WO2016111343A1 - 非エンベロープウイルス粒子の製造方法 - Google Patents

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raav
virus
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泰広 川野
碩豪 黄
榎 竜嗣
正成 北川
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タカラバイオ株式会社
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    • C12N2750/14151Methods of production or purification of viral material

Definitions

  • the present invention relates to a method for producing non-enveloped virus particles with high purity without complicated operations.
  • virus vector a virus-derived gene transfer vector
  • a viral vector is a vector in which a naturally occurring virus is modified so that a desired gene or the like can be transferred to a target.
  • Technological development has progressed in recent years.
  • a virus vector prepared using a gene recombination technique is called a gene recombinant virus vector.
  • viruses having no envelope such as viruses having an envelope such as adenovirus and adeno-associated virus (hereinafter referred to as AAV) are well known.
  • AAV can infect a wide variety of cells including humans, infects non-dividing cells such as blood cells, muscles, and nerve cells that have been differentiated, and is less susceptible to side effects because it is not pathogenic to humans.
  • non-dividing cells such as blood cells, muscles, and nerve cells that have been differentiated
  • side effects because it is not pathogenic to humans.
  • the utility value as a vector for gene transfer used in gene therapy methods for the treatment of cancer and infectious diseases is It has attracted attention in recent years.
  • an element essential for virus particle formation is usually introduced into a cell in the form of a nucleic acid construct, and a cell having the ability to produce a virus (hereinafter referred to as a virus producing cell) is prepared. This is done by culturing cells to express elements essential for virus particle formation.
  • a virus producing cell a cell having the ability to produce a virus
  • This is done by culturing cells to express elements essential for virus particle formation.
  • those that require cis supply and those that can be supplied in trans are separated and introduced into cells for virus production, thereby producing wild-type virus and gene
  • Patent Document 1 A method for preventing independent replication at the infection site of the recombinant virus is taken (Patent Document 1).
  • rAAV genetically modified virus
  • AAV vector derived from AAV will be specifically described as an example.
  • a method using 3) adenovirus infection has been established because it requires the supply of auxiliary elements from any virus such as herpes virus or vaccinia virus.
  • the virus-producing cells that have achieved virus production are then collected and crushed, and the resulting cell disruption solution containing rAAV particles is subjected to a process such as filter filtration, ultracentrifugation, chromatography, or ultrafiltration as appropriate. rAAV particles are purified to the final product.
  • Patent Document 1 a method for obtaining rAAV particles with higher titer and purity is required, and various improved methods are disclosed.
  • Patent Document 1 a method that promotes the production of rAAV particles and the release rate of the particles into the culture supernatant by culturing virus-producing cells under stress conditions in which the pH of the culture solution is increased.
  • Patent Document 1 a method that promotes the production of rAAV particles and the release rate of the particles into the culture supernatant by culturing virus-producing cells under stress conditions in which the pH of the culture solution is increased.
  • Patent Document 2 a method that promotes the production of rAAV particles and the release rate of the particles into the culture supernatant by culturing virus-producing cells under stress conditions in which the pH of the culture solution is increased.
  • it is a device for the steps after purification of the produced rAAV particles.
  • Non-Patent Document 1 and Non-Patent Documents methods for purifying rAAV particles of various serotypes (hereinafter also referred to as serotypes) without using ultracentrifugation or chromatography have been proposed (Non-Patent Document 1 and Non-Patent Documents). 2).
  • this method is not only a complicated purification method including a two-phase separation method of a polyethylene glycol (PEG) phase and an aqueous phase, PEG precipitation, chloroform treatment, and dialysis, but also increases purity.
  • PEG polyethylene glycol
  • chloroform treatment chloroform treatment
  • dialysis dialysis
  • An object of the present invention is to provide a production method for obtaining high-purity non-enveloped virus particles without complicated operations.
  • the present inventors have obtained a neutral or basic sample containing non-envelope virus particles.
  • a substance that lowers the solubility of protein under acidic conditions and / or a substance that precipitates under acidic conditions By adding a substance that lowers the solubility of protein under acidic conditions and / or a substance that precipitates under acidic conditions, and removing the precipitate generated in the step of acidifying the sample after the addition of the substance, non-envelope
  • the inventors have found that a fraction containing virus particles can be obtained, and completed the present invention.
  • a method for producing non-enveloped virus particles comprising: (A) adding a substance that decreases protein solubility under acidic conditions and / or a substance that precipitates under acidic conditions to a neutral or basic sample containing non-enveloped virus particles; (B) a step of acidifying the sample to which the substance is added, and (c) removing a precipitate generated in the step (b) to obtain a fraction containing non-enveloped virus particles, Including methods, [2] The method according to [1], further comprising (d) a step of purifying non-enveloped virus particles after the step (c).
  • a neutral or basic sample containing non-enveloped virus particles is a lysate or disrupted product of non-envelope virus-producing cells, a culture supernatant of non-enveloped virus-producing cells containing non-enveloped virus particles, or The method according to any one of [1] to [4], which is an extract obtained from a non-enveloped virus-producing cell, [6] The method according to [5], wherein the neutral or basic sample containing non-enveloped virus particles is a neutralized product of an extract obtained by treating non-enveloped virus-producing cells with an acidic solution.
  • the present invention provides a production method for obtaining high-purity non-enveloped virus particles without complicated operations.
  • FIG. 3 is a diagram showing the results of SDS-PAGE of the sample prepared in Example 1.
  • 2 is a graph showing the recovery rate of the sample prepared in Example 1.
  • FIG. 6 is a diagram showing the results of SDS-PAGE of the sample prepared in Example 2.
  • FIG. 6 is a diagram showing the results of SDS-PAGE of the sample prepared in Example 3.
  • FIG. 6 is a diagram showing the results of SDS-PAGE of the sample prepared in Example 6.
  • a non-enveloped virus refers to a virus other than an enveloped virus.
  • the envelope virus refers to a virus having a lipid layer or a lipid bilayer on the surface of the virus.
  • Representative non-enveloped viruses include DNA genome viruses, such as adenoviruses, parvoviruses, papovaviruses, and human papillomaviruses, and RNA viruses such as rotaviruses, coxsackie viruses, enteroviruses, and sapoviruses.
  • DNA genome viruses such as adenoviruses, parvoviruses, papovaviruses, and human papillomaviruses
  • RNA viruses such as rotaviruses, coxsackie viruses, enteroviruses, and sapoviruses.
  • non-enveloped virus there is no particular limitation on the non-enveloped virus to which the production method of the present invention is applied, and non-enveloped viruses that have already been known for production, non-enveloped viruses newly obtained from nature, or genetic recombination derived therefrom. Viral vectors may be used.
  • the non-enveloped virus produced by the production method of the present invention is preferably exemplified by adenovirus or AAV belonging to Parvoviridae.
  • the production method of the present invention can be applied to any known serotype of AAV, for example, AAV1, AAV2, AAV3, AAV4, AAV5, AAV6, AAV7, AAV8, AAV9, AAV10, AAV11, AAV12, and AAV13.
  • the serotype of rAAV when the serotype of rAAV is described, the serotype from which capsid is derived is used as a reference. That is, the serotype of the rAAV is determined according to the origin of the cap gene used at the time of rAAV preparation, and does not depend on the origin of the serotype of the AAV genome encapsulated in the rAAV particles. For example, when the capsid is derived from AAV6 and the ITR in the AAV genome encapsulated in the rAAV particle is derived from AAV2, the rAAV is referred to as serotype 6 in the present specification. Furthermore, the production method of the present invention can also be applied to the production of AAV containing the AAV capsid mutant of each serotype.
  • virus particle means a particle composed of a protein shell called capsid.
  • the “virus vector” means a virus genome (nucleic acid form) contained in the virus particle.
  • an rAAV particle is a particle composed of a protein shell called a capsid and contains an rAAV vector.
  • the rAAV vector contains viral genomic DNA present in rAAV particles.
  • virus particle includes a virus-like particle not containing a virus genome (for example, AAV hollow particle: WO 2012/144446).
  • rAAV vector-derived virus-like particles or AAV hollow particles are a category of rAAV particles.
  • acidic means that the pH is less than 6.5
  • neutral means that the pH is 6.5 to 7.5
  • basic means that the pH is more than 7.5.
  • a substance that lowers protein solubility under acidic conditions and / or a substance that precipitates under acidic conditions is first added to a neutral or basic sample containing non-enveloped virus particles.
  • the addition of the substance can be carried out by adding a solid substance, but is preferably carried out by adding a solution prepared in advance so as to have a desired final concentration.
  • the process may proceed to the next step (b).
  • the substance is allowed to stand for a while after the addition of the substance.
  • the standing temperature and the standing time may be appropriately determined and are not particularly limited.
  • the standing temperature is, for example, 0 to 40 ° C., preferably 4 to 37 ° C.
  • the standing time is, for example, 1 minute to 24 hours, preferably 5 minutes to 1 hour, for example, leave at 37 ° C. for 30 minutes.
  • the “substance that reduces protein solubility under acidic conditions” used in the method of the present invention refers to a substance that has the property of reducing protein solubility under acidic conditions as compared to neutral or basic conditions. Say. Although the present invention is not particularly limited as the substance, those having the property of precipitating by lowering the solubility of the protein under acidic conditions by the interaction with the protein in the sample are suitable for the present invention. .
  • the “substance that precipitates under acidic conditions” used in the method of the present invention refers to a substance that has the property of precipitating itself by changing from neutral or basic conditions to acidic conditions.
  • the substance is not particularly limited to the present invention, but those having the property of precipitating proteins in the sample together when precipitated under acidic conditions are suitable for the present invention.
  • the substance that lowers the protein solubility under acidic conditions and the substance that precipitates under acidic conditions used in the method of the present invention may be different substances or the same substance.
  • the substance that lowers the solubility of the protein under the acidic condition and / or the substance that precipitates under the acidic condition is not particularly limited, but may be a surfactant.
  • the said surfactant is divided roughly into an anionic surfactant, a nonionic surfactant, a cationic surfactant, and an amphoteric surfactant.
  • An anionic surfactant is also referred to as an anionic surfactant and is ionized in water to become an organic anion.
  • the anionic surfactant is classified into a carboxylic acid type, a sulfonic acid type, a sulfate ester type, and a phosphate ester type. Examples of those classified into the carboxylic acid type include deoxycholate, cholate or lauroyl sarcosine salt. Examples of the sulfonic acid type include dodecyl sulfate.
  • the salt is preferably a sodium salt or a lithium salt.
  • Non-ionic surfactant means a substance that does not turn into ions in water.
  • the nonionic surfactant is classified into an ester type, an ether type, an ester ether type, an alkanolamide type, a sugar type, and a methylglucamine type.
  • ester type include polyoxyethylene sorbitan monolaurate (Tween (registered trademark) 20), polyoxyethylene sorbitan monopalmitate (Tween (registered trademark) 40), polyoxyethylene sorbitan monostearate (Tween (registered trademark)).
  • Tween (registered trademark) 40 polyoxyethylene sorbitan monostearate
  • Examples of the ether type include polyoxyethylene nonylphenyl ether (Nonidet (registered trademark) P-40), polyoxyethylene alkyl ether (BriJ (registered trademark) L23, BriJ (registered trademark) L58).
  • Examples of the ester ether type include polyoxyethylene sorbitan fatty acid ester, polyoxyethylene hexitan fatty acid ester or sorbitan fatty acid ester polyethylene glycol.
  • Examples of the alkanolamide N, N-bis [3- (D-gluconamido) propyl] deoxycholamide is exemplified.
  • Examples of the sugar type include alkyl maltoside and alkyl glucopyranoside.
  • Examples of the methylglucamine type include alkyl-N-methylglucamine.
  • the cationic surfactant is also called a cationic surfactant, which is ionized in water to become an organic cation.
  • Cationic surfactants are classified into an alkylamine salt type and a quaternary ammonium salt type, and examples of the alkylamine salt type include monomethylamine hydrochloride, dimethylamine hydrochloride and trimethylamine hydrochloride. Further, examples of the quaternary ammonium salt type include hexadecyltrimethylammonium bromide and myristyltrimethylammonium bromide.
  • amphoteric surfactant is a surfactant having both an anionic group and a cationic group in the molecule.
  • the ionization state in an aqueous solution is similar to amino acids, and there are many amino acid derivatives in amphoteric surfactants. Therefore, it has an isoelectric point like an amino acid, and acts as an anionic surfactant when it is on the alkaline side from the isoelectric point and as a cationic surfactant when it is on the acidic side.
  • amphoteric surfactant include sulfobetaine.
  • lauryl sulfobetaine caprylyl sulfobetaine, octyl sulfobetaine, palmityl sulfobetaine, or myristyl sulfobetaine is mentioned.
  • an anionic surfactant that is insolubilized at an acidic pH is exemplified. More preferably, sodium deoxycholate, sodium chenodeoxycholate, sodium cholate, sodium glycocholate, sodium taurocholate and sodium taurodeoxycholate, which are carboxylic acid type anionic surfactants, are preferably used. Particularly preferred are sodium deoxycholate, sodium chenodeoxycholate, and sodium cholate.
  • a substance that lowers the solubility of the protein under acidic conditions and / or a substance that precipitates under acidic conditions may be added as a solid or prepared in advance.
  • a solution of the substance may be added.
  • the concentration of the solution of the substance is not particularly limited and can be appropriately determined by those skilled in the art.
  • the solvent used for preparing the solution of the substance is not particularly limited, and water, a buffer solution, a cell culture medium, and the like can be appropriately selected.
  • Substances that reduce protein solubility under acidic conditions and / or substances that precipitate under acidic conditions are added to neutral or basic samples containing non-enveloped virus particles to a desired final concentration.
  • the desired final concentration of the substance is not particularly limited as long as it is a concentration that precipitates contaminating proteins in the sample under acidic conditions.
  • the final concentration when sodium deoxycholate, chenodeoxycholate, or sodium cholate is used is 0.1-2%. (V / v), preferably 0.2 to 1% (v / v).
  • the optimum concentration of a substance that reduces protein solubility under acidic conditions and / or a substance that precipitates under acidic conditions differs depending on individual non-enveloped viruses, it is natural to determine an appropriate concentration.
  • the pH of the sample to which the substance is added is acidified.
  • the method is not particularly limited as long as a neutral or basic sample can be acidified.
  • a gaseous acid may be bubbled or a solid acid may be added.
  • an acidic solution prepared in advance is added to a desired final concentration.
  • the acid used in the present invention include citric acid, acetic acid, malic acid, phosphoric acid, hydrochloric acid, sulfuric acid, nitric acid, lactic acid, propionic acid, butyric acid, oxalic acid, malonic acid, succinic acid, fumaric acid, and maleic acid.
  • the acidic solution for example, a solution containing the compound is used.
  • the solvent used for the preparation of the acidic solution is not particularly limited, and water, buffer solution, cell culture medium and the like can be appropriately selected.
  • an aqueous solution containing citric acid and salts thereof is used.
  • the acid or acidic solution is added to the sample so as to have a desired final concentration.
  • the desired final concentration is not particularly limited as long as the pH of the sample is acidic.
  • the final pH after the acidification is preferably less than pH 6.5, and more preferably in the range of pH 4-6.
  • the optimum pH differs depending on individual non-enveloped viruses, it is natural to determine an appropriate pH.
  • the sample containing non-enveloped virus particles used in the method of the present invention may be a sample derived from non-enveloped virus-producing cells.
  • the virus-producing cell is not particularly limited, and may be a virus-producing cell obtained from the environment, a clinical specimen of a patient with an infectious disease, or the like, or a virus-producing cell produced artificially.
  • the cells for producing the non-enveloped virus-producing cells are not particularly limited, and are mammalian cells such as humans, monkeys, rodents, preferably 293 cells (ATCC CRL-1573) or 293T / high in transfection efficiency. 17 cells (ATCC CRL-11268), 293F cells, 293FT cells (all manufactured by Life Technologies), G3T-hi cells (International Publication No. 2006/035829 pamphlet), Sf9 cells (ATCC CRL-1711), commercially available viruses A production cell line, AAV293 cells (manufactured by Stratagene), is exemplified.
  • the 293 cell or the like constantly expresses the adenovirus E1 protein so that one or several of these proteins necessary for rAAV production may be expressed transiently or constitutively. It may be a modified cell.
  • a non-enveloped virus vector can be introduced into these various cells by introducing a non-enveloped virus vector using a known method or a commercially available kit.
  • the cells can be cultured under known culture conditions. For example, culturing at a temperature of 30 to 37 ° C., a humidity of 95% RH, and a CO 2 concentration of 5 to 10% (v / v) is exemplified, but the present invention is not limited to such conditions.
  • the culture period is not particularly limited, and is, for example, 12 to 150 hours, preferably 48 to 120 hours.
  • rAAV-producing cells will be described as non-enveloped virus-producing cells.
  • A a nucleic acid encoding an AAV-derived Rep protein and a nucleic acid encoding a Cap protein as essential elements for rAAV particle formation
  • B An rAAV-producing cell is produced by introducing a nucleic acid supplying an adenovirus-derived element such as E1a protein, E1b protein, E2 protein, E4 protein and VARNA, and
  • C a nucleic acid encapsulated in rAAV particles into any cell. can do.
  • a method of using an adenovirus or the like as a helper virus instead of the nucleic acid described in (B) is also known.
  • nucleic acid encoding the AAV-derived Rep protein and the nucleic acid encoding the Cap protein can be mounted on a plasmid or viral vector and introduced into a cell.
  • Introduction of these nucleic acids into cells can be performed by a known method using, for example, a commercially available or known plasmid or viral vector.
  • the nucleic acid encapsulated in the rAAV particles is composed of an AAV-derived ITR sequence and a nucleic acid that is desired to be mounted on an rAAV vector.
  • the nucleic acid desired to be loaded on the rAAV vector includes any foreign gene such as a polypeptide (enzyme, growth factor, cytokine, receptor, structural protein, etc.), antisense RNA, ribozyme, decoy, RNA that causes RNA interference, etc.
  • the nucleic acid which supplies is illustrated.
  • an appropriate promoter, enhancer, terminator or other transcriptional regulatory element may be inserted into the nucleic acid to control the expression of the foreign gene.
  • the nucleic acid encapsulated in the rAAV particle may contain any foreign gene desired to be loaded into the rAAV vector between the two ITR sequences, or the rAAV vector between the two ITR sequences. It may contain any foreign gene desired to be loaded on and one or more elements for controlling the expression of the foreign gene.
  • the nucleic acid encapsulated in the rAAV particles can be introduced into the cell as a nucleic acid construct in the form of a plasmid.
  • the plasmid can be constructed using, for example, a commercially available rAAV vector plasmid, such as pAAV-CMV Vector (manufactured by Takara Bio Inc.).
  • the neutral or basic sample containing non-enveloped virus particles used in the method of the present invention can be prepared, for example, by disrupting or lysing non-enveloped virus-producing cells cultured as described above.
  • the culture supernatant containing the non-envelope virus particles may be used as a sample.
  • the disruption or lysis of the non-enveloped virus-producing cells can be performed by a known method such as ultrasonic treatment, freeze-thaw treatment, enzyme treatment, osmotic pressure treatment or the like.
  • neutralization is not particularly limited, but means adding a basic solution or pH buffer solution to an acidic solution, and the neutralized solution (neutralized product) is neutral. It may be basic or basic. Although it does not specifically limit as a basic solution, For example, sodium hydroxide aqueous solution, potassium hydroxide solution, etc. are mentioned. Further, the pH buffer solution is not particularly limited, and examples thereof include a Tris-HCl solution.
  • the neutral or basic sample containing the non-enveloped virus particles used in the method of the present invention may be a neutralized product of an extract obtained by treating non-enveloped virus-producing cells with an acidic solution. . That is, a sample obtained by neutralizing a sample obtained by bringing a non-enveloped virus-producing cell into contact with an acidic solution can be suitably used.
  • This step involves suspending the non-enveloped virus-producing cell pellet collected by removing the culture solution by centrifugation or filtration after culturing, or suspending the non-enveloped virus-producing cell culture in the culture solution. It is carried out by an operation of adding a component that can be made acidic.
  • the acidic solution may be a solution that exhibits a pH lower than that during culture of non-enveloped virus-producing cells and that can obtain an extract containing non-enveloped virus particles from non-enveloped virus-producing cells that have achieved virus production.
  • a solution similar to that exemplified as the acidic solution used in step (b) of the method of the present invention can be used.
  • the component capable of acidifying the culture solution is a component that makes the pH of the culture solution of the non-enveloped virus-producing cells lower than the pH at the time of culturing the non-enveloped virus-producing cells, and the virus production has not been achieved.
  • the temperature and time when contacting with the acidic solution or the component capable of being acidic are not particularly limited.
  • the temperature is, for example, 0 to 40 ° C., preferably 4 to 37 ° C.
  • the time is, for example, 1 minute to 48. Examples are time, preferably 5 minutes to 24 hours.
  • it can be stored for a long time in an ultra-low temperature freezer such as ⁇ 80 ° C. in a state where it is in contact with an acidic solution or a component capable of being acidic or after neutralization. By this contact operation, the non-enveloped virus is released out of the virus-producing cells.
  • the neutral or basic sample containing the non-enveloped virus particles used in the method of the present invention may be a sample that has been subjected to nuclease treatment in advance.
  • nuclease treatment may be performed before adding a substance that lowers the solubility of a protein under acidic conditions and / or a substance that precipitates under acidic conditions.
  • the nuclease used in the step is preferably one that acts on the DNA in the extract, and examples include benzonase (Benzonase registered trademark, Merck Millipore), Cryonase Cold-active nuclease (Takara Bio). Conditions such as the temperature and time of the nuclease treatment and the amount of nuclease may be appropriately determined according to the type of enzyme used, and are not particularly limited.
  • the step of removing the precipitate generated in the method of the present invention and obtaining a fraction containing non-enveloped virus particles is the step of removing the precipitate generated in the acidifying step and removing the fraction containing non-enveloped virus particles.
  • the removal of the precipitate may be performed by a known solid-liquid separation method such as filtration. It is preferably carried out by centrifugation.
  • the fraction containing non-enveloped virus particles obtained through the step of removing the precipitate may be subjected to a further purification step.
  • non-enveloped virus particles may be concentrated by the purification step. Examples of the purification method include ultracentrifugation, chromatography, ultrafiltration, and other known methods.
  • the ultrafiltration is filtration using an ultrafiltration membrane.
  • An ultrafiltration membrane is a separation membrane having many fine pores that are physically distinct.
  • the fractionated molecular weight of the ultrafiltration membrane is preferably 50 to 300 kDa, more preferably 70 to 150 kDa, and even more preferably 100 kDa from the viewpoint of purification of non-enveloped virus and removal of contaminants. .
  • it can be carried out using an ultrafiltration membrane Amicon (registered trademark) Ultra-15 (manufactured by Merck Millipore, Inc., hereinafter referred to as an ultrafiltration membrane of 100 kDa) having a fractional molecular weight of 100 kDa.
  • the recovery rate of non-enveloped virus particles can be improved by adding polyethylene glycol (PEG) to the fraction containing non-envelope virus particles.
  • PEG polyethylene glycol
  • the PEG to be added is not particularly limited, and those having various average molecular weights can be used.
  • PEG having an average molecular weight of 200 to 10,000, preferably PEG having an average molecular weight of 4,000 to 8,000 is used in the present invention. More preferably, PEG having an average molecular weight of 6,000 can be used.
  • the purification of non-enveloped virus particles by the chromatography is performed by ion exchange columns (for example, Mustang Q (manufactured by Pall)), affinity columns (for example, AVB Sepharose (registered trademark) (manufactured by GE), heparin columns, etc.) It can be carried out with a hydroxyapatite column or the like.
  • ion exchange columns for example, Mustang Q (manufactured by Pall)
  • affinity columns for example, AVB Sepharose (registered trademark) (manufactured by GE), heparin columns, etc.
  • the non-enveloped virus particles are preferably adeno-associated virus particles.
  • the degree of acquisition of non-enveloped virus particles is indicated using the titer of non-envelope virus as an evaluation method.
  • the titer of the non-enveloped virus is not particularly limited, but (a) the number of non-enveloped virus genomes (genome titer) in a fixed amount of sample, (b) the non-enveloped virus measured experimentally Examples thereof include a method for measuring the ability to infect cells (infection titer), or (c) the purity of a protein constituting a non-enveloped virus.
  • a method of measuring the copy number of the viral genome in the sample by the PCR method is exemplified.
  • AAVpro registered trademark
  • Titration Kit for Real Time PCR
  • Ver. 2 manufactured by Takara Bio Inc.
  • a method for detecting a change in cell shape (cytopathy) by infecting an appropriate target cell with a serial dilution of a sample for example, a method for detecting expression of a transgene, or introduction into a cell
  • cytopathy a change in cell shape
  • examples of the method (c) include a method of analyzing the protein by SDS-PAGE or a method of quantifying by an immunological method.
  • kit for the production method of the present invention is a kit for carrying out the method for producing the non-viral envelope virus particles described in (1) above, and (1) in an acidic condition It contains a substance that lowers protein solubility and / or a substance that precipitates under acidic conditions, and (2) an acidic solution.
  • the substance that precipitates under the acidic condition is preferably the substance that reduces the solubility of the protein under the acidic condition and / or the substance that precipitates under the acidic condition described in (1) the method for producing non-enveloped virus particles of the present invention. Can be used.
  • the acidic solution was added with the substance that decreases the solubility of the protein under acidic conditions and / or the substance that precipitates under acidic conditions, as described in the above (1) method for producing non-enveloped virus particles of the present invention.
  • the kit of the present invention may further contain a neutralizing solution.
  • the neutralizing solution is preferably a basic solution or a pH buffer solution. Although it does not specifically limit as a basic solution, For example, sodium hydroxide aqueous solution, potassium hydroxide solution, etc. are mentioned.
  • the pH buffer solution is not particularly limited, and examples thereof include a Tris-HCl solution.
  • a plasmid containing a reagent used for preparing an extract from a non-enveloped virus-producing cell, a nucleic acid supplying an element essential for the formation of a non-enveloped virus particle, and a plasmid containing a nucleic acid encapsulated in a non-enveloped virus particle It is good also as a kit containing etc.
  • kits used in the production method and non-enveloped virus particles produced by the production method are also provided.
  • the non-enveloped virus particles obtained using the production method of the present invention can be used as an active ingredient of a pharmaceutical composition.
  • the pharmaceutical composition can be used ex vivo on patient-derived cells or administered directly to the patient.
  • Example 1 Purification of rAAV5 by addition of sodium deoxycholate and addition of citric acid (1) Inoculation of cells for production of rAAV DMEM (Sigma) containing 10% FBS (Gibco) in a tissue culture treated T225 flask (Corning) 293T / 17 cells suspended in the company). Thereafter, the cells were cultured for 2 days in a CO 2 incubator at 37 ° C. and a CO 2 concentration of 5% (v / v).
  • Example 3- (2) Obtaining the extract by citrate buffer treatment
  • 0.5 mL of 0.5 M EDTA manufactured by Wako Pure Chemical Industries, Ltd.
  • 0.5 M EDTA manufactured by Wako Pure Chemical Industries, Ltd.
  • the cell pellet is resuspended in 2 mL citrate buffer (38.1 mM citrate, 74.8 mM sodium citrate, 75 mM sodium chloride, 100 mM magnesium chloride, pH 5), mixed with a vortex mixer for 15 seconds, and 5 minutes at room temperature.
  • the mixture was allowed to stand and mixed again with a vortex mixer for 15 seconds. Thereafter, centrifugation was performed at 4,000 ⁇ g, 4 ° C. for 10 minutes, and the supernatant was collected. A solution obtained by adding 1/10 amount of 2M Tris-HCl (pH 9.5) to the obtained supernatant was used as an extract.
  • Example 1- (3) and the five pre-concentration rAAV5 obtained in Example 1- (4) were each equidistant in 5 ⁇ sample buffer. (Takara Bio Inc.) was added and mixed, followed by treatment at 95 ° C. for 10 minutes. 4 ⁇ L of each treatment solution was applied to a 4-12% polyacrylamide gel and subjected to electrophoresis. After completion of the electrophoresis, the gel was immersed in an appropriate amount of Oriole fluorescent gel stain solution (manufactured by Bio-Rad) and shaken for 90 minutes while being shielded from light. The gel after shaking was photographed with Luminoshot 400 (manufactured by Takara Bio Inc.). The result is shown in FIG. In FIG. 1, lane C is an extract, and lanes 1 to 5 are rAAV5 (samples 1 to 5) before concentration.
  • FIG. 1 All bands in FIG. 1 are contaminating protein bands. Since the concentration of rAAV5 is low at the stage before concentration, the rAAV5 band cannot be confirmed. As shown in FIG. 1, Lane 1 and Lane 2 had fewer contaminating protein bands than Lane C. This indicates that the contaminating protein can be precipitated and removed by adding citric acid or sodium deoxycholate to the mixture of rAAV5 and the contaminating protein. Further, as shown in FIG. 1, lanes 3 to 5 had fewer contaminating protein bands than lanes 1 and 2. This indicates that contaminating proteins can be precipitated and removed more efficiently by combining sodium deoxycholate addition and citric acid addition.
  • Total genome titer (VG) genome titer (VG / mL) ⁇ total liquid volume (mL)
  • the relative value (recovery rate) when the total genome titer of the extract is 100 is shown in FIG.
  • the vertical axis represents the recovery rate (%)
  • the horizontal axis lane C represents the extract
  • lanes 1 to 5 represent rAAV5 (samples 1 to 5) before concentration.
  • the recoveries of samples 1 to 5 were 99% to 113%, which was close to 100%. This indicates that the recovery rate of rAAV5 is very high in the purification of rAAV5 by adding sodium deoxycholate and citric acid.
  • FIG. 2 revealed that the purification of rAAV5 by adding sodium deoxycholate and citric acid was a very efficient purification method. That is, contaminating proteins can be precipitated and removed by adding sodium deoxycholate and citric acid.
  • rAAV5 can be purified at a high recovery rate by adding citric acid so that the final concentration of sodium deoxycholate is 0.5% (v / v) and the pH is 4-6.
  • Example 2 Purification and Concentration of rAAV5 (1) Examination of Addition Amounts of Sodium Deoxycholate and Citric Acid Extracts were obtained in the same manner as in Examples 1- (1) to (3). 1/100 amount of 20 U / ⁇ L Cryonase (registered trademark) Cold-active Nuclease was added to the resulting extract (final concentration 0.2 U / ⁇ L) and reacted at 37 ° C. for 1 hour. Divide the sample into 4 equal parts, add 1/10 or 1/20 amount of 5% (v / v) sodium deoxycholate, let stand at 37 ° C. for 30 minutes, and then add 1/20 or 1/30 An amount of 1M citric acid was added. The results of measuring the pH for each sample are shown in Table 2.
  • the samples were centrifuged at 5,000 ⁇ g, 4 ° C. for 5 minutes, and the supernatant was collected to remove the precipitates.
  • the recovered supernatant was filtered through a filter having a pore size of 0.45 ⁇ m and designated rAAV5 before concentration.
  • Example 2- (2) Purification and concentration of rAAV5 by ultrafiltration membrane
  • the pre-concentration rAAV5 obtained in Example 2- (2) was placed in a 100 kDa ultrafiltration membrane (manufactured by Merck Millipore), 2,000 ⁇ g, 4
  • the solution was centrifuged at 10 ° C. for 10 minutes, and the filtrate was discarded. Further, “the operation of adding 10 mL of D-PBS to the ultrafiltration membrane, suspending it, centrifuging under the above conditions and discarding the filtrate (washing operation)” was repeated 5 times, and the final concentrated solution was purified rAAV5 ( Samples a to d) were used. By these series of operations, low molecular weight impurities were removed and rAAV5 was concentrated 10 times.
  • Example 2- (2) Purity confirmation of rAAV5
  • lane M is Protein Molecular Weight Marker (Broad) (Takara Bio Inc., 200, 116, 97, 66, 44, 29, 20 kDa from the top), and lanes a to d are purified rAAV5 (samples a to d). It is.
  • rAAV5 structural protein VP1, VP2, VP3 bands
  • Lane a had few contaminating protein bands. This is because rAAV5 was further treated by ultrafiltration membrane treatment of 100 kDa after removing precipitates produced by addition of sodium deoxycholate (final concentration 0.5% (v / v)) and citric acid (pH 5). Indicates that can be purified and concentrated.
  • Example 3 Purification of rAAV of various serotypes (rAAV1, rAAV2, rAAV3, rAAV6) (1) Seeding of cells for producing rAAV Cells for producing rAAV were seeded in the same manner as in Example 1- (1).
  • Plasmid transfection for rAAV production Plasmid for rAAV production was transfected into the cells obtained in Example 3- (1) in the same manner as in Example 1- (2). However, according to the serotype of rAAV to be prepared, instead of pRC5 Vector, pRep-Cap1 AAV Helper Plasmid (Applied Viromics), pRC2-mi342 Vector (manufactured by Takara Bio Inc.), pRep-Cap3 AAV HelperPlasPs PRC6 Vector (manufactured by Takara Bio Inc.).
  • the samples were centrifuged at 5,000 ⁇ g, 4 ° C. for 5 minutes, and the supernatant was collected to remove the precipitates.
  • the recovered supernatant was filtered through a filter with a pore size of 0.45 ⁇ m and used as rAAV before concentration.
  • the bands of Lane C and Lane Pre are all contaminating protein bands. Since rAAV has a low concentration at this stage, the rAAV band cannot be confirmed.
  • the three thick bands in Lane F are bands of rAAV structural proteins (VP1, VP2, VP3). As shown in FIG. 4, in each serotype of rAAV, Lane Pre had fewer contaminating protein bands than Lane C. This indicates that contaminant proteins can be precipitated and removed by adding sodium deoxycholate and citric acid regardless of the serotype of rAAV. In each serotype of rAAV, Lane F had few contaminating protein bands other than rAAV structural proteins (VP1, VP2, VP3). This indicates that, regardless of the serotype of rAAV, rAAV can be concentrated and low molecular weight contaminating proteins can be removed by 100 kDa ultrafiltration membrane treatment.
  • the recovery rate of rAAV (Pre) before concentration was 89% to 120%, which was close to 100%. This indicates that in the purification of rAAV by adding sodium deoxycholate and citric acid, the recovery rate of rAAV is very high regardless of the serotype of rAAV.
  • Example 5 Examination of various types of acidic solutions (1) Acquisition of rAAV6 extract An rAAV6 extract was obtained in the same manner as in Examples 3- (1) to (3).
  • the samples were centrifuged at 5,000 ⁇ g, 4 ° C. for 5 minutes, and the supernatant was collected to remove the precipitates.
  • the recovered supernatant was filtered through a filter with a pore size of 0.45 ⁇ m and designated rAAV6 before concentration.
  • Example 6 Examination of various types of surfactants (1) Acquisition of rAAV2 extract A rAAV2 extract was obtained in the same manner as in Examples 3- (1) to (3).
  • the samples were centrifuged at 5,000 ⁇ g, 4 ° C. for 5 minutes, and the supernatant was collected to remove the precipitates.
  • the recovered supernatant was filtered through a filter having a pore size of 0.45 ⁇ m and designated rAAV2 before concentration.
  • the bands of Lane C and Lane Pre are all contaminating protein bands. Since rAAV2 has a low concentration at this stage, the rAAV2 band cannot be confirmed.
  • the three thick bands in lane F are bands of rAAV2 structural proteins (VP1, VP2, VP3). As shown in FIG. 5, in all the surfactants, Lane Pre had fewer contaminating protein bands than Lane C. This indicates that contaminant proteins can be precipitated and removed by addition of surfactant and citric acid, regardless of the type of surfactant.
  • the highly non-enveloped virus particles can be obtained without complicated operations by the non-enveloped virus production method of the present invention.
  • the non-enveloped virus particles prepared by the production method of the present invention and compositions containing such particles as active ingredients are very useful as gene transfer methods in basic research of gene therapy or clinical applications.

Abstract

 非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料に、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質を添加し、当該物質を添加後の試料を酸性にする工程で生じた沈殿物を除去することにより、非エンベロープウイルス粒子を含む画分を得る工程を含む、非エンベロープウイルス粒子を得るための製造方法が提供される。

Description

非エンベロープウイルス粒子の製造方法
 本発明は、非エンベロープウイルス粒子を煩雑な操作なく高純度に製造する方法に関する。
 現在、遺伝子組換え分野や医療分野においては、ヒトを含む哺乳動物細胞に遺伝子を導入する方法として、電気穿孔や金属微粒子を用いる物理的方法、核酸、ポリカチオン、もしくはリポソームを用いる化学的方法等に加えて、生物学的方法としてウイルス由来の遺伝子導入用のベクター(以下、ウイルスベクター)を用いる方法がある。ウイルスベクターとは、天然由来のウイルスを改変し、所望の遺伝子等を標的に移入することができるようにしたベクターのことで、近年技術開発が進んでいる。一般に、遺伝子組換え技術を用いて作製したウイルスベクターは、遺伝子組換えウイルスベクターと呼ばれるが、そういった遺伝子組換えウイルスベクターの由来となるウイルスとしては、レトロウイルスやレンチウイルス、センダイウイルス、ならびにヘルペスウイルス等のエンベロープを持つウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(以下、AAV)等のエンベロープを持たないウイルス(以下、非エンベロープウイルス)がよく知られている。
 特にAAVはヒトを含む広範な種の細胞に感染可能で、血球、筋、神経細胞等の分化を終えた非分裂細胞にも感染すること、ヒトに対する病原性がないため副作用の心配が低いこと、ウイルス粒子が物理化学的に安定であること等から、先天性遺伝子疾患の治療の他、癌や感染症の治療を目的とした遺伝子治療法に用いる遺伝子導入用のベクターとしての利用価値が、近年注目されている。
 遺伝子組換えウイルスの製造方法としては、通常、ウイルス粒子形成に必須な要素を核酸構築物の形で細胞に導入し、ウイルスを産生する能力を有する細胞(以下、ウイルス産生細胞)を作製し、当該細胞を培養してウイルス粒子形成に必須な要素を発現させることで行われる。一般的には、前記ウイルス粒子形成に必須な要素のうち、シス供給を要するものとトランス供給可能なものを分離してウイルス産生用の細胞に導入することで、野生型ウイルスの産生、及び遺伝子組換えウイルスの感染先での自立複製を防ぐ方法が取られる(特許文献1)。
 以下、AAVを由来とした遺伝子組換えウイルス(以下、rAAV)ベクターを例に挙げて具体的に説明すると、1)野生型AAVゲノムの両端のITRを残し、rep、cap遺伝子を除いた核酸をプラスミドに搭載したrAAVプラスミドの導入、2)Rep、Capタンパク質をトランスに供給するためのrep、cap遺伝子発現プラスミドの導入、加えてAAVはその感染性ウイルス粒子形成にヘルパーウイルスと呼ばれる、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、又はワクシニアウイルス等のいずれかのウイルスからの補助要素の供給を要することから、3)アデノウイルス感染、を用いる方法が確立されている。更に、上記方法を用いると、理論上、製造されたベクター液中にアデノウイルスが混入するが、それを回避するため、上記3)に代わって3’)アデノウイルス由来要素のうち、AAVのウイルス粒子形成に必須な要素のみを発現するヘルパープラスミドの導入、を用いる製造方法(ヘルパーフリー系)が開発された。
 ウイルス産生が達成されたウイルス産生細胞は、その後、回収、破砕され、得られたrAAV粒子を含む細胞破砕液を適宜フィルターろ過、超遠心、クロマトグラフィー、又は限外ろ過等の工程に供することによってrAAV粒子が精製され、最終製造物となる。
 現在、遺伝子組換えウイルスベクターの利用が遺伝子治療の基礎研究、又は臨床応用の分野に広がるにつれ、より高力価、高純度のrAAV粒子を取得する方法が必要とされ、各種の改良方法が開示されている。例えば、培養液のpHを上昇させたストレス条件下でウイルス産生細胞を培養することで、rAAV粒子の産生と当該粒子の培養上清への放出割合を促す方法(特許文献1)が知られているが、それ以外は産生されたrAAV粒子の精製以降の工程についての工夫である。また、rAAV粒子の精製においては、超遠心やクロマトグラフィーを用いずにさまざまなセロタイプ(以下、血清型ともいう)のrAAV粒子を精製する方法が提案されている(非特許文献1及び非特許文献2)。しかし、当該方法は、ポリエチレングリコール(PEG)相と水相の二相分割方法、PEG沈殿、クロロホルム処理、及び透析の四種類の処理工程を含む複雑な精製方法であることに加え、純度の上でもSDS-PAGEにおいて不純物と思われるバンドが多数認められており、純度及び簡便さという観点からみると十分ではない。以上のように、rAAV粒子を精製に供する前に実施されるウイルス産生細胞の処理方法、及びrAA粒子の精製方法については、依然改善の余地が残されている。
国際公開第2000/14205号パンフレット
ジャーナル オブ ヴィロロジカル メソッズ(J. Virol. Methods)、第183巻、第2号、139~146頁(2012年) バイオエンジニアード(Bioengineered)、第4巻、第2号、103~106頁(2013年)
 本発明の目的は、煩雑な操作なく高純度の非エンベロープウイルス粒子を得るための製造方法を提供することにある。
 本発明者らは、煩雑な操作なく高純度の非エンベロープウイルス粒子を得るための製造方法を提供することを目的に鋭意研究した結果、非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料に、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質を添加し、当該物質を添加後の試料を酸性にする工程で生じた沈殿物を除去することにより、非エンベロープウイルス粒子を含む画分を得ることができることを見出し、本発明を完成させた。
 すなわち、本発明は、
[1] 非エンベロープウイルス粒子の製造方法であって、
(a)非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料に、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質を添加する工程、
(b)前記物質を添加した試料を酸性にする工程、及び
(c)前記(b)工程で生じた沈殿物を除去し、非エンベロープウイルス粒子を含む画分を取得する工程、
を含む方法、
[2](c)工程の後にさらに、(d)非エンベロープウイルス粒子を精製する工程、を含むことを特徴とする[1]に記載の方法、
[3] 酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質が、界面活性剤である[1]に記載の方法、
[4] 酸性にする工程が、酸性の溶液を添加する工程である[1]~[3]のいずれかに記載の方法、
[5] 非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料が、非エンベロープウイルス産生細胞の溶解物もしくは破砕物、非エンベロープウイルス粒子を含有する非エンベロープウイルス産生細胞の培養液上清、または非エンベロープウイルス産生細胞から得られる抽出物である[1]~[4]のいずれかに記載の方法、
[6] 非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料が、非エンベロープウイルス産生細胞を酸性の溶液で処理して得られる抽出物の中和物である[5]に記載の方法、
[7] 非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料が、さらにヌクレアーゼ処理を施された試料である[1]~[6]のいずれかに記載の方法、
[8] 非エンベロープウイルス粒子がアデノ随伴ウイルス粒子である[1]~[7]のいずれかに記載の方法、
[9] [1]~[8]のいずれかに記載の方法を実施するためのキットであって、
(1)酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質、及び
(2)酸性の溶液、
を含有することを特徴とするキット、
[10] さらに、中和液を含有することを特徴とする[9]に記載のキット、
に関する。
 本発明により、煩雑な操作なく高純度の非エンベロープウイルス粒子を得るための製造方法が提供される。
実施例1で調製したサンプルのSDS-PAGEの結果を示す図である。 実施例1で調製したサンプルの回収率を示す図である。 実施例2で調製したサンプルのSDS-PAGEの結果を示す図である。 実施例3で調製したサンプルのSDS-PAGEの結果を示す図である。 実施例6で調製したサンプルのSDS-PAGEの結果を示す図である。
 本明細書において非エンベロープウイルスとは、エンベロープウイルス以外のウイルスを指す。ここでエンベロープウイルスとは、ウイルス表面に脂質層もしくは脂質2重層を持つウイルスを指す。非エンベロープウイルスの代表的なものとしては、DNAをゲノムとするウイルスについては、アデノウイルス、パルボウイルス、パポバウイルス、ヒトパピローマウイルス等、RNAをゲノムとするウイルスについては、ロタウイルス、コクサッキーウイルス、エンテロウイルス、サポウイルス、ノロウイルス、ポリオウイルス、エコーウイルス、A型肝炎ウイルス、E型肝炎ウイルス、ライノウイルス、アストロウイルス等が例示される。
 本発明の製造方法が適用される非エンベロープウイルスに特に限定はなく、既に産生方法が知られた非エンベロープウイルスでも、天然から新たに取得された非エンベロープウイルス、又はそれらを由来とする遺伝子組換えウイルスベクターでもよい。本発明の製造方法で製造される非エンベロープウイルスには、好適にはアデノウイルス、又はパルボウイルス科のAAVが例示される。本発明の製造方法は、公知のいずれの血清型のAAVにも適用可能であり、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、及びAAV13からなる群より選択された少なくとも1種のAAVの製造に利用することができる。なお、本明細書においてrAAVの血清型について述べる場合、カプシド(capsid)の由来となる血清型を基準とする。すなわち、rAAV調製時に使用されるcap遺伝子の由来に応じてそのrAAVの血清型を決定するものとし、rAAV粒子中に封入されているAAVゲノムの血清型の由来には依存しないものとする。例えば、カプシドがAAV6由来で、rAAV粒子中に封入されているAAVゲノム中のITRがAAV2由来の場合は、本明細書中では当該rAAVは血清型6とする。さらに、前記の各血清型のAAVのカプシドの変異体を含むAAVの製造にも、本発明の製造方法を適用することができる。
 本明細書において、「ウイルス粒子」とはカプシドと呼ばれるタンパク質の殻から構成された粒子を意味する。また「ウイルスベクター」とは、前記のウイルス粒子に包含されているウイルスゲノム(核酸形状)を意味する。例えば、AAVの場合、rAAV粒子は、カプシドと呼ばれるタンパク質の殻から構成された粒子であって、rAAVベクターを含む。また、rAAVベクターはrAAV粒子内に存在するウイルスゲノムDNAを含むものである。さらに本明細書では、「ウイルス粒子」には、ウイルスゲノムを含んでいないウイルス様粒子(例えばAAV中空粒子:国際公開第2012/144446号パンフレット)の場合も含む。特に限定はされないが、rAAVベクター由来のウイルス様粒子、又はAAV中空粒子は、rAAV粒子の範疇である。
 本明細書において、酸性とはpH6.5未満であることをいい、中性とはpH6.5~7.5であることをいい、塩基性とはpH7.5超であることをいう。
 以下に本発明について詳細に説明する。
(1)本発明の非エンベロープウイルス粒子の製造方法
 本発明の非エンベロープウイルス粒子の製造方法は、
(a)非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料に、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質を添加する工程、
(b)前記物質を添加した試料を酸性にする工程、及び
(c)前記(b)工程で生じた沈殿物を除去し、非エンベロープウイルス粒子を含む画分を取得する工程、
を含むことを特徴とする。
 具体的には、非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料に、まず酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質が添加される。当該物質の添加は、固形物を添加して実施することもできるが、好ましくはあらかじめ調製しておいた溶液を所望の終濃度となるように添加することで実施される。当該物質の添加後は、すぐに次工程(b)に進んでもよいが、好ましくは当該物質の添加後しばらく静置する。静置温度および静置時間は適宜決定すればよく、特に限定されないが、静置温度としては例えば0~40℃、好ましくは4~37℃、静置時間としては例えば1分~24時間、好ましくは5分~1時間が挙げられ、例えば37℃で30分間静置する。
 本発明の方法で使用する「酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質」とは、中性又は塩基性条件と比較して、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる性質を有する物質のことをいう。当該物質としては、特に本発明を限定するものではないが、試料中のタンパク質との相互作用によって酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させて、沈殿させる性質を有するものが本発明に好適である。
 また、本発明の方法で使用する「酸性条件で沈殿する物質」とは、中性又は塩基性条件から酸性条件に変化することにより、自身が沈殿する性質をもつ物質のことをいう。当該物質としては、特に本発明を限定するものではないが、酸性条件で沈殿する際に試料中のタンパク質をともに沈殿させる性質を有するものが本発明に好適である。
 本発明の方法で使用する酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質と酸性条件で沈殿する物質は、別物質であってもよいし、同一物質であってもよい。当該酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質は、特に限定はされないが界面活性剤であってもよい。当該界面活性剤は、アニオン界面活性剤、非イオン性界面活性剤、カチオン界面活性剤及び両性界面活性剤に大別される。
 アニオン界面活性剤とは、陰イオン界面活性剤とも称されるものであって、水中で電離して有機陰イオンとなるものである。当該アニオン界面活性剤は、カルボン酸型、スルホン酸型、硫酸エステル型及びリン酸エステル型に分類される。当該カルボン酸型に分類されるものとしては、デオキシコール酸塩、コール酸塩又はラウロイルサルコシン塩が例示される。また、スルホン酸型としてはドデシル硫酸塩が例示される。前記塩は、ナトリウム塩、リチウム塩が好適である。
 非イオン性界面活性剤とは、水中でイオンにならないものをいう。当該非イオン性界面活性剤は、エステル型、エーテル型、エステルエーテル型、アルカノールアミド型、糖型及びメチルグルカミン型に分類される。前記エステル型としては、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート(Tween(登録商標) 20)、ポリオキシエチレンソルビタンモノパルミテート(Tween(登録商標) 40)、ポリオキシエチレンソルビタンモノステアレート(Tween(登録商標) 60)又はポリオキシエチレンソルビタンモノオレート(Tween(登録商標) 80)等が例示される。また、エーテル型としては、ポリオキシエチレンノニルフェニルエーテル(Nonidet(登録商標) P―40)、ポリオキシエチレンアルキルエーテル(BriJ(登録商標) L23、BriJ(登録商標) L58)が例示される。エステルエーテル型としては、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ポリオキシエチレンヘキシタン脂肪酸エステル又はソルビタン脂肪酸エステルポリエチレングリコールが例示される。さらにアルカノールアミドとしては、N,N-ビス[3-(D-グルコンアミド)プロピル]デオキシコールアミドが例示される。糖型としては、アルキルマルトシド、アルキルグルコピラノシドが例示される。メチルグルカミン型としては、アルキル-N-メチルグルカミンが例示される。
 カチオン界面活性剤は、陽イオン界面活性剤とも称され、これは、水中で、電離して有機陽イオンとなるものである。カチオン界面活性剤は、アルキルアミン塩型及び第四級アンモニウム塩型に分類され、当該アルキルアミン塩型としては、モノメチルアミン塩酸塩、ジメチルアミン塩酸塩又はトリメチルアミン塩酸塩が例示される。また、第四級アンモニウム塩型としては、ヘキサデシルトリメチルアンモニウムブロミド又はミリスチルトリメチルアンモニウムブロミド等が例示される。
 両性界面活性剤とは、分子内にアニオン基とカチオン基の両者を併せ持っている界面活性剤である。水溶液中での電離状態はアミノ酸に類似しており、両性界面活性剤には、アミノ酸誘導体が多く存在する。従って、アミノ酸と同様に等電点を有し、等電点よりアルカリ性側にある場合にはアニオン界面活性剤として、酸性側にある場合にはカチオン界面活性剤として作用する。前記両性界面活性剤としては、スルホベタインが例示される。特に限定はされないが、ラウリルスルホベタイン、カプリリルスルホベタイン、オクチルスルホベタイン、パルミチルスルホベタイン又はミリスチルスルホベタインが挙げられる。
 本発明の方法においては、好ましくは、酸性pHで不溶化するアニオン界面活性剤が例示される。さらに好ましくは、カルボン酸型アニオン界面活性剤である、デオキシコール酸ナトリウム、ケノデオキシコール酸ナトリウム、コール酸ナトリウム、グリココール酸ナトリウム、タウロコール酸ナトリウム、タウロデオキシコール酸ナトリウムが好適に使用される。特に好適には、デオキシコール酸ナトリウム、ケノデオキシコール酸ナトリウム、コール酸ナトリウムが使用される。
 本発明の方法の工程(a)においては、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質を固形物として添加してもよく、または、あらかじめ調製しておいた当該物質の溶液を添加してもよい。当該物質の溶液の濃度は、特に限定されず、当業者が適宜決定することができる。また、当該物質の溶液の調製に用いる溶媒には特に限定はなく、水、緩衝液、細胞培養用培地等、適宜選択可能である。酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質は、所望の終濃度となるように、非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料に添加される。当該物質の所望の終濃度は、酸性条件下で試料中の夾雑タンパク質を沈澱させる濃度であればよく、特に限定されない。試料に含有される非エンベロープウイルスの種類や当該物質の種類にもよるが、例えば、デオキシコール酸ナトリウム、ケノデオキシコール酸ナトリウム、またはコール酸ナトリウムを用いる場合の終濃度としては、0.1~2%(v/v)、好ましくは0.2~1%(v/v)が挙げられる。また、個々の非エンベロープウイルスによって酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質の最適濃度が異なる場合は、適切な濃度を決定するのは当然のことである。
 次に、本発明の方法では、前記物質が添加された試料のpHを酸性にする。この工程において、中性又は塩基性の試料を酸性にすることができれば、その方法に特に限定はない。酸性にする手段としては、気体の酸をバブリングしてもよいし固体の酸を添加してもよい。特に好ましくは、あらかじめ調製しておいた酸性の溶液を所望の終濃度となるように添加することである。本発明に使用される酸としては、例えば、クエン酸、酢酸、リンゴ酸、リン酸、塩酸、硫酸、硝酸、乳酸、プロピオン酸、酪酸、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、マレイン酸、酒石酸、安息香酸、スルホサリチル酸、ギ酸、またはそれらの塩、更に、MES、Bis-Tris等の緩衝域がpH6.5未満のグッドバッファーから選択される化合物が例示される。酸性の溶液としては、例えば、前記化合物を含有する溶液が使用される。酸性の溶液の調製に用いる溶媒には特に限定はなく、水、緩衝液、細胞培養用培地等、適宜選択可能である。特に好適には、クエン酸、及びそれらの塩を含有する水溶液が使用される。前記の酸または酸性の溶液は、所望の終濃度となるように前記試料に添加される。当該所望の終濃度は、前記試料のpHが酸性になるような濃度であればよく、特に限定されない。また、当該酸性にした後の最終pHは、好ましくはpH6.5未満であり、さらに好ましくはpH4~6の範囲である。また、個々の非エンベロープウイルスによって最適pHが異なる場合は、適切なpHを決定するのは当然のことである。
 本発明の方法で用いる非エンベロープウイルス粒子を含有する試料は、非エンベロープウイルス産生細胞由来の試料であってもよい。当該ウイルス産生細胞は特に限定はなく、環境中や、感染症の患者の臨床検体等から得られたウイルス産生細胞でもよく、人為的に作製したウイルス産生細胞でもよい。
 前記非エンベロープウイルス産生細胞製造用の細胞としては、特に限定はなく、ヒト、サル、げっ歯類等の哺乳動物細胞、好適にはトランスフェクション効率が高い293細胞(ATCC CRL-1573)や293T/17細胞(ATCC CRL-11268)、293F細胞、293FT細胞(いずれもライフテクノロジーズ社製)、G3T-hi細胞(国際公開第2006/035829号パンフレット)、Sf9細胞(ATCC CRL-1711)、市販のウイルス産生用細胞株、AAV293細胞(Stratagene社製)が例示される。また、例えば、前記293細胞等はアデノウイルスE1タンパク質を恒常的に発現するが、このような、rAAV産生に必要なタンパク質の1つ、又はいくつかを一過的もしくは恒常的に発現するように改変した細胞であってもよい。これらの種々の細胞に対して、公知の方法や市販のキットを用いて非エンベロープウイルスベクターを導入し、非エンベロープウイルス産生細胞とすることができる。また、当該細胞の培養は、公知の培養条件で行うことができる。例えば温度30~37℃、湿度95%RH、CO濃度5~10%(v/v)での培養が例示されるが、本発明はこのような条件に限定されるものではない。所望の非エンベロープウイルス産生細胞の増殖や非エンベロープウイルスの産生が達成できるのであれば前記の範囲以外の温度、湿度、CO濃度で実施してもよい。また、培養期間は特に限定はなく、例えば12~150時間、好適には48~120時間である。
 非エンベロープウイルス産生細胞として例えば、rAAV産生細胞を例に挙げて説明すると、rAAV粒子形成に必須な要素として、(A)AAV由来Repタンパク質をコードする核酸及びCapタンパク質をコードする核酸、(B)アデノウイルス由来要素、例えばE1aタンパク質、E1bタンパク質、E2タンパク質、E4タンパク質及びVARNAを供給する核酸、並びに(C)rAAV粒子に封入される核酸を任意の細胞に導入することにより、rAAV産生細胞を作製することができる。なお、前記の(B)に記載された核酸に換えてアデノウイルス等をヘルパーウイルスとして使用する方法も知られている。
 前記のAAV由来Repタンパク質をコードする核酸及びCapタンパク質をコードする核酸、ならびに前記のアデノウイルス由来要素を供給する核酸の形態には限定はなく、それぞれの要素を供給可能な1又は複数の核酸構築物として、プラスミドやウイルスベクターに搭載して、細胞に導入することができる。これらの核酸の細胞への導入は、例えば、市販又は公知のプラスミド又はウイルスベクターを用いて公知の方法により行うことができる。
 前記のrAAV粒子に封入される核酸は、AAV由来のITR配列とrAAVベクターに搭載することが望まれる核酸で構成される。rAAVベクターに搭載することが望まれる核酸としては、任意の外来遺伝子、例えばポリペプチド(酵素、成長因子、サイトカイン、レセプター、構造タンパク質等)、アンチセンスRNA、リボザイム、デコイ、RNA干渉を起こすRNA等を供給する核酸が例示される。加えて外来遺伝子の発現の制御のため、適当なプロモーター、エンハンサー、ターミネーターやその他の転写調節要素が前記の核酸に挿入されていてもよい。例えば、rAAV粒子に封入される核酸は、2つのITR配列の間にrAAVベクターに搭載することが望まれる任意の外来遺伝子を含んでいてもよく、又は、2つのITR配列の間に、rAAVベクターに搭載することが望まれる任意の外来遺伝子及び該外来遺伝子の発現の制御のための1以上の要素を含んでいてもよい。rAAV粒子に封入される核酸は核酸構築物として、プラスミドの形態で細胞に導入することができる。前記のプラスミドは、例えば市販のrAAVベクタープラスミドであるpAAV-CMV Vector等(タカラバイオ社製)を使用して構築することができる。
 本発明の方法に使用される非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料は、例えば、上記のように培養された非エンベロープウイルス産生細胞を破砕もしくは溶解して調製することができる。非エンベロープウイルス産生細胞の培養中に培養液に非エンベロープウイルス粒子が漏出するような場合には、当該非エンベロープウイルス粒子を含有する培養液の上清を試料としてもよい。さらに、前記非エンベロープウイルス産生細胞の破砕または溶解は、超音波処理、凍結融解処理、酵素処理、浸透圧処理等の公知の方法で実施することができる。こうして得られた非エンベロープウイルス産生細胞の破砕物もしくは溶解物または非エンベロープウイルス粒子を含有する培養液上清のpHが中性又は塩基性であれば、前記非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料としてそのまま使用できるし、そうでない場合は、中和することによって、本発明の方法で用いる非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料とすることができる。なお、本明細書において中和とは、特に限定はされないが、酸性の溶液に塩基性の溶液やpH緩衝液を加えることを意味し、中和後の溶液(中和物)は中性であってもよいし、塩基性であってもよい。塩基性の溶液としては、特に限定はされないが、例えば水酸化ナトリウム水溶液、水酸化カリウム溶液などが挙げられる。また、pH緩衝液としては、特に限定はされないが、例えばTris-HCl溶液などが挙げられる。
 さらに、本発明の方法で用いる非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料は、非エンベロープウイルス産生細胞を酸性の溶液で処理して得られる抽出物の中和物であってもよい。即ち、非エンベロープウイルス産生細胞を酸性の溶液と接触させることにより得られた試料を中和したものも好適に使用できる。この工程は、培養後に遠心分離やろ過によって培養液を除去して回収された非エンベロープウイルス産生細胞のペレットを酸性の溶液に懸濁する操作、もしくは非エンベロープウイルス産生細胞の培養液に培養液を酸性とし得る成分を添加する操作、により実施される。前記酸性の溶液としては、非エンベロープウイルス産生細胞の培養時のpHより低いpHを示し、かつウイルス産生が達成された非エンベロープウイルス産生細胞から非エンベロープウイルス粒子を含む抽出物を取得できる溶液であれば限定はない。例えば、本発明の方法の工程(b)で用いられる酸性の溶液として例示されたのと同様の溶液が使用できる。前記培養液を酸性とし得る成分としては、非エンベロープウイルス産生細胞の培養液のpHを非エンベロープウイルス産生細胞の培養時のpHより低いpHにする成分であり、かつ、ウイルス産生が達成された非エンベロープウイルス産生細胞から非エンベロープウイルス粒子を含む抽出物を取得できる成分であれば限定はない。例えば、本発明の方法の工程(b)で用いられる酸として例示されたのと同様の化合物が使用できる。前記酸性の溶液または酸性とし得る成分と接触している際の温度と時間は特に限定はなく、温度としては例えば0~40℃、好適には4~37℃、時間としては例えば1分~48時間、好適には5分~24時間が例示される。更に酸性の溶液または酸性とし得る成分と接触させた状態あるいは中和した後の状態で、-80℃等の超低温フリーザーにおいて長期に保存することも可能である。この接触操作により非エンベロープウイルスはウイルス産生細胞外に放出される。
 さらに本発明の方法で用いる非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料は、あらかじめヌクレアーゼ処理を施された試料であってもよい。例えば、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質を添加する前にヌクレアーゼ処理を行ってもよい。当該工程で使うヌクレアーゼは、抽出物中のDNAに作用するものが好ましく、例えばベンゾナーゼ(Benzonase 登録商標 メルクミリポア社製)、Cryonase Cold-active nuclease(タカラバイオ社製)等が例示される。該ヌクレアーゼ処理の温度及び時間、ヌクレアーゼの量等の条件は、使用する酵素の種類に応じて適宜決定すればよく、特に限定はされない。
 本発明の方法において生じた沈殿物を除去し、非エンベロープウイルス粒子を含む画分を取得する工程とは、酸性にする工程で生じた沈殿物を除去し、非エンベロープウイルス粒子を含む画分を取得する工程を指す。沈殿の除去はろ過のような公知の固液分離方法で実施すればよい。好適には遠心分離により実施される。
 上記の、沈殿物の除去の工程を経て得られた、非エンベロープウイルス粒子を含む画分は、さらに精製する工程に付してもよい。また、当該精製工程により、非エンベロープウイルス粒子が濃縮されてもよい。当該精製方法としては、超遠心、クロマトグラフィー、限外ろ過、その他公知の方法が例示される。
 前記限外ろ過とは、限外ろ過膜を使用するろ過のことである。限外ろ過膜は、物理的に明瞭な多数の微細な孔を有する分離膜である。限外ろ過膜の分画分子量は、非エンベロープウイルス精製の点及び夾雑物除去の点から、50~300kDaであることが好ましく、70~150kDaであることがより好ましく、100kDaであることがさらに好ましい。例えば、分画分子量が100kDaの限外ろ過膜Amicon(登録商標) Ultra-15(メルクミリポア社製、以下、100kDaの限外ろ過膜と記載する)によって実施することができる。このとき、非エンベロープウイルス粒子を含む画分にポリエチレングリコール(PEG)を添加することにより、非エンベロープウイルス粒子の回収率を改善することができる。添加するPEGには特に限定はなく、種々の平均分子量のものを使用することができる。例えば平均分子量200~10,000のPEG、好ましくは平均分子量4,000~8,000のPEGが本発明では使用される。さらに好ましくは、平均分子量6,000のPEGが使用できる。
 また、前記クロマトグラフィーによる非エンベロープウイルス粒子の精製は、イオン交換カラム(例えば、ムスタングQ(pall社製))やアフィニティカラム(例えば、AVB Sepharose(登録商標)(GE社製)やヘパリンカラム等)、ハイドロキシルアパタイトカラム等によって実施することができる。
 本発明の方法において、非エンベロープウイルス粒子は、好ましくはアデノ随伴ウイルス粒子である。
 本発明の方法では非エンベロープウイルス粒子の取得の程度は、評価方法として非エンベロープウイルスの力価等を用いて示される。前記非エンベロープウイルスの力価は、特に限定はないが、一定量の試料中の(a)非エンベロープウイルスのゲノムの個数(ゲノム力価)、(b)実験的に測定される非エンベロープウイルスの細胞への感染能力(感染力価)、又は(c)非エンベロープウイルスを構成するタンパク質の純度を測定する方法が挙げられる。
 上記(a)の方法としては、試料中のウイルスゲノムのコピー数をPCR法で測定する方法が例示される。特に限定はされないが、例えば、ゲノム力価測定には、AAVpro(登録商標) Titration Kit(for Real Time PCR) Ver.2(タカラバイオ社製)を使用し、取扱説明書に記載された方法でゲノム力価を算出することができる。
 また、(b)の方法としては、例えば試料の系列希釈液を適当な標的細胞に感染させ、細胞の形状変化(細胞変性)を検出する方法、導入遺伝子の発現を検出する方法、細胞に導入されたウイルスゲノムのコピー数を測定する方法等が例示される。
 さらに(c)の方法としては、例えば当該タンパク質をSDS-PAGEで解析する方法あるいは免疫的手法で定量する方法等が例示される。
(2)本発明の製造方法のためのキット
 本発明のキットは、上記(1)記載の非ウイルスエンベロープウイルス粒子を製造する方法を実施するためのキットであって、(1)酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質、及び(2)酸性の溶液、を含有することを特徴とする。当該酸性条件で沈殿する物質は、上記(1)本発明の非エンベロープウイルス粒子の製造方法で説明した、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質が好適に使用できる。また、当該酸性の溶液は、上記(1)本発明の非エンベロープウイルス粒子の製造方法で説明した、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質が添加された試料のpHを酸性にする工程で使用できるものであれば特に限定はされない。本発明のキットについては、さらに中和液を含んでいてもよい。当該中和液は、好適には塩基性の溶液やpH緩衝液である。塩基性の溶液としては、特に限定はされないが、例えば水酸化ナトリウム水溶液、水酸化カリウム溶液などが挙げられる。また、pH緩衝液としては、特に限定はされないが、例えばTris-HCl溶液などが挙げられる。さらに、非エンベロープウイルス産生細胞からの抽出物の調製に使用される試薬や、非エンベロープウイルス粒子の形成に必須な要素を供給する核酸を含むプラスミド、非エンベロープウイルス粒子に封入される核酸を含むプラスミド等を含むキットとしてもよい。
 本発明により、非エンベロープウイルス粒子の製造方法の他、当該製造方法に使用されるキット、及び当該製造方法で製造した非エンベロープウイルス粒子も提供される。本発明の製造方法を用いて取得した非エンベロープウイルス粒子は、医薬組成物の有効成分として使用することができる。当該医薬組成物は、患者由来の細胞に体外で使用するか、もしくは患者へ直接投与することができる。
 以下、実施例により本発明を更に具体的に説明するが、本発明はこれら実施例に限定されるものではない。
実施例1 デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加によるrAAV5の精製
(1)rAAV製造用細胞の播種
 組織培養処理T225フラスコ(コーニング社製)に、10%FBS(ギブコ社製)を含むDMEM(シグマ社製)に懸濁した293T/17細胞を播種した。その後、37℃、CO濃度5%(v/v)のCOインキュベーターで2日間培養した。
(2)rAAV5製造用プラスミドのトランスフェクション
 実施例1-(1)で得られた細胞に、リン酸カルシウム法を用いて、AAV2のRepタンパク質及びAAV5のCapタンパク質をコードする配列を含むpRC5 Vector(タカラバイオ社製)、アデノウイルスのE2A、VA、V4をコードする配列を含むpHelper Vector(タカラバイオ社製)、AAV2ゲノムの2つのITRの間に蛍光タンパク質ZsGreen1の発現カセットを含むpAAV-ZsGreen1 Vector(タカラバイオ社製)をそれぞれ25μgずつトランスフェクションした。トランスフェクション6時間後、培地を完全に除去し、2%胎仔ウシ血清(FBS)を含むDMEMをフラスコ1枚当たり40mL添加し、37℃、CO濃度5%(v/v)のCOインキュベーターで2日間培養した。
(3)クエン酸バッファー処理による抽出液の取得
 実施例1-(2)で得られた各フラスコに、0.5M EDTA(和光純薬社製)0.5mLを添加し、室温で数分間静置することで細胞を剥離させた。その後、溶液ごと細胞を回収し、1,750×g、4℃、10分間遠心後、上清を除去した。細胞ペレットを2mLのクエン酸バッファー(38.1mM クエン酸、74.8mM クエン酸ナトリウム、75mM 塩化ナトリウム、100mM 塩化マグネシウム、pH5)で再懸濁し、15秒間ボルテックスミキサーで混和を行い、室温で5分間静置、再び15秒間ボルテックスミキサーで混和を行った。その後、4,000×g、4℃、10分間遠心を行い、上清を回収した。得られた上清に1/10量の2M Tris-HCl(pH9.5)を添加した溶液を抽出液とした。
(4)デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加による沈殿物生成とその除去
 実施例1-(3)で得られた抽出液に、1/100量の20U/μL Cryonase(登録商標) Cold-active Nuclease(タカラバイオ社製)を添加後(終濃度0.2U/μL)、37℃で1時間反応させた。サンプルを5等分し、サンプル1には1/10量の1M クエン酸のみを添加した。サンプル2には、1/10量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウムのみを添加した。サンプル3には1/10量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウムを添加し、37℃で30分間静置後、さらに1/40量の1M クエン酸を添加した。サンプル4には1/10量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウムを添加し、37℃で30分間静置後、さらに1/20量の1M クエン酸を添加した。サンプル5には1/10量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウムを添加し、37℃で30分間静置後、さらに1/10量の1M クエン酸を添加した。それぞれのサンプルについて、pHを測定した結果を表1に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
 すべてのサンプルで沈殿物が生じたので、サンプルを5,000×g、4℃、5分間遠心を行い、上清を回収することにより、沈殿物を除去した。回収した上清を孔径0.45μmのPVDF製の加圧式フィルターユニットMillex(登録商標)(メルクミリポア社製、以下、孔径0.45μmのフィルターと記載する)でろ過した溶液を濃縮前rAAV5(サンプル1~5)とした。
(5)濃縮前rAAV5の純度確認
 実施例1-(3)で得られた抽出液及び実施例1-(4)で得られた5種の濃縮前rAAV5に、それぞれ等量の5×サンプルバッファー(タカラバイオ社製)を加えて混合し、95℃、10分間処理を行った。各処理液4μLを4-12%ポリアクリルアミドゲルにアプライし電気泳動を行った。泳動終了後、ゲルを適当量のOriole蛍光ゲルステイン溶液(バイオラッド社製)に浸し、遮光して90分間振とうした。振とう後のゲルをLuminoshot400(タカラバイオ社製)にて撮影した。その結果を図1に示す。図1中、レーンCは抽出液、レーン1~5は濃縮前rAAV5(サンプル1~5)である。
 図1中のバンドはすべて夾雑タンパク質のバンドである。濃縮前の段階ではrAAV5の濃度が薄いため、rAAV5のバンドは確認できない。図1に示されるように、レーン1とレーン2はレーンCに比べて夾雑タンパク質のバンドが少なかった。このことは、rAAV5と夾雑タンパク質の混合物にクエン酸を添加することやデオキシコール酸ナトリウムを添加することにより、夾雑タンパク質を沈殿させ、除去することができることを示す。また、図1に示されるように、レーン3~5はレーン1やレーン2に比べて夾雑タンパク質のバンドがさらに少なかった。このことは、デオキシコール酸ナトリウム添加とクエン酸添加を組み合わせることにより、さらに効率的に、夾雑タンパク質を沈殿させ、除去することができることを示す。さらに、夾雑タンパク質の除去効率はデオキシコール酸ナトリウム及びクエン酸の添加量に依存して変化することが示された。すなわち、レーン4とレーン5の夾雑タンパク質のバンドが非常に少ないことより、デオキシコール酸ナトリウムの終濃度を0.5%(v/v)とし、pH4~6となるようにクエン酸を添加すると、夾雑タンパク質が効率的に除去された。
(6)濃縮前rAAV5の回収率測定
 実施例1-(3)で得られた抽出液及び実施例1-(4)で得られた5種の濃縮前rAAV5のゲノム力価を測定した。ゲノム力価測定には、AAVpro(登録商標) Titration Kit(for Real Time PCR) Ver.2(タカラバイオ社製)を使用し、反応液の調製等の操作はキット添付の説明書に従った。得られたゲノム力価のデータを用いて、下記式に従って総ゲノム力価を算出した。
 式: 総ゲノム力価(VG)=ゲノム力価(VG/mL)×総液量(mL)
 抽出液の総ゲノム力価を100とした時の相対値(回収率)を図2に示す。図2中、縦軸は回収率(%)、横軸のレーンCは抽出液、レーン1~5は濃縮前rAAV5(サンプル1~5)である。
 図2に示されるように、サンプル1~5の回収率は99%~113%であり、100%に近かった。このことは、デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加によるrAAV5の精製において、rAAV5の回収率が非常に高いことを示す。
 図1と図2の結果により、デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加によるrAAV5の精製は非常に効率の良い精製方法であることが明らかになった。すなわち、デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加により、夾雑タンパク質を沈殿させ、除去することができる。特に、デオキシコール酸ナトリウムの終濃度を0.5%(v/v)とし、pH4~6となるようにクエン酸を添加することにより、rAAV5を高い回収率で精製できることが明らかになった。
実施例2 rAAV5の精製と濃縮
(1)デオキシコール酸ナトリウム及びクエン酸の添加量の検討
 実施例1-(1)~(3)と同様の方法で抽出液を取得した。得られた抽出液に、1/100量の20U/μL Cryonase(登録商標) Cold-active Nucleaseを添加後(終濃度0.2U/μL)、37℃で1時間反応させた。サンプルを4等分し、1/10量又は1/20量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウムを添加し、37℃で30分間静置後、さらに1/20量又は1/30量の1M クエン酸を添加した。それぞれのサンプルについて、pHを測定した結果を表2に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
 すべてのサンプルで沈殿物が生じたので、サンプルを5,000×g、4℃、5分間遠心を行い、上清を回収することにより、沈殿物を除去した。回収した上清を孔径0.45μmのフィルターでろ過したものを濃縮前rAAV5とした。
(2)限外ろ過膜によるrAAV5の精製と濃縮
 実施例2-(2)で得られた濃縮前rAAV5を100kDaKの限外ろ過膜(メルクミリポア社製)に入れ、2,000×g、4℃、10分間遠心し、そのろ過液を廃棄した。さらに「限外ろ過膜に10mLのD-PBSを添加後、懸濁し、上記の条件で遠心し、そのろ過液を廃棄する操作(洗浄操作)」を5回繰り返し、最終濃縮液を精製rAAV5(サンプルa~d)とした。これら一連の操作により、低分子量の夾雑物を除去するとともにrAAV5を10倍に濃縮した。
(3)rAAV5の純度確認
 実施例1-(5)と同様の方法で実施例2-(2)で得られた精製rAAV5の純度を確認した。その結果を図3に示す。図3中、レーンMはProtein Molecular Weight Marker (Broad)(タカラバイオ社製、上から200、116、97、66、44、29、20kDa)、レーンa~dは精製rAAV5(サンプルa~d)である。
 図3中、3本の太いバンドはrAAV5の構造タンパク質(VP1、VP2,VP3)のバンド、その他のバンドは夾雑タンパク質のバンドである。図3に示されるように、レーンaは夾雑タンパク質のバンドが少なかった。このことは、デオキシコール酸ナトリウム添加(終濃度0.5%(v/v))とクエン酸添加(pH5)によって生じた沈殿物を除去後、さらに100kDaKの限外ろ過膜処理することによりrAAV5を精製及び濃縮することができることを示す。
実施例3 様々なセロタイプのrAAV(rAAV1、rAAV2、rAAV3、rAAV6)の精製
(1)rAAV製造用細胞の播種
 実施例1-(1)と同様の方法でrAAV製造用細胞を播種した。
(2)rAAV製造用プラスミドのトランスフェクション
 実施例1-(2)と同様の方法でrAAV製造用プラスミドを実施例3-(1)で得られた細胞にトランスフェクションした。ただし、調製するrAAVのセロタイプに合わせて、pRC5 Vectorの代わりに、pRep-Cap1 AAV Helper Plasmid(Applied Viromics社製)、pRC2-mi342 Vector(タカラバイオ社製)、pRep-Cap3 AAV Helper Plasmid(Applied Viromics社製)、pRC6 Vector(タカラバイオ社製)を使用した。
(3)クエン酸バッファー処理による抽出液の取得
 実施例1-(3)と同様の方法で各セロタイプのrAAVの抽出液を取得した。
(4)デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加による沈殿物の生成とその除去
 実施例3-(3)で得られた各抽出液に、1/100量の20U/μL Cryonase(登録商標) Cold-active Nucleaseを添加後(終濃度0.2U/μL)、37℃で1時間反応させた。その後、各サンプルに1/10量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウムを添加し、37℃で30分間以上静置後、さらに1/20量の1M クエン酸を各サンプルに添加した。それぞれのサンプルについて、pHを測定したところ、pH4~6であった。
 すべてのサンプルで沈殿物が生じたので、サンプルを5,000×g、4℃、5分間遠心を行い、上清を回収することにより、沈殿物を除去した。回収した上清を孔径0.45μmのフィルターでろ過したものを、濃縮前rAAVとした。
(5)限外ろ過膜によるrAAVの精製と濃縮
 実施例3-(4)で得られた濃縮前rAAVを100kDaKの限外ろ過膜に入れ、2,000×g、4℃、5分間以上遠心し、そのろ過液を廃棄した。さらに「限外ろ過膜に14mLのD-PBSを添加後、懸濁し、上記の条件で遠心し、そのろ過液を廃棄する操作(洗浄操作)」を5回繰り返し、最終濃縮液を精製rAAVとした。これら一連の操作により、低分子量の夾雑物を除去するとともにrAAVを3~5倍に濃縮した。
(6)rAAVの純度確認
 実施例1-(5)と同様の方法で各セロタイプのrAAVの抽出液(レーンC)、濃縮前rAAV(レーンPre)及び精製rAAV(レーンF)の純度を確認した。その結果を図4に示す。
 図4中、レーンCとレーンPreのバンドはすべて夾雑タンパク質のバンドである。rAAVはこの段階では濃度が薄いため、rAAVのバンドは確認できない。一方、レーンFの3本の太いバンドはrAAVの構造タンパク質(VP1、VP2,VP3)のバンドである。図4に示されるように、各セロタイプのrAAVにおいて、レーンPreはレーンCに比べて夾雑タンパク質のバンドが少なかった。このことは、rAAVのセロタイプに関係なく、デオキシコール酸ナトリウム添加とクエン酸添加により、夾雑物タンパク質を沈殿させ、除去することができることを示す。また、各セロタイプのrAAVにおいて、レーンFはrAAVの構造タンパク質(VP1、VP2、VP3)のバンド以外に、夾雑タンパク質のバンドは殆どなかった。このことは、rAAVのセロタイプに関係なく、100kDaKの限外ろ過膜処理により、rAAVを濃縮するとともに低分子量の夾雑タンパク質を除去することができることを示す。
(7)rAAVの回収率測定
 実施例1-(6)と同様の方法で各セロタイプのrAAVのゲノム力価を測定し、各工程のrAAVの総ゲノム力価を算出した。抽出液の総ゲノム力価を100とした時の相対値(回収率)を表3に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
 表3に示されるように、濃縮前rAAV(Pre)の回収率は89%~120%であり、100%に近かった。このことは、デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加によるrAAVの精製において、rAAVのセロタイプに関係なく、rAAVの回収率が非常に高いことを示す。
 図4と表3の結果により、rAAVのセロタイプに関係なく、デオキシコール酸ナトリウム添加及びクエン酸添加によるrAAVの精製は非常に効率の良い精製方法であることが明らかになった。すなわち、デオキシコール酸ナトリウムの終濃度を0.5%(v/v)とし、pH4~6となるようにクエン酸を添加することにより、夾雑タンパク質を沈殿させ、除去することができる。また、100kDaKの限外ろ過膜処理を追加することにより、さらに高純度のrAAVを得られることが明らかとなった。
実施例4 ポリエチレングリコール添加によるrAAV6の回収率の改善
(1)濃縮前rAAV6の取得
 実施例3-(1)~(4)と同様の方法で濃縮前rAAV6を取得した。
(2)限外ろ過膜によるrAAV6の精製と濃縮(ポリエチレングリコール添加)
 濃縮前rAAV6を3等分し、サンプル1はポリエチレングリコール添加無しサンプルとした。サンプル2には終濃度0.4%(w/v)になるように、ポリエチレングリコール(PEG)-6000(SIGMA社製)溶液を添加した。サンプル3に終濃度0.8%(w/v)になるように、PEG-6000溶液を添加した。それぞれのサンプルを100kDaKの限外ろ過膜に入れ、2,380×g、室温、10分間以上遠心し、ろ過液を廃棄した。さらに「限外ろ過膜にそれぞれの終濃度のポリエチレングリコールを含有した10~14mLのPBSを添加後、懸濁し、上記の条件で遠心し、そのろ過液を廃棄する操作(洗浄操作)」を3回繰り返した。サンプル2とサンプル3だけPBSによる洗浄操作を追加で行い、最終濃縮液を精製rAAV6とした。これら一連の操作により、低分子量の夾雑物を除去するとともにrAAV6を6~12倍に濃縮した。
(3)rAAV6の回収率測定
 実施例1-(6)と同様の方法で各rAAV6のゲノム力価を測定し、各工程のrAAV6の総ゲノム力価を算出した。抽出液の総ゲノム力価を100とした時の相対値(回収率)を表4に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
 表4に示されるように、限外ろ過膜を用いてrAAV6を精製及び濃縮する際に、ポリエチレングリコールを添加することによりrAAV6の回収率を向上させることができた。その他のセロタイプのrAAVにおいても、限外ろ過をする際にポリエチレングリコールを添加すると、rAAVの回収率を向上させることができると考えられる。
実施例5 様々な種類の酸性の溶液の検討
(1)rAAV6抽出液の取得
 実施例3-(1)~(3)と同様の方法でrAAV6抽出液を取得した。
(2)デオキシコール酸ナトリウム添加及び様々な種類の酸性の溶液添加による沈殿物の生成とその除去
 実施例5-(1)で得られたrAAV6抽出液に、1/100量の20U/μL Cryonase(登録商標) Cold-active Nucleaseを添加後(終濃度0.2U/μL)、37℃で1時間反応させた。サンプルの一部を3等分した後、各サンプルに1/10量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウムを添加し、37℃で30分間以上静置後、さらに1/20量の1M クエン酸、1/20量の1M 塩酸、又は1/20量の1M 酢酸をそれぞれ添加した。それぞれのサンプルのpHを測定し、酸性であることを確認した。それぞれのサンプルの条件を表5に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
 すべてのサンプルで沈殿物が生じたので、サンプルを5,000×g、4℃、5分間遠心を行い、上清を回収することにより、沈殿物を除去した。回収した上清を孔径0.45μmのフィルターでろ過したものを、濃縮前rAAV6とした。
(3)濃縮前rAAV6の純度確認、及び回収率測定
 実施例1-(5)と同様の方法で、濃縮前rAAV6の純度を確認したところ、酸性の溶液の種類に関わらず同等の純度を示した。また、実施例1-(6)と同様の方法で濃縮前rAAV6のゲノム力価を測定し、回収率を算出したところ、酸性の溶液の種類に関わらず同等の回収率を示した。これらのことは、rAAVと夾雑タンパク質の混合物にデオキシコール酸ナトリウム及び酸性の溶液を添加する際に、どのような種類の酸性の溶液を使用しても、夾雑タンパク質を沈殿させ、除去できることを示す。
実施例6 様々な種類の界面活性剤の検討
(1)rAAV2抽出液の取得
 実施例3-(1)~(3)と同様の方法でrAAV2抽出液を取得した。
(2)様々な界面活性剤添加及びクエン酸添加による沈殿物の生成とその除去
 実施例6-(1)で得られたrAAV2抽出液に、1/100量の20U/μL Cryonase(登録商標) Cold-active Nucleaseを添加後(終濃度0.2U/μL)、37℃で1時間反応させた。サンプルの一部を3等分した後、各サンプルに1/10量の5%(v/v) デオキシコール酸ナトリウム、5% (v/v)ケノデオキシコール酸ナトリウム、又は5%(v/v) コール酸ナトリウムを添加し、37℃で30分間以上静置後、さらに1/20量の1M クエン酸をそれぞれ添加した。それぞれのサンプルのpHを測定し、酸性であることを確認した。それぞれのサンプルの条件を表6に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
 すべてのサンプルで沈殿物が生じたので、サンプルを5,000×g、4℃、5分間遠心を行い、上清を回収することにより、沈殿物を除去した。回収した上清を孔径0.45μmのフィルターでろ過したものを、濃縮前rAAV2とした。
(3)限外ろ過膜によるrAAV2の精製と濃縮
 実施例6-(2)で得られた濃縮前rAAV2を100kDaの限外ろ過膜に入れ、2,000×g、4℃、5分間以上遠心し、そのろ過液を廃棄した。さらに「限外ろ過膜に14mLのD-PBSを添加後、懸濁し、上記の条件で遠心し、そのろ過液を廃棄する操作(洗浄操作)」を5回繰り返し、最終濃縮液を精製rAAV2とした。これら一連の操作により、低分子量の夾雑物を除去するとともにrAAV2を濃縮した。
(4)rAAV2の純度確認
 実施例1-(5)と同様の方法でrAAV2抽出液(レーンC)、濃縮前rAAV2(レーンPre)及び精製rAAV2(レーンF)の純度を確認した。その結果を図5に示す。
 図5中、レーンCとレーンPreのバンドはすべて夾雑タンパク質のバンドである。rAAV2はこの段階では濃度が薄いため、rAAV2のバンドは確認できない。一方、レーンFの3本の太いバンドはrAAV2の構造タンパク質(VP1、VP2、VP3)のバンドである。図5に示されるように、すべての界面活性剤において、レーンPreはレーンCに比べて夾雑タンパク質のバンドが少なかった。このことは、界面活性剤の種類に関係なく、界面活性剤添加とクエン酸添加により、夾雑物タンパク質を沈殿させ、除去することができることを示す。
 本発明の非エンベロープウイルスの製造方法により、煩雑な操作なく高純度の非エンベロープウイルス粒子を得ることができる。本発明の製造方法で調製された非エンベロープウイルス粒子や当該粒子を有効成分とする組成物は、遺伝子治療の基礎研究、又は臨床応用の分野における遺伝子導入方法として非常に有用である。

Claims (10)

  1.  非エンベロープウイルス粒子の製造方法であって、
    (a)非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料に、酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質を添加する工程、
    (b)前記物質を添加した試料を酸性にする工程、及び
    (c)前記(b)工程で生じた沈殿物を除去し、非エンベロープウイルス粒子を含む画分を取得する工程、
    を含む方法。
  2.  (c)工程の後にさらに、(d)非エンベロープウイルス粒子を精製する工程、を含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。
  3.  酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質が、界面活性剤である請求項1に記載の方法。
  4.  酸性にする工程が、酸性の溶液を添加する工程である請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
  5.  非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料が、非エンベロープウイルス産生細胞の溶解物もしくは破砕物、非エンベロープウイルス粒子を含有する非エンベロープウイルス産生細胞の培養液上清、または非エンベロープウイルス産生細胞から得られる抽出物である請求項1~4のいずれか1項に記載の方法。
  6.  非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料が、非エンベロープウイルス産生細胞を酸性の溶液で処理して得られる抽出物の中和物である請求項5に記載の方法。
  7.  非エンベロープウイルス粒子を含有する中性又は塩基性の試料が、ヌクレアーゼ処理を施された試料である請求項1~6のいずれか1項に記載の方法。
  8.  非エンベロープウイルス粒子がアデノ随伴ウイルス粒子である請求項1~7のいずれか1項に記載の方法。
  9.  請求項1~8のいずれか1項に記載の方法を実施するためのキットであって、
    (1)酸性条件でのタンパク質の溶解度を低下させる物質及び/又は酸性条件で沈殿する物質、及び
    (2)酸性の溶液、
    を含有することを特徴とするキット。
  10.  さらに、中和液を含有することを特徴とする請求項9に記載のキット。
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