JP2016509572A - Ｂｃｌ２発現の調節による癌の処置のためにバイオマーカーを使用する方法 - Google Patents

Ｂｃｌ２発現の調節による癌の処置のためにバイオマーカーを使用する方法 Download PDF

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Abstract

癌療法およびそれを使用する方法に関する。特に、疾患の同定、疾患の進行、薬剤抵抗性、および／または処置効力のマーカーによって、癌療法の実施をモニタリングおよび改善する方法であって、癌がBCL2癌遺伝子によって媒介される、方法を提供する。

Description

発明の技術分野
本発明は、癌療法およびそれを使用する方法に関する。特に、本発明は、疾患の同定、疾患の進行、薬剤抵抗性、および／または処置効力のマーカーによって、癌療法の実施をモニタリングおよび改善する方法であって、癌がBCL2癌遺伝子によって媒介される、方法を提供する。
優先権主張
本出願は、2012年11月5日に出願された米国出願第61/722,764号の優先権を主張する。前述の出願の全内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
配列表
本出願は、2012年11月5日に作成され2012年11月5日に本明細書と共に提出された「Sequence_2012.txt」（698 KB）と題された配列表の全体を参照により組み入れる。
発明の背景
癌遺伝子は、癌生物学の理解における中心概念となっており、治療薬のための価値ある標的を提供し得る。リンパ腫および白血病を含む、多くのタイプのヒト腫瘍において、癌遺伝子は過剰発現しており、腫瘍形成能と関連し得る（Tsujimoto et al., Science 228: 1440-1443 (1985)（非特許文献1））。例えば、ヒトBCL2遺伝子の高レベルの発現が、ほとんどの濾胞性B細胞リンパ腫および多くの大細胞型非ホジキンリンパ腫を含む、t(14;18)染色体転座を伴うすべてのリンパ腫において見いだされた。BCL2遺伝子の高レベルの発現は、ほとんどのケースの慢性リンパ性白血病急性、多くのプレB細胞型リンパ性白血病、神経芽細胞腫、上咽頭癌、ならびに前立腺、乳房および結腸の多くの腺癌を含む、t(14;18)染色体転座を有さない特定の白血病においても見いだされた（Reed et al., Cancer Res. 51 :6529 [1991]（非特許文献2）；Yunis et al., New England J. Med. 320: 1047（非特許文献3）；Campos et al., Blood 81 :3091-3096 [1993]（非特許文献4）；McDonnell et al., Cancer Res. 52:6940-6944 [1992]（非特許文献5）；Lu et al., Int. J Cancer 53:29-35 [1993]（非特許文献6）；Bonner et al., Lab Invest. 68:43A [1993]（非特許文献7）；Klamper et al., PNAS 93: 14059-14064 [1996]（非特許文献8）；Paz-Priel et al., Mol Cancer Res 3:585-596 [2005]（非特許文献9））。他の重要な癌遺伝子としてはTGF-α、c-ki-ras、ras、Her-2およびc-mycが挙げられる。
BCL2は、癌細胞において上方制御され、正常細胞において上方制御されないため、古典的な癌標的である。BCL2タンパク質は、血液癌、例えば、濾胞性リンパ腫（FL）、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLCL）および慢性リンパ性白血病（CLL）を促進することが公知である。さらに、BCL2上方制御は、多くの固形癌タイプにおいて、細胞傷害性攻撃およびプログラム細胞死に対する腫瘍細胞の抵抗性を促し、それによってそれらを現在の療法に対して抵抗性にする。
アポトーシスの調節の解除は悪性細胞の決定的な特徴であり、それは、BCL2タンパク質の過剰発現が重要な役割を果たすプロセスである。上昇したBCL2/抗アポトーシス表現型は、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫および多くの固形腫瘍を含む広範囲の様々な腫瘍の化学療法抵抗性に寄与し得る。この生物学的重要性を考慮すると、BCL2は創薬の主要な標的である。BCL2を調節するための以前のアプローチは、RNA標的化アンチセンスオリゴヌクレオチド、小分子タンパク質阻害剤などを含んだ。
BCL2標的化オリゴヌクレオチドを用いて行われた先の研究は、DNAとの直接的な相互作用が、遺伝子をサイレンシングしそれによって癌細胞を死滅させ、治療的価値を有することを示した。オリゴマーPNT100は、BCL2のプロモーターの非転写領域を標的化し、従って、BCL2タンパク質合成の翻訳抑制によって作用するものではない。24塩基DNAオリゴヌクレオチド配列であるPNT100は、特定のリンパ腫を促進することが公知であるt(14,18)転座事象がBCL2遺伝子を含んでいたか否かにかかわらず、そのプロモーター標的へ結合するようである。
本発明は、BCL2遺伝子の調節に対して応答する癌を同定するため、関連するバイオマーカーの発現を評価するため、および患者における前記療法の実施を改良するために有用なバイオマーカーを開示する。
Tsujimoto et al., Science 228: 1440-1443 (1985) Reed et al., Cancer Res. 51 :6529 [1991] Yunis et al., New England J. Med. 320: 1047 Campos et al., Blood 81 :3091-3096 [1993] McDonnell et al., Cancer Res. 52:6940-6944 [1992] Lu et al., Int. J Cancer 53:29-35 [1993] Bonner et al., Lab Invest. 68:43A [1993] Klamper et al., PNAS 93: 14059-14064 [1996] Paz-Priel et al., Mol Cancer Res 3:585-596 [2005]
本発明の局面は、以下の工程を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与に対して応答する癌を有する患者を規定するためにバイオマーカーを利用するための方法を含む：該試験化合物の投与前または投与後に対象から生体試料を得る工程；生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出する工程であって、バイオマーカーは、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択されるが、これらに限定されない、工程；該1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを各バイオマーカーについての測定可能な閾値と比較する工程であって、各バイオマーカーについての各測定可能な閾値は、投与後の生体試料を得る工程の前に得られた事前の生体試料中に存在するそのバイオマーカーのレベルに基づく、または他の何らかの臨床基準による、工程；参照レベルの用量を決定する、または患者が臨床的利点（例えば、腫瘍縮小、クオリティ・オブ・ライフの改善、無増悪生存または全生存の改善）を得ていると決定する工程であって、投与後の生体試料中のレベルが測定可能な決定された閾値と異なる場合にBCL2が調節されている、工程。
本発明の局面は、以下の工程を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後にBCL2の発現の下方制御を測定する方法を含む：試験化合物を投与する工程；該試験化合物の投与後に対象から生体試料を得る工程；生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出する工程であって、バイオマーカーは、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択されるが、これらに限定されない、工程；該1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを各バイオマーカーについての測定可能な閾値と比較する工程であって、各バイオマーカーについての各測定可能な閾値は、投与後の生体試料を得る工程の前に得られた事前の生体試料中に存在するそのバイオマーカーのレベルに基づく、または他の何らかの臨床基準による、工程；参照レベルの用量を決定する、または患者が臨床的利点（例えば、腫瘍縮小、クオリティ・オブ・ライフの改善、無増悪生存または全生存の改善）を得ていると決定する工程であって、投与後の生体試料中のレベルが測定可能な閾値と異なる場合にBCL2が調節されている、工程。
いくつかの局面において、腫瘍抑制、発生、進行、成長、増殖、移動、細胞周期、細胞シグナル伝達、DNA損傷、ゲノム不安定性、転移、浸潤、トランスフォーメーション、分化、耐性、血管漏出、上皮間葉転換（EMT）、凝集、血管新生、接着、抵抗性発現、癌遺伝子および非癌遺伝子（サイトカイン、ケモカイン、増殖因子）への依存、免疫監視もしくは免疫応答の変化、腫瘍間質／局所環境の変化、内皮活性化、細胞外基質再構築、低酸素および炎症、免疫活性化もしくは免疫抑制、ならびに生存および／またはアポトーシス、壊死もしくはオートファジーによる細胞死の阻止に関与する経路の遮断に関与する化学療法剤または標的化剤による処置に応答して、BCL2は転写的に活性となり得るか、またはその過剰発現が誘発される。
いくつかの局面において、試験化合物は、配列番号1249もしくは1254またはそれらの相補物より選択されるオリゴヌクレオチド配列に生理的条件下でハイブリダイズするオリゴマーを含むオリゴヌクレオチド化合物であり得る。
いくつかの局面において、オリゴマーは、配列番号1250、1251、1252、1253、1267〜1477またはそれらの相補物からなる群より選択されるオリゴマーを含み得る。いくつかの局面において、オリゴマーは、配列番号1250、1251、1289〜1358またはそれらの相補物からなる群より選択されるオリゴマーを含み得る。いくつかの局面において、オリゴマーは配列番号1250または1251を含む。オリゴマーは配列番号1251を含み得る。
いくつかの局面において、オリゴマーはリポソーム製剤で投与されてもよい。いくつかの局面において、リポソーム製剤は両性リポソーム製剤であり得る。いくつかの局面において、両性リポソーム製剤は1種または複数種の両性脂質を含み得る。いくつかの局面において、両性リポソーム製剤は、両性の性質を有する脂質成分の混合物を含む脂質相から形成され得る。
いくつかの局面において、脂質成分の混合物は、(i)安定なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、(ii)荷電可能なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、ならびに(iii)安定なアニオン性脂質および荷電可能なカチオン性脂質からなる群より選択され得る。
いくつかの局面において、脂質成分は、DOGSucc、POGSucc、DMGSucc、DPGSucc、DGSucc、DMPS、DPPS、DOPS、POPS、DMPG、DPPG、DOPG、POPG、DMPA、DPPA、DOPA、POPA、CHEMSおよびCet-Pからなる群より選択される1種または複数種のアニオン性脂質を含み得る。いくつかの局面において、脂質成分は、DMTAP、DPTAP、DOTAP、DC-Chol、MoChol、HisChol、DPIM、CHIM、DORIE、DDAB、DAC-Chol、TC-Chol、DOTMA、DOGS、(C18)2Gly+N,N-ジオクタデシルアミド-グリシン、CTAP、CPyC、DODAPおよびDOEPCからなる群より選択される1種または複数種のカチオン性脂質を含み得る。
いくつかの局面において、脂質相は中性脂質をさらに含み得る。いくつかの局面において、中性脂質は、ステロールおよびその誘導体、中性リン脂質、ならびにそれらの組み合わせより選択され得る。いくつかの局面において、中性リン脂質は、ホスファチジルコリン、スフィンゴミエリン、ホスホエタノールアミン、またはそれらの混合物であり得る。ホスファチジルコリンは、POPC、OPPC、天然もしくは水素添加ダイズPC、天然もしくは水素添加卵PC、DMPC、DPPCまたはDOPCおよびそれらの誘導体からなる群より選択され得、ホスファチジルエタノールアミンは、DOPE、DMPE、DPPEおよびそれらの誘導体からなる群より選択される。
いくつかの局面において、両性リポソームはDOPE、POPC、CHEMSおよびMoCholを含み得る。いくつかの局面において、POPC/DOPE/MoChol/CHEMSのモル比は約6/24/47/23であり得る。
いくつかの局面において、1つまたは複数のバイオマーカーはタンパク質であり得、前記検出工程は、質量分析、イムノアッセイ、またはこれら2つの組み合わせを用いて、生体試料中のタンパク質のレベルをアッセイする工程をさらに含む。
いくつかの局面において、生体試料は血液または血漿である。
いくつかの局面において、事前の生体試料を対象から採取し得る。
本発明の他の局面は、以下の工程を含む、対象においてBCL2により媒介される癌を処置する方法を含み得る：試験化合物を投与する工程；該試験化合物の投与後に、対象から1つまたは複数の追加の生体試料を得る工程；生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出する工程であって、バイオマーカーは、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択されるが、これらに限定されない、工程；該1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを各バイオマーカーについての測定可能な閾値と比較する工程であって、各バイオマーカーについての各測定可能な閾値は、投与後の生体試料を得る工程の前に得られた事前の生体試料中に存在するそのバイオマーカーのレベルに基づく、または他の何らかの臨床基準による、工程；参照レベルの用量を決定する、または患者が臨床的利点（例えば、腫瘍縮小、クオリティ・オブ・ライフの改善、無増悪生存または全生存の改善）を得ていると決定する工程であって、投与後の生体試料中のレベルが測定可能な閾値と異なる場合にBCL2が調節されている、工程。
いくつかの局面において、方法は、試験化合物の投与と同時にまたはその前に対象から事前の生体試料を収集する工程をさらに含み得る。
いくつかの局面において、レプチンのレベルを試料中で検出してもよく、前記決定する工程から、レプチンが統計的に決定された閾値とは異なり、癌処置が開始されることを決定し；新しいまたは変更された癌処置で対象を処置する。
さらなる局面において、Ki-67のレベルを試料中で検出してもよく、前記決定する工程から、そのKi-67により、処置に対して応答性である患者が規定される。
なおさらなる局面において、染色体再配列の存在を試料中で検出してもよく、前記決定する工程から、その染色体再配列により、処置に対して応答性である患者が規定される。
なおさらなる局面において、標準取り込み値（SUV）をPET画像中で検出してもよく、前記決定する工程から、そのSUVレベルにより、処置に対して応答性である患者が規定される。本明細書において用いる場合、FDG-PETによって測定される標準取り込み値（SUV）は、グルコースの代謝取り込みまたは代謝的に活性な腫瘍を測定するための現在認められている方法を指す。SUVは、癌患者の[18F]フルオロデオキシグルコース（[18F]FDG）画像の分析において一般に使用される簡単な半定量的分析のためにPETイメージングにおいてしばしば使用される。SUVは、研究同定するため、治療および／または治療応答をモニタリングするため、ならびにさらに対象間で比較するための、対象内の[18F]FDG PET画像の評価のための好都合な手段である。
なおさらなる局面において、対象由来の血液試料は、試料中で検出され得るリンパ球または血小板の数およびサブタイプを示し得、前記決定する工程から、そのリンパ球数により、処置に対して応答性である患者が規定される。
なおさらなる局面において、免疫組織化学パネルまたはフローサイトメトリーパネルを腫瘍または血液試料中で検出してもよく、前記決定する工程から、そのタンパク質マーカーにより、処置に対して応答性である患者が規定される。
本発明のいくつかの局面は、試験化合物を投与する工程を含む、それを必要とする対象においてBCL2の発現を調節する方法を含み得、ここで、対象におけるBCL2の発現の調節は、以下のバイオマーカーのうちの1つまたは複数の発現を調節するが、これらに限定されない：Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせ。本発明のいくつかの態様は、以下を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後にBCL2の発現の下方制御を測定するためのキットを含み得る：生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出するためのプローブであって、バイオマーカーは、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択されるが、これらに限定されない、プローブ。
PNT2258および化学療法剤リツキシマブまたはドセタキセルを、単独でまたは併用して、ヒト腫瘍担持免疫抑制マウスへ投与した研究の結果を示す。 ヒト癌患者対象における用量および安全性研究における患者データおよび初回投薬コホートへのグループ化ならびに概念実証単一群研究についての患者データを示す。患者データは、癌タイプごとにグループ化して示されてもいる。 ヒト癌患者対象における用量および安全性研究における患者データおよび初回投薬コホートへのグループ化ならびに概念実証単一群研究についての患者データを示す。患者データは、癌タイプごとにグループ化して示されてもいる。 ヒト癌患者対象における用量および安全性研究における患者データおよび初回投薬コホートへのグループ化ならびに概念実証単一群研究についての患者データを示す。患者データは、癌タイプごとにグループ化して示されてもいる。 ヒト癌患者対象における用量および安全性研究における患者データおよび初回投薬コホートへのグループ化ならびに概念実証単一群研究についての患者データを示す。患者データは、癌タイプごとにグループ化して示されてもいる。 投薬コホートによって分類された、対象が用量および安全性研究に残留した期間の長さ（研究日数で測定）を示す。 用量および安全性研究の対象PBMC細胞における投薬前および投薬後のBCL-2、活性BCL-2、PARP、およびカスパーゼ-3発現の変化、ならびに評価可能な単一群概念実証の対象PBMC細胞および腫瘍生検材料における投薬前から投薬後へのBCL-2の変化を示す。 用量および安全性研究の対象PBMC細胞における投薬前および投薬後のBCL-2、活性BCL-2、PARP、およびカスパーゼ-3発現の変化、ならびに評価可能な単一群概念実証の対象PBMC細胞および腫瘍生検材料における投薬前から投薬後へのBCL-2の変化を示す。 用量および安全性研究の対象PBMC細胞における投薬前および投薬後のBCL-2、活性BCL-2、PARP、およびカスパーゼ-3発現の変化、ならびに評価可能な単一群概念実証の対象PBMC細胞および腫瘍生検材料における投薬前から投薬後へのBCL-2の変化を示す。 用量および安全性研究の対象PBMC細胞における投薬前および投薬後のBCL-2、活性BCL-2、PARP、およびカスパーゼ-3発現の変化、ならびに評価可能な単一群概念実証の対象PBMC細胞および腫瘍生検材料における投薬前から投薬後へのBCL-2の変化を示す。 研究における患者の様々な癌細胞タイプにおけるPNT-2258の投与後のBCL2ノックダウンの相対量を示す。 研究における患者の様々な癌細胞タイプにおけるPNT-2258の投与後のBCL2ノックダウンの相対量を示す。 様々な用量のPNT2258の投与後のヒト用量および安全性研究対象、ならびに120 mg/m2のPNT2258の投与後のヒト単一群概念実証対象における、リンパ球数を示す。 様々な用量のPNT2258の投与後のヒト用量および安全性研究対象、ならびに120 mg/m2のPNT2258の投与後のヒト単一群概念実証対象における、リンパ球数を示す。 様々な用量のPNT2258の投与後のヒト用量および安全性研究対象、ならびに120 mg/m2のPNT2258の投与後のヒト単一群概念実証対象における、リンパ球数を示す。 様々な用量のPNT2258の投与後のヒト用量および安全性対象、ならびに120 mg/m2のPNT2258の投与後のヒト単一群概念実証対象における、血小板数を示す。 様々な用量のPNT2258の投与後のヒト用量および安全性対象、ならびに120 mg/m2のPNT2258の投与後のヒト単一群概念実証対象における、血小板数を示す。 PNT2258、スクランブル対照および中空リポソーム対照で処置された健康なBALB/cマウス由来のバイオマーカー発現データを示す。 4〜6週齢の雌のC.B-17 SCIDマウス中のバイオマーカー発現を示す。マウスにWSU-DLCL2異種移植断片を移植し、腫瘍が300〜400 mm3の体積に達した際に、PNT2258またはスクランブル対照で処置した。赤色＝PNT2258；青色＝スクランブル対照。 ヒト患者中のバイオマーカー発現を示す。 投薬前と投薬後とを比較する、患者における炎症性サイトカインプロフィールを示す。 投与6日後のインビトロでのPfeifferヒトリンパ腫細胞株中のPNT2258、PNT100およびメトホルミン間の薬物相互作用を示す。 PNT2258の投与前から投与後へのヒト単一群概念実証対象におけるKi-67発現変化を示す。 単一群概念実証研究からの患者応答を示す。 単一群概念実証研究からの、診断時またはスクリーニング時の患者診断および分子特徴を示す。
詳細な説明
I．定義
本明細書において用いる場合、「患者」は、ヒトを含む、哺乳動物を指す。
本明細書において用いる場合、「対象」という用語は、特定の処置のレシピエントとなる、ヒト、非ヒト霊長類、齧歯類などを含むがこれらに限定されない、任意の動物（例えば哺乳動物）を指す。典型的には、「対象」および「患者」という用語は、本明細書において、ヒト対象に関して互換的に用いられる。
本明細書において用いる場合、「非ヒト動物」という用語は、齧歯類、非ヒト霊長類、ヒツジ、ウシ、反芻動物、ウサギ、ブタ、ヤギ、ウマ、イヌ、ネコ、鳥類などの脊椎動物、ならびにショウジョウバエおよび線虫などの非脊椎動物などを含むがこれらに限定されない、全ての非ヒト動物を指す。
本明細書において用いる場合、「有効量」とは、処置された患者に対して治療効果を与えるのに必要な量と定義され、典型的には患者の年齢、表面積、体重および症状に基づいて決定される。動物およびヒトのための用量の相互関係（体表面積１平方メートル当たりのmgに基づく）はFreireich et al., Cancer Chemother. Rep., 50: 219 (1966)に記載されている。体表面積は患者の身長および体重から概算できる。例えば、Scientific Tables, Geigy Pharmaceuticals, Ardsley, New York, 537 (1970)を参照のこと。
本明細書において用いる場合、「ここで、該化学療法剤は標準用量の半分未満で存在する」という用語は、ヒトへの投与に用いられる標準用量範囲の最小値の半分未満の用量を指す（例えば、50%未満、40%未満、10%未満または1%未満）。いくつかの態様において、標準用量範囲は製造業者によって推奨される用量範囲である。他の態様において、標準用量範囲は当分野の医者によって用いられる範囲である。さらに他の態様において、標準用量範囲は当分野のケアの通常標準とされている範囲である。用量範囲内の特定の用量は、例えば対象の年齢、体重および健康ならびに処置される癌のタイプによって決定される。
本明細書において用いる場合、「応答プロフィール」は、試験化合物に対して応答する可能性がある対象である。
本明細書において用いる場合、「生物学的に関連のある発現範囲またはレベル」は、試験化合物での処置の前の患者におけるタンパク質レベル、発現、翻訳を定義するために用いられる。
本明細書において用いる場合、「該遺伝子の発現が阻害されるような条件下」という用語は、本発明のオリゴヌクレオチドが遺伝子（例えば、遺伝子の調節領域）にハイブリダイズし、遺伝子の転写を、オリゴヌクレオチドの非存在下での転写レベルと比較して少なくとも10%、少なくとも25%、少なくとも50%、または少なくとも90%阻害する条件を指す。例示的な遺伝子としてはBCL2が挙げられ；BCL2と一緒に阻害され得るさらなる遺伝子としては、c-ki-ras、c-Ha-ras、c-myc、her-2、およびTGF-αが非限定的に含まれる。
本明細書において用いる場合、「調節」という用語は、大きさまたは割合に従う制御を指す。調節はまた、遺伝子転写またはタンパク質翻訳もしくは発現のうちの1つまたは複数の特性を変化させるプロセスを含む。
本明細書において用いる場合、「該細胞の成長が低下するような条件下」という用語は、本発明のオリゴヌクレオチドを細胞（例えば、癌）に投与した場合に、細胞の成長速度を、オリゴヌクレオチドの非存在下での細胞の成長速度と比較して少なくとも10%、少なくとも25%、少なくとも50%または少なくとも90%低下させる条件を指す。
本明細書において用いる場合、Ki-67という用語は、増殖と関連し、増殖についての細胞マーカーである、核タンパク質である。さらに、それはリボソームRNA転写と関連する。抗原Ki-67の減少は遺伝子転写の阻害を示す。一般に、Ki-67タンパク質は、細胞周期の全ての活動期（G1、S、G2、および有糸分裂）の間存在するが、休止細胞（G0）には存在しない。Ki-67は、所与の細胞集団のうちの増殖画分を決定するための優れたマーカーである。Ki-67陽性腫瘍細胞の画分（Ki-67ラベリング指標）は、癌の臨床経過としばしば相関する。
本明細書において用いる場合、免疫組織化学またはフローサイトメトリーパネルという用語は、白血病、リンパ腫または癌腫について試験するための免疫組織化学的パネルを指す。
本明細書において用いる場合、細胞遺伝学という用語は、白血病、リンパ腫、および癌腫の試料と関連する欠失を含む遺伝子／染色体再配列および染色体異常を同定するための試験を指す。リンパ球の主要な機能は抗体の形成であり、血液がんにおいて影響を受けた遺伝子の一般的なセットは、抗体の重鎖および軽鎖の形成を含む。これらの遺伝子は以下の染色体上に見られる：重鎖：第14染色体、軽鎖κ：第2染色体、軽鎖λ：染色体。これらの遺伝子に加えて、白血病、リンパ腫および癌腫のサブセットに特異的な重要な遺伝子が公知である。例としては、以下が挙げられるが、限定することを意図するものではない：(1)第8染色体にあるc-myc遺伝子であり、t(8;14)、t(2;8)、t(8;22)を含み得る、(2)第3染色体にあるbcl-6であり、t(3;14)、t(2;3)およびt(3;22)を含み得る、(3)第19染色体にあるbcl-3であり、t(14;19)を含み得る、(4)第11染色体にあるbcl-1(サイクリンD1)であり、t(11;14)を含み得る、(5)慢性リンパ性白血病（CLL）に一般的な染色体欠失およびマーカーであり、17p、13p、ZAP70などを含み得る。本明細書において用いる場合、FDG-PETによって測定される標準取り込み値（SUV）は、グルコースの代謝取り込みまたは代謝的に活性な腫瘍を測定するための現在認められている方法を指す。
本明細書において用いる場合、「核酸分子」という用語は、DNAまたはRNAを含むがこれらに限定されない、分子を含有する任意の核酸を指す。この用語は、DNAおよびRNAの任意の公知の塩基類似体を含む配列を包含する。
「遺伝子」という用語は、ポリペプチド、前駆体またはRNA(例えば、rRNA、tRNA)の産生に必要なコード配列を含む核酸（例えば、DNA）配列を指す。ポリペプチドは全長コード配列によってコードされてもよいし、全長または断片の所望の活性または機能的性質（例えば、酵素活性、リガンド結合、シグナル伝達、免疫原性など）が保持される限り、コード配列のいずれかの部分によってコードされてもよい。この用語はまた、構造遺伝子のコード領域、ならびに、遺伝子が全長mRNAの長さに対応するように5'および3'末端の両方でコード領域に隣接して位置する、各末端で約1 kb以上の距離にわたる配列を含む。コード領域の5'または上流に位置しmRNA上に存在する配列は、5'非翻訳配列と称される。コード領域の3'または下流に位置しmRNA上に存在する配列は、3'非翻訳配列と称される。「遺伝子」という用語は遺伝子のcDNAとゲノム形態の両方を含む。遺伝子のゲノム形態またはクローンは「イントロン」または「介在領域」または「介在配列」と称される非コード配列に分断されたコード領域を含む。イントロンは核内RNA（hnRNA）へと転写される遺伝子のセグメントであり；イントロンは調節要素、例えば、エンハンサーを含み得る。イントロンは核内転写産物または一次転写産物から除去または「スプライスアウト」され；イントロンはそれゆえメッセンジャーRNA（mRNA）転写産物には存在しない。翻訳の際にmRNAは新生ポリペプチドにおける配列即ちアミノ酸の順序を特定するよう機能する。
本明細書において用いる場合、遺伝子の「調節領域」は、転写調節および翻訳調節を含むがこれらに限定されない、遺伝子の発現を調節する遺伝子の任意の部分である。かかる領域にはこれらに限定されないが、遺伝子の5'および3'領域、調節物質の結合部位、例えば、これらに限定されないが転写因子結合部位が含まれる。かかる領域にはまた、領域が遺伝子発現の調節になんらかの様式で関与する限り、翻訳開始部位の上流または下流の20,000またはそれ以上の塩基対である領域が含まれる。かかる領域は20塩基対といった短いものでありうるし、または数千塩基対といった長いものでありうる。
本明細書において用いる場合、用語「異種遺伝子」とは、その自然の環境にはない遺伝子を言う。例えば、異種遺伝子には、ある種に導入された別の種由来の遺伝子が含まれる。また、異種遺伝子としては、何らかの方法で変化した（例えば、変異した、複数コピーで付加された、非天然調節配列に結合したなど）ある生物に固有の遺伝子が挙げられる。異種遺伝子配列は、天然では染色体中の遺伝子配列に結合して見出されることがないDNA配列に典型的に結合しているか、または天然では見られない染色体の部分と結合している（例えば、通常は遺伝子が発現しない座に発現した遺伝子）という点で、異種遺伝子は内因性遺伝子とは区別される。
本明細書において用いる場合、「遺伝子発現」という用語は、遺伝子にコードされる遺伝情報を、遺伝子の「転写」を介して（即ち、RNAポリメラーゼの酵素作用を介して）RNA（例えば、mRNA、micro RNA（miRNA）、rRNA、tRNA、またはsnRNA）へと変換する過程、および、タンパク質をコードする遺伝子については、mRNAの「翻訳」を介してタンパク質へと変換する過程をいう。遺伝子発現はかかる過程の多くの段階で調節されうる。「上方制御」または「活性化」は遺伝子発現産物（即ち、RNAまたはタンパク質）の産生を上昇させる調節をいい、「下方制御」または「抑制」は産生を低下させる調節をいう。上方制御または下方制御に関与する分子（例えば、転写因子）はしばしば「活性化因子」および「抑制因子」とそれぞれ称される。
イントロンを含むことに加えて、ゲノム形態の遺伝子はまた、RNA転写産物に存在する配列の5'および3'末端の両方に位置する配列を含みうる。これらの配列は「隣接」配列または領域と称される（これらの隣接配列はmRNA転写産物上に存在する非翻訳配列に対して5'または3'に位置する）。5'隣接領域は、遺伝子の転写を制御するまたは影響を及ぼす調節配列、例えば、プロモーターおよびエンハンサーを含みうる。3'隣接領域は、転写終結、転写後切断およびポリアデニル化を導く配列を含みうる。
用語「野生型」とは、天然源から単離した遺伝子または遺伝子産物を言う。野生型遺伝子は、集団内に最も多く見られるものであり、したがって、該遺伝子の「正常」形態または「野生型」形態を任意に表している。対照的に、用語の「改変」または「変異」は、野生型遺伝子または野生型遺伝子産物と比較して、配列および／または機能的性質における改変（すなわち、特性の変化）を示す遺伝子または遺伝子産物を言う。天然の変異体は単離できることに注意されたい；これらは、野生型遺伝子または野生型遺伝子産物と比較した場合、特性が変化している（核酸配列の変化を含む）という事実によって同定される。
本明細書において用いる場合「遺伝子をコードするヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチド」および「遺伝子をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド」という用語は、遺伝子のコード領域を含む核酸配列、言い換えると、遺伝子産物をコードする核酸配列を意味する。コード領域は、cDNA、ゲノムDNAまたはRNA形態で存在し得る。DNA形態で存在する場合、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドは、一本鎖（すなわち、センス鎖）でも、二本鎖でもあり得る。転写の適切な開始および／または一次RNA転写物の正しいプロセシングを可能にするために必要な場合は、エンハンサー／プロモーター、スプライスジャンクション、ポリアデニル化シグナルなどの好適な制御要素を、該遺伝子のコード領域に近接して配置できる。あるいは、本発明の発現ベクターにおいて利用されるコード領域は、内因性エンハンサー／プロモーター、スプライスジャンクション、介在配列、ポリアデニル化シグナルなど、または内因性制御要素と外因性制御要素の両方の組み合わせを含有し得る。
本明細書において用いる場合、用語「オリゴヌクレオチド」とは、短い一本鎖ポリヌクレオチド鎖を言う。オリゴヌクレオチドは、典型的には、200残基長未満（例えば、8から100の間）であるが、本明細書において用いる場合、この用語は、より長いポリヌクレオチド鎖（例えば、5000残基のような大きさ）を包含することも意図されている。オリゴヌクレオチドは、しばしば、それらの長さによって称される。例えば、24残基のオリゴヌクレオチドは、「24mer」と称される。オリゴヌクレオチドは、自己ハイブリダイズすることによって、または他のポリヌクレオチドにハイブリダイズすることによって、二次構造および三次構造を形成できる。このような構造としては、これらに限定はしないが、二重鎖、ヘアピン、十字型、湾曲状、および三重鎖が挙げられる。
いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは「アンチジーン」である。本明細書において用いる場合、用語「アンチジーン」とは、遺伝子のプロモーター領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを言う。いくつかの態様において、プロモーターへのアンチジーンのハイブリダイゼーションによって、遺伝子の発現が阻害される。
本明細書において用いる場合、用語「相補的な」または「相補性」は、塩基対合則によって関連づけられたポリヌクレオチド（すなわち、ヌクレオチドの配列）に関して用いられる。例えば、配列「A-G-T」は、配列「T-C-A」に相補的である。相補性は、「部分的」であり得、そこでは、核酸塩基のいくつかのみが塩基対合則に従ってマッチしている。あるいは、核酸間に、「完全な」または「全体的な」相補性が存在し得る。核酸鎖間の相補性の程度は、核酸鎖間のハイブリダイゼーションの効率および強度に重大な影響を及ぼす。これは、増幅反応、ならびに核酸間の結合に依存する検出法において、特に重要である。
本明細書において用いる場合、用語「完全に相補的な」とは、例えば、本発明のオリゴヌクレオチドに関して用いられる場合、全てのヌクレオチドが標的配列（例えば遺伝子）に相補的であるオリゴヌクレオチドを言う。
本明細書において用いる場合、用語「部分的に相補的な」とは、例えば、本発明のオリゴヌクレオチドに関して用いられる場合、少なくとも1つのヌクレオチドが標的配列に相補的でないオリゴヌクレオチドを言う。例示的な部分的に相補的なオリゴヌクレオチドは、生理的条件下で、標的配列に依然としてハイブリダイズできるものである。用語「部分的に相補的な」とは、オリゴヌクレオチドの内部またはいずれかの末端に、1つまたは複数の非相補的ヌクレオチドの領域を有するオリゴヌクレオチドを言う。末端にミスマッチを有するオリゴヌクレオチドも依然として標的配列にハイブリダイズできる。
用語「相同性」とは、相補性の程度を言う。部分的相同性または完全相同性（すなわち、同一性）があり得る。部分的に相補的な配列は、完全に相補的な核酸分子が標的核酸にハイブリダイズすることを少なくとも部分的に阻害する核酸分子であり、「実質的に相同性」である。標的配列への完全に相補的な配列のハイブリダイゼーションの阻害は、低ストリンジェンシー条件下で、ハイブリダイゼーションアッセイ（サザンブロットまたはノーザンブロット、溶液ハイブリダイゼーションなど）を用いて調べることができる。実質的に相同性の配列またはプローブは、低ストリンジェンシー条件下で、完全に相同性の核酸分子の、標的への結合（すなわち、ハイブリダイゼーション）に競合するまたはこれを阻害する。とはいっても、非特異的結合が可能であるような低ストリンジェンシーの条件ではない；低ストリンジェンシー条件は、2つの配列の互いへの結合が、特異的な（即ち、選択的な）相互作用であることを必要とする。非特異的結合が無いことは、実質的に非相補的である（例えば、同一性が約30％未満である）第2の標的の使用によって試験でき；非特異的結合が無い下では、プローブは、第2の非相補的標的にハイブリダイズしない。
二本鎖核酸配列、例えば、cDNAまたはゲノムクローンについて用いる場合、「実質的に相同的な」という用語は、上記のように低ストリンジェンシー条件下で二本鎖核酸配列の一方または両方の鎖にハイブリダイズすることができるプローブをいう。
一本鎖核酸配列について用いる場合、「実質的に相同的な」という用語は、上記のように低ストリンジェンシー条件下で一本鎖核酸配列にハイブリダイズできるプローブ（即ち、それは該一本鎖核酸配列の相補物である）をいう。
本明細書において用いる場合、「ハイブリダイゼーション」という用語は相補的核酸の対形成について用いられる。ハイブリダイゼーションおよびハイブリダイゼーションの強度（即ち、核酸間の結合強度）は、核酸間の相補性の程度、関与する条件のストリンジェンシー、形成されるハイブリッドのTm、および核酸内のG:C比などの因子に影響される。その構造内に相補的核酸の対形成を含む一分子は「自己ハイブリダイズしている」といわれる。
本明細書において用いる場合、「Tm」という用語は「融解温度」について用いられる。融解温度は二本鎖核酸分子の集団の半分が解離して一本鎖となる温度である。核酸のTmの計算式は当技術分野で周知である。標準的な参考文献に示されるように、核酸が1 M NaCl水溶液中に存在する場合、Tm値の簡単な推定値はTm= 81.5 + 0.41(% G + C)という式により算出できる（例えば、Anderson and Young, Quantitative Filter Hybridization, in Nucleic Acid Hybridization [1985]を参照のこと）。その他の参考文献は、Tmの算出について構造特性および配列特性を考慮に入れる、より洗練された計算を含む。
本明細書において用いる場合、「ストリンジェンシー」という用語は、核酸ハイブリダイゼーションが行われる、温度、イオン強度、およびその他の化合物、例えば有機溶媒の存在といった条件について用いられる。「低ストリンジェンシー条件」下では、関心対象の核酸配列は、その正確な相補物、一塩基ミスマッチを有する配列、近似している配列（例えば、90%またはそれ以上の相同性を有する配列）、および部分的相同性のみを有する配列（例えば、50〜90%相同性を有する配列）にハイブリダイズする。「中ストリンジェンシー条件」下では、関心対象の核酸配列は、その正確な相補物、一塩基ミスマッチを有する配列、および近似している配列（例えば、90%またはそれ以上の相同性）にのみハイブリダイズする。「高ストリンジェンシー条件」下では、関心対象の核酸配列は、その正確な相補物および（温度などの条件に応じて）一塩基ミスマッチを有する配列のみにハイブリダイズする。換言すると、高ストリンジェンシー条件下では、一塩基ミスマッチを有する配列へのハイブリダイゼーションを避けるために温度を上げることができる。
核酸ハイブリダイゼーションに関して用いられる場合、「高ストリンジェンシー条件」は、約500ヌクレオチド長のプローブを用いる場合、5X SSPE（43.8g/lのNaCl、6.9g／lのNaH2PO4・H2Oおよび1.85g/lのEDTA、pHはNaOHにより7.4に調整）、0.5％のSDS、5Xデンハルト試薬および100μg/mlの変性サケ精子DNAからなる溶液中での42℃における結合またはハイブリダイゼーション、その後の0.1X SSPE、1.0％のSDSを含む溶液中での42℃における洗浄と同等の条件を含む。
核酸ハイブリダイゼーションに関して用いられる場合、「中ストリンジェンシー条件」は、約500ヌクレオチド長のプローブを用いる場合、5X SSPE（43.8g/lのNaCl、6.9g/lのNaH2PO4・H2Oおよび1．85g/lのEDTA、pHはNaOHにより7.4に調整）、0.5％のSDS、5Xデンハルト試薬および100μg/mlの変性サケ精子DNAからなる溶液中での42℃における結合またはハイブリダイゼーション、その後の1.0X SSPE、1.0％のSDSを含む溶液中での42℃における洗浄と同等の条件を含む。
「低ストリンジェンシー条件」は、約500ヌクレオチド長のプローブを用いる場合、5X SSPE（43.8g/lのNaCl、6.9g/lのNaH2PO4・H2Oおよび1.85g/lのEDTA、pHはNaOHにより7.4に調整）、0.1％のSDS、5Xデンハルト試薬［50Xデンハルトは500ml当たり、5gのフィコール（タイプ400、Pharmcia）、5gのBSA（フラクションV；Sigma）を含有する］および100μg/mlの変性サケ精子DNAからなる溶液中での42℃における結合またはハイブリダイゼーション、その後の5X SSPE、0.1％のSDSを含む溶液中での42℃における洗浄と同等の条件を含む。
本発明は、約500ヌクレオチド長のプローブのハイブリダイゼーションに限定されない。本発明は、およそ8ヌクレオチド長から数千（例えば少なくとも5000）ヌクレオチド長までの間のプローブの使用を企図している。当業者は、他のサイズのプローブについては、ストリンジェンシー条件を変更し得ることを認識している（例えば、Anderson and Young, Quantitative Filter Hybridization, in Nucleic Acid Hybridization [1985]およびSambrook et al., Molecular Cloning - A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y., 2001、およびCurrent Protocols in Molecular Biology, M. Ausubel et al, eds., (Current Protocols, a joint venture between Greene Publishing Associates, Inc. and John Wiley & Sons, Inc., and supplements through 2006.)を参照のこと）。
低ストリンジェンシー条件を含む多数の同等の条件を使用できることが、当技術分野では周知であり；プローブの長さおよび性質（DNA、RNA、塩基組成）および標的の性質（DNA、RNA、塩基組成、溶液中に存在すること、または固定化されることなど）ならびに塩および他の成分の濃度（例えば、ホルムアミド、硫酸デキストラン、ポリエチレングリコールの有無）などの因子が考慮され、また、上記に挙げた条件とは異なるが同等である低ストリンジェンシーハイブリダイゼーションの条件を生み出すために、ハイブリダイゼーション溶液を変化させることができる。さらに、高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイゼーションを促進させる条件（例えば、ハイブリダイゼーションおよび／または洗浄ステップの温度の増加、ハイブリダイゼーション溶液におけるホルムアミドの使用など）は当技術分野で知られている（「ストリンジェンシー」に関する上記の定義を参照のこと）。
本明細書において用いる場合、「生理的条件」という用語は動物（例えば、ヒト）の内部の条件であるかまたはこれに近い特定のストリンジェンシーの条件をいう。インビトロに使用する例示的な生理的条件は、これらに限定されないが、37℃、95%空気、5% CO2、哺乳動物細胞培養のための市販培地（例えば、Gibco, MDから入手可能なDMEM培地）、5〜10%血清（例えば、ウシ血清またはウマ血清）、さらなる緩衝液、および任意でホルモン（例えば、インスリンおよび上皮増殖因子）を含む。
本明細書において用いる場合、用語の「単離された」とは、「単離オリゴヌクレオチド」または「単離ポリヌクレオチド」におけるように、核酸に関して用いられる場合、同定されて、核酸配列の天然源において核酸配列に通常結合している少なくとも1つの成分または混入物から分離された核酸配列を言う。単離核酸は、天然状態で見られるものとは異なる形態でまたは環境に存在する。対照的に、非単離核酸は、天然に存在する状態で見られるDNAおよびRNAなどの核酸である。例えば、特定のDNA配列（例えば遺伝子）は、宿主細胞の染色体上に、隣接遺伝子に近接して見られ；特定のタンパク質をコードする特定のmRNA配列などのRNA配列は、多数のタンパク質をコードする他の多数のmRNAとの混合物として細胞中に見られる。しかし、所与のタンパク質をコードする単離核酸には、例えば、所与のタンパク質を通常発現する細胞中のそのような核酸が含まれ、該核酸は、天然の細胞の染色体位置とは異なる染色体位置にあるか、または天然に見られる核酸配列とは異なる核酸配列と他の方法で隣接している。単離核酸、オリゴヌクレオチド、またはポリヌクレオチドは、一本鎖形態においても二本鎖形態においても存在し得る。単離核酸、オリゴヌクレオチド、またはポリヌクレオチドを、タンパク質を発現させるために利用する場合、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドは、少なくともセンス鎖またはコード鎖を含有するだろう（すなわち、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドは、一本鎖であり得る）が、センス鎖およびアンチセンス鎖の双方を含有してもよい（すなわち、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドは、二本鎖であり得る）。
本明細書において用いる場合、「測定可能な」という用語は、動物（例えば、ヒト）由来の試料を得て測定すること、または、これらに限定されないが、疾患を同定するかまたは疾患の転帰を予測するために役立ち得るCTスキャン、PET、MRI、X線による画像、予後スコア／指標（例えば、R-IPI、改訂された国際予後指標）またはそれらの組み合わせなどのパラメータを評価することを指す。
本明細書において用いる場合、「精製された」または「精製する」という用語は試料からの成分（例えば、混入物）の除去をいう。例えば、組換えポリペプチドは細菌宿主細胞で発現され、ポリペプチドは宿主細胞タンパク質の除去により精製される；それにより、組換えポリペプチドのパーセントは試料において上昇する。
本明細書において用いる場合、用語「エピトープ」とは、特定の抗体に接触させる抗原の部分を言う。
タンパク質またはタンパク質の断片が、宿主動物を免疫化するために用いられる場合、タンパク質の多くの領域が、タンパク質の特定の領域または三次元構造に特異的に結合する抗体の産生を誘導でき；これらの領域または構造は、「抗原決定基」と称される。抗原決定基は、抗体への結合に関して、インタクトな抗原（すなわち、免疫応答を誘発するために用いられる「免疫原」）と競合できる。
本明細書において用いる場合、用語「ウェスタンブロット」とは、ニトロセルロースまたは膜などの支持体上に固定化したタンパク質（またはポリペプチド）の分析を言う。タンパク質をアクリルアミドゲル上で操作して、タンパク質を分離し、続いてタンパク質をゲルからニトロセルロースまたはナイロン膜などの固体支持体へ移す。次いで、固定化されたタンパク質を、関心対象の抗原に対して反応性を有する抗体に曝露する。抗体の結合は、放射標識抗体の使用など、種々の方法によって検出できる。
本明細書において用いる場合、用語「細胞培養物」とは、任意のインビトロ細胞培養物を言う。この用語には、（例えば、不死表現型を有する）連続細胞株、一次細胞培養物、形質転換細胞株、有限細胞株（例えば、非形質転換細胞）、およびインビトロで維持された任意の他の細胞集団が含まれる。
用いる場合、用語「真核生物」とは、「原核生物」と区別可能な生物を言う。この用語は、核膜によって囲まれた真核の存在、核膜内に染色体があること、膜で囲まれた細胞小器官の存在など、真核生物の通常の特徴、および真核生物に一般的に見られる他の特徴を示す細胞を有する全ての生物を包含することが意図されている。したがって、この用語には、真菌、原生動物、および動物（例えばヒト）などの生物が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書において用いる場合、用語「インビトロ」とは、人工的環境、および人工的環境内で生じる過程または反応を言う。インビトロ環境は、これらに限定はしないが、試験管および細胞培養物からなり得る。用語「インビボ」とは、自然環境（例えば、動物または細胞）、および自然環境内で生じる過程または反応を言う。
用語の「試験化合物」および「候補化合物」とは、疾患、疾病、病気、または身体機能の障害（例えば癌）を、処置または予防するために使用する候補である任意の化学物質、医薬、薬物などを言う。試験化合物は、公知の治療用化合物、および潜在的な治療用化合物の双方を含む。試験化合物は、本発明のスクリーニング方法を用いるスクリーニングによって、治療用であると決定することができる。本発明のいくつかの態様において、試験化合物には、アンチセンス化合物が含まれる。
本明細書において用いる場合、「化学療法剤」という用語は、疾患（例えば、癌）の処置に有用な化合物をいう。癌に対して有効な例示的な化学療法剤としては、ダウノルビシン、ダクチノマイシン、ドキソルビシン、ブレオマイシン、マイトマイシン、ナイトロジェンマスタード、クロラムブシル、メルファラン、シクロホスファミド、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、シタラビン（CA）、5-フルオロウラシル（5-FU）、フロクスウリジン（5-FUdR）、メトトレキサート（MTX）、コルヒチン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド、テニポシド、シスプラチンおよびジエチルスチルベストロール（DES）、フルラダビン（fluradabine）、ベンダムスチン、アルキル化剤（例えば、ナイトロジェンマスタード、ニトロソ尿素、テトラジン、アジリジン、シスプラチン）、代謝拮抗薬（例えば、葉酸代謝拮抗薬）、微小管阻害薬（例えば、パクリタキセル、ビンカアルカロイド）、トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、イリノテカン、トポテカン）、細胞傷害性抗生物質（例えば、ドキソルビシン、ダウノルビシン）、PARP剤、他の標的化剤、例えば、抗体または抗体様薬剤が挙げられるが、これらに限定されない。本発明の1つもしくは複数の第1の化学療法剤もしくはオリゴヌクレオチドの効果の増大、または本発明の1つもしくは複数の第1の化学療法剤もしくはオリゴヌクレオチドの副作用の緩和に有用な化合物は、化学療法剤の定義に含まれる。例示的な標的化剤としては、例えば、細胞内および細胞外細胞シグナル伝達経路に関与するキナーゼ、細胞表面受容体、およびタンパク質／酵素の阻害剤も挙げられ得る。
免疫応答を誘発、増強または抑制する免疫調節剤は、免疫療法の定義に含まれる。
本発明の1つもしくは複数の第1の化学療法剤もしくはオリゴヌクレオチドの効果の増大、または本発明の1つもしくは複数の第1の化学療法剤もしくはオリゴヌクレオチドの副作用の緩和に有用な、X線、超音波、電波、熱または磁場を用いる放射線学的介入は、放射線療法の定義に含まれる。
本発明の1つもしくは複数の第1の化学療法剤もしくはオリゴヌクレオチドの効果の増大、または本発明の1つもしくは複数の第1の化学療法剤もしくはオリゴヌクレオチドの副作用の緩和に有用な外科的介入または侵襲性介入（例えば、腫瘍切除、中心静脈カテーテル留置）は、外科的療法の定義に含まれる。
本明細書において用いる場合、用語「試料」は、その最も広い意味において用いられる。ある意味では、それは、任意の供給源、ならびに生体試料および環境試料から得られた検体または培養物を含むことを意味する。生体試料は、動物（ヒトを含む）から得ることができ、液体、固体、組織、および気体を包含する。生体試料としては、血漿、血清などの血液産物が挙げられる。環境試料としては、表面物質、土壌、水、結晶および工業試料などの環境材料が挙げられる。しかし、このような例は、本発明に適用できる試料タイプを限定するものとして解釈するべきではない。
本発明の目的では、化学元素は、Periodic Table of the Elements, CAS version, Handbook of Chemistry and Physics, 75th Edにしたがって同定される。さらに、有機化学の一般原理は、"Organic Chemistry", Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999、および"March's Advanced Organic Chemistry", 5th Ed., Ed.: Smith, M. B. and March, J., John Wiley & Sons, New York: 2001に記載されている。
本明細書において用いる場合、「脂肪族」という用語は、アルキル、アルケニル、アルキニルという用語を含み、そのそれぞれは以下に記載のように置換されていてもよい。
本明細書において用いる場合、「アルキル」基は、1〜8個（例えば、1〜6個または1〜4個）の炭素原子を含む飽和脂肪族炭化水素基をいう。アルキル基は直鎖状であっても分枝状であってもよい。アルキル基の例としては、これらに限定されないが、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、n-ペンチル、n-ヘプチルまたは2-エチルヘキシルが挙げられる。アルキル基は、以下のような1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい（即ち、任意で置換されている）：ハロ、シクロ脂肪族、ヘテロシクロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アロイル、ヘテロアロイル、(シクロ脂肪族)カルボニル、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル、ニトロ、シアノ、アミノ、アミド、アシル、スルホニル、スルフィニル、スルファニル、スルホキシ、ウレア、チオウレア、スルファモイル、スルファミド、オキソ、カルボキシ、カルバモイル、シクロ脂肪族オキシ、ヘテロシクロ脂肪族オキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アラルキルオキシ、ヘテロアリールアルコキシ、またはヒドロキシ。これらに限定されないが、置換アルキルの例としては、カルボキシアルキル(例えば、HOOC-アルキル、アルコキシカルボニルアルキルおよびアルキルカルボニルオキシアルキル)、シアノアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシアルキル、アシルアルキル、ヒドロキシアルキル、アラルキル、(アルコキシアリール)アルキル、(スルホニルアミノ)アルキル(例えば、(アルキルスルホニルアミノ)アルキル)、アミノアルキル、アミドアルキル、(シクロ脂肪族)アルキル、シアノアルキル、またはハロアルキルが挙げられる。
本明細書において用いる場合、「アルケニル」基とは、2〜8個（例えば、2〜6個または2〜4個）の炭素原子を含み、少なくとも1つの二重結合を含む脂肪族炭素基をいう。アルキル基と同様に、アルケニル基は直鎖状であっても分枝状であってもよい。アルケニル基の例としては、これらに限定されないが、アリル、イソプレニル、2-ブテニルおよび2-ヘキセニルが挙げられる。アルケニル基は例えば、以下のような1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい：ハロ、シクロ脂肪族、ヘテロシクロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アロイル、ヘテロアロイル、(シクロ脂肪族)カルボニル、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル、ニトロ、シアノ、アミノ、アミド、アシル、スルホニル、スルフィニル、スルファニル、スルホキシ、ウレア、チオウレア、スルファモイル、スルファミド、オキソ、カルボキシ、カルバモイル、(シクロ脂肪族)オキシ、(ヘテロシクロ脂肪族)オキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アラルキルオキシ、(ヘテロアリール)アルコキシ、またはヒドロキシ。
本明細書において用いる場合、本明細書において用いる場合、「アルキニル」基は、2〜8個（例えば、2〜6個または2〜4個）の炭素原子を含み、少なくとも1つの三重結合を有する脂肪族炭素基をいう。アルキニル基は直鎖状であっても分枝状であってもよい。アルキニル基の例としては、これらに限定されないが、プロパルギルおよびブチニルが挙げられる。アルキニル基は例えば、以下のような1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい：ハロ、シクロ脂肪族、ヘテロシクロ脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、アロイル、ヘテロアロイル、(シクロ脂肪族)カルボニル、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル、ニトロ、シアノ、アミノ、アミド、アシル、スルホニル、スルフィニル、スルファニル、スルホキシ、ウレア、チオウレア、スルファモイル、スルファミド、オキソ、カルボキシ、カルバモイル、(シクロ脂肪族)オキシ、(ヘテロシクロ脂肪族)オキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アラルキルオキシ、(ヘテロアリール)アルコキシ、またはヒドロキシ。
本明細書において用いる場合、「アミド」には「アミノカルボニル」および「カルボニルアミノ」の両方が含まれる。これらの用語は単独でまたは別の基と組み合わせて用いられて、末端に用いられる場合、アミド基、例えば、N(RX)2-C(O)-またはRYC(O)-N(RX)2-を意味し、内部に用いられる場合-C(O)-N(RX)-または-N(RX)-C(O)-を意味し、式中、RXおよびRYは以下に定義する。アミド基の例としては、アルキルアミド(例えば、アルキルカルボニルアミノおよびアルキルカルボニルアミノ)、(ヘテロシクロ脂肪族)アミド、(ヘテロアラルキル)アミド、(ヘテロアリール)アミド、(ヘテロシクロアルキル)アルキルアミド、アリールアミド、アラルキルアミド、(シクロアルキル)アルキルアミド、およびシクロアルキルアミドが挙げられる。
本明細書において用いる場合、「アミノ」基は-NRXRYをいい、式中、RXおよびRYのそれぞれは独立に、水素、アルキル、シクロ脂肪族、(シクロ脂肪族)脂肪族、アリール、アラリファティック、ヘテロシクロ脂肪族、(ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族、ヘテロアリール、カルボキシ、スルファニル、スルフィニル、スルホニル、(脂肪族)カルボニル、(シクロ脂肪族)カルボニル、((シクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル、アリールカルボニル、(アラリファティック)カルボニル、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル、((ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル、(ヘテロアリール)カルボニル、または(ヘテロアラリファティック)カルボニルであり、これらはそれぞれ本明細書に定義される通りであり、置換されていてもよい。アミノ基の例としては、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、およびアリールアミノが挙げられる。
「アミノ」という用語が末端基(例えば、アルキルカルボニルアミノ)ではない場合、それは-NRX-によって表される。RXは上記と同義である。
本明細書において用いる場合、「アリール」基は単独でまたはより大きな部分、例えば「アラルキル」、「アラルコキシ」または「アリールオキシアルキル」の一部として用いられて、単環式(例えば、フェニル)；二環式(例えば、インデニル、ナフタレニル、テトラヒドロナフチル、テトラヒドロインデニル)；および三環式(例えば、フルオレニル、テトラヒドロフルオレニル、またはテトラヒドロアントラセニル、アントラセニル)を意味する。二環式基および三環式基には、ベンゾ縮合した2〜3員環炭素環が含まれる。例えば、ベンゾ縮合基には、2以上のC4-8炭素環部分と縮合したフェニルが含まれる。アリールは、以下を含む1つまたは複数の置換基により置換されていてもよい：脂肪族[例えば、アルキル、アルケニルまたはアルキニル];シクロ脂肪族;(シクロ脂肪族)脂肪族;ヘテロシクロ脂肪族;(ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族;アリール;ヘテロアリール;アルコキシ;(シクロ脂肪族)オキシ;(ヘテロシクロ脂肪族)オキシ;アリールオキシ;ヘテロアリールオキシ;(アラリファティック)オキシ;(ヘテロアラリファティック)オキシ;アロイル;ヘテロアロイル;アミノ;オキソ(ベンゾ縮合二環式または三環式アリールの非芳香族炭素環上);ニトロ;カルボキシ;アミド;アシル[例えば、脂肪族カルボニル;(シクロ脂肪族)カルボニル;((シクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル;(アラリファティック)カルボニル;(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル;((ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル;および(ヘテロアラリファティック)カルボニル];スルホニル[例えば、脂肪族スルホニルおよびアミノスルホニル];スルフィニル[例えば、脂肪族スルフィニル];スルファニル[例えば、脂肪族スルファニル];ニトロ;シアノ;ハロ;ヒドロキシル;メルカプト;スルホキシ;ウレア;チオウレア;スルファモイル;スルファミド;およびカルバモイル。あるいはアリールは置換されていなくてもよい。
置換アリールの非限定的な例としては、以下が挙げられる：ハロアリール[例えば、モノ-、ジ(例えば、p,m-ジハロアリール)、および(トリハロ)アリール];(カルボキシ)アリール[例えば、(アルコキシカルボニル)アリール、((アリールアルキル)カルボニルオキシ)アリール、および(アルコキシカルボニル)アリール];(アミド)アリール[例えば、(アミノカルボニル)アリール、(((アルキルアミノ)アルキル)アミノカルボニル)アリール、(アルキルカルボニル)アミノアリール、(アリールアミノカルボニル)アリール、および(((ヘテロアリール)アミノ)カルボニル)アリール];アミノアリール[例えば、((アルキルスルホニル)アミノ)アリールおよび((ジアルキル)アミノ)アリール];(シアノアルキル)アリール;(アルコキシ)アリール;(スルファモイル)アリール[例えば、(アミノスルホニル)アリール];(アルキルスルホニル)アリール;(シアノ)アリール;(ヒドロキシアルキル)アリール;((アルコキシ)アルキル)アリール;(ヒドロキシル)アリール、((カルボキシ)アルキル)アリール;(((ジアルキル)アミノ)アルキル)アリール;(ニトロアルキル)アリール;(((アルキルスルホニル)アミノ)アルキル)アリール;((ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル)アリール;((アルキルスルホニル)アルキル)アリール;(シアノアルキル)アリール;(ヒドロキシアルキル)アリール;(アルキルカルボニル)アリール;アルキルアリール;(トリハロアルキル)アリール;p-アミノ-m-アルコキシカルボニルアリール;p-アミノ-m-シアノアリール;p-ハロ-m-アミノアリール;および(m-(ヘテロシクロ脂肪族)-o-(アルキル))アリール。
本明細書において用いる場合、「アラリファティック」、例えば「アラルキル」基は、アリール基で置換された脂肪族基(例えば、C1-4アルキル基)をいう。「脂肪族」、「アルキル」および「アリール」は、本明細書において定義されている。アラリファティック、例えばアラルキル基の例は、ベンジルである。
本明細書において用いる場合、「二環系」は、2つの環を形成する8〜12（例えば、9、10、または11）員環構造を含み、ここで2つの環は少なくとも1原子を共有する(例えば、2原子を共有する）。二環系にはビシクロ脂肪族(例えば、ビシクロアルキルまたはビシクロアルケニル)、ビシクロヘテロ脂肪族、二環式アリールおよび二環式ヘテロアリールが含まれる。
本明細書において用いる場合、「シクロ脂肪族」基には、「シクロアルキル」基および「シクロアルケニル」基が含まれ、そのそれぞれは以下に示すように置換されていてもよい。
本明細書において用いる場合、「シクロアルキル」基は、3〜10個（例えば、5〜10個）の炭素原子の飽和炭素環単環式または二環式(縮合または架橋)環をいう。シクロアルキル基の例としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、アダマンチル、ノルボニル、キュビル、オクタヒドロ-インデニル、デカヒドロ-ナフチル、ビシクロ[3.2.1]オクチル、ビシクロ[2.2.2]オクチル、ビシクロ[3.3.1]ノニル、ビシクロ[3.3.2.]デシル、ビシクロ[2.2.2]オクチル、アダマンチル、アザシクロアルキル、または((アミノカルボニル)シクロアルキル)シクロアルキルが挙げられる。本明細書において用いる場合、「シクロアルケニル」基は、1つまたは複数の二重結合を有する3〜10個（例えば、4〜8個）の炭素原子の非芳香族炭素環をいう。シクロアルケニル基の例としては、シクロペンテニル、1,4-シクロヘキサ-ジ-エニル、シクロへプテニル、シクロオクテニル、ヘキサヒドロ-インデニル、オクタヒドロ-ナフチル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、ビシクロ[2.2.2]オクテニル、およびビシクロ[3.3.1]ノネニルが挙げられる。
シクロアルキルまたはシクロアルケニル基は、以下のような1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい：脂肪族[例えば、アルキル、アルケニル、またはアルキニル]、シクロ脂肪族、(シクロ脂肪族)脂肪族、ヘテロシクロ脂肪族、(ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、(シクロ脂肪族)オキシ、(ヘテロシクロ脂肪族)オキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、(アラリファティック)オキシ、(ヘテロアラリファティック)オキシ、アロイル、ヘテロアロイル、アミノ、アミド[例えば、(脂肪族)カルボニルアミノ、(シクロ脂肪族)カルボニルアミノ、((シクロ脂肪族)脂肪族)カルボニルアミノ、(アリール)カルボニルアミノ、(アラリファティック)カルボニルアミノ、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニルアミノ、((ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族)カルボニルアミノ、(ヘテロアリール)カルボニルアミノ、および(ヘテロアラリファティック)カルボニルアミノ]、ニトロ、カルボキシ[例えば、HOOC-、アルコキシカルボニル、およびアルキルカルボニルオキシ]、アシル[例えば、(シクロ脂肪族)カルボニル、((シクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル、(アラリファティック)カルボニル、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル、((ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル、および(ヘテロアラリファティック)カルボニル]、ニトロ、シアノ、ハロ、ヒドロキシ、メルカプト、スルホニル[例えば、アルキルスルホニルおよびアリールスルホニル]、スルフィニル[例えば、アルキルスルフィニル]、スルファニル[例えば、アルキルスルファニル]、スルホキシ、ウレア、チオウレア、スルファモイル、スルファミド、オキソ、またはカルバモイル。
本明細書において用いる場合、「環状部分」には、シクロ脂肪族、ヘテロシクロ脂肪族、アリール、またはヘテロアリールが含まれ、そのそれぞれは既に定義されている。
本明細書において用いる場合、「ヘテロシクロ脂肪族」という用語は、ヘテロシクロアルキル基とヘテロシクロアルケニル基とを含み、そのそれぞれは以下に示すように置換されていてもよい。
本明細書において用いる場合、「ヘテロシクロアルキル」基は、3〜10員環の単環式または二環式(縮合または架橋)(例えば、5〜10員環単環式または二環式)飽和環構造であって、1つまたは複数の環原子がヘテロ原子(例えば、N、O、S、またはそれらの組み合わせ)である構造をいう。ヘテロシクロアルキル基の例としては、ピペリジル、ピペラジル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフリル、1,4-ジオキソラニル、1,4-ジチアニル、1,3-ジオキソラニル、オキサゾリジル、イソキサゾリジル、モルホリニル、チオモルホリル、オクタヒドロ-ベンゾフリル、オクタヒドロ-クロメニル、オクタヒドロ-チオクロメニル、オクタヒドロ-インドリル、オクタヒドロ-ピリジニル、デカヒドロ-キノリニル、オクタヒドロ-ベンゾ[b]チオフェネイル、2-オキサ-ビシクロ[2.2.2]オクチル、1-アザ-ビシクロ[2.2.2]オクチル、3-アザ-ビシクロ[3.2.1]オクチル、および2,6-ジオキサ-トリシクロ[3.3.1.03,7]ノニルが挙げられる。単環式ヘテロシクロアルキル基はフェニル部分、例えば、テトラヒドロイソキノリンと縮合していてもよい。本明細書において用いる場合、「ヘテロシクロアルケニル」基は、1つまたは複数の二重結合を有する単環式または二環式(例えば、5〜10員環単環式または二環式)非芳香族環構造であって、1つまたは複数の環原子がヘテロ原子(例えば、N、O、またはS)である構造をいう。単環式およびビシクロヘテロ脂肪族は標準化学命名法にしたがって番号付けされる。
ヘテロシクロアルキル基またはヘテロシクロアルケニル基は、以下のような1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい：脂肪族[例えば、アルキル、アルケニル、またはアルキニル]、シクロ脂肪族、(シクロ脂肪族)脂肪族、ヘテロシクロ脂肪族、(ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族、アリール、ヘテロアリール、アルコキシ、(シクロ脂肪族)オキシ、(ヘテロシクロ脂肪族)オキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、(アラリファティック)オキシ、(ヘテロアラリファティック)オキシ、アロイル、ヘテロアロイル、アミノ、アミド[例えば、(脂肪族)カルボニルアミノ、(シクロ脂肪族)カルボニルアミノ、((シクロ脂肪族)脂肪族)カルボニルアミノ、(アリール)カルボニルアミノ、(アラリファティック)カルボニルアミノ、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニルアミノ、((ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族)カルボニルアミノ、(ヘテロアリール)カルボニルアミノ、および(ヘテロアラリファティック)カルボニルアミノ]、ニトロ、カルボキシ[例えば、HOOC-、アルコキシカルボニル、およびアルキルカルボニルオキシ]、アシル[例えば、(シクロ脂肪族)カルボニル、((シクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル、(アラリファティック)カルボニル、(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル、((ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル、および(ヘテロアラリファティック)カルボニル]、ニトロ、シアノ、ハロ、ヒドロキシ、メルカプト、スルホニル[例えば、アルキルスルホニルおよびアリールスルホニル]、スルフィニル[例えば、アルキルスルフィニル]、スルファニル[例えば、アルキルスルファニル]、スルホキシ、ウレア、チオウレア、スルファモイル、スルファミド、オキソ、またはカルバモイル。
本明細書において用いる場合、「ヘテロアリール」基は、4〜15個の環原子を有する単環式、二環式、または三環式環構造であって、1つまたは複数の環原子がヘテロ原子(例えば、N、O、S、またはそれらの組み合わせ)であり、二環式または三環式環構造の1つまたは複数の環が芳香族である構造をいう。ヘテロアリール基には2〜3個の環を有するベンゾ縮合環系が含まれる。例えば、ベンゾ縮合基としては、1個または2個の4〜8員環ヘテロシクロ脂肪族部分(例えば、インドリジル、インドリル、イソインドリル、3H-インドリル、インドリニル、ベンゾ[b]フリル、ベンゾ[b]チオフェニル、キノリニル、またはイソキノリニル)とのベンゾ縮合が挙げられる。ヘテロアリールのいくつかの例は、アゼチジニル、ピリジル、1H-インダゾリル、フリル、ピロリル、チエニル、チアゾリル、オキサゾリル、イミダゾリル、テトラゾリル、ベンゾフリル、イソキノリニル、ベンズチアゾリル、キサンテン、チオキサンテン、フェノチアジン、ジヒドロインドール、ベンゾ[1,3]ジオキソール、ベンゾ[b]フリル、ベンゾ[b]チオフェニル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンズチアゾリル、プリル、シンノリル、キノリル、キナゾリル、シンノリル、フタラジル、キナゾリル、キノキサリル、イソキノリル、4H-キノリジル、ベンゾ-1,2,5-チアジアゾリルまたは1,8-ナフチリジルである。
これらに限定されないが、単環式ヘテロアリールとしては、フリル、チオフェニル、2H-ピロリル、ピロリル、オキサゾリル、チアゾリル、イミダゾリル、ピラゾリル、イソキサゾリル、イソチアゾリル、1,3,4-チアジアゾリル、2H-ピラニル、4-H-プラニル、ピリジル、ピリダジル、ピリミジル、ピラゾリル、ピラジル、または1,3,5-トリアジルが挙げられる。単環式ヘテロアリールは標準化学命名法にしたがって番号付けされる。
これらに限定されないが、二環式ヘテロアリールとしては、インドリジル、インドリル、イソインドリル、3H-インドリル、インドリニル、ベンゾ[b]フリル、ベンゾ[b]チオフェニル、キノリニル、イソキノリニル、インダゾリル、ベンズイミダジル、ベンズチアゾリル、プリニル、4H-キノリジル、キノリル、イソキノリル、シンノリル、フタラジル、キナゾリル、キノキサリル、1,8-ナフチリジル、またはプテリジルが挙げられる。二環式ヘテロアリールは標準化学命名法にしたがって番号付けされる。
ヘテロアリールは、以下のような1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい：脂肪族[例えば、アルキル、アルケニル、またはアルキニル];シクロ脂肪族;(シクロ脂肪族)脂肪族;ヘテロシクロ脂肪族;(ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族;アリール;ヘテロアリール;アルコキシ;(シクロ脂肪族)オキシ;(ヘテロシクロ脂肪族)オキシ;アリールオキシ;ヘテロアリールオキシ;(アラリファティック)オキシ;(ヘテロアラリファティック)オキシ;アロイル;ヘテロアロイル;アミノ;オキソ(二環式または三環式ヘテロアリールの非芳香族炭素環または複素環上);ニトロ;カルボキシ;アミド;アシル[例えば、脂肪族カルボニル;(シクロ脂肪族)カルボニル;((シクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル;(アラリファティック)カルボニル;(ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル;((ヘテロシクロ脂肪族)脂肪族)カルボニル;および(ヘテロアラリファティック)カルボニル];スルホニル[例えば、脂肪族スルホニルおよびアミノスルホニル];スルフィニル[例えば、脂肪族スルフィニル];スルファニル[例えば、脂肪族スルファニル];ニトロ;シアノ;ハロ;ヒドロキシル;メルカプト;スルホキシ;ウレア;チオウレア;スルファモイル;スルファミド;またはカルバモイル。あるいは、ヘテロアリールは置換されていなくてもよい。
置換ヘテロアリールの非限定的な例としては、(ハロ)ヘテロアリール[例えば、モノ-およびジ-(ハロ)ヘテロアリール];(カルボキシ)ヘテロアリール[例えば、(アルコキシカルボニル)ヘテロアリール];シアノヘテロアリール;アミノヘテロアリール[例えば、((アルキルスルホニル)アミノ)ヘテロアリールおよび((ジアルキル)アミノ)ヘテロアリール];(アミド)ヘテロアリール[例えば、アミノカルボニルヘテロアリール、((アルキルカルボニル)アミノ)ヘテロアリール、((((アルキル)アミノ)アルキル)アミノカルボニル)ヘテロアリール、(((ヘテロアリール)アミノ)カルボニル)ヘテロアリール、((ヘテロシクロ脂肪族)カルボニル)ヘテロアリール、および((アルキルカルボニル)アミノ)ヘテロアリール];(シアノアルキル)ヘテロアリール;(アルコキシ)ヘテロアリール;(スルファモイル)ヘテロアリール[例えば、(アミノスルホニル)ヘテロアリール];(スルホニル)ヘテロアリール[例えば、(アルキルスルホニル)ヘテロアリール];(ヒドロキシアルキル)ヘテロアリール;(アルコキシアルキル)ヘテロアリール;(ヒドロキシル)ヘテロアリール;((カルボキシ)アルキル)ヘテロアリール;[((ジアルキル)アミノ)アルキル]ヘテロアリール;(ヘテロシクロ脂肪族)ヘテロアリール;(シクロ脂肪族)ヘテロアリール;(ニトロアルキル)ヘテロアリール;(((アルキルスルホニル)アミノ)アルキル)ヘテロアリール;((アルキルスルホニル)アルキル)ヘテロアリール;(シアノアルキル)ヘテロアリール;(アシル)ヘテロアリール[例えば、(アルキルカルボニル)ヘテロアリール];(アルキル)ヘテロアリール、および(ハロアルキル)ヘテロアリール[例えば、トリハロアルキルヘテロアリール]が挙げられる。
本明細書において用いる場合、「ヘテロアラリファティック」(例えば、ヘテロアラルキル基)とは、ヘテロアリール基で置換された脂肪族基(例えば、C1-4アルキル基)をいう。「脂肪族」、「アルキル」および「ヘテロアリール」は上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「アシル」基とは、ホルミル基またはRX-C(O)-（例えば、-アルキル-C(O)-、「アルキルカルボニル」とも称される）をいい、式中、RXおよび「アルキル」は既に定義されている。アセチルおよびピバロイルはアシル基の例である。
本明細書において用いる場合、「アルコキシ」基は、アルキル-O-基をいい、式中、「アルキル」は既に定義されている。
本明細書において用いる場合、「カルバモイル」基は-O-CO-NRXRYまたは-NRX-CO-O-RZという構造を有する基であり、式中、RXおよびRYは上記に定義されており、RZは脂肪族、アリール、アラリファティック、ヘテロシクロ脂肪族、ヘテロアリール、またはヘテロアラリファティックであり得る。
本明細書において用いる場合、「カルボキシ」基とは、末端基として用いる場合、-COOH、-COORX、-OC(O)H、-OC(O)RXをいい、内部基として用いる場合、-OC(O)-または-C(O)O-をいう。
本明細書において用いる場合、「ハロ脂肪族」基は、1〜3個のハロゲンにより置換された脂肪族基をいう。例えば、ハロアルキルという用語には、-CF3という基が含まれる。
本明細書において用いる場合、「メルカプト」基は-SHをいう。
本明細書において用いる場合、「スルホ」基は、末端に用いられる場合、-SO3Hまたは-SO3RXをいい、内部に用いられる場合、-S(O)3-をいう。
本明細書において用いる場合、「スルファミド」基は、末端に用いられる場合、-NRX-S(O)2-NRYRZという構造をいい、内部に用いられる場合-NRX-S(O)2-NRY-をいい、式中、Rx、RY、およびRzは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「スルファモイル」基は、末端に用いられる場合、-S(O)2-NRXRYまたは-NRX-S(O)2-RZという構造をいい、内部に用いられる場合、-S(O)2-NRX-または-NRX-S(O)2-をいい、式中、RX、RY、およびRZは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「スルファニル」基は、末端に用いられる場合、-S-RXをいい、内部に用いられる場合、-S-をいい、式中、RXは上記に定義されている。スルファニルの例としては、アルキルスルファニルが挙げられる。
本明細書において用いる場合、「スルフィニル」基は、末端に用いられる場合、-S(O)-RXをいい、内部に用いられる場合、-S(O)-をいい、式中、RXは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「スルホニル」基は、末端に用いられる場合、-S(O)2-RXをいい、内部に用いられる場合、-S(O)2-をいい、式中、RXは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「スルホキシ」基は、末端に用いられる場合、-O-SO-RXまたは-SO-O-RXをいい、内部に用いられる場合、-O-S(O)-または-S(O)-O-をいい、式中、RXは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「ハロゲン」または「ハロ」基は、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素をいう。
本明細書において用いる場合、「アルコキシカルボニル」は、カルボキシの用語に含まれるが、単独でまたは他の基と組み合わせて用いられて、アルキル-O-C(O)-などの基をいう。
本明細書において用いる場合、「アルコキシアルキル」は、アルキル-O-アルキル-などのアルキル基をいい、式中、アルキルは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「カルボニル」は-C(O)-をいう。
本明細書において用いる場合、「オキソ」は=Oをいう。
本明細書において用いる場合、「アミノアルキル」とは、(RX)2N-アルキル-という構造をいう。
本明細書において用いる場合、「シアノアルキル」とは、(NC)-アルキル-という構造をいう。
本明細書において用いる場合、「ウレア」基とは-NRx-CO-NRYRzという構造をいい、「チオウレア」基とは末端に用いられる場合、-NRX-CS-NRYRZという構造をいい、内部に用いられる場合、-NRX-CO-NRY-または-NRX-CS-NRY-をいい、式中、RX、RY、およびRZは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「グアニジノ」基は-N=C(N(RXRY))N(RXRY)という構造をいい、式中、RXおよびRYは上記に定義されている。
本明細書において用いる場合、「アミジノ」基という用語は、-C=(NRX)N(RXRY)という構造をいい、式中、RXおよびRYは上記に定義されている。
「末端に」および「内部に」という用語は置換基内にある基の位置を指す。基が置換基の終端に存在し、残りの化学構造にさらに結合していない場合、その基は末端基である。カルボキシアルキル、即ち、RXO(O)C-アルキルは末端に用いられるカルボキシ基の例である。基が残りの化学構造に結合する置換基の終端に対して置換基の中央部に存在する場合、その基は内部基である。アルキルカルボキシ（例えば、アルキル-C(O)O-またはアルキル-OC(O)-）およびアルキルカルボキシアリール（例えば、アルキル-C(O)O-アリール-またはアルキル-O(CO)-アリール-）は内部に用いられるカルボキシ基の例である。
「置換されていてもよい」という句は、「置換または非置換」という句と互換的に用いられる。本明細書に記載する場合、本発明の化合物は例えば、上に一般に示したような、または本発明の特定のクラス、サブクラス、および種によって例示されるような1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい。本明細書に記載する場合、本明細書に含まれる可変基は、特定の基、例えば、アルキルおよびアリールを包含する。特に断りのない限り、本明細書に含まれる可変基についての特定の基のそれぞれは、本明細書に記載する1つまたは複数の置換基によって置換されていてもよい。特定の基の各置換基はさらにハロ、シアノ、オキソアルコキシ、ヒドロキシル、アミノ、ニトロ、アリール、ハロアルキル、およびアルキルのうちの1〜3個によって置換されていてもよい。例えば、アルキル基はアルキルスルファニルによって置換されていてもよく、そのアルキルスルファニルはハロ、シアノ、オキソアルコキシ、ヒドロキシル、アミノ、ニトロ、アリール、ハロアルキル、およびアルキルのうちの1〜3個によって置換されていてもよい。さらなる例として、(シクロアルキル)カルボニルアミノのシクロアルキル部分は、ハロ、シアノ、アルコキシ、ヒドロキシル、ニトロ、ハロアルキルおよびアルキルのうちの1〜3個によって置換されていてもよい。2つのアルコキシ基が同じ原子または隣接原子に結合している場合、その2つのアルコキシ基はそれらが結合している原子と共に環を形成していてもよい。
一般に、「置換されて」という用語は「いてもよい」という用語と共に用いられるか否かに拘わらず、所与の構造における水素ラジカルの、特定の置換基のラジカルとの交換をいう。特定の置換基は上記の定義、下記の化合物の説明およびその実施例に記載した通りである。特に断りのない限り、置換されていてもよい基は、基の置換可能な位置のそれぞれに置換基を有し得、所与の構造における2以上の位置が特定の基から選択される2以上の置換基によって置換されていてもよい場合、置換基は各位置について同じであっても異なっていてもよい。環置換基、例えばヘテロシクロアルキルは、別の環、例えばシクロアルキルに結合して、例えば、両方の環が共通の1つの原子を共有するスピロ-二環系を形成していてもよい。当業者が認識するように、本発明で考えられる置換基の組み合わせは安定または化学的に可能な化合物の形成を導く組み合わせである。
本明細書において用いる場合、「安定または化学的に可能な」という句は、生成、検出、および好ましくはその回収、精製、および本明細書に開示する1つまたは複数の目的のための使用を可能とする条件に供された場合、実質的に変化しない化合物をいう。
特に断りのない限り、本明細書中に示す構造はその構造のすべての異性体(例えば、エナンチオマー、ジアステレオマー、および幾何異性体(または配座異性体))形態;例えば、各不斉中心のRおよびS立体配置、(Z)および(E)二重結合異性体、ならびに(Z)および(E)配座異性体を含む意図である。従って、本発明の化合物の単一の立体化学的異性体ならびにエナンチオマー混合物、ジアステレオマー混合物、および幾何(または配座)混合物は本発明の範囲に含まれる。特に断りのない限り、本発明の化合物のすべての互変異性形態が本発明の範囲に含まれる。さらに、特に断りのない限り、本明細書中に示す構造は、1つまたは複数の同位体的に富んだ原子の存在においてのみ異なる化合物を含むことも意図される。例えば、水素が重水素またはトリチウムによって置換されている以外は、または炭素が13C-または14C-に富む炭素で置換されている以外は本発明の構造を有する化合物は、本発明の範囲に含まれる。かかる化合物は、例えば、生物学的アッセイにおいて分析ツールまたはプローブとして有用である。
本明細書において用いる場合、併用療法は、単独でまたはその他の癌療法と組み合わせて用いることができる癌の処置のための任意のオリゴヌクレオチド化合物を含む。
本明細書において用いる場合、改訂された国際予後指標（R-IPI）を構成する因子は、年齢＞60、パフォーマンスステータス＞2、乳酸脱水素酵素の上昇、＞1の節外部位、病期3／4を含む。
II．癌
本発明の化合物および方法は、いくつかのタイプの癌を処置するために使用され得る。本発明の化合物および方法を用いていくつかの態様において処置することができる癌の例としては、黒色腫、転移性黒色腫、非小細胞肺癌（NSCLC）、小細胞肺癌（SCLC）、多発性骨髄腫、慢性リンパ性白血病（CLL）、小リンパ球性リンパ腫（SLL）、急性骨髄性白血病（AML）、転移性ホルモン不応性前立腺癌、乳癌、卵巣癌、甲状腺癌、膵臓癌、頭頸部癌を含むがこれらに限定されない固形腫瘍癌、ならびに全ての白血病およびリンパ腫を含むがこれらに限定されない血液癌が挙げられる。
本発明の化合物および方法は、ホジキンリンパ腫、古典的ホジキンリンパ腫、リンパ球豊富型／混合細胞型／リンパ球減少型、リンパ球豊富型、混合細胞型、リンパ球減少型、結節性硬化型、古典的ホジキンリンパ腫NOS、結節性リンパ球優位型ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫B細胞、前駆非ホジキンリンパ腫B細胞、成熟非ホジキンリンパ腫B細胞、慢性／小／前リンパ球性／マントルB細胞NHL、慢性／小リンパ球性白血病（leuk）／リンパ腫（lymph）、前リンパ球性白血病B細胞、マントル細胞リンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫／ヴァルデンストレーム、リンパ形質細胞性リンパ腫、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）、DLBCL NOS、血管内大細胞型B細胞性リンパ腫、原発性滲出液リンパ腫、縦隔大細胞型B細胞性リンパ腫、バーキットリンパ腫／白血病、辺縁帯リンパ腫（MZL）、脾性MZL、節外性MZL MALT型、節性MZL、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、形質細胞性新生物、形質細胞腫、多発性骨髄腫／形質細胞性白血病、重鎖病、非ホジキンリンパ腫B細胞NOS、非ホジキンリンパ腫T細胞、前駆非ホジキンリンパ腫T細胞、成熟非ホジキンリンパ腫T細胞、菌状息肉腫／セザリー症候群、菌状息肉腫、セザリー症候群、末梢T細胞リンパ腫、末梢T細胞リンパ腫NOS、血管免疫芽球性T細胞性リンパ腫、皮下脂肪織炎様T細胞リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫T細胞またはヌル細胞、肝脾T細胞リンパ腫、腸症型T細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫NOS、原発性皮膚未分化大細胞リンパ腫、成人T細胞白血病／リンパ腫、NK／T細胞リンパ腫、鼻型／侵攻性NK白血病、T細胞大顆粒リンパ球性白血病、前リンパ球性白血病T細胞、非ホジキンリンパ腫NOS T細胞、非ホジキンリンパ腫-未知の系列、前駆リンパ芽球性白血病／リンパ腫-未知の系列、前リンパ球性白血病-未知の系列、非ホジキンリンパ腫NOS-未知の系列、複合ホジキンリンパ腫およびNHL、リンパ系新生物NOS、ならびに未分類サブタイプより選択される、いくつかのタイプのリンパ腫サブタイプを処置するために使用され得る。
黒色腫、即ち、皮膚の癌は、非常に一般的な癌の形態であり、早期に診断および処置される場合、一般的に管理することができる。しかし、処置されない場合、黒色腫は転移性黒色腫となり得、処置は困難である。ステージIIIまたはIVの黒色腫の進行は深刻な病状であり、通常、診断時から8〜18ヶ月で死に至り得る。
ダカルバジンは、転移性黒色腫を処置するためのFDAによって承認された唯一の化学療法剤であり、7〜12%の奏効率および処置開始後5.6〜7.8ヶ月間の生存中央値と関連する。他の化学療法剤との併用は奏効率の改善を示していなかった。最近になって、細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4（cytotoxic T-lymphocyte associated antigen 4（CTLA-4））を遮断するモノクローナル抗体であるイピリムマブを含む、他の薬剤が、ダカルバジンとの併用で、ダカルバジン単独よりも良い生存率を有することが示された。さらに最近になって、変異BRAFキナーゼインヒビターの強力な阻害剤であるベムラフェニブ（PLX4032）が、ダカルバジンと比較して、BRAF V600E突然変異を有する転移性黒色腫患者において生存の改善を示した。
皮膚黒色腫のおよそ40〜60%は、MAPK経路を介した下流シグナル伝達の構成的活性化をもたらす、BRAFキナーゼインヒビターにおける突然変異を有する。突然変異の大部分（およそ90%）がコドン600におけるバリンに代わるグルタミン酸（BRAF V600E）からなるが、他の活性化突然変異、例えば、BRAF V600KおよびBRAF V600Rが公知である。BRAF V600E突然変異を標的化することにより、ベムラフェニブの発見および開発、ならびにBRAF V600E突然変異について選択された患者における全生存および無増悪生存の改善がもたらされた。
しかし、BRAF V600E突然変異を有さない患者は、転移性黒色腫を処置するためにFDAによって承認された唯一の化学療法剤であるダカルバジン以外の他の処置選択肢を、何も有さないようである。いずれの処置選択肢についても、転移性黒色腫患者についての全生存期間は一般的に2年未満である。
他の態様において、本発明の組成物またはオリゴマーは、TNF-α阻害剤、例えばエタネルセプト、非ステロイド性抗炎症薬（NSAID）、例えばイブプロフェン、コルチコステロイド、疾患修飾性抗リウマチ薬（DMARD）、例えばメトトレキサート、および免疫抑制剤、例えばアザチオプリン、およびCD-20阻害剤を含む追加の治療剤を用いてまたは用いずに、炎症障害、例えば、関節リウマチ、ループス（lupis）および炎症性腸疾患を処置するために使用することができる。
III．癌療法
本発明の癌療法は、オリゴヌクレオチド化合物、化学療法剤、放射線療法、外科手術、またはそれらの組み合わせを含む。
A．オリゴヌクレオチド化合物の遺伝子標的
1．BCL2
リンパ腫および白血病を含む、多くのタイプのヒト腫瘍において、ヒトBCL2遺伝子が過剰発現しており、腫瘍形成能と関連し得る（Tsujimoto et al., Science 228: 1440-1443 [1985]）。BCL2は、血液腫瘍および固形腫瘍の両方の多くの形態において見られた。これらには、黒色腫、転移性黒色腫、非小細胞肺癌（NSCLC）、小細胞肺癌（SCLC）、急性骨髄性白血病（AML）、転移性ホルモン不応性前立腺癌、乳癌、卵巣癌、甲状腺癌、膵臓癌、頭頸部癌を含むがこれらに限定されない、全ての固形腫瘍癌、ならびに、全ての白血病およびリンパ腫を含むがこれらに限定されない、血液癌が含まれる。
ヒトBCL2遺伝子の高レベルの発現が、ほとんどの濾胞性B細胞リンパ腫および多くの大細胞型非ホジキンリンパ腫を含む、t(14;18)染色体転座を伴うすべてのリンパ腫において見いだされた。BCL2遺伝子の高レベルの発現は、ほとんどのケースの慢性リンパ性白血病急性、多くのプレB細胞型リンパ性白血病、神経芽細胞腫、上咽頭癌、ならびに前立腺、乳房および結腸の多くの腺癌を含む、t(14;18)染色体転座を有さない特定の白血病においても見いだされた（Reed et al., Cancer Res. 51 :6529 [1991]；Yunis et al., New England J. Med. 320: 1047；Campos et al., Blood 81:3091-3096 [1993]；McDonnell et al., Cancer Res. 52:6940-6944 [1992)；Lu et al., Int. J Cancer 53:29-35 [1993]；Bonner et al., Lab Invest. 68:43A [1993]）。
現在のモデルは、BCL2タンパク質が、アポトーシスを調節するために抑制性相互作用の階層的ネットワークにおいて機能していると提唱している。BCL2ファミリータンパク質は、癌細胞における生存経路の調節の解除に寄与する、アポトーシスの必須の調節因子である。そのファミリーの生存促進性メンバー、例えば、BCL2、BCL-XLおよびMCL-1は、4つのBCL2相同（BH）ドメインを有する。アポトーシス促進性BCL2タンパク質は、2つのサブファミリーへ分類される。BAXまたはBAKなどのタンパク質は、BH1〜BH3ドメインを含有するが、N末端BH4を欠いている。BAD、BID、BIMまたはPUMAなどのタンパク質は、BH3ドメイン以外の全てを欠いており、「BH3オンリー」タンパク質として公知である。健常細胞において、BAXおよびBAKのアポトーシス促進効果は、生存促進性タンパク質BCL2、BCL-XLおよびMCL-1によって抑制される。
しかし、アポトーシス促進性ストレスに応答して、BH3オンリータンパク質のメンバーが、発現または活性化される。BH3オンリータンパク質は、BCL2、BCL-XLおよびMCL-1の生存促進効果を抑制し、それによってBAXおよびBAKのアポトーシス促進効果が解放され、細胞死に至る。
アポトーシスの調節の解除は悪性細胞の決定的な特徴であり、それは、BCL2タンパク質の過剰発現が重要な役割を果たすプロセスである。上昇したBCL2/抗アポトーシス表現型は、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫および多くの固形腫瘍を含む広範囲の様々な腫瘍の化学療法抵抗性に寄与し得る。この生物学的重要性を考慮すると、BCL2は創薬の主要な標的である。BCL2を調節するための以前のアプローチは、RNA標的化アンチセンスオリゴヌクレオチド、小分子タンパク質阻害剤などを含んだ。
2．他の癌遺伝子標的
本発明は、c-erb-2（her-2）、c-myc、TGF-α、c-Ha-ras、およびc-ki-Rasなどの、他の癌遺伝子標的について設計されたオリゴヌクレオチドの同時投与を含み得る。他の例示的な癌遺伝子としては、BCR/ABL、ABL1/BCR、ABL、BCL1、BCL-2、BRAF、CD24、CDK4、EGFR/ERBB-1、HSTF1、INT1/WNT1、INT2、MDM2、MET、MYB、MYC、MYCN、MYCL1、RAF1、NRAS、REL、AKT2、APC、BCL2-ALPHA、BCL2-BETA、BCL3、BCR、BRCA1、BRCA2、CBL、CCND1、CDKN1A、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CRK、CRK-II、CSF1R/FMS、DBL、DDOST、DCC、DPC4/SMAD4、E-CAD、E2F1/RBAP、ELK1、ELK3、EPH、EPHA1、E2F1、EPHA3、ERG、ETS1、ETS2、FER、FGR、FLI1/ERGB2、FOS、FPS/FES、FRA1、FRA2、FYN、HCK、HEK、HER3/ERBB-2、ERBB-3、HER4/ERBB-4、HST2、INK4A、INK4B、JUN、JUNB、JUND、KIP2、KIT、KRAS2A、KRAS2B、LCK、LYN、MAS、MAX、MCC、MLH1、MOS、MSH2、MYBA、MYBB、NF1、NF2、P53、PDGFB、PIM1、PTC、RB1、RET、ROS1、SKI、SRC1、TAL1、TGFBR2、THRA1、THRB、TIAM1、TRK、VAV、VHL、WAF1、WNT2、WT1、YES1、ALK/NPM1、AMI1、AXL、FMS、GIP、GLI、GSP、HOX11、HST、IL3、INT2、KS3、K-SAM、LBC、LMO-1、LMO-2、L-MYC、LYL1、LYT-10、MDM-2、MLH1、MLL、MLM、N-MYC、OST、PAX-5、PMS-1、PMS-2、PRAD-1、RAF、RHOM-1、RHOM-2、SIS、TAL2、TAN1、TIAM1、TSC2、TRK、TSC1、STK11、PTCH、MEN1、MEN2、P57/KIP2、PTEN、HPC1、ATM、XPA/XPG、BCL6、DEK、AKAP13、CDH1、BLM、EWSR1/FLI1、FES、FGF3、FGF4、FGF6、FANCA、FLI1/ERGB2、FOSL1、FOSL2、GLI、HRAS1、HRX/MLLT1、HRX/MLLT2、KRAS2、MADH4、MAS1、MCF2、MLLT1/MLL、MLLT2/HRX、MTG8/RUNX1、MYCLK1、MYH11/CBFB、NFKB2、NOTCH1、NPM1/ALK、NRG/REL、NTRK1、PBX1/TCF3、PML/RARA、PRCA1、RUNX1、RUNX1/CBFA2T1、SET、TCF3/PBX1、TGFB1、TLX1、P53、WNT1、WNT2、WT1、αv-β3、PKCα、TNFα、クラステリン、サバイビン、TGFβ、c-fos、c-SRC、およびINT-1が挙げられるが、これらに限定されない。
3．非癌遺伝子標的
本発明は、他の癌遺伝子に対して有効なオリゴヌクレオチドの同時投与に限定されない。例えば、いくつかの態様において、標的とすべき遺伝子としては、免疫グロブリンまたは抗体遺伝子、凝固因子遺伝子、プロテアーゼ、下垂体ホルモン、プロテアーゼインヒビター、増殖因子、ソマトメジアン（somatomedian）、ゴナドトロピン、ケモタクチン（chemotactin）、ケモカイン、血漿タンパク質、血漿プロテアーゼインヒビター、インターロイキン、インターフェロン、サイトカイン、転写因子、または病原体標的（例えば、ウイルス遺伝子、細菌遺伝子、微生物遺伝子、真菌遺伝子）が挙げられるが、これらに限定されない。
具体的な遺伝子の例としては、ADAMTS4、ADAMTS5、APOA1、APOE、APP、B2M、COX2、CRP、DDX25、DMC1、FKBP8、GH1、GHR、IAPP、IFNA1、IFNG、IL1、Il10、IL12、IL13、IL2、IL4、IL7、IL8、IPW、MAPK14、Meil、MMP13、MYD88、NDN、PACE4、PRNP、PSEN1、PSEN2、RAD51、RAD51C、SAP、SNRPN、TLR4、TLR9、TTR、UBE3A、VLA-4、およびPTP-1B、c-RAF、m-TOR、LDL、VLDL、ApoB-100、VEGF、rhPDGF-BB、NAD、ICAM-1、MUC1、2-dG、CTL、PSGL-1、E2F、NF-kB、HIF、およびGCPRが挙げられるが、これらに限定されない。
他の態様において、病原体由来の遺伝子が標的とされる。例示的な病原体としては、これらに限定されないが、ヒト免疫不全ウイルス、B型肝炎ウイルス、C型肝炎ウイルス、A型肝炎ウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、重篤な急性呼吸器症候群に関与する病原体、西ナイルウイルスおよび食物由来病原体（例えば、大腸菌（E. coli））が挙げられる。
B．オリゴヌクレオチド設計
いくつかの態様において、本発明は、BCL2などの癌遺伝子の発現を調節するためのアンチジーンオリゴヌクレオチドを提供する。例示的なアンチジーンの設計および作製戦略を以下に記載する。以下の記載は本発明における使用に好適なアンチジーン化合物の範囲を限定することを意図するものではなく、他のアンチジーンも本発明の範囲に含まれる。
a．癌遺伝子の調節領域
BCL2遺伝子はP1およびP2と称される2つのプロモーターを有する。ほとんどのBCL2 mRNAがそこから転写されるP1は翻訳開始部位のおよそ1.4 kb上流に位置し、P2はP1の1.3 kb下流である（Seto, M. et al. EMBO J. 7, 123-131 (1988)を参照のこと）。P1はGC-リッチであり、TATAボックスを欠き、多くの転写開始部位を有し、SP1転写因子についての7つのコンセンサス結合部位を含む。P2はCCAATボックスおよびTATAボックスを含み、2つの異なる転写開始部位を有する。複数のNF-KB認識部位および1つのSV40エンハンサー様オクタマーモチーフがP2内に存在する(Heckman, C.A., et al. Oncogene 21、3898-3908 (2002)を参照のこと)(配列番号1254を参照のこと)。ほとんどのヒト濾胞性リンパ腫はt(14;18)染色体転座を含み、それは3'-BCL2遺伝子領域切断点に起因する(Tsujimoto, Y. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 84、1329-1331 (1987)を参照のこと)。これらの転座はBCL2発現を免疫グロブリン重鎖(IgH)遺伝子座エンハンサーの制御下に置き、その結果、BCL2発現の上方制御が起こる。あるいは、いくつかのDLCLリンパ腫患者単離株においてみられる、IgH遺伝子座または2種類の免疫グロブリン軽鎖(IgL)遺伝子座との融合に起因する5'-BCL2切断点領域が存在する(Yonetani, N. et al. Jpn. J. Cancer Res. 92, 933-940 (2001)を参照のこと)。これらの5'-BCL2切断点は翻訳開始部位の378〜2312 bp上流に広がる領域に対して異なる異種患者単離株においてマッピングされている(配列番号1255〜1266を参照のこと)。bcl-2の周囲の調節領域の重要性が、他から認識された。例えば、研究者らは、BCL-2のP1およびP2プロモーター間の一連の20塩基欠失は転写を減少させることを実証し（Young and Korsmeyer Mol. Cell Biol 13: p 3686-3697 (1993)およびChen HM, Boxer LM. Mol Cell Biol. 15: p.3840-3847 (11995)）；Miyashitaらは、BCL-2遺伝子の上流のp53依存領域が負の調節エレメントとして作用することを報告し（Cancer Res. 54: p.3131-3135(1994)）；そしてDuanらは、IgH3'領域中のエンハンサーによる、BCL-2転写に対する遠距離調節効果を示した（Oncogene 27: p. 6720-6728 (2008)）。切断点付近の領域はBCL2オリゴヌクレオチド設計のために使用できる配列でありうる。
b．オリゴヌクレオチド設計
オリゴヌクレオチドは、配列番号1249および1254と定義される、BCL2遺伝子の上流領域にハイブリダイズする任意のオリゴマーを含み得る。
いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、好ましい設計基準に基づいて設計される。このようなオリゴヌクレオチドは、次いで、本明細書に開示される方法を使用して効力について試験され得る。例えば、いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1個、2個またはすべてのCpG島においてメチル化されている。他の態様において、オリゴヌクレオチドはメチル化を含まない。本発明は特定の機構に限定されない。実際、機構の理解は本発明の実施に必須ではない。にもかかわらず、いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも50% GC含量を有し、少なくとも2つのGCジヌクレオチドを有するものであることが企図されている。また、いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは自己ハイブリダイズしない。さらなる態様において、オリゴヌクレオチドは自己ハイブリダイゼーションを最小にするために少なくとも1個のAまたはTを有するよう設計される。さらに別の態様において、オリゴヌクレオチドが自己ハイブリダイズする能力について調査するのに市販のコンピュータプログラムが用いられる。さらに別の態様において、オリゴヌクレオチドは少なくとも10、または15ヌクレオチドであって100ヌクレオチドを超えない長さである。さらなる態様において、オリゴヌクレオチドは18〜26ヌクレオチドの長さである。さらなる態様において、オリゴヌクレオチドは普遍的なタンパク質結合配列であるCGCCCおよびCGCGまたはそれらの相補物を含む。
いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、プロモーターのTATAボックスの上流の、遺伝子のプロモーター領域にハイブリダイズする。さらなる態様において、オリゴヌクレオチドはタンパク質(例えば、転写因子)が結合することが知られている癌遺伝子のプロモーター領域の領域にハイブリダイズするように設計される。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチド化合物はヒトゲノムのその他の領域に対して完全に相同的ではない。本発明のオリゴヌクレオチド化合物とゲノムのその他の領域との相同性は、利用可能な検索ツール(例えば、BLAST、NCBIのインターネットサイトにて利用可能)を用いて決定できる。
本発明は本明細書に記載するオリゴヌクレオチドに限定されない。その他の好適なオリゴヌクレオチドを(例えば、上記の基準またはその他の基準を用いて)同定することができる。候補オリゴヌクレオチドは任意の好適な方法を用いて効力について試験されうる。例えば、候補オリゴヌクレオチドは、様々な濃度で、細胞増殖を阻止する能力について評価されうる。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、遺伝子発現または細胞増殖を低濃度(例えば、インビトロアッセイにおいて20μM、または10μM未満)で阻害する。
c．オリゴヌクレオチドゾーン
いくつかの態様において、癌遺伝子のプロモーター領域内にある領域がオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションのための領域としてさらに規定される。いくつかの態様において、これら領域は「ホットゾーン」と称される。
いくつかの態様において、ホットゾーンは、有効であることが示されているオリゴヌクレオチド化合物(オリゴヌクレオチドについての上記のセクションを参照)、および上記のオリゴヌクレオチドについての基準に基づいて有効であると予想されるものに基づいて規定される。いくつかの態様において、ホットゾーンは各ホットゾーンに含まれる各化合物の上流および下流10 bpを含み、各化合物のさらに40 bp上流または下流内に少なくとも1つまたはそれ以上のCGを有する。さらなる態様において、ホットゾーンはホットゾーンに含まれる各オリゴヌクレオチド化合物の上流および下流の最大100 bpを含む。さらなる態様において、ホットゾーンは各プロモーターの開始領域にて規定される。これらのホットゾーンは有効な配列または予想される配列に基づいて規定され、好ましい最大長さ200 bpを有する。上記の基準に基づいて、例示的なホットゾーンを設計した。BCL2についてのホットゾーンは、配列番号1249の塩基679〜720、930〜1050、1070〜1280、および1420〜1760に位置する。
d．説明
1つの局面において、オリゴヌクレオチドは生理的条件下で以下の配列にハイブリダイズする任意のオリゴマーであり得る：配列番号1249または配列番号1254。別の局面において、オリゴマーは、配列番号1249のヌクレオチド500〜2026、ヌクレオチド500〜1525、ヌクレオチド800〜1225、ヌクレオチド900〜1125、ヌクレオチド950〜1075もしくはヌクレオチド970〜1045、またはそれらの相補物にハイブリダイズする任意のオリゴマーであり得る。別の局面において、オリゴヌクレオチドは、配列番号1249内の例示的なホットゾーンに生理的条件下でハイブリダイズする任意のオリゴマーであり得る。オリゴマーの例としては、これらに限定されないが、配列番号1250〜1253および1267〜1477に記載されるオリゴマーならびにそれらの相補物が挙げられる。別の局面において、オリゴヌクレオチドは、配列番号2〜22、283〜301、463〜503、937〜958、1082〜1109、1250〜1254および1270〜1477ならびにそれらの相補物である。これらの局面の1つの態様において、オリゴヌクレオチドは15〜35塩基対の長さである。
一態様において、オリゴマーは、配列番号1250、1251、1252、1253、1267〜1477またはそれらの相補物であり得る。別の態様において、オリゴマーは、配列番号1250、1251、1267、1268、1276、1277、1285、1286またはそれらの相補物であり得る。さらに別の態様において、オリゴマーは配列番号1250、1251、1289〜1358またはそれらの相補物であり得る。さらに別の態様において、オリゴマーは配列番号1250または1251であり得る。
これらの局面のさらなる態様において、オリゴマーは、BCL2配列の正の鎖の配列を有し、したがって、該配列の負の鎖に結合する。
他の局面において、オリゴマーは、抗BCL2オリゴヌクレオチドの混合物を含みうる。例えば、オリゴマーは、そのそれぞれが配列番号1249および1254の異なる部分にハイブリダイズする複数のオリゴヌクレオチドを含みうる。オリゴマーはこれらの配列のオーバーラップ領域にハイブリダイズすることができるか、または、オリゴマーは非オーバーラップ領域にハイブリダイズしうる。他の態様において、オリゴマーは配列番号1250、1251、1252、1253、1267〜1477またはそれらの相補物であり得、ここで、抗BCL2オリゴマーの混合物は、少なくとも2つの異なる配列のオリゴマーを含む。
他の態様において、オリゴマーは、そのそれぞれが異なる遺伝子の調節領域にハイブリダイズするオリゴマーの混合物を含みうる。例えば、オリゴマーは、配列番号1249または1254にハイブリダイズする第一のオリゴマー、および第二の遺伝子の調節領域にハイブリダイズする第二のオリゴマーを含みうる。いくつかの態様において、オリゴマーは、配列番号1250〜1254および1267〜1477のオリゴマーまたはそれらの相補物を含む。他の態様において、オリゴマーは、配列番号1250もしくは1251またはそれらの相補物、ならびに、別の癌遺伝子、例えばc-erb-2（her-2）、c-myc、TGF-α、c-Ha-ras、およびc-ki-Rasのプロモーター領域にハイブリダイズするオリゴマーを含む。このようなオリゴマーの例は、例えば、米国特許第7,524,827号；同第7,807,647号；および同第7,498,315号において見出され得る。
いくつかの態様において、本発明は、特定の部位でメチル化されたオリゴヌクレオチド治療薬を提供する。本発明は特定の機構に限定されない。実際、機構の理解は本発明の実施に必須ではない。にもかかわらず、遺伝子活性の調節の1つの機構は、DNAにおけるシトシン残基のメチル化であると考えられている。5-メチルシトシン(5-MeC)はDNAにおいて検出される唯一の天然の修飾塩基である（Ehrlick et al., Science 212:1350-1357 (1981)）。すべての遺伝子がメチル化によって調節されているわけではないが、多数の遺伝子の特定の部位または特定の領域での低メチル化が活発な転写と相関している（Doerfler, Annu. Rev. Biochem. 52:93-124 [1984]；Christman, Curr. Top. Microbiol. Immunol. 108:49-78 [1988]；Cedar, Cell 34:5503-5513 [1988]）。DNAメチル化は、インビトロでは、無細胞系における遺伝子の効率的な転写またはトランスフェクトされた遺伝子の一過性発現を阻止しうる。いくつかの特定のシス調節領域におけるC残基のメチル化はまた、転写因子または抑制因子の結合を阻害または促進しうる（Doerfler、前掲；Christman、前掲；Cedar, Cell 34:5503-5513 (1988)；Tate et al., Curr. Opin. Genet. Dev. 3:225-231 [1993]；Christman et al., Virus Strategies, eds. Doerfler, W. & Bohm, P. (VCH, Weinheim, N.Y.) pp. 319-333 [1993]）。
DNAメチル化の正常パターンの崩壊は癌の発症と関連づけられてきた（Christman et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:7347-7351 [1995]）。腫瘍および腫瘍由来細胞株からのDNAの5-MeC含量は、一般に正常組織よりも低い（Jones et al., Adv. Cancer Res 40:1-30 [1983]）。特定の癌遺伝子、例えばc-myc、c-Ki-rasおよびc-Ha-rasの低メチル化が、様々なヒトおよび動物腫瘍において検出されてきた（Nambu et al., Jpn. J. Cancer (Gann) 78:696-704 [1987]；Feinberg et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 111:47-54 [1983]；Cheah et al., JNCI73:1057-1063 [1984]；Bhave et al., Carcinogenesis (Lond) 9:343-348 [1988]。ヒト腫瘍の進行のもっともよく研究される例の一つでは、DNAの低メチル化が結腸癌の発症における初期現象であることが示されている（Goetz et al., Science 228:187-290 [1985]）。メチル化の妨害は、インビボで腫瘍形成を導きうる。メチル化阻害剤、例えばL-メチオニンまたは5-アザシトジンの供給、あるいはリポトロープ(lipotrope)が枯渇した食餌の供給による5-アデノシンメチオニンの重篤な不足は、ラットにおいて肝臓腫瘍の形成を誘導することが報告されている（Wainfan et al., Cancer Res. 52:2071s-2077s [1992]）。研究により極端なリポトロープ不足食は、遺伝子、例えばc-myc、rasおよびc-fosの特定の部位におけるメチル基の欠失を導きうることが示されている（Dizik et al., Carcinogenesis 12:1307-1312 [1991]）。低メチル化はDNA MTase活性の高いレベルの存在にもかかわらず起こる（Wainfan et al., Cancer Res. 49:4094-4097 [1989]）。持続的な活発な増殖に必要な遺伝子は分化の際にメチル化されると不活性になり、組織特異的遺伝子が低メチル化されて活性となる。低メチル化は2つの段階の間の均衡をシフトさせうる。したがって、いくつかの態様において、本発明はこの天然の現象を利用して、特定の遺伝子プロモーターの部位特異的メチル化のための組成物および方法を提供し、それによって特定の遺伝子の転写、従って翻訳を阻止する。別の態様において、本発明は、関心対象の遺伝子（例えば、腫瘍抑制遺伝子）の発現を遺伝子のメチル化パターンを変化させることによって上方制御するための方法および組成物を提供する。
哺乳動物細胞プロモーター領域はCpG島によって囲まれており、これらの非メチル化領域は遺伝子調節に寄与するという理解が、新たに出現している（Blackledge NP, Klose PJ (2011) Epigenetics 6: p.147-152およびDeaton AM, Bird A (2011) Genes Dev. 25: p.1010-1022）。DNAse Iに高感受性であるプロモーターを囲んでいるこれらのゲノム領域はまた、遺伝子発現を調節する、転写因子、エンハンサー、サイレンサー、リプレッサー、または制御領域として機能するシス調節エレメントの発見を可能にした（Thurman RE, Rynes E, Humbert R, Vierstra H, Maurano MT (2012) Nature 489: 75-82；Maston et al. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2006. 7:29-59；Sabo PJ, Kuehn MS, Thurman R, Johnson, BE, Johnson, BE et al (2006) Nat Methods 3: p.511-8）。さらに、癌遺伝子のプロモーター領域を囲む、高次二次構造（四本鎖、十字形またはI-モチーフ）も、転写を調節するためのシス調節ドメインとして役立ち得る（Brazda V, Laister RC, Jagelska EB, Arrowsmith, C (2011) BMC Mol Biol 12: p.33-48およびKendrick, S. and L.H. Hurley, Pure Appl Chem, 2010. 82(8): p.1609-1621）。他の態様において、本発明は、低メチル化または非メチル化CGリッチ領域（CpG島）にハイブリダイズまたは結合することができる方法および組成物を提供する。
本発明はメチル化オリゴヌクレオチドの使用に限定されない。実際、非メチル化オリゴヌクレオチドの遺伝子発現調節のための使用が、本発明により具体的に企図される。本発明の開発段階で行われた実験は、BCL2を標的とした非メチル化オリゴヌクレオチドが、リンパ腫細胞の増殖をメチル化オリゴヌクレオチドに匹敵するレベルで阻害したことを実証した。
配列番号1250および1251は両方とも、下記で用いられる用語PNT-100の範囲内に含まれる。PNT100は、特定のリンパ腫を促進することが公知であるt(14,18)転座内に見られる領域を標的化するように設計された、24塩基DNAオリゴヌクレオチド配列である。後の実施例は非メチル化形態を用いるが、用語PNT-100はメチル化形態を含む。
C．オリゴヌクレオチドの調製および製剤化
オリゴヌクレオチド合成の公知の任意の方法を使用して、本発明の修飾オリゴヌクレオチドを調製することができる。メチル化オリゴヌクレオチドを利用する幾つかの態様において、ヌクレオチドdCは、本発明により教示されるように、適切な場合、5-メチル-dCにより置換される。本発明の修飾または非修飾オリゴヌクレオチドは、任意の市販の自動化核酸合成機を用いることにより最も好適に調製される。それらはまた、顧客仕様書に従って注文オリゴヌクレオチドを合成する商業的供給源から得ることができる。
オリゴヌクレオチドは化合物の一形態であるが、本発明は、これらに限定はしないが、下記のようなオリゴヌクレオチド模倣物を含む、他のオリゴマーのオリゴヌクレオチド化合物を含む。本発明によるオリゴヌクレオチド化合物は、典型的に、約18から約30の核酸塩基（すなわち、約18から約30の連結した塩基）を含むが、より長い、またより短い配列を、本発明により使用できる。
本発明で有用な化合物の具体例としては、修飾された主鎖または非天然ヌクレオシド間結合を含有するオリゴヌクレオチドが挙げられる。本明細書に規定されるように、修飾された主鎖を有するオリゴヌクレオチドには、主鎖にリン原子を保持するものと主鎖にリン原子を有さないものが含まれる。本明細書の目的のために、ヌクレオシド間の主鎖にリン原子を有さない修飾オリゴヌクレオチドもオリゴヌクレオシドであるとみなすことができる。
修飾オリゴヌクレオチド主鎖としては、例えば、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルおよびその他のアルキルホスホネート、例えば、3'-アルキレンホスホネートおよびキラルホスホネート、ホスフィネート、ホスホラミデート、例えば、3'-アミノホスホラミデートおよびアミノアルキルホスホラミデート、チオノホスホラミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、および正常な3'-5'連結を有するボラノホスホネート、これらの2'-5'連結類似体、および逆の極性を有するものであって、ヌクレオシド単位の隣接する対が3'-5'から5'-3'または2'-5'から5'-2'に連結しているものが挙げられる。さまざまな塩、混合塩および遊離酸形態も含まれる。
いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは下記の一般構造を有するホスホロチオエート主鎖を有する。
Figure 2016509572
リン原子を含まない修飾オリゴヌクレオチド主鎖は、短鎖アルキルまたはシクロアルキルヌクレオシド間結合、混合ヘテロ原子およびアルキルまたはシクロアルキルヌクレオシド間結合、あるいは1つまたは複数の短鎖ヘテロ原子またはヘテロ環ヌクレオシド間結合によって形成される主鎖を有する。これらには、モルホリノ結合(ヌクレオシドの糖部分から一部形成される);シロキサン主鎖;スルフィド、スルホキシドおよびスルホン主鎖;ホルムアセチルおよびチオホルムアセチル主鎖;メチレンホルムアセチルおよびチオホルムアセチル主鎖;アルケン含有主鎖;スルファメート主鎖;メチルレンイミノおよびメチレンヒドラジノ主鎖;スルホネートおよびスルホンアミド主鎖;アミド主鎖;および混合N、O、SおよびCH2構成部分を有するその他のものが含まれる。
その他のオリゴヌクレオチド模倣物において、ヌクレオチド単位の糖およびヌクレオシド間結合の両方(即ち主鎖)が新しい基と置換される。塩基単位は適当な核酸標的化合物とのハイブリダイゼーションのために維持される。1つのそのようなオリゴマー性化合物であって、優れたハイブリダイゼーション特性を示すオリゴヌクレオチド模倣物は、ペプチド核酸（PNA）と称される。PNA化合物において、オリゴヌクレオチドの糖主鎖は、アミド含有主鎖、具体的には、アミノエチルグリシン主鎖に置換されている。核酸塩基は保持されており、主鎖のアミド部分のアザ窒素原子に直接または間接的に結合している。PNA化合物の調製を教示する代表的な特許としては、これらに限定されないが、米国特許第5,539,082号；同第5,714,331号；および同第5,719,262号が挙げられ、これらはそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる。PNA化合物のさらなる教示は、Nielsen et al., Science 254: 1497 (1991)およびNeilsen, Methods in Enzymology, 313, 156-164 (1999)に見ることができる。PNA化合物は、例えば、Applied Biosystems (Foster City, CA, USA)から商業的に得ることができる。
いくつかの態様において、本発明のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート主鎖を有するオリゴヌクレオチド、ならびに、ヘテロ原子主鎖、具体的には、上記で参照した米国特許第5,489,677号の、-CH2、-NH-O-CH2-、-CH2-N(CH3)-O-CH2-［メチレン(メチルイミノ)またはMMI主鎖として知られる］、-CH2-O-N(CH3)-CH2-、-CH2-N(CH3)-N(CH3)-CH2、および-O-N(CH3)-CH2-CH2-［式中、ネイティブなホスホジエステル主鎖は-O-P-O-CH2-として表される］、および上記で参照した米国特許第5,602,240号のアミド主鎖を有するオリゴヌクレオシドである。また、上記で参照した米国特許第5,034,506号のモルホリノ主鎖構造を有するオリゴヌクレオチドも例示である。
オリゴヌクレオチドは、リボースおよびデオキシリボース以外の糖を有し得、例えば、アラビノフラノース(国際公開公報第WO 99/67378号に記載、これは参照により本明細書に組み入れられる)、キシロアラビノフラノース(米国特許第6,316,612号および同第6,489465号に記載、これらは参照により本明細書に組み入れられる)、α-スレオフラノース(Schoning, et al. (2000) Science, 290, 1347-51、これは参照により本明細書に組み入れられる)およびL-リボフラノースが挙げられる。糖模倣物はヌクレオチド中の糖と置換できる。これらには、ペントフラノシル糖の代わりに、シクロヘキサン(Wang et al.(2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 8595-8602；Vebeure et al. Nucl. Acids Res. (2001) 29, 4941-4947、これらは参照により本明細書に組み入れられる)、トリシクロ基(Steffens, et al. J. Am. Chem. Soc. (1997) 119, 11548-11549、これは参照により本明細書に組み入れられる)、シクロブチル基、ヘキシトール基(Maurinsh, et al. (1997) J. Org. Chem, 62、2861-71；J. Am. Chem. Soc. (1998) 120, 5381-94、これらは参照により本明細書に組み入れられる)、アルトリトール基(Allart、et al., Tetrahedron (1999) 6527-46、これは参照により本明細書に組み入れられる)、ピロリジン基(Scharer, et al.， J. Am. Chem. Soc., 117, 6623-24、これは参照により本明細書に組み入れられる)、フラノース環の酸素をメチレン基に置換することにより得られる炭素環基(Froehler and Ricca, J. Am. Chem. Soc. 114, 8230-32、これは参照により本明細書に組み入れられる)またはSと置換することにより得られる4'-チオフラノース(Hancock, et al., Nucl. Acids Res. 21, 3485-91、これは参照により本明細書に組み入れられる)、および／またはモルホリノ基 (Heasman, (2002) Dev. Biol., 243, 209-214、これは参照により本明細書に組み入れられる)が含まれる。モルホリノオリゴヌクレオチドはGene Tools、LLC (Corvallis Oregon、USA)から市販されている。
オリゴヌクレオチドは「ロックド核酸」すなわちLNAも含みうる。LNAは二環式、三環式または多環式でありうる。LNAには多数の異なるモノマーが含まれ、その1つを式Iに示す。
Figure 2016509572
式中、
Bは核酸塩基を構成する;
Z*はヌクレオシド間結合および末端基から選択される;
Zは先行するヌクレオチド/ヌクレオシドのヌクレオシド間結合に対する結合および末端基から選択され、ただし、ZおよびZ*のうちの一方のみが末端基であり得る;
XおよびYは独立して、-O-、-S-、-N(H)-、-N(R)-、-CH2-または-C(H)=、CH2-O-、-CH2-S-、-CH2-N(H)-、-CH2-N(R)-、-CH2-CH2-または-CH2-C(H)=、-CH=CH-から選択される;
ただし、XおよびYは両方がOであることはない。
式Iで示すLNA［2'-Y,4'-C-メチレン-β-D-リボフラノシル］モノマー（[2,2,1]ビシクロヌクレオシド）に加えて、LNAヌクレオチドには、2'-Y,3'連結および3'-Y,4'連結、1'-Y,3連結、1'-Y,4'連結、3'-Y,5'連結、2'-Y,5'連結、1'-Y,2'連結ビシクロヌクレオシドなどを含む、他のフラノースもしくは他の5もしくは6員環を有する「ロックド核酸」および／または異なるモノマー形を有する「ロックド核酸」も含まれうる。上記LNAはすべて異なる不斉中心を用いて得ることができ、その結果、例えば、LNA［3'-Y-4'-C-メチレン(またはエチレン)-β(またはα)-アラビノ-、キシロ-またはL-リボ-フラノシル］モノマーが生じる。LNAオリゴヌクレオチドおよびLNAヌクレオチドは国際公開公報WO 99/14226および以下の出願に一般に記載されている；国際公開公報第WO 00/56746号、同第WO 00/56748号、同第WO 00/66604号、同第WO 01/25248号、同第WO 02/28875号、同第WO 02/094250号、同第WO 03/006475号；米国特許第6,043,060号、同第6268490号、同第6770748号、同第6639051号、ならびに米国特許出願公開第2002/0125241号、同第2003/0105309号、同第2003/0125241号、同第2002/0147332号、同第2004/0244840号および同第2005/0203042号、これらはすべて参照により本明細書に組み入れられる。LNAオリゴヌクレオチドおよびLNA類似体オリゴヌクレオチドは、例えば、Proligo LLC, 6200 Lookout Road, Boulder, CO 80301 USAから市販されている。
オリゴヌクレオチドはまた、1つまたは複数の置換糖部分を含み得る。オリゴヌクレオチドは2'糖位置に以下のうちの1つを含みうる：OH;F;O-、S-、またはN-アルキル;O-、S-、またはN-アルケニル;O-、S-またはN-アルキニル;またはO-アルキル-O-アルキル、式中、アルキル、アルケニルおよびアルキニルは置換または非置換C1〜C10アルキルまたはC2〜C10アルケニルおよびアルキニル、O[(CH2)nO]mCH3、O(CH2)nOCH3、O(CH2)nNH2、O(CH2)nCH3、O(CH2)nONH2、およびO(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2であり得、ここで、nおよびmは1から約10である。さらにその他のオリゴヌクレオチドは2'位置に以下のうちの1つを含む：C1〜C10低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリール、アラルキル、O-アルカリールまたはO-アラルキル、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、CN、CF3、OCF3、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、RNA切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善する基またはオリゴヌクレオチドの薬力学特性を改善する基および同様の性質を有するその他の置換基。1つの修飾は2'-メトキシエトキシ(2'-O-CH2CH2OCH3、2'-O-(2-メトキシエチル)または2'-MOEとも称される)(Martin et al., Helv. Chim. Acta 78:486 [1995])、即ち、アルコキシアルコキシ基を含む。さらなる修飾は、2'-DMAOEとも称される2'-ジメチルアミノオキシエトキシ(即ち、O(CH2)2ON(CH3)2基)、および2'-ジメチルアミノエトキシエトキシ(当技術分野において2'-O-ジメチルアミノエトキシエチルまたは2'-DMAEOEとしても知られる)、即ち、2'-O-CH2-O-CH2-N(CH2)2を含む。
他の修飾としては、2'-メトキシ(2'-O-CH3)、2'-アミノプロポキシ(2'-OCH2CH2CH2NH2)および2'-フルオロ(2'-F)が挙げられる。同様の修飾をオリゴヌクレオチドのその他の位置、特に3'末端ヌクレオチドまたは2'-5'連結オリゴヌクレオチドの糖の3'位置および5'末端ヌクレオチドの5'位置に行うこともできる。オリゴヌクレオチドはまた、ペントフラノシル糖の代りにシクロブチル部分などの糖模倣物を有することができる。
オリゴヌクレオチドは、核酸塩基(当技術分野において単に「塩基」としばしば称される)の修飾または置換も含みうる。本明細書において用いる場合、「非修飾」または「天然」核酸塩基には、プリン塩基であるアデニン(A)およびグアニン(G)、およびピリミジン塩基であるチミン(T)、シトシン(C)およびウラシル(U)が含まれる。修飾核酸塩基には、その他の合成および天然核酸塩基、例えば、5-メチルシトシン、イソシトシン、シュードイソシトシン、5-ブロモウラシル、5-プロピニルウラシル、5-プロピニルシトシン、5-プロピニ（propyny）-6-フルオロウラシル、5-メチルチアゾールウラシル、6-アミノプリン、2-アミノプリン、イノシン、ジアミノプリン、7-デアザグアニン、7-デアザデニン、3-デアザグアニン、3-デアザアデニン、8-アザグアニン、8-アザアデニン、7-プロピン-7-デアザデニン、7-プロピン-7-デアザグアニン、2-クロロ-6-アミノプリン、4-アセチルシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、8-ヒドロキシ-N6-メチルアデノシン、アジリジニルシトシン、5-(カルボキシヒドロキシル-メチル)ウラシル、5-フルオロウラシル、5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウラシル、5-カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、N6-イソペンテニルアデニン、1-メチルアデニン、1-メチルシュードウラシル、1-メチルグアニン、1-メチルイノシン、2,2-ジメチルグアニン、2-メチルアデニン、2-メチルグアニン、3-メチルシトシン、N6-メチルアデニン、7-メチルグアニンならびにアデニンおよびグアニンのその他のアルキル誘導体、2-プロピルアデニンならびにアデニンおよびグアニンのその他のアルキル誘導体、2-アミノアデニン、5-メチルアミノメチルウラシル、5-メトキシアミノメチル-2-チオウラシル、ベータ-D-マンノシルクエオシン(mannosylqueosine)、5'-メトキシカルボニルメチルウラシル、5-メトキシウラシル、2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデニン、ウラシル-5-オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル-5-オキシ酢酸、オキシブトキソシン、シュードウラシル、クエオシン、2-チオシトシン、2-チオチミン、5-ハロウラシル、5-ハロシトシン、6-アゾウラシル、シトシンおよびチミン、5-メチル-2-チオウラシル、2-チオウラシル、4-チオウラシル、5-メチルウラシル、8-ハロ、8-アミノ、8-チオール、8-ヒドロキシルならびにその他の8-置換アデニンおよびグアニン、5-トリフルオロメチルウラシルおよびシトシン、N-ウラシル-5-オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル-5-オキシ酢酸、クエオシン、キサンチン、ヒポキサンチン、2-チオシトシンならびに2,6-ジアミノプリンが挙げられる。さらなる核酸塩基としては米国特許第3,687,808号に開示のものが含まれる。特定のかかる核酸塩基は本発明のオリゴマー化合物の結合親和性の上昇に特に有用である。これらには、5-置換ピリミジン、6-アザピリミジンならびにN-2、N-6およびO-6置換プリン、例えば、2-アミノプロピルアデニン、5-プロピニルウラシルおよび5-プロピニルシトシンが含まれる。5-メチルシトシン置換は核酸の二重鎖安定性を-.6〜1.2℃上昇させることが示されている。これらは2'-O-メトキシエチル糖修飾と組み合わせた場合に特に有効である。
本発明のオリゴヌクレオチドの別の修飾には、オリゴヌクレオチドの活性、細胞内分布または細胞取り込みを増強する1つまたは複数の部分もしくはコンジュゲートをオリゴヌクレオチドへ化学結合することが含まれる。かかる部分としては、これらに限定されないが、脂質部分、例えば、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、(例えば、ヘキシル-S-トリチルチオール)、チオコレステロール、脂肪族鎖、(例えば、ドデカンジオールもしくはウンデシル残基)、リン脂質、(例えば、ジ-ヘキサデシル-rac-グリセロールもしくはトリエチルアンモニウム1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-H-ホスホネート)、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖もしくはアダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ-カルボニル-オキシコレステロール部分が挙げられる。
当業者は、上記の修飾を含有するオリゴヌクレオチドの生成法を熟知している。本発明は、上記のオリゴヌクレオチドに限定されない。任意の好適な修飾または置換を利用できる。
所与の化合物において全位置が必ずしも均一に修飾される必要はなく、実際、前述の修飾の2つ以上を、単一化合物に、またはさらにはオリゴヌクレオチド内の単一ヌクレオシドに組み込むこともできる。本発明はまた、下記の通り本発明のオリゴマー化合物を含んでいる薬学的組成物および製剤を含む。
D．オリゴヌクレオチドカクテル
いくつかの態様において、本発明は、遺伝子（例えば、癌遺伝子）の調節領域に対して向けられた2つ以上のオリゴヌクレオチドを含むカクテルを提供する。いくつかの態様において、2つ以上のオリゴヌクレオチドは、同じ遺伝子の調節領域の異なる領域にハイブリダイズする。他の態様において、2つ以上のオリゴヌクレオチドは、2つの異なる遺伝子の調節領域にハイブリダイズする。本発明は、特定の機構に限定されない。実際、この機構の理解は、本発明を実施するために必要ではない。それにもかかわらず、本発明の2つ以上の化合物の組み合わせが、別々に投与された化合物の各々の相加的阻害よりも大きな癌細胞増殖阻害を提供することが企図されている。
E．配列番号のインデックス
配列番号1249 BCL2上流領域
配列番号1250 PNT-100オリゴヌクレオチド メチル化
配列番号1251 PNT-100オリゴヌクレオチド 非メチル化
配列番号1252 抗-BCL2オリゴヌクレオチド メチル化
配列番号1253 抗-BCL2オリゴヌクレオチド 非メチル化
配列番号1254 BCL2二次プロモーター配列
配列番号1255〜1266 BCL2配列
配列番号1250〜1254および1267〜1477および1289〜1358 抗-BCL2オリゴヌクレオチド
配列番号1448〜1461 BCL2コントロールオリゴヌクレオチド
G．他の癌療法
本発明は、BCL2により媒介される癌を有する対象においてBCL2レベルを下方制御するための化学療法剤としての試験化合物の有効性を試験するために使用され得る。
用語「試験化合物」および「候補化合物」とは、疾患、疾病、病気、または身体機能の障害（例えば癌）を、処置または予防するために使用する候補である任意の化学物質、医薬、薬物などを言う。試験化合物は、公知の治療用化合物、および潜在的な治療用化合物の双方を含む。試験化合物は、本発明のスクリーニング方法を用いるスクリーニングによって、治療用であると決定することができる。本発明のいくつかの態様において、試験化合物には、アンチセンス化合物が含まれる。
a．化学療法剤
本発明の化学療法剤は、任意の好適な化学療法薬または化学療法薬の組み合わせ（例えば、カクテル）を含み得る。例示的な化学療法剤には、アルキル化剤、白金、代謝拮抗薬、アントラサイクリン、タキサン、カンプトテシン、ニトロソ尿素、EGFR阻害剤、抗生物質、HER2/neu阻害剤、BRAF阻害剤、NRASもしくはRAS阻害剤、血管新生阻害剤、キナーゼ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、免疫療法、ホルモン療法、光線力学的療法、癌ワクチン、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、スフィンゴ脂質調節物質、オリゴマー、その他の未分類の化学療法薬、およびそれらの組み合わせが非限定的に含まれる。
化学療法剤は、上述の2つ以上の化学療法薬のカクテルを含むことができる。いくつかの態様において、化学療法剤は、2つ以上のアルキル化剤、白金、代謝拮抗薬、アントラサイクリン、タキサン、カンプトテシン、ニトロソ尿素、EGFR阻害剤、抗生物質、HER2/neu阻害剤、血管新生阻害剤、キナーゼ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、免疫療法、ホルモン療法、光線力学的療法、癌ワクチン、スフィンゴ脂質調節物質、オリゴマーまたはそれらの組み合わせを含む、カクテルである。
1．アルキル化剤
アルキル化剤はDNA上の負に荷電した部位(例えば、酸素、窒素、リンおよび硫黄原子)を攻撃し、DNAに結合して、複製、転写およびさらには塩基対形成を変化させると考えられる化学療法剤である。DNAのアルキル化はまた、DNA鎖破壊およびDNA鎖架橋も導くと考えられている。このようにDNAを変化させることにより、細胞活性は有効に停止され、癌細胞が死滅する。一般的なアルキル化剤としては、これらに限定されないが、プロカルバジン、イホスファミド、シクロホスファミド、ベンダムスチン、メルファラン、クロラムブシル、ダカルバジン、ブスルファン、チオテパ等が挙げられる。注射用のダカルバジンは、転移性悪性黒色腫の処置に適応される。さらに、ダカルバジンの注射はまた、他の有効な薬剤と併用される場合、第二選択療法としてホジキン病に適応される。アルキル化剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のアルキル化剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
2．白金
白金化学療法剤は、DNA合成、転写および機能を、DNAサブユニットを架橋することにより阻害すると考えられている（架橋は、DNAの2本の鎖の間または1本の鎖内で起こりうる）。一般的な白金化学療法剤としては、これらに限定されないが、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、Eloxatin（商標）等が挙げられる。白金化学療法剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他の白金および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
3．代謝拮抗薬
代謝拮抗薬化学療法剤は、新しいDNAを作るのに必要なものを含む正常な代謝経路を妨害すると考えられている。一般的な代謝拮抗薬としては、これらに限定されないが、メトトレキサート、5-フルオロウラシル(例えば、カペシタビン)、ゲムシタビン(2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジンモノヒドロクロリド(β-異性体)、Eli Lilly)、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、フルダラビン、クラドリビン、シタラビン、テガフール、ラルチトレキセド、シトシンアラビノシド等が挙げられる。硝酸ガリウムはリボヌクレオチドレダクターゼを阻害する別の代謝拮抗薬である。代謝拮抗薬、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他の代謝拮抗薬および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
4．アントラサイクリン
アントラサイクリンは、遊離酸素ラジカルの形成を促進すると考えられている。これらのラジカルの結果、DNA鎖が破壊され、次いでDNA合成および機能が阻害される。アントラサイクリンはまた、酵素トポイソメラーゼを、酵素とDNAとの複合体の形成により阻害すると考えられている。一般的なアントラサイクリンとしては、これらに限定されないが、ダウノルビシン、ドキソルビシン、イダルビシン、エピルビシン、ミトキサントロン、アドリアマイシン、ブレオマイシン、マイトマイシン-C、ダクチノマイシン、ミトラマイシン等が挙げられる。アントラサイクリン、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のアントラサイクリンおよび／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
5．タキサン
タキサンは、細胞周期のM期に微小管に高い親和性で結合し、その正常機能を阻害すると考えられている。一般的なタキサンとしては、これらに限定されないが、パクリタキセル、ドセタキセル（Taxotere（商標））、Taxol（商標）、タキサズム（taxasm）、7-エピパクリタキセル、t-アセチルパクリタキセル、10-デスアセチル-パクリタキセル、10-デスアセチル-7-エピパクリタキセル、7-キシロシルパクリタキセル、10-デスアセチル-7-エピパクリタキセル、7-N-N-ジメチルグリシルパクリタキセル、7-L-アラニルパクリタキセル等が挙げられる。タキサン、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のタキサンおよび／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
例えば、Taxotere（商標）は、先の化学療法の失敗後に、局所進行性または転移性乳癌を有する患者の処置に適応される；ドキソルビシンおよびシクロホスファミドと併用して、手術可能なリンパ節陽性乳癌を有する患者の補助療法に適用される；単剤として、先の白金ベースの化学療法の失敗後に、局所進行性または転移性非小細胞肺癌（NSCLC）を有する患者の処置に適応される；シスプラチンと併用して、以前にこの状態についての化学療法を受けていない切除不能な局所進行性または転移性NSCLCを有する患者の処置に適応される；プレドニゾンと併用して、アンドロゲン不応性（ホルモン不応性）転移性前立腺癌を有する患者の処置に適応される；シスプラチンおよびフルオロウラシルと併用して、進行疾患についての先の化学療法を受けていない、食道胃接合部腺癌を含む進行性胃腺癌を有する患者の処置に適応される；ならびに、シスプラチンおよびフルオロウラシルと併用して、局所進行性頭頸部扁平上皮癌（SCCHN）を有する患者の導入処置に適応される。
6．カンプトテシン
カンプトテシンはトポイソメラーゼおよびDNAと複合体を形成し、その結果この酵素の機能の阻害をもたらすと考えられている。さらにトポイソメラーゼの存在は進行中のDNA合成に必要であると考えられている。一般的なカンプトテシンとしては、これらに限定されないが、イリノテカン、トポテカン、エトポシド、ビンカアルカロイド（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチンまたはビノレルビン）、アムサクリン、テニポシド等が挙げられる。カンプトテシン、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のカンプトテシンおよび／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
7．ニトロソ尿素
ニトロソ尿素は、DNA修復に必要な変化を阻害すると考えられている。一般的なニトロソ尿素としては、これらに限定されないが、カルムスチン（BCNU）、ロムスチン（CCNU）、セムスチン等が挙げられる。ニトロソ尿素、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のニトロソ尿素および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
8．EGFR阻害剤
EGFR（即ち、上皮増殖因子受容体）阻害剤は、EGFRを阻害し、細胞増殖および分化を含む細胞応答を妨害すると考えられている。EGFR阻害剤には1つまたは複数のEGFRの機能または産生を阻害する分子が含まれる。それらにはEGFRの低分子阻害剤、EGFRに対する抗体、アンチセンスオリゴマー、RNAi阻害剤およびEGFRの発現を低下させるその他のオリゴマーが含まれる。一般的なEGFR阻害剤としては、これらに限定されないが、ゲフィチニブ、エルロチニブ(Tarceva（登録商標）)、セツキシマブ(Erbitux（商標）)、パニツムマブ(Vectibix（登録商標）、Amgen) ラパチニブ(GlaxoSmithKline)、CI1033またはPD183805またはカンテルニブ(6-アクリルアミド-N-(3-クロロ-4-フルオロフェニル)-7-(3-モルホリノプロポキシ)キナゾリン-4-アミン、Pfizer)等が挙げられる。その他の阻害剤としては、PKI-166(4-[(1R)-1-フェニルエチルアミノ]-6-(4-ヒドロキシフェニル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン、Novartis)、CL-387785(N-[4-(3-ブロモアニリノ)キナゾリン-6-イル]ブト-2-インアミド)、EKB-569(4-(3-クロロ-4-フルオロアニリノ（fluroranilino）)-3-シアノ-6-(4-ジメチルアミノブト2(E)-エンアミド)-7-エトキシキノリン、Wyeth)、ラパチニブ(GW2016、GlaxoSmithKline)、EKB509(Wyeth)、パニツムマブ(ABX-EGF、Abgenix)、マツズマブ(EMD 72000、Merck)、およびモノクローナル抗体RH3(New York Medical)が挙げられる。EGFR阻害剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のEGFR阻害剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
9．抗生物質
抗生物質は、遊離酸素ラジカルの形成を促進する結果、DNAを破壊し、癌細胞死を導くと考えられている。一般的な抗生物質としては、これらに限定されないが、ブレオマイシンおよびラパマイシン等が挙げられる。マクロライド殺真菌薬であるラパマイシン(RAP、ラパミューン（rapamune）およびシロリムスとも称される)は細胞内でイムノフィリンFK506結合タンパク質12(FKBP12)と結合し、その結果生じる複合体がラパマイシンの哺乳類標的(mTOR)のセリンタンパク質キナーゼ活性を阻害する。ラパマイシンマクロライドには、ラパマイシンの天然形態ならびにmTORを標的化および阻害するラパマイシン類似体および誘導体が含まれる。その他のラパマイシンマクロライドとしては、これらに限定されないが、テムシロリムス(CCI-779、Wyeth)、エベロリムスおよびABT-578が挙げられる。抗生物質、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他の抗生物質および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
10．HER2/neu阻害剤
HER2/neu阻害剤は、HER2受容体を遮断し、腫瘍生存に必要な反応カスケードを阻止すると考えられている。Her2阻害剤としては、Her2の機能または産生を阻害する分子が含まれる。それらにはHer2の低分子阻害剤、Her2に対する抗体、アンチセンスオリゴマー、RNAi阻害剤およびチロシンキナーゼの発現を低下させるその他のオリゴマーが含まれる。一般的なHER2/neu阻害剤としては、これらに限定されないが、トラスツズマブ(Herceptin（登録商標）、Genentech)等が挙げられる。その他のHer2/neu阻害剤としては、二重特異性抗体MDX-210(FCγR1-Her2/neu)およびMDX-447(Medarex)、パーツズマブ(rhuMAb 2C4、Genentech)が挙げられる。HER2/neu阻害剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のHER2/neu阻害剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
11．血管新生阻害剤
血管新生阻害剤は、血管内皮増殖因子、即ちVEGFを阻害し、それによって腫瘍の生存に必要な新しい血管の形成を阻害すると考えられている。VEGF阻害剤には、1つまたは複数のVEGFの機能または産生を阻害する分子が含まれる。それらにはVEGFの低分子阻害剤、VEGFに対する抗体、アンチセンスオリゴマー、RNAi阻害剤およびチロシンキナーゼの発現を低下させるその他のオリゴマーが含まれる。一般的な血管新生阻害剤としては、これらに限定されないが、ベバシズマブ(Avastin（登録商標）、Genentech)が挙げられる。その他の血管新生阻害剤としては、これらに限定されないが、ZD6474(AstraZeneca)、BAY-43-9006、ソラフェニブ(Nexavar（登録商標）、Bayer)、セマキサニブ(SU5416、Pharmacia)、SU6668(Pharmacia)、ZD4190(N-(4-ブロモ-2-フルオロフェニル)-6-メトキシ-7-[2-(1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)エトキシ]キナゾリン-4-アミン、Astra Zeneca)、Zactima（商標）(ZD6474、N-(4-ブロモ-2-フルオロフェニル)-6-メトキシ-7-[2-(1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)エトキシ]キナゾリン-4-アミン、Astra Zeneca)、バタラニブ、(PTK787、Novartis)、モノクローナル抗体IMC-1C11(Imclone)等が挙げられる。血管新生阻害剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他の血管新生阻害剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
12．BRAF阻害剤
B-Raf（BRAF）変異体であるBRAF V600Eは、最も頻繁な公知の発癌性タンパク質キナーゼ突然変異である。活性BRAF V600Eに対する強力かつ選択的な阻害剤の選択によって、BRAFキナーゼ特異性およびBRAF V600E突然変異を有する細胞に対する細胞傷害効果を示す多数の薬剤がもたらされた。特に、Plexxikon薬剤PLX4720は、BRAF野生型腫瘍細胞ではなくBRAF V600E腫瘍細胞において特異的なERKリン酸化を示すことが報告された。黒色腫モデルにおいて、PLX4720は、B-Raf V600E陽性細胞において細胞周期停止およびアポトーシスを誘発した。別のB-Raf V600E特異的薬剤である、Plexxikon薬剤ベムラフェニブ（PLX4032）が、BRAF V600Eを有する転移性黒色腫を有するヒトにおいて試験された。全生存および無増悪生存の改善について、有意な処置効果が観察された。
上述したように、突然変異の大部分（およそ90%）がコドン600におけるバリンに代わるグルタミン酸（BRAF V600E）からなるが、他の活性化突然変異、例えば、BRAF V600KおよびBRAF V600Rが公知である。
BRAF V600Eおよび「野生型」BRAFは、例えば、非ホジキンリンパ腫、白血病、悪性黒色腫、甲状腺、結腸直腸、および腺癌ならびにNSCLCを含む、多くの癌と関連付けられている。
本発明の態様において用いられ得る他のBRAF阻害剤としては、GDC-0879、BAY 7304506(レゴラフェニブ)、RAF265(CHIR-265)、SB590885、ソラフェニブが挙げられるが、これらに限定されない。
13．その他のキナーゼ阻害剤
EGFR、HER2、BRAFおよびVEGF阻害剤に加えて、その他のキナーゼ阻害剤が化学療法剤として使用される。オーロラキナーゼ阻害剤としては、これらに限定されないが、例えば以下の化合物、4-(4-Nベンゾイルアミノ)アニリン)-6-メトキシ-7-(3-(1-モルホリノ)プロポキシ)キナゾリン(ZM447439、Ditchfield et al., J. Cell. Biol., 161:267-80 (2003))およびヘスペラジン(Haaf et al., J. Cell Biol., 161: 281-94 (2003))が挙げられる。オーロラキナーゼ阻害剤としての使用に好適なその他の化合物はVankayalapati H, et al., Mol. Cancer Ther. 2:283-9 (2003)に記載されている。SRC/Ablキナーゼ阻害剤としては、これらに限定されないが、AZD0530(4-(6-クロロ-2,3-メチレンジオキシアニリノ)-7-[2-(4-メチルピペラジン-1-イル)エトキシ]-5-テトラヒクロピラン（tetrahycropyran）-4-イルオキシキナゾリン)が挙げられる。チロシンキナーゼ阻害剤には1つまたは複数のチロシンキナーゼの機能または産生を阻害する分子が含まれる。それらには、チロシンキナーゼの低分子阻害剤、チロシンキナーゼに対する抗体およびアンチセンスオリゴマー、RNAi阻害剤およびチロシンキナーゼの発現を低下させるその他のオリゴマーが含まれる。CEP-701およびCEP-751(Cephalon)はチロシンキナーゼ阻害剤として作用する。メシル酸イマチニブは、bcr-ablのATP結合部位への結合によりbcr-ablを阻害し、タンパク質の酵素活性を競合阻害するチロシンキナーゼ阻害剤である。イマチニブはbcr-ablに非常に選択的であるが、その他の標的、例えば、c-kitおよびPDGF-Rも阻害する。FLT-3阻害剤としては、これらに限定されないが、タンヅチニブ(MLN518、Millenium)、スーテント(SU11248、5-[5-フルオロ-2-オキソ-1,2-ジヒドロインドール-(3Z)-イリデンメチル]-2,4-ジメチル-1H-ピロール-3-カルボン酸[2-ジエチルアミノエチル]アミド、Pfizer)、ミドスタウリン(4'-N-ベンゾイルスタウロスポリン、Novartis)、レフルノミド(SU101)等が挙げられる。MEK阻害剤としては、これらに限定されないが、2-(2-クロロ-4-ヨード-フェニルアミノ)-N-シクロプロピルメトキシ-3,4-ジフルオロ-ベンズアミド(PD184352/CI-1044、Pfizer)、PD198306(Pfizer)、PD98059(2'-アミノ-3'-メトキシフラボン)、UO126(Promega)、発酵微生物抽出物由来のRo092-210(Roche)、同様に微生物抽出物から単離された、レゾルシクリック酸ラクトン、L783277(Merck)等が挙げられる。チロシンキナーゼ阻害剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のチロシンキナーゼ阻害剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤、例えば、非限定的に、ホスファチジルイノシチド3-キナーゼ阻害剤、Brutonチロシンキナーゼ阻害剤および脾臓チロシンキナーゼ（（SYK遺伝子によってコードされる）Sykタンパク質としても公知）阻害剤と併用できる。
14．プロテオソーム阻害剤
プロテアソーム阻害剤は、破壊のための印のつけられたタンパク質のいくつかの分解を阻害すると考えられている。この結果、増殖停止または細胞死が起こる。一般的なプロテオソーム阻害剤としては、これらに限定されないが、ボルテゾミブ、オルテゾミブ、カルフィルゾミブ等が挙げられる。プロテアソーム阻害剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のプロテアソーム阻害剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
15．免疫療法
免疫療法は、特異的標的に結合および遮断し、それによって腫瘍細胞増殖に必要な一連の現象を破壊させると考えられている。一般的な免疫療法としては、これらに限定されないが、リツキシマブおよびCD19、CD20、CD38に対するその他の抗体、Campath-1H（商標）およびCD-50に対するその他の抗体、エピラツズマブおよびCD-22に対するその他の抗体、ガリキシマブおよびCD-80に対するその他の抗体、アポリズマブHU1D10およびHLA-DRに対するその他の抗体等が挙げられる。放射性同位体を抗体とコンジュゲートさせて放射免疫療法としてもよい。そのような2つの抗CD20製品はトシツモマブ（Bexxar（商標））およびイブリツモマブ（Zevalin（商標））である。免疫療法、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他の免疫療法および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。CD38、CD19およびCD20に結合するかまたは遮断する抗体または組成物、ならびにPD-1などのT細胞により媒介される死滅を刺激する抗体。
リツキシマブ（Rituxan（商標））は、他の適応症の中でも、未処置の濾胞性CD20陽性B細胞非ホジキンリンパ腫；ならびにフルダラビンおよびシクロホスファミド(FC)と併用して、未処置のおよび以前に処置されたCD20陽性慢性リンパ性白血病を有する患者の処置に適応される。
Yervoy（商標）（イピリムマブ）は、細胞傷害性Tリンパ球抗原またはCTLA-4として公知の分子を遮断するモノクローナル抗体である。CTLA-4は、身体の免疫系を減速または停止させ、癌細胞を撃退するその能力に影響を与えることにおいて役割を果たし得る。Yervoyは、身体の免疫系がメラノーマ腫瘍中の細胞を認識、標的化および攻撃することを可能にすることによって、機能し得る。この薬物は静脈内投与される。Yervoyは、切除不能なまたは転移性黒色腫の処置に適応される。Yervoy(3 mg/kg)は、合計4回の用量について3週間毎に90分間にわたって静脈内投与される。2つの重要な臨床試験がYervoyを用いて行われた。第1のものは、黒色腫を有する患者676人の国際的な単一の研究におけるYervoyの安全性および有効性に基づいて、FDAの承認が得られた。この研究における全ての患者が、黒色腫についてのFDAに承認された他の処置または一般的に用いられる処置に対して応答していなかった。さらに、参加者は、広がったかまたは外科手術によって除去することができなかった疾患を有した。
本発明の態様において用いられ得る他のCTLA-4抗体としては、トレメリムマブが挙げられるが、これに限定されない。
16．ホルモン療法
ホルモン療法は、細胞受容体を遮断し、ホルモンのインビボ産生を阻害し、および／または、細胞上のホルモン受容体を排除または修飾し、それらの結果、腫瘍増殖が遅延または停止されると考えられている。一般的なホルモン療法としては、これらに限定されないが、抗エストロゲン(例えば、タモキシフェン、トレミフェン、フルベストラント、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、イドキシフェン等)、プロゲストゲン（例えば、酢酸メゲストロール等)、アロマターゼ阻害剤(例えば、アナストロゾール、レトロゾール、エキセメスタン、ボロゾール、エキセメスタン、ファドロゾール、アミノグルテチミド、エキセメスタン、1-メチル-1,4-アンドロスタジエン-3,17-ジオン等)、抗アンドロゲン(例えば、ビカルタミド（bicalutimide）、ニルタミド、フルタミド、酢酸シプロテロン等)、黄体ホルモン放出ホルモンアゴニスト(LHRHアゴニスト)(例えば、ゴセレリン、リュープロリド、ブセレリン等)；5-α-レダクターゼ阻害剤、例えば、フィナステリド、等が挙げられる。
アビラテロン（Zytiga（商標））は、精巣、前立腺および副腎癌組織において酵素17α-ヒドロキシラーゼ/C17,20リアーゼを阻害し、テストステロンの前駆体の合成を遮断する、別の有用なホルモン療法である。ホルモン療法、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のホルモン療法および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
17．光線力学的療法
光線力学的療法は感光剤を特定の波長の光に曝して癌細胞を死滅させる。一般的な光線力学的療法としては、例えば、ポルフィマーナトリウム（例えば、Photofrin（登録商標））等が挙げられる。光線力学的療法、例えば、上記のものは、1つもしくは複数の他の光線力学的療法および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
18．癌ワクチン
癌ワクチンは、不活化全腫瘍細胞、全タンパク質、ペプチド断片、ウイルスベクター等を用いて癌細胞を標的とする免疫応答を生じさせると考えられている。一般的な癌ワクチンとしては、これらに限定されないが、改変腫瘍細胞、ペプチドワクチン、樹状ワクチン、ウイルスベクターワクチン、熱ショックタンパク質ワクチン等が挙げられる。
19．ヒストンデアセチラーゼ阻害剤
ヒストンデアセチラーゼ阻害剤は転写活性を調節することができ、したがって、血管新生および細胞周期を遮断し、アポトーシスおよび分化を促進することができる。ヒストンデアセチラーゼ阻害剤としては、これらに限定されないが、SAHA(スベロイルアニリドヒドロキサム酸)、デプシペプチド(FK288)および類似体、Pivanex（商標）(Titan)、CI994(Pfizer)、MS275 PXD101(CuraGen、TopoTarget) MGCD0103(MethylGene)、LBH589、NVP-LAQ824(Novartis)等が挙げられ、化学療法剤として用いられてきた。ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のヒストンデアセチラーゼ阻害剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
20．スフィンゴ脂質調節物質
スフィンゴ脂質代謝の調節物質はアポトーシスを誘導することが示されている。概説として、N.S. Radin, Biochem J, 371 :243-56 (2003)；D.E. Modrak, et al., Mol. Cancer Ther, 5:200-208 (2006)、K. Desai, et al., Biochim Biophys Acta, 1585: 188-92 (2002)およびC.P. Reynolds, et al., Cancer Lett, 206, 169-80 (2004)を参照されたい。これらは全て参照により本明細書に組み入れられる。スフィンゴ脂質代謝に関与する様々な酵素の調節物質および阻害剤は化学療法剤として利用できる。
(a)セラミドはアポトーシスを誘導することが示されており、したがって、外因性セラミドまたは短鎖セラミド類似体、例えば、N-アセチルスフィンゴシン(C2-Cer)、C6-CerまたはC8-Cerが用いられている。その他の類似体としては、これらに限定されないが、Cer 1-グルクロニド、ポリ(エチレングリコール)誘導体化セラミドおよびペグ化セラミドが挙げられる。
(b)セラミド合成を刺激する調節物質はセラミドレベルの上昇に用いられている。セラミド合成に関与する酵素であるセリンパルミトイルトランスフェラーゼを刺激する化合物としては、これらに限定されないが、テトラヒドロカンナビノール(THC)および合成類似体およびアナンダミド、天然の哺乳類カンナビノイドが挙げられる。ゲムシタビン、レチノイン酸および誘導体、フェンレチニド[N-(4-ヒドロキシフェニル)レチナミド、(4-HPR)]、カンプトテシン、ホモカンプトテシン、エトポシド、パクリタキセル、ダウノルビシンならびにフルダラビンもセラミドレベルを上昇させることが示されている。さらに、バルスポダール(PSC833、Novartis)、シクロスポリンの非免疫抑制性非腎毒性類似体、およびp-糖タンパク質の阻害剤もセラミドレベルを上昇させる。
(c)スフィンゴミエリナーゼの調節物質はセラミドレベルを上昇させうる。それらには、GSHレベルを低下させる化合物が含まれ、何故ならば、GSHはスフィンゴミエリナーゼを阻害するからである。例えば、ベータシン(betathine)(β-アラニルシステアミンジスルフィド)は、GSHを酸化し、骨髄腫、黒色腫および乳癌患者において良好な効果をもたらした。COX-2阻害剤、例えば、セレコキシブ、ケトコナゾール、抗真菌薬、ドキソルビシン、ミトキサントロン、D609(トリシクロデカン-9-イル-キサントゲネート)、デキサメタゾン、およびAra-C(1-β-D-アラビノフラノシルシトシン)もスフィンゴミエリナーゼを刺激する。
(d)グルコシルセラミドの加水分解を刺激する分子も、セラミドレベルを上昇させる。ゴーシェ病における使用に利用できる酵素であるGlcCerグルコシダーゼは、特にグルコースアクセプターおよび／または酵素の活性化因子としてのレチノールまたはペンタノールとともに治療剤として利用できる。サポシンCおよびその類似体ならびに抗精神病薬、クロロプロマジンの類似体も有用であり得る。
(e)グルコシルセラミド合成阻害剤としては、これらに限定されないが、PDMP(N-[2-ヒドロキシ-1-(4-モルホリニルメチル)-2-フェニルエチルデカンアミド])、PMPP(D,L-スレオ-(1-フェニル-2-ヘキサデカノイルアミノ-3-モルホリノ-1-プロパノール)、P4またはPPPP(D-スレオ-1-フェニル-2-パルミトイルアミノ-3-ピロリジノ-1-プロパノール)、エチレンジオキシ-P4、2-デカノイルアミン-3-モルホリノプロフェノン、タモキシフェン、ラロキシフェン、ミフェプリストン（RU486）、N-ブチルデオキシノジリマイシン、および抗アンドロゲン化学療法(ビカルタミド+リュープロリドアセテート)が挙げられる。ゴーシェ病の処置に通常用いられるZavesca（登録商標）（1,5-(ブチルイミノ)-1,5-ジデオキシ-D-グルシトール）は、グルコシルセラミド合成の別の阻害剤である。
(f)セラミダーゼ阻害剤としては、これらに限定されないが、N-オレオイルエタノールアミン、セラミド切断形態、D-MAPP(D-エリスロ-2-テトラデカノイルアミノ-1-フェニル-1-プロパノール)および関連阻害剤B13(p-ニトロ-D-MAPP)が挙げられる。
(g)スフィンゴシンキナーゼ阻害剤もセラミドレベルの上昇をもたらす。阻害剤としては、これらに限定されないが、サフィンゴール(L-スレオ-ジヒドロスフィンゴシン)、N,N-ジメチルスフィンゴシン、トリメチルスフィンゴシンならびにスフィンゴシンの類似体および誘導体、例えば、ジヒドロスフィンゴシン、ならびにミリオシンが挙げられる。
(h)フモニシンおよびフモニシン類似体は、セラミドシンターゼを阻害するが、デノボスフィンゴ脂質生合成阻害によりスフィンガニンレベルを上昇させ、アポトーシスを導く。
(i)セラミドレベルを上昇させるその他の分子としては、これらに限定されないが、ミルテホシン(ヘキサデシルホスホコリン)が挙げられる。スフィンゴ脂質調節物質、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のスフィンゴ脂質調節物質および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
21．その他のオリゴマー
上記に提供したオリゴヌクレオチドに加えて、その他のオリゴヌクレオチドが癌療法として用いられている。それらには、Genasense（登録商標）（オブリメルセン、G3139、Genta製）、BCL2を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド、およびG4460（LR3001、Genta製）、STAT-3、サバイビン、c-mybなどを含むがこれらに限定されない癌経路を標的とする別のアンチセンスオリゴヌクレオチドが含まれる。その他のオリゴマーとしては、これらに限定されないが、siRNA、デコイ、RNAiオリゴヌクレオチド等が挙げられる。オリゴヌクレオチド、例えば上記のものは、1つもしくは複数の他のオリゴヌクレオチド阻害剤および／または1つもしくは複数の異なるクラスの化学療法剤と併用できる。
22．他の化学療法薬
さらなる未分類の化学療法剤を下記の表1に示す。
（表１）さらなる未分類の化学療法剤
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23．他の化学療法剤
投与され得るまたは本発明の化合物と同時投与され得るさらなる薬物としては、メトホルミン、インスリン、2-デオキシグルコース、スルホニル尿素、抗糖尿病薬、一般に、ミトコンドリア酸化的リン酸化脱共役剤、抗レプチン抗体、レプチン受容体アゴニスト、可溶性受容体もしくは治療薬、抗アディポネクチン抗体、アディポネクチン受容体アゴニストもしくはアンタゴニスト、抗インスリン抗体、可溶性インスリン受容体、インスリン受容体アンタゴニスト、レプチンムテン（leptin muten）（即ち、変異型）、mTOR阻害剤、または癌代謝に影響を与える薬剤が挙げられる。
24．薬物カクテル
化学療法剤は、上述の2つ以上の化学療法薬のカクテルを含み得る。いくつかの態様において、化学療法剤は、アルキル化剤、白金、代謝拮抗薬、アントラサイクリン、タキサン、カンプトテシン、ニトロソ尿素、EGFR阻害剤、抗生物質、HER2/neu阻害剤、血管新生阻害剤、キナーゼ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、免疫療法、ホルモン療法、光線力学的療法、癌ワクチン、スフィンゴ脂質調節物質、オリゴマーまたはそれらの組み合わせのうちの2つ以上を含むカクテルである。
一態様において、化学療法剤は、免疫療法、アルキル化剤、アントラサイクリン、カンプトテシンおよびプレドニゾンを含むカクテルである。他の態様において、化学療法剤は、リツキシマブ、アルキル化剤、アントラサイクリン、カンプトテシンおよびプレドニゾンを含むカクテルである。他の態様において、化学療法剤は、リツキシマブ、シクロホスファミド、アントラサイクリン、カンプトテシンおよびプレドニゾンを含むカクテルである。さらに他の態様において、化学療法剤は、リツキシマブ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン（例えば、R-CHOP）を含むカクテルである。
別の態様において、化学療法剤は、ドキソルビシン、イホスファミドおよびメスナを含むカクテルである。
他の態様において、化学療法剤は、代謝拮抗薬およびタキサンを含むカクテルである。例えば、化学療法剤は、ゲムシタビンおよびタキソテールを含む。
他の態様において、化学療法剤は、ダカルバジン、マイトマイシン、ドキソルビシンおよびシスプラチンを含むカクテルである。
他の態様において、化学療法剤は、ドキソルビシンおよびダカルバジンを含むカクテルである。
代替の態様において、化学療法剤は、アルキル化剤、カンプトテシン、アントラサイクリンおよびダカルバジンを含むカクテルである。他の例において、化学療法剤は、シクロホスファミド、ビンクリスチン、ドキソルビシンおよびダカルバジンを含む。
さらに他の態様において、化学療法剤は、アルキル化剤、メトトレキサート、代謝拮抗薬および1つまたは複数のアントラサイクリンを含むカクテルである。例えば、化学療法剤は、5-フルオロウラシル、メトトレキサート、シクロホスファミド、ドキソルビシンおよびエピルビシンを含む。
さらに他の態様において、化学療法剤は、タキサンおよびプレドニゾンまたはエストラムスチンを含むカクテルである。例えば、化学療法剤は、プレドニゾンまたはエストラムスチンと組み合わせてドセタキセルを含み得る。
なおさらに別の態様において、化学療法剤は、アントラサイクリンおよびプレドニゾンを含む。例えば、化学療法剤は、ミトキサントロンおよびプレドニゾンを含み得る。
他の態様において、化学療法剤は、ラパマイシンマクロライドおよびキナーゼ阻害剤を含む。キナーゼ阻害剤は、EGFR、Her2/neu、VEGF、オーロラキナーゼ、SRC/Ablキナーゼ、チロシンキナーゼ、MET、および／またはMEK阻害剤であり得る。
別の態様において、化学療法剤は、2つ以上のスフィンゴ脂質調節物質を含む。
さらに別の態様において、化学療法剤は、オリゴマー、例えばGenasense（登録商標）、ならびに1つまたは複数のアルキル化剤、白金、代謝拮抗薬、アントラサイクリン、タキサン、カンプトテシン、ニトロソ尿素、EGFR阻害剤、抗生物質、HER2/neu阻害剤、血管新生阻害剤、キナーゼ阻害剤、プロテアソーム阻害剤、免疫療法、ホルモン療法、光線力学的療法、癌ワクチン、スフィンゴ脂質調節物質、PARP阻害剤またはそれらの組み合わせを含む。
さらに、化学療法剤を構成する1つまたは複数の化学療法薬は、その他の薬剤との併用療法において投与してもよいし、逐次的にまたは同時に患者に投与してもよい。
b．放射線療法
本発明のいくつかの態様において、放射線療法がオリゴヌクレオチド化合物の投与に加えて施される。放射線療法は外部放射線療法および内部放射線療法の両方を含む。
1．外部放射線療法
外部放射線療法は高エネルギー線(例えば、x線、ガンマ線等)または粒子(アルファ粒子、ベータ粒子、プロトン、中性子等)を癌およびその周囲の正常組織に向けることを含む。放射線は、患者の体の外側の、直線加速器と称される装置内で生じる。外部放射線療法は化学療法、外科手術またはオリゴヌクレオチド化合物と組み合わせることができる。
2．内部放射線療法
内部放射線療法は高エネルギー線源を、体内の、癌細胞の可能な限り近くに配置することを含む。内部放射線療法は、外部放射線療法、化学療法または外科手術と組み合わせることができる。
放射線療法は化学療法と同時に、並行してまたは別々に施すことができる。さらに放射線療法は外科手術と同時に、並行してまたは別々に施すことができる。
c．外科手術
本発明の代替の態様において、外科手術が患者から癌組織を除くのに用いられる。癌組織は任意の好適な外科手順、例えば、腹腔鏡検査、メス、レーザー、ハサミ等を用いて患者から摘出することができる。いくつかの態様において、外科手術は化学療法と組み合わされる。別の態様において、外科手術は放射線療法と組み合わされる。さらに別の態様において、外科手術は化学療法と放射線療法との両方と組み合わされる。
IV．薬学的組成物
本発明の1つの局面において、薬学的組成物は、1つまたは複数のオリゴヌクレオチド化合物および化学療法剤を含む。例えば、薬学的組成物は、配列番号1250、1251、1252、または1253を有するオリゴヌクレオチド化合物；ならびにアルキル化剤、白金、代謝拮抗薬、アントラサイクリン、タキサン、カンプトテシン、ニトロソ尿素、EGFR阻害剤、抗生物質、HER2/neu阻害剤、血管新生阻害剤、プロテオソーム阻害剤、免疫療法、ホルモン療法、光線力学的療法、癌ワクチン、PARP阻害剤、細胞増殖阻害剤、表1に示されるものなどの他の化学療法剤、またはそれらの組み合わせのうちの1つまたは複数を含む。
一態様において、薬学的組成物は、オリゴヌクレオチド化合物と、ダカルバジン、B-RAF V600E阻害剤、もしくは細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4（CTLA-4）に結合する抗体またはそれらの組み合わせを含む化学療法剤とを含む。B-raf阻害剤はベムラフェニブであり得る。CTLA-4抗体はイピリムマブであり得る。
薬学的組成物は、免疫療法、アルキル化剤、アントラサイクリン、カンプトテシンおよびプレドニゾンをさらに含み得る。例えば、薬学的組成物は、配列番号2〜281、283〜461、463〜935、937〜1080、1082〜1248、1250〜1254および1267〜1477を含む1つまたは複数のオリゴヌクレオチド化合物、ならびにそれらの相補物；ならびに免疫療法、アルキル化剤、アントラサイクリン、カンプトテシン、およびプレドニゾンを含む化学療法剤を含む。他の態様において、薬学的組成物は、オリゴヌクレオチド化合物、ならびにリツキシマブ、シクロホスファミド、アントラサイクリン、カンプトテシンおよびプレドニゾンを含む化学療法剤を含む。さらに他の態様において、薬学的組成物は、オリゴヌクレオチド、ならびにリツキシマブ、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン（例えば、R-CHOP）を含む化学療法剤を含む。いくつかの態様において、薬学的組成物は、例えば、オリゴヌクレオチド化合物およびベンダムスチンを含み得る。他の態様において、薬学的組成物は、オリゴヌクレオチド化合物、ならびにフルダラビン、シクロホスファミン（cyclophosphamine）、および任意でリツキシマブ（FCR）を含み得る。
本発明の薬学的組成物は、薬物、例えば麻酔薬、栄養補助剤（例えば、ビタミン、ミネラル、タンパク質など）、発色団、それらの組み合わせなどを任意で含み得る。
A．オリゴヌクレオチド送達
本発明のオリゴヌクレオチド化合物は、任意の好適な方法を用いて送達できる。いくつかの態様において、裸のDNAを投与する。他の態様において、リポフェクションが、対象への核酸の送達に利用される。なおさらなる態様において、オリゴヌクレオチドは、送達のためにホスホチオレート（phosphothiolate）により修飾される（例えば、参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第6,169,177号を参照のこと）。
いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドは、送達を補助するために脂質（例えば、リポソームまたはミセル）中に捕捉される（例えば、各々が参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第6,458,382号、同第6,429,200号；米国特許出願公開第2003/0099697号、同第2004/0120997号、同第2004/0131666号、同第2005/0164963号、および国際公開公報第WO 06/048329号を参照のこと）。
本明細書において用いる場合、「リポソーム」とは、通常水溶液に囲まれた複合体を形成する1つまたは複数の脂質をいう。リポソームは一般に、脂質、例えば、リン脂質、ステロイド、脂肪酸を含む球状構造であり、脂質二層型構造であり、単層ベシクル、多重膜構造、および無定形脂質ベシクルを含み得る。一般に、リポソームは水性体積を封入して含む完全に閉じた脂質二層膜である。リポソームは単層ベシクル（単一の二層膜を有する）、または多重膜（複数の膜二重層を特徴とするタマネギ様構造であり、それぞれ水層により隣の層と隔てられている）であり得る。本発明のリポソームはまた、リポソームに結合しているかまたはリポソーム中もしくはリポソーム上に捕捉されている、下記に定義するDNAiオリゴヌクレオチドも含み得る。分子としては、DNAiオリゴヌクレオチドおよび／または癌などの疾患を処置するのに用いられるその他の薬剤が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書において用いる場合、「捕捉された」、「捕捉すること」、または「捕捉する」とは、リポソームの脂質による、DNAiオリゴヌクレオチドを含む薬物、分子、化合物の封入、組込み、または会合をいう。分子は脂質二重層と会合していてもよいし、またはリポソームの内側の水層に存在していてもよいし、その両方でもよい。「捕捉された」はリポソームの水性コア中の封入も含む。それはまた、分子の一部または全部がリポソームの水性コアに位置し、一部がリポソームの外側のリポソーム懸濁液の水相にある状況、分子の一部がリポソームの水性コア内に位置し、一部がリポソームの脂質部分にあるか、一部がリポソーム外部に固着する状況も含み、ここで分子はリポソームの脂質部分に部分的または完全に埋め込まれている。それはまた、分子の一部または全部がリポソームの外側に会合している、リポソームに会合する分子を含む。
特に、全身適用の後、オリゴヌクレオチドおよび／または他の薬剤は、標的組織または細胞に最終的に取り込まれるまで安定にリポソームに捕捉されなければならない。したがって、FDAのリポソーム製剤についてのガイドラインは、リポソーム薬のための特定の前臨床試験を管理している（http://www.fda.gov/cder/guidance/2191dft.pdf）。リポソームの血流への注入の後、血清成分がリポソームと相互作用し、リポソームの透過処理を導きうる。しかし、リポソームに封入された薬物または分子の放出は、薬物または分子の分子寸法に依存する。その結果、数千塩基対のプラスミドは、より小さいオリゴヌクレオチドまたはその他の低分子よりもかなりゆっくりと放出される。薬物または分子のリポソーム送達のためには、リポソームが血流中を循環している間の薬剤の放出をできるだけ低くすることが理想的である。
1．両性リポソーム
いくつかの態様において、送達のために用いられるリポソームは、参照により本明細書に組み入れられるUS 2009/0220584に記載されるものなどの、両性リポソームであり得る。両性リポソームは、pH約7.5でアニオンまたは中性電荷を有しpH 4でカチオン電荷を有するリポソームのクラスである。両性リポソームの脂質成分は、それら自体が両性であってもよく、ならびに／または、リポソームが両性となるように、アニオン性種、カチオン性種、および場合によっては中性種の混合物からなってもよい。
本明細書において用いる場合、「両性リポソーム」とは上記のような両性の特性を有するリポソームである。
本明細書において用いる場合、捕捉された、捕捉すること、または捕捉するとは、リポソームの脂質による、DNAiオリゴヌクレオチドを含む薬物、分子、化合物の封入、組込み、または会合をいう。分子は脂質二重層と会合していてもよいし、またはリポソームの内側の水層に存在していてもよいし、その両方でもよい。「捕捉された」はリポソームの水性コア中の封入も含む。それはまた、分子の一部または全部がリポソームの水性コアに位置し、一部がリポソームの外側のリポソーム懸濁液の水相にある状況、分子の一部がリポソームの水性コア内に位置し、一部がリポソームの脂質部分にあるか、一部がリポソーム外部に固着する状況も含み、ここで分子がリポソームの脂質部分に部分的または完全に埋め込まれている。それはまた、分子の一部または全部がリポソームの外側に会合している、リポソームに会合する分子を含む。
本明細書において用いる場合、「多分散性指数」は、リポソームの粒子分散の不均一性（混合物中のリポソームの直径の不均一性）の尺度である。多分散性指数は、リポソーム製剤のサイズ分布について0.0（均一）から1.0（不均一）まで変動し得る。
両性リポソームは、1種または複数種の両性脂質、あるいは両性の性質を有する脂質成分の混合物を含む。好適な両性脂質はPCT国際公開公報第WO02/066489号およびPCT国際公開公報第WO03/070735号に開示されており、それら両方の内容は参照により本明細書に組み入れられる。あるいは、脂質相は、その内容が参照により本明細書に組み入れられるPCT国際公開公報第WO02/066012号に開示のように、pH応答性アニオン性および／またはカチオン性成分を用いて製剤化してもよい。pHに感受性のカチオン性脂質は、その内容が参照により本明細書に組み入れられる、PCT国際公開公報第WO02/066490号および同第WO03/070220号、Budker, et al. 1996、Nat. Biotechnol. 14(6):760-4、ならびに米国特許第6,258,792号に開示されており、構成的に荷電したアニオン性脂質またはpHに感受性のアニオン性脂質と組み合わせて使用できる。逆に、カチオン性電荷は、pH感受性アニオン性脂質と組み合わせた当業者に公知の構成的に荷電した脂質から導入され得る（PCT国際公開公報第WO05/094783号、同第WO03/070735号、同第WO04/00928号、同第WO06/48329号、同第WO06/053646号、同第WO06/002991号、および米国特許出願公開第2003/0099697号、同第2005/0164963号、同第2004/0120997号、同第2006/159737号、同第2006/0216343号も参照のこと。そのそれぞれは参照によりその全体が本明細書に組み入れられる）。
本発明の両性リポソームは、(1)両性脂質、または両性の性質を有する脂質成分の混合物、(2)中性脂質、(3)1種または複数種のDNAiオリゴヌクレオチド、(4)凍結保護物質およびまたは溶解保護物質（lyoprotectant）、ならびに(5)噴霧乾燥凍結保護物質を含む。さらに、DNAi-リポソームは、規定されたサイズ分布および多分散性指数を有する。
本明細書において用いる場合、「アンホテル（amphoter）」または「両性の」特性とは、アニオン性特性とカチオン性特性の両方の荷電した基を含む、単一の物質（例えば化合物）または物質の混合物（例えば、2以上の化合物の混合物）または超分子複合体(例えば、リポソーム)である構造をいい、ここで、
(i)荷電した基の少なくとも1つが4〜8のpKを有し、
(ii)カチオン性電荷がpH 4で優勢であり、かつ
(iii)アニオン性電荷がpH 8で優勢であり、
その結果、pH 4〜pH 8の間で中性の正味電荷の等電点が生じる。この定義による両性の特性は双性イオンの特性とは異なり、双性イオンは上記範囲のpKを有さない。その結果、双性イオンはpH値の範囲に渡って本質的に中性に荷電している。ホスファチジルコリンまたはホスファチジルエタノールアミンは双性イオンの特性を有する中性脂質である。
本明細書において用いる場合、「Amphoter I脂質対」とは、安定なカチオンおよび荷電可能なアニオンを含む脂質対をいう。例としては、限定されないが、DDAB/CHEMS、DOTAP/CHEMSおよびDOTAP/DOPSが挙げられる。いくつかの局面において、アニオン性脂質に対するカチオン性脂質のパーセントの比率は1未満である。
本明細書において用いる場合、「Amphoter II脂質対」とは、荷電可能なカチオンおよび荷電可能なアニオンを含む脂質対をいう。例としては、限定されないが、Mo-Chol/CHEMS、DPIM/CHEMSまたはDPIM/DG-Succが挙げられる。いくつかの局面において、アニオン性脂質に対するカチオン性脂質のパーセントの比率は、約5〜0.2である。
本明細書において用いる場合、「Amphoter III脂質対」とは、荷電可能なカチオンおよび安定なアニオンを含む脂質対をいう。例としては、限定されないが、Mo-Chol/DOPGまたはMo-Chol/Chol-SO4が挙げられる。一つの態様において、アニオン性脂質に対するカチオン性脂質のパーセントの比率は1を超える。
脂質についての略語は主に文献における標準的使用を参照しており、ここに役に立つ参考として記載する：
DMPC ジミリストイルホスファチジルコリン
DPPC ジパルミトイルホスファチジルコリン
DSPC ジステアロイルホスファチジルコリン
POPC パルミトイル-オレオイルホスファチジルコリン
OPPC 1-オレオイル-2-パルミトイル-sn-グリセロ-3-ホスホコリン
DOPC ジオレオイルホスファチジルコリン
DOPE ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン
DMPE ジミリストイルホスファチジルエタノールアミン
DPPE ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン
DOPG ジオレオイルホスファチジルグリセロール
POPG パルミトイル-オレオイルホスファチジルグリセロール
DMPG ジミリストイルホスファチジルグリセロール
DPPG ジパルミトイルホスファチジルグリセロール
DLPG ジラウリルホスファチジルグリセロール
DSPG ジステアロイルホスファチジルグリセロール
DMPS ジミリストイルホスファチジルセリン
DPPS ジパルミトイルホスファチジルセリン
DOPS ジオレオイルホスファチジルセリン
POPS パルミトイル-オレオイルホスファチジルセリン
DMPA ジミリストイルホスファチジン酸
DPPA ジパルミトイルホスファチジン酸
DSPA ジステアロイルホスファチジン酸
DLPA ジラウリルホスファチジン酸
DOPA ジオレオイルホスファチジン酸
POPA パルミトイル-オレオイルホスファチジン酸
CHEMS コレステロールヘミスクシナート
DC-Chol 3-β-[N-(N',N'-ジメチルエタン)カルバモイル]コレステロール
Cet-P セチルホスファート
DODAP (1,2)-ジオレオイルオキシプロピル)-N,N-ジメチルアンモニウムクロリド
DOEPC 1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-エチルホスホコリン
DAC-Chol 3-β-[N-(N,N'-ジメチルエタン)カルバモイル]コレステロール
TC-Chol 3-β-[N-(N',N',N'-トリメチルアミノエタン)カルバモイル]コレステロール
DOTMA (1,2-ジオレイルオキシプロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド)(Lipofectin（登録商標）)
DOGS ((C18)2GlySper3+)N,N-ジオクタデシルアミド-グリシル-スペルミン(Transfectam（登録商標）)
CTAB セチル-トリメチルアンモニウムブロミド
CPyC セチル-ピリジニウムクロリド
DOTAP (1,2-ジオレオイルオキシプロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウム塩
DMTAP (1,2-ジミリストイルオキシプロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウム塩
DPTAP (1,2-ジパルミトイルオキシプロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウム塩
DOTMA (1,2-ジオレイルオキシプロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド)
DORIE (1,2-ジオレイルオキシプロピル)-3ジメチルヒドロキシエチルアンモニウムブロミド)
DDAB ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミド
DPIM 4-(2,3-ビス-パルミトイルオキシ-プロピル)-1-メチル-1H-イミダゾール
CHIM ヒスタミニル-コレステロールカルバメート
MoChol 4-(2-アミノエチル)-モルホリノ-コレステロールヘミスクシナート
HisChol ヒスタミニル-コレステロールヘミスクシナート
HCChol Nα-ヒスチジニル-コレステロールカルバメート
HistChol Nα-ヒスチジニル-コレステロール-ヘミスクシナート
AC アシルカルノシン、ステアリル- & パルミトイルカルノシン
HistDG 1,2-ジパルミトイルグリセロール-ヘミスクシナット-N -ヒスチジニル-ヘミスクシナート；およびジステアロイル-、ジミリストイル-、ジオレオイル-またはパルミトイル-オレオイル誘導体
IsoHistSuccDG 1,2-イパルミトイルグリセロール-O -ヒスチジニル-Nα-ヘミスクシナート、およびジステアロイル-、ジミリストイル、ジオレオイルまたはパルミトイル-オレオイル誘導体
DGSucc 1,2-ジパルミトイグリセロール-3-ヘミスクシナート & ジステアロイル-、ジミリストイル- ジオレオイルまたはパルミトイル-オレオイル誘導体
EDTA-Chol エチレンジアミンテトラ酢酸のコレステロールエステル
Hist-PS Nα-ヒスチジニル-ホスファチジルセリン
BGSC ビスグアニジニウム-スペルミジン-コレステロール
BGTC ビスグアニジニウム-tren-コレステロール
DOSPER (1,3-ジオレオイルオキシ-2-(6-カルボキシ-スペルミル)-プロピルアルニド
DOSC (1,2-ジオレオイル-3-スクシニル-sn-グリセリルコリンエステル)
DOGSDO (1,2-ジオレオイル-sn-グリセロ-3-スクシニル-2-ヒドロキシエチルジスルフィドオルニチン)
DOGSucc 1,2-ジオレオイルグリセロール-3-ヘミスクシナート
POGSucc パルミトリル-オレオイルグリセロール-オレオイル-3-ヘミスクシナート
DMGSucc 1,2-ジミリストイルグリセロール-3-ヘミスクシナート
DPGSucc 1,2-ジパルミトイルグリセロール-3-ヘミスクシナート
以下の構造は、本発明に従う組成物における使用に好適な脂質の非限定的な例を提供する。脂質の膜アンカーは例示的に示され、本発明の脂質を例示する目的であり限定することを意図するものではない。
Figure 2016509572
Figure 2016509572
両性脂質はPCT国際公開公報第WO02/066489号および同第WO03/070735号に開示されており、それら両方の内容は参照により本明細書に組み入れられる。分子全体は、「両性物質」分子部分におけるカチオン性基およびアニオン性基の同時存在により、そのpH依存的電荷特性を呈する。より具体的には、両性物質はその電荷成分の和が特定のpH値において正確にゼロとなる事実を特徴とする。この点は等電点(IP)と称される。IPより上では、化合物は負の電荷を有し、IPより下では正のカチオンとみなされ、本発明に従う両性脂質のIPの範囲は4.5〜8.5である。
媒体の特定のpH値における分子の総電荷は以下のように算出できる：
z = Σni×（（qi-1) + (10(pK-pH)/(1+10(pK-pH)））
qi：そのpKより下でのイオン性基の絶対電荷(例えば、カルボキシル = 0、一窒素塩基 = 1、ジ-エステル化リン酸基 = -1)
ni: 分子におけるそのような基の数。
例えば、化合物はヒスチジンのアミノ基がコレステロールヘミスクシナートとカップリングすることにより形成される。中性のpH値7において、生成物はそこに存在するカルボキシル官能基が完全に解離形態であり、イミダゾール官能基が低い電荷しか有さないために、負の電荷を有する。酸性のpH値約4では、状況は逆となる:カルボキシル官能基は大きく電荷を失い、イミダゾール基は本質的に完全にプロトン化され、分子の総電荷はそれゆえ、正になる。
一態様において、両性脂質は、HistChol、HistDG、isoHistSuccDG、アシルカルノシンおよびHCCholからなる群より選択される。別の態様において、両性脂質はHistCholである。
両性脂質は、限定されないが、アニオン性置換基を含むカチオン性脂質の誘導体を含み得る。両性脂質は、限定されないが、下記式の構造を有する化合物を含む：
Z-X-W1-Y-W2-HET
式中：
Zは、ステロールまたは脂肪族であり；
ステロールは、コレステロール、シトステロール、カンペステロール、デスモステロール、フコステロール、22-ケトステロール、20-ヒドロキシステロール、シグマステロール、22-ヒドロキシコレステロール、25 ヒドロキシコレステロール、ラノステロール、7-デヒドロコレステリル、ジヒドロコレステロール、19-ヒドロキシコレステロール、5α-コレスト-7-エン-3β-オール、7-ヒドロキシコレステロール、エポコレステロール（epocholesterol）、エルゴステロール デヒドロエルゴステロール、およびそれらの誘導体からなる群より選択され；
各W1は、独立して、非置換脂肪族であり；
各W2は、独立して、HO(O)C-脂肪族-アミノまたはカルボキシにより置換されていてもよい脂肪族であり；
各XおよびYは、独立して、非存在、-(C=O)-O-、-(C=O)-NH-、-(C=O)-S-、-O-、-NH-、-S-、-CH=N-、-O-(O=C)-、-S-(O=C)-、-NH-(O=C)-、-N=CH-であり；かつ、
HETは、アミノ、置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族または置換されていてもよいヘテロアリールである。
いくつかの局面において、HETは、少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族、または少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロアリールである。別の局面において、HETは、モルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピリミジニル、またはピリジニルである。別の局面において、カチオン性脂質は次の構造を有する：ステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-モルホリニルまたはステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-イミダゾリル。なおさらなる局面において、ステロールはコレステロールである。
他の態様において、両性脂質は、限定されないが、下記式の構造を有する化合物を含む：
Z-X-W1-Y-W2-HET
式中：
Zは、下記一般式
Figure 2016509572
による構造であり、
式中、R1およびR2は、独立して、0個、1個、または2個のエチレン性不飽和結合を有するC8-C30アルキルまたはアシル鎖であり、Mは、-O-(C=O)；-NH-(C=O)-；-S-(C=O)-；-O-；-NH-；-S-；-N=CH-；-(O=C)-O-；-S-(O=C)-；-NH-(O=C)-；-N=CH-、-S-S-からなる群より選択され；
ステロールは、コレステロール、シトステロール、カンペステロール、デスモステロール、フコステロール、22-ケトステロール、20-ヒドロキシステロール、シグマステロール、22-ヒドロキシコレステロール、25 ヒドロキシコレステロール、ラノステロール、7-デヒドロコレステリル、ジヒドロコレステロール、19-ヒドロキシコレステロール、5αコレスト-7-エン-3β-オール、7-ヒドロキシコレステロール、エピコレステロール、エルゴステロール デヒドロエルゴステロール、およびそれらの誘導体からなる群より選択され；
各W1は、独立して、8個以下の炭素原子を有する非置換脂肪族であり；
各W2は、独立して、8個以下の炭素原子および0個、1個、または2個のエチレン性不飽和結合を有する脂肪族カルボン酸であり；
Xは非存在であり、Yは、-(C=O)-O-；-(C=O)-NH-；-NH-(C=O)-O-；-O-；-NH-；-CH=N-；-O-(O=C)-；-S-；-(O=C)-；-NH-(O=C)-；-O-(O=C)-NH-、-N=CH-および／または-S-S-であり；かつ、
HETは、アミノ、置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族、または置換されていてもよいヘテロアリールである。
いくつかの局面において、HETは、少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族、または少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロアリールである。別の局面において、HETは、モルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピリミジニル、またはピリジニルである。別の局面において、カチオン性脂質は次の構造を有する：ステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-モルホリニルまたはステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-イミダゾリル。なおさらなる局面において、ステロールはコレステロールである。
あるいは、脂質相は、その内容が参照により本明細書に組み入れられるPCT国際公開公報第WO02/066012号に開示のように、pH応答性アニオン性および／またはカチオン性成分を用いて製剤化することができる。pH感受性のカチオン性脂質はPCT国際公開公報第WO02/066489号および同第WO03/070220号、Budker, et al. (1996)、Nat Biotechnol. 14(6):760-4、および米国特許第6,258,792号に開示されており、それらの内容はすべて参照により本明細書に含まれる。あるいは、カチオン性電荷は、pH感受性アニオン性脂質と組み合わせた当業者に公知の構成的に荷電した脂質から導入してもよい。構成的に(例えば、pH約4〜9などの特定のpH範囲にわたって安定な電荷)荷電したアニオン性およびカチオン性脂質の組み合わせ、例えばDOTAPおよびDPPGは好ましくない。したがって、本発明のいくつかの態様において、脂質成分の混合物は、(i)安定なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、(ii)荷電可能なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、または(iii)安定なアニオン性脂質および荷電可能なカチオン性脂質を含みうる。
荷電した基は以下の4群に分けることができる。
(1)強く（例えば、構成的に荷電した）カチオン性、pKa > 9、正味の正の電荷：その化学的性質に基づき、これらは、例えば、アンモニウム、アミジニウム、グアニジウムまたはピリジニウム基または適時、二級または三級アミノ官能基。
(2)弱くカチオン性、pKa < 9、正味の正の電荷：その化学的性質に基づき、これらは特に、窒素塩基、例えばピペラジン、イミダゾールおよびモルホリン、プリンまたはピリミジン。生物学的系で生じるそのような分子断片は、例えば、4-イミダゾール(ヒスタミン)、2-、6-、もしくは9-プリン(アデニン、グアニン、アデノシンもしくはグアノシン)、1-、2-、もしくは4-ピリミジン(ウラシル、チミン、シトシン、ウリジン、チミジン、シチジン)またはピリジン-3-カルボン酸(ニコチンエステルもしくはアミド)である。好ましいpKa値を有する窒素塩基はまた、窒素原子を、低分子量アルケンヒドロキシル、例えばヒドロキシメチルまたはヒドロキシエチル基で1回以上置換することにより形成される。例えば、アミノジヒドロキシプロパン、トリエタノールアミン、トリス-(ヒドロキシメチル)メチルアミン、ビス-(ヒドロキシメチル)メチルアミン、トリス-(ヒドロキシエチル)メチルアミン、ビス-(ヒドロキシエチル)メチルアミンまたは対応する置換エチルアミン。
(3)弱くアニオン性、pKa > 4、正味の負の電荷：その化学的性質に基づき、これらは、特にカルボン酸である。これらには、12個以下炭素原子および0個、1個または2個のエチレン性不飽和結合を有する脂肪族直鎖状または分枝状モノカルボン酸、ジカルボン酸またはトリカルボン酸が含まれる。好適な挙動のカルボン酸は芳香族系の置換基としても見出される。その他の弱くアニオン性の基は、アスコルビン酸、N-置換アロキサン、N-置換バルビツール酸、ベロナール、フェノールにおいて解離し、生じうる、ヒドロキシルまたはチオールであるか、またはチオール基として存在しうる。
(4)強く（例えば、構成的に荷電した）アニオン性、pKa < 4、正味の負の電荷：その化学的性質に基づき、それらは、例えばスルホナートまたはホスファートエステルなどの官能基である。
両性リポソームは、両性の特性を有するように、様々な量のそのような膜形成両親媒性物質または膜ベース両親媒性物質を含む。これは、リポソームが電荷の符号を完全に変化させうることを意味する。媒体の所与のpHで存在するリポソームの電荷担体の量は、下記式を用いて算出できる：
z = Σni((qi-1) + 10(pK-pH)/(1+10(pK-pH))
式中、
qiは、そのpKより下での個々のイオン性基の絶対電荷（例えば、カルボキシル = 0、一窒素塩基 = 1、第二解離段階のリン酸基 = -1等）であり、
niは、リポソームにおけるこれらの基の数である。
等電点において、リポソームの正味の電荷は0である。広く選択可能な等電点を有する構造は、アニオン性部分とカチオン性部分との混合により作ることができる。
一態様において、カチオン性成分は、DPIM、CHIM、DORIE、DDAB、DAC-Chol、TC-Chol、DOTMA、DOGS、(C18)2Gly+Ν,Ν-ジオクタデシルアミド-グリシン、CTAB、CPyC、DODAP DMTAP、DPTAP、DOTAP、DC-Chol、MoChol、HisCholおよびDOEPCを含む。別の態様において、カチオン性脂質は、DMTAP、DPTAP、DOTAP、DC-Chol、MoCholおよびHisCholを含む。
カチオン性脂質は下記式の構造を有する化合物であり得る：
L-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-HET
式中：
Lは、ステロールまたは[脂肪族(C(O)O)-]2アルキル-であり；
ステロールは、コレステロール、シトステロール、カンペステロール、デスモステロール、フコステロール、22-ケトステロール、20-ヒドロキシステロール、シグマステロール、22-ヒドロキシコレステロール、25 ヒドロキシコレステロール、ラノステロール、7-デヒドロコレステリル、ジヒドロコレステロール、19-ヒドロキシコレステロール、5αコレスト-7-エン-3β-オール、7-ヒドロキシコレステロール、エポコレステロール、エルゴステロール デヒドロエルゴステロール、およびそれらの誘導体からなる群より選択され；
各スペーサー1およびスペーサー2は、独立して、非置換脂肪族であり；
各XおよびYは、独立して、非存在、-(C=O)-O-、-(C=O)-NH-、-(C=O)-S-、-O-、-NH-、-S-、-CH=N-、-O-(O=C)-、-S-(O=C)-、-NH-(O=C)-、-N=CH-であり；かつ、
HETは、アミノ、置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族、または置換されていてもよいヘテロアリールである。
いくつかの局面において、HETは、少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族、または少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロアリールである。別の局面において、HETは、モルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピリミジニル、またはピリジニルである。別の局面において、カチオン性脂質は次の構造を有する：ステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-モルホリニルまたはステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-イミダゾリル。なおさらなる局面において、ステロールはコレステロールである。
別の態様において、pH感受性カチオン性脂質は下記式の構造を有する化合物であり得る：
L-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-HET
式中：
Lは下記一般式
Figure 2016509572
による構造であり、
式中、R1およびR2は、独立して、0個、1個、または2個のエチレン性不飽和結合を有するC8-C30アルキルまたはアシル鎖であり、Mは、-O-(C=O)；-NH-(C=O)-；-S-(C=O)-；-O-；-NH-；-S-；-N=CH-；-(O=C)-O-；-S-(O=C)-；-NH-(O=C)-；-N=CH-；-S-S-であり；
ステロールは、コレステロール、シトステロール、カンペステロール、デスモステロール、フコステロール、22-ケトステロール、20-ヒドロキシステロール、シグマステロール、22-ヒドロキシコレステロール、25 ヒドロキシコレステロール、ラノステロール、7-デヒドロコレステロール、ジヒドロコレステロール、19-ヒドロキシコレステロール、5α-コレスト-7-エン-3β-オール、7-ヒドロキシコレステロール、エピコレステロール、エルゴステロール デヒドロエルゴステロール、およびそれらの誘導体からなる群より選択され；
各スペーサー1およびスペーサー2は、独立して、1〜8個の炭素原子を有する非置換脂肪族であり；
Xは非存在であり、Yは、非存在、-(C=O)-O-；-(C=O)-NH-；-NH-(C=O)-O-；-O-；-NH-；-CH=N-；-O-(O=C)-；-S-；-(O=C)-；-NH-(O=C)-；-O-(O=C)-NH-、-N=CH-および／または-S-S-であり；かつ、
HETは、アミノ、置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族、または置換されていてもよいヘテロアリールである。
いくつかの局面において、HETは、少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロシクロ脂肪族、または少なくとも1つの窒素環原子を含む置換されていてもよいヘテロアリールである。別の局面において、HETは、モルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピリミジニル、またはピリジニルである。別の局面において、カチオン性脂質は次の構造を有する：ステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-モルホリニルまたはステロール-X-スペーサー1-Y-スペーサー2-イミダゾリル。なおさらなる局面において、ステロールはコレステロールである。
上記化合物は1つまたは複数の工程の合成を用いて合成することができ、当業者によって調製され得る。
両性混合物はさらに、構成的にまたは条件的にpHに応じて荷電するアニオン性脂質を含み、かかる脂質は当業者に知られている。一つの態様において、本発明に使用される脂質としては、DOGSucc、POGSucc、DMGSucc、DPGSucc、DMPS、DPPS、DOPS、POPS、DMPG、DPPG、DOPG、POPG、DMPA、DPPA、DOPA、POPA、CHEMSおよびCetylPが挙げられる。別の態様において、アニオン性脂質としては、DOGSucc、DMGSucc、DMPG、DPPG、DOPG、POPG、DMPA、DPPA、DOPA、POPA、CHEMSおよびCetylPが挙げられる。
中性脂質はpH約4〜9で中性に荷電したままである任意の脂質を含む。中性脂質としては、限定されないが、コレステロール、その他のステロールおよびその誘導体、リン脂質、ならびにそれらの組み合わせが挙げられる。リン脂質は、リポソームを形成できる任意の1種のリン脂質またはリン脂質の組み合わせを含む。それらには、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、レシチンおよびそのフラクション、ホスファチジン酸、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルセリン、プラスマロゲンならびにスフィンゴミエリンが含まれる。ホスファチジルコリンとしては、限定されないが、卵、ダイズもしくはその他の植物源から得られるもの、または部分的もしくは完全に合成のもの、または様々な脂質鎖長および不飽和のもの、POPC、OPPC、天然もしくは水素添加ダイズPC、天然もしくは水素添加卵PC、DMPC、DPPC、DSPC、DOPCおよびそれらの誘導体が挙げられる。一つの態様において、ホスファチジルコリンはPOPC、非水素添加ダイズPCおよび非水素添加卵PCである。ホスファチジルエタノールアミンとしては、限定されないが、DOPE、DMPEおよびDPPE、ならびにそれらの誘導体が挙げられる。ホスファチジルグリセロールとしては、限定されないが、DMPG、DLPG、DPPG、およびDSPGが挙げられる。ホスファチジン酸としては、限定されないが、DSPA、DMPA、DLPAおよびDPPAが挙げられる。
ステロールには、コレステロール誘導体、例えば3-ヒドロキシ-5.6-コレステンおよび関連類似体、例えば3-アミノ-5.6-コレステンおよび5,6-コレステン、コレスタン、コレスタノールおよび関連類似体、例えば3-ヒドロキシ-コレスタン；ならびに荷電したコレステロール誘導体、例えば、コレステリル-ベータ-アラニンおよびコレステロールヘミスクシナートが挙げられる。ステロールとしてはさらにMoCholおよびMoCholの類似体が挙げられる。
一態様において、中性脂質は、DOPE、POPC、ダイズPCまたは卵PC、およびコレステロールを含むが、これらに限定されない。
いくつかの局面において、本発明は、両性リポソームとDNAiオリゴヌクレオチドとを含む混合物を提供する。第1局面の態様において、両性リポソームは4〜8の等電点を有する。さらなる態様において、両性リポソームはpH 7.4において負に荷電しているか中性であり、pH 4において正に荷電している。
いくつかの態様において、両性リポソームは両性脂質を含む。さらなる態様において、両性脂質は、HistChol、HistDG、isoHistSucc DG、アシルカルノシン、HCCholまたはそれらの組み合わせであり得る。別の態様において、両性リポソームは1種または複数種のカチオン性脂質と1種または複数種のアニオン性脂質との混合物を含む。さらに別の態様において、カチオン性脂質は、DMTAP、DPTAP、DOTAP、DC-Chol、MoCholもしくはHisChol、またはそれらの組み合わせであり得、アニオン性脂質は、CHEMS、DGSucc、Cet-P、DMGSucc、DOGSucc、POGSucc、DPGSucc、DG Succ、DMPS、DPPS、DOPS、POPS、DMPG、DPPG、DOPG、POPG、DMPA、DPPA、DOPA、POPAまたはそれらの組み合わせであり得る。
さらに別の態様において、リポソームは中性脂質も含む。さらなる態様において、中性脂質はステロールおよびその誘導体を含む。なおさらなる態様において、ステロールはコレステロールおよびその誘導体を含む。中性脂質は中性リン脂質も含み得る。一態様において、リン脂質は、ホスファチジルコリン、またはホスファチジルコリンおよびホスホエタノールアミンを含む。別の態様において、ホスファチジルコリンは、POPC、OPPC、天然もしくは水素添加ダイズPC、天然もしくは水素添加卵PC、DMPC、DPPCまたはDOPCおよびそれらの誘導体であり、ホスファチジルエタノールアミンは、DOPE、DMPE、DPPEまたはそれらの誘導体および組み合わせである。さらなる態様において、ホスファチジルコリンはPOPC、OPPC、ダイズPCまたは卵PCであり、ホスファチジルエタノールアミンはDOPEである。
なおさらなる態様において、両性リポソームの脂質は、DOPE、POPC、CHEMSおよびMoChol；POPC、Chol、CHEMSおよびDOTAP；POPC、Chol、Cet-PおよびMoChol、またはPOPC、DOPE、MoCholおよびDMGSuccを含む。
別の局面において、本発明の混合物の両性リポソームは、両性の性質を有する脂質成分の混合物を含む脂質相およびDNAiオリゴヌクレオチドから形成され得、ここで、リポソーム中の荷電した脂質の総量は5モル%から70モル%の間で変動し得、中性脂質の総量は、20モル%から70モル%の間で変動し得る。第1局面の態様において、両性リポソームは、3〜20モル%のPOPC、10〜60モル%のDOPE、10〜60モル%のMoCholおよび10〜50モル%のCHEMSを含む。さらなる態様において、リポソームは、POPC、DOPE、MoCholおよびCHEMSを、約6/24/47/23または15/45/20/20のPOPC/DOPE/MoChol/CHEMSのモル比で含む。さらに別の態様において、リポソームは、3〜20モル%のPOPC、10〜40モル%のDOPE、15〜60モル%のMoCholおよび15〜60モル%のDMGSuccを含む。さらなる態様において、リポソームは、POPC、DOPE、DMGSuccおよびMoCholを、約6/24/47/23または6/24/23/47のPOPC/DOPE/DMGSucc/MoCholのモル比で含む。さらに別の態様において、リポソームは、10〜50モル%のPOPC、20〜60モル%のChol、10〜40モル%のCHEMSおよび5〜20モル%のDOTAPを含む。さらなる態様において、リポソームは、POPC、Chol、CHEMSおよびDOTAPを、約30/40/20/10のPOPC/Chol/CHEMS/DOTAPのモル比で含む。さらに別の態様において、リポソームは、10〜40モル%のPOPC、20〜50モル%のChol、5〜30モル%のCet-Pおよび10〜40モル%のMoCholを含む。さらなる態様において、POPC/Chol/Cet-P/MoCholのモル比は約35/35/10/20である。
第3局面において、両性リポソーム混合物に含まれるDNAiオリゴヌクレオチドは、配列番号1249またはその部分にハイブリダイズするDNAiオリゴヌクレオチドを含む。別の態様において、DNAiオリゴヌクレオチドは配列番号1250、1251、1252、1253、1267〜1447またはそれらの相補物であり得る。さらに別の態様において、DNAiオリゴヌクレオチドは配列番号1250もしくは1251またはそれらの相補物であり得る。
本発明の両性リポソーム混合物はさらに、例えば、配列番号1250〜1253および1270〜1477のうちの1つを含む、または配列番号2〜281、283〜461、463〜935、937〜1080、1082〜1248およびそれらの相補物からなる群より選択される、さらなるDNAiオリゴヌクレオチドを含み得る。
別の局面において、リポソーム混合物に含まれるDNAiオリゴヌクレオチドは15〜35塩基対の長さである。
別の局面において、両性リポソーム・DNAiオリゴヌクレオチド混合物は、配列番号1250または1251のDNAiオリゴヌクレオチド、ならびにPOPC、DOPE、MoCholおよびCHEMSを約6/24/47/23のPOPC/DOPE/MoChol/CHEMSのモル比で含む両性リポソームを含む。
別の局面において、両性リポソーム・DNAiオリゴヌクレオチド混合物は、DNAiオリゴヌクレオチドPNT-100（配列番号1250または1251）、ならびにPOPC、DOPE、MoCholおよびCHEMSを約15/45/20/20のPOPC/DOPE/MoChol/CHEMSのモル比で含む両性リポソームを含む。
別の局面において、混合物の両性リポソームは50〜500ηmのサイズを含みうる。一態様において、サイズは80〜300ηmであり、別の態様において、サイズは90〜200ηmである。
別の局面において、両性リポソームは4〜8の等電点を有しうる。第6局面の一態様において、両性リポソームはpH 7.4で負に荷電するかまたは中性であり得、pH 4で正に荷電しうる。
別の局面において、両性リポソームは、10〜100 mMまたはそれ以下の脂質濃度で少なくとも約2 mg/mlのDNAiオリゴヌクレオチド濃度を有する。
別の局面において、本発明は、DNAiオリゴヌクレオチドを含む両性リポソームの調製方法を提供する。一態様において、方法は能動的な装填手順の使用を含み、別の態様において受動的な装填手順を含む。さらなる態様において、方法は、手動押出、機械押出、均質化、微小流動化(microfluidization)、またはエタノール注入を用いてリポソームを製造する。さらに別の態様において、方法は少なくとも35%の封入効率を有する。
別の局面において、本発明は、DNAiオリゴヌクレオチド・両性リポソーム混合物を細胞または動物に導入する方法を提供する。一態様において、方法は癌を処置するために哺乳動物に混合物を投与することを含む。投与された混合物は哺乳動物における腫瘍成長を低減または停止しうる。別の態様において、混合物の導入は、細胞増殖の低減をもたらす。別の態様において、混合物は、癌細胞、非ヒト動物またはヒトに投与される。さらなる態様において、混合物は動物に0.01 mg〜100 mg/kg体重の用量で導入される。さらに別の態様において、混合物は動物に1日1回以上または連続的に導入される。さらに別の態様において、混合物は動物に局所投与、経肺投与もしくは非経口投与、または医療機器を介して導入される。さらに別の態様において、動物または細胞に投与される混合物は、化学療法剤および／または細胞標的化成分をさらに含む。
いくつかの態様において、両性リポソーム製剤は、POPC/DOPE/MoChol/CHEMSをそれぞれ6/24/47/23のモル比で含み得る。このようなリポソームは、コレステロールに富みかつ負に荷電している。これは、脂質送達システムの中でも独特であり、細胞取り込みに寄与する。いくつかの態様において、配列番号1251のオリゴヌクレオチド（PNT-100）は、この製剤（以下「PNT2258」）により両性リポソーム中に捕捉され得る。
PNT2258は、標的遺伝子BCL2が過剰発現されている多くの癌における満たされていない医療ニーズに対処することが予想される革新的な治療薬である。BCL2は、リンパ腫、白血病、前立腺癌、黒色腫、肉腫、肺癌、および乳癌において過剰発現されることが公知である。PNT2258は、単独で、ならびにリツキシマブまたはドセタキセルと併用して、癌のマウスモデルにおいてこれらの適応症のほぼ全てに対して抗腫瘍活性を示した（図1）。併用した場合、PNT2258は、モデルの全てにおいて腫瘍の無い生存を示した。しかし、ダカルバジン、ベムラフェニブ（PLX4032）またはイピリムマブと併用したPNT2258によるこれらおよび他の腫瘍の処置は、以前に試験されていなかった。これらの薬剤の併用は、転移性黒色腫を含むがこれに限定されない癌に苦しむヒトにおいて、腫瘍無増悪生存または全生存に対して統計的に有利な効果を有する可能性がある。
PNT2258は、コレステロールに富みかつ負に荷電している。これは、脂質送達システムの中でも独特であり、細胞取り込みに寄与する。PNT2258は、動物モデルにおいて長い循環半減期、安定性、および顕著な抗腫瘍効力を示した。急速に分裂する細胞は、循環／細胞内環境からコレステロールをスカベンジし、コレステロールに富む粒子は細胞外基質へ誘引されることも十分に確立されている。理論によって制限されないが、PNT2258は恐らくこれらの機構によって細胞中へ向けられると仮定される。
2．他のリポソーム送達ビヒクル
リポソームとしては、これらに限定されないが、カルジオリピンベースのカチオン性リポソーム（例えば、NeoPharm, Forest Lake, ILから入手可能な、NeoPhectin）およびpH感受性リポソームが含まれる。
本発明のいくつかの態様において、NeoPhectinがリポソーム送達ビヒクルとして用いられる。いくつかの態様において、NeoPhectinは、遊離NeoPhectinが減るようにオリゴヌクレオチドとともに製剤化される。別の態様において、NeoPhectinは、NeoPhectin対オリゴヌクレオチドの電荷比6:1またはそれ未満(例えば、5:1および4:1)で存在する。
さらに別の態様において、静脈内注射後にリポソームが血中を循環する時間を延ばすため、脂質、特にいくつかのリポソームを構成するリン脂質を、ポリエチレングリコールまたはその誘導体とコンジュゲートさせる(例えば、Moghimi, S.M. and Szebeni, J, Prog. Lipid Res., 42:463-78, 2003およびLi, W., et al., J. Gene Med., 7:67-79, 2005を参照のこと、これらは参照により本明細書に含まれる)。「ステルスリポソーム」と称されるかかるリポソームは、細網内皮系(RES)を回避することができ、その結果、場合によっては半減期が24時間を超えることとなる。一つの態様において、リポソーム中のリン脂質は、Li, W., et al., J. Gene Med., 7:67-79, 2005に記載のように、ポリエチレングリコール-ジオルトエステル分子とコンジュゲートされる。別の態様において、PEG-リポソームは特定の細胞受容体に標的化される。例えば、カチオン性リポソームにおけるPEG結合リン脂質の遠位末端にコンジュゲートされたハロペリドールは、参照により本明細書に組み入れられるMukherjee, et al., J. Biol. Chem., 280, 15619-27, 2005に記載のように、癌細胞のいくつかにおいて過剰発現しているシグマ受容体を標的とした。リポソーム中のPEG結合リン脂質にコンジュゲートされたアニスアミドもまた、シグマ受容体を標的とする（Banerjee, et al., Int. J. Cancer, 112, 693-700, 2004、これは参照により本明細書に組み入れられる）。
他のリポソーム送達ビヒクルとしては、低分子オリゴヌクレオチドを封入および送達するために設計されている脂質ナノ粒子が挙げられる。脂質ナノ粒子の例としては、例えば、安定核酸脂質粒子（SNALP；例えば、Semple et al. Nature Biotech. Lett. (Jan 17, 2010 doi: 10.1038/nbt. l602を参照のこと)；およびリピドイド（lipidoid）（例えば、Love et al., P.N.A.S. (USA) 107(5) 1864-1869を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。
3．ポリマーベシクル
さらなる態様において、オリゴヌクレオチドはポリマーベシクル中に捕捉される。ポリマーベシクルは多数の異なる材料から作製することができるが、一般に、ブロックコポリマー、例えば、ポリスチレン40-ポリ(イソシアノ-L-アラニン-L-アラニン)mから形成される(例えば、Discher, et al., Science, 297:967-73, 2002；Torchilin, Cell. Mol. Life Sci, 61 :2549-59, 2004；Taubert, et al., Curr Opin Chem Biol, 8:598-603, 2004；Lee, et al., Pharm. Res., 22: 1-10, 2005；およびGaucher, et al., J. Control. Rel, 109: 169-88, 2005を参照のこと、これらはそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる)。コポリマーベシクルは多数の分子から形成され、例えば、これらに限定されないが、ポリアクリル酸-ポリスチレン、非イオン性ポリエチレンオキシド-ポリブタジエン、トリブロック(ポリエチレンオキシド)5-(ポリ[プロピレンオキシド])68-(ポリエチレンオキシド)5、ポリエチレンオキシド-ポリ(プロピレンスルフィド)、ポリエチレンオキシド-ポリラクチド、およびポリエチレングリコール-ポリリジンが挙げられる。多くのコポリマー、特に両親媒性のものまたは逆に荷電したコポリマー、例えば、ポリスチレン40-ポリ(イソシアノ-L-アラニン-L-アラニン)m、は、水性条件下で自己組織化してベシクルとなる。
オリゴヌクレオチドはいくつかの方法を用いてポリマーベシクルに装填できる。第一に、ブロックコポリマーは水性溶媒中でオリゴヌクレオチドとともに溶解され得る。この方法は中程度に疎水性のコポリマーの場合うまくいく。第二に、水に容易に溶けない両親媒性コポリマーであって、オリゴヌクレオチドとコポリマーとの両方を溶解できる溶媒が入手可能な場合、オリゴヌクレオチドとコポリマーとを溶媒に溶解し、混合物を水に対して透析する。第三の方法はオリゴヌクレオチドとコポリマーとの両方を水/tert-ブタノール混合物に溶解すること、および次いで溶媒を凍結乾燥することを含む。オリゴヌクレオチドを装填したベシクルは、凍結乾燥オリゴヌクレオチド-コポリマーを注射可能媒体中で再構成すると自然に形成される（Dufresne, et al., in Gurny, (ed.), B.T. Gattefosse, vol. 96, Gattefosse, Saint-Priest, p. 87-102, 2003、これは参照により本明細書に組み入れられる）。
ポリマーベシクルは、コポリマーの二官能性スペーサー分子による後修飾によってまたはヘテロ二官能性ブロックコポリマーの直接合成によってリガンドをベシクルの外殻に係留することによって、特定の細胞に標的化することができる。
さらに別の態様において、オリゴヌクレオチドは、参照により本明細書に組み入れられるRuysschaert, et al., J. Am. Chem. Soc, 127, 6242-47, 2005に記載のように、ハイブリッドリポソーム-コポリマーベシクル中に捕捉されうる。例えば両親媒性トリブロックコポリマー、例えば、ポリ(2-メチルオキサゾリン)-ブロック-ポリ(ジメチルシロキサン)-ブロック-ポリ(2-メチルオキサゾリン)はリン脂質を含む脂質と相互作用してハイブリッドリポソーム-コポリマーベシクルを形成することができる。
4．オリゴヌクレオチド修飾
いくつかの態様において、送達のための核酸はその取り込みを助けるためにコンパクトにされる（例えば、参照により本明細書に組み入れられる、米国特許第6,008,366号、同第6,383,811号を参照のこと）。いくつかの態様において、コンパクトにされた核酸は特定の細胞タイプ(例えば、癌細胞)に、標的細胞結合部分を介して、標的化される（例えば、米国特許第5,844,107号、同第6,077,835号を参照のこと、これらはそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる）。
いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドはその送達を助けるためにその他の化合物とコンジュゲートされる。例えば、いくつかの態様において、核酸は送達を助けるためにポリエチレングリコールにコンジュゲートされる（例えば、米国特許第6,177,274号、同第6,287,591号、同第6,447,752号、同第6,447,753号、および同第6,440,743号を参照、これらはそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる）。さらに別の態様において、オリゴヌクレオチドは、荷電可能な薬剤ナノ担体(PharmaIn)である、保護されたグラフト共重合体にコンジュゲートされる。これは米国特許第7,138,105号ならびに米国特許出願公開第2006/093660号および同第2006/0239924号に記載され、これらは参照により本明細書に含まれる。さらなる態様において、オリゴヌクレオチドの細胞への輸送はビタミンとのコンジュゲーションによって促進される(Endocyte, Inc, West Lafayette, IN；例えば、米国特許第5,108,921号、同第5,416,016号、同第5,635,382号、同第6,291,673号およびWO 02/085908を参照；これらはそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる)。別の態様において、オリゴヌクレオチドはナノ粒子にコンジュゲートされる(例えば、NanoMed Pharmaceuticals; Kalamazoo, MI)。
さらに別の態様において、オリゴヌクレオチドはデンドリマーと結合される。デンドリマーは高度に分岐した分子構造を有する合成巨大分子である。代表的なデンドリマー構造は、カチオン性ポリマー、例えば、星形のポリアミドアミン(PAMAM)であり、その1つであるSuperFect（登録商標）はQiagen (Valencia, CA)から入手できる。その他のデンドリマーとしては、参照により本明細書に組み入れられるGillies, et al., Mol. Pharm., 2:129-38, 2005に記載のポリエステルデンドリマー；参照により本明細書に組み入れられるJanssen and Meijer, eds, Synthesis of Polymers, Materials science and technology series, Weinheim, Germany: Wiley-VCH Verlag GMBH, Chapter 12、1999に記載のフェニルアセチレンデンドリマー；参照により本明細書に組み入れられるChoi, et al., J. Am. Chem. Soc. 122, 474-80, 2000に記載のポリ(L-リジン)デンドリマー-ブロック-ポリ(エチレングリコール)-ブロック-ポリ(L-リジン)デンドリマー；参照により本明細書に組み入れられるJoester, et al., Angew Chem Int. Ed. Engl., 42:1486-90, 2003に記載の両親媒性デンドリマー；参照により本明細書に組み入れられるLiu et al., Polym Chem, 37:3492-3503, 1999に記載のポリエチレングリコール星様コンジュゲート；参照により本明細書に組み入れられるLoup, et al., Chem Eur J, 5:3644-50, 1999に記載のカチオン性リン含有デンドリマー；参照により本明細書に組み入れられるOhasaki, et al., Bioconjug Chem, 13:510-17, 2002に記載のポリ(L-リジン)デンドリマー、および参照により本明細書に組み入れられるShah, et al., Int. J. Pharm, 208:41-48, 2000に記載の両親媒性非対称デンドリマーが挙げられる。参照により本明細書に組み入れられるTack, et al., J. Drug Traget, 14;69-86, 2006に記載のポリプロピレンイミンデンドリマー；およびその他の上記のデンドリマーは、例えば、Tack, et al.に記載のように、毒性を低下させるために化学的に修飾することができる。
デンドリマーは、その他の高い電荷密度を有するカチオン性ポリマーと同様に核酸と複合体を形成する。一般に、デンドリマー-核酸相互作用は静電相互作用に基づく。デンドリマーは、その他の分子、例えば、シクロデキストリンともコンジュゲートして、デンドリマー-核酸複合体の全身送達効率を上昇させうる(Dufes, et al., Adv. Drug Del. Rev, 57, 2177-2202, 2005、およびSvenson and Tomalia、Adv. Drug Del. Rev., 57, 2106-29, 2005を参照、これらはともに参照により本明細書に含まれる)。いくつかのデンドリマーは柔軟な開いた構造を有し、内側に低分子を捕獲でき、他のものは接近不可能な内部を有する（Svenson and Tomalia, Adv. Drug Del. Rev., 57, 2106-29, 2005を参照）。
なおさらなる態様において、オリゴヌクレオチドは送達を助けるためにさらなるポリマーと複合体化される（例えば、米国特許第6,379,966号、同第6,339,067号、同第5,744,335号を参照；これらはそれぞれ参照により本明細書に組み入れられる）。例えば、N-2-ヒドロキシプロピルメチルアクリルアミドのポリマーが米国特許出願公開第2006/0014695号に記載されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。同様のカチオン性ポリマーが国際公開公報第WO 03/066054号および米国特許出願公開第2006/0051315号に記載されており、これらは両方が参照により本明細書に含まれる。その他のポリマーはIntradigm Corp., Rockville, MDに記載されている。
5．他の送達方法
なおさらなる態様において、Mirus (Madison, WI)により開発された制御された高圧送達システムがオリゴヌクレオチドの送達に用いられる。送達システムは米国特許第6,379,966号に記載されており、これは参照により本明細書に組み入れられる。
B．製剤、投与および使用
本発明の組成物は、経口的に、非経口的に、吸入スプレーにより、局所的に、直腸に、経鼻的に、眼内に、頬側に、経腟的に、または埋め込みリザーバを介して投与することができる。「非経口」という用語は、本明細書において用いる場合、皮下、静脈内、筋肉内、関節内、滑膜内、頬骨内、髄腔内、肝臓内、intraleRuysschaersional、および頭蓋内の注射または注入技術を含む。好ましくは、組成物は、経口的に、腹腔内または静脈内に投与される。本発明の組成物の無菌注射可能形態は水性または油性懸濁液であり得る。かかる懸濁液は、好適な分散剤または湿潤剤および懸濁化剤を用いて当技術分野において公知の技術にしたがって製剤化できる。無菌注射可能調製物はまた、非毒性の非経口的に許容される希釈剤または溶媒における無菌注射可能溶液または懸濁液、例えば1,3-ブタンジオール中の溶液であり得る。使用できる許容される媒体および溶媒は特に、水、リンゲル液、等張塩化ナトリウム溶液、およびデキストロース溶液である。さらに、無菌の固定油は溶媒または懸濁媒として、通常、用いられる。
この目的のために、任意の無刺激性固定油を使用でき、合成モノグリセリドまたは合成ジグリセリドが含まれる。脂肪酸、例えば、オレイン酸およびそのグリセリド誘導体は注射可能剤の調製に有用であり、天然の薬学的に許容される油、例えば、オリーブ油またはヒマシ油、特にそれらのポリオキシエチル化誘導体も同様に有用である。これらの油性溶液または懸濁液はまた、長鎖アルコール希釈剤または分散剤、例えば、カルボキシメチルセルロースまたは乳濁液および懸濁液などの薬学的に許容される剤形の製剤において一般的に用いられている類似の分散剤を含んでいてもよい。その他の一般的に用いられている界面活性剤、例えば、Tween、Spanおよびその他の乳化剤または薬学的に許容される固体、液体、またはその他の剤形の製造において一般的に用いられているバイオアベイラビリティエンハンサーも製剤の目的で使用することができる。
オリゴマーをリポソーム中に調製する態様において、オリゴマー／リポソーム製剤を保存のために凍結乾燥または噴霧乾燥してもよい。好適な凍結保護物質および噴霧乾燥保護物質としては、糖類、例えば、これらに限定されないが、グルコース、スクロース、トレハロース、イソマルトース、ソマルトトリオース（somaltotriose）およびラクトースが挙げられ得る。他の凍結保護物質としては、ジメチルスルホキシド、ソルビトール、およびガラス相融解温度(Tm)を変化させる他の薬剤が挙げられ得る。調製物は、粘着防止剤（anti-adherent）、例えばステアリン酸マグネシウムおよびロイシン、緩衝液、例えばトリスまたはリン酸緩衝液、ならびにキレート剤、例えば、EDTAを含み得る。
本発明の薬学的に許容される組成物は、経口的に許容される任意の剤形、例えば、これらに限定されないが、カプセル剤、錠剤、水性懸濁剤または液剤として経口投与することができる。経口使用のための錠剤の場合、一般的に用いられている担体には、ラクトースおよびコーンスターチが含まれる。滑沢剤、例えば、ステアリン酸マグネシウムも典型的には添加される。カプセル形態での経口投与のために、有用な希釈剤としては、ラクトースおよび乾燥コーンスターチが挙げられる。経口使用のために水性懸濁剤が必要とされる場合、活性成分は乳化剤および懸濁化剤と混合される。所望の場合、特定の甘味料、香味料または着色料を添加してもよい。
あるいは、本発明の薬学的に許容される組成物は直腸投与のために坐薬形態で投与してもよい。これらは、室温では固体であるが直腸温度では液体であり、それゆえ直腸中で融解して薬剤を放出する好適な非刺激性賦形剤と薬剤を混合することにより調製できる。かかる材料としては、カカオバター、蜜蝋およびポリエチレングリコールが挙げられる。
本発明の薬学的に許容される組成物は、特に処置標的が局所適用により容易に到達可能な領域または器官を含む場合、例えば、眼、皮膚または下部腸管の疾患の場合、局所投与してもよい。好適な局所製剤は、これらの領域または器官のそれぞれのために容易に調製される。
下部腸管のための局所適用は、直腸坐薬製剤(上記を参照)または好適な浣腸製剤において効果を発揮しうる。局所的経皮パッチも用いることができる。
局所適用のために、薬学的に許容される組成物は、活性成分が1つまたは複数の担体に懸濁または溶解されて含まれている好適な軟膏剤に製剤化してもよい。本発明の化合物の局所投与のための担体としては、これらに限定されないが、ミネラルオイル、液体ワセリン、白色ワセリン、プロピレングリコール、ポリオキシエチレン、ポリオキシプロピレン化合物、乳化蝋および水が挙げられる。あるいは、薬学的に許容される組成物は、活性成分が1つまたは複数の薬学的に許容される担体に懸濁または溶解されて含まれている好適なローション剤またはクリーム剤に製剤化することもできる。好適な担体としては、これらに限定されないが、ミネラルオイル、モノステアリン酸ソルビタン、ポリソルベート60、セチルエステルワックス、セテアリルアルコール、2-オクチルドデカノール、ベンジルアルコールおよび水が挙げられる。
眼使用のために、薬学的に許容される組成物は、等張のpH調整した無菌生理食塩水における微粒子化した懸濁液として、または好ましくは、等張のpH調整した無菌生理食塩水中の溶液として、保存剤、例えば、塩化ベンザルコニウムを使用してまたは使用せずに製剤化することができる。あるいは、眼使用のために、薬学的に許容される組成物は、軟膏、例えば、ワセリン中に製剤してもよい。
本発明の薬学的に許容される組成物は経鼻エアロゾルまたは吸入によって投与することもできる。かかる組成物は医薬製剤分野で周知の技術にしたがって調製され、また、ベンジルアルコールまたはその他の好適な保存剤、バイオアベイラビリティを高める吸収促進剤、フルオロカーボン、および／またはその他の通常の溶解剤または分散剤を用いて生理食塩水中の溶液として調製されうる。
いくつかの態様において、本発明の薬学的に許容される組成物は、経口投与のために製剤化される。
単回剤形の組成物を作るために担体材料と混合されうる本発明の化合物の量は、処置される宿主、特定の投与様式に応じて異なる。
C．バイオマーカー
本発明の態様は、本発明のオリゴヌクレオチドまたは薬学的組成物の投与後にBCL2発現が影響を受けているかどうかを評価するために、本発明のオリゴヌクレオチドまたは薬学的組成物の投与後に、生体試料から1つまたは複数のタンパク質バイオマーカーを検出することを含み得る。
本出願において用いる場合、「生体試料」は、ゲノムDNA（染色体DNAおよびミトコンドリアDNA）または他のオリゴヌクレオチド、例えば、ゲノムDNAに由来するmRNAを含有するまたは含有し得る、対象の身体に由来する任意の材料または流体（血液、リンパ液など）を意味する。さらに、対象由来の任意の細胞または組織調製物がインキュベートされた培養液、および器官または組織抽出物も、用語「生体試料」の意味の中に含まれる。生体試料を得る方法は、当技術分野において周知である。生体試料からのタンパク質の抽出は、当技術分野において周知の方法を用いて行ってもよい。いくつかの態様において、試料中のタンパク質バイオマーカーのレベルは、直接（即ち、抽出工程なしで）、アッセイされてもよい。
「マーカー」は、本発明の文脈において、本発明のオリゴヌクレオチドまたは薬学的組成物の投与の前に対象から採取した比較可能な試料と比較して、本発明のオリゴヌクレオチドまたは薬学的組成物のその投与の後に対象から採取した試料中に異なって存在する、有機生体分子、特にポリペプチドを指す。例えば、マーカーは、陰性の診断を有する患者の試料と比較して前立腺癌患者の試料中に上昇または低下したレベルで存在する（特定の見掛けの分子量を有する）ポリペプチドであり得る。
「有機生体分子」は、生物学的起源の有機分子、例えば、ステロイド、アミノ酸、ヌクレオチド、糖、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、複合糖質または脂質を指す。
「異なって存在する」という句は、前立腺癌を有さない（例えば、良性前立腺肥大を有する）患者から採取された比較可能な試料と比較した時の、前立腺癌を有する患者から採取された試料中に存在する（特定の見掛けの分子量の）ポリペプチドの量の差を指す。ポリペプチドは、一方の試料中のポリペプチドの量が他方の試料中のポリペプチドの量と有意に異なる場合に、2つの試料間で異なって存在する。
例えば、ポリペプチドは、他方の試料中に存在するよりも少なくとも約150%、少なくとも約200%、少なくとも約500%、または少なくとも約1000%大きい量（例えば、濃度、質量、モル量など）で存在する場合に、または一方の試料中において検出可能であるが他方において検出可能でない場合に、2つの試料間で異なって存在する。
マーカーの「試験量」とは、試験される試料中に存在するマーカーの量を指す。試験量は、絶対量（例えば、ng/ml）または相対量（例えば、シグナルの相対強度）のいずれかであり得る。
マーカーの「対照量」は、マーカーの試験量に対して比較される任意の量または量の範囲であり得る。例えば、マーカーの対照量は、本発明のオリゴヌクレオチドまたは薬学的組成物の投与の前または投与の間の対象中のマーカーの量であり得る。対照量は、絶対量（例えば、ng/ml）または相対量（例えば、シグナルの相対強度）のいずれかであり得る。
「溶離剤」または「洗浄溶液」は、吸着剤へのマーカーの吸着を媒介するために使用され得る薬剤を指す。溶離剤および洗浄溶液はまた、「選択性閾値調節剤」とも称される。溶離剤および洗浄溶液は、プローブ基板表面から未結合物質を洗浄および除去するために使用することができる。
「分離する」、「分離」または「マーカーの分離」とは、試料中の少なくとも1つのマーカーを検出することを指す。分離には、選別とその後の差異検出によって、試料中の複数のマーカーを検出することが含まれる。分離では、混合物中の他のすべてのマーカーからマーカーを完全に選別することは必要ではない。
むしろ、少なくとも2つのマーカーを区別することができる任意の選別で十分である。
「検出する」とは、検出する対象の存在、非存在または量を同定することを指す。
「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーを指すために本明細書において互換的に用いられる。これらの用語は、天然アミノ酸ポリマーだけでなく、1つまたは複数のアミノ酸残基が対応する天然アミノ酸の類似体または模倣物であるアミノ酸ポリマーにも適用される。ポリペプチドは、例えば、糖タンパク質を形成するために糖質残基の付加によって修飾することができる。「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」は、非糖タンパク質だけでなく、糖タンパク質も含む。
「検出可能な部分」または「標識」は、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、または化学的手段によって検出可能な組成物を指す。例えば、有用な標識としては、32p、35S、蛍光色素、高電子密度試薬、酵素（例えば、一般にELISAで用いられるもの）、ビオチン−ストレプトアビジン、ジゴキシゲニン、抗血清もしくはモノクローナル抗体が利用できるハプテンおよびタンパク質、または標的に相補的な配列を有する核酸分子が挙げられる。検出可能な部分は、試料中の結合した検出可能な部分の量を定量するために使用することができる、測定可能なシグナル、例えば、放射性シグナル、発色性シグナルまたは蛍光性シグナルなどをしばしば生じる。検出可能な部分は、共有結合、またはイオン結合、ファンデルワールス結合もしくは水素結合のいずれかによって、プライマーもしくはプローブ中に組み込まれ得るか、またはプライマーもしくはプローブへ結合され得る；例えば、放射性ヌクレオチド、またはストレプトアビジンによって認識されるビオチン化ヌクレオチドの組み込み。
検出可能な部分は、直接的にまたは間接的に検出可能であり得る。間接的な検出は、検出可能な部分へ第2の直接的にまたは間接的に検出可能な部分を結合することを含み得る。例えば、検出可能な部分は、ストレプトアビジンに対する結合パートナーであるビオチンなどの、結合パートナーのリガンド、または、特異的にハイブリダイズすることができる相補的配列に対する結合パートナーであるヌクレオチド配列であり得る。
結合パートナーは、それ自体、直接的に検出可能であってもよく、例えば、抗体は、それ自体、蛍光分子で標識されていてもよい。結合パートナーはまた、間接的に検出可能であってもよく、例えば、相補ヌクレオチド配列を有する核酸は、他の標識された核酸分子とのハイブリダイゼーションによって次に検出可能となる分岐DNA分子の一部分であり得る（例えば、P. D. Fahrlander and A. Klausner, BiolTechnology 6: 1165 (1988) を参照のこと）。シグナルは、例えば、シンチレーション計数、濃度計測、またはフローサイトメトリーにより定量することができる。
「測定する」は、文法上すべての形式で、定量する場合には絶対的に、あるいは比較できる物理的実体または化学的組成物に対しては相対的に、物理的実体もしくは化学的組成物の量（モル量を含む）、濃度または質量を検出する、定量するまたは定性することを指す。
「抗体」とは、1つの免疫グロブリン遺伝子もしくは複数の免疫グロブリン遺伝子によって実質的にコードされているポリペプチドリガンド、またはその断片を意味し、これはエピトープ（例えば抗原）に特異的に結合し認識する。認識されている免疫グロブリン遺伝子としては、κおよびλ軽鎖定常領域遺伝子、α、γ、δ、εおよびμ重鎖定常領域遺伝子、ならびに無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。抗体は、例えば、完全な免疫グロブリンとして、または様々なペプチダーゼによる消化によって生じた十分に特徴づけられた多数の断片として存在する。これには、例えば、Fab'およびF(ab)'2断片が含まれる。「抗体」という用語には、本明細書において用いる場合、全抗体の改変によって産生されたか、あるいは組換えDNA手法を用いて新しく合成された抗体断片も含まれる。またこれには、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体または単鎖抗体も含まれている。抗体の「Fc」部分は、1つまたは複数の重鎖定常領域ドメイン、CH1、CH2およびCH3を含むが、重鎖可変領域を含んでいない、免疫グロブリン重鎖の一部を意味する。
「イムノアッセイ」は、抗原に特異的に結合するための抗体を用いるアッセイである。イムノアッセイは、抗原を単離し、標的化し、かつ／または定量するために特定の抗体の特異的結合特性を使用することを特徴とする。
抗体に「特異的に（または選択的に）結合する」という句、あるいは「〜と特異的に（または選択的に）免疫反応する」という句は、タンパク質またはペプチドを指す場合、タンパク質および他の生物製剤の不均一集団中のタンパク質の存在を決定するような結合反応を意味する。したがって、指定したイムノアッセイ条件下では、特定の抗体は、バックグラウンドの少なくとも2倍で特定タンパク質に結合するが、試料中に存在する他のタンパク質には有意な量では実質的に結合しない。かかる条件下での抗体への特異的結合には、特定タンパク質に対するその特異性に関して選択される抗体が必要とされ得る。例えば、ラット、マウス、またはヒトなどの特定の種に由来する精子塩基性タンパク質に対して産生されたポリクローナル抗体を選択して、精子塩基性タンパク質と特異的に免疫反応し、精子塩基性タンパク質の多型変異体および対立遺伝子を除いて他のタンパク質とは免疫反応しない、ポリクローナル抗体のみを得ることができる。この選択は、他の種に由来する精子塩基性タンパク質分子と交差反応する抗体を除外することにより達成することができる。種々のイムノアッセイフォーマットを用いて、特定タンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択することができる。例えば、固相ELISAイムノアッセイが、タンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択するために慣用的に用いられる（例えば、特異的免疫反応性の測定に使用可能なイムノアッセイフォーマットおよび条件の記載については、Harlow & Lane, Antibodies, A Laboratory Manual (1988)を参照されたい）。典型的には、特異的または選択的反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも2倍であり、より典型的には、バックグラウンドの10〜100倍を超える。
A．マーカーについての試料源
試料は、好ましくは生体液試料である。本発明において有用な生体液試料の例としては、血液、血清、尿、前立腺液、精液（seminal fluid）、精液（semen）、精漿および前立腺組織（例えば、その抽出物を含む、上皮組織）が挙げられる。
B．マーカーの検出
試料を得た後、試験される対象由来の試料中のマーカーを検出するために任意の好適な方法を用いることができる。例えば、気相イオン分光分析またはイムノアッセイを用いることができる。
1．質量分析
一態様において、本発明のマーカーは、質量分析を使用して、より好ましくは気相イオン分光分析を使用して、なおより好ましくは表面増強レーザー脱離／イオン化質量分析（「SELDI」）を使用して、検出される。SELDIは、生体分子のための気相イオン分光分析の改善された方法である。SELDIにおいて、分析物が適用される表面は、分析物捕捉、脱離（desorpttion）および／または脱離（desorption）において積極的な役割を果たす。
生体分子のための気相イオン分光分析の一般的な一つの方法は、MALDI（マトリックス支援レーザー脱離／イオン化）質量分析である。MALDIにおいて、分析物は典型的に、乾燥すると、分析物を捕捉する結晶を形成する、マトリックス材料と混合される。マトリックス材料は、さもなければ二分子分析物を断片化する、エネルギー源からのエネルギーを吸収する。
a)試料の調製
(i)前分画
一態様において、試料は、気相イオン分光分析へ供する前に前分画することができる。前分画は、分析のためにあまり複雑でない試料を提供するという利点を有する。他方では、それは、分析プロセスにおいて余分な工程を導入し、これは、例えば臨床状況において、魅力的でない場合がある。試料は、サイズ分画およびクロマトグラフィー分画を含むがこれらに限定されない、当技術分野において公知の任意の手段によって前分画され得る。
一態様において、試料は、気相イオン分光分析による分析の前に前分画され得る。好ましい分画方法は、ゲル排除クロマトグラフィーによる第1の分画を含む。分子質量が30 kDaを超える分子を排除するサイジングカラムが、このために特に有用である。
様々なサイズの画分は、次いで、直接、調べることができ、または陰イオン交換クロマトグラフィーに基づく第2の分画工程へ供することができる。陰イオン交換Qスピンカラムを使用して、マーカーは、低濃度の非イオン性界面活性剤（例えば、約0.05〜0.2% TritonX 100）と低〜中濃度(例えば、約0.1 M〜0.6 M)の塩とを含む低強度緩衝液(例えば、約10 mM〜50 mMトリス、HEPESもしくはPBS)を用いて溶出することができる。特に有用な緩衝液は、20 mMトリス、0.5 M NaClおよび0.1 % TritonX 100である。別の態様において、マーカーは、pH勾配を用いて溶出される。
(ii)被保持物クロマトグラフィー（retentate chromatography）
別の態様において、試料は、気相イオン分光分析の前に、被保持物クロマトグラフィーによってバイオクロマトグラフィーチップにおいて分画される。好ましいチップは、Ciphergen Biosystems, Inc. (Palo Alto, CA)製のProtein Chip（登録商標）アレイである。上述したように、チップまたはプローブは、質量分析計における使用に適している。チップは、その表面上に結合された吸着剤を含む。この吸着剤は、特定の適用において、インサイチュークロマトグラフィー樹脂として機能し得る。基本操作において、試料は、溶離剤溶液中で吸着剤へ適用される。吸着剤が洗浄条件下で親和性を有する分子は、吸着剤へ結合する。
吸着剤へ結合しない分子は、洗浄により除去される。吸着剤は、様々なストリンジェンシーレベル下でさらに洗浄され得、その結果、分析物は、保持されるかまたは分析について適切なレベルまで溶出される。次いで、エネルギー吸収分子が、脱離およびイオン化をさらに促進するために、吸着剤スポットへ添加され得る。分析物は、吸着剤からの脱離、イオン化、および検出器による直接検出によって検出される。従って、被保持物クロマトグラフィーは、親和性物質によって保持された分析物が検出されるのに対して、伝統的なクロマトグラフィーでは、親和性物質から溶出される物質が検出される点で、伝統的なクロマトグラフィーとは異なる。
マーカーセットのマーカーのための有用な吸着剤は、金属キレート吸着剤、特に銅である。この表面はまた、通常、PBSなどのpH中性緩衝液で洗浄される。好ましい表面は、Ciphergen Biosystems, Inc.製のIMAC3である。IMAC3は銅キレート吸着剤を含む。
本発明のマーカーのいずれかのための別の有用な吸着剤は、マーカーに特異的に結合する抗体である。1つまたは複数のマーカーへ結合する抗体を含むチップは、抗体へ結合せずかつ検出プロセスにおいて「ノイズ」として作用する非マーカーを除去するために特に有用である。
当業者に明らかであるように、種々のマーカーが、吸着剤および溶離剤の種々の組み合わせを用いてより容易に分離され得る。(iii)試料とエネルギー吸収マトリックスとの混合
MALDI適用において、分析される試料は、イオン化および質量分析の前にエネルギー吸収マトリックスと混合される。次いで、試料／マトリックス混合物は、不活性な質量分析計プローブの表面へ適用される。好適なマトリックス材料は、当業者に周知であり、3-ヒドロキシピコリン酸(3-ヒドロキシ-2-ピリジンカルボン酸)、ニコチン酸、N-オキシド、2'-6'-ジヒドロキシアセトフェノン、ゲンチシン酸(2,5-ジヒドロキシ安息香酸)、α-シアノ-4-ヒドロキシ桂皮酸、フェルラ酸(4-ヒドロキシ-3-メトキシ桂皮酸)、およびシナピン酸(3,5-ジメトキシ-4-ヒドロキシ桂皮酸)を含む。
MALDIの分解能は、分析される試料の複雑性によって制限される。従って、MALDI分析の前に前分画または他の方法で試料を精製することが好ましい。
(iii)分析前のマーカーの修飾
別の態様において、マーカーは、それらの分子量を変化させるために検出前に修飾される。これらの方法は、検出の曖昧さを低下させ得る。例えば、マーカーは、分析前にタンパク質分解性消化へ供され得る。任意のタンパク質分解酵素を使用することができる。マーカーを別個のいくつかの断片へ切断する可能性がある、トリプシンなどのタンパク質分解酵素が、特に有用である。消化により生じる断片は、マーカーについてのフィンガープリントとして機能し、それによって、間接的にそれらの検出が可能になる。これは、議論されているマーカーと混同され得る類似した分子質量を有するマーカーが存在する場合、特に有用である。さらに、タンパク質分解性断片化は、より小さなマーカーが質量分析によってより容易に分離されるため、高分子量のマーカーについて有用である。別の態様において、マーカーは、さらにそれらを識別する、分子マーカーへ特異的に結合する特定の分子量のタグの結合によって修飾することができる。b）レーザー脱離／イオン化質量分析の性能。マーカーが質量分析、好ましくは気相イオン分光分析によって検出された後、マーカーの試験量を決定することができる。例えば、シグナルが、関心対象のマーカーの分子量の場所に表示される。表示されたシグナルの強度または大きさに基づいて、試験される試料中のマーカーの量を決定することができる。試料中のマーカーの試験量を絶対単位で測定する必要はないが、マーカーの対照量と定性的にまたは定量的に比較することができる限り、相対単位であり得ることに注意されたい。例えば、検出されるマーカーの量は、バックグラウンドノイズに基づく相対強度によって表示され得る。好ましくは、マーカーの試験量および対照量は同一条件下で測定される。
必要に応じて、マーカーの絶対量は較正によって決定することができる。例えば、精製された既知のマーカーを、プローブ表面上の吸着剤の異なるスポットへ漸増量で添加することができる。次いで、各スポットからのピークを取得し、各スポットでの既知のマーカータンパク質の濃度に対してグラフにプロットすることができる。ピーク強度対濃度プロットから、試験される任意の試料中のマーカーの絶対量を決定することができる。
2．イムノアッセイ検出
検出方法の別の態様において、イムノアッセイを用いて、試料中のマーカーを定性的にまたは定量的に検出して分析することができる。この方法は、（a）マーカーに特異的に結合する抗体を提供する工程；（b）試料を抗体と接触させる工程；および（c）試料中のマーカーに結合している抗体の複合体の存在を検出する工程を含む。
マーカーに特異的に結合する抗体の調製には、精製されたマーカーまたはそれらの核酸配列を用いることができる。マーカーに関する核酸およびアミノ酸配列を、これらのマーカーのさらなる特徴づけにより得ることができる。例えば、各マーカーは、多数の酵素（例えばトリプシン、V8プロテアーゼなど）でマッピングされたペプチドでもよい。各マーカーからの消化断片の分子量は、様々な酵素により生成された消化断片の分子量とマッチする配列について、SwissProtデータベースなどのデータベースを検索するために用いられ得る。この方法を用いると、他のマーカーの核酸およびアミノ酸配列は、それらのマーカーがデータベース中の公知のタンパク質である場合、同定することができる。
あるいは、タンパク質を、タンパク質ラダーシーケンシングを用いて配列決定することができる。タンパク質ラダーは、例えば、分子を断片化し、断片を酵素消化に供することにより、または断片の末端から単一アミノ酸を連続して除去する別の方法により得ることができる。タンパク質ラダーの調製法は、例えば、国際公開公報WO 93/24834 (Chait et al.)および米国特許第5,792,664号(Chait et al)に記載されている。次いで、ラダーを質量分析により分析する。ラダー断片の質量における差異から分子末端から除去したアミノ酸を同定する。
マーカーがデータベース中の公知のタンパク質でない場合、マーカーのアミノ酸配列の一部であっても、その情報によって核酸およびアミノ酸配列を決定することができる。例えば、縮重プローブを、マーカーのN末端アミノ酸配列に基づいて作製することができる。次いで、これらのプローブを用いて、マーカーが最初に検出された試料から作製したゲノムまたはcDNAライブラリーをスクリーニングすることができる。陽性クローンを同定、増幅することができ、それらの組換え型DNA配列を、周知の技術を用いてサブクローニングすることができる。例えば、Current Protocols for Molecular Biology (Ausubel et al., Green Publishing Assoc. and Wiley-Interscience 1989)およびMolecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed. (Sambrook et al., Cold Spring Harbor Laboratory, NY 1989)を参照のこと。
精製マーカーまたはそれらの核酸配列を用いて、マーカーに特異的に結合する抗体を、当技術分野において公知の好適な方法を用いて調製することができる。例えば、Coligan, Current Protocols in Immunology (1991)；Harlow & Lane, Antibodies: A Laboratory Manual (1988)；Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice (2d ed. 1986)；およびKohler & Milstein, Nature 256:495-497 (1975)を参照のこと。そのような技術としては、これらに限定されないが、ファージまたは同様のベクター中の組換え抗体のライブラリーからの抗体の選別による抗体の調製、ならびにウサギまたはマウスを免疫化することによるポリクローナルおよびモノクローナル抗体の調製が挙げられる（例えば、Huse et al, Science 246: 1275-1281(1989)；Ward et al., Nature 341 :544-546 (1989)を参照のこと）。
抗体が提供された後、マーカーを、任意の多数のよく認識されている免疫学的結合アッセイを用いて検出および／または定量することができる（例えば、米国特許第4,366,241号；同第4,376,110号；同第4,517,288号；および同第4,837,168号を参照のこと）。有用なアッセイとしては、例えば、酵素免疫吸着測定法（ELISA）などの酵素イムノアッセイ（EIA）、放射免疫アッセイ（RIA）、ウェスタンブロットアッセイまたはスロットブロットアッセイが挙げられる。一般的なイムノアッセイの総説については、Methods in Cell Biology: Antibodies in Cell Biology, volume 37 (Asai, ed. 1993)；Basic and Clinical Immunology (Stites & Terr, eds., 7th ed. 1991)も参照のこと。
一般的に、対象から得た試料は、マーカーに特異的に結合する抗体と接触させることができる。任意で、抗体と試料を接触させる前に、該抗体を、複合体の洗浄および続く単離を促進するために、固体支持体に固定することができる。固体支持体の例には、例えば、マイクロタイタープレート、スティック、ビーズまたはマイクロビーズの形態の、ガラスまたはプラスチックが含まれる。抗体はまた、上述のプローブ基板またはProteinChip（登録商標）アレイに結合させることも可能である（例えば、Xiao et al, Cancer Research 62: 6029-6033 (2001)を参照のこと）。試料は、好ましくは、対象から採取された生体液試料である。生体液試料の例としては、血液、血清、尿、前立腺液、精液（seminal fluid）、精液（semen）、精漿および前立腺組織（例えば、その抽出物を含む、上皮組織）が挙げられる。好ましい態様において、生体液は精漿を含む。試料を抗体へ接触させる前に、試料は好適な溶離剤で希釈することができる。
試料を抗体とインキュベートした後、混合物を洗浄し、形成された抗体-マーカー複合体を検出することができる。このことは、洗浄した混合物を、検出試薬と一緒にインキュベートすることによって達成可能である。この検出試薬は、例えば、検出可能な標識で標識された二次抗体であってよい。例示的な検出可能な標識としては、磁気ビーズ（例えば、DYNABEADS（商標））、蛍光色素、放射標識、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシド、アルカリホスファターゼ、およびELISAで一般に使用されている他の酵素）、ならびに、コロイド金または着色ガラスまたはプラスチックビーズなどの比色標識が挙げられる。あるいは、試料中のマーカーを、間接アッセイを用いて検出することができ、この場合、例えば、第2の標識抗体を用いて、結合したマーカー特異的抗体を検出し、かつ／あるいは、試料中のマーカーを、競合アッセイまたは阻害アッセイにおいて検出することができ、この場合、例えば、マーカーの異なるエピトープに結合するモノクローナル抗体を同時に混合物とインキュベートする。
アッセイ中、試薬の各混合の後には、インキュベーションおよび／または洗浄工程が必要とされる場合がある。インキュベーション工程は、約5秒から数時間まで、好ましくは約5分から約24時間まで変動させることができる。しかし、インキュベーション時間は、アッセイフォーマット、マーカー、溶液体積、濃度等によって決まる。通常、アッセイは周囲温度で実施されるが、10℃〜40℃などの温度範囲で実施されることができる。
イムノアッセイ技術は当技術分野において周知であり、適用可能な技術の一般的総説は、上記Harlow & Laneに見出すことができる。イムノアッセイを、対象由来の試料中のマーカーの試験量を決定するために使用することができる。まず、試料中のマーカーの試験量を、上述のイムノアッセイ法を用いて検出することができる。マーカーが試料中に存在したならば、マーカーは、上述の適切なインキュベーション条件下で、マーカーに特異的に結合する抗体と抗体-マーカー複合体を形成する。抗体-マーカー複合体の量を、標準と比較することによって決定することができる。上述したように、測定単位を対照量と比較することができる限り、マーカーの試験量を絶対単位で測定する必要はない。
C．バイオマーカー
好適なバイオマーカーは、例えば、以下のタンパク質のうちの1つまたは複数を含み得る：phosphpレプチン、GM-CSF、IL-20、MIP-1a(CCL3)、MMP-7、SAAおよびsCD40L。
いくつかの局面において、好適なバイオマーカーは、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、レプチン、IL-1RA、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10またはそれらの組み合わせを含む。
いくつかの局面において、好適なバイオマーカーは、リンパ球数および血小板数を含む。血漿から血小板およびリンパ球を得て計数する方法は、当技術分野において周知である。
インビボでのBCL2の発現と相関するその他のバイオマーカーを本発明において使用してもよい。好適なバイオマーカーは、アポトーシス促進経路もしくは抗アポトーシス経路に関与するその他の遺伝子または両方の混合物であり得る。
D．キット
本発明の態様は、以下を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後のBCL2発現の下方制御を測定するためのキットを含む：生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出するためのプローブであって、バイオマーカーが、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、ΜΙΡ-1β、およびIP10、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、プローブ。
好適なプローブは、本明細書に引用される任意の他のプローブを含み得る。
Christine F. Garcia and Steven H. Swerdlow (2009) Best Practices in Contemporary Diagnostic Immunohistochemistry: Panel Approach to Hematolymphoid Proliferations. Archives of Pathology & Laboratory Medicine: May 2009, Vol. 133, No. 5, pp. 756-765 https://www.labcorp.com/wps/wcm/connect/IntOncologyLib/integratedoncology/resources/pdfs/test+requisition+forms/test-requisition-form-hematology-oncology
IV．癌療法の実施例
本発明のある好ましい態様および局面を実証しさらに説明するために、以下の実施例を提供する。これらは本発明の範囲を限定するように解釈されるべきではない。
実施例1：癌タイプごとのPNT-2258の効力
単独のおよび他の化学療法剤と併用したPNT-2258の有効性に関する以前の動物モデル研究において、PNT2258の効力は、特定の癌においてBCL2発現の増加と共に増加するようであった（図1を参照；即ち、ダウディ-バーキットリンパ腫；前立腺(PC-3)；黒色腫(A375)；びまん性大細胞型リンパ腫(WSU-DLCL2)）。
実施例2：様々な癌を有するヒト患者における用量範囲研究の実験設計
進行性固形腫瘍を有するヒト患者におけるPNT2258の非盲検・単一群・第1相用量漸増研究。患者は、21日サイクル(3週間)の5連続日（第1日〜第5日）について1日1回2時間の静脈内注入としてPNT2258を受けた。初回用量レベルは1 mg/m2であった。64 mg/m2用量レベルが完了されるまで、用量を倍増した（例えば、コホート1 = 1 mg/m2；コホート2 = 2 mg/m2；コホート3 = 4 mg/m2）。その後、用量漸増を、30 mg/m2の増加量で増加を進めて、次の用量レベルを90 mg/m2とし、その後の用量漸増においては120 mg/m2および150 mg/m2まで続けた。≦64 mg/ m2で投薬された患者が第1サイクルの間に≧グレード2の毒性を経験した場合（脱毛、最大未満の制吐処置を伴う悪心または嘔吐、および最大未満の止痢処置を伴う下痢を除く）、DLT（用量制限毒性）の順守によって指導される患者3〜6人のコホートを用いて用量を33%ずつ増加させた。
この研究についてのDLTを、第1サイクルの間に経験した以下の処置関連事象として定義した：
−5日を超える持続期間のグレード4の好中球減少症、または任意の持続期間のグレード3以上の発熱性好中球減少症。
−グレード4の血小板減少症。
−任意のグレード3以上の非血液学的毒性（脱毛、制吐薬で十分制御される悪心／嘔吐、およびベースラインで上昇したまたは臨床的に有意でないと思われた検査所見の異常を除く）。
−2週間を超える処置遅延をもたらす任意の毒性。
−研究から外すことを必要とする急性注入反応（即ち、注入中断およびより遅い速度での再開後にベースラインまたは≦グレード1へと回復しない）。
−ベースライングレード1または2異常を有する患者についてのAST(SGOT)/ALT(SGPT)の2グレードの増加。
各サイクル開始時の用量は、ベースライン以後10%以上の変化がない限り、第1サイクルの第1日において投薬前に得られた患者の算出された体表面積に基づいて算出した。10%以上の変化があった場合、最新の体重を用いて、そのサイクルについての用量を算出した。
患者が注入の間に処置に対して急性反応を示した場合、注入速度を研究者の判断に従って低下させてもよく、または反応がベースラインまたは≦グレード1へと回復するまで注入を中断してもよい；しかし、中断を含む総注入時間は6時間を超えてはいけない。毒性がベースラインまたは≦グレード1へと回復しなかった場合、注入は終了し、その患者を研究から外した。臨床的に有意な注入反応を経験した患者には、その後の投薬の前にプレメディケイションを受けさせた。
患者の大部分は、21日サイクル(3週間)の5連続日（第1日〜第5日）について1日1回2時間の静脈内注入としてPNT2258を受けた。しかし、数人の患者は、第1サイクルまたは第2サイクルのいずれかの間、3分の1（6時間）または半分（4時間）の投薬速度でPNT2258を受けた。さらに、数人の患者は5連続日の間ではなく4連続日の間PNT2258を受け、または数人の患者は28日サイクル(4週間)の一部としてPNT2258を受けた。全体として、1〜150 mg/m2の用量範囲が十分に許容された。投薬速度および投薬計画を、患者の耐容性およびアベイラビリティに適合させ、投薬の間クリニックへ戻し、それによって、種々の投薬レジメンでのPNT2258についてのサポートを提供した。
図2は、患者の情報ならびに用量および安全性研究への割り当てを提供し、さらに研究ごとの特定の癌タイプを有する患者の数を示す。
実施例3：研究の間の腫瘍反応
対象患者が研究に残留したサイクル数の中央値は、2サイクルである。患者が研究に残留した期間中央値は6週間である。PNT2258で処置された数人の患者は、図3に示されるように、6〜8サイクル（即ち、16〜24週間）の間、研究に残留したことに注意のこと。安定した疾患により最も長く研究に留まった患者は、BCL2依存性であることが公知の腫瘍タイプと十分に一致し、細網内皮系（RES）の組織中にあることに注意することは、興味深い。
血漿バイオマーカーの結果（下記参照）から明らかになった追加の因子は、ほとんどの患者において見られたレプチンの上方制御である。理論によって制限されないが、最も良く応答した患者の多くは、メタボリックシンドロームを示唆するグルコースおよびコレステロールプロフィールまたは増加した炎症状態を有した。低グレードの慢性炎症状態は、細胞生存を増強する多くの経路の上方制御を誘導することは、周知である。これらの炎症状態は、多くの癌タイプと強い関連を有する。BCL2は、上方制御される経路のうちの1つである。レプチンシグナル伝達は、癌、特に乳癌と関連する別の経路である。
持続性の低グレードの炎症を有する患者は、インスリンおよびレプチンシグナル伝達の両方に対して抵抗性であることが示された。従って、BCL2下方制御に対して抵抗性を与え得るレプチン上方制御が観察されるが、これらの患者は、減少したレプチンシグナル伝達感受性によりいくらか低い程度の全身炎症マーカートラフィックを有する患者と同程度には、代償マーカーに対して応答しないようである。あるいは、レプチンの増加はBCL2転写の増加と関連するので（Lam, Q.L.K. et al. (2010) Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 107: 13812-13817を参照のこと）、レプチンによって作られるフィードバックループは、BCL2転写を遮断するPNT2258の作用機序が増強される環境を作り得る。PNT2258はIL-RA（抗炎症効果と相関するマーカー）を増加させ、このことは、随伴性炎症を有する患者（例えば、メタボリックシンドロームを有するもの）と関連し得る有利な抗炎症効果をさらに支持する。
実施例4：PNT2258の投薬前および投薬後の対象末梢血単核細胞（PBMC）中のBCL2発現の分析
末梢血単核細胞（PBMC）は、関心対象のタンパク質が腫瘍細胞およびPBMCの両方において発現される場合に、腫瘍組織／細胞の代用物として広く使用されている。
患者由来のPBMC標本を、PNT2258での第I相研究の一部としてSan Antonio, TXにあるSTARTクリニックで収集した。標本をドライアイス上で試験現場へ送付し、処理まで-70℃で保存した。0.5 mL PBS中の懸濁液として臨床現場で凍結されたPBMCを、濃縮された10x溶解緩衝液（最終濃度0.1% Triton X-100、20 mM EDTA、5 mMトリス pH 8、1 mMオルトバナジウム酸ナトリウム、2 mM PMSF、および各々1%のプロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤カクテル）の存在下で氷上にて解凍し、次いで、10分間水浴中で超音波処理し、-70℃で24時間凍結させた。溶解物を4℃で15分間7,000 RCFでの遠心分離によって清澄化し、上清を新たなチューブへ取り出した。20マイクロリットルアリコートを、micro BCAアッセイ(Thermo Fisher Scientific, Rockford, IL)を用いるタンパク質濃度の測定のために採取し、BCL2、リン酸化BCL2、GAPDH、活性カスパーゼ-3および活性PARPについてアッセイするまで残りの試料を-70℃で凍結させた。
ELISAアッセイ
以下のヒト特異的定量的ELISAキットを使用した：Platinum ELISA for BCL2（P.N. BMS244/3, eBioscience, Vienna, Austria）、Quantikineヒト活性カスパーゼ-3 ELISA（P.N. KM300, R&D Systems, Minneapolis, MN）、活性(切断)PARP (214/215)（P.N. KHO0741, Invitrogen, Camarillo, CA）、およびヒトグリセルアルデヒド3-リン酸デヒドロゲナーゼ（GAPDH；P.N. KT-16442, Kamiya Biomedical Company, Seattle, WA）。プロテアーゼ阻害剤カクテル（P.N. P8340）および広範囲ホスファターゼ阻害剤カクテル（それぞれ、P.Nos. P5726およびP2850）、ならびに炭酸-重炭酸塩緩衝液カプセル（P.N. C3041-50CAP）を、Sigma-Aldrich, St. Louis, MOから得た。
phospho-BCL2 (Ser70) ELISAの開発のために、ウサギIgG抗ヒトphospho-BCL2(Ser70)ポリクローナル抗体(Pierce/Thermo Fisher Scientific Inc, Rockford, IL；P.N. PA1-14063)およびヒトBCL2に対するウサギポリクローナル抗体(P.N. ab59348, Abcam, Cambridge, MA)を使用した。phospho-BCL2(Ser70)に対する抗体（PA1-14063）の調製において免疫原としても使用された、ヒトphospho(ser70)BCL2のリン酸化部位の周りのアミノ酸配列に対応する合成ペプチド（R-T-phospho-S-P-L；「ペンタペプチド」とさらに称される；純度96.89%）を、Biomatik, Cambridge, ON, Canadaから購入した。
phospho- BCL2(Ser70)ELISAの開発において、パクリタキセル刺激Jurkat細胞溶解物（EMD Millipore Corporation, St. Charles, MO；P.N. 47-206）を陽性対照として使用し、未刺激Jurkat細胞溶解物（EMD Millipore Corporation, St. Charles, MO；P.N. 47-206）を陰性対照として使用した。Cliniplate EBV 96-ウェル（P.N. 95019330）高親和性タンパク質結合プレート、QuantaBlu蛍光性ペルオキシダーゼ基質キット（P.N. 151569）、Restore Western Blot Stripping Buffer（P.N. 21059）、ならびにSuperSignal West Pico Stable PeroxideおよびLuminal Enhancer溶液（P.Nos. 1859674および1859675）を、Thermo Fisher Scientific (Waltham, MA)から購入した。
ウェスタンブロット
PBMC溶解物の5μLアリコートを、15μLの還元SDS緩衝液へ添加し、ビオチン化タンパク質ラダー（Cell Signaling Technology, Beverly, MA）およびKaleidoscopeプレ染色タンパク質標準（Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA）と共に4-15% Criterion TGX SDSポリアクリルアミドゲル（Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA）中で分離した。ゲルを、Hybond-Cニトロセルロース（Amersham Biosciences, Piscataway, NJ）へトランスブロットし、膜を5% ECL Advanceブロッキング溶液（Amersham Biosciences, Piscataway, NJ）中でブロッキングした。膜を以下のウサギ抗ヒトモノクローナル一次抗体と共に4℃で一晩インキュベートした：phospho-BCL2(Ser70)（クローン5H2, P.N. 2827, Cell Signaling, Danvers, MA）およびトータルBCL2（P.N. ab59348, Abcam, Cambridge, MA）、両方とも1:1,000希釈。先ず、phospho-BCL2プロービングを行った。次いで、トータルBCL2の検出のために、膜をストリッピング緩衝液との15分間のインキュベーションによって先ずストリッピングし、洗浄し、上述したようにブロッキングした。抗ウサギIgG HRPコンジュゲートを二次抗体として（P.N. SAl-5910, Thermo Fisher Scientific, Rockford, IL）1:2,000希釈で使用し、室温で1時間インキュベーションした。全ての抗体を2.5% ECL Advanceブロッキング溶液で希釈した。標的タンパク質を、ECL Advanceウェスタンブロット検出キットを用いた増強化学発光によって視覚化し、Hyperfilm-ECLフィルム（両方ともAmersham Biosciences製）上にキャプチャーした。標的タンパク質の分子質量を標準に対して確認した。画像をデンシトメーターによって得、ImageQuantソフトウェア(Molecular Dynamics)を用いて定量化した。
ELISAによるタンパク質の免疫学的検出
トータルBCL2、活性カスパーゼ-3、活性PARPおよびGAPDHについてのELISAを、これらのキットに含められた適切な標準を用いて供給業者の説明書に従って行った。全ての標準を7連続希釈にて二つ組で測定した；溶解緩衝液を陰性対照として使用する。総タンパク質濃度0.1 mg/mLで試料を試験することが当初は提案されていたが、多くの溶解物中の総タンパク質濃度が低かったため、追加の希釈なしで試料を三つ組でアッセイした。
リン酸化BCL2(Ser70)に対するELISAの開発
ヒトphospho BCL2 (Ser70)のレベルの測定についてのインハウスELISAプロトコルを開発するために、ELISA開発3;4についてのプロトコルに基づく3つの異なるセットの条件を、96-ウェルフォーマットで、行A〜H、列1〜12において以下のセットアップを用いて調べた：
A ペンタペプチド 20,000 ng/mL
B ペンタペプチド 2000 ng/mL
C ペンタペプチド 200 ng/mL
D ペンタペプチド 20 ng/mL
E ペンタペプチド 2 ng/mL
陽性対照 F Jurkat T細胞 パクリタキセル刺激 5μg/mL
陰性対照 G Jurkat T細胞7.6.4 10μg/mL
ブランク H 抗原希釈緩衝液 0
直接捕捉ELISA（PBS中）
PBS中ウシ血清アルブミン(10μg/mL)を抗原希釈緩衝液として使用した。5連続希釈のペンタペプチド（行A〜E）、パクリタキセル刺激Jurkat細胞溶解物（行F）、未刺激Jurkat細胞溶解物（行G）、および抗原希釈緩衝液のみ（行H）を、96-ウェルCliniplateの列1〜12に50μLの容積でプレーティングした。プレートを密閉し4℃で一晩保存した。ウェルを洗浄緩衝液340μL（PBS中0.05% Tweeen-20）で100 rpmにて水平振盪機で振盪しながら4回洗浄し（各1分）、室温で2時間、PBS中5%の脱脂粉乳100μLでブロッキングした。ウェルを上述のように洗浄し、抗体希釈緩衝液（PBS中1%脱脂粉乳）中に1:10,000で調製したphospho BCL2(Ser70)に対する抗体（ab28819）と共に室温で2時間インキュベートした。これは、供給業者のプロトコルに従うELISAについての抗体の推奨希釈であった。上述のように4回洗浄後、行A〜Dを、抗体希釈緩衝液中に1:2000で希釈されたヤギ-抗-ウサギHRPコンジュゲートと共に室温で1時間インキュベートし、一方、行E〜Hを、1:5000希釈で同一の抗体と共にインキュベートした。上述のように洗浄した後、100μL QuantaBlu蛍光性ペルオキシダーゼ基質溶液を、各ウェルへ添加し、室温で30分間インキュベートし、次いで、90μLアリコートを、透明底白色蛍光プレートの対応するウェルへ移し、蛍光（355 nmで励起、460 nmで発光）を記録した。
直接捕捉ELISA（炭酸/重炭酸塩緩衝液pH 9.6）
プロトコルは、プレートへのタンパク質結合を最大にするために0.2 M炭酸/重炭酸塩緩衝液pH 9.6を用いてプレーティング用の抗原を調製したこと以外は、上述したものの繰り返しであった。プレートの半分（列1〜6）をPBS中5%の脱脂乳中でブロッキングし、別の半分（列7〜12）をPBS中5%のBSA中でブロッキングした。その後の抗体溶液は、ブロッキング溶液の組成に一致するように1%乳またはBSAのいずれかにおいて調製した。さらに、第1抗体を、1:2000（列1、4、7、および10）、1:4000（列2、5、8、および11）および1:8000（列3、6、9、および12）にて複数の希釈で調べた。第2抗体を、1:1000（列1〜3および7〜9）および1:2000（列4〜6および10〜12）で試験した。
サンドイッチELISA
Cliniplateの96ウェルの全てを、0.2 M炭酸/重炭酸塩緩衝液pH 9.6中に1:1000で希釈されたphospho BCL2(Ser70)抗体（捕捉抗体）の溶液100μLでコーティングし、プレートを密閉し、4Cで一晩インキュベートした。上述のように洗浄した後、0.2 M炭酸/重炭酸塩緩衝液pH 9.6中に調製された抗原溶液を、行A〜H、列1〜12にプレーティングし、プレートを密閉し、4Cで一晩インキュベートした。次の工程を、BCL2に対するウサギポリクローナル抗体を第1抗体として用いたこと以外は、炭酸/重炭酸塩緩衝液pH 9.6中の直接捕捉ELISAについての概要に従って行った。
結果
ベースライン（投薬前）およびPNT2258の投薬後第5日からのBCL2、活性化（リン酸化）BCL2、カスパーゼ-3およびPARP切断のパーセント変化を、図4（左）に示す。患者の大部分が、PNT2258投薬後にBCL2の減少を示した。さらなる証拠が、カスパーゼ-3およびPARP切断の増加の観察において、BCL2の減少について提供される。BCL2の減少は、アポトーシス細胞死の特徴である、カスパーゼ酵素の活性化およびPARPの切断に至る事象のカスケードを開始させる。
BCL2の用量依存的減少が、およそ100 mg/m2での用量飽和を伴ってPNT2258処置後に見られた（図4、右）。対象患者腫瘍タイプにわたってデータを調べることによって、興味深い結果が得られる。ここで、BCL2減少の程度に差があるようであり、膵臓癌、肺癌および肉腫癌が最大のパーセンテージを示している（図5）。注目すべきことに、前立腺癌および結腸直腸癌は、恐らく処置に応答して、BCL2を増加させることによってPNT2258に応答するようである。
PBMC中のBCL2ノックダウンの程度は、BCL2レベルを調節するPNT2258の能力を過小評価している可能性がある。これは、PBMCがNK細胞およびT細胞（リンパ球、好塩基球、単球、好酸球）からなり、この測定は非常に時間依存性であるという事実に起因する。リンパ球、好塩基球、単球の減少が、PNT2258処置後に見られる。従って、サンプリングされるPBMC集団は、(1)静止しており活性細胞周期にない細胞、または(2)新たに放出された細胞であり得る。BCL2レベルが高度に抑制される場合に、細胞は恐らく除去されるという事実によって、それはさらに複雑になる。
実施例5：PNT2258が投薬された患者におけるリンパ球および血小板数／カウントの分析
リンパ球はBCL2の強力な発現体であり、それらの排除はBCL2依存性である。BCL2は、ショートBH3ドメイン内で他のBCL2ファミリーメンバーに類似するタンパク質の別個のサブグループに属するアポトーシス促進性タンパク質であるBimを捕捉する。Bimは、造血細胞恒常性のために必須である。PNT2258は、BCL2の標的化により、一過性の、しかし明確に測定可能なリンパ球減少を引き起こした（図6）。リンパ球は、PNT2258投与の間、減少するようであり、100X投与付近で用量飽和を伴う。
血小板減少症は化学療法剤の一般的な副作用である。BCL2標的化剤について、血小板減少は用量制限毒性になり得る。この毒性は、BCL2ファミリーメンバーを調節し、それによって血小板のアポトーシス性排除を増強するオンターゲット効果に起因し得る。
PNT2258で観察された血小板減少症は、循環血小板に対してではなく、骨髄および脾臓（RES組織）に対するBCL2抑制およびリポソーム担体効果の作用であり得る。用量依存的血小板最下点が第5日〜第9日に生じ、これは、巨核球およびオンターゲットbcl-2効果に主に起因する効果を示唆している。データは、PNT2258投薬後の血小板数の低下傾向を示唆しており、これは、第5日に観察された効果および第9日での最下点を伴ってコホート7で始まった（図7）。この研究で見られた減少および一過性効果のタイミングは、PNT2258が循環血小板ではなく巨核球に影響を与えるという考えに一致する。血小板は無核であり、従ってPNT2258によって影響を受けない。他方で、巨核球は、成熟後に血小板を生成する。巨核球は、主に骨髄および脾臓によって産生され、DNAを64倍ほど増幅するプロセスである、拡大および核内有糸分裂によって、血小板生合成を可能にするようにそれらの細胞質および膜を適合させる。理論によって制限されないが、現時点では、PNT2258は作用すると考えられ、従って、血小板産生に影響を与え得、より高い用量で見られる血小板の一過性かつ遅延した低下傾向の原因であり得る。対照的に、即時型の血小板減少症がABT-263で観察されており、これは、それらの排除を引き起こす、循環細胞中のBCL2、Bcl-xLおよびMcl-1のその標的化破壊に恐らく起因する。
実施例6：マウスモデルにおけるPNT2258投与後の血漿タンパク質バイオマーカー
多重イムノアッセイを、上記の研究に登録されたヒト対象において行われたイムノアッセイとの比較として使用するために、2匹のマウスモデルにおいてPNT-2258による投与後に行った（データは次の実施例において提供する）。
免疫適格性の雌のBalb/cマウス16〜18週齢、体重およそ25 gをTaconic Farms (Hudson, NY)から購入した。動物を、送達後に少なくとも72時間、実験環境に順化させた。以下の調製物を注射のために使用した：PNT2258、PNTE（中空リポソーム）、およびPNT2258と同一のリポソーム組成物中に封入されたスクランブルオリゴヌクレオチド（スクランブル）を使用し、最終濃度2 mg/mLまで無菌PBSで希釈した。マウスに、10 mg/kgの用量に対応する120 uL調製物を注射した。動物を注射後24時間で屠殺し、血漿の調製のために直ちに放血した。
同様のプロトコルを、WSU-DLCL2異種移植断片が移植された4〜6週齢の雌のC.B-17 SCIDマウスについて使用した。腫瘍が300〜400 mm3の体積を達成した時に、これらのマウスをPNT2258またはスクランブル対照で処置した。
SMARTICLES中に封入されたPNT100のスクランブル配列に対してPNT2258（SMARTICLES中に封入されたPNT100）を、正常マウス（適応免疫および自然免疫を有する）またはWSU-DLCL2腫瘍異種移植片を有するマウス（自然免疫のみを有する）に投与した。
Luminex多重イムノアッセイについての方法
アッセイは、マウス分析物（Streeper R.T., Diaz A., Campos D., Michalek J., Louden C, Furmaga W., Izbicka E. (2011) Syntra-5 downregulates inflammatory signaling in obese type 2 diabetes murine model in vivo. Curr. Topics Nutraceutical Res. 9:1-12）およびヒト分析物（Izbicka E., Streeper R.T., Michalek J., Louden C., Diaz A., Campos D. (2012) Plasma biomarkers distinguish non-small cell lung cancer from asthma and differ in men and women. Cancer Genomics Proteomics 9(1):27-35）について記載されたような標準プロトコルに従った。Luminexバイオアッセイについての方法は、例えば、US 7,888,051、およびIzbicka, E. et al. (2012) Cancer Genomics & Proteomics 9:27-36にさらに記載されている。
以下の血漿タンパク質分析物を、Affymetrix (Fremont, CA, USA)製のProcartaキットを用いてマウスにおいてアッセイした。
マウス37プレックス
Figure 2016509572
全ての標本をキット製造業者プロトコルに従って二つ組でアッセイした。多重イムノアッセイを、Luminex 100 IS System (Luminex Corporation, Austin, TX)を用いて行った。分析物濃度を、Bio-Plex Manager 4.1.1 (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA)を用いて標準曲線から算出した。
正常Balb/cマウス：
結果は、正常マウスにおいて、SMARTICLES中に封入されたオリゴヌクレオチドは両方とも、観察されたIFNγ、IL-12p40、IL-6、MCP-1、MCP-3およびRANTESの上昇を伴って、典型的な免疫応答を示したことを実証している（図8）。データは、ビヒクル対照と比較してこれらの2つの群間でこれらのマーカーについて有意な生化学的または統計学的差異を示していない。
PNT2258およびスクランブル対照は、免疫マーカーであるG-CSF、GM-CSF、IL-12p70、IL-10、IL-1b、IL-1a、一連の他のマーカー、およびレプチンの減少を示した；IL-12p40ならびにケモカインであるMCP-1、MCP-3およびRANTESの増加が見られた。
WSU-DLCL2異種移植片ヌードマウス：
抗腫瘍効果が評価された同一のモデルにおける、SMARTICLES中に封入されたスクランブル対照およびPNT2258の試験は、免疫効果が抗腫瘍活性に寄与するかどうかを試験するためのよりよいシステムを示す。重要なことには、異種移植片は、恐らく、免疫抑制され得る患者により近い。
結果は、両方の粒子が、正常マウスと同様に、観察されたG-CSF、IFNγ、IL-12p40、IL-6、MCP-1、MCP-3およびRANTESの上昇を引き起こしたが、これらのマーカーの増加の大きさは、正常マウスよりも異種移植片において遥かに大きく、場合によっては最大10倍より高かったことを示している（図9）。PNT2258およびスクランブル間で統計的に有意に異なる差異はなかったが、傾向はPNT2258がより少ない上昇を引き起こすことを示唆している。結果はまた、レプチン、GM-CSF、IL-12p70、IL-10、IL-1b、IL-1a、および一連の他のマーカーの減少を示している。
実施例7：ヒト患者におけるPNT2258投与後の血漿タンパク質バイオマーカー
標本および化学物質
ヒトPBMC標本を、EDTA Vacutainer中の正常で健康なドナーの全血から得、Ficoll-Paque密度勾配遠心分離を用いて単離し、SeraCare (Milford, MA)から購入した。凍結された調製物を、使用するまで液体窒素中に保存した。Toll様受容体（TLR）アゴニスト：TLR3；poly(I:C)LMW、TLR7；イミキモド、およびTLR9；ODN2006を、InvivoGen (San Diego, CA)から購入した。PNT2258、PNTE（中空リポソーム）、およびPNT2258と同一のリポソーム組成物中に封入されたスクランブルオリゴヌクレオチド（スクランブル対照）を使用した。
細胞処理
5バイアルのPBMC(300万/mL)を37℃で水浴中で解凍し、10% FBSおよび0.1% Pen/Strepを含む40 mLの予め加温されたRPMI1460(フェノールレッドフリー, Gibco)（完全培地）で洗浄し、同一の培地で5x105細胞/mLへ調節し、1ウェル当たり5x105細胞で24-ウェルプレート中にプレーティングした。37℃で1時間平衡化した後、PBMCを、各々、7.5、1.5および0.3μΜの最終濃度で、(a) PNT2258、スクランブル対照または中空リポソーム対照で処理した。注：中空リポソームの同一希釈物を、完全培地中で調製し、PBMCへ添加した。未処理対照を含めた。セット(a)の2つの同一のレプリケートを調製し、(b) poly(I:C) (10μg/mL)およびイミキモド(0.25μg/mL)ならびに(c) ODN2006; (0.5μg/mL)による処理に曝露した。TLRアゴニストの濃度をInvivoGen仕様書による推奨範囲内に入るように選択した。37℃で加湿インキュベーター中にて24インキュベーションした後、細胞を、標識したEppendorfチューブへ移し、遠心分離によってペレット化した。多重イムノアッセイのために、馴化培地を新しいチューブへ取り出し、凍結させた。残りの細胞を完全培地中に再懸濁し、MTSアッセイを用いて生存能について試験した。
54分析物の多重イムノアッセイを用いて、患者の血漿中でPNT2258に対して応答性または抵抗性のバイオマーカーを同定した。これらの分析物を下記の表に示す。
ヒト54プレックス
Figure 2016509572
薬物処置の連続過程にわたってPNT2258の投与の前および後（8および24時間後）にタイムポイントをとった。マーカー選択結果を下記の表に示す。
選択された結果
Figure 2016509572
図10に示されるスパイダープロットは、PNT2258処置後の患者応答を示す。多くのマーカーが統計的有意性を示すが（上記の表を参照のこと）、重要なマーカーのみが、2倍またはそれ以上影響を受けている（アスタリスクで注釈が付けられる）。PNT2258は、以下のマーカーの統計的に有意な用量依存的変化を誘導した：レプチンおよびGM-CSFは増加した；IL-20、MIP-1a(CCL3)、MMP-7、SAAおよびsCD40Lは減少した。さらに、IL-RA（インターロイキン受容体アゴニストはIL-1αおよびIL-1βの炎症効果を遮断するように機能する）およびIP-10（骨髄に対するPNT2258の効果を確認する；コロニー形成の減少と関連）の増加は、抗炎症および抗腫瘍活性を示唆している。MIP-1βおよびMCP-1は、ナノ粒子としてのPNT2258の認識をシグナル伝達し、自然免疫細胞の動員を示唆する。
図10および11に示されるマーカーは、BCL2調節と関連し得る。血漿レプチンレベルの増加が細胞BCL2レベルの抑制と関連しているという多数の論文が科学文献に含まれる。本発明者らの知る限りでは、BCL2の抑制が血漿レプチンの増加と関連していることを報告する論文は存在しない。理論によって制限されないが、本発明者らは、レプチンおよびBCL2が相反する目的で生化学的に作用する、即ち、BCL2の抑制は、本発明者らの標的を治療的に攻撃することを示すレプチンの代償性増加をもたらすことを提案する。投薬量の増加はレプチンレベルの増加を伴った。
同様に、GM-CSFは、PNT2258処置と共に用量依存的様式で増加した。GM-CSFは、白血球増殖因子として機能する。GM-CSFは幹細胞を刺激し、顆粒球（好中球、好酸球、および好塩基球）ならびに単球を産生し、後者は、循環中に存在して組織中へ移動し、癌と戦うために重要であると考えられるマクロファージおよび樹状細胞へ成熟し得る。他のマーカーであるIL-20、血小板（およびsCD40L）、リンパ球の減少は、PNT2258のアポトーシスを促進する抗BCL2効果を支持しており；SAAの減少は、PNT2258による免疫応答の欠如を支持しており；MIP-1aおよびMMP-7の減少は、転移に対する効果を示唆しており、数人の患者において見られた安定した疾患の観察を支持し得る。
免疫マーカーもパネルに含めた。オリゴヌクレオチド治療薬は、それらの投与後に免疫マーカーを誘導することが公知である。toll受容体（TLR-3、TLR-8およびTLR-9）による免疫刺激または免疫細胞（樹状細胞、NK細胞およびT細胞）の活性化が、RESのマクロファージに富む組織による、ナノ粒子中に封入されたオリゴヌクレオチドの優先的な取り込みによって引き起こされた。さらに、前臨床試験は、封入されたオリゴヌクレオチドが補体因子を活性化することも公知であることを実証した。オリゴヌクレオチドのこれらの免疫調節効果は患者において関心事であり、何故ならば、それらは、発熱、悪寒、または硬直の臨床的続発症に至り得るためである。
結果は、前臨床モデルにおけるTLR刺激および他のオリゴヌクレオチド治療薬と関連することが公知の免疫マーカーが、患者における繰り返しPNT2258処置で変化しなかったことを示している。結果を図11に示す。
これらの結果は、行われた第I相研究において、PNT2258が、抗炎症性反応を誘導せず、Toll様受容体（TLR）によって「異物」と同定されないことを明確に示している。炎症性サイトカイン（IL-6およびTNFα）の血清レベルは、血清レプチンレベルに反比例することが報告された。PNT2258に続いてレプチンレベルが上昇したという観察は、PNT2258投薬に続いて見られた免疫刺激の欠如を支持する。
バイオマーカーの結果を以下に要約する。
Figure 2016509572
実施例9．PNT2258についてのコンパニオンマーカーとしてのレプチンをさらに支持する最近のインビトロ結果
PNT2258の最近のインビトロデータは、PNT2258またはPNT100のいずれかへの曝露後にさらによりロバストなBCL2減少を示した。
予備研究を行い、レプチン遮断薬であるメトホルミンなどの代謝作用薬（metabolic-effecting drug）の同時投与がPfeifferヒトリンパ腫細胞株におけるBCL2発現に対して効果を有するかどうかを評価した。PNT2258、PNT100、PNT2258+メトホルミン(MTF)、PNT100+MTFを、培養中のPfeiffer細胞へ投与した。BCL2発現レベルおよびb-アクチンレベル、ならびに培養培地中のGAPDHのレベルを、ウェスタンブロットによってモニタリングした。B-アクチンおよびGAPDHは、細胞機能の喪失（例えば、BCL2下方制御によって引き起こされるアポトーシス開始後）のマーカーとして採用され得る。培養6日後に、PNT2258+メトホルミンまたはPNT100+メトホルミンは、BCL2、およびb-アクチンについて相乗効果をもたらす。GAPDHの相乗的減少がPNT2258+MTF処置で見られた（図12を参照のこと）。
これらの減少は、インスリンおよびレプチンシグナル伝達の調節が、PNT2258処置に対する癌細胞の抵抗性経路を覆すという仮説を支持している。BCL2タンパク質ノックダウンの程度および細胞の生存能は、適用されるインビトロ条件に依存して抑えられ得る。これらのデータは、動的環境（即ち、エクスビボで分析された患者PBMCまたは腫瘍異種移植片由来の試料）において、測定されるスナップショットは、上記のウェスタンブロットにおけるようなインビトロ状況において分析され得る全ての細胞ではなく生細胞のみを示すことを示唆している。PNT100およびPNT2258は両方ともBCL2タンパク質発現を減少させるが、PNT2258は、リポソームに封入されたオリゴによる細胞および核への有効な送達を考慮すると、裸のPNT100よりも良い核取り込み（従って効果）を促進することにも注意されたい。さらに、メトホルミン（レプチンおよびMAPKのブロッカー）とのBCL2ノックダウンの明らかな相乗効果および対応する細胞死（図12を参照のこと）があることにも注意されたい；これは、特定の経路がPNT100またはPNT2258のBCL2特異的ノックダウンに応答して活性化されることを強調している。患者におけるPNT2258投与後のレプチン濃度レベルの増加は、PNT2258により誘導されるBCL2ノックダウンの「バイオマーカー」としてのその有用性を示唆している。
PNT2258は細胞BCL2レベルを減少させるように設計されているので、これらのデータは、この薬物が、設計の通り、意図された遺伝子標的に実際に到達して作用しているという提案を支持している。この知見は、非常に刺激的なものであり、PNT2258はBCL2転写および産生を抑制するように作用しているという主張を強く支持している。これらのマーカーの関連は、(1) PNT2258の特異的な作用機序を強調し、(2) PNT2258投与に対するバイオマーカーとして役立ち、(3) PNT2258処置に対して応答性であり得る患者を同定し、かつ(4) PNT2258と相乗的に作用する潜在的な療法の同定を導く。前臨床バイオマーカー結果と患者バイオマーカー結果との間には明らかな差がある。患者において観察されたレプチンおよびGM-CSFの増加は、前臨床結果によって予測することができなかった。
実施例10．難治性または再発性非ホジキンリンパ腫を有するヒト患者における単一群概念実証研究の実験設計
再発性または難治性非ホジキンリンパ腫を有するヒト患者におけるPNT2258の非盲検・単一群・第2相試験。患者（患者デモグラフィック、図2；診断および分子特徴の測定 図15；処置に対する応答、図14；Ki-67調節、図13）は、21日サイクル(3週間)の5連続日（第1日〜第5日）について1日1回3時間の静脈内注入として120 mg/m2でPNT2258を受けた。合計6サイクルの療法の間に疾患進行または容認できない毒性の発生が無い限り、処置は継続し得る。
研究についての組み入れ基準は、以下を含んだが、これらに限定されない：非ホジキンリンパ腫の形態学的に確認された診断、許容されるEastern Cooperative Oncology Group (ECOG)パフォーマンスステータスならびに血液機能、肝機能および腎機能、少なくとも単一の測定可能な腫瘍体積（長軸＞1.5 cm）、「特定の標準化取り込み値カットオフを有さない、通常の解剖学または生理学と矛盾する場所におけるバックグラウンドを超える局所性または散在性FDG取り込み」と定義されるFDG-PET陽性ベースラインスキャン、一次療法の投与後に再発し、少なくとも21日間の全ての先の抗癌療法を中止した疾患。一次療法（例えば、リツキシマブおよびCHOP、EPOCH、ベンダムスチンもしくは同様の化学療法または続いてのサルベージレジメン）の投与後に再発した疾患は、部分反応後の活動性疾患または安定疾患のX線写真による証拠または療法に対する完全寛解後の進行と定義される。3つまたはそれ以下の、全身細胞傷害性レジメンの完全過程を受けた。注：リツキシマブ（単独でまたは細胞傷害性化学療法と併用して）は、細胞傷害性レジメンと見なされない。
参加（誘導期と呼ばれる）の間に許可された、研究処置の最初の6サイクルを完了した対象についての維持期延長。誘導期を完了した時点で臨床的利点（安定した疾患またはそれより良い）の継続的な証拠を有する対象は、処置の維持期への参加について考慮され得る。患者は、疾患進行、耐えられない毒性、自主撤退の申請を経験するか、または、研究担当の医師の意見によれば、対象がPNT2258への曝露からもはや利益を得ていないようなときまで、PNT2258-02の維持期への参加を継続してもよい。患者は、28日サイクル(4週間)毎の2連続日（第1日〜第2日）について1日1回2時間のIV注入としてPNT2258を受ける。研究の維持期のために使用されるPNT2258の用量は、各々の対象の算出された体表面積に基づいて100 mg/m2であり、算出された最大BSAは2.0 m2を超えない。
図2は、患者の情報ならびに単一群概念実証研究への割り当てを提供し、さらに研究ごとの特定の癌タイプを有する患者の数を示す。
V．他の態様
本発明をその詳細な説明と共に記載してきたが、上記の記載は本発明を説明する目的であって本発明の範囲を限定することを意図するものではなく、本発明の範囲は添付の特許請求の範囲によって規定されることを理解されたい。その他の局面、利点および改変は、添付の特許請求の範囲の範囲内にある。
本明細書で引用するすべての参考文献は、参照によりそれらの内容が本明細書に組み入れられる。
本発明のいくつかの局面は、試験化合物を投与する工程を含む、それを必要とする対象においてBCL2の発現を調節する方法を含み得、ここで、対象におけるBCL2の発現の調節は、以下のバイオマーカーのうちの1つまたは複数の発現を調節するが、これらに限定されない：Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせ。本発明のいくつかの態様は、以下を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後にBCL2の発現の下方制御を測定するためのキットを含み得る：生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出するためのプローブであって、バイオマーカーは、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択されるが、これらに限定されない、プローブ。
[本発明1001]
以下の工程を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後にBCL2転写、翻訳、または発現の調節を測定する方法：
試験化合物を投与する工程；
該試験化合物の投与後に、対象から生体試料または放射線画像を得る工程；
生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーの測定可能なレベルを検出する工程であって、バイオマーカーが、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、工程。
[本発明1002]
試験化合物が、配列番号1249もしくは1254またはそれらの相補物より選択されるオリゴヌクレオチド配列に生理的条件下でハイブリダイズするオリゴマーである、本発明1001の方法。
[本発明1003]
オリゴマーが、配列番号1250、1251、1252、1253、1267〜1477またはそれらの相補物からなる群より選択される、本発明1002の方法。
[本発明1004]
オリゴマーが、配列番号1250、1251、1289〜1358またはそれらの相補物からなる群より選択される、本発明1003の方法。
[本発明1005]
オリゴマーが配列番号1250または1251を含む、本発明1004の方法。
[本発明1006]
オリゴマーが配列番号1251を含む、本発明1006の方法。
[本発明1007]
オリゴマーがリポソーム製剤で投与される、本発明1001〜1006のいずれかの方法。
[本発明1008]
リポソーム製剤が両性リポソーム製剤である、本発明1007の方法。
[本発明1009]
両性リポソーム製剤が1種または複数種の両性脂質を含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
両性リポソーム製剤が、両性の特性を有する脂質成分の混合物を含む脂質相から形成されている、本発明1009の方法。
[本発明1011]
脂質成分の混合物が、(i)安定なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、(ii)荷電可能なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、ならびに(iii)安定なアニオン性脂質および荷電可能なカチオン性脂質からなる群より選択される、本発明1010の方法。
[本発明1012]
脂質成分が、DOGSucc、POGSucc、DMGSucc、DPGSucc、DGSucc、DMPS、DPPS、DOPS、POPS、DMPG、DPPG、DOPG、POPG、DMPA、DPPA、DOPA、POPA、CHEMSおよびCet-Pからなる群より選択される1種または複数種のアニオン性脂質を含む、本発明1011の方法。
[本発明1013]
脂質成分が、DMTAP、DPTAP、DOTAP、DC-Chol、MoChol、HisChol、DPIM、CHIM、DORIE、DDAB、DAC-Chol、TC-Chol、DOTMA、DOGS、(C18)2Gly+N,N-ジオクタデシルアミド-グリシン、CTAP、CPyC、DODAPおよびDOEPCからなる群より選択される1種または複数種のカチオン性脂質を含む、本発明1011の方法。
[本発明1014]
脂質相が中性脂質をさらに含む、本発明1010〜1013のいずれかの方法。
[本発明1015]
中性脂質が、ステロールおよびその誘導体、中性リン脂質、ならびにそれらの組み合わせより選択される、本発明1014の方法。
[本発明1016]
中性リン脂質が、ホスファチジルコリン、スフィンゴミエリン、ホスホエタノールアミン、またはそれらの混合物である、本発明1015の方法。
[本発明1017]
ホスファチジルコリンが、POPC、OPPC、天然もしくは水素添加ダイズPC、天然もしくは水素添加卵PC、DMPC、DPPC、DOPCまたはそれらの誘導体からなる群より選択され、ホスファチジルエタノールアミンが、DOPE、DMPE、DPPEまたはそれらの誘導体からなる群より選択される、本発明1016の方法。
[本発明1018]
両性リポソームがDOPE、POPC、CHEMSおよびMoCholを含む、本発明1017の方法。
[本発明1019]
POPC/DOPE/MoChol/CHEMSのモル比が約6/24/47/23である、本発明1018の方法。
[本発明1020]
1つまたは複数のバイオマーカーがタンパク質であり、前記検出する工程が、質量分析、イムノアッセイまたはそれらの組み合わせを用いて、生体試料中のタンパク質発現の測定可能なレベルをアッセイする工程をさらに含む、本発明1001〜1019のいずれかの方法。
[本発明1021]
生体試料が、血液、血漿、血清、正常組織、PBMC、腫瘍組織、尿、または頬スワブより選択される、本発明1001〜1020のいずれかの方法。
[本発明1022]
最初の生体試料を試験化合物の投与前に対象から採取する、本発明1001〜1021のいずれかの方法。
[本発明1023]
試験化合物の投与後に得られた生体試料を最初の生体試料と比較する、本発明1022の方法。
[本発明1024]
以下の工程を含む、対象においてBCL2により媒介される癌を処置する方法：
試験化合物を投与する工程；
該試験化合物の投与後に、対象から生体試料または放射線画像の1つまたは複数を得る工程；
生体試料中または該画像中のバイオマーカーの1つまたは複数の存在を決定する工程であって、バイオマーカーが、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、工程；
ならびに、バイオマーカーの存在をバイオマーカーの測定可能なレベルまたは発現と比較する工程。
[本発明1025]
生体試料中のバイオマーカーの存在と、生物学的に関連のあるレベルまたは発現との比較を用いて、BCL2により媒介される癌の処置を変更する工程をさらに含む、本発明1024の方法。
[本発明1026]
最初の生体試料を試験化合物の投与前に対象から収集する工程をさらに含む、本発明1024の方法。
[本発明1027]
バイオマーカーがレプチンであり、最初の生体試料中のレプチンの存在によって、BCL2により媒介される癌の処置または変更が開始される、本発明1026の方法。
[本発明1028]
患者の全生存率が改善される、本発明1024〜1027のいずれかの方法。
[本発明1029]
患者の無増悪が改善される、本発明1024〜1028のいずれかの方法。
[本発明1030]
腫瘍サイズが患者において減少する、本発明1024〜1029のいずれかの方法。
[本発明1031]
放射標識グルコースの腫瘍代謝が減少する、本発明1024〜1030のいずれかの方法。
[本発明1032]
腫瘍代謝をFDG-PETによって測定する、本発明1031の方法。
[本発明1033]
患者のクオリティ・オブ・ライフが増加する、本発明1024〜1031のいずれかの方法。
[本発明1034]
患者のECOGパフォーマンスのステータスが改善される、本発明1024〜1033のいずれかの方法。
[本発明1035]
患者のCheson基準が改善される、本発明1024〜1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
試験化合物を投与する工程
を含む、それを必要とする対象においてBCL2の発現を阻害する方法であって、
対象におけるBCL2の発現の阻害が、以下のバイオマーカーのうちの1つまたは複数の発現を調節する、方法：Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10、またはそれらの組み合わせ。
[本発明1037]
以下を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後にBCL2転写、翻訳、または発現の調節を測定するためのキット：
生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出するためのプローブであって、バイオマーカーが、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、プローブ。
[本発明1038]
免疫組織化学的分析；フローサイトメトリー；細胞遺伝学的分析または臨床分析；BCL2、CD10、Ki-67、MYC、t(14;18)、TP53、CD38、ZAP70、もしくはLDHのレベル；患者の年齢、MYC異常、遺伝子欠失、転座、増幅、突然変異、または、PET SUVレベル、CTイメージング、R-IPI、FLIPI、Rai基準、パフォーマンスステータス、B症状の存在もしくは非存在、もしくは対象の年齢を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータより選択されるバイオマーカーを用いて、試験化合物による処置に対して応答プロフィールを有する患者を同定する方法。
[本発明1039]
PET SUVが5以上である、本発明1038の方法。
[本発明1040]
患者の年齢が60以上である、本発明1038の方法。
[本発明1041]
Ki-67が患者において陽性である、本発明1038の方法。
[本発明1042]
BCL2が患者において陽性である、本発明1038の方法。
[本発明1043]
転座が、患者におけるt(14,18)またはBCL2転座である、本発明1038の方法。
[本発明1044]
MYC異常が患者に存在する、本発明1038の方法。
[本発明1045]
CD10が患者において陽性である、本発明1038の方法。
[本発明1046]
R-IPIが3以上である、本発明1038の方法。
[本発明1047]
TP53が患者において陽性である、本発明1038の方法。
[本発明1048]
CD38が患者において陽性である、本発明1038の方法。

Claims (48)

  1. 以下の工程を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後にBCL2転写、翻訳、または発現の調節を測定する方法：
    試験化合物を投与する工程；
    該試験化合物の投与後に、対象から生体試料または放射線画像を得る工程；
    生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーの測定可能なレベルを検出する工程であって、バイオマーカーが、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、工程。
  2. 試験化合物が、配列番号1249もしくは1254またはそれらの相補物より選択されるオリゴヌクレオチド配列に生理的条件下でハイブリダイズするオリゴマーである、請求項1に記載の方法。
  3. オリゴマーが、配列番号1250、1251、1252、1253、1267〜1477またはそれらの相補物からなる群より選択される、請求項2に記載の方法。
  4. オリゴマーが、配列番号1250、1251、1289〜1358またはそれらの相補物からなる群より選択される、請求項3に記載の方法。
  5. オリゴマーが配列番号1250または1251を含む、請求項4に記載の方法。
  6. オリゴマーが配列番号1251を含む、請求項6に記載の方法。
  7. オリゴマーがリポソーム製剤で投与される、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
  8. リポソーム製剤が両性リポソーム製剤である、請求項7に記載の方法。
  9. 両性リポソーム製剤が1種または複数種の両性脂質を含む、請求項8に記載の方法。
  10. 両性リポソーム製剤が、両性の特性を有する脂質成分の混合物を含む脂質相から形成されている、請求項9に記載の方法。
  11. 脂質成分の混合物が、(i)安定なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、(ii)荷電可能なカチオン性脂質および荷電可能なアニオン性脂質、ならびに(iii)安定なアニオン性脂質および荷電可能なカチオン性脂質からなる群より選択される、請求項10に記載の方法。
  12. 脂質成分が、DOGSucc、POGSucc、DMGSucc、DPGSucc、DGSucc、DMPS、DPPS、DOPS、POPS、DMPG、DPPG、DOPG、POPG、DMPA、DPPA、DOPA、POPA、CHEMSおよびCet-Pからなる群より選択される1種または複数種のアニオン性脂質を含む、請求項11に記載の方法。
  13. 脂質成分が、DMTAP、DPTAP、DOTAP、DC-Chol、MoChol、HisChol、DPIM、CHIM、DORIE、DDAB、DAC-Chol、TC-Chol、DOTMA、DOGS、(C18)2Gly+N,N-ジオクタデシルアミド-グリシン、CTAP、CPyC、DODAPおよびDOEPCからなる群より選択される1種または複数種のカチオン性脂質を含む、請求項11に記載の方法。
  14. 脂質相が中性脂質をさらに含む、請求項10〜13のいずれか一項に記載の方法。
  15. 中性脂質が、ステロールおよびその誘導体、中性リン脂質、ならびにそれらの組み合わせより選択される、請求項14に記載の方法。
  16. 中性リン脂質が、ホスファチジルコリン、スフィンゴミエリン、ホスホエタノールアミン、またはそれらの混合物である、請求項15に記載の方法。
  17. ホスファチジルコリンが、POPC、OPPC、天然もしくは水素添加ダイズPC、天然もしくは水素添加卵PC、DMPC、DPPC、DOPCまたはそれらの誘導体からなる群より選択され、ホスファチジルエタノールアミンが、DOPE、DMPE、DPPEまたはそれらの誘導体からなる群より選択される、請求項16に記載の方法。
  18. 両性リポソームがDOPE、POPC、CHEMSおよびMoCholを含む、請求項17に記載の方法。
  19. POPC/DOPE/MoChol/CHEMSのモル比が約6/24/47/23である、請求項18に記載の方法。
  20. 1つまたは複数のバイオマーカーがタンパク質であり、前記検出する工程が、質量分析、イムノアッセイまたはそれらの組み合わせを用いて、生体試料中のタンパク質発現の測定可能なレベルをアッセイする工程をさらに含む、請求項1〜19のいずれか一項に記載の方法。
  21. 生体試料が、血液、血漿、血清、正常組織、PBMC、腫瘍組織、尿、または頬スワブより選択される、請求項1〜20のいずれか一項に記載の方法。
  22. 最初の生体試料を試験化合物の投与前に対象から採取する、請求項1〜21のいずれか一項に記載の方法。
  23. 試験化合物の投与後に得られた生体試料を最初の生体試料と比較する、請求項22に記載の方法。
  24. 以下の工程を含む、対象においてBCL2により媒介される癌を処置する方法：
    試験化合物を投与する工程；
    該試験化合物の投与後に、対象から生体試料または放射線画像の1つまたは複数を得る工程；
    生体試料中または該画像中のバイオマーカーの1つまたは複数の存在を決定する工程であって、バイオマーカーが、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、FDG-PET取り込み（標準取り込み値、SUV）およびCTイメージング、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータ、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、工程；
    ならびに、バイオマーカーの存在をバイオマーカーの測定可能なレベルまたは発現と比較する工程。
  25. 生体試料中のバイオマーカーの存在と、生物学的に関連のあるレベルまたは発現との比較を用いて、BCL2により媒介される癌の処置を変更する工程をさらに含む、請求項24に記載の方法。
  26. 最初の生体試料を試験化合物の投与前に対象から収集する工程をさらに含む、請求項24に記載の方法。
  27. バイオマーカーがレプチンであり、最初の生体試料中のレプチンの存在によって、BCL2により媒介される癌の処置または変更が開始される、請求項26に記載の方法。
  28. 患者の全生存率が改善される、請求項24〜27のいずれか一項に記載の方法。
  29. 患者の無増悪が改善される、請求項24〜28のいずれか一項に記載の方法。
  30. 腫瘍サイズが患者において減少する、請求項24〜29のいずれか一項に記載の方法。
  31. 放射標識グルコースの腫瘍代謝が減少する、請求項24〜30のいずれか一項に記載の方法。
  32. 腫瘍代謝をFDG-PETによって測定する、請求項31に記載の方法。
  33. 患者のクオリティ・オブ・ライフが増加する、請求項24〜31のいずれか一項に記載の方法。
  34. 患者のECOGパフォーマンスのステータスが改善される、請求項24〜33のいずれか一項に記載の方法。
  35. 患者のCheson基準が改善される、請求項24〜34のいずれか一項に記載の方法。
  36. 試験化合物を投与する工程
    を含む、それを必要とする対象においてBCL2の発現を阻害する方法であって、
    対象におけるBCL2の発現の阻害が、以下のバイオマーカーのうちの1つまたは複数の発現を調節する、方法：Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10、またはそれらの組み合わせ。
  37. 以下を含む、癌を有する対象においてBCL2により媒介される癌の処置のための試験化合物の投与後にBCL2転写、翻訳、または発現の調節を測定するためのキット：
    生体試料中の1つまたは複数のバイオマーカーのレベルを検出するためのプローブであって、バイオマーカーが、Ki-67、BCL2、CD10、CD5、CD38、BCL6、MUM1、TP53、ZAP70、免疫組織化学パネルを含む免疫組織化学、フローサイトメトリー分析、遺伝子発現パネル、遺伝子異常パネル、遺伝子欠失、転座、増幅および突然変異、BCL2の染色体再配列、例えばt(14;18)、t(14;18)(q32;q21.3)、および稀にt(2;18)(p11;q21.3)もしくはt(18;22)(q21.3;q11)のようなIG軽鎖(IGK,IGL)遺伝子座へのBCL2の染色体再配列についての細胞遺伝学、もしくはCMYCにおける、もしくはBCL2の転写および／もしくは過剰発現の駆動に関係する他の遺伝子、タンパク質および／もしくは因子における染色体再配列についての細胞遺伝学、リン酸化BCL2、活性型カスパーゼ-3、PARP、シトクロムc、LDH、B症状の非存在、AKTシグナル伝達経路マーカー、BCL2ファミリーメンバー、例えばBAX、リンパ球数、血小板数、レプチン、IL-1ra、IL-17a、MCP-1、MIP-1β、およびIP10、またはそれらの組み合わせからなる群より選択される、プローブ。
  38. 免疫組織化学的分析；フローサイトメトリー；細胞遺伝学的分析または臨床分析；BCL2、CD10、Ki-67、MYC、t(14;18)、TP53、CD38、ZAP70、もしくはLDHのレベル；患者の年齢、MYC異常、遺伝子欠失、転座、増幅、突然変異、または、PET SUVレベル、CTイメージング、R-IPI、FLIPI、Rai基準、パフォーマンスステータス、B症状の存在もしくは非存在、もしくは対象の年齢を含む、臨床パラメータもしくはイメージングパラメータより選択されるバイオマーカーを用いて、試験化合物による処置に対して応答プロフィールを有する患者を同定する方法。
  39. PET SUVが5以上である、請求項38に記載の方法。
  40. 患者の年齢が60以上である、請求項38に記載の方法。
  41. Ki-67が患者において陽性である、請求項38に記載の方法。
  42. BCL2が患者において陽性である、請求項38に記載の方法。
  43. 転座が、患者におけるt(14,18)またはBCL2転座である、請求項38に記載の方法。
  44. MYC異常が患者に存在する、請求項38に記載の方法。
  45. CD10が患者において陽性である、請求項38に記載の方法。
  46. R-IPIが3以上である、請求項38に記載の方法。
  47. TP53が患者において陽性である、請求項38に記載の方法。
  48. CD38が患者において陽性である、請求項38に記載の方法。
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