WO2022220141A1 - 変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法 - Google Patents
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Abstract
本発明は、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に使用されるオリゴヌクレオチドであって、配列番号３５、３６、６１、８８、１１３、１３７、１３８、１６２、１６３、２５０、２５１、２５２、２５３、２５４又は２５５に示される塩基配列又は当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドから選択されるオリゴヌクレオチド、並びに該オリゴヌクレオチドを用いる変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法に関する。本発明によれば、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を核酸増幅法を利用して短時間に検出する方法が提供できる。
Description
本発明は、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に使用されるオリゴヌクレオチド、当該オリゴヌクレオチドを使用する変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法ならびに当該検出方法に使用されるキットに関する。
細菌やウイルスによりヒトに引き起こされる感染症の中には、もっぱら局地的な感染にとどまるもの、地理的条件とはかかわりなく広く蔓延する可能性のあるものが存在する。ヒト－ヒト間で感染が成立する感染症は後者に該当し、その感染力や感染患者が呈する症状の重篤度によっては社会問題化することもある。天然痘、ペスト、インフルエンザ（スペイン風邪）等、大規模な流行を起こしてその後の歴史に影響を与えた感染症も少なくない。
多くの感染症について治療や予防の方法が開発された現代でも、引き続き注意を要する感染症が残されているのに加え、さらに新興感染症のリスクが存在している。２００３年に発見されたＳＡＲＳコロナウイルス（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ）は重篤な呼吸器疾患を引き起こすウイルスであることが明らかとされた。さらに、２０１９年には新たなコロナウイルスであるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が出現し、２０２０年には世界的に蔓延している。
感染症への対応手段としては治療薬等の開発と普及、ならびに衛生面での環境整備が挙げられる。加えて、病原体の存在や感染者を特定して早期に隔離措置を講じ、感染経路を遮断することは、感染症の蔓延防止において極めて重要である。上記のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法としては、ウイルスＲＮＡを標的とする核酸検査法（例えば非特許文献１）、ウイルスタンパク質を標的とする抗原検査法、感染が疑われるヒトの血液を試料とする抗体検査法等がすでに開発されている。現在は、主に検出感度の観点から核酸検査法がウイルス検査の主流となっている。一方、当該ウイルスからは複数の変異ウイルス（変異株）が発生しており、これらは元のウイルスとは異なる性質を持つと報告されている（例えば非特許文献２、非特許文献３）。
これらの変異株は、これまでに構築されたウイルス検出方法では元のウイルスと区別することが難しく、ウイルスの変異を疫学的に検討する上では問題を有している。さらに、変異株は変異前のウイルスの情報に基づいて構築されたウイルス検出系では検出できない、もしくは検出感度が低下する可能性がある。ウイルスゲノムの塩基配列を解読することにより変異を網羅的に検出することは可能であるが、高速シーケンサーを必要とするなど、迅速、簡便に実施可能な方法ではない。
以上のとおり、変異が生じたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を特異的にかつ簡便に検出できる方法が求められていた。
Ｊａｐａｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ（２０２０）、７３（４）、３２０－３２２
Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０２１）、３７２（６５３８）、ｅａｂｇ３０５５
Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．（２０２１）、１８（４）、１０５８－１０６０
変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の多くはスパイクタンパク質に多重変異が生じている。代表的なものとして、発生国を基に３系統〔英国ＶＯＣ－２０２０１２／０１（Ｂ．１．１．７）、南アフリカ５０１Ｙ．Ｖ２（Ｂ．１．３５１）、ブラジル５０１Ｙ．Ｖ３（Ｐ．１）〕が報告されている。変異株については感染伝播力の上昇およびワクチン効果を減弱させる免疫逃避の可能性が指摘されている。これら変異株のスパイクタンパク質に生じている変異に関する、国立感染症研究所の報告（２０２１年４月７日付）に記載された情報を表１に示す。
一方、変異株Ｂ．１．６１７系統はスパイクタンパク質にＬ４５２Ｒ、Ｄ６１４ＧおよびＰ６８１Ｒ変異を共通に有している（国立感染症研究所、２０２１年５月１２日付報告）。本系統の変異株はインドにおいて多く検出されており、従来の流行株より高い増加率を示していると言われている。同系統に含まれるＢ．１．６１７．１およびＢ．１．６１７．３はＥ４８４Ｑ変異を、Ｂ．１．６１７．２はＴ４７８Ｋ変異を、それぞれ有している（欧州疾病予防管理センター、２０２１年５月２４日付報告）。
新たな変異株は随時に報告されている。２０２１年８月５日付の欧州疾病予防管理センターの報告には上記のものを含む複数の変異株が「Ｖａｒｉａｎｔｓ ｏｆ Ｃｏｎｃｅｒｎ（ＶＯＣ）」、「Ｖａｒｉａｎｔｓ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ（ＶＯＩ）」として挙げられている。このうち、上記報告にＶＯＩとして記載されているＣ．３７系統（特徴的な変異としてスパイクタンパク質にＬ４５２Ｑ、Ｆ４９０Ｓ変異を有している）は、南米において感染者が多発している。さらに２０２１年１０月１４日付の欧州疾病予防管理センターの報告にＶＯIとして記載されたＢ．１．６２１系統はスパイクタンパク質にＲ３４６Ｋ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４ＧおよびＰ６８１Ｈの変異を有している。なお、世界保健機構（ＷＨＯ）は地球規模の広がりを見せている変異株系統について、ギリシャ文字のラベル（ＷＨＯ ｌａｂｅｌ）を付している。上記の系統に付されたＷＨＯラベルを以下に示す。
Ｂ．１．１．７：Ａｌｐｈａ
５０１Ｙ．Ｖ２（Ｂ．１．３５１）：Ｂｅｔａ
５０１Ｙ．Ｖ３（Ｐ．１）：Ｇａｍｍａ
Ｂ．１．６１７．２：Ｄｅｌｔａ
Ｃ．３７：Ｌａｍｂｄａ
Ｂ．１．６２１：Ｍｕ
Ｂ．１．１．７：Ａｌｐｈａ
５０１Ｙ．Ｖ２（Ｂ．１．３５１）：Ｂｅｔａ
５０１Ｙ．Ｖ３（Ｐ．１）：Ｇａｍｍａ
Ｂ．１．６１７．２：Ｄｅｌｔａ
Ｃ．３７：Ｌａｍｂｄａ
Ｂ．１．６２１：Ｍｕ
２０２１年１１月に、南アフリカに新たな変異株（Ｂ．１．１．５２９；ＷＨＯラベルはＯｍｉｃｒｏｎ）の急拡大が報告された。２０２１年１２月８日に国立感染症研究所より公開された「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異株Ｂ．１．１．５２９系統（オミクロン株）について（第３報）」によれば、本変異株はスパイクタンパク質に３０か所程度のアミノ酸置換、３か所の小欠損と１か所の挿入部位を持つとされている。これらの変異に起因して、感染性の増加、抗体（承認されているモノクローナル抗体医薬を含む）からの逃避の可能性が懸念されている。
スパイクタンパク質の受容体結合領域（ＲＢＤ；３１９－５４１位）に生じた変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染能や抗体との反応性に影響を与える可能性があると考えられている。このため、前記領域に存在するＮ５０１、Ｅ４８４、L４５２、Ｔ４７８、Ｆ４９０等が変異した変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、ならびにＦｕｒｉｎ様プロテアーゼによる切断部位（Ｒ６８５－Ｓ６８６）に近接するアミノ酸が変異した変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２については、その伝播の状況を把握することが特に重要である。さらに、Ｏｍｉｃｒｏｎ株に関しては、同株に特徴的な変異、例えばＧ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｅ４８４Ａ、Ｔ５４７Ｋ、Ｎ８５６Ｋのアミノ酸置換や、Ｒ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異等を指標とした検出方法が求められている。
本発明者らは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ならびにその変異株のゲノムＲＮＡ配列を比較、検討し、スパイクタンパク質に特定の変異が生じたウイルス変異株を核酸増幅法により検出するのに有用なオリゴヌクレオチドを見出した。さらに、当該オリゴヌクレオチドを使用する変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法を構築し、本発明を完成させた。
本発明は以下に概説するとおりである。
[１] 変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に使用されるオリゴヌクレオチドであって、
（ａ）配列番号３５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｂ）配列番号３６に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｃ）配列番号６１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｄ）配列番号８８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｅ）配列番号１１３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｆ）配列番号１３７に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｇ）配列番号１３８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｈ）配列番号１６２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｉ）配列番号１６３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｊ）配列番号２５０に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｋ）配列番号２５１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｌ）配列番号２５２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｍ）配列番号２５３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｎ）配列番号２５４に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、および
（ｏ）配列番号２５５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
から選択されるオリゴヌクレオチド。
[２] （ａ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号４、８、１２、１４および１６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[３] （ｂ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２４、２７、３０、３２、３４、３７、４４、４５および４６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[４] （ｃ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号５３、５４、５５、５６および５７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[５] （ｄ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号６８、６９、７０、７１、８１、８２、８３、８４および８５から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[６] （ｅ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号９５、９６、９７、９８、９９および１００から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[７] （ｆ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１２２、１２３および１２４から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[８] （ｇ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１３１、１３２および１３３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[９] （ｈ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１５２、１５３、１５４、１５５および１５６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１０] （ｉ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１５７、１５８、１５９、１６０および１６１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１１] （ｊ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１６５、１６６および１６７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１２] （ｋ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１７０、１７４および１７８から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１３] （ｌ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１８６、１８７、１８８および１８９から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１４] （ｍ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１９８、１９９、２００、２０１、２０２および２０３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１５] （ｎ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２２８、２２９、２３０および２３１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１６] （ｏ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２４３、２４４、２４５、２４６および２４７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１７] 蛍光物質および／または消光物質で標識されている前記[１]～[１６]いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
[１８] 副溝結合剤（ＭＧＢ）が付加されている前記[１]～[１７]いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
[１９] ｂｒｉｄｇｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ（ＢＮＡ）を含む前記[１]～[１８]いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
[２０] 試料中の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法であって、
（１）試料に含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を合成する工程、および
（２）前記[１]～[１９]いずれか記載のオリゴヌクレオチドの一種または二種以上を使用して、工程（１）で得られたＤＮＡまたはその断片に含まれる変異型スパイクタンパク質をコードする塩基配列またはその一部を検出する工程、
を包含することを特徴とする方法。
[２１] 工程（１）が、合成されたＤＮＡまたはその断片を増幅する工程をさらに含む前記[２０]記載の方法。
[２２] 工程（２）において、ＤＮＡまたはその断片とハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの分解により変異型スパイクタンパク質をコードする塩基配列またはその一部の検出が実施される、前記[２０]または[２１]記載の方法。
[２３] 試料中の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出するためのキットであって、
（１）前記[１]～[１９]いずれか記載のオリゴヌクレオチドの一種または二種以上、および
（２）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を合成するための試薬
を含むキット。
[２４] ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を増幅する試薬をさらに含む前記[２３]記載のキット。
[２５] ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片の増幅に使用されるプライマー対をさらに含む前記[２３]または[２４]記載のキット。
[１] 変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に使用されるオリゴヌクレオチドであって、
（ａ）配列番号３５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｂ）配列番号３６に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｃ）配列番号６１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｄ）配列番号８８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｅ）配列番号１１３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｆ）配列番号１３７に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｇ）配列番号１３８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｈ）配列番号１６２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｉ）配列番号１６３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｊ）配列番号２５０に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｋ）配列番号２５１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｌ）配列番号２５２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｍ）配列番号２５３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｎ）配列番号２５４に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、および
（ｏ）配列番号２５５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
から選択されるオリゴヌクレオチド。
[２] （ａ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号４、８、１２、１４および１６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[３] （ｂ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２４、２７、３０、３２、３４、３７、４４、４５および４６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[４] （ｃ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号５３、５４、５５、５６および５７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[５] （ｄ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号６８、６９、７０、７１、８１、８２、８３、８４および８５から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[６] （ｅ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号９５、９６、９７、９８、９９および１００から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[７] （ｆ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１２２、１２３および１２４から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[８] （ｇ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１３１、１３２および１３３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[９] （ｈ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１５２、１５３、１５４、１５５および１５６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１０] （ｉ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１５７、１５８、１５９、１６０および１６１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１１] （ｊ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１６５、１６６および１６７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１２] （ｋ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１７０、１７４および１７８から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１３] （ｌ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１８６、１８７、１８８および１８９から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１４] （ｍ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１９８、１９９、２００、２０１、２０２および２０３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１５] （ｎ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２２８、２２９、２３０および２３１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１６] （ｏ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２４３、２４４、２４５、２４６および２４７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、前記[１]記載のオリゴヌクレオチド。
[１７] 蛍光物質および／または消光物質で標識されている前記[１]～[１６]いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
[１８] 副溝結合剤（ＭＧＢ）が付加されている前記[１]～[１７]いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
[１９] ｂｒｉｄｇｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ（ＢＮＡ）を含む前記[１]～[１８]いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
[２０] 試料中の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法であって、
（１）試料に含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を合成する工程、および
（２）前記[１]～[１９]いずれか記載のオリゴヌクレオチドの一種または二種以上を使用して、工程（１）で得られたＤＮＡまたはその断片に含まれる変異型スパイクタンパク質をコードする塩基配列またはその一部を検出する工程、
を包含することを特徴とする方法。
[２１] 工程（１）が、合成されたＤＮＡまたはその断片を増幅する工程をさらに含む前記[２０]記載の方法。
[２２] 工程（２）において、ＤＮＡまたはその断片とハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの分解により変異型スパイクタンパク質をコードする塩基配列またはその一部の検出が実施される、前記[２０]または[２１]記載の方法。
[２３] 試料中の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出するためのキットであって、
（１）前記[１]～[１９]いずれか記載のオリゴヌクレオチドの一種または二種以上、および
（２）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を合成するための試薬
を含むキット。
[２４] ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を増幅する試薬をさらに含む前記[２３]記載のキット。
[２５] ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片の増幅に使用されるプライマー対をさらに含む前記[２３]または[２４]記載のキット。
本発明により、スパイクタンパク質においてＮ５０１Ｙ、Ｅ４８４Ｋ、Ｅ４８４Ｑ、Ｅ４８４Ａ、Ｌ４５２Ｒ、Ｌ４５２Ｑ、Ｔ４７８Ｋ、Ｆ４９０Ｓ、Ｐ６８１Ｈ、Ｐ６８１Ｒ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｔ５４７ＫまたはＮ８５６Ｋのアミノ酸置換変異、あるいはＲ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異を生じた変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を、核酸増幅法を利用して短時間に検出する方法が提供される。
「本発明のオリゴヌクレオチド」
本発明は、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２、具体的にはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質においてＮ５０１Ｙ、Ｅ４８４Ｋ、Ｅ４８４Ｑ、Ｅ４８４Ａ、Ｌ４５２Ｒ、Ｌ４５２Ｑ、Ｔ４７８Ｋ、Ｆ４９０Ｓ、Ｐ６８１Ｈ、Ｐ６８１Ｒ、Ｇ３９９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｔ５４７ＫおよびＮ８５６Ｋのアミノ酸置換変異、ならびにＲ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異から選択される変異を有する変異株ウイルスを検出するためのオリゴヌクレオチドを提供する。本明細書において「変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」とは、特に本発明を限定するものではないが、Ｗｕｈａｎ株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質とは異なるアミノ酸配列のスパイクタンパク質（変異型スパイクタンパク質）および当該タンパク質をコードする塩基配列を含むゲノムＲＮＡを保持するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２株（変異株）を指す。なお、本明細書ではＷｕｈａｎ株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を野生型と記載することがある。
本明細書において、Ｎ５０１Ｙ変異とは、ＧｅｎｅＢａｎｋにＮＣ＿０４５５１２．２のアクセッション番号で公開されているＷｕｈａｎ株ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列（ＹＰ＿００９７２４３９０．１）中、５０１番目のアスパラギン（Ｎ）がチロシン（Ｙ）に置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のアスパラギンに対応するコドンであるＡＡＴがＴＡＴに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの最初の塩基がＡからＴに変化している塩基配列を検出することにより、Ｎ５０１Ｙ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｅ４８４Ｋ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、４８４番目のグルタミン酸（Ｅ）がリジン（Ｋ）に置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のグルタミン酸に対応するコドンであるＧＡＡがＡＡＡに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの最初の塩基がＧからＡに変化している塩基配列を検出することにより、Ｅ４８４Ｋ変異を有する変異株を検出することができる。また、Ｅ４８４Ｑ変異とは、前記４８４番目のグルタミン酸がグルタミン（Ｑ）に置換されている変異を指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のＧＡＡがＣＡＡに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの最初の塩基がＧからＣに変化している塩基配列を検出することにより、Ｅ４８４Ｑ変異を有する変異株を検出することができる。さらに、Ｅ４８４Ａ変異とは、前記４８４番目のグルタミン酸がアラニン（Ａ）に置換されている変異を指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のＧＡＡがＧＣＡに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＡからＣに変化している塩基配列を検出することにより、Ｅ４８４Ａ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｌ４５２Ｒ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、４５２番目のロイシン（Ｌ）がアルギニン（Ｒ）に置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のロイシンに対応するコドンであるＣＴＧがＣＧＧに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＴからＧに変化している塩基配列を検出することにより、Ｌ４５２Ｒ変異を有する変異株を検出することができる。また、Ｌ４５２Ｑ変異とは、前記４５２番目のロイシンがグルタミンに置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のＣＴＧがＣＡＧに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＴからＧに変化している塩基配列を検出することにより、Ｌ４５２Ｑ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｔ４７８Ｋ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、４７８番目のスレオニン（Ｔ）がリジンに置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のＥに対応するコドンであるＡＣＡがＡＡＡに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＣからＡに変化している塩基配列を検出することにより、Ｔ４７８Ｋ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｆ４９０Ｓ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、４９０番目のフェニルアラニン（Ｆ）がセリン（Ｓ）に置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のフェニルアラニンに対応するコドンであるＴＴＴがＴＣＴに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＴからＣに変化している塩基配列を検出することにより、Ｆ４９０Ｓ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｐ６８１Ｈ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、６８１番目のプロリン（Ｐ）がヒスチジン（Ｈ）に置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のプロリンに対応するコドンであるＣＣＴがＣＡＴに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＣからＡに変化している塩基配列を検出することにより、Ｐ６８１Ｈ変異を有する変異株を検出することができる。また、Ｐ６８１Ｒ変異とは、前記６８１番目のプロリンがアルギニンに置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のＣＣＴがＣＧＴに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＣからＧに変化している塩基配列を検出することにより、Ｐ６８１Ｒ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｇ３９９Ｄ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、３３９番目のグリシン（Ｇ）がアスパラギン酸（Ｄ）に置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のグリシンに対応するコドンであるＧＧＴがＧＡＴに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目の塩基がＧからＡに変化している塩基配列を検出することにより、Ｇ３３９Ｄ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｓ３７１Ｌ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、３７１番目のセリンがロイシンに置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のセリンに対応するコドンであるＴＣＣがＣＴＣに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの１番目のＴおよび２番目ＣがそれぞれＣおよびＴに変化している塩基配列を検出することにより、Ｓ３７１Ｌ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｔ５４７Ｋ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、５４７番目のスレオニンがリジンに置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のスレオニンに対応するコドンであるＡＣＡがＡＡＡに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの２番目ＣがＡに変化している塩基配列を検出することにより、Ｔ５４７Ｋ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｎ８５６Ｋ変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、８５６番目のアスパラギンがリジンに置換されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のアスパラギンに対応するコドンであるＡＡＣがＡＡＡに変化していることに起因する。したがって、前記トリプレットの最後ＣがＡに変化している塩基配列を検出することにより、Ｓ３７１Ｌ変異を有する変異株を検出することができる。
本明細書において、Ｒ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異とは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質のアミノ酸配列中、２１４番目のアルギニンと215番目のアスパラギン酸の間に「グルタミン酸－プロリン－グルタミン酸」が挿入されていることを指す。ここで、この変異はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域において、前記のアルギニンに対応するコドンであるＣＧＴとアスパラギン酸に対応するコドンＧＡＴの間に「ＧＡＧＣＣＡＧＡＡ」の９塩基からなる配列が挿入されていることに起因する。したがって、この挿入配列を検出することにより、前記の挿入変異を有する変異株を検出することができる。
本発明の、Ｎ５０１Ｙ変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２変異株を検出可能なオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｎ５０１位に該当するコドンがチロシンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号３５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ａ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１３塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号４、８、１２、１４および１６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｅ４８４Ｋ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｅ４８４位に該当するコドンがリジンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号３６に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｂ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１３塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号２４、２７、３０、３２、３４、３７、４４、４５および４６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｅ４８４Ｑ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｅ４８４位に該当するコドンがグルタミンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号６１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｃ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１３塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号５３、５４、５５、５６および５７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｅ４８４Ａ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｅ４８４位に該当するコドンがアラニンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号２５０に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｊ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１４塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１６５、１６６および１６７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｌ４５２Ｒ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｌ４５２位に該当するコドンがアルギニンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号８８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｄ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１３塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号６８、６９、７０、７１、８１、８２、８３、８４および８５から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｔ４７８Ｋ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｔ４７８位に該当するコドンがリジンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号１１３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｅ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１３塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号９５、９６、９７、９８、９９および１００から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｌ４５２Ｑ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｌ４５２位に該当するコドンがグルタミンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号１３８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｇ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１３塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１３１、１３２および１３３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｆ４９０Ｓ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｆ４９０位に該当するコドンがセリンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号１３７に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｆ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１３塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１２２、１２３および１２４から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｐ６８１Ｈ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｐ６８１位に該当するコドンがヒスチジンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号１６２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｈ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては９塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１５２、１５３、１５４、１５５および１５６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｐ６８１Ｒ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｐ６８１位に該当するコドンがアルギニンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号１６３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｉ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１１塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１５７、１５８、１５９、１６０および１６１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｇ３３９Ｄ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｇ３３９位に該当するコドンがアスパラギン酸に対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号２５３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｍ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１０塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１９８、１９９、２００、２０１、２０２および２０３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｓ３７１Ｌ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｓ３７１位に該当するコドンがロイシンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号２５２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｌ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１９塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１８６、１８７、１８８および１８９から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｔ５４７Ｋ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｔ５４７位に該当するコドンがリジンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号２５５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｏ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては７塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号２４３、２４４、２４５、２４６および２４７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
Ｎ８５６Ｋ変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｎ８５６位に該当するコドンがリジンに対応するコドンに変化している塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号２５４に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｎ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１２塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号２２８、２２９、２３０および２３１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
さらに、Ｒ２１４とＤ２１５の間に３アミノ酸の挿入変異を有する変異株を検出可能な本発明のオリゴヌクレオチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡのスパイクタンパク質をコードする領域中の、Ｒ２１４位とＤ２１５位に該当するコドンの間に９塩基が挿入されてなる塩基配列またはこれと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドである。当該オリゴヌクレオチドとしては、配列番号２５１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチド（ｋ））を挙げることができる。特に本発明を限定するものではないが、前記のオリゴヌクレオチドとしては１８塩基以上の鎖長のものが例示される。また、当該オリゴヌクレオチドの鎖長は３０塩基以下、好ましくは２５塩基以下、さらに好ましくは２３塩基以下である。例えば、配列番号１７０、１７４および１７８から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドが好ましいものとして挙げられる。
当然のことながら、本発明のオリゴヌクレオチドは変異株のゲノムＲＮＡ由来の核酸と特異的にハイブリダイズする。ここで「特異的にハイブリダイズする」とは、本発明のオリゴヌクレオチドが、親株（野生型）のゲノムＲＮＡ由来の核酸とはハイブリダイズしない条件において変異株のゲノムＲＮＡ由来の核酸とハイブリダイズすることができ、変異株由来の核酸と親株由来の核酸とを区別することができることを意味する。
本発明のオリゴヌクレオチドは、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来の核酸、例えば変異株のゲノムＲＮＡに相補的なＤＮＡ（ｃＤＮＡ）またはその断片を検出するプローブとして使用することができる。したがって、変異株の検出に使用される検出方法に応じてオリゴヌクレオチドの鎖長や塩基配列、付加する標識を適宜選択することにより、効率よく変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出可能なプローブを設計することができる。
標的核酸をプローブにより検出する技術としては、古典的なハイブリダイゼーション手法に加え、ＴａｑＭａｎ法、サイクリングプローブ法、モレキュラービーコン法等、種々の方法が知られている。ＴａｑＭａｎ法はＰＣＲによる核酸増幅と並行して標的核酸とハイブリダイズしたプローブを分解する方法であり、核酸増幅に５’－３’ヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼを使用することを特徴とする。サイクリングプローブ法に使用されるプローブは分子内にＲＮＡを含有しており、標的核酸とハイブリダイズした場合にはリボヌクレアーゼＨにより切断される。モレキュラービーコン法に使用されるプローブは分子内で二本鎖を形成しており、標的核酸とハイブリダイズすると分子内二本鎖構造が解消される。これらのプローブは、適切な標識を施すことにより、いずれも標識由来のシグナル（例えば蛍光）の発生を指標とした標的核酸の検出に使用することができる。
以下、ＴａｑＭａｎプローブとして使用される本発明のオリゴヌクレオチドを例にとって説明する。本発明のオリゴヌクレオチドは、当該方法に好適に使用でき、その配列や鎖長は適宜調整することができる。特に本発明を限定するものではないが、配列番号４、８、１２、１４および１６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｎ５０１Ｙ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号２４、２７、３０、３２、３４、３７、４４、４５および４６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｅ４８４Ｋ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号５３、５４、５５、５６および５７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｅ４８４Ｑ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１６５、１６６および１６７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｅ４８４Ａ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号６８、６９、７０、７１、８１、８２、８３、８４および８５から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｌ４５２Ｒ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号９５、９６、９７、９８、９９および１００から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｔ４７８Ｋ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１３１、１３２および１３３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｌ４５２Ｑ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１２２、１２３および１２４から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｆ４９０Ｓ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１５２、１５３、１５４、１５５および１５６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｐ６８１Ｈ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１５７、１５８、１５９、１６０および１６１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｐ６８１Ｒ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１９８、１９９、２００、２０１、２０２および２０３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｇ３３９Ｄ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１８６、１８７、１８８および１８９から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｓ３７１Ｌ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号２４３、２４４、２４５、２４６および２４７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｔ５４７Ｋ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号２２８、２２９、２３０および２３１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｎ８５６Ｋ変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチド；配列番号１７０、１７４および１７８から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を有する、好ましくは当該配列もしくは当該配列に相補的な配列からなる、Ｒ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異を有する変異株検出に使用可能なオリゴヌクレオチドは、本発明の好適な態様である。さらに、本発明を特に限定するものではないが、これらのオリゴデオキシヌクレオチドの３’末端は、当該末端からのＤＮＡポリメラーゼによる伸長反応を防止するための修飾を施されていてもよい。前記修飾としては、例えば蛍光物質及び／又は消光物質による標識が例示される。
本発明のオリゴヌクレオチドは、本発明を特に限定するものではないが、通常、デオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）で構成され、当業者に周知の方法で合成することができる。なお、検出しようとする変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２由来の核酸とハイブリダイズする性質を失わない範囲で、本発明のオリゴヌクレオチドはＤＮＡ以外のヌクレオチド、例えばＲＮＡ、非天然型の塩基（例えばデオキシウリジン、イノシン、７－デアザグアノシン、７－デアザアデノシン等）を有するヌクレオチド、架橋構造を有するリボースを含むヌクレオチド（ｂｒｉｄｇｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ；ＢＮＡ）を含んでいてもよい。ＢＮＡはリボースの２’位の酸素原子と４’位の炭素原子間が架橋された構造を持つＲＮＡアナログで、２’，４’－ＢＮＡ（ＬＮＡ）、３’－ａｍｉｎｏ－２’，４’－ＢＮＡ等が知られている。ＤＮＡ以外のヌクレオチドの含量には特に限定はなく、ハイブリダイゼーションの安定性や特異性を考慮して適宜設定すればよい。例えば、全ヌクレオチドの半数程度までをこのようなヌクレオチドとすることができる。
標的核酸（変異株ゲノムＲＮＡ由来の核酸）と本発明のオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを検出するため、本発明のオリゴヌクレオチドは適切な標識を付加されていてもよい。蛍光物質および消光物質の両方で、両者の間に適切な距離を保って標識された当該オリゴヌクレオチドは、そのままでは蛍光を発することはないが、当該オリゴヌクレオチドの分解、切断等によって蛍光物質と消光物質の距離が増加すると蛍光が発せられるようになる。使用する蛍光物質、消光物質には特に限定はないが、蛍光物質としては６－ＦＡＭ、ＶＩＣ、ＨＥＸ、ＲＯＸ、ＴＥＴ、ＴＡＭＲＡ、Ｃｙ３、Ｃｙ５等、消光物質としてはＤＡＢＣＹＬ、Ｅｃｌｉｐｓｅ（登録商標）、ＴＡＭＲＡ、ＢＨＱ（登録商標、ｂｌａｃｋ ｈｏｌｅ ｑｕｅｎｃｈｅｒ）等が挙げられる。これらを適宜組み合わせて、二重標識された本発明のオリゴヌクレオチドを作製することができる。蛍光物質および消光物質を付加する位置は、両者が適切な距離を保つ限りにおいて特に限定はない。例えば、蛍光物質および消光物質は本発明のオリゴヌクレオチドの両端に付加してもよく、そのいずれか一方もしくは両方を末端以外の位置に付加してもよい。
本発明のオリゴヌクレオチドには副溝結合剤（マイナー・グルーブ・バインダー：ＭＧＢ）が付加されていてもよい。ＭＧＢは二本鎖ＤＮＡの副溝（ｍｉｎｏｒ ｇｒｏｏｖｅ）に入り込む性質を有する物質であり、ＭＧＢが付加されたオリゴヌクレオチドは、ＭＧＢを付加されていない場合に比べ、相補的な配列を有する核酸との間で形成した二本鎖核酸のＴｍ値が上がる（例えば、ＷＯ９６／３２４９６）。ＭＧＢ修飾されたオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイズする核酸の１塩基の違いによりＴｍ値により大きな差が生じることから、バックグラウンドを低減して標的核酸を検出することができる。一般的に、ＭＧＢは三日月型の三次元構造と約１５０～約２０００ダルトンの分子量を有する。ＭＧＢの例として、ネトロプシン、ジスタマイシン、ジスタマイシンＡ、レキシトロプシン、ミトラマイシン、クロモマイシンＡ３、オリボマイシン、アントラマイシン、シビロマイシン、ペンタミジン、スチルバミジン、ブレニル、ＣＣ－１０６５、ヘキスト３３２５８、４’－６－ジアミジノ－２－フェニルインドール（ＤＡＰ１）、ＣＤＰＩ３およびそれらの誘導体が挙げられる。本発明のオリゴヌクレオチドにおいてＭＧＢを付加する位置には特に限定はないが、例えば３’末端や５’末端が挙げられる。
「本発明の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出方法」
本発明は、前記の本発明のオリゴヌクレオチドを使用して試料中の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法を提供する。
本発明の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法は、スパイクタンパク質においてＮ５０１Ｙ、Ｅ４８４Ｋ、Ｅ４８４Ｑ、Ｅ４８４Ａ、Ｌ４５２Ｒ、Ｌ４５２Ｑ、Ｔ４７８Ｋ、Ｆ４９０Ｓ、Ｐ６８１Ｈ、Ｐ６８１Ｒ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｔ５４７ＫおよびＮ８５６Ｋのアミノ酸置換変異、ならびにＲ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異から選択される変異の少なくとも一つを有する変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法である。具体的には、試料に含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたは相補的なＤＮＡの断片を合成し、次いでこれと本発明のオリゴヌクレオチドの一種または二種以上とを接触させる。変異型スパイクタンパク質をコードする塩基配列またはその一部を含むＤＮＡは本発明のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズするため、こうして試料中に変異株が存在するかどうかを判断することができる。
なお、本発明の方法は、少なくともＮ５０１Ｙ、Ｅ４８４Ｋ、Ｅ４８４Ｑ、Ｅ４８４Ａ、Ｌ４５２Ｒ、Ｌ４５２Ｑ、Ｔ４７８Ｋ、Ｆ４９０Ｓ、Ｐ６８１Ｈ、Ｐ６８１Ｒ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｔ５４７ＫおよびＮ８５６Ｋのアミノ酸置換変異、ならびにＲ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異から選択される変異を有する変異株であれば、さらに他の変異が生じている変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２であっても検出することが可能である。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２はＲＮＡウイルスであり、ウイルス粒子はＲＮＡゲノムを保持している。ＲＮＡゲノムに相補的な配列を有するＤＮＡ、すなわちｃＤＮＡまたはその断片は、ゲノムＲＮＡを鋳型とした逆転写反応により合成される。逆転写反応は逆転写酵素と適切なプライマーを含む、逆転写反応において一般的に使用される反応液を使用して実施することができる。この工程により合成されたｃＤＮＡまたはｃＤＮＡ断片は当業者に周知の方法で二本鎖ＤＮＡに変換されてもよい。
逆転写酵素としては、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭＭＬＶ）由来の逆転写酵素またはその変異体、トリ骨髄芽球症ウイルス（ＡＭＶ）由来の逆転写酵素またはその変異体、逆転写活性を有するＤＮＡポリメラーゼ（Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｂｃａ ＤＮＡポリメラーゼ等）またはその変異体が使用できるが、これらに限定されるものではない。前記の変異体としては、耐熱性の向上した変異体、ヌクレアーゼ活性（リボヌクレアーゼＨ活性等）が低下または消失した変異体等が例示される。様々な逆転写酵素が多数市販されているが、それらを本発明の方法に使用することもできる。
逆転写反応に使用するプライマーはウイルスゲノム上の特定の配列に相補的なもの、ランダムな配列を持つもの、のいずれも本発明に使用することができる。特に本発明を限定するものではないが、ウイルスゲノム上の、スパイクタンパク質をコードする領域に対応する、好ましくはＮ５０１、Ｅ４８４、Ｌ４５２、Ｔ４７８、Ｆ４９０、Ｐ６８１、Ｇ３３９、Ｓ３７１、Ｔ５４７、Ｎ８５６、Ｒ２１４／Ｄ２１５に対応するコドンを含む領域に対応するｃＤＮＡが合成されるように設計されたプライマーを好適に使用することができる。
本発明の好適な態様においては、ウイルスの検出感度を向上させる観点から、本発明のオリゴヌクレオチドがハイブリダイズし得る領域を含むｃＤＮＡ断片の増幅が実施される。当該工程に使用される核酸増幅法には限定はなく、ＰＣＲ法、ＬＡＭＰ法をはじめとする公知の方法を使用することができる。前記の核酸増幅法は、ウイルスゲノムＲＮＡを鋳型とした逆転写反応によって合成されたｃＤＮＡまたはｃＤＮＡ断片を鋳型として実施され、増幅産物として変異箇所を含む核酸（ＤＮＡ）断片を生成する。
本発明の好適な態様においては、核酸増幅法としてＰＣＲ法が使用される。ＰＣＲ法は１以上のプライマー対、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ、ｄＮＴＰｓを主な構成要素とする反応液を温度サイクル装置で処理する核酸検出技術として広く普及している。使用される耐熱性ＤＮＡポリメラーゼとしてはＴｈｅｒｍｕｓ属細菌由来のＴａｑポリメラーゼ、Ｔｔｈポリメラーゼやそれらの変異体、好熱性古細菌由来のＰｆｕポリメラーゼ、ＫＯＤポリメラーゼやそれらの変異体が例示される。複数種のＤＮＡポリメラーゼを混合してＰＣＲを行うこともできる。ＰＣＲに適した耐熱性ＤＮＡポリメラーゼが多数市販されているが、それらを本発明の方法に使用することもできる。
ｃＤＮＡ断片の合成とその増幅は一連の反応で行うことができる。本発明を限定するものではないが、逆転写とＰＣＲを一つの反応容器中で実施する１ステップＲＴ－ＰＣＲは本発明の方法に好適な態様である。ＲＴ－ＰＣＲ反応液は使用する酵素が異なるなど種々のものが知られており、また、キットの形態で市販されているものも多い。本発明の方法を１ステップのＲＴ－ＰＣＲで実施する場合、逆転写酵素と耐熱性ＤＮＡポリメラーゼの２つの酵素を含むものを使用してもよく、逆転写活性を有する耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ（例えばＴｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ）を単独で含む反応液を使用してもよい。
本発明の方法においてｃＤＮＡ断片の増幅に使用されるプライマー対は、本発明のオリゴヌクレオチドがハイブリダイズし得る領域を含むｃＤＮＡ断片を増幅できるように設計されているものであれば、その配列には特に限定はない。このような１対のプライマーを１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液に添加することにより、その一方のプライマーはｃＤＮＡ合成用のプライマーとしても機能する。本発明に使用されるプライマーは、増幅することが望まれるｃＤＮＡ断片に対応するウイルスゲノムＲＮＡ上の領域において存在する可能性のある変異を考慮して設計される。例えば、塩基置換の存在が懸念される場合には当該塩基部分を混合塩基としてプライマーを設計する、野生型ゲノムＲＮＡ配列と塩基置換の生じたゲノムＲＮＡ配列のそれぞれに対応する複数のプライマーを作製して併用する、等により、塩基置換の有無にかかわらず増幅されたｃＤＮＡ断片を得ることができる。特に本発明を限定するものではないが、Ｎ５０１Ｙ変異を有する変異株の検出には配列番号１、５、９、１７、１９、２１から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号２、６、１０、１８、２０、２５から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対、Ｅ４８４Ｋ、Ｅ４８４ＱまたはＥ４８４Ａ変異を有する変異株の検出には配列番号２１、２８、９、１７から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号２２、２５、６、１０、１８から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｌ４５２ＲまたはＬ４５２Ｑ変異を有する変異株の検出には配列番号６４、６６、７５、７７、７９、１２５、１２７、１２９から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号６５、６７、７６、７８、８０、１２６、１２８、１３０から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｔ４７８Ｋ変異を有する変異株の検出には配列番号９１、９３、１０７、１０９、２８、６４から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号９２、９４、１０８、１１０、６、６５から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｆ４９０Ｓ変異を有する変異株の検出には配列番号１１４、１１５、１１６から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号１１７、１１８、１１９から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｐ６８１ＨまたはＰ６８１Ｒ変異を有する変異株の検出には配列番号１３９、１４０、１４１、１４２から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号１４３、１４４、１４５、１４６から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｇ３３９Ｄ変異を有する変異株の検出には配列番号２０４、２０６、２０８、２１１、２１３、２１４から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号２０５、２０７、２０９、２１０、２１２から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｓ３７１Ｌ変異を有する変異株の検出には配列番号１８０、１８２、１８４から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号１８１、１８３、１８５から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｔ５４７Ｋ変異を有する変異株の検出には配列番号２３２、２３４、２３６から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号２３３、２３５、２３７から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｎ８５６Ｋ変異を有する変異株の検出には配列番号２１５、２１７、２１９、２２１から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号２１６、２１８、２２０、２２２から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、Ｒ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入変異を有する変異株の検出には配列番号１６８、１７２、１７６から選択される塩基配列のフォワードプライマーおよび配列番号１６９、１７３、１７７から選択される塩基配列のリバースプライマーからなるプライマー対が、それぞれ好適である。例えば、上記の配列番号５の塩基配列を有するプライマーがアニーリングするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム上の領域には、既知の変異であるＳ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋと関連する塩基置換が生じている可能性がある。このため、配列番号５のプライマーを使用する際には、前記の２種の塩基置換を有するＲＮＡ配列に対応している配列番号６２、配列番号６３のプライマーを併用して本発明の方法を実施してもよい。上記の、本発明の方法においてｃＤＮＡ断片の増幅に使用される各プライマーも本発明に包含される。
さらに、適切に修飾した本発明のオリゴヌクレオチドを共存させてＲＴ－ＰＣＲを実施する場合、標的核酸、すなわち変異株のゲノム由来のｃＤＮＡ断片をＤＮＡの増幅と並行して検出することができる。前記のＴａｑＭａｎ法、サイクリングプローブ法、モレキュラービーコン法等に適したデザインとした本発明のオリゴヌクレオチドを作製し、かつ反応液組成を検出手段に適したものとすることにより、経時的、光学的に標的核酸の増幅をモニターする定量的ＲＴ－ＰＣＲを実施することができる。
本発明の好適な態様では、１ステップＲＴ－ＰＣＲ法により、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２をリアルタイムに検出する方法が提供される。当該方法では、逆転写酵素および耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ（もしくは逆転写活性を有する耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ）、少なくとも１つのプライマー対、ｄＮＴＰｓ、蛍光物質および消光物質で標識された本発明のオリゴヌクレオチドならびにＲＴ－ＰＣＲに必要なその他の成分を含む反応液が調製され、さらに試料が添加される。この反応液は逆転写反応に適した温度で保温された後、そのまま温度サイクル反応に移行してｃＤＮＡ断片が増幅される。温度サイクル反応中にｃＤＮＡ断片の増幅量に応じた蛍光が反応液より発せられるため、それを指標として試料中に変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が存在することが確認できる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が有している複数の変異を１回のＲＴ－ＰＣＲで検出することができる。即ち、本発明のオリゴヌクレオチド（ａ）～（ｏ）は、一種を単独で使用してもよく、二種以上を併用してもよい。このような反応系（マルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ）は当業者に周知である。検出しようとする変異に対応する本発明のオリゴヌクレオチドのそれぞれを極大蛍光波長が異なる蛍光物質で標識しておくことにより、反応液が発する蛍光がどの蛍光物質に由来するかに基づいて、試料中に存在するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に生じている変異の種類を知ることができる。例えば、Ｎ５０１Ｙ変異検出用オリゴヌクレオチドとＥ４８４Ｋ変異検出用オリゴヌクレオチドの両方を含むＲＴ－ＰＣＲ反応液を使用した場合、試料中のＮ５０１Ｙ変異を有する変異株、Ｅ４８４Ｋ変異を有する変異株、ならびにＮ５０１Ｙ変異とＥ４８４Ｋ変異の両方を有する変異株を一度に検出することができる。また、あるアミノ酸残基に起こりうる複数のアミノ酸置換のそれぞれを検出し得るオリゴヌクレオチドと野生型の配列に対応するオリゴヌクレオチドとを含むＲＴ－ＰＣＲ反応液は、一度の反応で当該アミノ酸残基の変異のタイピングを実施することが可能である。このように、一度の反応でウイルスゲノム上の複数の変異を検出するためのマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ系、等も本発明により提供される。
マルチプレックスＲＴ－ＰＣＲによる本発明の検出方法は、複数の本発明のオリゴヌクレオチド、当該オリゴヌクレオチドに対応する変異位置を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノム由来のｃＤＮＡ断片を生成、増幅するための逆転写用プライマーおよび増幅用プライマー対、を含む反応液を使用して実施される。逆転写用プライマーと増幅用プライマー対の組合せは検出しようとする変異ごとに複数の組合せが使用されてもよく、複数の変異箇所を含むｃＤＮＡ断片を生成・増幅することができる１種の組合せであってもよい。前記のとおり、逆転写用プライマーは増幅用プライマー対の一方が兼ねていてもよい。
ＰＣＲを利用する本発明の検出方法においては、試料中のＰＣＲ阻害物質等の影響を調べるため、さらに陽性対照核酸の増幅と検出を組み合わせてもよい。前記陽性対照核酸は、試料中に存在する、検出の対象となる遺伝子と異なる遺伝子（例えば、ハウスキーピング遺伝子など）由来の核酸であってもよい。試料中に存在する遺伝子を陽性対照核酸とする場合は、当該遺伝子の任意の領域を増幅させるためのプライマー対と検出用プローブを組み合わせて使用する。また、人工核酸を調製して試料にあらかじめ添加してもよく、例えば、標的核酸及び非標的核酸の増幅領域と同じ塩基配列を有する核酸あるいはこれらとは異なる塩基配列の核酸であってもよい。人工核酸を陽性対照核酸とする場合は、その塩基配列に応じて、標的核酸及び非標的核酸の増幅に使用されるプライマー対を使用して増幅してもよく、標的核酸及び非標的核酸の増幅領域とは異なるプライマー対を使用してもよい。当該陽性対照核酸を検出するためのプローブは、これらの陽性対照核酸を選択的に検出できるものを使用する。本発明の標的核酸の検出と同時にこれらの陽性対照核酸の検出を行うことにより、本発明の検出系での増幅に異常かないかどうかの確認、並びに増幅曲線の比較による標的核酸の初期量の半定量的な解析が可能となる。
さらに、本発明の検出方法はＰＣＲに有用な公知の成分を含む反応液を使用して実施してもよい。前記成分には特に限定はないが、例えば、界面活性剤、タンパク質（ウシ血清アルブミン、ゼラチン、核酸結合性タンパク質等）、両性物質（ベタイン等）、酸性高分子物質、ＰＣＮＡ（Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｎｇ Ｃｅｌｌ Ｎｕｃｌｅａｒ Ａｎｔｉｇｅｎ）等が挙げられる。
１ステップＲＴ－ＰＣＲにおける逆転写反応、ＰＣＲの条件（反応温度、保持時間、熱サイクルの回数等）は適宜設定すればよい。例えば、市販のＲＴ－ＰＣＲキット（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出キット等）で推奨されている条件や、それを改変した条件で反応を実施してもよい。本発明のオリゴヌクレオチドの塩基配列や鎖長、使用するプライマーの塩基配列や鎖長、増幅されるＤＮＡ断片の鎖長等を考慮して反応条件を設定すべきことは、当業者には周知である。
並行して複数のＰＣＲ試験を実施する場合、反応後に生成した増幅ＤＮＡ断片が反応前の他の反応液へ混入すると誤った試験結果を生み出す。このような反応液の汚染を防止する方法が知られている。鎖中にウラシル（Ｕ）が取り込まれているＤＮＡにウラシル－Ｎ－グリコシラーゼ（ＵＮＧ）を作用させると、このＤＮＡはウラシルの位置で切断される。ｄＵＴＰを含有するＰＣＲ反応液を用いて増幅されたＤＮＡ断片はウラシルを含有するが、この増幅ＤＮＡ断片が反応実施前の他の反応液（ｄＵＴＰと易熱性ＵＮＧを含有する反応液）に混入した場合には、反応開始前に反応液をＵＮＧの作用する温度に保温することで、混入ＤＮＡを分解して鋳型としての機能を失わせることができる。続いて行われるＰＣＲの温度サイクルでＵＮＧは失活するため、増幅時にはＵを取り込んだＤＮＡの分解は起こらない。本発明の検出方法においても、ｄＵＴＰと易熱性のＵＮＧを含む反応液を使用して相互汚染を防ぐことができる。
本発明の方法が適用される試料には特に限定はない。変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が存在していると疑われるすべての試料、例えば生体由来試料や環境由来試料が本発明の方法の対象となる。前記の生体由来試料は特に限定はされないが、口腔内擦過物、咽頭拭い液、鼻腔拭い液、鼻咽頭拭い液、鼻腔吸引液、喀痰、気管支洗浄液、肺胞洗浄液、直腸拭い液、各種の体液（唾液、血液、脳脊髄液、汗）、組織、尿または便懸濁液が例示される。また環境由来試料として、環境水（海水、河川水、湖沼水、下水、家庭排水、産業排水等）、スワブなどによる物体表面の拭取り操作で得られた採取物や空気中からの捕集物の懸濁液が挙げられる。これら試料はそのまま本発明の方法に供してもよいが、簡易的な処理（熱処理、希釈、濃縮、不溶物除去、可溶化処理、細胞溶解処理、夾雑タンパク質の変性または分解等）あるいは核酸の精製を行った後に使用することもできる。処理の方法は、試料中に含まれる核酸量や夾雑物の性質および量を考慮して選択される。前記の試料は、それぞれを個別に本発明の検出方法に供してもよく、複数の試料を混合したうえで本発明の検出方法に供してもよい。
「本発明のキット」
本発明は、本発明の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法に使用されるキットを提供する。
本発明のキットは、前記の本発明のオリゴヌクレオチドと、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を合成するための試薬を含むことを特徴とする。
「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡを合成するための試薬」としては、逆転写酵素またはｃＤＮＡ合成用プライマーが挙げられる。本発明のキットには、例えば、本発明のオリゴヌクレオチドとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムを鋳型としたｃＤＮＡの合成に使用されるプライマーとを含むキット、本発明のオリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ合成用プライマーに加えて逆転写酵素を含むキット、等が包含される。後者は、さらに、逆転写反応液の調製に使用されるその他の成分（例えば緩衝成分、２価金属塩、ｄＮＴＰｓ等）を含んでいてもよい。これらはそれぞれ、本発明の検出方法において説明されたものを使用することができる。
さらに、本発明のキットはｃＤＮＡを増幅するための試薬を含むことができる。特に本発明を限定するものではないが、例えばＰＣＲ法によりｃＤＮＡを増幅するための試薬、すなわち耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ、ウイルスゲノム上の、スパイクタンパク質をコードする領域に相当するｃＤＮＡを増幅できるように設計されたプライマー対、ＰＣＲ用の反応液を調製するための各種の成分を含むことができる。
本発明の好適な態様においては、１ステップのＲＴ－ＰＣＲによってウイルスゲノムからのｃＤＮＡ断片の合成、ｃＤＮＡ断片の増幅、標的核酸の検出、を一つの反応容器で実施するための各種試薬を含むキットが提供される。当該キットは、標的核酸を光学的に検出できるよう設計、標識された本発明のオリゴヌクレオチド、逆転写酵素および耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ（もしくは逆転写活性を有する耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ）、少なくとも１対のプライマー、ＲＴ－ＰＣＲ用の反応液を調製するための各種成分（緩衝成分、２価金属塩、ｄＮＴＰｓ、等）を含む。さらに、複数種の本発明のオリゴヌクレオチドを含むキットや、本発明のオリゴヌクレオチドと他の変異を検出するためのオリゴヌクレオチドとを含むキットとしてもよい。本発明の一つの態様としては、例えばＮ５０１Ｙ変異とＥ４８４Ｋ変異の両方を検出可能なマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ用のキットや、Ｅ４８４位、Ｌ４５２位、Ｐ６８１位等における変異のタイピングキットが例示される。
前記の各種成分は、それぞれ別の容器に収納され、用時にＲＴ－ＰＣＲ用の反応液を調製するように構成されていてもよく、複数の成分からなる混合物としてキットに含まれていてもよい。試料以外の反応に必要な成分のすべてを含み、適切に処理および／または希釈した試料と混合するだけで反応液を調製できるプレミックス形態の試薬を含むキットも本発明に包含される。さらに、本発明のキットは、試料の処理や試料からの核酸精製に使用される試薬や器具、反応阻害物質の存在を判断するための指標となる陽性対照と陽性対照増幅・検出用のプライマー、プローブ等を含んでもよい。
本発明のキットはＰＣＲに有用な公知の成分を含んでいてもよい。前記成分には特に限定はないが、例えば、界面活性剤、タンパク質（ウシ血清アルブミン、ゼラチン、核酸結合性タンパク質等）、両性物質（ベタイン等）、酸性高分子物質、ＰＣＮＡ等が挙げられる。
以下に本発明を実施例により具体的に説明するが、本発明の範囲はこれら実施例に限定されるものではない。
実施例１
Ｎ５０１Ｙ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＮ５０１Ｙ変異株の検出について検討した。まず、表２に記載したフォワードプライマー（名称中にＦを含むもの）、リバースプライマー（名称中にＲを含むもの）、プローブ（野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用の２種）で構成される＃１～＃８のセットをそれぞれ構築した。プローブの３’末端にはＭＧＢを付加するとともに、その５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
Ｎ５０１Ｙ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＮ５０１Ｙ変異株の検出について検討した。まず、表２に記載したフォワードプライマー（名称中にＦを含むもの）、リバースプライマー（名称中にＲを含むもの）、プローブ（野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用の２種）で構成される＃１～＃８のセットをそれぞれ構築した。プローブの３’末端にはＭＧＢを付加するとともに、その５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、野生型のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（製品名 Ｔｗｉｓｔ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡ Ｃｏｎｔｒｏｌ ２ （ＭＮ９０８９４７．３）、Ｔｗｉｓｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社製）と、変異型（Ｎ５０１Ｙ変異及びＥ４８４Ｋ変異を含む）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（製品名 Ｔｗｉｓｔ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＮＡ Ｃｏｎｔｒｏｌ １６ （Ｂ．１．３５１，ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿６７８５９７）、Ｔｗｉｓｔ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ社製）を用意した。この二つの合成ＲＮＡを本明細書中ではそれぞれ野生型ＲＮＡ、変異型ＲＮＡと記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
１． ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡと変異型ＲＮＡをそれぞれ添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）、リバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、及びプローブ（最終濃度０．２μＭ；野生型ＲＮＡ検出用または変異型ＲＮＡ検出用のいずれか）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。キットに付属する試薬Ｓｏｌｕｔｉｏｎ Ａは未精製試料前処理試薬のため本試験では使用しなかった。
２． 表２記載の各セットで調製した反応液を作製し、実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
サーマルサイクラーは、Ｔｈｅｒｍａｌ Ｃｙｃｌｅｒ Ｄｉｃｅ（登録商標） Ｒｅａｌ Ｔｉｍｅ Ｓｙｓｔｅｍ ＩＩＩ（Ｃｙ５） ｗｉｔｈ ＰＣ（タカラバイオ社製、製品＃ＴＰ９９０）を用いた。ＰＣＲ条件は、５２℃５分、９５℃１０秒の後、９５℃５秒、６０℃３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表３及び図１（各反応の増幅曲線）に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２及び＃５の反応は野生型ＲＮＡ検出、変異型ＲＮＡ検出ともにＣｔ値は小さく、ＳＮ比は高く、Ｎ５０１における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２及び＃５の反応は野生型ＲＮＡ検出、変異型ＲＮＡ検出ともにＣｔ値は小さく、ＳＮ比は高く、Ｎ５０１における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例２
Ｅ４８４Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
実施例１と同様に５セットのプライマー・プローブ、＃９、＃１０、＃１１、＃１２、＃１３を合成し、Ｅ４８４Ｋ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。このうち、他のセットに比べて良好な性能を有すると判断された＃１０、＃１１、＃１２のセットに含まれるプライマー・プローブの組み合わせを変更し、新たに＃１４、＃１５のプライマー・プローブセットを構築した。この２つのセットについて実施例１同様の操作で反応確認を行った。以上の試験に使用されたプライマー・プローブセットに含まれるフォワードプライマー、リバースプライマー、３’末端ＭＧＢ標識プローブの塩基配列を表４に示した。なお、両セットに含まれる、野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＶＩＣ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。試験検体としては、野生型ＲＮＡと変異型ＲＮＡには実施例１と同じＲＮＡを使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、となるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
Ｅ４８４Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
実施例１と同様に５セットのプライマー・プローブ、＃９、＃１０、＃１１、＃１２、＃１３を合成し、Ｅ４８４Ｋ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。このうち、他のセットに比べて良好な性能を有すると判断された＃１０、＃１１、＃１２のセットに含まれるプライマー・プローブの組み合わせを変更し、新たに＃１４、＃１５のプライマー・プローブセットを構築した。この２つのセットについて実施例１同様の操作で反応確認を行った。以上の試験に使用されたプライマー・プローブセットに含まれるフォワードプライマー、リバースプライマー、３’末端ＭＧＢ標識プローブの塩基配列を表４に示した。なお、両セットに含まれる、野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＶＩＣ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。試験検体としては、野生型ＲＮＡと変異型ＲＮＡには実施例１と同じＲＮＡを使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、となるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
実施例１と同様に、各検体を含有する１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。また、サーマルサイクラーは、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）７５００Ｆａｓｔ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表５及び図２（各反応の増幅曲線）に示した。
結果
検討の結果、両方のセットにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特に＃１５の反応は野生型ＲＮＡ検出、変異型ＲＮＡ検出ともにＣｔ値は小さく、ＳＮ比は高く、Ｅ４８４Ｋにおける一塩基置換を高感度に判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、両方のセットにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特に＃１５の反応は野生型ＲＮＡ検出、変異型ＲＮＡ検出ともにＣｔ値は小さく、ＳＮ比は高く、Ｅ４８４Ｋにおける一塩基置換を高感度に判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例３
ＬＮＡ（Ｌｏｃｋｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ）技術を用いたＥ４８４Ｋ変異株検出用プライマー・プローブによる検出を検討した。まず、表６に示されるフォワードプライマー（名称中にＦを含むもの）、リバースプライマー（名称中にＲを含むもの）、プローブ（野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用の２種）で構成される＃１６、＃１７、＃１８、＃１９、＃２０、＃２１のセットをそれぞれ構築した。またプローブの一部のヌクレオチドをＬＮＡに置き換えた。野生型を検出するためのプローブはその５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。変異型を検出するためのプローブはその５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
ＬＮＡ（Ｌｏｃｋｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ）技術を用いたＥ４８４Ｋ変異株検出用プライマー・プローブによる検出を検討した。まず、表６に示されるフォワードプライマー（名称中にＦを含むもの）、リバースプライマー（名称中にＲを含むもの）、プローブ（野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用の２種）で構成される＃１６、＃１７、＃１８、＃１９、＃２０、＃２１のセットをそれぞれ構築した。またプローブの一部のヌクレオチドをＬＮＡに置き換えた。野生型を検出するためのプローブはその５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。変異型を検出するためのプローブはその５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
また試験用の検体及び試薬は実施例１と同様に用意した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
実施例２と同様に、各検体を含有する１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表７、表８及び図３、図４（各反応の増幅曲線）に示した。
結果
検討の結果、すべてのセットにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特に＃１８の反応は野生型ＲＮＡ検出、変異型ＲＮＡ検出ともにＣｔ値は小さく、ＳＮ比は高く、Ｅ４８４Ｋにおける一塩基置換を高感度に判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべてのセットにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特に＃１８の反応は野生型ＲＮＡ検出、変異型ＲＮＡ検出ともにＣｔ値は小さく、ＳＮ比は高く、Ｅ４８４Ｋにおける一塩基置換を高感度に判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例４
Ｎ５０１Ｙ変異検出用プライマー・プローブとＥ４８４Ｋ変異株検出用プライマー・プローブによるマルチプレックスＰＣＲ検出を検討した。まず、表９、表１０に示されるフォワードプライマー（名称中にＦを含むもの）、リバースプライマー（名称中にＲを含むもの）、プローブ（野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、野生型）で構成される＃２２、＃２３、＃２４、＃２５のセットをそれぞれ構築した。すべてのセットはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡを検出するためのプライマー・プローブセットであるＮ１、Ｎ２、ならびにＮ５０１、Ｅ４８４に対応する領域を含むｃＤＮＡを合成、増幅するためのプライマー対である配列番号２１、２５のオリゴヌクレオチドを含む。また、Ｅ４８４Ｋ変異型を検出するためのプローブの５’末端はＣｙ５、３’末端はＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識し、いくつかのプローブについてはその一部のヌクレオチドをＬＮＡに置き換えた。Ｎ５０１Ｙ変異型を検出するためのプローブはその５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１で
それぞれ標識し、さらに３’末端にＭＧＢを付加した。Ｎ１、Ｎ２を検出すためのプローブは５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
Ｎ５０１Ｙ変異検出用プライマー・プローブとＥ４８４Ｋ変異株検出用プライマー・プローブによるマルチプレックスＰＣＲ検出を検討した。まず、表９、表１０に示されるフォワードプライマー（名称中にＦを含むもの）、リバースプライマー（名称中にＲを含むもの）、プローブ（野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、野生型）で構成される＃２２、＃２３、＃２４、＃２５のセットをそれぞれ構築した。すべてのセットはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムＲＮＡを検出するためのプライマー・プローブセットであるＮ１、Ｎ２、ならびにＮ５０１、Ｅ４８４に対応する領域を含むｃＤＮＡを合成、増幅するためのプライマー対である配列番号２１、２５のオリゴヌクレオチドを含む。また、Ｅ４８４Ｋ変異型を検出するためのプローブの５’末端はＣｙ５、３’末端はＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識し、いくつかのプローブについてはその一部のヌクレオチドをＬＮＡに置き換えた。Ｎ５０１Ｙ変異型を検出するためのプローブはその５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１で
それぞれ標識し、さらに３’末端にＭＧＢを付加した。Ｎ１、Ｎ２を検出すためのプローブは５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
野生型ＲＮＡと変異型ＲＮＡの両方が終濃度５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌで含まれる系列希釈液をＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用いて調製し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、最終濃度０．２μＭの各プライマー、最終濃度０．２μＭの各プローブを混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。キットに付属する試薬Ｓｏｌｕｔｉｏｎ Ａは未精製試料前処理試薬のため本試験では使用しなかった。
こうして調製された反応液を１ステップＲＴ－ＰＣＲに供した。サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標）５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。反応条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表１１及び図５（各反応の増幅曲線）に示した。
結果
表１１および図５に示されるように、すべてのセットで野生型、Ｎ５０１Ｙ変異型、Ｅ４８４Ｋ変異型のＲＮＡが検出された。セットごとのＣｔ値には大きな差異は見られず、またＳＮ比も高いことから、いずれのセットも変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に有用であることが示された。
表１１および図５に示されるように、すべてのセットで野生型、Ｎ５０１Ｙ変異型、Ｅ４８４Ｋ変異型のＲＮＡが検出された。セットごとのＣｔ値には大きな差異は見られず、またＳＮ比も高いことから、いずれのセットも変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に有用であることが示された。
実施例５
Ｅ４８４Ｑ、Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＥ４８４Ｑ変異株、Ｅ４８４Ｋ変異株の検出について検討した。まず、表４に記載した、配列番号２１のフォワードプライマーおよび配列番号２５のリバースプライマーをそれぞれ合成した。次に、これらのプライマー対と、表１２に記載した、配列中にＬＮＡを含む３種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍ」を含むＥ４８４Ｋ変異検出用および名称に「Ｑ」を含むＥ４８４Ｑ変異検出用）で構成される＃２６～＃３０のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＥ４８４Ｋ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＥ４８４Ｑ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
Ｅ４８４Ｑ、Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＥ４８４Ｑ変異株、Ｅ４８４Ｋ変異株の検出について検討した。まず、表４に記載した、配列番号２１のフォワードプライマーおよび配列番号２５のリバースプライマーをそれぞれ合成した。次に、これらのプライマー対と、表１２に記載した、配列中にＬＮＡを含む３種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍ」を含むＥ４８４Ｋ変異検出用および名称に「Ｑ」を含むＥ４８４Ｑ変異検出用）で構成される＃２６～＃３０のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＥ４８４Ｋ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＥ４８４Ｑ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、野生型のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｅ４８４Ｅ－ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｗｉｌｄ：配列番号５８）、変異型（Ｅ４８４Ｋ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｅ４８４Ｋ－ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｍｕｔ：配列番号５９）と、変異型（Ｅ４８４Ｑ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｅ４８４Ｑ－ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｍｕｔ：配列番号６０）をそれぞれ使用した。これら一本鎖ＲＮＡは、その塩基配列に対応する二本鎖ＤＮＡを組み込んだプラスミドＤＮＡを構築し、これを鋳型としたｉｎ ｖｉｔｒｏの転写反応を実施して調製した。この３種のＲＮＡを本明細書中ではそれぞれＥ４８４Ｅ＿ＲＮＡ、Ｅ４８４Ｋ＿ＲＮＡ、Ｅ４８４Ｑ＿ＲＮＡと記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌまたは、５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌとなるようにＥ４８４Ｅ＿ＲＮＡ、Ｅ４８４Ｋ＿ＲＮＡ、Ｅ４８４Ｑ＿ＲＮＡのそれぞれを添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、３種のプローブ（それぞれ最終濃度０．２μＭ）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表１２記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表１３に示した。
結果
検討の結果、Ｅ４８４Ｅ＿ＲＮＡ（野生型）、Ｅ４８４Ｋ＿ＲＮＡ、Ｅ４８４Ｑ＿ＲＮＡを同時検出するマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ系は、野生型、変異型（Ｅ４８４ＫまたはＥ４８４Ｑ）のＲＮＡをそれぞれ検出できており、当該反応液を用いて４８４位のタイピング、すなわち野生型（Ｅ）、Ｋ、またはＱの判別が可能であることが示された。また＃２８、＃３０は特に良好な結果を示した。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、Ｅ４８４Ｅ＿ＲＮＡ（野生型）、Ｅ４８４Ｋ＿ＲＮＡ、Ｅ４８４Ｑ＿ＲＮＡを同時検出するマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ系は、野生型、変異型（Ｅ４８４ＫまたはＥ４８４Ｑ）のＲＮＡをそれぞれ検出できており、当該反応液を用いて４８４位のタイピング、すなわち野生型（Ｅ）、Ｋ、またはＱの判別が可能であることが示された。また＃２８、＃３０は特に良好な結果を示した。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例６
Ｌ４５２Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＬ４５２Ｒ変異株の検出について検討した。まず、表１４に記載したフォワードプライマー（名称中に「Ｆ」を含むもの）およびリバースプライマー（名称中に「Ｒ」を含むもの）を合成した。次に、これらのプライマー対と、表１５、表１６に記載した、配列中にＬＮＡを含むプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用または名称に「Ｍ」を含む変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のいずれか）で構成される＃３１～＃７１のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。また変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
Ｌ４５２Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＬ４５２Ｒ変異株の検出について検討した。まず、表１４に記載したフォワードプライマー（名称中に「Ｆ」を含むもの）およびリバースプライマー（名称中に「Ｒ」を含むもの）を合成した。次に、これらのプライマー対と、表１５、表１６に記載した、配列中にＬＮＡを含むプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用または名称に「Ｍ」を含む変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のいずれか）で構成される＃３１～＃７１のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。また変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、野生型のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｌ４５２Ｒ－ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｗｉｌｄ：配列番号８９）と、変異型（Ｌ４５２Ｒ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｌ４５２Ｒ－ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｍｕｔ：配列番号９０）を使用した。これら一本鎖ＲＮＡは、その塩基配列に対応する二本鎖ＤＮＡを組み込んだプラスミドＤＮＡを構築し、これを鋳型としたｉｎ ｖｉｔｒｏの転写反応を実施して調製した。この二つのＲＮＡを本明細書中ではそれぞれ野生型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡ４５２と記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡ４５２と変異型ＲＮＡ４５２をそれぞれ添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、プローブ（最終濃度０．２μＭ；野生型ＲＮＡ検出用または変異型ＲＮＡ検出用のいずれか）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表１５、表１６記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表１７、表１８に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３３、＃３６、＃４０、＃４３、＃４７、＃５１、＃５３、＃６５、＃６９反応は、それぞれ野生型ＲＮＡまたは変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号８３、７０のオリゴヌクレオチドはＬ４５２Ｒ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３３、＃３６、＃４０、＃４３、＃４７、＃５１、＃５３、＃６５、＃６９反応は、それぞれ野生型ＲＮＡまたは変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号８３、７０のオリゴヌクレオチドはＬ４５２Ｒ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例７
Ｌ４５２Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
表１９に示す４セットのプライマー・プローブ、＃７２、＃７３、＃７４、＃７５を構築し、Ｌ４５２Ｒ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。表中、プライマーの名称は「Ｆ」または「Ｒ」を含む。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「W」を、変異型検出用プローブの名称は「M」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、２種のプローブを含む他は実施例１同様と同様に調製し、反応確認を行った。試験検体としては、野生型ＲＮＡ４５２と変異型ＲＮＡ４５２には実施例６と同じＲＮＡを使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌとなるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表２０に示した。
Ｌ４５２Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
表１９に示す４セットのプライマー・プローブ、＃７２、＃７３、＃７４、＃７５を構築し、Ｌ４５２Ｒ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。表中、プライマーの名称は「Ｆ」または「Ｒ」を含む。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「W」を、変異型検出用プローブの名称は「M」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、２種のプローブを含む他は実施例１同様と同様に調製し、反応確認を行った。試験検体としては、野生型ＲＮＡ４５２と変異型ＲＮＡ４５２には実施例６と同じＲＮＡを使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌとなるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表２０に示した。
結果
検討の結果、野生型ＲＮＡ、変異型ＲＮＡを同時検出するマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ系としたことによる不都合は見られなかった。変異型ＲＮＡ検出用プローブとしては配列番号６８のオリゴヌクレオチドよりも配列番号７０のオリゴヌクレオチドの方が、また野生型ＲＮＡ検出用プローブとしては配列番号７２のオリゴヌクレオチドよりも配列番号７３のオリゴヌクレオチドの方が、それぞれ良好な結果を示した。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、野生型ＲＮＡ、変異型ＲＮＡを同時検出するマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ系としたことによる不都合は見られなかった。変異型ＲＮＡ検出用プローブとしては配列番号６８のオリゴヌクレオチドよりも配列番号７０のオリゴヌクレオチドの方が、また野生型ＲＮＡ検出用プローブとしては配列番号７２のオリゴヌクレオチドよりも配列番号７３のオリゴヌクレオチドの方が、それぞれ良好な結果を示した。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例８
Ｔ４７８Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＴ４７８Ｋ変異株の検出について検討した。まず、表２１に記載したフォワードプライマー（名称中に「Ｆ」を含むもの）およびリバースプライマー（名称中に「Ｒ」を含むもの）を合成した。次に、これらのプライマー対と表２２、表２３、表２４に記載した、配列中にＬＮＡを含むプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用または名称に「Ｍ」を含む変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のいずれか）で構成される＃７６～１４８のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。また変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
Ｔ４７８Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＴ４７８Ｋ変異株の検出について検討した。まず、表２１に記載したフォワードプライマー（名称中に「Ｆ」を含むもの）およびリバースプライマー（名称中に「Ｒ」を含むもの）を合成した。次に、これらのプライマー対と表２２、表２３、表２４に記載した、配列中にＬＮＡを含むプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用または名称に「Ｍ」を含む変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のいずれか）で構成される＃７６～１４８のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。また変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、野生型のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｔ４７８Ｋ－ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｗｉｌｄ：配列番号１１１）と、変異型（Ｔ４７８Ｋ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｔ４７８Ｋ－ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｍｕｔ：配列番号１１２）を使用した。これら一本鎖ＲＮＡは、その塩基配列に対応する二本鎖ＤＮＡを組み込んだプラスミドＤＮＡを構築し、これを鋳型としたｉｎ ｖｉｔｒｏの転写反応を実施して調製した。この二つのＲＮＡを本明細書中ではそれぞれ野生型ＲＮＡ４７８、変異型ＲＮＡ４７８と記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡ４７８と変異型ＲＮＡ４７８をそれぞれ添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、プローブ（最終濃度０．２μＭ；野生型ＲＮＡ検出用または変異型ＲＮＡ検出用のいずれか）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表２２、表２３、表２４記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表２５、表２６、表２７に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃１０１、＃１０３、＃１０６、＃１０９、＃１１２、＃１１３、＃１１５、＃１１８、＃１２１、＃１２４、＃１２７、＃１３３、＃１３９、＃１４５の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡまたは変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号９５、９７、１００のオリゴヌクレオチドはＴ４７８Ｋ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃１０１、＃１０３、＃１０６、＃１０９、＃１１２、＃１１３、＃１１５、＃１１８、＃１２１、＃１２４、＃１２７、＃１３３、＃１３９、＃１４５の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡまたは変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号９５、９７、１００のオリゴヌクレオチドはＴ４７８Ｋ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例９
Ｔ４７８Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
表２８に示す９セットのプライマー・プローブセット＃１４９、＃１５０、＃１５１、＃１５２、＃１５３、＃１５４、＃１５５、＃１５６、＃１５７を構築し、Ｔ４７８Ｋ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗ」を、変異型検出用プローブの名称は「Ｍ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、２種のプローブを含む他は実施例７同様に調製し、反応確認を行った。試験検体としては、野生型ＲＮＡ４７８と変異型ＲＮＡ４７８を使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌとなるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表２９に示した。
Ｔ４７８Ｋ変異株検出用プライマー・プローブ
表２８に示す９セットのプライマー・プローブセット＃１４９、＃１５０、＃１５１、＃１５２、＃１５３、＃１５４、＃１５５、＃１５６、＃１５７を構築し、Ｔ４７８Ｋ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗ」を、変異型検出用プローブの名称は「Ｍ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、２種のプローブを含む他は実施例７同様に調製し、反応確認を行った。試験検体としては、野生型ＲＮＡ４７８と変異型ＲＮＡ４７８を使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌとなるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表２９に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃１４９、＃１５０、＃１５１、＃１５３、＃１５４、＃１５５の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡ４７８または変異型ＲＮＡ４７８を小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号、９５、９７のオリゴヌクレオチドはT４７８K変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃１４９、＃１５０、＃１５１、＃１５３、＃１５４、＃１５５の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡ４７８または変異型ＲＮＡ４７８を小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号、９５、９７のオリゴヌクレオチドはT４７８K変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１０
本発明の検出方法によるＦ４９０Ｓ変異株の検出について検討した。まず、表３０に記載したフォワードプライマー（名称中に「Ｆ」を含むもの）およびリバースプライマー（名称中に「Ｒ」を含むもの）を合成した。次に、これらのプライマー対と表３１－１、表３１－２、表３２に記載した、配列中にＬＮＡを含むプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用または名称に「Ｍ」を含む変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のいずれか）で構成される＃１５８～＃２０２のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。また変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
本発明の検出方法によるＦ４９０Ｓ変異株の検出について検討した。まず、表３０に記載したフォワードプライマー（名称中に「Ｆ」を含むもの）およびリバースプライマー（名称中に「Ｒ」を含むもの）を合成した。次に、これらのプライマー対と表３１－１、表３１－２、表３２に記載した、配列中にＬＮＡを含むプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用または名称に「Ｍ」を含む変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のいずれか）で構成される＃１５８～＃２０２のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。また変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、野生型のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（ＷＩＬＤ＿ＲＮＡ＿ＣＯＮＴＲＯＬ２：配列番号１３４）と、変異型（Ｆ４９０Ｓ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｆ４９０Ｓ＿ＲＮＡ＿ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｍｕｔ：配列番号１３６）を使用した。これら一本鎖ＲＮＡは、その塩基配列に対応する二本鎖ＤＮＡを組み込んだプラスミドＤＮＡを構築し、これを鋳型としたｉｎ ｖｉｔｒｏの転写反応を実施して調製した。この二つのＲＮＡを本明細書中ではそれぞれ野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡＦ４９０Ｓと記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡ２と変異型ＲＮＡＦ４９０Ｓをそれぞれ添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、プローブ（最終濃度０．２μＭ；野生型ＲＮＡ検出用または変異型ＲＮＡ検出用のいずれか）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表３１－１、表３１－２、表３２記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表３３、表３４に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃１７４、＃１７５、＃１７６、＃１７９、＃１８０、＃１８１、＃１８４、＃１８５、＃１８６の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡ２または変異型RNAＦ４９０Ｓを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１２１、１２２、１２３のオリゴヌクレオチドはF４９０Ｓ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃１７４、＃１７５、＃１７６、＃１７９、＃１８０、＃１８１、＃１８４、＃１８５、＃１８６の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡ２または変異型RNAＦ４９０Ｓを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１２１、１２２、１２３のオリゴヌクレオチドはF４９０Ｓ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１１
Ｆ４９０Ｓ変異株検出用プライマー・プローブ
表３５に示す４セットのプライマー・プローブセット＃２０３、＃２０４、＃２０５、＃２０６を構築し、Ｆ４９０Ｓ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。プライマー対としては、実施例１０で用意した表３０に記載の＃４を使用した。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗ」を、変異型検出用プローブの名称は「Ｍ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、２種のプローブを含む他は実施例１０と同様に調製し、反応確認を行った。試験検体としては、野生型ＲＮＡ２または変異型ＲＮＡＦ４９０Ｓを使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌとなるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表３６に示した。
Ｆ４９０Ｓ変異株検出用プライマー・プローブ
表３５に示す４セットのプライマー・プローブセット＃２０３、＃２０４、＃２０５、＃２０６を構築し、Ｆ４９０Ｓ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。プライマー対としては、実施例１０で用意した表３０に記載の＃４を使用した。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗ」を、変異型検出用プローブの名称は「Ｍ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、２種のプローブを含む他は実施例１０と同様に調製し、反応確認を行った。試験検体としては、野生型ＲＮＡ２または変異型ＲＮＡＦ４９０Ｓを使用し、それぞれＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌとなるように系列希釈した溶液を調製した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表３６に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２０４、＃２０５、＃２０６の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡ２または変異型ＲＮＡＦ４９０Ｓを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１２２、１２３のオリゴヌクレオチドはＦ４９０Ｓ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２０４、＃２０５、＃２０６の反応は、それぞれ野生型ＲＮＡ２または変異型ＲＮＡＦ４９０Ｓを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１２２、１２３のオリゴヌクレオチドはＦ４９０Ｓ変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１２
Ｌ４５２Ｑ、Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＬ４５２Ｑ変異株、Ｌ４５２Ｒ変異株の検出について検討した。まず、配列番号１２５～１３０のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、表３７のプライマー対＃１～＃３とした。次に、これらのプライマー対と、表３８に記載した、配列中にＬＮＡを含む３種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｑ」を含むＬ４５２Ｑ変異検出用および名称に「Ｍ４、Ｍ６またはＭ７」を含むＬ４５２Ｒ変異検出用）で構成される＃２０７～＃２３６のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｒ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｑ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
Ｌ４５２Ｑ、Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＬ４５２Ｑ変異株、Ｌ４５２Ｒ変異株の検出について検討した。まず、配列番号１２５～１３０のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、表３７のプライマー対＃１～＃３とした。次に、これらのプライマー対と、表３８に記載した、配列中にＬＮＡを含む３種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｑ」を含むＬ４５２Ｑ変異検出用および名称に「Ｍ４、Ｍ６またはＭ７」を含むＬ４５２Ｒ変異検出用）で構成される＃２０７～＃２３６のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｒ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｑ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、実施例１０に使用された野生型ＲＮＡ２、実施例６に使用された変異型ＲＮＡ４５２、変異型（Ｌ４５２Ｑ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムＲＮＡの配列を有する合成一本鎖ＲＮＡ（Ｌ４５２Ｑ＿ＲＮＡ＿ＣＯＮＴＲＯＬ＿ＲＮＡ＿Ｍｕｔ：配列番号１３４）をそれぞれ使用した。配列番号１３４のＲＮＡは、その塩基配列に対応する二本鎖ＤＮＡを組み込んだプラスミドＤＮＡを構築し、これを鋳型としたｉｎ ｖｉｔｒｏの転写反応を実施して調製した。このＲＮＡを本明細書中では変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑと記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑをそれぞれ添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、プローブ（最終濃度０．２μＭ；野生型ＲＮＡ検出用または変異型ＲＮＡ検出用のいずれか）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表３８記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表３９－１及び表３９－２に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２０７、＃２１０、＃２１３、＃２１７、＃２２０、＃２２３、＃２２７、＃２３０、＃２３３の反応は、野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１３１、７１、７２のオリゴヌクレオチドは変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２０７、＃２１０、＃２１３、＃２１７、＃２２０、＃２２３、＃２２７、＃２３０、＃２３３の反応は、野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１３１、７１、７２のオリゴヌクレオチドは変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１３
Ｌ４５２Ｑ、Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＬ４５２Ｑ変異株、Ｌ４５２Ｒ変異株の検出について検討した。まず、実施例１２で用意した表３７に記載のプライマー対＃１と、表４０に記載した、配列中にＬＮＡを含む３種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｑ」を含むＬ４５２Ｑ変異検出用およびＬ４５２Ｒ変異検出用のＬ４５２Ｒ－ＬＮＡ－Ｍ４）で構成される＃２３７～＃２４２のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｒ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｑ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
Ｌ４５２Ｑ、Ｒ変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＬ４５２Ｑ変異株、Ｌ４５２Ｒ変異株の検出について検討した。まず、実施例１２で用意した表３７に記載のプライマー対＃１と、表４０に記載した、配列中にＬＮＡを含む３種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｑ」を含むＬ４５２Ｑ変異検出用およびＬ４５２Ｒ変異検出用のＬ４５２Ｒ－ＬＮＡ－Ｍ４）で構成される＃２３７～＃２４２のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｒ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＬ４５２Ｑ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、実施例１２に使用された野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑをそれぞれ使用した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに５０コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑのそれぞれを添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．８μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．８μＭ）、３種のプローブ（それぞれ最終濃度０．２μＭ（１×）、または０．４μＭ（２×））を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表４０記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表４１に示した。
結果
検討の結果、野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑを同時検出するマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ系は、野生型、変異型（Ｌ４５２ＲまたはＬ４５２Ｑ）のＲＮＡをそれぞれ検出できており、当該反応液を用いてＬ４５２位のタイピング、すなわち野生型（Ｌ）、Ｒ、またはＱの判別が可能であることが示された。また＃２３７、＃２３８は特に良好な結果を示した。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑを同時検出するマルチプレックスＲＴ－ＰＣＲ系は、野生型、変異型（Ｌ４５２ＲまたはＬ４５２Ｑ）のＲＮＡをそれぞれ検出できており、当該反応液を用いてＬ４５２位のタイピング、すなわち野生型（Ｌ）、Ｒ、またはＱの判別が可能であることが示された。また＃２３７、＃２３８は特に良好な結果を示した。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１４
Ｐ６８１Ｈ、Ｒ 変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＰ６８１Ｈ変異株、Ｐ６８１Ｒ変異株の検出について検討した。まず、配列番号１３９～１４６のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、そのうちから２組のプライマー対を選び＃１～２として表４２に記載した。次に、これらのプライマー対と、表４３に記載した、配列中にＬＮＡを含む計１５種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｈ」を含むＰ６８１Ｈ変異検出用および名称に「R」を含むＰ６８１Ｒ変異検出用）で構成される＃２４５～２７４のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＰ６８１Ｈ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＰ６８１Ｒ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
Ｐ６８１Ｈ、Ｒ 変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＰ６８１Ｈ変異株、Ｐ６８１Ｒ変異株の検出について検討した。まず、配列番号１３９～１４６のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、そのうちから２組のプライマー対を選び＃１～２として表４２に記載した。次に、これらのプライマー対と、表４３に記載した、配列中にＬＮＡを含む計１５種のプローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｈ」を含むＰ６８１Ｈ変異検出用および名称に「R」を含むＰ６８１Ｒ変異検出用）で構成される＃２４５～２７４のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＰ６８１Ｈ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。またＰ６８１Ｒ変異検出用のプローブの５’末端をＨＥＸ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。
また試験用の検体として、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムのスパイクタンパク領域配列を有する野生型の１本鎖ＲＮＡ（配列番号１６４）とＰ６８１Ｈ及びＰ６８１Ｒに対応する変異を有する１本鎖ＲＮＡを各種用意した。野生型の１本鎖ＲＮＡは、その塩基配列に対応する二本鎖ＤＮＡを人工合成してプラスミドｐＶＡＸ１のマルチクローニングサイト（Ｎｈｅ Ｉ－Ｘｂａ Ｉ）に既知の手法で挿入した後、この組換えプラスミドを鋳型としたｉｎ ｖｉｔｒｏの転写反応によって調製した。またＰ６８１Ｈ変異（６８１番目のプロリンに対応するコドンであるＣＣＴがＣＡＴに変換されている）及びＰ６８１Ｒ変異（６８１番目のプロリンに対応するコドンであるＣＣＴがＣＧＴに変換されている）を有するＲＮＡは、配列番号１６４のＤＮＡにそれぞれの変異を導入したうえ、野生型ＲＮＡと同様の方法により調製した。これらのＲＮＡを本明細書中では野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒと記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒをそれぞれ添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、プローブ（最終濃度０．２μＭ；野生型ＲＮＡ検出用または変異型ＲＮＡ検出用のいずれか）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表４３記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製し試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表４４に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２４８、＃２５１、＃２５２、＃２５６、＃２５７、＃２６２、＃２６３、＃２６６、＃２６７、＃２７１、＃２７２の反応は、野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１４９、１５０、１５３、１５４、１５８、１５９のオリゴヌクレオチドは変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２４８、＃２５１、＃２５２、＃２５６、＃２５７、＃２６２、＃２６３、＃２６６、＃２６７、＃２７１、＃２７２の反応は、野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１４９、１５０、１５３、１５４、１５８、１５９のオリゴヌクレオチドは変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１５
Ｐ６８１Ｈ、Ｒ 変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＰ６８１Ｈ変異株、Ｐ６８１Ｒ変異株の検出について検討した。まず、実施例１４で合成した配列番号１３９～１４６のフォワードプライマーおよびリバースプライマーで表４５のプライマー対を作成した。
Ｐ６８１Ｈ、Ｒ 変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＰ６８１Ｈ変異株、Ｐ６８１Ｒ変異株の検出について検討した。まず、実施例１４で合成した配列番号１３９～１４６のフォワードプライマーおよびリバースプライマーで表４５のプライマー対を作成した。
次にこれらのプライマー対と実施例１４で作製した蛍光標識プローブ（名称に「Ｗ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｈ」を含むＰ６８１Ｈ変異検出用および名称に「Ｒ」を含むＰ６８１Ｒ変異検出用）から選択されたプローブで構成される＃２７５～３７０のセットをそれぞれ構築した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒをそれぞれ添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、プローブ（最終濃度０．２μＭ；野生型ＲＮＡ検出用または変異型ＲＮＡ検出用のいずれか）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
また試験用の検体として、実施例１４に使用された野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒをそれぞれ使用した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
上記の組成で、表４６、４７、４８－１及び４８－２に記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
実施例１４と同じサーマルサイクラー、ＲＴ－ＰＣＲ条件で反応を実施した。その結果を表４９、５０、５１、５２に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２７５、＃２７６、＃２８７、＃２８８、＃３２３、＃３２４、＃３３５、＃３３６の反応は、野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。実施例１４同様に、配列番号１５３、１５４、１５８、１５９のオリゴヌクレオチドは変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃２７５、＃２７６、＃２８７、＃２８８、＃３２３、＃３２４、＃３３５、＃３３６の反応は、野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。実施例１４同様に、配列番号１５３、１５４、１５８、１５９のオリゴヌクレオチドは変異における一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１６
Ｐ６８１位のタイピング
本発明の検出方法によるＰ６８１位のタイピングについて検討した。まず、実施例１５で用意した表４５に記載のプライマー対＃９と、実施例１４で作製したプローブ（Ｐ６８１－Ｗｉｌｄ－ＬＮＡ－７、Ｐ６８１Ｈ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－６またはＰ６８１Ｈ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－７、Ｐ６８１Ｒ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－６）で構成される＃３７１～３７３のセットをそれぞれ構築した。
Ｐ６８１位のタイピング
本発明の検出方法によるＰ６８１位のタイピングについて検討した。まず、実施例１５で用意した表４５に記載のプライマー対＃９と、実施例１４で作製したプローブ（Ｐ６８１－Ｗｉｌｄ－ＬＮＡ－７、Ｐ６８１Ｈ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－６またはＰ６８１Ｈ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－７、Ｐ６８１Ｒ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－６）で構成される＃３７１～３７３のセットをそれぞれ構築した。
また試験用の検体として、実施例１４に使用された野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒをそれぞれ使用した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに５０コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０００コピー／μｌとなるように野生型ＲＮＡ２、変異型ＲＮＡ４５２、変異型ＲＮＡＬ４５２Ｑのそれぞれを添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．８μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．８μＭ）、３種のプローブ（それぞれ最終濃度０．２μＭ（１×）、または０．４μＭ（２×））を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表５３記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
実施例１４と同じサーマルサイクラー、ＲＴ－ＰＣＲ条件で反応を実施した。その結果を表５４に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３７１、＃３７２の反応は、野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１５３、１５４、１５８のオリゴヌクレオチドはＰ６８１位の一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３７１、＃３７２の反応は、野生型ＲＮＡＰ６８１、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｈ、変異型ＲＮＡＰ６８１Ｒを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１５３、１５４、１５８のオリゴヌクレオチドはＰ６８１位の一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１７
Ｅ４８４Ａ変異検出用プライマー・プローブ
まず、配列番号１６５～１６７のプローブを合成した。次に実施例２で使用したプライマー・プローブと組み合わせて表５５に示すプライマー・プローブセット＃３７４、＃３７５、＃３７６を構築し、Ｅ４８４Ａ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗ」を、変異型検出用プローブの名称は「Ｍｕｔ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
Ｅ４８４Ａ変異検出用プライマー・プローブ
まず、配列番号１６５～１６７のプローブを合成した。次に実施例２で使用したプライマー・プローブと組み合わせて表５５に示すプライマー・プローブセット＃３７４、＃３７５、＃３７６を構築し、Ｅ４８４Ａ変異を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗ」を、変異型検出用プローブの名称は「Ｍｕｔ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
試験用の検体として、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムのスパイクタンパク領域配列を有する野生型の１本鎖ＲＮＡ（配列番号２４８）と現在オミクロン株について報告されている変異、Ａ６７Ｖ、Ｈ６９ｄｅｌ、Ｖ７０ｄｅｌ、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、Ｖ１４３ｄｅｌ、Ｙ１４４ｄｅｌ、Ｙ１４５ｄｅｌ、Ｎ２１１ｄｅｌ、Ｌ２１２Ｉ、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ、Ｇ３３９Ｄ、Ｓ３７１Ｌ、Ｓ３７３Ｐ、Ｓ３７５Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４４０Ｋ、Ｇ４４６Ｓ、Ｓ４７７Ｎ、Ｔ４７８Ｋ、Ｅ４８４Ａ、Ｑ４９３Ｒ、Ｇ４９６Ｓ、Ｑ４９８Ｒ、Ｎ５０１Ｙ、Ｙ５０５Ｈ、Ｔ５４７Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｈ６５５Ｙ、Ｎ６７９Ｋ、Ｐ６８１Ｈ、Ｎ７６４Ｋ、Ｄ７９６Ｙ、Ｎ８５６Ｋ、Ｑ９５４Ｈ、Ｎ９６９Ｋ、Ｌ９８１Ｆ、に対応するすべての変異を有する１本鎖ＲＮＡ（配列番号２４９）を用意した（なお、ｄｅｌは当該アミノ酸の欠失を、ｉｎｓ２１４ＥＰＥはＲ２１４とＤ２１５の間への３アミノ酸の挿入を、それぞれ意味する）。これらの１本鎖ＲＮＡは、その塩基配列に対応する二本鎖ＤＮＡを人工合成してプラスミドｐＶＡＸ１のマルチクローニングサイト（Ｎｈｅ Ｉ－Ｘｂａ Ｉ）に既知の手法で挿入した後、この組換えプラスミドを鋳型としたｉｎ ｖｉｔｒｏの転写反応によって調製した。これらのＲＮＡを本明細書中ではオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡと記載する。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに５０００コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０コピー／μｌ、５コピー／μｌとなるようにオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡのそれぞれを添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．２μＭ）及びリバースプライマー（最終濃度０．２μＭ）、３種のプローブ（それぞれ最終濃度０．２μＭ）を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表５５記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
また、サーマルサイクラーは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ（登録商標） ５ リアルタイムＰＣＲシステム（サーモフィッシャーサイエンティフィック社製）を用いた。ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表５６に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３７４、＃３７６の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１６５、１６７のオリゴヌクレオチドはＥ４８４位の一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３７４、＃３７６の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１６５、１６７のオリゴヌクレオチドはＥ４８４位の一塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１８
ｉｎｓ２１４ＥＰＥ挿入検出用プライマー・プローブ
まず、配列番号１６８～１７９のプライマーとプローブを合成した。次に表５７に示すプライマー・プローブセット＃３７７、＃３７８、＃３７９を構築し、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ挿入を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗｉｌｄ」を、変異型検出用プローブの名称は「ｏｍｉｃｒｏｎ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
ｉｎｓ２１４ＥＰＥ挿入検出用プライマー・プローブ
まず、配列番号１６８～１７９のプライマーとプローブを合成した。次に表５７に示すプライマー・プローブセット＃３７７、＃３７８、＃３７９を構築し、ｉｎｓ２１４ＥＰＥ挿入を有する変異型ＲＮＡ検出について試験を行った。これらのセットは野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブ、変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用プローブの両方を含む（野生型検出用プローブの名称は「Ｗｉｌｄ」を、変異型検出用プローブの名称は「ｏｍｉｃｒｏｎ」をそれぞれ含む）。野生型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識し、変異型ＲＮＡ検出用プローブは５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
試験用の検体として実施例１７のオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを使用した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、実施例１７と同様に調製し、反応確認を行った。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表５８示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３７７、＃３７９の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１７０、１７８のオリゴヌクレオチドはｉｎｓ２１４ＥＰＥの挿入を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３７７、＃３７９の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１７０、１７８のオリゴヌクレオチドはｉｎｓ２１４ＥＰＥの挿入を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例１９
Ｓ３７１Ｌ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＳ３７１Ｌ変異の検出について検討した。まず、配列番号１８０～１８５のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表５９の＃１～３に記載した。次にこれらのプライマー対と、表６０に記載した、配列中にＬＮＡを含む計８種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＳ３７１Ｌ変異検出用）で構成される＃３８０～４０３のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＳ３７１Ｌ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
Ｓ３７１Ｌ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＳ３７１Ｌ変異の検出について検討した。まず、配列番号１８０～１８５のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表５９の＃１～３に記載した。次にこれらのプライマー対と、表６０に記載した、配列中にＬＮＡを含む計８種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＳ３７１Ｌ変異検出用）で構成される＃３８０～４０３のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＳ３７１Ｌ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに５０００コピー／μｌとなるように実施例１７のオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡのそれぞれを添加し、試験検体溶液とした。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、実施例１７と同様に調製し、反応確認を行った。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表６１に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３８９～＃４０３の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１８６、１８７、１８８、１８９のオリゴヌクレオチドはＳ３７１Ｌ変異に係る塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃３８９～＃４０３の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１８６、１８７、１８８、１８９のオリゴヌクレオチドはＳ３７１Ｌ変異に係る塩基置換を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例２０
Ｓ３７１Ｌ 変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＳ３７１Ｌ変異の検出について検討した。まず、実施例１９で合成したプライマー対とプローブで表６２のセットを作成した。
Ｓ３７１Ｌ 変異株検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＳ３７１Ｌ変異の検出について検討した。まず、実施例１９で合成したプライマー対とプローブで表６２のセットを作成した。
試験用の検体として実施例１７のオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを使用した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、実施例１７と同様に調製し、反応確認を行った。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表６３に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４０４、＃４０５、＃４０９の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１８７、１８８、１８９のオリゴヌクレオチドはＳ３７１Ｌ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４０４、＃４０５、＃４０９の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１８７、１８８、１８９のオリゴヌクレオチドはＳ３７１Ｌ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例２１
Ｇ３３９Ｄ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＧ３３９Ｄ変異の検出について検討した。まず、配列番号２０４～２１４のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表６４の＃１～７に記載した。次にこれらのプライマー対と、表６５－１及び表６５－２に記載した、配列中にＬＮＡを含む計１０種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＧ３３９Ｄ変異検出用）で構成される＃４１０～４３９のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＧ３３９Ｄ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
Ｇ３３９Ｄ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＧ３３９Ｄ変異の検出について検討した。まず、配列番号２０４～２１４のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表６４の＃１～７に記載した。次にこれらのプライマー対と、表６５－１及び表６５－２に記載した、配列中にＬＮＡを含む計１０種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＧ３３９Ｄ変異検出用）で構成される＃４１０～４３９のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＧ３３９Ｄ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
試験用の検体として実施例１７のオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを使用した。ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるようにそれぞれのＲＮＡを添加し、試験検体溶液とした。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、実施例１７と同様に調製し、反応確認を行った。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、５８℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表６６－１及び表６６－２に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４２２、＃４２３、＃４２４、＃４２５、＃４２８、＃４２９の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１９８、１９９、２０２、２０３のオリゴヌクレオチドはＧ３３９Ｄ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４２２、＃４２３、＃４２４、＃４２５、＃４２８、＃４２９の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１９８、１９９、２０２、２０３のオリゴヌクレオチドはＧ３３９Ｄ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例２２
Ｇ３３９位のタイピング
本発明の検出方法によるＧ３３９位のタイピングについて検討した。まず、実施例２１で用意した表６７に記載のプライマー対＃１、＃６と、実施例２１で作製したプローブ（Ｇ３３９Ｄ－Ｗｉｌｄ－ＬＮＡ－４、Ｇ３３９Ｄ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－２）で構成される＃４４０～４４７のセットをそれぞれ構築した。
Ｇ３３９位のタイピング
本発明の検出方法によるＧ３３９位のタイピングについて検討した。まず、実施例２１で用意した表６７に記載のプライマー対＃１、＃６と、実施例２１で作製したプローブ（Ｇ３３９Ｄ－Ｗｉｌｄ－ＬＮＡ－４、Ｇ３３９Ｄ－Ｍｕｔ－ＬＮＡ－２）で構成される＃４４０～４４７のセットをそれぞれ構築した。
試験用の検体として実施例１７のオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを使用した。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに５０コピー／μｌ、５００コピー／μｌ、５０００コピー／μｌとなるようにオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡそれぞれを添加し、試験検体溶液とした。試験検体の検出には、市販されている製品名ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｄｉｒｅｃｔ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ＲＴ－ｑＰＣＲ Ｋｉｔ（タカラバイオ社製、製品＃ＲＣ３００Ａ）のコンポーネントを使用した。すなわち前記した試験検体溶液１μｌと酵素・基質等を含むＲＴ－ｑＰＣＲ Ｍｉｘ １５μｌ、加熱処理済みのＳｏｌｕｔｉｏｎ Ａ １．２μｌ、ＲＯＸ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＤｙｅＩＩ（５０Ｘ） ０．６μｌ、フォワードプライマー（最終濃度０．４μＭ（１×） 又は０．８μＭ（１×））及びリバースプライマー（最終濃度０．４μＭ（１×） 又は０．８μＭ（１×））、２種のプローブ（それぞれ最終濃度０．２μＭ（１×）、または０．４μＭ（２×））を混合し、ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏで、最終容量３０μｌの１ステップＲＴ－ＰＣＲ反応液を調製した。
上記の組成で、表６８記載の各セットのプライマー・プローブを含む反応液を調製した。実験精度を高めるため２連で試験を実施した。
ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、実施例１７と同様に調製し、反応確認を行った。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表６８に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４４３、＃４４４、＃４４５、＃４４６、＃４４７の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡをいずれも小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１９９のオリゴヌクレオチドはＧ３３９Ｄ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４４３、＃４４４、＃４４５、＃４４６、＃４４７の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡをいずれも小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号１９９のオリゴヌクレオチドはＧ３３９Ｄ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例２３
Ｎ８５６Ｋ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＮ８５６Ｋ変異の検出について検討した。まず、配列番号２１５～２２２のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表６９の＃１～４に記載した。次にこれらのプライマー対と、表７０－１及び表７０－２に記載した、配列中にＬＮＡを含む計９種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＮ８５６Ｋ変異検出用）で構成される＃４４８～４８３のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＮ８５６Ｋ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
Ｎ８５６Ｋ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＮ８５６Ｋ変異の検出について検討した。まず、配列番号２１５～２２２のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表６９の＃１～４に記載した。次にこれらのプライマー対と、表７０－１及び表７０－２に記載した、配列中にＬＮＡを含む計９種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＮ８５６Ｋ変異検出用）で構成される＃４４８～４８３のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＮ８５６Ｋ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
試験用の検体として実施例１７のオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを使用した。ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるようにそれぞれのＲＮＡを添加し、試験検体溶液とした。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、実施例１７と同様に調製し、反応確認を行った。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表７１－１及び表７１－２に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４４９、＃４５１、＃４５２、＃４５４、＃４５５、＃４６７、＃４６９、＃４７０、＃４７２、＃４７３、＃４７６、＃４７８、＃４７９、＃４８１、＃４８２の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号２２９、２３０のオリゴヌクレオチドはＮ８５６Ｋ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４４９、＃４５１、＃４５２、＃４５４、＃４５５、＃４６７、＃４６９、＃４７０、＃４７２、＃４７３、＃４７６、＃４７８、＃４７９、＃４８１、＃４８２の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号２２９、２３０のオリゴヌクレオチドはＮ８５６Ｋ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
実施例２４
Ｔ５４７Ｋ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＮ８５６Ｋ変異の検出について検討した。まず、配列番号２３２～２３７のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表７２の＃１～３に記載した。次にこれらのプライマー対と、表７３に記載した、配列中にＬＮＡを含む計９種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＴ５４７Ｋ変異検出用）で構成される＃４８４～５１３のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＴ５４７Ｋ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
Ｔ５４７Ｋ 変異検出用プライマー・プローブ
本発明の検出方法によるＮ８５６Ｋ変異の検出について検討した。まず、配列番号２３２～２３７のフォワードプライマーおよびリバースプライマーをそれぞれ合成し、プライマー対として表７２の＃１～３に記載した。次にこれらのプライマー対と、表７３に記載した、配列中にＬＮＡを含む計９種のプローブ（名称に「Ｗｉｌｄ」を含む野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用、名称に「Ｍｕｔ」を含むＴ５４７Ｋ変異検出用）で構成される＃４８４～５１３のセットをそれぞれ構築した。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用のプローブの５’末端をＦＡＭ、３’末端をＢＨＱ（登録商標）１でそれぞれ標識した。またＴ５４７Ｋ変異検出用のプローブの５’末端をＣｙ５、３’末端をＢＨＱ（登録商標）２でそれぞれ標識した。
試験用の検体として実施例１７のオミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを使用した。ＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏに終濃度が５０００コピー／μｌとなるようにそれぞれのＲＮＡを添加し、試験検体溶液とした。またネガティブコントロールとしてはＲＮａｓｅ Ｆｒｅｅ Ｈ２Ｏを用意した。
ＲＴ－ＰＣＲ反応液は、実施例１７と同様に調製し、反応確認を行った。さらに、ＲＴ－ＰＣＲ条件は、５２℃ ５分、９５℃ １０秒の後、９５℃ ５秒、６０℃ ３０秒を１サイクルとする４５サイクル反応とした。その結果を表７４に示した。
結果
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４９６、＃４９７、＃４９８、＃５０１、＃５０２、＃５０３の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号２４６、２４７のオリゴヌクレオチドはＴ５４７Ｋ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
検討の結果、すべての組み合わせにおいてプローブに対応するＲＮＡを検出することが確認できた。特にセット＃４９６、＃４９７、＃４９８、＃５０１、＃５０２、＃５０３の反応は、オミクロン＿野生型ＲＮＡ、オミクロン＿変異型ＲＮＡを小さなＣｔ値、高い蛍光強度で検出できた。すなわち、配列番号２４６、２４７のオリゴヌクレオチドはＴ５４７Ｋ変異を高感度で判別できることが分かった。なお、検体に変えてネガティブコントロールを加えた反応液のすべてで増幅産物は確認されなかった。
変異型遺伝子を特異的に増幅し、高感度に検出することができる本発明の技術を用いて変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出することが出来る。当該方法は、遺伝子工学、生物学、医学等幅広い分野において有用である。
SEQ ID NO1：N501Y_1Fv2.Position 15 "R" is A or G.
SEQ ID NO2：N501Y_1R.
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SEQ ID NO8：N501Y-MGB-P-mut1.
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SEQ ID NO10：N501Y-MGB-R2-2-E484K-4R.
SEQ ID NO11：N501Y-MGB-P-wild2.
SEQ ID NO12：N501Y-MGB-P-mut2.
SEQ ID NO13：N501Y-MGB-P-wild3.
SEQ ID NO14：N501Y-MGB-P-mut3(FAM).
SEQ ID NO15：N501Y-MGB-P-wild4.
SEQ ID NO16：N501Y-MGB-P-mut4(FAM).
SEQ ID NO17：JP-MGB-F1-E484K-5F.
SEQ ID NO18：JP-MGB-R1-E484K-5R.
SEQ ID NO19：JP-MGB-F2.
SEQ ID NO20：JP-MGB-R2.
SEQ ID NO21：E484K-1F-E484K-2F.
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SEQ ID NO28：E484K-3F.
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SEQ ID NO30：484K_VIC-MGB3.
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SEQ ID NO34：484K_VIC-MGB5.
SEQ ID NO35：N501Y-MGB-P_12_BASE.
SEQ ID NO36：E484K-MGB-P_13_BASE.
SEQ ID NO37：TBD-LNA-M2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO38：E484K-LNA-W1(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
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SEQ ID NO40：E484K-LNA-W3(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO41：E484K-LNA-W4(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO42：E484K-LNA-W5(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO43：E484K-LNA-W6(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO44：E484K_MGB_3.
SEQ ID NO45：E484K(mut)_LNA2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO46：TBD-LNA-mut-3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO47：2019-nCoV_N1-F.
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SEQ ID NO51：2019-nCoV_N2-R.
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SEQ ID NO54：E484Q-LNA-2_P_HEX.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO55：E484Q-LNA-4_P_HEX.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
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SEQ ID NO58：E484E-CONTROL_RNA_Wild.
SEQ ID NO59：E484K-CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO60：E484Q-CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO61：E484Q-P_13_BASE.
SEQ ID NO62：N501Y-MGB-F(S477N).
SEQ ID NO63：N501Y-MGB-F(T478K).
SEQ ID NO64：L452R-S477N-F1.
SEQ ID NO65：L452R-S477N-R1.
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SEQ ID NO68：L452R-LNA-M1.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO69：L452R-LNA-M2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO70：L452R-LNA-M3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO71：L452R-LNA-M4.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO72：L452R-LNA-W1.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO73：L452R-LNA-W2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO74：L452R-LNA-W3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO75：L452R-F3.
SEQ ID NO76：L452R-R3.
SEQ ID NO77：L452R-F4.
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SEQ ID NO80：L452R-R5.
SEQ ID NO81：L452R-LNA-M5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO82：L452R-LNA-M6.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO83：L452R-LNA-M7.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO84：L452R-LNA-M8.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO85：L452R-LNA-M9.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO86：L452R-LNA-W4.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO87：L452R-LNA-W5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO88：L452R-LNA_BASE9.
SEQ ID NO89：L452R-CONTROL_RNA_Wild.
SEQ ID NO90：L452R-CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO91：T478K-F1.
SEQ ID NO92：T478K-R1.
SEQ ID NO93：T478K-F1.
SEQ ID NO94：T478K-R2.
SEQ ID NO95：T478K-LNA-M1.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO96：T478K-LNA-M2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO97：T478K-LNA-M3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO98：T478K-LNA-M4.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO99：T478K-LNA-M5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO100：T478K-LNA-M6.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
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SEQ ID NO103：T478K-LNA-W3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
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SEQ ID NO105：T478K-LNA-W5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO106：T478K-LNA-W6.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO107：T478K F3.
SEQ ID NO108：T478K R3.
SEQ ID NO109：T478K F4.
SEQ ID NO110：T478K R4.
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SEQ ID NO112：T478K-CONTROL_RNA_Mut.
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SEQ ID NO114：F490S-F1.
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SEQ ID NO118：F490S_LNA_R5.
SEQ ID NO119：F490S_LNA_R6.
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SEQ ID NO122：F490S_LNA_Mut_1P.
SEQ ID NO123：F490S_LNA_Mut_2P.
SEQ ID NO124：F490S_LNA_Mut_7P.
SEQ ID NO125：L452Q-F1.
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SEQ ID NO130：L452Q-R3.
SEQ ID NO131：L452Q-LNA-Mut-1.
SEQ ID NO132：L452Q-LNA-Mut-2.
SEQ ID NO133：L452Q-LNA-Mut-3.
SEQ ID NO134：WILD_RNA_CONTROL2.
SEQ ID NO135：L452Q_RNA_CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO136：F490S_RNA_CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO137：F490S-LNA_BASE7.
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SEQ ID NO139：P681_F2.
SEQ ID NO140：P681_F3.
SEQ ID NO141：P681_F4.
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SEQ ID NO146：P681_R4.
SEQ ID NO147：P681-Wild-LNA-1.
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SEQ ID NO149：P681-Wild-LNA-6.
SEQ ID NO150：P681-Wild-LNA-7.
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SEQ ID NO161：P681R-Mut-LNA-9.
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SEQ ID NO164：P681_WILD_RNA_3860.
SEQ ID NO165：E484A-Mut-LNA-1.
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SEQ ID NO168：D215 insertion F-2.
SEQ ID NO169：D215 insertion R-2.
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SEQ ID NO174：D215 insertion P-omicron-3.
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SEQ ID NO180：G371L-F-1.
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SEQ ID NO186：S371L-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO187：S371L-Mut-LNA-2.
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SEQ ID NO190：S371L-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO191：S371L-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO192：S371L-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO193：S371L-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO194：G339D-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO195：G339D-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO196：G339D-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO197：G339D-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO198：G339D-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO199：G339D-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO200：G339D-Mut-LNA-3.
SEQ ID NO201：G339D-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO202：G339D-Mut-LNA-5.
SEQ ID NO203：G339D-Mut-LNA-6.
SEQ ID NO204：G339D_3_F.
SEQ ID NO205：G339D_3_R.
SEQ ID NO206：G339D_6_F.
SEQ ID NO207：G339D_6_R.
SEQ ID NO208：G339D_1_F.
SEQ ID NO209：G339D_7_R
SEQ ID NO210：G339D-R-1.
SEQ ID NO211：G339D-F-2.
SEQ ID NO212：G339D-R-2.
SEQ ID NO213：G339D-F-4.
SEQ ID NO214：G339D-F-5.
SEQ ID NO215：N856K-F1.
SEQ ID NO216：N856K-R1.
SEQ ID NO217：N856K-F2.
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SEQ ID NO220：N856K-R3.
SEQ ID NO221：N856K-F4.
SEQ ID NO222：N856K-R4.
SEQ ID NO223：N856K-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO224：N856K-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO225：N856K-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO226：N856K-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO227：N856K-Wild-LNA-5.
SEQ ID NO228：N856K-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO229：N856K-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO230：N856K-Mut-LNA-3.
SEQ ID NO231：N856K-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO232：T547K-F1.
SEQ ID NO233：T547K-R1.
SEQ ID NO234：T547K-F2.
SEQ ID NO235：T547K-R2.
SEQ ID NO236：T547K-F3.
SEQ ID NO237：T547K-R3.
SEQ ID NO238：T547K-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO239：T547K-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO240：T547K-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO241：T547K-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO242：T547K-Wild-LNA-5.
SEQ ID NO243：T547K-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO244：T547K-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO245：T547K-Mut-LNA-3.
SEQ ID NO246：T547K-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO247：T547K-Mut-LNA-5.
SEQ ID NO248：Omicron_Wild_RNA_3860.
SEQ ID NO249：Omicron_Mut_RNA_3835.
SEQ ID NO250：E484A-LNA_BASE14.
SEQ ID NO251：ins214EPE_BASE18.
SEQ ID NO252：S371L-LNA_BASE19.
SEQ ID NO253：G339D-LNA_BASE10.
SEQ ID NO254：N856K-LNA_BASE12.
SEQ ID NO255：T547K-LNA_BASE7.
SEQ ID NO2：N501Y_1R.
SEQ ID NO3：N501-1c-MGB(WT).
SEQ ID NO4：501Y-1c-MGB(FAM).
SEQ ID NO5：N501Y-MGB-F1.
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SEQ ID NO7：N501Y-MGB-P-wild1.
SEQ ID NO8：N501Y-MGB-P-mut1.
SEQ ID NO9：N501Y-MGB-F2-E484K-4F.
SEQ ID NO10：N501Y-MGB-R2-2-E484K-4R.
SEQ ID NO11：N501Y-MGB-P-wild2.
SEQ ID NO12：N501Y-MGB-P-mut2.
SEQ ID NO13：N501Y-MGB-P-wild3.
SEQ ID NO14：N501Y-MGB-P-mut3(FAM).
SEQ ID NO15：N501Y-MGB-P-wild4.
SEQ ID NO16：N501Y-MGB-P-mut4(FAM).
SEQ ID NO17：JP-MGB-F1-E484K-5F.
SEQ ID NO18：JP-MGB-R1-E484K-5R.
SEQ ID NO19：JP-MGB-F2.
SEQ ID NO20：JP-MGB-R2.
SEQ ID NO21：E484K-1F-E484K-2F.
SEQ ID NO22：E484K-1R.
SEQ ID NO23：E484_FAM-MGB1.
SEQ ID NO24：484K_VIC-MGB1.
SEQ ID NO25：E484K-2R.
SEQ ID NO26：E484_FAM-MGB2.
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SEQ ID NO28：E484K-3F.
SEQ ID NO29：E484_FAM-MGB3.
SEQ ID NO30：484K_VIC-MGB3.
SEQ ID NO31：E484_FAM-MGB4.
SEQ ID NO32：484K_VIC-MGB4.
SEQ ID NO33：E484_FAM-MGB5.
SEQ ID NO34：484K_VIC-MGB5.
SEQ ID NO35：N501Y-MGB-P_12_BASE.
SEQ ID NO36：E484K-MGB-P_13_BASE.
SEQ ID NO37：TBD-LNA-M2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO38：E484K-LNA-W1(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO39：E484K-LNA-W2(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO40：E484K-LNA-W3(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO41：E484K-LNA-W4(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO42：E484K-LNA-W5(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO43：E484K-LNA-W6(TBD).Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO44：E484K_MGB_3.
SEQ ID NO45：E484K(mut)_LNA2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO46：TBD-LNA-mut-3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO47：2019-nCoV_N1-F.
SEQ ID NO48：2019-nCoV_N1-R.
SEQ ID NO49：2019-nCoV_N1-P_HEX.
SEQ ID NO50：2019-nCoV_N2-F.
SEQ ID NO51：2019-nCoV_N2-R.
SEQ ID NO52：2019-nCoV_N2-P_HEX.
SEQ ID NO53：E484Q-LNA-1_P_HEX.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO54：E484Q-LNA-2_P_HEX.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO55：E484Q-LNA-4_P_HEX.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO56：E484Q-LNA-5_P_HEX.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO57：E484Q-LNA-6_P_HEX.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO58：E484E-CONTROL_RNA_Wild.
SEQ ID NO59：E484K-CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO60：E484Q-CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO61：E484Q-P_13_BASE.
SEQ ID NO62：N501Y-MGB-F(S477N).
SEQ ID NO63：N501Y-MGB-F(T478K).
SEQ ID NO64：L452R-S477N-F1.
SEQ ID NO65：L452R-S477N-R1.
SEQ ID NO66：L452R-S477N-F2.
SEQ ID NO67：L452R-S477N-R2.
SEQ ID NO68：L452R-LNA-M1.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO69：L452R-LNA-M2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO70：L452R-LNA-M3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO71：L452R-LNA-M4.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO72：L452R-LNA-W1.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO73：L452R-LNA-W2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO74：L452R-LNA-W3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO75：L452R-F3.
SEQ ID NO76：L452R-R3.
SEQ ID NO77：L452R-F4.
SEQ ID NO78：L452R-R4.
SEQ ID NO79：L452R-F5.
SEQ ID NO80：L452R-R5.
SEQ ID NO81：L452R-LNA-M5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO82：L452R-LNA-M6.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO83：L452R-LNA-M7.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO84：L452R-LNA-M8.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO85：L452R-LNA-M9.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO86：L452R-LNA-W4.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO87：L452R-LNA-W5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO88：L452R-LNA_BASE9.
SEQ ID NO89：L452R-CONTROL_RNA_Wild.
SEQ ID NO90：L452R-CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO91：T478K-F1.
SEQ ID NO92：T478K-R1.
SEQ ID NO93：T478K-F1.
SEQ ID NO94：T478K-R2.
SEQ ID NO95：T478K-LNA-M1.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO96：T478K-LNA-M2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO97：T478K-LNA-M3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO98：T478K-LNA-M4.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO99：T478K-LNA-M5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO100：T478K-LNA-M6.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO101：T478K-LNA-W1.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO102：T478K-LNA-W2.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO103：T478K-LNA-W3.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO104：T478K-LNA-W4.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO105：T478K-LNA-W5.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO106：T478K-LNA-W6.Locked Nucleic Acid (LNA) Probe.
SEQ ID NO107：T478K F3.
SEQ ID NO108：T478K R3.
SEQ ID NO109：T478K F4.
SEQ ID NO110：T478K R4.
SEQ ID NO111：T478K-CONTROL_RNA_Wild.
SEQ ID NO112：T478K-CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO113：T478K-LNA_BASE6.
SEQ ID NO114：F490S-F1.
SEQ ID NO115：F490S-F2.
SEQ ID NO116：F490S-F3.
SEQ ID NO117：F490S_LNA_R4.
SEQ ID NO118：F490S_LNA_R5.
SEQ ID NO119：F490S_LNA_R6.
SEQ ID NO120：F490S_LNA_Wild_2P.
SEQ ID NO121：F490S_LNA_Wild_4P.
SEQ ID NO122：F490S_LNA_Mut_1P.
SEQ ID NO123：F490S_LNA_Mut_2P.
SEQ ID NO124：F490S_LNA_Mut_7P.
SEQ ID NO125：L452Q-F1.
SEQ ID NO126：L452Q-R1.
SEQ ID NO127：L452Q-F2.
SEQ ID NO128：L452Q-R2.
SEQ ID NO129：L452Q-F3.
SEQ ID NO130：L452Q-R3.
SEQ ID NO131：L452Q-LNA-Mut-1.
SEQ ID NO132：L452Q-LNA-Mut-2.
SEQ ID NO133：L452Q-LNA-Mut-3.
SEQ ID NO134：WILD_RNA_CONTROL2.
SEQ ID NO135：L452Q_RNA_CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO136：F490S_RNA_CONTROL_RNA_Mut.
SEQ ID NO137：F490S-LNA_BASE7.
SEQ ID NO138：L452QR-LNA_BASE9.
SEQ ID NO139：P681_F2.
SEQ ID NO140：P681_F3.
SEQ ID NO141：P681_F4.
SEQ ID NO142：P681_F5.
SEQ ID NO143：P681_R1.
SEQ ID NO144：P681_R2.
SEQ ID NO145：P681_R3.
SEQ ID NO146：P681_R4.
SEQ ID NO147：P681-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO148：P681-Wild-LNA-5.
SEQ ID NO149：P681-Wild-LNA-6.
SEQ ID NO150：P681-Wild-LNA-7.
SEQ ID NO151：P681-Wild-LNA-10.
SEQ ID NO152：P681H-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO153：P681H-Mut-LNA-6.
SEQ ID NO154：P681H-Mut-LNA-7.
SEQ ID NO155：P681H-Mut-LNA-8.
SEQ ID NO156：P681H-Mut-LNA-9.
SEQ ID NO157：P681R-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO158：P681R-Mut-LNA-6.
SEQ ID NO159：P681R-Mut-LNA-7.
SEQ ID NO160：P681R-Mut-LNA-8.
SEQ ID NO161：P681R-Mut-LNA-9.
SEQ ID NO162：P681H-LNA_BASE9.
SEQ ID NO163：P681R-LNA_BASE10.
SEQ ID NO164：P681_WILD_RNA_3860.
SEQ ID NO165：E484A-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO166：E484A-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO167：E484A-Mut-LNA-5.
SEQ ID NO168：D215 insertion F-2.
SEQ ID NO169：D215 insertion R-2.
SEQ ID NO170：D215 insertion P-omicron-2.
SEQ ID NO171：D215 insertion P-Wild-2.
SEQ ID NO172：D215 insertion F-3.
SEQ ID NO173：D215 insertion R-3.
SEQ ID NO174：D215 insertion P-omicron-3.
SEQ ID NO175：D215 insertion P-Wild-3.
SEQ ID NO176：D215 insertion F-4.
SEQ ID NO177：D215 insertion R-4.
SEQ ID NO178：D215 insertion P-omicron-4.
SEQ ID NO179：D215 insertion P-Wild-4.
SEQ ID NO180：G371L-F-1.
SEQ ID NO181：G371L-R-1.
SEQ ID NO182：G371L-F-2.
SEQ ID NO183：G371L-R-2.
SEQ ID NO184：G371L-F-3.
SEQ ID NO185：G371L-R-3.
SEQ ID NO186：S371L-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO187：S371L-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO188：S371L-Mut-LNA-3.
SEQ ID NO189：S371L-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO190：S371L-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO191：S371L-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO192：S371L-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO193：S371L-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO194：G339D-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO195：G339D-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO196：G339D-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO197：G339D-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO198：G339D-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO199：G339D-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO200：G339D-Mut-LNA-3.
SEQ ID NO201：G339D-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO202：G339D-Mut-LNA-5.
SEQ ID NO203：G339D-Mut-LNA-6.
SEQ ID NO204：G339D_3_F.
SEQ ID NO205：G339D_3_R.
SEQ ID NO206：G339D_6_F.
SEQ ID NO207：G339D_6_R.
SEQ ID NO208：G339D_1_F.
SEQ ID NO209：G339D_7_R
SEQ ID NO210：G339D-R-1.
SEQ ID NO211：G339D-F-2.
SEQ ID NO212：G339D-R-2.
SEQ ID NO213：G339D-F-4.
SEQ ID NO214：G339D-F-5.
SEQ ID NO215：N856K-F1.
SEQ ID NO216：N856K-R1.
SEQ ID NO217：N856K-F2.
SEQ ID NO218：N856K-R2.
SEQ ID NO219：N856K-F3.
SEQ ID NO220：N856K-R3.
SEQ ID NO221：N856K-F4.
SEQ ID NO222：N856K-R4.
SEQ ID NO223：N856K-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO224：N856K-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO225：N856K-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO226：N856K-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO227：N856K-Wild-LNA-5.
SEQ ID NO228：N856K-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO229：N856K-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO230：N856K-Mut-LNA-3.
SEQ ID NO231：N856K-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO232：T547K-F1.
SEQ ID NO233：T547K-R1.
SEQ ID NO234：T547K-F2.
SEQ ID NO235：T547K-R2.
SEQ ID NO236：T547K-F3.
SEQ ID NO237：T547K-R3.
SEQ ID NO238：T547K-Wild-LNA-1.
SEQ ID NO239：T547K-Wild-LNA-2.
SEQ ID NO240：T547K-Wild-LNA-3.
SEQ ID NO241：T547K-Wild-LNA-4.
SEQ ID NO242：T547K-Wild-LNA-5.
SEQ ID NO243：T547K-Mut-LNA-1.
SEQ ID NO244：T547K-Mut-LNA-2.
SEQ ID NO245：T547K-Mut-LNA-3.
SEQ ID NO246：T547K-Mut-LNA-4.
SEQ ID NO247：T547K-Mut-LNA-5.
SEQ ID NO248：Omicron_Wild_RNA_3860.
SEQ ID NO249：Omicron_Mut_RNA_3835.
SEQ ID NO250：E484A-LNA_BASE14.
SEQ ID NO251：ins214EPE_BASE18.
SEQ ID NO252：S371L-LNA_BASE19.
SEQ ID NO253：G339D-LNA_BASE10.
SEQ ID NO254：N856K-LNA_BASE12.
SEQ ID NO255：T547K-LNA_BASE7.
Claims (25)
- 変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出に使用されるオリゴヌクレオチドであって、
（ａ）配列番号３５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｂ）配列番号３６に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｃ）配列番号６１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｄ）配列番号８８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｅ）配列番号１１３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｆ）配列番号１３７に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｇ）配列番号１３８に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｈ）配列番号１６２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｉ）配列番号１６３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｊ）配列番号２５０に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｋ）配列番号２５１に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｌ）配列番号２５２に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｍ）配列番号２５３に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
（ｎ）配列番号２５４に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、および
（ｏ）配列番号２５５に示される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列を含むオリゴヌクレオチド、
から選択されるオリゴヌクレオチド。 - （ａ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号４、８、１２、１４および１６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｂ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２４、２７、３０、３２、３４、３７、４４、４５および４６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｃ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号５３、５４、５５、５６および５７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｄ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号６８、６９、７０、７１、８１、８２、８３、８４および８５から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｅ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号９５、９６、９７、９８、９９および１００から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｆ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１２２、１２３および１２４から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｇ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１３１、１３２および１３３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｈ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１５２、１５３、１５４、１５５および１５６から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｉ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１５７、１５８、１５９、１６０および１６１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｊ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１６５、１６６および１６７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｋ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１７０、１７４および１７８から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｌ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１８６、１８７、１８８および１８９から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｍ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号１９８、１９９、２００、２０１、２０２および２０３から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｎ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２２８、２２９、２３０および２３１から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- （ｏ）のオリゴヌクレオチドが、配列番号２４３、２４４、２４５、２４６および２４７から選択される塩基配列もしくは当該配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドである、請求項１記載のオリゴヌクレオチド。
- 蛍光物質および／または消光物質で標識されている請求項１～１６いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
- 副溝結合剤（ＭＧＢ）が付加されている請求項１～１７いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
- ｂｒｉｄｇｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ（ＢＮＡ）を含む請求項１～１８いずれか記載のオリゴヌクレオチド。
- 試料中の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出する方法であって、
（１）試料に含まれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を合成する工程、および
（２）請求項１～１９いずれか記載のオリゴヌクレオチドの一種または二種以上を使用して、工程（１）で得られたＤＮＡまたはその断片に含まれる変異型スパイクタンパク質をコードする塩基配列またはその一部を検出する工程、
を包含することを特徴とする方法。 - 工程（１）が、合成されたＤＮＡまたはその断片を増幅する工程をさらに含む請求項２０記載の方法。
- 工程（２）において、ＤＮＡまたはその断片とハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの分解により変異型スパイクタンパク質をコードする塩基配列またはその一部の検出が実施される、請求項２０または２１記載の方法。
- 試料中の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出するためのキットであって、
（１）請求項１～１９いずれか記載のオリゴヌクレオチドの一種または二種以上、および
（２）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を合成するための試薬
を含むキット。 - ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片を増幅する試薬をさらに含む請求項２３記載のキット。
- ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスゲノムに相補的なＤＮＡまたはその断片の増幅に使用されるプライマー対をさらに含む請求項２３または２４記載のキット。
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