WO2020192971A2 - Verfahren zur gesteuerten hefeproduktion - Google Patents

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WO2020192971A2
WO2020192971A2 PCT/EP2020/025144 EP2020025144W WO2020192971A2 WO 2020192971 A2 WO2020192971 A2 WO 2020192971A2 EP 2020025144 W EP2020025144 W EP 2020025144W WO 2020192971 A2 WO2020192971 A2 WO 2020192971A2
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carbon source
ethanol
yeast
biomass
culture medium
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Sven WEGERHOFF
Sebastian Engell
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Technische Universität Dortmund
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    • G16C20/10Analysis or design of chemical reactions, syntheses or processes
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M41/00Means for regulation, monitoring, measurement or control, e.g. flow regulation
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    • C12M41/32Means for regulation, monitoring, measurement or control, e.g. flow regulation of concentration of substances in solution
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    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N1/00Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
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    • C12N1/16Yeasts; Culture media therefor
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    • C12N1/14Fungi; Culture media therefor
    • C12N1/16Yeasts; Culture media therefor
    • C12N1/18Baker's yeast; Brewer's yeast

Definitions

  • a method for controlled yeast production is disclosed.
  • yeast cells With the help of yeast cells, food has been produced for thousands of years. Yeast cells have also proven to be a very good platform for expressing foreign proteins.
  • Saccharomyces cerevisiae The best-known and economically most important yeast is Saccharomyces cerevisiae, which multiplies by budding.
  • S. cerevisiae is also known colloquially as baker's yeast or brewer's yeast and is used in many areas.
  • baker's yeast is used in the production of alcoholic or fermented beverages, such as Wine, beer, sake, vinegar or cider, in the food industry for baked products and the production of dry yeast.
  • Other important areas of application are the production of bioethanol, the use in the production of animal food or for
  • Baker's yeast is also a suitable host organism in the production of pharmaceuticals, with the production of insulin and its analogues in particular.
  • the short generation times, the relatively inexpensive production of the biomass and the very good suitability for post-translational modifications make yeast a high-performance biofactory, with the current worldwide production being around 2,000,000 tons.
  • the industrial production of yeast cells takes place in a fed-batch reactor to which air and a carbon source are fed.
  • Molasses a by-product of sugar production, is usually used as a carbon source.
  • a defined amount of biomass is placed in the reactor and the molasses is then added.
  • the required air is usually introduced via the rotor blades of the stirrer.
  • the carbon dioxide produced and the unused air are discharged from the top of the reactor.
  • 1A shows the schematic structure of the fed-batch reactor during cultivation.
  • the goal of Production is the highest possible yield of biomass in relation to the amount of sugar used in the molasses.
  • ethanol can form.
  • the production of ethanol is not only undesirable in terms of the reduction in the yield, based on the substrate supply, of biomass, also the batch produced cannot be sold, since the activity of the yeast cells is reduced by the ethanol in the dried cell culture. This leads to the cells losing their driving force and making them unusable for other applications. This happens in an estimated 10% of conventionally produced batches.
  • Ethanol can be produced both anaerobically and aerobically by yeast cells. Even with a sufficient supply of oxygen, an aerobically oxidatively utilizable carbon source such as glucose can be utilized without oxygen being included in the utilization. So it is fermentation under aerobic conditions, which in this case is also called the Crabtree effect. This can start when a certain concentration of the usable carbon source, typically molasses, is exceeded.
  • molasses In the industrial cultivation of yeast cells, the supply of molasses is therefore usually regulated within predetermined limits, which are based on empirical values with regard to the theoretical yield of biomass.
  • Fig. 8 shows a typical feed. The supply increases during the exponential growth phase and remains constant during the stationary phase.
  • a PI controller is usually used in industry to regulate the molasses supply, which regulates the supply of molasses on the basis of the measured ethanol concentration.
  • 9A shows the schematic structure of the control loop. The setpoint of the PI controller is a low value for the ethanol concentration, and the controlled variable is the molasses supply, which, as shown in FIG. 8, is restricted.
  • 9B shows a typical profile of the supply of molasses with such a control.
  • the solid line is the controller setpoint at a given point in time. If ethanol is formed during the process, the supply of molasses is reduced, so that the ethanol produced is metabolized. When the ethanol concentration approaches the target value, the addition of molasses is increased again. This strategy leads to fluctuations in the molasses concentration within the process and causes a constant change in the metabolic conditions within the cells.
  • Yeast strains or substrates are only taken into account to a limited extent, as the specifications of the feed strategy are usually not adapted. Furthermore, possible stress reactions of the cells cannot be taken into account, which usually leads to a significant deterioration in the
  • DE 00 000 330 94 58 C2 discloses a method for quickly and accurately measuring the concentration of ethanol in a liquid or gaseous phase in the fermentation of baker's yeast. Based on the measurements of the ethanol content, the supply of molasses is controlled on the basis of a two-point setting, with the aim of keeping the ethanol concentration below a critical concentration.
  • JP60-34180 A discloses the control of the molasses supply in yeast production by means of electrical values which indicate the ethanol content.
  • JP60-141283 discloses a method for estimating the amount of cultured yeast cells on the basis of the respiration coefficient, ie the molar ratio of the CO2 produced by the yeast to the O2 consumed by the yeast.
  • DD 269 169 A1 relates to a method for process control in beer production by means of turbidity measurements to determine the biomass.
  • 105199973 A relates to a PID controller (Proportion Integration Differentiation) for adapting the substrate supply, which works on the basis of a differential evolutionary algorithm in order to control the formation of ethanol by the Crabtree effect.
  • EP 2 990 900 A1 relates to a computer-implemented method for controlling, recording, regulating and / or analyzing biological, chemical and / or physical processes with the aid of a sensor which is configured to record measurement data relating to the process.
  • EP 2 147 355 B1 discloses a non-linear control model of yeast growth and the fermentable sugar concentration in batch fermentation in biofuel production.
  • a method is provided which is based on a model-based control algorithm for yeast production, which optimizes the yield and the batch duration of the yeast production.
  • a process model is provided, on the basis of which a regulation takes place so that the biomass yield can be optimized and the formation of ethanol is avoided.
  • a method for controlled yeast production includes letting yeast cells grow in an aqueous culture medium while supplying a usable carbon source, typically an aerobically oxidatively usable carbon source, and oxygen. Air can, for example, be used in a conventional manner as the oxygen source.
  • the culture medium is usually in a container.
  • the culture medium contains a usable carbon source.
  • the carbon source is usually an aerobically oxidatively utilizable carbon source can also generally be a fermentable carbon source.
  • the process also includes the ethanol concentration to be recorded in the culture medium. It is also part of the process to determine the required supply of the usable carbon source using the following model:
  • the maximum reaction rate of the carbon source G the usable carbon source, 0 the concentration of O 2 in the culture medium, the monod constant, the maximum rate of uptake of oxygen, f ⁇ Eth.max the maximum reaction rate of the specific growth rate to ethanol and the inhibition constant by the carbon source is defined by:
  • 117 is the yield coefficient of the biomass of the usable carbon source, to the change of which an adjustment takes place. Furthermore are the yield coefficient of the biomass of ethanol, WATP the ATP consumption for the formation of biomass and C0 2 , i the concentration of CO 2 in the culture medium. The coefficient of ATP is determined by adapting it to experimental data and, if necessary, re-determined during the fermentation. The vector of response rates is
  • m is the specific growth rate of the biomass on the usable carbon source. According to the model, the supply of the
  • the method includes the yeast cells in the aqueous
  • the method includes growing the yeast cells in a fed-batch process with the supply of the usable carbon source and air.
  • the method includes growing the yeast cells in a batch process. In some embodiments, the method includes growing the yeast cells in a fed-batch process.
  • the utilizable carbon source delivered to the yeast cells is the same as that already in the aqueous culture medium.
  • the method includes determining the cell density of the yeast cells in the
  • the method includes controlled yeast production in the expected initial phase and / or in the expected
  • the method includes dividing the controlled yeast production into n time periods. The required supply of usable
  • n is a natural number, for example a natural number in the range from 1 to 1000 or in the range from 2 to 500.
  • n is selected so that time segments result which correspond to the time between two measurement intervals.
  • n is chosen such that time segments result which correspond to the time required for the optimization.
  • N P the number of prediction steps, the final time of the predictions and
  • Mass transport coefficient for CO2 and ki a, o 2 is the mass transport coefficient for O2.
  • the controlled yeast production is in both the expected initial phase and the expected growth phase
  • a continuous parameter estimation is carried out until the detected ethanol concentration is below a predetermined value.
  • Ethanol concentration reaches or exceeds a predetermined value.
  • the biomass yield coefficient ⁇ n m is adjusted by:
  • the method also includes manually determining the required supply of the usable carbon source
  • the method also includes continuing the controlled yeast production in the expected stationary phase and ending an adaptation of the yield coefficient of the biomass ⁇ n m in the expected stationary phase.
  • the method also includes continuing controlled yeast production in the expected stationary phase and assessing the solubility of the oxygen in the expected stationary phase
  • the utilizable carbon source contains a sugar such as a mono-, a disaccharide, or a trisaccharide.
  • a corresponding monosaccharide can be, for example, glucose or fructose.
  • Galactose is also an example of a possible Monosaccharide.
  • a corresponding disaccharide can be, for example, sucrose (sucrose).
  • a corresponding trisaccharide can be raffinose, for example.
  • the usable carbon source is contained in molasses.
  • molasses is used in the method disclosed here.
  • the yeast cells are cells of the genus Saccharomyces
  • yeast cells are cells of the genus
  • yeast cells are cells of the genera Debaryomyces, Brettanomyces, Torulopsis, Nematospora, or Nadsonia. In some embodiments, the yeast cells are cells of the genera Debaryomyces, Brettanomyces, Torulopsis, Nematospora, or Nadsonia. In some embodiments, the yeast cells are cells of the genera Debaryomyces, Brettanomyces, Torulopsis, Nematospora, or Nadsonia. In some embodiments, the yeast cells are cells of the genera Debaryomyces, Brettanomyces, Torulopsis, Nematospora, or Nadsonia. In some embodiments, the yeast cells are cells of the genera Debaryomyces, Brettanomyces, Torulopsis, Nematospora, or Nadsonia. In some embodiments, the yeast cells are cells of the genera Debaryomyces, Brettanomyces, Torulopsis, Nematospora, or Nadsonia. In some embodiments, the yeast cells
  • Embodiments are the yeast cells cells of the species Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast).
  • the yeast cells are cells of the species Saccharomyces pastorianus or of the species Saccharomyces eubayanus.
  • the yeast cells are cells of the species Saccharomyces carlsbergensis or of the species Saccharomyces uvarum.
  • the yeast cells are cells of the species Saccharomyces rouxii.
  • Fig. 1A shows schematically the structure of a fed-batch reactor as it is during the
  • Culturing the yeast cells can be used.
  • a usable carbon source is continuously fed to the reactor, for example in the form of molasses, which contains it.
  • the flow caused by the rotor blades of the stirrer introduces air and thus oxygen into the reactor.
  • Fig. 1B and Fig. 1C show the Crabtree effect in a chemostat.
  • Respiration coefficient RQ increases (FIG. IC).
  • FIG. 2 schematically illustrates the construction of the control loop which implements a method disclosed here.
  • the ethanol in the reactor is measured by a sensor and the
  • Regulation of the invention is based.
  • Fig. 3 shows the results of parameter estimation from experimental data of a batch reactor.
  • the red dots are the readings and the blue lines are the
  • the data measured here are the ethanol concentration (FIG. 4A) and the oxygen concentration (FIG. 4B) in the gas phase.
  • the red dots show the measured concentrations and the blue lines represent the model predictions.
  • the course of the glucose concentration (FIG. 4E), molasses flow (FIG. 4D), biomass (FIG. 4C) and dissolved oxygen (FIG. 4F) are data of the model which have been verified experimentally.
  • the model-based control determines an optimal trajectory of the molasses supply, so that the biomass is maximized while the ethanol formation is minimized.
  • Fig. 6 illustrates the division of the phases during the production of yeast, see FIG. particularly Fig. 6B.
  • the first phase is the initial phase where the cells produce ethanol.
  • the second phase is the exponential phase in which the Crabtree effect is dominant.
  • the third phase is the stationary phase, in which ethanol is formed due to an oxygen limitation in the reactor.
  • FIG. 6A shows the molasses supply and FIG. 6B shows an ethanol profile at
  • FIG. 7 shows a comparison of the model-based control (MPC) of ethanol and the supply of molasses in a fermentation with a conventional control as used in industry.
  • MPC model-based control
  • Fig. 8 shows an example of a feed curve as used in industry to regulate the production of yeast cells.
  • the feed curve rises with increasing cell concentration.
  • the feed remains constant.
  • FIG. 9A shows a structure of the control loop which uses a PI controller to regulate the supply of molasses.
  • the ethanol concentration in the reactor is measured and used to regulate the supply of molasses.
  • FIG. 9B shows an example of a possible time profile when a PI controller is used.
  • the solid linear curve shows the desired supply of molasses over time, while the curve shows the real addition due to a PI control.
  • the word "about” as used herein refers to a value that is within an acceptable range of error for a particular value as determined by one of ordinary skill in the art. This will depend in part on how the particular value has been determined or measured, i.e. of the limitations of the measurement system. For example, “about” can mean within a standard deviation of 1 or more, depending on the use in the respective area. The term “about” is also used to indicate that the amount or value can be the designated value or another value that is approximately the same. The term is intended to express that similar values favor equivalent results or effects as disclosed in this document. In this context, “about” can refer to a range of up to 10% above and / or below a certain value.
  • “about” refers to a range of up to 5% above and / or below a certain value, such as about 2% above and / or below a certain value. In some embodiments, “about” refers to a range of up to 1% above and / or below a certain value. In some embodiments, “about” refers to a range of up to 0.5% above and / or below a certain value. In one embodiment, “about” refers to a range up to 0.1% above and / or below a certain value.
  • fermentation refers to the conversion of organic compounds with the help of a microorganism such as yeast or with the help of one or more enzymes.
  • This can be an oxidative process, for example involving oxygen, i.e. an aerobic process. It can also be an anaerobic process, such as anaerobic fermentation.
  • fermentation is a microbial degradation process that takes place without the involvement of external electron acceptors such as oxygen, but does take place in the presence of e.g. Oxygen, so under aerobic conditions, can take place.
  • an aerobic oxidative process that it is a utilization involving oxygen
  • the terms “aerobic oxidative utilization” and “aerobic oxidative utilization” are also used in this document.
  • a process disclosed herein is typically for the production of yeast for the
  • an optional anaerobic yeast such as e.g. Saccharomyces cerevisiae used. With a method disclosed here, therefore, in typical embodiments, an optional anaerobic yeast is produced.
  • the yeast used can, in some embodiments, be the wild type form of a commercially available yeast strain. In this context, the person skilled in the art is aware that the use of genetically modified yeast in food production is not permitted in the EU. The yeast used will therefore generally not be a recombinant yeast.
  • yeast production can be on any desired scale. It can be a test tube culture or a culture in a liquid culture medium in a volume of 50 ml or several 100 ml. It can also be a culture in a liquid culture medium in a volume of one or more liters or of hundreds of liters.
  • Such media usually contain minerals and can be a buffer to maintain a
  • yeast is grown in a medium which has a pH in the range from 4 to 6, which is also advantageous for the use of the method disclosed here, but is not absolutely necessary.
  • the yeast can be grown in a medium that has a pH of about 4.5. Since the yeast culture is carried out aerobically in a method disclosed here, a supply of oxygen is necessary. This can be done through ventilation. So by means of a
  • Spargersystem air can be supplied. It may also be sufficient, through agitation, e.g.
  • the yeast is cultivated at a temperature suitable for the type of yeast.
  • a temperature in the range from about 30 to 35 ° C. is typically particularly well suited for S. cerevisiae.
  • the temperature is held constant during the process.
  • an aerobically oxidatively utilizable carbon source is provided as a substrate for the yeast cells.
  • Carbon sources are usually generally fermentable, i.e. can also be used without the presence of added oxygen. If the yeast is S. cerevisiae, various hexoses can be used as an aerobically oxidatively utilizable carbon source. Compared to aerobically oxidatively utilizable carbon sources, yeast cells can also utilize non-aerobically oxidatively utilizable carbon sources, such as. B. ethanol, glycerine, lactate or acetate.
  • Carbon sources that cannot be used aerobically oxidatively are used by yeast cells in an oxidative metabolism. If yeast grows in a pure batch culture in a medium with an aerobically oxidatively utilizable carbon source without further supply of such a carbon source from the outside, the yeast cells switch their metabolism to the aerobic utilization of ethanol as soon as the aerobically oxidatively utilizable carbon source is consumed. The enzyme alcohol dehydrogenase 2 is formed during this process. The growth of the yeast cells then takes place much more slowly and ends with the consumption of the available ethanol. Ethanol, which enters the cell through passive diffusion, is also a stress factor for yeast cells. In contrast, in a method disclosed here, the aerobically oxidatively utilizable carbon source for the yeast cells is potentially supplied during the entire method. The supply of the aerobically oxidatively utilizable carbon source is controlled.
  • Yeast is dependent on a sufficient supply of nutrients and, in particular, of the carbon source that can be used aerobically and oxidatively. As soon as the aerobically oxidatively utilizable carbon source is used up until the biosynthetic activity is reduced, the yeast reacts with reduced growth.
  • yeast cells can produce ethanol both anaerobically and aerobically.
  • the formation of ethanol under aerobic conditions can start when a certain concentration of aerobically oxidatively usable carbon source is exceeded and from a certain specific growth rate, which is commonly referred to as the Crabtree effect or the glucose effect (Sonnleitner, B. and Käppeli, O., Biotechnology other
  • yeast cells have an increased conversion of the aerobically oxidatively utilizable carbon source via glycolysis and thus form considerable amounts of ATP.
  • Glycolysis is the central metabolic pathway for the production of energy in the form of ATP from carbohydrates and is part of both alcoholic fermentation and respiration. The difference lies in the processing of the end product, the pyruvate. During alcoholic fermentation it is reduced to ethanol via acetaldehyde, while it is introduced into the citric acid cycle during respiration.
  • the ethanol formed can be metabolized by the cells as a substrate to biomass if the conditions are aerobic and the sugar concentration in the molasses in the reactor is not too high, so that ethanol is the preferred carbon source.
  • Ethanol formation under anaerobic conditions occurs particularly at the end of the batch. Due to the high cell density, the oxygen concentration in the liquid phase is reduced, as a result of which anaerobic zones are formed in the reactor in which ethanol is produced.
  • a method disclosed here uses an optimizing, model-based control system, which controls the inflow of the usable, usually aerobically oxidatively utilizable, regulates carbon source during production, so that the yield of biomass is maximized, but at the same time the ethanol formation remains minimal.
  • the regulation is combined with a state estimator, since only a very limited number of sensors is available in typical industrial processes. Most of the time, it involves measurements of the pH value, the temperature and the ethanol concentration. With the aid of the state estimator, missing measurement information, such as the biomass and oxygen concentration can be calculated based on the measurements.
  • the highest possible biomass yield can be achieved in relation to the amount of usable carbon source used.
  • this goal requires, among other things, to avoid the formation of ethanol during cultivation.
  • the ethanol formation is influenced by the substrate supply, so that a control system is used which adjusts the input concentration of the usable carbon source in the inlet V in such that the growth rate of the cells is maximized, but the ethanol formation is prevented as far as possible.
  • glucose in molasses is given as an example of the usable carbon source.
  • the optimal amount of usable carbon source e.g. Molasses containing glucose depends on many influencing factors in the reactor and changes depending on the yeast strain used or the usable carbon source used, including the molasses used.
  • Other process parameters such as the pH value, the temperature, by-products in the reactor or the age of the cell culture also influence the optimum, which the control therefore takes into account.
  • the control notices unexpected events such as stress reactions and technical problems during operation and can react to them so that either production is successfully completed or, in the worst case, the batch is aborted in order to avoid losses in production time and raw materials.
  • concentrations that affect growth must be known. However, only the ethanol concentration is measured during the production process. The concentrations of biomass or molasses are normally not available and are therefore estimated based on models.
  • ethanol by yeast can take place under both anaerobic and aerobic conditions.
  • the formation of ethanol under aerobic conditions depends on the amount of sugar added to the molasses and is referred to as the Crabtree effect.
  • Oxygen content the amount of molasses supplied is decisive for the yield of the process. If the addition rate of molasses is too low, no ethanol is formed, but the lining of the cells reduces the yield of the biomass and the process time increases significantly. On the other hand, when overfeeding under aerobic conditions, due to the Crabtree effect, ethanol is formed and the yield is also reduced.
  • FIG. 1B and FIG. IC show the Crabtree effect in a chemostat (van Hoek, P., et ab, Applied Environmental Microbiology (1998) 64 (11): 4233-4226).
  • D is the dilution rate with is the volume of liquid in the reactor and V in is the inlet flow rate
  • the dilution rate is equal to the specific growth rate of the cell culture, since the slowly growing cells are rinsed out as the dilution rate increases.
  • the specific growth rate of the cell culture increases and the oxygen uptake reaches a certain value their maximum (FIG. IC), at which the formation of ethanol begins, which leads to a reduced yield
  • Respiration coefficient RQ (Fig. IC), i.e. the ratio of CO2 produced to
  • the onset of the Crabtree effect is influenced, especially in fed-batch operation, by the amount of molasses supplied, since the specific growth rate increases with increasing molasses concentration.
  • Ethanol is also formed under anaerobic conditions. This is the case when not enough oxygen can be introduced into the reactor, which is a problem in particular during the last production phase, the stationary phase. This phase is characterized by the fact that, due to the high cell density, the oxygen concentration in the
  • Liquid phase decreases. This creates anaerobic zones in the reactor in which ethanol is produced.
  • the ethanol formed by the cells can be taken up again by the cells as a substrate and metabolized to biomass if the conditions are aerobic and the molasses concentration in the reactor is not too high, so that ethanol is the preferred carbon source.
  • this is influenced by the substrate supply and the aim is to use a control system that determines the input concentration of the Adjust the molasses in the inlet V in such a way that the growth rate of the cells is maximized, but the formation of ethanol is prevented as far as possible.
  • the regulation in the method disclosed here also prevents relining, i.e. a shortage of molasses.
  • a lining lowers the biomass yield, especially at the end of the process, while increasing the process time.
  • overfeeding i.e. an excess of molasses in the process.
  • the Crabtree effect leads to the formation of ethanol.
  • the scheme adapts to both
  • Carbon source e.g. the concentration of the molasses containing them are normally not available and must be estimated.
  • FIG. 2 shows the scheme of a control loop for a method disclosed here, as it can be implemented in practice.
  • the concentration of ethanol in the reactor is measured by a sensor.
  • the measured ethanol concentration is used in an optimizing model-based control to determine the future optimal course of the molasses supply, so that the biomass yield is maximized while the ethanol formation remains prevented.
  • a mathematical model of the process is used.
  • the process model used describes the necessary process variables that influence the growth of the cells.
  • concentrations in the model are: the aerobically oxidatively usable carbon source, e.g. Glucose (G) to describe the sugar in the molasses, ethanol (E), biomass (X) and O2 and CO2 in the liquid phase as well as in the gas phase.
  • G the aerobically oxidatively usable carbon source
  • E ethanol
  • X biomass
  • O2 and CO2 O2 and CO2 in the liquid phase as well as in the gas phase.
  • the description of the external metabolites follows the general modeling principles of biological systems.
  • the description of the metabolites in the liquid phase can then be represented as:
  • the mass transport coefficient for oxygen and carbon dioxide is calculated by the empirical formula Where P is the power of the stirrer the volume of the broth in m 3 the
  • the metabolites in the gas phase are carbon dioxide and oxygen, which are described by:
  • V s is the volume of the gas phase, and stand for the concentrations of
  • the rates are determined by dynamic modeling of the flows, which is known in the literature as Dynamic Flux Balance Analysis (DFBA) (Mahadevan, R., et al., Biophysical Journal (2002) 83 (3): 1331-1340). The rates for this are derived from the biochemistry of a cell. The transition to ethanol formation is described through the use of the energy metabolites ATP and ADP (see Wegerhoff, S. and Engeil, S., "Control of the production of Saccharomyces cerevisiae on the basis of a reduced metabolic model.”
  • DFBA Dynamic Flux Balance Analysis
  • glucose is an example of the carbon source that can be used aerobically and oxidatively.
  • ATP consumption for the formation of biomass, with which stress reactions can be modeled these are characterized by an increased need for ATP.
  • the growth rate ß Eth is also limited by monod kinetics so that it is only active when there is sufficient ethanol as a substrate and the uptake is not inhibited by high glucose concentrations in the reactor.
  • the idea for the modeling is that ATP is used to switch between the metabolic states, ie the transition to the formation of ethanol due to the Crabtree effect or between aerobic and anaerobic metabolism.
  • the principle of regulation by ATP is based on the assumption that the production of ATP is limited by breathing, so that from a certain growth rate or
  • Molasses concentration activates the formation of ethanol to provide additional ATP for further growth.
  • Fig. 1 shows the results of a validation on experimental data of a batch fermentation in a 1 liter reactor in which the concentrations of glucose and ethanol in the
  • Liquid phase the optical density of the reactor contents and the concentrations of O2 and CO2 in the gas phase have been measured.
  • the process model is used for a model-based control which, on the basis of the model, determines an optimal trajectory of the future molasses inflow.
  • This allows the biomass yield to be optimized, while the formation of ethanol is prevented.
  • Fig. 5 shows this schematically on a time line (x-axis).
  • the future course of the molasses supply is determined based on the current status.
  • the process is subdivided into n time segments, in each of which an optimal trajectory for the molasses supply is calculated for a selected prediction period.
  • the length of the time segments generally corresponds to the time between two measurement intervals or the time required for optimization.
  • the concentrations are calculated by the process model.
  • the other process variables such as the concentrations of ethanol and biomass in equation (13)
  • the other process variables such as the concentrations of ethanol and biomass in equation (13)
  • the supply of the aerobically oxidatively utilizable carbon source or the molasses increases with increasing biomass concentration.
  • this results from an underestimated biomass. Therefore, the estimation of the biomass in particular is also a driving force in determining the optimal supply of molasses, and can therefore be seen as one of the key factors.
  • the regulation is combined with a state estimator, since only a very limited number of sensors is available in typical industrial processes. Usually it concerns measurements of the pH value, the temperature and the
  • Ethanol concentration With the aid of the state estimator, missing measurement information, such as the biomass and oxygen concentration can be calculated based on the measurements. The information obtained in this way can then be used in the control algorithm in order to take into account changing conditions within the reactor and changes within the yeast metabolism for a maximum biomass yield.
  • the basic equation of the state estimator is in some embodiments
  • L is the weighting matrix
  • x is the complete state vector of the model
  • Parameter vector and y m are the measured states y are the states of the model that are measured.
  • y can be passed through with the measurement matrix C.
  • the principle of the state estimator is the difference in error balance.
  • the matrix 1 determines how quickly the error between measurement data and model prediction should converge to zero.
  • a frequently used criterion here is the Kalman criterion.
  • the unmeasured concentrations can be estimated from the measurements of the ethanol concentration.
  • Ethanol is a process that is used in industry.
  • the process management can be divided into three based on the different growth phases of the cell population
  • Initial phase This phase is characterized by the release of ethanol, as ethanol is already present in the cells of the starter culture, which must first be transported into the solution, and by an initially high concentration of molasses, which leads to the Crabtree effect. This happens until the molasses has broken down to the point where ethanol is the preferred substrate and is broken down.
  • o Exponential phase The exponential phase or growth phase begins after the ethanol has broken down.
  • the process is carried out in such a way that the supply of molasses increases over time as the number of cells increases in order to form as much biomass as possible but not ethanol.
  • the cells are characterized by a high Growth rate. Due to the oxygen supply, aerobic conditions are always present, so that the Crabtree effect is dominant for the formation of ethanol.
  • ethanol is also formed when the reactor is not adequately supplied with oxygen. This is the case because only a limited supply of air can take place and the cell density is too high to adequately supply the individual cells with oxygen. This creates anaerobic zones in the reactor in which ethanol is formed but is broken down in zones which are richer in oxygen.
  • the aim of the process is to have the highest possible cell yield, whereby the ethanol concentration at the end of the process is below one
  • the optimal point corresponds to the concentration of aerobically oxidatively usable carbon source or of molasses in the reactor at which the transition to the Crabtree effect takes place.
  • the optimal point corresponds to the concentration of aerobically oxidatively usable carbon source or of molasses in the reactor at which the transition to the Crabtree effect takes place.
  • Oxygen limitation should also be taken into account.
  • the optimal concentration of aerobically oxidatively usable carbon source or molasses in the reactor depends on many influencing factors. The optimum shifts depending on the yeast and yeast strain used. Since molasses can contain different amounts of aerobically oxidatively utilizable carbon sources, the optimum also shifts depending on the molasses used. Process parameters such as the pH value, the temperature, by-products in the reactor or the age of the cell culture also have a decisive influence on the optimum, which the control must take into account. Furthermore, the control system must also be able to recognize and react to unexpected events such as stress reactions and technical problems during operation, so that in the worst case the process is aborted and reinitialized in order to ensure time-efficient production.
  • a change in the phases of the yeast culture can be determined from the measurements of the ethanol concentration.
  • the initial conditions can be corrected, ie the concentrations at the beginning of the process. Therefore, at the beginning of the process, only the calculated concentrations of the model according to equations (15) to (17) are corrected with the aid of the measured ethanol concentration. Since the formation of ethanol cannot be avoided in the initial phase, as described above, this is used to set the model parameters, like the monod constants or the maximum
  • Var stands for the variance between two measurement points.
  • One problem for the optimization is the high number of local optima. Many of the local optima do not correspond to biologically or process-technically sensible solutions. For example, ethanol is initially produced in the initial phase, which is also described in the model by anaerobic conditions. Here it is to be avoided that the optimization determines a sensible solution, which provokes an unfavorable intervention of the control. It must also be ensured that the estimated concentrations used to initialize the parameter estimate are close to the real ones
  • the determination function (20) minimizes the concentration of the aerobically oxidatively utilizable carbon source, for example glucose, at the end of the start phase, which prevents aerobically oxidatively utilizable carbon source or glucose from accumulating in the reactor, since this did not take place in the validation experiments.
  • w ß is the yield coefficient of biomass on aerobically oxidatively usable carbon source or glucose (cf. equation (11)). This serves to increase the biomass yield.
  • the Fisher Information Matrix can be used to select the parameters to be estimated. This is because this represents a calculation of the influence of the parameters on the model quality. From an initial set of parameters, only those parameters are taken into account in the parameter estimation whose adaptation has the greatest effect on the model quality. Furthermore, the FIM can calculate the variances of the measured values used, which enables the measured values to be weighted within the parameter estimate.
  • Parameter estimation is carried out until the ethanol concentration is below a threshold value.
  • the weighting coefficient w Ech in equation (13) is selected to be small. This has the advantage that the control does not yet intervene heavily in the process and the molasses feed is started earlier.
  • the weighting coefficient w Eth in equation (13) is selected to be higher, which prevents the formation of ethanol.
  • the parameter estimation is usually complete. It will only be used again if the The error between the prediction of the model and the measured value becomes too high and this increases over time, which means that the model can no longer adequately describe the process. This also has the advantage that stress reactions can be detected through repeated use of the parameter estimation. In this way, the control can react to changing process conditions and regulate or monitor the process even under deviating situations.
  • the aim of regulation during the exponential phase is to avoid underfeeding and overfeeding.
  • the threshold value for the formation of ethanol by the Crabtree effect is determined in order to drive the process close to this threshold value. Two strategies are used for this.
  • the yield coefficients of the biomass based on glucose are adjusted by the condition estimator in order to reduce the calculated amount of biomass in the event of overfeeding, which leads to the following equations:
  • equation (21) gives the
  • the yield coefficient of the biomass is reduced, which leads to the slower formation of biomass in the following steps in the model.
  • the current biomass in the model is redefined and also reduced. These steps will prevent the ethanol concentration from increasing and the supply will be adjusted.
  • the danger of overfeeding is that, despite the regulation of the ethanol concentration, ethanol oscillations will develop which become difficult to control over time. Such ethanol oscillations are triggered by the alternation of interventions by the regulation and the incorrect estimation of the biomass. This means that too much molasses is added due to the incorrect prediction of the model, whereby ethanol is formed, which is noticed in the next measurement interval and the supply of molasses is reduced. Since the error also increases exponentially due to the exponential growth, the oscillations in the ethanol concentration increase over time. Another strategy is to use optimizing algorithms. This leads to the fundamental optimization problem,
  • control 7 shows the results in which the control approach presented is compared with the conventional industrial control.
  • the control increases the molasses supply after the first hour and determines the optimal feed between the first and fourth hours.
  • the ethanol concentration is in a low range.
  • the comparison with the conventional control shows a significant increase in the addition through the model-based control, whereby the process time can be shortened by about 2.5 hours until a defined cell concentration is reached.
  • control algorithm was also used in experiments in which stress conditions were simulated, with the result that the control was adapted in every case and the process could be operated with a significantly increased yield with regard to the biomass. In many cases it was not possible to prevent ethanol formation with the conventional control.
  • the approach described here differs in that it models the changes in metabolic states. It is possible to have both the

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Abstract

In einem Verfahren zur gesteuerten Hefeproduktion werden Hefezellen in einem wässrigen Kulturmedium unter Zufuhr einer verwertbaren Kohlenstoffquelle und von Luft wachsen gelassen. Das Medium weist eine verwertbare Kohlenstoffquelle auf und befindet sich in einem Behältnis. Es wird die Ethanolkonzentration im Kulturmedium erfasst und die erforderliche Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle an Hand eines mathematischen Modells bestimmt.

Description

VERFAHREN ZUR GESTEUERTEN HEFEPRODUKTION
QUERVERWEIS AUF VERWANDTE ANMELDUNGEN
Die vorliegende Anmeldung beansprucht den Rechtsvorteil und die Priorität der Patentanmel dung DE 10 2019 107 629.3, die am 25. März 2019 beim Deutschen Patent- und Markenamt eingereicht wurde. Der Inhalt der Patentanmeldung DE 10 2019 107 629.3 wird hier in seiner Gesamtheit, inklusive Zeichnungen und Ansprüchen, für alle Zwecke durch Bezug aufgenommen - sowie eine Aufnahme j edweden Elements oder Teils der Beschreibung, der Abbildungen oder der Ansprüche, das hier nicht enthalten ist und auf das in Regel 20.5(a) des PCT, gemäß Regel 4.18 des PCT Bezug genommen wird.
TECHNISCHES GEBIET
Offenbart ist ein Verfahren zur gesteuerten Hefeproduktion.
HINTERGRUND
Mit Hilfe von Hefezellen werden seit Tausenden von Jahren Lebensmittel produziert. Hefezellen haben sich auch als sehr gute Expressionsplattform für Fremdproteine herausgestellt.
Der bekannteste und wirtschaftlich bedeutendste Hefepilz ist Saccharomyces cerevisiae , der sich durch Knospung vermehrt. S. cerevisiae ist umgangssprachlich auch als Bäckershefe oder Brauereihefe bekannt und wird in sehr vielen Bereichen verwendet. Klassische Verwendung findet Bäckershefe in der Herstellung von alkoholischen oder fermentierten Getränken, wie z.B. Wein, Bier, Sake, Essig oder Cidre, in der Lebensmittelindustrie für Backprodukte und der Produktion von Trockenhefe. Weitere wichtige Anwendungsgebiete sind die Herstellung von Bioethanol, die Verwendung in der Produktion von Tiernahrung oder für die
Abwasseraufbereitung. Weiterhin ist Bäckershefe ein geeigneter Wirtsorganismus in der Produktion von Pharmazeutika, wobei insbesondere die Herstellung von Insulin und dessen Analoga zu nennen ist. Unter anderem die kurzen Generationszeiten, die relativ kostengünstige Herstellung der Biomasse und die sehr gute Eignung für post-translationale Modifikationen machen Hefe zur einer leistungsfähigen Biofabrik, wobei die aktuelle weltweite Produktion bei etwa 2.000.000 Tonnen liegt.
Die industrielle Herstellung von Hefezellen erfolgt in einem Fed-Batch Reaktor, dem Luft und eine Kohlenstoffquelle zugeführt wird. Als Kohlenstoffquelle wird üblicherweise Melasse eingesetzt, ein Nebenprodukt bei der Zuckerherstellung. In dem Reaktor wird eine definierte Menge an Biomasse vorgelegt und die Melasse anschließend zugeführt. Die benötigte Luft wird in der Regel über die Rotorblätter des Rührers eingetragen. Das produzierte Kohlenstoffdioxid und die nicht verbrauchte Luft, werden am oberen Teil des Reaktors abgeführt. Fig. 1 A zeigt den schematischen Aufbau des Fed-Batch Reaktors während der Kultivierung. Das Ziel der Produktion ist eine möglichst hohe Ausbeute an Biomasse in Bezug auf die eingesetzte Menge an Zucker in der Melasse.
Ein Problem während der Kultivierung der Hefezellen ist, dass es zur Bildung von Ethanol kommen kann. Die Produktion von Ethanol ist nicht nur bezogen auf die Reduzierung an Ausbeute, bezogen auf die Substratzufuhr, von Biomasse unerwünscht, auch kann die produzierte Charge nicht verkauft werden, da durch das Ethanol in der getrockneten Zellkultur die Aktivität der Hefezellen reduziert wird. Dies führt dazu, dass die Zellen an Triebkraft verlieren, und für weitere Anwendungen unbrauchbar sind. Dies geschieht bei geschätzt 10% der konventionell produzierten Chargen. Ethanol kann durch Hefezellen sowohl anaerob als auch aerob gebildet werden. Selbst unter ausreichender Zufuhr von Sauerstoff kann es zu einer Verwertung einer aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquelle wie Glucose kommen, ohne dass Sauerstoff in die Verwertung einbezogen wird. Es handelt sich also um eine Gärung unter aeroben Bedingungen, was in diesem Fall auch als Crabtree-Effekt bezeichnet wird. Dies kann beim Überschreiten einer bestimmten Konzentration der verwertbaren Kohlenstoffquelle, also typischerweise Melasse, einsetzen.
Bei der industriellen Kultivierung von Hefezellen findet daher üblicherweise eine Regelung der Melassezufuhr innerhalb vorgegebener Grenzen statt, die auf Erfahrungswerten bezüglich der theoretischen Ausbeute an Biomasse beruhen. Fig. 8 zeigt einen typischen Zulauf. Während der exponentiellen Wachstumsphase steigt die Zufuhr und bleibt während der stationären Phase konstant. Zur Regelung der Melassezufuhr wird in der Industrie gewöhnlich ein PI-Regler verwendet, welcher auf Basis der gemessenen Ethanolkonzentration die Zufuhr der Melasse regelt. Fig. 9A zeigt den schematischen Aufbau des Regelkreises. Der Sollwert des PI Reglers ist ein geringer Wert für die Ethanolkonzentration, und die Regelgröße ist die Melassezufuhr, welche, wie in Fig. 8 gezeigt, beschränkt ist. Fig. 9B zeigt einen typischen Verlauf der Zufuhr der Melasse bei einer solchen Regelung. Die durchgezogene Linie ist der Sollwert des Reglers zu einem gegebenen Zeitpunkt. Falls während des Prozesses Ethanol gebildet wird, reduziert sich die Zufuhr an Melasse, so dass das produzierte Ethanol metabolisiert wird. Bei Annäherung der Ethanolkonzentration an den Sollwert wird die Zugabe der Melasse wieder erhöht. Diese Strategie führt zu Schwingungen der Melassekonzentration innerhalb des Prozesses und bedingt einen laufenden Wechsel der metabolischen Zustände innerhalb der Zellen.
Dieser Wechsel hat eine Verringerung der Ausbeute bzgl. der Biomasse zur Folge. Zusätzlich führt diese Strategie meist zu einer Unterfütterung der Zellen, welche ebenfalls dazu führt, dass die Ausbeute bzgl. der Biomasse sinkt. Weiterhin wird der Einsatz von wechselnden
Hefestämmen oder Substraten nur bedingt berücksichtigt, da die Vorgaben der Feedstrategie meist nicht angepasst wird. Weiterhin können mögliche Stressreaktionen der Zellen nicht berücksichtigt werden, was in der Regel zu einer deutlichen Verschlechterung der
Produktqualität des entsprechenden Batches führt. DE 00 000 330 94 58 C2 offenbart ein Verfahren zum schnellen und genauen Messen der Konzentration von Ethanol in einer flüssigen oder gasförmigen Phase bei der Fermentation von Bäckerhefe. An Hand der Messungen des Ethanolgehaltes wird die Zufuhr von Melasse auf Basis einer Zweipunkteinstellung gesteuert, mit dem Ziel, die Ethanolkonzentration unter einer kritischen Konzentration zu halten. JP60-34180 A offenbart die Steuerung der Melassezufuhr bei der Hefeproduktion an Hand elektrischer Werte, die den Ethanolgehalt anzeigen. JP60- 141283 offenbart ein Verfahren zum Abschätzen der Menge kultivierter Hefezellen auf Basis des Respirationskoeffizienten, d.h. dem molaren Verhältnis des von der Hefe produzierten CO2 zum von der Hefe verbrauchten O2. DD 269 169 Al betrifft ein Verfahren zur Prozessteuerung bei der Bierherstellung mittels Trübungsmessungen zur Bestimmung der Biomasse. CN
105199973 A betrifft einen PID-Regler (Proportion Integration Differentiation) zur Anpassung der Substratzufuhr, der auf Basis eines differentiellen evolutionären Algorithmus arbeitet, um die Ethanolbildung durch den Crabtree-Effekt zu kontrollieren. EP 2 990 900 Al betrifft ein computer-implementiertes Verfahren zur Steuerung, Erfassung, Regelung und/oder Analyse von biologischen, chemischen und/oder physikalischen Prozessen mit Hilfe eines Sensors, der konfiguriert ist, Messdaten betreffend den Prozess zu erfassen. EP 2 147 355 Bl offenbart ein nichtlineares Regelmodell des Hefewachstums und der fermentierbaren Zuckerkonzentration in der Batch-Fermentation bei einer Biokraftstoffproduktion.
Es wäre wünschenswert, die Bildung von Ethanol auch unter sich ändernden oder nur teilweise bekannten Bedingungen hinsichtlich der verwertbaren Kohlenstoffquelle vermeiden oder zumindest möglichst gering halten zu können. Dabei wäre es wünschenswert, die
Hefeproduktion auf der Basis der Messung nur eines Parameters regeln zu können. Es wäre auch wünschenswert, einen möglichen Wechsel der metabolischen Zustände in der Hefeherstellung berücksichtigen zu können.
ZUSAMMENFASSUNG
Es wird ein Verfahren bereitgestellt, das auf einem modellbasierten Regelungsalgorithmus für die Hefeproduktion beruht, der die Ausbeute und die Batchdauer der Hefeproduktion optimiert. Dazu wird ein Prozessmodell bereitgestellt, auf dessen Basis eine Regelung erfolgt, so dass die Ausbeute an Biomasse optimiert werden kann und die Bildung von Ethanol vermieden wird.
Offenbart ist ein Verfahren zur gesteuerten Hefeproduktion. Zum Verfahren zählt es, Hefezellen in einem wässrigen Kulturmedium unter Zufuhr einer verwertbaren Kohlenstoffquelle, typischerweise einer aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquelle, und von Sauerstoff wachsen zu lassen. Als Sauerstoffquelle kann beispielsweise in herkömmlicher Weise Luft eingesetzt werden. Das Kulturmedium befindet sich in der Regel in einem Behältnis. Das Kulturmedium enthält eine verwertbare Kohlenstoffquelle. Die Kohlenstoffquelle ist in der Regel eine aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle kann daneben allgemein eine vergärbare Kohlenstoffquelle sein. Zum Verfahren zählt es weiterhin, die Ethanolkonzentration im Kulturmedium zu erfassen. Auch zählt es zum Verfahren, die erforderlichen Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle an Hand des folgenden Modells bestimmen:
S.t.
Figure imgf000006_0001
Dabei sind 5 eine stöchiometrische Matrix,
Figure imgf000006_0006
die maximale Reaktionsgeschwindigkeit der Kohlenstoffquelle, G die verwertbare Kohlenstoffquelle, 0
Figure imgf000006_0005
die Konzentration von O2 im Kulturmedium,
Figure imgf000006_0008
die Monod Konstante,
Figure imgf000006_0004
die maximale Aufnahmerate des Sauerstoffs, f^Eth.max die maximale Reaktionsgeschwindigkeit der spezifischen Wachstumsrate auf Ethanol und die Inhibierungskonstante durch die Kohlenstoffquelle
Figure imgf000006_0009
ist definiert durch:
Figure imgf000006_0007
Figure imgf000006_0002
Dabei ist 117, der Ausbeutekoeffizient der Biomasse der verwertbaren Kohlenstoffquelle, an dessen Änderung eine Anpassung erfolgt. Weiterhin sind
Figure imgf000006_0010
der Ausbeutekoeffizient der Biomasse von Ethanol, WATP der ATP-Verbrauch zur Bildung von Biomasse und C02,i die Konzentration von CO2 im Kulturmedium. Der Koeffizient von ATP wird durch Anpassung an experimentellen Daten bestimmt und ggf. während der Fermentation neu bestimmt. Der Vektor der Reaktionsraten ist
Figure imgf000006_0003
Dabei ist m die spezifische Wachstumsrate der Biomasse auf der verwertbaren Kohlenstoff quelle. Zum Verfahren zählt es weiterhin, entsprechend des Modells die Zufuhr der
verwertbaren Kohlenstoffquelle zu regeln.
In einigen Ausführungsformen zählt es zum Verfahren, die Hefezellen in das wässrige
Kulturmedium zu verbringen, beispielsweise das Kulturmedium mit den Hefezellen zu beimpfen. In einigen Ausführungsformen zählt es zum Verfahren, die Hefezellen im Fed-Batch- Verfahren unter Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle und von Luft wachsen zu lassen.
In einigen Ausführungsformen zählt es zum Verfahren, die Hefezellen in einem Batch- Verfahren wachsen zu lassen. In einigen Ausführungsformen zählt es zum Verfahren, die Hefezellen in einem Fed-Batch-Verfahren wachsen zu lassen.
In einigen Ausführungsformen ist die verwertbare Kohlenstoffquelle, die den Hefezellen zugeführt wird, die gleiche, die sich bereits in dem wässrigen Kulturmedium befindet.
In einigen Ausführungsformen zählt es zum Verfahren, die Zelldichte der Hefezellen im
Kulturmedium zu bestimmen. In einigen Ausführungsformen zählt es zum Verfahren, die gesteuerte Hefeproduktion in der erwarteten initialen Phase und/oder in der erwarteten
Wachstumsphase durchführen.
In einigen Ausführungsformen zählt es zum Verfahren, die gesteuerte Hefeproduktion in n Zeitabschnitte zu unterteilen. Dabei wird die erforderliche Zufuhr der verwertbaren
Kohlenstoffquelle bestimmt an Hand:
Figure imgf000007_0002
Dabei ist n eine natürliche Zahl, beispielsweise eine natürliche Zahl im Bereich von 1 bis 1000 oder im Bereich von 2 bis 500. In einigen Ausführungsformen wird n so gewählt, dass sich Zeitabschnitte ergeben, die der Zeit zwischen zwei Messintervallen entsprechen. In einigen Ausführungsformen wird n so gewählt, dass sich Zeitabschnitte ergeben, die der Zeit entsprechen, die für die Optimierung erforderlich ist. Es sind weiterhin NP die Anzahl an Prädiktionsschritten, die finale Zeit der Prädiktionen und
Figure imgf000007_0004
ein Gewichtungskoeffizient.
Figure imgf000007_0003
beschreibt die Variation der
Eingangsgrößen. An Hand der im Behältnis erfassten Ethanolkonzentration werden die
Konzentrationen der verwertbaren Kohlenstoffquelle (G), von Ethanol (E), Biomasse (X), CO2 und O2 geschätzt nach:
Figure imgf000007_0001
Figure imgf000008_0004
Dabei sind die spezifische Wachstumsrate beim Wachsen auf Ethanol,
Figure imgf000008_0005
der
Massentransportkoeffizient für CO2 und kia,o2 der Massentransportkoeffizient für O2.
Wie vorangehend angegeben, wird in einigen Ausführungsformen die gesteuerte Hefeproduktion sowohl in der erwarteten initialen Phase als auch in der erwarteten Wachstumsphase
durchgeführt. In einigen Ausführungsformen, in denen die gesteuerte Hefeproduktion in n Zeitabschnitte zu unterteilt wird und die erforderliche Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoff quelle wie dargestellt bestimmt wird, erfolgt eine kontinuierliche Parameterschätzung, bis die erfasste Ethanolkonzentration unter einem zuvor festgelegten Wert liegt. In einigen
Ausführungsformen erfolgt eine erneute Parameterschätzung, wenn die erfasste
Ethanolkonzentration einem zuvor festgelegten Wert erreicht oder überschreitet.
In einigen Ausführungsformen wird der Ausbeutekoeffizient der Biomasse \nm angepasst durch:
Figure imgf000008_0003
In einigen Ausführungsformen zählt es weiterhin zum Verfahren, die erforderliche Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle zu bestimmen an Hand
Figure imgf000008_0001
In einigen Ausführungsformen zählt es weiterhin zum Verfahren, die gesteuerte Hefeproduktion in der erwarteten stationären Phase fortzuführen und in der erwarteten stationären Phase ein Anpassen des Ausbeutekoeffizienten der Biomasse \nm zu beenden.
In einigen Ausführungsformen zählt es weiterhin zum Verfahren, die gesteuerte Hefeproduktion in der erwarteten stationären Phase fortzuführen und die Löslichkeit des Sauerstoffs in der erwarteten stationären Phase zu schätzen durch
Figure imgf000008_0002
In einigen Ausführungsformen enthält die verwertbare Kohlenstoffquelle einen Zucker wie z.B. ein Mono-, ein Disaccharid oder ein Trisaccharid. Ein entsprechendes Monosaccharid kann beispielsweise Glukose oder Fruktose sein. Auch Galaktose ist ein Beispiel eines möglichen Monosaccharids. Ein entsprechendes Disaccharid kann beispielsweise Saccharose (Sucrose) sein. Ein entsprechendes Trisaccharid kann beispielsweise Raffinose sein. In einigen
Ausführungsformen ist die verwertbare Kohlenstoffquelle in Melasse enthalten. In einigen Ausführungsformen wird im hier offenbarten Verfahren Melasse eingesetzt.
In einigen Ausführungsformen sind die Hefezellen Zellen der Gattung Saccharomyces
(Zuckerhefen). In einigen Ausführungsformen sind die Hefezellen Zellen der Gattung
Schizosaccharomyces, In einigen Ausführungsformen sind die Hefezellen Zellen der Gattungen Debaryomyces, Brettanomyces, Torulopsis , Nematospora oder Nadsonia. In einigen
Ausführungsformen sind die Hefezellen Zellen der Art Saccharomyces cerevisiae (Bäckerhefe). In einigen Ausführungsformen sind die Hefezellen Zellen der Art Saccharomyces pastorianus oder der Art Saccharomyces eubayanus. In einigen Ausführungsformen sind die Hefezellen Zellen der Art Saccharomyces carlsbergensis oder der Art Saccharomyces uvarum. In einigen Ausführungsformen sind die Hefezellen Zellen der Art Saccharomyces rouxii.
BESCHREIBUNG DER ZEICHNUNGEN
Fig. 1A zeigt schematisch den Aufbau eines Fed-Batch Reaktors, wie er während der
Kultivierung der Hefezellen verwendet werden kann. Dem Reaktor wird kontinuierlich eine verwertbare Kohlenstoffquelle zugeführt, beispielsweise in Form von Melasse, die diese enthält. Durch die von den Rotorblättem des Rührers verursachte Strömung wird Luft und damit Sauerstoff in den Reaktor eingetragen.
Fig. 1B und Fig. IC zeigen den Crabtree-Effekt in einem Chemostat. Mit steigender
Verdünnungsrate erhöht sich die spezifische Wachstumsrate bis die Sauerstoffaufnahmerate (Fig. IC) an ihrem Maximum ist. An diesem Punkt setzt die Ethanolbildung ein (Fig. 1B). Durch die Ethanolbildung verringert sich die Ausbeute der Biomasse (Fig. 1B) und der
Respirationskoeffizient RQ steigt (Fig. IC).
Fig. 2 illustriert schematisch den Aufbau des Regelkreises, der ein hier offenbartes Verfahren implementiert. Das Ethanol im Reaktor wird durch einen Sensor gemessen und die
Konzentrationen an die Regelung übergeben, die auf der optimierenden modellbasierten
Regelung der Erfindung beruht.
Fig. 3 zeigt die Ergebnisse einer Parameterschätzung von experimentellen Daten eines Batch- Reaktors. Die roten Punkte sind die Messwerte und die blauen Linien sind die
Modellvorhersagen. Die Konzentrationen von Glukose und Ethanol in der Flüssigphase, die optischen Dichte des Reaktorinhaltes und die Konzentrationen von O2 und CO2 in der Gasphase wurden gemessen.
Fig. 4 zeigt Ergebnisse der Validierung des Modelles an experimentellen Daten. Die
gemessenen Daten sind hier die Ethanolkonzentration (Fig. 4A) und die Sauerstoffkonzentration (Fig. 4B) in der Gasphase. Die roten Punkte zeigen die gemessenen Konzentrationen und die blauen Linien stellen die Modellvorhersagen dar. Der Verlauf an Glukosekonzentration (Fig. 4E) Melassefluss(Fig. 4D), Biomasse (Fig. 4C) und gelöstem Sauerstoff (Fig. 4F) sind Daten des Modells, die experimentell überprüft wurden.
Fig. 5 zeigt ein Schema der modellbasierten Regelung. Die modellbasierte Regelung bestimmt ausgehend vom jetzigen Zustand eine optimale Trajektorie der Melassezufuhr, so dass die Biomasse maximiert, während die Ethanolbildung minimiert wird.
Fig. 6 illustriert die Einteilung der Phasen während der Herstellung von Hefe, s. insbesondere Fig. 6B. Die erste Phase ist die Initial-Phase, wo die Zellen Ethanol produzieren. Die zweite Phase ist die exponentielle Phase in welcher der Crabtree-Effekt dominant ist. Die dritte Phase ist die stationäre Phase, in der Ethanol wegen einer Sauerstofflimitierung im Reaktor gebildet wird. Fig. 6A zeigt die Melassezufuhr und Fig. 6B zeigt einen Ethanolverlauf bei
herkömmlicher Prozessführung.
Fig. 7 zeigt einen Vergleich der Modellbasierten Regelung (MPC) von Ethanol und der Zufuhr an Melasse einer Fermentation mit einer herkömmlichen Regelung, wie sie in der Industrie angewandt wird.
Fig. 8 zeigt ein Beispiel einer Feedkurve, wie sie in der Industrie zur Regelung der Produktion von Hefezellen verwendet wird. Während der exponentiellen Phase steigt die Feedkurve mit zunehmender Zellkonzentration an. Während der stationären Phase, bleibt der Feed konstant.
Die Zufuhr der Melasse erfolgt hier in vorgegebenen Grenzen.
Fig. 9A zeigt einen Aufbau des Regelkreises, welcher einen PI Regler zur Regelung der Zufuhr von Melasse verwendet. Die Ethanolkonzentration im Reaktor wird gemessen und für die Regelung der Melassezufuhr verwendet. Fig. 9B zeigt ein Beispiel eines möglichen zeitlichen Verlaufes, wenn ein PI Regler eingesetzt wird. Der durchgezogene lineare Verlauf zeigt die gewünschte Zufuhr der Melasse über der Zeit, während die Kurve die reale Zugabe bedingt durch eine PI Regelung darstellt.
AUSFÜHRLICHE BESCHREIBUNG
Soweit nicht anders angegeben, haben die folgenden Begriffe und Ausdrücke wenn sie in diesem Dokument, inklusive Beschreibung und Patentansprüchen, verwendet werden, die im Folgenden angegebenen Bedeutungen.
Der Ausdruck„bestehend aus“ wie in diesem Dokument verwendet, bedeutet einschließend und begrenzt auf das, was auf den Begriff„bestehend aus“ folgt. Der Begriff„bestehend aus“, gibt somit an, dass aufgeführte Elemente erforderlich oder notwendig sind und dass keine weiteren Elemente vorhanden sein dürfen. Der Begriff„im Wesentlichen bestehend aus“ wird
dahingehend verstanden, dass er bedeutet, dass jedwede Elemente, die nach dem Ausdruck definiert sind, umfasst sind und dass weitere Elemente, beispielsweise in einer Probe oder einer Zusammensetzung zugegen sein können, die die Aktivität oder Wirkung, die für die betreffenden Elemente in diesem Dokument angegeben sind, nicht verändern, also sie nicht beeinträchtigen und nicht zu ihr beitragen. Anders gesagt gibt der Ausdruck„im Wesentlichen bestehend aus“ an, dass die definierten Elemente notwendig oder erforderlich sind, dass aber weitere Elemente optional sind und zugegen sein können oder nicht, je nachdem, ob sie für die Wirkung oder Wirksamkeit der definierten Elemente von Belang sind oder nicht.
Das Wort„etwa“ bezieht sich wenn hier verwendet auf einen Wert, der für einen bestimmten Wert, wie von einem Durchschnittsfachmann bestimmt, innerhalb eines akzeptablen Fehlerbe reichs liegt. Dies wird teilweise davon abhängig sein, wie der jeweilige Wert ermittelt oder gemessen worden ist, d.h. von den Einschränkungen des Messsystems.„Etwa“ kann beispiels weise innerhalb einer Standardabweichung von 1 oder mehr bedeuten, je nach Gebrauch im jeweiligen Gebiet. Der Begriff„etwa“ wird auch verwendet um anzugeben, dass der Betrag oder Wert der bezeichnete Wert sein kann oder ein anderer Wert, der näherungsweise gleich ist. Der Begriff soll ausdrücken, dass ähnliche Werte gleichwertige Ergebnisse oder Wirkungen, wie in diesem Dokument offenbart, begünstigen. In diesem Zusammenhang kann„etwa“ sich auf einen Bereich von bis zu 10 % über und/oder unter einem bestimmten Wert beziehen. In einigen Ausführungsformen bezieht„etwa“ sich auf einen Bereich von bis zu 5 % über und/oder unter einem bestimmten Wert, wie etwa 2 % über und/oder unter einem bestimmten Wert. In einigen Ausführungsformen bezieht„etwa“ sich auf einen Bereich von bis zu 1 % über und/oder unter einem bestimmten Wert. In einigen Ausführungsformen bezieht„etwa“ sich auf einen Bereich von bis zu 0,5 % über und/oder unter einem bestimmten Wert. In einer Ausführungsform bezieht sich„etwa“ auf einen Bereich von bis zu 0,1 % über und/oder unter einem bestimmten Wert.
Die Begriffe„fermentieren“ und„Fermentation“ bezeichnen die Umwandlung organischer Verbindungen mit Hilfe eines Mikroorganismus wie Hefe oder mit Hilfe eines oder mehrerer Enzyme. Dabei kann es sich um einen oxidativen Vorgang, beispielsweise unter Beteiligung von Sauerstoff, also um einen aeroben Prozess, handeln. Ebenso kann es sich um einen anaeroben Prozess handeln, wie beispielsweise um anaerobe Gärung. Der Vollständigkeit halber sei angemerkt, dass Gärung ein mikrobieller Abbauprozess ist, der war ohne Beteiligung externer Elektronenakzeptoren wie Sauerstoff vonstatten geht, aber sehr wohl in Gegenwart von z.B. Sauerstoff, also unter aeroben Bedingungen, erfolgen kann. Um bei einem aeroben oxidativen Vorgang klarzustellen, dass es sich um eine Verwertung unter Beteiligung von Sauerstoff handelt, werden in diesem Dokument auch die Begriffe„aerobe oxidative Verwertung“ und „aerob oxidativ verwertbar“ verwendet.
Der Konjunktionalausdruck„und/oder“ zwischen mehreren Elementen, wenn hier verwendet, wird als sowohl individuelle als auch kombinierte Optionen umfassend verstanden. Sind beispielsweise zwei Elemente durch„und/oder“ verknüpft, betrifft eine erste Option den Einsatz des ersten Elements ohne das zweite. Eine zweite Option betrifft den Einsatz des zweiten Elements ohne das erste. Eine dritte Option betrifft den Einsatz des ersten und des zweiten Elements zusammen. Es wird verstanden, dass jede beliebige dieser Optionen unter die Bedeutung des Ausdrucks fällt und somit die Bedingungen des Begriffs„und/oder“, wie in diesem Dokument verwendet, erfüllt.
Singularformen wie„eine“,„ein“,„der“,„die“ oder„das“ schließen die Pluralform ein, wenn sie in diesem Dokument verwendet werden. So bezeichnet beispielsweise eine Bezugnahme auf „eine Zelle“ sowohl eine individuelle Zelle als auch eine Mehrzahl an Zellen. In einigen Fällen wird explizit der Ausdruck„ein oder mehrere“ verwendet, um im jeweiligen Fall darauf hinzuweisen, dass die Singularform die Pluralform mit umfasst. Derartige explizite Hinweise schränken die allgemeine Bedeutung der Singularform nicht ein. Falls nicht anders angegeben, werden die Begriffe„zumindest“,„mindestens“ und„wenigstens“, wenn sie eine Abfolge von Elementen vorangehen, dahingehend verstanden, dass sie sich auf jedes dieser Elemente beziehen. Die Begriffe„zumindest ein“,„mindestens ein(e)“,„wenigstens einer“ oder „wenigstens eine(r) von“ schließen beispielsweise ein, zwei, drei, vier oder mehr Elemente ein.
Ein hier offenbartes Verfahren dient typischerweise der Herstellung von Hefe für die
Nahrungsmittelproduktion. Für die technische Verwendung wird üblicherweise eine fakultativ anaerobe Hefe wie z.B. Saccharomyces cerevisiae eingesetzt. Mit einem hier offenbarten Verfahren wird daher in typischen Ausführungsformen eine fakultativ anaerobe Hefe produziert. Die verwendete Hefe kann in einigen Ausführungsformen die Wildtypform eines kommerziell erhältlichen Hefestamms sein. In diesem Zusammenhang ist dem Fachmann bekannt, dass in der EU die Verwendung gentisch veränderter Hefe in der Nahrungsmittelproduktion nicht zugelassen ist. Die verwendete Hefe wird daher in der Regel keine rekombinante Hefe sein.
In einem hier offenbarten Verfahren kann eine Hefe-Produktion in jedem gewünschten Maßstab erfolgen. So kann es sich um eine Reagenzglaskultur oder um eine Kultur in einem flüssigen Kulturmedium in einem Volumen von 50 ml oder mehreren 100 ml handeln. Es kann sich auch um eine Kultur in einem flüssigen Kulturmedium in einem Volumen von einem oder mehreren Litern oder von Hunderten von Litern handeln.
Zahlreiche für die Hefekultur geeignete Medien sind seit Jahrhunderten bekannt. Derartige Medien enthalten meist Mineralstoffe und können einen Puffer zur Einhaltung eines
gewünschten pH-Wertes enthalten. Üblicherweise lässt man Hefe in einem Medium wachsen, das einen pH-Wert im Bereich von 4 bis 6 aufweist, was auch für die Verwendung des hier offenbarten Verfahrens vorteilhat, aber nicht unbedingt erforderlich ist. Beispielsweise kann man die Hefe in einem Medium wachsen lassen, das einen pH-Wert von etwa 4,5 aufweist. Da die Hefekultur in einem hier offenbarten Verfahren aerob geführt wird, ist eine Zufuhr von Sauerstoff erforderlich. Dies kann durch eine Belüftung erfolgen. So kann mittels eines
Spargersystems Luft zugeführt werden. Es kann auch ausreichen, durch Agitation, z.B.
Schüttelbewegung oder mechanisches Rühren, eine Aufnahme von Sauerstoff herbeizuführen. Die Hefe wird bei einer für die Hefeart geeigneten Temperatur kultiviert. Eine Temperatur im Bereich von etwa 30 bis 35 °C ist typischerweise für S. cerevisiae besonders gut geeignet. In einigen Ausführungsformen wird die Temperatur während des Verfahrens konstant gehalten. In einem hier offenbarten Verfahren wird in typischen Ausführungsformen eine aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle als Substrat für die Hefezellen bereitgestellt. Derartige
Kohlenstoffquellen sind i.d.R. allgemein vergärbar, d.h. auch ohne Gegenwart von zugeführtem Sauerstoff verwertbar. Handelt es sich bei der Hefe um S. cerevisiae , so können diverse Hexosen als aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoff quelle eingesetzt werden. Im Vergleich zu aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquellen können Hefezellen auch nicht aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoff quellen verwerten, wie z. B. Ethanol, Glycerin, Lactat oder Acetat.
Nicht aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquellen werden von Hefezellen in einem oxidativen Metabolismus verwertet. Wächst Hefe in einer reinen Batch-Kultur in einem Medium mit einer aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle ohne weitere Zufuhr einer solchen Kohlenstoffquelle von außen, so stellen die Hefezellen ihren Stoffwechsel auf die aerobe Verwertung von Ethanol um, sobald die aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle verbraucht ist. Dabei wird das Enzym Alkoholdehydrogenase 2 gebildet. Das Wachstum der Hefezellen erfolgt anschließend wesentlich langsamer und endet mit dem Verbrauch des zur Verfügung stehenden Ethanols. Ethanol, das durch passive Diffusion in die Zelle gelangt, ist daneben auch für Hefezellen ein Stressfaktor. In einem hier offenbarten Verfahren wird demgegenüber während des gesamten Verfahrens potentiell die aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle für die Hefezellen zugeführt. Dabei wird die Zufuhr der aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquelle gesteuert.
Hefe ist auf eine ausreichende Versorgung mit Nährstoffen und insbesondere mit der aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquelle angewiesen. Sobald die aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle bis zur Verringerung der biosynthetischen Aktivität aufgebraucht ist, reagiert die Hefe mit einem verringerten Wachstum.
Wie eingangs erläutert kann allerdings Ethanol durch Hefezellen sowohl anaerob als auch aerob gebildet werden. Die Bildung von Ethanol bei aeroben Bedingungen kann beim Überschreiten einer bestimmten Konzentration an aerob oxidativ verwertbarer Kohlenstoffquelle und ab einer bestimmten spezifischen Wachstumsrate einsetzen, welches man allgemein als Crabtree-Effekt oder Glukose-Effekt bezeichnet (Sonnleitner, B. und Käppeli, O., Biotechnology and
Bioengineering (1986) 28(6): 927-937; van Hoek, R, et al., Applied Environmental Microbiology (1998) 64(11): 4233-4226; Dantigny, P. (1995) Journal of Biotechnology, 45(3): 213-220). Die Hefezellen haben in diesem Fall einen erhöhten Umsatz der aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquelle über die Glykolyse und bilden dadurch erhebliche Mengen an ATP. Die Glykolyse ist der zentrale Stoffwechselweg für die Gewinnung von Energie in Form von ATP aus Kohlenhydraten und ist sowohl Bestandteil der alkoholischen Gärung als auch der Atmung. Der Unterschied besteht in der Verarbeitung des Endproduktes, des Pyruvats. Bei der alkoholischen Gärung wird es über Acetaldehyd zu Ethanol reduziert, während es bei der Atmung in den Citronensäurezyklus eingeschleust wird. Wird durch eine erhöhte Auslastung der Glykolyse viel ATP gebildet, so ist der Bedarf der Hefe an oxidativer Phosphorylierung über den Citatzyklus und die Atmungskette verringert. Anstelle Biomasse über den Citatzyklus zu bilden, wird das im Citatzyklus gebildete Pyruvat weiter zu CO2 und Ethanol umgesetzt. Es findet dann also alkoholische Gärung statt und die Hefe produziert Ethanol. Das gebildete Ethanol kann von den Zellen als Substrat zu Biomasse metabolisiert werden, wenn die Bedingungen aerob sind und die Zuckerkonzentration in der Melasse im Reaktor nicht zu hoch ist, so dass Ethanol die bevorzugte Kohlenstoffquelle ist.
Die Ethanolbildung bei anaeroben Bedingungen tritt insbesondere am Ende der Charge auf. Bedingt durch die hohe Zelldichte wird die Sauerstoffkonzentration in der Flüssigphase reduziert, wodurch sich im Reaktor anaerobe Zonen bilden, in denen Ethanol produziert wird.
Mit einem hier offenbarten Verfahren lässt sich ein durch den Crabtree-Effekt eintretender Gärungsvorgang zumindest weitgehend, wenn nicht vollständig, vermeiden.
Ein hier offenbartes Verfahren verwendet eine optimierende modellbasierte Regelung, welche den Zulauf der verwertbaren, i.d.R. aerob oxidativ verwertbaren, Kohlenstoffquelle während der Produktion regelt, so dass die Ausbeute an Biomasse maximiert wird, aber gleichzeitig die Ethanolbildung minimal bleibt. In einigen Ausführungsformen ist die Regelung mit einem Zustandsschätzer kombiniert, da in typischen industriellen Prozessen nur eine sehr limitierte Anzahl an Sensoren zur Verfügung steht. Meist handelt es sich um Messungen des pH-Wertes, der Temperatur und der Ethanolkonzentration. Mithilfe des Zustandsschätzers können fehlende Messinformationen, wie z.B. die Biomasse- und Sauerstoffkonzentration, basierend auf den Messungen berechnet werden.
Mit einem hier offenbarten Verfahren lässt sich eine möglichst hohe Ausbeute an Biomasse in Bezug auf die eingesetzte Menge an verwertbarer Kohlenstoffquelle erzielen. Wie bereits eingehend erläutert, erfordert dieses Ziel unter anderem, die Bildung von Ethanol während der Kultivierung zu vermeiden. Die Ethanolbildung wird durch die Substratzufuhr beeinflusst, so dass eine Regelung zu verwendet wird, welche die Eingangskonzentration der verwertbaren Kohlenstoffquelle im Zulauf Vin so einstellt, dass die Wachstumsrate der Zellen maximiert, aber die Ethanolbildung möglichst unterbunden bleibt. Im Nachfolgenden wird als Beispiel der verwertbaren Kohlenstoffquelle Glukose in Melasse genannt.
In der Praxis hängt die optimale Menge an verwertbarer Kohlenstoffquelle, also z.B. Glukose enthaltender Melasse, im Reaktor von vielen Einflussfaktoren ab, und ändert sich je nach eingesetztem Hefestamm oder verwendeter verwertbarer Kohlenstoffquelle, inklusive verwendeter Melasse. Auch andere Prozessparameter wie der pH-Wert, die Temperatur, Nebenprodukte im Reaktor oder das Alter der Zellkultur beeinflussen das Optimum, was die Regelung daher berücksichtigt. Des Weiteren bemerkt die Regelung unerwartete Ereignisse wie Stressreaktionen und technische Probleme während des Betriebes und kann darauf reagieren, so dass entweder die Produktion erfolgreich zu Ende geführt wird oder im schlimmsten Fall die Charge abgebrochen wird, um Verluste an Produktionszeit und Rohstoffen zu vermeiden.
Für die Bestimmung des optimalen Betriebspunktes und für die Überwachung des Prozesses müssen die Konzentrationen, welche das Wachstum beeinflussen, bekannt sein. Während des Produktionsprozesses wird aber nur die Ethanolkonzentration gemessen. Die Konzentrationen der Biomasse oder die Melassekonzentration sind im Normalfall nicht verfügbar und werden daher modellbasiert geschätzt.
Die Bildung von Ethanol durch Hefe kann sowohl unter anaeroben Bedingungen als auch unter aeroben Bedingungen erfolgen. Im Fall von Glukose enthaltender Melasse als verwertbarer Kohlenstoffquelle hängt die Ethanolbildung bei aeroben Bedingungen von der zugeführten Menge an Zucker in der Melasse ab und wird als Crabtree-Effekt bezeichnet. Neben dem
Sauerstoffgehalt ist so die zugeführte Menge von Melasse entscheidend für die Ausbeute des Prozesses. Ist die Zugaberate an Melasse zu gering, wird zwar kein Ethanol gebildet, aber durch die Unterfütterung der Zellen wird die Ausbeute der Biomasse reduziert und die Prozesszeit erhöht sich wesentlich. Andererseits wird bei einer Überfütterung unter aeroben Bedingungen, bedingt durch den Crabtree-Effekt, Ethanol gebildet und die Ausbeute wird so ebenfalls reduziert.
Fig. 1B und Fig. IC zeigen den Crabtree-Effekt in einem Chemostat (van Hoek, P., et ab, Applied Environmental Microbiology (1998) 64(11): 4233-4226). D ist die Verdünnungsrate mit ist das Volumen der Flüssigkeit im Reaktor und Vin ist Eingangsvolumenstrom der
Figure imgf000015_0001
Glukose. In einem Chemostat ist die Verdünnungsrate gleich der spezifischen Wachstumsrate der Zellkultur, da die langsam wachsenden Zellen bei steigender Verdünnungsrate ausgespült werden. Durch die Erhöhung der Verdünnungsrate steigt die spezifische Wachstumsrate der Zellkultur und ab einem bestimmten Wert erreicht die Sauerstoffaufnahme
Figure imgf000015_0004
ihr Maximum (Fig. IC), an dem die Ethanolbildung einsetzt, was zu einer reduzierten Ausbeute
Figure imgf000015_0002
an Biomasse führt (Fig. 1B). Durch die zusätzliche Produktion von C steigt der
Figure imgf000015_0003
Figure imgf000015_0005
Respirationskoeffizient RQ (Fig. IC), also das Verhältnis von produziertem CO2 zu
verbrauchtem O2.
Das Einsetzen des Crabtree Effektes wird insbesondere im Fed-Batch Betrieb durch die zugeführte Menge an Melasse beeinflusst, da sich mit steigender Melassekonzentration die spezifische Wachstumsrate erhöht.
Ethanol wird auch bei anaeroben Bedingungen gebildet. Dies ist der Fall, wenn nicht genügend Sauerstoff in den Reaktor eingetragen werden kann, was insbesondere ein Problem während der letzten Produktionsphase, der stationären Phase, darstellt. Diese Phase ist gekennzeichnet dadurch, dass sich bedingt durch die hohe Zelldichte, die Sauerstoffkonzentration in der
Flüssigphase abnimmt. Dadurch bilden sich im Reaktor anaerobe Zonen, in denen Ethanol produziert wird. Das gebildete Ethanol der Zellen kann von den Zellen als Substrat wieder aufgenommen werden und zu Biomasse metabolisiert werden, wenn die Bedingungen aerob sind, und die Melassekonzentration im Reaktor nicht zu hoch ist, so dass Ethanol die bevorzugte Kohlenstoffquelle ist. In beiden Fällen der Ethanolbildung wird diese durch die Substratzufuhr beeinflusst und Ziel ist es, eine Regelung zu verwenden, welche die Eingangskonzentration der Melasse im Zulauf Vin so einstellt, dass die Wachstumsrate der Zellen maximiert, aber die Ethanolbildung möglichst unterbunden wird.
Hierbei beugt die Regelung im hier offenbarten Verfahren auch einer Unterfütterung, d.h. einer Verknappung von Melasse vor. Eine Unterfütterung senkt die Ausbeute an Biomasse insbesondere am Ende des Prozesses bei gleichzeitig steigender Prozesszeit. Das Gleiche gilt für eine Überfütterung, d.h. einen Überschuss von Melasse im Prozess. In diesem Fall kommt es zur Ethanolbildung durch den Crabtree Effekt. Auch passt sich die Regelung sowohl auf
Änderungen in den Prozessbedingungen, z.B. Stressbedingungen oder Alterung der Zellkultur, als auch auf wechselnde Hefestämme oder der eingesetzten Melasse an, um die Ausbeute an Biomasse zu maximieren. Während des Produktionsprozesses werden gewöhnlich der pH-Wert, die Temperatur und die Ethanolkonzentration gemessen. Die Temperatur und der pH-Wert werden über den Prozess i.d.R. konstant gehalten. Somit ist die Ethanolkonzentration die einzige nutzbare Messgröße, welche Informationen über den Zustand des Prozesses liefert. Die
Konzentrationen der Biomasse oder die Konzentration der aerob oxidativ verwertbaren
Kohlenstoffquelle, z.B. die Konzentration der diese enthaltenden Melasse, sind im Normalfall nicht verfügbar und müssen geschätzt werden.
Fig. 2 zeigt das Schema eines Regelkreises für ein hier offenbartes Verfahren, wie er in der Praxis implementiert werden kann. Die Konzentration an Ethanol im Reaktor wird durch einen Sensor gemessen. Die gemessene Ethanolkonzentration wird in einer optimierenden modell basierten Regelung genutzt, um den zukünftigen optimalen Verlauf der Melassezufuhr zu bestimmen, so dass die Ausbeute an Biomasse maximiert wird, während die Ethanolbildung unterbunden bleibt. Um dieses Ziel zu erreichen, wird ein mathematisches Modell des Prozesses verwendet.
Das benutzte Prozessmodell beschreibt die nötigen Prozessvariablen, welche das Wachstum der Zellen beeinflussen. Die Konzentrationen im Model sind: die aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle, z.B. Glukose (G) zur Beschreibung des Zuckers in der Melasse, Ethanol (E), Biomasse ( X ) und O2 und CO2 in der Flüssigphase als auch in der Gasphase. Die Beschreibung der externen Metabolite folgt den allgemeinen Modellierungsprinzipien von biologischen Systemen. Die Beschreibung der Metabolite in der Flüssigphase lassen sich dann darstellen als:
Figure imgf000016_0001
Figure imgf000017_0004
und sind die Konzentrationen von CO2 und O2 in der Flüssigkeit m ist spezifische
Figure imgf000017_0007
Wachstumsrate, wenn die Zellen auf Melasse wachsen und
Figure imgf000017_0015
ist die spezifische Wachstums rate, wenn die Zellen auf Ethanol wachsen. ist der Massentransportkoeffizient für CO2
Figure imgf000017_0014
und k und sind die Sättigungskonzentration von CO2 und O2 in der
Figure imgf000017_0005
Figure imgf000017_0006
Flüssigkeit.
Der Massentransportkoeffizient
Figure imgf000017_0008
für Sauerstoff und Kohlendioxid wird berechnet durch die empirische Formel
Figure imgf000017_0001
Dabei sind P die Leistung des Rührers
Figure imgf000017_0013
das Volumen der Brühe in m3
Figure imgf000017_0009
die
Begasungsrate in m3/s und die Querschnittsfläche des Reaktors in m2. und y
Figure imgf000017_0003
Figure imgf000017_0010
prozessspezifische Freiheitsgrade.
Die Metabolite in der Gasphase sind Kohlendioxid und Sauerstoff, welche beschrieben werden durch:
Figure imgf000017_0002
Vs ist das Volumen der Gasphase, und stehen für die Konzentrationen von
Figure imgf000017_0011
Figure imgf000017_0012
Sauerstoff und Kohlenstoffdioxid im Gaszulauf.
Die Raten werden durch eine dynamische Modellierung der Flüsse bestimmt, welche in der Literatur als Dynamic Flux Balance Analysis (DFBA) bekannt ist (Mahadevan, R., et al., Biophysical Journal (2002) 83(3): 1331-1340). Die Raten werden hierfür aus der Biochemie einer Zelle hergeleitet. Durch die Verwendung der Energiemetabolite ATP und ADP wird der Übergang zur Ethanolbildung beschrieben (s. Wegerhoff, S. und Engeil, S.,„Control of the production of Saccharomyces cerevisiae on the basis of a reduced metabolic model.“
Proceedings 6th IEEE Foundations of Systems Biology in Engineering, Boston, 2016). Das Optimierungsproblem für die Bestimmung der Reaktionsraten ist
Figure imgf000018_0003
Mit:
Stöchiometrische Matrix
Figure imgf000018_0005
Wie bereits vorangehend angegeben, steht Glukose hier beispielhaft für die aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoff quelle.
Die Parameter wurden durch eine Anpassung an experimentellen Daten validiert. 5 ist gegeben durch,
Figure imgf000018_0001
Und der Vektor der Reaktionsraten ist:
Figure imgf000018_0002
Hier ist der Ausbeutekoeffizienten der Biomasse von Melasse und Ethanol, welche
Figure imgf000018_0004
je nach Stamm und Alter der Zellkultur bzw. Umgebungsbedingungen variieren. ist der ATP-Verbrauch zur Bildung von Biomasse, womit sich Stressreaktionen modellieren lassen, da diese sich durch einen erhöhten Bedarf an ATP auszeichnen. Hier wird für die Bestimmungs funktion angenommen, dass die Zellen ihr Wachstum maximieren. Die Wachstumsrate ßEth ist ebenfalls durch eine Monod-Kinetik beschränkt, damit diese nur aktiv ist, wenn genügend Ethanol als Substrat vorhanden ist, und die Aufnahme nicht durch hohe Glukosekonzentrationen im Reaktor inhibiert wird. Die Idee für die Modellierung ist, das ATP, zum Schalten zwischen den metabolischen Zuständen, d.h. der Übergang zur Ethanolbildung bedingt durch den Crabtree-Effekt oder zwischen aeroben und anaeroben Stoffwechsel, verwendet wird. Das Prinzip ist der Regulierung durch ATP basiert auf der Annahme, dass die Produktion von ATP durch die Atmung beschränkt ist, so dass ab einer gewissen Wachstumsrate bzw.
Melassekonzentration die Ethanolbildung aktiviert wird, um zusätzliches ATP für weiteres Wachstum bereitzustellen.
Fig. 1 zeigt die Ergebnisse einer Validierung an experimentelle Daten einer Batch -Fermentation in einem 1 Liter Reaktor, an dem die Konzentrationen von Glukose und Ethanol in der
Flüssigphase, die optischen Dichte des Reaktorinhaltes und die Konzentrationen von O2 und CO2 in der Gasphase gemessen worden sind.
Aus Fig. 3 lässt sich ersehen, dass das Modell die Daten sehr gut wiedergibt. Wie vorangehend erwähnt, ist Ethanol die einzige Messgröße. Die Kultivierung findet hier in einem Fed-Batch Reaktor statt. Fig. 4 zeigt die Ergebnisse einer Validierung an experimentellen Daten eines 30 Liter Fed-Batch Reaktors, an dem nur Ethanol und O2 in der Gasphase gemessen worden ist. Auch hier sind die roten Punkte die Messwerte und die blaue Linie entspricht der Prädiktion des Modelles. Die Glukosekonzentration wurde durch Teststäbchen überprüft und die Biomasse wurde durch Bestimmung der Biotrockenmasse überprüft. Das Modell wurde an mehreren verschiedenen experimentellen Daten von verschieden Stämmen und Melassen validiert und zeigte in jedem Fall eine sehr gute Anpassung. Es zeigte sich aber auch, dass die Parameter von Stamm zu Stamm und der eingesetzten Melasse variierten.
Im Rahmen des hier offenbarten Verfahrens wird das Prozessmodell für eine modellbasierte Regelung eingesetzt, welche auf Basis des Modelles eine optimale Trajektorie des zukünftigen Melassezulaufs bestimmt. Dadurch kann die Ausbeute an Biomasse optimiert werden, während die Ethanolbildung unterbunden bleibt. Fig. 5 zeigt dies schematisch an einem Zeitstrahl (x- Achse). Ausgehend vom jetzigen Zustand wird der zukünftige Verlauf der Melassezufuhr bestimmt. Dazu wird der Prozess in n Zeitabschnitte unterteilt, an denen jeweils eine optimale Trajektorie für die Melassezufuhr für einen gewählten Prädiktionszeitraum berechnet wird. Die Länge der Zeitabschnitte entspricht in der Regel der Zeit zwischen zwei Messintervallen, oder der benötigten Zeit für die Optimierung. Dabei kann n jede beliebige natürliche Zahl sein wie beispielsweise eine Zahl im Bereich von 2 bis 100 oder eine Zahl im Bereich von 2 bis 20. In einigen Ausführungsformen ist n = 5. Das Optimierungsproblem für die modellbasierte
Regelung ist
Figure imgf000020_0001
Dabei werden die Konzentrationen durch das Prozessmodell berechnet. Für die Optimierung müssen die anderen Prozessvariablen, wie hier in Gleichung (13) die Konzentrationen von Ethanol und der Biomasse, bekannt sein. Kommt es zur Ethanolbildung durch Überfütterung, wird diese ausgelöst durch eine zu hoch geschätzte Biomasse, da nach dem Optimierungs problem in Gleichung (13) die Zufuhr der aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquelle bzw. der Melasse mit steigender Konzentration an Biomasse erhöht wird. Im Falle einer Unterfütterung resultiert diese aus einer zu niedrig geschätzten Biomasse. Daher ist insbesondere auch die Schätzung der Biomasse ebenfalls eine treibende Kraft bei der Bestimmung der optimalen Zufuhr an Melasse, und kann somit als eine der Schlüssel großen angesehen werden.
In einigen Ausführungsformen ist die Regelung mit einem Zustandsschätzer kombiniert, da in typischen industriellen Prozessen nur eine sehr limitierte Anzahl an Sensoren zur Verfügung steht. Meist handelt es sich um Messungen des pH-Wertes, der Temperatur und der
Ethanolkonzentration. Mithilfe des Zustandsschätzers können fehlende Messinformationen, wie z.B. die Biomasse- und Sauerstoffkonzentration, basierend auf den Messungen berechnet werden. Die so gewonnene Information kann dann im Regelungsalgorithmus verwendet werden, um wechselnde Bedingungen innerhalb des Reaktors sowie Veränderungen innerhalb des Hefemetabolismus für eine maximale Biomasseausbeute zu berücksichtigen.
Wird ein Zustandsschätzer angewandt, so ist die Basisgleichung des Zustandsschätzers in einigen Ausführungsformen
Figure imgf000020_0003
L ist die Gewichtungsmatrix, x ist der vollständige Zustandsvektor des Modelles, ist der
Figure imgf000020_0002
Parametervektor und ym sind die gemessenen Zustände y sind die Zustände des Modelles, welche gemessen werden. Im linearen Fall lässt sich y mit der Messmatrix C durch
bestimmen. Das Prinzip des Zustandsschätzers ist die Differenz des Fehlers auszugleichen. Die Matrix l bestimmt hierbei, wie schnell der Fehler zwischen Messdaten und Modellprädiktion gegen Null konvergieren soll. Um einen Zustandsschätzer zu benutzen, muss nachgewiesen werden, dass sich das System beobachten lässt, d.h. es muss nachgewiesen werden, dass sich die unbekannten Zustände eindeutig aus den gemessenen Größen berechnen lassen. Ein häufig angewandtes Kriterium ist hier das Kalman Kriterium.
Angewandt auf die Modellgleichungen ergeben sich mit Ethanol als einzige Messgröße folgende neue Gleichungen:
Figure imgf000021_0001
Durch die Verwendung des Zustandsschätzers lassen sich so aus den Messungen der Ethanol konzentration die nicht gemessenen Konzentrationen schätzen.
Die bis hierhin vorgestellte Regelung betrachtet noch nicht die Anpassung des Modelles an variierende Prozessbedingungen oder die Vermeidung von Über- und Unterfütterung. Für die Adaption der Regelung an dem optimalen Betriebspunkt, d.h. der Punkt an dem die Ausbeute an Biomasse am höchsten ist, ist es vorteilhaft, den Produktionsprozess in verschiedene Phasen zu unterteilen. Abbildung 6 A. zeigt die Zufuhr der Melasse und B. zeigt einen typischen
Ethanol verlauf einer Prozessführung, wie sie in der Industrie gefahren wird. Die Prozessführung lässt sich anhand der verschiedenen Wachstumsphasen der Zellpopulation in drei
charakteristische Phasen unterteilen: o Initiale Phase: Diese Phase ist gekennzeichnet durch eine Freisetzung von Ethanol, da sowohl in den Zellen der Starterkultur schon Ethanol vorhanden ist, welches erst in die Lösung transportiert werden muss, als auch durch eine anfänglich hohe Konzentration an Melasse, welche zum Crabtree-Effekt führt. Dies geschieht bis die Melasse so weit abgebaut ist, sodass Ethanol das bevorzugte Substrat ist und abgebaut wird.
o Exponentielle Phase: Die exponentielle Phase oder Wachstumsphase beginnt nachdem das Ethanol abgebaut ist. Hier wird der Prozess dann so gefahren, dass die Zufuhr der Melasse mit zunehmender Zellzahl über der Zeit steigt, um so möglichst viel Biomasse aber kein Ethanol zu bilden. Hier zeichnen sich die Zellen durch eine hohe Wachstumsrate aus. Durch die Sauerstoffversorgung liegen immer aerobe Bedingungen vor, so dass der Crabtree-Effekt dominant für die Ethanolbildung ist.
o Stationäre Phase: In der stationären oder sauerstofflimitierenden Phase wird Ethanol zusätzlich durch eine nicht ausreichende Versorgung des Reaktors mit Sauerstoff gebildet. Dies ist der Fall, da nur eine begrenzte Luftzufuhr erfolgen kann und die Zelldichte zu hoch ist, um die einzelnen Zellen ausreichend mit Sauerstoff zu versorgen. Dadurch bilden sich anaerobe Zonen im Reaktor aus, in welchen Ethanol gebildet wird, aber in Zonen abgebaut wird, welche reicher an Sauerstoff sind.
Die Einteilung der Phasen ist vorteilhaft, da in jeder Phase, die Regelung und die
Zustandsschätzung angepasst werden. Ziel des Prozesses ist es, eine möglich hohe Ausbeute an Zellen zu haben, wobei die Ethanolkonzentration am Ende des Prozesses unter einem
vordefinierten Grenzwert liegen muss. Dies bedeutet für den Regler, dass dieser stets am optimalen Punkt arbeiten muss. Der optimale Punkt entspricht in der exponentiellen Phase der Konzentration an aerob oxidativ verwertbarer Kohlenstoffquelle bzw. an Melasse im Reaktor, an dem der Übergang zum Crabtree-Effekt stattfindet. In der stationären Phase muss die
Sauerstofflimitierung mit berücksichtigt werden.
In der Praxis hängt die optimale Konzentration an aerob oxidativ verwertbarer Kohlenstoffquelle bzw. Melasse im Reaktor von vielen Einflussfaktoren ab. Das Optimum verschiebt sich je nach eingesetzter Hefe und eingesetztem Hefestamm. Da Melasse unterschiedliche Mengen an aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquellen enthalten kann, verschiebt sich das Optimum auch je nach verwendeter Melasse. Weiterhin beeinflussen Prozessparameter, wie der pH-Wert, die Temperatur, Nebenprodukte im Reaktor oder auch das Alter der Zellkultur das Optimum maßgeblich, was die Regelung berücksichtigen muss. Des Weiteren muss die Regelung ebenfalls unerwartete Ereignisse, wie Stressreaktionen und technische Probleme während des Betriebes, bemerken und darauf reagieren können, so dass im schlimmsten Fall der Prozess abgebrochen und neu initialisiert wird, um eine zeiteffiziente Produktion zu gewährleisten. In der Praxis müssten bei jedem Wechsel des Substrates oder bei Verwendung eines neuen Hefestammes mehrere Experimente durchgeführt werden, um die Modellparameter neu zu bestimmen. Die Validierung des Modelles an experimentellen Daten ist sehr zeitaufwendig und kostenintensiv. Im hier offenbarten Verfahren lassen sich selbstlernende optimierende Algorithmen einsetzen, welche den Prozess stets am Optimum betreiben und auch bei Änderungen im Prozess diesen Betriebspunkt beibehalten bzw. neu bestimmen.
Aus den Messungen der Ethanolkonzentration lässt sich ein Wechsel der Phasen der Hefekultur zu bestimmen. Es können im Fall des Wechsels der Phase der Hefekultur die Anfangsbedin gungen korrigiert werden, d.h. die Konzentrationen zu Beginn des Prozesses. Daher werden am Anfang des Prozesses ausschließlich die berechneten Konzentrationen des Modelles nach Gleichungen (15) bis (17) mit Hilfe der gemessenen Ethanolkonzentration korrigiert. Da sich in der Initialen Phase die Ethanolbildung wie oben beschrieben nicht vermeiden lässt, wird diese genutzt, um die Modellparameter, wie die Monod Konstanten oder die maximalen
Reaktionsgeschwindigkeiten, aus dem Verlauf der Ethanolkonzentration in dieser Phase zu bestimmen. Das Optimierungsproblem ist dann gegeben durch,
Figure imgf000023_0001
Var steht hier für die Varianz zwischen zwei Messpunkten. Ein Problem für die Optimierung ist die hohe Anzahl an lokalen Optima. Viele der lokalen Optima entsprechen auch nicht biologisch oder prozesstechnisch sinnvollen Lösungen. Zum Beispiel wird in der Initialen Phase anfangs Ethanol produziert, welche im Modell auch durch anaerobe Bedingungen beschrieben ist. Hier ist es zu vermeiden, dass die Optimierung eine nicht sinnvolle Lösung bestimmt, welche ein ungünstiges Eingreifen der Regelung provoziert. Auch ist sicherzustellen, dass die geschätzten Konzentrationen zur Initialisierung der Parameterschätzung in der Nähe der realen
Konzentrationen liegen.
Der Ausdruck
Figure imgf000023_0002
der Bestimmungsfunktion (20) minimiert die Konzentration der aerob oxidativ verwertbaren Kohlenstoffquelle, beispielsweise Glukose, am Ende der Startphase, was vermeidet, dass sich dort aerob oxidativ verwertbare Kohlenstoffquelle bzw. Glukose im Reaktor ansammelt, da dies in den Validierungsexperimenten nicht stattfand.
Figure imgf000023_0003
entspricht der Differenz zwischen dem initialisierten Parameter und dem optimierten Parameter, was verhindert, dass Oszillationen in der Schätzung auftreten. wß ist der Ausbeutekoeffizient von Biomasse auf aerob oxidativ verwertbarer Kohlenstoffquelle bzw. Glukose (vgl. Gleichung (11)). Dieser dient zur Erhöhung der Ausbeute an Biomasse.
Für die Auswahl der zu schätzenden Parameter kann die Fisher Information Matrix (FIM) verwendet werden. Denn diese stellt eine Berechnung des Einflusses der Parameter auf die Modellgüte dar. Aus einem anfänglichen Parametersatz werden nur diejenigen Parameter in der Parameterschätzung berücksichtigt, deren Anpassung den größten Effekt auf die Modellgüte hat. Weiterhin können durch die FIM die Varianzen der verwendeten Messwerte berechnet werden, was eine Gewichtung der Messwerte innerhalb der Parameterschätzung ermöglicht. Die
Parameterschätzung wird so lange durchgeführt, bis die Ethanolkonzentration unterhalb eines Schwellenwertes liegt. Während der Initialen Phase ist der Gewichtungskoeffizient wEch in Gleichung (13) klein gewählt. Dies hat den Vorteil, dass die Regelung noch nicht stark in den Prozess eingreift, und früher mit der Zufuhr der Melasse begonnen wird.
In der exponentiellen Phase ist der Gewichtungskoeffizient wEth in Gleichung (13) höher gewählt, wodurch eine Ethanolbildung verhindert wird. In der exponentiellen Phase ist die Parameterschätzung in der Regel abgeschlossen. Sie wird dann nur wieder verwendet, wenn der Fehler zwischen Prädiktion des Modelles und dem gemessenen Wert zu hoch wird und sich dieser über der Zeit vergrößert, was bedeutet, dass das Modell nicht mehr adäquat den Prozess beschreiben kann. Dies hat auch den Vorteil, dass sich durch die wiederholte Anwendung der Parameterschätzung Stressreaktionen detektieren lassen. Damit kann die Regelung auf wechselnde Prozessbedingungen reagieren, und auch unter abweichenden Situationen den Prozess regeln bzw. überwachen. Das Ziel der Regelung während der exponentiellen Phase ist die Vermeidung von Unter- und Überfütterung. Dazu wird der Schwellenwert für die Bildung von Ethanol durch den Crabtree-Effekt ermittelt, um den Prozess nahe an diesem Schwellenwert zu fahren. Hierfür werden zwei Strategien angewandt. Zum einen werden die Ausbeutekoeffizienten der Biomasse bezogen auf Glukose durch den Zustandsschätzer angepasst, um bei Überfütterung die berechnete Menge an Biomasse zu reduzieren, was zu folgender Gleichungen führt,
Figure imgf000024_0002
Wird nun durch Überfütterung Ethanol gebildet, wird durch Gleichung (21) der
Ausbeutekoeffizienten der Biomasse reduziert, was in den folgenden Schritten im Modell zur langsameren Bildung an Biomasse führt. Die aktuelle Biomasse im Modell wird neu bestimmt und ebenfalls reduziert. Diese Schritte verhindern, dass die Ethanolkonzentration steigt, und die Zufuhr angepasst wird. Die Gefahr bei einer Überfütterung ist, dass sich trotz Regelung der Ethanolkonzentration Ethanol Schwingungen bilden, welche mit fortschreitender Zeit schwer zu kontrollieren sind. Solche Ethanol Schwingungen werden durch den Wechsel von Eingriffen der Regelung und der falschen Schätzung der Biomasse ausgelöst. Dies bedeutet, dass durch die falsche Prädiktion des Modelles zu viel Melasse zugeführt wird, wodurch Ethanol gebildet wird, was im nächsten Messintervall bemerkt wird und die Zufuhr an Melasse reduziert wird. Da sich der Fehler durch das exponentielle Wachstum auch exponentiell vergrößert, erhöhen sich die Schwingungen in der Ethanolkonzentration über der Zeit. Eine weitere Strategie ist es, optimie rende Algorithmen einzusetzen. Hieraus ergibt sich das grundlegende Optimierungsproblem,
Figure imgf000024_0001
Es lässt sich so erreichen, dass die Konzentrationen von Ethanol der letzten Messungen in das Optimierungsproblem einfließen können.
Beim Übergang zur stationären Phase kommt es zur Ausbildung anaerober Zonen, da die maximale Sauerstoffzufuhr erreicht ist. So können nicht alle Zellen optimal mit Sauerstoff versorgt werden. In diesen anaeroben Zonen wird dann Ethanol gebildet. Das gebildete Ethanol wird in sauerstoffreichen Zonen wieder abgebaut. Dies ist besonders in der industriellen Produktion ein großes Problem. Auf Grund der hohen Zelldichte besteht hier die Gefahr, dass sich schnell sehr viel Ethanol bildet, welches ab einer bestimmten Konzentration schwer zu regeln ist. Der Übergang zur stationären Phase kann durch Gleichung (5) bestimmt werden. Die Ausbeutekoeffizienten der Biomasse und die Konzentration der Biomasse werden nicht mehr korrigiert, und der Schätzer betrachtet nun Gleichung (19). Durch die hohe Zelldichte wird angenommen, dass diese die Löslichkeit des Sauerstoffs in der Flüssigphase reduziert, was zu folgender Gleichung führt,
Figure imgf000025_0001
Wird nun Ethanol in dieser Phase gebildet, reduziert sich die Löslichkeit des Sauerstoffs und damit der Schwellenwert zum Crabtree-Effekt was den Zulauf an aerob oxidativ verwertbarer Kohlenstoffquelle bzw. Melasse reduziert. Würde allerdings an diesem Punkt nur der Crabtree- Effekt betrachtet, so vergrößert sich der Modellfehler, wodurch eine Verwendung des Modells nicht möglich wäre.
Fig. 7 zeigt die Ergebnisse, in welcher der vorgestellt Regelungsansatz mit der herkömmlichen industriellen Regelung verglichen wird. Die Regelung erhöht nach der ersten Stunde die Melassezufuhr und ermittelt zwischen der ersten und vierten Stunde den optimalen Feed.
Während der gesamten Fermentation liegt die Ethanolkonzentration in einem niedrigen Bereich. Der Vergleich mit der herkömmlichen Regelung zeigt eine deutliche Steigerung der Zugabe durch die modellbasierte Regelung, wodurch die Prozessdauer bis zum Erreichen einer definierten Zellkonzentration um ungefähr 2,5 Stunden verkürzt werden kann. Der
Regelalgorithmus wurde auch in Experimenten verwendet, in welchen Stressbedingungen simuliert wurden, mit dem Ergebnis, dass sich die Regelung in jedem Fall adaptierte, und der Prozess mit deutlich erhöhter Ausbeute bzgl. der Biomasse betrieben werden konnte. In vielen Fällen war es mit der herkömmlichen Regelung nicht möglich, eine Ethanolbildung zu verhindern.
Verglichen mit herkömmlichen Verfahren unterscheidet sich der hier beschriebene Ansatz durch die Modellierung der Wechsel der metabolischen Zustände. Es ist möglich, sowohl den
Crabtree-Effekt als auch den Übergang zum anaeroben Zustand zu beschreiben. Dafür werden bei der Modellentwicklung die Kinetiken basierend auf der Biochemie sowie die zellinternen Regelungsmechanismen berücksichtigt. Dies hat den Vorteil gegenüber den herkömmlichen Black Box -Modellen, dass mit Hilfe des hier offenbarten Modells eine höhere Vorhersage genauigkeit für die metabolischen Zustände erfolgt und auch Stressreaktionen beschrieben werden können. Insbesondere erleichtert die kontinuierliche Beschreibung der Reaktionsraten die Optimierung, da es keine Diskontinuitäten im Modell gibt.
Der Inhalt von wissenschaftlichen Artikeln, Patenten und Patentanmeldungen sowie der Inhalt von allen anderen Dokumenten und elektronisch zugänglichen Daten, die hier erwähnt oder zitiert werden, wird hiermit durch Bezug in ihrer Gesamtheit im gleichen Maße aufgenommen, als wäre jede einzelne Veröffentlichung ausdrücklich und individuell als durch Bezug aufgenommen bezeichnet. Im Falle eines Widerspruchs gibt das vorliegende Dokument den Ausschlag. Der Anmelder behält sich das Recht vor Jedwedes, inklusive alles Material und Daten aus jedweden solchen Artikeln, Patenten und Patentanmeldungen oder anderen physischen und/oder elektronischen Dokumenten physisch in dieses Dokument aufzunehmen.
Die Nennung oder Diskussion eines zuvor veröffentlichten Dokuments in dieser Beschreibung sollte nicht notwendigerweise als Anerkenntnis verstanden werden, dass ein solches Dokument zum Stand der Technik zählt oder Allgemeinwissen des Fachmanns darstellt. Das Verfahren, das hier veranschaulichend beschrieben ist, kann in geeigneter Weise ohne ein einzelnes Element oder Elemente, Beschränkung oder Beschränkungen ausgeführt und eingesetzt werden, die hier nicht explizit offenbart sind. Die hier verwendeten Begriffe und Ausdrücke sind ferner als beschreibende Begriffe und nicht als Einschränkung verwendet, und es besteht keine Absicht, beim Verwenden solcher Begriffe und Ausdrücke irgendwelche Äquivalente der gezeigten und beschriebenen Merkmale oder Teile davon auszuschließen. Es wird erkannt, dass verschiedene Abwandlungen im Umfang der beanspruchten Erfindung möglich sind. So sollte daher verstanden werden, dass der Fachmann auf Abwandlungen und Variationen der offenbarten Ausführungsformen zurückgreifen kann, obwohl die hier offenbarten Verfahren, Anwendungen, Zusammensetzungen und Kombinationen für den Fachmann in ausreichendem Detail beschrieben und veranschaulicht sind, um sie anzuwenden, und dass solche Abwandlungen und Variationen als innerhalb des Schutzumfangs der Erfindung befindlich anzusehen sind. Es soll verstanden werden, dass mit der vorhergehenden Beschreibung beabsichtigt ist, den Umfang der Erfindung, der durch den Umfang der sich anschließenden Patentansprüche definiert ist, zu veranschaulichen und nicht zu beschränken. Weitere Ausführungsformen können unter den Umfang der folgenden Patentansprüche fallen.
Die Erfindung ist hier ausgedehnt und allgemein beschrieben worden. Jede der engeren Spezies und Subgenus-Gruppierungen, die unter die allgemeine Offenbarung fallen, bilden ebenfalls einen Teil der Vorrichtung. Das schließt die allgemeine Beschreibung der Vorrichtung mit einer Bedingung oder einer negativen Beschränkung ein, die einen Gegenstand aus dem Genus ausschließen, unabhängig davon, ob der ausgeschlossene Gegenstand hier explizit
wiedergegeben ist.
Weitere Ausführungsformen sind in den nachfolgenden Patentansprüchen wiedergegeben. Sind Merkmale oder Aspekte der Erfindung in Form von Markush-Gruppen angegeben, wird der Fachmann erkennen, dass der entsprechende Gegenstand auf diese Weise auch hinsichtlich jedes individuellen Mitglieds oder jeder individuellen Untergruppe von Mitgliedern von Markush- Gruppen beschrieben ist.
Die dieser Patentanmeldung zu Grunde liegende Erfindung entstand in einem Projekt, das unter dem Förderkennzeichen 031 A301 A vom BMBF gefördert wurde.

Claims

PATENTANSPRÜCHE
1. Verfahren zur gesteuerten Hefeproduktion, aufweisend:
- Hefezellen in einem wässrigen Kulturmedium welches eine verwertbare Kohlenstoffquelle aufweist und sich in einem Behältnis befindet, unter Zufuhr einer verwertbaren
Kohlenstoffquelle und von Sauerstoff wachsen lassen,
- die Ethanolkonzentration im Kulturmedium erfassen,
- die erforderliche Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle an Hand des folgenden Modells bestimmen:
Figure imgf000027_0001
wobei 5 eine stöchiometrische Matrix,
rGic,max die maximale Reaktionsgeschwindigkeit der Kohlenstoffquelle,
G die verwertbare Kohlenstoffquelle,
die Konzentration von O2 im Kulturmedium,
Kt die Monod Konstante,
die maximale Aufnahmerate des Sauerstoffs
die maximale Reaktionsgeschwindigkeit der spezifischen Wachstumsrate auf
Figure imgf000027_0004
Ethanol und
die Inhibierungskonstante durch die Kohlenstoffquelle sind und
Figure imgf000027_0003
wobei
Figure imgf000027_0002
wobei der Ausbeutekoeffizient der Biomasse der verwertbaren Kohlenstoffquelle ist, an dessen Änderung eine Anpassung erfolgt und wobei
der Ausbeutekoeffizient der Biomasse von Ethanol, WATP der ATP-Verbrauch zur Bildung von Biomasse und
Figure imgf000028_0005
die Konzentration von CO2 im Kulturmedium sind, und
wobei der Vektor der Reaktionsraten
Figure imgf000028_0003
wobei m die spezifische Wachstumsrate der Biomasse auf der verwertbaren
Kohlenstoffquelle ist und
- entsprechend des Modells die Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle regeln.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei die verwertbare Kohlenstoffquelle in dem wässrigen Kulturmedium die Kohlenstoffquelle aufweist, die den Hefezellen zugeführt wird.
3. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, weiterhin aufweisend die Zelldichte der Hefezellen im Kulturmedium bestimmen und die gesteuerte Hefeproduktion in der erwarteten initialen Phase und/oder in der erwarteten Wachstumsphase durchführen.
4. Verfahren nach einem der vorangehenden Ansprüche, weiterhin aufweisend: den
Hefekulturprozess in n Zeitabschnitte unterteilen und für jeden Zeitabschnitt die erforderliche Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle bestimmen an Hand:
Figure imgf000028_0001
wobei n eine natürliche Zahl,
die Anzahl an Prädiktions schritten,
die finale Zeit der Prädiktionen und
ein Gewichtungskoeffizient sind und
die Variation der Eingangsgrößen beschreibt,
Figure imgf000028_0004
und wobei an Hand der im Behältnis erfassten Ethanolkonzentration die Konzentrationen der verwertbaren Kohlenstoffquelle (G), von Ethanol (E), Biomasse (X), CO2 und O2 geschätzt werden nach:
Figure imgf000028_0002
Figure imgf000029_0004
wobei die spezifische Wachstumsrate beim Wachsen auf Ethanol,
Figure imgf000029_0005
der
Massentransportkoeffizient für CO2 und kIa,o2 der Massentransportkoeffizient für O2 sind.
5. Verfahren nach Anspruch 4, weiterhin aufweisend die Zelldichte der Hefezellen im
Kulturmedium bestimmen und die gesteuerte Hefeproduktion sowohl in der erwarteten initialen Phase als auch in der erwarteten Wachstumsphase durchführen und wobei eine kontinuierliche Parameterschätzung erfolgt, bis die erfasste Ethanolkonzentration unter einem zuvor festgelegten Wert liegt.
6. Verfahren nach Anspruch 5, wobei eine erneute Parameterschätzung erfolgt, wenn die erfasste Ethanolkonzentration einen zuvor festgelegten Wert erreicht oder überschreitet.
7. Verfahren nach Anspruch 5 oder 6, wobei der Ausbeutekoeffizient der Biomasse \nm
angepasst wird durch
Figure imgf000029_0001
8. Verfahren nach einem der vorangehenden Ansprüche, weiterhin aufweisend: die
erforderlichen Zufuhr der verwertbaren Kohlenstoffquelle bestimmen an Hand
s.t.
Figure imgf000029_0002
wobei für die Varianz zwischen zwei Messpunkten steht.
9. Verfahren nach Anspruch 7 oder 8, weiterhin aufweisend die Zelldichte der Hefezellen im Kulturmedium bestimmen und die gesteuerte Hefeproduktion in der erwarteten stationären Phase fortführen und in der erwarteten stationären Phase ein Anpassen des
Ausbeutekoeffizienten der Biomasse wM beenden.
10. Verfahren nach einem der Ansprüche 4 bis 9, weiterhin aufweisend die Zelldichte der Hefezellen im Kulturmedium bestimmen und die gesteuerte Hefeproduktion in der erwarteten stationären Phase fortführen und die Löslichkeit des Sauerstoffs in der erwarteten stationären Phase schätzen durch
Figure imgf000029_0003
11. Verfahren nach einem der vorangehenden Ansprüche, wobei die verwertbare
Kohlenstoffquelle Glukose aufweist.
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