CN101014608A - 抑制基因表达的方法和组合物 - Google Patents

Abstract

本发明涉及用于抑制基因表达的方法和组合物。具体的说，本发明提供基于寡核苷酸的治疗药物，以抑制与癌症相关的癌基因。

Description

抑制基因表达的方法和组合物

本申请要求以下共同待审专利申请系列号的优先权：2004年6月1日提交的第10/858,164号、2004年6月1日提交的第10/858,341号、2004年6月1日提交的第10/858,145号、2004年6月1日提交的第10/858,094号、2004年6月1日提交的第10/858,013号、2004年6月1日提交的第10/858,146号、2004年9月22日提交的第60/611,974号和2004年12月17日提交的第60/637,212号。

发明领域

本发明涉及抑制基因表达的方法和组合物。具体的说，本发明提供基于寡核苷酸的治疗药物以抑制与癌症相关的癌基因。

发明背景

癌基因已成为理解癌症生物学的主要概念，可为治疗药物提供有价值的靶标。所有的癌基因及其产物都在细胞内部起作用。这使得基于蛋白质的药物因其特异性涉及配体-受体识别而无效。

反义寡脱氧核苷酸(寡核苷酸)正作为特异性地靶向癌基因的治疗化合物而得到研究(Wickstrom，E.(编辑).Prospects for antisense nucleicacid therapy of cancer and Aids.New York：Wiley-Liss，Inc.1991；Murray，J.A.H.(编辑).Antisense RNA and DNA New York：Wiley-Liss，Inc.1992)。反义药物是修饰的合成寡核苷酸，通过干扰靶mRNA的核糖体翻译而起作用。迄今所开发的反义药物是通过结合靶mRNA并触发核糖核酸酶H(RNA酶H)降解mRNA来破坏靶mRNA。寡核苷酸的半寿期约为20分钟，因此它们在大多数细胞中被快速降解(Fisher，T.L.等，Nucleic Acids Res.21：3857-3865(1993))。为提高寡核苷酸的稳定性，通常对它们进行化学修饰，例如用硫替代其骨架中一个磷酸酯中的氧(硫代磷酸酯)来保护它们(Milligan，J.F.等，J.Med.Chem.36：1923-1937(1993)；Wagner，R.W.等，Science 260：1510-1513(1993))。但是，这种修饰只能减慢反义药物的降解，因此反义药物需要大剂量才能有效。

尽管人们对反义疗法的应用充满乐观，但反义药物的使用存在许多严重问题，如难以使足量的反义药物进入细胞中，存在非序列特异性作用，因大量含硫的硫代磷酸酯寡核苷酸和它们不能进入其靶细胞而造成毒性，以及因连续大剂量传递而费用高。反义药物已有的另一问题是它们的活性无特异性。

故另外需要不基于蛋白质的靶向癌基因的癌症治疗药物。特别需要在低剂量下有效和对对象无毒的治疗药物。

发明概述

本发明涉及抑制基因表达的方法和组合物。具体的说，本发明提供基于寡核苷酸的治疗药物以抑制与癌症相关的癌基因。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与bcl-3基因启动子区杂交的第一寡核苷酸(例如SEQ ID NO：1438，3，7，8或9)的组合物。在某些实施方案中，第一寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第一寡核苷酸中的所有胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。在某些优选的实施方案中，第一寡核苷酸与bcl-2基因启动子区的杂交抑制bcl-2基因的表达。在某些实施方案中，bcl-2基因在细胞的染色体上，第一寡核苷酸与bcl-2基因启动子区的杂交减少细胞的增殖。在某些实施方案中，所述组合物还包含第二寡核苷酸。在某些实施方案中，第二寡核苷酸中的至少一个(例如所有的)胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，所述第二寡核苷酸包括SEQ ID NO：3，7，8或9，且与第一寡核苷酸不同(例如如果第二寡核苷酸具有SEQ ID NO：3的序列，则第一寡核苷酸具有SEQ ID NO：3以外的序列等等)。在某些实施方案中，第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是bcl-2。在某些实施方案中，第二基因是癌基因(例如c-ki-Ras、c-Ha-Ras、c-myc、Her-2或TGF-α)。

在其它实施方案中，本发明提供包含寡核苷酸的组合物，所述寡核苷酸能在包括SEQ ID NO：1的核苷酸1-40之间、SEQ ID NO：1的核苷酸161-350之间、SEQ ID NO：1的核苷酸401-590之间或SEQ IDNO：1的核苷酸1002-1260之间的位置与bcl-2基因启动子区杂交。

在另外其它实施方案中，本发明提供方法，该方法包括：提供寡核苷酸(例如SEQ ID NO：1438，3，7，8或9)及能够增殖和包含能够表达的bcl-2基因的细胞；将寡核苷酸引入到细胞中。在某些实施方案中，引入的结果导致细胞增殖减少。在某些实施方案中，引入的结果导致bcl-2基因表达的抑制。在某些实施方案中，细胞是癌细胞。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物或人)中。在某些实施方案中，寡核苷酸以每公斤体重0.01μg-100g的剂量，优选以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到宿主动物中。在某些实施方案中，寡核苷酸每天一次或多次引入到宿主动物中。在其它实施方案中，寡核苷酸连续引入到宿主动物中。在还其它实施方案中，细胞在细胞培养物中。在某些实施方案中，该方法还包括将试验化合物引入到细胞中的步骤。在某些实施方案中，试验化合物是公知的化疗药物。在某些实施方案中，癌症是胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌或黑素瘤。在某些实施方案中，寡核苷酸中的至少一个(例如所有的)胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，该方法还提供药物传递系统。在某些实施方案中，药物传递系统包含脂质体(例如包含中性脂质或脂质样化合物的脂质体)。在某些实施方案中，药物传递系统包含细胞靶向成分(例如细胞表面受体或核受体的配体或配体样分子)。在某些实施方案中，药物传递系统供在体内使用，寡核苷酸和脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

本发明还提供方法，该方法包括：提供能与bcl-2基因启动子区杂交的寡核苷酸及包含bcl-2基因的细胞；将寡核苷酸引入到细胞中。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，核苷酸与bcl-2基因启动子区完全互补。在其它实施方案中，寡核苷酸与bcl-2基因启动子区部分互补。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸含有bcl-2基因启动子区的一个错配。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸只与bcl-2基因启动子区互补，不与人基因组的其它区域完全互补。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。

在某些实施方案中，该方法还提供药物传递系统。在某些实施方案中，药物传递系统包含脂质体(例如包含中性脂质或脂质样化合物的脂质体)。在某些实施方案中，药物传递系统包含细胞靶向成分(例如细胞表面受体或核受体的配体或配体样分子)。在某些实施方案中，药物传递系统供在体内使用，寡核苷酸和脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

在还其它实施方案中，本发明提供包含寡核苷酸的组合物，该寡核苷酸能在生理条件下与bcl-2基因启动子区杂交。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸与bcl-2基因启动子区完全互补。在其它实施方案中，寡核苷酸与bcl-2基因启动子区部分互补。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸含有bcl-2基因启动子区的一个错配。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸只与bcl-2基因启动子区互补，不与人基因组的其它区域完全互补。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。

本发明还在使得bcl-2基因表达被抑制的条件下提供包含能在生理条件下与bcl-2基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明另外在使得细胞增殖减少的条件下提供包含寡核苷酸的组合物，该寡核苷酸能在生理条件下与位于细胞染色体上的bcl-2基因启动子区杂交。

本发明也提供包含第一寡核苷酸和第二寡核苷酸的组合物，所述第一寡核苷酸能在生理条件下与bcl-2基因启动子区杂交，包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶；所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与bcl-2基因启动子区杂交的寡核苷酸和说明书的试剂盒，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶；所述说明书说明如何使用试剂盒来减少在染色体上包含bcl-2基因的细胞的增殖或者抑制基因表达。在某些实施方案中，试剂盒中的组合物用以治疗对象的癌症，所述说明书包括如何使用试剂盒来治疗对象的癌症的说明。在某些实施方案中，说明书是美国食品和药物管理局(U.S.Food and Drug Agency)所要求的医药品标签说明。

本发明也提供方法，该方法包括：提供来自确诊患有癌症的对象的生物样品及用以检测样品中是否存在癌基因表达的试剂；检测样品中是否存在癌基因表达；向对象中引入能在生理条件下与生物样品中所表达的癌基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

本发明另外提供抑制对象中的基因表达的方法(例如用以治疗癌症或其它高增殖性疾病)，该方法包括提供能在生理条件下与生物样品中所表达的与癌症或高增殖性疾病相关的基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；在使得基因表达被抑制的条件下将寡核苷酸给予对象。在某些实施方案中，对象是人。

在又其它实施方案中，本发明提供筛选化合物的方法，所述方法包括提供包含可疑癌基因的细胞及能与该基因启动子区杂交的寡核苷酸；将寡核苷酸引入到细胞中；确定在寡核苷酸存在下相对于寡核苷酸不存在时细胞的增殖是否被抑制。在某些实施方案中，细胞在细胞培养物(例如癌细胞系)中。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物)中。在某些实施方案中，该方法是高通量筛选方法。

因此，在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-ki-Ras基因启动子区杂交的第一寡核苷酸(例如SEQ ID NO：47，48，50或53)的组合物。在某些实施方案中，第一寡核苷酸的至少一个(例如所有的)胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第一寡核苷酸与c-ki-Ras基因启动子区的杂交能抑制c-ki-Ras基因的表达。在某些实施方案中，c-ki-Ras基因在细胞的染色体上，第一寡核苷酸与c-ki-Ras基因启动子区的杂交能减少细胞的增殖。在某些实施方案中，组合物还包含第二寡核苷酸。在某些实施方案中，第二寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在其它实施方案中，第二寡核苷酸中的所有胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第二寡核苷酸包括SEQ ID NO：47，48，50或53，其中所述第二寡核苷酸与第一寡核苷酸不同(例如如果第二寡核苷酸具有SEQID NO：47的序列，则第一寡核苷酸具有SEQ ID NO：47以外的序列等等)。在某些实施方案中，第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是c-ki-Ras。在某些实施方案中，第二基因是癌基因(例如包括但不限于c-Ha-Ras、c-myc、Her-2、TGF-α和bcl-2)。

在另外其它实施方案中，本发明提供包含寡核苷酸的组合物，该寡核苷酸能在包括SEQ ID NO：46的核苷酸1-289之间或SEQ IDNO：46的核苷酸432-658之间的位置与c-ki-Ras基因启动子区杂交。

在其它实施方案中，本发明提供方法，所述方法包括提供能与c-ki-Ras基因启动子区杂交的寡核苷酸(例如包含SEQ ID NO：47，48，50或53的寡核苷酸)及包含能够表达的c-ki-Ras基因的细胞，其中所述细胞能够增殖；将寡核苷酸引入到细胞中。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在其它实施方案中，寡核苷酸的CG二核苷酸对中的所有胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸能在包括SEQ ID NO：46的核苷酸1-289之间或SEQ ID NO：46的核苷酸432-658之间的位置与c-ki-Ras基因启动子区杂交。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在15-30个碱基之间。

在某些优选的实施方案中，引入的结果导致细胞的增殖减少。在某些实施方案中，引入的结果导致c-ki-Ras基因表达的抑制。在某些实施方案中，细胞是癌细胞(例如包括但不限于胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤)。在某些实施方案中，细胞是在宿主动物中。在某些实施方案中，宿主动物是非人哺乳动物。在某些实施方案中，寡核苷酸以每公斤体重0.01μg-100g的剂量，优选以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到宿主动物中。在某些实施方案中，寡核苷酸每天一次或多次引入到宿主动物中。在其它实施方案中，寡核苷酸连续引入到宿主动物中(例如持续2小时至2周之间的时间)。在其它实施方案中，细胞在细胞培养物中。在某些实施方案中，该方法还包括将试验化合物引入到细胞中的步骤。在某些实施方案中，试验化合物是公知的化疗药物。

在某些实施方案中，该方法还提供药物传递系统。在某些实施方案中，药物传递系统包含脂质体(例如包含中性脂质或脂质样化合物的脂质体)。在某些实施方案中，药物传递系统包含细胞靶向成分(例如细胞表面受体或核受体的配体或配体样分子)。在某些实施方案中，药物传递系统供在体内使用，寡核苷酸和脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

在还其它实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-ki-Ras基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物，其中寡核苷酸中的至少一个(例如所有的)胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸与c-ki-Ras基因启动子区完全互补。在其它实施方案中，寡核苷酸与c-ki-Ras基因启动子区部分互补。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸含有c-ki-Ras基因启动子区的一个错配。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸只与c-ki-Ras基因启动子区互补，不与人基因组的其它区域完全互补。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。

本发明还在使得c-ki-Ras基因表达被抑制的条件下提供包含能在生理条件下与c-ki-Ras基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明另外在使得细胞增殖减少的条件下提供包含能在生理条件下与位于细胞染色体上的c-ki-Ras基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明也提供包含第一寡核苷酸和第二寡核苷酸的组合物，所述第一寡核苷酸能在生理条件下与c-ki-Ras基因启动子区杂交，包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-ki-Ras基因启动子区杂交的寡核苷酸和说明书的试剂盒，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述说明书说明如何使用试剂盒来减少在染色体上包含c-ki-Ras基因的细胞的增殖或者抑制基因表达。在某些实施方案中，试剂盒中的组合物用以治疗对象的癌症，所述说明书包括如何使用试剂盒来治疗对象的癌症的说明。在某些实施方案中，说明书是美国食品和药物管理局所要求的医药品标签说明。

本发明也提供方法，该方法包括：提供来自确诊患有癌症的对象的生物样品及用以检测样品中是否存在癌基因表达的试剂；检测样品中是否存在癌基因表达；给予对象能在生理条件下与生物样品中所表达的癌基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

本发明另外提供抑制对象中的基因表达的方法(例如用以治疗癌症或其它高增殖性疾病)，该方法包括提供能在生理条件下与生物样品中所表达的与癌症或高增殖性疾病相关的基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶；在使得基因表达被抑制的条件下将寡核苷酸给予对象。在某些实施方案中，对象是人。

在又其它实施方案中，本发明提供筛选化合物的方法，所述方法包括提供包含可疑癌基因的细胞及能与该基因启动子区杂交的寡核苷酸；将寡核苷酸给予细胞；确定在寡核苷酸存在下相对于寡核苷酸不存在时细胞的增殖是否被抑制。在某些实施方案中，细胞在细胞培养物(例如癌细胞系)中。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物)中。在某些实施方案中，该方法是高通量筛选方法。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-myc基因启动子区杂交的第一寡核苷酸(例如SEQ ID NO：110，111，112，113，114或115)的组合物。在某些实施方案中，第一寡核苷酸中的至少一个(例如所有的)胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些优选的实施方案中，第一寡核苷酸与c-myc基因启动子区的杂交能抑制c-myc基因的表达。在某些实施方案中，c-myc基因在细胞的染色体上，第一寡核苷酸与c-myc基因启动子区的杂交能减少细胞的增殖。在某些实施方案中，组合物还包含第二寡核苷酸。在某些实施方案中，第二寡核苷酸中的至少一个(例如所有的)胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第二寡核苷酸包括SEQ ID NO：110，111，112，113，114或115，其中所述第二寡核苷酸与第一寡核苷酸不同(例如如果第二寡核苷酸具有SEQ ID NO：110的序列，则第一寡核苷酸具有SEQ ID NO：110以外的序列等等)。在某些实施方案中，第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是c-myc。在某些实施方案中，第二基因是癌基因(例如c-ki-Ras、c-Ha-Ras、bcl-2、Her-2或TGF-α)。

本发明还提供包含寡核苷酸的组合物，该寡核苷酸能在包括SEQID NO：108的核苷酸3-124之间或SEQ ID NO：108的核苷酸165-629之间的位置与c-myc基因启动子区杂交。

本发明还提供方法，该方法包括：提供能在生理条件下与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸(例如SEQ ID NO：110，111，112，113，114或115)及包含c-myc基因、能够表达c-myc基因的细胞，其中所述细胞能够增殖；将寡核苷酸引入到细胞中。在某些实施方案中，引入的结果导致细胞增殖减少。在某些实施方案中，引入的结果导致c-myc基因表达的抑制。在某些实施方案中，细胞是癌细胞。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物或人)中。在某些实施方案中，寡核苷酸以每公斤体重0.01μg-100g的剂量，优选以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到宿主动物中。在某些实施方案中，寡核苷酸每天一次或多次引入到宿主动物中。在其它实施方案中，寡核苷酸连续引入到宿主动物中。在还其它实施方案中，细胞在细胞培养物中。在某些实施方案中，该方法还包括将试验化合物引入到细胞中的步骤。在某些实施方案中，试验化合物是公知的化疗药物。在某些实施方案中，癌症是胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌或黑素瘤。

在某些实施方案中，该方法还提供药物传递系统。在某些实施方案中，药物传递系统包含脂质体(例如包含中性脂质或脂质样化合物的脂质体)。在某些实施方案中，药物传递系统包含细胞靶向成分(例如细胞表面受体或核受体的配体或配体样分子)。在某些实施方案中，药物传递系统供在体内使用，寡核苷酸和脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

在某些实施方案中，寡核苷酸中的至少一个、优选所有的胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。在某些实施方案中，寡核苷酸在包括SEQ ID NO：108的核苷酸3-124之间或SEQ IDNO：108的核苷酸165-629之间的位置与c-myc基因启动子区杂交。

在还其它实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物，所述寡核苷酸包含至少一个GC二核苷酸对，其中GC二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸与c-myc基因启动子区完全互补。在其它实施方案中，寡核苷酸与c-myc基因启动子区部分互补。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸含有c-myc基因启动子区的一个错配。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸只与c-myc基因启动子区互补，不与人基因组的其它区域完全互补。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。

本发明还在使得c-myc基因表达被抑制的条件下提供包含能在生理条件下与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明另外在使得细胞增殖减少的条件下提供包含能在生理条件下与位于细胞染色体上的c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明也提供包含第一寡核苷酸和第二寡核苷酸的组合物，所述第一寡核苷酸能在生理条件下与c-myc基因启动子区杂交，包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸和说明书的试剂盒，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述说明书说明如何使用试剂盒来减少在染色体上包含c-myc基因的细胞的增殖或者抑制基因表达。在某些实施方案中，试剂盒中的组合物用以治疗对象的癌症，所述说明书包括如何使用试剂盒来治疗对象的癌症的说明。在某些实施方案中，说明书是美国食品和药物管理局所要求的医药品标签说明。

本发明也提供方法，该方法包括：提供来自确诊患有癌症的对象的生物样品及用以检测样品中是否存在癌基因表达的试剂；检测样品中是否存在癌基因表达；给予对象能在生理条件下与生物样品中所表达的癌基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

本发明另外提供抑制对象中的基因表达的方法(例如用以治疗癌症或其它高增殖性疾病)，该方法包括提供能在生理条件下与生物样品中所表达的与癌症或高增殖性疾病相关的基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；在使得基因表达被抑制的条件下将寡核苷酸给予对象。在某些实施方案中，对象是人。

在又其它实施方案中，本发明提供筛选化合物的方法，所述方法包括提供包含可疑癌基因的细胞及能与该基因启动子区杂交的寡核苷酸；将寡核苷酸给予细胞；确定在寡核苷酸存在下相对于寡核苷酸不存在时细胞的增殖是否被抑制。在某些实施方案中，细胞在细胞培养物(例如癌细胞系)中。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物)中。在某些实施方案中，该方法是高通量筛选方法。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交的第一寡核苷酸(例如SEQ ID NO：67，68，69，71，73，74，76，78，84，160，161或162)的组合物。在某些实施方案中，第一寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第一寡核苷酸中的所有胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第一寡核苷酸能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交。在某些优选的实施方案中，第一寡核苷酸与c-Ha-ras基因启动子区的杂交能抑制c-Ha-ras基因的表达。在某些实施方案中，c-Ha-ras基因在细胞的染色体上，第一寡核苷酸与c-Ha-ras基因启动子区的杂交能减少细胞的增殖。在某些实施方案中，组合物还包含第二寡核苷酸。在某些实施方案中，第二寡核苷酸中的至少一个(例如所有的)胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第二寡核苷酸包括SEQ ID NO：67，68，69，71，73，74，76，78，84，160，161或162，其中所述第一寡核苷酸与第二寡核苷酸不同(例如如果第二寡核苷酸具有SEQ ID NO：67的序列，则第一寡核苷酸具有SEQ ID NO：67以外的序列等等)。在某些实施方案中，第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是c-Ha-ras。在某些实施方案中，第二基因是癌基因(例如c-ki-Ras、c-myc、bcl-2、Her-2或TGF-α)。

在其它实施方案中，本发明提供包含寡核苷酸的组合物，该寡核苷酸能在包括SEQ ID NO：66的核苷酸21-220之间、SEQ ID NO：66的核苷酸233-860之间、SEQ ID NO：66的核苷酸1411-1530之间或SEQ ID NO：66的核苷酸1631-1722之间的位置与c-Ha-ras基因启动子区杂交。

在另外其它实施方案中，本发明提供方法，该方法包括：提供能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交的寡核苷酸(例如SEQID NO：67，68，69，71，73，74，76，78，84，160，161或162)及包含能够表达的c-Ha-ras基因的细胞，其中所述细胞能够增殖；将寡核苷酸引入到细胞中。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在15-30个碱基之间。在某些实施方案中，寡核苷酸能在包括SEQ ID NO：66的核苷酸21-220之间、SEQ ID NO：66的核苷酸233-860之间、SEQ ID NO：66的核苷酸1411-1530之间或SEQ ID NO：66的核苷酸1631-1722之间的位置与c-Ha-ras基因启动子区杂交。

在某些实施方案中，引入的结果导致细胞的增殖减少。在某些实施方案中，引入的结果导致c-Ha-ras基因表达的抑制。在某些实施方案中，细胞是癌细胞。在某些实施方案中，癌症是胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。在其它实施方案中，细胞是在宿主动物(例如非人哺乳动物或人)中。在某些实施方案中，寡核苷酸以每公斤体重0.01μg-100g的剂量，优选以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到宿主动物中。在某些实施方案中，寡核苷酸每天一次或多次引入到宿主动物中。在其它实施方案中，寡核苷酸连续引入到宿主动物中(例如持续2小时至2周之间的时间)。在其它实施方案中，细胞在细胞培养物中。在某些实施方案中，该方法还包括将试验化合物引入到细胞中的步骤。在某些实施方案中，试验化合物是公知的化疗药物。

在某些实施方案中，该方法还提供药物传递系统。在某些实施方案中，药物传递系统包含脂质体(例如包含中性脂质或脂质样化合物的脂质体)。在某些实施方案中，药物传递系统包含细胞靶向成分(例如细胞表面受体或核受体的配体或配体样分子)。在某些实施方案中，药物传递系统供在体内使用，寡核苷酸和脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

在还其它实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。在某些实施方案中，寡核苷酸中的至少一个(例如所有的)胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸与c-Ha-ras基因启动子区完全互补。在其它实施方案中，寡核苷酸与c-Ha-ras基因启动子区部分互补。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸含有c-Ha-ras基因启动子区的一个错配。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸只与c-Ha-ras基因启动子区互补，不与人基因组的其它区域完全互补。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。

本发明还在使得c-Ha-ras基因表达被抑制的条件下提供包含能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明另外在使得细胞增殖减少的条件下提供包含能在生理条件下与位于细胞染色体上的c-Ha-ras基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明也提供包含第一寡核苷酸和第二寡核苷酸的组合物，所述第一寡核苷酸能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交，包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交的寡核苷酸和说明书的试剂盒，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述说明书说明如何使用试剂盒来减少在染色体上包含c-Ha-ras基因的细胞的增殖或者抑制基因表达。在某些实施方案中，试剂盒中的组合物用以治疗对象的癌症，所述说明书包括如何使用试剂盒来治疗对象的癌症的说明。在某些实施方案中，说明书是美国食品和药物管理局所要求的医药品标签说明。

本发明也提供方法，该方法包括：提供来自确诊患有癌症的对象的生物样品及用以检测样品中是否存在癌基因表达的试剂；检测样品中是否存在癌基因表达；给予对象能在生理条件下与生物样品中所表达的癌基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

本发明另外提供抑制对象中的基因表达的方法(例如用以治疗癌症或其它高增殖性疾病)，该方法包括提供能在生理条件下与生物样品中所表达的与癌症或高增殖性疾病相关的基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；在使得基因表达被抑制的条件下将寡核苷酸给予对象。在某些实施方案中，对象是人。

在又其它实施方案中，本发明提供筛选化合物的方法，所述方法包括提供包含可疑癌基因的细胞及能与该基因启动子区杂交的寡核苷酸；将寡核苷酸给予细胞；确定在寡核苷酸存在下相对于寡核苷酸不存在时细胞的增殖是否被抑制。在某些实施方案中，细胞在细胞培养物(例如癌细胞系)中。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物)中。在某些实施方案中，该方法是高通量筛选方法。

在某些实施方案中，本发明提供包含包括SEQ ID NO：31，32，35，36，37或38的寡核苷酸的组合物。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸的所有CG二核苷酸对中的所有胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸能在生理条件下与Her-2基因启动子区杂交。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸与Her-2基因启动子区的杂交能抑制Her-2基因的表达。在某些实施方案中，Her-2基因在细胞的染色体上，寡核苷酸与Her-2基因启动子区的杂交能减少细胞的增殖。在某些实施方案中，组合物还包含第二寡核苷酸。在某些实施方案中，第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第二寡核苷酸包括SEQ ID NO：31，32，35，36，37或38。在某些实施方案中，第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是Her-2。在某些实施方案中，第二基因是癌基因(例如c-ki-Ras，c-myc，bcl-2，c-Ha-ras或TGF-α)。

在其它实施方案中，本发明提供包含寡核苷酸的组合物，该寡核苷酸能在包括SEQ ID NO：29的核苷酸205-344之间或SEQ ID NO：29的核苷酸382-435之间的位置与c-myc基因启动子区杂交。

在还其它实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与Her-2基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

在另外其它实施方案中，本发明还提供方法，该方法包括：提供寡核苷酸(例如SEQ ID NO：31，32，35，36，37或38)及包含Her-2基因的细胞；将寡核苷酸给予细胞。在某些实施方案中，给予的结果导致细胞增殖减少。在某些实施方案中，给予的结果导致Her-2基因表达的抑制。在某些实施方案中，细胞是癌细胞。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物或人)中。在某些实施方案中，寡核苷酸以每公斤体重0.01μg-100g的剂量，优选以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到宿主动物中。在某些实施方案中，寡核苷酸每天一次或多次引入到宿主动物中。在其它实施方案中，寡核苷酸连续引入到宿主动物中。在还其它实施方案中，细胞在细胞培养物中。在某些实施方案中，该方法还包括给予细胞试验化合物的步骤。在某些实施方案中，试验化合物是公知的化疗药物。在某些实施方案中，癌症是胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌或黑素瘤。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个、优选所有的胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

本发明还提供方法，所述方法包括提供能与Her-2基因启动子区杂交的寡核苷酸及包含Her-2基因的细胞；将寡核苷酸给予细胞。

在还其它实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与Her-2基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸与Her-2基因启动子区完全互补。在其它实施方案中，寡核苷酸与Her-2基因启动子区部分互补。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸含有Her-2基因启动子区的一个错配。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸只与Her-2基因启动子区互补，不与人基因组的其它区域完全互补。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。

本发明还在使得Her-2基因表达被抑制的条件下提供包含能在生理条件下与Her-2基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明另外在使得细胞增殖减少的条件下提供包含能在生理条件下与位于细胞染色体上的Her-2基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明也提供包含第一寡核苷酸和第二寡核苷酸的组合物，所述第一寡核苷酸能在生理条件下与Her-2基因启动子区杂交，包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与Her-2基因启动子区杂交的寡核苷酸和说明书的试剂盒，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述说明书说明如何使用试剂盒来减少在染色体上包含Her-2基因的细胞的增殖或者抑制基因表达。在某些实施方案中，试剂盒中的组合物用以治疗对象的癌症，所述说明书包括如何使用试剂盒来治疗对象的癌症的说明。在某些实施方案中，说明书是美国食品和药物管理局所要求的医药品标签说明。

本发明也提供方法，该方法包括：提供来自确诊患有癌症的对象的生物样品及用以检测样品中是否存在癌基因表达的试剂；检测样品中是否存在癌基因表达；给予对象能在生理条件下与生物样品中所表达的癌基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

本发明另外提供抑制对象中的基因表达的方法(例如用以治疗癌症或其它高增殖性疾病)，该方法包括提供能在生理条件下与生物样品中所表达的与癌症或高增殖性疾病相关的基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；在使得基因表达被抑制的条件下将寡核苷酸给予对象。在某些实施方案中，对象是人。

在又其它实施方案中，本发明提供筛选化合物的方法，所述方法包括提供包含可疑癌基因的细胞及能与该基因启动子区杂交的寡核苷酸；将寡核苷酸给予细胞；确定在寡核苷酸存在下相对于寡核苷酸不存在时细胞的增殖是否被抑制。在某些实施方案中，细胞在细胞培养物(例如癌细胞系)中。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物)中。在某些实施方案中，该方法是高通量筛选方法。

在某些实施方案中，本发明提供包含包括SEQ ID NO：134，136，139，140，141，142，143或144的寡核苷酸的组合物。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸的所有CG二核苷酸对中的所有胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交。在某些实施方案中，寡核苷酸与TGF-α基因启动子区的杂交能抑制TGF-α基因的表达。在某些实施方案中，TGF-α基因在细胞的染色体上，寡核苷酸与TGF-α基因启动子区的杂交能减少细胞的增殖。在某些实施方案中，组合物还包含第二寡核苷酸。在某些实施方案中，第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，第二寡核苷酸选自SEQ ID NO：134，136，139，140，141，142，143或144。在其它实施方案中，第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是TGF-α。在还其它实施方案中，第二基因是癌基因(例如c-ki-Ras，c-Ha-Ras，bcl-2，Her-2或c-myc)。

在其它实施方案中，本发明提供包含寡核苷酸的组合物，该寡核苷酸能在包括SEQ ID NO：131的核苷酸1-90之间、SEQ ID NO：131的核苷酸175-219之间、SEQ ID NO：131的核苷酸261-367之间、SEQID NO：131的核苷酸431-930之间或SEQ ID NO：131的核苷酸964-1237之间的位置与c-myc基因启动子区杂交。

在另外其它实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

在还其它实施方案中，本发明提供方法，该方法包括：提供寡核苷酸(例如SEQ ID NO：134，136，139，140，141，142，143或144)及包含TGF-α基因的细胞；将寡核苷酸给予细胞。在某些实施方案中，给予的结果导致细胞增殖减少。在某些实施方案中，给予的结果导致TGF-α基因表达的抑制。在某些实施方案中，细胞是癌细胞。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物或人)中。在某些实施方案中，寡核苷酸以每公斤体重0.01μg-100g的剂量，优选以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到宿主动物中。在某些实施方案中，寡核苷酸每天一次或多次引入到宿主动物中。在其它实施方案中，寡核苷酸连续引入到宿主动物中。在还其它实施方案中，细胞在细胞培养物中。在某些实施方案中，该方法还包括给予细胞试验化合物的步骤。在某些实施方案中，试验化合物是公知的化疗药物。在某些实施方案中，癌症是胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌或黑素瘤。在某些实施方案中，寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个、优选所有的胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

本发明还提供方法，所述方法包括提供能与TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸及包含TGF-α基因的细胞；将寡核苷酸给予细胞。

在还其它实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，寡核苷酸与TGF-α基因启动子区完全互补。在其它实施方案中，寡核苷酸与TGF-α基因启动子区部分互补。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸含有TGF-α基因启动子区的一个错配。在某些优选的实施方案中，寡核苷酸只与TGF-α基因启动子区互补，不与人基因组的其它区域完全互补。在某些实施方案中，寡核苷酸的长度在10至60个核苷酸之间，优选在15至35个核苷酸之间。

本发明还在使得TGF-α基因表达被抑制的条件下提供包含能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明另外在使得细胞增殖减少的条件下提供包含能在生理条件下与位于细胞染色体上的TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸的组合物。

本发明也提供包含第一寡核苷酸和第二寡核苷酸的组合物，所述第一寡核苷酸能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交，包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

在某些实施方案中，本发明提供包含能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸和说明书的试剂盒，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；所述说明书说明如何使用试剂盒来减少在染色体上包含TGF-α基因的细胞的增殖或者抑制基因表达。在某些实施方案中，试剂盒中的组合物用以治疗对象的癌症，所述说明书包括如何使用试剂盒来治疗对象的癌症的说明。在某些实施方案中，说明书是美国食品和药物管理局所要求的医药品标签说明。

本发明也提供方法，该方法包括：提供来自确诊患有癌症的对象的生物样品及用以检测样品中是否存在癌基因表达的试剂；检测样品中是否存在癌基因表达；给予对象能在生理条件下与生物样品中所表达的癌基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

本发明另外提供抑制对象中的基因表达的方法(例如用以治疗癌症或其它高增殖性疾病)，该方法包括提供能在生理条件下与生物样品中所表达的与癌症或高增殖性疾病相关的基因启动子区杂交的寡核苷酸，所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶；在使得基因表达被抑制的条件下将寡核苷酸给予对象。在某些实施方案中，对象是人。

在又其它实施方案中，本发明提供筛选化合物的方法，所述方法包括提供包含可疑癌基因的细胞及能与该基因启动子区杂交的寡核苷酸；将寡核苷酸给予细胞；确定在寡核苷酸存在下相对于寡核苷酸不存在时细胞的增殖是否被抑制。在某些实施方案中，细胞在细胞培养物(例如癌细胞系)中。在其它实施方案中，细胞在宿主动物(例如非人哺乳动物)中。在某些实施方案中，该方法是高通量筛选方法。

在其它实施方案中，本发明涉及用于癌症治疗的方法和组合物。具体的说，本发明提供基于脂质体的癌症治疗药物。

因此，在某些实施方案中，本发明提供包含阳离子脂质体、中性脂质体或阴离子脂质体及寡核苷酸(例如由它们组成)的药物组合物。在某些优选的实施方案中，脂质体是基于心磷脂的阳离子脂质体(例如NEOPHECTIN)。在某些优选的实施方案中，NEOPHECTIN与寡核苷酸的电荷比是6∶1。在其它实施方案中，脂质体包括N-[1-(2，3-二油酰氧基)丙基]-N，N，N-三甲基铵硫酸甲酯(DOTAP)。

在某些实施方案中，本发明提供包含寡核苷酸(例如能与癌基因启动子区杂交的寡核苷酸)和第一药物组合物及包含任选的第二药物组合物的试剂盒，所述第一药物组合物包含阳离子脂质体、中性脂质体或阴离子脂质体(例如由它们组成)，其中所述第二药物组合物包含公知的化疗药物(例如TAXOTERE、TAXOL或长春新碱)，且其中所述公知的化疗药物与第一药物组合物分开配制。在某些实施方案中，化疗药物的存在量小于标准剂量的二分之一，更优选小于三分之一、甚至更优选小于四分之一、还更优选小于十分之一、再更优选小于标准剂量的一百分之一。

在另外其它实施方案中，本发明提供方法，所述方法包括提供由阳离子脂质体、中性脂质体或阴离子脂质体和寡核苷酸(例如能与癌基因启动子区杂交的寡核苷酸)组成的药物组合物；将药物组合物暴露给癌细胞。在某些优选的实施方案中，脂质体是基于心磷脂的阳离子脂质体(例如NEOPHECTIN)。在某些优选的实施方案中，NEOPHECTIN与寡核苷酸的电荷比是6∶1。在其它实施方案中，脂质体包含N-[1-(2，3-二油酰氧基)丙基]-N，N，N-三甲基铵硫酸甲酯(DOTAP)。在某些实施方案中，癌细胞是前列腺癌细胞、卵巢癌细胞、乳腺癌细胞、白血病细胞或淋巴瘤细胞。在某些实施方案中，细胞在宿主动物(例如人)中。在某些实施方案中，药物组合物每天一次或多次引入到宿主动物中(例如连续引入)。在某些实施方案中，该方法还包括给予对象公知的化疗药物(例如TAXOTERE、TAXOL或长春新碱)的步骤，其中所述公知的化疗药物与阳离子脂质体、中性脂质体或阴离子脂质体分开配制。在优选的实施方案中，所述公知的化疗药物与药物组合物分开给予。在某些实施方案中，化疗药物的存在量小于标准剂量的二分之一，更优选小于三分之一、甚至更优选小于四分之一、还更优选小于十分之一、再更优选小于标准剂量的一百分之一。

附图简述

图1显示bcl-2基因的核酸序列(SEQ ID NO：1)。

图2显示用于本发明某些实施方案的bcl-2反义基因的序列。X指甲基化的C核苷酸。

图3显示c-erbB-2(Her-2)基因的核酸序列(SEQ ID NO：29)。

图4显示用于本发明某些实施方案的c-erbB-2反义基因的序列。X指甲基化的C核苷酸。

图5显示c-ki-Ras基因的核酸序列(SEQ ID NO：46)。

图6显示用于本发明某些实施方案的c-ki-Ras反义基因的序列。X指甲基化的C核苷酸。

图7显示c-Ha-Ras基因的核酸序列(SEQ ID NO：66)。

图8显示用于本发明某些实施方案的c-Ha-Ras反义基因的序列。X指甲基化的C核苷酸。

图9显示c-myc基因的核酸序列(SEQ ID NO：108)。

图10显示用于本发明某些实施方案的c-myc反义基因的序列。X指甲基化的C核苷酸。

图11显示TGF-α基因的核酸序列(SEQ ID NO：131)。

图12显示用于本发明某些实施方案的TGF-α反义基因的序列。X指甲基化的C核苷酸。

图13显示用于本发明某些实施方案的c-ki-Ras反义基因对细胞生长的表达的抑制作用。

图14显示用于本发明某些实施方案的bcl-2反义基因对细胞生长的表达的抑制作用。

图15显示用于本发明某些实施方案的c-erb-2反义基因对细胞生长的表达的抑制作用。

图16显示用于本发明某些实施方案的c-Ha-Ras反义基因对细胞生长的表达的抑制作用。

图17显示用于本发明某些实施方案的c-myc反义基因对细胞生长的表达的抑制作用。

图18显示用于本发明某些实施方案的TGF-α反义基因对细胞生长的表达的抑制作用。

图19显示c-ki-Ras反义基因对细胞生长的表达的抑制作用的剂量反应曲线。

图20显示bcl-2反义基因对FSCCL细胞(A)和MCF-7细胞(B)细胞生长的表达的抑制作用的剂量反应曲线。

图21显示c-erb-2反义基因对细胞生长的表达的抑制作用的剂量反应曲线。

图22显示c-Ha-Ras反义基因对细胞生长的表达的抑制作用的剂量反应曲线。

图23显示c-myc反义基因对细胞生长的表达的抑制作用的剂量反应曲线。

图24显示TGF-α反义基因对T47D细胞(A)和MDA-MB-231细胞(B)细胞生长的表达的抑制作用的剂量反应曲线。

图25显示c-ki-Ras反义基因的代表性变体。

图26显示bcl-2反义基因的代表性变体。

图27显示c-erb-2反义基因的代表性变体。

图28显示c-ha-ras反义基因的代表性变体。

图29显示c-myc反义基因的代表性变体。

图30显示TGF-α反义基因的代表性变体。

图31显示靶向Bcl-2的非甲基化寡核苷酸对淋巴瘤细胞的抑制作用。

图32显示PC-3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用本发明组合物处理后的平均肿瘤体积。

图33显示PC-3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用本发明组合物处理后的平均重量。

图34显示PC-3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用本发明组合物处理后的平均肿瘤体积。

图35显示PC-3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用本发明组合物处理后的平均最终肿瘤体积。

图36显示WSU-DLCL2移植后20天的肿瘤负荷。

图37显示WSU-DLCL2移植后20天的肿瘤负荷。

定义

为帮助理解本发明，以下对许多术语和短语进行定义：

本文所用的术语“其中所述化疗药物的存在量低于标准剂量的二分之一”指低于用以给药于人的标准剂量范围的最低值二分之一(例如低于50％，优选低于40％，甚至更优选低于10％，还更优选低于1％)的剂量。在某些实施方案中，标准剂量范围是生产商所推荐的剂量范围。在其它实施方案中，标准剂量范围是本领域的医师所采用的范围。在还其它实施方案中，标准剂量范围是本领域认为属常规治疗标准(normal standard of care)的范围。剂量范围内的具体剂量由例如对象的年龄、体重和健康情况以及所治疗癌症的类型来决定。

本文所用的术语“在使得所述基因表达被抑制的条件下”指本发明寡核苷酸能与基因(例如该基因启动子区)杂交，并相对于不存在寡核苷酸时的转录水平能抑制该基因的转录达至少10％，优选至少25％，甚至更优选至少50％，还更优选至少90％的条件。本发明并不限于对具体基因的表达的抑制作用。代表性的基因包括但不限于c-ki-Ras、c-Ha-Ras、c-myc、Her-2、TGF-α和bcl-2。

本文所用的术语“在使得所述细胞增殖减少的条件下”指当将本发明的寡核苷酸给予细胞(例如癌细胞)时，相对于不存在寡核苷酸时的细胞生长速度能减少细胞生长速度达至少10％，优选至少25％，甚至更优选至少50％，还更优选至少90％的条件。

本文所用的术语“表位”指与特定抗体发生接触的抗原部分。

当用蛋白质或蛋白质的片段来免疫宿主动物时，该蛋白质的许多区域都可诱导产生能特异性结合该蛋白质上的特定区域或三维结构的抗体；这些区域或结构称作“抗原决定簇”。抗原决定簇可与完整抗原(即用以引起免疫反应的“免疫原”)一起竞争与抗体的结合。

本文所用的术语“对象”指将成为特定治疗的接受者的任何动物(例如哺乳动物)，包括但不限于人类、非人灵长类动物、啮齿类动物等。通常，在本文中当指人类对象时，术语“对象”和“患者”可互换使用。

本文所用的术语“计算机存储器”和“计算机存储设备”指计算机处理器可读的任何存储介质。计算机存储器的实例包括但不限于RAM、ROM、计算机芯片、数字视频光盘(DVD)、压缩光盘(CD)、硬盘驱动器(HDD)和磁带。

本文所用的术语“计算机可读介质”指用以存储和向计算机处理器提供信息(例如数据和指令)的任何设备或系统。计算机可读介质的实例包括但不限于DVD、CD、硬盘驱动器、磁带和网络上流式传输媒体的服务器。

本文所用的术语“处理器”和“中央处理器”或“CPU”可互换使用，指能够从计算机存储器(例如ROM或其它计算机存储器)读取程序并按程序执行一组步骤的设备。

本文所用的术语“非人动物”指所有的非人动物，包括但不限于脊椎动物如啮齿类动物、非人灵长类、绵羊、牛、反刍动物、兔、猪、山羊、马、犬、猫、猿(ave)等，以及无脊椎动物如果蝇和线虫。在某些实施方案中，“非人动物”还指原核生物和病毒，如细菌病原体和病毒病原体。

本文所用的术语“核酸分子”指任何含核酸的分子，包括但不限于DNA或RNA。该术语涵括了包含任何公知的DNA和RNA碱基类似物的序列，所述碱基类似物包括但不限于4-乙酰胞嘧啶、8-羟基-N6-甲基腺苷、吖丙啶基胞嘧啶、假异胞嘧啶、5-(羧基羟基甲基)尿嘧啶、5-氟尿嘧啶、5-溴尿嘧啶、5-羧甲基氨基甲基-2-硫尿嘧啶、5-羧甲基氨基甲基尿嘧啶、二氢尿嘧啶、肌苷、N6-异戊烯基腺嘌呤、1-甲基腺嘌呤、1-甲基假尿嘧啶、1-甲基鸟嘌呤、1-甲基肌苷、2，2-二甲基鸟嘌呤、2-甲基腺嘌呤、2-甲基鸟嘌呤、3-甲基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、N6-甲基腺嘌呤、7-甲基鸟嘌呤、5-甲基氨基甲基尿嘧啶、5-甲氧基氨基甲基-2-硫尿嘧啶、β-D-甘露糖基Q核苷(mannosylqueosine)、5′-甲氧基羰基甲基尿嘧啶、5-甲氧基尿嘧啶、2-甲基硫代-N6-异戊烯基腺苷、尿嘧啶-5-羟基乙酸甲酯、尿嘧啶-5-羟基乙酸、oxybutoxosine、假尿嘧啶、Q核苷(queosine)、2-硫代胞嘧啶、5-甲基-2-硫尿嘧啶、2-硫尿嘧啶、4-硫尿嘧啶、5-甲基尿嘧啶、N-尿嘧啶-5-羟基乙酸甲酯、尿嘧啶-5-羟基乙酸、假尿嘧啶、Q核苷、2-硫代胞嘧啶和2，6-二氨基嘌呤。

术语“基因”指包含为产生多肽、前体或RNA(例如rRNA、tRNA)所必需的编码序列的核酸(例如DNA)序列。多肽可由全长编码序列编码，或者由编码序列的任何部分编码，只要全长多肽或其片段的所需活性或功能特性(例如酶活性、配体结合力、信号转导、免疫原性等)得以保留。该术语还涵括结构基因的编码区和在5′和3′末端上位于编码区附近、距离任一末端约1kb或更长以使该基因符合全长mRNA的长度的各序列。位于编码区的5′且存在于mRNA上的序列称为5′非翻译序列。位于编码区的3′且存在于mRNA上的序列称为3′非翻译序列。术语“基因”涵括cDNA形式和基因组形式两者的基因。基因组形式或克隆的基因含有被称为“内含子”或“间插区(intervening region)”或“间插序列”的非编码序列隔开的编码区。内含子是被转录成核RNA(hnRNA)的基因区段；内含子可含有调节元件如增强子。内含子被移出或“剪接出”核转录物或者说初级转录物；因此内含子在信使RNA(mRNA)转录物中不存在。mRNA在翻译过程中起到确定新生多肽的氨基酸序列或顺序的作用。

本文所用的术语“异源基因”指不在其天然环境中的基因。例如，异源基因包括从一个物种引入到另一物种中的基因。异源基因还包括生物天然所有、但已被以某种方式改变(例如突变、以多重拷贝添加、连接到非天然调节序列等)的基因。异源基因与内源基因的区别在于，异源基因序列通常连接的DNA序列没有发现与染色体中的基因序列有天然联系，或者与在自然界没有发现的染色体的某些部分有联系(例如在通常不表达基因的基因座中表达的基因)。

本文所用的术语“基因表达”指将编码于基因中的遗传信息通过基因的“转录”(例如通过RNA聚合酶的酶促作用)转变成RNA(例如mRNA、rRNA、tRNA或snRNA)的过程，对于蛋白质编码基因来说指通过mRNA的“翻译”转变成蛋白质的过程。基因表达可在过程中的许多阶段进行调节。“上调”或“激活”指能增加基因表达产物(即RNA或蛋白质)的产生的调节，而“下调”或“阻遏”指能减少产生的调节。参与上调或下调的分子(例如转录因子)通常分别称作“激活物”和“阻遏物”。

基因组形式的基因除含有内含子外，还可包含位于出现在RNA转录物上的序列的5′和3′两末端上的序列。这些序列称为“侧翼”序列或区域(这些侧翼序列位于出现在mRNA转录物上的非翻译序列的5′或3′)。5′侧翼区可含有控制或影响基因转录的调节序列如启动子和增强子。3′侧翼区可含有指导转录的终止、翻译后切割和聚腺苷酸化的序列。

术语“野生型”指从天然来源分离的基因或基因产物。野生型基因是种群中最常观察到的基因，因此被人为指定为“正常”或“野生型”形式的基因。相反，术语“修饰的”或“突变的”指当与野生型基因或基因产物比较时显示出序列或功能特性上的修改(即改变的特征)的基因或基因产物。应指出的是，天然突变体可被分离；这些突变体可通过当与野生型基因或基因产物比较时发现它们具有改变的特征(包括改变的核酸序列)这一事实来鉴定。

本文所用的术语“核酸分子编码的”、“DNA序列编码的”和“DNA编码的”指脱氧核糖核酸链上的脱氧核糖核苷酸的顺序或序列。这些脱氧核糖核苷酸的顺序决定了多肽(蛋白质)链上的氨基酸的顺序。因此DNA序列编码氨基酸序列。

本文所用的术语“具有编码基因的核苷酸序列的寡核苷酸”和“具有编码基因的核苷酸序列的多核苷酸”指包含基因的编码区的核酸序列，或者换句话说指编码基因产物的核酸序列。编码区可以以cDNA、基因组DNA或RNA的形式存在。寡核苷酸或多核苷酸当以DNA形式存在时可以是单链(即有义链)或双链。如有需要，可将合适的调控元件如增强子/启动子、剪接点、聚腺苷酸化信号等置于基因编码区的近邻，以便于转录的适当引发和/或初级RNA转录物的正确加工。或者，本发明的表达载体所采用的编码区可含有内源增强子/启动子、剪接点、间插序列、聚腺苷酸化信号等，或含有内源和外源控制元件的组合。

本文所用的术语“寡核苷酸”指短长度的单链多核苷酸链。寡核苷酸的长度通常不到200个残基(例如8-100个)，但是本文所用的该术语也有意涵括更长的多核苷酸链(例如长至5000个残基)。寡核苷酸通常按其长度来称谓。例如24个残基的寡核苷酸称为“24聚体”。寡核苷酸能通过自身杂交或通过与其它多核苷酸杂交形成二级结构和三级结构。这种结构可包括但不限于双链体、发夹结构、十字形结构、转角结构和三链体。

在某些实施方案中，寡核苷酸是“反义基因”。本文所用的术语“反义基因”指能与基因启动子区杂交的寡核苷酸。在某些实施方案中，反义基因与启动子的杂交抑制该基因的表达。

本文所用的术语“互补”或“互补性”用于指按碱基配对规则发生联系的多核苷酸(即核苷酸的序列)。例如序列“A-G-T”与序列“T-C-A”互补。互补性可以是“部分的”，其中只有某些核酸碱基根据碱基配对规则进行配对。或者，核酸之间可存在“完全的”或“总体的”互补性。核酸链之间互补的程度对核酸链之间杂交的效率和强度具有显著的影响。这在依赖于核酸之间的结合的扩增反应以及检测方法中特别重要。

本文所用的术语“完全互补”例如当用以指本发明的寡核苷酸时，指其中所有的核苷酸都与靶序列(例如基因)互补的寡核苷酸。

本文所用的术语“部分互补”例如当用以指本发明的寡核苷酸时，指其中至少有一个核苷酸不与靶序列互补的寡核苷酸。优选的部分互补寡核苷酸是在生理条件下仍可与靶序列杂交的寡核苷酸。术语“部分互补”指在其内部或任一端具有一个或多个非互补核苷酸的区域的寡核苷酸。在两端有错配的寡核苷酸仍可与靶序列杂交。

术语“同源性”指互补的程度。可存在部分同源性或完全同源性(即同一性)。部分互补序列是至少部分抑制完全互补核酸分子与靶核酸杂交的核酸分子，是“基本同源的”。完全互补序列与靶序列杂交的抑制情况可用杂交试验(DNA印迹法或RNA印迹法、溶液杂交等)在低严格条件下来检查。基本同源的序列或探针在低严格条件下会与完全同源的核酸分子竞争与靶标的结合(即杂交)并抑制后者与靶标的结合。这并不是说低严格条件是允许发生非特异性结合的条件；低严格条件要求两个序列相互间的结合是特异型(即选择性)相互作用。可用基本不互补(例如同一性低于约30％)的第二靶标来测试非特异性结合的不存在；在不存在非特异性结合时探针不会与第二不互补靶标杂交。

术语“基本同源”当用以指双链核酸序列如cDNA或基因组克隆时，指可在上述低严格条件下与双链核酸序列的任一链或两条链杂交的任何探针。

基因可产生多种RNA类型，这是通过初级RNA转录物的差别剪接而产生的。属相同基因的剪接变体的各cDNA会含有具序列同一性或完全同源性的区域(意味着两条cDNA上存在相同外显子或相同外显子的部分)和具完全非同一性的区域(例如意味着在cDNA 1上存在外显子“A”，而cDNA 2却含有外显子“B”)。由于两条cDNA含有具序列同一性的区域，它们可能都会与衍生自整个基因或基因部分、含有两种cDNA上发现的序列的探针杂交；两种剪接变体因此与这种探针基本同源，且互相基本同源。

术语“基本同源”当用以指单链核酸序列时，指能在上述低严格条件下与单链核酸序列杂交的任何探针(即它与单链核酸序列互补)。

本文所用的术语“杂交”用于指互补核酸的配对。杂交和杂交的强度(即核酸之间发生关联的强度)受核酸之间的互补程度、所涉及的条件的严格性、所形成的杂交体的T_m和核酸内部的G∶C比等因素的影响。将在其结构内部具有互补核酸配对现象的单个分子称作是“自杂交的”。

本文所用的术语“T_m”用于指“解链温度”。解链温度是双链核酸分子群体有一半解离成单链的温度。计算核酸的T_m的方程式是本领域公知的。如标准的参考文献所指出，当核酸在1 M NaCl水溶液中时，通过以下方程式：T_m＝81.5+0.41(％G+C)，可简单计算T_m值的估计值(参见例如Anderson和Young，Quantitative FilterHybridization，Nucleic Acid Hybridization[1985])。其它的参考文献涉及更为复杂的计算法，在T_m的计算中考虑了结构特性以及序列特性。

本文所用术语“严格”用于指进行核酸杂交的温度、离子强度、其它化合物如有机溶剂的存在等条件。在“低严格条件”下目的核酸序列会与其精确互补序列、有单个碱基错配的序列、紧密相关序列(例如有90％或更高同源性的序列)和只有部分同源性的序列(例如有50-90％同源性的序列)杂交。在“中等严格条件”下，目的核酸序列只会与其精确互补序列、有单个碱基错配的序列和紧密相关序列(例如有90％或更高同源性)杂交。在“高严格条件”下，目的核酸序列只会与其精确互补序列和(取决于温度等条件)有单个碱基错配的序列杂交。换句话说，在高严格条件下，可提高温度以排除与有单个碱基错配的序列的杂交。

“高严格条件”当用以指核酸杂交时，包括相当于以下的条件：在由5X SSPE(43.8g/l NaCl、6.9g/l NaH₂PO₄ H₂O和1.85g/l EDTA，pH用NaOH调至7.4)、0.5％SDS、5X Denhardt试剂和100μg/ml变性鲑精DNA组成的溶液中于42℃下进行结合或杂交，然后在包含0.1X SSPE、1.0％SDS的溶液中于42℃下进行洗涤，使用的探针长度约为500个核苷酸。

“中等严格条件”当用以指核酸杂交时，包括相当于以下的条件：在由5X SSPE(43.8g/l NaCl、6.9g/l NaH₂PO₄ H₂O和1.85g/lEDTA，pH用NaOH调至7.4)、0.5％SDS、5X Denhardt试剂和100μg/ml变性鲑精DNA组成的溶液中于42℃下进行结合或杂交，然后在包含1.0X SSPE、1.0％SDS的溶液中于42℃下进行洗涤，使用的探针长度约为500个核苷酸。

“低严格条件”包括相当于以下的条件：在由5X SSPE(43.8g/lNaCl、6.9g/l NaH₂PO₄ H₂O和1.85g/l EDTA，pH用NaOH调至7.4)、0.1％SDS、5X Denhardt试剂[50X Denhardt试剂每500 ml含：5g Ficoll(Type 400，Pharamcia)、5 g BSA(Fraction V；Sigma)]和100μg/ml变性鲑精DNA组成的溶液中于42℃下进行结合或杂交，然后在包含5 XSSPE、0.1％SDS的溶液中于42℃下进行洗涤，使用的探针长度约为500个核苷酸。

本发明不限于长度约500个核苷酸的探针的杂交。本发明还设想使用长度在大约8个核苷酸到数千个(例如至少5000个)核苷酸之间的探针。相关领域的技术人员懂得，可改变严格条件用于其它大小的探针(参见例如Anderson和Young，Quantitaive FilterHybridization，Nucleic Acid Hybridization[1985]及Sambrook等，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Cold Spring Harbor Press，NY[1989])。

本领域熟知，可采用多种等价条件来组成低严格条件；要考虑诸如探针的长度和性质(DNA、RNA、碱基组成)、靶标的性质(DNA、RNA、碱基组成、在溶液中存在或固定化等)以及盐和其它成分(例如是否存在甲酰胺、硫酸葡聚糖、聚乙二醇)的浓度之类的因素，可对杂交溶液加以改变，以产生不同于但等价于以上所列条件的低严格杂交条件。另外，本领域知道能促进在高严格条件下的杂交的条件(例如提高杂交和/或洗涤步骤的温度、在杂交溶液中使用甲酰胺等)(参见上文对“严格”的定义)。

本文所用的术语“生理条件”指近似于或就是动物(例如人)体内条件的具体严格条件。代表性的体外用生理条件包括但不限于37℃、95％空气、5％CO₂、哺乳动物细胞培养用的市售培养基(例如可获自美国马里兰州Gibco公司的DMEM培养基)、5-10％血清(例如牛血清或马血清)、另外的缓冲液和任选的激素(例如胰岛素和表皮生长因子)。

术语“分离的”当用以指核酸，如在“分离的寡核苷酸”或“分离的多核苷酸”中时，指鉴别并与其天然来源中通常相关的至少一种成分或污染物分离的核酸序列。分离核酸所存在的形式或环境不同于其在自然界中发现的形式或环境。相反，非分离核酸作为核酸如DNA和RNA以它们在自然界中存在的状态被发现。例如，特定DNA序列(例如基因)被发现在宿主细胞染色体上靠近邻近的基因；RNA序列，如编码特定蛋白质的特定mRNA序列被发现在细胞中作为与编码众多蛋白质的许多其它mRNA的混合物。但是，编码特定蛋白质的分离核酸举例来说包括细胞中通常表达特定蛋白质的核酸，该核酸所在的染色体位置与其在天然细胞中所在的位置不同，或者其侧翼核酸序列不同于天然所见的侧翼核酸序列。分离核酸、分离寡核苷酸或分离多核苷酸可以以单链或双链的形式存在。当分离核酸、分离寡核苷酸或分离多核苷酸要用来表达蛋白质时，寡核苷酸或多核苷酸须至少含有有义链或编码链(即寡核苷酸或多核苷酸可以是单链的)，但可以同时含有有义链和反义链(即寡核苷酸或多核苷酸可以是双链的)。

本文所用的术语“纯化的”或“纯化”指从样品中除去某些成分(例如污染物)。例如，抗体可通过除去污染性非免疫球蛋白的蛋白质来纯化；也可通过除去不能与靶分子结合的免疫球蛋白来纯化。非免疫球蛋白的蛋白质的除去和/或不能与靶分子结合的免疫球蛋白的除去，导致样品中靶标反应性免疫球蛋白的百分比提高。在另一个实例中，重组多肽在细菌宿主细胞中表达，该多肽通过除去宿主细胞蛋白质来纯化；样品中重组多肽的百分比因而提高。

“氨基酸序列”和例如“多肽”或“蛋白质”的术语并不意在将氨基酸序列限制于与列举到的蛋白质分子有关的完全、天然氨基酸序列。

术语“天然蛋白质”在本文中用于表示蛋白质不含载体序列所编码的氨基酸残基；也就是说，天然蛋白质只含见于天然出现的蛋白质的氨基酸。天然蛋白质可通过重组方法产生，或者可从天然来源分离。

术语“部分”在本文中当用以指蛋白质时(如在“特定蛋白质的部分”)，指该蛋白质的片段。片段的大小可在从四个氨基酸残基到整个氨基酸序列减去一个氨基酸的范围。

术语“DNA印迹”指如下的DNA分析：将DNA在琼脂糖凝胶或丙烯酰胺凝胶上按其大小进行分级，接着将其从凝胶转移到固相载体如硝基纤维素或尼龙膜上。然后将固定化的DNA用标记探针进行探测，以检测与所用探针互补的DNA类型。DNA在进行电泳之前可先用限制酶切割。DNA电泳后可在转移到固相载体之前或转移过程中进行部分脱嘌呤和变性。DNA印迹是分子生物学家的一种标准工具(J.Sambrook等，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，ColdSpring Harbor Press，NY，第9.31-9.58页[1989])。

本文所用术语“RNA印迹”指如下的RNA分析：将RNA在琼脂糖凝胶上按其大小进行分级，接着将RNA从凝胶转移到固相载体如硝基纤维素或尼龙膜上。然后将固定化的RNA用标记探针进行探测，以检测与所用探针互补的RNA类型。RNA印迹是分子生物学家的一种标准工具(J.Sambrook等，出处同上，第7.39-7.52页[1989])。

术语“蛋白质印迹”指对固定化到载体如硝基纤维素和尼龙膜上的蛋白质(或多肽)的分析。将蛋白质在丙烯酰胺凝胶上跑胶以分离蛋白质，接着将蛋白质从凝胶转移到固相载体如硝基纤维素或尼龙膜上。然后将固定化的蛋白质暴露于对目的抗原具有反应性的抗体。抗体的结合情况可通过各种方法来检测，包括使用放射性标记的抗体。

本文所用的术语“细胞培养物”指细胞的任何体外培养物。这一术语包括传代细胞系(例如具有永生表型)、原代细胞培养物、转化细胞系、有限细胞系(例如非转化细胞)和体外维持的其它任何细胞群。

本文所用术语“真核生物”指可与“原核生物”区别开来的生物。该术语意在涵括所有具有显示出真核生物的通常特性的细胞的生物，所述通常特性如存在被核膜包围、内含染色体的真细胞核，存在被细胞膜包围的细胞器，以及在真核生物中通常观察到的其它特性。因此，该术语包括但不限于真菌、原生动物和动物(例如人类)。

本文所用的术语“体外”指人工环境和指人工环境中发生的过程和反应。体外环境可包括但不限于试管和细胞培养物。“体内”指自然环境(例如动物或细胞)和指自然环境中发生的过程和反应。

术语“试验化合物”和“候选化合物”指作为候选者供用以治疗或预防身体功能疾病、病症、障碍或失调(例如癌症)的任何化学实体(chemical entity)、药品、药物等。试验化合物包括已知和潜在的治疗化合物两者。试验化合物可通过用本发明的筛选方法进行筛选来确定具有治疗作用。在本发明的某些实施方案中，试验化合物包括反义化合物。

本文所用的术语“已知的化疗药物”指已知可用于治疗疾病(例如癌症)的化合物。对癌症有效的代表性化疗药物包括但不限于柔红霉素、放线菌素D、多柔比星、博来霉素、丝裂霉素、氮芥、苯丁酸氮芥、美法仑、环磷酰胺、6-巯基嘌呤、6-硫代鸟嘌呤、阿糖胞苷(CA)、5-氟尿嘧啶(5-FU)、氟尿苷(5-FUdR)、甲氨喋呤(MTX)、秋水仙碱、长春新碱、长春碱、依托泊苷、替尼泊苷、顺铂和乙烯雌酚(DES)。

本文所用的术语“样品”以其最广泛的意义使用。在一个意义上，它意在包括从任何来源获得的样本或培养物，以及生物样品和环境样品。生物样品可从动物(包括人类)获得，涵括液体、固体、组织和气体。生物样品包括血液制品如血浆、血清等。环境样品包括环境材料如表面物质、土壤、水、晶体和工业样品。但这些样品不能被解释为对适用于本发明的样品类型的限制。

发明详述

本发明涉及治疗癌症的方法和组合物。具体的说，本发明提供基于寡核苷酸的治疗药物以抑制与多种癌症有关的癌基因。本发明并不限于治疗特定的癌症。可靶向任何癌症都，包括但不限于乳腺癌。本发明也不限于靶向癌症或癌基因。本发明的方法和组合物适合用于需要抑制其表达的任何基因(例如供治疗用或研究用)。

I.癌基因靶标

在某些实施方案中，本发明提供癌基因的反义基因抑制剂。本发明并不限于抑制特定的癌基因。实际上，本发明涵括许多癌基因(包括但不限于本文所公开的癌基因)的反义基因抑制剂。

A.Ras

一个已引起许多科学家注意的基因是人原癌基因c-Ha-ras。c-H-ras启动子区的核酸序列在图7中显示。这个基因充当中心调度者的角色，向细胞中传播化学信号和控制细胞分裂。Ras基因的改变可造成该基因停留在“开”的位置。据认为多达30％的癌症是由ras癌基因造成的，包括结肠癌、肺癌、膀胱癌和乳腺癌(Bos，Cancer Res.49：4682-4689[1989])。因此ras癌基因已成为治疗药物的靶标。

有几份报告显示，与ras mRNA的多个不同位点互补的寡核苷酸可抑制ras蛋白(ρ21)的合成，造成细胞培养物中细胞增殖速度下降(美国专利第5,576,208号；美国专利第5,582,986号；Daska等，OncogeneRes.5：267-275[1990]；Brown等，Oncogene Res.4：243-252[1989]；Saison-Behmoaras等，EMBO J.10：1111-1116[1991)]。已证实与c-Ha-ras RNA转录物的5′侧翼区互补的寡核苷酸能抑制裸鼠的肿瘤生长达14天(Gray等，Cancer Res.53：577-580[1993])。最近有报告指出，导向c-Ha-ras mRNA的密码子12中的点突变(G＞C)的反义寡核苷酸抑制细胞增殖，当皮下注射时抑制裸鼠中的肿瘤生长(美国专利第5,576,208号；美国专利第5,582,986号；Schwab等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 91：10460-10464[1994]；以上各文献通过引用结合到本文中)。研究者们还报告，在小型临床试验中反义药物能使卵巢肿瘤缩小(Roush等，Science 276：1192-1194[1997])。

B.Her-2

HER-2(也称neu癌基因或erbB-2)癌基因编码受体样酪氨酸激酶(RTK)，该激酶因其在几种人类癌症(Hynes和Stern，Biochim.et Biophy.Acta 1198：165-184[1994]；Dougall等，Oncogene 9：2109-2123[1994])和在哺乳动物发育(Lee等，Nature 378：394-398[1995])中的作用而得到广泛的研究。Her-2的启动子区的核酸序列在图3中显示。HER-2蛋白的序列由cDNA测定，该cDNA通过与来自胎盘(Coussens等，Science 230：1132-1139[1985])和胃癌细胞系(Yamamoto等，Nature319：230-234[1986])的表皮生长因子受体(EGFR)mRNA的同源性而得到克隆。已显示HER-2mRNA长约4.5kb(Coussens等，Science230：1132-1139[1985]；Yamamoto等，Nature 319：230-234[1986])，编码正常和恶性人组织中的185kDa的跨膜糖蛋白(p185HER-2)(Hynes和Steen，Biochim.et Biophys.Acta 1198：165-184[1994]；Dougall等，Oncogene 9：2109-2123[1994])。HER-2的过量表达会引起培养细胞的表型转化(DiFiore等，Science 237：178-182[1987]；Hudziak等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84：7159-7163[1987])，且已将其与乳腺癌和卵巢癌的侵略性临床进展相关联(Slamon等，Science 235：177-182[1987]；Slamon等，Science 244：707-712[1989])。

HER-2是癌症中最常发生改变的基因之一。它编码具有酪氨酸激酶活性的跨膜受体(也称p185)，是表皮生长因子(EGF)家族成员之一，因此与表皮生长因子受体(EGFR或HER-1)相关。异常HER-2基因表达在很多癌症中都存在，在乳腺癌、卵巢癌和胃癌中最为常见。在所有的人类乳腺癌和卵巢癌中有25-30％存在HER-2过量表达。HER-2过量表达水平与乳腺癌临床阶段、预后和转移潜能的相关性良好。HER-2过量表达与存活率较低、复发率增高和转移潜能增加有关。Tan等(Cancer Res.，57：1199[1997])证实，HER-2基因的过量表达会增加乳腺癌细胞的转移潜能而不提高它们的转化能力。

HER-2的异常表达包括正常HER-2表达的增加和突变型HER-2的表达这两方面。HER-2原癌基因的激活可通过以下三种机制之任一种而发生：点突变、基因扩增和过量表达。基因扩增是最常见的机制。与还需要配体激活以促进转化的其它EGF家族成员不同，单独的HER-2过量表达就足以进行转化(Cohen等，J.Biol.Chem.，271：30897[1996])。

已采用几种治疗方法来降低HER-2基因产物水平。已用裸鼠乳腺癌模型将5型腺病毒基因产物E1A作为潜在的治疗药物进行研究。该基因产物能通过阻遏HER-2/neu启动子活性来阻遏HER-2/neu过量表达，并抑制过量表达HER-2/neu的卵巢癌细胞的致瘤潜能。在带有过量表达HER-2/neu的乳腺癌异种移植物的小鼠中，与对照小鼠相比，通过腺病毒或脂质体传递的E1A能显著抑制肿瘤生长，延迟小鼠存活时间(Chang等，Oncogene 14：561[1997])。

已进行临床试验，评估靶向HER-2/neu蛋白产物和FcγRIII(CD16)两者的胞外域的双特异性抗体，FcγRIII(CD16)是由人天然杀伤细胞、嗜中性粒细胞和分化的单核吞噬细胞表达的Fcγ受体(Weiner等，J.Hematotherapy，4：471[1995])。

已发现HER-2的过量表达与对化疗抗性的提高有关。因此，HER-2水平高的患者对许多药物的反应都很差。已将用以抑制HER-2表达的方法与常用的化疗药物结合起来(Ueno等，Oncogene 15：953[1997])。将5型腺病毒基因产物E1A与紫杉醇结合，在人乳腺癌细胞中显示出协同作用。Zhang等(Oncogene，12：571[1996])证明大黄素(酪氨酸特异性抑制剂)能使非小细胞肺癌(NSCLC)细胞对多种化疗药物敏感，包括顺铂、多柔比星和依托泊苷。发现HER-2抗体可提高他莫昔芬在人乳腺癌细胞中的效力(Witters等，Breast Cancer Res.andTreatment，42：1[1997])。

也使用寡核苷酸来研究HER-2的功能。发现靶向HER-2启动子(mRNA转录起始位点上游的42-69个核苷酸)的三链形成寡核苷酸在体外抑制HER-2表达(Ebbinghaus等，J.Clin.Invest.，92：2433[1993])。Porumb等(Cancer Res.，56：515[1996])也使用了靶向相同的HER-2启动子区的三链形成寡核苷酸。在培养细胞中观察到HER-2 mRNA和蛋白质水平下降。Juhl等(J.Biol.Chem.，272：29482[1997])使用靶向正好位于蛋白质跨膜区下游的HER-2 RNA中心区域的抗HER-2核酶，表现出人卵巢癌细胞中HER-2 mRNA和蛋白质水平下降。还观察到裸鼠的肿瘤生长减少。

已将反义方法用作过量表达HER-2的癌症的潜在治疗方法。Pegues等(Cancer Lett.，117：73[1997])将反义方向的1.5 kb HER-2片段克隆到表达载体中；将此构建物转染到卵巢癌细胞中导致贴壁不依赖性生长减少。Casalini等(Int.J.Cancer 72：631[1997])使用几种含有长度在151 bp-415 bp之间的HER-2片段的人HER-2反义载体构建物，证明肺腺癌细胞中HER-2蛋白水平和贴壁不依赖性生长得以减少。Colomer等(Br.J.Cancer，70：819[1994])证实，靶向翻译起始密码子或其紧接下游的磷酸二酯反义寡核苷酸能抑制人乳腺癌细胞的增殖达60％。Wiechen等(Int.J.Cancer 63：604[1995])证明，靶向HER-2编码区(位于翻译起始密码子下游33个核苷酸)的18核苷酸的硫代磷酸酯寡核苷酸能减少卵巢癌细胞的贴壁不依赖性生长。Bertram等(Biochem.Biophys.Res.Commun.，200：661[1994])使用靶向翻译起始区和mRNA翻译区3′部分序列(其与酪氨酸激酶共有序列具有高度同源性)的反义硫代磷酸酯寡核苷酸，证明人乳腺癌细胞中HER-2蛋白水平下降75％。Liu等(Antisense and Nucleic Acid Develop.，6：9[1996])使用了靶向5′加帽位点和编码区的反义硫代磷酸酯寡核苷酸。靶向5′加帽位点的最有效寡核酸使HER-2蛋白表达减少90％。细胞增殖的减少量也相当。Vaughn等(Nuc.Acids.Res.，24：4558[1996])使用了靶向HER-2翻译起始区或其邻近(在任一侧)的硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯和嵌合反义寡核苷酸。靶向翻译起始区的交替二硫代酯/二酯寡核苷酸的效果比全部硫代磷酸酯寡核苷酸稍好。Brysch等(CancerGene Ther.，1：99[1994])使用靶向HER-2的翻译起始密码子的化学修饰反义寡核苷酸，以减少蛋白质水平并造成人乳腺癌细胞系的生长停滞。

C.C-Myc

c-myc基因产物由即时早期应答基因编码，该基因的表达可由多种不同的促细胞分裂剂诱导。c-myc基因启动子区的核酸序列在图9中显示。C-myc表达与导致细胞分裂的信号转导途径相关。研究证明，增殖细胞的c-myc mRNA和c-myc蛋白水平比休眠细胞更高。导向人c-myc蛋白的抗体已知能抑制从人细胞分离的细胞核中的DNA合成。相反，基因转移产生的c-myc组成型表达抑制几种细胞系的诱导分化。c-myc的组成型表达会使转基因小鼠易于产生肿瘤。

某些研究提示，c-myc基因产物可能在SMC中起促增殖作用。已知大鼠主动脉球囊(balloon)去内皮和损伤会增加血管SMC的c-mycmRNA表达，之后血管SMC才增殖和迁移。同样，培养物中的SMC当暴露于几种促细胞分裂剂(包括PDGF、FGF、EGF、IGF-I)和血清时会发生增殖。已发现这些促细胞分裂剂的每一种都能够增加c-myc蛋白、c-myc mRNA或其两者在其它细胞系中的表达。另外，已发现血清能提高SMC中的c-myc mRNA水平。

Harel-Bellan等(J.Immun.140；2431-2435(1988))证明，与c-mycmRNA互补的反义寡核苷酸能有效抑制其在人T细胞中的翻译。这些T细胞被妨碍进入细胞分裂的S期。c-myc原癌基因序列在Marcu等，Ann.Rev.Biochem.，61：809-860[1992]；Watt等，Nature，303：725-728[1983)]；Battey等，Cell，34：779-787(1983)和Epstein等，NTIS出版物PB93-100576中有描述。

D.Bcl2

在许多类型的人肿瘤中，包括淋巴瘤和白血病，人bcl-2基因过量表达，且可能与致瘤性有关(Tsujimoto等，Science 228：1440-1443[1985])。bcl-2启动子区的核酸序列在图1中显示。在所有存在t(14；18)染色体易位的淋巴瘤中，包括大多数滤泡型B细胞淋巴瘤和许多大细胞非何杰金氏淋巴瘤，已发现人bcl-2基因的表达水平很高。在某些不存在t(14；18)染色体易位的白血病中，包括大多数情形的慢性淋巴细胞性白血病，许多前B细胞类型的淋巴细胞性白血病，成神经细胞瘤，鼻咽癌以及前列腺、乳腺和结肠的许多腺癌，也已发现bcl-2基因的表达水平很高。(Reed等，Cancer Res.51：6529[1991]；Yunis等，New England J.Med.320：1047；Campos等，Blood 81：3091-3096[1993]；McDonnell等，Cancer Res.52：6940-6944[1992)；Lu等，Int.JCancer 53：29-35[1993]；Bonner等，Lab Invest.68：43A[1993])。

E.TGF-α

转化生长因子-α(TGF-α)是50个氨基酸的多肽。TGF-α启动子的核酸序列在图11中显示。它最初从反转录病毒转化的小鼠细胞系中分离出来，随后在人肿瘤细胞、在大鼠早期胚胎细胞中和在来自人脑垂体的细胞培养物中鉴定出来。TGF-α与表皮生长因子(EGF)在结构上和功能上两方面都密切相关，两者都能结合相同的受体，即表皮生长因子受体(EGFR)。

已测定了EGF和TGF-α两者的序列和三维结构(Campbell等，Prog.Growth Factor Res.1：13[1989])。TGF-α是50个氨基酸多肽，与EGF具有约40％的残基同源性。这两种肽的特征都是有三个完好的环(分别表示为A、B和C)，且具有三个分子内二硫键。

据认为几种生长因子(包括TGF-α和EGF)通过与表皮生长因子受体(EGF受体)的相互作用来发挥其生物作用。EGF受体属I型受体酪氨酸激酶。EGF受体及其配体因它们在正常生理过程以及在高增殖性疾病和肿瘤病中的作用而备受关注。

TGF-α的体内前体是160个氨基酸残基的膜结合蛋白(pro-TGF-alpha)，其被切割可产生可溶性化合物(Massague，J.Biol.Chem.，265：21393-21396[1990])。这种切割作用能切除由50个氨基酸组成、分子量为6 Kd的胞外部分，被认为是一种重要的调节事件(Pandiella等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，88：1726-1730[1990])，该事件可由佛波酯通过蛋白激酶C作用来刺激(Pandiella等，J.Biol.Chem.，266：5769-5773[1991])。

培养的人前列腺肿瘤系含有高水平的TGF-αmRNA，能响应TGF-α而增殖(Wilding等，The Prostate，15：1-12[1989])。TGF-α似乎同时具有自分泌和旁分泌功能，能刺激生理活动如细胞分裂和血管发生。当在转基因小鼠中被诱导时，TGF-α能产生类似原位癌的上皮增生和病灶性发育异常变化(focal dysplastic change)(Sandgren等，Cell，61：1121-1135[1990])。

F.c-ki-RAS

c-Ki-RAS(KRAS)癌基因是遍在表达的。长度超过30 kb的KRAS比HRAS或NRAS大得多。c-ki-ras启动子区的序列在图5中显示。虽然HRAS、KRAS和NRAS这三个ras基因具有不同的遗传结构，但它们都编码189个氨基酸残基的蛋白质(一般叫做p21蛋白)。这些基因通过影响它们各自p21的第12个或第61个氨基酸残基掺入的单点突变来取得恶性特性。KRAS涉及恶性肿瘤比HRAS更为普遍。在一项于NIH 3T3转化系统中对96个人肿瘤或肿瘤细胞系进行的研究中，(Pulciani等，Nature 300：539(1982)只在T24膀胱癌细胞中发现突变的HRAS基因座，而转化KRAS基因在8种不同的癌和肉瘤中得到鉴定。

Feig等(Science 223：698(1984))证实在卵巢浆液性囊腺癌中存在激活的KRAS癌基因，该基因在同一患者的正常细胞中不被激活。该转化基因产物在SDS-聚丙烯酰胺凝胶上显示的电泳迁移率与其它肿瘤中的KRAS转化蛋白的迁移率不同。因此，之前未被描述过的突变是造成这一卵巢癌中KRAS激活的原因。为研究癌基因在肺癌中的作用，Rodenhuis等(New Eng.J.Med.317：929(1987))在体外扩增步骤之后使用了基于寡核苷酸杂交的试验。对由胸廓切开术获得的39个肿瘤样本的基因组DNA进行了检查。发现KRAS基因在10个腺癌样本中有5个是通过密码子12的点突变激活的。这些肿瘤中有两个大小在2cm以下，不发生转移。在15个鳞状细胞癌、10个大细胞癌、1个类癌瘤、2个肺外原发肿瘤的转移腺癌和1个小细胞癌中，都没有观察到HRAS、KRAS或NRAS突变。在证明是直肠癌的单独肺转移的肿瘤中观察到未突变KRAS基因有大约20倍的扩增。Yanez等(Oncogene 1：315(1987))在16例结肠癌中的4例、27例肺癌中的2例和8例乳腺癌中的1例中发现了KRAS基因的密码子12突变；在位置61没有发现突变。密码子12的6个可能的氨基酸置换除一个外其它都在鉴定出的7个突变有体现。

G.其它癌基因靶标

本发明并不限于上述癌基因。本发明的方法适合用于有公知启动子区的任何癌基因。代表性的癌基因包括但不限于BCR/ABL、ABL1/BCR、ABL、BCL1、CD24、CDK4、EGFR/ERBB-1、HSTF1、INT1/WNT1、INT2、MDM2、MET、MYB、MYC、MYCN、MYCL1、RAF1、NRAS、REL、AKT2、APC、BCL2-ALPHA、BCL2-BETA、BCL3、BCR、BRCA1、BRCA2、CBL、CCND1、CDKN1A、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CRK、CRK-II、CSF1R/FMS、DBL、DDOST、DCC、DPC4/SMAD4、E-CAD、E2F1/RBAP、ELK1、ELK3、EPH、EPHA1、E2F1、EPHA3、ERG、ETS1、ETS2、FER、FGR、FLI1/ERGB2、FOS、FPS/FES、FRA1、FRA2、FYN、HCK、HEK、HER3/ERBB-2、ERBB-3、HER4/ERBB-4、HST2、INK4A、INK4B、JUN、JUNB、JUND、KIP2、KIT、KRAS2A、KRAS2B、LCK、LYN、MAS、MAX、MCC、MLH1、MOS、MSH2、MYBA、MYBB、NF1、NF2、P53、PDGFB、PIM1、PTC、RB1、RET、ROS1、SKI、SRC1、TAL1、TGFBR2、THRA1、THRB、TIAM1、TRK、VAV、VHL、WAF1、WNT2、WT1、YES1、ALK/NPM1、AMI1、AXL、FMS、GIP、GLI、GSP、HOXI1、HST、IL3、INT2、KS3、K-SAM、LBC、LMO-1、LMO-2、L-MYC、LYL1、LYT-10、MDM-2、MLH1、MLL、MLM、N-MYC、OST、PAX-5、PMS-1、PMS-2、PRAD-1、RAF、RHOM-1、RHOM-2、SIS、TAL2、TAN1、TIAM1、TSC2、TRK、TSC1、STK11、PTCH、MEN1、MEN2、P57/KIP2、PTEN、HPC1、ATM、XPA/XPG、BCL6、DEK、AKAP13、CDH1、BLM、EWSR1/FLI1、FES、FGF3、FGF4、FGF6、FANCA、FLI1/ERGB2、FOSL1、FOSL2、GLI、HRAS1、HRX/MLLT1、HRX/MLLT2、KRAS2、MADH4、MAS1、MCF2、MLLT1/MLL、MLLT2/HRX、MTG8/RUNX1、MYCLK1、MYH11/CBFB、NFKB2、NOTCH1、NPM1/ALK、NRG/REL、NTRK1、PBX1/TCF3、PML/RARA、PRCA1、RUNX1、RUNX1/CBFA2T1、SET、TCF3/PBX1、TGFB1、TLX1、P53、WNT1、WNT2、WT1、αν-β3、PKCα、TNFα、簇蛋白、存活蛋白、TGFβ、c-fos、c-SRC和INT-I。

II.非癌基因靶标

本发明并不限于对癌基因的靶向。本发明的方法和组合物可在需要下调其表达的任何基因的靶向中有用。例如，在某些实施方案中，要靶向的基因包括但不限于免疫球蛋白或抗体基因、凝血因子基因、蛋白酶、垂体激素、蛋白酶抑制剂、生长因子、生长调节素(somatomedian)、促性腺素、趋化因子(chemotactin)、趋化因子(chemokine)、血浆蛋白质、血浆蛋白酶抑制剂、白介素、干扰素、细胞因子、转录因子或病原体靶标(例如病毒基因、细菌基因、微生物基因、真菌基因)。

具体基因的实例包括但不限于ADAMTS4、ADAMTS5、APOA1、APOE、APP、B2M、COX2、CRP、DDX25、DMC1、FKBP8、GH1、GHR、IAPP、IFNA1、IFNG、IL1、I110、IL12、IL13、IL2、IL4、IL7、IL8、IPW、MAPK14、Mei1、MMP13、MYD88、NDN、PACE4、PRNP、PSEN1、PSEN2、RAD51、RAD51C、SAP、SNRPN、TLR4、TLR9、TTR、UBE3A、VLA-4以及PTP-IB、c-RAF、m-TOR、LDL、VLDL、ApoB-100、HDL、VEGF、rhPDGF-BB、NADs、ICAM-I、MUC1、2-dG、CTL、PSGL-1、E2F、NF-kB、HIF和GCPRs。

在其它实施方案中，靶向病原体的基因。代表性的病原体包括但不限于人免疫缺陷病毒、乙肝病毒、丙肝病毒、甲肝病毒、呼吸道合胞病毒、与严重急性呼吸综合征相关的的病原体、西尼罗病毒和食物病原体(例如大肠杆菌)。

III.DNA甲基化

在某些实施方案中，本发明提供在特定位点被甲基化的寡核苷酸治疗药物。本发明并不限于具体的机制。实际上，实施本发明并不需要了解有关机制。但尽管如此，还是设想基因活性调节的一种机制是DNA中胞嘧啶残基的甲基化。5-甲基胞嘧啶(5-MeC)是DNA中检测出的唯一一种天然修饰碱基(Ehrlick等，Science 212：1350-1357(1981))。虽然不是所有的基因都通过甲基化进行修饰，但许多基因中特定位点或特定区域的低甲基化与活性转录相关(Doerfler，Annu.Rev.Biochem.52：93-124[1984]；Christman，Curr.Top.Microbiol.Immunol.108：49-78[1988]；Cedar，Cell 34：5503-5513[1988])。体外DNA甲基化能防止无细胞系统中的基因的有效转录或转染基因的瞬时表达。某些特定顺式调节区中的胞嘧啶残基甲基化还可阻断或增强转录因子或阻遏物的结合(Doerfler，出处同上；Christman，出处同上；Cedar，Cell34：5503-5513(1988)；Tate等，Curr.Opin.Genet.Dev.3：225-231[1993]；Christman等，Virus Strategies，Doerfler，W.和Bohm，P.(编辑)(VCH，Weinheim，N.Y.)第319-333页[1993])。

已将正常模式的DNA甲基化的破坏与癌症的发展联系起来(Christman等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 92：7347-7351[1995])。肿瘤和肿瘤衍生细胞系的DNA的5-MeC含量通常比正常组织要低(Jones等，Adv.Cancer Res 40：1-30[1983])。在多种人肿瘤和动物肿瘤中已检测出特定癌基因如c-myc、c-Ki-ras和c-Ha-ras的低甲基化现象(Nambu等，Jpn.J.Cancer(Gann)78：696-704[1987]；Feinberg等，Biochem.Biophys.Res.Commun.111：47-54[1983]；Cheah等，JNCI73：1057-1063[1984]；Bhave等，Carcinogenesis(Lond)9：343-348[1988]。在有关人肿瘤进展的一个研究得最多的实例中，证实DNA的低甲基化是结肠癌发展中的早期事件(Goetz等，Science 228：187-290[1985])。对体内甲基化的干扰会导致肿瘤形成。已有报告说，给大鼠喂食甲基化抑制剂如L-甲硫氨酸或5-氮杂胞苷(cytodine)，或者通过喂食缺乏lipotrope的饮食造成大鼠5-腺苷甲硫氨酸严重不足，会引起大鼠中肝肿瘤的形成(Wainfan等，Cancer Res.52：2071s～2077s[1992])。研究表明，lipotrope极端不足的饮食会造成c-myc、ras和c-fos等基因中的特定位点失去甲基(Dizik等，Carcinogenesis 12：1307-1312[1991])。尽管存在着高水平的DNA MT酶活性，但仍会发生低甲基化(Wainfan等，Cancer Res.49：4094-4097[1989])。持续活性增殖所需的基因在分化过程中随着甲基化的发生而变得无活性，而组织特异型基因发生低甲基化而有活性。这样，低甲基化作用可以移动无活性和有活性这两种状态之间的平衡。在某些实施方案中，本发明因此利用这种天然现象来提供用以进行特定基因启动子的位点特异性甲基化的组合物和方法，从而防止某些基因的转录和翻译。在其它实施方案中，本发明提供通过改变基因的甲基化型式来上调目的基因(例如肿瘤抑制基因)的表达的方法和组合物。

本发明并不限于使用甲基化寡核苷酸。实际上，本发明也特地设想使用非甲基化寡核苷酸来抑制基因表达。在开发本发明的过程中进行的实验(参见例如实施例8)证明，靶向Bcl-2的未甲基化寡核苷酸对淋巴瘤细胞生长的抑制水平与甲基化寡核苷酸相当。

IV.寡核苷酸

在某些实施方案中，本发明提供反义基因寡核苷酸以抑制癌基因的表达。反义基因的代表性设计和生产策略在下文描述。以下描述并不意在限制适合用于本发明的反义基因化合物的范围。相关领域的技术人员会认识到，其它另外的反义基因也在本发明的范围之内。

A.寡核苷酸设计

在某些实施方案中，寡核苷酸根据优选的设计标准进行设计。然后可用本文公开的方法测试这种寡核苷酸的效力。例如，在某些实施方案中，寡核苷酸在至少一个、优选至少两个、甚至更优选所有的CpG岛发生甲基化。在其它实施方案中，寡核苷酸不被甲基化。本发明并不限于具体的机制。实际上，实施本发明并不需要了解有关机制。但尽管如此，还是设想优选的寡核苷酸是具有至少50％GC含量和至少2个GC二核苷酸的寡核苷酸。优选寡核苷酸不发生自杂交。在某些实施方案中，寡核苷酸设计成具有至少1个A或T，以使自杂交现象减至最低。在某些实施方案中，用市售的计算机程序来调查寡核苷酸自杂交的能力。优选的寡核苷酸长度为至少10个、优选至少15个核苷酸，且不超过100个核苷酸。特别优选的寡核苷酸长度为18-24个核苷酸。在某些实施方案中，寡核苷酸包含通用蛋白质结合序列CGCCC和CGCG或其互补序列。

也优选寡核苷酸与位于启动子TATA框上游的基因启动子区杂交。还优选寡核苷酸化合物与人基因组的其它区域不完全同源。本发明寡核苷酸化合物与基因组其它区域的同源性可使用可获得的搜索工具(例如BLAST，可获自NCBI的因特网站点)来测定。

在某些实施方案中，寡核苷酸设计成可与已知被蛋白质(例如转录因子)结合的癌基因启动子区杂交。本发明的代表性寡核苷酸化合物在图2、4、6、8、10和12中显示。本发明并不限于本文描述的寡核苷酸。也可鉴定其它合适的寡核苷酸(例如使用上述标准)。本文所公开寡核苷酸的代表性寡核苷酸变体在图25-30中显示。可用任何合适的方法，包括但不限于以下说明性实施例中所述的方法，来测试候选寡核苷酸的效力。使用以下实施例1和2中描述的体外试验，可评估候选寡核苷酸在各个浓度下防止细胞增殖的能力。特别优选的寡核苷酸是能在低浓度下(例如在本文公开的体外试验中低于20μM，优选低于10μM)抑制细胞增殖的基因表达的寡核苷酸。

B.优选的寡核苷酸区

在某些实施方案中，癌基因启动子区当中的某些区域还进一步确定为用于寡核苷酸杂交的优选区域。在某些实施方案中，这些优选区域称为“热区(hot zone)”。

在某些优选的实施方案中，根据被证明为有效(参见上文关于寡核苷酸的节)的寡核苷酸化合物和根据上述寡核苷酸优选标准被设想为有效的寡核苷酸化合物，确定热区。优选的热区包括包含在各热区中的各化合物的上游和下游10bp，在各化合物的再上游或下游40bp增量中具有至少1个或多个CG。在优选的实施方案中，热区包括包含在热区中的各寡核苷酸化合物上游和下游的最多100bp。在另外的实施方案中，热区确定在在各启动子的开始区域。这些热区根据有效序列或设想序列来确定，优选的最大长度为200bp。根据上述标准，设计了代表性的热区。这些热区在表1中显示。编号基于本发明各图中描述的序列。

表1代表性热区
		基因	热区
Bcl-2	1-40161-350401-5901002-1260
		c-erbB-2	205-344382-435
c-K-Ras	1-289432-658
		c-Ha-Ras	21-220233-860

	1411-15301631-1722
		c-myc	3-124165-629
TGF-α	1-90175-219261-367431-930964-1237

C.寡核苷酸的制备和配制

任何公知的寡核苷酸合成方法都可用于制备本发明的修饰寡核苷酸。如本发明所教导，在某些实施方案中，在适当情况下通过使用甲基化寡核苷酸将核苷酸dC用5-甲基-dC置换。本发明的修饰或未修饰寡核苷酸可最方便地用任何市售的自动核酸合成仪制备。它们也可从按照客户规格合成定制寡核苷酸的商业渠道获得。

虽然寡核苷酸是优选的化合物形式，但本发明还包括其它寡聚寡核苷酸化合物，包括但不限于如下文所描述的寡核苷酸模拟物。根据本发明的寡核苷酸化合物优选包含约18至约30个核碱基(即约18至约30个连接在一起的碱基)，不过更长或更短的序列也都可用于本发明。

可用于本发明的优选化合物的具体实例包括含有修饰骨架或非天然核苷酸间键的寡核苷酸。如本说明书所定义，具有修饰骨架的寡核苷酸包括骨架中保留磷原子的寡核苷酸和骨架中没有磷原子的寡核苷酸。对于本说明书的目的，在其核苷间骨架中没有磷原子的修饰寡核苷酸也认为是寡核苷酸。

优选的修饰寡核苷酸骨架包括例如硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸三酯、甲基和其它烷基膦酸酯(包括3′-亚烷基膦酸酯和手性膦酸酯)、亚膦酸酯、氨基磷酸酯(包括3′-氨基氨基磷酸酯和氨基烷基氨基磷酸酯)、硫羰基氨基磷酸酯、硫羰基烷基膦酸酯、硫羰基烷基磷酸三酯和具有正常3′-5′键的硼烷磷酸酯、这些骨架的2′-5链接类似物以及具有反极性即其中邻近的核苷单元对以3′-5′～5′-3′或2′-5′～5′-2′连接的骨架。还包括各种盐形式、混合盐形式和游离酸形式。

其中不包含磷原子的优选修饰寡核苷酸骨架，具有通过短链烷基或环烷基核苷间键、混合杂原子和烷基或环烷基核苷间键、或者一个或多个短链杂原子或杂环核苷间键所形成的骨架。这些骨架包括具有吗啉代键(部分由核苷的糖部分形成)的骨架；硅氧烷骨架；硫化物、亚砜和砜骨架；formacetyl和thioformacetyl骨架；methyleneformacetyl和thioformacetyl骨架；含有烯烃的骨架；氨基磺酸酯骨架；亚甲基亚胺和亚甲基肼骨架；磺酸酯和氨磺酰骨架；酰胺骨架；以及具有混合N、O、S和CH₂组成部分的其它骨架。

在其它优选的寡核苷酸模拟物中，核苷酸单元的糖和核苷间键(即骨架)均被新型基团所置换。碱基单元被保留，以供与适当的核酸靶化合物杂交。一种这样的寡聚化合物——一种已证实具有优异的杂交性能的寡核苷酸模拟物，被称为肽核酸(PNA)。在PNA化合物中，寡核苷酸的糖-骨架被含酰胺的骨架特别是氨基乙基甘氨酸骨架所置换。核碱基被保留，且与骨架的酰胺部分的氮杂氮原子直接或间接结合。教导如何制备PNA化合物的代表性美国专利包括但不限于美国专利第5,539,082号；第5,714,331号和第5,719,262号，所述每一个都通过引用结合到本文中。PNA化合物的更多教导可参见Nielsen等，Science 254：1497(1991)。

在某些实施方案中，本发明的寡核苷酸是具有硫代磷酸酯骨架的寡核苷酸和具有杂原子骨架的寡核苷，具体的说是以上引用的美国专利第5,489,677号的--CH₂、--NH--O--CH₂--、--CH₂--N(CH₃)--O--CH₂--[称为亚甲基(甲基亚胺)或MMI骨架]、--CH₂--O--N(CH₃)--CH₂--、-CH₂--N(CH₃)--N(CH₃)--CH₂--和--O--N(CH₃)--CH₂--CH₂--[其中天然磷酸二酯骨架表示为--O--P--O--CH₂--]，以及以上引用的美国专利第5,602,240号的酰胺骨架。还优选的是具有以上引用的美国专利第5,034,506号的吗啉代骨架结构的寡核苷酸。

修饰寡核苷酸还可含有一个或多个取代的糖部分。优选的寡核苷酸在2′位包含以下之一：OH；F；O-烷基、S-烷基或N-烷基；O-烯基、S-烯基或N-烯基；O-炔基、S-炔基或N-炔基；或O-烷基-O-烷基，其中所述烷基、烯基和炔基可为取代或未取代的C₁-C₁₀烷基或者C₂-C₁₀烯基和炔基。特别优选O[(CH₂)_nO]_mCH₃、O(CH₂)_nOCH₃、O(CH₂)_nNH₂、O(CH₂)_nCH₃、O(CH₂)_nONH₂和O(CH₂)_nON[(CH₂)_nCH₃)]₂，其中n和m为1至约10。其它优选的寡核苷酸在2′位包含以下之一：C₁-C₁₀低级烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH₃、OCN、Cl、Br、CN、CF₃、OCF₃、SOCH₃、SO₂CH₃、ONO₂、NO₂、N₃、NH₂、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、多烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA切割基团、报道基团、嵌入剂、用以改善寡核苷酸的药物动力学性能的基团或者用以改善寡核苷酸的药效学性能的基团以及具有类似性能的其它取代基。优选的修饰包括2′-甲氧基乙氧基(2′-O--CH₂CH₂OCH₃，也称′-O-(2-甲氧基乙基)或2′-MOE)(Martin等，Helv.Chim.Acta 78：486[1995])，即烷氧基烷氧基基团。另外优选的修饰包括2′-二甲基氨基氧基乙氧基(即O(CH₂)₂ON(CH₃)₂基团，也称2′-DMAOE)和2′-二甲基氨基乙氧基乙氧基(本领域也称2′-O-二甲基氨基乙氧基乙基或2′-DMAEOE，即2′-O--CH₂--O--CH₂--N(CH₂)₂)。

其它优选的修饰包括2′-甲氧基(2′-O--CH₃)、2′-氨基丙氧基(2′-OCH₂CH₂CH₂NH₂)和2′-氟(2′-F)。还可在寡核苷酸上的其它位置，特别是在3′末端核苷酸上的糖的3′位置，或者在2′-5′连接寡核苷酸和在5′末端核苷酸的5′位置，造成类似的修饰。寡核苷酸还可具有替换呋喃戊糖(pentofuranosyl sugar)的糖类似物如环丁基部分。

寡核苷酸还可包含核碱基(本领域通常简称为“碱基”)修饰或取代。本文所用的“未修饰的”或“天然的”核碱基包括嘌呤碱基即腺嘌呤(A)和鸟嘌呤(G)以及嘧啶碱基即胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)。修饰的核碱基包括其它合成核碱基和天然核碱基，如5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟基甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其它烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其它烷基衍生物、2-硫尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-氮杂尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶，8-卤代、8-氨基、8-硫羟、8-硫代烷基、8-羟基和其它8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤，5-卤代特别是5-溴、5-三氟甲基和其它5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶，7-甲基鸟嘌呤和7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤和8-氮杂腺嘌呤、7-去氮杂鸟嘌呤和7-去氮杂腺嘌呤以及3-去氮杂鸟嘌呤和3-去氮杂腺嘌呤。另外的核碱基包括美国专利第3,687,808号中公开的核碱基。这些核碱基中有某些对于提高本发明的寡聚化合物的结合亲和力特别有用。这些核碱基包括5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤，包括2-氨基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶和5-丙炔基胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶取代已证实能提高核酸双链体稳定性达0.6-1.2℃，是目前优选的碱基取代，当与2′-O-甲氧基乙基糖修饰作用结合时尤为如此。

本发明寡核苷酸的另一种修饰涉及将一种或多种能增强寡核苷酸的活性、细胞分布或细胞摄取的部分或缀合物化学连接到寡核苷酸上。这种部分包括但不限于脂质部分如胆固醇部分、胆酸、硫醚(例如己基-S-三苯甲基硫醇)、硫代胆固醇、脂族链(例如十二烷二醇残基或十一烷基残基)、磷脂(例如二-十六烷基-rac-甘油或1，2-二-O-十六烷基-rac-甘油基-S-H-膦酸三乙铵)、聚胺或聚乙二醇链或者金刚烷乙酸、棕榈基部分、或者十八胺或己基氨基-羰基-羟胆甾醇部分。

相关领域的技术人员熟知如何产生含有上述修饰的寡核苷酸。本发明并不限于上述反义寡核苷酸。可采用任何合适的修饰或取代。

没有必要让特定化合物中的所有位置被一致地修饰，事实上，在单个寡核苷酸化合物中乃至在寡核苷酸当中的单个核苷上都可掺入不止一种的上述修饰。本发明还包括包含如下所述的本发明反义化合物的药物组合物和制剂。

D.鸡尾酒药物

在某些实施方案中，本发明提供包含两种或更多种导向基因(例如癌基因)启动子区的寡核苷酸的鸡尾酒药物。在某些实施方案中，所述两种寡核苷酸与同一基因的启动子的不同区域杂交。在其它实施方案中，所述两种或更多种寡核苷酸与两种不同的基因的启动子杂交。本发明并不限于具体的机制。实际上，实施本发明并不需要了解有关机制。但尽管如此，还是设想两种或更多种本发明化合物的组合所提供的抑制作用比单独给予各化合物所累积的抑制作用要高。

V.研究用途

本发明并不限于治疗应用。例如，在某些实施方案中，本发明提供将寡核苷酸用作研究工具的组合物和方法。

A.试剂盒

例如，在某些实施方案中，本发明提供试剂盒，其包含能特异性抑制目的基因的寡核苷酸和任选的已知能表达该基因的细胞系(例如癌细胞系)。这种试剂盒在例如对代谢途径或对基因在疾病(例如癌症)中的涉及的鉴定上以及在诊断应用上有用。在某些实施方案中，试剂盒还包含缓冲剂和其它必需的试剂以及使用说明书。

B.靶标确认

在某些实施方案中，本发明提供用于确认基因靶标(例如怀疑与疾病相关的基因)的方法和组合物。例如，在某些实施方案中，用本发明的方法和组合物来下调在大规模筛选应用(例如基因表达阵列)中被鉴定为与疾病相关的基因的表达。对于靶标确认的目的，本发明的方法和组合物适合在体外和体内(例如在非人动物中)使用。在其它实施方案中，本发明化合物在移植研究(例如HLA抑制)中有用。

C.药物筛选

在其它实施方案中，本发明的方法和组合物用于药物筛选应用。例如，在某些实施方案中，将本发明的寡核苷酸给予细胞(例如在培养物中或在非人动物中)，以抑制目的基因的表达。在某些实施方案中，对目的基因的抑制是对生理或疾病状况的模拟。在其它实施方案中，抑制癌基因。然后将试验化合物(例如小分子药物或寡核苷酸模拟物)给予试验细胞并测试试验化合物的作用。

本发明的试验化合物可用本领域公知的组合文库方法中的任何方法来获得，所述组合文库方法包括生物文库；拟肽文库(具有肽的官能度、可是却有新型非肽骨架的分子的文库，所述分子能抵抗酶促降解而仍保持生物活性；参见例如Zuckennann等，J.Med.Chem.37：2678-85[1994])；空间可定位平行固相或溶液相文库；需要重叠合(deconvolution)的合成文库方法；‘一珠一化合物’文库方法；和使用亲和层析选择的合成文库方法。生物文库和拟肽文库方法优选用于肽文库，而其它四种方法则适用于肽、非肽寡聚物或小分子化合物文库(Lam(1997)Anticancer Drug Des.12：145)。

分子文库的合成方法的实例可在本领域中找到，例如在以下文献中找到：DeWitt等，Proc.Natl.Acad.Sci.U.SA.90：6909[1993]；Erb等，Proc.Nad.Acad.Sci.USA 91：11422[1994]；Zuckermann等，J.Med.Chem.37：2678[1994]；Cho等，Science 261：1303[1993]；Carrell等，Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33.2059[1994]；Carell等，Angew.Chem.Int.Ed.Engl.33：2061[1994]；和Gallop等，J.Med.Chem.37：1233[1994]。

化合物文库可存在在溶液中(例如Houghten，Biotechniques13：412-421[1992])，或者在珠(Lam，Nature 354：82-84[1991])、芯片(Fodor，Nature 364：555-556[1993])、细菌或孢子(美国专利第5,223,409号；通过引用结合到本文中)、质粒(Cull等，Proc.Nad.Acad.Sci.USA89：18651869[1992])或噬菌体(Scott和Smith，Science 249：386-390[1990]；Devlin Science 249：404-406[1990]；Cwirla等，Proc.Natl.Acad.Sci.87：6378-6382[1990]；Felici，J.Mol.Biol.222：301[1991])上。

VI.组合物和传递

在某些实施方案中，本发明的寡核苷酸化合物配制成药物组合物，以作为药物传递给对象。本发明的新型抗原化合物在治疗各种需要抑制基因表达或细胞生长的疾病状态和状况中有用。在某些优选的实施方案中，所述化合物用来治疗由无控细胞生长导致的疾病状态，例如包括但不限于癌症。本发明并不限于治疗具体的癌症。本发明的寡核苷酸化合物适合于治疗各种癌症，包括但不限于乳腺癌、结肠癌、肺癌、胃癌、胰腺癌、膀胱癌、白血病和淋巴瘤。以下讨论提供了剂型和剂量的代表性、非限制性实例。

A.药物组合物

本发明还提供药物组合物(例如包含上述寡核苷酸化合物)。根据需要进行局部治疗还是全身治疗以及根据待治疗的区域，本发明的药物组合物可以以多种方式给药。给药可以是局部给药(包括眼内给药和黏膜给药，包括阴道和直肠传递)、肺部给药(例如通过吸入或吹入粉末或气雾剂给药，包括通过喷雾器给药；气管内、鼻内、表皮和透皮给药)、口服给药或胃肠外给药。胃肠外给药包括静脉内、动脉内、皮下、腹膜内给药或者肌肉内注射或输注；或者颅内(例如鞘内)或心室内的给药。

用于局部给药的药物组合物和制剂可包括透皮贴剂、软膏剂、洗剂、乳膏剂、凝胶剂、滴剂、栓剂、喷雾剂、液体剂和散剂。常规的药物载体、含水基料、粉末基料、含油基料、增稠剂等也是必需或适宜的。

用于口服给药的组合物和制剂包括散剂或颗粒剂、水介质或非水介质中的混悬剂或溶液剂、胶囊剂、扁囊剂(sachet)或片剂。增稠剂、矫味剂、稀释剂、乳化剂、分散助剂或粘合剂也是适宜的。

用于胃肠外、鞘内或心室内给药的组合物和制剂可包括无菌水溶液剂，其中可含有缓冲剂、稀释剂和其它合适的添加剂，例如但不限于渗透促进剂、载体化合物和其它药物可接受的载体或赋形剂。

本发明的药物组合物包括但不限于溶液剂、乳剂和含脂质体的制剂。这些组合物可由多种成分形成，包括但不限于预配液体、自乳化固体和自乳化半固体。

本发明的药物制剂可按照医药工业公知的常规技术制备，可方便的以单位剂量形式存在。这种技术包括使活性成分与药物载体或赋形剂结合的步骤。一般如下制备制剂：使活性成分与液体载体或微细固体载体或两者均匀地和紧密地结合，然后如有需要则使产品成型。

本发明的组合物可配制成任何多种可能的剂型，例如但不限于片剂、胶囊剂、液体糖浆剂、软胶囊剂、栓剂和灌肠剂。本发明的组合物还可配制成在水介质、非水介质或混合介质中的混悬剂。水混悬剂还可含有能增加混悬剂的粘度的物质，包括例如羧甲基纤维素钠、山梨糖醇和/或葡聚糖。混悬剂也可含有稳定剂。

在本发明的一个实施方案中，药物组合物可配制成泡沫剂并以泡沫剂形式使用。药物泡沫剂包括例如但不限于以下制剂：乳剂、微乳剂、乳膏剂、胶冻剂和脂质体剂。这些制剂虽然在性质上基本相似，但在最终产品的成分和稠度上不同。

也可将能增强寡核苷酸在细胞水平的摄取的物质加入到本发明的药物和其它组合物中。例如，阳离子脂质如Lipofectin(美国专利第5,705,188号)、阳离子甘油衍生物和聚阳离子分子如聚赖氨酸(WO97/30731)也能增强细胞对寡核苷酸的摄取。

本发明的组合物还可另外含有其它通常见于药物组合物中的辅助成分。因此，例如，组合物可含有其它另外的相容性药物活性材料，如止痒剂、收敛剂、局部麻醉剂或抗炎剂，或者可含有其它另外的可用于物理配制本发明组合物各种不同剂型的材料，如染料、矫味剂、防腐剂、抗氧化剂、遮光剂、增稠剂和稳定剂。但这种材料加入时不应对本发明组合物各成分的生物活性造成不适当的干扰。各制剂可进行灭菌，且如有需要可与例如以下不会与制剂中的核酸发生有害相互作用的助剂混合：润滑剂、防腐剂、稳定剂、湿润剂、乳化剂、用以影响渗透压的盐类、缓冲剂、着色剂、矫味剂和/或芳香物质等。

供口服给药的组合物和制剂包括散剂或颗粒剂、微颗粒剂、纳米颗粒剂、水介质或非水介质中的混悬剂或溶液剂、胶囊剂、凝胶胶囊剂、扁囊剂、片剂或小片剂。增稠剂、矫味剂、稀释剂、乳化剂、分散助剂或粘合剂也是适宜的。优选的口服制剂是其中本发明的寡核苷酸与一种或多种渗透促进剂、表面活性剂和螯合剂一起给药的制剂。优选的表面活性剂包括脂肪酸和/或其酯或盐、胆汁酸和/或其盐。优选的胆汁酸/盐包括鹅脱氧胆酸(CDCA)和熊脱氧鹅脱氧胆酸(UDCA)、胆酸、去氢胆酸、脱氧胆酸、丙烯醇酸(glucholic acid)、甘氨胆酸(glycholic acid)、甘氨脱氧胆酸、牛磺胆酸、牛磺脱氧胆酸、牛磺-24，25-二氢-夫西地酸钠、乙二醇二氢夫西地酸钠。优选的脂肪酸包括花生四烯酸、十一烷酸、油酸、月桂酸、辛酸、癸酸、豆蔻酸、棕榈酸、硬脂酸、亚油酸、亚麻酸、二癸酸、三癸酸、一油精、二月桂精、甘油-1-癸酸酯、1-十二烷基氮杂环庚-2-酮、酰基肉碱、酰基胆碱或单甘油酯、甘油二酯或其药物可接受的盐(例如钠盐)。还优选的几种渗透促进剂的组合，例如脂肪酸/盐与胆汁酸/盐的组合。特别优选的组合是月桂酸、癸酸和UDCA的钠盐。更多的渗透促进剂包括聚氧乙烯-9-月桂基醚、聚氧乙烯-20-鲸蜡基醚。本发明的寡核苷酸可以颗粒形式(包括喷干颗粒)口服传递，或者可络合形成微颗粒或纳米颗粒。寡核苷酸络合剂包括聚氨基酸；聚亚胺；聚丙烯酸酯；聚丙烯酸烷酯；polyoxethane；聚氰基丙烯酸烷酯；阳离子化明胶；白蛋白；淀粉；丙烯酸酯；聚乙二醇(PEG)和淀粉；聚氰基丙烯酸烷酯；DEAE衍生化聚亚胺；普鲁兰多糖(pollulan)；纤维素和淀粉。特别优选的络合剂包括壳聚糖、N-三甲基壳聚糖、聚-L-赖氨酸、聚组氨酸、聚鸟氨酸、聚精胺、鱼精蛋白、聚乙烯吡啶、聚硫代二乙氨基-甲基乙烯(PTDAE)、聚氨基苯乙烯(例如p-氨基)、聚(氰基丙烯酸乙酯甲酯)、聚(氰基丙烯酸乙酯)、聚(氰基丙烯酸丁酯)、聚(氰基丙烯酸异丁酯)、聚(氰基丙烯酸异己酯)、DEAE-甲基丙烯酸酯、DEAE-丙烯酸己酯、DEAE-丙烯酰胺、DEAE-白蛋白和DEAE-葡聚糖、聚丙烯酸甲酯、聚丙烯酸己酯、聚(D，L-乳酸)、聚DL-乳酸乙醇酸共聚物(PLGA)、海藻酸盐和聚乙二醇(PEG)。

本发明的某些实施方案提供含有(a)一种或多种寡核苷酸化合物和(b)一种或多种通过非寡核苷酸机制起作用的其它化疗药物的药物组合物。这种化疗药物的实例包括但不限于抗癌药物如柔红霉素、放线菌素D、多柔比星、博来霉素、丝裂霉素、氮芥、苯丁酸氮芥、美法仑、环磷酰胺、6-巯基嘌呤、6-硫代鸟嘌呤、阿糖胞苷(CA)、5-氟尿嘧啶(5-FU)、氟尿苷(5-FUdR)、甲氨喋呤(MTX)、秋水仙碱、长春新碱、长春碱、依托泊苷、替尼泊苷、顺铂和乙烯雌酚(DES)。抗炎药物(包括但不限于非甾体类抗炎药物和皮质类固醇)及抗病毒药物(包括但不限于利巴韦林(ribivirin)、阿糖腺苷、阿昔洛韦和更昔洛韦)也可结合到本发明的组合物中。其它的非寡核苷酸化疗药物也在本发明的范围之内。两种或更多种组合的化合物可一起使用或依次使用。

B.传递

本发明的寡核苷酸化合物可用任何合适的方法传递。在某些实施方案中，给予的是裸DNA。在其它实施方案中，采用脂质转染法将核酸传递给对象。在还其它实施方案中，寡核苷酸用硫代磷酸酯(phosphothiolate)修饰以便传递(参见例如美国专利第6,169,177号，该专利通过引用结合到本文中)。

在某些实施方案中，压缩所要传递的核酸，以帮助其摄取。(参见例如美国专利第6,008,366号、第6,383,811号，其通过引用结合到本文中)。在某些实施方案中，将压缩的核酸通过靶细胞结合部分(参见例如美国专利第5,844,107号、第6,077,835号，其各自通过引用结合到本文中)靶向特定细胞类型(例如癌细胞)。

在某些实施方案中，将寡核苷酸缀合到其它化合物上，以帮助其传递。例如，在某些实施方案中，将核酸缀合到聚乙二醇上帮助传递(参见例如美国专利第6,177,274号、第6,287,591号、第6,447,752号、第6,447,753号和第6,440,743号，其各自通过引用结合到本文中)。在另外其它实施方案中，将核酸缀合到保护的接枝共聚物上，该接枝共聚物是可充电的药物纳米载体(PharmaIn)。在还其它实施方案中，通过将寡核苷酸缀合到维生素上来促进寡核苷酸向细胞内的运输(Endocyte，Inc；West Lafayette，IN；参见例如美国专利第5,108,921号、第5,416,016号、第5,635,382号、第6,291,673号和WO 02/085908；其各自通过引用结合到本文中)。在其它实施方案中，将寡核苷酸缀合到纳米颗粒上(例如NanoMed Pharmaceuticals；Kalamazoo，MI)。

在优选的实施方案中，将寡核苷酸包封入脂质(例如脂质体或胶束)中帮助传递(参见例如美国专利第6,458,382号、第6,429,200号；其各自通过引用结合到本文中)。优选的脂质体包括但不限于基于心磷脂的阳离子脂质体(例如NEOPHECTIN，可获自NeoPharm，ForestLake，IL)。在某些优选的实施方案中，NEOPHECTIN与寡核苷酸的电荷比是6∶1。在还其它实施方案中，将寡核苷酸与其它另外的聚合物络合，以帮助传递(参见例如美国专利第6,379,966号、第6,339,067号、第5,744,335号，其各自通过引用结合到本文中；及IntradigmCorp.，Rockville，MD)。

在还其它实施方案中，采用Minis(Madison，WI)开发的可控高压传递系统来传递寡核苷酸。

C.剂量

给药根据所要治疗的疾病状态的严重程度和反应来进行，疗程可持续几天到几个月，或者直到达到治愈目的或实现疾病状态的消减为止。最佳给药方案可从对患者体内的药物积累的测量结果计算得出。给药医师能容易地确定最佳剂量、给药方法和重复给药次数。最佳剂量可根据各单个寡核苷酸的相对效价、传递方式而变化，通常可根据在体外和体内动物模型中发现有效的EC₅₀或根据本文描述的实施例来估计。一般来说，剂量为每公斤体重0.01μg-100g，且可每天、每周、每月或每年一次或多次给予。在某些实施方案中，剂量连续给予(例如静脉内给予)，持续几个小时到几天或几周的时间。在某些实施方案中，治疗连续进行确定的时间，接着是无治疗时间。在某些实施方案中，将连续给药后跟着无治疗时间的这种治疗模式重复几次(例如直到疾病状态消减)。

主治医师能根据测出的药物在体液或组织中的停留时间和浓度估计重复给药速度。治疗获得成功后，需要让对象进行维持治疗，以防止疾病状态的复发，在维持治疗中寡核苷酸以维持剂量给予，为每公斤体重0.01μg-100g，优选1mg-50mg，甚至更优选6mg-30mg，每天一次或多次至每20年一次。

VII.联合疗法

在某些实施方案中，本发明的组合物与现有治疗一起联合提供。在其它实施方案中，两种或更多种本发明化合物联合提供。在某些实施方案中，本发明的化合物与公知的癌症化疗药物一起联合提供。本发明并不限于具体的化疗药物。

设想将各种不同类别的抗肿瘤药(例如抗癌)药物用于本发明的某些实施方案中。适合用于本发明的抗癌药物包括但不限于诱导凋亡的药物、抑制腺苷脱氨酶功能的药物、抑制嘧啶生物合成的药物、抑制嘌呤环生物合成的药物、抑制核苷酸相互转化的药物、抑制核糖核苷酸还原酶的药物、抑制一磷酸胸苷(TMP)合成的药物、抑制二氢叶酸还原的药物、抑制DNA合成的药物、与DNA形成加合物的药物、损害DNA的药物、抑制DNA修复的药物、嵌入DNA的药物、使天冬酰胺脱氨的药物、抑制RNA合成的药物、抑制蛋白质合成或稳定性的药物、抑制微管合成或功能的药物等。

在某些实施方案中，适合用于本发明组合物和方法中的代表性抗癌药物包括但不限于1)生物碱，包括微管抑制剂(例如长春新碱、长春碱和长春地辛等)、微管稳定剂(例如紫杉醇(TAXOL)和多西他赛等)及染色质功能抑制剂，包括拓扑异构酶抑制剂如表鬼臼毒素(例如依托泊苷(VP-16)和替尼泊苷(VM-26)等)和靶向拓扑异构酶I的药物(例如喜树碱和伊立替康(CPT-11)等)；2)共价DNA结合药物(烷化剂)，包括氮芥(例如氮芥、苯丁酸氮芥、磷酰胺、异环磷酰胺和白消安(MYLERAN)等)、亚硝基脲(例如卡莫司汀、洛莫司汀和司莫司汀等)及其它烷化剂(例如达卡巴嗪、羟基甲基蜜胺、塞替派和丝裂霉素等)；3)非共价DNA结合药物(抗肿瘤抗生素)，包括核酸抑制剂(例如更生霉素(放线菌素D)等)、蒽环霉素(例如柔红霉素(道诺霉素和Cerubidine)、多柔比星(阿霉素)和伊达比星(Idamycin)等)、蒽二酮(例如蒽环霉素类似物如米托蒽醌等)、博来霉素(BLENOXANE)等及普卡霉素(光辉霉素)等；4)抗代谢物，包括叶酸抗代谢物(例如甲氨喋呤、FOLEX和MEXATE等)、嘌呤抗代谢物(例如6-巯基嘌呤(6-MP，PURINETHOL)、6-硫代鸟嘌呤(6-TG)、硫唑嘌呤、阿昔洛韦、更昔洛韦、氯脱氧腺苷、2-氯脱氧腺苷(CdA)和2′-脱氧考福霉素(喷司他丁)等)、嘧啶拮抗剂(例如氟嘧啶(例如5-氟尿嘧啶(ADRUCIL)、5-氟脱氧尿苷(FdUrd)(氟尿苷))等)及胞嘧啶阿拉伯糖苷(例如CYTOSAR(ara-C)和氟达拉滨等)；5)酶类，包括L-天冬酰胺酶和羟基脲等；6)激素，包括糖皮质类固醇、抗雌激素药(例如他莫昔芬等)、非甾体类抗雄激素药(例如氟他胺等)及芳化酶抑制剂(例如阿那曲唑(ARIMIDEX)等)；7)铂化合物(例如顺铂和卡铂等)；8)与抗癌药物、毒素和/或放射性核素等缀合的单克隆抗体；9)生物反应调节物(例如干扰素(例如IFN-α等)及白介素(例如IL-2等)等)；10)过继免疫治疗；11)造血生长因子；12)诱导肿瘤细胞分化的药物(例如全反式维A酸等)；13)基因治疗技术；14)反义治疗技术；15)肿瘤疫苗；16)导向肿瘤转移的治疗(例如巴马司他等)；17)血管发生抑制剂；18)蛋白体抑制剂(例如VELCADE)；19)乙酰化作用和/或甲基化作用抑制剂(例如HDAC抑制剂)；20)NFκB调节剂；21)细胞周期调节抑制剂(例如CDK抑制剂)；22)p53蛋白功能调节剂；以及23)辐射。

日常用于癌症治疗场合的任何溶瘤细胞药物均可用于本发明的组合物和方法。例如，美国食品和药物管理局保持着被批准在美国使用的溶瘤细胞药物的处方集。美国食品和药物管理局的国际对等机构也保持着类似的处方集。表3提供被批准在美国使用的代表性抗肿瘤药列表。本领域技术人员会意识到，所有美国批准的化疗药物上要求贴附的“产品标签”，均对所述代表性药物描述了适应症、给药信息、毒性数据等。

表3

阿地白介素(脱丙氨酰-1，丝氨酸-125人白介素-2)	Proleukin	Chiron Corp.，Emeryville，CA
			阿仑单抗(IgGlκ抗CD52抗体)	Campath	Millennium and ILEXPartners，LP，Cambridge，MA
阿利维A酸(9-顺式维A酸)	Panretin	LigandPharmaceuticals，Inc，San Diego CA
			别嘌醇(1，5-二氢-4H-吡唑并[3，4-d]嘧啶-4-酮-钠盐)	Zyloprim	GlaxoSmithKline，Research Triangle Park，NC
六甲蜜胺(N，N，N′，N″，N″，-六甲基-1，3，5-三嗪-2，4，6-三胺)	Hexalen	US Bioscience，WestConshohocken，PA

氨磷汀(乙硫醇，2-[(3-氨基丙基)氨基]-，磷酸二氢酯)	Ethyol	US Bioscience
			阿那曲唑(1，3-苯二乙腈，a，a，a′，a′-四甲基-5-(1H-1，2，4-三唑-1-基甲基))	Arimidex	AstraZenecaPharmaceuticals，LP，Wilmington，DE
三氧化二砷	Trisenox	Cell Therapeutic，Inc.，Seattle，WA
			天冬酰胺酶(L-天冬酰胺酰胺水解酶，EC-2型)	Elspar	Merck&Co.，Inc.，Whitehouse Station，NJ
卡介苗(活)(Mycobacterium bovis(B acillus Calmette-Gukin[BCG]Montreal亚株减毒株的冻干制剂)	TICE BCG	Organon Teknika，Corp.，Durham，NC
			贝沙罗汀胶囊剂(4-[1-(5，6，7，8-四氢-3，5，5，8，8-五甲基-2-萘基)乙烯基]苯甲酸)	Targretin	Ligand Pharmaceuticals
贝沙罗汀凝胶剂	Targretin	Ligand Pharmaceuticals
			博来霉素(Streptomyces verticllus所产细胞毒性糖肽抗生素；博来霉素A2和博来霉素B2)	Blenoxane	Bristol-Myers SquibbCo.，NY，NY
卡培他滨(5′-脱氧-5-氟-N-[(戊氧基)羰基]-胞苷)	Xeloda	Roche
			卡铂([1，1-环丁烷二羧酸(2-)-0，0′]-，(SP-4-2))二氨铂	Paraplatin	Bristol-Myers Squibb
卡莫司汀(1，3-双(2-氯乙基)-1-亚硝基脲)	BCNU，BiCNU	Bristol-Myers Squibb
			具有聚苯丙生20的卡莫司汀植入片	GliadelWafer	GuilfordPharmaceuticals，Inc，Baltimore，MD
塞来考昔(为4-[5-(4-甲基苯基)-3-(三氟甲基)-1H-吡唑-1-基]苯磺酰胺)	Celebrex	Searle Pharmaceuticals，England
			苯丁酸氮芥(4-[双(2-氯乙基)氨基]苯丁酸)	Leukeran	Glaxo SmithKline
顺铂(PtCl2H6N2)	Platinol	Bristol-Myers Squibb
			克拉屈滨(2-氯-2′-脱氧-b-D-腺苷)	Leustatin，2-CdA	R.W.JohnsonPharmaceuticalResearch Institute，NJ
环磷酰胺(2-[双(2-氯乙基)氨基]四氢-2H-13，2-氧氮杂磷-2-氧化物一水合物)	Cytoxan，Neosar	Bristol-Myers Squibb
			阿糖胞苷(1-b-D-阿拉伯呋喃糖基胞嘧啶，C9H13N3O5)	Cytosar-U	Pharmacia&UpjohnCompany

阿糖胞苷脂质体剂	DepoCyt	Skye Pharmaceuticals，Inc.，San Diego，CA
			达卡巴嗪(5-(3，3-二甲基-1-氮烯)-咪唑-4-甲酰胺(DTIC))	DTIC-Dome	Bayer AG，Leverkusen，Germany
更生霉素，放线菌素D(Streptomyces parvullus所产放线菌素，C62H86N12O16)	Cosmegen	Merck
			阿法达贝泊汀(重组肽)	Aranesp	Amgen，Inc.，ThousandOaks，CA
柔红霉素脂质体剂((8S-顺式)-8-乙酰-10-[(3-氨基-2，3，6-三脱氧-á-L-来苏-己吡喃糖基)氧基]-7，8，9，10-四氢-6，8，11-三羟基-1-甲氧基-5，12-并四苯二酮盐酸盐)	DanuoXome	NexstarPharmaceuticals，Inc.，Boulder，CO
			盐酸柔红霉素，道诺霉素((1 S，3 S)-3-乙酰-1，2，3，4，6，11-六氢-3，5，12-三羟基-10-甲氧基-6，11-二氧代-1-并四苯基-3-氨基-2，3，6-三脱氧-(α)-L-来苏-己吡喃糖苷盐酸盐)	Cerubidine	Wyeth Ayerst，Madison，NJ
地尼白介素-毒素连接物(重组肽)	Ontak	Seragen，Inc.，Hopkinton，MA
			右雷佐生((S)-4，4′-(1-甲基-1，2-乙烷二基)双-2，6-哌嗪二酮)	Zinecard	Pharmacia&UpjohnCompany
多西他赛((2R，3S)-N-羧基-3-苯基异丝氨酸，N-叔丁酯，13-酯与5b-20-环氧-12a，4，7b，10b，13a-六羟基紫杉烷-11-烯-9-酮-4-乙酸酯-2-苯甲酸酯，三水合物)	Taxotere	AventisPharmaceuticals，Inc.，Bridgewater，NJ
			盐酸多柔比星(8S，10S)-10-[(3-氨基-2，3，6-三脱氧-a-L-来苏-己吡喃糖基)氧基]-8-乙醇酰-7，8，9，10-四氢-6，8，11-三羟基-1-甲氧基-5，12-并四苯二酮盐酸盐)	Adriamycin，Rubex	Pharmacia&UpjohnCompany
多柔比星	AdriamycinPFSIntravenousinJection	Pharmacia&UpjohnCompany
			多柔比星脂质体剂	Doxil	SequusPharmaceuticals，Inc.，Menlo park，CA
丙酸屈他雄酮(17b-羟基-2a-甲基-5a-雄甾烷-3-酮丙酸酯)	Dromostanol-one	Eli Lilly&Company，Indianapolis，IN

丙酸屈他雄酮	Masteroneinjection	Syntex，Corp.，PaloAlto，CA
			Elliott′s B溶液	Elliott′s BSolution	Orphan Medical，Inc
表柔比星((8S-顺)-10-[(3-氨基-2，3，6-三脱氧-a-L-阿拉伯-己吡喃糖基)氧基]-7，8，9，10-四氢-6，8，11-三羟基-8-(羟基乙酰)-1-甲氧基-5，12-并四苯二酮盐酸盐)	Ellence	Pharmacia&UpjohnCompany
			阿法达贝泊汀(重组肽)	Epogen	Amgen，Inc
雌莫司汀(雌-1，3，5(10)-三烯-3，17-二醇(17(β))-，3-[双(2-氯乙基)氨基甲酸酯]17-(磷酸二氢)，二钠盐一水合物，或雌二醇3-[双(2-氯乙基)氨基甲酸酯]17-(磷酸二氢)，二钠盐一水合物)	Emcyt	Pharmacia&UpjohnCompany
			磷酸依托泊苷(4′-去甲基表鬼臼毒素9-[4，6-O-(R)-亚乙基-(β)-D-吡喃葡萄糖苷]，4′-(磷酸二氢酯))	Etopophos	Bristol-Myers Squibb
依托泊苷，VP-16(4′-去甲基表鬼臼毒素9-[4，6-0-(R)-亚乙基-(β)-D-吡喃葡萄糖苷])	Vepesid	Bristol-Myers Squibb
			依西美坦(6-亚甲基雄烷-1，4-二烯-3，17-二酮)	Aromasin	Pharmacia&UpjohnCompany
非格司亭(r-metHuG-C SF)	Neupogen	Amgen，Inc
			氟尿苷(动脉内给药)(2′-脱氧-5-氟尿苷)	FUDR	Roche
氟达拉滨(抗病毒药阿糖腺苷的氟话类似物，9-b-D-阿拉伯呋喃糖基腺嘌呤(ara-A))	Fludara	Berlex Laboratories，Inc.，Cedar Knolls，NJ
			氟尿嘧啶，5-FU(5-氟-2，4(1H，3H)-嘧啶二酮)	Adrucil	ICN Pharmaceuticals，Inc.，Humacao，PuertoRico
氟维司群(7-α-[9-(4，4，5，5，5-五氟戊基亚磺酰)壬基]雌-1，3，5-(10)-三烯-3，17-β-二醇)	Faslodex	IPR Pharmaceuticals，Guayama，Puerto Rico
			吉西他滨(2′-脱氧-2′，2′-二氟胞苷一盐酸盐(b-异构体))	Gemzar	Eli Lilly
吉姆单抗奥佐米星(抗CD33 hP67.6)	Mylotarg	Wyeth Ayerst
			醋酸戈舍瑞林([D-Ser(But)6，Azgly10]LHRH的醋酸盐；	ZoladexImplant	AstraZenecaPharmaceuticals

醋酸pyro-Glu-His-Trp-Ser-Tyr-D-Ser(But)-Leu-Arg-Pro-Azgly-NH2[C59H84N18O14·(C2H4O2)x
			羟基脲	Hydrea	Bristol-Myers Squibb
替伊莫单抗(单克隆抗体替伊莫单抗和衔接物-螯合物tiuxetan[N-[2-双(羧基甲基)氨基]-3-(p-异硫氰酸苯基)-丙基]-[N-[2-双(羧基甲基)氨基]-2-(甲基)-乙基]甘氨酸之间的硫脲共价键形成的免疫连接物)	Zevaiin	Biogen IDEC，Inc.，Cambridge MA
			伊达比星(5，12-并四苯二酮，9-乙酰-7-[(3-氨基-2，3，6-三脱氧-(α)-L-来苏-己吡喃糖基)氧基]-7，8，9，10-四氢-6，9，11-三羟基盐酸盐，(7S-顺式))	Idamycin	Pharmacia&UpjohnCompany
异环磷酰胺(3-(2-氯乙基)-2-[(2-氯乙基)氨基]四氢-2H-1，3，2-嗪磷-2-氧化物)	IFEX	Bristol-Myers Squibb
			甲磺酸伊马替尼(4-[(4-甲基-1-哌嗪基)甲基]-N-[4-甲基-3-[[4-(3-吡啶基)-2-嘧啶基]氨基]-苯基]苯甲酰胺甲磺酸盐)	Gleevec	Novartis AG，Basel，Switzerland
干扰素α-2a(重组肽)	Roferon-A	Hoffmann-La Roche，Inc.，Nutley，NJ
			干扰素α-2b(重组肽)	Intron A(LyophilizedBetaseron)	Schering AG，Berlin，Germany
盐酸伊立替康((4S)-4，11-二乙基-4-羟基-9-[(4-哌啶子基哌啶子基)羰基氧基]-1H-吡喃并[3′，4′6：，7]中氮茚并[1，2-b]喹啉-3，14(4H，12H)二酮盐酸盐三水合物)	Camptosar	Pharmacia&UpjohnCompany
			来曲唑(4，4′-(1H-1，2，4-三唑-1-基亚甲基)二苄腈)	Femara	Novartis
亚叶酸(L-谷氨酸，N[4[[(2氨基-5-甲酰-1，4，5，6，7，8-六氢-4-氧代-6-蝶啶基)甲基]氨基]苯甲酰]，钙盐(1∶1))	Wellcovorin，Leucovorin	Immunex，Corp.，Seattle，WA
			盐酸左旋咪唑((-)-(S)-2，3，5，6-四氢-6-苯基咪唑并[2，1-b]三唑一盐酸盐C11H12N2S·HCl)	Ergamisol	Janssen ResearchFoundation，Titusville，NJ
洛莫司汀(1-(2-氯-乙基)-3-环己基-1-亚硝基脲)	CeeNU	Bristol-Myers Squibb
			Meclorethamine，氮芥	Mustargen	Merck

(2-氯-N-(2-氯乙基)-N-甲基乙胺盐酸盐)
			醋酸甲地孕酮17α(乙酰氧基)-6-甲基孕-4，6-二烯-3，20-二酮	Megace	Bristol-Myers Squibb
美法仑，L-PAM(4-[双(2-氯乙基)氨基]-L-苯丙氨酸)	Alkeran	Glaxo SmithKline
			巯嘌呤，6-MP(1，7-二氢-6 H-嘌呤-6-硫酮一水合物)	Purinethol	Glaxo SmithKline
美钠(2-巯基乙磺酸钠)	Mesnex	Asta Medica
			甲氨喋呤(N-[4-[[(2，4-二氨基-6-蝶啶基)甲基]甲基氨基]苯甲酰]-L-谷氨酸)	Methotrex-ate	Lederle Laboratories
甲氧沙林(9-甲氧基-7H-呋喃并[3，2-g][1]-苯并吡喃-7-酮)	Uvadex	Therakos，Inc.，WayExton，Pa
			丝裂霉素C	Mutamycin	Bristol-Myers Squibb
丝裂霉素C	Mitozytrex	SuperGen，Inc.，Dublin，CA
			米托坦(1，1-二氯-2-(o-氯苯基)-2-(p-氯苯基)乙烷)	Lysodren	Bristol-Myers Squibb
米托蒽醌(1，4-二羟基-5，8-双[[2-[(2-羟基乙基)氨基]乙基]氨基]-9，10-蒽二酮二盐酸盐)	Novantrone	Immunex Corporation
			苯丙酸诺龙	Durabolin-50	Organon，Inc.，WestOrange，NJ
诺莫单抗	Verluma	Boehringer IngelheimPharma KG，Germany
			奥普瑞白介素(IL-11)	Neumega	Genetics Institute，Inc.，Alexandria，VA
奥沙利铂(顺式-[(1R，2R)-1，2-环己烷二胺-N，N’][草酸(2-)-O，O’]合铂)	Eloxatin	Sanofi Synthelabo，Inc.，NY，NY
			紫杉醇(5β，20-环氧-1，2a，4，7β，10β，13a-六羟基紫杉烷-11-烯-9-酮-4，10-二乙酸酯-2-苯甲酸酯13-酯与(2R，3S)-N-苯甲酰-3-苯基异丝氨酸)	TAXOL	Bristol-Myers Squibb
帕米膦酸(膦酸(3-氨基-1-羟基亚丙基)双-，二钠盐，五水合物，(APD))	Aredia	Novartis
			培加酶((一甲氧基聚乙二醇琥珀酰亚胺基)11-17-腺苷脱氨酶)	Adagen(PegademaseBovine)	Enzon Pharmaceuticals，Inc.，Bridgewater，NJ
培门冬酶	Oncaspar	Enzon

(一甲氧基聚乙二醇琥珀酰亚胺基L-天冬酰胺酶)
			乙二醇化非格司亭(重组甲硫磺酰人G-CSF(非格司亭)和一甲氧基聚乙二醇的共价连接物)	Neulasta	Amgen，Inc
喷司他丁	Nipent	Parke-DavisPharmaceutical Co.，Rockville，MD
			哌泊溴烷	Vercyte	Abbott Laboratories，Abbott Park，IL
普卡霉素，光辉霉素(Streptomyces plicatus所产抗生素)	Mithracin	Pfizer，Inc.，NY，NY
			卟吩姆钠	Photofrin	QLT Phototherapeutics，Inc.，Vancouver，Canada
丙卡巴肼(N-异丙基-μ-(2-甲肼)-p-甲苯甲酰胺一盐酸盐)	Matulane	Sigma TauPharmaceuticals，Inc.，Gaithersburg，MD
			米帕林(6-氯-9-(1-甲基-4-二乙胺)丁基氨基-2-甲氧基吖啶)	Atabrine	Abbott Labs
拉布立酶(重组肽)	Elitek	Sanofi-Synthelabo，Inc.，
			利妥昔单抗(重组抗CD20抗体)	Rituxan	Genentech，Inc.，SouthSan Francisco，CA
沙格司亭(重组肽)	Prokine	Immunex Corp
			链佐星(链佐星2-脱氧-2-[[(甲基亚硝基氨基)羰基]氨基]-a(和b)-D-吡喃葡萄糖和220mg无水柠檬酸)	Zanosar	Pharmacia&UpjohnCompany
滑石粉(Mg3Si4O10(OH)2)	Sclerosol	Bryan，Corp，Wobum，MA
			他莫昔芬((Z)2-[4-(1，2-二苯基-1-丁烯基)苯氧基]-N，N-二甲基乙胺2-羟基-1，2，3-丙三羧酸盐(1∶1))	Nolvadex	AstraZenecaPharmaceuticals
替莫唑胺(3，4-二氢-3-甲基-4-氧代咪唑并[5，1-d]-as-四嗪-8-甲酰胺)	Temodar	Schering
			替尼泊苷，VM-26(4′-去甲基表鬼臼毒素9-[4，6-O-(R)-2-噻吩亚甲基-(β)-D-吡喃葡萄糖苷])	Vumon	Bristol-Myers Squibb
睾内酯	Teslac	Bristol-Myers Squibb

(13-羟基-3-氧代-13，17-断雄甾-1，4-二烯-17-酸[dgr]-内酯)
			硫鸟嘌呤，6-TG(2-氨基-1，7-二氢-6H-嘌呤-6-硫酮)	Thioguanine	GlaxoSmithKline
塞替派(吖丙啶，1，1′，1″-硫次膦基三-，或三(1-吖丙啶基)硫化膦)	Thioplex	Immunex Corporation
			盐酸托泊替康((S)-10-[(二甲基氨基)甲基]-4-乙基-4，9-二羟基-1H-吡喃并[3′，4′：6，7]中氮茚并[1，2-b]喹啉-3，14-(4H，12H)-二酮一盐酸盐)	Hycamtin	Glaxo SmithKline
托瑞米芬(2-(p-[(Z)-4-氯-1，2-二苯基-1-丁烯基]-苯氧基)-N，N-二甲基乙胺柠檬酸盐(1∶1))	Fareston	Roberts PharmaceuticalCorp，Eatontown，NJ
			托西莫单抗，I131托西莫单抗(重组鼠免疫治疗单克隆IgG2aλ抗CD20抗体(I131是放射免疫治疗抗体))	Bexxar	Corixa Corp.，Seattle，WA
曲妥单抗(重组单克隆IgG1κ抗HER2抗体)	Herceptin	Genentech，Inc
			维A酸，ATRA(全反式维A酸)	Vesanoid	Roche
乌拉莫司汀	UracilMustardCapsules	Roberts Labs
			戊柔比星N-三氟乙酰阿霉素-14-戊酸酯((2S-顺式)-2-[1，2，3，4，6，11-六氢-2，5，12-三羟基-7-甲氧基-6，11-二氧代-[[4 2，3，6-三脱氧-3-[(三氟乙酰)-氨基-α-L-来苏-己吡喃糖基]氧基]-2-并四苯基]-2-氧代戊酸乙酯)	Valstar	Anthra-->Medeva
长春碱，长春新碱(C46H56N4O10·H2SO4)	Velban	Eli Lilly
			长春新碱(C46H56N4O10·H2SO4)	Oncovin	Eli Lilly
长春瑞滨(3′，4′-二脱氢-4′-脱氧-C′-去甲长春花碱[R-(R*，R*)-2，3-二羟基丁二酸盐(1∶2)])	Navelbine	Glaxo SmithKline
			唑来膦酸盐，唑来膦酸((1-羟基-2-咪唑-1-基-膦酰基乙基)膦酸一水合物)	Zometa	Novartis

VIII.定制患者护理

在某些实施方案中，本发明提供定制患者护理。可将本发明的组合物靶向患者疾病(例如癌症)所独有的特定基因。例如，在某些实施方案中，首先获得患者癌症组织或其它受疾病侵袭的组织(例如活检组织)的样本。分析活检组织是否存在特定基因(例如癌基因)的表达。在某些优选的实施方案中，对患者中的基因表达水平进行分析。可通过监测是否存在与特定癌基因对应的RNA或DNA来检测表达情况。可采用任何合适的检测方法，包括但不限于下文描述的方法。

鉴定了患者的目的基因的基因表达模式后，可为每一位患者产生定制治疗方案。在优选的实施方案中，将对患者中(例如肿瘤中)异常表达的基因具有特异性的各寡核苷酸化合物与鸡尾酒疗法联合。在某些实施方案中，鸡尾酒疗法还包括其它另外的化疗药物(例如上述化疗药物)。然后如上所述将鸡尾酒药物给予患者。

在某些实施方案中，癌症样本的分析和挑选寡核苷酸用作治疗化合物是自动进行的。例如，在某些实施方案中，采用能分析一系列癌基因的表达水平以获得寡核苷酸的最佳选择方案和浓度的软件程序。在某些实施方案中，由临床实验室分析患者样本来进行所述分析，然后将分析结果传输到另一治疗提供者以制定鸡尾酒治疗方案。在某些实施方案中，信息通过因特网传输，从而使诊断与治疗开始之间的时间尽可能最短。

A.RNA的检测

在某些实施方案中，癌基因(例如包括但不限于本文所公开的癌基因)通过测量组织样本(例如癌组织)中的相应mRNA的表达来检测。在其它实施方案中，对体液中的mRNA表达进行测量，所述体液包括但不限于血液、血清、黏液和尿液。在某些优选的实施方案中，对mRNA的表达水平进行定量测量。RNA表达可通过任何合适的方法测量，包括但不限于下文公开的方法。

在某些实施方案中，RNA通过RNA印迹分析来检测。RNA印迹分析涉及RNA的分离和互补标记探针的杂交。在其它实施方案中，RNA表达通过对特定结构的酶促切割来检测(INVADER测定法，ThirdWave Technologies；参见例如美国专利第5,846,717号；第6,090,543号；第6,001,567号；第5,985,557号和第5,994,069号，其各自通过引用结合到本文中)。INVADER测定法通过用结构特异性酶类切割重叠寡核苷酸探针的杂交所形成的复合物来检测特定的核酸(例如RNA)。

在还其它实施方案中，RNA(或相应的cDNA)通过与寡核苷酸探针杂交来检测。可获得多种使用各种杂交和检测技术的杂交测定。例如，在某些实施方案中，采用了TaqMan测定法(PE Biosystems，Foster City，CA；参见例如美国专利第5,962,233号和第5,538,848号，其各自通过引用结合到本文中)。该分析方法在PCR反应过程中进行。TaqMan测定法利用了AMPLITAQ GOLD DNA聚合酶的5′-3′外切核酸酶活性。将由寡核苷酸及5′-报道染料(例如荧光染料)和3′-猝灭染料组成的探针纳入到PCR反应中。在PCR过程中，如果探针与其靶标发生结合，AMPLITAQ GOLD DNA聚合酶的5′-3′溶核活性将切割报道染料和猝灭染料之间的探针。报道染料与猝灭染料的分离导致荧光增强。该信号随PCR的每一个循环而累积，可用荧光计来监测。

在另外其它实施方案中，用反转录酶PCR(RT-PCR)来检测RNA的表达。在RT-PCR中，用反转录酶将RNA酶促转化成互补DNA或“cDNA”。然后将cDNA用作PCR反应的模板。PCR产物可用任何合适的方法来检测，包括但不限于凝胶电泳及用DNA特异性染料染色或与标记探针杂交。在某些实施方案中，采用了美国专利第5,639,606号、第5,643,765号和第5,876,978号(其各自通过引用结合到本文中)所描述的定量反转录酶PCR加标准化竞争性模板混合物的方法。

B.蛋白质的检测

在其它实施方案中，癌基因的基因表达通过测量相应的蛋白质或多肽的表达来检测。在某些实施方案中，对组织样本中的蛋白质表达进行检测。在其它实施方案中，对体液中的蛋白质表达进行检测。在某些实施方案中，对蛋白质表达水平进行定量。蛋白质表达可用任何合适的方法来检测。在某些实施方案中，蛋白质通过其与针对其产生的抗体的结合来检测。抗体的产生方法是本领域技术人员公知的。

抗体结合通过本领域公知的技术来检测，例如放射免疫测定、ELISA(酶联免疫吸附测定)、“夹心”免疫测定、免疫放射测定、凝胶扩散沉淀反应、免疫扩散测定、原位免疫测定(例如使用胶体金、酶或放射性同位素标记)、蛋白质印迹、沉淀反应、凝集试验(例如凝胶凝集试验、血细胞凝集试验等)、补体结合试验、免疫荧光测定、A蛋白试验及免疫电泳试验等。

在一个实施方案中，抗体结合通过检测第一抗体上的标记来检测。在另一个实施方案中，第一抗体通过检测第二抗体或试剂与第一抗体的结合来检测。在又一实施方案中，第二抗体被标记。许多用以在免疫测定中检测结合情况的方法是本领域公知的，也落入本发明的范围之内。

在某些实施方案中，采用了自动检测方法。免疫测定自动化的方法包括美国专利第5,885,530号、第4,981,785号、第6,159,750号和第5,358,691号中描述的方法，其各自通过引用结合到本文中。在某些实施方案中，结果的分析和展示也自动进行。例如，在某些实施方案中，采用了能根据一系列对应于癌基因的蛋白质的存在或不存在情况来生成表达型的软件。

在其它实施方案中，采用了美国专利第5,599,677号和第5,672,480号中描述的免疫测定；其各自通过引用结合到本文中。

实验

提供以下实施例是为了证明和进一步说明本发明某些优选的实施方案和方面，这些实施例不应被解释为限制本发明的范围。

在下文的实验公开内容中，应用了以下缩写：N(当量)；M(摩尔浓度)；mM(毫摩尔浓度)；μM(微摩尔浓度)；mol(摩尔)；mmol(毫摩尔)；μmol(微摩尔)；nmol(纳摩尔)；pmol(皮摩尔)；g(克)；mg(毫克)；μg(微克)；ng(纳克)；l或L(升)；ml(毫升)；μl(微升)；cm(厘米)；mm(毫米)；μm(微米)；nm(纳米)；和℃(摄氏度)。

实施例1

材料和方法

本实施例描述以下实施例中所采用的实验方法。

A.细胞系

以下描述用于本发明实验的细胞系。

MDA-MB-231

组织：                  腺癌；乳腺；乳房；胸腔积液

致瘤潜能：              形成III级腺癌

所表达的受体：          表皮生长因子(EGF)和转化生长因子(TGF-α)

癌基因：                wnt3+和wnt7h+

参考文献：

Siciliano MJ，Barker PE，Cailleau R.Mutually exclusive geneticsignatures of human breast tumor cell lines with a common chromosomalmarker(带共同染色体标记的人乳腺肿瘤细胞系的互斥基因签名)。

Cancer Res.1979年3月；39(3)：919-22。

Calleau R，Olive M，Cruciger QV.Long-term human breast carcinomacelllines of metastatic origin：preliminary characterization(转移来源的长期人乳腺癌细胞系：初步鉴定)。

In vitro.1978年11月；14(11)：9115。

Cruciger QV，Pathak S，Calleau R.Human breast carcinomas：markerchromosomes involving Iq in seven cases(人乳腺癌：七个病例中涉及1q的标记染色体)。

Cytogenet Cell Genet.1976年；17(4)：231-5。

Satya-Prakash KL，Pathak S，Hsu TC，Olive M，Cailleau R.Cytogeneticanalysis on eight human breast tumor cell lines：high frequencies of 1q，11q and HeLa-like marker chromosomes(对八个人乳腺肿瘤细胞系的细胞遗传学分析：1q、11q和HeLa标记染色体)。

Cancer Genet Cytogenet 1981年1月；3(11)：61-73。

MCF7

组织：             腺癌；乳腺；乳房

转移部位：         胸腔积液

受体：             雌激素受体+

癌基因：           wnt7h+

还已知该细胞系能适度表达c-erbB-2癌基因和过量表达c-myc癌基因

细胞产物：    胰岛素样生长因子结合蛋白(IGFBP)

参考文献：

Soule HD等，Ahuman cell line from a pleural effusion derived from abreast carcinoma(来自衍生于乳腺癌的胸腔积液的人细胞系).J.Natl.Cancer Inst.51：1409-1416，1973Landers JE等，Translational enhancement of mdm2 oncogene expressionin human tumor cell containing a stabilized wild-type p53 protein(含稳定化野生型p53蛋白的人肿瘤细胞中mdm2癌基因表达的翻译增强).

Cancer Res.57：3562-3568，1997

Bacus SS等，Differentiation of cultured human cancer cells (AU-565 andMCF7)associated with loss of cell surface HER-2/neu oligonucleotide(与细胞表面HER-2/neu寡核苷酸损失有关的培养人癌细胞(AU-565和MCF7)的分化).Mol.Carcinog.3：350-362，1990

MCF10CA1

MCF10细胞衍生自患纤维囊肿病妇女的良性乳腺组织。MCF10细胞系由几种细胞系组成，其中之一是MCF10A，这是一种无限增殖化的正常人乳腺细胞系。MCF10A用T24 Ha-ras转化产生MCF10AneoT细胞。具有瘤形成进展潜力的MCF10AT衍生自异种移植传代的MCF10-AneoT。MCF10AT在大约25％的异种移植物中产生癌。完全恶性的MCF10CA1细胞系衍生自几次异种移植传代的MCF10AT。MCF10CA1a会100％形成肿瘤并发生转移。MCF10CA1a的核型显示染色体1存在额外拷贝。MCF10CA1a会在静脉注射细胞36天后转移到肺部中。

参考文献：

Santner SJ等，Malignant MCF10CA1 cell lines derived frompremalignant human breast epithelial MCF10AT cells(衍生自恶化前人乳腺上皮MCF10AT细胞的恶性MCF10CA1细胞系).Breast CancerResearch and treatment 65：101-110，2001。

MYC-MT-1

一雌性MMTV-C-MYC转基因小鼠发展了乳腺肿瘤。将肿瘤分离，取少量新鲜组织放入由卡马诺斯癌症学会(Karmanos CancerInstitute)的Jushoa Liao博士调理的培养基中培养。此肿瘤细胞系在10次传代后得以建立。

NMuMG

组织：        小鼠正常乳腺，上皮

品系：        NAMRU，雌性

致瘤潜能：    在小鼠中产生良性肿瘤

参考文献：

Owens RB.Glandular epithelial cells from mice：a method for selectivecultivation(小鼠腺上皮细胞：选育方法).J.Natl.Cancer Inst.52：1375-1378，1974

Owens RB等，Epithelial cell cultures from normal glandular tissue ofmice(来自小鼠正常腺组织的上皮细胞培养物).J.Natl.Cancer Inst.53：261-269，1974

Yingling JM等，Mammalian dwarfins are phosphorylated in response totransforming，growth factor beta and are implicated in control of cellgrowth(哺乳动物侏蛋白响应转化生长因子-β发生磷酸化并牵连到对细胞生长的控制).Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93：8940-8944，1996

BxPC-3

组织：        腺癌；胰腺

细胞产物：    黏蛋白，胰腺癌特异性抗原；CEA，癌胚抗原

来源：        61岁女性

致瘤潜能：    有

癌基因：      c-Ki-ras

参考文献：

Tan MH等，Characterization of a new primary human pancreatic tumorline(新初级人胰腺肿瘤系的鉴定).Cancer Invest.4：15-23，1986Loor R等，Use of pancreas-specific antigen in immunodiagnosis ofpancreatic cancer(胰腺特异性抗原在胰腺癌的免疫诊断中的应用).

Clin.Lab.Med.2：567-578，1982

Lan MS等，Polypeptide core of a human pancreatic tumor mucin antigen(人胰腺肿瘤黏蛋白抗原的多肽核心).Cancer Res.50：2997-3001，1990Chambers JA and Harris A.Expresson of the cystic fibrosis gene and themajor pancreatic mucin gene，MUC1，in human ductal epithelial cells(人导管上皮细胞中囊性纤维变性基因和主要胰黏蛋白基因MUC1的表达).J.Cell Sci.105：417-422，1993

T-47D

组织：        导管癌，乳腺，乳房，导管

转移部位：    胸腔积液

来源：        患乳腺浸润性导管癌的54岁女性的胸腔积液

受体表达：    雌激素、雄激素、降钙素、孕酮、糖皮质类固醇和

              催乳素阳性

癌基因：      wnt3+和wnt7h+

              还已知此细胞系过量表达c-erbB-2

参考文献：

Keydar I等，Establishment and characterization of a cell line of humanbreast carcinoma origin(人乳腺癌来源的细胞系的建立和鉴定).Eur.J.

Cancer 15：659-670，1979

Judge SM and Chatterton RT Jr.Progesterone-specific stimulation oftriglyceride biosynthesis in a breast cancer cell line(T-47D)(对乳腺癌细胞系(T-47D)中甘油三酯生物合成的孕酮特异性刺激).Cancer Res.43：4407-4412，1983

Lamp SJ等Calcitonin induction of a persistent activated state ofadenylate cyclase in human breast cancer cell(T-47D)(人乳腺癌细胞(T-47D)中腺苷酸环化酶的持久激活状态的降钙素诱导).J.Biol.Chem.

256：12269-12274，1981

Sher E等，Whole-cell uptake and nuclear localization of 1，25-dhydroxy-cholecalciferol by breast cancer cell(T-47D)in culture(培养物中乳腺癌细胞(T-47D)对1，25-二羟基-胆钙化甾醇的全细胞摄取和核定位)

Biochem.J.200：315-320，1981

Freake HC等，1，25-Dihydroxyvitamin D3 specifically binds to a breastcancer cell line(T-47D)and stimulates growth(1，25-二羟基维生素D3能特异型结合人乳腺癌细胞系(T-47D)并刺激生长).Biochem.Biophys.

Res.Commun.101：1131-1138，1981

Faust JB and Meeker TC.Amplification and expression of the bcl-1 genein human solid tumor cell line(人实体瘤细胞系中bcl-1基因的扩增和表达).Cancer Res.52：2460-2463，1992 RF33514：Huguet EL等，Diffrential expression of human Wnt genes 2，3，4，and 7Bin human breast cell line and normal and disease states of human breasttissue(人乳腺细胞系中人Wnt基因2、3、4和7B的分化表达与人乳腺组织的正常和疾病状态).Cancer Res.54：2615-2621，1994

BT-474

组织：    导管癌，乳腺，乳房

来源：    60岁女性

癌基因：  c-erbB-2

参考文献：

Lasfargues EY等，Isolation of two human tumor epithelial cell lines fromsolid breast carcinomas(从实体乳腺癌分离两个人肿瘤上皮细胞系).J.

Natl.Cancer Inst.61：967-978，1978

Lasfargues EY等，A human breast tumor cell line(BT-474)that supportsmouse mammary tumor virus replication(支持小鼠乳腺肿瘤病毒复制的人乳腺肿瘤细胞系(BT-474)).In vitro 15：723-729，1979Littlewood-Evans AJ等，The osteoclast-associated protease cathepsin K isexpressed in human breast carcinoma(破骨细胞相关组织蛋白酶K在人乳腺癌中表达).Cancer Res.57：5386-5390，1997

WSU-FSCCL

1993年建立的人B细胞系

来源：    来自患白血病阶段的低度滤泡性小裂细胞性淋巴瘤

          的男性患者的外周血

癌基因： 对于c-myc和bcl-2都显示染色体易位

参考文献：

Mohammad RM，Mohamed AN，Smith MR，Jawadi NS，AL-Khatib A.Aunique EBV-Negative Low Grade Lymphoma Line (WSU-FSCCL)Exhibiting both t(14；18)and t(8；11)(显示t(14；18)和t(8；11)的独特EBV阴性低度淋巴瘤系(WSU-FSCCL)).Cancer Genet Cytogenet 70：62-67，1993

B.细胞培养

人乳腺癌细胞MCF7、MCF10CA1a、MDA-MB 231、MDA-MB435.eB和人正常乳腺细胞MCF10A均获自Karmanos Cancer Institute。所有细胞都在补加10mM HEPES、29mM碳酸氢钠、青霉素(100单位/ml)和链霉素(100μg/ml)的DMEM/F12培养基(Gibco，MD)中培养。另外，还将10％牛血清、10μg/ml胰岛素(Sigma Chemical，St Louis，MO)和0.5nM雌二醇用于MCF7培养基中。将5％马血清和胰岛素(10μg/ml)用于MCF10CA1a，10％胎牛血清用于MDA-MB 231和435细胞系。MCF 1.0A培养物补加5％马血清、胰岛素(10μg/ml)、100ng/ml霍乱肠毒素(Calbiochem，CA)、0.5μg/ml氢化可的松(Sigma Chemical)和20ng/ml表皮生长因子(Sigma Chemical)。所有的烧瓶和培养板都37℃下95％空气和5％CO₂的湿润环境中温育。

还将MYC-MT-1细胞培养于含有10ng/ml EGF(上皮生长因子)、1nM雌二醇、10μg/ml胰岛素和10％FBS(胎牛血清)的DMEM/F12培养基中。将BxPC-3胰腺癌细胞系和BT-474乳腺肿瘤细胞系培养于补加10％FBS的RPMI 1640中。将乳腺肿瘤细胞系T-47D培养于与BT-474相同的培养基，但补加2.5μg/ml胰岛素。将NMuMG(正常小鼠乳腺细胞)细胞系生长于补加4.5g/l葡萄糖、10μg/ml胰岛素和10％FBS的DMEM培养基中。

将所有上述细胞都以2500-5,000细胞/孔的密度接种于96孔板中。细胞接种24小时后用溶于新鲜培养基(100μl总体积)的寡核苷酸化合物处理。在处理后24小时及每隔48小时连续6-7天或直到对照细胞达到80-100％铺满，用不含寡核苷酸的新鲜培养基替换培养基。使用MTT染色技术评估寡核苷酸的抑制作用。

用人滤泡性淋巴瘤细胞系WSU-FSCCL评估抗c-myc寡核苷酸及抗Bcl-2寡核苷酸的作用。FSCCL细胞在组织培养中生长成单细胞悬液。培养物维持在补加10％胎牛血清、1％L-谷氨酰胺、100单位/ml青霉素和1.00μg/ml链霉素的RPMI 1640中。FSCCL细胞在24孔板(2x10⁵细胞/孔/ml)中用寡核苷酸化合物处理，并在37℃下95％空气和5％CO₂的湿润环境中温育。每隔24小时用血细胞计数器对细胞进行计数。

C.寡核苷酸制备

所有的寡核苷酸均由BIOSYNTHESIS(Lewisville，Texas)或Qiagen(Valencia，CA)进行合成、凝胶纯化和冻干。甲基化寡核苷酸在所有的CpG位点进行甲基化。将甲基化寡核苷酸溶于纯无菌水(Gibco，Invitrogen Corporation)中，用以处理培养物中的细胞。

D.Lipofectin包封

将20μg lipofectin(Invitrogen)和16μg寡核苷酸各自用200μlOpti-MEM(Invitrogen)培养基在单独的无菌管中室温下温育45分钟。接着将它们合并，再温育15分钟。然后加入1.6ml Opti-MEM培养基，至2ml的最终体积和1μM寡核苷酸的最终浓度。lipofectin和寡核苷酸的浓度可根据它们的分子量和所需的化合物浓度来调整。在此浓度水平下不存在细胞毒性作用。

E.细胞生长抑制的测定

细胞生长抑制情况用购自Sigma Chemical(St Louis，MO)的溴化3-[4，5-二甲基-噻唑-2-基]-2，5-二苯基四唑(MTT)进行评估。将细胞以50,000个细胞/ml的密度重悬于培养基中，向96孔平底培养板(Costar Corning，NY，USA)的每一个孔分配100μl，温育24小时。将培养基改成100μl含所需浓度的寡核苷酸的新鲜培养基，温育24小时。对照培养物的培养基为与寡核苷酸溶液等体积的纯无菌水。每隔24小时更换培养基，但不再添加寡核苷酸，直到对照培养物铺满(6-7天)。之后除去培养基，培养板用磷酸缓冲盐水(PBS)洗涤两次，向每孔加入100μl含0.5 mg/ml MTT染料的无血清培养基，37℃下温育1小时。除去含染料的培养基，用PBS洗涤，加入100μl二甲亚砜(DMSO)使活性染料增溶。用自动多孔分光光度计(Bio-Tek MicroplateAutoreader，Winooski，VT，USA)读取吸光值。每个处理每次用8个独立的孔重复至少3次。

F.蛋白质提取和蛋白质印迹分析

将细胞以200,000个细胞/烧瓶的密度接种和培养于T25组织培养烧瓶(Costar，Coming，NY，USA)中。让细胞进行贴壁24小时。培养基用含有10-20μM寡核苷酸的新鲜培养基替换，温育24小时。每隔48小时更换培养基，但不再添加抑制剂，继续进行细胞培养，直到对照烧瓶铺满(6-7天)。用1x胰蛋白酶：EDTA(Invitrogen，Gibco，MD)收获细胞，2000rpm离心5分钟进行收集。将细胞重悬于125mMTris-HCl缓冲液(pH 6.8)中，超声处理得10-20％产量，然后在等体积的8％SDS中(使SDS终浓度为4％)裂解。将细胞提取物煮沸10分钟，置冰上冷却，2000rpm离心5分钟，然后收集上清液。用BCA蛋白质测定试剂盒(Pierce，Rockford，IL)对蛋白质进行定量。取50-100μg蛋白质进行10-15％凝胶(取决于每种蛋白质的分子量)电泳，然后转移到硝基纤维素膜(Schleicher&Schuell，Kence，NH)上。每张膜用溶于TBSTe(Tris缓冲盐水，吐温20)的10％乳粉封闭2小时，然后与第一抗体一起在TBST中温育过夜。抗人c-myc、c-ha-ras和erbB-2的抗体是小鼠IgG(Pharmingen，San Diego，CA)。将膜在TBST中洗涤3次，每次15分钟，然后与用过氧化物酶缀合的第二抗体一起温育1小时。将膜在TBST中洗涤5次，每次10分钟，然后与各2ml的Lumino/Enhancer和Stable Peroxide Solution(PIERCE)一起温育1分钟。将膜曝光于X射线片2分钟(如有必要，曝光时间在10秒直至24小时之间调整)，

实施例2

c-ki-RAS

本实施例描述靶向c-ki-Ras基因启动子的寡核苷酸化合物抑制癌细胞系生长的能力。实验按实施例1的描述进行。结果在图13和19中显示。靶向c-ki-Ras的寡核苷酸的序列以及c-ki-Ras基因的序列在图5和6中显示。

实施例3

Bcl-2

本实施例描述靶向bcl-2基因启动子的寡核苷酸化合物抑制癌细胞系生长的能力。实验按实施例1的描述进行。结果在图14和20中显示。靶向bcl-2的寡核苷酸的序列以及bcl-2基因的序列在图1和2中显示。

实施例4

c-ha-RAS

本实施例描述靶向c-ha-Ras基因启动子的寡核苷酸化合物抑制癌细胞系生长的能力。实验按实施例1的描述进行。结果在图16和22中显示。靶向c-ha-Ras的寡核苷酸的序列以及c-ha-Ras基因的序列在图7和8中显示。

实施例5

c-erbB-2

本实施例描述靶向c-erbB-2基因启动子的寡核苷酸化合物抑制癌细胞系生长的能力。实验按实施例1的描述进行。结果在图15和21中显示。靶向c-erbB-2的寡核苷酸的序列以及c-erbB-2基因的序列在图3和4中显示。

实施例6

c-myc

本实施例描述靶向c-myc基因启动子的寡核苷酸化合物抑制癌细胞系生长的能力。实验按实施例1的描述进行。结果在图17和23中显示。靶向c-myc的寡核苷酸的序列以及c-myc基因的序列在图9和10中显示。

实施例7

TGF-α

本实施例描述靶向TGF-α基因启动子的寡核苷酸化合物抑制癌细胞系生长的能力。实验按实施例1的描述进行。结果在图18和24中显示。靶向TGF-α的寡核苷酸的序列以及TGF-α基因的序列在图11和12中显示。

实施例8

非甲基化寡核苷酸对细胞生长的抑制

本实施例描述靶向Bcl-2的非甲基化寡核苷酸对淋巴瘤细胞系生长的抑制作用。在t＝-24小时，将WSU-FSCCL细胞以2×10⁵个细胞/孔的密度接种于24孔板中。对于每个收获时间点，在t＝0用指示浓度的寡核苷酸处理三个重复孔。对照样本接种三份。将各板在37℃下温育。用台盼蓝染色法和血细胞计数器，通过连续4天每隔24小时的细胞计数和生存力，监测实验过程中的所有培养物。

MABL2寡核苷酸靶向Bcl-2的启动子区[5′-CAX GCA XGX GCATCC CXG CCX GTG-3′]。Pho-Mabl-2是未甲基化形式的MABL-2[5′-CAC GCA CGC GCA TCC CCG CCC GTG-3′]。WSU-FSCCL从人B细胞淋巴瘤(低度滤泡性小裂细胞性淋巴瘤)衍生。实验方案显示于表2。

表2
								组别	靶基因	化合物	细胞	浓度	制剂	生存力试验	甲基的收获
1	Bcl-2	MABL2	FSCCL	10uM	无	n＝3@24，48&72hr	n＝3@72hr
								2	Bcl-2	MABL2	FSCCL	3uM	无	n＝3@24，48&72hr	n＝3@72hr
3	Bcl-2	PhoMABL2	FSCCL	10uM	无	n＝3@24，48&72hr	n＝3@72hr
								4	无	无	FSCC	n/a	无	n＝3@24，48&72hr	n＝3@72hr

结果在图31中显示。结果证明，导向Bcl-2的未甲基化寡核苷酸与甲基化寡核苷酸一样能有效抑制细胞生长。

实施例9

肿瘤生长的体内抑制

本实施例描述本发明寡核苷酸在人前列腺癌模型中对肿瘤生长的抑制作用。

动物：采用了人PC-3 GFP前列腺癌皮下模型(参见例如Yang等，Cancer Research 59，781-786，[1999]；Glinskii等，Cancer Research 63，4239-4243，[2003]和Kalikin等，Cancer Biology and Therapy 2：6，17-21[2003])。使用5-6周龄的雄性无胸腺NCr裸鼠。将动物饲养和维持在HEPA过滤环境中，笼子、食物和草垫均高压灭菌。繁殖对获自Taconic Quality Laboratory Animals and Services for Research(Germantown，NY)。动物食物(5010可高压灭菌啮齿动物饲粮)获自PMI nutrition International Inc.(Brentwood，MO)。本研究共使用了60只雄性动物。

研究用药物：基于核酸的寡核苷酸化合物PNT100和杂(scrambled)寡核苷酸对照PNT-C用阳离子脂质体传递系统(LDV)配制。

GFP表达载体：pLEIN购自Clontech(Palo Alto，CA)。该载体根据含有内部核糖体进入位点的双顺反子信息表达增强型GFP(绿色荧光蛋白)和新霉素抗性基因。

细胞培养、载体产生、转染和亚克隆：表达10 AI病毒包膜的NIH3T3衍生包装细胞系PT67购自Clontech。将PT67细胞培养于补加10％胎牛血清的DMEM中。为进行载体产生，将70％铺满的包装细胞(PT67)与硫酸甲酯N-[1-(2，3-二油酰氧基)丙基]-N，N，N-三甲基铵试剂和饱和量的pLEIN质粒的沉淀混合物一起温育18小时。在此时补充新鲜培养基。转染后48小时通过荧光显微镜检术检查细胞。将细胞在200-1000μg/ml G418存在下培养7天，以进行选择。

PC-3-GFP细胞的GFP基因转导：为进行GFP基因转导，将20％铺满的PC-3细胞(ATCC，CRL 1435)与PT67细胞的反转录病毒上清液和含7％胎牛血清的Ham′s F-12 K的1∶1沉淀混合物一起温育72小时。在此时再装满新鲜培养基。PC-3细胞在转导后72小时用胰蛋白酶EDTA收获，以1∶15的比例传代培养于含200μg/ml 6418的选择性培养基中。将6418水平逐步增加至1000 Ng/ml。挑选出表达GFP的最亮PC-3细胞克隆，合并，然后通过常规的培养方法扩增和转移。

皮下肿瘤生长：将PC-3-GFP细胞以5×10⁶个细胞/200μl的浓度皮下注射入裸鼠胁腹，产生瘤株。在收获前先确认生长于小鼠皮下组织的肿瘤强烈表达GFP。对在裸鼠皮下生长后收获的肿瘤组织进行检查，除去任何明显坏死或怀疑坏死的或者非GFP的肿瘤组织。随后将肿瘤组织切成大约2mm³的小碎片。

皮下组织碎片移植：通过将PC-3 GFP细胞皮下注射入裸鼠胁腹，建立前列腺癌瘤株PC-3 GFP。该肿瘤在使用前作为瘤株维持在裸鼠皮下。在移植前，先用荧光确认PC-3 GFP肿瘤组织强烈表达GFP。在移植当天，从裸鼠皮下部位收获肿瘤，放入RPMI-1640培养基中。除去坏死组织，活组织切成2mm³小块。然后将组织碎片皮下移植到裸鼠的右侧胁腹。

对表达绿色荧光蛋白的肿瘤及其转移的整体光学成像：使用了装有汞灯电源的Leica LZ 12型立体荧光显微镜。通过D425/60带通滤波器和470 DCXR二向色镜产生GFP的选择性激发。在带1317x1035像素芯片的ST-133 Micromax高速TEA/CCD-1317K1热电冷却照相机(Princeton Instruments，Trenton，NJ)上通过长通滤波器GG475(Chroma Technology，Brattleboro，VT)收集发射荧光。同时进行对照实验，图像作对比度和亮度处理，借助Image Pro Plus 3.1软件(Media Cybemetics，Silver Spring，Maryland)进行分析。高分辨率图像直接捕捉到计算机上，或者通过视频输出连续进行捕捉。

研究用动物：本研究共使用60只小鼠，在外科手术后12天分成6组。随机选择各同期条件的组。

治疗的开始：当估计初级肿瘤达到50-100mm³的体积时开始。

研究的设计方案在表4中显示。

表4

组号	次组号	说明	剂量(mg/kg)	方案	途径	数量
							1	A	PBS对照	200ul	每日X5	皮下	10
1	B	PNT-C(5′-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-3′；SEQID NO：1439)+LDV	5	每日X5	皮下	10
							1	C	PNT-100(PhoMabl2；SEQ ID NO：1438)+LDV	2.5	每日X5	皮下	10
1	D	PNT-100+LDV	5	每日X5	皮下	10
							1	E	TAXOTERE	10和5	第2和5日	静脉内	10
1	F	TAXOTERE+PNT-100/LDV	10和5+5	第2和5日+每日X5	静脉内+皮下	10

数据收集

肿瘤大小：每周一次通过卡尺测量检查每只动物的肿瘤生长情况，直到研究结束。进行为时40天的测量工作，以计算肿瘤体积随时间的变化。用公式1/2(axb)计算肿瘤的近似体积，其中b是两个相互垂直的直径较小者。肿瘤的近似体积通过公式(WxL)x1/2计算。

GFP成像：移植后12天，对表达GFP的肿瘤每周进行一次整体光学成像。

体重：在研究过程中所有动物每周称重一次。用电子天平进行体重测量。

结束：在研究的第46天将动物处死后获得最终肿瘤重量。用电子天平称量每个肿瘤的重量。

效力评估所用的统计方法：所有6个组的肿瘤体积和最终肿瘤重量均用Student t²检验进行分析，p＝0.05(双侧)。

结果：结果在图32-35中显示。图32显示PC3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用PNT-100和/或TAXOTERE处理后的平均肿瘤体积。图33显示PC-3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用PNT-100和/或TAXOTERE处理后的平均体重。图34显示PC-3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用PNT-100和/或TAXOTERE处理后的平均肿瘤体积。图35显示PC-3 GFP前列腺癌皮下模型中的肿瘤用PNT-100和/或TAXOTERE处理后的平均最终肿瘤体积。结果表明PNT-100能使肿瘤大小降低。该作用在TAXOTERE存在下得到增强。

实施例10

肿瘤生长的体内抑制

本实施例描述人前列腺癌模型中体内传递本发明寡核苷酸对肿瘤生长的抑制作用。

1)用在不同新生血管化状态的随机化异种移植物，研究了PC-3前列腺癌异种移植肿瘤对静脉内给药的PNT100的反应。本实验用两步Neophectin制剂进行，分五个1mg/kg PNT100的日剂量。所有小鼠对给药方案均能存活，无明显的毒性反应。

II)WSU-DLCL2异种移植物静脉内注射PNT100研究：进行了第二项研究，以确定PNT100-Neophectin在非何杰金氏淋巴瘤模型(NHL)中的静脉内传递和效力。本研究设计为给予五个5mg/kgPNT100的日剂量，在某些同期组中，与长春新碱进行联合治疗。观察到注射PNT100和PNT-C(杂对照)的动物在一剂量的PNT100后体重显著减轻。数据证实PNT100和PNT-C联合治疗作用甚大。结果在图1和2中显示。图36和37显示WSU-DLCL2移植20天后的肿瘤负荷。结果表明，PNT-100单独及与长春新碱联合能使小鼠肿瘤缩小。

以上说明书提到的所有出版物和专利都通过引用结合到本文中。本发明所描述的方法和系统的各种修改和变化对本领域技术人员来说会是显而易见的，而不偏离本发明的范围和精神。虽然已通过具体的优选实施方案对本发明进行了描述，但应认识到，要求保护的本发明不应不适当地受限于这种具体实施方案。实际上，已描述的本发明实施方式的各种修改方案对相关领域的技术人员来说是显而易见的，有意将其纳入以下权利要求书的范围内。

Claims (264)

1.一种组合物，所述组合物包含能在生理条件下与bcl-2基因启动子区杂交的第一寡核苷酸。

2.权利要求1的组合物，其中所述第一寡核苷酸选自SEQ ID NO：3，7，8和9。

3.权利要求1的组合物，其中所述第一寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

4.权利要求3的组合物，其中所述第一寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

5.权利要求1的组合物，其中所述第一寡核苷酸与所述bcl-2基因启动子区的所述杂交抑制所述bcl-2基因的表达。

6.权利要求1的组合物，其中所述bcl-2基因在细胞染色体上，且其中所述第一寡核苷酸与所述bcl-2基因启动子区的所述杂交减少所述细胞的增殖。

7.权利要求1的组合物，所述组合物还包含第二寡核苷酸。

8.权利要求7的组合物，其中所述CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

9.权利要求7的组合物，其中所述第二寡核苷酸选自SEQ ID NO：3，7，8和9，且其中所述第二寡核苷酸不同于所述第一寡核苷酸。

10.权利要求7的组合物，其中所述第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是bcl-2。

11.权利要求10的组合物，其中所述第二基因是癌基因。

12.权利要求11的组合物，其中所述癌基因选自c-ki-Ras、c-Ha-Ras、c-myc、Her-2和TGF-α。

13.一种组合物，所述组合物包含能在选自SEQ ID NO：1的核苷酸1-40之间、SEQ ID NO：1的核苷酸161-350之间、SEQ ID NO：1的核苷酸401-590之间或SEQ ID NO：1的核苷酸1002-1260之间的位置与bcl-2基因启动子区杂交的寡核苷酸。

14.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)选自SEQ ID NO：3，7，8和9的寡核苷酸；

ii)能够表达bcl-2基因的细胞，其中所述细胞能够增殖；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

15.权利要求14的方法，其中所述给予导致所述细胞的增殖减少。

16.权利要求14的方法，其中所述给予导致所述bcl-2基因表达的抑制。

17.权利要求14的方法，其中所述细胞是癌细胞。

18.权利要求14的方法，其中所述细胞在宿主动物中。

19.权利要求18的方法，其中所述宿主动物是非人哺乳动物。

20.权利要求18的方法，其中所述宿主动物是人。

21.权利要求18的方法，其中所述寡核苷酸以0.01μg-100g的剂量引入到所述宿主动物中。

22.权利要求18的方法，其中所述寡核苷酸以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到所述宿主动物中。

23.权利要求18的方法，其中所述寡核苷酸每天一次或多次引入到所述宿主动物中。

24.权利要求18的方法，其中所述寡核苷酸连续引入到所述宿主动物中。

25.权利要求14的方法，其中所述细胞在细胞培养物中。

26.权利要求14的方法，所述方法还包括将试验化合物引入到所述细胞中的步骤。

27.权利要求27的方法，其中所述试验化合物是公知的化疗药物。

28.权利要求17的方法，其中所述癌症选自胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。

29.权利要求19的方法，所述方法还包括提供药物传递系统以将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

30.权利要求29的方法，其中所述药物传递系统包括脂质体，所述脂质体选自中性脂质和脂质样化合物。

31.权利要求29的方法，其中所述药物传递系统包括细胞靶向成分。

32.权利要求31的方法，其中所述细胞靶向化合物选自细胞表面受体的配体和核受体的配体。

33.权利要求29的方法，其中所述药物传递系统供在体内使用，且其中寡核苷酸和所述脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

34.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)能与bcl-2基因启动子区杂交的寡核苷酸；

ii)包含bcl-2基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

35.权利要求34的方法，其中所述寡核苷酸能在选自SEQ ID NO：1的核苷酸1-40之间、SEQ ID NO：1的核苷酸161-350之间、SEQ ID NO：1的核苷酸401-590之间或SEQ ID NO：1的核苷酸1002-1260之间的位置与所述bcl-2基因的所述启动子区杂交。

36.权利要求34的方法，其中所述寡核苷酸的长度在15-30个碱基之间。

37.权利要求34的方法，其中所述寡核苷酸中的所述至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

38.权利要求34的方法，其中所述寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

39.一种组合物，所述组合物包含能在生理条件下与c-ki-Ras基因启动子区杂交的第一寡核苷酸。

40.权利要求39的组合物，其中所述第一寡核苷酸选自SEQ IDNO：47，48，50和53。

41.权利要求39的组合物，其中所述寡核苷酸中的所述至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

42.权利要求41的组合物，其中所述寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

43.权利要求42的组合物，其中所述第一寡核苷酸与所述c-ki-Ras基因启动子区的所述杂交抑制所述c-ki-Ras基因的表达。

44.权利要求43的组合物，其中所述c-ki-Ras基因在细胞染色体上，且其中所述第一寡核苷酸与所述c-ki-Ras基因启动子区的所述杂交减少所述细胞的增殖。

45.权利要求39的组合物，所述组合物还包含第二寡核苷酸。

46.权利要求45的组合物，其中所述第二寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

47.权利要求45的组合物，其中所述第二寡核苷酸选自SEQ IDNO：47，48，50和53，且其中所述第二寡核苷酸不同于所述第一寡核苷酸。

48.权利要求45的组合物，其中所述第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是c-ki-Ras。

49.权利要求48的组合物，其中所述第二基因是癌基因。

50.权利要求49的组合物，其中所述癌基因选自c-Ha-Ras、c-myc、Her-2、TGF-α和bcl-2。

51.一种组合物，所述组合物包含能在选自SEQ ID NO：46的核苷酸1-289之间或SEQ ID NO：46的核苷酸432-658之间的位置与c-ki-Ras基因启动子区杂交的寡核苷酸。

52.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)选自SEQ ID NO：47，48，50和53的寡核苷酸；

ii)包含c-ki-Ras基因的细胞，其中所述c-ki-ras基因能够表达，且其中所述细胞能够增殖；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

53.权利要求52的方法，其中所述引入导致所述细胞的增殖减少。

54.权利要求52的方法，其中所述给予导致所述c-ki-Ras基因表达的抑制。

55.权利要求53的方法，其中所述细胞是癌细胞。

56.权利要求53的方法，其中所述细胞在宿主动物中。

57.权利要求56的方法，其中所述宿主动物是非人哺乳动物。

58.权利要求56的方法，其中所述宿主动物是人。

59.权利要求56的方法，其中所述寡核苷酸以0.01μg-100g的剂量引入到所述宿主动物中。

60.权利要求56的方法，其中所述寡核苷酸以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到所述宿主动物中。

61.权利要求56的方法，其中所述寡核苷酸每天一次或多次引入到所述宿主动物中。

62.权利要求56的方法，其中所述寡核苷酸连续引入到所述宿主动物中。

63.权利要求52的方法，其中所述细胞在细胞培养物中。

64.权利要求52的方法，所述方法还包括将试验化合物引入到所述细胞中的步骤。

65.权利要求64的方法，其中所述试验化合物是公知的化疗药物。

66.权利要求55的方法，其中所述癌症选自胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。

67.权利要求57的方法，所述方法还包括提供药物传递系统以将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

68.权利要求67的方法，其中所述药物传递系统包括脂质体，所述脂质体选自中性脂质和脂质样化合物。

69.权利要求67的方法，其中所述药物传递系统包括细胞靶向成分。

70.权利要求69的方法，其中所述细胞靶向化合物选自细胞表面受体的配体和核受体的配体。

71.权利要求67的方法，其中所述药物传递系统供在体内使用，且其中寡核苷酸和所述脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

72.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)能与c-ki-Ras基因启动子区杂交的寡核苷酸；

ii)包含c-ki-Ras基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

73.权利要求72的方法，其中所述寡核苷酸能在选自SEQ ID NO：46的核苷酸1-289之间或SEQ ID NO：46的核苷酸432-658之间的位置与c-ki-Ras基因启动子区杂交。

74.权利要求72的方法，其中所述寡核苷酸的长度在15-30个碱基之间。

75.权利要求72的方法，其中所述寡核苷酸中的所述至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

76.权利要求72的方法，其中所述寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

77.一种组合物，所述组合物包含能在生理条件下与c-myc基因启动子区杂交的第一寡核苷酸。

78.权利要求77的组合物，其中所述第一寡核苷酸选自SEQ IDNO：110，111，112，113，114和115。

79.权利要求77的组合物，其中所述第一寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

80.权利要求79的组合物，其中所述第一寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

81.权利要求80的组合物，其中所述第一寡核苷酸与所述c-myc基因启动子区的所述杂交抑制所述c-myc基因的表达。

82.权利要求81的组合物，其中所述c-myc基因在细胞染色体上，且其中所述第一寡核苷酸与所述c-myc基因启动子区的所述杂交减少所述细胞的增殖。

83.权利要求77的组合物，所述组合物还包含第二寡核苷酸。

84.权利要求83的组合物，其中所述第二寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

85.权利要求83的组合物，其中所述第二寡核苷酸选自SEQ IDNO：110，111，112，113，114和115，且其中所述第二寡核苷酸不同于所述第一寡核苷酸。

86.权利要求83的组合物，其中所述第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是c-myc。

87.权利要求86的组合物，其中所述第二基因是癌基因。

88.权利要求87的组合物，其中所述癌基因选自c-ki-Ras、c-Ha-Ras、bcl-2、Her-2和TGF-α。

89.一种组合物，所述组合物包含能在选自SEQ ID NO：108的核苷酸3-124之间或SEQ ID NO：108的核苷酸165-629之间的位置与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸。

90.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)选自SEQ ID NO：110，111，112，113，114和115的寡核苷酸；

ii)包含c-myc基因的细胞，其中所述c-myc基因能够被表达，且其中所述细胞能够增殖；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

91.权利要求90的方法，其中所述引入导致所述细胞的增殖减少。

92.权利要求90的方法，其中所述给予导致所述c-myc基因表达的抑制。

93.权利要求90的方法，其中所述细胞是癌细胞。

94.权利要求90的方法，其中所述细胞在宿主动物中。

95.权利要求94的方法，其中所述宿主动物是非人哺乳动物。

96.权利要求94的方法，其中所述宿主动物是人。

97.权利要求94的方法，其中所述寡核苷酸以0.01μg-100g的剂量引入到所述宿主动物中。

98.权利要求94的方法，其中所述寡核苷酸以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到所述宿主动物中。

99.权利要求94的方法，其中所述寡核苷酸每天一次或多次引入到所述宿主动物中。

100.权利要求94的方法，其中所述寡核苷酸连续引入到所述宿主动物中。

101.权利要求90的方法，其中所述细胞在细胞培养物中。

102.权利要求90的方法，所述方法还包括将试验化合物引入到所述细胞中的步骤。

103.权利要求102的方法，其中所述试验化合物是公知的化疗药物。

104.权利要求94的方法，其中所述癌症选自胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。

105.权利要求14的方法，所述方法还包括提供药物传递系统。

106.权利要求105的方法，其中所述药物传递系统包括脂质体，所述脂质体选自中性脂质和脂质样化合物。

107.权利要求105的方法，其中所述药物传递系统包括细胞靶向成分。

108.权利要求107的方法，其中所述细胞靶向化合物选自细胞表面受体的配体和核受体的配体。

109.权利要求105的方法，其中所述药物传递系统供在体内使用，且其中寡核苷酸和所述脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

110.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)能与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸；

ii)包含c-myc基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

111.权利要求110的方法，其中所述寡核苷酸能在选自SEQ IDNO：108的核苷酸3-124之间或SEQ ID NO：108的核苷酸165-629之间的位置与c-myc基因启动子区杂交。

112.权利要求110的方法，其中所述寡核苷酸的长度在15-30个碱基之间。

113.权利要求110的方法，其中所述寡核苷酸中的所述至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

114.权利要求110的方法，其中所述寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

115.一种组合物，所述组合物包含能在生理条件下与c-Ha-ras基因启动子区杂交的第一寡核苷酸。

116.权利要求115的组合物，其中所述第一寡核苷酸选自SEQ IDNO：67，68，69，71，73，74，76，78，84，160，161和162。

117.权利要求115的组合物，其中所述第一寡核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

118.权利要求115的组合物，其中所述第一寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

119.权利要求118的组合物，其中所述第一寡核苷酸与所述c-Ha-ras基因启动子区的所述杂交抑制所述c-Ha-ras基因的表达。

120.权利要求119的组合物，其中所述c-Ha-ras基因在细胞染色体上，且其中所述第一寡核苷酸与所述c-Ha-ras基因启动子区的所述杂交减少所述细胞的增殖。

121.权利要求115的组合物，所述组合物还包含第二寡核苷酸。

122.权利要求121的组合物，其中所述第二核苷酸中的至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

123.权利要求121的组合物，其中所述第二寡核苷酸选自SEQ IDNO：67，68，69，71，73，74，76，78，84，160，161和162，且其中所述第二寡核苷酸不同于所述第一寡核苷酸。

124.权利要求121的组合物，其中所述第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是c-Ha-ras。

125.权利要求124的组合物，其中所述第二基因是癌基因。

126.权利要求125的组合物，其中所述癌基因选自c-ki-Ras、c-myc、bcl-2、Her-2和TGF-α。

127.一种组合物，所述组合物包含能在选自SEQ ID NO：66的核苷酸21-220之间、SEQ ID NO：66的核苷酸233-860之间、SEQ ID NO：66的核苷酸1411-1530之间或SEQ ID NO：66的核苷酸1631-1722之间的位置与c-Ha-ras基因启动子区杂交的寡核苷酸。

128.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)选自SEQ ID NO：67，68，69，71，73，74，76，78，84，160，

161和162的寡核苷酸；

ii)包含c-Ha-ras基因的细胞，其中所述c-ki-ras基因能够表达，且其中所述细胞能够增殖；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

129.权利要求128的方法，其中所述引入导致所述细胞的增殖减少。

130.权利要求128的方法，其中所述引入导致所述c-Ha-ras基因表达的抑制。

131.权利要求128的方法，其中所述细胞是癌细胞。

132.权利要求128的方法，其中所述细胞在宿主动物中。

133.权利要求132的方法，其中所述宿主动物是非人哺乳动物。

134.权利要求132的方法，其中所述宿主动物是人。

135.权利要求132的方法，其中所述寡核苷酸以0.01μg-100g的剂量引入到所述宿主动物中。

136.权利要求132的方法，其中所述寡核苷酸以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到所述宿主动物中。

137.权利要求132的方法，其中所述寡核苷酸每天一次或多次引入到所述宿主动物中。

138.权利要求132的方法，其中所述寡核苷酸连续引入到所述宿主动物中。

139.权利要求128的方法，其中所述细胞在细胞培养物中。

140.权利要求128的方法，所述方法还包括将试验化合物引入到所述细胞中的步骤。

141.权利要求140的方法，其中所述试验化合物是公知的化疗药物。

142.权利要求131的方法，其中所述癌症选自胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。

143.权利要求128的方法，所述方法还包括提供药物传递系统以将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

144.权利要求143的方法，其中所述药物传递系统包括脂质体，所述脂质体选自中性脂质和脂质样化合物。

145.权利要求143的方法，其中所述药物传递系统包括细胞靶向成分。

146.权利要求145的方法，其中所述细胞靶向化合物选自细胞表面受体的配体和核受体的配体。

147.权利要求143的方法，其中所述药物传递系统供在体内使用，且其中寡核苷酸和所述脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

148.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)能与c-Ha-ras基因启动子区杂交的寡核苷酸；

ii)包含c-Ha-ras基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

149.权利要求148的方法，其中所述寡核苷酸能在选自SEQ IDNO：66的核苷酸21-220之间、SEQ ID NO：66的核苷酸233-860之间、SEQ ID NO：66的核苷酸1411-1530之间或SEQ ID NO：66的核苷酸1631-1722之间的位置与所述c-Ha-ras基因的所述启动子区杂交。

150.权利要求148的方法，其中所述寡核苷酸的长度在15-30个碱基之间。

151.权利要求148的方法，其中所述寡核苷酸中的所述至少一个胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

152.权利要求148的方法，其中所述寡核苷酸中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

153.一种组合物，所述组合物包含能在生理条件下与Her-2基因启动子区杂交的第一寡核苷酸。

154.权利要求153的组合物，其中所述第一寡核苷酸选自SEQ IDNO：31，32，35，36，37和38。

155.权利要求153的组合物，其中所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中所述CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

156.权利要求153的组合物，其中所述寡核苷酸的所有所述CG二核苷酸对中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

157.权利要求153的组合物，其中所述寡核苷酸与所述Her-2基因启动子区的所述杂交抑制所述Her-2基因的表达。

158.权利要求157的组合物，其中所述Her-2基因在细胞染色体上，且其中所述寡核苷酸与所述Her-2基因启动子区的所述杂交减少所述细胞的增殖。

159.权利要求153的组合物，所述组合物还包含第二寡核苷酸。

160.权利要求159的组合物，其中所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中所述CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

161.权利要求159的组合物，其中所述第二寡核苷酸选自SEQ IDNO：31，32，35，36，37和38。

162.权利要求159的组合物，其中所述第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是Her-2。

163.权利要求163的组合物，其中所述第二基因是癌基因。

164.权利要求163的组合物，其中所述癌基因选自c-ki-Ras、c-Ha-Ras、bcl-2、c-myc和TGF-α。

165.一种组合物，所述组合物包含能在SEQ ID NO：29的核苷酸205-344之间或SEQ ID NO：29的核苷酸382-435之间的位置与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸。

166.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)选自SEQ ID NO：31，32，35，36，37和38的寡核苷酸；

ii)包含Her-2基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

167.权利要求166的方法，其中所述给予导致所述细胞的增殖减少。

168.权利要求166的方法，其中所述引入导致所述Her-2基因表达的抑制。

169.权利要求166的方法，其中所述细胞是癌细胞。

170.权利要求166的方法，其中所述细胞在宿主动物中。

171.权利要求166的方法，其中所述宿主动物是非人哺乳动物。

172.权利要求170的方法，其中所述宿主动物是人。

173.权利要求170的方法，其中所述寡核苷酸以0.01μg-100g的剂量给予所述宿主动物。

174.权利要求170的方法，其中所述寡核苷酸以每公斤体重1mg-100mg的剂量给予所述宿主动物。

175.权利要求170的方法，其中所述寡核苷酸每天一次或多次给予所述宿主动物。

176.权利要求170的方法，其中所述寡核苷酸连续给予所述宿主动物。

177.权利要求166的方法，其中所述细胞在细胞培养物中。

178.权利要求166的方法，所述方法还包括将试验化合物给予所述细胞的步骤。

179.权利要求178的方法，其中所述试验化合物是公知的化疗药物。

180.权利要求169的方法，其中所述癌症选自胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。

181.权利要求166的组合物，其中所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中所述CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

182.权利要求166的组合物，其中所述寡核苷酸的所有所述CG二核苷酸对中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

183.权利要求166的方法，所述方法还包括提供药物传递系统。

184.权利要求183的方法，其中所述药物传递系统包括脂质体，所述脂质体选自中性脂质和脂质样化合物。

185.权利要求183的方法，其中所述药物传递系统包括细胞靶向成分。

186.权利要求185的方法，其中所述细胞靶向化合物是特定细胞表面受体或核受体的配体或配体样组分。

187.权利要求183的方法，其中所述药物传递系统供在体内使用，且其中寡核苷酸和所述脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

188.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)能与Her-2基因启动子区杂交的寡核苷酸；

ii)包含Her-2基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

189.一种组合物，所述组合物包含选自SEQ ID NO：134，136，139，140，141，142，143和144的寡核苷酸。

190.权利要求189的组合物，其中所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中所述CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

191.权利要求189的组合物，其中所述寡核苷酸的所有所述CG二核苷酸对中的所有所述胞嘧啶碱基是5-甲基胞嘧啶。

192.权利要求189的组合物，其中所述寡核苷酸能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交。

193.权利要求192的组合物，其中所述寡核苷酸与所述TGF-α基因启动子区的所述杂交抑制所述TGF-α基因的表达。

194.权利要求193的组合物，其中所述TGF-α基因在细胞染色体上，且其中所述寡核苷酸与所述TGF-α基因启动子区的所述杂交减少所述细胞的增殖。

195.权利要求189的组合物，所述组合物还包含第二寡核苷酸。

196.权利要求195的组合物，其中所述第二寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中所述CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

197.权利要求195的组合物，其中所述第二寡核苷酸选自SEQ IDNO：134，136，139，140，141，142，143和144。

198.权利要求195的组合物，其中所述第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是TGF-α。

199.权利要求198的组合物，其中所述第二基因是癌基因。

200.权利要求199的组合物，其中所述癌基因选自c-ki-Ras、c-Ha-Ras、bcl-2、Her-2和c-myc。

201.一种组合物，所述组合物包含能在选自SEQ ID NO：131的核苷酸1-90之间、SEQ ID NO：131的核苷酸175-219之间、SEQ ID NO：131的核苷酸261-367之间、SEQ ID NO：131的核苷酸431-930之间和SEQ ID NO：131的核苷酸964-1237之间的位置与c-myc基因启动子区杂交的寡核苷酸。

202.一种组合物，所述组合物包含能在生理条件下与TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸。

203.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)选自SEQ ID NO：134，136，139，140，141，142，143和144的寡核苷酸；

ii)包含TGF-α基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

204.权利要求203的方法，其中所述给予导致所述细胞的增殖减少。

205.权利要求203的方法，其中所述给予导致所述TGF-α基因表达的抑制。

206.权利要求203的方法，其中所述细胞是癌细胞。

207.权利要求203的方法，其中所述细胞在宿主动物中。

208.权利要求207的方法，其中所述宿主动物是非人哺乳动物。

209.权利要求207的方法，其中所述宿主动物是人。

210.权利要求207的方法，其中所述寡核苷酸以0.01μg-100g的剂量给予所述宿主动物。

211.权利要求207的方法，其中所述寡核苷酸以每公斤体重1mg-100mg的剂量给予所述宿主动物。

212.权利要求207的方法，其中所述寡核苷酸每天一次或多次给予所述宿主动物。

213.权利要求207的方法，其中所述寡核苷酸连续给予所述宿主动物。

214.权利要求203的方法，其中所述细胞在细胞培养物中。

215.权利要求203的方法，所述方法还包括将试验化合物给予所述细胞的步骤。

216.权利要求215的方法，其中所述试验化合物是公知的化疗药物。

217.权利要求206的方法，其中所述癌症选自胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。

218.权利要求203的方法，其中所述寡核苷酸包含至少一个CG二核苷酸对，其中所述CG二核苷酸对中的至少一个胞嘧啶碱基包括5-甲基胞嘧啶。

219.权利要求203的方法，其中所述寡核苷酸的所述CG二核苷酸对中的所有所述胞嘧啶碱基都是5-甲基胞嘧啶。

220.权利要求203的方法，所述方法还包括提供药物传递系统。

221.权利要求230的方法，其中所述药物传递系统包括脂质体，所述脂质体包括中性脂质或脂质样化合物。

222.权利要求230的方法，其中所述药物传递系统包括细胞靶向成分。

223.权利要求233的方法，其中所述细胞靶向化合物是特定细胞表面受体或核受体的配体或配体样组分。

224.权利要求230的方法，其中所述药物传递系统供在体内使用，且其中寡核苷酸和所述脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

225.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)能与TGF-α基因启动子区杂交的寡核苷酸；

ii)包含TGF-α基因的细胞；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

226.一种组合物，所述组合物包含能在生理条件下与bcl-2基因启动子区杂交的第一寡核苷酸，其中所述第一寡核苷酸是SEQ ID NO：1438。

227.权利要求236的组合物，其中所述bcl-2基因在细胞染色体上，且其中所述第一寡核苷酸与所述bcl-2基因启动子区的所述杂交减少所述细胞的增殖。

228.权利要求237的组合物，其中所述细胞是肿瘤细胞。

229.权利要求238的组合物，其中所述肿瘤细胞是前列腺癌细胞。

230.权利要求237的组合物，其中所述细胞在对象中。

231.权利要求236的组合物，所述组合物还包含第二寡核苷酸。

232.权利要求241的组合物，其中所述第二寡核苷酸能与第二基因启动子区杂交，其中所述第二基因不是bcl-2。

233.权利要求242的组合物，其中所述第二基因是癌基因。

234.权利要求243的组合物，其中所述癌基因选自c-ki-Ras、c-Ha-Ras、c-myc、Her-2和TGF-α。

235.权利要求236的组合物，所述组合物还包含公知的化疗药物。

236.权利要求245的组合物，其中所述化疗药物是TAXOTERE。

237.一种方法，所述方法包括

a)提供

i)包含具有SEQ ID NO：1438序列的寡核苷酸和脂质体的组合物；

ii)能够表达bcl-2基因的细胞，其中所述细胞能够增殖；

b)将所述寡核苷酸引入到所述细胞中。

238.权利要求247的组合物，其中所述给予导致所述细胞增殖减少。

239.权利要求248的组合物，其中所述给予导致所述bcl-2基因表达的抑制。

240.权利要求247的组合物，其中所述细胞是癌细胞。

241.权利要求250的组合物，其中所述癌细胞是前列腺癌细胞。

242.权利要求247的组合物，其中所述细胞在宿主动物中。

243.权利要求252的组合物，其中所述宿主动物是非人哺乳动物。

244.权利要求252的组合物，其中所述宿主动物是人。

245.权利要求252的方法，其中所述寡核苷酸以0.01μg-100g的剂量引入到所述宿主动物中。

246.权利要求252的方法，其中所述寡核苷酸以每公斤体重1mg-100mg的剂量引入到所述宿主动物中。

247.权利要求252的方法，其中所述寡核苷酸每天一次或多次引入到所述宿主动物中。

248.权利要求252的方法，其中所述寡核苷酸连续引入到所述宿主动物中。

249.权利要求247的方法，其中所述细胞在细胞培养物中。

250.权利要求247的方法，所述方法还包括将试验化合物引入到所述细胞中的步骤。

251.权利要求260的方法，其中所述试验化合物是公知的化疗药物。

252.权利要求47的方法，其中所述癌症选自胰腺癌、结肠癌、乳腺癌、膀胱癌、肺癌、白血病、前列腺癌、淋巴瘤、卵巢癌和黑素瘤。

253.权利要求247的方法，其中所述脂质体是基于心磷脂的阳离子脂质体。

254.权利要求263的方法，其中所述基于心磷脂的阳离子脂质体制剂是NEOPHECTIN。

255.权利要求263的方法，其中所述脂质体包含硫酸甲酯N-[1-(2，3-二油酰氧基)丙基]-N，N，N-三甲基铵(DOTAP)。

256.权利要求266的方法，其中所述寡核苷酸和所述脂质体存在的比例为2∶1-1∶3/1μg-100mg每公斤体重。

257.权利要求264的方法，其中所述NEOPHECTIN和所述寡核苷酸以6∶1的电荷比存在。

258.权利要求247的方法，所述方法还包括将公知的化疗药物给予所述对象的步骤。

259.权利要求268的方法，其中所述公知的化疗药物是TAXOTERE。

260.一种药物组合物，所述药物组合物包含具有SEQ ID NO：1438核酸序列的寡核苷酸和脂质体。

261.权利要求270的组合物，其中所述脂质体是基于心磷脂的阳离子脂质体。

262.权利要求271的方法，其中所述基于心磷脂的阳离子脂质体制剂是NEOPHECTIN。

263.权利要求270的方法，其中所述脂质体包含硫酸甲酯N-[1-(2，3-二油酰氧基)丙基]-N，N，N-三甲基铵(DOTAP)。

264.权利要求272的方法，其中所述NEOPHECTIN和所述寡核苷酸以6∶1的电荷比存在。

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