BR112021015323A2 - Moduladores de expressão de malat1 - Google Patents

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Youngsoo Kim
Robert MacLeod
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Abstract

moduladores de expressão de malat1. as presentes modalidades fornecem métodos, compostos e composições úteis para inibir a expressão de malat1, que podem ser úteis para tratar, prevenir ou melhorar um câncer associado a malat1.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "MODULA- DORES DE EXPRESSÃO DE MALAT1". Listagem de Sequência
[0001] O presente pedido está sendo depositado juntamente com uma Listagem de Sequências em formato eletrônico. A Listagem de Sequência é fornecida como um arquivo denominado BIOLO0359 WOSEQ ST25.txt criado em 20 de fevereiro de 2020 com 596 kb de tamanho. As informações no formato eletrônico da listagem de se- quência são incorporadas neste documento por referência em sua to- talidade.
CAMPO DA INVENÇÃO
[0002] As presentes modalidades fornecem métodos, compostos e composições úteis para inibir a expressão de MALAT1, que podem ser úteis para tratar, prevenir ou melhorar um câncer associado a MALAT1.
FUNDAMENTOS
[0003] O transcrito 1 de adenocarcinoma de pulmão associado à metástase (MALAT1) é um IncRNA não codificante expresso em muitos tipos de células humanas e é altamente conservado em espécies de mamíferos. O MALAT1 foi inicialmente identificado em pacientes com NSCLC metastático e é regulado positivamente em vários tipos de câncer (Zhang X. et al., RNA Biol. 2017, Ping J et al., 2003).
[0004] Certas modalidades fornecidas neste documento são dire- cionadas a compostos e composições potentes e toleráveis úteis para inibir a expressão de MALAT1, que podem ser úteis para tratar, preve- nir, melhorar ou retardar a progressão do câncer associado a MALAT1.
DESCRIÇÃO DETALHADA
[0005] Deve ser compreendido que tanto a descrição geral anterior quanto a descrição detalhada a seguir são exemplares e explicativas apenas e não são restritivas das modalidades, conforme reivindicado. Neste documento, o uso do singular inclui o plural, salvo quando houver outra especificação. Conforme usado neste documento, o uso de "ou" denota "e/ou", salvo quando houver outra especificação. Ademais, o uso do termo "incluindo", bem como outras formas, como "que inclui" ou "incluído", não é limitativo.
[0006] Os títulos das seções usados neste documento são para fins organizacionais apenas e não devem ser interpretados como limitado- res do objeto descrito. Todos os documentos, ou porções dos docu- mentos, citados neste pedido, incluindo, sem limitação, patentes, pe- didos de patente, artigos, livros e tratados e Genbank (Banco Genético) são expressamente incorporados por referência para as porções do documento discutidas neste documento, bem como em sua totalidade.
[0007] Entende-se que a sequência estabelecida em cada SEQ ID NO nos exemplos contidos neste documento é independente de qual- quer modificação de uma fração de açúcar, uma ligação internucleosí- dica ou uma nucleobase. Como tal, os compostos definidos por uma SEQ ID NO podem compreender, independentemente, uma ou mais modificações a uma fração de açúcar, uma ligação internucleosídica ou uma nucleobase. Os compostos descritos pelo número de ION indicam uma combinação de sequência de nucleobases, modificação química e motivo.
[0008] Salvo indicado em contrário, os termos a seguir têm os se- guintes significados:
[0009] "2'-desoxinucleosídeo" se refere a um nucleosídeo que compreende uma fração de açúcar de 2'-H(H) furanosil, tal como se encontra em ácidos desoxirribonucleicos (DNA) de ocorrência natural. Em determinadas modalidades, um 2-desoxinucleosídeo pode com- preender uma nucleobase modificada ou pode compreender uma nu- cleobase de RNA (uracil).
[0010] “2'-O-metoxietil” (2-MOE e 2-O0(CH2)-OCH;3 também) se refere a uma modificação de O-metoxi-etil na posição 2' position de um anel furanosil. Um açúcar modificado em 2'-O-metoxietil é um açúcar modificado.
[0011] "Nucleosídeo de 2'-MOE" (também chamado nucleosídeo de 2'-O-metoxietil) denota um nucleosídeo que compreende uma fração de açúcar modificada em 2'-MOE.
[0012] "Nucleosídeo substituído em 2"" ou "nucleosídeo modificado em 2" denota um nucleosídeo que compreende uma fração de açúcar substituída em 2' ou modificada em 2'. Neste documento, "substituído em 2" ou "modificado em 2" em referência a uma fração de açúcar denota uma fração de açúcar compreendendo pelo menos um grupo substituinte em 2' diferente de H ou OH.
[0013] "Sítio alvo 3" refere-se ao nucleotídeo de um ácido nucleico alvo que é complementar ao nucleotídeo mais próximo de 3' de um composto particular.
[0014] "Sítio alvo 5" refere-se ao nucleotídeo de um ácido nucleico alvo que é complementar ao nucleotídeo mais próximo de 5' de um composto particular.
[0015] "o-metilcitosina" denota uma citosina com um grupo metil ligado à posição 5.
[0016] "Cerca de" denota dentro de +10% de um valor. Por exem- plo, se for afirmado que "os compostos afetaram cerca de 70% da ini- bição de MALAT1", isso implica que os níveis de MALAT1 são inibidos em uma faixa de 60% e 80%.
[0017] "Administração" ou "administrar" refere-se a rotas de intro- dução de um composto ou composição fornecida neste documento a um indivíduo para realizar sua função pretendida. Um exemplo de uma via de administração que pode ser usada inclui, sem limitação, admi- nistração parenteral, tal como subcutânea, intravenosa, ou injeção in- tramuscular ou infusão.
[0018] "Administrado concomitantemente" ou "coadministração"
denota a administração de dois ou mais compostos de qualquer ma- neira em que os efeitos farmacológicos de ambos sejam manifestados no paciente. A administração concomitante não exige que os ambos os compostos sejam administrados em uma única composição farmacêu- tica, na mesma forma de dosagem ou pela mesma via de administração ou ao mesmo tempo. Os efeitos de ambos os compostos não precisam se manifestar ao mesmo tempo. Os efeitos precisam apenas ser so- brepostos por um período de tempo e não precisam ser coextensivos. À administração ou a coadministração concomitante abrange a adminis- tração em paralelo ou sequencialmente.
[0019] "Melhora" refere-se a uma melhoria ou diminuição de pelo menos um indicador, sinal ou sintoma de uma doença, distúrbio ou condição associada. Em certas modalidades, a melhora inclui um re- tardo ou desaceleração da progressão ou gravidade de um ou mais indicadores de uma condição ou doença. A progressão ou gravidade dos indicadores pode ser determinada por medidas subjetivas ou obje- tivas, que são conhecidas por aqueles versados na técnica.
[0020] “Animal” refere-se a um humano ou animal não-humano, incluindo, sem limitação, camundongos, ratos, coelhos, cães, gatos, porcos e primatas não-humanos, incluindo, sem limitação, macacos e chimpanzés.
[0021] "Anticorpo", conforme usado nesta divulgação, refere-se a uma imunoglobulina ou um fragmento ou um derivado do mesmo e abrange qualquer polipeptídeo compreendendo um sítio de ligação ao antígeno, independentemente de ser produzido in vitro ou in vivo. O termo inclui, sem limitação, anticorpos policlonais, monoclonais, mo- noespeciíficos, poliespecíficos, não específicos, humanizados, de ca- deia única, quiméricos, sintéticos, recombinantes, híbridos, mutados e enxertados. A menos que modificado de outra forma pelo termo "in- tacto", como em "anticorpos intactos", para os fins desta divulgação, o termo "anticorpo" também inclui fragmentos de anticorpo, tais como Fab, F(ab')2, Fv, scFv, Fd, dAb e outros fragmentos de anticorpo que retêm a função de ligação ao antígeno, ou seja, a capacidade de se ligar a, por exemplo, CTLA-4 ou PD-L1 especificamente. Normalmente, tais fragmentos compreenderiam um domínio de ligação ao antígeno.
[0022] "Anticorpo anti-CTLA-4" refere-se a um anticorpo ou frag- mento de ligação ao antígeno do mesmo que se liga especificamente a um polipeptídeo CTLA-4. Anticorpos anti-CTLA-4 exemplificativos, por exemplo, nas Patentes US nº 6.682.736; 7.109.003; 7.123.281;
7.411.057; 7.824.679; 8.143.379; 7.807.797; e 8.491.895 (Tremelimu- mabe é 11.2.1, no documento em questão), que são incorporados neste documento por referência. O tremelimumabe (Patente US nº 6.682.736) é um anticorpo anti-CTLA-4 exemplificativo. As sequências de amino- ácidos de tremelimumabe de VL, VH e CDR são fornecidas nas SEQ ID NOs: 1-8, neste documento.
[0023] "Anticorpo anti-OX40" refere-se a um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo que se liga especificamente a OX40. Os anticorpos OX40 incluem anticorpos monoclonais e policlonais que são específicos para OX40 e fragmentos de ligação ao antígeno dos mesmos. Em certos aspectos, os anticorpos anti-OX40, conforme des- critos neste documento, são anticorpos monoclonais (ou fragmentos de ligação ao antígeno dos mesmos), por exemplo, anticorpos monoclio- nais murinos, humanizados ou totalmente humanos. Em uma modali- dade particular, o anticorpo OX40 é um agonista do receptor OX40, tal como o anticorpo monoclonal de camundongo anti-humano OX40 (9B12) descrito por Weinberg et al., J Immunother 29, 575-585 (2006). Em outra modalidade, um anticorpo OX40 é MEDIO562 conforme des- crito na Patente US nº 2016/0137740, incorporada neste documento por referência. As sequências de aminoácidos de VH e VL de MEDI0562 são fornecidas nas SEQ ID NOs: 25-26, neste documento. Em outras modalidades, o anticorpo que se liga especificamente a OX40, ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo, se liga ao mesmo epítopo OXA40 que o mAb 9B12.
[0024] "Anticorpo anti-PD-L1" refere-se a um anticorpo ou frag- mento de ligação ao antígeno do mesmo que se liga especificamente a um polipeptídeo PD-L1. Anticorpos anti-PD-L1 exemplificativos são descritos, por exemplo, em US2013/0034559, Pat. US nº 8.779.108 e
9.493.565 que são incorporadas neste documento por referência. Durvalumabe (MEDI4736) é um anticorpo anti-PD-L1 exemplificativo. As sequências de aminoácidos de durvalumabe de VL, VH e CDR são fornecidas nas SEQ ID NOs: 9-16, neste documento. Outros anticorpos anti-PD-L1 incluem BMS-936559 (Bristol-Myers Squibb) e MPDL3280A (atezolizumabe) (Roche).
[0025] "Anticorpo anti-PD-1" refere-se a um anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo que se liga especificamente a um polipeptídeo PD-1. Anticorpos anti-PD-1 exemplificativos são descritos, por exemplo, nas Patentes US nº 7.521.051; 8.008.449; 8.354.509;
9.073.994; 9.393.301; 9402899; e 9.439.962 que são incorporadas neste documento por referência. Anticorpos anti-PD-1 exemplificativos incluem, sem limitação, nivolumabe, pembrolizumabe, pidilizumabe e AMP-514.
[0026] "Domínio de ligação ao antígeno", "fragmento de ligação ao antígeno" e "fragmento de ligação" referem-se a uma parte de uma molécula de anticorpo que compreende aminoácidos responsáveis pela ligação específica entre o anticorpo e o antígeno. Em casos em que um antígeno é grande, o domínio de ligação ao antígeno pode se ligar apenas a uma parte do antígeno. Uma porção da molécula de antígeno que é responsável por interações específicas com o domínio de ligação ao antígeno é referida como "epítopo" ou "determinante antigênico". Um domínio de ligação ao antígeno compreende normalmente uma região variável de cadeia leve do anticorpo (VL) e uma região variável de ca- deia pesada do anticorpo (VH), no entanto, não necessariamente tem que compreender ambas. Por exemplo, um denominado fragmento de anticorpo Fd consiste apenas em um domínio VH, mas ainda retém alguma função de ligação ao antígeno do anticorpo intacto. Os frag- mentos de ligação de um anticorpo são produzidos por técnicas de DNA recombinante ou por clivagem química ou enzimática de anticorpos intactos. Os fragmentos de ligação incluem Fab, Fab', F(ab')2, Fv e anticorpos de cadeia única. Um anticorpo diferente de um anticorpo "biespecífico" ou "bifuncional" é entendido como tendo cada um dos seus sítios de ligação idênticos. A digestão de anticorpos com a enzima papaína resulta em dois fragmentos de ligação ao antígeno idênticos, também conhecidos como fragmentos "Fab" e um fragmento "Fc", sem atividade de ligação ao antígeno, mas com a capacidade de cristalizar. A digestão de anticorpos com a enzima pepsina resulta em um frag- mento F(ab')2 em que os dois braços da molécula de anticorpo per- manecem ligados e compreendem dois sítios de ligação ao antígeno. O fragmento F(ab')2 tem a capacidade de reticular o antígeno. "Fv", quando usado neste documento refere-se ao fragmento mínimo de um anticorpo que mantém os sítios de reconhecimento de antígeno e de ligação ao antígeno. "Fab", quando usado neste documento refere-se a um fragmento de um anticorpo que compreende o domínio constante da cadeia leve e o domínio CH1 da cadeia pesada.
[0027] "mMAb" refere-se ao anticorpo monoclonal. Os anticorpos da presente divulgação compreendem, sem limitação, anticorpos nativos inteiros, anticorpos biespecíficos; anticorpos quiméricos; Fab, Fab', fragmentos da região V de cadeia simples (scFv), polipeptídeos de fu- são e anticorpos não convencionais.
[0028] “Atividade antisense” denota qualquer atividade detectável e/ou mensurável atribuível à hibridização de um composto antisense a seu ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a atividade antisense é uma diminuição na quantidade ou expressão de um ácido nucleico ou proteína alvo codificada por esse ácido nucleico alvo em comparação com os níveis de ácido nucleico alvo ou níveis de proteína alvo na au- sência do composto antisense ao alvo.
[0029] "Composto antisense" denota um composto que compre- ende um oligonucleotídeo e, opcionalmente, uma ou mais característi- cas adicionais, tals como um grupo conjugado ou grupo terminal. Exemplos de compostos antisense incluem compostos de fita simples e de fita dupla, tais como, oligonucleotídeos, ribozimas, siRNAs, shRNAs, SSRNAs e compostos à base de ocupação.
[0030] "Inibição antisense" denota a redução de níveis de ácido nucleico alvo na presença de um composto antisense complementar a um ácido nucleico alvo em comparação com níveis de ácido nucleico alvo na ausência do composto antisense.
[0031] "Mecanismos antisense" são todos aqueles mecanismos que envolvem a hibridização de um composto com um ácido nucleico alvo, em que o resultado ou efeito da hibridização é degradação alvo ou ocupação alvo com retardamento concomitante da maquinaria celular envolvendo, por exemplo, a transcrição ou splicing.
[0032] "Oligonucleotídeo antisense" significa um oligonucleotídeo com uma sequência de nucleobases que é complementar a um ácido nucleico alvo ou região ou segmento do mesmo. Em certas modalida- des, um oligonucleotídeo antisense é especificamente hibridizável com um ácido nucleico alvo ou região ou segmento do mesmo.
[0033] "Nucleosídeo bicíclico" ou "BNA" se refere a um nucleosídeo que consiste em uma fração de açúcar bicíclica. "Açúcar bicíclico" ou "fração de açúcar bicíclico" denota uma fração de açúcar modificada compreendendo dois anéis, em que o segundo anel é formado através de uma ponte que conecta dois dos átomos no primeiro anel, formando assim uma estrutura bicíclica. Em certas modalidades, o primeiro anel da fração de açúcar bicíclico é uma fração de furanosil. Em certas modalidades, a fração de açúcar bicíclico não compreende uma fração de furanosil.
[0034] "Grupo de ramificação" denota um grupo de átomos com pelo menos 3 posições que são capazes de formar ligações covalentes a pelo menos 3 grupos. Em certas modalidades, um grupo de ramifi- cação fornece uma pluralidade de sítios reativos para conectar ligantes fixados a um oligonucleotídeo através de um ligante conjugado e/ou uma fração clivável.
[0035] "Fração de direcionamento de célula" denota um grupo conjugado ou uma porção de um grupo conjugado que é capaz de se ligar a um tipo de célula particular ou a tipos de células particulares.
[0036] “cEt” ou “etil constrito” denota uma fração de açúcar de fu- ranosil bicíclico que compreende uma ponte que conecta o 4'-carbono e o 2'-carbono, em que a ponte tem a fórmula: 4 -CH(CH3)-O0-2'.
[0037] "Nucleosídeo cEt" denota um nucleosídeo que compreende uma fração de açúcar modificado por cEt.
[0038] “Modificação química” em um composto descreve as subs- tituições ou mudanças por meio de reação química, de qualquer uma das unidades no composto em relação ao estado original de tal unidade. “Nucleosídeo modificado” denota um nucleosídeo que tem, indepen- dentemente, uma fração de açúcar modificado e/ou uma nucleobase modificada. "Oligonucleotídeo modificado" significa um oligonucleotídeo que compreende pelo menos uma ligação internucleosídica modificada, açúcar modificado e/ou de nucleobase modificada.
[0039] "Região quimicamente distinta" refere-se a uma região de um composto que é de alguma forma quimicamente diferente de outra região do mesmo composto. Por exemplo, uma região com nucleotí- deos de 2'-O-metoxietil é quimicamente distinta de uma região com nucleotídeos sem modificações de 2'-O-metoxietil.
[0040] "Compostos antisense quiméricos" denota os compostos antisense que têm pelo menos 2 regiões quimicamente distintas, cada posição com uma pluralidade de subunidades.
[0041] "População quiralmente enriquecida" se refere a uma plura- lidade de moléculas de fórmula molecular idêntica, em que o número ou porcentagem de moléculas dentro da população que contém uma con- figuração estereoquímica particular em um centro quiral particular maior do que o número ou porcentagem esperado de moléculas para conter a mesma configuração estereoquímica particular no mesmo centro quiral particular dentro da população se o centro quiral particular fosse este- reorrandomizado. As populações de moléculas quiralmente enriqueci- das com múltiplos centros quirais dentro de cada molécula podem conter um ou mais centros quirais estereorrandomizados. Em certas modalidades, as moléculas são oligonucleotídeos modificados. Em certas modalidades, as moléculas são compostos que compreendem oligonucleotídeos modificados.
[0042] "Ligação clivável" se refere a qualquer ligação química ca- paz de ser dividida. Em certas modalidades, a ligação clivável é sele- cionada dentre: uma amida, uma poliamida, um éster, um éter, um ou ambos ésteres de fosfodiéster, um éster de fosfato, um carbamato, um dissulfeto ou um peptídeo.
[0043] "Porção clivável" denota uma ligação ou grupo de átomos que é clivado em condições fisiológicas, por exemplo, dentro de uma célula, um animal ou um humano.
[0044] "Complementar" em referência a um oligonucleotídeo signi- fica que a sequência de nucleobases de tal oligonucleotídeo ou uma ou mais regiões da mesma combina com a sequência de nucleobases de outro oligonucleotídeo ou ácido nucleico ou uma ou mais regiões da mesma quando as duas sequências de nucleobase estão alinhadas em direções opostas. As correspondências de nucleobase ou nucleobases complementares, conforme descrito neste documento, são limitadas aos seguintes pares: adenina (A) e timina (T), adenina (A) e uracila (U), citosina (C) e guanina (G) e 5-metil citosina ("C) e guanina (G), a menos que indicado de outra maneira. Os oligonucleotídeos e/ou ácidos nu- cleicos complementares não precisam ter complementaridade de nu- cleobase em cada nucleosídeo e podem incluir uma ou mais incompa- tibilidades de nucleobase. Por outro lado, "totalmente complementar" ou "100% complementar" em referência a oligonucleotídeos denota que tais oligonucleotídeos têm correspondências de nucleobase em cada nucleosídeo sem nenhuma incompatibilidade de nucleobase.
[0045] "Grupo conjugado" significa um grupo de átomos que está ligado a um oligonucleotídeo. Os grupos conjugados incluem uma fra- ção conjugada e um ligante conjugado que liga a fração conjugada ao oligonucleotídeo.
[0046] "Ligante conjugado" se refere a um grupo de átomos que compreende pelo menos uma ligação que liga uma fração conjugada a um oligonucleotídeo.
[0047] "Fração conjugada" se refere a um grupo de átomos que está ligado a um oligonucleotídeo através de um ligante conjugado.
[0048] "Contíguo", no contexto de um oligonucleotídeo, refere-se a nucleosídeos, nucleobases, frações de açúcar ou ligações internucleo- sídicas que são imediatamente adjacentes entre si. Por exemplo, "nu- cleobases contíguas" significa nucleobases que são imediatamente adjacentes uma à outra em uma sequência.
[0049] "Projeto" ou "Projetado para" referem-se ao processo de projetar um composto que hibridiza especificamente com uma molécula de ácido nucleico selecionado.
[0050] “Diluente” significa um ingrediente em uma composição que carece de atividade farmacológica, mas é farmaceuticamente neces-
sário ou desejável. Por exemplo, o diluente em uma composição inje- tada pode ser um líquido, por exemplo, solução salina.
[0051] "Diferentemente modificado" significa modificações quími- cas ou substituintes químicos que são diferentes uns dos outros, in- cluindo a ausência de modificações. Assim, por exemplo, um nucleo- sídeo MOE e um nucleosídeo de DNA não modificado são "diferente- mente modificados", embora o nucleosídeo do DNA não seja modifi- cado. Da mesma forma, DNA e RNA são "diferentemente modificados", embora ambos sejam nucleosídeos não modificados de ocorrência natural. Os nucleosídeos que são idênticos, mas por compreenderem nucleobases diferentes, não são diferentemente modificados. Por exemplo, um nucleosídeo que compreende um açúcar modificado por 2'-OMe e uma nucleobase adenina não modificada e um nucleosídeo compreendendo um açúcar modificado por 2:-OMe e uma nucleobase timina não modificada não são diferentemente modificados.
[0052] “Dose” denota uma quantidade especificada de um com- posto ou agente farmacêutico fornecido em uma administração única ou em um período de tempo especificado. Em certas modalidades, uma dose pode ser administrada em dois ou mais bolus, comprimidos ou injeções. Por exemplo, em determinadas modalidades onde a adminis- tração subcutânea é desejada, a dose desejada pode requerer um vo- lume não facilmente acomodado por uma única injeção. Em tais moda- lidades, duas ou mais injeções podem ser usadas para alcançar a dose desejada. Em certas modalidades, uma dose pode ser administrada em duas ou mais injeções para minimizar a reação no sítio da injeção em um indivíduo. Em outras modalidades, o composto ou agente farma- cêutico é administrado por infusão durante um período de tempo pro- longado ou continuamente. As doses podem ser indicadas conforme a quantidade de agente farmacêutico por hora, dia, semana ou mês.
[0053] "Esquema de dosagem" é uma combinação de doses pro-
jetada para alcançar um ou mais efeitos desejados.
[0054] "Composto antisense de fita dupla" denota um composto antisense que compreende dois compostos oligoméricos que são complementares entre si e formam um duplex e em que um dos refe- ridos dois compostos oligoméricos referidos compreende um oligonu- cleotídeo.
[0055] "Quantidade eficaz" significa a quantidade de composto su- ficiente para efetuar um resultado fisiológico desejado em um indivíduo que necessita do composto. A quantidade eficaz pode variar entre in- divíduos, dependendo da saúde e condição física do indivíduo a ser tratado, o grupo taxonômico dos indivíduos a serem tratados, a formu- lação da composição, avaliação da condição médica do indivíduo e outros fatores relevantes.
[0056] "Eficácia" denota a capacidade para produzir um efeito de- sejado.
[0057] "Expressão" inclui todas as funções pelas quais a informa- ção codificada de um gene é convertida em estruturas presentes e que operam em uma célula. Essas estruturas incluem, sem limitação, os produtos de transcrição e tradução.
[0058] “Gapmer” significa um oligonucleotídeo que compreende uma região interna com uma pluralidade de nucleosídeos que susten- tam a clivagem de RNase H posicionada entre as regiões externas com um ou mais nucleosídeos, em que os nucleosídeos compreendendo a região interna são quimicamente distintos do nucleosídeo ou nucleo- sídeos que compreendem as regiões externas. A região interna pode ser referida como "lacuna" e as regiões externas podem ser referidas como "asas".
[0059] "Hibridização" significa o anelamento de oligonucleotídeos e/ou ácidos nucleicos. Embora não se limite a um mecanismo especí- fico, o mecanismo mais comum de hibridização envolve a ligação de hidrogênio, que pode ser ligação de hidrogênio Watson-Crick, Hoogs- teen ou Hoogsteen reversa entre nucleobases complementares. Em certas modalidades, as moléculas de ácido nucleico complementares incluem, sem limitação, um composto antisense e um alvo de ácido nucleico. Em certas modalidades, as moléculas de ácido nucleico complementares incluem, sem limitação, um oligonucleotídeo e um alvo de ácido nucleico.
[0060] "Imediatamente adjacente" denota que não existem ele- mentos intermediários entre os elementos imediatamente adjacentes do mesmo tipo (por exemplo, não há nucleobases intervenientes entre as nucleobases imediatamente adjacentes).
[0061] "Inibidor de checkpoint imunológico" significa um agente que inibe a expressão ou atividade de uma proteína que inibe uma resposta imune. Em uma modalidade, um inibidor de checkpoint imunológico é um agente que inibe as vias CTLA-4 ou PD-1. Os inibidores de che- ckpoint particulares incluem anticorpos que inibem PD-1, PD-L1 ou CTLA-4.
[0062] "Agente imunomodulador" significa um agente que aumenta uma resposta imune (por exemplo, resposta imune antitumoral). Agentes imunomoduladores exemplificativos da presente divulgação incluem anticorpos, tais como um anticorpo anti-CTLA-4, um anticorpo anti-PD-L1, um anticorpo anti-PD-1 e fragmentos antigênicos de qual- quer um destes e agonistas OX40, incluindo proteínas, tal como pro- teína de fusão de ligante OX40, anticorpo OX40 ou fragmentos dos mesmos. Em uma modalidade, o agente imunomodulador é um inibidor de checkpoint imunológico.
[0063] "Indivíduo" denota um animal humano ou não-humano se- lecionado para tratamento ou terapia.
[0064] "Inibir a expressão ou atividade" refere-se a uma redução ou bloqueio da expressão ou atividade em relação à expressão da ativi-
dade em uma amostra não tratada ou de controle e não indica neces- sariamente uma eliminação total da expressão ou atividade.
[0065] "Ligação internucleosídica" denota um grupo ou ligação que forma uma ligação covalente entre nucleosídeos adjacentes em um oligonucleotídeo. "Ligação internucleosídica modificada" significa qualquer ligação internucleosídica diferente da ligação internucleosídica de fosfato de ocorrência natural. As ligações não fosfatadas são refe- ridas neste documento como ligações internucleosídicas modificadas.
[0066] "Oligonucleotídeos alongados" são aqueles que têm um ou mais nucleosídeos adicionais em relação a um oligonucleotídeo divul- gado neste documento, por exemplo, um oligonucleotídeo parental.
[0067] "Nucleosídeos ligados" significa nucleosídeos adjacentes ligados entre si por uma ligação internucleosídica.
[0068] "Nucleosídeo ligante" significa um nucleosídeo que liga um oligonucleotídeo a uma fração conjugada. Os nucleosídeos de ligação estão localizados dentro do ligante peptídico conjugado de um com- posto oligomérico. Os nucleosídeos ligantes não são considerados parte da porção de oligonucleotídeo de um composto mesmo se eles estiverem contíguos ao oligonucleotídeo.
[0069] "Incompatibilidade" ou "não complementar" significa uma nucleobase de um primeiro oligonucleotídeo que não é complementar à nucleobase correspondente de um segundo oligonucleotídeo ou ácido nucleico alvo quando o primeiro e o segundo oligonucleotídeos estão alinhados. Por exemplo, nucleobases incluindo, sem limitação, uma nucleobase universal, inosina e hipoxantina, são capazes de hibridizar com pelo menos uma nucleobase, mas ainda são incompatíveis ou não complementares em relação à nucleobase à qual se hibridizou. Como outro exemplo, uma nucleobase de um primeiro oligonucleotídeo que não é capaz de se hibridizar com a nucleobase correspondente de um segundo oligonucleotídeo ou ácido nucleico alvo quando o primeiro e o segundo oligonucleotídeos estão alinhados é uma nucleobase de in- compatibilidade ou não complementar.
[0070] “Modulação” refere-se à mudança ou ao ajuste de uma ca- racterística em uma célula, um tecido, um órgão ou um organismo. Por exemplo, a modulação do RNA MALAT1 pode significar aumentar ou diminuir o nível de RNA MALAT1 e/ou proteína MALAT1 em uma célula, tecido, órgão ou organismo. Um “modulador” efetua a mudança na cé- lula, tecido, órgão ou organismo. Por exemplo, um composto MALAT1 pode ser um modulador que diminui a quantidade de RNA MALAT1 e/ou proteína MALAT1 em uma célula, tecido, órgão ou organismo.
[0071] "MOE" significa metoxietil.
[0072] “Monômero” refere-se a uma unidade única de um oligô- mero. Os monômeros incluem, sem limitação, nucleosídeos e nucleo- tídeos.
[0073] "Motivo" denota o padrão de frações de açúcares não modi- ficadas e/ou modificadas, nucleobases e/ou ligações internucleosídicas, em um oligonucleotídeo.
[0074] “Natural” ou “de ocorrência naturalmente” significa encon- trado na natureza.
[0075] "Açúcar modificado não bicíclico" ou "fração de açúcar mo- dificado não bicíclico" significa uma fração de açúcar modificado que compreende uma modificação, tal como um substituinte, que não forma uma ponte entre dois átomos de açúcar para formar um segundo anel.
[0076] “Ácido nucleico” refere-se a moléculas compostas por nu- cleotídeos monoméricos. Um ácido nucleico inclui, sem limitação, áci- dos ribonucleicos (RNA), ácidos desoxirribonucleicos (DNA), ácidos nucleicos de cadeia simples e ácidos nucleicos de cadeia dupla.
[0077] “Nucleobase” denota uma fração heterocíclica capaz de se parear com uma base de outro ácido nucleico. Conforme usado neste documento, uma "nucleobase de ocorrência natural" é adenina (A),
timina (T), citosina (C), uracil (U) e guanina (G). Uma "nucleobase mo- dificada" é uma nucleobase de ocorrência natural que é quimicamente modificada. Uma "base universal" ou "nucleobase universal" é uma nucleobase diferente de uma nucleobase de ocorrência natural e uma nucleobase modificada e é capaz de se parear com qualquer nucleo- base.
[0078] "Sequência de nucleobases" significa a ordem de nucleo- bases contíguas em um ácido nucleico ou oligonucleotídeo indepen- dentemente de qualquer ligação de açúcar ou internucleosídica.
[0079] "Nucleosídeo" significa a um composto que compreende uma nucleobase e uma fração de açúcar. A nucleobase e fração de açúcar são, independentemente, não modificadas ou modificadas. "Nucleosídeo modificado" se refere a um nucleosídeo que compreende uma nucleobase modificada e/ou uma fração de açúcar modificada. Os nucleosídeos modificados incluem nucleosídeos abásicos, que não têm uma nucleobase.
[0080] "Composto oligamérico" denota um composto que compre- ende um único oligonucleotídeo e, opcionalmente, uma ou mais ca- racterísticas adicionais, tais como um grupo conjugado ou grupo ter- minal.
[0081] “Oligonucleotídeo” denota um polímero de nucleosídeos ligados, cada um dos quais pode ser modificado ou não modificado, um independente do outro. Salvo indicação em contrário, os oligonucleo- tídeos consistem em 8-80 nucleosídeos ligados. "Oligonucleotídeo modificado" significa um oligonucleotídeo, em que pelo menos um açúcar, nucleobase ou ligação internucleosídica é modificada. "Oligo- nucleotídeo não modificado" significa um oligonucleotídeo que não compreende qualquer modificação de açúcar, nucleobase ou internu- cleosídeo.
[0082] "Oligonucleotídeo parental" significa um oligonucleotídeo cuja sequência é usada como a base do projeto para mais oligonucle- otídeos de sequência semelhante, mas com comprimentos, motivos e/ou químicas diferentes. Os oligonucleotídeos recentemente projeta- dos podem ter a mesma sequência ou sobreposição que o oligonucle- otídeo parental.
[0083] “Administração parenteral” denota administração através de injeção ou infusão. A administração parenteral inclui administração subcutânea, administração intravenosa, administração intramuscular, administração intra-arterial, administração intraperitoneal, ou adminis- tração intracraniana, por exemplo, administração intratecal ou intrace- rebroventricular.
[0084] “Carreador ou diluente farmaceuticamente aceitável” signi- fica qualquer substância adequada para uso na administração a um indivíduo. Por exemplo, um carreador farmaceuticamente aceitável pode ser uma solução aquosa estéril, tal como PBS ou água para in- jeção.
[0085] "Sais farmaceuticamente aceitáveis" significa sais fisiologi- camente e farmaceuticamente aceitáveis dos compostos, tais como compostos oligoméricos ou oligonucleotídeos, ou seja, sais que retêm a atividade biológica desejada do composto parental e não transmitem efeitos toxicológicos indesejados aos mesmos.
[0086] "Agente farmacêutico" denota um composto que fornece um benefício terapêutico quando administrada a um indivíduo.
[0087] "Composição farmacêutica" significa uma mistura de subs- tâncias adequadas para administração a um indivíduo. Por exemplo, uma composição farmacêutica pode compreender um ou mais com- postos ou sal dos mesmos e uma solução aquosa estéril.
[0088] "Ligação de fosforotioato" significa uma ligação de fosfato modificada em que um dos átomos de oxigênio sem ponte é substituído por um átomo de enxofre. Uma ligação internucleosídica de fosforotio-
ato é uma ligação internucleosídica modificada.
[0089] "Fração de fósforo" denota um grupo de átomos que com- preende um átomo de fósforo. Em certas modalidades, uma fração de fósforo compreende um mono-, di- ou trifosfato ou fosforotioato.
[0090] "Porção" significa um número definido de nucleobases con- tíguas (ou seja, ligadas) de um ácido nucleico. Em certas modalidades, uma porção é um número definido de nucleobases contíguas de um ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, uma porção é um número definido de nucleobases contíguas de um composto oligomérico. foooanu "Prevenir" refere-se ao retardamento ou prevenção do início, desenvolvimento ou progressão de uma doença, distúrbio ou condição por um período de tempo de minutos até indefinidamente.
[0092] "Pró-fármaco" significa um composto em uma forma fora do corpo que, quando administrado a um indivíduo, é metabolizado em outra forma dentro do corpo ou células do mesmo. Em certas modali- dades, a forma metabolizada é a forma ativa ou mais ativa (por exem- plo, fármaco) do composto. Normalmente, a conversão de um pró-fármaco dentro do corpo é facilitada pela ação de uma enzima(s) (por exemplo, enzima endógena ou viral) ou produto(s) químico(s) presente(s) em células ou tecidos e/ou por condições fisiológicas.
[0093] “Reduzir” significa reduzir a uma extensão, tamanho, quan- tidade, ou número menor.
[0094] "RefSeg No." é uma combinação única de letras e números atribuída a uma sequência para indicar que a sequência é para uma transcrição alvo particular (por exemplo, gene alvo). Tais sequências e informações sobre o gene alvo (coletivamente, o registro do gene) podem ser encontradas em um banco de dados de sequência genética. As bases de dados de sequências genéticas incluem a base de dados de Sequências de Referência NCBI, GenBank, o European Nucleotide Archive e o Banco de Dados de DNA do Japão (os três últimos formam a
International Nucleotide Sequence Database Collaboration ou INSDC).
[0095] "Região" é definida como uma porção do ácido nucleico alvo que tem pelo menos uma estrutura, função ou característica identifi- cável.
[0096] "Composto de RNAi" significa um composto antisense que atua, pelo menos em parte, através de RISC ou Ago2, mas não através de RNase H, para modular um ácido nucleico alvo e/ou proteína codi- ficada por um ácido nucleico alvo. Os compostos de RNAi incluem, sem limitação, siRNA de fita dupla, RNA de fita simples (ssrNA) e microRNA, incluindo miméticos de microRNA.
[0097] “Segmentos” são definidos como regiões menores ou sub- porções de regiões dentro de um ácido nucleico.
[0098] "Efeitos colaterais" denota uma doença fisiológica e/ou condições passíveis de atribuição a um tratamento diferente dos efeitos desejados. Em certas modalidades, os efeitos colaterais incluem rea- ções no sítio de injeção, anormalidades do teste de função hepática, anormalidades da função renal, toxicidade hepática, toxicidade renal, anormalidades do sistema nervoso central, miopatias e mal-estar. Por exemplo, níveis aumentados de aminotransferase no soro podem in- dicar toxicidade hepática ou anormalidade da função hepática. Por exemplo, a bilirrubina aumentada pode indicar toxicidade hepática ou anormalidade da função hepática.
[0099] "De fita simples" em referência a um composto significa que o composto tem apenas um oligonucleotídeo. "Autocomplementar" significa um oligonucleotídeo que hibridiza pelo menos parcialmente com ele mesmo. Um composto que consiste em um composto oligo- mérico, em que o oligonucleotídeo do composto é autocomplementar, é um composto de fita simples. Um composto de fita simples pode ser capaz de se ligar a um composto complementar para formar um duplex.
[00100] "Sítios" são definidos como as posições das nucleobase únicas dentro de um ácido nucleico alvo.
[00101] "Especificamente hibridizável" refere-se a um oligonucleo- tídeo com um grau suficiente de complementaridade entre um oligonu- cleotídeo e um ácido nucleico alvo para induzir um efeito desejado, enquanto exibe efeitos mínimos ou nenhum efeito em ácidos nucleicos não alvo. Em certas modalidades, a hibridização específica ocorre em condições fisiológicas.
[00102] "“Inibe especificamente" com referência a um ácido nucleico alvo denota reduzir ou bloquear a expressão do ácido nucleico alvo enquanto exibe menos efeitos ou efeitos mínimos ou nenhum efeito em ácidos nucleicos não alvo. A redução não indica necessariamente uma eliminação total da expressão do ácido nucleico alvo.
[00103] “Ensaio de células padrão” significa ensaio(s) descrito(s) nos Exemplos e variações razoáveis dos mesmos.
[00104] "Experimento in vivo padrão" significa o(s) procedimento(s) descrito(s) no(s) Exemplo(s) e variações razoáveis dos mesmos.
[00105] "Centro quiral estereorrandômico" no contexto de uma po- pulação de moléculas de fórmula molecular idêntica significa um centro quiral com uma configuração estereoquímica randômica. Por exemplo, em uma população de moléculas que compreendem um centro quiral estereorrandômico, o número de moléculas com a configuração (S) do centro quiral estereorrandômico pode ser, mas não é necessariamente igual ao número de moléculas com a configuração (R) do centro quiral estereorrandômico. A configuração estereoquímica de um centro quiral é considerada randômica quando é o resultado de um método sintético que não é projetado para controlar a configuração estereoquímica. Em certas modalidades, um centro quiral estereorrandômico é uma ligação internucleosídica de fosforotioato estereorrandômica.
[00106] "Fração de açúcar" se refere uma fração de açúcar não modificado ou a uma fração de açúcar modificado. "Fração de açúcar não modificado" ou "açúcar não modificado" significa uma fração de 2'-OH(H) furanosil, como se encontra no RNA (uma "fração de açúcar de RNA não modificado"), ou uma fração de 2'-H(H), como se encontra no DNA (uma "fração de açúcar de DNA não modificado"). As frações de açúcar têm um hidrogênio em cada uma das posições 1', 3' e 4', um oxigênio na posição 3' e dois hidrogênios na posição 5'. "Fração de açúcar modificado" ou "açúcar modificado" se refere uma fração de açúcar de furanosil modificado ou um substituto de açúcar. "Fração de açúcar de furanosil modificado" significa um açúcar de furanosil com- preendendo um substituinte não hidrogênio em vez de pelo menos um hidrogênio de uma fração de açúcar não modificado. Em certas moda- lidades, uma fração de açúcar de furanosil modificado é uma fração de açúcar substituído em 2'. Tais frações de açúcar de furanosil modificado incluem açúcares bicíclicos e açúcares não bicíclicos.
[00107] "Substituto de açúcar" significa uma fração de açúcar modi- ficado que tem uma porção diferente de um furanosil que pode ligar uma nucleobase a outro grupo, tal como uma ligação internucleosítica, grupo conjugado ou grupo terminal em um oligonucleotídeo. Os nucleosídeos modificados que compreendem substitutos de açúcar podem ser in- corporados em uma ou mais posições dentro de um oligonucleotídeo e tais oligonucleotídeos são capazes de se hibridizar com compostos complementares ou ácidos nucleicos.
[00108] "Sinergia" ou "sinergizar" refere-se a um efeito de uma combinação que é maior do que o aditivo dos efeitos de cada compo- nente sozinho nas mesmas doses.
[00109] “MALAT1” significa qualquer ácido nucleico ou proteína de MALAT1. "Ácido nucleico MALAT1" significa qualquer ácido nucleico que codifica MALAT1. Por exemplo, em determinadas modalidades, um ácido nucleico MALAT1 inclui uma sequência de DNA que codifica MALAT1, uma sequência de RNA transcrita do DNA que codifica MA-
LAT1 (incluindo o DNA genômico, que compreende os íntrons e éxons) e uma sequência de mMRNA que codifica MALAT1. "mMRNA MALAT1" significa um mRNA que codifica uma proteína MALAT1. O alvo pode ser referido em letras maiúsculas ou minúsculas.
[00110] "Inibidor específico de MALAT1" refere-se a qualquer agente capaz de inibir especificamente o RNA MALAT1 e/ou a expressão ou atividade da proteína MALAT1 no nível molecular. Por exemplo, os ini- bidores específicos de MALAT1 incluem ácidos nucleicos (incluindo compostos antisense), peptídeos, anticorpos, moléculas pequenas, e outros agentes capazes de inibir a expressão do MRNA MALAT1 e/ou da proteína MALAT1.
[00111] "Gene alvo" refere-se a um gene que codifica um alvo.
[00112] "“Direcionamento" significa a hibridização específica de um composto para um ácido nucleico alvo, a fim de induzir um efeito de- sejado.
[00113] "Ácido nucleico alvo", "RNA alvo", "transcrito de RNA alvo" e " ácido nucleico alvo" denotam um ácido nucleico capaz de ser direci- onado pelos compostos descritos neste documento.
[00114] “Região alvo" denota uma porção de um ácido nucleico alvo à qual um ou mais compostos é direcionado.
[00115] “Segmento alvo” significa a sequência de nucleotídeos de um ácido nucleico alvo ao qual um composto é direcionado. “Sítio alvo 5" se refere ao nucleotídeo mais próximo de 5' de um segmento alvo. “Sítio alvo 3" se refere ao nucleotídeo mais próximo de 3' de um seg- mento alvo.
[00116] "Grupo terminal" denota um grupo químico ou grupo de átomos que está ligado covalentemente a um terminal de um oligonu- cleotídeo.
[00117] "Quantidade terapeuticamente eficaz" denota uma quanti- dade de um composto, agente farmacêutico ou composição que fornece um benefício terapêutico a um indivíduo.
[00118] “Tratar” refere-se à administração de um composto ou composição farmacêutica a um animal para efetuar uma alteração ou melhoria de uma doença, distúrbio ou condição no animal. Certas Modalidades
[00119] Certas modalidades fornecem métodos, compostos, e composições para inibir a expressão de MALAT1.
[00120] Certas modalidades fornecem compostos direcionados a um ácido nucleico MALAT1. Em certas modalidades, o ácido nucleico MALAT1 tem a sequência estabelecida em RefSeq ou Nº de Acesso GENBANK XR 001309.1 (SEQ ID NO: 1) (que é incorporado por re- ferência em sua totalidade), ou Nº de Acesso GENBANK EF177381.1 (SEQ ID NO: 2824) (que é incorporado por referência em sua totali- dade). Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla.
[00121] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosí- deos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas moda- lidades, o composto é um composto antisense ou composto oligomé- rico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados.
[00122] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosí- deos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modali- dades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados.
[00123] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 9 a 80 nucleosí- deos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 9 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas moda- lidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligo- mérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalida- des, o oligonucleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados.
[00124] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 9 a 80 nucleosí- deos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 9 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modali- dades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados.
[00125] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 10 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 10 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas moda- lidades, o composto é um composto antisense ou composto oligomé- rico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados.
[00126] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 10 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 10 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modali- dades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados.
[00127] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 11 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 11 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas moda- lidades, o composto é um composto antisense ou composto oligomé- rico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 11 a 30 nucleosídeos ligados.
[00128] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 11 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 11 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modali- dades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo modificado consiste em 11 a 30 nucleosídeos ligados.
[00129] Certas modalidades fornecem um composto que compre-
ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 12 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 12 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas moda- lidades, o composto é um composto antisense ou composto oligomé- rico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 12 a 30 nucleosídeos ligados.
[00130] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 12 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 12 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modali- dades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo modificado consiste em 12 a 30 nucleosídeos ligados.
[00131] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nu- cleosídeos ligados.
[00132] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleo- sídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10.
Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nu- cleosídeos ligados.
[00133] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado com uma sequência de nucleo- bases que consiste na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou composto oligomérico. Em certas modali- dades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o com- posto é de fita dupla.
[00134] Certas modalidades fornecem um composto que compre- ende um oligonucleotídeo modificado com uma sequência de nucleo- bases que consiste na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto é um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é de fita simples. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla.
[00135] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados em que a sequência de nucleobases do oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 ou 16 porções de nucleobases contíguas complementares a uma porção de comprimento igual dentro dos nucleotídeos 1535-1550, 2034-2049, 2341-2356, 4821-4836, 4840-4855, 4931-4946, 5049-5064, 5494-5509 ou 5495-5510 da SEQ ID NO: 1. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados.
[00136] Em certas modalidades, um composto compreende um oli-
gonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados em que a sequência de nucleobases do oligonucleotídeo modificado é com- plementar dentro dos nucleotídeos 1535-1550, 2034-2049, 2341-2356, 4821-4836, 4840-4855, 4931-4946, 5049-5064, 5494-5509 ou 5495-5510 da SEQ ID NO: 1. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modifi- cado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalida- des, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados.
[00137] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 ou 16 porções de nucleobases contíguas da se- quência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado con- siste em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oli- gonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados.
[00138] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15 ou 16 porções de nucleobases contíguas da se- quência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo mo- dificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados.
[00139] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a nucleosídeos ligados.
[00140] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nu- cleosídeos ligados.
[00141] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 16 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases que consiste na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813.
[00142] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 16 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases que consiste na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10.
[00143] Em certas modalidades, pelo menos uma ligação internu- cleosídica de qualquer um dos oligonucleotídeos modificados anteriores é uma ligação internucleosídica modificada, pelo menos um açúcar de qualquer um dos oligonucleotídeos modificados anteriores é um açúcar modificado e/ou pelo menos uma nucleobase de qualquer um dos oli- gonucleotídeos modificados anteriores é uma nucleobase modificada.
[00144] Em certas modalidades, pelo menos um nucleosídeo de qualquer um dos oligonucleotídeos modificados anteriores compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o açúcar modificado compreende um grupo 2'-O-metoxietil. Em certas modalidades, o açúcar modificado é um açúcar bicíclico, tal como um grupo 4-CH(CH3)-0-2', um grupo 4-CH2-0-2' ou um grupo 4'-(CH2)2-O0-2".
[00145] Em certas modalidades, pelo menos uma ligação internu- cleosídica do oligonucleotídeo modificado é uma ligação internucleosí- dica modificada, tal como uma ligação internucleosídica de fosforotio- ato.
[00146] Em certas modalidades, pelo menos uma nucleobase de qualquer um dos oligonucleotídeos modificados anteriores é uma nu- cleobase modificada, tal como 5-metilcitosina.
[00147] Em certas modalidades, qualquer um dos oligonucleotídeos modificados anteriores tem: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 80 nu- cleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases compreen- dendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tem uma se- quência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modali- dades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases compreendendo a se- quência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modifi- cado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o oli- gonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases consistindo na sequência de nucleo-
bases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases consistindo na sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10.
[00148] Em certas modalidades, um composto compreende ou con- siste em um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nu- cleobases ligadas e tendo uma sequência de nucleobases compreen- dendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nu- cleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modi- ficado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00149] Em certas modalidades, um composto compreende ou con- siste em um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nu- cleobases ligadas e tendo uma sequência de nucleobases compreen- dendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga-
dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nu- cleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modi- ficado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00150] Em certas modalidades, um composto compreende ou con- siste em um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nu- cleobases ligadas e tendo uma sequência de nucleobases compreen- dendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em dez 2'-deoxinucleo- sídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em três nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3' consistindo em três nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3'; em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um nucleosídeo cEt; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é uma 5-metilcitosina.Em certas modalidades, o oligonucleo- tídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosí- deos ligados.
[00151] Em certas modalidades, um composto compreende ou con-
siste em um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nu- cleobases ligadas e tendo uma sequência de nucleobases compreen- dendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-7, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em dez 2'-deoxinucleo- sídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em três nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3' consistindo em três nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3'; em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um nucleosídeo cEt; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é uma 5-metilcitosina.Em certas modalidades, o oligonucleo- tídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosí- deos ligados.
[00152] Em certas modalidades, um composto compreende ou con- siste em um oligonucleotídeo modificado tendo uma sequência de nu- cleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 8-10; em que o oligonucleotídeo modi- ficado compreende o motivo de açúcar kkk-d-y-d(8)-kKkk, em que "k" indica uma fração de açúcar cEt modificado, "d" indica uma fração de açúcar 2'-desoxirribosila não modificado e "y" indica uma fração de açúcar 2'-O-metila modificado; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00153] Em certas modalidades, um composto compreende ou con- siste em ION 1304884 tendo a sequência de nucleobases e o motivo químico: GksGksAksTdsUysAdsAdsTdsGdsTdsAdsGdsTdsGksTksAk (SEQ ID NO: 8), em que "d" representa um açúcar 2'-desoxirribose, "k" representa um açúcar cEt modificado, "y" representa um açúcar 2'-O-metila modificado, "s" representa uma ligação internucleosídica de fosforotioato e "mC" refere-se a 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos liga- dos. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00154] Em certas modalidades, um composto compreende ou con- siste em ION 1304890 tendo a sequência de nucleobases e o motivo químico: GksGksTksTdsAysTdsAdsGdsmCdsTds Tds GdsAdsmCKksAksAkK (SEQ ID NO: 9), em que "d" representa um açúcar 2'-desoxirribose, "k" representa um açúcar cEt modificado, "y" representa um açúcar 2'-O-metila modificado, "s" representa uma ligação internucleosídica de fosforotioato e "mC" refere-se a uma 5-metilcitosina. Em certas moda- lidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosí- deos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00155] Em certas modalidades, um composto compreende ou con- siste em ION 1304906 tendo a sequência de nucleobases e o motivo químico: GksmCksAksGdsAysTdsAdsAdsTdsGdsTdsTdsmCdsT- KksmCksAk (SEQ ID NO: 10), em que "d" representa um açúcar 2'-desoxirribose, "k" representa um açúcar cEt modificado, "y" repre- senta um açúcar 2'-O-metila modificado, "s" representa uma ligação internucleosídica de fosforotioato e "mC" refere-se a 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo mo- dificado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00156] Certas modalidades fornecem um oligonucleotídeo modifi- cado de acordo com a seguinte estrutura química: no o No o à = FA TE o % x dn í CC? To No NX LA À ns-b=o À ê so À e TE V não Ne - À ão Voa DS OR À VW À não nsso À, À À o. & TE NY q V ) o À ss AE To - À Lo N NNE | uso e Sa VP VE ô TE À nsbeo x À jp não y o + NY 7 À Ao o * E neo = qo são PE So O À uso x À À EO O NAN) s X À à F À E À são nst=o S À o eo O. & AX, Y neo s (O À o. 2 Vo NT N y V À Wo À & À 2 À nsto ó neto ) Fo EF) (SEQ ID NO: 6), ou um sal do mesmo. Em certas modalidades, o oli- gonucleotídeo modificado é o sal de sódio ou sal de potássio.
[00157] Certas modalidades fornecem um oligonucleotídeo modifi- cado de acordo com a seguinte estrutura química: o A ? o No we as E ao x sto va. ( ( oº sb Y L 203 MEO ko E — conto e 9 x ER ) | 1Ão ne tor od Ro o. & LA, astotmo as = E al o do PAS: PP VER oo ne Tr 2ºsdo o % co NON 1a do Na À N otrto EO = o NH — À neºst=so w À ô NÃ tro — no, sol * À EO NNE Res EO o St TP O À Pa seo AEE & sºsdão na h " À F À nº sto ) pe sto ) a É (SEQ ID NO:6).
[00158] Sob certas condições, certos compostos divulgados neste documento agem como ácidos. Embora tais compostos possam ser desenhados ou descritos na forma protonada (ácido livre), ou ionizada e em associação com uma forma catiônica (sal), as soluções aquosas de tais compostos existem em equilíbrio entre tais formas. Por exemplo, uma ligação de fosfato de um oligonucleotídeo em solução aquosa existe em equilíbrio entre as formas de ácido livre, ânion e sal. Salvo indicação em contrário, os compostos descritos neste documento des- tinam-se a incluir todas essas formas. Além disso, certos oligonucleo- tídeos têm várias dessas ligações, cada uma das quais está em equi- líbrio. Assim, os oligonucleotídeos em solução existem em um conjunto de formas em várias posições, todas em equilíbrio. Salvo indicação em contrário, um oligonucleotídeo descrito neste documento e o termo "oligonucleotídeo" destinam-se a incluir todas essas formas. As estru- turas desenhadas representam necessariamente uma única forma. No entanto, salvo indicação em contrário, esses desenhos também se destinam a incluir as formas correspondentes. Neste documento, uma estrutura que representa o ácido livre de um composto seguido pelo termo "ou um sal do mesmo" inclui expressamente todas as formas que podem ser total ou parcialmente protonadas/desprotonadas/em asso- ciação com um cátion. Em certos casos, um ou mais cátions específicos são identificados.
[00159] Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto ou oligonucleotídeo pode ser pelo menos 85%, pelo menos 90%, pelo menos 95%, pelo menos 98%, pelo menos 99% ou 100% complementar a um ácido nucleico que codifica MALAT1.
[00160] Em qualquer das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples. Em certas modalidades, o composto compreende desoxirribonucleotídeos. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla. Em certas modalidades, o composto é de fita dupla e compre-
ende ribonucleotídeos. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomé- rico.
[00161] Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode consistir em 8 a 80, 10 a 30, 12 a 50, 13 a 30, 13 a 50, 14 a 30, 14 a 50, 15 a 30, 15 a 50, 16 a 30, 16 a 50, 17 a 30, 17 a 50, 18 a 22, 18 a 24, 18 a 30, 18 a 50, 19 a 22, 19 a 30, 19 a 50 ou 20 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto compreende ou consiste em um oligonucleotídeo.
[00162] Em certas modalidades, os compostos ou composições fornecidos neste documento compreendem um sal do oligonucleotídeo modificado. Em determinadas modalidades, o sal é um sal de sódio. Em certas modalidades, o sal é um sal de potássio.
[00163] Em certas modalidades, os compostos ou composições conforme descritos neste documento são altamente toleráveis, con- forme demonstrado tendo pelo menos um de um aumento de um valor de alanina transaminase (ALT) ou aspartate transaminase (AST) de não mais do que 4 vezes, 3 vezes ou 2 vezes sobre animais tratados com solução salina ou um aumento no peso do fígado, baço ou rim de não mais do que 30%, 20%, 15%, 12%, 10%, 5% ou 2% em comparação com os animais tratados com controle. Em certas modalidades, os compostos ou composições conforme descritos neste documento são altamente toleráveis, conforme demonstrado tendo nenhum aumento de ALT ou AST sobre os animais tratados com controle. Em certas modalidades, os compostos ou composições conforme descritos neste documento são altamente toleráveis, conforme demonstrado tendo nenhum aumento no peso do fígado, baço ou rim sobre os animais tratados com controle.
[00164] Certas modalidades fornecem uma composição compre- endendo o composto de qualquer uma das modalidades acima men-
cionadas ou sal do mesmo e pelo menos um de um carreador ou dilu- ente farmaceuticamente aceitável. Em certas modalidades, a compo- sição tem uma viscosidade de menos do que cerca de 40 centipoise (cP), menos do que cerca de 30 centipoise (cP), menos do que cerca de centipoise (cP), menos do que cerca de 15 centipoise (cP) ou menos do que cerca de 10 centipoise (cP). Em certas modalidades, a compo- sição tendo qualquer uma das viscosidades mencionadas acima com- preende um composto fornecido neste documento a uma concentração de cerca de 100 mg/mL, cerca de 125 mg/mL, cerca de 150 mg/mL, cerca de 175 mg/mL, cerca de 200 mg/mL, cerca de 225 mg/mL, cerca de 250 mg/mL, cerca de 275 mg/mL ou cerca de 300 mg/mL. Em certas modalidades, a composição tendo qualquer das viscosidades e/ou concentrações do composto mencionadas acima tem uma temperatura ambiente ou uma temperatura de cerca de 20 ºC, cerca de 21 ºC, cerca de 22 ºC, cerca de 23 ºC, cerca de 24 ºC, cerca de 25 ºC, cerca de 26 ºC, cerca de 27 ºC, cerca de 28 ºC, cerca de 29 ºC ou cerca de 30 ºC.
[00165] As modalidades numeradas não limitativas incluem: E1. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nu- cleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10.
E2. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 9 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 9 nu- cleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10.
E3. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 10 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 10 nu-
cleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10.
E4. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 11 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 11 nu- cleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10.
E5. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 12 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 12 nu- cleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10.
E6. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 16 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nu- cleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10.
E7. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 16 nucleosídeos ligados de comprimento e tendo uma sequência de nucleobases consistindo em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10.
E8. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 8 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e com- plementares dentro dos nucleotídeos 1535-1550, 2034-2049, 2341-2356, 4821-4836, 4840-4855, 4931-4946, 5049-5064, 5494-5509, ou 5495-5510 da SEQ ID NO: 1.
E9. O composto, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E1-E8, em que o oligonucleotídeo modificado compreende pelo menos uma ligação internucleosídica modificada, pelo menos um açúcar modificado ou pelo menos uma nucleobase modificada.
E10. O composto, de acordo com a modalidade E9, em que a ligação internucleosídica modificada é uma ligação internucleosídica de fosforotioato.
E11. O composto, de acordo com as modalidades de E9ou E10, em que o açúcar modificado é um açúcar bicíclico.
E12. O composto, de acordo com a modalidade E11, em que o açúcar bicícliico é selecionado do grupo que consiste em: 4'-(CH2)-O-2' (LNA); 4'-(CH2)2-0-2' (ENA); e 4:-CH(CH3)-O-2' (cEt).
E13. O composto, de acordo com as modalidades de E9 ou E10, em que o açúcar modificado é 2'-O-metoxietil.
E14. O composto, de acordo com qualquer uma das moda- lidades de E9-E13, em que a nucleobase modificada é uma 5-metilci- tosina.
E15. O composto, de acordo com qualquer uma das moda- lidades de E1-E14, em que o oligonucleotídeo modificado compreende: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
E16. Um composto que compreende um oligonucleotídeo modificado de 16 a 80 nucleosídeos ligados em comprimento e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10, em que o oligonucleotídeo modificado compreende: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
E17. Um composto compreendendo um oligonucleotídeo modificado de 16-80 nucleobases ligadas de comprimento tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-7, em que o oligonucleotídeo modi- ficado compreende: um segmento de lacuna consistindo em dez 2'-deoxinucleo- sídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em três nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3' consistindo em três nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3'; em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um nucleosídeo cEt; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é uma 5-metilcitosina.
E18. O composto, de acordo com qualquer uma das moda- lidades de E1-E17, em que o oligonucleotídeo é pelo menos 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% complementar à SEQ ID NO: 1.
E19. O composto, de acordo com qualquer uma das moda- lidades de E1-E18, em que o composto é de fita simples.
E20. O composto, de acordo com qualquer uma das moda- lidades de E1-E18, em que o composto é de fita dupla.
E21. O composto, de acordo qualquer uma das modalidades de E1-E20, em que o composto compreende ribonucleotídeos.
E22. O composto, de acordo com qualquer uma das moda-
lidades de E1-E20, em que o composto compreende desoxirribonucle- otídeos.
E23. O composto, de acordo com qualquer uma das moda- lidades de E1-E22, em que o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados.
E24. O composto, de acordo com qualquer uma das moda- lidades anteriores, em que o composto consiste no oligonucleotídeo modificado.
E25. Um composto que consiste em um sal farmaceutica- mente aceitável de qualquer um dos compostos das modalidades E1-E24.
E26. O composto, de acordo com a modalidade 25, em que o sal farmaceuticamente aceitável é um sal de sódio.
E27. O composto, de acordo com a modalidade 26, em que o sal farmaceuticamente aceitável é um sal de potássio.
E28. Um oligonucleotídeo modificado de acordo com a se- guinte estrutura química: neo e x o o! o SÁ, = E o TX CESSNA Í W> (eso nsso õ V TS . N LA À neto e Só o. V “ IA ssvo NE E = V o CO Fã Vo Pa oo S SL É V rnedzo FO — k í À o NON: e. ne O À => o O Hs-P=o y o o Sd e Ot Y rsbzo FO Ne & o mR CI V co NON 0 e C neto À neto À EE EO & A À sos Not Due NON % ho & y o VW o " o ns-bzo o : Z : To IN ? | Hs-PzO Hs-P=0 E & AO (SEQ ID NO: 6), ou um sal do mesmo.
E29. O oligonucleotídeo modificado, de acordo com a mo- dalidade E28, em que o oligonucleotídeo modificado é o sal de sódio ou o sal de potássio.
E30. Um oligonucleotídeo modificado que está de acordo com a seguinte estrutura química: nº e A | o O. no DE ONH " E FA Lo S. ee 2º nm NY Ee (Te No né Potro Êo V P. o í À não Vo n sto O" À e NH ) o. V o. Lo Vagoto 67 o À C >) À É DS nº Pstco Tr Y o o À o No Y À o NNE o esto no dO À => | SS O e sto 3 À o o V nl neo “ Nº h astro nv E À Von SS NO os À À AA À ô À ET o esto não nº to » x À NE Não À na AO Y À WC so sºsbo o À o? NHo Na S NO NH À 6º sp RA RS | TER oo o) | o e? À o nº Sho ) “ esto ) E é (SEQ ID NO:6).
E31. Uma composição que compreende o composto, de acordo com qualquer uma das modalidades de E1-E27 ou o oligonu- cleotídeo modificado de acordo com qualquer uma das modalidades de E28-E30, e um diluente ou carreador farmaceuticamente aceitável.
E32. Uma composição que compreende o composto, de acordo com qualquer uma das modalidades de E1-E27 ou o oligonu- cleotídeo modificado, de acordo com qualquer uma das modalidades de E28-E30, e água.
E33. Uma composição que compreende o composto, de acordo com qualquer uma das modalidades de E1-E27, ou o oligonu- cleotídeo modificado de acordo com qualquer uma das modalidades de
E28-E30 para uso em terapia.
E34. Um método de tratamento ou melhoria do câncer em um indivíduo que compreende a administração ao indivíduo de um composto direcionado a MALAT1, tratando ou melhorando assim o câncer.
E35. O método, de acordo com a modalidade E34, em que o composto é um composto antisense direcionado a MALAT1.
E36. O método, de acordo com as modalidades E34 ou E35, em que o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estro- gênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca-
mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
E37. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E34-36, em que a administração do composto inibe ou reduz a proliferação de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumo- ral, crescimento tumoral ou metástase.
E38. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E34-E37, em que a administração do composto aumenta ou induz a diferenciação de células cancerosas, adesão de células can- cerosas ou diferenciação tumoral.
E39. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E34-E38, em que a administração do composto induz uma célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar.
E40. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E34-E39, em que a administração do composto induz uma célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou estrutura mais diferen- ciada.
E41. O método, de acordo com a modalidade E40, em que o fenótipo ou estrutura mais diferenciada compreende a presença de gotículas lipídicas secretoras, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados de caderina-E Ou caseína.
E42. Um método para inibir a expressão de MALAT1 em uma célula cancerosa que compreende o contato da célula cancerosa com um composto direcionado a MALAT1, inibindo assim a expressão de MALAT1 na célula cancerosa.
E43. O método, de acordo com a modalidade E42, em que o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de cé- lulas escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de ca- beça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de cé- lulas de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leu- cemia linfocítica aguda (LLA).
E44. Um método para reduzir ou inibir a proliferação de cé- lulas cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase em um indivíduo com câncer que compreende a administração de um composto direcionado a MALAT1 ao indivíduo, reduzindo ou inibindo assim a proliferação de células cancerosas, mi- gração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase no indivíduo.
E45. Um método para aumentar ou induzir a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral em um indivíduo com câncer que compreende a administração de um composto direcionado a MALAT1 ao indivíduo, aumentando ou induzindo assim a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral no indivíduo.
E46. Um método para induzir uma célula cancerosa ou tu- mor a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar em um indivíduo com câncer que compreende a administração de um com- posto direcionado a MALAT1 ao indivíduo, induzindo assim a célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar.
E47. Um método para induzir uma célula cancerosa ou tu- mor a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada que compreende a administração de um composto direcionado a MALAT1 ao indivíduo, induzindo assim a célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou es- trutura mais diferenciada.
E48. O método, de acordo com a modalidade E47, em que o fenótipo ou estrutura mais diferenciada compreende a presença de gotículas lipídicas secretoras, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados de caderina-E Ou caseína.
E49. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E44-E48, em que o indivíduo tem câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama nega- tivo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e
HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
E50. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E34-E49, em que o composto é um composto antisense di- recionado a MALAT1.
E51. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E3S4-E49, em que o composto é o composto de acordo com qualquer uma das modalidades de E1-E27, o oligonucleotídeo modifi- cado de acordo com qualquer uma das modalidades de E28-E30 ou a composição de acordo com a modalidade E31 ou E32.
E52. O método, de acordo com qualquer uma das modali- dades de E34-E51, em que o composto é administrado por via paren- térica.
E53. Uso de um composto direcionado a MALAT1 para tra- tar, prevenir ou melhorar um câncer associado a MALAT1.
E54. O uso, de acordo com a modalidade E53, em que o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de cé- lulas escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de ca- beça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical;
câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de cé- lulas de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leu- cemia linfocítica aguda (LLA).
E55. O uso, de acordo com a modalidade E53 ou E54, em que o composto é um composto antisense direcionado a MALAT1.
E56. O uso, de acordo com qualquer uma das modalidades de E53-E55, em que o composto é o composto de acordo com qualquer uma das modalidades de E1-E27, o oligonucleotídeo modificado de acordo com qualquer uma das modalidades de E28-E30 ou a compo- sição de acordo com a modalidade E31 ou E32.
E57. Uso de um composto direcionado a MALAT1 na fabri- cação de um medicamento para tratar ou melhorar um câncer associ- ado a MALAT1.
E58. O uso, de acordo com a modalidade E57, em que o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de cé- lulas escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de ca- beça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de cé- lulas de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leu- cemia linfocítica aguda (LLA).
E59. O uso, de acordo com a modalidade E57 ou E58, em que o composto é um composto antisense direcionado a MALAT1.
E60. O uso, de acordo com qualquer uma das modalidades de E57-E59, em que o composto é o composto de acordo com qualquer uma das modalidades de E1-E27, o oligonucleotídeo modificado de acordo com qualquer uma das modalidades de E28-E30 ou a compo- sição de acordo com a modalidade E31 ou E32.
E61. Uso de um composto direcionado a MALAT1 no pre-
paro de um medicamento para tratar ou melhorar um câncer associado a MALAT1.
E62. O uso, de acordo com a modalidade E61, em que o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de cé- lulas escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de ca- beça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical;
câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de cé- lulas de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leu- cemia linfocítica aguda (LLA).
E63. O uso, de acordo com a modalidade E61 ou E62, em que o composto é um composto antisense direcionado a MALAT1.
E64. O uso, de acordo com qualquer uma das modalidades de E61-E63, em que o composto é o composto de acordo com qualquer uma das modalidades de E1-E27, o oligonucleotídeo modificado de acordo com qualquer uma das modalidades de E28-E30 ou a compo- sição de acordo com a modalidade E31 ou E32. Certas Indicações
[00166] Certasmodalidades fornecidas neste documento referem-se a métodos para inibir a expressão de MALAT1, que podem ser úteis para tratar, prevenir ou melhorar um câncer associado a MALAT1 em um indivíduo, por administração de um composto que tem como alvo MALAT1. Em certas modalidades, o composto pode ser um inibidor específico de MALAT1. Em certas modalidades, o composto pode ser um composto antisense, composto oligomérico ou oligonucleotídeo direcionado a MALAT1.
[00167] Exemplos de cânceres associados a MALAT1 que possa ser tratável, prevenível e/ou melhorável com os compostos e métodos fornecidos neste documento incluem câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
[00168] Em certasmodalidades, o câncer de mama tem uma ou mais das seguintes características: Receptor de Androgênio positivo, de- pendente de androgênio para crescimento; Receptor de Estrogênio (ER) negativo, independente do estrogênio para crescimento; Receptor de Progesterona (PR) negativo, independente da progesterona para crescimento; ou Her2/neu negativo.
Em certas modalidades, o câncer de mama é ER, PR e HER?2 triplo negativo (ER-, PR-, HER2-). Em certas modalidades, o câncer de mama é triplo negativo e AR positivo (ER-, PR-, HER2-, AR+). Em certas modalidades, o câncer de mama é ER negativo e AR positivo (ER-, AR+). Em certas modalidades, o câncer de mama é ER positivo e AR positivo (ER+, AR+). Em certas modali- dades, o câncer de mama é apócrino.
Os cânceres de mama apócrinos são frequentemente “triplo negativo”, o que significa que as células não expressam receptores ER, PR ou HER?2 e, geralmente, mas não ne- cessariamente, AR positivo.
Em certas modalidades, um câncer de mama apócrino é ER, PR e HER?2 triplo negativo e AR positivo (ER-, PR-, HER2-, AR+). Em certas modalidades, um câncer de mama apó- crino é ER negativo e AR positivo (ER-, AR+). Em certas modalidades, um câncer de mama apócrino se origina da glândula sudorípara da mama.
Em certas modalidades, um câncer de mama apócrino é um câncer ductal ou célula cancerosa da mama.
Em certas modalidades, um câncer de mama apócrino pode ter qualquer uma ou mais das se- guintes características: uma grande quantidade de citoplasma granular eosinofílico, margens bem definidas, grandes núcleos vesiculares, uma razão nuclear para citoplasmática de cerca de 1:2, e/ou acúmulos de grânulos secretados no citoplasma apical conhecidos como focinhos apicais.
Em certas modalidades, o câncer de mama é um câncer de mama apócrino molecular ER negativo e AR positivo (ER-, AR+). Em certos aspectos, um câncer de mama apócrino molecular ER negativo e AR positivo (ER-, AR+) pode ser ainda PR positivo, PR negativo, HER2 negativo ou HER2 positivo.
Em certas modalidades, o câncer de mama é HER?2 positivo. Em certas modalidades, o câncer de mama é PR po- sitivo. Em certas modalidades, o câncer de mama é ER positivo. O câncer de mama pode ser identificado como positivo ou negativo em relação aos receptores hormonais, tal como ER, PR ou HER2, por téc- nicas histológicas padrão. Por exemplo, em algumas modalidades, as amostras histológicas de câncer de mama podem ser classificadas como "triplo negativo" (ER-, PR-, HER2-) quando menos de 1% das células demonstram coloração nuclear para receptores de estrogênio e progesterona, e coloração imuno-histoquímica para HER2 mostra uma pontuação positiva de O, 1 ou 2 vezes e uma razão de FISH (sinais do gene HER?2 para sinais do cromossomo 17) de menos de 1,8 de acordo com as diretrizes relevantes da ASCO e CAP. (Meyer, P. et al., PLoS ONE 7(5): e38361 (2012)).
[00169] Em certas modalidades, o linfoma de células B é linfoma de células B não-Hodgkin. Exemplos de linfoma de células B não-Hodgkin de certas modalidades que podem ser tratados com os compostos forneci- dos neste documento incluem, sem limitação, linfoma difuso de células B grandes (DLBCL), linfoma de células B ativadas (ABC-DLBCL), lin- foma de células B do centro germinativo (GCB DLBCL), linfoma folicu- lar, linfoma do tecido linfático associado à mucosa (MALT), linfoma linfocítico de células pequenas, leucemia linfocítica crônica, linfoma de células do manto (MCL), linfoma de Burkitt, linfoma mediastinal de cé- lulas B grandes, macroglobulemia de Waldenstrôóm, linfoma de células B de zona marginal nodal (NMZL), linfoma esplênico de zona marginal (SMZL), linfoma intravascular de células B grandes, linfoma de efusão primário e granulomatose linfomatoide.
[00170] Em certas modalidades, o linfoma de células T que pode ser tratado com os compostos fornecidos neste documento incluem, sem limitação, linfoma de células T periférico e linfoma anaplásico de células grandes (ALCL).
[00171] Em certas modalidades, a leucemia que pode ser tratada com os compostos fornecidos neste documento inclui, sem limitação, leucemia linfocítica aguda (LLA).
[00172] Em certas modalidades, um método de tratamento, pre- venção ou melhoria de um câncer associado a MALAT1 em um indi- víduo compreende a administração ao indivíduo de um composto que compreende um inibidor específico de MALAT1, tratando, prevenindo ou melhorando o câncer. Em certas modalidades, o composto com- preende um composto antisense direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleo- bases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs:36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos |i- gados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a se- quência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonu- cleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é administrado ao indivíduo por via parentérica. Em certas modalidades, a administração do composto inibe ou reduz a proliferação de células cancerosas, mi- gração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase. Em certas modalidades, a administração do composto aumenta ou in- duz a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cance- rosas ou diferenciação tumoral. Em certas modalidades, a administra- ção do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar. Em certas modalidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada. Em certas modalidades, o fenótipo ou estrutura mais di- ferenciada inclui, sem limitação, presença de gotículas lipídicas secre- toras, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados marcadores de diferenciação, tal como caderina-E ou proteínas do leite, tal como caseína.
[00173] Em certas modalidades, um método de tratamento ou me- lhoria do câncer compreende a administração ao indivíduo de um composto que compreende um inibidor específico de MALAT1, tratando ou melhorando assim o câncer. Em certas modalidades, o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama posi- tivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma he- patocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pe- quenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer uro- telial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; me- sotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; mela- noma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotí- deo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nu- cleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas moda- lidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado con- sistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleo- bases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalida- des, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado con- sistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonucleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados.
Em certas modalidades, o composto é ION
1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser um composto anti- sense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o com- posto é administrado ao indivíduo por via parentérica. Em certas mo- dalidades, a administração do composto inibe ou reduz a proliferação de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase. Em certas modalidades, a administração do composto aumenta ou induz a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral. Em certas modalidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar. Em certas modalidades, a administração do com- posto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada. Em certas modalidades, o fe- nótipo ou estrutura mais diferenciada inclui, sem limitação, presença de gotículas lipídicas secretoras, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados marcadores de diferenciação, tal como caderina-E ou proteínas do leite, tal como ca- seína.
[00174] Em certas modalidades, o indivíduo é identificado como tendo ou em risco de ter um câncer associado a MALAT1.
[00175] Em certas modalidades, um método para inibir a expressão de MALAT1 em um indivíduo tendo, ou em risco de ter, um câncer as- sociado a MALAT1 compreende a administração ao indivíduo de um composto que compreende um inibidor específico de MALAT1, inibindo assim a expressão de MALAT1 no indivíduo. Em certas modalidades, a administração do composto inibe a expressão de MALAT1 na mama.
Em certas modalidades, o indivíduo tem, ou está em risco de ter câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma he- patocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pe- quenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer uro- telial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; me- sotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; mela-
noma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleoba- ses de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonucleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é administrado ao indivíduo por via parentérica. Em certas modalidades, a administração do composto inibe ou reduz a proliferação de células cancerosas, mi- gração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase. Em certas modalidades, a administração do composto aumenta ou in- duz a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cance- rosas ou diferenciação tumoral. Em certas modalidades, a administra- ção do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar. Em certas modalidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada. Em certas modalidades, o fenótipo ou estrutura mais di- ferenciada inclui, sem limitação, presença de gotículas lipídicas secre- toras, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados marcadores de diferenciação, tal como caderina-E ou proteínas do leite, tal como caseína.
[00176] Em certas modalidades, o indivíduo é identificado como tendo ou em risco de ter um câncer associado a MALAT1.
[00177] Em certas modalidades, um método de inibição da expres- são de MALAT1 em uma célula compreende o contato da célula com um composto compreendendo um inibidor específico de MALAT1, inibindo assim a expressão de MALAT1 na célula. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, a célula é uma célula da mama. Em certas modalidades, a célula está na mama. Em certas modalidades, a célula está na mama de indivíduo que tem, ou está em risco de ter câncer, tal como câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas-
toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MA- LAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonu- cleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas moda- lidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado con- sistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modifi- cado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma se- quência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores,
o oligonucleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico.
[00178] Em certas modalidades, um método para reduzir ou inibir a proliferação de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumo- ral, crescimento tumoral ou metástase de um indivíduo tendo, ou em risco de ter, um câncer associado a MALAT1 compreende a adminis- tração ao indivíduo de um composto compreendendo um inibidor es- pecífico de MALAT1, reduzindo ou inibindo assim a proliferação de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase no indivíduo. Em certas modalidades, um método para aumentar ou induzir a diferenciação de células cancerosas, ade- são de células cancerosas ou diferenciação tumoral de um indivíduo tendo, ou em risco de ter, um câncer associado a MALAT1 compreende a administração ao indivíduo de um composto compreendendo um ini- bidor específico de MALAT1, aumentando ou induzindo assim a dife- renciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral no indivíduo. Em certas modalidades, a adminis- tração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar. Em certas modalidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada. Em certas modalidades, o fenótipo ou estrutura mais di- ferenciada inclui, sem limitação, presença de gotículas de lipídios se-
cretores, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados de marcadores de diferenciação, tal como E-caderina ou proteínas do leite, tal como caseína.
Em certas modalidades, o indivíduo tem, ou está em risco de ter, câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma he- patocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pe- quenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer uro-
telial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; me- sotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; mela- noma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleoba- ses de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonucleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico. Em certas modalidades, o composto é administrado ao indivíduo por via parentérica. Em certas modalidades, o indivíduo é identificado como tendo ou em risco de ter um câncer associado a MALAT1.
[00179] Certas modalidades são destinadas a um composto que compreende um inibidor específico de MALAT1 para uso no tratamento do câncer. Em certas modalidades, o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama nega- tivo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC);
carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MA- LAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonu- cleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas moda- lidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado con- sistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência
7T4/344 de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modifi- cado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma se- quência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonucleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico.
[00180] Certas modalidades são destinadas a um composto com- preendendo um inibidor específico de MALAT1 para uso na redução ou inibição da proliferação de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, pro- gressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase em um indivíduo com câncer. Certas modalidades são destinadas a um composto com- preendendo um inibidor específico de MALAT1 para uso no aumento ou indução da diferenciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral em um indivíduo com câncer. Em certas modalidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar.
Em certas modalidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada.
Em certas modalidades, o fenótipo ou estrutura mais diferenciada inclui, sem limitação, presença de gotículas lipídicas secretoras, estruturas desmossômicas aumen- tadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados mar- cadores de diferenciação, tal como caderina-E ou proteínas do leite, tal como caseína.
Em certas modalidades, o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma he- patocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pe- quenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC);
carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer uro- telial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; me- sotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; mela- noma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleoba- ses de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto
TT/344 compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonucleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico.
[00181] Certas modalidades são elaboradas para o uso de um composto compreendendo um inibidor específico de MALAT1 para a fabricação ou preparo de um medicamento para o tratamento do câncer. Certas modalidades são elaboradas para o uso de um composto com- preendendo um inibidor específico de MALAT1 para o preparo de um medicamento para o tratamento de um câncer associado a MALAT1. Em certas modalidades, o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR
(PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MA- LAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonu- cleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas moda- lidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado con- sistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modifi- cado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma se- quência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonucleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico.
[00182] Certas modalidades são destinadas a ao uso de um com- posto compreendendo um inibidor específico de MALAT1 para fabri- cação ou preparo de um medicamento para reduzir ou inibir a prolife- ração de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfo-
gênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase em um indivíduo com câncer.
Certas modalidades são destinadas ao uso de um composto compreendendo um inibidor específico de MALAT1 para fabricação ou preparo de um medicamento para aumentar ou induzir a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral em um indivíduo com câncer.
Em certas modalidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar.
Em certas moda- lidades, a administração do composto induz uma célula de câncer de mama ou tumor de mama a ter um fenótipo ou estrutura mais diferen- ciada.
Em certas modalidades, o fenótipo ou estrutura mais diferenciada inclui, sem limitação, presença de gotículas lipídicas secretoras, estru- turas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados marcadores de diferenciação, tal como caderi- na-E ou proteínas do leite, tal como caseína.
Em certas modalidades, o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e
PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de cé- lulas escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de ca- beça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de cé- lulas de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leu- cemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, o composto compreende um composto antisense direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleo- bases das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases com- preendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID
NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos |i- gados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a se- quência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um composto compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo na sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonu- cleotídeo modificado pode consistir em 10 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto é ION 1157034, 1157111, 1157190, 1157929, 1158161, 1158162, 1304884, 1304890 ou 1304906. Em qualquer uma das modalidades anteriores, o composto pode ser de fita simples ou de fita dupla. Em qualquer uma das modalidades ante- riores, o composto pode ser um composto antisense ou um composto oligomérico.
[00183] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode ser direcionado a MALAT1. Em certas modalidades, o composto compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado, por exemplo, um oligonucleotídeo modificado pode consistir em 8 a 80 nucleosídeos ligados, 10 a 30 nucleosídeos ligados, 12 a 30 nucleosí- deos ligados ou 20 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado é pelo menos 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% complementar à SEQ ID NO: 1. Em certas modalidades, o oli-
gonucleotídeo modificado compreende, pelo menos, uma ligação in- ternucleosídica modificada, pelo menos um açúcar modificado e/ou pelo menos uma nucleobase modificada. Em certas modalidades, a ligação internucleosídica modificada é uma ligação internucleosídica de fosfo- rotioato, o açúcar modificado é um açúcar bicíclico ou um 2'-O-metoxietil e a nucleobase modificada é uma 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado compreende um segmento de lacuna consistindo em 2'-desoxinucleosídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleotídeos ligados; e um seg- mento de asa 3' consistindo em nucleotídeos ligados, em que o seg- mento de lacuna é posicionado imediatamente adjacente e entre o segmento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
[00184] Em qualquer uma das modalidades anteriores, o oligonu- cleotídeo modificado pode consistir em 12 a 30, 15 a 30, 15a25, 15a 24,16 a 24, 17 a 24, 18 a 24, 19 a 24,20 a 24, 19 a 22,20 a 22, 16 a 20 ou 17 ou 20 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo modificado é pelo menos 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% complementar à SEQ ID NO: 1. Em certas modalidades, pelo menos uma ligação internucleosídica do oligonucleotídeo modificado é uma ligação internucleosídica modificada, pelo menos um açúcar do oligo- nucleotídeo modificado é um açúcar modificado e/ou pelo menos uma nucleobase do oligonucleotídeo modificado é uma nucleobase modifi- cada. Em certas modalidades, a ligação internucleosídica modificada é uma ligação internucleosídica de fosforotioato, o açúcar modificado é um açúcar bicíclico ou um açúcar de 2'-O-metoxietil e a nucleobase modificada é 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado tem um segmento de lacuna consistindo em 2'-desoxinucleosídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3' consistindo em nu-
cleosídeos ligados, em que o segmento de lacuna é posicionado ime- diatamente adjacente e entre o segmento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compre- ende um açúcar modificado.
[00185] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em um oligonucleotídeo modifi- cado tendo: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 80 nu- cleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases compreen- dendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tem uma se- quência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modali- dades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases compreendendo a se- quência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modifi- cado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o oli-
gonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases consistindo na sequência de nucleo- bases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados e tem uma sequência de nucleobases consistindo na sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10.
[00186] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em um oligonucleotídeo modifi- cado consistindo em 16 a 80 nucleobases ligadas e tendo uma se- quência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nu- cleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modi- ficado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00187] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em um oligonucleotídeo modifi- cado consistindo em 16 a 80 nucleobases ligadas e tendo uma se- quência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10, em que a o oligonu-
cleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nu- cleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modi- ficado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00188] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em um oligonucleotídeo modifi- cado consistindo em 16 a 80 nucleobases ligadas e tendo uma se- quência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em dez 2'-deoxinucleo- sídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em três nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3' consistindo em três nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3'; em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um nucleosídeo cEt; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é uma 5-metilcitosina.Em certas modalidades, o oligonucleo-
tídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosí- deos ligados.
[00189] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em um oligonucleotídeo modifi- cado consistindo em 16 a 80 nucleobases ligadas e tendo uma se- quência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-7, em que o oligonucle- otídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em dez 2'-deoxinucleo- sídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em três nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3' consistindo em três nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3'; em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um nucleosídeo cEt; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é uma 5-metilcitosina.Em certas modalidades, o oligonucleo- tídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosí- deos ligados.
[00190] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em um oligonucleotídeo modifi- cado tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a se- quência de nucleobases recitada em qualquer uma das SEQ ID NOs: 8-10; em que o oligonucleotídeo modificado compreende o motivo de açúcar kkk-d-y-d(8)-kKkk, em que "k" indica uma fração de açúcar cEt modificado, "d" indica uma fração de açúcar 2'-desoxirribosila não mo-
dificado e "y" indica uma fração de açúcar 2'-O-metila modificado; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nu- cleosídeos ligados.
[00191] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o composto pode compreender ou consistir em ION 1304884 tendo a sequência de nucleobases e o motivo químico: GksGksAksTdsUysAdsAdsTdsGdsTds AdsGdsTdsGksTksAk (SEQ ID NO: 8), em que "d" representa um açúcar 2'-desoxirribose, "k" representa um açúcar cEt modificado, "y" repre- senta um açúcar 2'-O-metila modificado, "s" representa uma ligação internucleosídica de fosforotioato e "mC" refere-se a 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo mo- dificado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00192] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em ION 1304890 tendo a se- quência de nucleobases e o motivo químico: GksGksTksTdsAysTds AdsGdsmCdsTdsTdsGdsAdsmCKksAksAKk (SEQ ID NO: 9), em que "d" representa um açúcar 2'-desoxirribose, "k" representa um açúcar cEt modificado, "y" representa um açúcar 2'-O-metila modificado, "s" re- presenta uma ligação internucleosídica de fosforotioato e "mC" refe- re-se a uma 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas mo- dalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00193] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode compreender ou consistir em ION 1304906 tendo a se- quência de nucleobases e o motivo químico: GksmCksAksGdsAys
TdsAdsAdsTdsGdsTdsTdsmCdsTksmCksAKk (SEQ ID NO: 10), em que "d" representa um açúcar 2'-desoxirribose, "k" representa um açúcar cEt modificado, "y" representa um açúcar 2'-O-metila modificado, "s" re- presenta uma ligação internucleosídica de fosforotioato e "mC" refe- re-se a 5-metilcitosina. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados. Em certas mo- dalidades, o oligonucleotídeo modificado consiste em 16 nucleosídeos ligados.
[00194] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode ser um oligonucleotídeo modificado de acordo com a se- guinte estrutura química:
NH E Na) E Tr SO CCZ Ce 3X HS-P=O À E A mr o não Hs-P=O Da. À o n RW não | HstPeo He À o. À Q N 97 o CC Y x Hs-Pp=O T o o À o No Q | não HSP=0 EA x À —— ç& o a A À o º - O NNE HsP=O ne TO = V & EO HST=O M À N n Q. Tr À HS-P=O À o DS não y Q & (Mm À - OZ À Jo N No Ne À o º À CW À Hs-P=O NHe Q NH À Y à SO O À neto x À i EO NI | ER | EO À O. —— q e SW " no Hs-P=O V ' O. NA NH Y Hs-p=o NTN SE À % LO g À o Hs-p=o ) Hs-P=O (SEQ ID NO: 6), ou um sal do mesmo. Em certas modalidades, o oli- gonucleotídeo modificado é o sal de sódio ou sal de potássio.
[00195] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode ser um oligonucleotídeo modificado de acordo com a se-
guinte estrutura química: Não AS. 1 Po e R ç A — x, ae? NH. À “Leo eo VP (O h o. DP | 6 spo NHa FC À Neo Ema Da go À CCZ À e sto, À S o À o MOR A Vo estão and Ã. no on SO IX À To - À o jm | esto — h | na k E | Vo VR AO nm & AS. À 0º s-p=o À o " ho Von SO nn e. À a <AX À ES À No NON NHa seo o Não À CW né sto e e ºs-p=o NA À 2 NH Q o nm «TS [| 9º s-Pso A NÃo NON VoM SN fo We À o. —. Y Ç 7 or Na à. EA À &$ spo O 2 o & & 0 AD) os em | A SA el À co não SO ) nº s-P=o Ss & (SEQ ID NO:6).
[00196] Em qualquer um dos métodos ou usos anteriores, o com- posto pode ser administrado por via parentérica. Por exemplo, em certas modalidades, o composto pode ser administrado através de in- jeção ou infusão. A administração parenteral inclui administração sub- cutânea, administração intravenosa, administração intramuscular, ad- ministração intra-arterial, administração intraperitoneal, ou administra- ção intracraniana, por exemplo, administração intratecal ou intracere- broventricular. Certas Combinações e Terapias de Combinação
[00197] Em certas modalidades, um agente primário que compre- ende o composto descrito neste documento é coadministrado com um ou mais agentes secundários. Em certas modalidades, tais agentes secundários são projetados para tratar a mesma doença, distúrbio, ou condição como o agente primário descrito neste documento. Em certas modalidades, tais agentes secundários são projetados para tratar uma doença, distúrbio ou condição diferente como o agente primário descrito neste documento. Em certas modalidades, um agente primário é pro- jetado para tratar um efeito colateral indesejado de um agente secun- dário. Em certas modalidades, os agentes secundários são coadminis- trados com o agente primário para tratar um efeito indesejado do agente primário. Em certas modalidades, esses agentes secundários são pro- jetados para tratar um efeito colateral indesejado de uma ou mais composições farmacêuticas, conforme descrito neste documento. Em certas modalidades, os agentes secundários são coadministrados com o agente primário para produzir um efeito combinatório. Em certas modalidades, os agentes secundários são coadministrados com o agente primário para produzir um efeito sinérgico. Em certas modali- dades, a coadministração dos agentes primário e secundário permite o uso de dosagens mais baixas do que seria necessário para obter um efeito terapêutico ou profilático, se os agentes fossem administrados como terapia independente.
[00198] Em certas modalidades, um ou mais compostos ou compo- sições fornecidos neste documento são coadministrados com um ou mais agentes secundários. Em certas modalidades, um ou mais com- postos ou composições fornecidos neste documento e um ou mais agentes secundários são administrados em momentos diferentes. Em certas modalidades, um ou mais compostos ou composições fornecidos neste documento e um ou mais agentes secundários são preparados juntos em uma única formulação. Em certas modalidades, um ou mais compostos ou composições fornecidos neste documento e um ou mais agentes secundários são preparados separadamente. Em certas mo- dalidades, um agente secundário é selecionado a partir de: um agente quimioterápico incluindo, sem limitação, capecitabina (Xeloda), carbo- platina, cisplatina, ciclofosfamida, docetaxel (Taxotere), doxorrubicina,
epirrubicina (Ellence), eribulina (Halaven), fluorouracila (5-FU, Efudex), gencitabina (Gemzar), ixabepilona (Ixempra), metotrexato (Rheuma- trex, Trexall), paclitaxel (Taxol) ou vinorelbina (Navelbine); um regi- mento de combinação incluindo, sem limitação, AC (doxorrubicina e ciclofosfamida), EC (epirrubicina, ciclofosfamida), AC ou EC (epirrubi- cina e ciclofosfamida) seguido por T (doxorrubicina e ciclofosfamida, seguido por paclitaxel ou docetaxel), CAF (ciclofosfamida, doxorrubicina e 5-FU), CEF (ciclofosfamida, epirrubicina e 5-FU), CMF (ciclofosfa- mida, metotrexato e 5-FU), TAC (docetaxel, doxorrubicina e ciclofos- famida), TC (docetaxel e ciclofosfamida), AC-TH (doxorrubicina, ciclo- fosfamida, paclitaxel, trastuzumabe), AC-THP (doxorrubicina, ciclofos- famida, paclitaxel, trastuzumabe, pertuzumabe), TCHP (docetaxel, carboplatina, trastuzumabe, perturzumabe), THC (docetaxel, carbopla- tina, trastuzumabe) ou TH (paclitaxel, trastuzumabe); terapia hormonal incluindo, sem limitação, moduladores seletivos do receptor de estro- gênio, tamoxifeno, toremifeno (Fareston), fulvestrante (Faslodex), gosserrelina (Zoladex) ou leuprolida (Eligard, Lupron); inibidores de aromatase (Als) incluindo, sem limitação, anastrozol (Arimidex), exe- mestano (Aromasin) ou letrozol (Femara); Terapia direcionada a HER2 incluindo, sem limitação, trastuzumabe (Herceptin), lapatinibe (TYKERB), pertuzumabe (Perjeta) ou neratinibe (Nerlynx).
[00199] Certas modalidades são direcionadas ao uso de um com- posto direcionado a MALAT1, conforme descrito neste documento, em combinação com um agente secundário. Em modalidades particulares, tal uso é em um método de tratamento de um paciente que sofre de câncer, incluindo, sem limitação, câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA). Em certas modalidades, um agente secundário é selecionado a partir de: um agente quimiote-
rápico incluindo, sem limitação, capecitabina (Xeloda), carboplatina, cisplatina, ciclofosfamida, docetaxel (Taxotere), doxorrubicina, epirru- bicina (Ellence), eribulina (Halaven), fluorouracila (5-FU, Efudex), gen- citabina (Gemzar), ixabepilona (Ixempra), metotrexato (Rheumatrex, Trexall), paclitaxel (Taxol) ou vinorelbina (Navelbine); um regimento de combinação incluindo, sem limitação, AC (doxorrubicina e ciclofosfa- mida), EC (epirrubicina, ciclofosfamida), AC ou EC (epirrubicina e ci- clofosfamida) seguido por T (doxorrubicina e ciclofosfamida, seguido por paclitaxel ou docetaxel), CAF (ciclofosfamida, doxorrubicina e 5-FU), CEF (ciclofosfamida, epirrubicina e 5-FU), CMF (ciclofosfamida, metotrexato e 5-FU), TAC (docetaxel, doxorrubicina e ciclofosfamida), TC (docetaxel e ciclofosfamida), AC-TH (doxorrubicina, ciclofosfamida, paclitaxel, trastuzumabe), AC-THP (doxorrubicina, ciclofosfamida, pa- clitaxel, trastuzumabe, pertuzumabe), TOCHP (docetaxel, carboplatina, trastuzumabe, perturzumabe), THC (docetaxel, carboplatina, tras- tuzumabe) ou TH (paclitaxel, trastuzumabe); terapia hormonal incluindo, sem limitação, moduladores seletivos do receptor de estrogênio, tamo- xifeno, toremifeno (Fareston), fulvestrante (Faslodex), gosserrelina (Zoladex) ou leuprolida (Eligard, Lupron); inibidores de aromatase (Als) incluindo, sem limitação, anastrozol (Arimidex), exemestano (Aromasin) ou letrozol (Femara); Terapia direcionada a HER2 incluindo, sem limi- tação, trastuzumabe (Herceptin), lapatinibe (TYKERB), pertuzumabe (Perjeta) ou neratinibe (Nerlynx).
[00200] Certas modalidades são elaboradas para uma combinação de um composto direcionado a MALAT1 conforme descrito neste do- cumento e um agente secundário, tal como um agente secundário se- lecionado a partir de: um agente quimioterápico incluindo, sem limita- ção, capecitabina (Xeloda), carboplatina, cisplatina, ciclofosfamida, docetaxel (Taxotere), doxorrubicina, epirrubicina (Ellence), eribulina (Halaven), fluorouracila (5-FU, Efudex), gencitabina (Gemzar), ixabe-
pilona (Ixempra), metotrexato (Rheumatrex, Trexall), paclitaxel (Taxol) ou vinorelbina (Navelbine); um regimento de combinação incluindo, sem limitação, AC (doxorrubicina e ciclofosfamida), EC (epirrubicina, ciclo- fosfamida), AC ou EC (epirrubicina e ciclofosfamida) seguido por T (doxorrubicina e ciclofosfamida, seguido por paclitaxel ou docetaxel), CAF (ciclofosfamida, doxorrubicina e 5-FU), CEF (ciclofosfamida, epi- rrubicina e 5-FU), CMF (ciclofosfamida, metotrexato e 5-FU), TAC (docetaxel, doxorrubicina e ciclofosfamida), TC (docetaxel e ciclofos- famida), AC-TH (doxorrubicina, ciclofosfamida, paclitaxel, trastuzuma- be), AC-THP (doxorrubicina, ciclofosfamida, paclitaxel, trastuzumabe, pertuzumabe), TCHP (docetaxel, carboplatina, trastuzumabe, pertur- zumabe), THC (docetaxel, carboplatina, trastuzumabe) ou TH (pacli- taxel, trastuzumabe); terapia hormonal incluindo, sem limitação, mo- duladores seletivos do receptor de estrogênio, tamoxifeno, toremifeno (Fareston), fulvestrante (Faslodex), gosserrelina (Zoladex) ou leuprolida (Eligard, Lupron); inibidores de aromatase (Als) incluindo, sem limita- ção, anastrozol (Arimidex), exemestano (Aromasin) ou letrozol (Fema- ra); terapia direcionada a HER2 incluindo, sem limitação, trastuzumabe (Herceptin), lapatinibe (TYKERB), pertuzumabe (Perjeta) ou neratinibe (Nerlynx).
[00201] Em certas modalidades, o composto direcionado para MA- LAT1 conforme descrito neste documento e o agente secundário são usados em tratamento de combinação pela administração dos dois agentes simultaneamente, separadamente ou sequencialmente. Em certas modalidades, os dois agentes são formulados como um produto de combinação de dose fixa. Em outras modalidades, os dois agentes são fornecidos ao paciente como unidades separadas que podem então ser tanto tomadas simultaneamente quanto em série (sequencialmen- te).
[00202] Em certas modalidades, um composto direcionado a MA-
LAT1 conforme descrito neste documento é usado em combinação com um agente imunomodulador, tal como um anticorpo anti-PD-L1 (ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo), um anticorpo anti-PD-1 (ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo), um anticorpo anti-CTLA-4 (ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo) ou um agonista OX40 ((por exemplo, uma proteína de fusão de ligante OXA40, ou um anticorpo agonista OX40 ou fragmento de ligação ao an- tígeno do mesmo).
[00203] Em certas modalidades, um composto direcionado a MA- LAT1, conforme descrito neste documento, é usado em combinação com um inibidor de checkpoint imunológico, tal como um anticorpo an- ti-PD-L1 (ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo), um an- ticorpo anti-PD-1 (ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo), ou um anticorpo anti-CTLA-4 (ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo).
[00204] Os anticorpos anti-PD-L1 são conhecidos na técnica. Anti- corpos anti-PD-L1 exemplificativos incluem: MEDI4736 (durvalumabe), MPDL3280A, BMS936559, 2.7A4, AMP-714, MDX-1105 e MPDL3280A (atezolizumabe).
[00205] Os anticorpos anti-PD-1 são conhecidos na técnica. Anti- corpos anti-PD-1 exemplificativos incluem: nivolumabe, pembrolizu- mabe, pidilizumabe e AMP-514
[00206] Os anticorpos anti-CTLA-4 são conhecidos na técnica. An- ticorpos anti-CTLA-4 exemplificativos incluem: tremelimumabe e ipi- limumabe, também denominado MDX-010 (ou BMS-734016).
[00207] Os agonistas e anticorpos OX40 são conhecidos na técnica. Agonistas e/ou anticorpos OX40 exemplificativos incluem: MEDI6383, 9B12 e MEDIO562.
[00208] Em uma modalidade, a combinação inclui o oligonucleotídeo antisense lonis 1158161 ou um sal do mesmo, e pelo menos um imu-
nomodulador selecionado do grupo que consiste em: MEDI4736, MPDL3280A, BMS936559, 2.7A4, AMP-714, MDX-1105, nivolumabe, pembrolizumabe, pidilizumabe, MPDL3280A, tremelimumabe, ipilimu- mabe, MEDIO562 e MEDIO0562. Certos anticorpos anti-PD-L1
[00209] Os anticorpos que se ligam e inibem especificamente PD-L1 estão incluídos na presente divulgação.
[00210] Durvalumabe (MEDI4736) é um anticorpo anti-PD-L1 exemplar que é seletivo para um polipeptídeo PD-L1 e bloqueia a li- gação de PD-L1 aos receptores PD-1 e CD80. Durvalumabe pode ali- viar a supressão mediada por PD-L1 da ativação de células T humanas in vitro e inibe o crescimento tumoral em um modelo de xenoenxerto por meio de um mecanismo dependente de células T.
[00211] Informações sobre durvalumabe (ou fragmentos do mesmo) para uso nos métodos fornecidos neste documento podem ser encon- tradas na Patente US nº 8.779.108, cuja divulgação é incorporada neste documento por referência em sua totalidade. O domínio cristalizável de fragmento (Fc) de durvalumabe contém uma mutação tripla no domínio constante da cadeia pesada de IgG1 que reduz a ligação ao compo- nente do complemento C1qg e aos receptores Fcy responsáveis por mediar a citotoxicidade mediada por células dependente de anticorpos (ADCC).
[00212] Durvalumabe e fragmentos de ligação ao antígeno do mesmo para uso nos métodos fornecidos neste documento compre- endem uma cadeia pesada e uma cadeia leve ou uma região variável de cadeia pesada e uma região variável de cadeia leve. Em certas moda- lidades, MEDI4736 ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo para uso nos métodos fornecidos neste documento compreende as sequências de CDR de cadeia pesada variável e cadeia leve variável do anticorpo 2.14H90PT conforme divulgado nas Patentes US nº
8.779.108 e 9493565, que é incorporada neste documento por refe- rência em sua totalidade.
[00213] Existem vários anticorpos anti-PD-L1 na literatura publicada que podem apresentar na presente divulgação, incluindo compostos em desenvolvimento e/ou em ensaios clínicos, tais como: durvalumabe (MEDI4736), MPDL3280A, BMS936559, 2.7A4, AMP-714 e MDX-1105. As especificações de patentes que divulgam anticorpos anti-PD-L1 que podem ser úteis na presente divulgação incluem: Patente US nº
7.943.743; 8.383.796; 9.102.725; 9.273.135 (BMS/Medarex), US2006/ 0153841 (Dana Farber), US2011/0271358 (Dana Farber), Patente US nº 8.552.154 e 9.102.727 (Dana Farber), Patente US nº 8.217.149 (Genentech), incluindo a patente US emitida nº 8.217.149, US2012/ 0039906 (INSERM), US2016/0031990 (Amplimmune), Patente US nº
8.779.108 (Medimmune - para durvalumabe/MEDI4726 e 2.7A4), US2014/0044738 (Amplimmune - para AMP-714) e US2010/0285039 (John's Hopkins University). Cada uma dessas divulgações é incorpo- rada neste documento por referência em sua totalidade. Certos anticorpos anti-CTLA-4
[00214] Os anticorpos que se ligam especificamente a CTLA-4 e inibem a atividade de CTLA-4 são úteis para aprimorar uma resposta imune antitumoral. Informações referentes a tremelimumabe (ou frag- mentos de ligação ao antígeno do mesmo) para uso nos métodos for- necidos neste documento podem ser encontradas em Patente US nº
6.682.736 (em que é referido como 11.2.1), cuja divulgação é incorpo- rada neste documento por referência em sua totalidade. O tremelimu- mabe (também conhecido como CP-675.206, CP-675, CP-675206 e ticilimumabe) é um anticorpo monoclonal IgG2 humano que é altamente seletivo para CTLA-4 e bloqueia a ligação de CTLA-4 a CD80 (B7.1) e CD86 (B7.2). Foi demonstrado que resulta em ativação imunológica in vitro e alguns pacientes tratados com tremelimumabe mostraram re-
gressão do tumor.
[00215] Tremelimumabe para uso nos métodos fornecidos neste documento compreende uma cadeia pesada e uma cadeia leve ou uma região variável de cadeia pesada e uma região variável de cadeia leve. Em um aspecto específico, tremelimumabe ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo para uso nos métodos fornecidos neste docu- mento compreende uma região variável de cadeia leve compreendendo as sequências de aminoácidos mostradas neste documento acima e uma região variável de cadeia pesada compreendendo a sequência de aminoácidos mostrada neste documento acima. Em um aspecto espe- cífico, tremelimumabe ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo para uso nos métodos fornecidos neste documento compre- ende uma região variável de cadeia pesada e uma região variável de cadeia leve, em que a região variável de cadeia pesada compreende as sequências definidas por Kabat CDR1, CDR2 e CDR3 mostradas neste documento acima, e em que a região variável de cadeia leve compre- ende as sequências definidas por Kabat CDR1, CDR2 e CDR3 mos- tradas neste documento acima. Aqueles versados na técnica seriam facilmente capazes de identificar as definições definidas por Chothia, definidas por Abm ou outras definições de CDR conhecidas por aqueles versados na técnica. Em um aspecto específico, tremelimumabe ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo para uso nos métodos fornecidos neste documento compreende as sequências CDR de ca- deia pesada variável e de cadeia leve variável do anticorpo 11.2.1, conforme divulgado na Patente US nº 6.682.736, que é incorporada neste documento por referência em sua totalidade.
[00216] Outros anticorpos anti-CTLA-4 são descritos, por exemplo, em Patente US nº 20070243184. Em uma modalidade, o anticorpo an- ti-CTLA-4 é Ipilimumabe, também denominado MDX-010; BMS-734016. Certos Agonistas OX40
[00217] Os agonistas OX40 interagem com o receptor OX40 nas células T CD4+ durante, ou logo após, a iniciação por um antígeno, resultando em uma resposta aumentada das células T CD4+ ao antí- geno. Um agonista OX40 interagindo com o receptor OX40 em células T CD4+ específicas do antígeno pode aumentar a proliferação de células T em comparação com a resposta ao antígeno sozinho. A resposta elevada ao antígeno pode ser mantida por um período de tempo substancialmente mais longo do que na ausência de um agonista OX40. Assim, a estimulação por meio de um agonista OX40 melhora a res- posta imune específica do antígeno ao aumentar o reconhecimento de antígenos pelas células T, por exemplo, células tumorais. Os agonistas de OX40 são descritos, por exemplo, nas Patentes US nº 6.312.700,
7.504.101, 7.622.444 e 7.959.925, que são incorporadas neste docu- mento por referência em suas totalidades. Os métodos de uso de tais agonistas no tratamento de câncer são descritos, por exemplo, em Patente US nº 2015/0098942 e em Patente US nº 2015/0157710, cada um dos quais é incorporado neste documento por referência em sua totalidade.
[00218] Os agonistas de OX40 incluem, mas não limitados a molé- culas de ligação de OX40, por exemplo, polipeptídeos de ligação, por exemplo, ligante OX40 ("OX40L") ou um fragmento de ligação de OX40, variante ou derivado do mesmo, tais como domínios de ligante extra- celular solúvel e proteínas de fusão OX40L e anticorpos anti-OX40 (por exemplo, anticorpos monocionais, tais como anticorpos monoclonais humanizados), ou um fragmento de ligação ao antígeno, variante ou derivado do mesmo. Exemplos de anticorpos monoclionais anti-OX40 são descritos, por exemplo, nas Patentes US nº 5.821.332 e 6.156.878, cujas divulgações são incorporadas neste documento por referência em suas totalidades. Em certas modalidades, o anticorpo monoclonal an- ti-OX40 é 9B12, ou um fragmento de ligação ao antígeno, variante ou derivado do mesmo, conforme descrito em Weinberg, AD, et al. J Immunother 29, 575-585 (2006), que é incorporado neste documento por referência em sua totalidade. Em outra modalidade, um anticorpo OX40 é MEDIO562 conforme descrito em Patente US nº 2016/0137740.
[00219] Em certas modalidades, o anticorpo que se liga especifi- camente a OX40, ou um fragmento de ligação ao antígeno do mesmo, se liga ao mesmo epítopo OX40 que o mAb 9B12. Um exemplo de um anticorpo OX40 humanizado é descrito por Morris et al., Mol Immunol. Maio de 2007; 44 (12): 3112-3121. 9B12 é um IgG1 murino, mAb an- ti-OX40 direcionado contra o domínio extracelular de OX40 humano (CD134) (Weinberg, AD, et al. J Immunother 29, 575-585 (2006)). Foi selecionado a partir de um painel de anticorpos monoclonais anti-OX40 por causa de sua capacidade de induzir uma resposta agonista para a sinalização de OX40, estabilidade e por seu alto nível de produção pelo hibridoma. Para uso em aplicações clínicas, o mAb 9B12 é equilibrado com solução salina tamponada com fosfato, pH 7,0, e sua concentração é ajustada para 5,0 mg/ml por diafiltração.
[00220] O"ligante OX40" ("OX40L") (também denominado de várias maneiras, membro da superfamília do ligante do fator de necrose tu- moral 4, gp34, glicoproteína-1 ativada transcricionalmente por TAX e CD252) é encontrado amplamente em células apresentadoras de an- tígeno (APCs) e pode ser induzido em células B ativadas, células den- dríticas (DCs), células de Langerhans, DCs plasmocitoides e macró- fagos (Croft, M., (2010) Ann Rev Immunol 28:57-78). Outras células, incluindo células T ativadas, células NK, mastócitos, células endoteliais e células musculares lisas, podem expressar OX40L em resposta a citocinas inflamatórias (Id.). OX40L liga-se especificamente ao receptor OXA40. A proteína humana é descrita na Patente US nº 6.156.878. O camundongo OX40L é descrito na Patente US nº 5.457.035. OX40L é expresso na superfície das células e inclui um domínio de ligação ao receptor intracelular, transmembranar e extracelular. Uma forma solúvel funcionalmente ativa de OX40L pode ser produzida por deleção dos domínios intracelular e transmembranar conforme descrito, por exem- plo, na Patente US nº 5.457.035; 6.312.700; 6.156.878; 6.242.566;
6.528.055; 6.528.623; 7.098.184; e 7.125.670, cujas divulgações das mesmas são incorporadas neste documento para todos os propósitos. Uma forma funcionalmente ativa de OX40L é uma forma que retém a capacidade de se ligar especificamente a OX40, ou seja, que possui um "domínio de ligação ao receptor" OX40. Um exemplo são os aminoá- cidos 51 a 183 de OX40L humano. Os métodos para determinar a ca- pacidade de uma molécula ou derivado de OX40L para se ligar especi- ficamente a OX40 são discutidos abaixo. Os métodos de fabricação e uso de OX40L e seus derivados (tais como derivados que incluem um domínio de ligação OX40) são descritos nas Patentes US nº 6.156.878;
6.242.566; 6.528.055; 6.528.623; 7.098.184; e 7.125.670, que também descrevem proteínas que compreendem a forma solúvel de OX40L ligada a outros peptídeos, tais como regiões Fc de imunoglobulina humana ("lg"), que podem ser produzidas para facilitar a purificação do ligante OX40 de células em cultura, ou para aprimorar a estabilidade da molécula após administração in vivo a um mamífero (ver também, Pa- tentes US nº 5.457.035 e 7.959.925, ambas as quais são incorporadas neste documento por referência em suas totalidades).
[00221] “Também incluídas na definição de OX40L estão as variantes do ligante OX40 que variam na sequência de aminoácidos das molé- culas do ligante OX40 de ocorrência natural, mas que retêm a capacidade de se ligarem especificamente a um receptor OX40. Essas variantes são descritas em Patentes US nº 5.457.035; 6.156.878; 6.242.566;
6.528.055; 6.528.623; 7.098.184; e 7.125.670. Em uma modalidade relacionada, um mutante de OX40L que perdeu a capacidade de se ligar especificamente a OX40, por exemplo, os aminoácidos 51 a 183, em que a fenilalanina na posição 180 do domínio de ligação ao receptor de OX40L humano foi substituída por alanina (F180A) é usado.
[00222] Os agonistas de OX40 incluem uma proteína de fusão na qual um ou mais domínios de OX40L estão covalentemente ligados a um ou mais domínios de proteína adicionais. Proteínas de fusão OX40L exemplificativas que podem ser usadas como agonistas OX40 são descritas em Patente US nº 6.312.700, cuja divulgação é incorporada neste documento por referência em sua totalidade. Em uma modali- dade, um agonista OX40 inclui um polipeptídeo de fusão OX40L que se automonta em uma proteína de fusão OX40L multimérica (por exemplo, trimérica ou hexamérica). Essas proteínas de fusão são descritas, por exemplo, na Patente US nº 7.959.925, que é incorporada neste docu- mento por referência em sua totalidade. A proteína de fusão OX40L multimérica exibe eficácia aumentada no aprimoramento da resposta imune específica do antígeno em um sujeito, particularmente um sujeito humano, devido à sua capacidade de se reunir espontaneamente em trímeros e hexâmeros altamente estáveis.
[00223] Em outra modalidade, um agonista OX40 capaz de se montar em uma forma multimérica inclui um polipeptídeo de fusão compreendendo em uma direção N-terminal para C-terminal: um do- mínio de imunoglobulina, em que o domínio de imunoglobulina inclui um domínio Fc, um domínio de trimerização, em que o domínio de trime- rização inclui um domínio de trimerização de bobina enrolada e um domínio de ligação ao receptor, em que o domínio de ligação ao re- ceptor é um domínio de ligação ao receptor OX40, por exemplo, um OX40L ou um fragmento de ligação OX40, variante ou derivado do mesmo, onde o polipeptídeo de fusão pode se automontar em uma proteína de fusão trimérica. Em um aspecto, um agonista OX40 capaz de se montar em uma forma multimérica é capaz de se ligar ao receptor OXA40 e estimular pelo menos uma atividade mediada por OX40. Em certos aspectos, o agonista OX40 inclui um domínio extracelular do ligante OX40.
[00224] O domínio de trimerização de um agonista OX40 capaz de se montar em uma forma multimérica serve para promover a auto- montagem de moléculas polipeptídicas de fusão OX40L individuais em uma proteína trimérica. Assim, um polipeptídeo de fusão OX40L com um domínio de trimerização se automonta em uma proteína de fusão OXA40L trimérica. Em um aspecto, o domínio de trimerização é um do- mínio de zíper de isoleucina ou outra estrutura polipeptídica enrolada em bobina. Domínios de trimerização enrolados em bobina exemplifi- cativos incluem: TRAF2 (nº de Acesso GENBANKGO Q12933, aminoá- cidos 299-348; Trombospondina 1 (nº de Acesso PO7996, aminoácidos 291-314; Matrilina-4 (nº de Acesso O95460, aminoácidos 594-618; CMP (matrilina-1) (nº de Acesso NP—002370, aminoácidos 463-496; HSF1 (nº de Acesso AAX42211, aminoácidos 165-191; e Cubilina (nº de Acesso NP—O001072, aminoácidos 104-138. Em certos aspectos es- pecíficos, o domínio de trimerização inclui um domínio de trimerização TRAF2, um domínio de trimerização Matrilina-4 ou uma combinação dos mesmos.
[00225] “OX40L FP é uma proteína de fusão humana IgG4P do |i- gante OX40 que se liga especificamente a, e dispara a sinalização por, o receptor OX40 humano, um membro da superfamília TNFR. OX40L FP também é divulgado em Patente US nº 2016/0024176, incorporado neste documento por referência em sua totalidade. O OX40L FP é composto por três domínios distintos: (1) domínios de ligação ao re- ceptor extracelular do ligante OX40 humano (RBDs) que formam ho- motrímeros e se ligam ao receptor OX40; (2) domínios de trimerização de zíper de isoleucina derivados do fator 2 associado a TNFR que es- tabilizam a estrutura homotrimérica dos RBDs do ligante OX40; e (3) domínios gama cristalizáveis de fragmento de IgG4 humana (Fcy) que facilitam o agrupamento do receptor Fcy da proteína de fusão quando ligada aos receptores OX40 e contêm uma substituição de serina por prolina na posição 228 (de acordo com a numeração EU) nas regiões de dobradiça (I9G4P) para promover a estabilidade de dois conjuntos de homotrímeros de RBD do ligante OX40. O domínio Fc de IgG4P é fun- dido diretamente a um domínio de trimerização de zíper de isoleucina derivado dos resíduos de aminoácidos 310-349 do fator de necrose tumoral humano 2 (TRAF2). Fundidos ao terminal C do domínio TRAF2 estão os resíduos de aminoácidos 51-183 do domínio de ligação ao receptor extracelular (RBD) de OX40L humano (nome do gene TNFSF4). O domínio TRAF2 estabiliza a estrutura homotrimérica de RBDs de OX40L para permitir a ligação e ativação de OX40, enquanto o domínio Fc de IgG4P confere estabilidade sérica, dimerização de trí- meros OX40L e facilita o agrupamento do receptor Fcy da proteína de fusão hexamérica. Uma variante de OX40L FP possui uma mutação de fenilalanina (F) para alanina (A) no aminoácido correspondente à po- sição 180 em OX40L. Outra variante de OX40L FP possui o domínio Fc de IgG4P substituído por um domínio Fc de IgG1 humana. Em moda- lidades particulares, o agonista OX40 para uso na presente divulgação é uma das variantes de OX40L FP.
[00226] Em modalidades particulares, o agonista OX40 para uso na presente divulgação foi modificado para aumentar sua meia-vida sérica. Por exemplo, a meia-vida sérica de um agonista OX40 pode ser au- mentada por conjugação a uma molécula heteróloga, tal como albumina sérica, uma região Fc de anticorpo ou PEG. Em certas modalidades, os agonistas OX40 podem ser conjugados a outros agentes terapêuticos ou toxinas para formar imunoconjugados e/ou proteínas de fusão. Em certas modalidades, o agonista OX40 pode ser formulado de modo a facilitar a administração e promover a estabilidade do agente ativo.
Derivados de Anticorpos
[00227] Os anticorpos para uso na presente divulgação (por exem- plo, anti-CTLA-4, anti-PD-L1, anti-PD-1, anti-OX40) podem incluir va- riantes dessas sequências que retêm a capacidade de ligar especifi- camente seus alvos. Essas variantes podem ser derivadas da sequên- cia destes anticorpos por uma pessoa versada na técnica usando téc- nicas bem conhecidas na técnica. Por exemplo, substituições, deleções ou adições de aminoácidos podem ser feitas nas FRs e/ou nas CDRs. Embora as alterações nas FRs sejam geralmente projetadas para me- lhorar a estabilidade e a imunogenicidade do anticorpo, as alterações nas CDRs são normalmente projetadas para aumentar a afinidade do anticorpo pelo seu alvo. Variantes de FRs também incluem alotipos de imunoglobulina de ocorrência natural. Essas alterações de aumento de afinidade podem ser determinadas empiricamente por técnicas de rotina que envolvem alterar a CDR e testar o anticorpo de afinidade para o seu alvo. Por exemplo, substituições conservativas de aminoácidos podem ser feitas em qualquer uma das CDRs divulgadas. Várias alterações podem ser feitas de acordo com os métodos descritos em Antibody Engineering, 2º ed., Oxford University Press, ed. Borrebaeck, 1995. Estas incluem, mas não limitadas a sequências de nucleotídeos que são alteradas pela substituição de diferentes códons que codificam um re- síduo de aminoácido funcionalmente equivalente dentro da sequência, produzindo assim uma mudança "silenciosa". Por exemplo, os amino- ácidos não polares incluem alanina, leucina, isoleucina, valina, prolina, fenilalanina, triptofano e metionina. Os aminoácidos neutros polares incluem glicina, serina, treonina, cisteína, tirosina, asparagina e gluta- mina. Os aminoácidos carregados positivamente (básicos) incluem ar- ginina, lisina e histidina. Os aminoácidos carregados negativamente (ácidos) incluem ácido aspártico e ácido glutâmico.
[00228] Derivados e análogos de anticorpos da presente divulgação podem ser produzidos por várias técnicas bem conhecidas na técnica, incluindo métodos recombinantes e sintéticos (Maniatis (1990) Mole- cular Cloning, A Laboratory Manual, 2º ed., Cold Spring Harbor Labo- ratory, Cold Spring Harbor, NY e Bodansky et al. (1995) The Practice of Peptide Synthesis, 2º ed., Spring Verlag, Berlim, Alemanha). O emba- ralhamento análogo ou técnicas combinatórias também são divulgadas por Stemmer (Nature (1994) 370: 389-391), que descreve a técnica em relação a um gene de B-lactamase, mas observa que a abordagem pode ser usada para a geração de anticorpos.
[00229] “Pode-se gerar novas regiões VH ou VL transportando uma ou mais sequências derivadas das sequências divulgadas neste do- cumento usando mutagênese aleatória de um ou mais genes VH e/ou VL selecionados. Uma dessas técnicas, PCR sujeita a erros, é descrita por Gram et al. (Proc. Nat. Acad. Sci. EUA (1992) 89: 3576-3580).
[00230] Outro método que pode ser usado é direcionar a mutagê- nese para CDRs dos genes VH ou VL. Essas técnicas são divulgadas por Barbas et al. (Proc. Nat. Acad. Sci. EUA (1994) 91: 3809-3813) e Schier et al. (J. Mol. Biol. (1996) 263: 551-567).
[00231] Da mesma forma, uma ou mais, ou todas as trêê CDRs podem ser enxertadas em um repertório de domínios VH ou VL, que são então selecionados para um fragmento de ligação ao antígeno especí- fico para CTLA-4 ou PD-L1.
[00232] Uma porção de um domínio variável de imunoglobulina compreenderá pelo menos uma das CDRs substancialmente conforme estabelecido neste documento e, opcionalmente, regiões de framework intervenientes dos fragmentos de scFv conforme estabelecido neste documento. A porção pode incluir pelo menos cerca de 50% de qual- quer um ou ambos de FR1 e FR4, os 50% sendo 50% C-terminal de FR1 e 50% N-terminal de FR4. Os resíduos adicionais na extremidade N-terminal ou C-terminal da parte substancial do domínio variável po-
dem ser aqueles normalmente não associados às regiões de domínio variável de ocorrência natural. Por exemplo, a construção de anticorpos por técnicas de DNA recombinante pode resultar na introdução de re- síduos N- ou C-terminais codificados por ligantes introduzidos para facilitar a clonagem ou outras etapas de manipulação. Outras etapas de manipulação incluem a introdução de ligantes para unir domínios vari- áveis a sequências de proteínas adicionais, incluindo regiões constan- tes de cadeia pesada de imunoglobulina, outros domínios variáveis (por exemplo, na produção de diacorpos) ou marcadores proteicos, con- forme discutido em mais detalhes abaixo.
[00233] Uma pessoa versada na técnica reconhecerá que os anti- corpos para uso na presente divulgação podem compreender frag- mentos de ligação ao antígeno contendo apenas uma única CDR de tanto o domínio VL quanto VH. Qualquer um dos domínios de ligação específica de cadeia simples pode ser usado para selecionar domínios complementares capazes de formar um fragmento de ligação ao antí- geno específico de dois domínios capaz de, por exemplo, se ligar a CTLA-4 e PD-L1.
[00234] Os anticorpos para uso na presente divulgação descritos neste documento podem ser ligados a outra molécula funcional, por exemplo, outro peptídeo ou proteína (albumina, outro anticorpo, etc.). Por exemplo, os anticorpos podem ser ligados por reticulação química ou por métodos recombinantes. Os anticorpos também podem ser li- gados a um de uma variedade de polímeros não proteicos, por exemplo, polietilenoglicol, polipropilenoglicol ou polioxialquilenos, da maneira estabelecida em Patentes US nº 4.640.835; 4.496.689; 4.301.144;
4.670.417; 4.791.192; ou 4.179.337. Os anticorpos podem ser modifi- cados quimicamente por conjugação covalente a um polímero, por exemplo, para aumentar sua meia-vida circulante. Polímeros exempli- ficativos e métodos para anexá-los são também mostrados nas Pa-
tentes US nº 4.766.106; 4.179.337; 4.495.285 e 4.609.546.
[00235] Os anticorpos podem também ser alterados para terem um padrão de glicosilação que difere do padrão nativo. Por exemplo, uma ou mais frações de carboidrato podem ser deletadas e/ou um ou mais sítios de glicosilação adicionados ao anticorpo original. A adição de sítios de glicosilação aos anticorpos atualmente divulgados pode ser realizada alterando a sequência de aminoácidos para conter sequên- cias de consenso de sítios de glicosilação conhecidas na técnica. Outro meio de aumentar o número de frações de carboidrato nos anticorpos é por acoplamento químico ou enzimático de glicosídeos aos resíduos de aminoácidos do anticorpo. Esses métodos são descritos em WO 87/05330 e em Aplin et al. (1981) CRC Crit. Rev. Biochem., 22: 259-306. A remoção de quaisquer frações de carboidrato dos anticorpos pode ser realizada quimicamente ou enzimaticamente, por exemplo, conforme descrito por Hakimuddin et al. (1987) Arch. Biochem. Biophys., 259: 52; e Edge et al. (1981) Anal. Biochem., 118: 131 e por Thotakura et al. (1987) Meth. Enzymol., 138: 350. Os anticorpos também podem ser marcados com um marcador detectável ou funcional. Os marcadores detectáveis incluem marcadores radioativos, tais como 1311 ou 99Tc, que também podem ser ligados a anticorpos usando química conven- cional. Os marcadores detectáveis também incluem marcadores de enzima, tais como peroxidase de rábano ou fosfatase alcalina. Os marcadores detectáveis incluem adicionalmente frações químicas, tais como biotina, que podem ser detectadas por meio da ligação a uma fração cognata detectável específica, por exemplo, avidina marcada.
[00236] Os anticorpos, nos quais as sequências de CDR diferem apenas insubstancialmente daquelas estabelecidas neste documento, estão abrangidos no escopo da presente divulgação. Normalmente, um aminoácido é substituído por um aminoácido relacionado com carga semelhante, características hidrofóbicas ou estereoquímicas. Essas substituições estariam dentro das habilidades comuns de um artesão. Ao contrário das CDRs, alterações mais substanciais podem ser feitas em FRs sem afetar adversamente as propriedades de ligação de um anticorpo. Mudanças em FRs incluem, mas não estão limitadas a hu- manizar um derivado não humano ou criar certos resíduos de fra- mework que são importantes para o contato com o antígeno ou para estabilizar o sítio de ligação, por exemplo, mudar a classe ou subclasse da região constante, mudar resíduos de aminoácidos específicos que podem alterar a função efetora, tal como ligação ao receptor Fc, por exemplo, conforme descrito na Patente US nº 5.624.821 e 5.648.260 e Lund et al. (1991) J. Immun. 147: 2657-2662 e Morgan et al. (1995) Immunology 86: 319-324, ou alterando a espécie da qual a região constante é derivada.
[00237] Aqueles versados na técnica apreciarão que as modifica- ções descritas acima não são exaustivas e que muitas outras modifi- cações seriam óbvias para uma pessoa versada na técnica à luz dos ensinamentos da presente divulgação. Certos Compostos
[00238] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento podem ser compostos antisense. Em certas modalidades, o composto antisense compreende ou consiste em um composto oligo- mérico. Em certas modalidades, o composto oligomérico compreende um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, o oligonucle- otídeo modificado tem uma sequência de nucleobases complementar àquela de um ácido nucleico alvo.
[00239] Em certas modalidades, um composto descrito neste do- cumento compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo modificado tem uma se- quência de nucleobases complementar àquela de um ácido nucleico alvo.
[00240] Em certas modalidades, um composto ou composto anti- sense é de fita simples. Tal composto de fita simples ou composto an- tisense compreende ou consiste em um composto oligomérico. Em certas modalidades, tal composto oligomérico compreende ou consiste em um oligonucleotídeo e, opcionalmente, um grupo conjugado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é um oligonucleotídeo anti- sense. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo de um composto antisense de fita simples ou composto oligomérico compreende uma sequência de nucleobases autocomplementar.
[00241] Em certas modalidades, os compostos são de fita dupla. Esses compostos de fita dupla compreendem um primeiro oligonucleo- tídeo modificado com uma região complementar a um ácido nucleico alvo e um segundo oligonucleotídeo modificado com uma região com- plementar ao primeiro oligonucleotídeo modificado. Em certas modali- dades, o oligonucleotídeo modificado é um oligonucleotídeo de RNA. Em tais modalidades, a nucleobase de timina no oligonucleotídeo mo- dificado é substituída por uma nucleobase de uracila. Em certas moda- lidades, o composto compreende um grupo conjugado. Em certas modalidades, um dos oligonucleotídeos modificados é conjugado. Em certas modalidades, ambos os oligonucleotídeos modificados são conjugados. Em certas modalidades, o primeiro oligonucleotídeo modi- ficado é conjugado. Em certas modalidades, o segundo oligonucleotí- deo modificado é conjugado. Em certas modalidades, o primeiro oli- gonucleotídeo modificado consiste em 12-30 nucleosídeos ligados e o segundo oligonucleotídeo modificado consiste em 12-30 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, um dos oligonucleotídeos modificados tem uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das SEQ ID NOs: 36-2646 ou 2664-2813. Em certas modalidades, um dos oligonucleotídeos modifi-
cados tem uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10.
[00242] Em certas modalidades, os compostos antisense são de fita dupla. Tais compostos antisense de fita dupla compreendem um pri- meiro composto oligomérico com uma região complementar a um ácido nucleico alvo e um segundo composto oligomérico com uma região complementar ao primeiro composto oligomérico. O primeiro composto oligomérico de tais compostos antisense de fita dupla tipicamente compreende ou consiste em um oligonucleotídeo modificado e opcio- nalmente um grupo conjugado. O oligonucleotídeo do segundo com- posto oligomérico de tal composto antisense de fita dupla pode ser modificado ou não modificado. Qualquer um ou ambos os compostos oligoméricos de um composto antisense de fita dupla podem compre- ender um grupo conjugado. Os compostos oligoméricos de compostos antisense de fita dupla podem incluir nucleosídeos pendentes não complementares.
[00243] “Exemplos de compostos de fita simples e de fita dupla in- cluem, sem limitação, oligonucleotídeos, siRNAs, oligonucleotídeos direcionados a microRNA e compostos RNAi de fita simples, tais como RNAs hairpin pequenos (sShRNAs), siRNAs de fita simples (sSRNAs), e miméticos de microRNA.
[00244] Em certas modalidades, um composto descrito neste do- cumento tem uma sequência de nucleobases que, quando escrita na direção 5' para 3', compreende o complemento reverso do segmento alvo de um ácido nucleico alvo ao qual é direcionado.
[00245] Em certas modalidades, um composto descrito neste do- cumento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 10 a 30 subunidades ligadas. Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 12 a 30 subunidades ligadas. Em certas modalidades, um eomposto des-
crito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 12 a 22 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que con- siste em 14 a 30 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, o composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 14 a 20 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleo- tídeo que consiste em 15 a 30 subunidades ligadas.
Em certas moda- lidades, um composto descrito neste documento compreende um oli- gonucleotídeo que consiste em 15 a 20 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 16 a 30 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compre- ende um oligonucleotídeo que consiste em 16 a 20 subunidades liga- das.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 17 a 30 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste docu- mento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 17 a 20 su- bunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 18 a 30 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto des- crito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 18 a 21 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que con- siste em 18 a 20 subunidades ligadas.
Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 20 a 30 subunidades ligadas.
Em outras palavras, tais oligonucleotídeos consistem em 12 a 30 subunidades ligadas, 14 a 30 subunidades ligadas, 14 a 20 subunidades, 15 a 30 subunidades, 15 a subunidades, 16 a 30 subunidades, 16 a 20 subunidades, 17 a 30 subunidades, 17 a 20 subunidades, 18 a 30 subunidades, 18 a 20 su- bunidades, 18 a 21 subunidades, 20 a 30 subunidades ou 12 a 22 su- bunidades ligadas, respectivamente. Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 14 subunidades ligadas. Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 16 subunidades ligadas. Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 17 subunidades ligadas. Em certas modalidades, o composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 18 subunidades ligadas. Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 19 subunidades ligadas. Em certas modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 20 subunidades ligadas. Em outras modalidades, um composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 8 a 80, 12 a 50, 13 a 30, 13 a 50, 14 a 30, 14a 50, 15a 30, 15 a 50, 16 a 30, 16 a 50, 17 a 30, 17 a 50, 18 a 22, 18 a 24, 18 a 30, 18 a 50, 19 a 22, 19 a 30, 19 a 50 ou 20 a 30 subunidades ligadas. Em certas modalidades, o composto descrito neste documento compreende um oligonucleotídeo que consiste em 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72,73,74, 75, 76, 77, 78, 79 ou 80 subunidades ligadas, ou uma faixa definida por quaisquer dois dos valores acima. Em algumas modalidades, as subu- nidades ligadas são nucleotídeos, nucleosídeos ou nucleobases.
[00246] Em certas modalidades, o composto pode compreender adicionalmente recursos ou elementos adicionais, tais como um grupo conjugado, que estão ligados ao oligonucleotídeo. Em certas modali-
dades, tais compostos são compostos antisense. Em certas modali- dades, tais compostos são compostos oligoméricos. Em modalidades em que um grupo conjugado compreende um nucleosídeo (ou seja, um nucleosídeo que liga o grupo conjugado ao oligonucleotídeo), o nu- cleosídeo do grupo conjugado não é contado no comprimento do oli- gonucleotídeo.
[00247] Em certas modalidades, os compostos podem ser encurta- dos ou truncados. Por exemplo, uma única subunidade pode ser dele- tada da extremidade 5' (truncamento de 5'), ou, alternativamente, da extremidade 3' (truncamento de 3'). Um composto encurtado ou trun- cado direcionado a um ácido nucleico MALAT1 pode ter duas subuni- dades deletadas da extremidade 5' ou alternativamente pode ter duas subunidades deletadas da extremidade 3' do composto. Alternativa- mente, os nucleosídeos deletados podem ser dispersos ao longo de todo o composto.
[00248] “Quando uma única subunidade adicional está presente em um composto alongado, a subunidade adicional pode estar localizada na extremidade 5' ou 3' do composto. Quando duas ou mais subuni- dades adicionais estão presentes, as subunidades adicionadas podem ser adjacentes umas às outras, por exemplo, em um composto com duas subunidades adicionadas à extremidade 5' (adição de 5'), ou al- ternativamente à extremidade 3' (adição de 3'), do composto. Alterna- tivamente, as subunidades adicionadas podem ser dispersas ao longo de todo o composto.
[00249] É possível aumentar ou diminuir o comprimento de um composto, tal como um oligonucleotídeo e/ou introduzir bases incom- patíveis sem eliminar a atividade (Woolf et al. Proc. Natl. Acad. Sci. EUA 1992, 89: 7305-7309; Gautschi et al. J Natl Cancer Inst. Março de 2001, 93: 463-471; Maher e Dolnick Nuc. Acid. Res. 1998, 16:3341-3358). No entanto, alterações aparentemente pequenas na sequência, química e fração de oligonucleotídeo podem fazer grandes diferenças em uma ou mais das muitas propriedades necessárias para o desenvolvimento clínico (Seth et al. J. Med. Chem. 2009, 52, 10; Egli et al. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16642).
[00250] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento são compostos de RNA interferente (RNAi), que incluem compostos de RNA de fita dupla (também denominados como RNA interferente curto ou siRNA) e compostos de RNAi de fita simples (ou SSRNA). Esses compostos funcionam, pelo menos em parte, através da via de RISC para degradar e/ou sequestrar um ácido nucleico alvo (e, assim, incluir compostos de microRNA/miméticos de microRNA). Con- forme utilizado neste documento, o termo siRNA pretende ser equiva- lente a outros termos utilizados para descrever moléculas de ácido nu- cleico que são capazes de mediar RNAi específico de sequência, por exemplo RNA interferente curto (siRNA), RNA de fita dupla (dsRNA), micro-RNA (miRNA), RNA de hairpin curto (ShRNA), oligonucleotídeo interferente curto, ácido nucleico interferente curto, oligonucleotídeo modificado interferente curto, siRNA quimicamente modificado, silen- ciamento de gene pós-transcricional RNA (ptgsRNA) e outros. Além disso, conforme utilizado neste documento, o termo "RNAi" pretende ser equivalente a outros termos utilizados para descrever a interferência de RNA específico de sequência específica, tal como silenciamento de gene pós-transcricional, inibição da tradução ou epigenética.
[00251] Em certas modalidades, um composto descrito neste do- cumento pode compreender qualquer uma das sequências de oligonu- cleotídeo direcionadas a MALAT1 descritas neste documento. Em certas modalidades, o composto pode ser de fita dupla. Em certas modalidades, o composto compreende uma primeira fita compreen- dendo pelo menos uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14,15, 16, 17,18, 19 ou 20 nucleobases contíguas de qualquer uma das SEQ ID NOs:
2-10 ou 36-2813 e uma segunda fita.
Em certas modalidades, o com- posto compreende uma primeira fita compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813 e uma segunda fita.
Em certas modalidades, o composto de fita dupla com- preende ribonucleotídeos em que a primeira fita tem uracila (U) em vez de timina (T) em qualquer uma das SEQ ID NO: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o composto compreende (i) uma primeira fita compreendendo uma sequência de nucleobases complementar ao sítio em MALAT1 para o qual qualguer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813 é direcionada, e (ii) uma segunda fita.
Em certas modalidades, o composto compreende uma primeira fita compreendendo pelo menos uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nu- cleobases contíguas de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 e uma segunda fita.
Em certas modalidades, o composto compreende uma primeira fita compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 e uma segunda fita.
Em certas modalida- des, o composto compreende ribonucleotídeos em que a primeira fita tem uracila (U) em vez de timina (T) em qualquer uma das SEQ ID NO: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende (i) uma primeira fita compreendendo uma sequência de nucleobases complementar ao sítio em MALAT1 para o qual qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 é direcionada, e (ii) uma segunda fita.
Em certas modalidades, o com- posto compreende um ou mais nucleotídeos modificados em que a posição 2' no açúcar contém um halogênio (tal como grupo flúor; 2'-F) ou contém um grupo alcóxi (tal como um grupo metóxi; 2-OMe). Em certas modalidades, o composto compreende pelo menos uma modi- ficação de açúcar 2-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2'-OMe.
Em certas modalidades, a pelo menos uma modificação de açúcar 2'-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2'-OMe estão dispostas em um padrão alternado para pelo menos 2, 3, 4, 5,6,7,8,9,
10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases contíguas ao longo de uma fita do composto de dsRNA. Em certas modalidades, o composto de compreende uma ou mais ligações entre nucleotídeos adjacentes que não sejam uma ligação fosfodiéster de ocorrência na- tural. Exemplos de tais ligações incluem ligações de fosforamida, fos- forotioato e fosforoditioato. Os compostos também podem ser molécu- las de ácido nucleico modificadas quimicamente, conforme descrito na Patente US nº 6.673.661. Em outras modalidades, o composto contém uma ou duas fitas tampadas, conforme divulgado, por exemplo, em WO 00/63364, depositado em 19 de abril de 2000.
[00252] Em certas modalidades, a primeira fita do composto é uma fita guia de siRNA e a segunda fita do composto é uma fita passageira de siRNA. Em certas modalidades, a segunda fita do composto é complementar à primeira fita. Em certas modalidades, cada fita do composto consiste em 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 ou 23 nucleosídeos ligados. Em certas modalidades, a primeira ou segunda fita do com- posto pode compreender um grupo conjugado.
[00253] Em certas modalidades, um composto descrito neste do- cumento pode compreender qualquer uma das sequências de oligonu- cleotídeo direcionadas a MALAT1 descritas neste documento. Em certas modalidades, o composto é de fita única. Em certas modalidades, esse composto é um composto de RNAi de fita simples (sSRNAi). Em certas modalidades, o composto compreende pelo menos uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases con- tíguas de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o composto compreende a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813. Em certas modali- dades, o composto compreende ribonucleotídeos em que uracila (U) está no lugar de timina (T) em qualquer uma das SEQ ID NO: 2-10 ou 36-2813. Em certas modalidades, o composto compreende uma se-
quência de nucleobases complementar ao sítio em MALAT1 para a qual qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813 é direcionada.
Em certas modalidades, o composto compreende pelo menos uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases con- tíguas de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compreende a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10. Em certas modalidades, o composto compre- ende ribonucleotídeos em que uracila (U) está no lugar de timina (T) em qualquer uma das SEQ ID NO: 2-10. Em certas modalidades, o com- posto compreende uma sequência de nucleobases complementar ao sítio em MALAT1 para a qual qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 é direcionada.
Em certas modalidades, o composto compreende um ou mais nucleotídeos modificados em que a posição 2' no açúcar contém um halogênio (tal como grupo flúor, 2'-F) ou contém um grupo alcóxi (tal como um grupo metóxi; 2'-OMe). Em certas modalidades, o composto compreende pelo menos uma modificação de açúcar 2'-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2:-OMe.
Em certas modalidades, a pelo menos uma modificação de açúcar 2'-F e pelo menos uma modificação de açúcar 2'-OMe estão dispostas em um padrão alternado para pelo menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases contíguas ao longo de uma fita do composto.
Em certas modalidades, o composto compreende uma ou mais ligações entre nucleotídeos adjacentes que não sejam uma ligação fosfodiéster de ocorrência natural.
Exemplos de tais ligações incluem ligações de fos- foramida, fosforotioato e fosforoditioato.
Os compostos também podem ser moléculas de ácido nucleico modificadas quimicamente, conforme descrito na Patente US nº 6.673.661. Em outras modalidades, o com- posto contém uma fita tampada, conforme divulgado, por exemplo, por WO 00/63364, depositado em 19 de abril de 2000. Em certas modali- dades, o composto consiste em 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22 ou 23 nu-
cleosídeos ligados. Em certas modalidades, o composto pode com- preender um grupo conjugado.
[00254] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem oligonucleotídeos modificados. Certos oligo- nucleotídeos modificados têm um ou mais centros assimétricos e, as- sim, dão origem a enantiômeros, diastereômeros e outras configura- ções estereoisoméricas que podem ser definidas, em termos de este- reoquímica absoluta, como (R) ou (S), como a ou 6, tal como para anômeros de açúcar, ou como (D) ou (L) tal como para aminoácidos etc. Incluídos nos oligonucleotídeos modificados fornecidos neste docu- mento estão todos esses possíveis isômeros, incluindo suas formas racêmicas e opticamente puras, a menos que especificado de outra forma. Do mesmo modo, todos os isômeros cis e trans e formas tau- toméricas também estão incluídos.
[00255] Os compostos descritos neste documento incluem variações nas quais um ou mais átomos são substituídos por um isótopo não ra- dioativo ou isótopo radioativo do elemento indicado. Por exemplo, os compostos neste documento que compreendem átomos de hidrogênio abrangem todas as possíveis substituições de deutério para cada um dos átomos de hidrogênio *H. As substituições isotópicas abrangidas pelos compostos neste documento incluem, mas não estão limitadas a: como uma ferramenta terapêutica ou de pesquisa. Em certas modali- dades, as substituições isotópicas radioativas podem tornar o composto adequado para fins de pesquisa ou diagnóstico, tal como ensaio de imagem. Certos Mecanismos
[00256] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem ou consistem em oligonucleotídeos modifica- dos. Em certas modalidades, os compostos descritos neste documento são compostos antisense. Em certas modalidades, os compostos compreendem compostos oligoméricos. Em certas modalidades, os compostos descritos neste documento são capazes de hibridizar para um ácido nucleico alvo, resultando em pelo menos uma atividade an- tisense. Em certas modalidades, os compostos descritos neste docu- mento afetam seletivamente um ou mais ácidos nucleicos alvo. Tais compostos compreendem uma sequência de nucleobases que se hi- bridiza para um ou mais ácidos nucleicos alvo, resultando em uma ou mais atividades antisense desejadas e não se hibridiza para um ou mais ácidos nucleicos não alvo ou não se hibridiza com um ou mais ácidos nucleicos não alvo, de tal maneira que resulte em uma atividade anti- sense significativa não desejada.
[00257] Em certas atividades antisense, a hibridização de um com- posto descrito neste documento para um ácido nucleico alvo resulta no recrutamento de uma proteína que cliva o ácido nucleico alvo. Por exemplo, certos compostos descritos neste documento resultam em clivagem mediada por RNase H do ácido nucleico alvo. RNase H é uma endonuclease celular que cliva a fita de RNA de um duplex RNA:DNA. O DNA em um duplex RNA:DNA não precisa ser DNA não modificado. Em certas modalidades, compostos descritos neste documento são sufici- entemente “similares ao DNA" para induzir atividade da RNase H. Além disso, em certas modalidades, um ou mais nucleosídeos não similares a DNA na lacuna de um gapmer são tolerados.
[00258] Em certas atividades antisense, os compostos descritos neste documento ou uma porção do composto são carregados em um complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC), resultando, por fim, em clivagem do ácido nucleico alvo. Por exemplo, certos compostos descritos neste documento resultam em clivagem do ácido nucleico alvo por Argonaute. Os compostos que são carregados em RISC são compostos de RNAi. Os compostos de RNAi podem ser de fita dupla (SIRNA) ou de fita simples (sSRNA).
[00259] Em certas modalidades, a hibridização de compostos des- critos neste documento para um ácido nucleico alvo não resulta no re- crutamento de uma proteína que cliva o ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a hibridização do composto para o ácido nucleico alvo resulta na alteração de splicing do ácido nucleico alvo. Em certas mo- dalidades, a hibridização de um composto para um ácido nucleico alvo resulta na inibição de uma interação de ligação entre o ácido nucleico alvo e uma proteína ou outro ácido nucleico. Em certas modalidades, a hibridização do composto para um ácido nucleico alvo resulta em alte- ração de tradução do ácido nucleico alvo.
[00260] As atividades antisense podem ser observadas direta ou indiretamente. Em certas modalidades, a observação ou detecção de uma atividade antisense envolve a observação ou detecção de uma alteração em uma quantidade de um ácido nucleico alvo ou proteína codificada por tal ácido nucleico alvo, uma alteração na razão de vari- antes de splice de um ácido nucleico ou proteína e/ou uma alteração fenotípica em uma célula ou animal. Ácidos Nucleicos Alvo, Regiões Alvo e Sequências Nucleotídicas
[00261] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem ou consistem em um oligonucleotídeo com- preendendo uma região que é complementar a um ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é uma molécula de RNA endógena. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo codifica uma proteína. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é selecionado a partir de: um mMRNA e um pré-mRNA, incluindo regiões intrônicas, exônicas e não traduzidas. Em certas modalidades, o RNA alvo é um MRNA. Em certas modalidades, o ácido nucleico alvo é um pré-mRNA. Em certas modalidades, a região alvo está inteiramente dentro de um íntron. Em certas modalidades, a região alvo abrange uma junção ín- tron/exon. Em certas modalidades, a região alvo está pelo menos 50%
dentro de um íntron.
[00262] As sequências de nucleotídeos que codificam MALAT1 in- cluem, sem limitação, o seguinte: RefSEQ No. XR 001309.1 (SEQ ID NO: 1), que é incorporado por referência em sua totalidade. Hibridização
[00263] Em algumas modalidades, a hibridização ocorre entre um composto divulgado neste documento e um ácido nucleico MALAT1. O mecanismo mais comum de hibridização envolve ligação de hidrogênio (por exemplo, ligação de hidrogênio de Watson-Crick, Hoogsteen ou Hoogsteen invertida) entre as nucleobases complementares das mo- léculas de ácido nucleico.
[00264] A hibridização pode ocorrer sob condições variáveis. Con- dições de hibridização são dependentes de sequência e são determi- nadas pela natureza e composição das moléculas de ácido nucleico a serem hibridizadas.
[00265] Os métodos para determinar se uma sequência é especifi- camente hibridizável para um ácido nucleico alvo são bem conhecidos na técnica. Em certas modalidades, os compostos fornecidos neste documento são especificamente hibridizáveis com um ácido nucleico MALAT1. Complementaridade
[00266] Um oligonucleotídeo é dito ser complementar a outro ácido nucleico quando a sequência de nucleobases de tal oligonucleotídeo ou uma ou mais regiões da mesma combina com a sequência de nucleo- bases de outro oligonucleotídeo ou ácido nucleico ou uma ou mais re- giões da mesma quando as duas sequências de nucleobase estão alinhadas em direções opostas. As correspondências de nucleobase ou nucleobases complementares, conforme descrito neste documento, são limitadas aos seguintes pares: adenina (A) e timina (T), adenina (A) e uracila (U), citosina (C) e guanina (G) e 5-metil citosina (mC) e guanina
(G), a menos que indicado de outra maneira. Os oligonucleotídeos e/ou ácidos nucleicos complementares não precisam ter complementaridade de nucleobase em cada nucleosídeo e podem incluir uma ou mais in- compatibilidades de nucleobase. Um oligonucleotídeo é totalmente complementar ou 100% complementar quando tais oligonucleotídeos têm correspondências de nucleobase sem cada nucleosídeo sem quaisquer incompatibilidades de nucleobase.
[00267] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem ou consistem em oligonucleotídeos modifica- dos. Em certas modalidades, os compostos descritos neste documento são compostos antisense. Em certas modalidades, os compostos compreendem compostos oligoméricos. Nucleobases não comple- mentares entre um composto e um ácido nucleico MALAT1 podem ser toleradas, desde que o composto permaneça capaz de hibridizar es- pecificamente para um ácido nucleico alvo. Além disso, um composto pode hibridizar em um ou mais segmentos de ácido nucleico MALAT1, de modo que os segmentos adjacentes ou intervenientes não estejam envolvidos no evento de hibridização (por exemplo, uma estrutura de alça, estrutura de incompatibilidade ou de hairpin).
[00268] Em certas modalidades, os compostos fornecidos neste documento, ou uma porção especificada dos mesmos, são pelo menos ou até 70%, 80%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, ou 100% complementares a um ácido nucleico MALAT1, uma região alvo, segmento alvo, ou porção especi- ficada dos mesmos. Em certas modalidades, os compostos fornecidos neste documento, ou uma porção especificada dos mesmos, são 70% a 75%, 75% a 80%, 80% a 85%, 85% a 90%, 90% a 95%, 95% a 100%, ou qualquer número entre essas faixas, complementar a um ácido nu- cleico MALAT1, uma região alvo, segmento alvo ou porção especificada dos mesmos. A complementaridade percentual de um composto com um ácido nucleico alvo pode ser determinada usando os métodos de rotina.
[00269] Por exemplo, um composto, em que 18 de 20 nucleobases do composto são complementares a uma região alvo e, portanto, hibri- dizaria especificamente, representaria 90 por cento de complementa- ridade. Neste exemplo, as nucleobases restantes não complementares podem ser agrupadas ou intercaladas com nucleobases complemen- tares e não precisam ser contíguas umas às outras ou às nucleobases complementares. Como tal, um composto que consiste em 18 nucleo- bases com quatro nucleobases não complementares que são flan- queadas por duas regiões de complementaridade completa com o ácido nucleico alvo teria 77,8% de complementaridade total com o ácido nu- cleico alvo. A complementaridade percentual de um composto com uma região de um ácido nucleico alvo pode ser determinada rotineiramente usando programas BLAST (ferramentas básicas de pesquisa de ali- nhamento local) e programas PowerBLAST conhecidos na técnica (Al- tschul et al., J. Mol. Biol., 1990, 215, 403 410; Zhang e Madden, Ge- nome Res., 1997, 7, 649 656). A homologia percentual, a identidade de sequência ou a complementaridade podem ser determinadas, por exemplo, pelo programa Gap (Wisconsin Sequence Analysis Package, Versão 8 para Unix, Genetics Computer Group, University Research Park, Madison Wis.), usando as configurações padrão, que usa o algo- ritmo de Smith e Waterman (Adv. Appl. Math., 1981, 2, 482 489).
[00270] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento, ou porções especificadas dos mesmos, são totalmente com- plementares (ou seja, 100% complementares) a um ácido nucleico alvo, ou porções especificadas do mesmo. Por exemplo, um composto pode ser totalmente complementar a um ácido nucleico MALAT1, ou a uma região alvo, ou a um segmento alvo ou a uma sequência alvo deste. Conforme usado neste documento, "totalmente complementar" significa que cada nucleobase de um composto é complementar à nucleobase correspondente de um ácido nucleico alvo. Por exemplo, um composto de 20 nucleobases é totalmente complementar a uma sequência alvo que tem 400 nucleobases de comprimento, desde que haja uma porção de 20 nucleobases correspondente ao ácido nucleico alvo que seja totalmente complementar ao composto. Totalmente complementar também pode ser usado em referência a uma porção especificada do primeiro e/ou do segundo ácido nucleico. Por exemplo, uma porção de 20 nucleobases de um composto de 30 nucleobases pode ser "total- mente complementar" a uma sequência alvo que tem 400 nucleobases de comprimento. A porção de 20 nucleobases do composto de 30 nu- cleobases é totalmente complementar à sequência alvo se a sequência alvo tiver uma porção de 20 nucleobases correspondente, em que cada nucleobase é complementar à porção de 20 nucleobases do composto. Ao mesmo tempo, o composto de 30 nucleobases inteiro pode ou não ser totalmente complementar à sequência alvo, dependendo de se as nucleobases restantes do composto também forem complementares à sequência alvo.
[00271] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem uma ou mais nucleobases incompatíveis em relação ao ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, a atividade antisense contra o alvo é reduzida por tal incompatibilidade, mas a ati- vidade contra um não alvo é reduzida por uma quantidade maior. Assim, em certas modalidades, a seletividade do composto é melhorada. Em certas modalidades, a incompatibilidade está especificamente posici- onada dentro de um oligonucleotídeo com um padrão gapmer. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 1, 2,3,4,5,6, 7 ou 8 da extremidade 5' a partir da região de lacuna. Em certas moda- lidades, a incompatibilidade está na posição 9, 8, 7, 6,5,4,3,2, 1a partir da extremidade 3' da região de lacuna. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 1, 2, 3 ou 4 a partir da extremidade 5' da região de asa. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 4, 3, 2 ou 1 a partir da extremidade 3' da região de asa. Em certas modalidades, a incompatibilidade está especificamente posici- onada dentro de um oligonucleotídeo sem um padrão gapmer. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 1, 2,3,4,5,6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12 a partir da extremidade 5' do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, a incompatibilidade está na posição 2, 3, 4, 5,6,7, 8, 9, 10, 11 ou 12 a partir da extremidade 3' do oligonucleotídeo.
[00272] A localização de uma nucleobase não complementar pode estar na extremidade 5' ou na extremidade 3' do composto. Alternati- vamente, a nucleobase ou nucleobases não complementares podem estar em uma posição interna do-composto. Quando duas ou mais nu- cleobases não complementares estão presentes, elas podem ser con- tíguas (ou seja, ligadas) ou não contíguas. Em uma modalidade, uma nucleobase não complementar está localizada no segmento de asa de um oligonucleotídeo de gapmer.
[00273] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento que têm, ou têm até 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 nucleobases de comprimento compreendem não mais que 4, não mais que 3, não mais que 2 ou não mais que 1 nucleobase(s) não comple- mentar(es) em relação a um ácido nucleico alvo, tal como um ácido nucleico MALAT1 ou porção especificada do mesmo.
[00274] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento que têm, ou têm até 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 ou 30 nucleobases de comprimento compreendem não mais que 6, não mais que 5, não mais que 4, não mais que 3, não mais que 2 ou não mais do que 1 nucleobase(s) não complementar(es) em relação a um ácido nucleico alvo, tal como um ácido nucleico MALAT1 ou porção especificada do mesmo.
[00275] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento também incluem aqueles que são complementares a uma porção de um ácido nucleico alvo. Conforme usado neste documento, "porção" se refere a um número definido de nucleobases contíguas (ou seja, ligadas) dentro de uma região ou segmento de um ácido nucleico alvo. Uma "porção" também pode se referir a um número definido de nucleobases contíguas de um composto. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 8 nu- cleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 9 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são com- plementares a pelo menos uma porção de 10 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são comple- mentares a pelo menos uma porção de 11 nucleobases de um seg- mento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementa- res a pelo menos uma porção de 12 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 13 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 14 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modali- dades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 15 nucleobases de um segmento alvo. Em certas modalidades, os compostos são complementares a pelo menos uma porção de 16 nu- cleobases de um segmento alvo. Também são contemplados os com- postos que são complementares a pelo menos uma porção de 9, 10, 11, 12,13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 ou mais nucleobases de um segmento alvo, ou uma faixa definida por quaisquer dois desses valores. Identidade
[00276] Os compostos fornecidos neste documento também podem ter uma identidade percentual definida para uma sequência nucleotídica particular, SEQ ID NO, ou composto representado por um número es- pecífico de íons, ou porção dos mesmos. Em certas modalidades, os compostos descritos neste documento são compostos antisense ou compostos oligoméricos. Em certas modalidades, os compostos descritos neste documento são oligonucleotídeos modificados. Conforme usado neste documento, um composto é idêntico à sequência divulgada neste documento se tiver a mesma capacidade de pareamento da nucleobase. Por exemplo, um RNA que contém uracil no lugar de timidina em uma sequência de DNA divulgada seria considerado idêntico à sequência de DNA, uma vez que ambos, uracil e timidina, pareiam com adenina. Ver- sões encurtadas e alongadas dos compostos descritos neste documento, assim como compostos com bases não idênticas em relação aos compostos fornecidos neste documento, também são contempladas. As bases não idênticas podem ser adjacentes umas às outras ou dispersas por todo o composto. A identidade percentual de um composto é cal- culada de acordo com o número de bases que têm pareamento de bases idêntico em relação à sequência a qual está sendo comparado.
[00277] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento, ou porções dos mesmos, são, ou são pelo menos, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96 %, 97%, 98%, 99% ou 100% idênticos a um ou mais dos compostos ou SEQ ID NOs, ou uma porção dos mesmos, divulgados neste documento. Em certas modali- dades, os compostos descritos neste documento são cerca de 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99 % idênticos, ou qualquer porcentagem entre tais valores, a uma sequência de nucleotídeos particular, SEQ ID NO, ou composto re- presentado por um número específico de íon, ou porção do mesmo, em que os compostos compreendem um oligonucleotídeo com uma ou mais nucleobases incompatíveis. Em certas modalidades, a incompa- tibilidade está na posição 1, 2, 3,4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12 a partir da extremidade 5' do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, a incom- patibilidade está na posição 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 ou 12 a partir da extremidade 3' do oligonucleotídeo.
[00278] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem ou consistem em compostos antisense. Em certas modalidades, uma porção do composto antisense é comparada a uma com uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, ou 25 nucleobases é comparada a uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo.
[00279] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem ou consistem em oligonucleotídeos. Em certas modalidades, uma porção do oligonucleotídeo é comparada a uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo. Em certas moda- lidades, uma porção de 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, ou 25 nucleobases é comparada a uma porção de comprimento igual do ácido nucleico alvo. Certos Compostos Modificados
[00280] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem ou consistem em oligonucleotídeos que con- sistem em nucleosídeos ligados. Os oligonucleotídeos podem ser oli- gonucleotídeos não modificados (RNA ou DNA) ou podem ser oligonu- cleotídeos modificados. Os oligonucleotídeos modificados compreendem pelo menos uma modificação em relação ao RNA ou DNA não modificado (ou seja, compreendem pelo menos um nucleosídeo modificado (com- preendendo uma fração de açúcar modificado e/ou uma nucleobase modificada) e/ou pelo menos uma ligação internucleosídica modificada). A. Nucleosídeos Modificados
[00281] Os nucleosídeos modificados compreendem uma fração de açúcar modificado ou uma nucleobase modificada ou ambas uma fra-
ção de açúcar modificado e uma nucleobase modificada.
1. Frações de Açúcar Modificados
[00282] Em certas modalidades, as frações de açúcar são frações de açúcares modificados não bicíclicos. Em certas modalidades, as fra- ções de açúcar modificado são frações de açúcar bicíclico ou tricíclico. Em certas modalidades, frações de açúcar modificado são substitutos de açúcar. Esses substitutos de açúcar podem compreender uma ou mais substituições correspondentes àquelas de outros tipos de frações de açúcar modificado.
[00283] Em certas modalidades, as frações de açúcar modificado são frações de açúcar modificado não bicíclico que compreendem um anel furanosila com um ou mais substituintes acíclicos, incluindo, sem limitação, substituintes nas posições 2', 4' e/ou 5'. Em certas modali- dades, um ou mais substituintes acíclicos de frações de açúcar modi- ficado não bicíclico são ramificados. Exemplos de grupos substituintes em 2' adequados para frações de açúcar modificado não bicíclico in- cluem, mas não são limitados a: 2'-F, 2-O0CH3 ("OMe" ou "O-metil") e 2'-O (CH2)2OCH3 ("MOE"). Em certas modalidades, os grupos substi- tuintes em 2' são selecionados dentre: halo, alil, amino, azido, SH, CN, OCN, CF3, OCF3, O-C1-C10 alcóxi, O-C1-C10 alcóxi substituído, O-C1-C1o alquil, O-C1-C10o alquil substituído, S-alquil, N(Rm)-alquil, O-alquenil, S-alquenil, N(Rm)-alquenil, O-alquenil, S-alquenil, N(Rm)-alquenil, O-al- quenil-O-alquil, alquenil, alcaril, aralquil, O-alcaril, O-aralquil, O(CH2)2 SCHs3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn) ou OCH2C(=O)-N(Rm)(Rn), em que cada Rm e Rn é, independentemente, H, um grupo protetor de amino, ou alquil C1-C1o substituído ou não substituído, e os grupos substituintes em 2' descritos em Cook et al., Patente US nº 6.531.584; Cook et al., Patente US nº 5.859.221; e Cook et al., Patente US nº 6.005.087. Certas mo- dalidades desses grupos substituintes em 2' podem ser substituídos ainda por um ou mais grupos substituintes independentemente seleci-
onados dentre: hidroxil, amino, alcóxi, carbóxi, benzil, fenil, nitro (NO>), tiol, tioalcóxi tioalquil, halogênio, alquil, aril, alquenil e alquinil. Exemplos de grupos substituintes em 4' adequados para frações de açúcares modificado linearmente não bicíclicos incluem, sem limitação, alcóxi (por exemplo, metoxi), alquil e aqueles descritos em Manoharan et al., Patente WO nº 2015/106128. Exemplos de grupos substituintes em 5' adequados para frações de açúcar modificado não bicíclicos incluem, sem limitação: 5'-metil (R ou S), 5'-vinil e 5-metoxi. Em certas modali- dades, os açúcares modificados não bicíclicos compreendem mais de um substituinte de açúcar sem pontes, por exemplo, frações de açúcar de 2'-F-5'-metil e as frações de açúcar modificado e nucleosídeos mo- dificados descritos em Migawa et al., Patente US nº 2010/190837 e Rajeev et al., Patente US nº 2013/0203836.
[00284] Em certas modalidades, um nucleosídeo substituído em 2' ou nucleosídeo modificado não bicíclico em 2' compreende uma fração de açúcar compreendendo um grupo linear substituinte em 2' selecio- nado dentre: F, NH2, N3, OCF3, OCH3, O(CH2);NH2, CH2CH=CH,, OCH2CH=CH2, OCH2CH2O0CH3, O(CH2).SCH3, O(CH2)2ON(Rm)(Rn), O(CH2)2O(CH2)2aN(CH3)2, e acetamida substituída em N (OCH2C(=O)-N (Rm)(Rn)), em que cada Rm e Rn é, independentemente, H, um grupo protetor de amino ou alquil C1-C10 substituído ou não substituído.
[00285] Em certas modalidades, um nucleosídeo substituído em 2' ou nucleosídeo modificado não bicíclico em 2' compreende uma fração de açúcar compreendendo um grupo linear substituinte em 2' selecionado dentre: F, OFC3, OCH3, OCH2CH20CH3, O(CH2):-SCH3, O(CH2)»ON (CH3)2, O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2, e OCH2C(=O)-N(H)CH3 ("NMA'").
[00286] Em certas modalidades, um nucleosídeo substituído em 2' ou nucleosídeo modificado não bicíclico em 2' compreende uma fração de açúcar que compreende um grupo linear substituinte em 2' seleci- onado dentre: F, OCH3, e OCH2CH20CHs.
[00287] Os nucleosídeos que compreendem frações de açúcar mo- dificado, tais como frações de açúcar modificado não bicíclico, são re- feridos pela(s) posição(ões) da substituição(ões) na fração de açúcar do nucleosídeo. Por exemplo, os nucleosídeos que compreendem porções de açúcar substituído em 2' ou modificado em 2' são denominados como nucleosídeos substituídos em 2' ou nucleosídeos modificados em 2'.
[00288] Certas frações de açúcar modificadas compreendem um substituinte de açúcar de ponte que forma um segundo anel resultando em uma fração de açúcar bicíclico. Em certas modalidades, a fração de açúcar bicíclico compreende uma ponte entre os átomos do anel de furanose em 4' e 2º. Exemplos de tais substituintes de açúcar de ponte em 4' a 2' incluem, sem limitação: 4'-CH2-2', 4'-(CH2)2-2', 4'-(CH2)3-2', 4'-CH2-0-2' ("LNA"), 4-CH2-S-2', 4'-(CH2)2-0-2' ("ENA"), 4-CH(CH3)- O-2' (denominado como "etil restrito" ou "cEt" quando na configuração S), 4'-CH2-0-CH2-2', 4:-CH2-N(R)-2', 4-CH(CH20CH3)-O0-2' ("MOE res- trito" ou "c-MOE") e análogos dos mesmos (ver, por exemplo, Seth et al., Patente US nº 7.399.845, Bhat et al., Patente US nº 7.569.686, Swayze et al., Patente US nº 7.741.457, e Swayze et al., Patente US nº
8.022.193), 4-C(CH3)(CH3)-O0-2' e análogos dos mesmos (ver, por exemplo, Seth et al., Patente US nº 8.278.283), 4-CH2-N(OCH3)-2' e análogos dos mesmos (ver, por exemplo, Prakash et al., Patente US nº
8.278.425), 4'-CH2-O-N(CH3)-2' (ver, por exemplo, Allerson et al., Pa- tente US nº 7.696.345 e Allerson et al., Patente US nº 8.124.745), 4'-CH2-C(H)(CH3)-2' (ver, por exemplo, Zhou, et al., J. Org. Chem.,2009, 74, 118-134), 4-CH2-C(=CH2)-2' e análogos dos mesmos (ver, por exemplo, ,, Seth et al., Patente US nº 8.278.426), 4:-C(RaRr)-N(R)-O-2', 4'-C(RaRvp)-O-N(R)-2', 4'-CH2-O-N(R)-2', e 4-CH2-N(R)-O0-2', em que cada R, Ra, e Rh é, independentemente, H, um grupo protetor, ou C1-C12 alquil (ver, por exemplo, Imanishi et al., Patente US nº 7.427.672).
[00289] Em certas modalidades, tais pontes em 4' a 2' independen-
temente compreendem de 1 a 4 grupos ligados independentemente selecionados dentre: -[C(Ra)(Re)ln-, -[C(Ra)(Re)Jn-O-, -C(Ra)=C(Ror)-, -C(Ra) =N-, -C(=NRa)-, -C(=O)-, -C(=S)-, -O-, -Si(Ra)2-, -S(=O), e -N(Ra)-; em que: xé0O,1,ou2; né 1,2,3oud4; cada Ra e Rv é, independentemente, H, um grupo protetor, hidroxil, C1-C12 alquil, C1-C12 alquil substituído, C2-C12 alquenil, C2-C12 alquenil substituído, C2-C12 alquinil, C2-C12 alquinil substituído, C5s-C2o aril, Cs-C20 aril substituído, radical heterocíclico, radical heterocíclico substituído, heteroaril, heteroaril substituído, radical Cs-C; alicíclico, radical C5-C;7 alicícliico substituído, halogênio, OJ1, NJiJa, SJ1, Na, COOJ:, acil (C(=O)-H), acil substituído, CN, sulfonil (S(=O)2-J1), ou sulfóxi (S(=O) -J1); e cada J1 e Jo é, independentemente, H, C1-C12 alquil, C1-C12 alquil substituído, C2-C12 alquenil, C2-C12 alquenil substituído, C2-C12 alquinil, C2-C12 alquinil substituído C5-C209 aril, Cs-C209 aril substituído, acil (C(=O)-H), acil substituído, um radical heterocíclico, um radical hetero- cíclico substituído, C1-C12 aminoalquil, C1-C12 aminoalquil substituído, ou um grupo protetor.
[00290] Frações de açúcar bicíclico adicionais são conhecidas na técnica, ver, por exemplo: Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443, Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740, Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456; Koshkin et al., Tetra- hedron, 1998, 54, 3607-3630; Wahlestedt et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 5633-5638; Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222; Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039; Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 8362-8379; Elayadi et al., Curr. Opinion Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al. Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3,
239-243; Wengel et al., Patente US nº 7.053.207, Imanishi et al., Pa- tente US nº 6.268.490, Imanishi et al. Patente US nº 6.770.748, Imanishi et al., Patente US nº RE44.779; Wengel et al., Patente US nº 6.794.499, Wengel et al., Patente US nº 6.670.461; Wengel et al., Patente US nº
7.034.133, Wengel et al., Patente US nº 8.080.644; Wengel et al., Pa- tente US nº 8.034.909; Wengel et al., Patente US nº 8.153.365; Wengel et al., Patente US nº 7.572.582; e Ramasamy et al., Patente US nº
6.525.191, Torsten et al., Patente WO nº 2004/106356, Wengel et al., Patente WO nº 1999/014226; Seth et al., Patente WO nº 2007/134181; Seth et al., Patente US nº 7.547.684; Seth et al., Patente US nº
7.666.854; Seth et al., Patente US nº 8.088.746; Seth et al., Patente US nº 7.750.131; Seth et al., Patente US nº 8.030.467; Seth et al., Patente US nº 8.268.980; Seth et al., Patente US nº 8.546.556; Seth et al., Pa- tente US nº 8.530.640; Migawa et al., Patente US nº 9.012.421; Seth et al., Patente US nº 8.501.805; Allerson et al, Patente US nº 2008/0039618; e Migawa et al., Patente US nº 2015/0191727.
[00291] Em certas modalidades, as frações de açúcar bicíclico e os nucleosídeos que incorporam tais frações de açúcar bicíclico são defi- nidas ainda pela configuração isomérica. Por exemplo, um nucleosídeo LNA (descrito neste documento) pode estar na configuração a-L ou na configuração B-D.
NA Er Nd NE e LNA (configuração B-D) a-L-LNA (configuração a-L) ponte = 4-CH,-0-2' ponte =4"-CH,-0-2'
[00292] “Nucleosídeos bicíclicos a-L-metileneoxi (4'-CH2-O0-2') ou a-L-LNA foram incorporados em oligonucleotídeos que mostraram ati- vidade antisense (Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372). Neste documento, as descrições gerais de nucleosídeos bicíclicos incluem ambas as configurações isoméricas. Quando as po-
sições de nucleosídeos bicíclicos específicos (por exemplo, LNA ou cEt) são identificadas nas modalidades exemplificadas neste documento, estão na configuração B-D, a menos que especificado de outra forma.
[00293] Em certas modalidades, as frações de açúcar modificado compreendem um ou mais substituintes de açúcar sem ponte e um ou mais substituinte de açúcar com ponte (por exemplo, açúcares substi- tuídos em 5' ou com ponte em 4'-2').
[00294] Em certas modalidades, frações de açúcar modificado são substitutos de açúcar. Em certas modalidades, o átomo de oxigênio da fração de açúcar é substituído, por exemplo, com um átomo de enxofre, carbono ou nitrogênio. Em certas modalidades, essas frações de açúcar modificado também compreendem substituintes com e/ou sem ponte conforme descrito neste documento. Por exemplo, certos substitutos de açúcar compreendem um átomo de 4'-enxofre e uma substituição na posição 2' (ver, por exemplo, Bhat et al., Patente US nº 7.875.733 e Bhat et al., Patente US nº 7.939,677) e/ou a posição 5".
[00295] Em certas modalidades, os substitutos de açúcar compre- endem anéis com mais de 5 átomos. Por exemplo, em certas modali- dades, um substituto de açúcar compreende um tetra-hidropirano ("THP") de seis membros. Esses tetra-hidropiranos podem ser ainda modificados ou substituídos. Os nucleosídeos que compreendem tais tetra-hidropiranos modificados incluem, sem limitação, ácido nucleico de hexitol ("HNA"), ácido nucleico de anitol ("ANA"), ácido nucleico de manitol ("MNA") (ver , por exemplo, Leumann, CJ . Bioorg. & Med. Chem. 2002, 10, 841-854), fluoro HNA: Fo O É Bx F-HNA ("F-HNA", ver, por exemplo, Swayze et al., Patente US nº 8.088.904;
Swayze et al., Patente US nº 8.440.803; Swayze et al., Patente US nº
9.005.906; F-HNA também pode ser denominado como um F-THP ou 3'-fluro-tetrahidropirano) e nucleosídeos compreendendo compostos THP modificados adicionais com a fórmula: 4 q "XE q7 [A e Bx Pa RR, em que, independentemente, para cada um dos ditos nucleosídeos de THP modificados: Bx é uma fração de nucleobase; T3 e Ta são cada, independentemente, um grupo de ligação internucleosídica que liga o nucleosídeo de THP modificado para o restante de um oligonucleotídeo ou um de T3 e Ta é um grupo de ligação internucleosídica que liga o nucleosídeo de THP modificado para o restante de um oligonucleotídeo e o outro de T3 e Ta é H, um grupo protetor de hidroxil, um grupo conjugado ligado, ou um grupo terminal 5' ou 3'; q1, q2, q3, da, qs, ds E q7 são cada, independentemente, H, C1-Cs alquil, C1-Cs alquil substituído, C2-Cs alquenil, C2-Cs alquenil substituí- do, C2-Cs alquinil, ou C2-Cs alquinil substituído; e cada um de R;: e R é independentemente selecionado dentre: hidrogênio, halogênio ou alcóxi substituído ou não substituído, NJ1J2, SJ1, Na, OC(=X)J1, OC(=X)NJ1J>, NJ3C(=X)NJ1J2, e CN, em que XK é O, S ou NJ:, e cada Ji, Jo, e Ja é, independentemente, H ou C1-Cs alquil.
[00296] Em certas modalidades, nucleosídeos de THP modificado são fornecidos em que q, q2, da, da, ds, ds E q7 São, cada um, H. Em certas modalidades, pelo menos um de q1, q2, q3, da, qs, qs e q; é dife- rente de H. Em certas modalidades, pelo menos um de q1, q2, q3, da, qs, qs e q7 é metil. Em certas modalidades, são fornecidos nucleosídeos de THP modificados em que um de R; e R2é F. Em certas modalidades, R;
é Fe Ré H, em certas modalidades, R: é metóxi e R> é H, e em certas modalidades, R: é metoxietóxi e R2 é H.
[00297] Em certas modalidades, os substitutos de açúcar compre- endem anéis com mais de 5 átomos e mais de um heteroátomo. Por exemplo, nucleosídeos compreendendo frações de açúcar morfolino e seus usos em oligonucleotídeos foram relatados (ver, por exemplo, Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510 e Summerton et al., Patente US nº 5.698.685; Summerton et al., Patente US nº 5.166.315; Summerton et al., Patente US nº 5.185.444; e Summerton et al., Patente US nº 5.034.506). Conforme usado neste documento, o termo "morfo- lino" se refere a um substituto de açúcar com a seguinte estrutura: sa. Bx e» do
[00298] Em certas modalidades, os morfolinos podem ser modifi- cados, por exemplo, pelo acréscimo ou alteração de vários grupos substituintes da estrutura do morfolino acima. Esses substitutos do açúcar são referidos neste documento como "morfolinos modificados."
[00299] Em certas modalidades, os substitutos de açúcar compre- endem frações acíclicas. Exemplos de nucleosídeos e oligonucleotí- deos compreendendo tais substitutos de açúcar acíclico incluem, sem limitação: ácido nucleico de peptídeo ("PNA'"), ácido nucleico de butil acíclico (ver, por exemplo, Kumar et al., Org. Biomol. Chem., 2013, 11, 5853-5865), e nucleosídeos e oligonucleotídeos descritos em Mano- haran et al., Patente US nº 2013/130378.
[00300] “Muitos outros sistemas de anel de substituição de açúcar e açúcar tricíclico e bicíclico são conhecidos na técnica que podem ser usados em nucleosídeos modificados.
2. Nucleobases Modificadas
[00301] As modificações ou substituições de nucleobase (ou base)
são estruturalmente distinguíveis de nucleobases não modificadas sintéticas ou de ocorrência natural e funcionalmente permutáveis com elas. Tanto as nucleobases naturais quanto modificadas são capazes de participar da ligação de hidrogênio. Essas modificações de nucleo- base podem conferir estabilidade à nuclease, afinidade de ligação ou alguma outra propriedade biológica benéfica para os compostos anti- sense.
[00302] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem oligonucleotídeos modificados. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos compreendendo uma nucleobase não modificada. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreen- dem um ou mais nucleosídeos compreendendo uma nucleobase modi- ficada. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos que não compreendem uma nucleobase, denominada como um nucleosídeo abásico.
[00303] Em certas modalidades, as nucleobases modificadas são selecionadas dentre: pirimidinas 5-substituídas, 6-azapirimidinas, piri- midinas substituídas com alquil ou alquinil, purinas substituídas por alquil e purinas substituídas por N-2, N-6 e O-6. Em certas modalidades, as nucleobases modificadas são selecionadas dentre: 2-aminopropila- denina, 5-hidroximetil citosina, 5-metilcitosina, xantina, hipoxantina, 2-aminoadenina, 6-N-metilguanina, 6-N-metiladenina, 2-propiladenina, 2-tiouracila, 2-tiotimina e 2-tiocitosina, 5-propinil (C=C-CH3) uracila, S-propinilcitosina, 6-azouracila, 6-azocitosina, 6-azotimina, 5-ribosilura- cila (pseudouracila), 4-tiouracila, 8-halo, 8-amina, 8-tiol, 8-tioalquila, 8-hidroxila, 8-aza e outras purinas 8-substituídas, 5-haloparticularmente b5-bromo, B5-trifluorometila, 5-halouracila e 5-halocitosina, 7-metilgua- nina, 7-metiladenina, 2-F-adenina, 2-aminoadenina, 7-deazaguanina, 7-deaza-adenina, 3-desazaguanina, 3-deaza-adenina, 6-N-benzoilade-
nina, 2-N-isobutirilcirilguanina, 4-N-benzoilcitosina, 4-N-benzoiluracila, 5-metil 4-N-benzoilcitosina, 5-metil 4-N-benzoiluracil, bases universais, bases hidrofóbicas, bases promíscuas, bases expandidas por tamanho e bases fluoradas. Nucleobases modificadas adicionais incluem pirimi- dinas tricíclicas, tais como 1,3-diazafenoxazina-2-ona, 1,3-diazafenoti- azina-2-o0na e 9-(2-aminoetoxi)-1,3-diazafenoxazina-2-o0na (G-clamp). As nucleobases modificadas podem também incluir aquelas em que a base purina ou pirimidina é substituída por outros heterocíclicos, por exemplo, 7-deaza-adenina, 7-deazaguanosina, 2-aminopiridina e 2-pi- ridona. Nucleobases adicionais incluem aquelas divulgadas em Merigan et al., Patente US nº 3.687.808, aquelas divulgadas em The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, JI, Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859; Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613; Sanghvi, YS, Capítulo 15, Antisense Research and Applications, Crooke, ST e Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288; e aquelas divulgadas nos Capítulos 6 e 15, Antisense Drug Technology, Crooke ST, Ed., CRC Press, 2008, 163-166 e 442-443.
[00304] As publicações que ensinam o preparo de certas nucleo- bases modificadas notadas acima, assim como outras nucleobases modificadas incluem, sem limitação, Manoharan et al., Patente US nº 2003/0158403; Manoharan et al., Patente US nº 2003/0175906; Dinh et al., Patente US nº 4.845.205; Spielvogel et al., Patente US nº 5.130.302; Rogers et al., Patente US nº 5.134.066; Bischofberger et al., Patente US nº 5.175.273; Urdea et al., Patente US nº 5.367.066; Benner et al., Patente US nº 5.432.272; Matteucci et al., Patente US nº 5.434.257; Gmeiner et al., Patente US nº 5.457.187; Cook et al., Patente US nº
5.459.255; Froehler et al., Patente US nº 5.484.908; Matteucci et al., Patente US nº 5.502.177; Hawkins et al., Patente US nº 5.525.711; Haralambidis et al., Patente US nº 5.552.540; Cook et al., Patente US nº
5.587.469; Froehler et al., Patente US nº 5.594.121; Switzer et al., Pa- tente US nº 5.596.091; Cook et al., Patente US nº 5.614.617; Froehler et al., Patente US nº 5.645.985; Cook et al., Patente US nº 5.681.941; Cook et al., Patente US nº 5.811.534; Cook et al., Patente US nº
5.750.692; Cook et al., Patente US nº 5.948.903; Cook et al., Patente US nº 5.587.470; Cook et al., Patente US nº 5.457.191; Matteucci et al., Patente US nº 5.763.588; Froehler et al., Patente US nº 5.830.653; Cook et al., Patente US nº 5.808.027; Cook et al., Patente US nº
6.166.199; e Matteucci et al., Patente US nº 6.005.096.
[00305] Em certas modalidades, os compostos direcionados a um ácido nucleico MALAT1 compreendem uma ou mais nucleobases mo- dificadas. Em certas modalidades, a nucleobase modificada é uma b-metilcitosina. Em certas modalidades, cada citosina é uma 5-metilci- tosina.
3. Ligações Internucleosídicas Modificadas
[00306] A ligação internucleosídica de ocorrência natural de RNA e DNA é uma ligação fosfodiéster 3' a 5". Em certas modalidades, os compostos descritos neste documento com uma ou mais ligações in- ternucleosídicas modificadas, ou seja, de ocorrência não natural, são frequentemente selecionados dentre compostos com ligações internu- cleosídicas de ocorrência natural devido a propriedades desejáveis, tais como, por exemplo, absorção celular aumentada, aprimorada para ácidos nucleicos alvo e estabilidade aumentada na presença de nu- cleases.
[00307] —Asligações internucleosídicas representativas com um cen- tro quiral incluem, mas não estão limitadas a alquilfosfonatos e fosforo- tioatos. Os oligonucleotídeos modificados compreendendo ligações internucleosídicas com um centro quiral podem ser preparados como populações de oligonucleotídeos modificados compreendendo ligações internucleosídicas estereorrandômicas ou como populações de oligo-
nucleotídeos modificados compreendendo ligações fosforoticato em configurações estereoquímicas específicas.
Em certas modalidades, as populações de oligonucleotídeos modificados compreendem ligações internucleosídicas de fosforoticato em que todas as ligações internu- cleosídicas de fosforotioato são estereorrandomizadas.
Esses oligonu- cleotídeos modificados podem ser gerados usando métodos sintéticos que resultam na seleção randômica da configuração estereoquímica de cada ligação de fosforotioato.
No entanto, como é bem compreendido por aqueles versados na técnica, cada fosforotioato individual de cada molécula oligonucleotídica individual tem uma estereoconfiguração de- finida.
Em certas modalidades, as populações de oligonucleotídeos modificados são enriquecidas em relação a oligonucleotídeos modifi- cados compreendendo uma ou mais ligações internucleosídicas de fosforotioato particulares em uma configuração estereoquímica parti- cular, selecionada de forma independente.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação de fosforotioato particular está pre- sente em pelo menos 65% das moléculas da população.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação de fosforotioato em particular está presente em pelo menos 70% das moléculas da popu- lação.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação de fosforotioato particular está presente em pelo menos 80% das molé- culas da população.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação de fosforotioato particular está presente em pelo menos 90% das moléculas da população.
Em certas modalidades, a configuração particular da ligação de fosforoticato em particular está presente em pelo menos 99% das moléculas da população.
Tais populações qui- ralmente enriquecidas de oligonucleotídeos modificados podem ser geradas utilizando métodos sintéticos conhecidos na técnica, por exemplo, métodos descritos em Oka et al., JACS 125, 8307 (2003), Wan et al.
Nuc.
Acid.
Res. 42, 13456 (2014) e Patente WO nº
2017/015555. Em certas modalidades, uma população de oligonucleo- tídeos modificados é enriquecida em relação aos oligonucleotídeos modificados com pelo menos um fosforotioato indicado na configuração (Sp). Em certas modalidades, uma população de oligonucleotídeos modificados é enriquecida em relação a oligonucleotídeos modificados com pelo menos um fosforotioato na configuração (Rp). Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendendo fos- forotioatos (Rp) e/ou (Sp) compreendem uma ou mais das seguintes fórmulas, respectivamente, em que "B" indica uma nucleobase: A O ho o=P=sH o=PusH O. O. eo 8 o ? (Ro) (Sp)
[00308] A menos que indicado de outro modo, as ligações internu- cleosídicas quirais de oligonucleotídeos modificados descritas neste documento podem ser estereoaleatórias ou, em particular, uma confi- guração estereoquímica.
[00309] Em certas modalidades, os compostos direcionados a um ácido nucleico MALAT1 compreendem uma ou mais ligações internu- cleosídicas modificadas. Em certas modalidades, as ligações internu- cleosídicas modificadas são ligações de fosforoticato. Em certas mo- dalidades, cada ligação internucleosídica de um composto antisense é uma ligação internucleosídica de fosforotioato.
[00310] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem oligonucleotídeos. Os oligonucleotídeos com ligações internucleosídicas modificadas incluem ligações internucleo- sídicas que mantêm um átomo de fósforo, assim como as ligações in-
ternucleosídicas que não têm um átomo de fósforo. As ligações inter- nucleosídicas representativas contendo fósforo incluem, mas não estão limitadas a fosfodiésteres, fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforami- dato e fosforotioatos. Os métodos de preparo das ligações contendo fósforo e não contendo fósforo são bem conhecidos.
[00311] Em certas modalidades, os nucleosídeos de oligoncucleo- tídeos modificados podem ser ligados entre si usando qualquer ligação internucleosídica. As duas classes principais dos grupos de ligação internucleosídica são definidas pela presença ou ausência de um átomo de fósforo. As ligações internucleosídicas representativas que contêm fósforo incluem, mas não estão limitadas a fosfatos, que contêm uma ligação fosfodiéster ("P=O") (também denominadas como ligações não modificadas ou de ocorrência natural), fosfotriésteres, metilfosfonatos, fosforamidatos e fosforotioatos ("P=S") e fosforoditioatos ("HS-P=S"). Grupos de ligação internucleosídica representativas não contendo fósforo incluem, mas não estando limitados a metilenometilimina (-CH2-N(CH3)-O-CH2-), tiodiéster, tionocarbamato (-O-C(=O)(NH)-S-); siloxano (-O-SiH2-0-); e N.N'i-dimetil-hidrazina (-CH2-N(CH3)-N (CH3)-). Ligações internucleosídicas modificadas, em comparação com ligações de fosfato de ocorrência natural, podem ser usadas para al- terar, tipicamente aumentar, a resistência a nucleases do oligonucleo- tídeo. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas com um átomo quiral podem ser preparadas como uma mistura racêmica ou como enantiômeros separados. As ligações internucleosídicas quirais representativas incluem, mas não estão limitadas a alquilfosfonatos e fosforotioatos. Os métodos de preparo das ligações internucleosídicas contendo fósforo e não contendo fósforo são bem conhecidas pelas pessoas versadas na técnica.
[00312] As ligações internucleosídicas neutras incluem, sem limita- ção, fosfotriésteres, metilfosfonatos, MMI (3:-CH2-N(CH3)-O0-5'), 3-ami-
da (3-CH2-C(=O)-N(H)-5'), 4-amida (3'-CH2-N(H)-C(=0)-5'), formacetal (3'-0-CH2-0-5'), metoxipropila e tioformacetal (3'-S-CH2-0-5'). Liga- ções internucleosídicas neutras adicionais incluem ligações não iônicas que compreendem siloxano (dialquilsiloxano), éster de carboxilato, carboxamida, sulfeto, éster de sulfonato e amidas (ver, por exemplo: Carbohydrate Modifications in Antisense Research; Y.S. Sanghvi e P.D. Cook, Eds., ACS Symposium Series 580; Capítulos 3 e 4, 40-65). Li- gações internucleosídicas neutras adicionais incluem ligações não-iô- nicas, compreendendo partes do componente N, O, S e CH2 mistura- das.
[00313] Em certas modalidades, oligonucleotídeos compreendem ligações internucleosídicas modificadas dispostas ao longo do oligonu- cleotídeo, ou região do mesmo, em um padrão definido ou motivo de ligação internucleosídica modificado. Em certas modalidades, as liga- ções internucleosídicas estão dispostas em um padrão com lacuna. Em tais modalidades, as ligações internucleosídicas em cada uma das duas regiões de asa são diferentes das ligações internucleosídicas na região da lacuna. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas nas asas são de fosfodiéster e as ligações internucleosídicas na lacuna são de fosforotioato. O padrão de nucleosídeo é selecionado independen- temente, de modo que esses oligonucleotídeos que têm um padrão de ligação internucleosídica com lacuna possam ou não ter um padrão de nucleosídeo com lacuna e, se tiver um padrão de nucleosídeo com la- cuna, os comprimentos de asa e de lacuna podem ou não ser os mesmos.
[00314] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem uma região com um padrão de ligação internucleosídica alternado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem uma região de ligações internucleosídicas uniformemente modificadas. Em algumas dessas modalidades, o oligonucleotídeo compreende uma região que está uniformemente ligada por ligações internucleosídicas de fosforo- tioato. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é uniformemente ligado por fosforotioato. Em certas modalidades, cada ligação internu- cleosídica do oligonucleotídeo é selecionada dentre fosfodiéster e fos- forotioato. Em certas modalidades, cada ligação internucleosídica do oligonucleotídeo é selecionada dentre fosfodiéster e fosforotioato e pelo menos uma ligação internucleosídica é de fosforotioato.
[00315] Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos 6 ligações internucleosídica de fosforotioato. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos 8 ligações internucleosídicas de fosforotioato. Em certas modalidades, o oligonu- cleotídeo compreende pelo menos 10 ligações internucleosídicas de fosforotioato. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de, pelo menos, 6 ligações internucleosídicas de fosforotioato consecutivas. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de, pelo menos, 8 ligações internu- cleosídicas de fosforotioato consecutivas. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de, pelo menos, 10 ligações internucleosídicas de fosforotioato consecutivas. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo compreende pelo menos um bloco de, pelo menos, 12 ligações internucleosídicas de fosforotioato consecuti- vas. Em certas dessas modalidades, pelo menos um de tais blocos está localizado na extremidade 3' do oligonucleotídeo. Em certas dessas modalidades, pelo menos um de tais blocos está localizado em 3 nu- cleosídeos da extremidade 3' do oligonucleotídeo.
[00316] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem uma ou mais ligações de metilfosfonato. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos com um padrão de nucleosídeo gapmer compreen- dem um padrão de ligação compreendendo todas as ligações de fos- forotioato, exceto por uma ou duas ligações metilfosfonato. Em certas modalidades, uma ligação de metilfosfonato está na lacuna central de um oligonucleotídeo com um padrão de nucleosídeo gapmer.
[00317] Em certas modalidades, é desejável providenciar o número de ligações internucleosídicas de fosforotioato e ligações internucleo- sídicas de fosfodiéster para manter a resistência à nuclease. Em certas modalidades, é desejável providenciar o número e posição de ligações internucleosídicas de fosforotioato e número e posição das ligações internucleosídicas de fosfodiéster para manter a resistência à nuclease. Em certas modalidades, o número de ligações internucleosídicas de fosforotioato pode ser diminuído e o número de ligações internucleosí- dicas de fosfodiéster pode ser aumentado. Em certas modalidades, o número de ligações internucleosídicas de fosforotioato pode ser dimi- nuído e o número de ligações internucleosídicas de fosfodiéster pode ser aumentado enquanto ainda mantém a resistência à nuclease. Em certas modalidades, é desejável diminuir o número de ligações inter- nucleosídicas de fosforoticoato, enquanto mantém a resistência à nu- cleases. Em certas modalidades, é desejável aumentar o número de ligações internucleosídicas de fosfodiéster, enquanto mantém a resis- tência à nucleases. Certos Padrões
[00318] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem oligonucleotídeos. Os oligonucleotídeos podem ter um padrão, por exemplo um padrão de frações de açúcares, nu- cleobases e/ou ligações internucleosídicas modificadas e/ou não modi- ficadas. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos modificados que compreen- dem um açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotí- deos modificados compreendem um ou mais nucleosídeos modificados que compreendem uma nucleobase modificada. Em certas modalida- des, os oligonucleotídeos modificados compreendem uma ou mais |i-
gações internucleosídicas modificadas. Em tais modalidades, as fra- ções de açúcar, nucleobases e/ou ligações internucleosídicas modifi- cadas, não modificadas e modificadas de forma diferente de um oli- gonucleotídeo modificado definem um padrão ou motivo. Em certas modalidades, os padrões de frações de açúcar, nucleobases e ligações internucleosídicas são independentes uns dos outros. Assim, um oli- gonucleotídeo modificado pode ser descrito pelo seu padrão de açúcar, padrão de nucleobase e/ou padrão de ligação internucleosídica (con- forme utilizado neste documento, padrão de nucleobase descreve as modificações nas nucleobases independentes da sequência de nu- cleobases).
a. Certos Padrões de Açúcar
[00319] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem um ou mais tipos de frações de açúcar modificado e/ou açúcar não modificado dispostos ao longo de um oli- gonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão definido ou padrão de açúcar. Em certos exemplos, tais padrões de açúcar incluem, sem limitação, qualquer uma das modificações de açúcar discutidas neste documento.
[00320] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região com um padrão de gapmer, que compreende duas regiões externas ou "asas" e uma região central ou interna ou "lacuna." As três regiões de um padrão de gapmer (a asa-5', a lacuna e asa-3') formam uma sequência contígua de nucleo- sídeos em que pelo menos algumas das frações de açúcar dos nu- cleosídeos de cada uma das asas diferem de pelo menos algumas das frações de açúcar dos nucleosídeos da lacuna. Especificamente, pelo menos as frações de açúcar dos nucleosídeos de cada asa que estão mais próximas da lacuna (o nucleosídeo mais próximo de 3' da asa-5' e o nucleosídeo mais próximo de 5' da asa-3') diferem da fração de açúcar dos nucleosídeos da lacuna vizinha, definindo assim o limite entre as asas e a lacuna (ou seja, a junção de asa/lacuna). Em certas modali- dades, as frações de açúcar dentro da lacuna são as mesmas. Em certas modalidades, a lacuna inclui um ou mais nucleosídeos com uma fração de açúcar que difere da fração de açúcar de um ou mais nu- cleosídeos da lacuna. Em certas modalidades, os padrões de açúcar das duas asas são os mesmos (gapmer simétrico). Em certas modali- dades, o padrão de açúcar da asa-5' difere do padrão de açúcar da asa-3' (gapmer assimétrico).
[00321] Em certas modalidades, as asas de um gapmer compre- endem 1-5 nucleosídeos. Em certas modalidades, as asas de um ga- pmer compreendem 2-5 nucleosídeos. Em certas modalidades, as asas de um gapmer compreendem 3-5 nucleosídeos. Em certas modalida- des, os nucleosídeos de um gapmer são todos nucleosídeos modifi- cados.
[00322] Em certas modalidades, a lacuna de um gapmer compre- ende 7-12 nucleosídeos. Em certas modalidades, a lacuna de um ga- pmer compreende 7-10 nucleosídeos. Em certas modalidades, a lacuna de um gapmer compreende 8-10 nucleosídeos. Em certas modalidades, a lacuna de um gapmer compreende 10 nucleosídeos. Em certa moda- lidade, cada nucleosídeo da lacuna de um gapmer é um nucleosídeo 2'-desóxi não modificado.
[00323] Em certas modalidades, o gapmer é um gapmer desóxi. Em tais modalidades, os nucleosídeos na lateral da lacuna de cada junção de asa/lacuna são nucleosídeos 2'-desóxi não modificados e os nu- cleosídeos nas laterais de asa de cada junção de asa/lacuna são nu- cleosídeos modificados. Em certas dessas modalidades, cada nucleo- sídeo da lacuna é um nucleosídeo 2'-desóxi não modificado. Em certas dessas modalidades, cada nucleosídeo de cada asa é um nucleosídeo modificado.
[00324] Em certasmodalidades, um oligonucleotídeo modificado tem um padrão de açúcar totalmente modificado, em que cada nucleosídeo do oligonucleotídeo modificado compreende uma fração de açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região com um padrão de açúcar totalmente modificado, em que cada nucleosídeo da região compreende uma fração de açúcar modificado. Em certas modalidades, os oligonu- cleotídeos modificados compreendem ou consistem em uma região com um padrão de açúcar totalmente modificado, em que cada nu- cleosídeo dentro da região totalmente modificada compreende a mesma fração do açúcar modificado, referida neste documento como um padrão de açúcar uniformemente modificado. Em certas modali- dades, um oligonucleotídeo totalmente modificado é um oligonucleotí- deo uniformemente modificado. Em certas modalidades, cada nucleo- sídeo de um uniformemente modificado compreende a mesma modifi- cação em 2'.
[00325] Em certas modalidades, um oligonucleotídeo modificado pode compreender um padrão de açúcar descrito em Swayze et al, Patente US nº 2010/0197762; Freier et al., Patente US nº 2014/0107330; Freier et al., Patente US nº 2015/0184153; e Seth et al., Patente US nº 2015/0267195, cada um dos quais é incorporado neste documento por referência em sua totalidade.
[00326] Certas modalidades fornecidas neste documento são dire- cionadas a compostos oligoméricos modificados úteis para inibir a ex- pressão de ácido nucleico alvo, que podem ser úteis para tratar, pre- venir, melhorar ou retardar a progressão de uma doença associada com tal ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, os compostos oligo- méricos modificados compreendem oligonucleotídeos antisense que são gapmers com certos padrões de açúcar. Em certas modalidades, os padrões de açúcar gapmer fornecidos neste documento podem ser combinados com qualquer sequência de nucleobases e qualquer pa- drão de ligação internucleosídica para formar potentes oligonucleotí- deos antisense.
[00327] Em certas modalidades, um método compreende o contato de uma célula ou a administração a um sujeito de um composto com- preendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nu- cleosídeos ligados e com o padrão: ekk-d9-kkee, em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose, 'k' representa um nucleosídeo cEt e 'e' re- presenta um nucleosídeo 2-MOE. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, o sujeito tem câncer. Em certas modalidades, a administração do composto ao sujeito trata o câncer do sujeito.
[00328] Em certas modalidades, um método compreende o contato de uma célula ou a administração a um sujeito de um composto com- preendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nu- cleosídeos ligados e com o padrão: k-d9-kekeke, em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose, 'k' representa um nucleosídeo cEt e 'e' re- presenta um nucleosídeo 2-MOE. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, o sujeito tem câncer. Em certas modalidades, a administração do composto ao sujeito trata o câncer do sujeito.
[00329] Em certas modalidades, um método compreende o contato de uma célula ou a administração a um sujeito de um composto com- preendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nu- cleosídeos ligados e com o padrão: kkk-d8-kekek, em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose, 'k' representa um nucleosídeo cEt e 'e' re- presenta um nucleosídeo 2-MOE. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, o sujeito tem câncer. Em certas modalidades, a administração do composto ao sujeito trata o câncer do sujeito.
[00330] Em certas modalidades, um método compreende o contato de uma célula ou a administração a um sujeito de um composto com- preendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nu- cleosídeos ligados e com o padrão: kKkk-d9-keke, em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose, 'k' representa um nucleosídeo cEt e 'e' re- presenta um nucleosídeo 2-MOE. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, o sujeito tem câncer. Em certas modalidades, a administração do composto ao sujeito trata o câncer do sujeito.
[00331] Em certas modalidades, um método compreende o contato de uma célula ou a administração a um sujeito de um composto com- preendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nu- cleosídeos ligados e com o padrão: kK-d9-kdkdk, em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose, 'k' representa um nucleosídeo cEt e 'e' re- presenta um nucleosídeo 2-MOE. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, o sujeito tem câncer. Em certas modalidades, a administração do composto ao sujeito trata o câncer do sujeito.
[00332] Em certas modalidades, um composto compreende um oli- gonucleotídeo modificado consistindo em 16 nucleosídeos ligados e com o motivo: kk-d9-eeekk, em que 'd' representa um açúcar 2'-deso- xirribose, 'kK' representa um nucleosídeo cEt e 'e' representa um nu- cleosídeo 2'-MOE. Em certas modalidades, um método compreende o contato de uma célula ou a administração a um sujeito de um composto compreendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nucleosídeos ligados e com o padrão: kk-d9-eeekk, em que 'd' repre- senta um açúcar 2'-desoxirribose, 'kK' representa um nucleosídeo cEt e 'e' representa um nucleosídeo 2'-MOE. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, o sujeito tem câncer.
Em certas modalidades, a administração do composto ao sujeito trata o câncer do sujeito.
[00333] Em certas modalidades, um método compreende o contato de uma célula ou a administração a um sujeito de um composto com- preendendo um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nu- cleosídeos ligados e com o padrão: kk-d9-ekeke, em que 'd' representa um açúcar 2'-desoxirribose, 'k' representa um nucleosídeo cEt e 'e' re- presenta um nucleosídeo 2-MOE. Em certas modalidades, a célula é uma célula cancerosa. Em certas modalidades, o sujeito tem câncer. Em certas modalidades, a administração do composto ao sujeito trata o câncer do sujeito. b. Certos Padrões de Nucleobase
[00334] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos compreendem nucleobases modificadas e/ou não modificadas dispostas ao longo do oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão ou motivo definido. Em certas modalidades, cada nucleobase é modificada. Em certas modalidades, nenhuma das nu- cleobases é modificada. Em certas modalidades, cada purina ou cada pirimidina é modificada. Em certas modalidades, cada adenina é modi- ficada. Em certas modalidades, cada guanina é modificada. Em certas modalidades, cada timina é modificada. Em certas modalidades, cada uracila é modificada. Em certas modalidades, cada citosina é modifi- cada. Em certas modalidades, algumas ou todas as nucleobases de citosina em um oligonucleotídeo modificado são 5-metilcitosinas.
[00335] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados compreendem um bloco de nucleobases modificadas. Em certas des- sas modalidades, o bloco está na extremidade 3' do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está dentro de 3 nucleosídeos da ex- tremidade 3' do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está na extremidade 5' do oligonucleotídeo. Em certas modalidades, o bloco está dentro de 3 nucleosídeos da extremidade 5' do oligonucleotídeo.
[00336] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos com um pa- drão gapmer compreendem um nucleosídeo que compreende uma nu- cleobase modificada. Em certas modalidades, um nucleosídeo que compreende uma nucleobase modificada está na lacuna central de um oligonucleotídeo com um padrão gapmer. Em certas modalidades, a fração de açúcar do dito nucleosídeo é uma fração de 2'-desoxirribosila. Em certas modalidades, a nucleobase modificada é selecionada dentre: uma 2-tiopirimidina e uma 5-propinopirimidina. c. Certos Padrões de Ligação Internucleosídica
[00337] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem oligonucleotídeos. Em certas modalidades, oligonucleotídeos compreendem ligações internucleosídicas modifica- das e/ou não modificadas arranjadas ao longo do oligonucleotídeo ou região do mesmo em um padrão ou motivo definidos. Em certas moda- lidades, essencialmente cada grupo de ligação internucleosídica é uma ligação internucleosídica de fosfato (P=O). Em certas modalidades, cada grupo de ligação internucleosídica de um oligonucleotídeo modi- ficado é um fosforotioato (P=S). Em certas modalidades, cada grupo de ligação internucleosídica de um oligonucleotídeo modificado é seleci- onado independentemente de uma ligação internucleosídica de fosfato e fosforotiocato. Em certas modalidades, o padrão de açúcar de um oligonucleotídeo modificado é um gapmer e as ligações internucleosí- dicas no interior da lacuna são todas modificadas. Em certas dessas modalidades, algumas ou todas as ligações internucleosídicas nas asas são ligações de fosfato não modificadas. Em certas modalidades, as ligações internucleosídicas terminais são modificadas.
4. Certos Oligonucleotídeos Modificados
[00338] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do-
cumento compreendem oligonucleotídeos modificados.
Em certas modalidades, as modificações acima (açúcar, nucleobase, ligação in- ternucleosídica) são incorporadas em um oligonucleotídeo modificado.
Em certas modalidades, os oligonucleotídeos modificados são caracte- rizados por suas modificações, padrões e comprimentos totais.
Em certas modalidades, tais parâmetros são independentes um do outro.
Assim, a menos que indicado de outra maneira, cada ligação internu- cleosídica de um oligonucleotídeo com um padrão de açúcar de gapmer pode ser modificada ou não modificada e pode ou não seguir o padrão de modificação de gapmer das modificações de açúcar.
Por exemplo, as ligações internucleosídicas dentro das regiões de asa de um gapmer de açúcar podem ser as mesmas ou diferentes uma da outra e podem ser as mesmas ou diferentes das ligações internucleosídicas da região de lacuna do padrão de açúcar.
Da mesma forma, tais oligonucleotídeos de gapmer podem compreender uma ou mais nucleobase modificada independente do padrão de gapmer das modificações de açúcar.
Além disso, em certos exemplos, um oligonucleotídeo é descrito por um comprimento ou faixa total e por comprimentos ou faixas de compri- mento de duas ou mais regiões (por exemplo, uma região de nucleo- sídeos com modificações de açúcar especificadas), em tais circuns- tâncias pode ser possível selecionar números para cada faixa que re- sultem em um oligonucleotídeo com um comprimento total fora da faixa especificada.
Em tais circunstâncias, ambos os elementos devem ser satisfeitos.
Por exemplo, em certas modalidades, um oligonucleotídeo modificado consiste em 15-20 nucleosídeos ligados e tem um padrão de açúcar que consiste em três regiões, A, B e C, em que a região A con- siste em 2-6 nucleosídeos ligados com um padrão de açúcar especifi- cado, a região B consiste em 6-10 nucleosídeos ligados com um padrão de açúcar especificado, e a região C consiste em 2-6 nucleosídeos ligados com um padrão de açúcar especificado.
Tais modalidades não incluem oligonucleotídeos modificados em que A e C consistem cada um em 6 nucleosídeos ligados e B consiste em 10 nucleosídeos ligados (mesmo que esses números de nucleosídeos sejam permitidos nos requisitos para A, B e C) porque o comprimento total de tal oligonucle- otídeo é 22, que excede o limite superior do comprimento total do oli- gonucleotídeo modificado (20). Neste documento, se uma descrição de um oligonucleotídeo for silenciosa no que diz respeito a um ou mais parâmetros, tal parâmetro não é limitado. Assim, um oligonucleotídeo modificado descrito apenas como tendo um padrão de açúcar de ga- pmer sem descrição adicional pode ter qualquer comprimento, padrão de ligação internucleosídica e padrão de nucleobase. A menos que indicado de outra maneira, todas as modificações são independentes da sequência de nucleobase.
Certos Compostos Conjugados
[00339] Em certas modalidades, os compostos descritos neste do- cumento compreendem ou consistem em um oligonucleotídeo (modi- ficado ou não modificado) e, opcionalmente, um ou mais grupos con- jugados e/ou grupos terminais. Os grupos conjugados consistem em uma ou mais frações conjugadas e um ligante conjugado que liga a fração conjugada ao oligonucleotídeo. Os grupos conjugados podem estar anexados a uma ou ambas as extremidades de um oligonucleo- tídeo e/ou em qualquer posição interna. Em certas modalidades, os grupos conjugados estão anexados à posição 2' de um nucleosídeo de um oligonucleotídeo modificado. Em certas modalidades, os grupos conjugados que estão anexados a uma ou ambas as extremidades de um oligonucleotídeo são grupos terminais. Em certas dessas modali- dades, grupos conjugados ou grupos terminais estão anexados na ex- tremidade 3' e/ou 5' dos oligonucleotídeos. Em certas dessas modali- dades, os grupos conjugados (ou grupos terminais) estão anexados na extremidade 3' dos oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os grupos conjugados estão anexados próximos da extremidade 3' de oligonucleotídeos. Em certas modalidades, os grupos conjugados (ou grupos terminais) estão anexados na extremidade 5' dos oligonucleo- tídeos. Em certas modalidades, os grupos conjugados estão anexados próximos da extremidade 5' dos oligonucleotídeos.
[00340] Em certas modalidades, o oligonucleotídeo é modificado. Em certas modalidades, o oligonucleotídeo de um composto tem uma sequência de nucleobases que é complementar a um ácido nucleico alvo. Em certas modalidades, os oligonucleotídeos são complementa- res a um RNA mensageiro (mMRNA). Em certas modalidades, oligonu- cleotídeos são complementares a um transcrito de sentido.
[00341] “Exemplos de grupos terminais incluem, mas sem limitação, grupos conjugados, grupos de terminação, frações de fosfato, grupos protetores, nucleosídeos modificados ou não modificados e dois ou mais nucleosídeos que são independentemente modificados ou não modificados. A. Certos Grupos Conjugados
[00342] Em certas modalidades, os oligonucleotídeos estão anexa- dos covalentemente a um ou mais grupos conjugados. Em certas mo- dalidades, os grupos conjugados modificam uma ou mais propriedades do oligonucleotídeo anexado, incluindo, sem limitação farmacodinâmi- ca, farmacocinética, estabilidade, ligação, absorção, distribuição de tecido, distribuição celular, absorção celular, carga e depuração. Em certas modalidades, os grupos conjugados conferem uma nova pro- priedade no oligonucleotídeo anexado, por exemplo, fluoróforos ou grupos repórter que permitem a detecção do oligonucleotídeo.
[00343] Certos grupos conjugados e frações conjugadas foram descritos anteriormente, por exemplo: fração de colesterol (Letsinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. EUA, 1989, 86, 6553-6556), ácido cólico (Manoharan et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1994, 4, 1053-1060), um tioéter, por exemplo, hexil-S-tritiltiol (Manoharan et al., Ann. NY Acad. Sci., 1992, 660, 306-309; Manoharan et al., Bioorg Med. Chem. Lett., 1993, 3, 2765-2770), um tiocolesterol (Oberhauser et al., Nucl. Acids Res, 1992, 20, 533-538), uma cadeia alifática, por exemplo, dodecan- diol ou resíduos de undecil (Saison-Behmoaras et al., EMBO J., 1991, 10, 1111-1118; Kabanov et al.,, FEBS Lett., 1990, 259, 327-330; Svinarchuk et al., Biochimie, 1993, 75, 49-54), um fosfolipídeo, por exemplo, di-hexadecil-rac-glicerol ou trietilamônio 1.2-di-O-hexadecil- rac-glicero-3-H-fosfonato (Manoharan et al., Tetrahedron Lett., 1995, 36, 3651-3654; Shea et al., Nucl. Acids Res., 1990, 18, 3777-3783), uma poliamina ou uma cadeia de polietilenoglicol (Manoharan et al., Nucleosides & Nucleotides, 1995, 14, 969-973), ou adamantano acéti- co, uma fração de palmitilo (Mishra et al., Biochim. Biophys. Acta, 1995, 1264, 229-237), uma fração de octadecilamina ou de hexilami- na-carbonil-oxicolesterol (Crooke et al., J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996, i, 9223-937), um grupo tocoferol (Nishina et al., Molecular Therapy Nu- cleic Acids, 2015, 4, e220; doi: 10,1038/mtna.2014,72 e Nishina et al., Molecular Therapy, 2008, 16, 734-740), ou um cluster GalNAc (por exemplo, WO2014 / 179620).
1. Frações Conjugadas
[00344] As frações conjugadas incluem, sem limitação, intercalado- res, moléculas repórter, poliaminas, poliamidas, peptídeos, carboidratos (por exemplo, GalNAc), frações de vitamina, polietilenoglicóis, tioéteres, poliéteres, colesteróis, tiocolesteróis, porções de ácido cólico, folato, lipídios, fosfolipídios, biotina, fenazina, fenantridina, antraquinona, adamantano , acridina, fluoresceínas, rodaminas, cumarinas , fluoró- foros e corantes.
[00345] Em determinadas modalidades, uma fração conjugada compreende uma substância farmacológica, por exemplo, aspirina, varfarina, fenilbutazona, ibuprofeno, suprofeno, fenbufeno, cetoprofeno,
(S)-(+)-pranoprofeno, carprofeno, dansilsarcosina, ácido 2,3,5-tri-iodo- benzoico, fingolimod, ácido flufenâmico, ácido folínico, benzotiadiazida, clorotiazida, uma diazepina, indometicina, um barbitúrico, uma cefa- losporina, um fármaco sulfa, um antidiabético, um agente antibacteriano ou antibiótico.
2. Ligantes conjugados
[00346] As frações conjugadas são ligadas a oligonucleotídeos por meio de ligantes conjugados. Em certos compostos, um grupo conju- gado é uma única ligação química (ou seja, a fração conjugada é anexada a um oligonucleotídeo por meio de um ligante conjugado por meio de uma única ligação). Em certas modalidades, o ligante conju- gado compreende uma estrutura de cadeia, tal como uma cadeia de hidrocarbil ou um oligômero de unidades de repetição como etilenogli- col, nucleosídeos, ou unidades de aminoácido.
[00347] Em certas modalidades, um ligante conjugado compreende um ou mais grupos selecionados dentre alquil, amino, oxo, amida, dissulfeto, polietilenoglicol, éter, tioéter e hidroxilamino. Em tais certas modalidades, o ligante conjugado compreende grupos selecionados dentre alquil, amino, oxo, grupos amida e éter. Em certas modalidades, o ligante conjugado compreende grupos selecionados dentre grupos alquil e amida. Em certas modalidades, o ligante conjugado compre- ende grupos selecionados dentre grupos alquil e éter. Em certas mo- dalidades, o ligante conjugado compreende pelo menos uma porção de fósforo. Em modalidades, o ligante conjugado compreende pelo menos um grupo de fosfato. Em certas modalidades, o ligante conjugado inclui pelo menos um grupo de ligação neutro.
[00348] Em certas modalidades, os ligantes conjugados, incluindo os ligantes conjugados descritos acima, são porções de ligação bifuncio- nais, por exemplo, aqueles conhecidos na técnica por serem úteis para ligar grupos conjugados a compostos parentais, tais como os oligonu-
cleotídeos fornecidos neste documento. Em geral, uma fração de liga- ção bifuncional compreende pelo menos dois grupos funcionais. Um dos grupos funcionais é selecionado para se ligar a um sítio particular em um composto e o outro é selecionado para se ligar a um grupo conjugado. Exemplos de grupos funcionais usados em uma fração de ligação bifuncional incluem, mas não se limitam a eletrófilos que reagem com grupos nucleofílicos e nucleófilos que reagem com grupos eletro- fílicos. Em certas modalidades, as porções de ligação bifuncionais compreendem um ou mais grupos selecionados dentre amino, hidroxil, ácido carboxílico, tiol, alquil, alquenil e alquinil.
[00349] “Exemplos de ligantes conjugados incluem, sem limitação, pirrolidina, ácido 8-amino-3.6-dioxaoctanoico (ADO), succinimidil 4-(N-maleimidometil) ciclohexano-1-carboxilato (SMCC) e ácido 6-ami- no-hexanoico (AHEX ou AHA). Outros ligantes conjugados incluem, entre outros, C1-C10 alquil substituído ou não substituído, C2-C10 alquenil substituído ou não substituído ou C2-C1o alquinil substituído ou não substituído, em que uma lista não limitante de grupos substituintes preferenciais inclui hidroxil, amina, alcóxi, carbóxi, benzil, fenil, nitro, tiol, tioalcóxi, halogênio, alquil, aril, alquenil e alquinil.
[00350] Em certas modalidades, os ligantes conjugados compre- endem 1-10 nucleosídeos ligantes. Em certas modalidades, esses nu- cleosídeos ligantes são nucleosídeos modificados. Em certas modali- dades, tais nucleosídeos ligantes compreendem uma fração de açúcar modificada. Em certas modalidades, os nucleosídeos ligantes não são modificados. Em certas modalidades, os nucleosídeos ligantes com- preendem uma base heterocíclica opcionalmente protegida selecionada de uma purina, purina substituída, pirimidina ou pirimidina substituída. Em certas modalidades, uma fração clivável é um nucleosídeo seleci- onado dentre uracil, timina, citosina, 4-N-benzoilcitosina, 5-metilcito- sina, 4-N-benzoil-5-metilcitosina, adenina, 6-N-benzoiladenina, guanina e 2-N-isobutirilguanina. Tipicamente, é desejável que os nucleosídeos de ligação sejam clivados do composto depois de atingir um tecido alvo. Por conseguinte, os nucleosídeos ligantes são tipicamente ligados um ao outro e ao restante do composto através de ligações cliváveis. Em certas modalidades, tais ligações cliváveis são ligações de fosfodiéster.
[00351] “Neste documento, os nucleosídeos ligantes não são consi- derados parte do oligonucleotídeo. Consequentemente, em modalida- des em que um composto compreende um oligonucleotídeo que con- siste num número ou intervalo especificado de nucleosídeos ligados e/ou uma percentagem especificada de complementaridade a um ácido nucleico de referência e o composto também compreende um grupo conjugado compreendendo um ligante conjugado compreendendo nu- cleosídeos ligantes, esses nucleosídeos ligantes não são contados em relação ao comprimento do oligonucleotídeo e não são utilizados na determinação da percentagem de complementaridade do oligonucleo- tídeo para o ácido nucleico de referência. Por exemplo, um composto pode compreender (1) um oligonucleotídeo modificado que consiste em 8-30 nucleosídeos e (2) um grupo conjugado compreendendo 1-10 nu- cleosídeos ligantes que são contíguos com os nucleosídeos do oligo- nucleotídeo modificado. O número total de nucleosídeos contíguos |i- gados em um tal composto é superior a 30. Alternativamente, um composto pode compreender um oligonucleotídeo modificado consti- tuído por 8-30 nucleosídeos e nenhum grupo conjugado. O número total de nucleosídeos contíguos ligados em tal composto não é superior a 30. Salvo indicação em contrário, os ligantes conjugados não compreen- dem mais de 10 nucleosídeos de ligação. Em certas modalidades, os ligantes conjugados não compreendem mais de 5 nucleosídeos ligan- tes. Em certas modalidades, os ligantes conjugados não compreendem mais de 3 nucleosídeos ligantes. Em certas modalidades, os ligantes conjugados não compreendem mais de 2 nucleosídeos ligantes. Em certas modalidades, os ligantes conjugados não compreendem mais de 1 nucleosídeo ligante.
[00352] Em certas modalidades, é desejável que um grupo conju- gado seja clivado do oligonucleotídeo. Por exemplo, em certas cir- cunstâncias, os compostos oligoméricos que compreendem uma por- ção conjugada em particular são melhor absorvidos por um tipo de cé- lula particular, mas uma vez que o composto tenha sido absorvido, é desejável que o grupo conjugado seja clivado para liberar o oligonu- cleotídeo não conjugado ou de origem. Assim, certo conjugado pode compreender uma ou mais frações cliváveis, tipicamente dentro do li- gante conjugado. Em certas modalidades, uma fração clivável é uma ligação clivável. Em certas modalidades, uma porção clivável é um grupo de átomos compreendendo pelo menos uma ligação clivável. Em certas modalidades, uma fração clivável compreende um grupo de átomos com uma, duas, três, quatro ou mais ligações cliváveis. Em determinadas modalidades, uma fração clivável está seletivamente clivada no interior de compartimentos celulares ou subcelulares, como um lisossomo. Em determinadas modalidades, uma fração clivável é clivada seletivamente por enzimas endógenas, como as nucleases.
[00353] Em determinadas modalidades, a ligação clivável é seleci- onada dentre: uma amida, um éster, um éter, um ou ambos os ésteres de fosfodiéster, um éster de fosfato, um carbamato, ou um dissulfeto. Em certas modalidades, uma ligação clivável é um ou ambos os ésteres de um fosfodiéster. Em determinadas modalidades, uma fração clivável compreende um fosfato ou fosfodiéster. Em certas modalidades, a fração clivável é uma ligação de fosfato entre um oligonucleotídeo e uma fração conjugada ou grupo conjugado.
[00354] Em certas modalidades, uma fração clivável compreende ou consiste em um ou mais nucleosídeos ligantes. Em tais certas moda- lidades, um ou mais nucleosídeos ligantes estão ligados um ao outro e/ou ao restante do composto através de ligações cliváveis. Em certas modalidades, tais ligações cliváveis são ligações de fosfodiéster não modificadas. Em certas modalidades, uma fração clivável é o nucleo- sídeo 2'-desoxi que está ligado ao nucleosídeo de 3' ou 5'-terminal de um oligonucleotídeo por uma ligação internucleotídica de fosfato e |i- gado de forma covalente ao restante do ligante conjugado ou fração conjugada por uma ligação de fosfato ou fosforotioato. Nessas certas modalidades, a fração clivável é a 2-desoxiadenosina.
Composições e Métodos para a Formulação de Composições Farma- cêuticas
[00355] Os compostos descritos neste documento podem ser mis- turados com substâncias farmaceuticamente aceitáveis ativas ou iner- tes para o preparo de composições ou formulações farmacêuticas. As composições e métodos para a formulação de composições farmacêu- ticas são dependentes de uma série de critérios, incluindo, sem limita- ção, via de administração, extensão da doença, ou dose a ser admi- nistrada.
[00356] Certas modalidades fornecem composições farmacêuticas que compreendem um ou mais compostos ou um sal dos mesmos. Em certas modalidades, os compostos são compostos antisense ou com- postos oligoméricos. Em certas modalidades, os compostos compre- endem ou consistem em um oligonucleotídeo modificado. Em tais de- terminadas modalidades, a composição farmacêutica compreende um diluente ou carreador farmaceuticamente aceitável adequado. Em cer- tas modalidades, uma composição farmacêutica compreende uma so- lução salina estéril e um ou mais compostos. Em certas modalidades, essa composição farmacêutica consiste em uma solução salina estéril e um ou mais compostos. Em certas modalidades, a solução salina é uma solução salina de qualidade farmacêutica. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica compreende um ou mais compostos e água estéril. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica consiste em um composto e água estéril. Em determinadas modalidades, a água estéril é uma água de qualidade farmacêutica. Em certas modalidades, uma composição farmacêutica compreende um ou mais compostos e uma solução salina tamponada com fosfato (PBS). Em certas modali- dades, a composição farmacêutica consiste em um ou mais compostos e PBS estéril. Em certas modalidades, a PBS estéril é uma PBS de qualidade farmacêutica. As composições e métodos para a formulação de composições farmacêuticas são dependentes de uma série de cri- térios, incluindo, sem limitação, via de administração, extensão da do- ença, ou dose a ser administrada.
[00357] Um composto descrito neste documento direcionado ao ácido nucleico MALAT1 pode ser utilizado em composições farmacêu- ticas combinando o composto com um diluente ou carreador farmaceu- ticamente aceitável adequado. Em certas modalidades, um diluente farmaceuticamente aceitável é água, tal como água estéril adequada para injeção. Por conseguinte, em uma modalidade, está empregada nos métodos descritos neste documento uma composição farmacêutica que compreende um composto direcionado para um ácido nucleico MALAT1 e um diluente farmaceuticamente aceitável. Em certas moda- lidades, o diluente farmaceuticamente aceitável é água. Em certas modalidades, o composto compreende ou consiste em um oligonucle- otídeo modificado fornecido neste documento.
[00358] As composições farmacêuticas que compreendem com- postos fornecidos neste documento englobam quaisquer sais farma- ceuticamente aceitáveis, ésteres e sais desses ésteres, ou qualquer outro oligonucleotídeo que, após a administração a um animal, incluindo um humano, seja capaz de fornecer (direta ou indiretamente) o meta- bólito biologicamente ativo ou resíduo deste. Em certas modalidades, os compostos são compostos antisense ou compostos oligoméricos. Em certas modalidades, o composto compreende ou consiste em um oli- gonucleotídeo modificado. Assim, por exemplo, a divulgação é conce- bida também para sais farmaceuticamente aceitáveis dos compostos, pró-fármacos, sais farmaceuticamente aceitáveis desses pró-fármacos e outros bioequivalentes. Os sais farmaceuticamente aceitáveis ade- quados incluem, mas não se limitam a sais de sódio e de potássio.
[00359] Um pró-fármaco pode incluir a incorporação de nucleosídeos adicionais em uma ou em ambas as extremidades de um composto que são clivadas por nucleases endógenas dentro do corpo, para formar o composto ativo. Em determinadas modalidades, os compostos ou composições compreendem ainda um carreador ou diluente farmaceu- ticamente aceitável.
EXEMPLOS Divulgação não limitante e incorporação por referência
[00360] Embora a listagem de sequências que acompanha este depósito identifique cada sequência como ou “RNA” ou “DNA” conforme necessário, na realidade, essas sequências podem ser modificadas com qualquer combinação de modificações químicas. Os versados na técnica apreciarão de imediato que essa designação como “RNA” ou “DNA” para descrever oligonucleotídeos modificados é, em certos ca- sos, arbitrária. Por exemplo, um oligonucleotídeo que compreende um nucleosídeo compreendendo uma fração de açúcar 2:-OH e uma base timina poderia ser descrito como um DNA que possui um açúcar modi- ficado (2-OH para 2'-H natural do DNA) ou como um RNA que possui uma base modificada (timina (uracil metilada) para uracil natural do RNA).
[00361] Por conseguinte, as sequências de ácido nucleico fornecidas neste documento, incluindo, entre outras, aquelas na listagem de se- quência, se destinam a englobar ácidos nucleicos com qualquer com- binação de RNA e/ou DNA natural ou modificado, incluindo, mas não limitados a esses ácidos nucleicos modificados com nucleobases mo- dificadas. A título de exemplo e sem limitação, um oligonucleotídeo com uma sequência de nucleobases “ATCGATCG” engloba quaisquer oligo- nucleotídeos com essa sequência de nucleobases, modificada ou não modificada, incluindo, entre outros, esses compostos que compreendem bases do RNA, como aquelas com uma sequência “AUCGAUCG” e aquelas que possuem algumas bases de DNA e algumas bases de RNA, como “AUCGATCG” e compostos com outras nucleobases modi- ficadas, como “AT”"CGAUCG”, em que "C indica uma base de citosina que compreende um grupo metil na posição 5.
[00362] Embora determinados compostos, composições e métodos descritos neste documento tenham sido descritos com especificidade em conformidade com certas modalidades, os seguintes exemplos servem apenas para ilustrar os compostos descritos neste documento e não se destinam a limitar o mesmo. Cada uma das referências relatadas no presente pedido está incorporada neste documento por referência em sua totalidade. Exemplo 1: Projeto de gapmers com ligações internucleosídicas PS complementares ao RNA MALAT1 humano
[00363] Foram projetados oligonucleotídeos modificados comple- mentares ao ácido nucleico MALAT1 humano. Os oligonucleotídeos modificados na tabela abaixo são gapmers 3-10-3 cET. Os gapmers têm 16 nucleosídeos de comprimento, em que o segmento de lacuna central compreende dez 2'-desoxinucleosídeos ou uma combinação de um 2'-O-metil nucleosídeo e nove 2'-desoxinucleosídeos. O segmento de lacuna central é flanqueado por segmentos de asa na direção 5' e na direção 3' compreendendo três nucleosídeos cada. Cada nucleosídeo no segmento da asa 5' e cada nucleosídeo no segmento de asa 3' tem uma modificação de açúcar cEt. As ligações internucleosídicas ao longo de cada gapmer são ligações fosforotioato (P=S). Cada resíduo de ci-
tosina é uma 5-metilcitosina. A coluna de sequência e notação química especifica a sequência, incluindo 5-metilcitosinas, química do açúcar, e química da ligação internucleosídica; em que o subscrito 'd' representa uma fração de açúcar 2'-B-D-desoxirribosil, o subscrito 'k' representa uma fração de açúcar cET, o subscrito 's' representa uma ligação in- ternucleosídica de fosforotioato, sobrescrito 'm' antes do resíduo de citosina representa um 5-metilcitosina, e o subscrito 'y' representa um açúcar 2'-O-metil ribose. "Sítio de partida" indica o nucleosídeo mais próximo de 5' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humana. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais próximo de 3' para o qual o gapmer é complementar na sequência de gene humano.
[00364] Cada oligonucleotídeo modificado listado na tabela abaixo é complementar à sequência de ácido nucleico MALAT1 humano SEQ ID NO: 1 (Nº de Acesso GENBANK: XR 001309.1).
Tabela 1 Gapmers cET com ligações internucleosídicas PS complementares ao MALAT1 humano Número do ânnia (E' 2 2% SEQ ID NO:1 | SEQID NO:1 Sítio = fi a qu Sequência (5' a 3') Sítio de id cerca Notação Química (5' a 3') EX 1157034 TTCGGTTTAATCTCTT 1535 1550 TisTis" CisGesGas Tas Tas TasAus Aus Tas" Cas Tas" Cia TisTr 1157111 GGTTACCAATAATTTC 2034 2049 Gis Grs Ts Tas Ads" Cas" Cas Aus Aus Tas Aus Aus Tas The Tio" Cx 1157190 | — TGGTAATTACTCTTGA 2341 2356 TisGrs Grs Tas Aus Aus Tas Tas Aus "Cas Tas" Cas Tas Tia Gis At 1157929 GTAGTAAGAATCTCAG 4821 4836 Gis TrsArsGasTas Aus Aus Gas Aus Aus Tas""CasTas"CrsArs Cx 1158161 CCTTAGTTGGCATCAA 5494 5509 MCis"Cis Tia Tas Ass Gas Tas TasGasGas"CasAusTas"CisAAc [| 6 | 1158162 TCCTTAGTTGGCATCA 5495 5510 Te" Cu" CusTasTasAusGas TasTasGasGas"CasAus Tira" Cs Ar - 1304884 | —GGATUAATGTAGTGTA 5049 5064 Grs Grs Ars TasUys Aus Aus TasGas Tas Aus Gas TasGrs TA | =8 | & 1304890 | — GGTTATAGCTTGACAA 4931 4946 Grs Grs Ti TasAys Tas Aus Gas""Cas Tas Tas Gas Ace "Cio AAzAc — | ==o | * 1304906 | — GCAGATAATGTTCTCA 4840 4855 Grs"CisArsGasAys Tas Aus Aus TasGasTas Tas"CasTrs"CisAr Exemplo 2: Inibição antisense de MALAT1 humano em células A-431 por oligonucleotídeos modificados
[00365] Os oligonucleotídeos modificados foram testados em uma série de experimentos que tinham condições de cultura similares. Os resultados de cada experimento são apresentados em uma única tabela mostrada abaixo. As células A-431 cultivadas a uma densidade de 10.000 células por poço foram tratadas usando absorção livre com 5 nM de oligonu- cleotídeo modificado. Após um período de tratamento de aproximadamente 48 horas, o RNA foi isolado das células e os níveis de RNA MALAT1 foram medidos por RTPCR quantitativa em tempo real. Conjunto sonda-primer humano RTS2736 (sequência forward ANMAGCAAGGTCTCCCCACAAG, designada neste documento como SEQ ID NO.: 2814; sequência reverse TGAAGGGTCTGTGCTAGATCAAAA, designada neste docu- mento como SEQ ID NO.: 2815; sequência de sonda TGCCACA- TCGCCACCCCGT, designada neste documento como SEQ ID NO.:: 2816) foi usada para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA MA- LAT1 foram normalizados para o teor de RNA total, conforme medido pelo RIBOGREENO. Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo como o controle percentual da quantidade de RNA MALAT1 em relação às células de controle não tratadas (%UTC). Tabela 2 Inibição de RNA MALAT1 por 3-10-3 gapmers cEt direcionados à SEQ ID NO: 1 Exemplo 3: Inibição dependente da dose de MALAT1 humano em células A-431 por gapmers cEt
[003668] Os oligonucleotídeos modificados descritos nos estudos acima foram testados em várias doses em células A-431. As células A-431 cultivadas a uma densidade de 10.000 células por poço foram tratadas usando absorção livre com oligonucleotídeos modificados di- luídos nas concentrações descritas nas tabelas abaixo. Após aproxi- madamente 48 horas, os níveis de RNA MALAT1 foram medidos con- forme descrito anteriormente usando o conjunto sonda-primer MALAT1 humano RTS2736. Os níveis de RNA MALAT1 foram normalizados para o teor de RNA total, conforme medido pelo RIBOGREENO. Os resul- tados são apresentados nas tabelas abaixo como o controle percentual da quantidade de RNA MALAT1 em relação às células de controle não tratadas (%UTC). Os IC50s foram calculados usando uma regressão linear em um gráfico log/linear dos dados no Excel.
Tabela 3 Inibição dependente da dose da expressão de RNA MALAT1 hu- mano por oligonucleotídeos modificados em A-431 omposto | 0,3nM | 1,25AM | 50nM | 20,0nM | | 1157034 | 72 | 57 | 268 | 6 | 1 || | 115771171 | 108 | 738 | 6 | 7 | 2 | | 11571900 | 89 | 93 | 58 | 18 | 6 | | 1158161 | 8 | 77 | 3 | g | 3 | Exemplo 4: Inibição dependente da dose de MALAT1 humano em células MDA-MB-436 por gapmers cEt
[00367] Os oligonucleotídeos modificados descritos nos estudos acima foram testados em várias doses em células MDA-MB-436. As células MDA-MB-436 cultivadas a uma densidade de 5.000-12.000 células por poço foram tratadas usando absorção livre com oligonucle- otídeos modificados diluídos nas concentrações descritas nas tabelas abaixo. Após aproximadamente 48 horas, os níveis de RNA MALAT1 foram medidos conforme descrito anteriormente usando o conjunto sonda-primer MALAT1 humano RTS2736. Os níveis de RNA MALAT1 foram normalizados para b-actina, medidos usando o conjunto son- da-primer humano HTS5002 (sequência forward CGGACTATGACT- TAGTTGCGTTACA, designada neste documento como SEQ ID NO:: 2817; sequência reverse GCCATGCCAATCTCATCTTGT, designada neste documento como SEQ ID NO.:2818; sequência de sonda CCTTTCTTGACAAAACCTAACTTGCGCAGA, designada neste docu- mento como SEQ ID NO: 2819). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo como o controle percentual da quantidade de RNA MALAT1 em relação às células de controle não tratadas (%UTC). Cada tabela abaixo representa um experimento separado. Os IC50s para a tabela 4 foram calculados usando a fórmula “log (inibidor) vs. resposta - inclinação variável (4 parâmetros)" usando o software Prism6. Os IC50s para as tabelas 5 e 6 foram calculados usando a fórmula “log (inibidor) vs. resposta - inclinação variável (3 parâmetros)” usando o software Prism7.
Tabela 4 Inibição dependente da dose da expressão de RNA MALAT1 hu- mano por oligonucleotídeos modificados em células MDA-MB-436 Nimero do Composto o.enm [son [200nt [100,0nma | 20 (PM) 1157034 TST [8 1 dm e 1 1157190 1157929 1158161 1158162 BB e Ts Tabela 5 Inibição dependente da dose da expressão de RNA MALAT1 hu- mano por oligonucleotídeos modificados em células MDA-MB-436 Número do Composto [ant —[aonv [200nm [1ooonm |" MM 1304906 68 23 |6 |2 |8 | 1304890 [8 Sm TE BET 1304884 [68 Bs TR Tabela 6 Inibição dependente da dose da expressão de RNA MALAT1 hu- mano por oligonucleotídeos modificados em células MDA-MB-436 Número do Composto foanm [ani —[10nv [sonm [OM 1304906 lo8 8 |47 17 o | 1304890 [109 88 |52 17 |8 | 1304884 EC EC EEN E Exemplo 5: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados dire- cionados a MALAT1 humano em camundongos CD-1
[00368] Os camundongos CD-1 foram tratados com oligonucleotí-
deos modificados selecionados a partir dos estudos descritos acima e avaliados para alterações nos níveis de diversos marcadores químicos do plasma. Tratamento
[00369] Grupos de camundongos CD-1 machos com 4-6 semanas de idade (obtidos de Charles River) foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante quatro semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os ca- mundongos foram sacrificados 25 dias após o início do tratamento (24 horas após a administração final). Marcadores químicos de plasma
[00370] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática, os níveis plasmáticos de alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo. Tabela 7 Marcadores de química de plasma em camundongos CD-1 mo em em na] a "5 [setor 86 [1 | 3 2 23 Pesos corporais e de órgãos
[00371] Os pesos corporais de camundongos CD-1 foram medidos no final do estudo, e o peso corporal médio para cada grupo é apre- sentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, baço e rins foram me- didos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo.
Tabela 8 Pesos corporais e de órgãos [ovto [Peso comeraita [ Fesso(a | mis [essoi Exemplo 6: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados dire- cionados a MALAT1 humano em camundongos CD-1
[00372] Os camundongos CD-1 foram tratados com oligonucleotí- deos modificados selecionados a partir dos estudos descritos acima e avaliados para alterações nos níveis de diversos marcadores químicos do plasma. Tratamento
[00373] Grupos de camundongos CD-1 machos com 4-6 semanas de idade (obtidos de Charles River) foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante quatro semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os ca- mundongos foram sacrificados 24 dias após o início do tratamento (24 horas após a administração final). Marcadores químicos de plasma
[00374] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática, os níveis plasmáticos de alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo.
Tabela 9 Marcadores de química de plasma em camundongos CD-1 [ron | araun [asrrun | sunmaiao | et tmsiao Pesos corporais e de órgãos
[00375] Os pesos corporais de camundongos CD-1 foram medidos no final do estudo, e o peso corporal médio para cada grupo é apre- sentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, baço e rins foram me- didos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo. Tabela 10 Pesos corporais e de órgãos [ron] Peso comarai (a | riasdo (o | rim tesao PBS | 3 | 20 | 06 | ot | Exemplo 7: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados dire- cionados a MALAT1 humano em camundongos CD-1
[00376] Os camundongos CD-1 foram tratados com oligonucleotí- deos modificados selecionados a partir dos estudos descritos acima e avaliados para alterações nos níveis de diversos marcadores químicos do plasma. Tratamento
[00377] Grupos de camundongos CD-1 machos com 4-6 semanas de idade (obtidos de Charles River) foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante quatro semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os ca- mundongos foram sacrificados 26 dias após o início do tratamento (24 horas após a administração final).
Marcadores químicos de plasma
[00378] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática, os níveis plasmáticos de alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo.
Tabela 11 Marcadores de química de plasma em camundongos CD-1 CETTE: Pesos corporais e de órgãos
[00379] Os pesos corporais de camundongos CD-1 foram medidos no final do estudo, e o peso corporal médio para cada grupo é apre- sentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, baço e rins foram me- didos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo.
Tabela 12 Pesos corporais e de órgãos [Sento Tresocomanto | raxoo | ma | esco | Exemplo 8: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados dire- cionados a MALAT1 humano em camundongos CD-1
[00380] Os camundongos CD-1 foram tratados com oligonucleotí- deos modificados selecionados a partir dos estudos descritos acima e avaliados para alterações nos níveis de diversos marcadores químicos do plasma. Tratamento
[00381] Grupos de camundongos CD-1 machos com 4-6 semanas de idade (obtidos de Charles River) foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante quatro semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os ca- mundongos foram sacrificados 25 dias após o início do tratamento (24 horas após a administração final). Marcadores químicos de plasma
[00382] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática, os níveis plasmáticos de alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo. Tabela 13 Marcadores de química de plasma em camundongos CD-1 [oro | aro | astra [ envensa [79tisao Pesos corporais e de órgãos
[00383] Os pesos corporais de camundongos CD-1 foram medidos no final do estudo, e o peso corporal médio para cada grupo é apre- sentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, baço e rins foram me- didos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo.
Tabela 14 Pesos corporais e de órgãos [Donna [ resscnsonto | remoto | mio ] seo | Exemplo 9: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados dire- cionados a MALAT1 humano em camundongos CD-1
[00384] Os camundongos CD-1 foram tratados com oligonucleotí- deos modificados selecionados a partir dos estudos descritos acima e avaliados para alterações nos níveis de diversos marcadores químicos do plasma. Tratamento
[00385] Grupos de camundongos CD-1 machos com 4-6 semanas de idade (obtidos de Charles River) foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante quatro semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os ca- mundongos foram sacrificados 25 dias após o início do tratamento (24 horas após a administração final). Marcadores químicos de plasma
[00386] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática, os níveis plasmáticos de alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olympus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo.
Tabela 15 Marcadores de química de plasma em camundongos CD-1 [fonto. [acreu | astro [enmaas| Tenma Pesos corporais e de órgãos
[00387] Os pesos corporais de camundongos CD-1 foram medidos no final do estudo, e o peso corporal médio para cada grupo é apre- sentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, baço e rins foram me- didos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo.
Tabela 16 Pesos corporais e de órgãos [Tonto [ Peso comonitas | Fssao (a) | mi | saco (o | Exemplo 10: Efeito de oligonucleotídeos modificados direciona- dos a MALAT1 humano em macacos cinomolgos
[00388] “Macacos cinomolgos foram tratados com certos oligonucle- otídeos modificados por lonis selecionados a partir de estudos descritos nos Exemplos acima. A tolerabilidade do oligonucleotídeo modificado foi avaliada.
ESTUDO 1 Tratamento
[00389] Antes do estudo, os macacos foram mantidos em quaren- tena por um período durante o qual os animais foram observados dia- riamente quanto à saúde geral. Os macacos tinham 2-4 anos de idade e pesavam entre 2-4 kg. Sete grupos de 4 macacos cinomolgos machos designados aleatoriamente foram injetados subcutaneamente com oligonucleotídeo lonis ou solução salina em uma rotação no sentido horário entre quatro locais diferentes nas costas. Após as doses de carga nos dias 1, 3, 5 e 7, Os macacos foram doseados uma vez por semana durante 6 semanas (nos dias 14, 21, 28, 35 e 41) com 35 mg/kg de oligonucleotídeo lonis. Um grupo de controle de 4 macacos cino- molgos recebeu uma injeção com 0,9% solução salina de um modo semelhante e serviu como grupo de controle.
[00390] Durante o período do estudo, os macacos foram observados pelo menos uma vez por dia quanto a sinais de doença ou sofrimento. Qualquer animal apresentando doença ou sofrimento foi prontamente relatado ao veterinário e ao Diretor do Estudo. Qualquer animal com saúde frágil ou em uma possível condição moribunda era identificado para monitoramento posterior e possível eutanásia. A eutanásia pro- gramada dos animais foi realizada no dia 43, aproximadamente 48 horas após a última dose por exsanguinação, sob anestesia profunda. Os protocolos descritos no Exemplo foram aprovados pelo Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC - Comitê Institucional de Uso e Cuidados Animais). Medições de peso corporal e dos órgãos
[00391] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados so- bre a saúde geral dos animais, os pesos corporais e dos órgãos foram medidos. O peso corporal terminal foi medido antes da necropsia. Os pesos de órgãos também foram medidos. Tabela 17 Pesos corporais e de órgãos (g) | OTNTo Per pirua o to | Coração | rins | paço Ínigado 11571711 | 254 | eg j13| 3 | 6 | [1158161 | 2418 | 9 |14| 3 | 53 | [| 1158162 | 2409 | 9 |18| 3 | 55)
Função renal e hepática
[00392] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função renal e hepática, amostras de sangue foram coletadas de todos os grupos de estudo no dia 43. Os macacos foram deixados em jejum durante a noite antes da coleta de sangue. O sangue foi coletado em tubos sem anticoagulante para a separação do soro. Os tubos foram mantidos em temperatura ambiente por no mínimo 90 minutos e, a seguir, centrifugados a 3000 rpm por 10 minutos para obtenção do soro. Os níveis de diversos marcadores de função hepática foram medidos usando um analisador químico Toshiba 120FR NEO (Toshiba Co., Japão). Os níveis plasmáticos de nitrogênio ureico no sangue (BUN), creatinina (CREA), proteína total (TP), alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST) e bilirrubina total (TBIL) foram me- didos. Tabela 18 Marcadores da função hepática em plasma de macacos cinomolgos [Souçãosaíma | 40 | 6 | 21 | oo [73] og [ 157034 | 40 [| 6 | 1 | os [68 | 02 [sam Aa [rr e os [ros [ns7o | se [| 6 | 2 os [711 os [1572 [68 7 [2 os [7d 02 [156161 | 58 | 8 | | os [73 | os [n58162 | 53 [a Dr os 751 os] Análise de proteínas pró-inflamatórias
[00393] Para avaliar qualquer efeito inflamatório dos oligonucleotí- deos modificados em macacos cinomolgos, amostras de sangue foram coletadas para análise. Os macacos foram deixados em jejum durante a noite antes da coleta de sangue. No dia 41 (pré-dose e 24 horas pós-dose), aproximadamente 0,8 mL de sangue foi coletado de cada animal e colocado em tubos sem anticoagulante para separação do soro. Os tubos foram mantidos à temperatura ambiente por um período mínimo de 90 min e então centrifugados a 3.000 rom durante 10 minutos à temperatura ambiente para obter o soro. O complemento C3 foi me- dido usando um analisador químico Toshiba 120 FR NEO (Toshiba Co., Japão). Outro marcador de inflamação, a proteína C-reativa (CRP), foi testada juntamente com os parâmetros de química clínica testados para a função hepática acima. Tabela 19 Análise de proteína pró-inflamatória em macacos cinomolgos Complemento C3 (mg/dL) CRP (mg/L) jo Composto Nº | ja 41 (pré-dose) | Dia 41 (24 horas pós-dose) ET Solução salina 1157034 157 gg EEN RS Rr a Dr 1157929 1158167 aa 158162 DP amo q o | 6 | Hematologia
[00394] Para avaliar qualquer efeito dos oligonucleotídeos modifi- cados em macacos cinomolgos sobre os parâmetros hematológicos, amostras de sangue de aproximadamente 0,5 mL de sangue foram coletadas de cada um dos animais de estudo disponíveis no dia 43. As amostras foram coletadas em tubos contendo K2-EDTA. As amostras foram analisadas para contagem de glóbulos vermelhos (RBC), hemo- globina (HGB), hematócrito (HCT), contagem de plaquetas (PLT), contagem total de leucócitos (WBC), contagens de neutrófilos (NEU), contagens de linfócitos (LYM) e contagem de monócitos (MON) usando um analisador hematológico ADVIA2120i (Siemens, EUA). Tabela 20 Análise de marcadores hematológicos em macacos cinomolgos Composto | RBC HGB | HCT | PLT WBC | NEU|LYM] MON Nº CAO6/UL) | (g/dL) | (%) | (107/L) | CxK10/L) | (%) | (% | (%)
ETSRDNESTICVNNTADIES salina | 1157084 | 6 | 13 | 45 | 39 | 11 [34/61 | a |
Composto | RBC HGB | HCT | PLT WBC | NEU|LYM] MON Nº (x106/UL) | (g/dL) | (%) | (1074L) | CIIONUL) | (%) | (% | (% | 11571900 | 6 | 13 | 44 | 38 | 10 [38 56 | a | | 1157929 | 6 | 13 [45/30 | 8 [37 | 57] 3 | | 1158161 | 6 | 13 [43/33 | 11 [31/63] 3 | [1158162 | 5 | 1 [43/43 | 9 [40 /58| 5 | Análise de urina
[00395] O alimento foi removido durante a noite do dia antes da co- leta de urina fresca ter sido feita, mas a água foi fornecida. Amostras frescas de urina para análise de urina e química da urina foram cole- tadas de todos os animais usando uma bandeja de gaiola limpa em gelo úmido (primeira urina da manhã) no dia 43. Os parâmetros de análise de urina/química da urina creatinina (UCRE), microproteína (UTP), micro- albumina urinária (UALB) e razão proteína/creatinina (P/C) foram me- didos usando um analisador químico automático Toshiba 120FR (Tos- hiba Co., Japão). Tabela 21 Análise de urina em macacos cinomolgos Composto UCRE (mg/dL) | UTP (mg/dL) | UALB (mg/dL) | Razão de P/C [sara | o | o | os os salina 1157034 1157111 1157190 1157929 1158161 1158162 ESTUDO 2 Tratamento
[00396] Antes do estudo, os macacos foram mantidos em quaren- tena por um período durante o qual os animais foram observados dia- riamente quanto à saúde geral. Os macacos tinham 2-4 anos de idade e pesavam entre 2-4 kg. Quatro grupos de 4 macacos cinomolgos ma- chos designados aleatoriamente foram injetados subcutaneamente com oligonucleotídeo lonis ou solução salina em uma rotação no sentido horário entre quatro locais diferentes nas costas. Após as doses de carga nos dias 1, 3, 5 e 7, Os macacos foram doseados uma vez por semana durante 6 semanas (nos dias 14, 21, 28, 35 e 41) com 35 mg/kg de oligonucleotídeo lonis. Um grupo de controle de 4 macacos cino- molgos recebeu uma injeção com 0,9% solução salina de um modo semelhante e serviu como grupo de controle.
[00397] Durante o período do estudo, os macacos foram observados pelo menos uma vez por dia quanto a sinais de doença ou sofrimento. Qualquer animal apresentando doença ou sofrimento foi prontamente relatado ao veterinário e ao Diretor do Estudo. Qualquer animal com saúde frágil ou em uma possível condição moribunda era identificado para monitoramento posterior e possível eutanásia. A eutanásia pro- gramada dos animais foi realizada no dia 43, aproximadamente 48 horas após a última dose por exsanguinação, sob anestesia profunda. Os protocolos descritos no Exemplo foram aprovados pelo Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC - Comitê Institucional de Uso e Cuidados Animais). Medições de peso corporal e dos órgãos
[00398] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados so- bre a saúde geral dos animais, os pesos corporais e dos órgãos foram medidos. O peso corporal terminal foi medido antes da necropsia. Os pesos de órgãos também foram medidos. Tabela 22 Pesos corporais e de órgãos (g) [CE IPO Dias O coração | rins pago |figado ES se | [es 5 | 1304884 | 2683 | 9 |14 | 4 | 65 | | 1304890 | 2788 | og |14 | 3 | 61) | 13049008 | 268 | 10 |13|/3 | 60) Função renal e hepática
[00399] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função renal e hepática, amostras de sangue foram coletadas de todos os grupos de estudo no dia 43. Os macacos foram deixados em jejum durante a noite antes da coleta de sangue. O sangue foi coletado em tubos sem anticoagulante para a separação do soro. Os tubos foram mantidos em temperatura ambiente por no mínimo 90 minutos e, a seguir, centrifugados a 3000 rpm por 10 minutos para obtenção do soro. Os níveis de diversos marcadores de função hepática foram medidos usando um analisador químico Toshiba 120FR NEO (Toshiba Co., Japão). Os níveis plasmáticos de nitrogênio ureico no sangue (BUN), creatinina (CREA), proteína total (TP), alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST) e bilirrubina total (TBIL) foram me- didos. Tabela 23 Marcadores da função hepática em plasma de macacos cinomolgos [sus [a [a [a es qr 2 [seo sr 1 e 2 [os ro [2 [rs TI Tr a es Tr is Análise de proteínas pró-inflamatórias
[00400] Para avaliar qualquer efeito inflamatório dos oligonucleotí- deos modificados em macacos cinomolgos, amostras de sangue foram coletadas para análise. Os macacos foram deixados em jejum durante a noite antes da coleta de sangue. No dia 41 (pré-dose e 24 horas pós-dose), aproximadamente 0,8 mL de sangue foi coletado de cada animal e colocado em tubos sem anticoagulante para separação do soro. Os tubos foram mantidos à temperatura ambiente por um período mínimo de 90 min e então centrifugados a 3.000 rom durante 10 minutos à temperatura ambiente para obter o soro. O complemento C3 foi me- dido usando um analisador químico Toshiba 120 FR NEO (Toshiba Co., Japão). Outro marcador de inflamação, a proteína C-reativa (CRP), foi testada juntamente com os parâmetros de química clínica testados para a função hepática acima. Tabela 24 Análise de proteína pró-inflamatória em macacos cinomolgos Complemento C3 (mg/dL) CRP (mg/L) o : Composto N Dia 43 (pré-dose) Dia 43 (24 horas pós-dose) 1304884 | 12 | eg go 1304890 [| 10 | 8 | 3 1304906 Hematologia
[00401] Para avaliar qualquer efeito dos oligonucleotídeos modifi- cados em macacos cinomolgos sobre os parâmetros hematológicos, amostras de sangue de aproximadamente 0,5 mL de sangue foram coletadas de cada um dos animais de estudo disponíveis no dia 43. As amostras foram coletadas em tubos contendo K2-EDTA. As amostras foram analisadas para contagem de glóbulos vermelhos (RBC), hemo- globina (HGB), hematócrito (HCT), contagem de plaquetas (PLT), contagem total de leucócitos (WBC), contagens de neutrófilos (NEU), contagens de linfócitos (LYM) e contagem de monócitos (MON) usando um analisador hematológico ADVIA2120i (Siemens, EUA). Tabela 25 Análise de marcadores hematológicos em macacos cinomolgos Composto Nº RBC HGB |HCT| PLT WBC | NEU]LYM|MON P: (x106/UL) | (g/dL) | (%) | (107/4L) | CX1O0/L) | (%) | (% | (%) | 1304884 | 5 | 13 /41/ 386 | 9 30/62 | 3| [L 1304008 | 6 | 13 42/43 | 13 48 46 | 4 | Análise de urina
[00402] O alimento foi removido durante a noite do dia antes da co- leta de urina fresca ter sido feita, mas a água foi fornecida. Amostras frescas de urina para análise de urina e química da urina foram cole- tadas de todos os animais usando uma bandeja de gaiola limpa em gelo úmido (primeira urina da manhã) no dia 43. Os parâmetros de análise de urina/química da urina creatinina (UCRE), microproteína (UTP), micro- albumina urinária (UALB) e razão proteína/creatinina (P/C) foram me- didos usando um analisador químico automático Toshiba 120FR (Tos- hiba Co., Japão). Tabela 26 Análise de urina em macacos cinomolgos | 1304890 | 8 | 15 | og | o2 | Exemplo 11: Inibição dependente da dose de MALAT1 humano em células A431 por compostos comparativos
[00403] Certos oligonucleotídeos modificados descritos na técnica foram testados em várias doses em células A431 e usados como compostos comparativos em outros Exemplos abaixo. Os seguintes oligonucleotídeos modificados descritos na técnica foram comparados: 395240, 395243, 395244, 395248, 395251, 395252, 395253, 395254, 395255, 395256, 395257, 395259, 395267, 395269, 395272, 395275, 395280, 395283, 395287, 395290, 556089, 559497, e 626112. A coluna de notação química na tabela abaixo especifica a sequência e as in- formações químicas, incluindo 5-metilcitosinas, química do açúcar e química de ligação internucleosídica; em que o subscrito 'd' representa uma fração de açúcar 2'-B-D-desoxirribosil, o subscrito 'k' representa uma fração de açúcar cET, o subscrito 'e' representa uma fração de açúcar 2'-MOE, o subscrito 's' representa uma ligação internucleosídica de fosforotioato, sobrescrito 'm' antes do resíduo de citosina representa uma 5-metilcitosina, e subscrito '0' representa uma ligação internu- cleosídica de fosfodiéster. "Sítio de partida" indica o nucleosídeo mais próximo de 5' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humana. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais próximo de 3' para o qual o gapmer é complementar na sequência de gene humano.
Cada oligonucleotídeo modificado listado na tabela abaixo é complementar à sequência de ácido nucleico MALAT1 humano SEQ ID NO: 1 (Nº de Acesso GENBANK: XR 001309.1).
Tabela 27 Certos compostos comparativos Número do SEQID SEQID Cc t NO:1 Sítio | NO:1 Sítio Sequência (5' a 3') Notação Química (5' a 3') Número de referência ompostº | de Partida | de Parada TesGes"Ces"CesTes- 395240 3320 3339 TGCCTTTAGGATTCTAGACA TasTasAds Gas Gas Aus Tas Tas" Cas TasA- WO 2012/012467 1 esGesAes"CesÃe TesAesAesTesTes- 395243 3885 3904 TAATTGCCAATATTTGCCCC Gas" Cas" CasAasAas TasAas Tas Tas TdsG) WO 2012/012467 12 esmCes"Ces"Ces"Ce = GesGesGesAesGes- & 395244 4036 4055 GGGAGTTACTTGCCAACTTG Tas TasAas "Cas Tas TasGas "Cas" CasÃas WO 2012/012467 13 o Ass"CesTesTesGo R TesTesGes"CesÃes- 395248 4493 4512 TTGCAGTTAAACAATGGAAA [Gas Tas TasAdsAasAas "CasAdsAas Tas Ges| WO 2012/012467 14 GesAesÃesÃo MCes"CesÃesGesGes- 395251 4698 4717 CCAGGCTGGTTATGACTCAG MCas Tas GasGas Tas TasAÃas Tas GasAas""C, WO 2012/012467 15 esTes"CesÃesGe TesTesAesTes"Ce 395252 4748 4767 TTATCAATTCACCAAGGAGC FAasAas Tas Tas "CasAds "Cas" CasAasAas| WO 2012/012467 16 GesGesAesGes"Ce AesTesGesGesÃes- 395253 4783 4802 ATGGAGGTATGACATATAAT GasGas TasAas Tas GasAÃas""CasAas TasA- WO 2012/012467 7 esTesAesAes Te
Número do SEQID SEQID Composto NO:1 Sítio | NO:1 Sítio Sequência (5' a 3') Notação Química (5' a 3') Número de referência P de Partida | de Parada
GesGes"CesAesTe-
395254 4843 4862 GGCATATGCAGATAATGTTC sAas TasGas"CasAasGasAas TasAasAas- WO 2012/012467 18 TesGesTesTes"Ce Aes"CesAesTesTes-
395255 5123 5142 ACATTGGCACACAGCACAGC GasGas"CasAas "CasAas "CasAasGas”” WO 2012/012467 19
CasAes"CesÃesGes"Ce esGesGes"CesAe-
395256 5134 5153 AGGCAAACGAAACATTGGCA sAasAas "Cas GasAasAasAcs "CasAas Tas WO 2012/012467 20 TesGesGes"CesÃe a MCesTesAssÃes" Co. 8
395257 5248 5267 CTAACATGCAATACTGCAGA sAas Tas Gas" CasAasAas TasAas "Cas Tas WO 2012/012467 21 SL Ges"CesÃesGesÃe Es
AesAesGes"Ces"Ces-
395259 5393 5412 AAGCCCACAGGAACAAGTCC CasAas "CasAus Gas Gas AdsAas "CasAas) WO 2012/012467 22 AesGes Tes"Ces"Ce GesGesTes"CesAe-
395267 6098 6117 GGTCAATAGTGTAAAACATT sAas TasAas Gas TasGas TasAds Ads AasA- WO 2012/012467 23 es"CesAesTesTe TesTes"CesAesTes-
395269 6174 6193 TTCATGAAGGATGAAATGCC GasAds Ads Gas Gas Aus Tas Gas AasAasA- WO 2012/012467 24 esTesGes"Ces"Ce MCesAesAesTesGes-
395272 6445 6464 CAATGCATTCTAATAGCAGC MCasAas Tas Tas" Cas TasAdsAas TasÃas G WO 2012/012467 25 esMCesAesGes"Ce
Número do | SEQID | SEQID Composto NO:1 Sítio | NO:1 Sítio Sequência (5' a 3') Notação Química (5' a 3') Número de referência P' de Partida | de Parada AesAes "CesAesTes- 395275 6759 6778 AACATTTCCACTTGCCAGTT asTasMCasMCasAas"CasTasTasGas" Ca — WO 2012/012467 26 sSMCesAesGesTesTe GesGesTesTes"Ces- 395280 6958 6977 GGTTCCCAATCCCCACATTT [MCs CasAusAas Tas"Cas"Cas"Cas""Cal — WO 2012/012467 27 sAus"CesAesTesTesTe TesAesAesTesÃo- 395283 7335 7354 TAATAAMAMATCAGGTGAGGC — [;AdsAssAcsAus Tas" CasAssGasGasTasG| — WO 2012/012467 28 esAesGesGes"Ce a Tes"Ces"Ces"CesÃes- 8 395287 7878 7897 TCCCACCCAGCATTACAGTT | |[mCasmCas"CasAusGas"CasAssTasTasA| — WO 2012/012467 29 S asMCesAecsGesTesTe s TesAesAesGesÃes- 395290 8007 8026 TAAGATGCTAGCTTGGCCAA TasGas"Cas Tas AusGas""CasTasTasGas WO 2012/012467 30 Ges"Ces"CesAesÃo WO 2017/192820; St-Pierre m " ; 556089 6445 6460 GCATTCTAATAGCAGC õe CATE Aa STA et al., Bioorg Med Chem. | 31 sas VastsoNs Ok 2016; 24 (11):2397-409 AsGST Hung et al., Nucleic Acid 559497 3629 3644 AGTACTATAGCATCTG Is Ads "Cas TasAus Tas AúsGas""CasAas Tas geao 32 m Ther. 2013; 23(6): 369-78. Cr TeGr Ges"Ceo"CeoAeoGeo- 626112 4699 4718 GCCAGGCTGGTTATGACTCA — |Gas"CasTasGasGasTasTasAasTasGasAo| — WO 2016/073828 33 oMCeoTes"CesÃo
[00404] Os compostos 1058667 e 1058668 foram descritos na téc- nica.
A coluna de notação química na tabela abaixo especifica a se- quência e as informações químicas de certos compostos comparativos, incluindo 5-metilcitosinas, química do açúcar e química de ligação in- ternucleosídica; em que o subscrito 'd' representa uma fração de açúcar 2'-B-D-desoxirribosil, o subscrito ''' representa uma fração de açúcar LNA, o subscrito 's' representa uma ligação internucleosídica de fosfo- rotioato e o sobrescrito 'n' antes do resíduo de citosina representa um 5-metilcitosina.
Os compostos 1058667 e 1058668 são complementa- res à sequência de ácido nucleico MALAT1 de camundongo e incom- patíveis com a sequência de ácido nucleico MALAT1 humana. "Sítio de partida" indica o nucleosídeo mais próximo de 5' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico de camundongo. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais próximo de 3' para o qual o ga- pmer é complementar na sequência de gene de camundongo.
Cada oligonucleotídeo modificado listado na tabela abaixo é complementar à sequência de ácido nucleico MALAT1 de camundongo SEQ ID NO: 2823 (complemento do Nº de Acesso GENBANK: NC 000085.6 trun- cado dos nucleotídeos 5793001 a 5806000)
Tabela 28 Certos compostos comparativos Número do SEQ ID NO: | SEQID NO: Cc 2823 Sítio | 2823 Sítio Sequência (5' a 3') Notação Química (5' a 3) | Número de referência omposto ; de Partida | de Parada GisTs" Cr Michalik et al., Circ Res. 1058668 8368 8383 GTCACAATGCATTCTA | Ads" CasAasAÃas TasGas" CasAasT | 2014; 114 (9): 1389-97 34 as Tas" Cis TisA, e WO 2019/161364 TisTisTr Bernard et al. EMBO J 1058667 6043 6061 TTTAAGTTCTCTGGTATGA | sAasAasGas Tas Tas" Cas Tas" Cas T 2010 29(1 8):3082-93 35 as Gas Gas TasAas Tis GisAi '
S
[00405] Os oligonucleotídeos modificados abaixo foram testados em uma série de experimentos usando as mesmas o
À condições de cultura. Os resultados para cada experimento são apresentados em tabelas separadas mostradas abaixo. + Células A431 cultivadas a uma densidade de 10.000 células por poço foram transfectadas usando absorção livre com oligonucleotídeos modificados diluídos em diferentes concentrações, conforme especificado nas tabelas abaixo. Após um período de tratamento de aproximadamente 48 horas, os níveis de RNA foram medidos conforme descrito anteri- ormente usando o conjunto sonda-primer humano RTS2738 (descrito acima neste documento). Os níveis de RNA MALAT1 foram normalizados para o teor de RNA total, conforme medido pelo RIBOGREENO. Os resultados são apresentados como alteração percentual do RNA MALAT1, em relação ao controle de PBS.
[00406] A concentração do fármaco que induz metade do efeito máximo (ICs5o) de cada oligonucleotídeo modificado foi calculada usando uma regressão linear em um gráfico log/linear dos dados em excel e também é apresentada nas tabelas abaixo. Tabela 29 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 hu- mano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do MALAT1 (% UTC) Composto | 0,4nM | 2nM | 1onM | 5o0nM | 250nM | lCwnM | 395240 | 98 | 72 | 3 | 10 | 4 | 7 | 395243 395244 395248 | 9 | e | 4 | 2 | 6 | 1 | 395255 395256 395257 | 8 | oa | 7 | 40 | 16 | 26 || 395259 | 121 | 97 | 101 | 52 | 23 | 68 || 395280 3952863 | 107 | 8 | 8 | 23 | 10 | 23 || 395287 395200 | 113 | 9 | 101 | 33 | 18 | 4 || 626112 Tabela 30 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do MALAT1 (% UTC) Composto [OAnM | 2ZnM | 1OnM [| 50nM | 250nM | Cn 395251 395252 | 100 | 1117 | 68 | 2 | 6 | 20 | 395253 395254 395267 | 143 | 168 | 7 | 2 | 6 | 27 || 395269 395272 | 8 | 8 | 78 | 6 | 19 | 6 | 395275 | 8 | 8 | 6 | 2 [| 11H | 1 || 556089 5594907 | 8 | 102 | 59 | 23 [| 6 | tm | 1058667 | 131 [| 118 | 9 [| 3 | 1 | 39 || 1058668 Exemplo 12: Inibição antisense de MALAT1 humano em células A431 por gapmers 3-10-3 cEt
[00407] —Oligonucleotídeos modificados complementares a um ácido nucleico MALAT1 foram sintetizados e testados quanto ao seu efeito nos níveis de RNA MALAT1 in vitro em comparação com os compostos comparativos 395240, 395253, 395254, 395256, 556089 e 559497 descritos acima. Os oligonucleotídeos modificados foram testados em uma série de experimentos usando as mesmas condições de cultura. Os resultados para cada experimento são apresentados em tabelas separadas mostradas abaixo.
[00408] Com a exceção dos compostos comparativos 395240, 395253, 395254 e 395256, que são gapmers 5-10-5 MOE (ou seja, eles têm um segmento de lacuna central de dez 2'-desoxinucleosídeos flanqueados em cada lado por segmentos de asa, cada um compre- endendo cinco nucleosídeos modificados 2 '-O-metoxietil), os oligonu- cleotídeos modificados são todos gapmers 3-10-3 cEt (ou seja, eles têm um segmento de lacuna central de dez 2'-desoxinucleosídeos flan- queados em cada lado por segmentos de asa, cada um compreendendo três nucleosídeos cEt modificados) As ligações internucleosídicas ao longo de cada oligonucleotídeo modificado são ligações fosforotioato (P=S). Todas as nucleobases de citosina em cada oligonucleotídeo modificado são 5-metilcitosinas.
[00409] "Sítio de partida" indica o nucleosídeo mais próximo de 5' da sequência alvo ao qual o oligonucleotídeo modificado é complementar. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais próximo de 3' da sequência alvo ao qual o oligonucleotídeo modificado é complementar. Conforme mostrado nas tabelas abaixo, os oligonucleotídeos modificados são 100% complementares ao transcrito de RNA MALAT1 humano, de- signado neste documento como SEQ ID NO: 1 (Nº de Acesso GEN- BANK XR 001309.1) ou ao transcrito de RNA MALAT1 humano de- signado neste documento como SEQ ID NO: 2824 (Nº de Acesso GENBANKEF177381.1). 'N/D' indica que o oligonucleotídeo modificado não é complementar a essa sequência alvo particular com 100% de complementaridade.
[00410] As células A431 cultivadas a uma densidade de 10.000 cé- lulas por poço foram transfectadas usando absorção livre com 5 nM de oligonucleotídeo modificado. Após um período de tratamento de apro- ximadamente 48 horas, o RNA foi isolado das células e os níveis de RNA MALAT1 foram medidos por RTPCR quantitativa em tempo real. O conjunto sonda-primer de MALAT1 humano RTS2736 (descrito acima) foi usado para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA MALAT1 foram normalizados para o teor de RNA total, conforme medido pelo RIBOGREENO. Os resultados são apresentados como alteração per- centual do RNA MALAT1, em relação ao controle de PBS (%UTC). O símbolo "t" indica que o oligonucleotídeo modificado é complementar ao transcrito alvo dentro da região do amplicon do conjunto son- da-primer e, portanto, os dados associados não são confiáveis. Em tais Casos, ensaios adicionais usando sondas primer alternativas devem ser realizados para avaliar com precisão a potência e eficácia de tais oli- gonucleotídeos modificados. Em alguns casos, os valores de UTC não estão disponíveis. Isto é indicado como ND (Não Definido) e en- saios adicionais serão realizados para avaliar com precisão a potência e eficácia de tais oligonucleotídeos modificados.
[00411] Os oligonucleotídeos modificados marcados com um aste- risco triplo (.&.) foram descritos anteriormente no Exemplo 1. Os dados de %UTOC para oligonucleotídeos modificados marcados com um aste- risco triplo (3) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados descritos no Exemplo 2, pois os dados são dos mesmos experimentos.
Tabela 31 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |stio-de Partida sítio de Parada] Sito de Partida | -Síto de Parada || << Semuência(sas) | MATO MS | noi | Composto |Sítio de Partida | Sítio de Parada| Sítio de Partida Sítio de Parada UTC)
| 556089 | 645 | 660 | 6 | 6659 | GCATTICTATAGCAGC | 9 | 31 | Li1566449 | o | 26 | ND | ND | cCecsescerecaeGerecse | e8& | 37 | - 8 o | 11566617 | 59 | 54 | as | 510 | AAGGCAMATCGCCATG | & | 4 | x | 11566661 | s98 | 63 | 54 | 59 | Gcccccceacegeeesee | 9 | 43 | | 1156752 | 82 | oo | e8 | 83 | TTACGCARCIGAGCCC | 8 | 46 |
| Composto |stio de Partida| sítio de Parada] Sito de Partida | sito de Parada | Senuênciasas) | MATOS | 9uo2º | Composto |Sítio de Partida | Sítio de Parada| Sítio de Partida Sítio de Parada UTC) | 1157288 | 2546 | 2561 | 2746 | 2/61 | TATCITCACCACGAANC | 10 | 6o | | 11572235 | 2744 | 2/69 | 2044 | 20569 | GTCTAGGATCCTCTAC | &8& | 6 | | 1157488 | 3122 | 317 | 332 | 337 | CATACAMACIGCITC | 71 | 6 | | 1157525 | 3335 | 3360 | 35653 | 360 | CTTGAGICATTGECCT | 35 | 68 | | 1157559 | 347 | 3462 | 367 | 362 | ATGGACATOTOITOCA | 70 | 6 | o 3 Es | 1157691 | 391 | 3966 | 441 | 4056 | CAATTACCTAMACCCA | 8 | 73 | P | 1157825 | 44228 | 443 | 468 | 483 | TAGAATCITACITGATO | 6 | 77 | | 11570224 | 4815 | 480 | 504 | 5099 | AGANTOCTICAGGGITAT | 36 | 8 | | 1158068 | 5220 | 535 | 5419 | 5434 | TTATOCTIGITANCAGCT | 6 | 8 | | 1158123 | 538 | 5403 | 5587 | 562 | GGAACANGICCTACAA | 77 | 8 | [1158190 | 56577 | 59 | 576 | 581 | TMTAGCAGIAACANTC | 6 | 8 |
| Composto |stio de Partida| sítio de Parada] Sito de Partida | sito de Parada | Senuência(sas) | MATO 0º | 9no2º | Composto |Sítio de Partida | Sítio de Parada| Sítio de Partida Sítio de Parada UTC) | 11582233 | 5773 | 5768 | 592 | 59687 | AGTGITOGCAGACAMA | 6 | 8 | | 1158286 | 586 | 5917 | sos | 610 | GCCToetaTGCcater | 70 | 9º | | 1158423 | 6436 | 64517 | 635 | 6650 | TAGCAGCGGGATCAGA | 68 | 95 | | 1158455 | 6537 | 662 | 636 | 661 | CTMAICACICAGCIGE | 6 | o | | 1158519 | 6968 | 6 | 76 | 78 | ACTAGIGGITCCCAT | 6 | 98 | | 11586552 | 7062 | 707 | 7261 | 726 | CAGAMMMAGCTTGITC | 6 | o | Ss | | 1158719 | 764 | 7669 | 783 | 7868 | TCCANGCTACIGGCTG | 8 | 104 | Es
P | 11588622 | 7949 | 7964 | 848 | 863 | GCATICCCACCCAMMA | 6 | 108 | | 11588885 | 8040 | 8&Ss | 839 | 854 | ACTGANGAGCATIGGA | 6 | 109 |
Tabela 32 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt SEQ ID NO: SEQ ID NO: Número do SEQ ID NO:1 | SEQID NO:1 ns ai Ancia (64 2% MALAT1 [emos Lenin laneeno AEE [SESS | comeron nasc artida Parada = 8
S
E | 1156616 | 26 | 27 | 22 | 23 | GAGTGGITTATOCTIM | 6 | 117 | | 1156787 | o58 | oa | 094 | eo | AGTAGSTATAGITTAC | oo | 125 | | 115621 | ND | ND | 107 | 102 | TAMACGGGTCATCAMA | 66 | 126 |
, SEQIDNO: | SEQID NO: E dO AD Go 4a Parida| 2824 Sítio de | 2824 Sítio de Sequência (5' a 3') MALAT1 omposto Sítio de Partida/(Sítio de Parada Partida Parada (% UTC) | 1156623 | 1069 | 108 | 129 | 1284 | TACCGCACAGCTCGGG | 80 | 129 |
N | 1167269 | 257 | 2562 | 2747 | 27662 | CTATCTICACCACGAA | 6o | 139 | S
S É
, SEQIDNO: | SEQID NO: E dO AD Go 4a Parida| 2824 Sítio de | 2824 Sítio de Sequência (5' a 3') MALAT1 omposto Sítio de Partida/(Sítio de Parada Partida Parada (% UTC) | 1157702 | 4282 | 4287 | 4482 | 4407 | TACCATATCCAMACAA | 8 | 155 | | 1157869 | 4615 | 460 | 484 | 489 | CCCTCTANGAGACATT | 68 | 157 | | 1167809 | 4761 | 476 | 4060 | 4065 | TATCAATICACCANGG | 9 | 158 |
N Ss =
É | 1168867 | 500 | sow5 | ço | cum | GAGGGCCTOTATIGCe | 8 | 169 | | 1158290 | 595 | como | 6 | 6 | ATAGACCCCTGACTITT | 66 | 170 | | 115868 | 75233 | 7588 | 7722 | 77837 | GAMMAGTGGTTGCCCG | 68 | 180 |
7 . . SEQ ID NO: SEQ ID NO: Número do —| SEQIDNO:1 | SEQIDNO:1 | 5254 sítio de | 2824 Sítio de Sequência (5' a 3') MALAT1 Composto Sítio de Partida|/Sítio de Parada) ; (% UTC) Partida Parada 1158720 ATCCAAGCTACTGGCT | so | 181 |
AAGACCTCGACACCAT 1158786 GGTTTTAATACCCTTC 1158820 GCATTACAGTTCTTGA 1158853 8182 GTCTTAGCAGAGAATT 1158886 TACTGAAGAGCATTGG 1158917 8210 8409 AGTCAAAGCAAAGACG 1158951 8329 8344 TCAAGGATGTATATAG 1158985 8426 8640 AGCTGCAGGCTATTAC Exemplo 13: Inibição antisense de MALAT1 humano em células A431 por gapmers 3-10-3 cEt S
[00412] Os oligonucleotídeos modificados complementares a um ácido nucleico MALAT1 foram sintetizados e tes- S tados quanto ao seu efeito nos níveis de RNA MALAT1 in vitro em comparação com os compostos comparativos 395254 P e 559497 descritos acima. Os oligonucleotídeos modificados foram testados em uma série de experimentos usando as mesmas condições de cultura. Os resultados para cada experimento são apresentados em tabelas separadas mos- tradas abaixo.
[00413] “Coma exceção dos compostos comparativos 395254, que é um gapmer 5-10-5 MOE (ou seja, ele tem um segmento de lacuna central de dez 2'-desoxinucleosídeos flanqueados em cada lado por segmentos de asa, cada um compreendendo cinco nucleosídeos mo- dificados 2'-O-metoxietil), os oligonucleotídeos modificados são todos gapmers 3-10-3 cEt (ou seja, eles têm um segmento de lacuna central de dez 2'-desoxinucleosídeos flanqueados em cada lado por segmentos de asa, cada um compreendendo três nucleosídeos cEt modificados). As ligações internucleosídicas ao longo de cada oligonucleotídeo mo- dificado são ligações fosforotioato (P=S). Todas as nucleobases de citosina em cada oligonucleotídeo modificado são 5-metilcitosinas.
[00414] "Sítio de partida" indica o nucleosídeo mais próximo de 5' da sequência alvo ao qual o oligonucleotídeo modificado é complementar. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais próximo de 3' da sequência alvo ao qual o oligonucleotídeo modificado é complementar. Conforme mostrado nas tabelas abaixo, os oligonucleotídeos modificados são 100% complementares ao transcrito de RNA MALAT1 humano, de- signado neste documento como SEQ ID NO: 1 (Nº de Acesso GEN- BANK XR 001309.1) ou ao transcrito de RNA MALAT1 humano de- signado neste documento como SEQ ID NO: 2824 (Nº de Acesso GENBANK EF177381.1). 'N/D' indica que o oligonucleotídeo modificado não é complementar a essa sequência alvo particular com 100% de complementaridade.
Tabela 33 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |º dePanida —) doParada | Sito de Partida | Sítode Parada | — Semuência (sas) — | Manto) | nao | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) 11564587 DA ago ND | ND | TcroGeeerecaeser | 8 | 191 | | 1156489 | 1569 | 174 | 123 | 149 | AAACCTGGGCTCCCEG | 8 | 192 | Nm g Ss | 11566720 | 81 | e&e | 7 | 82 | TCCCCCACTGNGC | 8 | 199 | x | 11566754 | 84 | 99 | e&o | 85 | CATTACGCAACIGAGC | 101 | 200 | | 11568866 | ND | ND | 1924 | 1139 | TCITARCAGCITATEG | 6 | 203 | | 1156992 | 134 | 1349 | 154 | 159 | TCAACCTCCGICATOT | 68 | 207 | | 1157028 | 1515 | 15630 | 175 | 1790 | AAAGATCGCCTICAMA | 68 | 208 | | 11671288 | 217 | 2132 | 237 | 23323 | CGTAMACACCCTICATOC | 6 | 210 | | 1167192 | 234 | 2369 | 25844 | 2559 | AGITGGIANTTACICT | 6 | 212 |
| Composto |º dePanida | deParada | sito de Partida | sitode Parada | — Semuência(sas) | muto) | 9nooº | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1157294 | 268 | 2683 | 2868 | 283 | CTACCTICATICACCAA | 9 | 215 | | 11576% | 370 | 325 | 390 | 395 | GGATAMMAGCAGCTCC | 6 | 225 | 8
T Es
P | 1158027 | 5189 | 5154 | 538 | 53633 | GAGGCAMACGAMACAT | 9 | 237 |
| Composto |º dePanida | deParada | sito de Partida | sitode Parada | — Semuência (sas) — | muto) | 9nooº | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 11584258 | 64838 | 6453 | 6637 | 652 | AATAGCAGCGGGATCA | 6 | 249 | | 1158787 | 781 | 7% | 780 | 795 | TGGITITTANTACCOIT | 8 | 260 | 8 ?
R
P | 1158918 | 86 | 83 | 815 | 830 | ATTAGIAGICAMAGCA | 8 | 264 | | 11589888 | 845 | 860 | 844 | 859 | TAGGGCITICICAMAC | 9 | 266 |
Tabela 34 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt [composto | anpanãs detendo | Smoderarãa | Smederanda | Serenata oiro! Su Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC)
[soe | as | eo | sz | st — [GocATATOCAGATANTOTTO| s6 | 16 | [ssa | so [sis | ss | sa | TGAGGCAMACGARACA | & | 26 | 8 [mesa | se [amo | seo | am | cremarecetaemta | se | 27 | à £ [seo | se | so e | Sa | cacAnGBCAATGES | ão | 273 | [mes | o | as | e | om | ACAGTAGGTATAGTTT | 76 | 2% | [mes | No [No | os | TM | TmTAMMGGGGTOATOA | so | 2% |
|Bompasto So ereta o deemads StodePates | tocando | Sominin ras) oro) Pao
Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) [sro | se [o | me | mi | ARMGATCGCOTTCAA | 66 |) 285 | [emo | ae | assa | gre | mo | TocTaremeacerce | 6o | 282 |, 8 e * [srs | sao as | asso | ass — | ccarGacATeTTT | 6 | so |
|Bompasto So eganta o deemada StodePates | tocando | Sinta ram) oro) Pao
Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) [ss [amo [asse | ae | at | CACOOTcTARGAGACA | s9 | amo | 8 e [sea | sat | ss | seo | ss | ACAGGAMCARGTCCTA | so | am | & [seio | sms | seo | sao | ss — | TaTGGmTOTAÇÃO | so | as | [ses | sm | me | om | mo | TraTaGACeceteaT | so | 32 | |sessa | osas | ss | emo | ese | ARCARGTARGCCCCAC | so |) 25 |
|Bompasto So ereta o dermado Stode rates | Stoce Panda | Sinta ram) oro) Pao
Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) 2 e * [see | eme | ss | amo | sm | caeTaGGaTTOTCAR | so | 3% |
Tabela 35 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |" dePanida |. deParada Sit de Partida | Sítode Parada | | Semuência(as) — InauTol| noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1156488 | 168 | 183 | 134. | 149 | GACTCTGGGAMACOTG | 99 | 345 | | 115619 | 268 | 208 | 20 | 245 | CAGAGITGAGIGGTT | 84 | 346 | | 115666563 | 37 | 32 | 33 | 338 | TGremaTGCoereemtm | 9 | 347 |
N =
S
ER | 11568568 | ND | ND | 152 | 16 | AGGITOTAGITTACT | 84 | 356 | | 1156892 | 1019 | 10349 | 12198 | 12334 | CACCGGAATTCGATCA | 80 | 357 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | Seuência as) Insira. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1167368 | 288 | 283 | 308 | 303 | ACAACATATIGCCGAC | 9 | 371 | | 11674396 | 29065 | 2090 | 3178 | 3100 | TCAGACAAGATICATG | 69 | 373 | | 1157466 | 323388 | 3253 | 3438 | 3453 | TCCCCCcceccteaST | 84 | 375 | | 1157729 | 402 | 40 | 4292 | 4307 | TAACTTCCCCCAGOTT | 8 | 382 | N Nm Es
P | 1158127 | 532 | sor | 5591 | 5606 | CACAGGAACAAGTCCT | 84 | 39 | | 1158160 | 54063 | 5508 | 562 | 5%07 | CTITAGITGGCATCANG | 69 | 395 | | 1158194 | 569 | 54 | 588 | 583 | TAAGGAGACAGCTTTC | 841 | 396 | [| 115837 | 68 | 60 | 68 | 60 | ACATIGCCTACCACTC | 84 | 400 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | Seuência (sas) IesuTol| o, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11588666 | 7087 | 70 | 786 | 7301 | ACTGATCIGACIITGT | 68 | 407 | | 11588889 | 763 | 778 | 736 | 737 | CCACGCCANCACAGTT | 69 | 408 |
N | 1158833 | 787 | 782 | 86 | 8 | CCCAGCATTACAGTE | 9 | 415 | & Es
P
Tabela 36 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | * deParida o deParada | SítodeParida | SitodeParada | Semci (as) fere) nor | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 559497 | 369 | 364 | 389 | 384 | AGTACTATAGCATCTIG | 98 | 32 | Li56454 Dr [3 ND | ND | AAGICICGGGCTGCAG | 96 | 42 |
N Ss
S
ER [1156791 | o | o | os | 943 | GGACAGTAGGTATAGT | 89 | 432 | | 11569985 | 1337 [| 1362 | 15687 | 156592 | ATCTCAACCTCCGTCA | 66 | 438 |
| composto | * deParida o ueParada | SitodePatida | SitodeParada | Seuência (sas) InsuTo)| no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11567364 | 280 | 285 | 3090 | 303 | AAACAACATATIGCCG | 8 | 449 | | 1157698 | 399 | 39094 | 458 | 4174 | CTGCAATCATAMACTA | 90 | 458 |
N
É Es
P [11681614 [| 5404 | -«ss09 | =s693 | 578 | CCTTAGITGGCATCAR | 18 | 6 |
| composto | * deParida o ueParada | SitodePatida | SitodeParads | Semuência (ias) Teste) no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158867 | 7068 | 70 | 7287 | 732 | AACTGATCIGACITIG | 66 | 482 | | 1158890 | 7165 | 78 | 7364 | 739 | CCCCACGCCARCACAG | 90 | 483 | | 115867 | 742 | 7437 | 761 | 766 | GITANGAGAAGCCCAG | 80 | 485 | | 115888 | 7713 | 728 | 79192 | 7097 | ACCAMAGACCTCGACA | 8 | 488 |
N ? Es | 1158890 | 846 | 8 | 845 | 860 | GACCCTACIGAANGAGC | 68 | 492 | P | 11588965 | 833 | 8348 | 852 | 847 | TACATCANGGATGIAT | 98 | 49 |
Tabela 37 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt [Composto | de Panda — | deParads — | SitodePartida ) Sítode Parada | Semência(sas) | Mnro | noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | essa2t | 7423 | 7438 | 762 | 767 | TGITANGAGAAGCCCA | 98 | 496 | [1156689 | 40 [| 56 | 456 | 47 | TAMAGIAGACCAACTA | 8 | 502 | N
N S
ER | 1157068 | 01597 [| 162 | 1799 | 182 | TAACTAGGCTITAMAT | 8 | 51% | | 115671684 | 2288 | 2303 | 248 | 2503 | TTCAMACTAAGCTACT | 69 | 519 |
[Composto |“ dePanida — | deParada | SitodePatida | sitoderarada | Semência(sao) [mol | Po, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC)
N % Es
P [1158129 | 5394 | 5409 | 85698 | 568 | CCCACAGGAACAAGTC | 8 | 548 | [1158229 | 5781 | 576 | 580 | 595 | CATTAMAGAGIGITCOG | 66 | 550 | [1158262 | 5906 [| 521 | 606 | 620 | TAMTAGAG&EGCCTET | 66 | 551 |
[Composto |“ dePanida — | deParada | SitodePatida | sitodeParada | Semência(saa) [mol | Po, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) [1158295 | 6 | ss | 69 | 614 | AATITATAGACCCCTG | 96 | 552 | [11583985 | 6331 | 6346 | 630 | 6545 | TACAACAAGIAAGCCC | 8 | 555 | [1158625 | 66 | 6 | 77 | 7% | CTGARAGAACTAGIGG | 8 | 559 |
NR Ss Es
P
Tabela 38 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | * ae Pamida o de Parada — ) “Síto de Panida | SitodeParada | Semência(sam) Indo) noso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 559564 | 2839 | 284 | 309 | 304 | CCATAAGTAAGTTCCA | 60 | 36 | | 1156668 | 619 | 6a | ss | 6&o | GCGGccccoccaGTtTGES | 116 | 578 | Ni Se
S | 1156559 | 90 | 95 | 86 | 881 | ACTITCCATTACGCA | 91 | 581 | ER L1156887 | ND | ND | 103 | 108 | ATATITTAMACGGGTC | 84 | 583 | | 115688985 | 1022 | 1087 | 122 | 1237 | CATCACCGGAATTCGA | 98 | 585 | | 1167197 | 2350 | 2365 | 2550 | 255 | ACATIAMAGITGGTAANT | 96 | 59 |
| composto | * as patida — ]º deParada | SitodePanida | SitodeParada | Semuênciaísaa) — IesuTol| Pnoro | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11567333 | 278 | 28 | 290978 | 2903 | GcGcmrTccotereecer | 90 | 598 | | 1157400 | 2000 | 295 | 310 | 315 | AAATCCCTITACACCT | 77 | 6oo | | 1167433 | 307 | 306 | 3207 | 32168 | GACITGGCAGTCTGCC | 90 | 61 | | 11572598 | 366 | 3661 | 386 | 381 | TGTCAANTAGIACTATA | 8 | 6o6 | | 11567631 | 37268 | 341 | 396 | 3901 | GGGAATACICITCCAR | 86 | 6or | | 1157665 | 383 | 388 | a4os3 | 408 | CCAATATTTGCCCCTC | 60 | 6os | | 1157698 | 39066 | 3981 | 46 | 411 | AGTITATCIGCANTCA | 54 | 60 |
NS = Es
P | 1157965 | 405 | 4040 | 524 | 51399 | AGCTTGACAAGCAATT | 8 | 617 |
| composto | * ae patida — ]º deParada | SitodePanida | SitodeParada | Secuência(saa) — IesuTol| Pnoso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158430 | 643 | 658 | 642 | 657 | ATICTANTAGCAGCGG | 68 | 631 | | 1158688 | 685 | 700 | 78 | 7%9 | GAATACCATCIGAMAG | 84 | 634 |
NS Nm Es
P | 1158867 | 8336 | 8351 | 8535 | 850 | TTATACATCAAGGATG | 9 | 647 |
Tabela 39 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | dePanida | deParada | SitodeParida | sito de Parada || Semência (sas) Muro) Sor | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1156900 | 204 | 298 [| 1% | 18 | CTAAGATAGCAGCACA | 89 | 651 | | 115657 | 46 | 41 | 32 | 3 | TTACACIGCICIGGGT | 98 | 653 |
NS o
S
ER | 1156794 | o | er | o2 | oa 7 | TGAGGGACAGTAGGTA | 82 | 660 | | 1566 | ND | NO | 66 | 111 | CTTCGGITAMAATAG | 96 | 662 | | 1156896 | 105 | 1040 [| 125 | 1240 | TCGCATCACCGGANTT | 96 | 663 | | 1156998 | 1384. | 1369 | 1554 | 156 | CTCCATGANGAAGCTT | 51 | 666 | | 1157081 | 1522 | 1567) [| 172 | 1787 | CTITTAMAAGATCGC | 6 | 667 | | 1157068 | 1980 | 1965 | 21550 | 2165 | TACITGICITAGCITG | 49 | 669 | | 115716 | 2307 | 2322 | 2507 | 252 | ACGAMAGICCTTCACA | 8 | 61 |
| Composte | uePanida o deParada | sito dePartida | sito de Pads | Seguência (sas) Muro) Pro, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11573867 | 281 | 2866 | 3041 | 3066 | TACCATAANGIAAGTTC | 96 | 67 | | 1157662 | 327 | 3742 | 397 | 392 | TGGGAATACTCITCCA | 8 | 685 | | 115766 | 385 | 3900 | 4065 | 400 | TGCCAATATITGCCCC | 80 | 686 |
NS = Es | 11577998 | 424 | 409 | 4494 | 45009 | AGAACCACACACTACC | 77 | 69 | P | 1157883 | asa | 429 | 4713 | 4728 | TACCITAANCATCITGT | 8 | 691 | | 115800 | 500 | 5065 | 569 | 5284 | ATMCGGCITOITTTA | 43 | 6% | | 1158066 | 5236 | 521 | 85435 | 540 | CAGATGCAAGITANAC | 60 | 698 | | 1158009 | 530 | 5325 | 85509 | 554 | GAMAGTGCCATGGITG | 59 | 699 | | 11581988 | 520 | 535 | 5919 | 594 | GCCCCAACACTGAACT | 89 | 702 |
| Composto | uePanida )o deParada | sito de Partida | sito de Parada | Semuência (sas) Muro) Pros. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158496 | 63 | 647 | 631 | 646 | AGACTIGITGOITGNT | 9 | 711 | | 115868 |] 7716 | 73) | 7915 | 790 | CCCACCAMAGACCTCGE | 6 | 718 | | 1158798 | 794 | 769 | 793 | 8&os | AGCTACITAGCTIGIGG | 66 | 719 | NS
É Es | 115883 | 849 | 86 | 88 | 86 | CATGACCCTACIGAAS | 98 | 722 | P
Tabela 40 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | derPamida —) deParada | Sito de Paida | Sítode Parada | — Semência(sas) — Indre) noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) Ni o | 1156694 | 76 | 777 | 72 | 737 | AGCAGCACGGGCTGTE | 9 | 734 | S
ER | 11566761 | 92 | 97 | &8 | 83 | TTACITICCATTACeEC | 84 | 736 |
| Composto | uePatida deParada | SitodePanida | sitodeParada | Semência(sas) — IesuTol| no, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1157267 | 2567 | 2592 | 277 | 272 | CCAMATCGCACTGGCT | 84 | 751 | | 11672301 | 268917 | 276 | 2681 | 206 | GCCAAGCCGCCTGCTA | 8 | 752 | | 1167467 | 347 | 3156 | 3381 | 3386 | CTTCATTACCCCACT | 8 | 757 | | 115767 | 384 | 3909 | 404 | 409 | CCAACTANTTGCCAANT | 6o | 763 |
NS 3 | 1157767 | 42316 | 431 | 406 | 4431 | AACCCCCAGITCANTA | 8 | 766 | Es
P | 1157933 | 486 | 481 | 5025 | 5040 | CATCAGIAGIANGAAT | 8 | 771 | | 1158033 | 5152 | 8567 | 5381 | 53866 | GAGATACCTGICIGAG | 6 | 774 |
| Composto | uePanida —) deParada | SitodeParida | sitodeParada | Somênci(sas) lean) no, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1158794 | 77%6 | 781 | 795 | 80 | AGAGCTACITAGCTIGT | 84 | 796 | NS | Es
P
Tabela 41 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | derPamida —) deParada | Sito de Partida | Síto de Parada | Semência(sas) | Mnro) | 9noio | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | os6400 | 77 | 72 | 73 | 7388 | GAGCAGCACGGGCTGT | 8 | 84 | | os6405 | 2692 | 2607 | 282 | 207 | AGCCAAGCCGCCTGCT | 8 | 85 | | 11566625 | 28 | 209 | 248 | 26 | AACCCCAAGACCAMAC | 89 | 88 |
NS o
S
ER | 115667968 | 96 | 984 | eo5 | eo50 | TCTTGAGGGACAGTAG | 107 | 815 | | 11568830 | ND | ND | 106 | 101 | ATCATATITTAMACGG | 68 | 816 | | 11668864 | ND | ND | 1168 | 113 | TTCITCGGITAMAAT | 98 | 817 | | 1156966 | 125 | 120 | 14055 | 1420 | TTAGTAACCTATIGAC | 66 | 820 |
| Composto | uePanida —) deParada | SitodeParida | sitodeParada || Semência(saa) [mol | no, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1157569 | 283 | 288 | 3043 | 308 | GITACCATAANGTAANGT | 98 | 831 | | 1167408 | 29017 | 296 | 311 | 316 | CGTCCCCATATAMMATC | 9 | 832 | | 1157488 | 304 | 309 | 324 | 3219 | CAGGACTIGGCAGICT | 8 | 833 | | 1157488 | 3143 | 31558 | 333 | 3388 | TACTICAITTACCCCAR | 66 | 834 |
S | 1167735 | 402 | 417 | 402 | 437 | GGCTCATAITITTARCIT | 8 | 82 | = Es
P | 1157885 | 456 | 4531. | 415 | 4680 | CATACCITAANCATOCIT | 68 | 85 |
| Composto | uePanida —) deParada | SitodeParida | sitodeParada | Semência(sas) | mo) | os. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1158899 | 6335 | 6350 | 6534 | 649 | AAGCTACAACAAGTAA | 9 | 82 | | 1158465 | 679 | 69 | 678 | 63 | ATACGACIGCITAMMA | 8 | &64 | | 1158768 | 7719 | 77834 | 7918 | 793 | CAACCCACCARAGACC | 9 | 83 | &S = Es | 1158886 | 8655 | so | 85 | 86 | AACCTICATGACCCTA | 8 | 876 | P
Tabela 42 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | * ae Pamida o de Parada — ) “Síto de Panida | SitodeParada | Semência(sam) Indo) noso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) Li156460 [| 23º | 38 o | ND | ND | TTACAGAAGICTCGGG | 89 | 881 | | 1156498 | 208 | 23 | 174 | 18 | ACAGCTAAGATAGCAG | 98 | 882 | |L1156660 | 43 | 48 | 39 | 394 | GAAGTGITTACACTGC | 89 | 884 |
SN Ss
S
ER | 1156797 | 90 | eos | eo | 917 | CTCTIGAGGGACAGTA | 96 | 89 | | 11568967 | 1268 | 127 | 1406. | 14227 | CTTAGIAACCTATIGA | 66 | 8% | | 1167135 | 2164 | 2179 | 23864 | 239 | ACTICCCCTICTAGCT | 64 | 90 | | 11572201 | 230 | 2385 | 250 | 2585 | ACTCAMAGICCANTGC | 69 | 92 |
| composto | * as partiaa — º deParada | SitodePanida | SitodeParada || Semência(saa) — IsuTo)| Pos | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11567338 | 2/84 | 2/9 | 29084 | 29099 | cCccACTCGCTITCECETE | 59 | 96 | | 11567487 | 3006 | 307 | 3206 | 321 | TCCAGGACTTIGGCAGT | 77 | 90 | | 1157602 | 3684 | 3669 | 384 | 3869 | ACCCAGITIGICANTA | 9 | 91 | | 11567688 | 3731 | 37468 | 3981 | 396 | CAACTGGGAATACTCT | 80 | 915 | &S | 11567738 | 41009 | 424 | 4309 | 434 | ACCCAGIGGCICATAT | 8 | 918 | S Es
P | 1157935 | 48388 | 4863 | 5067 | 5052 | AGATANTGITCTICATC | 89 | 92 | | 1158286 | 591 | 56 | eo | 615 | TTCCITAITTAGAGGG | 86 | 934 |
| composto | * ae patida — ]º deParada | SitodePanida | SitodeParada | Semência(saa) — IsuTo)| Po, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158668 | 7094 | 709 | 793 | 73808 | TCCCATANCTIGATCIG | 69 | 942 |
S = | 1158863 | sos | s&o | 8a | 89 | GCTAGCTTGGCCANGT | 98 | 951 | Es
P
Tabela 43 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | dePanida | deParada | SitodeParida | Sítode Parada | — Semuência (sas) duo) | Soro | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 559664 | 28639 | 284 | 309 | 3054 | CCATANGTAAGITCCA | 6 | 36 | | 115627 | 37 | 3329 | 28 | 208 | ACCGGAGCAGGANGAA | o | 959 | | 11566 | 46 | 433 | 38 | 39099 | ACCCAGAAGIGITTAC | 8 | 980 |
N | 115663 | 65 | e6o | 51 | 66 | TGATOeTGCEGCCEe | 150 | 963 | &
S
ER | 1156764 | s98 | o | 84 | 8689 | AGGGCTITACITTCCA | 105 | 966 | | 1566 | ND | ND | 174 | 1189 | AAGIAGITOITOGEM | 9 | 969 | L 11572368 | 246 | 2581 | 266 | 271 | CATCAMACACIGGITC | 8 | 980 |
| Composte | dePanida | deParada | Sitode Partida | sitodeParada | Semuência(saa) Mano) Pros | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 11572270 | 2580 | 255 | 270 | 275 | TCACCAMATCGCACTG | 8 | 981 | | 1573371 | 285 | 2860 | 305 | 3060 | AGGITACCATAAGTIAA | 9 | 98 | | 1157405 | 2096 | 290417 | 316 | 341 | CCGGAMATCGGCCTAC | 8 | 985 | | 1157488 | 304 | 3099 | 324 | 329 | ACTAMCICCAGGAC | 8 | 986 | | 1575700 | 3471 | 3486 | 361 | 3686 | GAGTARCTACCAGCCA | 63 | 990 | &S ? | 15770 | 420 | 435 | 420 | 435 | GACCACCCCCAGITC | 97 | 996 | Es
P | 1150870 | 464 | 4009 | 483 | 408 | GTITATGACICAGBAGA | 74 | 999 | | 1155970 | 406331 | 4946 | 510 | 545 | GGTITATAGCITGACAA | 22 | 9 | | 1158202 | 5728 | 5743 | 5927 | 5942 | CCAAGATIGCCCCANC | 8 | 1007 |
| Composto | dePanida | deParada | Sitode Partida | sitodeParada | Semuência (sas) suo) Pros | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1158407 | 638 | &6&o | 681 | 6596 | TGAAGICANGACAACT | 99 | 1013 | &S 3 Es
P | 11589298 | 86 | 863 | 86 | 88 | GAACTAGCACCIGCAG | 96 | 10% |
Tabela 44 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | * deParida o deParada | SítodeParida | SitodeParada | Semci (as) Indio) Sor | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC)
SN &
S | 1156697 | 768 | 779 | 70 | 745 | GAMATCGGAGCAGCAC | 99 | 1040 | ER | 1156766 | 99 | o | 85 | &8&o | cAGGGCITACITTCE | 98 | 1042 | | 1167137 | 2170 | 215 | 230 | 2385 | TAACCAACTICCCCIT | 84 | 1053 |
| composto | * deParida o ueParada | SitodePatida | SitodeParads | Seuência ias) Iesurol Pno. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11567304 | 2686 [| 277 | 286 | 291 | GCCAAGCCAAGCCGCC | 86 | 1057 | | 1157604 | 3648 | 363 | 388 | 383 | TCTAACCCAGITTGIC | 69 | 1066 | | 1157704 | 4025 | 4040 | 425 | 4240 | ACTIGGAAGITGATAT | 96 | 1069 | &S Ss Es
P | 1157003 | 4067 | 4802 | 4086 | 501 | ATGGAGGTATGACATA | 80 | 1074 | | 115871 | 5246 | 5261 | 545 | 5460 | TGCAATACTIGCAGATG | 80 | 1079 | | 1158288 | 599 | 594 | 68 | 643 | TGTCTANGAGGITATT | 90 | 1085 | | 1158302 | 603 [| 68 | 62 | 627 | TCTANTCACIGICAANT | 68 | 108 |
| Composto | * deParida — o ueParada | SitodePatida | SitodeParads | Semuência las) IesuTo)| no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158468 | 6563 | 658 | 68 | 6% | ACAMATACGACIGCITT | 84 | 1091 | x = Es
P
Tabela 45 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | ae Pania de Parada | Sito de Partida | Sítode Parada | — Semência(sas) [duro | nome | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC)
NR =
S | 1156665 | 68 | 63 | 584 | 6 | CcTcreatereceeece | 106 | 1117 | ER | 1156766 | 916 | o | & | 87 | GATAGITCAGGGCTTT | 9 | 1120 | | 11566800 | 990 | 106 | eo6 | oM | CITTAMGCACITCING | 134 | 1121 | | 1157067 [| 1539 | 1554 | 179 | 174 | CACCTICGGITTANTOC | 8 | 1128 |
| Composto | as paniaa de Parada | Sitode Partida | sitodeParada | Semênci(sas) | suo) Po. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 115725068 | 3249 | 3264 | 349 | 344 | ATACTGAMMACICCCC | 8 | 1142 | | 1167539 | 334 | 3389 | 354 | 3588 | GATTATCCIGATATTG | o | 1143 | x | 11567672 [| 3907 | 392 | 40 | 422 | TAACAGGCCACTGCCA | 8 | 1147 | NS Es
P | 1157805 | 4365 | 430 | 45865 | 450 | CTCTGCAGITICTATA | 6 | 1151 | | 11578839 [| 4521 | 4586 | 420 | 475 | TGAAGCATACCITAANC | 6 | 1152 | | 1158072 | 5247 | 56 | 546 | 541 | ATGCANTACIGCAGAT | 9 | 1159 | | 1158204 | 5781 | 57468 | 590 | 595 | CCCCCAAGATIGCCCC | 8 | 1162 | [1158303 [| com | 6o | 613 | 628 | CTCTANICACIGICAA | 8 | 1164 |
| Composto | ae Paniaa de Parada | Sitode Partida | SitodeParada | Semênci(sas) | auto) Pos. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) x & Es
P
Tabela 46 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | derPamida —) deParada | Sito de Partida | Sítode Parada | — Semência(sas) Indio) noso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 559664 | 289 | 284 | 3039 | 304 | CCATANGTAAGITCCA | 6 | 36 |
NR | 1156633 | 572 | 58 | 5838 | 863 | TTCTrACCGMIICAG | 9 | 1192 | É
S
ER | 115668801 | ND | ND | ego | o | ACCTCITAMMGCACTT | 8 | 1197 | | 115668885 | ND | ND | 1065 | 100 | AGATITGAGCTIGCAM | 89 | 1198 | | 115668869 | ND | ND | 17 | 112 | AMAMAGTAGITCITCG | 84 | 1199 | | 1167071 | 1681 | 166 | 181 | 186 | ATCCTACCACICCCAA | 66 | 1205 |
| Composto | uePanida deParada | SitodePanida | sitodeParada | Semuência(saa) — IesuTo)| Sno. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1157340 | 2790 | 2865 | 2900 | 305 | TACCAACCACTCGCTT | 9 | 1213 | | 1157374 | 280 | 285 | 300 | 306 | CCCATIATATTAGRMA | 9 | 1214 | | 11672507 | 3278 | 3293 | 34988 | 34933 | ATATITTGCCCCCACC | 98 | 1218 | | 1157608 | 3660 | 365 | 380 | 385 | TCTCTARCCCAGITTG | 84 | 1221 | | 1157678 | 3908 | 393 | 408 | 43 | GTAACAGGCCACTGCC | 8 | 12233 | x | 1157708 | 427 | 40422 | 427 | 4242 | CAACTIGGAAGITGAT | 9 | 12% | T | 1167739 | 416 | 43. | 436 | 431 | CTGGTACACCCAGTGG | 96 | 1225 | Es
P | 11578738 | 487 | 4712 | 486 | 4091 | CTGGITATGACICAGA | 99 | 1229 | | 1158007 | 5003 | 508 | 5292 | 53807 | TGATCCCAARCTICATOT | 8 | 1233 | | 1158265 | 5782 | 85747 | 5931 | 596 | CCCCCCAAGATTGCCC | 8 | 1237 |
| Composto | uePanida —) deParada | SitodeParida | sitodeParada | Semênci(sas) — IesuTo)| Sno. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1158671 | 65 | 660 | 644 | 659 | TCTCATACACICACTA | 89 | 1242 | | 1158634 | 69 | 704 | 79 | 7213 | TICTATAGICIGAAGA | 8 | 1247 | | 11588667 | 7038 | 718 | 7302 | 737 | ATACTATIGICCCATA | 69 | 1248 | | 115868998 | 7417 | 7236 | 740 | 7465 | TAAGCCITICGGTGCCT | 96 | 1249 | | 11586833 | 7387 | 732 | 7866 | 751 | GAGGCAAGICCICATT | 89 | 1250 | | 115866 | 743 | 7488 | 762 | 7687 | GAGATITGGGCTTTAT | 66 | 1251 | | 1158800 | 7863 | 788 | 80 | 87 | TTATANTAGAGCTACT | 96 | 1255 | x | 1158833 | 786 | 7901 | 895 | 810 | TACAAGITACATGITC | 8 | 1256 | ? Es
P | 1158985 | 8365 | 8370 | 854 | 856 | AAGTICAANGCTICCTGAC | 96 | 1260 | [| 1158998 | 80 | 86 | ND | ND | ACAACAATITAGAGCT | 89 | 1261 |
Tabela 47 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | derPamida —) deParada | Sito de Partida | Síto de Parada | Semência(sas) | Mnro) | 9noio | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1156633 | 57 | 52 | 5843 | 588 | AATIMWCIACCGT | 8 | 1268 | W
NS S
ER | 11566768 | 99 | 94 | 85 | oo | TGTGATAGIICAGGEC | 112 | 1272 | | 11570389 | 157 | 15566 | 171 | 176 | ATCACCTICGGITTAR | 60 | 1280 | | 1157072 | 16863 | 168 | 183 | 188 | TCATCCTACCACTCCCc | 66 | 1281 | | 1167140 | 2193 | 2208 | 2393 | 2408 | TAGTAGCTITIIGATG | 69 | 1283 | | 1167178 | 236 | 231 | 256 | 251 | ACTICCGITACGAMAG | 9 | 128 |
| Composto | uePanida deParada | SitodePanida | sitodeParada | Semuência(saa) | rumo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1167341 | 291 | 28668 | 29091 | 306 | TTACCACCACTICGCT | 9 | 1289 | | 1167541 | 337 | 3392 | 367 | 3582 | TCTGAITATCCIGATA | 89 | 1295 | | 11575574 | 3503 | 358 | 3708 | 378 | TAMAGICIGATTANGG | 9 | 1296 | | 1157674 | 23909 | 394 | 409 | 424 | CGTAACAGGCCACTGC | 98 | 1299 | | 1157707 | 4028 | 4043 | 428 | 4243 | CCAACTTGGAAGITGA | 69 | 1300 | x & | 1157774 | 429 | 424 | 429 | 444 | AGTAGGCCAGACCANC | 9 | 1302 | Es
P
| Composto | uePanida —) deParada | SitodeParida | sitodeParada || Semência (sao) | rumo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1158405 | 6388 | 603 | 668 | 60 | CAGACCTGAAGICAAG | 8 | 1320 | | 115871 | 686 | e6ol | 668 | 600 | ATCACAMATACGACTG | 66 | 1322 | | 1158707+ | 7588 | 7596 | 779 | 74 | GCAGAGAAGITGCTTG | 98 | 1329 | | 115881 | 786 | 781 | 805 | 80 | GTATTATATAGAGCT | 9 | 1332 | x Ss Es
P
Tabela 48 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |" dePanida |. deParada | Sitode Paida | SítodeParada | — Semuência (sas) — | Mlro | noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 559664 | 2869 | 284 | 309 | 304 | CCATANGTAAGITCCA | 6 | 36 | | 1156499 | 216 | 239 | 18 | 19 | CTATANGGACAGCTAR | 96 | 1340 |
RN a &
P ? Li566871 | ND | ND | 180 | 119 | GGCAMMAMAGTAGTTCT | 69 | 1351 | | 1156905 | 1034 | 1049 | 1234 | 129 | GAGAACAACTCGCATC | 80 | 1352 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | — Semência(sas) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) & | 11567775 | 4230 | 445 | 4430 | 445 | CAGTAGGCCAGACCAA | 86 | 1378 | = | 1157808 | 437 | 432 | 457 | 4592 | GATCATTANGCCACTT | 90 | 1379 | Es
P | 1157865 | 4699 | 4114 | 4688 | 493 | GGCTGGITATGACTCA | 60 | 1381 | | 1157975 | 400 | 4085 | 569 | 58 | GCCTOITCATIGTATTM | 90 | 1384 | | 11580098 | 5005 | 5100 | 594 | 5309 | CTTGATCCCARCICAT | 89 | 1385 | | 1158173 | 5589 | 5654 | 538 | 573 | TATTCCITCATAGAG | 89 | 1390 | | 11582724 | 596 | 5951 | 6135 | 650 | TCCCACCTGICTIANGA | 96 | 1393 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodeParida | sitodeParada | — Semuência(sas) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11585055 | 690 | 6os | 68 | 704 | ATGCACTAMAGATCAC | 66 | 1400 | | 1158638 | 702 | 707 | 70 | 7216 | TCCTICTATAGICIGA | 8 | 1401 | | 1158802 | 787 | 782 | 806 | 8& | AGTATTATAANTAGAGC | 8 | 1409 | &
S | 11588688 | 813 | sos | 812 | 8 | GCTAGATGCTAGCTT | 90 | 1411 | Es | 1158902 | 8169 | 881 | 86 | 8383 | GAMACCAGGAGIGCCA | 9% | 1412 | P | 11589867 | 8568 | 873 | 857 | &72 | ATCAAGICAAGCTICCT | 8 | 1414 |
Tabela 49 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |“ uePanida |. deParada | SítodePanida | Sto de Parada | Semência(sas) | ro | nom | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 559564 | 289 | 284 | 3039 | 3064 | CCATANGTANGITCCA | 6 | 36 | | sesasa | 308 | 3043 | 328 | 3243 | CAMACTTIGCCATCTAC | 89 | 1416 |
RN q | 11566689 | 60 | 65 | 6 | 61 | GCCAGIGGCCCACTOT | 108 | 1424 | o
P ? | 1157008 | 1426 | 1497 | 166 | 161 | TIGCCCTICTATtIGET | 89 | 1434 |
| Composto |“ “ue Panida | deParada | SitodePatida | sitodePaada | Semência(saa) | mo | Pro. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 115673438 | 27038 | 2868 | 2093 | 308 | TWTTACCAACCACTCG | 6 | 144 | | 115678377 | 283 | 2688 | 303 | 3068 | TCCCCCAITATATTAS | 8 | 1445 | | 1157642 | 3767 | 372 | 3967 | 3982 | TGAACCAMAGCTGCAC | 98 | 1451 | | 11567678 | 3971 | 3968 | 41 | 426 | ACCGTANCAGGCCACT | 8 | 1452 | | 1157708 | 400 | 4045 | 4330 | 4245 | TGCCAACITTGGANGTT | 68 | 1453 | & = Es
P | 1158075 | 5252 | 5267 | 5451 | 85466 | CTAACATGCANTACTG | 99 | 1464 |
| Composto |“ “ue Panida | deParada | SitodePatida | sitodePaada | Semência(sas) | mo | Pros. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158374 | 652 | 66 | 6451 | 64668 | TGCAAGGICICATCCA | 68 | 1473 | | 1158608 | 69 | 687 | 691 | 706 | CAATGCACTAMAGATO | 9 | 1477 | &
T Es | 11589003 | 8171 | 86 | 870 | 838 | TGGAMACCAGGAGTGC | 8 | 1489 | P | 11588634 | 8705 | 890 | 874 | 88 | ACTCCANGAACTAGCA | 8 | 1490 | | 11589688 | 8359 | 874 | 858 | 873 | AATCAAGICAAGCTCC | 8 | 1491 |
Tabela 50 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | uePanida |. deParada —) SítodeParida | Sitode Parada | Semência(sas) [Medo | noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) L11566501 | 2188 | 23 | 184) | 199 | GCCTATANGGACAGCT | 89 | 149 | | 1156668 | 466 | amo | 42 | 438) | CGAAGACACAGAGACC | 9 | 1496 |
RN
E o | 1156737 | &o | e&8s | 8 | 8 | GITGAGAAGIGGCAM | 8 | 1501 | o |L1156671 | o | oo | 8&o | 5 | TAMAGIGIGATAGTTC | 8 | 1502 | P ? L1156878 | ND | ND | 110 | 135 | TTGTIGAGGGAGGCAMA | 80 | 1505 |
| Composto | “ue Panida | deParada — ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(sas) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11678310 | 2712 | 227 | 29092 | 297 | cereerceeterestt | 68 | 1518 | | 11573788 | 284 | 2689 | 3074 | 3069 | CTCCCCCATTATATTA | 69 | 1520 | | 1167511 | 3308 | 3323 | 3508 | 35283 | GACAGACCTANGGGAA | 66 | 1524 | | 1157610 | 362 | 367 | 3862 | 387 | CGGTACACTICCITOIC | 6 | 1527 | & 3 Es
P | 1158308 | 620 | sos | 61 | 634 | GTATTACICIAANTCAC | 66 | 1548 |
| Composto | “ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semência (sao) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158607 | 68 | 63 | 6 | 702 | CATAMACANTGCACTA | 8 | 1554 | | 1158670 | 7480 | 7495 | 769 | 7684 | ACCGCITGAGATITGG | 68 | 1559 | & | | 1158870 | 815 | 830 | 814 | 829 | CCGCTANGATGCTAGC | 8 | 1565 | Es
P
Tabela 51 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |" dePanida |. deParada | Sitode Paida | SítodeParada | — Semuência (sas) | Menuro) | 9noio | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) 1156469 | 65 pa ar 48 | GCTTAAGAGGGCAGGA | 107 | 1573 | | 115669 | 487º | 42 | 43 | 438 | CCGAAGACACAGAGAC | 98 | 1576 | N o | 115667 | se | 59 | 548 | 56 | ACGGAMATTITOTAC | 9 | 1578 | S
ER | 115672 | 95 | 940 | 8 | 68 | TTAMAGIGIGATAGIT | 94 | 1582 | | 1156908 | 1087 | 1052 | 1237 | 125332 | ACGGAGAACAACTCGC | 99 | 158 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | — Semuência (sas) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1157379 | 285 | 280 | 305 | 300 | ACTCCCCCATTIATATTM | 98 | 1600 | | 1167445 | 3032 | 3047 | 332 | 3247 | CCCACAMACTTGCCAT | 99 | 1602 | & = Es
P | 11578788 | 4705 | 420 | 404 | 499 | CTGCCAGGCTGGTTAT | 99 | 1615 | | 1158077 | 524 | 569 | 5453 | 5468 | CCCTARCATGCANTAC | 8 | 1621 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | — Semuênci(sas) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11584098 | 6412 | 6o7 | 61 | 626 | GCATITACCITGCCANC | 89 | 1630 | | 1158604 | 7247 | 762 | 746 | 746 | CTACTITAAGCCITCG | 69 | 1635 | & | 115886865 | 786 | 781 | 815 | 8&o | CACTGGATANGTATTA | 6 | 1641 | = Es
P
Tabela 52 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | uePanida |. deParada —) SítodeParida | Sitode Parada | Semência(sas) | nro | noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | eseaog | a 47 | CGCTTANGAGGGCAGG | 88 | 1647 |
N
S | 1156672 | 651 | e&6 | em | 62 | Geccemecetecocas | 79 | 1655 | o
P ? | 1156948 | 1130 | 1145 | 1330 | 136 | GGTITCCTICANGOTCC | 66 | 1663 | | 1156977 | 1218 | 1233 | 1448 | 1433 | GCTAAGCAATATOCITA | 68 | 1664 |
| Composto | “ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semuência (sa) | mimo | Po, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11567348 | 277 | 282 | 2097 | 302 | GGATITITACCAANCCA | 8 | 1673 | [11675138 | 331 | 3326 | 3561 | 352866 | CTAGACAGACCTAANGG | 98 | 1678 | &
S Es
P | 115810 | 5362 | 537 | 561 | 8576 | GCTCGATGGAMAMATT | 9 | 1695 |
| Composto | “ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semência (sas) | mimo | noso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11587064 | 7608 | 763 | 767 | 782 | AGATCAMMAGGCACGEG | 8 | 1713 |
E = Es
P | 11588637 | 800 | 815 | 899 | 8514 | TGCTGITACCICCCAC | 8 | 1720 |
Tabela 53 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |* dePamida —)- deParad — )-Sito de Paida | -Sito de parada | Sesuência (sas) [nro | noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1156637 [| 3299 | 34 | 206 | 30 | CAGACCTICIGAANCCOG | 9 | 1726 |
NS & | 11566708 | 708 | 83 | 74 | 79 | CCAAGACAGCCACACWGE | 9% | 1731 | S
ER | 1156808 | ND | ND | ee | eg6 | AACCCCCGGAACTTTT | 9 | 1734 | | 11566944 [| 1133 | qn | 1323 | 137 | GCGGmwCCIcCAaNGot | 8 | 1738 | | 11567148 [| 2209 | 224 | 2409 | 2424 | ATTACACCAGICCTTT | 60 | 174 |
| Composto | departida |- deParada | sito de Parida | sito de parada || Senuênia (sas) [oiro | Por, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1167318 [| 2176 | 2831 | 296 | 2901 | creecereerceerter | 9 | 1749 | &
VB Es
P | 1158144 | 5468 | 854417 | 565 | 560 | TCTGAGIGAAGTIGTAC | 66 | 1773 | | 1158212 | 5740 | 875 | 539 | 594 | GAAGAATCCCCCCCAR | 89 | 1775 | | 1158377 | 5944 | so59 | e6u3 | 6158 | TCATANTCICCCACoT | 9 | 177 |
| Composto |? deParida |" deParada | sito de parida | sito de parada || Senuência (sas) [oro | nor | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 115874 | 725 | 740 | 734 | 739 | GCATAMAGCTGANATOC | 9 | 178 | | 1158775 | 738 | 7753 | 787 | 792 | GGCCITTICTANCATA | 98 | 1792 | & | 1158890 | 703 | 7918 |/ 80 | 817 | TCCAGICTACAAGITA | 6 | 1794 | 3 Es
P
Tabela 54 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |* dePamida —)- deParad — )-Sito de Paida | -Sito de Parada || — Semência(sas) Indo) nao | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | es8411 | 444 | 4259 | 444 | 459 | AGTTANIGICAGCCOCA | 66 | 1802 | 11667 [68 | 8 | 3 | 49 | TGCGCTTAANGAGGGCA | 93 | 1805 |
N & & | 1156608 | 516 | 53 | 48 | 497 | ATGGAMAGCGAGTTCA | 8 | 1809 | P | 1156640 | 58 | 6o | 861 | 586 | CGCACGGAMATITTTC | 117 | 1810 | ? | 11566775 | 98 | oa3 | 84 | oo | AGATTAMAGIGIGATA | 73 | 1814 | LL 115687 [| ND | ND | 1196 | 127 | ccecommmereaAGEGA =| 86 | 1817 | | 1157048 | 15663 | 187 | 17 | 177 | CATGGATITCANGGTCE | 89 | 1822 | L116713 [| 2037 | 20562 | 237 | 2262 | ATTGGITACCANTANT | 96 | 182 |
| Composto | deparida |- deParada | sito de parida | Silo de Parada || Semência(saa) Tsurol| Pnoro | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1157348 | 2/99 | 284 | 299 | 304 | ACGGATITITCCCANC | 66 | 1831 | | 1167415 [| 20388 | 2963 | 318 | 31533 | AACCTACAACACCCGG | 66 | 1833 |
S Ss Es | 11576881 | 396 | 391 | 416 | 4317 | TCCCAACCGTAANCAGG | 98 | 1841 | P | 1157814 | 43886 | 4401 | 45886 | 4601 | TCCCITCAGGATCATT | 90 | 184 | | 1158014 | 503 | 85108 | 5302 | 537 | TCAATCCACTIGATOC | 8 | 1850 |
| Composto | deParida |- deParada | sito de parida | Silo de Parada || Seguência(saa) Tsurol| Por | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 11582445 | 586 | sem | 65 | e6&4o | GCCTTAMAGITACATT | 9 | 1857 | | 11583778 | 5945 | s5s60 | eum | 6159 | ATCATANICICCCACC | 80 | 1858 | | 1158679 | 6261 | 66 | 66 | 675 | TAMACICACIGCANSGG | 8 | 1861 | | 1158412 | 6416 | 631) | 615 | 6&3o | TACTGCATTACITGC | 8 | 1862 | | 1158607 | 728 | 773 | 7457 | 742 | CCATGGITeIrCcTACT | 9 | 1865 | | 115841 | 7367 | 738 | 7566 | 7581 | AGAGSGAGITGAGGCA | 60 | 1866 | | 1158742 | 7684 | 769 | 783 | 788 | GAMACCGATIATGGAT | 66 | 1869 |
NS = | 1158874 | 83 | 88 | 82 | 83 | ATCAGCITCCGCTANG | 96 | 1872 | Es
P
Tabela 55 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | uePanida |. deParada —) SítodeParida | Sitode Parada | Semência(sas) | nro | Nou | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) Li1566472 | 6 | 8a | 35 | 59 | CTGCGCTTANGAGGGC | 66 | 1879 | | 1156607 | 857 | 532 | 48 | 4088 | CATGGAMAGCGAGTTC | 80 | 1883 | Nm 3
W x | 1156980 | 1232 | 1247 | 1433 | 147 | GITTAMMMACTTANCGC | o | 189 |
| Composto | ue Panida | deParada — ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(saa) | mo) | noso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1167815 | 2718 | 2733 | 2908 | 293 | Tecreecereetecetr | 66 | 1904 | | 11567418 | 2940 | 29065 | 340 | 3168 | GAMACCTACAACACCC | 8 | 1907 | | 1157482 | 320 | 375 | 340 | 345 | ACAMMACGAATICAGG | 6 | 1909 | | 11567615 | 367 | 362 | 3867 | 382 | CACAGCGGTACACTCOC | 6 | 1913 | | 1157648 | 380 | 385 | 4010 | 4025 | GCCTACTCAAGCTCTT | 8 | 1914 |
N | 11567715 | 4040 | 4055. | 4240 | 4285 | GGGAGITACITGCCAR | 9 | 19% | Nm Es
P | 1158015 | 5104 | 5109 | 5303 | 85318 | CTCAATCCACTIGATOC | 68 | 192 | | 1158806 | 556 | 551 | 55 | 570 | CTAACAGCACATCATG | 68 | 1929 |
| Composto | ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(saa) | ro) | Po, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158347 | 615 | 6130 | 634 | 6329 | CTITCCCTATATIAAGET | 9 | 1934 | | 115813 | 619 | 6434 | 668 | 633 | CAGTACIGCAITACT | 8 | 1936 |
N & Es
P
Tabela 56
Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt
| Composto | uePanida |. deParada —) SítodeParida | Sitode Parada | Semência(sas) [Medo | noi |
Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC)
Lis6478 Dao aos | CGCTGCGCTTANGAGG | 9 | 1957 |
Nm a
= x Ss
| 115667438 | & | 8 | 8683 | 88 | AGGGACGGITGAGAAG | 86 | 1961 |
|115677 | o9a45 | oo | om | 6 | TACCACCTTMGAAGG | 8 | 1965 |
Li656881 | ND | ND | g84 | g9 | CAAMACCCCCGGACT | 100 | 1966 |
|L11568845 | ND | ND | 17 | 1122 | ACTTIGAANTGCASACTA | 89 | 1967 |
| Composto | ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(sas) | mo) | Pro. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11572498 | 2534 | 2539 | 2724 | 278 | Trecreectmecicer | 60 | 1979 | | 1157488 | 3207 | 3276 | 3401 | 346 | TACAMMACGAATICAG | 8 | 198 | | 11567649 | 381 | 3866 | 401 | 406 | GGCCTACTICANGCTOCT | 8 | 1990 |
N
D Es
P | 1158814 | 53867 | 5382 | 5666 | 85581) | AMMAGGCTCGATGGAR | 89 | 2004 | | 1158247 | 589 | 584 | ss | 643 | CCTGCCTTAMGITAC | 8 | 2007 |
| Composto | ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(saa) [mo | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 115848 | 6504 | 69 | 6º | 618 | ATCACTACICCAAGCA | 8 | 2013 |
NS ? Es
P [11590086 | o (| 107 | ND [| ND | CCGCCTCITAMAGCAC | 109 | 2030 |
Tabela 57 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | uePanida |. deParada —) SítodeParida | Sitode Parada | Semência(sas) | nro | Nou | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) |L115642 | 3419 | 36 | 307 | 32 | AGGTATGAGCTTCAGA | 99 | 2033 | Nm |L11566711 | 82 | e& | 78 | 793 | cereceaemtecrece | 8 | 2038 | 3
W x Li656847 | ND | ND O | 12 | 17 | ATGGAACITTGANTGCA | 99 | 2042 | |1167717 | 2063. | 208 | 2263 | 2278 | ATTAMATIGATGGGCT | 8 | 2050 | | 11567151 | 229 | 2254 | 2439 | 2454 | CCAMMAGCCTTCTIGCC | 66 | 2051 | |11672217 | 2445 | 2430 | 2685 | 260 | AGCTGICANTTANTGC | 9 | 2053 |
| Composto | “ue Panida | deParada — ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(saa) | mo) | noso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11567584 | 3567 | 35682 | 367 | 378 | CCTGITANGACCATCC | 6 | 2064 | | 11567617 | 362 | 367 | 382 | 387 | AACAGCACAGCGGTAC | 98 | 2065 |
NS | Es | 11567861 | 4602 | 467 | 481 | 486 | ATTCAAGCIGAACTAT | 9% | 2072 | P | 11567884 | 420 | 435 | 40199 | 40934 | ATCTAGGCCATCATAC | 68 | 2073 | | 1158218 | 5745 | 5760 | 5944 | 59569 | TTAGAGAAGANTCCCC | 69 | 2083 |
| Composto | ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(saa) | oiro) | nor, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 115848 | 6507 | 62 | 66 | 621 | ACAATCACTACICCAA | 6 | 2090 | | 1158482 | 669 | ese | 6s6s | 6883 | AAGGCTICAGICCCOT | 8 | 2091 | | 11581 | 7267 | 722 | 74668 | 748 | AGGAAGGCTCCATGGT | 89 | 2095 | | 115878 | 74991 | 756 | 760 | 776 | CCCCTTICANGCACeEGE | 8 | 2097 | | 11587124 | 762 | 767 | 781 | 786 | GAAGGGTCTGIGCTAG | 60 | 2098 | | 1158779 | 7763 | 768 | 702 | 767 | TGCAGGCAMATTANTG | 8 | 2100 |
N Ss | 1158878 | 832 | sa | 831 | 846 | GCATIGGAGATCAGCT | 8 | 2103 | Es
P
Tabela 58 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | uePanida |. deParada —) SítodeParida | SitodeParada | Semuência (sas) Indio) noso | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC)
NM | 1156612 | 54 | 539 | 40 | 506 | AAATCGCCATGGAMAG | 99 | 2115 | & - x |L1156781 | 951 | eo | o | 92 | ATAGITACCACOT | 61 | 2120 | | 1156985 | 12869 | 134 | 1489 | 1504 | ATGCTACTCITOCTANWG | 60 | 2126 | |L1167119 | 207 | 202 | 277 | 2292 | CTGCACCACCAGAMAT | 8 | 2130 |
| Composto | “ue Panida | deParada — ) SifodePatida | SitodePaada | Semênci(sas) — IesuTo)| Sno. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1157287 | 265 | 260 | 2865 | 280 | CAMATTGCACICGCTE | 66 | 2135 | | 1157487 | 323 | 338 | 343 | 34388 | TTACACATOCARACTC | 9 | 214 | & = Es | 1167820 | 4404 | 409 | 4604 | 469 | AGCTACCATCAGAAGA | 66 | 2149 | P | 1158881 | 580 | 585 | so | 6a | GCCTGGANTTATTATA | 69 | 2162 |
| Composto | ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Somênci(sas) IesuTol| 9no, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 115818 | 6431 | 6446 | 6630 | 645 | GCGGGATCAGAACAGT | 60 | 2167 | | 1158450 | 609 | 624 | 608 | 623 | CAACANTCACTACICC | 84 | 2168 | | 11586880 | 7403 | 7508 | 762 | 7707 | CTCCCCTIcCAWGÇACo | 9 | 2175 | &
S Es
P | 1158679 | 802 | 817 | 80 | 816 | GACAAGGCAGITATAT | 99 | 2183 |
Tabela 59 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |" dePanida |. deParada Sit de Partida | Sítode Parada | | Semuência (as) Ina) nor | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1156478 | 145 | 1239 | & | 9 | AGCTGAGGCTICCCESG | 88 | 2185 | | 1156643 | 342 | 37 | 3068 | 3233 | TAGGTATGAGCTICAG | 96 | 2187 | | 1156645 | 5919 | 6 | 57 | 572 | ACGGCCCGCACGGAM | 84 | 2190 | | 115679 | 66 | 71 | 62 | 67 | GCCTCANTOCCACACe | 98 | 2191 | SN &
S
ER L11566884 | ND | ND | eo | 102 | TCACAMAACCCCCGGA | 84 | 2195 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | Senuência (sas) Insular, | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1167319 | 276 | 2661 | 2066 | 2961 | TCCTCTACGCACANCG | 89 | 2210 | | 1167368 | 286 | 281 | 306 | 30917 | CGACCTCACGGATITT | 84 | 2211 | | 11675683 | 3418 | 3433 | 368 | 363 | GAGAACTGCICTAGIT | 66 | 2217 | | 1157662 | 3868 | 3861 | 4016 | 406317 | CATITGGCCTACICAR | 66 | 2220 | | 11567719 | 4044 | 4059 | 4244 | 49569 | CATTGGGAGITACTTG | 68 | 2222 | & = Es
P | 11580885 | 5263 | 578 | 562 | 547 | AGCACITATCCCTAAC | 60 | 2233 | | 1158184 | 5564 | 5679 | 5%63 | 578 | ATCTGATICTANCAGC | 60 | 2236 | | 1158217 | 5747 | 562 | 546 | 561 | GATTAGAGAAGAATCC | 86 | 2237 | | 11588317 | 64 | sos | 673 | 68 | CTCTANGATIGIAAGC | 84 | 2240 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | Seuêncialsias) feito) no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) &
T Es
P
Tabela 60 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |" dePanida |. deParada Sit de Partida | Sítode Parada | | Semuência (as) Indo) oro | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 559497 | 369 | 3684 | 3869 | 384 | AGTACTATAGCATCIG | 99 | 32 | Li1156674 | a pao es | Gceccececrtetrece | 71 | 2262 | | 1156609 | 50 | 53 | 486 | 5017 | CGCCATGGAMAGCGAG | 80 | 2266 |
SN L1166710 | 87 | ão | 777 | 72 | CcreceaAcITGCICcocAa | 9o | 2269 | oO
S
ER LL 11568468 | ND | ND pp Ho | 1268 | TGGAACTIGAATGCAR | oo | 2273 | | 1157049 | 156 | 1586 | 17665 | 17% | CGTCATGGATITCANG | 60 | 2279 | | 1157200 | 25635 | 25650 | 2786 | 27500 | CGAACTGCTGCTIGOT | 60 | 2285 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | Semuênciasas) — IesuTol| Pno. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1167418 | 2942 | 2067 | 342 | 317 | GAGAMACCTACAACAC | 89 | 2290 | | 1157484 | 322 | 347 | 3402 | 3417 | TTACAMMACGAATTCA | 9 | 2292 | & 3 | 1157817 | 430 | 4405 | 4590 | 465 | GAAATCCCTICAGGAT | 86 | 2302 | Es
P | 1157888 | 419 | 4134 | 4098 | 4033 | TCTAGGCCATCATACT | 60 | 2304 | | 1158088 | 5261 | 576 | 560 | 5475 | CACTTATCCCTAACAT | 9o | 2310 | | 11581878 | 5560 | 5675 | 59 | 574 | GATTICTAANCAGCACAT | 69 | 2313 | | 1158215 | 5744 | 569 | 543 | 5968 | TAGAGAAGAATCCCCC | 66 | 2314 | | 1158248 | 583 | 578 | 66 | 67 | GCTCATCACITTATGA | 9o | 2315 |
| Composto | * deParida | deParada | SitodePanida | sitodeParada | Seuênciasas) — IesuTol| nor | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158612 | 61 | 666 | 750 | 7065 | AGTGITCCIGCATGTA | 69 | 2323 | | 1158678 | 735 | 750 | 734 | 739 | AGITACICCAGCATAR | 69 | 2325 | | 1158610 | 724 | 7279 | 7463 | 7478 | AAGGCTCCATGGITGT | 68 | 232% | & | Es | 1158909 | 8186 | 80 | 8868 | 800 | ATITGAACCCCGTCCT | 69 | 2335 | P | 11589492 | 810 | 825 | 809 | 824 | AAAGATATIGIGCTGT | 89 | 2336 |
Tabela 61 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | uePanida |. deParada —) SítodeParida | Sitode Parada | Semência(sas) [Medo | noi | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 56456 | 318 | 313 | 338 | 3333 | CAMACTGCITACAGAT | 69 | 2340 | | 1156478 | 120 | 135 | ao [oo | cCAGGCGAGCTGAGGCT | 93 | 2341 | [L116611 | 243 | 25688 | 209 | 224 | TAMATACCACCACCTG | 98 | 234 | | 1156618 | 585 | 50 | 419 | 506 | CAMATCGCCATGGANA | 8 | 2345 | SN o
S
ER | 11566788 | 952 | eo | ow | 93 | TATAGITTACCACCT | 8 | 2350 | [11672220 | 224 | 2439 | 2684 | 269 | ACCTGGGICAGCTGIC | 8 | 2363 |
| Composto | ue Panida | deParada — ) SifodePatida | SitodePaada | Semência (sas) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 11567587 | 364 | 369 | 384 | 3869 | TATAGCATOTIGIGGAA | 80 | 2373 | | 1157620 | 366 | 361 | 386 | 381 | TGCCARCAGCACAGCG | 9 | 2374 | 8 = Es
P | 11567887 | 426 | 441 | 4025 | 4040 | CTCTGCATCTAGGCCA | 60 | 2382 | | 1158219 | 5768 | 5763 | 567 | 5982 | TCGCAGACAMAGTTIC | 69 | 2392 |
| Composto | ue Panida | deParada— ) SifodePatida | SitodePaada | Semência(sas) | mo) | no. | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 1158749 | 7681 | 706 | 780 | 705 | TTACCTTGAMACCGAT | 69 | 2407 | | 1158781 | 763 | 7788 | 7062 | 797 | GITANCANTTTGCAGG | 60 | 2408 | 8 = | 1158881 | 835 | s85s0 | 834 | 849 | AGAGCATIGGAGATCA | 8 | 2411 | Es
P
Tabela 62 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto | deParida | deParada | Síto do Partida | Síto de Parada | Semuência (sas) — | ur) | 992º | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1156648 | 594 | so | so | 57% | CCCACGGCCCGEAaCeS | 8 | 2422 | NS | 1156683 | 77 | 732 | 63 | 68 | GAAMMACCCACIOITGG | 90 | 2423 | NS Ss
ER | 1156817 | ND | ND | go | 104 | TCATCARMACACCICAC | 108 | 2427 | L11568681 | ND | ND | 1116 [| 137 | GCTTATGGAACTIGAR | 90 | 2428 |
| Composto | deParida | deParada. | Sto de Partida | sito de Parada || Semuênia (sas) | Muro) | nos | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1157289 | 267 | 262 | 2867 | 282 | ACCAMATIGCACTICGC | 6 | 244 | 8 & Es
P | 11579214 | 480 | 485 | 509 | 524 | CTCAGGGITATGCITTA | 60 | 2460 | | 1157965 | 4900 | 4905 | 5099 | 514 | ATGGTAGATICCOGTAR | 8 | 24681 | | 1158088 | 5267 | 522 | 566 | 5481 | AATAAGCACITATOCC | 6 | 2465 | | 1158288 | 5sos8 | 53 | 657 | 672 | ACCTITTACICICAIC | 6 | 2471 | [1158320 | 67 | 6 | 66 [| 69 | CCACTCTAAGATIGTA | 6 | 2472 |
| Composto | deParida | deParada. | Sto do Partida | sito de Parada | Semuênia (sas) | uTo)| nao | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 115845? | 6512 | 627 | 6171 | 62 | CTTCARCANTCACTIACK | 98 | 2476 | | 11586883 | 746 | 761 | 7345 | 7360 | GCTCACATGCCAGITA | 68 | 2479 | | 1158649 | 7396 | 7411 | 755 | 760 | AGCATICCITOGGATG | 8 | 2481 | | 11587882 | 77664 | 779 | 7063 | 798 | TGITANCANTITGCAG | 8 | 2485 | 8 = Es
P
Tabela 63 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto [º eamida To deParada Sto de Panida |-Sito de Parada | Seauência (sas) — [duro | Soo | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 395254 | 483 | 4862 | 5042 | 5061 |GGCATATGCAGATANTGITC| 80 | 18 | | 115648 | 1233 | 1388 | e& | 104 | CTICAGGCGAGCTGAG | 104 | 2494 | | 11565138 | 248 | 263 | 24 | 229 | TTATCTAMATACCACC | 98 | 2495 | | 115647 | 346 | 361 | 32 | 37 | TGGITAGGIATGAGCT | 96 | 2496 |
NS | 11566883 | 78 | 733 | 64 | 69 | TGAMMACCCACTCITG | 100 | 2500 | K
S
ER | 115618 | ND | ND | 104 | 109 | ACGGGTCATCAMACAC | 8 | 2504 | | 115662 | ND | ND | 1m7 | 1132 | AGCITATGGAACTTIGA | 8 | 2505 | | 1156886 | 1013 | 108 | 123 | 128 | AATICGATCACCTICC | 8 | 2506 | | 157156 | 2275 | 220 | 2475 | 240 | ACTATATITAAGGCCT | 6 | 2514 |
| composto [º deparida o deParada | sito de Panida | sito de Parada || Semência(saa) nro) | ºnooo | Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 11573938 | 2742 | 267 | 202 | 2067 | CTAGGATCCICTACeEC | 8 | 2518 | | 1157367 | 280 | 285 | 300 | 305 | TTGCCGACCTCACGGA | ND | 2519 | | 15756 | 456 | 47 | 43856 | 4381 | AGTATCAMATIATGAC | ND | 2531 | 8 ? | 11578898 | 423 | 4438 | 463 | 468 | TCTTACITGATANTAC | 9 | 2533 | Es
P | 1158121 | 53886 | 540 | 568 | 559 | ACAAGICCTACAATIT | 6 | 2542 |
| composto [º deparida o deParada | sito de panida | sito de Parada || Semuência (aa) — nsuro)| ºnooo |
Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1158421 | 6434 | 649 | 633 | 668 | GCAGCGGGATCAGAAC | 66 | 2551 | | 11584583 | 634 | 649 | 633 | 6748 | TATCACICAGCIGGAT | 66 | 2552 | | 11586884 | 748 | 763 | 7347 | 7362 | TIGCICACATGCCAGT | 6 | 2556 | | 15817 | 760 | 765 | 789 | 7864 | AGCTACTGGCTGCATC | ND | 2560 | | 1158888 | 773 | 788 | 7092 | 7087 | ATACCCITCIGITANC | 98 | 2562 | 8 3 Es | 1158915 | 8194 | 809 | 89 | 808 | CCGCAGGGATITGANC | 98 | 2566 | P | 1158948 | 86 | 841 | 825 | 8540 | AGGATGIATATAGITC | 98 | 2567 |
Tabela 64 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt | Composto |º dePamida —) deParada | sito de Partida | Síto de Parada || — Semuência(Sas) — | MuuTO) rain no Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | seesos | 8165 | 810 | 8 | 809 | GCCGCAGSGATTTGAR | 6 | 2571 | | 1156481 | 130 | 145 [| 98 | 117 | GACCTGCCTICAGGCG | ND | 2572 |
NS & | 1156684 | 79 | 734 | 65 | 70 | GTGANMACCCACTCIT | oo | 2578 | S
ER | 11567517 | 81 | s68 | e&7 | 82 | TACGCACTIGAGCCCC | 100 | 2580 | | 1156786 | —eo56 | 97 | ço | o | TAGGTATAGITACCA | 98 | 2581 | | 1156921 | 1067 | 108 | 1267 | 12633 | CCGCACAGCTCGEGCE | 8 | 2585 | | 1157066 | 1587 | 1602 | 177 | 182 | TTAMATGACGCAATTO | 96 | 2589 | | 1157157 | 2276 | 291 | 246 | 2491 | TACTATATTTAAGGCC | 99 | 2592 |
| Composto 1º dePartida | deParada | Sitode Partida | Sitode Parada || Seauência(Sas) — | euumo EG ID No) Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1157425 | 2970 | 2085 | 3170 | 3185 | CAAGATICATGAGTAT | 6 | 2600 | | 1157491 | 3233 | 348 | 333 | 348 | CCCGCCTCAGITACAC | 96 | 2602 | 8 Ss | 15757 | 483 | 4098 | 4383 | 4398 | CTCTATACTTIGANRGG | 8 | 2610 | Es
P | 1158024 | 5186 | 5150 | 534 | 5349 | CAMACGAMACATIGGC | 69 | 2617 | | 1158122 | 5388 | 502 | 5586 | 561 | GAACAAGICCTACAAT | 68 | 2620 | | 1158222 | 572 | 5879 | 5917 | 5986 | GTGITCGCAGACAMAG | oo | 2623 |
| Composto 1º dePartida | deParada | Sitode Partida | Sitode Parada ||| Seauência(Sas) — | euumo BEGID NO] Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) | 1158856 | 6194 | 60 | 693 | 608 | CAMMATCCIGAANTGEGC | 9 | 2627 | | 1158518 | 666 | 68 | 76 | 780 | TAGIGGITCCCANTOOC | 8 | 2632 | 8 = Es
P
Exemplo 14: Projeto de gapmers com modificações 2'-O-metil complementares ao RNA MALAT1 humano
[00415] Foram projetados oligonucleotídeos modificados comple- mentares ao ácido nucleico MALAT1 humano. Os oligonucleotídeos modificados na tabela abaixo são gapmers 3-10-3 cET. Os gapmers têm 16 nucleosídeos de comprimento, em que o segmento de lacuna central compreende uma combinação de um nucleosídeo 2'-O-metil e nove 2'-desoxinucleosídeos. O segmento de lacuna central é flanqueado por segmentos de asa na direção 5' e na direção 3' compreendendo três nucleosídeos cada. Cada nucleosídeo no segmento da asa 5' e cada nucleosídeo no segmento de asa 3' tem uma modificação de açúcar cEt. As ligações internucleosídicas ao longo de cada gapmer são ligações fosforotioato (P=S). A coluna de sequência e notação química especi- fica a sequência, incluindo 5-metilcitosinas, química do açúcar, e quíi- mica da ligação internucleosídica; em que o 'd' subscrito representa uma fração de açúcar 2'-B-D-desoxirribosil, o 'k' subscrito representa uma fração de açúcar cET, o 's' subscrito representa uma ligação in- ternucleosídica de fosforotioato, o 'm' subscrito antes do resíduo de citosina representa um 5-metilcitosina, e o 'y' subscrito representa uma fração de açúcar 2'-OMe. "Sítio de partida" indica o nucleosídeo mais próximo de 5' ao qual o gapmer é complementar na sequência de ácido nucleico humana. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais próximo de 3' para o qual o gapmer é complementar na sequência de gene humano.
[00416] Cada oligonucleotídeo modificado listado na tabela abaixo é complementar à sequência de ácido nucleico MALAT1 humano SEQ ID NO: 1 (Nº de Acesso GENBANK: XR 001309.1).
Tabela 65
Gapmers cET com açúcares 2'-OMe complementares ao MALAT1 humano
Ts asas meenn | memo June
[sosot | asa | ss0o | COTTAGTTGGCATCAA | MoumosTuTAnGaTaTaGuGarcATarCÀADA | 6 | es
$ Mm e
*
Número do | SEQIDNO:1 | SEQID NO:1 ência (5a 3º ão Química (5' a 3º Sítio de Partida | Sítio de Parada Sequência (5' a 3') Notação Química (5' a 3') sean: 1304900 6699 6714 TGATUTTAAGGTTGCA | — TeGrsAssTasUysTas TesAssAus GasGasTas Tas Gks"CisAr 2658 1804901 5525 5540 AGCCUTCAGAGATTCA | AsGie"Cis"CasUys Tas" CasAssGasAusGasAus Tas Tks "Cio Ar 2659 1304902 5050 5065 AGGAUTAATGTAGTGT | — AusGisGrsAcsUys Tas AusAus Tas Gas Tas Aus Gas Tia Gus Tk 2660 1304903 5051 5066 CAGGATTAATGTAGTG | "CisArsGisGasAysTasTasAusAus Tas Gas Tas Aus Gr Tia Gr 1304904 4821 4836 GTAGUAAGAATCTCAG | GrsTrsAnsGasUysAss Ace Gas Aus Aus Tas "Cas Tas" Custe Gr 2661 1304905 1564 1579 GTCAUGGATTTCAAGG | GeTrs"CrsAssUys Gas GasAusTas Tas Tas" CasAssAAis Gis Gr 2662 1304907 1535 1550 TTCGGTTTAATCTCTT | TeTe"CksGasGysTasTasTasAusAusTas"CasTas"CusTrsTr 1304908 4932 4947 TGGTUATAGCTTGACA | TisGwsGrsTasUrsÃAus TasAusGas"CasTasTasGasArs" Cià 2663 o
O o Ss
O
E s
Exemplo 15: Inibição antisense de MALAT1 humano em células HepG2 por gapmers 3-10-3 cEt
[00417] Os oligonucleotídeos modificados complementares a um ácido nucleico MALAT1 foram sintetizados e testados quanto ao seu efeito nos níveis de RNA MALAT1 in vitro em comparação com os compostos comparativos 395240 e 556089 descritos acima. Os oligo- nucleotídeos modificados foram testados em uma série de experimen- tos usando as mesmas condições de cultura. Os resultados para cada experimento são apresentados em tabelas separadas mostradas abaixo.
[00418] “Coma exceção dos compostos comparativos 395240, que é um gapmer 5-10-5 MOE (ou seja, ele tem um segmento de lacuna central de dez 2'-desoxinucleosídeos flanqueados em cada lado por segmentos de asa, cada um compreendendo cinco nucleosídeos mo- dificados 2'-O-metoxietil), os oligonucleotídeos modificados são todos gapmers 3-10-3 cEt (ou seja, eles têm um segmento de lacuna central de dez 2'-desoxinucleosídeos flanqueados em cada lado por segmentos de asa, cada um compreendendo três nucleosídeos cEt modificados). As ligações internucleosídicas ao longo de cada oligonucleotídeo mo- dificado são ligações fosforotioato (P=S). Todas as nucleobases de citosina em cada oligonucleotídeo modificado são 5-metilcitosinas.
[00419] "Sítio de partida" indica o nucleosídeo mais próximo de 5' da sequência alvo ao qual o oligonucleotídeo modificado é complementar. "Sítio de parada" indica o nucleosídeo mais próximo de 3' da sequência alvo ao qual o oligonucleotídeo modificado é complementar. Conforme mostrado nas tabelas abaixo, os oligonucleotídeos modificados são 100% complementares ao transcrito de RNA MALAT1 humano, de- signado neste documento como SEQ ID NO: 1 (Nº de Acesso GEN- BANK XR 001309.1) ou ao transcrito de RNA MALAT1 humano de- signado neste documento como SEQ ID NO: 2824 (Nº de Acesso
GENBANK EF177381.1).'N/D' indica que o oligonucleotídeo modificado não é complementar a essa sequência alvo particular com 100% de complementaridade.
[00420] As células HepG2 cultivadas a uma densidade de 20.000 células por poço foram transfectadas usando a eletroporação com 300 nM de oligonucleotídeo modificado. Após uma incubação durante a noite, o RNA foi isolado das células e os níveis de RNA MALAT1 foram medidos por RTPCR quantitativo em tempo real. O conjunto son- da-primer humano RTS2738 (sequência forward GAATTGCGTCATT- TAAAGCCTAGTT, designada neste documento como SEQ ID NO: 2820; sequência reverse TCATCCTACCACTCCCAATTAATCOT, de- signada neste documento como SEQ ID NO: 2821; sequência de sonda ACGCATTTACTAAACGCAGACGAAAATGGA, designada neste do- cumento como ID SEQ: 2822) foi usado para medir os níveis de RNA. Os níveis de RNA MALAT1 foram normalizados para o teor de RNA total, conforme medido pelo RIBOGREENO. Os resultados são apre- sentados como alteração percentual do RNA MALAT1, em relação ao controle de PBS. O símbolo "+" indica que o oligonucleotídeo modifi- cado é complementar ao transcrito alvo dentro da região do amplicon do conjunto sonda-primer e, portanto, os dados associados não são con- fiáveis. Em tais casos, ensaios adicionais usando sondas primer alter- nativas devem ser realizados para avaliar com precisão a potência e eficácia de tais oligonucleotídeos modificados.
Tabela 66
Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt
| Composto | *- deParida — | doParada — | Sítode Partida | SitodeParada | — Sºmuência(Sas) — | AUTO fsFain no;
Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 556089 | 645 | 660 | 664 | 6659 | GCATICIANTAGCAGC | 6 | 31 | | ssa466 [a Pa a 7 | GGGCcCcccAGICOCTITA | 86 | 2666 | | 55924744 | o | eo | o | 949 | CITTGAGGGACAGTAGG | 8 | 2674 | | 559479 | 1445 | 1480 | 165 | 160 | TTGGTATTANTICGGG | 8 | 2679 |
| Composto | * deParida — | deParada | SifodePatida | sitodeParads | — Somuênci(sas) — | nuuTo [sea io No: Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 5592493 | 3166 | 3181) | 33866 | 33881 | GTCATCTATTCACAMA | 8 | 2692 | | 552497 | 369 | 364 | 389 | 384 | AGTACTATAGCATCTIG | 8 | 32 | 8 3 Es
P | 559518 | 546 | 5481 | 565 | 560 | TITAGAGGCTITTAAG | 6 | 2716 | | 559519 | 5569 | 5584 | 57668 | 573 | GTAACATCIGATICTA | 9 | 2717 |
| Composto | * deParida — | deParada | SifodePatida | sitodeParads | — Somuênci(sas) — | nuuTO [sra io No: Composto de Partida de Parada Sítio de Partida Sítio de Parada (% UTC) | 5595497 | 7404 | 7419 | 7603 | 7688 | GTACTICANGCATTCC | 8 | 2732 | | 5596551 | 7748 | 776 | 747 | 7062 | GCAMATTANTGGCCTT | 8 | 2734 | 8 | Es
P
Tabela 67 Inibição de RNA MALAT1 por gapmers 3-10-3 cEt [55 rs os Rama [REEE] mr Trena Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) [sz | a ss | ss | 6 | emecramarececse | 2 | 274 | &
S [ssa | eo | mo | eo | 7 | caorocraceaettee | se | are | [se | ND | meo | am | ms | Tccecccermatea | 6 | 2750 | [sos | so [sao | ms [Mo | cecerremaamatit | ss | 2% |
[E asa EE ERES] mec es Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) [osso | aos | ams | so | me | GcmmmoctoTos | 9 | 276 | e ê
É [ss | 5 | asio | amo | ars | GccasTTAMCARTEGA | 6 | 278 | [Ossos | asas [amo | as | ass | AGCOCACCTOTA | 60 | 277 |
[E asa EE ESA] marco [ess Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) [ssa | asso | am | 508 | sta | ToraATCCeTAC | 6 | 27 | [ssa | soa | som | s%3 | sms | ccrmmoramaceas | 6 | 276 | [sor | soa | sor | sto [ss | GaTOCOARCTOATCTO | 8 | 276 | [esoses | sta | sim | 6a | ssso | ecaMACGARACATTGO | 8 | 2766 | [sseso | sao | sas | sm | so | ACATGCAATACTGCA | à | 278 | e 3
É [sosso | ssa | seo | os | e | cramBITACATTCO | 9 | 276 | [ossos | soma | om | 6a | sas | TAGACcCoTGACTITO | 8 | 27% |
[E asa EE ES] mec [e Composto de Partida de Parada Sítio de Partida | Sítio de Parada (% UTC) [ossos | 738 | 78 | 75mo | 75 | crraeeatatamceo | 6 | 2805 | e 8
É
Exemplo 16: Inibição dependente da dose de MALAT1 humano em células A431 por gapmers 3-10-3 cEt
[00421] Certos oligonucleotídeos modificados descritos nos estudos acima exibindo inibição in vitro significativa de RNA MALAT1 foram selecionados e testados em várias doses em células A431 em com- paração com compostos comparadores 395240, 395243, 395244, 395248, 395253, 395254, 395255, 395256, 395280, 556089 e 559497 descrito acima.
[00422] Os oligonucleotídeos modificados foram testados em uma série de experimentos usando as mesmas condições de cultura. Os resultados para cada experimento são apresentados em tabelas se- paradas mostradas abaixo. Células A431 cultivadas a uma densidade de 10.000 células por poço foram transfectadas usando absorção livre com oligonucleotídeos modificados diluídos em diferentes concentra- ções, conforme especificado nas tabelas abaixo. Após um período de tratamento de aproximadamente 48 horas, os níveis de RNA foram medidos conforme descrito anteriormente usando o conjunto son- da-primer humano RTS2736. Os níveis de RNA MALAT1 foram nor- malizados para o teor de RNA total, conforme medido pelo RIBO- GREENO. Os resultados são apresentados como alteração percentual do RNA MALAT1, em relação ao controle de PBS.
[00423] A concentração do fármaco que induz metade do efeito máximo (ICs5o) de cada oligonucleotídeo modificado foi calculada usando uma regressão linear em um gráfico log/linear dos dados em excel e também é apresentada nas tabelas abaixo. Os valores de %UTC para oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo nas tabelas abaixo foram apresentados anteriormente no Exemplo 3 (Ta- bela 3) acima. Os dados de %UTOC e IC5o para oligonucleotídeos modi- ficados marcados com um asterisco triplo (&.) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados apresentados no Exemplo 3, pois os dados são dos mesmos experimentos. Tabela 68 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do MALAT1 (% UTC) | [eae Lan] tom | som | asonm | icu rt | 395240 305248 — | 17 | 6 | mM [6 2 3095244 | o [1 | na [as o | 2 305248 395258 — | 108 | 90 | 7 [2 8 1) 395254 — | o | 8 | 5 [6 6 2) 305255 —| 67 | 8 | 81 [ 6 [ 2 | 395256 395280 — | 80 | 7 | 7 [8 2X 2) 556089 560407 | so [sa 7 [4 [ n 2 560500 | 16 [18 | & [| 8 [ 2) Tabela 69 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do Composto [ 04nM | 2nM | 1onM | S5OnM | 250AM | CAM | | so52400 | o | 7 | 4 | 1 [| 10 [| 9 | | 3952533 | 8& | 74 | 3 | 8 [| 6 [| 6 | | se5s256 | 8 | 7 | 48 | 2% | 7 [| 9 | | sses641 | 8 | 6 | 30 | 8 [| 2 [| 4 | | 1157124 | && | 6 | 3 | 8 [| 3 [| 6 | | 115590922 | 6 | 23 | 6 | 2 [| 1 | oa | L 1158618 | 76 | 6 | 2 | 5 [| 3 [| 3 |) Exemplo 17: Inibição dependente da dose de MALAT1 humano em células A431 por gapmers 3-10-3 cEt
[00424] Certos oligonucleotídeos modificados descritos nos estudos acima exibindo inibição in vitro significativa de RNA MALAT1 foram selecionados e testados em várias doses em células A431.
[00425] Os oligonucleotídeos modificados foram testados em uma série de experimentos usando as mesmas condições de cultura. Os resultados para cada experimento são apresentados em tabelas se- paradas mostradas abaixo. Células A431 cultivadas a uma densidade de 10.000 células por poço foram transfectadas usando absorção livre com oligonucleotídeos modificados diluídos em diferentes concentra- ções, conforme especificado nas tabelas abaixo. Após um período de tratamento de aproximadamente 48 horas, os níveis de RNA foram medidos conforme descrito anteriormente usando o conjunto son- da-primer humano RTS2736. Os níveis de RNA MALAT1 foram nor- malizados para o teor de RNA total, conforme medido pelo RIBO- GREENO. Os resultados são apresentados como alteração percentual do RNA MALAT1, em relação ao controle de PBS.
[00426] A concentração do fármaco que induz metade do efeito máximo (ICs5o) de cada oligonucleotídeo modificado foi calculada usando uma regressão linear em um gráfico log/linear dos dados em excel e também é apresentada nas tabelas abaixo. Os valores de %UTC para oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo nas tabelas abaixo foram apresentados anteriormente no Exemplo 3 (Ta- bela 3) acima. Os dados de %UTOC e IC5o para oligonucleotídeos modi- ficados marcados com um asterisco triplo (&.) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados apresentados no Exemplo 3, pois os dados são dos mesmos experimentos. Tabela 70 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Composto | 03nM | 1nW [/ S5nM [| 20nM | iConM | | 559664 | 12 | o | 7 | 3 | 1 || | 11567190%% [| 8 | e&3 | 588 | 18 | 6 | | 1167191 | 140 | && | 6 | 29 | og ||
Número do MALAT1 (% UTC)
Composto | 03nM | 1nW [/ 5nM [| 20nM | iConM | 1157525 1157886 | 13 | 113 | 119 | 8& | >20 | 1157024 | eo | 8& | 6 | 2 | & | 11579025 | & | o | 6 | 2 | eg || 11579058 | 114 | & | 5 | 2 | 6 | 115790598 | o | 6 | 4 | 1 | 3 || 1157992 | 70 | & | 44 | 1 | 3 | 1157993 1158157 | o | 6& | 7 | 3 | & | 1158618 | es | s& | as | 2 | & || 1158652 1158820 1158888 | 106 | og | 7 | 2 | 1 |
Tabela 71 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do MALAT1 (% UTC)
Composto | O03nM | 1t1nM [| 5nM | 20nM |[ IConM | 559564 | 17% | o | 58 | 16 | 6 | 115666598 | 7 | 7 | 3 | 9 | 2 | 11569660 | 1686 | 118 | 5 | 2 | 8 | 1156993 1157002 | 118 | 112 | e6& | 2 | 8 | 1157093 157127 | 102 | & | 72 | 23 | 9 | 1157928 | o | 8 | ss | 2 | 6 | 1157960 1157994 11581688 | 8 | mn | 3 | 6 | 2 | 1158159 1158359 | o | eg | e6& | 30 | 10 | 1158400 | o&8 | 1º | e6& | 2 | 8 | 1158491 | o | 7 | 3 | 6 | 3 | 1158492 1158622 115882314 | o | 7 | 5 | 1 | a | 1158855
Tabela 72 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do MALAT1 (% UTC)
Composto | 0,3nNM| 1nM | 5nM | 20nM | ICsonM | 559564 | 145 | 123 | 63 | 23 | o | 1157095 1157128 | 96 | 130 | 83 | 37 | >20 | 1157130 | 101 | oo | 6 | 18 | 6 ||
Número do
Composto | 0,3nM| 1nM | 5nM | 20nM | ICsonM | | 1157481 | 8 | 6 | 6 | 46 | 14 | | 1157597 | 121 | 8 | 58 | 16 | 6 | | 1157831 | 94 | 9 | 6 | 28 | e | | 11581674 | 83 | 77 | 37 | eg | 3 | 1158227 | 83 | 8 | 6 | 24 | 6 | | 1158429 | 144 | 101 | 6 | 29 | 8 | | 1158789 | 107 | 121 | 98 | 43 | >20 | | 1158857 | 105 | 107 | 6 | 23 | 8 ) Tabela 73 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do
Composto | 0,3nM | 1nM | 5nM | 20nM |[ICsnM | | 559564 | 151 | 9 | 57 | 19 | 6 | | 11569968 | 96 | 8 | 51 | 24 | 6 | | 1157098 | 107 | 112 | 6 | 45 | 18 | | 1157097 | 79 | 70 | 3 | gg | 2 | 1157697 | 73 | 8 | 51 | 19 | 4 | 1157897 | 98 | 102 | 6 [| 29 | 10 | | 1158000 | 146 | 83 | 74 | 25 | 8 | | 1158263 | 102 | 9% | 6 [| 28 | q | | 1158495 | 104 | 90 | 4 | 1 | 4 ) | 1158625 | 80 | 68 | 48 | 21 | 3 | | 1158859 | 99 | 96 | 58 | 18 | 6 |)
Tabela 74 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do
Composto | 03nM] 1nM | 5nM | 20nM [ICsonM| | 11570832 | 8 | 108 | 35 | 8 | 5 | | 1157064 | 8 | 75 | 43 | 16 | 3 | | 11570909 | 8 | 78 | 55 | 25 | 5 | | 1157534 | 79 | 75 | 6 | 36 | 9 | | 1157535 | 105 | 9 | 45 | 19 | 5 | | 1157701 | 102 | 96 | 61 | 18 | 6 | | 1157898 | 8 | 8 | 59 | 238 | 6 | | 1158002 | 9 | 73 | 34 | 10 | 3 | | 1158165 | 93 | 68 | 27 | 7 | 2 | | 1158232 | 79 | 8 | 61 | 21 | 5 | | 1158431 | 107 | 8 | 74 | 32 | 11 | | 115897 | 94 | o | 56 | 20 | 6 | | 1158626 | 79 | 8 | 5 | 3 | 9 | Tabela 75 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do
Composto | 0,3nNM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsonM | | 1157001 | 100 | 76 | 36 | 8 | 3 || | 1157034.& | 72 | 567 | 28 [6 [| qo) | 1157035 | 115 | 89 | 46 | 17 | 4 | 1157102 | 113 | 65 | 25 | 8 | 3 || | 1157886 | o5 | 8 | 56 | 28 | 6 || | 11579001 | 56 | 83 | 6 | 16 | 6 | | 11579002 | 109 | 8 | 34 | 13 | 4 | | 1157084 | 108 | 8 | 46 | 1 | 4 ||
Número do
Composto | 0,3nNM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsonM | | 11579069 | 119 | 96 | 53 | 17 | 6 || | 1157070 | 8& | 6 | 19 | 5 | 2 || | 1158008 | 8 | 8 | 43 | 10 | 3 || | 1158004 | 90 | 6 | ao papa | 1158168 | 8 | 6 | 3 | 9 | 2 ); Tabela 76 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do
Composto | 0,3nNM | 1nM | 5nM | 20nM |ICsnM | | 559564 | 135 | 8 | 568 | 17 | 6 | | 1157038 | 99 | 76 | 42 | 2 | 4 | | 1157103 | 95 | 8 | 586 | 30 | 7 | | 115777 | 129 | 8 | 40 | 1 | 5 | | 1157577 | 128 | 101 | 8& | 24 | 10 | | 1157988 | 95 | 6 | 38 | 11 | 3 | | 1157977 | 83 | 6 | 16 | 5 | 2 | | 1158005 | 98 | 68 | 2] | 7 | 2 | | 1158135 | 88 | o1 | 63 | 29 | 8 | | 11581368 | 63 | 8 | 46 | 19 | 5 | | 1158187 | 8 | 6 | 28 | 98 | 2 | | 1158286 | 99 | 102 | 78 | 34 | 12 | | 1158631 | 99 | 12 | 8 | 70 | >20 | Tabela 77 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do
Composto | 0,3nNM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsnM | | 559564 | 129 | 9 | 55 | 18 | 6 | | 1157139 | 8 | 6 | 4 | 1 | 3 )
Número do
Composto | 0,3nM | 1nM | 5nM | 20nM |IC5onM | | 1157575 | 102 [| 61 | 29 | 9 | 3 | | 11579005 | 117 [| 991 | 47 | 2 | 6 | | 1157974 | 128 | 106 | 47 | 12 | 6 | | 11581388 | 91 | 8 | 4 | 14 | 4 | | 1158139 | 93 | 6 | 258 | 7 | 2 | | 1158171 | 102 [| 8 | 28 | 8 | 3 | | 1158338 | 96 | 9 | 57º | 17 | 5 | Tabela 78 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Composto | O3nM | 1nM | S5nM | 20nM | IConM | [650664 | 132 | 108 | 68 | 2 | 8 | [115708 | a | 7 | 3 [ 9 [| 3) | 11571422 | 11 | 9 | 8 | 28 | 13 || [1157207 | 129 | 102 | 6 [| 2 | 8 | 1157841 | 117 | 93 | 6 | 43 | 14 | | 1157942 | 113 | 9 | 72 | 19 | 8 || [1157943 | 142 | 102 | 6 [| 2% | 8 | | 1158140 | 8 | 68 | 3 [| 12 | 2 | [115870 | o | 8 | 58 [| 18 | 5 |)
Tabela 79 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do Composto | 0,3nM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsonM | | 1157075 | 85 | 8 | 6 | 28 | 8 | | 11570766 | 134 | 113 | 8 | 32 | 12 | | 11571714 | 108 | 73 | 6 | 7 | 2 | | 1157279 | 127 | 11 | 9 | 74 | >20 | | 11574788 | 134 | 114 | 74 | 13 | 8 | | 1157644 | 90 | 9 | 6 | 2 | 7 | | 1157712 | 128 | 9 | 51 | 19 | 6 | | 1158072 | 119 | rot | ao | 44 | 27 | | 1158788 | 98 | 9 | 72 | 30 | 10 | Tabela 80 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do Composto | 0,3nM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsnM | | 1157180 | 95 | 94 | 6& | 3 | eg | | 11572822 | 128 | 98 | 6 | 25 | 8 | | 1157448 | 96 | 9 | 20 | 238 | 4 | | 1157612 | 9 | 99 | 567 | 48 | 12 | | 1157880 | 102 | 100 | 6& | 4 | 15 |
Número do
Composto | 0,3nM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsonM | | 1157046 | 112 | 9 | 68 | 37 | 11 || | 1158312 | 9 | 99 | 77 | 33 | 13 || | 11585647 | 102 | 96 | 68 | 43 | 16 | Tabela 81 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Composto | 0,3nM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsonM | | 5595684 | 145 | 127 | 6 | 22 | 9 || | 1157014 | 9 | & | 6 | 23 | 6 || [1157048 | o | Ba | E 1 2) | 11570806 | 9 | 78 [| 47 | 15 | a | | 1157718 | 131 | go | 584 | 15 | 6 | | 1157782 | 98 | 79 | 4 | tt | a || | 1157915 | 95 | 101 | 49 | 15 | 6 || | 1157948 | 110 | o | 6 | 18 | 6 || [11579561 | 12 | 7 | 22 | 8 | 3 | 1157988 | 8 | 8& | 41 | 8 | 3 || [1158810 | so | 63 [| 2 | 58 | 2) | 1158812 | & | 49 [| 13 | 3 | 1 Tabela 82 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados
Número do
Composto | O3nM | 1nM | S5nM | 20nM | IConM | | 559564 | 129 | 101 | 6 | 25 | 8 |
Composto | O3nM | 1nM | S5nM | 20nM | IConM | | 1157185 | 156 | 109 | 6 [| 23 | gg | 1157318 | o | 9 | 7 | an [| 18 | [1157886 | o | 101 | 4 [| 1 [| 6 | 1157919 | o | & | 349 to | 3 | 1158084 | 112 | 93 | 6& 3 [| 8 | | 1158183 | oo | a] so [| 2 | 5 | 1158645 | 107 | 98 | ao [2 | Gg | | 1158814 | o8 | 8 | 6 [23 | 7 | Tabela 83 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do Composto | 0,3nNM | 1nM | 5nM | 20nM |[ICsnM)| | 1157015 | 94 | 8& | 3 | 1 | 3 | | 1157017 | 8 | 75 | 43 [17 | 4 | | 1157084 | 8 | 8 | 51 | 12 | 3 | | 11575518 | 74 | 7 | 29 | 98 [| 4 | | 115717 | 8 | 6 | 27 | 8 | 7 | | 1157754 | 99 | 8 | 54 | 19 | 7 || | 1157918 | 96 | 76 | 40 | 98 | 3 | | 11579500 | 94 | 78 | 10 | 8 | 2 | | 1158021 | 174 | 131 | 6&o | 19 | 2 | | 115878806 | 8 | 99 | 6 | 19 | 5 | | 1158811 | 105 | 65 | 40 | 8 | 4 | | 1158813 | 100 | 110 | 6 | 12 | 8 )
Tabela 84 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do Composto | 0,3nM | 1nM | 5nM | 20nM | ICsnM | | 559564 | 179 | 119 | 6 | 17 | 8 || | 1156954 | o3 | 8 | 59 | 25 | 6 | | 1156987 | 118 | 8 | 3 | 7 | 4 | | 1157021 | 1066 | 8 | 17 | 24 | 4 | | 1157188 | 1066 | 93 | 58 | 28 | 8 | | 11572900 | 115 | 8 | 7A | 27 | 8 | | 1157489 | 100 | 8 | 35 | 6 | 3 | | 1157922 [| 91 | do | 6 | 19 | 7 | 1157954 | 98 | 8 | 48 | 18 | 5 | | 11580566 | 91 | 8 | 57 | 24 | 6 | | 1158186 | 77 | 8 | 5 | 22 | 6 | | 1158187 [| 98 | 8 | 45 | 12 | 4 | | 1158285 | 90 | 73 | 57 | 24 | 5 | | 1158386 | 119 | 9 | 56 | 13 | 6 | | 1158615 | oa | as | 8 | q | a Tabela 85 Redução dependente da dose do percentual de RNA MALAT1 humano em células A431 por oligonucleotídeos modificados Número do Composto | 0,3nM | 1nM | SnM | 20nM |ICsnWM]| | 1157123 | 128 | 112 | 58 | 32 | 9 | | 1157223 | 99 | 8 | 54 | 24 | 6 | | 1157524 | 105 | 103 | 52 | 15 | 6 | | 1157726 | 106 | 8 | 6 | 36 | 11 | | 1157756 | 102 | 8 | 8& | 45 | >20 | | 1157028 | 8 | 8 | 24 | 18 | 3 | | 1157967 | 8 | 9 | 38 | 17 | 5 )
Composto | 0,3nNM | 1nM | 5nM | 20nM |[ICsonm | | 1157091 | 88 | 8 | 25 | 4 | 2 | | 1158255 | 90 | 8 | 74 | 2 | 9 | | 1158717 | 8 | 97 | 8 | 6 | 20 | | 1158851 | 8 | 8 | 95 | 8 | 20 | Exemplo 18: Inibição dependente da dose de MALAT1 humano em células MDA-MB-436 por gapmers cEt
[00427] Os oligonucleotídeos modificados descritos nos estudos acima foram testados em várias doses em células MDA-MB-436. As células MDA-MB-436 cultivadas a uma densidade de 5.000-12.000 células por poço foram tratadas usando absorção livre com oligonucle- otídeos modificados diluídos nas concentrações descritas nas tabelas abaixo. Após aproximadamente 48 horas, os níveis de RNA MALAT1 foram medidos conforme descrito anteriormente usando o conjunto sonda-primer MALAT1 humano RTS2736. Os níveis de RNA MALAT1 foram normalizados para b-actina, medidos usando o conjunto son- da-primer humano HTS5002 (descrito neste documento acima). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo como o controle per- centual da quantidade de RNA MALAT1 em relação às células de con- trole não tratadas (%UTC). Os IC50s foram calculados usando a fór- mula “log (inibidor) vs. resposta - inclinação variável (4 parâmetros)” usando o software Prism6. Os valores de %UTC para oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo nas tabelas abaixo foram apresentados anteriormente no Exemplo 4 (Tabela 4) acima. Os dados de %UTOC para oligonucleotídeos modificados marcados com um aste- risco triplo (3) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados apresen- tados no Exemplo 4, pois os dados são dos mesmos experimentos.
Tabela 86
Inibição dependente da dose da expressão de RNA MALAT1 hu- mano por oligonucleotídeos modificados em células MDA-MB-436 amas das as iz es [68505 o a A [722 [ns [e RR [Os ss [nsnso [e TR a [EB e50 [sro [OB ao As [aa [rsrs [o ae e sas [see | A Os Ra [rsss [as Ba A [sas [15620 [66 O e E [98 [ssa [OB A a [Os As [see [68 ss ao 6 [2 [rsss [655 Os a [Rs [rss [Oo O as [Bs [ns [5 A a [sa Fsnmma [5 DOR A BRs ns [O O e = 6a [ss [io e Os ss [ste [ss a sm As 20 [sm OT a a A [az
Número do ocontrole Ic50 (nM) omposto | genm | om | 200nM | 1o6onm | TÍ5T9TO mó [rr [ss a e es 157950 57951 [106 [ss |O e es TS5TSTO 57972 T15T9Ta TS5ToTa 157901 T58008 [6 [5 [E E eo 1586056 [2 [a | e 1158139 T158140 1158159 1158163 Testa [o e e 1158165 vm [7 ar Rs e e T158492 messeta [as [3 | es 1158870 T1588T2 Exemplo 19: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados di- recionados a MALAT1 humano em camundongos CD-1
[00428] “Camundongos BALB/c são um modelo de camundongo multiuso, frequentemente utilizado para testes de segurança e eficácia. Os camundongos foram tratados com oligonucleotídeos modificados selecionados a partir dos estudos descritos acima e avaliados para alterações nos níveis de diversos marcadores químicos do plasma. Estudo 1
[00429] “Grupos de quatro camundongos BALB/c machos de 6 a 8 semanas de idade foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante 4 semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de quatro camun- dongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os camundongos foram sacrificados 24 horas após a administração final.
[00430] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática e renal, os níveis plasmáticos de aspartato amino- transferase (AST), alanina aminotransferase (ALT), bilirrubina total (TBIL) e nitrogênio ureico no sangue (BUN) foram medidos usando um analisador químico clínico automático (Hitachi Olympus AU400c, Mel- ville, NY). Os resultados são apresentados na tabela abaixo. Os ensaios incluem quatro animais em um grupo, exceto quando um asterisco (*) indica que 3 animais ou menos foram usados para um ensaio especí- fico. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram as alterações nos níveis de qualquer um dos marcadores de função hepática ou renal fora do intervalo esperado para os oligonucleotídeos antisense foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 87 Marcadores químicos de plasma em camundongos BALB/c machos Número do Composto ALT (IU/L) AST (IU/L) | BUN (mg/dL) 556057 6377 4060 556089 559479 559482 [6 [8 es 559484 2728 1760 559497” 559509 2535 2366 559511 2226 1626 559512 559519 559547 2213 559548 3279 1520 559551 559554 1921 1649
Número do Composto ALT (IU/L) AST (IU/L) | BUN (mg/dL) 559564 559567 2832 5557 559581 1301 559585 1038 1053 559587 559588 2706 2201 559590" 559596 559598 1301 | o& | 25 | 659609"
[00431] O peso corporal foi medido no dia 25, e o peso corporal médio para cada grupo é apresentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, rins e baço foram medidos no final do estudo, e são apresen- tados na tabela abaixo. Os oligonucleotídeos modificados que provo- caram quaisquer alterações nos pesos dos órgãos fora da faixa espe- rada para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 88 Peso do corpo e órgão (em gramas) Número do 7 Peso corporal (g) | Fígado (g) | Rim (a) | Baço (g) 556057 556089 559479 559482 559484 559497* 559509 559511 5595712 5595719 559547 559548 559551 559554 559564 ssesez | 17 | 1 [603 | o || 559581
[TE | recconto resioio [ria | ans | omposto Estudo 2
[00432] “Grupos de quatro camundongos CD-1 machos de 4 a 6 semanas de idade foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante 4 semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg/dose de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de quatro camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os camundongos foram sacrificados 24 horas após a administração final. Os valores para os oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo nas tabelas abaixo foram apresentados anteriormente nas Tabelas 7 e 8 acima. Os dados para oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo (3) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados apre- sentados na Tabela 7 e na Tabela 8, pois os dados são dos mesmos experimentos.
[00433] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática e renal, os níveis plasmáticos de alanina aminotrans- ferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olym- pus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados na tabela abaixo. Os ensaios incluem quatro animais em um grupo, exceto quando um asterisco (*) indica que 3 animais ou menos foram usados para um ensaio específico. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram as alterações nos níveis de qualquer um dos marcadores de função hepática ou renal fora do intervalo esperado para os oligo-
nucleotídeos antisense foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 89 Marcadores químicos de plasma em camundongos CD-1 machos Número do ALT AST BUN TBIL ALB Composto (IU/L) (IU/L) | (mg/dL) | (mg/dL) | (g/dL) T157190 1157919 1157929 1157936 1157958 1157970 1157972 1172 1157991 1157002 —| 1168 | 2608 1157993 1158002 1158005 1158161% | 8 | 128 | 29 | 02 | 23 | 1158162 1158491 1158492 1158810 1589* | 1409' 1158812 4795? | 4273
[00434] Os pesos corporais de camundongos CD-1 foram medidos no final do estudo, e o peso corporal médio para cada grupo é apre- sentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, rins e baço foram me- didos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo. Os oli- gonucleotídeos modificados que provocaram quaisquer alterações nos pesos dos órgãos fora da faixa esperada para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 90 Peso do corpo e órgão (em gramas) Número do | Peso cor- ; ; poral (g) | Fígado(g) | Rim(g) | Baço(g) TI57190 1157919 1157929,
Número do | Peso cor- ; ; poral (g) Fígado (g) Rim (g) Baço (g) 1157936 1157958 1157970 1157972 1157991 1157992 1157008 | 37 | 27 | oe | o3 | 1158002 1158005 TÍ58161, 1158162 | 34 | 23 | 06 | 02 | 1158491 1158492 1158810 1158812 Estudo 3
[00435] “Grupos de quatro camundongos CD-1 machos de 4 a 6 semanas de idade foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante 4 semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg/dose de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de quatro camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os camundongos foram sacrificados 24 horas após a administração final.
[00436] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática e renal, os níveis plasmáticos de alanina aminotrans- ferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olym- pus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados na tabela abaixo. Os ensaios incluem quatro animais em um grupo, exceto quando um asterisco (*) indica que 3 animais ou menos foram usados para um ensaio específico. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram as alterações nos níveis de qualquer um dos marcadores de função hepática ou renal fora do intervalo esperado para os oligo-
nucleotídeos antisense foram excluídos em estudos posteriores.
[00437] Os valores para os oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo nas tabelas abaixo foram apresentados anteri- ormente nas Tabelas 13 e 14 acima. Os dados para oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo (3&.) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados apresentados na Tabela 13 e na Tabela 14, pois os dados são dos mesmos experimentos.
Tabela 91 Marcadores químicos de plasma em camundongos CD-1 machos
BUN TBIL | tono. | ALT (IU/L) AST (IU/L) (mg/dL) (mg/dL) 1157032 1933 1304893 1157919 1304889 | 57 | s&o | 28 | o2 | 1157036 | 8 | 8a | 18 | o2 | 1304906% 1157970 1804890,% 1157972 | 1477 1304888 1157993 1304903 1158002 1304883 1158162 1304898 1158491 1304900 1158492 1304899 | 6 [| os [| 2 | 2 1158812 3116 2358 1304895 | 35 | og | 24 | o2 | 1158139 1304882 1931 1158168 1492 1304901 | — 1790 1477 115TOTA | — 1664 1935 1304885 | o8 | 10 | 18 | o2 |
[00438] Os pesos corporais de camundongos CD-1 machos foram medidos nos dias 1 e 25, e o peso corporal médio para cada grupo é apresentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, rins e baço foram medidos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram quaisquer alterações nos pesos dos órgãos fora da faixa esperada para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores.
Tabela 92 Peso do corpo e órgão (em gramas) Peso cor- 7 1157032 1304893 1157919 1304889 1157938 | 38 | 21 | 068 | ot | 1304906 1157970 1304890 1157972 1304888 1157993 1304903 1158002 13048883 | 35 | 2 | 068 | 02 | 1158162 13048988 | 37 | 24 | 068 | 02 | 1158491 1304900 | 34 | 19 DP 6 og 11584022 | 36 | 2 | 068 | 02 | 1304899 1158812 1304895 1158139 1304882 1158168 1304901 1157974 1304885 | 36 | 23 | 068 | 02 )
Estudo 4
[00439] “Grupos de quatro camundongos CD-1 machos de 4 a 6 semanas de idade foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante 4 semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg/dose de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de quatro camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os camundongos foram sacrificados 72 horas após a administração final. Os valores para os oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo nas tabelas abaixo foram apresentados anteriormente nas Tabelas 15 e 16 acima. Os dados para oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo (3) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados apre- sentados na Tabela 15 e na Tabela 16, pois os dados são dos mesmos experimentos.
[00440] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática e renal, os níveis plasmáticos de alanina aminotrans- ferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olym- pus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados na tabela abaixo. Os ensaios incluem quatro animais em um grupo, exceto quando um asterisco (*) indica que 3 animais ou menos foram usados para um ensaio específico. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram as alterações nos níveis de qualquer um dos marcadores de função hepática ou renal fora do intervalo esperado para os oligo- nucleotídeos antisense foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 93 Marcadores químicos de plasma em camundongos CD-1 machos
Número do BUN TBIL ALT (U/L) | ASTOU/D) | (mardl) | (ma/dL) 1304881 | 1063 | 8 | 14 | o2 | 1304884, 1304886 1304887 1531 1672 1304891 1304892 1304894 1009 1304896 1304807 | 99 | 106 | 16 | ot 1304902 1304904 1304905 1304907 13049008 | 7 | 6 | 1 | o1 |)
[00441] Os pesos corporais de camundongos CD-1 machos foram medidos nos dias 1 e 25, e o peso corporal médio para cada grupo é apresentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, rins e baço foram medidos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram quaisquer alterações nos pesos dos órgãos fora da faixa esperada para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 94 Peso do corpo e órgão (em gramas) Número do | Peso cor- ; ; porartay | Fondo (a) | Rim(s) | maço 1304879 1304880 1304881 1304884, 13048868 | 38 | 22 | 06 | o1 | 1304887 1304891 1304892 1304894 1304896 1304897
| 13049002 | 39 | 24 | 06 | o2 | | 13049008 | 37 | 23 | 06 | o3 | Estudo 5
[00442] “Grupos de quatro camundongos CD-1 machos de 4 a 6 semanas de idade foram injetados por via subcutânea duas vezes por semana durante 4 semanas (para um total de 8 tratamentos) com 50 mg/kg/dose de oligonucleotídeos modificados. Um grupo de quatro camundongos CD-1 machos foi injetado com PBS. Os camundongos foram sacrificados 24 horas após a administração final. Os valores para os oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo nas tabelas abaixo foram apresentados anteriormente nas Tabelas 9 e 10 acima. Os dados para oligonucleotídeos modificados marcados com um asterisco triplo (3) nas tabelas abaixo são idênticos aos dados apre- sentados na Tabela 9 e na Tabela 10, pois os dados são dos mesmos experimentos.
[00443] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática e renal, os níveis plasmáticos de alanina aminotrans- ferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olym- pus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados na tabela abaixo. Os ensaios incluem quatro animais em um grupo, exceto quando um asterisco (*) indica que 3 animais ou menos foram usados para um ensaio específico. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram as alterações nos níveis de qualquer um dos marcadores de função hepática ou renal fora do intervalo esperado para os oligo- nucleotídeos antisense foram excluídos em estudos posteriores.
Tabela 95 Marcadores químicos de plasma em camundongos CD-1 machos Número do BUN TBIL ALT (IUIL) | ASTU/L) | cmardl) | (mg/dl) 1157034 1157032 1157048 2247 2324 1157110 1408 | 966 | 25 | o3 | TI571IIAK 1158139 1158614 8358" 6909” 1158615 1699 1170 1158168 3846 1734 1157974 1399 1957
[00444] Os pesos corporais de camundongos CD-1 machos foram medidos nos dias 1 e 25, e o peso corporal médio para cada grupo é apresentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, rins e baço foram medidos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram quaisquer alterações nos pesos dos órgãos fora da faixa esperada para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 96 Peso do corpo e órgão (em gramas) Número do | Peso cor- ; ; poraça | Fisdota) | Rimis) | Baço( PBS a oR o 1157032 1157034 1157048 1157110 1157111 1157974 1158139 1158168 1158614 | 27 | 32 | o4 | o | 1158615
Exemplo 20: Tolerabilidade de oligonucleotídeos modificados di- recionados a MALAT1 humano em ratos Sprague-Dawley
[00445] Os ratos Sprague-Dawley são um modelo para múltiplas finalidades usado para avaliações de segurança e eficácia. Os ratos foram tratados com oligonucleotídeos modificados lonis a partir dos estudos descritos nos Exemplos acima e avaliados para alterações nos níveis de diversos marcadores plasmáticos químicos. Estudo 1
[00446] “Grupos de 4 ratos Sprague-Dawley cada foram injetados semanalmente por via subcutânea com 50 mg/kg de oligonucleotídeo lonis durante 6 semanas (total de 7 doses). Os ratos foram sacrificados; e os órgãos, urina e plasma foram coletados para análise posterior 2 dias após a última dose. Marcadores químicos de plasma
[00447] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática e renal, os níveis plasmáticos de alanina aminotrans- ferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olym- pus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados na tabela abaixo. Os ensaios incluem quatro animais em um grupo, exceto quando um asterisco (*) indica que 3 animais ou menos foram usados para um ensaio específico. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram as alterações nos níveis de qualquer um dos marcadores de função hepática ou renal fora do intervalo esperado para os oligo- nucleotídeos antisense foram excluídos em estudos posteriores.
Tabela 97 Marcadores de química do plasma em ratos Sprague Dawley Número do BUN TBIL ALT (U/L) | ASTÚUIL) | cmgidl) | (mardl) 1157034" [| 333 | 292 | 19 | 08 |
TST 1157190 1157929 1158161 1158162 | 82 | 70 | ego | 17 ||
[00448] O sangue obtido de grupos de ratos no final do estudo, dia 43, foi enviado para IDEXX BioAnalytics para medição de contagens de células sanguíneas. As contagens realizadas incluem contagem de hemáceas (RBC), hemoglobina (HGB), hematócrito (HCT), contagem de plaquetas (PLT), contagem total de leucócitos (WBC), contagens de neutrófilos (NEU), contagens de linfócitos (LYM) e contagens de mo- nócitos (MON). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo. Os oligonucleotídeos lonis que causaram alterações na contagem de cé- lulas sanguíneas fora do intervalo esperado para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 98 Contagem de hemácias em ratos Sprague-Dawley ol RBC HGB [HCT] PLT | WBC o, o, o, | PBS | 8 | 15 jJ414/ 6 | 8 | 18 | 75 | 5 | | 115703 | 6 | 11 32/86 | 15 [| 42 | 53 | 5 | |L11671 | 6 | 19 34/67 | 17 | 32 | 6 | 5 | | 11567100 | 6 | 12 |35| 62 | 10 | 19 | 768 | a | | 11672298 | 7 | 12 [36 77 | o | 25 | 6 | 5 | [| 1158162 | 7 | 1 j33/ 743 | 21 [33 | 6 | 7 |
[00449] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos lonis na função renal, os níveis de urina da microproteína total (MTP) e creatinina foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hi- tachi Olympus AU400c, Melville, NY). As razões de MTP para creatinina (razão de MTP/C) são apresentadas na tabela abaixo. Os oligonucleo-
tídeos lonis que causaram alterações nos níveis da razão fora do in- tervalo esperado para os oligonucleotídeos modificados foram excluí- dos em estudos posteriores. Tabela 99 Razão de MTP para creatinina em ratos Sprague-Dawley Número do | Razão de Composto | MTP/C 1157034” 157111 1157190 1157929 1158161 1158162
[00450] Os pesos corporais de ratos foram medidos no dia 41,e o peso corporal médio para cada grupo é apresentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, baço e rins foram medidos no final do estudo, e são apresentados na tabela abaixo. Os oligonucleotídeos lonis que provo- caram quaisquer alterações nos pesos dos órgãos fora do intervalo esperado para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 100 Pesos corporais e de órgãos (g) Número do | Peso cor- 7 ; poraa | Mondo) | Rm() | Baso(o TisTOSA 157111 1157190 1157929 1158161 1158162 Estudo 2
[00451] “Grupos de 4 ratos Sprague-Dawley cada foram injetados semanalmente por via subcutânea com 50 mg/kg de oligonucleotídeo lonis durante 6 semanas (total de 7 doses). Os ratos foram sacrificados; e os órgãos, urina e plasma foram coletados para análise posterior 1 dias após a última dose. Marcadores químicos de plasma
[00452] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos modificados na função hepática e renal, os níveis plasmáticos de alanina aminotrans- ferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), nitrogênio ureico no sangue (BUN), bilirrubina total (TBIL) e albumina (ALB) foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hitachi Olym- pus AU400c, Melville, NY). Os resultados são apresentados na tabela abaixo. Os oligonucleotídeos modificados que provocaram as altera- ções nos níveis de qualquer um dos marcadores de função hepática ou renal fora do intervalo esperado para os oligonucleotídeos antisense foram excluídos em estudos posteriores. Tabela 101 Marcadores de química do plasma em ratos Sprague Dawley LL PBS | 70 | 6 | 15 | o12 |
[00453] O sangue obtido de grupos de ratos no final do estudo, dia 43, foi enviado para IDEXX BioAnalytics para medição de contagens de células sanguíneas. As contagens realizadas são contagem de hemá- ceas (RBC), hemoglobina (HGB), hematócrito (HCT), contagem de plaquetas (PLT), contagem total de leucócitos (WBC), contagens de neutrófilos (NEU), contagens de linfócitos (LYM) e contagens de mo- nócitos (MON). Os resultados são apresentados nas tabelas abaixo. Os oligonucleotídeos lonis que causaram alterações na contagem de cé- lulas sanguíneas fora do intervalo esperado para os oligonucleotídeos modificados foram excluídos em estudos posteriores.
Tabela 102 Contagem de hemácias em ratos Sprague-Dawley Composto | RBC HGB |[HCT| PLT WBC | NEU | LYM | voy (95) Nº (x106/HL) | (g/dL) | (%) | (10974L) | CXTONNL) | (%) | (%) á | PBS | 7 | 14/39/35 | 8 [13 /8 | 5 | | 16:68 | 8 | 14/40/58 | 8 |7/ /8&| 6 || [L1e6x6 | 8 |15 [4 | 55 | 10 [1 / 788] 7 ||
[00454] Para avaliar o efeito dos oligonucleotídeos lonis na função renal, os níveis de urina da microproteína total (MTP) e creatinina foram medidos usando um analisador de química clínica automatizado (Hi- tachi Olympus AU400c, Melville, NY). As razões de MTP para creatinina (razão de MTP/C) são apresentadas na tabela abaixo. Os oligonucleo- tídeos lonis que causaram alterações nos níveis da razão fora do in- tervalo esperado para os oligonucleotídeos modificados foram excluí- dos em estudos posteriores. Tabela 103 Razão de MTP para creatinina em ratos Sprague-Dawley Número do Composto MTP/C 1304884 1304890 1304906
[00455] Os pesos corporais de ratos foram medidos nos dias 1 e 38, e o peso corporal médio para cada grupo é apresentado na tabela abaixo. Os pesos do fígado, baço e rins foram medidos no final do es- tudo, e são apresentados na tabela abaixo. Os oligonucleotídeos lonis que provocaram quaisquer alterações nos pesos dos órgãos fora do intervalo esperado para os oligonucleotídeos modificados foram ex- cluídos em estudos posteriores.
Tabela 104 Pesos corporais e de órgãos (g) Número do | Peso cor- ; ;
poraças | Fondo (a) | Rim(s) | easo(
| PBS | 44 | 174 | 37 | 08 | 1E+06 1E+06 1E+06

Claims (71)

REIVINDICAÇÕES
1. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 8 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813.
2. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 9 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 9 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813.
3. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 10 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 10 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813.
4. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 11 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 11 nucleobases contíguas de qualquer das sequências de nu- cleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813.
5. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 12 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo pelo menos 12 nucleobases contíguas de qualquer uma das sequências de nucleobases das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813.
6. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreende a se- quência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou
36-2813.
7. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 nucleosídeos liga- dos e tendo uma sequência de nucleobases consistindo em qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813.
8. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 8 a 80 nucleosídeos ligados e complementares dentro dos nucleotídeos 1535-1550, 2034-2049, 2341-2356, 4821-4836, 4840-4855, 4931-4946, 5049-5064, 5494-5509, ou 5495-5510 da SEQ ID NO: 1.
9. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 8, caracterizado pelo fato de que pelo menos uma ligação internucleosídica do oligonucleotídeo modificado é uma ligação inter- nucleosídica modificada, pelo menos um açúcar do oligonucleotídeo modificado é um açúcar modificado, ou pelo menos uma nucleobase do oligonucleotídeo modificado é uma nucleobase modificada.
10. Composto, de acordo com a reivindicação 9, caracteri- zado pelo fato de que a ligação internucleosídica modificada é uma ligação internucleosídica de fosforotioato.
11. Composto, de acordo com a reivindicação 9 ou 10, ca- racterizado pelo fato de que o açúcar modificado é um açúcar bicíclico.
12. Composto, de acordo com a reivindicação 11, caracte- rizado pelo fato de que o açúcar bicíclico é selecionado do grupo con- sistindo em: 4'-(CH2)-O-2' (LNA); 4'-(CH2)2-0-2' (ENA); e 4-CH(CH3)- O-2' (cEt).
13. Composto, de acordo com a reivindicação 9 ou 10, ca- racterizado pelo fato de que o açúcar modificado é 2'-O-metoxietila.
14. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 9 a 13, caracterizado pelo fato de que a nucleobase modificada é uma 5-metilcitosina.
15. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 1 a 14, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modi- ficado tem: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
16. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16 a 80 nucleosídeos ligados e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-10 ou 36-2813, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em 2'-deoxinucleosí- deos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em nucleosídeos liga- dos; e um segmento de asa 3' consistindo em nucleosídeos liga- dos; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3' e em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um açúcar modificado.
17. Composto, caracterizado pelo fato de que compreende um oligonucleotídeo modificado consistindo em 16-80 nucleobases ligadas e tendo uma sequência de nucleobases compreendendo a sequência de nucleobases de qualquer uma das SEQ ID NOs: 2-7,
36-2646 ou 2664-2813, em que o oligonucleotídeo modificado tem: um segmento de lacuna consistindo em dez 2'-deoxinucleo- sídeos ligados; um segmento de asa 5' consistindo em três nucleosídeos ligados; e um segmento de asa 3' consistindo em três nucleosídeos ligados; em que o segmento de lacuna é posicionado entre o seg- mento de asa 5' e o segmento de asa 3'; em que cada nucleosídeo de cada segmento de asa compreende um nucleosídeo cEt; em que cada ligação internucleosídica é uma ligação de fosforotioato; e em que cada citosina é uma 5-metilcitosina.
18. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 1 a 17, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo é, pelo menos, 80%, 85%, 90%, 95% ou 100% complementar à SEQ ID NO: 1.
19. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 1 a 18, caracterizado pelo fato de que o composto é de fita simples.
20. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 1 a 18, caracterizado pelo fato de que o composto é de fita du- pla.
21. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 1 a 20, caracterizado pelo fato de que o composto compreende ribonucleotídeos.
22. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 1 a 20, caracterizado pelo fato de que o composto compreende desoxirribonucleotídeos.
23. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações 1 a 22, caracterizado pelo fato de que o oglinucleotídeo modi- ficado consiste em 16 a 30 nucleosídeos ligados.
24. Composto, de acordo com qualquer uma das reivindi- cações anteriores, caracterizado pelo fato de que o composto consiste no oligonucleotídeo modificado.
25. Composto, caracterizado pelo fato de que é constituído por um sal farmaceuticamente aceitável de qualquer um dos compostos como definidos em qualquer uma das reivindicações de 1 a 24.
26. Composto, de acordo com a reivindicação 25, caracte- rizado pelo fato de que o sal farmaceuticamente aceitável é um sal de sódio.
27. Composto, de acordo com a reivindicação 26, caracte- rizado pelo fato de que o sal farmaceuticamente aceitável é um sal de potássio.
28. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que está de acordo com a seguinte estrutura química: nº Dos ? Ho, NO Tr Ss. = (TAS — b KS O — sto E ; (CS CX do | No neto Y* À q ne O. A ho À HS-P=O bp | Nono h é. Tx o o À k & to ns-b=o IA À de E À em o são nº E À ão Vo ns-d=o f v 0 o V %W EO o Ar À "sto À e Neo MO = > À Ne qo we | ns Pá ns-Pso À, À q He V x PAS é CA h ns-pso * | o NA to) À à ginÃo | Ç % | o. À E y o V =. | on o. 0 À so NA À Ler À % Ao V 2 À S À ns-tso ) Hs-b=o ) (SEQ ID NO: 6), ou um sal do mesmo.
29. Oligonucleotídeo modificado, de acordo com a reivindi- cação 28, caracterizado pelo fato de que o oligonucleotídeo modificado é o sal de sódio ou o sal de potássio.
30. Oligonucleotídeo modificado, caracterizado pelo fato de que está de acordo com a seguinte estrutura química: Nº TX 2 HO. o o Tr e je (TA osNo CX = ( o. —— e Q º n- À Jo No q TX | eºsdto es o No À na Tr oo No - | Neo NEN 07 o À X 7 nº sto +" À ê o S o o À soe o. não À não ss º A SO À o NON NH esto NF2 — V nã? A NA PANA: À PP E O Na NH À ss q o IN Q [A V espe — Nue NO voa CX = S À No o S 7 sºs-p=o NHo ? ez No NA sto NA, 2? No TO No <Ão nº º sp=o DS o NON VI Neo = o or º nº Pe-bso A e ? NH2 e. Pr sebo O N a ne, mé SU e? o o nº são nº o (SEQ ID NO:6).
31. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, ou o oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30, e um diluente ou carreador farmaceuticamente aceitável.
32. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, ou o oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30, e água.
33. Composição, caracterizada pelo fato de que compreende o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, ou o oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30 para uso em terapia.
34. Método de tratamento ou melhoria do câncer em um in- divíduo, caracterizado pelo fato de que compreende a administração ao indivíduo de um composto direcionado a MALAT1, tratando ou melho- rando assim o câncer.
35. Método, de acordo com a reivindicação 34, caracterizado pelo fato de que o composto é um composto antisense direcionado a MALAT1.
36. Método, de acordo com a reivindicação 34 ou 35, ca- racterizado pelo fato de que o câncer é câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama nega- tivo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
37. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 36, caracterizado pelo fato de que a administração do composto inibe ou reduz a proliferação de células cancerosas, migração de cé- lulas cancerosas, morfogênese de ramificação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase.
38. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 37, caracterizado pelo fato de que a administração do composto aumenta ou induz a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral.
39. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 38, caracterizado pelo fato de que a administração do composto induz uma célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar.
40. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 39, caracterizado pelo fato de que a administração do composto induz uma célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada.
41. Método, de acordo com a reivindicação 40, caracterizado pelo fato de que o fenótipo ou estrutura mais diferenciada compreende a presença de gotículas lipídicas secretoras, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados de caderina-E ou caseína.
42. Método para inibir a expressão de MALAT1 em uma célula cancerosa, caracterizado pelo fato de que compreende o contato da célula cancerosa com um composto direcionado a MALAT1, inibindo assim a expressão de MALAT1 na célula cancerosa.
43. Método, de acordo com a reivindicação 42, caracterizado pelo fato de que o câncer é câncer de mama; câncer de mama infla- matório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão;
carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
44. Método para reduzir ou inibir a proliferação de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramifi- cação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase em um indivíduo com câncer, caracterizado pelo fato de que compreende a administração de um composto direcionado a MA- LAT1 ao indivíduo, reduzindo ou inibindo assim a proliferação de células cancerosas, migração de células cancerosas, morfogênese de ramifi- cação de células cancerosas, progressão tumoral, crescimento tumoral ou metástase no indivíduo.
45. Método para aumentar ou induzir a diferenciação de células cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral em um indivíduo com câncer, caracterizado pelo fato de que compreende a administração de um composto direcionado a MALAT1 ao indivíduo, aumentando ou induzindo assim a diferenciação de célu- las cancerosas, adesão de células cancerosas ou diferenciação tumoral no Indivíduo.
46. Método para induzir uma célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou morfologia cística, ductular ou acinar em um indivíduo com câncer, caracterizado pelo fato de que compreende a administra- ção de um composto direcionado a MALAT1 ao indivíduo, induzindo assim a célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou morfologia cís- tica, ductular ou acinar.
47. Método para induzir uma célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada, caracterizado pelo fato de que compreende a administração de um composto direcionado a MA- LAT1 ao indivíduo, induzindo assim a célula cancerosa ou tumor a ter um fenótipo ou estrutura mais diferenciada.
48. Método, de acordo com a reivindicação 47, caracterizado pelo fato de que o fenótipo ou estrutura mais diferenciada compreende a presença de gotículas lipídicas secretoras, estruturas desmossômicas aumentadas, estruturas ductulares polarizadas ou níveis aumentados de caderina-E ou caseína.
49. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 44 a 48, caracterizado pelo fato de que o indivíduo tem câncer de mama; câncer de mama inflamatório; carcinoma ductal da mama; car- cinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de progesterona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para
ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hormônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma he- patocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); carcinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pe- quenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células escamosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de estômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer uro- telial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; me- sotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblastoma; glioblastoma; câncer de pele; mela- noma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hematopoiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
50. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 49, caracterizado pelo fato de que o composto é um composto antisense direcionado a MALAT1.
51. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 49, caracterizado pelo fato de que o composto é o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, o oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30 ou a composição como definida na reivindicação 31 ou 32.
52. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 34 a 51, caracterizado pelo fato de que o composto é administrado por via parentérica.
53. Uso de um composto direcionado a MALAT1 caracteri- zado pelo fato de que tem como finalidade tratar, prevenir ou melhorar um câncer associado a MALAT1.
54. Uso, de acordo com a reivindicação 53, caracterizado pelo fato de que o câncer é câncer de mama; câncer de mama infla- matório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es-
camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
55. Uso, de acordo com a reivindicação 53 ou 54, caracte- rizado pelo fato de que o composto é um composto antisense direcio- nado a MALAT1.
56. Uso, de acordo com qualquer uma das reivindicações 53 a 55, caracterizado pelo fato de que o composto é o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, o oligonucleotídeo como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30 ou a composição como definida na reivindicação 31 ou 32.
57. Uso de um composto direcionado a MALAT1, caracte- rizado pelo fato de que consiste na fabricação de um medicamento para tratar ou melhorar um câncer associado a MALAT1.
58. Uso, de acordo com a reivindicação 57, caracterizado pelo fato de que o câncer é câncer de mama; câncer de mama infla- matório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges-
terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
59. Uso, de acordo com a reivindicação 57 ou 58, caracte- rizado pelo fato de que o composto é um composto antisense direcio- nado a MALAT1.
60. Uso, de acordo com qualquer uma das reivindicações 57 a 59, caracterizado pelo fato de que o composto é o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, o oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30 ou a como definida na reivindicação 31 ou 32.
61. Uso de um composto direcionado a MALAT1, caracte- rizado pelo fato de que consiste no preparo de um medicamento para tratar ou melhorar um câncer associado a MALAT1.
62. Uso, de acordo com a reivindicação 61, caracterizado pelo fato de que o câncer é câncer de mama; câncer de mama infla- matório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas- toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
63. Uso, de acordo com a reivindicação 61 ou 62, caracte- rizado pelo fato de que o composto é um composto antisense direcio- nado a MALAT1.
64. Uso, de acordo com qualquer uma das reivindicações 61 a 63, caracterizado pelo fato de que o composto é o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, o oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30 ou a composição como definida na reivindicação 31 ou 32.
65. Método, caracterizado pelo fato de que compreende a administração de um composto direcionado a MALAT1 a um indivíduo.
66. Método, de acordo com a reivindicação 65, caracterizado pelo fato de que o composto é um composto antisense.
67. Método, de acordo com a reivindicação 66, caracterizado pelo fato de que o composto antisense compreende um oligonucleotí- deo antisense complementar a MALAT1.
68. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 65 a 67, caracterizado pelo fato de que o indivíduo tem câncer.
69. Uso, de acordo com a reivindicação 68, caracterizado pelo fato de que o câncer é câncer de mama; câncer de mama infla- matório; carcinoma ductal da mama; carcinoma lobular da mama; câncer de mama luminal A; câncer de mama luminal B; câncer de mama tipo basal; câncer de mama positivo para HER2 (HER2+); câncer de mama negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama negativo para receptor de estrogênio (ER-); câncer de mama positivo para receptor de estrogênio (ER+); câncer de mama negativo para receptor de proges- terona (PR-); câncer de mama positivo para receptor de progesterona (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para PR (PR-); câncer de mama negativo para ER (ER-) e positivo para PR (PR+); câncer de mama positivo para ER (ER+) e negativo para HER2 (HER2-); câncer de mama triplo negativo para ER-, PR- e HER2- (ER-, PR-, HER2-; TNBC); câncer de mama negativo para receptor de hor- mônio (ER- e PR-); câncer de mama triplo positivo para ER+, PR+ e HER2+ (ER+, PR+, HER2+; TPBC); carcinoma hepatocelular (HCC); carcinoma de células escamosas de cabeça e pescoço (HNSCC); car- cinoma de células escamosas de língua oral (OTSCC); sarcomas (por exemplo, epiteloide, rabdoide e sinovial); câncer de esôfago; câncer de intestino; câncer de ovário; câncer de pâncreas; câncer de pulmão; carcinoma pulmonar de células não pequenas (NSCLC); carcinoma pulmonar de células pequenas (SCLC); carcinoma de células esca- mosas (SCC); câncer de cabeça e pescoço; carcinoma de células es- camosas de cabeça e pescoço (HNSCC); câncer gastrointestinal; câncer do intestino grosso; câncer do intestino delgado; câncer de es- tômago; câncer de cólon; câncer colorretal; câncer de bexiga; câncer de fígado; câncer do trato biliar; câncer urotelial; câncer de endométrio; câncer cervical; câncer de próstata; mesotelioma; cordoma; câncer renal; carcinoma de células renais (RCC); câncer cerebral; neuroblas-
toma; glioblastoma; câncer de pele; melanoma; carcinoma basocelular; carcinoma de células de Merkel; câncer de sangue; câncer hemato- poiético; mieloma; mieloma múltiplo (MM); malignidades de células B; linfoma; linfoma de células B; linfoma de Hodgkin; linfoma de células T; leucemia; ou leucemia linfocítica aguda (LLA).
70. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 65 a 69, caracterizado pelo fato de que o composto é o composto como definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 27, o oligonucleotídeo modificado como definido em qualquer uma das reivindicações 28 a 30 ou a composição como definida na reivindicação 31 ou 32.
71. Método, de acordo com qualquer uma das reivindicações 65 a 70, caracterizado pelo fato de que o composto é administrado por via parentérica.
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