类似物如(+)-CC-1065-(N3-腺嘌呤)(参见Sun和Hurley，(1992)；能够抑制DNA合成的N-乙酰化或者脱乙酰基的4’-氟-4-氨基联苯加合物(见，例如，van de Poll等(1992))，或者能够抑制DNA合成的N-乙酰化或者脱乙酰基的4-氨基联苯加合物(也见，van de Poll等(1992)，751-758页)；三价铬、三价铬的盐、可以抑制DNA复制的多环芳香烃(PAH)DNA加合物，如7-溴甲基-苯[a]蒽(“BMA”)、三(2，3-二溴丙基)磷酸盐(“Tris-BP”)、1，2-二溴-3-氯丙烷(“DBCP”)、2-溴丙烯醛(2BA)、苯并[a]芘-7，8-二氢二醇-9-10-环氧化物(“BPDE”)、铂(II)卤素盐、N-羟基-2-氨基-3-甲基咪唑[4，5-f]-喹啉(“N-羟基-IQ”)、和N-羟基-2-氨基-1-甲基-6-苯基咪唑[4，5-f]-吡啶(“N-羟基-PhIP”)。用于减慢或者停止PCR扩增的示例性方法由紫外线(+)-CC-1065和(+)-CC-1065-(N3-腺嘌呤)组成。特别包含的方法是DNA加合物或者来自多核苷酸或者多核苷酸库的含有DNA加合物的多核苷酸，在进一步的处理前，其可以通过包括加热含有所述多核苷酸的溶液的过程进行释放或者去除。
另一方面，本发明涉及产生具有生物活性的重组蛋白，其通过在根据本发明产生杂合或再装配多核苷酸的条件下处理含有编码野生型蛋白的双链模板多核苷酸的样品。
产生序列变异体
本发明也提供了用于产生本发明核酸(例如纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)序列的序列变异体的其它方法。本发明也提供了使用本发明的核酸和多肽分离纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的其它方法。一方面，本发明提供了本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶编码序列(例如基因、cDNA或信息)的变异体，这些变异体可以通过任何方法来产生，如上所描述，例如包括随意或随机方法、或非随机或“定向进化”方法。
被分离的变异体可以是天然发生的。变异体也可以在体外产生。变异体也可以应用基因工程技术来产生，如定点诱变、随机的化学诱变、核酸外切酶III缺失方法和标准的克隆技术。可选择地，可以应用化学合成或者修饰方法来产生这样的变异体、片段、类似物或者衍生物。本领域技术人员也熟悉制备变异体的其它方法。这些方法包括这样的程序，其中，从天然分离物中获得的核酸序列经过修饰而产生编码具有某些特征的多肽的核酸，所述的特征使这些多肽在工业或者实验室应用中具有更高的价值。在这样的程序中，大量的变异体序列被获得和表征，这些变异体序列与从天然分离物中得到的序列相比，有一个或者多个核苷酸的差异。这些核苷酸的差异可能引起相对于天然分离得到的核酸序列编码的多肽的氨基酸变化。
例如，变异体可以通过易错PCR产生。在易错PCR的一个方面中，PCR在DNA聚合酶的复制保真性较低的情况下进行，这样便在全长的PCR产物中得到较高的点突变率。易错PCR在例如，Leung，D.W.，等，Technique，1：11～15，1989和Caldwell，R.C.和Joyce G.F.，PCR Methods Applic.，2：28-33，1992中描述。简要地说，在这样的程序中，待诱变的核酸与PCR引物、反应缓冲液、MgCl2、MnCl2、Taq聚合酶以及适当浓度的dNTP混合，在全长的PCR产物中得到高的点突变率。例如，反应可以使用20fmol待诱变的核酸进行，每种PCR引物30pmol，反应缓冲液包括50mM KCl、10mM Tris HCl(pH8.3)和0.01％明胶、7mM的MgCl2、0.5mM MnCl2、5 units的Taq聚合酶、0.2mM dGTP、0.2mM dATP、1mM dCTP和1mM dTTP。PCR可以进行30个循环，每个循环为94℃1分钟；45℃1分钟；和72℃1分钟。然而，应该意识到，这些参数可以适当地变化。诱变的核酸克隆到一个适当的载体，并评价由诱变核酸编码的多肽的活性。
一方面，变异体也可以用寡核苷酸诱导的定向突变产生，在任何感兴趣的克隆DNA中产生位点特异性的突变。寡核苷酸诱变在，例如，Reidhaar-Olson(1988)Science 241：53-57中描述。简要地说，在这样的程序中，合成多个具有将要被导入被克隆的DNA中的一个或多个突变的双链寡聚核苷酸，将这些寡聚核苷酸插入到待诱变的克隆DNA中。一方面，回收含有诱变DNA的克隆，表达，并评估它们编码的多肽的活性。
另一种产生变异体的方法是装配PCR。装配PCR涉及由小DNA片段的混合物来装配PCR产物。大量不同的PCR反应在相同的容器中平行地发生，一个反应的产物引发另一个反应的产物。装配PCR已经被描述，例如在美国专利5,965,408中。
一方面，有性PCR诱变是产生本发明的变异体的示例性方法。在有性PCR诱变的一个方面中，由于基于序列同源性的DNA分子随机片段化，在不同的但是高度相关的DNA序列的DNA分子之间，在体外强行发生同源重组，然后通过PCR反应的引物延伸，遗传交换得到固定。有性PCR诱变在，例如，Stemmer(1994)Proc.Natl.Asad.Sci.USA 91：10747-10751中描述。简要地说，在这样的程序中，多个待重组的核酸用DNase消化，产生具有50到200个核苷酸的平均大小的片段。纯化具有所需的平均大小的片段，重悬于PCR混合物中。在有利于核酸片段重组的条件下进行PCR反应。例如，PCR可以这样进行：将纯化的片段重悬于含有0.2mM的各种dNTP、2.2mM MgCl2、50mM KCl、10mM的Tris-HCl，pH9.0以及0.1％的Triton X-100的溶液中，其浓度为10-30ng/μl。以100∶1的比例在反应混合物中加入2.5Units的Taq聚合酶，用以下的条件进行PCR：94℃ 60秒，94℃30秒，50-55℃30秒，72℃30秒(30-45次)，然后72℃进行5分钟。然而，可以意识到，这些参数可以进行适当的变化。在一些方面，寡聚核苷酸可以被包括在该PCR反应中。在其它方面，DNA聚合酶I的Klenow片段可以用于第一轮PCR反应，而Taq聚合酶可以用于后续的PCR反应。重组序列被分离，并评估它们编码的多肽的活性。
一方面，变异体也可以通过体内诱变产生。在一些方面，感兴趣的序列中的随机突变通过在细菌菌株中增殖该感兴趣的序列而产生，所述细菌菌株例如在一个或者多个DNA修复途径中具有突变的大肠杆菌菌株。这样的“突变”菌株具有比野生型亲本更高的随机突变率。在一种这样的菌株中进行DNA的繁殖，最终可产生DNA中的随机突变。适于在体内诱变中应用的突变菌株在，例如，PCT公开号WO 91/16427中有描述，其在1991年10月31日公开，题目为“Methods forPhenotype Creation from Multiple Gene Populations”。
变异体也可以通过应用盒式诱变产生。在盒式诱变中，双链DNA分子的一个小的区域被不同于天然序列的合成的寡核苷酸“盒”替代。所述寡核苷酸一般含有完全和/或部分随机的天然序列。
递归整体诱变也可以用于产生变异体。递归整体诱变是一种用于蛋白质工程(蛋白诱变)的算法，它的开发是为了产生表型相关的突变体组成的多样性群体，其成员在氨基酸序列上有所不同。该方法应用反馈机制来控制连续多轮的组合式盒式诱变。递归整体诱变在如Aikin(1992)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89：7811-7815中有描述。
在一些方面，用指数整体诱变产生变异体。指数整体诱变是一个用于产生具有较高百分比的独特且具功能性的突变体的组合文库的过程，其中少部分的残基被随机化，同时在每一个被改变的位置确认导致功能性蛋白的氨基酸。指数整体诱变在如，Delegrave(1993)Biotechnology Res.11：1548-1552中有描述。随机和定点诱变在如，Amold(1993)Current Opinion in Biotechnology 4：450-455中有描述。
在一些方面，变异体利用改组方法产生，其中编码不同的多肽的多个核酸的部分被融合在一起，产生编码嵌合多肽的嵌合核酸序列，其描述见美国专利5,965,408，其提交于1996年7月9日，题为“Method of DNA Reassembly byInterrupting Synthesis”；以及美国专利5,939,250，其提交于1996年5月22日，题为″Production of Enzymes Having Desired Activities by Mutagenesis。
本发明的多肽的变异体可以是这样的变异体，其中本发明的多肽的一个或多个氨基酸残基被保守或非保守氨基酸残基(一方面，保守氨基酸残基)取代，这样取代的氨基酸残基可以是由遗传密码编码或不被其编码的氨基酸。
一方面，保守取代是那些在多肽中一个给定的氨基酸被另一个具有类似特性的氨基酸取代的取代。一方面，本发明的保守取代包括下列的取代：脂肪族氨基酸如丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸用另一个脂肪族氨基酸取代；丝氨酸用苏氨酸取代，或苏氨酸用丝氨酸取代；酸性残基如天冬氨酸和谷氨酸用另一个酸性残基取代；具有酰胺基因的残基，如天冬酰胺和谷氨酰胺用另一个具有酰胺基因的残基取代；碱性残基如赖氨酸和精氨酸用另一个碱性残基来交换；芳香族残基如苯丙氨酸、酪氨酸用另一个芳香族残基取代。
其它变异体是那些在本发明的多肽的一个或多个氨基酸残基中包含有取代基团的变异体。一方面，其它变异体是那些在其中多肽与别的化合物联接的变异体，所述化合物例如增加多肽的半衰期的化合物(例如聚乙二醇)。其它变异体是那些在其中额外的氨基酸被融合到多肽上的变异体，额外的氨基酸例如前导序列、分泌序列、蛋白原序列(proprotein sequence)或有助于多肽的纯化、富集或稳定的序列。
在一些方面，片段、衍生物和类似物保持了与本发明的多肽的相同的生物功能或活性。在其它方面，片段、衍生物或类似物包括蛋白原，这样，变异体、片段、衍生物或类似物可以通过蛋白原部分的切割来激活，以产生活性多肽。
优化密码子以便在宿主细胞中获得高水平的蛋白表达
本发明提供了修饰编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸来改变(例如，优化)密码子使用的方法。一方面，本发明提供了修饰编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸中的密码子来增加或者降低其在宿主细胞中的表达的方法。本发明也提供了编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸，该核酸经过修饰从而其在宿主细胞中的表达增加，例如，经过这样的修饰的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，以及制备修饰的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的方法。该方法包括鉴定编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸中的“非优选的”或“较不优选的”密码子，并且用编码相同氨基酸的“优选密码子”作为替换密码子替换一个或者多个这些非优选或者较不优选的密码子，并且在所述核酸中至少一个非优选或较不优选的密码子被编码相同氨基酸的优选密码子替换。优选密码子是在宿主细胞基因的编码序列中被较多使用的密码子，而不优选的或者较不优选的密码子是指在宿主细胞基因的编码序列中较少使用的密码子。
用于表达本发明的核酸、表达序列盒以及载体的宿主细胞包括细菌、酵母、真菌、植物细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞(参见上面的讨论)。因此，本发明提供了在所有这些细胞中优化密码子使用的方法、密码子被改变的核酸，以及由所述的密码子被改变的核酸编码的多肽。示例性的宿主细胞包括革兰氏阴性细菌，如大肠杆菌(Escherichia coli)；革兰氏阳性细菌，如链霉菌属(Streptomyces sp.)、加氏乳酸杆菌(Lactobacillus gasseri)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)、乳脂乳球菌(Lactococcus cremoris)、枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)、仙人掌杆菌(Bacilluscereus)。示例性的宿主细胞也包括真核生物体，如，各种酵母，如酵母菌属(Saccharomyces sp.)，包括酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、粟酒裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)、毕赤酵母(Pichia pastoris)和乳酸克鲁维酵母(Kluyveromyces lactis)、多形汉森酵母(Hansenula polymorpha)、黑曲霉(Aspergillusniger)和哺乳动物细胞和细胞系以及昆虫细胞和细胞系。因此，本发明也包括在这些生物体和物种中表达被优化的核酸和多肽。
例如，从细菌细胞中分离出的编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸的密码子被修饰，以便该核酸在不同于获得该纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的细菌的细胞，如酵母、真菌、植物细胞、昆虫细胞或者哺乳动物细胞中被最优化地表达。优化密码子的方法在本领域是已知的，参见如，美国专利5,795,737；Baca(2000)Int.J.Parasitol.30：113-118；Hale(1998)Protein Expr.Purif.12：185-188；Narum(2001)Inect.Immun.69：7250-7253。也参见Narum(2001)Infect.Immun.69：7250-7253，描述了在小鼠系统中优化密码子；Outchkourov(2002)Protein Expr.Purif.24：18-24，描述了在酵母中优化密码子；Feng(2000)Biochemistry 39：15399-15409，描述了在大肠杆菌中优化密码子；Humphreys(2000)Protein Expr.Purif20：252-264，描述了大肠杆菌中影响分泌的优化的密码子使用。
转基因非人动物
本发明提供了转基因非人动物，其包含本发明的核酸、多肽(例如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)、表达序列盒或载体或转染细胞或转化细胞。本发明也提供了产生和应用这些转基因非人动物的方法。
转基因非人类动物可以是，例如包含本发明的核酸的狗、山羊、兔、绵羊、猪(包括所有的猪(swine)、公猪和相关动物)、牛、大鼠和小鼠。这些动物可以用作例如体内模型来研究纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性，或者作为模型来在体内筛选改变纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性的试剂。要在转基因非人动物中表达的多肽的编码序列可以设计为组成型的，或者在组织特异性、发育特异性或者可诱导的转录调控因子的控制之下。
转基因非人动物可以应用本领域任何已知的方法设计和产生；参见，如，美国专利6,211,428；6,187,992；6,156,952；6,118,044；6,111,166；6,107,541；5,959,171；5,922,854；5,892,070；5,880,327；5,891,698；5,639,940；5,573,933；5,387,742；5,087,571，它们描述了制造和应用转化的细胞和卵以及转基因小鼠、大鼠、兔、羊、猪和牛。也参见，如，Pollock(1999)J.Immunol.Methods 231：147-157，描述了在转基因奶牛动物的乳汁中生产重组蛋白；Baguisi(1999)Nat.Biotechnol.17：456-461，描述了转基因山羊的产生。美国专利6,211,428，描述了制备和应用在其脑中表达含有DNA序列的核酸构建物的转基因非人哺乳动物。美国专利5,387,742，描述了把克隆的重组子或者合成的DNA序列注射至小鼠受精卵中，移植注射的卵至假孕的雌鼠中，并生长成为转基因鼠，它的细胞表达与阿尔茨海默氏病的病理相关的蛋白。美国专利6,187,992，描述了制备和应用转基因小鼠。
“基因敲除动物”也可以被用于实践本发明的方法。例如，一方面，本发明的转基因或修饰动物包括“基因敲除动物”，例如“基因敲除小鼠”，其被进行了遗传工程以至于不表达内源基因，该基因被表达本发明纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的基因或包含有本发明纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的融合蛋白的基因代替。
转基因植物和种子
本发明提供了转基因植物和种子，其包含本发明的核酸、多肽(例如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)、表达序列盒或载体或转染或转化的细胞。本发明也提供了包含本发明的核酸和/或多肽(例如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)的植物产品，例如油、种子、叶、提取物和类似物。转基因植物可以是双子叶(双子叶植物)或单子叶的(单子叶植物)。本发明也提供了制备和应用这些转基因植物和种子的方法。表达本发明的多肽的转基因植物或者植物细胞可以按照本领域任何已知的方法构建。参见例如，美国专利6,309,872。
本发明的核酸和表达构建物可以通过任何方式导入到植物细胞中。例如，核酸或者表达构建物可以导入到所希望的植物宿主的基因组中，或者，核酸或表达构建物可以是附加体。可以导入到所希望的植物的基因组中，这样，宿主的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的产生被内源性的转录或者翻译控制元件调控。本发明也提供了“基因敲除植物”，其中例如同源重组导致的基因序列插入破坏了内源性基因的表达。产生“基因敲除”植物的方法在本领域是属知的，参见，如，Strepp(1998)Proc Natl.Acad.Sci.USA 95：4368-4373；Miao(1995)Plant J 7：359-365。参见下面的转基因植物的讨论。
本发明的核酸可以用来将所需的性质赋予基本上任何植物，例如产淀粉的植物，如马铃薯、番茄、小麦、大豆、甜菜、玉米、稻、大麦以及类似的植物。本发明的核酸可以用于操作植物的代谢途径，以优化或者改变宿主的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的表达。这可以改变植物中的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性。可以选择地，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可以在转基因植物的生产中被应用，以产生该植物不能天然产生的化合物。这可以降低生产成本或者产生一种新的产物。
一方面，生产转基因植物的第一步涉及制备用于在植物细胞中表达的表达构建物。这些技术在本领域是熟知的。它们可以包括选择和克隆启动子、便于核糖体有效结合mRNA的编码序列，以及选择适当的基因终止子序列。一个示例性的组成型启动子是来自花椰菜花叶病毒的CaMV35S，它一般在植物中导致高水平的表达。其它的启动子是更特异的，并且对植物内部或者外部环境中的暗示有反应。一个示例性的光诱导的启动子是来自编码主要叶绿素a/b结合蛋白的cab基因的启动子。
一方面，修饰核酸来实现在植物细胞中更强的表达。例如，本发明的序列很可能具有比在植物中更高的A-T核苷酸对百分率，而一些植物优选G-C核苷酸对。因此，编码序列中的A-T核苷酸可以用G-C核苷酸取代，而不显著改变氨基酸序列，从而可以增加基因产物在植物细胞中的生产。
为了鉴定已经成功整合了转基因的植物细胞或者组织，可以将选择性标记基因加入到基因构建物中。这可能是必要的，因为在植物细胞中完成基因的整合和表达是一个小概率事件，仅仅在较少百分率的靶组织和细胞中发生。选择性标记基因编码对试剂有抗性的蛋白，所述试剂一般对植物有毒性，如抗生素或者除草剂。当在含有适当的抗生素或者除草剂的培养基上生长时，只有已经整合了选择性标记基因的植物细胞可以成活。与其它的插入基因一样，为了有恰当的功能，标记基因也需要启动子和终止序列。
一方面，制备转基因植物或种子包括将本发明的序列以及任选的标记基因整合到目标表达构建物(如，质粒)中，同时设置启动子和终止子序列。这可以包括通过合适的方法将修饰的基因转移至植物中。例如，构建物可以应用如电击转化和微注射植物细胞原生质体的技术直接引入到植物细胞的基因组DNA中，或者构建物可以应用弹道方法(ballistic methods)，如，DNA微粒轰击(DNA particlebombardment)的方法直接引入到植物组织中。例如，参见如，Christou(1997)Plant Mol.Biol.35：197-203；Pawlowski(1996)Mol.Biotechnol.6：17-30；Klein(1987)Nature 327：70-73；Talcumi(1997)Genes Genet.Syst.72：63-69，讨论了应用微粒轰击引入转基因到小麦中；以及Adam(1997)如上，应用微粒轰击引入YAC至植物细胞中。例如，Rinehart(1997)如上，用微粒轰击来产生转基因棉花植物。用于加速微粒的设备在美国专利5,015,580中有说明；而且，可以商购得到BioRad(Biolistics)PDS-2000微粒加速设备；也参见，John，美国专利5,608,148；和Ellis，美国专利5,681,730，描述了微粒介导的裸子植物的转化。
一方面，原生质体可以被固定，并用核酸例如表达构建物注射。尽管源自原生质体的植物再生对于谷类并不容易，但是应用体细胞胚胎发生由原生质体来源的愈伤组织进行植物再生在豆类中是有可能的。机化组织可以使用基因枪技术用裸DNA转化，其中，DNA被包裹于钨微射弹(tungsten microprojectiles)上，射出物的大小为细胞大小的1/100，它携带DNA深入到细胞和细胞器中。转化的组织然后被诱导再生，一般通过体细胞胚胎发生技术。这一技术已经在包括玉米和水稻的几个谷类物种中成功应用。
核酸，例如表达构建物，也可以应用重组病毒引入到植物细胞中。植物细胞可以用病毒载体转化，如，烟草花叶病毒衍生的载体(Rouwendal(1997)PlantMol.Biol.33：989-999)，参见Porta(1996)“Use of viral replicons for the expressionof genes in plants”，Mol.Biotechnol.5：209-221。
可选择地，核酸，如表达构建物，可以与合适的T-DNA侧翼区组合，并导入到传统的根瘤农杆菌宿主载体中。根瘤农杆菌宿主的毒力功能将在植物细胞受该细菌感染时，引导构建物和邻近的标记插入至植物细胞DNA中。根瘤农杆菌介导的转化技术，包括disarming和应用二元载体，在科学文献中有详细的说明。参见，如，Horsch(1984)Science 233：496-498；Fraley(1983)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80：4803(1983)；Gene Transfer to Plants，Potrykus，ed.(Springer-Verlag，Berlin1995)。根瘤农杆菌细胞的DNA被包含在细菌染色体中，也被包含在称为Ti(肿瘤诱导)质粒的另一种结构中。Ti质粒含有一段命名为T-DNA的DNA(～20 kb长)和一系列毒力(毒性)基因，T-DNA在感染过程中被转移到植物细胞中，毒力基因则引导所述感染过程。根瘤农杆菌可以通过伤口感染植物：当一种植物的根或者茎受伤时，它释放某种化学信号，作为对这种信号的响应，根瘤农杆菌的毒力基因被激活，并引发一系列从Ti质粒转移T-DNA至植物染色体所必需的事件。T-DNA然后通过伤口进入到植物细胞。一个推测是T-DNA一直等到植物DNA复制或者转录，然后将自身插入到暴露的植物DNA中。为了应用根瘤农杆菌作为转基因载体，必须去除T-DNA的肿瘤诱导部分，而保留T-DNA的边界区域和毒力基因。转基因然后插入到T-DNA的边界区域之间，从这里转移到植物细胞并且整合到植物的染色体中。
本发明提供了应用本发明的核酸进行包括重要的谷类植物在内的单子叶植物的转化，参见Hiei(1997)Plant Mol.Biol.35：205-218。也参见如，Horsch，Science(1984)233：496；Fraley(1983)Proc.Natl Acad.Sci USA 80：4803；Thykjaer(1997)如上；Park(1996)Plant Mol.Biol.32：1135-1148，讨论了将T-DNA整合到基因组DNA中。也参见D′Halluin，美国专利5,712,135，描述了包含在谷类或者其它单子叶植物的细胞中的具有功能的基因的DNA的稳定整合过程。
一方面，第三步可能涉及完整植物的选择和再生，所述植物能够将整合的靶基因传递至下一代。这样的再生技术依赖于在组织培养生长培养基中对某些植物激素的操作。一方面，该方法利用与所需的核苷酸序列一同引入的杀虫剂和/或除草剂标记。源自培养的原生质体的植物再生在以下文献中有说明，Evans等，Protoplasts lsolation and Culture，Handbook of Plant Cell Culture，124-176页，MacMillilan Publishing Company，New York，1983；和Binding，Regeneration of Plants，Plant Protoplasts，21-73页，CRC Press，Boca Raton，1985。再生也可以从植物愈伤组织、外植体、器官或者其中的一部分得到。这样的再生技术在Klee(1987)Ann.Rev.of plant Phys.38：467-486中有总体的说明。为了从转基因组织如未成熟的胚胎获得整个植物，它们可以在一系列含有营养物和激素的培养基中在可控制的环境条件下培养，即称为组织培养的过程。一旦整个植物再生并且产生种子，便开始评测其子代。
一方面，在表达序列盒稳定地整入到转基因植物之后，其可以通过有性杂交(sexual crossing)引入到其它的植物中。可以应用任何的标准繁殖技术，这依赖于待杂交的物种。因为本发明核酸的转基因表达导致表型变化，包含本发明的重组核酸的植物可以和另一植物有性杂交而得到最终产物。因此，本发明的种子可以来自本发明的两个转基因植物的杂交，或者来自本发明的植物和其它植物的杂交。当两个亲本植物都表达本发明的多肽(例如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)时，所需的效应(例如，表达本发明的多肽来产生一种开花行为被改变的植物)可以被增强。所需的效应通过标准的繁殖方法传到以后的植物世代中。
一方面，本发明的核酸和多肽被表达于或者插入到任何植物或者种子中。本发明的转基因植物可以是双子叶植物或者单子叶植物。本发明的单子叶转基因植物的例子是草，如牧草(蓝草，早熟禾属Poa)，饲料草如羊茅属，黑麦草属，温带草，如翦股颖属(Agrostis)，和谷类，如，小麦、燕麦、黑麦、大麦、水稻、蜀黍和玉米(corn)。本发明的双子叶转基因植物的例子是烟草，豆类如羽扇豆，马铃薯，甜菜，豌豆，蚕豆和大豆，以及十字花科植物(Brassicaceae科)，如花椰菜，油菜籽，和紧密相关的模式生物拟南芥(Arabidopsis thaliana)。因此，本发明的转基因植物和种子包括很宽范围的植物，包括，但不限于，以下属的物种：腰果属(Anacardium)、落花生属(Arachis)、天冬属(Asparagus)、茄属(Atropa)、燕麦属(Avena)、芸苔属(Brassica)、柑桔属(Citrus)、Citrullus、辣椒属(Capsicum)、Carthamus、椰子(Cocos)、咖啡(Coffea)、香瓜属(Cucumis)、南瓜属(Cucurbita)、胡萝卜属(Daucus)、油棕属(Elaeis)、草莓属(Fragaria)、大豆属(Glycine)、棉属(Gossypium)、向日葵属(Helianthus)、Heterocallis、大麦属(Hordeum)、天仙子属(Hyoscyamus)、莴苣属(Lactuca)、亚麻属(Linum)、黑麦草属(Lolium)、羽扇豆属(Lupinus)、番茄属(Lycopersicon)、苹果属(Malus)、木薯属(Manihot)、Majorana、苜蓿属(Medicago)、烟草属(Nicotiana)、木樨榄属(Olea)、稻属(Oryza)、稷属(Panieum)、狼尾草属(Pannisetum)、鳄梨属(Persea)、菜豆属(Phaseolus)、Pistachia、豌豆属(Pisum)、梨属(Pyrus)、李属(Prunus)、萝卡属(Raphanus)、蓖麻属(Ricinus)、黑麦属(Secale)、千里光属(Senecio)、Sinapis、茄属(Solanum)、高粱属(Sorghum)、Theobromus、葫芦巴属(Trigonella)、小麦属(Triticum)、野豌豆属(Vicia)、葡糖属(Vitis)、豇豆属(Vigna)和玉蜀黍属(Zea)。
在可选择的实施方式中，本发明的核酸在含有纤维细胞的植物中表达，包括，如，棉、丝棉树(木棉、吉贝木棉)、沙漠柳、石炭酸灌木、winterfat、轻木(balsa)、苎麻、洋麻、大麻、洛神葵、黄麻、马尼拉剑麻和亚麻。在可供选择的实施方式中，本发明的转基因植物可以是棉属(Gossypium)的成员，包括任何棉种(Gossypium)的成员，如，亚洲棉(G.arboreum)、草棉(G.herbaceum)、海岛棉(G.barbadense)和陆地棉(G.hirsutum)。
本发明也提供了用于产生大量本发明多肽(例如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)的转基因植物。例如，参见Palingren(1997)Trends Genet.13：348；Chong(1997)Transgenic Res.6：289-296(利用植物生长素诱导的双向甘露氨酸合成酶(mas1′，2′)启动子，应用根瘤农杆菌介导的叶片圆盘(leaf disc)转化方法在转基因马铃薯植物中生产人乳汁蛋白β-酪蛋白)。
应用已知的程序，技术人员可以通过检测在转基因植物中转基因mRNA或蛋白的增加或减少来筛选本发明的植物。检测和定量mRNA或蛋白的方法在本领域是熟知的。
多肽和肽
一方面，本发明提供了分离的或重组的多肽，其与本发明的示例性序列具有序列同一性(例如至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高或完全的(100％)序列同一性)，本发明的示例性序列例如具有SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：34，SEQ ID NO：36，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：44，SEQ ID NO：46，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：52，SEQ ID NO：54，SEQ ID NO：56，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：60，SEQ ID NO：62，SEQ ID NO：64，SEQ ID NO：66，SEQ ID NO：68，SEQ ID NO：70，SEQ ID NO：72，SEQ ID NO：74，SEQ ID NO：76，SEQ ID NO：78，SEQ ID NO：80，SEQ ID NO：82，SEQ ID NO：84，SEQ ID NO：86，SEQ ID NO：88，SEQ ID NO：90，SEQ ID NO：92，SEQ ID NO：94，SEQ ID NO：96，SEQ ID NO：98，SEQ ID NO：100，SEQ ID NO：102，SEQ ID NO：104，SEQ ID NO：106，SEQ ID NO：108，SEQ IDNO：110，SEQ ID NO：112，SEQ ID NO：114，SEQ ID NO：116，SEQ ID NO：118，SEQID NO：120，SEQ ID NO：122，SEQ ID NO：124，SEQ ID NO：126，SEQ ID NO：128，SEQ ID NO：130，SEQ ID NO：132，SEQ ID NO：134，SEQ ID NO：136，SEQ IDNO：138，SEQ ID NO：140，SEQ ID NO：142，SEQ ID NO：144，SEQ ID NO：146，SEQ ID NO：148，SEQ ID NO：150，SEQ ID NO：152，SEQ ID NO：154，SEQ IDNO：156，SEQ ID NO：158，SEQ ID NO：160，SEQ ID NO：162，SEQ ID NO：164或SEQ ID NO：166中所示的序列的蛋白(也参见表1、2和3，下面的实施例1和4，以及序列表)。序列同一性百分比可以在多肽的全长的区域内，或同一性可以在至少大约50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700或更多残基的区域内。
[391a]本发明的多肽也可以比所述的示例性多肽的全长短。在可以选择的方面，本发明提供了大小范围在大约5到多肽全长的多肽(肽、片段)，例如酶，如纤维素酶，诸如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶；示例性的大小为大约5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、125、150、175、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700或更多残基，这些残基例如是本发明的示例性纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的相邻残基。本发明的肽(例如，本发明的示例性多肽的子序列)可以用作，例如标记探针，抗原(免疫原)，耐受原，基序，纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性位点(例如，“催化结构域”)，信号序列和/或前原结构域(preprodomains)。
在可选的方面，本发明的具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽，是一类多肽的成员，该类多肽共享与纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性相关的特定结构元件，例如氨基酸残基。这些共享的结构元件可用于常规产生纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶变体。本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的这些共享结构元件可用于指导本发明的多肽种类范围内的纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶变体的常规产生。
如本文所使用，术语“纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶”包括能够催化纤维素的完全或部分分解和/或水解的任何多肽或酶(例如，本发明的示例性多肽，也参见下面的表1、2和3，实施例1和4)，或者能够进行纤维素或木素纤维素材料如含有木素纤维素的生物材料的任何修饰的任何多肽或酶。
在一些方面，本发明可以具有可选的酶促活性，例如，如在下面的表3中所示。例如，具有如SEQ ID NO：164中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：163编码，可以具有碱性内切葡聚糖酶/纤维素酶活性；具有如SEQ ID NO：110中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：109编码，可以具有木聚糖酶活性；具有如SEQID NO：12中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：11编码，可以具有NAD结合氧化还原酶活性；具有如SEQ ID NO：118中所示的序列的多肽，由例如SEQ IDNO：117编码，可以具有短链脱氢酶活性；具有如SEQ ID NO：14中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：13编码，可以具有NADH依赖性脱氢酶活性；具有如SEQ ID NO：138中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：137编码，可以具有肽酶活性；具有如SEQ ID NO：162中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：161编码，除了纤维素酶活性外还可以具有碱性内切葡聚糖酶活性；具有如SEQ ID NO：42中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：41编码，可以具有半胱氨酰tRNA合成酶活性；具有如SEQ ID NO：32中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：31编码，可以具有纤维糊精磷酸化酶活性；具有如SEQ ID NO：50中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：49编码，可以具有fdhd/narq氧化还原酶活性；具有如SEQID NO：54中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：53编码，可以具有自由基S-腺苷蛋氨酸(SAM)活性；具有如SEQ ID NO：58中所示的序列的多肽，由例如SEQ ID NO：57编码，可以具有类似枯草蛋白酶的蛋白酶活性(枯草蛋白酶样蛋白酶活性)；等等，如下所示：
表3：
    SEO IDNO：   酶活性   信号肽切割位点     信号序列     来源     EC号
    163，1641，2101，102103，104105，106107，108109，11011，12111，112113，114115，116117，118119，120   碱性内切葡聚糖酶/纤维素酶ORF 001-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 003-家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族10(木聚糖酶)ORF003-NAD结合氧化还原酶家族5(纤维素酶)ORF 003-家族10ORF 004-短链脱氢酶ORF 011-短链脱氢酶ORF 002-氧化还原酶   1-301-291-201-321-281-221-271-19 MSCRTLMSRRVGWGLLLWGGLFLRTGSVTGMRNHLNVPFYFIFFFLIASIFTVCSSSTAMLIIGGLLVLLGFSSCGRQAMEKQICSNVFSTMLIIGGLLVLLGFSSCGRQAMKTHSFNLRSRITLLTAALLFIGATAGAMRRLITIILATAVAILSTTSCSMKVTRTAVAGIVAAAVLITIGTSTASAMPKVMLVTGGSRGIGAAVA     未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知 3.2.1.213.2.1.43.2.1.43.2.1.43.2.1.43.2.1.81.1.1.183.2.1.43.2.1.81.1.1.1001...1.4.3.16
    121，122123，124125，126127，128129，13013，14131，132133，134135，136137，138139,140141，142143，144145，146147，148149，15015，16151，152 ORF 004-家族5(纤维素酶)ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 009-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 004-短链脱氢酶ORF 010-短链脱氢酶ORF 005-NADH依赖性脱氢酶ORF 007-家族5(纤维素酶)ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 001-纤维素酶(糖基水解酶家族5)ORF 001-肽酶_M37ORF 001-苏氨酸脱氢酶ORF 005-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 003-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 002-家族1(β-葡糖苷酶)家族10(木聚糖酶)家族5(纤维素酶)ORF 007-家族1(β-葡糖苷酶)家族5(纤维素酶) 1-191-26 MPKVMLVTGGSRGIGAAVAMLKVLRKPIISGLALALLLPAGAAGA 未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知 3.2.1.43.2.1.213.2.1.211.1.1.1001...1.1.1.183.2.1.43.2.1.213.2.1.43.5.1.1...3.2.1.213.2.1.213.2.1.213.2.1.83.2.1.43.2.1.213.2.1.4
    153，154155，156157，158159，160161，162165，16617，1819，2021，2223，2425，2627，2829，303，431，3233，3435，36 家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族10(木聚糖酶)碱性内切葡聚糖酶/纤维素酶活性木聚糖酶ORF 005-β-内酰胺酶ORF 008-家族10(木聚糖酶)ORF 001-家族5(纤维素酶)ORF 003-家族16+CBMORF 001-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 002-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 004-家族1(β-葡糖苷酶)ORF0 08-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 002-纤维糊精磷酸化酶ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 007-家族5(纤维素酶) 1-301-231-201-261-23 MSCRTLMSRRVGWGLLLWGGLFLRTGSVTGMRYVLISCLALASLCAQPLPVSTMPVLFALFLVASSCAAQSLAMYKRLLSSLILIIMLLLSAWSPISVQAMNKILKLFSSLLLFAGICPALQA 未知未知未知未知未知未知未知热纤梭菌热纤梭菌热纤梭菌未知未知未知未知未知未知 3.2.1.43.2.1.43.2.1.43.2.1.83.5.2.63.2.1.83.2.1.43.2.1.3.2.1.213.2.1.213.2.1.213.2.1.212.4.1.203.2.1.213.2.1.4
37，3839，4041，4243，4445，4647，4849，505，651，5253，5455，5657，5859，6061，6263，6465，6667，68 ORF 011-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 004-推定的氧化还原酶ORF 004-半胱氨酰tRNA合成酶ORF 011-ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶ORF 002-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 006-fdhd/narq氧化还原酶ORF 012-家族6(纤维素酶)ORF 001-家族5(纤维素酶)ORF 002-自由基SAM家族ORF 004-家族1(β-葡糖苷酶)ORF 001-类似枯草蛋白酶的蛋白酶家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)ORF1家族5(纤维素酶)ORF4家族10(木聚糖酶)家族5(纤维素酶)-ORF2 1-291-201-521-241-391-23 MTRRSIVRSSSNKWLVLAGAALLACTALGMSRGILILVMLSVLSGAALAMVWTPARSTLAGSSEIPLMTMNIFPNRKDSRMSLWIKLGILCMMAGTVMVHGMKRREFMLGGAGVAALASTLGVSAMNTLLPRRRLWSSTAILRTLAAGALAAGMVLAPVSAANAMKYIFSYIIMMILIGFIPVYGFG 未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知 3.2.1.214.1.1.6.1.1.163.2.1.213.2.1.213.2.1.913.2.1.41...3.2.1.213.2.1.43.2.1.43.2.1.43.2.1.83.2.1.4
  69，707，871，7273，7475，7677，7879，8081，8283，8485，8687，8889，909，1091，9293，9495，9697，9899，100 家族26(甘露聚糖酶)-ORF4ORF 003-异柠檬酸脱氢酶家族5(纤维素酶)家族10(木聚糖酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)ORF 008-脱氢酶ORF 008-家族1(β-葡糖苷酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)ORF 004-家族10(木聚糖酶)ORF 001-家族3ORF 002-α-鼠李糖苷酶ORF 001-家族3ORF 003-β-葡糖醛酸糖苷酶ORF 012-家族1(β-葡糖苷酶)  1-201-211-211-281-251-251-231-291-26(β葡糖苷酸酶)  MSFKNHILLSLLIVLLFFSAMKLLKLLIFLLITVIFSDVSAMLRKLIVSVFGFVMLTSAAAAMKRKRVFIHSLIVFFLMIGSFTSCGSVAMKYKAIFIYLIVLILFYSINIYANAMNLLAQYFSGLFLIFLISIFFVSSAMRKSVFTLAVFLSALFAFTSCQNMKRSVSIFIACLLMTVLTISGVAAPEASAMRSVRIVTFALAAALAVPLVTSTATA     未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知未知     3.2.1.781.1.1.423.2.1.43.2.1.213.2.1.43.2.1.43.2.1.43.2.1.43.5.4.253.2.1.213.2.1.43.2.1.43.2.1.83.2.1.523.2.1.213.2.1.313.2.1.21
如本文所使用，“氨基酸”或“氨基酸序列”是指寡肽、肽、多肽或蛋白序列，或寡肽、肽、多肽或蛋白序列中任意一种的片段、部分或亚基，以及天然发生的或合成的分子。“氨基酸”或“氨基酸序列”包括寡肽、肽、多肽或蛋白序列，或寡肽、肽、多肽或蛋白序列中任意一种的片段、部分或亚基，以及天然发生的或合成的分子。如本文所使用，术语“多肽”是指通过肽键或修饰的肽键即肽等排体(peptide isosteres)彼此结合在一起的氨基酸，可以含有除20个由基因编码的氨基酸之外的修饰的氨基酸。所述多肽可以通过天然过程，如，翻译后加工或者通过本领域所熟知的化学修饰技术修饰所述多肽。修饰可以发生在所述多肽的任何地方，包括肽骨架、氨基酸侧链和氨基端或者羧基端。可以理解，相同类型的修饰可以在给定的多肽中以相同的或者不同的水平在几个位点处发生。一个给定的多肽也可以具有很多类型的修饰。修饰包括乙酰化、酰化作用、ADP-核糖基化作用、酰胺化作用、共价连接核黄素、共价连接血红素组分、共价连接核苷酸或者核苷酸衍生物、共价连接脂质或者脂质衍生物、共价连接磷脂酰肌醇、交联的环化作用、形成二硫键、去甲基作用、形成共价交联、形成半胱氨酸、形成焦谷氨酸、甲酰基化作用、γ-羧化作用、糖基化作用、形成GPI锚、羟基化作用、碘化作用、甲基化作用、肉豆蔻酰基化作用、氧化作用、聚乙二醇化、葡聚体水解酶处理、磷酸化作用、异戊烯作用、外消旋作用、硒化作用、硫酸盐化作用，和转移RNA介导氨基酸添加到蛋白质中，如精氨酰化。(参见，如，Creighton，T.E.，Proteins-Structure and Molecular Properties 2nd Ed.，W.H.Freeman和Company，NewYork(1993)；Posttranslational Covalent Modification of Proteins，B.C.Johnson，Ed.，Academic Press，New York，11-12页(1983))。本发明的肽和多肽也包括所有“模拟物”和“肽模拟物”形式，正如下面进一步详细描述的。
如本文所使用，术语“分离的”意指从其原始环境(例如天然环境，如果该环境是天然存在的话)中分离出的物质(本发明的蛋白或核酸)。例如，在活的动物中存在的天然发生的多核苷酸或多肽不是分离的，但与该天然系统中的一些或所有的共存物质分离开的同一多核苷酸或多肽是分离的。这样的多核苷酸可以成为载体的一部分，和/或这样的多核苷酸或多肽可以是组合物的一部分，但它们仍然是分离的，因为这样的载体或组合物不是其天然环境的组成部分。正如本文所用，术语“纯化的”并不要求绝对的纯度；它更确切的说，这意味着是一个相对定义。从文库获得的各核酸可以按惯例纯化为电泳同质。从这些克隆获得的序列不能够从所述文库或从总人DNA直接获得。本发明的纯化的核酸已经以至少104-106倍从该生物体的基因组DNA的剩余物中纯化出来。一方面，术语“纯化的”包括核酸，这些核酸已经以至少一个数量级，例如一方面，以两个或三个，或者，四个或五个数量级的程度从基因组DNA的剩余物或从文库或其它序列中被纯化出来。
“重组的”多肽或蛋白是指通过重组DNA技术产生的多肽或蛋白；即，由用编码期望多肽或蛋白的外源DNA构建物转化的细胞产生的多肽或蛋白。“合成的”多肽或蛋白是那些通过化学合成制备的多肽或蛋白。固相化学肽合成方法也可以用于合成本发明的多肽或者片段。这样的方法自二十世纪六十年代早期起就是本领域已知的方法(Merrifield，R.B.，J.Am.Chem.Soc.，85：2149-2154，1963)(也参见Stewart，J.M.和Young，J.D.，Solid Phase Peptide Synthesis，第二版，Pierce Chemical Co.，Rockford，III，11-12页)，并且这些方法已经可以通过商业上可获得的实验室肽设计和合成试剂盒(Cambridge Research Biochemicals)而被应用。这样的商业上可获得的实验室试剂盒一般是利用H.M.Geysen等，Proc.Natl.Acad.Sci.，USA，81：3998(1984)的方法，它们让肽合成在多个“杆(rods)”或者“钉(pins)”的顶端进行，而所有的“杆”或者“钉”都被连接到一块板上。
短语“基本上相同(substantially identical)”在用于两个核酸或多肽时，是指当两个或更多个序列被比较和联配(aligned)以寻找最大一致性(maximuncorrespondence)时，它们具有例如至少大约50％、51％、52％、53％、54％、55％、56％、57％、58％、59％、60％、61％、62％、63％、64％、65％、66％、67％、68％、69％、70％、71％、72％、73％、74％、75％、76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或更高的核苷酸或氨基酸残基(序列)同一性，所述同一性可以使用任意一种已知的序列比较算法测量，或者通过视觉观察。在可选择的方面，基本上相同存在于至少大约100或更多个残基的区域内，最经常地，在至少大约150至200或更多残基的区域内所述序列是基本上相同的。在一些方面，本发明的核酸序列可以在多肽编码区的整个长度范围内是基本上相同的。
此外，“基本上相同的”氨基酸序列可以是通过一个或多个保守或非保守氨基酸的取代、缺失或插入而与参考序列有所不同的序列。在一个方面，取代发生在不是分子的活性位点的位置，或者可选地，取代发生在分子的活性位点的位置，前提是该多肽基本上保持其功能(酶促)特性。保守的氨基酸取代，例如用一个氨基酸取代另一个相同类别的氨基酸(例如用一个疏水氨基酸，如异亮氨酸、缬氨酸、亮氨酸或甲硫氨酸，取代另一个疏水氨基酸，或用一个极性氨基酸取代另一个极性氨基酸，例如用精氨酸取代赖氨酸、用谷氨酸取代天冬氨酸，或用谷氨酰胺取代天冬酰胺)。可以从例如纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶多肽中删除一个或多个氨基酸，从而形成对多肽结构的修饰，而又不会显著地改变其生物活性。例如，对纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的生物活性来说不需要的氨基或羧基末端氨基酸可以被去除。可以通过任何方法测定本发明的修饰的多肽序列的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶生物活性，所述方法包括将所述修饰的多肽序列和底物接触，确定所述修饰的多肽是否在该测定中减少特定底物的量或者增加功能性纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶与底物的酶促反应的生物产物。
如本文所使用，“片段”是天然存在的蛋白质的一部分，其可以以至少两种不同的构象存在。片段可以具有与天然发生的蛋白质相同或基本上相同的氨基酸序列。具有与天然存在的蛋白质有所不同的三维结构的片段也被包括在内。这样的一个例子是“原-形式(pro-form)”分子，例如，低活性的蛋白原，其可以通过切割而被修饰，产生具有显著更高的活性的成熟酶。
一方面，本发明提供了本发明的蛋白和肽例如纤维素酶的晶体(三维)结构；其可以使用本领域中熟知的常规方案进行制备并加以分析，例如，在下列文献中有所描述：MacKenzie(1998)Crystal structure of the family 7 endoglucanase I(Cel7B)from Humicola insolens at 2.2 A resolution and identification of the catalyticnucleophile by trapping of the covalent glycosyl-enzyme intermediate，Biochem.J.335：409-416；Sakon(1997)Structure and mechanism of endo/exocellulase E4 fromThermomonosporafusca，Nat.Struct.Biol 4：810-818；Varrot(1999)Crystal structure ofthe catalytic core domain of the family 6 cellobiohydrolase II，Cel6A，from Humicolainsolens，at 1.92 A resolution，Biochem.J.337：297-304；举例说明并鉴定了特定的结构元件，其可用于指导本发明的纤维素酶变体的常规产生，并用于指导鉴别本发明的范围内的酶种类。
本发明的多肽和肽可以分离自天然来源，可以是合成的，或者可以是重组产生的多肽。肽和蛋白可以在体外或体内重组表达。本发明的肽和多肽可以使用本技术领域已知的任何方法产生和分离。本发明的多肽和肽也可以使用本技术领域熟知的化学方法全部或部分合成。例如参见Caruthers(1980)Nucleic Acids Res.Symp.Ser.215-223；Horn(1980)Nucleic Acids Res.Symp.Ser.225-232；Banga，A.K.，Therapeutic Peptides and Proteins，Formulation，Processing and DeliverySystems(1995)Technomic Publishing Co.，Lancaster，PA。例如，肽合成可以使用各种固相技术进行(例如参见Roberge(1995)Science 269：202；Merrifield(1997)Methods Enzymol.289：3-13)，自动合成可以根据制造商提供的说明书来实施，例如使用ABI 431A肽合成仪(Perkin Elmer)。
本发明的肽和多肽也可以是糖基化的，所述糖基化可以在翻译后通过化学方法或者通过细胞的生物合成机制而加上，其中后者包括应用已知的糖基化作用基序，所述糖基化作用基序可以对于所述序列是天然的，或者是作为肽段而被加入的，或者是在核酸编码序列中加入的。糖基化作用可以是O-连接的或者是N-连接的。
本发明的肽和多肽，如以上所定义的，包括所有的“模拟物(mimetic)”和“肽模拟物(peptidomimetic)”形式。术语“模拟物”和“肽模拟物”是指具有与本发明的多肽实质上相同的结构和/或功能特征的合成的化学化合物。该模拟物或者完全由合成的非天然的氨基酸类似物组成，或者是由部分天然的肽氨基酸和部分非天然的氨基酸类似物构成的嵌合分子。所述模拟物也可以包括任意数量的天然氨基酸保守取代，只要这样的取代本质上不改变该模拟物的结构和/或活性。对于作为保守性变异体的本发明的多肽或一类本发明的多肽的成员(例如，具有与本发明的示例性序列具有大约50％或更高的序列同一性的成员)，常规实验将可以确定一种模拟物是否在本发明的范围内，即，其结构和/或功能并没有实质上的改变。因此，一方面，如果一种模拟组合物具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性，那么它在本发明的范围内。
本发明的多肽模拟组合物可以包含非天然结构成分的任何组合。在可供选择的方面，本发明的模拟组合物包括以下三种结构基团中的一种或所有：a)不是天然酰胺键(“肽键”)连接的残基连接基团；b)取代天然发生的氨基酸残基的非天然残基；或者c)诱导二级结构拟态(mimicry)的残基，即，可以诱导或者稳定二级结构，如β转角、γ转角、β折叠、α螺旋构象，以及类似的结构。例如，当本发明的多肽的所有残基或者一些残基通过非天然肽键的化学方式连接时，该多肽可以作为模拟物来表征。各个肽模拟物残基可以通过肽键、其它的化学键或者偶联方式连接，如，通过戊二醛、N-羟基琥珀酰亚胺酯、双功能马来酰亚胺、N，N′-二环己基碳二亚胺(DCC)或者N，N′-二异丙基碳二亚胺(DIC)连接。可以替代传统的酰胺键(“肽键”)连接的连接基团包括，如，酮基亚甲基(如，-C(＝O)-CH2-代替-C(＝O)-NH-)、氨基亚甲基(CH2-NH)、次乙基、烯烃(CH＝CH)、醚(CH2-O)、硫醚(CH2-S)、四唑(CN4-)、噻唑、逆酰胺(retroamide)、硫代酰胺或者酯(参见如，Spatola(1983)在Chemistry and Biochemistry of Amino Acids，Peptides andProteins，第7卷，267-357页，“Peptide Backbone Modifications”Marcell Dekker，NY)。
本发明的多肽也可以通过含有全部或者部分替代了天然发生的氨基酸残基的非天然氨基酸残基而被表征为模拟物。在科学和专利文献中描述了非天然的残基；作为天然氨基酸残基的模拟物的一些典型的非天然化合物及指导在下面有描述。芳香族氨基酸的模拟物可以通过用以下的取代来产生，如，D-或L-萘基丙氨酸；D-或L-苯基甘氨基，D-或L-2 thieneyl丙氨酸；D-或L-1，-2，3-或4-芘基丙氨酸；D-或L-3 thieneyl丙氨酸；D-或L-(2-吡啶基)-丙氨酸；D-或L-(3-吡啶基)-丙氨酸；D-或L-(2-吡嗪基)-丙氨酸，D-或L-(4-异丙基)-苯基甘氨酸；D-(三氟甲基)-苯基甘氨酸；D-(三氟甲基)-苯基丙氨酸；D-p-氟-苯基丙氨酸；D-或L-p-二苯基苯基丙氨酸；D-者L-p-甲氧基-二苯基苯基丙氨酸；D-或L-2-吲哚(烷基)丙氨酸；和，D-或L-烷基丙氨酸，其中的烷基可以是取代的或非取代的甲基、乙基、丙基、己基、丁基、戊基、异丙基、异丁基、仲异基(sec-isotyl)、异戊基或者非酸性氨基酸。非天然氨基酸的芳香环包括，如噻唑基、苯硫基、吡唑基、苯并咪唑基、萘基、呋喃基、吡咯基和吡啶基芳香环。
酸性氨基酸的模拟物可以通过用以下的取代来产生，如，保持有负电荷的非羧酸氨基酸；(膦酰基)丙氨酸；硫酸化的苏氨酸。羧基侧链(如，天冬氨酰基或者谷氨酰基)也可以通过与碳二亚胺(R′-N-C-N-R′)反应进行选择性的修饰，所述碳二亚胺如1-环己基-3(2-吗啉基-(4-乙基)碳二亚胺或者1-乙基-3(4-氮
Figure 2006800161755_2
-4，4-二甲基戊基)碳二亚胺。天冬氨酰基或者谷氨酰基也可以通过与铵离子反应转化为天冬酰胺酰基和谷氨酰胺酰基。碱性氨基酸的模拟物可以通过用如，(除了赖氨酸和精氨酸外)鸟氨酸、瓜氨酸、或者(胍基)-乙酸，或者(胍基)烷基-乙酸的取代产生，其中烷基如以上定义。腈衍生物(如，含有取代COOH的CN-部分)可以取代天冬酰胺或者谷氨酰胺。天冬酰胺酰基和谷氨酰胺酰基可以脱氨基成为相应的天冬氨酰基或者谷氨酰基。精氨酸残基模拟物可以通过精氨酰基与例如一种或者多种常规试剂一方面在碱性的条件下反应而产生，所述的常规试剂包括如苯乙二醛、2，3-丁二酮、1，2-环己二酮或者茚三酮。酪氨酸残基模拟物可以通过酪氨酰基与例如芳香重氮化合物或者四硝基甲烷反应而产生。N-acetylimidizol和四硝基甲烷可以分别用于形成O-乙酰基酪氨酰物质和3-硝基衍生物。半胱氨酸残基模拟物可以通过半胱氨酰残基与例如α-卤素乙酸例如2-氯乙酸或者氯乙酰胺和相应的胺反应而产生；得到羧甲基或者羧酰胺甲基衍生物。半胱氨酸残基模拟物也可以通过半胱氨酰残基与例如溴代-三氟丙酮、α-溴-β-(5-imidozoyl)丙酸；氯乙酰磷酸、N-烷基马来酰亚胺、3-硝基-2-吡啶基二硫化物；甲基2-吡啶基二硫化物；p-氯汞苯甲酸盐；2-氯汞-4硝基苯酚，或者，氯-7-硝基苯并-氧杂-1，3-二唑反应而产生。可以通过赖氨酰基与例如琥珀酸或者其它的羧酸酸酐反应而产生赖氨酸模拟物(和改变氨基末端残基)。赖氨酸和其它的含有α-氨基的残基模拟物也可以通过与亚氨酸酯例如methyl picolinimidate、磷酸吡哆醛、吡哆醛、氯硼氢化物、三硝基-苯磺酸、O-甲基异脲、2，4，戊二酮的反应，和与乙醛酸的转酰胺基酶催化的反应而产生。甲硫氨酸的模拟物可以通过与例如甲硫氨酸亚砜反应而产生。脯氨酸的模拟物包括，例如，2-哌啶酸、四氢噻唑羧酸、3-或4-羟脯氨酸、脱氢脯氨酸、3-或4-甲基脯氨酸，或者3，3，-二甲基脯氨酸。组氨酸残基模拟物可以通过组氨酰基与例如二乙基原碳酸酯或对溴苯甲酰甲基溴化物反应而产生。其它的模拟物包括，例如，由脯氨酸和赖氨酸的羟基化作用产生的模拟物；由丝氨酰或者苏氨酰的羟基的磷酸化作用产生的模拟物；由赖氨酸、精氨酸和组氨酸的α氨基基团的甲基化作用产生的模拟物；由N-末端胺的乙酰化作用而产生的模拟物；由主链酰胺残基的甲基化或用N-甲基氨基酸取代而产生的模拟物；或者，由C-末端羧基的酰胺化而产生的模拟物。
一方面，本发明的多肽的残基例如氨基酸也可以用相反手性的氨基酸(或者肽模拟物残基)替代。一方面，任何天然发生的L-构型(也可以被称为R或者S，取决于化学实体的结构)的任何氨基酸都可用相同化学结构类型但是具有相反手性的氨基酸或者肽模拟物替代，相反手性的氨基酸称为D-氨基酸，但也可以称R-或者S-型。
本发明也提供了通过天然过程，如，翻译后加工(如，磷酸化，酰化以及类似作用)或者通过化学修饰技术来修饰本发明的多肽的方法，以及得到的被修饰的多肽。修饰可以发生在所述多肽的任何地方，包括肽骨架、氨基酸侧链和氨基端或者羧基端。可以理解，相同类型的修饰可以在已知的多肽中以相同的或者不同的水平在几个位点处发生。一个给定的多肽也可以具有很多类型的修饰。一方面，修饰包括乙酰化、酰化作用、ADP-核糖基化作用、酰胺化作用、共价连接核黄素、共价连接血红素组分、共价连接核苷酸或核苷酸衍生物、共价连接脂质或脂质衍生物、共价连接磷脂酰肌醇、交联的环化作用、形成二硫键、去甲基作用、形成共价交联、形成半胱氨酸、形成焦谷氨酸、甲酰基化作用、γ-羧化作用、糖基化作用、形成GPI锚、羟基化作用、碘化作用、甲基化作用、肉豆蔻酰基化作用、氧化作用、聚乙二醇化、蛋白水解处理、磷酸化作用、异戊烯作用、外消旋作用、硒化作用、硫酸盐化作用，和转移RNA介导氨基酸添加到蛋白质中，如精氨酰化。参见，如，Creighton，T.E.，Proteins-Structure and Molecular Properties 2ndEd.，W.H.Freeman和Company，New York(1993)；Posttranslational CovalentModification of Proteins，B.C.Johnson，Ed.，Academic Press，New York，11-12页(1983)。
固相化学肽合成方法也可以用于合成本发明的多肽或者片段。这样的方法自二十世纪六十年代早期起就是本领域已知的方法(Merrifield，R.B.，J.Am.Chem.Soc.，85：2149-2154，1963)(也参见Stewart，J.M.和Young，J.D.，Solid PhasePeptide Synthesis，第二版，Pierce Chemical Co.，Rockford，III，11-12页)，并且这些方法近来已经可以通过商业上可获得的实验室肽设计和合成试剂盒(CambridgeResearch Biochemicals)而被应用。这样的商业上可获得的实验室试剂盒一般是利用H.M.Geysen等，Proc.Natl.Acad.Sci.，USA，81：3998(1984)的方法，它们让肽合成在多个“杆(rods)”或者“钉(pins)”的顶端进行，而所有的“杆”或者“钉”都被连接到一块板上。当使用这样的系统时，一个板的杆或者钉被倒转并插入到另一个板的相应孔或者贮存器中，所述孔或者贮存器含有用于将一种适合的氨基酸附着或固定在杆或钉的顶端的溶液。通过重复这样的处理步骤，即是，反转和插入所述杆和钉的顶端至适当的溶液中，将氨基酸构建成所要的肽。此外，大量的可利用的FMOC肽合成系统是可利用的。例如，应用Applied Biosystems，Inc.的Model 431ATM自动肽合成仪可以在固体支持物上装配多肽或者片段。这些设备使得本发明的肽容易获得，或者通过直接的合成或者通过用其它已知的技术将一系列片段偶联起来的合成。
本发明的多肽包括活性或非活性形式的纤维素酶，例如，内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。例如，本发明的多肽包括在“成熟”或例如通过蛋白原加工酶如蛋白原转化酶来产生“活性”的成熟蛋白来加工前原序列之前的蛋白原。本发明的多肽包括由于其它原因而不具有活性的纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，所述其它原因例如在通过翻译后加工事件诸如内切或外切肽酶或蛋白酶作用、磷酸化事件、酰胺化、糖基化或硫酸化或二聚化事件等等进行“活化”之前。本发明的多肽包括所有的活性形式，包括酶的活性子序列，例如，催化结构域或活性位点。
本发明包括固定化的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，抗纤维素酶抗体如抗内切葡聚糖酶抗体、抗纤维二糖水解酶抗体、抗甘露聚糖酶抗体和/或抗β-葡糖苷酶抗体及其片段。本发明提供了抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的方法，例如使用本发明的显性负突变体或抗纤维素酶抗体，如抗内切葡聚糖酶抗体、抗纤维二糖水解酶抗体、抗甘露聚糖酶抗体和/或抗β-葡糖苷酶抗体。本发明包括含有本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的杂合物(异源复合物)，例如融合蛋白、异二聚体等等。
本发明的多肽可以在多种不同的条件下具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，例如极端pH和/或温度、氧化剂以及类似的条件。本发明提供了产生可供选择的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶制剂的方法，所述制剂具有不同的催化效率和稳定性，例如针对温度、氧化剂和改变洗涤条件。一方面，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶变异体可以使用定点诱变和/或随机诱变的技术来产生。一方面，定向进化可以被用来产生大量不同的具有可供选择的特异性和稳定性的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶变异体。
本发明的蛋白也可用作研究试剂，以鉴定纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的调节物，例如纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的激活剂或抑制剂。简单的说，将测试样品(化合物、培养液、提取物和类似物)加入到纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶测定中，以确定它们抑制底物切割的能力。用该方式鉴定的抑制剂可用于工业和研究中，以减少或阻止不期望的蛋白水解。如同纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的情况，抑制剂可以被组合以增加活性谱。
本发明的酶也可用作消化蛋白质的研究试剂或用在蛋白测序中。例如，为了使用例如自动测序仪进行测序，可以使用纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶将多肽破碎成更小的片段。
本发明也提供了应用本发明的核酸、多肽和抗体来发现新的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的方法。一方面，筛选噬粒文库，基于表达来发现纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。另一方面，筛选λ噬菌体文库，基于表达来发现纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。通过筛选噬菌体或噬粒文库，可以检测到毒性克隆；更方便地利用底物；减少工程改造宿主的需要，绕过由文库中大的切除带来任何偏差的可能性；以及获得在低克隆密度下更快的生长速率。噬菌体或噬粒文库的筛选可以是在液相中或者固相中。一方面，本发明提供了在液相中的筛选。与固相筛选相比，这给予了分析条件上的更大灵活性；额外底物的可行性；对于弱的克隆的更高灵敏性；和更容易实现的自动化。
本发明提供了使用本发明的蛋白和核酸以及机器人自动化来进行筛选的方法，机器人自动化使得在例如一天的短时间内能进行数千个生物催化反应和筛选分析，并且保证了高水平的精确度和可重复性(参见下面关于阵列的讨论)。结果，衍生化合物的文库可以在数周内产生。对于包括小分子在内的分子的修饰的进一步教导，参见PCT/US94/09174；美国专利6,245,547。
一方面，通过生物化学富集或纯化步骤获得本发明的多肽或片段。通过纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶测定(参见例如下面的实施例1、2和3)、凝胶电泳和/或微测序可以确定潜在同源的多肽或片段的序列。本发明的预期多肽或片段的序列可使用上述的任何程序，与本发明的示例性多肽或片段例如含有其至少大约5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150个连续氨基酸的片段相比较。
本发明的另一个方面是用于鉴定本发明的片段或变异体的分析方法，所述本发明的片段或变异体保留了本发明的的多肽的酶功能。例如，所述多肽的片段或变异体可用来催化生物化学反应，这样的反应表明所述片段或变异体保留了本发明的多肽的酶活性。确定变体或片段是否保留本发明的多肽的酶活性的示例性测定方法包括下面的步骤；将多肽片段或变异体与底物分子在允许该多肽片段或变异体发挥作用的条件下接触，并检测底物水平的降低或该多肽和底物之间反应的特异反应产物水平的增加。
本发明开发了酶的独特的催化性质。鉴于生物催化剂(即，纯化的或者粗制的酶，非存活的或者存活的细胞)在化学转化中的应用一般需要确定与特定的起始化合物反应的特定的生物催化剂，本发明应用的经选择的生物催化剂和反应条件是对于存在于很多起始化合物如小分子中的功能基团具有特异性的。每种生物催化剂对于一种功能基团或者几种相关的功能基团是特异的，并且可以和含有这一功能基团的许多起始化合物反应。
生物催化反应可以从单一的起始化合物生产出一个群体的衍生物。这些衍生物可以进行另一轮的生物催化反应来产生又一个群体的衍生化合物。通过生物催化的衍生作用的每一次迭代可以产生起始化合物的数千种变化。
酶可以在起始化合物的特定位点发生反应而不影响分子的其它部分，该过程通过传统的化学方法很难实现。这种高度的生物催化特异性提供了用于在文库中鉴定单个活性化合物的方法。该文库是通过用于产生该文库的一系列生物催化反应来表征，这也称为“生物合成历史”。对该文库的生物活性的筛选和对生物合成历史的追踪确定出产生活性化合物的特定反应顺序。重复该反应顺序，并确认合成出的化合物的结构。这种确认方式，不同于其它的合成和筛选方法，并不需要固定化技术，化合物可以利用实际上任何类型的筛选分析在溶液中自由合成和测试。重要的是，注意到酶反应在功能基团上的高度特异性允许“追踪”特定的酶促反应，由所述酶促反应制备出了生物催化产生的文库。
一方面，许多程序化的步骤可使用自动化机器人来实施，这使得每天可执行数千个生物催化反应和筛选分析，并保证高水平的准确性和可重复性。自动化机器人也可用于筛选纤维素酶活性，以确定多肽是否在本发明的范围内。结果，一方面，在几周内便产生了衍生化合物的文库，而采用“传统”的化学或酶促筛选方法则需要几年的时间。
在一个特定的方面，本发明提供了修饰小分子的方法，包括将在此所述的由多核苷酸编码的多肽或其酶活性片段与小分子接触，产生修饰的小分子。检测被修饰的小分子的文库以确定显示出所需活性的修饰小分子是否存在于文库内。产生具有所需活性的修饰小分子的特异性生物催化反应的鉴定可通过系统性地去除用来产生一部分文库的每个生物催化反应，然后检测在这一部分文库中产生的小分子是否存在具有所需活性的修饰小分子。产生具有所需活性的修饰小分子的特异生物催化反应可任选地被重复。生物催化反应可用一组生物催化剂来进行，它们可与在小分子的结构中发现的各种不同结构部分反应，每个生物催化剂对一个结构部分或一组相关的结构部分是特异的；每个生物催化剂可与含有各种不同的结构部分的许多不同的小分子反应。
纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶信号序列、前原结构域和催化结构域
本发明提供了纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信号序列(例如信号肽(SPs))、前原(prepro)结构域和催化结构域(CDs)。本发明的SPs、前原结构域和/或CDs可以是分离的或重组的肽或可以是融合蛋白的一部分，例如作为嵌合蛋白中的异源结构域。本发明提供了编码这些催化结构域(CDs)、前原结构域和信号序列(SPs，例如具有包括本发明的多肽的氨基末端残基或由本发明的多肽的氨基末端残基组成的序列的肽)的核酸。
本发明提供了分离或重组的信号序列(例如，信号肽)，该信号序列包括下列序列或由下列序列组成，所述序列如本发明的多肽的残基1到14、1到15、1到16、1到17、1到18、1到19、1到20、1到21、1到22、1到23、1到24、1到25、1到26、1到27、1到28、1到28、1到30、1到31、1到32、1到33、1到34、1到35、1到36、1到37、1到38、1到39、1到40、1到41、1到42、1到43、1到44、1到45、1到46或1到47或更多残基所示的序列，本发明多肽例如，本发明的示例性多肽，也参见表3、下面的实施例1和4以及序列表。例如，上面的表3示出了本发明的示例性信号(前导)序列，例如，对于具有如SEQ IDNO：164所示序列的多肽——其例如由SEQ ID NO：163编码，具有的信号序列含有氨基末端30个残基(或由氨基末端30个残基组成)或者具有下列序列或由下列序列组成：MSCRTLMSRRVGWGLLLWGGLFLRTGSVTG。其它的信号序列同样列在表3中。
一方面，本发明提供了信号序列，其包括本发明的多肽的前14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70或更多个氨基末端残基。
本发明包括具有和没有信号序列和/或前原序列的多肽。本发明包括具有异源信号序列和/或原前序列的多肽。前原序列(包括用作异源前原结构域的本发明序列)可以位于蛋白质的氨基末端或羧基末端。本发明还包括分离或重组的含有本发明序列的信号序列、前原序列和催化结构域(例如，活性位点)。所述含有本发明的信号序列的多肽可以是本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，或另一种纤维素酶，例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，或另一种或其它多肽。鉴定“前原”结构域和信号序列的方法在本领域是熟知的，例如Van de Ven(1993)Crit.Rev.Oncog.4(2)：115-136。例如，为了鉴定前原序列，从胞外空间纯化出蛋白质，确定其N末端蛋白序列，并将其与未加工的形式进行比较。
本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信号序列(SP)和/或前原序列可以是分离的或重组的肽，或与另一种纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶或非纤维素酶如非内切葡聚糖酶、非纤维二糖水解酶、非甘露聚糖酶和/或非β-葡糖苷酶多肽连接的序列，例如形成融合(嵌合)蛋白。在一个方面，本发明提供了含有本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信号序列的多肽。在一个方面，含有本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信号序列SP和/或前原序列的多肽包含与本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶异源的序列(例如，含有本发明的SP和/或前原序列和来自另一种纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶或非纤维素酶如非内切葡聚糖酶、非纤维二糖水解酶、非甘露聚糖酶和/或非β-葡糖苷酶蛋白的序列的融合蛋白)。在一个方面，本发明提供了具有异源SP和/或前原序列的本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，例如具有酵母信号序列的序列。本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可以含有存在于载体例如pPIC系列载体(Invitrogen，Carlsbad，CA)中的异源SP和/或前原序列。
在一个方面，本发明的SP和/或前原序列在鉴定出新的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶之后被鉴定出来。蛋白被分选和转运至其正确的细胞位置的通路通常被称为蛋白靶向通路(protein targetingpathways)。在所有这些靶向系统中最重要的元件之一是新合成的多肽的氨基末端上的短的氨基酸序列，称为信号序列。这种信号序列可指引蛋白至其在细胞中的适合位置，并在转运过程中或在蛋白到达其最终目的地时被去除。大多数的溶酶体蛋白、膜蛋白或分泌蛋白都具有氨基末端信号序列，这些信号序列标示着它们将转位至内质网腔内。信号序列的长度可以为从10至65或更多个氨基酸残基。识别信号序列的各种方法对于本领域技术人员是已知的。例如，在一个方面，新的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的信号肽可通过称为SignalP的方法来鉴定。SignalP应用了既可识别信号肽，又可识别其裂解位点的组合神经网络。(Nielsen(1997)，“Indentification of prokaryotic andeukaryotic signal peptides and prediction of their cleavage sites”Protein Engineering，卷10，1，1-6页)。
在一些方面，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶没有SP和/或前原序列，或“结构域”。在一个方面，本发明提供了缺少所有或部分的SP和/或前原结构域的本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。在一个方面，本发明提供了编码来自一种纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的信号序列(SP)和/或前原序列的核酸序列，其可操作地连接于一种不同的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的核酸序列，或者，可选择地，来自非纤维素酶如非内切葡聚糖酶、非纤维二糖水解酶、非甘露聚糖酶和/或非β-葡糖苷酶蛋白的信号序列(SP)和/或前原结构域可以是期望的。
本发明也提供了分离出的或重组的多肽，其含有本发明的信号序列(SP)、前原结构域和/或催化结构域(CD)和异源序列。所述异源序列是与SP、前原结构域和/或CD天然不相关的序列。与SP、前原结构域和/或CD天然不相关的序列可以在SP、前原结构域和/或CD的氨基末端、羧基末端，和/或SP和/或CD的两个末端上。在一个方面，本发明提供了分离出的或重组的多肽，其包括(或构成于)含有本发明的信号序列(SP)、前原结构域和/或催化结构域(CD)的多肽，条件是它同与其天然相关的任何序列(例如，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶序列)是不连接的。同样，在一个方面，本发明提供了编码这些多肽的分离出的或重组的核酸。因此，在一个方面，本发明的分离出的或重组的核酸包括本发明的信号序列(SP)、前原结构域和/或催化结构域(CD)的编码序列和异源序列(即，与信号序列(SP)、前原结构域和/或催化结构域(CD)天然不相关的序列)。异源序列可在SP、前原结构域和/或CD编码序列的3’末端、5’末端和/或两个末端上。
杂交(嵌合)纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶和肽文库
一方面，本发明提供了包含本发明的序列的杂合纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶和融合蛋白，包括肽库。本发明的肽库可以用于分离目标的肽调节物(如，激活物或者抑制物)，如纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶底物、受体、酶。本发明的肽库可以用于鉴定目标的结合配偶，如，配体，例如，细胞因子、激素以及类似物。一方面，本发明提供了含有本发明的信号序列(SP)、前原序列和/或催化结构域(CD)或其组合以及异源序列的嵌合蛋白质(见上)。
一方面，本发明的融合蛋白(如，肽部分)是构象稳定的(相对于线形肽)，对靶标具有更高的结合亲和性。本发明提供了本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶与其它肽的融合，所述其它肽包括已知的肽和随机的肽。它们可以以这样一种方式融合，使得所述纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的结构没有明显地被扰乱，并且该肽在代谢上或者结构构象上是稳定的。这样便允许获得这样的肽库，其在细胞内的存在及其数量都是容易监测的。
本发明的氨基酸序列变异体可以通过该变异的预先确定的性质来表征，所述的预先确定的性质也就是将它们与天然发生的形式区分开的特征，所述的天然发生的形式例如纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶序列的等位基因的或者种间的变异。一方面，本发明的变异体表现出与天然发生的类似物相同性质的生物活性。可选择地，可以选择具有改变的特征的变异体。一方面，尽管引入氨基酸序列变化的位点或区域是预先决定的，但突变本身并不需要预先决定。例如，为了优化在一个给定位点出现的突变所带来的性能，可以在目标密码子或者区域进行随机诱变，并筛选被表达的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶变异体，以寻找所需活性的优化组合。在具有已知序列的DNA的预先决定的位点产生取代突变的技术是已熟知的，正如在此讨论的，例如，M13引物诱变和PCR诱变。突变体的筛选可以通过应用例如葡聚糖水解分析来进行。在可供选择的方面，氨基酸取代可以是单个残基；插入可以是大约1到20个氨基酸的水平，尽管可以插入相当大的片段。缺失的范围可以是大约1到大约20、30、40、50、60、70个残基或者更多。为了得到具有优化性质的最终衍生物，替代、缺失、插入或者它们的任何组合都可以被应用。一般地，这些变化是在为数不多的氨基酸上进行，以使分子的改变最小化。然而，在某些情况下，可以容忍更大的改变。
本发明提供了纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，其中多肽骨架的结构、二级结构或三级结构，例如，α螺旋或β折叠结构，已被修饰。一方面，电荷或疏水性已被修饰。一方面，侧链基团已被修饰。通过选择较不保守的取代来产生功能或免疫性的实质变化。例如，可以进行这样的取代，它们将更加显著地影响：发生变化的区域的多肽骨架的结构，例如α螺旋或β折叠结构；分子的电荷或疏水位点，其可以是活性位点；或侧链。本发明提供在本发明的多肽中的取代，其中(a)亲水残基，例如丝氨酰或苏氨酰，被疏水残基例如亮氨酰、异亮氨酰、苯基丙氨酰、缬氨酰或丙氨酰取代，或者相反；(b)半胱氨酸或脯氨酸被任何别的残基取代，或者相反；(c)具有正电性侧链的残基，例如赖氨酰、精氨酰或组氨酰被带负电的残基例如谷氨酰或天冬氨酰取代，或者相反；或者(d)具有大体积侧链的基团，例如苯丙氨酸，被不具侧链的氨基酸例如甘氨酸取代，或者相反。所述变异体可以表现出相同性质的生物学活性(即，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性)，尽管变异体可经选择来按需改变纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的特征。
一方面，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶包括表位(epitopes)或者纯化标记、信号序列或其它的融合序列，等。在一方面，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可以与随机的肽融合，形成融合多肽。“融合”或者“可操作地连接”在此是指随机肽和纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶连接在一起，其连接方式最小化了对纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的结构的稳定性的破坏，例如，其仍保持纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。所述的融合多肽(或者编码该融合多肽的融合多核苷酸)还可以包含进一步的成分，包括在多个环(multiple loops)处的多个肽。
一方面，所述肽和编码它们的核酸被随机化，或者是被完全随机化的，或者是在它们的随机化中有偏向，例如，在核苷酸/残基的总的频率或者每个位置处的频率方面有偏向。“随机化”是指每一核酸和肽分别由实质上随机的核苷酸和氨基酸组成。一方面，产生所述肽的所述核酸可以化学合成，从而可以在任何位置整合进任何核苷酸。因此，当所述核酸被表达而形成肽时，任何氨基酸残基可以整合进任何位置。可以设计合成过程来产生随机化的核酸，从而允许在所述核酸的长度范围内形成所有的或大多数的可能组合，由此形成随机核酸文库。该文库可以提供足量的结构多样的随机化表达产物群体，可以获得概率上充分的细胞响应范围，从而可以提供一种或多种表现出所需响应的细胞。因此，本发明提供了一个足够大的相互作用文库，这样，其成员中的至少一个将具有使其对于一些分子、蛋白或者其他因子具有亲和性的结构。
一方面，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶是多结构域的酶，其包括信号肽、糖类结合模块(module)、纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶催化结构域、连接子(linker)和/或另一个催化结构域。
本发明提供了产生可以编码生物学活性杂合多肽(例如，杂合纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)的嵌合多肽的方法和序列。在一个方面，原始的多核苷酸(例如，本发明的示例性核酸)编码生物学活性的多肽。一方面，本发明的方法通过利用细胞内过程产生了新的杂合多肽，所述的细胞内过程可整合原始多核苷酸序列，这样，得到的杂合多核苷酸编码证明具有源自但不同于原始生物学活性多肽的活性的多肽(例如，本发明的纤维素酶或抗体)。例如，原始的多核苷酸可以编码来自或发现于不同微生物的特定酶(例如，纤维素酶)。由来自一个生物体或变异体的第一多核苷酸编码的酶可以，例如，在特殊的环境条件下，例如，高盐条件下，有效地发挥功能。来自不同生物体或变异体的第二多核苷酸编码的酶可在不同的环境条件下，如超高温条件下，有效地发挥功能。含有来自第一和第二原始多核苷酸的序列的杂合多核苷酸编码的酶可以显示了原始多核苷酸编码的两种酶的特性。因此，本发明的杂合多核苷酸编码的酶可在第一和第二多核苷酸编码的酶所共有的环境条件下，例如高盐和极端温度下，有效地发挥功能。
一方面，由本发明的方法得到的杂合多肽可显示出在原始酶中不具有的特殊酶活性。例如，在编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的多核苷酸重组和/或进行还原性重配后，从得到的由杂合多核苷酸编码的杂合多肽中可筛选出由各个原始酶获得的特异非纤维素酶例如非内切葡聚糖酶、非纤维二糖水解酶、非甘露聚糖酶和/或非β-葡糖苷酶活性，例如，水解酶、肽酶、磷酸化酶等活性。一方面，杂合多肽被筛选以确定那些可区分杂合多肽和原始亲本多肽的化学功能性，如杂合多肽发挥作用的温度、pH或盐浓度。
一方面，本发明涉及一种用于产生具有生物活性的杂合多肽以及筛选具有更高活性的多肽的方法，通过：
1)以可操纵的连接导入至少第一多聚核苷酸和以可操纵的连接导入至少第二多聚核苷酸到合适的宿主细胞，所述的至少第一多聚核苷酸和第二多聚核苷酸共有具有部分的序列同源性的至少一个区域；
2)在促进序列再组织的条件下培养宿主细胞，得到可操纵连接的杂合多核苷酸；
3)表达由所述杂合多核苷酸编码的杂合多肽；
4)在有利于鉴定增强的生物活性的条件下筛选所述的杂合多肽；和
5)分离编码该杂合多肽的多核苷酸。
分离和发现纤维素酶
本发明提供了分离和发现纤维素酶例如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶以及编码它们的核酸的方法。多核苷酸或酶可以分离自个体生物体(“分离物”)、已经生长在成分确定的培养基中的生物体收集物(“富集培养物”)，或者未经培养的生物体(“环境样品”)。生物体可以通过例如体内生物淘选进行分离(参见下面的讨论)。应用不依赖于培养物的方法从环境样品获得编码新的生物活性的多核苷酸是最优选的，因为这样便可接触到具有生物多样性的原始来源。多核苷酸或酶也可以分离自许多生物体的任何一种，例如细菌。除了全细胞之外，多核苷酸或酶也可以分离自来源于这些生物体例如细菌的培养物的粗酶制剂。
“环境文库”可以从环境样品中获得，其代表天然发生的生物体的基因组集合，这些“环境文库”可以用克隆载体完成，所述克隆载体可以在适合的原核宿主中扩增繁殖。因为被克隆的DNA起初是直接从环境样品中提取的，所以所述文库并不限于可以在纯培养物中生长的小部分原核生物。另外，存在于这些样品中的来自环境的DNA的标准化使其可以更加公正地代表存在于原始样品的所有物种的DNA。这可以大大增加从所述样品的次要组成中发现令人感兴趣的基因的效率，所述次要组成与优势种相比，其所占的量可能小几个数量级。
一方面，从一个或者多个未经培养的微生物中获得的基因文库被筛选以发现感兴趣的活性。编码感兴趣的生物活性分子的潜在途径首先在原核细胞中以基因表达文库的形式捕获。一方面，编码令人感兴趣的活性的多核苷酸从这样的文库中分离出来并导入到宿主细胞中。该宿主细胞在促进重组和/或还原性重配的条件下生长，产生潜在的具有新的或者增强的活性的生物分子。
可利用基于FACS和基于非光学(例如，磁性)的仪器进行体内生物淘选。一方面，用载体构建复杂基因文库，所述载体含有稳定转录的RNA的元件。例如，含有这样的序列将用于增强RNA的稳定性，从而增加它们在细胞中的半衰期，所述序列形成二级结构，例如发夹结构，其被设计来位于转录的RNA区的侧翼。用于生物淘选过程中的探针分子由用报告分子标记的寡核苷酸组成，所述报告分子仅在探针与靶分子结合后发荧光。使用几种转化技术的一种，这些探针被引入文库中的重组细胞。所述探针分子结合到转录的靶mRNA，得到DNA/RNA异源双链体分子。探针与靶标结合将产生荧光信号，该信号在筛选过程期间用FACS仪器检测和分选。
一方面，可进行亚克隆以进一步分离感兴趣的序列。在亚克隆中，DNA的一部分被扩增、消化——通常是通过限制性酶——以剪切所需的序列，所需的序列被连接进接受载体中，并被扩增。在亚克隆的每个步骤中，该部分被检测感兴趣的活性，以保证编码结构蛋白的DNA不被排除。插入物可在亚克隆的任何步骤中被纯化，例如在连接入载体之前通过凝胶电泳，或在含有接受载体的细胞和不含有接受载体的细胞被置于选择性培养基中时，所述培养基含有例如抗生素，其可杀死不含有接受载体的细胞。将cDNA插入物亚克隆进载体中的具体方法在本领域中是为人所熟知的(Sambrook等人，Molecular Cloning：A LaboratoryMannual，第二版，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989))。在另一个方面，本发明的酶是亚克隆。这种亚克隆与亲代克隆的差别在于，例如，长度、突变、标志物(tag)或标记(label)。
可以发现、分离或制备所述多核苷酸的微生物包括原核微生物如真细菌和古细菌，低等真核微生物如真菌、一些藻和原生动物。多核苷酸可以是发现于、分离自或制备于环境样品，在这种情况下，核酸被回收而不需培养某一种生物体，或者是从一种或者多种培养的生物中回收。在一方面，这样的微生物可以是适于极端环境的，如，嗜高温的、嗜冷的、冷育的、嗜盐的、嗜压的和嗜酸的。编码从极端微生物中分离出来的酶的多核苷酸可以被应用。本发明的酶可以超过100℃的温度有作用，例如在地表温泉和深海的热火山口发现的那些，或者在低于0℃的温度有作用，例如在北极水域中发现的那些，在饱和的盐环境下有作用，例如在死海中发现的那些，在pH值在0附近起作用，例如在煤层沉积物和地热富硫矿泉中发现的那些，或者在pH值超过11下起作用，例如在污水污泥中发现的那些。一方面，本发明的酶在很宽的温度和pH范围内表现出高活性。
如上所述的选择和分离的多核苷酸被导入进合适的宿主细胞中。合适的宿主细胞是能够促进重组和/或还原性重配的任何细胞。被选择的多核苷酸一方面已经在包括有合适的控制序列的载体中。宿主细胞可以是高等的真核细胞，如哺乳动物细胞，或低等真核细胞，如酵母细胞，或一方面，宿主细胞可以是原核细胞，如细菌细胞。将构建物导入宿主细胞可通过磷酸钙转染、DEAE-葡聚糖介导的转染，或电穿孔来实现。
示例性的宿主包括：细菌细胞，如大肠杆菌、链霉菌、鼠伤寒沙门氏菌；真菌细胞，如酵母；昆虫细胞如果蝇S2和草地夜蛾Sf9；动物细胞如CHO、COS或者黑色素瘤细胞；腺病毒和植物细胞；参见上面的讨论。通过本文的教导，选择适合的宿主被认为是在本领域技术人员已知的范围内。
各种哺乳动物细胞培养系统可以用于表达重组蛋白；哺乳动物表达系统的例子包括猴肾纤维原细胞的COS-7细胞系，其在“SV40-transformed simian cellssupport the replication of early SV40 mutants”(Gluzman，1981)中有说明，和其它的可以表达相容性载体的细胞系，例如，C127、3T3、CHO、HeLa和BHK细胞系。哺乳动物表达载体将包括复制起点、合适的启动子和增强子，以及任何必要的核糖体结合位点、多聚腺苷酸化的位点、剪接供体和受体位点、转录终止序列，以及5’侧翼的非转录序列。源于SV40剪接的DNA序列和多聚腺苷酸化的位点可以用于提供所需的非转录的遗传学元件。
另一方面，本发明的核酸、多肽和方法可以用于生物化学途径中，或用于产生编码来自一个或者多个操纵子或者基因簇或者其中的部分的生物化学途径的新的多核苷酸。例如，细菌和很多真核生物具有用于调控基因的协作机制，所述基因的产物涉及相关的过程。基因成簇排列在单一染色体上，在结构上称为“基因簇”，它们在单个调控序列的控制下一起转录，所述调控序列包括起始整个簇的转录的单个启动子。因此，基因簇是指一组或者相同或者相关的相邻基因，一般是指功能上相关的邻近的基因(通过基因簇编码的生物化学途径的一个例子是聚酮化合物(polyketides))。
一方面，基因簇DNA可以从不同的生物体中分离出来并且连接到载体中，尤其是含有表达调控序列的载体，所述表达控制序列可以控制和调控可检测蛋白或者来自连接在一起的基因簇的蛋白相关系列活性的产生。对于外源DNA引入具有非常大的容量的载体特别适合用于这样的基因簇的情况，在这里通过括大肠杆菌的f-因子(或者致育因子)的例子加以说明。大肠杆菌的f-因子是一种质粒，在接合过程中它能实现自身的高频率转移，f-因子对于获得和稳定扩增大DNA片段，如来自混合的微生物样品的基因簇是理想的。一个发明是使用被称作“fos-质粒”的克隆载体，或者细菌人工染色体(BAC)载体。它们是源于大肠杆菌f因子，可以稳定地整合大的基因组DNA片段。当整合来自混合的未经过培养的环境样品的DNA时，这就有可能得到以稳定的“环境DNA文库”形式存在的大的基因组片段。用于本发明的另一类型的载体是黏粒载体。黏粒载体最初是设计用来克隆和扩增基因组DNA的大片段。应用黏粒载体的克隆在Sambrook等，Molecular Cloning：A Laboratory Mannual，第二版，Cold Spring Harbor Laboratory Press(1989)中有详细说明。一旦连接到适当的载体，含有不同的聚酮化合物合成酶基因簇的两个或者更多个载体可以引入到适合的宿主细胞中。这些基因簇所共有的具有部分序列同源性的区域将促进导致序列重新组织为杂合基因簇的过程。然后可以对新的杂合基因簇进行筛选，以寻找在起初的基因簇没有发现的活性。
筛选各种酶活性的方法对于本领域技术人员是已知的，并在本说明书中通篇进行讨论，参见，例如下面的实施例1、2和3。当分离本发明的多肽和多核苷酸时，可以使用这样的方法。
一方面，本发明提供了发现和分离纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的方法，或者使用全细胞方法修饰这些酶的活性的化合物(参见下面的讨论)。可以从基因组DNA文库筛选编码纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的推定克隆。
筛选方法和“在线”监控设备
在实践本发明的方法时，多种仪器和方法可以与本发明的多肽和核酸一起使用，例如，用来筛选多肽的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性，用来筛选作为纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的潜在调节剂的化合物，诸如激活剂或抑制剂，还可以用来筛选与本发明的多肽结合的抗体、与本发明的核酸杂交的核酸，用来筛选表达本发明的多肽的细胞，等等。除了下面详细描述的用于筛选样品的阵列形式以外，也可使用别的形式来实施本发明的方法。这样的形式包括，例如质谱仪、色谱仪，例如，高通量HPLC和其它形式的液相色谱，和更小的形式，如1536-孔板、384-孔板等等。高通量筛选仪器可被改装并用来实施本发明的方法，见，例如美国专利申请20020001809；20050272044。
毛细管阵列
本发明的核酸或多肽可被固定或应用于阵列上。阵列可用来筛选或监测组合物(例如，小分子、抗体、核酸等)的文库，以发现它们结合本发明的核酸或多肽或者调节本发明的核酸或多肽的活性的能力。毛细管阵列，如GIGAMATRIXTM，戴弗萨公司(Diversa Corporation)，San Diego，CA；和描述在例如美国专利申请20020080350 A1；WO 0231203 A；WO 0244336 A中的阵列，提供了容纳和筛选样品的可供选择的装置。在一个方面，毛细管阵列包括多个毛细管，它们形成具有相互邻接的毛细管的阵列，其中所述的每个毛细管含有至少一个壁，其限定了一个用以保留样品的内腔。这个内腔可以是圆柱形的、正方形的、六边形的或其它任何几何形状，只要其壁能够形成内腔以保留液体或样品。毛细管阵列的毛细管可相互靠近联合在一起形成一个面状的构造。毛细管可通过融合(例如，当毛细管由玻璃制成时)、粘合、键合或面对面的夹合而结合在一起。此外，毛细管阵列可以包括在阵列中相邻毛细管之间放置的间质材料(interstitial material)，从而形成含有多个穿通孔(through-holes)的固体平面装置。
毛细管阵列可由任何数量的毛细管形成，例如，100至4,000,000个毛细管。进一步，具有大约100,000或更多个单个毛细管的毛细管阵列可形成标准大小和形状的Microtiter
Figure 2006800161755_3
板，其适合于标准的实验室设备。通过毛细作用或使用细针的微注射，人工或自动地将腔充满。随后可以从毛细管中移出感兴趣的样品以进行进一步的分析或定性。例如，安置细针样的探头，使其与选择的毛细管能够液体连通，从而可以向腔内加入材料或移走材料。
在单区筛选分析(single-pot screening assay)中，分析组分在插入到毛细管阵列中之前被混合在一起，产生目的溶液。当至少一部分阵列被浸入目标溶液中时，通过毛细作用充满内腔。在每个毛细管中的化学或生物学反应和/或活性被监测，以发现可检测事件。所述的可检测事件常常被称为“命中事件(hit)”，其常常可以通过光学检测与产生“非命中事件(non-hit)”的毛细管区分开来。因此，毛细管阵列可整体地并行检测“命中事件”。
在多区筛选分析(multi-pot screening assay)中，多肽或核酸，例如，配体可被导入进第一组分中，该组分被导入进毛细管阵列的至少一部分毛细管中。然后将气泡导入进第一组分后面的毛细管中。然后将第二组分导入进毛细管内，其中所述的第二组分与第一组分通过气泡相隔。通过在毛细管阵列的两侧施加静水压挤破气泡将第一和第二组分混合在一起。然后监测毛细管阵列中由两个组分的反应或非反应而发生的可检测事件。
在结合筛选分析(binding screening assay)中，目标样品可作为用可检测颗粒标记的第一液体导入进毛细管阵列的毛细管中，其中为了使可检测颗粒与内腔结合，毛细管的内腔包被了一种结合材料。然后第一液体可从毛细管中移去，其中结合的可检测颗粒仍保留在毛细管内，可以将第二液体导入进毛细管内。然后监测毛细管中由颗粒与第二液体的反应或非反应而发生的可检测事件。
阵列，或“生物芯片”
本发明的核酸或者多肽可以固定于或者应用于阵列。可以应用阵列来筛选或者监测化合物(例如，小分子、抗体、核酸等等)的文库，所述筛选或者监测是针对它们结合本发明的核酸或多肽或者调控本发明的核酸或多肽的活性的能力。例如，在本发明的一方面，一个被监测的参数是纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶基因的转录表达。细胞的一种或多种或所有的转录物可以通过阵列或“生物芯片”上的固定化核酸与包含细胞转录物、或代表细胞转录物的核酸、或与细胞转录物互补的核酸的样品的杂交来测定。通过在微型芯片上应用核酸“阵列”，细胞的一些或所有的转录物可以同时被定量。可选择地，包含基因组核酸的阵列也可以用于确定通过本发明的方法制造的新的工程菌株的基因型。“多肽阵列”也可以用于同时定量多种蛋白。本发明可以用任何已知的“阵列”进行实践，所述“阵列”也指“微阵列”或“核酸阵列”或“多肽阵列”或“抗体阵列”或“生物芯片”，或者它们的变体。阵列一般是多个“点”或者“靶元素”，每一个靶元素包括确定数量的一种或多种生物分子，例如，固定于基材表面的确定区域、用于特异结合样品分子如mRNA转录物的寡核苷酸。
在此使用的术语“阵列”或“微阵列”或“生物芯片”或“芯片”是多个靶元素，每个靶元素包括固定在基材表面的确定区域上的确定量的一种或多种多肽(包括抗体)或核酸，以下进一步详细讨论。
在实践本发明的方法时，任何已知的阵列和/或制备和应用阵列的方法都可以被全部或者部分地并入，或者引入它们的变体，例如在下列文献中说明的：美国专利6,277,628；6,277,489；6,261,776；6,258,606；6,054,270；6,048,695；6,045,996；6,022,963；6,013,440；5,965,452；5,959,098；5,856,174；5,830,645；5,770,456；5,632,957；5,556,752；5,143,854；5,807,522；5,800,992；5,744,305；5,700,637；5,556,752；5,434,049；还参见，例如，WO 99/51773；WO 99/09217；WO 97/46313；WO 96/17958；还参见，例如，Johnston(1998)Curr.Biol.8：R171-R174；Schummer(1997)Biotechinques 23：1087-1092；Kern(1997)Biotechniques 23：120-124；Solinas-Toldo(1997)Genes，Chromosomes & Cancer 20：399-407；Bowtell(1999)Nature Genetics Supp.21：25-32。也参见公布的美国专利申请20010018642；20010019827；20010016322；20010014449；20010014448；20010012537；20010008765。
抗体和基于抗体的筛选方法
本发明提供了可与本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶特异结合的分离出的或重组的抗体。这些抗体可用来分离、鉴定或定量本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶或相关的多肽。这些抗体可用来分离在本发明范围内的其它多肽或其它相关的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。抗体经设计可以结合纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的活性位点。因此，本发明提供了使用本发明的抗体来抑制纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的方法(见上面关于本发明的抗纤维素酶抗体组合物的应用的讨论，例如抗内切葡聚糖酶抗体组合物、抗纤维二糖水解酶抗体组合物、抗甘露聚糖酶抗体组合物和/或抗β-葡糖苷酶抗体组合物)。
术语“抗体”包括来源于(derived from)、出自于(modeled after)或大体上编码于(substantially encoded by)一个免疫球蛋白基因或多个免疫球蛋白基因的肽或多肽或者其片段，它们能特异地结合于抗原或表位，见例如，FundamentalImmunology，第三版，W.E. Paul，ed.，Raven Press，N.Y.(1993)；Wilson(1994)J.Immunol.Methods 175：267-273；Yarmush(1992)J.Biochem.Biophys.Methods25：85-97。术语抗体包括结合抗原的部分，即，具有与抗原结合的能力的“抗原结合位点”(例如，片段、子序列、互补决定区(CDRs))，包括(i)Fab片段，由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段；(ii)F(ab’)2片段，包括在铰链区由二硫键连接的两个Fab片段的二价片段；(iii)由VH和CH1结构域组成的Fd片段；(iv)由抗体单臂(a single arm)的VL和VH结构域组成的Fv片段；(v)由VH结构域组成的dAb片段(Ward等，(1989)Nature 341：544-546)，和(vi)分离出的互补决定区(CDR)。单链抗体也被包括在术语“抗体”中。
本发明提供了本发明的酶(例如肽)的片段，包括本发明的多肽的免疫原性片段(例如，子序列)。本发明提供了含有本发明的多肽或肽和佐剂或载体以及类似物的组合物。
所述抗体可以在免疫沉淀、染色、免疫亲合柱等等中被应用。如果需要的话，编码特异抗原的核酸序列可以通过免疫方法获得，随后分离出多肽或者核酸，进行扩增或者克隆，将多肽固定在本发明的阵列上。可供选择的，本发明的方法可以用于修饰由细胞产生的待修饰的抗体的结构，如，抗体的亲和性可以增加或者降低。而且，制备或者修饰抗体的能力可以是通过本发明的方法设计细胞表型。
免疫、产生和分离抗体(多克隆的或者单克隆的)的方法是本领域技术人员所了解的，并且在科学和专利文献中有描述，参见，如，Coligan，CURRENTPROTOCOLS IN IMMUNOLOGY，Wiley/Greene，NY(1991)；Stites(eds.)BASICAND CLINICAL IMMUNOLOGY(第7版)Lange Medical Publications，Los Altos，CA(“Stites”)；Goding，MONOCLONAL ANTIBODIES：PRINCIPLES ANDPRACTICE(第2版)Academic Press，NewYork，NY(1986)；Kohler(1975)Nature256：495；Harlow(1988)ANTIBODIES，A LABORATORY MANUAL，Cold SpringHarbor Publications，New York。除了使用动物的传统的体内方法外，抗体也可以在体外产生，例如，应用表达重组抗体结合位点的噬菌体展示文库。参见如，Hoogenboom(1997)Trends Biotechnol.15：62-70；Katz(1997)Annu.Rev.Biophys.Biomol.Struct.26：27-45。
本发明的多肽或者含有其至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150个连续氨基酸的片段，也可用来产生与所述多肽或片段特异结合的抗体。得到的抗体可应用于免疫亲和层析程序，以分离或纯化多肽，或确定多肽是否存在于生物样品中。在这样的程序中，蛋白制备物，如提取物，或生物样品与能够同本发明的多肽或者含有其至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150个连续氨基酸的片段特异结合的抗体接触。
在免疫亲和程序中，所述抗体附着于固体支持物上，如珠子或者其它的柱基质。在所述抗体可以特异地与本发明的多肽或其片段结合的条件下，将所述蛋白制备物与所述抗体接触。当通过清洗去除非特异结合的蛋白后，特异性结合的多肽被洗脱下来。
在生物样品中蛋白结合所述抗体的能力可以通过使用本领域技术人员所熟悉的各种方法来确定。例如，结合可以通过用例如荧光试剂、酶标记或者放射性同位素的可检测标记物来标记所述抗体来确定。可选择地，所述抗体与所述样品的结合可以通过应用具有这样的可检测标记的二抗来检测。特定的分析包括ELISA分析、夹心分析、放射免疫分析以及Western印迹。
针对本发明的多肽或含有其至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150个连续氨基酸的片段产生的多克隆抗体可通过直接将多肽注射进动物中或通过将多肽给予动物，例如非人动物而获得。这样获得的抗体可与多肽本身结合。以这种方式，甚至仅编码多肽的一个片段的序列也可用来产生可与整个天然多肽结合的抗体。这种抗体然后可用来从表达所述多肽的细胞中分离多肽。
为了制备单克隆抗体，可使用可通过连续细胞系培养来产生抗体的任何技术。实例包括杂交瘤技术(Kohler和Milstein，Nature，256：495-497，1975)、三体瘤技术、人B-细胞杂交瘤技术(Kozbor等人，Immunology Today 4：72，1983)和EBV-杂交瘤技术(Cole等人，1985，in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy，Alan R.Liss，Inc.，pp.77-96)。
用于产生单链抗体的技术(美国专利4,946,778)可被改动，以使之适于产生本发明的多肽或含有其至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150个连续氨基酸的片段的单链抗体。可选择地是，转基因小鼠可用来表达这些多肽或其片段的人源化抗体。
产生的针对本发明的多肽或含有其至少5、10、15、20、25、30、35、40、50、75、100或150个连续氨基酸的片段的抗体可用于筛选来自其它生物体和样品的类似多肽。在这些技术中，来自生物体的多肽与抗体接触，检测可与抗体特异结合的多肽。上述的任何程序可用来检测抗体的结合。一种这样的筛选分析描述在“Methods for Measuring Cellulase Activities”，Methods in Enzymology，Vol 160，87-116页中。
试剂盒
本发明提供了试剂盒，其包括组合物，例如本发明的核酸、表达序列盒、载体、细胞、转基因种子或者植物或者植物的一部分、多肽(如纤维素酶)和/或者抗体。所述试剂盒也可以包括如在此所述的用于教导本发明的方法学以及工业、医疗和饮食应用的指导性材料。
全细胞工程和测定代谢参数
本发明的方法提供了细胞的全细胞进化或全细胞工程，其通过修饰细胞的遗传组成开发出具有新的表型，例如，新的或修饰的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的新细胞株。参见美国专利申请20040033975。
可以通过向细胞中加入本发明的核酸，例如本发明的酶的编码序列而修饰遗传组成。见，例如，WO0229032；WO0196551。
为了探测新的表型，在“实时”或者“在线”的时间范围内监测被修饰的细胞的至少一种代谢参数。一发面，多个细胞，如培养细胞物被“实时”或者“在线”监测。一方面，“实时”或者“在线”监测多个代谢参数。代谢参数可以应用本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶进行监测。
代谢流分析(MFA)是以已知的生物化学框架为基础。以质量守恒定律和细胞内代谢的假稳态假说(PSSH)为基础，构建线性独立代谢矩阵。在实践本发明的方法时，建立代谢网络，包括：
●所有途径底物、产物和中间代谢物的特性，
●使途径代谢物互变的所有化学反应的特性，途径反应的化学计量学，
●催化反应的所有酶的特性，酶反应动力学，
●途径组分之间的调控性相互作用；如变构效应相互作用，酶-酶相互作用等，
●酶或者酶的任何其它超大分子组织在细胞内的区室化，以及，
●任何浓度梯度的代谢物、酶或者效应分子的存在，或者它们运动的扩散障碍。
一旦针对给定的细胞株建立了代谢网络，如果在线代谢数据可用，那么可以通过矩阵概念引入数学表达来评估细胞内的代谢流。代谢表型依赖于细胞内整个代谢网络的变化。代谢表型依赖于途径利用对环境条件、遗传调控、发育状态和基因型等等作出的变化。在本发明方法的一个方面，当计算了在线MFA之后，通过研究所述的途径利用来分析细胞的动力学行为、它们的表型和其它性质。例如，在酵母发酵中，如果葡萄糖供应增加，氧气减少，呼吸途径的利用将会降低和/或者停止，而发酵途径的利用将占优势。在所述的途径分析之后，细胞培养物的生理状态的控制将成为可能。通过确定如何改变底物供给、温度、诱导物的使用等来控制细胞的生理状态朝着所需的方向进行，本发明的方法可以有助于确定如何操纵发酵。在实践本发明的方法时，MFA的结果也可以与转录物组(transcriptome)和蛋白质组(proteome)的数据比较，设计实验和方案用于代谢工程或者基因重排等等。
在实践本发明的方法时，可以产生和检测到任何经修饰改变的或者新的表型，包括在细胞中新的或者改进的特征。可以监测代谢或者生长的任何方面。
监测mRNA转录物的表达
在本发明的一方面，工程化的表型包括增加或者降低mRNA转录物(如，纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶信息)的表达或者在细胞中产生新的(如，纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)转录物。这一增加或者减少的表达可以通过测定本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的存在，或者通过纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性分析来跟踪。mRNA转录物或者信息也可以通过本领域已知的任何方法来检测或者定量，包括，例如，Northern印迹、定量扩增反应、阵列杂交以及类似的方法。定量扩增反应包括，如，定量PCR，包括，如，定量反转录聚合酶链式反应，或者RT-PCR；定量实时RT-PCR，或者“实时动力学RT-PCR”(参见，如，Kreuzer(2001)Br.J.Haematol.114：313-318；Xia(2001)Transplantation72：907-914)。
在本发明的一方面，工程化的表型是通过敲除同源基因的表达产生。可以敲除所述基因的编码序列或者一个或多个转录控制元件，如启动子或者增强子。这样，转录物的表达可以完全去除或者仅被降低。
在本发明的一方面，所述工程化的表型包括增加同源基因的表达。这可以通过敲除负调控元件或者诱变正调控元件而实现，负调控元件包括以顺式或者反式起作用的转录调控元件。细胞的一种或者多种或者所有的转录物可以通过阵列上的固定化核酸与包含细胞转录物的样品，或者与代表细胞转录物或和细胞转录物互补的核酸的杂交来测定。
监测多肽、肽和氨基酸的表达
在本发明的一方面，工程化的表型包括增加或者降低多肽(如纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)的表达或者在细胞内产生新的多肽。这一增加或者减少的表达可以通过确定存在的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的量或者通过纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性分析来跟踪。也可以通过本领域任何已知的方法来检测并定量多肽、肽和氨基酸，所述方法包括，如，核磁共振(NMR)、分光光度测定法、射线照像术(蛋白放射性标记)、电泳、毛细管电泳、高效液相色谱(HPLC)、薄层色谱(TLC)、超扩散色谱，各种免疫学方法，如，免疫沉淀、免疫扩散、免疫电泳、放射性免疫分析(RIAs)、酶联免疫吸附分析(ELISAs)、免疫荧光分析，凝胶电泳(如，SDS-PAGE)、用抗体染色、荧光激活的细胞分选器(FACS)、热分解质谱、傅立叶变换红外光谱测定、拉曼光谱、GC-MS和LC-电喷以及cap-LC-串联-电喷质谱，已经类似的方法。应用这些方法或者它们的变体也可以筛选新的生物活性，在美国专利6,057,103中有说明。而且，正如以下详细讨论的，可以应用蛋白阵列测定细胞的一种或者多种或者所有的多肽。
工业、能源、药物和其它应用
本发明的多肽(例如，具有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的多肽)可以催化纤维素的降解。本发明的酶是高度选择性的催化剂。本发明提供了利用本发明的酶的工业方法，例如，在制药或营养(饮食)补充剂行业、能源工业(例如，制造“清洁”生物燃料)中，在食品和饲料工业中，例如在制造食品和饲料产品以及食品和饲料添加剂的方法中利用本发明的酶。一方面，本发明提供了在医药工业中利用本发明的酶的工艺，例如，以制备药物或饮食助剂或补充物，或食物补充物和添加剂。此外，本发明提供了在生物乙醇——包括“清洁”燃料——的生产中使用本发明的酶的方法。
本发明的酶可以催化具有强烈的立体选择性、区域选择性和化学选择性的反应。本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可被工程化，以在各种溶剂中发挥功能，可在极端pH(例如，高pH和低pH)和极端温度(例如，高温和低温)、极端的盐度水平(例如，高盐度和低盐度)下工作，并可催化同与其天然的生理底物结构上不相关的化合物的反应。
生物物质转化和清洁生物燃料的生产
本发明提供了生物质(biomass)(例如，木质纤维素材料)转化成燃料(例如生物醇)和化学品的酶和方法。因此，本发明的组合物和方法提供了使用基于石油的产品的有效的和持续的可替代选择。本发明提供了表达本发明的酶的生物体，可用于参与涉及天然生物质转化的化学循环。一方面，用于转化的酶和方法可用在酶整体(enzyme ensembles)中，用于将纤维素和半纤维素聚合物解聚成可代谢的碳部分。如上所讨论，本发明提供了发现和实施最有效的酶的方法，使这些重要的新的“生物质转化”和可选择的能源工艺可行。
一方面，本发明的多肽，例如，具有纤维素酶活性，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的蛋白质，被用在将木质纤维素生物质转化成醇例如乙醇的方法中。本发明还提供了由含有木质纤维素生物质的组合物生产醇(“生物醇”)的方法。木质纤维素生物质材料可以从农作物获得，以食品或饲料生产的副产物获得，或以木质纤维素废品获得，例如植物残余和废纸。用本发明的多肽处理的合适的植物残余的例子包括茎、叶、壳、皮、穗轴(cob)和类似物，以及木材、木屑、木质纸浆和锯屑。适合用本发明的多肽处理的纸废品的例子包括废弃的复印纸、计算机打印纸、笔记本纸、记事本纸、打字机用纸等等，以及报纸、杂志、纸板和基于纸的包装材料。
一方面，本发明的酶和方法可与从生物质制备醇的更“传统的”方法一起使用，例如，这样的方法，包括通过使干燥过的木质纤维素材料在反应器中与由强酸和金属盐的稀释溶液组成的催化剂接触而水解木质纤维素材料；这可以降低纤维素水解的活化能或温度，以获得更高的糖产率；参见，例如，美国专利6,660,506；6,423,145。
使用本发明的酶的另一种示例性方法包括：通过使木质素纤维素材料在一定的温度和压力下在含水介质中经受第一阶段的水解步骤而水解含有半纤维素、纤维素和木素的木质纤维素材料，所述温度和压力被选择来实现半纤维素的初步解聚而不将纤维素大部分解聚成葡萄糖。该步骤得到一种浆，其中含水液相含有从半纤维素解聚得到的溶解的单糖，而固相含有纤维素和木素。第二阶段水解步骤可以包括使得至少大部分纤维素被解聚的条件，该步骤产生含有溶解的/可溶的纤维素解聚产物的含水液相。参见，例如，美国专利5,536,325。本发明的酶可以在该示例性方法中的任何阶段加入。
使用本发明的酶的另一种示例性方法包括：通过一个或多个用大约0.4％至2％的强酸进行稀释酸水解的阶段来处理含木质纤维素的生物质材料；以及通过碱性去木质作用来处理酸水解的生物质材料的未反应的固体木质纤维素成分，以产生可生物降解的热塑塑料和衍生产品的前体。参见，例如，美国专利6,409,841。本发明的酶可以在该示例性方法中的任何阶段加入。
使用本发明的酶的另一种示例性方法包括：在预水解反应器中预水解木质纤维素材料；向该固体木质纤维素材料加入酸性液体，制备混合物；将该混合物加热至反应温度；维持反应足够的时间，以将木质纤维素材料分馏成含有至少大约20％的来自木质纤维素材料的木质素的溶解部分以及含有纤维素的固体部分；当处于或接近其中固体部分中的纤维素变得更易于进行酶促降解的反应温度时，从固体部分除去溶解部分；以及回收溶解部分。参见，例如，美国专利5,705,369。本发明的酶可以在该示例性方法中的任何阶段加入。
本发明提供了制备基于液体烃的发动机燃料组合物(例如，用于火花点火发动机)的方法，所述液体烃掺混有利用本发明的酶或方法制备的燃料级醇。一方面，利用本发明的酶生产的燃料包括，例如液体煤气-醇混合物或液体天然气-醇混合物。一方面，共溶剂是生物质衍生的2-甲基四氢呋喃(MTHF)。参见，例如，美国专利6,712,866。
用于木质纤维素的酶促降解的方法，例如，用于从木质纤维素材料生产乙醇的方法，还可以包括生物质材料的超声处理；参见，例如，美国专利6,333,181。
使用本发明的酶制备含有乙醇的生物燃料的另一个示例性方法包括预处理含有木质纤维素给料的原材料，所述木质纤维素给料至少包括半纤维素和纤维素。一方面，所述原材料包括马铃薯、大豆(油菜籽)、大麦、黑麦、玉米、燕麦、小麦、甜菜或甘蔗或成分或废物或食物或饲料生产副产物。原材料(“给料”)在破坏植物纤维结构的条件下发生反应，以实现半纤维素和纤维素的至少部分水解。破坏性条件可以包括，例如使原材料在pH0.5至2.5经受180℃至270℃的平均温度大约5秒至60分钟的时间；或，在pH0.5至2.5经受220℃至270℃的温度大约5秒至120秒的时间，或同等条件。这增加了的给料的可利用性，该给料有待本发明的酶例如纤维素酶消化。美国专利6,090,595。
用于木质纤维素材料的纤维素酶水解的示例性条件包括在大约30℃至48℃之间的温度下和/或大约4.0和6.0之间的pH下反应。其它示例性条件包括在大约30℃至60℃之间的温度下和/或大约4.0和8.0之间的pH。
动物饲料和食物或饲料添加剂
除了提供用于人类使用的饮食助剂或添加剂、或食物补充物和添加剂，本发明还提供了使用本发明的多肽和/或本发明的抗体处理动物饲料和食物和食物或饲料添加剂的方法，所述多肽例如具有纤维素酶活性如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的蛋白质。本发明提供了含有本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶和/或本发明的抗体的动物饲料、食物和添加剂。动物可以是任何农场动物或任何动物。
本发明的动物饲料添加剂可以是颗粒状的酶产品，其可以很容易与饲料成分混合。可选择地是，本发明的饲料添加剂可形成一种预混合组分。本发明的颗粒状酶产品可被包被或不包被。酶颗粒的粒径可与饲料和预混合组分的大小相容。这为将酶整合进饲料中提供了一种安全和方便的手段。可选择地，本发明的动物饲料添加剂可以是一种稳定过的液体组合物。它可以是水基或油基的浆液。见，例如美国专利6,245,546。
在动物饲料或食物的改善(或者修饰)中，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可以在体外(通过改变饲料或食物的成分)或在体内加工食物或饲料。本发明的多肽可被加入动物饲料或食物组合物中。
一方面，本发明的酶与另一种酶一起加入，例如，β-半乳糖苷酶、过氧化氢酶、漆酶、其它纤维素酶、内切糖苷酶、内切-β-1，4-漆酶、淀粉葡糖苷酶、其它葡糖苷酶、葡萄糖异构酶、糖基转移酶、脂酶、磷脂酶、脂氧化酶、β-漆酶、内切-β-1，3(4)-漆酶、角质酶、过氧化物酶、淀粉酶、葡糖淀粉酶、果胶酶、还原酶、氧化酶、脱羧酶、酚氧化酶、木质素酶、支链淀粉酶、阿拉伯聚糖酶、半纤维素酶、甘露聚糖酶、xylolaccases、木聚糖酶、果胶乙酰酯酶、鼠李半乳糖醛聚糖乙酰酯酶、蛋白水解酶、肽酶、蛋白酶、多聚半乳糖醛酸酶、鼠李半乳糖醛聚糖酶、半乳聚糖酶、果胶裂解酶、转谷氨酰胺酶、果胶甲基酯酶、其它纤维二糖水解酶和/或转谷氨酰胺酶。这些酶消化产物更容易被动物消化。因此，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶有助于饲料或食物的能量的有效利用，或者通过降解纤维素，有助于食物或饲料的消化性。
在另一个方面，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶通过直接在转基因饲料作物(如，例如转基因植物、种子以及类似物)中表达酶而被供给，所述转基因作物如谷粒、谷类、玉米、大豆、油菜籽、羽扇豆以及类似物。如在上面所讨论的，本发明提供了转基因的植物、植物部分和植物细胞，其含有编码本发明多肽的核酸序列。在一个方面，核酸被表达，这样，本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶以可回收的量被产生。纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可从任何植物或植物部分中被回收。可选择的是，含有重组多肽的植物或植物部分可用来改善食物或饲料的性质，例如，改善营养价值、可口性等等。
一方面，本发明的酶输送基质是以分散的多个微粒、小丸或颗粒形式存在。“颗粒”的含义是被压扁或压紧的微粒，如通过制丸、挤压或类似的压制过程从基质中去除水分。微粒的这种压缩或压紧也可促进微粒的微粒内粘聚性。例如，通过在制丸机中将基于谷物的基质制丸来制备颗粒。由此制备的丸被研磨或粉碎成适合用作动物饲料辅料的颗粒大小。由于基质本身被批准用于动物饲料，所以在动物饲料中它可用作输送酶的稀释剂。
一方面，包含在本发明酶输送基质和方法中的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶是热稳定的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶，如在本文中所述，以便在升高的温度和/或蒸汽可能用来制备丸化的酶输送基质的生产期间抵抗纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的灭活。在消化含有本发明的酶输送基质的饲料的过程中，水相消化液将引起活性酶的释放。其它类型的热稳定酶和热稳定的营养添加剂也可被掺入输送基质中，其可在任何类型的含水条件下释放。
一方面，出于许多不同的目的，可以对本发明的酶基质微粒应用包衣，如为了向动物饲料中添加调味剂或营养补充剂，为了在胃内条件下延缓动物饲料补充剂和酶的释放，以及类似的目的。一方面，可应用包衣来实现功能性的目的，例如在需要延缓酶从基质微粒中释放或控制酶将被释放的条件时。包衣材料的组分可以是这样的，其可选择性地被其敏感的试剂(如热、酸或碱、酶或其它化学物质)分解。可选择地是，对不同的这样的分解剂敏感的两种或更多种包衣可被连续地应用于基质微粒。
本发明也涉及制备酶释放基质的方法。根据本发明，该过程包括提供基于谷粒的基材的多个分散颗粒，其颗粒大小适合用作酶释放基质，其中所述的颗粒包括由本发明的氨基酸序列编码的纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶。一方面，该方法包括将酶释放基质的颗粒压制或压缩成微粒，在一个方面是通过制丸来完成。防霉剂和粘聚剂，当被应用时，可在任何适合的时间被加入，并且在一方面，与基于谷粒的基材以所需的比例在将基于谷粒的基材制丸之前混合。制丸机进料中的含水量在一个方面是上面所示的与最终产物含水量对应的范围，在一个方面是大约14-15％。一方面，水分以酶的含水制剂形式加入至给料中，使该给料达到此含水量。在制丸机中的温度在一个方面用蒸汽达到大约82℃。制丸机可在任何条件下进行操作，对给料进行足够的操作以提供小丸。对于从含酶组合物中去除水分来说，制丸方法本身是一个很经济的方法。
本发明的组合物和方法可以结合施用益生素进行实践，益生素是高分子量糖类，如低聚果糖(FOS)；低聚半乳糖(GOS)、GRAS(通常认为安全的(GenerallyRecognized As Safe))材料。这些益生素可以通过一些益生乳酸菌(LAB)进行代谢。它们对于大多数小肠微生物是不可消化的。
处理食物和食物加工
本发明提供了包含本发明的酶的食物和饲料以及使用本发明的酶处理食物和饲料的方法。本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶在食品加工工业中具有大量的应用。本发明提供了水解含纤维素的组合物的方法，所述含纤维素的组合物包括植物细胞、细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或动物细胞、或任何植物或植物部分、或任何食物或饲料、废品等等。
例如，本发明提供了含有纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的饲料或食物，例如，在饲料、液体诸如饮料(如果汁或啤酒)、面包、面团或面包产品、或饮品(如啤酒)或饮料前体(如，麦芽汁)中。
本发明的食物处理工艺还可以包括使用其它酶的任何组合，其它酶例如色氨酸酶或酪氨酸脱羧酶、漆酶、过氧化氢酶、漆酶、其它纤维素酶、内切糖苷酶、内切-β-1，4-漆酶、淀粉葡糖苷酶、其它葡糖苷酶、葡萄糖异构酶、糖基转移酶、脂酶、磷脂酶、脂氧化酶、β-漆酶、内切-β-1，3(4)-漆酶、角质酶、过氧化物酶、淀粉酶、葡糖淀粉酶、果胶酶、还原酶、氧化酶、脱羧酶、酚氧化酶、木质素酶、支链淀粉酶、阿拉伯聚糖酶、半纤维素酶、甘露聚糖酶、xylolaccases、木聚糖酶、果胶乙酰酯酶、鼠李半乳糖醛聚糖乙酰酯酶、蛋白水解酶、肽酶、蛋白酶、多聚半乳糖醛酸酶、鼠李半乳糖醛聚糖酶、半乳聚糖酶、果胶裂解酶、转谷氨酰胺酶、果胶甲基酯酶、其它纤维二糖水解酶和/或转谷氨酰胺酶。
一方面，本发明提供了用于水解液体(液化的)和颗粒淀粉的酶和方法。这样的淀粉可以来源于任何来源，例如甜菜、甘蔗、马铃薯、玉米、小麦、蜀黍、高梁、黑麦或bulgher。本发明适合于在液化(例如，为了生产生物乙醇)中有用的任何植物淀粉来源如谷物淀粉来源，包括已知可产生适合于液化的淀粉的任何其它谷物或蔬菜来源。本发明的方法包括液化来自任何天然材料的淀粉(例如，制造生物乙醇)，所述的天然材料例如稻、发芽水稻、玉米、大麦、蜀黍、小麦、高梁、马铃薯、甜菜、甘蔗和甘薯。液化过程可以充分地水解淀粉以产生糖浆。液化的温度范围可以是已知在液化淀粉中有效的任何液化温度。例如，淀粉的温度可以在大约80℃到大约115℃之间，在大约100℃到大约110℃之间，以及大约105℃到大约108℃之间。除了用于(或用于生产)食物和饲料包括酒精饮料，使用本发明的酶和方法生产的生物乙醇可用作燃料或用于燃料中(例如，汽车燃料)，例如，如下所讨论。
废物处理
本发明提供了用在废物处理中的酶。本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶可用于各种废物处理或相关的工业应用中，例如用在与生物质转化产生燃料相关的废物处理中。例如，在一个方面，本发明提供了使用本发明的纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶的固体和/或液体废物消化方法。该法可以包括减少基本上未处理的固体废物的量和体积。固体废物可在酶溶液(包括本发明的纤维素酶，如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶)存在的情况下用酶促消化过程在控制的温度下进行处理。这种反应不需要添加微生物形成明显的细菌发酵。固体废物被转变为液化的废物和任何残余的固体废物。得到的液化废物可与所述的任何残余的固化废物分离。见，例如美国专利5,709,796。
一方面，本发明的组合物和方法被用于去除、预防或减少例如动物废物池如养猪农场的动物废物池中、其它动物废物管理系统中或任何工业或食品加工应用中的气味。
用于生物质(例如，木质纤维素材料)转化成燃料(例如，生物乙醇)的酶和方法可以结合城市固体废物材料的处理/再循环，所述城市固体废物材料包括从城市直接获得的废物或者先前填埋随后回收的城市固体废物，或者下水道淤泥，例如含有明显量的纤维素材料的下水道淤泥块形式的下水道淤泥。由于下水道淤泥块通常不含有明显量的可再循环材料(铝、玻璃、塑料等等)，它们可以用浓硫酸直接处理(以降低废物的纤维素成分的重金属含量)，并在乙醇生产系统中进行处理。参见，美国专利6,267,309；5,975,439。
使用本发明的酶从废物材料回收有机物质和无机物质的另一种示例性方法包括通过使之经受热和压来对固体有机物质进行灭菌并使之软化。该示例性方法可以通过首先搅拌废物材料，然后使之经受热和压而进行，热和压对其进行灭菌并使其中包含的有机物质软化。一方面，在压力下加热之后，压力可以从多孔室突然释放，以向外推动经软化的有机物质通过容器的孔，从而从固体无机物质分离出有机物质。然后，经软化的无菌有机物质在发酵室中进行发酵，例如使用本发明的酶，例如，以形成发酵浆。该发酵浆可通过离心、蒸馏柱和/或厌氧蒸煮器进行进一步加工，以回收燃料如乙醇和甲烷、以及动物饲料补充物。参见，例如美国专利6,251,643。
本发明的酶还可以用于降低工业废物或从畜牧业设备产生的废物以及类似废物的气味的工艺，例如预处理。例如，本发明的酶可用于处理废物存储设备中的动物废物，以增强大量的有机物质的有效降解，同时气味减少。该方法还可以包括接种利用硫化物的细菌和消化有机物的细菌以及裂解酶(除了本发明的酶之外)。参见，例如美国专利5,958,758。
本发明的酶还可用在移动系统(mobile system)例如间歇式反应器(batchtype reactors)中，用于含水有害废物的生物再补救，例如，如在美国专利5,833,857中所描述的。间歇式反应器可以是具有循环能力的大的容器，其中通过将营养物输入反应器中将细菌(例如，表达本发明的酶的细菌)维持在有效的状态。当流出物可以被输入反应器中或者反应器被建成为废水处理系统时，可以采用这样的系统。本发明的酶还可以用在这样的处理系统中，该处理系统在小的或临时的遥远场所使用，例如，移动式的、大容量、高效的多功能废水处理系统。
本发明的废物处理方法可以包括使用其它酶的任何组合，其它酶例如其它纤维素酶如内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶、过氧化氢酶、漆酶、其它纤维素酶、内切糖苷酶、内切-β-1，4-漆酶、淀粉葡糖苷酶、其它葡糖苷酶、葡萄糖异构酶、糖基转移酶、脂酶、磷脂酶、脂氧化酶、β-漆酶、内切-β-1，3(4)-漆酶、角质酶、过氧化物酶、淀粉酶、葡糖淀粉酶、果胶酶、还原酶、氧化酶、脱羧酶、酚氧化酶、木质素酶、支链淀粉酶、肌醇六磷酸酶、阿拉伯聚糖酶、半纤维素酶、甘露聚糖酶、xylolaccases、木聚糖酶、果胶乙酰酯酶、鼠李半乳糖醛聚糖乙酰酯酶、蛋白水解酶、肽酶、蛋白酶、多聚半乳糖醛酸酶、鼠李半乳糖醛聚糖酶、半乳聚糖酶、果胶裂解酶、转谷氨酰胺酶、果胶甲基酯酶、其它纤维二糖水解酶和/或转谷氨酰胺酶。
去垢剂组合物
本发明提供了含有本发明的一种或多种多肽(例如，具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)的去垢剂组合物，以及制备和使用这些组合物的方法。本发明包括了制备和使用去垢剂组合物的所有方法，见，例如美国专利6,413,928；6,399,561；6,365,561；6,380,147。去垢剂组合物可以是一个部分和两个部分的含水组合物、不含水的液体组合物、铸型固体、颗粒形式、微粒形式、压缩片剂、凝胶和/或糊剂和浆液的形式。本发明还提供了能够使用这些去垢剂组合物快速除去总食物类污垢、或食物残留的膜以及其它少量食物组分的方法。本发明的酶通过淀粉多糖的催化水解可以促进淀粉染污的去除。本发明的酶可用于洗碟用去垢剂、纺织品洗涤去垢剂中。
实际的活性酶含量依赖于制造去垢剂组合物的方法，这不是很严格的，只要去垢剂溶液具有所需的酶活性。在一个方面，存在于最终溶液中的葡糖苷酶的量的范围为每克去垢剂组合物大约0.001mg至0.5mg。选择用于本发明的方法和产品中的特定酶依赖于最终应用的条件，包括产品的物理形式、应用时的pH、应用时的温度和要被降解或改变的污垢类型。对于指定的任何一组应用条件，可以选择酶以提供最佳的活性和稳定性。在一个方面，本发明的多肽在大约4至大约12的pH范围内，大约20℃至大约95℃的温度范围内是有活性的。本发明的去垢剂可以包括阳离子表面活性剂、半极性的非离子表面活性剂或两性离子表面活性剂；或其混合物。
本发明的酶(例如，具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)可被制成粉末状和液体的去垢剂，具有的pH在4.0和12.0之间，按重量计为大约0.01％至大约5％(优选0.1％至0.5％)的水平。这些去垢剂组合物也可以包括其它的酶如已知的蛋白水解酶、纤维素酶、脂酶或糖苷内切酶，以及助洗剂和稳定剂。向传统的洗涤组合物中添加本发明的酶不会造成任何特殊的应用限制。换句话说，适合去垢剂的任何温度和pH也适用于本发明的组合物，只要pH在上述范围内，而温度在所描述的酶变性温度之下。另外，本发明的多肽可用于不需要去垢剂的洗涤组合物中，再单独应用或与助洗剂和稳定剂联合应用。
本发明提供了清洁组合物，包括清洁硬表面的去垢剂组合物、清洁织物的去垢剂组合物、洗碟用组合物、口腔清洁组合物、假牙清洁组合物和隐形眼镜清洁液。
在一个方面，本发明提供了清洗物体的方法，包括将物体与本发明的多肽在可充分清洗的条件下接触。本发明的多肽可以作为去垢剂添加剂而被加入。本发明的去垢剂组合物，例如可被配制为含有本发明多肽的手工或机器洗衣的去垢剂组合物。适合用于预处理污染织物的洗衣添加剂可含有本发明的多肽。织物柔软剂组合物可含有本发明的多肽。可选择的是，本发明的多肽可被制成去垢剂组合物，用于通常的家庭硬表面清洗工作中。在可选择的方面，本发明的去垢剂添加剂和去垢剂组合物可以包含一种或多种其它的酶，例如蛋白水解酶、脂酶、角质酶、另一种葡糖苷酶、糖酶、另一种纤维素酶、果胶酶、甘露聚糖酶、阿拉伯糖酶、半乳聚糖酶、木聚糖酶、氧化酶，例如，乳糖酶和/或过氧化物酶。所选择的本发明的酶的特性可与所选择的去垢剂相容(即，最佳pH，与其它的酶或非酶成分相容，等)，并且，酶是以有效量存在。在一个方面，本发明的酶用来从织物中去掉有恶臭的材料。在实施本发明中可使用的各种去垢剂组合物和制备它们的方法描述在，例如美国专利6,333,301；6,329,333；6,326,341；6,297,038；6,309,871；6,204,232；6,197,070；5,856,164。
本发明的去垢剂和相关的方法还可以包括使用其它酶的任何组合，其它酶例如色氨酸酶或酪氨酸脱羧酶、过氧化氢酶、漆酶、其它纤维素酶、内切糖苷酶、内切-β-1，4-漆酶、淀粉葡糖苷酶、其它葡糖苷酶、葡萄糖异构酶、糖基转移酶、脂酶、磷脂酶、脂氧化酶、β-漆酶、内切-β-1，3(4)-漆酶、角质酶、过氧化物酶、淀粉酶、葡糖淀粉酶、果胶酶、还原酶、氧化酶、脱羧酶、酚氧化酶、木质素酶、支链淀粉酶、阿拉伯聚糖酶、半纤维素酶、甘露聚糖酶、木糖漆酶、木聚糖酶、果胶乙酰酯酶、鼠李半乳糖醛聚糖乙酰酯酶、蛋白水解酶、肽酶、蛋白酶、多聚半乳糖醛酸酶、鼠李半乳糖醛聚糖酶、半乳聚糖酶、果胶裂解酶、转谷氨酰胺酶、果胶甲基酯酶、其它纤维二糖水解酶和/或转谷氨酰胺酶。
处理织物和纺织品
本发明提供了使用本发明的一种或多种多肽处理织物和纺织品的方法，所述多肽例如具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶。本发明的多肽可以在任何织物处理方法中使用，这些方法在本技术领域是已知的，例如参见美国专利6,077,316。例如，一方面，织物的手感和外观通过包括用本发明的酶在溶液中接触织物的方法得到改进。一方面，用溶液在压力下处理织物。
一方面，本发明的酶在织物的编织过程中或之后应用，或在脱浆阶段应用，或在一个或多个其它的织物处理步骤中应用。在织物的编织过程中，线被施加相当大的机械张力。在机械织布机上进行编织之前，经纱通常用上浆淀粉或淀粉衍生物涂覆，以便提高它们的拉伸强度并防止断裂。本发明的酶可用于去除这些上浆淀粉或淀粉衍生物。在纺织品已经编织好之后，织物可以继续进行到脱浆阶段。随后可以是一个或多个额外的织物加工步骤。脱浆是从纺织品中去除“浆料”的作用过程。在编织之后和进一步加工织物之前，必须去除浆料涂层，以便确保均匀且耐水的效果。本发明提供了一种脱浆方法，包括通过本发明酶的作用对“浆料”进行酶促水解。
本发明的酶(如具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)可作为去污剂添加剂对织物进行脱浆，所述织物包括含棉织物，所述酶可以例如在含水组合物中。本发明提供了在靛类染色的粗斜纹棉布织物和衣服上产生砂洗外观的方法。对于服装制造，织物可以被剪裁并缝纫为衣料或服装，这些在后来被整理。尤其是，对于粗斜纹布牛仔裤的制造，已经开发了不同的酶促加工方法。粗斜纹棉布服装的整理(finishing)通常从酶脱浆步骤开始，在该步骤中服装经受淀粉分解酶的作用，以便给织物提供柔软性，使得棉织物更易于进行后面的酶促整理步骤。本发明提供了使用本发明的酶加工(finishing)粗斜纹棉布服装(例如“生物-石磨方法(bio-stoning process)”)、酶促脱浆并给织物提供柔软性的方法。本发明提供了在脱浆和/或整理过程中快速软化粗斜纹棉布服装的方法。
本发明还提供了含有本发明的酶(如具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)的消毒剂。
本发明的织物或纺织品处理方法还可以包括使用其它酶的任何组合，其它酶例如色氨酸酶或酪氨酸脱羧酶、漆酶、过氧化氢酶、漆酶、其它纤维素酶、内切糖苷酶、内切-β-1，4-漆酶、淀粉葡糖苷酶、其它葡糖苷酶、葡萄糖异构酶、糖基转移酶、脂酶、磷脂酶、脂氧化酶、β-漆酶、内切-β-1，3(4)-漆酶、角质酶、过氧化物酶、淀粉酶、葡糖淀粉酶、果胶酶、还原酶、氧化酶、脱羧酶、酚氧化酶、木质素酶、支链淀粉酶、阿拉伯聚糖酶、半纤维素酶、甘露聚糖酶、xylolaccases、木聚糖酶、果胶乙酰酯酶、鼠李半乳糖醛聚糖乙酰酯酶、蛋白水解酶、肽酶、蛋白酶、多聚半乳糖醛酸酶、鼠李半乳糖醛聚糖酶、半乳聚糖酶、果胶裂解酶、转谷氨酰胺酶、果胶甲基酯酶、其它纤维二糖水解酶和/或转谷氨酰胺酶。
纸或纸浆处理
本发明的酶(如具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)可以在纸或纸浆处理或纸脱墨中使用。例如，一方面，本发明提供了使用本发明的酶的纸处理方法。一方面，本发明的酶可以被用来修饰纸中的淀粉，从而将其转化为液化形式。另一方面，在化学和酶促脱墨过程中处理再循环影印纸的纸成分。一方面，本发明的酶可以与其它酶一起使用，包括其它纤维素酶(包括其它内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶和/或β-葡糖苷酶)。木材、纸、纸产品或纸浆可以通过如下三种方法来处理：1)在存在本发明的酶的情况下进行离解；2)用脱墨化学品和本发明的酶进行离解，和/或3)在用本发明的酶浸透后进行离解。与仅仅用纤维素酶处理的纸相比，用本发明的酶处理的循环纸可以具有更高的亮度，这是由于去除了墨粉颗粒。尽管本发明不受任何特定机理的限制，但本发明的酶的效果可能是由于其在纸浆悬浮物中作为表面活性剂的结果。
本发明提供了使用本发明的一种或多种多肽处理纸和纸浆的方法。本发明的多肽可以在任何纸处理或纸浆处理方法中使用，这些方法在本技术领域是熟知的，例如参见美国专利6,241,849；6,066,233；5,582,681。例如，一方面，本发明提供了对含有染料的印刷过的纸进行脱墨和脱色的方法，包括使印刷过的纸变成浆状物，以得到纸浆，并在存在本发明的酶(也可以加入其它酶)的情况下从纸浆中移去油墨。另一方面，本发明提供了增加纸浆的打浆度的方法，所述纸浆例如由再生纤维制成的纸浆，这可以通过将含有本发明的酶的酶促混合物(也可以含有其它酶，例如果胶酶)加入到纸浆中，在可引起反应的条件下进行处理，以产生酶促处理的纸浆。酶促处理的纸浆的打浆度相对于再生纤维纸浆的初始打浆度有所增加，光度没有损失。
本发明的纸、木材或纸浆处理或再循环工艺还可以包括使用其它酶的任何组合，其它酶例如色氨酸酶或酪氨酸脱羧酶、漆酶、过氧化氢酶、漆酶、其它纤维素酶、内切糖苷酶、内切-β-1，4-漆酶、淀粉葡糖苷酶、其它葡糖苷酶、葡萄糖异构酶、糖基转移酶、脂酶、磷脂酶、脂氧化酶、β-漆酶、内切-β-1，3(4)-漆酶、角质酶、过氧化物酶、淀粉酶、葡糖淀粉酶、果胶酶、还原酶、氧化酶、脱羧酶、酚氧化酶、木质素酶、支链淀粉酶、阿拉伯聚糖酶、半纤维素酶、甘露聚糖酶、xylolaccases、木聚糖酶、果胶乙酰酯酶、鼠李半乳糖醛聚糖乙酰酯酶、蛋白水解酶、肽酶、蛋白酶、多聚半乳糖醛酸酶、鼠李半乳糖醛聚糖酶、半乳聚糖酶、果胶裂解酶、转谷氨酰胺酶、果胶甲基酯酶、其它纤维二糖水解酶和/或转谷氨酰胺酶。
再次制浆：木质纤维素材料的处理
本发明也提供了用于处理木质纤维素纤维的方法，其中所述纤维用本发明的多肽(如具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)处理，所述多肽以足以改进纤维特性的量被使用。本发明的酶也可以在由淀粉强化废纸和纸板生产或再循环木质纤维素材料如纸浆、纸和纸板的过程中被使用，尤其是在再次制浆或再循环发生在pH高于7的场合，以及本发明的酶可以通过降解强化淀粉来促进废品离解的场合。本发明的酶可以在由淀粉涂覆的印刷过的纸制备造纸纸浆的过程中有用。该过程可以按照例如WO95/14807中的描述进行。一个示例性的方法包括分解纸以产生纸浆，在所述分解之前、分解过程中或分解之后用淀粉降解酶进行处理，并在分解和酶处理之后从纸浆中分离出油墨颗粒。也参见美国专利6,309,871和本文引述的其它美国专利。因此，本发明包括用于再循环纸浆的酶促脱墨的方法，其中多肽以足以有效地对纤维表面进行脱墨的量使用。
酿造和发酵
本发明提供了包含本发明的酶的啤酒酿造(例如发酵)方法，所述酶例如具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶。在一个示例性的方法中，含淀粉的原料被离解，并被加工以形成麦芽。本发明的酶可以在发酵过程中的任意阶段使用。例如，本发明的酶可以在大麦麦芽的加工中使用。啤酒酿造的主要原料是大麦麦芽。这可以是一个三阶段过程。首先，大麦谷物被浸渍以增加水含量，例如增加到大约40％左右。第二，所述谷物可以在15-25℃的温度孵育3到6天以便发芽，此时酶合成在赤霉素的控制下被刺激。酶水平在此期间显著上升。一方面，本发明的酶在该过程的这个(或任意其它)阶段加入。酶的作用导致可发酵的还原糖有所增加。这可以被表示为糖化力(diastatic power)，DP，在12℃糖化力可以在5天内从大约80上升到190。
本发明的酶可以在任何啤酒生产方法中使用，例如美国专利5,762,991；5,536,650；5,405,624；5,021,246；4,788,066中所描述的。
增加来自地下形成物的生产流体的流动
本发明也包括使用本发明的酶(如具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)的方法，其中所述方法通过除去在生产作业过程中形成的粘性的、含淀粉的、破坏性流体来增加来自地下形成物(subterranean formation)的生产流体(production fluids)的流动；这些流体可以在地下形成物中找到，所述地下形成物包围着整个井孔。因此，本发明的方法导致生产液体可以从井孔流出。本发明的方法还着眼于破坏性流体的问题，该破坏性流体将来自形成物的生产流体的流动降低到预期流速之下。一方面，本发明通过将含水流体和本发明的多肽混合在一起配制成酶处理物(使用本发明的酶)；将酶处理物泵入到井孔内的期望位置；允许酶处理物降解粘性、含淀粉的、破坏性流体，从而将流体从地下形成物中移出至井筒的表面；以及其中酶处理物可以有效地攻击含淀粉流体中的α葡糖苷键。
本发明的地下形成物酶处理方法还可以包括使用其它酶的任何组合，其它酶例如色氨酸酶或酪氨酸脱羧酶、漆酶、过氧化氢酶、漆酶、其它纤维素酶、内切糖苷酶、内切-β-1，4-漆酶、淀粉葡糖苷酶、其它葡糖苷酶、葡萄糖异构酶、糖基转移酶、脂酶、磷脂酶、脂氧化酶、β-漆酶、内切-β-1，3(4)-漆酶、角质酶、过氧化物酶、淀粉酶、葡糖淀粉酶、果胶酶、还原酶、氧化酶、脱羧酶、酚氧化酶、木质素酶、支链淀粉酶、阿拉伯聚糖酶、半纤维素酶、甘露聚糖酶、xylolaccases、木聚糖酶、果胶乙酰酯酶、鼠李半乳糖醛聚糖乙酰酯酶、蛋白水解酶、肽酶、蛋白酶、多聚半乳糖醛酸酶、鼠李半乳糖醛聚糖酶、半乳聚糖酶、果胶裂解酶、转谷氨酰胺酶、果胶甲基酯酶、其它纤维二糖水解酶和/或转谷氨酰胺酶。
药物组合物和饮食补充物
本发明还提供了含有本发明的纤维素酶(例如，具有纤维素酶、内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)的药物组合物和饮食补充物(例如，膳食助剂)。纤维素酶活性包括内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。一方面，药物组合物和饮食补充物(例如，饮食助剂)被配制用于经口摄取，例如，可以提高具有高纤维素或木质纤维素成分的食物和饲料的可消化性。
牙周治疗化合物可以包括本发明的酶，例如，如在美国专利6,776,979所述。用于治疗或预防酸性肠道综合症的组合物和方法可以包括本发明的酶，例如，如美国专利6,468,964所述。
另一方面，创伤敷料、植入物和类似物包括抗微生物(如，抗生素-作用)酶，包括本发明的酶(包括，例如，本发明的示例性序列)。本发明的酶也可用于藻酸盐敷料、抗菌防护敷料、烧伤敷料、压迫绷带、诊断工具、凝胶敷料、透水性敷料(hydro-selective dressings)、吸水(泡沫)敷料(hydrocellular(foam)dressings)、水胶敷料、I.V敷料、开刀防护巾(incise drapes)、低附着敷料(low adherentdressings)、气味吸收敷料、石膏绷带(paste bandages)、术后敷料、伤疤控制、皮肤护理、透明膜敷料和/或伤口闭合。本发明的酶可用于伤口清洁、创面床准备，以治疗压迫性溃疡、腿部溃疡、烧伤、糖尿病足溃疡、伤疤、IV固定、手术创伤和微创。本发明的酶可用于无菌酶促清创组合物如软膏中。在各个方面，纤维素酶被配制成片剂、凝胶、药丸、植入物、液体、喷剂、粉末、食物、饲料球或配制成胶囊化的制剂。
生物防御应用
在其它方面，本发明的纤维素酶(例如，具有内切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性的酶)可用于生物防御(例如，破坏含有木质纤维素材料的孢子或细菌)。在生物防御应用中使用本发明的纤维素酶提供了显著的益处，因为它们可以被非常迅速地开发，对抗任何目前未知的或未来的生物战剂。此外，本发明的纤维素酶可用于受侵袭环境的净化。一方面，本发明提供了含有具有纤维素酶活性的多肽的生物防御剂或生物解毒剂，其中所述多肽包括本发明的序列(包括，例如，本发明的示例性序列)，或者由本发明的核酸(包括，例如，本发明的示例性序列)编码的多肽，其中，任选地，所述多肽具有活性，包括切葡聚糖酶、纤维二糖水解酶、甘露聚糖酶和/或β-葡糖苷酶活性。
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下面的实施例被提供来进行举例说明，但并不限制所要求保护的发明。
实施例
实施例1：GIGAMATRIXTM筛选
一方面，本发明的方法使用Diversa公司专有的GIGAMATRIXTM平台；参见PCT专利公布WO 01/38583；美国专利申请20050046833；20020080350；美国专利6,918,738；设计专利D480,814。例如，一方面，GIGAMATRIXTM被用于确定多肽是否具有纤维素酶活性以及是否在本发明范围内的方法中、或者鉴定和分离具有纤维素酶活性的多肽的方法中。
GIGAMATRIXTM平台可以包括基于100,000孔的微板的超高通量筛选，该微板具有常规96孔板的尺寸。在本实施例中，基于先前通过CBH示出的活性，使用2种底物，进行GIGAMATRIXTM筛选。测试了甲基-伞形酮酰纤维二糖苷(MUC)和甲基伞形酮酰乳糖苷(MUL)。筛选了噬粒形式的不同克隆，因为底物扩散入细胞，并且荧光被认为更容易检测到。使用缺乏β-半乳糖苷酶的宿主株，以降低对乳糖苷底物的活性。乳糖苷底物产生更少的命中(hit)，并且被认为比纤维素底物更具有专一性。此外，乳糖苷底物产生更少的β-葡糖苷酶命中。为了测试在筛选中使用这些底物的可行性，选择14个文库，基于下列事实进行筛选：这些文库通过先前的筛选程序产生了内切葡聚糖酶命中。在受筛选的文库中，存在来自11个筛选文库的共50个初步命中。二次筛选由在琼脂板上植入克隆以及然后将菌落挑选入含有培养基和MUL的384孔板中组成。针对MUL有活性的克隆从非活性克隆的背景中区分开来。然后，各个单独的克隆过夜生长，测量荧光，并挑选最具活性的命中物用于测序。
对命中物的所有的基因组克隆插入物进行测序。总的来说，命中来自几个不同的糖基水解酶家族，包括家族1、2、5、6、10和16。发现了几个其它命中，其中开放的阅读框不同源于任何已知的糖基水解酶家族。此外，所述命中物的一些编码GTP环化水解酶基因。
表1.GIGAMATRIXTM命中的概述
    酶 编号 开放阅读框SEQ ID NO： 最接近的相关BLAST
    1  SEQ ID NO：22(由例如SEQ ID NO：21编码) ORF 001-家族5(纤维素酶)
    1a  SEQ ID NO：24(由例如SEQ ID NO：23编码) ORF 003-家族16+CBM
    2  SEQ ID NO：26(由例如SEQ ID NO：25编码) ORF 001-家族1(β-葡糖苷酶)
    3  SEQ ID NO：92(由例如SEQ ID NO：91编码) ORF 001-家族3
    3a  SEQ ID NO：94(由例如SEQ ID NO：93编码) ORF 002-α-鼠李糖苷酶
    4  SEQ ID NO：96(由例如SEQ ID NO：95编码) ORF 001-家族3
    4a  SEQ ID NO：98(由例如SEQ ID NO：97编码) ORF 003-β-葡糖醛酸酶
    5  SEQ ID NO：128(由例如SEQ ID NO：127编码) ORF 004-短链脱氢酶
    5a  SEQ ID NO：130(由例如SEQ ID NO：129编码) ORF 010-短链脱氢酶
    6  SEQ ID NO：116(由例如SEQ ID NO：115编码) ORF 004-短链脱氢酶
    6a  SEQ ID NO：118(由例如SEQ ID NO：117编码) ORF 011-短链脱氢酶
    7  SEQ ID NO：40(由例如SEQ ID NO：39编码) ORF 004-推测的氧化还原酶
    8  SEQ ID NO：42(由例如SEQ ID NO：41编码) ORF 004-半胱氨酰tRNA合成酶
    8a  SEQ ID NO：44(由例如SEQ ID NO：43编码) ORF 011-假想蛋白
    9  SEQ ID NO：54(由例如SEQ ID NO：53编码) ORF 002-自由基SAM家族
    10  SEQ ID NO：134(由例如SEQ ID NO：133编码) ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶)
    11  SEQ ID NO：58(由例如SEQ ID NO：57编码) ORF 001-枯草蛋白酶样蛋白酶
    12  SEQ ID NO：46(由例如SEQ ID NO：45编码) ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶)
    13  SEQ ID NO：8(由例如SEQ ID NO：7编码) ORF 003-异柠檬酸脱氢酶
    13a  SEQ ID NO：10(由例如SEQ ID NO：9编码) ORF 004-家族10(木聚糖酶)
    14  SEQ ID NO：48(由例如SEQ ID NO：47编码) ORF 002-家族1(β-葡糖苷酶)
    14a  SEQ ID NO：50(由例如SEQ ID NO：49编码) ORF 006-fdhd/narq氧化还原酶
    15  SEQ ID NO：4(由例如SEQ ID NO：3编码) ORF 008-家族1(β-葡糖苷酶)
    15a  SEQ ID NO：6(由例如SEQ ID NO：5编码) ORF 012-家族6(纤维素酶)
    16  SEQ ID NO：136(由例如SEQ ID NO：135编码) ORF 001-纤维素酶(糖基水解酶家族5)
    17  SEQ ID NO：56(由例如SEQ ID NO：55编码) ORF 004-家族1(β-葡糖苷酶)
    18  SEQ ID NO：126(由例如SEQ ID NO：125编码) ORF 009-家族1(β-葡糖苷酶)
    19  SEQ ID NO：120(由例如SEQ ID NO：119编码) ORF 002-氧化还原酶
    19a  SEQ ID NO：122(由例如SEQ ID NO：121编码) ORF 004-家族5(纤维素酶)
    20  SEQ ID NO：124(由例如SEQ ID NO：123编码) ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶)
    21  SEQ ID NO：132(由例如SEQ ID NO：131编码) ORF 007-家族5(纤维素酶)
    22  SEQ ID NO：38(由例如SEQ ID NO：37编码) ORF 011-家族1(β-葡糖苷酶)
    22a  SEQ ID NO：36(由例如SEQ ID NO：35编码) ORF 007-家族5(纤维素酶)
    23  SEQ ID NO：138(由例如SEQ ID NO：137编码) ORF 001-肽酶M37
    24  SEQ ID NO：146(由例如SEQ ID NO：145编码) ORF 002-家族1(β-葡糖苷酶)
    25  SEQ ID NO：52(由例如SEQ ID NO：51编码) ORF 001-家族5(纤维素酶)
    26  SEQ ID NO：20(由例如SEQ ID NO：19编码) ORF 008-家族10(木聚糖酶)
    26a  SEQ ID NO：18(由例如SEQ ID NO：17编码) ORF 005-β-内酰胺酶
    27  SEQ ID NO：16(由例如SEQ ID NO：15编码) ORF 007-家族1(β-葡糖苷酶)
    27a  SEQ ID NO：14(由例如SEQ ID NO：13编码) ORF 005-NADH依赖性脱氢酶
    27b  SEQ ID NO：12(由例如SEQ ID NO：11编码) ORF 003-NAD结合氧化还原酶
    28  SEQ ID NO：28(由例如SEQ ID NO：27编码) ORF 002-家族1(β-葡糖苷酶)
    29  SEQ ID NO：114(由例如SEQ ID NO：113编码) ORF 003-家族10
    30  SEQ ID NO：34(由例如SEQ ID NO：33编码) ORF 006-家族1(β-葡糖苷酶)
    30a  SEQ ID NO：32(由例如SEQ ID NO：31编码) ORF 002-纤维糊精磷酸化酶
    31  SEQ ID NO：30(由例如SEQ ID NO：29编码) ORF 004-家族1(β-葡糖苷酶)
    32  SEQ ID NO：100(由例如SEQ ID NO：99编码) ORF 012-家族1(β-葡糖苷酶)
    33  SEQ ID NO：84(由例如SEQ ID NO：83编码) ORF 008-脱氢酶
    34  SEQ ID NO：102(由例如SEQ ID NO：101编码) ORF 003-家族5(纤维素酶)
    35  SEQ ID NO：140(由例如SEQ ID NO：139编码) ORF 001-苏氨酸脱氢酶
    36  SEQ ID NO：142(由例如SEQ ID NO：141编码) ORF 005-家族1(β-葡糖苷酶)
    37  SEQ ID NO：144(由例如SEQ ID NO：143编码) ORF 003-家族1(β-葡糖苷酶)
    38  SEQ ID NO：2(由例如SEQ ID NO：1编码) ORF 001-家族1(β-葡糖苷酶)
    39  SEQ ID NO：86(由例如SEQ ID NO：85编码) ORF 008-家族1(β-葡糖苷酶)
缩写：CBM-糖结合模块(carbohydrate binding module)
表征酶和底物活性
在GIGAMATRIXTM筛选中发现的39个命中物(参见上面的表1)首先针对纤维六糖进行筛选，确定对纤维素寡聚体的作用模式。基因组克隆被定义为具有完整的DNA插入物的片段，所述DNA插入潜在地含有多个开放阅读框。例如，在上面的表1，一个这样的基因组克隆含有标号为酶22和22a的两个开放阅读框，其中所述阅读框分别具有如SEQ ID NO：37和SEQ ID NO：35所描述的序列。另一个这样的基因组克隆含有三个开放阅读框，其被标号为酶27、27a和27b。亚克隆衍生自基因组克隆并可以仅含有单个开放阅读框。基因组克隆在含有抗生素的TB培养基中过夜生长，裂解细胞，通过离心澄清裂解液。用合适的诱导剂诱导，使亚克隆生长至OD600＝0.5，然后在裂解细胞并澄清裂解液之前生长额外的3小时。基因组克隆通常比亚克隆具有更低的活性，却是在大范围的克隆中评价活性的更方便的途径。使用薄层色谱(TLC)进行终点反应的初步研究，通常进行24h。还用磷酸溶胀纤维素(PASC)测试酶，磷酸溶胀纤维素是晶体纤维素，其通过酸处理来溶胀而更加不定形。
许多从环境文库克隆出的纤维素酶对PASC是具有活性的，但是释放纤维二糖以及纤维三糖和/或葡萄糖。来自GIGAMATRIXTM发现尝试的基因组克隆也针对PASC以及针对纤维素底物例如纤维六糖(Seikagaku，Japan)进行了测试。薄层色谱试验表明，一些基因组克隆能够水解纤维六糖，如在图6和7中所阐述。在这些克隆中，许多克隆能够产生葡萄糖作为最终产物，这与这样的事实一致：它们与包括β-葡糖苷酶在内的糖基水解家族1具有序列同一性。几种酶产生纤维二糖和/或更大的片段，但是产物模式的确切性质还不能通过TLC试验认识清楚，所以，开发了毛细管电泳(CE)方法。
实施例2：毛细管电泳
在一些方面，毛细管电泳(CE)被用在筛选酶活性的测定中，例如，CE被用于确定多肽是否具有纤维素酶活性以及是否在本发明的范围内的方法中，或者用于鉴定和分离具有纤维素酶活性的多肽的方法中。毛细管电泳(CE)提供了快速的运行时间和更高的测定灵敏度的优势。CE法使用1-氨基芘-3，6，8-三磺酸盐(APTS)作为荧光团，并针对与糖类和糖寡聚体的应用进行优化(Guttman(1996)High-resolution capillary gel electrophoresis of reducing oligosaccharides labeled withl-amino[rho]yrene-3，6，8-trisulfonate.Anal.Biochem 233：234-242)。对纤维六糖显示出活性的酶经受对磷酸溶胀纤维素以及纤维六糖的测试。基因被亚克隆、表达和使用镍-螯合柱进行纯化。酶与底物温育1h，并使用10cm或48cm毛细管来分析产物。对于10cm或48cm的毛细管，纤维六糖分别在第2和9分钟洗脱出。在存在低含量的糖的情况下或者如果在混合物中存在污染，48cm毛细管能够更好地分离产物。实施CE法，对来自GIGAMATRIXTM发现的酶进行研究，所述酶在TLC检测下对纤维六糖显示出良好的活性。
酶22/22a(参见上面的表1)显示出对PASC的良好性能(数据总结于图8图中)，主要释放纤维二糖。此外，酶22/22a能够从AVICEL
Figure 2006800161755_4
MicrocrystallineCellulose(MCC)(FMC Corporation，Philadelphia，PA)释放纤维二糖(数据概述于图9图中)。序列分析显示，酶22和酶21具有～92％的同一性，并且属于糖基水解酶家族5。家族5主要含有内切葡聚糖酶，但存在纤维二糖水解酶的例子。来自热纤梭菌的CeIO已经基于从无定形和晶形纤维素仅释放纤维二糖的活性被表征为纤维二糖水解酶(Zverlov(2002)A newly described cellulosomal cellobiohydrolase，CeIO，from Clostridium thermocellum：investigation of the exo-mode of hydrolysis，andbinding capacity to crystalline cellulose.Microbiology 148：247-255)。
当与来自解纤维素嗜酸耐热菌(Acidothermus cellulolyticus)的内切葡聚糖酶比较时，所有这三种酶都具有紧邻底物结合位点的插入。该插入能够形成环，其包住底物结合位点，从而将该酶从内切葡聚糖酶转变为纤维二糖水解酶。当这些酶针对纤维六糖进行测试时，它们主要产生纤维二糖，伴随更少量的纤维三糖。这些结果通过如下事实加以解释：纤维二糖水解酶具有从纤维六糖底物产生纤维二糖和纤维三糖的能力(Harjunpaa(1996)Cello-oligosaccharide hydrolysis bycellobiohydrolase II from Trichoderma reesei.Association and rate constants derivedfrom an analysis of progress curves.Eur.J Biochem 240：584-591)。
实施例3：基于发现的序列
本发明提供了使用本发明的序列鉴定和分离纤维素酶例如纤维二糖水解酶的方法。在一个示例性的方法中，与含有纤维二糖水解酶的三个糖基水解酶家族的保守区同源的引物被用来筛选衍生自真菌样品的多核苷酸文库或DNA。针对家族48保守区设计引物，并筛选96个文库，得到1个确认的命中。此外，针对家族6和家族7设计引物。用这些引物筛选真菌文库，对于家族6得到1个命中，对于家族7得到56个命中。家族7的命中之一被选择来进行研究，以提取出全长序列。全长序列被成功获得，并显示出与微紫青霉素(Penicillium janthinellum)的外切纤维二糖水解酶I具有73％的同一性。
实施例4：具有纤维二糖水解酶活性的酶的遗传工程化
本实施例描述了本发明的示例性酶的遗传工程化。该酶可用于生物质向燃料和化学品的转化中，以及用于制造基于石油的产品的有效和可持续的可替代选择。该酶可以在生物体(例如，微生物，如细菌)中表达，以参与涉及天然生物质转化的化学循环。一方面，该酶以“酶装配体”使用，用于将纤维素和半纤维素聚合物有效解聚成可代谢的碳部分。如上所讨论，本发明提供了发现和执行最有效的酶的方法，以使这些重要的新的“生物质转化”和可选择的能源工业工艺可行。
使用宏基因组发现法(metagenomic discovery)和定向进化的非随机法(称为DIRECTEVOLUTION，如在例如美国专利6,939,689所述，其包括基因位点饱和诱变(GSSM)(如上所讨论，也参见美国专利6,171,820和6,579,258)以及可调基因再装配(Tunable GeneReassembly(TGR)(参见，例如美国专利6,537,776)技术。该工作集中于发现和优化用于将纤维素还原成葡萄糖的重要的酶成分——纤维二糖水解酶。
使用Diversa公司的GIGAMATRIXTM高通量表达筛选平台(如上讨论)，执行酶发现筛选，以使用甲基伞形酮酰纤维二糖苷作为底物来鉴定纤维二糖水解酶。总共筛选100个复杂的(复合)环境文库，得到25个验证的纤维二糖水解酶命中，其主要来自糖基水解酶家族5和10。这些命中的活性通过AVICEL
Figure 2006800161755_6
Microcrystalline Cellulose(MCC)(FMC Corporation，Philadelphia，PA)加以表征。基于其性能特征，一个酶，SEQ ID NO：162(由例如SEQ ID NO：161编码)被选择作为候选，用于利用基于位点饱和诱变(GSSM)技术进行优化。然而，在进行GSSM进化之前，从SEQ ID NO：162除去信号序列(氨基酸1到30)，并且加入起始甲硫氨酸。该无信号的序列——下文称为“野生型”并由SEQ ID NO：164(由例如SEQID NO：163编码)表示，是亲本序列，对其使用GSSM技术进行优化。如上所讨论，GSSM技术可以快速将蛋白质中的所有氨基酸以顺序方式突变成其它19种氨基酸。使用基于纤维的测定来筛选突变体，并鉴定出表现出单个氨基酸变化的潜在的上游突变型(upmutants)。这些上游突变型被组合成新的文库，该新文库代表着上游突变型的组合。筛选该文库，结果鉴定出几种候选酶，可以用于商业化。
研究总结
GIGAMATRIXTM筛选
GIGAMATRIXTM(GMx)筛选平台是基于100,000孔的微板的超高通量方法，该微板具有常规96孔板的尺寸(详见阶段II应用)。该筛选采用荧光底物。基于先前示出的纤维素酶活性，使用2种底物，进行GMx筛选。甲基-伞形酮酰纤维二糖苷(MUC)用作筛选底物。此外，试卤灵-β-吡喃葡萄糖苷也被包括在该筛选内，以消除对两种底物都具有活性并假定为β-葡糖苷酶的克隆。
筛选扩增的噬菌体或噬粒形式的目标文库。使用两种缺乏β-半乳糖苷酶基因的宿主株(CEH6&GAL631)，以降低对所述底物的内源性宿主活性。选择100个文库，基于如下事实进行筛选：这些文库通过以前的筛选程序产生了纤维素酶命中。在筛选的文库中，在筛选文库的69个文库中总共有355个初步命中。
二次筛选由在琼脂板上铺入克隆以及然后将菌落挑选入含有培养基和甲基伞形酮酰纤维二糖苷(MUC)的384孔板中组成，称为“breakout”。图10以显示典型的GIGAMATRIXTM(GMx)breakout的图形数据加以举例说明。为得到该数据，针对MUC有活性的克隆(即，能够水解甲基伞形酮酰纤维二糖苷)从非活性克隆的背景中区分开来。然后，各个单独的克隆过夜生长，测量荧光，并挑选最具活性的命中物用于测序。在图10中，X轴表示样品名称；Y轴是相对荧光单位。阳性“命中物”被铺入琼脂板上，然后将菌落挑选入含有LB+抗生素和50μMMUC的384孔板中，并过夜生长。
表2.GIGAMATRIXTM(GMx)命中概述
  酶编 号   开放阅读框SEQ ID NO：   克隆家族特征
  4041   SEQ ID NO：104(由例如SEQ ID NO：103编码)SEQ ID NO：108(由例如SEQ ID NO：107编码)   家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)
  42H743444545a464748495051H8H8a5253545556575859H660   SEQ ID NO：112(由例如SEQ ID NO：111编码)SEQ ID NO：60(由例如SEQ ID NO：59编码)SEQ ID NO：82(由例如SEQ ID NO：81编码)SEQ ID NO：78(由例如SEQ ID NO：77编码)SEQ ID NO：68(由例如SEQ ID NO：67编码)SEQ ID NO：70(由例如SEQ ID NO：69编码)SEQ ID NO：74(由例如SEQ ID NO：73编码)SEQ ID NO：110(由例如SEQ ID NO：109编码)SEQ ID NO：106(由例如SEQ ID NO：106编码)SEQ ID NO：66(由例如SEQ ID NO：65编码)SEQ ID NO：72(由例如SEQ ID NO：71编码)SEQ ID NO：80(由例如SEQ ID NO：79编码)SEQ ID NO：62(由例如SEQ ID NO：61编码)SEQ ID NO：64(由例如SEQ ID NO：63编码)SEQ ID NO：76(由例如SEQ ID NO：75编码)SEQ ID NO：160(由例如SEQ ID NO：159编码)SEQ ID NO：88(由例如SEQ ID NO：87编码)SEQ ID NO：148(由例如SEQ ID NO：147编码)SEQ ID NO：90(由例如SEQ ID NO：89编码)SEQ ID NO：152(由例如SEQ ID NO：151编码)SEQ ID NO：150(由例如SEQ ID NO：149编码)SEQ ID NO：154(由例如SEQ ID NO：153编码)SEQ ID NO：158(由例如SEQ ID NO：157编码)SEQ ID NO：156(由例如SEQ ID NO：155编码) 家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)-ORF2家族26(甘露聚糖酶)-ORF4家族10(木聚糖酶)家族10(木聚糖酶)家族5(纤维素酶)家族10(木聚糖酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)-ORF1家族5(纤维素酶)-ORF4家族5(纤维素酶)家族10(木聚糖酶)家族5(纤维素酶)家族10(木聚糖酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)家族5(纤维素酶)
对来自命中物的所有基因组克隆插入进行测序。如同上面的表1，一些基因组克隆含有一个以上的开放阅读框。例如，一个这样的基因组克隆含有两个开放阅读框，其编号为酶H8和H8a，其中所述阅读框分别具有如SEQ ID NO：67和SEQ ID NO：69所描述的序列。总共存在来自筛选文库的17文库个中的25个糖基水解酶命中。总的来说，命中来自几个不同的糖基水解酶家族，包括家族5和10。表2(上面)列出了所述命中和它们的身份。发现了几个其它命中，其中开放阅读框不同源于任何已知的糖基水解酶家族。此外，所述命中的一些编码GTP环化水解酶基因，它们在该系统中已知为假阳性，因为无论底物是否降解它们都产生荧光。总体上，该筛选在鉴定对于MUC具有活性的酶中是成功的。
表征
对在GIGAMATRIXTM筛选中发现的基因进行测序，并分析数据。使用软件系统标注开放阅读框(ORF)。ORF被亚克隆入合适的载体，其中导入有编码C末端His标签的DNA。构建物DNA被转化入合适的大肠杆菌宿主中并表达，用于特征研究。针对磷酸溶胀纤维素(PASC)筛选基因产物。PASC是通过酸处理溶胀而更加不定形的晶体纤维素。PASC由AVICEL
Figure 2006800161755_7
Microcrystalline Cellulose(MCC)制备。培养亚克隆，表达并裂解。裂解液与PASC一起温育，使用二辛可宁酸(bicinchoninic acid，BCA)还原糖测定法，分析反应产物。选择最具活性的亚克隆，用于大规模培养和纯化。测定这些亚克隆对PASC的比活性。
还通过毛细管电泳(CE)分析亚克隆。裂解液与底物温育30小时。用荧光团1-氨基芘-3，6，8-三磺酸盐(APTS)衍生化反应产物。使用48cm毛细管分析产物。在第6分钟洗脱出纤维二糖。图11以图形数据进行举例说明，该数据示出了通过毛细管电泳(CE)分析得到的所选择的酶针对PASC的活性。样品H9至H1是单独的克隆。在图11中，许多样品具有代表加工酶(processive enzymes)的反应产物特征。加工酶被定义为纤维二糖/(葡萄糖+纤维三糖)的比率为10的酶。两种最具活性的潜在加工酶对PASC分别具有0.35和0.04U/mg的比活性。
毕赤酵母中的真菌CBH
新发现的家族6&7真菌纤维二糖水解酶的基因被转化入毕赤酵母中，并且在固体琼脂板上铺展转化。对于每一个构建物，选择160个克隆。样品被培养和诱导，上清与PASC在存在β-葡糖苷酶的情况下一起温育。使用葡萄糖-氧化酶测定法分析反应产物。糖基水解酶家族6纤维二糖水解酶在毕赤酵母中成功地异源表达。
内切-外切作用纤维素酶
野生型酶，在酶筛选中发现的家族9糖基水解酶，是褐色热单孢菌(Thermomonospora fusca)E4的同源物。E4已经表现出具有内切和外切活性。该野生型酶的初步测试表明其对于PASC和AVICEL
Figure 2006800161755_8
Microcrystalline Cellulose(MCC)都具有活性。反应产物的HPLC分析表明主要产物是葡萄糖和纤维二糖。该野生型酶是多结构域蛋白，其包括糖基水解酶家族9催化结构域、家族3纤维素结合结构域以及被认为参与细胞黏附的三个细菌Ig样结构域。测试该野生型酶的三个另外的亚克隆变体，以确定所述结构域对活性的影响。该野生型酶用下列结构域进行亚克隆：1)单独的催化结构域(CD)；2)催化和糖结构域(catalytic andcarbohydrate domain，CCD)；和3)催化和糖结合结构域加上11个下游氨基酸(CCD+11)。用AVICEL
Figure 2006800161755_9
Microcrystalline Cellulose(MCC)分析全长蛋白和3个亚克隆变体，反应产物通过BCA还原糖测定法进行分析，数据概述于图12中的图形中。图12阐述的数据是通过野生型酶和截短突变体与AVICEL
Figure 2006800161755_10
MicrocrystallineCellulose(MCC)在37℃、pH5下温育74小时的BCA而获得。CBH1是阳性对照。阴性对照是无插入物的宿主。
该野生型酶，即全长蛋白(SEQ ID NO：164，由例如SEQ ID NO：163编码)，是最具活性的。该全长蛋白被选择，用于GSSM进化。催化域和糖结合域被进化。
GSSM筛选
GSSM技术(如上讨论)被用于快速和顺序地将靶蛋白的催化域和糖结合域的氨基酸突变成19种其它的氨基酸。GSSM筛选的目标是鉴定增加对不溶微晶纤维素的水解程度的突变体。开发出机器人筛选方法，从而促进GSSM筛选法。[0567]来自突变构建物的DNA被转化入DH10b宿主细胞。使用自动菌落挑选系统，将各个克隆挑选入含有150μL LB/氨苄青霉素的96孔(浅)板中。在37℃、400rpm下温育板24小时。从每个孔转移出15μL的培养物到诱导板中。诱导板的每个孔含有135μL LB/氨苄青霉素，其中含有1.1mM IPTG。诱导板在37℃、400rpm下温育24小时。离心该板，并丢弃上清。
该测定法的自动化部分在此时开始。细胞被机器人裂解和重悬。150μL的裂解缓冲液(125μL水加上25μL含有0.2mg/ml溶菌酶和20单位/ml DNase I的BPER)被加入到每一个孔中。从每个孔转移出15μL裂解物到反应板。反应板的每个孔含有185μL反应混合物(1％AVICEL
Figure 2006800161755_11
Microcrystalline Cellulose(MCC)，50mM乙酸钠缓冲液，pH5.0)。反应板在37℃、95％的湿度下温育30小时。在温育后，离心该板，15μL的上清被转移到BCA板。BCA板含有50μL试剂A、50μL试剂B和80μL400mM碳酸盐缓冲液，每孔pH10。用橡胶封条覆盖该板，并在80℃下温育30分钟，然后，通过离心冷却，在A560处读取吸光值。
结果
至少80个随机突变克隆针对每个氨基酸位点进行筛选。初步GSSMTM筛选数据的例子在图13中加以图示阐述。栏6含有野生型样品，而栏12含有宿主/载体阴性对照。在与AVICELMicrocrystalline Cellulose(MCC)温育30小时后，从野生型样品产生的信号为大约0.53，标准偏差为0.07。阴性对照具有0.29的平均信号。具有比阳性对照的平均值加上2倍标准偏差更高的信号的样品被认为是初步命中。通过该筛选板，大约十个初步命中被选择用于二次确认筛选。
初步命中在二次测定法中被再确认。该测定法与初步筛选相同。然而，样品以四份进行试验。二次GSSM筛选的例子在图14中图示阐述。孔E3-H3、A4-D4、A7-D7中的样品平均而言具有比野生型更高的活性。这12个孔相应于3个命中，因为所述样品以四份进行试验。这些样品是图13中孔E4、G2和H3中所示的初步命中(板2980-AA89 BCA板)。
从二次筛选得到77个命中。这些样品被测序。所述样品的三十五个具有氨基酸变化，22个具有转座子插入，而其余是野生型或具有缺失。
进一步分析来自二次筛选的命中。将GSSM上游突变体(upmutants)作图于褐色热单孢菌E4的晶体结构上。基于氨基酸位置、氨基酸变化和折叠改善分数(fold improvement score)，区分样品的优先次序。从GSSM筛选选出八个上游突变体，它们被选择来进行基因再装配进化，即可调基因再装配(TGR)，如上所讨论的，也参见例如美国专利6,537,776。
表2.选择用于点定诱变再装配的上游突变型
 残基  原AA  新AA
 89  M  R
 103  F  G
 110  P  G
 114  Y  L
 157  A  S
 481  W  F
 550  P  N
 590  G  R
上游突变型的掺混
使用基因再装配(可调基因再装配(TGR))技术，在上面的表2中示出的上游突变型被掺混，以鉴定具有最佳活性的候选。活性测定与GSSM筛选中的相同，只是反应物被进一步稀释，以考虑到上游突变型相对于野生型酶具有增加的活性。图15以图形数据进行举例说明，该数据来自混合的或“掺混(blended)”的GSSMTM筛选测定。
总之，本发明提供了具有纤维素酶活性的酶，其具有下面的基于SEQ IDNO：164(由例如SEQ ID NO：163编码)的序列：
残基 原始氨基酸   编码原始氨基酸的密码子   新氨基酸(在GSSM进化后)   编码新氨基酸的密码子
89 M   ATG R   CGT，CGC，CGA，CGG，AGA，AGG
103 F   TTT，TTC G   GGT，GGC，GGA，GGG
110 P   CCA，CCC，CCG，CCT G   GGT，GGC，GGA，GGG
114 Y   TAT，TAC L   TTA，TTG，CTT，CTC，CTA，CTG
157 A   GCT，GCC，GCA，GCG S   TCT，TCC，TCA，TCG，AGT，AGC
  481   W   TGG   F   TTT，TTC
550 P   CCA，CCC，CCG，CCT N   AAT，AAC
590 G   GGT，GGC，GGA，GGG R   CGT，CGC，CGA，CGG，AGA，AGG
已经描述了本发明的许多方面。然而，应该理解到可以进行多种变化，而它们并不背离本发明的精神和范围。因此，其它方面在权利要求的范围内。
序列表
<110>维莱尼姆公司(Verenium Corporation)
D·百隆(BLUM，David)
J·耿斯奇(GEMSCH，Joslin)
M·迪凯科(DYCAICO，Mark)
<120>纤维素酶、编码它们的核酸及其制备和应用的方法
<130>564462014240
<150>US 60/662,224
<151>2005-03-15
<160>166
<170>PatentIn版本3.1
<210>1
<211>1323
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>1
atgtcaacct ataaatttcc gcacaacttt ttttggggag ccgcaaccgc gtcttatcag    60
atcgaaggcg catggaacga ggatggcaaa ggcgaatcca tttgggatcg cttcagccat   120
acgcccggaa aggtcaccaa tgccgatacc ggtgacatcg cctgtgacca ctatcaccgt   180
tgggaggaag atatcgccct tatgcgccaa cttgggttga aggcgtaccg cttttccact   240
tcatggcccc gtgtgatccc ggcgggccgc agacgggtga atgtcaaagg gctggatttc   300
tacgatcgcc tggtggatgg tctgtgcgcc gcgaacatcg aaccgttcct caccctgtat   360
cactgggacc tgccgcaggc tcttcaagac gaaggcggct gggataatcg caacaccgcc   420
catgcctttg ccgattatgc cgcattgatg gtgaaacgac ttggcgaccg tatccgctat   480
tggacgacgt tcaacgaacc cagcgttgtg gcgttcaatg gtcattactc aggctcgcac   540
gccccgggca ttcaagatgc ccgtgttacc cgccaggtgg tgcatcattt gctggtggcg   600
catgggttgg ctgtgcaggc gatccgcggc gcaaactcca aagtggatgt gggcatcgtg   660
cttaatttat ggcccgccga acccgattcg gactcccccg aagatgccgc cgccgccgaa   720
gccgcctgga accggcacga gaccctgttc cttgacccca tctttaaggc gcattatccc   780
gtatctgccc ttgatgcgat tggggaggat atgccccgca tccacgacgg cgatctggcg   840
ttgatctctc aggaattgga ttttgtcggc atcaactatt actcccgcca tgtggtcagt   900
gccacaaaag aaataggcag gcttcccgaa tcggaataca ctgaaatggg ctgggaagta   960
tgcgcccccg cactccgccg cctgctggtc aagatccata acgattaccg tttgccgccc  1020
atctatatca ccgaaaacgg atcggcattc aaggacgaag ttaacgcaga cggaaaggtt  1080
catgacccgc ggcggttgga ttacctgaaa caacacctga ttcaactttg ccttgccatg  1140
caggacggcg tggatgtgcg cggctacatg gcttggtccc tgctggataa tttcgagtgg  1200
ggtcacggct tttccaagcg ctttggcttg gtccatgtgg attacgagag ccagaagcgg  1260
attattaaag actcgggtga atggtatgca agtgtgatac ggaagaacga ggttgttgaa  1320
taa                                                                1323
<210>2
<211>440
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(2)...(438)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(10)...(24)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签(signature).Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(351)...(354)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>2
Met Ser Thr Tyr Lys Phe Pro His Asn Phe Phe Trp Gly Ala Ala Thr
1               5                   10                  15
Ala Ser Tyr Gln Ile Glu Gly Ala Trp Asn Glu Asp Gly Lys Gly Glu
            20                  25                  30
Ser Ile Trp Asp Arg Phe Ser His Thr Pro Gly Lys Val Thr Asn Ala
        35                  40                  45
Asp Thr Gly Asp Ile Ala Cys Asp His Tyr His Arg Trp Glu Glu Asp
    50                  55                  60
Ile Ala Leu Met Arg Gln Leu Gly Leu Lys Ala Tyr Arg Phe Ser Thr
65                  70                  75                  80
Ser Trp Pro Arg Val Ile Pro Ala Gly Arg Arg Arg Val Asn Val Lys
                85                  90                  95
Gly Leu Asp Phe Tyr Asp Arg Leu Val Asp Gly Leu Cys Ala Ala Asn
            100                 105                 110
Ile Glu Pro Phe Leu Thr Leu Tyr His Trp Asp Leu Pro Gln Ala Leu
        115                 120                 125
Gln Asp Glu Gly Gly Trp Asp Asn Arg Asn Thr Ala His Ala Phe Ala
    130                 135                 140
Asp Tyr Ala Ala Leu Met Val Lys Arg Leu Gly Asp Arg Ile Arg Tyr
145                 150                 155                 160
Trp Thr Thr Phe Asn Glu Pro Ser Val Val Ala Phe Asn Gly His Tyr
                165                 170                 175
Ser Gly Ser His Ala Pro Gly Ile Gln Asp Ala Arg Val Thr Arg Gln
            180                 185                 190
Val Val His His Leu Leu Val Ala His Gly Leu Ala Val Gln Ala Ile
        195                 200                 205
Arg Gly Ala Asn Ser Lys Val Asp Val Gly Ile Val Leu Asn Leu Trp
    210                 215                 220
Pro Ala Glu Pro Asp Ser Asp Ser Pro Glu Asp Ala Ala Ala Ala Glu
225                 230                 235                 240
Ala Ala Trp Asn Arg His Glu Thr Leu Phe Leu Asp Pro Ile Phe Lys
                245                 250                 255
Ala His Tyr Pro Val Ser Ala Leu Asp Ala Ile Gly Glu Asp Met Pro
            260                 265                 270
Arg Ile His Asp Gly Asp Leu Ala Leu Ile Ser Gln Glu Leu Asp Phe
        275                 280                 285
Val Gly Ile Asn Tyr Tyr Ser Arg His Val Val Ser Ala Thr Lys Glu
    290                 295                 300
Ile Gly Arg Leu Pro Glu Ser Glu Tyr Thr Glu Met Gly Trp Glu Val
305                 310                 315                 320
Cys Ala Pro Ala Leu Arg Arg Leu Leu Val Lys Ile His Asn Asp Tyr
                325                 330                 335
Arg Leu Pro Pro Ile Tyr Ile Thr Glu Asn Gly Ser Ala Phe Lys Asp
            340                 345                 350
Glu Val Asn Ala Asp Gly Lys Val His Asp Pro Arg Arg Leu Asp Tyr
        355                 360                 365
Leu Lys Gln His Leu Ile Gln Leu Cys Leu Ala Met Gln Asp Gly Val
    370                 375                 380
Asp Val Arg Gly Tyr Met Ala Trp Ser Leu Leu Asp Asn Phe Glu Trp
385                 390                 395                 400
Gly His Gly Phe Ser Lys Arg Phe Gly Leu Val His Val Asp Tyr Glu
                405                 410                 415
Ser Gln Lys Arg Ile Ile Lys Asp Ser Gly Glu Trp Tyr Ala Ser Val
            420                 425                 430
Ile Arg Lys Asn Glu Val Val Glu
        435                 440
<210>3
<211>1389
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>3
atgagcgctc cgagtcccgc ccgccccgtg tcctttcctc cccgcttcgt gtggggagcc   60
gcggccgcat cctatcaaat cgagggcgcc gtccgggagg acggcaaggg cccttcggtg  120
tgggacatgt tctgcgagaa gccgggagcc gtcttcgagg ggcacgacgg ggcggtggct  180
tgcgatcact accaccgtta ccgggaagac gtggccctga tgcggcagat tgggctccag  240
gcttaccgcc tgagcgtgtg ctggcccagg gtgctgcccg aggggaccgg gcagcccaac  300
gagaaggggc tcgacttcta ctcccggctc gtcgacgcct tgctcgaggc ggggatcacg   360
ccttgggtca ccctttttca ctgggactac ccactagccc tatatcaccg gggaggctgg   420
ctcaatcggg atagctcaga ctggttcggc gagtacgcgg gtctgattgc ggagcgcctc   480
tccgatcggg tgagccactt cttcacccag aacgagcccc aggtgtacat cggcttcggg   540
cacctcgagg ggaaacacgc gccgggcgat acccttcccc tgtcgcagat gctgctggcc   600
ggtcaccaca gcctgctcgc ccatggaaag gccgtgcagg cgctgcgcgc ccacggcaag   660
cagcagctgc gggttggata cgctccggtg gggatgccgc tgcatccggt cagcgagtcc   720
gccgaagacg tggcggctgc acgcaccgcc actttccgcg tccgagagaa gaattcctgg   780
aacaacgctt ggtggatgga cccggtgtac ctcggtgagt accccgccca agggctcgag   840
ttctacgggc gagacgtccc cgcgatccgg tccggagaca tggaactcat ccggcaaccc   900
ttggactttt tcggcgtcaa catctaccag agcacgcccg tgcgcgccgc gggggcgccc   960
caggggttcg aggtcgtccg gcatccgacg ggccacccca tcaccgcgtt caactggccg  1020
gttacgccac aggccttgta ttgggggccg cggttcttct acgagcgcta tggcaagccc  1080
atcgtcatta cggaaaacgg gctttcctgc cgagacgtga tcgcccttga cggcaaggtg  1140
cacgatccgt cccgcatcga cttcaccacg cgctacctgc gcgagctcca ccgcgccatc  1200
gccgaaggca acgaggtgga gggctacttc cactggtcca tcatggacaa cttcgaatgg  1260
gctgccggat accgagaacg cttcgggctc gttcacgtgg attacgagac cctggtgagg  1320
acacccaagg actctgcggc gtggtaccgc caggtcatcc agagcaacgg ggccgtgctg  1380
ttcgattga                                                          1389
<210>4
<211>462
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(8)...(458)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(16)...(30)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(366)...(374)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>4
Met Ser Ala Pro Ser Pro Ala Arg Pro Val Ser Phe Pro Pro Arg Phe
1               5                   10                  15
Val Trp Gly Ala Ala Ala Ala Ser Tyr Gln Ile Glu Gly Ala Val Arg
            20                  25                  30
Glu Asp Gly Lys Gly Pro Ser Val Trp Asp Met Phe Cys Glu Lys Pro
        35                  40                  45
Gly Ala Val Phe Glu Gly His Asp Gly Ala Val Ala Cys Asp His Tyr
    50                  55                  60
His Arg Tyr Arg Glu Asp Val Ala Leu Met Arg Gln Ile Gly Leu Gln
65                  70                  75                  80
Ala Tyr Arg Leu Ser Val Cys Trp Pro Arg Val Leu Pro Glu Gly Thr
                85                  90                  95
Gly Gln Pro Asn Glu Lys Gly Leu Asp Phe Tyr Ser Arg Leu Val Asp
            100                 105                 110
Ala Leu Leu Glu Ala Gly Ile Thr Pro Trp Val Thr Leu Phe His Trp
        115                 120                 125
Asp Tyr Pro Leu Ala Leu Tyr His Arg Gly Gly Trp Leu Asn Arg Asp
    130                 135                 140
Ser Ser Asp Trp Phe Gly Glu Tyr Ala Gly Leu Ile Ala Glu Arg Leu
145                 150                 155                 160
Ser Asp Arg Val Ser His Phe Phe Thr Gln Asn Glu Pro Gln Val Tyr
                165                 170                 175
Ile Gly Phe Gly His Leu Glu Gly Lys His Ala Pro Gly Asp Thr Leu
            180                 185                 190
Pro Leu Ser Gln Met Leu Leu Ala Gly His His Ser Leu Leu Ala His
        195                 200                 205
Gly Lys Ala Val Gln Ala Leu Arg Ala His Gly Lys Gln Gln Leu Arg
    210                 215                 220
Val Gly Tyr Ala Pro Val Gly Met Pro Leu His Pro Val Ser Glu Ser
225                 230                 235                 240
Ala Glu Asp Val Ala Ala Ala Arg Thr Ala Thr Phe Arg Val Arg Glu
                245                 250                 255
Lys Asn Ser Trp Asn Asn Ala Trp Trp Met Asp Pro Val Tyr Leu Gly
            260                 265                 270
Glu Tyr Pro Ala Gln Gly Leu Glu Phe Tyr Gly Arg Asp Val Pro Ala
        275                 280                 285
Ile Arg Ser Gly Asp Met Glu Leu Ile Arg Gln Pro Leu Asp Phe Phe
    290                 295                 300
Gly Val Asn Ile Tyr Gln Ser Thr Pro Val Arg Ala Ala Gly Ala Pro
305                 310                 315                 320
Gln Gly Phe Glu Val Val Arg His Pro Thr Gly His Pro Ile Thr Ala
                325                 330                 335
Phe Asn Trp Pro Val Thr Pro Gln Ala Leu Tyr Trp Gly Pro Arg Phe
            340                 345                 350
Phe Tyr Glu Arg Tyr Gly Lys Pro Ile Val Ile Thr Glu Asn Gly Leu
        355                 360                 365
Ser Cys Arg Asp Val Ile Ala Leu Asp Gly Lys Val His Asp Pro Ser
    370                 375                 380
Arg Ile Asp Phe Thr Thr Arg Tyr Leu Arg Glu Leu His Arg Ala Ile
385                 390                 395                 400
Ala Glu Gly Asn Glu Val Glu Gly Tyr Phe His Trp Ser Ile Met Asp
                405                 410                 415
Asn Phe Glu Trp Ala Ala Gly Tyr Arg Glu Arg Phe Gly Leu Val His
            420                 425                 430
Val Asp Tyr Glu Thr Leu Val Arg Thr Pro Lys Asp Ser Ala Ala Trp
        435                 440                 445
Tyr Arg Gln Val Ile Gln Ser Asn Gly Ala Val Leu Phe Asp
    450                 455                 450
<210>5
<211>1098
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>5
atgactcgga ggtctatcgt gcgttcttct tccaacaagt ggcttgtcct tgccggtgcg    60
gcgctgctcg cctgcaccgc cctcgggtgc aagaaaaaag gcgagagcgg tgacgtcgcc   120
tcggccccgg ggcaggccca ggcgggcggc aagcagccgt ttcccgacga tgcgccgatc   180
accgaaccgc ccgctccgcc ccctcgtagc ggcaatcctc tggtgggcgc caagctcttc   240
gtcgacccgg aatctttggc catgttgcag gcgaacaagc tgcggcgcac cgacccggag   300
aaggcggcga ttttggatcg catcgcccag cagccccagg ctttgtggat gggcgagtgg   360
aacacgaaca tcttccgcgc ggtcgagcat ttcgtggctc gcgccaaggc ggagggcgcc   420
gtgcccgtca tgatcgccta caacatcccc caccgcgact gcgggcagta ctctcagggt   480
gggctttcct ccaaggaggc ttaccagcgc tggattcgga acgtcgccgc ggggattggc   540
agcgatgcag cggtcgtcgt gctcgagccc gacgcgctcg gccacttcca ggagtgtttg   600
accgaggagc agagcgccga gcgcatgttc ctgctcagcg acgccgtcaa ggtgctgcgc   660
caaaatccga agacggccgt gtacctggat gccgggcacg cgcgctgggt gccggtggag   720
gagatggccg agcgcctcaa gctcgcgggc atcgagcacg cccatggctt ttcgctcaac   780
acctcgaact acgtgggcac cgaggagaac gccgcttacg gccacaagct cgtcgaggcc   840
ctgggtggga acgtgcgctt cgtcatcgac acgagccgca atggggcggg cccctacgag   900
gaggccaaga acgccgagga gagctggtgc aacccgcccg gtcgcaagat cggcaagccg   960
ccgaccaccg agacggggga tcccctcatc gacggattcc tttggctgaa gcgcccgggc  1020
gagtcggacg gtcagtgcaa cggcgggccc aaggccggtg tgttctggct ggagcaggct  1080
ctccagcagg cccagtaa                                                1098
<210>6
<211>365
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(29)
<220>
<221>结构域
<222>(81)...(358)
<223>糖基水解酶家族6
<220>
<221>位点
<222>(187)...(196)
<223>糖基水解酶家族6 标签2.Prosite id＝PS00656
<220>
<221>位点
<222>(263)...(266)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>6
Met Thr Arg Arg Ser Ile Val Arg Ser Ser Ser Asn Lys Trp Leu Val
1               5                   10                  15
Leu Ala Gly Ala Ala Leu Leu Ala Cys Thr Ala Leu Gly Cys Lys Lys
            20                  25                  30
Lys Gly Glu Ser Gly Asp Val Ala Ser Ala Pro Gly Gln Ala Gln Ala
        35                  40                  45
Gly Gly Lys Gln Pro Phe Pro Asp Asp Ala Pro Ile Thr Glu Pro Pro
    50                  55                  60
Ala Pro Pro Pro Arg Ser Gly Asn Pro Leu Val Gly Ala Lys Leu Phe
65                  70                  75                  80
Val Asp Pro Glu Ser Leu Ala Met Leu Gln Ala Asn Lys Leu Arg Arg
                85                  90                  95
Thr Asp Pro Glu Lys Ala Ala Ile Leu Asp Arg Ile Ala Gln Gln Pro
            100                 105                 110
Gln Ala Leu Trp Met Gly Glu Trp Asn Thr Asn Ile Phe Arg Ala Val
        115                 120                 125
Glu His Phe Val Ala Arg Ala Lys Ala Glu Gly Ala Val Pro Val Met
    130                 135                 140
Ile Ala Tyr Asn Ile Pro His Arg Asp Cys Gly Gln Tyr Ser Gln Gly
145                 150                 155                 160
Gly Leu Ser Ser Lys Glu Ala Tyr Gln Arg Trp Ile Arg Asn Val Ala
                165                 170                 175
Ala Gly Ile Gly Ser Asp Ala Ala Val Val Val Leu Glu Pro Asp Ala
            180                 185                 190
Leu Gly His Phe Gln Glu Cys Leu Thr Glu Glu Gln Ser Ala Glu Arg
        195                 200                 205
Met Phe Leu Leu Ser Asp Ala Val Lys Val Leu Arg Gln Asn Pro Lys
    210                 215                 220
Thr Ala Val Tyr Leu Asp Ala Gly His Ala Arg Trp Val Pro Val Glu
225                 230                 235                 240
Glu Met Ala Glu Arg Leu Lys Leu Ala Gly Ile Glu His Ala His Gly
                245                 250                 255
Phe Ser Leu Asn Thr Ser Asn Tyr Val Gly Thr Glu Glu Asn Ala Ala
            260                 265                 270
Tyr Gly His Lys Leu Val Glu Ala Leu Gly Gly Asn Val Arg Phe Val
        275                 280                 285
Ile Asp Thr Ser Arg Asn Gly Ala Gly Pro Tyr Glu Glu Ala Lys Asn
    290                 295                 300
Ala Glu Glu Ser Trp Cys Asn Pro Pro Gly Arg Lys Ile Gly Lys Pro
305                 310                 315                 320
Pro Thr Thr Glu Thr Gly Asp Pro Leu Ile Asp Gly Phe Leu Trp Leu
                325                 330                 335
Lys Arg Pro Gly Glu Ser Asp Gly Gln Cys Asn Gly Gly Pro Lys Ala
            340                 345                 350
Gly Val Phe Trp Leu Glu Gln Ala Leu Gln Gln Ala Gln
        355                 360                 365
<210>7
<211>2649
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>7
atgcaaggaa agaaaattga tttcattaac tcaaggttgt tagttcctga ttatccaatc   60
gttcccttca ttgagggaga tggtaccggc cctgatatct ggcgtgcttc agtcagggtg  120
ctggatgttg ctgttgacag ggcatattcc ggcaagcgaa aacttctctg gaaagaggtg  180
ctggctggcg aaaaggcatt tacaaatacc gggtcctggc ttccggagga aactcttaga  240
gcatttcgtg aatatcatgt tggaattaaa gggccactca ctacgccagt tggtggggga  300
attcgttctc tcaatgtagc cctcaggcaa gagcttgact tgtatgtttg cctgaggcca  360
gtcaaatggt ttaagggtgt accaagtcct ctaaaagatc cttccaaagt ggatatgcat  420
attttccgcg aaaacactga agatatttat gcaggtattg aatttatgca tggtgaaccg  480
gaggccctga aagttaagaa atttcttacc gaagaaatgg gaatcaagaa gtttcggttt  540
cccgatacat cctccattgg tatcaagcct atctcactcg aaggaacaga gcgtcttgta  600
agagcttcca ttcaatatgc acttgacagg aagttgcctt ccgtaacatt ggttcataaa  660
ggcaatatca tgaaattcac cgagggggca ttcaaaaaat ggggttatga acttgccgaa  720
agagaatttg gcgacagggt ttttacatgg tcaatgtatg accgtatcgc cgatgaacat  780
ggaacggaag aagctggcaa agtgcaatcc gaagcgattg caaaaggtaa actcctgata   840
aaggatgtga ttgctgatgc ttttctgcag caaatactac tcaggcctgc cgagtacagc   900
gttatcgcaa ccatgaacct gaatggcgat tatatcagcg atgcactggc agctatggtg   960
gggggtatag gaattgctcc cggagccaat attaaccatc aaactggcca tgcagtcttt  1020
gaagcaacac acggcacggc tcccaaatat gccaaccttg atcaggtaaa ccctggctca  1080
gtaatactaa gtggcgcgct gatgctcgaa tacatgggct ggaacgaagc cgctcagctc  1140
attaccaatg gattggaggc taccattcaa cagaaactgg taacctatga tttccatcgc  1200
ttaatggaag gtgctacaaa gttgaagact tcagaatttg gcgatgctgt gatccggccg  1260
gcacgttccg cctgggcgga cacggctgcc gatgccctct ccgggcggcg gcgtcgtgcg  1320
cggaacggcg ggcttgttgc cccgcccgcg gcctgtcgcc gggggcgggt acgggactca  1380
gcgcttgcgc gcctccttca gggtggactg cagggcgaag aaggccggct tgcggacgaa  1440
cttctccgtc atgaccgtgg cgctgccctc accctcgaag aagaccggca cccacgagta  1500
cttgtcggtg aagccccaga tggtgaagga gttgcagtcg ttcacggcca ggcaggccga  1560
cagtgcctgc tggtagtagt cggcctgctg ccgcagctgc tccttggtgg gcttgccgct  1620
cgccgggagg tccatgcgga cgtcgatctc ggtgatggcg gtctccagac cgaggtcggc  1680
gaaccgctgc aggttctgct gcaggtcgcc cgggaagccg tagcgggtgc tcaggtggcc  1740
ctgggcgccg aatccgtgga gcggcacgcc ctgctccagc atctcctggg cgagctcgta  1800
gtaggcgtcg ctcttggcgt tgatgccctc gacgttgtag tcgttgagga acagcttggc  1860
ctcggggtcg gcctcgtggg cccagcggaa ggcgtccgcg acgatctccg ggccgagctc  1920
acgtatccag atgttctcgt cggtgcgcag ctcggcctgg tcgttgaaga tctcgttggc  1980
cacgtcccac tgctggatct tgccggcgta gcggccgacg accgtgtcga tgtggtcctt  2040
gaggatggcg cgcagttcct ccttggtgaa gtcgccctcc tccagccatt cggggttctg  2100
gctgtgccac aggagggtgt gcccgcgcac ggcctggcgg ttccgctggg cgaactcgac  2160
gatggcgtcg gcctcctcga agcggtactg gtcgcgctcg gggtggatga actcccactt  2220
catctggttc tcggcggaga ccgagttgaa ctgctggccc aggatcttcc ggtacttctt  2280
gtcgaaggtg aaggggtccg ggtagtcctg ttcgaggtgg tggccgccgc cggccgccgc  2340
ggagcctatg aagaaccctt cgggggcggc ccagcgcagg cggtcgaact tggcgttgga  2400
gtggggcgcg gcctcgtggt cggcggacgg cttggccgtg gccgtcgacg tcaccagcgg  2460
gacggccagc gcggcggcga gagcaaaggt gacgatgcgg acggatctca tcagaggtcc  2520
ctcattcgat cgcggctccg aaagttttcg gaggattacc ggaatgtttc agggacctta  2580
aggcgcccgg agccgggtcg tcaacggttt ggcccggccc ggtcgaagct tctcccgacc  2640
aggcgttga                                                          2649
<210>8
<211>882
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(20)...(417)
<223>异柠檬酸/异丙基苹果酸脱氢酶
<220>
<221>位点
<222>(310)...(329)
<223>异柠檬酸和异丙基苹果酸脱氢酶标签.Prosite id＝PS00470
<220>
<221>位点
<222>(868)...(871)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>8
Met Gln Gly Lys Lys Ile Asp Phe Ile Asn Ser Arg Leu Leu Val Pro
1               5                   10                  15
Asp Tyr Pro Ile Val Pro Phe Ile Glu Gly Asp Gly Thr Gly Pro Asp
            20                  25                  30
Ile Trp Arg Ala Ser Val Arg Val Leu Asp Val Ala Val Asp Arg Ala
        35                  40                  45
Tyr Ser Gly Lys Arg Lys Leu Leu Trp Lys Glu Val Leu Ala Gly Glu
    50                  55                  60
Lys Ala Phe Thr Asn Thr Gly Ser Trp Leu Pro Glu Glu Thr Leu Arg
65                  70                  75                  80
Ala Phe Arg Glu Tyr His Val Gly Ile Lys Gly Pro Leu Thr Thr Pro
                85                  90                  95
Val Gly Gly Gly Ile Arg Ser Leu Asn Val Ala Leu Arg Gln Glu Leu
            100                 105                 110
Asp Leu Tyr Val Cys Leu Arg Pro Val Lys Trp Phe Lys Gly Val Pro
        115                 120                 125
Ser Pro Leu Lys Asp Pro Ser Lys Val Asp Met His Ile Phe Arg Glu
    130                 135                 140
Asn Thr Glu Asp Ile Tyr Ala Gly Ile Glu Phe Met His Gly Glu Pro
145                 150                 155                 160
Glu Ala Leu Lys Val Lys Lys Phe Leu Thr Glu Glu Met Gly Ile Lys
                165                 170                 175
Lys Phe Arg Phe Pro Asp Thr Ser Ser Ile Gly Ile Lys Pro Ile Ser
            180                 185                 190
Leu Glu Gly Thr Glu Arg Leu Val Arg Ala Ser Ile Gln Tyr Ala Leu
        195                 200                 205
Asp Arg Lys Leu Pro Ser Val Thr Leu Val His Lys Gly Asn Ile Met
    210                 215                 220
Lys Phe Thr Glu Gly Ala Phe Lys Lys Trp Gly Tyr Glu Leu Ala Glu
225                 230                 235                 240
Arg Glu Phe Gly Asp Arg Val Phe Thr Trp Ser Met Tyr Asp Arg Ile
                245                 250                 255
Ala Asp Glu His Gly Thr Glu Glu Ala Gly Lys Val Gln Ser Glu Ala
            260                 265                 270
Ile Ala Lys Gly Lys Leu Leu Ile Lys Asp Val Ile Ala Asp Ala Phe
        275                 280                 285
Leu Gln Gln Ile Leu Leu Arg Pro Ala Glu Tyr Ser Val Ile Ala Thr
    290                 295                 300
Met Asn Leu Asn Gly Asp Tyr Ile Ser Asp Ala Leu Ala Ala Met Val
305                 310                 315                 320
Gly Gly Ile Gly Ile Ala Pro Gly Ala Asn Ile Asn His Gln Thr Gly
                325                 330                 335
His Ala Val Phe Glu Ala Thr His Gly Thr Ala Pro Lys Tyr Ala Asn
            340                 345                 350
Leu Asp Gln Val Asn Pro Gly Ser Val Ile Leu Ser Gly Ala Leu Met
        355                 360                 365
Leu Glu Tyr Met Gly Trp Asn Glu Ala Ala Gln Leu Ile Thr Asn Gly
    370                 375                 380
Leu Glu Ala Thr Ile Gln Gln Lys Leu Val Thr Tyr Asp Phe His Arg
385                 390                 395                 400
Leu Met Glu Gly Ala Thr Lys Leu Lys Thr Ser Glu Phe Gly Asp Ala
                405                 410                 415
Val Ile Arg Pro Ala Arg Ser Ala Trp Ala Asp Thr Ala Ala Asp Ala
            420                 425                 430
Leu Ser Gly Arg Arg Arg Arg Ala Arg Asn Gly Gly Leu Val Ala Pro
        435                 440                 445
Pro Ala Ala Cys Arg Arg Gly Arg Val Arg Asp Ser Ala Leu Ala Arg
    450                 455                 460
Leu Leu Gln Gly Gly Leu Gln Gly Glu Glu Gly Arg Leu Ala Asp Glu
465                 470                 475                 480
Leu Leu Arg His Asp Arg Gly Ala Ala Leu Thr Leu Glu Glu Asp Arg
                485                 490                 495
His Pro Arg Val Leu Val Gly Glu Ala Pro Asp Gly Glu Gly Val Ala
            500                 505                 510
Val Val His Gly Gln Ala Gly Arg Gln Cys Leu Leu Val Val Val Gly
        515                 520                 525
Leu Leu Pro Gln Leu Leu Leu Gly Gly Leu Ala Ala Arg Arg Glu Val
    530                 535                 540
His Ala Asp Val Asp Leu Gly Asp Gly Gly Leu Gln Thr Glu Val Gly
545                 550                 555                 560
Glu Pro Leu Gln Val Leu Leu Gln Val Ala Arg Glu Ala Val Ala Gly
                565                 570                 575
Ala Gln Val Ala Leu Gly Ala Glu Ser Val Glu Arg His Ala Leu Leu
            580                 585                 590
Gln His Leu Leu Gly Glu Leu Val Val Gly Val Ala Leu Gly Val Asp
        595                 600                 605
Ala Leu Asp Val Val Val Val Glu Glu Gln Leu Gly Leu Gly Val Gly
    610                 615                 620
Leu Val Gly Pro Ala Glu Gly Val Arg Asp Asp Leu Arg Ala Glu Leu
625                 630                 635                 640
Thr Tyr Pro Asp Val Leu Val Gly Ala Gln Leu Gly Leu Val Val Glu
                645                 650                 655
Asp Leu Val Gly His Val Pro Leu Leu Asp Leu Ala Gly Val Ala Ala
            660                 665                 670
Asp Asp Arg Val Asp Val Val Leu Glu Asp Gly Ala Gln Phe Leu Leu
        675                 680                 685
Gly Glu Val Ala Leu Leu Gln Pro Phe Gly Val Leu Ala Val Pro Gln
    690                 695                 700
Glu Gly Val Pro Ala His Gly Leu ALa Val Pro Leu Gly Glu Leu Asp
705                 710                 715                 720
Asp Gly Val Gly Leu Leu Glu Ala Val Leu Val Ala Leu Gly Val Asp
                725                 730                 735
Glu Leu Pro Leu His Leu Val Leu Gly Gly Asp Arg Val Glu Leu Leu
            740                 745                 750
Ala Gln Asp Leu Pro Val Leu Leu Val Glu Gly Glu Gly Val Arg Val
        755                 760                 765
Val Leu Phe Glu Val Val Ala Ala Ala Gly Arg Arg Gly Ala Tyr Glu
    770                 775                 780
Glu Pro Phe Gly Gly Gly Pro Ala Gln Ala Val Glu Leu Gly Val Gly
785                 790                 795                 800
Val Gly Arg Gly Leu Val Val Gly Gly Arg Leu Gly Arg Gly Arg Arg
                805                 810                 815
Arg His Gln Arg Asp Gly Gln Arg Gly Gly Glu Ser Lys Gly Asp Asp
            820                 825                 830
Ala Asp Gly Ser His Gln Arg Ser Leu Ile Arg Ser Arg Leu Arg Lys
        835                 840                 845
Phe Ser Glu Asp Tyr Arg Asn Val Ser Gly Thr Leu Arg Arg Pro Glu
    850                 855                 860
Pro Gly Arg Gln Arg Phe Gly Pro Ala Arg Ser Lys Leu Leu Pro Thr
865                 870                 875                 880
Arg Arg
<210>9
<211>1134
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>9
atgagatccg tccgcatcgt cacctttgct ctcgccgccg cgctggccgt cccgctggtg    60
acgtcgacgg ccacggccaa gccgtccgcc gaccacgagg ccgcgcccca ctccaacgcc   120
aagttcgacc gcctgcgctg ggccgccccc gaagggttct tcataggctc cgcggcggcc   180
ggcggcggcc accacctcga acaggactac ccggacccct tcaccttcga caagaagtac   240
cggaagatcc tgggccagca gttcaactcg gtctccgccg agaaccagat gaagtgggag   300
ttcatccacc ccgagcgcga ccagtaccgc ttcgaggagg ccgacgccat cgtcgagttc   360
gcccagcgga accgccaggc cgtgcgcggg cacaccctcc tgtggcacag ccagaacccc   420
gaatggctgg aggagggcga cttcaccaag gaggaactgc gcgccatcct caaggaccac   480
atcgacacgg tcgtcggccg ctacgccggc aagatccagc agtgggacgt ggccaacgag   540
atcttcaacg accaggccga gctgcgcacc gacgagaaca tctggatacg tgagctcggc   600
ccggagatcg tcgcggacgc cttccgctgg gcccacgagg ccgaccccga ggccaagctg   660
ttcctcaacg actacaacgt cgagggcatc aacgccaaga gcgacgccta ctacgagctc   720
gcccaggaga tgctggagca gggcgtgccg ctccacggat tcggcgccca gggccacctg   780
agcacccgct acggcttccc gggcgacctg cagcagaacc tgcagcggtt cgccgacctc   840
ggtctggaga ccgccatcac cgagatcgac gtccgcatgg acctcccggc gagcggcaag   900
cccaccaagg agcagctgcg gcagcaggcc gactactacc agcaggcact gtcggcctgc   960
ctggccgtga acgactgcaa ctccttcacc atctggggct tcaccgacaa gtactcgtgg  1020
gtgccggtct tcttcgaggg tgagggcagc gccacggtca tgacggagaa gttcgtccgc  1080
aagccggcct tcttcgccct gcagtccacc ctgaaggagg cgcgcaagcg ctga        1134
<210>10
<211>377
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(26)
<220>
<221>结构域
<222>(44)...(371)
<223>糖基水解酶家族10
<400>10
Met Arg Ser Val Arg Ile Val Thr Phe Ala Leu Ala Ala Ala Leu Ala
1               5                   10                  15
Val Pro Leu Val Thr Ser Thr Ala Thr Ala Lys Pro Ser Ala Asp His
            20                  25                  30
Glu Ala Ala Pro His Ser Asn Ala Lys Phe Asp Arg Leu Arg Trp Ala
        35                  40                  45
Ala Pro Glu Gly Phe Phe Ile Gly Ser Ala Ala Ala Gly Gly Gly His
    50                  55                  60
His Leu Glu Gln Asp Tyr Pro Asp Pro Phe Thr Phe Asp Lys Lys Tyr
65                  70                  75                  80
Arg Lys Ile Leu Gly Gln Gln Phe Asn Ser Val Ser Ala Glu Asn Gln
                85                  90                  95
Met Lys Trp Glu Phe Ile His Pro Glu Arg Asp Gln Tyr Arg Phe Glu
            100                 105                 110
Glu Ala Asp Ala Ile Val Glu Phe Ala Gln Arg Asn Arg Gln Ala Val
        115                 120                 125
Arg Gly His Thr Leu Leu Trp His Ser Gln Asn Pro Glu Trp Leu Glu
    130                 135                 140
Glu Gly Asp Phe Thr Lys Glu Glu Leu Arg Ala Ile Leu Lys Asp His
145                 150                 155                 160
Ile Asp Thr Val Val Gly Arg Tyr Ala Gly Lys Ile Gln Gln Trp Asp
                165                 170                 175
Val Ala Asn Glu Ile Phe Asn Asp Gln Ala Glu Leu Arg Thr Asp Glu
            180                 185                 190
Asn Ile Trp Ile Arg Glu Leu Gly Pro Glu Ile Val Ala Asp Ala Phe
        195                 200                 205
Arg Trp Ala His Glu Ala Asp Pro Glu Ala Lys Leu Phe Leu Asn Asp
    210                 215                 220
Tyr Asn Val Glu Gly Ile Asn Ala Lys Ser Asp Ala Tyr Tyr Glu Leu
225                 230                 235                 240
Ala Gln Glu Met Leu Glu Gln Gly Val Pro Leu His Gly Phe Gly Ala
                245                 250                 255
Gln Gly His Leu Ser Thr Arg Tyr Gly Phe Pro Gly Asp Leu Gln Gln
            260                 265                 270
Asn Leu Gln Arg Phe Ala Asp Leu Gly Leu Glu Thr Ala Ile Thr Glu
        275                 280                 285
Ile Asp Val Arg Met Asp Leu Pro Ala Ser Gly Lys Pro Thr Lys Glu
    290                 295                 300
Gln Leu Arg Gln Gln Ala Asp Tyr Tyr Gln Gln Ala Leu Ser Ala Cys
305                 310                 315                 320
Leu Ala Val Asn Asp Cys Asn Ser Phe Thr Ile Trp Gly Phe Thr Asp
                325                 330                 335
Lys Tyr Ser Trp Val Pro Val Phe Phe Glu Gly Glu Gly Ser Ala Thr
            340                 345                 350
Val Met Thr Glu Lys Phe Val Arg Lys Pro Ala Phe Phe Ala Leu Gln
        355                 360                 365
Ser Thr Leu Lys Glu Ala Arg Lys Arg
    370                 375
<210>11
<211>1080
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>11
atgccctgga gctcatcaac gggacctgca cctatgacga gtaacccgcc cctcaaacgc    60
cccctgcgta tcggtctggt cggcacgggc atcggctcac tgcacgccgc cggaatttcc   120
cggatgcctc agcttgccac gctgggggcc atctgtgggc ttgataccca cgccgtgaat   180
gccctagcca cacgctacgg ggtagaaaaa accacatctc gctatgagga tttactgaac   240
gatcccggcc ttgatgtcat cgatctgtgc gttcctcacg atgaacacat gcccatggcc   300
attgccgccg cccgggccgg aaaacatctc ctcatcgaaa aacctttggc ccgcaccctg   360
gaagaggccg atgcaatcct cgaggccgtg aaaagcgccg gtgtaacgct gatgatggga   420
cacaaccagc gttactacgc ccatcacgcc agggctaaag cattggtcga cgccggggtc   480
atcggaaaac cctacatgat cgtagcttcg gttcatgtgc acgggcagat tgatggtttt   540
cgccgctttc ttaagcacgc cgggggtggc acgttgatcg attcgggagt gcaccgcttc   600
gacctcattc gctggatcat gggtgaagtc gagaccgtct tcgctcaaac gggtcgcttc   660
ctccagatgc aaatggaagg agaagactgc gcggtggtca ccctccgctt ccgcagcgga   720
gccatcggga gcttctcatg cagctggagc gccaaaggcc ctgttccaga agaaacattg   780
caaattttcg gcccctatgg ttcgatttat accgaagacc acacccgcac cttacgcctt   840
tacaccgaaa gacccacccc cgaactggaa gacgtaaggc agtttgtctt cccggtcgat   900
caggctgagt ccatccgccg catgattgaa gcgcacttca ccagcctgca acaggggtta   960
ccccctccga tcaccggtat ggacggacgc gcttcccttg agctcagcat ggcctcctat  1020
cgctcggctc aaaccggcca gcctgttcat cttccccttc agagaggaaa ccagaaatga  1080
<210>12
<211>359
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(22)...(141)
<223>氧化还原酶家族，NAD-结合的罗斯曼折叠模式(Rossmann fold)
<220>
<221>结构域
<222>(153)...(260)
<223>氧化还原酶家族，C末端α/β结构域
<400>12
Met Pro Trp Ser Ser Ser Thr Gly Pro Ala Pro Met Thr Ser Asn Pro
1               5                   10                  15
Pro Leu Lys Arg Pro Leu Arg Ile Gly Leu Val Gly Thr Gly Ile Gly
            20                  25                  30
Ser Leu His Ala Ala Gly Ile Ser Arg Met Pro Gln Leu Ala Thr Leu
        35                  40                  45
Gly Ala Ile Cys Gly Leu Asp Thr His Ala Val Asn Ala Leu Ala Thr
    50                  55                  60
Arg Tyr Gly Val Glu Lys Thr Thr Ser Arg Tyr Glu Asp Leu Leu Asn
65                  70                  75                  80
Asp Pro Gly Leu Asp Val Ile Asp Leu Cys Val Pro His Asp Glu His
                85                  90                  95
Met Pro Met Ala Ile Ala Ala Ala Arg Ala Gly Lys His Leu Leu Ile
            100                 105                 110
Glu Lys Pro Leu Ala Arg Thr Leu Glu Glu Ala Asp Ala Ile Leu Glu
        115                 120                 125
Ala Val Lys Ser Ala Gly Val Thr Leu Met Met Gly His Asn Gln Arg
    130                 135                 140
Tyr Tyr Ala His His Ala Arg Ala Lys Ala Leu Val Asp Ala Gly Val
145                 150                 155                 160
Ile Gly Lys Pro Tyr Met Ile Val Ala Ser Val His Val His Gly Gln
                165                 170                 175
Ile Asp Gly Phe Arg Arg Phe Leu Lys His Ala Gly Gly Gly Thr Leu
            180                 185                 190
Ile Asp Ser Gly Val His Arg Phe Asp Leu Ile Arg Trp Ile Met Gly
        195                 200                 205
Glu Val Glu Thr Val Phe Ala Gln Thr Gly Arg Phe Leu Gln Met Gln
    210                 215                 220
Met Glu Gly Glu Asp Cys Ala Val Val Thr Leu Arg Phe Arg Ser Gly
225                 230                 235                 240
Ala Ile Gly Ser Phe Ser Cys Ser Trp Ser Ala Lys Gly Pro Val Pro
                245                 250                 255
Glu Glu Thr Leu Gln Ile Phe Gly Pro Tyr Gly Ser Ile Tyr Thr Glu
            260                 265                 270
Asp His Thr Arg Thr Leu Arg Leu Tyr Thr Glu Arg Pro Thr Pro Glu
        275                 280                 285
Leu Glu Asp Val Arg Gln Phe Val Phe Pro Val Asp Gln Ala Glu Ser
    290                 295                 300
Ile Arg Arg Met Ile Glu Ala His Phe Thr Ser Leu Gln Gln Gly Leu
305                 310                 315                 320
Pro Pro Pro Ile Thr Gly Met Asp Gly Arg Ala Ser Leu Glu Leu Ser
                325                 330                 335
Met Ala Ser Tyr Arg Ser Ala Gln Thr Gly Gln Pro Val His Leu Pro
            340                 345                 350
Leu Gln Arg Gly Asn Gln Lys
        355
<210>13
<211>1038
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>13
atgagcccgg tgcgcgttgc tgtcatcggc gccgggcaaa ttgcccagcg cgggcattta    60
cccgggcttc tggaagctgg cgccgaaatt accgttctgt gcgataattc ccttcctcag   120
cttgaagaaa ttggggccaa atttcacgtt caccgggtct accgcgactg gcacgccatg   180
ctggatgccg gcggattcga agccgtcacc atttgtaccc cgcccttcct ccatgccgag   240
atggccatcg aatgtgcccg cagagggttg catgtactgg tagaaaaacc catggctgta   300
aatctccaac aatgcgatca aatgatcgcc gcgtctgaac aggccggaac catcttaatg   360
gtctcgcata accagcgctt tatggaggca catcgtctgg ccaaagaaat ccttgatgcc   420
ggcctcctcg gcaggctcta cctggcgcac ggggtctttg gccacggcgg cccggaggtt   480
tggagcccaa cccagcaatg gtacttccga cctgaccgcg ccggcgctgg cgtgatcgct   540
gacctggggt atcataaact tgacctgatc cgctggctca ccgggcaaga aattaccgcg   600
gtgggagcac tgggcgccac ctttgaaaag caaacctcgc ttgaagactc tgctgtgatg   660
ctggttcacc tttcggaggg tactctcgcc accatccagg taagctgggt gttcaggcct   720
gactgggaaa acagcctggt ccttcgagga gaacgggggg tgctcgccat ccccactgat   780
gcctcgcaac ccctgcgggt ctcttacata tcttcttcgg gtcaggtcat tgaaagtacg   840
catcgttgcg actccggcga tacctccggc tggttcggag cgatccgggc atttctcacc   900
gcgatcgaaa aaagcgctcc cgctcccatt gacggaaaag aagggcgtgc tgtcatggcg   960
gcagttctgg cggccacacg ctccattcaa aaacatacga tcatttctat aaccgaggta  1020
gaaaccatcc atgactga                                                1038
<210>14
<211>345
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(4)...(123)
<223>氧化还原酶家族，NAD-结合的罗斯曼折叠模式
<220>
<221>结构域
<222>(135)...(248)
<223>氧化还原酶家族，C末端α/β结构域
<400>14
Met Ser Pro Val Arg Val Ala Val Ile Gly Ala Gly Gln Ile Ala Gln
1               5                   10                  15
Arg Gly His Leu Pro Gly Leu Leu Glu Ala Gly Ala Glu Ile Thr Val
            20                  25                  30
Leu Cys Asp Asn Ser Leu Pro Gln Leu Glu Glu Ile Gly Ala Lys Phe
        35                  40                  45
His Val His Arg Val Tyr Arg Asp Trp His Ala Met Leu Asp Ala Gly
    50                  55                  60
Gly Phe Glu Ala Val Thr Ile Cys Thr Pro Pro Phe Leu His Ala Glu
65                  70                  75                  80
Met Ala Ile Glu Cys Ara Arg Arg Gly Leu His Val Leu Val Glu Lys
                85                  90                  95
Pro Met Ala Val Asn Leu Gln Gln Cys Asp Gln Met Ile Ala Ala Ser
            100                 105                 110
Glu Gln Ala Gly Thr Ile Leu Met Val Ser His Asn Gln Arg Phe Met
        115                 120                 125
Glu Ala His Arg Leu Ala Lys Glu Ile Leu Asp Ala Gly Leu Leu Gly
    130                 135                 140
Arg Leu Tyr Leu Ala His Gly Val Phe Gly His Gly Gly Pro Glu Val
145                 150                 155                 160
Trp Ser Pro Thr Gln Gln Trp Tyr Phe Arg Pro Asp Arg Ala Gly Ala
                165                 170                 175
Gly Val Ile Ala Asp Leu Gly Tyr His Lys Leu Asp Leu Ile Arg Trp
            180                 185                 190
Leu Thr Gly Gln Glu Ile Thr Ala Val Gly Ala Leu Gly Ala Thr Phe
        195                 200                 205
Glu Lys Gln Thr Ser Leu Glu Asp Ser Ala Val Met Leu Val His Leu
    210                 215                 220
Ser Glu Gly Thr Leu Ala Thr Ile Gln Val Ser Trp Val Phe Arg Pro
225                 230                 235                 240
Asp Trp Glu Asn Ser Leu Val Leu Arg Gly Glu Arg Gly Val Leu Ala
                245                 250                 255
Ile Pro Thr Asp Ala Ser Gln Pro Leu Arg Val Ser Tyr Ile Ser Ser
            260                 265                 270
Ser Gly Gln Val Ile Glu Ser Thr His Arg Cys Asp Ser Gly Asp Thr
        275                 280                 285
Ser Gly Trp Phe Gly Ala Ile Arg Ala Phe Leu Thr Ala Ile Glu Lys
    290                 295                 300
Ser Ala Pro Ala Pro Ile Asp Gly Lys Glu Gly Arg Ala Val Met Ala
305                 310                 315                 320
Ala Val Leu Ala Ala Thr Arg Ser Ile Gln Lys His Thr Ile Ile Ser
                325                 330                 335
Ile Thr Glu Val Glu Thr Ile His Asp
            340                 345
<210>15
<211>1347
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>15
atgactgacc atcgttttcc aaaaggattc atctggggaa ccgctacggc gtctttccag    60
attgaaggcg ccacccgcga agatggccgg ggcgaatcca tctgggaccg cttctgcgcc   120
acgccgggga aaattgtcac gggcgaaacc ggcgatcctg cctgcgactc ctatcatcgt   180
taccctgaag acatcgccct gatgaaggct atgtcgctca atggttaccg cttttcaatc   240
gcctggcctc gcgtcattcc tgacggagac ggtaaagtct gtcaggccgg gctcgactac   300
tacgatcgtg tggtagatgc tctcctggcg gagaatatcc aaccttttat caccctgtac   360
cactgggacc tgccccaggc attacaggat cggggtggct ggggcaaccg tgccacggtt   420
gaggcgttca ctcgctacgt agatattgtg gtttctcgcc tgggtgaccg cgtaaagtac   480
tggatgacac acaacgaacc ctggtgtgta tccattttga gccatgagct tggtgaacat   540
gcccccgggt tgaaggaccg aaaactggcc ctccaggtgg cgcaccatgt cctcgtttct   600
cacggcctgg ccgtgcccat catccgccag cgttgtaaag aggcgcaggt tggcatcgtg   660
ttgaattttt cacctgctta cccggccacc gatagcctgg ccgaccagat ggccacccgt   720
cagcaccacg cccggtttaa cctctggttc ctcgatccca tcgccgggcg cggctacccg   780
caggatgcct gggaagggta cggagccgat gttcccgcca tgaggcctga tgacatgcag   840
atcatcgccg cccccatcga cttcctgggc gtcaatttct acagtcgggc ggtctgccac   900
gatccggccg ggggcgaagg ttcccgggtg ctcaatgtgc gcagtaaaac cgaggccacc   960
gatcgagact gggagattta ccctcaggcg ctctacgatt tactcatctg gatccacaat  1020
ggataccagt tcagagatat ttacattacc gagaatggcg cctcatacaa cgatgtggtc  1080
tccccggatg ggaaagtgca cgatcctaaa cgtctggact atctgaaacg ccatctggcc  1140
atggctctgc gggccatcga agcgggcgtt ccactgcgtg gttatttctg ctggagcttg  1200
atggacaact tcgaatgggc catgggcacc agcagccgat tcgggttggc ctacaccgac  1260
ttcactaccc agaagcgtat tctcaaagac agtgggctct ggtttggcga agtggcacgg  1320
gcaaacgcct taatcgacct tccctga                                      1347
<210>16
<211>448
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(2)...(444)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(10)...(24)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(352)...(360)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>16
Met Thr Asp His Arg Phe Pro Lys Gly Phe Ile Trp Gly Thr Ala Thr
1               5                   10                  15
Ala Ser Phe Gln Ile Glu Gly Ala Thr Arg Glu Asp Gly Arg Gly Glu
            20                  25                  30
Ser Ile Trp Asp Arg Phe Cys Ala Thr Pro Gly Lys Ile Val Thr Gly
        35                  40                  45
Glu Thr Gly Asp Pro Ala Cys Asp Ser Tyr His Arg Tyr Pro Glu Asp
    50                  55                  60
Ile Ala Leu Met Lys Ala Met Ser Leu Asn Gly Tyr Arg Phe Ser Ile
65                  70                  75                  80
Ala Trp Pro Arg Val Ile Pro Asp Gly Asp Gly Lys Val Cys Gln Ala
                85                  90                  95
Gly Leu Asp Tyr Tyr Asp Arg Val Val Asp Ala Leu Leu Ala Glu Asn
            100                 105                 110
Ile Gln Pro Phe Ile Thr Leu Tyr His Trp Asp Leu Pro Gln Ala Leu
        115                 120                 125
Gln Asp Arg Gly Gly Trp Gly Asn Arg Ala Thr Val Glu Ala Phe Thr
    130                 135                 140
Arg Tyr Val Asp Ile Val Val Ser Arg Leu Gly Asp Arg Val Lys Tyr
145                 150                 155                 160
Trp Met Thr His Asn Glu Pro Trp Cys Val Ser Ile Leu Ser His Glu
                165                 170                 175
Leu Gly Glu His Ala Pro Gly Leu Lys Asp Arg Lys Leu Ala Leu Gln
            180                 185                 190
Val Ala His His Val Leu Val Ser His Gly Leu Ala Val Pro Ile Ile
        195                 200                 205
Arg Gln Arg Cys Lys Glu Ala Gln Val Gly Ile Val Leu Asn Phe Ser
    210                 215                 220
Pro Ala Tyr Pro Ala Thr Asp Ser Leu Ala Asp Gln Met Ala Thr Arg
225                 230                 235                 240
Gln His His Ala Arg Phe Asn Leu Trp Phe Leu Asp Pro Ile Ala Gly
                245                 250                 255
Arg Gly Tyr Pro Gln Asp Ala Trp Glu Gly Tyr Gly Ala Asp Val Pro
            260                 265                 270
Ala Met Arg Pro Asp Asp Met Gln Ile Ile Ala Ala Pro Ile Asp Phe
        275                 280                 285
Leu Gly Val Asn Phe Tyr Ser Arg Ala Val Cys His Asp Pro Ala Gly
    290                 295                 300
Gly Glu Gly Ser Arg Val Leu Asn Val Arg Ser Lys Thr Glu Ala Thr
305                 310                 315                 320
Asp Arg Asp Trp Glu Ile Tyr Pro Gln Ala Leu Tyr Asp Leu Leu Ile
                325                 330                 335
Trp Ile His Asn Gly Tyr Gln Phe Arg Asp Ile Tyr Ile Thr Glu Asn
            340                 345                 350
Gly Ala Ser Tyr Asn Asp Val Val Ser Pro Asp Gly Lys Val His Asp
        355                 360                 365
Pro Lys Arg Leu Asp Tyr Leu Lys Arg His Leu Ala Met Ala Leu Arg
    370                 375                 380
Ala Ile Glu Ala Gly Val Pro Leu Arg Gly Tyr Phe Cys Trp Ser Leu
385                 390                 395                 400
Met Asp Asn Phe Glu Trp Ala Met Gly Thr Ser Ser Arg Phe Gly Leu
                405                 410                 415
Ala Tyr Thr Asp Phe Thr Thr Gln Lys Arg Ile Leu Lys Asp Ser Gly
            420                 425                 430
Leu Trp Phe Gly Glu Val Ala Arg Ala Asn Ala Leu Ile Asp Leu Pro
        435                 440                 445
<210>17
<211>1215
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>17
atgcggtacg tgctgatttc ctgccttgcg ctggcttccc tgtgcgcgca gcctcttcct   60
gtttccacgc ctgaaaaaga gggcttctcg gcggagcgcc tcgggcggat gcaccggtat  120
ttcgagaacc tgacgaaaac cggagagcgg cctggcgcga tcacgctgat cgtgcgcaac  180
gggcgcatcg tggactggcg cacgttcggg ctgcgcgacg tcgagaacaa tctgccgatg  240
gagaaggaca cgatcgtcca catctactcg atgacgaagc cggtgacgtc cgtggccgtg   300
atgatgctgg tggaggaggg caggctggcg ctggacgacc gggtggacaa gttcattccc   360
gagttcaagg ggatgaaggt gtacaagggc ggcacggtgg agcggccgga gctggaggac   420
gcggcgcggc cgatcacggt gaagcatctg ctgacgcaca cgagcgggct gagctacggc   480
tggggcaacg acaacgtctc cgcgatgtac cgcaaggccg acccgctcgg cgcgccgagc   540
ctgaaagagt ttatcgacag gctggtgaaa ctgccgctgg cattccaccc gggcgagcgt   600
tacgagtatt cgatgtcgat cgacgtgctg ggctacctgg tggaggctgt ctccggcgag   660
ccgttcgatc agttcgtgga gaagcggatc acggggccgc tgaagatgaa cgacacgcat   720
ttcagactgc cggaggcgaa gcgggcgcgg ctggcgaaga tctactcgcg gcgcgagggg   780
aagctgacgg cgcagcgcgg cctgcagacg ggaggcgttc cgtacggcgg catggggctg   840
tactcgacga tcggcgacta tgcgcggttc gcgcagatgc tgttgaacgg cggccatctc   900
gacggagtgc gcctgctggg gcggaagacg gtggatctga tgatgatgaa ccatctgggc   960
ggactgtcga agccgacgat cggcggcgat gattcagcgg gattcggact gggcggagcg  1020
gtgcggatcg atccggcgaa atcgggccgt ccgggcacgg aaggactctt cggctgggac  1080
ggggcggctt cgacgtattt ccgggtggac cggaaagaga agctggcgat gctgctgttc  1140
ctgcaatgga tgccgtttga tcaggggacg ctgaacctgt acgagacgct ggtctaccaa  1200
gctctggtgg actga                                                   1215
<210>18
<211>404
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(37)...(400)
<223>β-内酰胺酶
<220>
<221>位点
<222>(43)...(46)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(167)...(170)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(240)...(243)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>18
Met Arg Tyr Val Leu Ile Ser Cys Leu Ala Leu Ala Ser Leu Cys Ala
1               5                   10                  15
Gln Pro Leu Pro Val Ser Thr Pro Glu Lys Glu Gly Phe Ser Ala Glu
            20                  25                  30
Arg Leu Gly Arg Met His Arg Tyr Phe Glu Asn Leu Thr Lys Thr Gly
        35                  40                  45
Glu Arg Pro Gly Ala Ile Thr Leu Ile Val Arg Asn Gly Arg Ile Val
    50                  55                  60
Asp Trp Arg Thr Phe Gly Leu Arg Asp Val Glu Asn Asn Leu Pro Met
65                  70                  75                  80
Glu Lys Asp Thr Ile Val His Ile Tyr Ser Met Thr Lys Pro Val Thr
                85                  90                  95
Ser Val Ala Val Met Met Leu Val Glu Glu Gly Arg Leu Ala Leu Asp
            100                 105                 110
Asp Arg Val Asp Lys Phe Ile Pro Glu Phe Lys Gly Met Lys Val Tyr
        115                 120                 125
Lys Gly Gly Thr Val Glu Arg Pro Glu Leu Glu Asp Ala Ala Arg Pro
    130                 135                 140
Ile Thr Val Lys His Leu Leu Thr His Thr Ser Gly Leu Ser Tyr Gly
145                 150                 155                 160
Trp Gly Asn Asp Asn Val Ser Ala Met Tyr Arg Lys Ala Asp Pro Leu
                165                 170                 175
Gly Ala Pro Ser Leu Lys Glu Phe Ile Asp Arg Leu Val Lys Leu Pro
            180                 185                 190
Leu Ala Phe His Pro Gly Glu Arg Tyr Glu Tyr Ser Met Ser Ile Asp
        195                 200                 205
Val Leu Gly Tyr Leu Val Glu Ala Val Ser Gly Glu Pro Phe Asp Gln
    210                 215                 220
Phe Val Glu Lys Arg Ile Thr Gly Pro Leu Lys Met Asn Asp Thr His
225                 230                 235                 240
Phe Arg Leu Pro Glu Ala Lys Arg Ala Arg Leu Ala Lys Ile Tyr Ser
                245                 250                 255
Arg Arg Glu Gly Lys Leu Thr Ala Gln Arg Gly Leu Gln Thr Gly Gly
            260                 265                 270
Val Pro Tyr Gly Gly Met Gly Leu Tyr Ser Thr Ile Gly Asp Tyr Ala
        275                 280                 285
Arg Phe Ala Gln Met Leu Leu Asn Gly Gly His Leu Asp Gly Val Arg
    290                 295                 300
Leu Leu Gly Arg Lys Thr Val Asp Leu Met Met Met Asn His Leu Gly
305                 310                 315                 320
Gly Leu Ser Lys Pro Thr Ile Gly Gly Asp Asp Ser Ala Gly Phe Gly
                325                 330                 335
Leu Gly Gly Ala Val Arg Ile Asp Pro Ala Lys Ser Gly Arg Pro Gly
            340                 345                 350
Thr Glu Gly Leu Phe Gly Trp Asp Gly Ala Ala Ser Thr Tyr Phe Arg
        355                 360                 365
Val Asp Arg Lys Glu Lys Leu Ala Met Leu Leu Phe Leu Gln Trp Met
    370                 375                 380
Pro Phe Asp Gln Gly Thr Leu Asn Leu Tyr Glu Thr Leu Val Tyr Gln
385                 390                 395                 400
Ala Leu Val Asp
<210>19
<211>1794
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>19
atgcccgttt tgttcgccct gtttcttgtt gcctcgtcct gcgcggcgca gtcgctggcc    60
gggccggttt ccctgcttgg cggagatgcg ggcgcggcgt tccgctatac cgggccatcg   120
gcgggcgcgg cgagcggctc ggccgaatgg gtggcggtgg agaacatgcc gttcacgcac   180
gcctggcggc tgcgcacgaa tccgctgccg gagagcggcg gcaacgaatg ggacctgcgc   240
atccgcgccc gcggagcggc ggctgtttcg gcaggggaca agatcctggc cgagttctgg   300
atgcgctgcg tggagcccga aaacggcgac tgcattctgc gcctgaacgt ggagcgcgac   360
gggtcgccgt ggaccaaatc catcagcaac ccctacccgg tgggccggga gtggcggcgg   420
ttccgcgtgc tgttcgagat gcgggagagc tacgccgccg gcggctacat gatcgatttc   480
tggatgggcc agcaggtgca gacggcggaa gtgggcggga tttccctgct gaattacggt   540
ccgcaggcca cggccgagca gcttggcctg gaccggtttt atgagggcgc ggcggcggac   600
gccgcgtggc ggcaggcggc cgagcagcgg atcgaggaga tccggaaagc gggcatgatc   660
atcgtggcgg tgacgccgga cggcgagccg atcgagggcg ctgaaatccg ggcgaagctg   720
aagcggcacg cgttcgggtg gggcacggct gtggcggcat cacggcttct ggggacggga   780
acggacagcg agcgctaccg caacttcatc cgcgagaact tcaacatggc ggtgctcgag   840
aacgacctga aatggggccc gttcgaagag aaccgcaacc gcgcgatgaa cgcgctgcgc   900
tggctgcatg agaacgggat cacgtggatc cgcgggcaca atctcgtctg gccgggctgg   960
cggtggatgc cgaacgacgt gcgcaacctg gcgaacaatc ccgaggcgct gcggcagcgg  1020
attctggacc gcatccggga cacggccacg gccacgcgcg ggctggtggt gcactgggac  1080
gtcgtcaacg agccggtggc cgagcgcgac gtgctgaaca ttctgggcga cgaggtgatg  1140
gcggactggt tccgcgccgc gaaggagtgc gatcccgagg cgaggatgtt catcaatgag  1200
tacgacattc tggcggcgaa cggggccaat ctgcggaagc agaacgcgta ttaccgcatg  1260
atcgagatgc tgttgaagct cgaggcgccg gtggagggca tcggcttcca gggccacttc  1320
gacacggcca cgccgccgga gcggatgctg gagatcatga accggtacgc ccggctcggg  1380
ctgccgatcg ccatcaccga gtacgatttc gccacggcgg acgaggagct gcaggcgcag  1440
ttcacgcgcg acctgatgat tctcgccttc agccatccgg cggtttcgga cttcctgatg  1500
tggggcttct gggaagggag ccactggaag ccgctgggcg ccatgatccg gcgcgactgg  1560
agcgagaagc cgatgtaccg cgtctggcgc gagctgatct tcgagcgctg gcagacggat  1620
gaaacaggcg tgacgccgga gcacggtgcc atctacgtgc ggggcttcaa gggcgactac  1680
gagatcacgg tgaaggcggg cgggcaggaa gtccgggtgc cgtacacgct gaaagaagac  1740
ggccaggtgc tgtgggtgac ggtgggcggg gcttctgaag agcgcgtgca gtaa        1794
<210>20
<211>597
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(20)
<220>
<221>结构域
<222>(235)...(533)
<223>糖基水解酶家族10
<220>
<221>位点
<222>(467)...(477)
<223>糖基水解酶家族10 活性位点.Prosite id＝PS00591
<400>20
Met Pro Val Leu Phe Ala Leu Phe Leu Val Ala Ser Ser Cys Ala Ala
1               5                   10                  15
Gln Ser Leu Ala Gly Pro Val Ser Leu Leu Gly Gly Asp Ala Gly Ala
            20                  25                  30
Ala Phe Arg Tyr Thr Gly Pro Ser Ala Gly Ala Ala Ser Gly Ser Ala
        35                  40                  45
Glu Trp Val Ala Val Glu Asn Met Pro Phe Thr His Ala Trp Arg Leu
    50                  55                  60
Arg Thr Asn Pro Leu Pro Glu Ser Gly Gly Asn Glu Trp Asp Leu Arg
65                  70                  75                  80
Ile Arg Ala Arg Gly Ala Ala Ala Val Ser Ala Gly Asp Lys Ile Leu
                85                  90                  95
Ala Glu Phe Trp Met Arg Cys Val Glu Pro Glu Asn Gly Asp Cys Ile
            100                 105                 110
Leu Arg Leu Asn Val Glu Arg Asp Gly Ser Pro Trp Thr Lys Ser Ile
        115                 120                 125
Ser Asn Pro Tyr Pro Val Gly Arg Glu Trp Arg Arg Phe Arg Val Leu
    130                 135                 140
Phe Glu Met Arg Glu Ser Tyr Ala Ala Gly Gly Tyr Met Ile Asp Phe
145                 150                 155                 160
Trp Met Gly Gln Gln Val Gln Thr Ala Glu Val Gly Gly Ile Ser Leu
                165                 170                 175
Leu Asn Tyr Gly Pro Gln Ala Thr Ala Glu Gln Leu Gly Leu Asp Arg
            180                 185                 190
Phe Tyr Glu Gly Ala Ala Ala Asp Ala Ala Trp Arg Gln Ala Ala Glu
        195                 200                 205
Gln Arg Ile Glu Glu Ile Arg Lys Ala Gly Met Ile Ile Val Ala Val
    210                 215                 220
Thr Pro Asp Gly Glu Pro Ile Glu Gly Ala Glu Ile Arg Ala Lys Leu
225                 230                 235                 240
Lys Arg His Ala Phe Gly Trp Gly Thr Ala Val Ala Ala Ser Arg Leu
                245                 250                 255
Leu Gly Thr Gly Thr Asp Ser Glu Arg Tyr Arg Asn Phe Ile Arg Glu
            260                 265                 270
Asn Phe Asn Met Ala Val Leu Glu Asn Asp Leu Lys Trp Gly Pro Phe
        275                 280                 285
Glu Glu Asn Arg Asn Arg Ala Met Asn Ala Leu Arg Trp Leu His Glu
    290                 295                 300
Asn Gly Ile Thr Trp Ile Arg Gly His Asn Leu Val Trp Pro Gly Trp
305                 310                 315                 320
Arg Trp Met Pro Asn Asp Val Arg Asn Leu Ala Asn Asn Pro Glu Ala
                325                 330                 335
Leu Arg Gln Arg Ile Leu Asp Arg Ile Arg Asp Thr Ala Thr Ala Thr
            340                 345                 350
Arg Gly Leu Val Val His Trp Asp Val Val Asn Glu Pro Val Ala Glu
        355                 360                 365
Arg Asp Val Leu Asn Ile Leu Gly Asp Glu Val Met Ala Asp Trp Phe
    370                 375                 380
Arg Ala Ala Lys Glu Cys Asp Pro Glu Ala Arg Met Phe Ile Asn Glu
385                 390                 395                 400
Tyr Asp Ile Leu Ala Ala Asn Gly Ala Asn Leu Arg Lys Gln Asn Ala
                405                 410                 415
Tyr Tyr Arg Met Ile Glu Met Leu Leu Lys Leu Glu Ala Pro Val Glu
            420                 425                 430
Gly Ile Gly Phe Gln Gly His Phe Asp Thr Ala Thr Pro Pro Glu Arg
        435                 440                 445
Met Leu Glu Ile Met Asn Arg Tyr Ala Arg Leu Gly Leu Pro Ile Ala
    450                 455                 460
Ile Thr Glu Tyr Asp Phe Ala Thr Ala Asp Glu Glu Leu Gln Ala Gln
465                 470                 475                 480
Phe Thr Arg Asp Leu Met Ile Leu Ala Phe Ser His Pro Ala Val Ser
                485                 490                 495
Asp Phe Leu Met Trp Gly Phe Trp Glu Gly Ser His Trp Lys Pro Leu
            500                 505                 510
Gly Ala Met Ile Arg Arg Asp Trp Ser Glu Lys Pro Met Tyr Arg Val
        515                 520                 525
Trp Arg Glu Leu Ile Phe Glu Arg Trp Gln Thr Asp Glu Thr Gly Val
    530                 535                 540
Thr Pro Glu His Gly Ala Ile Tyr Val Arg Gly Phe Lys Gly Asp Tyr
545                 550                 555                 560
Glu Ile Thr Val Lys Ala Gly Gly Gln Glu Val Arg Val Pro Tyr Thr
                565                 570                 575
Leu Lys Glu Asp Gly Gln Val Leu Trp Val Thr Val Gly Gly Ala Ser
            580                 585                 590
Glu Glu Arg Val Gln
        595
<210>21
<211>1032
<212>DNA
<213>热纤梭菌(Clostridium thermocellum)
<400>21
atggtgagtt ttaaagcagg tataaattta ggcggatgga tatcacaata tcaagttttc    60
agcaaagagc atttcgatac attcattacg gagaaggaca ttgaaactat tgcagaagca   120
gggtttgacc atgtcagact gccttttgat tatccaatta tcgagtctga tgacaatgtg   180
ggagaatata aagaagatgg gctttcttat attgaccggt gccttgagtg gtgtaaaaaa   240
tacaatttgg ggcttgtgtt ggatatgcat cacgctcccg ggtaccgctt tcaagatttt   300
aagacaagca ccttgtttga agatccgaac cagcaaaaga gatttgttga catatggaga   360
tttttagcca agcgttacat aaatgaacgg gaacatattg cctttgaact gttaaatgaa   420
gttgttgagc ctgacagtac ccgctggaac aagttgatgc ttgagtgtgt aaaagcaatc   480
agggaaattg attccaccag gtggctttac attgggggca ataactataa cagtcctgat   540
gagcttaaaa accttgcaga tattgatgat gattacatag tttacaattt ccatttttac   600
aatccttttt tctttacgca tcagaaagcc cactggtcgg aaagtgccat ggcgtacaac   660
aggactgtaa aatatccggg acaatatgag ggaattgaag agtttgtgaa aaataatcct   720
aagtacagtt ttatgatgga attgaataac ctgaagctga ataaagagct tttgcgcaaa   780
gatttaaaac cagcaattga gttcagggaa aagaaaaaat gcaaactata ttgcggggag   840
tttggcgtaa ttgccattgc tgacctggag tccaggataa aatggcatga agattatata   900
agtcttctag aggagtatga tatcggcggc gcggtgtgga actacaaaaa aatggatttt   960
gaaatttata atgaggatag aaaacctgtc tcgcaagaat tggtaaatat actggcgaga  1020
agaaaaactt ga                                                      1032
<210>22
<211>343
<212>PRT
<213>热纤梭菌
<220>
<221>结构域
<222>(1)...(323)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(15)...(32)
<223>胞质脂肪酸结合蛋白标签.Prosite id＝PS00214
<220>
<221>位点
<222>(135)...(144)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<220>
<221>位点
<222>(223)...(226)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>22
Met Val Ser Phe Lys Ala Gly Ile Asn Leu Gly Gly Trp Ile Ser Gln
1               5                   10                  15
Tyr Gln Val Phe Ser Lys Glu His Phe Asp Thr Phe Ile Thr Glu Lys
            20                  25                  30
Asp Ile Glu Thr Ile Ala Glu Ala Gly Phe Asp His Val Arg Leu Pro
        35                  40                  45
Phe Asp Tyr Pro Ile Ile Glu Ser Asp Asp Asn Val Gly Glu Tyr Lys
    50                  55                  60
Glu Asp Gly Leu Ser Tyr Ile Asp Arg Cys Leu Glu Trp Cys Lys Lys
65                  70                  75                  80
Tyr Asn Leu Gly Leu Val Leu Asp Met His His Ala Pro Gly Tyr Arg
                85                  90                  95
Phe Gln Asp Phe Lys Thr Ser Thr Leu Phe Glu Asp Pro Asn Gln Gln
            100                 105                 110
Lys Arg Phe Val Asp Ile Trp Arg Phe Leu Ala Lys Arg Tyr Ile Asn
        115                 120                 125
Glu Arg Glu His Ile Ala Phe Glu Leu Leu Asn Glu Val Val Glu Pro
    130                 135                 140
Asp Ser Thr Arg Trp Asn Lys Leu Met Leu Glu Cys Val Lys Ala Ile
145                 150                 155                 160
Arg Glu Ile Asp Ser Thr Arg Trp Leu Tyr Ile Gly Gly Asn Asn Tyr
                165                 170                 175
Asn Ser Pro Asp Glu Leu Lys Asn Leu Ala Asp Ile Asp Asp Asp Tyr
            180                 185                 190
Ile Val Tyr Asn Phe His Phe Tyr Asn Pro Phe Phe Phe Thr His Gln
        195                 200                 205
Lys Ala His Trp Ser Glu Ser Ala Met Ala Tyr Asn Arg Thr Val Lys
    210                 215                 220
Tyr Pro Gly Gln Tyr Glu Gly Ile Glu Glu Phe Val Lys Asn Asn Pro
225                 230                 235                 240
Lys Tyr Ser Phe Met Met Glu Leu Asn Asn Leu Lys Leu Asn Lys Glu
                245                 250                 255
Leu Leu Arg Lys Asp Leu Lys Pro Ala Ile Glu Phe Arg Glu Lys Lys
            260                 265                 270
Lys Cys Lys Leu Tyr Cys Gly Glu Phe Gly Val Ile Ala Ile Ala Asp
        275                 280                 285
Leu Glu Ser Arg Ile Lys Trp His Glu Asp Tyr Ile Ser Leu Leu Glu
    290                 295                 300
Glu Tyr Asp Ile Gly Gly Ala Val Trp Asn Tyr Lys Lys Met Asp Phe
305                 310                 315                 320
Glu Ile Tyr Asn Glu Asp Arg Lys Pro Val Ser Gln Glu Leu Val Asn
                325                 330                 335
Ile Leu Ala Arg Arg Lys Thr
            340
<210>23
<211>3966
<212>DNA
<213>热纤梭菌
<400>23
atgtataaaa gattattgtc gtcagtactg ataattatgc tgttattatc agcctggtcg      60
ccaatatccg tacaagcttc tgatggaatc aatgacatta gaggtcattg ggctgaagaa     120
gacttgaaca aatggatgga aaaaggtatt ttggtgggct accaggatgg gacgataagg     180
cccgataata atatcacaag agccgaattt gtcacattaa ttaacaaggt tttcgggctt     240
tatgaattaa gccgggagca attcgcagat gttgaagact caaaatggta ttcccgtgaa     300
atattaaaag ccagggctgc gggatatatt gcaggttatg gaagcaatgt tttcaaacct     360
gacaattata ttacaagaca agaagccgtt gttataatcg cgaaagtttt tgaacttcaa     420
agcggcagca attatacaag caagtttaaa gatggaagtc tggtaaagga atacgcaaaa     480
gattccgtta gcgcgttggt tgaaaaaggc tacatagcag gttatgaaga tggcactttc     540
aggccggaca actacattac ccgtgcagaa acaataaaaa ttctgaataa aattattcct     600
tccttgtata acgagaaagg agattataaa aatgaagaag tagccggaaa cgctctgatt     660
aacaccgaag gagttatttt aaaagatacc gtaataaacg gggatttgta tcttgctcag     720
ggaattcaga acggcgatgt tacccttgac ggtgtgaatg taaaaggaac ggttttcgta     780
aatggtggag gaagcgacag catacatttt ataaatacga aaataaacag ggttgttgtc     840
aataaaacag gagttagaat tgtaacttcc ggcaatacct cggttgaaag tgttgtcgtt     900
aaatccggtg caaaacttga agaaaaagaa ttgacgggcg acggctttaa aaacgttaca     960
gtcgattctc aactttcagc cggcaatgaa ataatatttg tcggggattt tgaacaggtc    1020
gatgttctgg cggatgatgc cttgctggaa accaaagagg caaaaatgaa actgagaata    1080
ttcggccaaa ggattaaagt aaatggaaag gcaatagaaa aatcatcaaa gaactatatt    1140
gtaaacgggg aacttatatc aactgaggaa gaacccggtc cttccgacgc acccggtgcg    1200
gaagacgatc aaaattcagg tagtccgggc tcatcgacta atcctgcacc aaccaagaat    1260
ccgaatgaag agtggcgtct ggtttggagc gatgagttta acggttctga aataaatatg    1320
gctaattgga gctatgacga cccgaccaac ggaagatgga acggggaagt acaatcctac    1380
acacaaaaca atgcctatat caaagacggc gcgttggtta ttgaagcaag aaaagaagac    1440
attacggaac caagcggtga gacttatcat tatacatcgt caaagctgat taccaaaggc    1500
aaaaagtcat ggaagtacgg aaaatttgaa ataagggcaa aaatgccaca gggacaaggt    1560
atatggcctg caatctggat gatgccggaa gacgaaccct tctacggaac atggccaaag    1620
tgcggcgaaa tagatattat ggagcttttg ggccacgagc ctgataaaat ttatggaacg    1680
atccattttg gagagcctca taaagaatcc cagggaacgt ataccttgcc ggaaggccag    1740
acttttgctg atgatttcca cgtttattcg attgaatggg aaccgggaga aatacgctgg    1800
tatatagacg gcaagctgta tcatgtcgct aatgactggt actcgaggga cccgtacctt    1860
gccgatgact acacttatcc cgcacctttt gaccagaatt tcttcttgat tctcaatata    1920
tccgttggtg gcggctggcc gggatatcct gacgaaacga cagttttccc gcagcaaatg    1980
gttgtggact atgtgagagt atatcaaaaa gataaatatc ctcacaggga aaaaccggca    2040
aaggaagaag tgaagccaag agagcctctt gaggacggca attatatcta taacggcggt    2100
tttgatgtgg atgattctgc agcagttggt gtggacggtg ttccctatac gtcttactgg    2160
acattcttaa cagcatccgg tggagctgcg acagtcaatg tagaggaagg tgttatgcac    2220
gtacagatag aaaacggagg gacaaccgac tacggcgtac aattgcttca agctccgatt    2280
catcttgaaa aaggcgcaaa atataaagca tcttttgaca tgaaagctga aaatccaagg    2340
caggtaaaac tgaaaatagg cggagacggc gacaggggat ggaaagatta tgcggctatt    2400
ccaccgttta cggtctcaac agagatgacc aactatgagt ttgagtttac tatgaaagat    2460
gataccgatg ttaaggcacg gtttgagttt aatatgggtt tggacgataa tgatgtctgg    2520
attgacaatg ttaaactgat taaaacagaa gatgcgccgg ttatagatcc ttccgaaata    2580
gcaagacctc cgcttctttc cggcaactat atatacaacg gtacctttga ccaaggtccg    2640
aacagaatgg gattctggaa ttttgttgtg gatagcactg caaaggctac atactatatt    2700
ggaagcgatg ttaatgagcg caggtttgaa acaagaatag aaaaaggcgg aacatcgagg    2760
ggagccataa gattggttca gccgggaatt aacattgaaa acggcaaaac atacaaggtt    2820
agcttcgaag ccagtgcggc aaatacaaga actattgagg tggaaattgc aagcaatctt    2880
cacaacagca gcatttttgc gacaactttt gaaataagca aagagagcaa gatatacgaa    2940
tttgagttta caatggacaa agattcggac aagaacggag aacttaggtt caatctgggc    3000
ggaagcaacg tgaacgtcta tattgataat gtcgttatga aaagagtaag taccgatgaa    3060
gttgaaggaa acctgatttt aaacggcgta tttaacggcc tggcaggctg gggatatgga    3120
gcgtatgaac ctggatcggc agattttgaa agtcatgagg aacaatttag ggcaattatt    3180
agctctgtcg gtaatgaagg ttggaatgta cagttgtatc aggataatgt tccgctggaa    3240
caagggcaaa cctacgaagt ttcttttgat gcaaaatcaa cgattgacag aaagataatt    3300
gtteagctgc aaaggaacgg tacttcggat aataattggg actcctattt ctatcaagaa  3360
gttgaactta ctaatgaact taaaacattc aaatatgaat ttacaatgag taaacctaca  3420
gattcggcgt caagatttaa ttttgctttg ggtaatactg aaaacaaaac ttatgctcct  3480
catgaaataa taattgacaa tgttgtagta agaaaagttg cgactccttc tgcgctgata  3540
ttgaacggaa cctttgacga tggaatggat cattggctgc tatactgggg agacggtgaa  3600
ggcaattgcg atgtaactga cggagagctt gaaattaaca ttaccaaggt aggtaccgcg  3660
gattacatgc cgcagattaa acaggaaaac atagcgttgc aagagggtgt gacgtatact  3720
ttgtctctta aagcgagagc gcttgaggca agaagtatta aagtggacat attggattct  3780
tcttataact ggtatggcgg aactattttc gatttaacaa cggaagatgc cgtatacacg  3840
tttacattta cccaaagcaa gtcgataaat aacggtgtct taactataaa tttaggtacc  3900
atagaaggta agacatccgc cgcaactact gtctatcttg atgatatttt gctggaacaa  3960
cagtaa                                                             3966
<210>24
<211>1321
<212>PRT
<213>热纤梭菌
<220>
<221>信号
<222>(1)...(26)
<220>
<221>结构域
<222>(30)...(71)
<223>S层同源结构域(S-layer homology domain)
<220>
<221>结构域
<222>(88)...(130)
<223>S层同源结构域
<220>
<221>结构域
<222>(149)...(192)
<223>S层同源结构域
<220>
<221>结构域
<222>(445)...(666)
<223>糖基水解酶家族16
<220>
<221>结构域
<222>(693)...(849)
<223>糖结合结构域(carbohydrate binding domain)
<220>
<221>结构域
<222>(868)...(1016)
<223>糖结合结构域
<220>
<221>结构域
<222>(1023)...(1173)
<223>糖结合结构域
<220>
<221>结构域
<222>(1177)...(1321)
<223>糖结合结构域
<220>
<221>位点
<222>(146)...(149)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(285)...(288)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(296)...(299)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(322)...(325)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(440)...(443)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(448)...(451)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(648)...(651)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(886)...(889)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(976)...(979)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(1123)...(1126)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(1172)...(1175)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(1200)...(1203)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(1231)...(1234)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>24
Met Tyr Lys Arg Leu Leu Ser Ser Val Leu Ile Ile Met Leu Leu Leu
1               5                   10                  15
Ser Ala Trp Ser Pro Ile Ser Val Gln Ala Ser Asp Gly Ile Asn Asp
            20                  25                  30
Ile Arg Gly His Trp Ala Glu Glu Asp Leu Asn Lys Trp Met Glu Lys
        35                  40                  45
Gly Ile Leu Val Gly Tyr Gln Asp Gly Thr Ile Arg Pro Asp Asn Asn
    50                  55                  60
Ile Thr Arg Ala Glu Phe Val Thr Leu Ile Asn Lys Val Phe Gly Leu
65                  70                  75                  80
Tyr Glu Leu Ser Arg Glu Gln Phe Ala Asp Val Glu Asp Ser Lys Trp
                85                  90                  95
Tyr Ser Arg Glu Ile Leu Lys Ala Arg Ala Ala Gly Tyr Ile Ala Gly
            100                 105                 110
Tyr Gly Ser Asn Val Phe Lys Pro Asp Asn Tyr Ile Thr Arg Gln Glu
        115                 120                 125
Ala Val Val Ile Ile Ala Lys Val Phe Glu Leu Gln Ser Gly Ser Asn
    130                 135                 140
Tyr Thr Ser Lys Phe Lys Asp Gly Ser Leu Val Lys Glu Tyr Ala Lys
145                 150                 155                 160
Asp Ser Val Ser Ala Leu Val Glu Lys Gly Tyr Ile Ala Gly Tyr Glu
                165                 170                 175
Asp Gly Thr Phe Arg Pro Asp Asn Tyr Ile Thr Arg Ala Glu Thr Ile
            180                 185                 190
Lys Ile Leu Asn Lys Ile Ile Pro Ser Leu Tyr Asn Glu Lys Gly Asp
        195                 200                 205
Tyr Lys Asn Glu Glu Val Ala Gly Asn Ala Leu Ile Asn Thr Glu Gly
    210                 215                 220
Val Ile Leu Lys Asp Thr Val Ile Asn Gly Asp Leu Tyr Leu Ala Gln
225                 230                 235                 240
Gly Ile Gln Asn Gly Asp Val Thr Leu Asp Gly Val Asn Val Lys Gly
                245                 250                 255
Thr Val Phe Val Asn Gly Gly Gly Ser Asp Ser Ile His Phe Ile Asn
            260                 265                 270
Thr Lys Ile Asn Arg Val Val Val Asn Lys Thr Gly Val Arg Ile Val
        275                 280                 285
Thr Ser Gly Asn Thr Ser Val Glu Ser Val Val Val Lys Ser Gly Ala
    290                 295                 300
Lys Leu Glu Glu Lys Glu Leu Thr Gly Asp Gly Phe Lys Asn Val Thr
305                 310                 315                 320
Val Asp Ser Gln Leu Ser Ala Gly Asn Glu Ile Ile Phe Val Gly Asp
                325                 330                 335
Phe Glu Gln Val Asp Val Leu Ala Asp Asp Ala Leu Leu Glu Thr Lys
            340                 345                 350
Glu Ala Lys Met Lys Leu Arg Ile Phe Gly Gln Arg Ile Lys Val Asn
        355                 360                 365
Gly Lys Ala Ile Glu Lys Ser Ser Lys Asn Tyr Ile Val Asn Gly Glu
    370                 375                 380
Leu Ile Ser Thr Glu Glu Glu Pro Gly Pro Ser Asp Ala Pro Gly Ala
385                 390                 395                 400
Glu Asp Asp Gln Asn Ser Gly Ser Pro Gly Ser Ser Thr Asn Pro Ala
                405                 410                 415
Pro Thr Lys Asn Pro Asn Glu Glu Trp Arg Leu Val Trp Ser Asp Glu
            420                 425                 430
Phe Asn Gly Ser Glu Ile Asn Met Ala Asn Trp Ser Tyr Asp Asp Pro
        435                 440                 445
Thr Asn Gly Arg Trp Asn Gly Glu Val Gln Ser Tyr Thr Gln Asn Asn
    450                 455                 460
Ala Tyr Ile Lys Asp Gly Ala Leu Val Ile Glu Ala Arg Lys Glu Asp
465                 470                 475                 480
Ile Thr Glu Pro Ser Gly Glu Thr Tyr His Tyr Thr Ser Ser Lys Leu
                485                 490                 495
Ile Thr Lys Gly Lys Lys Ser Trp Lys Tyr Gly Lys Phe Glu Ile Arg
            500                 505                 510
Ala Lys Met Pro Gln Gly Gln Gly Ile Trp Pro Ala Ile Trp Met Met
        515                 520                 525
Pro Glu Asp Glu Pro Phe Tyr Gly Thr Trp Pro Lys Cys Gly Glu Ile
    530                 535                 540
Asp Ile Met Glu Leu Leu Gly His Glu Pro Asp Lys Ile Tyr Gly Thr
545                 550                 555                 560
Ile His Phe Gly Glu Pro His Lys Glu Ser Gln Gly Thr Tyr Thr Leu
                565                 570                 575
Pro Glu Gly Gln Thr Phe Ala Asp Asp Phe His Val Tyr Ser Ile Glu
            580                 585                 590
Trp Glu Pro Gly Glu Ile Arg Trp Tyr Ile Asp Gly Lys Leu Tyr His
        595                 600                 605
Val Ala Asn Asp Trp Tyr Ser Arg Asp Pro Tyr Leu Ala Asp Asp Tyr
    610                 615                 620
Thr Tyr Pro Ala Pro Phe Asp Gln Asn Phe Phe Leu Ile Leu Asn Ile
625                 630                 635                 640
Ser Val Gly Gly Gly Trp Pro Gly Tyr Pro Asp Glu Thr Thr Val Phe
                645                 650                 655
Pro Gln Gln Met Val Val Asp Tyr Val Arg Val Tyr Gln Lys Asp Lys
            660                 665                 670
Tyr Pro His Arg Glu Lys Pro Ala Lys Glu Glu Val Lys Pro Arg Glu
        675                 680                 685
Pro Leu Glu Asp Gly Asn Tyr Ile Tyr Asn Gly Gly Phe Asp Val Asp
    690                 695                 700
Asp Ser Ala Ala Val Gly Val Asp Gly Val Pro Tyr Thr Ser Tyr Trp
705                 710                 715                 720
Thr Phe Leu Thr Ala Ser Gly Gly Ala Ala Thr Val Asn Val Glu Glu
                725                 730                 735
Gly Val Met His Val Gln Ile Glu Asn Gly Gly Thr Thr Asp Tyr Gly
            740                 745                 750
Val Gln Leu Leu Gln Ala Pro Ile His Leu Glu Lys Gly Ala Lys Tyr
        755                 760                 765
Lys Ala Ser Phe Asp Met Lys Ala Glu Asn Pro Arg Gln Val Lys Leu
    770                 775                 780
Lys Ile Gly Gly Asp Gly Asp Arg Gly Trp Lys Asp Tyr Ala Ala Ile
785                 790                 795                 800
Pro Pro Phe Thr Val Ser Thr Glu Met Thr Asn Tyr Glu Phe Glu Phe
                805                 810                 815
Thr Met Lys Asp Asp Thr Asp Val Lys Ala Arg Phe Glu Phe Asn Met
            820                 825                 830
Gly Leu Asp Asp Asn Asp Val Trp Ile Asp Asn Val Lys Leu Ile Lys
        835                 840                 845
Thr Glu Asp Ala Pro Val Ile Asp Pro Ser Glu Ile Ala Arg Pro Pro
    850                 855                 860
Leu Leu Ser Gly Asn Tyr Ile Tyr Asn Gly Thr Phe Asp Gln Gly Pro
865                 870                 875                 880
Asn Arg Met Gly Phe Trp Asn Phe Val Val Asp Ser Thr Ala Lys Ala
                885                 890                 895
Thr Tyr Tyr Ile Gly Ser Asp Val Asn Glu Arg Arg Phe Glu Thr Arg
            900                 905                 910
Ile Glu Lys Gly Gly Thr Ser Arg Gly Ala Ile Arg Leu Val Gln Pro
        915                 920                 925
Gly Ile Asn Ile Glu Asn Gly Lys Thr Tyr Lys Val Ser Phe Glu Ala
    930                 935                 940
Ser Ala Ala Asn Thr Arg Thr Ile Glu Val Glu Ile Ala Ser Asn Leu
945                 950                 955                 960
His Asn Ser Ser Ile Phe Ala Thr Thr Phe Glu Ile Ser Lys Glu Ser
                965                 970                 975
Lys Ile Tyr Glu Phe Glu Phe Thr Met Asp Lys Asp Ser Asp Lys Asn
            980                 985                 990
Gly Glu Leu Arg Phe Asn Leu Gly Gly Ser Asn Val Asn Val Tyr Ile
        995                 1000                1005
Asp Asn Val Val Met Lys Arg Val Ser Thr Asp Glu Val Glu Gly
    1010                1015                1020
Asn Leu Ile Leu Asn Gly Val Phe Asn Gly Leu Ala Gly Trp Gly
    1025                1030                1035
Tyr Gly Ala Tyr Glu Pro Gly Ser Ala Asp Phe Glu Ser His Glu
    1040                1045                1050
Glu Gln Phe Arg Ala Ile Ile Ser Ser Val Gly Asn Glu Gly Trp
    1055                1060                1065
Asn Val Gln Leu Tyr Gln Asp Asn Val Pro Leu Glu Gln Gly Gln
    1070                1075                1080
Thr Tyr Glu Val Ser Phe Asp Ala Lys Ser Thr Ile Asp Arg Lys
    1085                1090                1095
Ile Ile Val Gln Leu Gln Arg Asn Gly Thr Ser Asp Asn Asn Trp
    1100                1105                1110
Asp Ser Tyr Phe Tyr Gln Glu Val Glu Leu Thr Asn Glu Leu Lys
    1115                1120                1125
Thr Phe Lys Tyr Glu Phe Thr Met Ser Lys Pro Thr Asp Ser Ala
    1130                1135                1140
Ser Arg Phe Asn Phe Ala Leu Gly Asn Thr Glu Asn Lys Thr Tyr
    1145                1150                1155
Ala Pro His Glu Ile Ile Ile Asp Asn Val Val Val Arg Lys Val
    1160                1165                1170
Ala Thr Pro Ser Ala Leu Ile Leu Asn Gly Thr Phe Asp Asp Gly
    1175                1180                1185
Met Asp His Trp Leu Leu Tyr Trp Gly Asp Gly Glu Gly Asn Cys
    1190                1195                1200
Asp Val Thr Asp Gly Glu Leu Glu Ile Asn Ile Thr Lys Val Gly
    1205                1210                1215
Thr Ala Asp Tyr Met Pro Gln Ile Lys Gln Glu Asn Ile Ala Leu
    1220                1225                1230
Gln Glu Gly Val Thr Tyr Thr Leu Ser Leu Lys Ala Arg Ala Leu
    1235                1240                1245
Glu Ala Arg Ser Ile Lys Val Asp Ile Leu Asp Ser Ser Tyr Asn
    1250                1255                1260
Trp Tyr Gly Gly Thr Ile Phe Asp Leu Thr Thr Glu Asp Ala Val
    1265                1270                1275
Tyr Thr Phe Thr Phe Thr Gln Ser Lys Ser Ile Asn Asn Gly Val
    1280                1285                1290
Leu Thr Ile Asn Leu Gly Thr Ile Glu Gly Lys Thr Ser Ala Ala
    1295                1300                1305
Thr Thr Val Tyr Leu Asp Asp Ile Leu Leu Glu Gln Gln
    1310                1315                1320
<210>25
<211>1347
<212>DNA
<213>热纤梭菌
<400>25
atgtcaaaga taactttccc aaaagatttc atatggggtt ctgcaacagc agcatatcag    60
attgaaggtg catacaacga agacggcaaa ggtgaatcta tatgggaccg tttttcccac   120
acgccaggaa atatagcaga cggacatacc ggcgatgttg catgcgacca ctatcatcgt   180
tatgaagaag atatcaaaat aatgaaagaa atcggtatta aatcatacag gttttccatc   240
tcatggccca gaatctttcc tgaaggaaca ggtaaattaa atcaaaaggg actggatttt   300
tacaaaaggc tcacaaatct gcttctggaa aacggaatta tgcctgcaat cactctttat   360
cactgggacc ttccccaaaa gcttcaggat aaaggcggat ggaaaaaccg ggacaccacc   420
gattatttta cagaatactc tgaagtaata tttaaaaatc tcggagatat cgttccaata   480
tggtttactc acaatgaacc cggtgttgtt tctttgcttg gccacttttt aggaattcat   540
gcccctggga taaaagacct ccgcacttca ttggaagtct cgcacaatct tcttttgtcc   600
cacggcaagg ccgtgaaact gtttagagaa atgaatattg acgcccaaat tggaatagct   660
ctcaatttat cttaccatta tcccgcatcc gaaaaagctg aggatattga agcagcggaa   720
ttgtcatttt ctctggcggg aaggtggtat ctggatcctg tgctaaaagg ccggtatcct   780
gaaaacgcat tgaaacttta taaaaagaag ggtattgagc tttctttccc tgaagatgac   840
ctgaaactta tcagtcagcc aatagacttc atagcattca acaattattc ttcggaattt   900
ataaaatatg atccgtccag tgagtcaggt ttttcacctg caaactccat attagaaaag   960
ttcgaaaaaa cagatatggg ctggatcata tatcctgaag gcttgtatga tctgcttatg  1020
ctccttgaca gggattatgg aaagccaaac attgttatca gcgaaaacgg agccgccttc  1080
aaagatgaaa taggtagcaa cggaaagata gaagacacaa agagaatcca atatcttaaa  1140
gattatctga cccaggctca cagggcaatt caggacggtg taaacttaaa agcatactac  1200
ttgtggtcgc ttttggacaa ctttgaatgg gcttacgggt acaacaagag attcggaatc  1260
gttcacgtaa attttgatac gttggaaaga aaaataaagg atagcggcta ctggtacaaa  1320
gaagtaatca aaaacaacgg tttttaa                                      1347
<210>26
<211>448
<212>PRT
<213>热纤梭菌
<220>
<221>结构域
<222>(2)...(448)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(10)...(24)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(225)...(228)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(299)...(302)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(356)...(364)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>26
Met Ser Lys Ile Thr Phe Pro Lys Asp Phe Ile Trp Gly Ser Ala Thr
1               5                   10                  15
Ala Ala Tyr Gln Ile Glu Gly Ala Tyr Asn Glu Asp Gly Lys Gly Glu
            20                  25                  30
Ser Ile Trp Asp Arg Phe Ser His Thr Pro Gly Asn Ile Ala Asp Gly
        35                  40                  45
His Thr Gly Asp Val Ala Cys Asp His Tyr His Arg Tyr Glu Glu Asp
    50                  55                  60
Ile Lys Ile Met Lys Glu Ile Gly Ile Lys Ser Tyr Arg Phe Ser Ile
65                  70                  75                  80
Ser Trp Pro Arg Ile Phe Pro Glu Gly Thr Gly Lys Leu Asn Gln Lys
                85                  90                  95
Gly Leu Asp Phe Tyr Lys Arg Leu Thr Asn Leu Leu Leu Glu Asn Gly
            100                 105                 110
Ile Met Pro Ala Ile Thr Leu Tyr His Trp Asp Leu Pro Gln Lys Leu
        115                 120                 125
Gln Asp Lys Gly Gly Trp Lys Asn Arg Asp Thr Thr Asp Tyr Phe Thr
    130                 135                 140
Glu Tyr Ser Glu Val Ile Phe Lys Asn Leu Gly Asp Ile Val Pro Ile
145                 150                 155                 160
Trp Phe Thr His Asn Glu Pro Gly Val Val Ser Leu Leu Gly His Phe
                165                 170                 175
Leu Gly Ile His Ala Pro Gly Ile Lys Asp Leu Arg Thr Ser Leu Glu
            180                 185                 190
Val Ser His Asn Leu Leu Leu Ser His Gly Lys Ala Val Lys Leu Phe
        195                 200                 205
Arg Glu Met Asn Ile Asp Ala Gln Ile Gly Ile Ala Leu Ash Leu Ser
    210                 215                 220
Tyr His Tyr Pro Ala Ser Glu Lys Ala Glu Asp Ile Glu Ala Ala Glu
225                 230                 235                 240
Leu Ser Phe Ser Leu Ala Gly Arg Trp Tyr Leu Asp Pro Val Leu Lys
                245                 250                 255
Gly Arg Tyr Pro Glu Asn Ala Leu Lys Leu Tyr Lys Lys Lys Gly Ile
            260                 265                 270
Glu Leu Ser Phe Pro Glu Asp Asp Leu Lys Leu Ile Ser Gln Pro Ile
        275                 280                 285
Asp Phe Ile Ala Phe Asn Asn Tyr Ser Ser Glu Phe Ile Lys Tyr Asp
    290                 295                 300
Pro Ser Ser Glu Ser Gly Phe Ser Pro Ala Asn Ser Ile Leu Glu Lys
305                 310                 315                 320
Phe Glu Lys Thr Asp Met Gly Trp Ile Ile Tyr Pro Glu Gly Leu Tyr
                325                 330                 335
Asp Leu Leu Met Leu Leu Asp Arg Asp Tyr Gly Lys Pro Asn Ile Val
            340                 345                 350
Ile Ser Glu Asn Gly Ala Ala Phe Lys Asp Glu Ile Gly Ser Asn Gly
        355                 360                 365
Lys Ile Glu Asp Thr Lys Arg IIe Gln Tyr Leu Lys Asp Tyr Leu Thr
    370                 375                 380
Gln Ala His Arg Ala Ile Gln Asp Gly Val Asn Leu Lys Ala Tyr Tyr
385                 390                 395                 400
Leu Trp Ser Leu Leu Asp Asn Phe Glu Trp Ala Tyr Gly Tyr Asn Lys
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Arg Phe Gly Ile Val His Val Asn Phe Asp Thr Leu Glu Arg Lys Ile
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Lys Asp Ser Gly Tyr Trp Tyr Lys Glu Val Ile Lys Asn Asn Gly Phe
        435                 440                 445
<210>27
<211>1362
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>27
atggcaaaca agataacctt tcctgaaaat tttctgtggg gcgcggcaac ggcttcgtac   60
cagatcgaag gcgcctggaa caaacatggt aaaggcgaat ccacctggga tcgcttttca  120
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ctctggaaaa aagacattgg cttgatgaag aagatcgggt tgaaggctta tcgattttcc   240
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ttttacaaca agatcgtaga tgagctgctg aaagcagata tcatcccatt tgttactctc   360
aatcactggg acctgcccca aaaactggaa gatgagggcg gctggccggc ccgttctact   420
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<211>453
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
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<220>
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<220>
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<220>
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<400>28
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Thr Ala Ser Tyr Gln Ile Glu Gly Ala Trp Asn Lys His Gly Lys Gly
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Glu Ser Thr Trp Asp Arg Phe Ser His Thr Pro Gly Lys Ile Arg Asn
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Asn Asp Thr Gly Asp Val Ala Asn Asp His Tyr Arg Leu Trp Lys Lys
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225                 230                 235                 240
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Gln Lys Arg Thr Leu Lys Asp Ser Ala Lys Trp Tyr Lys Arg Val Ile
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<210>29
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<213>未知
<220>
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<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
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<223>糖基水解酶家族1
<220>
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<222>(11)...(25)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
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Ile His Leu Asn Gly Gln Ser Trp Ala Val Leu Ser Gly Phe Ala Ser
                165                 170                 175
Pro Gln Arg Ala Arg Gln Ala Met Asp Ser Val Tyr Lys His Leu Asn
            180                 185                 190
Thr Lys His Gly Ile Lys Leu Ser Thr Pro Gly Tyr Asn Gly Tyr Asp
        195                 200                 205
Pro Asn Tyr Gly Gly Val Thr Thr Tyr Pro Pro Gly Ala Lys Glu Asn
    210                 215                 220
Gly Gly Ile Phe Leu His Pro Asn Pro Trp Ala Met Ile Ala Glu Thr
225                 230                 235                 240
Met Leu Gly Asp Gly Asp Arg Ala Tyr Glu Tyr Tyr Ser Gln Ile Asn
                245                 250                 255
Pro Ala Gly Lys Asn Asp Asp Ile Asp Leu Tyr Glu Val Glu Pro Tyr
            260                 265                 270
Val Tyr Ala Gln Asn Ile Leu Gly Asp Glu His Pro Gln Phe Gly Leu
        275                 280                 285
Gly Arg Asn Ser Trp Leu Ser Gly Thr Ala Ser Trp Cys Tyr Gln Ala
    290                 295                 300
Ala Thr Gln Trp Ile Leu Gly Ile Arg Ala Asp Tyr Glu Gly Leu Arg
305                 310                 315                 320
Ile Asp Pro Cys Ile Pro Ser Lys Trp Asp Gly Phe Lys Ala Thr Arg
                325                 330                 335
Leu Tyr Arg Gly Val Lys Tyr Asn Ile Thr Val Thr Asn Pro Lys His
            340                 345                 350
Ile Cys Lys Gly Val Glu Lys Val Leu Val Asn Gly Lys Pro Val Glu
        355                 360                 365
Gly Asn Val Val Arg Ala Asp Val Gly Leu Arg Glu Val Asn Val Glu
    370                 375                 380
Val Thr Leu Gly
385
<210>33
<211>1362
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>33
atggcaaata aaattctctt ccccgagaac tttctctggg gcacggcgac cgcatcctac    60
cagatcgagg gggcttggga taaacatggt aagggcgagt cgacctggga ccgttttacg   120
catacacctg gaaagatcaa aaacaatgat acgggcgatg tagcagatga ccattatcga   180
ttatggaaaa aagatatcgg cttgatgaag aagctcggct tgaaggctta tcgtttttcg   240
acttcctggc cgcgggtgct gccggccggg cgcggtaaga gcaatcaaaa aggactcgat   300
ttctacagca agctggttga tgagttgcta aaagcaaata tcatcccatt cgtgacattg   360
aatcactggg acatcccaca aaagttggag gacgagggtg gctgggccgt gcgctcaacg   420
gctgaggcat ttgtggaata tgccgatctc atgtcgcgca cgcttggaga ccgcgtcaag   480
aactggatca cgcacaacga accggccgtc gtcgcctgga tgggatacgg gatgggcatc   540
cacgcgccgg gcttaacgga tttctcgatt gcggtgccgg tctcgcatca tctgctcctt   600
tcgcacggat gggccgtgcc tgtgattcgc ggtaacagcc cggatgccga ggtgggcatt   660
accctcaaca ttcaatgggg cgaagcagca tccaacagcc gggccgacct aaacgccctg   720
cgcctgaacg atggacagtg gttccgctgg tttgccgatc cggtttatgg ccgcggctat   780
ccttccgacg tggtggctga tttcgagaaa atgggcgcgc tgccgaacgg catgaatttc   840
gtgcaacctg gcgatatgga tgtcatcgcc acgccaaccg atttcctcgg gctcaattat   900
tattcccgcc atgtgcatcg cgtcaacaca ccggataacg atcaacaggt tgtgtttgcc   960
aaacagcagg gtcccgagaa ctggaccgag atgggctggg agatccatcc tgatggattg  1020
gccggaattt tatccagagc gtatttcaat taccagccgc gcaaagtata tgtgactgaa  1080
aacggtgcca gctattccac cgcgcccgat gagaatggta ttgtcaacga cattcaccgc  1140
gtcaattatc tacggacgca cttcgcggct gcccatcgcg ccctgcaggc gggcgtgcca  1200
ttggcaggat acttcgtctg gtcaatgctc gataacttcg aatggagtca cgggtacagc  1260
cagcgctttg gcatcgttta tgtggactat caaacccaga agcgttactt gaaagacagc  1320
gccaagtggt acaaaggtgt catcaaaaag aatgggttct aa                     1362
<210>34
<211>453
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(3)...(453)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(11)...(25)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(49)...(52)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(332)...(335)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(361)...(369)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>34
Met Ala Asn Lys Ile Leu Phe Pro Glu Asn Phe Leu Trp Gly Thr Ala
1               5                   10                  15
Thr Ala Ser Tyr Gln Il e Glu GlyAla Trp Asp Lys His Gly Lys Gly
            20                  25                  30
Glu Ser Thr Trp Asp Arg Phe Thr His Thr Pro Gly Lys Ile Lys Asn
        35                  40                  45
Asn Asp Thr Gly Asp Val Ala Asp Asp His Tyr Arg Leu Trp Lys Lys
    50                  55                  60
Asp Ile Gly Leu Met Lys Lys Leu Gly Leu Lys Ala Tyr Arg Phe Ser
65                  70                  75                  80
Thr Ser Trp Pro Arg Val Leu Pro Ala Gly Arg Gly Lys Ser Asn Gln
                85                  90                  95
Lys Gly Leu Asp Phe Tyr Ser Lys Leu Val Asp Glu Leu Leu Lys Ala
            100                 105                 110
Asn Ile Ile Pro Phe Val Thr Leu Asn His Trp Asp Ile Pro Gln Lys
        115                 120                 125
Leu Glu Asp Glu Gly Gly Trp Ala Val Arg Ser Thr Ala Glu Ala Phe
    130                 135                 140
Val Glu Tyr Ala Asp Leu Met Ser Arg Thr Leu Gly Asp Arg Val Lys
145                 150                 155                 160
Asn Trp Ile Thr His Asn Glu Pro Ala Val Val Ala Trp Met Gly Tyr
                165                 170                 175
Gly Met Gly Ile His Ala Pro Gly Leu Thr Asp Phe Ser Ile Ala Val
            180                 185                 190
Pro Val Ser His His Leu Leu Leu Ser His Gly Trp Ala Val Pro Val
        195                 200                 205
Ile Arg Gly Asn Ser Pro Asp Ala Glu Val Gly Ile Thr Leu Asn Ile
    210                 215                 220
Gln Trp Gly Glu Ala Ala Ser Asn Ser Arg Ala Asp Leu Asn Ala Leu
225                 230                 235                 240
Arg Leu Asn Asp Gly Gln Trp Phe Arg Trp Phe Ala Asp Pro Val Tyr
                245                 250                 255
Gly Arg Gly Tyr Pro Ser Asp Val Val Ala Asp Phe Glu Lys Met Gly
            260                 265                 270
Ala Leu Pro Asn Gly Met Asn Phe Val Gln Pro Gly Asp Met Asp Val
        275                 280                 285
Ile Ala Thr Pro Thr Asp Phe Leu Gly Leu Asn Tyr Tyr Ser Arg His
    290                 295                 300
Val His Arg Val Asn Thr Pro Asp Asn Asp Gln Gln Val Val Phe Ala
305                 310                 315                 320
Lys Gln Gln Gly Pro Glu Asn Trp Thr Glu Met Gly Trp Glu Ile His
                325                 330                 335
Pro Asp Gly Leu Ala Gly Ile Leu Ser Arg Ala Tyr Phe Asn Tyr Gln
            340                 345                 350
Pro Arg Lys Val Tyr Val Thr Glu Asn Gly Ala Ser Tyr Ser Thr Ala
        355                 360                 365
Pro Asp Glu Asn Gly Ile Val Asn Asp Ile His Arg Val Asn Tyr Leu
    370                 375                 380
Arg Thr His Phe Ala Ala Ala His Arg Ala Leu Gln Ala Gly Val Pro
385                 390                 395                 400
Leu Ala Gly Tyr Phe Val Trp Ser Met Leu Asp Asn Phe Glu Trp Ser
                405                 410                 415
His Gly Tyr Ser Gln Arg Phe Gly Ile Val Tyr Val Asp Tyr Gln Thr
            420                 425                 430
Gln Lys Arg Tyr Leu Lys Asp Ser Ala Lys Trp Tyr Lys Gly Val Ile
        435                 440                 445
Lys Lys Asn Gly Phe
    450
<210>35
<211>1116
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>35
atgaataaaa tcctcaaact cttcagcagc ctgctgcttt ttgcaggcat ctgtcccgcg    60
cttcaggcag agccagtaga aacctacttt cccctgtccc gcgggatcaa catgagccac   120
tggctctctc aagtgaatga aaacattccc gaccgttcca cctatgtgac ggagcgggat   180
ttgcaatttc tgcgggcagc cggtttcgac catgtgcgtc tgccaatcga tgaggtcgaa   240
ctctgggatg aagagggcaa tcagatcgag gaggcctggc aatacatgca taactttctc   300
cgttggagcc gaaagaacga tctccgggtc attctcgacc tgcacacggt attgtcccac   360
cacttcaacg cggtaaatat gggagaggtc aatacactct tcaatgatcc cagggaacag   420
gaaaagttcc tcaacctatg ggaacaaatc atggatgccg tgggtcacca tccgaatgag   480
tttctcgcct atgaaatgct caatgaggcg gtcgcggaag atgatgaaga ctggaatctg   540
ctcctcaacc gcgccattgt ccgcatccgg gaccgtgagc cttatcgggt gctgattgcg   600
gggtcgaact ggtggcagca tgccgaccgg gtccccaacc tgaggctccc gaaaggagac   660
cccaatatca tcatcagttt tcatttttat tccccttttc tcttcaccca ctaccgcagt   720
agctggactg cgatgcaggc gtaccagggc ttcgtccaat accctggcaa aaccatacct   780
tccatacatc tcgaaggcat gaactacccg gagtccttcg ttcatatgtg ggaagcgcac   840
aatcggtact atgacatcca ttccatgtat gccgaaatgg tcccggcggt gcgttttgcc   900
gaaaagttgg gacttcggct ctattgcgga gaattcgggg ccatgaagac cgttgatcgc   960
gcccagatgc tgcagtggta tcgggatgtt gtcactgtat ttaataaatt gggtattccc  1020
tatactgcct gggattatca gggaaccttc ggaatccgcg atgagctgac cggtgagccc  1080
gatcatgaaa tgatcgatat tctcctcggg cgctga                            1116
<210>36
<211>371
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(23)
<220>
<221>结构域
<222>(39)...(350)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(37)...(40)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>36
Met Asn Lys Ile Leu Lys Leu Phe Ser Ser Leu Leu Leu Phe Ala Gly
1               5                   10                  15
Ile Cys Pro Ala Leu Gln Ala Glu Pro Val Glu Thr Tyr Phe Pro Leu
            20                  25                  30
Ser Arg Gly Ile Asn Met Ser His Trp Leu Ser Gln Val Asn Glu Asn
        35                  40                  45
Ile Pro Asp Arg Ser Thr Tyr Val Thr Glu Arg Asp Leu Gln Phe Leu
    50                  55                  60
Arg Ala Ala Gly Phe Asp His Val Arg Leu Pro Ile Asp Glu Val Glu
65                  70                  75                  80
Leu Trp Asp Glu Glu Gly Asn Gln Ile Glu Glu Ala Trp Gln Tyr Met
                85                  90                  95
His Asn Phe Leu Arg Trp Ser Arg Lys Asn Asp Leu Arg Val Ile Leu
            100                 105                 110
Asp Leu His Thr Val Leu Ser His His Phe Asn Ala Val Asn Met Gly
        115                 120                 125
Glu Val Asn Thr Leu Phe Asn Asp Pro Arg Glu Gln Glu Lys Phe Leu
    130                 135                 140
Asn Leu Trp Glu Gln Ile Met Asp Ala Val Gly His His Pro Asn Glu
145                 150                 155                 160
Phe Leu Ala Tyr Glu Met Leu Asn Glu Ala Val Ala Glu Asp Asp Glu
                165                 170                 175
Asp Trp Asn Leu Leu Leu Asn Arg Ala Ile Val Arg Ile Arg Asp Arg
            180                 185                 190
Glu Pro Tyr Arg Val Leu Ile Ala Gly Ser Asn Trp Trp Gln His Ala
        195                 200                 205
Asp Arg Val Pro Asn Leu Arg Leu Pro Lys Gly Asp Pro Asn Ile Ile
    210                 215                 220
Ile Ser Phe His Phe Tyr Ser Pro Phe Leu Phe Thr His Tyr Arg Ser
225                 230                 235                 240
Ser Trp Thr Ala Met Gln Ala Tyr Gln Gly Phe Val Gln Tyr Pro Gly
                245                 250                 255
Lys Thr Ile Pro Ser Ile His Leu Glu Gly Met Asn Tyr Pro Glu Ser
            260                 265                 270
Phe Val His Met Trp Glu Ala His Asn Arg Tyr Tyr Asp Ile His Ser
        275                 280                 285
Met Tyr Ala Glu Met Val Pro Ala Val Arg Phe Ala Glu Lys Leu Gly
    290                 295                 300
Leu Arg Leu Tyr Cys Gly Glu Phe Gly Ala Met Lys Thr Val Asp Arg
305                 310                 315                 320
Ala Gln Met Leu Gln Trp Tyr Arg Asp Val Val Thr Val Phe Asn Lys
                325                 330                 335
Leu Gly Ile Pro Tyr Thr Ala Trp Asp Tyr Gln Gly Thr Phe Gly Ile
            340                 345                 350
Arg Asp Glu Leu Thr Gly Glu Pro Asp His Glu Met Ile Asp Ile Leu
        355                 360                 365
Leu Gly Arg
    370
<210>37
<211>1383
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>37
atgagcaaac tccccaaatt cctctttgga gccggcacct caagttatca gatcgaaggt    60
gcctggaata tagatggcaa aggtccctcc atttgggatt tccacactcg ccatcccggc   120
gcggtttatc ggatgcacaa cggggatatg gcctgcgatc attatcatcg gtatcgaacg   180
gatatcgagc tgatgcagaa gatcggccta gaggcttacc gcttttccat aaactggccc   240
cgggttctgc cggaagggac cggtgccgcc aatgaagcag gtctggactt ttacgaccgg   300
ctggtggacg cactgttgga agcgggaatt cagccttgga tcacccttta tcactgggaa   360
ctcccctggg ctctccacct gcgcgggggt tggctcaatc gggacatgcc cgaccacatt   420
gagaactacg ccgccttggt cgccaggtgc ctcggtgacc gggtgaaaaa ctggattact   480
ttgaatgagc ctcaggtttt catcgggctt ggctatgcca gcggggttca tgcccccggc   540
tataagttgt ccttgcggga gtgcctggtc ggttcccacc atgccgtgct ttcccaccac   600
cgggcagtca aggcgatccg ggccaactgc gaaggcagcg tccagatcgg ctcagccccg   660
gtgggtgttg tctgccgacc ggaaacggag tcggcagcag acattgaggc tgcccgccag   720
gccacctacc atatcaacac tcccagcacc cacactcccg acaatctgat cggctgcctc   780
tggaacagca cttggtggat agatccaatg gttctgggga agtatccgga acacgggctg   840
aaagcctttg aaagctatct gccggacaac attcaggccg aactggatgc cgtattcgaa   900
ccgacggact ttgtcggttc caacatctac cacggccgca cggtgcgggc caagcaggat   960
ggtggttttg agtttatcga ccttccgccc ggcagccccc gcaccaccat gggctgggac  1020
atcaccccgg acatcctcta ctggggagga aagtatcttt acgaacgcta tggcaagccg  1080
atgtttatca cggaaaacgg cattgccgtc ccggaactgg tgaatgatga aggccaggtc  1140
gaggataccg tccgtgagca atacatgaag ctgcacctgc gtgggctgca gcgggcccgc  1200
gatgaaggca tcccctatgc cggatacttc cactggtccc tgctcgacaa cttcgagtgg  1260
gaacaaggct actcccagcg ctttggcatg gtctacgtcg actaccagac ccaggaacgt  1320
atcctcaaac gttcgggcca gcatttcgct gccatcgtcc gggaaatcac cggaaccgcc  1380
taa                                                                1383
<210>38
<211>460
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(1)...(458)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(7)...(21)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(266)...(269)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(366)...(374)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>38
Met Ser Lys Leu Pro Lys Phe Leu Phe Gly Ala Gly Thr Ser Ser Tyr
1               5                   10                  15
Gln Ile Glu Gly Ala Trp Asn Ile Asp Gly Lys Gly Pro Ser Ile Trp
            20                  25                  30
Asp Phe His Thr Arg His Pro Gly Ala Val Tyr Arg Met His Asn Gly
        35                  40                  45
Asp Met Ala Cys Asp His Tyr His Arg Tyr Arg Thr Asp Ile Glu Leu
    50                  55                  60
Met Gln Lys Ile Gly Leu Glu Ala Tyr Arg Phe Ser Ile Asn Trp Pro
65                  70                  75                  80
Arg Val Leu Pro Glu Gly Thr Gly Ala Ala Asn Glu Ala Gly Leu Asp
                85                  90                  95
Phe Tyr Asp Arg Leu Val Asp Ala Leu Leu Glu Ala Gly Ile Gln Pro
            100                 105                 110
Trp Ile Thr Leu Tyr His Trp Glu Leu Pro Trp Ala Leu His Leu Arg
        115                 120                 125
Gly Gly Trp Leu Asn Arg Asp Met Pro Asp His Ile Glu Asn Tyr Ala
    130                 135                 140
Ala Leu Val Ala Arg Cys Leu Gly Asp Arg Val Lys Asn Trp Ile Thr
145                 150                 155                 160
Leu Asn Glu Pro Gln Val Phe Ile Gly Leu Gly Tyr Ala Ser Gly Val
                165                 170                 175
His Ala Pro Gly Tyr Lys Leu Ser Leu Arg Glu Cys Leu Val Gly Ser
            180                 185                 190
His His Ala Val Leu Ser His His Arg Ala Val Lys Ala Ile Arg Ala
        195                 200                 205
Asn Cys Glu Gly Ser Val Gln Ile Gly Ser Ala Pro Val Gly Val Val
    210                 215                 220
Cys Arg Pro Glu Thr Glu Ser Ala Ala Asp Ile Glu Ala Ala Arg Gln
225                 230                 235                 240
Ala Thr Tyr His Ile Asn Thr Pro Ser Thr His Thr Pro Asp Asn Leu
                245                 250                 255
Ile Gly Cys Leu Trp Asn Ser Thr Trp Trp Ile Asp Pro Met Val Leu
            260                 265                 270
Gly Lys Tyr Pro Glu His Gly Leu Lys Ala Phe Glu Ser Tyr Leu Pro
        275                 280                 285
Asp Asn Ile Gln Ala Glu Leu Asp Ala Val Phe Glu Pro Thr Asp Phe
    290                 295                 300
Val Gly Ser Asn Ile Tyr His Gly Arg Thr Val Arg Ala Lys Gln Asp
305                 310                 315                 320
Gly Gly Phe Glu Phe Ile Asp Leu Pro Pro Gly Ser Pro Arg Thr Thr
                325                 330                 335
Met Gly Trp Asp Ile Thr Pro Asp Ile Leu Tyr Trp Gly Gly Lys Tyr
            340                 345                 350
Leu Tyr Glu Arg Tyr Gly Lys Pro Met Phe Ile Thr Glu Asn Gly Ile
        355                 360                 365
Ala Val Pro Glu Leu Val Asn Asp Glu Gly Gln Val Glu Asp Thr Val
    370                 375                 380
Arg Glu Gln Tyr Met Lys Leu His Leu Arg Gly Leu Gln Arg Ala Arg
385                 390                 395                 400
Asp Glu Gly Ile Pro Tyr Ala Gly Tyr Phe His Trp Ser Leu Leu Asp
                405                 410                 415
Asn Phe Glu Trp Glu Gln Gly Tyr Ser Gln Arg Phe Gly Met Val Tyr
            420                 425                 430
Val Asp Tyr Gln Thr Gln Glu Arg Ile Leu Lys Arg Ser Gly Gln His
        435                 440                 445
Phe Ala Ala Ile Val Arg Glu Ile Thr Gly Thr Ala
    450                 455                 460
<210>39
<211>1521
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>39
gtgctcgccc ataaccgctc gcaccgtgaa gaactcctca atcgccggcc ggttgaattc   60
atcagcgccc tggaggcccg gggcgagctc cagcgcatca ccgccgaggt ggacccctac  120
ctcgagatca ccgagatctg cgatcgcacc ctgcgcgccg gcggcccggc gctgctgttc   180
gagaacgtca aggggcacga catgcctctg ctcggcaacc tcttcggcac gccgaagcgg   240
gttgccctcg gcatgggcca ggactccgtg gccgccctgc gcgaagtggg cgagctgctc   300
gccttcctca aggagccgga gcctcccaag ggctttcgcg acgcctggga caagctgccg   360
atcttcaagc aggtgatgag catggggccg aagaaggtcc gctcggcgcc ggtgcaggaa   420
aaggtgtacg agggcgacga ggtcgacctc gaccgcctgc cgatccagca ctgctggccc   480
ggcgacgccg cgcccctggt cacctggccg ctggtgatca cccgcgggcc ccacaagaag   540
cgccagaacc tcggcatcta ccgccagcag aagctgtcga agaaccggct gatcatgcgc   600
tggctctccc accgcggcgg ggcgctggac ttcctggagt tccagaaggc ccaccccggc   660
gagcccttcc cggtggcggt ggcgctgggc gccgacccgg cgaccatcct cggcgcggtg   720
accccggtgc cggattcgct ctccgagtac gccttcgccg ggctgctgcg cggctcgcgc   780
accgagctgg tcaagtgcgg ccacgccgac ctggacgtgc cggcctcggc ggagatcatc   840
ctggaggggt tcatctaccc ggatgacatg gcccccgagg gcccctacgg cgaccatacc   900
ggctactaca acgaggtgga taccttcccg gtcttcacgg tgacgcgtat gaccatgcgc   960
cgcgatgcca tctatcactc cacctacacc ggccggccgc ccgacgagcc ggcgatcctt  1020
gggctggcgc tcaacgaggt gttcgtgccg atcctgcgcc gccagttccc ggagatcgtc  1080
gacttctacc tgccgccgga gggctgctcc taccgcatgg cggtggtgac catgaagaag  1140
cagtacccgg gccacgccaa gcgggtgatg atgggcgtgt ggagcttcct gcgccagttc  1200
atgtacacca agttcgtggt ggtgctcgac gacgacgtca gcgcccggga ctgggaggac  1260
gtgatctggg ccatcaccac ccgcatggac ccggcccggg acaccgtggt ggtggagaac  1320
acccccatcg actacctgga cttcgcctcg ccggtctccg gcctcggttc caagatgggc  1380
ctggatgcca ccagcaagtg gcccggcgag accgaccgcg agtggggggt gcccatcgtc  1440
atggacgagg ccgtcaaggc ccgcgtcagc gagcgctgga acgagctggg catcgagctc  1500
cccgacaaca cgaccccctg a                                            1521
<210>40
<211>506
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(21)...(445)
<223>3-八异戊二烯基-4-羟基苯甲酸羧基-裂解酶(3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase)
<220>
<221>位点
<222>(5)...(8)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>40
Met Leu Ala His Asn Arg Ser His Arg Glu Glu Leu Leu Asn Arg Arg
1               5                   10                  15
Pro Val Glu Phe Ile Ser Ala Leu Glu Ala Arg Gly Glu Leu Gln Arg
            20                  25                  30
Ile Thr Ala Glu Val Asp Pro Tyr Leu Glu Ile Thr Glu Ile Cys Asp
        35                  40                  45
Arg Thr Leu Arg Ala Gly Gly Pro Ala Leu Leu Phe Glu Asn Val Lys
    50                  55                  60
Gly His Asp Met Pro Leu Leu Gly Asn Leu Phe Gly Thr Pro Lys Arg
65                  70                  75                  80
Val Ala Leu Gly Met Gly Gln Asp Ser Val Ala Ala Leu Arg Glu Val
                85                  90                  95
Gly Glu Leu Leu Ala Phe Leu Lys Glu Pro Glu Pro Pro Lys Gly Phe
            100                 105                 110
Arg Asp Ala Trp Asp Lys Leu Pro Ile Phe Lys Gln Val Met Ser Met
        115                 120                 125
Gly Pro Lys Lys Val Arg Ser Ala Pro Val Gln Glu Lys Val Tyr Glu
    130                 135                 140
Gly Asp Glu Val Asp Leu Asp Arg Leu Pro Ile Gln His Cys Trp Pro
145                 150                 155                 160
Gly Asp Ala Ala Pro Leu Val Thr Trp Pro Leu Val Ile Thr Arg Gly
                165                 170                 175
Pro His Lys Lys Arg Gln Asn Leu Gly Ile Tyr Arg Gln Gln Lys Leu
            180                 185                 190
Ser Lys Asn Arg Leu Ile Met Arg Trp Leu Ser His Arg Gly Gly Ala
        195                 200                 205
Leu Asp Phe Leu Glu Phe Gln Lys Ala His Pro Gly Glu Pro Phe Pro
    210                 215                 220
Val Ala Val Ala Leu Gly Ala Asp Pro Ala Thr Ile Leu Gly Ala Val
225                 230                 235                 240
Thr Pro Val Pro Asp Ser Leu Ser Glu Tyr Ala Phe Ala Gly Leu Leu
                245                 250                 255
Arg Gly Ser Arg Thr Glu Leu Val Lys Cys Gly His Ala Asp Leu Asp
            260                 265                 270
Val Pro Ala Ser Ala Glu Ile Ile Leu Glu Gly Phe Ile Tyr Pro Asp
        275                 280                 285
Asp Met Ala Pro Glu Gly Pro Tyr Gly Asp His Thr Gly Tyr Tyr Asn
    290                 295                 300
Glu Val Asp Thr Phe Pro Val Phe Thr Val Thr Arg Met Thr Met Arg
305                 310                 315                 320
Arg Asp Ala Ile Tyr His Ser Thr Tyr Thr Gly Arg Pro Pro Asp Glu
                325                 330                 335
Pro Ala Ile Leu Gly Leu Ala Leu Asn Glu Val Phe Val Pro Ile Leu
            340                 345                 350
Arg Arg Gln Phe Pro Glu Ile Val Asp Phe Tyr Leu Pro Pro Glu Gly
        355                 360                 365
Cys Ser Tyr Arg Met Ala Val Val Thr Met Lys Lys Gln Tyr Pro Gly
    370                 375                 380
His Ala Lys Arg Val Met Met Gly Val Trp Ser Phe Leu Arg Gln Phe
385                 390                 395                 400
Met Tyr Thr Lys Phe Val Val Val Leu Asp Asp Asp Val Ser Ala Arg
                405                 410                 415
Asp Trp Glu Asp Val Ile Trp Ala Ile Thr Thr Arg Met Asp Pro Ala
            420                 425                 430
Arg Asp Thr Val Val Val Glu Asn Thr Pro Ile Asp Tyr Leu Asp Phe
        435                 440                 445
Ala Ser Pro Val Ser Gly Leu Gly Ser Lys Met Gly Leu Asp Ala Thr
    450                 455                 460
Ser Lys Trp Pro Gly Glu Thr Asp Arg Glu Trp Gly Val Pro Ile Val
465                 470                 475                 480
Met Asp Glu Ala Val Lys Ala Arg Val Ser Glu Arg Trp Asn Glu Leu
                485                 490                 495
Gly Ile Glu Leu Pro Asp Asn Thr Thr Pro
            500                 505
<210>41
<211>1410
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>41
atgaagacgc cttcgatcta cgataccatg acgcggtcgg tgcagccgtt gacacccgcc   60
gacggcgaca ccttccgctt ttattgctgc ggccccaccg tctacgggcc ggcgcatgtc  120
ggcaatttcc gcaccttcat cattcaggac gtgctgcgac gcgttatcga agggtcgggc  180
ctcaaaacga gacacgtacg caacatcacc gatgtggacg acaaaaccat ccgccaatcg  240
caagcggaag gaaaatctct gaaaatcttc acagggtact ggctggaacg gttccacgcc  300
gattgcgacg cgctgaatct gctgcgcccg cacgtcgagc ccggcgccgt tgaccatatc  360
ccggcgcaaa tccggatgat cgaacaactg atcgaaaaag gccacgccta cgtggcggac  420
gacaactcgg tctattatcg cgttgcttcg ttcgaagcgt acggccggtt gtcacgcctg  480
caagaacgac acatcaccac cggctgcgcc gaacacgcgc ataccgacga tgaatacgag  540
cgcgaatcgg ccgccgactt cgccttgtgg aaagcgcata aatccgagga cggcccgaac  600
gcgtggccga gcccgtgggg cgacggacga cccggctggc acatcgagtg cagcgccatg  660
tccgtcgagt atctgggcga gacattcgat ctgcacggcg gcggcgtgga cctgaccttc  720
ccccaccacg aaaacgaaat cgcgcaaagc gaagccgcca ccggcaagcc cttcgcgcgt   780
atctggttcc attccgcgca tctcatggtc gaaggccaca agatgtccaa gagcctcggc   840
aacctgttta cgctcgacga tatccgcgcg cgcggattcg acgccatgac cctgcgctat   900
gtcctgcttt cgggcaatta ccgccaaccc ctcaatttca cgtgggactc ccttaacgcc   960
gcgcaaagcg ccttacgccg cctgcgtcag ctcaaccacg atctccagca ggcggcgggc  1020
aagacggtcg cgcccgctga tacttcgtgg gggccgttcg aaccggtgta cgacgcgctt  1080
gccgacaacc tgaacacgcc cgacgccctc ggccgcttat tctccgccct gcacagcatc  1140
gagcgcgcgc ttaacggcaa ggaaaggacg gccgaagagg ccgccctcgc ccgtgcgcag  1200
ttcctgcggg tcatggacct tttcggtttc agcctggacg cgccgccgac cgccgaagcg  1260
cccgaagaag tgcgtgcgct ggcgcagcag cgatgggacg ctaaacaagc gcgcgatttc  1320
gtccgcgccg acgccttgcg caaacaggtc accgacctcg gctggaccat ccgcgacgcc  1380
aaagacggct acgaactcgt ccaagagtaa                                   1410
<210>42
<21l>469
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(16)...(323)
<223>I类tRNA合成酶(C)催化结构域
<220>
<221>位点
<222>(69)...(72)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(316)...(319)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>42
Met Lys Thr Pro Ser Ile Tyr Asp Thr Met Thr Arg Ser Val Gln Pro
1               5                   10                  15
Leu Thr Pro Ala Asp Gly Asp Thr Phe Arg Phe Tyr Cys Cys Gly Pro
            20                  25                  30
Thr Val Tyr Gly Pro Ala His Val Gly Asn Phe Arg Thr Phe Ile Ile
        35                  40                  45
Gln Asp Val Leu Arg Arg Val Ile Glu Gly Ser Gly Leu Lys Thr Arg
    50                  55                  60
His Val Arg Asn Ile Thr Asp Val Asp Asp Lys Thr Ile Arg Gln Ser
65                  70                  75                  80
Gln Ala Glu Gly Lys Ser Leu Lys Ile Phe Thr Gly Tyr Trp Leu Glu
                85                  90                  95
Arg Phe His Ala Asp Cys Asp Ala Leu Asn Leu Leu Arg Pro His Val
            100                 105                 110
Glu Pro Gly Ala Val Asp His Ile Pro Ala Gln Ile Arg Met Ile Glu
        115                 120                 125
Gln Leu Ile Glu Lys Gly His Ala Tyr Val Ala Asp Asp Asn Ser Val
    130                 135                 140
Tyr Tyr Arg Val Ala Ser Phe Glu Ala Tyr Gly Arg Leu Ser Arg Leu
145                 150                 155                 160
Gln Glu Arg His Ile Thr Thr Gly Cys Ala Glu His Ala His Thr Asp
                165                 170                 175
Asp Glu Tyr Glu Arg Glu Ser Ala Ala Asp Phe Ala Leu Trp Lys Ala
            180                 185                 190
His Lys Ser Glu Asp Gly Pro Asn Ala Trp Pro Ser Pro Trp Gly Asp
        195                 200                 205
Gly Arg Pro Gly Trp His Ile Glu Cys Ser Ala Met Ser Val Glu Tyr
    210                 215                 220
Leu Gly Glu Thr Phe Asp Leu His Gly Gly Gly Val Asp Leu Thr Phe
225                 230                 235                 240
Pro His His Glu Asn Glu Ile Ala Gln Ser Glu Ala Ala Thr Gly Lys
                245                 250                 255
Pro Phe Ala Arg Ile Trp Phe His Ser Ala His Leu Met Val Glu Gly
            260                 265                 270
His Lys Met Ser Lys Ser Leu Gly Asn Leu Phe Thr Leu Asp Asp Ile
        275                 280                 285
Arg Ala Arg Gly Phe Asp Ala Met Thr Leu Arg Tyr Val Leu Leu Ser
    290                 295                 300
Gly Asn Tyr Arg Gln Pro Leu Asn Phe Thr Trp Asp Ser Leu Asn Ala
305                 310                 315                 320
Ala Gln Ser Ala Leu Arg Arg Leu Arg Gln Leu Asn His Asp Leu Gln
                325                 330                 335
Gln Ala Ala Gly Lys Thr Val Ala Pro Ala Asp Thr Ser Trp Gly Pro
            340                 345                 350
Phe Glu Pro Val Tyr Asp Ala Leu Ala Asp Asn Leu Asn Thr Pro Asp
        355                 360                 365
Ala Leu Gly Arg Leu Phe Ser Ala Leu His Ser Ile Glu Arg Ala Leu
    370                 375                 380
Asn Gly Lys Glu Arg Thr Ala Glu Glu Ala Ala Leu Ala Arg Ala Gln
385                 390                 395                 400
Phe Leu Arg Val Met Asp Leu Phe Gly Phe Ser Leu Asp Ala Pro Pro
                405                 410                 415
Thr Ala Glu Ala Pro Glu Glu Val Arg Ala Leu Ala Gln Gln Arg Trp
            420                 425                 430
Asp Ala Lys Gln Ala Arg Asp Phe Val Arg Ala Asp Ala Leu Arg Lys
        435                 440                 445
Gln Val Thr Asp Leu Gly Trp Thr Ile Arg Asp Ala Lys Asp Gly Tyr
    450                 455                 460
Glu Leu Val Gln Glu
465
<210>43
<211>984
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>43
atgacgactg aaaccaaatc caaactgtac ttgcataaag tgaacggcca gaaaggactg   60
gacctgcgcc agacctatca gcgcgacttc accgtgaccg aggcgtatcg cgatacgctg  120
ccggatatgc agaacgcttc cgaggcgttg cagggggcca atgtcgccat ccagaaagtc  180
ggcgtatcca atttcaagct gccactcaag taccgcaccc acacgggcga accgaccacg  240
ctggaaacca gcgtaaccgg cagcgtatcc ctgaagccgg gcctgaaggg catcaacatg  300
tcccgcgtca tgcggacctt ctacgacttc caggacgacg tgttcacgct cgacacgctg  360
gcccgtatac tggaagcgta caaacgggat gtcgacagca acgacgcaca tcttcggctg  420
agtttctcct acccgctgct tcaaaaaagt ctgcgcagcg aattattcgg ctggcaatat  480
taccaggtcg cattcgaggg acggatcgat gccgaaaatc gagtccgcac gttcattcat  540
tttgacttcg tgtattcctc cgcctgtccc tgttcggctg aactggccga acacgcgcgg  600
gaagtgcgcg gcctatacag catcccccac tcgcaacgca gcaaggcgcg cgtcttcgtg  660
gaagttcagc ccggcgccga actcaccatc gaagacgtgc acatgcactg cctgaacgcg  720
ctccaaacgg aaacgcaagt gatggtcaaa cgcgaagacg agcaggcgtt cgctgaaatg  780
aacggcgccg ccatcaaatt cgtcgaagac gccgcccgtc tgatctatga gcagttcgac  840
caggatccgc gcatcaagga tttcgaaatc gcctgcgcgc atctggaatc cttgcactcg  900
cacgacgccg tatcggtcat cgccaaaggc gtgcccggcg gcttccgcgc cgacttctcg  960
gacttcaaga gtctgatctg ctaa                                         984
<210>44
<211>327
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(39)...(308)
<223>未表征的ACR，COG1469
<220>
<221>位点
<222>(45)...(48)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(100)...(103)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>44
Met Thr Thr Glu Thr Lys Ser Lys Leu Tyr Leu His Lys Val Asn Gly
1               5                   10                  15
Gln Lys Gly Leu Asp Leu Arg Gln Thr Tyr Gln Arg Asp Phe Thr Val
            20                  25                  30
Thr Glu Ala Tyr Arg Asp Thr Leu Pro Asp Met Gln Asn Ala Ser Glu
        35                  40                  45
Ala Leu Gln Gly Ala Asn Val Ala Ile Gln Lys Val Gly Val Ser Asn
    50                  55                  60
Phe Lys Leu Pro Leu Lys Tyr Arg Thr His Thr Gly Glu Pro Thr Thr
65                  70                  75                  80
Leu Glu Thr Ser Val Thr Gly Ser Val Ser Leu Lys Pro Gly Leu Lys
                85                  90                  95
Gly Ile Asn Met Ser Arg Val Met Arg Thr Phe Tyr Asp Phe Gln Asp
            100                 105                 110
Asp Val Phe Thr Leu Asp Thr Leu Ala Arg Ile Leu Glu Ala Tyr Lys
        115                 120                 125
Arg Asp Val Asp Ser Asn Asp Ala His Leu Arg Leu Ser Phe Ser Tyr
    130                 135                 140
Pro Leu Leu Gln Lys Ser Leu Arg Ser Glu Leu Phe Gly Trp Gln Tyr
145                 150                 155                 160
Tyr Gln Val Ala Phe Glu Gly Arg Ile Asp Ala Glu Asn Arg Val Arg
                165                 170                 175
Thr Phe Ile His Phe Asp Phe Val Tyr Ser Ser Ala Cys Pro Cys Ser
            180                 185                 190
Ala Glu Leu Ala Glu His Ala Arg Glu Val Arg Gly Leu Tyr Ser Ile
        195                 200                 205
Pro His Ser Gln Arg Ser Lys Ala Arg Val Phe Val Glu Val Gln Pro
    210                 215                 220
Gly Ala Glu Leu Thr Ile Glu Asp Val His Met His Cys Leu Asn Ala
225                 230                 235                 240
Leu Gln Thr Glu Thr Gln Val Met Val Lys Arg Glu Asp Glu Gln Ala
                245                 250                 255
Phe Ala Glu Met Asn Gly Ala Ala Ile Lys Phe Val Glu Asp Ala Ala
            260                 265                 270
Arg Leu Ile Tyr Glu Gln Phe Asp Gln Asp Pro Arg Ile Lys Asp Phe
        275                 280                 285
Glu Ile Ala Cys Ala His Leu Glu Ser Leu His Ser His Asp Ala Val
    290                 295                 300
Ser Val Ile Ala Lys Gly Val Pro Gly Gly Phe Arg Ala Asp Phe Ser
305                 310                 315                 320
Asp Phe Lys Ser Leu Ile Cys
                325
<210>45
<211>1377
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>45
atgacacaac tggcttttcc atctaacttc atctggggaa cagctacttc cgcttaccaa    60
atcgaaggcg cctggaacgc agacggcaag ggcgaatcta tttgggatcg cttttcccat   120
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tcctggccac gcatcctgcc caccggtcat ggacagatca atcaggctgg gctggacttt   300
tacaatcgcc tggtggacgg gttgctggaa gctggcatca agccctttgc caccctctac   360
cactgggacc tgccgctggc gctacaggct gacggcggct ggccggagcg ctccacggcc   420
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gcgcccggct ggcgggactg gcaggctgcg ttggcggccg cgcaccacgt cctcctttcg   600
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ttgaacttta ccccggcgga gccagcttcg aacagcgcag ccgatttcaa ggcctatcgc   720
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agcgcctact ggtatcgcga tgtcgtcgcc gccaacgcgg tgcaagttcc tgattag     1377
<210>46
<211>458
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(2)...(454)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(10)...(24)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<400>46
Met Thr Gln Leu Ala Phe Pro Ser Asn Phe Ile Trp Gly Thr Ala Thr
1               5                   10                  15
Ser Ala Tyr Gln Ile Glu Gly Ala Trp Asn Ala Asp Gly Lys Gly Glu
            20                  25                  30
Ser Ile Trp Asp Arg Phe Ser His Thr Gln Gly Lys Ile Ile Asp Gly
        35                  40                  45
Ser Asn Gly Asp Val Ala Cys Asp His Tyr His Arg Trp Arg Glu Asp
    50                  55                  60
Val Ala Leu Met Arg Asp Leu Gly Met Gln Ala Tyr Arg Phe Ser Ile
65                  70                  75                  80
Ser Trp Pro Arg Ile Leu Pro Thr Gly His Gly Gln Ile Asn Gln Ala
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Gly Leu Asp Phe Tyr Asn Arg Leu Val Asp Gly Leu Leu Glu Ala Gly
            100                 105                 110
Ile Lys Pro Phe Ala Thr Leu Tyr His Trp Asp Leu Pro Leu Ala Leu
        115                 120                 125
Gln Ala Asp Gly Gly Trp Pro Glu Arg Ser Thr Ala Lys Ala Phe Val
    130                 135                 140
Glu Tyr Ala Asp Val Val Ser Arg Ala Leu Gly Asp Arg Val Lys Ser
145                 150                 155                 160
Trp Ile Thr His Asn Glu Pro Trp Cys Ile Ser Met Leu Ser His Gln
                165                 170                 175
Ile Gly Glu His Ala Pro Gly Trp Arg Asp Trp Gln Ala Ala Leu Ala
            180                 185                 190
Ala Ala His His Val Leu Leu Ser His Gly Trp Ala Val Pro Glu Leu
        195                 200                 205
Arg Arg Asn Ser Arg Asp Ala Glu Ile Gly Ile Thr Leu Asn Phe Thr
    210                 215                 220
Pro Ala Glu Pro Ala Ser Asn Ser Ala Ala Asp Phe Lys Ala Tyr Arg
225                 230                 235                 240
Gln Phe Asp Gly Tyr Phe Asn Arg Trp Phe Leu Asp Pro Leu Tyr Gly
                245                 250                 255
Arg His Tyr Pro Ala Asp Met Val His Asp Tyr Ile Ala Gln Gly Tyr
            260                 265                 270
Leu Pro Ser Gln Gly Leu Thr Phe Val Glu Ala Gly Asp Leu Asp Ala
        275                 280                 285
Ile Ala Thr Arg Thr Asp Phe Leu Gly Val Asn Tyr Tyr Thr Arg Glu
    290                 295                 300
Val Val Arg Ser Gln Glu Ile Pro Glu Ser Glu Asn Ala Pro Arg Thr
305                 310                 315                 320
Val Leu Arg Ala Pro Gln Glu Glu Trp Thr Glu Met Gly Trp Glu Val
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Tyr Pro Glu Gly Leu Tyr Arg Leu Leu Asn Arg Leu His Phe Glu Tyr
            340                 345                 350
Gln Pro Arg Lys Leu Tyr Val Thr Glu Ser Gly Cys Ser Tyr Ser Asp
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Gly Pro Gly Pro Asn Gly Arg Ile Pro Asp Gln Arg Arg Ile Asn Tyr
    370                 375                 380
Leu Arg Asp His Phe Ala Ala Ala His Gln Ala Ile Gln Cys Gly Val
385                 390                 395                 400
Pro Leu Ala Gly Tyr Phe Val Trp Ser Phe Met Asp Asn Phe Glu Trp
                405                 410                 415
Ala Lys Gly Tyr Thr Gln Arg Phe Gly Ile Val Trp Val Asp Tyr Gln
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        435                 440                 445
Val Ala Ala Asn Ala Val Gln Val Pro Asp
    450                 455
<210>47
<211>1353
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>47
atgaaaaaat acctttttcc tgaaaatttt ttatggggtg ctgccacagc ttcgtatcaa   60
atcgaaggtt ctccctctgc tgatggcaaa ggtgaatcga tatgggaccg tttttctcac  120
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tacgtggatg atgtaaagct gatttcacaa atcgggctta acgcgtaccg tttttcaatt  240
tcctggccca gggtatttcc agaggggaga ggaaaagcaa atgaaaaagg actcgatttt  300
taccgcaggt tgattgaaca gctgcagcaa catcgaatca aaacggcagt gacactttac  360
cactgggatc ttccacaagt tctgcaggat cgcggcgggt gggcaaaccg tgatacggcg  420
aagtattttt ctgagtatgc cacctttctc tttgaaaaac tcgatctccc cgttgacatg   480
tggattactc ttaacgaacc atgggttatc gctattctgg ggcatgcttt tggtatccac   540
gctccaggga tgagtgactt cagcacagcc ctccaggtct cgcataacct gcttctgggg   600
cacgggttgg cggttaaagc atttcgggag tctaagaggg gtgatgaacc ggtaggtatt   660
acccttaacc ttgccccggt tgaaccgctg accgaaaagc ccgccgatct aaaggcagct   720
ttactttctg acggttttat gaaccgctgg taccttgatc ccctgttcaa aggtggttac   780
cctgaagata tgatggatat ctattcccgg aactttgaac tgcccaaaat tgaaaagggg   840
gatgctcagg ttattgccga accgatcgac ttcctgggca taaataacta taccagggtt   900
ctcgtggaag ccagcggtga tgaaaatgcc tttatgggca accctgtcaa cccccagggc   960
tctgaatata ctgaaatggg ttgggaggtt tatccgcagg gtctctacga cctgctgacc  1020
agggttcacc gggattacgg gccaatgccg ctatatataa ctgaaaacgg ggcagccttt  1080
cccgatgaac ttgacagcaa tgggcagata gatgatccaa ggcggataaa ttacctggaa  1140
acttatcttc atcagtgctg gaaggcagtt caggacggtg tgcctctaaa aggctatttt  1200
gtctggaccc tgatggataa cttcgagtgg gctttcggtt tcagcaagcg atttgggctc  1260
atatacgtag attaccagga tcagaaacgt tacttgaaaa acagcgccta ctggtatagc  1320
aaggttattg ggcgaaacgg cctcgagcta taa                               1353
<210>48
<211>450
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(4)...(448)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(10)...(24)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(300)...(303)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(356)...(364)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>48
Met Lys Lys Tyr Leu Phe Pro Glu Asn Phe Leu Trp Gly Ala Ala Thr
1               5                   10                  15
Ala Ser Tyr Gln Ile Glu Gly Ser Pro Ser Ala Asp Gly Lys Gly Glu
            20                  25                  30
Ser Ile Trp Asp Arg Phe Ser His Thr Pro Gly Asn Ile Trp Asn Ala
        35                  40                  45
Glu Thr Gly Asp Ile Ala Cys Asp His Tyr Arg Arg Tyr Val Asp Asp
    50                  55                  60
Val Lys Leu Ile Ser Gln Ile Gly Leu Asn Ala Tyr Arg Phe Ser Ile
65                  70                  75                  80
Ser Trp Pro Arg Val Phe Pro Glu Gly Arg Gly Lys Ala Asn Glu Lys
                85                  90                  95
Gly Leu Asp Phe Tyr Arg Arg Leu Ile Glu Gln Leu Gln Gln His Arg
            100                 105                 110
Ile Lys Thr Ala Val Thr Leu Tyr His Trp Asp Leu Pro Gln Val Leu
        115                 120                 125
Gln Asp Arg Gly Gly Trp Ala Asn Arg Asp Thr Ala Lys Tyr Phe Ser
    130                 135                 140
Glu Tyr Ala Thr Phe Leu Phe Glu Lys Leu Asp Leu Pro Val Asp Met
145                 150                 155                 160
Trp Ile Thr Leu Asn Glu Pro Trp Val Ile Ala Ile Leu Gly His Ala
                165                 170                 175
Phe Gly Ile His Ala Pro Gly Met Ser Asp Phe Ser Thr Ala Leu Gln
            180                 185                 190
Val Ser His Asn Leu Leu Leu Gly His Gly Leu Ala Val Lys Ala Phe
        195                 200                 205
Arg Glu Ser Lys Arg Gly Asp Glu Pro Val Gly Ile Thr Leu Asn Leu
    210                 215                 220
Ala Pro Val Glu Pro Leu Thr Glu Lys Pro Ala Asp Leu Lys Ala Ala
225                 230                 235                 240
Leu Leu Ser Asp Gly Phe Met Asn Arg Trp Tyr Leu Asp Pro Leu Phe
                245                 250                 255
Lys Gly Gly Tyr Pro Glu Asp Met Met Asp Ile Tyr Ser Arg Asn Phe
            260                 265                 270
Glu Leu Pro Lys Ile Glu Lys Gly Asp Ala Gln Val Ile Ala Glu Pro
        275                 280                 285
Ile Asp Phe Leu Gly Ile Asn Asn Tyr Thr Arg Val Leu Val Glu Ala
    290                 295                 300
Ser Gly Asp Glu Asn Ala Phe Met Gly Asn Pro Val Asn Pro Gln Gly
305                 310                 315                 320
Ser Glu Tyr Thr Glu Met Gly Trp Glu Val Tyr Pro Gln Gly Leu Tyr
                325                 330                 335
Asp Leu Leu Thr Arg Val His Arg Asp Tyr Gly Pro Met Pro Leu Tyr
            340                 345                 350
Ile Thr Glu Asn Gly Ala Ala Phe Pro Asp Glu Leu Asp Ser Asn Gly
        355                 360                 365
Gln Ile Asp Asp Pro Arg Arg Ile Asn Tyr Leu Glu Thr Tyr Leu His
    370                 375                 380
Gln Cys Trp Lys Ala Val Gln Asp Gly Val Pro Leu Lys Gly Tyr Phe
385                 390                 395                 400
Val Trp Thr Leu Met Asp Asn Phe Glu Trp Ala Phe Gly Phe Ser Lys
                405                 410                 415
Arg Phe Gly Leu Ile Tyr Val Asp Tyr Gln Asp Gln Lys Arg Tyr Leu
            420                 425                 430
Lys Asn Ser Ala Tyr Trp Tyr Ser Lys Val Ile Gly Arg Asn Gly Leu
        435                 440                 445
Glu Leu
    450
<210>49
<211>591
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>49
atggactttg agcgggcagt tgacaggaat atcattagat tacgctcttc gttaaaggaa   60
gaaatgaagg atctagttgc agttgaagct ccggtaacaa tatttttaaa tggcagcgag  120
ctggtaaccc tgctctgcac cccggagaaa attgatcgtt tggccctcgg tttccttcat  180
tcagaagggc tgcttaactc acttgatgat cttagtatga tcaggaccag ggagagcgaa  240
ggcctggttg aaattgaact taaagaggcc tcgccggcac ttgataaatt atacgggaag  300
aggacaatta cttccggttg cggtaaggga acaatttttt ttaatgttct cgattctctg  360
cgcagtaaac cactcgacgg aaagcttgtg attacaaccg aagagattca taaattaatg  420
gatgacctgc aggggcgggc ggaactgttc aaggctaccg ggggtgttca cagcgctgcg  480
cttgccgaca gaaaggaaat actctttttc agtgaagata tcggccgcca taatgctatc  540
gataaaattg tgggagagtg tttgctggag ggggtatctc ctgaagataa g           591
<210>50
<211>197
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(17)...(195)
<223>FdhD/NarQ家族
<220>
<221>位点
<222>(37)...(40)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>50
Met Asp Phe Glu Arg Ala Val Asp Arg Asn Ile Ile Arg Leu Arg Ser
1               5                   10                  15
Ser Leu Lys Glu Glu Met Lys Asp Leu Val Ala Val Glu Ala Pro Val
            20                  25                  30
Thr Ile Phe Leu Asn Gly Ser Glu Leu Val Thr Leu Leu Cys Thr Pro
        35                  40                  45
Glu Lys Ile Asp Arg Leu Ala Leu Gly Phe Leu His Ser Glu Gly Leu
    50                  55                  60
Leu Asn Ser Leu Asp Asp Leu Ser Met Ile Arg Thr Arg Glu Ser Glu
65                  70                  75                  80
Gly Leu Val Glu Ile Glu Leu Lys Glu Ala Ser Pro Ala Leu Asp Lys
                85                  90                  95
Leu Tyr Gly Lys Arg Thr Ile Thr Ser Gly Cys Gly Lys Gly Thr Ile
            100                 105                 110
Phe Phe Asn Val Leu Asp Ser Leu Arg Ser Lys Pro Leu Asp Gly Lys
        115                 120                 125
Leu Val Ile Thr Thr Glu Glu Ile His Lys Leu Met Asp Asp Leu Gln
    130                 135                 140
Gly Arg Ala Glu Leu Phe Lys Ala Thr Gly Gly Val His Ser Ala Ala
145                 150                 155                 160
Leu Ala Asp Arg Lys Glu Ile Leu Phe Phe Ser Glu Asp Ile Gly Arg
                165                 170                 175
His Asn Ala Ile Asp Lys Ile Val Gly Glu Cys Leu Leu Glu Gly Val
            180                 185                 190
Ser Pro Glu Asp Lys
        195
<210>51
<211>1014
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>51
atgtccaggg gcatcctgat cctcgtcatg ctgtctgttc tgagcggcgc ggcgctggcc   60
caaccggccg ggctgccgcc gcgttcgccg gtgcagcgct gcatcaacct gggcaatatg  120
ctggaagcgc cggaggaggg ctggtggggg ctgcgcgtcg agcgcgacta cctgacgacg  180
atcgccgggg ccgggttcga tgcggtgcgc atcccgataa gctggtcaac ccatgctgcc  240
agcgagccgc cctacaccat cgatccggct ttcttcgccc gcgttgatga agtcgtcggc  300
tgggcgctgg cggacgggct gaaggccatc atcaacgtgc accactacga ggagatgatg  360
agcgatccgg cggggcattt cccccggctg cgcgcgctgt gggcgcagat cgcggagcac  420
tacgccgact acccgcccgc gctgatgttc gagctgctca acgaaccgtt cgaggcgctg  480
acgccgctgc ggtggaacga gtacgccgcc gatctgatcg cgctgatccg ccagaccaac  540
ccggggcgca ccctgatcgt cggcgggggc tggtggaaca gtgtggaagg gctgatgcag  600
ctccgcctgc cggatgatcc cgatctgctg gcgacgttcc attactacca cccgttcgag  660
ttcacgcatc agggggcgga gtggtcaccg gaagtgactg acctgagcgg gatcgcctgg  720
gggacgggcg aggaacggct cgatctggag tccaatatcc gtattgcggc ggcctgggcg  780
gtgtacaacc ggcgcccgct gctgttgggc gaattcggcg tctatggccg ggtggccgat  840
ctcgattcgc gcctgcgctg gacgacggcg gtgcgcgccg aggccgaggc gcagggcatc  900
ggctggtgct actgggaatt cgccgccggc ttcggcattt acgacccgga aagccggacg  960
ttcaacccgc tgtaccgcgc gctgatcccg caggccgggc cggcgcgccc ctga       1014
<210>52
<211>337
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(20)
<220>
<221>结构域
<222>(38)...(314)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(150)...(159)
<223>糖基水解酶家族5标签.Prosite id＝PS00659
<400>52
Met Ser Arg Gly Ile Leu Ile Leu Val Met Leu Ser Val Leu Ser Gly
1               5                   10                  15
Ala Ala Leu Ala Gln Pro Ala Gly Leu Pro Pro Arg Ser Pro Val Gln
            20                  25                  30
Arg Cys Ile Asn Leu Gly Asn Met Leu Glu Ala Pro Glu Glu Gly Trp
        35                  40                  45
Trp Gly Leu Arg Val Glu Arg Asp Tyr Leu Thr Thr Ile Ala Gly Ala
    50                  55                  60
Gly Phe Asp Ala Val Arg Ile Pro Ile Ser Trp Ser Thr His Ala Ala
65                  70                  75                  80
Ser Glu Pro Pro Tyr Thr Ile Asp Pro Ala Phe Phe Ala Arg Val Asp
                85                  90                  95
Glu Val Val Gly Trp Ala Leu Ala Asp Gly Leu Lys Ala Ile Ile Asn
            100                 105                 110
Val His His Tyr Glu Glu Met Met Ser Asp Pro Ala Gly His Phe Pro
        115                 120                 125
Arg Leu Arg Ala Leu Trp Ala Gln Ile Ala Glu His Tyr Ala Asp Tyr
    130                 135                 140
Pro Pro Ala Leu Met Phe Glu Leu Leu Asn Glu Pro Phe Glu Ala Leu
145                 150                 155                 160
Thr Pro Leu Arg Trp Asn Glu Tyr Ala Ala Asp Leu Ile Ala Leu Ile
                165                 170                 175
Arg Gln Thr Asn Pro Gly Arg Thr Leu Ile Val Gly Gly Gly Trp Trp
            180                 185                 190
Asn Ser Val Glu Gly Leu Met Gln Leu Arg Leu Pro Asp Asp Pro Asp
        195                 200                 205
Leu Leu Ala Thr Phe His Tyr Tyr His Pro Phe Glu Phe Thr His Gln
    210                 215                 220
Gly Ala Glu Trp Ser Pro Glu Val Thr Asp Leu Ser Gly Ile Ala Trp
225                 230                 235                 240
Gly Thr Gly Glu Glu Arg Leu Asp Leu Glu Ser Asn Ile Arg Ile Ala
                245                 250                 255
Ala Ala Trp Ala Val Tyr Asn Arg Arg Pro Leu Leu Leu Gly Glu Phe
            260                 265                 270
Gly Val Tyr Gly Arg Val Ala Asp Leu Asp Ser Arg Leu Arg Trp Thr
        275                 280                 285
Thr Ala Val Arg Ala Glu Ala Glu Ala Gln Gly Ile Gly Trp Cys Tyr
    290                 295                 300
Trp Glu Phe Ala Ala Gly Phe Gly Ile Tyr Asp Pro Glu Ser Arg Thr
305                 310                 315                 320
Phe Asn Pro Leu Tyr Arg Ala Leu Ile Pro Gln Ala Gly Pro Ala Arg
                325                 330                 335
Pro
<210>53
<211>1377
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>53
atgtggatgg ttcaagcgac atctttaatt caaaaataca atgtgcctgg cccacgctac     60
accagttatc caacggttcc ttattgggaa agtgagaatt tttcactaaa gcagtggcaa    120
caaacgctca aaaaatcctt tgatgagtcg aatcaaagtg aaggcatcag tctgtatatc    180
catttgccat tttgcgaaag tttatgcacc ttctgtggtt gccataaacg tgtgactaaa    240
aagcatgaga tggaaaagcc ttatatccaa gcggtattaa aagaatggga tttatattgc    300
caacttttgg tggataaacc tgtcattaaa gaaattcatt tgggtggggg aactccgaca    360
ttttttagtc ctgaacattt aacgcagctg attaagggga tattggctaa agccgaagtt    420
gcagatgagc atgagtttag ttttgaagga catcccaaca atacgacacg tgaacatttg    480
caagcgctct atgatgttgg atttcgacgt gtcagttatg gcgtgcagga ctataacgaa   540
actgtgcaaa aagccattca ccgcattcag ccctatgaaa atgttaaaaa tgtcaccgag   600
tgggcgcgtg agattggcta tacctctatt tcgcatgatt tggtctttgg cctgccgttt   660
caaagtttag acgatgtctt aaatacgatt gatcaaacca ataccttaat gccggatcgt   720
ttggctttgt atagctatgc ccatgtgcca tggattaaag gcaatggtca acgcggtttt   780
aaagatgctg atgtcccgaa agacgagatt aaacgtcaat gttatgagga aggcaaaaaa   840
aaattattag aacatggcta tcatgaaatt ggtatggatc attttgctct agaacaagac   900
agtatgtatc agtcttttaa agcagggagc ttgcatcgta atttcatggg ttataccgca   960
tcgaaaacgc aagtgatgat tgggcttggg atttcatcaa ttagtgacag ttggtacagc  1020
tttgcgcaaa acgtgaaaac attagatgaa tattatacct tgctagaaaa aaatcagatt  1080
cccgtgttta aagggcatgt cttgaatcag gaagatttga tcatccgtaa acatatttta  1140
aatttgatgt gtggcttcca aacctcatgg gcaaatcccg atatgcaatt tcctgaaatt  1200
cagtctgttt tggcacaatt agcagaaatg cagcaagatg gtttgattca aattgaagac  1260
gcatcggtca cagttttaga agcgggcaag ccttttgttc gaaatatttg tatggccttt  1320
gatttaagac tcaagcgcaa caagcctgag aatcggattt tttcgatgac gatttaa    1377
<210>54
<21l>458
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(59)...(233)
<223>自由基SAM超家族
<220>
<221>结构域
<222>(316)...(431)
<223>HemN C末端区域
<220>
<221>位点
<222>(33)...(36)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(51)...(54)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(155)...(158)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(181)...(184)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(200)...(203)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>54
Met Trp Met Val Gln Ala Thr Ser Leu Ile Gln Lys Tyr Asn Val Pro
1               5                   10                  15
Gly Pro Arg Tyr Thr Ser Tyr Pro Thr Val Pro Tyr Trp Glu Ser Glu
            20                  25                  30
Asn Phe Ser Leu Lys Gln Trp Gln Gln Thr Leu Lys Lys Ser Phe Asp
        35                  40                  45
Glu Ser Asn Gln Ser Glu Gly Ile Ser Leu Tyr Ile His Leu Pro Phe
    50                  55                  60
Cys Glu Ser Leu Cys Thr Phe Cys Gly Cys His Lys Arg Val Thr Lys
65                  70                  75                  80
Lys His Glu Met Glu Lys Pro Tyr Ile Gln Ala Val Leu Lys Glu Trp
                85                  90                  95
Asp Leu Tyr Cys Gln Leu Leu Val Asp Lys Pro Val Ile Lys Glu Ile
            100                 105                 110
His Leu Gly Gly Gly Thr Pro Thr Phe Phe Ser Pro Glu His Leu Thr
        115                 120                 125
Gln Leu Ile Lys Gly Ile Leu Ala Lys Ala Glu Val Ala Asp Glu His
    130                 135                 140
Glu Phe Ser Phe Glu Gly His Pro Asn Asn Thr Thr Arg Glu His Leu
145                 150                 155                 160
Gln Ala Leu Tyr Asp Val Gly Phe Arg Arg Val Ser Tyr Gly Val Gln
                165                 170                 175
Asp Tyr Asn Glu Thr Val Gln Lys Ala Ile His Arg Ile Gln Pro Tyr
            180                 185                 190
Glu Asn Val Lys Asn Val Thr Glu Trp Ala Arg Glu Ile Gly Tyr Thr
        195                 200                 205
Ser Ile Ser His Asp Leu Val Phe Gly Leu Pro Phe Gln Ser Leu Asp
    210                 215                 220
Asp Val Leu Asn Thr Ile Asp Gln Thr Asn Thr Leu Met Pro Asp Arg
225                 230                 235                 240
Leu Ala Leu Tyr Ser Tyr Ala His Val Pro Trp Ile Lys Gly Asn Gly
                245                 250                 255
Gln Arg Gly Phe Lys Asp Ala Asp Val Pro Lys Asp Glu Ile Lys Arg
            260                 265                 270
Gln Cys Tyr Glu Glu Gly Lys Lys Lys Leu Leu Glu His Gly Tyr His
        275                 280                 285
Glu Ile Gly Met Asp His Phe Ala Leu Glu Gln Asp Ser Met Tyr Gln
    290                 295                 300
Ser Phe Lys Ala Gly Ser Leu His Arg Asn Phe Met Gly Tyr Thr Ala
305                 310                 315                 320
Ser Lys Thr Gln Val Met Ile Gly Leu Gly Ile Ser Ser Ile Ser Asp
                325                 330                 335
Ser Trp Tyr Ser Phe Ala Gln Asn Val Lys Thr Leu Asp Glu Tyr Tyr
            340                 345                 350
Thr Leu Leu Glu Lys Asn Gln Ile Pro Val Phe Lys Gly His Val Leu
        355                 360                 365
Asn Gln Glu Asp Leu Ile Ile Arg Lys His Ile Leu Asn Leu Met Cys
    370                 375                 380
Gly Phe Gln Thr Ser Trp Ala Asn Pro Asp Met Gln Phe Pro Glu Ile
385                 390                 395                 400
Gln Ser Val Leu Ala Gln Leu Ala Glu Met Gln Gln Asp Gly Leu Ile
                405                 410                 415
Gln Ile Glu Asp Ala Ser Val Thr Val Leu Glu Ala Gly Lys Pro Phe
            420                 425                 430
Val Arg Asn Ile Cys Met Ala Phe Asp Leu Arg Leu Lys Arg Asn Lys
    435                     440                 445
Pro Glu Asn Arg Ile Phe Ser Met Thr Ile
    450                 455
<210>55
<211>1389
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>55
atgagcgctt cgagtccctc ccgccccctg tccttcccag agcagttcgt ctggggtgct   60
gccgcggcct cctaccaagt cgagggcgcc gtccacgagg acgggaaggg cccctccgtc  120
tgggacatgt tctgcgagaa gcccggagcg gtcttccagg ggcacgacgg ggcggtggct  180
tgcgaccact atcaccgcta ccgagaggac gtggcgttga tgcgacaggt gggcctgcac  240
gcctaccgcc tgagcgtgtg ctggccccga gtgctcccgg agggcgtcgg gcagcccaac  300
gagaagggcc tcgacttcta ctcgcggttg gtggacgcgc tgctcgaggc agggattacg  360
ccctgggtaa cgctttttca ttgggactac cccttggctc tctatcaccg ggggggctgg  420
ctcaaccggg atagcgcgga ttggtttgcc gagtacgcgg gcctaatcgc cgatcgcctc  480
tccgaccggg tgcagcattt cttcactcag aacgagcccc aggtctatat cggcttcgga  540
cacctcgagg gtaagcatgc tccaggagac accttgccca tgtcccaggt gctgcttgcg  600
gggcatcata gcctactggc gcacggcaag gccgtgcagg cgctccgcgc ccaggcgaag  660
cagcagctgc gcgtcggcta cgctcccgtc ggcatgcccc tccatccctt cacggactcg  720
gccgaggacg tggccgctgc gcggaaggcg accttttggg ttcgggagaa gaactcctgg  780
aacaacgcct ggtggatgga cccggtgttc ttgggtgagt acccggctca gggcctcgcc  840
ttcttcggcc gggacgtgcc gcaggtgcgc gagggagaca tgcagctcat cgcgcagccc  900
ttggacttct ttggggtcaa catctaccag agcacccccg tgcgcgcgtc tagcgccgaa   960
agcggcttcg aggtcgtccc ccatccaacg ggctatccta tcactgcctt caactggccg  1020
atcacgcccc aggccctcta ctggggtccg cgcttcttct acgagcgcta ccagaagccg  1080
atcgtcatca cggagaacgg actgtcctgt cgggacgtcg tcgctgtgga cgggaaggtt  1140
cacgatccgg ctcgcatcga tttcaccacc cgctatctgc gcgagctcca ccgagccgtc  1200
gcggacggcg tcgcggtcga gggctacttc cactggtcca tcatggacaa cttcgaatgg  1260
gctgccggct accgcgagcg gttcgggctc attcacgtcg actacgagac cctggcgcgg  1320
acgcccaagg cgtccgctgc gtggtatcgc aaggtaatcg agagcaacgg agcgaccctt  1380
ttcggatga                                                          1389
<210>56
<211>462
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(8)...(458)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(16)...(30)
<223>糖基水解酶家族1N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(366)...(374)
<223>糖基水解酶家族1活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>56
Met Ser Ala Ser Ser Pro Ser Arg Pro Leu Ser Phe Pro Glu Gln Phe
1               5                   10                  15
Val Trp Gly Ala Ala Ala Ala Ser Tyr Gln Val Glu Gly Ala Val His
            20                  25                  30
Glu Asp Gly Lys Gly Pro Ser Val Trp Asp Met Phe Cys Glu Lys Pro
        35                  40                  45
Gly Ala Val Phe Gln Gly His Asp Gly Ala Val Ala Cys Asp His Tyr
    50                  55                  60
His Arg Tyr Arg Glu Asp Val Ala Leu Met Arg Gln Val Gly Leu His
65                  70                  75                  80
Ala Tyr Arg Leu Ser Val Cys Trp Pro Arg Val Leu Pro Glu Gly Val
                85                  90                   95
Gly Gln Pro Asn Glu Lys Gly Leu Asp Phe Tyr Ser Arg Leu Val Asp
            100                 105                 110
Ala Leu Leu Glu Ala Gly Ile Thr Pro Trp Val Thr Leu Phe His Trp
        115                 120                 125
Asp Tyr Pro Leu Ala Leu Tyr His Arg Gly Gly Trp Leu Asn Arg Asp
    130                 135                 140
Ser Ala Asp Trp Phe Ala Glu Tyr Ala Gly Leu Ile Ala Asp Arg Leu
145                 150                 155                 160
Ser Asp Arg Val Gln His Phe Phe Thr Gln Asn Glu Pro Gln Val Tyr
                165                 170                 175
Ile Gly Phe Gly His Leu Glu Gly Lys His Ala Pro Gly Asp Thr Leu
            180                 185                 190
Pro Met Ser Gln Val Leu Leu Ala Gly His His Ser Leu Leu Ala His
        195                 200                 205
Gly Lys Ala Val Gln Ala Leu Arg Ala Gln Ala Lys Gln Gln Leu Arg
    210                 215                 220
Val Gly Tyr Ala Pro Val Gly Met Pro Leu His Pro Phe Thr Asp Ser
225                 230                 235                 240
Ala Glu Asp Val Ala Ala Ala Arg Lys Ala Thr Phe Trp Val Arg Glu
                245                 250                 255
Lys Asn Ser Trp Asn Asn Ala Trp Trp Met Asp Pro Val Phe Leu Gly
            260                 265                 270
Glu Tyr Pro Ala Gln Gly Leu Ala Phe Phe Gly Arg Asp Val Pro Gln
        275                 280                 285
Val Arg Glu Gly Asp Met Gln Leu Ile Ala Gln Pro Leu Asp Phe Phe
    290                 295                 300
Gly Val Asn Ile Tyr Gln Ser Thr Pro Val Arg Ala Ser Ser Ala Glu
305                 310                 315                 320
Ser Gly Phe Glu Val Val Pro His Pro Thr Gly Tyr Pro Ile Thr Ala
                325                 330                 335
Phe Asn Trp Pro Ile Thr Pro Gln Ala Leu Tyr Trp Gly Pro Arg Phe
            340                 345                 350
Phe Tyr Glu Arg Tyr Gln Lys Pro Ile Val Ile Thr Glu Asn Gly Leu
        355                 360                 365
Ser Cys Arg Asp Val Val Ala Val Asp Gly Lys Val His Asp Pro Ala
    370                 375                 380
Arg Ile Asp Phe Thr Thr Arg Tyr Leu Arg Glu Leu His Arg Ala Val
385                 390                 395                 400
Ala Asp Gly Val Ala Val Glu Gly Tyr Phe His Trp Ser Ile Met Asp
                405                 410                 415
Asn Phe Glu Trp Ala Ala Gly Tyr Arg Glu Arg Phe Gly Leu Ile His
            420                 425                 430
Val Asp Tyr Glu Thr Leu Ala Arg Thr Pro Lys Ala Ser Ala Ala Trp
        435                 440                 445
Tyr Arg Lys Val Ile Glu Ser Asn Gly Ala Thr Leu Phe Gly
    450                 455                 460
<210>57
<211>414
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>57
atgattgctt catctatgtt ctatggaacg gttcgtggaa tacaagagct aactcaaaac     60
gttattgcat tggataccgc aatggtttcg cttaccagag ttgctgacgg aagtgatttt    120
gagtttgata gagttattga acgctcgatt gaaaacgtaa ccgaactatc aggtaagcta    180
actgattaca tggatttagt aacggagttt gctagaactg gtaaaacaat agatgaatct    240
tttaatttag ctaatacaac acaaatgtta atgaatattt ctgaattaac agcagatgaa    300
tcagtaaata gtttaactgc cgcaatgatt gcttttaata ttaacgcaga tgatagtatt    360
agaattgctg ataagttgaa tgaggttaac aatatcagcc tccttttgtg gtaa          414
<210>58
<211>137
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>位点
<222>(52)...(55)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(86)...(89)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(93)...(96)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(133)...(136)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>58
Met Ile Ala Ser Ser Met Phe Tyr Gly Thr Val Arg Gly Ile Gln Glu
1               5                   10                  15
Leu Thr Gln Asn Val Ile Ala Leu Asp Thr Ala Met Val Ser Leu Thr
            20                  25                  30
Arg Val Ala Asp Gly Ser Asp Phe Glu Phe Asp Arg Val Ile Glu Arg
        35                  40                  45
Ser Ile Glu Asn Val Thr Glu Leu Ser Gly Lys Leu Thr Asp Tyr Met
    50                  55                  60
Asp Leu Val Thr Glu Phe Ala Arg Thr Gly Lys Thr Ile Asp Glu Ser
65                  70                  75                  80
Phe Asn Leu Ala Asn Thr Thr Gln Met Leu Met Asn Ile Ser Glu Leu
                85                  90                  95
Thr Ala Asp Glu Ser Val Asn Ser Leu Thr Ala Ala Met Ile Ala Phe
            100                 105                 110
Asn Ile Asn Ala Asp Asp Ser Ile Arg Ile Ala Asp Lys Leu Asn Glu
        115                 120                 125
Val Asn Asn Ile Ser Leu Leu Leu Trp
    130                 135
<210>59
<211>1044
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>59
atgagaattt ttgaaggatt tcagcgaggt gtaaaccttg gcggctggat ctcccagttc    60
gacaagtacg accatgagca tttccgcagc tttattacgg aaaatgacat cgccgccatt   120
gcagctcttg gttttgacca tgtccgcgtg ccggtggatt ataacgtgct ggaggatgag   180
gagggcaacc gcatcgacag cggatttgtc tacctgagaa gctgctacga gtggtgccgc   240
aaacacgacc tgaacatgct ggtggatctt cacgagtgct acggctactc cttcgatccg   300
ctgaaaaaag atatggaccg caaacgcttc ttctatgccg aagctctgca ggagcgtttt   360
ctgaagctct gggagcagat ctgtgaaacc tttaaagacg atcctgtgca cgtggcattc   420
gagccgctga atgagatcgt tttaggagag gtcgcagacg cctggaacgt gatgatccgc   480
aaatatatca agaccgtccg cgccatctgc ccggagcact atctggtcct tggaagcgtg   540
cactacagcc acgttaccac catccctctt cttgaggcac cggcagatga caagatcgtc   600
ttcaacttcc actgctacga gccgctggtc ttcacccacc agggcgcata ctggctggag   660
gatatgattc cggatttccg catgacctat cctgccacca tggaagagtt ctacgaagca   720
acaaagaaga tcctgccaaa catgagtccg gatggattta aggatttcga tcaggagatg   780
ggtccgggct tctttgagaa gatcttcaca ccggccctga aacgtgccga gcaggacaat   840
gtagccctct actgcggcga gtacggcgtc attgatctgg cagataacca tgccaagatc   900
cgctggctca aagacatcca caccaccttc tccaaatacg gcatcggaag tgccctctgg   960
aactacaagg gcaaggattt cggctatgta gatgatcgct tcgccgagtg cagagaagca  1020
tttatcgagt gcctgaaggc ctga                                         1044
<210>60
<211>347
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(14)...(330)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<400>60
Met Arg Ile Phe Glu Gly Phe Gln Arg Gly Val Asn Leu Gly Gly Trp
1               5                   10                  15
Ile Ser Gln Phe Asp Lys Tyr Asp His Glu His Phe Arg Ser Phe Ile
            20                  25                  30
Thr Glu Asn Asp Ile Ala Ala Ile Ala Ala Leu Gly Phe Asp His Val
        35                  40                  45
Arg Val Pro Val Asp Tyr Asn Val Leu Glu Asp Glu Glu Gly Asn Arg
    50                  55                  60
Ile Asp Ser Gly Phe Val Tyr Leu Arg Ser Cys Tyr Glu Trp Cys Arg
65                  70                  75                  80
Lys His Asp Leu Asn Met Leu Val Asp Leu His Glu Cys Tyr Gly Tyr
                85                  90                  95
Ser Phe Asp Pro Leu Lys Lys Asp Met Asp Arg Lys Arg Phe Phe Tyr
            100                 105                 110
Ala Glu Ala Leu Gln Glu Arg Phe Leu Lys Leu Trp Glu Gln Ile Cys
        115                 120                 125
Glu Thr Phe Lys Asp Asp Pro Val His Val Ala Phe Glu Pro Leu Asn
    130                 135                 140
Glu Ile Val Leu Gly Glu Val Ala Asp Ala Trp Asn Val Met Ile Arg
145                 150                 155                 160
Lys Tyr Ile Lys Thr Val Arg Ala Ile Cys Pro Glu His Tyr Leu Val
                165                 170                 175
Leu Gly Ser Val His Tyr Ser His Val Thr Thr Ile Pro Leu Leu Glu
            180                 185                 190
Ala Pro Ala Asp Asp Lys Ile Val Phe Asn Phe His Cys Tyr Glu Pro
        195                 200                 205
Leu Val Phe Thr His Gln Gly Ala Tyr Trp Leu Glu Asp Met Ile Pro
    210                 215                 220
Asp Phe Arg Met Thr Tyr Pro Ala Thr Met Glu Glu Phe Tyr Glu Ala
225                 230                 235                 240
Thr Lys Lys Ile Leu Pro Asn Met Ser Pro Asp Gly Phe Lys Asp Phe
                245                 250                 255
Asp Gln Glu Met Gly Pro Gly Phe Phe Glu Lys Ile Phe Thr Pro Ala
            260                 265                 270
Leu Lys Arg Ala Glu Gln Asp Asn Val Ala Leu Tyr Cys Gly Glu Tyr
        275                 280                 285
Gly Val Ile Asp Leu Ala Asp Asn His Ala Lys Ile Arg Trp Leu Lys
    290                 295                 300
Asp Ile His Thr Thr Phe Ser Lys Tyr Gly Ile Gly Ser Ala Leu Trp
305                 310                 315                 320
Asn Tyr Lys Gly Lys Asp Phe Gly Tyr Val Asp Asp Arg Phe Ala Glu
                325                 330                 335
Cys Arg Glu Ala Phe Ile Glu Cys Leu Lys Ala
            340                 345
<210>61
<211>1230
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>61
ttggtatgga caccagctcg atcaacgctt gctggatctt ctgaaatccc actaatgaca    60
atgaatatat tccccaatag aaaagactca cgaatgtccc tctggatcaa gcttggcata   120
ctttgtatga tggctggaac ggtgatggtt cacggagcgc agactggtca aggagaagca   180
acaatgaatc aagcaaatgg cttcaaggta agcaacggga ccaatatcag ccattggttg   240
tcccagtgtt ttgaaacaat gccaccccgg cgcggatttt tctccgaact ggatgttatc   300
ttcatccgct cgctggggat ggatcatttc cgtcttccgg tggacgagaa ggaactttgg   360
acggaggatc ttgagaagat tcccgaagcg tgggattacc tcaggaatgc tctaagctgg   420
gctagaaagc atgagcttcg tgtgattgtg gatcttcacg tcgtgcggtc ccatcacttt   480
aatgcggcaa atgaaggggg aaccaacact ctgtgggatg atccggaggc gcaggaaagt   540
ttcctcaacc tttggaggca gctttcggca gagctcgcct acaccgatgt ggactgggtg   600
gcctatgaga tcatgaatga ggccgtcgcg gatgatccgg aggactggaa tcgtctcatc   660
gccaaagccc actccttgat ccgcgagcgt gagccaaggc gcacactcgt catcggatcc   720
aaccggtggc aaattccgtc aacgttcccg gatctgaaga ttccggacgg agatccgaac   780
atcctcctga gtttccattt ctacgcgcct ctgcttttca cccactatcg ggcaacctgg   840
gttgcctttt acgattatga tgggccggtt tcctatcctg gcaggatcgt tgatgatgca   900
gctcttgaga aaaatgatta tactcctgca ttcaaagaca agattcgtgc gttgaatggt   960
gtgtatgaca tcgacgctct cgaaaaagaa atgcagccgg ctatcgaata cgcaaaacag  1020
aaagggttac cactgtattg cggagagtgg ggatgttttc atgctgtgga aagaaaacaa  1080
cgcttgcaat ggtacaaaga tatatccact attttgaaac gcaatgggat cgcccatgcc  1140
acatgggatt acaagggcga gttcggcatt gtggacactt ggacactagg tgttgattgg  1200
aatttggtag gagcaatcct gtcagagtag                                   1230
<210>62
<211>409
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(62)...(390)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(73)...(76)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>62
Met Val Trp Thr Pro Ala Arg Ser Thr Leu Ala Gly Ser Ser Glu Ile
1               5                   10                  15
Pro Leu Met Thr Met Asn Ile Phe Pro Asn Arg Lys Asp Ser Arg Met
            20                  25                  30
Ser Leu Trp Ile Lys Leu Gly Ile Leu Cys Met Met Ala Gly Thr Val
        35                  40                  45
Met Val His Gly Ala Gln Thr Gly Gln Gly Glu Ala Thr Met Asn Gln
    50                  55                  60
Ala Asn Gly Phe Lys Val Ser Asn Gly Thr Asn Ile Ser His Trp Leu
65                  70                  75                  80
Ser Gln Cys Phe Glu Thr Met Pro Pro Arg Arg Gly Phe Phe Ser Glu
                85                  90                  95
Leu Asp Val Ile Phe Ile Arg Ser Leu Gly Met Asp His Phe Arg Leu
            100                 105                 110
Pro Val Asp Glu Lys Glu Leu Trp Thr Glu Asp Leu Glu Lys Ile Pro
        115                 120                 125
Glu Ala Trp Asp Tyr Leu Arg Asn Ala Leu Ser Trp Ala Arg Lys His
    130                 135                 140
Glu Leu Arg Val Ile Val Asp Leu His Val Val Arg Ser His His Phe
145                 150                 155                 160
Asn Ala Ala Asn Glu Gly Gly Thr Asn Thr Leu Trp Asp Asp Pro Glu
                165                 170                 175
Ala Gln Glu Ser Phe Leu Asn Leu Trp Arg Gln Leu Ser Ala Glu Leu
            180                 185                 190
Ala Tyr Thr Asp Val Asp Trp Val Ala Tyr Glu Ile Met Asn Glu Ala
        195                 200                 205
Val Ala Asp Asp Pro Glu Asp Trp Asn Arg Leu Ile Ala Lys Ala His
    210                 215                 220
Ser Leu Ile Arg Glu Arg Glu Pro Arg Arg Thr Leu Val Ile Gly Ser
225                 230                 235                 240
Asn Arg Trp Gln Ile Pro Ser Thr Phe Pro Asp Leu Lys Ile Pro Asp
                245                 250                 255
Gly Asp Pro Asn Ile Leu Leu Ser Phe His Phe Tyr Ala Pro Leu Leu
            260                 265                 270
Phe Thr His Tyr Arg Ala Thr Trp Val Ala Phe Tyr Asp Tyr Asp Gly
        275                 280                 285
Pro Val Ser Tyr Pro Gly Arg Ile Val Asp Asp Ala Ala Leu Glu Lys
    290                 295                 300
Asn Asp Tyr Thr Pro Ala Phe Lys Asp Lys Ile Arg Ala Leu Asn Gly
305                 310                 315                 320
Val Tyr Asp Ile Asp Ala Leu Glu Lys Glu Met Gln Pro Ala Ile Glu
                325                 330                 335
Tyr Ala Lys Gln Lys Gly Leu Pro Leu Tyr Cys Gly Glu Trp Gly Cys
            340                 345                 350
Phe His Ala Val Glu Arg Lys Gln Arg Leu Gln Trp Tyr Lys Asp Ile
        355                 360                 365
Ser Thr Ile Leu Lys Arg Asn Gly Ile Ala His Ala Thr Trp Asp Tyr
    370                 375                 380
Lys Gly Glu Phe Gly Ile Val Asp Thr Trp Thr Leu Gly Val Asp Trp
385                 390                 395                 400
Asn Leu Val Gly Ala Ile Leu Ser Glu
                405
<210>63
<211>1152
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>63
atgaaacgga gggaattcat gttggggggt gcgggtgttg ctgcgttggc atcgactctt   60
ggagtctccg ccggttccac ttccgggcag ggagtgaacg agaatgtgag ggtataccgg  120
aatgcgattc cccgttggag ggggttcaac ctcatgccct ttttctcggc aatgagcacc  180
aacccggaat acaatggtct gacggtgccg gaggatgacc taaactggat ccgcgactgg  240
ggttttgact atgtccggct tccgattgat tactggattc tggttgattc cgattggcga  300
gatgcaaagc gcatgcgggt agaggatgtt cgcaaggccg accagaaggg atattcacgg  360
ctggacgctg tgattgaagc ctgtatcgcg aagggtttgc acctcaacct gaatatgcat  420
cggtgtcccg ggtattgcat caatggctgg gaactggagc cctataacct cttcaaggat  480
gagcaggcgg aggatgattt tgtctaccat tgggagttgc tcgcgagacg ctataaggga  540
atcgatcctt cgctgctgag tttcaatctg ctgaatgagg ctcccaatcc tggagacaag  600
atgtcgtcgg aggattatcg tcgggtgatg cttcgatccg ctgctgttat tcgggggata  660
agcccggacc gcatgattat tgtggacggg ctggaaatcg gtaaatcagt tgttccaggg  720
ctgatgcatg agccatttgc ccaagctgtt catgcctacg agccccacga gttgagccat  780
tataatgcgc cttggacgtc ggtgtttatg ggtattcctg agccatcctg gccgacagtt  840
cgtttggatg gttctctgtt cgaccgcaag cgactggagt tgtatttcgc gccgtggggg  900
gagttggtcc gccagggggt aggggtccac tgtggggaga ccggttgcta cattcatacg  960
ccccatcggg tgtttctgtc ctggttcgaa gatgttttgg atatcctgac cggatacgac  1020
atagggtggg ctctatggaa tttccgggga gatttcggaa tacttgattc caaacgcaag  1080
gatgtgcaat atgtcgattg gtatggacac cagctcgatc aacgcttgct ggatcttctg  1140
aaatcccact aa                                                      1152
<210>64
<211>383
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(24)
<220>
<221>结构域
<222>(48)...(357)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<400>64
Met Lys Arg Arg Glu Phe Met Leu Gly Gly Ala Gly Val Ala Ala Leu
1               5                   10                  15
Ala Ser Thr Leu Gly Val Ser Ala Gly Ser Thr Ser Gly Gln Gly Val
            20                  25                  30
Asn Glu Asn Val Arg Val Tyr Arg Asn Ala Ile Pro Arg Trp Arg Gly
        35                  40                  45
Phe Asn Leu Met Pro Phe Phe Ser Ala Met Ser Thr Asn Pro Glu Tyr
    50                  55                  60
Asn Gly Leu Thr Val Pro Glu Asp Asp Leu Asn Trp Ile Arg Asp Trp
65                  70                  75                  80
Gly Phe Asp Tyr Val Arg Leu Pro Ile Asp Tyr Trp Ile Leu Val Asp
                85                  90                  95
Ser Asp Trp Arg Asp Ala Lys Arg Met Arg Val Glu Asp Val Arg Lys
            100                 105                 110
Ala Asp Gln Lys Gly Tyr Ser Arg Leu Asp Ala Val Ile Glu Ala Cys
        115                 120                 125
Ile Ala Lys Gly Leu His Leu Asn Leu Asn Met His Arg Cys Pro Gly
    130                 135                 140
Tyr Cys Ile Asn Gly Trp Glu Leu Glu Pro Tyr Asn Leu Phe Lys Asp
145                 150                 155                 160
Glu Gln Ala Glu Asp Asp Phe Val Tyr His Trp Glu Leu Leu Ala Arg
                165                 170                 175
Arg Tyr Lys Gly Ile Asp Pro Ser Leu Leu Ser Phe Asn Leu Leu Asn
            180                 185                 190
Glu Ala Pro Asn Pro Gly Asp Lys Met Ser Ser Glu Asp Tyr Arg Arg
        195                 200                 205
Val Met Leu Arg Ser Ala Ala Val Ile Arg Gly Ile Ser Pro Asp Arg
    210                 215                 220
Met Ile Ile Val Asp Gly Leu Glu Ile Gly Lys Ser Val Val Pro Gly
225                 230                 235                 240
Leu Met His Glu Pro Phe Ala Gln Ala Val His Ala Tyr Glu Pro His
                245                 250                 255
Glu Leu Ser His Tyr Asn Ala Pro Trp Thr Ser Val Phe Met Gly Ile
            260                 265                 270
Pro Glu Pro Ser Trp Pro Thr Val Arg Leu Asp Gly Ser Leu Phc Asp
        275                 280                 285
Arg Lys Arg Leu Glu Leu Tyr Phe Ala Pro Trp Gly Glu Leu Val Arg
    290                 295                 300
Gln Gly Val Gly Val His Cys Gly Glu Thr Gly Cys Tyr Ile His Thr
305                 310                 315                 320
Pro His Arg Val Phe Leu Ser Trp Phe Glu Asp Val Leu Asp Ile Leu
                325                 330                 335
Thr Gly Tyr Asp Ile Gly Trp Ala Leu Trp Asn Phe Arg Gly Asp Phe
            340                 345                 350
Gly Ile Leu Asp Ser Lys Arg Lys Asp Val Gln Tyr Val Asp Trp Tyr
        355                 360                 365
Gly His Gln Leu Asp Gln Arg Leu Leu Asp Leu Leu Lys Ser His
    370                 375                 380
<210>65
<211>1131
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>65
atgaacacac tcctaccacg gcggcgactg tggtcctcca cggcgatcct gcgcacgctg   60
gcggccgggg cgctggcggc cggtatggtc ctggcacccg tcagtgccgc caacgcggcc  120
accaccctcg gtgcctcggc ggcggagaag ggccggtact tcggtgcggc cgtcgggacg  180
tacaagttca acgacagcac ctacatgtcg gtgctgaacc gcgagttcaa cagcctggtc  240
gccgagaacg agatgaagtg ggacgcgacc gagccccagc gcggcgtgtt caactacagc  300
gccggggacc gcatcgtcaa ccacgcccga tcccagggca tgaaggtacg cggacacgcc  360
ctgttgtggc acgcccagca gccacgctgg acggagggcc tgtccggcgg cgacctgcgc  420
aacgccgcga tcaaccatgt cacccaggtg gccagccact tccgggggca gatctactcc  480
tgggacgtgg tgaacgaggc tttcgccgac ggtggcagcg gtgcccggcg ggactcgaac  540
ctccagcgca ccggcaacga ctggatcgag gcggcgttcc gtgccgcccg ggcagccgat  600
cccaacgcca agctctgcta caacgactac aacaccgacg ggatcaacgc gaagtccacc   660
ggcgtctaca acatggtgcg tgacttcaag tcccgtgggg tgccgatcga ctgcgtgggc   720
ttccagtcac acctgggcac caccctcccc ggtgactacc aggccaacct tcagcgcttc   780
gccgacctgg gcgtcgacgt ggagatcacc gagctggaca tcacccaggg cggaaaccag   840
gccaacatgt acggcgccgt cacccgcgcc tgcctggcga tctcgcgctg caccggcatc   900
accgtgtggg gggtacggga ctgcgactcc tggcgtggtg gggacaacgc cctgctgttc   960
gactgcgccg gcaacaagaa gcccgcgtac acggccgtcc tcgacgccct caacagcggc  1020
tcgaacccga accccaaccc caccggcaac cggctgcgca acgaggcctc cggtcgatgc  1080
ctggacgtca acggcgcaag ctccgccaac gggtcacaaa tgatccaaag a           1131
<210>66
<211>377
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(39)
<220>
<221>结构域
<222>(42)...(337)
<223>糖基水解酶家族10
<220>
<221>位点
<222>(99)...(102)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(268)...(278)
<223>糖基水解酶家族10 活性位点.Prosite id＝PS00591
<220>
<221>位点
<222>(375)...(378)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>66
Met Asn Thr Leu Leu Pro Arg Arg Arg Leu Trp Ser Ser Thr Ala Ile
1               5                   10                  15
Leu Arg Thr Leu Ala Ala Gly Ala Leu Ala Ala Gly Met Val Leu Ala
            20                  25                  30
Pro Val Ser Ala Ala Asn Ala Ala Thr Thr Leu Gly Ala Ser Ala Ala
        35                  40                  45
Glu Lys Gly Arg Tyr Phe Gly Ala Ala Val Gly Thr Tyr Lys Phe Asn
    50                  55                  60
Asp Ser Thr Tyr Met Ser Val Leu Asn Arg Glu Phe Asn Ser Leu Val
65                  70                  75                  80
Ala Glu Asn Glu Met Lys Trp Asp Ala Thr Glu Pro Gln Arg Gly Val
                85                  90                  95
Phe Asn Tyr Ser Ala Gly Asp Arg Ile Val Asn His Ala Arg Ser Gln
            100                 105                 110
Gly Met Lys Val Arg Gly His Ala Leu Leu Trp His Ala Gln Gln Pro
        115                 120                 125
Arg Trp Thr Glu Gly Leu Ser Gly Gly Asp Leu Arg Asn Ala Ala Ile
    130                 135                 140
Asn His Val Thr Gln Val Ala Ser His Phe Arg Gly Gln Ile Tyr Ser
145                 150                 155                 160
Trp Asp Val Val Asn Glu Ala Phe Ala Asp Gly Gly Ser Gly Ala Arg
                165                 170                 175
Arg Asp Ser Asn Leu Gln Arg Thr Gly Asn Asp Trp Ile Glu Ala Ala
            180                 185                 190
Phe Arg Ala Ala Arg Ala Ala Asp Pro Asn Ala Lys Leu Cys Tyr Asn
        195                 200                 205
Asp Tyr Asn Thr Asp Gly Ile Asn Ala Lys Ser Thr Gly Val Tyr Asn
    210                 215                 220
Met Val Arg Asp Phe Lys Ser Arg Gly Val Pro Ile Asp Cys Val Gly
225                 230                 235                 240
Phe Gln Ser His Leu Gly Thr Thr Leu Pro Gly Asp Tyr Gln Ala Asn
                245                 250                 255
Leu Gln Arg Phe Ala Asp Leu Gly Val Asp Val Glu Ile Thr Glu Leu
            260                 265                 270
Asp Ile Thr Gln Gly Gly Asn Gln Ala Asn Met Tyr Gly Ala Val Thr
        275                 280                 285
Arg Ala Cys Leu Ala Ile Ser Arg Cys Thr Gly Ile Thr Val Trp Gly
    290                 295                 300
Val Arg Asp Cys Asp Ser Trp Arg Gly Gly Asp Asn Ala Leu Leu Phe
305                 310                 315                 320
Asp Cys Ala Gly Asn Lys Lys Pro Ala Tyr Thr Ala Val Leu Asp Ala
                325                 330                 335
Leu Asn Ser Gly Ser Asn Pro Asn Pro Asn Pro Thr Gly Asn Arg Leu
            340                 345                 350
Arg Asn Glu Ala Ser Gly Arg Cys Leu Asp Val Asn Gly Ala Ser Ser
        355                 360                 365
Ala Asn Gly Ser Gln Met Ile Gln Arg
    370                 375
<210>67
<211>1023
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>67
atgaaatata tattttcgta tataataatg atgattttaa tcggttttat accggtctat    60
ggattcggcg attcacctga ccaaacatac tctctcccct tcctcagcgt agaaggaaat   120
tcattcgtcg atgaaaacgg tgaggaggtt attttgcggg gtgtatcgtt tcccgatccc   180
aatcgattgg atgatgctac tcaatggaac aaacggtatt tccaggcagc aaaagattgg   240
aactgtaatg tcgtcagaat accggttcat ccgcaaagat ggcgggaaag gggaaaagaa   300
aattatctga aacttttaga taagggtatc gagtgggccg gtgaactcgg tatgtacgtg   360
atcattgact ggcacactat cggcaatccg attaccgaag tgttcttcgg cgagctctat   420
aatacgaccc agaccgaaac gttccggttc tggagaacaa tagcggagcg atatgcaggt   480
aatcccgttg ttgcatttta tgaattgttt aatgaaccga ccgattataa cggtcggctc   540
gggaggatga cctgggatca atataaagaa ttcatcgaag agatcattta tataatttat   600
gcacacgacg aaaccgtgat accgcttgta ggcggtttcg attggggata tgatctcagg   660
aatgttagag ataatccgat aaatgccccg ggtatcgcgt atgttactca cccgtatccg   720
caaaagcggg accaaccgtg ggaagaaaaa tgggaaaggg atttcggttt cgtagccgac   780
acctaccctg tgtttgctac cgagttcgga tttatgagtg aggatggttt gggtgcacat   840
attcccgtta tcggtgatga aacatacggt gaagcgatca tcagttactt caatgagaaa   900
ggtatatcgt ggacggcctg ggtgttcgat ccgctctggt cgccgcagct tattaaagac   960
tggtatttta ccccgacccg gcagggacag ttttttaaag agaagctaat ggagttgaat  1020
taa                                                                1023
<210>68
<211>340
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(23)
<220>
<221>结构域
<222>(40)...(317)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(143)...(146)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>68
Met Lys Tyr Ile Phe Ser Tyr Ile Ile Met Met Ile Leu Ile Gly Phe
1               5                   10                  15
Ile Pro Val Tyr Gly Phe Gly Asp Ser Pro Asp Gln Thr Tyr Ser Leu
            20                  25                  30
Pro Phe Leu Ser Val Glu Gly Asn Ser Phe Val Asp Glu Asn Gly Glu
        35                  40                  45
Glu Val Ile Leu Arg Gly Val Ser Phe Pro Asp Pro Asn Arg Leu Asp
    50                  55                  60
Asp Ala Thr Gln Trp Asn Lys Arg Tyr Phe Gln Ala Ala Lys Asp Trp
65                  70                  75                  80
Asn Cys Asn Val Val Arg Ile Pro Val His Pro Gln Arg Trp Arg Glu
                85                  90                  95
Arg Gly Lys Glu Asn Tyr Leu Lys Leu Leu Asp Lys Gly Ile Glu Trp
            100                 105                 110
Ala Gly Glu Leu Gly Met Tyr Val Ile Ile Asp Trp His Thr Ile Gly
        115                 120                 125
Asn Pro Ile Thr Glu Val Phe Phe Gly Glu Leu Tyr Asn Thr Thr Gln
    130                 135                 140
Thr Glu Thr Phe Arg Phe Trp Arg Thr Ile Ala Glu Arg Tyr Ala Gly
145                 150                 155                 160
Asn Pro Val Val Ala Phe Tyr Glu Leu Phe Asn Glu Pro Thr Asp Tyr
                165                 170                 175
Asn Gly Arg Leu Gly Arg Met Thr Trp Asp Gln Tyr Lys Glu Phe Ile
            180                 185                 190
Glu Glu Ile Ile Tyr Ile Ile Tyr Ala His Asp Glu Thr Val Ile Pro
        195                 200                 205
Leu Val Gly Gly Phe Asp Trp Gly Tyr Asp Leu Arg Asn Val Arg Asp
    210                 215                 220
Asn Pro Ile AsnAla Pro Gly Ile Ala Tyr Val Thr Hi s Pro Tyr Pro
225                 230                 235                 240
Gln Lys Arg Asp Gln Pro Trp Glu Glu Lys Trp Glu Arg Asp Phe Gly
                245                 250                 255
Phe Val Ala Asp Thr Tyr Pro Val Phe Ala Thr Glu Phe Gly Phe Met
            260                 265                 270
Ser Glu Asp Gly Leu Gly Ala His Ile Pro Val Ile Gly Asp Glu Thr
        275                 280                 285
Tyr Gly Glu Ala Ile Ile Ser Tyr Phe Asn Glu Lys Gly Ile Ser Trp
    290                 295                 300
Thr Ala Trp Val Phe Asp Pro Leu Trp Ser Pro Gln Leu Ile Lys Asp
305                 310                 315                 320
Trp Tyr Phe Thr Pro Thr Arg Gln Gly Gln Phe Phe Lys Glu Lys Leu
                325                 330                 335
Met Glu Leu Asn
            340
<210>69
<211>1182
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>69
atgagtttta aaaaccacat acttttgtcg ctcctcatag tattgctttt cttttcagcg    60
tgcgatatcg aagaaccgat cgccggagat tatcatacac ttgtggatca aaacgctata   120
tcgcacaccc gcgcattatt caccaacctc gaacgtatcc gtcacgatca tatcctcttc   180
ggtcatcagg atgcgcttgc atacggtgtt cactggcgca acgatgagcc gggtcgatcg   240
gatgtattcg aagtaaccgg ttcgtatcct gcggtgtatg gctgggagat tggcgatatt   300
gaacttggtg caccggaaaa tctggataac gtaaacttcg atcaaatgca gggctggatt   360
cgcgaagggt acgaacgcgg cggtataatt acgattagct ggcatatgaa caatccggca   420
tcgggtggtg attcgtggga tgtgaatgga ggtcataaag cggtaactaa gatacttccc   480
ggcggagaac ttcacgatac gtttaaagaa tggctggata cgtttgcaaa attcgcgaag   540
agccagattg cttttcccga aacaaataat gaacacctta tcccggtcat attccggccg   600
tatcatgaaa acaccggaag ctggttctgg tggggcgccg accactgtac acctgaagaa   660
tataaaaagt tatggcgatt taccgtcgaa tacctgcgcg atgtaaaagg tgttcacaat   720
ctcctctggg cgtattcacc tgccggcaat gctgcggatt cagaggaagc atattttgct   780
cggtatcccg gcgacgacta tgttgatatt attggattcg acgattacgg cagtgtgcgg   840
aaaccgtatc aaatcgaacg ttttactaac cggattcgaa cgattgtaaa cttcgccgaa   900
gcacgaaata aaatcccggc aataacggaa accggctatg aaactatccc cgatccgcaa   960
tggtggacgg gtacattgct tagtgcactt gatcacgatt tgacaacccg gagaatagca  1020
tacgtacttg tgtggcgaaa ttcaaacaat gctaccgacc ggcagaatca ttattacgct  1080
ccgtatcccg gacatccaag tgctgacgat tttatcgcgt tcaggaatca cccgttgata  1140
gttttcgaag atgatctgcc gggtatgtat acactaccgt aa                     1182
<210>70
<211>393
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(20)
<220>
<221>结构域
<222>(35)...(351)
<223>糖基水解酶家族26
<220>
<221>位点
<222>(355)...(358)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>70
Met Ser Phe Lys Asn His Ile Leu Leu Ser Leu Leu Ile Val Leu Leu
1               5                   10                  15
Phe Phe Ser Ala Cys Asp Ile Glu Glu Pro Ile Ala Gly Asp Tyr His
            20                  25                  30
Thr Leu Val Asp Gln Asn Ala Ile Ser His Thr Arg Ala Leu Phe Thr
        35                  40                  45
Asn Leu Glu Arg Ile Arg His Asp His Ile Leu Phe Gly His Gln Asp
    50                  55                  60
Ala Leu Ala Tyr Gly Val His Trp Arg Asn Asp Glu Pro Gly Arg Ser
65                  70                  75                  80
Asp Val Phe Glu Val Thr Gly Ser Tyr Pro Ala Val Tyr Gly Trp Glu
                85                  90                  95
Ile Gly Asp Ile Glu Leu Gly Ala Pro Glu Asn Leu Asp Asn Val Asn
            100                 105                 110
Phe Asp Gln Met Gln Gly Trp Ile Arg Glu Gly Tyr Glu Arg Gly Gly
        115                 120                 125
Ile Ile Thr Ile Ser Trp His Met Asn Asn Pro Ala Ser Gly Gly Asp
    130                 135                 140
Ser Trp Asp Val Asn Gly Gly His Lys Ala Val Thr Lys Ile Leu Pro
145                 150                 155                 160
Gly Gly Glu Leu His Asp Thr Phe Lys Glu Trp Leu Asp Thr Phe Ala
                165                 170                 175
Lys Phe Ala Lys Ser Gln Ile Ala Phe Pro Glu Thr Asn Asn Glu His
            180                 185                 190
Leu Ile Pro Val Ile Phe Arg Pro Tyr His Glu Asn Thr Gly Ser Trp
        195                 200                 205
Phe Trp Trp Gly Ala Asp His Cys Thr Pro Glu Glu Tyr Lys Lys Leu
    210                 215                 220
Trp Arg Phe Thr Val Glu Tyr Leu Arg Asp Val Lys Gly Val His Asn
225                 230                 235                 240
Leu Leu Trp Ala Tyr Ser Pro Ala Gly Asn Ala Ala Asp Ser Glu Glu
                245                 250                 255
Ala Tyr Phe Ala Arg Tyr Pro Gly Asp Asp Tyr Val Asp Ile Ile Gly
            260                 265                 270
Phe Asp Asp Tyr Gly Ser Val Arg Lys Pro Tyr Gln Ile Glu Arg Phe
        275                 280                 285
Thr Asn Arg Ile Arg Thr Ile Val Asn Phe Ala Glu Ala Arg Asn Lys
    290                 295                 300
Ile Pro Ala Ile Thr Glu Thr Gly Tyr Glu Thr Ile Pro Asp Pro Gln
305                 310                 315                 320
Trp Trp Thr Gly Thr Leu Leu Ser Ala Leu Asp His Asp Leu Thr Thr
                325                 330                 335
Arg Arg Ile Ala Tyr Val Leu Val Trp Arg Asn Ser Asn Asn Ala Thr
            340                 345                 350
Asp Arg Gln Asn His Tyr Tyr Ala Pro Tyr Pro Gly His Pro Ser Ala
        355                 360                 365
Asp Asp Phe Ile Ala Phe Arg Asn His Pro Leu Ile Val Phe Glu Asp
    370                 375                 380
Asp Leu Pro Gly Met Tyr Thr Leu Pro
385                 390
<210>71
<211>1089
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>71
atgaaacttt taaaactttt aatctttctc cttattacgg taattttttc tgatgtttcg    60
gctcaaactt ttcaaataca aaaaggcaag aacattagcc attggctgtc ccaaagtaaa   120
agaaggggag aagagcgaaa agagttcttt actaagaatg acgtagaatt tattgcaggc   180
atcggcttcg atcatattcg tattcctatt gacgaggagc aaatgtggga tgaaaaaggc   240
aacaaagagc ctgaagcgtt tcagttgctg cacaacgcga tagaatggag caggcaatcg   300
aacttaaaag ttattgtgga cctgcatatt ttgaggtcgc attatttcaa cgcggaagaa   360
aaaccgcttt ttacggaccc taaagctcag gaacgttttt accaatgttg ggcggatctg   420
tctggtgaat tgaaaaaata tccgaataca ctggtggctt atgaattaat gaacgaacct   480
gtagccgatg atccggaaga ctggaataga attgtaagag aatcagtaaa aaggctaagg   540
gtgcttgagc ccaatagggt tattgtaatc gggtctaacc gatggcagca ttatgacact   600
ctgaaggatt tatacgtgcc ggaaaacgac aaaaacatca ttttaagctt tcatttttat   660
aaccctatgt tgcttacgca ttacagggcc agctgggtaa atttcggcga ttaccagggt   720
cccgttaact acccgggaca gttggtagac tcaaagcatt tgtcgggact gagcgaagat   780
ttaagaaaga aagtcgagca aaacaatggc gtttataata aggctcggat tgagaaaatg   840
atagccgaag ccgttgctgt agcaaaaaag cacaacctcc ctttgtattg tggtgaatgg   900
ggtgcctacg aaaaagcgcc aagggagccc aggctacaat ggtacagaga catggtggat   960
gtgttgaaca aaaacaatat tgcctggact acctgggact ataaaggagg cttcggcata  1020
gttgacgcca aaggaaacaa agacgaacag ttgatcaatg tattaacagg aaaagagaaa  1080
aaaatgtaa                                                          1089
<210>72
<211>362
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(21)
<220>
<221>结构域
<222>(22)...(340)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(31)...(34)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(154)...(163)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<400>72
Met Lys Leu Leu Lys Leu Leu Ile Phe Leu Leu Ile Thr Val Ile Phe
1               5                   10                  15
Ser Asp Val Ser Ala Gln Thr Phe Gln Ile Gln Lys Gly Lys Asn Ile
            20                  25                  30
Ser His Trp Leu Ser Gln Ser Lys Arg Arg Gly Glu Glu Arg Lys Glu
        35                  40                  45
Phe Phe Thr Lys Asn Asp Val Glu Phe Ile Ala Gly Ile Gly Phe Asp
    50                  55                  60
His Ile Arg Ile Pro Ile Asp Glu Glu Gln Met Trp Asp Glu Lys Gly
65                  70                  75                  80
Asn Lys Glu Pro Glu Ala Phe Gln Leu Leu His Asn Ala Ile Glu Trp
                85                  90                  95
Ser Arg Gln Ser Asn Leu Lys Val Ile Val Asp Leu His Ile Leu Arg
            100                 105                 110
Ser His Tyr Phe Asn Ala Glu Glu Lys Pro Leu Phe Thr Asp Pro Lys
        115                 120                 125
Ala Gln Glu Arg Phe Tyr Gln Cys Trp Ala Asp Leu Ser Gly Glu Leu
    130                 135                 140
Lys Lys Tyr Pro Asn Thr Leu Val Ala Tyr Glu Leu Met Asn Glu Pro
145                 150                 155                 160
Val Ala Asp Asp Pro Glu Asp Trp Asn Arg Ile Val Arg Glu Ser Val
                165                 170                 175
Lys Arg Leu Arg Val Leu Glu Pro Asn Arg Val Ile Val Ile Gly Ser
            180                 185                 190
Asn Arg Trp Gln His Tyr Asp Thr Leu Lys Asp Leu Tyr Val Pro Glu
        195                 200                 205
Asn Asp Lys Asn Ile Ile Leu Ser Phe His Phe Tyr Asn Pro Met Leu
    210                 215                 220
Leu Thr His Tyr Arg Ala Ser Trp Val Asn Phe Gly Asp Tyr Gln Gly
225                 230                 235                 240
Pro Val Asn Tyr Pro Gly Gln Leu Val Asp Ser Lys His Leu Ser Gly
                245                 250                 255
Leu Ser Glu Asp Leu Arg Lys Lys Val Glu Gln Asn Asn Gly Val Tyr
            260                 265                 270
Asn Lys Ala Arg Ile Glu Lys Met Ile Ala Glu Ala Val Ala Val Ala
        275                 280                 285
Lys Lys His Asn Leu Pro Leu Tyr Cys Gly Glu Trp Gly Ala Tyr Glu
    290                 295                 300
Lys Ala Pro Arg Glu Pro Arg Leu Gln Trp Tyr Arg Asp Met Val Asp
305                 310                 315                 320
Val Leu Asn Lys Asn Asn Ile Ala Trp Thr Thr Trp Asp Tyr Lys Gly
                325                 330                 335
Gly Phe Gly Ile Val Asp Ala Lys Gly Asn Lys Asp Glu Gln Leu Ile
            340                 345                 350
Asn Val Leu Thr Gly Lys Glu Lys Lys Met
        355                 360
<210>73
<211>1146
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>73
gtggatatta ccggacatcc cgaccacatc gccttcgcgc gggaagttgc cgagcaaagc    60
atggtcttgc tgcaaaaccg tgcgaacctc gccccccttt cggtatctga ctattccacc   120
attgccgtga tcggcccgaa tgccaatgac actttgctgg gttcttacag cggcgttccg   180
aaaacctact acacggtact cgacgggata cggtcctatg tcggtgaccg ggcgaatgtg   240
gtttacgctc aggggccgaa gataaccaaa cccggccatc gggaggacaa tgaagtattt   300
ccaccggatc ctgaaaacga ccggagacga ctggccgaag cgatagctgt cgccgagaac   360
gccgacctga tcatcctcgc gatcggcggc aatgaactga cgggacgaga ggcatgggcg   420
gcgcatcatc ccggtgatcg accggatctg tcgttgctcg gtttgcagga ggatcttgtt   480
gacgcagttg gagcgatggg ggttccatct gtcgcattgg ttttcggtgc acggccgctg   540
gacctcggca atgtcgccga aaaaattgat gtggtcttcc aaaactggta cctgggccag   600
gaaaccggca atgccgtcgc caatgtgctg tttggcgagg tgtcaccgtc cgccaaactc   660
cccatcagct tcccgcggac tgccgggcac attcctgcct actacaatta caaaccatcg   720
gctcgacggg tctacctttt tgacgatgtc actccgcgtt accatttcgg gtacggcctc   780
agctatacga cgtttgaata cggggaaccg cagctatcgg atacactact gtctggcgat   840
ggtgaaataa ccctctacgt tgaagttacc aacaccggag agcgaggcgg ttcggaagtc   900
gtgcaactgt acatcaacca cgaatacaga tccgtcaccc ggccggtaaa ggagctcaag   960
ggattcgaaa aggtgtatct cgagccgaat gaaactgccg gtgtatcgtt caccatcact  1020
tcagatcagt tgaggttctg gaatatcgac atggagttta ccgctgaatc cggtaaagtg  1080
aacctgatgg tcggctcatc cagccgtgac gaagacctgc agacgacggc aatttttctt  1140
gaataa                                                             1146
<210>74
<211>381
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(21)...(264)
<223>糖基水解酶家族3 C末端结构域
<220>
<221>位点
<222>(49)...(52)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(335)...(338)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>74
Met Asp Ile Thr Gly His Pro Asp His Ile Ala Phe Ala Arg Glu Val
1               5                   10                  15
Ala Glu Gln Ser Met Val Leu Leu Gln Asn Arg Ala Asn Leu Ala Pro
            20                  25                  30
Leu Ser Val Ser Asp Tyr Ser Thr Ile Ala Val Ile Gly Pro Asn Ala
        35                  40                  45
Asn Asp Thr Leu Leu Gly Ser Tyr Ser Gly Val Pro Lys Thr Tyr Tyr
    50                  55                  60
Thr Val Leu Asp Gly Ile Arg Ser Tyr Val Gly Asp Arg Ala Asn Val
65                  70                  75                  80
Val Tyr Ala Gln Gly Pro Lys Ile Thr Lys Pro Gly His Arg Glu Asp
                85                  90                  95
Asn Glu Val Phe Pro Pro Asp Pro Glu Asn Asp Arg Arg Arg Leu Ala
            100                 105                 110
Glu Ala Ile Ala Val Ala Glu Asn Ala Asp Leu Ile Ile Leu Ala Ile
        115                 120                 125
Gly Gly Asn Glu Leu Thr Gly Arg Glu Ala Trp Ala Ala His His Pro
    130                 135                 140
Gly Asp Arg Pro Asp Leu Ser Leu Leu Gly Leu Gln Glu Asp Leu Val
145                 150                 155                 160
Asp Ala Val Gly Ala Met Gly Val Pro Ser Val Ala Leu Val Phe Gly
                165                 170                 175
Ala Arg Pro Leu Asp Leu Gly Asn Val Ala Glu Lys Ile Asp Val Val
            180                 185                 190
Phe Gln Asn Trp Tyr Leu Gly Gln Glu Thr Gly Asn Ala Val Ala Asn
        195                 200                 205
Val Leu Phe Gly Glu Val Ser Pro Ser Ala Lys Leu Pro Ile Ser Phe
    210                 215                 220
Pro Arg Thr Ala Gly His Ile Pro Ala Tyr Tyr Asn Tyr Lys Pro Ser
225                 230                 235                 240
Ala Arg Arg Val Tyr Leu Phe Asp Asp Val Thr Pro Arg Tyr His Phe
                245                 250                 255
Gly Tyr Gly Leu Ser Tyr Thr Thr Phe Glu Tyr Gly Glu Pro Gln Leu
            260                 265                 270
Ser Asp Thr Leu Leu Ser Gly Asp Gly Glu Ile Thr Leu Tyr Val Glu
        275                 280                 285
Val Thr Asn Thr Gly Glu Arg Gly Gly Ser Glu Val Val Gln Leu Tyr
    290                 295                 300
Ile Asn His Glu Tyr Arg Ser Val Thr Arg Pro Val Lys Glu Leu Lys
305                 310                 315                 320
Gly Phe Glu Lys Val Tyr Leu Glu Pro Asn Glu Thr Ala Gly Val Ser
                325                 330                 335
Phe Thr Ile Thr Ser Asp Gln Leu Arg Phe Trp Asn Ile Asp Met Glu
            340                 345                 350
Phe Thr Ala Glu Ser Gly Lys Val Asn Leu Met Val Gly Ser Ser Ser
        355                 360                 365
Arg Asp Glu Asp Leu Gln Thr Thr Ala Ile Phe Leu Glu
    370                 375                 380
<210>75
<211>1014
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>75
atgctgcgca agttgatcgt ctcggtcttc ggcttcgtca tgctgactag tgcggcagcg   60
gcgcagactc ctcccgcctt agcggaatcc gcgcctgctc tccggcgcgg aatgaacgtt  120
ctgggctacg acccaatctg gcacgacccg aagaaaggtc ggttcgaaga gcggcacttc  180
gccgagattc gcaagggcgg cttcgacttc gttcgggtga acctccacgg gttcaaacat  240
atgaacgccg cggacaaact cagtccggag ttcctgagcc gcgtggactg gatcgtgaag  300
cacgccagtg cggcgggcct gtcggtcatc ctagacgagc atgaatatga ggaatgctcg  360
gacgacgtcg caatgtgccg gcggcgtttg gcggcattct ggacgcaggt cgcgccgcgc  420
tacaagggcg cgcccgatac ggttctgttc gagcttctca atgagccgca cgacaagttg  480
gatgccgaca cctggaacgc cttgtttccc gacatcctgg ccatcgtgcg gcagtcgaac    540
ccgaagcgcc gcgtggtgat cggcccgact cagtggaaca acttcagcca gctggacacg    600
ctcaagctgc cggcagacga ccggaacatc gtcgtcacct tccattatta cgatccgttc    660
ccgtttaccc accagggcgc gccgtgggtt ccggacatgc tcaaggtgaa aggcatcgag    720
tggaagcccg agcagagggc gaagatcgcc gaggacttcg gcaaggtcgc ggaatggtcg    780
cagaaaaccg gccgcgaaat cttgctcggc gagttcgggg cctacgatgt gagcggtacg    840
ccaaccgcca tgcgttcagc ttatacggaa gcggtggcgc gcgaggcgga acgccacggc    900
ttcgcttggg cctactggca gttcgacagc aatttcctgg cttgggacat gaagacaaac    960
ggctgggtcg agccgatcca caaggcactc atccccgagg cgaagcagcc ttag         1014
<210>76
<211>337
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(37)...(316)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(150)...(159)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<400>76
Met Leu Arg Lys Leu Ile Val Ser Val Phe Gly Phe Val Met Leu Thr
1               5                   10                  15
Ser Ala Ala Ala Ala Gln Thr Pro Pro Ala Leu Ala Glu Ser Ala Pro
            20                  25                  30
Ala Leu Arg Arg Gly Met Asn Val Leu Gly Tyr Asp Pro Ile Trp His
        35                  40                  45
Asp Pro Lys Lys Gly Arg Phe Glu Glu Arg His Phe Ala Glu Ile Arg
    50                  55                  60
Lys Gly Gly Phe Asp Phe Val Arg Val Asn Leu His Gly Phe Lys His
65                  70                  75                  80
Met Asn Ala Ala Asp Lys Leu Ser Pro Glu Phe Leu Ser Arg Val Asp
                85                  90                  95
Trp Ile Val Lys His Ala Ser Ala Ala Gly Leu Ser Val Ile Leu Asp
            100                 105                 110
Glu His Glu Tyr Glu Glu Cys Ser Asp Asp Val Ala Met Cys Arg Arg
        115                 120                 125
Arg Leu Ala Ala Phe Trp Thr Gln Val Ala Pro Arg Tyr Lys Gly Ala
    130                 135                 140
Pro Asp Thr Val Leu Phe Glu Leu Leu Asn Glu Pro His Asp Lys Leu
145                 150                 155                 160
Asp Ala Asp Thr Trp Asn Ala Leu Phe Pro Asp Ile Leu Ala Ile Val
                165                 170                 175
Arg Gln Ser Asn Pro Lys Arg Arg Val Val Ile Gly Pro Thr Gln Trp
            180                 185                 190
Asn Asn Phe Ser Gln Leu Asp Thr Leu Lys Leu Pro Ala Asp Asp Arg
        195                 200                 205
Asn Ile Val Val Thr Phe His Tyr Tyr Asp Pro Phe Pro Phe Thr His
    210                 215                 220
Gln Gly Ala Pro Trp Val Pro Asp Met Leu Lys Val Lys Gly Ile Glu
225                 230                 235                 240
Trp Lys Pro Glu Gln Arg Ala Lys Ile Ala Glu Asp Phe Gly Lys Val
                245                 250                 255
Ala Glu Trp Ser Gln Lys Thr Gly Arg Glu Ile Leu Leu Gly Glu Phe
            260                 265                 270
Gly Ala Tyr Asp Val Ser Gly Thr Pro Thr Ala Met Arg Ser Ala Tyr
        275                 280                 285
Thr Glu Ala Val Ala Arg Glu Ala Glu Arg His Gly Phe Ala Trp Ala
    290                 295                 300
Tyr Trp Gln Phe Asp Ser Asn Phe Leu Ala Trp Asp Met Lys Thr Asn
305                 310                 315                 320
Gly Trp Val Glu Pro Ile His Lys Ala Leu Ile Pro Glu Ala Lys Gln
                325                 330                 335
Pro
<210>77
<211>1125
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>77
atgaaaagga aacgggtttt tattcattct ctaatcgtat tttttttaat gattggttct   60
tttacttctt gtggatcagt cgccgatgat gccgaagaag ggtttgatat ttttagagga  120
accaatatcg ctcattggtt atcacaaagt aatgcaaggg gcgaagagcg aaaaaatttc  180
tttaccgaaa atgatataaa atttattgct gatgctggtt ttgatcatat tcgtttgcca  240
attgacgagg ttcatttctg ggatgagaat atgaaccggc accaagatgc atttgatctt  300
atgcatgact gtattaagtg gtcagagaaa catggtctta gggttgtagt ggatttgcat  360
attattcgtt cacattattt tgttggagat gataatacac tatgggatga aagacatgaa  420
caggaaaagt ttgttgatat ttggatggag ttatcatctg aactatctca atattcaaac  480
tcattagtag cttatgagtt aatgaatgaa cctgtagccc cttctcatga tgattggaat  540
agtttggttg cggaaactat agaggcaatt cgtaaagttg aacctgagag atatattgta   600
gttggatcaa atatgtggca aggtattgat acatttgagt atttggaagt tcccgaaaat   660
gatgatagaa taattcttag ttttcatttt tatgatccct ttattttgac tcattatact   720
gcatcttggg ggtatttaag agattactca gggcctgtta actatccggg atatcttgtt   780
acaaatgacc agctgttgga tatgtcaaac gaaatgcaaa agttaattag ggagtttcag   840
acaaattttg atatttatac cattgaagaa ctgatatcta ttccatatag tattgcaaag   900
gaaaaagggt tgaaattata ttgtggagag tttggtgcaa ttgatcaggc tccaagagat   960
gcgagattgg catggtacag agatgttgtt caggtttttg agcgatatgg tatagctcat  1020
gccaactgga attacaaaga ttatggtacg tttgggataa agaactatag cgaggagata  1080
gatcaggaac tgtttgaaat cttaattgga acaaaacata aatag                  1125
<210>78
<211>374
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(28)
<220>
<221>结构域
<222>(25)...(353)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(165)...(174)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<220>
<221>位点
<222>(360)...(363)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>78
Met Lys Arg Lys Arg Val Phe Ile His Ser Leu Ile Val Phe Phe Leu
1               5                   10                  15
Met Ile Gly Ser Phe Thr Ser Cys Gly Ser Val Ala Asp Asp Ala Glu
            20                  25                  30
Glu Gly Phe Asp Ile Phe Arg Gly Thr Asn Ile Ala His Trp Leu Ser
        35                  40                  45
Gln Ser Asn Ala Arg Gly Glu Glu Arg Lys Asn Phe Phe Thr Glu Asn
    50                  55                  60
Asp Ile Lys Phe Ile Ala Asp Ala Gly Phe Asp His Ile Arg Leu Pro
65                  70                  75                  80
Ile Asp Glu Val His Phe Trp Asp Glu Asn Met Asn Arg His Gln Asp
                85                  90                  95
Ala Phe Asp Leu Met His Asp Cys Ile Lys Trp Ser Glu Lys His Gly
            100                 105                 110
Leu Arg Val Val Val Asp Leu His Ile Ile Arg Ser His Tyr Phe Val
        115                 120                 125
Gly Asp Asp Asn Thr Leu Trp Asp Glu Arg His Glu Gln Glu Lys Phe
    130                 135                 140
Val Asp Ile Trp Met Glu Leu Ser Ser Glu Leu Ser Gln Tyr Ser Asn
145                 150                 155                 160
Ser Leu Val Ala Tyr Glu Leu Met Asn Glu Pro Val Ala Pro Ser His
                165                 170                 175
Asp Asp Trp Asn Ser Leu Val Ala Glu Thr Ile Glu Ala Ile Arg Lys
            180                 185                 190
Val Glu Pro Glu Arg Tyr Ile Val Val Gly Ser Asn Met Trp Gln Gly
        195                 200                 205
Ile Asp Thr Phe Glu Tyr Leu Glu Val Pro Glu Asn Asp Asp Arg Ile
    210                 215                 220
Ile Leu Ser Phe His Phe Tyr Asp Pro Phe Ile Leu Thr His Tyr Thr
225                 230                 235                 240
Ala Ser Trp Gly Tyr Leu Arg Asp Tyr Ser Gly Pro Val Asn Tyr Pro
                245                 250                 255
Gly Tyr Leu Val Thr Asn Asp Gln Leu Leu Asp Met Ser Asn Glu Met
            260                 265                 270
Gln Lys Leu Ile Arg Glu Phe Gln Thr Asn Phe Asp Ile Tyr Thr Ile
        275                 280                 285
Glu Glu Leu Ile Ser Ile Pro Tyr Ser Ile Ala Lys Glu Lys Gly Leu
    290                 295                 300
Lys Leu Tyr Cys Gly Glu Phe Gly Ala Ile Asp Gln Ala Pro Arg Asp
305                 310                 315                 320
Ala Arg Leu Ala Trp Tyr Arg Asp Val Val Gln Val Phe Glu Arg Tyr
                325                 330                 335
Gly Ile Ala His Ala Asn Trp Asn Tyr Lys Asp Tyr Gly Thr Phe Gly
            340                 345                 350
Ile Lys Asn Tyr Ser Glu Glu Ile Asp Gln Glu Leu Phe Glu Ile Leu
        355                 360                 365
Ile Gly Thr Lys His Lys
    370
<210>79
<211>1017
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>79
atgaaatata aagctatttt tatatacctt attgttttga ttctatttta ctcaattaat      60
atttatgcta atgcagaaaa caaccccctc cccttcctca gtgtcgaagg aaacaggttc     120
gtcgatgaag atggaaatac ggtaatcctg cgaggtgtat cgttccccga tcccgaccgg     180
ctggctgagg caactcaatg gaacaagcga tacttccagg cggcaaaaga ctggaactgt     240
aatgtcgtcc ggattcctgt ccatccacag aaatggcggg aaagaggcga ggaaaattat     300
ctgaaacttt tagataaggg aattcaatgg gcgggtgaac tcgggatgta tgtaatcatc     360
gactggcata ccatcggtaa tccgataacc gaagtatttt tccgcgaact atacaatacg     420
tcacgtgcgg agaccttcca gttctggaga acaatcgctg agcgctatgc cggtaacccg     480
gttgttgctt tctatgaact gttcaatgaa ccgaccgact acaacggccg tctcggaaga     540
atgaactggg atcagtataa agagtttatc gaggagataa ttcacatcat ctattctcac     600
gacgatacag ttatccctct cgttgccggt ttcgactggg cgtatgaact ccgccatata     660
aaagataaac ctatagattt tcccggcatc gcttatgtga ctcaccccta tccccagaaa     720
cgcgatccgc catgggaaga aaaatgggaa gaggatttcg ggtttgccgc cgatatgtat     780
ccggtgtttg caaccgagtt cggtttcatg ggggaggatg aattaggtgc acacataccc     840
gtcatcggcg atgaaacata cggcgaagcc attatcgatt acttttataa aaaggggata     900
tcgtggactg catgggtatt cgatccgctt tggtcgccgc agcttattag agactggtat     960
tttaccccgt cccgacaggg gcagtttttt aaagagaagt tgatggagtt gaattag       1017
<210>80
<211>338
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(25)
<220>
<221>结构域
<222>(38)...(315)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(141)...(144)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>80
Met Lys Tyr Lys Ala Ile Phe Ile Tyr Leu Ile Val Leu Ile Leu Phe
1               5                   10                  15
Tyr Ser Ile Asn Ile Tyr Ala Asn Ala Glu Asn Asn Pro Leu Pro Phe
            20                  25                  30
Leu Ser Val Glu Gly Asn Arg Phe Val Asp Glu Asp Gly Asn Thr Val
        35                  40                  45
Ile Leu Arg Gly Val Ser Phe Pro Asp Pro Asp Arg Leu Ala Glu Ala
    50                  55                  60
Thr Gln Trp Asn Lys Arg Tyr Phe Gln Ala Ala Lys Asp Trp Asn Cys
65                  70                  75                  80
Asn Val Val Arg Ile Pro Val His Pro Gln Lys Trp Arg Glu Arg Gly
                85                  90                  95
Glu Glu Asn Tyr Leu Lys Leu Leu Asp Lys Gly Ile Gln Trp Ala Gly
            100                 105                 110
Glu Leu Gly Met Tyr Val Ile Ile Asp Trp His Thr Ile Gly Asn Pro
        115                 120                 125
Ile Thr Glu Val Phe Phe Arg Glu Leu Tyr Asn Thr Ser Arg Ala Glu
    130                 135                 140
Thr Phe Gln Phe Trp Arg Thr Ile Ala Glu Arg Tyr Ala Gly Asn Pro
145                 150                 155                 160
Val Val Ala Phe Tyr Glu Leu Phe Asn Glu Pro Thr Asp Tyr Asn Gly
                165                 170                 175
Arg Leu Gly Arg Met Asn Trp Asp Gln Tyr Lys Glu Phe Ile Glu Glu
            180                 185                 190
Ile Ile His Ile Ile Tyr Ser His Asp Asp Thr Val Ile Pro Leu Val
        195                 200                 205
Ala Gly Phe Asp Trp Ala Tyr Glu Leu Arg His Ile Lys Asp Lys Pro
    210                 215                 220
Ile Asp Phe Pro Gly Ile Ala Tyr Val Thr His Pro Tyr Pro Gln Lys
225                 230                 235                 240
Arg Asp Pro Pro Trp Glu Glu Lys Trp Glu Glu Asp Phe Gly Phe Ala
                245                 250                 255
Ala Asp Met Tyr Pro Val Phe Ala Thr Glu Phe Gly Phe Met Gly Glu
            260                 265                 270
Asp Glu Leu Gly Ala His Ile Pro Val Ile Gly Asp Glu Thr Tyr Gly
        275                 280                 285
Glu Ala Ile Ile Asp Tyr Phe Tyr Lys Lys Gly Ile Ser Trp Thr Ala
    290                 295                 300
Trp Val Phe Asp Pro Leu Trp Ser Pro Gln Leu Ile Arg Asp Trp Tyr
305                 310                 315                 320
Phe Thr Pro Ser Arg Gln Gly Gln Phe Phe Lys Glu Lys Leu Met Glu
                325                 330                 335
Leu Asn
<210>81
<211>1119
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>81
atgaatttac ttgctcaata cttttccgga ctatttctga tttttttgat ctcaattttt    60
ttcgttagtt ctgcagcgaa tcatcattat gaaaaaaata cagtcaacga attttctgat   120
gatgtaaatc aaacaacatt agtccttcaa cccgggatat ccgaagccca gaatactcaa   180
aacctgccgc ggatttcggt tgaaggaaac caatttgtgg atgaatcggg aaacacagtc   240
acatttcagg gtgtcagtgt tgccgatccg cacaggctta ataatgccgg ccaatggaaa   300
cgggaactgt ttgaagaaat cgcaaactgg ggagcaaacg tcgttcgtct gcccatacac   360
ccgctctggt ggcgggaacg gggagaggag caatacctcg aatggattga tgaagccgtg   420
gagtgggcca aagagctgga gatgtacctc atcatcgact ggcacagtat cgggaacctg   480
cggacagaac tctttttcag ggatatctac aacaccaccc gccgtgaaac ttatgaattc   540
tggaggctga tttcggatcg ctatgctgat gaaaccacaa ttgcctttta cgaaatcttt   600
aatgaaccca cacggcagca gggcaggctg ggaaccatga cctggaagca atggaaggaa   660
attctaaccg acattatcac aatcatttat gcccacaatc ctgatgcgat tccgctggta   720
gcaggtttta actgggcgta tgaccttact ccggtccgcc actcacccct cgattttgaa   780
ggtattgcct atgttaccca cccatatccg caaaaaagaa gcaggccctg ggttccaaaa   840
tgggaagaag atttcggttt tgtggctgac aaatatcctg tatttgccac tgaattcggc   900
tatatgaggg agtatgagcg gggcgctcat gtgcccgtaa tcggggacga agaatatggg   960
gaaatcctca tcaattattt ccgcgaaaaa gggatttcgt ggacagcctg ggtattcgat  1020
ccaagctggt cgccacagct cattcaggat tgggattata cacccacacg ctcaggtgag  1080
tttttcagaa atgcgatgag aacgaaaaac aatgaataa                         1119
<210>82
<211>372
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(25)
<220>
<221>结构域
<222>(70)...(347)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(43)...(46)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(173)...(176)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>82
Met Asn Leu Leu Ala Gln Tyr Phe Ser Gly Leu Phe Leu Ile Phe Leu
1               5                   10                  15
Ile Ser Ile Phe Phe Val Ser Ser Ala Ala Asn His His Tyr Glu Lys
            20                  25                  30
Asn Thr Val Asn Glu Phe Ser Asp Asp Val Asn Gln Thr Thr Leu Val
        35                  40                  45
Leu Gln Pro Gly Ile Ser Glu Ala Gln Asn Thr Gln Asn Leu Pro Arg
    50                  55                  60
Ile Ser Val Glu Gly Asn Gln Phe Val Asp Glu Ser Gly Asn Thr Val
65                  70                  75                  80
Thr Phe Gln Gly Val Ser Val Ala Asp Pro His Arg Leu Asn Asn Ala
                85                  90                  95
Gly Gln Trp Lys Arg Glu Leu Phe Glu Glu Ile Ala Asn Trp Gly Ala
            100                 105                 110
Asn Val Val Arg Leu Pro Ile His Pro Leu Trp Trp Arg Glu Arg Gly
        115                 120                 125
Glu Glu Gln Tyr Leu Glu Trp Ile Asp Glu Ala Val Glu Trp Ala Lys
    130                 135                 140
Glu Leu Glu Met Tyr Leu Ile Ile Asp Trp Hi s Ser Ile GlyAsn Leu
145                 150                 155                 160
Arg Thr Glu Leu Phe Phe Arg Asp Ile Tyr Asn Thr Thr Arg Arg Glu
                165                 170                 175
Thr Tyr Glu Phe Trp Arg Leu Ile Ser Asp Arg Tyr Ala Asp Glu Thr
            180                 185                 190
Thr Ile Ala Phe Tyr Glu Ile Phe Asn Glu Pro Thr Arg Gln Gln Gly
        195                 200                 205
Arg Leu Gly Thr Met Thr Trp Lys Gln Trp Lys Glu Ile Leu Thr Asp
    210                 215                 220
Ile Ile Thr Ile Ile Tyr Ala His Asn Pro Asp Ala Ile Pro Leu Val
225                 230                 235                 240
Ala Gly Phe Asn Trp Ala Tyr Asp Leu Thr Pro Val Arg His Ser Pro
                245                 250                 255
Leu Asp Phe Glu Gly Ile Ala Tyr Val Thr His Pro Tyr Pro Gln Lys
            260                 265                 270
Arg Ser Arg Pro Trp Val Pro Lys Trp Glu Glu Asp Phe Gly Phe Val
        275                 280                 285
Ala Asp Lys Tyr Pro Val Phe Ala Thr Glu Phe Gly Tyr Met Arg Glu
    290                 295                 300
Tyr Glu Arg Gly Ala His Val Pro Val Ile Gly Asp Glu Glu Tyr Gly
305                 310                 315                 320
Glu Ile Leu Ile Asn Tyr Phe Arg Glu Lys Gly Ile Ser Trp Thr Ala
                325                 330                 335
Trp Val Phe Asp Pro Ser Trp Ser Pro Gln Leu Ile Gln Asp Trp Asp
            340                 345                 350
Tyr Thr Pro Thr Arg Ser Gly Glu Phe Phe Arg Asn Ala Met Arg Thr
        355                 360                 365
Lys Asn Asn Glu
    370
<210>83
<211>1089
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>83
atgagccttg gcctgactgc aatcgagttg atcaatcgcg cccgcgccga tctgcgactg    60
ggcgtgccga tcgttctgcg cgagggcgac gtgcaggcgc tggtgctggc ggtcgagcca   120
gtaaccgagg cgcggctggg tgggctgcgc gggctggggc cagggctggt gcttgcaatc   180
acgcagcgcc gcgccacgac actgaaggcg cgcgcctatg atgaggatct tgcgcgagtg   240
gtggtgcccg agggggtagg ctgcgactgg ctgcgggcgg tggcggaccc ctccgacgat   300
ctgcgctttc cgatgaaggg cccgctgatg accgctcgcg agggcacggc cgcgctgcat   360
cgcgctgcac ttcaactggt gaaatccgcg cagcttcttc cggccgcact tgttcagccg   420
cttgcggatc ccgaggcgct gcccgtcacg gggctgacag tgctcgatat cgccgatgtc   480
agccgtgaat tggcgcgcga gacagtgttg tatccagtgg tgcatgcgcg cttgccgatg   540
ctggcggcgc aagcgggccg cgtgcatatc ttccgacccc gcgacggcgg cgttgagcat   600
tacgccatcg agatcggcca gcccgaccgt gccgcgcccg tgctcacgcg gctgcattcg   660
gcctgtttca caggcgatgt gctgggctcg ctcaaatgcg attgcggccc gcaactgcag   720
gcagcactcg cgcagatggg cgaggaaggc gcgggggtgc tgctctatct caatcaggag   780
ggtcgcggca tcgggcttgc caacaagatg cgcgcctatt cgctgcagga tcagggcttt   840
gacacggtcg aggccaatca ccgtctgggg ttcgaggatg acgagcggga tttccgcatc   900
ggggccgcgc ttctgcggcg gatggggttc tctcgggcgc ggctgctgac caacaaccct   960
cggaaggtga acatgctgaa tgcgcatcgg gtcgaagtgg tggaacgggt gccgcttcgg  1020
gtgggcgaga cggtcgagaa ccgcgcctat cttgccacca aggccgccaa atccgggcat  1080
ctgttgtga                                                          1089
<210>84
<211>362
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(168)...(339)
<223>GTP环化水解酶II
<400>84
Met Ser Leu Gly Leu Thr Ala Ile Glu Leu Ile Asn Arg Ala Arg Ala
1               5                   10                  15
Asp Leu Arg Leu Gly Val Pro Ile Val Leu Arg Glu Gly Asp Val Gln
            20                  25                  30
Ala Leu Val Leu Ala Val Glu Pro Val Thr Glu Ala Arg Leu Gly Gly
        35                  40                  45
Leu Arg Gly Leu Gly Pro Gly Leu Val Leu Ala Ile Thr Gln Arg Arg
    50                  55                  60
Ala Thr Thr Leu Lys Ala Arg Ala Tyr Asp Glu Asp Leu Ala Arg Val
65                  70                  75                  80
Val Val Pro Glu Gly Val Gly Cys Asp Trp Leu Arg Ala Val Ala Asp
                85                  90                  95
Pro Ser Asp Asp Leu Arg Phe Pro Met Lys Gly Pro Leu Met Thr Ala
            100                 105                 110
Arg Glu Gly Thr Ala Ala Leu His Arg Ala Ala Leu Gln Leu Val Lys
        115                 120                 125
Ser Ala Gln Leu Leu Pro Ala Ala Leu Val Gln Pro Leu Ala Asp Pro
    130                 135                 140
Glu Ala Leu Pro Val Thr Gly Leu Thr Val Leu Asp Ile Ala Asp Val
145                 150                 155                 160
Ser Arg Glu Leu Ala Arg Glu Thr Val Leu Tyr Pro Val Val His Ala
                165                 170                 175
Arg Leu Pro Met Leu Ala Ala Gln Ala Gly Arg Val His Ile Phe Arg
            180                 185                 190
Pro Arg Asp Gly Gly Val Glu His Tyr Ala Ile Glu Ile Gly Gln Pro
        195                 200                 205
Asp Arg Ala Ala Pro Val Leu Thr Arg Leu His Ser Ala Cys Phe Thr
    210                 215                 220
Gly Asp Val Leu Gly Ser Leu Lys Cys Asp Cys Gly Pro Gln Leu Gln
225                 230                 235                 240
Ala Ala Leu Ala Gln Met Gly Glu Glu Gly Ala Gly Val Leu Leu Tyr
                245                 250                 255
Leu Asn Gln Glu Gly Arg Gly Ile Gly Leu Ala Asn Lys Met Arg Ala
            260                 265                 270
Tyr Ser Leu Gln Asp Gln Gly Phe Asp Thr Val Glu Ala Asn His Arg
        275                 280                 285
Leu Gly Phe Glu Asp Asp Glu Arg Asp Phe Arg Ile Gly Ala Ala Leu
    290                 295                 300
Leu Arg Arg Met Gly Phe Ser Arg Ala Arg Leu Leu Thr Asn Asn Pro
305                 310                 315                 320
Arg Lys Val Asn Met Leu Asn Ala His Arg Val Glu Val Val Glu Arg
                325                 330                 335
Val Pro Leu Arg Val Gly Glu Thr Val Glu Asn Arg Ala Tyr Leu Ala
            340                 345                 350
Thr Lys Ala Ala Lys Ser Gly His Leu Leu
        355                 360
<210>85
<211>1284
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>85
gtgaacaccg cgcatcgcat cgaattccct cggcaattta tcttcggttc cgccactgct    60
gctcaccaag tggagggcaa caacgttcac aatgattggt gggcccacga gcatgccacc   120
gacacgaatg ccgtggagcc gtcgggcctc gcctgcgacc actttcggcg ctttgccgac   180
gacttccgcc tcttacgcca actcggacag ccagcgcacc gcctgtcgct ggaatggagc   240
cgcatcgaac cggcacccgg tgaaatcgat cgttcggcat tgtcccacta ccgccgagtc   300
ctgggtactt tgcgagacct cggaatcgag ccatgggtca ccatccacca cttcacttgc   360
cctcgctggt tcgtggaaca gggagggttt acacgcatgg attcagcgcg ctctctcgtt   420
cgccataccg aacgcgtggc gagggagttc tccgacctag tcacaaactg gtgcaccata   480
aatgagccaa acgtcgtggc agaactcggt tatcgcttcg gatactttcc gccgcggttg   540
caggacgatg agctggcagc ggaagtgctc accaacttct ttcgcttaca cgctgaaatg   600
gcagaagttt tgcgcgctca cgcgcagaga tcggcgcaaa tcggtatcac ccttgcgatg   660
caagcacacg agccgctgcg catcgaaagc gaagcggacc gcgcactggc ggcgcggcgc   720
gacgccgaga ccaacggcgt catgctcaac gccttgcgaa ccggtgtatt cgcctacccg   780
ggacgggagc cggtggaaat ccctggactg aaaacgtcat cgaccttcgt gggggtccag   840
tactattcgc gggtccgcta cgacgccgag tcgcaaggtc cagcaatgcc cgacttcgag   900
cgcaccctca gccaaatggg atgggaggtg tatcctgagg ggttcggccc cttgctcgag   960
cgcgcagcag aaactggact cgaagtgatc gtcacagaga acgggatggc gcacgacgat  1020
gaccgtgtgc gcgtgcgttt tatcgccgac cacttgcggg tcgttcaccg ccttctggaa  1080
cgcggtgtgc gcatcggagg gtacttttac tggtcgacca tggacaactt cgaatggaac  1140
ttcgggtacg gaccgaagtt cggcctgatc gaagtggacc gttctaccct ggaacgcagg  1200
ccgcggcgaa gcgcgtattt cttccgtgac atgatccagc agcgagtgct cgacgacgac  1260
ctggtcgagc actggactcg ctga                                         1284
<210>86
<211>427
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(5)...(417)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(334)...(342)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<400>86
Met Asn Thr Ala His Arg Ile Glu Phe Pro Arg Gln Phe Ile Phe Gly
1               5                   10                  15
Ser Ala Thr Ala Ala His Gln Val Glu Gly Asn Asn Val His Asn Asp
            20                  25                  30
Trp Trp Ala His Glu His Ala Thr Asp Thr Asn Ala Val Glu Pro Ser
        35                  40                  45
Gly Leu Ala Cys Asp His Phe Arg Arg Phe Ala Asp Asp Phe Arg Leu
    50                  55                  60
Leu Arg Gln Leu Gly Gln Pro Ala His Arg Leu Ser Leu Glu Trp Ser
65                  70                  75                  80
Arg Ile Glu Pro Ala Pro Gly Glu Ile Asp Arg Ser Ala Leu Ser His
                85                  90                  95
Tyr Arg Arg Val Leu Gly Thr Leu Arg Asp Leu Gly Ile Glu Pro Trp
            100                 105                 110
Val Thr Ile His His Phe Thr Cys Pro Arg Trp Phe Val Glu Gln Gly
        115                 120                 125
Gly Phe Thr Arg Met Asp Ser Ala Arg Ser Leu Val Arg His Thr Glu
    130                 135                 140
Arg Val Ala Arg Glu Phe Ser Asp Leu Val Thr Asn Trp Cys Thr Ile
145                 150                 155                 160
Asn Glu Pro Asn Val Val Ala Glu Leu Gly Tyr Arg Phe Gly Tyr Phe
                165                 170                 175
Pro Pro Arg Leu Gln Asp Asp Glu Leu Ala Ala Glu Val Leu Thr Asn
            180                 185                 190
Phe Phe Arg Leu His Ala Glu Met Ala Glu Val Leu Arg Ala His Ala
        195                 200                 205
Gln Arg Ser Ala Gln Ile Gly Ile Thr Leu Ala Met Gln Ala His Glu
    210                 215                 220
Pro Leu Arg Ile Glu Ser Glu Ala Asp Arg Ala Leu Ala Ala Arg Arg
225                 230                 235                 240
Asp Ala Glu Thr Asn Gly Val Met Leu Asn Ala Leu Arg Thr Gly Val
                245                 250                 255
Phe Ala Tyr Pro Gly Arg Glu Pro Val Glu Ile Pro Gly Leu Lys Thr
            260                 265                 270
Ser Ser Thr Phe Val Gly Val Gln Tyr Tyr Ser Arg Val Arg Tyr Asp
        275                 280                 285
Ala Glu Ser Gln Gly Pro Ala Met Pro Asp Phe Glu Arg Thr Leu Ser
    290                 295                 300
Gln Met Gly Trp Glu Val Tyr Pro Glu Gly Phe Gly Pro Leu Leu Glu
305                 310                 315                 320
Arg Ala Ala Glu Thr Gly Leu Glu Val Ile Val Thr Glu Asn Gly Met
                325                 330                 335
Ala His Asp Asp Asp Arg Val Arg Val Arg Phe Ile Ala Asp His Leu
            340                 345                 350
Arg Val Val His Arg Leu Leu Glu Arg Gly Val Arg Ile Gly Gly Tyr
        355                 360                 365
Phe Tyr Trp Ser Thr Met Asp Asn Phe Glu Trp Asn Phe Gly Tyr Gly
    370                 375                 380
Pro Lys Phe Gly Leu Ile Glu Val Asp Arg Ser Thr Leu Glu Arg Arg
385                 390                 395                 400
Pro Arg Arg Ser Ala Tyr Phe Phe Arg Asp Met Ile Gln Gln Arg Val
                405                 410                 415
Leu Asp Asp Asp Leu Val Glu His Trp Thr Arg
            420                 425
<210>87
<211>1167
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>87
atgagaaaga gtgtgttcac cctcgccgtg tttttgtcgg cactgtttgc attcacgtct     60
tgtcagaaca agagccagaa cgaggctcaa gaccaggcag gacaagtcaa taacttccgc    120
atcaagcgcg gcacgaacat cagccactgg ctgtcgcagt cggagcagcg cggtgaggct    180
cgcagactgc atatccagga ggacgacttc gcccgtctgg aagagctggg cttcgacttc    240
gtgcgcatcc ccatcgacga ggtgcagttc tgggacgagc agggcaacaa gctgcccgag    300
gcgtgggatc tgctgaacaa cgccctcgac tggagcaaga agcacaacct gcgtgccatc    360
gtcgacctgc acatcatccg tgcgcactat ttcaatgccg tgaatgaggc agaccaggcc    420
gccaataccc tcttcacctc tgaggaggca caggaaggac tccttaacct gtggcgccag    480
ctctccgagt tcctgaagga ccgcagcaac gactgggtgg cctacgagtt catgaacgag    540
ccggtagccc ctgagcacga gatgtggaac cagctggtag ccaaggtaca caaggccctg    600
cgcgaactgg aaccccagcg tacactcgtc gtcggctcga acatgtggca gggacacgag    660
acgatgaagt atctgaaagt gcccgagggc gataagaaca tcatcctctc gttccactac    720
tacaacccga tgctgctgac gcactacggt gcctggtggt cgccgctgtg tgctgcctac    780
aagggtaagg tgaactatcc cggtgtgctc gtgtcgaagg aagactacga tgccgctcct   840
gctgccatca aggatcagct gaagcccttt accgaggaag tatggaacat cgacaagatc   900
cgtgagcagt tcaaggatgc catcgaggcc gccaagaaat atgacctgca actgttctgc   960
ggcgagtggg gtgtctatga gcccgtggac cgtgagctgg cctacaaatg gtatcgtgac  1020
gtgctgacgg tgttcgacga gttcaacatc gcctggacga cctggtgcta cgatgctgac  1080
ttcggtttct gggatcagca gcgccactgc tacaaagact atccgctggt ggagctcctg  1140
atgtcaggaa agaaactggg agaatag                                      1167
<210>88
<211>388
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(23)
<220>
<221>结构域
<222>(48)...(365)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(23)...(26)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(46)...(49)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>88
Met Arg Lys Ser Val Phe Thr Leu Ala Val Phe Leu Ser Ala Leu Phe
1               5                   10                  15
Ala Phe Thr Ser Cys Gln Asn Lys Ser Gln Asn Glu Ala Gln Asp Gln
            20                  25                  30
Ala Gly Gln Val Asn Asn Phe Arg Ile Lys Arg Gly Thr Asn Ile Ser
        35                  40                  45
His Trp Leu Ser Gln Ser Glu Gln Arg Gly Glu Ala Arg Arg Leu His
    50                  55                  60
Ile Gln Glu Asp Asp Phe Ala Arg Leu Glu Glu Leu Gly Phe Asp Phe
65                  70                  75                  80
Val Arg Ile Pro Ile Asp Glu Val Gln Phe Trp Asp Glu Gln Gly Asn
                85                  90                  95
Lys Leu Pro Glu Ala Trp Asp Leu Leu Asn Asn Ala Leu Asp Trp Ser
            100                 105                 110
Lys Lys His Asn Leu Arg Ala Ile Val Asp Leu His Ile Ile Arg Ala
        115                 120                 125
His Tyr Phe Asn Ala Val Asn Glu Ala Asp Gln Ala Ala Asn Thr Leu
    130                 135                 140
Phe Thr Ser Glu Glu Ala Gln Glu Gly Leu Leu Asn Leu Trp Arg Gln
145                 150                 155                 160
Leu Ser Glu Phe Leu Lys Asp Arg Ser Asn Asp Trp Val Ala Tyr Glu
                165                 170                 175
Phe Met Asn Glu Pro Val Ala Pro Glu His Glu Met Trp Asn Gln Leu
            180                 185                 190
Val Ala Lys Val His Lys Ala Leu Arg Glu Leu Glu Pro Gln Arg Thr
        195                 200                 205
Leu Val Val Gly Ser Asn Met Trp Gln Gly His Glu Thr Met Lys Tyr
    210                 215                 220
Leu Lys Val Pro Glu Gly Asp Lys Asn Ile Ile Leu Ser Phe His Tyr
225                 230                 235                 240
Tyr Asn Pro Met Leu Leu Thr His Tyr Gly Ala Trp Trp Ser Pro Leu
                245                 250                 255
Cys Ala Ala Tyr Lys Gly Lys Val Asn Tyr Pro Gly Val Leu Val Ser
            260                 265                 270
Lys Glu Asp Tyr Asp Ala Ala Pro Ala Ala Ile Lys Asp Gln Leu Lys
        275                 280                 285
Pro Phe Thr Glu Glu Val Trp Asn Ile Asp Lys Ile Arg Glu Gln Phe
    290                 295                 300
Lys Asp Ala Ile Glu Ala Ala Lys Lys Tyr Asp Leu Gln Leu Phe Cys
305                 310                 315                 320
Gly Glu Trp Gly Val Tyr Glu Pro Val Asp Arg Glu Leu Ala Tyr Lys
                325                 330                 335
Trp Tyr Arg Asp Val Leu Thr Val Phe Asp Glu Phe Asn Ile Ala Trp
            340                 345                 350
Thr Thr Trp Cys Tyr Asp Ala Asp Phe Gly Phe Trp Asp Gln Gln Arg
        355                 360                 365
His Cys Tyr Lys Asp Tyr Pro Leu Val Glu Leu Leu Met Ser Gly Lys
    370                 375                 380
Lys Leu Gly Glu
385
<210>89
<211>1500
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>89
atgaaacgtt cagtctctat ctttatcgca tgtttattaa tgacagtatt aacaattagc    60
ggtgtcgcgg caccagaagc atctgcagca ggggcgaaaa cgcctgtagc ccttaatggc   120
cagcttagca ttaaaggtac tcagctagtc aatcaaaacg gaaaaccggt gcagctgaag   180
gggatcagct cacacggttt gcagtggttc ggcgattatg tcaataaaga cactttaaaa   240
tggctaagag acgattgggg aattaccgtc ttccgggcgg caatgtacac ggctgacggc   300
ggttatatcg agaatccgtc tgtgaaaaat aaagtcaaag aagctgttga agcggcaaaa   360
gagctcggga tatatgtcat cattgactgg catattttaa atgacggcaa tccaaatcaa   420
aataaagaga aggcgaagga attctttaag gaaatgtcaa gcctttacgg aagctcacca   480
aacgttatat atgaaattgc taatgaaccg aacggtgatg taaattggaa gcgcgatatc   540
aaaccgtatg cggaagaagt gatttctgtt atccgtaaaa atgacccgga taacatcatt   600
attaccggaa caggcacttg gagccaggat gtcaacgatg ctgcggatga tcagcttaag   660
gatgcaaacg tcatgtacgc gcttcatttt tatgccggta cacacggcca gtttttaagg   720
gataaagcgg actatgcgct cagcaaagga gctccgattt ttgtaacgga atgggggacg   780
agtgacgctt ccggaaatgg aggggtatac cttgaccagt cgagggaatg gctgaattat   840
ctcgacagca agaaaatcag ctgggtaaac tggaaccttt ctgataagca ggaatcatcc   900
tcagctttaa agccgggggc atctaaaaca ggcggctggc cgttatcaga tttatccgct   960
tcagggacat ttgtaagaga aaacattcgc ggctcccaaa attcgagtga agacagatct  1020
gagacaccaa agcaagagaa acccgcacag gaaaacagca tctctgtgca atacagaaca  1080
ggggatggaa gtgtgaacag caaccaaatc cgtcctcaga tcaatgtgaa aaacaacagc  1140
aagaccaccg ttaacttaaa aaatgtaact gtccgctact ggtataacac gaaaaacaaa  1200
ggccaaaact tcgactgtga ttacgcgaag atcggatgca gcaatgtgac gcacaagttt  1260
gtgacattac ataaacctgt aaaaggtgca gatgcctatc tggaacttgg gtttagaaac  1320
gggacgctgt caccgggagc aagcaccgga gaaattcaaa ttcgtcttca caatgaggac  1380
tggagcaatt attcacaagc cggggattat tcttttttcc agtcgaatac gtttaaagat  1440
acaaaaaaaa tcacattata taataacgga aaactgattt ggggaacaga acccaaatag  1500
<210>90
<211>499
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(29)
<220>
<221>结构域
<222>(47)...(301)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>结构域
<222>(356)...(437)
<223>纤维素结合结构域
<220>
<221>位点
<222>(164)...(173)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<220>
<221>位点
<222>(296)...(299)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(339)...(342)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(383)...(386)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(393)...(396)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(421)...(424)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(446)...(449)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(470)...(473)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>90
Met Lys Arg Ser Val Ser Ile Phe Ile Ala Cys Leu Leu Met Thr Val
l               5                   10                  15
Leu Thr Ile Ser Gly Val Ala Ala Pro Glu Ala Ser Ala Ala Gly Ala
            20                  25                  30
Lys Thr Pro Val Ala Leu Asn Gly Gln Leu Ser Ile Lys Gly Thr Gln
        35                  40                  45
Leu Val Asn Gln Asn Gly Lys Pro Val Gln Leu Lys Gly Ile Ser Ser
    50                  55                  60
His Gly Leu Gln Trp Phe Gly Asp Tyr Val Asn Lys Asp Thr Leu Lys
65                  70                  75                  80
Trp Leu Arg Asp Asp Trp Gly Ile Thr Val Phe Arg Ala Ala Met Tyr
                85                  90                  95
Thr Ala Asp Gly Gly Tyr Ile Glu Asn Pro Ser Val Lys Asn Lys Val
            100                 105                 110
Lys Glu Ala Val Glu Ala Ala Lys Glu Leu Gly Ile Tyr Val Ile Ile
        115                 120                 125
Asp Trp His Ile Leu Asn Asp Gly Asn Pro Asn Gln Asn Lys Glu Lys
    130                 135                 140
Ala Lys Glu Phe Phe Lys Glu Met Ser Ser Leu Tyr Gly Ser Ser Pro
145                 150                 155                 160
Asn Val Ile Tyr Glu Ile Ala Asn Glu Pro Asn Gly Asp Val Asn Trp
                165                 170                 175
Lys Arg Asp Ile Lys Pro Tyr Ala Glu Glu Val Ile Ser Val Ile Arg
            180                 185                 190
Lys Asn Asp Pro Asp Asn Ile Ile Ile Thr Gly Thr Gly Thr Trp Ser
        195                 200                 205
Gln Asp Val Asn Asp Ala Ala Asp Asp Gln Leu Lys Asp Ala Asn Val
    210                 215                 220
Met Tyr Ala Leu His Phe Tyr Ala Gly Thr His Gly Gln Phe Leu Arg
225                 230                 235                 240
Asp Lys Ala Asp Tyr Ala Leu Ser Lys Gly Ala Pro Ile Phe Val Thr
                245                 250                 255
Glu Trp Gly Thr Ser Asp Ala Ser Gly Asn Gly Gly Val Tyr Leu Asp
            260                 265                 270
Gln Ser Arg Glu Trp Leu Asn Tyr Leu Asp Ser Lys Lys Ile Ser Trp
        275                 280                 285
Val Asn Trp Asn Leu Ser Asp Lys Gln Glu Ser Ser Ser Ala Leu Lys
    290                 295                 300
Pro Gly Ala Ser Lys Thr Gly Gly Trp Pro Leu Ser Asp Leu Ser Ala
305                 310                 315                 320
Ser Gly Thr Phe Val Arg Glu Asn Ile Arg Gly Ser Gln Asn Ser Ser
                325                 330                 335
Glu Asp Arg Ser Glu Thr Pro Lys Gln Glu Lys Pro Ala Gln Glu Asn
            340                 345                 350
Ser Ile Ser Val Gln Tyr Arg Thr Gly Asp Gly Ser Val Asn Ser Asn
        355                 360                 365
Gln Ile Arg Pro Gln Ile Asn Val Lys Asn Asn Ser Lys Thr Thr Val
    370                 375                 380
Asn Leu Lys Asn Val Thr Val Arg Tyr Trp Tyr Asn Thr Lys Asn Lys
385                 390                 395                 400
Gly Gln Asn Phe Asp Cys Asp Tyr Ala Lys Ile Gly Cys Ser Asn Val
                405                 410                 415
Thr His Lys Phe Val Thr Leu His Lys Pro Val Lys Gly Ala Asp Ala
            420                 425                 430
Tyr Leu Glu Leu Gly Phe Arg Asn Gly Thr Leu Ser Pro Gly Ala Ser
        435                 440                 445
Thr Gly Glu Ile Gln Ile Arg Leu His Asn Glu Asp Trp Ser Asn Tyr
    450                 455                 460
Ser Gln Ala Gly Asp Tyr Ser Phe Phe Gln 5er Asn Thr Phe Lys Asp
465                 470                 475                 480
Thr Lys Lys Ile Thr Leu Tyr Asn Asn Gly Lys Leu Ile Trp Gly Thr
                485                 490                 495
Glu Pro Lys
<210>91
<211>1725
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>91
atgctgaaat taagtgataa cctaactttc ttgaaaagca aaccattttt tcttaatgaa    60
aaagaaatga agtgggtgga gaaaacactt caatccatgt ccttacatga aaaagtaggg   120
caattatttt gtcccattgg cggttcagat aataaacaag aattagaagc ctttattaag   180
gaatatcatc ctggcggcat catgtaccgt cctaatacag gagcaaaaat acaggaaaca   240
catcggttgt tacaagagct atccccggta cctttattaa tttctgctaa cttagaggcc   300
ggtggtaatg ggattgctac ggatggtact tacttcggaa agcaaatgca ggtggctgca   360
acagataatg aagaaatggc ctataaatta ggattagttg ctggccgtga aggccgtgtg   420
gccggttgta actgggcttt tgcaccaatt gttgatattg atatgaacta tcgaaaccca   480
attacaaacg taagaacgta tgggtctgac ccaattagag ttgcccaaat gtctaaagct   540
tttatgaagg gaattcatga aagcggactc gcagcagctg ttaagcattt cccaggggat   600
ggagtggatg atagagatca gcatctttta tcatctgtaa acaccttatc taccgaagaa   660
tgggatcaaa cctttgggat ggtttatcaa gaaatgatag acagtggggc aaaatcgatt   720
atggcgggcc atatcatgct ccctgaatat tcaagagaac tattgccggg tattgaagac   780
gaacaaatca tgcccgccac actagcacca gagttactta atggtttatt aagggaaaag   840
ttaggtttta atggtttaat cgtgactgat gcatccccta tgttagggtt cactacttcg   900
gaaagaagag aaattgctgt tcctaaggcg attgcttcgg gctgtgatat gtttctcttc   960
aaccgtaaca taaaagaaga ttatgagttc atgctgaatg gaattgaaac tggaattcta  1020
accttggaaa gagtagatga agctgttact agagtacttg ctcttaaagc atctctaggt  1080
ctgaatgtac aaaaggaatt gggaatatta gtacctgaag aagcggaatt gtcggtatta  1140
caatctgaag aacatttgga ttgggcaaga gaatgtgcag accaatcggt tacattagta  1200
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gtattgggtg atcaagaagg agggctaaag gaaggcggct ccgtcactca accgtttatc  1320
gattctctta aaaatgctgg ctttgaagta gatttatata atgacaagca agttaatttc  1380
caagaactgt ttatgagtgt aaacgagttt aaaaagaact atgatctgat catttatgtc  1440
gccaaccttg aaaccgctag taaccaaacg acagtcagaa ttaattggca gcagccgcta  1500
aatgccaacg ctccatggtt tgttaaagat ataccgacat tatttatttc ggttgctaac  1560
ccataccatc tacaggacgt accaatggtt aagacctata taaatgctta ttcatctaat  1620
gaatatgtgg tagaagcaat tgtagataaa atcttaggaa aatcagagtt taaagggaag  1680
aatcccgtcg atccgttttg tgggaaatgg gataccagac tttaa                  1725
<210>92
<211>574
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(87)...(320)
<223>糖基水解酶家族3 N末端结构域
<220>
<221>位点
<222>(7)...(10)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(495)...(498)
<223>N糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>92
Met Leu Lys Leu Ser Asp Asn Leu Thr Phe Leu Lys Ser Lys Pro Phe
1               5                   10                  15
Phe Leu Asn Glu Lys Glu Met Lys Trp Val Glu Lys Thr Leu Gln Ser
            20                  25                  30
Met Ser Leu His Glu Lys Val Gly Gln Leu Phe Cys Pro Ile Gly Gly
        35                  40                  45
Ser Asp Asn Lys Gln Glu Leu Glu Ala Phe Ile Lys Glu Tyr His Pro
    50                  55                  60
Gly Gly Ile Met Tyr Arg Pro Asn Thr Gly Ala Lys Ile Gln Glu Thr
65                  70                  75                  80
His Arg Leu Leu Gln Glu Leu Ser Pro Val Pro Leu Leu Ile Ser Ala
                85                  90                  95
Asn Leu Glu Ala Gly Gly Asn Gly Ile Ala Thr Asp Gly Thr Tyr Phe
            100                 105                 110
Gly Lys Gln Met Gln Val Ala Ala Thr Asp Asn Glu Glu Met Ala Tyr
        115                 120                 125
Lys Leu Gly Leu Val Ala Gly Arg Glu Gly Arg Val Ala Gly Cys Asn
    130                 135                 140
Trp Ala Phe Ala Pro Ile Val Asp Ile Asp Met Asn Tyr Arg Asn Pro
145                 150                 155                 160
Ile Thr Asn Val Arg Thr Tyr Gly Ser Asp Pro Ile Arg Val Ala Gln
                165                 170                 175
Met Ser Lys Ala Phe Met Lys Gly Ile His Glu Ser Gly Leu Ala Ala
            180                 185                 190
Ala Val Lys His Phe Pro Gly Asp Gly Val Asp Asp Arg Asp Gln His
        195                 200                 205
Leu Leu Ser Ser Val Asn Thr Leu Ser Thr Glu Glu Trp Asp Gln Thr
    210                 215                 220
Phe Gly Met Val Tyr Gln Glu Met Ile Asp Ser Gly Ala Lys Ser Ile
225                 230                 235                 240
Met Ala Gly His Ile Met Leu Pro Glu Tyr Ser Arg Glu Leu Leu Pro
                245                 250                 255
Gly Ile Glu Asp Glu Gln Ile Met Pro Ala Thr Leu Ala Pro Glu Leu
            260                 265                 270
Leu Asn Gly Leu Leu Arg Glu Lys Leu Gly Phe Asn Gly Leu Ile Val
        275                 280                 285
Thr Asp Ala Ser Pro Met Leu Gly Phe Thr Thr Ser Glu Arg Arg Glu
    290                 295                 300
Ile Ala Val Pro Lys Ala Ile Ala Ser Gly Cys Asp Met Phe Leu Phe
305                 310                 315                 320
Asn Arg Asn Ile Lys Glu Asp Tyr Glu Phe Met Leu Asn Gly Ile Glu
                325                 330                 335
Thr Gly Ile Leu Thr Leu Glu Arg Val Asp Glu Ala Val Thr Arg Val
            340                 345                 350
Leu Ala Leu Lys Ala Ser Leu Gly Leu Asn Val Gln Lys Glu Leu Gly
        355                 360                 365
Ile Leu Val Pro Glu Glu Ala Glu Leu Ser Val Leu Gln Ser Glu Glu
    370                 375                 380
His Leu Asp Trp Ala Arg Glu Cys Ala Asp Gln Ser Val Thr Leu Val
385                 390                 395                 400
Lys Asp Thr Gln Lys Leu Leu Pro Ile Ser Ala Asp Gln Tyr Lys Arg
                405                 410                 415
Val Arg Leu Tyr Val Leu Gly Asp Gln Glu Gly Gly Leu Lys Glu Gly
            420                 425                 430
Gly Ser Val Thr Gln Pro Phe Ile Asp Ser Leu Lys Asn Ala Gly Phe
        435                 440                 445
Glu Val Asp Leu Tyr Asn Asp Lys Gln Val Asn Phe Gln Glu Leu Phe
    450                 455                 460
Met Ser Val Asn Glu Phe Lys Lys Asn Tyr Asp Leu Ile Ile Tyr Val
465                 470                 475                 480
Ala Asn Leu Glu Thr Ala Ser Asn Gln Thr Thr Val Arg Ile Asn Trp
                485                 490                 495
Gln Gln Pro Leu Asn Ala Asn Ala Pro Trp Phe Val Lys Asp Ile Pro
            500                 505                 510
Thr Leu Phe Ile Ser Val Ala Asn Pro Tyr His Leu Gln Asp Val Pro
        515                 520                 525
Met Val Lys Thr Tyr Ile Asn Ala Tyr Ser Ser Asn Glu Tyr Val Val
    530                 535                 540
Glu Ala Ile Val Asp Lys Ile Leu Gly Lys Ser Glu Phe Lys Gly Lys
545                 550                 555                 560
Asn Pro Val Asp Pro Phe Cys Gly Lys Trp Asp Thr Arg Leu
                565                 570
<210>93
<211>546
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>93
atgagaataa aaaatttaaa aacgaaccgt atcacaaacc cgctgggatt tgatatagga    60
aaaccacgta tatcttttgt cacttatgac actacggcta aaaagcaaac agcagcgcaa   120
atacaggttg cgctagatca agagtttacg aacctaacat ttgacagtgg gaaaagcacg   180
gagatagata gtctagcata cgaactgcca tttcaattag agtcttacac tcgctactac   240
tggcgtgtga ccgtttgggc ggataatggg gatgtggcca caagtgaaat tgcttggttt   300
gaaacagcca aactaggcga ttcttgggag gccaagtgga ttacccccga ttttgataag   360
gaaatccatc ccgtactatc aagggaattt gatttgtcaa aagaagtcgt ttctgcccgt   420
gcctatgttt gcggtttggg attatatgaa atggagatta atggtctaaa ggctggggat   480
gaatatctga cccctaattt caacgcctat gataaatggc tgcagtacca gacctatgat   540
attaca                                                              546
<210>94
<211>182
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>位点
<222>(51)...(54)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>94
Met Arg Ile Lys Asn Leu Lys Thr Asn Arg Ile Thr Asn Pro Leu Gly
1               5                   10                  15
Phe Asp Ile Gly Lys Pro Arg Ile Ser Phe Val Thr Tyr Asp Thr Thr
            20                  25                  30
Ala Lys Lys Gln Thr Ala Ala Gln Ile Gln Val Ala Leu Asp Gln Glu
        35                  40                  45
Phe Thr Asn Leu Thr Phe Asp Ser Gly Lys Ser Thr Glu Ile Asp Ser
    50                  55                  60
Leu Ala Tyr Glu Leu Pro Phe Gln Leu Glu Ser Tyr Thr Arg Tyr Tyr
65                  70                  75                  80
Trp Arg Val Thr Val Trp Ala Asp Asn Gly Asp Val Ala Thr Ser Glu
                85                  90                  95
Ile Ala Trp Phe Glu Thr Ala Lys Leu Gly Asp Ser Trp Glu Ala Lys
            100                 105                 110
Trp Ile Thr Pro Asp Phe Asp Lys Glu Ile His Pro Val Leu Ser Arg
        115                 120                 125
Glu Phe Asp Leu Ser Lys Glu Val Val Ser Ala Arg Ala Tyr Val Cys
    130                 135                 140
Gly Leu Gly Leu Tyr Glu Met Glu Ile Asn Gly Leu Lys Ala Gly Asp
145                 150                 155                 160
Glu Tyr Leu Thr Pro Asn Phe Asn Ala Tyr Asp Lys Trp Leu Gln Tyr
                165                 170                 175
Gln Thr Tyr Asp Ile Thr
            180
<210>95
<211>2298
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>95
atgatcaatc aagatataaa acaattaatc tcacaaatga ccttggaaga aaaagctggt   60
ctttgttctg gattagattt ttggaattta aaaggtatcg aaagactggg aataccctcg  120
ataatggtaa ccgatggtcc gcatggactc cgtaaacaaa aaatgggagc agatcattta  180
gggctgtttg acagtattcc tgcgacatgt ttcccatctg cagccggttt agctagtact  240
tggaataaag agttaatata tgaagttggg gttgcattag gaaaggaatg ccaggcagag  300
gatgtggcaa tacttcttgg ccctggagca aacattaagc gctcacccct ttgtggcaga  360
aactttgaat atttttcgga agatccattc ctttcatcag aaatggctgc gtcccatatc  420
aagggtgttc aaagtgaggg ggttgggaca tcacttaagc acttcgctgc aaataatcaa  480
gaacaccgaa gaatgtcgac agatgctatt gtggatgaaa ggacgttgcg agaaatatat  540
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aacaaggtca atggagactt tgcatcagaa aataaaacat tgttaactga catcctgcga  660
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aaaatcatca atgctgtaag aaatggtcag cttttagaag ataaactaga tcaggcagtt  840
gaaagaattc tacgtattat cttaatggca gtagaaaaca agaaagaaac cgctgactat  900
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gaaaatatct atgaagaaat agagaaaaca gcgggccaaa atgtgaacgt tttatacgcg  1140
gaaggatatc atcttgaaaa ggatttaatc gatgatcaat taattgaaga ggcaaaaaaa  1200
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gttgcggaag tacaaaagaa tatagttgtt gtactaagta atggggcacc gcttgttatg  1380
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ggtgcgattg cagacatcct attcggagaa gttaatccaa gtggaaagct tgccgaaact  1500
tttcccgtaa aattaggtga caatccttct tatctcaact ttccaggaga gagggataaa  1560
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ccgctgtttc catttggata tggtttaagc tatacaaact ttgaatataa aaaccttgta  1680
attgataaaa aagaaataaa agatacagaa attgtcacag ttaccgtgaa tgtgaaaaat  1740
acaggaaaag tgcctgggaa agaaatcatc cagttatatg taaaagatat aaaaagcagt  1800
gtagttcgtc ctgaaaaaga gttaaaaggc tttggaaagg tttccttaca gcctggggaa  1860
gacaaaacta tttcctttaa attggataaa cgcgcatttg catattacaa cacggaattg  1920
aaggattggt atgtagaatc aggagaattt gaaattttgg tggggaaatc gtccagagaa  1980
attgaactaa cagaaaaaat tatggttcac tctacttccc cagttttctt ggaggttcac  2040
cgaaattcca cggtcggaga tcttttaact gatccaattc taggtgaaaa agctaatgct  2100
ctaattagag agctaacaaa aggaagtcca ttatttgatg ctgggtcaga tcacggagag  2160
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agtggtggag acattaccga agagaaacta actgaattta ttaaggaact taattcaact  2280
aattttgtaa gcctttaa                                                 2298
<210>96
<211>765
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(30)...(252)
<223>糖基水解酶家族3 N末端结构域
<220>
<221>结构域
<222>(317)...(531)
<223>糖基水解酶家族3 C末端结构域
<220>
<221>位点
<222>(214)...(217)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(221)...(238)
<223>糖基水解酶家族3 活性位点.Prosite id＝PS00775
<220>
<221>位点
<222>(692)...(695)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(750)...(753)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(769)...(772)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>96
Met Ile Asn Gln Asp Ile Lys Gln Leu Ile Ser Gln Met Thr Leu Glu
1               5                   10                  15
Glu Lys Ala Gly Leu Cys Ser Gly Leu Asp Phe Trp Asn Leu Lys Gly
            20                  25                  30
Ile Glu Arg Leu Gly Ile Pro Ser Ile Met Val Thr Asp Gly Pro His
        35                  40                  45
Gly Leu Arg Lys Gln Lys Met Gly Ala Asp His Leu Gly Leu Phe Asp
    50                  55                  60
Ser Ile Pro Ala Thr Cys Phe Pro Ser Ala Ala Gly Leu Ala Ser Thr
65                  70                  75                  80
Trp Asn Lys Glu Leu Ile Tyr Glu Val Gly Val Ala Leu Gly Lys Glu
                85                  90                  95
Cys Gln Ala Glu Asp Val Ala Ile Leu Leu Gly Pro Gly Ala Asn Ile
            100                 105                 110
Lys Arg Ser Pro Leu Cys Gly Arg Asn Phe Glu Tyr Phe Ser Glu Asp
        115                 120                 125
Pro Phe Leu Ser Ser Glu Met Ala Ala Ser His Ile Lys Gly Val Gln
    130                 135                 140
Ser Glu Gly Val Gly Thr Ser Leu Lys His Phe Ala Ala Asn Asn Gln
145                 150                 155                 160
Glu His Arg Arg Met Ser Thr Asp Ala Ile Val Asp Glu Arg Thr Leu
                165                 170                 175
Arg Glu Ile Tyr Leu Ala Ser Phe Glu Asn Ala Val Lys Lys Ala Gln
            180                 185                 190
Pro Trp Thr Val Met Cys Ala Tyr Asn Lys Val Asn Gly Asp Phe Ala
        195                 200                 205
Ser Glu Asn Lys Thr Leu Leu Thr Asp Ile Leu Arg Asp Glu Trp Gly
    210                 215                 220
Phe Glu Gly Ile Val Val Ser Asp Trp Gly Ala Val Asn Glu Pro Val
225                 230                 235                 240
Asp Gly Leu Asn Ala Gly Leu Asp Leu Glu Met Pro Ser Ser Ser Gly
                245                 250                 255
Ile Gly Glu Lys Lys Ile Ile Asn Ala Val Arg Asn Gly Gln Leu Leu
            260                 265                 270
Glu Asp Lys Leu Asp Gln Ala Val Glu Arg Ile Leu Arg Ile Ile Leu
        275                 280                 285
Met Ala Val Glu Asn Lys Lys Glu Thr Ala Asp Tyr Asp Lys Glu Gln
    290                 295                 300
His His Lys Leu Ala Arg Lys Ala Ala Ser Glu Ser Met Val Leu Leu
305                 310                 315                 320
Lys Asn Glu Asp Asn Ile Leu Pro Leu Lys Lys Glu Gly Thr Ile Ser
                325                 330                 335
Ile Ile Gly Ser Phe Ala Lys Lys Pro Arg Tyr Gln Gly Gly Gly Ser
            340                 345                 350
Ser His Ile Asn Pro Thr Lys Leu Glu Asn Ile Tyr Glu Glu Ile Glu
        355                 360                 365
Lys Thr Ala Gly Gln Asn Val Asn Val Leu Tyr Ala Glu Gly Tyr His
    370                 375                 380
Leu Glu Lys Asp Leu Ile Asp Asp Gln Leu Ile Glu Glu Ala Lys Lys
385                 390                 395                 400
Thr Ala Ala Lys Ser Asp Val Thr Val Leu Phe Val Gly Leu Pro Asp
                405                 410                 415
Arg Tyr Glu Ser Glu Gly Tyr Asp Arg Glu His Leu Asn Ile Pro Glu
            420                 425                 430
Asn His Arg Leu Leu Val Glu Ala Val Ala Glu Val Gln Lys Asn Ile
        435                 440                 445
Val Val Val Leu Ser Asn Gly Ala Pro Leu Val Met Pro Trp Leu Asp
    450                 455                 460
Lys Val Lys Gly Leu Leu Glu Ser Tyr Leu Gly Gly Gln Ala Leu Gly
465                 470                 475                 480
Gly Ala Ile Ala Asp Ile Leu Phe Gly Glu Val Asn Pro Ser Gly Lys
                485                 490                 495
Leu Ala Glu Thr Phe Pro Val Lys Leu Gly Asp Asn Pro Ser Tyr Leu
            500                 505                 510
Asn Phe Pro Gly Glu Arg Asp Lys Val Glu Tyr Lys Glu Gly Ile Phe
        515                 520                 525
Val Gly Tyr Arg Tyr Tyr Asp Thr Lys Gln Ile Glu Pro Leu Phe Pro
    530                 535                 540
Phe Gly Tyr Gly Leu Ser Tyr Thr Asn Phe Glu Tyr Lys Asn Leu Val
545                 550                 555                 560
Ile Asp Lys Lys Glu Ile Lys Asp Thr Glu Ile Val Thr Val Thr Val
                565                 570                 575
Asn Val Lys Asn Thr Gly Lys Val Pro Gly Lys Glu Ile Ile Gln Leu
            580                 585                 590
Tyr Val Lys Asp Ile Lys Ser Ser Val Val Arg Pro Glu Lys Glu Leu
        595                 600                 605
Lys Gly Phe Gly Lys Val Ser Leu Gln Pro Gly Glu Asp Lys Thr Ile
    610                 615                 620
Ser Phe Lys Leu Asp Lys Arg Ala Phe Ala Tyr Tyr Asn Thr Glu Leu
625                 630                 635                 640
Lys Asp Trp Tyr Val Glu Ser Gly Glu Phe Glu Ile Leu Val Gly Lys
                645                 650                 655
Ser Ser Arg Glu Ile Glu Leu Thr Glu Lys Ile Met Val His Ser Thr
            660                 665                 670
Ser Pro Val Phe Leu Glu Val His Arg Asn Ser Thr Val Gly Asp Leu
        675                 680                 685
Leu Thr Asp Pro Ile Leu Gly Glu Lys Ala Asn Ala Leu Ile Arg Glu
    690                 695                 700
Leu Thr Lys Gly Ser Pro Leu Phe Asp Ala Gly Ser Asp His Gly Glu
705                 710                 715                 720
Gly Ala Glu Met Met Glu Ala Met Leu Lys Tyr Met Pro Leu Arg Ala
                725                 730                 735
Leu Met Asn Phe Ser Gly Gly Asp Ile Thr Glu Glu Lys Leu Thr Glu
            740                 745                 750
Phe Ile Lys Glu Leu Asn Ser Thr Asn Phe Val Ser Leu
        755                 760                 765
<210>97
<211>615
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>97
atgttatacc caattataac tgaaactcgc agtatcatcg atttaaatgg tatctggaaa   60
tttaaattag ataatggtga aggactgcag gaaaaatggt atgaaaacgg attaacagac  120
acgatcagta tggctgtacc atcttccttt aatgatattg gagtaaatgc cagtatacgc  180
gatcatgttg gctgggtatg gtatgagcgg gaattttctg tccccgccat ccttcaatct  240
gagcgtgtgg ttttgcgatt cggttccgca acacatctag ctaaggtttt cgtaaatggt  300
gaacttgttg ttgaacataa gggcggtttt ttaccgtttg aagcagaaat aaataagttt  360
ttacaaaaag ggaaaaatcg aataacggtt gctgtcaaca atattcttga ttactcaact  420
ttacccgttg gcacagtaat agaaaaggat attcctggag ttggcaaagt aatacgcaat    480
cagccaaatt ttgacttctt caactacgct ggcttgcacc gtccagtgaa aatatatact    540
acaccgacta cttatgtgaa ggatgtaacc attgtaacgg aaatagatgg acaggttcac    600
tattcaattg attaa                                                     615
<210>98
<211>204
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(9)...(182)
<223>糖基水解酶家族2，糖结合结构域
<220>
<221>位点
<222>(56)...(59)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>98
Met Leu Tyr Pro Ile Ile Thr Glu Thr Arg Ser Ile Ile Asp Leu Asn
1               5                   10                  15
Gly Ile Trp Lys Phe Lys Leu Asp Asn Gly Glu Gly Leu Gln Glu Lys
            20                  25                  30
Trp Tyr Glu Asn Gly Leu Thr Asp Thr Ile Ser Met Ala Val Pro Ser
        35                  40                  45
Ser Phe Asn Asp Ile Gly Val Asn Ala Ser Ile Arg Asp His Val Gly
    50                  55                  60
Trp Val Trp Tyr Glu Arg Glu Phe Ser Val Pro Ala Ile Leu Gln Ser
65                  70                  75                  80
Glu Arg Val Val Leu Arg Phe Gly Ser Ala Thr His Leu Ala Lys Val
                85                  90                  95
Phe Val Asn Gly Glu Leu Val Val Glu His Lys Gly Gly Phe Leu Pro
            100                 105                 110
Phe Glu Ala Glu Ile Asn Lys Phe Leu Gln Lys Gly Lys Asn Arg Ile
        115                 120                 125
Thr Val Ala Val Asn Asn Ile Leu Asp Tyr Ser Thr Leu Pro Val Gly
    130                 135                 140
Thr Val Ile Glu Lys Asp Ile Pro Gly Val Gly Lys Val Ile Arg Asn
145                 150                 155                 160
Gln Pro Asn Phe Asp Phe Phe Asn Tyr Ala Gly Leu His Arg Pro Val
                165                 170                 175
Lys Ile Tyr Thr Thr Pro Thr Thr Tyr Val Lys Asp Val Thr Ile Val
            180                 185                 190
Thr Glu Ile Asp Gly Gln Val His Tyr Ser Ile Asp
        195                 200
<210>99
<211>1404
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>99
atgaatcatt ccctttcatt tccgccatcc tttgtatggg gcgcggcaac cgcaagctac    60
caactggaag gatcaaccca aggcgtggac ggctgcgccg agtccgtctg ggatatgcac   120
tgccgaagat ccggcgcgat caaggacggc tcgaacggat tcgtcgcctg cgatcactac   180
catcgctatc gcgaggatgt ggcgctcatg aacgagcttg gcttgaatgc ctatcgattc   240
tcaatcatgt ggccccgcgt catgcccgaa ggcaccggcg cggtgaacga gaagggcatg   300
gatttctacg atcggttggt tgatgaactg ctcgccgccg gcatcacacc ttgggttact   360
ttgttccact gggactttcc cctagccttg ttccaacgcg gtggctggct gaatgcggat   420
tccccgcaat ggtttgagga ttacactcgg gaagtggtta aacgcttgtc ggatcgtgtg   480
catcactggc taacgctcaa cgaaccggcg tgcttcattg agtttggcca ccgtaccggc   540
atgcatgcac ccggcttgca actggcggac aaggaagcct gccgggtctg gcaccatgcc   600
atgctggccc acggtcgcgc cgttcgcgct attcgccagg aatccgtgca tccatcaccc   660
caggtcggct acgcgccggt cttccgcact accatcccgg acactgaaga tcctgccgac   720
atcgaagcgg cccggacctc gatgtttgct catcaggccg gcaacctgtt cgatacgcgg   780
tggaacctcg acccctgctt tcggggcgcg tatccggaga tcatgatgca gtattggggc   840
gatgccgcgc cgcgcatcca ggacggcgac atggagttga tccgtcagga actcgatttt   900
ctcggcctga atatttacca gtccgagcgc attcgggccg gtgcggatgg cgcacccgag   960
gtggtgccat accctgcgga ttatccgcgc aaccagctcg gttggcccat cacgccggag  1020
gccctgcgct gggcgaccct ctttctcttt gaggagtacg ggaaacccct gatcatcaca  1080
gaaaacggaa tcaccctcga cgacaagccc aatgcagacg gcgaggtgaa tgatgtccag  1140
cggatcgctt ttctgaatga ctatcttagc ggtctccagc gcagcgtgga cgacggcatc  1200
cctgtactgg gctatttcca ctggtcgctg tgcgacaact ttgagtgggc agaaggctat  1260
gtccctcgct tcggcctgat ccatgtggac tatgccagtc aacgcagaac catcaaggcc  1320
tcaggacggt tttaccgcga catcattcgg ggccagacag ccacgccctg catcgcccaa  1380
tccagtcagc cggaaacaac ctaa                                         1404
<210>100
<211>467
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(3)...(454)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(2)...(5)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(11)...(25)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<400>100
Met Asn His Ser Leu Ser Pho Pro Pro Ser Phe Val Trp Gly Ala Ala
1               5                   10                  15
Thr Ala Ser Tyr Gln Leu Glu Gly Ser Thr Gln Gly Val Asp Gly Cys
            20                  25                  30
Ala Glu Ser Val Trp Asp Met His Cys Arg Arg Ser Gly Ala Ile Lys
        35                  40                  45
Asp Gly Ser Asn Gly Phe Val Ala Cys Asp His Tyr His Arg Tyr Arg
    50                  55                  60
Glu Asp Val Ala Leu Met Asn Glu Leu Gly Leu Asn Ala Tyr Arg Phe
65                  70                  75                  80
Ser Ile Met Trp Pro Arg Val Met Pro Glu Gly Thr Gly Ala Val Asn
                85                  90                  95
Glu Lys Gly Met Asp Phe Tyr Asp Arg Leu Val Asp Glu Leu Leu Ala
            100                 105                 110
Ala Gly Ile Thr Pro Trp Val Thr Leu Phe His Trp Asp Phe Pro Leu
        115                 120                 125
Ala Leu Phe Gln Arg Gly Gly Trp Leu Asn Ala Asp Ser Pro Gln Trp
    130                 135                 140
Phe Glu Asp Tyr Thr Arg Glu Val Val Lys Arg Leu Ser Asp Arg Val
145                 150                 155                 160
His His Trp Leu Thr Leu Asn Glu Pro Ala Cys Phe Ile Glu Phe Gly
                165                 170                 175
His Arg Thr Gly Met His Ala Pro Gly Leu Gln Leu Ala Asp Lys Glu
            180                 185                 190
Ala Cys Arg Val Trp His His Ala Met Leu Als His Gly Arg Ala Val
        195                 200                 205
Arg Ala Ile Arg Gln Glu Ser Val His Pro Ser Pro Gln Val Gly Tyr
    210                 215                 220
Ala Pro Val Phe Arg Thr Thr Ile Pro Asp Thr Glu Asp Pro Ala Asp
225                 230                 235                 240
Ile Glu Ala Ala Arg Thr Ser Met Phe Ala His Gln Ala Gly Asn Leu
                245                 250                 255
Phe Asp Thr Arg Trp Asn Leu Asp Pro Cys Phe Arg Gly Ala Tyr Pro
            260                 265                 270
Glu Ile Met Met Gln Tyr Trp Gly Asp Ala Ala Pro Arg Ile Gln Asp
        275                 280                 285
Gly Asp Met Glu Leu Ile Arg Gln Glu Leu Asp Phe Leu Gly Leu Asn
    290                 295                 300
Ile Tyr Gln Ser Glu Arg Ile Arg Ala Gly Ala Asp Gly Ala Pro Glu
305                 310                 315                 320
Val Val Pro Tyr Pro Ala Asp Tyr Pro Arg Asn Gln Leu Gly Trp Pro
                325                 330                 335
Ile Thr Pro Glu Ala Leu Arg Trp Ala Thr Leu Phe Leu Phe Glu Glu
            340                 345                 350
Tyr Gly Lys Pro Leu Ile Ile Thr Glu Asn Gly Ile Thr Leu Asp Asp
        355                 360                 365
Lys Pro Asn Ala Asp Gly Glu Val Asn Asp Val Gln Arg Ile Ala Phe
    370                 375                 380
Leu Asn Asp Tyr Leu Ser Gly Leu Gln Arg Ser Val Asp Asp Gly Ile
385                 390                 395                 400
Pro Val Leu Gly Tyr Phe His Trp Ser Leu Cys Asp Asn Phe Glu Trp
                405                 410                 415
Ala Glu Gly Tyr Val Pro Arg Phe Gly Leu Ile His Val Asp Tyr Ala
            420                 425                 430
Ser Gln Arg Arg Thr Ile Lys Ala Ser Gly Arg Phe Tyr Arg Asp Ile
        435                 440                 445
Ile Arg Gly Gln Thr Ala Thr Pro Cys Ile Ala Gln Ser Ser Gln Pro
    450                 455                 460
Glu Thr Thr
465
<210>101
<211>1101
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>101
atgagaaatc atctgaatgt acccttttac tttatcttct tttttttaat agcgtcaata     60
tttacagtct gttcatcatc aactgcttct gataacaatg agcatccacc gccagtggaa    120
gtcgcggatc aggacgcttt tcgtgatgct tttgaagtga atgaattact tggacgcggt    180
attaatctgg gtaatgccct tgaagcgccc aatgaaggcg aatggggaat ggtaatccag    240
gaagagtttc ttgatctgat acttgcagca ggttttgagt ctgtacgaat tccgattcgc    300
tggaatgccc atgccagtga aagtcaccct ttcaccattc aacgatcgtt ttttgatcgg    360
gttgatgaag tcatccaatg gtcgctggat cgtggccttt ctgtaatgat caatattcat    420
cactacaatg aactgatgca aaacccgcag cagcaccggc agcggttttt gcgactctgg   480
aaccagattg ctacacacta taaagattat ccggataatc tggtttttga aatccttaat   540
gaacctcatg ataatctgac tccttctatc tggaatagtt atttgaggga tgctattggc   600
atgattcgcc agacaaaccc acgcagggtt atcgctatcg gaacagcaaa ctggggtggt   660
ttcggagcat tatcacaact tgaaatcccc tcaaacgatc gccagatcat tgcaactgtt   720
cattattatg aacccttcag gttcacccat cagggggctg aatgggcagg accggaaaca   780
aacgattggc tggggacacg atgggatgga tcggatgagg aaaaatttga tattgaaagt   840
ggttttgatg ccgtacagtc ctgggcagtg acaaataacc ggcctgttca tctcggagaa   900
ttcggtgctt acagtactgc cgataatgaa tcacgcgaac gctggacaac ctttgttcgg   960
gaatccgctg agcaacgcaa tttcagctgg gcatactggg aatttgcagc cggttttggg  1020
atctatgacc gtaatcagtg gcaatggagg gattatctgt tgagggcttt gataccggat  1080
agcccggtcc tgttggagta a                                            1101
<210>102
<211>366
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(29)
<220>
<221>结构域
<222>(64)...(342)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(176)...(185)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<220>
<221>位点
<222>(313)...(316)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(332)...(335)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>102
Met Arg Asn His Leu Asn Val Pro Phe Tyr Phe Ile Phe Phe Phe Leu
1               5                   10                  15
Ile Ala Ser Ile Phe Thr Val Cys Ser Ser Set Thr Ala Ser Asp Asn
            20                  25                  30
Asn Glu His Pro Pro Pro Val Glu Val Ala Asp Gln Asp Ala Phe Arg
        35                  40                  45
Asp Ala Phe Glu Val Asn Glu Leu Leu Gly Arg Gly Ile Asn Leu Gly
    50                  55                  60
Asn Ala Leu Glu Ala Pro Asn Glu Gly Glu Trp Gly Met Val Ile Gln
65                  70                  75                  80
Glu Glu Phe Leu Asp Leu Ile Leu Ala Ala Gly Phe Glu Ser Val Arg
                85                  90                  95
Ile Pro Ile Arg Trp Asn Ala His Ala Ser Glu Ser His Pro Phe Thr
            100                 105                 110
Ile Gln Arg Ser Phe Phe Asp Arg Val Asp Glu Val Ile Gln Trp Ser
        115                 120                 125
Leu Asp Arg Gly Leu Ser Val Met Ile Asn Ile His His Tyr Asn Glu
    130                 135                 140
Leu Met Gln Asn Pro Gln Gln His Arg Gln Arg Phe Leu Arg Leu Trp
145                 150                 155                 160
Asn Gln Ile Ala Thr His Tyr Lys Asp Tyr Pro Asp Asn Leu Val Phe
                165                 170                 175
Glu Ile Leu Asn Glu Pro His Asp Asn Leu Thr Pro Ser Ile Trp Asn
            180                 185                 190
Ser Tyr Leu Arg Asp Ala Ile Gly Met Ile Arg Gln Thr Asn Pro Arg
        195                 200                 205
Arg Val Ile Ala Ile Gly Thr Ala Asn Trp Gly Gly Phe Gly Ala Leu
    210                 215                 220
Ser Gln Leu Glu Ile Pro Ser Asn Asp Arg Gln Ile Ile Ala Thr Val
225                 230                 235                 240
His Tyr Tyr Glu Pro Phe Arg Phe Thr His Gln Gly Ala Glu Trp Ala
                245                 250                 255
Gly Pro Glu Thr Asn Asp Trp Leu Gly Thr Arg Trp Asp Gly Ser Asp
            260                 265                 270
Glu Glu Lys Phe Asp Ile Glu Ser Gly Phe Asp Ala Val Gln Ser Trp
        275                 280                 285
Ala Val Thr Asn Asn Arg Pro Val His Leu Gly Glu Phe Gly Ala Tyr
    290                 295                 300
Ser Thr Ala Asp Asn Glu Ser Arg Glu Arg Trp Thr Thr Phe Val Arg
305                 310                 315                 320
Glu Ser Ala Glu Gln Arg Asn Phe Ser Trp Ala Tyr Trp Glu Phe Ala
                325                 330                 335
Ala Gly Phe Gly Ile Tyr Asp Arg Asn Gln Trp Gln Trp Arg Asp Tyr
            340                 345                 350
Leu Leu Arg Ala Leu Ile Pro Asp Ser Pro Val Leu Leu Glu
        355                 360                 365
<210>103
<211>1101
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>103
atgctgataa ttggaggcct tcttgtttta ctgggatttt cttcttgcgg gcggcaggca    60
gaacctgctg ctgactcttt cagggggttt catgactttg acatcaggcg tggggtgaac   120
atcagccact ggttgtcgca gagtggaagg cgtggtgctg atcgggaggc gttctttacc   180
agggcggatg tggaggccat cgccggcttc ggttatgatc acattcgttt gcccattgat   240
gaggagcaga tgtgggatga gtcgggcaac aaggaaccac gtgcctttga attgctgcat   300
gaagccattg gctgggcttt ggacaatgag ctcagggtca ttgtcgacct gcacatcatc   360
aggtcgcact attttaatgc gcctgagaac ccgctttgga ccgatcgtgc tgaacagttg   420
aaatttgttg agatgtggcg acagttgtct gatgagctgc agggctatcc gctcgatagg   480
gtggcctatg aattgatgaa tgaggccgtg gctgatgatc cggacgattg gaaccggctt   540
gtggctgaga cgatggaggc gctacggatg ctggaaccgg agcgcaagat tgtcattggc   600
tccaaccgct ggcagtctgt gcatacattt cctgacctgg tgatcccgga taatgacccg   660
catatcatat tgagttttca cttctacgaa ccatttctgc tgacgcacca caaggcctcc   720
tggacacaca tccgtgatta caccggtccg gtgaactatc cgggtttgac tgtagacccg   780
acccacctgg aggggttgtc tgaagaactg gtgacccgga ttggccatca caatggggtg   840
tatacaaaag aaacgatgga ggagatgatc atgatcccac tgcaatatgc caaagaccgg   900
gggctccccc tttattgtgg agagtgggga tgtttcccga ccatgcccca ggagatgcgc   960
ctgcaatggt acgccgatgt gcgtgcgatc ctggaaaagc atgagattgc ctgggcaaac  1020
tgggattaca agggtggttt cggtgtggtt gaccgcaacg gcgaacccca ccatgattta  1080
ttggaagtgc tcttaaaata a                                            1101
<210>104
<211>366
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(20)
<220>
<221>结构域
<222>(42)...(349)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(40)...(43)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>104
Met Leu Ile Ile Gly Gly Leu Leu Val Leu Leu Gly Phe Ser Ser Cys
1               5                   10                  15
Gly Arg Gln Ala Glu Pro Ala Ala Asp Ser Phe Arg Gly Phe His Asp
            20                  25                  30
Phe Asp Ile Arg Arg Gly Val Asn Ile Ser His Trp Leu Ser Gln Ser
        35                  40                  45
Gly Arg Arg Gly Ala Asp Arg Glu Ala Phe Phe Thr Arg Ala Asp Val
    50                  55                  60
Glu Ala Ile Ala Gly Phe Gly Tyr Asp His Ile Arg Leu Pro Ile Asp
65                  70                  75                  80
Glu Glu Gln Met Trp Asp Glu Ser Gly Asn Lys Glu Pro Arg Ala Phe
                85                  90                  95
Glu Leu Leu His Glu Ala Ile Gly Trp Ala Leu Asp Asn Glu Leu Arg
            100                 105                 110
Val Ile Val Asp Leu His Ile Ile Arg Ser His Tyr Phe Asn Ala Pro
        115                 120                 125
Glu Asn Pro Leu Trp Thr Asp Arg Ala Glu Gln Leu Lys Phe Val Glu
    130                 135                 140
Met Trp Arg Gln Leu Ser Asp Glu Leu Gln Gly Tyr Pro Leu Asp Arg
145                 150                 155                 160
Val Ala Tyr Glu Leu Met Asn Glu Ala Val Ala Asp Asp Pro Asp Asp
                165                 170                 175
Trp Asn Arg Leu Val Ala Glu Thr Met Glu Ala Leu Arg Met Leu Glu
            180                 185                 190
Pro Glu Arg Lys Ile Val Ile Gly Ser Asn Arg Trp Gln Ser Val His
        195                 200                 205
Thr Phe Pro Asp Leu Val Ile Pro Asp Asn Asp Pro His Ile Ile Leu
    210                 215                 220
Ser Phe His Phe Tyr Glu Pro Phe Leu Leu Thr His His Lys Ala Ser
225                 230                 235                 240
Trp Thr His Ile Arg Asp Tyr Thr Gly Pro Val Asn Tyr Pro Gly Leu
                245                 250                 255
Thr Val Asp Pro Thr His Leu Glu Gly Leu Ser Glu Glu Leu Val Thr
            260                 265                 270
Arg Ile Gly His His Asn Gly Val Tyr Thr Lys Glu Thr Met Glu Glu
        275                 280                 285
Met Ile Met Ile Pro Leu Gln Tyr Ala Lys Asp Arg Gly Leu Pro Leu
    290                 295                 300
Tyr Cys Gly Glu Trp Gly Cys Phe Pro Thr Met Pro Gln Glu Met Arg
305                 310                 315                 320
Leu Gln Trp Tyr Ala Asp Val Arg Ala Ile Leu Glu Lys His Glu Ile
                325                 330                 335
Ala Trp Ala Asn Trp Asp Tyr Lys Gly Gly Phe Gly Val Val Asp Arg
            340                 345                 350
Asn Gly Glu Pro His His Asp Leu Leu Glu Val Leu Leu Lys
        355                 360                 365
<210>105
<211>1047
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>105
atgcaacact tcatcaacgg cgtcaacctg ggaggctggc tctcccaata ccagaaatac     60
gaccatgagc acttccgcac cttcatcacc cggcgcgata tcgaacaaat cgcatcctgg    120
ggcttcgacc acatccgcct gccggtcgat tatccggttc tcgaatcgga cgacgcgccc    180
ggtatctatc atgaagatgg ctttgcctat cttgactctt gcctggaatg gtgccaggcc    240
gctgggctgg cagtcgtctt cgacctgcat catgcccccg gctacagttt cacgaacacg    300
ctcaagcctg aaaccctgca cctgaacgta ctcttcgagc aggaaatcgc ccaaaatcga    360
tttatcgccc tctgggaaac cattgttcgg cgctaccagg ccgccggctt gcctatcatc    420
tttgaactac tgaatgaaat ggtgctgcca gacagcggcc cctggaacgc cctggcccac    480
aaaaccgtcg ccgccctgcg acagatttcg cccgattgca aaatcatgat tggcggcaat    540
aactacaacg ccgcatccga actcaaaaac ataaccctgc acaacgaccc caacatccta    600
tacaccttcc atttctacga accggccctg ttcacccacc agaaagcccc ctgggtgcag    660
attgctgtcg aatacaacca ggaactcgaa taccctggct cgtacaccaa cctggccgcc    720
tttctccggc gcaatcccca ctatcaagaa tcctatggat ggcaggtcaa ccgccgtatc    780
gaccgcgacc tcctgctcga attcacccaa cccgccctgg actttgtcca gcagaccggg    840
cgcgacctgt actgcggtga attcggcgtc attgaatacg tcgagcctgc cagccgccaa    900
aactggcacg ccgacctgct ggacatcctg cgccagcaga agattggccg cgccgtctgg    960
acttataaac aaatggattt tggcctggtg gacgcggacg gcaaggtggt cgaccccaaa   1020
cttctcgaaa tcttgtgtca atcctga                                       1047
<210>106
<211>348
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(2)...(330)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(192)...(195)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>106
Met Gln His Phe Ile Asn Gly Val Asn Leu Gly Gly Trp Leu Ser Gln
1               5                   10                  15
Tyr Gln Lys Tyr Asp His Glu His Phe Arg Thr Phe Ile Thr Arg Arg
            20                  25                  30
Asp Ile Glu Gln Ile Ala Ser Trp Gly Phe Asp His Ile Arg Leu Pro
        35                  40                  45
Val Asp Tyr Pro Val Leu Glu Ser Asp Asp Ala Pro Gly Ile Tyr His
    50                  55                  60
Glu Asp Gly Phe Ala Tyr Leu Asp Ser Cys Leu Glu Trp Cys Gln Ala
65                  70                  75                  80
Ala Gly Leu Ala Val Val Phe Asp Leu His His Ala Pro Gly Tyr Ser
                85                  90                  95
Phe Thr Asn Thr Leu Lys Pro Glu Thr Leu His Leu Asn Val Leu Phe
            100                 105                 110
Glu Gln Glu Ile Ala Gln Asn Arg Phe Ile Ala Leu Trp Glu Thr Ile
        115                 120                 125
Val Arg Arg Tyr Gln Ala Ala Gly Leu Pro Ile Ile Phe Glu Leu Leu
    130                 135                 140
Asn Glu Met Val Leu Pro Asp Ser Gly Pro Trp Asn Ala Leu Ala His
145                 150                 155                 160
Lys Thr Val ALa Ala Leu Arg Gln Ile Ser Pro Asp Cys Lys Ile Met
                165                 170                 175
Ile Gly Gly Asn Asn Tyr Asn Ala Ala Ser Glu Leu Lys Asn Ile Thr
            180                 185                 190
Leu His Asn Asp Pro Asn Ile Leu Tyr Thr Phe His Phe Tyr Glu Pro
        195                 200                 205
Ala Leu Phe Thr His Gln Lys Ala Pro Trp Val Gln Ile Ala Val Glu
    210                 215                 220
Tyr Asn Gln Glu Leu Glu Tyr Pro Gly Ser Tyr Thr Asn Leu Ala Ala
225                 230                 235                 240
Phe Leu Arg Arg Asn Pro His Tyr Gln Glu Ser Tyr Gly Trp Gln Val
                245                 250                 255
Asn Arg Arg Ile Asp Arg Asp Leu Leu Leu Glu Phe Thr Gln Pro Ala
            260                 265                 270
Leu Asp Phe Val Gln Gln Thr Gly Arg Asp Leu Tyr Cys Gly Glu Phe
        275                 280                 285
Gly Val Ile Glu Tyr Val Glu Pro Ala Ser Arg Gln Asn Trp His Ala
    290                 295                 300
Asp Leu Leu Asp Ile Leu Arg Gln Gln Lys Ile Gly Arg Ala Val Trp
305                 310                 315                 320
Thr Tyr Lys Gln Met Asp Phe Gly Leu Val Asp Ala Asp Gly Lys Val
                325                 330                 335
Val Asp Pro Lys Leu Leu Glu Ile Leu Cys Gln Ser
            340                 345
<210>107
<211>1137
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>107
atggaaaagc aaatctgttc aaatgttttc agtacgatgc tgataattgg aggccttctt    60
gttttactgg gattttcttc ttgcgggcgg caggcagaac ctgctgctga ctctttcagg   120
gggtttcacg actttgacat caggcgcggg gtgaacatca gccattggtt gtcgcagagt   180
ggaaggcgtg gtgctgatcg ggaggcgttc tttaccaggg cggatgtgga ggccatcgcc   240
ggcttcggtt atgatcacat tcgtttgccc atcgatgaag agcagatgtg ggatgagtcg   300
ggcaacaagg agccacgtgc ctttgaattg ctgcatgagg ccattggctg ggctttggac   360
aatgagctca gggtcattgt tgacctgcac atcatcaggt cgcactattt taatgcgcct   420
gagaacccgc tttggaccga tcgtgctgaa cagttgaaat ttgttgagat gtggcgacag   480
ttgtctgatg agctgcaggg ctatccgctc gatagggtgg cctatgaatt gatgaatgag   540
gccgtggctg atgatccgga cgattggaac cggcttgtgg ctgagacgat ggaggcgcta   600
cggatgctgg aaccggagcg caagattgtc attggctcca accgctggca gtctgtgcat   660
acatttcctg acctggtgat cccggataat gacccgcata tcatattgag ttttcacttc   720
tacgaaccat ttctgctgac gcaccacaag gcctcctgga cacacatccg tgattacacc   780
ggtccggtga actatccggg tttgactgta gacccgaccc acctggaggg gttgtctgaa   840
gaactggtga cccggattgg ccatcacaat ggggtgtata caaaagaaac gatggaggag   900
atgatcatga tcccactgca atatgccaaa gaacgggggc tccccctgta ttgcggggag   960
tggggatgtt tcccgaccat gccccaggag atgcgcctgc aatggtacgc cgatgtgcgt  1020
gcgatcctgg aaaagcatga gattgcctgg gcaaactggg attacaaggg tggtttcggt  1080
gtggttgacc gcaacggcga accccaccat gatttattgg aagtcttact aaaataa     1137
<210>108
<211>378
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(32)
<220>
<221>结构域
<222>(54)...(361)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(52)...(55)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>108
Met Glu Lys Gln Ile Cys Ser Asn Val Phe Ser Thr Met Leu Ile Ile
1               5                   10                  15
Gly Gly Leu Leu Val Leu Leu Gly Phe Ser Ser Cys Gly Arg Gln Ala
            20                  25                  30
Glu Pro Ala Ala Asp Ser Phe Arg Gly Phe His Asp Phe Asp Ile Arg
        35                  40                  45
Arg Gly Val Asn Ile Ser His Trp Leu Ser Gln Ser Gly Arg Arg Gly
    50                  55                  60
Ala Asp Arg Glu Ala Phe Phe Thr Arg Ala Asp Val Glu Ala Ile Ala
65                  70                  75                  80
Gly Phe Gly Tyr Asp Hi s Ile Arg Leu ProIle Asp Glu Glu Gln Met
                85                  90                  95
Trp Asp Glu Ser Gly Asn Lys Glu Pro Arg Ala Phe Glu Leu Leu His
            100                 105                 110
Glu Ala Ile Gly Trp Ala Leu Asp Asn Glu Leu Arg Val Ile Val Asp
        115                 120                 125
Leu His Ile Ile Arg Ser His Tyr Phe Asn Ala Pro Glu Asn Pro Leu
    130                 135                 140
Trp Thr Asp Arg Ala Glu Gln Leu Lys Phe Val Glu Met Trp Arg Gln
145                 150                 155                 160
Leu Ser Asp Glu Leu Gln Gly Tyr Pro Leu Asp Arg Val Ala Tyr Glu
                165                 170                 175
Leu Met Asn Glu Ala Val Ala Asp Asp Pro Asp Asp Trp Asn Arg Leu
            180                 185                 190
Val Ala Glu Thr Met Glu Ala Leu Arg Met Leu Glu Pro Glu Arg Lys
        195                 200                 205
Ile Val Ile Gly Ser Asn Arg Trp Gln Ser Val His Thr Phe Pro Asp
    210                 215                 220
Leu Val Ile Pro Asp Asn Asp Pro His Ile Ile Leu Ser Phe His Phe
225                 230                 235                 240
Tyr Glu Pro Phe Leu Leu Thr His His Lys Ala Ser Trp Thr His Ile
                245                 250                 255
Arg Asp Tyr Thr Gly Pro Val Asn Tyr Pro Gly Leu Thr Val Asp Pro
            260                 265                 270
Thr His Leu Glu Gly Leu Ser Glu Glu Leu Val Thr Arg Ile Gly His
        275                 280                 285
His Asn Gly Val Tyr Thr Lys Glu Thr Met Glu Glu Met Ile Met Ile
    290                 295                 300
Pro Leu Gln Tyr Ala Lys Glu Arg Gly Leu Pro Leu Tyr Cys Gly Glu
305                 310                 315                 320
Trp Gly Cys Phe Pro Thr Met Pro Gln Glu Met Arg Leu Gln Trp Tyr
                325                 330                 335
Ala Asp Val Arg Ala Ile Leu Glu Lys His Glu Ile Ala Trp Ala Asn
            340                 345                 350
Trp Asp Tyr Lys Gly Gly Phe Gly Val Val Asp Arg Asn Gly Glu Pro
        355                 360                 365
His His Asp Leu Leu Glu Val Leu Leu Lys
    370                 375
<210>109
<211>1248
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>109
atgaagacac atagcttcaa cctcagatca cggatcacct tgttgaccgc ggcactgctt    60
ttcatcgggg caacggccgg ggccgccacg acacctatca ccctcaaaga cgcctacaaa   120
gaccatttcc ttatgggtgt agccatcaac cgcctgattg caatgggcga tacgaatgtc   180
cgggccgaca acgccagccg gaccccggaa cagctcaagg gggacattgc cctggtcaag   240
gcgcagttca acctgatcgt caatgagaac gatctgaaac cgattctcat tcacccgagg   300
ccaggaccgg acgggtacga cttcgcccca gcggatgcct tcgtgaagtt cggcatggac   360
aacaatatgt atatcgtggg ccacaccctc ctctggcaca gccaggtgcc caactggttc   420
ttccaagggt ctgctccggc gactccggaa acgccacctg ctgccacgga cgcggcggtc   480
gcaccccgcg gcggacgagg aggtcgcggc gggattaccg gccccctggc gacccgcgag   540
gagttgatcg aacgcatgcg cgagcacatt cacaccgtcg tcggccgcta taagggaaag   600
atcaaggtct gggacgtcgt caacgaagcc ctcgccgacg gcggcaccga gaccctgcga   660
agcacgtact ggacccaaat catcgggccg gaattcatcg ccatggcctt tcgattcgcc   720
cacgaagccg atccggatgc gatccttcgt tacaacgatt atggcctgga gaaccctgcc   780
aagcgtgaga aactcaagaa gctgatcgcg tcgctccagg agcagaacgt tccggttcat   840
gccatcggca cgcaaaccca tatcagcgtc tccacgacgt tcgaaagaat ggatgagacc   900
ttgagggacc tggcatccat cgggcttccc gtccacatca ccgaactgga tgtcaacgcc   960
gccgcggggg gccagagggg caccaatgcg gacattgccg gcactgccga gcgtacggcg  1020
ggcggcgtgg tcagtgaagc cgacaagcgg ctggccgacg cctacgcgaa tctcttccgc  1080
gcgatcatga agcacaagga ctcggtgaag atggtcacgt tctggggcgt caatgacgcg  1140
gtttcgtggc tcgcacgcgg caccccgctg ctgttcgacg gcaacaatca gcccaagccg  1200
gctttcgatg cggtcattcg cgtcgccacg gaggcggcac agaactga               1248
<210>110
<211>415
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(28)
<220>
<221>结构域
<222>(34)...(409)
<223>糖基水解酶家族10
<220>
<221>位点
<222>(312)...(322)
<223>糖基水解酶家族10 活性位点.Prosite id＝PS00591
<400>110
Met Lys Thr His Ser Phe Asn Leu Arg Ser Arg Ile Thr Leu Leu Thr
1               5                   10                  15
Ala Ala Leu Leu Phe Ile Gly Ala Thr Ala Gly Ala Ala Thr Thr Pro
            20                  25                  30
Ile Thr Leu Lys Asp Ala Tyr Lys Asp His Phe Leu Met Gly Val Ala
        35                  40                  45
Ile Asn Arg Leu Ile Ala Met Gly Asp Thr Asn Val Arg Ala Asp Asn
    50                  55                  60
Ala Ser Arg Thr Pro Glu Gln Leu Lys Gly Asp Ile Ala Leu Val Lys
65                  70                  75                  80
Ala Gln Phe Asn Leu Ile Val Asn Glu Asn Asp Leu Lys Pro Ile Leu
                85                  90                  95
Ile His Pro Arg Pro Gly Pro Asp Gly Tyr Asp Phe Ala Pro Ala Asp
            100                 105                 110
Ala Phe Val Lys Phe Gly Met Asp Asn Asn Met Tyr Ile Val Gly His
        115                 120                 125
Thr Leu Leu Trp His Ser Gln Val Pro Asn Trp Phe Phe Gln Gly Ser
    130                 135                 140
Ala Pro Ala Thr Pro Glu Thr Pro Pro Ala Ala Thr Asp Ala Ala Val
145                 150                 155                 160
Ala Pro Arg Gly Gly Arg Gly Gly Arg Gly Gly Ile Thr Gly Pro Leu
                165                 170                 175
Ala Thr Arg Glu Glu Leu Ile Glu Arg Met Arg Glu His Ile His Thr
            180                 185                 190
Val Val Gly Arg Tyr Lys Gly Lys Ile Lys Val Trp Asp Val Val Asn
        195                 200                 205
Glu Ala Leu Ala Asp Gly Gly Thr Glu Thr Leu Arg Ser Thr Tyr Trp
    210                 215                 220
Thr Gln Ile Ile Gly Pro Glu Phe Ile Ala Met Ala Phe Arg Phe Ala
225                 230                 235                 240
His Glu Ala Asp Pro Asp Ala Ile Leu Arg Tyr Asn Asp Tyr Gly Leu
                245                 250                 255
Glu Asn Pro Ala Lys Arg Glu Lys Leu Lys Lys Leu Ile Ala Ser Leu
            260                 265                 270
Gln Glu Gln Asn Val Pro Val His Ala Ile Gly Thr Gln Thr His Ile
        275                 280                 285
Ser Val Ser Thr Thr Phe Glu Arg Met Asp Glu Thr Leu Arg Asp Leu
    290                 295                 300
Ala Ser Ile Gly Leu Pro Val His Ile Thr Glu Leu Asp Val Asn Ala
305                 310                 315                 320
Ala Ala Gly Gly Gln Arg Gly Thr Asn Ala Asp Ile Ala Gly Thr Ala
                325                 330                 335
Glu Arg Thr Ala Gly Gly Val Val Ser Glu Ala Asp Lys Arg Leu Ala
            340                 345                 350
Asp Ala Tyr Ala Asn Leu Phe Arg Ala Ile Met Lys His Lys Asp Ser
        355                 360                 365
Val Lys Met Val Thr Phe Trp Gly Val Asn Asp Ala Val Ser Trp Leu
    370                 375                 380
Ala Arg Gly Thr Pro Leu Leu Phe Asp Gly Asn Asn Gln Pro Lys Pro
385                 390                 395                 400
Ala Phe Asp Ala Val Ile Arg Val Ala Thr Glu Ala Ala Gln Asn
                405                 410                 415
<210>111
<211>1131
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>111
atgcgaagac tgatcaccat catccttgcg acggctgtcg caatcttatc gaccacatca     60
tgctccaaga ccgctgaacg agagggcttc ttgatcaagc gaggaaccaa cctcagccat    120
tggctctccc agagcaagga aaggggagag gctcgcaggc tccatatcca ggaggatgac    180
tttgctcgcc tcgacagcct cggtttcgac catgtgcgca tccctgtcga cgaggaacaa    240
ctctgggacg aggatggcaa caagctcaca gaagcatggg aactgctcga tttcgccctc    300
gacatggcgc gcaagtacaa cctgcgcgct atcgtggacc ttcacatcat ccgcgcccat    360
tacttcaacg ccgtcaacga aggcgcgtcg aatactctct tcaccagcga ggaggcgcag    420
cagggcctga tcaacctttg gtaccagctt tccgacttcc tcaaggaccg cagcgtcgac    480
tgggttgcct acgagttcat gaacgagcca gtcgctcctg agcatgagca atggaacgcc    540
ctcgtcgcaa aggtgcacaa ggcgcttcgt gagcgtgaac cggagcgtac cctcgtgatc    600
ggttctaacc tgtggcaggg tcaccagacc ttcaagtacc tccgcgtacc tgagaatgac    660
ccgaacatca tcctgagctt ccactactac aacccttcga tcctcaccca caacatggct    720
ccgtggactc cggtgggcaa atataccggt tccatcaatt atccgggcgt catcgtctct    780
gctgaggatt acgctgcgca gagccctgag gtgcaggccg aggtgaagca gtatacggag    840
atggtctgga accgcgacac gatctacagc cagatgaagg atgcgatcga ggtggctgcc    900
agctatggac tgcagctctt ctgcggcgaa tggggcgtgt atgaacctgt cgaccgtgag    960
cttgcatacg catggaccaa ggatatgctg tcggtgttcg acgagttcga catcgcatgg   1020
acgacctggt gttacgatgc cgacttcggc ttctgggacc aggcgaaaca tgatttcaag   1080
gacaagcctc ttgtcgatct cctgatgggt tccaagggtc ttgaacaata g            1131
<210>112
<211>376
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(22)
<220>
<221>结构域
<222>(39)...(353)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(37)...(40)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>112
Met Arg Arg Leu Ile Thr Ile Ile Leu Ala Thr Ala Val Ala Ile Leu
1               5                   10                  15
Ser Thr Thr Ser Cys Ser Lys Thr Ala Glu Arg Glu Gly Phe Leu Ile
            20                  25                  30
Lys Arg Gly Thr Asn Leu Ser His Trp Leu Ser Gln Ser Lys Glu Arg
        35                  40                  45
Gly Glu Ala Arg Arg Leu His Ile Gln Glu Asp Asp Phe Ala Arg Leu
    50                  55                  60
Asp Ser Leu Gly Phe Asp His Val Arg Ile Pro Val Asp Glu Glu Gln
65                  70                  75                  80
Leu Trp Asp Glu Asp Gly Asn Lys Leu Thr Glu Ala Trp Glu Leu Leu
                85                  90                  95
Asp Phe Ala Leu Asp Met Ala Arg Lys Tyr Asn Leu Arg Ala Ile Val
            100                 105                 110
Asp Leu His Ile Ile Arg Ala His Tyr Phe Asn Ala Val Asn Glu Gly
        115                 120                 125
Ala Ser Asn Thr Leu Phe Thr Ser Glu Glu Ala Gln Gln Gly Leu Ile
    130                 135                 140
Asn Leu Trp Tyr Gln Leu Ser Asp Phe Leu Lys Asp Arg Ser Val Asp
145                 150                 155                 160
Trp Val Ala Tyr Glu Phe Met Asn Glu Pro Val Ala Pro Glu His Glu
                165                 170                 175
Gln Trp Asn Ala Leu Val Ala Lys Val His Lys Ala Leu Arg Glu Arg
            180                 185                 190
Glu Pro Glu Arg Thr Leu Val Ile Gly Ser Asn Leu Trp Gln Gly His
        195                 200                 205
Gln Thr Phe Lys Tyr Leu Arg Val Pro Glu Asn Asp Pro Asn Ile Ile
    210                 215                 220
Leu Ser Phe His Tyr Tyr Asn Pro Ser Ile Leu Thr His Asn Met Ala
225                 230                 235                 240
Pro Trp Thr Pro Val Gly Lys Tyr Thr Gly Ser Ile Asn Tyr Pro Gly
                245                 250                 255
Val Ile Val Ser Ala Glu Asp Tyr Ala Ala Gln Ser Pro Glu Val Gln
            260                 265                 270
Ala Glu Val Lys Gln Tyr Thr Glu Met Val Trp Asn Arg Asp Thr Ile
        275                 280                 285
Tyr Ser Gln Met Lys Asp Ala Ile Glu Val Ala Ala Ser Tyr Gly Leu
    290                 295                 300
Gln Leu Phe Cys Gly Glu Trp Gly Val Tyr Glu Pro Val Asp Arg Glu
305                 310                 315                 320
Leu Ala Tyr Ala Trp Thr Lys Asp Met Leu Ser Val Phe Asp Glu Phe
                325                 330                 335
Asp Ile Ala Trp Thr Thr Trp Cys Tyr Asp Ala Asp Phe Gly Phe Trp
            340                 345                 350
Asp Gln Ala Lys His Asp Phe Lys Asp Lys Pro Leu Val Asp Leu Leu
        355                 360                 365
Met Gly Ser Lys Gly Leu Glu Gln
    370                 375
<210>113
<211>1095
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>113
atgaaggtga cccgaacagc tgtcgcgggc attgtcgccg cagcggtcct catcacgatc     60
ggcacgtcga ccgcgtcggc tgaggatgaa ccaaccagcg agaacacgtc gacggatcag    120
ccgttgcgcg tcctggcagc caaagccggg atcgcgttcg gcacggccgt cgacatgaac    180
gcgtacaaca acgacgcgac ctaccgtgag ctcgtcggcc aggagttctc gagcgtcacg   240
gccgagaacg tcatgaagtg gcagctcctc gagccgcagc gaggggtcta caactggggt   300
ccggccgatc agctcgtgcg cgtagccaac gagaacggcc agaaggtgcg cgggcacacg   360
ctcatctggc acaaccagct gcccacctgg cttaccagcg gagtcgcctc cggtgagatc   420
acaccggacg agctccggca gctcctgagg aaccacatct tcacggtgat gcgccacttc   480
aagggcgaga tccaccagtg ggatgtcgcc aacgaggtca tcgacgacag cggcaacctg   540
cgcaacacga tctggctgca gaacctgggt ccgagctaca tcgcggacgc gttccggtgg   600
gctcgcaagg ccgacccgga cgccgccctc tatctgaacg actacaacgt cgagggcccg   660
aacgccaagg ccgatgcgta ctacgccctg gtcaagcagc tcctcgccga cgacgtgccg   720
gtggacggct tcggaataca ggggcacctc ggtgtgcagt tcggcttctg gcccgcgagt   780
gcggtggccg acaacatggg gcgcttcgag gcactcggcc tgcagacggc ggtcaccgag   840
gcggatgtcc ggatgatcat gccgcccgac gaggacaagc tggccgcaca ggcacgtggc   900
tacagcacgt tggtccaggg ctgcctgatg gccaagcgtt gcaggtcgtt caccgtctgg   960
ggcttcaccg acaagtactc ctgggttccg ggcaccttcc ccggccaggg cgcggcgaac  1020
ctcctggccg aggacttcca gcccaagccg gcttactacg ccgtccagga tgacctcgcg  1080
cgcgccggac ggtag                                                   1095
<210>114
<211>364
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(27)
<220>
<221>结构域
<222>(41)...(359)
<223>糖基水解酶家族10
<220>
<221>位点
<222>(35)...(38)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>114
Met Lys Val Thr Arg Thr Ala Val Ala Gly Ile Val Ala Ala Ala Val
1               5                   10                  15
Leu Ile Thr Ile Gly Thr Ser Thr Ala Ser Ala Glu Asp Glu Pro Thr
            20                  25                  30
Ser Glu Asn Thr Ser Thr Asp Gln Pro Leu Arg Val Leu Ala Ala Lys
        35                  40                  45
Ala Gly Ile Ala Phe Gly Thr Ala Val Asp Met Asn Ala Tyr Asn Asn
    50                  55                  60
Asp Ala Thr Tyr Arg Glu Leu Val Gly Gln Glu Phe Ser Ser Val Thr
65                  70                  75                  80
Ala Glu Asn Val Met Lys Trp Gln Leu Leu Glu Pro Gln Arg Gly Val
                85                  90                  95
Tyr Asn Trp Gly Pro Ala Asp Gln Leu Val Arg Val Ala Asn Glu Asn
            100                 105                 110
Gly Gln Lys Val Arg Gly His Thr Leu Ile Trp His Asn Gln Leu Pro
        115                 120                 125
Thr Trp Leu Thr Ser Gly Val Ala Ser Gly Glu Ile Thr Pro Asp Glu
    130                 135                 140
Leu Arg Gln Leu Leu Arg Asn His Ile Phe Thr Val Met Arg His Phe
145                 150                 155                 160
Lys Gly Glu Ile His Gln Trp Asp Val Ala Asn Glu Val Ile Asp Asp
                165                 170                 175
Ser Gly Asn Leu Arg Asa Thr Ile Trp Leu Gln Asn Leu Gly Pro Ser
            180                 185                 190
Tyr Ile Ala Asp Ala Phe Arg Trp Ala Arg Lys Ala Asp Pro Asp Ala
        195                 200                 205
Ala Leu Tyr Leu Asn Asp Tyr Asn Val Glu Gly Pro Asn Ala Lys Ala
    210                 215                 220
Asp Ala Tyr Tyr Ala Leu Val Lys Gln Leu Leu Ala Asp Asp Val Pro
225                 230                 235                 240
Val Asp Gly Phe Gly Ile Gln Gly His Leu Gly Val Gln Phe Gly Phe
                245                 250                 255
Trp Pro Ala Ser Ala Val Ala Asp Asn Met Gly Arg Phe Glu Ala Leu
            260                 265                 270
Gly Leu Gln Thr Ala Val Thr Glu Ala Asp Val Arg Met Ile Met Pro
        275                 280                 285
Pro Asp Glu Asp Lys Leu Ala Ala Gln Ala Arg Gly Tyr Ser Thr Leu
    290                 295                 300
Val Gln Gly Cys Leu Met Ala Lys Arg Cys Arg Ser Phe Thr Val Trp
305                 310                 315                 320
Gly Phe Thr Asp Lys Tyr Ser Trp Val Pro Gly Thr Phe Pro Gly Gln
                325                 330                 335
Gly Ala Ala Asn Leu Leu Ala Glu Asp Phe Gln Pro Lys Pro Ala Tyr
            340                 345                 350
Tyr Ala Val Gln Asp Asp Leu Ala Arg Ala Gly Arg
        355                 360
<210>115
<211>774
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>115
atggacttgc agctaggcgg aaagcgcgtg ctgatcacgg gtgcgtccaa aggcatcggc     60
ctggcctgcg ccgtcgcctt tgcgcgcgag ggtgccgacc cgattctggt ggcgcgcgat    120
gatgcggcgt tgcatcacgc cacgtccgcc atccgcgaac aaagcggccg cgcggcacat    180
gccatcacgc tggacctggc cctgcctggc gcggcggaaa agctggccaa ggaaaccggc    240
cccatcgaca tactggtcaa caacgcgggc gcggtgcccg gcggcgcgct ggaccaggtg    300
caagacgaac gctggcgcgc gggctgggaa ttgaaagtgc acggctacat cagcctggcg    360
cgctgctact acccgcacat gcgcgaagcg ggcgcgggcg tcatcgccaa catcatcggc    420
atggcgggcg cggcgccccg cgccgactac atctgcggcg cggcggccaa tgcctcactg    480
attgccttta cccgcgcgct gggtggcgaa gcgccccgcc acggcgtgcg cgtctttggc    540
gtcaacccct cgcgcacgcg gaccgaccgc gtgctgaccc tggcccggca acgcgcgcag    600
gcgcgctggg gcgacgaaac ccgttggcag gaaacgctgt cggacctgcc cttcaaccgg    660
ctgatggaac ccgccgaagt ggccgacatg attgtgttcg gcgcctcgcc gcgcgcgggt    720
tacctgagcg gcacggtcat cgacctggac ggcggcgaac agtacgcgaa atag          774
<210>116
<211>257
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(8)...(172)
<223>短链脱氢酶
<220>
<221>位点
<222>(159)...(162)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>116
Met Asp Leu Gln Leu Gly Gly Lys Arg Val Leu Ile Thr Gly Ala Ser
1               5                   10                  15
Lys Gly Ile Gly Leu Ala Cys Ala Val Ala Phe Ala Arg Glu Gly Ala
            20                  25                  30
Asp Pro Ile Leu Val Ala Arg Asp Asp Ala Ala Leu His His Ala Thr
        35                  40                  45
Ser Ala Ile Arg Glu Gln Ser Gly Arg Ala Ala His Ala Ile Thr Leu
    50                  55                  60
Asp Leu Ala Leu Pro Gly Ala Ala Glu Lys Leu Ala Lys Glu Thr Gly
65                  70                  75                  80
Pro Ile Asp Ile Leu Val Asn Asn Ala Gly Ala Val Pro Gly Gly Ala
                85                  90                  95
Leu Asp Gln Val Gln Asp Glu Arg Trp Arg Ala Gly Trp Glu Leu Lys
            100                 105                 110
Val His Gly Tyr Ile Ser Leu Ala Arg Cys Tyr Tyr Pro His Met Arg
        115                 120                 125
Glu Ala Gly Ala Gly Val Ile Ala Asn Ile Ile Gly Met Ala Gly Ala
    130                 135                 140
Ala Pro Arg Ala Asp Tyr Ile Cys Gly Ala Ala Ala Asn Ala Ser Leu
145                 150                 155                 160
Ile Ala Phe Thr Arg Ala Leu Gly Gly Glu Ala Pro Arg His Gly Val
                165                 170                 175
Arg Val Phe Gly Val Asn Pro Ser Arg Thr Arg Thr Asp Arg Val Leu
            180                 185                 190
Thr Leu Ala Arg Gln Arg Ala Gln Ala Arg Trp Gly Asp Glu Thr Arg
        195                 200                 205
Trp Gln Glu Thr Leu Ser Asp Leu Pro Phe Asn Arg Leu Met Glu Pro
    210                 215                 220
Ala Glu Val Ala Asp Met Ile Val Phe Gly Ala Ser Pro Arg Ala Gly
225                 230                 235                 240
Tyr Leu Ser Gly Thr Val Ile Asp Leu Asp Gly Gly Glu Gln Tyr Ala
                245                 250                 255
Lys
<210>117
<211>747
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>117
atgcccaaag tcatgctcgt taccggcggc agccgtggca tcggcgccgc cgtcgccaag     60
ctggccgcgc gccgcggcta cgcggtcggc atcaactacc gcacccattc cgacgccgcc    120
gacgccgtcg tggccgagat ccagcaggcg ggcggcaccg cgctggccat ccaggccgac    180
gtgtcgcaag aagatgacgt gctgcacatg ttccgcacgc tggacgagcg cctgggccgc    240
atcgacgcgc tggtcaataa cgccggcatc ctggaaacgc agatgcgcct ggaccagatg    300
gaagcggacc gcctgctgcg cgtgctgtcc accaacgtca tcggcgcttt cctgtgtgcg    360
cgcgaagcgg tgcgcaggat gtcgacgcgc catggcggcg tgggcggcgc catcgtcaac    420
gtgtcttcgg cggcggcgcg cctgggctcg cccaatgaat acgtggatta cgcggcctcc    480
aagggcgcgc tggacacgat gaccatcggc ctgtccaaag aggtagcgcc cgaaggtatc    540
cgcgtgaatg gcgtgcgccc cggcaccatc tacaccgaca tgcacgcaag cggcggcgag    600
ccgggccggg tggatcgcct gaaaagcgtg atcccgctgc ggcgcggcgg ctcggtggaa    660
gaagtggcgg gcgccgtcat gtggctgttt tccgaagaag ccggctatac cagcggctcg    720
ttcatcgacg tgtccggcgg tagttga                                        747
<210>118
<211>248
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(3)...(176)
<223>短链脱氢酶
<220>
<221>位点
<222>(142)...(145)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(146)...(174)
<223>短链脱氢酶/还原酶家族标签.Prosite id＝PS00061
<400>118
Met Pro Lys Val Met Leu Val Thr Gly Gly Ser Arg Gly Ile Gly Ala
1               5                   10                  15
Ala Val Ala Lys Leu Ala Ala Arg Arg Gly Tyr Ala Val Gly Ile Asn
            20                  25                  30
Tyr Arg Thr His Ser Asp Ala Ala Asp Ala Val Val Ala Glu Ile Gln
        35                  40                  45
Gln Ala Gly Gly Thr Ala Leu Ala Ile Gln Ala Asp Val Ser Gln Gln
    50                  55                  60
Asp Asp Val Leu His Met Phc Arg Thr Leu Asp Glu Arg Leu Gly Arg
65                  70                  75                  80
Ile Asp Ala Leu Val Asn Asn Ala Gly Ile Leu Glu Thr Gln Met Arg
                85                  90                  95
Leu Asp Gln Met Glu Ala Asp Arg Leu Leu Arg Val Leu Ser Thr Asn
            100                 105                 110
Val Ile Gly Ala Phe Leu Cys Ala Arg Glu Ala Val Arg Arg Met Ser
        115                 120                 125
Thr Arg His Gly Gly Val Gly Gly Ala Ile Val Asn Val Ser Ser Ala
    130                 135                 140
Ala Ala Arg Leu Gly Ser Pro Asn Glu Tyr Val Asp Tyr Ala Ala Ser
145                 150                 155                 160
Lys Gly Ala Leu Asp Thr Met Thr Ile Gly Leu Ser Lys Glu Val Ala
                165                 170                 175
Pro Glu Gly Ile Arg Val Asn Gly Val Arg Pro Gly Thr Ile Tyr Thr
            180                 185                 190
Asp Met His Ala Ser Gly Gly Glu Pro Gly Arg Val Asp Arg Leu Lys
        195                 200                 205
Ser Val Ile Pro Leu Arg Arg Gly Gly Ser Val Glu Glu Val Ala Gly
    210                 215                 220
Ala Val Met Trp Leu Phe Ser Glu Glu Ala Gly Tyr Thr Ser Gly Ser
225                 230                 235                 240
Phe Ile Asp Val Ser Gly Gly Ser
                245
<210>119
<211>1611
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>119
atgcaaaagc ggtatgacgt cattgtcgtg ggcagcggga tcgccggcct cagttttgcg    60
ctaaaagtcg ccaaggcggg gcatcgcgta gggattttga ccaaaaaaga ccgtgctgaa   120
agcaacacca attatgccca aggcggcatc gcggcagtca cttcgcagac agatgatttc   180
gagctgcatg tgcaggacac attgaccgcg ggagatggac tctgcgacga ggcagtcgtc   240
cgcacgatta tcggcgaggc tcccgcccga atccaggagc tgatcgattt gggggtggcc   300
ttctcacatt tggaagatgg acgggtttcc ctccatcgcg aagggggtca ctcgaaaagg   360
cgcattcttc acgttcagga tgtcaccggc aaagcgattg aagaagccct cctccatgcc   420
atcgaacagt cgccgctgat cgacctgaat gagcacgtct ttgccatcga cttactgact   480
gaacgcaagc tggcgctggc gggctttgag gtggaaggtg ctaaaaaccg ggtggtcgga   540
ctctatgcgc tcgatgaagc cactcaggag gttcacgtat ttgaggctcc agtcgtcatg   600
ctggcaacgg gaggcgtcgg gcaggtctac ctctacagca ccaacccaag gatcgcgacc   660
ggtgatggat tggccatggc ttaccgggct ggcgccgaaa tccgcaacct cgagtgtatc   720
caatttcatc ctacagcgct atacaccacc accaatgacc gctttctgat cagcgaagcc   780
gtccggggtg aaggggccat cctccgcaat caggagggag aggctttcat ggctcgctac   840
gatgaccgca aggacctcgc cccccgggat attgtggcca gagcaattga cagtgaaatg   900
aagcagtccg gctcatccca tgtctggctc gacatcactc atcgggatga aaccgatctg   960
cgggagcgtt tccccaacat tttcgaggcc tgcctgaagg tcggagtcaa catggcgcaa  1020
tcctccatcc cggtggttcc ggcgatgcac tacctctgcg gaggcgtagc caccgacctc  1080
aatgcggcca ccgacatcac tggactgttt gcctgtgggg aagttgcctg cacgggattg  1140
catggtgcca accgtctcgc cagcaacagc ctgctggagg cagtggtcat ggcgcaccgg  1200
gcctccgtcg cagtggatgc atacctcaac agcaaacctc accgctatgc acaattgccg  1260
gaatggacgg atggcaacgt gcaggacagc gacgagcgtg tcgtgatcag ccacaactgg  1320
gatgaactca aacgcacgat gtgggactac gtgggcatcg tccgcaccac caagcggctt  1380
cagcgcgcgc aacgacgcat tcgtcacctc cagcaggaaa tcgaagagta ttactggaat  1440
ttcaaggttg agtcctccct tctggagtta cggaatctgg ttgtggtggc ggatctggtt  1500
atccactgtg ccctccaacg ccatgagagc cgtggcctgc attgcacccg ggattatccc  1560
ggcaagttgc ccaccccgat caataccgcc gttcgcagaa gaaccggtta a           1611
<210>120
<211>536
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(6)...(260)
<223>FAD依赖性氧化还原酶
<220>
<221>结构域
<222>(6)...(380)
<223>吡啶核苷酸-二硫化物氧化还原酶
<220>
<221>结构域
<222>(6)...(391)
<223>FAD结合结构域
<220>
<221>结构域
<222>(440)...(534)
<223>延胡索酸还原酶/琥珀酸脱氢酶黄素蛋白C末端结构域
<400>120
Met Gln Lys Arg Tyr Asp Val Ile Val Val Gly Ser Gly Ile Ala Gly
1               5                   10                  15
Leu Ser Phe Ala Leu Lys Val Ala Lys Ala Gly His Arg Val Gly Ile
            20                  25                  30
Leu Thr Lys Lys Asp Arg Ala Glu Ser Asn Thr Asn Tyr Ala Gln Gly
        35                  40                  45
Gly Ile Ala Ala Val Thr Ser Gln Thr Asp Asp Phe Glu Leu His Val
    50                  55                  60
Gln Asp Thr Leu Thr Ala Gly Asp Gly Leu Cys Asp Glu Ala Val Val
65                  70                  75                  80
Arg Thr Ile Ile Gly Glu Ala Pro Ala Arg Ile Gln Glu Leu Ile Asp
                85                  90                  95
Leu Gly Val Ala Phe Ser His Leu Glu Asp Gly Arg Val Ser Leu His
            100                 105                 110
Arg Glu Gly Gly His Ser Lys Arg Arg Ile Leu His Val Gln Asp Val
        115                 120                 125
Thr Gly Lys Ala Ile Glu Glu Ala Leu Leu His Ala Ile Glu Gln Ser
    130                 135                 140
Pro Leu Ile Asp Leu Asn Glu His Val Phe Ala Ile Asp Leu Leu Thr
145                 150                 155                 160
Glu Arg Lys Leu Ala Leu Ala Gly Phe Glu Val Glu Gly Ala Lys Asn
                165                 170                 175
Arg Val Val Gly Leu Tyr Ala Leu Asp Glu Ala Thr Gln Glu Val His
            180                 185                 190
Val Phe Glu Ala Pro Val Val Met Leu Ala Thr Gly Gly Val Gly Gln
        195                 200                 205
Val Tyr Leu Tyr Ser Thr Asn Pro Arg Ile Ala Thr Gly Asp Gly Leu
    210                 215                 220
Ala Met Ala Tyr Arg Ala Gly Ala Glu Ile Arg Asn Leu Glu Cys Ile
225                 230                 235                 240
Gln Phe His Pro Thr Ala Leu Tyr Thr Thr Thr Asn Asp Arg Phe Leu
                245                 250                 255
Ile Ser Glu Ala Val Arg Gly Glu Gly Ala Ile Leu Arg Asn Gln Glu
            260                 265                 270
Gly Glu Ala Phe Met Ala Arg Tyr Asp Asp Arg Lys Asp Leu Ala Pro
        275                 280                 285
Arg Asp Ile Val Ala Arg Ala Ile Asp Ser Glu Met Lys Gln Ser Gly
    290                 295                 300
Ser Ser His Val Trp Leu Asp Ile Thr His Arg Asp Glu Thr Asp Leu
305                 310                 315                 320
Arg Glu Arg Phe Pro Asn Ile Phe Glu Ala Cys Leu Lys Val Gly Val
                325                 330                 335
Asn Met Ala Gln Ser Ser Ile Pro Val Val Pro Ala Met His Tyr Leu
            340                 345                 350
Cys Gly Gly Val Ala Thr Asp Leu Asn Ala Ala Thr Asp Ile Thr Gly
        355                 360                 365
Leu Phe Ala Cys Gly Glu Val Ala Cys Thr Gly Leu His Gly Ala Asn
    370                 375                 380
Arg Leu Ala Ser Asn Ser Leu Leu Glu Ala Val Val Met Ala His Arg
385                 390                 395                 400
Ala Ser Val Ala Val Asp Ala Tyr Leu Asn Ser Lys Pro His Arg Tyr
                405                 410                 415
Ala Gln Leu Pro Glu Trp Thr Asp Gly Asn Val Gln Asp Ser Asp Glu
            420                 425                 430
Arg Val Val Ile Ser His Asn Trp Asp Glu Leu Lys Arg Thr Met Trp
        435                 440                 445
Asp Tyr Val Gly Ile Val Arg Thr Thr Lys Arg Leu Gln Arg Ala Gln
    450                 455                 460
Arg Arg Ile Arg His Leu Gln Gln Glu Ile Glu Glu Tyr Tyr Trp Asn
465                 470                 475                 480
Phe Lys Val Glu Ser Ser Leu Leu Glu Leu Arg Asn Leu Val Val Val
                485                 490                 495
Ala Asp Leu Val Ile His Cys Ala Leu Gln Arg His Glu Ser Arg Gly
            500                 505                 510
Leu His Cys Thr Arg Asp Tyr Pro Gly Lys Leu Pro Thr Pro Ile Asn
        515                 520                 525
Thr Ala Val Arg Arg Arg Thr Gly
    530                 535
<210>121
<211>990
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>121
atgccttttg atgccattgg agaaagcttc cgtgccagcc agcaactccc gctgatcaag   60
gtcgacggca accgtttcgt gattgcggag accggtgagc cgatcgtctt ccggggcgtc  120
tccgcctccg acccggctgc gctactggaa cgcggtcaat ggggtcgccg ttactttgaa  180
gagatggcca agtggaatgc caacgttgtg cgcattcctg ttcacccggc agactggcgt  240
aatctcggcg aagacatcta tctcgcccta ctcgaccagg cgattgaatg gtcggctgaa  300
ctcggcatgc acgtcatcat cgactggcac actatcggca atattctgac cggtatttat  360
caccgcgaca tttatgaaac cacccgtgat gagacttacc gtttttggta caccatcgcc  420
attcgttatc agggtaaccc gacagtggcc ttttatgaac tctacaatga gcccaccaac  480
cgaggcggtc gcatgggccc ccttccctgg gaagaatatg cccagttcat cgaagggctg  540
atttccatgc tctacgccat cgacgacacc gttattccac tggtcgctgg cttcgactgg  600
ggatatgatt tgagctatgt tgcggaacgc ccgatccgtt ttccaggagt cgcctatgtc  660
acccaccctt acccgcagaa gcgccccgag ccttgggaac cgatctggca ggaggaatgg  720
ggttttgtcg ccgacaccta tcccatgatc gccactgagt ttggcttcat gagtgaggac  780
ggtcccggag cccacaaccc ggttatcggg gatgaacact atggcgaatc ggtcatccgc  840
tttttcgagg aacgcggcat ttcctggacg gcctgggtgt ttgatcctct ctggtcaccc  900
cagcttttcg aagactggga aacctatacc cccacccggc aaggccgatt ctttaaacag  960
aaaatgatgg aactgaatcc cccgcgttga                                   990
<210>122
<211>329
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(25)...(302)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<400>122
Met Pro Phe Asp Ala Ile Gly Glu Ser Phe Arg Ala Ser Gln Gln Leu
1               5                   10                  15
Pro Leu Ile Lys Val Asp Gly Asn Arg Phe Val Ile Ala Glu Thr Gly
            20                  25                  30
Glu Pro Ile Val Phe Arg Gly Val Ser Ala Ser Asp Pro Ala Ala Leu
        35                  40                  45
Leu Glu Arg Gly Gln Trp Gly Arg Arg Tyr Phe Glu Glu Met Ala Lys
    50                  55                  60
Trp Asn Ala Asn Val Val Arg Ile Pro Val His Pro Ala Asp Trp Arg
65                  70                  75                  80
Asn Leu Gly Glu Asp Ile Tyr Leu Ala Leu Leu Asp Gln Ala Ile Glu
                85                  90                  95
Trp Ser Ala Glu Leu Gly Met His Val Ile Ile Asp Trp His Thr Ile
            100                 105                 110
Gly Asn Ile Leu Thr Gly Ile Tyr His Arg Asp Ile Tyr Glu Thr Thr
        115                 120                 125
Arg Asp Glu Thr Tyr Arg Phe Trp Tyr Thr Ile Ala Ile Arg Tyr Gln
    130                 135                 140
Gly Asn Pro Thr Val Ala Phe Tyr Glu Leu Tyr Asn Glu Pro Thr Asn
145                 150                 155                 160
Arg Gly Gly Arg Met Gly Pro Leu Pro Trp Glu Glu Tyr Ala Gln Phe
                165                 170                 175
Ile Glu Gly Leu Ile Ser Met Leu Tyr Ala Ile Asp Asp Thr Val Ile
            180                 185                 190
Pro Leu Val Ala Gly Phe Asp Trp Gly Tyr Asp Leu Ser Tyr Val Ala
        195                 200                 205
Glu Arg Pro Ile Arg Phe Pro Gly Val Ala Tyr Val Thr His Pro Tyr
    210                 215                 220
Pro Gln Lys Arg Pro Glu Pro Trp Glu Pro Ile Trp Gln Glu Glu Trp
225                 230                 235                 240
Gly Phe Val Ala Asp Thr Tyr Pro Met Ile Ala Thr Glu Phe Gly Phe
                245                 250                 255
Met Ser Glu Asp Gly Pro Gly Ala His Asn Pro Val Ile Gly Asp Glu
            260                 265                 270
His Tyr Gly Glu Ser Val Ile Arg Phe Phe Glu Glu Arg Gly Ile Ser
        275                 280                 285
Trp Thr Ala Trp Val Phe Asp Pro Leu Trp Ser Pro Gln Leu Phe Glu
    290                 295                 300
Asp Trp Glu Thr Tyr Thr Pro Thr Arg Gln Gly Arg Phe Phe Lys Gln
305                 310                 315                 320
Lys Met Met Glu Leu Asn Pro Pro Arg
                325
<210>123
<211>1398
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>123
atgccgatga gcacagaaac gacttttcct tctgatttca cctggggcgc agcaacagcc    60
gcctaccaga tcgaaggggg cgatcgcgct ggcgggcgcg gccgttccgt gtgggacatg   120
ttttgcgaga aacgaggagc tatttgggag gggcatacgg ggcagcgagc gagtctgcat   180
cttcagcgct ggcgtgagga cgtaatgttg atgcaacagc tcggactgcg gggctatcgt   240
tttagcgtca gctggccgcg cgtcttcccg acaggagtcg gcaaagtcaa ccgtgaaggg   300
ttggcctttt acgatcagct cgtagacgcc ttgctcgagg ccggcatcac cccctttata   360
acgctatttc attgggactt cccgctcgat ttgtaccacc gaggcggctg gttgaatcgc   420
gacagcgccg actggtttgc ctcctacgcc gagtgcctcg gcaaggcact gggcgacagg   480
gtcaagcact gggtgaccct caacgagccg caggttttca taggcctcgg tcattacgaa   540
gggcgtcatg ccccggggtt gaagctctcc atcgcggaaa tgctgcgctg cgggcaccac   600
gccttgctcg cgcacgggaa ggccgtgcaa gccctgcgcg cttccgtcga cggcccctgc   660
aagattggat ttgctccggt ggggattccc aagcttccgg cgagtgagag ctcagaggat   720
atcgccgcgg cacgaaaggc ccagttcgcg gcgggagcgc cgccgtattg gacgctgagc   780
tggtgggcgg atccggtgtt tcaggggaca tatcccgctg atgcctgcca ggctctcgga   840
gcggacgcgc cgcaggtggc cgatcacgac atgagcatca tcagcgagcc gactgatttc   900
ctgggcctca acctttatca aggggtggtg gtgcgtgccg atcacacggg tcaaccagaa   960
acggtgccgt ttccgccggg attccccgtg actgcgctca actgggccgt aaccccagag  1020
gcgctgtatt ggggcccgcg ctttgccttc gaacgctaca aaaagccgat tcacatcacg  1080
gaaaacgggc tatcctgtcg tgactggccg tcgctcgacg ggcacgtcca cgacgccgac  1140
cgcatcgact tcatggcccg gcacttgcgc gcagcgcatc gagccattcg cgatgggata  1200
ccgatcgaag gctacttcca ctggtctgcg atcgacaact tcgagtgggc agaaggctac  1260
aaggaacgct tcgggctcat ttacgtcgac tatacgagcg gcgagcgcat tccgaaggac  1320
tcgtaccact ggtaccagaa ggtcattgcc tccgaggggc gggcagcgct cggcgcgccc  1380
agtgctgctc gcccataa                                                1398
<210>124
<211>465
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(5)...(454)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(13)...(27)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<400>124
Met Pro Met Ser Thr Glu Thr Thr Phe Pro Ser Asp Phe Thr Trp Gly
1               5                   10                  15
Ala Ala Thr Ala Ala Tyr Gln Ile Glu Gly Gly Asp Arg Ala Gly Gly
            20                  25                  30
Arg Gly Arg Ser Val Trp Asp Met Phe Cys Glu Lys Arg Gly Ala Ile
        35                  40                  45
Trp Glu Gly His Thr Gly Gln Arg Ala Ser Leu His Leu Gln Arg Trp
    50                  55                  60
Arg Glu Asp Val Met Leu Met Gln Gln Leu Gly Leu Arg Gly Tyr Arg
65                  70                  75                  80
Phe Ser Val Ser Trp Pro Arg Val Phe Pro Thr Gly Val Gly Lys Val
                85                  90                  95
Asn Arg Glu Gly Leu Ala Phe Tyr Asp Gln Leu Val Asp Ala Leu Leu
            100                 105                 110
Glu Ala Gly Ile Thr Pro Phe Ile Thr Leu Phe His Trp Asp Phe Pro
        115                 120                 125
Leu Asp Leu Tyr His Arg Gly Gly Trp Leu Asn Arg Asp Ser Ala Asp
    130                 135                 140
Trp Phe Ala Ser Tyr Ala Glu Cys Leu Gly Lys Ala Leu Gly Asp Arg
145                 150                 155                 160
Val Lys His Trp Val Thr Leu Asn Glu Pro Gln Val Phe Ile Gly Leu
                165                 170                 175
Gly His Tyr Glu Gly Arg His Ala Pro Gly Leu Lys Leu Ser Ile Ala
            180                 185                 190
Glu Met Leu Arg Cys Gly His His Ala Leu Leu Ala His Gly Lys Ala
        195                 200                 205
Val Gln Ala Leu Arg Ala Ser Val Asp Gly Pro Cys Lys Ile Gly Phe
    210                 215                 220
Ala Pro Val Gly Ile Pro Lys Leu Pro Ala Ser Glu Ser Ser Glu Asp
225                 230                 235                 240
Ile Ala Ala Ala Arg Lys Ala Gln Phe Ala Ala Gly Ala Pro Pro Tyr
                245                 250                 255
Trp Thr Leu Ser Trp Trp Ala Asp Pro Val Phe Gln Gly Thr Tyr Pro
            260                 265                 270
Ala Asp Ala Cys Gln Ala Leu Gly Ala Asp Ala Pro Gln Val Ala Asp
        275                 280                 285
His Asp Met Ser Ile Ile Ser Glu Pro Thr Asp Phe Leu Gly Leu Asn
    290                 295                 300
Leu Tyr Gln Gly Val Val Val Arg Ala Asp His Thr Gly Gln Pro Glu
305                 310                 315                 320
Thr Val Pro Phe Pro Pro Gly Phe Pro Val Thr Ala Leu Asn Trp Ala
                325                 330                 335
Val Thr Pro Glu Ala Leu Tyr Trp Gly Pro Arg Phe Ala Phe Glu Arg
            340                 345                 350
Tyr Lys Lys Pro Ile His Ile Thr Glu Asn Gly Leu Ser Cys Arg Asp
        355                 360                 365
Trp Pro Ser Leu Asp Gly His Val His Asp Ala Asp Arg Ile Asp Phe
    370                 375                 380
Met Ala Arg His Leu Arg Ala Ala His Arg Ala Ile Arg Asp Gly Ile
385                 390                 395                 400
Pro Ile Glu Gly Tyr Phe His Trp Ser Ala Ile Asp Asn Phe Glu Trp
                405                 410                 415
Ala Glu Gly Tyr Lys Glu Arg Phe Gly Leu Ile Tyr Val Asp Tyr Thr
            420                 425                 430
Ser Gly Glu Arg Ile Pro Lys Asp Ser Tyr His Trp Tyr Gln Lys Val
        435                 440                 445
Ile Ala Ser Glu Gly Arg Ala Ala Leu Gly Ala Pro Ser Ala Ala Arg
    450                 455                 460
Pro
465
<210>125
<211>1350
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>125
atgtcagatg ccgccccgac tgatccgaaa tccgcaatgc ccagacgctc ggacttcccc   60
gagggttttg tcttcggcgc ggccaccgcg gcctatcaga tcgagggcca tgccttcggc  120
ggcgcgggcc cctgccattg ggacagcttc gccgcaaccg ggcgtaacgt ggtcggcaat  180
gaggatggcg cgcgcgcctg cgagcattac acccgctggc cgcaggatct ggacctgatc  240
cgcgaggccg ggctcgacgc ctaccgcttc tcgacctcct gggcgcgggt gatgcccgat  300
ggcgtgaccc tgaaccccga ggggctggat ttctacgacc gcctcgtcga tggcatgctc  360
gagcgcgggc taaagcccta tctcaccctc taccattggg aattgccctc ggcgcttgcc  420
gacaggggcg gctggaccaa tcgcgacacg gccgagcgct ttgccgattt cgcagcggtg  480
gtgatggagc ggttgggcag ccgcgtcgcc cgcacggcca ccatcaacga gccatggtgc  540
gtgagctggc tctcgcattt cgaaggccat cacgcgccgg gcctgcgcga catccgtgcc  600
accgcacgcg ccatgcatca tgtgcaactg gcgcacggcc tcgcgctcgg gaagctgcgc  660
gcgcaggggc atggcaatct cggcatcgtg ctgaatttct cggaaatcat tcccgccggg   720
cgagagcacg cgaaggcggc tgatctcggc gacgcaatct cgaaccgctg gttcatcgag   780
tcagtcgcgc gtggcaccta tcccgatgtg gtcctcgagg gtctgggcaa gcacatgccc   840
gagggctggc aggatgacat gaaaaccatc gcggccccgc tcgactggct gggtgtgaac   900
tactacaccc gcggcatcgt cgcgcatgac ccggacgcgt cctggccctc gacccgagcg   960
gaggaggggc ccctgcccaa gacgcagatg ggctgggaga tctaccccga gggcttgcgc  1020
aacctgctgg tgcgcatggc gcgcgactat gtgggcgacc ttcccatggt cgtgaccgaa  1080
aacgggatgg cctgggccga cgaggtcgcg gatggcgccg tcagagatac gatccgcacc  1140
gaatatgtcg cagcccatct caacgcgacc cgcgaggcgc tggccggcgg ggcgaatatc  1200
gaaggtttct tctattggtc gctgctcgac aattacgaat gggccttcgg ctatgccaag  1260
cgcttcggcc tcgtccatgt cgatttcgac acgatggcac gcacgccgaa agcctcctac  1320
cacgcgctga gggccgcgct gcagggttga                                   1350
<210>126
<211>449
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(15)...(443)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(235)...(238)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(361)...(369)
<223>糖基水解酶家族1 活性位点.Prosite id＝PS00572
<220>
<221>位点
<222>(393)...(396)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>126
Met Ser Asp Ala Ala Pro Thr Asp Pro Lys Ser Ala Met Pro Arg Arg
1               5                   10                  15
Ser Asp Phe Pro Glu Gly Phe Val Phe Gly Ala Ala Thr Ala Ala Tyr
            20                  25                  30
Gln Ile Glu Gly His Ala Phe Gly Gly Ala Gly Pro Cys His Trp Asp
        35                  40                  45
Ser Phe Ala Ala Thr Gly Arg Asn Val Val Gly Asn Glu Asp Gly Ala
    50                  55                  60
Arg Ala Cys Glu His Tyr Thr Arg Trp Pro Gln Asp Leu Asp Leu Ile
65                  70                  75                  80
Arg Glu Ala Gly Leu Asp Ala Tyr Arg Phe Ser Thr Ser Trp Ala Arg
                85                  90                  95
Val Met Pro Asp Gly Val Thr Leu Asn Pro Glu Gly Leu Asp Phe Tyr
            100                 105                 110
Asp Arg Leu Val Asp Gly Met Leu Glu Arg Gly Leu Lys Pro Tyr Leu
        115                 120                 125
Thr Leu Tyr His Trp Glu Leu Pro Ser Ala Leu Ala Asp Arg Gly Gly
    130                 135                 140
Trp Thr Asn Arg Asp Thr Ala Glu Arg Phe Ala Asp Phe Ala Ala Val
145                 150                 155                 160
Val Met Glu Arg Leu Gly Ser Arg Val Ala Arg Thr Ala Thr Ile Asn
                165                 170                 175
Glu Pro Trp Cys Val Ser Trp Leu Ser His Phe Glu Gly His His Ala
            180                 185                 190
Pro Gly Leu Arg Asp Ile Arg Ala Thr Ala Arg Ala Met His His Val
        195                 200                 205
Gln Leu Ala His Gly Leu Ala Leu Gly Lys Leu Arg Ala Gln Gly His
    210                 215                 220
Gly Asn Leu Gly Ile Val Leu Asn Phe Ser Glu Ile Ile Pro Ala Gly
225                 230                 235                 240
Arg Glu His Ala Lys Ala Ala Asp Leu Gly Asp Ala Ile Ser Asn Arg
                245                 250                 255
Trp Phe Ile Glu Ser Val Ala Arg Gly Thr Tyr Pro Asp Val Val Leu
            260                 265                 270
Glu Gly Leu Gly Lys His Met Pro Glu Gly Trp Gln Asp Asp Met Lys
        275                 280                 285
Thr Ile Ala Ala Pro Leu Asp Trp Leu Gly Val Asn Tyr Tyr Thr Arg
    290                 295                 300
Gly Ile Val Ala His Asp Pro Asp Ala Ser Trp Pro Ser Thr Arg Ala
305                 310                 315                 320
Glu Glu Gly Pro Leu Pro Lys Thr Gln Met Gly Trp Glu Ile Tyr Pro
                325                 330                 335
Glu Gly Leu Arg Asn Leu Leu Val Arg Met Ala Arg Asp Tyr Val Gly
            340                 345                 350
Asp Leu Pro Met Val Val Thr Glu Asn Gly Met Ala Trp Ala Asp Glu
        355                 360                 365
Val Ala Asp Gly Ala Val Arg Asp Thr Ile Arg Thr Glu Tyr Val Ala
    370                 375                 380
Ala His Leu Asn Ala Thr Arg Glu Ala Leu Ala Gly Gly Ala Asn Ile
385                 390                 395                 400
Glu Gly Phe Phe Tyr Trp Ser Leu Leu Asp Asn Tyr Glu Trp Ala Phe
                405                 410                 415
Gly Tyr Ala Lys Arg Phe Gly Leu Val His Val Asp Phe Asp Thr Met
            420                 425                 430
Ala Arg Thr Pro Lys Ala Ser Tyr His Ala Leu Arg Ala Ala Leu Gln
        435                 440                 445
Gly
<210>127
<211>774
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>127
atggacttgc agctaggcgg aaagcgcgtg ctgatcacgg gtgcgtccaa aggcatcggc     60
ctggcctgcg ccgtcgcctt tgcgcgcgag ggtgccgacc cgattctggt ggcgcgcgat    120
gatgcggcgt tgcatcacgc cacgtccgcc atccgcgaac aaagcggccg cgcggcacat    180
gccatcacgc tggacctggc cctgcctggc gcggcggaaa agctggccaa ggaaaccggc    240
cccatcgaca tactggtcaa caacgcgggc gcggtgcccg gcggcgcgct ggaccaggtg    300
caagacgaac gctggcgcgc gggctgggaa ttgaaagtgc acggctacat cagcctggcg    360
cgctgctact acccgcacat gcgcgaagcg ggcgcgggcg tcatcgccaa catcatcggc    420
atggcgggcg cggcgccccg cgccgactac atctgcggcg cggcggccaa tgcctcactg    480
attgccttta cccgcgcgct gggtggcgaa gcgccccgcc acggcgtgcg cgtctttggc    540
gtcaacccct cgcgcacgcg gaccgaccgc gtgctgaccc tggcccggca acgcgcgcag    600
gcgcgctggg gcgacgaaac gcgttggcag gaaacgctgt cggacctgcc cttcaaccgg    660
ctgatggaac ccgccgaagt ggccgacatg attgtgttcg gcgcctcgcc acgcgcgggt    720
tacctgagcg gcacggtcat cgacctggac ggcggcgaac agtacgcgaa atag          774
<210>128
<211>257
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(8)...(172)
<223>短链脱氢酶
<220>
<221>位点
<222>(159)...(162)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>128
Met Asp Leu Gln Leu Gly Gly Lys Arg Val Leu Ile Thr Gly Ala Ser
1               5                   10                  15
Lys Gly Ile Gly Leu Ala Cys Ala Val Ala Phe Ala Arg Glu Gly Ala
            20                  25                  30
Asp Pro Ile Leu Val Ala Arg Asp Asp Ala Ala Leu His His Ala Thr
        35                  40                  45
Ser Ala Ile Arg Glu Gln Ser Gly Arg Ala Ala His Ala Ile Thr Leu
    50                  55                  60
Asp Leu Ala Leu Pro Gly Ala Ala Glu Lys Leu Ala Lys Glu Thr Gly
65                  70                  75                  80
Pro Ile Asp Ile Leu Val Asn Asn Ala Gly Ala Val Pro Gly Gly Ala
                85                  90                  95
Leu Asp Gln Val Gln Asp Glu Arg Trp Arg Ala Gly Trp Glu Leu Lys
            100                 105                 110
Val His Gly Tyr Ile Ser Leu Ala Arg Cys Tyr Tyr Pro His Met Arg
        115                 120                 125
Glu Ala Gly Ala Gly Val Ile Ala Asn Ile Ile Gly Met Ala Gly Ala
    130                 135                 140
Ala Pro Arg Ala Asp Tyr Ile Cys Gly Ala Ala Ala Asn Ala Ser Leu
145                 150                 155                 160
Ile Ala Phe Thr Arg Ala Leu Gly Gly Glu Ala Pro Arg His Gly Val
                165                 170                 175
Arg Val Phe Gly Val Asn Pro Ser Arg Thr Arg Thr Asp Arg Val Leu
            180                 185                 190
Thr Leu Ala Arg Gln Arg Ala Gln Ala Arg Trp Gly Asp Glu Thr Arg
        195                 200                 205
Trp Gln Glu Thr Leu Ser Asp Leu Pro Phe Asn Arg Leu Met Glu Pro
    210                 215                 220
Ala Glu Val Ala Asp Met Ile Val Phe Gly Ala Ser Pro Arg Ala Gly
225                 230                 235                 240
Tyr Leu Ser Gly Thr Val Ile Asp Leu Asp Gly Gly Glu Gln Tyr Ala
                245                 250                 255
Lys
<210>129
<211>747
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>129
atgcccaaag tcatgctcgt taccggcggc agccgtggca tcggcgccgc cgtcgccaag     60
ctggccgcgc gccgcggcta cgcggtcggc atcaactacc gcacccattc cgacgccgcc    120
gacgccgtcg tggccgaaat ccagcaggcg ggcggcaccg cgctggccat ccaggccgac  180
gtgtcgcagg aagacgatgt gctgcacatg ttccgcacgc tggacgagcg cctgggccgc  240
atcgacgcgc tggtcaataa cgccggcatc ctggaaacgc agatgcgcct ggaccagatg  300
gaagccgacc gcctgctgcg cgtgctgtcc accaacgtca tcggcgcttt cctatgtgcg  360
cgcgaagccg tgcgcaggat gtcgacgcgc catggcggcg tgggcggcgc catcgtcaac  420
gtgtcttcgg cggcggcgcg cctgggctcg cccaatgaat acgtggatta cgcggcctcc  480
aagggcgcgc tggacacgat gaccatcggc ctgtcgaaag aggtggcgcc cgaaggtatc  540
cgcgtgaatg gcgtgcgccc cggcaccatc tacaccgaca tgcacgcaag cggcggcgag  600
ccgggccggg tggatcgcct gaaaagcgtg atcccgctgc ggcgcggcgg ctcggtggaa  660
gaagtggcgg gcgccgtcat gtggctgttt tccgaagaag ccggctatac cagcggttcg  720
ttcatcgacg tgtccggcgg tagttga                                      747
<210>130
<211>248
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(3)...(176)
<223>短链脱氢酶
<220>
<221>位点
<222>(142)...(145)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(146)...(174)
<223>短链脱氢酶/还原酶家族标签.Prosite id＝PS00061
<400>130
Met Pro Lys Val Met Leu Val Thr Gly Gly Ser Arg Gly Ile Gly Ala
1               5                   10                  15
Ala Val Ala Lys Leu Ala Ala Arg Arg Gly Tyr Ala Val Gly Ile Asn
            20                  25                  30
Tyr Arg Thr His Ser Asp Ala Ala Asp Ala Val Val Ala Glu Ile Gln
        35                  40                  45
Gln Ala Gly Gly Thr Ala Leu Ala Ile Gln Ala Asp Val Ser Gln Glu
    50                  55                  60
Asp Asp Val Leu His Met Phe Arg Thr Leu Asp Glu Arg Leu Gly Arg
65                  70                  75                  80
Ile Asp Ala Leu Val Asn Asn Ala Gly Ile Leu Glu Thr Gln Met Arg
                85                  90                  95
Leu Asp Gln Met Glu Ala Asp Arg Leu Leu Arg Val Leu Ser Thr Asn
            100                 105                 110
Val Ile Gly Ala Phe Leu Cys Ala Arg Glu Ala Val Arg Arg Met Ser
        115                 120                 125
Thr Arg His Gly Gly Val Gly Gly Ala Ile Val Asn Val Ser Ser Ala
    130                 135                 140
Ala Ala Arg Leu Gly Ser Pro Asn Glu Tyr Val Asp Tyr Ala Ala Ser
145                 150                 155                 160
Lys Gly Ala Leu Asp Thr Met Thr Ile Gly Leu Ser Lys Glu Val Ala
                165                 170                 175
Pro Glu Gly Ile Arg Val Asn Gly Val Arg Pro Gly Thr Ile Tyr Thr
            180                 185                 190
Asp Met His Ala Ser Gly Gly Glu Pro Gly Arg Val Asp Arg Leu Lys
        195                 200                 205
Ser Val Ile Pro Leu Arg Arg Gly Gly Ser Val Glu Glu Val Ala Gly
    210                 215                 220
Ala Val Met Trp Leu Phe Ser Glu Glu Ala Gly Tyr Thr Ser Gly Ser
225                 230                 235                 240
Phe Ile Asp Val Ser Gly Gly Ser
                245
<210>131
<211>1041
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>131
gtggaaacct attttcccct gcaccgcggg atcaacatga gccactggct ttcgcaagtg    60
aatgaaaaca ttcccgaccg ttccacctat gtgacggagc gggacctgca atttttgcgg   120
gcagcgggct tcgaccatgt gcgtctgccg atcgatgaga tcgaactctg ggatgaggag   180
ggccatcaga tcgaggaggc ctggcaatac atgcacaact ttatgcgctg gagccgaaag   240
aatgacctcc gggttattct cgacctgcac acggtattgt cccaccactt caacgcgatc   300
aacatgggag aggtcaacac cctctttaat gatcccaagg aacaggaaaa attcctcaat   360
ctctgggagc aaatcatgga tgccgtaggg caccacccca acgagtttct cgcttatgaa   420
atgctcaatg aggcggtcgc ggaagatgat gaagactgga acctgctcct caaccgtgcg   480
attgaacgca tccgggaacg tgagccgcat cgcgttctga ttgccggggc caactggtgg   540
cagcatgccg cccgcgttcc caacctgagg cttccccctg gtgatcccaa catcatcatc   600
agttttcact tttactcacc ctttctcttc acgcactatc gcagcagctg gactgccatg   660
cgggcatacc agggtttcgt ccaatacccc ggcattacca ttcccgccat ccatctcgaa   720
ggaatgaact atccggagtc ctttgtccaa atgtgggaag agcacaatca gtattacgac   780
atccattcaa tgtatgccga aatggtcccg gcggtgcgtt ttgccgaaaa gctgggcctt   840
cggctctatt gcggcgaatt tggagccatg aagaccgttg atcgtgccca aatgctgcag   900
tggtatcggg atgtggtcag agtctttgaa atgttggaca ttccctacac tgcctgggat   960
tatcagggaa cctttggaat ccgcgatgag ctgaccggtg agcctgatca tgaactgatc  1020
gacattctcc tcggccgcta a                           1041
<210>132
<211>346
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(14)...(325)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(12)...(15)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>132
Met Glu Thr Tyr Phe Pro Leu His Arg Gly Ile Asn Met Ser His Trp
1               5                   10                  15
Leu Ser Gln Val Asn Glu Asa Ile Pro Asp Arg Ser Thr Tyr Val Thr
            20                  25                  30
Glu Arg Asp Leu Gln Phe Leu Arg Ala Ala Gly Phe Asp His Val Arg
        35                  40                  45
Leu Pro Ile Asp Glu Ile Glu Leu Trp Asp Glu Glu Gly His Gln Ile
    50                  55                  60
Glu Glu Ala Trp Gln Tyr Met His Asn Phe Met Arg Trp Ser Arg Lys
65                  70                  75                  80
Asn Asp Leu Arg Val Ile Leu Asp Leu His Thr Val Leu Ser His His
                85                  90                  95
Phe Asn Ala Ile Asn Met Gly Glu Val Asn Thr Leu Phe Asn Asp Pro
            100                 105                 110
Lys Glu Gln Glu Lys Phe Leu Asn Leu Trp Glu Gln Ile Met Asp Ala
        115                 120                 125
Val Gly His His Pro Asn Glu Phe Leu Ala Tyr Glu Met Leu Asn Glu
    130                 135                 140
Ala Val Ala Glu Asp Asp Glu Asp Trp Asn Leu Leu Leu Asn Arg Ala
145                 150                 155                 160
Ile Glu Arg Ile Arg Glu Arg Glu Pro His Arg Val Leu Ile Ala Gly
                165                 170                 175
Ala Asn Trp Trp Gln His Ala Ala Arg Val Pro Asn Leu Arg Leu Pro
            180                 185                 190
Pro Gly Asp Pro Asn Ile Ile Ile Ser Phe His Phe Tyr Ser Pro Phe
        195                 200                 205
Leu Phe Thr His Tyr Arg Ser Ser Trp Thr Ala Met Arg Ala Tyr Gln
    210                 215                 220
Gly Phe Val Gln Tyr Pro Gly Ile Thr Ile Pro Ala Ile His Leu Glu
225                 230                 235                 240
Gly Met Asn Tyr Pro Glu Ser Phe Val Gln Met Trp Glu Glu His Asn
                245                 250                 255
Gln Tyr Tyr Asp Ile His Ser Met Tyr Ala Glu Met Val Pro Ala Val
            260                 265                 270
Arg Phe Ala Glu Lys Leu Gly Leu Arg Leu Tyr Cys Gly Glu Phe Gly
        275                 280                 285
Ala Met Lys Thr Val Asp Arg Ala Gln Met Leu Gln Trp Tyr Arg Asp
    290                 295                 300
Val Val Arg Val Phe Glu Met Leu Asp Ile Pro Tyr Thr Ala Trp Asp
305                 310                 315                 320
Tyr Gln Gly Thr Phe Gly Ile Arg Asp Glu Leu Thr Gly Glu Pro Asp
                325                 330                 335
His Glu Leu Ile Asp Ile Leu Leu Gly Arg
            340                 345
<210>133
<211>1377
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>133
atgacacaac tggcttttcc atctaacttc atctggggaa cagctacttc cgcttaccaa    60
atcgaaggcg cctggaacgc agacggcaag ggcgaatcta tttgggatcg cttttcccat   120
acgcagggga agatcattga cggcagcaac ggcgatgtgg cctgcgatca ctaccaccgc   180
tggcgcgagg acgtggccct catgagagac ttgggtatgc aggcatatcg cttctccatc   240
tcctggccac gcatcctgcc caccggtcat ggacagatca atcaggctgg gctggacttt   300
tacaatcgcc tggtggacgg gttgctggaa gctggcatca agccctttgc caccctctac   360
cactgggacc tgccgctggc gctacaggct gacggcggct ggccggagcg ctccacggcc   420
aaggcctttg tcgaatacgc cgacgtggtc agccgcgcgc tgggcgatcg ggtgaagagc   480
tggatcaccc ataacgaacc gtggtgcatc agcatgctga gccatcaaat tggggagcat   540
gcgcccggct ggcgggactg gcaggctgcg ttggcggccg cgcaccacgt cctcctttcg   600
catggttggg ccgtgccgga actgcgtcgc aacagccgcg atgcagaaat cggcatcacg   660
ttgaacttta ccccggcgga gccagcttcg aacagcgcag ccgatttcaa ggcctatcgc   720
cagttcgatg gctacttcaa ccgctggttc ctggacccgc tctatggccg ccactatccg   780
gcagatatgg tgcacgatta catcgcgcaa ggctacctgc catcacaggg tttgactttc   840
gtggaagctg gtgacctgga cgcgatcgcg acgcgcaccg atttcctggg tgtgaactat   900
tacacgcgcg aagtggtccg tagccaggaa atcccagaga gtgagaacgc gccgcgcaca   960
gtcttgcgcg cgccacagga agagtggaca gagatgggct gggaagtgta tcctgagggc  1020
ctctacaggt tgctcaatcg gttgcacttt gaataccagc cgcgcaagct ctacgtgacc  1080
gagagcggtt gcagctactc cgatggaccc ggccccaacg gtcggatacc ggaccaacgc  1140
cgtatcaact acctgcgcga tcacttcgca gcggcgcatc aggcgataca atgcggcgtc  1200
ccgctggccg gctacttcgt ctggtcgttc atggacaact tcgagtgggc caaagggtac  1260
acccaacgtt ttggtatcgt atgggtggat tatcaatcgc aacgacggat accgaaagac  1320
agcgcctact ggtatcgcga tgtcgtcgcc gccaacgcgg tgcaagttcc tgattag     1377
<210>134
<211>458
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(2)...(454)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(10)...(24)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<400>134
Met Thr Gln Leu Ala Phe Pro Ser Asn Phe Ile Trp Gly Thr Ala Thr
1               5                   10                  15
Ser Ala Tyr Gln Ile Glu Gly Ala Trp Asn Ala Asp Gly Lys Gly Glu
            20                  25                  30
Ser Ile Trp Asp Arg Phe Ser His Thr Gln Gly Lys Ile Ile Asp Gly
        35                  40                  45
Ser Asn Gly Asp Val Ala Cys Asp His Tyr His Arg Trp Arg Glu Asp
    50                  55                  60
Val Ala Leu Met Arg Asp Leu Gly Met Gln Ala Tyr Arg Phe Ser Ile
65                  70                  75                  80
Ser Trp Pro Arg Ile Leu Pro Thr Gly His Gly Gln Ile Asn Gln Ala
                85                  90                  95
Gly Leu Asp Phe Tyr Asn Arg Leu Val Asp Gly Leu Leu Glu Ala Gly
            100                 105                 110
IIe Lys Pro Phe Ala Thr Leu Tyr His Trp Asp Leu Pro Leu Ala Leu
        115                 120                 125
Gln Ala Asp Gly Gly Trp Pro Glu Arg Ser Thr Ala Lys Ala Phe Val
    130                 135                 140
Glu Tyr Ala Asp Val Val Ser Arg Ala Leu Gly Asp Arg Val Lys Ser
145                 150                 155                 160
Trp Ile Thr His Asn Glu Pro Trp Cys Ile Ser Met Leu Ser His Gln
                165                 170                 175
Ile Gly Glu His Ala Pro Gly Trp Arg Asp Trp Gln Ala Ala Leu Ala
            180                 185                 190
Ala Ala His His Val Leu Leu Ser His Gly Trp Ala Val Pro Glu Leu
        195                 200                 205
Arg Arg Asn Ser Arg Asp Ala Glu Ile Gly Ile Thr Leu Asn Phe Thr
    210                 215                 220
Pro Ala Glu Pro Ala Ser Asn Ser Ala Ala Asp Phe Lys Ala Tyr Arg
225                 230                 235                 240
Gln Phe Asp Gly Tyr Phe Asn Arg Trp Phe Leu Asp Pro Leu Tyr Gly
                245                 250                 255
Arg His Tyr Pro Ala Asp Met Val His Asp Tyr Ile Ala Gln Gly Tyr
            260                 265                 270
Leu Pro Ser Gln Gly Leu Thr Phe Val Glu Ala Gly Asp Leu Asp Ala
        275                 280                 285
Ile Ala Thr Arg Thr Asp Phe Leu Gly Val Asn Tyr Tyr Thr Arg Glu
    290                 295                 300
Val Val Arg Ser Gln Glu Ile Pro Glu Ser Glu Asn Ala Pro Arg Thr
305                 310                 315                 320
Val Leu Arg Ala Pro Gln Glu Glu Trp Thr Glu Met Gly Trp Glu Val
                325                 330                 335
Tyr Pro Glu Gly Leu Tyr Arg Leu Leu Asn Arg Leu His Phe Glu Tyr
            340                 345                 350
Gln Pro Arg Lys Leu Tyr Val Thr Glu Ser Gly Cys Ser Tyr Ser Asp
        355                 360                 365
Gly Pro Gly Pro Asn Gly Arg Ile Pro Asp Gln Arg Arg Ile Asn Tyr
    370                 375                 380
Leu Arg Asp His Phe Ala Ala Ala His Gln Ala Ile Gln Cys Gly Val
385                 390                 395                 400
Pro Leu Ala Gly Tyr Phe Val Trp Ser Phe Met Asp Asn Phe Glu Trp
                405                 410                 415
Ala Lys Gly Tyr Thr Gln Arg Phe Gly Ile Val Trp Val Asp Tyr Gln
            420                 425                 430
Ser Gln Arg Arg Ile Pro Lys Asp Ser Ala Tyr Trp Tyr Arg Asp Val
        435                 440                 445
Val Ala Ala Asn Ala Val Gln Val Pro Asp
    450                 455
<210>135
<211>987
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>135
atggttgagc ctgccgatca gagtcatttt tcagatgctt ttcaggtaaa tcgcactctt     60
ggaaaaggca tcaatcttgg taacacactg gaggctccaa atgaaggcga gtggggattg    120
acaattcgcg aggagtattt tgatgaagtg aaacaagccg gatttgaatc cgtgcgtatt    180
ccgatacgat ggaatgctca tgctctggaa ggttttccat atacgataga tgaatctttt    240
tttgaccggg ttgatgaagt tattggctgg gcttttgatc gtgatcttgc agtcatgatt    300
aacattcatc actacaacga attgatggag cagccacagg atcaccggga tcgctttttg    360
aaactttggg agcaaattgc tgcgcactat aaagagtacc cggaagaact ggtattcgag    420
attttaaacg aaccccacga taatctgacc ccggctatct ggaatagctt tttggctgat    480
gctctcggta ttatacgcca aaccaatcca ggaagggtta ttgcagtcgg aacagctgaa    540
tggggcggtt tcgggagttt gcaggatctt gagctgcctg ataatgaccg ccagataatc    600
accaccgttc attactataa cccatttcat ttcacgcatc agggggcaga ttgggttgga    660
gatgaagcgg atcagtggct tggaaccgaa tgggatggag cagatcatga aaaagctgaa    720
gttgacagcg attttgactc tgtggaacag tgggcccgaa atcatgaccg gccaatacac    780
gtgggagagt tcggagcttt cagcgccgca gatgatttgt cacgtgaaca gtggacggca    840
tacgtacgtg agtcttcgga gaaccggcag tttagctggg cgtattggga gtttgggtca    900
gggttcggtg cctatgatcc cggttccgga gaatggcgtg aatatttact ccgggcgtta    960
atccccgaca gtccggtgat tgattaa                                        987
<210>136
<211>328
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(27)...(306)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(17)...(20)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(139)...(148)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<400>136
Met Val Glu Pro Ala Asp Gln Ser His Phe Ser Asp Ala Phe Gln Val
1               5                   10                  15
Asn Arg Thr Leu Gly Lys Gly Ile Asn Leu Gly Asn Thr Leu Glu Ala
            20                  25                  30
Pro Asn Glu Gly Glu Trp Gly Leu Thr Ile Arg Glu Glu Tyr Phe Asp
        35                  40                  45
Glu Val Lys Gln Ala Gly Phe Glu Ser Val Arg Ile Pro Ile Arg Trp
    50                  55                  60
Asn Ala His Ala Leu Glu Gly Phe Pro Tyr Thr Ile Asp Glu Ser Phe
65                  70                  75                  80
Phe Asp Arg Val Asp Glu Val Ile Gly Trp Ala Pho Asp Arg Asp Leu
                85                  90                  95
Ala Val Met Ile Asn Ile His His Tyr Asn Glu Leu Met Glu Gln Pro
            100                 105                 110
Gln Asp His Arg Asp Arg Phe Leu Lys Leu Trp Glu Gln Ile Ala Ala
        115                 120                 125
His Tyr Lys Glu Tyr Pro Glu Glu Leu Val Phe Glu Ile Leu Asn Glu
    130                 135                 140
Pro His Asp Asn Leu Thr Pro Ala Ile Trp Asn Ser Phe Leu Ala Asp
145                 150                 155                 160
Ala Leu Gly Ile Ile Arg Gln Thr Asn Pro Gly Arg Val Ile Ala Val
                165                 170                 175
Gly Thr Ala Glu Trp Gly Gly Phe Gly Ser Leu Gln Asp Leu Glu Leu
            180                 185                 190
Pro Asp Asn Asp Arg Gln Ile Ile Thr Thr Val His Tyr Tyr Asn Pro
        195                 200                 205
Phe His Phe Thr His Gln Gly Ala Asp Trp Val Gly Asp Glu Ala Asp
    210                 215                 220
Gln Trp Leu Gly Thr Glu Trp Asp Gly Ala Asp His Glu Lys Ala Glu
225                 230                 235                 240
Val Asp Ser Asp Phe Asp Ser Val Glu Gln Trp Ala Arg Asn His Asp
                245                 250                 255
Arg Pro Ile His Val Gly Glu Phe Gly Ala Phe Ser Ala Ala Asp Asp
            260                 265                 270
Leu Ser Arg Glu Gln Trp Thr Ala Tyr Val Arg Glu Ser Ser Glu Asn
        275                 280                 285
Arg Gln Phe Ser Trp Ala Tyr Trp Glu Phe Gly Ser Gly Phe Gly Ala
    290                 295                 300
Tyr Asp Pro Gly Ser Gly Glu Trp Arg Glu Tyr Leu Leu Arg Ala Leu
305                 310                 315                 320
Ile Pro Asp Ser Pro Val Ile Asp
                325
<210>137
<211>702
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>137
atgagccacc gatcgcagga attcaacggc cagccactga tggtgtccga agacggccac     60
ttcgtgctcg gattcgggcg cgacgacgag gccacccacc gactgcgcgt tcagctaccg    120
gatgagcgag tctgggagaa gaatctgcgt ccggaatcgc gcgagttcga tattcagcgg    180
atcgacggct tgccgcaaga ccaggtcacc ccaccccact ccgtgctggc gagaatccga    240
gaggacgctt cgctgtcgcg ccgtgcccgc gaacgacgcg atccgcggac cgactggacc    300
gatggctgga tctggccggc cgagggccgc atttccggcg tgtacggcag ccagcgcatc    360
ctcaacggtg agcctcgcaa cccgcactgg gggctggata tcgccgcgcc aaccggcagc    420
ccggtcgtgg cgcctgccgg cggcatcgtc agcctgactc atccggacat gtatttttcc    480
ggcggcaccc tgttaatcga ccacggtcac ggcctggtgt ctgcgttcct ccacctgagt    540
gaaatcctgg tcgaggaagg gcagcgggtc gagcaggggg atctgatcgc acgcattggc    600
gccaccggtc gtgccaccgg gccgcacctg gactggcgga tcaatctcgg cgatgtacgc    660
gtggacccac agctgctgct gccgccgatg gacgcgcagt ga                       702
<210>138
<21l>233
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(127)...(223)
<223>肽酶家族M23
<400>138
Met Ser His Arg Ser Gln Glu Phe Asn Gly Gln Pro Leu Met Val Ser
1               5                   10                  15
Glu Asp Gly His Phe Val Leu Gly Phe Gly Arg Asp Asp Glu Ala Thr
            20                  25                  30
His Arg Leu Arg Val Gln Leu Pro Asp Glu Arg Val Trp Glu Lys Asn
        35                  40                  45
Leu Arg Pro Glu Ser Arg Glu Phe Asp Ile Gln Arg Ile Asp Gly Leu
    50                  55                  60
Pro Gln Asp Gln Val Thr Pro Pro His Ser Val Leu Ala Arg Ile Arg
65                  70                  75                  80
Glu Asp Ala Ser Leu Ser Arg Arg Ala Arg Glu Arg Arg Asp Pro Arg
                85                  90                  95
Thr Asp Trp Thr Asp Gly Trp Ile Trp Pro Ala Glu Gly Arg Ile Ser
            100                 105                 110
Gly Val Tyr Gly Ser Gln Arg Ile Leu Asn Gly Glu Pro Arg Asn Pro
        115                 120                 125
His Trp Gly Leu Asp Ile Ala Ala Pro Thr Gly Ser Pro Val Val Ala
    130                 135                 140
Pro Ala Gly Gly Ile Val Ser Leu Thr His Pro Asp Met Tyr Phe Ser
145                 150                 155                 160
Gly Gly Thr Leu Leu Ile Asp His Gly His Gly Leu Val Ser Ala Phe
                165                 170                 175
Leu His Leu Ser Glu Ile Leu Val Glu Glu Gly Gln Arg Val Glu Gln
            180                 185                 190
Gly Asp Leu Ile Ala Arg Ile Gly Ala Thr Gly Arg Ala Thr Gly Pro
        195                 200                 205
His Leu Asp Trp Arg Ile Asn Leu Gly Asp Val Arg Val Asp Pro Gln
    210                 215                 220
Leu Leu Leu Pro Pro Met Asp Ala Gln
225                 230
<210>139
<211>351
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>139
atggaaaaaa ttctcgttat cggatgcgcg ggccagatag gctcagagct tacgctcgaa   60
cttcgtaaga tttatggtga tgacaatgtg gtggctactg acattaagcc ggccagcaag  120
gaaattaccg agggcggccc ctttgaaatt cttgatgtgc tcgacaccca ccggcttttt  180
ggcactgtaa gccgcaacaa gatcacccag atttatcacc ttgcagccat cctttcgggc  240
aatgccgaga aaaaaccact tgcaagctgg cacattaaca tggagagttt gctcaacgtg  300
cttgaactgg cccgtgaact gaagcttcat aaaattttct ggccaagctc a           351
<210>140
<211>117
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>140
Met Glu Lys Ile Leu Val Ile Gly Cys Ala Gly Gln Ile Gly Ser Glu
1               5                   10                  15
Leu Thr Leu Glu Leu Arg Lys Ile Tyr Gly Asp Asp Asn Val Val Ala
            20                  25                  30
Thr Asp Ile Lys Pro Ala Ser Lys Glu Ile Thr Glu Gly Gly Pro Phe
        35                  40                  45
Glu Ile Leu Asp Val Leu Asp Thr His Arg Leu Phe Gly Thr Val Ser
    50                  55                  60
Arg Asn Lys Ile Thr Gln Ile Tyr His Leu Ala Ala Ile Leu Ser Gly
65                  70                  75                  80
Asn Ala Glu Lys Lys Pro Leu Ala Ser Trp His Ile Asn Met Glu Ser
                85                  90                  95
Leu Leu Asn Val Leu Glu Leu Ala Arg Glu Leu Lys Leu His Lys Ile
            100                 105                 110
Phe Trp Pro Ser Ser
        115
<210>141
<211>1350
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>141
atgctgtcct atacgagtcc gttcccaaag aactttgtct ggggtgtggc gacggcggcg    60
ccgcagatcg agggcgctgc gcgagaagac ggaaagggcg aatcgatatg ggatcgcttt   120
tgccgcgtgc ccggaaaggt ccacaatggc gatactctcg atgttgcgtg cgaccactac   180
caccggttcc gggaggattt cgcgctcatg cgagacttgg gcgtgcgcca ctaccggctt   240
tcgcttgcct ggccccgcat attcccggac ggcgacggcg cattgaacca gcgcggagtg   300
gatttctacc accggctctt tgaggccatg atcgagcacg ggattacgcc ttgggtgacg   360
ctctttcact gggatttgcc gcaggcgctc gaggaccgcg gcggctggtg tgagcgtctc   420
accgtcgatg cattcgggcg ctacgctgac accgtggtga aggcgtttgg cgatcgcgtg   480
aagaattgga tcaccctgaa cgaaatccgc tgcttcacgt tgctcgctta cgatctctgc   540
atcaaggccc cgggccgcaa ggtctcgcgg gcgcagctca accagaccta tcatcacgcg   600
ctgatctgcc atgggcatgg cgtccgggcg gtccgcgaac acggcgggcg aggcgctcgc   660
gtcgggctta ccgacaacag cgacgtatgc gtgcccgtca ccgagaccgc gcccgacatc   720
attgcggcca gatcctggta tgcgtcgcga aatattcatc tgctcgatcc gatctatcgc   780
ggcgagtatg cgccggaata cctcgaacgc tgcggtgcgg acgcgcccca ggtggccgag   840
gacgatttcg cgctgatttc aatgccgacg gattttctcg ggctgaatgt atatacggcg   900
acctttgtgc gtgccgacgc ggagggcagg ccggaggaga ttaaactgcc gcggaattac   960
ccgcgcgcgg atagcgcgtg gttgaatatt gtgccccagt cgatgtactg ggccacacgg  1020
ctggcgcggg aaacctacgg cgtgagatca atctacatca ccgaaaacgg ctgcggctac  1080
gacgacgagc ccgtcgacgg cggcgaggtg ctcgacctgc atcgacgcga ttttctgcgc  1140
aaccaccttc gggaattgca tcgcgccata ggcgacggcg tgcccgttga cgggtatttt  1200
ctctggtcct tcatggacaa ctacgagtgg gaggacgggt atgcgcggcg gttcggcatc  1260
gttcacgtcg acttcgaaag ccagaaacgg actccaaaac tctcggcgcg ctattacgcg  1320
caggtaatga aagaaaaccg gatcctgtga                                   1350
<210>142
<211>449
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(4)...(448)
<223>糖基水解酶家族1
<400>142
Met Leu Ser Tyr Thr Ser Pro Phe Pro Lys Asn Phe Val Trp Gly Val
1               5                   10                  15
Ala Thr Ala Ala Pro Gln Ile Glu Gly Ala Ala Arg Glu Asp Gly Lys
            20                  25                  30
Gly Glu Ser Ile Trp Asp Arg Phe Cys Arg Val Pro Gly Lys Val His
        35                  40                  45
Asn Gly Asp Thr Leu Asp Val Ala Cys Asp His Tyr His Arg Phe Arg
    50                  55                  60
Glu Asp Phe Ala Leu Met Arg Asp Leu Gly Val Arg His Tyr Arg Leu
65                  70                  75                  80
Ser Leu Ala Trp Pro Arg Ile Phe Pro Asp Gly Asp Gly Ala Leu Asn
                85                  90                  95
Gln Arg Gly Val Asp Phe Tyr His Arg Leu Phe Glu Ala Met Ile Glu
            100                 105                 110
His Gly Ile Thr Pro Trp Val Thr Leu Phe His Trp Asp Leu Pro Gln
        115                 120                 125
Ala Leu Glu Asp Arg Gly Gly Trp Cys Glu Arg Leu Thr Val Asp Ala
    130                 135                 140
Phe Gly Arg Tyr Ala Asp Thr Val Val Lys Ala Phe Gly Asp Arg Val
145                 150                 155                 160
Lys Asn Trp Ile Thr Leu Asn Glu Ile Arg Cys Phe Thr Leu Leu Ala
                165                 170                 175
Tyr Asp Leu Cys Ile Lys Ala Pro Gly Arg Lys Val Ser Arg Ala Gln
            180                 185                 190
Leu Asn Gln Thr Tyr His His Ala Leu Ile Cys His Gly His Gly Val
        195                 200                 205
Arg Ala Val Arg Glu His Gly Gly Arg Gly Ala Arg Val Gly Leu Thr
    210                 215                 220
Asp Asn Ser Asp Val Cys Val Pro Val Thr Glu Thr Ala Pro Asp Ile
225                 230                 235                 240
Ile Ala Ala Arg Ser Trp Tyr Ala Ser Arg Asn Ile His Leu Leu Asp
                245                 250                 255
Pro Ile Tyr Arg Gly Glu Tyr Ala Pro Glu Tyr Leu Glu Arg Cys Gly
            260                 265                 270
Ala Asp Ala Pro Gln Val Ala Glu Asp Asp Phe Ala Leu Ile Ser Met
        275                 280                 285
Pro Thr Asp Phe Leu Gly Leu Asn Val Tyr Thr Ala Thr Phe Val Arg
    290                 295                 300
Ala Asp Ala Glu Gly Arg Pro Glu Glu Ile Lys Leu Pro Arg Asn Tyr
305                 310                 315                 320
Pro Arg Ala Asp Ser Ala Trp Leu Asn Ile Val Pro Gln Ser Met Tyr
                325                 330                 335
Trp Ala Thr Arg Leu Ala Arg Glu Thr Tyr Gly Val Arg Ser Ile Tyr
            340                 345                 350
Ile Thr Glu Asn Gly Cys Gly Tyr Asp Asp Glu Pro Val Asp Gly Gly
        355                 360                 365
Glu Val Leu Asp Leu His Arg Arg Asp Phe Leu Arg Asn His Leu Arg
    370                 375                 380
Glu Leu His Arg Ala Ile Gly Asp Gly Val Pro Val Asp Gly Tyr Phe
385                 390                 395                 400
Leu Trp Ser Phe Met Asp Asn Tyr Glu Trp Glu Asp Gly Tyr Ala Arg
                405                 410                 415
Arg Phe Gly Ile Val His Val Asp Phe Glu Ser Gln Lys Arg Thr Pro
            420                 425                 430
Lys Leu Ser Ala Arg Tyr Tyr Ala Gln Val Met Lys Glu Asn Arg Ile
        435                 440                 445
Leu
<210>143
<211>1188
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>143
atgaccatca ccttccccga cgggttctgg tgggggacgg cgacggccgc ccaccaggtg   60
gagggcggca actggaacac cgactggtgg gcctacgagc acgccccggg cacccgctgc  120
gcggagccgt ccggcgatgc gtgcgaccac tggcaccgct acccggagga catcgccctc  180
ctcgccgcgc tcgggttcag tgcctaccgc ttctcggtgg aatgggctcg catcgagccc  240
gaggaagggc atttctcccg cgccaccctc gaccactacc ggcgcatgat cgcctgctgc  300
cgcgaccacg ggctggcccc ggtggtgacc ttccaccact tcaccacccc ccgctgggcc  360
gcggccgggg gctgctggtc cgacccggtc accgccgagc gcttcgcccg ttactgcgag  420
cgcaccgtgg ccgccctcgg cgacgagatc gcgatggcct gcacgatcaa cgagccgaac  480
atcgtggcca ccctcgggta cttcctcggc gagttcccgc cggccgtcgc cgaccccgac  540
cgctaccggc aggcgaacga cacgctgatc cgcgcccatc gcctcgccta cgaggcgctg  600
aaggccgggc ccggcgagtt ccccgtcggc ctcaccctgt cgatggccga gttcgtcgcc  660
gagcccggcg gcgaggccca cctcgcccag gtccggcaca cgatggagga catcttcctg   720
gaggccgccc ggggcgacga cttcatcggg gtgcagacct acagccgcat gcgcttcggt   780
cccgactcgc cgatcccgct cgggccggcc gagggcgtcg aggtcgtcca gatggggtac   840
gagtactggc cgtgggcgct cgaggcgacg atccggcgcg ccgccgaggt caccggcacg   900
gcggtccacg tcaccgagaa cggcatcggg accgccgacg acacgcagcg ggtcgcctac   960
gtcaccgagg ccctccgggg gctgcggcgc tgcctcgacg acggcatcga cgtccgcagc  1020
tacttctact ggacgctgct cgacaacttc gagtggacgc gcggctacgt gccgacgttc  1080
gggctcgtcg ccgtcgaccg caccacccag cgccggtcgg tgaagccgag cgcggtgtgg  1140
ctcggcgagg tcgcccgcac gaaccgcctc gagctcccgg accgctga               1188
<210>144
<211>395
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(1)...(390)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(9)...(23)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(188)...(191)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>144
Met Thr Ile Thr Phe Pro Asp Gly Phe Trp Trp Gly Thr Ala Thr Ala
1               5                   10                  15
Ala His Gln Val Glu Gly Gly Asn Trp Asn Thr Asp Trp Trp Ala Tyr
            20                  25                  30
Glu His Ala Pro Gly Thr Arg Cys Ala Glu Pro Ser Gly Asp Ala Cys
        35                  40                  45
Asp His Trp His Arg Tyr Pro Glu Asp Ile Ala Leu Leu Ala Ala Leu
    50                  55                  60
Gly Phe Ser Ala Tyr Arg Phe Ser Val Glu Trp Ala Arg Ile Glu Pro
65                  70                  75                  80
Glu Glu Gly His Phe Ser Arg Ala Thr Leu Asp His Tyr Arg Arg Met
                85                  90                  95
Ile Ala Cys Cys Arg Asp His Gly Leu Ala Pro Val Val Thr Phe His
            100                 105                 110
His Phe Thr Thr Pro Arg Trp Ala Ala Ala Gly Gly Cys Trp Ser Asp
        115                 120                 125
Pro Val Thr Ala Glu Arg Phe Ala Arg Tyr Cys Glu Arg Thr Val Ala
    130                 135                 140
Ala Leu Gly Asp Glu Ile Ala Met Ala Cys Thr Ile Asn Glu Pro Asn
145                 150                 155                 160
Ile Val Ala Thr Leu Gly Tyr Phe Leu Gly Glu Phe Pro Pro Ala Val
                165                 170                 175
Ala Asp Pro Asp Arg Tyr Arg Gln Ala Asn Asp Thr Leu Ile Arg Ala
            180                 185                 190
His Arg Leu Ala Tyr Glu Ala Leu Lys Ala Gly Pro Gly Glu Phe Pro
        195                 200                 205
Val Gly Leu Thr Leu Ser Met Ala Glu Phe Val Ala Glu Pro Gly Gly
    210                 215                 220
Glu Ala His Leu Ala Gln Val Arg His Thr Met Glu Asp Ile Phe Leu
225                 230                 235                 240
Glu Ala Ala Arg Gly Asp Asp Phe Ile Gly Val Gln Thr Tyr Ser Arg
                245                 250                 255
Met Arg Phe Gly Pro Asp Ser Pro Ile Pro Leu Gly Pro Ala Glu Gly
            260                 265                 270
Val Glu Val Val Gln Met Gly Tyr Glu Tyr Trp Pro Trp Ala Leu Glu
        275                 280                 285
Ala Thr Ile Arg Arg Ala Ala Glu Val Thr Gly Thr Ala Val His Val
    290                 295                 300
Thr Glu Asn Gly Ile Gly Thr Ala Asp Asp Thr Gln Arg Val Ala Tyr
305                 310                 315                 320
Val Thr Glu Ala Leu Arg Gly Leu Arg Arg Cys Leu Asp Asp Gly Ile
                325                 330                 335
Asp Val Arg Ser Tyr Phe Tyr Trp Thr Leu Leu Asp Asn Phe Glu Trp
            340                 345                 350
Thr Arg Gly Tyr Val Pro Thr Phe Gly Leu Val Ala Val Asp Arg Thr
        355                 360                 365
Thr Gln Arg Arg Ser Val Lys Pro Ser Ala Val Trp Leu Gly Glu Val
    370                 375                 380
Ala Arg Thr Asn Arg Leu Glu Leu Pro Asp Arg
385                 390                 395
<210>145
<211>1386
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>145
atgtcgtttc cgagaaattt cctgtgggga tcagccacct cctcctacca aatcgaaggc    60
gcctggcaag aagacggcaa aggcccaaat atctgggacg tgttttcaca caccccgggg   120
aaagtcgcca atggcgacac cggtgatatc gccatcgacc actaccaccg ataccgagac   180
gacgttgccc tgatggctga gcttggactt caggcatacc gtttctcgtt ctcctgggcc   240
agaataatgc cggaaggagc aggccccatc gagcaacggg gtctggactt ctacgaccgc   300
ctcattgatg cactgctgga gaaaaacatc caacccatgg ccaccctcta ccactgggat   360
ttaccagccg cactgcaaga cagagggggg tggactaacc gcgacagcgc gtcctggttt   420
gctgactact cagccgttgt tcacgacgct ttttctgacc gggtgggaat gtgggcaacg   480
ttgaacgagc cgtgggtgtc tgcatttttg ggccacggaa ctggcatcca cgcacctggc   540
atcacaagcc cccacgcggc gttcgccgcg gggcatcacc tgcttctggg gcatggcaag   600
gccatccaag cgatgcgcgc tcaatcgtct agcacccaac tgggaattgt tttgaacctc   660
gcccccgtgt atctcgaagg tgacacccct gctgaccacc cggctcacac ctccgtggca   720
ctacacgatg ccattttgaa tgggttgtgg acagagccgc ttctgcgctc cagatacccc   780
gacctgcttc ttcaactagg cgacatggtg acaaaaaaca tccacgacgg tgacctcgcc   840
atcatggccg agccgattga ctggatgggc atcaactact accaggacat tagatttgtg   900
gccactgatg ttgcccccac ggctaacccg atggcccctc cgggtaacga cctgccgggc   960
accgtcgggg tggagcctgc gccagcaatc ggaaacatca ccagctttgg ctggtccacc  1020
acccccgacg gactgcgagt actgttggtg ggcctggatg aggaatacga caacctcccg  1080
ccgatattca ttaccgaaaa cgggtgtgct tacgattacc ccgtcgagga cggtgtcgtc  1140
aacgacaccc ttcgtgtcac atacatgcga gaacacctca ccgcgttgtc gcaggccatt  1200
gaggcgggtg tgaatgtccg gggctatatg cactggtctc tgttcgacaa cttcgagtgg  1260
gccgaagggt atcgccaacg ctttggcatg gtgcacgtcg actttgagac cttggagcgg  1320
actcccaaag cctcagctca ctactattca cgtgtcatca caaataacgc cctctctgac  1380
gactga                                                             1386
<210>146
<211>461
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(1)...(458)
<223>糖基水解酶家族1
<220>
<221>位点
<222>(7)...(21)
<223>糖基水解酶家族1 N末端标签.Prosite id＝PS00653
<220>
<221>位点
<222>(337)...(340)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(386)...(389)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>146
Met Ser Phe Pro Arg Asn Phe Leu Trp G1y Ser Ala Thr Ser Ser Tyr
1               5                   10                  15
Gln Ile Glu Gly Ala Trp Gln Glu Asp Gly Lys Gly Pro Asn Ile Trp
            20                  25                  30
Asp Val Phe Ser His Thr Pro Gly Lys Val Ala Asn Gly Asp Thr Gly
        35                  40                  45
Asp Ile Ala Ile Asp His Tyr His Arg Tyr Arg Asp Asp Val Ala Leu
    50                  55                  60
Met Ala Glu Leu Gly Leu Gln Ala Tyr Arg Phe Ser Phe Ser Trp Ala
65                  70                  75                  80
Arg Ile Met Pro Glu Gly Ala Gly Pro Ile Glu Gln Arg Gly Leu Asp
                85                  90                  95
Phe Tyr Asp Arg Leu Ile Asp Ala Leu Leu Glu Lys Asn Ile Gln Pro
            100                 105                 110
Met Ala Thr Leu Tyr His Trp Asp Leu Pro Ala Ala Leu Gln Asp Arg
        115                 120                 125
Gly Gly Trp Thr Asn Arg Asp Ser Ala Ser Trp Phe Ala Asp Tyr Ser
    130                 135                 140
Ala Val Val His Asp Ala Phe Ser Asp Arg Val Gly Met Trp Ala Thr
145                 150                 155                 160
Leu Asn Glu Pro Trp Val Ser Ala Phe Leu Gly His Gly Thr Gly Ile
                165                 170                 175
His Ala Pro Gly Ile Thr Ser Pro His Ala Ala Phe Ala Ala Gly His
            180                 185                 190
His Leu Leu Leu Gly His Gly Lys Ala Ile Gln Ala Met Arg Ala Gln
        195                 200                 205
Ser Ser Ser Thr Gln Leu Gly Ile Val Leu Asn Leu Ala Pro Val Tyr
    210                 215                 220
Leu Glu Gly Asp Thr Pro Ala Asp His Pro Ala His Thr Ser Val Ala
225                 230                 235                 240
Leu His Asp Ala Ile Leu Asn Gly Leu Trp Thr Glu Pro Leu Leu Arg
                245                 250                 255
Ser Arg Tyr Pro Asp Leu Leu Leu Gln Leu Gly Asp Met Val Thr Lys
            260                 265                 270
Asn Ile His Asp Gly Asp Leu Ala Ile Met Ala Glu Pro Ile Asp Trp
        275                 280                 285
Met Gly Ile Asn Tyr Tyr Gln Asp Ile Arg Phe Val Ala Thr Asp Val
    290                 295                 300
Ala Pro Thr Ala Asn Pro Met Ala Pro Pro Gly Asn Asp Leu Pro Gly
305                 310                 315                 320
Thr Val Gly Val Glu Pro Ala Pro Ala Ile Gly Asn Ile Thr Ser Phe
                325                 330                 335
Gly Trp Ser Thr Thr Pro Asp Gly Leu Arg Val Leu Leu Val Gly Leu
            340                 345                 350
Asp Glu Glu Tyr Asp Asn Leu Pro Pro Ile Phe Ile Thr Glu Asn Gly
        355                 360                 365
Cys Ala Tyr Asp Tyr Pro Val Glu Asp Gly Val Val Asn Asp Thr Leu
    370                 375                 380
Arg Val Thr Tyr Met Arg Glu His Leu Thr Ala Leu Ser Gln Ala Ile
385                 390                 395                 400
Glu Ala Gly Val Asn Val Arg Gly Tyr Met His Trp Ser Leu Phe Asp
                405                 410                 415
Asn Phe Glu Trp Ala Glu Gly Tyr Arg Gln Arg Phe Gly Met Val His
            420                 425                 430
Val Asp Phe Glu Thr Leu Glu Arg Thr Pro Lys Ala Ser Ala His Tyr
        435                 440                 445
Tyr Ser Arg Val Ile Thr Asn Asn Ala Leu Ser Asp Asp
    450                 455                 460
<210>147
<211>1242
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>147
atgctaaaag ttttacgtaa acctattatt tctggattag ctttagctct attattgccg   60
gcaggggcag ctggtgccga aactaatatt tcaaagaagc caaatataag tggattaacc  120
gcgccgcaat tagaccaaag atataaagat tctttcacca ttggtgctgc ggttgagccg  180
tatcaattat tagatgcaaa agattcacaa atgctaaagc ggcattttaa tagtatcgta  240
gcagagaatg tcatgaagcc tagtagttta cagccagtag aaggacaatt caactgggag  300
ccggctgata aacttgttca gtttgcgaag gaaaatggaa tggacatgcg aggtcatacg  360
cttgtctggc atagccaggt accggattgg ttctttgaag atgcggcagg aaatccaatg  420
gttgtttggg aaaatggcag gcaagtggtt gccgatccat caaagcttca ggaaaacaaa  480
gagctcttac ttagccgatt acaaaatcat attcaggcag tcgtaacgcg ttataaagat  540
gatataaaat cttgggatgt tgtcaatgaa gtaatcgatg aatggggcgg acattctgaa  600
gggctgcgtc aatctccatg gttcctcatc accggaacgg actatattaa agttgctttt  660
gaaactgcaa gagaatatgc agctccagac gctaagctgt atatcaatga ttacaataca  720
gaagtagaac caaaaaggac gcacctttat aacttagtaa aaagtttaaa agaagaacag  780
aacgttccga ttgatggtgt tgggcatcag tctcacattc aaattggctg gccttcagaa  840
aaagaaattg aagatactat taatatgttt gcagatcttg gtttagataa ccaaatcacc   900
gagcttgatg ttagtatgta tggctggccg gtaaggtcgt atccaactta tgatgcgatc   960
ccagaactta aattcatgga tcaagcagct cgttatgatc gtttatttaa gttatatgag  1020
aaattaggag ataaaatcag taatgtgaca ttctggggta ttgcggataa ccatacatgg  1080
ctgaatgacc gcgcagatgt ttactatgat gaaaatggaa atgttgtatt agatagagaa  1140
acaccaagag tagaaagagg agcaggaaaa gatgcgccat ttgtatttga tcctgaatac  1200
aatgtaaaac cagcttattg ggcaattatc gatcacaaat aa                     1242
<210>148
<211>413
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(26)
<220>
<221>结构域
<222>(43)...(413)
<223>糖基水解酶家族10
<220>
<221>位点
<222>(29)...(32)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(35)...(38)
<223>N-糖基化位点.Prositeid＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(298)...(308)
<223>糖基水解酶家族10 活性位点.Prosite id＝PS00591
<220>
<221>位点
<222>(353)...(356)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(362)...(365)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>148
Met Leu Lys Val Leu Arg Lys Pro Ile Ile Ser Gly Leu Ala Leu Ala
1               5                   10                  15
Leu Leu Leu Pro Ala Gly Ala Ala Gly Ala Glu Thr Asn Ile Ser Lys
            20                  25                  30
Lys Pro Asn Ile Ser Gly Leu Thr Ala Pro Gln Leu Asp Gln Arg Tyr
        35                  40                  45
Lys Asp Ser Phe Thr Ile Gly Ala Ala Val Glu Pro Tyr Gln Leu Leu
    50                  55                  60
Asp Ala Lys Asp Ser Gln Met Leu Lys Arg His Phe Asn Ser Ile Val
65                  70                  75                  80
Ala Glu Asn Val Met Lys Pro Ser Ser Leu Gln Pro Val Glu Gly Gln
                85                  90                  95
Phe Asn Trp Glu Pro Ala Asp Lys Leu Val Gln Phe Ala Lys Glu Asn
            100                 105                 110
Gly Met Asp Met Arg Gly His Thr Leu Val Trp His Ser Gln Val Pro
        115                 120                 125
Asp Trp Phe Phe Glu Asp Ala Ala Gly Asn Pro Met Val Val Trp Glu
    130                 135                 140
Asn Gly Arg Gln Val Val Ala Asp Pro Ser Lys Leu Gln Glu Asn Lys
145                 150                 155                 160
Glu Leu Leu Leu Ser Arg Leu Gln Asn His Ile Gln Ala Val Val Thr
                165                 170                 175
Arg Tyr Lys Asp Asp Ile Lys Ser Trp Asp Val Val Asn Glu Val Ile
            180                 185                 190
Asp Glu Trp Gly Gly His Ser Glu Gly Leu Arg Gln Ser Pro Trp Phe
        195                 200                 205
Leu Ile Thr Gly Thr Asp Tyr Ile Lys Val Ala Phe Glu Thr Ala Arg
    210                 215                 220
Glu Tyr Ala Ala Pro Asp Ala Lys Leu Tyr Ile Asn Asp Tyr Asn Thr
225                 230                 235                 240
Glu Val Glu Pro Lys Arg Thr His Leu Tyr Asn Leu Val Lys Ser Leu
                245                 250                 255
Lys Glu Glu Gln Asn Val Pro Ile Asp Gly Val Gly His Gln Ser His
            260                 265                 270
Ile Gln Ile Gly Trp Pro Ser Glu Lys Glu Ile Glu Asp Thr Ile Asn
        275                 280                 285
Met Phe Ala Asp Leu Gly Leu Asp Asn Gln Ile Thr Glu Leu Asp Val
    290                 295                 300
Ser Met Tyr Gly Trp Pro Val Arg Ser Tyr Pro Thr Tyr Asp Ala Ile
305                 310                 315                 320
Pro Glu Leu Lys Phe Met Asp Gln Ala Ala Arg Tyr Asp Arg Leu Phe
                325                 330                 335
Lys Leu Tyr Glu Lys Leu Gly Asp Lys Ile Ser Asn Val Thr Phe Trp
            340                 345                 350
Gly Ile Ala Asp Asn His Thr Trp Leu Asn Asp Arg Ala Asp Val Tyr
        355                 360                 365
Tyr Asp Glu Asn Gly Asn Val Val Leu Asp Arg Glu Thr Pro Arg Val
    370                 375                 380
Glu Arg Gly Ala Gly Lys Asp Ala Pro Phe Val Phe Asp Pro Glu Tyr
385                 390                 395                 400
Asn Val Lys Pro Ala Tyr Trp Ala Ile Ile Asp His Lys
                405                 410
<210>149
<211>1068
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>149
atgacccgaa tgcgcgggat aaacatgggc ggctggctca gccaaattga cgccatacag    60
gaaaaagacc ctgatacatt tcccggaaca gacaaacata tggaaacttt tatccagcag   120
aaggattttg ccaatgtcag gagatggggt ttcgatcatg tgcgaattcc aattgacgcg   180
tatctgttct ttaccgaaaa aggagagccg attgaaaaca ggcttgccaa tcttgaccgc   240
gccgtagagt atgcgctgcc cgccggcctc aacatgatat tggacctcca cgagtgtccg   300
gggcacgatt tttcggaagc agtaaaaagc cctgtccaaa aacttttctc gggagatgac   360
acctggataa ggaaaactga aaaaatatgg gcttgccttg ccgagcgtta ttctcaaaag   420
ggccacgtcc tttttgagac gctcaatgag cctgtcgctc ccaccgcgga gatttggaac   480
aatgttaagg acaggctctg ccgcgaaata cggctccacg ccccctggtc gactataatc   540
accggctcca acatgtggaa ctcagcggca accttcgaca gcctcacgcc ctttgacgac   600
gacaacatga tctacagcgt acatttttac gagccgctgc ttttcacgca ccagaacgca   660
ttgtggatcg acaatccgga aatcaggatc gcaaggccgt atccgggcga ttacggtccc   720
ggctttgtcc ccaaagacgg tttgacgctg tcggacggcg tctggaacag ggatcgtctc   780
gccggcgcat tagcgcccgt gaacgcgttc aggaaaaagt acaatgcgaa gattatctgt   840
aacgagttcg gcgtttacgc gcccgtagac cttcaatcgc agctgcgctg gtatgaagat   900
ctgctctcaa tcctcaatga gacggggatc ggtttcacgt actggaacta taaaaatctc   960
gacttcggga taatttccat aggggagaag ctgcacgaag cccttccgca gtacgacaat  1020
agcgatcgaa taaataaatc ggttcttgaa gtgttaaaaa agtattag               1068
<210>150
<211>355
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(24)...(325)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(145)...(154)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<220>
<221>位点
<222>(310)...(313)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(350)...(353)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>150
Met Thr Arg Met Arg Gly Ile Asn Met Gly Gly Trp Leu Ser Gln Ile
1               5                   10                  15
Asp Ala Ile Gln Glu Lys Asp Pro Asp Thr Phe Pro Gly Thr Asp Lys
            20                  25                  30
His Met Glu Thr Phe Ile Gln Gln Lys Asp Phe Ala Asn Val Arg Arg
        35                  40                  45
Trp Gly Phe Asp His Val Arg Ile Pro Ile Asp Ala Tyr Leu Phe Phe
    50                  55                  60
Thr Glu Lys Gly Glu Pro Ile Glu Asn Arg Leu Ala Asn Leu Asp Arg
65                  70                  75                  80
Ala Val Glu Tyr Ala Leu Pro Ala Gly Leu Asn Met Ile Leu Asp Leu
                85                  90                  95
His Glu Cys Pro Gly His Asp Phe Ser Glu Ala Val Lys Ser Pro Val
            100                 105                 110
Gln Lys Leu Phe Ser Gly Asp Asp Thr Trp Ile Arg Lys Thr Glu Lys
        115                 120                 125
Ile Trp Ala Cys Leu Ala Glu Arg Tyr Ser Gln Lys Gly His Val Leu
    130                 135                 140
Phe Glu Thr Leu Asn Glu Pro Val Ala Pro Thr Ala Glu Ile Trp Asn
145                 150                 155                 160
Asn Val Lys Asp Arg Leu Cys Arg Glu Ile Arg Leu His Ala Pro Trp
                165                 170                 175
Ser Thr Ile Ile Thr Gly Ser Asn Met Trp Asn Ser Ala Ala Thr Phe
            180                 185                 190
Asp Ser Leu Thr Pro Phe Asp Asp Asp Asn Met Ile Tyr Ser Val His
        195                 200                 205
Phe Tyr Glu Pro Leu Leu Phe Thr His Gln Asn Ala Leu Trp Ile Asp
    210                 215                 220
Asn Pro Glu Ile Arg Ile Ala Arg Pro Tyr Pro Gly Asp Tyr Gly Pro
225                 230                 235                 240
Gly Phe Val Pro Lys Asp Gly Leu Thr Leu Ser Asp Gly Val Trp Asn
                245                 250                 255
Arg Asp Arg Leu Ala Gly Ala Leu Ala Pro Val Asn Ala Phe Arg Lys
            260                 265                 270
Lys Tyr Asn Ala Lys Ile Ile Cys Asn Glu Phe Gly Val Tyr Ala Pro
        275                 280                 285
Val Asp Leu Gln Ser Gln Leu Arg Trp Tyr Glu Asp Leu Leu Ser Ile
    290                 295                 300
Leu Asn Glu Thr Gly Ile Gly Phe Thr Tyr Trp Asn Tyr Lys Asn Leu
305                 310                 315                 320
Asp Phe Gly Ile Ile Ser Ile Gly Glu Lys Leu His Glu Ala Leu Pro
                325                 330                 335
Gln Tyr Asp Asn Ser Asp Arg Ile Asn Lys Ser Val Leu Glu Val Leu
            340                 345                 350
Lys Lys Tyr
        355
<210>151
<211>1068
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>151
atgaccagaa tgcgcggaat aaacatgggc ggctggctca gccagattga cgccatacag    60
gaaaaagacc ccgataaatt tcccggaata gacaaacaca tggaaacatt tatcggttcc   120
aatgattttt ccaatgtcag gaaatggggt ttcgatcatg tgcgaatccc gattgacgcg   180
tacctttttt ttaccgatca ggaagccccg attgaaaaca ggcttgtcca tattgacaac   240
gccgtaaaat acgcgcggag caacggcctc aaggtgatat tggacctcca cgagtgtccg   300
gggcatgatt tttcggacgc ggcaaaaggc cctgtccaga aacttttctc cggagatgac   360
acttatataa aaaagaccga aaaaatatgg gcatgtctgg ccgagcgtta ttcgaaaaac   420
gacaacgtcc tctatgagac tctcaacgag cctgtcgccc ccacgcctga gatttggaac   480
actgttaagg acaggctctg ccgggaaata cgcctgcacg ccccctgggc gacgataatc   540
accggttcca atatgtggaa ttggccgagc acctttgaca gcctgacgcc ctttgacgac   600
gacaacgtga tctacagcgt gcatttttac gagccgctgc tttttacgca ccagaacgcg   660
ccctggatca acaattctga aatcaggatc acaaggccgt atccgggcga ttacggcccc   720
ggctttgtcc gcaaatacgg cttaactctg tcagccggcg tctggaacag ggacaggctg   780
gcgaaggaat tcgcgcccgt gaacgcgttc aggaaaaaat acaaggcgca ggttatatgc   840
gacgaattcg gcgtttacgc gcctgtcgag attgaatcgc agcttcgatg gtatgaggat   900
ttgctctcga tcctcaggga gatgggtata gggttttcgt actggaacta taaaaacctg   960
gactttggga taatttccat aggggagaag ctgcacgaaa gccttctgca gtacggcaac  1020
ggcgacagga taaatcatat ggttcttgac ttgctaaaga agtactaa               1068
<210>152
<211>355
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(19)...(325)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(145)...(154)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<220>
<221>位点
<222>(227)...(230)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>152
Met Thr Arg Met Arg Gly Ile Asn Met Gly Gly Trp Leu Ser Gln Ile
1               5                   10                  15
Asp Ala Ile Gln Glu Lys Asp Pro Asp Lys Phe Pro Gly Ile Asp Lys
            20                  25                  30
His Met Glu Thr Phe Ile Gly Ser Asn Asp Phe Ser Asn Val Arg Lys
        35                  40                  45
Trp Gly Phe Asp His Val Arg Ile Pro Ile Asp Ala Tyr Leu Phe Phe
    50                  55                  60
Thr Asp Gln Glu Ala Pro Ile Glu Asn Arg Leu Val His Ile Asp Asn
65                  70                  75                  80
Ala Val Lys Tyr Ala Arg Ser Asn Gly Leu Lys Val Ile Leu Asp Leu
                85                  90                  95
His Glu Cys Pro Gly His Asp Phe Ser Asp Ala Ala Lys Gly Pro Val
            100                 105                 110
Gln Lys Leu Phe Ser Gly Asp Asp Thr Tyr Ile Lys Lys Thr Glu Lys
        115                 120                 125
Ile Trp Ala Cys Leu Ala Glu Arg Tyr Ser Lys Asn Asp Asn Val Leu
    130                 135                 140
Tyr Glu Thr Leu Asn Glu Pro Val Ala Pro Thr Pro Glu Ile Trp Asn
145                 150                 155                 160
Thr Val Lys Asp Arg Leu Cys Arg Glu Ile Arg Leu His Ala Pro Trp
                165                 170                 175
Ala Thr Ile Ile Thr Gly Ser Asn Met Trp Asn Trp Pro Ser Thr Phe
            180                 185                 190
Asp Ser Leu Thr Pro Phe Asp Asp Asp Asn Val Ile Tyr Ser Val His
        195                 200                 205
Phe Tyr Glu Pro Leu Leu Phe Thr His Gln Asn Ala Pro Trp Ile Asn
    210                 215                 220
Asn Ser Glu Ile Arg Ile Thr Arg Pro Tyr Pro Gly Asp Tyr Gly Pro
225                 230                 235                 240
Gly Phe Val Arg Lys Tyr Gly Leu Thr Leu Ser Ala Gly Val Trp Asn
                245                 250                 255
Arg Asp Arg Leu Ala Lys Glu Phe Ala Pro Val Asn Ala Phe Arg Lys
            260                 265                 270
Lys Tyr Lys Ala Gln Val Ile Cys Asp Glu Phe Gly Val Tyr Ala Pro
        275                 280                 285
Val Glu Ile Glu Ser Gln Leu Arg Trp Tyr Glu Asp Leu Leu Ser Ile
    290                 295                 300
Leu Arg Glu Met Gly Ile Gly Phe Ser Tyr Trp Asn Tyr Lys Asn Leu
305                 310                 315                 320
Asp Phe Gly Ile Ile Ser Ile Gly Glu Lys Leu His Glu Ser Leu Leu
                325                 330                 335
Gln Tyr Gly Asn Gly Asp Arg Ile Asn His Met Val Leu Asp Leu Leu
            340                 345                 350
Lys Lys Tyr
        355
<210>153
<211>1068
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>153
atgcaaagaa tgcgaggctt aaatattggc ggctggctca gccagattga cgccatacag      60
gaaaaggacc ctgagggctt tcccggaata gacaaacaca tggaaacatt cattgtttcc     120
ggagattttt acaatatcag gaaatggggt ttcgaccatg tgcggcttcc cattgactcg     180
tacctgttct ttacggaaga cgatgccccc attgagaaca ggtttgccca tcttgaccgc     240
gccgtacaat tcgcgaagag caacagcctc aagctgatat tggacctcca cgagtgtccg     300
ggacacgatt tttccgaagc cgcgaaagga cccgtccaga aacttttttc gggagatgac     360
gtttacataa aaaaaaccga gaaaatctgg gcctgcctcg ccgagcgtta ttcgaaaaac     420
gaccatgtac tctttgagac tctcaacgaa cctgtcgctc ccactgccga aatttggaac     480
aaggttaagg acaggctctg cagagtaatc cgcatccacg cgccctggtc gaccataatc     540
accggctcca atatgtggaa ctcgccgtcc gccttcgacg gtcttacgcc ctttgacgat     600
ggcaacgtga tctacagcgt gcatttttac gagccgctgc tttttacgca tcagaacgcg     660
ccgtggatcg acaatccgga gatcaggacg gcaaggccct atccgggcga ttacggcccc     720
ggccttgtcc gcaaatacgg tatggcgcag tcggccggca tctggaacaa gaaacggctt     780
gcaaaagaat ttgagcccgt ggacgcgttc aggaaaaaat acaaggcgcg cgttatctgt     840
aacgagtttg gcgtgtacgc ccccgccgat ctggaatcgc agcttcgctg gtatgaggat     900
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gatttcggaa taatttccat aggggagaaa ctgcacgaaa gactttcgca gtatgacaac    1020
gacgagcgga taaaccaccc ggtgctgaat gtgctgaaga aatattaa    1068
<210>154
<211>355
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(19)...(325)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<220>
<221>位点
<222>(145)...(154)
<223>糖基水解酶家族5 标签.Prosite id＝PS00659
<400>154
Met Gln Arg Met Arg Gly Leu Asn Ile Gly Gly Trp Leu Ser Gln Ile
1               5                   10                  15
Asp Ala Ile Gln Glu Lys Asp Pro Glu Gly Phe Pro Gly Ile Asp Lys
            20                  25                  30
His Met Glu Thr Phe Ile Val Ser Gly Asp Phe Tyr Asn Ile Arg Lys
        35                  40                  45
Trp Gly Phe Asp His Val Arg Leu Pro Ile Asp Ser Tyr Leu Phe Phe
    50                  55                  60
Thr Glu Asp Asp Ala Pro Ile Glu Asn Arg Phe Ala His Leu Asp Arg
65                  70                  75                  80
Ala Val Gln Phe Ala Lys Ser Asn Ser Leu Lys Leu Ile Leu Asp Leu
                85                  90                  95
His Glu Cys Pro Gly His Asp Phe Ser Glu Ala Ala Lys Gly Pro Val
            100                 105                 110
Gln Lys Leu Phe Ser Gly Asp Asp Val Tyr Ile Lys Lys Thr Glu Lys
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Ile Trp Ala Cys Leu Ala Glu Arg Tyr Ser Lys Asn Asp His Val Leu
    130                 135                 140
Phe Glu Thr Leu Asn Glu Pro Val Ala Pro Thr Ala Glu Ile Trp Asn
145                 150                 155                 160
Lys Val Lys Asp Arg Leu Cys Arg Val Ile Arg Ile His Ala Pro Trp
                165                 170                 175
Ser Thr Ile Ile Thr Gly Ser Asn Met Trp Asn Ser Pro Ser Ala Phe
            180                 185                 190
Asp Gly Leu Thr Pro Phe Asp Asp Gly Asn Val Ile Tyr Ser Val His
        195                 200                 205
Phe Tyr Glu Pro Leu Leu Phe Thr His Gln Asn Ala Pro Trp Ile Asp
    210                 215                 220
Asn Pro Glu Ile Arg Thr Ala Arg Pro Tyr Pro Gly Asp Tyr Gly Pro
225                 230                 235                 240
Gly Leu Val Arg Lys Tyr Gly Met Ala Gln Ser Ala Gly Ile Trp Asn
                245                 250                 255
Lys Lys Arg Leu Ala Lys Glu Phe Glu Pro Val Asp Ala Phe Arg Lys
            260                 265                 270
Lys Tyr Lys Ala Arg Val Ile Cys Asn Glu Phe Gly Val Tyr Ala Pro
        275                 280                 285
Ala Asp Leu Glu Ser Gln Leu Arg Trp Tyr Glu Asp Leu Leu Ser Ile
    290                 295                 300
Leu Asn Gly Met Gln Ile Gly Tyr Ser Tyr Trp Asn Tyr Lys Asn Leu
305                 310                 315                 320
Asp Phe Gly Ile Ile Ser Ile Gly Glu Lys Leu His Glu Arg Leu Ser
                325                 330                 335
Gln Tyr Asp Asn Asp Glu Arg Ile Asn His Pro Val Leu Asn Val Leu
            340                 345                 350
Lys Lys Tyr
        355
<210>155
<211>954
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>155
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gactacagcg aggagcgcct gaacagcttc atcaccgaaa aggactttga ggtgatcgcc    120
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ggccgcatga tggagaaagg ccttgcacgc atcgacgccg cgcttcggtt ttgtgagaag    240
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gagcaggaga tgggattctt ccggtcggcg cccgaccagc agctcttcta cacgatctgg    360
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tgttacgacc ctcacaccta tacccaccag ggcgcttact ggatgccgga tgactttgac    660
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ctcgccgacc cccgcatgga tgcggtccgg gcagagctgc tgacctgtct ctga    954
<210>156
<211>317
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(14)...(302)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<400>156
Met Leu Lys Asp Ser Gly Phe Tyr Lys Gly Ile Asn Leu Gly Gly Trp
1               5                   10                  15
Leu Ser Gln Cys Asp Tyr Ser Glu Glu Arg Leu Asn Ser Phe Ile Thr
            20                  25                  30
Glu Lys Asp Phe Glu Val Ile Ala Ser Trp Gly Phe Asp His Val Arg
        35                  40                  45
Leu Pro Val Asp Tyr Asn Val Ile Gln Asp Ala Glu Gly Arg Met Met
    50                  55                  60
Glu Lys Gly Leu Ala Arg Ile Asp Ala Ala Leu Arg Phe Cys Glu Lys
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Thr Gly Leu His Met Val Leu Asp Leu His Lys Thr Pro Gly Phe Ser
                85                  90                  95
Phe Asp Pro Gln Glu Gln Glu Met Gly Phe Phe Arg Ser Ala Pro Asp
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Gln Gln Leu Phe Tyr Thr Ile Trp Glu Ser Leu Ala Ala Arg Tyr Ala
        115                 120                 125
Asp Lys Ser Glu Ile Leu Met Phe Asp Leu Leu Asn Glu Ile Thr Glu
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Pro Ala Tyr Leu Glu Asp Trp Asn Arg Ile Ser Ala Glu Cys Ile Arg
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His His Asn Ala Val Ser Ala Val Lys Asp Leu Pro Ala Pro Ala Asp
            180                 185                 190
Asp Lys Val Phe Tyr Ser Phe His Cys Tyr Asp Pro His Thr Tyr Thr
        195                 200                 205
His Gln Gly Ala Tyr Trp Met Pro Asp Asp Phe Asp Ile Asp Ala Arg
    210                 215                 220
Val Ser Phe Arg Asp Thr Gly Val Thr Pro Val Phe Phe Glu Lys Leu
225                 230                 235                 240
Phe Ala Ser Ala Val Glu Lys Ala Gln Ala Glu Gly Thr Glu Leu Tyr
                245                 250                 255
Cys Gly Glu Tyr Gly Val Ile Asp Ile Val Pro Pro Glu Asp Ala Val
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Leu Trp Phe Arg Thr Ile His Glu Val Phe Glu Ala Phe Gly Ile Ala
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<210>157
<211>954
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>157
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<210>158
<211>317
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(14)...(302)
<223>纤维素酶(糖基水解酶家族5)
<400>158
Met Leu Lys Asp Ser Gly Phe Tyr Lys Gly Ile Asn Leu Gly Gly Trp
1               5                   10                  15
Leu Ser Gln Cys Asp Tyr Ser Glu Glu Arg Leu Asn Ser Phe Ile Thr
            20                  25                  30
Glu Lys Asp Phe Glu Val Ile Ala Ser Trp Gly Phe Asp His Val Arg
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Glu Glu Gly Leu Ala Arg Ile Asp Ala Ala Leu Arg Phe Cys Glu Lys
65                  70                  75                  80
Thr Gly Leu His Met Val Leu Asp Leu His Lys Thr Pro Gly Phe Ser
                85                  90                  95
Phe Asp Pro Gln Glu Gln Glu Met Gly Phe Phe Arg Ser Ala Pro Asp
            100                 105                 110
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Asp Lys Ser Glu Met Leu Met Phe Asp Leu Leu Asn Glu Ile Thr Glu
    130                 135                 140
Pro Ala Tyr Leu Lys Asp Trp Asn Arg Ile Ser Ala Glu Cys Ile Arg
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                165                 170                 175
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            180                 185                 190
Asp Arg Val Phe Tyr Ser Phe His Cys Tyr Asp Pro His Thr Tyr Thr
        195                 200                 205
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        275                 280                 285
Arg Ser Val Trp Ser Tyr Lys Glu Met Asp Phe Gly Leu Ser Asp Pro
    290                 295                 300
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<210>159
<211>1023
<212>DNA
<213>未知
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<400>159
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acctggctgg acaattttcc ggtgcgcggc cggaagaact ggccgtttct gttcgatgcc  960
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taa                                                               1023
<210>160
<211>340
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(10)...(335)
<223>糖基水解酶家族10
<220>
<221>位点
<222>(91)...(94)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<220>
<221>位点
<222>(185)...(188)
<223>N-糖基化位点.Prosite id＝PS00001
<400>160
Met Asn Pro Thr Phe Ser Ser Val Pro Ala Leu Lys Glu Leu Phe Ala
1               5                   10                  15
Ala Asp Phe Asn Ile Gly Ala Ala Val Asn Pro Thr Thr Ile Arg Thr
            20                  25                  30
Gln Glu Ala Leu Leu Ala Tyr His Phe Asn Ser Leu Thr Ala Glu Asn
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Ile Tyr Ala Trp Asp Val Val Asn Glu Val Ile Ala Asp Glu Gly Glu
    130                 135                 140
Ala Leu Leu Arg Thr Ser Lys Trp Thr Glu Ile Ala Gly Pro Glu Phe
145                 150                 155                 160
Ile Ala Lys Ala Phe Glu Tyr Ala His Glu Ala Asp Pro Gln Ala Leu
                165                 170                 175
Leu Phe Tyr Asn Asp Tyr Asn Glu Ser Asn Pro Leu Lys Arg Asp Lys
            180                 185                 190
Ile Tyr Thr Leu Val His Ser Leu Leu Glu Gln Gly Val Pro Ile His
        195                 200                 205
Gly Ile Gly Leu Gln Ala His Trp Asn Leu Tyr Asp Pro Ser Leu Asp
    210                 215                 220
Glu Ile Lys Ala Ala Ile Glu Lys Tyr Ala Ser Leu Gly Leu Gln Leu
225                 230                 235                 240
Gln Leu Thr Glu Leu Asp Leu Ser Met Phe Arg Phe Asp Asp Arg Arg
                245                 250                 255
Thr Asp Leu Thr Ala Pro Glu Pro Gly Met Leu Glu Gln Gln Ala Glu
            260                 265                 270
Arg Tyr Glu Ala Val Phe Arg Leu Leu Leu Glu Tyr Arg Asp Val Ile
        275                 280                 285
Ser Gly Val Thr Phe Trp Gly Ala Ala Asp Asp Tyr Thr Trp Leu Asp
    290                 295                 300
Asn Phe Pro Val Arg Gly Arg Lys Asn Trp Pro Phe Leu Phe Asp Ala
305                 310                 315                 320
Gln His Gln Pro Lys Ala Ala Tyr His Arg Val Ala Ala Leu Ala Ala
                325                 330                 335
Glu Gln Arg Ala
            340
<210>161
<211>2820
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>161
atgtcctgcc gcaccctgat gagtaggcgt gtaggatggg gacttttatt gtggggaggt     60
ttattcctca gaaccggttc ggttacagga caaacttaca attatgccga agtcctgcag    120
aaatctatgt ttttctacga atgtcaggag tctaaaattg ccccgggcaa tcgggtgaca    180
tggcgagcta atgcagccat gaacgatggg agcgatgttg gaaaagacct gacaggagga    240
tggtttgatg caggtgacca tgtgaaattt aattttccca tggcgtttac cgctacggcg    300
ctggcgtggg gagctattga ctttgctcag ggatacatta gttccgggca aatgcaatac    360
ctgaaacgta atctgcgcta cgtcaatgac tatttcatta aatgtcacac agcccccaac    420
gaattgtatg gtcaggtggg taatggaggc cttgaccatg ccttttgggg accacccgaa    480
gtcatgcgca tggctaggcc tgcctataaa attgatgcgt caaaacccgg atcagatctg    540
gctgccgaaa cagctgctgc aatggctgcc gccagcattg ttttcaaatc cgacgatcct    600
acctatagcg ctactttgct gaatcatgca aaacagctgt tttcttttgc cgaaacctat    660
aaaggaaaat attccgacgc tattaccgat gctgcaggat attataactc ctggagcggc    720
tataacgatg aactggtatg gggagctata tggctttacc gggctaccgg cgatgcaacc    780
tatctatcta aggcagaatc ctattacgac aatctgggta atcagggtca ggaacccgtt    840
aaagcctaca aatggaccat tgcatgggat gacaaatcct atggctgtta tgccctactg    900
gccaaattga caggtaagga aaaatacaaa attgacgccg aacgttttct cgactattgg    960
accgatggtt ataatggttc ccggattact tataccccgg gaggactcgc tttcctcgat   1020
atatggggat cgttgcgcta tgctatgaat actgcctttg ttgctgccta ctatgccgat   1080
gcagccactt cagctgctaa aaccacaaaa tatctcaact ttgctaaaca acaactgcat   1140
tatgctcttg gatccaatcc gagcaacaga agctatgtct gtggctttgg caataatcct   1200
cccgttaatc ctcaccatag aggtgcacac ggagcatggt ctaataatgt tcaaggacct   1260
cctaccgaaa cacgacatat cctctacggc gcattagtgg gtggaccagg cagtaatgac   1320
tcctatactg acgaccgatc caattacacc aataacgaag tagcatgtga ctacaatgct   1380
cttttctccg gactgcttgc aaagttcgtc attgattatg gaggcacacc gttagccaac   1440
ttccctgttc gtgaaacccc aaaagatgaa tatttcgttg aagcaaaagc aaacgctaca   1500
ggaaccaatt tctccgaatg gacggtatgg gtatacaacc acactgcatg gccagcccgt   1560
gaaggttctg aatataaatt cagattatac gtaaatattt cggaaggact ggctgcaggc   1620
tatactgcct caaattatgt tgtgcaaacc aataatgccg gtgtggtaaa ctttacccaa   1680
cttttagctg ctgatgcagc taacggcatc tattataccg aagtaacctt taaacctggt   1740
accgaaattt atcctggcgg gcaacagtat gacaagaagg aagctcagat gcgtattagt   1800
ttgcccaatg ctccggcttc tgcatgggat ccgactaacg acccgtcatg ggcgggaatc  1860
acctctacct tgaaacaaat gccgggtata cccatgtatg tagatggtgt aaaggtattt  1920
ggtaatgagc ctgtcccagg tcagacagtt cccgtcaccg gagtaaccgt atcgcctacc  1980
accctgagtc tgactgtagg acagaccagt acactcaccg ctaccgtatc gccggctaat  2040
gctaccaaca aaaacgtcac ctggagcagc agcaatacca gcgtagccac ggtaagctca  2100
acaggcgttg tcacagccgt agcagccggt tcggccacca tcaccgtaac cacagtcgat  2160
ggcgctaaaa cagccacctg cgccgtaacg gtaacaggca gcaccaacgt tcccgtcacc  2220
ggagtaaccg tatcgcccac cacgctgagt ctgaccgtag ggcagaccgc taccctcacc  2280
gctaccgtat cgccggctaa tgctaccaac aagaacgtta cctggagcag cagcaatacc  2340
agcgtagcca cggtaagttc aacaggcgta gttactgccg tagcggccgg ttcggccacc  2400
atcaccgtaa ccaccgtcga tggagctaaa accgctacct gcaccgtaac ggtaacgggc  2460
agcactaccg tacccgtcac cggcgtaact gtatcgccta ccaccctgag tctgaccgtt  2520
ggacaaaccg ctaccctgac cgctaccgta tcgccagctg atgctaccaa caagaacgtc  2580
acctggagca gcagcaatac cagcgtagcc acggtaagct caacaggcgt agtcactgcc  2640
gtagcggccg gttcagctac catcaccgtg accacagtcg atggggctaa aactgctacc  2700
tgtgccgtga ccgtaaccgc cggaggttcc accaccccct gcagtaatcc ggtaagcaaa  2760
accctacctc tggtacagga tggtgccggc gaattcaggt tgagtaatag ttttaattaa  2820
<210>162
<211>939
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(30)
<220>
<221>结构域
<222>(34)...(469)
<223>糖基水解酶家族9
<220>
<221>结构域
<222>(491)...(576)
<223>纤维素结合结构域
<220>
<221>结构域
<222>(738)...(816)
<223>细菌Ig样结构域(第2类)
<220>
<221>结构域
<222>(825)...(903)
<223>细菌Ig样结构域(第2类)
<220>
<221>结构域
<222>(651)...(729)
<223>细菌Ig样结构域(第2类)
<400>162
Met Set Cys Arg Thr Leu Met Ser Arg Arg Val Gly Trp Gly Leu Leu
1               5                   10                  15
Leu Trp Gly Gly Leu Phe Leu Arg Thr Gly Ser Val Thr Gly Gln Thr
            20                  25                  30
Tyr Asn Tyr Ala Glu Val Leu Gln Lys Ser Met Phe Phe Tyr Glu Cys
        35                  40                  45
Gln Glu Ser Lys Ile Ala Pro Gly Asn Arg Val Thr Trp Arg Ala Asn
    50                  55                  60
Ala Ala Met Asn Asp Gly Ser Asp Val Gly Lys Asp Leu Thr Gly Gly
65                  70                  75                  80
Trp Phe Asp Ala Gly Asp His Val Lys Phe Asn Phe Pro Met Ala Phe
                85                  90                  95
Thr Ala Thr Ala Leu Ala Trp Gly Ala Ile Asp Phe Ala Gln Gly Tyr
            100                 105                 110
Ile Ser Ser Gly Gln Met Gln Tyr Leu Lys Arg Asn Leu Arg Tyr Val
        115                 120                 125
Asn Asp Tyr Phe Ile Lys Cys His Thr Ala Pro Asn Glu Leu Tyr Gly
    130                 135                 140
Gln Val Gly Asn Gly Gly Leu Asp His Ala Phe Trp Gly Pro Pro Glu
145                 150                 155                 160
Val Met Arg Met Ala Arg Pro Ala Tyr Lys Ile Asp Ala Ser Lys Pro
                165                 170                 175
Gly Ser Asp Leu Ala Ala Glu Thr Ala Ala Ala Met Ala Ala Ala Ser
            180                 185                 190
Ile Val Phe Lys Ser Asp Asp Pro Thr Tyr Ser Ala Thr Leu Leu Asn
        195                 200                 205
His Ala Lys Gln Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Tyr Lys Gly Lys Tyr
    210                 215                 220
Ser Asp Ala Ile Thr Asp Ala Ala Gly Tyr Tyr Asn Ser Trp Ser Gly
225                 230                 235                 240
Tyr Asn Asp Glu Leu Val Trp Gly Ala Ile Trp Leu Tyr Arg Ala Thr
                245                 250                 255
Gly Asp Ala Thr Tyr Leu Ser Lys Ala Glu Ser Tyr Tyr Asp Asn Leu
            260                 265                 270
Gly Asn Gln Gly Gln Glu Pro Val Lys Ala Tyr Lys Trp Thr Ile Ala
        275                 280                 285
Trp Asp Asp Lys Ser Tyr Gly Cys Tyr Ala Leu Leu Ala Lys Leu Thr
    290                 295                 300
Gly Lys Glu Lys Tyr Lys Ile Asp Ala Glu Arg Phe Leu Asp Tyr Trp
305                 310                 315                 320
Thr Asp Gly Tyr Asn Gly Ser Arg Ile Thr Tyr Thr Pro Gly Gly Leu
                325                 330                 335
Ala Phe Leu Asp Ile Trp Gly Ser Leu Arg Tyr Ala Met Asn Thr Ala
            340                 345                 350
Phe Val Ala Ala Tyr Tyr Ala Asp Ala Ala Thr Ser Ala Ala Lys Thr
        355                 360                 365
Thr Lys Tyr Leu Asn Phe Ala Lys Gln Gln Leu His Tyr Ala Leu Gly
    370                 375                 380
Ser Asn Pro Ser Asn Arg Ser Tyr Val Cys Gly Phe Gly Asn Asn Pro
385                 390                 395                 400
Pro Val Asn Pro His His Arg Gly Ala His Gly Ala Trp Ser Asn Asn
                405                 410                 415
Val Gln Gly Pro Pro Thr Glu Thr Arg His Ile Leu Tyr Gly Ala Leu
            420                 425                 430
Val Gly Gly Pro Gly Ser Asn Asp Ser Tyr Thr Asp Asp Arg Ser Asn
        435                 440                 445
Tyr Thr Asn Asn Glu Val Ala Cys Asp Tyr Asn Ala Leu Phe Ser Gly
    450                 455                 460
Leu Leu Ala Lys Phe Val Ile Asp Tyr Gly Gly Thr Pro Leu Ala Asn
465                 470                 475                 480
Phe Pro Val Arg Glu Thr Pro Lys Asp Glu Tyr Phe Val Glu Ala Lys
                485                 490                 495
Ala Asn Ala Thr Gly Thr Asn Phe Ser Glu Trp Thr Val Trp Val Tyr
            500                 505                 510
Asn His Thr Ala Trp Pro Ala Arg Glu Gly Ser Glu Tyr Lys Phe Arg
        515                 520                 525
Leu Tyr Val Asn Ile Ser Glu Gly Leu Ala Ala Gly Tyr Thr Ala Ser
    530                 535                 540
Asn Tyr Val Val Gln Thr Asn Asn Ala Gly Val Val Asn Phe Thr Gln
545                 550                 555                 560
Leu Leu Ala Ala Asp Ala Ala Asn Gly Ile Tyr Tyr Thr Glu Val Thr
                565                 570                 575
Phe Lys Pro Gly Thr Glu Ile Tyr Pro Gly Gly Gln Gln Tyr Asp Lys
            580                 585                 590
Lys Glu Ala Gln Met Arg Ile Ser Leu Pro Asn Ala Pro Ala Ser Ala
        595                 600                 605
Trp Asp Pro Thr Asn Asp Pro Ser Trp Ala Gly Ile Thr Ser Thr Leu
    610                 615                 620
Lys Gln Met Pro Gly Ile Pro Met Tyr Val Asp Gly Val Lys Val Phe
625                 630                 635                 640
Gly Asn Glu Pro Val Pro Gly Gln Thr Val Pro Val Thr Gly Val Thr
                645                 650                 655
Val Ser Pro Thr Thr Leu Ser Leu Thr Val Gly Gln Thr Ser Thr Leu
            660                665                670
Thr Ala Thr Val Ser Pro Ala Asn Ala Thr Asn Lys Asn Val Thr Trp
        675                 680                 685
Ser Ser Ser Asn Thr Ser Val Ala Thr Val Ser Ser Thr Gly Val Val
    690                 695                 700
Thr Ala Val Ala Ala Gly Ser Ala Thr Ile Thr Val Thr Thr Val Asp
705                 710                 715                 720
Gly Ala Lys Thr Ala Thr Cys Ala Val Thr Val Thr Gly Ser Thr Asn
                725                 730                 735
Val Pro Val Thr Gly Val Thr Val Ser Pro Thr Thr Leu Ser Leu Thr
            740                 745                 750
Val Gly Gln Thr Ala Thr Leu Thr Ala Thr yal Ser Pro Ala Asn Ala
        755                 760                 765
Thr Asn Lys Asn Val Thr Trp Ser Ser Ser Asn Thr Ser Val Ala Thr
    770                 775                 780
Val Ser Ser Thr Gly Val Val Thr Ala Val Ala Ala Gly Ser Ala Thr
785                 790                 795                 800
Ile Thr Val Thr Thr Val Asp Gly Ala Lys Thr Ala Thr Cys Thr Val
                805                 810                 815
Thr Val Thr Gly Ser Thr Thr Val Pro Val Thr Gly Val Thr Val Ser
            820                 825                 830
Pro Thr Thr Leu Ser Leu Thr Val Gly Gln Thr Ala Thr Leu Thr Ala
        835                 840                 845
Thr Val Ser Pro Ala Asp Ala Thr Asn Lys Asn Val Thr Trp Ser Ser
    850                 855                 860
Ser Asn Thr Ser Val Ala Thr Val Ser Ser Thr Gly Val Val Thr Ala
865                 870                 875                 880
Val Ala Ala Gly Ser Ala Thr Ile Thr Val Thr Thr Val Asp Gly Ala
                885                 890                 895
Lys Thr Ala Thr Cys Ala Val Thr Val Thr Ala Gly Gly Ser Thr Thr
            900                 905                 910
Pro Cys Ser Asn Pro Val Ser Lys Thr Leu Pro Leu Val Gln Asp Gly
        915                 920                 925
Ala Gly Glu Phe Arg Leu Ser Asn Ser Phe Asn
    930                 935
<210>163
<211>2733
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>163
atgcaaactt acaattatgc cgaagtcctg cagaaatcta tgtttttcta cgaatgtcag      60
gagtctaaaa ttgccccggg caatcgggtg acatggcgag ctaatgcagc catgaacgat     120
gggagcgatg ttggaaaaga cctgacagga ggatggtttg atgcaggtga ccatgtgaaa     180
tttaattttc ccatggcgtt taccgctacg gcgctggcgt ggggagctat tgactttgct     240
cagggataca ttagttccgg gcaaatgcaa tacctgaaac gtaatctgcg ctacgtcaat     300
gactatttca ttaaatgtca cacagccccc aacgaattgt atggtcaggt gggtaatgga     360
ggccttgacc atgccttttg gggaccaccc gaagtcatgc gcatggctag gcctgcctat     420
aaaattgatg cgtcaaaacc cggatcagat ctggctgccg aaacagctgc tgcaatggct     480
gccgccagca ttgttttcaa atccgacgat cctacctata gcgctacttt gctgaatcat     540
gcaaaacagc tgttttcttt tgccgaaacc tataaaggaa aatattccga cgctattacc     690
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gtcattgatt atggaggcac accgttagcc aacttccctg ttcgtgaaac cccaaaagat    1380
gaatatttcg ttgaagcaaa agcaaacgct acaggaacca atttctccga atggacggta    1440
tgggtataca accacactgc atggccagcc cgtgaaggtt ctgaatataa attcagatta    1500
tacgtaaata tttcggaagg actggctgca ggctatactg cctcaaatta tgttgtgcaa    1560
accaataatg ccggtgtggt aaactttacc caacttttag ctgctgatgc agctaacggc    1620
atctattata ccgaagtaac ctttaaacct ggtaccgaaa tttatcctgg cgggcaacag    1680
tatgacaaga aggaagctca gatgcgtatt agtttgccca atgctccggc ttctgcatgg    1740
gatccgacta acgacccgtc atgggcggga atcacctcta ccttgaaaca aatgccgggt    1800
atacccatgt atgtagatgg tgtaaaggta tttggtaatg agcctgtccc aggtcagaca    1860
gttcccgtca ccggagtaac cgtatcgcct accaccctga gtctgactgt aggacagacc    1920
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agcagcaata ccagcgtagc cacggtaagc tcaacaggcg ttgtcacagc cgtagcagcc    2040
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acggtaacag gcagcaccaa cgttcccgtc accggagtaa ccgtatcgcc caccacgctg    2160
agtctgaccg tagggcagac cgctaccctc accgctaccg tatcgccggc taatgctacc    2220
aacaagaacg ttacctggag cagcagcaat accagcgtag ccacggtaag ttcaacaggc    2280
gtagttactg ccgtagcggc cggttcggcc accatcaccg taaccaccgt cgatggagct    2340
aaaaccgcta cctgcaccgt aacggtaacg ggcagcacta ccgtacccgt caccggcgta    2400
actgtatcgc ctaccaccct gagtctgacc gttggacaaa ccgctaccct gaccgctacc    2460
gtatcgccag ctgatgctac caacaagaac gtcacctgga gcagcagcaa taccagcgta    2520
gccacggtaa gctcaacagg cgtagtcact gccgtagcgg ccggttcagc taccatcacc    2580
gtgaccacag tcgatggggc taaaactgct acctgtgccg tgaccgtaac cgccggaggt    2640
tccaccaccc cctgcagtaa tccggtaagc aaaaccctac ctctggtaca ggatggtgcc    2700
ggcgaattca ggttgagtaa tagttttaat taa                                 2733
<210>164
<211>910
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>结构域
<222>(5)...(440)
<223>糖基水解酶家族9
<220>
<221>结构域
<222>(462)...(547)
<223>纤维素结合结构域
<220>
<221>结构域
<222>(709)...(787)
<223>细菌Ig样结构域(第2类)
<220>
<221>结构域
<222>(796)...(874)
<223>细菌Ig样结构域(第2类)
<220>
<221>结构域
<222>(622)...(700)
<223>细菌Ig样结构域(第2类)
<400>164
Met Gln Thr Tyr Asn Tyr Ala Glu Val Leu Gln Lys Ser Met Phe Phe
 1               5                  10                  15
Tyr Glu Cys Gln Glu Ser Lys Ile Ala Pro Gly Asn Arg Val Thr Trp
            20                  25                  30
Arg Ala Asn Ala Ala Met Asn Asp Gly Ser Asp Val Gly Lys Asp Leu
        35                  40                  45
Thr Gly Gly Trp Phe Asp Ala Gly Asp His Val Lys Phe Asn Phe Pro
    50                  55                  60
Met Ala Phe Thr Ala Thr Ala Leu Ala Trp Gly Ala Ile Asp Phe Ala
65                  70                  75                  80
Gln Gly Tyr Ile Ser Ser Gly Gln Met Gln Tyr Leu Lys Arg Asn Leu
                85                  90                  95
Arg Tyr Val Asn Asp Tyr Phe Ile Lys Cys His Thr Ala Pro Asn Glu
            100                 105                 110
Leu Tyr Gly Gln Val Gly Asn Gly Gly Leu Asp His Ala Phe Trp Gly
        115                 120                 125
Pro Pro Glu Val Met Arg Met Ala Arg Pro Ala Tyr Lys Ile Asp Ala
    130                 135                 140
Ser Lys Pro Gly Ser Asp Leu Ala Ala Glu Thr Ala Ala Ala Met Ala
145                 150                 155                 160
Ala Ala Ser Ile Val Phe Lys Ser Asp Asp Pro Thr Tyr Ser Ala Thr
                165                 170                 175
Leu Leu Asn His Ala Lys Gln Leu Phe Ser Phe Ala Glu Thr Tyr Lys
            180                 185                 190
Gly Lys Tyr Ser Asp Ala Ile Thr Asp Ala Ala Gly Tyr Tyr Asn Ser
        195                 200                 205
Trp Ser Gly Tyr Asn Asp Glu Leu Val Trp Gly Ala Ile Trp Leu Tyr
    210                 215                 220
Arg Ala Thr Gly Asp Ala Thr Tyr Leu Ser Lys Ala Glu Ser Tyr Tyr
225                 230                 235                 240
Asp Asn Leu Gly Asn Gln Gly Gln Glu Pro Val Lys Ala Tyr Lys Trp
                245                 250                 255
Thr Ile Ala Trp Asp Asp Lys Ser Tyr Gly Cys Tyr Ala Leu Leu Ala
            260                 265                 270
Lys Leu Thr Gly Lys Glu Lys Tyr Lys Ile Asp Ala Glu Arg Phe Leu
        275                 280                 285
Asp Tyr Trp Thr Asp Gly Tyr Asn Gly Ser Arg Ile Thr Tyr Thr Pro
    290                 295                 300
Gly Gly Leu Ala Phe Leu Asp Ile Trp Gly Ser Leu Arg Tyr Ala Met
305                 310                 315                 320
Asn Thr Ala Phe Val Ala Ala Tyr Tyr Ala Asp Ala Ala Thr Ser Ala
                325                 330                 335
Ala Lys Thr Thr Lys Tyr Leu Asn Phe Ala Lys Gln Gln Leu His Tyr
            340                 345                 350
Ala Leu Gly Ser Asn Pro Ser Asn Arg Ser Tyr Val Cys Gly Phe Gly
        355                 360                 365
Asn Asn Pro Pro Val Asn Pro His His Arg Gly Ala His Gly Ala Trp
    370                 375                 380
Ser Asn Asn Val Gln Gly Pro Pro Thr Glu Thr Arg His Ile Leu Tyr
385                 390                 395                 400
Gly Ala Leu Val Gly Gly Pro Gly Ser Asn Asp Ser Tyr Thr Asp Asp
                405                 410                 415
Arg Ser Asn Tyr Thr Asn Asn Glu Val Ala Cys Asp Tyr Asn Ala Leu
            420                 425                 430
Phe Ser Gly Leu Leu Ala Lys Phe Val Ile Asp Tyr Gly Gly Thr Pro
        435                 440                 445
Leu Ala Asn Phe Pro Val Arg Glu Thr Pro Lys Asp Glu Tyr Phe Val
    450                 455                 460
Glu Ala Lys Ala Asn Ala Thr Gly Thr Asn Phe Ser Glu Trp Thr Val
465                 470                 475                 480
Trp Val Tyr Asn His Thr Ala Trp Pro Ala Arg Glu Gly Ser Glu Tyr
                485                 490                 495
Lys Phe Arg Leu Tyr Val Asn Ile Ser Glu Gly Leu Ala Ala Gly Tyr
            500                 505                 510
Thr Ala Ser Asn Tyr Val Val Gln Thr Asn Asn Ala Gly Val Val Asn
        515                 520                 525
Phe Thr Gln Leu Leu Ala Ala Asp Ala Ala Asn Gly Ile Tyr Tyr Thr
    530                 535                 540
Glu Val Thr Phe Lys Pro Gly Thr Glu Ile Tyr Pro Gly Gly Gln Gln
545                 550                 555                 560
Tyr Asp Lys Lys Glu Ala Gln Met Arg Ile Ser Leu Pro Asn Ala Pro
                565                 570                 575
Ala Ser Ala Trp Asp Pro Thr Asn Asp Pro Ser Trp Ala Gly Ile Thr
            580                 585                 590
Ser Thr Leu Lys Gln Met Pro Gly Ile Pro Met Tyr Val Asp Gly Val
        595                 600                 605
Lys Val Phe Gly Asn Glu Pro Val Pro Gly Gln Thr Val Pro Val Thr
    610                 615                 620
Gly Val Thr Val Ser Pro Thr Thr Leu Ser Leu Thr Val Gly Gln Thr
625                 630                 635                 640
Ser Thr Leu Thr Ala Thr Val Ser Pro Ala Asn Ala Thr Asn Lys Asn
                645                 650                 655
Val Thr Trp Ser Ser Ser Asn Thr Ser Val Ala Thr Val Ser Ser Thr
            660                 665                 670
Gly Val Val Thr Ala Val Ala Ala Gly Ser Ala Thr Ile Thr Val Thr
        675                 680                 685
Thr Val Asp Gly Ala Lys Thr Ala Thr Cys Ala Val Thr Val Thr Gly
    690                 695                 700
Ser Thr Asn Val Pro Val Thr Gly Val Thr Val Ser Pro Thr Thr Leu
705                 710                 715                 720
Ser Leu Thr Val Gly Gln Thr Ala Thr Leu Thr Ala Thr Val Ser Pro
                725                 730                 735
Ala Asn Ala Thr Asn Lys Asn Val Thr Trp Ser Ser Ser Asn Thr Ser
            740                 745                 750
Val Ala Thr Val Ser Ser Thr Gly Val Val Thr Ala Val Ala Ala Gly
        755                 760                 765
Ser Ala Thr Ile Thr Val Thr Thr Val Asp Gly Ala Lys Thr Ala Thr
    770                 775                 780
Cys Thr Val Thr Val Thr Gly Ser Thr Thr Val Pro Val Thr Gly Val
785                 790                 795                 800
Thr Val Ser Pro Thr Thr Leu Ser Leu Thr Val Gly Gln Thr Ala Thr
                805                 810                 815
Leu Thr Ala Thr Val Ser Pro Ala Asp Ala Thr Asn Lys Asn Val Thr
            820                 825                 830
Trp Ser Ser Ser Asn Thr Ser Val Ala Thr Val Ser Ser Thr Gly Val
        835                 840                 845
Val Thr Ala Val Ala Ala Gly Ser Ala Thr Ile Thr Val Thr Thr Val
    850                 855                 860
Asp Gly Ala Lys Thr Ala Thr Cys Ala Val Thr Val Thr Ala Gly Gly
865                 870                 875                 880
Ser Thr Thr Pro Cys Ser Asn Pro Val Ser Lys Thr Leu Pro Leu Val
                885                 890                 895
Gln Asp Gly Ala Gly Glu Phe Arg Leu Ser Asn Ser Phe Asn
            900                 905                 910
<210>165
<211>1347
<212>DNA
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<400>165
atgacaatta acaacaaaac tacagcgagt cctagtattc ccagcaccca caattccctc     60
ccgtcgcttc gcacactgtt taccaccagc ctgctcacgc tggccctgac cgcctgcggt    120
ggttcttcca gcagcgacaa ggacccttca agctccagct ccagtgaatc atcaagttcc    180
agcgaatcct cgagctcagc ttccagcgaa tcctcgagca gtgagtccag cagtagctct    240
tccgcgggcc atttctccat cgagccggac ttccagctct acagcctggc caacttcccg    300
gtgggcgtgg cggtctccgc cgccaacgag aacgacagca tcttcaacag tccggatgcc    360
gccgaacgtc aggccgttat tattgagcac ttctctcagc tcaccgccgg caacatcatg    420
aaaatgagct acctgcagcc gagtcaaggc aacttcacct tcgatgacgc cgacgagttg    480
gttaacttcg cccaagccaa tggcatgacc gtacacggcc actccaccat ctggcacgcg    540
gactaccaag taccgaactt catgagaaac tttgaaggtg accaggagga atgggcagaa    600
attctgaccg atcacgtcac taccatcatc gagcacttcc ccgacgatgt ggtcatcagc    660
tgggacgtgg tgaacgaggc tgtcgatcaa ggcacggcga acggctggcg ccattcggtg    720
ttctacaatg cattcgacgc cccggaagaa ggcgacattc ccgaatacat caaagtcgct    780
ttccgcgccg cgcgcgaggc tgacgccaac gtagacctct actacaacga ctacgacaat    840
accgccaatg cccagcgcct ggccaaaaca ctgcaaattg ccgaggtact ggacgccgaa    900
ggcaccattg acggcgtcgg tttccagatg cacgcctaca tggattaccc gagcctgacc    960
cattttgaaa acgccttccg gcaagtcgtc gacctggggc tcaaagtgaa agttaccgag   1020
ctggacgtat ccgtagtcaa cccctacggc ggcgaagcac ctccacaacc ggaatacgac   1080
aaagaactgg ccggcgcgca aaaactgcgc ttctgccaaa tcgccgaagt ttacatgaac   1140
actgtacccg aggagttacg cggtggcttc accgtctggg gcctgaccga tgatgaaagt   1200
tggctgatgc aacagttcag aaacgccacc ggcgccgact acgacgacgt ctggccgtta   1260
ctgttcaatg ccgacaaatc cgccaaaccg gcactgcaag gcgtggccga cgcctttacc   1320
ggacaaacct gcacctccga gttctaa                                       1347
<210>166
<211>448
<212>PRT
<213>未知
<220>
<223>从环境样品中获得
<220>
<221>信号
<222>(1)...(45)
<400>166
Met Thr Ile Asn Asn Lys Thr Thr Ala Ser Pro Ser Ile Pro Ser Thr
 1               5                  10                  15
His Asn Ser Leu Pro Ser Leu Arg Thr Leu Phe Thr Thr Ser Leu Leu
            20                  25                  30
Thr Leu Ala Leu Thr Ala Cys Gly Gly Ser Ser Ser Ser Asp Lys Asp
        35                  40                  45
Pro Ser Ser Ser Ser Ser Ser Glu Ser Ser Ser Ser Ser Glu Ser Ser
    50                  55                  60
Ser Ser Ala Ser Ser Glu Ser Ser Ser Ser Glu Ser Ser Ser Ser Ser
65                  70                  75                  80
Ser Ala Gly His Phe Ser Ile Glu Pro Asp Phe Gln Leu Tyr Ser Leu
                85                  90                  95
Ala Asn Phe Pro Val Gly Val Ala Val Ser Ala Ala Asn Glu Asn Asp
            100                 105                 110
Ser Ile Phe Asn Ser Pro Asp Ala Ala Glu Arg Gln Ala Val Ile Ile
        115                 120                 125
Glu His Phe Ser Gln Leu Thr Ala Gly Asn Ile Met Lys Met Ser Tyr
    130                 135                 140
Leu Gln Pro Ser Gln Gly Asn phe Thr Phe Asp Asp Ala Asp Glu Leu
145                 150                 155                 160
Val Asn Phe Ala Gln Ala Asn Gly Met Thr Val His Gly His Ser Thr
                165                 170                 175
Ile Trp His Ala Asp Tyr Gln Val Pro Asn Phe Met Arg Asn Phe Glu
            180                 185                 190
Gly Asp Gln Glu Glu Trp Ala Glu Ile Leu Thr Asp His Val Thr Thr
        195                 200                 205
Ile Ile Glu His Phe Pro Asp Asp Val Val Ile Ser Trp Asp Val Val
    210                 215                 220
Asn Glu Ala Val Asp Gln Gly Thr Ala Asn Gly Trp Arg His Ser Val
225                 230                 235                 240
Phe Tyr Asn Ala Phe Asp Ala Pro Glu Glu Gly Asp Ile Pro Glu Tyr
                245                 250                 255
Ile Lys Val Ala Phe Arg Ala Ala Arg Glu Ala Asp Ala Asn Val Asp
            260                 265                 270
Leu Tyr Tyr Asn Asp Tyr Asp Asn Thr Ala Asn Ala Gln Arg Leu Ala
        275                 280                 285
Lys Thr Leu Gln Ile Ala Glu Val Leu Asp Ala Glu Gly Thr Ile Asp
    290                 295                 300
Gly Val Gly Phe Gln Met His Ala Tyr Met Asp Tyr Pro Ser Leu Thr
305                 310                 315                 320
His Phe Glu Asn Ala Phe Arg Gln Val Val Asp Leu Gly Leu Lys Val
                325                 330                 335
Lys Val Thr Glu Leu Asp Val Ser Val Val Asn Pro Tyr Gly Gly Glu
            340                 345                 350
Ala Pro Pro Gln Pro Glu Tyr Asp Lys Glu Leu Ala Gly Ala Gln Lys
        355                 360                 365
Leu Arg Phe Cys Gln Ile Ala Glu Val Tyr Met Asn Thr Val Pro Glu
    370                 375                 380
Glu Leu Arg Gly Gly Phe Thr Val Trp Gly Leu Thr Asp Asp Glu Ser
385                 390                 395                 400
Trp Leu Met Gln Gln Phe Arg Asn Ala Thr Gly Ala Asp Tyr Asp Asp
                405                 410                 415
Val Trp Pro Leu Leu Phe Asn Ala Asp Lys Ser Ala Lys Pro Ala Leu
            420                 425                 430
Gln Gly Val Ala Asp Ala Phe Thr Gly Gln Thr Cys Thr Ser Glu Phe
        435                 440                 445

Claims (19)

1.分离的或重组的核酸，其包括
(a)如SEQ ID NO：1所示的核酸序列，其中所述核酸编码至少一个具有β-葡糖苷酶活性的多肽；或
(b)编码如SEQ ID NO：2所示的多肽的核酸序列。
2.权利要求1所述的分离的或重组的核酸，所述核酸如SEQ ID NO：1所示。
3.表达序列盒，其包含权利要求1所述序列的核酸。
4.载体，所述载体包含权利要求1所述序列的核酸。
5.克隆载体，其包含权利要求1所述序列的核酸。
6.分离的或重组的多肽，所述多肽如SEQ ID NO：2所示，其中所述多肽具有纤维素酶活性；或由权利要求1所述的核酸编码。
7.权利要求6所述的分离的或重组的多肽，其中所述纤维素酶活性包括水解纤维素、纤维素衍生物或半纤维素。
8.权利要求7所述的分离的或重组的多肽，其中所述纤维素酶活性包括水解木材或纸浆或木材制品或纸制品中的纤维素或半纤维素。
9.权利要求6所述的分离的或重组的多肽，其中所述纤维素酶活性包括催化饲料、食品或饮料中葡聚糖的水解。
10.权利要求9所述的分离的或重组的多肽，其中所述饲料、食品或饮料包括基于谷物的动物饲料、麦芽汁或啤酒、面团、水果或蔬菜。
11.权利要求6所述的分离的或重组的多肽，其中所述纤维素酶活性包括催化微生物细胞、哺乳动物细胞、植物细胞或任何含有纤维素部分的植物材料中葡聚糖的水解。
12.权利要求11所述的分离的或重组的多肽，其中所述微生物细胞是真菌细胞。
13.分离的或重组的多肽，所述多肽包括在权利要求6中所述的多肽并且缺乏信号或前导序列或前原序列。
14.分离的或重组的多肽，所述多肽包括在权利要求6中所述的多肽并且具有异源信号或前导序列或异源前原序列。
15.蛋白制剂，所述蛋白制剂包含在权利要求6中所述的多肽，其中所述蛋白制剂包括液体、固体或凝胶。
16.固定化多肽，其中所述多肽是权利要求6中所述的多肽。
17.阵列，包括在权利要求16中所述的固定化多肽。
18.在编码β-葡糖苷酶多肽的核酸中修饰密码子的方法，所述方法包括如下步骤：
(a)提供编码具有β-葡糖苷酶活性的多肽的核酸，所述核酸如权利要求1所示；和
(b)鉴定步骤(a)的核酸中的密码子，并用不同的密码子来代替它，所述不同的密码子编码与被取代的密码子相同的氨基酸，从而修饰在编码β-葡糖苷酶的核酸中的密码子。
19.燃料，其含有权利要求6所示的多肽。
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