WO2022034355A1 - Verfahren zur extraktion von exosomen - Google Patents

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Norbert Sass
Talar MAREOSSIOAN
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    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
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    • C12N5/0605—Cells from extra-embryonic tissues, e.g. placenta, amnion, yolk sac, Wharton's jelly
    • A—HUMAN NECESSITIES
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    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/48—Reproductive organs
    • A61K35/51—Umbilical cord; Umbilical cord blood; Umbilical stem cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
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    • C12N2500/00—Specific components of cell culture medium
    • C12N2500/02—Atmosphere, e.g. low oxygen conditions

Definitions

  • the invention relates to a method for extracting exosomes from umbilical cords of viviparous women.
  • the domain of the living creatures of the eukaryotes shows a typical structure of the cells, the eucytes.
  • a higher degree of organization and a division of the cell space into compartments (delimited spaces) as well as transport between these compartments are favorable for smooth functioning of the cellular processes over greater distances within the cell.
  • eukaryotic cells are structured by means of cell organelles, which, like the organs of a body, have different functions.
  • Exosomes are small endosome-derived lipid nanoparticles (30-120 nm in diameter) in the form of vesicles that are actively secreted by exocytosis in most living cells.
  • Exosomes can be formed by lymph cells, blood platelets, mast cells, dendritic cells, nerve cells, astrocytes and also by tumor cells, among others. Exosomes are formed in a multi-step process that includes a constriction of the cell membrane, called endocytosis, and an ejection process, called exocytosis. These vesicles contain, among other things, nucleic acids and proteins in varying compositions and serve as transport vehicles and for the ejection of cell components.
  • exosomes may play a role in acquired immunity.
  • viruses such as the HI viruses, use exosomes for transport and camouflage.
  • Exosomes are currently being investigated as possible therapeutic options in the treatment of autoimmune diseases and cancer.
  • exosomes are very time-consuming because free exosomes are only present in small amounts in biological tissue. Exosomes are also not easy to separate due to their basic similarity of the surface with the surface of cells. To studies and possibly even therapies with To perform exosomes, there is a need for a method for efficiently extracting exosomes from biological material.
  • the object of the invention is therefore to provide a method for extracting exosomes.
  • the object on which the invention is based is achieved by a method with the method steps according to claim 1 . Further advantageous refinements of the method are specified in the dependent claims to claim 1 .
  • the method according to the invention for the extraction of exosomes from umbilical cords of viviparous women is explained using an example.
  • the specified concentrations, chemical and physical parameters have proven to be advantageous for the extraction of intact exosomes, with the specified parameters being able to be varied in the range of centrifugation time and the G number, and with the specified concentrations also being able to be varied to a certain extent.
  • Substances specified by brands can be obtained from Sigma / Sigma Aldrich.
  • the specification and definition of the substance by a brand name in the literature of biology, biochemistry, microbiology and clinical medicine is customary and appropriate, and also sufficient for a sufficient definition of the substances.
  • Fresh human umbilical cords were obtained from hospitals by laboring human mothers postpartum with parental consent and stored in Hank's balanced salt solution (HBSS, Sigma, Ref. H9394). Under sterile conditions, the umbilical cords were processed within 6 hours of delivery by disinfecting with 70% alcohol and normal saline until the umbilical cords were clear of blood or blood clots. Horizontal incisions were made on the outer surface of the umbilical cords using a sterile scalpel. The umbilical cord vessels (arteries and veins) were removed from the umbilical cord sections and the exposed Wharton's Jelly Tissue (WJ) was cut into small pieces.
  • HBSS Hank's balanced salt solution
  • the Wharton jelly fragments were placed in 6-well plates and cultured in alpha-modified Eagle's medium (aMEM; Sigma, ref. M4536) supplemented with 10% (v.v /v) fetal
  • Bovine serum (FBS, Sigma, ref. F9665), 2 mM L-glutamine (Sigma, ref. G7513) and an antifungal antibiotic solution of 100 U/ml penicillin, 100 mg/ml streptomycin and 1 pg/ml amphoterin B (Sigma , Ref. A5955).
  • Wharton Sulz fragments were incubated at 37°C under a humidified atmosphere of 5% CO2 and 5% O2 (hypoxia) for 7 days. After a week of culture, the medium was changed and non-adhesive cells were removed. The medium was then changed twice a week. Once 80% confluency was reached, cells were harvested with 0.25% Trypsin-EDTA (Sigma) and grown to passage 5 or greater. At each passage, the cells were counted and seeded with complete medium at 1000 cells/cm 2 .
  • Exo-Spin® columns are supplied pre-equilibrated with Milli-Q® ultrapure water containing 20% ethanol. A maximum of 50 ml of a sample, the cell culture medium, can be used per column. a. Remove cells and debris
  • the Exo-Spin® column was inserted into the waste collection tube. Using a micropipette aspirate, the preservative buffer was aspirated from the top of the column and discarded. To prevent the column bed from drying out, the column was equilibrated by adding 200 ⁇ l of PBS ("Phosphate Buffered Saline”) and centrifuging at 50G for 30 seconds. As long as PBS (Phosphate Buffered Saline) remained over the filter, the centrifugation was repeated, the centrifugation should not be too strong or too long, as this may dry out or compress the resin of the column. The pellet containing the exosomes from step 2 b. was carefully applied to the top of the column and the column placed in the waste tube.
  • PBS Phosphate Buffered Saline

Abstract

Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Extraktion von Exosomen aus Nabelschnüren von Lebendgebärenden. Erfindungsgemäß ist vorgesehen, dass die Nabelschnur gereinigt wird, Gefäße der Nabelschnur entfernt werden und die Wharton-Sulze der Nabelschnur in kleine Stücke zerkleinert wird. Die Wharton-Sulze-Fragmente werden sodann inkubiert und durch eine Abfolge von Zentrifugationsschritten und Resuspendierung von Rückständen aufbereitet.

Description

Verfahren zur Extraktion von Exosomen
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Extraktion von Exosomen aus Nabelschnüren von Lebendgebärenden.
Die Domäne der Lebewesen der Eukarioten zeigt einen typischen Aufbau der Zellen, den Euzyten, auf. Für ein reibungsloses Funktionieren der zellulären Abläufe über größere Entfernungen innerhalb der Zelle sind ein höherer Organisationsgrad und eine Aufteilung des Zellraums in Kompartimente (abgegrenzte Räume) sowie Transport zwischen diesen Kompartimenten günstig. Aus diesem Grund sind eukaryotische Zellen mittels Zellorganellen strukturiert, welche wie die Organe eines Körpers verschiedene Funktionen ausüben. Exosomen sind kleine, von Endosomen abgeleitete Lipid-Nanopartikel (30-120 nm Durchmesser) in Form von Vesikeln, die in den meisten lebenden Zellen aktiv durch Exozytose se- zerniert werden. In neuerer Zeit existiert ein wachsendes Interesse an der Forschung an Exosomen, die sich auf die Untersuchung der Exosomenfunktionen und auf das Verständnis der Möglichkeiten konzentriert, sie für therapeutische Anwendungen bei einer Vielzahl von Erkrankungen wie Krebs, Herz-Kreislauf-, neurodegenerativen und Muskel-Skelett-Erkrankungen zu nutzen. Exosomen können unter anderem von Lymphzellen, Blutplättchen, Mastzellen, dendritischen Zellen, Nervenzellen, Astrozyten und auch von Tumorzellen gebildet werden. Exosomen werden in einem mehrstufigen Prozess gebildet, der ein Einschnüren der Zellmembran, eine sogenannte Endozytose, und einen Ausschleusvorgang, eine sogenannte Exozytose, einschließt. Diese Vesikel beinhalten unter anderem Nukleinsäuren und Proteine in wechselnder Zusammensetzung und dienen als Transportvehikel und zur Ausschleusung von Zellbestandteilen. Darüber hinaus dienen sie der zellulären Kommunikation. So spielen Exosomen möglicherweise bei der erworbenen Immunität eine Rolle. Aber auch Viren, wie beispielsweise die Hl-Viren, nutzen Exosomen zum Transport und zur Tarnung. Exosomen werden derzeit als mögliche Therapieoptionen in der Behandlung von Autoimmunerkrankungen und Krebs untersucht.
In dem Fachartikel "Dendritic cell-derived exosomes as maintenance immunotherapy after first line chemotherapy in NSCLC", Oncoimmunology 2016, 5 (4), e1071008 wird über eine durchgeführte Phase-Il-Studie mit derivatisierten Exosomen berichtet. Die Phase-Il-Studie schränkte Krebsantigene als Erhaltungsimmuntherapie für Patienten mit nicht-kleinzelligem Lungenkrebs ein. Sie haben gezeigt, dass sie in der Lage sind, T-Zell- und auf natürlichen Killerzellen (NK- Zellen) basierende Immunantworten bei Patienten zu fördern, wie es in "Dendritic cell-derived exosomes for cancer therapy", The Journal of Clinical Investigation 2016, 126 (4), 1224- 1232 berichtet wird. Kürzlich wurden auch mehrere klinische Studien der Phase II zur Behandlung von malignem Aszites und Pleuraerguss unter Verwendung von mit Chemotherapeutika beladenen Bläschen aus Tumorzellen eingeleitet, wie es aus einem Online-Bericht hervorgeht, der erhältlich ist unter der URL https://clinicaltrials.gov. Aus den Fachartikeln "Development of exosome-encapsulated paclitaxel to overcome MDR in cancer cells", Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine 12 (3), 655- 664 und "Exosomes surf on filopodia to enter cells at endocytic hot spots, traffic within endosomes, and are targeted to the ER", The Journal of Cell Biology 2016, 213 (2), 173 her- vorgeht, haben sich Exosom-verkapselte Medikamente als wertvoll erwiesen, um verschiedene klinische Probleme wie Therapieresistenz und Toxizität für das Zentralnervensystem zu behandeln.
Die Extraktion von Exosomen ist sehr aufwändig, weil frei vorliegende Exosomen nur in geringen Mengen in biologischem Gewebe vorhanden sind. Exosomen sind dabei aufgrund ihrer prinzipiellen Ähnlichkeit der Oberfläche mit der Oberfläche Zellen auch nicht leicht zu trennen. Um Studien und ggf. sogar Therapien mit Exosomen durchführen zu können, besteht der Bedarf eines Verfahrens zur effizienten Extraktion von Exosomen aus biologischem Material.
Aufgabe der Erfindung ist es daher, ein Verfahren zur Extraktion von Exosomen zur Verfügung zu stellen. Die der Erfindung zugrunde liegende Aufgabe wird gelöst durch ein Verfahren mit den Verfahrensschritten nach Anspruch 1 . Weitere vorteilhafte Ausgestaltungen des Verfahrens sind in den Unteransprüchen zu Anspruch 1 angegeben.
Das erfindungsgemäße Verfahren zur Extraktion von Exosomen aus Nabelschnüren von Lebendgebärenden wird anhand eines Beispiels erläutert. Die angegebenen Konzentrationen, chemischen und physikalischen Parameter haben sich vorteilhaft für die Extraktion von intakten Exosomen erwiesen, wobei die angegebenen Parameter im Bereich der Zentrifugationsdauer und der G-Zahl variiert werden können, und wobei die angegebenen Konzentrationen auch in einem gewissen variiert werden können. Substanzen, die durch Marken spezifiziert werden, können bei Sigma / Sigma Aldrich erhalten werden. Dabei ist die Angabe und Definition der Substanz durch ein Markennamen in der Literatur der Biologie, der Biochemie, der Mikrobiologie und der klinischen Medizin üblich und angemessen, und auch ausreichend zur hinreichenden Definition der Substanzen.
1. Schritt: Vorbereitung von menschlichen Nabelschnüren und Aufreinigung der Zellen
Frische menschliche Nabelschnüre ("umbilical cords", UCs) wurden von gebärenden menschlichen Müttern nach der Entbindung mit Zustimmung der Eltern aus Krankenhäusern bezogen und in Hanks' gepufferter Salzlösung ("Hank's balanced Salt Solution", HBSS, Sigma, Ref. H9394) gelagert. Unter sterilen Bedingungen wurden die Nabelschnüre innerhalb von 6 Stunden nach der Entbindung durch Desinfektion mit 70%igem Alkohol und mit normaler Kochsalzlösung aufbereitet, bis die Nabelschnüre von Blut oder Blutgerinnseln gereinigt waren. Mit einem sterilen Skalpell wurden an der Außenfläche der Nabelschnüre horizontale Schnitte eingebracht. Die Nabelschnurgefäße (Arterien und Venen) wurden aus den Nabelschnurabschnitten entfernt und die freiliegende Wharton-Sulze ("Wharton's Jelly Tissue", WJ)- wurde in kleine Stücke geschnitten. Nach dem Zerkleinern in 1-2 mm3-Fragmente wurden die Wharton-Sulze-Fragmente in 6- Well-Platten gelegt und in alpha-modifiziertem Eagle's-Medium (aMEM; Sigma, ref. M4536) kultiviert, das mit 10% (v/v) fötalem
Rinderserum (FBS, Sigma, ref. F9665), 2 mM L-Glutamin (Sigma, Ref. G7513) und einer antimykotischen Antibiotika-Lösung aus 100 U/ml Penicillin, 100 mg/ml Streptomycin und 1 pg/ml Amphoterin B (Sigma, Ref. A5955) versetzt wurde.
Wharton-Sulz-Fragmente wurden bei 37°C unter einer befeuchteten Atmosphäre mit 5% CO2 und 5% O2 (Hypoxie) 7 Tage lang inkubiert. Nach einer einwöchigen Kultur wurde das Medium ausgetauscht und nicht-adhäsive Zellen wurden entfernt. Anschließend wurde das Medium zweimal pro Woche gewechselt. Sobald 80% Konfluenz erreicht waren, wurden die Zellen mit 0,25% Trypsin-EDTA (Sigma) geerntet und bis zur Passage 5 oder mehr aufgezogen. Bei jeder Passage wurden die Zellen gezählt und mit vollständigem Medium bei 1000 Zel- len/cm2 ausgesät.
2. Schritt: Aufreinigung von intakten Exosomen aus Zellkultur-Medium mit Exo-Spin®-Säulen
Exo-Spin®-Säulen werden voräquilibriert mit Milli-Q®-Reinstwasser mit 20% Ethanol geliefert. Es können maximal 50 ml einer Probe, dem Zellkulturmedium, pro Säule verwendet werden. a. Zellen und Trümmer entfernen
50 ml der Ausgangsprobe, dem Zellkulturmedium, wurden in ein Zentrifugenröhrchen überführt und bei 300G 10 Minuten lang zentrifugiert, um Zellen zu entfernen. Der Überstand wurden sodann in ein neues Zentrifugenröhrchen überführt und 30 Minuten lang bei 16.000G zentrifugiert, um alle verbleibenden Zelltrümmer zu entfernen. b. Präzipitieren der exosomenhaltigen Fraktion
Der zuvor erhaltene Überstand wurde in ein neues Zentrifugenröhrchen überführt und 1/2 Volumen Exo-Spin®-Puffer wurden hinzugefügt und durch Drehen des Zentrifugenröhrchens und durch mindestens 1-stündiges Inkubieren bei 4 °C (alternativ kann die Probe auch über Nacht bei 4 °C inkubiert werden) gemischt. Danach wurde die Mischung bei 16.000G eine Stunde lang zentrifugiert. Der Überstand wurde vorsichtig abgesaugt und verworfen. Der exosomhaltige Rückstand in Form eines Pellets wurde resuspendiert in 100 pl PBS ("Phosphate Buffered Saline", phosphatgepufferte Kochsalzlösung). c. Reinigung der Exosomen
Nach Entfernen der Schraubkappe und des Auslassstopfens wurde die Exo- Spin®-Säule in das Abfallsammelröhrchen eingesetzt. Mit einer Mikropipette saugen wurde der Konservierungsmittelpuffer vom oberen Ende der Säule abgesaugt und entsorgt. Um ein Austrocknen des Säulenbetts zu verhindern, wurde die Säule äquilibriert durch Zugabe von 200 pl PBS ("Phosphate Buffered Saline", phosphatgepufferte Kochsalzlösung) und 30 Sekunden langer Zentrifugation bei 50G. Solange PBS ("Phosphate Buffered Saline", phosphatgepufferte Kochsalzlösung) über dem Filter verblieb, wurde das das Zentrifugieren wiederholt, dabei sollte das Zentrifugieren nicht zu stark oder zu lang sein, da dies das Harz der Säule austrocknen oder komprimieren kann. Das die Exosomen enthaltende Pellet aus Schritt 2 b. wurde vorsichtig auf das obere Ende der Säule aufgetragen und die Säule in das Abfallrohr gelegt.
Nach einer 60 Sekunden dauernden Zentrifugation bei 50G wurde das Eluat verworfen und die Säule wurde in ein 1 ,5 ml Mikrozentrifugen-Sammelröhrchen gesetzt. Dazu wurden 200 pl PBS ("Phosphate Buffered Saline", phosphatgepufferte Kochsalzlösung) auf das obere Ende der Säule aufgegeben. Schließlich wurde das gefüllte Mikrozentrifugen-Sammelröhrchen bei 50G 60 Sekunden lang zentrifugiert. Die 200 pl Eluat enthielten nun die gereinigten Exoso- men.
B E Z U G S Z E I C H E N L I S T E keine Bezugszeichen

Claims

8
P A T E N T A N S P R Ü C H E Verfahren zur Extraktion von Exosomen aus Nabelschnüren von Lebendgebärenden, aufweisend die folgenden Schritte
Kultivieren von Wharton-Sulze-Fragmenten in der Größenordnung zwischen 1 mm3 bis 2 mm3 in einem Stammzellnährmedium,
Inkubieren der Wharton-Sulze-Fragmente bei 36°C bis 38°C, bevorzugt bei 37°C, unter hypoxischen Bedingungen,
Entfernen der nicht adhäsiven Zellen durch mindestens einen Tausch des Nährmediums,
Ernten der Zellen mit 0,20 bis 0,30%iger, bevorzugt mit 0,25%iger Trypsin-Lösung,
Aufziehen der Zellen bis zur Passage 5, wobei bei jeder Passage die Zellen mit 800 bis 1 .200, bevorzugt mit etwa 1.000 Zellen/cm2 ausge- säht werden,
Zentrifugieren des Zellkulturmediums bei 200G bis 400G, bevorzugt mit 300G und 8 min bis 12 min, bevorzugt 10 min Zeitdauer in einem ersten Zentrifugationsschritt, 9
Zentrifugieren des Überstands aus dem ersten Zentrifugationsschritt bei 12.000G bis 20.000G, bevorzugt bei 16.000G und 20 min bis 40 min, bevorzugt 30 min Zeitdauer in einem zweiten Zentrifugationsschritt,
Versetzen des Zentrifugats aus dem zweiten Zentrifugationsschritt mit einem viertel bis dreiviertel Volumen, bevorzugt mit einem halben Volumen Exo-Spin®-Puffer und mindestens einem einstündigen Inkubie- ren,
Zentrifugieren des Inkubats bei 12.000G bis 20.000G, bevorzugt bei 16.000G mit einer Zeitdauer von 45 min bis 75 min, bevorzugt mit einer Zeitdauer von etwa 1 Stunde in einem dritten Zentrifugationsschritt,
Resuspendieren des im dritten Zentrifugationsschritt erhaltenen Rückstands in einer phosphatgepufferten Kochsalzlösung,
Zentrifugieren des resuspendierten Rückstands in einer Exo-Spin®- Säule in einem vierten Zentrifugationsschritt bei 40G bis 60G, bevorzugt bei etwa 50G und einer Zeitdauer von 40 Sekunden bis 80 Sekunden, bevorzugt von etwa 60 Sekunden,
Verwerfen des Eluats des vierten Zentrifugationsschritts,
Versetzen des Rückstandes des vierten Zentrifugationsschritts mit einer phosphatgepufferten Kochsalzlösung,
Zentrifugieren des Rückstandes und der phosphatgepufferten Kochsalzlösung in einem fünften Zentrifugationsschritt bei 40G bis 60G, bevorzugt 50G und einer Zeitdauer von 40 Sekunden bis 80 Sekunden, bevorzugt von etwa 60 Sekunden, wobei das Eluat des fünften Zentrifugationsschrittes die Exosomen enthalten. Verfahren nach Anspruch 1 , 10 gekennzeichnet durch
Verwenden eines Stammzellnährmediums bestehend aus alpha-modifizier- tem Eagle's Medium (alphaMEM), versetzt mit
8% bis 12%, bevorzugt etwa 10% fötalem Rinderserum,
1 ,5 mM/l bi 3 mM/l, bevorzugt 2 mM/l L-Glutamin,
80 U/ml bis 120 U/ml, bevorzugt 100 U/ml Penicillin,
80 mg/ml bis 120 mg /ml, bevorzugt 100 mg/ml Streptomycin, und
0,8 pg/ml bis 1 ,2 pg/ml 1 pg/ml Amphoterin B. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2, gekennzeichnet durch
Reinigen einer intakten Nabelschnur mit etwa 70%igem Alkohol und steriler Kochsalzlösung,
Einbringen von horizontalen Schnitten in die Nabelschnur entlang von deren Längsrichtung und
Entfernen von Nabelschnurgefäßen,
Zerkleinern der freiliegenden Wharton-Sulze in 1 mm3 bis 2 mm3 große Wharton-Sulze-Fragmente. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 3, gekennzeichnet durch
Inkubieren der Wharton-Sulze-Fragmente in einer feuchten Atmosphäre mit 3% bis 7%, bevorzugt 5% CO2 und 4% bis 7%, bevorzugt 5% O2.
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