WO2004004885A1 - Verfahren und programmierbare beleuchtungsvorrichtung zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen synthese und analyse von microarrays - Google Patents

Verfahren und programmierbare beleuchtungsvorrichtung zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen synthese und analyse von microarrays Download PDF

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Marcel Rogalla
Sven Krüger
Stephan Teiwes
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Marcel Rogalla
Krueger Sven
Stephan Teiwes
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Definitions

  • the invention relates to a method and a programmable lighting device for high-resolution, massively parallel, spatial synthesis or analysis of microarrays.
  • the quality of the production and analysis of microarrays and biochips depends to a large extent on the quality of the lighting methods, that is on their resolution, their flexible applicability and the degree of parallelism in the generation of array patterns.
  • the invention makes it possible to generate two-dimensional structured laser light dot patterns in a space, time and wavelength multiplex method.
  • These dot patterns are defined on grids, can easily have 10,000 to 100,000 light points per square centimeter, and can be used to deposit substances at the illuminated positions of the light patterns on solid surfaces.
  • the illuminating device can also be used to illuminate microarrays with specified time sequences of two-dimensional laser light dot patterns with different wavelengths and thereby to generate fluorescence effects for analysis methods.
  • the invention includes the realization of digital transmission functions by means of electrically switchable, micro-structured optics, which generate specified laser light dot patterns in a time-division multiplexing method by illumination with a laser light source and by using the diffraction effect in a defined image plane.
  • a biochip is a solid substrate on which a microarray of biochemical material is located.
  • a microarray is a highly repetitive arrangement of substances, molecules or particles, the dimensions of the structures being in the micrometer range.
  • biochip technology it is possible to simultaneously stimulate thousands of biological, chemical or physical reactions in a microscopic space.
  • highly repetitive laboratory tasks can be performed in a microscopic space in parallel, automatically and at correspondingly low costs.
  • the optimization of the synthesis of microarrays or improved methods for the analysis of array samples are of great importance for the further development of biochip technology.
  • so-called DNA microarray technology has emerged in recent years with the aim of analyzing genetic material for defects or sequence variations. With this technology it is possible to analyze a very large number of genes simultaneously. This opens up completely new possibilities for diagnosis and therapy in medicine and in drug research.
  • Biochips are microarray structures of biochemical substances on a solid carrier medium.
  • a microarray is a rectangular grid arrangement of equidistant substance spots (spots), often with only a few micrometers in size.
  • Today, microarrays are mostly produced on the basis of the three primary technologies photolithography, inkjet printing technology (ink-jetting) and mechanical micro-dotting (micro-spotting).
  • photomasks are used to achieve a two-dimensional, structured exposure, according to which molecules or DNA bases are to be deposited on the defined, illuminated raster position on the substrate.
  • the inkjet printing technique uses a tiny nozzle to print molecules on a substrate surface without contact.
  • the substrate has to be moved using XYZ micromechanics.
  • micro-puncturing is a contact-based technology. She uses a printhead with micro-pins or micro-capillaries to fix substances or molecules on the substrate surface. Due to very different manufacturing requirements and the desire for higher efficiency, speed and flexibility, the three manufacturing technologies mentioned, but especially new competitive technologies, have a good chance of being used commercially in the future.
  • Microarrays are brought to a biochemical reaction with this sample when analyzing a substance sample.
  • the spots of the microarray then carry information that provides information about the properties or function of the analyzed substance.
  • the method of "fluorescence labeling" contains particular advantages for the speed and quality of the evaluation of the information from the microarray.
  • the microarray is included treated fluorescent substances whose fluorescent molecules attach themselves to the molecules on the spots of the microarray. One speaks here of the fluorescence marking of the spots. After this treatment, unbound material is removed in a "washing process".
  • the individual microarray spots can be made visible with the aid of fluorescence detection methods.
  • Confocal scanners and CCD cameras are used today for microarray detection.
  • Lasers but also white light sources, serve as light sources.
  • the fluorescent molecules are stimulated to emit.
  • the confocal scanner only a very small region of approx. 100 square micrometers of the microarray is illuminated and the local resonance is recorded by a point detector and converted into an equivalent electrical signal.
  • the microarray is illuminated spot by spot and the resulting emission is recorded so that a two-dimensional image is created as a result of the analysis process.
  • CCD technology allows the simultaneous evaluation of large areas of microarrays. Flat lighting sources are used for this.
  • the use of two-dimensional lighting and evaluation techniques can further optimize the use of biochips.
  • the use of laser light sources enables the controlled illumination of microarrays with defined wavelengths that can be tuned in a controlled manner. Basically, lasers allow the controlled execution of analyzes of microchips under specified conditions. Further developments, which enable or simplify the controlled multiplexing of structured lighting patterns and wavelengths, improve the possibilities for evaluating microarrays.
  • the invention relates to a method and a programmable lighting device for high-resolution, massively parallel, spatial synthesis or analysis of microarrays.
  • the lighting device enables the uncomplicated and flexible realization of high-resolution arrays with laser light points.
  • These dot patterns are defined on precisely specified periodic grid coordinates and can easily have 10,000 to 100,000 light points per square centimeter.
  • these arrays of laser light points can be used to generate defined electrical potential structures on substrate surfaces, according to which molecules or particles sediment and thus form microstructures in accordance with the predefined potential structures.
  • high-resolution arrays of laser light points are used to illuminate samples of microarrays at defined locations with predefined two-dimensional light patterns, while also ensuring a high degree of local parallelism of the lighting and to control the local lighting of microstructures for the analysis process.
  • a core component of the lighting device is an electrically switchable, microstructured optical optics, for example realized by electrically addressable, optical light modulators and optionally diffractive optical elements, in connection with laser systems in order to achieve the required parallelism and flexibility of the lighting for microarrays.
  • Optical light modulators and diffractive optical elements are technologies with which laser light can be manipulated in a specified manner so that defined diffraction patterns can arise. The type of manipulation of the laser light is determined by the optical transmission function, which is implemented by an optical light modulator or several light modulators in series and optionally diffractive optical elements.
  • the invention includes a method for calculating digital diffractive transmission functions for direct implementation by means of electrically addressable, microstructured light modulators, which generate specified laser light dot patterns in the space and time multiplex method by illumination with a laser light source and by using the diffraction effect in a defined image plane.
  • the laser light dot patterns generally have to be predefined specifically for the respective application for the synthesis or analysis of microarrays. This is done using digitally defined array patterns, with each light spot pattern being assigned exactly one corresponding digital pattern. In a digital pattern, points logically represent the light points of the real physical light point pattern, the geometric parameters of the positions of digital points being in a direct mathematical relationship with the geometric positions of the physical light points.
  • the laws of diffraction optics are incorporated into the mathematical relationship, including the wavelength of the laser light used, the focal lengths of the lenses used and the sizes of the microstructures of the light modulators used.
  • the design of a digital transmission function to generate a specified light spot pattern begins with the specification of the corresponding digital pattern.
  • the transmission function can then be calculated by methods of numerical optimization, for example with the so-called iterative Fourier transformation algorithm, by a computer program, so that the transmission function ideally fulfills the modulation characteristics of a light modulator.
  • the transmission function generated in this way is represented digitally by a gray value image matrix.
  • the digital values of the matrix can be used to control an electrically addressable light modulator.
  • this method enables transmission functions to be generated in a very flexible manner for the generation of high-resolution two-dimensional light spot patterns.
  • the invention uses electrically addressable optical light modulators and optionally diffractive optical elements.
  • An electrically addressable optical light modulator is a planar microstructured component with a pixel matrix of optical cells whose optical transmission function can be controlled and changed electronically.
  • Light modulators are available on the market whose optical area is smaller than a slide and which have the standard resolution formats VGA, SVGA or XGA. Further technological improvements can be expected here in the future.
  • these light modulators have often been developed for standard video applications. Accordingly, they are mostly used for the brightness modulation of white light.
  • Diffractive elements are static, microstructured optical components that achieve an optical function using the diffraction effect.
  • an electrically switchable, micro-structured optic is used which locally modulates incident laser light in a specified manner.
  • the so-called liquid crystal light modulators have such modulating properties.
  • Liquid crystal light modulators are often developed for video applications and accordingly preferably modulate the intensity or the amplitude of incident light.
  • the present invention which uses laser light, on the other hand, it is necessary to be able to modulate the amplitude and / or phase of incident laser light in a specified manner.
  • the modulation characteristics of a light modulator are not ideal, they can often be optimized by modifying the electrical control of the imaging parameters.
  • the optical function of an electrically addressable liquid crystal light modulator is determined by the optical transmission function, which is realized by means of electrical addressing.
  • the transmission function is an image pixel matrix that is calculated with a computer program. Each pixel, represented on the computer by a gray value, defines either an amplitude attenuation in the case of amplitude modulation or a phase delay in the case of phase modulation, which the laser light is to experience at the corresponding position of the light modulator.
  • the optical function of the light modulator, or the transmission function can be dynamic due to the electrical control to be changed. This is done by calculating the desired transmission functions in advance or directly with the computer and electronically controlling the light modulator with these transmission functions in a flexible but definable scheme.
  • the invention makes use of the diffraction property of laser light, the functioning of electrically addressable optical light modulators and the computer-aided design of transmission functions of diffractive optical elements.
  • digital transmission functions for implementation by means of optical light modulators or diffractive optical elements are calculated in a very flexible manner.
  • Array patterns are particularly required for the synthesis or analysis of microarrays. These are repetitive patterns that have replicated one or a few basic patterns such as a point, a rectangle or a circle in an array on a given grid.
  • array patterns can be generated in a very flexible manner.
  • Figure 1 shows examples of typical array patterns that can be generated in the manner described.
  • the transmission functions of the digital holograms and beam splitters are adapted to the modulation properties of the optical light modulator used by means of optimizing calculation methods. Iterative algorithms such as the iterative Fourier or Fresnel transformation algorithm can be used for this. From a technical point of view, Fourier transmission functions that generate the specified array patterns in the far diffraction field are particularly advantageous and functional for most applications. The advantage of using Fourier transmission functions is that translations of the transmission functions do not have any effect on the position or energy distribution of the array pattern in the far field compared to the irradiated laser beam, which simplifies the adjustment of the components in the lighting device.
  • FIG. 2 shows an example of a calculated optical transmission function, which is calculated for a phase-modulating light modulator and generates a dot pattern in the defined diffraction plane when the light modulator addresses with this transmission function and is illuminated with laser light.
  • the gray values of the calculated transmission function represent the degree for the phase delay that the laser light experiences at the respective pixel position of the light modulator.
  • phase-only transmission functions which enable particularly high light efficiency and correspond well to the modulation properties of some light modulators, is mostly based on numerical optimization methods, which do not always lead to ideal solutions with regard to the signal-to-noise ratio of the laser light point patterns generated.
  • the transmission function can be implemented, for example, by two light modulators, one of which implements the phase transmission function and the other the amplitude transmission function. You cannot get by with a light modulator because there is no type of light modulator today that can control and simultaneously modulate the phase and amplitude of laser light.
  • High-resolution, two-dimensional array patterns and other high-resolution patterns for illuminating samples can be generated very flexibly, without having to mechanically change the optical equipment.
  • the change results from electrical switching of the transmission function of an electrically addressable light modulator.
  • phase-modulating liquid crystal light modulators or phase-modulating diffractive elements By using phase-modulating liquid crystal light modulators or phase-modulating diffractive elements, high-quality dot patterns can be generated flexibly. This means that the expansion of the light points can be minimized, the shape of the points standardized and the uniformity of the energies achieved in a very good approximation.
  • the lighting pattern can be adapted to the dimensions of the samples to be illuminated.
  • the adaptation takes place on the one hand via parameters for calculating the transmission functions and on the other hand via adjustable optical parameters of the lighting device, such as the lens focal length.
  • the dimension of the lighting pattern can be adapted to the laser light used.
  • the adjustment is done on the one hand via parameters for calculating the Transmission functions and on the other hand via adjustable optical parameters of the lighting device, such as the lens focal length.
  • the invention can be used for the synthesis of microarrays in several ways.
  • the sedimentation of molecules or particles on a substrate can be brought about or optimized at the defined locations of a point array.
  • possible contamination in places that should remain free can be subsequently removed.
  • Figure 3 illustrates schematically which situations can arise here.
  • the ideal case, shown on the left in FIG. 3, shows particles which have been arranged uniformly in an equidistant point array on a carrier. Deviating from this, there are situations where defects occur either due to the fact that particles do not deposit at the desired locations, as shown in the middle of FIG. 3, or at other undesired positions, as shown on the right in FIG. 3.
  • the quality of microarrays expressed by the packing density of particle or molecule spots, can be used, for example, by the sequential application of transmission functions and the associated generation of light patterns to trigger the sedimentation of substances at the defined illuminated positions.
  • the detachment of particles in illuminated areas can be triggered in the same way. Sedimentation and detachment processes generally require different laser energies, exposure times and wavelengths. Therefore, a programmable coupling of the respectively specified modulation function of the light modulator with the energy of the laser light is provided in the invention. Optimization can also be achieved through the use of transmission functions that generate point arrays with optimal packing densities, in particular hexagonal array patterns.
  • the invention relates to a device, the construction of which is shown in two variants in FIGS. 4 and 5.
  • the basic functionality of the device is the same in both versions.
  • the differences in the architecture of the devices result from the different light modulator technologies.
  • Transmittive light modulators are illuminated by means of laser light, each optical pixel of the modulator influencing the phase or amplitude property of the light locally, and in accordance with its electrical control.
  • reflective light modulators each pixel has a final reflective layer, which reflects incident light back. This technology is becoming increasingly important as it enables the control electronics to be moved behind the pixels and thus significantly higher pixel resolutions and higher energy utilization.
  • Figures 4 and 5 show that the invention consists of several modules: the module “laser”, the module “beam expansion”, the module “electrically switchable microstructured optics”, the module “imaging optics”, the module “electronic control” and the module “Information technology system”.
  • the function of the invention arises from that Interaction of these modules.
  • the light source is a laser, the beam of which is expanded by beam expansion optics. This widened beam strikes the electrically switchable microstructured optics, which implement optical transmission functions in accordance with the electronic control.
  • the incident laser beam is modulated and transmitted or reflected in accordance with the transmission function that has been implemented.
  • the transmission function it is also possible and potentially necessary for some applications to achieve the transmission function not with one, but rather by coupling several optical components. It can make sense to generate the transmission function, for example, by using several addressable light modulators or by combining an addressable light modulator with static diffractive elements.
  • the laser beam which is modulated by the electrically switchable, micro-structured optics, is guided by imaging optics, which images the diffraction image in a defined object plane, for example where a substrate with a microarray is located.
  • the properties of the light modulator, the laser light source and the imaging optics are controlled by the electronic control.
  • the electronic control can either be integrated electronics with arithmetic unit, storage unit and control logic or a computer.
  • It includes at least the importing, storing, deleting and reproducing of transmission functions on the electrically addressable light modulator, the parameterization and storage of image reproduction parameters and a coupling for controlling the brightness and wavelength of the laser light sources.
  • the settings of the imaging optics and possible additional optical components can also be checked with this.
  • the lighting device has a specified object plane in which substrates with samples or microarrays or closed transparent vessels, in which substrates with samples or microarrays are enclosed, can be attached. This enables flexible use of the lighting device for the synthesis and analysis of microarrays.
  • a method for the synthesis of microarrays follows the following steps. First, one or more substrates are contained in a transparent and sealed container which is filled with a liquid or a gas, the liquid or the gas containing, inter alia, the substance which is to be deposited on the substrate or the substrates. The container with the substrate or substrates is then introduced into the object plane. The substrate is then illuminated, which creates an electrical potential in the illuminated positions, which stimulates the substances mentioned to be deposited in the illuminated positions.
  • synthesis can also be carried out with substrates which already carry microarrays, for example those produced using a microspotting method.
  • a new substance can be grown on the structures of a microarray or the chemical binding of substances caused by the influence of laser light.
  • the substrate which carries the microarray to be analyzed is treated with a fluorescent substance before the analysis process.
  • the step of analyzing is that the substance is first illuminated at specified positions with laser light of defined energy and wavelengths, which triggers the fluorescence reaction in the substance at the illuminated locations. The laser light is then switched off so that the emission image of the fluorescent substance can be labeled with a detector.
  • FIG. 1 examples of two-dimensional array patterns that can be generated with the lighting device
  • FIG. 2 shows an example of a computer-generated transmission function for a phase-modulating light modulator, which generates a point array as a diffraction image
  • FIG. 3 shows a schematic representation of the situations during the sedimentation of particles or molecules on substrates
  • FIG. 4 shows a schematic representation of the architecture of the lighting device when a transmittive light modulator is used
  • Figure 5 Schematic representation of the architecture of the lighting device when using a reflective light modulator.
  • Figure 1 shows several examples of typical two-dimensional array patterns that can be generated as coherent lighting patterns with the lighting device. These are often regular patterns that contain a basic pattern that is replicated on grid of dots. These patterns are suitable to stimulate or optimize the sedimentation of particles or molecules in illuminated positions on substrates. They can also be used to loosen particles or molecules in undesired places.
  • FIG. 2 shows an example of a computer-generated transmission function for a liquid crystal light modulator for generating a point array.
  • the transmission function is a pixel matrix, which is defined by a corresponding matrix of quantized gray values. Each gray value of a pixel defines the phase modulation property of the associated pixel of the liquid crystal light modulator.
  • the various transmission functions required for an application can be calculated in advance or directly in order to control the light modulator in a flexible manner. The control can take place according to a defined time-division multiplex method, the switching speed being limited only to the maximum switching speed of the light modulator.
  • FIG. 3 schematically illustrates typical situations that can arise in the synthesis of microarrays.
  • the particles or molecules accumulate on the substrate in a predetermined grid to form an array.
  • defects can arise in the synthesis process, as shown in the center of the picture, or particles can be deposited at positions that are not actually intended for this purpose.
  • the latter state is shown on the right in FIG. 3. Incorrect conditions can be counteracted or avoided by the lighting device by using suitable transmission functions.
  • FIG. 4 and FIG. 5 show two architectures for realizing the lighting device. These do not differ functionally, but only in the version with a transparent light modulator in FIG. 4 or a reflective light modulator in FIG. as shown in Figure 1, illuminated.
  • Each illumination pattern is the result of the diffraction of a coherent wave field, the phase distribution of which in the plane of the light modulator is defined by its transmission function.
  • the transmission function can be implemented by an addressable light modulator or several such light modulators or the combination of light modulators with static diffractive elements.
  • Imaging optics are used to bring the diffraction pattern of the modulated laser light into a defined diffraction plane.
  • An electronic control ensures the control of the light modulator, or optionally several light modulators, the laser light source and the imaging optics.
  • the electronic control can be connected to a computer in order to transmit transmission functions which have been calculated using a program on the computer. If the electronic control transmits a sequence of transmission functions to the light modulator in time-division multiplexing, the associated illumination patterns are generated when illuminating with the laser light source in the object plane in which, for example, one or more substrates with microarrays are located. LIST OF REFERENCE NUMBERS

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Abstract

Die Erfindung betrifft ein Verfahren und eine programmierbare Beleuchtungsvorrichtung zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen Synthese oder Analyse von Microarrays. Die Erfindung ermöglicht es, gemäss einer Spezifikation zweidimensionale strukturierte Laserlicht-Punktmuster in einem Raum-, Zeit- und Wellenlängen-Multiplexverfahren zu erzeugen. Diese Punktmuster sind auf Rastern definiert, können leicht 10000 bis 100000 Lichtpunkte pro Quadratzentimeter haben, und dafür genutzt werden, Substanzen an den beleuchteten Positionen der Lichtmuster auf festen Oberflächen ablagern zu lassen. Nach dem gleichen Schema kann die Beleuchtungseinrichtung auch genutzt werden, um Microarrays mit spezifizierten zeitlichen Abfolgen zweidimensionaler Laserlicht-Punktmuster mit verschiedenen Wellenlängen zu beleuchten und dadurch Fluoreszenzeffekte für Analyseverfahren zu erzeugen. Die Erfindung beinhaltet die Realisation von digitalen Transmissionsfunktionen mittels elektrisch schaltbarer, mikrostrukturierter Optiken, welche durch Beleuchtung mit einer Laserlichtquelle und unter Ausnutzung des Beugungseffektes in einer definierten Bildebene spezifizierte Laserlicht-Punktmuster im Zeitmultiplex-Verfahren erzeugen.

Description

Erfindung
Verfahren und programmierbare Beleuchtungsvorrichtung zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen Synthese und Analyse von Microarrays
Beschreibung Kurzfassung
Die Erfindung betrifft ein Verfahren und eine programmierbare Beleuchtungsvorrichtung zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen Synthese oder Analyse von Microarrays. Die Qualität der Herstellung und Analyse von Microarrays und Biochips hängt bedeutend von der Qualität der Beleuchtungsmethoden, das heißt von deren Auflösungsvermögen, deren flexiblen Einsetzbarkeit und dem Grad der Parallelität bei der Erzeugung von Arraymustern ab.
Die Erfindung ermöglicht es, gemäss einer Spezifikation zweidimensionale strukturierte Laserlicht-Punktmuster in einem Raum-, Zeit- und Wellenlängen-Multiplexverfahren zu erzeugen. Diese Punktmuster sind auf Rastern definiert, können leicht 10000 bis 100000 Lichtpunkte pro Quadratzentimeter haben, und dafür genutzt werden, Substanzen an den beleuchteten Positionen der Lichtmuster auf festen Oberflächen ablagern zu lassen. Nach dem gleichen Schema kann die Beleuchtiingseinrichtung auch genutzt werden, um Microarrays mit spezifizierten zeitlichen Abfolgen zweidimensionaler Laserlicht-Punktmuster mit verschiedenen Wellenlängen zu beleuchten und dadurch Fluoreszenzeffekte für Analyseverfahren zu erzeugen.
Die Erfindung beinhaltet die Realisation von digitalen Transmissionsfunktionen mittels elektrisch schaltbarer, mikrostrukturierter Optiken, welche durch Beleuchtung mit einer Laserlichtquelle und unter Ausnutzung des Beugungseffektes in einer definierten Bildebene spezifizierte Laserlicht-Punktmuster im Zeitmultiplex- Verfahren erzeugen.
Hohe Auflösung, massive Parallelität und Programmierbarkeit der Beleuchtungsvorrichtung bergen ein hohes Potential für deutliche Verbesserungen im Herstellungsprozess von Microarrays, Biochips und anderen periodischen Mikrostrukturen. Durch die Eigenschaft der Erfindung, die Laserlicht-Punktmuster allein durch optische Effekte zu erzeugen, können mechanische Komponenten oder lichtablenkende Komponenten, wie sie zum Beispiel in Scanner- Technologien eingesetzt werden, eingespart werden. Stand der Technik
Durch die Biochip-Technologie ist das Interesse an zweidimensionalen Microarraystrukturen stark gewachsen. Ein Biochip ist ein festes Substrat, auf welchem sich ein Microarray biochemischen Materials befindet. Als Microarray bezeichnet man eine hochgradig repetitive Anordnung von Substanzen, Molekülen oder Teilchen, wobei die Dimensionen der Strukturen im Mikrometerbereich liegen. Mit der Biochip-Technologie ist es möglich, simultan Tausende biologische, chemische oder physikalische Reaktionen auf mikroskopisch kleinem Raum simultan anzuregen. So lassen sich zum Beispiel hochgradig repetitive Laboraufgaben auf mikroskopisch kleinem Raum parallel, automatisiert und zu entsprechend niedrigen Kosten durchführen. Für die Weiterentwicklung der Biochip-Technologie sind die Optimierung der Synthese von Microarrays oder verbesserte Methoden zur Analyse von Arrayproben von hoher Bedeutung. In den letzten Jahren ist in diesem Zusammenhang die sogenannte DNA Microarray- Technologie entstanden mit dem Ziel, genetisches Material bezüglich Defekte oder Sequenzvariationen zu analysieren. Mit dieser Technologie ist es möglich, eine sehr große Anzahl von Genen simultan zu analysieren. Damit ergeben sich völlig neue Möglichkeiten der Diagnose und Therapie in der Medizin und in der Medikamentenforschung.
Biochips sind Microarray-Strukturen biochemischer Substanzen auf einem festen Trägermedium. Ein Microarray ist eine rechteckige Rasteranordnungen von äquidistanten Substanzflecken (Spots), oftmals mit nur wenigen Mikrometern Ausdehnung. Die Herstellung von Microarrays geschieht heute zumeist auf der Basis der drei Primärtechnologien Photolithographie, Tintenstrahl-Drucktechnik (Ink-Jetting) und mechanischem MikroPunktierung (Micro-Spotting). Im Fall der Lithographie werden Photomasken verwendet, um eine zweidimensionale, strukturierte Belichtung zu erzielen, gemäss derer sich Moleküle oder DNA- Basen an den definierten, beleuchteten Rasterposition auf dem Substrat abscheiden sollen. Durch die Tintenstrahl-Drucktechnik werden Moleküle über winzige Düsen auf eine Substratoberfläche kontaktlos gedruckt. Um eine Array- Struktur zu erzielen, muss das Substrat dazu über eine XYZ- Mikromechanik bewegt werden. Die Mikro-Punktierung ist dagegen eine kontaktbehaftete Technologie. Sie verwendet einen Druckkopf mit Micro-Pins oder Micro-Kapillaren, um darüber Substanzen bzw. Moleküle auf die Substratoberfläche zu fixieren. Aufrund sehr unterschiedlicher Herstellungsanforderungen und dem Wunsch nach höherer Effizienz, Geschwindigkeit und Flexibilität haben die drei genannten Herstellungstechnologien, insbesondere aber auch neue konkurrenzfähige Technologien eine gute Chance, in Zukunft kommerziell eingesetzt zu werden.
Microarrays werden bei der Analyse einer Substanzprobe zur biochemischen Reaktion mit dieser Probe gebracht. Die Spots des Microarrays tragen anschließend Informationen, welche Aufschluss über die Eigenschaften oder Funktion der analysierten Substanz geben. Besondere Vorteile für Geschwindigkeit und Qualität der Auswertung der Informationen von dem Microarray beinhaltet die Methode des „Fluoreszenz-Labeling". Dabei wird das Microarray mit fluoreszierenden Substanzen behandelt, deren fluoreszierende Moleküle sich an die Moleküle auf den Spots des Microarrays anlagern. Man spricht hier von der Fluoreszenz-Markierung der Spots. Nach dieser Behandlung wird ungebundenes Material in einem „Waschvorgang" entfernt. Mit Hilfe von Fluorenszenz-Detektionsverfahren können die einzelnen Microarray-Spots sichtbar gemacht werden.
Zur Microarray-Detektion werden heute konfokale Scanner und CCD-Kameras eingesetzt. Als Lichtquellen dienen Laser, aber auch Weißlichtquellen. Durch die Beleuchtung der Microarrays mit Licht definierter Wellenlängen, werden die fluoreszierenden Moleküle zur Emission angeregt. Im Fall des konfokalen Scanners wird jeweils nur eine sehr kleine Region von ca. 100 Quadratmikrometern des Microarrays beleuchtet und die lokale Resonanz durch einen Punktdetektor aufgezeichnet und in ein äquivalentes elektrisches Signal konvertiert. Beim konfokalen Scanning wird das Microarray Spot für Spot beleuchtet und die jeweilig resultierende Emission aufgezeichnet, so dass ein zweidimensionales Bild als Ergebnis des Analyseprozesses entsteht. Die CCD-Technologie erlaubt dagegen die simultane Auswertung großer Bereiche von Microarrays. Dafür werden flächige Beleuchtungsquellen eingesetzt.
Die Verwendung zweidimensionaler Beleuchtungs- und Auswertungstechniken kann die Anwendung von Biochips weiter optimieren. Der Einsatz von Laserlichtquellen erlaubt dabei die kontrollierte Beleuchtung von Microarrays mit definierten Wellenlängen, die sich kontrolliert durchstimmen lassen. Grundsätzlich erlauben Laser damit die kontrollierte Durchführung von Analysen von Microchips unter spezifizierten Bedingungen. Weiterentwicklungen, welche das kontrollierte Multiplexen von strukturierten Beleuchtungsmustern und Wellenlängen ermöglicht oder vereinfacht, verbessern die Möglichkeiten zur Auswertung von Microarrays.
Ausführliche Beschreibung
Die Erfindung betrifft ein Verfahren und eine programmierbare Beleuchtungsvorrichtung zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen Synthese oder Analyse von Microarrays. Für beide Anwendungen ermöglicht die Beleuchtungsvorrichtung die unkomplizierte und flexible Realisierung hochauflösender Arrays mit Laserlichtpunkten. Diese Punktmuster sind auf exakt spezifizierten periodischen Rasterkoordinaten definiert und können leicht 10000 bis 100000 Lichtpunkte pro Quadratzentimeter aufweisen. Im Fall der Synthese von Microarrays können diese Arrays von Laserlichtpunkten dazu dienen, um auf Substratoberflächen definierte elektrische Potentialstrukturen zu erzeugen, gemäss derer Moleküle oder Teilchen absedimentieren und so MikroStrukturen entsprechend der vordefinierten Potentialstrukturen bilden. Im Fall der Analyse werden hochauflösende Arrays von Laserlichtpunkten eingesetzt, um Proben von Microarrays an definierten Stellen mit vordefinierten zweidimensionalen Lichtmustern zu beleuchten, um zugleich eine hochgradige örtliche Parallelität der Beleuchtung und die Kontrolle der lokalen Beleuchtung von MikroStrukturen für den Analyseprozess zu erzielen.
Eine Kernkomponente der Beleuchtungsvorrichtung ist eine elektrisch schaltbare, mikrostrukturierte optische Optik, zum Beispiel realisiert durch elektrisch adressierbare, optische Lichtmodulatoren und optional diffraktive optische Elemente, in Verbindung mit Lasersystemen, um die geforderte Parallelität und Flexibilität der Beleuchtung für Microarrays zu erzielen. Optische Lichtmodulatoren und diffraktive optische Elemente sind Technologien, mit denen sich Laserlicht in spezifizierter Weise manipulieren lässt, so dass definierte Beugungsmuster entstehen können. Die Art der Manipulation des Laserlichts wird durch die optische Transmissionsfunktion bestimmt, welche durch einen optischen Lichtmodulator oder mehrere Lichtmodulatoren in Reihe und optional diffraktive optische Elemente realisiert wird.
Die Erfindung beinhaltet ein Verfahren zur Berechnung von digitalen diffraktiven Transmissionsfunktionen zur direkten Realisation mittels elektrisch adressierbarer, mikrostrukturierter Lichtmodulatoren, welche durch Beleuchtung mit einer Laserlichtquelle und unter Ausnutzung des Beugungseffektes in einer definierten Bildebene spezifizierte Laserlicht- Punktmuster im Orts- und Zeitmultiplex- Verfahren erzeugen. Die Laserlicht-Punktmuster müssen im Allgemeinen spezifisch für die jeweilige Anwendung zur Synthese oder Analyse von Microarrays vordefiniert werden. Dies geschieht anhand von digital definierten Array-Mustern, wobei jedem Lichtpunktmuster genau ein korrespondierendes digitales Muster zugeordnet wird. In einem digitalen Muster repräsentieren Punkte logisch die Lichtpunkte des realen physikalischen Lichtpunktmusters, wobei die geometrischen Parameter der Positionen digitaler Punkte in direkter mathematischer Relation mit den geometrischen Positionen der physikalischen Lichtpunkten stehen. In die mathematische Relation fließen die Gesetze der Beugungsoptik ein, dabei die Wellenlänge des verwendeten Laserlichtes, die Brennweiten eingesetzter Objektive und die Größen der MikroStrukturen verwendeter Lichtmodulatoren. Der Entwurf einer digitalen Transmissionsfunktion zur Erzeugung eines spezifizierten Lichtpunktmusters beginnt mit der Spezifikation des entsprechenden digitalen Musters. Die Transmissionsfunktion kann dann mit Methoden der numerischen Optimierung, zum Beispiel mit dem sogenannten iterativen Fouriertransformationsalgoritmus, durch ein Computerprogramm berechnet werden, so dass die Transmissionsfunktion die Modulationscharakteristik eines Lichtmodulators möglichst ideal erfüllt. Die so erzeugte Transmissionsfunktion wird digital durch eine Grauwert-Bildmatrix repräsentiert. Die digitalen Werte der Matrix können zur Ansteuerung eines elektrisch adressierbaren Lichtmodulators verwendet werden. Für die Erfindung besonders bedeutend ist, dass dieses Verfahren es ermöglicht, in sehr flexibler Weise Transmissionsfunktionen zur Generierung von hochauflösenden zweidimensionalen Lichtpunktmustern zu erzeugen. Im Zusammenhang mit der Verwendung elektrisch adressierbarer Lichtmodulatoren bedeutet dies die Möglichkeit der zeitlichen Schaltung von Beleuchtungsmustern durch die Schaltung von Transmissionsfunktionen und die Möglichkeit der einfachen Umprogrammierung der Beleuchtungsquelle durch den Austausch von Transmissionsfunktionen zur flexiblen Anpassung an die Anforderungen verschiedener Anwendungen.
Die Erfindung verwendet elektrisch adressierbare optische Lichtmodulatoren und optional diffraktive optische Elemente. Ein elektrisch adressierbarer optischer Lichtmodulator ist eine planare mikrostrukturierte Komponente mit einer Pixelmatrix optischer Zellen, deren optische Transmissionsfunktion sich elektronisch ansteuern und wechseln lässt. Auf dem Markt sind heute Lichtmodulatoren erhältlich, deren optische Fläche kleiner ist als ein Dia und die Standardauflösungsformate VGA, SVGA oder XGA haben. In Zukunft sind hier weitere technologische Verbesserungen zu erwarten. Allerdings sind diese Lichtmodulatoren oft für Standard-Videoanwendungen entwickelt worden. Entsprechend werden sie zumeist für die Helligkeitsmodulation von Weißlicht verwendet. Diffraktive Elemente sind dagegen statische, mikrostrukturierte optische Komponenten, die eine optische Funktion unter Ausnutzung des Beugungseffektes erzielen.
Es ist eine besondere Eigenschaft der Erfindung, dass eine elektrisch schaltbare, mikrostrukturierte Optik eingesetzt wird, die einfallendes Laserlicht örtlich in spezifizierter Weise moduliert. Beispielsweise haben die sogenannten Flüssigkristalllichtmodulatoren solche modulierenden Eigenschaften. Oftmals werden Flüssigkristalllichtmodulatoren für Videoanwendungen entwickelt und modulieren entsprechend bevorzugt die Intensität beziehungsweise die Amplitude einfallenden Lichts. Für die vorliegende Erfindung, die Laserlicht einsetzt, ist es hingegen erforderlich, die Amplitude und/oder Phase einfallenden Laserlichtes in spezifizierter Weise modulieren zu können. Es gibt Lichtmodulatoren, die dieses leisten. Dazu gehören unter anderem auch die Flüssigkristallichtmodulatoren.
Sind die Modulationscharakteristiken eines Lichtmodulators nicht ideal, so können sie oftmals durch eine Modifikation der elektrischen Ansteuerung der bildgebenden Parameter optimiert werden. Es gibt Lichtmodulatoren, die im einen Fall transmittiv und im anderen Fall reflektiv funktionieren. Dieser Unterschied hat keinen grundsätzlichen Einfluss auf die Funktionsweise und Anwendung einer solchen Komponente in der Beleuchtungsvorrichtung, aber auf die Architektur der Beleuchtungsvorrichtung.
Die optische Funktion eines elektrisch adressierbaren Flüssigkristalllichtmodulators bestimmt sich durch die optische Transmissionsfunktion, die mittels elektrischer Adressierung realisiert wird. Die Transmissionsfunktion ist eine Bild-Pixelmatrix, die mit einem Computerprogramm berechnet wird. Dabei definiert jedes Pixel, auf dem Computer dargestellt durch einen Grauwert, entweder eine Amplitudendämpfung im Fall der Amplitudenmodulation oder eine Phasenverzögerung im Fall der Phasenmodulation, die das Laserlicht an der entsprechenden Position des Lichtmodulators erfahren soll. Die optische Funktion des Lichtmodulators, beziehungsweise die Transmissionsfunktion, kann durch die elektrische Ansteuerung dynamisch verändert werden. Dies geschieht, indem man mit dem Computer die gewünschten Transmissionsfunktionen im voraus oder direkt berechnet und den Lichtmodulator mit diesen Transmissionsfunktionen in einem flexibel gestaltbaren aber definiertem Schema elektronisch ansteuert.
Die Erfindung macht von der Beugungseigenschaft des Laserlichts, der Funktionsweise elektrisch adressierbarer optischer Lichtmodulatoren und dem computergestützten Entwurf Transmissionsfunktionen diffraktiver optischer Elemente Gebrauch. Mit diesen Methoden des computergestützten Entwurfs werden in sehr flexibler Weise digitale Transmissionsfunktionen zur Realisierung mittels optischer Lichtmodulatoren oder diffraktiver optischer Elemente berechnet. Zur Synthese oder Analyse von Microarrays werden insbesondere Array-Muster benötigt. Dabei handelt es sich um repetitive Muster, welche ein oder wenige Grundmuster wie zum Beispiel einen Punkt, ein Rechteck oder einen Kreis in einem Array auf einem vorgegebenen Raster repliziert haben. Mit Hilfe des computergestützten Entwurfs können Kombinationen aus digitalen Transmissionsfunktionen, welche Grundmuster holographisch und durch Beugung von Laserlicht erzeugen, und solche, welche durch Teilung eines einfallenden Laserstrahls definierte Punktmuster erzeugen, Array-Muster in sehr flexibler Weise generiert werden. Im ersten Fall spricht man von digitalen Hologrammen und im zweiten Fall von digitalen Strahlteilern. Figur 1 zeigt Beispiele typischer Array-Muster, die auf die beschriebene Weise erzeugt werden können.
Die Transmissionsfunktionen der digitalen Hologramme und Strahlteiler werden durch optimierende Berechnungsmethoden den Modulationseigenschaften des jeweiligen eingesetzten optischen Lichtmodulators angepasst. Hierfür können iterative Algorithmen wie zum Beispiel der iterative Fourier- oder Fresnel-Transformationsalgorithmus verwendet werden. Aus technischer Sicht besonders vorteilhaft und für die meisten Anwendungen funktionsfähig sind Fourier- Transmissionsfunktionen, die im Beugungsfernfeld die spezifizierten Array-Muster erzeugen. Der Vorteil der Anwendung von Fourier-Transmissionsfunktionen besteht darin, dass sich Translationen der Transmissionsfunktionen gegenüber dem eingestrahlten Laserstrahlenbündel in keiner Weise auf die Position oder Energieverteilung des Array-Musters im Fernfeld auswirken, was die Justierung der Komponenten in der Beleuchtungsvorrichtung vereinfacht.
Um eine möglichst optimale Lichteffizienz zu erzielen, werden phasenmodulierende Transmissionsfunktionen berechnet und die Modulationseigenschaften des Lichtmodulators auch dahingehend möglichst weitgehend angepasst. Dies ist aufgrund technischer Eigenschaften heutiger Lichtmodulatoren nicht immer ideal möglich, doch in zumindest in guter Annäherung. Es besteht die Aussicht, dass die Eigenschaften optischer Lichtmodulatoren aufgrund neuer Techniken in dieser Hinsicht zusätzliche deutlichen Verbesserungen unterliegen wird. Figur 2 zeigt als Beispiel eine berechnete optische Transmissionsfunktion, welche für einen phasenmodulierenden Lichtmodulator berechnet ist und in der definierten Beugungsebene ein Punktmuster erzeugt, wenn der Lichtmodulator mit dieser Transmissionsfunktion adressiert und mit Laserlicht beleuchtet wird. Die Grauwerte der berechneten Transmissionsfunktion repräsentieren den Grad für die Phasenverzögerung, den das Laserlicht an der jeweiligen Pixelposition des Lichtmodulators erfährt.
Es kann Anwendungen geben, die eine besonders exakte Wiedergabe eines definierten Array- Musters erfordern. Die Berechnung von Nur-Phasentransmissionsfunktionen, die eine besonders hohe Lichteffizienz ermöglichen und den Modulationseigenschaften einiger Lichtmodulatoren gut entsprechen, basiert zumeist auf numerischen Optimierungsverfahren, die nicht immer zu Ideallösungen bezüglich des Signal-zu-Rausch-Verhältnisses der erzeugten Laserlicht- Punktmuster führen. So kann es in Spezialfällen erforderlich sein, ein spezifiziertes Beugungsmuster durch eine komplexe Transmissionsfunktion realisieren zu müssen, um zu einer besseren Lösung zu gelangen. In diesem Fall kann man die Transmissionsfunktion beispielsweise durch zwei Lichtmodulatoren realisieren, wobei der eine die Phasentransmissionsfunktion und der andere die Amplitudentransmissionsfunktion umsetzt. Man kommt hierbei nicht mit einem Lichtmodulator aus, da es heute keinen Lichtmodulatortyp gibt, der kontrolliert und simultan Phase und Amplitude von Laserlicht modulieren können.
Die Flexibilität der Berechnung optischer Transmissionsfunktionen, gekoppelt mit der dynamischen Realisierung durch elektrisch adressierbare Lichtmodulatoren, verleihen der Erfindung besonders nützliche Eigenschaften für die Synthese oder Analyse von Microarrays:
• Es können sehr flexibel hochauflösende, zweidimensionale Array-Muster und auch andere hochauflösende Muster zur Beleuchtung von Proben erzeugt werden, ohne die optische Apparatur dazu mechanisch verändern zu müssen. Die Veränderung ergibt sich durch elektrische Schalten der Transmissionsfunktion eines elektrisch adressierbaren Lichtmodulators.
• Es können beliebig viele, verschiedene spezifizierte Array-Muster kontrolliert dynamisch geschaltet werden.
• Durch die Verwendung von phasenmodulierenden Flüssigkristallichtmodulatoren oder phasenmodulierenden diffraktiven Elementen können qualitativ hochwertige Punktmuster flexibel erzeugt werden. Das heisst die Ausdehnung der Lichtpunkte kann minimiert, die Form der Punkte vereinheitlicht und die Uniformität der Energien in sehr guter Annäherung erzielt werden.
• Die Beleuchtungsmuster können den Dimensionen der zu beleuchtenden Proben angepasst werden. Die Anpassung geschieht einerseits über Parameter zur Berechnung der Transmissionsfunktionen und andererseits über justierbare optische Parameter der Beleuchtungsvorrichtung wie zum Beispiel die Objektivbrennweite.
• Die Dimension der Beleuchtungsmuster kann dem verwendeten Laserlicht angepasst werden. Die Anpassung geschieht einerseits über Parameter zur Berechnung der Transmissionsfunktionen und andererseits über justierbare optische Parameter der Beleuchtungsvorrichtung wie zum Beispiel die Objektivbrennweite.
So kann die Erfindung für die Synthese von Microarrays in mehrerlei Hinsicht eingesetzt werden. Zum einen kann die Sedimentierung von Molekülen oder Teilchen auf einem Substrat an den definierten Stellen eines Punktarrays hervorgerufen oder optimiert werden. Zum anderen können mögliche Verunreinigungen an Stellen, die frei bleiben sollen, nachträglich beseitigt werden. Figur 3 verdeutlicht schematisch, welche Situationen hier entstehen können. Der Idealfall, in Figur 3 links dargestellt, zeigt Teilchen, die sich gleichmäßig in einem äquidistanten Punktarray auf einem Träger angeordnet haben. Abweichend davon findet man Situationen vor, wo Fehlstellen entstehen entweder dadurch, dass sich Teilchen nicht an den gewünschten Stellen ablagern, wie in Figur 3 Mitte gezeigt, oder an anderen nicht erwünschten Positionen, wie Figur 3 rechts gezeigt. So kann die Qualität von Microarrays, angedrückt durch die Packungsdichte von Teilchen- oder Molekülspots, zum Beispiel durch die sequentielle Anwendung von Transmissionsfunktionen und die damit verbundene Erzeugung von Lichtmustern zur Auslösung der Sedimentierung von Substanzen an den definierten beleuchteten Positionen verwendet werden. Daneben kann auf gleiche Weise das Ablösen von Teilchen an beleuchteten Stellen ausgelöst werden. Vorgänge der Sedimentierung und Ablösung erfordern in der Regel unterschiedliche Laserenergien, Belichtungsdauern und Wellenlängen. Von daher ist in der Erfindung eine programmierbare Kopplung der jeweils spezifizierten Modulationsfunktion des Lichtmodulators mit der Energie des Laserlichts vorgesehen. Eine Optimierung kann auch durch die Anwendung von Transmissionsfunktionen geschehen, die Punktarrays mit optimalen Packungsdichten erzeugen, so insbesondere hexagonale Array-Muster.
Die Erfindung betrifft ein Gerät, dessen Aufbau in zwei Varianten in den Figuren 4 und 5 dargestellt sind. Die grundsätzliche Funktionsweise des Gerätes ist in beiden Varianten gleich. Die Unterschiede in der Architektur der Geräte ergeben sich aus den unterschiedlichen Lichtmodulatortechnologien. So sind transmirtive und reflektive Lichtmodulatoren zu unterscheiden. Transmittive Lichtmodulatoren werden mittels Laserlicht durchleuchtet, wobei jeder optische Pixel des Modulators die Phasen- oder Amplitudeneigenschaft des Lichtes lokal, und entsprechend seiner elektrischen Ansteuerung, beeinflusst. Bei reflektiven Lichtmodulatoren hat jeder Pixel eine abschließende reflektierende Schicht, welche einfallendes Licht zurück reflektiert. Diese Technologie gewinnt stark an Bedeutung, da sie die Verlagerung der Ansteuerelektronik hinter die Pixel und damit bedeutend höhere Pixelauflösungen und eine höhere Energieausnutzung ermöglicht.
Figuren 4 und 5 zeigen, dass die Erfindung aus mehreren Modulen besteht: dem Modul „Laser", dem Modul „Strahlaufweitung", dem Modul „Elektrisch schaltbare mikrostrukturierte Optik", dem Modul „Abbildungsoptik", dem Modul „Elektronische Steuerung" und dem Modul „Informationstechnisches System". Die Funktion der Erfindung entsteht durch das Zusammenwirken dieser Module. Die Lichtquelle ist ein Laser, dessen Strahl durch eine Strahlaufweitungsoptik expandiert wird. Dieses aufgeweitete Strahlenbündel trifft auf den elektrisch schaltbare mikrostrukturierte Optik, welche entsprechend der elektronischen Ansteuerung optische Transmissionsfunktionen realisiert. Je nach eingesetzter Lichtmodulatortechnologie wird das einfallende Laserstrahlenbündel entsprechend der realisierten Transmissionsfünktion moduliert und transmittiert oder reflektiert. Es ist auch möglich und für einige Anwendungen potentiell erforderlich die Transmissionsfunktion nicht mit einer, sondern durch Kopplung mehrerer optischer Komponenten zu erzielen. Dabei kann es sinnvoll sein, die Transmissionsfunktion zum Beispiel durch den Einsatz mehrerer adressierbarer Lichtmodulatoren oder die Kombination von adressierbarem Lichtmodulator mit statischen diffraktiven Elementen zu erzeugen. Das durch die elektrisch schaltbare, mikrostrukturierte Optik modulierte Laserstrahlenbündel wird durch eine Abbildungsoptik gelenkt, die das Beugungsbild in einer definierten Objektebene, wo sich zum Beispiel ein Substrat mit einem Microarray befindet, abbildet. Durch die elektronische Steuerung werden der Eigenschaften des Lichtmodulator, die der Laserlichtquelle und der Abbildungsoptik kontrolliert. Die elektronische Ansteuerung kann entweder eine integrierte Elektronik mit Rechenwerk, Speichereinheit und Steuerlogik oder ein Computer sein. Sie beinhaltet mindestens die das Importieren, Speichern, Löschen und Wiedergeben von Transmissionsfunktionen auf dem elektrisch adressierbaren Lichtmodulator, der Parametrierung und Speicherung von Bildwiedergabeparametern und eine Kopplung zur Steuerung der Helligkeit und Wellenlänge der Laserlichtquellen. Auch die Einstellungen der Abbildungsoptik und möglicher zusätzlicher optischer Komponenten können hiermit kontrolliert werden.
Die Beleuchtungsvorrichtung hat eine spezifizierte Objektebene, in der Substrate mit Proben oder Microarrays oder geschlossene transparente Gefäße, in denen wiederum Substrate mit Proben oder Microarrays eingefasst sind, befestigt werden können. Damit ist ein flexibler Einsatz der Beleuchtungsvorrichtung für die Synthese und die Analyse von Microarrays möglich. Eine Methode für die Synthese von Microarrays verläuft in folgenden Schritten. Zunächst werden ein oder mehrere Substrate in einem transparenten und abgeschlossenen Behälter gefasst, welcher mit einer Flüssigkeit oder einem Gas gefüllt ist, wobei die Flüssigkeit oder das Gas unter anderem die Substanz enthält, die zur Abscheidung auf dem Substrat oder den Substraten gebracht werden soll. Anschließend wird der Behälter mit dem Substrat oder den Substraten in die Objektebene eingeführt. Danach wird das Substrat beleuchtet, wodurch auf den beleuchteten Positionen ein elektrisches Potential entsteht, was die besagten Substanzen anregt, sich an den beleuchteten Positionen abzulagern. Diese oder auch andere Arten der Synthese können auch mit solchen Substraten durchgeführt werden, die bereits Microarrays, zum Beispiel mit einem Micro- Spotting- Verfahren erzeugt, auf sich tragen. So kann man z.B. auf den Strukturen eines Microarrays eine neue Substanz aufwachsen lassen oder die chemische Bindung von Substanzen durch den Einfluss des Laserlichts verursachen. Im Fall der Analyse wird das Substrat, welches das zu analysierende Microarray trägt, vor dem Analyseprozess mit einer fluoreszierenden Substanz behandelt. Der Schritt des Analysierens besteht darin, dass die Substanz zunächst an spezifizierten Positionen mit Laserlicht definierter Energie und Wellenlängen beleuchtet wird, wodurch die Fluoreszenzreaktion bei der Substanz an den beleuchteten Stellen ausgelöst wird. Anschließend wird das Laserlicht abgeschaltet, so dass das Emissionsabbild der fluoreszierenden Substanz mit einem Detektor ausgezeichnet werden kann.
Die Erfindung wird anhand der folgenden Abbildungen erklärt:
Figur 1 Beispiele für zweidimensionale Array-Muster, die mit der Beleuchtungsvorrichtung erzeugt werden können,
Figur 2 Beispiel für eine computer-generierte Transmissionsfunktion für einen phasenmodulierenden Lichtmodulator, die ein Punktarray als Beugungsbild erzeugt,
Figur 3 Schematische Darstellung der Situationen bei der Sedimentierung von Teilchen oder Molekülen auf Substraten,
Figur 4 Schematische Darstellung der Architektur der Beleuchtungsvorrichtung im Fall der Verwendung eines transmittiven Lichtmodulators,
Figur 5 Schematische Darstellung der Architektur der Beleuchtungsvorrichtung im Fall der Verwendung eines reflektiven Lichtmodulators.
Figur 1 zeigt mehrere Beispiele typischer zweidimensionaler Array-Muster, die als kohärente Beleuchtungsmuster mit der Beleuchtungsvorrichtung erzeugt werden können. Es handelt sich hier oft um reguläre Muster, die ein Grundmuster enthalten, welches auf Punktraster repliziert wird. Diese Muster sind geeignet, um die Sedimentierung von Teilchen oder Molekülen an beleuchteten Positionen auf Substraten anzuregen oder zu optimieren. Sie können auch eingesetzt werden, um Teilchen oder Moleküle an unerwünschten Stellen zu lösen.
Figur 2 zeigt ein Beispiel für eine computer-generierte Transmissionsfunktion für einen Flüssigkristalllichtmodulator zur Erzeugung eines Punktarrays. Die Transmissionsfunktion ist eine Pixelmatrix, welche durch eine entsprechende Matrix von quantisierten Grauwerten definiert ist. Jeder Grauwert eines Pixels definiert die Phasenmodulationseigenschaft des zugehörigen Pixels des Flüssigkristalllichtmodulators. Für die Beleuchtungsvorrichtung können in flexibler Weise die verschiedenen für eine Anwendung benötigten Transmissionsfunktionen im Voraus oder direkt berechnet werden, um den Lichtmodulator damit anzusteuern. Die Ansteuerung kann gemäss einem definierten Zeitmultiplexverfahren geschehen, wobei die Schaltgeschwindigkeit nur die maximale Schaltgeschwindigkeit des Lichtmodulators begrenzt ist. Durch die elektrische Adressierung des Lichtmodulators mit einer Transmissionsfunktion ergibt sich in der definierten Beugungsebene das entsprechende Laserlicht-Punktarray, welches die Transmissionsfunktion durch die Modulation des Laserlichts und unter Ausnutzung des Beugungseffektes erzeugt. Figur 3 verdeutlicht schematisch typische Situationen, die sich bei der Synthese von Microarrays ergeben können. Im dem Idealzustand, wie links gezeigt, lagern sich die Teilchen oder Moleküle auf dem Substrat in einem vorgegebenen Raster zu einem Array an. In Abweichung vom Idealzustand können beim Syntheseprozess Fehlstellen entstehen, wie in Bildmitte dargestellt, oder sich Teilchen an Positionen ablagern, die eigentlich nicht dafür vorgesehen sind. Letzterer Zustand ist in Figur 3 rechts dargestellt. Fehlzustände können durch die Beleuchtungsvorrichtung mittels Anwendung geeigneter Transmissionsfunktionen entgegen gewirkt oder vermieden werden.
Figur 4 und Figur 5 zeigen zwei Architekturen zur Realisierung der Beleuchtungsvorrichtung. Diese unterscheiden sich nicht funktional, sondern nur in der Ausführung mit einem transparenten Lichtmodulator in Figur 4 beziehungsweise einem reflektiven Lichtmodulator in Figur 5. Dabei wird die Probe, eine Substrat, zur Synthese oder Analyse eines Microarrays mit einem zweidimensionalen Belichtungsmuster oder einer Sequenz solcher Belichtungsmuster, wie sie in Figur 1 dargestellt sind, beleuchtet. Jedes Beleuchtungsmuster ist Ergebnis der Beugung eines kohärenten Wellenfeldes, dessen Phasenverteilung in der Ebene des Lichtmodulators durch dessen Transmissionsfunktion definiert wird. Die Transmissionsfunktion kann durch einen adressierbaren Lichtmodulator oder mehrere solcher Lichtmodulatoren oder die Kombination von Lichtmodulatoren mit statischen diffraktiven Elementen implementiert werden. Eine Abbildungsoptik dient dazu, das Beugungsbild des modulierten Laserlichts in eine definierte Beugungsebene zu bringen. Eine elektronische Ansteuerung sorgt für die Kontrolle des Lichtmodulators, oder optional mehrerer Lichtmodulatoren, der Laserlichtquelle und der Abbildungsoptik. Damit lassen sich die Transmissionsfunktionen und die Bildwiedergabeeigenschaften des Lichtmodulators steuern, die Eigenschaften der Lichtquelle und die optischen Abbildungsparameter. Die elektronische Ansteuerung ist kann mit einem Computer verbunden werden, um an sie Transmissionsfunktionen zu übertragen, die mit einem Programm auf dem Computer berechnet wurden. Wenn die elektronische Ansteuerung im Zeitmultiplexbetrieb eine Sequenz von Transmissionsfunktionen an den Lichtmodulator überträgt, so werden beim Beleuchten mit der Laserlichtquelle in der Objektebene, in welcher sich z.B. ein Substrat oder mehrere Substrate mit Microarrays befinden, die zugehörigen Beleuchtungsmuster erzeugt. Bezugszeichenliste
1 Laserlichtquelle(n)
2 Optik zur Aufweitung von Laserstrahlen
3 Elektrisch schaltbare, mikrostrukturierte Optik, z.B. ein oder mehrere elektrisch adressierbare Lichtmodulatoren
4 Abbildungsoptik
5 Elektronisches System
6 Informationstechnisches System
7 Substrat mit oder ohne Microarray(s)
8 Kohärentes Laserlicht
9 Aufgeweitetes Laserstrahlenbündel
10 Transmissionsfunktionen der elektrisch schaltbaren, mikrostrukturierten Optik
11 Modulierte Lichtwelle
12 Beugungsbild
13 Substratebene
14 Verbindungskabel

Claims

Patentansprüche
1. Programmierbare Beleuchtungsvorrichtung zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen Synthese oder Analyse von Microarrays, welche aus einer oder mehreren Laserlichtquellen (1), einer Optik (2) zur Aufweitung der Laserstrahlen, einer elektrisch schaltbaren, mikrostrukturierten Optik (3) zur Modulation von Laserlicht mit einer digitalen Transmissionsfunktion (10), einer Abbildungsoptik (4) zur Abbildung von Beugungsbildern (12) in eine spezifizierte Substratebene (13), einem elektronischen System (5) zur Steuerung der elektrisch schaltbaren, mikrostrukturierten Optik (3), welche zum Beispiel aus einem oder mehreren elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren besteht, und der Laserlichtquellen (1), einem informationstechnischen System (6) zur Berechnung digitaler Transmissionsfunktionen und zur Ansteuerung des elektronischen Systems (5), und einem oder mehreren Substraten (7), welches jeweils ein oder mehrere Microarrays trägt, in der Substratebene (13) besteht.
2. Eine Vorrichtung nach Anspruch 1 dadurch gekennzeichnet, dass die elektrisch schaltbare, mikrostrukturierte Optik (3) aus einem oder mehreren elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren besteht.
3. Eine Vorrichtung nach Anspruch 1 dadurch gekennzeichnet, dass die elektrisch schaltbare, mikrostrukturierte Optik (3) aus einer Kombination von einem oder mehreren elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren und optional einem oder mehreren diffraktiven optischen Elementen besteht.
4. Eine Vorrichtung nach den Ansprüchen 1, 2 und 3 dadurch gekennzeichnet, dass die elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren (3) elektrisch steuerbare, pixelstrukturierte, transmittive Flüssigkristall-Minidisplays sind, welche die computerkontrollierte Schaltung von Transmissionsfunktionen mit definierbaren Taktraten ermöglichen.
5. Eine Vorrichtung nach den Ansprüchen 1, 2 und 3 dadurch gekennzeichnet, dass die elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren (3) elektrisch steuerbare, pixelstrukturierte, reflektive Flüssigkristall-Minidisplays sind, welche die computerkontrollierte Schaltung von Transmissionsfunktionen mit definierbaren Taktraten ermöglichen.
6. Eine Vorrichtung nach den Ansprüchen 1, 2 und 3 dadurch gekennzeichnet, dass die elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren (3) elektrisch steuerbare, pixelstrukturierte, reflektive Minispiegel-Displays sind, welche die computerkontrollierte Schaltung von Transmissionsfunktionen mit definierbaren Taktraten ermöglichen.
7. Eine Vorrichtung nach Anspruch 1 dadurch gekennzeichnet, dass im optischen Strahlengang eine Blende zum Abblocken der höheren Beugungsordnungen, die durch die Pixelstrukturierung der besagten Lichtmodulatoren im Beugungsbild (12) entstehen können, eingesetzt wird.
8. Eine Vorrichtung nach Anspruch 1 dadurch gekennzeichnet, dass im optischen Strahlengang zusätzlich eine Blende zum Abblocken eines möglichen Energie-Peaks in der 0-ten Beugungsordnung, der durch einen zu hohen Gleichanteil in der physikalisch realisierten Transmissionsfunktion entsteht, eingesetzt wird.
9. Eine Vorrichtung nach Anspruch 1 dadurch gekennzeichnet, dass das informationstechnische System (6) ein Mittel ist, um die Berechnung digitaler Transmissionsfunktionen durch Codierungsverfahren der diffraktiven Optik für die jeweilige Anwendung vorzunehmen, digitale Transmissionsfunktionen zu speichern und nach den Bedürfhissen für Anwendungen zusammenzustellen und zu verwalten.
10. Eine Vorrichtung nach Anspruch 1 dadurch gekennzeichnet, dass im Fall der Synthese ein oder mehrere Substrate (7) in einem transparenten und abgeschlossenen Behälter gefasst sind, welcher mit einer Flüssigkeit oder einem Gas gefüllt ist, wobei die Flüssigkeit oder das Gas unter anderem die Substanz enthält, die zur Abscheidung auf dem Substrat (7) oder den Substraten (7) gebracht werden soll.
11. Ein Verfahren zur hochauflösenden, massiv parallelen, räumlichen Synthese oder Analyse von Microarrays dadurch gekennzeichnet, dass kohärentes Laserlicht (8) spezifizierter Intensität und Wellenlängen durch eine oder mehrere Laserlichtquellen (1) erzeugt wird, das besagte Laserlicht (8) durch eine Optik zur Aufweitung der Laserstrahlen (2) zu einem aufgeweiteten Laserstrahlenbündel (9) transformiert wird, das besagte aufgeweitete Laserstrahlenbündel (9) auf eine elektrisch schaltbare, mikrostrukturierte Optik (3), zum Beispiel ein oder mehrere elektrisch adressierbare Lichtmodulatoren, trifft und durch deren Transmissionsfunktionen (10) in eine entsprechend der Transmissionsfunktionen (10) modulierte Lichtwelle (11) transformiert wird, die besagte modulierte Lichtwelle (11) sich im Raum ausbreitet, durch die Abbildungsoptik (4) das im Fernfeld entstehende Beugungsbild (12) auf ein Substrat (7) in der Substratebene (13) abgebildet wird, wodurch auf den beleuchteten Positionen elektrische Substratpotentiale erzeugt und dort Substanzen abgelagert werden oder wodurch die an den beleuchteten Positionen befindlichen Substanzen analysiert werden.
12. Ein Verfahren nach Anspruch 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass die besagten Transmissionsfunktionen (10) berechnet werden, gespeichert werden und zur Ansteuerung der elektrisch schaltbaren, mikrostrukturierten Optik (3) verwendet werden.
13. Ein Verfahren nach den Ansprüchen 11 und 12 dadurch gekennzeichnet, dass für die Berechnung der genannten digitalen Transmissionsfunktionen (10) die zu erzeugenden Beleuchtungsmuster als digitale Pixelmuster definiert werden, und die verwendeten Laserwellenlängen sowie die Modulationscharakteristiken der Lichtmodulatoren als physikalische Parameter definiert werden, und unter Einbezug dieser Parameter die Transmissionsfunktionen (10) mit Berechnungsverfahren der diffraktiven Optik berechnet werden.
14. Ein Verfahren nach dem Anspruch 11 dadurch gekennzeichnet, dass das Substrat (7) mit dem zu analysierenden Microarray mit einer fluoreszierenden Substanz behandelt wird.
15. Ein Verfahren nach Ansprüchen 11 und 14 dadurch gekennzeichnet, der Schritt des Analysierens darin besteht, dass die Substanz zunächst an spezifizierten Positionen mit Laserlicht definierter Energie und Wellenlängen beleuchtet wird, wodurch die Fluoreszenzreaktion bei der Substanz an den beleuchteten Stellen ausgelöst wird, anschliessend das Laserlicht abgeschaltet wird und das Emissionsabbild der fluoreszierenden Substanz mit einem Detektor ausgezeichnet wird.
16. Ein Verfahren nach Anspruch 11 dadurch gekennzeichnet, dass mit dem elektronischen System (5) die Intensitäten und die Wellenlängen der Laserlichtquellen (1) elektronisch den spezifizierten Parametern angepasst werden und die besagten Transmissionsfunktionen (10) aus dem Speicher des informationstechnischen Systems (6) geladen werden und als Steuerparameter zur Steuerung der elektrisch schaltbaren, mikrostrukturierten Optik (3) verwendet werden.
17. Ein Verfahren nach Anspruch 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass das besagte aufgeweitete Laserstrahlenbündel (9) entweder durch die Transmissionsfunktion eines oder mehrerer aufeinander folgender elektrisch adressierbarer Lichtmodulatoren transformiert wird und als Resultat die modulierte Lichtwelle ( 1 1 ) entsteht.
18. Ein Verfahren nach Anspruch 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass das besagte aufgeweitete Laserstrahlenbündel (9) durch die Transmissionsfunktionen eines oder mehrerer elektrisch adressierbarer Lichtmodulatoren und durch die Transmissionsfunktionen eines oder mehrerer diffraktiver optischer Elemente transformiert wird und als Resultat die modulierte Lichtwelle (11) entsteht.
19. Ein Verfahren nach Anspruch 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass die besagten Transmissionsfunktionen (10) zunächst als ein digitales Hologramm, ein optischer Strahlteiler oder eine Kombination aus beiden berechnet werden und anschliessend mit einer elektrisch schaltbaren, mikrostrukturierten Optik (3) realisiert werden, so dass die Phase und/oder die Amplitude der Strahlen des aufgeweiteten Laserstrahlenbündels (9) moduliert werden, wodurch jeweils als Beugungsbild (12) ein definiertes, hochauflösendes, strukturiertes, zweidimensionales Muster aus Laser-Lichtpunkten entsteht.
20. Ein Verfahren nach Anspruch 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass die genannten digitalen Transmissionsfunktionenen (10) als digitale Fourierhologramme und Fourier-Strahlteiler berechnet werden, die im optischen Fernfeld jeweils ein definiertes, hochauflösendes, strukturiertes, zweidimensionales Muster aus Laser-Lichtpunkten generieren.
21. Ein Verfahren nach Anspruch 11 dadurch gekennzeichnet, dass die Modulationseigenschaften elektrisch adressierbarer Lichtmodulatoren (3) durch die elektronische Variation der bildgebenden elektronischen Parameter der besagten Lichtmodulatoren (3) so optimiert werden, dass ein Gleichanteil im Signal der durch die Lichtmodulatoren (3) realisierten Transmissionsfunktionen (10) minimiert wird.
22. Ein Verfahren nach Anspruch 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass das elektronische System (5) zur Steuerung der elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren (3) elektronisch konfiguriert wird, indem gemäss einer Spezifikation die Art, Anzahl, Reihenfolge und Darstellungsdauer der Transmissionsfunktionen (10) für einen dynamische Beleuchtungssequenz festgelegt werden.
23. Ein Verfahren nach Anspruch 22 dadurch gekennzeichnet, dass das elektronische System (5) zur Steuerung der elektrisch adressierbaren Lichtmodulatoren (3) elektronisch umprogrammiert wird, indem ein Parametersatz gemäss einer andere Spezifikation durch das elektronische System (5) neu geladen und aktiviert wird.
24. Ein Verfahren nach Anspruch 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass auf das Substrat (7) bereits in einem vorausgehenden Prozessschritt an mehreren Positionen eine oder verschiedene Substanzen aufgebracht wurden, und das Substrat (7) in einem transparenten und abgeschlossenen Behälter gefasst wird, welcher mit einer Flüssigkeit oder einem Gas gefüllt ist, wobei die Flüssigkeit oder das Gas unter anderem eine neue Substanz enthält, die zur Abscheidung auf dem Substrat (7) gebracht werden soll, das Substrat beleuchtet wird, wodurch auf den beleuchteten Positionen die neuen Substanzen abgelagert werden.
25. Ein Verfahren nach den Ansprüchen 1 1 dadurch gekennzeichnet, dass das Substrat (7) ein Microarray von Substanzen trägt, welches in einem Prozessschritt mit einem Micro-Spotting- Verfahren auf das Substrat gebracht wurde, und das Substrat (7) in einem transparenten und abgeschlossenen Behälter gefasst wird, welcher mit einer Flüssigkeit oder einem Gas gefüllt ist, wobei die Flüssigkeit oder das Gas unter anderem eine neue Substanz enthält, die zur Abscheidung auf dem Substrat (7) gebracht werden soll, und das Substrat an spezifischen Positionen der Micro-Spots beleuchtet wird, wodurch auf den beleuchteten Positionen die neuen Substanzen abgelagert werden.
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