WO2011039953A1 - Fret測定方法及び装置 - Google Patents
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Definitions
- the controller 130 includes a low-pass filter 132, an amplifier 134, an A / D converter 136, and a system controller 138.
- the low pass filter 132 removes the high frequency component from the signal including the cos component, the sin component, and the high frequency component of the fluorescence signal output from the signal processing unit 120.
- the amplifier 134 amplifies the cos component and sin component processing signal of the fluorescence signal, which is a signal from which the high frequency component has been removed by the low pass filter 132, and outputs the amplified signal to the A / D converter 136.
- the A / D converter 136 samples the processing signals of the cos component and the sin component of the fluorescence signal and supplies them to the analyzer 150.
- the system controller 138 receives a trigger signal output from the measurement unit 40.
- the system controller 138 controls the oscillator 112 and the A / D converter 136.
- a living cell is irradiated with laser light having an output P (t) represented by the following expression.
- P (t) represented by the following expression.
- the wavelength region is limited by a band pass filter, and then measurement is performed by a photoelectric converter such as a photomultiplier tube.
- a photoelectric converter such as a photomultiplier tube.
- the fluorescence amount measured through the donor channel bandpass filter 53 and the photoelectric converter 55 is F DCh (j ⁇ )
- the fluorescence amount measured through the acceptor channel bandpass filter 54 and the photoelectric converter 56 is F.
- ACh (j ⁇ ) the following relational expression is established.
- W D is the weighting factor by band-pass filter 53 of the donor channels
- the W A is a weighting factor by band-pass filter 54 of the acceptor channel.
- a sample in which only acceptor molecules are expressed is irradiated with laser light, and a fluorescence signal is measured.
- Equation (36), Equation (37), and Equation (31) the fluorescence signal measured through the bandpass filter is expressed as follows.
- the real part of the equations (38) and (39) corresponds to the cos component of the fluorescence signal.
- the imaginary part of the equations (38) and (39) corresponds to the sine component of the fluorescence signal.
- the observation matrix is obtained, the information on the fluorescence emitted by the donor molecule by the irradiation of the laser beam can be obtained from the measured fluorescence signal using the equation (31). Specifically, by multiplying F DCh (j ⁇ ) / P (j ⁇ ) and F ACh (j ⁇ ) / P (j ⁇ ), which are fluorescence signals obtained by measurement, by the inverse matrix of the observation matrix, a donor is obtained as follows.
- the concentration C A [M] of the acceptor molecule at the time of occurrence of FRET is obtained as follows.
- K exA is a real number
- the phase of K exA obtained from the following equation (53) should be zero.
- the dissociation constant K d can be obtained from the equations (20) and (21).
- the dissociation constant K d is obtained by the dissociation constant calculating unit 172.
- FIG. 10 is an example of a flowchart for measuring the maximum FRET efficiency E max and the shortest fluorescence lifetime ⁇ Dmin .
- a plurality of samples 12 having different ratios ⁇ between the donor molecule concentration C D [M] and the acceptor molecule concentration C A [M] defined by the equation (16) are prepared (step S101). ).
- the FRET efficiency E * defined by the equation (14) is measured for each sample 12 using the flow cytometer described with reference to FIG. 1 (step S102). Specifically, using the fluorescence lifetime calculated by the fluorescence lifetime calculation unit 158, the FRET efficiency calculation unit 160 calculates the FRET efficiency E * .
- the ratio of the acceptor molecule concentration to the donor molecule concentration is affected.
- the FRET measurement can be performed quantitatively.
- a solution obtained by purifying donor molecules is prepared (step S201).
- the donor molecule concentration CD [M] is measured (step S202).
- the laser light source unit 30 emits laser light having a wavelength (for example, 407 nm) at which the donor molecule mainly absorbs energy, and the measurement unit 50 measures the fluorescence signal for each of the donor channel and the acceptor channel. (Step S203).
- the analyzer 150 acquires the measured amplitude of the fluorescence signal (step S204).
- step S305 If the analyzer 150 has not acquired a predetermined number (for example, 5 points) of the amplitude of the fluorescence signal, the concentration of the acceptor molecule is diluted (step S305), and the process returns to step S302. Thereafter, steps S302 to S305 are repeated until the analyzer 150 acquires a predetermined number of fluorescent signal amplitudes.
- the observation matrix calculation unit 166 converts the amplitude of the fluorescence signal into the acceptor molecule concentration C A [M] as shown in FIGS. 9 (c) and 9 (d). And the components of the observation matrix are calculated from the slopes based on the equations (42) and (43) (step S306).
- FIG. 12 is an example of a flowchart of sample measurement.
- the fluorescence signal is measured for each of the donor channel and the acceptor channel by irradiating the sample 12 with laser light and measuring the fluorescence emitted by the sample 12 using the flow cytometer described with reference to FIG. (Step S401). This means that to measure the value of F DCh (j ⁇ ) / P of the formula (44) (j ⁇ ), F ACh (j ⁇ ) / P (j ⁇ ).
- the fluorescence lifetime calculation unit 158 calculates the fluorescence lifetime ⁇ * D of the donor molecule (step S402). Specifically, the fluorescence lifetime calculation unit 158 calculates the fluorescence lifetime ⁇ * D of the donor molecule from the phase difference of the fluorescence signal output from the photoelectric converter 55 with respect to the modulation signal, based on the above equation (48). .
- the second molecule concentration calculation unit 170 calculates the acceptor molecule concentration C A [M] of the sample 12 (step S405). Specifically, the second molecule concentration calculation unit 170 calculates the acceptor molecule concentration C A [M] of the sample 12 based on the equation (52) using the fluorescence information emitted by the acceptor molecule.
- in the equation (52) is a fluorescence signal F DCh (j ⁇ ) / P (j ⁇ ), F ACh (j ⁇ ) obtained by measurement as shown in the equation (44). It is obtained by multiplying / P (j ⁇ ) by the inverse matrix of the observation matrix. As the observation matrix, the value obtained in the second prior measurement described above is used.
- the dissociation constant K d which is a parameter relating to the strength of the binding between a donor molecule and an acceptor molecule that labels a living cell protein, which has not been conventionally known, can be measured. .
- steps S401 to S406 is not limited to the order described with reference to FIG. 12, and the present invention can be implemented even if the order is appropriately changed.
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Abstract
Description
蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)現象を利用して、生細胞における生体物質であるタンパク質と、他のタンパク質や低分子化合物との間の相互作用の解析が行われている。FRET現象により生じる蛍光を測定することにより、数ナノメータの領域での分子間の相互作用を測定することができる。
上記特許文献1において、FRET効率は、1-τ* d/τdにより求められる。
そこで、本発明は、ドナー分子の濃度に対するアクセプター分子の濃度の割合に影響を受けることなく、FRET測定を定量的に行うことのできるFRET測定方法及び装置を提供することを目的とする。
以下、本発明のFRET測定方法及び装置について、詳細に説明する。
図1は、本発明のFRET測定装置の一実施形態であるフローサイトメータ10の概略構成図である。
本発明のフローサイトメータ10は、例えば、測定対象となる生細胞中のタンパク質をドナー分子とアクセプター分子で標識したサンプル12(測定サンプル)にレーザ光を照射し、サンプル12が発する蛍光を計測する。計測された蛍光信号を用いることにより、フローサイトメータ10は、ドナー分子のうちFRETが発生しているドナー分子の割合であるκFRETを求める。さらに、フローサイトメータ10は、κFRETの他に、ドナー分子の濃度、アクセプター分子の濃度、解離定数Kdの値等を求める。図1に示されるように、フローサイトメータ10は、管路20と、レーザ光源部30と、計測部40,50と、制御・処理部100と、分析装置150と、を備える。
レーザ光源部30は、サンプル12に強度が時間変調されたレーザ光を照射する。サンプル12にレーザ光が照射されることにより、ドナー分子とアクセプター分子はそれぞれエネルギーを吸収する。例えば、ドナー分子がCFP(Cyan Fluorescent Protein)、アクセプター分子がYFP(Yellow Fluorescent Protein)である場合、ドナー分子が主にエネルギーを吸収する波長405nm~450nmのレーザ光が用いられる。レーザ光源部30は、例えば、半導体レーザである。レーザ光源部30が出射するレーザ光の出力は、例えば、5mW~100mWである。
図2は、ドナー分子がCFP、アクセプター分子がYFPである場合のエネルギー吸収スペクトルと蛍光放射スペクトルを示す図である。曲線A1はドナー分子のエネルギー吸収スペクトルであり、曲線A2はドナー分子の蛍光放射スペクトルである。また、曲線B1はアクセプター分子のエネルギー吸収スペクトルであり、曲線B2はアクセプター分子の蛍光放射スペクトルである。
図2に示されるように、ドナー分子が主にエネルギーを吸収する波長領域は、405nm~450nmである。また、アクセプター分子が主にエネルギーを吸収する波長領域は、470nm~530nmである。
さらに、図2に示されるように、ドナー分子のエネルギー吸収スペクトルA1とアクセプター分子のエネルギー吸収スペクトルB1は、一部重複している。そのため、アクセプター分子は、レーザ光により直接励起されたことに起因する蛍光を発する。
レンズ系51は、サンプル12が発する蛍光を集束させる。ダイクロイックミラー52は、アクセプター分子が発する蛍光を透過し、ドナー分子が発する蛍光を反射させるように、反射、透過の波長特性が定められている。
信号生成部110は、レーザ光の強度を時間変調するための変調信号を生成する。変調信号は、例えば、所定の周波数の正弦波信号であり、10MHz~100MHzの範囲の周波数に設定される。
信号生成部110は、発振器112と、パワースプリッタ114と、増幅器116,118と、を備える。発振器112により生成された変調信号は、パワースプリッタ114により分けられ、レーザ光源部30と信号処理部120とに供給される。信号生成部110が変調信号を信号処理部120に供給するのは、後述するように、変調信号に対する蛍光信号の位相差を測定するための参照信号として用いるためである。また、変調信号は、レーザ光源部30が出射するレーザ光の振幅を変調するための信号として用いられる。
増幅器122,124は、光電変換器55,56から出力される信号を増幅し、増幅した信号を位相差検出器126に出力する。
また分析装置150には、ディスプレイ200が接続されている。
メモリ154は、コンピュータ上で実行することにより、蛍光寿命算出ユニット158、FRET効率算出ユニット160、最短蛍光寿命算出ユニット162、FRET発生率算出ユニット164、観測行列算出ユニット166、第1分子濃度算出ユニット168、第2分子濃度算出ユニット170、及び解離定数算出ユニット172を形成するプログラムを格納したROMと、これらのユニットにより算出された処理結果や入出力ポート156から供給されたデータを記憶するRAMと、を備える。
ディスプレイ200は、各ユニットにより求められた各種情報や処理結果などを表示する。
さらに、蛍光寿命算出ユニット158は、後述するアクセプター分子が存在しないときのドナー分子の蛍光寿命τD、FRET発生時のドナー分子の平均的な蛍光寿命τ* D、アクセプター分子の蛍光寿命τAを算出する。
また、後述する式(18)に示されるように、最大FRET効率Emaxが決まれば、ドナー分子の蛍光寿命の最小値である最短蛍光寿命τDminも定まるため、最短蛍光寿命算出ユニット162は、算出した最大FRET効率Emaxを用いて、最短蛍光寿命算出ユニット162が最短蛍光寿命τDminを算出する。
なお、FRET効率E*、最大FRET効率Emax、ドナー分子の蛍光寿命τD、FRET発生時のドナー分子の蛍光寿命τ* D、最短蛍光寿命τDminは、後述する式(14)、式(18)により示される関係がある。そのため、FRET発生率算出ユニット164は、式(14)、式(18)の関係を満たす互いに等価な物理量を適宜用いて、κFRETを算出することができる。
以下、FRET測定で用いる各種定数について説明する。
図6は、FRET測定方法の一例を示す図である。図6に示されるように、まず、第1の事前測定において、最大FRET効率Emaxと最短蛍光寿命τDminを測定する。また、第2の事前測定において、観測行列を測定する。次に、本測定であるサンプル測定において、生細胞である測定サンプル中のドナー分子のうち、FRETが発生しているドナー分子の割合であるκFRETを測定する。次に、測定したκFRETを用いて、ドナー分子とアクセプター分子の結合の度合を示す解離定数Kdを測定する。
なお、蛍光分子が光を吸収し、その電子が励起状態に遷移するのにかかる時間(10-15秒程度)は、発光遷移過程(10-9秒程度)と比較して十分短いため、電子が励起状態に遷移するのにかかる時間は無視することができる。
次に、励起された電子の遷移過程とκFRET、FRET効率E*、αとの関係について説明する。最低次の励起状態にある電子数をN(t)とすると、N(t)は以下の関係式を満たす。
次に、ドナー分子とアクセプター分子の結合の強さに関するパラメータとして、解離定数Kdを以下のように定義する。
解離定数Kdは、図6に示すように、サンプル測定において求められる。
観測行列は、上述したように、ドナーチャンネルとアクセプターチャンネルの蛍光信号から、ドナー分子が発する蛍光の情報、及びアクセプター分子が発する蛍光の情報を求めるために用いる行列である。
まず、ドナー分子の蛍光量FD、アクセプター分子の蛍光量FAは、励起状態にある電子数に発光遷移の速度定数を乗じることにより、以下の関係式で表される。
式(31)は、観測行列を用いることにより、計測されたドナーチャンネルとアクセプターチャンネルの蛍光信号からドナー分子やアクセプター分子が発した蛍光の情報を精度よく求めることが可能となることを意味する。
まず、ドナー分子のみ発現させたサンプルにレーザ光を照射し、蛍光信号を計測する。このとき発せられる蛍光は、式(29)、式(30)において、κFRET=0、kfA=KexA=0という条件で計測していることと等しいため、以下の式で表される。
図9(a)は、ドナー分子のみ発現させたサンプルを用意し、異なるドナー分子の濃度CD[M]に対してドナーチャンネルの蛍光信号を計測した結果を示すグラフである。図9(a)に示されるグラフの傾きを求めることにより、式(40)からKDChWDの値が求まる。また、図9(b)は、ドナー分子のみ発現させたサンプルを用意し、異なるドナー分子の濃度CD[M]に対してアクセプターチャンネルの蛍光信号を計測した結果を示すグラフである。図9(b)に示されるグラフの傾きを求めることにより、式(41)からKAChWDAの値が求まる。
以上のようにして、観測行列を求めることができる。観測行列の値は、メモリ154に記憶されるとともに、サンプル測定時にメモリ154から読み出されて用いられる。
次に、サンプル測定において求めるドナー分子の平均的な蛍光寿命τ* D、ドナー分子の濃度CDについて説明する。
観測行列が求まれば、式(31)を用いて、計測された蛍光信号から、レーザ光の照射によりドナー分子が発した蛍光の情報を求めることができる。具体的には、計測により求まる蛍光信号であるFDCh(jω)/P(jω),FACh(jω)/P(jω)に観測行列の逆行列を乗じることにより、下記のように、ドナー分子が発した蛍光の情報FD(jω)/P(jω)を求めることができる。
ここで、式(46)~式(48)をκFRETについて解くと、以下の式が得られる。
ドナー分子の濃度の算出と同様に、観測行列が求まれば、式(31)を用いて、計測された蛍光信号から、レーザ光の照射によりアクセプター分子が発した蛍光の情報を求めることができる。具体的には、計測により求まる蛍光信号であるFDCh(jω)/P(jω),FACh(jω)/P(jω)に観測行列の逆行列を乗じることにより、式(44)のように、アクセプター分子が発した蛍光の情報FA(jω)/P(jω)を求めることができる。式(30)と式(5)より、FRET発生時のアクセプター分子の濃度CA[M]が以下のように求まる。
本実施形態のFRET測定方法では、サンプル12の生細胞中のドナー分子のうち、アクセプター分子と結合し、FRETが発生しているドナー分子の割合κFRETや、解離定数Kdを測定するために、予めいくつかのパラメータを測定しておく必要がある。以下の説明では、サンプル12のκFRETや解離定数Kdを求めるための測定を「サンプル測定」と呼び、サンプル測定を行うために予め行う測定を「事前測定」と呼ぶ。以下、まず、事前測定について説明する。
(最大FRET効率Emax、最短蛍光寿命τDminの測定)
まず、第1の事前測定として、最大FRET効率Emaxと最短蛍光寿命τDminを測定する。図10は、最大FRET効率Emaxと最短蛍光寿命τDminを測定するフローチャートの一例である。
まず、式(16)により定義される、生細胞中のドナー分子の濃度CD[M]とアクセプター分子の濃度CA[M]との比αが異なる複数のサンプル12を準備する(ステップS101)。
次に、図1を参照して説明したフローサイトメータを用い、式(14)で定義されるFRET効率E*を各サンプル12に対して測定する(ステップS102)。具体的には、蛍光寿命算出ユニット158が算出した蛍光寿命を用いて、FRET効率算出ユニット160がFRET効率E*を算出する。
次に、最短蛍光寿命算出ユニット162は、式(18)から、最短蛍光寿命τDminを算出する(ステップS104)。具体的には、最短蛍光寿命算出ユニット162は、算出した最大FRET効率Emaxを用いて、最短蛍光寿命τDminを算出する。
次に、第2の事前測定として、観測行列を測定する。図11は、観測行列を測定するフローチャートの一例である。図11(a)は、ドナー分子を精製し、アクセプター分子を含まない溶液を用いた測定方法の一例を示し、図11(b)は、アクセプター分子を精製し、ドナー分子を含まない溶液を用いた測定方法の一例を示す。
次に、不図示の吸光光度計を用いて、ドナー分子の濃度CD[M]を測定する(ステップS202)。
次に、レーザ光源部30が、ドナー分子が主にエネルギーを吸収する波長(例えば、407nm)のレーザ光を照射し、計測部50が、ドナーチャンネル、アクセプターチャンネルのそれぞれに対する蛍光信号を計測する(ステップS203)。
次に、計測された蛍光信号の振幅を、分析装置150が取得する(ステップS204)。
蛍光信号の振幅を分析装置150が所定数取得した場合、観測行列算出ユニット166は、図9(a),(b)に示すように、蛍光信号の振幅をドナー分子の濃度CD[M]に対してプロットし、その傾きから、式(40)、式(41)に基づき、観測行列の成分を算出する(ステップS206)。
次に、不図示の吸光光度計を用いて、アクセプター分子の濃度CA[M]を測定する(ステップS302)。
次に、レーザ光源部30が、ドナー分子が主にエネルギーを吸収する波長(例えば、407nm)のレーザ光を照射し、計測部50が、ドナーチャンネル、アクセプターチャンネルのそれぞれに対する蛍光信号を計測する(ステップS303)。
次に、計測された蛍光信号の振幅を、分析装置150が取得する(ステップS304)。
蛍光信号の振幅を分析装置150が所定数取得した場合、観測行列算出ユニット166は、図9(c),(d)に示すように、蛍光信号の振幅をアクセプター分子の濃度CA[M]に対してプロットし、その傾きから、式(42)、式(43)に基づき、観測行列の成分を算出する(ステップS306)。
事前測定が終了した後に、本測定であるサンプル測定を行う。図12は、サンプル測定のフローチャートの一例である。
(κFRETの測定)
まず、図1を参照して説明したフローサイトメータを用い、サンプル12にレーザ光を照射し、サンプル12が発する蛍光を計測することにより、ドナーチャンネルとアクセプターチャンネルのそれぞれについて蛍光信号を計測する(ステップS401)。これは、式(44)のFDCh(jω)/P(jω),FACh(jω)/P(jω)の値を計測することを意味する。したがって、式(44)に示されるように、FDCh(jω)/P(jω),FACh(jω)/P(jω)に観測行列の逆行列を乗じることにより、ドナー分子が発する蛍光の情報FD(jω)/P(jω)、及びアクセプター分子が発する蛍光の情報FA(jω)/P(jω)を求めることができる。
次に、第1分子濃度算出ユニット168が、サンプル12のドナー分子の濃度CD[M]を算出する(ステップS404)。具体的には、第1分子濃度算出ユニット168は、ドナー分子が発する蛍光の情報を用いて、式(51)に基づいて、サンプル12のドナー分子の濃度CD[M]を算出する。式(51)の|FD(jω)/P(jω)|は、式(44)に示されるように、計測により求まる蛍光信号FDCh(jω)/P(jω),FACh(jω)/P(jω)に、観測行列の逆行列を乗じることにより求まる。観測行列は、上述した第2の事前測定において求められた値を用いる。
次に、第2分子濃度算出ユニット170が、サンプル12のアクセプター分子の濃度CA[M]を算出する(ステップS405)。具体的には、第2分子濃度算出ユニット170は、アクセプター分子が発する蛍光の情報を用いて、式(52)に基づいて、サンプル12のアクセプター分子の濃度CA[M]を算出する。式(52)の|FA(jω)/P(jω)|は、式(44)に示されるように、計測により求まる蛍光信号FDCh(jω)/P(jω),FACh(jω)/P(jω)に、観測行列の逆行列を乗じることにより求まる。観測行列は、上述した第2の事前測定において求められた値を用いる。
次に、解離定数算出ユニット172が、サンプル12の解離定数Kdを算出する(ステップS406)。具体的には、解離定数算出ユニット172は、FRET発生率算出ユニット164が算出したκFRET、第1分子濃度算出ユニット168が算出したドナー分子の濃度CD[M]、第2分子濃度算出ユニット170が算出したアクセプター分子の濃度CA[M]を用いて、式(20)または式(21)に基づき、解離定数Kdを算出する。
12 サンプル
20 管路
22 回収容器
30 レーザ光源部
40,50 計測部
51 レンズ系
52 ダイクロイックミラー
53,54 バンドパスフィルター
55,56 光電変換器
100 制御・処理部
110 信号生成部
112 発振器
114 パワースプリッタ
116,118 増幅器
120 信号処理部
122,124 増幅器
126 位相差検出部
130 コントローラ
132 ローパスフィルタ
134 増幅器
136 A/D変換器
138 システム制御器
150 分析装置
152 CPU
154 メモリ
156 入出力ポート
158 蛍光寿命算出ユニット
160 FRET効率算出ユニット
162 最短蛍光寿命算出ユニット
164 FRET発生率算出ユニット
166 観測行列算出ユニット
168 第1分子濃度算出ユニット
170 第2分子濃度算出ユニット
172 解離定数算出ユニット
200 ディスプレイ
Claims (14)
- 第1分子および第2分子で標識された測定サンプルにレーザ光を照射し、第1分子から第2分子へエネルギーが移動するFRET(Fluorescence Resonance Energy Transfer)を測定するFRET測定方法であって、
第1分子の濃度と第2分子の濃度との比が異なる複数の事前測定サンプルに対して、第1分子の蛍光寿命を算出し、第1分子の蛍光寿命の最小値を算出する最短蛍光寿命算出ステップと、
強度が時間変調されたレーザ光を前記測定サンプルに照射する照射ステップと、
前記レーザ光を照射された前記測定サンプルが発する蛍光を計測する計測ステップと、
前記計測ステップにおいて計測された蛍光信号を用いて、第1分子の蛍光寿命を算出するステップと、
前記最短蛍光寿命算出ステップで算出された第1分子の蛍光寿命の最小値と、算出された前記第1分子の蛍光寿命とを用いて、前記測定サンプル中の第1分子のうちFRETが発生している第1分子の割合を算出するFRET発生率算出ステップと、
を有することを特徴とするFRET測定方法。 - 前記FRET発生率算出ステップでは、第2分子が存在しないときの第1分子の蛍光寿命をさらに用いて、前記割合を求める、請求項1に記載のFRET測定方法。
- 前記計測ステップにおいて計測された蛍光信号から、前記照射ステップにおいてレーザ光が照射されることにより第1分子が発する蛍光の情報と第2分子が発する蛍光の情報を求めるための行列を算出する観測行列算出ステップを有し、
前記観測行列算出ステップは、
第1分子を含むが第2分子を含まないサンプルであって、第1分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、計測された蛍光信号を用いて、前記行列の成分の一部を求める第1ステップと、
第2分子を含むが第1分子を含まないサンプルであって、第2分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、計測された蛍光信号を用いて、前記行列の成分の一部を求める第2ステップと、
を有する、請求項1又は2に記載のFRET測定方法。 - 前記FRET発生率算出ステップにおいて算出された前記割合を用いて、第1分子と第2分子との結合の度合いを示す解離定数を算出する解離定数算出ステップを有する、請求項1乃至3のいずれかに記載のFRET測定方法。
- 前記第1分子の蛍光寿命を算出するステップは、前記計測ステップにおいて計測された蛍光信号と前記レーザ光を変調する変調信号との位相差を用いて、第1分子の蛍光寿命を算出する、請求項1乃至4のいずれかに記載のFRET測定方法。
- 前記第1ステップは、第1分子を含むが第2分子を含まないサンプルであって、第1分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、計測される蛍光信号の振幅、及び、前記蛍光信号と前記レーザ光を変調する変調信号との位相差を用いて、前記行列の成分の一部を求め、
前記第2ステップは、第2分子を含むが第1分子を含まないサンプルであって、第2分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、計測される蛍光信号の振幅、及び、前記蛍光信号と前記レーザ光を変調する変調信号との位相差を用いて、前記行列の成分の一部を求める、請求項3に記載のFRET測定方法。 - 第1分子が発する蛍光の情報を用いて、第1分子の濃度を算出する第1分子濃度算出ステップと、
第2分子が発する蛍光の情報を用いて、第2分子の濃度を算出する第2分子濃度算出ステップと、を有し、
前記解離定数算出ステップでは、前記第1分子濃度算出ステップにおいて算出された第1分子の濃度と、前記第2分子濃度算出ステップにおいて算出された第2分子の濃度と、を用いて、前記解離定数を算出する、請求項4に記載のFRET測定方法。 - 第1分子および第2分子で標識された測定サンプルにレーザ光を照射し、第1分子から第2分子へエネルギーが移動するFRET(Fluorescence Resonance Energy Transfer)を測定するFRET測定装置であって、
強度が時間変調されたレーザ光を前記測定サンプルに照射するレーザ光源部と、
前記レーザ光を照射された前記測定サンプルが発する蛍光を計測する計測部と、
前記計測部が計測した蛍光信号を用いて、第1分子の蛍光寿命を算出する蛍光寿命算出部と、
第1分子の濃度と第2分子の濃度との比が異なる複数の事前測定サンプルにおける第1分子の蛍光寿命を用いて、第1分子の蛍光寿命の最小値を算出する最短蛍光寿命算出部と、
前記最短蛍光寿命算出部で算出された第1分子の蛍光寿命の最小値と、前記蛍光寿命算出部で算出された第1分子の蛍光寿命とを用いて、前記測定サンプル中の第1分子のうちFRETが発生している第1分子の割合を算出するFRET発生率算出部と、
を備えることを特徴とするFRET測定装置。 - 前記FRET発生率算出部は、第2分子が存在しないときの第1分子の蛍光寿命をさらに用いて、前記割合を求める、請求項8に記載のFRET測定装置。
- 前記計測部で計測された蛍光信号から、前記測定サンプルにレーザ光が照射されることにより第1分子が発する蛍光の情報と第2分子が発する蛍光の情報を求めるための行列を算出する観測行列算出部を有し、
前記観測行列算出部は、
第1分子を含むが第2分子を含まないサンプルであって、第1分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、前記計測部で計測された蛍光信号を用いて、前記行列の成分の一部を求め、かつ、
第2分子を含むが第1分子を含まないサンプルであって、第2分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、前記計測部で計測された蛍光信号を用いて、前記行列の成分の一部を求める、請求項8又は9に記載のFRET測定装置。 - 前記FRET発生率算出部において算出された前記割合を用いて、第1分子と第2分子との結合の度合いを示す解離定数を算出する解離定数算出部を有する、請求項8乃至10のいずれかに記載のFRET測定装置。
- 前記蛍光寿命算出部は、前記計測部で計測された蛍光信号と前記レーザ光を変調する変調信号との位相差を用いて、第1分子の蛍光寿命を算出する、請求項8乃至11のいずれかに記載のFRET測定装置。
- 前記観測行列算出部は、
第1分子を含むが第2分子を含まないサンプルであって、第1分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、前記計測部で計測された蛍光信号の振幅、及び、前記蛍光信号と前記レーザ光を変調する変調信号との位相差を用いて、前記行列の成分の一部を求め、かつ、
第2分子を含むが第1分子を含まないサンプルであって、第2分子の濃度が異なる複数のサンプルに、強度を時間変調したレーザ光を照射し、前記計測部で計測された蛍光信号の振幅、及び、前記蛍光信号と前記レーザ光を変調する変調信号との位相差を用いて、前記行列の成分の一部を求める、請求項10に記載のFRET測定装置。 - 第1分子が発する蛍光の情報を用いて、第1分子の濃度を算出する第1分子濃度算出部と、
第2分子が発する蛍光の情報を用いて、第2分子の濃度を算出する第2分子濃度算出部と、を有し、
前記解離定数算出部は、前記第1分子濃度算出部において算出された第1分子の濃度と、前記第2分子濃度算出部において算出された第2分子の濃度と、を用いて、前記解離定数を算出する、請求項11に記載のFRET測定装置。
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Cited By (1)
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AU2011269660B2 (en) * | 2010-06-23 | 2015-08-13 | Commonwealth Scientific And Industrial Research Organisation | An absorption probe for measuring dissolved organic carbon in an aqueous sample |
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CN105675568B (zh) * | 2016-01-27 | 2018-11-23 | 湖南君瀚信息技术有限公司 | 一种用于时间相关单光子计数的多成分荧光寿命及成分比例估计方法 |
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CN106706587B (zh) * | 2017-01-11 | 2019-03-29 | 华南师范大学 | 一种基于激发光谱和发射光谱同时分离的fret定量检测修正方法 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002542453A (ja) * | 1998-08-08 | 2002-12-10 | インペリアル キャンサー リサーチ テクノロジー リミテッド | 生物学的系についての蛍光分析法 |
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Family Cites Families (2)
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---|---|---|---|---|
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Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002542453A (ja) * | 1998-08-08 | 2002-12-10 | インペリアル キャンサー リサーチ テクノロジー リミテッド | 生物学的系についての蛍光分析法 |
JP2007240424A (ja) | 2006-03-10 | 2007-09-20 | Mitsui Eng & Shipbuild Co Ltd | Fret検出方法および装置 |
WO2008078526A1 (ja) * | 2006-12-26 | 2008-07-03 | Olympus Corporation | 蛍光共鳴エネルギー移動を用いたdnaとdna結合性タンパク質の相互作用の検出方法 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
DENNIS E. EPPS ET AL.: "A Fluorescence Resonance Energy Transfer Method for Measuring the Binding of Inhibitors to Stromelysin", ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, vol. 275, 1999, pages 141 - 147, XP008155282 * |
NARIYUKI NAKATA ET AL.: "Development of fluorescence lifetime FRET flow cytometer", MITSUI ZOSEN TECHNICAL REVIEW, 2007, pages 54 - 60, XP008155331 * |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2019026413A1 (ja) * | 2017-08-01 | 2019-02-07 | シャープ株式会社 | 液体中微粒子分析システムおよび液体中微粒子分析方法 |
JPWO2019026413A1 (ja) * | 2017-08-01 | 2020-07-27 | シャープ株式会社 | 液体中微粒子分析システムおよび液体中微粒子分析方法 |
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